出来ました†
adv2.pdf
愛用しているパッケージを宣伝する本をつくりませんか？†
執筆にご協力いただける方へ (2010年4月25日)†
執筆者向けのメーリングリストと、専用の新たなWikiを設置しました。
原稿の執筆については、アクセス制限をしたWikiサイトで進行していきたいと考えています（今後、ある程度形になった段階で、簡単な登録制などの形で広くレビューしていただく機会を持ちたいとは考えています）。
そこで、ご協力いただける方は、メーリングリストへの登録をお願いします。
http://mail.okada.jp.org/cgi-bin/mailman/listinfo/rpac/
から、"Rpac" メーリングリストに登録してください。なお、その際にメールアドレスのほか、お名前を入力する欄がありますので、そこに「このページに書き込んでいただいた際のハンドル名」を記載してください。
上記ページから登録すると、まずメールアドレス確認のための連絡メールがいきますので、それに書かれたリンクをたどり、メールアドレスの確認を完了させてください。その後、岡田のほうで最終確認を行い、本登録となります。本登録完了まで１日前後の時間をいただくことがありますのでご了承ください。
登録完了時に届くメールに、Wikiへのアクセス情報が記載されていますので、ご確認ください。
執筆を楽しんで進めていただきたく、いろいろ工夫をしていきたいと思いますので、どうぞよろしくお願いいたします。
企画したきっかけ†
Rを使って実際の解析を行うとき、多くの方は何らかのパッケージにお世話になっていることでしょう。そして、自分でパッケージを作られている方もいらっしゃると思います。
でもみなさん、そのパッケージにはどのようにして出会ったのでしょうか？
Rの入門書を読み終わって、はじめて実際に手元にあるデータを分析しようとしたあのころ、Recommendedパッケージだけでやろうとして苦労したり、すでにパッケージにある関数を自作しなおしたり、CRAN Task Viewを辞書を片手に読み解いたり、いろいろな思い出があることと思います。
最近、Rの入門書は各専門分野ごとに多くが出版され、R自体に出会う敷居は下がってきました。しかし、現在ではCRANだけでも2000以上あるパッケージへの出会いはどうでしょうか？入門書を読み終わってから、自分に合ったパッケージに出会うまでを導いてくれる情報源は、あまりないように思えます。
そこで、今回「パッケージを５０ぐらい紹介する本」の企画を考えました。これはRの入門書ではありませんし、難しいモデルの説明をする教科書でもありません。入門書には載っていないけれど、日頃実務に使っていて便利なパッケージを、実際に使っている人自身の言葉で、A５版８ページぐらいの中で全力で宣伝する、それを５０パッケージを目標として集める、そんな本を作りたいのです。
いま決まりつつあること†
- とりまとめ: Wiki管理人の岡田が担当させていただきます。
- 出版社さん: すでに１社、この内容なら出版したいと言っていただけているところがあります。
- 構成:(1パッケージあたり)
- そのパッケージを使うモチベーション（宣伝） 1ページ
- 含まれる関数，データセットの紹介（10個くらい抜粋）と，それらの簡単な解説, 5ページ
- 上からさらに精選した3関数ぐらい、具体的に使う場面を考え，実行可能なRのサンプルソース（日本語コメントつき）, 2ページ
- 想定読者: 実際に論文読み解き・作成に使う理工医系大学生（大学院生），研究職に就く研究員，企業のアンケイト，リサーチ，マーケティング担当者など。すでにRの入門書は読み終わって、いざ実際のデータを使用した解析に踏みだそうとする人。データの準備はできたけれど，実際のどういう分析手法で考察すればよいのかわからない，迷う．手法の選択はできたけれども分析ツールの選択にわからない，迷う．こうした情報には行き当たったけれども，英語で読み解けない．そんなときに使えるものとする。
- 集めるパッケージ: 目標50パッケージ。具体的にどれになるかは著者の希望優先で。
- キーワード索引，関数の索引を付し，どこからでもひけるようにする．
- 著者: Wiki, Twitter等で募集し、10名程度を想定。（１人５パッケージぐらい）
- 出版時期: 1年後あたりを目処に。
- 執筆方法: リファレンスマニュアル的な、細分化できる構成なので、思いついたときに部分的に書いていける、WikiとかBlogサイトのようなオンラインでの執筆環境も用意したいと考えています。Rwebのような動作検証環境も含めて。
ご協力いただきたいこと†
- 著者募集中！書いていただける方、下のコメント欄にとりあえずハンドル名でもよいので名乗りをあげてください。５パッケージは難しい場合でも、いくつぐらいなら可、とかでも。
