CRAN Task Views

CRAN に登録された R パッケージの数は既に把握不可能な程になっています。
CRAN Task Viewsは、そうした不便を解消するため、ボランティアによるテーマ別のパッケージのグルーピングと簡単な紹介を行うものです。現在(2008.06.19) の内容を紹介します。今後も追加・更新されていくと思われます。

Bayesianベイジアン統計
ChemPhys?ケモメトリックスおよび計算物理
ClinicalTrials?臨床試験のデザイン、モニタリング及び分析
Clusterクラスター分析と有限混合モデル
DifferentialEquations?微分方程式
Distributions確率分布
Econometrics計量経済学
Environmetrics生態・環境データの解析
ExperimentalDesign?実験計画 (DoE) 及び実験データ分析
ExtremeValue?Extreme Value Analysis
Finance経験ファイナンス
Genetics遺伝統計学
Graphicsグラフィックス表示および動的グラフィックスおよびグラフィックスデバイスおよび可視化
gRR のグラフィカルモデル (gRaphical model)
HighPerformanceComputing?ハイパフォーマンス・コンピューティング及び並列計算
MachineLearning?機械学習と統計学習
MedicalImaging?医用画像解析
MetaAnalysis?メタアナリシス
Multivariate多変量統計
NaturalLanguageProcessing?自然言語処理
NumericalMathematics?数値解析
OfficialStatistics?公式の統計と調査手法
Optimization最適化と数理計画法
Pharmacokinetics薬物動態解析データの解析
Phylogenetics系統学, 特に比較手法
Psychometrics心理学モデルおよび手法
ReproducibleResearch?再現可能研究
Robustロバスト(頑健)統計手法
SocialSciences?社会科学のための統計学
Spatial空間データ解析
SpatioTemporal?時空間データの分析
Survival生存分析
TimeSeries?時系列分析
WebTechnologies?ウェブ技術とサービス

||

これらの一覧を自動的にインストールするには、パッケージ "ctv" を例えばまず

install.packages("ctv")

でインストールし、その後

library(ctv)

でライブラリを読み出し、その後

install.views("Econometrics")

等とします。


インストール体験談。 ↑ubuntu6.06でinstall.views()を実行したところ、Rから

make: gcc: コマンドが見つかりませんでした
make: g77: コマンドが見つかりませんでした
make: g++: コマンドが見つかりませんでした

と怒られました。お使いのディストリビューションによっては、事前にapt-getなどでこれらをインストールしておく必要があるようです。御参考まで。


同じくUbuntu7.04で試してみました。
正規のDebianはどうだか分かりませんが、パッケージによってはctvで必要なコマンドの依存関係が複雑過ぎて、少なくともUbuntuではhandleしづらいですね。
Windowsに比べて手間がかかりすぎる気がします。


Ubuntu専用のレポジトリが本家に新しく追加された模様です。 ただし、現時点では筑波大学のミラーでは404Not Found状況になっている模様です。


自前のグルーピング化をするには、ctvファイルを作成します。

<CRANTaskView>
  <name>SpatialEpidemiology</name>
  <topic>Spatial Epidemiology &amp; Disease Mapping</topic>
  <maintainer>Sususmu Tanimura</maintainer>
  <info>
    <b>Spatial Epidemiology</b> is an epidemiology for spatial
    analysis of disease patterns. Not only <pkg>Dcluster</pkg> but
    also some packages are useful in this field. See also the view <view>Spatial</view>.
  </info>
 <packagelist>
  <pkg>splancs</pkg>
  <pkg>maptools</pkg>
  <pkg priority="core">DCluster</pkg>
  <pkg priority="core">spdep</pkg>
 </packagelist>
 <links>
   <a href="http://www.okada.jp.org/RWiki/index.php?RjpWiki">Rjpwiki</a>
   <view>Spatial</view>
 </links>
</CRANTaskView>

これをRに読み込むには下記のようにします。

> library(ctv)
> library(XML)
> x <- read.ctv("SpatialEpidemiology.ctv")
> x

CRAN Task View
--------------
Name:       SpatialEpidemiology
Topic:      Spatial Epidemiology & Disease Mapping
Maintainer: Sususmu Tanimura

Packages:   DCluster*, maptools, spdep*, splancs
            (* = core package)

さらにhtml化するには、

> ctv2html(x, css="/usr/lib/R/library/R.css")

とします。出力されたSpatialEpidemiology?.htmlは下記のようになります(画像です)。 ctv-spatial-epidemiology.png

このctvを使ってグループ化パッケージをインストールするには例えば次のようにします。

> install.views(x, repos="http://cran.md.tsukuba.ac.jp")

reposを指定しないとエラーになります。これはread.ctv()で作成されたctvクラスにはrepositoryが抜けているからです。従って、

> x$repository <- "http://cran.md.tsukuba.ac.jp"
> install.views(x)

という方法もありです。



添付ファイル: filectv-spatial-epidemiology.png 3211件 [詳細]

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Last-modified: 2016-12-06 (火) 22:21:24 (317d)