Ｑ＆Ａ (初級者コース)/16
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COLOR(green){SIZE(20){初心者のための R および RjpWiki に...
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COLOR(blue){● [[Ｑ＆Ａ (初級者コース) 過去の目次]]} --- ...
新規投稿は[[Ｑ＆Ａ (初級者コース)/17]]へどうぞ。~
「普通の状態でのコメント」はできないようにしました。~
それでも，コメントできるよという方はご自由にどうぞ。
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&aname(mokuji);COLOR(green){●● 目次 ●●}
参照は，個々の項目をクリック（質問への回答・コメントの参...
#contents
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**カテゴリ変数を、指定した複数のダミー変数へ変換 [#ie5b24...
>[[半年寝太郎]] (2018-04-12 (木) 11:32:52)~
~
0〜4のカテゴリデータであるcaを、4つのダミー変数に変換しよ...
（例えば「30代既婚子供あり女性」を「40代以下,既婚未婚,子...
caのうち2は、一部22に変換されてしまっています。~
~
【変換パターン】~
1 → 1,0,0,1~
2 or 22 → 1,1,1,1~
3 → 1,1,0,0~
4 → 1,0,0,0~
0 → 0,0,0,0~
~
以下のようにして、とりあえず希望のデータフレームを得るこ...
> ca <- c(3,22,1,22,3,0,4)
> data <- data.frame(ca)
> data$ca1 <- ifelse( data$ca == 0, 0 ,1)
> data$ca2 <- ifelse( (data$ca >= 2 & data$ca != 4) , 1,...
> data$ca3 <- ifelse( (data$ca == 2 | data$ca == 22), 1,...
> data$ca4 <- ifelse( (data$ca == 1 | data$ca == 2 | dat...
ca ca1 ca2 ca3 ca4
1 3 1 1 0 0
2 22 1 1 1 1
3 1 1 0 0 1
4 22 1 1 1 1
5 3 1 1 0 0
6 0 0 0 0 0
7 4 1 0 0 0
しかし、このコードではcaがどう変換されたのか分かりにくく...
変換前と変換後の対応が分かる形でのコードを書きたいのです。~
~
以下は失敗作ですが、「変換前と変換後の対応が分かる」のイ...
v_ca <- c(3,22,1,22,3,0,4)
ca <- array(0, dim = c(length(v_ca),5))
ca[,1] <- v_ca
ca[,2] <- ifelse( v_ca == 22 | v_ca == 2 , c(1,1,1,1),
ifelse( v_ca == 3, c(1,1,0,0),
ifelse( v_ca == 1, c(1,0,0,1),
ifelse( v_ca == 4, c(1,0,0,0),
c(0,0,0,0) ))))
【他に思いついたもの・試してみたもの】~
・ 二次元配列にForで逐一数値を入れていく~
→ 実行速度に問題がありそうですし、可能なら関数で（一括...
・ "1,1,1,1"などを文字列で一旦列に格納し tidyr::separate ...
→ できれば数値で処理したいので後回しにしています。~
・ 3次元配列~
→ 書き方が悪いのか方法として適していないのかは分かりま...
~
どうぞよろしくお願いします。~
//
- 変換テーブルを作るのが分かりやすいでしょう。R の配列の...
> # 変換テーブル
> tbl = matrix(0, 23, 4)
> tbl[2, ] = c(1, 0, 0, 1)
> tbl[3, ] = tbl[23, ] = c(1, 1, 1, 1)
> tbl[4, ] = c(1, 1, 0, 0)
> tbl[5, ] = c(1, 0, 0, 0)
>
> ca <- c(3,22,1,22,3,0,4)
> data.frame(ca, t(sapply(ca, function(i) tbl[i+1,])))
ca X1 X2 X3 X4
1 3 1 1 0 0
2 22 1 1 1 1
3 1 1 0 0 1
4 22 1 1 1 1
5 3 1 1 0 0
6 0 0 0 0 0
7 4 1 0 0 0
Python は 0 から始まる。~
だそくですが，
> ifelse( (data$ca >= 2 & data$ca != 4) , 1, 0)
[1] 1 1 0 1 1 0 0
は，
> (data$ca >= 2 & data$ca != 4) + 0
[1] 1 1 0 1 1 0 0
と同じです。 -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁である。]] ...
- 単純ですが...
ca <- c(3,22,1,22,3,0,4)
data <- cbind(ca,
ca1 = ca!=0,
ca2 = ca>=2 & ca!=4,
ca3 = ca %in% c(2,22),
ca4 = ca %in% c(1,2,22))
どうでしょう -- [[名無し]] &new{2018-04-12 (木) 12:41:29};
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。様~
ありがとうございます！まさに私がイメージしていた形で、希...
sapply関数は、試行錯誤していたときにも解説を読んだものの...
模範解答をいただいた今も、まだsapply関数の仕様について調...
#ここまでの分解・書き換えはできた。
#sapply(ca, function(i) tbl[i+1,])
aaaa <- function(i) {return (tbl[i+1,])}
sapply(ca,aaaa)
関数も理解しapply系関数を使いこなせるよう、精進します。~
添字に関わる注意、TRUE/FALSEの数値化で1/0になること、承知...
~
名無し様~
「ああーそうだった！」と思わず漏れました。~
記述法として知っているつもりではあったのに、いざ書くとな...
視認性の高い書き方をご指摘くださり、ありがとうございまし...
~
お二方のご回答、大変参考になりました。本当にありがとうご...
**パッケージの内容を微変更したいが新関数の名前空間が解決...
>[[kagakuma]] (2018-04-09 (月) 11:58:42)~
~
・質問~
ダウンロードしてきたパッケージの関数をedit()で編集した際...
・背景~
MuMInのdredge()をよく使うのですが、元のglmが20変数くらい...
せめていまどれくらい進んでいるかを表示させたくて、edit()...
MuMIn::dredge <- edit(MuMIn::dredge)
あるいは
MuMIn::dredge <- edit(dredge)
と打つと
Error in MuMIn::dredge <- edit(MuMIn::dredge) : object '...
と返ってきます。~
それではglobalでいいかと思ってnewdredge()として保存しよう...
・調べたこと、試したこと~
MuMInのインストールおよびパッケージ利用チェックボックスは...
"R language edit function"では結構調べましたが、ピンポイ...
時間がなかったので、MuMInのパッケージを解体してソースコー...
・環境
R version 3.4.2 (2017-09-28)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)
Rstudio Version 1.0.153
以上です。情報ををお待ちしております。~
//
**grepと%in%とgrep [#r32c7129]
>[[R歴3ヶ月]] (2018-04-07 (土) 14:21:12)~
~
オーム社の「Rによる、やさしいテキストマイニング入門」を勉...
~
例えばトランプ大統領の演説のポジティブな単語を調べる命令...
# 分析データからポジティブな単語を抽出
Trump.positive <- Trump.cleaned %in% positive$word
Trump.positive.2 <- grep("TRUE", Trump.cleaned %in% posi...
# 分析データにおけるポジティブな単語の数を計算
length(Trump.positive.2)
//
- 分からない関数などについては，まずはオンラインヘルプを...
> c("abc", "foo", "bar") %in% c("foo", "bar", "baz", "na...
[1] FALSE TRUE TRUE
%in% の前にある各要素が，後にある要素の集合に含まれれば T...
> a = c("abc", "foo", "bar") %in% c("foo", "bar", "baz",...
> sum(a)
[1] 2
とすれば十分ですね。あなたの場合なら，
sum(Trump.cleaned %in% positive$word)
とするだけ。著者は一体全体，何を考えているのだろうか。&br...
- 河童さん、ありがとうございました。example("%in%") とい...
**drm関数でのclusterエラー [#wd69ab9c]
>[[つぐ太郎]] (2018-04-05 (木) 11:24:06)~
~
何度もつかってきた下記のdrm関数でclusterエラーが出ます。...
> chem <- c(0, 0.65, 3.5, 15.3)
> tumor <-c(0.0208, 0.0638, 0.7826, 0.9787)
> Obs <- data.frame(x=chem, y=tumor)
> mx <- drm(tumor ~ chem, data=Obs, fct=LL.2())
drm(tumor ~ chem, data = Obs, fct = LL.2()) でエラー:
Cluster not specified. Use e.g. y ~ x + cluster(id)
よろしくご教示ください。~
//
- 関数の仕様変更があったのかな？今は fct という引数はない...
> library(drc)
> chem <- c(0, 0.65, 3.5, 15.3)
> tumor <-c(0.0208, 0.0638, 0.7826, 0.9787)
> Obs <- data.frame(x=chem, y=tumor)
> mx <- drm(tumor ~ chem, data=Obs, fct=LL.2())
> mx
A 'drc' model.
Call:
drm(formula = tumor ~ chem, data = Obs, fct = LL.2())
Coefficients:
b:(Intercept) e:(Intercept)
-2.337 2.029
なお，ケアレスミスとは思いますが，Obs の列名は x, y にな...
- 懇切丁寧なご回答をありがとうございます。確認できました...
**多重代入法で推定したモデルの適合度を測る方法 [#obd19294]
>[[haras]] (2018-03-29 (木) 16:54:24)~
~
miceパッケージを用いて、多重代入法によって欠測値を補定し...
poolコマンドでパラメータは推定できたのですが、このロジス...
//
- 12:51:00 の質問と同じとみてよいのか？ -- [[河童の屁は，...
**パラメータを指定したモデルの決定係数を求める方法 [#wc0e...
>[[haras]] (2018-03-29 (木) 12:51:00)~
~
以下のようなロジスティック回帰モデル~
logit(p) = a+b1x1+b2x2~
がある時に、a、b1、b2の値を指定したモデルが、特定のデータ...
疑似決定係数を見たいのですが、Rで行う方法はございませんで...
ご存知の方、ご教授いただけますと幸いです。~
//
- 疑似決定係数もいろいろあるのかも知れないが，rms パッケ...
> library(rms)
> (lrm.ans <- lrm(y ̃ x, df))
あなたがやったことを端的に示す，小さなデータとその分析例...
**2次元マトリックスより指定した値以上の要素の行番号、列番...
> (2018-03-28 (水) 10:51:16)~
~
2次元マトリックスより指定した値以上となっている要素の行番...
データフレームに格納したいのですが、どのようなコードを書...
なお実際の2次元マトリックスは400×800で数千個あるため、for...
2次元マトリックスの例
matrix(1:12,3,4)
2次元マトリックスの例
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 1 4 7 10
[2,] 2 5 8 11
[3,] 3 6 9 12
値が9以上の場合、下記データフレームを生成したい
row,col,val
3,3,9
1,4,10
2,4,11
3,4,12
以上、よろしくお願いいたします。~
//
- 下記のようにすればどうでしょうか -- [[S]] &new{2018-03-...
> a <- matrix(1:12, 3, 4)
> b <- a >= 9
> cbind(expand.grid(1:3, 1:4), as.vector(a))[as.vector(b...
Var1 Var2 as.vector(a)
9 3 3 9
10 1 4 10
11 2 4 11
12 3 4 12
- which 関数で，arr.ind=TRUE を指定すれば簡単なのです。 -...
> a = matrix(1:12, 3, 4)
> index = which(a >= 9, arr.ind=TRUE) # 条件に該当するセ...
> val = a[index] # 該当セルの値が得られる
> data.frame(index, val) # 両者をデータフレームにまとめる
row col val
1 3 3 9
2 1 4 10
3 2 4 11
4 3 4 12
- S様、河童の屁は，河童にあらず，屁である。様、ありがとう...
**パッケージのインストール [#rd3ff980]
>[[bears]] (2018-03-25 (日) 20:36:12)~
~
既出の課題かと思いますが、解決策を見つけられなかったので...
Rのパッケージがinstall.packagesでできなかった際に、圧縮フ...
Installing package into ‘/Users/ーーーーーー/Library/R/3...
(as ‘lib’ is unspecified)
Error in install.packages : type == "both" cannot be use...
となり、ダウンロードできません。~
どうすれば良いか教えてください。~
//
- やったことを正確に書いてください。どの圧縮ファイルです...
- もう少し、何をどうして、どんなエラーメッセージを得たの...
$ R CMD INSTALL tgzファイル
とした方が簡単かもしれません。 -- [[S]] &new{2018-03-28 (...
**Rコマンダーをインストールしたい [#x806dc5c]
>[[デコポン]] (2018-03-25 (日) 06:33:18)~
~
私は、ウィンドウズ32ビット版を使用しています。Ｒコマンダ...
//
- 付記次のようなメッセージがでます。＞＞＞ 要求されたパッ...
- 文字通り，RcmdrMisc がないんでしょう。
install.packages("RcmdrMisc", dependencies = TRUE)
をやってからもう一度やってみたら？ -- [[河童の屁は，河童...
- ありがとうございます。言われたとおりやってみたら、次の...
警告: リポジトリー https://cran.ism.ac.jp/src/contrib ...
警告: リポジトリー http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/...
警告: リポジトリー https://cran.ism.ac.jp/bin/windows/...
警告: リポジトリー http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/...
警告メッセージ: パッケージ ‘RcmdrMisc’ が利用できませ...
- 「インターネットルーチンがロードできません」とは，珍し...
- 編集して壊しちゃったのかな？それとも，気にくわなかった...
- ありがとうございます。install.packagesをしてみました。...
- >>install.packagesのコマンドで、途中までうまくいくので...
- そもそも，最初に「Ｒｃｍｄｒをインストールできたのです...
install.packages("Rcmdr", dependencies = TRUE)
と入力して，次のプロンプトが出るまでの全て。&br;たとえば...
> install.packages("Rcmdr", dependencies = TRUE)
URL 'https://cran.ism.ac.jp/bin/macosx/el-capitan/contr...
Content type 'application/x-gzip' length 4611028 bytes (...
==================================================
downloaded 4.4 MB
ダウンロードされたパッケージは、以下にあります
/var/folders/s5/rt_bzvk53_d9w2gm5_w9gfmr0000gq/T//Rtmp...
>
という具合になるんです。-- [[河童の屁は，河童にあらず，屁...
- もう一度、最初からやってみます。Ｒコマンダーをインスト...
- 続き。パッケージのインストールをクリックすると、 警告: ...
- 続き。パッケージのインストールをクリックすると、 警告: ...
- 続き。そこで、install.packages("RcmdrMisc", dependencie...
- そこで、再度、install.packagesを入力すると、function (p...
- と出てくるのです。一見すると、うまくインストールできた...
- ここから先が、どうにもなりません。長くなってしまいまし...
- 適切な質問をするためにも，「[[投稿の注意事項:http://www...
**ロジスティック回帰分析でのオッズ比、95%信頼区間 [#v6386...
>[[nabeo]] (2018-03-09 (金) 23:10:43)~
~
ロジスティック回帰分析で、説明変数を連続変数とした場合の...
通常の解析では、1単位変化あたりのオッズ比、95%CIが算出さ...
手計算でどうするかについては紹介しているウェブページは見...
何卒よろしくお願いいたします。~
//
- glm を使っているのでしょうか？指定する引数はない。~
手計算のやり方がわかったのなら，R でそれを書くだけなんだ...
具体的には以下のようにするだけでしょ？ -- [[河童の屁は，...
ans = glm(なんとかかんとか)
exp(coef(ans)*0.1) # 全ての変数について 0.1 単位あたりの...
exp(coef(ans)[3]*0.05) # 3番目の変数の0.05単位あたりのオ...
exp(coef(ans)["Var1"]*2.5) # Var1 という名前の変数の2.5...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である 様 ありがとうござい...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である 様 ありがとうござい...
**boxplotとbeeswarm併用時のy軸の設定 [#gbef6766]
>[[tanaka]] (2018-03-07 (水) 23:47:32)~
~
箱ひげ図に散布図を重ねて描いています。以下のようなコード...
boxplot(データ, names=c("data1", "data2"), main = '題名',...
beeswarm(データ,pch = 16,main = '題名',add = TRUE)~
ここでy軸のレンジを決めるため以下のようにylim=c(0.01 0.03...
beeswarm(データ,pch = 16,main = '題名', ylim=c(0.01 0.03)...
すると、「エラー: 想定外の数値定数です in "beeswarm(デ...
どなたか解決策をご教示いただけないでしょうか~
//
- カンマが抜けているの？ylim=c(0.01, 0.03) では？ -- [[河...
**動画ファイル(mpg)を読み込む方法 [#g55a2e7d]
> (2018-03-07 (水) 09:30:14)~
~
動画ファイル(mpg)より一定時間毎の画像を切り出し~
RGBの分布の変化を表す図を~
作りたいのですが適切なパッケージ、方法がありましたらご教...
//
- ffmpegで連番画像に変換してからRに取り込むとか。一定時間...
**経時変化のプロット [#b6bd0867]
>[[akki]] (2018-03-02 (金) 15:50:56)~
~
R初心者です。経時変化のプロットをRで書きたいです。本など...
以下はサンプルですが，例えば1行目はaさんが2015年4月に治療...
ここで2015年4月に治療薬が1剤の人は5人，2剤の人は4人，3剤...
同じく2015年5月には1剤の人は7人，2剤の人は4人，3剤の人は2...
2016年6月には1剤の人は9人，2剤の人は5人，3剤の人は2人，4...
治療薬数ごとの割合（つまり 1剤は2015年4月は5/13＝38.46%，...
2剤は2015年4月は4/13＝30.77%，2015年5月は4/14=28.57%，201...
のプロットを経時的（2015年4月，5月，6月・・・・本当はもっ...
そしてもし可能であれば，治療薬数ごとに95%信頼区間（エクセ...
95%信頼区間は可能であればなので，まずは経時変化がプロット...
もし不足情報がありましたらお知らせください。初心者ゆえご...
month id number_prescription
1 201504 a 2
2 201504 b 1
3 201504 c 1
4 201504 d 3
5 201504 e 5
6 201504 f 1
7 201504 g 2
8 201504 h 1
9 201504 i 2
10 201504 j 2
11 201504 k 3
12 201504 l 4
13 201504 m 1
14 201505 a 1
15 201505 b 3
16 201505 d 2
17 201505 e 1
18 201505 f 1
19 201505 g 1
20 201505 i 1
21 201505 k 4
22 201505 m 3
23 201505 n 2
24 201505 o 1
25 201505 p 1
26 201505 q 2
27 201505 r 2
28 201506 a 2
29 201506 c 1
30 201506 d 4
31 201506 g 3
32 201506 h 1
33 201506 j 1
34 201506 k 1
35 201506 m 2
36 201506 n 3
37 201506 p 1
38 201506 q 5
39 201506 s 2
40 201506 t 1
41 201506 u 1
42 201506 v 2
43 201506 w 2
44 201506 x 1
45 201506 y 1
46 201506 z 4
//
- データフレームの名前が d だとして，以下のようなプログラ...
tbl = xtabs(~number_prescription+month, d)
total = colSums(tbl)
p = t(tbl)/total
matplot(p, type="l", xlab="month", ylab="%", xaxt="n")
axis(1, at=1:ncol(t), labels=colnames(t))
legend("topleft", legend=c(1:nrow(t)), col=1:nrow(t), lt...
&ref(matplot999.png);
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。様，ご回答ありがと...
- 質問で使用したサンプルデータでも実行してみましたが，同...
- 失礼しました t ではなく tbl ですね。投稿時に書き換える...
tbl = xtabs(~number_prescription+month, d)
total = colSums(tbl)
p = t(tbl)/total
matplot(p, type="l", xlab="month", ylab="%", xaxt="n")
axis(1, at=1:ncol(tbl), labels=colnames(tbl))
legend("topleft", legend=c(1:nrow(tbl)), col=1:nrow(tbl)...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。様，ありがとうござ...
- 描画のもとになるのは tbl であるということは読み取れてい...
> tbl
month
number_prescription 201504 201505 201506
1 5 7 9
2 4 4 5
3 2 2 2
4 1 1 2
5 1 0 1
これを，あなたの好みに応じて修正すればよいのです。やりか...
for (i in 4:nrow(tbl)) {
tbl[3,] = tbl[3,]+tbl[i,]
}
tbl = tbl[1:3,]
これにより，tbl は
month
number_prescription 201504 201505 201506
1 5 7 9
2 4 4 5
3 4 3 5
になるわけです。~
他人に書いてもらったプログラムが，何処で，何をどのように...
プログラムの基本を押さえておかないと，何にもできませんよ...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。様，ご助言ありがと...
**sem [#s06ed286]
>[[yoshida931]] (2018-03-01 (木) 18:49:16)~
~
[[Rで共分散構造分析・構造方程式モデル:http://www.okadajp....
「潜在変数を仮定するモデル」同じサンプルで、同じようにや...
私がやったら以下のような解になりました．
> ans <- sem(model,cor(dat),10)
> summary(ans)
Model Chisquare = 1.925355 Df = 5 Pr(>Chisq) = 0.85...
AIC = 21.92536
BIC = -9.58757
Normalized Residuals
Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. ...
-0.3976000 -0.0000002 0.0155300 0.1221000 0.2435000 ...
R-square for Endogenous Variables
v1 v2 v3 v4 v5
0.6297 0.0809 0.4573 0.0583 0.0506
Parameter Estimates
Estimate Std Error z value Pr(>|z|) ...
path1 0.7935558 0.4882341 1.6253592 0.10408604 v1 <---...
path2 -0.2843858 0.3849962 -0.7386717 0.46010637 v2 <---...
path3 -0.6762525 0.4525192 -1.4944171 0.13506663 v3 <---...
path4 -0.2414672 0.3860898 -0.6254172 0.53169727 v4 <---...
path5 0.2248359 0.3864879 0.5817413 0.56074096 v5 <---...
s1 0.3702693 0.6626860 0.5587401 0.57633909 v1 <-->...
s2 0.9191248 0.4485423 2.0491376 0.04044867 v2 <-->...
s3 0.5426826 0.5322169 1.0196644 0.30788765 v3 <-->...
s4 0.9416935 0.4546109 2.0714275 0.03831887 v4 <-->...
s5 0.9494489 0.4567576 2.0786712 0.03764758 v5 <-->...
//
- 追記：妙なところで改行してしまい、見づらくなってしまい...
- 符号だけが違って絶対値が同じなら，なんの問題もありませ...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である様．いつも明朗快活に...
**RODBC接続でSQL Serverのテーブル内の１つのカラムに入った...
>[[Sa]] (2018-02-10 (土) 23:34:22)~
~
初めて質問します。不慣れですがよろしくお願いします。~
SQL Server 2014にAというテーブルを作成し、１つのカラムに...
このカラムの値を、R Studio(ver.1.1.383)でRODBCパッケージ...
//
- [[ここ:http://datamining.togaware.com/survivor/Database...
- S様、ありがとうございます。説明が悪くてすみません。今回...
**integer overflow [#bd5a5324]
>[[haru]] (2018-02-05 (月) 14:25:16)~
~
大きな数値をRで扱っています。sumなどの関数で計算した場合...
?integerで確認したところNote that current implementations...
何か解決策があればご教示いただけると幸いです。よろしくお...
//
- 整数(integer)ではなく実数(numeric)を使うと、使える桁が...
> .Machine$integer.max
[1] 2147483647
> class(.Machine$integer.max)
[1] "integer"
> class(x <- .Machine$integer.max + 1L)
[1] "integer"
警告メッセージ:
.Machine$integer.max + 1L で: 整数の桁あふれにより NA...
> x # 中身はNA
[1] NA
> class(x <- as.numeric(.Machine$integer.max) + 1L)
[1] "numeric"
> x
[1] 2147483648
- S様，ご回答ありがとうございます。numericに変換はできま...
//- S様，ご回答ありがとうございます。numericに変換はでき...
- 提示されていない情報の中に問題があると思います。10の15...
> x <- 12345678901234567890
> class(x)
[1] "numeric"
> x + 1
[1] 1.234568e+19
NAにはなりません。
> .Machine$double.xmax
[1] 1.797693e+308
なお、通常は308桁まで大丈夫です。iPhone上のRでも見てみま...
- 何を「numericに変換はできましたが」なのでしょうか？R で...
> set.seed(12345)
> x = rnorm(100000)*1e15
> head(x)
[1] 585528817843855.6 709466017509524.4 -1093033146...
-453497173462763.0 605887455840393.6 -1817955967703729.0
> sum(x)
[1] 81669135325934256 有効数字は 16 桁弱
> mean(x)
[1] 816691353259.3424
- S様，ありがとうございます。もう一度書き直してみたところ...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である様，ご助言ありがとう...
**作図デバイスを新しく開く関数をrmarkdown で使った時に、...
>[[くらじろう]] (2018-02-04 (日) 11:41:04)~
~
Google で検索しても関連する話が見つからなかったので、ご存...
内部で作図デバイスを開く関数(windows関数) を使ってグラフ...
グラフ描画の関数は、こういうもの。~
~
>tfunc <- function(){~
windows(10, 10)~
plot( sin(0:100), type="l" )~
}~
~
これをrmarkdown で使います。~
~
>```{r setup, include=FALSE}~
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)~
source("tfunc.R")~
```~
```{r echo=TRUE, out.width=600}~
tfunc()~
```~
~
作図デバイスを開く行をコメントアウトするとHTML にグラフが...
グラフを描く一連の処理を関数化して、素のR で作業する時とr...
//
- windows(10, 10)の行を削除すると表示されると思います。 -...
- それはそうなんですが、同じ一つのコードで、R で実行した...
- 私はRmarkdownを使ったことがないので、未検証の助言になり...
**rJavaの読み込みエラー [#f6f20987]
>[[dk]] (2018-01-04 (木) 10:32:56)~
~
MacOS High Sierra/R version 3.4.2~
この環境下で、rJavaの読み込みに失敗します。~
エラーコードは下記のとおりです。
> library(rJava)
エラー: package or namespace load failed for ‘rJava’:
.onLoad は loadNamespace()（'rJava' に対する）の中で失...
call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
error: 共有ライブラリ '/Library/Frameworks/R.framewor...
dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Re...
Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versi...
Reason: image not found
rJavaのインストールは問題なかったのですが、ロードが出来ま...
エラーコードは「imageがありません」ということですが、意味...
//
- /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/...
- 私も同じ条件下でやってみたら同じくできませんでした。エ...
$ find /Library/Java -name libjvm.dylib
/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-9.jdk/Contents/Hom...
見つからない場合は，まず Java 環境を整える必要があるでし...
次に，R のコンソールで
> dyn.load("/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-9.jdk/...
> library(rJava)
dyn.load で，ターミナルで見つかったlibjvm.dylib のパスを...
一応問題なく動いているようですけど（rJava は使ったことな...
- ふーーん。返事なしか。うまくいかなかったのかな？もう，...
**mac R csvファイルの読み込み、文字の表記おかしい [#fd84b...
>[[dk]] (2017-12-27 (水) 22:15:52)~
~
あるフィールドに日本語と漢字と英語が混じっているデータ(cs...
//
- 問題が再現できる範囲でデータを切り取り，ここへアップし...
- 対象のファイルはWindowsで作成されたものではないですか。...
- wakakumoさん、実際にmacでCP932のcsvファイルを読み込んで...
- まあ，他の多くの未応答スレッド（回答はあれど応答なし）...
- S様、ご指摘ありがとうございます。普段data.tableのfread...
- ふーーん。返事なしか。うまくいかなかったのかな？もう，...