- パッケージの選択。下のコメント欄に、これはとりあげたほうがいい！と思えるパッケージを推薦してください。どの入門書にも書いてある超メジャー級(そういうのは8ページでは書けないので...)よりは、隠れた名作とかまだ新しいけど将来有望、みたいなもののほうがよいかもしれません。
パッケージと著者候補†
このページ末尾にまとめています
コメント†
- 自分からで恐縮ですが、ぼくはepicalc, epitools, Epi, epiR, epibasix などから2-3ぐらいと, 趣味的にRpadとかを書きたいなーと考えています。 -- 岡田
- すばらしい企画ですね。私もぜひ参加させてください。statconnDCOM,rcom,RODBC,XML,RCurl,rgdal,maptoolsあたりならかけそうです。 -- okinawa
- いい企画だと思います。是非vcdも取り上げてください。作図では自分でradarchart関数とかpyramidパッケージを作ってしまった後にplotrixパッケージに入っていることに気付いたので，plotrixパッケージも取り上げていただけると嬉しいです（どちらも自分で紹介できるほどには使いこんでいないので）。 -- 中澤
- 末席ながら私も参加させてください。今回はbioconductor以外のパッケージということで、ggplot2(他の人かな？)、plyr(他の人かな？)、glmnet、earth、R.matlab、odesolve(deSolve)、e1071、randomForestあたりでしょうか？ -- 樋口
- まるで、"The R Book 2"！ --
- おもしろい企画ですね。エコノメトリクス関係のパッケージについて、いくつか書かせてもらいたいです。例えば、zoo、systemfit、ccgarchなどが候補ですね。 -- なかたに
- 空間統計関係のパッケージ gstat（地球統計学）, spatstat（空間点過程）, RandomFields（確率場）等の紹介なら引き受けます。ただし、若い人で紹介可能・希望の人がいれば遠慮なく名乗り出てください。そちらを優先したいです。 -- 間瀬茂
- memisc（大規模社会調査データ用パッケージ），psych（心理学向けパッケージ），sem等社会科学向けパッケージを紹介したいです。まだ投稿論文も出していない未熟者なのですが参加させていただいてもよいでしょうか？ -- phosphor_m
- 詳しく理解せずに使っている反省もあって、som, nnetとかpvclustは頑張ってみたいです。 -- akira
- エコノメは上に出ているので、ベイズとMCMC（coda, MCMCpack, R2WinBUGS）、状態空間モデル（sspir, KFAS）辺りに興味があります。 -- hasumi
- ggplot2辺りくらいしかまともに使ってないですが、一つだと取りまとめのとき面倒そうですね。。あと、付録のような感じでパッケージの作り方自体も載っているとよいかなと思ったのですがいかがでしょうか? -- syou6162
- ↑いいかもしれませんね。 -- okinawa
- 早速多くの方からご協力をいただきありがとうございます！名前があがったパッケージをページ末の表にまとめてみました。パッケージの作り方、ぜひ載せたいと思います。経験者の方どなたかお願いできませんか？パッケージ数は１人あたりできれば３パッケージ以上ぐらいからお願いできればと思うのですが、これを機会に使い込んでみつつ書く、という感じでも歓迎です。 -- 岡田
- もし、地球統計分野でやりたい方がいらっしゃいましたら、rgdalとmaptoolsはそちらでまとめてやっていただいてもかまいません。(量的に多いので） -- okinawa
- reshapeパッケージもＯＫです。 -- okinawa
- snowパッケージについても誰か書いてくださるとうれしいです。 -- hasumi
- ↑なかまさん、召喚されてますよ！ ^_^ -- 樋口
- 五月雨式で恐縮ですが、パッケージの作成方法に併せてRから他言語利用（C/C++/Fortran）もあると実用的かなと思います。私の分野では速度がほしいときがけっこうあるので。 -- hasumi
- 誰かにお願いしてもいいなら，survivalなどの生存時間解析を使いこなしたいです。L1ノルムやグラフ理論、GLMは使ってみたいけど、よく分かってない理論です。 -- akira
- ↑↑↑すみません, 当分余力がありません. -- なかま
- Rpad って、まだ、サポートされているのですか？ --
- Rpadは http://code.google.com/p/rpad/ に移ってまだ動いてます。Dojoの最新版対応してないからIEで動かないのが問題ですが... -- 岡田
- ↑↑↑L1ノルムは私も怪しいですが、私が挙げたglmnetパッケージはL1とL2の混合作用です。snowパッケージはpvclustが内部で使ってたかな？ -- 樋口
