Rを引用する
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// 2006年 1月 16日 月曜日 16:17:47 JST // 谷村 // じゃんじゃん加筆してください &size(25){&color(red){''Rを引用する''};}; Rを使った研究成果を論文化するときに、どのように記述するかを一緒に考えましょう。 #contents * 引用文献リストの表記 [#r7c5567f] 引用文献リストのフォーマットは投稿先雑誌の指定に従いますが、その内容はcitation()で表示されるものでよいと思います。しかし、 実際の論文を見ると、citation()の書誌情報以外にR.Ihaka and R.Gentleman (1996)を引用している文献も見られます。 Ihaka, R., and R. Gentleman. 1996. R: a language for data analysis and graphics. J. Comp. Graph. Stat. 5:299-314. Available via http://www.R-project.org. これが必要なBibTeXユーザは下記をコピーして使います。 @Article{ihak:gent:1996, author = {Ross Ihaka and Robert Gentleman}, title = {R: {A} Language for Data Analysis and Graphics}, journal = {Journal of Computational and Graphical Statistics}, year = 1996, volume = 5, number = 3, pages = {299--314}, url = {www.r-project.org} } この他にも下記のようなものもあります。 R is a language and environment for statistical computing and graphics similar to S http://cran.r-project.org/. * citation()の使い方 [#k4e5cae2] Rの書誌情報が必要なときは > citation() To cite R in publications use: R Core Team (2016). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. URL https://www.R-project.org/. A BibTeX entry for LaTeX users is @Manual{, title = {R: A Language and Environment for Statistical Computing}, author = {{R Core Team}}, organization = {R Foundation for Statistical Computing}, address = {Vienna, Austria}, year = {2016}, url = {https://www.R-project.org/}, } We have invested a lot of time and effort in creating R, please cite it when using it for data analysis. See also ‘citation("pkgname")’ for citing R packages. とします。この出力をコピー&ペースとして利用します。文献管理ソフトなどを使わずに原稿の中に直接書く場合には、投稿規定に合わせて適切に加工してください。BibTeXを使う人は、上記のBibTeX形式データには引用キーがないことに注意してください(親切で意図的に引用キーを抜いていると思われる)。 citation()の出力の中でBibTeX形式 のところだけ欲しい場合は、toBibtex()を使います。 > toBibtex(citation()) @Manual{, title = {R: A Language and Environment for Statistical Computing}, author = {{R Core Team}}, organization = {R Foundation for Statistical Computing}, address = {Vienna, Austria}, year = {2016}, url = {https://www.R-project.org/}, } これをbibファイルとして保存したい場合は、 > write(toBibtex(citation()),file="bibファイル") とします。既存のbibファイルに追記したい場合は、パイプやcatが使える環境なら、 > write(toBibtex(citation()),file="| cat >> test.bib") とすれば既存のtest.bibに追記されます。R本体だけはなく、パッケージも引用したい場合は、 citation("パッケージ名") とします。例えば > citation("maptools") To cite package 'maptools' in publications use: Nicholas J. Lewin-Koh and Roger Bivand (2005). maptools: tools for reading and handling shapefiles. R package version 0.5-2. A BibTeX entry for LaTeX users is @Manual{, title = {maptools: tools for reading and handling shapefiles}, author = {Nicholas J. Lewin-Koh and Roger Bivand}, year = {2005}, note = {R package version 0.5-2}, } ATTENTION: This citation information has been auto-generated from the package DESCRIPTION file and may need manual editing, see 'help("citation")' . とします。これも同様にBibTeX形式のところだけ欲しい場合はtoBibTeX()を使います。 * BibTeX以外の文献管理ソフトウェアへのエキスポート [#v12c0332] bibファイルを他の文献管理ソフトウェアの形式に変換するには、[[Bibutils:http://www.scripps.edu/~cdputnam/software/bibutils/]]を使います。UNIX(SunOS, IRIX)版、Linux版、OSX版、Windows版などが用意されています。VineLinuxであればVinePlus extrasに用意されているので、 # apt-get install bibutils でネットワークインストールされます。