**数量化III類のplotにおいてラベルが重ならないようにしたい...
>[[kei]] (2017-12-14 (木) 15:49:26)~
~
始めて投稿させていただきます。~
Win10にてR 3.4.0を使用しております。~
下記のように数量化III類を行い、plotするとデータ数が多いた...
source("http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/src/qt1.R", enco...
source("http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/src/qt3.R", enco...
cat.dat <- read.csv("data.csv",head=T,row.names=1)
cat.dat[, 1:10] <- lapply(cat.dat, factor)
result.qt3 <- qt3(cat.dat)
plot(result.qt3, which="sample.score")
そこでggplotを試したのですが、以下のようにエラーメッセー...
ggplot(result.qt3, which="sample.score")+geom_point()
エラー: ggplot2 doesn't know how to deal with data of cl...
何か良い方法はありますでしょうか。~
ご教示いただけますと幸いです。
//
- ggplot は qt3 なんて関数は知りませんからね。&br;plot.qt...
- ふーーん。返事なしか。うまくいかなかったのかな？もう，...
**RstudioでのShift-JISのCSVファイル読み込みについて（文字...
>[[佐々木]] (2017-12-13 (水) 07:02:27)~
~
初投稿の佐々木と申します。お世話になります。~
探し回りましたがどうしても分からないため、こちらで質問さ...
~
【状況】~
（１）手元にShift_JISで書かれたcsvファイルがあります（文...
（２）以下の方法で、readrライブラリのread_csvを使って、en...
library(readr)
train <- read_csv("train.csv", locale = locale(encoding ...
（３）ところがコンソールで変数を開けてみると、セルの値が...
【質問】~
セルの値を日本語で表示できる方法を教えてください。~
ご多用中恐れ入ります。何卒よろしくお願いいたします。~
【参考】
> sessionInfo()
R version 3.4.1 (2017-06-30)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)
Matrix products: default
locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 LC_CTYPE=Engl...
States.1252 LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C LC_TIME=Engli...
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets me...
other attached packages:
[1] forcats_0.2.0 stringr_1.2.0 dplyr_0.7.4 purr...
[8] ggplot2_2.2.1 tidyverse_1.2.1
//
- nkf を疑うわけじゃあないが，<U+7CF8><U+9B5A><U+5DDD> は...
- ありがとうございます。はい、糸魚川です（北陸新幹線の停...
- UTF-16を指定してみると、> train <- read_csv("train.csv"...
- 仰っていただいたUTF-8へのファイルエンコーディング＋read...
- 本件コンソールのlocaleが変なのが原因（US版Windowsを使っ...
**tidyverseのinstall/loadについて [#v6bd1bfc]
>[[tyrantyas]] (2017-12-11 (月) 17:14:29)~
~
環境
Mac OS High Sierra
R studio: 1.1.383
R: 3.4.2
上記の環境にてtidyverseをインストール(install.packages("t...
There are binary versions available but the source versi...
binary source needs_compilation
psych 1.7.3.21 1.7.8 FALSE
broom 0.4.2 0.4.3 FALSE
URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/broom_0.4.3.ta...
Content type 'application/x-gzip' length 1397648 bytes (...
==================================================
downloaded 1.3 MB
エラー: package or namespace load failed for ‘tidyverse’...
‘broom’ という名前のパッケージはありません
実行が停止されました
broom単体をインストール(install.packages("broom"))しよう...
上記の通りのため、library(tidyverse)としても当然loadがで...
binaryとsourceのバージョンに差がある(sourceのバージョンの...
//
- 当方は R 3.4.3 ですが，問題なく tidyverse をインストー...
事前に，素の R で，メニューバーから「パッケージインストー...
- ご回答ありがとうございます。本wikiの"CRAN国内ミラーの使...
**unknown timezone 'default/Asia/Tokyo' error について [#...
>[[ruru]] (2017-11-12 (日) 09:58:40)~
~
初投稿です．お世話になります．~
Mac OS High Sierra をクリーンインストール後 Homebrew で R...
install.packages("RcmdrPlugin.EZR", dependencies=TRUE)
で plug in をinstall すると標題のエラーが出て正常に終了で...
terminal 上の表記を見る限り
strptime(xx, f <- "%Y-%m-%d %H:%M:%OS", tz = tz) で警告...
unknown timezone 'default/Asia/Tokyo'
こちらの error が影響していそうなのですが web 上で解決策...
//
- Homebrew で R をインストールするとか，terminal でパッ...
- High Sierraからタイムゾーン周りが変わった影響ではないか...
- 情報提供ありがとうございます．CRAN から入れるとhomebrew...
- 「homebrew 上でエラーメッセージが常駐」というのが分かり...
- R 3.4.3 でこの問題が解決されたようですね -- &new{2017-...
**Rmarkdown ファイルについて [#efbcf9dd]
>[[pandapan]] (2017-10-26 (木) 13:36:13)~
~
今まで通常通り、rmdファイルで保存できていたのに急に25ファ...
//
- 「25ファイルや、26ファイル」って，どういういうこと？ --...
- ふーーん。返事なしか。うまくいかなかったのかな？もう，...
**group_byで作成されたデータ中のリストに適用した関数をグ...
>[[appi]] (2017-10-22 (日) 12:31:04)~
~
初投稿です．お世話になります．~
mac OS Sierra 10.12.6にて、R 3.3.0を使用しております。~
前置きが長くなりますが，最後までお読みいただけると幸いで...
tidyverseパッケージを用いて列"Ori_s_zone", 列"Dest_s_zone...
od_pair <- test %>%
group_by(Ori_s_zone, Dest_s_zone) %>%
nest()
この時，od_pairの構造は以下のようになっており，一つの行に...
# A tibble: 6 x 3
Ori_s_zone Dest_s_zone data
<int> <int> <list>
1 1 2 <tibble [12 x 76]>
2 1 3 <tibble [8 x 76]>
3 1 4 <tibble [9 x 76]>
4 1 5 <tibble [5 x 76]>
5 1 6 <tibble [5 x 76]>
6 1 7 <tibble [7 x 76]>
ここで，"data"の中の"リスト"にある各列について計算を施し...
fn1 <- function(pair) {
od_pair$data[[pair]]$d <- exp(od_pair$data[[pair]]$c)
}
つまり，"data"list内の"c列"と"d列"に対して計算を施してい...
~
この計算を，さらに，"グループごと(異なる列a, 列bごと)"に...
いくつか試したものと，そのエラー内容をお示し致します．
(1) lapply(od_pair$data[[1:6]],fn1)
od_pair$data[[1:6]] でエラー:
再帰的な添字操作がレベル 3 で失敗しました
(2) od_pair %>% dmap_at(c(関数を適用する列名全て)), fn1)
エラーは出ませんが，何故か関数が適用されず，計算前の値が...
(3) od_pair %>% dplyr::summarise_each(funs(fn1),関数を適...
エラー: All select() inputs must resolve to integer colu...
(2)について：https://heavywatal.github.io/rstats/purrr.ht...
~
まとめますと，リスト内に適用した関数を更にグループ単位で...
コード，エラー内容の解釈等どのようなアドバイスでも良いの...
よろしくお願い致します．~
//
- "test" が特定されていないので，追試不能&br;まあ，言って...
- ふーーん。返事なしか。うまくいかなかったのかな？もう，...
**マルチレベル・ロジスティック回帰を行う方法 [#ab93cd80]
>[[yellow12]] (2017-10-17 (火) 09:33:29)~
~
大変お世話になっております。Rでマルチレベル・ロジスティッ...
~
仮の例として、様々な学校での生徒のデータを分析する際に、...
このとき、レベル2の変数（例えば1クラス当たりの生徒数等）...
~
lme4パッケージのlmer関数が使えそうなのですが（例えば以下...
https://www.slideshare.net/yutamura1/ss-42303827~
レベル2の分散をランダム効果として組み込むまでで、その分散...
Rでの分析方法をご存知の方がいらっしゃいましたら、ご教示い...
何卒よろしくお願い申し上げます。~
//
**plotで描く曲線がガタガタする [#f23d6f51]
>[[サンマ]] (2017-10-13 (金) 15:39:59)~
~
お世話になります。以前から気になっていたのですが、細かく...
//
- x軸，y軸で，数式で表現される曲線を描く場合ですか？その...
- ありがとうございます。数式ではなく、時系列データです。 ...
- 時系列データなら，測定間隔を短くするしかないでしょう。&...
- ガタガタを再現できる（最小の）Rコードを提示してもらわな...
- コードの例を作成してみました。
T <- 1
n <- 1000
m <- 30
x <- T*m/n*(0:n)
y <- sin(2*pi/T*x)
plot(x,y,type="l")
RStudioのExport/Copy to Clipboard/Copy as Metafileで出力...
nの値を大きくしても線が"ガタガタ"していると思います。 -- ...
- n = 1000 のとき，x の増分は 0.03 ですね。これで，30 周...
もし，サインカーブの部分をほぼ 475x200 ピクセルとして画面...
&ref(example1.png);~
のようになるでしょう。サインカーブが尖っているのは，滑ら...
15cm×10cm の大きさで pdf ファイルに描画して，その一部分を...
&ref(example2.png);~
のようになります。ドットサイズもそのまま拡大されるので，...
76cm×51cm の巨大 pdf ファイルに保存し，その一部を拡大すれ...
&ref(example3.png);~
綺麗な図を描くには，x の増分はもっともっと小さく，図の大...
n = 100000, 150cm×100cm で pdf ファイルに書き込んで拡大す...
&ref(example4.png);~
ただし，これを表示するには，150cm×100cm のサイズで，67ピ...
プリントするときも同じ。~
普通はそんなの無理ですが，少なくともあなたのいう「ガタガ...
ディスプレイやプリンターにおいては，「曲線は直線の集合」...
ファイルフォーマットが，ビットマップであろうと，ベクトル...
- ありがとうございました。pdfではご指摘のようになることを...
- win.metafile は知らない（というか，知りたくもない）けど...
**stepwiseの種類と方法 [#zb9eed2e]
>[[sau]] (2017-10-10 (火) 15:31:21)~
~
Rと直接関係のない質問で恐縮です。~
多変量Cox解析でbackward stepwise eliminationを行う際にinc...
//
- 同じではありません。「単変量解析でp<0.05となる因子のみ...
- ありがとうございます。すべての因子を含めてCox解析を開始...
**同じカテゴリで番号をふる [#f510cd32]
>[[りんご]] (2017-10-06 (金) 07:25:19)~
~
初歩的な質問ですみません。~
同じカテゴリのものに同じ番号をふりたいのですが，簡単にか...
period <- c(2007,2010,2011,2011,2013,2014,2014,2014,2014,...
2007に1，2008に2，2009に3，2010に4，2011に5，2012に6，201...
period$number <- 0~
period$number <- ifelse(period$number =="2007",1, period$...
・・・などというコードを考えてみましたが，すべてを書き出...
//
- そのデータが具体的にどのようなものであるかによって，解...
- すみません，実際には年だけではなく月の情報もあり，2011...
- 本当に，年月が yyyymm の6桁整数として入力されているなら...
year = period %/% 100
month = period %% 100
code = (year-2011)*12+month-9
例
> period = c(201110, 201201, 201601, 201603)
> year = period %/% 100
> month = period %% 100
> (code = (year-2011)*12+month-9)
[1] 1 4 52 54
もちろん一行で書いてもいいですよ。
> (period %/% 100-2011)*12+period %% 100-9
[1] 1 4 52 54
- 基準となる年月を固定して計算させればよいのですね。あり...
- 2011年10月から2016年3月まで1から54の番号をふりました。...
- （雑誌A）1:10人，2:5人，3:4人，4:8人，6:7人，7:1人，8:7...
- 説明が分かりにくいが、こういうことでしょうか。 -- &new...
> (A <- data.frame(m = c(1, 2, 3, 4, 6, 7, 8, 10), x = c...
m x
1 1 10
2 2 5
3 3 4
4 4 8
5 6 7
6 7 1
7 8 7
8 10 3
> (B <- data.frame(m = c(1, 2, 4, 6, 7, 8, 9, 10), x = c...
m x
1 1 4
2 2 3
3 4 5
4 6 7
5 7 8
6 8 5
7 9 10
8 10 4
> (dat <- merge(A, B, by = "m", all = TRUE))
m x.x x.y
1 1 10 4
2 2 5 3
3 3 4 NA
4 4 8 5
5 6 7 7
6 7 1 8
7 8 7 5
8 9 NA 10
9 10 3 4
> sum(dat$x.x * dat$x.y, na.rm = TRUE)
[1] 199
- 「人数×人数」って，例を挙げるだけといえ奇妙。A, B を，...
> a = b = numeric(54)
> a[A$m] = A$x
> b[B$m] = B$x
> sum(a*b)
[1] 199
- 御礼が遅くなりました。やりたい計算ができました。ありが...
**nnetでpredict実行時のtype指定 [#w8dd9ce8]
>[[べのたみ]] (2017-09-28 (木) 00:13:11)~
~
nnetを使ってみています。~
目的変数をyes,noの二値にしたのでpredict実行時には通常type...
この値は何を表しているのでしょうか？yesになる確率？noにな...
よろしくお願いします。~
//
- nnet のオンラインヘルプの中のリンク predict.nnet を参照...
Value
If type = "raw", the matrix of values returned by the t...
if type = "class", the corresponding class (which is pr...
if the net was generated by nnet.formula).
となっていますが。 -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁であ...
- ふーーん。返事なしか。うまくいかなかったのかな？もう，...
**Rでのシグマの書き方 [#x6625633]
>[[yukiri]] (2017-09-27 (水) 15:30:39)~
~
R初心者です
x <- c(7,6,11,11,12,8,5,18,7,8,3,5,5,10,3,10,7,8)
y <- c(5,3,6,7,3,6,2,3,2,5,2,1,4,7,2,6,4,6)
Rで下の計算をしたいのですが，どのように書けばよいでしょう...
Σ[xi×Σyj]~
一つ目のΣのiは1から18まで，二つ目のΣのjはi+1からi+3まで~
//
- ちなみにxiの後ろのxは「掛ける」です。 -- [[yukiri]] &ne...
- x, y の要素数がともに 18 なのに，i = 16 以上のとき j は...
i = 1 〜 15, j = i+1, i+2, i+3 とすれば -- [[河童の屁は，...
sapply(1:15, function(i) sum(x[i]*(y[i+1:3])))
- ありがとうございます。i=16以上のときはjは18までの中で計...
- 「i=18のときはjはなし」というのは，0 にするの？NA にす...
> sapply(1:18, function(i) sum(x[i]*(y[intersect(1:18, i...
[1] 112 96 176 121 132 56 50 162 56 56 36 65 75...
NA にしたいのなら，
> a = sapply(1:18, function(i) sum(x[i]*(y[intersect(1:1...
> a[18] = NA
> a
[1] 112 96 176 121 132 56 50 162 56 56 36 65 75...
というようにも書けるが。 -- [[河童の屁は，河童にあらず，...
- ありがとうございます！「なしにする」というには「0」にす...
sapply(1:18, function(i) sum(x[i]*(y[intersect(1:18, i-3...
何度もお手数をおかけしますが，ご教示いただけるとありがた...
- 意味を理解せずにチョコチョコッと試行錯誤するのではだめ...
> sapply(1:18, function(i) sum(x[i]*(y[intersect(1:18, i...
[1] 0 30 88 154 192 128 80 198 77 56 30 45 40 ...
でよいでしょう&br;i を 1, 2, 3, ... と変えて，intersect(1...
- ありがとうございます。i-1:3はi-3:1とも書けますね。理解...
**コンジョイント分析用の直交表について [#kf24f812]
>[[Meda]] (2017-09-21 (木) 16:28:36)~
~
下記のスクリプトで実行すると、想定外の直交表が出力されて...
理由と改善方法が分かる方、教えていただけますでしょうか？~
~
【やりたいこと】~
3因子（各3水準：A〜C）、1因子（2水準：D）を使ってコンジョ...
~
【悩み】~
生成されたカードを見ると、どのカードを見ても、A〜Cの因子...
-- スクリプト --
library(conjoint)
x <- expand.grid(
A = c(1,2,3),
B = c(1,2,3),
C = c(1,2,3),
D = c(1,2)
)
ccard <- caFactorialDesign(data=x, type="orthogonal")
-- 出力結果（コンジョイントカード） --
A B C D
#1 1 1 1 1
#2 3 1 1 1
#3 1 3 3 1
#4 3 3 3 1
#5 1 3 1 2
#6 3 3 1 2
#7 1 1 3 2
#8 3 1 3 2
//
- caFactorialDesign のオンラインヘルプに曰く，"data: expe...
> library(conjoint)
> x <- expand.grid(
+ A = factor(c(1,2,3)),
+ B = factor(c(1,2,3)),
+ C = factor(c(1,2,3)),
+ D = factor(c(1,2))
+ )
>
> ccard <- caFactorialDesign(data=x, type="orthogonal")
> ccard
A B C D
4 1 2 1 1
9 3 3 1 1
10 1 1 2 1
17 2 3 2 1
21 3 1 3 1
23 2 2 3 1
29 2 1 1 2
42 3 2 2 2
52 1 3 3 2
間違った使い方 -- factor でないので，各要因とも，最小値...
> x <- expand.grid(
+ A = c(1,2,3),
+ B = c(1,2,3),
+ C = c(1,2,3),
+ D = c(1,2)
+ )
>
> ccard <- caFactorialDesign(data=x, type="orthogonal")
> ccard
A B C D
3 3 1 1 1
7 1 3 1 1
21 3 1 3 1
25 1 3 3 1
28 1 1 1 2
36 3 3 1 2
46 1 1 3 2
54 3 3 3 2
オンラインヘルプの最初の例では，experiment の各要因は自...
> library(conjoint)
> experiment=expand.grid(
+ price=c("low","medium","high"), # <- ではなく = を使...
+ variety=c("black","green","red"),
+ kind=c("bags","granulated","leafy"),
+ aroma=c("yes","no"))
> sapply(experiment, class) # 各要因は factor になっている
price variety kind aroma
"factor" "factor" "factor" "factor"
> design<-caFactorialDesign(data=experiment,type="orthog...
> print(design) # 選ばれた行番号が一致
price variety kind aroma
4 low green bags yes
9 high red bags yes
10 low black granulated yes
17 medium red granulated yes
21 high black leafy yes
23 medium green leafy yes
29 medium black bags no
42 high green granulated no
52 low red leafy no
- とてもよくわかりました！！！ありがとうございます_(._.)_...
**ある変数について回答者を上位30%、中間、下位30%と3群に分...
>[[kana]] (2017-09-10 (日) 16:57:19)~
~
題名のとおりになります。無知で申し訳ありません。~
//
- 分位点を求めて，subset すればよい -- [[河童の屁は，河童...
> op = options(digits=15)
> # データ例
> set.seed(12345)
> x = rnorm(200)
> # 30%, 70% 分位点を求める
> y = quantile(x, c(0.3, 0.7))
> y # 分位点 y[1], y[2]
30% 70%
-0.449672455944958 0.688483852252395
> # 下位 30%を g1に，中位 40% を g2 に，上位1/3 を g3 に...
> g1 = subset(x, x < y[1]) # y[1] = 0.3 未満の x を g1 ...
> g2 = subset(x, y[1] <= x & x < y[2]) # y[1] = 0.3 以上...
> g3 = subset(x, y[2] <= x) # y[2] = 0.7 以上の x を g3 ...
> # 確認
> length(g1) # 要素数
[1] 60
> range(g1) # 値の範囲
[1] -2.380358061397042 -0.453497173462763
> length(g2) # 要素数
[1] 80
> range(g2) # 値の範囲
[1] -0.448033291294470 0.687332100557042
> length(g3) # 要素数
[1] 60
> range(g3) # 値の範囲
[1] 0.691171272874884 2.655788272142795
> options(op)
- 大変わかりやすくありがとうございました！！がんばります...
**caretでmxnetを使えるようにするにはどうすればよいでしょ...
>[[oobo]] (2017-09-10 (日) 05:33:27)~
~
caretの使用説明書には、”mxnetパッケージはまだCRANにはあり...
//
- http://mxnet.io にアクセスしてみなかったのですか？&br;...
cran <- getOption("repos")
cran["dmlc"] <- "https://s3-us-west-2.amazonaws.com/apac...
options(repos = cran)
install.packages("mxnet")
が示されるので，それを R コンソールにコピペすれば，インス...
library(mxnet)
a <- mx.nd.ones(c(2,3), ctx = mx.cpu())
b <- a * 2 + 1
b
を入力して，
[,1] [,2] [,3]
[1,] 3 3 3
[2,] 3 3 3
が表示されれば OK なんじゃね？ -- [[河童の屁は，河童にあ...
- caret って何？ -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁である...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さん返信ありがとう...
- > 2行3列の答えまでは確認してOKだったのですが、caretのパ...
この期におよんでも，どのように使ってどのような結果（エラ...
実行したときのコンソールのコピペくらいできるだろう。 -- [...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さん、その通りです...
- > その通りですね。今後気を付けます。~
じゃなくて，すぐにも，「実行したときのコンソールのコピペ...
[[投稿における注意事項:http://www.okadajp.org/RWiki/?%E6%...
・google などの検索エンジン や CRAN の検索エンジン、 マニ...
・自分には馴染みでも、他の人には馴染みの無い手法・概念も...
・回答者は神通力を持ってはいません。「これこれしたが、う...
・投稿する前にまず &heart; [[投稿文書の書式:http://www.ok...
って，書いてあるんですけどね。 -- [[河童の屁は，河童にあ...
**有効数字の設定 [#ybceef4f]
>[[aice]] (2017-07-23 (日) 19:19:07)~
~
使用するオブジェクト・変数の数が多かったり、プログラムが...
//
- 有効数字というか、単に表示だけの変更でよければ、help(op...
**miceで補完した欠損値を統合した後のデータはわかるのでし...
>[[trauma]] (2017-08-24 (木) 11:51:24)~
~
欠損値の補完をmultiple impution解析をmiceでしようとしてい...
それぞれのデータセットはわかるのですが、統合したあとのデ...
以下のように行っているのですが、可能でしょうか？~
どうかご教示お願い申しあげます。
library(mice)
# 欠損値を補完したデータセットの作成
imp_data<-mice(dat1, m = 5)
# 分析
fit <-with(imp_data, lm(reading ~ grammar + vocab))
# 分析結果の統合
summary(pool(fit))
//
- data1 が何なのかわかりませんので，追試できません。alas!...
- pool()はデータセットを統合するのではなくて、結果を統合...
- なるほどです。ありがとうございます。 -- [[trauma]] &new...
**rmsの欠損値の補完でデータを減らすとエラーがでます。 [#l...
>[[trauma]] (2017-08-22 (火) 23:35:41)~
~
rmsでデータの欠損値の補完を行っています。元データでは結果...
以下がエラーメッセージです。どうかご教示いただけたら幸い...
########################################################...
> # Conducting multiple imputation, without this, PS won...
> # Imputing missing data
> ######################################################...
>
> areg = aregImpute(ef ~ age+gender+ transporter + sbp +...
Iteration 1
`[<-`(`*tmp*`, , (j + 1):(j + m), value = w) でエラー:
添え字が許される範囲外です
追加情報: 警告メッセージ:
1: rcspline.eval(z, knots = parms, nk = nk, inclx = TRU...
could not obtain 3 interior knots with default algorit...
Used alternate algorithm to obtain 3 knots
2: rcspline.eval(z, knots = parms, nk = nk, inclx = TRU...
could not obtain 3 interior knots with default algorit...
Used alternate algorithm to obtain 4 knots
> fit.mi <- fit.mult.impute(ef ~ age+gender+ transporter...
//
- PS won't be created unless all variables have non-missi...
- 早速の返事ありがとうございます。サブグループのデータに...
- age+gender+ transporter + sbp + hr + gcs + btf +tae+int...
- で？結果はどうなったん？ -- [[河童の屁は，河童にあらず...
- ありがとうございます。結局gcsを削除するとエラーがでなく...
- 単一の変数では全例が欠損値になることがなくても，他の変...
- そうなんですね！欠損値の扱いは難しいです。ありがとうご...
**library()ができません [#afc86ba8]
>[[初学者A]] (2017-07-28 (金) 14:28:10)~
~
PCが非常に苦手な初学者です。~
研究の関係でRで統計を行う必要があるのですがまったくすすめ...
~
library()で、パッケージの確認をしようとすると以下のような...
また、実施ごとに表示されるファイル名が毎回異なるのも理由...
> library()
file(con, "w") でエラー: コネクションを開くことができ...
追加情報: 警告メッセージ:
file(con, "w") で:
ファイル 'C:\Users\夏海\AppData\Local\Temp\Rtmp06WNzx...
> library()
file(con, "w") でエラー: コネクションを開くことができ...
追加情報: 警告メッセージ:
file(con, "w") で:
ファイル 'C:\Users\夏海\AppData\Local\Temp\Rtmp06WNzx...
> library(lib = .Library)
file(con, "w") でエラー: コネクションを開くことができ...
追加情報: 警告メッセージ:
file(con, "w") で:
ファイル 'C:\Users\夏海\AppData\Local\Temp\Rtmp06WNzx...
ディレクトリは
> getwd()
[1] "C:/R"
libraryの指定ファイルは以下の通りでした。
> .libPaths()
[1] "C:/R/R-3.4.1/library"
Rではなく、エクスプロ―ラーから上記の"C:/R/R-3.4.1/library...
ただ、何回かRのインストールとアンインストールを繰り返して...
~
どうか、ご教示いただければ幸いです。~
~
使用環境は以下の通りです。
R version 3.4.1 (2017-06-30)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 15063)
Matrix products: default
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Jap...
[5] LC_TIME=Japanese_Japan.932
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets me...
loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.4.1
//
- とりあえずは library(lib.loc=.libPaths()) で一覧は出る...
**Name属性付きのベクトルからNameと値の一覧を得たい [#vaca...
>[[ヘッツァー]] (2017-07-28 (金) 05:10:31)~
~
数値ベクトル（100,300,150,200,400）があり夫々の値に対して...
~
この時、~
~
apple 100 ~
orange 300~
grape 150~
mango 200~
pineapple 400~
~
のように整列したデータフレームを作成するにはどのようにし...
~
よろしくお願いいたします。~
//
- names(数値ベクトル)でnames属性をベクトル化して、数値ベ...
**heatmapのサイズ調整について [#ta782307]
>[[kuro]] (2017-07-26 (水) 11:58:24)~
~
heatmap関数を用いてヒートマップを作成しているのですが、列...
色々試してみましたが、余白ばかりが長くなったり、文字が潰...
heatmapでの設定方法か、もしくは他の関数があれば教えて下さ...
コマンドは以下を使用しています。~
heatmap(
as.matrix(data),
Rowv = TRUE,
Colv = NA,
distfun = dist,
hclustfun = hclust,
col = heat.colors(255),
margin=c(4,4)
//
- ClassDiscoveryパッケージのaspectHeatmap()を試してみては...
**決定木の作図 [#jabb9681]
>[[bbb]] (2017-07-26 (水) 11:45:30)~
~
caretパッケージで決定木（method=rpart）を行っています。~
作図するために、rpart.plotを用いて行っていますが、上手く...
