R Journal / R Newsletter 掲載項目の日本語訳

R news は、2009年より、R Journal になりました

このため、R Newsletter 掲載項目の日本語訳を編集し、新たにページを作成しました

最新のものが上に来るように配置換えしました

R Journal 2009 -

VOLUME 4/1, June 2012 †

論評

投稿研究論文
季節的データの分析
MARSS: 時系列データ分析のための多変量自己回帰状態空間モデル
openair - Data Analysis Tools for the Air Quality Community
外部ライブラリーインターフェース
Vdgraph: A Package for Creating Variance Dispersion Graphs
xgrid and R: Parallel Distributed Processing Using Heterogeneous Groups of Apple Com- puters
maxent: An R Package for Low-memory Multinomial Logistic Regression with Support for Semi-automated Text Classification
Sumo: An Authenticating Web Application with an Embedded R Session

From the Core
- Who Did What? The Roles of RPackage Authors and Howto Refer to Them

ニュースと覚書
- R の変更点
- CRAN の変更点
- R Foundation ニュース

↑

VOLUME 3/2, December 2011 †

論評

投稿研究論文

Creating and Deploying an Application with (R)Excel and R

glm2: Fitting Generalized Linear Models with Convergence Problems

Implementing the Compendium Concept with Sweave and DOCSTRIP

Watch Your Spelling!

Ckmeans.1d.dp: Optimal k-means Clustering in One Dimension by Dynamic Programming

Nonparametric Goodness-of-Fit Tests for Discrete Null Distributions

Using the Google Visualisation API with R

GrapheR: a Multiplatform GUI for Drawing Customizable Graphs in R

rainbow: An R Package for Visualizing Functional Time Series

Programmer’s Niche

Portable C++ for R Packages

ニュースと覚書

R’s Participation in the Google Summer of Code 2011

カンファレンス講評: useR! 2011

今度のイベント

R の変更点
CRAN の変更点

Bioconductor プロジェクトからのニュース

R Foundation ニュース

↑

VOLUME 3/1, June 2011 †

論評

投稿研究論文

testthat: Get Started with Testing

メーリングリストの計数ベースのソーシャルネットワーク分析

Rmetrics - timeDate パッケージ

digitize パッケージ: 散布図から，数値データを読み取る

DEoptim を用いた微分展開

rworldmap: 全球マッピング用新Ｒパッケージ

R を用いた暗号ブール関数

R のラスター画像

R における確率的気象予測

Analyzing an Electronic Limit Order Book

ヘルプデスク

Giving a useR! Talk

Tips for Presenting Your Work

書評

Forest Analytics with R (Use R)

ニュースと覚書

Conference Review: Third Meeting of Polish R Users, The Influenza Challenge

Conference Review: Kickoff Workshop for Project MOSAIC

R の変更点

Changes on CRAN

Bioconductor プロジェクトからのニュース

↑

VOLUME 2/2, December 2010 †

論評

投稿研究論文

R で微分方程式を解く

Source References

hglm: 階層一般化線形モデルあてはめパッケージ

dclone: Data Cloning in R

stringr: modern, consistent string processing

Bayesian Estimation of the GARCH(1,1) Model with Student-t Innovations

cudaBayesreg: Bayesian Computation in CUDA

binGroup: A Package for Group Testing

RecordLinkage パッケージ：データエラーの検出

spikeslab: Spike 及び Slab 回帰を使う予測と変数選択

コアより

新着情報

ニュースと覚書

useR! 2010

今度のイベント

R での変更点

CRAN の変更点

Bioconductor プロジェクトニュース

R Foundation ニュース

↑

VOLUME 1/2, December 2010†

論評

投稿研究論文

IsoGene: An R Package for Analyzing Dose-response Studies in Microarray Experiments

glmmBUGS を用いた一般化線形混合モデルのための MCMC

国の形状の地図化と計測

tmvtnorm: 打ち切られた多変量正規分布のためのパッケージ

neuralnet: ニューラルネットワークのトレーニング

glmperm: A Permutation of Regressor Residuals Test for Inference in Generalized Linear Models

