nlme(線形および非線形混合効果モデル)一覧の編集 - RjpWiki

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*COLOR(red){nlme}(線形および非線形混合効果モデル)パッケージ中のオブジェクト一覧

|項目|説明|
|ACF|                     自己相関|
|ACF.gls|                 gls 残差の自己相関関数|
|ACF.lme|                 lme 残差の自己相関関数|
|Alfalfa|                 アルファルファの多様性実験の分割プロット|
|Assay |細胞培養プレートの生物学的検定（法）(Bioassay on Cell Culture Plate)|
|BIC|                     ベイズ情報規準量(Bayesian Information Criterion)|
|BIC.logLik|            logLik オブジェクトのBIC|
|BodyWeight |             長期間異なった食事制限をしたラットの体重|
|Cefamandole|             Pharmacokinetics of Cefamandole|
|Coef|                    値を係数に代入|
|Covariate|               共変量値代入|
|Covariate.varFunc|       varFunc 共変量代入|
|Dialyzer |               High-Flux 血液透析器|
|Dim|                     オブジェクトより、大きさ(Dimensions) を抽出|
|Dim.corSpatial|          corSpatial オブジェクトの大きさ|
|Dim.corStruct|           corStruct オブジェクトの大きさ|
|Dim.pdMat|               pdMat オブジェクトの大きさ|
|Earthquake|              地震強度|
|[.pdMat|                 Subscript a pdMat Object|
|Fatigue|                 金属疲労による亀裂|
|Gasoline |               ガソリン生成生産量(Refinery yield of gasoline)|
|Glucose|                 時系列のグルコース・レベル|
|Glucose2|                アルコール摂取後のグルコース・レベル(Glucose Levels Following Alcohol Ingestion)|
|Gun|                     海軍の銃の発射方法|
|IGF|                     IGF-Iのたんぱく質の放射免疫測定(Radioimmunoassay of IGF-I Protein)|
|Initialize|              オブジェクトの初期化|
|Initialize.corStruct|    corStruct オブジェクトの初期化|
|Initialize.glsStruct|    glsStruct オブジェクトの初期化|
|Initialize.lmeStruct|    lmeStruct オブジェクトの初期化|
|Initialize.reStruct|     reStruct オブジェクトの初期化|
|Initialize.varFunc|      varFunc オブジェクトの初期化|
|LDEsysMat|               LDEのシステム・マトリックスを生成|
|Machines|                機械と労働者の生産性スコア(Productivity Scores for Machines and Workers)|
|MathAchSchool|           School demographic data for MathAchieve|
|MathAchieve|             数学習得得点(Mathematics achievement scores)|
|Matrix|                  Matrix 値の代入|
|Matrix.pdMat|            オブジェクトにマトリックスを代入|
|Matrix.reStruct|         reStruct マトリックスの代入|
|Meat|                    肉の柔らかさ(Tenderness of meat)|
|Milk|                    牛乳のたんぱく質分|
|Muscle|                  Contraction of heart muscle sections|
|Names|                   Names Associated with an Object|
|Names.formula|           Extract Names from a formula|
|Names.pdBlocked|         Names of a pdBlocked Object|
|Names.pdMat|             Names of a pdMat Object|
|Names.reStruct|          Names of an reStruct Object|
|Nitrendipene|            Assay of nitrendipene|
|Oats|                    Split-plot Experiment on Varieties of Oats|
|Orthodont|               Growth curve data on an orthdontic measurement|
|Ovary|                   Counts of Ovarian Follicles|
|Oxboys|                  Oxfordの少年の身長|
|Oxide|                   Variability in Semiconductor Manufacturing|
|PBG|                     Effect of Phenylbiguanide on Blood Pressure|
|Phenobarb|               Phenobarbitol Kinetics|
|Pixel|                   X-ray pixel intensities over time|
|Quinidine|               Quinidine Kinetics|
|Rail|                    Evaluation of Stress in Railway Rails|
|RatPupWeight|            The weight of rat pups|
|Relaxin|                 Assay for Relaxin|
|Remifentanil|            Pharmacokinetics of remifentanil|
|Soybean|                 大豆植物(soybean plants)の成長|
|Spruce|                  Growth of Spruce Trees|
|Tetracycline1|           Pharmacokinetics of tetracycline|
|Tetracycline2|           Pharmacokinetics of tetracycline|
|VarCorr|                 相関成分の分散の抽出|
|Variogram|               セミバリオグラム計算|
|Variogram.corExp|        CalccorExp オブジェクトのセミバリオグラムの計算|
|Variogram.corGaus|       corGaus オブジェクトのセミバリオグラムの計算|
|Variogram.corLin|        corLin オブジェクトのセミバリオグラムの計算|
|Variogram.corRatio|      corRatio オブジェクトのセミバリオグラムの計算|
|Variogram.corSpatial|    corSpatial オブジェクトのセミバリオグラムの計算|
|Variogram.corSpher|      corSpher オブジェクトのセミバリオグラムの計算|
