目次

目的

なぜかSPSS17.0でRが使える。(本当は16から使えるらしい)
SPSSが何故このようなことをやりだしたのかは不明だが、Rユーザーの裾野を広げるためには有効だと思う。(本気?)
さあ!SPSSを使っているみなさん、心置きなくRを使いましょう!

メリット

  • SPSS Baseのみで、SPSSの高価な(無駄な?)オプションを買わなくても、無料のRで代用できる。
  • SPSSで空間統計ができる(結局Rだが)

コメント(最新)


  • ソフトを切り替えずに(手動でRを起動せずに)モザイクプロットなんかを作れて便利ですね。しかし、SPSSの出力画面に表示されるRのグラフはビットマップ画像でしょうか。印刷用メタファイルを得るためには、結局Rを手動で起動してグラフを作成するしかないという認識でただしいでしょうか? -- K? 2010-09-30 (木) 14:04:16
  • R2.9.1ではインストールさせてもらえず...2.7.2に戻してようやくインストールできました。 -- inoue? 2009-08-12 (水) 16:54:45
  • SPSSも地に落ちたもんですね。流石にがっかり。ところで、\の問題は解決してるんですかね? -- okinawa 2009-07-18 (土) 10:45:14
  • SPSS Ver.18 に R 本体とR 統合モジュールを付けてリリース!! -- 2009-07-17 (金) 03:42:58
  • Gene.spdをほんの少し改良しました。自動でC:/にフォルダを作成します。説明不足でしたが現在の所、データ解析可能数は約7000までとなっています。luchama? 2009-02-02 (月) 11:13:31
  • いろいろな業界でマイクロアレイ解析の機会が増えていると思います。CELさえ手に入れれば自分で解析できます。SPSSでもできるよう例としてspdを作りました。皆様のアドバイスを頂きよりよいものを作成したいと思います。ちょっと工夫すれば高い費用を掛けずに解析ができます。 -- luchama? 2009-01-24 (土) 20:13:31
  • SPSSのシンタックスでファイルパスに/を使えれば問題ないのに・・・。Mac版は持っていないですが、Mac版だとそのままいけるかもしれませんね。 -- okinawa 2009-01-21 (水) 08:49:20
  • バックスラッシュの問題は要求はしてますが、なかなか改善されません。 -- luchama? 2009-01-21 (水) 08:24:50
  • dataframeのObject構造から自動的にdictを作成する関数が作れればいいですよね。SPSSのRplugin作っている人へ要求したほうがいいかも。(バックスラッシュの問題も) -- okinawa 2009-01-21 (水) 08:18:44
  • コメントありがとうございます。やはりdictをいじるしかなさそうですね。読み込みは簡単なのに・・・残念。 -- luchama? 2009-01-20 (火) 19:32:08
  • SPSS Statistics-R Integration Packageに書いてあります。 -- okinawa 2009-01-20 (火) 17:36:19
    BEGIN PROGRAM R.
    dict <- spssdictionary.GetDictionaryFromSPSS()
    print(dict)
    casedata <- spssdata.GetDataFromSPSS()
    varSpec <- c("meansal","Mean Salary",0,"F8","scale")
    print(varSpec)
    dict <- data.frame(dict,varSpec)
    print(dict)
    spssdictionary.SetDictionaryToSPSS("results",dict) <=ここ
    casedata <- data.frame(casedata,mean(casedata$salary))
    spssdata.SetDataToSPSS("results",casedata) <=ここ
    spssdictionary.EndDataStep() <=ここ
    END PROGRAM.
    spssdictionary.SetDictionaryToSPSSとspssdictionary.EndDataStep?ではさまれた部分でspssdata.SetDataToSPSSを実行するのではないでしょうか。dictにSPSS用のテーブルのフォーマットを記述して(変数ビューの中身)、ウインドウ名(ここではresult)といっしょに渡し、次にデータフレームを書いて、EndDataStep?でクローズする。
    新規にSPSSにデータフレームを渡す場合には、dictをデータフレームにあわせて作るしかないですね。
  • Rのデータフレームを新規にSPSSに取り込む方法がいまひとつわからない -- luchama? 2009-01-20 (火) 16:55:54
  • luchamaさん、一人でやるのはなかなかつらいので助かります。luchamaさんが書かれたコードも勉強させていただきます。よろしければ、色々追加・変更していただいてもかまいませんので今後ともよろしくお願いします。 -- okinawa 2009-01-10 (土) 14:30:45
  • SPSS with R 改め luchamaです。ヒートマップ作成spdを追加しました。解析内容はかなり偏っていると思いますが、コマンドの改変で対応できると思います。SPSSとRの連携に関して何かお手伝いできればと思います。 -- luchama? 2009-01-10 (土) 11:39:17
  • ↓すごい! -- okinawa 2009-01-10 (土) 09:02:54
  • マイクロアレイのヒートマップ作成spdを追加 -- SPSS with R? 2009-01-10 (土) 08:44:56
  • SPSSで地図表示追加 -- okinawa 2009-01-07 (水) 17:14:54
  • 内容追加 -- okinawa 2009-01-06 (火) 17:40:27
  • SPSSでファイルを開きRにデータを転送するサンプル追加 -- okinawa 2009-01-03 (土) 17:22:04
  • SPSSシンタックスの%%識別子%%理解しました。結局コントロールで取得したパラメータの値を保持していて、シンタックスに埋め込めるというだけですね。コマンドシンタックスは昔とった杵柄なのでOKと。 -- okinawa 2009-01-02 (金) 14:14:11
  • spss17来た。あーコマンドシンタックスめんどくさ. だれかご存知の方いませんか?-- okinawa 2008-12-30 (火) 18:25:52
  • SPSS17.0のバージョンアップに伴い、プラグインもバージョンアップしています。バージョンアップの内容は不明。 -- 2008-12-26 (金) 14:42:04
  • もうすぐSPSS17が手に入りそうだ・・・。もちろん自腹ではない。手に入ったら、こちらも充実させようと思う。たのしみたのしみ・・・。 -- okinawa 2008-12-24 (水) 14:33:06

