Ｑ＆Ａ (初級者コース)/18
をテンプレートにして作成
[
トップ
] [
新規
|
一覧
|
検索
|
最終更新
|
ヘルプ
]
開始行:
COLOR(green){SIZE(20){初心者のための R および RjpWiki に...
COLOR(red){SIZE(16){以下の 4 つの「●項目」のどれかをクリ...
----
COLOR(blue){● [[新規投稿欄:>#sinki]]} --- その前に，「[[...
COLOR(blue){● [[このページの目次>#mokuji]]} --- 質問への...
COLOR(blue){● [[最新のスレッド>#saisin]]} --- 最も最近に...
COLOR(blue){● [[Ｑ＆Ａ (初級者コース) 過去の目次]]} --- ...
----
&aname(mokuji);COLOR(green){●● 目次 ●●}
参照は，個々の項目をクリック（質問への回答・コメントの参...
#contents
----
&aname(sinki);
COLOR(green){●● 新規投稿 ●●}
まずは，「[[投稿における注意事項]]」を読んで，それに従っ...
COLOR(red){これに従わない場合には，回答が得られにくい場合...
#article
**帰無仮説 [#pea91f2c]
>[[ままま]] (2025-07-24 (木) 09:59:28)~
~
”固定変数A（kanngaiのbefore/after）”が、”目的変数（LN.mnb...
~
df <- read.csv("metanr.csv")~
~
df_model <- df %>%~
select(`LN.mnb.mnc.`, kanngai) %>%
filter(!is.na(`LN.mnb.mnc.`))
~
t_before <- t.test(df_model$LN.mnb.mnc.[df_model$kanngai ...
print(t_before)~
~
t_after <- t.test(df_model$LN.mnb.mnc.[df_model$kanngai =...
print(t_after)~
~
#群間の違いを比較~
model <- lm(LN.mnb.mnc. ~ kanngai, data = df_model)~
summary(model)~
//
- また、単に目的変数の帰無仮説をするのではなく、kanngaiの...
#comment
**行列のNAを他の列の値で埋めたい [#ec862e13]
>[[鈴木康弘]] (2024-07-24 (水) 17:57:14)~
~
[,1] [,2]
[1,] 1 1
[2,] 2 NA
[3,] 3 3
[4,] 4 NA
~
上のような行列があるとします。NAを1列目の値2,4で代用した...
下記を試してみました。~
~
> m[,2][is.na(dat[,2])] <- dat[,1]
m[, 2][is.na(dat[, 2])] <- dat[, 1] でエラー:
置き換えるべき項目数が、置き換える数の倍数ではありま...
~
どうしたらいいのでしょう？~
//
- ごめんなさい、書き直し方がわかりません。行列名がdat、最...
- for文を使って解決しました。 -- [[鈴木康弘]] &new{2024-0...
- for(i in 1:nrow(dat)){ dat[i,2][is.na(dat[i,2])] <- dat...
- エラーメッセージのとおり、「置き換えられる項目数」と「...
> dat <- matrix(c(1:4, 11, NA, 13, NA), ncol = 2)
> dat
[,1] [,2]
[1,] 1 11
[2,] 2 NA
[3,] 3 13
[4,] 4 NA
> i <- is.na(dat[, 2])
> dat[i, 2] <- dat[i, 1]
> dat
[,1] [,2]
[1,] 1 11
[2,] 2 2
[3,] 3 13
[4,] 4 4
もちろん、このくらいで速度やら最適化やらうるさくいうのも...
- おお、このiは数値ではなく、真偽のベクトルですね。 真偽...
- そうですね。デフォルトでベクトル演算ができるのがRの利点...
> dat <- matrix(c(1:4, 11, NA, 13, NA), ncol = 2)
> i <- is.na(dat[, 2])
> i
[1] FALSE TRUE FALSE TRUE
> j <- which(i)
> j
[1] 2 4
> dat[j, 2] <- dat[j, 1]
> dat
[,1] [,2]
[1,] 1 11
[2,] 2 2
[3,] 3 13
[4,] 4 4
また余計かもしれませんが、行列はRにおいてはベクトルの一種...
> dat <- matrix(c(1:4, 11, NA, 13, NA), ncol = 2)
> k <- which(is.na(dat))
> k
[1] 6 8
> dat[k] <- dat[k - nrow(dat)]
> dat
[,1] [,2]
[1,] 1 11
[2,] 2 2
[3,] 3 13
[4,] 4 4
- なるほど、ベクトルの添字を取り出す、which()ってのもあり...
#comment
**カイ二乗検定について [#pdeea0ee]
>[[カイ]] (2024-04-14 (日) 14:17:43)~
~
よろしくお願いいたします。~
カイ二乗検定を行い、P値を取り出すとき以下のよう、マトリッ...
~
d <- c(10, 5, 8, 7)~
d <- matrix(d,nrow=2,byrow=T)~
d <-chisq.test(d)~
d$p.value~
~
しかし、~
~
data <- matrix(c(10, 5, 8, 7, 16, 23, 21, 8, 27, 44, 61, ...
colnames(data)<-c("a","b","c","d")~
~
のようなデータがある場合、一気にカイ二乗検定を行い、ｄ列...
どの様にすればよいのかご教示いただけると幸いです。~
（R version 4.2.2, win11)~
//
- 質問者様のやろうとしていることに対して、ご提示のような...
> print(data)
a b c d
[1,] 10 5 8 7
[2,] 16 23 21 8
[3,] 27 44 61 22
[4,] 10 15 20 24
[5,] 38 76 23 77
> p <- apply(data, 1, function(x) { chisq.test(matrix(x,...
> cbind(data, pval = p)
a b c d pval
[1,] 10 5 8 7 7.093881e-01
[2,] 16 23 21 8 2.012252e-02
[3,] 27 44 61 22 1.955183e-05
[4,] 10 15 20 24 8.518854e-01
[5,] 38 76 23 77 1.287840e-01
前述のとおり、2x2のデータ群と、そのそれぞれに対する検定結...
プログラム的に素直にやるなら、データは2x2xNのarrayにして...
> data2 <- array(t(data), dim = c(2, 2, nrow(data)))
> print(data2)
, , 1
[,1] [,2]
[1,] 10 8
[2,] 5 7
, , 2
[,1] [,2]
[1,] 16 21
[2,] 23 8
, , 3
[,1] [,2]
[1,] 27 61
[2,] 44 22
, , 4
[,1] [,2]
[1,] 10 20
[2,] 15 24
, , 5
[,1] [,2]
[1,] 38 23
[2,] 76 77
> apply(data2, 3, function(x) { chisq.test(x)$p.value })
[1] 7.093881e-01 2.012252e-02 1.955183e-05 8.518854e-01 ...
#comment
**library(imager) library(magick)の間で画像をやりとりした...
>[[たたた]] (2023-11-20 (月) 13:23:54)~
~
お世話になっております。表記のとおり２つのパッケージ間で...
image1 <- imager::load.image("image1.png")
image1.mag <- magick::image_read(as.cimg(image1))
一応、手元で、以下のようにすると、それっぽくはなるのです...
image_matrix <- magick::image_data(image1.mag)
image_imager <- imager::cimg(image_matrix)
どうぞよろしくお願いします。~
//
#comment
**with関数でformulaオブジェクトを代入するとエラーが出る [...
>[[徒弟]] (2023-08-28 (月) 21:26:18)~
~
皆様のお知恵をお貸しください~
以下のコマンドの通りを試したところ、(3)でのみエラーが出ま...
~
-------------------~
~
set.seed(1234)~
tmp <- data.frame(Outcome=c(rep(1,10),rep(0,10)),X=rnorm(...
tar_formula <- as.formula(paste0("Outcome","~X"))~
~
#(1)~
with(tmp,glm(Outcome~X,family=binomial))~
~
#(2)~
with(tmp,glm(as.formula(paste0("Outcome","~X")),family=bi...
~
#(3)~
with(tmp,glm(tar_formula,family=binomial))~
~
-------------------~
~
エラーメッセージは" eval(predvars, data, env) でエラー: ~
オブジェクト 'Outcome' がありません"です
~
どういよう理由によってエラーが発生するのか教示頂ければ幸...
//
- さらにコメント申し上げます。本当の狙いはmiceなどによっ...
- さらにコメント申し上げます。本当の狙いはmiceなどによっ...
- as.formulaのenv引数がparent.frame()ですので、事前に実行...
> tar_formula <- as.formula("Outcome ~ X")
> str(tar_formula)
Class 'formula' language Outcome ~ X
..- attr(*, ".Environment")=<environment: R_GlobalEnv>
with内でas.formulaを実行した場合には、つくられたformulaは...
> with(data.frame(), str(as.formula("Outcome ~ X")))
Class 'formula' language Outcome ~ X
..- attr(*, ".Environment")=<environment: 0xa6bb540>
- 早速ご教示いただき誠にありがとうございます。よくわかり...
- Rで?formulaを実行し、Environmentsのセクションを見たこと...
- 質問者様の想定は「Outcomeっていう変数名ということだけ指...
別の言い方をすると、何らかの「計算の結果」を返すのが一般...
- 私の想定していることを具体化いただきありがとうございま...
- 私の想定していることを具体化いただきありがとうございま...
#comment
**ベイジアンネットワーク解析dealの矢印について [#x3ed22ae]
>[[晴猫]] (2023-08-27 (日) 19:36:31)~
~
yokkunさんのページ~
https://yokkuns.hatenadiary.org/entry/20110928/1317164851~
にならってベイジアンネットワーク分析を試みたところ、ネッ...
mybanlist <- matrix(c(~
2,1,
3,1,
4,1,
5,1,
6,1,
7,1,
3,2,
4,2,
5,2,
6,2,
7,2,
3,4,
4,3),
ncol = 2, byrow = TRUE)
banlist(ht.nw) <- mybanlist~
で矢印を禁止するノードを指定します。その後~
plot(ht.nw)~
でネットワークを描いてみると、矢印がないと指定したノード...
OSはWindows11, Rはversion 4.2.1を使用しています。よろし...
//
- R 4.3.1 on Ubuntu環境でやってみましたが、再現しませんね...
また、この解析についてはまったく知らないのであくまで説明...
依然として、そもそも引用元サイト様と違う解析結果になって...
- 実行の出力です -- [[晴猫]] &new{2023-08-30 (水) 00:44:0...
- ご返信ありがとうございます。状況が再現して、質問者様の...
前提として、わたしは依然このネットワーク分析というものに...
autosearchの結果は、今回のサンプルコードだとht.searchとい...
> names(ht.search)
[1] "nw" "table" "trylist"
> class(ht.search$nw)
[1] "network"
ですので、plot(ht.nw)ではなくplot(ht.search$nw)とすれば、...
plot(ht.search$nw, showban = FALSE)
networkクラスのオブジェクトの描画には、plot関数に用意され...
- ご回答ありがとうございます -- [[晴猫]] &new{2023-08-30 ...
- ご回答ありがとうございます -- [[晴猫]] &new{2023-08-30 ...
- ご回答ありがとうございます -- [[晴猫]] &new{2023-08-30 ...
#comment
**conda-forge の r-base パッケージの win-64 のバージョン...
>[[136s]] (2023-08-02 (水) 11:10:23)~
~
質問: 掲題のバージョンが現時点で v4.1.3 ですが、linux-64 ...
技術的不可能性があるのか、需要がないのか、、など。~
~
参考: https://anaconda.org/conda-forge/r-base~
~
経緯: Windows 10 マシンで、conda 環境内で R を管理して Py...
通常、`conda install -c conda-forge r` コマンドで conda ...
ただ、現在の最新の [[r パッケージ:https://anaconda.org/co...
これ自体は r パッケージのインストール時に v4.1 を指定すれ...
//
- そもそも、conda-forge の r, r-base を誰が管理してるのか...
- 自己解決しました。 https://github.com/conda-forge/r-bas...
#comment
**RStudio のパッケージits.analyasisの解析方法について [#k...
>[[masa]] (2023-06-04 (日) 14:03:04)~
~
①結果の入力方法(他に必要なパッケージなど)
②結果の解釈 を知りたいです。最低限①だけでも助かります。
//
#comment
**ggplot2による積み上げ棒グラフの各棒に合計値を入れたい [...
>[[島田泰夫]] (2023-06-02 (金) 17:16:52)~
~
教えてください~
~
ggplot2で積み上げ棒グラフを作図したとき、棒の上に合計値を...
~
tableのクロス集計表（re）で~
~
0 1 2 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 1...
402 0 3 2 1 2 37 0 0 0 0 0 1 10 15 20 0 0 ...
404 0 0 0 0 0 0 1 2 2 12 1 5 3 2 0 1 9 ...
406 0 2 0 0 15 1 19 21 3 0 3 8 0 0 0 0 0 ...
411 0 0 0 20 5 6 10 11 12 8 9 0 0 0 2 6 10 ...
416 16 11 18 1 0 0 1 0 2 0 0 0 0 0 0 8 0 ...
418 0 0 0 0 0 0 0 20 13 5 2 2 10 18 62 94 60 ...
422 0 0 0 0 0 0 0 0 9 6 5 10 12 14 8 30 26 ...
428 0 0 15 4 9 1 12 2 3 2 2 15 1 10 2 4 0 ...
429 10 6 0 0 0 21 7 2 7 0 0 1 17 16 9 4 3 ...
が得られたので、データフレーム変換して
~
re2 <- as.data.frame(re)
Var1 Var2 Freq
1 402 0 0
2 404 0 0
3 406 0 0
....
~
となりましたので~
~
g <- ggplot(re2, aes(x = Var2, y = Freq, fill = Var1))
g <- g + geom_bar(stat = "identity")
g <- g + geom_text(aes(label = Freq, y = Freq + 3), size...
plot(g)
~
とすると、積み上げる「各要素」の数値が入ってしまいます~
これを避けて、積み上げた「合計値」を各棒の上部に記載した...
どのようにすればよろしいでしょうか？~
//
自己解決できそうです
re3 <- as_tibble(re2)
re4 <- re3 %>% group_by(Var2) %>% summarise( total= sum(...
ggplot(data = re4, aes(x = Var2, y = total)) +
geom_bar(stat = "identity", fill = "grey", colour = "b...
geom_text(aes(label = total, y = total + 3), size = 2) +
geom_bar(data = re2, aes(x = Var2, y = Freq, fill = Var...
-- [[島田泰夫]] &new{2023-06-02 (金) 18:30:05};
#comment
**PCAの結果の分析について [#o31c462c]
>[[R初心者]] (2023-05-08 (月) 09:58:23)~
~
特徴量が1000個あるデータに対してPCAを実行しました．有効な...
//
- Rでのプログラミングについてお答えすれば解決できる、とい...
- コメントいただきありがとうございます． 「Rでまなぶデー...
- 主成分をもとに「有効な（元データの）変量を選ぶ」という...
- コメントいただきありがとうございます．私も第３主成分で9...
- 本日コメントをいただきまして，私の中で，一番不明な点は...
- 本日コメントをいただきまして，私の中で，一番不明な点は...
- うーんと……「次の学習」というのが、機械学習みたいなこと...
一般論として元データの変量間に共変動関係がなければ次元は...
とはいえ、前述のとおりこれらは分野によるでしょう。わたし...
- コメントいただきありがとうございます．「次の段階として...
- 機械学習屋さんなのでしょうか。「2クラスに分ける」という...
- わたしも（自分にとっては）馴染みのない感じのデータだな...
#comment
**Rcmdrのインストールとエラーについて [#wee008f5]
>[[hs0519]] (2023-03-14 (火) 23:18:04)~
~
具体的な質問というより、一般的な考え方の質問です。RのWind...
この流れの中で異質なこと、独特なところは何もありません。...
//
- （わたしも具体的回答ではなく個人的感想ですが）普段からL...
- かつて(20年程前)の Code set Independence ( Win9xやEUC )...
- Rまわりの最初期から活躍されてる方のコメントの心強さとき...
#comment
**mFDというパッケージのエラーについて [#k8d38d29]
>[[まつ]] (2023-03-14 (火) 20:56:57)~
~
mFDというパッケージでmFD::quality.fspacesを行った際に~
~
Error in if (maxdim_pcoa < 1) { : the condition has lengt...
~
というエラーが出ました。教えて頂けると嬉しいです。ちなみ...
//
- 直前の質問への回答と被りますが、「投稿における注意事項...
#comment
**指数の作り方 [#j19a4a36]
> (2023-03-13 (月) 14:40:09)~
~
日付、性別、年代、検索行動１、検索行動２、検索行動３、収...
という情報があったときに収益をもたらすかどうかを示す指数...
~
指数の条件としては以下の2つです。~
・値が大きいほど収益額1000円超の顧客の割合は大きくなる傾...
・値が大きいほど収益額が大きくなる傾向にある~
~
lightgbmのregressionでやってみても全然だめでした。~
お手数ですがお知恵をお貸しください。~
//
- 「投稿における注意事項」にあるとおり、何をどうやったら...
#comment
**Rからffmpegを呼び出す方法 [#i3f1da84]
>[[hs0519]] (2023-03-10 (金) 08:02:35)~
~
saveVideo({~
for (i in 1:5){
plot(runif(10), ylim = c(0,1))
}
}, interval = 1.0, video.name = "TEST.html")~
というスクリプトだけで、ffmpegが呼び出せるとのことなので...
The command ""ffmpeg"" is not available in your system. P...
というエラーメッセージが出ます。~
ffmpegはインストールされており、パスも通っているのでシェ...
Rからffmpegを起動するにはどのようにしたらいいでしょうか。~
~
バージョンにセンシティブな問題でしょうか。~
Rは4.2.2, ffmpegは5.1.2が入っています。ただし、ffmpegはい...
パスが先になっている方だと思いますが。~
//
- saveVideo()のヘルプ内の例では、ani.options("ffmpeg")で...
- ありがとうございます。フルパスは保存先フォルダ名だけで...
- ヘルプではそのような記法になっているので、とりあえずそ...
#comment
**UTFのRでWindowsの文字をよみたい。 [#c7c6cbb4]
>[[たたた]] (2023-03-01 (水) 06:05:33)~
~
エクセルからコピーしたタブ区切りの「データ０ データ１（ほ...
name <- read.table("clipboard",sep="\t")という処理を行い...
手元のRの環境で、（や？があっても読めるものと読めない物が...
なお、文字コードをShift-JIS系に指定しても以下のエラーが出...
read.table("clipboard",sep="\t",fileEncoding = "CP932")
警告メッセージ:
1: file(file, "rt", encoding = fileEncoding) で:
引数 'encoding' は無視されます
2: read.table("clipboard", sep = "\t", fileEncoding = "...
incomplete final line found by readTableHeader on 'clip...
~
//
- read.table("clipboard", sep = "\t", fileEncoding = "CP9...
これは，エンコーディング等とは無関係なエラー。入力行の最...
#comment
**as.*() と as_*() 関数の違いについて [#p4924198]
>[[OKD]] (2023-02-05 (日) 15:27:12)~
~
こんにちは．~
初歩的な質問で大変恐縮ですが，以下のご回答をよろしくお願...
~
早速ですが， as.*() と as_*() の違いが理解できません．~
"*" には，matrixやvector，factor などを想定しています．~
"as"の部分は，”is”の場合でも違いがわかっていません．~
どなたかご教示いただけますでしょうか？~
//
- Rのビルトインの関数はas.matrixやas.factorであり、個人的...
- 早速，ご回答ありがとうございます．ご指摘の通りかもしれ...
- corrrパッケージのas_matrixの挙動を調べてみました。同関...
> x <- correlate(iris)
Non-numeric variables removed from input: `Species`
Correlation computed with
• Method: 'pearson'
• Missing treated using: 'pairwise.complete.obs'
> class(x) # cor_dfという独自のクラスとなる
[1] "cor_df" "tbl_df" "tbl" "data.frame"
> print(x) # printするとmatrixぽく表示されるが…
# A tibble: 4 × 5
term Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Pet...
<chr> <dbl> <dbl> <dbl> ...
1 Sepal.Length NA -0.118 0.872 ...
2 Sepal.Width -0.118 NA -0.428 ...
3 Petal.Length 0.872 -0.428 NA ...
4 Petal.Width 0.818 -0.366 0.963 ...
> str(x) # 実際はtermという文字列要素をもつdata.frame
cor_df [4 × 5] (S3: cor_df/tbl_df/tbl/data.frame)
$ term : chr [1:4] "Sepal.Length" "Sepal.Width" ...
$ Sepal.Length: num [1:4] NA -0.118 0.872 0.818
$ Sepal.Width : num [1:4] -0.118 NA -0.428 -0.366
$ Petal.Length: num [1:4] 0.872 -0.428 NA 0.963
$ Petal.Width : num [1:4] 0.818 -0.366 0.963 NA
> as_matrix(x) # 数値matrixに変換
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal...