①各ノードにサンプル数Nとその内訳（１の数と0の数）~
②各ノードにそれぞれの（1の数/１と0の総数）、つまり1の割合~
を図示したいのですが、どなたかお力を貸していただけないで...
イメージとしては~
http://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/t/tomoshige...
です。何卒よろしくお願いいたします。~
//
**有効数字の設定 [#kdaf625d]
>[[aice]] (2017-07-23 (日) 20:13:38)~
~
使用するオブジェクト・変数の数が多かったり、プログラムが...
//
- 質問の意味がよくわかりませんが，options(digits=桁数) で...
> pi
[1] 3.141593
> options(digits=2)
> pi
[1] 3.1
> options(digits=15)
> pi
[1] 3.14159265358979
> sqrt(3)
[1] 1.73205080756888
ということ？ -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁である。]] ...
**lower.tail [#q41a8c31]
>[[y931]] (2017-07-21 (金) 19:02:32)~
~
http://www.okadajp.org/RWiki/?R%E3%81%AB%E3%81%8A%E3%81%9...
~
Rの確率分布システム~
R はさまざまな確率分布に関する関数を持つ。~
~
その他のオプションパラメータ~
lower.tailの既定値は FALSE ~
とありますが~
~
Rのhelpでは~
lower.tail ~
logical; if TRUE (default), probabilities are P[X ≤ x] ot...
~
とあり、既定値はTRUEになっていますが・・・~
どう考えたらよいでしょうか？~
qnorm ( 0.975 )~
＝1.959964~
から考えてもhelpが正しいですよね？~
//
- 件のページが間違えているだけ（修正しといた） -- [[河童...
- 早速お返事いただきありがとうございました。 -- [[y931]] ...
**複数行のデータを縦1列に並び替える [#rc9994c5]
>[[しょう]] (2017-07-17 (月) 16:16:23)~
~
お世話になります。~
mac OS Sierra 10.12.5で、R 3.4.1を使用しております。~
~
ある測定器から、5msecごとに出力される測定データを、Rを用...
測定データは、csv形式で作成されるのですが、1行につき8個ず...
~
つまり、測定順に~
1行目 1 2 3 4 5 6 7 8 ~
2行目 9 10 11 12 13 14 15 16~
3行目 17 18 ...~
~
こういった具合です。~
~
今まではExcelでmod関数などを用いて、縦1列に並び変えてから...
測定時間が数時間になるとエクセルでの手動処理にも時間がか...
縦一列に並び変えるところからRで処理できれば、と思っており...
~
書籍やネットでも検索をしてみましたが、ちょうど当たるもの...
行を指定して要素を取り出してみました( data [2, ]など) が...
行き詰まっております。~
~
どなたかご存知の方らおらましたら、ご教示いただけますと幸...
何とぞ宜しくお願い申し上げます。~
//
- read.table なりで読んで，t で転置して，c でベクトルにす...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さん、本当にありが...
**RStudioでクロス表の表示エラー [#aaa9f0a2]
>[[y931]] (2017-07-13 (木) 20:44:44)~
~
RStudio Version 1.0.136~
R Version 3.3.3~
~
RStudio で次のようなデータフレーム作成した場合~
~
A <- c ( 12, 10, 13 )~
B <- c ( 20, 12, 16 )~
C <- c ( 20, 15, 19 )~
y <- data.frame (A,B,C)~
~
グラフのタブが表れて、エクセルのようなクロス表が表示され...
しかし最近、その表内の行（1 , 2 , 3）と列（A , B , C）の...
ラベルセルが空白になるエラーが発生しています．~
~
どなたか対処方法をご存知の方はお知らせください．~
使用しているOSは、windows10 home, 64bit です．
//
- Rstudioのサポートページ（https://support.rstudio.com/hc...
**文字列の置換について [#z49a0b22]
>[[yasyas]] (2017-07-13 (木) 18:23:00)~
~
文字列を対応する値に変換したいと思っています。~
~
例えば以下のような対応表があったとして、~
dat <- data.frame(tar = letters[1:10], rep=10:1)~
つまり"a"なら10, "b"なら9…という感じの対応表です。~
~
置換したい文字列ベクトルが以下のように与えられているとし...
z <- c("c", "a", "b")~
~
これを8,10,9という風な数字ベクトルに変換したいのですが、~
for文を使わずにうまく変換する方法はありますでしょうか。~
~
z <- dat[["rep"]][which(dat[["tar"]]==z)]~
というようにやってみたのですが、うまくいかず。~
//
- unname(sapply(z, function(x) dat$rep[which(x == dat$tar...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さん、素早い回答あ...
**lmerTestのエラー [#n6c23d94]
>[[ahagiwar]] (2017-06-30 (金) 13:35:08)~
~
混合効果モデルの解析を行っています。lmerTestで混合効果モ...
> m2041 <- lmerTest::lmer(STRESS ~ 1 | ID, data=df2)
> summary(m2041)
summary from lme4 is returned
some computational error has occurred in lmerTest
Linear mixed model fit by REML ['lmerMod']
Formula: STRESS ~ 1 | ID
Data: df2
REML criterion at convergence: 1672.2
Scaled residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-2.3088 -0.5454 -0.0319 0.6239 3.4587
Random effects:
Groups Name Variance Std.Dev.
ID (Intercept) 43.57 6.601
Residual 76.60 8.752
Number of obs: 225, groups: ID, 45
Fixed effects:
Estimate Std. Error t value
(Intercept) 41.524 1.144 36.3
//
- お恐れながら。モデルを構築するだけの独立変数が不足して...
- このデータは、なかにしや出版の「マルチレベルモデル入門...
- 「河童の屁は，河童にあらず，屁である」さんへ。アドヴァ...
**Rの記号変換ってどうなってるんだ? [#u474e173]
>[[ななな]] (2017-06-22 (木) 23:11:43)~
~
Rって 1-metylhistidine っていう文字があったときに，X1.met...
//
- ファイルの読み込みの時のオプションとしてencoding = SHIF...
- 質問場所が不適切なので移動した&br;read.table 関数などの...
test0622.dat というファイル名で以下を作る
1-metylhistidine variable1
1 2
3 4
5 6
これを，指定した変数名そのままで読ませる
> x <- read.table("test0622.dat", header=TRUE, check.nam...
> x
1-metylhistidine variable1
1 1 2
2 3 4
3 5 6
でも，使い勝手は悪いなあ
> x$"1-metylhistidine"
[1] 1 3 5
使いづらいこと，この上ない。そんなに長い名前付ける必要な...
- あえて全角文字を使うことにより、変数名を数字から始めた...
- なしだと思います（^_^）
最初の変数 <- 1
二番目の変数 <-2
合計 <- 最初の変数 + 二番目の変数
cat(最初の変数, "+", 二番目の変数, "=", 合計)
ふむ。
x <-1
y <- 2
sum <- x + y
cat(x, "+", y, "=", sum)
わかりやすか？（どっちもどっちだろ。入力させて実感するな...
一番目の変数は1とする <- 1
二番目の変数は2とする <- 2
三番目の変数は3とする <- 3
平均値は <- (一番目の変数は1とする+二番目の変数は2とする...
print(平均値は)
まあ，極端だけどね。ふつう，極端なことはしないよね。~
これのどこがわかりやすいというのだろう？
階乗の計算をする関数 <- function(数値) {
if (数値 == 1) {
1
} else {
数値*階乗の計算をする関数(数値-1)
}
}
階乗の計算をする関数(3)
階乗の計算をする関数(5)
文字列の全置換だけの問題だ。
fac <- function(n) {
if (n == 1) {
1
} else {
n*fac(n-1)
}
}
fac(3)
fac(5)
どこが違う？~
昔々，「日本語ベーシック」というのがあった藁。変数名に日...
プログラムが容易になった？当然そんなことは，なかった。残...
「小学生には...」~
小学生の適応能力をなめるなよ~
ウイルスアプリだって書けるんだから -- [[ ]] &new{2017-06...
- 日本語の変数名の是非ですが、分野によると思います。デー...
- 「階乗の計算をする関数」はすごくわかりやすいのですが……...
**prcomp (主成分分析のPCの数について) [#fae0e174]
>[[名無し]] (2017-06-21 (水) 01:15:13)~
~
Rで下記のようなデータを用いて主成分分析を行いました．
[ある2グループのマウスの274代謝物の標準化を行ったデータ]
--------------------------------------------------------...
metabolite A1 A2 A3 B1 B2 B3
Glycolate 2 2 3 4 4 5
.
.
.
.
(274代謝物質)
--------------------------------------------------------...
result <- prcomp(data,scale = F)
print(summary(result))
Importance of components:
PC1 PC2 PC3 PC4 PC...
Standard deviation 1.6199 1.1883 1.0904 0.9896 0.927...
Proportion of Variance 0.2846 0.1531 0.1289 0.1062 0.093...
Cumulative Proportion 0.2846 0.4377 0.5666 0.6728 0.766...
PC8 PC9 PC10
Standard deviation 0.70142 0.67599 3.233e-08
Proportion of Variance 0.05335 0.04955 0.000e+00
Cumulative Proportion 0.95045 1.00000 1.000e+00
ここで自分が疑問に感じたのが，代謝物質が274物質あるにもか...
代謝物が274個もあるのに，PCが10個しか表示されないのは，代...
//
- 質問をする場所と質問の仕方がテンでダメだったが，まあ，...
> result <- prcomp(iris[, 1:4], scale = TRUE) # 変数ごと...
> print(summary(result))
Importance of components%s:
PC1 PC2 PC3 PC4 # 4...
Standard deviation 1.7084 0.9560 0.38309 0.14393
Proportion of Variance 0.7296 0.2285 0.03669 0.00518
Cumulative Proportion 0.7296 0.9581 0.99482 1.00000
> sum(c(1.7084, 0.9560, 0.38309, 0.14393)^2) # Standard ...
[1] 4.00004
ちなみに，あなたが挙げたデータは標準化を行ったデータとは...
> result <- prcomp(t(iris[, 1:4]), scale = TRUE) # 4 × 1...
> print(summary(result))
Importance of components%s:
PC1 PC2 PC3 PC4 ...
Standard deviation 11.3362 4.5972 0.59728 1.448e-15
Proportion of Variance 0.8567 0.1409 0.00238 0.000e+00
Cumulative Proportion 0.8567 0.9976 1.00000 1.000e+00
> sum(c(11.3362, 4.5972, 0.59728, 1.448e-15)^2) # Standa...
[1] 150.0004
分析例をまねするだけではなく，何をやりたいのかはっきりさ...
また，いずれにせよ「代謝物の濃度が限りなく低くいものが多...
**RExcelの使い方 [#k8b15a80]
>[[ろん]] (2017-06-08 (木) 01:34:55)~
~
お世話になります。~
RExcelを動かしたくてRインストールしてRExcel64Inst3.5.1_Ho...
http://sunsite.univie.ac.at/rcom/~
このページがスタートだと思うのですが、ここからどう辿れば...
//
- 画面をよく見て。ここじゃないの？Download&br;&ref(here2....
- 質問者です。それがリンクたどっても元に戻ってしまって、...
- 質問者です。それがリンクたどっても元に戻ってしまって、...
**2つの文字列の共通部分を抽出する [#sd078b6f]
>[[初心者]] (2017-06-04 (日) 22:58:57)~
~
文字列１と文字列２があったときに~
共通する最大長の文字列長を探し出す関数はあったりしますで...
~
例えば~
str1 <- "abcd"~
str2 <- "xxbcyy"~
の場合~
共通する最大長の文字列"bc"を抽出したいです。~
//
- 心当たりがないので，関数を書いてみた。
strLongest = function(s1, s2) {
n1 = nchar(s1)
maxLength = 0
longestString = NULL
for (i in 1:n1) {
for (j in i:n1) {
ps1 = substr(s1, i, j)
nps1 = nchar(ps1)
if (grepl(ps1, s2) && maxLength < nps1) {
maxLength = nps1
longestString = ps1
}
}
}
longestString
}
実行例
> str1 <- "abcd"
> str2 <- "xxbcyy"
> strLongest(str1, str2)
[1] "bc"
> str1 = "djcejejifijcahdcefcdbefdgefhfijbdhaaihjfchidhf...
> str2 = "gjfhfgbjegcbgadcbaefdeahdagfbaegadhciddefifcbh...
> system.time(strLongest(str1, str2))
ユーザ システム 経過
0.017 0.000 0.017
まあまあの実行速度だと思う？ -- [[河童の屁は，河童にあら...
- 大変参考になります。ありがとうございました。 -- &new{2...
**RODBCパッケージのエラーハンドリングについて [#hc9bd666]
>[[R初心者]] (2017-05-23 (火) 13:15:27)~
~
RODBCを使用して、SQL Server 2012からデータを取得をしてい...
参考ページ([[リンク名:http://qiita.com/hotoku/items/c80bc...
library(RODBC)
try.sql <- function(con.str, sql){
tryCatch({
con <- odbcDriverConnect(con.str)
sqlQuery(con, sql)
},
error=function(e){
print(sprintf("Query failed:connection ...
print(e)
},
finally=odbcCloseAll()
)
}
RODBCのリファレンスを見る限りですとsqlQueryの実行がエラー...
ご存知の方いらっしゃいましたらご教示頂きたく、よろしくお...
下記、sessioninfo()実行結果です~
R version 3.3.3 (2017-03-06)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Jap...
[4] LC_NUMERIC=C LC_TIME=Japanese_Japa...
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets me...
loaded via a namespace (and not attached):
[1] RevoUtils_10.0.3 tools_3.3.3
RODBCバージョン：1.3.14
//
- 実行環境はわかりましたけど，この関数を呼ぶにはどの要に...
**rollapply [#a3c306e1]
>[[R初心者]] (2017-05-22 (月) 23:47:46)~
~
rollapplyを使って、時系列データをローリングで重回帰して結...
ran.csvには説明変数rate、growth、volと従属変数wgbi、bcagg...
以下自分なりに書いてみたコードです。~
よろしくお願い致します。
library(zoo)
library(ggplot2)
library(tseries)
z.logrtn<-read.csv("rtn.csv")
list<-c("wgbi", "bcaggre", "em", "hy", "usaggre")
for(i in 1:length(list)) {
beta<- rollapply(z.logrtn,
width=30,
FUN = function(z.logrtn){
t = lm(formula=list[i]~rate+growth...
return(t$coef)
},
by.column=FALSE, align="right")
if(i==1){
res<-beta
}
else{
res<-merge(beta, res)
}
}
こんなエラーが出ます。model.frame.default(formula = list[...
//
- 「長さが違うよ」と言われているのだから，list[i] と rate...
- ありがとうございます。rtn.csvをアップロードしてみました...
- エラーの出る原因は，前に書いたとおり。わかってもらえな...
formula=list[i]~rate+growth+vol
は，i=1 のときの場合，
formula=wgbi~rate+growth+vol
とは違いますよ。list[i] は "wgbi"という「文字列」であり，...
temp = eval(parse(text=paste(list[i], "~ rate + growth +...
t = lm(formula = temp, data = as.data.frame(z.logrtn))
とすればエラーはなくなり，この部分はたぶんあなたの期待通...
しかし，全体として，あなたの期待通りのプログラムにはなっ...
また，eval を使うのはあまりよい解決法ではなく，別のプログ...
- ありがとうございます。勉強します。 -- [[R初心者]] &new{...
- z.logrtn[,i]などと書けば列ベクトルに対して回帰してくれ...
**ひらがなをカタナカに置換する方法 [#s9a02524]
> (2017-04-30 (日) 10:01:26)~
~
お世話になります。~
~
文字列に格納されているひらがなをカタカナに一括で置換する...
~
例えば "ABCあいウエオ" を "ABCアイウエオ" に置換したいで...
実際の文字列は長く、多くの種類があるので，できれば正規表...
//
- とても簡単にできます。
> chartr("ぁ-ゖ", "ァ-ヶ", "文字列中のひらがなをカタカナ...
[1] "文字列中ノヒラガナヲカタカナニ変換スルンダッテ。utf...
> s = 'お世話になります。
+ 文字列に格納されているひらがなをカタカナに一括で置換す...
+ 例えば "ABCあいウエオ" を "ABCアイウエオ" に置換したい...
+ 実際の文字列は長く、多くの種類があるので，できれば正規...
> cat(chartr("ぁ-ゖ", "ァ-ヶ", s))
オ世話ニナリマス。
文字列ニ格納サレテイルヒラガナヲカタカナニ一括デ置換スル...
例エバ "ABCアイウエオ" ヲ "ABCアイウエオ" ニ置換シタイデ...
実際ノ文字列ハ長ク、多クノ種類ガアルノデ，デキレバ正規表...
回答を期待するなら，あなたの環境 OS, R のバージョンぐらい...
- 早急な回答ありがとうございました。今後は環境なども記載...
**subset関数の列名の指定について [#p2f8f04c]
>[[NK]] (2017-04-21 (金) 10:30:51)~
~
お世話になります。以下のようなデータフレームがあり、subse...
id <- c( 1, 2, 3, 4, 5)
h <- c(158,162,177,173,166) # 身長
w <- c( 51, 55, 72, 57, 64) # 体重
DF <- data.frame(ID=id, H=h, W=w)
subset(DF, ID>3)
ID H W
4 4 173 57
5 5 166 64
このとき、列名"ID"が変数xに格納されている場合では、異なる...
x <- "ID"
subset(DF, x>3)
ID H W
1 1 158 51
2 2 162 55
3 3 177 72
4 4 173 57
5 5 166 64
どのようにすれば変数をデータフレームの列名として指定でき...
宜しくお願いします。~
//
- 聞く前に参考書で調べましょう．
subset(DF, DF[[x]] > 3)
とか
DF[DF[[x]] > 3, ]
とか．
- subset(DF, get(x)>3) -- [[yy]] &new{2017-04-21 (金) 17:...
- ありがとうございました。変数が列名として認識されないよ...
**パッケージリストの一覧が表示されない [#pae68e8b]
>[[konpeki]] (2017-04-17 (月) 14:04:06)~
~
パッケージリストの一覧が表示されません。~
というか「このサイトにアクセスできません」とでるのはなぜ...
場所が移ったのですか？~
//
- 「このサイト」って，どのサイトへアクセスしようとしたの...
- ちなみに、http://www.okadajp.org/RWiki/?CRAN%E3%83%91%E...
- サーバーの変更とテキストエンコーディングの変更によりリ...
**ｔ検定の検定力分析（事後分析）の質問です [#e40ffe24]
>[[y931]] (2017-04-12 (水) 23:31:05)~
~
対応のない2群のｔ検定の検定力分析について質問させてくださ...
power.t.test(n=60, d=0.7, sig.level=0.05, power=NULL)~
pwr.t2n.test(n1=30,n2=30,d=0.7, sig.level=0.05)~
上記2式で検定力を求めたら異なる結果になりました~
またGpower3.1.9.2で算出するとpwr.t2n.testの結果と同じにな...
~
サンプル数が異なるときにはpwrを使用するように・・・~
とネット上では記載されています~
~
powerとpwrの違いが理解できません~
またGpowerの結果とpwrの結果が同じになった理由も全く分かり...
~
何を勉強すればいいのかもわからない状況です~
どうかよろしくお願いいたします~
//
- > powerとpwrの違いが理解できません&br;? power.t.test，?...
> power.t.test(n=60, d=0.7, sig.level=0.05, power=NULL)
Two-sample t test power calculation
n = 60
delta = 0.7
sd = 1
sig.level = 0.05
power = 0.9673141
alternative = two.sided
NOTE: n is number in *each* group
同じにしたいなら，n1=60,n2=60 とすること！
> pwr.t2n.test(n1=60, n2=60, d=0.7, sig.level=0.05)
t test power calculation
n1 = 60
n2 = 60
d = 0.7
sig.level = 0.05
power = 0.9673141
alternative = two.sided
power.t2n.test は，「n1, n2 を別々に指定できる」というこ...
> サンプル数が異なるときにはpwrを使用するように・・・~
> とネット上では記載されています~
というのは，そういうことを意味しているんです（って，その...
- いつも明快なご回答を拝見させていいただきております．私...
**Error: could not find function "XXX" [#x2eabfd2]
>[[とんとん]] (2017-04-11 (火) 02:01:10)~
~
こんばんわ。Rでパッケージをインストールした後にLibrary（...
//
- あなたの質問には情報がほとんどない。&br;そもそも，その...
- この類のエラーは、抽象化して一般化できるものではなく、...
**Brunner-Munzel検定に関する「事後の検定力分析」について ...
>[[こんばんは]] (2017-04-04 (火) 19:29:23)~
~
「Brunner-Munzel検定」について一点お伺いしたい事がござい...
//
- シミュレーション実験すればよいのでは？ -- [[河童の屁は...
**折れ線グラフの重ね書きで、異なる線種を与える [#xc1ddc12]
>[[さくやひこ]] (2017-03-27 (月) 12:21:54)~
~
折れ線グラフを重ね書きする際、線種（line type）をそれぞれ...
3本の線を1本ずつ描いて、それぞれに異なる線種与え、重ね書...
どのようにすれば、このような問題を解決できるか、御教示い...
なお、環境は
R version 3.3.1 (2016-06-21)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 8.1 x64 (build 9200)
★ データaa ↓ 他の2つ（bbとcc）も変数は同じです。
No.Tree radi year
1 1 0.000000 -166
2 1 1.290000 -161
3 1 2.000000 -156
4 1 2.806667 -151
---中略---
33 1 20.103333 -6
34 1 20.403333 -1
35 1 20.523333 0
★ 3本の線を1つずつ描いて、それぞれに異なる線種与え、それ...
pp <- ggplot(NULL) # 初期値を与える
line.type <- c("solid", "dashed", "twodash") # 線種を与...
#--1---
x <-read.csv(aa)
pp <- pp + geom_line(data=x, aes(year, radi, linetype=li...
geom_point(data=x, aes(year, radi))
#--2---
x <- read.csv(bb)
pp <- pp + geom_line(data=x, aes(year, radi, linetype=li...
geom_point(data=x, aes(year, radi))
#--3---
x <- read.csv(cc)
pp <-pp + geom_line(data=x, aes(year, radi, linetype=lin...
plot(pp)
しかし、これをfor文で反復すると、線種の描き分けができませ...
fl <- dir() # flには 3つのファイル名"aa", "bb", "c...
pp <- ggplot(NULL) # 初期値を与える
line.type <- c("solid", "dashed", "twodash") # 線種を...
for(i in 1:length(fl)){
x <- read.csv(fl[i])
pp <- pp + geom_line(data=x, aes(year, radi, linetyp...
}
plot(pp)
//
- 問題の現象は再現したけど、ggplot()に詳しい人が来ないと...
ltys <- c(1, 2, 6)
f <- radi ~ year
for (i in seq_along(fl)) {
if (i == 1) {
plot(f, data = read.csv(fl[i]), type = "b", lty ...
} else {
lines(f, data = read.csv(fl[i]), type = "b", lty...
}
}
- > geom_line(data=x, aes(year, radi, linetype=line.type[...
- さっそくアドバイスありがとうございました。最初の方のお...
- > 5行目のplot()をline()にするとエラーになる理由&br;line...
pp <- ggplot(NULL) # 初期値を与える
x = NULL
for (i in 1:length(fl)){
x = rbind(x, read.csv(fl[i])) # 1 つのデータフレー...
}
line.type <- c("solid", "dashed", "twodash") # 線種を与...
for(i in 1:length(fl)){
pp <- pp + geom_line(data=x, aes(year, radi, linetyp...
}
plot(pp)
みたいにするんだろうね。aes の内側には，図形描画要素を変...
- 河童の屁さま。解説ありがとうございました。何を理解すべ...
**rstanおよびggplot2の不調 [#lc7e1e1e]
>[[こんばんは]] (2017-03-26 (日) 01:29:18)~
~
目的はrstanの実行なのですが、いろいろやった結果、library(...
//
- まずは，R 3.3.3 にしてみたらどうですか。 -- [[河童の屁...
- Rstudioでやり直したら、なんとかなりました。ありがとうご...
**複数の変数名を関数の引数に指定する方法 [#r49032af]
>[[R初心者]] (2017-03-21 (火) 12:05:58)~
~
データirisを使いまして、
> head(iris, n=2)
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Spec...
1 5.1 3.5 1.4 0.2 set...
2 4.9 3.0 1.4 0.2 set...
irisの「1つの」変数名を引数とし、指定された変数の平均値を...
> f1 <- function (VAR) {
+ eval(substitute(TMP <- aggregate(VAR ~ Species, dat...
+ print(TMP)
+ }
> f1(Sepal.Length)
Species Sepal.Length
1 setosa 5.006
2 versicolor 5.936
3 virginica 6.588
同様にして、irisの「複数の」変数名を例えばリスト化/ベクト...
要は「複数の」変数名を上手くリスト化/ベクトル化出来ず困っ...
> f2 <- function (VAR) {
+ for (i in 1:length(VAR)) {
+ eval(substitute(TMP <- aggregate(VAR[[i]] ~ Specie...
+ print(TMP)
+ }
+ }
> f2(list(Sepal.Length, Petal.Length))
f2(list(Sepal.Length, Petal.Length)) でエラー:
オブジェクト 'Sepal.Length' がありません
> f2(c(Sepal.Length, Petal.Length))
f2(c(Sepal.Length, Petal.Length)) でエラー:
オブジェクト 'Sepal.Length' がありません
//
- う〜〜ん。なかなか，難しいですね。~
以下のようにすれば，何とかできたのですが，変数名は x にな...
> f2 = function(...) {
+ args = sub("\\(", "(iris$", deparse(substitute(list(....
+ args = gsub(" ", " iris$", args)
+ args = sprintf("lapply(%s, function(x) aggregate(x, b...
+ invisible(sapply(eval(parse(text=args)), print))
+ }
> f2(Sepal.Length, Sepal.Width, Petal.Length, Petal.Width)
Species x
1 setosa 5.006
2 versicolor 5.936
3 virginica 6.588
Species x
1 setosa 3.428
2 versicolor 2.770
3 virginica 2.974
Species x
1 setosa 1.462
2 versicolor 4.260
3 virginica 5.552
Species x
1 setosa 0.246
2 versicolor 1.326
3 virginica 2.026
汎用性なんか気にしなければ，出力結果をそのままコピーペー...
> lapply(iris[,1:4], function(x) aggregate(x, by=list(ir...
$Sepal.Length
Group.1 x
1 setosa 5.006
2 versicolor 5.936
3 virginica 6.588
$Sepal.Width
Group.1 x
1 setosa 3.428
2 versicolor 2.770
3 virginica 2.974
$Petal.Length
Group.1 x
1 setosa 1.462
2 versicolor 4.260
3 virginica 5.552
$Petal.Width
Group.1 x
1 setosa 0.246
2 versicolor 1.326
3 virginica 2.026
どうでしょうかね？？ -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁で...
- 河童様、早速お返事いただきましてありがとうございます！...
（本質問では問題を単純化しておりますが、実際はユーザーが...
結果を縦積みにしてデータフレームにした後、さらに・・・と...
データの変数名を文字列ベクトルで与え、関数内で unquote 処...
いろいろ試行錯誤してみたのですが・・・、なかなか難しいで...
- 「データの変数名を文字列ベクトルで与え」てもよいなら，...