SPSSトライアルバージョン(英語版)/ Rpluginのダウンロード

SPSS(US)でspss17.0のトライアルバージョンを手に入れることができる(要登録)。
また、Rpluginは無償で公開されている。

SPSS:http://www.spss.com/downloads/Papers.cfm?ProductID=00035&Name=SPSS_Base
Rplugin:http://www.spss.com/devcentral/index.cfm?pg=plugins

ダウンロードしたファイルをそのままインストールする。(SPSSを先にインストールしないと、Rpluginはインストールできない)

利用(基本)

(1)SPSS起動

spss1.PNG

SPSS起動後、ダイアログが出るので[キャンセル]を押すと、データエディタ画面になる。

spss2.PNG


(2)シンタックス
シンタックスとは、Rコンソールのようなものです。

  • 新規シンタックスを作成
    spss3.PNG
  • シンタックス画面。ここにプログラムを書いていく。
    spss4.PNG

    (3)プログラム
    BEGIN PROGRAM R .
    ・・・
    END PROGRAM .
    ・・・の部分にRのプログラムを書いていく。
    spss6.PNG
  • 実行させる。
    spss7.PNG
  • 結果が出力画面に出力される。
    spss8.PNG

SPSSカスタムダイアログ

SPSSのカスタムダイアログビルダーで簡易なGUIプログラムが作成できる。プログラムはSPSSシンタックスに%%識別子%%で取得したパラメータを組み合わせたもので、本格的なものは作れない。(カスタムダイアログの作成はマニュアルを参照してください)

spss5.PNG

以下は、カスタムダイアログのサンプル(*.spd)です。インストールは、ユーティリティのカスタムダイアログのインストールで行ってください。ユーティリティ内にインストールされます。

SPSSでファイルを開きRにデータを転送するサンプル

ダイアログとファイルブラウザコントロールのみ使用。起動するコマンドシンタックスは以下の通り。

GET FILE=%%item_7%%.
BEGIN PROGRAM R.
casedata <- spssdata.GetDataFromSPSS()
plot(casedata[1:2])
END PROGRAM.

