R Newsletter 掲載項目の日本語訳

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Volume 8/2, October 2008†

論評
rggobi 入門
bipartite パッケージ入門：生態学ネットワーク分析
profileModel R パッケージ：線形予測付きモデルのための目的変数のプロファイル
R でのテキストマイニング入門
animation: 統計アニメーション用パッケージ
VGAM パッケージ
非同一オブジェクトの比較
mvna: 多変量モデルのための Nelson Aalen 推定用パッケージプログラマーのニッチ： R の Y
R 2.8.0 の変更点
CRANでの変更
Bioconductor プロジェクトニュース useR! 2008 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71
今度のイベント: useR! 2009
今度のイベント: DSC 2009
R Foundation ニュース

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Volume 8/1, May 2008†

論評
LyX を使った Sweave の利用
取引コスト
欠損共変動情報をもつコーホートのための生存分析
segmented:Broken-Line 関係をもつ回帰モデルのあてはめのための R パッケージ
ドケチのしきい値のベイズ推定
R の自己回帰モデル
actuar パッケージを用いた Loss 分布の統計モデリング
Programmers’ Niche: R の多変量多項式
R ヘルプデスク
R 2.7.0 の変更点
CRANでの変更
Bioconductor プロジェクトニュース
今度のイベント: useR! 2008
R Foundation ニュース
R ニュース査読者

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Volume 7/3, December 2007†

論評
SpherWave: An R Package for Analyzing Scattered Spherical Data by SphericalWavelets . 2
R の行動分析にダイビング
R の非常に巨大な数：Brobdingnag パッケージの紹介
DPpackage を非パラメトリックおよびセミパラメトリック推論利用したインターフェース
gWidgets 入門
R に関する財務ジャーナリズム
ヒントが欲しいの？
心理学 Task View
meta: R 用メタ分析パッケージ
“Plug-In”パッケージによる R コマンダの拡張
多重テストパッケージ multtest の改善
R 2.6.1 の変更点
CRANでの変更

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Volume 7/2, October 2007†

論評
多変量解析用新関数
gnm: 一般化非線形モデルパッケージ
fmri: fmri データ分析パッケージ
Optmatch: 観測研究用の柔軟で最適なマッチング
R 用ランダム生存フォレスト
Rwui: R スクリプトのために、ユーザフレンドリーなウェブインターフェースを作成するウェブアプリケーション
np パッケージ: カテゴリカルおよび連続データのカーネル手法
eiPack: R × C 生態学推定および高次データ管理
ade4 パッケージ . II: 2テーブルおよび K テーブル手法
“The R Book”書評
R 2.6.0 の変更点
CRANでの変更
R Foundation ニュース
Bioconductor プロジェクトニュース
過去のイベント: useR! 2007
今度のイベント: useR! 2008
今度のイベント: ミュンヘンでの R コース

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Volume 7/1, April 2007†

論評

hexView を使ったバイナリファイルの表示
FlexMix: 有限混合モデリング用 R パッケージ
Using R to Perform the AMMI Analysis on Agriculture Variety Trials
Inferences for Ratios of Normal Means
未知の変数を使った作業
ランダム効果モデルの当てはめ用新パッケージ
R 増強用 \unix ツール
POT: 閾値を越えるピークのモデリング
Backtests
John Verzaniの著書"Using R for Introductory Statistics"のレビュー
DSC 2007
新雑誌: Annals of Applied Statistics
今度のイベント：useR! 2007
R 2.5.0 の変更点
CRANでの変更
R Foundation ニュース
R News Referees 2006

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Volume 6/5, December 2006†

論評 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
グラフとネットワーク: Bioconductor のツール群 . . . . . . 2
グラフを使ったパッケージの依存関係のモデリング. . . . . . 8
Microscopy Screens の画像解析 . . . . . . . . . . . . . . 12
beadarray: Illumina BeadArrays 解析用 R パッケージ. . . . 17
高密度タイリングアレイを用いたトランスクリプトマッピング .23
Bioconductor を用いたフローサイトメトリーデータの分析. . 27
- はじめに. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
- 議論と結論. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
apComplex を用いたタンパク質複合体メンバーシップ推定. . .32
Bioconductor による SNP メタデータアクセスと利用
- 遺伝子レベルの情報の取得 . . . . . . . . . . . . . . . 36
- ゲノム全体の連関探索研究 . . . . . . . . . . . . . . . 37
  - データ表現 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
  - 連関テスト . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
- 結論 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
biomaRt を用いた生物学データリソースの R への統合. . . .40
siggenes を用いた分析対象の遺伝子の同定. . . . . . . . 45
GeneNet パッケージを使った遺伝子ネットワークのリバースエンジニアリング . 50
made4 および ade4 を利用したデータセットの統合化の多変量アプローチ. . . 54
巨大クラスタリング用 amap および ctc 両パッケージ . 58
モデルベースのマイクロアレイ画像分析 . . . . . . . . 60
ssize パッケージを利用したマイクロアレイ実験のための標本サイズ推定 . . . 64

