SIZE(20){COLOR(blue){Mac で Sweave --- Mac OS X El Capitan}}
SIZE(18){COLOR(blue){UpTeX を使うのであれば，TeXLive は不要！！}}
クリーンインストールでない場合，うまくいかない（ことがある？）のはなぜだろう？
OS のクリーンインストールでない場合，うまくいかない（ことがある？）のはなぜだろう？
* 0. R のインストール [#f5c3679f]
R の出力を表組みにするためには xtable パッケージをインストールする必要があろう。
// * 1. MacTeX のインストール [#be080a3f]
// http://d.hatena.ne.jp/pyopyopyo/20150710/p1 に従う
// けちくさいことをいわずに、MacTeX をインストール。
// http://www.tug.org/mactex/mactex-download.html で、MacTeX.pkg を control+クリック（右クリック） で「別名でリンク先を保存...」でダウンロード。
// ダブルクリックでインストール（途中 パスワードを聞かれ、cc コマンドのインストールも求められる）。
// 「ターミナル」を起動し、tlmgr 自身とインストール済みパッケージを更新。
// まずは tlmgr 自身を更新（プロンプトの後に以下をコピー＆ペースト）。
// sudo tlmgr update --self
// 次に導入済みパッケージの更新（プロンプトの後に以下をコピー＆ペースト。500個以上あったりするかも知れないので、気長に）。
// sudo tlmgr update --all
* 1. UpTeX のインストール [#z1939e5f]
http://www2.kumagaku.ac.jp/teacher/herogw/index.html から「Drag & Drop UpTeX」（20151009版以降）をダウンロード。
ダブルクリッックしてできる UpTeX.app を「アプリケーションフォルダ」へ移動。
同梱されている説明書を読み，環境設定。
一番最初に UpTeX.app を起動するには，control+クリック（右クリック）で開くを選び，その後更にもう一度聞かれるので「開く」。
UpTeX.app の「環境設定」メニューを選び，dvipdfmx のフォント，TeX コンポーネントのアップデート。
texbin のパスをクリップボードにコピーしておいて，次の TeXShop のインストールで使う。
* 2. TeXShop のインストール [#u675fd21]
http://pages.uoregon.edu/koch/texshop/obtaining.html から、「Latest TeXShop Version3」をダウンロード。
ダブルクリッックしてできる TeXShop.app を「アプリケーションフォルダ」へ移動。
TeXShop を起動して「環境設定」
「書類」タブの「設定プロファイル」で「upTeX(ptex2pdf)」に設定する。
（「書類」タブの［エンコーディング」が「Unicode(UTF-8)」になるはず。そうならなければ「Unicode(UTF-8)」に設定。）
「内部設定」タブでは，texbin のパス設定は，UpTeX を使うなら，
/Applications/UpTeX.app/Contents/Resources/TEX/texbin
（前述の UpTeX の環境設定ウインドウでコピーした texbin のパスをペースト）
LaTeX の設定は，UpTeX を使うなら，
ptex2pdf -u -l -ot "-synctex=1 -file-line-error"
（Sweave では，synctex と file-line-error は猫に小判かも）
TeXShop の環境設定を変更したら，その設定で TeXShop を使いたい場合は一度 TeXShop を終了させて，再度起動。
* 3. スタイルファイルなど [#webd7039]
ファインダーの option+「移動」メニューで「ライブラリ」ディレクトリに入り，texmf/tex/platex ディレクトリに使用する style ファイルを置く。
システムのライブラリではなく，
Macintosh HD-->ユーザ-->hoge-->ライブラリ-->texmf-->tex-->platex-->スタイルファイル（のディレクトリ）
置いた後には必ず sudo mktexlsr の実行を忘れないこと。
なお，*.Rnw，*.tex ファイルは utf-8 エンコーディングとするので，style ファイルも utf-8 にしておくこと。
* 4. ソースファイルは *.Rnw，*.tex [#u23b093e]
もっぱら *.Rnw を使うなら，TeXShop の環境設定の［タイプセット］タブで，デフォルトのコマンドに自分の好きなもの（後述のようにするなら Sweave）をセット。
ソースファイルの encoding は utf-8 。
dvipdfmx，uplatex の使用は document class で指定する。
\documentclass[dvipdfmx,uplatex] {jsarticle}
* 5. タイプセットの方法 [#fdef66a2]
** 5.1. TeXShop からの場合 [#q38c031b]
Rscript で書いた TeXShop の Engine の例
以下の内容のファイル Sweave.engine を，ファインダーの option+「移動」メニューで「ライブラリ」ディレクトリに入り，TeXShop/Engines の中にコピーする。システムのライブラリではなく，
Macintosh HD-->ユーザ-->hoge-->ライブラリ-->TeXShop-->Engines-->Sweave.engine
アクセスモードは chmod 777 Sweave.engine で，実行可能に設定。
書類の種類を選択するボタン（通常は LaTeX などになっている）で，「Sweave」を選択し「タイプセット」ボタンをクリックすると *.Rnw --> *.tex --> *.dvi --> *.pdf の順に処理される。
ファイルを分割して main.Rnw から \SweaveInput{foo.Rnw} でタイプセットするとき，foo.Rnw の先頭に
% ! TEX root = main.Rnw
と書いておくと，エディタで foo.Rnw を編集中でも，foo.Rnw の修正を自動保存した後に，main.Rnw からタイプセットしてくれる。
&ref(Sweave.engine);
#!/usr/local/bin/Rscript --vanilla
ms <- function(file, silent = TRUE, ...) {
if (grepl("\\.", file) == FALSE) {
file <- paste(file, "Rnw", sep = ".")