%%item_7%%がファイルブラウザコントロールから受け取るパラメータ(読み込むファイルのパス)
注意)現在、%%item_7%%をR内で使おうとすると¥がうまく処理できないためエラーとなる。元々、SPSSシンタックスのファイルパスのセパレータは/じゃなかったの?
この辺はRpluginのパッケージで関数作ってなんとかして欲しいところ。

  • ユーティリティに追加されたところ
    spss10.PNG
  • 実行
    spss11.PNG
  • 任意のsavをロードしてデータフレームの1と2でプロット(もちろん日本語もOK)
    spss15.PNG

  • カスタムダイアログの内部構造
    *ダイアログ設定画面
    spss12.PNG
    *コントロール
    spss13.PNG
    *シンタックス
    spss14.PNG

SPSSで地図表示

SPSSでできないものに空間統計があるが、Rではお手の物。
空間的なデータの分析の地図作成練習用データからGISdata.zipをダウンロードし、C:直下に解凍する。 C:/GISdata となるように。

spss16.PNG

任意のShapeFileのパスを指定してプロット

spss17.PNG

マイクロアレイのヒートマップ作成

SPSSではできない、マイクロアレイデータのヒートマップ表示。
spdを実行する前にRで以下のコマンドを実行

install.packages(c("gplots","amap","RColorBrewer?"))
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(c("Heatplus", "genefilter"))

結果はC:/遺伝子解析結果に出力可能。

CELファイルの正規化

・チップはAffymetrix GeneChip? mouse430 2を想定
・MAS5後に結果を列ごとにmedianで割りLog2に数値化
・正規化手法を変更する場合はコード内の"MAS5"を変更してください
・EntrezおよびGenesymbolをアノテーション
・結果は解析フォルダ内にcsvで出力
・メニューの場所:分析-GeneCEL
注意  解析フォルダを選択する際には手入力で"\"を"/"に変更して下さい。
 変更しないとエラーになります。また、解析には時間がかかります。

spdを実行する前にRで以下のコマンドを実行

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(c("affy", "mouse4302.db", "mouse4302cdf"))

ファイルは例として次からダウンロード
解凍せずにそのまま使用可能
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/geo/DATA/supplementary/samples/GSM160nnn/GSM160432/GSM160432%2ECEL%2Egz
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/geo/DATA/supplementary/samples/GSM160nnn/GSM160435/GSM160435%2ECEL%2Egz

SPSSのデータセットからR側にデータを取り込む

SPSSのデータセットからR側にデータを取り込むには、spssdata.GetDataFromSPSS()関数を使う。

BEGIN PROGRAM R.
casedata <- spssdata.GetDataFromSPSS()
print(casedata)
END PROGRAM.

