Ｑ＆Ａ (初級者コース)/17
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COLOR(green){SIZE(20){初心者のための R および RjpWiki に...
COLOR(red){SIZE(16){以下の 4 つの「●項目」のどれかをクリ...
----
COLOR(blue){● [[新規投稿欄:>#sinki]]} --- その前に，「[[...
COLOR(blue){● [[このページの目次>#mokuji]]} --- 質問への...
COLOR(blue){● [[最新のスレッド>#saisin]]} --- 最も最近に...
COLOR(blue){● [[Ｑ＆Ａ (初級者コース) 過去の目次]]} --- ...
----
&aname(mokuji);COLOR(green){●● 目次 ●●}
参照は，個々の項目をクリック（質問への回答・コメントの参...
#contents
----
&aname(sinki);
COLOR(green){●● 新規投稿 ●●}
まずは，「[[投稿における注意事項]]」を読んで，それに従っ...
COLOR(red){これに従わない場合には，回答が得られにくい場合...
**オブジェクト###がありません。というエラー [#ke961c31]
>[[univ]] (2019-12-16 (月) 23:52:06)~
~
OECDによる国際調査PIAACを分析しているのですが、table作成...
library("intsvy")
data("piaac", package= "PIAAC")
ptable <- piaac.table(variable = "AGEG10LFS", data = pia...
を実行すると、
data.frame(table(data[[variable]][drop = TRUE]), Percent...
とエラーが出ます。~
tabtotはintsvy.table関数内で定義されているようです。
intsvy.table <- function (variable, by, data, config)
{
table.input <- function(variable, data, config) {
if (sum(is.na((data[[variable]]))) == length(dat...
result <- data.frame(NA, Freq = 0, Percentag...
Std.err. = NA)
names(result)[1] <- variable
return(result)
}
if (config$parameters$weights == "JK") {
R.wt <- sapply(1:max(data[[config$variables$...
function(x) ifelse(data[[config$variable...
x, 2 * data[[config$variables$weight]]...
data[[config$variables$weight]]))
if (isTRUE(config$parameters$varpv1)) {
tabrp <- as.matrix(sapply(1:ncol(R.wt), ...
total = FALSE, weights = R.wt[, x])))
tabtot <- percent(as.factor(as.numeric(d...
weights = data[[config$variables$weigh...
na.rm = TRUE, total = FALSE)
if (length(tabtot) != 1) {
tabse <- apply((tabrp - tabtot)^2, 1, ...
}
else {
tabse <- 0
}
}
else {
R.wt2 <- sapply(1:max(data[[config$varia...
function(x) ifelse(data[[config$variab...
x, 2 * data[[config$variables$weight...
ifelse(data[[config$variables$jackkn...
1, 0, 1), data[[config$variables$w...
R.wt <- cbind(R.wt, R.wt2)
tabrp <- as.matrix(sapply(1:ncol(R.wt), ...
total = FALSE, weights = R.wt[, x])))
tabtot <- percent(as.factor(as.numeric(d...
weights = data[[config$variables$weigh...
na.rm = TRUE, total = FALSE)
if (length(tabtot) != 1) {
tabse <- (apply((tabrp - tabtot)^2, 1,...
}
else {
tabse <- 0
}
}
}
if (config$parameters$weights == "BRR") {
tabrp <- as.matrix(sapply(1:config$parameter...
function(i) percent(as.factor(as.numeric...
total = FALSE, weights = data[[paste(c...
i, sep = "")]], na.rm = TRUE)))
tabtot <- percent(as.factor(as.numeric(data[...
weights = data[[config$variables$weightF...
na.rm = TRUE, total = FALSE)
if (length(tabtot) != 1) {
tabse <- sqrt(rowSums((tabrp - tabtot)^2...
}
else {
tabse <- 0
}
}
result <- data.frame(table(data[[variable]][drop...
Percentage = round(as.numeric(tabtot), 2), S...
2))
names(result)[1] <- variable
return(result)
}
if (missing(by)) {
output <- table.input(variable = variable, data ...
config = config)
}
else {
for (i in by) {
data[[c(i)]] <- as.character(data[[c(i)]])
}
output <- ddply(data, by, function(x) table.inpu...
variable = variable, config = config))
}
class(output) <- c("intsvy.table", "data.frame")
output
}
環境は
R version 3.6.2 (2019-12-12)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 17134)
Matrix products: default
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Jap...
[3] LC_MONETARY=Japanese_Japan.932 LC_NUMERIC=C ...
[5] LC_TIME=Japanese_Japan.932
attached base packages:
[1] grid stats graphics grDevices utils da...
[8] base
other attached packages:
[1] ggplot2_3.2.1 svyPVpack_0.1-1 survey_3.36 ...
[5] Matrix_1.2-18 memisc_0.99.20.1 MASS_7.3-51.4 ...
[9] sca_0.9-0 remotes_2.1.0 intsvy_2.4
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Rcpp_1.0.1 pillar_1.4.2 compiler_3....
[4] RColorBrewer_1.1-2 plyr_1.8.5 base64enc_0...
[7] tools_3.6.2 rpart_4.1-15 digest_0.6....
[10] checkmate_1.9.4 htmlTable_1.13.3 jsonlite_1....
[13] tibble_2.1.1 gtable_0.3.0 pkgconfig_2...
[16] rlang_0.4.2 DBI_1.0.0 rstudioapi_...
[19] xfun_0.11 gridExtra_2.3 withr_2.1.2...
[22] stringr_1.4.0 knitr_1.26 repr_1.0.1 ...
[25] cluster_2.1.0 htmlwidgets_1.5.1 mitools_2.4...
[28] nnet_7.3-12 data.table_1.12.8 reshape_0.8...
[31] foreign_0.8-72 latticeExtra_0.6-28 Formula_1.2...
[34] magrittr_1.5 backports_1.1.5 scales_1.0....
[37] Hmisc_4.3-0 htmltools_0.4.0 splines_3.6...
[40] colorspace_1.4-1 stringi_1.4.3 acepack_1.4...
[43] lazyeval_0.2.2 munsell_0.5.0 crayon_1.3....
です。~
OSはwindows10 64bitです。~
//
- tabtot は intsvy.table 内で定義されている table.input ...
if (config$parameters$weights == "JK") {
tabtot <- ...
}
if (config$parameters$weights == "BRR") {
tabtot <- ...
}
原因はわかりましたが，回避方法はないでしょう。だって，tab...
- config$parameters$weights を "mixed_piaac" ではなく "BR...
piaac.table2 を定義する。
library("intsvy")
piaac.table2 = function (variable, by, data, export = FA...
folder = getwd())
{
piaac_conf = list(
variables = list(
weightFinal = "W_FSTUWT",
weightBRR = "W_FSTURWT"),
parameters = list(
BRRreps = 80,
weights = "BRR"
)
)
output <- intsvy.table(variable, by, data, config = pi...
if (export) {
write.csv(output, file = file.path(folder, paste(name,
".csv", sep = "")))
}
return(output)
}
使用例は以下のように。
> piaac.table2(variable = "AGEG10LFS", data = piaac)
AGEG10LFS Freq Percentage Std.err.
1 24 or less 29242 19.17 0
2 25-34 28779 18.87 0
3 35-44 30705 20.13 0
4 45-54 31338 20.55 0
5 55 plus 32450 21.28 0
しかし，piaac.table2 はもともとこんなに遅いのか？~
単に table(piaac$AGEG10LFS) とすれば，爆速で出る。後はパ...
- ggplot2 もそうだけど，ある特定の条件下での分析手法とい...
- まだ，反応がないようだけど，緊急事態ではないようなので...
piaac.table3 = function(variable, digits = 2) {
n = table(piaac[, deparse(substitute(variable))])
total = sum(n)
percent = round(n / total * 100, digits)
df = data.frame(c(n), c(percent))
colnames(df) = c("n", "percent")
return(df)
}
これを使ってやってみるとね，以下のような結果になるよ。
> piaac.table3(AGEG10LFS)
n percent
24 or less 29242 19.17
25-34 28779 18.87
35-44 30705 20.13
45-54 31338 20.55
55 plus 32450 21.28
> piaac.table3(GENDER_R)
n percent
Male 72241 47.37
Female 80271 52.63
どうだかね？？？&br;
オートマ車しかしらない人がマニュアル車の運転席に座らされ...
- 長々と状況説明して help を求めた割りには，その後なんの...
- まだ反応がないなあ -- &new{2019-12-19 (木) 22:40:14};
- もう，無視しているというか，見てないんだろうな。 -- &n...
- まあ，今後，こいつからなんか質問があっても，答えないよ...
- まあ，今後，こいつからなんか質問があっても，答えないよ...
- >しかし，piaac.table2 はもともとこんなに遅いのか？>ウエ...
#comment
**Rbiipsについて [#a0e8be87]
>[[tkzhsymd]] (2019-12-16 (月) 15:13:48)~
~
Rstdio1.2.5でベイズ推定汎用ソフトBiipsをインストールしま...
package ‘Rbiips_0.10.0.zip’ is not available (for R versi...
~
警告だけだから行けたのかと思ってlibrary(Rbiips)としたとこ...
‘Rbiips’ was installed by an R version with different int...
となり、RstdioでないR3.5.3にはインストールできます。この...
R3.5.3の方は問題なくインストール、library()と行けるのです...
//
- R も最新バージョン3.6.2 にしてみてから，再度試みればい...
- R3.6.2(OS:Windows10)での結果です。やはりエラーは出ます...
install.packages("Rbiips_0.10.0.zip",dependencies=TRUE)
パッケージを ‘C:/Users/xxx/Documents/R/win-library/3.6’...
(‘lib’ が指定されていないため) 'pkgs'から 'repos = N...
パッケージ ‘Rbiips’ は無事に展開され、MD5 サムもチェック...
library(Rbiips)
エラー: package or namespace load failed for ‘Rbiips’:
package ‘Rbiips’ was installed by an R version with diff...
it needs to be reinstalled for use with this R version
#comment
**pcaMethods glmnet [#rb0604a1]
>[[つぐ太郎]] (2019-12-03 (火) 08:55:42)~
~
pcaMethodsとglmnetのパッケージが見当たりません。代替パッ...
//
- どういうことかなあ？&br;glmnet は普通に「パッケージとデ...
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("pcaMethods")
でインストールできるよと書いてあったりするし。&br;どちら...
- すみません。お手数をおかけしました。昨晩R3.5.2では探せ...
#comment
**データフレームからベクトル表記へ [#r544f2d0]
>[[yoshida931]] (2019-11-20 (水) 11:13:17)~
~
以下のようなフレームを~
~
Group pre-post Outcome~
1 "治療前" 23.5~
1 "治療前" 21.17~
1 "治療後" 15.5~
1 "治療後" 20.5~
2 "治療前" 21.17~
2 "治療前" 11.17~
2 "治療後" 19~
2 "治療後" 20.5~
~
次のような表記に変更することは可能でしょうか？~
~
Group <- c(1,1,1,1,2,2,2,2)~
pre-post <- c("治療前","治療前","治療後","治療後","治療前...
Outcome <- c(23.5, 21.17, 15.5, 20.5, 21.17, 11.17, 19, 2...
~
サンプルサイズが大きい場合でも一瞬でできたら助かります。~
//
- そのようなことをしなければならない理由はなんだろうか？...
> Group <- df[,1] # 各列をベクトル変数に代入する
> pre.post <- df[,2]
> Outcome <- df[,3]
> dump("Group", file="Group.R") # 変数名をダブルクオート...
> dump("pre.post", file="pre.post.R") # 指定したファイル...
> dump("Outcome", file="Outcome.R")
データフレームの各列の代入先の変数名も file 名も自由にし...
- ありがとうございました。 お陰様でできました。 あまり深...
- 何のためにコピーする？他のコンピュータに持って行く？他...
> dput(df[,1])
c(1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L)
> dput(df[,1]+0) # L がつくのを嫌がるなら次のようにすれ...
c(1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2)
「変数名 <- 」と入力してから，コピペする。 -- &new{2019-...
- ご丁寧ありがとうございます。助かります。 -- [[yoshida93...
#comment
**Rstudioでの列数が50を超えるものの呼び出し方 [#g115bafa]
>[[かもめのジョナ子]] (2019-11-17 (日) 23:20:21)~
~
read.csvで読み込んだデータ（列数150）を呼び出す際に，50未...
//
- 「read.csv で読み込んだ」からには，データフレームですね...
「50 以上の列数のものが呼び出せない」などということはあり...
x = data.frame(matrix(rnorm(300*150), 300, 150)) # 300 ...
colnames(x) = paste0("d", 1:150) # d1, d2, ..., d150 の...
dim(x) # 300, 150 が表示される
head(x) # 先頭の 6 行が表示される
x[150] # 150 番目の列の 300 個の要素が 1 行 に 1 個，300...
それでもやはりだめならば，読み込み元のデータをよく見てみ...
- ありがとうございます。早速，dim(x)を入力すると[1] 113 1...
行数は113です。~
画面上での数字のずれがわかる画像を添付します。~
&ref(Rstudiocol); -- [[かもめのジョナ子]] &new{2019-11-18...
- 改行とファイル添付を試みましたが上手にできませんでした....
- 改行は，行の最後にチルダ（小文字の 〜）を入力して，リ...
- 改行とファイル添付を試みましたが上手にできませんでした....
- ありがとうございます。こちらの投稿ルールをマスターする...
- &ref(Rstudio.png): -- [[かもめのジョナ子]] &new{2019-11...
- ご回答いただきましてありがとうございます。画像添付のハ...
- 「列数のことは不明な点は残りますが作業に支障のない状態...
[ トップ | Tips紹介 | 初級Ｑ＆Ａ | R掲示板 | 日本語化掲...
[ 編集 | 差分 | バックアップ | 添付 | リロード ] [ 新...
ってのが，あるでしょ？その中の「添付」ってのをクリックし...
#comment
**バッファを割り当てることができません [#q4a5798b]
>[[ya]] (2019-11-12 (火) 16:31:37)~
~
バッファを割り当てることができません~
~
お世話になります。~
検索エンジンや過去の質問で見つからなかったので質問させて...
~
R consoleでパッケージをインストールしようとすると、以下の...
~
BiocManager::install("IlluminaHumanMethylationEPICanno.il...
Bioconductor version 3.10 (BiocManager 1.30.9), R 3.6.1 (...
Installing package(s) 'IlluminaHumanMethylationEPICanno.i...
installing the source package ‘IlluminaHumanMethylationEP...
~
URL 'https://bioconductor.org/packages/3.10/data/annotati...
Content type 'application/x-gzip' length 158431882 bytes ...
downloaded 151.1 MB~
~
installing *source* package 'IlluminaHumanMethylationEPIC...
using staged installation~
data~
moving datasets to lazyload DB~
Error in lazyLoadDBinsertVariable(vars[i], from, datafile...
バッファを割り当てることができません ~
ERROR: lazydata failed for package 'IlluminaHumanMethylat...
removing 'C:/Users/902722/Documents/R/win-library/3.6/Ill...
~
~
設定環境は以下のようになります。~
~
R version 3.6.1 (2019-07-05)~
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)~
Running under: Windows 7 (build 7601) Service Pack 1~
~
Matrix products: default~
~
locale:~
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Japan...
~
attached base packages:~
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base~
~
loaded via a namespace (and not attached):~
[1] BiocManager_1.30.9 compiler_3.6.1 tools_3.6.1~
~
また、現在のメモリの最大割り当て数は1535MBです。~
~
バッファ値の設定を変更すればインストールできるようになる...
~
どうぞよろしくお願いいたします。~
//
- ＞ R consoleでパッケージをインストールしようとすると、...
いろいろ書いてあるんだけど，そもそもの初め，あなたが入力...
BiocManager::install("IlluminaHumanMethylationEPICanno.i...
を入力したら，なんだかんだで，ずいぶん長い間，なんだかん...
The downloaded source packages are in
‘/private/var/folders/s5/rt_bzvk53_d9w2gm5_w9gfmr0000g...
警告メッセージ:
install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, r...
installation of package ‘hexbin’ had non-zero exit st...
なんていう，ぶきみなエラーメッセージを出してとまりました...
> BiocManager::install("IlluminaHumanMethylationEPICanno...
Bioconductor version 3.10 (BiocManager 1.30.9), R 3.6.1 ...
r77210)
Installing package(s) 'IlluminaHumanMethylationEPICanno....
installing the source package ‘IlluminaHumanMethylationE...
URL 'https://bioconductor.org/packages/3.10/data/annota...
Content type 'application/x-gzip' length 158431882 bytes...
==================================================
downloaded 151.1 MB
* installing *source* package ‘IlluminaHumanMethylationE...
** using staged installation
** data
*** moving datasets to lazyload DB
** inst
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded from tempo...
** testing if installed package can be loaded from final...
** testing if installed package keeps a record of tempor...
* DONE (IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19)
The downloaded source packages are in
‘/private/var/folders/s5/rt_bzvk53_d9w2gm5_w9gfmr0000gq...
どうしてくれます？（^_^;）-- &new{2019-11-12 (火) 21:53:...
- ご回答いただきありがとうございます。&br; 入力したのは...
- なんだ。Windows か。&br;Installation path not writeabl...
- 原因不明ですね。Installation path not writeable, unable...
- R consoleとR studioどちらにおいても管理者として実行した...
#comment
**Rstudio ヘルプ画面での検索方法 [#l9e4fb4c]
>[[jj]] (2019-11-05 (火) 01:50:34)~
~
Rstudioのヘルプペインにて、虫眼鏡アイコンの検索ボックスへ...
「Ctrl+3」でヘルプへ移動後、「Ctrl+F」では、「Find in top...
~
キーボードショートカットのヘルプ、およびModifyについても...
もしご存知の方がおられましたら、ご教示頂けると助かります。~
~
環境~
R version 3.5.3 (2019-03-11)~
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)~
Running under: Windows 10 x64 (build 18362)~
//
- コンソールで ? foo すればいいだけじゃない？ -- &new{20...
- お返事遅くなりました、ありがとうございます。確かにそう...
#comment
**randomForest の関数化に関して [#d7dea7fb]
>[[zstk5]] (2019-10-29 (火) 20:58:03)~
~
回答を期待する記事は原則 COLOR(red){SIZE(20){質問コーナー...
と書かれているその下に，質問するとはなんたる肝っ玉。~
投稿場所，投稿書式共に，はなはだ不適切だったので，ここに...
以 下 が 投 稿 内 容。 生 暖 か い 目 で 見 て ...
＊ ＊ ＊ ＊ ＊ ＊ ＊ ＊ ＊ ＊ ＊ ＊ ＊ ＊ ＊ ~
こんにちは。~
現在、Rを使用してrandomforestを実行しているのですが下記コ...
（実際はもう少しデータサイズが大きく複雑なのですが同様の...
~
違いは、randomforestを実行する部分を自分で作成した関数内...
~
そのため処理は変わらないと考えているのですが出来上がるobj...
~
なぜ、関数化するとモデルのサイズが大きくなってしまうので...
~
原因分かる方いましたらご教示お願いいたします。~
以下サンプルコード
######################
#パターン1
######################
test <- function() {
library(randomForest)
set.seed(123)
## 実行
rf <- randomForest(Species ~ ., data = iris,
proximity = TRUE, importance = TRUE)
saveRDS(rf, file = "test.obj")
}
test()
######################
#パターン2
######################
library(randomForest)
set.seed(123)
## 実行
rf <- randomForest(Species ~ ., data = iris,
proximity = TRUE, importance = TRUE)
return(iris)
saveRDS(rf, file = "test_.obj")
---環境情報---
OS:Windows Server2012R2(64bit)
R:version 3.6.1
Rstudio:
//
- str() で表示される情報中の違いは以下の ".Environment" ...
.. ..- attr(*, ".Environment")=<environment: 0x7fc91ecd...
.. ..- attr(*, ".Environment")=<environment: R_GlobalEn...
まあ，save したものを load するときの事を考えると，「どの...
- ご回答いただきありがとうございます。 -- &new{2019-10-3...
- 保存される「環境」の違いなのですね。正直勉強不足のため...
#comment
**RとRstdioのバージョン [#c7dea66d]
>[[tkzhsymd]] (2019-10-23 (水) 09:53:52)~
~
現時点でのRstdioの最新バージョンはそれぞれ1.5xxだと思いま...
ところで、Rstdioがあれば別途インストールしておくRは不要と...
//
- RStudio の最新バージョンは 1.2.5001 ですが...&br;RStudi...
R version 3.6.1 Patched (2019-09-23 r77210) -- "Action o...
Copyright (C) 2019 The R Foundation for Statistical Comp...
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
以下略
というのが示されるでしょう？RStudio は R を使っているんで...
そういう人は，間違っています。RStudio は R を使うための統...
#comment
**線形計画法の結果が正しく出ません [#kb9a7933]
>[[Tomo]] (2019-08-09 (金) 10:16:14)~
~
こんにちは。~
~
lpSolveやRglpkを使って線形計画法をトライしているのですが...
制約条件の設定が意図通りに効きません。以下のコードの何が...
すみませんが分かる方教えてください。~
~
やりたいこと：~
・弁当、菓子パン、おにぎり、お菓子、ジュースを 与えられ...
“最も短い時間で作りたい”（目的関数）~
・弁当、菓子パン、おにぎり、お菓子、ジュースは、~
それぞれ機械Ａ、Ｂ、Ｃの“いずれか１つを使う”（制約条件1...
・機械Ａ、Ｂ、Ｃは 使える合計時間上限が決まっている（制...
・弁当、菓子パン、おにぎり、お菓子、ジュースは機械Ａ、Ｂ...
どれを使うかによって、作るのにかかる時間が違う（マトリ...
~
以下が作るのにかかる時間（マトリックス）と制約条件２です
マトリックス 機械A 機械B 機械C
弁当 27 70 149 ← 機械AかBかCのどれか1つを使う
菓子パン 23 58 122
おにぎり 18 46 97
お菓子 25 36 76
ジュース 14 35 73
制約条件2→ 60 70 80 ←機械Aは合計で60時間まで使える
> library(Rglpk)
> # 目的関数の係数
> k.obj <- c(27, 23, 18, 25, 14, 70, 58, 46, 36, 35, 149...
> # 制約式の左辺の係数
> k.mat <- matrix(c(1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,
+ 0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,
+ 0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,
+ 1,0,0,0,0,1,0,0,0,0,1,0,0,0,0,
+ 0,1,0,0,0,0,1,0,0,0,0,1,0,0,0,
+ 0,0,1,0,0,0,0,1,0,0,0,0,1,0,0,
+ 0,0,0,1,0,0,0,0,1,0,0,0,0,1,0,
+ 0,0,0,0,1,0,0,0,0,1,0,0,0,0,1), nco...
> # 制約式の等号・不等号
> k.dir <- c("<=", "<=", "<=", "==", "==", "==", "==", "...
> # 制約式の左辺
> k.rhs <- c(60, 70, 80, 1, 1, 1, 1, 1)
> Rglpk_solve_LP(k.obj, k.mat, k.dir, k.rhs, max=FALSE)
上のコードを走らせると
$optimum
[1] 107
$solution
[1] 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
$status
[1] 0
$solution_dual
[1] 0 0 0 0 0 43 35 28 11 21 122 99 79...
$auxiliary
$auxiliary$primal
[1] 5 0 0 1 1 1 1 1
$auxiliary$dual
[1] 0 0 0 27 23 18 25 14
$sensitivity_report
[1] NA
と結果が出ますが、これだと全部機械Aで作れと言っていること...
//
- すみませんが先程まで掲載いただいてたコードを再度拝見さ...
- 掲載いただいてたコードはバックアップで確認できました。...
#comment
**濁音を含むファイル名 [#h24dfebf]
>[[κ（かっぱ）]] (2019-08-07 (水) 05:21:53)~
~
こんにちは。
> x <- c('織田信長', 'パンダ')
という文字列があった時に、その要素と同じ名前のファイルが...
> y <- list.files()
> y
[1] "織田信長" "パンダ"
とすると、「織田信長」も「パンダ」も存在するのですが、
> x %in% y
[1] TRUE FALSE
となりました。ファイル名から引っ張ってきた「パンダ」 (y[2...
> substr(y[2], 1,1)
[1] "ハ"
> substr(y[2], 2,2)
[1] "゚"
ハと半濁音の丸が別々の文字となっているようです。濁音も同...
ファイル名に日本語を使うのは好ましくないのですが、実際に...
//
- 詳しくは「Mac utf8 濁点」で検索。対処法は，iconv() を使...
x <- c('織田信長', 'パンダ')
x <- iconv(x, "UTF-8", "UTF-8-MAC")
y <- list.files()
x %in% y
> x %in% y
[1] TRUE TRUE
旨くいってもいかなくっても，お返事を。 -- &new{2019-08-0...
- うまくいきました！ ありがとうございます！ -- [[κ（か...
#comment
**ggraphの凡例について [#a18c2a91]
>[[SABI]] (2019-08-06 (火) 09:27:02)~
~
お世話になります。~
~
下記のようにggraphパッケージでネットワーク図を作成してい...
~
library(ggraph)
require(igraph)
gr <- graph_from_data_frame(data.frame(
from = c(1, 1, 2, 2, 3, 3, 4, 5),
to = c(2, 1, 5, 4, 2, 2, 1, 1),
class = sample(letters[1:3], 8, TRUE)
))
V(gr)$class <- c('a', 'b', 'c', 'a', 'b')
~
gr %>%
ggraph(layout = "auto") +
geom_edge_link(colour = "black") +
geom_node_point(aes(colour=class, size=10)) +
geom_node_label(aes(label=name), repel=T)
~
~
内部的に使用しているigraphやggplot2のヘルプファイルも確認...
theme(legend.key.size=grid::unit(30, units="points"))やsc...
~
環境はigraph_1.2.4.1, ggraph_1.0.2, R version 3.5.0.です。~
~
宜しくお願い致します。~
//
#comment
**plotしたグラフ上の点の数値データ？ [#u927a9d4]
>[[がんば]] (2019-06-27 (木) 13:04:33)~
~
お世話になります。周辺に誰も経験者がいなかったのでここを...
使用環境：~
R version 3.5.2 (2018-12-20)~
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)~
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)~
Matrix products: default~
locale:~
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Japa...
[3] LC_MONETARY=Japanese_Japan.932 LC_NUMERIC=C ...
[5] LC_TIME=Japanese_Japan.932 ~
attached base packages:~
[1] stats graphics grDevices utils datasets met...
other attached packages:~
[1] WeibullR_1.0.10~
loaded via a namespace (and not attached):~
[1] compiler_3.5.2 tools_3.5.2 Rcpp_1.0.0~
//
- 直線回帰をやったのでしょうね。lm のオンラインヘルプを見...
d = data.frame(x = c(256, 198, 216, 236, 268, 416, 431, ...
y = c(318, 63, 279, 304, 301, 305, 367, 3...
new = data.frame(x = seq(min(d$x), max(d$x), length=1000))
ans = lm(y ~ x, data=d)
pred.w.plim <- predict(ans, new, interval = "prediction")
pred.w.clim <- predict(ans, new, interval = "confidence")
matplot(new$x, cbind(pred.w.clim, pred.w.plim[,-1]),
lty = c(1,2,2,3,3), col=c(1,2,2,3,3),
type = "l", xlab = "x", ylab = "predicted y")
points(d)
ここで，locator を使って x, y 座標を取得し，その x 座標を...
xy = locator(5)
new2 = data.frame(x = xy$x)
pred.w.plim <- predict(ans, new2, interval = "prediction")
pred.w.clim <- predict(ans, new2, interval = "confidence")
cbind(new2, pred.w.plim, pred.w.clim[,-1])
分からない所は，またオンラインヘルプをひく。 -- &new{201...
#comment
**エラー: vector memory exhausted (limit reached?) [#x5d9...
>[[初心者]] (2019-06-15 (土) 23:51:19)~
~
初心者です~
エクセルファイル（単純なXY の表）で作成したマトリックスを...
改善方法や他の解決方法を知っている方がいたら教えてくださ...
よろしくお願いします。~
//
- data.tableパッケージとか、ffパッケージとか、bigmemoryパ...
- ファイル分割して、分割ファイルごとにやりたい処理してあ...
- Excel で，csv ファイルに出力して，それを読み込んだらど...
- > エクセルファイル（単純なXY の表）で作成したマトリック...
- 「[[投稿における注意事項]]」を読んでから！ -- &new{201...
- そんなに大きなファイルを操作するなら，R ではなく C とか...
#comment
**分散分析の棄却域 [#a7ef1998]
>[[初心者]] (2019-06-07 (金) 08:37:14)~
~
分散分析の棄却域を求める関数qtukey(上側/下側確率, 平均値...
~
投稿先が間違えていたので，移動したよ。~
あなたが記事を書いた枠のすぐ上に，「回答を期待する記事は...
//
- 自分で調べる方法を教えてあげよう。&br;まず，R のオンラ...
「英語でいいよ」というなら，[[Statistics How To:https://w...
α = 0.01 の表で，「群の数」とあるのが「平均値の数」ですね...
> qtukey(0.01, 5, 10, lower.tail=FALSE)
[1] 6.136093
lower.tail というのは，下側確率を求めるよということで，lo...
他の例も試してご覧。また，qtukey の逆関数である ptukey も...
基本的には，あなたが最初に参照した資料に十分な説明がない...
今の場合だと，「分散分析」について詳しく調べれば，解答は...
#comment
**図の表示に関して [#pe7fa6c2]
>[[初心者]] (2019-05-31 (金) 06:53:53)~
~
初心者です。~
１）histやplot等で図を複数作り、重ねて表示したいです。こ...
~
２）また、hist(x)等で図を表示して一度そのウィンドウを閉じ...
//
- 初心者だろうと，投稿についてはちゃんと作法に則って，正...
- 重ねても大丈夫な図の場合は、描画関数にaddオプションがつ...
#comment
**Rcmdr のインストールができません。 [#g358de97]
>[[ハヤト]] (2019-05-08 (水) 09:01:15)~
~
どうしたらいいのでしょうか？~
//
- OS は何。バージョンは。R のバージョンも。情報がないので...
#comment
**psych パッケージが使えません [#a11f2f58]
> (2019-05-06 (月) 12:07:33)~
~
psych を使おうとすると，エラーメッセージが出ます。~
R 3.6 のくせに，R 3.5 の libgfortran.3.dylib を読もうとし...
> library(psych)
エラー: package or namespace load failed for ‘psych’:
.onLoad は loadNamespace()（'mnormt' に対する）の中で...
call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
error: 共有ライブラリ '/Library/Frameworks/R.framewor...
dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Re...
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Re...
Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versi...
Reason: image not found
psysh は~
Package: psych
Version: 1.8.12
Date: 2018-12-31
なので，R 3.6 に対応できていないのも仕方ないとは思います...
R のバージョン情報は~
> sessionInfo()
R version 3.6.0 Patched (2019-05-02 r76458)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS Mojave 10.14.4
//
- R 3.6 がイントールされる段階で R.framework/Versions 中...
#comment
**パッケージ宣言するとエラーがでます [#v17a0b7d]
>[[てりたま]] (2019-04-29 (月) 10:05:09)~
~
お世話になります。~
パッケージはインストールできますが、宣言すると下記エラー...
~
ダウンロードされたパッケージは、以下にあります
C:\Users\teric\AppData\Local\Temp\RtmpyiJ0Xk\down...
> library (Rcmdr)~
要求されたパッケージ splines をロード中です
要求されたパッケージ RcmdrMisc をロード中です
要求されたパッケージ car をロード中です
要求されたパッケージ carData をロード中です
要求されたパッケージ sandwich をロード中です
要求されたパッケージ effects をロード中です
Error: package or namespace load failed for ‘effects’ in ...
‘survey’ という名前のパッケージはありません
エラー: パッケージ ‘effects’ をロードできませんでした
~
あるべきものがないといっているので、メモリ不足？~
空き領域１９０Ｇ インテルＩ５ ２５６メモリ Ｗｉｎ１０...
~
解決策を教えていただけますでしょうか。~
//
- 依存パッケージが必要なパッケージがあります。effects パ...