簡単でしょ(^o^)/ ** EndNote形式に変換する [#h7ed4dea] ターミナル(Windowsの場合はコマンドプロンプト?)で次のようにすればBibTeX形式をEndNote形式に変換できます。 $ bib2xml bibファイル | xml2end > endnoteファイル さて、Rの中で処理を完結するには、例えば > write(toBibtex(citation(),file='/tmp/tmp.bib') > system('bib2xml /tmp/tmp.bib | xml2end > /tmp/tmp.end') とすると下記のようなtmp.endができているはず。 %0 Generic %T R: A Language and Environment for Statistical Computing %A Team, R. Core %A R Foundation for Statistical Computing %D 2016 %C Vienna, Austria %F Team2016 %U https://www.R-project.org/ また、system()を使わずにそのままwrite()の中ですませることもできます。 > write(toBibtex(citation()),file="| bib2xml | xml2end > test.end") bib2xml: Processed 1 references. xml2end: Processed 1 references. ** RIS形式に変換する [#g1b21330] RIS形式は広く使われているので、bibファイルのインポートに対応していなくても、RIS形式にすればインポートできる可能性が大きい。 $ bib2xml bibファイル | xml2ris > risファイル * 本文中の記述 [#f286c636] 投稿先のエディタが指示する通りに表記するのが基本です。しかし、どう書いてよいか分からない場合は、とりあえず本文中にはRとそのバージョンを書いて、引用記号を付けたらよいでしょう。使用パッケージも同様にすればよいと思います。 例えばこんな感じはどうでしょう。 A one-way repeated-measure multivate analysis of variance (manova; R Ver 2.2.1 [1]) was used on each of the dependent variables A, B and C to test for significant differences over time. References [1] R Development Core Team (2005). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. ISBN 3-900051-07-0, URL http://www.R-project.org. [[JJCO投稿に際しての統計解析結果のレポートに関するガイドライン:http://www.jjco.org/files/guidelinetextjp.html]]の1-1-8 統計解析に用いたソフトウェアが参考になるかも。 また、使用ソフトウェアを記述するときに製作会社(ソフトウェアハウスまたは販売元)も併記する習慣もあります。そのような場合は・・・みなさんどうしています? ---- * コメント [#c013e12f] #comment
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// 2006年 1月 16日 月曜日 16:17:47 JST // 谷村 // じゃんじゃん加筆してください &size(25){&color(red){''Rを引用する''};}; Rを使った研究成果を論文化するときに、どのように記述するかを一緒に考えましょう。 #contents * 引用文献リストの表記 [#r7c5567f] 引用文献リストのフォーマットは投稿先雑誌の指定に従いますが、その内容はcitation()で表示されるものでよいと思います。しかし、 実際の論文を見ると、citation()の書誌情報以外にR.Ihaka and R.Gentleman (1996)を引用している文献も見られます。 Ihaka, R., and R. Gentleman. 1996. R: a language for data analysis and graphics. J. Comp. Graph. Stat. 5:299-314. Available via http://www.R-project.org. これが必要なBibTeXユーザは下記をコピーして使います。 @Article{ihak:gent:1996, author = {Ross Ihaka and Robert Gentleman}, title = {R: {A} Language for Data Analysis and Graphics}, journal = {Journal of Computational and Graphical Statistics}, year = 1996, volume = 5, number = 3, pages = {299--314}, url = {www.r-project.org} } この他にも下記のようなものもあります。 R is a language and environment for statistical computing and graphics similar to S http://cran.r-project.org/. * citation()の使い方 [#k4e5cae2] Rの書誌情報が必要なときは > citation() To cite R in publications use: R Core Team (2016). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. URL https://www.R-project.org/. A BibTeX entry for LaTeX users is @Manual{, title = {R: A Language and Environment for Statistical Computing}, author = {{R Core Team}}, organization = {R Foundation for Statistical Computing}, address = {Vienna, Austria}, year = {2016}, url = {https://www.R-project.org/}, } We have invested a lot of time and effort in creating R, please cite it when using it for data analysis. See also ‘citation("pkgname")’ for citing R packages. とします。