データフレーム名は文字列として第1引数で指定（例題の場合な...
aggregate の対象変数名も文字列として第2引数以降に列挙。
f2 = function(df, ...) {
invisible(lapply(
lapply(unlist(list(...)), function(s)
eval(parse(text=sprintf("aggregate(%s ~ Species, ...
), print))
}
実行例は
> f2("iris", "Sepal.Length", "Sepal.Width", "Petal.Leng...
Species Sepal.Length
1 setosa 5.006
2 versicolor 5.936
3 virginica 6.588
Species Sepal.Width
1 setosa 3.428
2 versicolor 2.770
3 virginica 2.974
Species Petal.Length
1 setosa 1.462
2 versicolor 4.260
3 virginica 5.552
Species Petal.Width
1 setosa 0.246
2 versicolor 1.326
3 virginica 2.026
汎用化を阻まないような関数仕様にすればよいと言うこと
変数の指定を空白で区切った 1 つの文字列で指定するなら
f3 = function(df, var) {
invisible(lapply(
lapply(strsplit(var, " ")[[1]], function(s)
eval(parse(text=sprintf("aggregate(%s ~ Species, da...
), print))
}
f3("iris", "Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal....
f4("iris Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Widt...
- 大変ありがとうございました！f2 の例を参考にさせていただ...
> f2_revised <- function (...) {
+ VAR <- unlist(list(...))
+ for (i in 1:length(VAR)) {
+ TMP <- transform(eval(parse(text=paste("aggregate...
+ colnames(TMP) <- c("Species", "Mean", "Variable")
+ ifelse(i==1, RESULT <- TMP, RESULT <- rbind(RESUL...
+ }
+ return(RESULT[,c(3,1,2)])
+ }
> f2_revised("Sepal.Length", "Sepal.Width", "Petal.Leng...
Variable Species Mean
1 Sepal.Length setosa 5.006
2 Sepal.Length versicolor 5.936
3 Sepal.Length virginica 6.588
4 Sepal.Width setosa 3.428
5 Sepal.Width versicolor 2.770
6 Sepal.Width virginica 2.974
7 Petal.Length setosa 1.462
8 Petal.Length versicolor 4.260
9 Petal.Length virginica 5.552
10 Petal.Width setosa 0.246
11 Petal.Width versicolor 1.326
12 Petal.Width virginica 2.026
**RのSys.time()について [#hcdb6c87]
>[[R大好き]] (2017-03-02 (木) 12:35:38)~
~
> Sys.timezone()
[1] "JST"
> system("date")
2017年 3月 2日 木曜日 03:32:37 JST
> Sys.time()
[1] "2017-03-02 03:32:45 JST"
となるのですが~
実際にはこの表示されてる時間はUTCです
$date
2017年 3月 2日 木曜日 12:33:43 JST
なるので9時間ずれてます~
これはなんでこうなってしまうのでしょうか？~
ちゃんとTZも設定してるのに？
> Sys.time()+60*60*9
[1] "2017-03-02 12:34:31 JST"
して9時間分ずらせば正しいローカルタイムにはなるのですが，...
よろしくお願い致します~
//
- ヘンですね。こちらの環境(Ubuntu 16.04.2 LTS/Mac OS X 10...
現在16:14ですが、
> system("date"); Sys.time()
2017年 3月 2日 木曜日 16:14:50 JST
[1] "2017-03-02 16:14:50 JST"
きちんとJST時間が表示されています。環境依存の話なので、ま...
- Linux Debian Sidです。同じ結果になるはずなので、新規にR...
- Debian Sidです Ubuntu と同じはずなので新規に起動してや...
> Sys.setenv(TZ="JST")
> Sys.timezone()
[1] "JST"
の状態にするとおかしくなるようです。 これをするまえに Sys...
- Rと全く関係がない話で、Debianで下記の通りに再現できます...
$ lsb_release -d
Description: Debian GNU/Linux 8.7 (jessie)
$ date
2017年 3月 2日 木曜日 17:00:31 JST
$ export TZ="JST"
$ date
2017年 3月 2日 木曜日 08:00:42 JST
$ export TZ="JST-9"
$ date
2017年 3月 2日 木曜日 17:02:52 JST
つまり、JSTじゃなくてJST-9にする。詳しくはman tznameでTZ...
- 情報ありがとうございます。 TZ="JST"っていう指定方法が規...
**quantmodパッケージにおける点のプロット方法 [#n225e088]
>[[kii]] (2017-02-26 (日) 16:45:53)~
~
パッケージ{quantmod}で、グラフ内に点を表示させる方法を教...
推測ですがaddPointsという引数を使うようなのですが、マニュ...
#https://cran.r-project.org/web/packages/quantmod/quantmo...
~
例えば下記のグラフにおけるx=2016-01-04, y=200の地点に白色...
library("quantmod")
getSymbols("GS") #Goldman OHLC from yahoo
chartSeries(GS)
//
- なんか知らんけど，下の投稿記事が参考になるんじゃないの？
library("quantmod")
getSymbols("GS") #Goldman OHLC from yahoo
chartSeries(GS)
plot(
addPoints(2016-01-04, 200, col="white")
)
投稿する前に，ちょっとは前の方の質問も見た方がよいね。~
"quantmod 使い方" で検索しても，たくさん見つかるし。なん...
**関数内での実行環境を呼びだし元の環境に設定する方法を知...
>[[R大好き]] (2017-02-20 (月) 00:52:33)~
~
関数内での実行環境を呼びだし元の環境に設定する方法を知り...
~
quantmodっていうパッケージのaddLines関数を使って~
チャート表示した後に関数内で複数下位addLinesやaddPointsを...
ラインや点をうちたいのですが~
関数内でaddLinesやaddPointsを実行してもチャートに変化があ...
~
関数内部じゃなくて親環境で実行するとチャートに反映される...
関数内の実行環境を親環境にしてやれば関数内でも上手く処理...
そのやり方がわかりません~
~
昔どこかでその方法を見た気がするのですが~
ネット検索してもその元記事を発見できませんでしたので~
ここで質問させていただくことにしました~
よろしくお願い致します~
//
- 環境かえなくてもなぜかplot()でaddLinesやaddPointsを囲ん...
**判別分析ＲとSPSSの違い [#i8ff2ecf]
>[[Isan]] (2017-02-15 (水) 15:24:55)~
~
Rで判別分析 library(MASS)のlda関数を使った場合と、SPSSの...
> r.result<-lda(jidosha~., data=datscale, prior=c(0.5,0....
Coefficients of linear discriminants:
LD1
gaikosei 1.6550380
kyomi 0.7117249
keizai -0.4656510
SPSSの結果：http://psy.isc.chubu.ac.jp/~oshiolab/teaching...
外交性 1.071
興味 0.636
経済力 -.476
//
- SPSSを持っていないので追試できていませんが、計算方法が...
> list(
+ mle = round(lda(自動車所有 ~ ., data = d, method = "ml...
+ mve = round(lda(自動車所有 ~ ., data = d, method = "mv...
+ moment = round(lda(自動車所有 ~ ., data = d, method = ...
$mle
LD1
外向性 1.55
興味 0.68
経済力 -0.43
$mve
LD1
外向性 2.69
興味 3.08
経済力 -1.90
$moment
LD1
外向性 1.38
興味 0.61
経済力 -0.39
**RMeCabでのわかち書きについて [#ke438408]
>[[質問場所が不適切だったよ]] (2017-02-08 (水) 17:23:47)~
~
R言語で以下のコードでわかち書きをした時に, 品詞を取り除い...
また、抜き出す品詞も指定できると助かります。~
res = RMeCabC("今日は晴れです。")
よろしくお願いいたします。~
//
- どうも，最近 R そのものへの質問ではなく，R のパッケージ...
**RcmdrPlugin.survivalが使えません。 [#n1838528]
>[[青葉46号]] (2017-02-07 (火) 17:13:17)~
~
RcmdrPlugin.survival以外のプラグインは問題なく使えるので...
PCのOSはWindows8.1で、Rの環境は下記のとおりです。~
R version 3.3.2 (2016-10-31) -- "Sincere Pumpkin Patch"~
Copyright (C) 2016 The R Foundation for Statistical Compu...
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)~
Rcmdrのバージョン 2.3です。~
RcmdrPlugin.survivalをロードすると下記のエラーが表示され...
Error in structure(.External(.C_dotTclObjv, objv), class...
[tcl] invalid command name "configure".
小さいメニューには[ファイル],[編集],[データ]の表示はされ...
解決法をどなたか教えてください。お願いします。~
//
**行列の成分の回転 [#gcde690d]
>[[羊]] (2017-02-07 (火) 01:52:27)~
~
200×200の正方行列Aについて~
各成分を90度回転させた行列Bを作りたいです。~
~
すなわちAのi行j列の成分が~
Bの201-j行i列となるような行列です。~
~
シンプルにループを回す方法もあるかと思いますが~
この処理を数十万回回す必要があるので処理の比較的早い方法...
//
- 質問の前に、本wikiの行列Tips大全に目を通しては如何でし...
- 行列Tips大全に回答がありました。ご指摘ありがとうござい...
**legend() で plotmath と expression をまぜて使いたい。 [...
>[[まり]] (2017-02-03 (金) 13:07:03)~
~
プロット上で %->% の矢印と テキストを混ぜて使いたいです。...
a1 <- expression(paste('This is omega. ', omega))
a2 <- expression(paste('This is an arrow. ', '%->%'))
a3 <- expression(3 %->% 33)
plot(0)
legend('bottomleft', c(a1,a2,a3))
よろしくお願いします。~
//
- 記号として直接挿入するのが簡単です。a4 <- expression(pa...
番号については https://www.adobe.com/products/postscript/...
- 通りすがりさん。どうもありがとうございました。 -- [[ま...
**mxnetの呼び出しに失敗します。 [#s3ef6bca]
>[[obo]] (2017-02-02 (木) 14:11:52)~
~
mxnetを呼び出す時に以下のエラーが出ます。~
> library(mxnet)
Error : オブジェクト ‘combine_edges’ は 'namespace:Diag...
エラー: ‘mxnet’ に対するパッケージもしくは名前空間のロ...
環境はWIN7,R×64,3.3.2です。御教授御願い致します。
//
- http://stackoverflow.com/questions/41469083/install-err...
https://github.com/dmlc/mxnet/issues/4527 が参考になるか...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さん、御教授ありが...
**一定時間以内に関数の処理が終了しない場合に、停止させた...
>[[かい]] (2017-01-27 (金) 21:01:40)~
~
関数の実行時、一定時間（例えば1分）以内に処理が終了しない...
処理を強制的に停止させ、エラーを返すようなスクリプトはど...
~
例えば以下のように、間違えて変数xに大きすぎる値を入れてし...
x <- 9999999
Sys.sleep(x)
print(x)
//
- setSessionTimeLimit()を使うのはどうでしょうか。 -- [[S]...
> setSessionTimeLimit(elapsed = 60); for(i in 1:10){prin...
[1] 1
[1] 2
[1] 3
Sys.sleep(20) でエラー: セッション時間が経過して上限に...
>
- 参考になりました。御助言ありがとうございました。 -- [[...
**docMatrixの品詞の細分類について [#fe6b10f1]
> (2017-01-27 (金) 11:38:43)~
~
Rで文章集合に対してTF-IDFを算出する際に~
res = docMatrix("txt", pos=c("名詞", "形容詞"), weight="t...
と記述するのですが, 名詞, 形容詞でも非自立語や数などを取...
よろしくお願いいたします。~
//
- docMatrix() の代わりにdocDF(type = 1) を用いて、その結...
res0 <- docDF("txt", pos = c("名詞", "形容詞"), type = 1...
res <- subset(res0, POS2 != "非自立" & POS2 != "数")
tf_ <- localTF(res[,-(1:3)]) # weight...
tf_idf <- tf_ * globalIDF(tf_) # weight...
tf_idf_norm <- t(t(tf_idf) * mynorm(tf_idf)) # weight...
result <- cbind(res[,1:3], tf_idf_norm)
result
- お返事ありがとうごさいます。データで確認し次第書き込み...
**新しいIDを割りふりたい [#j53325d4]
>[[困っています。。。]] (2017-01-22 (日) 13:34:42)~
~
以下のような2種類のIDを持つデータを考えます。
id1 id2
1 11
1 12
2 12
2 13
3 14
3 15
4 15
この2つのIDのもし一方でも同じであれば、同一のIDを割り振る...
id1 id2 newid
1 11 1
1 12 1
2 12 2
2 13 2
3 14 3
3 15 3
4 15 3
ご教示いいただけると幸いです。よろしくお願いします。~
//
- > 2つのIDのもし一方でも同じであれば、同一のID&br;そのル...
- 確認不足でした、ご指摘の通りです。 -- [[困っています。...
- 以下のようなプログラムでどうでしょう -- [[河童の屁は，...
> d <- data.frame(id1=c(1,1,2,2,3,3,4,6,11), id2=c(11,12...
> d
id1 id2
1 1 11
2 1 12
3 2 12
4 2 13
5 3 14
6 3 15
7 4 15
8 6 12
9 11 21
>
> n <- nrow(d)
> newID <- 0
> for (i in 1:n) {
+ found <- FALSE
+ for (j in seq_len(i-1)) {
+ if (d$id1[i] == d$id1[j] ||d$id2[i] == d$id2[j...
+ found <- TRUE
+ d$newid[i] <- d$newid[j]
+ break
+ }
+ }
+ if (!found) {
+ newID <- newID +1
+ d$newid[i] <- newID
+ }
+ }
> d
id1 id2 newid
1 1 11 1
2 1 12 1
3 2 12 1
4 2 13 1
5 3 14 2
6 3 15 2
7 4 15 2
8 6 12 1
9 11 21 3
- 早速のお返事ありがとうございます。実際のデータで確認し...
- うまく行きました。大変に助かりました。また、プログラム...
**パッケージlubridataについて [#fc8c9047]
>[[R勉強中]] (2017-01-21 (土) 18:58:06)~
~
パッケージlubridataがインストールできません。~
「警告メッセージ: パッケージ ‘lubridata’ が利用できません...
Rのバージョンは3.3.2です。~
パッケージlubridataのpdfによるとDepends methods, R (>= 3....
バージョンの問題はないと思いますが、何が問題なのでしょう...
ご教授いただけますと幸いです。~
お手数をおかけしますがよろしくお願いたします。~
//
- lubridate では？&br;そもそも，どのように「インストール...
> install.packages("lubridata")
警告メッセージ:
パッケージ ‘lubridata’ が利用できません (for R version ...
そりゃそうだ。lubridata なんてパッケージはないんだから，...
- 「何が問題なのでしょうか。」に答えることができるだけの...
**条件分岐にこたえる方法 [#s72a12ff]
>[[step]] (2017-01-18 (水) 15:45:34)~
~
いつもお世話になっております。~
step()関数を使用していたところ、データにNAが含まれていた...
（単純にyes yとうつと、オブジェクトと認識されてしまいます...
~
初歩的で恐縮ですが、ご教示頂けると幸いです。よろしくお願...
//
- これは，ユーザの対応（入力）を求めるものではないので，y...
if (all(is.finite(c(n, nnew))) && nnew != n)
stop("number of rows in use has changed: remo...
つまり，stop 文によって表示されているものです。文字通り，...
そもそも，このメッセージは疑問文ではなく，命令文であるべ...
- これは学生からよく受ける質問です。「R step na.omit」で...
- ご返事遅れてしまい恐縮です。そうだったんですね...。代替...
**rpartによる分割結果のデータ数と元データのデータ数が合わ...
>[[ddd_mmm]] (2017-01-16 (月) 17:35:34)~
~
いつもお世話になっています。初めてご質問させて頂きます。~
rpartで分割されたデータ数と元データのデータ数が一致しませ...
~
目的変数は質的変数(2値(good/bad))、説明変数は量・質どちら...
結果、ある量的変数(以下X)が>=1.1の条件で以下のように分割...
ご教示の程、何卒よろしくお願いします。~
&ref(Rplot01);
~
以下はスクリプト例です。
# データインプット
data <- read.csv("分析_v6.csv", header=TRUE)
head(data)
# 数字データのカンマ処理
for (i in 1:ncol(data)) {
data[,i]<-gsub(",", "", data[, i])
}
# データ型確認
for (i in 1:ncol(data)) {
print(c(names(data[i]), class(data[, i])))
}
# 決定木実施
dt1 <- rpart(goodbad ~ x, data=data, parms=list(split="g...
//
- 分析_v6.csv の内容がわからないので追試もできないし，ス...
- 早々にご指摘頂きありがとうございます。不明確な点が多々...
- 早々にご指摘頂きありがとうございます。不明確な点が多々...
- #ref(http://www.fastpic.jp/viewer.php?file=4576876605.p...
- #ref(http://www.fastpic.jp/viewer.php?file=4576876605.p...
- アップロードの方法も含め，利用法についての説明を読んで...
> data <- read.csv("分析_v6.csv", header=TRUE)
> summary(data)
区分 X前年比
bad :1049 Min. :0.790
good:1049 1st Qu.:1.020
Median :1.050
Mean :1.058
3rd Qu.:1.090
Max. :1.240
> library(rpart)
> dt1 <- rpart(区分 ~ X前年比, data=data, parms=list(spl...
> dt1
n= 2098
node), split, n, loss, yval, (yprob)
* denotes terminal node
1) root 2098 1049 bad (0.5000000 0.5000000)
2) X前年比< 1.065 1212 282 bad (0.7673267 0.2326733) *
3) X前年比>=1.065 886 119 good (0.1343115 0.8656885) *
> plot(dt1)
> text(dt1, use.n=TRUE, xpd=TRUE)
&ref(rpart.png);~
分割点は，貴方の言う 1.1 ではなく，上の結果出力にあるよう...
> x = data$X前年比 < 1.065
> table(data$区分, x)
x
FALSE TRUE
bad 119 930
good 767 282
のように，rpart の結果と同じになります（当たり前だけど）...
- ご丁寧にご教示頂きありがとうございます。私の方でも頂い...
- ご丁寧にご教示頂きありがとうございます。私の方でも頂い...
**numericとfactorを含む回帰分析 [#z32b1cdf]
>[[takapom]] (2017-01-16 (月) 04:31:48)~
~
初めて質問させていただきます。numericとfactorを含む回帰分...
> fit.all <- glm(y ~ x + f, data = d, family = poisson)
> call: glm(formula = y ~ x + f, family = poisson, data ...
Error in call:glm(formula = y ~ x + f, family = poisson,...
NA/NaN argument
In addition: Warning message:
In call:glm(formula = y ~ x + f, family = poisson, data ...
numerical expression has 30 elements: only the first u...
//
- 本件、call以下は関数ではなく、summary(fit.all)の結果で...
- > summary(fit.all)の結果であった&br;いいえ，それは，fit...
**Spearmanの相関係数に関して [#fd899b1b]
>[[大北]] (2017-01-12 (木) 16:13:11)~
~
初めてご質問させて頂きます。~
Rも統計も全くの初心者であり、非常にお恥ずかしいのですが、...
下記例のような数字が記入された行列(40000×100)が2つありま...
独学で色々と試してはいるのですが、なかなか良い方法が見つ...
何卒よろしくお願い申し上げます。
症例1 症例2 症例3 症例4 症例5
1 1 3 6 7 23
2 2 4 56 5 2
3 5 6 13 2 4
4 34 23 4 13 14
//
- 大前提として，「行と列まちがえていないですよね」&br;間...
先のデータを x として，以下のデータを y とする。
症例1 症例2 症例3 症例4 症例5
1 5 3 1 3 5
2 1 2 5 2 7
3 4 4 5 6 1
4 81 42 10 53 51
結果は，以下のようになるだろう。
> for (i in seq.int(nrow(x))) print (cor(x[i,], y[i,], m...
[1] 0
[1] 0.1578947
[1] -0.05129892
[1] 0.6
たしかに
> cor(c(2,4,56,5,2), c(1,2,5,2,7),method="spearman")
[1] 0.1578947
になっていることが，確認できるであろう。【上手い方法より...
- 早々にご回答頂き、ありがとうございます。とても助かりま...
- > 行列変換もうまくできず&br;write.table(t(x), file="x.d...
- 追記までして下さり、ありがとうございます。また不明点な...
**kmeansGap最適クラスター数 [#f39d8d12]
>[[aaa]] (2017-01-05 (木) 08:33:07)~
~
連続投稿申し訳ございません。~
~
kmeansGapにおいて、最適クラスター数を導出する方法をあるサ...
具体的には下記プログラムです。
x <- ClusteringMarketPotential[2:5]
kg <- kmeansGap(x, nstart = 500)
plot(kg)
gap <- c()
for(i in 1:100) {
kg <- kmeansGap(x)
nc <- length(kg$cluster$size)
gap <- c(gap, nc)
}
par(ps=10)
plot(table(gap), xlab="k:num.of clusters", ylab="freq.")
下段の記述において、 nc <- length(kg$cluster$size)により...
kmeansGap法はその計算過程において最適クラスター数を求めて...
教えて頂けると幸いです。~
//
- 以前の記事の返事もしましたけど，解を求めるに当たり乱数...
**kmeans法 [#q4244e94]
>[[aaa]] (2017-01-05 (木) 08:14:04)~
~
いつもご教授頂き大変ありがとうございます。現在下記の様にk...
#k means with Market Potential Data
x <- ClusteringMarketPotential[2:5]
cl <- kmeans(x,3,nstart=500)
cl$cluster
nstartの値をいくら変えても、~
実行結果が変わりません。~
~
初期値に依存のはずなのに何故だろうかと気になっております。~
~
教えて頂けると幸いです。~
//
- その説明にあるように，nstart を何通りか変えて，そのうち...
**purrr::map()の挙動について [#n138fa22]
>[[kei]] (2016-12-31 (土) 05:56:35)~
~
いつもお世話になっています。~
~
以下のコードを実行する際に、rnorm()の第2引数である"mean"...
vectorがリスト番号に応じて引数として適用される理由が分か...
直観的には３つのリストにrnorm(x, mean = 0, sd = 1)の結果...
＜実行コード＞
set.seed(111)
1:3 %>% map(rnorm, n = 5)
＜実行結果＞
[[1]]
[1] 1.2352207 0.6692641 0.6883762 -1.3023457 0.8291240
[[2]]
[1] 2.1402782 0.5025733 0.9898116 1.0515244 1.5060378
[[3]]
[1] 2.826326 2.593401 4.845636 3.394054 3.797529
いろいろ調べてみると以下のような動作が関連しているように...
上記の事象の理解には至りませんでした。
# 無名関数を適用
set.seed(111)
1:3 %>% map(function(x) rnorm(5, mean = x))
# ラムダ式を適用
set.seed(111)
1:3 %>% map(~ rnorm(5, mean = .x))
よろしくお願いします。~
//
- rnorm(n=5 でつかうとき，最初の未定義引数が mean だから...
1:3 %>% map(rnorm, mean=0)
1:3 %>% map(rnorm, mean=0, n=5)
などをやってみれば，明らか（というか，%>% の作用がわかっ...
いつも，思うんだけど，（時流に流されて？）よくわからない...
- ご回答ありがとうございます。map()のことばかり気にしてい...
追加で一点だけ質問させてください。上記のmap()を使ってrnor...
- 好きな引数 (以下例では n を使用) の値を3回繰り返して渡...
- ご教授いただきましてありがとうございました。 -- [[kei]]...
**kmeansGap [#a8dbd95d]
>[[aaa]] (2016-12-27 (火) 14:34:11)~
~
kmeansGap関数の結果をグラフにプロットすると~
毎回結果が変わってしまうのですが、~
なぜでしょうか？~
~
ご教授頂けると幸いです。~
//
- kmeansGap が呼び出している kmeans 関数で，初期値を sam...
- いつもありがとうございます。大変助かりました。 -- [[aaa...
**GAP統計量 [#ec6fbf8a]
>[[aaa]] (2016-12-27 (火) 14:31:59)~
~
GAP統計量を使いたく、~
clusGap関数を持つlibrary(cluster)を~
インストールしたいのですが、~
既にlibrary(cluster)があるのか上手くいきません。~
~
現状のlibrary(cluster)にはclusGap関数のファイルが見つから...
~
ご教授頂けると幸いです。~
//
- どのように「上手くいかない」かを書くべし。あなたが，何...
このページのヘルプにも書いてあるけど，あなたの OS の種類...
- かしこまりました。 -- [[aaa]] &new{2017-01-05 (木) 08:3...
- 情報不足申し訳ございません。以後気をつけます。 -- [[aaa...
- 情報不足申し訳ございません。以後気をつけます。 -- [[aaa...
**Dunnett検定のp値で任意の桁数を求める [#u144c362]
>[[User]] (2016-12-16 (金) 11:26:22)~
~
http://minato.sip21c.org/medstat/how-to-multcomp.pdfを参...
res1 <- aov(群2 ~ 群1, data=bpdown)
summary(res1)
library(multcomp)
res2 <- glht(res1, linfct = mcp(medicine = "Dunnett"))
confint(res2, level=0.95)
summary(res2)
でDunnett検定を実行していますが、この方法では、自分の実力~
では、p値を任意の桁数で計算させることができません。~
他のやり方でもいいのですが、p値を任意の桁数で計算させる~
ことはできますか？よろしくお願いします。~
//
- 表示値 (特にsummaryで表示される値) は丸められた値である...
s_res2 <- summary(res2)
s_res2$test$pvalues # p値はここに入っている (この時点...
# 出力がcharacterとなるが、formatが一番簡単
format(s_res2$test$pvalues[1], digits = 15) # [1] "0.03...
# options()で表示桁数を弄っても求まる
options(digits = 15)
s_res2$test$pvalues[1] # [1] 0.0315125323146122
options(digits = 7) # 元に戻す
- うまくできました。ご教授、ありがとうございます。 -- [[U...
**パイプ演算子%>%が使えない [#d864dba2]
>[[ゆう]] (2016-12-09 (金) 11:21:59)~
~
お世話になります。~
~
パイプ演算子%>%が使えません。~
~
Error: could not find function "%>%"~
のメッセージが出ます。~
~
magrittrパッケージはインストールしたのですが、~
ほかに実施することがあるのでしょうか？~
~
※ちなみにpipeRの%>>% も同様に使えませんでした。~
（pipeRパッケージはインストールしました）~
~
初歩的な質問で恐縮ですがよろしくお願いします。~
//
- install.packages はしたけど，library してないという落ち...
- その落ちでした！ありがとうございました！ -- [[ゆう]] &n...
**多変量GARCHの閾値モデル化 [#a2050a1a]
>[[PPAP]] (2016-11-30 (水) 23:28:40)~
~
よろしくお願いします。~
~
【質問】~
多変量GARCH（multivariate garch）を閾値（threshold）モ...
つまり、M(multivariate)GARCHモデル、BEKKモデル、CCCモデル...
閾値モデル版を扱うことのできるパッケージもしくはコードを...
webページ等はありませんでしょうか？~
~
（備考）~
多変量時系列モデルの代表的なモデルであるVARについては...
これを閾値モデル化したTVAR（threshold-VAR）がパッケージ...
として存在しているようですが、自分がいかに調べても、多...
これを閾値化したパッケージやコードが見つかりませんでし...