Sepal.Length NA -0.1175698 0.8717538 0.8...
Sepal.Width -0.1175698 NA -0.4284401 -0.3...
Petal.Length 0.8717538 -0.4284401 NA 0.9...
Petal.Width 0.8179411 -0.3661259 0.9628654 ...
このcor_dfクラスというオブジェクトは、基本的にはdata.fram...
> as.matrix(x) # 4x5の文字列matrixになってしまった
term Sepal.Length Sepal.Width Petal.Leng...
[1,] "Sepal.Length" NA "-0.1175698" " 0.871753...
[2,] "Sepal.Width" "-0.1175698" NA "-0.428440...
[3,] "Petal.Length" " 0.8717538" "-0.4284401" NA ...
[4,] "Petal.Width" " 0.8179411" "-0.3661259" " 0.962865...
それを防ぐため、「cor_dfオブジェクトをmatrixへと、数値デ...
こういう場合は、as.matrixにcor_dfクラス用のメソッドを追加...
ちなみにas_matrixは「cor_dfクラス以外には普通のas.matrix...
> y <- data.frame(a = 1:3, b = 4:6)
> print(y)
a b
1 1 4
2 2 5
3 3 6
> as.matrix(y)
a b
[1,] 1 4
[2,] 2 5
[3,] 3 6
> as_matrix(y)
UseMethod("as_matrix") でエラー:
'as_matrix' をクラス "data.frame" のオブジェクトに適...
混同して使ってしまうとまずいです。 -- &new{2023-02-07 (...
- 検証までしてくださり，本当にありがとうございます．違い...
#comment
**当日0:00:00からの経過時間 [#s1d6d3c5]
>[[asao]] (2022-12-16 (金) 14:26:56)~
~
こんにちは~
素人質問で恐縮ですが時系列データの取り扱いについての質問...
~
現在以下の形式のようなデータを用いて、時刻と使用率の関係...
~
ー－－－－－データー－－－－－－ー－－－－－－－－－－ー...
beginning_time ocp_rate inflow outflow~
2020/6/1 23:58:00 0.023255858 1 0~
2020/6/1 23:59:00 0.893255895 0 1~
2020/6/2 0:00:00 0.023255826 1 2~
2020/6/2 0:01:00 0.103255844 0 0~
2020/6/2 0:02:00 0.045255836 0 1~
2020/6/2 0:03:00 0.113255814 2 0~
ー－－－－－データー－－－－－－－－－－－－－－－－－－...
そこで新たに~
その日付の深夜0時（1行目でいうと2020/6/1 00:00:00）~
からの経過時間（分）を示す行を追加したいと考えております。~
~
どのように計算すればよいでしょうか。~
~
今のところ、各日付の00:00:00を示す行を追加して、beginning...
ご教授いただけますと幸いです。~
//
- 経過時間（分）の「列」、ということでよいでしょうか？い...
もとのデータテーブルの仕様がわからないので、とりあえず文...
dat <- matrix(c(
"2020/6/1 23:58:00", "0.023255858", "1", "0",
"2020/6/1 23:59:00", "0.893255895", "0", "1",
"2020/6/2 0:00:00", "0.023255826", "1", "2",
"2020/6/2 0:01:00", "0.103255844", "0", "0",
"2020/6/2 0:02:00", "0.045255836", "0", "1",
"2020/6/2 0:03:00", "0.113255814", "2", "0"),
byrow = TRUE, ncol = 4)
colnames(dat) <- c("beginning_time", "ocp_rate", "inflow...
time <- as.POSIXlt(dat[, "beginning_time"],
format = "%Y/%m/%d %H:%M:%S")
h <- as.numeric(format(time, "%H"))
m <- as.numeric(format(time, "%M"))
elapsed <- h * 60 + m
dat <- cbind(dat, elapsed = elapsed)
print(dat)
今回ご質問の作業「だけ」をするなら、sub関数などで時:分だ...
- ご回答、ありがとうございます。
頂いた回答をもとに、解決することができました。
as.numeric(format(time, "%H")) という書き方で、POSIXltの...
勉強になります。 -- [[asao]] &new{2022-12-16 (金) 16:58:5...
- 解決してよかったです。フォーマットの記述様式については...
#comment
**３つの係数により変化する関数を、３次元空間で、色の濃淡...
>[[okadasan]] (2022-12-13 (火) 15:32:33)~
~
お世話になっております。~
まだまだ、Ｒは初心者です。~
http://okadasan.com/S_P.R~
と言う関数を作りました。~
~
p[r0,gamma,a]と言う関数が、~
r0とgammaとaの変化で変わって行っているのがわかると思いま...
ここで、r0をx軸にして、gammaをy軸にして、aをz軸にして、~
３次元空間で、それら３つの係数の変化で決まる関数であるp[r...
そのような事は、Ｒで出来るのでしょうか？~
plot3dで出来るのかなあ、とか、~
別なグラフ関数を持って来るのかなあ、とか、~
あるいは、その所作をコードの何処に入れるのかも~
わかりません。~
どなたか、お教えいただけるとありがたいのですが。~
//
- うーん、言わんとしていることは分かる気がするのですが、R...
- ご提示いただいた関数の意味や内容の可否はわからないので...
library(rgl)
r0 <- 1:20
gamma <- 1:36
a <- 1:100
f <- function(x1, x2, x3) {
# just for example
# not the true "Sound Pressure" function
return((x1 - 10)^2 * abs(x2 - 30) + sin(x3 / 10) * 1000)
}
xs <- expand.grid(r0, gamma, a)
p <- f(xs[, 1], xs[, 2], xs[, 3])
n_col <- 100
i <- round((p - min(p)) / diff(range(p)) * (n_col - 1)) ...
col <- cm.colors(n_col)[i]
plot3d(xs[, 1], xs[, 2], xs[, 3],
xlab = "r0", ylab = "gamma", zlab = "a",
col = col, aspect = FALSE)
関数（f）の定義の部分は、前述のとおりわたしは理解していな...
#comment
**offsetを使った混合モデルにlmerTest::difflsmeans()関数を...
>[[noname]] (2022-09-04 (日) 17:59:16)~
~
lmer()関数でoffsetを指定した混合モデルにlmerTest::difflsm...
以下で再現すると思います．~
~
library(lmerTest)
data("cake", package="lme4")
cake2 <- data.frame(cake,os = round(cake$temp/cake$angle...
model <- lmer(angle ~ recipe * temp + (1|recipe:replicat...
model2 <- lmer(angle ~ recipe * temp + (1|recipe:replica...
anova(model)
anova(model2)
difflsmeans(model)
difflsmeans(model2) # オブジェクト 'os'がありませんとい...
~
~
sessionInfo()
R version 3.6.3 (2020-02-29)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS 10.16
Matrix products: default
BLAS: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Res...
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Res...
locale:
[1] ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/C/ja_JP.UTF-8/ja...
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets me...
other attached packages:
[1] lmerTest_3.1-3 lme4_1.1-27.1 Matrix_1.2-18 dbscan_...
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Rcpp_1.0.9 compiler_3.6.3 pillar_1.8.1...
[8] tibble_3.1.8 nlme_3.1-144 gtable_0.3.0...
[15] DBI_1.1.1 dplyr_1.0.9 generics_0....
[22] R6_2.5.1 fansi_1.0.3 minqa_1.2.4...
[29] MASS_7.3-51.5 splines_3.6.3 assertthat_...
~
stackexchangeやマニュアルを調べたものの，そもそもlmer()関...
一番近い例：https://stats.stackexchange.com/questions/889...
~
%%※投稿における注意事項に記載されているユーザ名の求め方が...
%% http://www.okadajp.org/RWiki/?%E6%8A%95%E7%A8%BF%E3%81...
修正しました．
//
- 開発元にissueを立てました．動きがありましたらご報告いた...
- 自己レスです． -- [[noname]] &new{2022-09-06 (火) 20:15...
offsetはformuraの中に入れるのではなく，別の引数として指定...
lmerTestパッケージのマニュアルにlmerでのoffset使用例がな...
誠に申し訳ございません．
library(lmerTest)
data("cake", package="lme4")
cake2 <- data.frame(cake,os = round(cake$temp/cake$angle...
model2 <- lmer(angle ~ recipe * temp + (1|recipe:replica...
anova(model2)
difflsmeans(model2) # エラーは出ない
- お疲れさまです。こうした問題解決の記録が残ることでいつ...
#comment
**brm関数でエラーが起きてしまいます [#rcf07b43]
>[[花椒報告]] (2022-09-02 (金) 13:10:19)~
~
result<- brm(~
formula = sales ~ weather + temperature,
family = gaussian(),
data = d,
seed = 1
)~
~
を実行すると、~
~
Error in compileCode(f, code, language = language, verbos...
C:\rtools42\x86_64-w64-mingw32.static.posix\bin/ld.exe:
~
（以下、10行くらいにわたる長いエラー文）~
が出てしまいます。~
~
library(rstan)~
library(brms)~
は無事できています。~
~
環境は~
R version 4.2.1 (2022-06-23 ucrt)~
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)~
Running under: Windows 10 x64 (build 22000)~
~
です。~
~
どのように対処すればよいでしょうか？~
//
- 追記です。 pkgbuild::has_build_tools(debug = TRUE) の...
- 自己解決しました。 一応報告しておきますと、rstanパッケ...
- 2.19.3をインストールしなおすと、うまくいきました -- [[...
#comment
**rasterパッケージのcropオブジェクトの使い方について [#s9...
>[[てくてく]] (2022-08-23 (火) 16:18:12)~
R version 4.2.1 (2022-06-23 ucrt)~
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)~
Running under: Windows 10 x64 (build 19044)~
~~
DEMの描画や、切り取りについて勉強中です。試しに、rasterパ...
~~
r <- raster(nrow=45, ncol=90)~
values(r) <- 1:ncell(r)~
e <- extent(-160, 10, 30, 60)~
rc <- crop(r, e)~
~
を実行してみたのですが、rcのextentはeで指定した値ではなく...
crop後のextentの値が、cropの範囲（上記のe）で指定した値に...
//
#comment
**パッケージ自動起動設定の削除方法について [#i063580f]
>[[ん]] (2022-08-04 (木) 14:18:29)~
~
Mac book air (2018, Intel) OS MontereyでRを使用しています...
EZRが必要になり、頒布元が提示してくださっている手順に従っ...
~
options(Rcmdr=list(plugins='RcmdrPlugin.EZR'))~
library(Rcmdr)~
local({~
old <- getOption('defaultPackages')~
options(defaultPackages = c(old, 'Rcmdr'))~
})~
~
しかしその後Rstudioを使用するようになり、Rstudio起動→Rに...
~
options関数について調べてみましたが情報が少なく、~
options(defaultPackages = c(getOption('defaultPackages')))~
と入れてみましたが、自動起動設定は変わりませんでした。~
~
起動時設定を初期化する方法はありますでしょうか？~
ご教授いただければ幸いです。~
//
- 単に.Rprofileファイルを削除するなり、上記の行をすべてコ...
- もしかしたら.Rprofileの仕組み自体に慣れていらっしゃらな...
- お返事いただいたお二方、ありがとうございます。 -- [[ん]...
- ご指摘の通りR初心者で、.Rprofileそのものをよく知らずに...
#comment
**モンテカルロ検定 [#xb4bcaa3]
>[[はえ]] (2022-07-28 (木) 23:27:37)~
~
各⾃に割り当てられた、個体の区画ごとの個体数のデータを使...
データ~
2，0,0,5,0,0,0,3,4,18,0,3,2,6,0,4,0,2,0,3,3,9,5,0,0，15，...
総個体数＝156 区画数＝67~
//
- 課題なのですが検定統計量の使い方などがわかりません。 --...
- 課題なのですが検定統計量の使い方などがわかりません。 --...
#comment
**剤投与状況の見える化のためのデータ加工 [#pb421e47]
>[[shima]] (2022-06-02 (木) 10:57:46)~
~
患者毎の薬剤投薬状況の一覧を、見やすい形で提示したいので...
データの加工方法についてアドバイス頂けませんでしょうか？...
~
元のデータ~
患者ID, 薬剤名, 投与量, 診断日, 投与日(診断日からの経過日...
1111, drugA, 3, 2022/1/1, day2~
1111, drugA, 2, 2022/1/1, day4~
1111, drugA, 5, 2022/1/1, day8~
1111, drugB, 1, 2022/1/1, day1~
1111, drugB, 2, 2022/1/1, day4~
1111, drugB, 1, 2022/1/1, day5~
1111, drugB, 3, 2022/1/1, day6~
1112, drugA, 7, 2022/1/7, day5~
1112, drugA, 5, 2022/1/7, day8~
1112, drugA, 2, 2022/1/7, day32~
・~
・~
・~
~
最終的に提示したい形~
患者ID, 薬剤名, 診断日, （投与日毎の投与量）day0,day1,day...
1111, drugA, 2022/1/1, 0,0,3,0,2,0,0,0,5,0,0,0,0,・・・・~
1111, drugB, 2022/1/1, 0,1,0,0,2,1,3,0,0,0,0,0,0,・・・・~
1112, drugA, 2022/1/7, 0,0,0,0,0,7,0,0,5,0,0,0,0,・・・・~
~
上記の最終的に提示したい形は、エクセルで見る場合に見やす...
//
- うーん、ご自身で例示されているかたちで、とりあえず「患...
「ネットや本Wikiで検索しても」という行動をされているから...
個人的には、上記の例がどの程度、実データに即した例なのか...
- コメントありがとうございます。患者数も薬剤名もかなり多...
#comment
**R-Tipsウェブサイト [#x9b8bbed]
>[[山本]] (2022-05-18 (水) 12:10:24)~
~
R-Tipsのウェブサイト（http://cse.naro.affrc.go.jp/takezaw...
//
#comment
**RjpWiki内で検索すると文字化けをする件 [#w56bc7ac]
>[[かず]] (2022-04-03 (日) 08:56:09)~
~
Rjpwiki内で特定の語句を検索しても文字化けで見れません(？...
対処方法をご教授いただけると助かります~
Microsoft EdgeやSafariいずれもです。~
//
- 「検索しても」というのは、サイト上部のヘッダの「検索」...
取り急ぎ、Googleのサイト内検索は機能するので、そちらで検...
（Google検索時に「 site:http://www.okadajp.org/RWiki/」を...
それとも、そうした「ただのサイト内検索」ではなく、あくま...
- ありがとうございました！！試してみます！ -- [[かず]] &n...
#comment
**openxlsx パッケージによる Excelファイルの編集 [#fc5dac4b]
>[[ずっと初心者]] (2021-12-28 (火) 11:36:13)~
~
Windows10 で Rを使っています。~
openxlsx パッケージを使って Excelファイル の読み書きをし...
修正後のファイルでは 修正前に入力してあった日本語の文字列...
対処法をご存知の方がいらっしゃいましたら ご教示ください。~
options(encoding="UTF-8")
wb <- openxlsx::loadWorkbook("sample1.xlsx")
openxlsx::addWorksheet(wb, "A new worksheet")
openxlsx::writeData(wb = wb, sheet = 1, x = "え", start...
openxlsx::saveWorkbook(wb, "sample1_mod.xlsx", overwrit...
&ref(sample1.xlsx);
&ref(sample1_mod.xlsx);
>使用環境は下のとおりです。~
> sessionInfo()
R version 4.1.2 (2021-11-01)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 19043)
Matrix products: default
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Jap...
[3] LC_MONETARY=Japanese_Japan.932 LC_NUMERIC=C ...
[5] LC_TIME=Japanese_Japan.932
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets me...
loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_4.1.2 tools_4.1.2 Rcpp_1.0.7 stringi...
[5] zip_2.2.0 openxlsx_4.2.5
//
- 直接の解決になっていなくて恐縮なのですが、当方のUbuntu1...
関係あるかは定かでないですが、当方の環境だとlocaleまわり...
> strsplit(Sys.getlocale(), ";")[[1]]
[1] "LC_CTYPE=ja_JP.UTF-8" "LC_NUMERIC=C" ...
[3] "LC_TIME=ja_JP.UTF-8" "LC_COLLATE=ja_JP.UTF-...
[5] "LC_MONETARY=ja_JP.UTF-8" "LC_MESSAGES=ja_JP.UTF...
[7] "LC_PAPER=ja_JP.UTF-8" "LC_NAME=C" ...
[9] "LC_ADDRESS=C" "LC_TELEPHONE=C" ...
[11] "LC_MEASUREMENT=ja_JP.UTF-8" "LC_IDENTIFICATION=C"
取り急ぎの参考情報まで。 -- &new{2021-12-28 (火) 19:58:3...
- ご返信ありがとうございます。 Sys.setlocale("LC_ALL", "j...
- なるほど...。そういえば以前Windows版ユーザだったころ、R...
- 上記と同じ者です。たしかにWindowsだと、質問者さんのコー...
> options(encoding="UTF-8")
> wb <- openxlsx::loadWorkbook("sample1.xlsx")
警告メッセージ:
readLines(x, warn = FALSE, encoding = "UTF-8") で:
入力コネクション 'C:/Users/xxx/AppData/Local/Temp/Rtm...
ちなみにoptionsでUTF-8を指定しなかった場合でも、エラーは...
> wb <- openxlsx::loadWorkbook("sample1.xlsx")
substring(x[ind], so, eo) でエラー:
'<83><e3><82>ｯ"/>' に不正なマルチバイト文字があります
- 理屈はイマイチ納得がいきませんが、とりあえず対処法とし...
> Sys.setlocale("LC_ALL", "English")
[1] "LC_COLLATE=English_United States.1252;LC_CTYPE=Engl...
> strsplit(Sys.getlocale(), ";")[[1]]
[1] "LC_COLLATE=English_United States.1252"
[2] "LC_CTYPE=English_United States.1252"
[3] "LC_MONETARY=English_United States.1252"
[4] "LC_NUMERIC=C"
[5] "LC_TIME=English_United States.1252"
> wb <- openxlsx::loadWorkbook("sample1.xlsx")
> openxlsx::addWorksheet(wb, "A new worksheet")
> openxlsx::writeData(wb = wb, sheet = 1, x = "え", star...
> openxlsx::saveWorkbook(wb, "sample1_mod.xlsx", overwri...
結果、Linuxで出力されたのと同様の、文字化けのないsample1_...
結局は日本語の932系エンコーディングが悪いことをしているっ...
- 色々と試してくださり ありがとうございます。こちらの環境...
- 解決法をご提示くださり ありがとうございます。試してみま...
- Sys.setlocale("LC_ALL", "English") で うまくいきました...
- そちらでもうまく動いたようで良かったです。安心しました...
- optionsでUTF-8を指定すると失敗するというご指摘の通り，...
Sys.setlocale("LC_ALL", "English")
wb <- openxlsx::loadWorkbook("sample1.xlsx")
openxlsx::addWorksheet(wb, "A new worksheet")
openxlsx::writeData(wb = wb, sheet = 1, x = "え", start...
openxlsx::saveWorkbook(wb, "sample1_mod.xlsx", overwrit...
- ぬーん、ややこしいもんですねぇ（笑）勝手なイメージとし...
#comment
**反イメージ相関係数について [#c4d54729]
>[[ともちゃん]] (2021-12-04 (土) 15:43:31)~
~
Rで反イメージ相関係数を計算したいのですがわかりません。~
SPSSでの反イメージ相関係数の出力結果のような感じなのをRで...
//
- 不勉強で反イメージ相関係数という言葉をはじめてお聞きし...
- http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/lecture/PFA/pfa8.html ...
- でしたらそのまま、偏相関係数を計算してマイナス符号をつ...
#comment
**パッケージのインストールができない [#g0fbfb35]
>[[もいくんとぅ]] (2021-08-21 (土) 21:38:06)~
~
Rコマンダー、EZR、その他の必要なパッケージがインストール...
~
使用OSは、Mac Book Pro 15inch Mid 2009 Mac 、Mac OS X Lio...
Rのバージョンは、R-3.2.1-snowleopard.pkg~
~
①CRANのホームページからインストーラーをダウンロードしイン...
②XQuartzプロジェクトからX11システムをインストール済みです...
③Rというアプリケーションを開き、install.packages("RcmdrPl...
~
【警告: リポジトリー https://ism//cran.ism.ac.jp/src/cont...
~
CRANミラーをJapan(Tokyo),Japan(Yonezawa)に変更して試して...
~
解決方法をお願い致します。~
//
#comment
**datasetsがありません [#g8a6f17a]
>[[Rビギナー]] (2021-08-20 (金) 01:35:36)~
~
コマンダーにおいて、パッケージ内のデーター→アタッチされた...
//
- 初歩的な問題でした。テキスト付属のCDROMからアクセスでき...
- そういう問題でしたか。解決されてよかったです。ご自身で...
- コメントありがとうございました。後からわかったのですがR...
