COLOR(red){SIZE(30){PerlスクリプトからRを起動}}
#contents
~
*Perl 内部から R をバッチモードで実行 [#aea0de90]
以下の Perl スクリプトを数値引数 num で実行すると、log(num) を R で計算する。R のプログラムファイルを Perl 中で作成し、それを COLOR(magenta){<} でバッチモードの R に引き渡すのがミソ。(ソース：r-help の記事)
########## Perl スクリプト ##########################
#!/usr/bin/perl
(($arg1) = @ARGV) || die "Must pass a numerical argument.?n";
$script = "/tmp/rwrap$$.R";
open(SCRIPT, ">$script");
print SCRIPT <<EOF;
arg1 <- $arg1
options(error=expression(q(status=arg1)))
if (arg1 > 0) log(arg1)
q()
EOF
close(SCRIPT);
system("R --vanilla --slave < $script");
($Rstat = $?/256) && die "Aborted in R with status $Rstat.?n";
unlink $script;
#####################################################
$ ./test.perl 2.0 # Unix のコンマンドラインから実行
[1] 0.6931472 # log(2.0)
実行結果を Perl の内部で受け取る方法は、以下の通り。
@array = `R --vanilla --slave < $script`; ## 行ごとの文字列を分けて格納
$scalar = `R --vanilla --slave < $script`; ## 各行を結合して変数に格納
-石岡巌さんの，[[http://www1.accsnet.ne.jp/~gen/R-rev/R-batch-rev.html:http://www1.accsnet.ne.jp/~gen/R-rev/R-batch-rev.html]] などが参考になるのやらならないのやら。
*RSPerl の利用 [#n91292ff]
(そういうものがあるらしい。使ったことのある人の解説を期待)
インストールしてみましたが、下記のようなエラーが出ます。
環境:VineSeed+perl5.8.1+R1.7.0+RSPerl_0.5-7
$ PERLLIB=/usr/lib/R/library/RSPerl/share/lib/perl5/site_perl/5.8.1/i386-linux-?
thread-multi:/usr/lib/R/library/RSPerl/share/blib/lib perl test.pl
1..1
Can't load '/usr/lib/R/library/RSPerl/share/lib/perl5/site_perl/5.8.1/i386-
linux-thread-multi/auto/R/R.so' for module R: /usr/lib/R/library/RSPerl/libs/
libPerlConverter.so: undefined symbol: R_GlobalEnv at
/usr/lib/perl5/5.8.1/i386-linux-thread-multi/DynaLoader.pm line 229.
at test.pl line 11
Compilation failed in require at test.pl line 11.
BEGIN failed--compilation aborted at test.pl line 11.
not ok 1
以下のようにインストールすれば、いちおうテストプログラム(RSPerl/inst/tests/の下のファイル）は動作します。(R-2.5.0, Perl 5.8.8)
R CMD INSTALL --configure-args='--with-in-perl' RSPerl_0.92-1.tar.gz
export PERL5LIB=/usr/local/lib/R/library/RSPerl/perl:$PERL5LIB
source /usr/local/lib/R/library/RSPerl/scripts/RSPerl.bsh
でもやっぱりいくつかのプログラムが動きません。
RSPerl/inst/examples$ perl test4.pl
Can't locate object method "TIESCALAR" via package "RHashAccessor" at /usr/local/lib/R/library/RSPerl/perl/i486-linux-gnu-thread-multi/RReferences.pm line 58.
*PDL::R::math [#g8b98ed4]
Perl内からR関数を利用するモジュール
http://search.cpan.org/~cavanaugh/PDL-R-math-0.12/rmath.pd
-実行結果を Perl の内部で受け取る方法ですが, system() の代わりにバッククォート・コマンド `` を使えばよいのでは? たとえば, $output = `R --vanilla --slave < $script`; if ($output =~ /^?[?d+?]?s+(?S+)/) { $result = $1; print "log($arg1) = $result?n"; } (すみません, 「コメントの挿入」で複数行に分けて入力する方法が分かりません. というか, できるのでしょうか?) -- &new{2004-01-23 (金) 10:39:35};
#comment
* Perl から R を操作するモヂュール Statistics::R (2004.2.23) [#pa58aff2]
r-help 記事を引用
-I have released the new module Statistics::R and need some feedback of it's
status. This will permit the control of the the R (R-project) interpreter through Perl in different architectures and OS. You can for example, start only one instance of the R interpreter and have different Perl process accessing it. What will save the initiation time of R and memory. So, I will appreciate if some one can test it in different OS. Tested with Win32 and Linux. Thanks in advance. Regards, Graciliano M. P.
~
[[URLはここ:http://search.cpan.org/~gmpassos/Statistics-R-0.01/]]
* IPC::Open2 [#td5e43aa]
#!/usr/local/bin/perl -s
use strict;
use FileHandle;
use IPC::Open2;
use IPC::Open3;
if (1) {
my($fhr) = new FileHandle();
my($fhw) = new FileHandle();
my($fhe) = new FileHandle();
my($fhOld) = select($fhw); $| = 1; select($fhOld);
open2($fhr, $fhw, '/usr/bin/R', '--no-save');
# open3($fhw, $fhr, $fhe, '/usr/bin/R', '--no-save');
my($i);
for($i = 0; $i <= 10; $i++) {
# ↓もし ？ｎ となっていたら ￥ｎ です（Wiki が原因？）
$fhw->print("1:($i*10)\n"); # ↓ここも同様
$fhw->print("print('EndOfCommands')\n"); # あとでコマンドの終了を検知するため
while($_ = $fhr->getline()) {
if (/"EndOfCommands"/) {
last; # R の処理が終了した
}
print;
}
}
exit(0);
}
![[RjpWiki]](image/../Rlogo.png "[RjpWiki]")