~
どなたかご存知の方はおられませんでしょうか。~
どうぞよろしくお願い申し上げます。~
//
**twitterのプロフィールのデータ収集について [#pf83e51e]
>[[page]] (2016-11-16 (水) 17:36:23)~
~
はじめて質問させてもらいます。~
よろしくお願いします。~
~
プロフィールのテキストデータの収集について教えてください。~
「twitteR」を使えば、タイムラインのツイートなどは収集でき...
~
安倍首相のTwitterアカウントであれば「衆議院議員安倍晋三（...
~
もし、「twitteR」で可能であれば、使用例をお示しいただけま...
また、違うパッケージで可能であれば、教えてくれますと幸い...
//
- setup_twitter_oauth(...) → user<-getUser("abeshinzo") →...
**R3.3.2のcrtl+pが印刷になってしまいます [#i7cb1680]
>[[tori]] (2016-11-16 (水) 17:02:56)~
~
すみません。~
~
Windows10(64bit)にR-3.3.2-win.exeをインストールしました。...
できたアイコンをダブルクリックして起動したのですが(R cons...
crtl+pで一つ前に実行したコマンドを出そうとすると印刷にな...
ctrl+nもだめでした。~
~
ヘルプの項のコンソールを見るとctrl+pとctrl+nは履歴と書い...
ファイルの項の印刷はctrl+pとなっており、こちらの動作をし...
~
履歴の移動は矢印キーでもできるとはいえ、できればctrl+pとn...
すが、設定を変更する場所が見つかりませんでした。~
~
そこで、ctrl+pとnで履歴を移動できるようにする方法orヒント...
お教えください。よろしくお願いします。~
//
**プロキシサーバーへの接続 [#w34c3ff8]
>[[ＰＱＰ]] (2016-11-08 (火) 00:42:17)~
~
お世話になります。~
~
Win 7, 32bitでR 3.0.2を使用しています。~
プロキシサーバーを経由する必要があるため、起動ディレクト...
しかし、R 3.3.1をインストールしてパッケージの更新をしたと...
to download mirrors file ( URL
'https://cran.r-project.org/CRAN_mirrors.csv' を開けませ...
file 'C:/PROGRA~1/R/R-33~1.1/doc/CRAN_mirrors.csv'
警告: リポジトリー https://cran.ism.ac.jp/src/contrib ...
URL 'https://cran.ism.ac.jp/src/contrib/PACKAGES' を開...
警告: リポジトリー http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/s...
URL 'http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/src/contrib/PAC...
警告メッセージ:
download.file(url, destfile = f, quiet = TRUE) で:
cannot open URL 'https://cran.r-project.org/CRAN_mirror...
HTTP status was '407 Proxy Authentication Required'
Sys.getenv("http_proxy") で.Rprofile通りの設定になってい...
どのようにすればインターネットに接続できるかご教示宜しく...
//
- install.packages("package_name", method="libcurl") では...
- 試してみましたが、同様のエラーが生じるだけでした。「Pro...
- https://*** にアクセスしているようです。https_proxy（ht...
- いえ、http_proxyとして設定しています。念のためhttps_pro...
- 認証ありプロキシのようですので、以下のホームページを参...
- 同様のエラーが生じました。R 3.0.2は問題ないのに、R 3.3....
- http_proxy_user=ask -- &new{2016-11-11 (金) 13:32:05};
- 比較的最近に追加された解答なので参考になるかもしれませ...
- ありがとうございます。ご提示いただいた方法をすべて試し...
- かなり下に以下のようなコメントがありました。参考になれ...
- setInternet2(FALSE)と入力するとエラーになりました。&br;
Rの開発者たちに質問したところ、以下のようにすることで解決...
Sys.setenv(http_proxy="http://proxyserver:port") &br;
options(repos="http://cloud.r-project.org/") &br;
options(download.file.method="internal") -- [[ＰＱＰ]] &...
**leafletでのコロプレス図とマーカーについて(3) [#wcaefe71]
>[[TAKA?]] (2016-10-27 (木) 07:43:50)~
~
詳しく書いてみました。
よろしくお願いします。
library(leaflet)
library(RColorBrewer)
library(maptools)
library(knitr)
#「JPN_adm1.shp」は「http://www.gadm.org/country」から
file <- "JPN_adm1.shp"
# データの準備
# 緯度経度なので+projにlonglatを指定
# SpatialPolygonDataframeとして読み込み
pj <- CRS("+proj=longlat +datum=WGS84")
Jpn <- maptools::readShapePoly(file,proj4string = pj,IDv...
# データ部の下から10レコードを表示
Jpn@data %>% tail(.) %>% kable()
# ポリゴン部一つ目を表示
Jpn@polygons[1]
#「http://www.gadm.org/country」から取得したデータに人口...
# 「JPN_adm1.shp」で「Hyﾅ紅o」となっているのであわせた
jpad <- read.table("JPN_adm1.csv", header=TRUE, sep=",",...
dec=".", fill=TRUE, quote="\"", strip.white=TRUE)
# 都道府県名「NAME_1」でmerge
Jpn <- merge(Jpn,jpad,by="NAME_1")
#今回使用する以下のものに整理
# ・ NAME_1 = 都道府県名
# ・ PD = 人口密度(人/km2)
#lng,latに代表点を格納
Jpn.d<- data.frame(PREF = Jpn$NAME_1, #各小地域名称
PD = Jpn$PD) #人口密度
Jpn@data <- Jpn.d
Jpn@data %>% tail(.) %>% kable(.,format="markdown")
# コロプレス図( 離散化:等分法)
# 人口密度を%で表示しているのは変ですがご容赦
pal_q <- leaflet::colorQuantile(
palette = "Reds",
domain = Jpn@data$PD, n=10)
m <- leaflet::leaflet(Jpn)
m %>%
addProviderTiles(provider = "OpenStreetMap.BlackAndWhi...
addPolygons(stroke = FALSE,
fillOpacity = 0.9,
color = ~pal_q(Jpn.d$PD)) %>%
addLegend(position='bottomright', pal=pal_q, values=~P...
labels=~classlabel$label)
希望としては上記でできる地図と下記でできる地図を合体したい~
コロプレス地図上で、地点表示をしたい
df <- data.frame(
id = 1:5,
lng = rnorm(5,mean=135,sd=0.5),
lat = rnorm(5,mean=35,sd=0.5),
pop = c("kosaki","chitoge","tsugumi","marika","yui"))
m <- leaflet(df) %>% addTiles()
m %>%
addMarkers(lng=~lng, lat=~lat, popup=~pop, label=pas...
//
- 途中でエラーが出てしまい，追試できない -- &new{2016-10...
> Jpn <- maptools::readShapePoly(file,proj4string = pj,I...
getinfo.shape(filen) でエラー: Error opening SHP file
- >途中でエラーが〜~
それはファイルパスの問題です、自身の環境に合わせてfile <-...
[解答]~
以下のように最後の行を付け加えるだけです。#lng,latに代表...
なお、addMarkers()のlabelは現時点では開発版leafletのみの...
m <- leaflet(Jpn)
m %>%
addProviderTiles(provider = "OpenStreetMap.BlackAndWh...
addPolygons(stroke = FALSE,
fillOpacity = 0.9,
color = ~pal_q(Jpn@data$PD)) %>% # Jpn.d$...
addLegend(position='bottomright', pal=pal_q, values=~...
addMarkers(lng=~lng, lat=~lat, popup=~pop, label=past...
**leafletでのコロプレス図とマーカーについて(2) [#w9b84cb5]
>[[TAKA?]] (2016-10-24 (月) 00:35:52)~
~
前回の質問があいまいだったので、補足します。shpファイルか...
//
- まだまだ，具体的じゃないですよ。せめて，ほかの人があな...
leaflet::leaflet(○○)とleaflet(△△)って，leaflet って関数が...
このようなことに対応できないようなら，コメントも望み薄じ...
** leafletでのコロプレス図とマーカーについて [#k3292cf3]
>[[TAKA?]] (2016-10-23 (日) 15:52:03)~
~
「https://book.mynavi.jp/manatee/detail/id=59406」を参考...
//
**var.testの95％信頼区間に関する質問です [#n3733ad1]
>[[yoshida931]] (2016-10-21 (金) 19:18:57)~
~
x <- c(12,18,15,14,16,17,15,16,14,13,12)
y <- c(9,10,12,8,11,10,8,9,12,13,11,10)
var.test(x, y)
95 percent confidence interval:
0.4216858 5.4487216
次の式との違いが理解できません
x <- c(12,18,15,14,16,17,15,16,14,13,12)
y <- c(9,10,12,8,11,10,8,9,12,13,11,10)
qf(0.05, length(x)-1, length(y)-1)
qf(0.975, length(x)-1, length(y)-1)
95 percent confidence interval:
0.2728577 3.525672
どうか宜しくお願いいたします~
//
- qf(0.05, length(x)-1, length(y)-1) は qf(0.025, length(...
実際の分散の値が計算式のどこにも出てこないのがそもそもお...
stats:::var.test.default を見ればすぐにわかりますが，正し...
> x <- c(12,18,15,14,16,17,15,16,14,13,12)
> y <- c(9,10,12,8,11,10,8,9,12,13,11,10)
> a <- var(x) / var(y)
> a / qf(0.025, length(x)-1, length(y)-1)
[1] 5.448722
> a / qf(0.975, length(x)-1, length(y)-1)
[1] 0.4216858
です。~
たとえば，http://www-cc.gakushuin.ac.jp/~20130021/mathsta...
- ありがとうございました。明確なご回答をいただき感謝して...
**sapply(x, RMeCabC)時の予期せぬエラー [#s9b7dacf]
>[[hashi]] (2016-10-20 (木) 12:59:23)~
~
お世話になります。~
1000000件程度のレビューデータの形態素解析を行うためにRMeC...
一息に行うには難しいと思いましたので10000件にづつに分割し...
（RStudioを用いている時にはR Session Aborted と表示されま...
~
Rを再起動して再び走らせるとうまく走るようですが、しばらく...
~
Rを止めることなく、解析を行うためにはどのような対策が考え...
~
コードは以下です。
> # x は10000件のレビューテキストが入っているベクトルで...
> for(i in 1:100){
> load(paste0("x", i, ".Rdata"))
> a <- sapply(x, RMeCabC)
> save(a, file=paste0("a", i, ".Rdata"))
> }
>
> sessionInfo()
R version 3.3.1 (2016-06-21)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Jap...
LC_MONETARY=Japanese_Japan.932 LC_NUMERIC=C ...
[5] LC_TIME=Japanese_Japan.932
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets
methods base
other attached packages:
[1] RMeCab_0.99994
loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.3.1
なお、Rの再インストールやRMeCabの再インストール等は試して...
どうぞよろしくお願いいたします。~
//
- 「load, saveでは問題が生じていない」のは，確かなのでし...
- もしかすると forループの最後に rm(x); rm(a); gc(); gc...
- cat()で確認を行ったところ、何回目かのsapply(RMeCabC)で...
- traceback() で原因箇所を特定すべし -- &new{2016-10-21 ...
- 試しにsapply()部をforで書き直してみたり、1000データセッ...
- エラーではなくRセッションが停止してしまいますので、trac...
- rm()とgc() を組み合わせる方法で解決できました。ありがと...
**2つの配列を1つの配列にまとめる方法 [#r80cfc5c]
>[[まさ]] (2016-10-06 (木) 11:07:30)~
~
お世話になります。~
配列に関してですが、2つの配列を行列の積を求めることで1つ...
> a<-array(1:8,dim=c(2,2,2))
> a
, , 1
[,1] [,2]
[1,] 1 3
[2,] 2 4
, , 2
[,1] [,2]
[1,] 5 7
[2,] 6 8
> b<-array(1:8,dim=c(2,2,2))
> b
, , 1
[,1] [,2]
[1,] 1 3
[2,] 2 4
, , 2
[,1] [,2]
[1,] 5 7
[2,] 6 8
> c<-array(a%*%b,dim=c(2,2,2))
> c
, , 1
[,1] [,2]
[1,] 204 204
[2,] 204 204
, , 2
[,1] [,2]
[1,] 204 204
[2,] 204 204
となり、計算がうまくいきません。~
どこが間違えているかご指摘よろしくお願いします！~
//
- 「2つの配列を行列の積を求めることで1つにまとめる」とい...
すぐ下のコメントでも書いたけど，（プログラムを書くときに...
ページの上の方の青い●が4つ並んでいるうちの最初の項目~
新規投稿欄: --- その前に，「投稿における注意事項」を...
ってのを，読みましたか？~
さらにその「投稿における注意事項」ページの中に，~
投稿する前にまず [heart] 投稿文書の書式 [heart] を読...
というのもあるんですよね。読まずに投稿して，「変になちゃ...
> array(sapply(1:2, function(i) a[, , i] %*% b[, , i]), ...
, , 1
[,1] [,2]
[1,] 7 15
[2,] 10 22
, , 2
[,1] [,2]
[1,] 67 91
[2,] 78 106
- 回答ありがとうございます。注意事項読んでなかったです。...
**回帰直線 [#w17edea1]
>[[初心者]] (2016-10-05 (水) 12:13:17)~
~
いつもお世話になっております。~
次のとおり回帰分析を行ったのですが、回帰直線の形状がイメ...
R二乗値は0.63あるのですが、その割にはあまりにも回帰直線が...
a = c(-10.22308777, -17.73631427, -31.26787059, -30.0144...
-0.069389969, -1.527697676, 40.23164602, 17.844279...
32.43250902, -14.69527371, -21.51305243, 2.4671230...
-6.002531197, -5.528871379, -20.72354649)
b = c(3.89776009, -1.599860574, -4.454146619, -6.5917659...
2.356401065, 0.284653276, 8.520993351, 2.143995797...
2.454386261, -1.756563062, -2.934179195, -2.443421...
0.213094238, -0.430802605, -3.039698906)
reg = lm(formula = a ~ b)
plot(a, b)
abline(reg)
summary(reg)
//
- lm と plot で，従属変数と独立変数の指定の仕方を再確認し...
**アーラン分布へのあてはめ（fitdistr) [#b7edaa5a]
>[[TAKA]] (2016-10-05 (水) 12:07:38)~
~
ある分布は待ち時間に関するもので、アーラン分布が予測され...
結果、fitdistrでガンマ分布へのあてはめが可能だとわかりま...
//
- fitdistr の example の二番目に，t分布への当てはめ例があ...
- 御指摘の方法で、完全にうまくいきました！ ありがとうご...
**ベクトルから配列の作成について [#idf2a9b9]
>[[まさ]] (2016-10-03 (月) 18:36:06)~
~
お世話になります。~
行列の各要素にそれぞれベクトルを挿入して配列を作るにはど...
例えば、
a<-c(1,2,3,4,5)
b<-c(6,7,8,9,10)
c<-c(11,12,13,14,15)
d<-c(16,17,18,19,20)
というベクトルを使って、
[1]
| 1 11 |
| 6 16 |
[2]
| 2 12 |
| 7 17 |
といった感じで作っていきたいのですが、、、、~
R言語だけでなくプログラミングに対する知識も浅いので、丁寧...
なにとぞよろしくお願いします。~
//
- 古い Q&A 15 を使わないで!。&br;結果はリストで返しますが...
lapply(data.frame(rbind(a, b, c, d)), matrix, nrow=2)
- 結果を配列で欲しいのならばこちらをどうぞ; array(rbind(a...
- 返信ありがとうございます！古いQ&Aを使ってしまい申し訳あ...
**Rの脆弱性について [#e5750086]
>[[Hiro]] (2016-09-28 (水) 15:06:05)~
~
お世話になります。~
~
R3.1.0を使用して医療統計を行い、日本の雑誌に論文を投稿し...
これまで、海外への投稿論文でそのようなことを指摘されたこ...
~
統計的なことでなくて申し訳ないのですが、脆弱性や信頼性に...
//
- なぜ今頃, R-3.1.0なのか？と言う意味なのかもしれません. ...
- アメリカ食品医薬品局（FDA）でもRを採用しているというの...
- あー, FDAとかの関係の文章があったなーと思い出して...R財...
- 査読者の指摘を意訳すると、おそらく「SASやSPSSのような信...
- ありがとうございます。まずは新しいVerで計算して、Increa...
**polygon関数 [#z7385c1c]
>[[Piro]] (2016-09-23 (金) 14:28:02)~
~
いつもお世話になっております。~
対数正規分布のグラフを作成しようとしているのですが、polyg...
使用環境はR version 3.3.1 です。~
data<-c(94.257,54.921,60.819,60.666,105.699,42.525,117.2...
50.901,41.801,44.790,38.811,60.793,39.692,38.387,45.992,...
55.521,72.151,80.017,64.362,113.580,131.497,43.741,44.43...
45.898,45.947,73.002,83.237,64.322,57.769,69.487,54.550)
curve(dlnorm(x,meanlog=mean(log(data)),sdlog=sd(log(data...
xvals=seq(0,39.391,length=40)
dvals=dnorm(xvals)
polygon(c(xvals,rev(xvals)),c(rep(0,40),rev(dvals)),col=...
//
- すみません。下から二行目は dvals=dlnorm(xvals) -- [[Pir...
- すみません。下から二行目は dvals=dlnorm(xvals) -- [[Pir...
- dvals=dlnorm(xvals,meanlog=mean(log(data)),sdlog=sd(log...
- どうもありがとうございました。最後の行の訂正も、「なる...
**複数の関数にパイプ（%>%）するときの挙動 [#n46079f9]
>[[kei]] (2016-08-30 (火) 05:31:12)~
~
いつもお世話になります。~
magrittrパッケージを使って複数の関数にパイプしたいと思っ...
# str()とsummary()の結果がコンソールに表示される⇒問題なし~
iris %>% {
str(.)
summary(.)
}
# str()の結果はコンソールに表示されるがsummary()の結果が...
iris %>% {
summary(.)
str(.)
}
# print()でコンソール出力を明示すると表示される
iris %>% {
print(summary(.))
print(str(.))
}
# 関数は動いているようで、以下の場合は変数が読み込まれま...
iris %>% {
x <<- summary(.)
y <<- str(.)
}
この点について原因や考え方をご存知の方がいらっしゃいまし...
よろしくお願いします。~
//
- 初投稿で表示がおかしくなってしまいました。申し訳ありま...
- { } で表される複文は，最後の関数の実行結果を返す。実行...
> {1; 3; 5} # 数値も「式」である
[1] 5
> {1; sqrt(3); invisible()}
> 【何も表示されない】
summary() の戻り値はその結果であるが，str( ) の戻り値は ...
- ご回答いただきましてありがとうございます。また、投稿の...
**rpartオブジェクトの編集について [#b979b342]
>[[yu]] (2016-08-23 (火) 20:44:26)~
~
いつもお世話になります。~
rpartのpredictで出力される確率を自分で編集したいと思って...
rpartのドキュメントを見て、~
$frame$dev~
などを変更してみたのですが、predictの結果には寄与していな...
どなたか、predict結果に任意の確率を出力する方法をご存知の...
//
- > predict結果に任意の確率を出力&br;って，なにをどのよう...
> library(rpart)
> head(kyphosis)
Kyphosis Age Number Start
1 absent 71 3 5
2 absent 158 3 14
3 present 128 4 5
4 absent 2 5 1
5 absent 1 4 15
6 absent 1 2 16
> fit <- rpart(Kyphosis ~ Age + Number + Start, data = k...
> head(predict(fit))
absent present
1 0.4210526 0.5789474
2 0.8571429 0.1428571
3 0.4210526 0.5789474
4 0.4210526 0.5789474
5 1.0000000 0.0000000
6 1.0000000 0.0000000
> newdata <- read.table(text=" Kyphosis Age Number Start
+ present 42 7 6
+ present 35 9 7
+ absent 100 3 14
+ absent 125 2 11
+ absent 1 4 15", header=TRUE)
> newdata
Kyphosis Age Number Start
1 present 42 7 6
2 present 35 9 7
3 absent 100 3 14
4 absent 125 2 11
5 absent 1 4 15
> predict(fit, newdata=newdata)
absent present
1 0.4210526 0.5789474
2 0.4210526 0.5789474
3 0.4285714 0.5714286
4 0.8571429 0.1428571
5 1.0000000 0.0000000
- 説明不足で申し訳ありません。また、実例を示していただき...
今回、事前に学習しておいたモデル（例えば上記ではfit）を実...
この時、fitのパラメータを変えることで、次回からpredictを...
もう一度決定木の学習をすればいいと思うかもしれませんが、...
- 追記~
下記の「xxxxxxxxxxxを実行」に入るような機能を探しています
> fit <- rpart(Kyphosis ~ Age + Number + Start, data = k...
> newdata
Kyphosis Age Number Start
1 present 42 7 6
2 absent 35 9 7
3 absent 100 3 14
4 absent 125 2 11
5 absent 1 4 15
> predict(fit, newdata=newdata)
absent present
1 1.0000000 0.0000000
2 1.0000000 0.0000000
3 1.0000000 0.0000000
4 1.0000000 0.0000000
5 1.0000000 0.0000000
# あれ、absent 100%の結果だったのにpresentが混ざっている...
> fit$frame$n[3] = 20
> fit$frame$dev[3] = 16
> predict(fit, newdata=newdata)
absent present
1 1.0000000 0.0000000
2 1.0000000 0.0000000
3 1.0000000 0.0000000
4 1.0000000 0.0000000
5 1.0000000 0.0000000
# 何も変わってない・・・
> xxxxxxxxxxxを実行
absent present
1 0.8000000 0.2000000
2 0.8000000 0.2000000
3 0.8000000 0.2000000
4 0.8000000 0.2000000
5 0.8000000 0.2000000
# できたー
- > あれ、absent 100%の結果だったのにpresentが混ざってい...
- データに基づいた予測です。今回は例のため５件で書きまし...
- どうもよくわかりませんが，「データに基づいた予測」とい...
- 例えば、classが故障、非故障だったとします。故障のクラス...
- > 必然性があるかという論点で議論をしても平行線&br;可能...
- 読解力がなくてあさってな回答かもしれませんけど、求めら...
**GLM関数を用いたガンマ分布のFittingについて [#c4d3b470]
>[[michael]] (2016-08-11 (木) 21:31:03)~
~
初めて書き込ませていただいています。Rの全くの初心者です。~
大学院の研究で使用しているデータの処理をRで行おうとして四...
~
使用環境は~
R version 3.3.1 (2016-06-21)です。~
~
nlsでの解析は以下の通りです。
# 観測値（時間）
sec <- c(0, 2, 4, 6, 8.1, 10.1, 13.2, 16.2, 19.3, 22.3, ...
# 観測値（結果）
hu <- c(0.7, 0.3, 47.7, 149.3, 195.8, 243.5, 236.9, 141,...
# 観測値のプロット
plot(sec, hu)
# Fitting したいデータ選択
x <- sec[2:10]
y <- hu[2:10]
model = (y~x)
# 非線形回帰
result <- nls(y ~ (c*x^(a)*exp(-x/b)/gamma(a+1)), start ...
# 結果のサマリー
summary(result)
coefficients(result)
# 係数の取り出し
coe <- result$m$getPars()
# 係数取り出しの確認(1,2,3 が abc に相当)
coe[1]
#近似曲線の作成
t <- seq(0, 60)
z <- coe[3]*t^(coe[1])*exp(-t/coe[2])/gamma(coe[1]+1)
lines(t, z)
一方でGLM関数を用いて
sec <- c(0, 2, 4, 6, 8.1, 10.1, 13.2, 16.2, 19.3, 22.3, ...
hu <- c(0.7, 0.3, 47.7, 149.3, 195.8, 243.5, 236.9, 141,...
plot(sec, hu, ylim=c(0, 1000))
sec.pos<- sec[2:10]
hu.pos<- hu[2:10]
glm.hu <- glm(hu.pos~sec.pos, family = Gamma)
glm.hu$coefficients
x <- seq(0, 60)
eta.pred <- glm.hu$coefficients["(Intercept)"]+glm.hu$co...
hu.pred <- 1/eta.pred
1/summary(glm.hu)$dispersion
library("MASS")
a <- gamma.shape(glm.hu)$alpha
a
s.hu.pred <- 1/eta.pred/a
lines (x, hu.pred)
とした場合には綺麗なFittingを得ることができません。~
//
- あなたのやろうとしていることは，GLM ではできませんよ。G...
- お返事いただきましてありがとうございます。このデータはG...
- 「自分で調べて！」っていってるのに。久保さんの &br;生態...
・ glm(y ~ x, ...) の x が説明変数で y が応答変数~
・ family で指定する確率分布は...「応答変数の (したがう) ...
・ family 指定は...Gamma: 応答変数が連続値で正の値~
glm で family=Gamma を指定する分析例（glm のオンラインヘ...
# A Gamma example, from McCullagh & Nelder (1989, pp. 30...
> clotting <- data.frame(
+ u = c(5,10,15,20,30,40,60,80,100),
+ lot1 = c(118,58,42,35,27,25,21,19,18))
> ans <- glm(lot1 ~ log(u), data = clotting, family = Ga...
> summary(ans)
Call:
glm(formula = lot1 ~ log(u), family = Gamma, data = clot...
略
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) -0.0165544 0.0009275 -17.85 4.28e-07
log(u) 0.0153431 0.0004150 36.98 2.75e-09
(Dispersion parameter for Gamma family taken to be 0.002...
Null deviance: 3.51283 on 8 degrees of freedom
Residual deviance: 0.01673 on 7 degrees of freedom
AIC: 37.99
Number of Fisher Scoring iterations: 3
> plot(lot1 ~ log(u), data=clotting)
> lines(fitted(ans) ~ log(clotting$u), type="b", pch=19)
ガンマ分布のパラメータなんか予測してないでしょう？別もの...
もっとも，両者が全く関係ないわけではなくて~
ぎょーむ日誌 2009-12-12 http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~k...
のような関係はある。しかし，あなたのやりたいことをやるに...
&ref(aa.png);
- 助かりました。ご丁寧に教えてくださいまして本当にありが...
**KFASを使用した時系列分析について [#y167d3ed]
>[[べのたみ]] (2016-08-11 (木) 08:58:32)~
~
http://elsur.jpn.org/ck/#intro~
の説明と置いてくださっているソースコードを見ながら状態空...
9章のパケージKFASを使用する部分で、exercise.Chapter9.4a ...
行列Hの値などが出力結果として示されているものと桁が異なる...
9.4bのソースコードを使った値は表示されているものとほぼ同...
原因と解決策につながるヒントがいただけたら嬉しいです。~
~
使用環境は以下の通りです~
R version 3.3.1 (2016-06-21)~
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)~
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1~
~
other attached packages:~
[1] KFAS_1.2.3 dlm_1.1-4
//
- 私が実行しても行列Hの値は桁が異なっていました。ご当人に...
- コメントありがとうございました。methodに選べるものに何...
**par() の値を恒久的に変えるには・・・ [#y7e2f058]
>[[すみこ]] (2016-08-07 (日) 05:45:14)~
~
R を起動させるたびに~
par(las=1)~
をしているのですが、それを自動に行う方法はありますか？~
あるいはデフォルトを恒久的に変えられますか？~
//
- par に限りませんが，R の起動のたびに行う一連の設定など...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さん。親切なご返事...
library(survival)
cat('Welcome!', '\n')
a <- 10
plot(rnorm(10))
このうち最初の３つはちゃんと走るのですが、Error: could no...