#comment
**多変量正規分布の積分について [#ide39545]
>[[よしの]] (2021-07-07 (水) 15:59:48)~
~
多変量正規分布の積分を行いたいのですが，使用できる関数が...
~
正規分布（1変量）の場合，~
f_n <- function(x) dnorm(x, myu, sigma)
integrate(f_n, -Inf, Inf)
で計算でき，このような例はいくつかのサイトに示されていま...
この1変量の場合と同様に，多変量でも積分を行いたいです．~
~
実際に試したいのは，3変量の場合で~
f_mv <- function(x1, x2, x3) dmvnorm(cbind(x1, x2, x3), m...
と，関数を定義して~
これをx1, x2, x3について積分したいのですが，integrateを用...
~
他の方法でも良いので，なにか情報いただければと思います．~
よろしくお願いします．~
~
RStudio ver 1.3.1093~
//
- cubatureパッケージを使うのが簡単そうですが、数値積分の...
library(cubature)
library(mvtnorm)
Mu <- c(0, 1, 2)
Sigma <- diag(length(Mu))
f_mv <- function(x) { dmvnorm(x, mean = Mu, sigma = Sigm...
hcubature(f_mv, c(-3, -2, -1), c(1, 2, 3))
パッケージのヘルプとVignetteを読んで使ってみてください。...
- 情報ありがとうございます．いくつかの分布に対して処理を...
#comment
**プロビット分析の仮定 [#sf6abc04]
>[[まるせん]] (2021-06-29 (火) 18:13:37)~
~
被説明変数に0,1の指標、説明変数に４項目程度の連続データで...
Rでglmを使って無事モデルは構築できたのですが、右辺の被説...
そもそも右辺の被説明変数には標準正規分布の仮定を置いてい...
これ読んどけ、というレポートを教えていただけるだけでもう...
~
お願いします。~
//
- 右辺の被説明変数（？）云々のあたりがよく分かりませんが...
#comment
**両対数目盛での回帰直線 [#xe0feb6d]
>[[つぐ太郎]] (2021-06-19 (土) 15:47:10)~
~
年齢と死亡率が普通メモリグラフでは曲線ですが、両対数目盛...
age <- c(20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, ...
mortality <- c(2, 5, 10, 20, 25, 37, 60, 80, 133, 190, 28...
plot(mortality ~ age, log = "xy")~
If <- glm(mortality ~ 1 + age)~
cf <- If$coefficients~
curve(cf[1] + cf[2] * x, from = 20, to = 80, col = "blue"...
//
- まぁ、出来合いの便利な関数や機能でやる方法もあるでしょ...
「両対数グラフで直線になる」ということは「ageのlogとmorta...
rslt <- lm(log10(mortality) ~ log10(age))
summary(rslt)
としてやればよいわけです。
cf <- coef(rslt)
par(mfrow = c(1, 2))
for (l in c("", "xy")) {
plot(mortality ~ age, log = l)
lines(age, 10 ^ (cf[1] + cf[2] * log10(age)))
}
- 明快にありがとうございます -- [[つぐ太郎]] &new{2021-06...
#comment
**Rtoolsのパスが開けません [#x9a472fd]
>[[KF]] (2021-04-10 (土) 20:44:50)~
~
以下を参考にrstanをダウンロードしようとしています。~
http://www.eeso.ges.kyoto-u.ac.jp/emm/materials/bayesian/...
rstan自体はダウンロード出来たのですが、rstanを使用するた...
~
コード~
writeLines('PATH="${RTOOLS40_HOME}\\mingw64\\bin;${RTOOLS...
警告メッセージ: ~
file(con, "w") でエラー: コネクションを開くことができま...
追加情報: 警告メッセージ:
file(con, "w") で:
ファイル 'C:/Users/*****/OneDrive/??????/.Renviron' を...
~
上のリンクでは「RでHomeとして使っているディレクトリ（デフ...
~
Rtoolsの設定がうまくいっていないせいか、rstanを起動しても...
プロシージャエントリポイント EXTPTR_PTRがダイナミックリン...
~
操作環境は以下の通りです。~
R version 4.0.0 (2020-04-24)~
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)~
Running under: Windows 10 x64 (build 19042)~
~
解決方法をご教示いただけると幸いです。~
よろしくお願いいたします。~
//
- 直接の解決策でなくすみません。~
知り合いのPCをセットアップした際、「起動ディレクトリがOne...
.Rprofile問題の際は、OneDriveでないユーザホーム直下にファ...
- コメント頂きありがとうございます。OneDriveではない場所...
- R, Rstudio, Rtoolすべてアンインストールし、再インストー...
#comment
**read.table()で部分的に文字化けしてしまう [#jc87185b]
>[[Gorou]] (2021-04-07 (水) 20:41:39)~
~
質問です。"UTF-8"ファイルの読み込み時に文字化けしてしまい...
（Wikiの記法に不慣れな点はお許し願います。)~
~
read.table()での文字化けは非常にありがちな質問ですが、~
~
"read.table()"で読み込んだデータが"「部分的に」文字化け"...
~
困っています。~
~
具体的には次のような症状です。~
以下のデータファイルを読み込みたいのですが、~
[data.tsv] (TSV形式、UTF-8、BOMなし）
Age Group Class DBH_mean DBH_sd
31 すべて 全立木 17.9 4.34
31 すべて 生立木 17.9 4.34
31 すべて 残存木 17.9 4.34
36 すべて 全立木 20.0 4.92
36 すべて 生立木 20.0 4.92
36 すべて 残存木 20.0 4.92
41 すべて 全立木 21.9 5.59
41 すべて 生立木 21.9 5.56
41 すべて 残存木 21.9 5.56
~
>df <- read.table("test.tsv",sep="\t",header=TRUE,skip=0...
>head(df)
~
とすると、~
~
Age Group Class DBH_mean DBH_sd X
1 31 すべて \u5168\u7acb\u6728 17.9 4.34 NA
2 31 すべて \u751f\u7acb\u6728 17.9 4.34 NA
3 31 すべて \u6b8b\u5b58\u6728 17.9 4.34 NA
4 36 すべて \u5168\u7acb\u6728 20.0 4.92 NA
5 36 すべて \u751f\u7acb\u6728 20.0 4.92 NA
6 36 すべて \u6b8b\u5b58\u6728 20.0 4.92 NA
("\"はバックスラッシュ）
~
となり、「Group」のカラムは文字化けしないのに、「Class」...
このような中途半端な文字化けは、いろいろググって見たので...
~
また、DBH_sd の右に "X"のカラムができてしまうのも不可解で...
~
TSVをCSVにしたり、ファイル形式をShift-JISにして fileEncod...
おまじないにと,stringAsFactorsをTRUEにしたりFALSEにしても...
~
環境はWindows10 64bit Pro、Rのバージョンは64bitの4.0.4、R...
~
どなたか解決方法をご教示いただけましたら幸いです。何卒よ...
//
- とりあえず列が増えるのは、単に行末の余計なタブのせいで...
~
つぎにClassの列の現象ですが……文字化けというよりは、UTF-8...
~
なぜそんなことになってるかについては……難しいですねぇ。可...
--その列のデータだけ何か理由があって、read.tableがおかし...
--read.tableはできてるんだけど、それを表示するメソッドpri...
--じつはもとのデータもUTF-8のコード直書きみたいな変な形式...
- exampleファイルです -- [[Gorou]] &new{2021-04-09 (金) 1...
- 済みません、操作ミスです（削除方法を勉強中です…） -- [[...
-- 列が増えるのは、余計な半角スペースが入っていたためでし...
-- オリジナルのデータは、RStudio、秀丸エディタ、notepad++...
-- (ubuntuで）nkf -g test.tsv とするとUTF-8が帰ってきます...
-- 度々済みません。根本的な解決策ではないのですが、"read....
- 確認ですが、このページに添付されたtest_utf8.tsvというフ...
> df <- read.table("test_utf8.tsv", sep = "\t", header =...
> head(df)
Age Group Class D_mean H_mean N G V
1 31 すべて 1)間伐前 17.9 12.3 1535 40.95 260.0
2 31 すべて 2)間伐後 17.9 12.3 1535 40.95 260.0
3 36 すべて 1)間伐前 20.0 14.9 1535 51.33 393.1
4 36 すべて 2)間伐後 20.0 14.9 1535 51.33 393.1
5 41 すべて 1)間伐前 21.9 16.6 1535 61.40 517.8
6 41 すべて 2)間伐後 21.9 16.6 1530 61.36 517.6
なおこちらは、R version 4.0.4 on Ubuntu 16.04 LTSをbash上...
- （最初に提示されたデータと列などが違うので、別のデータ...
- 確認ですが、このページに添付されたtest_utf8.tsvというフ...
> はい、その通りです。データを確認していただき、ありがと...
理由はさっぱり分からないのですが、Rを4.0.4から4.0.5にアッ...
違う点としては4.0.5は管理者として、4.0.4は一般ユーザとし...
（管理者だとC:\Program Files\R\R-4.0.5に、一般ユーザだとC...
それにしても、元のデータは
> すべて 全立木
であるのに「文字化け」状態だと
> すべて \u5168\u7acb\u6728
と部分的に化けてしまうと言うのはさっぱり訳が分かりません。
いずれにしても、これまでのデータやスクリプトが問題なく使...
助言をくださったみなさん、どうもありがとうございます。
（ちなみにtidyverseのread_csvも、再確認したところ4.0.5に...
- （返信の編集方法はこれで良かったのかな？みなさん、あり...
#comment
**シミュレーションで確率を見積もりたい [#lba761df]
>[[HO0217]] (2020-12-29 (火) 21:28:39)~
~
「赤札と青札がある。確率1/2でどちらかを引く。~
これを100回繰り返し、赤札を55回以上引く確率を求めよ。」~
という問題を解くため、正規分布に近似して確率を求めると、~
15.87%でした。~
(これは私の計算結果で、答えは知りません。あってるとは思い...
~
~
近似ではなく、二項分布で計算してみようと思い、~
以下のコードで確率を計算すると、約18.41%(出力は0.1841008)...
近似とはやや違う結果となりました。~
tmp_nu<-0~
n_nu<-100~
k_nu<-55~
for(i in k_nu:n_nu){~
tmp_nu<-(
choose(n_nu,i)*(1/2)^(i+(100-i))
)+tmp_nu
}~
tmp_nu~
~
~
次に、シミュレーションで確率を見積もるために以下のコード...
出力は0.13554となりました。~
~
simu_0_nu<-100 #100枚引く。~
simu_1_nu<-1000000 # 何セット試すか。~
result_0_ve<-rep(NA,simu_0_nu)~
result_1_ve<-rep(NA,simu_0_nu)~
result_2_ve<-rep(F,simu_1_nu)~
set.seed(123)~
for(i in 1:simu_1_nu){~
for(j in 1:simu_0_nu){
result_0_ve<-rnorm(simu_0_nu,0,1) #平均0の正規分布は確...
result_1_ve<-result_0_ve>0 #0を越えたら真
}
result_2_ve[[i]]<-sum(result_1_ve)#真の数を数える
}~
~
sum(result_2_ve>55)~
sum(result_2_ve>55)/simu_1_nu~
~
~
ちなみに、set.seed(123)を~
set.seed(777)にすると0.135447~
set.seed(789)にすると0.136265~
set.seed(111)にすると0.136006~
set.seed(222)にすると0.135414~
となりました。~
どうやら偶然ではなく、私がシミュレーションに使ったコード...
他の計算よりも小さい値になっているようです。~
~
何が原因でシミュレーションと二項分布の計算でこんなにも違...
~
わかる方がいらっしゃいましたら、教えてくださると助かりま...
よろしくお願いいたします。~
//
- 55を含むかどうかの差ではないのですか？ -- &new{2020-12...
> set.seed(1)
> N <- 1000000
> n <- replicate(N, {sum(rnorm(100) > 0)})
> sum(n > 55) / N
[1] 0.135948
> 1 - pbinom(55, 100, 0.5)
[1] 0.1356265
> sum(n >= 55) / N
[1] 0.184649
> 1 - pbinom(54, 100, 0.5)
[1] 0.1841008
- ありがとうございます。全く気が付きませんでした。 -- [[H...
#comment
**所感 [#y895d2fe]
>[[元Rユーザー]] (2020-12-27 (日) 22:33:22)~
~
全盛期とは比較にならないほどの過疎ぶりですね・・・時代は...
//
- ここは初心者に辛辣なコメントが多いのも一因かなぁと。sla...
- 「一時のような辛辣なコメントが減って落ち着いたので、良...
#comment
**パネルデータ分析における警告メッセージ（重複エラー？） ...
>[[R初心者]] (2020-11-08 (日) 22:39:38)~
~
パネルデータでplm分析を行ってますが、下記のメッセージが出...
~
警告メッセージ: ~
1: pdata.frame(data, index) で: ~
duplicate couples (id-time) in resulting pdata.frame
to find out which, use e.g. table(index(your_pdataframe)...
2: is.pbalanced.default(index[[1]], index[[2]]) で: ~
duplicate couples (id-time)
~
恐らく重複エラーなのかもしれませんが、下記を見ると年次な...
~
コード PBR 業種コントロール 年次 `1人当たり単体人件...
<chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> ...
1 T1301 0.915 0.630 2019 5.87 ...
2 T1301 0.908 0.618 2018 5.88 ...
3 T1301 0.872 0.644 2017 6.18 ...
4 T1301 0.867 0.678 2016 6.15 ...
//
#comment
**急ぎで知りたいです。 [#k20d893a]
>[[Rビギナー]] (2020-10-28 (水) 01:22:23)~
~
SVM実装の際に、package(kernlab)を使用しています。ksvm関数...
~
SVM <- ksvm( data_Mic.dummy ~AveMaxTemp7+TP1yp+TN1yp+AveW...
data=data_Mic,
kernel ="rbfdot", #カーネル関数の設定
kpar=list(sigma=0.2), #カーネル関数のパラメ...
C=1,
cross=10)
.local(x, ...) でエラー: ~
No Support Vectors found. You may want to change your p...
追加情報: 警告メッセージ:
.local(x, ...) で: 強制変換により NA が生成されました
//
#comment
**Rで複数の関数のセットをループしたい。 [#u1756c69]
>[[R初心者]] (2020-10-20 (火) 12:55:09)~
~
R初心者で色々わかっていないので、質問の仕方が間違ってたら...
Rで関数の処理を行いたいのですが、~
~
解析結果のデータは~
~
dds <- 解析結果~
~
に格納しました。~
その大量のデータの中で図示したい５つだけをリストアップし~
dataという下記のようなデータフレームを作りました。~
~
name ID~
1 aaaaa 001~
2 bbbbb 002~
3 ccccc 003~
4 ddddd 004~
5 eeeee 005~
~
処理したい関数が下記のように３つでpng→plotCount→dev.offで...
~
図示したいのが1つであれば~
png("aaaaa.png")~
plotCounts(dds, gene="001", intgroup="condition" )~
dev.off~
~
でデータフレームの一行目のものが図として保存されます。~
ですが連続してdataの二行目、三行目...と自動でループ処理さ...
forやlapplyなどを試したのですが、引数がnameとIDの二つとい...
~
どなたかお詳しい方に上記の関数でpng→plotCount→dev.off→png...
~
よろしくお願いします。~
//
- データフレームの中身をループで取得してください
for(i in 1:nrow(dds)){
name_ <- dds$name[i];
ID_ <- dds$ID[i]
}
ループの中でpng, plotCount, dev.offを順次呼び出せば動くと...
-- &new{2020-10-23 (金) 11:55:09};
- ありがとうございます。 -- [[R初心者]] &new{2020-11-06 (...
#comment
**回帰直線 (RMA) の描き方と統計情報の出し方等について [#b...
>[[うみねこ]] (2020-07-24 (金) 22:13:58)~
~
R version 3.6.1 (2019-07-05)~
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)~
Running under: Windows 10 x64 (build 18363)~
~
回帰直線の描き方と、その統計情報の出し方について、教えて...
９列×６行の表があり、その２列目（length）と６列目(weight)...
出来たら、95％予測区間や95％信頼区間等についても出し方を...
どうぞご教授よろしくお願いいたします。~
~
data<- read.table('body.txt', header=T)~
row.names(data)=data[,1]~
length <- setNames(log(data[,2]),data[,1])~
weight <- setNames(log(data[,6]),data[,1])~
model <-gx.rma(length,weight)~
model~
//
- 実際の data がどういうものかわからないので，適当にいか...
> set.seed = 1234567
> data = as.data.frame(matrix(runif(54), 6, 9))
> data[,1] = letters[1:6]
> row.names(data)=data[,1]
> length <- setNames(log(data[,2]),data[,1])
> weight <- setNames(log(data[,6]),data[,1])
> model <-gx.rma(length,weight)
Reduced Major Axis for length and weight
Means = -1.05 -0.679
SDs = 0.7428 0.8641
Corr = 0.5295
N = 6
Fit = 28%
SE 95% CLs
Slope = 1.163 0.4028 0.1277 <-> 2.199
Intercept = 0.5422 0.518067 -0.7895 <-> 1.874
Accept hypothesis that RMA is (0,1)
> model
$n
[1] 6
$mean
[,1] [,2]
[1,] -1.049833 -0.6789889
$sd
[,1] [,2]
[1,] 0.7428316 0.8640773
$corr
[1] 0.5295494
$a0
[1] 0.5421989
$a1
[1] 1.163221
$sea0
[1] 0.5180675
$sea1
[1] 0.4028333
他の人が追試できるように質問すべし。 -- &new{2020-07-26 ...
- すみません。質問が下手で、大変失礼いたしました。データ...
- > 関数 "gx.rma" を見つけることができませんでした&br;っ...
- install.packages("rgr") をしていないのが原因でした。確...
- > 最小二乗法と同じように作っているつもりですが&br;どの...
ifplot
if a x-y plot of the independent variables is required...
The plot is equi-scaled and the 1:1 line is added. If ...
よくわからないまま，適当にプログラムを書いてもだめです。...
- はい。gx.rmaには掲載されていません。if plotは、もちろん...
- > それの入力の仕方がわかりません&br;Usage の下に，関数...
Usage
gx.rma(xx1, xx2, x1lab = NULL, x2lab = NULL, log = FALSE...
ifrma = FALSE, ifcoeffs = FALSE, ifform = FA...
あなたの例の場合だと，
gx.rma(length, weight, x1lab="Length(cm)", x2lab="Weight...
のようになる。 -- &new{2020-07-27 (月) 16:27:48};
- ありがとうございます。無事にplotされました。このUsageも...
#comment
**Treatment indicator ('Tr') must be a logical variable--...
>[[catdogcat]] (2020-07-24 (金) 18:20:51)~
~
マッチングを試みましたが下記のエラーが出ました~
~
Treatment indicator ('Tr') must be a logical variable---i...
~
比較する群の変数は因子としてあり 0.1 となっているのです...
解決策がわかりません。~
ご教授お願い致します。~
//
- 実際にあなたが何をやったかが，全くわからない。なのに，...
- 幼稚な質問であり申し訳ございません。確かにlogical varia...
#comment
**Rcppで行列を多次元配列にfor文で代入する [#m2aaf0fb]
> (2020-07-22 (水) 23:44:38)~
~
下記コードをpgm.cppに保存後、Rcpp::sourceCpp("pgm.cpp")で...
test(matrix(c(1,2,3,4),2,2))を実行したのですが1行1列の値...
~
~
#include<Rcpp.h>
#define MAX 100
using namespace std;
// [[Rcpp::export]]
int test(Rcpp::IntegerMatrix mtx){
int matrix[MAX][MAX];
for(int i=0; i < mtx.rows(); ++i){
for(int j=0; j < mtx.cols(); ++j){
matrix[i][j] = mtx(i,j);
}}
return matrix[0][0];
}
//
- やってみたけど，確かに1x1の行列は帰ってこないけど，R が...
#comment
**くの字に曲がるデータプロットの特異点の算出？ [#b8b95798]
>[[がんば]] (2020-07-22 (水) 08:35:12)~
~
昨年はおせわになりました。実験結果をグラフにすると直線状...
動作環境：~
> sessionInfo() ~
R version 4.0.2 (2020-06-22)~
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)~
Running under: Windows 10 x64 (build 18363)~
Matrix products: default~
locale:~
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Japa...
[4] LC_NUMERIC=C LC_TIME=Japanese_Japan...
attached base packages:~
[1] stats graphics grDevices utils datasets met...
loaded via a namespace (and not attached):~
[1] compiler_4.0.2 tools_4.0.2~
//
- Googleで"bent line gression R"で検索すると、Rbentパッケ...
- http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/oresen.html 二本の直線...
- ↑を元に検討してみます。ありがとうございます。 -- [[がん...
- RbentパッケージについてはhelpのExsamplesをいじってみて...
