RとXML の編集

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Web の標準データ形式であるXMLについては、Rでも関連パッケージがサポートされつつあります。
　ここでは、RとXML関連の情報を掲載してきます。

（工事中）

#contents

*XML パッケージ [#z0d34610]
　XML fileの入出力をsupportするパッケージ．非常に有用なパッケージと思われますが
　インストール，運用とも情報が少ないようです．

** install [#u6b2c829]
*** linux [#wdc0154a]
Vine linux 3.0,R-1.9.0-vl1にインストールしてみました． 　
http://www.omegahat.org/RSXML/からXML_0.97-0.tar.gz をdownloadして

>R INSTALL -c ./XML_0.97-0.tar.gz

でインストール.
すると，libxml, zlib関連で怒られるので,libxml2-devel-2.6.9-0vl1, zlib-devel-1.1.4-0vl3をapt-getすると無事インストールできた。riki 2004-09-22 (水) 17:34:36

*** Windows [#fe41b88d]
http://www.omegahat.org/RSXML/からXML_0.97-0.zipをdownloadして，R上で
Package>InstallPackagae(s) local zip files...でインストール riki 2004-09-22 (水) 17:33:05

上記だけで，インストールすると，libxml2.dll, iconv.dll,zlib1.dllがないと怒られます．ので，

ftp://ftp.zlatkovic.com/pub/libxml/

から，libxml2.dll, iconv.dll,zlib1.dllをdownloadして，PATHの通ったところにおく
（例えば，C:\WINDOWS\system32)もしくは，PATHを設定する
と動く． riki 2004-09-24 (金) 17:06:24

R Console のメニューバー「パッケージ」>「ダウンロードサイトの選択」で BioC extra を選択。引き続きメニューバー「パッケージ」>「パッケージのインストール」で XML を選択するとダウンロードできる 2008-12-18（木）14:10:34

**利用例 [#q532ad3b]
-RCurl と XML パッケージを使って NCBI の Eutils を利用する例は[[こちら:http://d.hatena.ne.jp/dakiyama/20081220/1229744106]]

***G-XMLの読み込みと各種処理 [#cd730a9a]

**参考 [#l0128f4a]

*SVG [#ubb87c9f]
**svg 関数 [#g4e1f59a]
-2.14 より、Windows のバイナリでも Cairo をサポートすることで利用可能。`
--[[Using R to Produce Scalable Vector Graphics for the Web:http://statistical-research.com/scalar-vector-graphics-from-r/?utm_source=rss&utm_medium=rss&utm_campaign=scalar-vector-graphics-from-r]]

**RSvgDevice パッケージ　・・・　プロット出力を SVG に変換。 [#d05dd18f]

**日本語 [#s5a222ad]
devSVG 関数ではサポートしていないが、出力後、エディター等で出力ファイルをUTF-8に変換すれば日本語表示可能．日本語パッチしていないＲでもＯＫ．

**使用例 [#s702e35f]

devSVG(file = "ファイル名", width = 幅（インチ）, height = 高さ（インチ）,bg = "背景色", fg = "前景色", onefile=TRUE, xmlHeader=XMLヘッダーの有無)~
SVG出力設定~
作図関連コマンド~
~
dev.off() # SVG出力~

**利用例((WinXPでは RGUI で実行後、RGUI が落ちてしまう)) [#wff08b62]

devSVG(file = "/temp/Rplots.svg", width = 10, height = 8,bg = "white", fg = "black", onefile=TRUE, xmlHeader=TRUE)
 plot(1:11,(-5:5)^2, type='b', main="シンプルグラフプロット")
 dev.off()

#ref(svgplotoutput.png)
図　出力されたSVG([[K2 Editor:http://k2top.jpn.org/k2soft/]] で UTF-8N で保存)

**参考文献 [#i9eb0a5d]
-[[XMLによるインタラクティブな統計グラフ　−Webベースの統計環境への活用−:http://www.ism.ac.jp/editsec/toukei/pdf/55-1-003.pdf]],山本　義郎・藤野友和・飯塚誠也共著，統計数理,2007, 55-1, 3-25.
--[[RInG:http://www.fwu.ac.jp/fujino/ringlib/]] Rで対話機能を持つSVG形式の基本的な統計グラフを出力するコマンドの提供

**SVGAnnotation [#h62ee146]
[[サンプル:http://www.omegahat.org/SVGAnnotation/tests/examples.html]]

**gridSVG@CRAN [#ha555663]
-[[Dynamic and Interactive R Graphics for the Web:The gridSVG Package:http://www.stat.auckland.ac.nz/~paul/gridSVG/gridsvg.pdf]]
-[[animation with gridSVG:http://www.r-bloggers.com/animation-with-gridsvg/]]

*StatDataML [#of7455d5]
StatDataML

*PMML(Predictive Model Markup Language) [[日本語訳:http://funahasi.com/pmml/]] [#oaf1758f]
-[[R と PMML]]

*KML [#lae2c985]
**RGDAL で出力のみ対応 [#zf51b4bc]

*RSS [#l50d16f8]
-animation パッケージの write.rss 関数：CSV ファイルより RSS フィード作成
-[[tm パッケージでの利用例:http://cran.at.r-project.org/web/packages/tm/vignettes/tm.pdf]] [#fb0b521e]

*xlsx [#adb39e45]
-xlsx: Excel 2007 (xlsx) ファイル形式の読み書き
-XLConnect & XLConnectJars パッケージ

*[[mzXML]] [#y38adc39]
-[[readMzXmlData: Reads mass spectrometry data in mzXML format:http://cran.md.tsukuba.ac.jp/web/packages/readMzXmlData/]]

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