- ↑L1ノルムの最小化って、画像の復元に使えるのでしたっけ --
- ↑glmnetは判別と回帰分析を提供しますが、L1ノルムの最小化が画像の復元に使えるかどうかは知りません。 -- 樋口
- ↑↑↑となると、snowパッケージも必要でしょうか…（これは鈴木@ef-primeさんに質問しまくりかも）この紹介書籍はどこまで詳しくなるんでしょうね。Rはhelpやvignetteが充実してるし、web情報も増えてますよね。 -- akira
- ページ数を1パッケージあたり8ページと決めて、逆引きパッケージ辞典、といった感じにしたいので、あまり詳細には踏み込まず、「やりたいこと」からhelpやvignetteに到達するまでの間を埋める情報を目指したいと思います。 -- 岡田
- ↑のようなイメージなので、お気軽に著者立候補していただければと思います。めざせ50パッケージ！です。 -- 岡田
- 時節柄twitteRとかだれかやらないですかね -- okinawa
- R AnalyticFlow とか。java系もあったほうがいいような。 -- okinawa
- ↑↑↑岡田さん、ありがとうございます。恩返しの気持ちで頑張ります。多言語と言えば、SASやSPSSもあったら便利な人が増えるかも。foreignなんでしょうか？ -- akira
- Rのお部屋（あーるのおへや）を運営する者ですが、すばらしいアイデアです．楽しみにしています． -- みゅ
- ケモメトリックスについて記載がないので、以下のようなパッケージを追加したらどうでしょうか。私にやらせてもらえれば幸いです：chemCal, pls, chemometrics, FactoMineR, SensoMineR,など。。 -- yishii
- ↑このあたりは今回避けたのですが、私としては楽しみです。 -- 樋口
- では、優先度低で、caret、NMF、lsaも一応挙げときます。優先度低です。 -- 樋口
- 執筆は当分難しそうなのですが、pvclustに関してはお声がけいただければお手伝いできればと思います。snowはpvclustの並列版（parPvclust関数）で使っていますね。R AnalyticFlowはまだ「枯れて」ないのですぐ情報が古くなりそうなのがちょっとネックかも知れません。 -- 鈴木＠ef-prime
- statconnDCOMもいまだに枯れてないですよ。VerUpが多すぎて困ります。 -- okinawa
- ＞akiraさん memiscはspss等との連携を重視したパッケージで，foreignよりかなり多機能です。機能も目的も重複しているので，よろしければ，foreignパッケージもこちらで引き受けさせてもらえませんか？ -- phosphor_m
- phosphor_mさん、ぜひ、お願いします。実はSASもSPSSも使ったことがないんで、かなり後ろ向きな意見でした。 -- akira
- 一購入予定者です。大変面白そうな試みだと思います。できれば領域別になったりしないでしょうか？ (自分でやれ、といわれても困るのですが) ...。
ここでの流れを拝見していると多様な領域が集まった、ボリュームのある本になりそうですが、いざ購入したときを想定してみると、自分の作業に使用しないパッケージが大半になるような気がしてきました。
私自身はCRAN Taskviewで言えば社会科学、多変量解析、心理計量といったものの一部くらいしか使わず、ここであげられているパッケージの大半は使用したことありません。ですので「どんな領域であれ、多様なパッケージの知識が有用である」かどうかはわかりませんし、また、ここであがっているパッケージが実は特定領域に偏ったものかもわかりませんが。 -- aor
- ぜひご自身の領域のパッケージ執筆をお願いします:-) >aorさん。１パッケージあたり８ページですし、１つのパッケージを使い込むための本というよりは、今まで縁がなかったパッケージに初めて接する機会になるための本というイメージです。そのため、偏ることをあまりおそれないで多数を収録したいと考えています。 -- 岡田
- とりあえずパッケージの説明の項作りました -- okinawa
- Amazon Kindle から出ないかな。これだと、売れれば、著者は得？ --
- 岡田先生、ご回答ありがとうございます。確かに縁がないけど有用なパッケージは多いと思います。納得いたしました。執筆を振っていただきましたが、R自体に触れてまだ半年あまりですし、またよく使うものといえばpsychとreshapeですがもう挙げられているようなので、失礼ですが辞退させていただきます。勝手な意見ばかり言いまして申し訳ありません。 -- aor
- ＞akiraさん 了解しました！ -- phosphor_m