R version 3.3.1 (2016-06-21) -- "Bug in Your Hair"
Copyright (C) 2016 The R Foundation for Statistical Comp...
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditi...
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
Natural language support but running in an English locale
R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publicati...
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help,...
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
Welcome!
Error: could not find function "plot"
[R.app GUI 1.68 (7238) x86_64-apple-darwin13.4.0]
[Workspace restored from /Users/tatsukikoyama/.RData]
[History restored from /Users/tatsukikoyama/.Rapp.history]
> a
[1] 10
- par, plot は graphics パッケージ，rnorm は stats パッケ...
library(survival)
cat('Welcome!', '\n')
a <- 10
library(graphics)
library(stats)
plot(rnorm(10))
その他，sessionInfo() で表示されるパッケージ（base など）...
attached base packages:
[1] grDevices utils datasets stats graphics me...
other attached packages:
[1] survival_2.39-5
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Matrix_1.2-6 splines_3.3.1 grid_3.3.1 latt...
- ありがとうございます！ すべて解決しました！！ -- [[す...
- でも par(las=1) とかはウィンドウを閉めたらリセットされ...
- なるほど。勉強になります。試行錯誤で，以下のようにした...
setHook("plot.new", function() par(las=1))
この場合は，library(graphics) や library(stats) は不要で...
- いつもお世話になっております。a=c(-10.22308777,-17.7363...
**クラスタ分類時の各項目にラベル付け [#lc9c0eba]
>[[ゴヤンキー]] (2016-08-02 (火) 13:43:13)~
~
初めての投稿です。~
よろしくお願いいたします。
店舗名 3分 5分 7分
aaa 16,347 47,412 89,237
bbb 3,047 10,191 30,263
ccc 5,974 20,824 50,549
ddd 8,852 26,060 48,916
といったデータをクラスタ分類するときに、実行結果にaaa、bb...
~
何か方法はございますでしょうか？~
~
csvファイルからデータ読み込みしております。~
//
- plot 関数に labels という引数があるでしょ -- [[河童の屁...
> d = data.frame(name=letters[1:5], x=rnorm(5), y=rnorm(...
> plot(hclust(dist(d[,2:3])), labels=d$name)
- 具体的なコードを提示されないと、どの関数を使った場合の...
> a <- read.table(text="店舗名 3分 5分 7分
+ aaa 16,347 47,412 89,237
+ bbb 3,047 10,191 30,263
+ ccc 5,974 20,824 50,549
+ ddd 8,852 26,060 48,916", header = TRUE)
> a[,2:4] <- lapply(a[,2:4],function(x){as.numeric(gsub(...
> a
店舗名 X3分 X5分 X7分
1 aaa 16347 47412 89237
2 bbb 3047 10191 30263
3 ccc 5974 20824 50549
4 ddd 8852 26060 48916
> dist(a[, 2:4])
1 2 3
2 70994.55
3 48075.80 23090.04
4 46237.06 25168.58 6193.97
行名が1,2,3になっているのをaaa,bbb,cccに変更します。
> row.names(a) <- a[,1]
> a
店舗名 X3分 X5分 X7分
aaa aaa 16347 47412 89237
bbb bbb 3047 10191 30263
ccc ccc 5974 20824 50549
ddd ddd 8852 26060 48916
> dist(a[, 2:4])
aaa bbb ccc
bbb 70994.55
ccc 48075.80 23090.04
ddd 46237.06 25168.58 6193.97
- まあ，最善の方法を教えるのも善し悪しで，read.table で r...
> # "," は read.table に渡す前に削除しておく
> a <- read.table(text=gsub(",", "", "店舗名 3分 5分 7分
+ aaa 16,347 47,412 89,237
+ bbb 3,047 10,191 30,263
+ ccc 5,974 20,824 50,549
+ ddd 8,852 26,060 48,916"), header = TRUE, row.names=1)
> a
X3分 X5分 X7分
aaa 16347 47412 89237
bbb 3047 10191 30263
ccc 5974 20824 50549
ddd 8852 26060 48916
- 「row.names=1 」は知りませんでした。勉強になります。 --...
- ご回答いただきまして大変ありがとうございます。&br;また...
**ベクトルの分割について [#l70aa259]
>[[ロペ]] (2016-08-01 (月) 11:35:57)~
~
お世話になります。~
x <- 13
1:x
のようなベクトルがあった時に、長さ5で分割して~
1 2 3 4 5
6 7 8 9 10
11 12 13
のようなリストを作りたいのですが、良い方法はありますでし...
~
宜しくお願いします。~
//
- 「リスト」はRオブジェクト型のリストのことではなくて一般...
> matrix(c(1:x, rep(NA, 5 - (x %% 5))), ncol = 5, byrow ...
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,] 1 2 3 4 5
[2,] 6 7 8 9 10
[3,] 11 12 13 NA NA
要素数が5の倍数でないと行列が作れないので、足りない分をNA...
もし、「リスト」がRのリストという意味なら、
> a <- list()
> for(i in 1:((x %/% 5) + 1)) a[[i]] <- (1:x)[((i-1)*5+1...
> a
[[1]]
[1] 1 2 3 4 5
[[2]]
[1] 6 7 8 9 10
[[3]]
[1] 11 12 13 NA NA
というのはいかがでしょうか。また、別解として、split()を使...
> suppressWarnings(split(1:x, gl(x %/% 5 + 1, 5)))
$`1`
[1] 1 2 3 4 5
$`2`
[1] 6 7 8 9 10
$`3`
[1] 11 12 13
- ご回答ありがとうございました。「リスト」はRのリストとい...
**heatmapの縦横比率の調整について [#m171927a]
>[[ひい]] (2016-07-28 (木) 17:16:22)~
~
heatmap()を用いてヒートマップ図を描いています。以下のよう...
data <- as.matrix(read.table("http://stat.biopapyrus.net...
heatmap(data)
引数cexRowで文字サイズを小さくするのではなく、heatmap図を...
~
環境はWindows 7、R 3.3.1です。どなたかご助言を宜しくお願...
//
- heatmap()は融通が利かないので、gplotsパッケージのheatma...
library(gplots)
heatmap.2(data, trace="none", key=F, lhei=c(1,6), margin...
あたりでしょうか。あとは出力先をのばせばのびます。 -- [[...
**lattice qqmathの軸交換 [#i8d0736f]
>[[t^2]] (2016-07-23 (土) 10:18:05)~
~
初めて投稿します。よろしくお願いします。~
latticeライブラリーのqqmath()を使用しています。~
以下のようにすると、横軸qnorm, 縦軸xになります。~
横軸x, 縦軸qnormで描きたいのですが、方法はありますか?~
~
例:
library(lattice)
df <- data.frame(label=rep("A",200),x=rnorm(200))
df <- rbind(df, data.frame(label=rep("B",200),x=rnorm(20...
df <- rbind(df, data.frame(label=rep("C",200),x=rnorm(20...
gr <- qqmath(~x|label,data=df)
print(gr)
環境は以下です。
R version 3.2.2 (2015-08-14)
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)
Running under: Windows 8 (build 9200)
other attached packages:
[1] lattice_0.20-33
よろしくお願いします。~
//
- 軽くコードに目を通しましたが、qqmathでそれを行うのは難...
少し手間がかかりますが、別途座標値を算出しlatticeで作図す...
latticeでの例：-- [[通りすがり]] &new{2016-08-02 (火) 14:...
df2 <- NULL
lab <- levels(df$label)
for(i in 1:length(lab)) {
temp <- qqnorm(df[df$label==lab[i], "x"], plot.it=F)
df2 <- rbind(df2, as.data.frame(temp))
}
df2 <- data.frame(qnorm = df2$x, x = df2$y, label = df$l...
gr_rev <- xyplot(qnorm ~ x | label, data = df2)
- ありがとうございました。思いもよらない方法を教えてくだ...
type=c("b")で線をつないだ場合に悲しい結果になったので、so...
df2 <- NULL
lab <- levels(df$label)
for(i in 1:length(lab)) {
temp <- qqnorm(sort(df[df$label==lab[i], "x"]), plot.i...
df2 <- rbind(df2, as.data.frame(temp))
}
df2 <- data.frame(qnorm = df2$x, x = df2$y, label = df$l...
gr_rev <- xyplot(qnorm ~ x | label, data = df2, type = c...
**persp関数 の軸目盛表示について [#vf69ea46]
>[[こやP]] (2016-07-08 (金) 15:23:01)~
~
R初心者です。よろしくお願いします。~
~
plot関数ではaxis関数と組み合わせて使用して軸の目盛を任意...
~
persp関数を使った作図で軸の目盛を自由に変更したいのですが...
~
R version 3.1.2 (2014-10-31)~
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)~
~
よろしくお願いいたします。~
//
- 軸の目盛りはnticksオプションで増やしたり減らしたりでき...
## デモデータ
y <- x <- seq(-10, 10, length= 30)
f <- function(x,y) { r <- sqrt(x^2+y^2); 10 * sin(r)/r }
z <- outer(x, y, f)
z[is.na(z)] <- 1
## 描画
p <- persp(x, y, z, theta = 50, phi = 30, expand = .3, c...
xa <- trans3d(pretty(x, n = 5), rep(min(y), 5) - .5, rep...
text(xa, LETTERS[1:5])
ya <- trans3d(rep(max(x), 12) + .2, seq(min(y), max(y), ...
text(ya, month.name, adj = 0, xpd = TRUE)
za <- trans3d(rep(min(x), 3), rep(min(y), 3) - .2, (0:2)...
text(za, c("low", "middle", "high"), adj = 1, xpd = TRUE)
#ref(persp.axes.png,center)
- ありがとうございました。 -- [[こやP]] &new{2016-07-20 (...
**エラー対処 [#sb34bca4]
>[[R初心者]] (2016-07-02 (土) 18:36:05)~
~
R初心者です．どうぞ宜しくお願い致します．~
下記のエラーを消せないのですが，どこを修正すると良いので...
Error in (function (..., row.names = NULL, check.rows = ...
arguments imply differing number of rows:
//
- エラーメッセージを示すのは当然必要ですが，そのエラーが...
**subset [#q488ff80]
>[[Rに困った人]] (2016-06-29 (水) 20:54:30)~
~
R初心者です．どうぞよろしくお願いいたします．~
~
subset(x,条件式)を使って，階層ごとにデータ整理をしたいと...
条件式にて，「x$area=="A市"」のようにすれば良いとは思うの...
//
- split を使うと良いでしょう。example(split) で利用例が示...
- ご丁寧にありがとうございます． -- [[Rに困った人]] &new{...
**文字列の日本語の除去 [#t24f5394]
>[[さぶ]] (2016-06-09 (木) 11:14:33)~
~
以下のような日本語と半角英数字の混在した文字列から、日本...
"12wあsxいdr5日本6tgbhnuん89iko"~
gsubで日本語のみを空文字に置換すればよいと考えたのですが...
~
環境はWindows 7の32bit、R 3.3.0です。~
~
お手数ですが、ご助言宜しくお願いします。~
//
- 【半角英数字「以外」】を表す正規表現を使う -- &new{201...
- gsub("^[[:alnum:]]","","12wあsxいdr5日本6tgbhnuん89iko"...
- オンラインヘルプをよく読んでね。
For example, [[:alnum:]] means [0-9A-Za-z], ...
だから，半角英数以外は [^[:alnum:]] なんですよ。よくわか...
> gsub("[^[:alnum:]]","","12wあsxいdr5日本6tgbhnuん89iko")
[1] "12wsxdr56tgbhnu89iko"
> gsub("[^A-Za-z0-9]","","12wあsxいdr5日本6tgbhnuん89iko")
[1] "12wsxdr56tgbhnu89iko"
> gsub("[ぁ-嶲]","","12wあsxいdr5日本6tgbhnuん89iko") # ...
[1] "12wsxdr56tgbhnu89iko"
- 私の環境では"[^A-Za-z0-9]"のみ目的の結果が得られ、"[^[:...
**パスワードつきのエクセルファイルの読み込み方 [#ha41f2e9]
>[[X]] (2016-06-08 (水) 17:08:46)~
~
以下のようにパスワードでロックのかかったエクセルファイル...
library(xlsx)
read.xlsx("file.xlsx", 1, header=T, encoding="UTF-8")
.jcall("RJavaTools", "Ljava/lang/Object;", "invokeMethod...
org.apache.poi.EncryptedDocumentException: The supplied ...
to be an Encrypted .xlsx file. It must be decrypted befo...
it cannot be used by HSSF
Rでパスワードを入力して読み込む方法があればご教示頂けます...
~
宜しくお願いします。~
//
- [[これ:http://stackoverflow.com/questions/13996740/impo...
- ありがとうございました。excel.linkが便利そうなので使用...
**一行ずつテキスト取り出して、各テキストファイルに書き出...
>[[三回生]] (2016-06-07 (火) 01:02:04)~
~
大学三回生です。R初心者です。よろしくお願いします。~
~
大学の授業で、データフレームを操作する課題がだされました。~
内容は、21行（テキストデータ）1列のxxxx.csv(1行目は変数名...
以下のように記述してみたものの、うまくいきません。
xxxx <-read.csv("xxxx.csv", header = TRUE)
n <- 1:20
for (i in 1:n) {
file.name <- sprintf("text_%02d.txt", i)
dat[i] <- xxxx[i,]
write.csv(dat[i], "file.name")
}
どこが問題で、どのように修正するべきかを教えていただけま...
よろしくお願いします。~
//
- 1度に全てをやろうとするから、問題点が見えないのでは。 -...
> 1:n
[1] 1
警告メッセージ:
1:n で: 数値式は 20 個の要素を持っています: 最初の要...
1つ1つ段階的に確認していけば、この時点で既に間違っている...
- コメントありがとうございます。一行ずつ確認しました。フ...
n <- 5
for (i in 1:n) { # i は 1, 2 が順次代入される
x[i] <- xxxx[i,1]
file.name[i] <- sprintf("text%03d.txt", i)
write(x[i], file = "file.name[i]", ncolumns = 1)
}
- file = "file.name[i]" と file = file.name[i] の違いがわ...
- 繰り返しますが、1度に全てをやろうとするから、問題点が見...
> file.name <- character() #次の行をいきなり実行するとエ...
> file.name[1] <- "text001.txt" # i=1の場合を実行
> "file.name[1]"
[1] "file.name[1]"
> file.name[1]
[1] "text001.txt"
- 大学の課題って...指導教員とのやり取りなんだろうか？↑ --...
- ↑ 確かに私は大学教員だしRも教えているけど、見ず知らずの...
- 時間がかかりましたが、無事にコードを作成できました。ど...
**ggplot2のtheme_classicで軸が非表示になる [#s022b42f]
>[[SATO]] (2016-06-05 (日) 01:02:47)~
~
R3.3.0でggplot2を使っています．図をシンプル（X軸とY軸のみ...
//
**ggplot2の戻り値，返り値の参照方法について教えてください...
>[[さかなねこ]] (2016-05-24 (火) 04:56:38)~
~
ggplot2の戻り値，返り値の参照方法について教えてください~
たとえば，baseのhist関数だと描画後に返り値を参照して別の...
> h2 <- hist(iris[,1], seq(0,10,1))
> names(h2)
[1] "breaks" "counts" "density" "mids" "xname" ...
> str(h2)
List of 6
$ breaks : num [1:11] 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ...
$ counts : int [1:10] 0 0 0 0 32 57 49 12 0 0
$ density : num [1:10] 0 0 0 0 0.213 ...
$ mids : num [1:10] 0.5 1.5 2.5 3.5 4.5 5.5 6.5 7.5 ...
$ xname : chr "iris[, 1]"
$ equidist: logi TRUE
- attr(*, "class")= chr "histogram"
となり，度数を取り出して別途表にすることなどができますが...
> g <- ggplot( iris, aes(x=Sepal.Length))
> g <- g + geom_bar(stat ="bin")
> plot(g)
stat_bin: binwidth defaulted to range/30. Use 'binwidth ...
> names(g)
[1] "data" "layers" "scales" "mapping" ...
[6] "coordinates" "facet" "plot_env" "labels" ...
となり，度数データがどこにあるのかわかりません。~
ggplotで作ったグラフの数値データ（返り値，戻り値）はどこ...
下記サイトによれば，どこかにしまわれているように思えるの...
https://github.com/hadley/ggplot2-book/blob/master/layers...
//
- ggplot なんかおやめなさい -- [[ ]] &new{2016-05-24 (火...
- 確かに，facet_wrap, gridが便利で目立ちますがbaseを極め...
- ggplotユーザではないので、外しているかもしれませんが、...
> a <- plot(g)
> a$data[[1]]$count
[1] 4 1 4 2 11 10 9 4 7 7 6 8 7 9 6 4 9 1...
[27] 1 4 0 1
- まさに欲しいものが得られました！ gではなくてplot(g)を...
**rpartの学習済みモデルのsaveとloadについて [#z3e3bc94]
>[[yu]] (2016-05-18 (水) 23:01:45)~
~
rpartで学習した結果のモデルを保存したいのですがその方法が...
例えば下記のようにしても、エラーが出て保存することができ...
~
また可能でしたらモデルを読み込んで使用する方法もご教授い...
ct <- rpart(answer ~ hit + num, method = "class" , cont...
rpart.plot(ct, type = 1, uniform = TRUE, extra = 1, unde...
write(data.frame(ct), "c:\\rdata\\tree.txt")
//
- コンソールに表示されるものをそのままファイルに保存した...
- ありがとうございます。できました -- [[yu]] &new{2016-05...
**MeCabの辞書、mecab-ipadic-NEologdを追加できません。 [#d...
>[[初心者]] (2016-05-09 (月) 23:21:04)~
~
以下の手順でmecab-ipadic-NEologdのインストールをおこない...
1. git clone --depth 1 https://github.com/neologd/mecab-...
2. cd mecab-ipadic-neologd
3. ./bin/install-mecab-ipadic-neologd -n
3.の手順を実行したあとに以下のような記述が表示されました...
mecab-ipadic-NEologdのインストールが成功したものだと思っ...
（浅学で申し訳ないのですが、okがたくさん出ておりましので...
[install-mecab-ipadic-NEologd] : Start..
[install-mecab-ipadic-NEologd] : Check the existance of ...
[install-mecab-ipadic-NEologd] : find => ok
: 【途中省略】
[install-mecab-ipadic-NEologd] : diff => ok
[install-mecab-ipadic-NEologd] : tar => ok
[install-mecab-ipadic-NEologd] : unxz is not found.
そして公式にあるように以下の文言を実行しましたが、エラー...
echo "10日放送の 【途中省略】 一幕があった。" | mecab -d...
param.cpp(69) [ifs] no such file or directory:
/usr/local/lib/mecab/dic/mecab-ipadic-neologd/dicrc
どうすればこの問題を解決できますでしょうか。ご教授いただ...
//
- 原因は書いてるじゃないですか。> unxz is not found. -- [...
- > unxz is not found. -- [[初心者]] &new{2016-05-10 (火)...
- > unxz is not found. -- [[初心者]] &new{2016-05-10 (火)...
- これが原因だったのですね。 > unxz is not found. これは...
- 書いてあることを書いてある通りに実行できないんですか？ ...
- 程度にもよるけど，初心者さんには，そのページ見ても，ど...
- 投稿方法，一向に進歩しませんな〜〜 -- [[河童の屁は，河...
- unxz, iconv, homebrewを再度入れ直しました。その結果、Co...
- unxz, iconv, homebrewを再度入れ直しました。その結果、Co...
- 「以後、投稿に関する注意事項に気をつけます。」なら、さ...
- まあ，無理な要求でしょう。 -- &new{2016-05-11 (水) 21:...
**MeCabに辞書を追加できません。 [#w738d2c9]
>[[初心者]] (2016-05-08 (日) 19:00:31)~
~
RMeCabでテキストマイニングを行っています。解析結果で文字...
~
環境は以下の通りです。~
Mac10.10.5~
R studio 0.99.489~
R version 3.2.2~
mecab-0.996~
mecab-ipadic-2.7.0-20070801~
~
http://mecab.googlecode.com/svn/trunk/mecab/doc/dic.html~
http://r-kurain.hatenablog.com/entry/20120725/1343226646~
http://www.inabalab.net/yokoyama/statics/r%E3%81%A7%E3%83...
上記のサイトにあるように、以下のフォーマットに沿ってwords...
~
そして、ターミナルから以下のコマンドを実行したところ、()...
~
$/usr/local/Cellar/mecab/0.98/libexec/mecab/mecab-dict-in...
(-bash: $/usr/local/Cellar/mecab/0.98/libexec/mecab/mecab...
~
or~
~
$/usr/local/libexec/mecab/mecab-dict-index -d/usr/local/l...
(-bash: $/usr/local/libexec/mecab/mecab-dict-index: No su...
~
このようなエラーが表示された場合、どのようにすれば単語を...
よろしくお願いします。~
~
また、アンインストールしようとしても()内のエラーが表示さ...
~
cd ~/Downloads~
cd mecab-ipadic-2.7.0-20070801~
sudo make uninstall~
(make: *** No rule to make target `uninstall'. Stop.)~
~
cd ~/Downloads~
cd mecab-0.996~
sudo make uninstall~
(make: *** No rule to make target `uninstall'. Stop.)~
//
- $はプロンプトを示す記号なので、入力する必要はありません...
**時系列csvデータの読み込み [#v25977a4]
>[[しょうもない初心者]] (2016-05-05 (木) 18:04:30)~
~
書き込みが少々気が引けますが、本を買って読み始めたばかり...
~
これまでエクセル表の上だけで、何とかマクロを使ってデータ...
~
データはデマンド計１年分の横軸時刻、縦軸日付で、下記の様...
文字列でアップすると見ず（づ）らいのですが、横が48列、縦...
日付＼時刻 0:30 1:00 1:30 2:00 2:30 3:00 3:30 … 23:30...
2015/7/1 51.3 49.8 52.0 51.7 62.2 70.5 88.6 … 156.1...
2015/7/2 64.3 60.0 57.4 58.8 64.5 70.5 84.3 … 204.2...
…
2016/6/29 42.3 44.4 50.2 63.4 87.5 99.0 105.6 … 253.0...
2016/6/30 52.8 73.5 70.9 82.5 88.4 82.3 120.3 … 324.4...
(↓計365行)
このデータをcsv形式で保存して、read.csvで読み込もうと色々...
日付と時間との1:1データですので、下記の様な2列のデータに...
Date-Time Demand
2015/07/01-00:30:00 51.3
2015/07/01-01:00:00 49.8
…
2016/06/30-23:30:00 324.4
2016/06/30-00:00:00 318.2
//
- 転記をありがとうございましたm(_ _)m -- [[しょうもない初...
- 転記をありがとうございましたm(_ _)m -- [[しょうもない初...
- 時刻ごとのデータを縦に結合して、それに日付をcbindすれば...
日付を繰り返し生成するには、たとえば、以下のように。
startdate<-as.POSIXlt("2016-04-01")
enddate<-as.POSIXlt("2016-06-30")
date_range<-seq(startdate,enddate,by="1 day")
repeats<-48
repeated_dates<-as.POSIXlt(as.character(NULL))
tmp<-as.POSIXlt(as.character(NULL))
for (i in 1:length(date_range)){
tmp<-rep(date_range[i],repeats)
repeated_dates<-c(repeated_dates,tmp)
}
- wakakumo様 早速のご指南をありがとうございました。まだ...
- for を使う必要はない。メモリ確保を気にしなくてよいし。c...
startdate <- as.POSIXlt("2016-04-01")
enddate <- as.POSIXlt("2016-06-30")
date_range <- seq(startdate,enddate,by="1 day")
repeats <- 48
repeated_dates <- rep(date_range, each=repeats) # この一...
爆速だし。 -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁である。]] &n...
- 参考になります。ありがとうございました。 -- [[wakakumo]...
- ありがとうございました。月曜に実データで試させて頂きま...
**Rcpp(C++)で作成した3次元配列をRに連携する方法 [#fd97a533]
> (2016-04-04 (月) 12:56:10)~
~
Rcppを使ってRとC++の連携(下記1-3)を行いたいと思っています...
~
1.RからC++へ2つの行列を渡す~
2.2つの行列を元に特定処理を実行し、3次元配列を作成~
3.2で作成した3次元配列をRに返す~
~
3の方法が分からず、、、もしよければ助言いただけないでしょ...
具体的には下記コードで定義したfuncmatの戻り値の型として何...
3次元配列を返すことができるのでしょうか？~
====下記Rコード====
library( Rcpp )
library( RcppArmadillo )
test <-'
#include <RcppArmadillo.h>
// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
using namespace Rcpp;
// [[Rcpp::export]]
Type funcmat(NumericMatrix A, NumericMatrix B) {
int XXXX[10][20][30];
//行列A、Bに関する処理をXXXXに代入
return (XXXX);
}
'
sourceCpp(code=test)
a <- matrix(1:100,10)
b <- matrix(2:101,10)
c <- funcmat(a,b)
//
- 素直に最初から最後までを C++ で書くことをお勧めします。...
**自作関数の各役割について教えて下さい [#v17abfde]
>[[初学者]] (2016-04-01 (金) 21:35:40)~
~
column_name <- function(name, ...) {~
paste0(name, "[", paste(..., sep = ","), "]") }~
~
上記のfunction(name, ...)の...はどのような役割があるので...
また、2行目のpaste0()内は何をどうしようとしているのでし...
~
よろしくお願いします。~
//
- ...はdotsMethodsのヘルプを参照。paste0の中身はpaste()の...
- pste0 は paste の sep = " " を除いたものです
paste (..., sep = " ", collapse = NULL)
paste0(..., collapse = NULL)
昔はなかった（paste を使っていた）。近年になってから定義...
- 理解できました。ありがとうございました。 -- [[初学者]] ...
**変化をプロット・グラフ化 [#ie941ca9]
>[[Rに困ったさん]] (2016-03-21 (月) 00:27:54)~
~
例としまして，下記のようなデータがあるとします．
ID year distance density pattern
1 2010 20000 1000 move1
1 2011 25000 2000 move1
2 2010 15000 2000 move2
2 2011 12000 1000 move2
縦軸がdistance，横軸がdensityのグラフを作成します．~
IDが1の前年(2010)と本年(2011)をプロットし，2点を線で結び...
IDが2も同様にします．~
IDが1とIDが2のデータは同じグラフ上に示したいです．~
さらに，patternがmove1とmove2で色分けできると嬉しいです．~
~
R初心者です．Rでの表現方法をご存知の方がいましたら，ご教...
//
- どこまで一般化すればよいのかわからないので，取りあえず...
d <- read.table("data0321.R", header=TRUE)
f <- split(d, d$ID)
plot(d$density, d$distance, type="n")
junk <- sapply(f, function(x) lines(x$density, x$distanc...
- 非常に参考になりました．ありがとうございます． -- [[Rに...
**ICCパッケージでエラー [#z1376451]
>[[もち]] (2016-03-15 (火) 10:04:14)~
~
ICCパッケージを以前使用した時は問題無く計算できていたので...
