初心者のための R および RjpWiki に関する質問コーナー

以下の 4 つの「●項目」のどれかをクリック！！

● 新規投稿欄: --- その前に，「投稿における注意事項」を読んでから！
● このページの目次 --- 質問への回答・コメントの参照
● 最新のスレッド --- 最も最近に書き込まれた「親」記事（最新のコメントが付いた記事ではありません）
● Ｑ＆Ａ (初級者コース) 過去の目次 --- 今までの 17 個の書庫の参照

●● 目次 ●●

参照は，個々の項目をクリック（質問への回答・コメントの参照も，個々の項目をクリック）

●● 新規投稿 ●●

まずは，「投稿における注意事項」を読んで，それに従ってください。
これに従わない場合には，回答が得られにくい場合があります。　




カイ二乗検定について†

カイ (2024-04-14 (日) 14:17:43)

よろしくお願いいたします。
カイ二乗検定を行い、P値を取り出すとき以下のよう、マトリックスにして計算しております。

d <- c(10, 5, 8, 7)
d <- matrix(d,nrow=2,byrow=T)
d <-chisq.test(d)
d$p.value

しかし、

data <- matrix(c(10, 5, 8, 7, 16, 23, 21, 8, 27, 44, 61, 22, 10, 15, 20, 24, 38, 76, 23, 77), nrow=5, byrow=T)
colnames(data)<-c("a","b","c","d")

のようなデータがある場合、一気にカイ二乗検定を行い、ｄ列の横にｐ値を入れていきたいのですが、マトリックスが出来なく困っております。
どの様にすればよいのかご教示いただけると幸いです。
（R version 4.2.2, win11)


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library(imager) library(magick)の間で画像をやりとりしたい。†

たたた (2023-11-20 (月) 13:23:54)

お世話になっております。表記のとおり２つのパッケージ間で画像をやりとりしたいです。画像をimagerで用いるcimgで読み込み、magickへの読みこむことは以下の方法でできるのですが、逆にmagickの画像からcimgにする方法をどなたか教えていただければ幸いです。

image1 <- imager::load.image("image1.png")
image1.mag <- magick::image_read(as.cimg(image1))

一応、手元で、以下のようにすると、それっぽくはなるのですが、値が数値ではなくrawだし、次元数も変わってしまっており、どうしたらよいものかと思っております。

image_matrix <- magick::image_data(image1.mag)
image_imager <- imager::cimg(image_matrix)

どうぞよろしくお願いします。


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with関数でformulaオブジェクトを代入するとエラーが出る†

徒弟 (2023-08-28 (月) 21:26:18)

皆様のお知恵をお貸しください
以下のコマンドの通りを試したところ、(3)でのみエラーが出ます


set.seed(1234)
tmp <- data.frame(Outcome=c(rep(1,10),rep(0,10)),X=rnorm(20))
tar_formula <- as.formula(paste0("Outcome","~X"))

#(1)
with(tmp,glm(Outcome~X,family=binomial))

#(2)
with(tmp,glm(as.formula(paste0("Outcome","~X")),family=binomial))

#(3)
with(tmp,glm(tar_formula,family=binomial))


エラーメッセージは" eval(predvars, data, env) でエラー: 

  オブジェクト 'Outcome' がありません"です


どういよう理由によってエラーが発生するのか教示頂ければ幸いです


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ベイジアンネットワーク解析dealの矢印について†

晴猫 (2023-08-27 (日) 19:36:31)

yokkunさんのページ
https://yokkuns.hatenadiary.org/entry/20110928/1317164851
にならってベイジアンネットワーク分析を試みたところ、ネットワークの矢印が正しく表示されません。
mybanlist <- matrix(c(

                     2,1,
                     3,1,
                     4,1,
                     5,1,
                     6,1,
                     7,1,
                     3,2,
                     4,2,
                     5,2,
                     6,2,
                     7,2,
                     3,4,
                     4,3),
                   ncol = 2, byrow = TRUE)

banlist(ht.nw) <- mybanlist
で矢印を禁止するノードを指定します。その後
plot(ht.nw)
でネットワークを描いてみると、矢印がないと指定したノードの間に赤い破線で矢印が描かれます。しかし、その後の計算は正しくできるようです。ですからこれは矢印の表示の問題だと思います。通常は黒い実線でノード間の因果関係が表示されます。赤い破線は逆方向の因果関係を表しているようです。正方向の因果関係を表示させるにはどうしたらよいのでしょうか。
OSはWindows11, Rはversion　4.2.1を使用しています。よろしくお願いします


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conda-forge の r-base パッケージの win-64 のバージョンについて†

136s (2023-08-02 (水) 11:10:23)

質問: 掲題のバージョンが現時点で v4.1.3 ですが、linux-64 や osx-64 は v4.3.1 になっています。win-64 がアップデートされないのは、何か理由があるのでしょうか？
技術的不可能性があるのか、需要がないのか、、など。

参考: https://anaconda.org/conda-forge/r-base

経緯: Windows 10 マシンで、conda 環境内で R を管理して Python から rpy2 で R を使おうとしています。
通常、`conda install -c conda-forge r` コマンドで conda 環境内に R をインストールすると思います。
ただ、現在の最新の r パッケージ が noarch で v4.3 であり、r-base のバージョン不一致になってしまいます。
これ自体は r パッケージのインストール時に v4.1 を指定すれば解決するのですが、そもそも r-base が v4.1.3 からバージョンアップされないのか気になったので質問を投稿いたしました。


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RStudio のパッケージits.analyasisの解析方法について†

masa (2023-06-04 (日) 14:03:04)

①結果の入力方法(他に必要なパッケージなど)
②結果の解釈 を知りたいです。最低限①だけでも助かります。

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ggplot2による積み上げ棒グラフの各棒に合計値を入れたい†

島田泰夫 (2023-06-02 (金) 17:16:52)

教えてください

ggplot2で積み上げ棒グラフを作図したとき、棒の上に合計値を表示したいのです

tableのクロス集計表（re）で

     0  1  2  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23
 402  0  3  2  1  2 37  0  0  0  0  0  1 10 15 20  0  0  1  0  2  1  0  0
 404  0  0  0  0  0  0  1  2  2 12  1  5  3  2  0  1  9  0  0  0  0  0  0
 406  0  2  0  0 15  1 19 21  3  0  3  8  0  0  0  0  0  2  0  0  0  0  0
 411  0  0  0 20  5  6 10 11 12  8  9  0  0  0  2  6 10  3  2  0  2  1  1
 416 16 11 18  1  0  0  1  0  2  0  0  0  0  0  0  8  0  0 14 16  1  1  0
 418  0  0  0  0  0  0  0 20 13  5  2  2 10 18 62 94 60 11  3  4  4 27  0
 422  0  0  0  0  0  0  0  0  9  6  5 10 12 14  8 30 26 22 14  9  3  4  3
 428  0  0 15  4  9  1 12  2  3  2  2 15  1 10  2  4  0  0  0  0  9 16  6
 429 10  6  0  0  0 21  7  2  7  0  0  1 17 16  9  4  3  0  3  1  4  0  3

が得られたので、データフレーム変換して


re2 <- as.data.frame(re)
   Var1 Var2 Freq
1    402    0    0
2    404    0    0
3    406    0    0
....


