// 2006年  1月 16日 月曜日 16:17:47 JST
// 谷村
// じゃんじゃん加筆してください

&size(25){&color(red){''Rを引用する''};};

Rを使った研究成果を論文化するときに、どのように記述するかを一緒に考えましょう。

#contents

* 引用文献リストの表記
* 引用文献リストの表記 [#r7c5567f]

引用文献リストのフォーマットは投稿先雑誌の指定に従いますが、その内容はcitation()で表示されるものでよいと思います。しかし、
実際の論文を見ると、citation()の書誌情報以外にR.Ihaka and R.Gentleman (1996)を引用している文献も見られます。

 Ihaka, R., and R. Gentleman. 1996. R: a language for data analysis
 and graphics. J. Comp. Graph. Stat. 5:299-314. Available via
 http://www.R-project.org.

これが必要なBibTeXユーザは下記をコピーして使います。

 @Article{ihak:gent:1996,
   author = 	 {Ross Ihaka and Robert Gentleman},
   title = 	 {R: {A} Language for Data Analysis and Graphics},
   journal = 	 {Journal of Computational and Graphical Statistics},
   year = 	 1996,
   volume =	 5,
   number =	 3,
   pages =	 {299--314},
   url =         {www.r-project.org}
 }

この他にも下記のようなものもあります。
 R is a language and environment for statistical computing
 and graphics similar to S http://cran.r-project.org/.

* citation()の使い方
* citation()の使い方 [#k4e5cae2]

Rの書誌情報が必要なときは
 > citation()
 
 To cite R in publications use:
 To cite R in publications use: 
 
   R Development Core Team (2005). R: A language and environment for
   statistical computing. R Foundation for Statistical Computing,
   Vienna, Austria. ISBN 3-900051-07-0, URL http://www.R-project.org. 
   R Core Team (2016). R: A language and environment for statistical
   computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria.
   URL https://www.R-project.org/. 
 
 A BibTeX entry for LaTeX users is
 
   @Manual{,
     title = {R: A language and environment for statistical computing},
     author = {{R Development Core Team}},
     title = {R: A Language and Environment for Statistical Computing},
     author = {{R Core Team}},
     organization = {R Foundation for Statistical Computing},
     address = {Vienna, Austria},
     year = {2005},
     note = {{ISBN} 3-900051-07-0},
     url = {http://www.R-project.org},
     year = {2016},
     url = {https://www.R-project.org/},
   }
 
 We have invested a lot of time and effort in creating R, please cite it
 when using it for data analysis. See also 'citation("pkgname")' for
 when using it for data analysis. See also ‘citation("pkgname")’ for
 citing R packages.

とします。この出力をコピー&ペースとして利用します。文献管理ソフトなどを使わずに原稿の中に直接書く場合には、投稿規定に合わせて適切に加工してください。BibTeXを使う人は、上記のBibTeX形式データには引用キーがないことに注意してください(親切で意図的に引用キーを抜いていると思われる)。



citation()の出力の中でBibTeX形式 のところだけ欲しい場合は、toBibtex()を使います。
 > toBibtex(citation())
 [[1]]
 @Manual{,
   title = {R: A language and environment for statistical computing},
   author = {{R Development Core Team}},
   title = {R: A Language and Environment for Statistical Computing},
   author = {{R Core Team}},
   organization = {R Foundation for Statistical Computing},
   address = {Vienna, Austria},
   year = {2005},
   note = {{ISBN} 3-900051-07-0},
   url = {http://www.R-project.org},
   year = {2016},
   url = {https://www.R-project.org/},
 }

これをbibファイルとして保存したい場合は、
 > write(toBibtex(citation())[[1]],file="bibファイル")
とします。
 > write(unlist(toBibtex(citation())),file="bibファイル")
でも構いません。R本体だけはなく、パッケージも引用したい場合は、
 > write(toBibtex(citation()),file="bibファイル")
とします。既存のbibファイルに追記したい場合は、パイプやcatが使える環境なら、
 > write(toBibtex(citation()),file="| cat >> test.bib")
とすれば既存のtest.bibに追記されます。R本体だけはなく、パッケージも引用したい場合は、
 citation("パッケージ名")
とします。例えば
 > citation("maptools")
 To cite package 'maptools' in publications use:
 
  Nicholas J. Lewin-Koh and Roger Bivand (2005). maptools: tools for
  reading and handling shapefiles. R package version 0.5-2.
 
