BLASの高速化
をテンプレートにして作成
[
トップ
] [
新規
|
一覧
|
検索
|
最終更新
|
ヘルプ
]
開始行:
*BLASの高速化 [#lb854bcb]
//by なかま 2004-08-10
COLOR(red){SIZE(25){祝！ libgoto-1.0.0 リリース！}}
[[TACC:http://www.tacc.utexas.edu/resources/software/]]よ...
- 05/10/04現在Linux版のみ(更に早くなってる...XEONで体験)
**なんでも掲示板で話題の後藤ライブラリ(libgoto) [#x15b1612]
***なんでも掲示板より [#da4da1d3]
更なる幸せを求めて.~
私「マシン欲しい...奥様買ってぇ〜(爆)」
妻「昨日速くなったって喜んでたじゃない。」
私「...」
***Windowsの人 [#i8b902e4]
から自分のCPUにあった
libgoto_CPU_L2-Rel.zip をダウンロード
libgoto_CPU_L2-Rel.zip を解凍
# Rblasと置き換える
move R_HOME?bin?Rblas.dll R_HOME?bin?Rblas.dll.org
copy libgoto_CPU_L2-Rel.dll R_HOME?bin?Rblas.dll
R-1.9.1のソース(win32)の中にはlibgotoが複素数を扱えない
ものとしてblasGoto.cがコーディングされている.
その結果,R標準のBLASのcmpblas.fが利用される.
なんとなく、その労力を消すのはもったいない気がする.(謎)~
ソースからビルドする方は注意されたい.
***Unixの人 [#x999cf2e]
http://www.cs.utexas.edu/users/kgoto/ から自分のCPUにあった
libgoto と xerbla.c をダウンロード.
gzip -d libgoto_p4_128-r0.94.so.gz
gcc -c xerbla.c
gcc -shared -o libgoto.so ~/libgoto_p4_128-r0.94.so xerb...
# xerbla(BLASやLAPACKで表示に必要)ルーチンはRのsrc/main/...
# 含まれているので,Rでしかlibgotoを使わないならば,直接li...
# を使えば良い.
Rgoto と言うシェルスクリプト作成
#!/bin/bash
export LD_PRELOAD=~/libgoto.so:/lib/libpthread.so:/lib/l...
${RPROG:-R} -q $*
起動
$ ./Rgoto
無論、ちゃんとビルドしなおした方が良いのは言うまでも無い.
***スレッド使いな人 [#p82354ce]
マルチスレッド版のGogo's BLASをダウンロード~
環境変数 OMP_NUM_THREADS 又は GOTO_NUM_THREADS(0.99以降) ...
export OMP_NUM_THREADS=2
A%*%B等の演算が高速に行われます~
***野良ビルド派 [#ye8bad3f]
libgotoを/usr/local/libに入れたなら.~
./configure --with-blas='-L/usr/local/lib -lgoto_xxx -lp...
***rpmの人向け [#qec1bce3]
SPECファイル&ref(libgoto.spec); をダウンロード.~
ターゲットのlibgotoとxerbla.c をダウンロード.~
mv libgoto.spec ~/rpm/SPECS/
mv libgoto*so.gz xerbla.c ~/rpm/SOURCES/
# define で cpu と rel をあたえる.
rpm -ba --define 'cpu p4_128' --define 'rel r0.95' ~/rpm...
# インストール
rpm -ivh ~/rpm/RPMS/i386/libgoto*.rpm
R 本体は SPECファイル内の configure の所に --with-blas=go...
を行えばよい.
**なんでも掲示板で話題が薄くなったATLAS [#p4f8bc7b]
***Windowsの人 [#b6a42d70]
[[http://cran.md.tsukuba.ac.jp/bin/windows/contrib/ATLAS/...
から適当なRblas.dllをダウンロードしてR_HOME/bin にコピー...