この出力をコピー&ペースとして利用します。文献管理ソフトなどを使わずに原稿の中に直接書く場合には、投稿規定に合わせて適切に加工してください。BibTeXを使う人は、上記のBibTeX形式データには引用キーがないことに注意してください(親切で意図的に引用キーを抜いていると思われる)。 citation()の出力の中でBibTeX形式 のところだけ欲しい場合は、toBibtex()を使います。 > toBibtex(citation()) @Manual{, title = {R: A Language and Environment for Statistical Computing}, author = {{R Core Team}}, organization = {R Foundation for Statistical Computing}, address = {Vienna, Austria}, year = {2016}, url = {https://www.R-project.org/}, } これをbibファイルとして保存したい場合は、 > write(toBibtex(citation()),file="bibファイル") とします。既存のbibファイルに追記したい場合は、パイプやcatが使える環境なら、 > write(toBibtex(citation()),file="| cat >> test.bib") とすれば既存のtest.bibに追記されます。R本体だけはなく、パッケージも引用したい場合は、 citation("パッケージ名") とします。例えば > citation("maptools") To cite package 'maptools' in publications use: Nicholas J. Lewin-Koh and Roger Bivand (2005). maptools: tools for reading and handling shapefiles. R package version 0.5-2. A BibTeX entry for LaTeX users is @Manual{, title = {maptools: tools for reading and handling shapefiles}, author = {Nicholas J. Lewin-Koh and Roger Bivand}, year = {2005}, note = {R package version 0.5-2}, } ATTENTION: This citation information has been auto-generated from the package DESCRIPTION file and may need manual editing, see 'help("citation")' . とします。これも同様にBibTeX形式のところだけ欲しい場合はtoBibTeX()を使います。 * BibTeX以外の文献管理ソフトウェアへのエキスポート [#v12c0332] bibファイルを他の文献管理ソフトウェアの形式に変換するには、[[Bibutils:http://www.scripps.edu/~cdputnam/software/bibutils/]]を使います。UNIX(SunOS, IRIX)版、Linux版、OSX版、Windows版などが用意されています。VineLinuxであればVinePlus extrasに用意されているので、 # apt-get install bibutils でネットワークインストールされます。簡単でしょ(^o^)/ ** EndNote形式に変換する [#h7ed4dea] ターミナル(Windowsの場合はコマンドプロンプト?)で次のようにすればBibTeX形式をEndNote形式に変換できます。 $ bib2xml bibファイル | xml2end > endnoteファイル さて、Rの中で処理を完結するには、例えば > write(toBibtex(citation(),file='/tmp/tmp.bib') > system('bib2xml /tmp/tmp.bib | xml2end > /tmp/tmp.end') とすると下記のようなtmp.endができているはず。 %0 Generic %T R: A Language and Environment for Statistical Computing %A Team, R. Core %A R Foundation for Statistical Computing %D 2016 %C Vienna, Austria %F Team2016 %U https://www.R-project.org/ また、system()を使わずにそのままwrite()の中ですませることもできます。 > write(toBibtex(citation()),file="| bib2xml | xml2end > test.end") bib2xml: Processed 1 references. xml2end: Processed 1 references. ** RIS形式に変換する [#g1b21330] RIS形式は広く使われているので、bibファイルのインポートに対応していなくても、RIS形式にすればインポートできる可能性が大きい。 $ bib2xml bibファイル | xml2ris > risファイル * 本文中の記述 [#f286c636] 投稿先のエディタが指示する通りに表記するのが基本です。しかし、どう書いてよいか分からない場合は、とりあえず本文中にはRとそのバージョンを書いて、引用記号を付けたらよいでしょう。使用パッケージも同様にすればよいと思います。 例えばこんな感じはどうでしょう。 A one-way repeated-measure multivate analysis of variance (manova; R Ver 2.2.1 [1]) was used on each of the dependent variables A, B and C to test for significant differences over time. References [1] R Development Core Team (2005). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. ISBN 3-900051-07-0, URL http://www.R-project.org. [[JJCO投稿に際しての統計解析結果のレポートに関するガイドライン:http://www.jjco.org/files/guidelinetextjp.html]]の1-1-8 統計解析に用いたソフトウェアが参考になるかも。 また、使用ソフトウェアを記述するときに製作会社(ソフトウェアハウスまたは販売元)も併記する習慣もあります。そのような場合は・・・みなさんどうしています? ---- * コメント [#c013e12f] #comment
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