RとJava

RとJava

SJava†

Rとjavaをつなげるパッケージ．非常に有用なパッケージだと思われますが インストール，運用ともに情報が少ないようです．　

インストール†

linux版†

Fedora core 1上で R-1.9.0にインストールしてみました．まだ，classpathの設定でつまって動きませんが，Vine では，swing,awt以外はうごいたので，じきにうまくいくでしょう．riki 2004-04-25 (日) 23:21:22

CLASSPATHの設定とLD_LIBRARY_PATHの設定をしたら， とりあえず下記テストコードまではうまくいきました．riki 2004-04-26 (月) 17:45:08

• http://www.omegahat.org/RSJava/ からSJava packageをダウンロード
• SJavaのインストール

下記を実行してSJavaのインストールする。この時、-cを忘れないようにする。-cを忘れると、必要なシンボリックリンクができず、JavaからRを呼ぶときに失敗してしまう。

>R INSTALL -c SJava_0.67-3.tar.gz

• LD_LIBRARY_PATHを設定

例えば, .bash_profileに下記を追記

LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:/usr/lib/R/library/SJava/libs:/usr/java/j2sdk1.4.2_04/jre/lib/i386:/usr/java/j2sdk1.4.2_04/jre/lib/i386/client

• CLASSPATHを設定

例えば ，.bash_profileに下記を追記

SJAVA=/usr/lib/R/library/SJava
CLASSPATH=${CLASSPATH}:/usr/java/j2sdk1.4.2_04/lib:${SJAVA}:${SJAVA}/Jars/Environment.jar:${SJAVA}/Jars/antlr.jar:${SJAVA}/Jars/jas.jar:${SJAVA}/Jars/jhall.jar:.

• Rを実行して， testする．

>library(SJava)
>.JavaInit()
>.Java("java.lang.System", "getProperty", "java.class.path")
>names(.Java("java.lang.System", "getProperties"))

windows版†

MacOS X版†

Simon's PagesにSJavaをMacOS Xで動かすパッチがあります。 ここから SJava_0.65-X.tar.gzをもらってきて、(R-1.9.0なら)

sudo /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R INSTALL -c ~/Desktop/SJava_0.65-X.tar.gz

で普通にインストールできます。 ただし、Apple JavaのDeveloper Previewとかいろいろ試している人は、

/System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Headers/jni.h

のシンボリックリンクの実体がなくなってたりしますので、ADCなどから適宜DeveloperバージョンのJavaをとってきてインストールするなどして実体がある状態で実行しましょう。

なお、javacなどを使うときのCLASSPATHは、バージョンが若干古いため、

 SJAVA=/Library/Frameworks/R.framework/Resources/library/SJava/
CLASSPATH=.:${SJAVA}:${SJAVA}/org/omegahat:${SJAVA}/org/omegahat/Jars/Environment.jar:${SJAVA}/org/omegahat/Jars/antlr.jar:${SJAVA}/org/omegahat/Jars/jas.jar:${SJAVA}/org/omegahat/Jars/jhall.jar:

とかになります。

一応、VectorとかSystem.outとかは正常に動いているようですが、awt.Windowとか、awt.Frameのコンストラクタを呼ぶと固まります...(Java 1.4.2)。 RJavaDeviceがうまく動けば日本語が通るかもしれないと期待したんですが...

javaからRを動かす†

サンプルプログラム (Q&Aに高階が書いたものを転載)†

import org.omegahat.R.Java.*;

public class REvalSample {
   public static void main(String [] args) {
       String [] rargs = {"--slave", "--vanilla"};

       System.out.println("Sample program to call R engine from Java");
       ROmegahatInterpreter interp
           = new ROmegahatInterpreter(ROmegahatInterpreter.fixArgs(rargs),
                                      false);

       REvaluator e = new REvaluator();
       
       Object val = e.eval("x <- sin(seq(0, 2*pi, length=30))");
       val = e.eval("x * 2.0");
            
       if (val != null) {
           double[] objects = (double[])val;
           for (int i=0; i<objects.length; i++) {
               System.err.println("("+i+") " + objects[i]);
           }
       }
   }
}

