*COLOR(red){nlme}(線形および非線形混合効果モデル)パッケージ中のオブジェクト一覧
|項目|説明|
|ACF| 自己相関|
|ACF.gls| gls 残差の自己相関関数|
|ACF.lme| lme 残差の自己相関関数|
|Alfalfa| アルファルファの多様性実験の分割プロット|
|Assay |細胞培養プレートの生物学的検定（法）(Bioassay on Cell Culture Plate)|
|BIC| ベイズ情報規準量(Bayesian Information Criterion)|
|BIC.logLik| logLik オブジェクトのBIC|
|BodyWeight | 長期間異なった食事制限をしたラットの体重|
|Cefamandole| Pharmacokinetics of Cefamandole|
|Coef| 値を係数に代入|
|Covariate| 共変量値代入|
|Covariate.varFunc| varFunc 共変量代入|
|Dialyzer | High-Flux 血液透析器|
|Dim| オブジェクトより、大きさ(Dimensions) を抽出|
|Dim.corSpatial| corSpatial オブジェクトの大きさ|
|Dim.corStruct| corStruct オブジェクトの大きさ|
|Dim.pdMat| pdMat オブジェクトの大きさ|
|Earthquake| 地震強度|
|[.pdMat| Subscript a pdMat Object|
|Fatigue| 金属疲労による亀裂|
|Gasoline | ガソリン生成生産量(Refinery yield of gasoline)|
|Glucose| 時系列のグルコース・レベル|
|Glucose2| アルコール摂取後のグルコース・レベル(Glucose Levels Following Alcohol Ingestion)|
|Gun| 海軍の銃の発射方法|
|IGF| IGF-Iのたんぱく質の放射免疫測定(Radioimmunoassay of IGF-I Protein)|
|Initialize| オブジェクトの初期化|
|Initialize.corStruct| corStruct オブジェクトの初期化|
|Initialize.glsStruct| glsStruct オブジェクトの初期化|
|Initialize.lmeStruct| lmeStruct オブジェクトの初期化|
|Initialize.reStruct| reStruct オブジェクトの初期化|
|Initialize.varFunc| varFunc オブジェクトの初期化|
|LDEsysMat| LDEのシステム・マトリックスを生成|
|Machines| 機械と労働者の生産性スコア(Productivity Scores for Machines and Workers)|
|MathAchSchool| School demographic data for MathAchieve|
|MathAchieve| 数学習得得点(Mathematics achievement scores)|
|Matrix| Matrix 値の代入|
|Matrix.pdMat| オブジェクトにマトリックスを代入|
|Matrix.reStruct| reStruct マトリックスの代入|
|Meat| 肉の柔らかさ(Tenderness of meat)|
|Milk| 牛乳のたんぱく質分|
|Muscle| Contraction of heart muscle sections|
|Names| Names Associated with an Object|
|Names.formula| Extract Names from a formula|
|Names.pdBlocked| Names of a pdBlocked Object|
|Names.pdMat| Names of a pdMat Object|
|Names.reStruct| Names of an reStruct Object|
|Nitrendipene| Assay of nitrendipene|
|Oats| Split-plot Experiment on Varieties of Oats|
|Orthodont| Growth curve data on an orthdontic measurement|
|Ovary| Counts of Ovarian Follicles|
|Oxboys| Oxfordの少年の身長|
|Oxide| Variability in Semiconductor Manufacturing|
|PBG| Effect of Phenylbiguanide on Blood Pressure|
|Phenobarb| Phenobarbitol Kinetics|
|Pixel| X-ray pixel intensities over time|
|Quinidine| Quinidine Kinetics|
|Rail| Evaluation of Stress in Railway Rails|
|RatPupWeight| The weight of rat pups|
|Relaxin| Assay for Relaxin|
|Remifentanil| Pharmacokinetics of remifentanil|
|Soybean| 大豆植物(soybean plants)の成長|
|Spruce| Growth of Spruce Trees|
|Tetracycline1| Pharmacokinetics of tetracycline|
|Tetracycline2| Pharmacokinetics of tetracycline|
|VarCorr| 相関成分の分散の抽出|
|Variogram| セミバリオグラム計算|
|Variogram.corExp| CalccorExp オブジェクトのセミバリオグラムの計算|
|Variogram.corGaus| corGaus オブジェクトのセミバリオグラムの計算|
|Variogram.corLin| corLin オブジェクトのセミバリオグラムの計算|
|Variogram.corRatio| corRatio オブジェクトのセミバリオグラムの計算|
|Variogram.corSpatial| corSpatial オブジェクトのセミバリオグラムの計算|
|Variogram.corSpher| corSpher オブジェクトのセミバリオグラムの計算|
|Variogram.default| セミバリオグラムの計算|
|Variogram.gls| gls オブジェクトより残差のセミバリオグラムの計算|
|Variogram.lme| lme オブジェクトより残差のセミバリオグラムの計算|
|Wafer| Modeling of Analog MOS Circuits|
|Wheat| Yields by growing conditions|
