ＲでＧＩＳ

RでGIS

　ここでは、Rによって実現できるGIS(地理情報システム)というよりはGISc(i)(地理空間情報科学)またはGeoComputation(新計量地理学)の各手法をメモっていく。単なる地図表示は別のページを見てください。

地図パッケージ†

ベクトル型†

• Rmapを使った地図表示
• maptools で地図表示
• sp
• maps
• RArcInfo
• gmt: GMT 4.0 へのインターフェース

ベクトル/ラスター型†

• rgdal(GDAL(Geospatial Data Abstraction Library, 地理空間データ抽象ライブラリ)のバインディング)パッケージ中のオブジェクト一覧

空間データ†

シェープファイル & KML & E00†

• 世界
  • Shapefiles for Epi Info　各国の行政界*1　日本は地方別のみ
  • SALB - Administrative boundaries ２次行政界シェープファイル（一部のみ）　国連＆ＷＨＯによる提供　要登録
  • DCW
  • FAO GeoNetwork 検索ウィンドーで"GAUL"を検索実行。1990-2008年までのデータあり。非商用。
  • Global Administrative Areas シェープ以外に、ESRI geodatabase, Google Earth .kmz, RData(R の sp パッケージで読み込みできる).
    • R 関連情報
    • Provincial Map using GADM
  • Natural Earth 行政界、海岸線、画像
  • OSM:Open Street Map --- Croudsourcing で作成された空間データ
    • CloudMade
  • Free GIS Datasets
  • cshapes 1945年から、2003年までの国境線を、1つのシェープファイルにしたもの。 　解説
  • UNEP の原子力発電所データセット(E00)
  • http://www.diva-gis.org/Data

• 日本
  • 地図で見る統計（統計GIS） 「統計GISプラザ」運用終了に伴い、政府統計の総合窓口（e-Stat）で同様のサービスを提供 　シェープファイル形式の町丁字界とCSV形式の人口・世帯データ・事業所データ(無償)。
  • 地球地図
    • 地球地図日本　行政界・水系・鉄道・道路・空港・人口集中地区　地名等は英語
  • 国土交通省　国土数値情報
    • 各種の情報があるが、市区町村界は、昭和２５年から、５年おきのものが入手可能。
    • 国土数値情報　土地利用細分メッシュデータ(昭和51年度、昭和62年度、平成3年度、平成9年度、平成18年度)]
    • 小学校区（コミュニティの単位として）
    • 流動データ：パーソントリップ
    • シェープファイル形式が用意されていないものは、変換ツールでシェープファイルに変換可能。河川データなどは使用メモリーの設定変更が必要　
    • 土地分類調査・水調査
  • 環境省
    • 第６回・第７回自然環境保全基礎調査　植生調査 要アンケート入力。
  • 地震ハザードステーション 地震動予測地図など

• 中国
  • 400万分の１ - 行政界の中心点・行政界（県(county)以上）,主要河川,主要道路,鉄道,緯線および経線 フリーで DL 可
  • 上記のデータを使った chinamap という R パッケージが公開されるらしい(UseR! 2010)

• アフガニスタン
  • Afghan War Diary, 2004-2010 KML ファイル等。
    • Wikileaks Attack Data by Year and Type Projected on Afghanistan Regional Map 　R のソースコードあり

• アメリカ合衆国
  • geodata.gov - U. S. MAPS & DATA
  • 連邦政府各機関が提供するデータの総合サイト 地理空間情報はシェープ及びKMLで提供。
  • アメリカ地質調査所のナショナルアトラス（国勢地図帳）のデータセット
  • ESRI - Geography Network
  • アメリカセンサス局
    • 2007 TIGER/LineR Shapefiles シェープファイル形式で提供
  • The US National Historical GIS　1790-2000：行政界シェープ、センサスの集計データCSV形式で提供
  • Atlas of Historical County Boundaries カウンティ（郡）の歴史行政界
  • Washington DC Data Catalog Shapefile, KML, csv, Exel
• カナダ
  • 道路ネットワークデータ　Statisticis Canada -- シェープファイル, MapInfo(TAB), GML
  • ブリティッシュコロンビア州ヴァンクーヴァー市　Open Data Catalogue　行政界、地籍、道路、等高線他。KML もサポート。
  • オンタリオ州トロント市
  • Ottawa
  • Edmonton

• ケベック州
  • ケベック市

• ポータルサイト

• ハイチ
  • HaitiData.org

• ヨーロッパ
  • EEA(欧州環境庁) Data Service EEA(ヨーロッパ)　水系(独自形式)、土地利用100m or 200m(Corine land cove 1990/2000: シェープファイル及び画像) 要登録
  • Corine land cover2000 ヨーロッパ土地被覆データ2000年（シェープファイル形式）・・・対話型 要登録

• イギリス
  • http://www.sharegeo.ac.uk/
    • Amateur Mapmaking: Getting Started With Shapefiles
  • イングランド・ウェールズ歴史的カウンティ(historic county) 地理座標もあり。KMZ もあり。
  • OS Open Data 　by Ordnance Survey(イギリス陸地測量部) 　シェープファイル形式(行政界)、ポイントデータ(CSV),等高線（DXF）及び画像データ(地形図等)

• Ordnance Survey Opendata

• John Snow のロンドン・ソーホーにおけるコレラの感染地図 R. Bivand 他の著作のサポートサイトよりシェープファイル形式などで入手可
  • John Snow’s Cholera data in more formats
  • [[John Snow’s famous cholera analysis data in modern GIS formats:http://www.r-bloggers.com/john-snow’s-famous-cholera-analysis-data-in-modern-gis-formats/]]