- アドバイスありがとうございます！早速追加パッケージを試...
- > 早速追加パッケージを試みましたができず&br;って，Rcmdr...
- install.packages("Rcmdr", dependencies=TRUE) ってやって...
- 手動ではそうするんですね！Ｒcmdrはツールにあったので、...
- library(Rcmdr)を打ち込んでもエラーが出ます。パッケージ...
- パッケージがないというエラーメッセージが表示されたら、...
#comment
**非線形最小二乗法のnls関数の各パラメータが負にならないよ...
>[[YT]] (2019-04-12 (金) 19:01:08)~
~
お世話になっております。~
最近Rを使い始めた者です。~
~
データの処理のときにnls関数を用いて、非線形最小二乗法でフ...
その際正の値であるべきパラメータ（フィッティングして得ら...
これらのパラメータが負にならないように制限を付けることは...
どなたかわかる方がいらっしゃいましたら、教えていただける...
宜しくお願い致します。~
//
- nlsで、algorithm="port"を指定し、lower, upper で、パラ...
その後は，Web 検索。日本語でというなら，http://user.keio....
- ご回答ありがとうございました。おかげさまで解決すること...
#comment
**自動でカテゴリーと要素数が反映されるようにしたい [#ic48...
>[[Sai]] (2019-04-10 (水) 16:27:33)~
~
お世話になっております。~
~
下記のプログラムで、map_masterというオブジェクトのカテゴ...
今はカテゴリー数が3つの例でやっていますが、実際はもっとい...
kの数および、A, B, Cのカテゴリー数を手動で増減（D以降を付...
~
どなたかわかる方がいらっしゃいましたら、ご教授頂けますと...
どうぞよろしくお願いいたします。~
~
#各カテゴリーの名前とカテゴリーに含まれる要素数（既知）
nA <- c(3, 1, 4)
nB <- c(2, 4, 5)
nC <- c(1, 3, 5)
k <- 1
map_master <- c("A=factor(rep(NA, nA[k]))",
"B=factor(rep(NA, nB[k]))",
"C=factor(rep(NA, nC[k]))")
#カテゴリー数
LM <- length(map_master)
#入れ物の用意
map <- NA
K <- gamma(LM+1)
for(i in 1 : K) {
map <- c(map, list(NA))
}
#各カテゴリーの組み合わせ（この部分を自動で得たい）
map[[1]] <- list()
map[[2]] <- list(A=factor(rep(NA, nA[k])))
map[[3]] <- list(B=factor(rep(NA, nB[k])))
map[[4]] <- list(C=factor(rep(NA, nC[k])))
map[[5]] <- list(A=factor(rep(NA, nA[k])), B=factor(rep(...
map[[6]] <- list(A=factor(rep(NA, nA[k])), C=factor(rep(...
map[[7]] <- list(B=factor(rep(NA, nB[k])), C=factor(rep(...
//
- 以下のようなのでいいのかな？~
「#入れ物の用意」の次の行から書く
library(e1071)
b <- bincombinations(LM)
n <- nrow(b)
s <- character(n-1)
for (i in 1:(n-1)) {
s[i] <- sprintf("%2d ", sum(b[i,]))
sep <- ""
for (j in 1:LM) {
if (b[i, j] == 1) {
t <- sprintf("%s%s=factor(rep(NA, n%s[k]))", sep, ...
sep <- ", "
s[i] <- paste0(s[i], t)
}
}
}
s <- sort(s)
map <- vector("list", n-1)
for (i in 1:(n-1)) {
t <- sprintf("map[[%d]] <- list(%s)", i, substr(s[i], ...
eval(parse(text=t))
}
実行が終わって，map を表示すると，お望みのものが出来てい...
- 早速のご回答ありがとうございます。 ~
ほぼ得たいものを得ることができましたが、私の例がまずかっ...
例ではA, B, Cという規則正しいアルファベットをカテゴリー名...
masterのほうで揃えれば済む話なのですが、もし可能でしたら...
たとえば、下記のようにmap_masterがなっていても動くような...
nhoge <- c(3, 1, 4)
nB <- c(2, 4, 5)
nA1t <- c(1, 3, 5)
map_master <- c("hogehoge=factor(rep(NA, nhoge[k]))",
"B=factor(rep(NA, nB[k]))",
"A1t=factor(rep(NA, nA1t[k]))")
私の例が悪かったせいで、二度手間になってしまい大変申し訳...
ご教授頂けますと幸いです。-- [[Sai]] &new{2019-04-11 (木)...
- 手間がかかるね。
map_master <- c("hogehoge=factor(rep(NA, nhoge[k]))",
"B=factor(rep(NA, nB[k]))",
"A1t=factor(rep(NA, nA1t[k]))")
があって，以下の 3 行で name1 にカテゴリー名， name2 に要...
a <- matrix(sapply(map_master, function(s) unlist(strspl...
name1 <- a[1,]
name2 <- a[2,]
実行結果
> name1
[1] "hogehoge" "B" "A1t"
> name2
[1] "nhoge" "nB" "nA1t"
あとは，前の LETTERS のかわりに name1，後ろの LETTERS の...
プログラムが書けないと，上のプログラムが何をやっているの...
- ご回答くださり、ありがとうございました。おかげ様で無事...
私の能力不足で二度手間を強いてしまったにも関わらず、丁寧...
#comment
**データフレームの変数名を別データフレームの列で置き換え...
>[[初心者k]] (2019-03-18 (月) 21:06:03)~
~
~
最近Rを始めたものです。~
~
以下のようなデータフレームXの変数名をデータフレームYのCAT...
大変初歩的な質問と思いますが、どうぞよろしくお願いいたし...
ﾃﾞｰﾀﾌﾚｰﾑX
A B C D
1 F 153 50
2 F 161 53
3 M 180 74
4 M 169 58
ﾃﾞｰﾀﾌﾚｰﾑY
Name CAT
A ID
B SEX
C H
D W
ID SEX H W
1 F 153 50
2 F 161 53
3 M 180 74
4 M 169 58
//
- プログラムとは，いくつかの機能を順序正しく組み合わせる...
colnames(x) <- y[, "CAT"]
または
colnames(x) <- y[, 2]
注意すべきは，[ の後に , が必要ということくらいかな？ -- ...
- 丁寧な回答ありがとうございます。無事解決することができ...
#comment
**バイプロット図の解釈 [#la04db95]
>[[ゆたたみ]] (2019-03-05 (火) 18:04:16)~
~
お世話になります。~
~
library(FactoMineR)~
CA(データ名, graph = FALSE)~
#ggplot2ベースのバイプロットを描く~
library(factoextra)~
fviz_ca_biplot(データ名)~
~
上記にてバイプロット図を描くと軸の横に％が表示されます~
例（Dim1（26.3%））~
この％は何を意味しているのでしょうか？~
~
詳しい方教えていただけますと幸いです。~
//
- 数字で出力される結果を見なさい。Eigenvalues のところの ...
- 回答ありがとうございます！ -- [[ゆたたみ]] &new{2019-03...
- 固有値の累積寄与率？なのですね2軸だとDim１とDim２をたし...
- 最初書いたときに引用箇所を間違えた。累積寄与率ではなく...
#comment
**エラー：missing value where TRUE/FALSE needed [#k7207c7a]
>[[K.Tanaka]] (2019-02-26 (火) 20:19:08)~
~
お世話になります。環境はWindows 10Pro 64bit + R version 3...
> a <- c(1,3,3,4,6,6,7,8,8,8)
> (flg <- c())
NULL~
> (flg <- c(rep(0,10)))
[1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
> for(i in 1:10){
+ if(a[i]==a[i+1]){
+ flg[i] <- 1
+ }
+ }
Error in if (a[i] == a[i + 1]) { : missing value where T...
> (flg)
[1] 0 1 0 0 1 0 0 1 1 0
ベクトルaで、同じ数値が続く最初の部分にフラグ(flg=1)を...
しかし、スクリプトを実行すると、上記のエラーが出てしま...
また、この例ではきちんとフラグが立っていますが、実際に...
エラーコードでググって見ましたが、
https://code.i-harness.com/ja-jp/q/703b33~
http://mako-shark.hatenablog.com/entry/2017/11/14/140146~
http://www.okadajp.org/RWiki/?%E5%88%9D%E7%B4%9A%EF%BC%B1...
などがヒットしたので見てみましたが、理解できませんでした。~
やろうとしていることは非常に単純ですし、上で挙げた例では...
//
- 早速のコメント、ありがとうございます。ご指摘の通りでし...
- > 同じ数値が続く最初の部分にフラグ(flg=1)を立てたい&br;...
> a <- c(1,2,3,3,3,3,4,4,4,6,6,6,6,7,8,8,8,8,8,9,9,10,11)
> b <- numeric(length(a))
> x <- c(0, rle(a)$lengths)
> b[(cumsum(x[-length(x)])+1)[x[-1] != 1]] <- 1
> b
[1] 0 0 1 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0
- すべてのフラグに1が立ってしまうのは、やはり凡ミスでした...
- a[-1] は先頭の要素を除いたベクトル，a[-length(a)] は最...
- なるほど、例が連続の全検出だったので、勘違いしておりま...
- なるほど、Forループで処理するよりベクトルで処理する方が...
- >b[(cumsum(x[-length(x)])+1)[x[-1] != 1]] <- 1 のコメン...
- 大きな誤解があります。for を使おうが，ベクトル演算を使...
- 改めて「R for 遅い」で検索すると、Rのforの遅さを否定す...
- 回答をお寄せくださった皆様、さらには質問文の書式を訂正...
#comment
**3次元空間におけるスプライン曲線 [#l82155a9]
>[[徒弟]] (2019-02-25 (月) 10:22:13)~
~
お世話になっております。~
~
3次元座標(x,y,z)にプロットした散布図があります。元のデー...
この点を一本の曲線式で近似したいと考えております。~
~
そのためにスプライン近似が使えるのではないかと考えており...
Ｒで3次元座標に対するスプライン近似を行う方法が分かりませ...
どのように行えば良いかご教示いただければ幸いです~
#comment
**カプランマイヤー [#v566b5a9]
>[[jj]] (2019-02-01 (金) 07:33:32)~
~
今までpatient at riskを含んだカプランマイヤー曲線を描くの...
//
- 最新バージョンは 2019-01-27 に更新された 5.1-3 だが，パ...
> library(rms)
エラー: package or namespace load failed for ‘rms’:
オブジェクト 'plotp' を見つけることができませんでした ...
って出るからね。~
一つ前のバージョン 5.1-2 では，少なくとも example(npsurv)...
Maintainer: Frank E Harrell Jr
<f.harrell@vanderbilt.edu>
に連絡してみれば？ -- &new{2019-02-01 (金) 18:18:43};
- もう見ていないのだろうけど。rms の依存パッケージ Hmisc ...
- 開発者に相談してみましたがうまくいかず困っていました。...
- Hmiscも最新にするというのは、別にインストールするという...
- インストールされていないならインストールする。旧版がイ...
other attached packages:
[1] Hmisc_4.2-0 ggplot2_3.1.0 Formula_1.2-3
のようにバージョン番号が出力されている部分がある。（単に ...
- 私も rms で欠損値を補完しようとしているのですが、 オ...
#comment
**ステップワイズ法による変数選択 [#w1d2b297]
>[[r]] (2019-01-21 (月) 09:24:17)~
~
初心者です。~
Ri386 3.4.3をwindows7professionalで使用しています。~
A B C D E F G H~
1 71.18 3.16 76.90 27.73 55.74 5.27 11.07 ~
1 68.86 9.30 71.44 28.83 60.54 6.20 13.04 ~
1 71.41 2.74 72.77 28.44 56.49 4.28 10.77 ~
1 NA 11.38 NA NA 62.20 4.05 11.07 ~
1 67.13 8.71 74.36 25.11 63.07 2.34 10.45 ~
1 71.64 4.93 75.14 28.89 56.52 5.41 10.80 ~
途中省略~
3 71.85 1.61 78.25 28.89 46.76 5.47 7.67 ~
3 73.94 2.63 71.32 29.54 55.34 3.77 8.33 ~
3 73.36 1.31 78.84 NA 55.05 4.94 8.53 ~
3 72.42 3.80 82.98 27.27 52.07 6.25 9.89 ~
3 71.53 2.66 81.99 26.39 55.57 5.76 10.02 ~
途中省略~
6 74.56 2.77 74.58 29.18 52.10 8.06 10.59 ~
> data=read.table("clipboard",header=TRUE)~
> result3<-lm(data[,1]~data[,2]+data[,3]+data[,4]+data[,5...
> result4<-step(result3)~
Start: AIC=78.25~
data[, 1] ~ data[, 2] + data[, 3] + data[, 4] + data[, 5]...
6] + data[, 7] + data[, 8]
~
Df Sum of Sq RSS AIC
- data[, 7] 1 0.0795 179.80 76.285~
- data[, 5] 1 0.1613 179.88 76.326~
- data[, 4] 1 1.8827 181.61 77.183~
- data[, 2] 1 3.9465 183.67 78.200~
<none> 179.72 78.245~
- data[, 8] 1 7.4237 187.15 79.888~
- data[, 6] 1 9.3509 189.07 80.810~
- data[, 3] 1 10.3408 190.06 81.280~
~
Step: AIC=76.28~
data[, 1] ~ data[, 2] + data[, 3] + data[, 4] + data[, 5]...
6] + data[, 8]
~
Df Sum of Sq RSS AIC
- data[, 5] 1 0.1715 179.97 74.371~
- data[, 4] 1 2.0560 181.86 75.308~
- data[, 2] 1 3.8690 183.67 76.201~
<none> 179.80 76.285~
- data[, 3] 1 10.2626 190.07 79.281~
- data[, 8] 1 11.2881 191.09 79.765~
- data[, 6] 1 13.8466 193.65 80.962~
Error in step(result3) : ~
number of rows in use has changed: remove missing values?
なぜ、エラーになるのか分かりません。~
どうぞご教示下さい。~
//
- Ri386 3.4.3 を windows7 professional で使用というのも，...
このデータセットには NA を含む行が2行ある。説明のためにそ...
A B C D E F G H
1 NA 11.38 NA NA 62.20 4.05 11.07
3 73.36 1.31 78.84 NA 55.05 4.94 8.53 ★この...
1 71.18 3.16 76.90 27.73 55.74 5.27 11.07
1 68.86 9.30 71.44 28.83 60.54 6.20 13.04
: 以下略
まず，重回帰分析に限らないが，NA を含む行は分析には用いら...
最初，全ての変数を使ってAICが計算されるとき，2つの行はい...
それ以降の段階で，E は分析に使われない（E を説明変数とし...
また，さらに B, D, E も使わないという分析時には，全てのデ...
こんな風に，NA を含むデータを分析するときには，実際に分析...
サンプルサイズが異なれば，AIC の算出に問題が出てくるので...
英語のメッセージですが number of rows in use has changed:...
「使っている（データの）行数（個数）が変わったよ！欠損値...
そこで，これを避ける為にはどうするか。「欠損値を除く！！...
> data2 = na.omit(data) # na.omit で欠損値を含む行をオミ...
> nrow(data2) # 残った行数が 90 になった
[1] 90
> nrow(data) # 元のデータは欠損値を含む 2 行があった
[1] 92
> result <- lm(A ~., data2) # 重回帰モデルの指定は，こん...
> result2 <- step(result) # AIC を見る
Start: AIC=78.25
A ~ B + C + D + E + F + G + H
Df Sum of Sq RSS AIC
- G 1 0.0795 179.80 76.285
- E 1 0.1613 179.88 76.326
- D 1 1.8827 181.61 77.183
- B 1 3.9465 183.67 78.200
<none> 179.72 78.245
- H 1 7.4237 187.15 79.888
- F 1 9.3509 189.07 80.810
- C 1 10.3408 190.06 81.280
Step: AIC=76.28
A ~ B + C + D + E + F + H
Df Sum of Sq RSS AIC
- E 1 0.1715 179.97 74.371
- D 1 2.0560 181.86 75.308
- B 1 3.8690 183.67 76.201
<none> 179.80 76.285
- C 1 10.2626 190.07 79.281
- H 1 11.2881 191.09 79.765
- F 1 13.8466 193.65 80.962
Step: AIC=74.37 この段階で E は使わないと...
A ~ B + C + D + F + H 分析例数は変わらない（90行...
Df Sum of Sq RSS AIC
- D 1 3.0666 183.04 73.891
<none> 179.97 74.371
- B 1 5.3420 185.32 75.003
- C 1 10.0913 190.07 77.281
- H 1 11.3027 191.28 77.853
- F 1 13.7468 193.72 78.995
Step: AIC=73.89
A ~ B + C + F + H
Df Sum of Sq RSS AIC
<none> 183.04 73.891
- B 1 4.5611 187.60 74.107
- H 1 9.6070 192.65 76.495
- F 1 12.0254 195.07 77.618
- C 1 13.0502 196.09 78.090
可能なら，投稿記事を編集したらよい -- &new{2019-01-21 ...
- ありがとうございました。ご指摘の点、勉強いたします。失...
#comment
**一元配置の分散分析時のエラーについて [#f9da0e14]
>[[r]] (2019-01-11 (金) 10:35:26)~
~
初心者です。~
> グループ1 <-c(0.214868106,0.130905896)~
> グループ2 <-c(0.363994669,0.133351903)~
> グループ3 <-c(0.314337464,0.33376496)~
> グループ4 <-c(0.24814533,0.435896438)~
> グループ5 <-c(0.460955618,0.348227084）~
> グループ6 <-c(0.479455052,0.4087283）~
> 全グループ<-c(グループ1, グループ2, グループ3, グループ...
> 薬の種類 <-c(rep("A", 2), rep("B", 2), rep("C", 2), rep...
> 薬の種類~
[1] "A" "A" "B" "B" "C" "C" "D" "D" "E" "E" "F" "F"
> 薬の種類2 <-factor(薬の種類)~
> 薬の種類2~
[1] A A B B C C D D E E F F
Levels: A B C D E F~
> oneway.test(全グループ~薬の種類2, var.equal=TRUE)~
Error in model.frame.default(formula = 全グループ ~ 薬の...
variable lengths differ (found for '薬の種類2')
以上のとおりエラーが出てしまうのはなぜでしょうか。~
ご教授お願い致します。~
//
- 「グループ5」と「グループ6」の定義の閉じかっこが全角~
「全グループ」の定義中の「グループ4」，「グループ5」，の...
それらを半角にするとちゃんと動く
> グループ1 <-c(0.214868106,0.130905896)
> グループ2 <-c(0.363994669,0.133351903)
> グループ3 <-c(0.314337464,0.33376496)
> グループ4 <-c(0.24814533,0.435896438)
> グループ5 <-c(0.460955618,0.348227084)
> グループ6 <-c(0.479455052,0.4087283)
> 全グループ<-c(グループ1, グループ2, グループ3, グルー...
> 薬の種類 <-c(rep("A", 2), rep("B", 2), rep("C", 2), re...
> 薬の種類
[1] "A" "A" "B" "B" "C" "C" "D" "D"
[9] "E" "E" "F" "F"
> 薬の種類2 <-factor(薬の種類)
> 薬の種類2
[1] A A B B C C D D E E F F
Levels: A B C D E F
> oneway.test(全グループ~薬の種類2, var.equal=TRUE)
One-way analysis of means
data: 全グループ and 薬の種類2
F = 2.102, num df = 5, denom df
= 6, p-value = 0.1961
日本語なんて使うと，特に Windows の場合は入力は面倒くさい...
> x <- c(0.214868106,0.130905896,
+ 0.363994669,0.133351903,
+ 0.314337464,0.33376496,
+ 0.24814533,0.435896438,
+ 0.460955618,0.348227084,
+ 0.479455052,0.4087283)
> drug <-factor(rep(LETTERS[1:6], each=2))
> drug
[1] A A B B C C D D E E F F
Levels: A B C D E F
> oneway.test(x~drug, var.equal=TRUE)
One-way analysis of means
data: x and drug
F = 2.102, num df = 5, denom df = 6, p-value = 0.1961
どれだけ簡単か。 -- &new{2019-01-11 (金) 18:45:13};
- ありがとうございました。 -- [[r]] &new{2019-01-15 (火) ...
#comment
**下位互換ではないmatrixの行の抽出 [#l84ddf95]
>[[tuji]] (2019-01-04 (金) 20:29:05)~
~
お世話になります。~
複数の要素を持つものを比較したときに、他のものそれぞれと...
実際は遺伝に関するデータで100*100*100*200行程度、30程度の...
例として１クラス４０名にトランプを各スート毎に１枚ずつラ...
クラス内の誰に対しても、すべてのスートで負けてしまうこと...
下記スクリプトにより問題なく計算はできました。しかし冗長...
もし有効な関数・パッケージ等ご存知でしたら、教えていただ...
pop <- 40
suit <- 4
mymat1 <- matrix(as.integer(runif(pop * suit,1,14)), pop...
#40名にスーツごとに（無限セットの）トランプから１枚を配る
mymat2 <- cbind(1:pop, mymat1[order(-mymat1[,1],-mymat1[...
#最初のスーツの順で並べ替え、各名にIDを振る。スーツが増...
compatible <- as.logical(numeric(pop))
#誰の下位互換でもない場合をT、そうでない場合をFとする用...
myfunc <- function(x, y){
any(x > y) | setequal(x, y)
}
tm <- mymat2
#並べ替えているため、最初のIDは必ず誰の下位互換でもない
for (u in 1:pop){
Limit <- apply(tm[,-1],1,myfunc,tm[1,-1])
#applyで行毎に判定するのとは別に、行が増えたとき用に
#tm[,2] > tm[1,2] | tm[,3] > tm[1,3] | tm[,4] > tm[1,4...
#と書く方がよいでしょうか？
compatible[tm[Limit,][1]] <- T
#tmの１行目に来るIDの下位互換ではない次のIDは必ず誰の...
#IDの1列目がcompatibleの要素にアクセスするために必須に...
tm <- tm[Limit,][-1,]
#tmの１行目と１行目の下位互換のIDを省く
print(u)
if (length(tm) == suit + 1) {
compatible[tm[1]] <- T
break
}
}
mymat2[compatible,] #確認用
//
- 提示されたプログラムをコピー・ペーストして何回も実行す...
- 上のプログラムが正しいとして，行数40000，要素数30で私の...
- ご回答ありがとうございます。即日の回答で嬉しい限りです...
- 時間はまあよいやということですが，メモリの方はどうです...
> pop <- 100*100*100*200
> suit <- 30
> mymat1 <- matrix(as.integer(runif(pop * suit, 1, 14)),...
エラー: ベクトルのメモリを使い切りました (上限に達した...
- 約100*100*200行の30列が734Mbです。次の組み合わせの100倍...
#comment
**dplyr でfilter を使っていたら急にエラーが出始めました [...
>[[ポンタ]] (2018-12-27 (木) 22:07:12)~
~
お世話になります。~
初めて投稿します。~
昨年（2017年）会社でRを入れてもらえるようになり、本業の傍...
~
本日、会社のPC（windows7 32bit）でR（3.4です。RStudioは入...
~
Error in filter_impl(.data, quo) :~
Evaluation error: `as_dictionary()` is defunct as of rlan...
~
~
ネットで調べていたら、~
https://github.com/tidyverse/dplyr/issues/3941~
に同じエラーメッセージが出ていましたが、どのように対応し...
~
rlangというのが悪さをしているようなのでこれの1つ前のバー...
~
どのようにすれば、エラーが出なくなるかご教示頂けないでし...
//
- defunct の意味はご存じない？（古くなって）廃止された（...
R version 3.5.2 (2018-12-20) -- "Eggshell Igloo"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Comp...
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
R は、自由なソフトウェアであり、「完全に無保証」です。
一定の条件に従えば、自由にこれを再配布することができます...
配布条件の詳細に関しては、'license()' あるいは 'licence(...
R は多くの貢献者による共同プロジェクトです。
詳しくは 'contributors()' と入力してください。
また、R や R のパッケージを出版物で引用する際の形式につ...
'citation()' と入力してください。
'demo()' と入力すればデモをみることができます。
'help()' とすればオンラインヘルプが出ます。
'help.start()' で HTML ブラウザによるヘルプがみられます。
'q()' と入力すれば R を終了します。
> utils:::menuInstallPkgs()
--- このセッションで使うために、CRAN のミラーサイトを選...
URL 'https://cran.ism.ac.jp/bin/windows/contrib/3.5/dpl...
Content type 'application/zip' length 3069918 bytes (2.9...
downloaded 2.9 MB
パッケージ ‘dplyr’ は無事に展開され、MD5 サムもチェック...
ダウンロードされたパッケージは、以下にあります
C:\Users\user\AppData\Local\Temp\RtmpE9GCqc\down...
> library(dplyr)
次のパッケージを付け加えます: ‘dplyr’
以下のオブジェクトは ‘package:stats’ からマスクされてい...
filter, lag
以下のオブジェクトは ‘package:base’ からマスクされてい...
intersect, setdiff, setequal, union
> data.frame(a=10) %>% filter(a>4)
a
1 10
> sessionInfo()
R version 3.5.2 (2018-12-20)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 17134)
Matrix products: default
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Jap...
[3] LC_MONETARY=Japanese_Japan.932 LC_NUMERIC=C ...
[5] LC_TIME=Japanese_Japan.932
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets me...
other attached packages:
[1] bindrcpp_0.2.2 dplyr_0.7.8
loaded via a namespace (and not attached):
[1] tidyselect_0.2.5 compiler_3.5.2 magrittr_1.5 ...
[5] R6_2.3.0 tools_3.5.2 pillar_1.3.1 ...
[9] tibble_1.4.2 crayon_1.3.4 Rcpp_1.0.0 ...
[13] rlang_0.3.0.1 purrr_0.2.5 bindr_0.1.1
> library(dplyr)
> data.frame(a=10) %>% select(a)
a
1 10
>
- ありがとうございました。新年になってRのバージョンアップ...
#comment
**TIFF画像を用いた衛星画像の土地被覆分類に関して [#nfd13a...
>[[jun]] (2018-12-16 (日) 18:49:05)~
~
衛星画像の土地被覆分類をSVMを用いて行いたいと考えているの...
簡単で構いませんので手順を教えていただけると幸いです。~
~
画像の赤、青、緑、近赤外の各バンドの画素値の抽出まではし...
//
#comment
**「他の因子で調整した生存曲線」に関して [#p42fffac]
>[[pinoj]] (2018-12-06 (木) 20:53:46)~
~
ハザード比を出す方法に関する質問をさせて頂きたく思います。~
~
例えば、生存期間を決定する因子として、以下の3つの因子が見...
~
性別、年齢、喫煙（すべて01因子とします）~
~
群別する変数に「性別」を、調整に用いる変数に「年齢と喫煙...
これらの因子で調整した性別に関する生存曲線は、下記のコマ...
~
coxmodel <- coxph(Surv(Days,Survival==1)~ age + smoking +...
cox <- survfit(coxmodel)~
plot(cox)~
~
上記で、2本のカーブを描くことができました。~
~
しかしながら、この性別の2群間のハザード比（および95%信頼...
~
print(coxmodel)~
~
を入力すると、性別ではなく、その他の2因子（年齢と喫煙）に...
恐れ入りますが、どうかご教示をお願い申し上げます。~
//
#comment
**ダミー変数を含む交互作用項を含む重回帰分析について [#d8...
>[[hisapon]] (2018-12-01 (土) 16:02:58)~
~
pequodよりlmresを使用して交互作用項を含む3要因の重回帰分...
従属変数：dep 独立変数1（連続変数）:ind1 独立変数2（連...
lmres(dep~ind1*ind2*ind3.dummy,centered=c("ind1","ind2","...
ダミー変数である独立変数3を中心化させる必要があるのか、ま...
このあたりのことについて教えていただけると有難いです。あ...
//
- 当然ながら，&br;Little, T. D., Bovaird, J. A., & Widama...
は，全てご覧になってのことでしょうね。だとしたら，何の助...
#comment
**多重代入後の解析、統合につきまして [#x9c9affc]
>[[noria]] (2018-11-28 (水) 00:49:28)~
~
皆様お世話になります。~
欠損値のあるデータの多重代入後の解析、統合方法についてお...
現在、多重代入はAmeliaパッケージ、解析はsurv IDINRIパッケ...
~
スクリプト~
dat1 <- read.csv("/Users/###/Desktop/dat1.csv")~
library(Amelia)~
x = data.frame~
m = 5~
dat1 <- subset(dat1, select=c("time","status","age","copd...
dat1.out <- amelia(x = dat1, m = 5)~
library(survIDINRI)~
for(i in 1:m){~
idinri <- dat1.out$imputations[[i]]
D = subset(idinri, select=c("time","status","age","copd"...
D$status = as.numeric(D$status==1)
D=D[!is.na(apply(D, 1, mean)),]; dim(D)
mydata = D
t0 = 365
indata1 = mydata;
indata0 = mydata[,c(-3)]; n=nrow(D);
covs1 <- as.matrix(indata1[,c(-1,-2)])
covs0 <- as.matrix(indata0[,c(-1,-2)])
x <- IDI.INF(mydata[,1:2],covs0,covs1,t0,npert=200) ...
~
IDI.INF.OUT(x);
}
~
結果~
Est. Lower Upper p-value~
M1 0.034 0.000 0.109 0.030~
M2 0.203 -0.027 0.402 0.060~
M3 0.001 -0.008 0.154 0.607~
Est. Lower Upper p-value~
M1 0.039 0.002 0.127 0.020~
M2 0.203 0.019 0.377 0.030~
M3 0.002 -0.010 0.162 0.517~
Est. Lower Upper p-value
M1 0.041 0.002 0.138 0.020~
M2 0.203 -0.018 0.367 0.060~
M3 0.001 -0.008 0.139 0.488~
Est. Lower Upper p-value
M1 0.033 -0.001 0.135 0.090~
M2 0.130 -0.203 0.392 0.109~
M3 0.002 -0.010 0.210 0.547~
Est. Lower Upper p-value~
M1 0.031 0.000 0.119 0.070~
M2 0.203 0.000 0.368 0.050~
M3 0.001 -0.007 0.187 0.498~
//
- 統合ってどういうことをしようとしているの？&br;関係ない...
- お返事ありがとうございます。つまり、プールされた推定値...
- お返事ありがとうございます。つまり、プールされた推定値...
- 全部のデータを使って分析するだけじゃダメなの？そうでな...
- メタアナリシスということなら，一般的にはプールされた推...
- ありがとうございました。参考にさせて頂きます。 -- &new...
- 多重代入法（多重補間法，どっちでもいい気がしますが）の...
- 推定値は平均するだけで良いのですね。信頼区間とP値を算出...
#comment
**重回帰分析時のエラーについて [#a4bad2a6]
>[[-0.889]] (2018-11-27 (火) 15:44:27)~
~
初心者です。~
Ri386 3.4.3をwindows7professionalで使用しています。~
１列目を目的変数として2～8列目を説明変数とした重回帰分析...
> result1 <-lm(data[,1]~data[,2]+data[,3]+data[,4]+data[,...
Error in data[, 1] : object of type 'closure' is not subs...
解決法などご教示頂けると助かります。~
//
- dataという名前のmatrixないしdata.frameを先に定義してい...
- コピー＆ペースト法によってデータを定義しています。 -- [...
- されていないので出ているエラーです。エラーの直後にstr(d...
- 「str(data) したら，なんかでたのですが」なんて，応答が...
- たしかにそうですね。関数としてのdataの実体が長く表示さ...
- レスが遅くて申し訳ございません。dataと入力したら8列のデ...
- dataと打ってその8列のデータが表示される直前/直後では、...
- > コピー＆ペースト法によってデータを定義し&br;その後で...
あなたが実際にやった（と思っている？）ことを正確に伝えて...
毎回コピー＆ペースト法でデータ入力をするというのは，面倒...
- レスが遅くて申し訳ございません。dataと入力したら8列のデ...
