R で並列処理の編集

SIZE(25){COLOR(red){R で並列処理}}

*parallel パッケージ [#i7152570]
-R2.14.0 以降

*[[CRAN Task View:http://cran.md.tsukuba.ac.jp/web/views/HighPerformanceComputing.html]] [#z2839d6d]
*パッケージ [#v97f8d59]
-snow(snow:ワークステーションのシンプルなネットワーク)
--[[L. Tierney氏のsnowパッケージでクラスタ計算を行う]]
--[[Rで並列計算]]

-snowFT: Fault Tolerant Simple Network of Workstations

-doSNOW: Foreach parallel adaptor for the snow package

-rpvm: PVM (並列仮想計算機)への R インタフェイス

-nws: [[NetworkSpacesh:http://www.lindaspaces.com/products/NWS_overview.html]] ((Windows XP, Linux, Mac OS X に対応))と Sleigh のための　R 関数
--[[R での利用法方法:http://www.lindaspaces.com/downloads/nwsR-1.5.0.pdf]]
--[[Python NetWorkSpaces(NWS)と並列プログラミング（日本語）:http://blog-imgs-10.fc2.com/k/a/w/kawasaq/NWS.html]]

-Rsge: SGE 待ち行列システムインターフェース

-GridR: リモートホスト、クラスターまたはグリッド上で関数を実行
//Executes functions on remote hosts, clusters or grids

-mapReduce: mapReduce - 並列計算用の柔軟な mapReduce アルゴリズム
[[mapReduce(並列計算用の柔軟な mapReduce アルゴリズム)パッケージ中のオブジェクト一覧]]

-taskPR: タスク並列 R パッケージ

-ff: memory-efficient storage of large data on disk and fast access functions

-RScaLAPACK: A seamless interface to perform parallel computation on linear algebra problems using the ScaLAPACK library

-doMPI: Foreach parallel adaptor for the Rmpi package

-parfossil: Parallelized functions for palaeoecological and palaeogeographical analysis

-sprint: Simple Parallel R INTerface

**マルチコア [#p56159c3]
-multicore: Parallel processing of R code on machines with multiple cores or CPUs
--doMC: Foreach parallel adaptor for the multicore package (linux, MacOSXのみ Windows不可)
--doSMP: Foreach parallel adaptor for the revoIPC package (Windows, linux, MacOSX) Windowsユーザは有無を言わずこれを使う
---[[doSMP removed from CRAN:http://heuristically.wordpress.com/2012/02/17/dosmp-removed-from-cran/]] Win User は、代わりに、doSnow を当面利用

-raster

*応用パッケージ [#bede5c1c]
-caretNWS: NetworkSpaces を使って並列化した分類と回帰トレーニング
-npRmpi: Nonparametric kernel smoothing methods for mixed data types
-pensim: Simulation of high-dimensional data and parallelized repeated penalized regression

**GGPU [#u943c622]
-gputools: PU 利用可能なデータマイニングのいくつかの関数群
[[gputools(GPU 利用可能なデータマイニングのいくつかの関数群)パッケージ中のオブジェクト一覧]]
-[[GPU computing for R statistical environment :http://user2010.org/tutorials/Zolot.html]]

-cudaBayesreg: fMRI データ分析用マルチレベルモデルの CUDA 並列実装
//CUDA Parallel Implementation of a Bayesian Multilevel Model for fMRI Data Analysis

-[[Support Vector Machine with GPU:http://www.r-tutor.com/gpu-computing/svm/rpusvm-1]] [[RPUSVM:http://www.r-tutor.com/content/download]]

*事例・文献 [#uc19aeb9]
-[[R on Biowulf:http://biowulf.nih.gov/apps/R.html]] Biowulf 上での R の実行例
-[[「グリッドコンピューティングとR」:http://jasp.ism.ac.jp/meetings/R2007/R_071225_2.pdf]]
-[[Condor での利用例:https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2008-April/160519.html]]
-[[useR! 2008 の発表リスト:http://www.statistik.uni-dortmund.de/useR-2008//abstracts/AbstractsByTopic.html#High%20Performance%20Computing]]
-[[Easier Parallel Computing in R with snowfall and sfCluster:http://journal.r-project.org/2009-1/RJournal_2009-1_Knaus+et+al.pdf]]
-[[McCallum, Q. M., Weston, S.(2011): Parallel R, Data Analysis in the Distributed World :http://shop.oreilly.com/product/0636920021421.do]],O'Reilly.
-[[The next generation of parallel R:http://www.r-bloggers.com/the-next-generation-of-parallel-r/]]
-[[Parallel R - Data Analysis in the Distributed World:http://shop.oreilly.com/product/0636920021421.do]]

*リンク [#m9250d6e]
-[[R/parallel:http://www.rparallel.org/]]
-[[r-sg-hpc:https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-hpc]]
-[[R で　GPUによる超高速演算(NVIDIA CUDA を利用) のできる時？]]
--[[BLAS での利用例:http://cs.anu.edu.au/people/Ahmed.ElZein/doku.php?id=research:more]]
-[[Tutorial: Introduction to High-Performance Computing with R @ useR! 2009 :http://www.agrocampus-ouest.fr/math/useR-2009/tutorials/Eddelbuettel.html]]
-[[High Performance Computing@R-Forge:https://r-forge.r-project.org/softwaremap/trove_list.php?form_cat=399]]
-[[Parallel R Model Prediction Building and Analytics:http://www.r-bloggers.com/parallel-r-model-prediction-building-and-analytics/]]

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*コメント [#s8b2826f]

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