• Open Geoscience イギリス地質調査所の地質図

• Census 2012
  • 2011 CENSUS OPEN ATLAS PROJECT

• フランス
  • フランス国土地理院・・・フリーのフランスおよび海外県のシェープファイル(GeoFLAR Departements)およびDEM( BD ALTIR 1000m France continentale)を提供
  • パリ市

• イタリア
  • イタリア国家統計局

• オーストラリア
  • GeoScience Australia　各種スケール(1:100,000 - 1:5,000,000)。シェープファイル、ESRIパーソナルデータベース、MapInfo, PDF 　行政界、DEM、地形、環境、地質、地球物理、地球化学、地質年代学、表土、経緯線網（グリッド）、ハザード(Geohazards)、測地、原住民生活権保護局(National Native Title Tribunal)

• ニュージーランド ニュージーランドは公的な空間データがフリーになる模様
  • Statistics New Zealand’s Digital Boundaries and standard StreetLink(シェープファイル・MapInfo TAB 形式)
  • Mapping New Zealand - a summary

• 南極
  • 南極の地理空間情報データ

変換ツール†

• 数値地図のデータ形式がXML(JPGIS)形式に変更されたためか、数値地図を直接シェープファイルを変換する無料ツールはない模様。
• 国土地理院から基盤地図情報とそれをシェープファイルに変換するコンバートソフトをダウンロードできます(2009/3/27現在)．

ラスター†

USGS EarthExplorer†

地球環境データセット 各種グリッドデータの概要と処理方法†

• 地形・行政界
  • 標高・地形
  • 行政界
  • 社会経済
  • 水資源
• ウエブサービスによるもの
• リモセン画像
• 主題図（派生データ）

DEM（数値標高モデル）†

• 基盤地図情報@国土地理院　5m/10m メッシュ。シェープファイルへのデータ変換ツールあり・
• ASTER全球3次元地形データ 国産の３０メートル解像度のＤＥＭ。NASA のサイトからもＤＬ可。ただし、アンケートに答える必要がある。
  • Global Multi-resolution Terrain Elevation Data 2010 (GMTED2010)

• UK
  • LIDAR Digital Surface Model

• USA
  • Open Topography LiDAR。現状ではカリフォルニアの一部など。
• NZ
  • geographx のフリーでＤＬできるDEM

国土地理院火山地形分類データファイル†

NOAAの夜間照明（画像）TIFF 形式†

• Version 4 DMSP-OLS Nighttime Lights Time Series
• Nightlights

LANDSAT†

• landsat@CRAN

属性データ†

　GISで利用可能なRパッケージ内データ

• アメリカ
  • UScensus2000
    • US Census Spatial and Demographic Data in R: The UScensus2000-suite
  • 人口移動
    • IRS(アメリカ合衆国内国歳入庁) の州間およびカウンティ間移動データ 最近のものは無料。.dat または csv 形式。

---

• カウンティ間の労働者の移動データ(2006-2009) Esri personal and file geodatabases for ArcGIS. 要登録。

• イギリス
  • data.gov.uk ポータルサイト。GIS 関連の情報をもあり。
  • census 2011 key statistics and quick statistics bulk data

• Census Open Atlas Project Version Two

lattice パッケージを使った地図表示†

http://dsarkar.fhcrc.org/lattice/book/figures.html　に多数の例あり(chp.6 fig.6.5,6.11, chp 13など)

latticeExtra パッケージを使った地図表示†

• Customizing Maps in R: spplot() and latticeExtra functions [#e8ceb870] 　sp, gstat

GPS†

• gpsbabel を利用
• maptools の readgps 関数。GPSBabel 経由のデータ読み込み。
• Stay on track: Plotting GPS tracks with R

シェープファイルの新規作成†

• [R-sig-Geo] How to create a SpatialPolygonsDataFrame object
• 座標値を含むCSVファイルよりポイントシェープファイルの作成

  library(maptools)
  d<-read.csv(ファイル名)
  coordinates(d)<-c("X座標属性名","Y座標属性名")
  writeShapePoints(d,"シェープファイル出力ファイル")
  

地図投影変換†

rgdal†

proj4(PROJ.4 地図投影変換ライブラリ簡易インターフェース)パッケージ中のオブジェクト一覧†

　投影法のパラメータが検索できるサイト

等値線図†

シェープファイルへの変換†

　ContourLines2SLDF(maptools) 関数で変換して、writeOGR(rgdal ) 関数か、writeSpatialShape()関数でシェープに出力

総描†

幾何図形の簡略化†

• gSimplify@rgeos

ラインの簡略化（単純化）†

• maptools パッケージの thinnedSpatialPoly 関数 --- ポリゴンのラインの簡略化
• PBSmapping パッケージの thinPolys 関数 --- ポリゴンのラインの簡略化
• shapefiles パッケージの dp 関数 --- ラインの簡略化
• Alpha Shapes to Polygons

ラベル配置†

• Label placement with spplot and lattice

住所照合†

• gooJSON の gooadd & goomap 関数

  #位置（地理座標（緯度）を求める）
  uci.add <- gooadd(address=list("千代田区内幸町"))
  goomap(uci.add, key="Google Key")
  goomap(paste(140,40,sep=","), key="Google Key")

#住所（地理座標（緯度）より求める）

空間検索†

rgeos†

　GEOS パッケージを利用しているので、主要機能をカバーしている

重心†

• maptools パッケージ get.Pcent 関数
• PBSMappingパッケージの calcCentroid 関数
• Compute Polygon Centroids Using R

ポリゴンの面積†

• splancs パッケージ areapl 関数
• gpclib パッケージ area.poly 関数(hole のあるポリゴン対応)
• PBSMappingパッケージの calcArea 関数

最近接点†

• splancs パッケージ n2dist 関数
• １つのポイントセットに別のポイントセットの最近接点を割り当て
• spatstat パッケージの nncross 関数