サンプルプログラムのコンパイル†

CLASSPATHが正しく設定されていることを確認して、javacでコンパイル。

javac REvalSample.java

サンプルプログラムの実行†

SJavaのインストール先が /usr/local/lib/R/library/SJava の場合は以下の様に入力する。

/usr/local/lib/R/library/SJava/scripts/RJava --class REvalSample

• 上記プログラム実行したのですが、
  

  Error in dyn.load(x, as.logical(local), as.logical(now)) :
         unable to load shared  library "/usr/local/lib/R/library/ctest/libs/ctest.so":
   /usr/local/lib/R/library/ctest/libs/ctest.so: undefined symbol: Rf_imax2
  In addition: Warning message:
  package methods in options("defaultPackages") was not found
  Error in library(ctest) : package/namespace load failed

  のようなエラーが出てライブラリが読み込めていないようです。どこを設定すればよいのでしょう？m(__)m　-- あなご 2004-05-26 (水) 11:09:55
• コンパイルと実行の仕方を追加してみました。念のために確認しますが、あなごさんは、RJavaから実行しましたよね? あなごさんのエラーメッセージは前にSolarisで見たことがあります。ちょっと調べてみます。 -- 高階 2004-05-26 (水) 12:06:55
• 高階さま、RJavaから実行しましたところ、同じエラーが出ました。ちなみにRedHat7.2+R-1.8.1+SJava-0.67-3です。すみませんが、よろしくお願いいたします。_(_^_)_ -- あなご 2004-05-26 (水) 14:28:33
• SJAVAのインストールは成功したのですが、loadに失敗しました。win版のCLASSPATHの設定を教えていただけないでしょうか。よろしくお願いいたします。（エラーメッセージ内容）using JAVA_HOME = C:?j2sdk1.4.2_04 Error in dyn.load(x, as.logical(local), as.logical(now)) :unable to load shared library "C:/PROGRA~1/R/rw1090/library/SJava/libs/SJava.dll": LoadLibrary failure: 指定されたモジュールが見つかりません。Error in library(SJava) : .First.lib failed -- 橙 2004-05-26 (水) 14:40:21
• 思い出しました。共有ライブラリの問題ではないでしょうか。あなごさんのRはconfigure --enable-R-shlibしてから作っていると思いますが、いちど、shlibなしでRを作ってから、enable-R-shlibしても、各libraryの.soファイルからlibR.soへされないので、make distclean するか、Rのソースを消してから、最初から作り直さないといけないという問題がありました。 -- 高階 2004-05-26 (水) 17:53:02
• 高階さま、ありがとうございます。_(_^_)_　Rの--enable-R-shlibが抜けていたようです。コンパイルしなおしたところ、エラーは出なくなりました。が、上記プログラムを

  Object val=e.eval("t.test(1:10,y=c(7:20))");

  のように変更したところ、

  Unexpected Signal : 11 occurred at PC=0x401d6a83
  Function name=unicode_length__4UTF8PCc
  Library=/usr/java/jdk1.3.1_08/jre/lib/i386/client/libjvm.so

  のエラーが出るようになりました。ちなみにj2sdk1.4.1_02でも同様です。なにか解決の糸口になるようなヒントはございませんでしょうか？<m(__)m> -- あなご 2004-05-26 (水) 19:06:05
• 橙さんのWINDOWS版に関して。私も同様のエラーが出ていたのですが、以下の環境変数を設定することでとりあえずは動くようになりました。（当方の環境です。OSはWinXP） -- どうむ 2004-05-26 (水) 19:30:23

  JAVA_HOME=C:?j2sdk1.4.1_03
  CLASSPATH=%CLASSPATH%;
      "C:?Program Files?R?rw1081?library?SJava";
      "C:?Program Files?R?rw1081?library?SJava?org?omegahat?Jars?antlr.jar";
      "C:?Program Files?R?rw1081?library?SJava?org?omegahat?Jars?Environment.jar";
      "C:?Program Files?R?rw1081?library?SJava?org?omegahat?Jars?jas.jar";
      "C:?Program Files?R?rw1081?library?SJava?org?omegahat?Jars?jhall.jar";
      "C:?Program Files?R?rw1081?library?SJava?org?omegahat?Jars?ROmegahatExamples.jar"
  pathに以下を追加
      C:?j2sdk1.4.1_03?jre?bin?client

