PerlスクリプトからRを起動


Perl 内部から R をバッチモードで実行

以下の Perl スクリプトを数値引数 num で実行すると、log(num) を R で計算する。R のプログラムファイルを Perl 中で作成し、それを < でバッチモードの R に引き渡すのがミソ。(ソース:r-help の記事)

########## Perl スクリプト ##########################
#!/usr/bin/perl
(($arg1) = @ARGV) || die "Must pass a numerical argument.?n";
$script = "/tmp/rwrap$$.R";
open(SCRIPT, ">$script");
print SCRIPT <<EOF;
  arg1 <- $arg1
  options(error=expression(q(status=arg1)))
  if (arg1 > 0) log(arg1)
  q()
EOF
close(SCRIPT);
system("R --vanilla --slave < $script");
($Rstat = $?/256) && die "Aborted in R with status $Rstat.?n";
unlink $script;
#####################################################

$ ./test.perl 2.0     # Unix のコンマンドラインから実行
[1] 0.6931472         # log(2.0)

実行結果を Perl の内部で受け取る方法は、以下の通り。

@array = `R --vanilla --slave < $script`; ## 行ごとの文字列を分けて格納

$scalar = `R --vanilla --slave < $script`; ## 各行を結合して変数に格納

RSPerl の利用

(そういうものがあるらしい。使ったことのある人の解説を期待)

インストールしてみましたが、下記のようなエラーが出ます。 環境:VineSeed?+perl5.8.1+R1.7.0+RSPerl_0.5-7

$ PERLLIB=/usr/lib/R/library/RSPerl/share/lib/perl5/site_perl/5.8.1/i386-linux-?
thread-multi:/usr/lib/R/library/RSPerl/share/blib/lib perl  test.pl
1..1
Can't load     '/usr/lib/R/library/RSPerl/share/lib/perl5/site_perl/5.8.1/i386-
linux-thread-multi/auto/R/R.so' for module R: /usr/lib/R/library/RSPerl/libs/
libPerlConverter.so:  undefined symbol: R_GlobalEnv at
/usr/lib/perl5/5.8.1/i386-linux-thread-multi/DynaLoader.pm line 229.
 at test.pl line 11
Compilation failed in require at test.pl line 11.
BEGIN failed--compilation aborted at test.pl line 11.
not ok 1

以下のようにインストールすれば、いちおうテストプログラム(RSPerl/inst/tests/の下のファイル)は動作します。(R-2.5.0, Perl 5.8.8)

R CMD INSTALL --configure-args='--with-in-perl' RSPerl_0.92-1.tar.gz
export PERL5LIB=/usr/local/lib/R/library/RSPerl/perl:$PERL5LIB
source /usr/local/lib/R/library/RSPerl/scripts/RSPerl.bsh

でもやっぱりいくつかのプログラムが動きません。

RSPerl/inst/examples$ perl test4.pl
Can't locate object method "TIESCALAR" via package "RHashAccessor" at  /usr/local/lib/R/library/RSPerl/perl/i486-linux-gnu-thread-multi/RReferences.pm line 58.

PDL::R::math

Perl内からR関数を利用するモジュール http://search.cpan.org/~cavanaugh/PDL-R-math-0.12/rmath.pd

  • 実行結果を Perl の内部で受け取る方法ですが, system() の代わりにバッククォート・コマンド `` を使えばよいのでは? たとえば, $output = `R --vanilla --slave < $script`; if ($output =~ /^?[?d+?]?s+(?S+)/) { $result = $1; print "log($arg1) = $result?n"; } (すみません, 「コメントの挿入」で複数行に分けて入力する方法が分かりません. というか, できるのでしょうか?) -- 2004-01-23 (金) 10:39:35

Perl から R を操作するモヂュール Statistics::R (2004.2.23)

r-help 記事を引用

  • I have released the new module Statistics::R and need some feedback of it's status. This will permit the control of the the R (R-project) interpreter through Perl in different architectures and OS. You can for example, start only one instance of the R interpreter and have different Perl process accessing it. What will save the initiation time of R and memory. So, I will appreciate if some one can test it in different OS. Tested with Win32 and Linux. Thanks in advance. Regards, Graciliano M. P.
    URLはここ

IPC::Open2

#!/usr/local/bin/perl -s
use strict;
use FileHandle;
use IPC::Open2;
use IPC::Open3;

if (1) {
    my($fhr) = new FileHandle();
    my($fhw) = new FileHandle();
    my($fhe) = new FileHandle();

    my($fhOld) = select($fhw); $| = 1; select($fhOld);
    open2($fhr, $fhw,       '/usr/bin/R', '--no-save');
#   open3($fhw, $fhr, $fhe, '/usr/bin/R', '--no-save');

    my($i);
    for($i = 0; $i <= 10; $i++) {
                            # ↓もし ?n となっていたら ¥n です(Wiki が原因?)
        $fhw->print("1:($i*10)\n");      # ↓ここも同様
        $fhw->print("print('EndOfCommands')\n");  # あとでコマンドの終了を検知するため

        while($_ = $fhr->getline()) {
            if (/"EndOfCommands"/) {
                last; # R の処理が終了した
            }
            print;
        }
    }

    exit(0);
}

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Last-modified: 2015-03-01 (日) 01:15:59 (1332d)