K-NN†

• spdepパッケージのknearneigh関数

任意のポイントに近接するラインとの距離と交点†

• dist2Line@geosphere ラインの特定は要プログラミング

近接するポリゴン情報取得・・・Dorling のカルトグラムやポリゴンの単純化に有用†

• シェープファイルよりポリゴンの近隣情報を取得する R スクリプト

ポイント・イン・ポリゴン†

• sp パッケージ　point.in.polygon 関数
• splancsパッケージ　inpip , inout 関数
• splancsパッケージ　point.in.polygon 関数

任意のポリゴンに隣接するポリゴン数†

• spdepパッケージ

空間インデックス†

• SearchTrees Spatial Search Trees 4分木（quad tree）

• gstat パッケージの predict.gstat 関数が内部で4分木（quad tree）を利用している

空間解析†

ポリゴン・オーバーレイ解析†

• rgeos 　gpclib の代替として、GEOS パッケージを利用して、ジオメトリのトポロジーを扱う
  　Maptools の一部の関数でも利用できる。 　libray(stringr) と、"stringr"パッケージを明示的にインストールする必要がある？

• Map overlay and spatial aggregation in sp

• Google Summer of Code '2010 R

• 　CRAN の gpclib パッケージ。gpclib(R用汎用ポリゴン・クリッピング・ライブラリ)パッケージ中のオブジェクト一覧（Rmapを使った地図表示を参照）。

• spgpc

• PostGIS(RODBC経由)

• PBSMappingパッケージの joinPolys 関数

• Spatial Overlays with R - Retrieving Polygon Attributes for a Set of Points
• Follow Up on Spatial Overlays with R – Getting Altitude for a Set of Points

ポリゴンの三角形分割†

• deldir
• gpclib

凸包†

• CRAN の tripack パッケージ
• PBSMappingパッケージの calcConvexHull 関数

TIN†

　CRAN の tripack パッケージを利用(tripack(不規則な間隔の空間データの三角形網の生成)パッケージ中のオブジェクト一覧, deldir(ドロネイ三角形網およびディリクレ（ボロノイ）分割)パッケージ中のオブジェクト一覧)。delaunay@spatstat(deldir を利用)。geometry パッケージ は最遠ボロノイおよび最遠ドロネイもサポート

• deldir
  • Voronoi polygons with R Shapefile 出力法
• misc3d(雑多な３Ｄプロット)パッケージ中のオブジェクト一覧

ボロノイ†

• CRAN の tripack パッケージ
  • tripack を使った六角形グリッドの生成　ボロノイ→シェープファイル変換

• CRAN の deldir パッケージ
  • deldir を使った六角形グリッドの生成　ボロノイ→シェープファイル変換

• PBSMappingパッケージの calcVoronoi 関数

• 擬似ボロノイ（指数の内積および距離の平方によるバイアスの有無あり。バイアスなし距離の平方によあるものが一般的なボロノイ）

• voronoi パッケージ(deldir 利用)

• Images as Voronoi tesselations

空間サンプリング（標本化）†

• sp パッケージの spsample 関数.ライン、ポリゴンおよびグリッドを対象とした乱塊法、階層化等.
• splancs パッケージ.spsample より高度な手法をサポートする関数あり.
• PSURVEY.DESIGN 　EPAが開発。近くCRANからも入手可能。
• Grid size calculator

空間内挿・サーフェス（平滑化）†

ローパスフィルター†

• Function to smooth grids using n x n window moving average (low-pass filter)

スプライン†

• akima
• fields 　　薄板スプライン(Tps関数)
• MBA(CRAN) 　マルチレベルＢスプライン MBA パッケージ(マルチレベル B スプライン近似 )パッケージ中のオブジェクト一覧

カーネル密度推定法†

• spatialkernel パッケージ
  • 多変量空間点過程における空間隔離のノンパラメトリック推定 　

属性なし†

• MASS パッケージの kde2d 関数
• kde3d 3次元カーネル密度推定計算 in misc3d パッケージ
• density 関数
  • density+spatstat による例
• sm パッケージ

属性あり†

• fields パッケージの smooth.2d 関数
• GeoXp パッケージの densitymap 関数。ESDA対応。
  • Laurent, T., A. Ruiz-Gazen, and C. Thomas-Agnan, "GeoXp: An R Package for Exploratory Spatial Data Analysis", Journal of Statistical Software, vol. 47, no. 2, pp. 1?23, 4, 2012.
• sm パッケージ
  • Clipping a Surface By a Polygon コードあり

Kriging†

• automap: Automatic interpolation package
  • Automatic spatial interpolation with R: the automap package

シェープファイルへの変換方法†

Unexpected parameter problem using rsaga.geoprocessor()

Kernel Density With Lines psp@spatstat†

クリギング†

• fields
• gstat
• automap 自動バリオグラム推定・予測。gstat の開発者の指導を受けて開発
• GRASS GIS と R の gstat パッケージを使ったクリギングの例
• Hurricane Sandy Land Wind Speed and Kriging

傾向面†

グローバル†

• spatial パッケージ surf.ls 関数

ローカル†

• stats パッケージ loess 関数
  • ヴェナブルズ他『S-PLUS による統計解析』、シュプリンガー・フェアラーク, 517-519 に使用例あり。

Pycnophylactic Interpolation(密度保持？内挿)†

• pycno
  • Smooth pycnophylactic interpolation for geographical regions
  • A combined pycnophylactic-dasymetric method for disaggregating spatial data

intamap: procedures for automated interpolation†

カルトグラム†

連続型面カルトグラム†

• Rcartogram. ソースコード Mark Newman のアルゴリズム(Diffusion-based method for producing density-equalizing maps) を利用(離散コサイン変換)。開発中。要 libfftw3。Windows のバイナリ版*2。
  • 利用例
  • ダニエル・ドーリング/マーク・ニューマン/アンナ・バーフォード著, 猪口 孝監修(2009):世界の中の日本がわかるグローバル統計地図 ,東洋書林。RCartogram と同じアルゴリズムを使用。

library(spdep)
library(cart)
example(columbus)
cartc<-cartogram(columbus["CRIME"])
cartcj <- SpatialPolygonsDataFrame(cartc, columbus@data, match.ID = TRUE)
plot(cartcj)