|Wheat2| Wheat Yield Trials|
|allCoef| Extract Coefficients from a Set of Objects|
|anova.gls| Compare Likelihoods of Fitted Objects|
|anova.lme| Compare Likelihoods of Fitted Objects|
|as.matrix.corStruct| Matrix of a corStruct Object|
|as.matrix.pdMat| Matrix of a pdMat Object|
|as.matrix.reStruct| Matrices of an reStruct Object|
|asOneFormula| Combine Formulas of a Set of Objects|
|asTable| Convert groupedData to a matrix|
|augPred| Augmented Predictions|
|balancedGrouped| Create a groupedData object from a matrix|
|bdf| Language scores|
|coef.corStruct| Coefficients of a corStruct Object|
|coef.gnls| Extract gnls Coefficients|
|coef.lmList| Extract lmList Coefficients|
|coef.lme| Extract lme Coefficients|
|coef.modelStruct| Extract modelStruct Object Coefficients|
|coef.pdMat| pdMat Object Coefficients|
|coef.reStruct| reStruct Object Coefficients|
|coef.varFunc| varFunc Object Coefficients|
|collapse| Collapse According to Groups|
|collapse.groupedData| Collapse a groupedData Object|
|compareFits| Compare Fitted Objects|
|comparePred| 予測値の比較|
|contr.SAS| Contrast Matrices|
|corAR1| AR(1) 相関構造|
|corARMA| ARMA(p,q) 相関構造|
|corCAR1| 連続的AR(1) 相関構造|
|corClasses| 相関構造クラス|
|corCompSymm| 複合対称相関構造|
|corExp| 指数相関構造|
|corFactor| 相関行列のファクター|
|corFactor.corStruct| corStruct オブジェクト・マトリックスのファクター|
|corGaus| ガウス相関構造|
|corLin| 線形相関構造|
|corMatrix| 相関マトリックスの抽出|
|corMatrix.corStruct| corStruct オブジェクト・マトリックス|
|corMatrix.pdMat| Extract Correlation Matrix from a pdMat Object|
|corMatrix.reStruct| Extract Correlation Matrix from Components of an reStruct Object|
|corNatural | General correlation in natural parameterization|
|corRatio| Rational Quadratic Correlation Structure|
|corSpatial| 空間相関構造|
|corSpher| Spherical Correlation Structure|
|corSymm| General Correlation Structure|
|ergoStool| Ergometrics experiment with stool types|
|fdHess| Finite difference Hessian|
|fitted.glsStruct| Calculate glsStruct Fitted Values|
|fitted.gnlsStruct| Calculate gnlsStruct Fitted Values|
|fitted.lmList| Extract lmList Fitted Values|
|fitted.lme| Extract lme Fitted Values|
|fitted.lmeStruct| Calculate lmeStruct Fitted Values|
|fitted.nlmeStruct| Calculate nlmeStruct Fitted Values|
|fixed.effects| Extract Fixed Effects|
|fixef.lmList| Extract lmList Fixed Effects|
|formula.pdBlocked| Extract pdBlocked Formula|
|formula.pdMat| Extract pdMat Formula|
|formula.reStruct| Extract reStruct Object Formula|
|gapply| Apply a Function by Groups|
|getCovariate| Extract Covariate from an Object|
|getCovariate.corStruct|Extract corStruct Object Covariate|
|getCovariate.data.frame|Extract Data Frame Covariate|
|getCovariate.varFunc| Extract varFunc Covariate|
|getCovariateFormula| Extract Covariates Formula|
|getData| Extract Data from an Object|
|getData.gls| Extract gls Object Data|
|getData.lmList| Extract lmList Object Data|
|getData.lme| Extract lme Object Data|
|getGroups| Extract Grouping Factors from an Object|
|getGroups.corStruct| Extract corStruct Groups|
|getGroups.data.frame| Extract Groups from a Data Frame|
|getGroups.gls| Extract gls Object Groups|
|getGroups.lmList| Extract lmList Object Groups|