• どうむさん、どうもありがとうございます。動くようになりました。 -- 橙 2004-05-27 (木) 11:09:16
• R(D)COM + α　でゴチャゴチャとやってきたけれど、これはシンプルでよさそうですね。 -- 2004-05-27 (木) 19:03:24
• さきの質問ですがコンパイルは通るのですが実行時にエラーが出るということです。わかりづらくもうしわけありません。 -- あなご 2004-05-28 (金) 11:40:50 その後、

  Object val=e.eval("t.test(1:10,y=c(7:20))");

  を

  Object val=e.eval("t.test(1:10,y=c(7:20))[[1]]");

  のように、変更すると実行時にもエラーがでなくなりました。上の方の戻り値はリスト、下のほうはベクトルです。戻り値の型によってエラーが出るようです。
• Win32 で利用されている方は Ripley のバイナリを利用しているのでしょうか？ -- 2004-05-28 (金) 22:45:19
• Windows環境でSJavaを使うにはjvm.dllへのパスが環境変数PATHになければいけないようです。 -- かくれR狂 2004-05-29 (土) 19:38:17
• javaからRを動かすサンプルプログラムをコンパイルすると以下のエラーが出ます。Rを呼べません。解決方法をご存知の方は教えてください。どうぞよろしくお願いします。JavaLoading RInterpreter library java.lang.UnsatisfiedLinkError: no RInterpreter in java.library.path at java.lang.ClassLoader.loadLibrary(ClassLoader.java:1491) at java.lang.Runtime.loadLibrary0(Runtime.java:788) at java.lang.System.loadLibrary(System.java:834)at org.omegahat.R.Java.ROmegahatInterpreter.<clinit>(ROmegahatInterpreter.java:34)at org.omegahat.R.Java.REvalSample.main(REvalSample.java:12)Exception in thread "main" -- 橙 2004-06-01 (火) 16:34:06
• 私の説明が不十分だったかもしれません。以下の環境変数を、チェックしてみてください。とおっていなければ設定してみてください。 -- どうむ 2004-06-01 (火) 17:31:21

  CLASSPATH
      C:?Program Files?R?rw1081?library?SJava;
      C:?Program Files?R?rw1081?library?SJava?org?omegahat?Jars?antlr.jar;
      C:?Program Files?R?rw1081?library?SJava?org?omegahat?Jars?Environment.jar;
      C:?Program Files?R?rw1081?library?SJava?org?omegahat?Jars?jas.jar;
      C:?Program Files?R?rw1081?library?SJava?org?omegahat?Jars?jhall.jar;
      C:?Program Files?R?rw1081?library?SJava?org?omegahat?Jars?ROmegahatExamples.jar
  
  JAVA_HOME
      C:?j2sdk1.4.1_03
  path
      C:?j2sdk1.4.1_03?jre?bin?client;
      C:?Program Files?R?rw1081?library?SJava?libs;
      C:?Program Files?R?rw1081?bin
  
  R_HOME
      C:?Program Files?R?rw1081
  
  SJAVA
      C:?Program Files?R?rw1081?library?SJava

• どうむさん、上記の設定して、前回のエラーはなくなりました。ありがとうございます。が、新たに“致命的エラー”が出てしまいました。同じ経験等ある方、教えてください。同じエラー内容です→<http://tolstoy.newcastle.edu.au/R/help/04/05/0857.html>よろしくお願いいたします。JavaからRをうまくcallできた方はいらっしゃいますか？ -- 橙 2004-06-03 (木) 15:05:17
• 現在、http://www.omegahat.org/RSJava/ においてwindows版バイナリへのリンクが切れています。webarchive.org等もあたってみましたがだめでした。どなたかご存知の方はいらっしゃいますでしょうか？（ちなみにconfigure,makeにも失敗して試行錯誤中です。） -- taniguchi 2006-03-16 (木) 19:30:15
• 2.3.0でのRからのINSTALLコマンドの呼び出しは"R CMD INSTALL <option>"となっております。 -- higebobo 2006-05-11 (木) 11:57:31
• Vine Linux に R-2.3.1 JDK1.5.0_08という環境でSJava_0.69-0をインストールしました．http://www.ht.sfc.keio.ac.jp/~niya/niyalist/2006/09/sjavavine_linux.html こちらが詳細です． -- M.Ito 2006-09-28 (木) 03:14:32