• Worldmapper 上の書籍と関連
• cart@r-forge
  • 座標が保持されない
  • Rでカルトグラムを作る

非連続型面カルトグラム†

• Rmapを使った地図表示に実行例あり。
• state.carto@maps - アメリカの州別人口カルトグラム

Dorling の円カルトグラム†

隣接するポリゴンが共有する辺の長さを求める必要があり、rgeos を使って工夫すればできるかもしれない。[[OpenJump:http://www.openjump.org]]のプラナーグラフを使えば、この辺の長さが求められる。

または、他のサイトに例のある Forced Based Direction Algorithm を使うと、実現が容易かもしれない。

• 参考になるのかもしれない例
  • Plotting non-overlapping circles...
  • Circle packing with R

MDS(多次元尺度構成法)による距離行列(時間距離(時間地図)、費用距離など)のカルトグラム†

• stats パッケージの cmdscale(古典的 (計量) 多次元尺度構成法)

　利用例

data(eurodist) #ヨーロッパの主要都市間の距離行列
loc<-cmdscale(eurodist) #MDS の計算
plot(loc) #座標のプロット
text(loc,names(eurodist),col="red") #都市名の表示

図　ヨーロッパの主要都市間の距離行列からの各都市の位置の復元

• INDSCAL: SensoMineR
• ALSCAL

• 参考リンク
  • Rと多次元尺度法
  • Multidimensional Scaling in Quick-r

SOM を使ったカルトグラム†

tree map の利用（実際の位置の表示ではない）†

Comparing regions: maps, cartograms and tree maps†

フローデータ分析†

人口移動分析†

• Using 'S' To Analyze Migration Tables　GIS の先駆者、Waldo Tobler によるＳ言語を使った人口分析。一部の関数を変更することで、R言語で実行可能。
• Look Familiar? Mapping in R

アクセシビリティ(近接性) [#icde6ace]

• ポテンシャル図
  • Rを用いての数量化理論�類の都道府県間人口移動への当てはめ／　赤坂　克也（総務省統計研修所統計専門官） ESTELA 200906. 青木先生のプログラムを利用されているそうです。

フードチェーン†

• Reshaping Horse Import/Export Data to Fit a Sankey Diagram

Look Familiar? Mapping in R†

ネットワーク解析†

最短経路探索†

指定ノード†

• RGBL@BioConductorの関数 　Dijkstra

全ノードの最短経路探索†

• RGBL@BioConductorの関数 　Floydのアルゴリズム

• CRAN の e1071 パッケージ内の allShortestPaths および extractPath 両関数 　ただし、数千ノードまで。Dijkstraではなく、Floydのアルゴリズムを利用。

位相構造をもたないシェープファイルでも、OpenJUMP*3やこれの旧バージョンベースのフィールドワークＧＩＳステーションで、ノードやエッジを生成できる。†

shp2graph†

• Win Bin
• Converting a spatial network to a graph in R
  • slides

関連リンク†

• Rでネットワーク解析とGIS

文献†

• 観光分析 計量的アプローチと応用,張　長平,古今書院, 2013. ---sna, igraph。スクリプトの例なし。

立地配分問題†

• lpsolve等
• ボロノイ分割（評価） 　tripack
• orloca: The package deals with Operations Research LOCational Analysis models
• BARD: よりよい自動化再配分
• Using R to visualize geo optimization algorithms
• Using R to visualize geo optimization algorithms

巡回セールスマン問題†

• optim 関数のサンプル参照
• TSP パッケージ(Concorde)利用
• Combinatorial optimization with gaoptim package

河川ネットワーク igraph†

スタイナー木†

• SteinerNet: Steiner Tree Approach for Graph Analysis 　要 limma from BioConductor

ポイント・パターン分析†

Point pattern analysis packages on CRAN

２次元†

• 方格法
  • spatstat
• 最近隣法
  • spatstat
• K関数法
  • spatial パッケージ
• ユークリッド二次元回帰
  • kernels, contours, points?
  • BiDimRegression: Calculates the bidimensional regression between two 2D configurations

• マーク付き点過程
  • spatstat
  • MarkedPointProcess
• ads: 空間ポイントパターン分析 パッケージ
  • ads(空間ポイントパターン分析)のバインディング)パッケージ中のオブジェクト一覧
  • Analysis of Spatial Point Patterns in R

１次元（道路上の点分布（インターチェンジ）など）†

• lpp 関数@spatstat

セントログラフィ†

• aspace(セントログラフィ統計量を推定する関数コレクション) パッケージ中のオブジェクト一覧

Spatial Scan Statistics†

　CRAN で入手できるDClusterでサポート。プレリリース版が公開。ここに紹介あり。DCluster(疾病の空間クラスター検出用関数)パッケージ中のオブジェクト一覧。

GAM(Geograpgical Analysis Machine)†

　DCluster の opgam 関数でサポート。GAM/K は GAM 結果にカーネル密度推定をおこなう。

• Mapping Hotspots with R: The GAM
• Hot Spot Mapping in R: Illustrating Relative Seasonal Risk

