Rを引用する

Rを使った研究成果を論文化するときに、どのように記述するかを一緒に考えましょう。

引用文献リストの表記

引用文献リストのフォーマットは投稿先雑誌の指定に従いますが、その内容はcitation()で表示されるものでよいと思います。しかし、 実際の論文を見ると、citation()の書誌情報以外にR.Ihaka and R.Gentleman (1996)を引用している文献も見られます。

Ihaka, R., and R. Gentleman. 1996. R: a language for data analysis
and graphics. J. Comp. Graph. Stat. 5:299-314. Available via
http://www.R-project.org.

これが必要なBibTeXユーザは下記をコピーして使います。

@Article{ihak:gent:1996,
  author = 	 {Ross Ihaka and Robert Gentleman},
  title = 	 {R: {A} Language for Data Analysis and Graphics},
  journal = 	 {Journal of Computational and Graphical Statistics},
  year = 	 1996,
  volume =	 5,
  number =	 3,
  pages =	 {299--314},
  url =         {www.r-project.org}
}

この他にも下記のようなものもあります。

R is a language and environment for statistical computing
and graphics similar to S http://cran.r-project.org/.

citation()の使い方

Rの書誌情報が必要なときは

> citation()

To cite R in publications use: 

  R Core Team (2016). R: A language and environment for statistical
  computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria.
  URL https://www.R-project.org/. 

A BibTeX entry for LaTeX users is

  @Manual{,
    title = {R: A Language and Environment for Statistical Computing},
    author = {{R Core Team}},
    organization = {R Foundation for Statistical Computing},
    address = {Vienna, Austria},
    year = {2016},
    url = {https://www.R-project.org/},
  }

We have invested a lot of time and effort in creating R, please cite it
when using it for data analysis. See also ‘citation("pkgname")’ for
citing R packages.

とします。この出力をコピー&ペースとして利用します。文献管理ソフトなどを使わずに原稿の中に直接書く場合には、投稿規定に合わせて適切に加工してください。BibTeXを使う人は、上記のBibTeX形式データには引用キーがないことに注意してください(親切で意図的に引用キーを抜いていると思われる)。

citation()の出力の中でBibTeX形式 のところだけ欲しい場合は、toBibtex()を使います。

> toBibtex(citation())
@Manual{,
  title = {R: A Language and Environment for Statistical Computing},
  author = {{R Core Team}},
  organization = {R Foundation for Statistical Computing},
  address = {Vienna, Austria},
  year = {2016},
  url = {https://www.R-project.org/},
}

これをbibファイルとして保存したい場合は、

> write(toBibtex(citation()),file="bibファイル")

とします。既存のbibファイルに追記したい場合は、パイプやcatが使える環境なら、

> write(toBibtex(citation()),file="| cat >> test.bib")

とすれば既存のtest.bibに追記されます。R本体だけはなく、パッケージも引用したい場合は、

citation("パッケージ名")

とします。例えば

> citation("maptools")
To cite package 'maptools' in publications use:

 Nicholas J. Lewin-Koh and Roger Bivand (2005). maptools: tools for
 reading and handling shapefiles. R package version 0.5-2.

A BibTeX entry for LaTeX users is

 @Manual{,
   title = {maptools: tools for reading and handling shapefiles},
   author = {Nicholas J. Lewin-Koh and Roger Bivand},
   year = {2005},
   note = {R package version 0.5-2},
 }

ATTENTION: This citation information has been auto-generated from the
package DESCRIPTION file and may need manual editing, see
'help("citation")' .

とします。これも同様にBibTeX形式のところだけ欲しい場合はtoBibTeX()を使います。

BibTeX以外の文献管理ソフトウェアへのエキスポート

bibファイルを他の文献管理ソフトウェアの形式に変換するには、Bibutilsを使います。UNIX(SunOS, IRIX)版、Linux版、OSX版、Windows版などが用意されています。VineLinuxであればVinePlus? extrasに用意されているので、

# apt-get install bibutils

でネットワークインストールされます。簡単でしょ(^o^)/

EndNote?形式に変換する

ターミナル(Windowsの場合はコマンドプロンプト?)で次のようにすればBibTeX形式をEndNote?形式に変換できます。

$ bib2xml bibファイル | xml2end > endnoteファイル

さて、Rの中で処理を完結するには、例えば

> write(toBibtex(citation(),file='/tmp/tmp.bib')
> system('bib2xml /tmp/tmp.bib | xml2end > /tmp/tmp.end')

とすると下記のようなtmp.endができているはず。

%0 Generic
%T R: A Language and Environment for Statistical Computing
%A Team, R. Core
%A R Foundation for Statistical Computing
%D 2016
%C Vienna, Austria
%F Team2016
%U https://www.R-project.org/

また、system()を使わずにそのままwrite()の中ですませることもできます。

> write(toBibtex(citation()),file="| bib2xml | xml2end > test.end")
bib2xml: Processed 1 references.
xml2end: Processed 1 references.

RIS形式に変換する

RIS形式は広く使われているので、bibファイルのインポートに対応していなくても、RIS形式にすればインポートできる可能性が大きい。

$ bib2xml bibファイル | xml2ris > risファイル

本文中の記述

投稿先のエディタが指示する通りに表記するのが基本です。しかし、どう書いてよいか分からない場合は、とりあえず本文中にはRとそのバージョンを書いて、引用記号を付けたらよいでしょう。使用パッケージも同様にすればよいと思います。

例えばこんな感じはどうでしょう。

A one-way repeated-measure multivate analysis of variance (manova; R Ver 2.2.1 [1]) 
was used on each of the dependent variables A, B and C to test for significant
differences over time.

References
[1] R Development Core Team (2005). R: A language and environment for statistical
  computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. ISBN
  3-900051-07-0, URL http://www.R-project.org. 

JJCO投稿に際しての統計解析結果のレポートに関するガイドラインの1-1-8 統計解析に用いたソフトウェアが参考になるかも。

また、使用ソフトウェアを記述するときに製作会社(ソフトウェアハウスまたは販売元)も併記する習慣もあります。そのような場合は・・・みなさんどうしています?


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Last-modified: 2016-12-15 (木) 21:16:07 (190d)