***Debian [#j7d06501]
Debianの中の人はアレゲ(?)なので既にRはATLAS化されています.
でもキャッシュのサイズはマシン毎に異なるので自前でビルド...
もうすこし早くなると思われる.
***Unix [#m5299b7b]
ATLASを持ってきて
make xconfig
./xconfig -c gcc -f g77 -m gcc -F c $CFLAGS -F f $FFLAGS...
等好き勝手にするなり、言われたとおりにするなり好奇心の続...
さらにLAPACK(ATLAS化)も可能だが,労力には見合わない.
----
-CPU が違うということですが、お持ちのCPUは何ですか？ -- [...
-あはは。元発言者とは違うのですが，私はMacintoshG5なんで...
-ちなみに私はAthlon-XP(BartonコアL2 512KB)です。Windows上...
-G5 用なら私のページにあります。Athlon-XP は裏でこそこそ...
-http://www.cs.utexas.edu/users/kgoto/R/libgoto_athlon-r0...
-ウワーイv(^O^) -- [[aki]] &new{2004-08-11 (水) 21:45:12};
-http://www.cs.utexas.edu/users/kgoto/R/libgoto_athlon-r0...
-なかまさんのtest2ではATLASと同程度のようです。 -- [[aki]...
-バージョン番号間違えました。0.05 ではなくて 0.95 が正し...
-うっ,いつのまにか推敲されている...この推敲機能はMac製の...
-P4 の 128kB L2 版を http://www.cs.utexas.edu/users/kgoto...
-テキサスに引っ越しました。上記のURLはあと数週間でなくな...
-心よりお待ちしてます。m(_|_)m -- [[なかま]] &new{2004-12...
-[[FreeBSD Expert 2005:http://www.gihyo.co.jp/magazines/f...
-バージョンを 0.96 に上げました。 -- [[後藤]] &new{2004-1...
-さっそく(p4-128ですが...)試したんですが,~
# reg-tests-1 より
> data(esoph)
> options(digits=22) # <- 一応入れてみた
> ## PR 796 (aic in binomial models is often wrong)
> ##
> a1 <- glm(cbind(ncases, ncontrols) ~ agegp + tobgp * ...
+ data = esoph, family = binomial())$aic
> a1
[1] 236.9644704031314006443
> a2 <- glm(ncases/(ncases+ncontrols) ~ agegp + tobgp *...
+ data = esoph, family = binomial(), weights=nc...
> a2
[1] 236.9644704031314290660
> stopifnot(a1 == a2)
Error: a1 == a2 is not TRUE
Execution halted
などとtests/{lm-tests.R,reg-test-1.R}等で精度によるエラー...
-うむむ。調べてみたのですが、Lapack のエラーチェックでは...
-0.95では問題ありませんでした. -- [[なかま]] &new{2004-12...
-バグの原因は ddot でした。ただいま修理中です。ご迷惑をお...
-バグと書いたのですが、どうもバグではないかもしれません。...
-非常に詳しい解説をどうもありがとうございました.現状のRで...
-R のチェックルーチンでは"正しい解"と比較しているのではな...
-いろんなアーキテクチャ(コンパイラが違うとかも)ということ...
-とりあえず他にバグが潜んでいるかもしれないので、いろいろ...
-よろしくお願い致しますm(_|_)m.追記ですが,同じ演算を繰り...
-結果が異なるんですか〜．．．．。バグかも。 -- [[後藤]] &...
-誤差の原因がわかりました。内積計算の途中段階で値が非常に...
-ちなみに x86_64 でパスした理由は、すべての浮動小数点演算...
-再現するプログラムを添付しておきました。なお、値を正確に...
-「ディフォルトが SSE/SSE2 」との事なので,-mfpmath=sse -m...
-- -march=i386 -mcpu=i686ではsse2は使用されないのでは。-m...
-- gccのバージョンによるのかもしれませんが,ごみプロでアセ...
