Rで複雑系

Rで複雑系

ニューラルネット(ANN)†

• nnet(ニューラルネット)
  　パーセプトロン

• AMORE（より柔軟なニューラルネットワークパッケージ）
  • The AMORE package: A MORE flexible neural network package R Wiki の記事

• neural(ニューラルネット)
  　GUI付の RBF と MLP ニューラルネット

• grnnR(一般化回帰ニューラルネットワーク)

• kohonen(教師付き・教師なし自己組織化マップ) 　kohonen(教師付き・教師なし自己組織化マップ)パッケージ中のオブジェクト一覧

• neuralnet: ニューラルネットワークのトレーニング

• Metabonomic: GUI for Metabonomic Analysis

• Weka
  • RWeka: Weka 用　R インターフェース
  • RとWEKAによるニューラルネットワーク

• 生態学のデータ解析 - ニューラルネット nnet, neural, AMORE の解説

• qrnn: 分位点回帰ニューラルネットワーク(Quantile regression neural network)

• RSNNS: Neural Networks in R using the Stuttgart Neural Network Simulator (SNNS)

• rminer: Simpler use of data mining methods (e.g. NN and SVM) in classification and regression

SOM†

• RでSOM(自己組織化マップ)

関連リンク†

• RとWekaによるニューラルネットワーク
• Sensitivity analysis for neural networks
• Classification using neural net in r

遺伝的アルゴリズム(GA)†

• RでGA(遺伝的アルゴリズム)
• FAiR(Factor Analysis in R) パッケージ　遺伝的アルゴリズムを利用して因子モデルを推定
• PKfit: 薬物動態のためのデータ分析
  • 遺伝的アルゴリズムを含む

• genalg: R Based Genetic Algorithmg

• Genetic algorithms: a simple R example

• Rmalschains: Continuous Optimization using Memetic Algorithms with Local Search Chains (MA-LS-Chains) in R

遺伝的プログラム(GP)†

• rgp: R genetic programming framework

進化アルゴリズム(EA)†

• DEoptim 微分進化最適化
  • DEoptim package R Wiki の記事
  • emoa: Evolutionary Multiobjective Optimization Algorithms

フラクタル†

• fdim(フラクタル次元計算関数群)パッケージ中のオブジェクト一覧
• RandomFields パッケージ内 fractal.dim 関数
• FracSim: Simulation of L騅y motions
• fractal(Insightful フラクタル時系列モデリング分析)
• fractalrock: Generate fractal time series with non-normal returns distribution
• Just for fun: attractors in R
• Blurry Fractals
• Book example – iterative function systems for generating fractals
• The Pythagorean Tree Is In Bloom

セルオートマトン(CA)†

simecol CRAN にあり†

simecol(生態学シミュレーション)パッケージ中のオブジェクト一覧

• Simulating Games on Networks with R. Application to coordination in dynamic social network under heterogeneity. 社会ネットワークへの応用例.ネットワークは SoNIA1 で可視化。
• CellularAutomaton: １次元セルオートマトン
  　RでCA(セルオートマトン)
  

animation パッケージ†

• demo に life game あり 　

R で書いたプログラム†

• http://blog.goo.ne.jp/r-de-r/s/life

マルチエージェントシステム(MAS)†

• El Farol シミュレータ
• Swarm R および S-PLUS は Swarm オブジェクトシリアライズフィーチャ互換の HDF5 パッケージの読み書きができる
• Repast Simphony 　Java ベースのビジュアルモデリングツール。 R は統計演算に利用。
• jamsim - Java & R Based Microsimulation 　計算は、Apast
• NetLogo
  • RNetLogo
  • Agent Based Models and RNetLogo
  • NetLogo-R-Extension
  • Replicating NetLogo Fire model
  • ]Spatial Simulation: Exploring Pattern and Process 一部のモデルで NetLogo-R extension を利用。 サポートサイト

人工生命(AL)†

進化アルゴリズム†

• DEoptim: Differential Evolution Optimization
• EMC: 進化モンテカルロ(EMC)アルゴリズム
• RFreak: R/FrEAK インターフェース

進化的戦略†

• MIES - Mixed-Integer Evolution Strategy

カオス時系列†

• tseriesChaos
• RTisean: RからのTiseanへのインタフェース
• fNonlinear‎

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