何か情報をお持ちの方がいらっしゃったらお教え下さい。
> library(ICC)
> data(ChickWeight)
> ICCbare(Chick, weight, data = ChickWeight)
aggregate(y ~ x, data = tdata, FUN = length) でエラー:
使われていない引数 (data = tdata, FUN = length)
ICC version 2.3.0
R version 3.2.4 (2016-03-10)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.11.3 (El Capitan)
//
- 同じ環境のようですが，何の問題もなく動きましたが？&br;...
- 仰るとおりでaggregateという関数を消したら正常に動きまし...
**CRLFとLFの改行コードが混じったファイルを改行して読みた...
>[[たく]] (2016-03-14 (月) 13:53:15)~
~
お世話になります。read.tableでファイルを読む際に、元のフ...
//
- OS はなんですか？日本語は UTF-8 だけなんですか？それと...
Mac OS X だと UTF-8 の日本語が入っていて，CRLF と LF （さ...
- ありがとうございます。環境がなく失礼しましたwindowsです...
a <- list(0)
a[[2]] <- c(1:5)
func1 <- function(x){rbind(matrix(x,ncol=1))}
do.call(func1, a)
forで書けなくもないですが-- [[たく]] &new{2016-03-15 (火)...
- a <- list(0) ; a[[2]] <- c(1:5) ; d...
- また説明が不足しており、すみません。rbind(a[[...
- 抽象的な話ばっかりで，らちがあかない。データを簡単にし...
**漸化式の計算 [#s155f238]
>[[さくら]] (2016-03-12 (土) 17:46:42)~
~
漸化式を計算して，~
結果を順番に示す方法を教えてください．~
例えば，~
Vn+1＝2＊Vn＋3＊Vn で初期値を 0.5 にします．~
お願いします．~
//
- 2＊Vn＋3＊Vn って 5*Vn でしょ？ -- [[河童の屁は，河童...
- Vn+1=2*Vn+5*Vn^3 でした．すみません． -- [[さくら]] &n...
- あっという間に Inf になるような例題ですが，あくまでも例...
> n = 10
> # ベクトルとして保存したいなら
> a = numeric(n+1)
> a[1] = 0.5
> for (i in 1:n) {
+ a[i+1] = 2*a[i] + 5*a[i]^3
+ }
> a
[1] 5.000000e-01 1.625000e+00 2.470508e+01 7.544201...
[8] Inf Inf Inf ...
> # 単に表示するだけなら
> v1 =0.5
> for (i in 1:(n+1)) {
+ print(v1)
+ v2 = 2*v1 + 5*v1^3
+ v1 = v2
+ }
[1] 0.5
[1] 1.625
[1] 24.70508
[1] 75442.01
[1] 2.14689e+15
[1] 4.947651e+46
[1] 6.055741e+140
[1] Inf
[1] Inf
[1] Inf
[1] Inf
- > -- [[さくら]] &new{2016-03-12 (土) 21:03:02};
- ありがとうございます． >をいれるとエラーがでてしまいま...
- 実行例のコンソール出力そのままを示したのだから，> と + ...
- 参考までに -- &new{2016-03-14 (月) 13:24:39};
> # 有理数型
> library(gmp)
> n <- 10
> a<-rep(as.bigq(0),n+1) # n+1の配列(実体はリスト)確保
> a[[1]]<-.5
> for (i in 1:n) {a[[i+1]] = 2*a[[i]] + 5*a[[i]]^3}
> a[1:5] # 長いので1:5まで
Big Rational ('bigq') object of length 5:
[1] 1/2 ...
[2] 13/8 ...
[3] 12649/512 ...
[4] 10125654696157/134217728 ...
[5] 5190860329874751989362836598824695980441/24178516392...
ちょっと[[のところがトリッキーかもしれません
> # 多倍長
> library(Rmpfr)
> n <- 10
> prec <- 512 # 2進数での有効桁数
> floor(log10(2^prec)) # 10進数での有効桁数の確認
[1] 154
> a<-rep(mpfr(0,prec),n+1) # n+1の配列確保
> a[1]<-".5" # 文字列にするのは.3などの場...
> # 精度にパーサー上で落ちてし...
> # として与える
> for (i in 1:n) {a[i+1] = 2*a[i] + 5*a[i]^3}
> a[1:4] # 長いので4まで
4 'mpfr' numbers of precision 512 bits
[1] 0.5 ...
[3] 24.705078125 75442.006410337984...
どちらも項内に多倍長のクラスがあるのでなんですが, double...
- 丁寧に書いてくださってありがとうございます．いろいろや...
**Mac で sem パッケージが使えない [#m5edebec]
>[[sem]] (2016-03-10 (木) 11:13:06)~
~
パッケージ sem を使おうとすると，以下のようなエラーメッセ...
> library(sem)
Error : .onLoad は loadNamespace()（'tcltk' に対する）...
call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
error: 共有ライブラリ '/Library/Frameworks/R.framewor...
dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Re...
Referenced from: /usr/local/lib/libtk8.6.dylib
Reason: image not found
エラー: ‘sem’ に対するパッケージもしくは名前空間のロー...
なお，tcltk.so は実在しています~
-rwxrwxr-x 1 root admin 46268 1 25 14:13 /Library/Fr...
> file('/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Res...
...
"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
sem のバージョン情報は以下の通り（確認した範囲で最新）~
Package: sem
Version: 3.1-6
Date: 2015-06-09
Macintosh で，OS のバージョン情報は以下の通り（最新）~
OS X El Capitan
バージョン 10.11.3
R の sessionInfo は以下の通り（最新）~
R version 3.2.3 Patched (2016-01-23 r69993)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.11.3 (El Capitan)
locale:
[1] ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/C/ja_JP.UTF-8/ja...
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets me...
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Rcpp_0.12.3 lattice_0.20-33 matrixcalc_1.0-3 ...
[6] arm_1.8-6 nlme_3.1-124 stats4_3.2.3 ...
[11] minqa_1.2.4 nloptr_1.0.4 Matrix_1.2-3 ...
[16] lme4_1.1-11 tools_3.2.3 abind_1.4-3
//
- XQuarts は最新（2.7.8）ですか？ -- [[河童の屁は，河童に...
- 仰るとおりでした。新しいものをインストールして，使用で...
**交互作用を含む重回帰分析の作図について。 [#m45f8da3]
>[[初学者]] (2016-02-28 (日) 17:31:37)~
~
統計言語Rについての質問です。~
~
y_a = a + b1*x1 + b2*x2 + b3*x1*x2 + e ~
y_b = a + b1*x1 + b2*x2 + b3*x1*x2 + e ~
~
重回帰分析で交互作用を検討し、上記のモデルのx2を平均値で...
x1を動かすとyの値がどう変化するかを、信頼区間も含めて2次...
観測されたデータは100行（変数名含めず）で上50行は[class =...
~
[class = a]（または[class = b]）だけに分けて、信頼区間含...
~
ggplotでもRの標準グラフィックでもどちらでも構いませんので...
申し訳ありませんが、OKwebでも同様の質問しております。http...
&ref(216513.jpg);~
この画像は別々に画像をRから出力して、私が合成したものです...
これをRだけで作るコードををご教授願います。~
//
- 応用が利くよう原始的な方法を用いて基本plotで作図した --...
data <- iris[-(51:100),] # y: Sepal.Width, x1: Sepal.Le...
model <- lm( Sepal.Width ~ Species * Sepal.Length * Peta...
agg <- aggregate(Petal.Length ~ Species, data, mean) ...
xpara <- seq(4, 8, 0.01) ...
a_conf <- predict(model, data.frame(Sepal.Length = xpara...
Species=agg[1,1]), interval="confidence") ...
b_conf <- predict(model, data.frame(Sepal.Length = xpara...
Species=agg[2,1]), interval="confidence")
plot(0, 0, xlim=c(4, 8), ylim=c(1.5, 5), type="n", ann=F...
lines(xpara, a_conf[,1], col=2, lwd=2)
for(i in 2:3) lines(xpara, a_conf[,i], col=2, lty=2)
lines(xpara, b_conf[,1], col=4, lwd=2)
for(i in 2:3) lines(xpara, b_conf[,i], col=4, lty=2)
plot(0, 0, xlim=c(4, 8), ylim=c(1.5, 5), type="n", ann=F...
lines(xpara, a_conf[,1], col=2, lwd=2) # col2 = F...
lines(xpara, b_conf[,1], col=4, lwd=2) # col4 = 0...
polygon( c(xpara, rev(xpara)), c(a_conf[,2], rev(a_con...
col="#FF000020", border=NA )
polygon( c(xpara, rev(xpara)), c(b_conf[,2], rev(b_con...
col="#0000FF20", border=NA )
- 上の通りすがりさんのように、αチャンネルで半透明にして重...
** arimaxモデルを使用し、予測を行った際の予測モデルのサマ...
>[[limlim]] (2016-02-11 (木) 01:46:58)~
~
約２年前〜前日までの数値より説明変数に日本の祝日・月・曜...
xreg.train<- data.frame(
is.holiday=jholidays.xts["::2015-11-30"],
year=year(date.train),
month=as.factor(month(date.train)),
day=day(date.train),
wd=weekdays(date.train)) %>%
dummy.data.frame %>%
select(-month1,-wd日曜日) %>%
as.matrix
fit.arimax.cal<- auto.arima(call.train.ts,seasonal=T,
trace=Txreg=xreg.train)#arimaxモデルのフィッティング
ARIMA(2,0,2) with non-zero mean : 11402.32
ARIMA(0,0,0) with non-zero mean : 11664.95
ARIMA(1,0,0) with non-zero mean : 11402.53
ARIMA(0,0,1) with non-zero mean : 11451.06
ARIMA(0,0,0) with zero mean : 11665.87
ARIMA(1,0,2) with non-zero mean : 11401.18
ARIMA(1,0,1) with non-zero mean : 11403.75
ARIMA(1,0,3) with non-zero mean : 11401.67
ARIMA(2,0,3) with non-zero mean : 11404.22
ARIMA(1,0,2) with zero mean : 11400.29
ARIMA(0,0,2) with zero mean : 11417.95
ARIMA(2,0,2) with zero mean : 11401.2
ARIMA(1,0,1) with zero mean : 11403.12
ARIMA(1,0,3) with zero mean : 11400.76
ARIMA(0,0,1) with zero mean : 11450.95
ARIMA(2,0,3) with zero mean : 11403.14
Best model: ARIMA(1,0,2) with zero mean
summary(fit.arimax.cal) Series: call.train.ts ARIMA(1,0,...
Coefficients:
ar1 ma1 ma2 is.holiday year mon...
0.7803 -0.2321 -0.1964 -379.1346 1.5137 195.9...
s.e. 0.0837 0.0973 0.0656 42.8611 0.0387 96.4907 99.5181...
month11 month12 day wd火曜日 wd金曜日 w...
147.3163 414.5067 -1.1747 -104.1835 61.3693 ...
s.e. 93.0474 94.0236 1.5022 31.7203 31.6301 26.3375 32.3...
sigma^2 estimated as 59126: log likelihood=-5675.48 AIC=...
Training set error measures: Training set ME -0.4521637 ...
以下が予測結果（抜粋）
Forecasts:
Forecast
3529.367
3404.598
3385.364
3563.843
以下が予測開始日の前日から4日前までのデータ（抜粋）
3416
3329
3001
3446
//
**ファイルの保存による処理速度の低下について [#dd175b38]
>[[はぶ]] (2016-02-05 (金) 11:42:30)~
~
以下のようにfor文内で文字列のベクトルをwrite()で一行ずつ...
dat <- NULL
for(j in 1:10) {
for(i in 1:(sample(3:8,1))) dat[i] <- paste(sample(lett...
write(dat,"dat.csv",append=T,sep=",",ncolumns=length(da...
}
実際の文字列ベクトルdatは他のデータフレームから抽出してお...
添え字jのfor文のループ回数は数十万回のため処理速度を向上...
~
ループごとにメモリからハードディスクに書き込みを行うので...
~
また、その場合は出力されるdatmatに初期化時の0が残るためフ...
~
宜しくお願いします。~
//
- あらかじめ大きな配列を用意しておくとしても，実際に格納...
**自作関数の引数の書き出し [#f34f78d5]
>[[まるでダメ男]] (2016-01-29 (金) 19:08:55)~
~
失礼します。投稿文書の書式のリンクが無効で読み込めなく書...
自作関数の引数を名前にした値を名前にして返り値で自動的に...
例えば、
kakidasi<-function(a,b) {
何らかの処理でxを得る
return(x)
write.csv(x, paste("~/Student_dat/",substitute(a), "_", ...
}
で処理を行っても得られるのはXだけです。フォルダに書き出し...
何か良いアドバイスをいただけますでしょうか。~
//
- すみません、write.csvの部分でsが入っていませんでした。...
- return が実行された時点で関数の処理が終了するためです...
- ↑の人が仰るとおりです。return と writre.csv の順序を入...
ちなみに，どうでもいい（？）ことではあるんですが，fileEnc...
また，
paste("~/Student_dat/",substitute(a), "_", substitute(b)...
では，当然ながら . と csv の間に空白がありますので，トラ...
**エラー: 引数の長さが 0 です [#gfcbbe9d]
>[[まるでダメ男]] (2016-01-15 (金) 18:59:21)~
~
失礼いたします。ただいま自作の関数を作成しました。~
以下の関数を動作してみたところ
if (amoji_retsu >= bmoji_retsu) { でエラー: 引数の長さ...
とのメッセージが出ました。
mojiretsu_hyouka <- function(a, b, sansyo) {
gyou_num1 <- as.integer(rownames(a)) # aの行数全て
gyou_num2 <- as.integer(rownames(b)) # bの行数全て
l <- expand.grid(gyou_num1, gyou_num2) # 全ての組み合わ...
upto <- nrow(l) # lの行数
k <- 1
Jaccardの類似度表 <- NA
while (k <= upto) {
moji_a <- as.character(a[l[k, 1], 1]) # aの文字列をlの...
moji_a_kaisuu <- as.integer(a[l[k, 1], 3])
moji_b <- as.character(b[l[k, 2], 1]) # bも同様に
moji_b_kaisuu <- as.integer(b[l[k, 1], 3])
amoji_retsu <- which(colnames(sansyo) == moji_a) # moj...
bmoji_retsu <- which(colnames(sansyo) == moji_b) # moj...
amoji_gyou <- which(sansyo$id == moji_a) # moji_aがあ...
bmoji_gyou <- which(sansyo$id == moji_b) # moji_bがあ...
if (amoji_retsu >= bmoji_retsu) {
Jaccardの値 <- sansyo[amoji_gyou, bmoji_retsu]
h <- data.frame(paste(moji_a, moji_b, sep = "_"), moj...
moji_a_kaisuu, moji_b, mo...
Jaccardの類似度表 <- cbind(Jaccardの類似度表, h)
} else {
Jaccardの値 <- sansyo[bmoji_gyou, amoji_retsu]
h <- data.frame(paste(moji_a, moji_b, sep = "_"), moj...
moji_a_kaisuu, moji_b, moji_b_kaisuu, Jaccardの値)
Jaccardの類似度表 <- cbind(Jaccardの類似度表, h)
}
k <- k + 1 # カウント
}
return(invisible(Jaccard係数の類似度表))
}
この関数の引数,a,b,sansyoは
> head(a)
抽出語 品詞 出現回数
1 身 名詞C 42
2 問題 ナイ形容 41
3 なる 動詞B 39
4 つける 動詞B 38
5 リスニング 名詞 37
6 解ける 動詞 32
> mode(a)
[1] "list"~
これと同じ形の引数 b~
それと３つ目の引数sansyoは
id 基本 法則 概要 概念 ...
1 基本 NA NA NA NA ...
2 法則 0.024 NA NA NA ...
3 概要 0.005 0.0000 NA NA ...
4 概念 0.040 0.030 0.0069 NA N...
このような形の縦横5422のデータベースです。
> mode(sansyo)
[1] "list"~
また、そもそも引数はこのようなリスト型でも良いのでしょう...
環境は以下のようになっています。
sessionInfo()
R version 3.2.2 (2015-08-14)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.11.1 (El Capitan)
では、宜しくお願いします。~
//
- データはリストで与えてもよいでしょうが，私はデータフレ...
a <- data.frame(抽出語 = c("つける", "なる", "リスニング...
"身", "問題"), 品詞 = c("ナイ形容", "動詞", "動詞B",
"名詞", "名詞C"), 出現回数 = c("抽出語", "品詞",
"出現回数"))
b <- 省略
sansyo <- structure(list(id = structure(c(3L, 4L, 2L, 1L...
"概要", "基本", "法則"), class = "factor"), 基本 = c(NA,
0.024, 0.005, 0.04), 法則 = c(NA, NA, 0, 0.03), 概要 = c...
NA, NA, 0.0069), 概念 = c(NA, NA, NA, NA), 特徴 = c(NA, ...
NA, NA), 原理 = c(NA, NA, NA, NA), 基礎 = c(NA, NA, NA, NA
)), .Names = c("id", "基本", "法則", "概要", "概念",
"特徴", "原理", "基礎"), class = "data.frame", row.names...
"2", "3", "4"))
バグを発見するには，主要な場所で，変数がどのようになって...
例えば，
amoji_retsu <- which(colnames(sansyo) == moji_a) # moji_...
では，最初にこの文が実行されたあと，
colnames(sansyo) :
[1] "id" "基本" "法則" "概要" "概念" "特徴" "原理" "基...
moji_a = 身
amoji_retsu :
integer(0)
となります。提示されたデータでは colnames(sansyo) に moji...
なお，プログラムを見るときに，綺麗に書かれていないと非常...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。様 どうもご丁寧に...
** エラー: Unknown parameters: familyと表示されグラフが出...
>[[初学者]] (2016-01-10 (日) 15:18:37)~
~
library(MASS)
b <- biopsy
b$classn[b$class==“benign”] <- 0
b$classn[b$class==“malignant”] <- 1
ggplot(b, aes(x=V1, y=classn)) + geom_point() + geom_smo...
エラー: Unknown parameters: family
上記のようにRグラフィッククックブックのコードに従って、グ...
//
- ggplot なんか使わないんだけど，geom_smooth のオンライン...
- method.args = list(family = "binomial"))で書くと問題な...
**連続変数データにおけるlocalprob の解釈について [#gcfa08...
>[[わっと]] (2016-01-08 (金) 18:14:05)~
~
ベイジアンネットワークのパッケージ deal において、local...
~
分析に使ったデータは、2014年のプロ野球のデータ（一部はゲ...
~
肩力についての回帰係数を見てみると、
$肩力
[,1] [,2] [,3]
[1,] 63.25038 57.33878 0.07894247
しかし、作成したベイジアンネットワークモデルにおいての有...
すると、回帰係数は1つだけ表示されると思うのですが、なぜ3...
~
また、表示された回帰係数はどのように解釈すればよいのでし...
//
- 「肩力」って，どんな風な値を取る変数ですか？例えば，「...
いま，ちょっと見たところでは，
http://d.hatena.ne.jp/araili/20100603/1275547994
の例にあるように，ベースの設定はせずに，各カテゴリーへの...
いずれにせよ，ある分析法を採用したら，「解釈がよくわかり...
- 回答ありがとうございます。肩力などの能力値は、1~100まで...
**変数変換の方法について [#jc656140]
> (2016-01-03 (日) 01:45:45)~
~
前提:下記二種類のデータフレームA,Bがあるとします。~
~
A.変数xを保持するデータフレーム
x
0.0
0.1
...
9.9
※0.0-9.9は例であり実際は色々なる値を取ります。~
~
B.変数xの区間と変換方法（切片と傾き）を保持するデータフレ...
start end intercept coefficient
0.0 0.3 5.0 1.0
0.3 0.9 4.7 2.0
1.5 2.0 3.0 4.0
...
※上記の区間は重なり合うことはありませんが、歯抜けになるこ...
※レコード数は固定ではなく可変です。~
~
やりたいこと:~
1.データフレームBに基づきデータフレームAの変数xに変換処理...
具体的には変数xがデータフレームBのstart-endに該当すれば~
intercept+coefficient*x
に変換する。~
~
2.データフレームBのstart-endに該当しない区間がデータフレ...
上記データフレームBの場合、区間0.9-1.5が存在しないので
start end intercept coefficient
0.3 0.9 4.7 2.0
1.5 2.0 3.0 4.0
の両端を結んだ直線で変換処理を行う。~
//
- 「一行でできる!」なんてうまい方法はないので，地道にプロ...
a <- data.frame(x=seq(0, 2.2, by=0.1))
b <- data.frame(start=c(0.0, 0.3, 1.5), end=c(0.3, 0.9, ...
intercept=c(5.0, 4.7, 3.0), coefficient=...
y <- data.frame(t(apply(b, 1, function(z) z[3]+z[1:2]*z[...
b3 <- b[1,] # 歯抜けの区間を補間する（区間での intercept...
for (i in 2:nrow(b)) { # i = 3 のとき
if (b$start[i] != b$end[i-1]) { # b$start[3] = 1.5, b$e...
x.s <- b$end[i-1] # 0.9
y.s <- y$end[i-1] # 6.5
x.e <- b$start[i] # 1.5
y.e <- y$start[i] # 9.0
Coefficient <- (y.e-y.s)/(x.e-x.s) # (9.0-6.5)/(1.5-0....
Intercept <- y.s-x.s*Coefficient # 6.5-0.9*4.16667 = 2...
b3 <- rbind(b3, c(x.s, x.e, Intercept, Coefficient))
}
b3 <- rbind(b3, b[i, ])
}
n = length(a$x)
y = numeric(n)
for (i in seq_along(y)) { # 該当区間での変換結果 y を求...
x = a$x[i]
j <- which(b3$start <= x & x <= b3$end)
if (length(j)) {
y[i] <- b3$intercept[j[1]]+x*b3$coefficient[j[1]]
} else {
y[i] <- NA
}
}
y
- わかりやすいプログラムありがとうございます。 -- &new{2...
**RExcel のインストールが上手くいかない [#scf29662]
>[[初心者Ｒ]] (2015-12-30 (水) 20:38:31)~
~
データ解析にＲを利用したくRExcelの導入を試みました。~
R-3.2.3とstatconnDCOMをインストール後、Ｒ上でrscproxyのパ...
rcomをダウンロードすると~
警告メッセージ:~
package `rcom` is not available~
と表示されます。~
~
またrcomを無視してRExcellnst3.2.15をインストールして起動...
No R server configuredと表示されて、起動できませんでした。~
~
RAndFriendsは消えてしまったようで、RExcelのダウンロード手...
（Ｒ, Excelは管理者権限で実行しています)~
//
- > rcomを無視してRExcellnst3.2.15をインストール~
無視って...そんな...ひどい...~
何十回も何百回もやるんじゃないのなら，Excel で csv ファイ...
- 申し訳ないです。無視というよりは、見当たらなかったので...
- RExcelにこだわらず，readxlパッケージでも使ってみたらい...
- 私はどれをお勧めと言うことはできないですが，奥村先生の...
- 皆さま、ありがとうございます！教えていただいたほかの方...
**パッケージをインストールはできるが、パッケージの読み込...
>[[わっと]] (2015-12-25 (金) 21:05:53)~
~
初投稿です。~
Rパッケージを最新版に更新したら、どうやらパッケージが初期...
パッケージ ‘deal’ は無事に展開され、MD5 サムもチェックさ...
警告: 一時的なインストール ‘C:\Users\wataru\Documents\...
ダウンロードされたパッケージは、以下にあります
C:\Users\wataru\AppData\Local\Temp\Rtmp4O0dGX\dow...
警告メッセージ:
download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) ...
ダウンロードされた長さ 189305 != の報告された長さ 200 ...
このように、パッケージdealをダウンロードすることはできた...
ちなみに、Rを初めてインストールしたのは去年の五月で、今回...
//
- よく知らないのだけど，R 自体がなんか変なところにインス...
- ただの警告メッセージ(ただのバグ)ですから無視して, libra...
- 同様のコメントがgplotsのインストール, windows 10, R 3.4...
**連番の変数の使用 [#yf9248f4]
> (2015-12-22 (火) 01:37:05)~
~
連番の変数をassign()を使用して、それぞれにcsvを読み込みま...
read.csv以下:datayardはcsvのあるフォルダ名が代入~
file.nameはcsvの名前の共通部分~
sort_listに各csvの異なる数字が格納されています。
for(j in 1:nrow(sort_list)) {
assign(paste("data", j, sep=""), read.csv(paste(dataya...
これによってdata1,data2という変数に異なるcsvを読み込みま...
ここからが困っているところなのですが、~
各data1,data2の同じ列のデータだけ取り出して一つの変数に代...
> data <- cbind(data1[, 1], data2[, 1])
という風にやれば望む形になるのですが、すべての列について...
イメージでは~
for(i in 1:100) {
data <- cbind(data, datai[, 1])
}
という風にやりたいのですが、どうやったらいいのでしょうか？~
//
- 違う物を違う名前に読み込むというのは，自然のように見え...
以下のようにすれば，何の問題もない。できあがるものも，一...
以下のような形式の csv ファイルがある test1.csv, test2.cs...
あなたの場合なら，sort_list <- c(1, 2, 6, 9,...) となって...
test1.csv 5 行のデータ
"a","b","rnorm"
1,"a",-0.252631231784056
2,"b",0.650075900149871
3,"c",-0.639124667772796
4,"d",1.57159006714947
5,"e",-1.10845059755105
このようなデータを読み込んで，一つのデータフレームに連結...
datayard <- "~/R/"
file.name <- "test"
sort_list <- c(1, 2, 6, 9)
d <- NULL
for (j in sort_list) {
temp <- read.csv(paste0(datayard, file.name, j,".csv"))
d <- rbind(d, temp)
}
d を表示すると
a b rnorm
1 1 a -0.25263123
2 2 b 0.65007590
3 3 c -0.63912467
4 4 d 1.57159007
5 5 e -1.10845060
6 6 f -1.01847370
:
19 19 s 1.88522585
20 20 t 0.84095473
というようになっていることが確認出来ますね。~
そのほかに，あとで個々のデータフレームも使いたいというな...
d <- vector("list")
for (j in sort_list) {
d[[j]] <- read.csv(paste0(datayard, file.name, j,".csv...
}
d2 <- Reduce(rbind, d)
要するに，for ループや，*apply 関数で扱いやすいようにプロ...
- 古典的な方法としては, do.call で引数展開するのが良いよ...
**グラフの描画法 [#a57d0888]
>[[名無しさん]] (2015-12-20 (日) 19:14:49)~
~
ｒで最小０、最大１００の範囲で整数の一様乱数を1万個発生さ...