|Variogram.default|       セミバリオグラムの計算|
|Variogram.gls|           gls オブジェクトより残差のセミバリオグラムの計算|
|Variogram.lme|           lme オブジェクトより残差のセミバリオグラムの計算|
|Wafer|                   Modeling of Analog MOS Circuits|
|Wheat|                   Yields by growing conditions|
|Wheat2|                  Wheat Yield Trials|
|allCoef|                 Extract Coefficients from a Set of Objects|
|anova.gls|               Compare Likelihoods of Fitted Objects|
|anova.lme|               Compare Likelihoods of Fitted Objects|
|as.matrix.corStruct|     Matrix of a corStruct Object|
|as.matrix.pdMat|         Matrix of a pdMat Object|
|as.matrix.reStruct|      Matrices of an reStruct Object|
|asOneFormula|            Combine Formulas of a Set of Objects|
|asTable|                 Convert groupedData to a matrix|
|augPred|                 Augmented Predictions|
|balancedGrouped|         Create a groupedData object from a matrix|
|bdf|                     Language scores|
|coef.corStruct|          Coefficients of a corStruct Object|
|coef.gnls|               Extract gnls Coefficients|
|coef.lmList|             Extract lmList Coefficients|
|coef.lme|                Extract lme Coefficients|
|coef.modelStruct|        Extract modelStruct Object Coefficients|
|coef.pdMat|              pdMat Object Coefficients|
|coef.reStruct|           reStruct Object Coefficients|
|coef.varFunc|            varFunc Object Coefficients|
|collapse|                Collapse According to Groups|
|collapse.groupedData|    Collapse a groupedData Object|
|compareFits|             Compare Fitted Objects|
|comparePred|             予測値の比較|
|contr.SAS|               Contrast Matrices|
|corAR1|                  AR(1) 相関構造|
|corARMA|                 ARMA(p,q) 相関構造|
|corCAR1|                 連続的AR(1) 相関構造|
|corClasses|              相関構造クラス|
|corCompSymm|             複合対称相関構造|
|corExp|                  指数相関構造|
|corFactor|               相関行列のファクター|
|corFactor.corStruct|     corStruct オブジェクト・マトリックスのファクター|
|corGaus|                 ガウス相関構造|
|corLin|                  線形相関構造|
|corMatrix|               相関マトリックスの抽出|
|corMatrix.corStruct|     corStruct オブジェクト・マトリックス|
|corMatrix.pdMat|         Extract Correlation Matrix from a pdMat Object|
|corMatrix.reStruct|      Extract Correlation Matrix from Components of an reStruct Object|
|corNatural |             General correlation in natural parameterization|
|corRatio|                Rational Quadratic Correlation Structure|
|corSpatial|              空間相関構造|
|corSpher|                Spherical Correlation Structure|
|corSymm|                 General Correlation Structure|
|ergoStool|               Ergometrics experiment with stool types|
|fdHess|                  Finite difference Hessian|
|fitted.glsStruct|        Calculate glsStruct Fitted Values|
|fitted.gnlsStruct|       Calculate gnlsStruct Fitted Values|
|fitted.lmList|           Extract lmList Fitted Values|
|fitted.lme|              Extract lme Fitted Values|
|fitted.lmeStruct|        Calculate lmeStruct Fitted Values|
|fitted.nlmeStruct|       Calculate nlmeStruct Fitted Values|
|fixed.effects|           Extract Fixed Effects|
|fixef.lmList|            Extract lmList Fixed Effects|
|formula.pdBlocked|       Extract pdBlocked Formula|
|formula.pdMat|           Extract pdMat Formula|
|formula.reStruct|        Extract reStruct Object Formula|
|gapply|                  Apply a Function by Groups|
|getCovariate|            Extract Covariate from an Object|
|getCovariate.corStruct|Extract corStruct Object Covariate|
|getCovariate.data.frame|Extract Data Frame Covariate|
|getCovariate.varFunc|    Extract varFunc Covariate|
|getCovariateFormula|     Extract Covariates Formula|
|getData|                 Extract Data from an Object|
|getData.gls|             Extract gls Object Data|
|getData.lmList|          Extract lmList Object Data|
|getData.lme|             Extract lme Object Data|
|getGroups|               Extract Grouping Factors from an Object|