となりましたので

g <- ggplot(re2, aes(x = Var2, y = Freq, fill = Var1))
g <- g + geom_bar(stat = "identity")
g <- g + geom_text(aes(label = Freq, y = Freq + 3), size = 2)
plot(g)


とすると、積み上げる「各要素」の数値が入ってしまいます
これを避けて、積み上げた「合計値」を各棒の上部に記載したいのですが
どのようにすればよろしいでしょうか？

自己解決できそうです

re3 <- as_tibble(re2) 
re4 <- re3 %>% group_by(Var2) %>% summarise( total= sum(Freq))

ggplot(data = re4, aes(x = Var2, y = total)) + 
  geom_bar(stat = "identity", fill = "grey", colour = "black") +
  geom_text(aes(label = total, y = total + 3), size = 2) +
 geom_bar(data = re2, aes(x = Var2, y = Freq, fill = Var1), stat = "identity")

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PCAの結果の分析について†

R初心者 (2023-05-08 (月) 09:58:23)

特徴量が1000個あるデータに対してPCAを実行しました．有効な特徴量を抽出するには，どの計算結果を参考にすればよろしいでしょうか．．．基本的な質問で申し訳ありません．


↑

Rcmdrのインストールとエラーについて†

hs0519 (2023-03-14 (火) 23:18:04)

具体的な質問というより、一般的な考え方の質問です。RのWindows版をインストールした直後、Rを起動させて、install.packages("Rcmdr",dependencies=TRUE)などとやってインストールするのですが（ダウンロード先はTokyo）、エラーが出ます。インストール作業のプロセスが進行していることは動作をみていてわかりますね。メッセージなどが出て進行状況がわかります。そして最後にエラーが出るという図式です。
この流れの中で異質なこと、独特なところは何もありません。エラーが出ないときもあります。使用者側はここまでの流れで工夫するところがないので、提供側の問題としか思えません（ダウンロード中の欠損もありうる？）。そのためエラーメッセージを見ながらフィックスする努力は徒労でかつ、生産的でないように感じられます。やはりエラーメッセージをたよりにフィックスするのか、Ｒそのものの更新を待つべきか悩みが出ます。この部分は果報は寝て待てなんじゃないかと思うのですが、実際どうなのでしょうか。


↑

mFDというパッケージのエラーについて†

まつ (2023-03-14 (火) 20:56:57)

mFDというパッケージでmFD::quality.fspacesを行った際に

Error in if (maxdim_pcoa < 1) { : the condition has length > 1

というエラーが出ました。教えて頂けると嬉しいです。ちなみにmaxdim_pcoaは２以上の色々な値で試していますが同じエラーが出ます。


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指数の作り方†

(2023-03-13 (月) 14:40:09)

日付、性別、年代、検索行動１、検索行動２、検索行動３、収益額(この値は99%が0で、そのほかは1000円から50000円くらいの値が入っています。)
という情報があったときに収益をもたらすかどうかを示す指数を作りたいです。

指数の条件としては以下の2つです。
・値が大きいほど収益額1000円超の顧客の割合は大きくなる傾向にある
・値が大きいほど収益額が大きくなる傾向にある

lightgbmのregressionでやってみても全然だめでした。
お手数ですがお知恵をお貸しください。


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Rからffmpegを呼び出す方法†

hs0519 (2023-03-10 (金) 08:02:35)

saveVideo({

  for (i in 1:5){
    plot(runif(10), ylim = c(0,1))
  }

}, interval = 1.0, video.name = "TEST.html")
というスクリプトだけで、ffmpegが呼び出せるとのことなので、実行してみると、
The command ""ffmpeg"" is not available in your system. Please install FFmpeg
というエラーメッセージが出ます。
ffmpegはインストールされており、パスも通っているのでシェルのコマンドラインから起動できます。
Rからffmpegを起動するにはどのようにしたらいいでしょうか。

バージョンにセンシティブな問題でしょうか。
Rは4.2.2, ffmpegは5.1.2が入っています。ただし、ffmpegはいろんなところ(irfanviewとか)から入る可能性があるので5.1.2でない可能性が大です。
パスが先になっている方だと思いますが。


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UTFのRでWindowsの文字をよみたい。†

たたた (2023-03-01 (水) 06:05:33)

エクセルからコピーしたタブ区切りの「データ０ データ１（ほげ） データ２？ データ３? データ４」というデータがあり、 name <- read.table("clipboard",sep="\t")という処理を行いたいと思います。 手元のRの環境で、（や？があっても読めるものと読めない物があるのですが、読めないほうでも読むにはどのようにしたらよいかわかりますでしょうか。　読めるものは：R version 3.6.2 (2019-12-12)、LocaleがJapanese_Japan.932 。読めないほうは：R version 4.2.1 (2022-06-23 ucrt)。LocaleがJapanese_Japan.utf8 。いずれも、 Windows 10 x64 (build 19041)です。 なお、文字コードをShift-JIS系に指定しても以下のエラーが出てしまいます。

read.table("clipboard",sep="\t",fileEncoding = "CP932")
警告メッセージ: 
1:  file(file, "rt", encoding = fileEncoding) で: 
  引数 'encoding' は無視されます 
2:  read.table("clipboard", sep = "\t", fileEncoding = "CP932") で: 
 incomplete final line found by readTableHeader on 'clipboard'



↑

as.*() と as_*() 関数の違いについて†

OKD (2023-02-05 (日) 15:27:12)

こんにちは．
初歩的な質問で大変恐縮ですが，以下のご回答をよろしくお願い致します．

早速ですが，　as.*() と as_*() の違いが理解できません．
"*" には，matrixやvector，factor などを想定しています．
"as"の部分は，”is”の場合でも違いがわかっていません．
どなたかご教示いただけますでしょうか？


↑

当日0:00:00からの経過時間†

asao (2022-12-16 (金) 14:26:56)