地球統計(Geostatistics)†

Geostatistics packages on CRAN

simProto†

　GUIベースの地球統計を使った分析をおこなえる Web サイト(FLASH + PHP を利用)。コマンド入力も可。空間データ（画像を含む）の読込みができる。

A Practical Guide to Geostatistical Mapping 地球統計の講義ノート。要登録。†

RGeoS rgeos とは別物。†

IntR – Interactive GUI for performing geostatistical analysis in R†

地形解析†

Map Algebra or Cartographic Model†

• raster パッケージ:@CRAN
  • raster(地理データ分析・モデルリングのためのラスターデータ処理)パッケージ中のオブジェクト一覧
    • Terrain Attributes with the raster package:R Video tutorial for Spatial Statistics
    • reading raster data using library(parallel)

• R GIS: Terrain Analysis for Polygons as Simple as it Gets! terrain 関数（傾斜・斜面方位）

• geovec@r-forge ベクター図形用。raster パッケージより分離

• RSAGA(R での SAGA ジオプロセッシングおよび地形解析)パッケージ中のオブジェクト一覧 地形解析ソフト SAGA のインターフェース
  • Brenning, A.: Statistical Geocomputing combining R and SAGA: The Example of Landslide susceptibility Analysis with generalized additive Models.

• spsextante - Sextante の R 用インターフェース - R を Sextante 地理情報システム 接続することで地理情報分析ツール一式を提供するもので、spgrass6 および RSAGA　と機能的に似通っているものである. -　開発中

自動地形分類†

• R+ILWIS/SAGA で DEM の解析 自動地形分類
• Automated extraction of geomorphological features using digital elevation data
• R + SAGA + ILWIS + GRASS で地形計測 リンク切れ？
• Terrain Classification Ideas: Coupling GRASS and R using cluster package with GRASS GIS
• Terrain Classification Experiment 2: GRASS, R, and the raster package PAM(partitioning around medoids) in cluster pkg & Randomforests with GRASS GIS
• [[Terrain Attributes with the raster package:Terrain Attributes with the raster package ]]

地形シミュレーション†

DEMsim†

R/ILWIS SCRIPTS FOR GEOSTATISTICAL SIMULATIONS†

費用距離†

• raster
• gdistance

平均地形曲率推定 Using R and r.mapcalc (GRASS) to Estimate Mean Topographic Curvature†

地形表示用カラースキームパッケージ†

• 記事
• 解説

Google Earth†

• Use Case: Spatial R & Google Earth for Terrain Analyses

Natural Hazard†

• Creating a map showing land covered by rising sea levels

空間的自己相関†

　CRAN の spdep パッケージを利用。spdep(空間従属性)パッケージ中のオブジェクト一覧

空間ウェイト・マトリックス†

cshapes: CShapes データセット及びユーティリティー†

cshapes(CShapes データセット及びユーティリティー)パッケージ中のオブジェクト一覧

グローバル空間的自己相関†

Moran のI統計量†

• spdepの moran(統計量のみ) および moran.test(検定付き)　
• autocorrelation@raster

　式

　ここで

Geary のｃ統計量†

• spdep の geary(統計量のみ) および geary.test(検定付き)
• autocorrelation@raster

グローバル G統計量†

spdep の globalG.test

Join 統計量†

　spdepのjoincount(統計量のみ) および joincount.test(検定付き)

ローカル†

Local Moran 統計量†

• spdep の localmoran
• autocorrelation@raster

Local Geary 統計量†

G and G* 統計量†

　spdep のlocalG

Classification Trees and Spatial Autocorrelation†

空間自己回帰†

SAR(同時自己回帰)†

　spdep のerrorsarlm

CAR（条件付自己回帰)†

• spdepのspautol
• spatcounts: Spatial count regression
• R 以外ではGEOBUGS in WinBUGS (bugs.rWinBugs_from_R で利用可能？)

SNA パッケージの自己相関分析関数†

　社会ネットワーク分析への応用

利用例†

• Constructing Cost Distance in Spatial Models ArcMap+r(D)COM)+ R/spdep

空間コレログラム†

　spdep の sp.correlogram

• Simple Spatial Correlograms for Cross-Country Analysis in R

• Spatial correlograms in R: a mini overview

空間主成分分析†

• Performing a spatial Principal Component Analysis using the R software ade4 パッケージを利用した実行方法の説明。利用データ。

Hot Spot†

• Mapping research hot-spots

空間スキャン統計量†

• SpatialEpi

空間的相互作用モデル†

　集計型の主な手法はＧＬＭ（一般化線形モデル）で処理可能。他にはニューラルネットを用いるものや遺伝的アルゴリズムを用いるものがある。 　非集約型は？

古典的重力モデル†

対数線形†

lm

エントロピー最大化モデル†

　GLMを利用

無制約型（ポアソン型）†

発地制約型†

着地制約型†

二重制約型†

• Estimating flows between geographical locations: get me started in' spatial interaction modelling

競合着地型†

ニューラルネット†

nnet

ライリー・コンバース・モデル†

ハフ・モデル†

• in Deutch
• http://www.odot.state.or.us/tddtpau/R.html リンク切れ

GWR(Geographically Weighted Regression, 地理的加重回帰)†

spgwr at CRAN†

spgwr(地理的加重回帰)パッケージ中のオブジェクト一覧

• 残差と予測値の求め方
• GWR 3.0 との相違点
• グリッドコンピューティングによる並列処理の例
• Advanced Spatial Analysis With R

• Introduction to Geographically Weighted Regression (GWR) and to Grid Enabled GWR

• spgwr(旧)
  • GEOGRAPHICAL STATISTICS & THE GRID

gwrr Geographically weighted regression with penalties and diagnostic tools†

gwr†

• もう一つの R 用 GWR Geographically weighted regression with penalties and diagnostic tools

