COLOR(red){SIZE(20){グラフィックス参考実例集：散布図行列 pairs}}
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関数pairsは対散布図を描きます。この関数は行列を引数としてとり、各列同士の組合せ全てについて図を描きます。軸の目盛などは見やすいとは言えませんが、各変量間の関係を俯瞰するには便利です。引数panelに個々の図を描く関数を指定することができます。この引数の値には、x、y座標と作図パラメータを引数とする任意の関数が指定できますが、座標系の設定はpairsが行なうので、この引数には重ね描きを行なう低水準作図関数を指定します。 なお、散布図に平滑化した曲線を描き加える関数panel.smoothが、panel引数に指定可能なものとして用意されています。 また、散布図行列は複数の散布図を行列状に並べたもので、対角線部分には色々なものを置くことができます。
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注意：パネル関数を独自に定義する際は、グラフィックスオプションを含めることができるように、必ずオプションの任意追加引数を意味する COLOR(red){...} を含めておくこと。例５を参照。
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注意：パネル関数は左下専用の lower.panel, 右上専用の upper.panel 関数を指定できる。
単に panel だけを指定すると左下、右上双方に使われる。
#contents
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** 例1
pairs1 <- function () {
oldpar <- par(no.readonly = TRUE) # 現在のグラフィックスパラメータ退避
on.exit(par(oldpar)) # (関数がエラー中断しても)パラメータ復帰
data(iris) # 組み込みデータ iris 読み込み
png("pairs1.png") # png デバイスを開
# 散布図行列を描く(種類毎に色を変える)
pairs(iris[1:4], main = "Anderson's Iris Data -- 3 species",
pch = 21, bg = c("red", "green3", "blue")[codes(iris$Species)])
pch = 21, bg = c("red", "green3", "blue")[unclass(iris$Species)])
dev.off() # デバイスを閉じる
}
#ref(pairs1.png,left)
** 例2
pairs2 <- function () {
oldpar <- par(no.readonly = TRUE) # 現在のグラフィックスパラメータ退避
png("pairs2.png") # png デバイスを開
data(USJudgeRatings) # 組み込みデータ USJudgeRatings 読み込み
pairs(USJudgeRatings) # 散布図行列を描
dev.off() # デバイスを閉じる
}
#ref(pairs2.png,left)
** 例3
pairs3 <- function () {
oldpar <- par(no.readonly = TRUE) # 現在のグラフィックスパラメータ退避
on.exit(par(oldpar)) # (関数がエラー中断しても)パラメータ復帰
panel.hist <- function(x, ...) # ヒストグラムを描くための関数を定義
{ usr <- par("usr") # 現在のユーザー領域座標情報を得る
on.exit(par(usr)) # 関数終了時に usr パラメータ復帰
par(usr = c(usr[1:2], 0, 1.5) ) # ユーザー領域座標情報を変更
h <- hist(x, plot = FALSE)
breaks <- h$breaks; nB <- length(breaks)
y <- h$counts; y <- y/max(y)
rect(breaks[-nB], 0, breaks[-1], y, col="cyan", ...)
}
png("pairs3.png") # png デバイスを開く
# 散布図行列を描
# panel=panel.smooth で各散布図に平滑化曲線を関数 panel.smooth で上描
# diag.panel=panel.hist で対角線部分にヒストグラムを描
pairs(USJudgeRatings[1:5], panel=panel.smooth,
cex = 1.5, pch = 24, bg="light blue",
diag.panel=panel.hist, cex.labels = 2, font.labels=2)
dev.off() # postscript デバイスを閉じる
}
#ref(pairs3.png,left)
** 例4
pairs4 <- function () {
## 上三角部分パネルに相関係数の絶対値を書く
## 数値は相関値の大小に比例させる
oldpar <- par(no.readonly = TRUE) # 現在のグラフィックスパラメータ退避
on.exit(par(oldpar)) # (関数がエラー中断しても)パラメータ復帰
panel.cor <- function(x, y, digits=2, prefix="", cex.cor)
{ usr <- par("usr") # 現在のユーザー領域座標情報を得る
on.exit(par(usr)) # 関数終了時に usr パラメータ復帰
par(usr = c(0, 1, 0, 1)) # ユーザー領域変更
r <- abs(cor(x, y))
txt <- format(c(r, 0.123456789), digits=digits)[1]
txt <- paste(prefix, txt, sep="")
if(missing(cex.cor)) cex <- 0.8/strwidth(txt)
text(0.5, 0.5, txt, cex = cex * r)
}
png("pairs4.png") # png デバイスを開く
# 散布図行列を描く
# panel=panel.smooth で各散布図に平滑化曲線を関数 panel.smooth で上描き
# upper.panel=panel.cor で相関値を書く
pairs(USJudgeRatings, lower.panel=panel.smooth, upper.panel=panel.cor)
dev.off() # デバイスを閉じる
}
#ref(pairs4.png,left)
** 例５ (パネルの座標範囲を共通にする、2004.10.08)
パネル関数を独自に定義し、座標範囲を共通にし、対角線を引く。
グラフィックスパラメータ xlim=c(5, 10), ylim=c(5, 10) をパネル関数に引き渡すためには特殊引数 COLOR(red){...} を加えておくことがコツ。
data(USJudgeRatings)
pairs(USJudgeRatings[1:3],
panel=function(x,y, ...) {points(x, y, pch="."); abline(0,1,col=2)},
xlim=c(5, 10), ylim=c(5, 10) )
#ref(pairspanel.png,left)
** 投稿ユーティリティー panel.lsfit
パネルに回帰直線を加える
Tips 集の関数の項 [[pairs用 回帰直線つきpanel]] 参照
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