こんにちは
素人質問で恐縮ですが時系列データの取り扱いについての質問です。

現在以下の形式のようなデータを用いて、時刻と使用率の関係を推定しようとしています。

ー－－－－－データー－－－－－－ー－－－－－－－－－－ー－－
beginning_time 　　ocp_rate 　　inflow outflow
2020/6/1 23:58:00　0.023255858 　　1 　　　　0
2020/6/1 23:59:00　0.893255895 　　0　　　 　1
2020/6/2 0:00:00　0.023255826 　　1 　　　　2
2020/6/2 0:01:00　0.103255844 　　0 　　　　0
2020/6/2 0:02:00　0.045255836 　　0 　　　　1
2020/6/2 0:03:00　0.113255814 　　2　 　　　0
ー－－－－－データー－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
そこで新たに
その日付の深夜0時（1行目でいうと2020/6/1 00:00:00）
からの経過時間（分）を示す行を追加したいと考えております。

どのように計算すればよいでしょうか。

今のところ、各日付の00:00:00を示す行を追加して、beginning_time列から引き算しようと試みておりますが、各日付の00:00:00の列を作ることにも苦戦しております。
ご教授いただけますと幸いです。


↑

３つの係数により変化する関数を、３次元空間で、色の濃淡で、大小を表したい†

okadasan (2022-12-13 (火) 15:32:33)

お世話になっております。
まだまだ、Ｒは初心者です。
http://okadasan.com/S_P.R
と言う関数を作りました。

p[r0,gamma,a]と言う関数が、
r0とgammaとaの変化で変わって行っているのがわかると思います。
ここで、r0をx軸にして、gammaをy軸にして、aをz軸にして、
３次元空間で、それら３つの係数の変化で決まる関数であるp[r0,gamma,a]の各点の大きさを、色の濃さで表したいのです。
そのような事は、Ｒで出来るのでしょうか？
plot3dで出来るのかなあ、とか、
別なグラフ関数を持って来るのかなあ、とか、
あるいは、その所作をコードの何処に入れるのかも
わかりません。
どなたか、お教えいただけるとありがたいのですが。


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offsetを使った混合モデルにlmerTest::difflsmeans()関数を適用するとエラー†

noname (2022-09-04 (日) 17:59:16)

lmer()関数でoffsetを指定した混合モデルにlmerTest::difflsmeans()関数を適用すると，offsetで指定した変数名のオブジェクトがないとエラーが出ます．
以下で再現すると思います．

library(lmerTest)
data("cake", package="lme4")
cake2 <- data.frame(cake,os = round(cake$temp/cake$angle,0))
model <- lmer(angle ~ recipe * temp + (1|recipe:replicate) + os, cake2)
model2 <- lmer(angle ~ recipe * temp + (1|recipe:replicate) + offset(os), cake2)
anova(model)
anova(model2)
difflsmeans(model) 
difflsmeans(model2) # オブジェクト 'os'がありませんというエラー



sessionInfo()
R version 3.6.3 (2020-02-29)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS  10.16
Matrix products: default
BLAS:   /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/lib/libRblas.0.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/lib/libRlapack.dylib
locale:
[1] ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/C/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8
attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base  
other attached packages:
[1] lmerTest_3.1-3 lme4_1.1-27.1  Matrix_1.2-18  dbscan_1.1-8   colorout_1.2-2 pacman_0.5.1  
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Rcpp_1.0.9          compiler_3.6.3      pillar_1.8.1        nloptr_1.2.2.2      tools_3.6.3         boot_1.3-24         lifecycle_1.0.1    
[8] tibble_3.1.8        nlme_3.1-144        gtable_0.3.0        lattice_0.20-38     pkgconfig_2.0.3     rlang_1.0.4         cli_3.3.0          
[15] DBI_1.1.1           dplyr_1.0.9         generics_0.1.3      vctrs_0.4.1         grid_3.6.3          tidyselect_1.1.2    glue_1.6.2         
[22] R6_2.5.1            fansi_1.0.3         minqa_1.2.4         ggplot2_3.3.6       purrr_0.3.4         magrittr_2.0.3      scales_1.2.1       
[29] MASS_7.3-51.5       splines_3.6.3       assertthat_0.2.1    colorspace_2.0-3    numDeriv_2016.8-1.1 utf8_1.2.2          munsell_0.5.0


stackexchangeやマニュアルを調べたものの，そもそもlmer()関数で実際にoffsetを使っている例*すら見つからず，皆様のお知恵を拝借出来れば幸いです． 一番近い例：https://stats.stackexchange.com/questions/88960/lme4-glmer-problems-with-offset [#pd4b1c0b]

※投稿における注意事項に記載されているユーザ名の求め方が間違っているようです． http://www.okadajp.org/RWiki/?%E6%8A%95%E7%A8%BF%E3%81%AB%E3%81%8A%E3%81%91%E3%82%8B%E6%B3%A8%E6%84%8F%E4%BA%8B%E9%A0%85 修正しました．

offsetはformuraの中に入れるのではなく，別の引数として指定するものでした．

lmerTestパッケージのマニュアルにlmerでのoffset使用例がないことと，lme4::glmerの書き方を流用したこと，formuraのなかに入れてもエラーが出ないこと，何よりも私の確認不足・能力不足，があわさってお騒がせをしてしまいました． 誠に申し訳ございません．

library(lmerTest)
data("cake", package="lme4")
cake2 <- data.frame(cake,os = round(cake$temp/cake$angle,0))
model2 <- lmer(angle ~ recipe * temp + (1|recipe:replicate), offset=os, cake2)
anova(model2)
difflsmeans(model2) # エラーは出ない

↑

brm関数でエラーが起きてしまいます†

花椒報告 (2022-09-02 (金) 13:10:19)

result<- brm(

 formula = sales ~ weather + temperature,
 family = gaussian(),
 data = d,
 seed = 1

)

を実行すると、

Error in compileCode(f, code, language = language, verbose = verbose) : 

 C:\rtools42\x86_64-w64-mingw32.static.posix\bin/ld.exe:


（以下、10行くらいにわたる長いエラー文）
が出てしまいます。

library(rstan)
library(brms)
は無事できています。

環境は
R version 4.2.1 (2022-06-23 ucrt)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 22000)

です。

どのように対処すればよいでしょうか？


↑

rasterパッケージのcropオブジェクトの使い方について†

てくてく (2022-08-23 (火) 16:18:12)

R version 4.2.1 (2022-06-23 ucrt)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 19044)


DEMの描画や、切り取りについて勉強中です。試しに、rasterパッケージ内のcropというオブジェクトのヘルプに記載の内容（下記）、


r <- raster(nrow=45, ncol=90)
values(r) <- 1:ncell(r)
e <- extent(-160, 10, 30, 60)
rc <- crop(r, e)