|getGroups.corStruct|     Extract corStruct Groups|
|getGroups.data.frame|    Extract Groups from a Data Frame|
|getGroups.gls|           Extract gls Object Groups|
|getGroups.lmList|        Extract lmList Object Groups|
|getGroups.lme|           Extract lme Object Groups|
|getGroups.varFunc|       Extract varFunc Groups|
|getGroupsFormula|        Extract Grouping Formula|
|getResponse|             Extract Response Variable from an Object|
|getResponseFormula|      Extract Formula Specifying Response Variable|
|getVarCov|               Extract variance-covariance matrix|
|gls|                     Fit Linear Model Using Generalized Least Squares|
|glsControl|             Control Values for gls Fit|
|glsObject|               Fitted gls Object|
|glsStruct|               一般化最小二乗構造|
|gnls|                    Fit Nonlinear Model Using Generalized Least Squares|
|gnlsControl|             Control Values for gnls Fit|
|gnlsObject|              Fitted gnls Object|
|gnlsStruct|              Generalized Nonlinear Least Squares Structure|
|groupedData|             Construct a groupedData Object|
|gsummary|                Summarize by Groups|
|intervals|               Confidence Intervals on Coefficients|
|intervals.gls|           Confidence Intervals on gls Parameters|
|intervals.lmList|        Confidence Intervals on lmList Coefficients|
|intervals.lme|           Confidence Intervals on lme Parameters|
|isBalanced|              Check a Design for Balance|
|isInitialized|           Check if Object is Initialized|
|lmList|                  List of lm Objects with a Common Model|
|lmList.groupedData|      lmList Fit from a groupedData Object|
|lme|                     Linear Mixed-Effects Models|
|lme.groupedData|         LME fit from groupedData Object|
|lme.lmList|              LME fit from lmList Object|
|lmeControl|              Control Values for lme Fit|
|lmeObject|               Fitted lme Object|
|lmeScale|                Scale for lme Optimization|
|lmeStruct|               Linear Mixed-Effects Structure|
|logDet|                  Extract the Logarithm of the Determinant|
|logDet.corStruct|        Extract corStruct Log-Determinant|
|logDet.pdMat|            Extract Log-Determinant from a pdMat Object|
|logDet.reStruct|         Extract reStruct Log-Determinants|
|logLik.corStruct|        Extract corStruct Log-Likelihood|
|logLik.glsStruct|        Log-Likelihood of a glsStruct Object|
|logLik.gnls|             Log-Likelihood of a gnls Object|
|logLik.gnlsStruct|       Log-Likelihood of a gnlsStruct Object|
|logLik.lmList|           Log-Likelihood of an lmList Object|
|logLik.lme|              Log-Likelihood of an lme Object|
|logLik.lmeStruct|        Log-Likelihood of an lmeStruct Object|
|logLik.reStruct|         Calculate reStruct Log-Likelihood|
|logLik.varFunc|          Extract varFunc logLik|
|model.matrix.reStruct|   reStruct Model Matrix|
|needUpdate|              Check if Update is Needed|
|needUpdate.modelStruct|Check if a modelStruct Object Needs Updating|
|nlme|                    Nonlinear Mixed-Effects Models|
|nlme.nlsList|            NLME fit from nlsList Object|
|nlmeControl|             Control Values for nlme Fit|
|nlmeObject|              Fitted nlme Object|
|nlmeStruct|              Nonlinear Mixed-Effects Structure|
|nlsList|                 List of nls Objects with a Common Model|
|nlsList.selfStart|       nlsList Fit from a selfStart Function|
|pairs.compareFits|       Pairs Plot of compareFits Object|
|pairs.lmList|            Pairs Plot of an lmList Object|
|pairs.lme|               Pairs Plot of an lme Object|
|pdBlocked|               Positive-Definite Block Diagonal Matrix|
|pdClasses|               Positive-Definite Matrix Classes|
|pdCompSymm|              Positive-Definite Matrix with Compound Symmetry Structure|
|pdConstruct|             pdMat オブジェクトの構築|
|pdConstruct.pdBlocked|   Construct pdBlocked Objects|