GWmodel: Geographically weighted models†

MGWR 混合地理的加重回帰†

• mixed geographically weighted regression model

BayesX: R Utilities Accompanying the Software Package BayesX†

地理的加重判別分析†

　multinom in nnet パッケージ

gwrr: Fits geographically weighted regression models with diagnostic tools†

GWR 関連リンク†

• Geographically Weighted Regression
• 空間データのための回帰分析@Hiroshima.R

WSAF（加重空間適応フィルタ）†

ベイズ†

• spBayes 　階層型空間モデリングパッケージ
• spatialprobit: Spatial Probit Models

空間フィルタリング†

• Spatial Filtering Workshop 空間フィルタリングは地理参照観測点に内在する自己相関を取得する方法。

• spdep の　SpatialFilter 関数

参考†

• SPATIAL STRUCTURE AND SPATIAL INTERACTION: 25 YEARS LATER Daniel A. Griffith によう る。Minitab/SAS/Fortran/R のコード(maptools/spdep)
• SAM(Spatial Analysis in Macroecology 機能豊富、GIS 機能もあり。
• SAS, Matlab 用ツールもあり
• Spatial Filtering in ArcGIS with a little help from SAS ArcGIS 用（未公開？）
• Spatial Methods 固有値フィルタリング(空間ウェイトマトリックスを一連の固有ベクトルに変換・これらの固有ベクトルをモデルの変数として、ステップワイズで、利用・選択プロセスを用いて重要な固有ベクトルのみを識別し、含める),GWR

空間的拡散†

• Walmart
  • Walmart Invasion スクリプト
  • Three ways of visualizing the growth of Walmart

空間データマイニング†

空間データベースとの接続†

　RODBC 経由

PostgreSQL/PostGIS†

RとPostGIS

• RODBC 経由
  

• 空間ウェイトマトリックス作成例
  

• Rdbi/RdbiPgSQL

MySQLの空間エクステンション†

　RMySQLパッケージ。 　MySQLは4.x より空間データをサポートしているが、現状では空間データの格納のみで空間検索や空間解析のあるPostGISとの機能の差は大きい

SQLITE の空間ＤＢエンジン†

• RSQLite: SpatiaLiteを利用する

WebGIS†

• 小地域データにおける地理統計解析とSVGによる可視化
• GoogleMapsを用いた地理統計データの可視化
• R で GeoWeb
• シェープから SVG に変換

ESDA(探索的空間分析)†

• GeoXp 　分析結果（モランプロット、バリオグラムクラウド、ローレンツ曲線、ジニ、カーネル密度推定等）と地図データとの相互リンクが可能。主成分分析等による次元縮約テクニックの機能も持つ。GeoXp (対話型探索的空間データ分析)パッケージ中のオブジェクト一覧

• Visualizing Data Patterns with Micromaps

• rgr: The GSC Applied Geochemistry EDA Package

SMALL AREA ESTIMATION†

• 経験ベイズ
  • empbaysmooth in DCluster

• SAE(Software for small-area estimation)
  • Tutorial: Small Area Estimation with R at useR! 2008 SAE を利用

時間地理学†

• geolabs Time Geography
  • GPS を利用
    • R: Interactive 3D WebGL plot of time-space cube with RGL WebGL 版

時空間分析†

• CRAN Task View: Handling and Analyzing Spatio-Temporal Data
• spacetime パッケージ
• Spatio-temporal data analysis in R and links to GIS
• Manipulating Spatio-temporal Environmental Data in R using the ncdf package

空間的マイクロシミュレーション†

• sms
  • R library for spatial microsimulation

リモセン†

• unsupervised classification of a Landsat image in R: the whole story or part two raster package

GISソフトウェアとの接続・統合†

　R(D)COM や　RServe およびその他のソフトを利用したものを以下に挙げる。

ArcGISのVBAよりR(D)COM経由でRの各空間分析パッケージを使用する†

　VBAによるArcGISプログラミングガイドなどを参考にして、S+ArcViewのようなものができるかも？

　ArcGIS で R

Grass GIS†

• R と GRASS GIS
• GRASS and RStat
• GRASSとＲを用いたリモートセンシング情報と家畜の空間行動情報の統合と解析 PLS, SPGRASS, GSTAT(クリギング), spgwr の利用例（コードあり）

RPyGeo: Python 経由で、R で、ArcGIS のジオプロセッシング†

SDAM 空間データ分析マシン†

　GeoComputaion用。R(D)COM と JCOMを使ってGeoTools(Java 用GISエンジン)と統合。テレビ東京の情報番組で使われた（ただしＲを利用していないカルトグラムの機能だが）。 　現在新バージョンを開発中。

歴史統計GeoWeb†

　Ajax + PHP + R

Q(uantum) GIS との連動†

QGIS は Python をサポートしているので、この機能を使って R(Rpy を利用) とリンケージを図っている。 最近活動が活発になっているようだ。

• BridgeToR - Quantum GIS Wiki QGIS-R Binding Team による QGIS と R リンケージに関する情報サイト
• R-QGis Data Transfer QGIS と R 間のデータのやりとりに関する情報
• Qgis Basic Stats Plugin R を使って QGIS に基本統計分析機能(要約・ヒストグラム・散布図・線形モデル)を追加する QGIS プラグイン。Rpy を利用。
• manageR R を使って QGIS に統計分析機能を追加する QGIS プラグイン。Rpy, NumPy を使用。

• Arlat - RapLoa Analysis Tool 　空間疫学関係の分析システム。Rpy(Python) を利用して QGIS との統合を実現する。当初は OpenEV + RServe でシステムを開発。
  

• FOSS4G2007の発表
• スライド
• プログラムソース
• 参考文献
• QGIS and Python and R and statistics from QGIS Blog

DIVA GIS(国際ポテトセンター)†

　Eclipse のRCPを利用したオープンソース GIS、uDig のプラグイン。空間分析に R を利用している

地理空間情報ウェブサービスとの連携†

R で GeoWeb†

地図画像†

• WMS(Web Mapping Service) 　rogr, RCURL

空間データ取得†

• WFS 　rogr, RCURL
• Web Maps 点、線、面を HTML に表示

• SOS
  • SOS4R

分散型ジオプロセッシング†

• WPS(Web Processing Service) 　INTMAP(Interoperability and Automated Mapping) ヨーロッパのプロジェクト