を実行してみたのですが、rcのextentはeで指定した値ではなく、-160, 8, 30, 58になってしまいます。
crop後のextentの値が、cropの範囲（上記のe）で指定した値にならないのはどうしてでしょうか。ご教授いただけたらと思います。よろしくお願いいたします。


↑

パッケージ自動起動設定の削除方法について†

ん (2022-08-04 (木) 14:18:29)

Mac book air (2018, Intel) OS MontereyでRを使用しています。
EZRが必要になり、頒布元が提示してくださっている手順に従って、R起動時に自動でEZRも起動する設定を行いました。

options(Rcmdr=list(plugins='RcmdrPlugin.EZR'))
library(Rcmdr)
local({
old <- getOption('defaultPackages')
options(defaultPackages = c(old, 'Rcmdr'))
})

しかしその後Rstudioを使用するようになり、Rstudio起動→Rにコネクト→EZR自動起動のためxquartzが起動→EZR起動→Rstudioがやっと立ち上がる、という状態になってしまいました。

options関数について調べてみましたが情報が少なく、
options(defaultPackages = c(getOption('defaultPackages')))
と入れてみましたが、自動起動設定は変わりませんでした。

起動時設定を初期化する方法はありますでしょうか？
ご教授いただければ幸いです。


↑

モンテカルロ検定†

はえ (2022-07-28 (木) 23:27:37)

各⾃に割り当てられた、個体の区画ごとの個体数のデータを使い、そのデータが５％⽔準でランダム分布と有意な差があるといえるかを、R のプログラムを作成して使⽤し、モンテカルロ検定する。以下の３つは必ずつける：(1)その検定結果、(2)モンテカルロ検定を⾏う R の⾃作プログラム、(3)モンテカルロ・サンプルの検定統計量のヒストグラム。
データ
2，0,0,5,0,0,0,3,4,18,0,3,2,6,0,4,0,2,0,3,3,9,5,0,0，15，0，6，0，4，0，0，5，0，0，0，0，2，0，9，0，0，0，2，0，0，0，0，0，0，0，5，0，0，5，6，3，0，0，0，0，0，5，0，3，12，5
総個体数＝156　区画数＝67


↑

剤投与状況の見える化のためのデータ加工†

shima (2022-06-02 (木) 10:57:46)

患者毎の薬剤投薬状況の一覧を、見やすい形で提示したいのですが、データ加工方法がわからず悩んでいます。
データの加工方法についてアドバイス頂けませんでしょうか？ネットや本Wikiで検索してもわからなくて・・・

元のデータ
患者ID, 薬剤名, 投与量, 診断日, 投与日(診断日からの経過日数)
1111, drugA, 3, 2022/1/1, day2
1111, drugA, 2, 2022/1/1, day4
1111, drugA, 5, 2022/1/1, day8
1111, drugB, 1, 2022/1/1, day1
1111, drugB, 2, 2022/1/1, day4
1111, drugB, 1, 2022/1/1, day5
1111, drugB, 3, 2022/1/1, day6
1112, drugA, 7, 2022/1/7, day5
1112, drugA, 5, 2022/1/7, day8
1112, drugA, 2, 2022/1/7, day32
・
・
・

最終的に提示したい形
患者ID, 薬剤名, 診断日, （投与日毎の投与量）day0,day1,day2,day3,day4,day5,day6,day7,day8,day9,day10,day11,day12,day13・・・
1111, drugA, 2022/1/1, 0,0,3,0,2,0,0,0,5,0,0,0,0,・・・・
1111, drugB, 2022/1/1, 0,1,0,0,2,1,3,0,0,0,0,0,0,・・・・
1112, drugA, 2022/1/7, 0,0,0,0,0,7,0,0,5,0,0,0,0,・・・・

上記の最終的に提示したい形は、エクセルで見る場合に見やすいかな、と考えているものです。上記以外にも見やすい形式等のアドバイスをいただければ幸いです。


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R-Tipsウェブサイト†

山本 (2022-05-18 (水) 12:10:24)

R-Tipsのウェブサイト（http://cse.naro.affrc.go.jp/takezawa/r-tips/r.html）が消えてしまったようですが、もしどこかに引っ越したのであれば、新しいURLをご存知の方、いらっしゃいませんか？


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RjpWiki内で検索すると文字化けをする件†

かず (2022-04-03 (日) 08:56:09)

Rjpwiki内で特定の語句を検索しても文字化けで見れません(？ばかりが並びます)
対処方法をご教授いただけると助かります
Microsoft EdgeやSafariいずれもです。


↑

openxlsx パッケージによる Excelファイルの編集†

ずっと初心者 (2021-12-28 (火) 11:36:13)

Windows10 で Rを使っています。
openxlsx パッケージを使って Excelファイル の読み書きをしたところ，
修正後のファイルでは 修正前に入力してあった日本語の文字列が化けてしまいました。
対処法をご存知の方がいらっしゃいましたら ご教示ください。

 options(encoding="UTF-8") 
 wb <- openxlsx::loadWorkbook("sample1.xlsx")
 openxlsx::addWorksheet(wb, "A new worksheet")
 openxlsx::writeData(wb = wb, sheet = 1, x = "え", startCol = 8, startRow = 1)
 openxlsx::saveWorkbook(wb, "sample1_mod.xlsx", overwrite = TRUE)

filesample1.xlsx filesample1_mod.xlsx

使用環境は下のとおりです。

> sessionInfo() 
R version 4.1.2 (2021-11-01)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 19043)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932  LC_CTYPE=Japanese_Japan.932   
[3] LC_MONETARY=Japanese_Japan.932 LC_NUMERIC=C                  
[5] LC_TIME=Japanese_Japan.932    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_4.1.2 tools_4.1.2    Rcpp_1.0.7     stringi_1.7.6 
[5] zip_2.2.0      openxlsx_4.2.5

↑

反イメージ相関係数について†

ともちゃん (2021-12-04 (土) 15:43:31)

Rで反イメージ相関係数を計算したいのですがわかりません。
SPSSでの反イメージ相関係数の出力結果のような感じなのをRでもできるのでしょうか？ご教示いただけましたらありがたいです。


↑

パッケージのインストールができない†

もいくんとぅ (2021-08-21 (土) 21:38:06)

Rコマンダー、EZR、その他の必要なパッケージがインストールできないので、インストールできる方法をお教えして頂ければ有り難いです。

使用OSは、Mac Book Pro 15inch Mid 2009 Mac 、Mac OS X Lion 10.7.5
Rのバージョンは、R-3.2.1-snowleopard.pkg