#comment
**コピー＆ペースト方式の読み込み量の制限について [#fbf34e...
>[[-0.889]] (2018-11-16 (金) 15:50:38)~
~
初心者です。~
Ri386 3.4.3をwindows7professionalで使用しています。~
重回帰分析を行いたいため、エクセルのファイルデータをコピ...
Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote ...
line 59 did not have 5 elements
4列までは、ペーストできるのですが、5列以上はエラーとなり...
コピー＆ペースト方式には、ペーストできる量に制限があるの...
よろしくお願い致します。~
//
- 書かれているとおりです。"line 59 did not have 5 element...
- 有難うございました。 -- [[-0.889]] &new{2018-11-16 (金)...
#comment
~
~
**httrパッケージにおけるPOST関数のURLエンコード [#c631fb0a]
> (2018-11-11 (日) 12:32:06)~
~
以下の投稿は，「[[投稿における注意事項]]」に反する方法で...
「[[投稿における注意事項]]」および「[[投稿文書の書式:http...
~
httrパッケージにおけるPOST関数のURLエンコードについて。あ...
//
#comment
**判別分析における定数項のずれについて [#o36bc17a]
>[[東京都下]] (2018-10-15 (月) 17:00:39)~
~
皆様始めまして~
~
過去の業務の統計部分を引き継ぐことになり、いちから勉強し...
2群の直線判別分析を行っているのですがRがpredict計算で出す...
結果を再度見てみると定数項が違うことに気づきました。~
~
lda関数を利用した判別関数の定数項導出でもし留意点などござ...
~
変数は2つしかなくてたとえばa,bとして~
~
result <- lda(y~a+b)~
predict_result <- predict(result)~
result$means~
result$scaling~
LD1
a ***~
b ***~
~
result$means%*%result$scaling~
apply(result$means%*%result$scaling,2,mean)~
★ここで定数項が出る~
~
とやってみました。~
aとb(係数)については問題ないのですが、定数項があいません。~
~
「あわない」というのは同じデータを別のソフトで解析して出...
~
今扱おうとしているデータ25000件位有り、2つの整数数値列＋1...
//
- 具体例が出せなくても，架空のデータでよいので小規模なデ...
> y = factor(rep(0:1, c(5, 7)))
> a = c(3,2,2,3,4,5,6,4,4,2,3,4)
> b = c(3,2,3,4,5,4,3,7,6,5,4,6)
> library(MASS)
> result <- lda(y~a+b)
> predict_result <- predict(result)
> result$means
a b
0 2.8 3.4
1 4.0 5.0
> result$scaling
LD1
a 0.5955855
b 0.5845561
> result$means%*%result$scaling
LD1
0 3.655130
1 5.305123
> apply(result$means%*%result$scaling,2,mean)
LD1
4.480126
- lda の predict 結果の predict_result$x は全体の平均値が...
> predict_result$x
LD1
1 -1.0772009
2 -2.2573426
3 -1.6727864
4 -0.4926448
5 0.6874968
6 0.6985262
7 0.7095556
8 1.8566091
9 1.2720530
10 -0.5036742
11 -0.4926448
12 1.2720530
> mean(predict_result$x)
[1] -3.515345e-16
- 世の中には，各群の平均値の中間点が0になるように定数項を...
> pred <- cbind(a, b) %*% result$scaling
> pred
LD1
[1,] 3.540425
[2,] 2.360283
[3,] 2.944839
[4,] 4.124981
[5,] 5.305123
[6,] 5.316152
[7,] 5.327181
[8,] 6.474235
[9,] 5.889679
[10,] 4.113952
[11,] 4.124981
[12,] 5.889679
> offset <- apply(result$means%*%result$scaling,2,mean)
> offset
LD1
4.480126
> pred2 <- pred-offset # offset を調整する！！
> mean(pred2[1:5])
[1] -0.8249962
> mean(pred2[6:12]) # これで，2 群の判別値の平均値の真ん...
[1] 0.8249962
- ちなみに，まれにではあるが判別値の平均値が0で，分散が1...
- 質問者です。ありがとうございます。predictの平均で調整す...
- 値の正負から判定するならば2群の判別値の平均値の中間が原...
- 質問者です。上記の「世の中には，各群の平均値の中間点が0...
#comment
**リストの名前と要素を２列の表形式に保存 [#w4fc23b8]
>[[nkrit]] (2018-10-11 (木) 20:48:13)~
~
初心者です。~
lst <- list(A=c(1), B=c(2,3), C=c(3,4,5))~
のようなリストがありまして、これを~
A 1~
B 2,3~
C 3,4,5~
のような２列の表形式に保存したいと考えましたが、~
lapply(lst, function(x) write(x, "data", append=T))~
これでは、A, B, Cなどの名前が入りませんし、どうしたら簡潔...
//
- 名前と値のリストの区切りを空白にするかタブにするかは選...
> junk = mapply(function(x, y) {cat(x, "\t", sep=""); ca...
A 1
B 2,3
C 3,4,5
- 早速ありがとうございます。こんなことができるのですか！...
- junk はコンソールに余計なものを出さないためだけのもの -...
lst <- list(A=c(1), B=c(2,3), C=c(3,4,5))
con <- file("out.dat", "w")
junk <- mapply(function(x, y) {cat(x, "\t", sep="", file...
close(con)
- ありがとうございます。今は、まだこのからくりがよくわか...
- 以下のような方法も。
cat(paste(names(lst), lapply(lst, paste, collapse = ",")...
行名と以降の区切りや、値間の区切りはpasteのsepとcollapse...
- ご丁寧にありがとうございます。こちらは、初心者の私にも...
#comment
**欠損値を含むデータフレームの各列から欠損値だけ抜いて、...
>[[nkrit]] (2018-10-04 (木) 02:49:41)~
~
欠損値を含むデータフレームの各列から欠損値だけ抜いて、そ...
NAのある行をそっくり抜くのではなく,A1なら2要素、A2なら1要...
どうすればRらしく、すっきりと書けるのでしょうか。何卒よろ...
~
df <- data.frame(A1=c("a","b",NA),A2=c("c",NA,NA),A3= c("...
g1 <- df[,"A1"]~
g1 <- g1[!is.na(g1)]~
g2 <- df[,"A2"]~
g2 <- g2[!is.na(g2)]~
g3 <- df[,"A3"]~
g3 <- g3[!is.na(g3)]~
lst <- list(g1,g2,g3)~
names(lst) <- c("A1","A2","A3")~
//
- lapply(df, na.omit) とするか，それとも，lapply(df, func...
- 早速、恐縮に存じます。na.omit(df)では駄目だしとか、悩ん...
- 早速、恐縮に存じます。na.omit(df)では駄目だしとか、悩ん...
#comment
**日本語のマルチバイト化 [#o7741310]
>[[うどん]] (2018-10-03 (水) 23:07:32)~
~
初心者です。~
R, Rstudioをmacで使っています。どちらも最新のものにアップ...
~
no,city,facility_category,facility_name,site,lat,lon,sta,...
No002,01室蘭,Harbor,崎守埠頭,3,42.365545,140.931244,0,24~
No003,05登別,Station,JR登別,9,42.452047,141.180894,9,17~
~
上記のようなcsvファイルを読み込むと、下記のように日本語の...
~
~
No002 01\216\272\227\226 Harbor \215\350\216\347\225u\223...
No003 05\223o\225\312 Station JR\223o\225\312 9 42.45205 ...
~
~
一通り調べてみたのですが、エラーも出ず、文字化けでもない...
Rstudio上でfilesから該当ファイルをview fileで読み込むと正...
~
何か解決策はないでしょうか。よろしくお願いします。~
//
- 立ち上げたときに，赤字で以下のようなメッセージ出てませ...
During startup - Warning messages:
1: Setting LC_CTYPE failed, using "C"
2: Setting LC_COLLATE failed, using "C"
3: Setting LC_TIME failed, using "C"
4: Setting LC_MESSAGES failed, using "C"
5: Setting LC_MONETARY failed, using "C"
#comment
**RMeCabC("すもももももももものうち")、で落ちる [#pbf23054]
>[[pkopw2]] (2018-09-24 (月) 12:27:12)~
~
library(RMeCab)~
res <- RMeCabC("すもももももももものうち")~
~
2行目を入力したとたんに、落ちてしまいます。エラーメッセー...
Rは64/32bitのいずれも試しましたが、同じ現象でした。~
どこがにミステイクがあるのでしょうか。どうかよろしくお願...
~
install.packages("RMeCab", repos = "http://rmecab.jp/R") ...
使用環境：windows10pro（64bit）、R3.4.1 です。~
//
- MeCabはインストールしましたか？ -- &new{2018-09-25 (火...
- ご回答どうも有難うございます。インストールしたらいけま...
#comment
**データフレームにおける値の変換 [#h9c7c3fe]
> (2018-09-22 (土) 22:17:08)~
~
下記の変換用データフレームと変換前データフレームがあった...
変換後データフレームを生成するにはどのようなコードを書け...
~
変換用データフレームは値の上限と下限、変換する値の3項目を...
変換前データフレームの変数vの範囲を判定して、変換用データ...
~
なお実際はどのデータフレームも件数が数千件ほどあります。~
~
変換用データフレーム~
lower,upper,value~
0,1,7~
1,2,5~
2,3,4~
3,4,3~
~
変換前データフレーム~
v~
1.5~
2.5~
~
変換後データフレーム~
v,w~
1.5,5~
2.5,4~
//
- > なお実際はどのデータフレームも件数が数千件ほどありま...
- 変換用データフレーム，「lower 以上，upper 未満」だよね...
- 変換表データフレームは，lower は1刻みなの？ -- &new{20...
- 変換用データフレーム，lower は 4 以上はないの？負の値も...
- > どのようなコードを書けばよいでしょうか&br;あなたは「...
- 業務で使うデータのため、変換用データフレームも数千件あ...
- すみません。上手くない方法すら思いつかない状況です。 --...
- 何の規則性もないような変換用データフレームなら，上手い...
変換用 = data.frame(lower = 0:3, upper = 1:4, value = c(...
変換前 = data.frame(v = c(1.5, 2.5, 999, 3.2))
z = lapply(変換前$v, function(x) {
y = which(変換用$lower <= x & x < 変換用$upper)
ifelse(length(y) == 0, NA, 変換用$value[y])
})
変換後 = 変換前
変換後$w = unlist(z)
> 変換後
v w
1 1.5 5
2 2.5 4
3 999.0 NA
4 3.2 3
#comment
**merge()の結合様式に関するパラメータを外部から入力する [...
>[[nkrit]] (2018-09-04 (火) 10:21:20)~
~
merge()の結合様式に関するパラメータを外部から入力すること...
前回のご指摘を踏まえて、本質的な部分だけの質問を心がけて...
ポイントは、たとえば、whichに "L"が入力されたら、論理型で...
そこで、
which <-"L" # may change to others
xyTF <- list(c(T,F),"left") # default here --> all.x=T, ...
switch(which,
"L" = xyTF <- list(c(T,F),"left"),
"R" = xyTF <- list(c(F,T),"right"),
"O" = xyTF <- list(c(T,T),"outer"),
"I" = xyTF <- list(c(F,F),"inner"),
"l" = xyTF <- list(c(T,F),"left"),
"r" = xyTF <- list(c(F,T),"right"),
"o" = xyTF <- list(c(T,T),"outer"),
"i" = xyTF <- list(c(F,F),"inner"),
cat("\n When other letters => 'left merge' is automat...
)
cat("Mode: ", which,"=[" , xyTF[[2]], "]\n")
all.x=xyTF[[1]][1]
all.y=xyTF[[1]][2]
# example: Mdata <- merge(Ldata, Rdata, by.x=Lkey, by.y=...
としてみました。なにぶん独学で、周囲に批判的なコメントを...
//
- 文字化けしてしまいました。すいません。1? のところは[[1]...
- 二重角括弧のつもりです。うまく入力できません。すいませ...
- このページの最初の方に「「[[投稿における注意事項]]」を...
- 少なくとも switch(which, を switch(toupper(which), にす...
- なんで，リストなんか使う？ややこしくなるだけ。 -- &new...
- 要するに，which が "R", "L", "O", "I" に対して，(all.x,...
- やりたいことを，できるだけ簡潔に正確に日本語で書けば，...
which <- toupper(which) # 小文字で指定されたら大文字にする
all.x <- TRUE; all.y <- FALSE # デフォルトの場合の定義
if (which == "R" || which == "I") all.x = FALSE # デフォ...
if (which == "R" || which == "O") all.y = TRUE # デフォ...
cat("all.x =", all.x, "all.y =", all.y, "\n")
- 投稿における注意事項、理解不十分でたいへん失礼しました...
- 辞書引きの問題なので，解はいろいろあるだろう。たとえば...
- しかしそもそも，「選ばれたものが"left"なのか"right"なの...
- ありがとうございました。ミススペルしてイライラしないよ...
#comment
**自分のｐ値のデータセット（例えば５千個）のそれぞれの値...
>[[nkrit]] (2018-08-29 (水) 00:51:11)~
~
ベタに下記のようなスクリプトを書いてみたのですが、とても...
双方のファイルをソートしてから始めると少しは節約になるの...
~
args <- commandArgs(TRUE)~
working.dir <- dirname(args[1])~
q.file <- basename(args[1])~
p.file <- args[2]~
~
setwd(working.dir)~
Qdata <- read.table(q.file, header = T, sep = "\t")~
# Qdata[,5] = query pvalue dataset (ex.5,000)~
Pdata <- read.table(p.file, header = T, sep = "\t")~
# Pdata[,1] = compared pvalue dataset (ex.10,000)~
Qdata$count <- 0~
Sys.time()~
for (i in 1:nrow(Qdata)){~
for (j in 1:nrow(Pdata)){
if (Qdata[i,5] >= Pdata[j,1])
Qdata$count[i] <- Qdata$count[i]+1
# when pvalue in the query dataset is larger ...
}
# ex. nrow(Pdata) = 10,000
} ~
Sys.time()~
Qdata$p_value <- Qdata$count/nrow(Pdata)~
pvalue_q.file <- paste0("pvalue_", q.file)~
write.table(Qdata, pvalue_q.file, quote = F, sep = "\t", ...
//
- プログラムのヘタな人は，質問もヘタなのか... -- &new{20...
- 要するに，x, y という2つのベクトルがあるとき，xの各要素...
- 質問者側のどうでもよい条件は不要というか，理解の障害に...
- (Qdata[i,5] とか Pdata[j,1] なんかをそのまま for ループ...
- データの大きさは質問の本質と違うのだから，簡単な例とそ...
- 例えば，x = (2, 6) で y = (3, 4, 1, 0, 9) のとき，(2, 4...
x = c(2, 6)
y = c(3, 4, 1, 0, 9)
count = integer(length(x))
for (i in seq_along(x)) {
sum = 0
for (j in seq_along(y)) {
if (x[i] >= y[j]) {
sum = sum + 1
}
}
count[i] = sum
}
count
- 上のプログラムは，あなたの質問の本質であって，答えでは...
- データとして x = rnorm(5000); y = rnorm(10000) で上のプ...
- 処理部分だけは，「1行で書ける！！！」。そして，その実行...
- はい，おまた〜。例解1. count = sapply(x, function(x1) s...
- 例解2. count = rowSums(outer(x, y, ">=")) これは，例解1...
- おっしゃるように本質を理解しておりませんでした。それに...
#comment
**追加の質問 [#n55c389e]
>[[初心者です]] (2018-08-11 (土) 08:05:21)~
~
もう一点、こちらも初歩的な質問となり大変恐縮ですが、①に合...
①~
sample month~
1 201701~
1 201702~
1 201703~
1 201704~
1 201705~
1 201708~
1 201709~
2 201705~
2 201706~
2 201709~
2 201712~
~
②~
sample sex age site month~
1 Male 34 a 201701~
1 Male 34 b 201701~
1 Male 34 a 201702~
1 Male 34 b 201702~
1 Male 35 a 201703~
1 Male 35 a 201704~
1 Male 35 a 201705~
1 Male 35 a 201706~
1 Male 35 b 201708~
1 Male 35 a 201709~
1 Male 35 b 201709~
1 Male 35 b 201711~
2 Female 63 c 201701~
2 Female 63 c 201705~
2 Female 63 d 201705~
2 Female 63 c 201706~
2 Female 64 c 201707~
2 Female 64 c 201709~
2 Female 64 d 201709~
2 Female 64 c 201710~
2 Female 64 d 201712~
~
③~
sample sex age site month~
1 Male 34 a 201701~
1 Male 34 b 201701~
1 Male 34 a 201702~
1 Male 34 b 201702~
1 Male 35 a 201703~
1 Male 35 a 201704~
1 Male 35 a 201705~
1 Male 35 b 201708~
1 Male 35 a 201709~
1 Male 35 b 201709~
2 Female 63 c 201705~
2 Female 63 d 201705~
2 Female 63 c 201706~
2 Female 64 c 201709~
2 Female 64 d 201709~
2 Female 64 d 201712~
~
merge(データフレーム①,データフレーム②,by.x=”sample”,by.y=...
大変お手数をおかけしますが、ご教示いただけると幸いです。...
//
- 単に，merge(データフレーム①,データフレーム②)&br; 列の順...
- ご回答者様、ありがとうございます。特に列を指定する必要...
#comment
**重複を除外する方法 [#t241d727]
>[[初心者です]] (2018-08-10 (金) 17:20:37)~
~
R初心者です。初歩的な質問で申し訳ございません。~
例えば以下のようにサンプルごとに複数の月がデータとしてあ...
sample Month~
1 201701~
1 201701~
1 201702~
1 201703~
1 201703~
1 201704~
1 201704~
1 201705~
1 201708~
1 201708~
1 201709~
2 201705~
2 201706~
2 201706~
2 201709~
2 201709~
2 201712~
~
結果は以下のようになります。~
sample Month~
1 201701~
1 201702~
1 201703~
1 201704~
1 201705~
1 201708~
1 201709~
2 201705~
2 201706~
2 201709~
2 201712~
~
大変お手数をおかけしますが、どうぞよろしくお願いします。~
//
- 何のことはない，unique(データフレーム名）&br;投稿様式に...
- ご回答者様、ありがとうございます。duplicateで重複を除外...
- 申し訳ありません。もう一点伺いたいことがあり、こちらの...
#comment
**変数設定について [#t97d6d76]
>[[むー]] (2018-08-09 (木) 22:17:57)~
~
変数設定について質問です。英語での入力は問題ないのですが...
誰か分かる方がおられましたらよろしくお願いします。~
//
- どのように入力したら、どののようなエラーが出るのか -- ...
- > 身長 <- c(173,178,180,183,182,174,179,179,174,192)を...
- R を立ち上げた直後に15，6行出るメッセージは日本語になっ...
R version 3.5.1 ...... -- "Feather Spray"
Copyright ....
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
R は、自由なソフトウェアであり、「完全に無保証」です。
一定の条件に従えば、自由にこれを再配布することができます...
配布条件の詳細に関しては、'license()' あるいは 'licence(...
以下略
- エラーメッセージ自体も文字化けしている。Error: unexpect...
- Rを立ち上げた直後は英語です。 -- [[むー]] &new{2018-08-...
- R version 3.4.4 (2018-03-15) -- "Someone to Lean On" Co...
- すみません、この？の部分は僕も色々調べてみたのですが僕...
- あなたは，R を英語で使いたいの？&br;日本語で使いたいの...
- Rは日本語での使用を望んでいます。先程、言語地域設定の優...
#comment
**グラフのメタファイルでの貼り付け時に不要な余白をなくし...
>[[pkopw2]] (2018-08-08 (水) 16:30:48)~
~
作図したグラフをメタファイルとしてパワポに貼り付ける方法...
~
右クリック＞メタファイルにコピー＞パワポにコピペ~
~
とすると、グラフが左上に偏ってしまい、右側・下側に無駄な...
（R（3.5.1）、windows10 pro、powerpoint 2016）~
~
この現象は、例えるなら、~
~
par(mfrow=c(2,2))~
~
のコマンドを入力した時に、左上の領域にグラフが描出される...
~
前に使っていたパソコン（ver3.2.1、windows8）では、作図し...
~
結局、パワポにコピペした後にグループ化を解除したりして一...
~
~
作図領域とデバイス領域がそろっていないのかと思い、下記の...
~
fig = c(0, 1, 0, 1)~
par(oma = c(0, 0, 0, 0)) ~
plt = c(0, 1, 0, 1)~
par(mfrow=c(1,1))~
~
昨日からずっと解決できていません。~
初歩的な質問で恐縮ですが、どうかよろしくお願いします。~
//
- 再現できなかったけど，「メタファイルにコピー・パワポに...
- ご回答ありがとうございます。試してみましたが、作図部分...
- どのように試したのかはっきりしない。以下のようにしてで...
win.metafile("test.wmf")
hist(rnorm(10000))
dev.off()
ここに示す画像のようになっておらず，大きな余白があるのか...
&ref(test-wmf.png);
- ご回答ありがとうございます。コマンドを打ち込んでRで作図...
- じゃあ，わからない。そのファイルをアップロードしてみて...
- この掲示板にアップロードする。その際，枠を付けたりなど...
- wmfファイルとemfファイルのどちらも同じように余白が生じ...
- par(no.readonly=TRUE) を入力して，以下のパラメータの値...
$fig
[1] 0 1 0 1
$mai
[1] 1.02 0.82 0.82 0.42
$mar
[1] 5.1 4.1 4.1 2.1
$mfg
[1] 1 1 1 1
$oma
[1] 0 0 0 0
$omd
[1] 0 1 0 1
$omi
[1] 0 0 0 0
$plt
[1] 0.1205513 0.9382542 0.1499541 0.8794487
$usr
[1] 0 1 0 1
それ以上は，わからない。 -- &new{2018-08-11 (土) 14:17:5...
- いろいろなパラメータが出てきました。上記の中では、$plt...
- しかしながら，どれも関係ないようで，ギヴアップ&br;pdf ...
- またやってみたいと思います。色々とお付き合いいただき感...
#comment
**複数のデータフレームを加工したい [#z075f4f0]
>[[sk]] (2018-08-04 (土) 08:03:33)~
~
複数のデータフレームを同じ操作で加工したいのですが、うま...
ベクターでも一緒なので、やりたいことは下記のような形です。~
~
a <- c(1,2)~
b <- c(3,4)~
~
a <- append(a, 9)~
b <- append(b, 9)~
~
これを~
~
for (i in list(a,b) ){~
i <- append(i, 9)
View(i)
}~
~
のように書くと、Viewでは見えるのですが、~
それぞれのデータフレーム（ベクター）は変化していません。~
~
lapply(dlist, function (x) {x <- append(x, 9); View(x)})~
~
も考えたのですがこれも違いました。~
~
for (s in c("a","b") ){~
eval(parse(text = paste0(s," <- append(", s, ", 9)")))
eval(parse(text = paste0("View(", s, ")")))
}~
~
これはできるのですが、操作が多いので、すべてを文字列で書...
//
- オブジェクトへの操作を関数 func で定義し，オブジェクト ...
func = function(d) {
d$x2 = d$x^2
d$y2 = 1/d$y
d
}
> set.seed(987)
> a = data.frame(x=1:5, y=rnorm(5))
> a
x y
1 1 -0.05701369
2 2 0.26999481
3 3 0.87447166
4 4 -0.19034659
5 5 1.10069779
> a = func(a)
> a
x y x2 y2
1 1 -0.05701369 1 -17.5396479
2 2 0.26999481 4 3.7037749
3 3 0.87447166 9 1.1435476
4 4 -0.19034659 16 -5.2535746
5 5 1.10069779 25 0.9085146
> b = data.frame(x=1:10, y=rnorm(10))
> b
x y
1 1 -0.893758950
2 2 -0.954967917
3 3 -0.855857687
4 4 -1.113020051
5 5 -1.288726486
6 6 0.757694061
7 7 -0.876224265
8 8 1.758459078
9 9 -0.009684665
10 10 -0.448383447
> b = func(b)
> b
x y x2 y2
1 1 -0.893758950 1 -1.1188699
2 2 -0.954967917 4 -1.0471556
3 3 -0.855857687 9 -1.1684186
4 4 -1.113020051 16 -0.8984564
5 5 -1.288726486 25 -0.7759598
6 6 0.757694061 36 1.3197939
7 7 -0.876224265 49 -1.1412603
8 8 1.758459078 64 0.5686797
9 9 -0.009684665 81 -103.2560250
10 10 -0.448383447 100 -2.2302340
> c = data.frame(x=c(2,4,8), y= c(0.2, 0.34, 0.87))
> c
x y
1 2 0.20
2 4 0.34
3 8 0.87
> result = lapply(list(a, b, c), func) # lapply でまとめ...
> result
[[1]]
x y x2 y2
1 1 -0.05701369 1 -17.5396479
2 2 0.26999481 4 3.7037749
3 3 0.87447166 9 1.1435476
4 4 -0.19034659 16 -5.2535746
5 5 1.10069779 25 0.9085146
[[2]]
x y x2 y2
1 1 -0.893758950 1 -1.1188699
2 2 -0.954967917 4 -1.0471556
3 3 -0.855857687 9 -1.1684186
4 4 -1.113020051 16 -0.8984564
5 5 -1.288726486 25 -0.7759598
6 6 0.757694061 36 1.3197939
7 7 -0.876224265 49 -1.1412603
8 8 1.758459078 64 0.5686797
9 9 -0.009684665 81 -103.2560250
10 10 -0.448383447 100 -2.2302340
[[3]]
x y x2 y2
1 2 0.20 4 5.000000
2 4 0.34 16 2.941176
3 8 0.87 64 1.149425
> result_c = result[[3]]
> result_c
x y x2 y2
1 2 0.20 4 5.000000
2 4 0.34 16 2.941176
3 8 0.87 64 1.149425
- ありがとうございます。ということは、オブジェクトが100個...
- そもそも100個のオブジェクトを別々の変数に割り当てようと...
a <- c(1,2)
b <- c(3,4)
は代入だけど，こんなのを 100回書くわけはないが，ファイル...
a <- read.table("file-a.dat")
なんてことになり，結局100回書かなくてはならないことに違い...
たとえば，上のようにデータフレームごとに処理するだけのこ...
for (i in 1:100) {
f = sprintf("x%03i.dat", i)
x = read.table(f)
x = fnc(x)
write.table(x, f) # 変更を書き出す必要があれば
}
とすればよいだけ。~
ここでも，もしファイル名に規則性がなければループ自体は前...
file.name = c("foo.dat", "bar.dat", "nanntakakantaranaga...
for (f in file.name) {
x = read.table(f)
x = fnc(x) # ここに処理内容を書けば，処理内容は1回だけ...
write.table(x, f) # 変更を書き出す必要があれば
}
要するに，「繰り返しはループでする」，「ループで処理でき...
- プログラミングを必修にするとか何とかいってるけど，子ど...
- 処理できるような構造にもっていく、というのはよい考えで...
#comment
**selectizeInputを用いてdata.frameの絞り込みを行いたい [#...
>[[sh]] (2018-07-26 (木) 17:33:16)~
~
用語があっているか自信がないのですが・・・~
Database(postgreSQL)接続してテーブルを参照し、そのカラム...
~
■読み込んだテーブル~
|ID|要素|~
|1|赤|~
|1|黄|~
|1|青|~
|2|赤|~
|2|青|~
|3|青|~
|3|緑|~
|4|赤|~
|4|緑|~
~
■selectizeInputの選択肢：テーブルの<要素>カラムをunique化...
[赤,黄,青,緑]~
~
この選択肢に対して、「選択内容をすべて含むID」を表示した...
或いは絞り込むために、表をもっと加工したほうが良いのでし...
~
※例~
選択：[赤,青] ⇒ 表示ID：1,2~
選択：[緑] ⇒ 表示ID：3,4~
//
- 方針のみ -- &new{2018-07-26 (木) 19:13:08};
> data = data.frame(ID=c(1,1,1,2,2,3,3,4,4),
+ 要素=c("赤","黄","青","赤","青","青","緑","赤","緑"))
> f = function(選択) {
+ tbl = xtabs(~ID+要素, data)[, 選択, drop = FALSE]
+ as.integer(rownames(tbl)[rowSums(tbl)==length(選択)])
+ }
> f(c("赤", "青"))
[1] 1 2
> f("緑")
[1] 3 4
- ありがとうございます・・・！分割表という概念があるので...
#comment
**glmmML()のp値の取得 [#ke3d6012]
>[[nkrit]] (2018-07-20 (金) 22:01:39)~
~
一般化混合線形モデルのパッケージglmmMLで、~
result <- glmmML(status ~ x[[3]], data = x, family = bino...
のような形で結果を取得して、係数の推定値と係数の標準偏差...
result$coefficients[2]~
result$coef.sd[2]~
のように取得できましたが、~
z値やそのp値は、どのように取得すれば良いのでしょうか。~
result自体は、~
coef se(coef) z Pr(>|z|)
(Intercept) -0.1233 0.845 -0.1459 0.884~
x[[3]] 14.4545 79.892 0.1809 0.856~
のような形で表示されてくるので、取得の方法があるのではと...
推定値／標準偏差を後で計算して、2*pnorm()によってP値を取...
どうぞ宜しくお願い致します。~
~
念のためresultのstructureを添付させていただきます。~
> str(result)~
List of 18~
$ boot : num 0
$ converged : logi TRUE
$ coefficients : Named num [1:2] -0.123 14.455
..- attr(*, "names")= chr [1:2] "(Intercept)" "x[[3]]"
$ coef.sd : num [1:2] 0.845 79.892
$ sigma : num 0.0194
$ sigma.sd : num 31.6
$ variance : num [1:3, 1:3] 7.14e-01 6.54e-0...
$ aic : num 28.1
$ bootP : logi NA
$ deviance : num 22.1
$ df.residual : num 13
$ cluster.null.deviance: num 22.1
$ cluster.null.df : int 14
$ posterior.modes : num [1:16] -0.00018 -0.000178 -...
$ prior : chr "gaussian"
$ terms :Classes 'terms', 'formula' lang...
.. ..- attr(*, "variables")= language list(status, x[[3...
.. ..- attr(*, "factors")= int [1:2, 1] 0 1
.. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
.. .. .. ..$ : chr [1:2] "status" "x[[3]]"
.. .. .. ..$ : chr "x[[3]]"
.. ..- attr(*, "term.labels")= chr "x[[3]]"
.. ..- attr(*, "order")= int 1
.. ..- attr(*, "intercept")= int 1
.. ..- attr(*, "response")= int 1
.. ..- attr(*, ".Environment")=<environment: R_GlobalEn...
.. ..- attr(*, "predvars")= language list(status, x[[3]])
.. ..- attr(*, "dataClasses")= Named chr [1:3] "numeric...
.. .. ..- attr(*, "names")= chr [1:3] "status" "x[[3]]"...
$ info : int 0
$ call : language glmmML(formula = statu...
- attr(*, "class")= chr "glmmML"
//
- summary.glmmML を読めば，「推定値／標準偏差を後で計算し...
- ありがとうございます。ふつうのglmでは係数の表記がmatrix...
- ありがとうございます。ふつうのglmでは係数の表記がmatrix...
#comment
**data.frameの差集合を出したい [#kc0f52a7]
>[[sh]] (2018-07-18 (水) 14:57:23)~
~
テーブルのなかで「指定の文字を含むレコードを除く」のやり...
（1）dbGetQueryで得られたテーブル1~
（2）テーブル1をfilter,greplで絞り込んだテーブル2（部分...
に対し、テーブル1とテーブル2の差集合をとる、~
という手法で実現しようとしていますがやり方がわかりません…~
~
setdiffでは目的の挙動をしてくれないのですが、~
関数のチョイスが間違っているのでしょうか。~
また、「指定の文字を含むレコードを除く」を一発で実現する...
~
ご教授いただければ幸いです。~
//
- Show examples. -- &new{2018-07-18 (水) 15:26:41};
> a = data.frame(x = c("abc", "fab", "xyz", "cabs", "xw"...
> a[!grepl("ab", a$x),]
x y
3 xyz 4
5 xw 5
- greplの前に否定記号置けたんですね！ありがとうございます...
