R でグラフ理論
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COLOR(red){SIZE(25){R でグラフ理論}}
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*[[CRAN Task View: gRaphical Models in R:http://cran.at.r...
-グラフの表現、操作および表示
//-(Representation, manipulation and display of graphs)
-- graph [vignette: y; demo: n] グラフデータ構造を取り扱...
-- RBGL [vignette: y; demo: n] C++ グラフライブラリインタ...
-- gRain [vignette: y; demo: y] graph の代替インターフェ...
-- dynamicGraph [vignette: n; demo: y] グラフを使った表示...
//-- dynamicGraph [vignette: n; demo: y] Provides an adva...
-- mathgraph [vignette: n; demo: n] グラフのマトリックス...
-- diagram [vignette: n; demo: y] 単純なグラフ（ネットワ...
//-- diagram [vignette: n; demo: y] Functions for visuali...
-- giRaph [vignette: n; demo: y] グラフ表現と操作のための...
//-- giRaph [vignette: n; demo: y] Supply classes and met...
-- igraph [vignette: n; demo: n] シンプルなグラフ、ネット...
--dagR: R functions for directed acyclic graphs
-古典的モデル − 汎用パッケージ
//-Classical models - General purpose packages）
-- gRbase [vignette: y; demo: y] いくつかの他のパッケージ...
//Sets up a meta data representation which is used by sev...
-- mimR [vignette: n; demo: n] General package for model ...
-- CoCo [vignette: n; demo: y] An advanced suite of funct...
-- ggm [vignette: n; demo: n] グラフィカルガウシアンモデ...
//Fitting graphical Gaussian models.
-雑多な事柄：モデルの探索、特化したモデルタイプ等
//-(Miscellaneous: Model search, specialized types of mod...
-- SIN [vignette: n; demo: n] ガウスグラフィカルマルコフ...
//-- SIN [vignette: n; demo: n] SIN model selection in Ga...
-- pcalg [vignette: y; demo: n] DAG のスケルトンと等価の...
//-- pcalg [vignette: y; demo: n] Estimating the skeleton...
-- qp [vignette: n; demo: n] q-order partial correlation ...
-- gRc [vignette: n; demo: n] エッジとバーテクッスの対象...
//-- gRc [vignette: n; demo: n] Inference in graphical Ga...
-- rggm [vignette: n; demo: n] ガウスグラフィカルモデルの...
//-- rggm [vignette: n; demo: n] Robustified methods for ...
-- GeneNet [vignette: n; demo: n] Modeling and Inferring ...
-ベイズネットワーク/確率的エキスパートシステム
//-(Bayesian Networks/Probabilistic expert systems )
-- gRain [vignette: y; demo: n] グラフィカルモデル（ベイ...
//Implements propagation (message passing) in graphical m...
-- deal [vignette: n; demo: n] 混合（離散」および連続）変...
//Learning Bayesian networks with mixed (discrete and con...
-BUGS モデル
-- R2WinBUGS [vignette: y; demo: n] R / S-PLUS より WinBU...
-- rbugs [vignette: n; demo: n] と OpenBugs のフュージョン
-- BRugs [vignette: n; demo: n] Provides an R interface o...
-- boa [vignette: n; demo: n] MCMC のためのベイズ出力分析...
//-- boa [vignette: n; demo: n] Bayesian Output Analysis ...
-- coda [vignette: n; demo: n] MCMC の出力分析及び診断.
//-- coda [vignette: n; demo: n] Output analysis and diag...
-- bayesmix [vignette: n; demo: n] JAGS を使ったベイズ混...
//-- bayesmix [vignette: n; demo: n] Bayesian Mixture Mod...
//-- bayesmix [vignette: n; demo: n] JAGS をもちいたベイ...
-- bnlearn [vignette: n; demo: n] ベイズネットワーク構造...
//-- bnlearn [vignette: n; demo: n] Bayesian network stru...
-- G1DBN [vignette: n; demo: n] 動的ベイズネットワーク推...
//-- G1DBN [vignette: n; demo: n] A package performing Dy...
-- ergm [vignette: n; demo: n] ネットワークのための指数族...
//Fit, Simulate and Diagnose Exponential-Family Models fo...
-classGraph: S4 クラス階層のグラフの構築
//Construct Graphs of S4 Class Hierarchies
-degreenet: Models for Skewed Count Distributions Relevan...
-brainwaver: Basic wavelet analysis of multivariate time ...
*パッケージ [#c492103e]
-igraph [#y9deba80]
大規模なグラフに対応。最短経路探索はあるがパスのみで距...
- [[P.グリッツマン, R.ブランデンベルグ 著, 石田基広 訳(20...
igraphを使ってグラフを描画し、ダイクストラのアルゴリズム...
library(igraph)
#エッジリストの作成
d <- data.frame(matrix(c( "s","a", "s","b", "a","b", "a"...