#comment
**R studio でグラフ化した時に日本語文字化けが起こる [#bac...
>[[りょう]] (2020-06-30 (火) 21:38:04)~
~
Rによる多変量解析と言う本でRを動かしているのですが、グラ...
よくわからないのが、"plot", "plotmeans"などでは日本語表示...
~
>jhk <- read.csv('人事評価結果.csv')~
head(jhk, 3)~
|ID|性別|部署|年代|協調性|技能|知識|ストレス|~
|1|M|A部|中堅|70|65|71|53|~
|2|F|B部|熟練|45|62|70|46|~
・・・・・・~
par(family = "HiraKakuProN-W3") #一応これ試してみました~
library(lattice, gplots)~
histogram(~ストレス, data = jhk, breaks = 20, type='count...
xyplot(知識~技能|年代+部署, data=jhk) #文字化けする~
plotmeans(協調性~性別, data=jhk, p=0.95, ylim=c(49, 54)) ...
~
・macOS Catalina バージョン10.15.5~
・R studio version 4.0.2 です。この前に使用していたバー...
・CSVファイルはUTF-8で保存されています。~
・par(family = "HiraKakuProN-W3") なども試しました。~
~
GoogleやCRAN, マニュアルなどで既に調べたのですがわからず...
//
- ごめんなさい。コードの部分を青くしたり、表形式にしたつ...
- お門違いの場所にアップされ，誰も返事をしない，もう見て...
pdf("test.pdf") # ひつようなら他のパラメータの設定も
histogram(~ストレス, data = jhk, breaks = 20, type='coun...
xyplot(知識~技能|年代+部署, data=jhk) #文字化けしない
plotmeans(協調性~性別, data=jhk, p=0.95, ylim=c(49, 54))...
dev.off()
どんなもんだ？ -- &new{2020-07-14 (火) 14:04:24};
#comment
**ggplot [#bc6d7d37]
>[[ぼう]] (2020-05-14 (木) 12:25:32)~
~
R4.00でggplotを使おうと思っていますが、エラーが出てしまい...
~
次のコマンドを実行すると、下のような結果が出てきてしまい...
> install.packages("ggplot2", dependencies = TRUE)
> library(ggplot2)
> str(iris)
'data.frame': 150 obs. of 5 variables:~
$ Sepal.Length: num 5.1 4.9 4.7 4.6 5 5.4 4.6 5 4.4 4....
$ Sepal.Width : num 3.5 3 3.2 3.1 3.6 3.9 3.4 3.4 2.9 ...
$ Petal.Length: num 1.4 1.4 1.3 1.5 1.4 1.7 1.4 1.5 1....
$ Petal.Width : num 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.4 0.3 0.2 0....
$ Species : Factor w/ 3 levels "setosa","versicolor...
> ggplot(data=iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width))~
ggplot(data = iris, aes(x = Sepal.Length, y = Sepal.Wid...
関数 "ggplot" を見つけることができませんでした
//
- ggplot2 がインストールされていない（OS はなんですか。M...
と，思ったが，Windows でもインストールはコンパイルが必要...
あなたの場合，コンパイルに失敗していると言うことはありま...
- ありがとうございます。Win10を使っています。library(ggpl...
- ありがとうございます。Win10を使っています。library(ggpl...
#comment
**ccf [#y347335b]
>[[show]] (2020-03-10 (火) 12:58:28)~
~
ccf(rw,rw2)と入力した場合、どちらを基準にしてlagを取って...
//
- ? ccf -- "The lag k value returned by ccf(x, y) estimat...
- rw2を基準としているということでしょうか。 -- [[show]] &...
- what? rw2? what do you mean?-- &new{2020-03-11 (水) 22...
- ccf(rw,rw2)の場合、rw２を基準にしてるということでしょう...
- x[t+k] and y[t] -- &new{2020-03-13 (金) 10:12:16};
- なぜ自分で確かめもせず，不毛な質問を続けるのかなあ？~
以下のようなテストデータを作ってみる。ベクトルの長さ n = 10
> set.seed(12345)
> n <- 10
> x <- rnorm(n)
> y <- rnorm(n)
ラグ lag = 2，で ccf してみる
> print(ccf(x, y, lag, plot=FALSE), digits=7)
Autocorrelations of series ‘X’, by lag
-2 -1 0 1 2
0.1416173 0.5327757 -0.2716881 0.2595251 -0.1681542
自分で相互相関係数を計算するときに必要なもの。
> mean.x <- mean(x) # x の平均（全部使う）
> mean.y <- mean(y) # y の平均（全部使う）
> ss.x <- var(x)*(n-1) # x の変動（全部使う）
> ss.y <- var(y)*(n-1) # y の変動（全部使う）
相互相関係数を計算する。lag = 2~
使用するデータベクトル~
x[(lag+1):n]-mean.x つまり，lag+1 から n まで，長さ n-lag...
y[1:(n-lag)]-mean.y つまり，1 から n-lag まで，長さ n-lag...
両者掛け合わせて合計し（部分の共変動だ） sum((x[(lag+1):n...
x，y 両方の全体の変動の積の平方根 sqrt(ss.x * ss.y) で割る
> sum((x[(lag+1):n]-mean.x) * (y[1:(n-lag)]-mean.y) / sq...
[1] -0.1681542
上の ccf の lag = 2 の下に書かれている数値 -0.1681542 と...
つまり，ヘルプに書いている 「x[t+k] and y[t]」というのは...
x[(lag+1):n] と y[1:(n-lag)] どちらを基準にしていますか？~
そんなこと，どっちだっていいじゃないか。 -- &new{2020-03...
#comment
**R のアップデート [#rac7c1ae]
>[[私は誰でしょう？]] (2020-03-01 (日) 21:20:52)~
~
今まで，最新の R にするために（新しもの好きなので）~
あ，見ての通り，Mac ユーザです。~
~
curl https://mac.r-project.org/el-capitan/R-3.6-branch/R-...
~
~
をやっていたのですが，2 ヶ月ほど前から，実行結果が思わし...
つまるところ，件の URL はアクセス不可ということのようで，...
~
念の為~
http://mac.r-project.org/el-capitan/R-3.6-branch/R-3.6-br...
を使えばアップデートは出来ます。~
//
- サイトの方のWAFとかでブロックされているのか, 単なる設定...
curl -O http://mac.r-project.org/el-capitan/R-3.6-branch...
sudo installer -pkg ./R-3.6-branch-el-capitan-signed.pkg...
とかでお茶を濁しては... -- [[何処の誰かは知らないけれど]]...
- 有難うございます。取りあえずは，それで，しのいでみます...
#comment
**連番でファイルを読み込みたいときにファイルに欠番がある...
>[[Rビギナー]] (2020-02-26 (水) 10:12:45)~
~
お世話になります．~
下記のように1～3まで連番のファイルを読み込みたいのですが...
try関数で可能かと思いやってみたのですが，だめでした．~
ご教示ください．~
よろしくお願いいたします．~
~
＝＝ここから~
point <- 1:3 # for文を回す数を設定
for (i in point) {
mypath <- file.path(getwd(), paste0(i,"t2-1.csv"))
df <- assign(paste0("data",i), read.csv(mypath, heade...
df <- data.frame(df)
df
head(df)
df$X <- strptime(df$X,"%Y/%m/%d %H:%M'%S")
head(df)
df$X <- as.POSIXlt(df$X,"%Y/%m/%d %H:%M:%S",tz="GMT0")
head(df)
#https://qiita.com/tktz/items/733c37b1d6102ae52120
library(xts)
df$X <- align.time(df$X-10*60/2,10*60)
head(df)
date = paste0("date",i)
Temp = paste0("Temp",i)
RH = paste0("RH",i)
colnames(df) <- c(date,Temp,RH)
head(df)
mypath <- file.path(getwd(), paste0(i,"t1.csv"))
write.csv(df,mypath)
}
//
- insert 1 sentence. -- &new{2020-02-26 (水) 10:46:10};
mypath <- file.path(getwd(), paste0(i,"t2-1.csv"))
if (! file.exists(mypath)) next
- or -- &new{2020-02-26 (水) 11:09:20};
files = list.files(getwd(), pattern="[0-9]*t2-1.csv")
for (f in files) {
# describe what you want to do
}
- お二人の方，ありがとうございました．おかげさまでうまく...
- お二人の方，ありがとうございました．おかげさまでうまく...
#comment
**時系列 [#h477736a]
>[[マリン]] (2020-02-23 (日) 10:13:04)~
~
２つの時系列のデータ（約８０個）の相関（どのくらい類似性...
見たいのですが、方法を教えてください。~
//
- まずはググってみて，それからにしなさい -- &new{2020-02...
- ？ -- [[マリン]] &new{2020-02-24 (月) 07:45:37};
#comment
**固定効果を用いた回帰線 [#s967c99e]
> (2020-02-14 (金) 14:34:30)~
~
Book1というcsvファイルのデータを用いてGLMMによる解析を行...
csvファイルおよび解析を行ったスクリプトをBook1GLMMという...
よろしくお願いいたします。~
//
- do! just shown as article '2020-01-30 (木) 12:37:42' t...
data <- read.csv("Book1.csv")
data
# update.packages
# install.packages("lme4")
library(lme4)
par(family = "HiraKakuProN-W3")
model1 <- glmer(POMN ~ log(siltclayN) + (1 | Place), fam...
summary(model1)
place = c("HA", "TN", "OG", "YN", "KG", "WA", "AS") # デ...
place2 = c("半田山", "田野", "小川", "与那", "上賀茂", "...
pch = c(25, 18, 17, 16, 15, 9, 8)
col = c("black", "red", "cadetblue", "magenta", "brown",...
plot(data$siltclayN, data$POMN, pch = rep(pch, each = 5)...
legend("bottomright", legend = place2, pch = pch, col = ...
xx <- seq(min(data$siltclayN), max(data$siltclayN), leng...
# yy <- exp(1.1136 + 0.4651 * xx) # そもそも間違い
# lines(xx, yy, lwd = 2)
for (i in seq_along(place)) { # 7 本の曲線を引くんでしょ？
newdata = data.frame(siltclayN=xx, Place=rep(place[i],...
yy = predict(model1, newdata=newdata, type="response")
lines(xx, yy, col=col[i])
}
- 7本の曲線は引けました。勉強不足でお恥ずかしいのですが、...
- quit -- &new{2020-02-14 (金) 21:04:44};
#comment
**ガンマ分布 [#f464b927]
> (2020-02-06 (木) 21:14:35)~
~
GLMMなどで、目的変数に用いるデータが連続値で0以上であれば...
「non-positive values not allowed for the 'gamma' family...
また、同じデータで線形混合効果モデルなら結果は出るのです...
解決策などありましたら、お教えいただけますと幸いです。~
//
- show your data and your script(program). -- &new{2020-...
- model1<-glmer(A~log(B)+(1|Place),family=Gamma(link="log...
- model2<-lmer(A~B+(1|Place),data=d) In this script was ...
- The data was uploaded. It is data named data.csv. -- &...
- 'non-positive values not allowed for the 'gamma' family...
> library(lme4)
> d = read.csv("data.csv")
> model1 <- glmer(A ~ log(B) + (1|Place),f amily=Gamma(l...
eval(family$initialize, rho) でエラー:
non-positive values not allowed for the 'gamma' family
using d2
> d2 = d[d$A > 0, ]
> model1-2 <- glmer(A~log(B) + (1|Place), family=Gamma(l...
> model1-2
no error happend.&br;
can you understand?&br;you must *respect* 'error message'...
- I will try it once. One more thing I want to ask. -- &...
- Now I uploaded another data. When the script of model2 ...
- you! just , imput '? IsSingular'(without last '?') in c...
model2<-lmer(NitMAOMrecover~MAOMCN+(1|Place),data=example)
summary(model2)
place=c("HA","TN","OG","YN","KG","WA","AS")
pch=c(25,18,17,16,15,9,8)
col=c("black","red","cadetblue","magenta","brown","coral...
plot(example$B,example$A,pch=rep(pch,each=5),col=rep(col...
legend("bottomright",legend=place,pch=pch,col=col,cex=1.5)
xx<-seq(min(example$B),max(example$B),length=1000)
for(i in seq_along(place)){
yy<-predict(model2,newdata=data.frame(B=xx,Place=rep...
lines(xx,yy,col=col[i],lwd=2)}
- Excuse me. I want to show the script to draw the regres...
- they said. "その前に，「[[投稿における注意事項]]」を読...
- surprisingly, it's a reckless and messy program.~
Four variables "Sample,Place,A,B" are included in your "e...
but, your wrote "NitMAOMrecover~MAOMCN+(1|Place),data=exa...
more over, you wrote variables "A", "B" as "example$B" or...
a data-frame in lmer function is different from a "new" d...
you have to study a basis of R. -- &new{2020-02-07 (金) ...
#comment
**GLMMについて [#tc8ba31b]
>[[ra]] (2020-01-27 (月) 11:58:45)~
~
R初心者です。~
GLMMで解析を行った後、散布図に回帰線を引きたいのですが、p...
入力したコマンドを載せておきます。~
よろしくお願いいたします。~
~
model1<-glmer(POMN~log(siltclayN)+(1|Place),family=Gamma(...
plot(data$siltclayN,data$POMN,pch=c(25,18,17,16,15,9,8),c...
legend("bottomright",legend=c("HA","TN","OG","YN","KG","W...
xx<-seq(min(data$siltclayN),max(data$siltclayN),length=10...
yy<-predict(model1,newdata=data.frame(siltclayN=xx),type=...
lines(xx,yy,lwd=2)~
//
- new data set has to include 'siltclayN' *and* 'Place' -...
- Sorry,how do I create that data set? -- &new{2020-01-2...
- just, create -- &new{2020-01-27 (月) 22:11:04};
-
POMN <- c(data$POMN)
siltclayN <- c(data$siltclayN + Place)
dataframe <- data.frame(POMN, siltclayN)
model1 <- glmer(POMN~log(siltclayN) + (1|Place1), family...
plot(dataframe$siltclayN, dataframe$POMN, pch=c(25,18,17...
legend("bottomright", legend=c("HA","TN","OG","YN","KG",...
xx <- seq(min(dataframe$siltclayN), max(dataframe$siltcl...
yy <- predict(model1, newdata=data.frame(siltclayN=xx), ...
-- &new{2020-01-27 (月) 23:14:23};
- What's wrong? -- &new{2020-01-27 (月) 23:16:01};
- newdata=data.frame(siltclayN=xx, Place = ???????) -- &...
- In this command and Place=xx, an error has occurred. Wh...
- Place is factor isn't it? 'Place = xx' may be invalid!&...
I'll show you an e xample.
> df = data.frame(x=c(3,2,1,3,5), f=factor(c(1,2,2,3,3))...
> fit = lm(y ~ x + f, data=df) # f may not be a factor
> predict(fit) # this prediction uses data-frame df
1 2 3 4 5
2.0 5.4 5.6 5.7 5.3
if you predict with another data-frame, the data-frame mu...
following newdata contains 'x' and 'f'. first 5 elements ...
> newdata = data.frame(x=c(3,2,1,3,5, 2,3,5), f=factor(...
> predict(fit, newdata)
1 2 3 4 5 6 7 8
2.0 5.4 5.6 5.7 5.3 2.2 5.2 4.8 # first five values ar...
do you understand?? -- &new{2020-01-28 (火) 16:28:06};
- Place is a factor. In that case, is Place=c(data$Place)...
- I ran it with reference to your example, how can I draw...
- if new data-frame is declared as 'newdata=data.frame(si...
- 'prediction line'?? no, no, prediction *prediction plan...
- your model is POMN = α * log(siltclayN[i]) + β * Place[...
- your data-frame is curious, isn't it?&br;
what do you mean
siltclayN <- c(data$siltclayN + Place)
dataframe <- data.frame(POMN, siltclayN)
if Place is a factor variable you cant add to data$siltcl...
- upload your data is best way to get solution -- &new{2...
- Did you fall into a deadlock? -- &new{2020-01-29 (水) ...
- yes... I don't know how to draw a regression line consi...
- Can you tell me what to improve specifically? -- &new{...
- upload your data is best way to get solution -- &new{2...
- Upload now. It is a file called Book1. -- &new{2020-01...
- alright, I was able to upload. -- &new{2020-01-30 (木)...
- Your program is strange overall. for example, pch=c(25,...
you may want a result like this. -- &new{2020-01-30 (木)...
library(lme4)
data = read.csv("Book1.csv")
model1 <- glmer(POMN ~ log(siltclayN) + (1 | Place),
family = Gamma(link = "log"), data = data)
summary(model1)
place = c("HA", "TN", "OG", "YN", "KG", "WA", "AS")
pch = c(25, 18, 17, 16, 15, 9, 8)
col = c("black", "red", "cadetblue", "magenta", "brown",...
plot(data$siltclayN, data$POMN, pch = rep(pch, each = 5),
col = rep(col, each = 5)) # , cex=3, cex.axis=2)
legend("bottomright", legend = place, pch = pch, col = c...
xx <- seq(min(data$siltclayN), max(data$siltclayN), leng...
for (i in seq_along(place)) {
yy <- predict(model1,
newdata = data.frame(siltclayN = xx, Place = rep(place...
type = "response")
lines(xx, yy, col = col[i])
}
&ref(glmer.png);
- I wanted to make this diagram. It was very helpful! I d...
- I'm really thankful to you! -- &new{2020-01-30 (木) 13...
- I want to draw a regression line with the estimated fix...
#comment
**文字列からバイト数を指定して切り出す [#dcc3e621]
> (2020-01-26 (日) 22:45:01)~
~
半角・全角が混在する文字列からバイト数を指定して、部分文...
例えば~
x <- "あaいbうc"~
という文字列から3-5byte目を抽出したいです。~
（"aい"という部分文字列を抽出したいです。）~
~
substringは文字数を指定する関数のため、byte単位で抽出が不...
~
お手数ですがご教示お願いいたします。~
//
- ? substr / If an input element has declared "bytes" enc...
- そもそも3-5byte目が「aい」というは正しいですか？ -- [[S...
> x <- "あaいbうc"
> charToRaw(x)
[1] e3 81 82 61 e3 81 84 62 e3 81 86 63
「あ」は3バイト文字なので途中で切られて、3-5byte目は「82 ...
全角半角の字数をバイト数で何とかしようとするのは無理があ...
- it's just he wants! -- &new{2020-01-27 (月) 22:13:13};
- euc-jp uses 2 bytes for 1 japanese character
> x <- "あaいbうc" # UTF-8: あ == \xe3\x81\x82
> xx = iconv(x, "utf-8", "euc-jp")
> xx
[1] "\\xa4\\xa2a\\xa4\\xa4b\\xa4\\xa6c" # EUC-JP: あ == ...
> Encoding(xx) = "bytes"
> iconv(substr(xx, 3, 5), "euc-jp", "utf-8")
[1] "aい"
cp932 uses 2 bytes for 1 japanese character, too
> x <- "あaいbうc"
> yy = iconv(x, "utf-8", "cp932")
> yy
[1] "\x82\xa0a\x82\xa2b\x82\xa4c" # CP932: あ == \x82\xa0
> Encoding(yy) = "bytes"
> iconv(substr(yy, 3, 5), "cp932", "utf-8")
[1] "aい"
do you understand? -- &new{2020-01-28 (火) 11:38:51};
- 文字コードを変換してsubstrで切り出すということですね。...
#comment
**apply系関数でfunに線形回帰lmが適用可能な関数 [#v28d972a]
>[[TY]] (2020-01-07 (火) 15:59:04)~
~
シミュレーションで同じ関数を繰り返し(10^5~10^6回程度)実行...
例えば，以下のsample_dataでREP毎にlm(y~x)を実行したいです...
for文で実行することはできるのですが，一般にapply系関数の...
探しています．apply系関数に関する知識は，tapply関数にmean...
tapply(sample_data$y, sample_data$REP,mean)~
程度のレベルです．~
~
【sample_data】~
y x REP
1 133 3.9 1~
2 81 -2.3 1~
3 104 -1.2 1~
4 89 0.7 1~
5 142 4.0 1~
6 74 -2.9 1~
7 140 3.9 1~
8 170 4.4 1~
9 128 1.6 1~
10 107 1.2 1~
11 49 -4.3 2~
12 79 -2.9 2~
13 77 -3.2 2~
14 125 1.8 2~
15 82 -1.1 2~
16 132 2.6 2~
17 99 -0.0 2~
18 140 2.1 2~
19 140 4.9 2~
20 88 -1.1 2~
//
- 「REP毎にlm(y~x)を実行したい」のか，同じような 10^5 ほ...
つまり，rep が 1~10^5 くらいの種類があって，それぞれにつ...
- ありがとうございます．出直してきます． -- [[TY]] &new{2...
- 必要なのは，そういう対応ではないと思うが。質問にも答え...
