R 2.6.0 の変更予定の編集

R 2.6.0 の変更予定

注意：[[オリジナル文書:https://svn.r-project.org/R/trunk/NEWS]]のすべてを翻訳・記載しているわけではありません。

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#contents
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* ユーザに見える変更 [#eb13e9de]

- integrate(), nlm(), nlminb(), optim(), optimize() and uniroot() の '...' 引数は，今までより左に移動している（今までは引数リストの最後にあった）。意図しない引数とマッチすることがないようにということであるが，それはまた '...' 引数の後にくる引数名は省略しないで指定しないといけないことを意味するので注意。

-- R 2.5.1 まで
 > integrate(dnorm,0,2)
 0.4772499 with absolute error < 5.3e-15
 > integrate(dnorm,0,2,subdivisions=200)
 0.4772499 with absolute error < 5.3e-15
 > integrate(dnorm,0,2,subdiv=200)  # 省略が許された
 0.4772499 with absolute error < 5.3e-15

-- R 2.6.0
 > integrate(dnorm,0,2)
 0.4772499 with absolute error < 5.3e-15
 > integrate(dnorm,0,2,subdivisions=200)
 0.4772499 with absolute error < 5.3e-15
 > integrate(dnorm,0,2,subdiv=200)  # 省略は許されないようになった
  以下にエラーf(x, ...) :  使われていない引数 (subdiv = 200)
 # subdib=20 は dnorm の引数だと思われてしまうのだ

- nchar の type 引数のデフォルトが "chars" になった。~
allowNA 引数も追加された。

-- R 2.5.1 まで
 > nchar("あいうえおabcde")
 [1] 20
 > nchar("あいうえおabcde", type="chars")
 [1] 10
 > nchar("あいうえおabcde", type="bytes")
 [1] 20
 > nchar("あいうえおabcde", type="width")
 [1] 15

-- R 2.6.0 から
 > nchar("あいうえおabcde")
 [1] 10
 > nchar("あいうえおabcde", type="chars")
 [1] 10
 > nchar("あいうえおabcde", type="bytes")
 [1] 20
 > nchar("あいうえおabcde", type="width")
 [1] 15

- どの R オブジェクトからも参照されていないコネクションは，警告と共に閉じられる。そのタイミングは，ギャベッジコレクションの時や全てのコネクションスロットが使い尽くされたときである。

* 新しい仕様 [#p9421bcc]

- abbreviate() が新しい引数として method を持つようになった。オプションとして method="both.sides" が使えるようになった（デフォルトは今までと同じ結果を得ることを意味する method="left.kept"）。
 > x <- c("abcd", "efgh", "abce")
 > abbreviate(x, 2)
   abcd   efgh   abce 
 "abcd"   "ef" "abce" 
 > x <- c("abcd", "efgh", "abce")
 > abbreviate(x, 2, method="both") # "ce"が省略形といえるかどうかはかなり疑問
 abcd efgh abce 
 "ab" "ef" "ce"

- aggregate.data.frame() は，グループ変数を factor に変換しないようになった。
 > testDF <- data.frame(v1 = c(1,3,5,7,8,3,5,NA,4,5,7,9),
 +                      v2 = c(11,33,55,77,88,33,55,NA,44,55,77,99) )
 > by1 <- c("red","blue",1,2,NA,"big",1,2,"red",1,NA,12)
 > by2 <- c("wet","dry",99,95,NA,"damp",95,99,"red",99,NA,NA)
 > df <- aggregate(x = testDF, by = list(by1, by2), FUN = "mean")
 > df
   Group.1 Group.2 v1 v2
 1       1      95  5 55
 2       2      95  7 77
 3       1      99  5 55
 4       2      99 NA NA
 5     big    damp  3 33
 6    blue     dry  3 33
 7     red     red  4 44
 8     red     wet  1 11
 > class(df[,1]) # R 2.5.1 までは factor になった
 [1] "character"
 > class(df[,2]) # R 2.5.1 までは factor になった
 [1] "character"

