Python で R
をテンプレートにして作成
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COLOR(red){SIZE(30){Python で R}}
現在、オープンソースの数値計算では、Rの最大のライバル?(...
RPy2はPython で、R が使える。
#contents
*[[rpy2:http://rpy.sourceforge.net/rpy2.html]] [#nb4e7b5b]
Rpy を書き直したもの。現行の Python に対応。インストール...
**[[ドキュメント:http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc/html...
**インストール [#n688a6fc]
-Win32 版のバイナリ版は公開されているが、Python v. 2.5 用の
-R_HOME="R のインストール先" の設定が必要
-[[RPY2をインストール:http://nakano.no-ip.org/attic/artic...
-[[rpy2のインストールと動作確認:http://memoyoushi.blog24....
-[[macbookでRpyを利用できるようにしたのでメモ:http://blog...
- Mac OSXでのインストールですが、下記一行で簡単に出来まし...
sudo easy_install rpy2
**起動 [#s2d44917]
import rpy2.robjects as robjects
**使用方法 [#rf6af41b]
r = robjects.r
print(r('3')) # または r('3')[0]
r('3') #だと値は表示されない
-float形式のリストを読み込み、平均値と分散を求めます。Rを...
import rpy2.robjects as robjects
rmean = robjects.r('mean')
rvar = robjects.r('var')
tmp_vec = [1.1,3.3,5.5]
vec = robjects.FloatVector(tmp_vec)
mean = rmean(vec)[0]
var = rvar(vec)[0]
-ANOVAをやります。ここ（http://rpy.sourceforge.net/rpy2/d...
import rpy2.robjects as robjects
r = robjects.r
ctl = robjects.FloatVector([4.17,5.58,5.18,6.11,4.50,4.6...
trt = robjects.FloatVector([4.81,4.17,4.41,3.59,5.87,3.8...
group = r.gl(2, 10, 20, labels = ["Ctl","Trt"])
weight = ctl + trt
robjects.globalenv["weight"] = weight
robjects.globalenv["group"] = group
lm_D9 = r.lm("weight ~ group")
print(r.anova(lm_D9))
このANOVAのP値だけ抜き出します。これは参照ページにはない...
p = r.anova(lm_D9)[4][0]
最初の要素は分散分析表でのカラムの順番を示しており、二つ...
-ベクトル
-マトリックス
-関数
-グラフィック
r.X11()
**分析 [#lcbe1fac]
-[[[R][python] pythonからRを利用して、相関係数を求める:ht...
**[[ggplot2 in Python: A major barrier broken:http://clim...
*[[Rpy:http://rpy.sourceforge.net/]] [#m59188a0]
Linux と Win32 をサポート。
**インストール [#l0c3c4af]
-Linux
-Win32
++ python がインストールされていなければ、[[ActivePython>...
++ RpyのウェブページよりEXEファイル(rpy-1.0.3-R-2.6.2-win...
++pywin32-212.win32-py2.4.exe をRpyのウェブページにあるリ...
++ NumPyをRpyのウェブページにあるリンク先よりダウンロード...
++ rpy の対応する R のバージョンへのパスを、環境変数 R_HO...
-Mac~
もともと /usr/bin に python があります。その他の python は
++ http://sakito.s2.xrea.com/python/install/install.html
++ http://homepage2.nifty.com/~yoshimura/
++ http://www.hlj.com/~tanoue/Python/Mac/mpy00.html
++ http://blog.kzfmix.com/entry/1217061926
**呼び出し [#id4ec652]
from rpy import *
**関数 [#g185d416]
r.rのコロンの付かない関数名(引数,...)または r('ｒの関数...
**配列とリスト [#q4ee239e]
**R オブジェクト [#w37061fd]
*利用例 [#f019a836]
**ARALT [#kfe48058]
**[[Django-dataplot:http://sourceforge.net/projects/djang...
*[[rPython:http://cran.r-project.org/web/packages/rPython...
-[[rPython – R Interface to Python:http://statcompu...
*[[RSPython:http://www.omegahat.org/RSPython/index.html]]...
R と Python 双方から利用可能
*RPyGeo [#s9fab268]
-[[RPyGeo(Python 経由による、R での ArcGIS のジオプロセッ...
*traitr [#n495e7d2]
-An interface for creating GUIs modeled in part after tra...
*Jython [#u413df33]
-[[rJython:http://rjython.r-forge.r-project.org/]]
-[[Biocep Computational Open Platform Ecosystem:http://bi...