- たんなる私のボケが入っているとなんですので
options(digits=22)
data(esoph)
aic<-array()
for (i in 1:100)
aic[i]<- glm(ncases/(ncases+ncontrols) ~ agegp + tobgp *...
data = esoph, family = binomial(), weights=...
fivenum(aic)
[1] 236.96447040313137 236.96447040313140 236.9644704031...
[4] 236.96447040313143 236.96447040313149
-私のところでは再現できないのですが。。。この手の問題の場...
-chroot環境のR,ビルド環境の野良R,いちおうインストールした...
-ddotをlibblasから持ってきてgcc -shared -o libhoge.so ddo...
-今回の直接の犯人は確かに ddot なのですが、たまたま ddot ...
-おなじ挙動とあいなりました。さしずめ,そんなCPU使っちゃい...
-ならばＣＰＵの誤動作と考えられますので、周波数を下げる、...
-こちらこそ大変お手数をおかけしました.(壊れないPCが欲しい...
-この問題を回避するパッチを作っておきました。これでいいの...
-ありがとうございますm(_|_)m.正月休みにはCPU他は交換予定...
-このページに添付してあるfpu.patchなのでは? -- [[aki]] &n...
-思いっきり,見落としました.(爆)御指摘ありがとうございます...
-src/unix/system.c:Rf_initialize_R -> src/unix/sys-unix.c...
-最近のライブラリは SSE/SSE2 を多用していることが多いので...
-そうすると,configureに--with-sse(オプションとfpu_control...
-どちらかというと、ディフォルトで組み込んでしまってもいい...
-ぜんぜん関係のない話ですが、上記の "Unix の人" のところ...
-XERBLAは,src/main/print.cに含まれていますが,BLAS自体はR...
-新たに, CeleronDの2.8G(L2=256) + Mother + Memory を購入...
-中間様、R のバイナリをメールで送っていただけませんか？こ...
-FreeBSD(NetBSD)用のライブラリの需要ってどの程度あります...
-自宅ではなく,会社にてDebian(sarge)pentiumM(L2,1M)の環境...
-野良ビルドで R-2,0,1 and R-2.0.1+patch はみょーな事にな...
-私は欲しいです＞FreeBSD用。でも私ぐらいなんでしょうか・...
-私も PentiumM を持っているので試してみます。可能性として...
-とりあえず [[FreeBSD:http://www.cs.utexas.edu/users/kgot...
-すみませんPentium4機持ってません・・・(泣。 -- [[aki]] &...
-もしかして Athlon ですか？ -- [[後藤]] &new{2005-01-17 (...
-そうです。AthlonXP 2500+が3台あります(笑)。 -- [[aki]] &...
-あと、私は現在修論の追い込みでいっぱいいっぱいなのでRの...
-今のところ FreeBSD 用は誰も取っていかないですね〜(ダウン...
-ガーーーン。FreeBSDユーザーってそんなに少ないのか・・・...
-バージョン0.97が出たようです. -- &new{2005-03-21 (月) 2...
-性能の悪い部分の見直しを始めました。作業量が多くて、まだ...
-it2p-r0.97ですが,BLAS : Bad memory allocation! Program i...
a<-array(runif(2^2),dim=c(2,2))
b<-array(runif(2^2),dim=c(2,2))
a%*%b
OMP_NUM_THREADS(デフォルトは未設定で8設定してみたのは2)を...
意味はないかもしれませんが,スレッドライブラリは標準では/l...
なりました.
PentiumMはp3_512-r0.97で元気に動いてくれました.Xeon3.2,Op...
も元気に動いてくれました.CeleronD2.8は今だ謎ですが,p3とす...
-OMP_NUM_THREADS=2 で動作しませんか？メモリ管理の問題でス...
-失礼しました.スクリプトを確認したところ,OMP_NUM_THREADS...
-ライブラリを更新しました。L2 のサイズ/CPU 数は自動検出で...