"c","d", "c","e", "c","f", "d"...
"f","e", "f","z"),nc=2,byrow=T...
colnames(d) <- c("from","to")
#ノードリストの作成
vers <- data.frame(c("s","a","b","c","d","e","f","z"),st...
#グラフの作成
g <- graph.data.frame(d,directed=TRUE,vertices=vers)
#ウエイトの指定
E(g)$weight <- c(3,5,1,10,11,3,2,3,2,7,12,15,7,2,11,2,3,2)
#ノードの座標の指定
vs <- c(1,2); va <- c(3,3); vb <- c(3,1); vc <- c(5,3); ...
lay <- rbind(vs,va,vb,vc,vd,ve,vf,vz)
#プロット
par(mfrow=c(1,2),oma=c(0,0,0,0))
plot(g,layout=lay,vertex.label=V(g)$name,edge.label=E(g)...
#最短経路の計算
spv <- shortest.paths(g, v=0,mode="out")
sp <- get.shortest.paths(g,from=0,to=7)
V(g)$color <- "lightblue"
V(g)$color[(unlist(sp)+1)] <- "red"
E(g)$width <- 1
E(g,path=unlist(sp))$width <- 3
plot(g,layout=lay,vertex.label=spv,edge.label=E(g)$weight)
#ref(shortest.jpg)
左の図が与えられたグラフです。いま求めたいのは、sからzへ...
右の図では、get.shortest.paths()で求めた最短経路を示す辺...
また、ノード上の数字は、shortest.paths()で求めた、sからの...
-graph@BioConductor
-RGraphViz@BioConductor
可視化パッケージ
-network: Classes for Relational Data
*応用例 [#n4dfd337]
-[[統計的にテキスト解析(6)〜語のネットワーク分析〜:http:/...
*参考 [#ude51543]
-[[R で社会ネットワーク分析]]
*参考書 [#x844b066]
-[[ネットワーク分析 - Rで学ぶデータサイエンス :http://www...
*コメント欄 [#u45c20ba]
- igraphパッケージで最短経路を示すグラフを描いてみました...
- 素晴らしい．とても参考になります． graph.data.frame関数...
- ありがとうございます。そうなんです、vertices引数を指定...
- R2.5.1 Win32 版で、"g <- graph.data.frame(d,directed=TR...
- 私も最初同じエラーに遭遇しました．vertices引数は最近サ...
- ↑ご返答ありがとうございます。CRAＮからパッケージを直接...
#comment()
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*[[CRAN Task View: gRaphical Models in R:http://cran.at.r...
-グラフの表現、操作および表示
//-(Representation, manipulation and display of graphs)
-- graph [vignette: y; demo: n] グラフデータ構造を取り扱...
-- RBGL [vignette: y; demo: n] C++ グラフライブラリインタ...
-- gRain [vignette: y; demo: y] graph の代替インターフェ...
-- dynamicGraph [vignette: n; demo: y] グラフを使った表示...
//-- dynamicGraph [vignette: n; demo: y] Provides an adva...
-- mathgraph [vignette: n; demo: n] グラフのマトリックス...
-- diagram [vignette: n; demo: y] 単純なグラフ（ネットワ...
//-- diagram [vignette: n; demo: y] Functions for visuali...
-- giRaph [vignette: n; demo: y] グラフ表現と操作のための...
//-- giRaph [vignette: n; demo: y] Supply classes and met...
-- igraph [vignette: n; demo: n] シンプルなグラフ、ネット...
--dagR: R functions for directed acyclic graphs
-古典的モデル − 汎用パッケージ
//-Classical models - General purpose packages）
-- gRbase [vignette: y; demo: y] いくつかの他のパッケージ...
//Sets up a meta data representation which is used by sev...
-- mimR [vignette: n; demo: n] General package for model ...
-- CoCo [vignette: n; demo: y] An advanced suite of funct...
-- ggm [vignette: n; demo: n] グラフィカルガウシアンモデ...
//Fitting graphical Gaussian models.
-雑多な事柄：モデルの探索、特化したモデルタイプ等
//-(Miscellaneous: Model search, specialized types of mod...
-- SIN [vignette: n; demo: n] ガウスグラフィカルマルコフ...
//-- SIN [vignette: n; demo: n] SIN model selection in Ga...
-- pcalg [vignette: y; demo: n] DAG のスケルトンと等価の...
//-- pcalg [vignette: y; demo: n] Estimating the skeleton...
-- qp [vignette: n; demo: n] q-order partial correlation ...
-- gRc [vignette: n; demo: n] エッジとバーテクッスの対象...
//-- gRc [vignette: n; demo: n] Inference in graphical Ga...
-- rggm [vignette: n; demo: n] ガウスグラフィカルモデルの...
//-- rggm [vignette: n; demo: n] Robustified methods for ...