とりこまれたデータは、自動的にdata.frameになっています。

補足:カスタムダイアログ、例えばテキストボックスから値をR側に取り込むにはテキストボックスに指定した識別子を%%で囲んで記述する。    

関数

  • Get information about data files in the current SPSS Statistics session
    spssdata.GetCaseCount
    spssdata.GetDataSetList
    spssdata.GetSplitVariableNames
    spssdictionary.GetDataFileAttributeNames
    spssdictionary.GetDataFileAttributes
    spssdictionary.GetDictionaryFromSPSS
    spssdictionary.GetMultiResponseSetNames
    spssdictionary.GetMultiResponseSet
    spssdictionary.GetUserMissingValues
    spssdictionary.GetValueLabels
    spssdictionary.GetVariableAttributeNames
    spssdictionary.GetVariableAttributes
    spssdictionary.GetWeightVariable
    spssdictionary.IsWeighting
    spssxmlworkspace.CreateXPathDictionary
    spssxmlworkspace.EvaluateXPath
  • Get data from the active dataset and create new datasets
    spssdata.GetDataFromSPSS
    spssdata.GetSplitDataFromSPSS
    spssdata.SetDataToSPSS
    spssdictionary.CreateSPSSDictionary
    spssdictionary.SetDataFileAttributes
    spssdictionary.SetDictionaryToSPSS
    spssdictionary.SetMultiResponseSet
    spssdictionary.SetUserMissing
    spssdictionary.SetValueLabel
    spssdictionary.SetVariableAttributes
  • Create pivot tables
    spsspivottable.Display
  • Get output results
    spssxmlworkspace.EvaluateXPath
  • Control Display of R Graphics
    spssRGRaphics.Submit
    spssRGRaphics.SetOutput
  • Get version information
    GetSPSSPlugInVersion
    GetSPSSVersion
    spsspkg.Version
  • Locale and Output Language Settings
    GetSPSSLocale
    SetOutputLanguage

