SIZE(20){COLOR(blue){Mac で Sweave --- Mac OS X El Capitan}}

SIZE(18){COLOR(blue){UpTeX を使うのであれば,TeXLive は不要!!}}

クリーンインストールでない場合,うまくいかない(ことがある?)のはなぜだろう?
OS のクリーンインストールでない場合,うまくいかない(ことがある?)のはなぜだろう?

* 0. R のインストール [#f5c3679f]

R の出力を表組みにするためには xtable パッケージをインストールする必要があろう。

// * 1. MacTeX のインストール [#be080a3f]

// http://d.hatena.ne.jp/pyopyopyo/20150710/p1 に従う

// けちくさいことをいわずに、MacTeX をインストール。

// http://www.tug.org/mactex/mactex-download.html で、MacTeX.pkg を control+クリック(右クリック) で「別名でリンク先を保存...」でダウンロード。

// ダブルクリックでインストール(途中 パスワードを聞かれ、cc コマンドのインストールも求められる)。

// 「ターミナル」を起動し、tlmgr 自身とインストール済みパッケージを更新。

// まずは tlmgr 自身を更新(プロンプトの後に以下をコピー&ペースト)。
//  sudo tlmgr update --self 

// 次に導入済みパッケージの更新(プロンプトの後に以下をコピー&ペースト。500個以上あったりするかも知れないので、気長に)。
//  sudo tlmgr update  --all

* 1. UpTeX のインストール [#z1939e5f]

http://www2.kumagaku.ac.jp/teacher/herogw/index.html から「Drag & Drop UpTeX」(20151009版以降)をダウンロード。

ダブルクリッックしてできる UpTeX.app を「アプリケーションフォルダ」へ移動。

同梱されている説明書を読み,環境設定。

一番最初に UpTeX.app を起動するには,control+クリック(右クリック)で開くを選び,その後更にもう一度聞かれるので「開く」。

UpTeX.app の「環境設定」メニューを選び,dvipdfmx のフォント,TeX コンポーネントのアップデート。

texbin のパスをクリップボードにコピーしておいて,次の TeXShop のインストールで使う。

* 2. TeXShop のインストール [#u675fd21]

http://pages.uoregon.edu/koch/texshop/obtaining.html から、「Latest TeXShop Version3」をダウンロード。

ダブルクリッックしてできる TeXShop.app を「アプリケーションフォルダ」へ移動。

TeXShop を起動して「環境設定」

「書類」タブの「設定プロファイル」で「upTeX(ptex2pdf)」に設定する。

(「書類」タブの[エンコーディング」が「Unicode(UTF-8)」になるはず。そうならなければ「Unicode(UTF-8)」に設定。)

「内部設定」タブでは,texbin のパス設定は,UpTeX を使うなら,
 /Applications/UpTeX.app/Contents/Resources/TEX/texbin
(前述の UpTeX の環境設定ウインドウでコピーした texbin のパスをペースト)

LaTeX の設定は,UpTeX を使うなら,
 ptex2pdf -u -l -ot "-synctex=1 -file-line-error"
(Sweave では,synctex と file-line-error は猫に小判かも)

TeXShop の環境設定を変更したら,その設定で TeXShop を使いたい場合は一度 TeXShop を終了させて,再度起動。

* 3. スタイルファイルなど [#webd7039]

ファインダーの option+「移動」メニューで「ライブラリ」ディレクトリに入り,texmf/tex/platex ディレクトリに使用する style ファイルを置く。

システムのライブラリではなく,
 Macintosh HD-->ユーザ-->hoge-->ライブラリ-->texmf-->tex-->platex-->スタイルファイル(のディレクトリ)

置いた後には必ず sudo mktexlsr の実行を忘れないこと。

なお,*.Rnw,*.tex ファイルは utf-8 エンコーディングとするので,style ファイルも utf-8 にしておくこと。

* 4. ソースファイルは *.Rnw,*.tex [#u23b093e]

もっぱら *.Rnw を使うなら,TeXShop の環境設定の[タイプセット]タブで,デフォルトのコマンドに自分の好きなもの(後述のようにするなら Sweave)をセット。

ソースファイルの encoding は utf-8 。

dvipdfmx,uplatex の使用は document class で指定する。

 \documentclass[dvipdfmx,uplatex] {jsarticle}

* 5. タイプセットの方法 [#fdef66a2]