|pdDiag|                  Diagonal Positive-Definite Matrix|
|pdFactor|                Square-Root Factor of a Positive-Definite Matrix|
|pdFactor.reStruct|       Extract Square-Root Factor from Components of an reStruct Object|
|pdIdent|                 Multiple of the Identity Positive-Definite Matrix|
|pdLogChol|               General Positive-Definite Matrix|
|pdMat|                   Positive-Definite Matrix|
|pdMatrix|                Extract Matrix or Square-Root Factor from a pdMat Object|
|pdMatrix.reStruct|       Extract Matrix or Square-Root Factor from Components of an reStruct Object|
|pdNatural|               General Positive-Definite Matrix in Natural Parametrization|
|pdSymm|                  General Positive-Definite Matrix|
|phenoModel|              Model function for the Phenobarb data|
|plot.ACF|                ACF オブジェクトのプロット|
|plot.Variogram|          バリオグラム・オブジェクトのプロット|
|plot.augPred|            augPred オブジェクトのプロット|
|plot.compareFits|        compareFits オブジェクトのプロット|
|plot.gls|                gls オブジェクトのプロット|
|plot.intervals.lmList|   lmList 信頼区間のプロット|
|plot.lmList|             lmList オブジェクトのプロット|
|plot.lme|                lme または nls オブジェクトのプロット|
|plot.nffGroupedData|     nffGroupedData オブジェクトのプロット|
|plot.nfnGroupedData|     nfnGroupedData オブジェクトのプロット|
|plot.nmGroupedData|      nmGroupedData オブジェクトのプロット|
|plot.ranef.lmList|       ranef.lmList オブジェクトのプロット|
|plot.ranef.lme|          ranef.lme オブジェクトのプロット|
|pooledSD|                合併標準偏差(Pooled Standard Deviation)の抽出|
|predict.gls|             gls オブジェクトの予測|
|predict.gnls|            gnls オブジェクトの予測|
|predict.lmList|          lmList オブジェクトの予測|
|predict.lme|             lme オブジェクトの予測|
|predict.nlme|            nlme オブジェクトの予測|
|print.summary.pdMat|     summary.pdMat オブジェクトのプリント|
|print.varFunc|           varFunc オブジェクトのプリント|
|qqnorm.gls|              gls オブジェクトの残差の正規プロット（Normal Plot）|
|qqnorm.lme|              Normal Plot of Residuals or Random Effects from an lme Object|
|quinModel|               Model function for the Quinidine data|
|random.effects|          ランダムの効果の抽出|
|ranef.lmList|            lmList ランダムの効果の抽出|
|ranef.lme|               lme ランダムの効果の抽出|
|reStruct|                ランダムの効果の構造|
|recalc|                  線形モデルオブジェクトの再計算|
|recalc.corStruct|        corStruct オブジェクトの再計算|
|recalc.modelStruct|      modelStruct オブジェクトの再計算|
|recalc.reStruct|         reStruct オブジェクトの再計算|
|recalc.varFunc|          varFunc オブジェクトの再計算|
|residuals.gls|           gls 残差の抽出|
|residuals.glsStruct|     glsStruct 残差の計算|
|residuals.gnlsStruct|    gnlsStruct 残差の計算|
|residuals.lmList|        lmList 残差の抽出|
|residuals.lme|           lme 残差の抽出|
|residuals.lmeStruct|     lmeStruct 残差の計算|
|residuals.nlmeStruct|    nlmeStruct 残差の計算|
|simulate.lme|            lme モデルのシミュレート|
|solve.pdMat|             Calculate Inverse of a Positive-Definite Matrix|
|solve.reStruct|          Apply Solve to an reStruct Object|
|splitFormula|            式を分割する|
|summary.corStruct|       corStruct オブジェクトの要約|
|summary.gls|             gls オブジェクトの要約|
|summary.lmList|          lmList オブジェクトの要約|
|summary.lme|             lme オブジェクトの要約|
|summary.modelStruct|     modelStruct オブジェクトの要約|
|summary.nlsList|         nlsList オブジェクトの要約|
|summary.pdMat|           pdMat オブジェクトの要約|
|summary.varFunc|         varFunc オブジェクトの要約|
|update.modelStruct|      modelStruct オブジェクトの更新|
|update.varFunc|          varFunc オブジェクトの更新|
|varClasses|              分散関数クラス|
|varComb|                 分散関数の組み合わせ|
|varConstPower|           定数＋パワー分散関数|
|varExp|                  指数分散関数|
|varFixed|                固定分散関数(Fixed Variance Function)|
|varFunc|                 分散関数構造(Variance Function Structure)|
|varIdent|                Constant Variance Function|
|varPower|                パワー分散関数(Power Variance Function)|
|varWeights|              分散関数のウェイトの抽出|
|varWeights.glsStruct|    glsStruct オブジェクトの分散ウェイト|
|varWeights.lmeStruct|    lmeStruct オブジェクトの分散ウェイト|

