COLOR(red){SIZE(30){Rで複雑系}}
#contents
*ニューラルネット(ANN) [#q5324524]
- [[nnet(ニューラルネット):http://cran.r-project.org/web/packages/nnet/nnet.pdf]]~
パーセプトロン
- [[AMORE（より柔軟なニューラルネットワークパッケージ）:http://cran.r-project.org/web/packages/AMORE/AMORE.pdf]]
-- [[The AMORE package: A MORE flexible neural network package :http://wiki.r-project.org/rwiki/doku.php?id=packages:cran:amore]] R Wiki の記事
- neural(ニューラルネット)~
GUI付の RBF と MLP ニューラルネット
- [[grnnR(一般化回帰ニューラルネットワーク):http://cran.uvigo.es/web/packages/grnnR/grnnR.pdf]]
-kohonen(教師付き・教師なし自己組織化マップ)
[[kohonen(教師付き・教師なし自己組織化マップ)パッケージ中のオブジェクト一覧]]
-[[neuralnet: ニューラルネットワークのトレーニング:http://cran.r-project.org/web/packages/neuralnet/neuralnet.pdf]]
-[[Metabonomic: GUI for Metabonomic Analysis:http://cran.open-source-solution.org/web/packages/Metabonomic/Metabonomic.pdf]]
-Weka
--[[RWeka: Weka 用 R インターフェース:http://cran.r-project.org/web/packages/RWeka/RWeka.pdf]]
--[[RとWEKAによるニューラルネットワーク:http://www1.doshisha.ac.jp/~mjin/R/23.pdf]]
-[[生態学のデータ解析 - ニューラルネット:http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/NeuralNetwork.html]] nnet, neural, AMORE の解説
-[[qrnn: 分位点回帰ニューラルネットワーク(Quantile regression neural network):http://cran.r-project.org/web/packages/qrnn/qrnn.pdf]]
-[[RSNNS: Neural Networks in R using the Stuttgart Neural Network Simulator (SNNS):http://cran.r-project.org/web/packages/RSNNS/RSNNS.pdf]]
-[[rminer: Simpler use of data mining methods (e.g. NN and SVM) in classification and regression:http://cran.r-project.org/web/packages/rminer/rminer.pdf]]
**SOM [#xb4f4d91]
- [[RでSOM(自己組織化マップ)]]
**関連リンク [#b8c32f68]
-[[RとWekaによるニューラルネットワーク:http://www1.doshisha.ac.jp/~mjin/R/23.pdf]]
-[[Sensitivity analysis for neural networks:http://beckmw.wordpress.com/2013/10/07/sensitivity-analysis-for-neural-networks/]]
-[[Classification using neural net in r:http://saptarsigoswami.blogspot.jp/2013/10/classification-using-neural-net-in-r.html]]
*遺伝的アルゴリズム(GA) [#t0528dfc]
- [[RでGA(遺伝的アルゴリズム)]]
- [[FAiR(Factor Analysis in R) パッケージ 遺伝的アルゴリズムを利用して因子モデルを推定:http://cran.r-project.org/web/packages/FAiR/FAiR.pdf]]
-[[PKfit: 薬物動態のためのデータ分析:http://cran.r-project.org/web/packages/PKfit/PKfit.pdf]]
--遺伝的アルゴリズムを含む
-[[genalg: R Based Genetic Algorithmg:http://cran.r-project.org/web/packages/genalg/genalg.pdf]]
-[[Genetic algorithms: a simple R example:http://fishyoperations.com/r/genetic-algorithms-a-simple-r-example/?utm_source=rss&utm_medium=rss&utm_campaign=genetic-algorithms-a-simple-r-example]]
-[[Rmalschains: Continuous Optimization using Memetic Algorithms with Local Search Chains (MA-LS-Chains) in R]]
*遺伝的プログラム(GP) [#wddd20f9]
-[[rgp: R genetic programming framework:http://cran.md.tsukuba.ac.jp/web/packages/rgp/]]
*進化アルゴリズム(EA) [#cd550128]
- [[DEoptim:http://cran.okada.jp.org/src/contrib/Descriptions/DEoptim.html]] 微分進化最適化
-- [[DEoptim package :http://wiki.r-project.org/rwiki/doku.php?id=packages:cran:deoptim]] R Wiki の記事
-- emoa: Evolutionary Multiobjective Optimization Algorithms
*フラクタル [#s6efc5a1]
- [[fdim(フラクタル次元計算関数群)パッケージ中のオブジェクト一覧]]
- [[RandomFields パッケージ:http://cran.r-project.org/web/packages/RandomFields/RandomFields.pdf]]内 fractal.dim 関数