 A BibTeX entry for LaTeX users is
 
  @Manual{,
    title = {maptools: tools for reading and handling shapefiles},
    author = {Nicholas J. Lewin-Koh and Roger Bivand},
    year = {2005},
    note = {R package version 0.5-2},
  }
 
 ATTENTION: This citation information has been auto-generated from the
 package DESCRIPTION file and may need manual editing, see
 'help("citation")' .
とします。これも同様にBibTeX形式のところだけ欲しい場合はtoBibTeX()を使います。

* BibTeX以外の文献管理ソフトウェアへのエキスポート
* BibTeX以外の文献管理ソフトウェアへのエキスポート [#v12c0332]
bibファイルを他の文献管理ソフトウェアの形式に変換するには、[[Bibutils:http://www.scripps.edu/~cdputnam/software/bibutils/]]を使います。UNIX(SunOS, IRIX)版、Linux版、OSX版、Windows版などが用意されています。VineLinuxであればVinePlus extrasに用意されているので、
 # apt-get install bibutils
でネットワークインストールされます。簡単でしょ(^o^)/
** EndNote形式に変換する
** EndNote形式に変換する [#h7ed4dea]
ターミナル(Windowsの場合はコマンドプロンプト?)で次のようにすればBibTeX形式をEndNote形式に変換できます。
 $ bib2xml bibファイル | xml2end > endnoteファイル
さて、Rの中で処理を完結するには、例えば
 > write(unlist(toBibtex(citation()),file='/tmp/tmp.bib')
 > write(toBibtex(citation(),file='/tmp/tmp.bib')
 > system('bib2xml /tmp/tmp.bib | xml2end > /tmp/tmp.end')
とすると下記のようなtmp.endができているはず。
 %0 Generic
 %T R: A language and environment for statistical computing
 %A Team, R. Development Core
 %T R: A Language and Environment for Statistical Computing
 %A Team, R. Core
 %A R Foundation for Statistical Computing
 %D 2005
 %D 2016
 %C Vienna, Austria
 %F Team2005
 %O ISBN 3-900051-07-0
 %U http://www.R-project.org
system()の標準入力へRのオブジェクトの内容を流すことができたら、中間ファイルのtmp.bibは不要になりますが、今のところやり方が不明です。
 %F Team2016
 %U https://www.R-project.org/

** RIS形式に変換する
また、system()を使わずにそのままwrite()の中ですませることもできます。
 > write(toBibtex(citation()),file="| bib2xml | xml2end > test.end")
 bib2xml: Processed 1 references.
 xml2end: Processed 1 references.

** RIS形式に変換する [#g1b21330]
RIS形式は広く使われているので、bibファイルのインポートに対応していなくても、RIS形式にすればインポートできる可能性が大きい。
 $ bib2xml bibファイル | xml2ris > risファイル

* 本文中の記述
* 本文中の記述 [#f286c636]

投稿先のエディタが指示する通りに表記するのが基本です。しかし、どう書いてよいか分からない場合は、とりあえず本文中にはRとそのバージョンを書いて、引用記号を付けたらよいでしょう。使用パッケージも同様にすればよいと思います。

例えばこんな感じはどうでしょう。
 A one-way repeated-measure multivate analysis of variance (manova; R Ver 2.2.1 [1]) 
 was used on each of the dependent variables A, B and C to test for significant
 differences over time.
 
 References
 [1] R Development Core Team (2005). R: A language and environment for statistical
   computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. ISBN
   3-900051-07-0, URL http://www.R-project.org. 

[[JJCO投稿に際しての統計解析結果のレポートに関するガイドライン:http://www.jjco.org/files/guidelinetextjp.html]]の1-1-8 統計解析に用いたソフトウェアが参考になるかも。

また、使用ソフトウェアを記述するときに製作会社(ソフトウェアハウスまたは販売元)も併記する習慣もあります。そのような場合は・・・みなさんどうしています?

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* コメント
* コメント [#c013e12f]
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