#comment
**poisson.test()について [#pe4e3b60]
>[[ワイン]] (2018-07-18 (水) 06:19:51)~
~
お世話になります。poisson.test()で検定をするためヘルプフ...
~
poisson.test(x, T = 1, r = 1,alternative = c("two.sided"...
~
x number of events. A vector of length one or two.
T time base for event count. A vector of length one or ...
r hypothesized rate or rate ratio
~
イベント発生数x=5の場合の検定結果は以下のとおりです。~
~
> poisson.test(x=5)
Exact Poisson test
data: 5 time base: 1
number of events = 5, time base = 1, p-value = 0.00366
alternative hypothesis: true event rate is not equal to 1
95 percent confidence interval:
1.623486 11.668332
sample estimates:
event rate
5
~
質問1：引数rやTの意味が分からないのですが、たとえばx=5,r=...
~
質問2：ポアソン分布で検定をするならば、平均値λを定義しな...
~
お手数ですが、ご回答宜しくお願い致します。~
//
- poisson分布に興味があるので、いろいろ見てみたのですが（...
#comment
**オブジェクトのアスキーテキスト表現 [#pe432a64]
>[[nkrit]] (2018-07-08 (日) 16:07:20)~
~
> class(data)
[1] "numeric"
> cat(data)
2 2 4 6 4 5 2 3 1 2 0 4
このような数値型のベクトルを、あとで他人が同じデータで試...
data <- c(2,2,4,6,4,5,2,3,1,2,0,4)
のような形でスクリプトの一部として保存しておきたいのです...
for (i in 1:50){
cat(paste0(data[i],sep=","))
}
のようなことをして出力されたものをペーストしてみましたが...
//
- データが、d <- c(rep(1:100)) として、write.csv( t(d), "...
- Use dput(data) or dput(data, file="foo.dat").&br;Or, ca...
- 早速のご回答ありがとうございます！！ 最初、writeしちゃ...
- タイトルなかったり、２回あげてしまったり、まだうまく投...
#comment
**フォントサイズを指定して複数のグラフをプロットすると大...
>[[nona]] (2018-07-08 (日) 14:44:41)~
~
Rでプロット領域を分割して、かつフォントサイズをpsで指定...
分割領域が２つまでは指定した通りのフォントサイズになるよ...
領域が狭いのが原因と思い、マウスでウインドウを広げた後...
どなたか、複数のグラフを１枚にプロットするときに、フォン...
以下、試した設定です。~
~
+フォントサイズの指定がうまくいく~
jpeg("myplot.jpg", height=1000, width=1000) ~
par(mfrow=c(1,2), ps=16) ~
plot(iris[,1],iris[,2])~
plot(iris[,3],iris[,2])~
dev.off()
~
+フォントサイズを指定しても、上と比べて字が小さくなる~
jpeg("myplot2.jpg", height=1000, width=1000) ~
par(mfrow=c(1,3), ps=16) ~
plot(iris[,1],iris[,2])~
plot(iris[,1],iris[,2])~
plot(iris[,1],iris[,2])~
dev.off()
~
+軸周辺の余白を広げても変化なし~
jpeg("myplot3.jpg", height=1000, width=1000) ~
par(ps = 16, mfrow=c(1,3), mar = c(6, 6, 4, 2))~
plot(iris[,1],iris[,2])~
plot(iris[,1],iris[,2])~
plot(iris[,1],iris[,2])~
dev.off()
~
+プロット自体を小さくしても変化なし~
jpeg("myplot4.jpg", height=1000, width=1000) ~
par(ps = 14, mfrow=c(1,3), pin = c(1,2))~
plot(iris[,1],iris[,2])~
plot(iris[,1],iris[,2])~
plot(iris[,1],iris[,2])~
dev.off()
//
- Use cex, not ps. -- &new{2018-07-08 (日) 15:39:10};
- 回答ありがとうございます。cexで指定するのは存じておりま...
- 再度cexで検証すると、１，２まではうまくいきました。しか...
- > ３，４などほかのパラメータをいじると&br;Do not change...
- 仰る通りcexで指定して対処します。ありがとうございました...
#comment
**分散分析 [#s63ec155]
>[[kx]] (2018-07-08 (日) 12:52:20)~
~
> valores <- c(1,-1,0,-2,-3,-4,-2,0,1,1,4,0,1,-2,-3,0,4,2...
> supplier <- factor(rep(1:3, each=12))~
> batches <- factor(rep(rep(1:4, each=3), 3))~
~
のように入力し、~
~
> purity <- data.frame(valores,supplier,batches)~
としてデータフレームを行い、~
このpurityをsummaryでしたいのですが、この時にerrorの要素...
~
> purity <- data.frame(valores,supplier,batches)だけでは...
~
どなたかお教えくださいませんでしょうか。~
//
- 'error' ?? -- &new{2018-07-08 (日) 15:40:03};
- Rでaovを使って分析した結果をsummaryで表示させたときに、...
- のな様 -- [[kx]] &new{2018-07-09 (月) 12:12:20};
- のな様 ご連絡ありがとうございます。再度aovで分析する際...
- 後学の為にもう少し、うまくいった手順を教えてください。...
#comment
**ベクトルから連続する値を削除する [#n8516fab]
> (2018-06-25 (月) 23:56:24)~
~
c(1,2,2,3,4,2,2,1,1,1)~
のようなベクトルがあった時に~
下記のように連続する値をもつ要素を削除する方法はあります...
c(1,2,3,4,2,1)~
~
実際のベクトルは非常に長いのでループ処理は避けたいです。~
//
- -- &new{2018-06-26 (火) 06:10:39};
> x = c(1,2,2,3,4,2,2,1,1,1)
> rle(x)$values
[1] 1 2 3 4 2 1
- x[c(TRUE,x[-length(x)]!=x[-1])] -- [[名無し]] &new{2018...
- ありがとうございます！ -- &new{2018-06-27 (水) 18:56:0...
#comment
**要因ごとの計測 [#w12e89fc]
>[[ぐれいぴ]] (2018-06-22 (金) 09:29:57)~
~
いろいろ調べたのですが、分からなかったのでお教え願います。~
~
以下のようなデータがあった時に、要因（A、B、・・・）ごと...
> a~
factor rate
1 A a~
2 A a~
3 A a~
4 A a~
5 A a~
6 A b~
7 A b~
8 A b~
9 A c~
10 A c~
11 B a~
12 B a~
13 B b~
14 B b~
15 B b~
16 B b~
17 B b~
18 B c~
19 B c~
20 B d~
21 C a~
22 C b~
23 C b~
24 C b~
25 C c~
26 C c~
27 C c~
28 C c~
29 C d~
30 C d~
~
手入力でAについてaは5個、bは3個、・・・と求めることはでき...
~
a b c d
A 5 3 2 0~
B 2 5 2 1~
C 1 3 4 2~
~
のように出力させることは可能でしょうか？ よろしくお願い...
//
- data.frameの各列がfactor化されているのなら、tableだけで...
> a <- data.frame(
+ factor = rep(LETTERS[1:3], each = 10),
+ rate = unlist(lapply(list(c(5, 3, 2, 0), c(2, 5, 2, ...
> table(a)
rate
factor a b c d
A 5 3 2 0
B 2 5 2 1
C 1 3 4 2
- 早速のご回答ありがとうございます。参考にしてみます。 --...
#comment
**restricted cubic splineの変曲点の個数に関して [#l8806eff]
>[[jj]] (2018-06-08 (金) 01:40:16)~
~
いつも勉強させていただいております。~
一年死亡と血圧の関係をrestricted cubic splineを用いて~
coxph(Surv(死亡までの時間,死亡イベントありなし) ~ rcs(PP...
rcs関数だと変曲点の個数は最小３個までなのですが、変曲点1...
宜しくお願い致します。~
//
#comment
**mclust結果の再現性 [#s818a30e]
>[[さくらんぼ]] (2018-06-06 (水) 17:02:13)~
~
宜しくお願い致します。~
~
Mclustで繰り返し計算した際の再現性を得たいと考えています。~
~
RdocumentationのMclustの項目に、~
~
initialization~
A list containing zero or more of the following component...
~
subset：~
A logical or numeric vector specifying a subset of the da...
~
とあることは分かったのですが、「再現性を得るためにはシー...
//
- とりあえず、R set.seed で検索したらたくさん解説が出てき...
#comment
**Steel-Dwass検定がうまくいきません [#fa17b7c5]
>[[ジョージ]] (2018-06-05 (火) 17:20:05)~
~
最近Rを使用し始めたばかりの初心者です。~
よろしくお願いいたします。~
~
多重比較検定を行う必要があり、NSM3 というパッケージの pSD...
~
#ref(lastsave.txt)~
~
すると、計算が異常に重く、Rが応答しないようになりました。~
この原因がわからず困っています。解決法のご教授をお願いい...
- - - - - - - - ~
まずは，上の方にも書いてあるように，「[[投稿における注...
COLOR(red){これに従わない場合には，回答が得られにくい場...
//
- 計算機が非力な場合は、もっと能力の高いマシンにした方が...
> system.time(pSDCFlig(dat,grp,method="Exact"))
ユーザ システム 経過
31.463 0.056 31.523
- 分かりました。どうもありがとうございます。 -- [[ジョー...
#comment
**R3.5.0へのbiOpsインストール [#dda1f8fa]
>[[シロツメクサ]] (2018-05-30 (水) 15:30:05)~
~
よろしくお願いいたします。~
~
Rの最新バージョンであるR3.5.0にbiOpsをインストールしたい...
色々調べましたが、どの情報が新しいのかもよくわかりません。~
~
どのページから行えばいいのかなど詳しい方法を教えていただ...
~
よろしくお願いいたします。~
//
- 追記 -- [[シロツメクサ]] &new{2018-05-30 (水) 16:57:4...
- Windows10です -- [[シロツメクサ]] &new{2018-05-30 (水) ...
- https://cran.ism.ac.jp/package=biOps に書いてあるとおり...
- ありがとうございます。やはりビルドをするか、古いものを...
#comment
**文字列の取り出し [#i147931f]
>[[ムーミン]] (2018-05-26 (土) 17:15:31)~
~
よろしくお願いします。~
~
文字列 "1月",～"12月"から月を除いた文字列を作りたく下記...
結果は 1月",～"9月","10","11","12"となりました。~
どこが間違っているのかわかりません。~
どなたか教えてください。~
~
~
hkan1 <- C("1月",～"12月")~
k <- 0~
for (r in hkan1) {~
k <- k + 1
if ( k < 9 ) t1 <- substring(hkan1, 1, 1)
~
else t1 <- substring(hkan1, 1, 2)
}~
//
- if(k=<9){hogehoge}else{hoge}でないかな。k<9だと9未満に...
- gsub("月", "",hkan1)でいいのでは？ -- &new{2018-05-28 ...
- if for 文使わなくても1つ行で記述できるのですね。有難う...
#comment
**礼儀知らずの，無礼者 [#q02814be]
>[[河童の屁は，河童にあらず，屁である。]] (2018-05-25 (金...
~
もうね~
今後~
こんな~
礼儀知らずの~
質問者には~
回答しないことに~
します~
//
#comment
**あるカラムの項目を複数選択することでデータセットを絞り...
>[[シント]] (2018-05-22 (火) 13:16:55)~
~
複数カラムを持つデータセットを、そのうち1つのカラムデータ...
column01 column02 column03 column04
x1 y1 z1 a1
x2 y2 z2 a2
x3 y3 z3 a3
x3 y3 z2 a4
x1 y4 z4 a1
...
というデータセットに対して column01 に着目し、
[x1]
x2
[x3]
[x4]
の選択ボックス的なものを設けて、対象としたいものをクリッ...
DT パッケージの Row 選択に近いのですが、あれは data frame...
チェックボックスやラジオボタンで実現するしか無いのでしょ...
ご教授頂ければ幸いです。どうぞよろしくお願いします。~
//
- やりたいことが今ひとつはっきりしないのですが，データフ...
d[column01 == "x1" | column01 == "x3",] # ] の前のカンマ...
または
subset(d, column01 == "x1" | column01 == "x3")
とするので十分でしょう。&br;「data frame や matrix でしか...
#comment
&br;
----
&aname(saisin);
**rbayesianOptimizationパッケージの使い方（エラーへの対処...
>[[イルカ]] (2018-05-11 (金) 14:12:07)~
~
train.csvとtest.csvはそれぞれ一列目に画像の判定、二列目以...
DNNでのrbayesianoptimizationパッケージはそこそこ資料もあ...
もし、分かる方がいらっしゃいましたら教えてくださると助か...
~
以下にコードとエラー、traceback結果を載せています。~
長くて申し訳ありません。
> options(max.print=2147483647)
> library(mxnet)
> train <- read.csv('C:/Users/User/R/train/getimage_1/tr...
> test <- read.csv('C:/Users/User/R/train/getimage_1/tes...
> train <- data.matrix(train)
> test <- data.matrix(test)
> train.x <- t(train[, -1])
> train.y <- train[, 1]
> test.x <- t(test[, -1])
> test.y <- test[, 1]
> dim <- 30
> channels <- 1
> test_array <- test.x
> dim(test_array) <- c(dim, dim, channels, ncol(test.x))
> train_array <- train.x
> dim(train_array) <- c(dim, dim, channels, ncol(train.x))
>
> mxnet_bayes <- function(unit1, unit2, unit3, unit4) {
+ # Model
+ data <- mx.symbol.Variable('data')
+ # 1st convolutional layer 5x5 kernel
+ conv_1 <- mx.symbol.Convolution(data= data, kernel...
+ tanh_1 <- mx.symbol.Activation(data= conv_1, act_t...
+ pool_1 <- mx.symbol.Pooling(data = tanh_1, pool_ty...
+ # 2nd convolutional layer 5x5 kernel
+ conv_2 <- mx.symbol.Convolution(data = pool_1, ker...
+ tanh_2 <- mx.symbol.Activation(data = conv_2, act_...
+ pool_2 <- mx.symbol.Pooling(data = tanh_2, pool_ty...
+ # 1st fully connected layer
+
+ fcl_1 <- mx.symbol.FullyConnected(data = pool_2, n...
+ tanh_3 <- mx.symbol.Activation(data = fcl_1, act_t...
+ # 2nd fully connected layer
+ fcl_2 <- mx.symbol.FullyConnected(data = tanh_3, n...
+ # Output
+ model <- mx.symbol.SoftmaxOutput(data = fcl_2)
+ # Set seed for reproducibility
+ mx.set.seed(5000)
+ # Device used. Sadly not the GPU :-(
+ device <- mx.cpu()
+ model <- mx.model.FeedForward.create(model, X = tr...
+ ctx = device,
+ num.round = 2...
+ array.batch.s...
+ learning.rate...
+ momentum = 0....
+ wd = 0.000000...
+ eval.metric =...
+ epoch.end.cal...
+ preds <- predict(model, test.x)
+ holdout_score <- rmse(preds, test.y)
+ list(Score=-holdout_score, Pred=-holdout_score)
+ }
> library(Metrics)
> library(rBayesianOptimization)
> opt_res <- BayesianOptimization(mxnet_bayes,
+ bounds=list(unit1=c(2...
+ unit2=c(1...
+ unit3=c(1...
+ unit4=c(8...
+ init_points=20, n_ite...
+ kappa=2.576, eps=0.0,...
Start training with 1 devices
[1] Train-rmse=0.694788357881959
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[8] Train-rmse=0.704044050930675
[9] Train-rmse=0.704189340228431
[10] Train-rmse=0.704024917141773
[11] Train-rmse=0.704088730139514
[12] Train-rmse=0.704510854642202
[13] Train-rmse=0.704353378706923
[14] Train-rmse=0.704272895208268
[15] Train-rmse=0.704260412182352
[16] Train-rmse=0.704688375203385
[17] Train-rmse=0.704331001542547
[18] Train-rmse=0.704090463144038
[19] Train-rmse=0.704570122472829
[20] Train-rmse=0.704810586026211
symbol$infer.shape(list(...)) でエラー:
Error in operator convolution10: [08:26:02] d:\program...
Timing stopped at: 721.7 39.89 440.3
> traceback()
16: stop(list(message = "Error in operator convolution10...
call = symbol$infer.shape(list(...)), cppstack =...
line = -1L, stack = "C++ stack not available...
15: .External(list(name = "CppMethod__invoke_notvoid", a...
dll = list(name = "Rcpp", path = "C:/Users/User/...
dynamicLookup = TRUE, handle = <pointer: 0x0...
info = <pointer: 0x000000000652a390>), numPa...
<pointer: 0x0000000006522b90>, <pointer: 0x00000...
.pointer, ...)
14: symbol$infer.shape(list(...))
13: mx.symbol.infer.shape(model$symbol, data = c(dimX[[2...
12: mx.model.select.layout.predict(X, model)
11: predict.MXFeedForwardModel(model, test.x)
10: predict(model, test.x) at #34
9: (function (unit1, unit2, unit3, unit4)
{
data <- mx.symbol.Variable("data")
conv_1 <- mx.symbol.Convolution(data = data, kern...
5), num_filter = unit1)
tanh_1 <- mx.symbol.Activation(data = conv_1, act...
pool_1 <- mx.symbol.Pooling(data = tanh_1, pool_t...
kernel = c(2, 2), stride = c(2, 2))
conv_2 <- mx.symbol.Convolution(data = pool_1, ke...
5), num_filter = unit2)
tanh_2 <- mx.symbol.Activation(data = conv_2, act...
pool_2 <- mx.symbol.Pooling(data = tanh_2, pool_t...
kernel = c(2, 2), stride = c(2, 2))
fcl_1 <- mx.symbol.FullyConnected(data = pool_2, ...
tanh_3 <- mx.symbol.Activation(data = fcl_1, act_...
fcl_2 <- mx.symbol.FullyConnected(data = tanh_3, ...
model <- mx.symbol.SoftmaxOutput(data = fcl_2)
mx.set.seed(5000)
device <- mx.cpu()
model <- mx.model.FeedForward.create(model, X = t...
y = train.y, ctx = device, num.round = 20, ar...
learning.rate = 0.07, momentum = 0.99, wd = 1...
epoch.end.callback = mx.callback.log.train.me...
verbose = TRUE)
preds <- predict(model, test.x)
holdout_score <- rmse(preds, test.y)
list(Score = -holdout_score, Pred = -holdout_score)
})(unit1 = 296, unit2 = 37, unit3 = 118, unit4 = 95)
8: do.call(what = FUN, args = as.list(This_Par))
7: system.time({
This_Score_Pred <- do.call(what = FUN, args = as....
})
6: eval(expr, pf)
5: eval(expr, pf)
4: withVisible(eval(expr, pf))
3: evalVis(expr)
2: utils::capture.output({
This_Time <- system.time({
This_Score_Pred <- do.call(what = FUN, args =...
})
})
1: BayesianOptimization(mxnet_bayes, bounds = list(unit1...
300L), unit2 = c(10L, 50L), unit3 = c(100L, 150L)...
150L)), init_points = 20, n_iter = 1, acq = "ei",...
eps = 0, verbose = TRUE)
//
- 何のお役にも立てませんが，パッケージ開発者にご相談なさ...
- 回答ありがとうございます。分かりました。製作者に相談し...
#comment
**RStudioの言語設定 [#n7a853bc]
>[[代理転載人]] (2018-05-10 (木) 13:02:56)~
~
[下記はトップページへのコメントに間違って記入された書き込...
これからRを使い始めようかと思っている程度の初心者です。RS...
//
- まず「日本語のRを入れた」という考え方が間違いです。「日...
es_ES.UTF-8（スペイン語）の場合~
&ref(es_ES01.png,center);~
zh_TW.UTF-8（台湾の中国語）の場合~
&ref(zh_TW01.png);~
このようにRをインストールしたら最初から他言語も一緒にある...
- Rstudio は国際化されていません。エラーメッセージやファ...
#comment
**ベクトルの要素のうち奇数のものを表示するプログラム [#g1...
>[[ムーミン]] (2018-05-08 (火) 18:44:48)~
~
よろしくお願いします~
下記プログラムをRコマンダーで実行すると
エラー:
<text>
となります、どうしてなのかわかりません教えていただけませ...
ar <- c(1,3,5,9,11,17,8,7,21,13)
for (x in ar) {
if (x %% 2 == 0) next
cat(x," ")
}
//
- 素のママの R で挙げられた5行を実行すると，ちゃんと結果...
> ar <- c(1,3,5,9,11,17,8,7,21,13)
> for (x in ar) {
+ if (x %% 2 == 0) next
+ cat(x," ")
+ }
1 3 5 9 11 17 7 21 13
この通りの結果が出たとすれば，R コマンダーの使い方がまず...
なんで，R コマンダーを使いたいんですか？素の R を使えば良...
しょうがないから，R コマンダーを立ち上げてみましたよ（Mac...
上の欄（R スクリプトの欄）に
ar <- c(1,3,5,9,11,17,8,7,21,13)
for (x in ar) {
if (x %% 2 == 0) next
cat(x," ")
}
って入れて，「実行」ボタンをクリックしたら，出力欄（下の...
> ar <- c(1,3,5,9,11,17,8,7,21,13)
> for (x in ar) {
+ if (x %% 2 == 0) next
+ cat(x," ")
+ }
1 3 5 9 11 17 7 21 13 NULL
って表示されましたけど？？~
なんで，末尾が NULL やねん！！！！！！！！！！！！！あほ...
あなたがやったことをちゃんと記述しないと，回答不能です。...
私の個人的な意見では，R コマンダーはいわゆるブラックボッ...
まずは，R コンソールを素のママで使うというチュートリアル...
- インターネットに乗っていたものをコピペしたものです。Rコ...
#comment
**3次元マトリックスの加工 [#n03202a7]
> (2018-05-02 (水) 16:08:07)~
~
3次元マトリックスmat[100,100,10]は~
100×100の行列で各セル毎に10個の属性値を保有しています。~
~
属性値が最も小さい添え字(1～10)を持つ、~
100×100の行列を作成するにはどのようなコードを書けばよいで...
//
- 4x4x3 の小規模な 3 次元配列の例を挙げます。
> set.seed(123)
> mat = array(sample(10:15, 48, replace=TRUE), dim=c(4, ...
> mat
, , 1 # 第 3 次元の添え字が 1 の行列
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 11@ 15 13 14* *, @ が何を意味するかは...
[2,] 14 10 12 13
[3,] 12 13 15 10
[4,] 15 15 12 15
, , 2 # 第 3 次元の添え字が 2 の行列
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 11@ 15 13 11*
[2,] 10 14 14 10
[3,] 11 13 13 15
[4,] 15 15 13 15
, , 3 # 第 3 次元の添え字が 3 の行列
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 14@ 14 10 10*
[2,] 14 11 12 10
[3,] 10 11 12 11
[4,] 12 11 12 12
あなたが望むのは，以下のような行列ですか？~
第 1 次元が 1，第 2 次元が 4 のとき，第 3 次元が 1，2，3 ...
もし，それで良ければ，以下の一行でできる。
> apply(mat, 1:2, which.min)
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 1 3 3 3
[2,] 2 1 1 2
[3,] 3 3 3 1
[4,] 3 3 1 3
なお，最小値が同値の場合は最小の添え字が要素となる。たと...
もしそうでないなら，上の例であなたが望む行列がどのような...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。様、ありがとうござ...
#comment
**四分木、八分木を作成することができるパッケージ [#x80277...
> (2018-04-30 (月) 01:24:12)~
~
三次元空間からある形状の特徴を抽出するため~
四分木もしくは八分木を作成することを試行したいのですが~
パッケージはありますでしょうか？~
//
#comment
**参考書籍 [#w1fdef5e]
>[[ムーミン]] (2018-04-21 (土) 18:25:20)~
~
よろしくお願いします~
エクセルからのインポートはできかしたが、そのデーターから...
めげそうです。~
//
- インポートしたデータであろうがなかろうが，データフレー...
- http://cse.naro.affrc.go.jp/takezawa/r-tips/r/48.html ...
- 金先生の「Rによるデーターサイエンス」は初心者向けです。...
- http://cse.naro.affrc.go.jp/takezawa/r-tips/r/48.html ...
- 回答ありがとうございます -- [[ムーミン]] &new{2018-04-2...
#comment
**R言語へのエクセルからのデーターのインポート [#ze059625]
>[[ムーミン]] (2018-04-18 (水) 20:14:01)~
~
どこに書き込んだらよいかわからなかったので新規投稿に書き...
よろしくお願いします。~
手順は~
1）data4=read.table("clipboard",header=TRUE)を記述、~
2）データーをコーピー~
3） １）をエンターキーを押しました。~
又は~
1）、２）を逆にし実行~
~
下記が結果です。何も起こりません~
~
~
R version 3.4.4 (2018-03-15) -- "Someone to Lean On"~
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Compu...
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)~
~
R は、自由なソフトウェアであり、「完全に無保証」です。 ~
一定の条件に従えば、自由にこれを再配布することができます...
配布条件の詳細に関しては、'license()' あるいは 'licence()...
~
R は多くの貢献者による共同プロジェクトです。 ~
詳しくは 'contributors()' と入力してください。 ~
また、R や R のパッケージを出版物で引用する際の形式につい...
'citation()' と入力してください。 ~
~
'demo()' と入力すればデモをみることができます。 ~
'help()' とすればオンラインヘルプが出ます。 ~
'help.start()' で HTML ブラウザによるヘルプがみられます。 ~
'q()' と入力すれば R を終了します。 ~
~
> data4=read.table("clipboard",header=TRUE)~
>~
//
- その操作の後，単に data4 と 5 文字入力した後に，リター...
- ありがとうございます。できました。 -- [[ムーミン]] &new...
#comment
**症例対照研究のロジスティック回帰について [#z55957e9]
>[[AAA]] (2018-04-17 (火) 22:42:38)~
~
お世話になります。~
glm関数で症例対照研究のロジスティック回帰を実行しようとし...
glmに目的変数と説明変数を与えると計算結果自体は出力される...
~
宜しくお願いします。~
//
- 症例群と対照群を併せて分析しようとしているのでしょうか...
#comment
**R言語へのエクセルからのデーターのインポート [#uf3b2318]
>[[ムーミン]] (2018-04-17 (火) 18:19:45)~
~
よろしくお願いします~
下記データーをRコンソール、にクリップボードを介してインポ...
~
R言語のインストールは下記のページを参考にして行いました~
https://qiita.com/FukuharaYohei/items/8e0ddd0af11132031355~
~
インポートは下記ページを参考にしましたがうまくいきません~
http://monge.tec.fukuoka-u.ac.jp/r_analysis/input_clipbor...
~
月 電気量 電気料金~
1月 306 8184~
2月 335 9065~
3月 341 9311~
~
R言語のバージョンは3.4.4~
~
ウィンドウズ10でエクセルのバージョンは1803です~
//
- いやー，ビックリしたわ。初級Q&A15へ投稿したんだねえ。&b...
- よろしくお願いします。 -- [[ムーミン]] &new{2018-04-18 ...
- R version 3.4.4 (2018-03-15) -- "Someone to Lean On" --...
#comment
**2つのデータをlmで回帰したときに傾き切片が有意差を持つか...
>[[kagakuma]] (2018-04-13 (金) 12:00:31)~
~
両対数を取ると明らかに線形関数に乗るデータがあります。~
このデータをlm()で線形回帰したところR2が0.95でフィッティ...
このデータ群は2つあり、線形回帰したのですが、いずれも違う...
この結果から傾きと切片が2組でますが、両者の傾きと切片に有...
Rの機能で閉じていると助かりますが、手計算でもできるならや...
単純には両者を引き算してそれの傾きと切片を求めるという方...
よろしくおねがいします。
//
- 共分散分析というものです。http://www.snap-tck.com/room0...
- 河童様：ご返事ありがとうございます。lmでできる、という...
- データを挙げて，結果も示すという分析例があるのですから...
#comment
**入門機械学習による異常検知p137 [#s3c1e1f8]
>[[ksaki]] (2018-04-12 (木) 14:42:13)~
~
お世話になります。~
~
井手剛先生著の~
入門 機械学習による異常検知のp137の実行例5.1を真似て、以...
何が間違っているか教えてください。~
以下、入力したコマンド
> data <- read.table("R_r1.csv",header=T)
> data
a.b.c....
1 P2201A1,-4.78,11,1.44,-0.48,3.83,-10.05,15.79,...
2 P2201A2,-3.35,-21.53,-11,8.13,-6.22,18.66,-2.87,-0...
3 P2201A3,2.88,3.63,4.69,0.61,1.21,1.36,-1.67...
4 P2201A4,-0.48,3.35,-5.26,-6.22,-3.35,-4.78,0.48,...
5 P2201H1,-14.35,-5.26,0,-11.96,-7.66,14.35,-11.48,-5...
6 P2201H2,12.92,13.87,0.96,13.4,-0.96,1.91,-12.44,-13.8...
7 P2201H3,7.18,3.83,3.35,0,-4.31,-8.61,-12.44,...
8 P2201H4,-7.18,-16.27,-16.27,-5.26,2.39,8.61,12.92,...
9 P2201V1,-6.7,-3.83,-12.92,2.39,2.39,2.87,12.44,...
10 P2201V2,-3.03,-18.17,22.71,-27.25,27.25,-15.14,0,-1...
11 P2201V3,-4.31,-0.48,1.91,-1.44,-5.26,1.44,3.35,-...
12 P2201V4,0.48,2.39,1.91,3.35,-1.44,-7.18,-5.74,...
13 P2202A1,-1.44,-0.96,3.35,1.91,-0.48,0.96,-3.35,...
14 P2202A2,-3.83,0,1.44,-6.22,-3.35,0.96,-1.44,0...
15 P2202A3,0.61,-1.36,-0.15,0.61,0.76,-2.57,-2.12,-...
16 P2202A4,0.45,2.27,-0.45,1.21,0.15,-0.15,0.76,-...
17 P2202H1,5.26,-4.31,-0.48,-1.44,-3.83,0.48,0.48,...
18 P2202H2,-0.96,-1.91,-0.96,-5.74,0,1.91,-5.74,...
19 P2202H3,-1.67,0.45,-0.45,2.57,2.27,-1.21,-0.61,...
> cc <- c("a","b","c","d","e","f","g","h","i","j","k")
> mask <- is.element(colnames(data),cc)
> Xc <- t(scale(data[,mask]))
> colnames(Xc) <- t(data[,"a"])
Error in `[.data.frame`(data, , "a") : 未定義の列が選ば...
コマンド、ここまで~
〇環境設定
> sessionInfo()
R version 3.3.3 (2017-03-06)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Jap...
[3] LC_MONETARY=Japanese_Japan.932 LC_NUMERIC=C ...
[5] LC_TIME=Japanese_Japan.932
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets me...
other attached packages:
[1] MASS_7.3-45
loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.3.3
//
- 入力ファイル "R_r1.csv" は自分で入力したのでしょうか。d...
> data = read.csv("R_r1.csv") # read.csv は header = TRU...
> data
a b c d e f g ...
1 P2201A1 -4.78 11.00 1.44 -0.48 3.83 -10.05 15....
2 P2201A2 -3.35 -21.53 -11.00 8.13 -6.22 18.66 -2....
中略
18 P2202H2 -0.96 -1.91 -0.96 -5.74 0.00 1.91 -5....
19 P2202H3 -1.67 0.45 -0.45 2.57 2.27 -1.21 -0....
> cc = c("b","c","d","e","f","g","h","i","j","k") # 以下...
> # cc = letters[2:11] とも書けるけど
> mask = is.element(colnames(data),cc)
> Xc = t(scale(data[,mask]))
> # Xc = t(scale(data[, 2:11])) で十分。mask や cc なん...
> colnames(Xc) = t(data[,"a"]) # t は不要
- 河童様、教えて頂き、感謝の気持ちでいっぱいです。~
"R_r1.csv"は自分で入力しました。テキストで開くと","になっ...
- 「テキストで開くと","になっています」&br;そうですか。も...
- エクセルに張り付けた測定記録に追加で自分で各行にabc..を...
#comment
終了行:
COLOR(green){SIZE(20){初心者のための R および RjpWiki に...