- 下のほうが埋まってないですね...どなたも立候補しないのであれば、最近気になっているR AnalyticFlowに手をつけてみたいです。要勉強ですが。 -- aiwai
- aiwaiさん、R AnalyticFlow ぜひお願いします！ -- okinawa
- いつのまにか著者候補に!微力ながら尽力させていただきます。 -- aiwai
- Rsolnpという非線形制約条件付の最適化パッケージはニーズがあるでしょうか？ -- teramonagi
- ↑是非ご執筆を！ -- 樋口
- ありがとうございます!どなたも立候補しないのであれば協力させてください。＞樋口様 その他のパッケージでは金融工学回りのRMetrics系パッケージや、まだ未学ですが大きなデータを扱うためのffパッケージあたりで貢献させていただきたく存じます。 -- teramonagi
- メーリングリストと執筆用Wikiを開設しました。まだサンプル原稿などは未完成で申し訳ないのですが、MLへの登録をお願いいたします。なお、著者はもう少し増えても大丈夫だと思いますので、引き続き募集しています！ -- 岡田
- みなさんご無沙汰しています。epicalcやmaptoolsはすでに担当が決まっているので、surveillance, DCluster, diseasemappingの担当を希望します。あとはLaTeX系のxtableもできれば。 -- 谷村
- 社会科学系があまりないので、今からでももし参加可能でしたら、計量経済学で利用されるmicEcon（ミクロ経済モデル分析）、plm（パネルデータ線型モデル）、gmm（一般化モーメント法、一般化経験尤度法）で応募したいと考えています。 -- あらき
- 谷村先生、rgdalとmaptoolsは先生にやっていただいても構いません。（量的にきついので）いかがでしょうか？ -- okinawa
- 谷村先生の共立の本の出版が待ち遠しいです。 --
- rgdalとmaptoolは是非okinawaさまに執筆をお願いします。（ここで書くべき事ではないかもしれませんが、コメントで言及されているので、）共立出版の書籍は執筆に2年もかかってしまい（期待している方がいらっしゃるとすれば）本当に申し訳ありませんでした。すでに脱稿しておりますのでご容赦願いします。 -- 谷村
- 谷村先生、了解しました。(^_^)/ -- okinawa
- snowの執筆に関わらせていただくことになりました．よろしくお願いします！ -- mickey24
- RODBCの執筆に関わらせていただければうれしいです。よろしくお願いします！ -- wakuteka
- XMLとRCurlの執筆に協力させてください！よろしくお願いします！ -- 里 洋平
- もし良ければ、自分のRFinanceYJについても執筆させてもらえるとうれしいです。よろしくお願いします。 -- 里 洋平
- はじめまして．bigmemoryとR.ooについて執筆させていただければと思います．どうぞよろしくお願いいたします． -- sfchaos
- 皆さんありがとうございます！よろしくお願いします。ちょっと遅くなってしまいましたがそろそろ作業を始めたいと思っております -- 岡田
- 今週からWikiに書き始めました。岡田さん、草案期限っていつですか? -- akira
- 動きが長らく止まってしまっており申し訳ありません。ここ１週間以内ぐらいに再開したいと考えています -- 岡田
- Rpacからメールが届きました。さて、がんばって書かねば。でも締め切り１２月中はちょっときついかも。 -- okinawa
- Rpac MLに投稿いたしました東京図書編集部の松永です．締め切りの期限設定が短くなってしましたが，旬を伴う内容でございます．何卒，ご理解，ご協力をお願いいたします． -- 東京図書編集部 松永
- 東京図書編集部の松永でございます．パッケイジ本の件につきましては大変お世話になります．ご執筆予定の先生から，現状，岡田先生にリスト化していただきましたパッケイジからの修正・変更は問題ないか？ という問い合わせを受けました．このたびの本の趣旨は，実用に役立つもの，ということを一番にしております．そう考えますと，ここにお集まりいただきました方々は，日頃から実際にRにふれ，かつ開発にも携わるようなところにいらっしゃいます．そのため重複がなければ，修正・変更はまったく問題ないと考えております． -- 東京図書編集部 松永
- reshapeってreshape2が出てますね --
- はじめまして。宜しければsurvivalを書かせていただきます。 -- tanase
- 今回の50パッケージには間に合わないと思いますが、将来的な続編も期待して追加しました。 -- akira
パッケージと著者候補†
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