#comment
終了行:
COLOR(green){SIZE(20){初心者のための R および RjpWiki に...
COLOR(red){SIZE(16){以下の 4 つの「●項目」のどれかをクリ...
----
COLOR(blue){● [[新規投稿欄:>#sinki]]} --- その前に，「[[...
COLOR(blue){● [[このページの目次>#mokuji]]} --- 質問への...
COLOR(blue){● [[最新のスレッド>#saisin]]} --- 最も最近に...
COLOR(blue){● [[Ｑ＆Ａ (初級者コース) 過去の目次]]} --- ...
----
&aname(mokuji);COLOR(green){●● 目次 ●●}
参照は，個々の項目をクリック（質問への回答・コメントの参...
#contents
----
&aname(sinki);
COLOR(green){●● 新規投稿 ●●}
まずは，「[[投稿における注意事項]]」を読んで，それに従っ...
COLOR(red){これに従わない場合には，回答が得られにくい場合...
#article
**帰無仮説 [#pea91f2c]
>[[ままま]] (2025-07-24 (木) 09:59:28)~
~
”固定変数A（kanngaiのbefore/after）”が、”目的変数（LN.mnb...
~
df <- read.csv("metanr.csv")~
~
df_model <- df %>%~
select(`LN.mnb.mnc.`, kanngai) %>%
filter(!is.na(`LN.mnb.mnc.`))
~
t_before <- t.test(df_model$LN.mnb.mnc.[df_model$kanngai ...
print(t_before)~
~
t_after <- t.test(df_model$LN.mnb.mnc.[df_model$kanngai =...
print(t_after)~
~
#群間の違いを比較~
model <- lm(LN.mnb.mnc. ~ kanngai, data = df_model)~
summary(model)~
//
- また、単に目的変数の帰無仮説をするのではなく、kanngaiの...
#comment
**行列のNAを他の列の値で埋めたい [#ec862e13]
>[[鈴木康弘]] (2024-07-24 (水) 17:57:14)~
~
[,1] [,2]
[1,] 1 1
[2,] 2 NA
[3,] 3 3
[4,] 4 NA
~
上のような行列があるとします。NAを1列目の値2,4で代用した...
下記を試してみました。~
~
> m[,2][is.na(dat[,2])] <- dat[,1]
m[, 2][is.na(dat[, 2])] <- dat[, 1] でエラー:
置き換えるべき項目数が、置き換える数の倍数ではありま...
~
どうしたらいいのでしょう？~
//
- ごめんなさい、書き直し方がわかりません。行列名がdat、最...
- for文を使って解決しました。 -- [[鈴木康弘]] &new{2024-0...
- for(i in 1:nrow(dat)){ dat[i,2][is.na(dat[i,2])] <- dat...
- エラーメッセージのとおり、「置き換えられる項目数」と「...
> dat <- matrix(c(1:4, 11, NA, 13, NA), ncol = 2)
> dat
[,1] [,2]
[1,] 1 11
[2,] 2 NA
[3,] 3 13
[4,] 4 NA
> i <- is.na(dat[, 2])
> dat[i, 2] <- dat[i, 1]
> dat
[,1] [,2]
[1,] 1 11
[2,] 2 2
[3,] 3 13
[4,] 4 4
もちろん、このくらいで速度やら最適化やらうるさくいうのも...
- おお、このiは数値ではなく、真偽のベクトルですね。 真偽...
- そうですね。デフォルトでベクトル演算ができるのがRの利点...
> dat <- matrix(c(1:4, 11, NA, 13, NA), ncol = 2)
> i <- is.na(dat[, 2])
> i
[1] FALSE TRUE FALSE TRUE
> j <- which(i)
> j
[1] 2 4
> dat[j, 2] <- dat[j, 1]
> dat
[,1] [,2]
[1,] 1 11
[2,] 2 2
[3,] 3 13
[4,] 4 4
また余計かもしれませんが、行列はRにおいてはベクトルの一種...
> dat <- matrix(c(1:4, 11, NA, 13, NA), ncol = 2)
> k <- which(is.na(dat))
> k
[1] 6 8
> dat[k] <- dat[k - nrow(dat)]
> dat
[,1] [,2]
[1,] 1 11
[2,] 2 2
[3,] 3 13
[4,] 4 4
- なるほど、ベクトルの添字を取り出す、which()ってのもあり...
#comment
**カイ二乗検定について [#pdeea0ee]
>[[カイ]] (2024-04-14 (日) 14:17:43)~
~
よろしくお願いいたします。~
カイ二乗検定を行い、P値を取り出すとき以下のよう、マトリッ...
~
d <- c(10, 5, 8, 7)~
d <- matrix(d,nrow=2,byrow=T)~
d <-chisq.test(d)~
d$p.value~
~
しかし、~
~
data <- matrix(c(10, 5, 8, 7, 16, 23, 21, 8, 27, 44, 61, ...
colnames(data)<-c("a","b","c","d")~
~
のようなデータがある場合、一気にカイ二乗検定を行い、ｄ列...
どの様にすればよいのかご教示いただけると幸いです。~
（R version 4.2.2, win11)~
//
- 質問者様のやろうとしていることに対して、ご提示のような...
> print(data)
a b c d
[1,] 10 5 8 7
[2,] 16 23 21 8
[3,] 27 44 61 22
[4,] 10 15 20 24
[5,] 38 76 23 77
> p <- apply(data, 1, function(x) { chisq.test(matrix(x,...
> cbind(data, pval = p)
a b c d pval
[1,] 10 5 8 7 7.093881e-01
[2,] 16 23 21 8 2.012252e-02
[3,] 27 44 61 22 1.955183e-05
[4,] 10 15 20 24 8.518854e-01
[5,] 38 76 23 77 1.287840e-01
前述のとおり、2x2のデータ群と、そのそれぞれに対する検定結...
プログラム的に素直にやるなら、データは2x2xNのarrayにして...
> data2 <- array(t(data), dim = c(2, 2, nrow(data)))
> print(data2)
, , 1
[,1] [,2]
[1,] 10 8
[2,] 5 7
, , 2
[,1] [,2]
[1,] 16 21
[2,] 23 8
, , 3
[,1] [,2]
[1,] 27 61
[2,] 44 22
, , 4
[,1] [,2]
[1,] 10 20
[2,] 15 24
, , 5
[,1] [,2]
[1,] 38 23
[2,] 76 77
> apply(data2, 3, function(x) { chisq.test(x)$p.value })
[1] 7.093881e-01 2.012252e-02 1.955183e-05 8.518854e-01 ...
#comment
**library(imager) library(magick)の間で画像をやりとりした...
>[[たたた]] (2023-11-20 (月) 13:23:54)~
~
お世話になっております。表記のとおり２つのパッケージ間で...
image1 <- imager::load.image("image1.png")
image1.mag <- magick::image_read(as.cimg(image1))
一応、手元で、以下のようにすると、それっぽくはなるのです...
image_matrix <- magick::image_data(image1.mag)
image_imager <- imager::cimg(image_matrix)
どうぞよろしくお願いします。~
//
#comment
**with関数でformulaオブジェクトを代入するとエラーが出る [...
>[[徒弟]] (2023-08-28 (月) 21:26:18)~
~
皆様のお知恵をお貸しください~
以下のコマンドの通りを試したところ、(3)でのみエラーが出ま...
~
-------------------~
~
set.seed(1234)~
tmp <- data.frame(Outcome=c(rep(1,10),rep(0,10)),X=rnorm(...
tar_formula <- as.formula(paste0("Outcome","~X"))~
~
#(1)~
with(tmp,glm(Outcome~X,family=binomial))~
~
#(2)~
with(tmp,glm(as.formula(paste0("Outcome","~X")),family=bi...
~
#(3)~
with(tmp,glm(tar_formula,family=binomial))~
~
-------------------~
~
エラーメッセージは" eval(predvars, data, env) でエラー: ~
オブジェクト 'Outcome' がありません"です
~
どういよう理由によってエラーが発生するのか教示頂ければ幸...
//
- さらにコメント申し上げます。本当の狙いはmiceなどによっ...
- さらにコメント申し上げます。本当の狙いはmiceなどによっ...
- as.formulaのenv引数がparent.frame()ですので、事前に実行...
> tar_formula <- as.formula("Outcome ~ X")
> str(tar_formula)
Class 'formula' language Outcome ~ X
..- attr(*, ".Environment")=<environment: R_GlobalEnv>
with内でas.formulaを実行した場合には、つくられたformulaは...
> with(data.frame(), str(as.formula("Outcome ~ X")))
Class 'formula' language Outcome ~ X
..- attr(*, ".Environment")=<environment: 0xa6bb540>
- 早速ご教示いただき誠にありがとうございます。よくわかり...
- Rで?formulaを実行し、Environmentsのセクションを見たこと...
- 質問者様の想定は「Outcomeっていう変数名ということだけ指...
別の言い方をすると、何らかの「計算の結果」を返すのが一般...
- 私の想定していることを具体化いただきありがとうございま...
- 私の想定していることを具体化いただきありがとうございま...
#comment
**ベイジアンネットワーク解析dealの矢印について [#x3ed22ae]
>[[晴猫]] (2023-08-27 (日) 19:36:31)~
~
yokkunさんのページ~
https://yokkuns.hatenadiary.org/entry/20110928/1317164851~
にならってベイジアンネットワーク分析を試みたところ、ネッ...
mybanlist <- matrix(c(~
2,1,
3,1,
4,1,
5,1,
6,1,
7,1,
3,2,
4,2,
5,2,
6,2,
7,2,
3,4,
4,3),
ncol = 2, byrow = TRUE)
banlist(ht.nw) <- mybanlist~
で矢印を禁止するノードを指定します。その後~
plot(ht.nw)~
でネットワークを描いてみると、矢印がないと指定したノード...
OSはWindows11, Rはversion 4.2.1を使用しています。よろし...
//
- R 4.3.1 on Ubuntu環境でやってみましたが、再現しませんね...
また、この解析についてはまったく知らないのであくまで説明...
依然として、そもそも引用元サイト様と違う解析結果になって...
- 実行の出力です -- [[晴猫]] &new{2023-08-30 (水) 00:44:0...
- ご返信ありがとうございます。状況が再現して、質問者様の...
前提として、わたしは依然このネットワーク分析というものに...
autosearchの結果は、今回のサンプルコードだとht.searchとい...
> names(ht.search)
[1] "nw" "table" "trylist"
> class(ht.search$nw)
[1] "network"
ですので、plot(ht.nw)ではなくplot(ht.search$nw)とすれば、...
plot(ht.search$nw, showban = FALSE)
networkクラスのオブジェクトの描画には、plot関数に用意され...
- ご回答ありがとうございます -- [[晴猫]] &new{2023-08-30 ...
- ご回答ありがとうございます -- [[晴猫]] &new{2023-08-30 ...
- ご回答ありがとうございます -- [[晴猫]] &new{2023-08-30 ...
#comment
**conda-forge の r-base パッケージの win-64 のバージョン...
>[[136s]] (2023-08-02 (水) 11:10:23)~
~
質問: 掲題のバージョンが現時点で v4.1.3 ですが、linux-64 ...
技術的不可能性があるのか、需要がないのか、、など。~
~
参考: https://anaconda.org/conda-forge/r-base~
~
経緯: Windows 10 マシンで、conda 環境内で R を管理して Py...
通常、`conda install -c conda-forge r` コマンドで conda ...
ただ、現在の最新の [[r パッケージ:https://anaconda.org/co...
これ自体は r パッケージのインストール時に v4.1 を指定すれ...
//
- そもそも、conda-forge の r, r-base を誰が管理してるのか...
- 自己解決しました。 https://github.com/conda-forge/r-bas...
#comment
**RStudio のパッケージits.analyasisの解析方法について [#k...
>[[masa]] (2023-06-04 (日) 14:03:04)~
~
①結果の入力方法(他に必要なパッケージなど)
②結果の解釈 を知りたいです。最低限①だけでも助かります。
//
#comment
**ggplot2による積み上げ棒グラフの各棒に合計値を入れたい [...
>[[島田泰夫]] (2023-06-02 (金) 17:16:52)~
~
教えてください~
~
ggplot2で積み上げ棒グラフを作図したとき、棒の上に合計値を...
~
tableのクロス集計表（re）で~
~
0 1 2 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 1...
402 0 3 2 1 2 37 0 0 0 0 0 1 10 15 20 0 0 ...
404 0 0 0 0 0 0 1 2 2 12 1 5 3 2 0 1 9 ...
406 0 2 0 0 15 1 19 21 3 0 3 8 0 0 0 0 0 ...
411 0 0 0 20 5 6 10 11 12 8 9 0 0 0 2 6 10 ...
416 16 11 18 1 0 0 1 0 2 0 0 0 0 0 0 8 0 ...
418 0 0 0 0 0 0 0 20 13 5 2 2 10 18 62 94 60 ...
422 0 0 0 0 0 0 0 0 9 6 5 10 12 14 8 30 26 ...
428 0 0 15 4 9 1 12 2 3 2 2 15 1 10 2 4 0 ...
429 10 6 0 0 0 21 7 2 7 0 0 1 17 16 9 4 3 ...
が得られたので、データフレーム変換して
~
re2 <- as.data.frame(re)
Var1 Var2 Freq
1 402 0 0
2 404 0 0
3 406 0 0
....
~
となりましたので~
~
g <- ggplot(re2, aes(x = Var2, y = Freq, fill = Var1))
g <- g + geom_bar(stat = "identity")
g <- g + geom_text(aes(label = Freq, y = Freq + 3), size...
plot(g)
~
とすると、積み上げる「各要素」の数値が入ってしまいます~
これを避けて、積み上げた「合計値」を各棒の上部に記載した...
どのようにすればよろしいでしょうか？~
//
自己解決できそうです
re3 <- as_tibble(re2)
re4 <- re3 %>% group_by(Var2) %>% summarise( total= sum(...
ggplot(data = re4, aes(x = Var2, y = total)) +
geom_bar(stat = "identity", fill = "grey", colour = "b...
geom_text(aes(label = total, y = total + 3), size = 2) +
geom_bar(data = re2, aes(x = Var2, y = Freq, fill = Var...
-- [[島田泰夫]] &new{2023-06-02 (金) 18:30:05};
#comment
**PCAの結果の分析について [#o31c462c]
>[[R初心者]] (2023-05-08 (月) 09:58:23)~
~
特徴量が1000個あるデータに対してPCAを実行しました．有効な...
//
- Rでのプログラミングについてお答えすれば解決できる、とい...
- コメントいただきありがとうございます． 「Rでまなぶデー...
- 主成分をもとに「有効な（元データの）変量を選ぶ」という...
- コメントいただきありがとうございます．私も第３主成分で9...
- 本日コメントをいただきまして，私の中で，一番不明な点は...
- 本日コメントをいただきまして，私の中で，一番不明な点は...
- うーんと……「次の学習」というのが、機械学習みたいなこと...
一般論として元データの変量間に共変動関係がなければ次元は...
とはいえ、前述のとおりこれらは分野によるでしょう。わたし...
- コメントいただきありがとうございます．「次の段階として...
- 機械学習屋さんなのでしょうか。「2クラスに分ける」という...
- わたしも（自分にとっては）馴染みのない感じのデータだな...
#comment
**Rcmdrのインストールとエラーについて [#wee008f5]
>[[hs0519]] (2023-03-14 (火) 23:18:04)~
~
具体的な質問というより、一般的な考え方の質問です。RのWind...
この流れの中で異質なこと、独特なところは何もありません。...
//
- （わたしも具体的回答ではなく個人的感想ですが）普段からL...
- かつて(20年程前)の Code set Independence ( Win9xやEUC )...
- Rまわりの最初期から活躍されてる方のコメントの心強さとき...
#comment
**mFDというパッケージのエラーについて [#k8d38d29]
>[[まつ]] (2023-03-14 (火) 20:56:57)~
~
mFDというパッケージでmFD::quality.fspacesを行った際に~
~
Error in if (maxdim_pcoa < 1) { : the condition has lengt...
~
というエラーが出ました。教えて頂けると嬉しいです。ちなみ...
//
- 直前の質問への回答と被りますが、「投稿における注意事項...
#comment
**指数の作り方 [#j19a4a36]
> (2023-03-13 (月) 14:40:09)~
~
日付、性別、年代、検索行動１、検索行動２、検索行動３、収...
という情報があったときに収益をもたらすかどうかを示す指数...
~
指数の条件としては以下の2つです。~
・値が大きいほど収益額1000円超の顧客の割合は大きくなる傾...
・値が大きいほど収益額が大きくなる傾向にある~
~
lightgbmのregressionでやってみても全然だめでした。~
お手数ですがお知恵をお貸しください。~
//
- 「投稿における注意事項」にあるとおり、何をどうやったら...
#comment
**Rからffmpegを呼び出す方法 [#i3f1da84]
>[[hs0519]] (2023-03-10 (金) 08:02:35)~
~
saveVideo({~
for (i in 1:5){
plot(runif(10), ylim = c(0,1))
}
}, interval = 1.0, video.name = "TEST.html")~
というスクリプトだけで、ffmpegが呼び出せるとのことなので...
The command ""ffmpeg"" is not available in your system. P...
というエラーメッセージが出ます。~
ffmpegはインストールされており、パスも通っているのでシェ...
Rからffmpegを起動するにはどのようにしたらいいでしょうか。~
~
バージョンにセンシティブな問題でしょうか。~
Rは4.2.2, ffmpegは5.1.2が入っています。ただし、ffmpegはい...
パスが先になっている方だと思いますが。~
//
- saveVideo()のヘルプ内の例では、ani.options("ffmpeg")で...
- ありがとうございます。フルパスは保存先フォルダ名だけで...
- ヘルプではそのような記法になっているので、とりあえずそ...
#comment
**UTFのRでWindowsの文字をよみたい。 [#c7c6cbb4]
>[[たたた]] (2023-03-01 (水) 06:05:33)~
~
エクセルからコピーしたタブ区切りの「データ０ データ１（ほ...
name <- read.table("clipboard",sep="\t")という処理を行い...
手元のRの環境で、（や？があっても読めるものと読めない物が...
なお、文字コードをShift-JIS系に指定しても以下のエラーが出...
read.table("clipboard",sep="\t",fileEncoding = "CP932")
警告メッセージ:
1: file(file, "rt", encoding = fileEncoding) で:
引数 'encoding' は無視されます
2: read.table("clipboard", sep = "\t", fileEncoding = "...
incomplete final line found by readTableHeader on 'clip...
~
//
- read.table("clipboard", sep = "\t", fileEncoding = "CP9...
これは，エンコーディング等とは無関係なエラー。入力行の最...
#comment
**as.*() と as_*() 関数の違いについて [#p4924198]
>[[OKD]] (2023-02-05 (日) 15:27:12)~
~
こんにちは．~
初歩的な質問で大変恐縮ですが，以下のご回答をよろしくお願...
~
早速ですが， as.*() と as_*() の違いが理解できません．~
"*" には，matrixやvector，factor などを想定しています．~
"as"の部分は，”is”の場合でも違いがわかっていません．~
どなたかご教示いただけますでしょうか？~
//
- Rのビルトインの関数はas.matrixやas.factorであり、個人的...
- 早速，ご回答ありがとうございます．ご指摘の通りかもしれ...
- corrrパッケージのas_matrixの挙動を調べてみました。同関...
> x <- correlate(iris)
Non-numeric variables removed from input: `Species`
Correlation computed with
• Method: 'pearson'
• Missing treated using: 'pairwise.complete.obs'
> class(x) # cor_dfという独自のクラスとなる
[1] "cor_df" "tbl_df" "tbl" "data.frame"
> print(x) # printするとmatrixぽく表示されるが…
# A tibble: 4 × 5
term Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Pet...
<chr> <dbl> <dbl> <dbl> ...
1 Sepal.Length NA -0.118 0.872 ...
2 Sepal.Width -0.118 NA -0.428 ...
3 Petal.Length 0.872 -0.428 NA ...
4 Petal.Width 0.818 -0.366 0.963 ...
> str(x) # 実際はtermという文字列要素をもつdata.frame
cor_df [4 × 5] (S3: cor_df/tbl_df/tbl/data.frame)
$ term : chr [1:4] "Sepal.Length" "Sepal.Width" ...
$ Sepal.Length: num [1:4] NA -0.118 0.872 0.818
$ Sepal.Width : num [1:4] -0.118 NA -0.428 -0.366
$ Petal.Length: num [1:4] 0.872 -0.428 NA 0.963
$ Petal.Width : num [1:4] 0.818 -0.366 0.963 NA
> as_matrix(x) # 数値matrixに変換
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal...
Sepal.Length NA -0.1175698 0.8717538 0.8...
Sepal.Width -0.1175698 NA -0.4284401 -0.3...