オンラインの再現可能研究: バクテリアのDNA指紋データへの多変量解析の応用

離散データに対する両側正確検定とマッチングされた信頼限界

書評
- 初心者のためのRのガイド

ニュースと覚書

カンファランスレビュー

NppToR 入門:Notepad++ と R の相互作用

R 2.10.1-2.11.1 での変更

CRAN での変更

Bioconductor プロジェクトニュース

R Foundation ニュース

↑

VOLUME 2/2, December 2009†

論評

特集： R の将来
- R プロジェクトの社会組織と軌跡の諸相

投稿研究論文

パーティをしよう！

ConvergenceConcepts : さまざまな種別の収束を調査する R パッケージ

asympTest: 大きなデータの古典的なパラメトリック検定と信頼区間のための単純な R パッケージ

copas: コーパス選択モデルのあてはめのための R パッケージ

R への移行: SAS, Stata 及び SUDDAN の健康政策分析テクニックの複製

Rattle: R 用データマイニング GUI

sos: R パッケージの検索ヘルプページ

コアより
- 新 R ヘルプシステム

ニュースと覚書
- カンファレンス講評: DSC 2009

カンファレンス講評:WZUR(2.0) - ポーランド R ユーザ第２回会合

R での変更点: 2.9.1-2.10.0 パッチ

CRAN の変更点

Bioconductor プロジェクトニュース

R Foundation ニュース

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VOLUME 1/2, December 2009†

論評
特集：R の将来
- R プロジェクトの社会組織と軌跡の諸相

投稿研究論文
- Party on!

ConvergenceConcepts : 収束のさまざまなモードを調査する R パッケージ

asympTest: 大規模サンプルでの古典的パラメトリック統計検定及び信頼区間のための簡単な R パッケージ

copas: コーパス選択モデルのあてはめのための R パッケージ

Transitioning to R への移行: 保健政策データの SAS, Stata, 及び SUDAAN の分析テクニックの再現

Rattle: R 用データマイニング GUI

sos: R パッケージのヘルプページの検索

コアより

新しい R のヘルプシステム

ニュースと覚書

カンファレンスレビュー: DSC 2009

カンファレンスレビュー: 第２回ポーランド R ユーザ会

R の変更点: 2.9.1-2.10.0 パッチ

CRAN の変更点
Bioconductor プロジェクトニュース
R Foundation ニュース

↑

VOLUME 1/1, May 2009†

論評
特集：R の将来
- R の諸相
- R-Forge を用いた協調的共同ソフトウエア開発

投稿研究論文
- R を使った図表の描画 Paul Murrell
- hwriter パッケージ
- AdMit: スチューデント t 分布の適応型混合
- expert: Expert Opinion を用いたデータのないモデリング
- mvtnorm: 多変量正規確率のための新数値アルゴリズム
- EMD: A Package for Empirical Mode Decomposition and Hilbert Spectrum
- Sample Size Estimation while Controlling False Discovery Rate for Microarray Experiments Using the ssize.fdr Package
- snowfall と sfCluster を使ったより容易な並列計算
- PMML:モデル共有のためのオープンスタンダード

ニュースと覚書
- 今度のイベント: R を利用した計量社会科学研究
- 今度のイベント: DSC 2009
- 今度のイベント: useR! 2009
- カンファレンスレビュー：第１回中国 R 会議
- R 2.9.0 での変更点
- CRAN の変更点
- Bioconductor プロジェクトニュース
- R Foundation ニュース

R News 2001 - 2008

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Volume 8/2, October 2008†

論評
rggobi 入門
bipartite パッケージ入門：生態学ネットワーク分析
profileModel R パッケージ：線形予測付きモデルのための目的変数のプロファイル
R でのテキストマイニング入門
animation: 統計アニメーション用パッケージ
VGAM パッケージ
非同一オブジェクトの比較
mvna: 多変量モデルのための Nelson Aalen 推定用パッケージプログラマーのニッチ： R の Y
R 2.8.0 の変更点
CRANでの変更
Bioconductor プロジェクトニュース useR! 2008 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71
今度のイベント: useR! 2009
今度のイベント: DSC 2009
R Foundation ニュース

↑

Volume 8/1, May 2008†

論評
LyX を使った Sweave の利用
取引コスト
欠損共変動情報をもつコーホートのための生存分析
segmented:Broken-Line 関係をもつ回帰モデルのあてはめのための R パッケージ
ドケチのしきい値のベイズ推定
R の自己回帰モデル
actuar パッケージを用いた Loss 分布の統計モデリング
Programmers’ Niche: R の多変量多項式
R ヘルプデスク
R 2.7.0 の変更点
CRANでの変更
Bioconductor プロジェクトニュース
今度のイベント: useR! 2008
R Foundation ニュース
R ニュース査読者