①CRANのホームページからインストーラーをダウンロードしインストール済みです。
②XQuartzプロジェクトからX11システムをインストール済みです。
③Rというアプリケーションを開き、install.packages("RcmdrPlugin.EZR", dependencies=TRUE)と入力、returnキーを押すが、下記エラーメッセージが表示されてしまいます。

【警告: リポジトリー https://ism//cran.ism.ac.jp/src/contrib に対する牽引にアクセスできません。警告: リポジトリーhttps://ism//cran.ism.jp/bin/ Macosx/contrib/3.2に対する牽引にアクセスできません。警告メッセージ：package ’Rcmdrplugin.EZR'is Not available(for R version3.2.1】

CRANミラーをJapan(Tokyo),Japan(Yonezawa)に変更して試してみましたが、上記同様のメッセージが表示されてしまします。

解決方法をお願い致します。


↑

datasetsがありません†

Rビギナー (2021-08-20 (金) 01:35:36)

コマンダーにおいて、パッケージ内のデーター→アタッチされたパッケージからデータセットを読み込む　を行っても、CarDataとsandwichしかなく、datasetsが表示されません。どうしたらいいでしょうか、お教え願います。


↑

多変量正規分布の積分について†

よしの (2021-07-07 (水) 15:59:48)

多変量正規分布の積分を行いたいのですが，使用できる関数がわかりません．

正規分布（1変量）の場合，

 f_n <- function(x) dnorm(x, myu, sigma)
 integrate(f_n, -Inf, Inf)

で計算でき，このような例はいくつかのサイトに示されていました．
この1変量の場合と同様に，多変量でも積分を行いたいです．

実際に試したいのは，3変量の場合で
f_mv <- function(x1, x2, x3) dmvnorm(cbind(x1, x2, x3), mean=Mu1, sigma=Si1)
と，関数を定義して
これをx1, x2, x3について積分したいのですが，integrateを用いた場合の設定がわかりません．

他の方法でも良いので，なにか情報いただければと思います．
よろしくお願いします．

RStudio ver 1.3.1093


↑

プロビット分析の仮定†

まるせん (2021-06-29 (火) 18:13:37)

被説明変数に0,1の指標、説明変数に４項目程度の連続データでプロビット分析を行っています。データ数は400程度となります。
Rでglmを使って無事モデルは構築できたのですが、右辺の被説明変数（標準正規分布の引数の部分）が標準正規分布に従っていません。（分布の形も正規分布ではなく、平均、分散もそれぞれ０，１ではありません。）
そもそも右辺の被説明変数には標準正規分布の仮定を置いていないと思っていますが、私の考えがあっているか教えてください。前提は誤差項の正規性ですよね。
これ読んどけ、というレポートを教えていただけるだけでもうれしいです。

お願いします。


↑

両対数目盛での回帰直線†

つぐ太郎 (2021-06-19 (土) 15:47:10)

年齢と死亡率が普通メモリグラフでは曲線ですが、両対数目盛グラフでは直線になることを示したいのですが、その時の回帰直線がうまく書けません。試したプログラムは下記です。
age <- c(20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85)
mortality <- c(2, 5, 10, 20, 25, 37, 60, 80, 133, 190, 280, 410, 420, 380)
plot(mortality ~ age, log = "xy")
If <- glm(mortality ~ 1 + age)
cf <- If$coefficients
curve(cf[1] + cf[2] * x, from = 20, to = 80, col = "blue", cex=1.5, lwd=2, add = T)


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Rtoolsのパスが開けません†

KF (2021-04-10 (土) 20:44:50)

以下を参考にrstanをダウンロードしようとしています。
http://www.eeso.ges.kyoto-u.ac.jp/emm/materials/bayesian/stan_install
rstan自体はダウンロード出来たのですが、rstanを使用するためにインストールしたrtoolsのパスを開こうとした際以下のエラーが出ました。

コード
writeLines('PATH="${RTOOLS40_HOME}\\mingw64\\bin;${RTOOLS40_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"', con = "~/.Renviron")
警告メッセージ: 

file(con, "w") でエラー:  コネクションを開くことができません 
追加情報:  警告メッセージ: 
file(con, "w") で: 
  ファイル 'C:/Users/*****/OneDrive/??????/.Renviron' を開くことができません: Invalid argument (*****＝ユーザー名)


上のリンクでは「RでHomeとして使っているディレクトリ（デフォでgetwd()で表示されるパス）に，.Renviron というファイルが出来ているはず．」と書かれていましたが、そのようなファイルは作成されていないようでした。そのためエラーメッセージが発生したとみられます。

Rtoolsの設定がうまくいっていないせいか、rstanを起動しても以下のエラーメッセージが出ます。
プロシージャエントリポイント EXTPTR_PTRがダイナミックリンクライブラリC:\Users\*****\R\win-library\4.0\rstan\libs\x64\rstan.dllから見つかりませんでした（*****=ユーザー名）

操作環境は以下の通りです。
R version 4.0.0 (2020-04-24)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 19042)

解決方法をご教示いただけると幸いです。
よろしくお願いいたします。


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read.table()で部分的に文字化けしてしまう†

Gorou (2021-04-07 (水) 20:41:39)

質問です。"UTF-8"ファイルの読み込み時に文字化けしてしまい困っています。
（Wikiの記法に不慣れな点はお許し願います。)

read.table()での文字化けは非常にありがちな質問ですが、

"read.table()"で読み込んだデータが"「部分的に」文字化け"してしまい、

困っています。

具体的には次のような症状です。
以下のデータファイルを読み込みたいのですが、

[data.tsv] (TSV形式、UTF-8、BOMなし）
Age	Group	Class	DBH_mean	DBH_sd	
31 	すべて	全立木	17.9 	4.34 	
31 	すべて	生立木	17.9 	4.34 	
31 	すべて	残存木	17.9 	4.34 	
36 	すべて	全立木	20.0 	4.92 	
36 	すべて	生立木	20.0 	4.92 	
36 	すべて	残存木	20.0 	4.92 	
41 	すべて	全立木	21.9 	5.59 	
41 	すべて	生立木	21.9 	5.56 	
41 	すべて	残存木	21.9 	5.56 	


>df <- read.table("test.tsv",sep="\t",header=TRUE,skip=0, fileEncoding="UTF-8")
>head(df)


とすると、

 Age  Group              Class DBH_mean DBH_sd  X
1  31 すべて \u5168\u7acb\u6728     17.9   4.34 NA
2  31 すべて \u751f\u7acb\u6728     17.9   4.34 NA
3  31 すべて \u6b8b\u5b58\u6728     17.9   4.34 NA
4  36 すべて \u5168\u7acb\u6728     20.0   4.92 NA
5  36 すべて \u751f\u7acb\u6728     20.0   4.92 NA
6  36 すべて \u6b8b\u5b58\u6728     20.0   4.92 NA
("\"はバックスラッシュ）