Petal.Length 0.8717538 -0.4284401 NA 0.9...
Petal.Width 0.8179411 -0.3661259 0.9628654 ...
このcor_dfクラスというオブジェクトは、基本的にはdata.fram...
> as.matrix(x) # 4x5の文字列matrixになってしまった
term Sepal.Length Sepal.Width Petal.Leng...
[1,] "Sepal.Length" NA "-0.1175698" " 0.871753...
[2,] "Sepal.Width" "-0.1175698" NA "-0.428440...
[3,] "Petal.Length" " 0.8717538" "-0.4284401" NA ...
[4,] "Petal.Width" " 0.8179411" "-0.3661259" " 0.962865...
それを防ぐため、「cor_dfオブジェクトをmatrixへと、数値デ...
こういう場合は、as.matrixにcor_dfクラス用のメソッドを追加...
ちなみにas_matrixは「cor_dfクラス以外には普通のas.matrix...
> y <- data.frame(a = 1:3, b = 4:6)
> print(y)
a b
1 1 4
2 2 5
3 3 6
> as.matrix(y)
a b
[1,] 1 4
[2,] 2 5
[3,] 3 6
> as_matrix(y)
UseMethod("as_matrix") でエラー:
'as_matrix' をクラス "data.frame" のオブジェクトに適...
混同して使ってしまうとまずいです。 -- &new{2023-02-07 (...
- 検証までしてくださり，本当にありがとうございます．違い...
#comment
**当日0:00:00からの経過時間 [#s1d6d3c5]
>[[asao]] (2022-12-16 (金) 14:26:56)~
~
こんにちは~
素人質問で恐縮ですが時系列データの取り扱いについての質問...
~
現在以下の形式のようなデータを用いて、時刻と使用率の関係...
~
ー－－－－－データー－－－－－－ー－－－－－－－－－－ー...
beginning_time ocp_rate inflow outflow~
2020/6/1 23:58:00 0.023255858 1 0~
2020/6/1 23:59:00 0.893255895 0 1~
2020/6/2 0:00:00 0.023255826 1 2~
2020/6/2 0:01:00 0.103255844 0 0~
2020/6/2 0:02:00 0.045255836 0 1~
2020/6/2 0:03:00 0.113255814 2 0~
ー－－－－－データー－－－－－－－－－－－－－－－－－－...
そこで新たに~
その日付の深夜0時（1行目でいうと2020/6/1 00:00:00）~
からの経過時間（分）を示す行を追加したいと考えております。~
~
どのように計算すればよいでしょうか。~
~
今のところ、各日付の00:00:00を示す行を追加して、beginning...
ご教授いただけますと幸いです。~
//
- 経過時間（分）の「列」、ということでよいでしょうか？い...
もとのデータテーブルの仕様がわからないので、とりあえず文...
dat <- matrix(c(
"2020/6/1 23:58:00", "0.023255858", "1", "0",
"2020/6/1 23:59:00", "0.893255895", "0", "1",
"2020/6/2 0:00:00", "0.023255826", "1", "2",
"2020/6/2 0:01:00", "0.103255844", "0", "0",
"2020/6/2 0:02:00", "0.045255836", "0", "1",
"2020/6/2 0:03:00", "0.113255814", "2", "0"),
byrow = TRUE, ncol = 4)
colnames(dat) <- c("beginning_time", "ocp_rate", "inflow...
time <- as.POSIXlt(dat[, "beginning_time"],
format = "%Y/%m/%d %H:%M:%S")
h <- as.numeric(format(time, "%H"))
m <- as.numeric(format(time, "%M"))
elapsed <- h * 60 + m
dat <- cbind(dat, elapsed = elapsed)
print(dat)
今回ご質問の作業「だけ」をするなら、sub関数などで時:分だ...
- ご回答、ありがとうございます。
頂いた回答をもとに、解決することができました。
as.numeric(format(time, "%H")) という書き方で、POSIXltの...
勉強になります。 -- [[asao]] &new{2022-12-16 (金) 16:58:5...
- 解決してよかったです。フォーマットの記述様式については...
#comment
**３つの係数により変化する関数を、３次元空間で、色の濃淡...
>[[okadasan]] (2022-12-13 (火) 15:32:33)~
~
お世話になっております。~
まだまだ、Ｒは初心者です。~
http://okadasan.com/S_P.R~
と言う関数を作りました。~
~
p[r0,gamma,a]と言う関数が、~
r0とgammaとaの変化で変わって行っているのがわかると思いま...
ここで、r0をx軸にして、gammaをy軸にして、aをz軸にして、~
３次元空間で、それら３つの係数の変化で決まる関数であるp[r...
そのような事は、Ｒで出来るのでしょうか？~
plot3dで出来るのかなあ、とか、~
別なグラフ関数を持って来るのかなあ、とか、~
あるいは、その所作をコードの何処に入れるのかも~
わかりません。~
どなたか、お教えいただけるとありがたいのですが。~
//
- うーん、言わんとしていることは分かる気がするのですが、R...
- ご提示いただいた関数の意味や内容の可否はわからないので...
library(rgl)
r0 <- 1:20
gamma <- 1:36
a <- 1:100
f <- function(x1, x2, x3) {
# just for example
# not the true "Sound Pressure" function
return((x1 - 10)^2 * abs(x2 - 30) + sin(x3 / 10) * 1000)
}
xs <- expand.grid(r0, gamma, a)
p <- f(xs[, 1], xs[, 2], xs[, 3])
n_col <- 100
i <- round((p - min(p)) / diff(range(p)) * (n_col - 1)) ...
col <- cm.colors(n_col)[i]
plot3d(xs[, 1], xs[, 2], xs[, 3],
xlab = "r0", ylab = "gamma", zlab = "a",
col = col, aspect = FALSE)
関数（f）の定義の部分は、前述のとおりわたしは理解していな...
#comment
**offsetを使った混合モデルにlmerTest::difflsmeans()関数を...
>[[noname]] (2022-09-04 (日) 17:59:16)~
~
lmer()関数でoffsetを指定した混合モデルにlmerTest::difflsm...
以下で再現すると思います．~
~
library(lmerTest)
data("cake", package="lme4")
cake2 <- data.frame(cake,os = round(cake$temp/cake$angle...
model <- lmer(angle ~ recipe * temp + (1|recipe:replicat...
model2 <- lmer(angle ~ recipe * temp + (1|recipe:replica...
anova(model)
anova(model2)
difflsmeans(model)
difflsmeans(model2) # オブジェクト 'os'がありませんとい...
~
~
sessionInfo()
R version 3.6.3 (2020-02-29)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS 10.16
Matrix products: default
BLAS: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Res...
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Res...
locale:
[1] ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/C/ja_JP.UTF-8/ja...
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets me...
other attached packages:
[1] lmerTest_3.1-3 lme4_1.1-27.1 Matrix_1.2-18 dbscan_...
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Rcpp_1.0.9 compiler_3.6.3 pillar_1.8.1...
[8] tibble_3.1.8 nlme_3.1-144 gtable_0.3.0...
[15] DBI_1.1.1 dplyr_1.0.9 generics_0....
[22] R6_2.5.1 fansi_1.0.3 minqa_1.2.4...
[29] MASS_7.3-51.5 splines_3.6.3 assertthat_...
~
stackexchangeやマニュアルを調べたものの，そもそもlmer()関...
一番近い例：https://stats.stackexchange.com/questions/889...
~
%%※投稿における注意事項に記載されているユーザ名の求め方が...
%% http://www.okadajp.org/RWiki/?%E6%8A%95%E7%A8%BF%E3%81...
修正しました．
//
- 開発元にissueを立てました．動きがありましたらご報告いた...
- 自己レスです． -- [[noname]] &new{2022-09-06 (火) 20:15...
offsetはformuraの中に入れるのではなく，別の引数として指定...
lmerTestパッケージのマニュアルにlmerでのoffset使用例がな...
誠に申し訳ございません．
library(lmerTest)
data("cake", package="lme4")
cake2 <- data.frame(cake,os = round(cake$temp/cake$angle...
model2 <- lmer(angle ~ recipe * temp + (1|recipe:replica...
anova(model2)
difflsmeans(model2) # エラーは出ない
- お疲れさまです。こうした問題解決の記録が残ることでいつ...
#comment
**brm関数でエラーが起きてしまいます [#rcf07b43]
>[[花椒報告]] (2022-09-02 (金) 13:10:19)~
~
result<- brm(~
formula = sales ~ weather + temperature,
family = gaussian(),
data = d,
seed = 1
)~
~
を実行すると、~
~
Error in compileCode(f, code, language = language, verbos...
C:\rtools42\x86_64-w64-mingw32.static.posix\bin/ld.exe:
~
（以下、10行くらいにわたる長いエラー文）~
が出てしまいます。~
~
library(rstan)~
library(brms)~
は無事できています。~
~
環境は~
R version 4.2.1 (2022-06-23 ucrt)~
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)~
Running under: Windows 10 x64 (build 22000)~
~
です。~
~
どのように対処すればよいでしょうか？~
//
- 追記です。 pkgbuild::has_build_tools(debug = TRUE) の...
- 自己解決しました。 一応報告しておきますと、rstanパッケ...
- 2.19.3をインストールしなおすと、うまくいきました -- [[...
#comment
**rasterパッケージのcropオブジェクトの使い方について [#s9...
>[[てくてく]] (2022-08-23 (火) 16:18:12)~
R version 4.2.1 (2022-06-23 ucrt)~
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)~
Running under: Windows 10 x64 (build 19044)~
~~
DEMの描画や、切り取りについて勉強中です。試しに、rasterパ...
~~
r <- raster(nrow=45, ncol=90)~
values(r) <- 1:ncell(r)~
e <- extent(-160, 10, 30, 60)~
rc <- crop(r, e)~
~
を実行してみたのですが、rcのextentはeで指定した値ではなく...
crop後のextentの値が、cropの範囲（上記のe）で指定した値に...
//
#comment
**パッケージ自動起動設定の削除方法について [#i063580f]
>[[ん]] (2022-08-04 (木) 14:18:29)~
~
Mac book air (2018, Intel) OS MontereyでRを使用しています...
EZRが必要になり、頒布元が提示してくださっている手順に従っ...
~
options(Rcmdr=list(plugins='RcmdrPlugin.EZR'))~
library(Rcmdr)~
local({~
old <- getOption('defaultPackages')~
options(defaultPackages = c(old, 'Rcmdr'))~
})~
~
しかしその後Rstudioを使用するようになり、Rstudio起動→Rに...
~
options関数について調べてみましたが情報が少なく、~
options(defaultPackages = c(getOption('defaultPackages')))~
と入れてみましたが、自動起動設定は変わりませんでした。~
~
起動時設定を初期化する方法はありますでしょうか？~
ご教授いただければ幸いです。~
//
- 単に.Rprofileファイルを削除するなり、上記の行をすべてコ...
- もしかしたら.Rprofileの仕組み自体に慣れていらっしゃらな...
- お返事いただいたお二方、ありがとうございます。 -- [[ん]...
- ご指摘の通りR初心者で、.Rprofileそのものをよく知らずに...
#comment
**モンテカルロ検定 [#xb4bcaa3]
>[[はえ]] (2022-07-28 (木) 23:27:37)~
~
各⾃に割り当てられた、個体の区画ごとの個体数のデータを使...
データ~
2，0,0,5,0,0,0,3,4,18,0,3,2,6,0,4,0,2,0,3,3,9,5,0,0，15，...
総個体数＝156 区画数＝67~
//
- 課題なのですが検定統計量の使い方などがわかりません。 --...
- 課題なのですが検定統計量の使い方などがわかりません。 --...
#comment
**剤投与状況の見える化のためのデータ加工 [#pb421e47]
>[[shima]] (2022-06-02 (木) 10:57:46)~
~
患者毎の薬剤投薬状況の一覧を、見やすい形で提示したいので...
データの加工方法についてアドバイス頂けませんでしょうか？...
~
元のデータ~
患者ID, 薬剤名, 投与量, 診断日, 投与日(診断日からの経過日...
1111, drugA, 3, 2022/1/1, day2~
1111, drugA, 2, 2022/1/1, day4~
1111, drugA, 5, 2022/1/1, day8~
1111, drugB, 1, 2022/1/1, day1~
1111, drugB, 2, 2022/1/1, day4~
1111, drugB, 1, 2022/1/1, day5~
1111, drugB, 3, 2022/1/1, day6~
1112, drugA, 7, 2022/1/7, day5~
1112, drugA, 5, 2022/1/7, day8~
1112, drugA, 2, 2022/1/7, day32~
・~
・~
・~
~
最終的に提示したい形~
患者ID, 薬剤名, 診断日, （投与日毎の投与量）day0,day1,day...
1111, drugA, 2022/1/1, 0,0,3,0,2,0,0,0,5,0,0,0,0,・・・・~
1111, drugB, 2022/1/1, 0,1,0,0,2,1,3,0,0,0,0,0,0,・・・・~
1112, drugA, 2022/1/7, 0,0,0,0,0,7,0,0,5,0,0,0,0,・・・・~
~
上記の最終的に提示したい形は、エクセルで見る場合に見やす...
//
- うーん、ご自身で例示されているかたちで、とりあえず「患...
「ネットや本Wikiで検索しても」という行動をされているから...
個人的には、上記の例がどの程度、実データに即した例なのか...
- コメントありがとうございます。患者数も薬剤名もかなり多...
#comment
**R-Tipsウェブサイト [#x9b8bbed]
>[[山本]] (2022-05-18 (水) 12:10:24)~
~
R-Tipsのウェブサイト（http://cse.naro.affrc.go.jp/takezaw...
//
#comment
**RjpWiki内で検索すると文字化けをする件 [#w56bc7ac]
>[[かず]] (2022-04-03 (日) 08:56:09)~
~
Rjpwiki内で特定の語句を検索しても文字化けで見れません(？...
対処方法をご教授いただけると助かります~
Microsoft EdgeやSafariいずれもです。~
//
- 「検索しても」というのは、サイト上部のヘッダの「検索」...
取り急ぎ、Googleのサイト内検索は機能するので、そちらで検...
（Google検索時に「 site:http://www.okadajp.org/RWiki/」を...
それとも、そうした「ただのサイト内検索」ではなく、あくま...
- ありがとうございました！！試してみます！ -- [[かず]] &n...
#comment
**openxlsx パッケージによる Excelファイルの編集 [#fc5dac4b]
>[[ずっと初心者]] (2021-12-28 (火) 11:36:13)~
~
Windows10 で Rを使っています。~
openxlsx パッケージを使って Excelファイル の読み書きをし...
修正後のファイルでは 修正前に入力してあった日本語の文字列...
対処法をご存知の方がいらっしゃいましたら ご教示ください。~
options(encoding="UTF-8")
wb <- openxlsx::loadWorkbook("sample1.xlsx")
openxlsx::addWorksheet(wb, "A new worksheet")
openxlsx::writeData(wb = wb, sheet = 1, x = "え", start...
openxlsx::saveWorkbook(wb, "sample1_mod.xlsx", overwrit...
&ref(sample1.xlsx);
&ref(sample1_mod.xlsx);
>使用環境は下のとおりです。~
> sessionInfo()
R version 4.1.2 (2021-11-01)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 19043)
Matrix products: default
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Jap...
[3] LC_MONETARY=Japanese_Japan.932 LC_NUMERIC=C ...
[5] LC_TIME=Japanese_Japan.932
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets me...
loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_4.1.2 tools_4.1.2 Rcpp_1.0.7 stringi...
[5] zip_2.2.0 openxlsx_4.2.5
//
- 直接の解決になっていなくて恐縮なのですが、当方のUbuntu1...
関係あるかは定かでないですが、当方の環境だとlocaleまわり...
> strsplit(Sys.getlocale(), ";")[[1]]
[1] "LC_CTYPE=ja_JP.UTF-8" "LC_NUMERIC=C" ...
[3] "LC_TIME=ja_JP.UTF-8" "LC_COLLATE=ja_JP.UTF-...
[5] "LC_MONETARY=ja_JP.UTF-8" "LC_MESSAGES=ja_JP.UTF...
[7] "LC_PAPER=ja_JP.UTF-8" "LC_NAME=C" ...
[9] "LC_ADDRESS=C" "LC_TELEPHONE=C" ...
[11] "LC_MEASUREMENT=ja_JP.UTF-8" "LC_IDENTIFICATION=C"
取り急ぎの参考情報まで。 -- &new{2021-12-28 (火) 19:58:3...
- ご返信ありがとうございます。 Sys.setlocale("LC_ALL", "j...
- なるほど...。そういえば以前Windows版ユーザだったころ、R...
- 上記と同じ者です。たしかにWindowsだと、質問者さんのコー...
> options(encoding="UTF-8")
> wb <- openxlsx::loadWorkbook("sample1.xlsx")
警告メッセージ:
readLines(x, warn = FALSE, encoding = "UTF-8") で:
入力コネクション 'C:/Users/xxx/AppData/Local/Temp/Rtm...
ちなみにoptionsでUTF-8を指定しなかった場合でも、エラーは...
> wb <- openxlsx::loadWorkbook("sample1.xlsx")
substring(x[ind], so, eo) でエラー:
'<83><e3><82>ｯ"/>' に不正なマルチバイト文字があります
- 理屈はイマイチ納得がいきませんが、とりあえず対処法とし...
> Sys.setlocale("LC_ALL", "English")
[1] "LC_COLLATE=English_United States.1252;LC_CTYPE=Engl...
> strsplit(Sys.getlocale(), ";")[[1]]
[1] "LC_COLLATE=English_United States.1252"
[2] "LC_CTYPE=English_United States.1252"
[3] "LC_MONETARY=English_United States.1252"
[4] "LC_NUMERIC=C"
[5] "LC_TIME=English_United States.1252"
> wb <- openxlsx::loadWorkbook("sample1.xlsx")
> openxlsx::addWorksheet(wb, "A new worksheet")
> openxlsx::writeData(wb = wb, sheet = 1, x = "え", star...
> openxlsx::saveWorkbook(wb, "sample1_mod.xlsx", overwri...
結果、Linuxで出力されたのと同様の、文字化けのないsample1_...
結局は日本語の932系エンコーディングが悪いことをしているっ...
- 色々と試してくださり ありがとうございます。こちらの環境...
- 解決法をご提示くださり ありがとうございます。試してみま...
- Sys.setlocale("LC_ALL", "English") で うまくいきました...
- そちらでもうまく動いたようで良かったです。安心しました...
- optionsでUTF-8を指定すると失敗するというご指摘の通り，...
Sys.setlocale("LC_ALL", "English")
wb <- openxlsx::loadWorkbook("sample1.xlsx")
openxlsx::addWorksheet(wb, "A new worksheet")
openxlsx::writeData(wb = wb, sheet = 1, x = "え", start...
openxlsx::saveWorkbook(wb, "sample1_mod.xlsx", overwrit...
- ぬーん、ややこしいもんですねぇ（笑）勝手なイメージとし...
#comment
**反イメージ相関係数について [#c4d54729]
>[[ともちゃん]] (2021-12-04 (土) 15:43:31)~
~
Rで反イメージ相関係数を計算したいのですがわかりません。~
SPSSでの反イメージ相関係数の出力結果のような感じなのをRで...
//
- 不勉強で反イメージ相関係数という言葉をはじめてお聞きし...
- http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/lecture/PFA/pfa8.html ...
- でしたらそのまま、偏相関係数を計算してマイナス符号をつ...
#comment
**パッケージのインストールができない [#g0fbfb35]
>[[もいくんとぅ]] (2021-08-21 (土) 21:38:06)~
~
Rコマンダー、EZR、その他の必要なパッケージがインストール...
~
使用OSは、Mac Book Pro 15inch Mid 2009 Mac 、Mac OS X Lio...
Rのバージョンは、R-3.2.1-snowleopard.pkg~
~
①CRANのホームページからインストーラーをダウンロードしイン...
②XQuartzプロジェクトからX11システムをインストール済みです...
③Rというアプリケーションを開き、install.packages("RcmdrPl...
~
【警告: リポジトリー https://ism//cran.ism.ac.jp/src/cont...
~
CRANミラーをJapan(Tokyo),Japan(Yonezawa)に変更して試して...
~
解決方法をお願い致します。~
//
#comment
**datasetsがありません [#g8a6f17a]
>[[Rビギナー]] (2021-08-20 (金) 01:35:36)~
~
コマンダーにおいて、パッケージ内のデーター→アタッチされた...
//
- 初歩的な問題でした。テキスト付属のCDROMからアクセスでき...
- そういう問題でしたか。解決されてよかったです。ご自身で...
- コメントありがとうございました。後からわかったのですがR...
#comment
**多変量正規分布の積分について [#ide39545]
>[[よしの]] (2021-07-07 (水) 15:59:48)~
~
多変量正規分布の積分を行いたいのですが，使用できる関数が...