--[[実行例:http://biocep-distrib.r-forge.r-project.org/ex...
-rSymPy: SymPy 数式処理システムの R インターフェース
- [[PyWPS:http://pywps.wald.intevation.org/]] Web で提供...
--[[R の利用例:http://pywps.ominiverdi.org/wiki/index.php...
- [[GccTranslationUnit:http://www.omegahat.org/GccTransla...
*[[RcppCNPy:http://cran.r-project.org/web/packages/RcppCN...
-[[New package RcppCNPy with release 0.1.0 (and 0.0.1 ear...
*ipython [#zcef604d]
-[[Rmagic:http://ipython.org/ipython-doc/dev/config/exten...
ipython から R を呼び出せる
-[[ipython notebook for R: Quickstart for Ubuntu:http://b...
*R と Python/NumPy/SciPy [#d94b5ec9]
-[[RとPython(NumPy)の対応:http://d.hatena.ne.jp/sesejun/2...
-[[NumPy for R users:http://mathesaurus.sourceforge.net/r...
-[[A Short Side-by-side Comparison of the R and NumPy Arr...
-[[R and Python: Numpy arrays and matices:http://www.stat...
-[[「Rで学ぶベイズ統計学入門」をNumpy, Scipyで書き換える...
-[[Getting numpy data into R:http://dirk.eddelbuettel.com...
*参考リンク [#hda3363d]
-[[Rpy のデモ:http://rpy.sourceforge.net/documentation.ht...
--作図
--線形回帰
--ランク相関
-[[OSGEo4W(Win 32 用FOSS GIS(フリーオープンソース GIS パ...
-[[QGIS で R]]
-[[PythonからRを呼ぶ:http://tanopy.blog79.fc2.com/blog-en...
-[[WindowsでRPyを使う:http://blog.kzfmix.com/entry/119807...
-[[Rpyn Python に関するメモ:http://www.rhasumi.net/wiki/w...
-[[主成分分析の例:http://tanopy.blog79.fc2.com/blog-entry...
-[[RPyで遊んでみる:http://d.hatena.ne.jp/syou6162/2007052...
-[[RPyでplotするとハングアップする問題を回避する方法:http...
-[[Web サービスの例（KML出力）:https://stat.ethz.ch/piper...
-RPyGeo パッケージ
[[RPyGeo(Python 経由による、R での ArcGIS のジオプロセッ...
-[[ RPyで階層的クラスタリング:http://handasse.blogspot.co...
-[[:macbookでRpyを利用できるようにしたのでメモ:http://blo...
-[[Python 日本語メーリングリスト:http://www.python.jp/mai...
-[[Rpy メーリングリスト:http://osdir.com/ml/python.rpy/]]
-[[RED-R:http://www.red-r.org/]]
-[[SPSS Python から R を使う:http://www.ec.kagawa-u.ac.jp...
--[[オリジナル情報:http://listserv.uga.edu/cgi-bin/wa?A2=...
-[[Rpy2でT検定と相関分析をやってみた:http://d.hatena.ne.j...
-[[rpy2とsoaplibでつくるRのウェブサービス:http://blog.kzf...
-[[TIBCO Spotfire での利用:http://support.spotfire.com/sr...
-[[Using bioconductor from Python:http://packages.python....
-[[RPy2でpythonからRを呼び出して計算（基本〜線形回帰まで...
-[[Learning R Via Python:http://files.meetup.com/1406240/...
-[[comparing R and Python for regression :http://stats.st...
-[[User Input in R vs Python:http://www.r-bloggers.com/us...
-[[Visualizing data with ggplot from Python:http://www.st...
-[[Tokyo.SciPy:https://github.com/tokyo-scipy]]
-[[Data Science, Data Analysis, R and Python:http://explo...
-[[Python Complements R’s Shortcomings:http://climateecol...
-[[Revisiting text processing with R and Python:http://bo...
-[[Stepping up to Big Data with R and Python: A Mind Map ...
-[[Fixing My Internet With R and Python:http://jacobsimme...
-[[R vs Python Speed Comparison for Bootstrapping:http://...
-[[ggplot for python:https://github.com/yhat/ggplot/]]
--[[R plotting package ggplot2 ported to Python:http://fl...
-[[On the growth of R and Python for data science:http://...
-[[Calling Python from R with rPython:http://www.programm...
-[[THE WAR ON DATA SCIENCE: PYTHON VERSUS R:https://www.p...