|getGroups.lme| Extract lme Object Groups|
|getGroups.varFunc| Extract varFunc Groups|
|getGroupsFormula| Extract Grouping Formula|
|getResponse| Extract Response Variable from an Object|
|getResponseFormula| Extract Formula Specifying Response Variable|
|getVarCov| Extract variance-covariance matrix|
|gls| Fit Linear Model Using Generalized Least Squares|
|glsControl| Control Values for gls Fit|
|glsObject| Fitted gls Object|
|glsStruct| 一般化最小二乗構造|
|gnls| Fit Nonlinear Model Using Generalized Least Squares|
|gnlsControl| Control Values for gnls Fit|
|gnlsObject| Fitted gnls Object|
|gnlsStruct| Generalized Nonlinear Least Squares Structure|
|groupedData| Construct a groupedData Object|
|gsummary| Summarize by Groups|
|intervals| Confidence Intervals on Coefficients|
|intervals.gls| Confidence Intervals on gls Parameters|
|intervals.lmList| Confidence Intervals on lmList Coefficients|
|intervals.lme| Confidence Intervals on lme Parameters|
|isBalanced| Check a Design for Balance|
|isInitialized| Check if Object is Initialized|
|lmList| List of lm Objects with a Common Model|
|lmList.groupedData| lmList Fit from a groupedData Object|
|lme| Linear Mixed-Effects Models|
|lme.groupedData| LME fit from groupedData Object|
|lme.lmList| LME fit from lmList Object|
|lmeControl| Control Values for lme Fit|
|lmeObject| Fitted lme Object|
|lmeScale| Scale for lme Optimization|
|lmeStruct| Linear Mixed-Effects Structure|
|logDet| Extract the Logarithm of the Determinant|
|logDet.corStruct| Extract corStruct Log-Determinant|
|logDet.pdMat| Extract Log-Determinant from a pdMat Object|
|logDet.reStruct| Extract reStruct Log-Determinants|
|logLik.corStruct| Extract corStruct Log-Likelihood|
|logLik.glsStruct| Log-Likelihood of a glsStruct Object|
|logLik.gnls| Log-Likelihood of a gnls Object|
|logLik.gnlsStruct| Log-Likelihood of a gnlsStruct Object|
|logLik.lmList| Log-Likelihood of an lmList Object|
|logLik.lme| Log-Likelihood of an lme Object|
|logLik.lmeStruct| Log-Likelihood of an lmeStruct Object|
|logLik.reStruct| Calculate reStruct Log-Likelihood|
|logLik.varFunc| Extract varFunc logLik|
|model.matrix.reStruct| reStruct Model Matrix|
|needUpdate| Check if Update is Needed|
|needUpdate.modelStruct|Check if a modelStruct Object Needs Updating|
|nlme| Nonlinear Mixed-Effects Models|
|nlme.nlsList| NLME fit from nlsList Object|
|nlmeControl| Control Values for nlme Fit|
|nlmeObject| Fitted nlme Object|
|nlmeStruct| Nonlinear Mixed-Effects Structure|
|nlsList| List of nls Objects with a Common Model|
|nlsList.selfStart| nlsList Fit from a selfStart Function|
|pairs.compareFits| Pairs Plot of compareFits Object|
|pairs.lmList| Pairs Plot of an lmList Object|
|pairs.lme| Pairs Plot of an lme Object|
|pdBlocked| Positive-Definite Block Diagonal Matrix|
|pdClasses| Positive-Definite Matrix Classes|
|pdCompSymm| Positive-Definite Matrix with Compound Symmetry Structure|
|pdConstruct| pdMat オブジェクトの構築|
|pdConstruct.pdBlocked| Construct pdBlocked Objects|
|pdDiag| Diagonal Positive-Definite Matrix|
|pdFactor| Square-Root Factor of a Positive-Definite Matrix|