となり、「Group」のカラムは文字化けしないのに、「Class」のカラムは文字化けしてしまいます。完全に文字化けしているのならば文字コードの間違いだと納得できるのですが、
このような中途半端な文字化けは、いろいろググって見たのですがさっぱり分かりません。

また、DBH_sd の右に "X"のカラムができてしまうのも不可解です。DBH_sdのカラム、4.34, 4.34, 4.34, ... は数値の直後で改行されています（つまり元のファイルにはヘッダだけのカラムは無い）。

TSVをCSVにしたり、ファイル形式をShift-JISにして fileEncoding='Shift_JIS'としてみても、結果はほぼ同じで途方に暮れております。
おまじないにと,stringAsFactorsをTRUEにしたりFALSEにしても変わりません(変わるとも思えませんが）。

環境はWindows10 64bit Pro、Rのバージョンは64bitの4.0.4、Rstudioは1.4.1106。症状はRGuiでもRStudioでも同じです。

どなたか解決方法をご教示いただけましたら幸いです。何卒よろしくお願いします。

理由はさっぱり分からないのですが、Rを4.0.4から4.0.5にアップデートしたら文字化けしなくなりました(RStudioもRGuiも）。

違う点としては4.0.5は管理者として、4.0.4は一般ユーザとしてインストールしたことです。 （管理者だとC:\Program Files\R\R-4.0.5に、一般ユーザだとC:\Users\hogehoge\Documents\R\R-4.0.4にインストールされていました。）

それにしても、元のデータは

すべて 全立木

であるのに「文字化け」状態だと

すべて \u5168\u7acb\u6728

と部分的に化けてしまうと言うのはさっぱり訳が分かりません。 いずれにしても、これまでのデータやスクリプトが問題なく使えるので安心しました。 助言をくださったみなさん、どうもありがとうございます。

（ちなみにtidyverseのread_csvも、再確認したところ4.0.5にアップデートする前にはなぜか文字化けしてました。こっちも何が何やら。）


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シミュレーションで確率を見積もりたい†

HO0217 (2020-12-29 (火) 21:28:39)

「赤札と青札がある。確率1/2でどちらかを引く。
これを100回繰り返し、赤札を55回以上引く確率を求めよ。」
という問題を解くため、正規分布に近似して確率を求めると、
15.87%でした。
(これは私の計算結果で、答えは知りません。あってるとは思いますが、間違っているかもしれません)


近似ではなく、二項分布で計算してみようと思い、
以下のコードで確率を計算すると、約18.41%(出力は0.1841008)で、
近似とはやや違う結果となりました。
tmp_nu<-0
n_nu<-100
k_nu<-55
for(i in k_nu:n_nu){

	tmp_nu<-(
		choose(n_nu,i)*(1/2)^(i+(100-i))
	)+tmp_nu

}
tmp_nu


次に、シミュレーションで確率を見積もるために以下のコードを実行しました。
出力は0.13554となりました。

simu_0_nu<-100 #100枚引く。
simu_1_nu<-1000000 # 何セット試すか。
result_0_ve<-rep(NA,simu_0_nu)
result_1_ve<-rep(NA,simu_0_nu)
result_2_ve<-rep(F,simu_1_nu)
set.seed(123)
for(i in 1:simu_1_nu){

	for(j in 1:simu_0_nu){
		result_0_ve<-rnorm(simu_0_nu,0,1)	#平均0の正規分布は確率1/2で0を越える数値を出す
		result_1_ve<-result_0_ve>0	#0を越えたら真	
	}
	result_2_ve[[i]]<-sum(result_1_ve)#真の数を数える

}

sum(result_2_ve>55)
sum(result_2_ve>55)/simu_1_nu


ちなみに、set.seed(123)を
set.seed(777)にすると0.135447
set.seed(789)にすると0.136265
set.seed(111)にすると0.136006
set.seed(222)にすると0.135414
となりました。
どうやら偶然ではなく、私がシミュレーションに使ったコードでは、
他の計算よりも小さい値になっているようです。

何が原因でシミュレーションと二項分布の計算でこんなにも違ってしまうのでしょうか？

わかる方がいらっしゃいましたら、教えてくださると助かります。
よろしくお願いいたします。


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所感†

元Rユーザー (2020-12-27 (日) 22:33:22)

全盛期とは比較にならないほどの過疎ぶりですね・・・時代は完全にpythonになったのだなと思います。


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パネルデータ分析における警告メッセージ（重複エラー？）†

R初心者 (2020-11-08 (日) 22:39:38)

パネルデータでplm分析を行ってますが、下記のメッセージが出て対応に苦慮しております。

警告メッセージ:
1: pdata.frame(data, index) で: 

 duplicate couples (id-time) in resulting pdata.frame
to find out which, use e.g. table(index(your_pdataframe), useNA = "ifany")

2: is.pbalanced.default(index1, index2) で: 

 duplicate couples (id-time)


恐らく重複エラーなのかもしれませんが、下記を見ると年次などの下線部がエラーの様ですが（？）、削除はしたくなく対応方法を知りたいです。宜しくお願いいたします。

  コード   PBR 業種コントロール  年次 `1人当たり単体人件費`… 連結子会社数 売上高研究開発費
  <chr>  <dbl>            <dbl> <dbl>            <dbl>        <dbl>            <dbl>
1 T1301  0.915            0.630  2019             5.87           26          0.0013 
2 T1301  0.908            0.618  2018             5.88           24          0.00120
3 T1301  0.872            0.644  2017             6.18           24          0.0011 
4 T1301  0.867            0.678  2016             6.15           25          0.00120

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急ぎで知りたいです。†

Rビギナー (2020-10-28 (水) 01:22:23)

SVM実装の際に、package(kernlab)を使用しています。ksvm関数を使用すると以下のようなエラーが出ます。これはどういう意味でしょうか？

SVM <- ksvm( data_Mic.dummy ~AveMaxTemp7+TP1yp+TN1yp+AveWind7, #モデル式

            data=data_Mic,
            kernel ="rbfdot", #カーネル関数の設定
            kpar=list(sigma=0.2), #カーネル関数のパラメータ
            C=1, 
            cross=10)

.local(x, ...) でエラー: 

 No Support Vectors found. You may want to change your parameters
追加情報:  警告メッセージ: 
.local(x, ...) で:   強制変換により NA が生成されました

↑

Rで複数の関数のセットをループしたい。†

R初心者 (2020-10-20 (火) 12:55:09)