その他

Rpluginをインストールすると、Rのライブラリフォルダにspss_17.0なるものが作成される。ただし、このパッケージはRからは呼び出すことはできない。

参考リンク

コメントバックアップ1

  • R and SPSS によると、上にあるプラグイン"SPSS-R integration Plug In"が使えるって?
  • SPSS クローン、PSPP で、R を呼び出せないかな。
  • 表から引っ越ししてきました。 -- okinawa 2008-09-27 (土) 09:04:32
  • 個人的には、Rでサンプルサイズ1億以上のデータを扱えるなら、SASなんか使いませんよ. -- 2008-09-27 (土) 10:11:36
  • ff packageとか使っても1億以上のデータは扱えないのでしょうか? -- okinawa 2008-09-27 (土) 17:19:05
  • サンプルサイズが1億とはいっても,変数の数がいくつかで可否は分かれるのでは。変数も1万とか1億じゃ無理でしょ(^_^;)まあ。計算時間はおいておくとしましょう。 -- 2008-09-27 (土) 18:01:45
  • 本当なら、Enterprise R とか Standard R とか、利用者のタイプでのランク分けが必要なんでしょうね。 -- okinawa 2008-09-27 (土) 18:38:23
  • UseR!2008でもGUI部分の発表がいくつもありましたが、決定打は、なかなかないですね。RのRによるRのためのGUIがでてこないかな〜。 -- okinawa 2008-09-27 (土) 18:42:07
  • どんな場合にもRを使いましょうということ自体硬直しているんで,目的・場合に応じて,ふさわしいものを使えばよいだけでしょう。自分の用途でRが使える使えないといっても,意味ない。あなたがRは駄目だと思えばそうなんだし,Rが最高と思えばそうなんだし。Rを支持する人の割合が重要なんでしょう。 -- 2008-09-27 (土) 20:06:43
  • そういう意味では、SPSSや他の統計分析ソフトででRが使えるようになるのは、R支持者を広めるのには役立つと思うのでOKと。お騒がせしました。 -- okinawa 2008-09-29 (月) 10:24:11
  • つまり, RにGUIを付けたとすれば, ヘルプ機能には冴子先生ならぬリプリー先生がついて来る訳ですね. わかります.:-) -- なかま 2008-10-03 (金) 12:19:28
  • うっ、偉すぎる。R女史っていないのでしょうか? -- 2008-10-03 (金) 18:01:49
  • 冴子先生 って誰? -- 2008-10-03 (金) 18:22:19
  • http://www.wdic.org/w/MOE/%E5%86%B4%E5%AD%90%E5%85%88%E7%94%9F -- 2008-10-03 (金) 18:42:23
  • SPSS17からRの使い方がいまひとつわからん。 -- 2008-10-04 (土) 18:04:25
  • SPSS17が手元にないので想像の域を出ませんが、R pluginを入れてカスタムダイアログビルダーで画面を作るんじゃないでしょうか。 -- okinawa 2008-10-05 (日) 08:49:08
  • SPSS17からRが使えました。図の出力等に便利です。コマンドの受け渡しはシンタックスから簡単におこなえます。これで、オプションの購入が必要なくなるかも? -- 2008-10-07 (火) 20:11:16
  • できましたら、利用方法などを公開していただけませんでしょうか?よろしくお願いします。 -- okinawa 2008-10-07 (火) 22:30:22
  • SPSS17からRの使い方簡単なまとめ  �SPSS Statistics Base via R pluginの対応するR2.7をインストール �http://www.spss.com/devcentral/にアクセスしSPSS Statistics Base via R pluginをダウンロードしインストール これで、SPSSのシンタックスから使えるようになります。 Rを呼び出すコマンドはSPSSのシンタックスに "BEGIN PROGRAM R. ・・・・ End PROGRAM" と記述することで可能です。 Rのコマンドは・・・・の所に記述することにより使用可能です。 使い始めたばかりですが、Rを呼び出すコマンドの前にspssのコマンドを記述することにより、高度な連携が可能です。もちろん、ダイアログに登録し使うことができます。Rを簡単にGUIで使用でき感動です。  -- SPSS with R? 2008-10-14 (火) 21:11:45
  • Oops! 信頼できない証明書を受け入れてはいけない... -- 匿名希望? 2008-10-15 (水) 00:16:31
  • ありがとうございました。 -- okinawa 2008-10-15 (水) 09:30:52
  • どうやら、対応するRのバージョンはプラグインをインストールする際にRのフォルダを指定すれば、2.70以外でも動きます。 -- SPSS with R? 2008-10-15 (水) 10:09:24
  • spss17の現物を持ってないので、トライアルバージョンで試してみました。簡単にできますね。 -- okinawa 2008-10-15 (水) 11:35:53
  • でもTinn-Rを使ってるので、なんか違和感ありますね。SPSSの「きもい」動きも昔のまま。 -- okinawa 2008-10-15 (水) 11:56:10
  • これで、SPSSで空間統計が利用できるようになった(上に書いてあるけど)。SASには地球統計があるけど -- 2008-10-15 (水) 13:49:51
  • おお!そうじゃった。ちゃんとmaptoolsも使えるではないか。 -- okinawa 2008-10-15 (水) 14:07:44
  • だんだん慣れてきたら、結構つかいやすいのう。でもSPSSは高いのう。 -- okinawa 2008-10-15 (水) 14:09:15
  • しかし、これでは、SPSS のオプション統計パッケージの販売に影響が出るのでは? -- 秋の夕暮れ? 2008-10-15 (水) 14:58:51
  • 日本語もちゃんと通りますね。 -- okinawa 2008-10-15 (水) 15:22:57
  • 日本語版のSPSS17でも動作するのでしょうか? -- 2008-10-16 (木) 01:55:07
  • 日本語版で使用できますよ。もちろん日本語も通ります。 -- SPSS with R? 2008-10-16 (木) 08:05:14
  • SPSS with R さん、ご親切にありがとうございます。 -- 2008-10-16 (木) 10:22:58
  • この際、SPSS のオプション統計パッケージのR版のプログラムを公開するとか。(なんか本書けそうですね。どなたかやられてみてはいかがでしょうか。SPSS経由でRに引きずり込むと。) -- okinawa 2008-10-16 (木) 10:35:00
  • SPSS&R使って思ったのですが、SPSSは結局のところDataEditor?(Excel似)から統計機能が使えるようになってるだけですね(SAS-JMPもそうだし)。もしかして、RにDataEditor?の「すごいの」があればいいのかもしれない。 -- okinawa 2008-10-16 (木) 10:44:21

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