- all.names(), all.vars() が返す文字列数の最大値のデフォルトが 200 であったものを -1 に変更した。-1 は無制限を表す。~

- apropos() はサーチパスでの位置ではなく，アルファベット順にソートして表示するようになった
-- R 2.5.1 まで
 > apropos("summary")
  [1] "summary.aov"             "summary.aovlist"         "summary.glm"            
  [4] "summary.infl"            "summary.lm"              "summary.manova"         
  [7] "summary.mlm"             "summary.stepfun"         "summaryRprof"           
 [10] ".__C__summary.table"     ".__M__Summary:base"      ".__T__Summary:base"     
 [13] "Summary"                 "Summary.Date"            "Summary.POSIXct"        
 [16] "Summary.POSIXlt"         "Summary.data.frame"      "Summary.difftime"       
 [19] "Summary.factor"          "Summary.package_version" "print.summary.table"    
 [22] "summary"                 "summary.Date"            "summary.POSIXct"        
 [25] "summary.POSIXlt"         "summary.connection"      "summary.data.frame"     
 [28] "summary.default"         "summary.factor"          "summary.matrix"         
 [31] "summary.table"          
-- R 2.6.0 から
 > apropos("summary")
  [1] ".__C__summary.table"     ".__M__Summary:base"      ".__T__Summary:base"     
  [4] "Summary"                 "Summary.Date"            "Summary.POSIXct"        
  [7] "Summary.POSIXlt"         "Summary.data.frame"      "Summary.difftime"       
 [10] "Summary.factor"          "Summary.numeric_version" "print.summary.table"    
 [13] "summary"                 "summary.Date"            "summary.POSIXct"        
 [16] "summary.POSIXlt"         "summary.aov"             "summary.aovlist"        
 [19] "summary.connection"      "summary.data.frame"      "summary.default"        
 [22] "summary.factor"          "summary.glm"             "summary.infl"           
 [25] "summary.lm"              "summary.manova"          "summary.matrix"         
 [28] "summary.mlm"             "summary.stepfun"         "summary.table"          
 [31] "summaryRprof"

- 部分マッチを避けるために attr() が exact 引数（デフォルトは FALSE）を持つようになった。
 > x <- 1:10
 > attr(x, "dim") <- c(2,5)
 > attr(x, "dim")
 [1] 2 5
 > attr(x, "di")
 [1] 2 5
 > attr(x, "di", exact=TRUE) # 完全一致を要求する（"di" というアトリビュートはない）
 NULL

- bxp() が，引数 xlim を許容するようになった~

- chol() が，ジェネリックになった~

- dev2bitmap() が，プロットを "pdf" で行うことを示す method 引数を持った(デフォルトは "postscript"）。PDF を使用することで，半透明色を使えることになった~

- duplicte(), unique() およびそれらのメソッドは，fromLast 引数を持つようになった
 > x <- c(1:5,3)
 > duplicated(x)
 [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE
 > duplicated(x, fromLast=TRUE)
 [1] FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE FALSE
 > unique(x)
 [1] 1 2 3 4 5
 > unique(x, fromLast=TRUE)
 [1] 1 2 4 5 3

- fifo() の description はデフォルト値を持たなくなった~

- fifo("") が実装された。file("") と同じやり方で動く〜

- jpeg(), png(), bmp() (Windows), dev2bitmap(), bitmap() で，'width' と 'height' の単位を指示する，新しい引数 'units' を持つようになった~

- require の戻り値は表示されないようになった(invisible で戻る)~

- find の引数 numeric. は numeric になった~

- 文字列が空でないことを検査する nzchar() 登場（空なら FALSE, 空でないなら TRUE）~

- optim(method = "L-BFGS-B") は，他の method の場合と同じように長さ 0 のパラメータを許容するようになった。 また，method = "SANN" はこの場合には最適化を試みることはなくなった~

- pmatch(x, y, duplicates.ok = TRUE) はハッシングを使うようになったので，x, y が大きくてほとんどが正確なマッチングの場合に計算時間が短くなった~

- gr() がジェネリックになった~

- row(), col() が，行列だけでなく行列のようなオブジェクト（データフレームとか）にも適用できるようになった~
R 2.5.0 まで
 > x <- data.frame(x=1:5, y=letters[1:5])
 > row(x)
  以下にエラーrow(x) :  'row/col' 関数の引数は行列でなければなりません
R 2.6.0 から
 > x <- data.frame(x=1:5, y=letters[1:5])
 > row(x)
      [,1] [,2]
 [1,]    1    1
 [2,]    2    2
 [3,]    3    3
 [4,]    4    4
 [5,]    5    5

- Reduce(), Filter(), Map()~
おもしろい関数だ
 > Add <- function(x) Reduce("+", x, 0)
 > Add(list(1, 2, 3))
 > Filter
 function (f, x) 
 {
     ind <- as.logical(sapply(x, f))
     x[!is.na(ind) & ind]
 }
 <environment: namespace:base>
 > Map
 function (f, ...) 
 mapply(f, ..., SIMPLIFY = FALSE) # mapply の特殊シュガーコートか
 <environment: namespace:base>

- rmultinorm は可能な場合にはより高精度の累算機を使うようになったので，プラットフォームが異なっても同じ結果を出すことが多くなった~

- Rprof() の interval 値がとして，より小さい値を指定できるようになった。interval=0.001 など~

- エラーメッセージの出し方がちょっとだけ変わった

-- R 2.5.1 まで
 > sqrt(-1)
 [1] NaN
 Warning message:
  計算結果が NaN になりました in: sqrt(-1) 
 > read.table("foo")
  以下にエラーfile(file, "r") :  コネクションを開くことができません
  追加情報: Warning message:
  ファイル 'foo' を開くことができません, 理由は'No such file or directory'です in: file(file, "r")

