SIZE(20){COLOR(red){vgam(ベクトル一般化線形・一般加法モデル)}パッケージ中のオブジェクト一覧}


#contents

*モデル当てはめ関数
//Model Fitting Functions

|項目|説明|
|vglm| ベクトル一般化線形モデル|
|vgam| ベクトル一般加法モデル|
|rrvglm   |                縮小ランクVGLMs および 二次RR-VGLM|
|vsmooth.spline| ベクトル平滑化スプライン |
|vlm     |ベクトル線形モデル|
|grc|                      Goodman's RC assocation model|
|cgo|                      Canonical Gaussian ordination|

**メソッド関数
//Methods Functions:

|項目|説明|
|coef.vlm|                 係数抽出関数|
|fitted.vglm|              Fitted values for vglm objects|
|fitted.vglm|              vglm オブジェクトのあてはめ値|
|plot.vgam   |             vgam オブジェクトのプロット|
|predict.vglm|             vglm オブジェクトの予測|
|predict.vgam|             vgam オブジェクトの予測|
|resid.vglm|               vglm オブジェクトの残差|
|residuals.vglm|           vglm オブジェクトの残差|
|summary.vgam|             vgam オブジェクトの要約|
|summary.vglm|             vglm オブジェクトの要約|
|summary.vlm|              vlm オブジェクトの要約|

**Generic 関数 
|項目|説明|
|qtplot|                   Quantile plots (e.g., for quantile regression)|
|deplot|                   密度プロット(e.g., for quantile regression)|
|cdf|                      累積分布関数 (ditto)|
|lvplot|                   潜在変量プロット (RR-VGLMs用)|
|biplot|                   バイプロット(RR-VGLMs)|
|deviance|                 Extractor function|
|loglik|                   Extractor function|
|vcov|                     Extractor function|


*SMARTPRED                The SMARTPRED library for smart prediction 

**ファミリー関数(FAMILY FUNCTIONS)         Many of them! Here is a list of them.

***二項(Binomial)
|項目|説明|
|betabin|                  beta-binomial (doesn't work)|
|binom2.or|                二変量対数モデル|
|binom2.rho|               二変量プロビットモデル|

***カテゴリカル
//Categorical
|項目|説明|
|sratio|                   Stopping ratio model|
|cratio|                   Continuation ratio model|
|multinomial| 多項ロジットモデル|
|cumulative|               Non-proportional odds model|
|acat|                     隣接カテゴリーモデル(Adjacent categories model)|

***極値データ(Extreme Value Data)
|項目|説明|
|gev|                     一般化極値分布|
|gpd|                     一般化パレート分布|
|egev|                    一般化極値分布|
|ogev|                    一般化極値分布|
|gumbel.block|             Gumbel distribution|

***Genetic Data
|項目|説明|
|G1G2G3|                   G1/G2/G3 表現型|
|AAaa.nohw|                AA-Aa-aa 表現型(no Hardy-Weinberg assumption)|
|AB.Ab.aB.ab2|             AB-Ab-aB-ab2 表現型|
|A1A2A3|                   A1A2A3 対立遺伝子システム(Allele System)|
|MNSs|                     MNSs Blood Group System|
|ABO|                      ABO Blood Group System|
|AB.Ab.aB.ab|              AB-Ab-aB-ab 表現型|
|AA.Aa.aa|                 AA-Aa-aa 表現型|

*一般化線形モデル
//Generalized Linear Models
|項目|説明|
|gaussianff |              ガウス|
|quasiff|                  疑似尤度|
|binomialff|               二項|
|poissonff|                ポアソン(allows matrix response)|
|quasibinomialff|          二項|
|quasipoissonff|           ポアソン(allows matrix response)|
|gammaff|                  ガンマ|
|inverse.gaussianff|       逆ガウス|
|inv.gaussianff|           逆ガウス (パラメータは2つとも、最尤度で推定される)|

*対数線形モデル
//Loglinear Models
|項目|説明|
|loglinb2|                 Bivariate binomial responses|
|loglinb3|                 Trivariate binomial responses|