-Celeron D で動きました. m(_|_)m -- [[なかま]] &new{2005-...
-0.99が出たようです. -- &new{2005-05-26 (木) 22:03:14};
-libgoto 0.99 を中間処方箋に従い試してみました。R で set....
/usr/lib/R/bin/exec/R: relocation error:
/home/mase/libgoto_prescott-32-r0.99.so: undefined symbo...
-リンクオプションに -lpthread を加えてください。 -- [[後...
-libpthreadも一緒にプリロードする必要があります. -- [[な...
#!/bin/bash
# libgotoの位置,名前は便宜書き換えてみてください.
LIBPTHREAD=`/sbin/ldconfig -p|grep libpthread.so|head -1...
LIBM=`/sbin/ldconfig -p|grep libm.so|head -1|perl -p -e ...
export LD_PRELOAD=~/lib/libgoto_katmai-32-r0.99.so:${LI...
echo $LD_PRELOAD
/usr/bin/R $*
-set.seed(123); system.time(sort(runif(1e6))) はリブ後藤...
-後藤さん、中間さん、コメントありがとうございました。A%*%...
-Debian Sargeですよね。たぶん。するとデフォルトでインスト...
-質問が複数ありますので項目別にします。 -- [[後藤]] &new{...
-- 最近購入されたマシンならばPrescott コアです。Prescott...
-- sort(runif(1e6))ではほとんどの実行時間はsort内で消費さ...
-- 速度差が10倍くらいなら正常ではないでしょうか。少し大き...
-- 体感的に遅く感じられるということでしたら、カーネルを再...
-かなり個人的なことがらに丁寧にお答えいただき恐縮です。検...
-本当に初歩的な質問で恐縮なのですが、blasのサポートがなく...
-Rは幾つかのBLASルーチン(最適化されてない)を持っています....
-レスありがとうございました。早速BLASを含めてＲのコンパイ...
-確認してみましたが、sort(runif(1e6))では R_rsort2 という...
-有難うございます。新パソコンと Linux の相性が悪い（こん...
-そのマシンの構成ハードウェアがちゃんとLinuxに対応してい...
-泣く人が増えないように、報告しておきます。機械は EPSON E...
-どうもAT951には動作はしても速度が一定しない不安定な個体...
-そういえば、Windows 版の BLAS はきちんど動作しているのだ...
-Northwoodは動きましたが,Katmaiの方はなにやら申します. --...
#0 0x6c989ad7 in ztrsm () from c:\Program Files\R\rw201...
#1 0x6c989066 in ztrsm () from c:\Program Files\R\rw201...
#2 0x6c94dd0b in libgoto_p3_512-r0!STRMV ()
from c:\Program Files\R\rw2010\bin\Rblas.dll
#3 0x1002eafc in do_matprod () from c:\Program Files\R\...
&new{2005-06-01 (水) 16:07:45};
-バグを見つけてしまいました。ただいま修正中。 -- [[後藤]]...
-修正しました。 -- [[後藤]] &new{2005-06-07 (火) 13:22:09};
-Window2000/XPのリンク先が Windowsのパスになってますです....
-修正しました。リンク先をチェックするのを忘れていました。...
-別のリンクミス発見。とほほ。 -- [[後藤]] &new{2005-06-08...
-Win32でcoppermine,northwoodは動作したんですが,katmaiは上...
-すみません。まだやっていません。これから調べてみます。 -...
-あっいえ、一応報告と言うことですので.(^-^;滝汗; -- [[な...
-調べてみましたが、こちらでは問題を見つけることができませ...
-PentiumMで行いました. P3マシンは今手元に無いので明日調べ...
-ではやはり私のライブラリの方に問題があると思いますので、...
-このページにあるｗｉｎｄｏｗｓ用のlibgotoのリンクがない...
-現在Linux版のみのようです. ATLASを使いましょう. -- [[な...