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Volume 7/3, December 2007†

論評
SpherWave: SphericalWavelets による球面散布データの分析 R パッケージ . 2
R の行動分析にダイビング
R の非常に巨大な数：Brobdingnag パッケージの紹介
DPpackage を非パラメトリックおよびセミパラメトリック推論利用したインターフェース
gWidgets 入門
R に関する財務ジャーナリズム
ヒントが欲しいの？
心理学 Task View
meta: R 用メタ分析パッケージ
“Plug-In”パッケージによる R コマンダの拡張
多重テストパッケージ multtest の改善
R 2.6.1 の変更点
CRANでの変更

↑

Volume 7/2, October 2007†

論評
多変量解析用新関数
gnm: 一般化非線形モデルパッケージ
fmri: fmri データ分析パッケージ
Optmatch: 観測研究用の柔軟で最適なマッチング
R 用ランダム生存フォレスト
Rwui: R スクリプトのために、ユーザフレンドリーなウェブインターフェースを作成するウェブアプリケーション
np パッケージ: カテゴリカルおよび連続データのカーネル手法
eiPack: R × C 生態学推定および高次データ管理
ade4 パッケージ . II: 2テーブルおよび K テーブル手法
“The R Book”書評
R 2.6.0 の変更点
CRANでの変更
R Foundation ニュース
Bioconductor プロジェクトニュース
過去のイベント: useR! 2007
今度のイベント: useR! 2008
今度のイベント: ミュンヘンでの R コース

↑

Volume 7/1, April 2007†

論評

hexView を使ったバイナリファイルの表示
FlexMix: 有限混合モデリング用 R パッケージ
Using R to Perform the AMMI Analysis on Agriculture Variety Trials
Inferences for Ratios of Normal Means
未知の変数を使った作業
ランダム効果モデルの当てはめ用新パッケージ
R 増強用 \unix ツール
POT: 閾値を越えるピークのモデリング
Backtests
John Verzaniの著書"Using R for Introductory Statistics"のレビュー
DSC 2007
新雑誌: Annals of Applied Statistics
今度のイベント：useR! 2007
R 2.5.0 の変更点
CRANでの変更
R Foundation ニュース
R News Referees 2006

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Volume 6/5, December 2006†

論評 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
グラフとネットワーク: Bioconductor のツール群 . . . . . . 2
グラフを使ったパッケージの依存関係のモデリング. . . . . . 8
Microscopy Screens の画像解析 . . . . . . . . . . . . . . 12
beadarray: Illumina BeadArrays 解析用 R パッケージ. . . . 17
高密度タイリングアレイを用いたトランスクリプトマッピング .23
Bioconductor を用いたフローサイトメトリーデータの分析. . 27
- はじめに. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
- 議論と結論. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
apComplex を用いたタンパク質複合体メンバーシップ推定. . .32
Bioconductor による SNP メタデータアクセスと利用
- 遺伝子レベルの情報の取得 . . . . . . . . . . . . . . . 36
- ゲノム全体の連関探索研究 . . . . . . . . . . . . . . . 37
  - データ表現 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
  - 連関テスト . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
- 結論 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
biomaRt を用いた生物学データリソースの R への統合. . . .40
siggenes を用いた分析対象の遺伝子の同定. . . . . . . . 45
GeneNet パッケージを使った遺伝子ネットワークのリバースエンジニアリング . 50
made4 および ade4 を利用したデータセットの統合化の多変量アプローチ. . . 54
巨大クラスタリング用 amap および ctc 両パッケージ . 58
モデルベースのマイクロアレイ画像分析 . . . . . . . . 60
ssize パッケージを利用したマイクロアレイ実験のための標本サイズ推定 . . . 64