*非線形回帰
//Nonlinear regression
|項目|説明|
|micmen|                   Michaelis-Menton|
|skira|                    Shinozaki and Kira|
|exp.reg|                  指数回帰|
|asyregO|                  Asymptotic Regression through the origin|
|autocata|                 ロジスティック(自己触媒) モデル|
|bnelder|                  Bleasdale & Nelder モデル(fixed theta3 & theta4)|
|bsimp|                    Bleasdaleの簡略モデル|
|cwitmer|                  Cook and Witmer モデル|
|fharris|                  Farazaghi and Harris モデル|
|gomp|                     ゴンペルツ・モデル|
|holliday|                 Holliday Model|
|logi|                     一般化ロジスティック|
|makeham|                  Makehham second modification (without 2nd parameter)|
|mmf|                      Morgan-Mercer-Flodin(MMF) Family|
|monomo|                   Monomolecular Function|
|nelder61|                 Nelder (1961) モデル|
|weibull.nl |              ワイブル・モデル|

*正の分布(Positive Distributions)
|項目|説明|
|positive.poisson|         Positive Poisson|
|positive.binomial|        Positive binomial|

*区分回帰(Quantile Regression) (LMS method)
|項目|説明|
|lms.bcn|                  Box-Cox transformation to normality|
|lms.bcg|                  Box-Cox transformation to a gamma distribution|
|lms.yjn|                  Yeo-Johnson transformation to normality|
|qtplot|                   Methods function|
|cdf|                      Methods function|
|deplot|                   Methods function|

*量子データ(Quantal data) (not working)
|項目|説明|
|abbott|                   Abbott's model for binary response|
|expected.abbott|          Abbott's model for binary response|

*見かけ上無関係な回帰(not working)
//Seemingly Unrelated Regressions  (not working)
|項目|説明|
|Sur|                      古典的モデル|

*縮小ランク時系列モデル(Reduced-rank Time Series Model)
|項目|説明|
|rrar|                     Nested vector AR(p)|
|garma|                    GARMA(p, q)|

*単変量分布
//Univariate Distributions
|項目|説明|
|hzeta|                    Haight's Zeta distribution|
|dirmul|                   Dirichlet-Multinomial distribution|
|dirichlet|                Dirichlet 分布|
|zetaff|                   Zeta distribution|
|cauchy1|                  1パラメータコーシー分布(One parameter Cauchy distribution)|
|logistic1|                One parameter logistic distribution|
|erlang|                   Erlang distribution|
|borel.tanner|             Borel-Tanner 分布|
|skewnorm1|                1-parameter Skew-normal distribution|
|beta2|                    2-parameter Beta distribution|
|beta4|                    4-parameter Beta distribution (unstable)|
|simple.exponential|       シンプルな指数分布|
|exponential|指数分布|
|gamma1|                   1パラメータ・ガンマ分布|
|gamma2|                   2パラメータ・ガンマ分布|
|geometric|                幾何|
|levy|                     Levy 分布|
|lgammaff|                 対数ガンマ |
|logff|                    対数分布(Logarithmic distribution) |
|normal1|                  単変量正規分布|
|negbin.mn|                負の二項分布|
|negbin.mu|                負の二項分布(平均は1パラメータ)|
|neg.binomial|             負の二項分布|
|neg.binomial.k|           負の二項分布|
|simple.poisson|           ポアソン|
|gumbel|                   Gumbel  (doesn't work)|
|studentt|                 スチューデントT分布|
|chisq|                    カイ二乗分布|
|simplex|                  単変量シンプレックス分布(Univariate Simplex distribution)|
|rig|                      Reciprocal Inverse Gaussian distribution|
|hyper.secant|             Hyperbolic Secant distribution|
|hyper.secant.1|           Hyperbolic Secant distribution|
|leipnik|                  Leipnik 分布|
|invbinomial |             逆二項分布(Inverse binomial distribution)|
|genpoisson |              一般化ポアソン分布|

*ゼロ確率?膨張分布(Zero-Inflated Distributions)
**Generic Functions: 
|項目|説明|
|yip88|                    ゼロ確率?膨張ポアソン(Zero-inflated Poisson) (based on Yip (1988))|

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