#comment
終了行:
*BLASの高速化 [#lb854bcb]
//by なかま 2004-08-10
COLOR(red){SIZE(25){祝！ libgoto-1.0.0 リリース！}}
[[TACC:http://www.tacc.utexas.edu/resources/software/]]よ...
- 05/10/04現在Linux版のみ(更に早くなってる...XEONで体験)
**なんでも掲示板で話題の後藤ライブラリ(libgoto) [#x15b1612]
***なんでも掲示板より [#da4da1d3]
更なる幸せを求めて.~
私「マシン欲しい...奥様買ってぇ〜(爆)」
妻「昨日速くなったって喜んでたじゃない。」
私「...」
***Windowsの人 [#i8b902e4]
から自分のCPUにあった
libgoto_CPU_L2-Rel.zip をダウンロード
libgoto_CPU_L2-Rel.zip を解凍
# Rblasと置き換える
move R_HOME?bin?Rblas.dll R_HOME?bin?Rblas.dll.org
copy libgoto_CPU_L2-Rel.dll R_HOME?bin?Rblas.dll
R-1.9.1のソース(win32)の中にはlibgotoが複素数を扱えない
ものとしてblasGoto.cがコーディングされている.
その結果,R標準のBLASのcmpblas.fが利用される.
なんとなく、その労力を消すのはもったいない気がする.(謎)~
ソースからビルドする方は注意されたい.
***Unixの人 [#x999cf2e]
http://www.cs.utexas.edu/users/kgoto/ から自分のCPUにあった
libgoto と xerbla.c をダウンロード.
gzip -d libgoto_p4_128-r0.94.so.gz
gcc -c xerbla.c
gcc -shared -o libgoto.so ~/libgoto_p4_128-r0.94.so xerb...
# xerbla(BLASやLAPACKで表示に必要)ルーチンはRのsrc/main/...
# 含まれているので,Rでしかlibgotoを使わないならば,直接li...
# を使えば良い.
Rgoto と言うシェルスクリプト作成
#!/bin/bash
export LD_PRELOAD=~/libgoto.so:/lib/libpthread.so:/lib/l...
${RPROG:-R} -q $*
起動
$ ./Rgoto
無論、ちゃんとビルドしなおした方が良いのは言うまでも無い.
***スレッド使いな人 [#p82354ce]
マルチスレッド版のGogo's BLASをダウンロード~
環境変数 OMP_NUM_THREADS 又は GOTO_NUM_THREADS(0.99以降) ...
export OMP_NUM_THREADS=2
A%*%B等の演算が高速に行われます~
***野良ビルド派 [#ye8bad3f]
libgotoを/usr/local/libに入れたなら.~
./configure --with-blas='-L/usr/local/lib -lgoto_xxx -lp...
***rpmの人向け [#qec1bce3]
SPECファイル&ref(libgoto.spec); をダウンロード.~
ターゲットのlibgotoとxerbla.c をダウンロード.~
mv libgoto.spec ~/rpm/SPECS/
mv libgoto*so.gz xerbla.c ~/rpm/SOURCES/
# define で cpu と rel をあたえる.
rpm -ba --define 'cpu p4_128' --define 'rel r0.95' ~/rpm...
# インストール
rpm -ivh ~/rpm/RPMS/i386/libgoto*.rpm
R 本体は SPECファイル内の configure の所に --with-blas=go...
を行えばよい.
**なんでも掲示板で話題が薄くなったATLAS [#p4f8bc7b]
***Windowsの人 [#b6a42d70]
[[http://cran.md.tsukuba.ac.jp/bin/windows/contrib/ATLAS/...
から適当なRblas.dllをダウンロードしてR_HOME/bin にコピー...
***Debian [#j7d06501]
Debianの中の人はアレゲ(?)なので既にRはATLAS化されています.
でもキャッシュのサイズはマシン毎に異なるので自前でビルド...