}
Sys.setlocale(locale = "ja_JP.UTF-8")
Sweave(file, encoding = "utf-8")
base <- sub(".(R|S)nw", "", file)
file <- paste(base, ".tex", sep = "")
dir <- "/Applications/UpTeX.app/Contents/Resources/TEX/texbin"
cmd <- sprintf("%s/ptex2pdf -u -l -s %s%s", dir, file, ifelse(silent, " | grep -v \"texmf\"", ""))
repeat {
system(cmd)
con <- file(sub(".tex", ".log", file), open = "r", encoding = "utf-8")
log <- readLines(con)
close(con)
no.error <- TRUE
if (sum(grepl("Emergency stop", log)) > 0) {
no.error <- FALSE
break
}
if (sum(grepl("Rerun to get", log)) == 0)
break
}
if (no.error) {
system(sprintf("%s/dvipdfmx -V 5 %s", dir, sub(".tex", ".dvi", file)))
}
}
# 以下の xfigure 関数は，src パラメータで渡された描画プログラムに基づいて，figure というサブディレクトリに pdf 画像ファイルを作り，それを pdf 文書ファイル中に include するためのもの
xfigure <- function(src, caption = "caption", fn, label = fn,
base = "figure", size = 320, width = size * 6/320, height = 2/3,
mgp = c(1.8, 0.6, 0), mar = c(3, 3, 1, 1), rev = -3, htbp = "htbp") {
height <- width * height
pdf(sprintf("%s/%s.pdf", base, fn), width = width, height = height)
par(mgp = mgp, mar = mar)
parsed <- parse(text = src)
results <- eval(parsed)
dev.off()
header <- sprintf("\\begin{figure}[%s]\n\t\\centering",
htbp)
trailer <- sprintf("\t\\vspace{%smm}\\caption{%s}\n\t\\label{%s}\n\\end{figure}",
rev, caption, label)
cat(sprintf("%s\n\t\\includegraphics[bb=0 0 %sin %sin, clip, width=%sbp]{%s/%s.pdf}\n%s\n",
header, width, height, size, base, fn, trailer), fill = TRUE)
invisible(results)
}
grDevices::pdf.options(family="Japan1")
arg <- commandArgs()
ms(arg[7])
warn <- warnings()
if (length(warn)) head(warn, 2)
** 5.2. コマンドラインからの例 [#jdeeff62]
foo ディレクトリに foo.Rnw があるとき，最終的に foo.pdf を作るには以下のようにする
$ cd /foo
$ Rscript --vanilla -e "Sweave('foo.Rnw', encoding='utf-8')"
$ ptex2pdf -u -l -ot "-synctex=1 -file-line-error" foo.tex
** 5.3. シェルスクリプトの例 [#qd3933a5]
#!/bin/sh
# make Sweave
#
Rscript --vanilla -e "Sweave('$1.Rnw', encoding='utf-8')"
/uptex/UpTeX.app/Contents/Resources/texbin/ptex2pdf -u -l -ot "-synctex=1 -file-line-error" $1.tex
![[RjpWiki]](image/../Rlogo.png "[RjpWiki]")