COLOR(red){SIZE(16){以下の 4 つの「●項目」のどれかをクリ...
----
COLOR(blue){● [[新規投稿欄:>#sinki]]} --- その前に，「[[...
COLOR(blue){● [[このページの目次>#mokuji]]} --- 質問への...
COLOR(blue){● [[最新のスレッド>#saisin]]} --- 最も最近に...
COLOR(blue){● [[Ｑ＆Ａ (初級者コース) 過去の目次]]} --- ...
----
&aname(mokuji);COLOR(green){●● 目次 ●●}
参照は，個々の項目をクリック（質問への回答・コメントの参...
#contents
----
&aname(sinki);
COLOR(green){●● 新規投稿 ●●}
まずは，「[[投稿における注意事項]]」を読んで，それに従っ...
COLOR(red){これに従わない場合には，回答が得られにくい場合...
**オブジェクト###がありません。というエラー [#ke961c31]
>[[univ]] (2019-12-16 (月) 23:52:06)~
~
OECDによる国際調査PIAACを分析しているのですが、table作成...
library("intsvy")
data("piaac", package= "PIAAC")
ptable <- piaac.table(variable = "AGEG10LFS", data = pia...
を実行すると、
data.frame(table(data[[variable]][drop = TRUE]), Percent...
とエラーが出ます。~
tabtotはintsvy.table関数内で定義されているようです。
intsvy.table <- function (variable, by, data, config)
{
table.input <- function(variable, data, config) {
if (sum(is.na((data[[variable]]))) == length(dat...
result <- data.frame(NA, Freq = 0, Percentag...
Std.err. = NA)
names(result)[1] <- variable
return(result)
}
if (config$parameters$weights == "JK") {
R.wt <- sapply(1:max(data[[config$variables$...
function(x) ifelse(data[[config$variable...
x, 2 * data[[config$variables$weight]]...
data[[config$variables$weight]]))
if (isTRUE(config$parameters$varpv1)) {
tabrp <- as.matrix(sapply(1:ncol(R.wt), ...
total = FALSE, weights = R.wt[, x])))
tabtot <- percent(as.factor(as.numeric(d...
weights = data[[config$variables$weigh...
na.rm = TRUE, total = FALSE)
if (length(tabtot) != 1) {
tabse <- apply((tabrp - tabtot)^2, 1, ...
}
else {
tabse <- 0
}
}
else {
R.wt2 <- sapply(1:max(data[[config$varia...
function(x) ifelse(data[[config$variab...
x, 2 * data[[config$variables$weight...
ifelse(data[[config$variables$jackkn...
1, 0, 1), data[[config$variables$w...
R.wt <- cbind(R.wt, R.wt2)
tabrp <- as.matrix(sapply(1:ncol(R.wt), ...
total = FALSE, weights = R.wt[, x])))
tabtot <- percent(as.factor(as.numeric(d...
weights = data[[config$variables$weigh...
na.rm = TRUE, total = FALSE)
if (length(tabtot) != 1) {
tabse <- (apply((tabrp - tabtot)^2, 1,...
}
else {
tabse <- 0
}
}
}
if (config$parameters$weights == "BRR") {
tabrp <- as.matrix(sapply(1:config$parameter...
function(i) percent(as.factor(as.numeric...
total = FALSE, weights = data[[paste(c...
i, sep = "")]], na.rm = TRUE)))
tabtot <- percent(as.factor(as.numeric(data[...
weights = data[[config$variables$weightF...
na.rm = TRUE, total = FALSE)
if (length(tabtot) != 1) {
tabse <- sqrt(rowSums((tabrp - tabtot)^2...
}
else {
tabse <- 0
}
}
result <- data.frame(table(data[[variable]][drop...
Percentage = round(as.numeric(tabtot), 2), S...
2))
names(result)[1] <- variable
return(result)
}
if (missing(by)) {
output <- table.input(variable = variable, data ...
config = config)
}
else {
for (i in by) {
data[[c(i)]] <- as.character(data[[c(i)]])
}
output <- ddply(data, by, function(x) table.inpu...
variable = variable, config = config))
}
class(output) <- c("intsvy.table", "data.frame")
output
}
環境は
R version 3.6.2 (2019-12-12)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 17134)
Matrix products: default
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Jap...
[3] LC_MONETARY=Japanese_Japan.932 LC_NUMERIC=C ...
[5] LC_TIME=Japanese_Japan.932
attached base packages:
[1] grid stats graphics grDevices utils da...
[8] base
other attached packages:
[1] ggplot2_3.2.1 svyPVpack_0.1-1 survey_3.36 ...
[5] Matrix_1.2-18 memisc_0.99.20.1 MASS_7.3-51.4 ...
[9] sca_0.9-0 remotes_2.1.0 intsvy_2.4
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Rcpp_1.0.1 pillar_1.4.2 compiler_3....
[4] RColorBrewer_1.1-2 plyr_1.8.5 base64enc_0...
[7] tools_3.6.2 rpart_4.1-15 digest_0.6....
[10] checkmate_1.9.4 htmlTable_1.13.3 jsonlite_1....
[13] tibble_2.1.1 gtable_0.3.0 pkgconfig_2...
[16] rlang_0.4.2 DBI_1.0.0 rstudioapi_...
[19] xfun_0.11 gridExtra_2.3 withr_2.1.2...
[22] stringr_1.4.0 knitr_1.26 repr_1.0.1 ...
[25] cluster_2.1.0 htmlwidgets_1.5.1 mitools_2.4...
[28] nnet_7.3-12 data.table_1.12.8 reshape_0.8...
[31] foreign_0.8-72 latticeExtra_0.6-28 Formula_1.2...
[34] magrittr_1.5 backports_1.1.5 scales_1.0....
[37] Hmisc_4.3-0 htmltools_0.4.0 splines_3.6...
[40] colorspace_1.4-1 stringi_1.4.3 acepack_1.4...
[43] lazyeval_0.2.2 munsell_0.5.0 crayon_1.3....
です。~
OSはwindows10 64bitです。~
//
- tabtot は intsvy.table 内で定義されている table.input ...
if (config$parameters$weights == "JK") {
tabtot <- ...
}
if (config$parameters$weights == "BRR") {
tabtot <- ...
}
原因はわかりましたが，回避方法はないでしょう。だって，tab...
- config$parameters$weights を "mixed_piaac" ではなく "BR...
piaac.table2 を定義する。
library("intsvy")
piaac.table2 = function (variable, by, data, export = FA...
folder = getwd())
{
piaac_conf = list(
variables = list(
weightFinal = "W_FSTUWT",
weightBRR = "W_FSTURWT"),
parameters = list(
BRRreps = 80,
weights = "BRR"
)
)
output <- intsvy.table(variable, by, data, config = pi...
if (export) {
write.csv(output, file = file.path(folder, paste(name,
".csv", sep = "")))
}
return(output)
}
使用例は以下のように。
> piaac.table2(variable = "AGEG10LFS", data = piaac)
AGEG10LFS Freq Percentage Std.err.
1 24 or less 29242 19.17 0
2 25-34 28779 18.87 0
3 35-44 30705 20.13 0
4 45-54 31338 20.55 0
5 55 plus 32450 21.28 0
しかし，piaac.table2 はもともとこんなに遅いのか？~
単に table(piaac$AGEG10LFS) とすれば，爆速で出る。後はパ...
- ggplot2 もそうだけど，ある特定の条件下での分析手法とい...
- まだ，反応がないようだけど，緊急事態ではないようなので...
piaac.table3 = function(variable, digits = 2) {
n = table(piaac[, deparse(substitute(variable))])
total = sum(n)
percent = round(n / total * 100, digits)
df = data.frame(c(n), c(percent))
colnames(df) = c("n", "percent")
return(df)
}
これを使ってやってみるとね，以下のような結果になるよ。
> piaac.table3(AGEG10LFS)
n percent
24 or less 29242 19.17
25-34 28779 18.87
35-44 30705 20.13
45-54 31338 20.55
55 plus 32450 21.28
> piaac.table3(GENDER_R)
n percent
Male 72241 47.37
Female 80271 52.63
どうだかね？？？&br;
オートマ車しかしらない人がマニュアル車の運転席に座らされ...
- 長々と状況説明して help を求めた割りには，その後なんの...
- まだ反応がないなあ -- &new{2019-12-19 (木) 22:40:14};
- もう，無視しているというか，見てないんだろうな。 -- &n...
- まあ，今後，こいつからなんか質問があっても，答えないよ...
- まあ，今後，こいつからなんか質問があっても，答えないよ...
- >しかし，piaac.table2 はもともとこんなに遅いのか？>ウエ...
#comment
**Rbiipsについて [#a0e8be87]
>[[tkzhsymd]] (2019-12-16 (月) 15:13:48)~
~
Rstdio1.2.5でベイズ推定汎用ソフトBiipsをインストールしま...
package ‘Rbiips_0.10.0.zip’ is not available (for R versi...
~
警告だけだから行けたのかと思ってlibrary(Rbiips)としたとこ...
‘Rbiips’ was installed by an R version with different int...
となり、RstdioでないR3.5.3にはインストールできます。この...
R3.5.3の方は問題なくインストール、library()と行けるのです...
//
- R も最新バージョン3.6.2 にしてみてから，再度試みればい...
- R3.6.2(OS:Windows10)での結果です。やはりエラーは出ます...
install.packages("Rbiips_0.10.0.zip",dependencies=TRUE)
パッケージを ‘C:/Users/xxx/Documents/R/win-library/3.6’...
(‘lib’ が指定されていないため) 'pkgs'から 'repos = N...
パッケージ ‘Rbiips’ は無事に展開され、MD5 サムもチェック...
library(Rbiips)
エラー: package or namespace load failed for ‘Rbiips’:
package ‘Rbiips’ was installed by an R version with diff...
it needs to be reinstalled for use with this R version
#comment
**pcaMethods glmnet [#rb0604a1]
>[[つぐ太郎]] (2019-12-03 (火) 08:55:42)~
~
pcaMethodsとglmnetのパッケージが見当たりません。代替パッ...
//
- どういうことかなあ？&br;glmnet は普通に「パッケージとデ...
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("pcaMethods")
でインストールできるよと書いてあったりするし。&br;どちら...
- すみません。お手数をおかけしました。昨晩R3.5.2では探せ...
#comment
**データフレームからベクトル表記へ [#r544f2d0]
>[[yoshida931]] (2019-11-20 (水) 11:13:17)~
~
以下のようなフレームを~
~
Group pre-post Outcome~
1 "治療前" 23.5~
1 "治療前" 21.17~
1 "治療後" 15.5~
1 "治療後" 20.5~
2 "治療前" 21.17~
2 "治療前" 11.17~
2 "治療後" 19~
2 "治療後" 20.5~
~
次のような表記に変更することは可能でしょうか？~
~
Group <- c(1,1,1,1,2,2,2,2)~
pre-post <- c("治療前","治療前","治療後","治療後","治療前...
Outcome <- c(23.5, 21.17, 15.5, 20.5, 21.17, 11.17, 19, 2...
~
サンプルサイズが大きい場合でも一瞬でできたら助かります。~
//
- そのようなことをしなければならない理由はなんだろうか？...
> Group <- df[,1] # 各列をベクトル変数に代入する
> pre.post <- df[,2]
> Outcome <- df[,3]
> dump("Group", file="Group.R") # 変数名をダブルクオート...
> dump("pre.post", file="pre.post.R") # 指定したファイル...
> dump("Outcome", file="Outcome.R")
データフレームの各列の代入先の変数名も file 名も自由にし...
- ありがとうございました。 お陰様でできました。 あまり深...
- 何のためにコピーする？他のコンピュータに持って行く？他...
> dput(df[,1])
c(1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L)
> dput(df[,1]+0) # L がつくのを嫌がるなら次のようにすれ...
c(1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2)
「変数名 <- 」と入力してから，コピペする。 -- &new{2019-...
- ご丁寧ありがとうございます。助かります。 -- [[yoshida93...
#comment
**Rstudioでの列数が50を超えるものの呼び出し方 [#g115bafa]
>[[かもめのジョナ子]] (2019-11-17 (日) 23:20:21)~
~
read.csvで読み込んだデータ（列数150）を呼び出す際に，50未...
//
- 「read.csv で読み込んだ」からには，データフレームですね...
「50 以上の列数のものが呼び出せない」などということはあり...
x = data.frame(matrix(rnorm(300*150), 300, 150)) # 300 ...
colnames(x) = paste0("d", 1:150) # d1, d2, ..., d150 の...
dim(x) # 300, 150 が表示される
head(x) # 先頭の 6 行が表示される
x[150] # 150 番目の列の 300 個の要素が 1 行 に 1 個，300...
それでもやはりだめならば，読み込み元のデータをよく見てみ...
- ありがとうございます。早速，dim(x)を入力すると[1] 113 1...
行数は113です。~
画面上での数字のずれがわかる画像を添付します。~
&ref(Rstudiocol); -- [[かもめのジョナ子]] &new{2019-11-18...
- 改行とファイル添付を試みましたが上手にできませんでした....
- 改行は，行の最後にチルダ（小文字の 〜）を入力して，リ...
- 改行とファイル添付を試みましたが上手にできませんでした....
- ありがとうございます。こちらの投稿ルールをマスターする...
- &ref(Rstudio.png): -- [[かもめのジョナ子]] &new{2019-11...
- ご回答いただきましてありがとうございます。画像添付のハ...
- 「列数のことは不明な点は残りますが作業に支障のない状態...
[ トップ | Tips紹介 | 初級Ｑ＆Ａ | R掲示板 | 日本語化掲...
[ 編集 | 差分 | バックアップ | 添付 | リロード ] [ 新...
ってのが，あるでしょ？その中の「添付」ってのをクリックし...
#comment
**バッファを割り当てることができません [#q4a5798b]
>[[ya]] (2019-11-12 (火) 16:31:37)~
~
バッファを割り当てることができません~
~
お世話になります。~
検索エンジンや過去の質問で見つからなかったので質問させて...
~
R consoleでパッケージをインストールしようとすると、以下の...
~
BiocManager::install("IlluminaHumanMethylationEPICanno.il...
Bioconductor version 3.10 (BiocManager 1.30.9), R 3.6.1 (...
Installing package(s) 'IlluminaHumanMethylationEPICanno.i...
installing the source package ‘IlluminaHumanMethylationEP...
~
URL 'https://bioconductor.org/packages/3.10/data/annotati...
Content type 'application/x-gzip' length 158431882 bytes ...
downloaded 151.1 MB~
~
installing *source* package 'IlluminaHumanMethylationEPIC...
using staged installation~
data~
moving datasets to lazyload DB~
Error in lazyLoadDBinsertVariable(vars[i], from, datafile...
バッファを割り当てることができません ~
ERROR: lazydata failed for package 'IlluminaHumanMethylat...
removing 'C:/Users/902722/Documents/R/win-library/3.6/Ill...
~
~
設定環境は以下のようになります。~
~
R version 3.6.1 (2019-07-05)~
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)~
Running under: Windows 7 (build 7601) Service Pack 1~
~
Matrix products: default~
~
locale:~
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Japan...
~
attached base packages:~
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base~
~
loaded via a namespace (and not attached):~
[1] BiocManager_1.30.9 compiler_3.6.1 tools_3.6.1~
~
また、現在のメモリの最大割り当て数は1535MBです。~
~
バッファ値の設定を変更すればインストールできるようになる...
~
どうぞよろしくお願いいたします。~
//
- ＞ R consoleでパッケージをインストールしようとすると、...
いろいろ書いてあるんだけど，そもそもの初め，あなたが入力...
BiocManager::install("IlluminaHumanMethylationEPICanno.i...
を入力したら，なんだかんだで，ずいぶん長い間，なんだかん...
The downloaded source packages are in
‘/private/var/folders/s5/rt_bzvk53_d9w2gm5_w9gfmr0000g...
警告メッセージ:
install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, r...
installation of package ‘hexbin’ had non-zero exit st...
なんていう，ぶきみなエラーメッセージを出してとまりました...
> BiocManager::install("IlluminaHumanMethylationEPICanno...
Bioconductor version 3.10 (BiocManager 1.30.9), R 3.6.1 ...
r77210)
Installing package(s) 'IlluminaHumanMethylationEPICanno....
installing the source package ‘IlluminaHumanMethylationE...
URL 'https://bioconductor.org/packages/3.10/data/annota...
Content type 'application/x-gzip' length 158431882 bytes...
==================================================
downloaded 151.1 MB
* installing *source* package ‘IlluminaHumanMethylationE...
** using staged installation
** data
*** moving datasets to lazyload DB
** inst
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded from tempo...
** testing if installed package can be loaded from final...
** testing if installed package keeps a record of tempor...
* DONE (IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19)
The downloaded source packages are in
‘/private/var/folders/s5/rt_bzvk53_d9w2gm5_w9gfmr0000gq...
どうしてくれます？（^_^;）-- &new{2019-11-12 (火) 21:53:...
- ご回答いただきありがとうございます。&br; 入力したのは...
- なんだ。Windows か。&br;Installation path not writeabl...
- 原因不明ですね。Installation path not writeable, unable...
- R consoleとR studioどちらにおいても管理者として実行した...
#comment
**Rstudio ヘルプ画面での検索方法 [#l9e4fb4c]
>[[jj]] (2019-11-05 (火) 01:50:34)~
~
Rstudioのヘルプペインにて、虫眼鏡アイコンの検索ボックスへ...
「Ctrl+3」でヘルプへ移動後、「Ctrl+F」では、「Find in top...
~
キーボードショートカットのヘルプ、およびModifyについても...
もしご存知の方がおられましたら、ご教示頂けると助かります。~
~
環境~
R version 3.5.3 (2019-03-11)~
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)~
Running under: Windows 10 x64 (build 18362)~
//
- コンソールで ? foo すればいいだけじゃない？ -- &new{20...
- お返事遅くなりました、ありがとうございます。確かにそう...
#comment
**randomForest の関数化に関して [#d7dea7fb]
>[[zstk5]] (2019-10-29 (火) 20:58:03)~
~
回答を期待する記事は原則 COLOR(red){SIZE(20){質問コーナー...
と書かれているその下に，質問するとはなんたる肝っ玉。~
投稿場所，投稿書式共に，はなはだ不適切だったので，ここに...
以 下 が 投 稿 内 容。 生 暖 か い 目 で 見 て ...
＊ ＊ ＊ ＊ ＊ ＊ ＊ ＊ ＊ ＊ ＊ ＊ ＊ ＊ ＊ ~
こんにちは。~
現在、Rを使用してrandomforestを実行しているのですが下記コ...
（実際はもう少しデータサイズが大きく複雑なのですが同様の...
~
違いは、randomforestを実行する部分を自分で作成した関数内...
~
そのため処理は変わらないと考えているのですが出来上がるobj...
~
なぜ、関数化するとモデルのサイズが大きくなってしまうので...
~
原因分かる方いましたらご教示お願いいたします。~
以下サンプルコード
######################
#パターン1
######################
test <- function() {
library(randomForest)
set.seed(123)
## 実行
rf <- randomForest(Species ~ ., data = iris,
proximity = TRUE, importance = TRUE)
saveRDS(rf, file = "test.obj")
}
test()
######################
#パターン2
######################
library(randomForest)
set.seed(123)
## 実行
rf <- randomForest(Species ~ ., data = iris,
proximity = TRUE, importance = TRUE)
return(iris)
saveRDS(rf, file = "test_.obj")
---環境情報---
OS:Windows Server2012R2(64bit)
R:version 3.6.1
Rstudio:
//
- str() で表示される情報中の違いは以下の ".Environment" ...
.. ..- attr(*, ".Environment")=<environment: 0x7fc91ecd...
.. ..- attr(*, ".Environment")=<environment: R_GlobalEn...
まあ，save したものを load するときの事を考えると，「どの...
- ご回答いただきありがとうございます。 -- &new{2019-10-3...
- 保存される「環境」の違いなのですね。正直勉強不足のため...
#comment
**RとRstdioのバージョン [#c7dea66d]
>[[tkzhsymd]] (2019-10-23 (水) 09:53:52)~
~
現時点でのRstdioの最新バージョンはそれぞれ1.5xxだと思いま...
ところで、Rstdioがあれば別途インストールしておくRは不要と...
//
- RStudio の最新バージョンは 1.2.5001 ですが...&br;RStudi...
R version 3.6.1 Patched (2019-09-23 r77210) -- "Action o...
Copyright (C) 2019 The R Foundation for Statistical Comp...
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
以下略
というのが示されるでしょう？RStudio は R を使っているんで...
そういう人は，間違っています。RStudio は R を使うための統...
#comment
**線形計画法の結果が正しく出ません [#kb9a7933]
>[[Tomo]] (2019-08-09 (金) 10:16:14)~
~
こんにちは。~
~
lpSolveやRglpkを使って線形計画法をトライしているのですが...
制約条件の設定が意図通りに効きません。以下のコードの何が...
すみませんが分かる方教えてください。~
~
やりたいこと：~
・弁当、菓子パン、おにぎり、お菓子、ジュースを 与えられ...
“最も短い時間で作りたい”（目的関数）~
・弁当、菓子パン、おにぎり、お菓子、ジュースは、~
それぞれ機械Ａ、Ｂ、Ｃの“いずれか１つを使う”（制約条件1...
・機械Ａ、Ｂ、Ｃは 使える合計時間上限が決まっている（制...
・弁当、菓子パン、おにぎり、お菓子、ジュースは機械Ａ、Ｂ...
どれを使うかによって、作るのにかかる時間が違う（マトリ...
~
以下が作るのにかかる時間（マトリックス）と制約条件２です
マトリックス 機械A 機械B 機械C
弁当 27 70 149 ← 機械AかBかCのどれか1つを使う
菓子パン 23 58 122
おにぎり 18 46 97
お菓子 25 36 76
ジュース 14 35 73
制約条件2→ 60 70 80 ←機械Aは合計で60時間まで使える
> library(Rglpk)
> # 目的関数の係数
> k.obj <- c(27, 23, 18, 25, 14, 70, 58, 46, 36, 35, 149...
> # 制約式の左辺の係数
> k.mat <- matrix(c(1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,
+ 0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,
+ 0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,
+ 1,0,0,0,0,1,0,0,0,0,1,0,0,0,0,
+ 0,1,0,0,0,0,1,0,0,0,0,1,0,0,0,
+ 0,0,1,0,0,0,0,1,0,0,0,0,1,0,0,
+ 0,0,0,1,0,0,0,0,1,0,0,0,0,1,0,
+ 0,0,0,0,1,0,0,0,0,1,0,0,0,0,1), nco...
> # 制約式の等号・不等号
> k.dir <- c("<=", "<=", "<=", "==", "==", "==", "==", "...
> # 制約式の左辺
> k.rhs <- c(60, 70, 80, 1, 1, 1, 1, 1)
> Rglpk_solve_LP(k.obj, k.mat, k.dir, k.rhs, max=FALSE)
上のコードを走らせると
$optimum
[1] 107
$solution
[1] 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
$status
[1] 0
$solution_dual
[1] 0 0 0 0 0 43 35 28 11 21 122 99 79...
$auxiliary
$auxiliary$primal
[1] 5 0 0 1 1 1 1 1
$auxiliary$dual
[1] 0 0 0 27 23 18 25 14
$sensitivity_report
[1] NA
と結果が出ますが、これだと全部機械Aで作れと言っていること...
//
- すみませんが先程まで掲載いただいてたコードを再度拝見さ...
- 掲載いただいてたコードはバックアップで確認できました。...
#comment
**濁音を含むファイル名 [#h24dfebf]
>[[κ（かっぱ）]] (2019-08-07 (水) 05:21:53)~
~
こんにちは。
> x <- c('織田信長', 'パンダ')
という文字列があった時に、その要素と同じ名前のファイルが...
> y <- list.files()
> y
[1] "織田信長" "パンダ"
とすると、「織田信長」も「パンダ」も存在するのですが、
> x %in% y
[1] TRUE FALSE
となりました。ファイル名から引っ張ってきた「パンダ」 (y[2...
> substr(y[2], 1,1)
[1] "ハ"
> substr(y[2], 2,2)
[1] "゚"
ハと半濁音の丸が別々の文字となっているようです。濁音も同...
ファイル名に日本語を使うのは好ましくないのですが、実際に...
//
- 詳しくは「Mac utf8 濁点」で検索。対処法は，iconv() を使...
x <- c('織田信長', 'パンダ')
x <- iconv(x, "UTF-8", "UTF-8-MAC")
y <- list.files()
x %in% y
> x %in% y
[1] TRUE TRUE
旨くいってもいかなくっても，お返事を。 -- &new{2019-08-0...
- うまくいきました！ ありがとうございます！ -- [[κ（か...
#comment
**ggraphの凡例について [#a18c2a91]
>[[SABI]] (2019-08-06 (火) 09:27:02)~
~
お世話になります。~
~
下記のようにggraphパッケージでネットワーク図を作成してい...
~
library(ggraph)
require(igraph)
gr <- graph_from_data_frame(data.frame(
from = c(1, 1, 2, 2, 3, 3, 4, 5),
to = c(2, 1, 5, 4, 2, 2, 1, 1),
class = sample(letters[1:3], 8, TRUE)
))
V(gr)$class <- c('a', 'b', 'c', 'a', 'b')
~
gr %>%
ggraph(layout = "auto") +
geom_edge_link(colour = "black") +
geom_node_point(aes(colour=class, size=10)) +
geom_node_label(aes(label=name), repel=T)
~
~
内部的に使用しているigraphやggplot2のヘルプファイルも確認...
theme(legend.key.size=grid::unit(30, units="points"))やsc...
~
環境はigraph_1.2.4.1, ggraph_1.0.2, R version 3.5.0.です。~
~
宜しくお願い致します。~
//
#comment
**plotしたグラフ上の点の数値データ？ [#u927a9d4]
>[[がんば]] (2019-06-27 (木) 13:04:33)~
~
お世話になります。周辺に誰も経験者がいなかったのでここを...
使用環境：~
R version 3.5.2 (2018-12-20)~
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)~
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)~
Matrix products: default~
locale:~
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Japa...
[3] LC_MONETARY=Japanese_Japan.932 LC_NUMERIC=C ...
[5] LC_TIME=Japanese_Japan.932 ~
attached base packages:~
[1] stats graphics grDevices utils datasets met...
other attached packages:~
[1] WeibullR_1.0.10~
loaded via a namespace (and not attached):~
[1] compiler_3.5.2 tools_3.5.2 Rcpp_1.0.0~
//
- 直線回帰をやったのでしょうね。lm のオンラインヘルプを見...
d = data.frame(x = c(256, 198, 216, 236, 268, 416, 431, ...
y = c(318, 63, 279, 304, 301, 305, 367, 3...
new = data.frame(x = seq(min(d$x), max(d$x), length=1000))
ans = lm(y ~ x, data=d)
pred.w.plim <- predict(ans, new, interval = "prediction")
pred.w.clim <- predict(ans, new, interval = "confidence")
matplot(new$x, cbind(pred.w.clim, pred.w.plim[,-1]),
lty = c(1,2,2,3,3), col=c(1,2,2,3,3),
type = "l", xlab = "x", ylab = "predicted y")
points(d)
ここで，locator を使って x, y 座標を取得し，その x 座標を...
xy = locator(5)
new2 = data.frame(x = xy$x)
pred.w.plim <- predict(ans, new2, interval = "prediction")
pred.w.clim <- predict(ans, new2, interval = "confidence")
cbind(new2, pred.w.plim, pred.w.clim[,-1])
分からない所は，またオンラインヘルプをひく。 -- &new{201...
#comment
**エラー: vector memory exhausted (limit reached?) [#x5d9...
>[[初心者]] (2019-06-15 (土) 23:51:19)~
~
初心者です~
エクセルファイル（単純なXY の表）で作成したマトリックスを...
改善方法や他の解決方法を知っている方がいたら教えてくださ...
よろしくお願いします。~
//
- data.tableパッケージとか、ffパッケージとか、bigmemoryパ...
- ファイル分割して、分割ファイルごとにやりたい処理してあ...
- Excel で，csv ファイルに出力して，それを読み込んだらど...
- > エクセルファイル（単純なXY の表）で作成したマトリック...
- 「[[投稿における注意事項]]」を読んでから！ -- &new{201...
- そんなに大きなファイルを操作するなら，R ではなく C とか...
#comment
**分散分析の棄却域 [#a7ef1998]
>[[初心者]] (2019-06-07 (金) 08:37:14)~
~
分散分析の棄却域を求める関数qtukey(上側/下側確率, 平均値...
~
投稿先が間違えていたので，移動したよ。~
あなたが記事を書いた枠のすぐ上に，「回答を期待する記事は...
//
- 自分で調べる方法を教えてあげよう。&br;まず，R のオンラ...
「英語でいいよ」というなら，[[Statistics How To:https://w...
α = 0.01 の表で，「群の数」とあるのが「平均値の数」ですね...
> qtukey(0.01, 5, 10, lower.tail=FALSE)
[1] 6.136093
lower.tail というのは，下側確率を求めるよということで，lo...
他の例も試してご覧。また，qtukey の逆関数である ptukey も...
基本的には，あなたが最初に参照した資料に十分な説明がない...
今の場合だと，「分散分析」について詳しく調べれば，解答は...
#comment
**図の表示に関して [#pe7fa6c2]
>[[初心者]] (2019-05-31 (金) 06:53:53)~
~
初心者です。~
１）histやplot等で図を複数作り、重ねて表示したいです。こ...
~
２）また、hist(x)等で図を表示して一度そのウィンドウを閉じ...
//
- 初心者だろうと，投稿についてはちゃんと作法に則って，正...
- 重ねても大丈夫な図の場合は、描画関数にaddオプションがつ...
#comment
**Rcmdr のインストールができません。 [#g358de97]
>[[ハヤト]] (2019-05-08 (水) 09:01:15)~
~
どうしたらいいのでしょうか？~
//
- OS は何。バージョンは。R のバージョンも。情報がないので...
#comment
**psych パッケージが使えません [#a11f2f58]
> (2019-05-06 (月) 12:07:33)~
~
psych を使おうとすると，エラーメッセージが出ます。~
R 3.6 のくせに，R 3.5 の libgfortran.3.dylib を読もうとし...
> library(psych)
エラー: package or namespace load failed for ‘psych’:
.onLoad は loadNamespace()（'mnormt' に対する）の中で...
call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
error: 共有ライブラリ '/Library/Frameworks/R.framewor...
dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Re...
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Re...
Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versi...
Reason: image not found
psysh は~
Package: psych
Version: 1.8.12
Date: 2018-12-31
なので，R 3.6 に対応できていないのも仕方ないとは思います...
R のバージョン情報は~
> sessionInfo()
R version 3.6.0 Patched (2019-05-02 r76458)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS Mojave 10.14.4
//
- R 3.6 がイントールされる段階で R.framework/Versions 中...
#comment
**パッケージ宣言するとエラーがでます [#v17a0b7d]
>[[てりたま]] (2019-04-29 (月) 10:05:09)~
~
お世話になります。~
パッケージはインストールできますが、宣言すると下記エラー...
~
ダウンロードされたパッケージは、以下にあります
C:\Users\teric\AppData\Local\Temp\RtmpyiJ0Xk\down...
> library (Rcmdr)~
要求されたパッケージ splines をロード中です
要求されたパッケージ RcmdrMisc をロード中です
要求されたパッケージ car をロード中です
要求されたパッケージ carData をロード中です
要求されたパッケージ sandwich をロード中です
要求されたパッケージ effects をロード中です
Error: package or namespace load failed for ‘effects’ in ...
‘survey’ という名前のパッケージはありません
エラー: パッケージ ‘effects’ をロードできませんでした
~
あるべきものがないといっているので、メモリ不足？~
空き領域１９０Ｇ インテルＩ５ ２５６メモリ Ｗｉｎ１０...
~
解決策を教えていただけますでしょうか。~
//
- 依存パッケージが必要なパッケージがあります。effects パ...
- アドバイスありがとうございます！早速追加パッケージを試...
- > 早速追加パッケージを試みましたができず&br;って，Rcmdr...