もうすこし早くなると思われる.
***Unix [#m5299b7b]
ATLASを持ってきて
make xconfig
./xconfig -c gcc -f g77 -m gcc -F c $CFLAGS -F f $FFLAGS...
等好き勝手にするなり、言われたとおりにするなり好奇心の続...
さらにLAPACK(ATLAS化)も可能だが,労力には見合わない.
----
-CPU が違うということですが、お持ちのCPUは何ですか？ -- [...
-あはは。元発言者とは違うのですが，私はMacintoshG5なんで...
-ちなみに私はAthlon-XP(BartonコアL2 512KB)です。Windows上...
-G5 用なら私のページにあります。Athlon-XP は裏でこそこそ...
-http://www.cs.utexas.edu/users/kgoto/R/libgoto_athlon-r0...
-ウワーイv(^O^) -- [[aki]] &new{2004-08-11 (水) 21:45:12};
-http://www.cs.utexas.edu/users/kgoto/R/libgoto_athlon-r0...
-なかまさんのtest2ではATLASと同程度のようです。 -- [[aki]...
-バージョン番号間違えました。0.05 ではなくて 0.95 が正し...
-うっ,いつのまにか推敲されている...この推敲機能はMac製の...
-P4 の 128kB L2 版を http://www.cs.utexas.edu/users/kgoto...
-テキサスに引っ越しました。上記のURLはあと数週間でなくな...
-心よりお待ちしてます。m(_|_)m -- [[なかま]] &new{2004-12...
-[[FreeBSD Expert 2005:http://www.gihyo.co.jp/magazines/f...
-バージョンを 0.96 に上げました。 -- [[後藤]] &new{2004-1...
-さっそく(p4-128ですが...)試したんですが,~
# reg-tests-1 より
> data(esoph)
> options(digits=22) # <- 一応入れてみた
> ## PR 796 (aic in binomial models is often wrong)
> ##
> a1 <- glm(cbind(ncases, ncontrols) ~ agegp + tobgp * ...
+ data = esoph, family = binomial())$aic
> a1
[1] 236.9644704031314006443
> a2 <- glm(ncases/(ncases+ncontrols) ~ agegp + tobgp *...
+ data = esoph, family = binomial(), weights=nc...
> a2
[1] 236.9644704031314290660
> stopifnot(a1 == a2)
Error: a1 == a2 is not TRUE
Execution halted
などとtests/{lm-tests.R,reg-test-1.R}等で精度によるエラー...
-うむむ。調べてみたのですが、Lapack のエラーチェックでは...
-0.95では問題ありませんでした. -- [[なかま]] &new{2004-12...
-バグの原因は ddot でした。ただいま修理中です。ご迷惑をお...
-バグと書いたのですが、どうもバグではないかもしれません。...
-非常に詳しい解説をどうもありがとうございました.現状のRで...
-R のチェックルーチンでは"正しい解"と比較しているのではな...
-いろんなアーキテクチャ(コンパイラが違うとかも)ということ...
-とりあえず他にバグが潜んでいるかもしれないので、いろいろ...
-よろしくお願い致しますm(_|_)m.追記ですが,同じ演算を繰り...
-結果が異なるんですか〜．．．．。バグかも。 -- [[後藤]] &...
-誤差の原因がわかりました。内積計算の途中段階で値が非常に...
-ちなみに x86_64 でパスした理由は、すべての浮動小数点演算...
-再現するプログラムを添付しておきました。なお、値を正確に...
-「ディフォルトが SSE/SSE2 」との事なので,-mfpmath=sse -m...
-- -march=i386 -mcpu=i686ではsse2は使用されないのでは。-m...
-- gccのバージョンによるのかもしれませんが,ごみプロでアセ...