~
正規分布（1変量）の場合，~
f_n <- function(x) dnorm(x, myu, sigma)
integrate(f_n, -Inf, Inf)
で計算でき，このような例はいくつかのサイトに示されていま...
この1変量の場合と同様に，多変量でも積分を行いたいです．~
~
実際に試したいのは，3変量の場合で~
f_mv <- function(x1, x2, x3) dmvnorm(cbind(x1, x2, x3), m...
と，関数を定義して~
これをx1, x2, x3について積分したいのですが，integrateを用...
~
他の方法でも良いので，なにか情報いただければと思います．~
よろしくお願いします．~
~
RStudio ver 1.3.1093~
//
- cubatureパッケージを使うのが簡単そうですが、数値積分の...
library(cubature)
library(mvtnorm)
Mu <- c(0, 1, 2)
Sigma <- diag(length(Mu))
f_mv <- function(x) { dmvnorm(x, mean = Mu, sigma = Sigm...
hcubature(f_mv, c(-3, -2, -1), c(1, 2, 3))
パッケージのヘルプとVignetteを読んで使ってみてください。...
- 情報ありがとうございます．いくつかの分布に対して処理を...
#comment
**プロビット分析の仮定 [#sf6abc04]
>[[まるせん]] (2021-06-29 (火) 18:13:37)~
~
被説明変数に0,1の指標、説明変数に４項目程度の連続データで...
Rでglmを使って無事モデルは構築できたのですが、右辺の被説...
そもそも右辺の被説明変数には標準正規分布の仮定を置いてい...
これ読んどけ、というレポートを教えていただけるだけでもう...
~
お願いします。~
//
- 右辺の被説明変数（？）云々のあたりがよく分かりませんが...
#comment
**両対数目盛での回帰直線 [#xe0feb6d]
>[[つぐ太郎]] (2021-06-19 (土) 15:47:10)~
~
年齢と死亡率が普通メモリグラフでは曲線ですが、両対数目盛...
age <- c(20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, ...
mortality <- c(2, 5, 10, 20, 25, 37, 60, 80, 133, 190, 28...
plot(mortality ~ age, log = "xy")~
If <- glm(mortality ~ 1 + age)~
cf <- If$coefficients~
curve(cf[1] + cf[2] * x, from = 20, to = 80, col = "blue"...
//
- まぁ、出来合いの便利な関数や機能でやる方法もあるでしょ...
「両対数グラフで直線になる」ということは「ageのlogとmorta...
rslt <- lm(log10(mortality) ~ log10(age))
summary(rslt)
としてやればよいわけです。
cf <- coef(rslt)
par(mfrow = c(1, 2))
for (l in c("", "xy")) {
plot(mortality ~ age, log = l)
lines(age, 10 ^ (cf[1] + cf[2] * log10(age)))
}
- 明快にありがとうございます -- [[つぐ太郎]] &new{2021-06...
#comment
**Rtoolsのパスが開けません [#x9a472fd]
>[[KF]] (2021-04-10 (土) 20:44:50)~
~
以下を参考にrstanをダウンロードしようとしています。~
http://www.eeso.ges.kyoto-u.ac.jp/emm/materials/bayesian/...
rstan自体はダウンロード出来たのですが、rstanを使用するた...
~
コード~
writeLines('PATH="${RTOOLS40_HOME}\\mingw64\\bin;${RTOOLS...
警告メッセージ: ~
file(con, "w") でエラー: コネクションを開くことができま...
追加情報: 警告メッセージ:
file(con, "w") で:
ファイル 'C:/Users/*****/OneDrive/??????/.Renviron' を...
~
上のリンクでは「RでHomeとして使っているディレクトリ（デフ...
~
Rtoolsの設定がうまくいっていないせいか、rstanを起動しても...
プロシージャエントリポイント EXTPTR_PTRがダイナミックリン...
~
操作環境は以下の通りです。~
R version 4.0.0 (2020-04-24)~
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)~
Running under: Windows 10 x64 (build 19042)~
~
解決方法をご教示いただけると幸いです。~
よろしくお願いいたします。~
//
- 直接の解決策でなくすみません。~
知り合いのPCをセットアップした際、「起動ディレクトリがOne...
.Rprofile問題の際は、OneDriveでないユーザホーム直下にファ...
- コメント頂きありがとうございます。OneDriveではない場所...
- R, Rstudio, Rtoolすべてアンインストールし、再インストー...
#comment
**read.table()で部分的に文字化けしてしまう [#jc87185b]
>[[Gorou]] (2021-04-07 (水) 20:41:39)~
~
質問です。"UTF-8"ファイルの読み込み時に文字化けしてしまい...
（Wikiの記法に不慣れな点はお許し願います。)~
~
read.table()での文字化けは非常にありがちな質問ですが、~
~
"read.table()"で読み込んだデータが"「部分的に」文字化け"...
~
困っています。~
~
具体的には次のような症状です。~
以下のデータファイルを読み込みたいのですが、~
[data.tsv] (TSV形式、UTF-8、BOMなし）
Age Group Class DBH_mean DBH_sd
31 すべて 全立木 17.9 4.34
31 すべて 生立木 17.9 4.34
31 すべて 残存木 17.9 4.34
36 すべて 全立木 20.0 4.92
36 すべて 生立木 20.0 4.92
36 すべて 残存木 20.0 4.92
41 すべて 全立木 21.9 5.59
41 すべて 生立木 21.9 5.56
41 すべて 残存木 21.9 5.56
~
>df <- read.table("test.tsv",sep="\t",header=TRUE,skip=0...
>head(df)
~
とすると、~
~
Age Group Class DBH_mean DBH_sd X
1 31 すべて \u5168\u7acb\u6728 17.9 4.34 NA
2 31 すべて \u751f\u7acb\u6728 17.9 4.34 NA
3 31 すべて \u6b8b\u5b58\u6728 17.9 4.34 NA
4 36 すべて \u5168\u7acb\u6728 20.0 4.92 NA
5 36 すべて \u751f\u7acb\u6728 20.0 4.92 NA
6 36 すべて \u6b8b\u5b58\u6728 20.0 4.92 NA
("\"はバックスラッシュ）
~
となり、「Group」のカラムは文字化けしないのに、「Class」...
このような中途半端な文字化けは、いろいろググって見たので...
~
また、DBH_sd の右に "X"のカラムができてしまうのも不可解で...
~
TSVをCSVにしたり、ファイル形式をShift-JISにして fileEncod...
おまじないにと,stringAsFactorsをTRUEにしたりFALSEにしても...
~
環境はWindows10 64bit Pro、Rのバージョンは64bitの4.0.4、R...
~
どなたか解決方法をご教示いただけましたら幸いです。何卒よ...
//
- とりあえず列が増えるのは、単に行末の余計なタブのせいで...
~
つぎにClassの列の現象ですが……文字化けというよりは、UTF-8...
~
なぜそんなことになってるかについては……難しいですねぇ。可...
--その列のデータだけ何か理由があって、read.tableがおかし...
--read.tableはできてるんだけど、それを表示するメソッドpri...
--じつはもとのデータもUTF-8のコード直書きみたいな変な形式...
- exampleファイルです -- [[Gorou]] &new{2021-04-09 (金) 1...
- 済みません、操作ミスです（削除方法を勉強中です…） -- [[...
-- 列が増えるのは、余計な半角スペースが入っていたためでし...
-- オリジナルのデータは、RStudio、秀丸エディタ、notepad++...
-- (ubuntuで）nkf -g test.tsv とするとUTF-8が帰ってきます...
-- 度々済みません。根本的な解決策ではないのですが、"read....
- 確認ですが、このページに添付されたtest_utf8.tsvというフ...
> df <- read.table("test_utf8.tsv", sep = "\t", header =...
> head(df)
Age Group Class D_mean H_mean N G V
1 31 すべて 1)間伐前 17.9 12.3 1535 40.95 260.0
2 31 すべて 2)間伐後 17.9 12.3 1535 40.95 260.0
3 36 すべて 1)間伐前 20.0 14.9 1535 51.33 393.1
4 36 すべて 2)間伐後 20.0 14.9 1535 51.33 393.1
5 41 すべて 1)間伐前 21.9 16.6 1535 61.40 517.8
6 41 すべて 2)間伐後 21.9 16.6 1530 61.36 517.6
なおこちらは、R version 4.0.4 on Ubuntu 16.04 LTSをbash上...
- （最初に提示されたデータと列などが違うので、別のデータ...
- 確認ですが、このページに添付されたtest_utf8.tsvというフ...
> はい、その通りです。データを確認していただき、ありがと...
理由はさっぱり分からないのですが、Rを4.0.4から4.0.5にアッ...
違う点としては4.0.5は管理者として、4.0.4は一般ユーザとし...
（管理者だとC:\Program Files\R\R-4.0.5に、一般ユーザだとC...
それにしても、元のデータは
> すべて 全立木
であるのに「文字化け」状態だと
> すべて \u5168\u7acb\u6728
と部分的に化けてしまうと言うのはさっぱり訳が分かりません。
いずれにしても、これまでのデータやスクリプトが問題なく使...
助言をくださったみなさん、どうもありがとうございます。
（ちなみにtidyverseのread_csvも、再確認したところ4.0.5に...
- （返信の編集方法はこれで良かったのかな？みなさん、あり...
#comment
**シミュレーションで確率を見積もりたい [#lba761df]
>[[HO0217]] (2020-12-29 (火) 21:28:39)~
~
「赤札と青札がある。確率1/2でどちらかを引く。~
これを100回繰り返し、赤札を55回以上引く確率を求めよ。」~
という問題を解くため、正規分布に近似して確率を求めると、~
15.87%でした。~
(これは私の計算結果で、答えは知りません。あってるとは思い...
~
~
近似ではなく、二項分布で計算してみようと思い、~
以下のコードで確率を計算すると、約18.41%(出力は0.1841008)...
近似とはやや違う結果となりました。~
tmp_nu<-0~
n_nu<-100~
k_nu<-55~
for(i in k_nu:n_nu){~
tmp_nu<-(
choose(n_nu,i)*(1/2)^(i+(100-i))
)+tmp_nu
}~
tmp_nu~
~
~
次に、シミュレーションで確率を見積もるために以下のコード...
出力は0.13554となりました。~
~
simu_0_nu<-100 #100枚引く。~
simu_1_nu<-1000000 # 何セット試すか。~
result_0_ve<-rep(NA,simu_0_nu)~
result_1_ve<-rep(NA,simu_0_nu)~
result_2_ve<-rep(F,simu_1_nu)~
set.seed(123)~
for(i in 1:simu_1_nu){~
for(j in 1:simu_0_nu){
result_0_ve<-rnorm(simu_0_nu,0,1) #平均0の正規分布は確...
result_1_ve<-result_0_ve>0 #0を越えたら真
}
result_2_ve[[i]]<-sum(result_1_ve)#真の数を数える
}~
~
sum(result_2_ve>55)~
sum(result_2_ve>55)/simu_1_nu~
~
~
ちなみに、set.seed(123)を~
set.seed(777)にすると0.135447~
set.seed(789)にすると0.136265~
set.seed(111)にすると0.136006~
set.seed(222)にすると0.135414~
となりました。~
どうやら偶然ではなく、私がシミュレーションに使ったコード...
他の計算よりも小さい値になっているようです。~
~
何が原因でシミュレーションと二項分布の計算でこんなにも違...
~
わかる方がいらっしゃいましたら、教えてくださると助かりま...
よろしくお願いいたします。~
//
- 55を含むかどうかの差ではないのですか？ -- &new{2020-12...
> set.seed(1)
> N <- 1000000
> n <- replicate(N, {sum(rnorm(100) > 0)})
> sum(n > 55) / N
[1] 0.135948
> 1 - pbinom(55, 100, 0.5)
[1] 0.1356265
> sum(n >= 55) / N
[1] 0.184649
> 1 - pbinom(54, 100, 0.5)
[1] 0.1841008
- ありがとうございます。全く気が付きませんでした。 -- [[H...
#comment
**所感 [#y895d2fe]
>[[元Rユーザー]] (2020-12-27 (日) 22:33:22)~
~
全盛期とは比較にならないほどの過疎ぶりですね・・・時代は...
//
- ここは初心者に辛辣なコメントが多いのも一因かなぁと。sla...
- 「一時のような辛辣なコメントが減って落ち着いたので、良...
#comment
**パネルデータ分析における警告メッセージ（重複エラー？） ...
>[[R初心者]] (2020-11-08 (日) 22:39:38)~
~
パネルデータでplm分析を行ってますが、下記のメッセージが出...
~
警告メッセージ: ~
1: pdata.frame(data, index) で: ~
duplicate couples (id-time) in resulting pdata.frame
to find out which, use e.g. table(index(your_pdataframe)...
2: is.pbalanced.default(index[[1]], index[[2]]) で: ~
duplicate couples (id-time)
~
恐らく重複エラーなのかもしれませんが、下記を見ると年次な...
~
コード PBR 業種コントロール 年次 `1人当たり単体人件...
<chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> ...
1 T1301 0.915 0.630 2019 5.87 ...
2 T1301 0.908 0.618 2018 5.88 ...
3 T1301 0.872 0.644 2017 6.18 ...
4 T1301 0.867 0.678 2016 6.15 ...
//
#comment
**急ぎで知りたいです。 [#k20d893a]
>[[Rビギナー]] (2020-10-28 (水) 01:22:23)~
~
SVM実装の際に、package(kernlab)を使用しています。ksvm関数...
~
SVM <- ksvm( data_Mic.dummy ~AveMaxTemp7+TP1yp+TN1yp+AveW...
data=data_Mic,
kernel ="rbfdot", #カーネル関数の設定
kpar=list(sigma=0.2), #カーネル関数のパラメ...
C=1,
cross=10)
.local(x, ...) でエラー: ~
No Support Vectors found. You may want to change your p...
追加情報: 警告メッセージ:
.local(x, ...) で: 強制変換により NA が生成されました
//
#comment
**Rで複数の関数のセットをループしたい。 [#u1756c69]
>[[R初心者]] (2020-10-20 (火) 12:55:09)~
~
R初心者で色々わかっていないので、質問の仕方が間違ってたら...
Rで関数の処理を行いたいのですが、~
~
解析結果のデータは~
~
dds <- 解析結果~
~
に格納しました。~
その大量のデータの中で図示したい５つだけをリストアップし~
dataという下記のようなデータフレームを作りました。~
~
name ID~
1 aaaaa 001~
2 bbbbb 002~
3 ccccc 003~
4 ddddd 004~
5 eeeee 005~
~
処理したい関数が下記のように３つでpng→plotCount→dev.offで...
~
図示したいのが1つであれば~
png("aaaaa.png")~
plotCounts(dds, gene="001", intgroup="condition" )~
dev.off~
~
でデータフレームの一行目のものが図として保存されます。~
ですが連続してdataの二行目、三行目...と自動でループ処理さ...
forやlapplyなどを試したのですが、引数がnameとIDの二つとい...
~
どなたかお詳しい方に上記の関数でpng→plotCount→dev.off→png...
~
よろしくお願いします。~
//
- データフレームの中身をループで取得してください
for(i in 1:nrow(dds)){
name_ <- dds$name[i];
ID_ <- dds$ID[i]
}
ループの中でpng, plotCount, dev.offを順次呼び出せば動くと...
-- &new{2020-10-23 (金) 11:55:09};
- ありがとうございます。 -- [[R初心者]] &new{2020-11-06 (...
#comment
**回帰直線 (RMA) の描き方と統計情報の出し方等について [#b...
>[[うみねこ]] (2020-07-24 (金) 22:13:58)~
~
R version 3.6.1 (2019-07-05)~
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)~
Running under: Windows 10 x64 (build 18363)~
~
回帰直線の描き方と、その統計情報の出し方について、教えて...
９列×６行の表があり、その２列目（length）と６列目(weight)...
出来たら、95％予測区間や95％信頼区間等についても出し方を...
どうぞご教授よろしくお願いいたします。~
~
data<- read.table('body.txt', header=T)~
row.names(data)=data[,1]~
length <- setNames(log(data[,2]),data[,1])~
weight <- setNames(log(data[,6]),data[,1])~
model <-gx.rma(length,weight)~
model~
//
- 実際の data がどういうものかわからないので，適当にいか...
> set.seed = 1234567
> data = as.data.frame(matrix(runif(54), 6, 9))
> data[,1] = letters[1:6]
> row.names(data)=data[,1]
> length <- setNames(log(data[,2]),data[,1])
> weight <- setNames(log(data[,6]),data[,1])
> model <-gx.rma(length,weight)
Reduced Major Axis for length and weight
Means = -1.05 -0.679
SDs = 0.7428 0.8641
Corr = 0.5295
N = 6
Fit = 28%
SE 95% CLs
Slope = 1.163 0.4028 0.1277 <-> 2.199
Intercept = 0.5422 0.518067 -0.7895 <-> 1.874
Accept hypothesis that RMA is (0,1)
> model
$n
[1] 6
$mean
[,1] [,2]
[1,] -1.049833 -0.6789889
$sd
[,1] [,2]
[1,] 0.7428316 0.8640773
$corr
[1] 0.5295494
$a0
[1] 0.5421989
$a1
[1] 1.163221
$sea0
[1] 0.5180675
$sea1
[1] 0.4028333
他の人が追試できるように質問すべし。 -- &new{2020-07-26 ...
- すみません。質問が下手で、大変失礼いたしました。データ...
- > 関数 "gx.rma" を見つけることができませんでした&br;っ...
- install.packages("rgr") をしていないのが原因でした。確...
- > 最小二乗法と同じように作っているつもりですが&br;どの...
ifplot
if a x-y plot of the independent variables is required...
The plot is equi-scaled and the 1:1 line is added. If ...
よくわからないまま，適当にプログラムを書いてもだめです。...
- はい。gx.rmaには掲載されていません。if plotは、もちろん...
- > それの入力の仕方がわかりません&br;Usage の下に，関数...
Usage
gx.rma(xx1, xx2, x1lab = NULL, x2lab = NULL, log = FALSE...
ifrma = FALSE, ifcoeffs = FALSE, ifform = FA...
あなたの例の場合だと，
gx.rma(length, weight, x1lab="Length(cm)", x2lab="Weight...
のようになる。 -- &new{2020-07-27 (月) 16:27:48};
- ありがとうございます。無事にplotされました。このUsageも...
#comment
**Treatment indicator ('Tr') must be a logical variable--...
>[[catdogcat]] (2020-07-24 (金) 18:20:51)~
~
マッチングを試みましたが下記のエラーが出ました~
~
Treatment indicator ('Tr') must be a logical variable---i...
~
比較する群の変数は因子としてあり 0.1 となっているのです...
解決策がわかりません。~
ご教授お願い致します。~
//
- 実際にあなたが何をやったかが，全くわからない。なのに，...
- 幼稚な質問であり申し訳ございません。確かにlogical varia...
#comment
**Rcppで行列を多次元配列にfor文で代入する [#m2aaf0fb]
> (2020-07-22 (水) 23:44:38)~
~
下記コードをpgm.cppに保存後、Rcpp::sourceCpp("pgm.cpp")で...
test(matrix(c(1,2,3,4),2,2))を実行したのですが1行1列の値...
~
~
#include<Rcpp.h>
#define MAX 100
using namespace std;
// [[Rcpp::export]]
int test(Rcpp::IntegerMatrix mtx){
int matrix[MAX][MAX];
for(int i=0; i < mtx.rows(); ++i){
for(int j=0; j < mtx.cols(); ++j){
matrix[i][j] = mtx(i,j);
}}
return matrix[0][0];
}
//
- やってみたけど，確かに1x1の行列は帰ってこないけど，R が...
#comment
**くの字に曲がるデータプロットの特異点の算出？ [#b8b95798]
>[[がんば]] (2020-07-22 (水) 08:35:12)~
~
昨年はおせわになりました。実験結果をグラフにすると直線状...
動作環境：~
> sessionInfo() ~
R version 4.0.2 (2020-06-22)~
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)~
Running under: Windows 10 x64 (build 18363)~
Matrix products: default~
locale:~
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Japa...
[4] LC_NUMERIC=C LC_TIME=Japanese_Japan...
attached base packages:~
[1] stats graphics grDevices utils datasets met...
loaded via a namespace (and not attached):~
[1] compiler_4.0.2 tools_4.0.2~
//
- Googleで"bent line gression R"で検索すると、Rbentパッケ...
- http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/oresen.html 二本の直線...
- ↑を元に検討してみます。ありがとうございます。 -- [[がん...
- RbentパッケージについてはhelpのExsamplesをいじってみて...
#comment
**R studio でグラフ化した時に日本語文字化けが起こる [#bac...
>[[りょう]] (2020-06-30 (火) 21:38:04)~
~
Rによる多変量解析と言う本でRを動かしているのですが、グラ...