** 5.1. TeXShop からの場合 [#q38c031b]

Rscript で書いた TeXShop の Engine の例

以下の内容のファイル Sweave.engine を,ファインダーの option+「移動」メニューで「ライブラリ」ディレクトリに入り,TeXShop/Engines の中にコピーする。システムのライブラリではなく,
 Macintosh HD-->ユーザ-->hoge-->ライブラリ-->TeXShop-->Engines-->Sweave.engine

アクセスモードは chmod 777 Sweave.engine で,実行可能に設定。

書類の種類を選択するボタン(通常は LaTeX などになっている)で,「Sweave」を選択し「タイプセット」ボタンをクリックすると *.Rnw --> *.tex --> *.dvi --> *.pdf の順に処理される。

ファイルを分割して main.Rnw から \SweaveInput{foo.Rnw} でタイプセットするとき,foo.Rnw の先頭に
 % ! TEX root = main.Rnw
と書いておくと,エディタで foo.Rnw を編集中でも,foo.Rnw の修正を自動保存した後に,main.Rnw からタイプセットしてくれる。

&ref(Sweave.engine);

 #!/usr/local/bin/Rscript --vanilla
 ms <- function(file, silent = TRUE, ...) {
 	if (grepl("\\.", file) == FALSE) {
 		file <- paste(file, "Rnw", sep = ".")
 	}
 	Sys.setlocale(locale = "ja_JP.UTF-8")
 	Sweave(file, encoding = "utf-8")
 	base <- sub(".(R|S)nw", "", file)
 	file <- paste(base, ".tex", sep = "")
 	dir <- "/Applications/UpTeX.app/Contents/Resources/TEX/texbin"
 	cmd <- sprintf("%s/ptex2pdf -u -l -s %s%s", dir, file, ifelse(silent, " | grep -v \"texmf\"", ""))
 	repeat {
 		system(cmd)
 		con <- file(sub(".tex", ".log", file), open = "r", encoding = "utf-8")
 		log <- readLines(con)
 		close(con)
 		no.error <- TRUE
 		if (sum(grepl("Emergency stop", log)) > 0) {
 			no.error <- FALSE
 			break
 		}
 		if (sum(grepl("Rerun to get", log)) == 0) 
 			break
 	}
 	if (no.error) {
 		system(sprintf("%s/dvipdfmx -V 5 %s", dir, sub(".tex", ".dvi", file)))
 	}
 }
 # 以下の xfigure 関数は,src パラメータで渡された描画プログラムに基づいて,figure というサブディレクトリに pdf 画像ファイルを作り,それを pdf 文書ファイル中に include するためのもの
 xfigure <- function(src, caption = "caption", fn, label = fn, 
	base = "figure", size = 320, width = size * 6/320, height = 2/3, 
	mgp = c(1.8, 0.6, 0), mar = c(3, 3, 1, 1), rev = -3, htbp = "htbp") {
	height <- width * height
	pdf(sprintf("%s/%s.pdf", base, fn), width = width, height = height)
	par(mgp = mgp, mar = mar)
	parsed <- parse(text = src)
	results <- eval(parsed)
	dev.off()
	header <- sprintf("\\begin{figure}[%s]\n\t\\centering", 
		htbp)
	trailer <- sprintf("\t\\vspace{%smm}\\caption{%s}\n\t\\label{%s}\n\\end{figure}", 
		rev, caption, label)
	cat(sprintf("%s\n\t\\includegraphics[bb=0 0 %sin %sin, clip, width=%sbp]{%s/%s.pdf}\n%s\n", 
		header, width, height, size, base, fn, trailer), fill = TRUE)
        invisible(results)
 }
 grDevices::pdf.options(family="Japan1")
 arg <- commandArgs()
 ms(arg[7])
 warn <- warnings()
 if (length(warn)) head(warn, 2)

** 5.2. コマンドラインからの例 [#jdeeff62]

foo ディレクトリに foo.Rnw があるとき,最終的に foo.pdf を作るには以下のようにする
 $ cd /foo
 $ Rscript --vanilla -e "Sweave('foo.Rnw', encoding='utf-8')"
 $ ptex2pdf -u -l -ot "-synctex=1 -file-line-error" foo.tex

** 5.3. シェルスクリプトの例 [#qd3933a5]

 #!/bin/sh
 # make Sweave
 #
 Rscript --vanilla -e "Sweave('$1.Rnw', encoding='utf-8')"
 /uptex/UpTeX.app/Contents/Resources/texbin/ptex2pdf -u -l -ot "-synctex=1 -file-line-error" $1.tex

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