|pdFactor.reStruct| Extract Square-Root Factor from Components of an reStruct Object|
|pdIdent| Multiple of the Identity Positive-Definite Matrix|
|pdLogChol| General Positive-Definite Matrix|
|pdMat| Positive-Definite Matrix|
|pdMatrix| Extract Matrix or Square-Root Factor from a pdMat Object|
|pdMatrix.reStruct| Extract Matrix or Square-Root Factor from Components of an reStruct Object|
|pdNatural| General Positive-Definite Matrix in Natural Parametrization|
|pdSymm| General Positive-Definite Matrix|
|phenoModel| Model function for the Phenobarb data|
|plot.ACF| ACF オブジェクトのプロット|
|plot.Variogram| バリオグラム・オブジェクトのプロット|
|plot.augPred| augPred オブジェクトのプロット|
|plot.compareFits| compareFits オブジェクトのプロット|
|plot.gls| gls オブジェクトのプロット|
|plot.intervals.lmList| lmList 信頼区間のプロット|
|plot.lmList| lmList オブジェクトのプロット|
|plot.lme| lme または nls オブジェクトのプロット|
|plot.nffGroupedData| nffGroupedData オブジェクトのプロット|
|plot.nfnGroupedData| nfnGroupedData オブジェクトのプロット|
|plot.nmGroupedData| nmGroupedData オブジェクトのプロット|
|plot.ranef.lmList| ranef.lmList オブジェクトのプロット|
|plot.ranef.lme| ranef.lme オブジェクトのプロット|
|pooledSD| 合併標準偏差(Pooled Standard Deviation)の抽出|
|predict.gls| gls オブジェクトの予測|
|predict.gnls| gnls オブジェクトの予測|
|predict.lmList| lmList オブジェクトの予測|
|predict.lme| lme オブジェクトの予測|
|predict.nlme| nlme オブジェクトの予測|
|print.summary.pdMat| summary.pdMat オブジェクトのプリント|
|print.varFunc| varFunc オブジェクトのプリント|
|qqnorm.gls| gls オブジェクトの残差の正規プロット（Normal Plot）|
|qqnorm.lme| Normal Plot of Residuals or Random Effects from an lme Object|
|quinModel| Model function for the Quinidine data|
|random.effects| ランダムの効果の抽出|
|ranef.lmList| lmList ランダムの効果の抽出|
|ranef.lme| lme ランダムの効果の抽出|
|reStruct| ランダムの効果の構造|
|recalc| 線形モデルオブジェクトの再計算|
|recalc.corStruct| corStruct オブジェクトの再計算|
|recalc.modelStruct| modelStruct オブジェクトの再計算|
|recalc.reStruct| reStruct オブジェクトの再計算|
|recalc.varFunc| varFunc オブジェクトの再計算|
|residuals.gls| gls 残差の抽出|
|residuals.glsStruct| glsStruct 残差の計算|
|residuals.gnlsStruct| gnlsStruct 残差の計算|
|residuals.lmList| lmList 残差の抽出|
|residuals.lme| lme 残差の抽出|
|residuals.lmeStruct| lmeStruct 残差の計算|
|residuals.nlmeStruct| nlmeStruct 残差の計算|
|simulate.lme| lme モデルのシミュレート|
|solve.pdMat| Calculate Inverse of a Positive-Definite Matrix|
|solve.reStruct| Apply Solve to an reStruct Object|
|splitFormula| Split a Formula|
|splitFormula| 式を分割する|
|summary.corStruct| corStruct オブジェクトの要約|
|summary.gls| gls オブジェクトの要約|
|summary.lmList| lmList オブジェクトの要約|
|summary.lme| lme オブジェクトの要約|
|summary.modelStruct| modelStruct オブジェクトの要約|
|summary.nlsList| nlsList オブジェクトの要約|
|summary.pdMat| pdMat オブジェクトの要約|
|summary.varFunc| varFunc オブジェクトの要約|
|update.modelStruct| modelStruct オブジェクトの更新|
|update.varFunc| varFunc オブジェクトの更新|
|varClasses| 分散関数クラス|
|varComb| 分散関数の組み合わせ|
|varConstPower| 定数＋パワー分散関数|
|varExp| 指数分散関数|
|varFixed| 固定分散関数(Fixed Variance Function)|
|varFunc| 分散関数構造(Variance Function Structure)|
|varIdent| Constant Variance Function|
|varPower| パワー分散関数(Power Variance Function)|
|varWeights| 分散関数のウェイトの抽出|
|varWeights.glsStruct| glsStruct オブジェクトの分散ウェイト|
|varWeights.lmeStruct| lmeStruct オブジェクトの分散ウェイト|
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