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COLOR(red){SIZE(30){Python で R}}
現在、オープンソースの数値計算では、Rの最大のライバル?(...
RPy2はPython で、R が使える。
#contents
*[[rpy2:http://rpy.sourceforge.net/rpy2.html]] [#nb4e7b5b]
Rpy を書き直したもの。現行の Python に対応。インストール...
**[[ドキュメント:http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc/html...
**インストール [#n688a6fc]
-Win32 版のバイナリ版は公開されているが、Python v. 2.5 用の
-R_HOME="R のインストール先" の設定が必要
-[[RPY2をインストール:http://nakano.no-ip.org/attic/artic...
-[[rpy2のインストールと動作確認:http://memoyoushi.blog24....
-[[macbookでRpyを利用できるようにしたのでメモ:http://blog...
- Mac OSXでのインストールですが、下記一行で簡単に出来まし...
sudo easy_install rpy2
**起動 [#s2d44917]
import rpy2.robjects as robjects
**使用方法 [#rf6af41b]
r = robjects.r
print(r('3')) # または r('3')[0]
r('3') #だと値は表示されない
-float形式のリストを読み込み、平均値と分散を求めます。Rを...
import rpy2.robjects as robjects
rmean = robjects.r('mean')
rvar = robjects.r('var')
tmp_vec = [1.1,3.3,5.5]
vec = robjects.FloatVector(tmp_vec)
mean = rmean(vec)[0]
var = rvar(vec)[0]
-ANOVAをやります。ここ（http://rpy.sourceforge.net/rpy2/d...
import rpy2.robjects as robjects
r = robjects.r
ctl = robjects.FloatVector([4.17,5.58,5.18,6.11,4.50,4.6...
trt = robjects.FloatVector([4.81,4.17,4.41,3.59,5.87,3.8...
group = r.gl(2, 10, 20, labels = ["Ctl","Trt"])
weight = ctl + trt
robjects.globalenv["weight"] = weight
robjects.globalenv["group"] = group
lm_D9 = r.lm("weight ~ group")
print(r.anova(lm_D9))
このANOVAのP値だけ抜き出します。これは参照ページにはない...
p = r.anova(lm_D9)[4][0]
最初の要素は分散分析表でのカラムの順番を示しており、二つ...
-ベクトル
-マトリックス
-関数
-グラフィック
r.X11()
**分析 [#lcbe1fac]
-[[[R][python] pythonからRを利用して、相関係数を求める:ht...
**[[ggplot2 in Python: A major barrier broken:http://clim...
*[[Rpy:http://rpy.sourceforge.net/]] [#m59188a0]
Linux と Win32 をサポート。
**インストール [#l0c3c4af]
-Linux
-Win32
++ python がインストールされていなければ、[[ActivePython>...
++ RpyのウェブページよりEXEファイル(rpy-1.0.3-R-2.6.2-win...
++pywin32-212.win32-py2.4.exe をRpyのウェブページにあるリ...
++ NumPyをRpyのウェブページにあるリンク先よりダウンロード...
++ rpy の対応する R のバージョンへのパスを、環境変数 R_HO...
-Mac~
もともと /usr/bin に python があります。その他の python は
++ http://sakito.s2.xrea.com/python/install/install.html
++ http://homepage2.nifty.com/~yoshimura/
++ http://www.hlj.com/~tanoue/Python/Mac/mpy00.html
++ http://blog.kzfmix.com/entry/1217061926
**呼び出し [#id4ec652]
from rpy import *
**関数 [#g185d416]
r.rのコロンの付かない関数名(引数,...)または r('ｒの関数...
**配列とリスト [#q4ee239e]
**R オブジェクト [#w37061fd]
*利用例 [#f019a836]
**ARALT [#kfe48058]
**[[Django-dataplot:http://sourceforge.net/projects/djang...
*[[rPython:http://cran.r-project.org/web/packages/rPython...
-[[rPython – R Interface to Python:http://statcompu...
*[[RSPython:http://www.omegahat.org/RSPython/index.html]]...
R と Python 双方から利用可能
*RPyGeo [#s9fab268]
-[[RPyGeo(Python 経由による、R での ArcGIS のジオプロセッ...
*traitr [#n495e7d2]
-An interface for creating GUIs modeled in part after tra...
*Jython [#u413df33]
-[[rJython:http://rjython.r-forge.r-project.org/]]
-[[Biocep Computational Open Platform Ecosystem:http://bi...