- install.packages("Rcmdr", dependencies=TRUE) ってやって...
- 手動ではそうするんですね！Ｒcmdrはツールにあったので、...
- library(Rcmdr)を打ち込んでもエラーが出ます。パッケージ...
- パッケージがないというエラーメッセージが表示されたら、...
#comment
**非線形最小二乗法のnls関数の各パラメータが負にならないよ...
>[[YT]] (2019-04-12 (金) 19:01:08)~
~
お世話になっております。~
最近Rを使い始めた者です。~
~
データの処理のときにnls関数を用いて、非線形最小二乗法でフ...
その際正の値であるべきパラメータ（フィッティングして得ら...
これらのパラメータが負にならないように制限を付けることは...
どなたかわかる方がいらっしゃいましたら、教えていただける...
宜しくお願い致します。~
//
- nlsで、algorithm="port"を指定し、lower, upper で、パラ...
その後は，Web 検索。日本語でというなら，http://user.keio....
- ご回答ありがとうございました。おかげさまで解決すること...
#comment
**自動でカテゴリーと要素数が反映されるようにしたい [#ic48...
>[[Sai]] (2019-04-10 (水) 16:27:33)~
~
お世話になっております。~
~
下記のプログラムで、map_masterというオブジェクトのカテゴ...
今はカテゴリー数が3つの例でやっていますが、実際はもっとい...
kの数および、A, B, Cのカテゴリー数を手動で増減（D以降を付...
~
どなたかわかる方がいらっしゃいましたら、ご教授頂けますと...
どうぞよろしくお願いいたします。~
~
#各カテゴリーの名前とカテゴリーに含まれる要素数（既知）
nA <- c(3, 1, 4)
nB <- c(2, 4, 5)
nC <- c(1, 3, 5)
k <- 1
map_master <- c("A=factor(rep(NA, nA[k]))",
"B=factor(rep(NA, nB[k]))",
"C=factor(rep(NA, nC[k]))")
#カテゴリー数
LM <- length(map_master)
#入れ物の用意
map <- NA
K <- gamma(LM+1)
for(i in 1 : K) {
map <- c(map, list(NA))
}
#各カテゴリーの組み合わせ（この部分を自動で得たい）
map[[1]] <- list()
map[[2]] <- list(A=factor(rep(NA, nA[k])))
map[[3]] <- list(B=factor(rep(NA, nB[k])))
map[[4]] <- list(C=factor(rep(NA, nC[k])))
map[[5]] <- list(A=factor(rep(NA, nA[k])), B=factor(rep(...
map[[6]] <- list(A=factor(rep(NA, nA[k])), C=factor(rep(...
map[[7]] <- list(B=factor(rep(NA, nB[k])), C=factor(rep(...
//
- 以下のようなのでいいのかな？~
「#入れ物の用意」の次の行から書く
library(e1071)
b <- bincombinations(LM)
n <- nrow(b)
s <- character(n-1)
for (i in 1:(n-1)) {
s[i] <- sprintf("%2d ", sum(b[i,]))
sep <- ""
for (j in 1:LM) {
if (b[i, j] == 1) {
t <- sprintf("%s%s=factor(rep(NA, n%s[k]))", sep, ...
sep <- ", "
s[i] <- paste0(s[i], t)
}
}
}
s <- sort(s)
map <- vector("list", n-1)
for (i in 1:(n-1)) {
t <- sprintf("map[[%d]] <- list(%s)", i, substr(s[i], ...
eval(parse(text=t))
}
実行が終わって，map を表示すると，お望みのものが出来てい...
- 早速のご回答ありがとうございます。 ~
ほぼ得たいものを得ることができましたが、私の例がまずかっ...
例ではA, B, Cという規則正しいアルファベットをカテゴリー名...
masterのほうで揃えれば済む話なのですが、もし可能でしたら...
たとえば、下記のようにmap_masterがなっていても動くような...
nhoge <- c(3, 1, 4)
nB <- c(2, 4, 5)
nA1t <- c(1, 3, 5)
map_master <- c("hogehoge=factor(rep(NA, nhoge[k]))",
"B=factor(rep(NA, nB[k]))",
"A1t=factor(rep(NA, nA1t[k]))")
私の例が悪かったせいで、二度手間になってしまい大変申し訳...
ご教授頂けますと幸いです。-- [[Sai]] &new{2019-04-11 (木)...
- 手間がかかるね。
map_master <- c("hogehoge=factor(rep(NA, nhoge[k]))",
"B=factor(rep(NA, nB[k]))",
"A1t=factor(rep(NA, nA1t[k]))")
があって，以下の 3 行で name1 にカテゴリー名， name2 に要...
a <- matrix(sapply(map_master, function(s) unlist(strspl...
name1 <- a[1,]
name2 <- a[2,]
実行結果
> name1
[1] "hogehoge" "B" "A1t"
> name2
[1] "nhoge" "nB" "nA1t"
あとは，前の LETTERS のかわりに name1，後ろの LETTERS の...
プログラムが書けないと，上のプログラムが何をやっているの...
- ご回答くださり、ありがとうございました。おかげ様で無事...
私の能力不足で二度手間を強いてしまったにも関わらず、丁寧...
#comment
**データフレームの変数名を別データフレームの列で置き換え...
>[[初心者k]] (2019-03-18 (月) 21:06:03)~
~
~
最近Rを始めたものです。~
~
以下のようなデータフレームXの変数名をデータフレームYのCAT...
大変初歩的な質問と思いますが、どうぞよろしくお願いいたし...
ﾃﾞｰﾀﾌﾚｰﾑX
A B C D
1 F 153 50
2 F 161 53
3 M 180 74
4 M 169 58
ﾃﾞｰﾀﾌﾚｰﾑY
Name CAT
A ID
B SEX
C H
D W
ID SEX H W
1 F 153 50
2 F 161 53
3 M 180 74
4 M 169 58
//
- プログラムとは，いくつかの機能を順序正しく組み合わせる...
colnames(x) <- y[, "CAT"]
または
colnames(x) <- y[, 2]
注意すべきは，[ の後に , が必要ということくらいかな？ -- ...
- 丁寧な回答ありがとうございます。無事解決することができ...
#comment
**バイプロット図の解釈 [#la04db95]
>[[ゆたたみ]] (2019-03-05 (火) 18:04:16)~
~
お世話になります。~
~
library(FactoMineR)~
CA(データ名, graph = FALSE)~
#ggplot2ベースのバイプロットを描く~
library(factoextra)~
fviz_ca_biplot(データ名)~
~
上記にてバイプロット図を描くと軸の横に％が表示されます~
例（Dim1（26.3%））~
この％は何を意味しているのでしょうか？~
~
詳しい方教えていただけますと幸いです。~
//
- 数字で出力される結果を見なさい。Eigenvalues のところの ...
- 回答ありがとうございます！ -- [[ゆたたみ]] &new{2019-03...
- 固有値の累積寄与率？なのですね2軸だとDim１とDim２をたし...
- 最初書いたときに引用箇所を間違えた。累積寄与率ではなく...
#comment
**エラー：missing value where TRUE/FALSE needed [#k7207c7a]
>[[K.Tanaka]] (2019-02-26 (火) 20:19:08)~
~
お世話になります。環境はWindows 10Pro 64bit + R version 3...
> a <- c(1,3,3,4,6,6,7,8,8,8)
> (flg <- c())
NULL~
> (flg <- c(rep(0,10)))
[1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
> for(i in 1:10){
+ if(a[i]==a[i+1]){
+ flg[i] <- 1
+ }
+ }
Error in if (a[i] == a[i + 1]) { : missing value where T...
> (flg)
[1] 0 1 0 0 1 0 0 1 1 0
ベクトルaで、同じ数値が続く最初の部分にフラグ(flg=1)を...
しかし、スクリプトを実行すると、上記のエラーが出てしま...
また、この例ではきちんとフラグが立っていますが、実際に...
エラーコードでググって見ましたが、
https://code.i-harness.com/ja-jp/q/703b33~
http://mako-shark.hatenablog.com/entry/2017/11/14/140146~
http://www.okadajp.org/RWiki/?%E5%88%9D%E7%B4%9A%EF%BC%B1...
などがヒットしたので見てみましたが、理解できませんでした。~
やろうとしていることは非常に単純ですし、上で挙げた例では...
//
- 早速のコメント、ありがとうございます。ご指摘の通りでし...
- > 同じ数値が続く最初の部分にフラグ(flg=1)を立てたい&br;...
> a <- c(1,2,3,3,3,3,4,4,4,6,6,6,6,7,8,8,8,8,8,9,9,10,11)
> b <- numeric(length(a))
> x <- c(0, rle(a)$lengths)
> b[(cumsum(x[-length(x)])+1)[x[-1] != 1]] <- 1
> b
[1] 0 0 1 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0
- すべてのフラグに1が立ってしまうのは、やはり凡ミスでした...
- a[-1] は先頭の要素を除いたベクトル，a[-length(a)] は最...
- なるほど、例が連続の全検出だったので、勘違いしておりま...
- なるほど、Forループで処理するよりベクトルで処理する方が...
- >b[(cumsum(x[-length(x)])+1)[x[-1] != 1]] <- 1 のコメン...
- 大きな誤解があります。for を使おうが，ベクトル演算を使...
- 改めて「R for 遅い」で検索すると、Rのforの遅さを否定す...
- 回答をお寄せくださった皆様、さらには質問文の書式を訂正...
#comment
**3次元空間におけるスプライン曲線 [#l82155a9]
>[[徒弟]] (2019-02-25 (月) 10:22:13)~
~
お世話になっております。~
~
3次元座標(x,y,z)にプロットした散布図があります。元のデー...
この点を一本の曲線式で近似したいと考えております。~
~
そのためにスプライン近似が使えるのではないかと考えており...
Ｒで3次元座標に対するスプライン近似を行う方法が分かりませ...
どのように行えば良いかご教示いただければ幸いです~
#comment
**カプランマイヤー [#v566b5a9]
>[[jj]] (2019-02-01 (金) 07:33:32)~
~
今までpatient at riskを含んだカプランマイヤー曲線を描くの...
//
- 最新バージョンは 2019-01-27 に更新された 5.1-3 だが，パ...
> library(rms)
エラー: package or namespace load failed for ‘rms’:
オブジェクト 'plotp' を見つけることができませんでした ...
って出るからね。~
一つ前のバージョン 5.1-2 では，少なくとも example(npsurv)...
Maintainer: Frank E Harrell Jr
<f.harrell@vanderbilt.edu>
に連絡してみれば？ -- &new{2019-02-01 (金) 18:18:43};
- もう見ていないのだろうけど。rms の依存パッケージ Hmisc ...
- 開発者に相談してみましたがうまくいかず困っていました。...
- Hmiscも最新にするというのは、別にインストールするという...
- インストールされていないならインストールする。旧版がイ...
other attached packages:
[1] Hmisc_4.2-0 ggplot2_3.1.0 Formula_1.2-3
のようにバージョン番号が出力されている部分がある。（単に ...
- 私も rms で欠損値を補完しようとしているのですが、 オ...
#comment
**ステップワイズ法による変数選択 [#w1d2b297]
>[[r]] (2019-01-21 (月) 09:24:17)~
~
初心者です。~
Ri386 3.4.3をwindows7professionalで使用しています。~
A B C D E F G H~
1 71.18 3.16 76.90 27.73 55.74 5.27 11.07 ~
1 68.86 9.30 71.44 28.83 60.54 6.20 13.04 ~
1 71.41 2.74 72.77 28.44 56.49 4.28 10.77 ~
1 NA 11.38 NA NA 62.20 4.05 11.07 ~
1 67.13 8.71 74.36 25.11 63.07 2.34 10.45 ~
1 71.64 4.93 75.14 28.89 56.52 5.41 10.80 ~
途中省略~
3 71.85 1.61 78.25 28.89 46.76 5.47 7.67 ~
3 73.94 2.63 71.32 29.54 55.34 3.77 8.33 ~
3 73.36 1.31 78.84 NA 55.05 4.94 8.53 ~
3 72.42 3.80 82.98 27.27 52.07 6.25 9.89 ~
3 71.53 2.66 81.99 26.39 55.57 5.76 10.02 ~
途中省略~
6 74.56 2.77 74.58 29.18 52.10 8.06 10.59 ~
> data=read.table("clipboard",header=TRUE)~
> result3<-lm(data[,1]~data[,2]+data[,3]+data[,4]+data[,5...
> result4<-step(result3)~
Start: AIC=78.25~
data[, 1] ~ data[, 2] + data[, 3] + data[, 4] + data[, 5]...
6] + data[, 7] + data[, 8]
~
Df Sum of Sq RSS AIC
- data[, 7] 1 0.0795 179.80 76.285~
- data[, 5] 1 0.1613 179.88 76.326~
- data[, 4] 1 1.8827 181.61 77.183~
- data[, 2] 1 3.9465 183.67 78.200~
<none> 179.72 78.245~
- data[, 8] 1 7.4237 187.15 79.888~
- data[, 6] 1 9.3509 189.07 80.810~
- data[, 3] 1 10.3408 190.06 81.280~
~
Step: AIC=76.28~
data[, 1] ~ data[, 2] + data[, 3] + data[, 4] + data[, 5]...
6] + data[, 8]
~
Df Sum of Sq RSS AIC
- data[, 5] 1 0.1715 179.97 74.371~
- data[, 4] 1 2.0560 181.86 75.308~
- data[, 2] 1 3.8690 183.67 76.201~
<none> 179.80 76.285~
- data[, 3] 1 10.2626 190.07 79.281~
- data[, 8] 1 11.2881 191.09 79.765~
- data[, 6] 1 13.8466 193.65 80.962~
Error in step(result3) : ~
number of rows in use has changed: remove missing values?
なぜ、エラーになるのか分かりません。~
どうぞご教示下さい。~
//
- Ri386 3.4.3 を windows7 professional で使用というのも，...
このデータセットには NA を含む行が2行ある。説明のためにそ...
A B C D E F G H
1 NA 11.38 NA NA 62.20 4.05 11.07
3 73.36 1.31 78.84 NA 55.05 4.94 8.53 ★この...
1 71.18 3.16 76.90 27.73 55.74 5.27 11.07
1 68.86 9.30 71.44 28.83 60.54 6.20 13.04
: 以下略
まず，重回帰分析に限らないが，NA を含む行は分析には用いら...
最初，全ての変数を使ってAICが計算されるとき，2つの行はい...
それ以降の段階で，E は分析に使われない（E を説明変数とし...
また，さらに B, D, E も使わないという分析時には，全てのデ...
こんな風に，NA を含むデータを分析するときには，実際に分析...
サンプルサイズが異なれば，AIC の算出に問題が出てくるので...
英語のメッセージですが number of rows in use has changed:...
「使っている（データの）行数（個数）が変わったよ！欠損値...
そこで，これを避ける為にはどうするか。「欠損値を除く！！...
> data2 = na.omit(data) # na.omit で欠損値を含む行をオミ...
> nrow(data2) # 残った行数が 90 になった
[1] 90
> nrow(data) # 元のデータは欠損値を含む 2 行があった
[1] 92
> result <- lm(A ~., data2) # 重回帰モデルの指定は，こん...
> result2 <- step(result) # AIC を見る
Start: AIC=78.25
A ~ B + C + D + E + F + G + H
Df Sum of Sq RSS AIC
- G 1 0.0795 179.80 76.285
- E 1 0.1613 179.88 76.326
- D 1 1.8827 181.61 77.183
- B 1 3.9465 183.67 78.200
<none> 179.72 78.245
- H 1 7.4237 187.15 79.888
- F 1 9.3509 189.07 80.810
- C 1 10.3408 190.06 81.280
Step: AIC=76.28
A ~ B + C + D + E + F + H
Df Sum of Sq RSS AIC
- E 1 0.1715 179.97 74.371
- D 1 2.0560 181.86 75.308
- B 1 3.8690 183.67 76.201
<none> 179.80 76.285
- C 1 10.2626 190.07 79.281
- H 1 11.2881 191.09 79.765
- F 1 13.8466 193.65 80.962
Step: AIC=74.37 この段階で E は使わないと...
A ~ B + C + D + F + H 分析例数は変わらない（90行...
Df Sum of Sq RSS AIC
- D 1 3.0666 183.04 73.891
<none> 179.97 74.371
- B 1 5.3420 185.32 75.003
- C 1 10.0913 190.07 77.281
- H 1 11.3027 191.28 77.853
- F 1 13.7468 193.72 78.995
Step: AIC=73.89
A ~ B + C + F + H
Df Sum of Sq RSS AIC
<none> 183.04 73.891
- B 1 4.5611 187.60 74.107
- H 1 9.6070 192.65 76.495
- F 1 12.0254 195.07 77.618
- C 1 13.0502 196.09 78.090
可能なら，投稿記事を編集したらよい -- &new{2019-01-21 ...
- ありがとうございました。ご指摘の点、勉強いたします。失...
#comment
**一元配置の分散分析時のエラーについて [#f9da0e14]
>[[r]] (2019-01-11 (金) 10:35:26)~
~
初心者です。~
> グループ1 <-c(0.214868106,0.130905896)~
> グループ2 <-c(0.363994669,0.133351903)~
> グループ3 <-c(0.314337464,0.33376496)~
> グループ4 <-c(0.24814533,0.435896438)~
> グループ5 <-c(0.460955618,0.348227084）~
> グループ6 <-c(0.479455052,0.4087283）~
> 全グループ<-c(グループ1, グループ2, グループ3, グループ...
> 薬の種類 <-c(rep("A", 2), rep("B", 2), rep("C", 2), rep...
> 薬の種類~
[1] "A" "A" "B" "B" "C" "C" "D" "D" "E" "E" "F" "F"
> 薬の種類2 <-factor(薬の種類)~
> 薬の種類2~
[1] A A B B C C D D E E F F
Levels: A B C D E F~
> oneway.test(全グループ~薬の種類2, var.equal=TRUE)~
Error in model.frame.default(formula = 全グループ ~ 薬の...
variable lengths differ (found for '薬の種類2')
以上のとおりエラーが出てしまうのはなぜでしょうか。~
ご教授お願い致します。~
//
- 「グループ5」と「グループ6」の定義の閉じかっこが全角~
「全グループ」の定義中の「グループ4」，「グループ5」，の...
それらを半角にするとちゃんと動く
> グループ1 <-c(0.214868106,0.130905896)
> グループ2 <-c(0.363994669,0.133351903)
> グループ3 <-c(0.314337464,0.33376496)
> グループ4 <-c(0.24814533,0.435896438)
> グループ5 <-c(0.460955618,0.348227084)
> グループ6 <-c(0.479455052,0.4087283)
> 全グループ<-c(グループ1, グループ2, グループ3, グルー...
> 薬の種類 <-c(rep("A", 2), rep("B", 2), rep("C", 2), re...
> 薬の種類
[1] "A" "A" "B" "B" "C" "C" "D" "D"
[9] "E" "E" "F" "F"
> 薬の種類2 <-factor(薬の種類)
> 薬の種類2
[1] A A B B C C D D E E F F
Levels: A B C D E F
> oneway.test(全グループ~薬の種類2, var.equal=TRUE)
One-way analysis of means
data: 全グループ and 薬の種類2
F = 2.102, num df = 5, denom df
= 6, p-value = 0.1961
日本語なんて使うと，特に Windows の場合は入力は面倒くさい...
> x <- c(0.214868106,0.130905896,
+ 0.363994669,0.133351903,
+ 0.314337464,0.33376496,
+ 0.24814533,0.435896438,
+ 0.460955618,0.348227084,
+ 0.479455052,0.4087283)
> drug <-factor(rep(LETTERS[1:6], each=2))
> drug
[1] A A B B C C D D E E F F
Levels: A B C D E F
> oneway.test(x~drug, var.equal=TRUE)
One-way analysis of means
data: x and drug
F = 2.102, num df = 5, denom df = 6, p-value = 0.1961
どれだけ簡単か。 -- &new{2019-01-11 (金) 18:45:13};
- ありがとうございました。 -- [[r]] &new{2019-01-15 (火) ...
#comment
**下位互換ではないmatrixの行の抽出 [#l84ddf95]
>[[tuji]] (2019-01-04 (金) 20:29:05)~
~
お世話になります。~
複数の要素を持つものを比較したときに、他のものそれぞれと...
実際は遺伝に関するデータで100*100*100*200行程度、30程度の...
例として１クラス４０名にトランプを各スート毎に１枚ずつラ...
クラス内の誰に対しても、すべてのスートで負けてしまうこと...
下記スクリプトにより問題なく計算はできました。しかし冗長...
もし有効な関数・パッケージ等ご存知でしたら、教えていただ...
pop <- 40
suit <- 4
mymat1 <- matrix(as.integer(runif(pop * suit,1,14)), pop...
#40名にスーツごとに（無限セットの）トランプから１枚を配る
mymat2 <- cbind(1:pop, mymat1[order(-mymat1[,1],-mymat1[...
#最初のスーツの順で並べ替え、各名にIDを振る。スーツが増...
compatible <- as.logical(numeric(pop))
#誰の下位互換でもない場合をT、そうでない場合をFとする用...
myfunc <- function(x, y){
any(x > y) | setequal(x, y)
}
tm <- mymat2
#並べ替えているため、最初のIDは必ず誰の下位互換でもない
for (u in 1:pop){
Limit <- apply(tm[,-1],1,myfunc,tm[1,-1])
#applyで行毎に判定するのとは別に、行が増えたとき用に
#tm[,2] > tm[1,2] | tm[,3] > tm[1,3] | tm[,4] > tm[1,4...
#と書く方がよいでしょうか？
compatible[tm[Limit,][1]] <- T
#tmの１行目に来るIDの下位互換ではない次のIDは必ず誰の...
#IDの1列目がcompatibleの要素にアクセスするために必須に...
tm <- tm[Limit,][-1,]
#tmの１行目と１行目の下位互換のIDを省く
print(u)
if (length(tm) == suit + 1) {
compatible[tm[1]] <- T
break
}
}
mymat2[compatible,] #確認用
//
- 提示されたプログラムをコピー・ペーストして何回も実行す...
- 上のプログラムが正しいとして，行数40000，要素数30で私の...
- ご回答ありがとうございます。即日の回答で嬉しい限りです...
- 時間はまあよいやということですが，メモリの方はどうです...
> pop <- 100*100*100*200
> suit <- 30
> mymat1 <- matrix(as.integer(runif(pop * suit, 1, 14)),...
エラー: ベクトルのメモリを使い切りました (上限に達した...
- 約100*100*200行の30列が734Mbです。次の組み合わせの100倍...
#comment
**dplyr でfilter を使っていたら急にエラーが出始めました [...
>[[ポンタ]] (2018-12-27 (木) 22:07:12)~
~
お世話になります。~
初めて投稿します。~
昨年（2017年）会社でRを入れてもらえるようになり、本業の傍...
~
本日、会社のPC（windows7 32bit）でR（3.4です。RStudioは入...
~
Error in filter_impl(.data, quo) :~
Evaluation error: `as_dictionary()` is defunct as of rlan...
~
~
ネットで調べていたら、~
https://github.com/tidyverse/dplyr/issues/3941~
に同じエラーメッセージが出ていましたが、どのように対応し...
~
rlangというのが悪さをしているようなのでこれの1つ前のバー...
~
どのようにすれば、エラーが出なくなるかご教示頂けないでし...
//
- defunct の意味はご存じない？（古くなって）廃止された（...
R version 3.5.2 (2018-12-20) -- "Eggshell Igloo"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Comp...
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
R は、自由なソフトウェアであり、「完全に無保証」です。
一定の条件に従えば、自由にこれを再配布することができます...
配布条件の詳細に関しては、'license()' あるいは 'licence(...
R は多くの貢献者による共同プロジェクトです。
詳しくは 'contributors()' と入力してください。
また、R や R のパッケージを出版物で引用する際の形式につ...
'citation()' と入力してください。
'demo()' と入力すればデモをみることができます。
'help()' とすればオンラインヘルプが出ます。
'help.start()' で HTML ブラウザによるヘルプがみられます。
'q()' と入力すれば R を終了します。
> utils:::menuInstallPkgs()
--- このセッションで使うために、CRAN のミラーサイトを選...
URL 'https://cran.ism.ac.jp/bin/windows/contrib/3.5/dpl...
Content type 'application/zip' length 3069918 bytes (2.9...
downloaded 2.9 MB
パッケージ ‘dplyr’ は無事に展開され、MD5 サムもチェック...
ダウンロードされたパッケージは、以下にあります
C:\Users\user\AppData\Local\Temp\RtmpE9GCqc\down...
> library(dplyr)
次のパッケージを付け加えます: ‘dplyr’
以下のオブジェクトは ‘package:stats’ からマスクされてい...
filter, lag
以下のオブジェクトは ‘package:base’ からマスクされてい...
intersect, setdiff, setequal, union
> data.frame(a=10) %>% filter(a>4)
a
1 10
> sessionInfo()
R version 3.5.2 (2018-12-20)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 17134)
Matrix products: default
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Jap...
[3] LC_MONETARY=Japanese_Japan.932 LC_NUMERIC=C ...
[5] LC_TIME=Japanese_Japan.932
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets me...
other attached packages:
[1] bindrcpp_0.2.2 dplyr_0.7.8
loaded via a namespace (and not attached):
[1] tidyselect_0.2.5 compiler_3.5.2 magrittr_1.5 ...
[5] R6_2.3.0 tools_3.5.2 pillar_1.3.1 ...
[9] tibble_1.4.2 crayon_1.3.4 Rcpp_1.0.0 ...
[13] rlang_0.3.0.1 purrr_0.2.5 bindr_0.1.1
> library(dplyr)
> data.frame(a=10) %>% select(a)
a
1 10
>
- ありがとうございました。新年になってRのバージョンアップ...
#comment
**TIFF画像を用いた衛星画像の土地被覆分類に関して [#nfd13a...
>[[jun]] (2018-12-16 (日) 18:49:05)~
~
衛星画像の土地被覆分類をSVMを用いて行いたいと考えているの...
簡単で構いませんので手順を教えていただけると幸いです。~
~
画像の赤、青、緑、近赤外の各バンドの画素値の抽出まではし...
//
#comment
**「他の因子で調整した生存曲線」に関して [#p42fffac]
>[[pinoj]] (2018-12-06 (木) 20:53:46)~
~
ハザード比を出す方法に関する質問をさせて頂きたく思います。~
~
例えば、生存期間を決定する因子として、以下の3つの因子が見...
~
性別、年齢、喫煙（すべて01因子とします）~
~
群別する変数に「性別」を、調整に用いる変数に「年齢と喫煙...
これらの因子で調整した性別に関する生存曲線は、下記のコマ...
~
coxmodel <- coxph(Surv(Days,Survival==1)~ age + smoking +...
cox <- survfit(coxmodel)~
plot(cox)~
~
上記で、2本のカーブを描くことができました。~
~
しかしながら、この性別の2群間のハザード比（および95%信頼...
~
print(coxmodel)~
~
を入力すると、性別ではなく、その他の2因子（年齢と喫煙）に...
恐れ入りますが、どうかご教示をお願い申し上げます。~
//
#comment
**ダミー変数を含む交互作用項を含む重回帰分析について [#d8...
>[[hisapon]] (2018-12-01 (土) 16:02:58)~
~
pequodよりlmresを使用して交互作用項を含む3要因の重回帰分...
従属変数：dep 独立変数1（連続変数）:ind1 独立変数2（連...
lmres(dep~ind1*ind2*ind3.dummy,centered=c("ind1","ind2","...
ダミー変数である独立変数3を中心化させる必要があるのか、ま...
このあたりのことについて教えていただけると有難いです。あ...
//
- 当然ながら，&br;Little, T. D., Bovaird, J. A., & Widama...
は，全てご覧になってのことでしょうね。だとしたら，何の助...
#comment
**多重代入後の解析、統合につきまして [#x9c9affc]
>[[noria]] (2018-11-28 (水) 00:49:28)~
~
皆様お世話になります。~
欠損値のあるデータの多重代入後の解析、統合方法についてお...
現在、多重代入はAmeliaパッケージ、解析はsurv IDINRIパッケ...
~
スクリプト~
dat1 <- read.csv("/Users/###/Desktop/dat1.csv")~
library(Amelia)~
x = data.frame~
m = 5~
dat1 <- subset(dat1, select=c("time","status","age","copd...
dat1.out <- amelia(x = dat1, m = 5)~
library(survIDINRI)~
for(i in 1:m){~
idinri <- dat1.out$imputations[[i]]
D = subset(idinri, select=c("time","status","age","copd"...
D$status = as.numeric(D$status==1)
D=D[!is.na(apply(D, 1, mean)),]; dim(D)
mydata = D
t0 = 365
indata1 = mydata;
indata0 = mydata[,c(-3)]; n=nrow(D);
covs1 <- as.matrix(indata1[,c(-1,-2)])
covs0 <- as.matrix(indata0[,c(-1,-2)])
x <- IDI.INF(mydata[,1:2],covs0,covs1,t0,npert=200) ...
~
IDI.INF.OUT(x);
}
~
結果~
Est. Lower Upper p-value~
M1 0.034 0.000 0.109 0.030~
M2 0.203 -0.027 0.402 0.060~
M3 0.001 -0.008 0.154 0.607~
Est. Lower Upper p-value~
M1 0.039 0.002 0.127 0.020~
M2 0.203 0.019 0.377 0.030~
M3 0.002 -0.010 0.162 0.517~
Est. Lower Upper p-value
M1 0.041 0.002 0.138 0.020~
M2 0.203 -0.018 0.367 0.060~
M3 0.001 -0.008 0.139 0.488~
Est. Lower Upper p-value
M1 0.033 -0.001 0.135 0.090~
M2 0.130 -0.203 0.392 0.109~
M3 0.002 -0.010 0.210 0.547~
Est. Lower Upper p-value~
M1 0.031 0.000 0.119 0.070~
M2 0.203 0.000 0.368 0.050~
M3 0.001 -0.007 0.187 0.498~
//
- 統合ってどういうことをしようとしているの？&br;関係ない...
- お返事ありがとうございます。つまり、プールされた推定値...
- お返事ありがとうございます。つまり、プールされた推定値...
- 全部のデータを使って分析するだけじゃダメなの？そうでな...
- メタアナリシスということなら，一般的にはプールされた推...
- ありがとうございました。参考にさせて頂きます。 -- &new...
- 多重代入法（多重補間法，どっちでもいい気がしますが）の...
- 推定値は平均するだけで良いのですね。信頼区間とP値を算出...
#comment
**重回帰分析時のエラーについて [#a4bad2a6]
>[[-0.889]] (2018-11-27 (火) 15:44:27)~
~
初心者です。~
Ri386 3.4.3をwindows7professionalで使用しています。~
１列目を目的変数として2～8列目を説明変数とした重回帰分析...
> result1 <-lm(data[,1]~data[,2]+data[,3]+data[,4]+data[,...
Error in data[, 1] : object of type 'closure' is not subs...
解決法などご教示頂けると助かります。~
//
- dataという名前のmatrixないしdata.frameを先に定義してい...
- コピー＆ペースト法によってデータを定義しています。 -- [...
- されていないので出ているエラーです。エラーの直後にstr(d...
- 「str(data) したら，なんかでたのですが」なんて，応答が...
- たしかにそうですね。関数としてのdataの実体が長く表示さ...
- レスが遅くて申し訳ございません。dataと入力したら8列のデ...
- dataと打ってその8列のデータが表示される直前/直後では、...
- > コピー＆ペースト法によってデータを定義し&br;その後で...
あなたが実際にやった（と思っている？）ことを正確に伝えて...
毎回コピー＆ペースト法でデータ入力をするというのは，面倒...
- レスが遅くて申し訳ございません。dataと入力したら8列のデ...
#comment
**コピー＆ペースト方式の読み込み量の制限について [#fbf34e...
>[[-0.889]] (2018-11-16 (金) 15:50:38)~
~
初心者です。~
Ri386 3.4.3をwindows7professionalで使用しています。~
重回帰分析を行いたいため、エクセルのファイルデータをコピ...
Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote ...
line 59 did not have 5 elements
4列までは、ペーストできるのですが、5列以上はエラーとなり...
コピー＆ペースト方式には、ペーストできる量に制限があるの...
よろしくお願い致します。~
//
- 書かれているとおりです。"line 59 did not have 5 element...
- 有難うございました。 -- [[-0.889]] &new{2018-11-16 (金)...
#comment
~
~
**httrパッケージにおけるPOST関数のURLエンコード [#c631fb0a]
> (2018-11-11 (日) 12:32:06)~
~
以下の投稿は，「[[投稿における注意事項]]」に反する方法で...
「[[投稿における注意事項]]」および「[[投稿文書の書式:http...
~
httrパッケージにおけるPOST関数のURLエンコードについて。あ...
//
#comment
**判別分析における定数項のずれについて [#o36bc17a]
>[[東京都下]] (2018-10-15 (月) 17:00:39)~
~
皆様始めまして~
~
過去の業務の統計部分を引き継ぐことになり、いちから勉強し...
2群の直線判別分析を行っているのですがRがpredict計算で出す...
結果を再度見てみると定数項が違うことに気づきました。~
~
lda関数を利用した判別関数の定数項導出でもし留意点などござ...
~
変数は2つしかなくてたとえばa,bとして~
~
result <- lda(y~a+b)~
predict_result <- predict(result)~
result$means~
result$scaling~
LD1
a ***~
b ***~
~
result$means%*%result$scaling~
apply(result$means%*%result$scaling,2,mean)~
★ここで定数項が出る~
~
とやってみました。~
aとb(係数)については問題ないのですが、定数項があいません。~
~
「あわない」というのは同じデータを別のソフトで解析して出...
~
今扱おうとしているデータ25000件位有り、2つの整数数値列＋1...
//
- 具体例が出せなくても，架空のデータでよいので小規模なデ...
> y = factor(rep(0:1, c(5, 7)))
> a = c(3,2,2,3,4,5,6,4,4,2,3,4)
> b = c(3,2,3,4,5,4,3,7,6,5,4,6)
> library(MASS)
> result <- lda(y~a+b)
> predict_result <- predict(result)
> result$means
a b
0 2.8 3.4
1 4.0 5.0
> result$scaling
LD1
a 0.5955855
b 0.5845561
> result$means%*%result$scaling
LD1
0 3.655130
1 5.305123
> apply(result$means%*%result$scaling,2,mean)
LD1
4.480126
- lda の predict 結果の predict_result$x は全体の平均値が...
> predict_result$x
LD1
1 -1.0772009
2 -2.2573426
3 -1.6727864
4 -0.4926448
5 0.6874968
6 0.6985262
7 0.7095556
8 1.8566091
9 1.2720530
10 -0.5036742
11 -0.4926448
12 1.2720530
> mean(predict_result$x)
[1] -3.515345e-16
- 世の中には，各群の平均値の中間点が0になるように定数項を...
> pred <- cbind(a, b) %*% result$scaling
> pred
LD1
[1,] 3.540425
[2,] 2.360283
[3,] 2.944839
[4,] 4.124981
[5,] 5.305123
[6,] 5.316152
[7,] 5.327181
[8,] 6.474235
[9,] 5.889679
[10,] 4.113952
[11,] 4.124981
[12,] 5.889679
> offset <- apply(result$means%*%result$scaling,2,mean)
> offset
LD1
4.480126
> pred2 <- pred-offset # offset を調整する！！
> mean(pred2[1:5])
[1] -0.8249962
> mean(pred2[6:12]) # これで，2 群の判別値の平均値の真ん...
[1] 0.8249962
- ちなみに，まれにではあるが判別値の平均値が0で，分散が1...
- 質問者です。ありがとうございます。predictの平均で調整す...
- 値の正負から判定するならば2群の判別値の平均値の中間が原...
- 質問者です。上記の「世の中には，各群の平均値の中間点が0...
#comment
**リストの名前と要素を２列の表形式に保存 [#w4fc23b8]
>[[nkrit]] (2018-10-11 (木) 20:48:13)~
~
初心者です。~
lst <- list(A=c(1), B=c(2,3), C=c(3,4,5))~
のようなリストがありまして、これを~
A 1~
B 2,3~
C 3,4,5~
のような２列の表形式に保存したいと考えましたが、~
lapply(lst, function(x) write(x, "data", append=T))~
これでは、A, B, Cなどの名前が入りませんし、どうしたら簡潔...
//
- 名前と値のリストの区切りを空白にするかタブにするかは選...
> junk = mapply(function(x, y) {cat(x, "\t", sep=""); ca...
A 1
B 2,3
C 3,4,5
- 早速ありがとうございます。こんなことができるのですか！...
- junk はコンソールに余計なものを出さないためだけのもの -...
lst <- list(A=c(1), B=c(2,3), C=c(3,4,5))
con <- file("out.dat", "w")
junk <- mapply(function(x, y) {cat(x, "\t", sep="", file...
close(con)
- ありがとうございます。今は、まだこのからくりがよくわか...
- 以下のような方法も。
cat(paste(names(lst), lapply(lst, paste, collapse = ",")...
行名と以降の区切りや、値間の区切りはpasteのsepとcollapse...
- ご丁寧にありがとうございます。こちらは、初心者の私にも...
#comment
**欠損値を含むデータフレームの各列から欠損値だけ抜いて、...
>[[nkrit]] (2018-10-04 (木) 02:49:41)~
~
欠損値を含むデータフレームの各列から欠損値だけ抜いて、そ...
NAのある行をそっくり抜くのではなく,A1なら2要素、A2なら1要...
どうすればRらしく、すっきりと書けるのでしょうか。何卒よろ...
~
df <- data.frame(A1=c("a","b",NA),A2=c("c",NA,NA),A3= c("...
g1 <- df[,"A1"]~
g1 <- g1[!is.na(g1)]~
g2 <- df[,"A2"]~
g2 <- g2[!is.na(g2)]~
g3 <- df[,"A3"]~
g3 <- g3[!is.na(g3)]~
lst <- list(g1,g2,g3)~
names(lst) <- c("A1","A2","A3")~
//
- lapply(df, na.omit) とするか，それとも，lapply(df, func...
- 早速、恐縮に存じます。na.omit(df)では駄目だしとか、悩ん...
- 早速、恐縮に存じます。na.omit(df)では駄目だしとか、悩ん...
#comment
**日本語のマルチバイト化 [#o7741310]
>[[うどん]] (2018-10-03 (水) 23:07:32)~
~
初心者です。~
R, Rstudioをmacで使っています。どちらも最新のものにアップ...
~
no,city,facility_category,facility_name,site,lat,lon,sta,...
No002,01室蘭,Harbor,崎守埠頭,3,42.365545,140.931244,0,24~
No003,05登別,Station,JR登別,9,42.452047,141.180894,9,17~
~
上記のようなcsvファイルを読み込むと、下記のように日本語の...
~
~
No002 01\216\272\227\226 Harbor \215\350\216\347\225u\223...
No003 05\223o\225\312 Station JR\223o\225\312 9 42.45205 ...
~
~
一通り調べてみたのですが、エラーも出ず、文字化けでもない...
Rstudio上でfilesから該当ファイルをview fileで読み込むと正...
~
何か解決策はないでしょうか。よろしくお願いします。~
//
- 立ち上げたときに，赤字で以下のようなメッセージ出てませ...
During startup - Warning messages:
1: Setting LC_CTYPE failed, using "C"
2: Setting LC_COLLATE failed, using "C"
3: Setting LC_TIME failed, using "C"
4: Setting LC_MESSAGES failed, using "C"
5: Setting LC_MONETARY failed, using "C"
#comment
**RMeCabC("すもももももももものうち")、で落ちる [#pbf23054]
>[[pkopw2]] (2018-09-24 (月) 12:27:12)~
~
library(RMeCab)~
res <- RMeCabC("すもももももももものうち")~
~
2行目を入力したとたんに、落ちてしまいます。エラーメッセー...
Rは64/32bitのいずれも試しましたが、同じ現象でした。~
どこがにミステイクがあるのでしょうか。どうかよろしくお願...
~
install.packages("RMeCab", repos = "http://rmecab.jp/R") ...
使用環境：windows10pro（64bit）、R3.4.1 です。~
//
- MeCabはインストールしましたか？ -- &new{2018-09-25 (火...
- ご回答どうも有難うございます。インストールしたらいけま...
#comment
**データフレームにおける値の変換 [#h9c7c3fe]
> (2018-09-22 (土) 22:17:08)~
~
下記の変換用データフレームと変換前データフレームがあった...
変換後データフレームを生成するにはどのようなコードを書け...
~
変換用データフレームは値の上限と下限、変換する値の3項目を...
変換前データフレームの変数vの範囲を判定して、変換用データ...
~
なお実際はどのデータフレームも件数が数千件ほどあります。~
~
変換用データフレーム~
lower,upper,value~
0,1,7~
1,2,5~
2,3,4~
3,4,3~
~
変換前データフレーム~
v~
1.5~
2.5~
~
変換後データフレーム~
v,w~
1.5,5~
2.5,4~
//
- > なお実際はどのデータフレームも件数が数千件ほどありま...
- 変換用データフレーム，「lower 以上，upper 未満」だよね...
- 変換表データフレームは，lower は1刻みなの？ -- &new{20...
- 変換用データフレーム，lower は 4 以上はないの？負の値も...
- > どのようなコードを書けばよいでしょうか&br;あなたは「...
- 業務で使うデータのため、変換用データフレームも数千件あ...
- すみません。上手くない方法すら思いつかない状況です。 --...
- 何の規則性もないような変換用データフレームなら，上手い...
変換用 = data.frame(lower = 0:3, upper = 1:4, value = c(...
変換前 = data.frame(v = c(1.5, 2.5, 999, 3.2))
z = lapply(変換前$v, function(x) {
y = which(変換用$lower <= x & x < 変換用$upper)
ifelse(length(y) == 0, NA, 変換用$value[y])
})
変換後 = 変換前
変換後$w = unlist(z)
> 変換後
v w
1 1.5 5
2 2.5 4
3 999.0 NA
4 3.2 3
#comment
**merge()の結合様式に関するパラメータを外部から入力する [...
>[[nkrit]] (2018-09-04 (火) 10:21:20)~
~
merge()の結合様式に関するパラメータを外部から入力すること...
前回のご指摘を踏まえて、本質的な部分だけの質問を心がけて...
ポイントは、たとえば、whichに "L"が入力されたら、論理型で...
そこで、
which <-"L" # may change to others
xyTF <- list(c(T,F),"left") # default here --> all.x=T, ...
switch(which,
"L" = xyTF <- list(c(T,F),"left"),
"R" = xyTF <- list(c(F,T),"right"),
"O" = xyTF <- list(c(T,T),"outer"),
"I" = xyTF <- list(c(F,F),"inner"),
"l" = xyTF <- list(c(T,F),"left"),
"r" = xyTF <- list(c(F,T),"right"),
"o" = xyTF <- list(c(T,T),"outer"),
"i" = xyTF <- list(c(F,F),"inner"),
cat("\n When other letters => 'left merge' is automat...
)
cat("Mode: ", which,"=[" , xyTF[[2]], "]\n")
all.x=xyTF[[1]][1]
all.y=xyTF[[1]][2]
# example: Mdata <- merge(Ldata, Rdata, by.x=Lkey, by.y=...
としてみました。なにぶん独学で、周囲に批判的なコメントを...
//
- 文字化けしてしまいました。すいません。1? のところは[[1]...
- 二重角括弧のつもりです。うまく入力できません。すいませ...
- このページの最初の方に「「[[投稿における注意事項]]」を...
- 少なくとも switch(which, を switch(toupper(which), にす...
- なんで，リストなんか使う？ややこしくなるだけ。 -- &new...
- 要するに，which が "R", "L", "O", "I" に対して，(all.x,...
- やりたいことを，できるだけ簡潔に正確に日本語で書けば，...
which <- toupper(which) # 小文字で指定されたら大文字にする
all.x <- TRUE; all.y <- FALSE # デフォルトの場合の定義
if (which == "R" || which == "I") all.x = FALSE # デフォ...
if (which == "R" || which == "O") all.y = TRUE # デフォ...
cat("all.x =", all.x, "all.y =", all.y, "\n")
- 投稿における注意事項、理解不十分でたいへん失礼しました...
- 辞書引きの問題なので，解はいろいろあるだろう。たとえば...
- しかしそもそも，「選ばれたものが"left"なのか"right"なの...
- ありがとうございました。ミススペルしてイライラしないよ...
#comment
**自分のｐ値のデータセット（例えば５千個）のそれぞれの値...
>[[nkrit]] (2018-08-29 (水) 00:51:11)~
~
ベタに下記のようなスクリプトを書いてみたのですが、とても...
双方のファイルをソートしてから始めると少しは節約になるの...
~
args <- commandArgs(TRUE)~
working.dir <- dirname(args[1])~
q.file <- basename(args[1])~
p.file <- args[2]~
~
setwd(working.dir)~
Qdata <- read.table(q.file, header = T, sep = "\t")~
# Qdata[,5] = query pvalue dataset (ex.5,000)~
Pdata <- read.table(p.file, header = T, sep = "\t")~
# Pdata[,1] = compared pvalue dataset (ex.10,000)~
Qdata$count <- 0~
Sys.time()~
for (i in 1:nrow(Qdata)){~
for (j in 1:nrow(Pdata)){
if (Qdata[i,5] >= Pdata[j,1])
Qdata$count[i] <- Qdata$count[i]+1
# when pvalue in the query dataset is larger ...
}
# ex. nrow(Pdata) = 10,000
} ~
Sys.time()~
Qdata$p_value <- Qdata$count/nrow(Pdata)~
pvalue_q.file <- paste0("pvalue_", q.file)~
write.table(Qdata, pvalue_q.file, quote = F, sep = "\t", ...
//
- プログラムのヘタな人は，質問もヘタなのか... -- &new{20...
- 要するに，x, y という2つのベクトルがあるとき，xの各要素...
- 質問者側のどうでもよい条件は不要というか，理解の障害に...
- (Qdata[i,5] とか Pdata[j,1] なんかをそのまま for ループ...
- データの大きさは質問の本質と違うのだから，簡単な例とそ...
- 例えば，x = (2, 6) で y = (3, 4, 1, 0, 9) のとき，(2, 4...
x = c(2, 6)
y = c(3, 4, 1, 0, 9)
count = integer(length(x))
for (i in seq_along(x)) {
sum = 0
for (j in seq_along(y)) {
if (x[i] >= y[j]) {
sum = sum + 1
}
}
count[i] = sum
}
count
- 上のプログラムは，あなたの質問の本質であって，答えでは...
- データとして x = rnorm(5000); y = rnorm(10000) で上のプ...
- 処理部分だけは，「1行で書ける！！！」。そして，その実行...
- はい，おまた〜。例解1. count = sapply(x, function(x1) s...
- 例解2. count = rowSums(outer(x, y, ">=")) これは，例解1...
- おっしゃるように本質を理解しておりませんでした。それに...
#comment
**追加の質問 [#n55c389e]
>[[初心者です]] (2018-08-11 (土) 08:05:21)~
~
もう一点、こちらも初歩的な質問となり大変恐縮ですが、①に合...
①~
sample month~
1 201701~
1 201702~
1 201703~
1 201704~
1 201705~
1 201708~
1 201709~
2 201705~
2 201706~
2 201709~
2 201712~
~
②~
sample sex age site month~
1 Male 34 a 201701~
1 Male 34 b 201701~
1 Male 34 a 201702~
1 Male 34 b 201702~
1 Male 35 a 201703~
1 Male 35 a 201704~
1 Male 35 a 201705~
1 Male 35 a 201706~
1 Male 35 b 201708~
1 Male 35 a 201709~
1 Male 35 b 201709~
1 Male 35 b 201711~
2 Female 63 c 201701~
2 Female 63 c 201705~
2 Female 63 d 201705~
2 Female 63 c 201706~
2 Female 64 c 201707~
2 Female 64 c 201709~
2 Female 64 d 201709~
2 Female 64 c 201710~
2 Female 64 d 201712~
~
③~
sample sex age site month~
1 Male 34 a 201701~
1 Male 34 b 201701~
1 Male 34 a 201702~
1 Male 34 b 201702~
1 Male 35 a 201703~
1 Male 35 a 201704~
1 Male 35 a 201705~
1 Male 35 b 201708~
1 Male 35 a 201709~
1 Male 35 b 201709~
2 Female 63 c 201705~
2 Female 63 d 201705~
2 Female 63 c 201706~
2 Female 64 c 201709~
2 Female 64 d 201709~
2 Female 64 d 201712~
~
merge(データフレーム①,データフレーム②,by.x=”sample”,by.y=...
大変お手数をおかけしますが、ご教示いただけると幸いです。...
//
- 単に，merge(データフレーム①,データフレーム②)&br; 列の順...
- ご回答者様、ありがとうございます。特に列を指定する必要...
#comment
**重複を除外する方法 [#t241d727]
>[[初心者です]] (2018-08-10 (金) 17:20:37)~
~
R初心者です。初歩的な質問で申し訳ございません。~
例えば以下のようにサンプルごとに複数の月がデータとしてあ...
sample Month~
1 201701~
1 201701~
1 201702~
1 201703~
1 201703~
1 201704~
1 201704~
1 201705~
1 201708~
1 201708~
1 201709~
2 201705~
2 201706~
2 201706~
2 201709~
2 201709~
2 201712~
~
結果は以下のようになります。~
sample Month~
1 201701~
1 201702~
1 201703~
1 201704~
1 201705~
1 201708~
1 201709~
2 201705~
2 201706~
2 201709~
2 201712~
~
大変お手数をおかけしますが、どうぞよろしくお願いします。~
//
- 何のことはない，unique(データフレーム名）&br;投稿様式に...
- ご回答者様、ありがとうございます。duplicateで重複を除外...
- 申し訳ありません。もう一点伺いたいことがあり、こちらの...
#comment
**変数設定について [#t97d6d76]
>[[むー]] (2018-08-09 (木) 22:17:57)~
~
変数設定について質問です。英語での入力は問題ないのですが...
誰か分かる方がおられましたらよろしくお願いします。~
//
- どのように入力したら、どののようなエラーが出るのか -- ...
- > 身長 <- c(173,178,180,183,182,174,179,179,174,192)を...
- R を立ち上げた直後に15，6行出るメッセージは日本語になっ...
R version 3.5.1 ...... -- "Feather Spray"
Copyright ....
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
R は、自由なソフトウェアであり、「完全に無保証」です。
一定の条件に従えば、自由にこれを再配布することができます...
配布条件の詳細に関しては、'license()' あるいは 'licence(...
以下略
- エラーメッセージ自体も文字化けしている。Error: unexpect...
- Rを立ち上げた直後は英語です。 -- [[むー]] &new{2018-08-...
- R version 3.4.4 (2018-03-15) -- "Someone to Lean On" Co...
- すみません、この？の部分は僕も色々調べてみたのですが僕...
- あなたは，R を英語で使いたいの？&br;日本語で使いたいの...
- Rは日本語での使用を望んでいます。先程、言語地域設定の優...
#comment
**グラフのメタファイルでの貼り付け時に不要な余白をなくし...
>[[pkopw2]] (2018-08-08 (水) 16:30:48)~
~
作図したグラフをメタファイルとしてパワポに貼り付ける方法...
~
右クリック＞メタファイルにコピー＞パワポにコピペ~
~
とすると、グラフが左上に偏ってしまい、右側・下側に無駄な...
（R（3.5.1）、windows10 pro、powerpoint 2016）~
~
この現象は、例えるなら、~
~
par(mfrow=c(2,2))~
~
のコマンドを入力した時に、左上の領域にグラフが描出される...
~
前に使っていたパソコン（ver3.2.1、windows8）では、作図し...
~
結局、パワポにコピペした後にグループ化を解除したりして一...
~
~
作図領域とデバイス領域がそろっていないのかと思い、下記の...
~
fig = c(0, 1, 0, 1)~
par(oma = c(0, 0, 0, 0)) ~
plt = c(0, 1, 0, 1)~
par(mfrow=c(1,1))~
~
昨日からずっと解決できていません。~
初歩的な質問で恐縮ですが、どうかよろしくお願いします。~
//
- 再現できなかったけど，「メタファイルにコピー・パワポに...
- ご回答ありがとうございます。試してみましたが、作図部分...
- どのように試したのかはっきりしない。以下のようにしてで...
win.metafile("test.wmf")
hist(rnorm(10000))
dev.off()
ここに示す画像のようになっておらず，大きな余白があるのか...
&ref(test-wmf.png);
- ご回答ありがとうございます。コマンドを打ち込んでRで作図...
- じゃあ，わからない。そのファイルをアップロードしてみて...
- この掲示板にアップロードする。その際，枠を付けたりなど...
- wmfファイルとemfファイルのどちらも同じように余白が生じ...
- par(no.readonly=TRUE) を入力して，以下のパラメータの値...
$fig
[1] 0 1 0 1
$mai
[1] 1.02 0.82 0.82 0.42
$mar
[1] 5.1 4.1 4.1 2.1
$mfg
[1] 1 1 1 1
$oma
[1] 0 0 0 0
$omd
[1] 0 1 0 1
$omi
[1] 0 0 0 0
$plt
[1] 0.1205513 0.9382542 0.1499541 0.8794487
$usr
[1] 0 1 0 1
それ以上は，わからない。 -- &new{2018-08-11 (土) 14:17:5...
- いろいろなパラメータが出てきました。上記の中では、$plt...
- しかしながら，どれも関係ないようで，ギヴアップ&br;pdf ...
- またやってみたいと思います。色々とお付き合いいただき感...
#comment
**複数のデータフレームを加工したい [#z075f4f0]
>[[sk]] (2018-08-04 (土) 08:03:33)~
~
複数のデータフレームを同じ操作で加工したいのですが、うま...
ベクターでも一緒なので、やりたいことは下記のような形です。~
~
a <- c(1,2)~
b <- c(3,4)~
~
a <- append(a, 9)~
b <- append(b, 9)~
~
これを~
~
for (i in list(a,b) ){~
i <- append(i, 9)
View(i)
}~
~
のように書くと、Viewでは見えるのですが、~
それぞれのデータフレーム（ベクター）は変化していません。~
~
lapply(dlist, function (x) {x <- append(x, 9); View(x)})~
~
も考えたのですがこれも違いました。~
~
for (s in c("a","b") ){~
eval(parse(text = paste0(s," <- append(", s, ", 9)")))
eval(parse(text = paste0("View(", s, ")")))
}~
~
これはできるのですが、操作が多いので、すべてを文字列で書...
//
- オブジェクトへの操作を関数 func で定義し，オブジェクト ...
func = function(d) {
d$x2 = d$x^2
d$y2 = 1/d$y
d
}
> set.seed(987)
> a = data.frame(x=1:5, y=rnorm(5))
> a
x y
1 1 -0.05701369
2 2 0.26999481
3 3 0.87447166
4 4 -0.19034659
5 5 1.10069779
> a = func(a)
> a
x y x2 y2
1 1 -0.05701369 1 -17.5396479
2 2 0.26999481 4 3.7037749
3 3 0.87447166 9 1.1435476
4 4 -0.19034659 16 -5.2535746
5 5 1.10069779 25 0.9085146
> b = data.frame(x=1:10, y=rnorm(10))
> b
x y
1 1 -0.893758950
2 2 -0.954967917
3 3 -0.855857687
4 4 -1.113020051
5 5 -1.288726486
6 6 0.757694061
7 7 -0.876224265
8 8 1.758459078
9 9 -0.009684665
10 10 -0.448383447
> b = func(b)
> b
x y x2 y2
1 1 -0.893758950 1 -1.1188699
2 2 -0.954967917 4 -1.0471556
3 3 -0.855857687 9 -1.1684186
4 4 -1.113020051 16 -0.8984564
5 5 -1.288726486 25 -0.7759598
6 6 0.757694061 36 1.3197939
7 7 -0.876224265 49 -1.1412603
8 8 1.758459078 64 0.5686797
9 9 -0.009684665 81 -103.2560250
10 10 -0.448383447 100 -2.2302340
> c = data.frame(x=c(2,4,8), y= c(0.2, 0.34, 0.87))
> c
x y
1 2 0.20
2 4 0.34
3 8 0.87
> result = lapply(list(a, b, c), func) # lapply でまとめ...
> result
[[1]]
x y x2 y2
1 1 -0.05701369 1 -17.5396479
2 2 0.26999481 4 3.7037749
3 3 0.87447166 9 1.1435476
4 4 -0.19034659 16 -5.2535746
5 5 1.10069779 25 0.9085146
[[2]]
x y x2 y2
1 1 -0.893758950 1 -1.1188699
2 2 -0.954967917 4 -1.0471556
3 3 -0.855857687 9 -1.1684186
4 4 -1.113020051 16 -0.8984564
5 5 -1.288726486 25 -0.7759598
6 6 0.757694061 36 1.3197939
7 7 -0.876224265 49 -1.1412603
8 8 1.758459078 64 0.5686797
9 9 -0.009684665 81 -103.2560250
10 10 -0.448383447 100 -2.2302340
[[3]]
x y x2 y2
1 2 0.20 4 5.000000
2 4 0.34 16 2.941176
3 8 0.87 64 1.149425
> result_c = result[[3]]
> result_c
x y x2 y2
1 2 0.20 4 5.000000
2 4 0.34 16 2.941176
3 8 0.87 64 1.149425
- ありがとうございます。ということは、オブジェクトが100個...
- そもそも100個のオブジェクトを別々の変数に割り当てようと...
a <- c(1,2)
b <- c(3,4)
は代入だけど，こんなのを 100回書くわけはないが，ファイル...
a <- read.table("file-a.dat")
なんてことになり，結局100回書かなくてはならないことに違い...
たとえば，上のようにデータフレームごとに処理するだけのこ...
for (i in 1:100) {
f = sprintf("x%03i.dat", i)
x = read.table(f)
x = fnc(x)
write.table(x, f) # 変更を書き出す必要があれば
}
とすればよいだけ。~
ここでも，もしファイル名に規則性がなければループ自体は前...
file.name = c("foo.dat", "bar.dat", "nanntakakantaranaga...
for (f in file.name) {
x = read.table(f)
x = fnc(x) # ここに処理内容を書けば，処理内容は1回だけ...
write.table(x, f) # 変更を書き出す必要があれば
}
要するに，「繰り返しはループでする」，「ループで処理でき...
- プログラミングを必修にするとか何とかいってるけど，子ど...
- 処理できるような構造にもっていく、というのはよい考えで...
#comment
**selectizeInputを用いてdata.frameの絞り込みを行いたい [#...
>[[sh]] (2018-07-26 (木) 17:33:16)~
~
用語があっているか自信がないのですが・・・~
Database(postgreSQL)接続してテーブルを参照し、そのカラム...
~
■読み込んだテーブル~
|ID|要素|~
|1|赤|~
|1|黄|~
|1|青|~
|2|赤|~
|2|青|~
|3|青|~
|3|緑|~
|4|赤|~
|4|緑|~
~
■selectizeInputの選択肢：テーブルの<要素>カラムをunique化...
[赤,黄,青,緑]~
~
この選択肢に対して、「選択内容をすべて含むID」を表示した...
或いは絞り込むために、表をもっと加工したほうが良いのでし...
~
※例~
選択：[赤,青] ⇒ 表示ID：1,2~
選択：[緑] ⇒ 表示ID：3,4~
//
- 方針のみ -- &new{2018-07-26 (木) 19:13:08};
> data = data.frame(ID=c(1,1,1,2,2,3,3,4,4),
+ 要素=c("赤","黄","青","赤","青","青","緑","赤","緑"))
> f = function(選択) {
+ tbl = xtabs(~ID+要素, data)[, 選択, drop = FALSE]
+ as.integer(rownames(tbl)[rowSums(tbl)==length(選択)])
+ }
> f(c("赤", "青"))
[1] 1 2
> f("緑")
[1] 3 4
- ありがとうございます・・・！分割表という概念があるので...
#comment
**glmmML()のp値の取得 [#ke3d6012]
>[[nkrit]] (2018-07-20 (金) 22:01:39)~
~
一般化混合線形モデルのパッケージglmmMLで、~
result <- glmmML(status ~ x[[3]], data = x, family = bino...
のような形で結果を取得して、係数の推定値と係数の標準偏差...
result$coefficients[2]~
result$coef.sd[2]~
のように取得できましたが、~
z値やそのp値は、どのように取得すれば良いのでしょうか。~
result自体は、~
coef se(coef) z Pr(>|z|)
(Intercept) -0.1233 0.845 -0.1459 0.884~
x[[3]] 14.4545 79.892 0.1809 0.856~
のような形で表示されてくるので、取得の方法があるのではと...
推定値／標準偏差を後で計算して、2*pnorm()によってP値を取...
どうぞ宜しくお願い致します。~
~
念のためresultのstructureを添付させていただきます。~
> str(result)~
List of 18~
$ boot : num 0
$ converged : logi TRUE
$ coefficients : Named num [1:2] -0.123 14.455
..- attr(*, "names")= chr [1:2] "(Intercept)" "x[[3]]"
$ coef.sd : num [1:2] 0.845 79.892
$ sigma : num 0.0194
$ sigma.sd : num 31.6
$ variance : num [1:3, 1:3] 7.14e-01 6.54e-0...
$ aic : num 28.1
$ bootP : logi NA
$ deviance : num 22.1
$ df.residual : num 13
$ cluster.null.deviance: num 22.1
$ cluster.null.df : int 14
$ posterior.modes : num [1:16] -0.00018 -0.000178 -...
$ prior : chr "gaussian"
$ terms :Classes 'terms', 'formula' lang...
.. ..- attr(*, "variables")= language list(status, x[[3...
.. ..- attr(*, "factors")= int [1:2, 1] 0 1
.. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
.. .. .. ..$ : chr [1:2] "status" "x[[3]]"
.. .. .. ..$ : chr "x[[3]]"
.. ..- attr(*, "term.labels")= chr "x[[3]]"
.. ..- attr(*, "order")= int 1
.. ..- attr(*, "intercept")= int 1
.. ..- attr(*, "response")= int 1
.. ..- attr(*, ".Environment")=<environment: R_GlobalEn...
.. ..- attr(*, "predvars")= language list(status, x[[3]])
.. ..- attr(*, "dataClasses")= Named chr [1:3] "numeric...
.. .. ..- attr(*, "names")= chr [1:3] "status" "x[[3]]"...
$ info : int 0
$ call : language glmmML(formula = statu...
- attr(*, "class")= chr "glmmML"
//
- summary.glmmML を読めば，「推定値／標準偏差を後で計算し...
- ありがとうございます。ふつうのglmでは係数の表記がmatrix...
- ありがとうございます。ふつうのglmでは係数の表記がmatrix...
#comment
**data.frameの差集合を出したい [#kc0f52a7]
>[[sh]] (2018-07-18 (水) 14:57:23)~
~
テーブルのなかで「指定の文字を含むレコードを除く」のやり...
（1）dbGetQueryで得られたテーブル1~
（2）テーブル1をfilter,greplで絞り込んだテーブル2（部分...
に対し、テーブル1とテーブル2の差集合をとる、~
という手法で実現しようとしていますがやり方がわかりません…~
~
setdiffでは目的の挙動をしてくれないのですが、~
関数のチョイスが間違っているのでしょうか。~
また、「指定の文字を含むレコードを除く」を一発で実現する...
~
ご教授いただければ幸いです。~
//
- Show examples. -- &new{2018-07-18 (水) 15:26:41};
> a = data.frame(x = c("abc", "fab", "xyz", "cabs", "xw"...
> a[!grepl("ab", a$x),]
x y
3 xyz 4
5 xw 5
- greplの前に否定記号置けたんですね！ありがとうございます...
#comment
**poisson.test()について [#pe4e3b60]
>[[ワイン]] (2018-07-18 (水) 06:19:51)~
~
お世話になります。poisson.test()で検定をするためヘルプフ...