- FracSim: Simulation of L騅y motions
- fractal(Insightful フラクタル時系列モデリング分析)
- [[fractalrock: Generate fractal time series with non-normal returns distribution:http://cran.r-project.org/web/packages/fractalrock/fractalrock.pdf]]
-[[Just for fun: attractors in R:http://petewerner.blogspot.jp/2013/11/just-for-fun-attractors-in-r.html]]
-[[Blurry Fractals:http://aschinchon.wordpress.com/2014/03/27/blurry-fractals/]]
-[[Book example – iterative function systems for generating fractals:http://cartesianfaith.com/2013/10/01/book-example-iterative-function-systems-for-generating-fractals/]]
-[[The Pythagorean Tree Is In Bloom:http://aschinchon.wordpress.com/2014/04/10/the-pythagorean-tree-is-in-bloom/]]
*セルオートマトン(CA) [#b4d3d410]
** [[simecol:http://www.tu-dresden.de/fghhihb/petzoldt/modlim/]] CRAN にあり [#j7474175]
[[simecol(生態学シミュレーション)パッケージ中のオブジェクト一覧]]
- [[Simulating Games on Networks with R. Application to coordination in dynamic social network under heterogeneity.:http://www.statistik.uni-dortmund.de/useR-2008//abstracts/Bojanowski.pdf]] 社会ネットワークへの応用例.ネットワークは [[SoNIA1:http://www.stanford.edu/group/sonia/]] で可視化。
- CellularAutomaton: １次元セルオートマトン~
[[RでCA(セルオートマトン)]]~
** animation パッケージ [#i9e7439b]
-demo に life game あり
** R で書いたプログラム [#d3c7f4c0]
-http://blog.goo.ne.jp/r-de-r/s/life
*マルチエージェントシステム(MAS) [#ed6cd25e]
- [[El Farol シミュレータ:http://homepage.mac.com/t_takashina/R/simulation.html]]
-[[Swarm:http://www.swarm.org/index.php?title=Swarm:_applications&diff=297&oldid=296]]
R および S-PLUS は Swarm オブジェクトシリアライズフィーチャ互換の HDF5 パッケージの読み書きができる
-[[Repast Simphony:http://repast.sourceforge.net/]]
Java ベースのビジュアルモデリングツール。 R は統計演算に利用。
-[[jamsim - Java & R Based Microsimulation :http://code.google.com/p/jamsim/]]
計算は、Apast
-[[NetLogo]]
--[[RNetLogo:http://rnetlogo.r-forge.r-project.org]]
--[[Agent Based Models and RNetLogo:http://blog.revolutionanalytics.com/2014/07/agent-based-models-and-rnetlogo.html]]
--[[NetLogo-R-Extension:http://netlogo-r-ext.berlios.de/article_resources.php]]
--[[Replicating NetLogo Fire model:http://www.r-bloggers.com/replicating-netlogo-fire-model/]]
--[[]Spatial Simulation: Exploring Pattern and Process:http://as.wiley.com/WileyCDA/WileyTitle/productCd-1119970792.html]] 一部のモデルで [[NetLogo-R extension:http://patternandprocess.org/related-software-links/netlogo-r-extension/]] を利用。 [[サポートサイト:http://patternandprocess.org]]
*人工生命(AL) [#u694cb8b]
*進化アルゴリズム [#ucacbc67]
-[[DEoptim: Differential Evolution Optimization:http://cran.r-project.org/web/packages/DEoptim/DEoptim.pdf]]
-EMC: 進化モンテカルロ(EMC)アルゴリズム
-RFreak: R/[[FrEAK:http://sourceforge.net/projects/freak427/]] インターフェース
*進化的戦略 [#g27c6cf2]
-[[MIES - Mixed-Integer Evolution Strategy:https://r-forge.r-project.org/projects/mies/]]
*カオス時系列 [#za360144]
-[[tseriesChaos:http://cran.r-project.org/web/packages/tseriesChaos/tseriesChaos.pdf]]
-[[RTisean: RからのTiseanへのインタフェース:http://cran.r-project.org/web/packages/RTisean/RTisean.pdf]]
-[[fNonlinear:http://cran.r-project.org/web/packages/fNonlinear/fNonlinear.pdf]]‎
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