空間パネルモデル†

• splm: econometric analysis of spatial panel data　Win バイナリもあり。
  • ドキュメント

空間分析のための並列計算†

• Parallel Computing for spatial data analysis snow を利用

FlowViz†

• Great circles, raster, sp and lattice
• Mapped: British, Spanish and Dutch Shipping 1750-1800: http://spatialanalysis.co.uk/2012/03/mapped-british-shipping-1750-1800/ ggplot2, maptools, geosphere and png
• Automating great-circle map production in R
• USING GREAT CIRCLES AND GGPLOT2 TO MAP ARRIVAL/DEPARTURE OF 2014 US OPEN TENNIS PLAYERS

Mapping Tips†

• 半透明地図の重ね合わせ

Open Data Hack†

• An exercise in R using local open data

Google Earth/KML による可視化†

• plotKML プリズムマップもサポート
• R2G2: Converting R CRAN outputs into Google Earth
  • Displaying Your Data in Google Earth Using R2G2

順位・規模の法則、ランク・サイズルール†

• City Size and SUHI

アニメーション†

• MORTALITY RATE OF CHILDREN UNDER 5 AND GENDER DIFFERENCES
• Generate GIS integrated animation:Gun deaths animation - R
• Animated map of 2012 US election campaigning, with R and ffmpeg
• Animated choropleths using animation, ggplot2, rCharts, googleVis and Shiny to visualize violent crime rates in different US States across 5 decades

フィールドワーク†

• [[Displaying spatial sensor data from Arduino with R on Google Maps:Displaying spatial sensor data from Arduino with R on Google Maps]]

書籍（オンラインも含む）†

1. Springer より、R を使った空間統計の本(Bivand, R. S.(sp, spdep, maptools, spgwr), Pebesma, E.J.(gstat) and Gomez-Rubio, V.(2008):Applied Spatial Data Analysis with R サポートサイト((IE7 or Firefox. IE6 では正しく表示されない。)) )が2008/09出版。
   • One-day introductory course on Spatial Data Analysis with the R Programming Language by Roger Bivand and Dr. Virgilio Gomez-Rubio in Imperial College London 　小地域推定（Small Area Estimation）など
2. Crawley, M. J. :The R Book--The R Book の２４章が空間統計(Spatial Statistics)で、点過程、クリギング等が扱われている。
3. Spatial Statistical Data Analysis for GIS Users, ESRI PRESS, 2011. DVD（本文＋スクリプト＋データ）のみの販売。R+SPDEP+SPLANCS も利用.
4. 古谷知之著『Rによる空間データの統計分析』,朝倉書店,2011.
   • 空間の統計学, ESTRELA 2009年8月〜2010年7月 の書籍化
5. Displaying time series, spatial and space-time data with R: stories of space and time
6. Introduction to visualising spatial data in R
7. Brunsdon, C. , Comber, L.(2015):An Introduction to R for Spatial Analysis and Mapping, Sage

関連情報†

• R Spatial Projects Rおよび他の関連ソフトを使った空間分析のリソースガイド
• R-sig-Geo 地理空間データの処理と解析を話題にするメーリングリスト。アーカイブあり。
• newsgroup のアーカイブ
• r-spatial-devel 開発者向けメーリングリスト
• r-spatial R package for spatial data classes.
• aRT - API R-TERRALIB INPE（ブラジル国立宇宙研究所）などが開発したオープンソースのＧＩＳクラス TerraLib を利用する R 用パッケージ。現在Linux用のソースを公開。 aRT(API R-TERRALIB)パッケージ中のオブジェクト一覧
• Geographic Data Analysis Using R「統計」地理学と空間統計。スクリプト、データ(CSV)、リンクがある。スクリプトを使った出力例はない。GeogR のリソース。
• 地理空間分析のためのベクタデータモデル共通基盤 - sp パッケージのクラスとメソッド - 谷村先生の sp パッケージの紹介
• pgirmess: 生態学のデータ分析 というのにもいくつか入っています。コレログラムなどの描画に便利。

• Spatio-temporal data analysis in R and links to GIS 各空間分析パッケージの概要
• Review of Cluster Analysis Software Luc Anselin による spdep, spatial,splancs,spatstat 各パッケージと他のツールの比較レビュー
• Ecology and epidemiology in R: Spatial analysis ポイントパターン、バリオグラム、空間的自己相関など
• Analysing spatial point patterns in 'R' spatstat を使ったポイントパターンのワークショップ。詳細なドキュメントあり。
• Political Science 867 Spatial Modeling Winter 2005 政治地理学
• QGIS Labs QGIS+GRASS GIS + R(LAB6-10) FOSS GIS のみによるGIS演習
  • Lab 6 基本属性データ操作
  • Lab 7 R を用いた QGIS の機能補完
  • Lab 8 空間補間
  • Lab 9 QGIS へのデータの取り込み方法
  • Lab 10 属性と位置の結合

• R Wiki の空間データ tips
• An educational resource about spatial statistics and geostatistics Rの紹介あり。
• e-workshop on spatial analysis with R 2009/01-03
• Marine Geospatial Ecology Tools

• rgis 以下のパッケージを開発中。
  • gdistance:GIS
  • raster:ラスター型データ処理
  • remotesensing:リモセン
  • cropsim および dismo:生物多様性。