↑

Volume 6/4, October 2006†

論評 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
Sweave および Open Document 形式. odfWeave パッケージ . . . . . . . . . . . . . . . 2
plotrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
- parting glance
rpanel: tcltk を使ってグラフを動かす. . . . 12
気候変動議論における R の役割 . . . . . . 17
filehash パッケージを使ったデータの対話 19
- 概要と動機
- R 関連パッケージ
- filehash データベースの作成
- filehash データベースへのアクセス
- filehash データベースのロード
- 整理
- 大きな例
- 他の filehash ユーティリティ
- filehash データベースバックエンド
- filehash の拡張
- 議論
R の特殊関数: gsl パッケージの紹介 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
- はじめに
- パッケージデザイン哲学
  - パッケージドキュメンテーション
- パッケージ gsl の利用
- 要約
SIMEX および MCSIMEX　の簡潔な入門. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
- 理論
- 分散推定
- 例
  - 連続データ
  - 離散データ
- 要約
バイナリの反応のパラメトリックリンク . . . . . 32
- 実装
- 例
- 結論
- 謝辞
Birnbaum-Saunders 新パッケージ
Fionn Murtagh の著作の書評: Java と R を使った対応分析とデータコード化 . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
- 本の中身
- 対応分析の再生
- 取り扱われていない話題
- 重要な注意
- ソフトウェア実装
R ヘルプデスク . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
- はじめに
- R コードソース
  - 名前空間に隠蔽されたコード
  - S3 および S4
- コンパイルされたコードソース
- 最前線
- 要約
useR! 2006, 第2回 R ユーザ会 . . 45
R の変更 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
- 新規貢献パッケージ
- その他の変更
CRANでの変更 . . . . . . . . . . . . . . . . 55
R Foundation ニュース . . . . . . . . . . . . . . . . 63
- 寄付と新メンバー
  - 新サポート機関
  - 新サポートメンバー
Bioconductor プロジェクトニュース

↑

Volume 6/3, August 2006†

論評．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．1
カルボン酸の分離を最適化するための非線形回帰．．．．．．．．．2
- 実施例
- 初期値
- 部分線形モデル
- 自動開始非線形回帰分析
- 公表データとの比較
- 診断
- 結果のさらなるプレゼン
- 最後に一言
生物学的検定および毒性試験からの用量-反応曲線のあてはめ．．． 7
pls パッケージ．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．． 12
- はじめに
- 典型的な利用方法
- 多重応答モデル
- 柔軟なクロスバリデーション
- 内部構造と拡張
化学におけるモデルベースのいくつかのクラスタアプリ．．．． 17
X 線粉末回折パターンのデータベースのマッピング．．．．．．． 24
R による分子情報の生成、使用および可視化．．．．．．．．．． 28

↑

Volume 6/2, May 2006†

論評
確率分布のための S4 クラス
- 動機
- 概念
- クラス構成
  - 確率分布クラス
  - シミューレーションクラスおよび評価クラス
- メソッド
  - アフィン線形変換
  - 単項数学演算子
  - rより d, p, および q の構築
  - 畳み込み
  - シミュレーション
  - オーバーロードしたジェネリック関数
- オプション
- オプション
- システム/バージョン要件等
- 事例
- 詳細/雑事
- 謝辞
regress 関数
外れ値のためのデータ処理
R　での持分金融資産(equity portfolios)分析
GroupSeq: 群逐次法を利用した臨床試験のデザイン
日々の臨床診療での R/Sweave の利用
changeLOS: An R-package for change in length of hospital stay based on the Aalen-Johansen estimator
バルーンプロット
R とgraphviz を使った系図の描画
PostScript および PDF グラフィックスの非標準フォント
doBy パッケージ
Rを使った Normed division algebras :onion パッケージの紹介
抵抗回路網 R: ResistorArray パッケージの紹介
いいもの、悪いもの、見苦しいもの。 Paul Murrellの新刊: “R Graphics”のレビュー
R の変更
CRANでの変更
R Foundation ニュース
Bioconductor プロジェクトニュース
今度のイベント: DSC 2007

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Volume 6/1, March 2006†

論評
MCMCpack を使った R の応用ベイズ推定
CODA: MCMC の収束診断と出力解析
ベイズソフトウェアの検証
BUGS のオープン化
- BUGS の仕組み
- 計算と推定
- ソフトウェア開発
- メタプログラミング
- BRugs: R 用インターフェース
- BRugs セッション
- 展望
- BUGS 言語
- 影響
- データ
- 正確さ
- グラフ上での計算
- 展望
R を利用したベイズデータ分析
正誤表

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Volume 5/2, November 2005†

論評
BMA: Bayesian Model Averaging 用 R パッケージ
R の空間データ用クラスとメソッド
- sp パッケージの意義と，これが提供するクラスとメソッドに関する簡単な解説が中心。
- クラスおよび実装
- メソッド
- Trellis マップ
- GIS との接続
- R パッケージとの接続
- 追加情報と将来
- 謝辞
Condor DAG を使用した処理が長くかかる R のジョブの実行
rstream: 確率シミュレーションの乱数ストリーム
mfp
crossdes
R ヘルプデスク
R変更点
CRANの変更点
今後のイベント: useR! 2006