お名前:

Eclipse での実行†

• Win32 上のEclipse で動作させている方おられます？ -- 2004-05-29 (土) 19:53:15
• eclipseで動作させています。Javaのビルドパスにantlr.jar,Environment.jar,jas.jar,jhall.jarを追加します。${R_HOME}/library/Sjava以下をツリー構造のままインポートします。でも'unable to open base package'がでてＳjava自体を作り直す必要があるようです。
  参考：https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2003-July/034938.html
  -- かくれR狂 2004-06-06 (日) 07:30:08
• ありがとうございます。私も同様に'unable to open base package'が出ましたので、SJAVAを書き換えて試してみます。作り直すことによって、eclipeで動くようになったのでしょうか？＞かくれR狂さん -- 橙 2004-06-06 (日) 23:01:31
• bugが修正されたコンパイル済みのSJAVAをダウンロードできるサイトとかありますでしょうか？windowsなので、recompileするのが大変なので、ご存知の方、教えていただきたいと思います。どうぞよろしくお願いします。 -- 橙 2004-06-09 (水) 01:15:31
• iPlots に　jvm.dll の検出のバグを修正したバイナリがあります。 -- 2004-06-11 (金) 18:02:53
• ipotのSJava (0.65, modified):を使用しても同じエラーメッセージに'unable to open base package'が出てしまいます。。 -- 2004-06-12 (土) 02:20:40

お名前:

Java Beans†

• SJava を Java Beans で利用されている方はおられますか？ -- 2004-06-11 (金) 13:19:44

お名前:

Rからjavaを動かす†

R Graphics Device using Java†

ダウンロード†

インストール†

お名前:

rJava:rJava - Low-level R to Java interface 旧サイト†

• SJAVAのサブセットだが、R から Java の呼び出し機能をサポート。
• JGRに含まれている。Win 用の JGR をインスールすれば、R に自動的にインストールされる。
• CRANからでも入手可。

利用ツール・パッケージ†

• RWeka パッケージで利用
  • rJava - R/Java interface R Wiki の記事
• R Analytic Flow rjava を利用したモデリング・ツール
• RFreak: R/FrEAK インターフェース
• scagnostics 散布図診断
• spcosa: 空間被覆サンプリング
• cshapes:CShapes データセット及びユーティリティー
  • cshapes(CShapes データセット及びユーティリティー)パッケージ中のオブジェクト一覧
• RImageJ: R bindings for ImageJ
• xlsxjars: Package required jars for the xlsx package
• helloJavaWorld: デモ用パッケージ
• rcdk: rcdk - Interface to the CDK Libraries
• RNCBI: The java ncbi interface to R
• dismo: Species distribution modeling
• GMapCreator(UCL が開発した Google Maps に主題図をオーバーレイ表示するツール) との接続　スクリプト
• XLConnectJars: JAR dependencies for the XLConnect package
• Using jri to connect JAVA to R
• Mathematica

リンク†

• R Wiki の記事

JRI(Java/R Interface)†

• Java から Rの呼び出し機能をサポート。
• CRAN の rjava パッケージに含まれる。
• JGRにも含まれている。Win 用の JGR をインスールすれば、R に自動的にインストールされる。
• 単独での利用サンプルはソースに含まれている。残念ながら現状ではこのサンプルのみだが、将来的にはドキュメントが用意される予定だが、メーリングリストのアーカイブや質問ができる。

プログラミングの例†

• http://edotprintstacktrace.blogspot.com/2008/06/mathr-javaeclipse.html

利用アプリ†

• Mathematica

SJava または rJava/JRI を利用しているパッケージ†

iPlots†

• 対話型統計グラフ。EDA（探索的データ解析対応）。
• CRAN より入手可。
• JGRにも含まれている。Win 用の JGR のインスールすれば、R に自動的にインストールされる。
• 主要な関数である iplot 引数は plot 関数と同等な機能を持ち、引数の指定も同じ。
• "xlab","ylab" 引数で軸名が指定できるが、日本語表示には対応していないようだ*1。
• 対話性にすぐれ、マウスを使って対話的にズームイン・アウト、グラフ上のオブジェクトの選択（ポイント・矩形による）して、情報表示、移動が可能。
• iobject によるグラフの注釈機能。
• maptools などにも対応予定で対話的な処理ができるようになる。ESDA(探索的空間データ分析)もできる？
• 使用方法

