Rを引用する
Rを使った研究成果を論文化するときに、どのように記述するかを一緒に考えましょう。
引用文献リストのフォーマットは投稿先雑誌の指定に従いますが、その内容はcitation()で表示されるものでよいと思います。しかし、 実際の論文を見ると、citation()の書誌情報以外にR.Ihaka and R.Gentleman (1996)を引用している文献も見られます。
Ihaka, R., and R. Gentleman. 1996. R: a language for data analysis and graphics. J. Comp. Graph. Stat. 5:299-314. Available via http://www.R-project.org.
これが必要なBibTeXユーザは下記をコピーして使います。
@Article{ihak:gent:1996, author = {Ross Ihaka and Robert Gentleman}, title = {R: {A} Language for Data Analysis and Graphics}, journal = {Journal of Computational and Graphical Statistics}, year = 1996, volume = 5, number = 3, pages = {299--314}, url = {www.r-project.org} }
この他にも下記のようなものもあります。
R is a language and environment for statistical computing and graphics similar to S http://cran.r-project.org/.
Rの書誌情報が必要なときは
> citation() To cite R in publications use: R Core Team (2016). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. URL https://www.R-project.org/. A BibTeX entry for LaTeX users is @Manual{, title = {R: A Language and Environment for Statistical Computing}, author = {{R Core Team}}, organization = {R Foundation for Statistical Computing}, address = {Vienna, Austria}, year = {2016}, url = {https://www.R-project.org/}, } We have invested a lot of time and effort in creating R, please cite it when using it for data analysis. See also ‘citation("pkgname")’ for citing R packages.
とします。この出力をコピー&ペースとして利用します。文献管理ソフトなどを使わずに原稿の中に直接書く場合には、投稿規定に合わせて適切に加工してください。BibTeXを使う人は、上記のBibTeX形式データには引用キーがないことに注意してください(親切で意図的に引用キーを抜いていると思われる)。
citation()の出力の中でBibTeX形式 のところだけ欲しい場合は、toBibtex()を使います。
> toBibtex(citation()) @Manual{, title = {R: A Language and Environment for Statistical Computing}, author = {{R Core Team}}, organization = {R Foundation for Statistical Computing}, address = {Vienna, Austria}, year = {2016}, url = {https://www.R-project.org/}, }
これをbibファイルとして保存したい場合は、
> write(toBibtex(citation()),file="bibファイル")
とします。既存のbibファイルに追記したい場合は、パイプやcatが使える環境なら、
> write(toBibtex(citation()),file="| cat >> test.bib")
とすれば既存のtest.bibに追記されます。R本体だけはなく、パッケージも引用したい場合は、
citation("パッケージ名")
とします。例えば
> citation("maptools") To cite package 'maptools' in publications use: Nicholas J. Lewin-Koh and Roger Bivand (2005). maptools: tools for reading and handling shapefiles. R package version 0.5-2. A BibTeX entry for LaTeX users is @Manual{, title = {maptools: tools for reading and handling shapefiles}, author = {Nicholas J. Lewin-Koh and Roger Bivand}, year = {2005}, note = {R package version 0.5-2}, } ATTENTION: This citation information has been auto-generated from the package DESCRIPTION file and may need manual editing, see 'help("citation")' .
とします。これも同様にBibTeX形式のところだけ欲しい場合はtoBibTeX()を使います。
bibファイルを他の文献管理ソフトウェアの形式に変換するには、Bibutilsを使います。UNIX(SunOS, IRIX)版、Linux版、OSX版、Windows版などが用意されています。VineLinuxであればVinePlus extrasに用意されているので、
# apt-get install bibutils
でネットワークインストールされます。簡単でしょ(^o^)/
ターミナル(Windowsの場合はコマンドプロンプト?)で次のようにすればBibTeX形式をEndNote形式に変換できます。
$ bib2xml bibファイル | xml2end > endnoteファイル
さて、Rの中で処理を完結するには、例えば
> write(toBibtex(citation(),file='/tmp/tmp.bib') > system('bib2xml /tmp/tmp.bib | xml2end > /tmp/tmp.end')
とすると下記のようなtmp.endができているはず。
%0 Generic %T R: A Language and Environment for Statistical Computing %A Team, R. Core %A R Foundation for Statistical Computing %D 2016 %C Vienna, Austria %F Team2016 %U https://www.R-project.org/
また、system()を使わずにそのままwrite()の中ですませることもできます。
> write(toBibtex(citation()),file="| bib2xml | xml2end > test.end") bib2xml: Processed 1 references. xml2end: Processed 1 references.
RIS形式は広く使われているので、bibファイルのインポートに対応していなくても、RIS形式にすればインポートできる可能性が大きい。
$ bib2xml bibファイル | xml2ris > risファイル
投稿先のエディタが指示する通りに表記するのが基本です。しかし、どう書いてよいか分からない場合は、とりあえず本文中にはRとそのバージョンを書いて、引用記号を付けたらよいでしょう。使用パッケージも同様にすればよいと思います。
例えばこんな感じはどうでしょう。
A one-way repeated-measure multivate analysis of variance (manova; R Ver 2.2.1 [1]) was used on each of the dependent variables A, B and C to test for significant differences over time. References [1] R Development Core Team (2005). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. ISBN 3-900051-07-0, URL http://www.R-project.org.
JJCO投稿に際しての統計解析結果のレポートに関するガイドラインの1-1-8 統計解析に用いたソフトウェアが参考になるかも。
また、使用ソフトウェアを記述するときに製作会社(ソフトウェアハウスまたは販売元)も併記する習慣もあります。そのような場合は・・・みなさんどうしています?