R初心者で色々わかっていないので、質問の仕方が間違ってたらすみません。
Rで関数の処理を行いたいのですが、

解析結果のデータは

dds <- 解析結果

に格納しました。
その大量のデータの中で図示したい５つだけをリストアップし
dataという下記のようなデータフレームを作りました。

　　　name　　　ID
1　　aaaaa　　　001
2　　bbbbb　　　002
3　　ccccc　　　003
4　　ddddd　　　004
5　　eeeee　　　005

処理したい関数が下記のように３つでpng→plotCount→dev.offでワンセットです。

図示したいのが1つであれば
png("aaaaa.png")
plotCounts(dds, gene="001", intgroup="condition" )
dev.off

でデータフレームの一行目のものが図として保存されます。
ですが連続してdataの二行目、三行目...と自動でループ処理させたくて、
forやlapplyなどを試したのですが、引数がnameとIDの二つということもあり、うまくプログラムを回せませんでした。

どなたかお詳しい方に上記の関数でpng→plotCount→dev.off→png→plotCount→dev.off→...を自動的に回す方法をご教授頂きたいです。

よろしくお願いします。


↑

回帰直線 (RMA) の描き方と統計情報の出し方等について†

うみねこ (2020-07-24 (金) 22:13:58)

R version 3.6.1 (2019-07-05)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 18363)

回帰直線の描き方と、その統計情報の出し方について、教えて頂けないでしょうか。
９列×６行の表があり、その２列目（length）と６列目(weight)にlog変換をして、RMA法を使って回帰直線を描きたいです。gx.rmaというファンクションを見つけましたが、以下のコードではエラーが出て動きません。
出来たら、95％予測区間や95％信頼区間等についても出し方を知りたいです。
どうぞご教授よろしくお願いいたします。

data<- read.table('body.txt', header=T)
row.names(data)=data[,1]
length <- setNames(log(data[,2]),data[,1])
weight <- setNames(log(data[,6]),data[,1])
model <-gx.rma(length,weight)
model


↑

Treatment indicator ('Tr') must be a logical variable---i.e., TRUE (1) or FALSE (0)†

catdogcat (2020-07-24 (金) 18:20:51)

マッチングを試みましたが下記のエラーが出ました

Treatment indicator ('Tr') must be a logical variable---i.e., TRUE (1) or FALSE (0)

比較する群の変数は因子としてあり　0.1　となっているのですが
解決策がわかりません。
ご教授お願い致します。


↑

Rcppで行列を多次元配列にfor文で代入する†

(2020-07-22 (水) 23:44:38)

下記コードをpgm.cppに保存後、Rcpp::sourceCpp("pgm.cpp")でコンパイルし
test(matrix(c(1,2,3,4),2,2))を実行したのですが1行1列の値が返ってこずエラーでRが落ちます。もし良ければご助言いただけないでしょうか。


#include<Rcpp.h>
#define MAX 100
using namespace std;
// [[Rcpp::export]]
int test(Rcpp::IntegerMatrix mtx){
int matrix[MAX][MAX];
for(int i=0; i < mtx.rows(); ++i){
for(int j=0; j < mtx.cols(); ++j){
matrix[i][j] = mtx(i,j);
}}

return matrix[0][0];

}

↑

くの字に曲がるデータプロットの特異点の算出？†

がんば (2020-07-22 (水) 08:35:12)

昨年はおせわになりました。実験結果をグラフにすると直線状ではなく「くの字」状に曲がった結果となる場合もあるのですがこの時の特異点をＲで一発算出するような手段がないでしょうか？「データをソートして下限側から徐々に近似曲線を構築するのと上限側から構築するのをそれぞれ行っていって次の点がそれまでの近似曲線のバラツキ範囲外になる点を求める」ような操作をする（人の目視確認の場合はこんな手順だと思います）手段を意図してます。
動作環境：

sessionInfo()
R version 4.0.2 (2020-06-22)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 18363)
Matrix products: default
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Japan.932 LC_MONETARY=Japanese_Japan.932
[4] LC_NUMERIC=C LC_TIME=Japanese_Japan.932
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_4.0.2 tools_4.0.2


↑

R studio でグラフ化した時に日本語文字化けが起こる†

りょう (2020-06-30 (火) 21:38:04)

Rによる多変量解析と言う本でRを動かしているのですが、グラフ化すると日本語の部分が□□□のようになります。
よくわからないのが、"plot", "plotmeans"などでは日本語表示されるのですが、xyplot, histogramだと文字化けすることです。以下がその時のコードです。

jhk <- read.csv('人事評価結果.csv')
head(jhk, 3)
|ID|性別|部署|年代|協調性|技能|知識|ストレス|
|1|M|A部|中堅|70|65|71|53|
|2|F|B部|熟練|45|62|70|46|
・・・・・・
par(family = "HiraKakuProN-W3") #一応これ試してみました
library(lattice, gplots)
histogram(~ストレス, data = jhk, breaks = 20, type='count') #文字化けする
xyplot(知識~技能|年代+部署, data=jhk) #文字化けする
plotmeans(協調性~性別, data=jhk, p=0.95, ylim=c(49, 54)) #文字化けしない

・macOS Catalina バージョン10.15.5
・R studio version 4.0.2　です。この前に使用していたバージョン3.6.3でも同様の状態でした。
・CSVファイルはUTF-8で保存されています。
・par(family = "HiraKakuProN-W3") なども試しました。

GoogleやCRAN, マニュアルなどで既に調べたのですがわからず、困っているのでご教授いただけると幸いです。


↑

ggplot†

ぼう (2020-05-14 (木) 12:25:32)

R4.00でggplotを使おうと思っていますが、エラーが出てしまいます。

次のコマンドを実行すると、下のような結果が出てきてしまいます。

> install.packages("ggplot2", dependencies = TRUE)
> library(ggplot2)
> str(iris)
'data.frame':   150 obs. of  5 variables:~
 $ Sepal.Length: num  5.1 4.9 4.7 4.6 5 5.4 4.6 5 4.4 4.9 ...
 $ Sepal.Width : num  3.5 3 3.2 3.1 3.6 3.9 3.4 3.4 2.9 3.1 ...
 $ Petal.Length: num  1.4 1.4 1.3 1.5 1.4 1.7 1.4 1.5 1.4 1.5 ...
 $ Petal.Width : num  0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.4 0.3 0.2 0.2 0.1 ...
 $ Species     : Factor w/ 3 levels "setosa","versicolor",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 > ggplot(data=iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width))~
 ggplot(data = iris, aes(x = Sepal.Length, y = Sepal.Width)) でエラー: 
   関数 "ggplot" を見つけることができませんでした