よくわからないのが、"plot", "plotmeans"などでは日本語表示...
~
>jhk <- read.csv('人事評価結果.csv')~
head(jhk, 3)~
|ID|性別|部署|年代|協調性|技能|知識|ストレス|~
|1|M|A部|中堅|70|65|71|53|~
|2|F|B部|熟練|45|62|70|46|~
・・・・・・~
par(family = "HiraKakuProN-W3") #一応これ試してみました~
library(lattice, gplots)~
histogram(~ストレス, data = jhk, breaks = 20, type='count...
xyplot(知識~技能|年代+部署, data=jhk) #文字化けする~
plotmeans(協調性~性別, data=jhk, p=0.95, ylim=c(49, 54)) ...
~
・macOS Catalina バージョン10.15.5~
・R studio version 4.0.2 です。この前に使用していたバー...
・CSVファイルはUTF-8で保存されています。~
・par(family = "HiraKakuProN-W3") なども試しました。~
~
GoogleやCRAN, マニュアルなどで既に調べたのですがわからず...
//
- ごめんなさい。コードの部分を青くしたり、表形式にしたつ...
- お門違いの場所にアップされ，誰も返事をしない，もう見て...
pdf("test.pdf") # ひつようなら他のパラメータの設定も
histogram(~ストレス, data = jhk, breaks = 20, type='coun...
xyplot(知識~技能|年代+部署, data=jhk) #文字化けしない
plotmeans(協調性~性別, data=jhk, p=0.95, ylim=c(49, 54))...
dev.off()
どんなもんだ？ -- &new{2020-07-14 (火) 14:04:24};
#comment
**ggplot [#bc6d7d37]
>[[ぼう]] (2020-05-14 (木) 12:25:32)~
~
R4.00でggplotを使おうと思っていますが、エラーが出てしまい...
~
次のコマンドを実行すると、下のような結果が出てきてしまい...
> install.packages("ggplot2", dependencies = TRUE)
> library(ggplot2)
> str(iris)
'data.frame': 150 obs. of 5 variables:~
$ Sepal.Length: num 5.1 4.9 4.7 4.6 5 5.4 4.6 5 4.4 4....
$ Sepal.Width : num 3.5 3 3.2 3.1 3.6 3.9 3.4 3.4 2.9 ...
$ Petal.Length: num 1.4 1.4 1.3 1.5 1.4 1.7 1.4 1.5 1....
$ Petal.Width : num 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.4 0.3 0.2 0....
$ Species : Factor w/ 3 levels "setosa","versicolor...
> ggplot(data=iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width))~
ggplot(data = iris, aes(x = Sepal.Length, y = Sepal.Wid...
関数 "ggplot" を見つけることができませんでした
//
- ggplot2 がインストールされていない（OS はなんですか。M...
と，思ったが，Windows でもインストールはコンパイルが必要...
あなたの場合，コンパイルに失敗していると言うことはありま...
- ありがとうございます。Win10を使っています。library(ggpl...
- ありがとうございます。Win10を使っています。library(ggpl...
#comment
**ccf [#y347335b]
>[[show]] (2020-03-10 (火) 12:58:28)~
~
ccf(rw,rw2)と入力した場合、どちらを基準にしてlagを取って...
//
- ? ccf -- "The lag k value returned by ccf(x, y) estimat...
- rw2を基準としているということでしょうか。 -- [[show]] &...
- what? rw2? what do you mean?-- &new{2020-03-11 (水) 22...
- ccf(rw,rw2)の場合、rw２を基準にしてるということでしょう...
- x[t+k] and y[t] -- &new{2020-03-13 (金) 10:12:16};
- なぜ自分で確かめもせず，不毛な質問を続けるのかなあ？~
以下のようなテストデータを作ってみる。ベクトルの長さ n = 10
> set.seed(12345)
> n <- 10
> x <- rnorm(n)
> y <- rnorm(n)
ラグ lag = 2，で ccf してみる
> print(ccf(x, y, lag, plot=FALSE), digits=7)
Autocorrelations of series ‘X’, by lag
-2 -1 0 1 2
0.1416173 0.5327757 -0.2716881 0.2595251 -0.1681542
自分で相互相関係数を計算するときに必要なもの。
> mean.x <- mean(x) # x の平均（全部使う）
> mean.y <- mean(y) # y の平均（全部使う）
> ss.x <- var(x)*(n-1) # x の変動（全部使う）
> ss.y <- var(y)*(n-1) # y の変動（全部使う）
相互相関係数を計算する。lag = 2~
使用するデータベクトル~
x[(lag+1):n]-mean.x つまり，lag+1 から n まで，長さ n-lag...
y[1:(n-lag)]-mean.y つまり，1 から n-lag まで，長さ n-lag...
両者掛け合わせて合計し（部分の共変動だ） sum((x[(lag+1):n...
x，y 両方の全体の変動の積の平方根 sqrt(ss.x * ss.y) で割る
> sum((x[(lag+1):n]-mean.x) * (y[1:(n-lag)]-mean.y) / sq...
[1] -0.1681542
上の ccf の lag = 2 の下に書かれている数値 -0.1681542 と...
つまり，ヘルプに書いている 「x[t+k] and y[t]」というのは...
x[(lag+1):n] と y[1:(n-lag)] どちらを基準にしていますか？~
そんなこと，どっちだっていいじゃないか。 -- &new{2020-03...
#comment
**R のアップデート [#rac7c1ae]
>[[私は誰でしょう？]] (2020-03-01 (日) 21:20:52)~
~
今まで，最新の R にするために（新しもの好きなので）~
あ，見ての通り，Mac ユーザです。~
~
curl https://mac.r-project.org/el-capitan/R-3.6-branch/R-...
~
~
をやっていたのですが，2 ヶ月ほど前から，実行結果が思わし...
つまるところ，件の URL はアクセス不可ということのようで，...
~
念の為~
http://mac.r-project.org/el-capitan/R-3.6-branch/R-3.6-br...
を使えばアップデートは出来ます。~
//
- サイトの方のWAFとかでブロックされているのか, 単なる設定...
curl -O http://mac.r-project.org/el-capitan/R-3.6-branch...
sudo installer -pkg ./R-3.6-branch-el-capitan-signed.pkg...
とかでお茶を濁しては... -- [[何処の誰かは知らないけれど]]...
- 有難うございます。取りあえずは，それで，しのいでみます...
#comment
**連番でファイルを読み込みたいときにファイルに欠番がある...
>[[Rビギナー]] (2020-02-26 (水) 10:12:45)~
~
お世話になります．~
下記のように1～3まで連番のファイルを読み込みたいのですが...
try関数で可能かと思いやってみたのですが，だめでした．~
ご教示ください．~
よろしくお願いいたします．~
~
＝＝ここから~
point <- 1:3 # for文を回す数を設定
for (i in point) {
mypath <- file.path(getwd(), paste0(i,"t2-1.csv"))
df <- assign(paste0("data",i), read.csv(mypath, heade...
df <- data.frame(df)
df
head(df)
df$X <- strptime(df$X,"%Y/%m/%d %H:%M'%S")
head(df)
df$X <- as.POSIXlt(df$X,"%Y/%m/%d %H:%M:%S",tz="GMT0")
head(df)
#https://qiita.com/tktz/items/733c37b1d6102ae52120
library(xts)
df$X <- align.time(df$X-10*60/2,10*60)
head(df)
date = paste0("date",i)
Temp = paste0("Temp",i)
RH = paste0("RH",i)
colnames(df) <- c(date,Temp,RH)
head(df)
mypath <- file.path(getwd(), paste0(i,"t1.csv"))
write.csv(df,mypath)
}
//
- insert 1 sentence. -- &new{2020-02-26 (水) 10:46:10};
mypath <- file.path(getwd(), paste0(i,"t2-1.csv"))
if (! file.exists(mypath)) next
- or -- &new{2020-02-26 (水) 11:09:20};
files = list.files(getwd(), pattern="[0-9]*t2-1.csv")
for (f in files) {
# describe what you want to do
}
- お二人の方，ありがとうございました．おかげさまでうまく...
- お二人の方，ありがとうございました．おかげさまでうまく...
#comment
**時系列 [#h477736a]
>[[マリン]] (2020-02-23 (日) 10:13:04)~
~
２つの時系列のデータ（約８０個）の相関（どのくらい類似性...
見たいのですが、方法を教えてください。~
//
- まずはググってみて，それからにしなさい -- &new{2020-02...
- ？ -- [[マリン]] &new{2020-02-24 (月) 07:45:37};
#comment
**固定効果を用いた回帰線 [#s967c99e]
> (2020-02-14 (金) 14:34:30)~
~
Book1というcsvファイルのデータを用いてGLMMによる解析を行...
csvファイルおよび解析を行ったスクリプトをBook1GLMMという...
よろしくお願いいたします。~
//
- do! just shown as article '2020-01-30 (木) 12:37:42' t...
data <- read.csv("Book1.csv")
data
# update.packages
# install.packages("lme4")
library(lme4)
par(family = "HiraKakuProN-W3")
model1 <- glmer(POMN ~ log(siltclayN) + (1 | Place), fam...
summary(model1)
place = c("HA", "TN", "OG", "YN", "KG", "WA", "AS") # デ...
place2 = c("半田山", "田野", "小川", "与那", "上賀茂", "...
pch = c(25, 18, 17, 16, 15, 9, 8)
col = c("black", "red", "cadetblue", "magenta", "brown",...
plot(data$siltclayN, data$POMN, pch = rep(pch, each = 5)...
legend("bottomright", legend = place2, pch = pch, col = ...
xx <- seq(min(data$siltclayN), max(data$siltclayN), leng...
# yy <- exp(1.1136 + 0.4651 * xx) # そもそも間違い
# lines(xx, yy, lwd = 2)
for (i in seq_along(place)) { # 7 本の曲線を引くんでしょ？
newdata = data.frame(siltclayN=xx, Place=rep(place[i],...
yy = predict(model1, newdata=newdata, type="response")
lines(xx, yy, col=col[i])
}
- 7本の曲線は引けました。勉強不足でお恥ずかしいのですが、...
- quit -- &new{2020-02-14 (金) 21:04:44};
#comment
**ガンマ分布 [#f464b927]
> (2020-02-06 (木) 21:14:35)~
~
GLMMなどで、目的変数に用いるデータが連続値で0以上であれば...
「non-positive values not allowed for the 'gamma' family...
また、同じデータで線形混合効果モデルなら結果は出るのです...
解決策などありましたら、お教えいただけますと幸いです。~
//
- show your data and your script(program). -- &new{2020-...
- model1<-glmer(A~log(B)+(1|Place),family=Gamma(link="log...
- model2<-lmer(A~B+(1|Place),data=d) In this script was ...
- The data was uploaded. It is data named data.csv. -- &...
- 'non-positive values not allowed for the 'gamma' family...
> library(lme4)
> d = read.csv("data.csv")
> model1 <- glmer(A ~ log(B) + (1|Place),f amily=Gamma(l...
eval(family$initialize, rho) でエラー:
non-positive values not allowed for the 'gamma' family
using d2
> d2 = d[d$A > 0, ]
> model1-2 <- glmer(A~log(B) + (1|Place), family=Gamma(l...
> model1-2
no error happend.&br;
can you understand?&br;you must *respect* 'error message'...
- I will try it once. One more thing I want to ask. -- &...
- Now I uploaded another data. When the script of model2 ...
- you! just , imput '? IsSingular'(without last '?') in c...
model2<-lmer(NitMAOMrecover~MAOMCN+(1|Place),data=example)
summary(model2)
place=c("HA","TN","OG","YN","KG","WA","AS")
pch=c(25,18,17,16,15,9,8)
col=c("black","red","cadetblue","magenta","brown","coral...
plot(example$B,example$A,pch=rep(pch,each=5),col=rep(col...
legend("bottomright",legend=place,pch=pch,col=col,cex=1.5)
xx<-seq(min(example$B),max(example$B),length=1000)
for(i in seq_along(place)){
yy<-predict(model2,newdata=data.frame(B=xx,Place=rep...
lines(xx,yy,col=col[i],lwd=2)}
- Excuse me. I want to show the script to draw the regres...
- they said. "その前に，「[[投稿における注意事項]]」を読...
- surprisingly, it's a reckless and messy program.~
Four variables "Sample,Place,A,B" are included in your "e...
but, your wrote "NitMAOMrecover~MAOMCN+(1|Place),data=exa...
more over, you wrote variables "A", "B" as "example$B" or...
a data-frame in lmer function is different from a "new" d...
you have to study a basis of R. -- &new{2020-02-07 (金) ...
#comment
**GLMMについて [#tc8ba31b]
>[[ra]] (2020-01-27 (月) 11:58:45)~
~
R初心者です。~
GLMMで解析を行った後、散布図に回帰線を引きたいのですが、p...
入力したコマンドを載せておきます。~
よろしくお願いいたします。~
~
model1<-glmer(POMN~log(siltclayN)+(1|Place),family=Gamma(...
plot(data$siltclayN,data$POMN,pch=c(25,18,17,16,15,9,8),c...
legend("bottomright",legend=c("HA","TN","OG","YN","KG","W...
xx<-seq(min(data$siltclayN),max(data$siltclayN),length=10...
yy<-predict(model1,newdata=data.frame(siltclayN=xx),type=...
lines(xx,yy,lwd=2)~
//
- new data set has to include 'siltclayN' *and* 'Place' -...
- Sorry,how do I create that data set? -- &new{2020-01-2...
- just, create -- &new{2020-01-27 (月) 22:11:04};
-
POMN <- c(data$POMN)
siltclayN <- c(data$siltclayN + Place)
dataframe <- data.frame(POMN, siltclayN)
model1 <- glmer(POMN~log(siltclayN) + (1|Place1), family...
plot(dataframe$siltclayN, dataframe$POMN, pch=c(25,18,17...
legend("bottomright", legend=c("HA","TN","OG","YN","KG",...
xx <- seq(min(dataframe$siltclayN), max(dataframe$siltcl...
yy <- predict(model1, newdata=data.frame(siltclayN=xx), ...
-- &new{2020-01-27 (月) 23:14:23};
- What's wrong? -- &new{2020-01-27 (月) 23:16:01};
- newdata=data.frame(siltclayN=xx, Place = ???????) -- &...
- In this command and Place=xx, an error has occurred. Wh...
- Place is factor isn't it? 'Place = xx' may be invalid!&...
I'll show you an e xample.
> df = data.frame(x=c(3,2,1,3,5), f=factor(c(1,2,2,3,3))...
> fit = lm(y ~ x + f, data=df) # f may not be a factor
> predict(fit) # this prediction uses data-frame df
1 2 3 4 5
2.0 5.4 5.6 5.7 5.3
if you predict with another data-frame, the data-frame mu...
following newdata contains 'x' and 'f'. first 5 elements ...
> newdata = data.frame(x=c(3,2,1,3,5, 2,3,5), f=factor(...
> predict(fit, newdata)
1 2 3 4 5 6 7 8
2.0 5.4 5.6 5.7 5.3 2.2 5.2 4.8 # first five values ar...
do you understand?? -- &new{2020-01-28 (火) 16:28:06};
- Place is a factor. In that case, is Place=c(data$Place)...
- I ran it with reference to your example, how can I draw...
- if new data-frame is declared as 'newdata=data.frame(si...
- 'prediction line'?? no, no, prediction *prediction plan...
- your model is POMN = α * log(siltclayN[i]) + β * Place[...
- your data-frame is curious, isn't it?&br;
what do you mean
siltclayN <- c(data$siltclayN + Place)
dataframe <- data.frame(POMN, siltclayN)
if Place is a factor variable you cant add to data$siltcl...
- upload your data is best way to get solution -- &new{2...
- Did you fall into a deadlock? -- &new{2020-01-29 (水) ...
- yes... I don't know how to draw a regression line consi...
- Can you tell me what to improve specifically? -- &new{...
- upload your data is best way to get solution -- &new{2...
- Upload now. It is a file called Book1. -- &new{2020-01...
- alright, I was able to upload. -- &new{2020-01-30 (木)...
- Your program is strange overall. for example, pch=c(25,...
you may want a result like this. -- &new{2020-01-30 (木)...
library(lme4)
data = read.csv("Book1.csv")
model1 <- glmer(POMN ~ log(siltclayN) + (1 | Place),
family = Gamma(link = "log"), data = data)
summary(model1)
place = c("HA", "TN", "OG", "YN", "KG", "WA", "AS")
pch = c(25, 18, 17, 16, 15, 9, 8)
col = c("black", "red", "cadetblue", "magenta", "brown",...
plot(data$siltclayN, data$POMN, pch = rep(pch, each = 5),
col = rep(col, each = 5)) # , cex=3, cex.axis=2)
legend("bottomright", legend = place, pch = pch, col = c...
xx <- seq(min(data$siltclayN), max(data$siltclayN), leng...
for (i in seq_along(place)) {
yy <- predict(model1,
newdata = data.frame(siltclayN = xx, Place = rep(place...
type = "response")
lines(xx, yy, col = col[i])
}
&ref(glmer.png);
- I wanted to make this diagram. It was very helpful! I d...
- I'm really thankful to you! -- &new{2020-01-30 (木) 13...
- I want to draw a regression line with the estimated fix...
#comment
**文字列からバイト数を指定して切り出す [#dcc3e621]
> (2020-01-26 (日) 22:45:01)~
~
半角・全角が混在する文字列からバイト数を指定して、部分文...
例えば~
x <- "あaいbうc"~
という文字列から3-5byte目を抽出したいです。~
（"aい"という部分文字列を抽出したいです。）~
~
substringは文字数を指定する関数のため、byte単位で抽出が不...
~
お手数ですがご教示お願いいたします。~
//
- ? substr / If an input element has declared "bytes" enc...
- そもそも3-5byte目が「aい」というは正しいですか？ -- [[S...
> x <- "あaいbうc"
> charToRaw(x)
[1] e3 81 82 61 e3 81 84 62 e3 81 86 63
「あ」は3バイト文字なので途中で切られて、3-5byte目は「82 ...
全角半角の字数をバイト数で何とかしようとするのは無理があ...
- it's just he wants! -- &new{2020-01-27 (月) 22:13:13};
- euc-jp uses 2 bytes for 1 japanese character
> x <- "あaいbうc" # UTF-8: あ == \xe3\x81\x82
> xx = iconv(x, "utf-8", "euc-jp")
> xx
[1] "\\xa4\\xa2a\\xa4\\xa4b\\xa4\\xa6c" # EUC-JP: あ == ...
> Encoding(xx) = "bytes"
> iconv(substr(xx, 3, 5), "euc-jp", "utf-8")
[1] "aい"
cp932 uses 2 bytes for 1 japanese character, too
> x <- "あaいbうc"
> yy = iconv(x, "utf-8", "cp932")
> yy
[1] "\x82\xa0a\x82\xa2b\x82\xa4c" # CP932: あ == \x82\xa0
> Encoding(yy) = "bytes"
> iconv(substr(yy, 3, 5), "cp932", "utf-8")
[1] "aい"
do you understand? -- &new{2020-01-28 (火) 11:38:51};
- 文字コードを変換してsubstrで切り出すということですね。...
#comment
**apply系関数でfunに線形回帰lmが適用可能な関数 [#v28d972a]
>[[TY]] (2020-01-07 (火) 15:59:04)~
~
シミュレーションで同じ関数を繰り返し(10^5~10^6回程度)実行...
例えば，以下のsample_dataでREP毎にlm(y~x)を実行したいです...
for文で実行することはできるのですが，一般にapply系関数の...
探しています．apply系関数に関する知識は，tapply関数にmean...
tapply(sample_data$y, sample_data$REP,mean)~
程度のレベルです．~
~
【sample_data】~
y x REP
1 133 3.9 1~
2 81 -2.3 1~
3 104 -1.2 1~
4 89 0.7 1~
5 142 4.0 1~
6 74 -2.9 1~
7 140 3.9 1~
8 170 4.4 1~
9 128 1.6 1~
10 107 1.2 1~
11 49 -4.3 2~
12 79 -2.9 2~
13 77 -3.2 2~
14 125 1.8 2~
15 82 -1.1 2~
16 132 2.6 2~
17 99 -0.0 2~
18 140 2.1 2~
19 140 4.9 2~
20 88 -1.1 2~
//
- 「REP毎にlm(y~x)を実行したい」のか，同じような 10^5 ほ...
つまり，rep が 1~10^5 くらいの種類があって，それぞれにつ...
- ありがとうございます．出直してきます． -- [[TY]] &new{2...
- 必要なのは，そういう対応ではないと思うが。質問にも答え...
#comment
ページ名:
![[RjpWiki]](image/../Rlogo.png "[RjpWiki]")