--[[実行例:http://biocep-distrib.r-forge.r-project.org/ex...
-rSymPy: SymPy 数式処理システムの R インターフェース
- [[PyWPS:http://pywps.wald.intevation.org/]] Web で提供...
--[[R の利用例:http://pywps.ominiverdi.org/wiki/index.php...
- [[GccTranslationUnit:http://www.omegahat.org/GccTransla...
*[[RcppCNPy:http://cran.r-project.org/web/packages/RcppCN...
-[[New package RcppCNPy with release 0.1.0 (and 0.0.1 ear...
*ipython [#zcef604d]
-[[Rmagic:http://ipython.org/ipython-doc/dev/config/exten...
ipython から R を呼び出せる
-[[ipython notebook for R: Quickstart for Ubuntu:http://b...
*R と Python/NumPy/SciPy [#d94b5ec9]
-[[RとPython(NumPy)の対応:http://d.hatena.ne.jp/sesejun/2...
-[[NumPy for R users:http://mathesaurus.sourceforge.net/r...
-[[A Short Side-by-side Comparison of the R and NumPy Arr...
-[[R and Python: Numpy arrays and matices:http://www.stat...
-[[「Rで学ぶベイズ統計学入門」をNumpy, Scipyで書き換える...
-[[Getting numpy data into R:http://dirk.eddelbuettel.com...
*参考リンク [#hda3363d]
-[[Rpy のデモ:http://rpy.sourceforge.net/documentation.ht...
--作図
--線形回帰
--ランク相関
-[[OSGEo4W(Win 32 用FOSS GIS(フリーオープンソース GIS パ...
-[[QGIS で R]]
-[[PythonからRを呼ぶ:http://tanopy.blog79.fc2.com/blog-en...
-[[WindowsでRPyを使う:http://blog.kzfmix.com/entry/119807...
-[[Rpyn Python に関するメモ:http://www.rhasumi.net/wiki/w...
-[[主成分分析の例:http://tanopy.blog79.fc2.com/blog-entry...
-[[RPyで遊んでみる:http://d.hatena.ne.jp/syou6162/2007052...
-[[RPyでplotするとハングアップする問題を回避する方法:http...
-[[Web サービスの例（KML出力）:https://stat.ethz.ch/piper...
-RPyGeo パッケージ
[[RPyGeo(Python 経由による、R での ArcGIS のジオプロセッ...
-[[ RPyで階層的クラスタリング:http://handasse.blogspot.co...
-[[:macbookでRpyを利用できるようにしたのでメモ:http://blo...
-[[Python 日本語メーリングリスト:http://www.python.jp/mai...
-[[Rpy メーリングリスト:http://osdir.com/ml/python.rpy/]]
-[[RED-R:http://www.red-r.org/]]
-[[SPSS Python から R を使う:http://www.ec.kagawa-u.ac.jp...
--[[オリジナル情報:http://listserv.uga.edu/cgi-bin/wa?A2=...
-[[Rpy2でT検定と相関分析をやってみた:http://d.hatena.ne.j...
-[[rpy2とsoaplibでつくるRのウェブサービス:http://blog.kzf...
-[[TIBCO Spotfire での利用:http://support.spotfire.com/sr...
-[[Using bioconductor from Python:http://packages.python....
-[[RPy2でpythonからRを呼び出して計算（基本〜線形回帰まで...
-[[Learning R Via Python:http://files.meetup.com/1406240/...
-[[comparing R and Python for regression :http://stats.st...
-[[User Input in R vs Python:http://www.r-bloggers.com/us...
-[[Visualizing data with ggplot from Python:http://www.st...
-[[Tokyo.SciPy:https://github.com/tokyo-scipy]]
-[[Data Science, Data Analysis, R and Python:http://explo...
-[[Python Complements R’s Shortcomings:http://climateecol...
-[[Revisiting text processing with R and Python:http://bo...
-[[Stepping up to Big Data with R and Python: A Mind Map ...
-[[Fixing My Internet With R and Python:http://jacobsimme...
-[[R vs Python Speed Comparison for Bootstrapping:http://...
-[[ggplot for python:https://github.com/yhat/ggplot/]]
--[[R plotting package ggplot2 ported to Python:http://fl...
-[[On the growth of R and Python for data science:http://...
-[[Calling Python from R with rPython:http://www.programm...
-[[THE WAR ON DATA SCIENCE: PYTHON VERSUS R:https://www.p...
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