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OpenBUGS from R
BUGSのオープンソース版で、Windows版とLinux版が用意されており、Rとの連携も考慮されている。
Windows用のインストーラーが用意されている
WindowsエミュレータであるWINEを用いてWindows用のインストーラを使う方法とLinuxと同じようにソースからコンパイルする方法がある。
ソースからコンパイルすればOK。 インストールが完了すると、OpenBUGSとOpenBUGSCliが使えるようになっている。
OpenBUGSを実行すると、BUGSのプロンプトが現れるので、サンプルeg_cmdを1行ずつ実行する。なお、OpenBUGSCliはC言語で書かれたものでOpenBUGSはbashスクリプトであり、どちらもCLIである。
BRugsパッケージとR2OpenBUGSパッケージがある。BRugsパッケージはRの中から対話的にOpenBUGSを使うことができる。R2OpenBUGSパッケージは、R2WinBUGSパッケージのOpenBUGS版に相当する。LinuxでBRugsパッケージをソースからインストールする際には、32bitライブラリが必要になるので要注意。また、インストール時に「--configure-args=」でOpenBUGSの場所を教えるオプション「--with-openbugs=」が必要。
以下、古い内容
WinBUGSのようなインターフェイスはまだ整備されていないので、system()で実行する。 例えば、eg_cmdを実行するなら下記のようにする。
> system("linbugs < eg_cmd")
OpenBUGS ClassicBUGS release 2.1.1
type 'modelQuit()' to quit
Bugs> model is syntactically correct
Bugs> data loaded
Bugs> model compiled
Bugs> model is initialized
Bugs> 1000 updates took 0 s
Bugs> monitor set
Bugs> monitor set
Bugs> 1000 updates took 0 s
Bugs> mean sd val2.5pc median val97.5pc sample
alpha[1] 239.8 2.471 234.5 239.9 244.1 1000
alpha[2] 247.9 2.682 242.0 248.0 253.0 1000
alpha[3] 252.4 2.866 246.1 252.7 258.1 1000
alpha[4] 232.7 2.701 226.9 232.9 238.5 1000
alpha[5] 231.6 2.743 225.6 231.5 237.4 1000
alpha[6] 249.6 2.609 244.8 249.6 254.6 1000
alpha[7] 228.8 2.59 223.8 228.8 234.5 1000
alpha[8] 248.4 2.631 243.4 248.4 253.4 1000
alpha[9] 283.1 2.781 278.0 283.2 288.4 1000
alpha[10] 219.2 2.677 213.9 219.1 224.4 1000
alpha[11] 258.2 2.782 251.4 258.2 263.4 1000
alpha[12] 228.1 2.583 223.0 228.1 233.0 1000
alpha[13] 242.3 2.65 237.1 242.3 247.9 1000
alpha[14] 268.2 2.751 262.9 268.2 273.5 1000
alpha[15] 242.8 2.653 237.7 242.9 247.4 1000
alpha[16] 245.3 2.778 239.9 245.2 250.7 1000
alpha[17] 232.0 2.682 227.0 232.0 237.4 1000
alpha[18] 240.3 2.714 234.8 240.4 246.0 1000
alpha[19] 253.7 2.709 248.2 253.7 258.7 1000
alpha[20] 241.7 2.686 236.8 241.7 247.1 1000
alpha[21] 248.5 2.771 243.1 248.6 254.0 1000
alpha[22] 225.3 2.696 220.5 225.3 230.8 1000
alpha[23] 228.6 2.597 223.3 228.7 233.2 1000
alpha[24] 245.2 2.721 239.7 245.2 250.4 1000
alpha[25] 234.5 2.73 229.1 234.5 239.9 1000
alpha[26] 254.0 2.652 249.0 254.0 259.2 1000
alpha[27] 254.4 2.717 249.2 254.4 259.7 1000
alpha[28] 243.0 2.698 237.3 243.1 248.1 1000
alpha[29] 217.8 2.766 211.7 217.7 223.2 1000
alpha[30] 241.3 2.733 236.1 241.3 246.1 1000
Bugs> mean sd val2.5pc median val97.5pc sample
beta[1] 6.074 0.2424 5.62 6.067 6.568 1000
beta[2] 7.042 0.2472 6.549 7.041 7.523 1000
beta[3] 6.482 0.2505 6.002 6.479 6.973 1000
beta[4] 5.348 0.2429 4.886 5.345 5.834 1000
beta[5] 6.589 0.2475 6.125 6.572 7.057 1000
beta[6] 6.174 0.2372 5.712 6.172 6.638 1000
beta[7] 5.982 0.2511 5.522 5.985 6.482 1000
beta[8] 6.407 0.2379 5.956 6.407 6.864 1000
beta[9] 7.066 0.2543 6.57 7.069 7.577 1000
beta[10] 5.846 0.2474 5.371 5.839 6.326 1000
beta[11] 6.802 0.2418 6.315 6.803 7.278 1000
beta[12] 6.129 0.2398 5.675 6.127 6.622 1000
beta[13] 6.159 0.24 5.682 6.157 6.635 1000
beta[14] 6.696 0.2393 6.216 6.697 7.155 1000
beta[15] 5.429 0.2562 4.915 5.451 5.909 1000
beta[16] 5.916 0.2353 5.451 5.907 6.38 1000
beta[17] 6.28 0.2475 5.763 6.266 6.771 1000
beta[18] 5.849 0.2437 5.387 5.861 6.323 1000
beta[19] 6.413 0.2448 5.946 6.405 6.904 1000
beta[20] 6.062 0.2366 5.616 6.058 6.532 1000
beta[21] 6.406 0.2419 5.93 6.401 6.866 1000
beta[22] 5.868 0.245 5.39 5.875 6.347 1000
beta[23] 5.748 0.2438 5.278 5.757 6.232 1000
beta[24] 5.911 0.2402 5.435 5.914 6.368 1000
beta[25] 6.904 0.2489 6.375 6.904 7.376 1000
beta[26] 6.543 0.2413 6.071 6.549 7.015 1000
beta[27] 5.903 0.248 5.45 5.897 6.379 1000
beta[28] 5.84 0.247 5.352 5.847 6.346 1000
beta[29] 5.674 0.2452 5.191 5.672 6.17 1000
beta[30] 6.121 0.2308 5.669 6.126 6.583 1000
Bugs> ./cbugs: undefined symbol: SetRootDir
CODAがOpenBUGSに対応した。
library(coda) ?read.openbugs