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ccf†

show (2020-03-10 (火) 12:58:28)

ccf(rw,rw2)と入力した場合、どちらを基準にしてlagを取っているのでしょうか？


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R のアップデート†

私は誰でしょう？ (2020-03-01 (日) 21:20:52)

今まで，最新の R にするために（新しもの好きなので）
あ，見ての通り，Mac ユーザです。

curl https://mac.r-project.org/el-capitan/R-3.6-branch/R-3.6-branch-el-capitan-sa-x86_64.tar.gz | sudo tar fvxz - -C /


をやっていたのですが，2 ヶ月ほど前から，実行結果が思わしくなくなっています。
つまるところ，件の URL はアクセス不可ということのようで，アップデートは出来ません。

念の為
http://mac.r-project.org/el-capitan/R-3.6-branch/R-3.6-branch-el-capitan-signed.pkg
を使えばアップデートは出来ます。


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連番でファイルを読み込みたいときにファイルに欠番があるときの処理†

Rビギナー (2020-02-26 (水) 10:12:45)

お世話になります．
下記のように1～3まで連番のファイルを読み込みたいのですが，例えば2番のファイルが無い場合にそのまま1，3のファイルを読み込んでプログラムが止まらないようにするにはどうしたらいいでしょうか．
try関数で可能かと思いやってみたのですが，だめでした．
ご教示ください．
よろしくお願いいたします．

＝＝ここから

 point <- 1:3 # for文を回す数を設定
 for (i in point) {
   mypath <- file.path(getwd(), paste0(i,"t2-1.csv")) 
   df <- assign(paste0("data",i), read.csv(mypath, header = T))
   df <- data.frame(df)
   df
   head(df)
   df$X <- strptime(df$X,"%Y/%m/%d %H:%M'%S")
   head(df)
   df$X <- as.POSIXlt(df$X,"%Y/%m/%d %H:%M:%S",tz="GMT0")
   head(df)
   #https://qiita.com/tktz/items/733c37b1d6102ae52120
   library(xts)
   df$X <- align.time(df$X-10*60/2,10*60)
   head(df)
   date = paste0("date",i) 
   Temp = paste0("Temp",i) 
   RH = paste0("RH",i) 
   colnames(df) <- c(date,Temp,RH)
   head(df)
   mypath <- file.path(getwd(), paste0(i,"t1.csv")) 
   write.csv(df,mypath)
 }

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時系列†

マリン (2020-02-23 (日) 10:13:04)

２つの時系列のデータ（約８０個）の相関（どのくらい類似性があるか）を
見たいのですが、方法を教えてください。


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固定効果を用いた回帰線†

(2020-02-14 (金) 14:34:30)

Book1というcsvファイルのデータを用いてGLMMによる解析を行ったのですが、固定効果の値を用いた回帰線がうまく引けません。
csvファイルおよび解析を行ったスクリプトをBook1GLMMというファイル名でアップロードしましたので、ご教授いただけますと幸いです。
よろしくお願いいたします。


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ガンマ分布†

(2020-02-06 (木) 21:14:35)

GLMMなどで、目的変数に用いるデータが連続値で0以上であればガンマ分布を用いると統計の教科書等には書いてあるのですが、連続値で0以上(データの最小値は0)のデータでガンマ分布を用いて解析しようとすると
「non-positive values not allowed for the 'gamma' family」というエラーが出ます。
また、同じデータで線形混合効果モデルなら結果は出るのですが、「boundary (singular) fit: see ?isSingular」という警告？が出るせいなのかランダム効果を考慮した回帰線が一本しか出ません。
解決策などありましたら、お教えいただけますと幸いです。


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GLMMについて†

ra (2020-01-27 (月) 11:58:45)

R初心者です。
GLMMで解析を行った後、散布図に回帰線を引きたいのですが、predict関数を読み込ませようとすると（オブジェクト"Place"がありません）というエラーが出ます（Placeはランダム効果です）。このエラーを解消し、回帰線を引くにはどうすれば良いでしょうか？
入力したコマンドを載せておきます。
よろしくお願いいたします。

model1<-glmer(POMN~log(siltclayN)+(1|Place),family=Gamma(link="log"),data=data)
plot(data$siltclayN,data$POMN,pch=c(25,18,17,16,15,9,8),cex=3,cex.axis=2)
legend("bottomright",legend=c("HA","TN","OG","YN","KG","WA","AS"),pch=c(25,18,17,16,15,9,8),cex=2)
xx<-seq(min(data$siltclayN),max(data$siltclayN),length=100)
yy<-predict(model1,newdata=data.frame(siltclayN=xx),type="response")
lines(xx,yy,lwd=2)


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文字列からバイト数を指定して切り出す†

(2020-01-26 (日) 22:45:01)

半角・全角が混在する文字列からバイト数を指定して、部分文字列を抽出したいのですが、どのような関数がありますでしょうか。
例えば
x <- "あaいbうc"
という文字列から3-5byte目を抽出したいです。
（"aい"という部分文字列を抽出したいです。）

substringは文字数を指定する関数のため、byte単位で抽出が不可能なようです。

お手数ですがご教示お願いいたします。


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apply系関数でfunに線形回帰lmが適用可能な関数†

TY (2020-01-07 (火) 15:59:04)

シミュレーションで同じ関数を繰り返し(10^5~10^6回程度)実行する場面を想定しています．
例えば，以下のsample_dataでREP毎にlm(y~x)を実行したいです．
for文で実行することはできるのですが，一般にapply系関数の方が実行が速いと聞き，
探しています．apply系関数に関する知識は，tapply関数にmean関数を適用できる，
　tapply(sample_data$y, sample_data$REP,mean)
程度のレベルです．

【sample_data】

     y    x REP

1 133 3.9 1
2 81 -2.3 1
3 104 -1.2 1
4 89 0.7 1
5 142 4.0 1
6 74 -2.9 1
7 140 3.9 1
8 170 4.4 1
9 128 1.6 1
10 107 1.2 1
11 49 -4.3 2
12 79 -2.9 2
13 77 -3.2 2
14 125 1.8 2
15 82 -1.1 2
16 132 2.6 2
17 99 -0.0 2
18 140 2.1 2
19 140 4.9 2
20 88 -1.1 2


添付ファイル: filesample1.xlsx 430件 [詳細] filesample1_mod.xlsx 526件 [詳細] fileglmer.png 1776件 [詳細] fileexample.csv 820件 [詳細] filedata.csv 832件 [詳細] fileBook1.csv 809件 [詳細] fileBook1GLMM.R 827件 [詳細]
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Last-modified: 2024-04-15 (月) 06:37:06