-- R 2.6.0 から
 > sqrt(-1)
 [1] NaN
 Warning message:
 In sqrt(-1) :  計算結果が NaN になりました
 > read.table("foo")
  以下にエラーfile(file, "r") :  コネクションを開くことができません
  追加情報: Warning message:
 In file(file, "r") :
    ファイル 'foo' を開くことができません, 理由は'No such file or directory'です

* バグフィックス [#o695bb76]

- pbeta(x, log.p = TRUE) が改善された。これにより pt(), pf() や pbinom() も改善された。

- sequence の仕様がましになった。

-- R 2.5.1 まで
 > sequence(c(3,2))
 [1] 1 2 3 1 2
 > sequence(c(-3,-2))
 [1]  1  0 -1 -2 -3  1  0 -1 -2
 > sequence(0)
 [1] 1 0
 > sequence(-1)
 [1]  1  0 -1

-- R 2.6.0 から
 > sequence(c(3,2))
 [1] 1 2 3 1 2
 > sequence(c(-3,-2))
  以下にエラーFUN(c(-3, -2)[[1L]], ...) :  引数は非負でなければなりません
 > sequence(0)
 integer(0)
 > sequence(-1)
  以下にエラーFUN(-1[[1L]], ...) :  引数は非負でなければなりません

- match.arg で several.ok=TRUE が指定されているときに誤ったエラーメッセージを出していた

-- R 2.5.1 まで
 > match.arg(c("abcdef", "k"), c("abc", "defk", "jk"), several.ok=TRUE)
  以下にエラーmatch.arg(c("abcdef", "jk"), c("abc", "defk", "jk"), several.ok = TRUE) : 
	 'arg' は以下の一つでなければなりません： abc, defk, jk

-- R 2.6.0 から
 > match.arg(c("abcdef", "j"), c("abc", "defk", "jk"), several.ok=TRUE)
 [1] "jk"

- 関数 fn を plot(fn, xlim=c(a,b)) で描画するときに xlim が適切に設定できなかった（というより，x 軸の範囲はちゃんと指定されているのだが，y軸の範囲が不適切）。~
fun <- function(x) return((x-5)^2-10) という二次関数のグラフを，xlim=c(-5,10) で描くと，

-- R 2.5.1 では
#ref(plot251.png)

-- R 2.6.0 では
#ref(plot260.png)

- julian の origin は POSIXt で動くと書いてあるが，POSIXlt で動かなかった

-- R 2.5.1 では
 > julian(as.POSIXct("2007-09-01"), origin = as.POSIXct("1970-01-01", tz="GMT"))
 Time difference of 13756.62 days
 > julian(as.POSIXlt("2007-09-01"), origin = as.POSIXlt("1970-01-01", tz="GMT"))
  以下にエラーjulian.POSIXt(as.POSIXlt("2007-09-01"), origin = as.POSIXlt("1970-01-01",  : 
 	 'origin' は長さ 1 でなければなりません

-- R 2.6.0 では
 > julian(as.POSIXct("2007-09-01"), origin = as.POSIXct("1970-01-01", tz="GMT"))
 Time difference of 13756.62 days
 > julian(as.POSIXlt("2007-09-01"), origin = as.POSIXlt("1970-01-01", tz="GMT"))
 Time difference of 13756.62 days

- HairEyeColor データセットの訂正~
Brown hair, Brown eye のセルの数値の訂正。
-- R 2.5.1 では
 > HairEyeColor
 , , Sex = Male
 
        Eye
 Hair    Brown Blue Hazel Green
   Black    32   11    10     3
   Brown    38   50    25    15
   Red      10   10     7     7
   Blond     3   30     5     8
 
 , , Sex = Female
 
        Eye
 Hair    Brown Blue Hazel Green
   Black    36    9     5     2
   Brown    81   34    29    14
   Red      16    7     7     7
   Blond     4   64     5     8

-- R 2.6.0 では
 > HairEyeColor
 , , Sex = Male 
 
        Eye
 Hair    Brown Blue Hazel Green
   Black    32   11    10     3
   Brown    53   50    25    15
   Red      10   10     7     7
   Blond     3   30     5     8
 
 , , Sex = Female
 
        Eye
 Hair    Brown Blue Hazel Green
   Black    36    9     5     2
   Brown    66   34    29    14
   Red      16    7     7     7
   Blond     4   64     5     8

// 移動されてなかったよ
- CJK locale で，chartr() がちゃんと動くようになった~
[[なかま]]さんのおかげです。感謝

--R 2.5.1 まで
 > chartr("a", "b", "abaあaba")
 [1] "bbb"
--R 2.6.0 から
 > chartr("a", "b", "abaあaba")
 [1] "bbbあbbb"

タイムスタンプを変更しない