>library(iplots) # iplots パッケージのロード
>data(iris)
>attach(iris)
>iplot(Sepal.Width, Petal.Width)

図　iplots 実行例

R AnalyticFlow†

StatET: R 用 Eclipse プラグイン　コンソール出力。†

ant: Version of ant specific to R†

JavaGD†

• Java 用グラフィックデバイス
• JGRに含まれている。Win 用の JGR のインスールすれば、R に自動的にインストールされる。
• JavaプログラムよりすべてのＲグラフィックスコマンドが実行可能。
• R Analytic Flow

JGR(Java Gui for R)†

R 用汎用GUI(iplots, rJava, JavaGD を利用)

Mac 版は，http://www.rosuda.org/JGR/1.0/CRAN/JGR-1.0.dmg

Mac OS X 10.3 (Panther) download:
   - binary for CRAN release of R 2.0.0: JGR-1.0.dmg (ca. 2.3MB, updated 2004/10/18)

　CRANよりソースが入手可能。

Linux版のインストール†

インストールにはヘッダファイルが必要なので、j2reではなくj2sdkをインストールしておく。環境変数JAVA_HOMEとPATHが正しくセットされているとする（他のJavaアプリが正しく動作していればおそらくOK）。スーパーユーザ権限でRを起動し、

> install.packages("JavaGD",contriburl="http://www.rosuda.org/R/")
> install.packages("rJava",contriburl="http://www.rosuda.org/R/")
> install.packages("JGR",contriburl="http://www.rosuda.org/R/")

と入力する。

JGRで日本語

mailing list(Developer 向け) 要登録

利用パッケージ†

CADStat: Provides a GUI to several statistical methods for biological inferences†

Deducer: An intuitive graphical data analysis system for use with JGR.†

• DeducerSpatial OSM(Open Street Map) /Bingの地図画像を R で表示し、グラフィックをオーバレイ表示

Rserve†

　Java より R を呼び出す。CRAN より入手可。

• Rserve で R
  
• Java用クライアントのバイナリ版も公開されている。
  
• みゅさんとこのRserveの記事
• Java から R の機能を呼び出し (Rserve を使用)
• PHP クライアント

利用アプリ†

• Bio7　Eclipse 上で固体ベースで空間明示モデルに主な焦点を当てた生態学モデルを構築する統合型開発ツール。統計分析・空間統計・メソッド作成に、 Rserve を経由した R を利用。
• KLIMT - 分類及び回帰木に焦点を当てたデータ分析用対話型ソフトウェア
• Mondrian 汎用統計データ可視化ツール。カテゴリカルデータ、空間データ、大規模データに強い。EDA機能をもつ。
  • 参考文献　Interactive Graphics for Data Analysis: Principles and Examples
• MORET(MOdel REposiTory) R のサポートする複数の数理モデルの結果の概要、比較および評価をおこなう。
• Gauguin 多変量データセットの対話型ビジュアル探索ソフト。Rserve 経由で、R 上でＭＤＳ（多次元尺度法）の計算をおこなう。

Biocep Computational Open Platform Ecosystem†

　上記の R と Java の連携技術の集大成のようなもの

• RWorkbench

RWebServices:Expose R functions as web services through Java/Axis/Apache†

renjin JVM-based Interpreter for the R Language for Statistical Computing†

JDBC†

RJDBC†

RpgSQL: DBI/RJDBC interface to PostgreSQL Database†

JRuby†

• JRubyからRを使う

Jython†

• rJython rjava 利用
• rSymPy: R interface to SymPy computer algebra system

joris - Java ongoing R infrastructure set†

rscript - Java to R scripting interface†

JavaFX†

　いずれはなにかがある？

関連リンク†

• Java/R Intercommunication

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