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目的

なぜかSPSS17.0でRが使える。(本当は16から使えるらしい)
SPSSが何故このようなことをやりだしたのかは不明だが、Rユーザーの裾野を広げるためには有効だと思う。(本気?)
さあ!SPSSを使っているみなさん、心置きなくRを使いましょう!

メリット

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SPSSトライアルバージョン(英語版)/ Rpluginのダウンロード

SPSS(US)でspss17.0のトライアルバージョンを手に入れることができる(要登録)。
また、Rpluginは無償で公開されている。

SPSS:http://www.spss.com/downloads/Papers.cfm?ProductID=00035&Name=SPSS_Base
Rplugin:http://www.spss.com/devcentral/index.cfm?pg=plugins

ダウンロードしたファイルをそのままインストールする。(SPSSを先にインストールしないと、Rpluginはインストールできない)

利用(基本)

(1)SPSS起動

spss1.PNG

SPSS起動後、ダイアログが出るので[キャンセル]を押すと、データエディタ画面になる。

spss2.PNG


(2)シンタックス
シンタックスとは、Rコンソールのようなものです。

SPSSカスタムダイアログ

SPSSのカスタムダイアログビルダーで簡易なGUIプログラムが作成できる。プログラムはSPSSシンタックスに%%識別子%%で取得したパラメータを組み合わせたもので、本格的なものは作れない。(カスタムダイアログの作成はマニュアルを参照してください)

spss5.PNG

以下は、カスタムダイアログのサンプル(*.spd)です。インストールは、ユーティリティのカスタムダイアログのインストールで行ってください。ユーティリティ内にインストールされます。

SPSSでファイルを開きRにデータを転送するサンプル

ダイアログとファイルブラウザコントロールのみ使用。起動するコマンドシンタックスは以下の通り。

GET FILE=%%item_7%%.
BEGIN PROGRAM R.
casedata <- spssdata.GetDataFromSPSS()
plot(casedata[1:2])
END PROGRAM.

%%item_7%%がファイルブラウザコントロールから受け取るパラメータ(読み込むファイルのパス)
注意)現在、%%item_7%%をR内で使おうとすると¥がうまく処理できないためエラーとなる。元々、SPSSシンタックスのファイルパスのセパレータは/じゃなかったの?
この辺はRpluginのパッケージで関数作ってなんとかして欲しいところ。

SPSSで地図表示

SPSSでできないものに空間統計があるが、Rではお手の物。
空間的なデータの分析の地図作成練習用データからGISdata.zipをダウンロードし、C:直下に解凍する。 C:/GISdata となるように。

spss16.PNG

任意のShapeFileのパスを指定してプロット

spss17.PNG

マイクロアレイのヒートマップ作成

SPSSではできない、マイクロアレイデータのヒートマップ表示。
spdを実行する前にRで以下のコマンドを実行

install.packages(c("gplots","amap","RColorBrewer"))
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(c("Heatplus", "genefilter"))

結果はC:/遺伝子解析結果に出力可能。

CELファイルの正規化

・チップはAffymetrix GeneChip mouse430 2を想定
・MAS5後に結果を列ごとにmedianで割りLog2に数値化
・正規化手法を変更する場合はコード内の"MAS5"を変更してください
・EntrezおよびGenesymbolをアノテーション
・結果は解析フォルダ内にcsvで出力
・メニューの場所:分析-GeneCEL
注意  解析フォルダを選択する際には手入力で"\"を"/"に変更して下さい。
 変更しないとエラーになります。また、解析には時間がかかります。

spdを実行する前にRで以下のコマンドを実行

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(c("affy", "mouse4302.db", "mouse4302cdf"))

ファイルは例として次からダウンロード
解凍せずにそのまま使用可能
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/geo/DATA/supplementary/samples/GSM160nnn/GSM160432/GSM160432%2ECEL%2Egz
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/geo/DATA/supplementary/samples/GSM160nnn/GSM160435/GSM160435%2ECEL%2Egz

SPSSのデータセットからR側にデータを取り込む

SPSSのデータセットからR側にデータを取り込むには、spssdata.GetDataFromSPSS()関数を使う。

BEGIN PROGRAM R.
casedata <- spssdata.GetDataFromSPSS()
print(casedata)
END PROGRAM.

とりこまれたデータは、自動的にdata.frameになっています。

補足:カスタムダイアログ、例えばテキストボックスから値をR側に取り込むにはテキストボックスに指定した識別子を%%で囲んで記述する。    

関数

その他

Rpluginをインストールすると、Rのライブラリフォルダにspss_17.0なるものが作成される。ただし、このパッケージはRからは呼び出すことはできない。

参考リンク

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Last-modified: 2015-03-01 (日) 01:15:59