~
poisson.test(x, T = 1, r = 1,alternative = c("two.sided"...
~
x number of events. A vector of length one or two.
T time base for event count. A vector of length one or ...
r hypothesized rate or rate ratio
~
イベント発生数x=5の場合の検定結果は以下のとおりです。~
~
> poisson.test(x=5)
Exact Poisson test
data: 5 time base: 1
number of events = 5, time base = 1, p-value = 0.00366
alternative hypothesis: true event rate is not equal to 1
95 percent confidence interval:
1.623486 11.668332
sample estimates:
event rate
5
~
質問1：引数rやTの意味が分からないのですが、たとえばx=5,r=...
~
質問2：ポアソン分布で検定をするならば、平均値λを定義しな...
~
お手数ですが、ご回答宜しくお願い致します。~
//
- poisson分布に興味があるので、いろいろ見てみたのですが（...
#comment
**オブジェクトのアスキーテキスト表現 [#pe432a64]
>[[nkrit]] (2018-07-08 (日) 16:07:20)~
~
> class(data)
[1] "numeric"
> cat(data)
2 2 4 6 4 5 2 3 1 2 0 4
このような数値型のベクトルを、あとで他人が同じデータで試...
data <- c(2,2,4,6,4,5,2,3,1,2,0,4)
のような形でスクリプトの一部として保存しておきたいのです...
for (i in 1:50){
cat(paste0(data[i],sep=","))
}
のようなことをして出力されたものをペーストしてみましたが...
//
- データが、d <- c(rep(1:100)) として、write.csv( t(d), "...
- Use dput(data) or dput(data, file="foo.dat").&br;Or, ca...
- 早速のご回答ありがとうございます！！ 最初、writeしちゃ...
- タイトルなかったり、２回あげてしまったり、まだうまく投...
#comment
**フォントサイズを指定して複数のグラフをプロットすると大...
>[[nona]] (2018-07-08 (日) 14:44:41)~
~
Rでプロット領域を分割して、かつフォントサイズをpsで指定...
分割領域が２つまでは指定した通りのフォントサイズになるよ...
領域が狭いのが原因と思い、マウスでウインドウを広げた後...
どなたか、複数のグラフを１枚にプロットするときに、フォン...
以下、試した設定です。~
~
+フォントサイズの指定がうまくいく~
jpeg("myplot.jpg", height=1000, width=1000) ~
par(mfrow=c(1,2), ps=16) ~
plot(iris[,1],iris[,2])~
plot(iris[,3],iris[,2])~
dev.off()
~
+フォントサイズを指定しても、上と比べて字が小さくなる~
jpeg("myplot2.jpg", height=1000, width=1000) ~
par(mfrow=c(1,3), ps=16) ~
plot(iris[,1],iris[,2])~
plot(iris[,1],iris[,2])~
plot(iris[,1],iris[,2])~
dev.off()
~
+軸周辺の余白を広げても変化なし~
jpeg("myplot3.jpg", height=1000, width=1000) ~
par(ps = 16, mfrow=c(1,3), mar = c(6, 6, 4, 2))~
plot(iris[,1],iris[,2])~
plot(iris[,1],iris[,2])~
plot(iris[,1],iris[,2])~
dev.off()
~
+プロット自体を小さくしても変化なし~
jpeg("myplot4.jpg", height=1000, width=1000) ~
par(ps = 14, mfrow=c(1,3), pin = c(1,2))~
plot(iris[,1],iris[,2])~
plot(iris[,1],iris[,2])~
plot(iris[,1],iris[,2])~
dev.off()
//
- Use cex, not ps. -- &new{2018-07-08 (日) 15:39:10};
- 回答ありがとうございます。cexで指定するのは存じておりま...
- 再度cexで検証すると、１，２まではうまくいきました。しか...
- > ３，４などほかのパラメータをいじると&br;Do not change...
- 仰る通りcexで指定して対処します。ありがとうございました...
#comment
**分散分析 [#s63ec155]
>[[kx]] (2018-07-08 (日) 12:52:20)~
~
> valores <- c(1,-1,0,-2,-3,-4,-2,0,1,1,4,0,1,-2,-3,0,4,2...
> supplier <- factor(rep(1:3, each=12))~
> batches <- factor(rep(rep(1:4, each=3), 3))~
~
のように入力し、~
~
> purity <- data.frame(valores,supplier,batches)~
としてデータフレームを行い、~
このpurityをsummaryでしたいのですが、この時にerrorの要素...
~
> purity <- data.frame(valores,supplier,batches)だけでは...
~
どなたかお教えくださいませんでしょうか。~
//
- 'error' ?? -- &new{2018-07-08 (日) 15:40:03};
- Rでaovを使って分析した結果をsummaryで表示させたときに、...
- のな様 -- [[kx]] &new{2018-07-09 (月) 12:12:20};
- のな様 ご連絡ありがとうございます。再度aovで分析する際...
- 後学の為にもう少し、うまくいった手順を教えてください。...
#comment
**ベクトルから連続する値を削除する [#n8516fab]
> (2018-06-25 (月) 23:56:24)~
~
c(1,2,2,3,4,2,2,1,1,1)~
のようなベクトルがあった時に~
下記のように連続する値をもつ要素を削除する方法はあります...
c(1,2,3,4,2,1)~
~
実際のベクトルは非常に長いのでループ処理は避けたいです。~
//
- -- &new{2018-06-26 (火) 06:10:39};
> x = c(1,2,2,3,4,2,2,1,1,1)
> rle(x)$values
[1] 1 2 3 4 2 1
- x[c(TRUE,x[-length(x)]!=x[-1])] -- [[名無し]] &new{2018...
- ありがとうございます！ -- &new{2018-06-27 (水) 18:56:0...
#comment
**要因ごとの計測 [#w12e89fc]
>[[ぐれいぴ]] (2018-06-22 (金) 09:29:57)~
~
いろいろ調べたのですが、分からなかったのでお教え願います。~
~
以下のようなデータがあった時に、要因（A、B、・・・）ごと...
> a~
factor rate
1 A a~
2 A a~
3 A a~
4 A a~
5 A a~
6 A b~
7 A b~
8 A b~
9 A c~
10 A c~
11 B a~
12 B a~
13 B b~
14 B b~
15 B b~
16 B b~
17 B b~
18 B c~
19 B c~
20 B d~
21 C a~
22 C b~
23 C b~
24 C b~
25 C c~
26 C c~
27 C c~
28 C c~
29 C d~
30 C d~
~
手入力でAについてaは5個、bは3個、・・・と求めることはでき...
~
a b c d
A 5 3 2 0~
B 2 5 2 1~
C 1 3 4 2~
~
のように出力させることは可能でしょうか？ よろしくお願い...
//
- data.frameの各列がfactor化されているのなら、tableだけで...
> a <- data.frame(
+ factor = rep(LETTERS[1:3], each = 10),
+ rate = unlist(lapply(list(c(5, 3, 2, 0), c(2, 5, 2, ...
> table(a)
rate
factor a b c d
A 5 3 2 0
B 2 5 2 1
C 1 3 4 2
- 早速のご回答ありがとうございます。参考にしてみます。 --...
#comment
**restricted cubic splineの変曲点の個数に関して [#l8806eff]
>[[jj]] (2018-06-08 (金) 01:40:16)~
~
いつも勉強させていただいております。~
一年死亡と血圧の関係をrestricted cubic splineを用いて~
coxph(Surv(死亡までの時間,死亡イベントありなし) ~ rcs(PP...
rcs関数だと変曲点の個数は最小３個までなのですが、変曲点1...
宜しくお願い致します。~
//
#comment
**mclust結果の再現性 [#s818a30e]
>[[さくらんぼ]] (2018-06-06 (水) 17:02:13)~
~
宜しくお願い致します。~
~
Mclustで繰り返し計算した際の再現性を得たいと考えています。~
~
RdocumentationのMclustの項目に、~
~
initialization~
A list containing zero or more of the following component...
~
subset：~
A logical or numeric vector specifying a subset of the da...
~
とあることは分かったのですが、「再現性を得るためにはシー...
//
- とりあえず、R set.seed で検索したらたくさん解説が出てき...
#comment
**Steel-Dwass検定がうまくいきません [#fa17b7c5]
>[[ジョージ]] (2018-06-05 (火) 17:20:05)~
~
最近Rを使用し始めたばかりの初心者です。~
よろしくお願いいたします。~
~
多重比較検定を行う必要があり、NSM3 というパッケージの pSD...
~
#ref(lastsave.txt)~
~
すると、計算が異常に重く、Rが応答しないようになりました。~
この原因がわからず困っています。解決法のご教授をお願いい...
- - - - - - - - ~
まずは，上の方にも書いてあるように，「[[投稿における注...
COLOR(red){これに従わない場合には，回答が得られにくい場...
//
- 計算機が非力な場合は、もっと能力の高いマシンにした方が...
> system.time(pSDCFlig(dat,grp,method="Exact"))
ユーザ システム 経過
31.463 0.056 31.523
- 分かりました。どうもありがとうございます。 -- [[ジョー...
#comment
**R3.5.0へのbiOpsインストール [#dda1f8fa]
>[[シロツメクサ]] (2018-05-30 (水) 15:30:05)~
~
よろしくお願いいたします。~
~
Rの最新バージョンであるR3.5.0にbiOpsをインストールしたい...
色々調べましたが、どの情報が新しいのかもよくわかりません。~
~
どのページから行えばいいのかなど詳しい方法を教えていただ...
~
よろしくお願いいたします。~
//
- 追記 -- [[シロツメクサ]] &new{2018-05-30 (水) 16:57:4...
- Windows10です -- [[シロツメクサ]] &new{2018-05-30 (水) ...
- https://cran.ism.ac.jp/package=biOps に書いてあるとおり...
- ありがとうございます。やはりビルドをするか、古いものを...
#comment
**文字列の取り出し [#i147931f]
>[[ムーミン]] (2018-05-26 (土) 17:15:31)~
~
よろしくお願いします。~
~
文字列 "1月",～"12月"から月を除いた文字列を作りたく下記...
結果は 1月",～"9月","10","11","12"となりました。~
どこが間違っているのかわかりません。~
どなたか教えてください。~
~
~
hkan1 <- C("1月",～"12月")~
k <- 0~
for (r in hkan1) {~
k <- k + 1
if ( k < 9 ) t1 <- substring(hkan1, 1, 1)
~
else t1 <- substring(hkan1, 1, 2)
}~
//
- if(k=<9){hogehoge}else{hoge}でないかな。k<9だと9未満に...
- gsub("月", "",hkan1)でいいのでは？ -- &new{2018-05-28 ...
- if for 文使わなくても1つ行で記述できるのですね。有難う...
#comment
**礼儀知らずの，無礼者 [#q02814be]
>[[河童の屁は，河童にあらず，屁である。]] (2018-05-25 (金...
~
もうね~
今後~
こんな~
礼儀知らずの~
質問者には~
回答しないことに~
します~
//
#comment
**あるカラムの項目を複数選択することでデータセットを絞り...
>[[シント]] (2018-05-22 (火) 13:16:55)~
~
複数カラムを持つデータセットを、そのうち1つのカラムデータ...
column01 column02 column03 column04
x1 y1 z1 a1
x2 y2 z2 a2
x3 y3 z3 a3
x3 y3 z2 a4
x1 y4 z4 a1
...
というデータセットに対して column01 に着目し、
[x1]
x2
[x3]
[x4]
の選択ボックス的なものを設けて、対象としたいものをクリッ...
DT パッケージの Row 選択に近いのですが、あれは data frame...
チェックボックスやラジオボタンで実現するしか無いのでしょ...
ご教授頂ければ幸いです。どうぞよろしくお願いします。~
//
- やりたいことが今ひとつはっきりしないのですが，データフ...
d[column01 == "x1" | column01 == "x3",] # ] の前のカンマ...
または
subset(d, column01 == "x1" | column01 == "x3")
とするので十分でしょう。&br;「data frame や matrix でしか...
#comment
&br;
----
&aname(saisin);
**rbayesianOptimizationパッケージの使い方（エラーへの対処...
>[[イルカ]] (2018-05-11 (金) 14:12:07)~
~
train.csvとtest.csvはそれぞれ一列目に画像の判定、二列目以...
DNNでのrbayesianoptimizationパッケージはそこそこ資料もあ...
もし、分かる方がいらっしゃいましたら教えてくださると助か...
~
以下にコードとエラー、traceback結果を載せています。~
長くて申し訳ありません。
> options(max.print=2147483647)
> library(mxnet)
> train <- read.csv('C:/Users/User/R/train/getimage_1/tr...
> test <- read.csv('C:/Users/User/R/train/getimage_1/tes...
> train <- data.matrix(train)
> test <- data.matrix(test)
> train.x <- t(train[, -1])
> train.y <- train[, 1]
> test.x <- t(test[, -1])
> test.y <- test[, 1]
> dim <- 30
> channels <- 1
> test_array <- test.x
> dim(test_array) <- c(dim, dim, channels, ncol(test.x))
> train_array <- train.x
> dim(train_array) <- c(dim, dim, channels, ncol(train.x))
>
> mxnet_bayes <- function(unit1, unit2, unit3, unit4) {
+ # Model
+ data <- mx.symbol.Variable('data')
+ # 1st convolutional layer 5x5 kernel
+ conv_1 <- mx.symbol.Convolution(data= data, kernel...
+ tanh_1 <- mx.symbol.Activation(data= conv_1, act_t...
+ pool_1 <- mx.symbol.Pooling(data = tanh_1, pool_ty...
+ # 2nd convolutional layer 5x5 kernel
+ conv_2 <- mx.symbol.Convolution(data = pool_1, ker...
+ tanh_2 <- mx.symbol.Activation(data = conv_2, act_...
+ pool_2 <- mx.symbol.Pooling(data = tanh_2, pool_ty...
+ # 1st fully connected layer
+
+ fcl_1 <- mx.symbol.FullyConnected(data = pool_2, n...
+ tanh_3 <- mx.symbol.Activation(data = fcl_1, act_t...
+ # 2nd fully connected layer
+ fcl_2 <- mx.symbol.FullyConnected(data = tanh_3, n...
+ # Output
+ model <- mx.symbol.SoftmaxOutput(data = fcl_2)
+ # Set seed for reproducibility
+ mx.set.seed(5000)
+ # Device used. Sadly not the GPU :-(
+ device <- mx.cpu()
+ model <- mx.model.FeedForward.create(model, X = tr...
+ ctx = device,
+ num.round = 2...
+ array.batch.s...
+ learning.rate...
+ momentum = 0....
+ wd = 0.000000...
+ eval.metric =...
+ epoch.end.cal...
+ preds <- predict(model, test.x)
+ holdout_score <- rmse(preds, test.y)
+ list(Score=-holdout_score, Pred=-holdout_score)
+ }
> library(Metrics)
> library(rBayesianOptimization)
> opt_res <- BayesianOptimization(mxnet_bayes,
+ bounds=list(unit1=c(2...
+ unit2=c(1...
+ unit3=c(1...
+ unit4=c(8...
+ init_points=20, n_ite...
+ kappa=2.576, eps=0.0,...
Start training with 1 devices
[1] Train-rmse=0.694788357881959
[2] Train-rmse=0.698895939954201
[3] Train-rmse=0.702352686365657
[4] Train-rmse=0.703651129075772
[5] Train-rmse=0.704188237229376
[6] Train-rmse=0.704072243436174
[7] Train-rmse=0.704307457989986
[8] Train-rmse=0.704044050930675
[9] Train-rmse=0.704189340228431
[10] Train-rmse=0.704024917141773
[11] Train-rmse=0.704088730139514
[12] Train-rmse=0.704510854642202
[13] Train-rmse=0.704353378706923
[14] Train-rmse=0.704272895208268
[15] Train-rmse=0.704260412182352
[16] Train-rmse=0.704688375203385
[17] Train-rmse=0.704331001542547
[18] Train-rmse=0.704090463144038
[19] Train-rmse=0.704570122472829
[20] Train-rmse=0.704810586026211
symbol$infer.shape(list(...)) でエラー:
Error in operator convolution10: [08:26:02] d:\program...
Timing stopped at: 721.7 39.89 440.3
> traceback()
16: stop(list(message = "Error in operator convolution10...
call = symbol$infer.shape(list(...)), cppstack =...
line = -1L, stack = "C++ stack not available...
15: .External(list(name = "CppMethod__invoke_notvoid", a...
dll = list(name = "Rcpp", path = "C:/Users/User/...
dynamicLookup = TRUE, handle = <pointer: 0x0...
info = <pointer: 0x000000000652a390>), numPa...
<pointer: 0x0000000006522b90>, <pointer: 0x00000...
.pointer, ...)
14: symbol$infer.shape(list(...))
13: mx.symbol.infer.shape(model$symbol, data = c(dimX[[2...
12: mx.model.select.layout.predict(X, model)
11: predict.MXFeedForwardModel(model, test.x)
10: predict(model, test.x) at #34
9: (function (unit1, unit2, unit3, unit4)
{
data <- mx.symbol.Variable("data")
conv_1 <- mx.symbol.Convolution(data = data, kern...
5), num_filter = unit1)
tanh_1 <- mx.symbol.Activation(data = conv_1, act...
pool_1 <- mx.symbol.Pooling(data = tanh_1, pool_t...
kernel = c(2, 2), stride = c(2, 2))
conv_2 <- mx.symbol.Convolution(data = pool_1, ke...
5), num_filter = unit2)
tanh_2 <- mx.symbol.Activation(data = conv_2, act...
pool_2 <- mx.symbol.Pooling(data = tanh_2, pool_t...
kernel = c(2, 2), stride = c(2, 2))
fcl_1 <- mx.symbol.FullyConnected(data = pool_2, ...
tanh_3 <- mx.symbol.Activation(data = fcl_1, act_...
fcl_2 <- mx.symbol.FullyConnected(data = tanh_3, ...
model <- mx.symbol.SoftmaxOutput(data = fcl_2)
mx.set.seed(5000)
device <- mx.cpu()
model <- mx.model.FeedForward.create(model, X = t...
y = train.y, ctx = device, num.round = 20, ar...
learning.rate = 0.07, momentum = 0.99, wd = 1...
epoch.end.callback = mx.callback.log.train.me...
verbose = TRUE)
preds <- predict(model, test.x)
holdout_score <- rmse(preds, test.y)
list(Score = -holdout_score, Pred = -holdout_score)
})(unit1 = 296, unit2 = 37, unit3 = 118, unit4 = 95)
8: do.call(what = FUN, args = as.list(This_Par))
7: system.time({
This_Score_Pred <- do.call(what = FUN, args = as....
})
6: eval(expr, pf)
5: eval(expr, pf)
4: withVisible(eval(expr, pf))
3: evalVis(expr)
2: utils::capture.output({
This_Time <- system.time({
This_Score_Pred <- do.call(what = FUN, args =...
})
})
1: BayesianOptimization(mxnet_bayes, bounds = list(unit1...
300L), unit2 = c(10L, 50L), unit3 = c(100L, 150L)...
150L)), init_points = 20, n_iter = 1, acq = "ei",...
eps = 0, verbose = TRUE)
//
- 何のお役にも立てませんが，パッケージ開発者にご相談なさ...
- 回答ありがとうございます。分かりました。製作者に相談し...
#comment
**RStudioの言語設定 [#n7a853bc]
>[[代理転載人]] (2018-05-10 (木) 13:02:56)~
~
[下記はトップページへのコメントに間違って記入された書き込...
これからRを使い始めようかと思っている程度の初心者です。RS...
//
- まず「日本語のRを入れた」という考え方が間違いです。「日...
es_ES.UTF-8（スペイン語）の場合~
&ref(es_ES01.png,center);~
zh_TW.UTF-8（台湾の中国語）の場合~
&ref(zh_TW01.png);~
このようにRをインストールしたら最初から他言語も一緒にある...
- Rstudio は国際化されていません。エラーメッセージやファ...
#comment
**ベクトルの要素のうち奇数のものを表示するプログラム [#g1...
>[[ムーミン]] (2018-05-08 (火) 18:44:48)~
~
よろしくお願いします~
下記プログラムをRコマンダーで実行すると
エラー:
<text>
となります、どうしてなのかわかりません教えていただけませ...
ar <- c(1,3,5,9,11,17,8,7,21,13)
for (x in ar) {
if (x %% 2 == 0) next
cat(x," ")
}
//
- 素のママの R で挙げられた5行を実行すると，ちゃんと結果...
> ar <- c(1,3,5,9,11,17,8,7,21,13)
> for (x in ar) {
+ if (x %% 2 == 0) next
+ cat(x," ")
+ }
1 3 5 9 11 17 7 21 13
この通りの結果が出たとすれば，R コマンダーの使い方がまず...
なんで，R コマンダーを使いたいんですか？素の R を使えば良...
しょうがないから，R コマンダーを立ち上げてみましたよ（Mac...
上の欄（R スクリプトの欄）に
ar <- c(1,3,5,9,11,17,8,7,21,13)
for (x in ar) {
if (x %% 2 == 0) next
cat(x," ")
}
って入れて，「実行」ボタンをクリックしたら，出力欄（下の...
> ar <- c(1,3,5,9,11,17,8,7,21,13)
> for (x in ar) {
+ if (x %% 2 == 0) next
+ cat(x," ")
+ }
1 3 5 9 11 17 7 21 13 NULL
って表示されましたけど？？~
なんで，末尾が NULL やねん！！！！！！！！！！！！！あほ...
あなたがやったことをちゃんと記述しないと，回答不能です。...
私の個人的な意見では，R コマンダーはいわゆるブラックボッ...
まずは，R コンソールを素のママで使うというチュートリアル...
- インターネットに乗っていたものをコピペしたものです。Rコ...
#comment
**3次元マトリックスの加工 [#n03202a7]
> (2018-05-02 (水) 16:08:07)~
~
3次元マトリックスmat[100,100,10]は~
100×100の行列で各セル毎に10個の属性値を保有しています。~
~
属性値が最も小さい添え字(1～10)を持つ、~
100×100の行列を作成するにはどのようなコードを書けばよいで...
//
- 4x4x3 の小規模な 3 次元配列の例を挙げます。
> set.seed(123)
> mat = array(sample(10:15, 48, replace=TRUE), dim=c(4, ...
> mat
, , 1 # 第 3 次元の添え字が 1 の行列
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 11@ 15 13 14* *, @ が何を意味するかは...
[2,] 14 10 12 13
[3,] 12 13 15 10
[4,] 15 15 12 15
, , 2 # 第 3 次元の添え字が 2 の行列
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 11@ 15 13 11*
[2,] 10 14 14 10
[3,] 11 13 13 15
[4,] 15 15 13 15
, , 3 # 第 3 次元の添え字が 3 の行列
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 14@ 14 10 10*
[2,] 14 11 12 10
[3,] 10 11 12 11
[4,] 12 11 12 12
あなたが望むのは，以下のような行列ですか？~
第 1 次元が 1，第 2 次元が 4 のとき，第 3 次元が 1，2，3 ...
もし，それで良ければ，以下の一行でできる。
> apply(mat, 1:2, which.min)
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 1 3 3 3
[2,] 2 1 1 2
[3,] 3 3 3 1
[4,] 3 3 1 3
なお，最小値が同値の場合は最小の添え字が要素となる。たと...
もしそうでないなら，上の例であなたが望む行列がどのような...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。様、ありがとうござ...
#comment
**四分木、八分木を作成することができるパッケージ [#x80277...
> (2018-04-30 (月) 01:24:12)~
~
三次元空間からある形状の特徴を抽出するため~
四分木もしくは八分木を作成することを試行したいのですが~
パッケージはありますでしょうか？~
//
#comment
**参考書籍 [#w1fdef5e]
>[[ムーミン]] (2018-04-21 (土) 18:25:20)~
~
よろしくお願いします~
エクセルからのインポートはできかしたが、そのデーターから...
めげそうです。~
//
- インポートしたデータであろうがなかろうが，データフレー...
- http://cse.naro.affrc.go.jp/takezawa/r-tips/r/48.html ...
- 金先生の「Rによるデーターサイエンス」は初心者向けです。...
- http://cse.naro.affrc.go.jp/takezawa/r-tips/r/48.html ...
- 回答ありがとうございます -- [[ムーミン]] &new{2018-04-2...
#comment
**R言語へのエクセルからのデーターのインポート [#ze059625]
>[[ムーミン]] (2018-04-18 (水) 20:14:01)~
~
どこに書き込んだらよいかわからなかったので新規投稿に書き...
よろしくお願いします。~
手順は~
1）data4=read.table("clipboard",header=TRUE)を記述、~
2）データーをコーピー~
3） １）をエンターキーを押しました。~
又は~
1）、２）を逆にし実行~
~
下記が結果です。何も起こりません~
~
~
R version 3.4.4 (2018-03-15) -- "Someone to Lean On"~
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Compu...
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)~
~
R は、自由なソフトウェアであり、「完全に無保証」です。 ~
一定の条件に従えば、自由にこれを再配布することができます...
配布条件の詳細に関しては、'license()' あるいは 'licence()...
~
R は多くの貢献者による共同プロジェクトです。 ~
詳しくは 'contributors()' と入力してください。 ~
また、R や R のパッケージを出版物で引用する際の形式につい...
'citation()' と入力してください。 ~
~
'demo()' と入力すればデモをみることができます。 ~
'help()' とすればオンラインヘルプが出ます。 ~
'help.start()' で HTML ブラウザによるヘルプがみられます。 ~
'q()' と入力すれば R を終了します。 ~
~
> data4=read.table("clipboard",header=TRUE)~
>~
//
- その操作の後，単に data4 と 5 文字入力した後に，リター...
- ありがとうございます。できました。 -- [[ムーミン]] &new...
#comment
**症例対照研究のロジスティック回帰について [#z55957e9]
>[[AAA]] (2018-04-17 (火) 22:42:38)~
~
お世話になります。~
glm関数で症例対照研究のロジスティック回帰を実行しようとし...
glmに目的変数と説明変数を与えると計算結果自体は出力される...
~
宜しくお願いします。~
//
- 症例群と対照群を併せて分析しようとしているのでしょうか...
#comment
**R言語へのエクセルからのデーターのインポート [#uf3b2318]
>[[ムーミン]] (2018-04-17 (火) 18:19:45)~
~
よろしくお願いします~
下記データーをRコンソール、にクリップボードを介してインポ...
~
R言語のインストールは下記のページを参考にして行いました~
https://qiita.com/FukuharaYohei/items/8e0ddd0af11132031355~
~
インポートは下記ページを参考にしましたがうまくいきません~
http://monge.tec.fukuoka-u.ac.jp/r_analysis/input_clipbor...
~
月 電気量 電気料金~
1月 306 8184~
2月 335 9065~
3月 341 9311~
~
R言語のバージョンは3.4.4~
~
ウィンドウズ10でエクセルのバージョンは1803です~
//
- いやー，ビックリしたわ。初級Q&A15へ投稿したんだねえ。&b...
- よろしくお願いします。 -- [[ムーミン]] &new{2018-04-18 ...
- R version 3.4.4 (2018-03-15) -- "Someone to Lean On" --...
#comment
**2つのデータをlmで回帰したときに傾き切片が有意差を持つか...
>[[kagakuma]] (2018-04-13 (金) 12:00:31)~
~
両対数を取ると明らかに線形関数に乗るデータがあります。~
このデータをlm()で線形回帰したところR2が0.95でフィッティ...
このデータ群は2つあり、線形回帰したのですが、いずれも違う...
この結果から傾きと切片が2組でますが、両者の傾きと切片に有...
Rの機能で閉じていると助かりますが、手計算でもできるならや...
単純には両者を引き算してそれの傾きと切片を求めるという方...
よろしくおねがいします。
//
- 共分散分析というものです。http://www.snap-tck.com/room0...
- 河童様：ご返事ありがとうございます。lmでできる、という...
- データを挙げて，結果も示すという分析例があるのですから...
#comment
**入門機械学習による異常検知p137 [#s3c1e1f8]
>[[ksaki]] (2018-04-12 (木) 14:42:13)~
~
お世話になります。~
~
井手剛先生著の~
入門 機械学習による異常検知のp137の実行例5.1を真似て、以...
何が間違っているか教えてください。~
以下、入力したコマンド
> data <- read.table("R_r1.csv",header=T)
> data
a.b.c....
1 P2201A1,-4.78,11,1.44,-0.48,3.83,-10.05,15.79,...
2 P2201A2,-3.35,-21.53,-11,8.13,-6.22,18.66,-2.87,-0...
3 P2201A3,2.88,3.63,4.69,0.61,1.21,1.36,-1.67...
4 P2201A4,-0.48,3.35,-5.26,-6.22,-3.35,-4.78,0.48,...
5 P2201H1,-14.35,-5.26,0,-11.96,-7.66,14.35,-11.48,-5...
6 P2201H2,12.92,13.87,0.96,13.4,-0.96,1.91,-12.44,-13.8...
7 P2201H3,7.18,3.83,3.35,0,-4.31,-8.61,-12.44,...
8 P2201H4,-7.18,-16.27,-16.27,-5.26,2.39,8.61,12.92,...
9 P2201V1,-6.7,-3.83,-12.92,2.39,2.39,2.87,12.44,...
10 P2201V2,-3.03,-18.17,22.71,-27.25,27.25,-15.14,0,-1...
11 P2201V3,-4.31,-0.48,1.91,-1.44,-5.26,1.44,3.35,-...
12 P2201V4,0.48,2.39,1.91,3.35,-1.44,-7.18,-5.74,...
13 P2202A1,-1.44,-0.96,3.35,1.91,-0.48,0.96,-3.35,...
14 P2202A2,-3.83,0,1.44,-6.22,-3.35,0.96,-1.44,0...
15 P2202A3,0.61,-1.36,-0.15,0.61,0.76,-2.57,-2.12,-...
16 P2202A4,0.45,2.27,-0.45,1.21,0.15,-0.15,0.76,-...
17 P2202H1,5.26,-4.31,-0.48,-1.44,-3.83,0.48,0.48,...
18 P2202H2,-0.96,-1.91,-0.96,-5.74,0,1.91,-5.74,...
19 P2202H3,-1.67,0.45,-0.45,2.57,2.27,-1.21,-0.61,...
> cc <- c("a","b","c","d","e","f","g","h","i","j","k")
> mask <- is.element(colnames(data),cc)
> Xc <- t(scale(data[,mask]))
> colnames(Xc) <- t(data[,"a"])
Error in `[.data.frame`(data, , "a") : 未定義の列が選ば...
コマンド、ここまで~
〇環境設定
> sessionInfo()
R version 3.3.3 (2017-03-06)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Jap...
[3] LC_MONETARY=Japanese_Japan.932 LC_NUMERIC=C ...
[5] LC_TIME=Japanese_Japan.932
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets me...
other attached packages:
[1] MASS_7.3-45
loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.3.3
//
- 入力ファイル "R_r1.csv" は自分で入力したのでしょうか。d...
> data = read.csv("R_r1.csv") # read.csv は header = TRU...
> data
a b c d e f g ...
1 P2201A1 -4.78 11.00 1.44 -0.48 3.83 -10.05 15....
2 P2201A2 -3.35 -21.53 -11.00 8.13 -6.22 18.66 -2....
中略
18 P2202H2 -0.96 -1.91 -0.96 -5.74 0.00 1.91 -5....
19 P2202H3 -1.67 0.45 -0.45 2.57 2.27 -1.21 -0....
> cc = c("b","c","d","e","f","g","h","i","j","k") # 以下...
> # cc = letters[2:11] とも書けるけど
> mask = is.element(colnames(data),cc)
> Xc = t(scale(data[,mask]))
> # Xc = t(scale(data[, 2:11])) で十分。mask や cc なん...
> colnames(Xc) = t(data[,"a"]) # t は不要
- 河童様、教えて頂き、感謝の気持ちでいっぱいです。~
"R_r1.csv"は自分で入力しました。テキストで開くと","になっ...
- 「テキストで開くと","になっています」&br;そうですか。も...
- エクセルに張り付けた測定記録に追加で自分で各行にabc..を...
#comment
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