- たんなる私のボケが入っているとなんですので
options(digits=22)
data(esoph)
aic<-array()
for (i in 1:100)
aic[i]<- glm(ncases/(ncases+ncontrols) ~ agegp + tobgp *...
data = esoph, family = binomial(), weights=...
fivenum(aic)
[1] 236.96447040313137 236.96447040313140 236.9644704031...
[4] 236.96447040313143 236.96447040313149
-私のところでは再現できないのですが。。。この手の問題の場...
-chroot環境のR,ビルド環境の野良R,いちおうインストールした...
-ddotをlibblasから持ってきてgcc -shared -o libhoge.so ddo...
-今回の直接の犯人は確かに ddot なのですが、たまたま ddot ...
-おなじ挙動とあいなりました。さしずめ,そんなCPU使っちゃい...
-ならばＣＰＵの誤動作と考えられますので、周波数を下げる、...
-こちらこそ大変お手数をおかけしました.(壊れないPCが欲しい...
-この問題を回避するパッチを作っておきました。これでいいの...
-ありがとうございますm(_|_)m.正月休みにはCPU他は交換予定...
-このページに添付してあるfpu.patchなのでは? -- [[aki]] &n...
-思いっきり,見落としました.(爆)御指摘ありがとうございます...
-src/unix/system.c:Rf_initialize_R -> src/unix/sys-unix.c...
-最近のライブラリは SSE/SSE2 を多用していることが多いので...
-そうすると,configureに--with-sse(オプションとfpu_control...
-どちらかというと、ディフォルトで組み込んでしまってもいい...
-ぜんぜん関係のない話ですが、上記の "Unix の人" のところ...
-XERBLAは,src/main/print.cに含まれていますが,BLAS自体はR...
-新たに, CeleronDの2.8G(L2=256) + Mother + Memory を購入...
-中間様、R のバイナリをメールで送っていただけませんか？こ...
-FreeBSD(NetBSD)用のライブラリの需要ってどの程度あります...
-自宅ではなく,会社にてDebian(sarge)pentiumM(L2,1M)の環境...
-野良ビルドで R-2,0,1 and R-2.0.1+patch はみょーな事にな...
-私は欲しいです＞FreeBSD用。でも私ぐらいなんでしょうか・...
-私も PentiumM を持っているので試してみます。可能性として...
-とりあえず [[FreeBSD:http://www.cs.utexas.edu/users/kgot...
-すみませんPentium4機持ってません・・・(泣。 -- [[aki]] &...
-もしかして Athlon ですか？ -- [[後藤]] &new{2005-01-17 (...
-そうです。AthlonXP 2500+が3台あります(笑)。 -- [[aki]] &...
-あと、私は現在修論の追い込みでいっぱいいっぱいなのでRの...
-今のところ FreeBSD 用は誰も取っていかないですね〜(ダウン...
-ガーーーン。FreeBSDユーザーってそんなに少ないのか・・・...
-バージョン0.97が出たようです. -- &new{2005-03-21 (月) 2...
-性能の悪い部分の見直しを始めました。作業量が多くて、まだ...
-it2p-r0.97ですが,BLAS : Bad memory allocation! Program i...
a<-array(runif(2^2),dim=c(2,2))
b<-array(runif(2^2),dim=c(2,2))
a%*%b
OMP_NUM_THREADS(デフォルトは未設定で8設定してみたのは2)を...
意味はないかもしれませんが,スレッドライブラリは標準では/l...
なりました.
PentiumMはp3_512-r0.97で元気に動いてくれました.Xeon3.2,Op...
も元気に動いてくれました.CeleronD2.8は今だ謎ですが,p3とす...
-OMP_NUM_THREADS=2 で動作しませんか？メモリ管理の問題でス...
-失礼しました.スクリプトを確認したところ,OMP_NUM_THREADS...
-ライブラリを更新しました。L2 のサイズ/CPU 数は自動検出で...
-Celeron D で動きました. m(_|_)m -- [[なかま]] &new{2005-...
