// 2006年 1月 16日 月曜日 16:17:47 JST
// 谷村
// じゃんじゃん加筆してください
&size(25){&color(red){''Rを引用する''};};
Rを使った研究成果を論文化するときに、どのように記述するかを一緒に考えましょう。
#contents
* 引用文献リストの表記
引用文献リストのフォーマットは投稿先雑誌の指定に従いますが、その内容はcitation()で表示されるものでよいと思います。しかし、
実際の論文を見ると、citation()の書誌情報以外にR.Ihaka and R.Gentleman (1996)を引用している文献も見られます。
Ihaka, R., and R. Gentleman. 1996. R: a language for data analysis
and graphics. J. Comp. Graph. Stat. 5:299-314. Available via
http://www.R-project.org.
これが必要なBibTeXユーザは下記をコピーして使います。
@Article{ihak:gent:1996,
author = {Ross Ihaka and Robert Gentleman},
title = {R: {A} Language for Data Analysis and Graphics},
journal = {Journal of Computational and Graphical Statistics},
year = 1996,
volume = 5,
number = 3,
pages = {299--314},
url = {www.r-project.org}
}
この他にも下記のようなものもあります。
R is a language and environment for statistical computing
and graphics similar to S http://cran.r-project.org/.
* citation()の使い方
Rの書誌情報が必要なときは
> citation()
To cite R in publications use:
R Development Core Team (2005). R: A language and environment for
statistical computing. R Foundation for Statistical Computing,
Vienna, Austria. ISBN 3-900051-07-0, URL http://www.R-project.org.
A BibTeX entry for LaTeX users is
@Manual{,
title = {R: A language and environment for statistical computing},
author = {{R Development Core Team}},
organization = {R Foundation for Statistical Computing},
address = {Vienna, Austria},
year = {2005},
note = {{ISBN} 3-900051-07-0},
url = {http://www.R-project.org},
}
We have invested a lot of time and effort in creating R, please cite it
when using it for data analysis. See also 'citation("pkgname")' for
citing R packages.
とします。この出力をコピー＆ペースとして利用します。文献管理ソフトなどを使わずに原稿の中に直接書く場合には、投稿規定に合わせて適切に加工してください。BibTeXを使う人は、上記のBibTeX形式データには引用キーがないことに注意してください（親切で意図的に引用キーを抜いていると思われる）。
citation()の出力の中でBibTeX形式 のところだけ欲しい場合は、toBibtex()を使います。
> toBibtex(citation())
[[1]]
@Manual{,
title = {R: A language and environment for statistical computing},
author = {{R Development Core Team}},
organization = {R Foundation for Statistical Computing},
address = {Vienna, Austria},
year = {2005},
note = {{ISBN} 3-900051-07-0},
url = {http://www.R-project.org},
}
これをbibファイルとして保存したい場合は、
> write(toBibtex(citation())[[1]],file="bibファイル")
とします。
> write(unlist(toBibtex(citation())),file="bibファイル")
でも構いません。R本体だけはなく、パッケージも引用したい場合は、
citation("パッケージ名")
とします。例えば
> citation("maptools")
To cite package 'maptools' in publications use:
Nicholas J. Lewin-Koh and Roger Bivand (2005). maptools: tools for
reading and handling shapefiles. R package version 0.5-2.
A BibTeX entry for LaTeX users is
@Manual{,
title = {maptools: tools for reading and handling shapefiles},
author = {Nicholas J. Lewin-Koh and Roger Bivand},
year = {2005},
note = {R package version 0.5-2},
}
ATTENTION: This citation information has been auto-generated from the
package DESCRIPTION file and may need manual editing, see
'help("citation")' .
とします。これも同様にBibTeX形式のところだけ欲しい場合はtoBibTeX()を使います。
* BibTeX以外の文献管理ソフトウェアへのエキスポート
bibファイルを他の文献管理ソフトウェアの形式に変換するには、[[Bibutils:http://www.scripps.edu/~cdputnam/software/bibutils/]]を使います。UNIX(SunOS, IRIX)版、Linux版、OSX版、Windows版などが用意されています。VineLinuxであればVinePlus extrasに用意されているので、
# apt-get install bibutils
でネットワークインストールされます。簡単でしょ(^o^)/
** EndNote形式に変換する
ターミナル（Windowsの場合はコマンドプロンプト?）で次のようにすればBibTeX形式をEndNote形式に変換できます。
$ bib2xml bibファイル | xml2end > endnoteファイル
さて、Rの中で処理を完結するには、例えば
> write(unlist(toBibtex(citation()),file='/tmp/tmp.bib')
> system('bib2xml /tmp/tmp.bib | xml2end > /tmp/tmp.end')
とすると下記のようなtmp.endができているはず。
%0 Generic
%T R: A language and environment for statistical computing
%A Team, R. Development Core
%A R Foundation for Statistical Computing
%D 2005
%C Vienna, Austria
%F Team2005
%O ISBN 3-900051-07-0
%U http://www.R-project.org
system()の標準入力へRのオブジェクトの内容を流すことができたら、中間ファイルのtmp.bibは不要になりますが、今のところやり方が不明です。
** RIS形式に変換する
RIS形式は広く使われているので、bibファイルのインポートに対応していなくても、RIS形式にすればインポートできる可能性が大きい。
$ bib2xml bibファイル | xml2ris > risファイル
* 本文中の記述
投稿先のエディタが指示する通りに表記するのが基本です。しかし、どう書いてよいか分からない場合は、とりあえず本文中にはRとそのバージョンを書いて、引用記号を付けたらよいでしょう。使用パッケージも同様にすればよいと思います。
例えばこんな感じはどうでしょう。
A one-way repeated-measure multivate analysis of variance (manova; R Ver 2.2.1 [1])
was used on each of the dependent variables A, B and C to test for significant
differences over time.
References
[1] R Development Core Team (2005). R: A language and environment for statistical
computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. ISBN
3-900051-07-0, URL http://www.R-project.org.
[[JJCO投稿に際しての統計解析結果のレポートに関するガイドライン:http://www.jjco.org/files/guidelinetextjp.html]]の1-1-8 統計解析に用いたソフトウェアが参考になるかも。
また、使用ソフトウェアを記述するときに製作会社（ソフトウェアハウスまたは販売元）も併記する習慣もあります。そのような場合は・・・みなさんどうしています？
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* コメント
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