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*COLOR(red){nlme}(線形および非線形混合効果モデル)パッケージ中のオブジェクト一覧

|項目|説明|
|ACF|                     自己相関|
|ACF.gls|                 gls 残差の自己相関関数|
|ACF.lme|                 lme 残差の自己相関関数|
|Alfalfa|                 アルファルファの多様性実験の分割プロット|
|Assay |細胞培養プレートの生物学的検定（法）(Bioassay on Cell Culture Plate)|
|BIC|                     ベイズ情報規準量(Bayesian Information Criterion)|
|BIC.logLik|            logLik オブジェクトのBIC|
|BodyWeight |             長期間異なった食事制限をしたラットの体重|
|Cefamandole|             Pharmacokinetics of Cefamandole|
|Coef|                    値を係数に代入|
|Covariate|               共変量値代入|
|Covariate.varFunc|       varFunc 共変量代入|
|Dialyzer |               High-Flux 血液透析器|
|Dim|                     オブジェクトより、大きさ(Dimensions) を抽出|
|Dim.corSpatial|          corSpatial オブジェクトの大きさ|
|Dim.corStruct|           corStruct オブジェクトの大きさ|
|Dim.pdMat|               pdMat オブジェクトの大きさ|
|Earthquake|              地震強度|
|[.pdMat|                 Subscript a pdMat Object|
|Fatigue|                 金属疲労による亀裂|
|Gasoline |               ガソリン生成生産量(Refinery yield of gasoline)|
|Glucose|                 時系列のグルコース・レベル|
|Glucose2|                アルコール摂取後のグルコース・レベル(Glucose Levels Following Alcohol Ingestion)|
|Gun|                     海軍の銃の発射方法|
|IGF|                     IGF-Iのたんぱく質の放射免疫測定(Radioimmunoassay of IGF-I Protein)|
|Initialize|              オブジェクトの初期化|
|Initialize.corStruct|    corStruct オブジェクトの初期化|
|Initialize.glsStruct|    glsStruct オブジェクトの初期化|
|Initialize.lmeStruct|    lmeStruct オブジェクトの初期化|
|Initialize.reStruct|     reStruct オブジェクトの初期化|
|Initialize.varFunc|      varFunc オブジェクトの初期化|
|LDEsysMat|               LDEのシステム・マトリックスを生成|
|Machines|                機械と労働者の生産性スコア(Productivity Scores for Machines and Workers)|
|MathAchSchool|           School demographic data for MathAchieve|
|MathAchieve|             数学習得得点(Mathematics achievement scores)|
|Matrix|                  Matrix 値の代入|
|Matrix.pdMat|            オブジェクトにマトリックスを代入|
|Matrix.reStruct|         reStruct マトリックスの代入|
|Meat|                    肉の柔らかさ(Tenderness of meat)|
|Milk|                    牛乳のたんぱく質分|
|Muscle|                  Contraction of heart muscle sections|
|Names|                   Names Associated with an Object|
|Names.formula|           Extract Names from a formula|
|Names.pdBlocked|         Names of a pdBlocked Object|
|Names.pdMat|             Names of a pdMat Object|
|Names.reStruct|          Names of an reStruct Object|
|Nitrendipene|            Assay of nitrendipene|
|Oats|                    Split-plot Experiment on Varieties of Oats|
|Orthodont|               Growth curve data on an orthdontic measurement|
|Ovary|                   Counts of Ovarian Follicles|
|Oxboys|                  Oxfordの少年の身長|
|Oxide|                   Variability in Semiconductor Manufacturing|
|PBG|                     Effect of Phenylbiguanide on Blood Pressure|
|Phenobarb|               Phenobarbitol Kinetics|
|Pixel|                   X-ray pixel intensities over time|
|Quinidine|               Quinidine Kinetics|
|Rail|                    Evaluation of Stress in Railway Rails|
|RatPupWeight|            The weight of rat pups|
|Relaxin|                 Assay for Relaxin|
|Remifentanil|            Pharmacokinetics of remifentanil|
|Soybean|                 大豆植物(soybean plants)の成長|
|Spruce|                  Growth of Spruce Trees|
|Tetracycline1|           Pharmacokinetics of tetracycline|
|Tetracycline2|           Pharmacokinetics of tetracycline|
|VarCorr|                 相関成分の分散の抽出|
|Variogram|               セミバリオグラム計算|
|Variogram.corExp|        CalccorExp オブジェクトのセミバリオグラムの計算|
|Variogram.corGaus|       corGaus オブジェクトのセミバリオグラムの計算|
|Variogram.corLin|        corLin オブジェクトのセミバリオグラムの計算|
|Variogram.corRatio|      corRatio オブジェクトのセミバリオグラムの計算|
|Variogram.corSpatial|    corSpatial オブジェクトのセミバリオグラムの計算|
|Variogram.corSpher|      corSpher オブジェクトのセミバリオグラムの計算|
|Variogram.default|       セミバリオグラムの計算|