-0.99が出たようです. -- &new{2005-05-26 (木) 22:03:14};
-libgoto 0.99 を中間処方箋に従い試してみました。R で set....
/usr/lib/R/bin/exec/R: relocation error:
/home/mase/libgoto_prescott-32-r0.99.so: undefined symbo...
-リンクオプションに -lpthread を加えてください。 -- [[後...
-libpthreadも一緒にプリロードする必要があります. -- [[な...
#!/bin/bash
# libgotoの位置,名前は便宜書き換えてみてください.
LIBPTHREAD=`/sbin/ldconfig -p|grep libpthread.so|head -1...
LIBM=`/sbin/ldconfig -p|grep libm.so|head -1|perl -p -e ...
export LD_PRELOAD=~/lib/libgoto_katmai-32-r0.99.so:${LI...
echo $LD_PRELOAD
/usr/bin/R $*
-set.seed(123); system.time(sort(runif(1e6))) はリブ後藤...
-後藤さん、中間さん、コメントありがとうございました。A%*%...
-Debian Sargeですよね。たぶん。するとデフォルトでインスト...
-質問が複数ありますので項目別にします。 -- [[後藤]] &new{...
-- 最近購入されたマシンならばPrescott コアです。Prescott...
-- sort(runif(1e6))ではほとんどの実行時間はsort内で消費さ...
-- 速度差が10倍くらいなら正常ではないでしょうか。少し大き...
-- 体感的に遅く感じられるということでしたら、カーネルを再...
-かなり個人的なことがらに丁寧にお答えいただき恐縮です。検...
-本当に初歩的な質問で恐縮なのですが、blasのサポートがなく...
-Rは幾つかのBLASルーチン(最適化されてない)を持っています....
-レスありがとうございました。早速BLASを含めてＲのコンパイ...
-確認してみましたが、sort(runif(1e6))では R_rsort2 という...
-有難うございます。新パソコンと Linux の相性が悪い（こん...
-そのマシンの構成ハードウェアがちゃんとLinuxに対応してい...
-泣く人が増えないように、報告しておきます。機械は EPSON E...
-どうもAT951には動作はしても速度が一定しない不安定な個体...
-そういえば、Windows 版の BLAS はきちんど動作しているのだ...
-Northwoodは動きましたが,Katmaiの方はなにやら申します. --...
#0 0x6c989ad7 in ztrsm () from c:\Program Files\R\rw201...
#1 0x6c989066 in ztrsm () from c:\Program Files\R\rw201...
#2 0x6c94dd0b in libgoto_p3_512-r0!STRMV ()
from c:\Program Files\R\rw2010\bin\Rblas.dll
#3 0x1002eafc in do_matprod () from c:\Program Files\R\...
&new{2005-06-01 (水) 16:07:45};
-バグを見つけてしまいました。ただいま修正中。 -- [[後藤]]...
-修正しました。 -- [[後藤]] &new{2005-06-07 (火) 13:22:09};
-Window2000/XPのリンク先が Windowsのパスになってますです....
-修正しました。リンク先をチェックするのを忘れていました。...
-別のリンクミス発見。とほほ。 -- [[後藤]] &new{2005-06-08...
-Win32でcoppermine,northwoodは動作したんですが,katmaiは上...
-すみません。まだやっていません。これから調べてみます。 -...
-あっいえ、一応報告と言うことですので.(^-^;滝汗; -- [[な...
-調べてみましたが、こちらでは問題を見つけることができませ...
-PentiumMで行いました. P3マシンは今手元に無いので明日調べ...
-ではやはり私のライブラリの方に問題があると思いますので、...
-このページにあるｗｉｎｄｏｗｓ用のlibgotoのリンクがない...
-現在Linux版のみのようです. ATLASを使いましょう. -- [[な...
#comment
ページ名:
![[RjpWiki]](image/../Rlogo.png "[RjpWiki]")
