R で並列処理

R で並列処理

parallel パッケージ†

• R2.14.0 以降

CRAN Task View†

パッケージ†

• snow(snow:ワークステーションのシンプルなネットワーク)
  • L. Tierney氏のsnowパッケージでクラスタ計算を行う
  • Rで並列計算

• snowFT: Fault Tolerant Simple Network of Workstations

• doSNOW: Foreach parallel adaptor for the snow package

• rpvm: PVM (並列仮想計算機)への R インタフェイス

• nws: NetworkSpacesh *1と Sleigh のための　R 関数
  • R での利用法方法
  • Python NetWorkSpaces(NWS)と並列プログラミング（日本語）

• Rsge: SGE 待ち行列システムインターフェース

• GridR: リモートホスト、クラスターまたはグリッド上で関数を実行

• mapReduce: mapReduce - 並列計算用の柔軟な mapReduce アルゴリズム mapReduce(並列計算用の柔軟な mapReduce アルゴリズム)パッケージ中のオブジェクト一覧

• taskPR: タスク並列 R パッケージ

• ff: memory-efficient storage of large data on disk and fast access functions

• RScaLAPACK: A seamless interface to perform parallel computation on linear algebra problems using the ScaLAPACK library

• doMPI: Foreach parallel adaptor for the Rmpi package

• parfossil: Parallelized functions for palaeoecological and palaeogeographical analysis

• sprint: Simple Parallel R INTerface

マルチコア†

• multicore: Parallel processing of R code on machines with multiple cores or CPUs
  • doMC: Foreach parallel adaptor for the multicore package (linux, MacOSXのみ Windows不可)
  • doSMP: Foreach parallel adaptor for the revoIPC package (Windows, linux, MacOSX) Windowsユーザは有無を言わずこれを使う
    • doSMP removed from CRAN Win User は、代わりに、doSnow を当面利用

• raster

応用パッケージ†

• caretNWS: NetworkSpaces を使って並列化した分類と回帰トレーニング
• npRmpi: Nonparametric kernel smoothing methods for mixed data types
• pensim: Simulation of high-dimensional data and parallelized repeated penalized regression

GGPU†

• gputools: PU 利用可能なデータマイニングのいくつかの関数群 gputools(GPU 利用可能なデータマイニングのいくつかの関数群)パッケージ中のオブジェクト一覧
• GPU computing for R statistical environment

• cudaBayesreg: fMRI データ分析用マルチレベルモデルの CUDA 並列実装

• Support Vector Machine with GPU RPUSVM

事例・文献†

• R on Biowulf Biowulf 上での R の実行例
• 「グリッドコンピューティングとR」
• Condor での利用例
• useR! 2008 の発表リスト
• Easier Parallel Computing in R with snowfall and sfCluster
• McCallum, Q. M., Weston, S.(2011): Parallel R, Data Analysis in the Distributed World ,O'Reilly.
• The next generation of parallel R
• Parallel R - Data Analysis in the Distributed World

リンク†

• R/parallel
• r-sg-hpc
• R で　GPUによる超高速演算(NVIDIA CUDA を利用) のできる時？
  • BLAS での利用例
• Tutorial: Introduction to High-Performance Computing with R @ useR! 2009
• High Performance Computing@R-Forge
• Parallel R Model Prediction Building and Analytics

コメント†

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