|Variogram.gls|           gls オブジェクトより残差のセミバリオグラムの計算|
|Variogram.lme|           lme オブジェクトより残差のセミバリオグラムの計算|
|Wafer|                   Modeling of Analog MOS Circuits|
|Wheat|                   Yields by growing conditions|
|Wheat2|                  Wheat Yield Trials|
|allCoef|                 Extract Coefficients from a Set of Objects|
|anova.gls|               Compare Likelihoods of Fitted Objects|
|anova.lme|               Compare Likelihoods of Fitted Objects|
|as.matrix.corStruct|     Matrix of a corStruct Object|
|as.matrix.pdMat|         Matrix of a pdMat Object|
|as.matrix.reStruct|      Matrices of an reStruct Object|
|asOneFormula|            Combine Formulas of a Set of Objects|
|asTable|                 Convert groupedData to a matrix|
|augPred|                 Augmented Predictions|
|balancedGrouped|         Create a groupedData object from a matrix|
|bdf|                     Language scores|
|coef.corStruct|          Coefficients of a corStruct Object|
|coef.gnls|               Extract gnls Coefficients|
|coef.lmList|             Extract lmList Coefficients|
|coef.lme|                Extract lme Coefficients|
|coef.modelStruct|        Extract modelStruct Object Coefficients|
|coef.pdMat|              pdMat Object Coefficients|
|coef.reStruct|           reStruct Object Coefficients|
|coef.varFunc|            varFunc Object Coefficients|
|collapse|                Collapse According to Groups|
|collapse.groupedData|    Collapse a groupedData Object|
|compareFits|             Compare Fitted Objects|
|comparePred|             予測値の比較|
|contr.SAS|               Contrast Matrices|
|corAR1|                  AR(1) 相関構造|
|corARMA|                 ARMA(p,q) 相関構造|
|corCAR1|                 連続的AR(1) 相関構造|
|corClasses|              相関構造クラス|
|corCompSymm|             複合対称相関構造|
|corExp|                  指数相関構造|
|corFactor|               相関行列のファクター|
|corFactor.corStruct|     corStruct オブジェクト・マトリックスのファクター|
|corGaus|                 ガウス相関構造|
|corLin|                  線形相関構造|
|corMatrix|               相関マトリックスの抽出|
|corMatrix.corStruct|     corStruct オブジェクト・マトリックス|
|corMatrix.pdMat|         Extract Correlation Matrix from a pdMat Object|
|corMatrix.reStruct|      Extract Correlation Matrix from Components of an reStruct Object|
|corNatural |             General correlation in natural parameterization|
|corRatio|                Rational Quadratic Correlation Structure|
|corSpatial|              空間相関構造|
|corSpher|                Spherical Correlation Structure|
|corSymm|                 General Correlation Structure|
|ergoStool|               Ergometrics experiment with stool types|
|fdHess|                  Finite difference Hessian|
|fitted.glsStruct|        Calculate glsStruct Fitted Values|
|fitted.gnlsStruct|       Calculate gnlsStruct Fitted Values|
|fitted.lmList|           Extract lmList Fitted Values|
|fitted.lme|              Extract lme Fitted Values|
|fitted.lmeStruct|        Calculate lmeStruct Fitted Values|
|fitted.nlmeStruct|       Calculate nlmeStruct Fitted Values|
|fixed.effects|           Extract Fixed Effects|
|fixef.lmList|            Extract lmList Fixed Effects|
|formula.pdBlocked|       Extract pdBlocked Formula|
|formula.pdMat|           Extract pdMat Formula|
|formula.reStruct|        Extract reStruct Object Formula|
|gapply|                  Apply a Function by Groups|
|getCovariate|            Extract Covariate from an Object|
|getCovariate.corStruct|Extract corStruct Object Covariate|
|getCovariate.data.frame|Extract Data Frame Covariate|
|getCovariate.varFunc|    Extract varFunc Covariate|
|getCovariateFormula|     Extract Covariates Formula|
|getData|                 Extract Data from an Object|
|getData.gls|             Extract gls Object Data|
|getData.lmList|          Extract lmList Object Data|
|getData.lme|             Extract lme Object Data|
|getGroups|               Extract Grouping Factors from an Object|
|getGroups.corStruct|     Extract corStruct Groups|