-- GeneNet [vignette: n; demo: n] Modeling and Inferring ...
-ベイズネットワーク/確率的エキスパートシステム
//-(Bayesian Networks/Probabilistic expert systems )
-- gRain [vignette: y; demo: n] グラフィカルモデル（ベイ...
//Implements propagation (message passing) in graphical m...
-- deal [vignette: n; demo: n] 混合（離散」および連続）変...
//Learning Bayesian networks with mixed (discrete and con...
-BUGS モデル
-- R2WinBUGS [vignette: y; demo: n] R / S-PLUS より WinBU...
-- rbugs [vignette: n; demo: n] と OpenBugs のフュージョン
-- BRugs [vignette: n; demo: n] Provides an R interface o...
-- boa [vignette: n; demo: n] MCMC のためのベイズ出力分析...
//-- boa [vignette: n; demo: n] Bayesian Output Analysis ...
-- coda [vignette: n; demo: n] MCMC の出力分析及び診断.
//-- coda [vignette: n; demo: n] Output analysis and diag...
-- bayesmix [vignette: n; demo: n] JAGS を使ったベイズ混...
//-- bayesmix [vignette: n; demo: n] Bayesian Mixture Mod...
//-- bayesmix [vignette: n; demo: n] JAGS をもちいたベイ...
-- bnlearn [vignette: n; demo: n] ベイズネットワーク構造...
//-- bnlearn [vignette: n; demo: n] Bayesian network stru...
-- G1DBN [vignette: n; demo: n] 動的ベイズネットワーク推...
//-- G1DBN [vignette: n; demo: n] A package performing Dy...
-- ergm [vignette: n; demo: n] ネットワークのための指数族...
//Fit, Simulate and Diagnose Exponential-Family Models fo...
-classGraph: S4 クラス階層のグラフの構築
//Construct Graphs of S4 Class Hierarchies
-degreenet: Models for Skewed Count Distributions Relevan...
-brainwaver: Basic wavelet analysis of multivariate time ...
*パッケージ [#c492103e]
-igraph [#y9deba80]
大規模なグラフに対応。最短経路探索はあるがパスのみで距...
- [[P.グリッツマン, R.ブランデンベルグ 著, 石田基広 訳(20...
igraphを使ってグラフを描画し、ダイクストラのアルゴリズム...
library(igraph)
#エッジリストの作成
d <- data.frame(matrix(c( "s","a", "s","b", "a","b", "a"...
"c","d", "c","e", "c","f", "d"...
"f","e", "f","z"),nc=2,byrow=T...
colnames(d) <- c("from","to")
#ノードリストの作成
vers <- data.frame(c("s","a","b","c","d","e","f","z"),st...
#グラフの作成
g <- graph.data.frame(d,directed=TRUE,vertices=vers)
#ウエイトの指定
E(g)$weight <- c(3,5,1,10,11,3,2,3,2,7,12,15,7,2,11,2,3,2)
#ノードの座標の指定
vs <- c(1,2); va <- c(3,3); vb <- c(3,1); vc <- c(5,3); ...
lay <- rbind(vs,va,vb,vc,vd,ve,vf,vz)
#プロット
par(mfrow=c(1,2),oma=c(0,0,0,0))
plot(g,layout=lay,vertex.label=V(g)$name,edge.label=E(g)...
#最短経路の計算
spv <- shortest.paths(g, v=0,mode="out")
sp <- get.shortest.paths(g,from=0,to=7)
V(g)$color <- "lightblue"
V(g)$color[(unlist(sp)+1)] <- "red"
E(g)$width <- 1
E(g,path=unlist(sp))$width <- 3
plot(g,layout=lay,vertex.label=spv,edge.label=E(g)$weight)
#ref(shortest.jpg)
左の図が与えられたグラフです。いま求めたいのは、sからzへ...
右の図では、get.shortest.paths()で求めた最短経路を示す辺...
また、ノード上の数字は、shortest.paths()で求めた、sからの...
-graph@BioConductor
-RGraphViz@BioConductor
可視化パッケージ
-network: Classes for Relational Data
*応用例 [#n4dfd337]
-[[統計的にテキスト解析(6)〜語のネットワーク分析〜:http:/...
*参考 [#ude51543]
-[[R で社会ネットワーク分析]]
*参考書 [#x844b066]
-[[ネットワーク分析 - Rで学ぶデータサイエンス :http://www...
*コメント欄 [#u45c20ba]
- igraphパッケージで最短経路を示すグラフを描いてみました...
- 素晴らしい．とても参考になります． graph.data.frame関数...
- ありがとうございます。そうなんです、vertices引数を指定...
- R2.5.1 Win32 版で、"g <- graph.data.frame(d,directed=TR...
- 私も最初同じエラーに遭遇しました．vertices引数は最近サ...
- ↑ご返答ありがとうございます。CRAＮからパッケージを直接...
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