• R-Forge の空間データと統計のサイト
  • 空間データクラス
  • 疾病地図化と空間データ分析
  • 生態学分析
  • 点分布分析
  • 空間データの入出力
  • 地球統計
• Hydrology in R 　 R を使った水文学分析の事例。パッケージ（TOPMODEL 、RHydro）やデータなど。
• R-Project spatial statistics software packages 豊富な地理空間情報の分析手法の情報サイト Geospatial Analysis の R の空間分析パッケージの要約ページ。
• R による空間分析図例集 スクリプトのコードあり
• PySAL 空間計量経済学の権威、 Anselin が中心になって開発している Python で書かれた空間分析及び空間計量経済学分析ツール(空間ウェイト, 計算幾何学, ESDA, 空間計量経済学, クラスタリング及び spatial dynamics)。 RPy(2) 経由で、R と連動できる？
• spatial-analyst.net R 言語を中心として、GRASS, SAGA も利用する地理空間情報分析の情報サイト。GEOSTAT という主にヨーロッパで開催されている博士課程の院生向けサマースクールの情報もある。

• GEOSTAT 2011 動画像あり。
• GEOSTAT 2012 Munster
• GEOSTAT 2013 Quebec City

• An alternative approach for object oriented classification of historical black & white aerial photographs using GRASS GIS and R RWeka,rpart
• Introduction to Applied Spatial Analysis R による空間分析の概要（点分布分析（ホットスポット検出）・地球統計等）
• Geospatial Use Cases and Case Studies
• Geospatial Data Processing in R Geospatial Data Processing in R - sp パッケージの SpDistsN1() 関数による最近接点の例、ベクターデータ＆ラスターデータ

• dylan's blog 土壌分野中心に、 R を使った空間分析の話題がある。GRASS GIS の話題もあり。
• GEOGRAPHY AND REGIONAL DEVELOPMENT
  • GEOGRAPHY AND REGIONAL DEVELOPMENT 657 R(spdep, DCluster)他

• Geographic Information Systems (GIS) in Public Health Research Spatial Statistics mgcv, semipar, field, geoR, geoRglm

• Open Source/Non-Commercial GIS Products r spatial, spdep

• Using open source Geographical Information Systems and statistical tools to develop a web based Spatial and Statistical Analysis and Interpretation (SASAI) Engine for archaeological use.

• Open Source Geospatial Software - an Introduction Spatial Programming with R

• R Spatial Tips R Spatial Data Hints and Tips

• Spatial Analysis | Spatial data visualisation, analysis and resources R による空間分析・可視化のトピックもある。
  • Improved Tree Maps with R

• R で空間統計
• Workshop Applied Spatial Statistics in R
• Spatial data and GIS (Geographical Information Systems) 最近隣点、最小木、ボロノイ
• 日本地図を描く（japan_ver62.shpから）
• The Big List Of Free GIS Programs ? S Through Z
  • A Through H
  • I Through M
  • N Through R
  • S Through Z
• R GIS
• StarSpan "designed to bridge the raster and vector worlds of spatial analysis using fast algorithms for pixel level extraction from geometry features (points, lines, polygons)"
• Function to Collect Geographic Coordinates for IP-Addresses

• Before, During and After: The Richest 1 Percent NY Times, maptools

• Berlin's children

• Great Maps with ggplot2

• Maps with R
  • (I)
  • (II)
  • (III)

• Creating beautiful maps

• The undiscovered country – a tutorial on plotting maps in R

• Coming of Age:R and Spatial Data Visualisation

• GME - Geospatial Modeling Environment
  • r.deldir

• R Maps@theBioBucket*

• 3D Maps in R

• Notes from A Recent Spatial R Class I Gave

• Gis and r

• Using R as a GIS

• R Analytical Environment有益な事例

• Wine MAP
  • Napa Valley wine tasting map: interactive version
  • The World Wine Web

• Mapping Bike Accidents in R

• Spatial data in R sp周りのマニュアルやグラフィックの例などが便利。

• rasterVis to the rescue

• Watch Sandy in “R” (Including Forecast Cone)

• Modis R: Package tutorial

• Mapping Current Average Price Per Sqft for Rentals by Zip in San Fran

• Read and write ESRI Shapefiles with R rgdal, maptools, PBSmapping

• Earthquakes Over the Past 7 Days

• Mapping Primary Care Trust (PCT) Data

• Visualizing Baltimore 3.1: Crime and Vacant Properties, Neighborhood Level, Bit More Polished

• US State Maps using map_data()

• Creating 2011 Census Output Area Change Maps Using R

• Maps in R
  • Introduction - Drawing the map of Europe
  • Plotting data points on a map
  • choropleth maps

• Measuring the Gerrymander with spatstat

• Convert OpenStreetMap Objects to KML with R

• R Video tutorial for Spatial Statistics

• Earthquakes in Netherlands

• Twitter
  • Twitter Languages in New York

• The arteries of the world, in Tweets

• Computing Maritime Routes in R

• http://github.com/jasondavies/conrec.js

• Using R ― Working with Geospatial Data

• Biodiversity Visualizations using R

• Stamen maps with spplot

• A Shiny web app to find out how much medical procedures cost in your state

• BISON USGS species occurrence data

• Dialect Survey Results by R/Shiny

• R2leaflet (v0.1) – make interactive online maps from R leaflet.js

• More code and images from “Displaying time series, spatial and space-time data with R”

• ggplot2 Choropleth of Supreme Court Decisions: A Tutorial

• Loading Multiple Shapefiles to the R-Console Simultaneously

• R でGIS

• Thirteen lines of code

• R: Mapping Super Typhoon Yolanda (Haiyan) Track

• Introducing CrimeMap – A Web App Powered by ShinyApps!

• Tim Hortons Density

• R Spatial Cheatsheet ----This cheatsheet is an attempt to supply you with the key functions and manipulations of spatial vector and raster data. It does not have examples for you to cut and paste, its intention is to provoke the "Oh yes, that's how you do it" thought when stuck.

• Creating an Interactive Map of Craft Breweries in VA Using the plotly R Package

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