|getGroups.data.frame|    Extract Groups from a Data Frame|
|getGroups.gls|           Extract gls Object Groups|
|getGroups.lmList|        Extract lmList Object Groups|
|getGroups.lme|           Extract lme Object Groups|
|getGroups.varFunc|       Extract varFunc Groups|
|getGroupsFormula|        Extract Grouping Formula|
|getResponse|             Extract Response Variable from an Object|
|getResponseFormula|      Extract Formula Specifying Response Variable|
|getVarCov|               Extract variance-covariance matrix|
|gls|                     Fit Linear Model Using Generalized Least Squares|
|glsControl|             Control Values for gls Fit|
|glsObject|               Fitted gls Object|
|glsStruct|               一般化最小二乗構造|
|gnls|                    Fit Nonlinear Model Using Generalized Least Squares|
|gnlsControl|             Control Values for gnls Fit|
|gnlsObject|              Fitted gnls Object|
|gnlsStruct|              Generalized Nonlinear Least Squares Structure|
|groupedData|             Construct a groupedData Object|
|gsummary|                Summarize by Groups|
|intervals|               Confidence Intervals on Coefficients|
|intervals.gls|           Confidence Intervals on gls Parameters|
|intervals.lmList|        Confidence Intervals on lmList Coefficients|
|intervals.lme|           Confidence Intervals on lme Parameters|
|isBalanced|              Check a Design for Balance|
|isInitialized|           Check if Object is Initialized|
|lmList|                  List of lm Objects with a Common Model|
|lmList.groupedData|      lmList Fit from a groupedData Object|
|lme|                     Linear Mixed-Effects Models|
|lme.groupedData|         LME fit from groupedData Object|
|lme.lmList|              LME fit from lmList Object|
|lmeControl|              Control Values for lme Fit|
|lmeObject|               Fitted lme Object|
|lmeScale|                Scale for lme Optimization|
|lmeStruct|               Linear Mixed-Effects Structure|
|logDet|                  Extract the Logarithm of the Determinant|
|logDet.corStruct|        Extract corStruct Log-Determinant|
|logDet.pdMat|            Extract Log-Determinant from a pdMat Object|
|logDet.reStruct|         Extract reStruct Log-Determinants|
|logLik.corStruct|        Extract corStruct Log-Likelihood|
|logLik.glsStruct|        Log-Likelihood of a glsStruct Object|
|logLik.gnls|             Log-Likelihood of a gnls Object|
|logLik.gnlsStruct|       Log-Likelihood of a gnlsStruct Object|
|logLik.lmList|           Log-Likelihood of an lmList Object|
|logLik.lme|              Log-Likelihood of an lme Object|
|logLik.lmeStruct|        Log-Likelihood of an lmeStruct Object|
|logLik.reStruct|         Calculate reStruct Log-Likelihood|
|logLik.varFunc|          Extract varFunc logLik|
|model.matrix.reStruct|   reStruct Model Matrix|
|needUpdate|              Check if Update is Needed|
|needUpdate.modelStruct|Check if a modelStruct Object Needs Updating|
|nlme|                    Nonlinear Mixed-Effects Models|
|nlme.nlsList|            NLME fit from nlsList Object|
|nlmeControl|             Control Values for nlme Fit|
|nlmeObject|              Fitted nlme Object|
|nlmeStruct|              Nonlinear Mixed-Effects Structure|
|nlsList|                 List of nls Objects with a Common Model|
|nlsList.selfStart|       nlsList Fit from a selfStart Function|
|pairs.compareFits|       Pairs Plot of compareFits Object|
|pairs.lmList|            Pairs Plot of an lmList Object|
|pairs.lme|               Pairs Plot of an lme Object|
|pdBlocked|               Positive-Definite Block Diagonal Matrix|
|pdClasses|               Positive-Definite Matrix Classes|
|pdCompSymm|              Positive-Definite Matrix with Compound Symmetry Structure|
|pdConstruct|             pdMat オブジェクトの構築|
|pdConstruct.pdBlocked|   Construct pdBlocked Objects|
|pdDiag|                  Diagonal Positive-Definite Matrix|