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Volume 6/4, October 2006†

論評 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
Sweave および Open Document 形式. odfWeave パッケージ . . . . . . . . . . . . . . . 2
plotrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
- parting glance
rpanel: tcltk を使ってグラフを動かす. . . . 12
気候変動議論における R の役割 . . . . . . 17
filehash パッケージを使ったデータの対話 19
- 概要と動機
- R 関連パッケージ
- filehash データベースの作成
- filehash データベースへのアクセス
- filehash データベースのロード
- 整理
- 大きな例
- 他の filehash ユーティリティ
- filehash データベースバックエンド
- filehash の拡張
- 議論
R の特殊関数: gsl パッケージの紹介 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
- はじめに
- パッケージデザイン哲学
  - パッケージドキュメンテーション
- パッケージ gsl の利用
- 要約
SIMEX および MCSIMEX　の簡潔な入門. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
- 理論
- 分散推定
- 例
  - 連続データ
  - 離散データ
- 要約
バイナリの反応のパラメトリックリンク . . . . . 32
- 実装
- 例
- 結論
- 謝辞
Birnbaum-Saunders 新パッケージ
Fionn Murtagh の著作の書評: Java と R を使った対応分析とデータコード化 . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
- 本の中身
- 対応分析の再生
- 取り扱われていない話題
- 重要な注意
- ソフトウェア実装
R ヘルプデスク . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
- はじめに
- R コードソース
  - 名前空間に隠蔽されたコード
  - S3 および S4
- コンパイルされたコードソース
- 最前線
- 要約
useR! 2006, 第2回 R ユーザ会 . . 45
R の変更 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
- 新規貢献パッケージ
- その他の変更
CRANでの変更 . . . . . . . . . . . . . . . . 55
R Foundation ニュース . . . . . . . . . . . . . . . . 63
- 寄付と新メンバー
  - 新サポート機関
  - 新サポートメンバー
Bioconductor プロジェクトニュース

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Volume 6/3, August 2006†

論評．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．1
カルボン酸の分離を最適化するための非線形回帰．．．．．．．．．2
- 実施例
- 初期値
- 部分線形モデル
- 自動開始非線形回帰分析
- 公表データとの比較
- 診断
- 結果のさらなるプレゼン
- 最後に一言
生物学的検定および毒性試験からの用量-反応曲線のあてはめ．．． 7
pls パッケージ．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．． 12
- はじめに
- 典型的な利用方法
- 多重応答モデル
- 柔軟なクロスバリデーション
- 内部構造と拡張
化学におけるモデルベースのいくつかのクラスタアプリ．．．． 17
X 線粉末回折パターンのデータベースのマッピング．．．．．．． 24
R による分子情報の生成、使用および可視化．．．．．．．．．． 28

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Volume 6/2, May 2006†

論評
確率分布のための S4 クラス
- 動機
- 概念
- クラス構成
  - 確率分布クラス
  - シミューレーションクラスおよび評価クラス
- メソッド
  - アフィン線形変換
  - 単項数学演算子
  - rより d, p, および q の構築
  - 畳み込み
  - シミュレーション
  - オーバーロードしたジェネリック関数
- オプション
- オプション
- システム/バージョン要件等
- 事例
- 詳細/雑事
- 謝辞
regress 関数
外れ値のためのデータ処理
R　での持分金融資産(equity portfolios)分析
GroupSeq: 群逐次法を利用した臨床試験のデザイン
日々の臨床診療での R/Sweave の利用
changeLOS: An R-package for change in length of hospital stay based on the Aalen-Johansen estimator
バルーンプロット
R とgraphviz を使った系図の描画
PostScript および PDF グラフィックスの非標準フォント
doBy パッケージ
Rを使った Normed division algebras :onion パッケージの紹介
抵抗回路網 R: ResistorArray パッケージの紹介
いいもの、悪いもの、見苦しいもの。 Paul Murrellの新刊: “R Graphics”のレビュー
R の変更
CRANでの変更
R Foundation ニュース
Bioconductor プロジェクトニュース
今度のイベント: DSC 2007

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Volume 6/1, March 2006†

論評
MCMCpack を使った R の応用ベイズ推定
CODA: MCMC の収束診断と出力解析
ベイズソフトウェアの検証
BUGS のオープン化
- BUGS の仕組み
- 計算と推定
- ソフトウェア開発
- メタプログラミング
- BRugs: R 用インターフェース
- BRugs セッション
- 展望
- BUGS 言語
- 影響
- データ
- 正確さ
- グラフ上での計算
- 展望
R を利用したベイズデータ分析
正誤表

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Volume 5/2, November 2005†

論評
BMA: Bayesian Model Averaging 用 R パッケージ
R の空間データ用クラスとメソッド
- sp パッケージの意義と，これが提供するクラスとメソッドに関する簡単な解説が中心。
- クラスおよび実装
- メソッド
- Trellis マップ
- GIS との接続
- R パッケージとの接続
- 追加情報と将来
- 謝辞
Condor DAG を使用した処理が長くかかる R のジョブの実行
rstream: 確率シミュレーションの乱数ストリーム
mfp
crossdes
R ヘルプデスク
R変更点
CRANの変更点
今後のイベント: useR! 2006