|pdFactor|                Square-Root Factor of a Positive-Definite Matrix|
|pdFactor.reStruct|       Extract Square-Root Factor from Components of an reStruct Object|
|pdIdent|                 Multiple of the Identity Positive-Definite Matrix|
|pdLogChol|               General Positive-Definite Matrix|
|pdMat|                   Positive-Definite Matrix|
|pdMatrix|                Extract Matrix or Square-Root Factor from a pdMat Object|
|pdMatrix.reStruct|       Extract Matrix or Square-Root Factor from Components of an reStruct Object|
|pdNatural|               General Positive-Definite Matrix in Natural Parametrization|
|pdSymm|                  General Positive-Definite Matrix|
|phenoModel|              Model function for the Phenobarb data|
|plot.ACF|                ACF オブジェクトのプロット|
|plot.Variogram|          バリオグラム・オブジェクトのプロット|
|plot.augPred|            augPred オブジェクトのプロット|
|plot.compareFits|        compareFits オブジェクトのプロット|
|plot.gls|                gls オブジェクトのプロット|
|plot.intervals.lmList|   lmList 信頼区間のプロット|
|plot.lmList|             lmList オブジェクトのプロット|
|plot.lme|                lme または nls オブジェクトのプロット|
|plot.nffGroupedData|     nffGroupedData オブジェクトのプロット|
|plot.nfnGroupedData|     nfnGroupedData オブジェクトのプロット|
|plot.nmGroupedData|      nmGroupedData オブジェクトのプロット|
|plot.ranef.lmList|       ranef.lmList オブジェクトのプロット|
|plot.ranef.lme|          ranef.lme オブジェクトのプロット|
|pooledSD|                合併標準偏差(Pooled Standard Deviation)の抽出|
|predict.gls|             gls オブジェクトの予測|
|predict.gnls|            gnls オブジェクトの予測|
|predict.lmList|          lmList オブジェクトの予測|
|predict.lme|             lme オブジェクトの予測|
|predict.nlme|            nlme オブジェクトの予測|
|print.summary.pdMat|     summary.pdMat オブジェクトのプリント|
|print.varFunc|           varFunc オブジェクトのプリント|
|qqnorm.gls|              gls オブジェクトの残差の正規プロット（Normal Plot）|
|qqnorm.lme|              Normal Plot of Residuals or Random Effects from an lme Object|
|quinModel|               Model function for the Quinidine data|
|random.effects|          ランダムの効果の抽出|
|ranef.lmList|            lmList ランダムの効果の抽出|
|ranef.lme|               lme ランダムの効果の抽出|
|reStruct|                ランダムの効果の構造|
|recalc|                  線形モデルオブジェクトの再計算|
|recalc.corStruct|        corStruct オブジェクトの再計算|
|recalc.modelStruct|      modelStruct オブジェクトの再計算|
|recalc.reStruct|         reStruct オブジェクトの再計算|
|recalc.varFunc|          varFunc オブジェクトの再計算|
|residuals.gls|           gls 残差の抽出|
|residuals.glsStruct|     glsStruct 残差の計算|
|residuals.gnlsStruct|    gnlsStruct 残差の計算|
|residuals.lmList|        lmList 残差の抽出|
|residuals.lme|           lme 残差の抽出|
|residuals.lmeStruct|     lmeStruct 残差の計算|
|residuals.nlmeStruct|    nlmeStruct 残差の計算|
|simulate.lme|            lme モデルのシミュレート|
|solve.pdMat|             Calculate Inverse of a Positive-Definite Matrix|
|solve.reStruct|          Apply Solve to an reStruct Object|
|splitFormula|            式を分割する|
|summary.corStruct|       corStruct オブジェクトの要約|
|summary.gls|             gls オブジェクトの要約|
|summary.lmList|          lmList オブジェクトの要約|
|summary.lme|             lme オブジェクトの要約|
|summary.modelStruct|     modelStruct オブジェクトの要約|
|summary.nlsList|         nlsList オブジェクトの要約|
|summary.pdMat|           pdMat オブジェクトの要約|
|summary.varFunc|         varFunc オブジェクトの要約|
|update.modelStruct|      modelStruct オブジェクトの更新|
|update.varFunc|          varFunc オブジェクトの更新|
|varClasses|              分散関数クラス|
|varComb|                 分散関数の組み合わせ|
|varConstPower|           定数＋パワー分散関数|
|varExp|                  指数分散関数|
|varFixed|                固定分散関数(Fixed Variance Function)|
|varFunc|                 分散関数構造(Variance Function Structure)|
|varIdent|                Constant Variance Function|
|varPower|                パワー分散関数(Power Variance Function)|
|varWeights|              分散関数のウェイトの抽出|
|varWeights.glsStruct|    glsStruct オブジェクトの分散ウェイト|
|varWeights.lmeStruct|    lmeStruct オブジェクトの分散ウェイト|

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