//
- 第1に，投稿先が不適切だったので，ここへ移しました。第2...
a <- sample(0:100, 10000, replace = TRUE)
b <- table(a)
plot(0:100, c(b), type = "l", ylim = range(b),
ylab = "発現回数", xlab = "X")
&ref(freq.png);
**データ数の異なる二元配置の分散分析の結果について [#rf2b...
>[[tao]] (2015-12-15 (火) 18:16:40)~
~
初等的な質問で申し訳ございません。
以下のようなデータで
> test
A B C
1 1 1 8118
2 1 1 1785
3 1 1 2122
4 1 2 9448
5 1 2 8237
6 1 2 17868
7 1 2 33593
8 1 2 0
9 2 1 14015
10 2 1 632
11 2 2 947
12 2 2 330
13 2 2 5444
14 2 2 4140
15 3 1 2419
16 3 2 396
17 3 2 7809
18 4 1 2657
19 4 2 362
20 4 2 0
21 5 1 412
22 5 1 6637
23 5 2 2269
24 5 2 3873
25 5 2 2376
26 5 2 10303
test<-read.csv(file="test7.csv",header=TRUE)
summary ( aov (C~A*B, data=test) )
summary ( aov (C~B*A, data=test ) )
というコマンドを実行すると
> summary ( aov (C~A*B, data=test) )
Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
A 1 1.392e+08 139199274 2.676 0.116
B 1 2.728e+07 27281060 0.524 0.477
A:B 1 4.053e+07 40530623 0.779 0.387
Residuals 22 1.144e+09 52017772
> summary ( aov (C~B*A, data=test ) )
Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
B 1 2.369e+07 23693485 0.455 0.507
A 1 1.428e+08 142786849 2.745 0.112
B:A 1 4.053e+07 40530623 0.779 0.387
Residuals 22 1.144e+09 52017772
という結果がでてきて、交互作用については、一致するのです...
データセットの並べ方を変えてBの項目を先に並べても同じ結果...
これは何がいけないのでしょうか。~
何か、ご存じの方がいらっしゃいましたら、お教え頂ければ幸...
//
- 要因が直交していない場合には，aov では Type I の平方和...
> library(car)
> Anova(aov (C~A*B, data=test ), type="II")
Anova Table (Type II tests)
Response: C
Sum Sq Df F value Pr(>F)
A 142786849 1 2.7450 0.1118
B 27281060 1 0.5245 0.4766
A:B 40530623 1 0.7792 0.3869
Residuals 1144390976 22
> Anova(aov (C~B*A, data=test ), type="II")
Anova Table (Type II tests)
Response: C
Sum Sq Df F value Pr(>F)
B 27281060 1 0.5245 0.4766
A 142786849 1 2.7450 0.1118
B:A 40530623 1 0.7792 0.3869
Residuals 1144390976 22
- 貴重なご指摘ありがとうございます。自分の勉強不足を恥じ...
**コピペでpar()を入れるとエラー [#u141f54d]
>[[R初心者]] (2015-12-08 (火) 21:08:40)~
~
Mac OSX上でRを動かしています。~
棒グラフを書く際に、余白の調節をしようとpar(mar=)をコマン...
しかし、実際にやってみると~
~
par(mar = c(10,3,2,2)) ...
エラー: 想定外の入力です in "par(mar = c(10,3,2,2))
~
このようなエラーが出るため余白の調節がされないままにグラ...
一方で、データの取り込みからグラフの出力までをコピペで一...
グラフの取り込み→par(mar=)→barplot()とすると上手くいきま...
この理由が何なのか、また一度のコピペで綺麗に出力する方法...
周りにRを使っている人がおらず、自分で調べてもよくわかりま...
やはり、Mac上で動かしていることが原因なのでしょうか。~
~
何かご存知の方がいらっしゃいましたら、知識を分けていただ...
よろしくお願い致します。~
//
- よくわかりませんが，以下のようなものをコピー・ペースト...
tbl <- table(iris$Species)
par(mar = c(10,3,2,2))
barplot(tbl)
この入力ではエラーが出ないなら，あなたがやった一部始終を...
＞ やはり、Mac上で動かしていることが原因なのでしょうか。~
なんで，そんな無関係なことを言う必要があるのか？被害妄想...
本当にそう思うなら，Windows にすればよいだけ。大衆迎合，...
- 返信ありがとうございます。指示いただいたものについては...
data <- read.table("サンプル",header = T, row.name = 1, ...
data <- as.matrix(data) # matrixへの変換
data <- t(data) # 行列の入れ替え
data.mean <- apply(data, 2, mean, na.rm =T) # グラフの平...
data.sd <- apply(data, 2, sd, na.rm = T) # 誤差範囲
par(mar = c(10,3,2,2)) ＃余白の計算
data.graph <- barplot(data.mean, main = "名前 ",
ylim = c(0,max(data.mean+data.sd)*1.1),
ylab = "Relative gene expression level",
col = c("1","8","1","8","1","8","4","2"),
font.axis = 15, cex.lab = 1.2, cex.axis = ...
arrows(data.graph, data.mean - data.sd, data.graph,
data.mean + data.sd, angle = 90, length = 0.1) # ...
arrows(data.graph, data.mean + data.sd, data.graph,
data.mean - data.sd, angle = 90, length = 0.1) # ...
- 本掲示板でプログラムを提示するときの規則を確認してくだ...
- 申し訳ございません、本掲示板も最近知った者で、これから...
**回帰分析（型 (NULL) は変数 'x1' に対しては不正です ） [...
>[[初心者]] (2015-11-28 (土) 11:31:03)~
~
model.frame.default(formula = y ~ x1 + x2 でエラー:
型 (NULL) は変数 'x1' に対しては不正です
重回帰分析を実行すると、上記のエラーメッセージが表記され...
エクセルでデータセット(csv形式、21行4列)を作成しました。~
1行目は変数名です。また、1列目〜4列目までは
id:Factor
y:int
x1:int
x2:int
という型式です。
> data<-read.csv("sample.csv",header=TRUE)
>lm(y~x1+x2, data=data)
model.frame.default(formula = y ~ x1 + x2 でエラー:
型 (NULL) は変数 'x1' に対しては不正です
このようなエラーが発生してしまう原因をお教えいただければ...
よろしくお願いします。~
//
- > 1列目〜4列目までは ... という型式です。&br;というのは...
- 返信ありがとうございます。str(data)でチェックしました。...
- > Rではできなかったのですが、Rstdioでは実行できました&b...
**重回帰分析における as.factor() の出力結果についての質問...
>[[まつ]] (2015-11-26 (木) 16:46:40)~
~
申し訳ありません R 使いたての初心者です~
~
単純な重回帰分析で実験ケースごとのカテゴリー変数を投入し...
result<-lm(dependent~ hoge + as.factor(sortcase))
summry(result)
と記述しました。これを実行してみると
Estimate Std. Error t value Pr(>|...
(Intercept) 0.1213389 0.0039691 30.571 < 2...
hoge 0.0300854 0.0080421 3.741 0.00...
as.factor(sortcase)2 0.2413299 0.0074716 32.300 < 2...
as.factor(sortcase)3 -0.0124357 0.0080555 -1.544 0....
as.factor(sortcase)4 -0.1181738 0.0089075 -13.267 < 2...
と結果が返されます。~
as.factor(sortcase)1 が推定されないのはなぜですか？~
Intercept と同じだからでしょうか~
~
教えて貰えれば幸いです~
//
- この場合（カテゴリー変数が 1 個の場合）は，intercept に...
なお，数学的にいえば，1番目のカテゴリーも含めると正規方程...
- なるほど、非常にわかりやすい説明ありがとうございました...
**複数の01データの分布を一覧するには？ [#a302a05a]
>[[たけ]] (2015-11-25 (水) 09:39:01)~
~
~
お世話になります。01データ、あるいは数カテゴリのみのカテ...
連続変数であれば相関係数行列cor(x)やplot(x)とすれば分布と...
//
- 自己レスですが、01も連続変数もだとGeneralized Pairs Plo...
**行列の見出しと行数で数字を抽出 [#y9d8ba45]
>[[Rに困った]] (2015-11-18 (水) 17:01:20)~
~
a=matrix(c(4,3,3,4,2,2,4,1,1),3,3)
とし，
|4 3 3|
a=|4 2 2|
|4 1 1|
のように行列を作成後，
colnames(a)=("A","B","C")
とし，
A B C
|4 3 3|
a=|4 2 2|
|4 1 1|
とします．~
ここから，C列(3,2,1)の[要素]情報を使って~
aの配列にアクセス：~
a[1,]の3列目，~
a[2,]の2列目，~
a[3,]の3列目~
すなわち，c(3,2,4）を取り出したいのですが，~
どなたかよい方法をご教授いただけないでしょうか？
//
- 「Aの1行目は何になるか？のように，それぞれ調べる方法」...
- かってに，質問を書き換えてくれると，私がとんちんかんな...
この上の回答は，~
A列の1行目は4，B列の2行目は2，C列の3行目は1となると思い...
Aの1行目は何になるか？のように，それぞれ調べる方法はあ...
お手数ですが，どなたかご回答宜しくお願い致します．~
だったので，それに答えた。~
書き換えられた質問と回答の例示が合わない。ちゃんと質問し...
「a[3,]の3列目」ではなくて，「a[3,]の1列目」なんでしょう...
そうだと仮定して，
> a[cbind(1:3,a[,3])]
[1] 3 2 4
でしょう？ -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁である。]] &n...
- 大変申し訳ありません．RjpWiKi初心者のため，操作を誤って...
**heatmap図のlegendの描写位置について [#g168b931]
>[[かがみ]] (2015-11-16 (月) 16:52:13)~
~
お世話になります。
data(iris)
heatmap(as.matrix(iris[,1:4]))
legend("topleft", colnames(iris)[1:4])
legendの枠を左上の余白に作成して図に被らないようにしたい...
~
環境はWindows7、R3.1.2です。~
~
お手数ですが、どなたかご回答宜しくお願いします。~
//
- legend 関数を，legend(-0.14, 1.15, colnames(iris)[1:4],...
- 目的の処理ができました。ありがとうございました。locator...
**RHmm [#c66232bc]
>[[さくら]] (2015-11-14 (土) 15:23:35)~
~
RHmm という隠れマルコフ解析用パッケージをダウンロードした...
見つかりません。~
どこにあるか教えてもらえないでしょうか。~
//
- 検索さえしなかったのですか。http://qiita.com/ru_pe129/i...
- 河童さんありがとうございます．ダウンロードまでできまし...
- 文字通りのことですが。~
"ダウンロードしたtar.gzファイル" のある場所ということです...
**nomogram [#s5f3e6f0]
>[[TTT]] (2015-11-04 (水) 22:05:07)~
~
非常に初歩的で申し訳ありません。~
とある疾患について、Nomogramを作成したいのですが（論文で...
~
何か参考に出来る書籍等ご存知の方はいらっしゃいませんでし...
//
- EZ-R で一発でできないものは，初歩的なものではないでしょ...
- やはり，EZ-R では一発で出来ないようで，どなたからもお返...
# ロジスティック回帰分析の結果からノモグラム作成
nomogram <- function(name, b, value, b0, factor = 10) {
scale <- function(title, y.pos, min.x, max.x, label) {
scale0 <- function(min.x, max.x, tick, delta, la...
x.pos <- seq(min.x, max.x, by = tick)
if (is.null(label)) label = x.pos
segments(x.pos, y.pos, x.pos, y.pos + delta ...
if (tick == 10) {
text(x.pos, y.pos + 0.5 * h, label, pos ...
}
}
text(0, y.pos + 0.5, title)
segments(min.x, y.pos, max.x, y.pos, xpd = TRUE)
scale0(min.x, max.x, 1, 0.5, NULL)
scale0(min.x, max.x, 5, 0.8, NULL)
scale0(min.x, max.x, 10, 1, label)
}
b <- factor * b
b0 <- factor * b0
m <- length(name)
d <- expand.grid(lapply(value, as.integer))
point <- t(t(d) * b)
r <- pretty(apply(point, 2, range))
min.x <- min(r)
max.x <- max(r)
plot(c(min.x, max.x + 10), range(0:(m + 4)), type = ...
xaxt = "n", yaxt = "n", xlab = "", ylab = "")
h <- strheight("H")
m3 <- 0.5 * m + 3
text(0, m3 + 0.5, "リスク")
lp <- (c(min.x, max.x) + b0)/factor
P <- pretty(1/(1 + exp(-lp)))
p <- c(0.01, 0.05, seq(0.1, 0.9, by = 0.1), 0.95, 0....
lp <- -log((1 - p)/p)
pos.x <- lp * factor - b0
segments(min(pos.x), m3, max(pos.x), m3, xpd = TRUE)
segments(pos.x, m3, pos.x, m3 + h, xpd = TRUE)
text(pos.x, m3 + 0.5 * h, p, pos = 3, xpd = TRUE)
lp <- pretty((c(min.x, max.x) + b0)/factor)
lp <- seq(min(lp), max(lp), by = 1)
min.pt <- factor * min(lp) - b0
max.pt <- factor * max(lp) - b0
scale("リニア・プレディクタ", 0.5 * m + 2, min.pt, m...
scale("ポイント", 0.5 * m + 1, min.x, max.x, NULL)
for (i in 1:m) {
v <- value[[i]]
l <- length(v)
if (l > 5) {
v <- pretty(v)
l <- length(v)
}
col <- (b[i] < 0) + 1
x <- v * b[i]
pos.y <- i * 0.5
segments(x[1], pos.y, x[l], pos.y, col = col)
segments(x, pos.y, x, pos.y + h, col = col)
text(x, pos.y + 0.5 * h, v, pos = 3, col = col)
text(x[1], pos.y, name[i], pos = ifelse(col == 1...
}
r <- range(lp)
}
# 使用例（グラフィックウインドウの大きさを調整して何回か...
lp <- nomogram(name = c("属性変数", "属性変数2", "連続変...
b = c(2.21, 1.34, -0.18), # 係数
value = list(c(0, 1, 2, 3), c(0, 1), 10:30), # 変...
b0 = -1.53) # 定数項
&ref(nomogram.png);
- ご丁寧にありがとうございます。一度やってみます。 -- [[T...
**行列の操作(0/1の反転、値の置換) [#k12ee237]
>[[通りすがり]] (2015-10-30 (金) 15:51:34)~
~
行列の操作について質問です。~
~
（質問１）~
0または1を要素として持つM×N行列に対し~
全ての要素を反転する(0を1、1を0に変換する)方法はあります...
~
（質問２）~
実数値を要素として持つM×N行列に対し~
指定した列の値を指定した値(例えば0に置き換え)に~
全て置換する方法はありますでしょうか？~
//
- ぶさいくなコードですが、目的は達せられますよ。 -- [[mar...
＞（質問１）~
> set.seed(0)
> (mat <- matrix(sample(0:1, 20, TRUE), 4, 5))
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,] 1 1 1 0 0
[2,] 0 0 1 1 1
[3,] 0 1 0 0 1
[4,] 1 1 0 1 0
> apply(mat, c(1, 2), function(x) ifelse(x==0, 1, 0))
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,] 0 0 0 1 1
[2,] 1 1 0 0 0
[3,] 1 0 1 1 0
[4,] 0 0 1 0 1
＞（質問２）~
> mat[,3] <- 99
> mat
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,] 1 1 99 0 0
[2,] 0 0 99 1 1
[3,] 0 1 99 0 1
[4,] 1 1 99 1 0
- （質問1）は， x <- 1-mat だけでできる。 -- [[河童の屁は...
- おおー。 -- [[markovchainmontecarlo]] &new{2015-10-31 (...
さすが、河童の屁は，河童にあらず，屁である。さんですね。...
**複数の列に対するソート [#ca98f130]
>[[霜]] (2015-10-21 (水) 14:48:54)~
~
お世話になります。~
~
以下のようなデータフレームxに対して、まずcat列で昇順にソ...
~
cat <- c("A","B","B","A","A")
name <- c("aaa","ddd","bbb","ccc","eee")
weight <- c(51,55,72,57,64)
x <- data.frame(CAT=cat, Name=name, WEIGHT=weight)
~
お手数ですが、ご回答宜しくお願いします。~
//
- 関数 order() と関数 pmax() を組み合わせてはいかがでしょ...
~
> cat <- c("A","B","B","A","A")
> name <- c("aaa","ddd","bbb","ccc","eee")
> weight <- c(51,55,72,57,64)
> x <- data.frame(CAT=cat, Name=name, WEIGHT=weight, str...
>
> sortlist <- order(x$CAT, pmax(x$CAT, x$Name))
> x[sortlist,]
CAT Name WEIGHT
1 A aaa 51
4 A ccc 57
5 A eee 64
3 B bbb 72
2 B ddd 55
~
- ありがとうございます。しかしその方法ではName列が降順に...
- 汎用のプログラムでなくてよいのでしょう？cat が A, B の...
> z <- lapply(split(x, x$CAT), function(y) {o <- order(y...
> a <- rbind(z[[1]], z[[2]])
> a
CAT Name WEIGHT
5 A eee 64
4 A ccc 57
1 A aaa 51
2 B ddd 55
3 B bbb 72
cat が複数種あるような場合でも，rbind を以下のようにすれ...
> z <- lapply(split(x, x$CAT), function(y) {o <- order(y...
> a <- z[[1]]
> for (i in 2:length(z)) a <- rbind(a, z[[i]])
> a
CAT Name WEIGHT
5 A eee 64
4 A ccc 57
1 A aaa 51
2 B ddd 55
3 B bbb 72
あるいは，Name の逆順キーを作って，ソートする。これもトリ...
> key <- -as.integer(factor(x$Name))
> o <- order(x$CAT, key)
> x[o,]
CAT Name WEIGHT
5 A eee 64
4 A ccc 57
1 A aaa 51
2 B ddd 55
3 B bbb 72
いずれにしても，あれこれうまい方法を探すより，ダサくって...
- ありがとうございました。order()やpmax()の引数でどうにか...
- 昨日は失礼致しました。では、dplyr パッケージの arrange(...
**印刷の方向 [#p64b3745]
>[[cloud]] (2015-10-16 (金) 14:00:41)~
~
いつもお世話になっています。~
A4の用紙方向を下の様な感じで切り分けて印刷したいと考えて...
このコマンドではプリンタのデバイスの縦横設定を手動で事前...
印刷方向をうまく切り換える方法をご存じないでしょうか。
if (yokogaki == FALSE) {
win.print(width=8, height=11, restoreConsole = FALSE, pr...
par(mar = c(16, 7, 4, 4))
} else {
win.print(width=11, height=8, restoreConsole = FALSE, pr...
par(mar = c(5, 4, 5, 12))
}
//
- プリンタードライバの設定でなんとかならないでしょうか。...
- 失礼しました。使用環境は複数のwindows8のパソコン。各々...
プリンタードライバを手動で変更すればこのコマンドでも可能...
複数の人員が使うので容易に印刷できるようにドライバ設定の...
- そもそもWindowsは「手動操作」が前提なので、操作が面倒な...
- 「プリンタードライバを手動で変更すれば」よいだけの話で...
- Windowsユーザじゃないので外しているかもしれませんが、も...
- 情報ありがとうございます。CRANが何かないかと思ったので...
１台のプリンタに複数のプリンタ名を設定すれば可能なのです...
**シングルクォートとダブルクォートの違い [#aaa57a86]
>[[markovchainmontecarlo]] (2015-10-14 (水) 23:07:26)~
~
いつもお世話になっております。~
ふと思ったのですが、Rにおいてシングルクォート（’）とダブ...
~
以下のコードと結果から違いはないと思われますが、確かな文...
ご存知の方がいらっしゃいましたら、教えた頂けたら幸いです。~
> hoge <- 3
> print(hoge)
[1] 3
> print("hoge")
[1] "hoge"
> print('hoge')
[1] "hoge"
よろしくお願いいたします。~
//
- コンソールに help('"') または ? Quotes と入力すれば，詳...
- 「 河童の屁は，河童にあらず，屁である。」さま~
ご回答ありがとうございます。~
ヘルプを見ると、基本的に同じようですね。（ダブルクォート...
~
あと今回新たに試してみました。~
> print("hoge")
[1] "hoge"
> print('hoge')
[1] "hoge"
> print("'hoge'")
[1] "'hoge'"
> print('"hoge"')
[1] "\"hoge\""
何が入れ子になっているかで少し違うみたいですね。~
本件は解決とさせていただきます。ありがとうございました。 ...
**データフレーム名を変数として処理したい [#a098bf32]
>[[中阪 隆]] (2015-10-14 (水) 18:13:40)~
~
データフレームを、固定の名前ではなく、変数名で取り扱うに...
現在は、対象のデータフレームを操作するSQl文字列を生成して...
~
よろしくお願いします。~
//
- 言っていることがよくわからない。 -- [[河童の屁は，河童...
- プログラミングしてるとこういうことやりたくなりますよね...
**無題 [#fbc43c64]
>[[あき]] (2015-10-12 (月) 16:05:10)~
~
最近になって、Rのパッケージをインストールして、何度か使用...
//
- 題名は「無題」なのですか？~
答える方が回答しやすいように質問するのもマナーの一つだと...
~
ま、それはさておき、libraryでパッケージを呼び出していない...
それとも~
library()
で調べても、「パッケージ自体が」見つからない状態ですか？ ...
- library()を打ち込むと表示はされていますが、いざlibrary(...
- [[投稿における注意事項]] は読まれましたか？-- [[markov...
~回答者は神通力を持ってはいません。COLOR(magenta){「これ...
**データ加工(NA、99999の置換) [#fd798755]
> (2015-09-29 (火) 12:42:24)~
~
あるデータフレーム(1つの目的変数と200の説明変数)があり~
・目的変数は0/1のみ~
・説明変数は全て数値型でNAや外れ値の意味をもつ99999が含ま...
各説明変数について、NA、99999を該当するレコードの目的変数...
どのようにやるとスマートでしょうか？~
//
- 別にスマートにやらなくてもよいと思いますが。 -- [[河童...
> # テストデータ生成
> set.seed(12345)
> n <- 10
> d <- data.frame(y=sample(0:1, n, replace=TRUE),
+ x1=sample(50, n, replace=TRUE),
+ x2=sample(250, n, replace=TRUE))
> d[sample(n, 5), 2] <- NA
> d[sample(n, 5), 3] <- NA
> d[sample(n, 5), 2] <- 99999
> d[sample(n, 5), 3] <- 99999
> d
y x1 x2
1 1 NA 99999
2 1 99999 82
3 1 NA 242
4 1 99999 99999
5 0 NA NA
6 0 99999 98
7 0 20 175
8 1 99999 99999
9 1 9 99999
10 1 99999 99999
> # 例解
> d[,-1] <- sapply(d[,-1], function(z) {
+ z[z == 99999] <- NA
+ z[is.na(z)] <- mean(z, na.rm=TRUE)
+ z})
> d
y x1 x2
1 1 14.5 149.25
2 1 14.5 82.00
3 1 14.5 242.00
4 1 14.5 149.25
5 0 14.5 149.25
6 0 14.5 98.00
7 0 20.0 175.00
8 1 14.5 149.25
9 1 9.0 149.25
10 1 14.5 149.25
- 助言ありがとうございます。R初心者なのですが、全変数に対...
- 目的変数の平均値に置き換えられてないよ -- &new{2015-10...
- 「目的変数は0/1のみ」って書いてあったし，目的変数の平均...
- 「説明変数の平均値」だと自然ですよね。プログラムでもそ...
**t値がとても大きい時のp値 [#d80dbbd8]
>[[windsor]] (2015-09-26 (土) 22:06:10)~
~
t検定でt値がとても大きい場合、p値をpt関数で計算すると、p=...
pt(52,4700,lower.tail=FALSE)*2
どうぞよろしくお願いいたします。~
//
- 「t値が52、自由度が4700」ならば，計算値は 0 ですね。内...
> sprintf("%a", pt(52,4700,lower.tail=FALSE)*2)
[1] "0x0p+0"
となり，コンピュータ上では「完全に 0」です。
t 値が 41 以下ならば，極めて0に近い値。内部表示も 0 では...
> sprintf("%a", pt(41,4700,lower.tail=FALSE)*2)
[1] "0x1.ddc34cd8p-1043"
10 進表示をしたいなら %g を指定して
> sprintf("%g", pt(41,4700,lower.tail=FALSE)*2)
[1] "1.9801e-314"
> cat(sprintf("%g", pt(41,4700,lower.tail=FALSE)*2))
1.9801e-314
なお，計算される P 値は，「近似値」なので，こんなに小さい...
いずれにせよ，あまり意味のあることではないですね。 -- [[...
- どうもありがとうございました。 -- [[windsor]] &new{2015...
**xに勝手に数値が格納されています。どうすれば削除できます...
>[[初学者]] (2015-09-26 (土) 20:26:23)~
~
Rについての質問です。xに数字を格納した覚えがないのに、xに...
dat <- read.csv("filename.csv",header=TRUE)
attach(dat)
以下のオブジェクトは .GlobalEnv? によってマスクされてい...
x
よろしくお願いします。~
//
- rm(x) とすればよいでしょう。&br;そもそもは，以前の R セ...
- rm(x)で解決できました。ありがとうございます。 -- [[初学...
**並列計算のページについて [#z37bb93e]
>[[markovchainmontecarlo]] (2015-09-25 (金) 20:31:43)~
~
Wikiに「並列計算について」の記載が乏しいと思いましたので...
[[Rで並列計算]]のページは存じておりますが、もう少し簡単に...
皆様のご意見を伺いたく思います。~
//
- やればよいと思います。それが Wiki というものでしょう。 ...
**CRANの数について [#p6792780]
>[[markovchainmontecarlo]] (2015-09-18 (金) 13:52:11)~
~
CRANの数について質問があるので、ご存知の方がいらっしゃい...
~
R3.0.2では非常に多くのCRANミラーサイトがあり、[JAPAN]では...
しかしR3.2.2では20程度しかなく、[JAPAN]はありませんでした...
~
今後ミラーサイトは（登録が済んでいないなどの理由から）順...
~
よろしくお願いいたします。~
//
- R-3.2.2からHTTPS接続によるミラーサイトが優先して表示さ...
- ご回答ありがとうございます。~
ご指摘の通り、「(HTTP mirrors) を選択」すると、従来のミラ...
~
改めての質問なのですが、[HTTPS]を積極的に選択する必要はあ...
あと、あくまで「ミラー」ですので、どのCRANでも同じ内容で...
同じであれば通信速度の出る[TOKYO]から選びたいと思っていま...
~
ご存知の方がいらっしゃいましたら、引き続きよろしくお願い...
- もともと基本的にRの配布システムは安全ではありませんでし...
- ご回答ありがとうございます。推奨されているようにSSL経由...
- R3.2.2からWindowsでproxy接続(特に認証要の場合)では、set...
**formulaの説明変数の指定について [#qf034277]
>[[CRA]] (2015-09-14 (月) 11:02:07)~
~
~
回帰分析において 目的変数~説明変数 の形式でlm()を実行し...
#正常に実行できる
x <- trees
lm(Volume ~ Girth, data = x)
#列名を変更
colnames(x)[1] <- "A-3"
lm(Volume ~ A-3, data = x)
このような列名を含むdataではどのように説明変数を指定すれ...
~
宜しくお願いします。~
//
- 苦もないこと。そのような列名を colnames で付け替えると...
- lm(Volume ~ `A-3`, data = x)とするとうまくいきました。...
**heatmapのラベル名の色について [#b3cbd5f2]
>[[ヒート]] (2015-09-11 (金) 09:27:49)~
~
お世話になります。~
~
heatmap()で水平方向のラベルを特定の条件で色分けしたいと考...
x <- as.matrix(mtcars)
heatmap(t(x))
この場合、"Mazda"を含むラベルを赤、"Merc"を含むラベルを青...
おそらくheatmap()の戻り値を使えばよいのだとは思うのですが...
~
環境はWin 7, R 3.0.2です。~
~
どなたかご教示宜しくお願いします。~
//
**spatstatパッケージのKest、pcf関数の結果の違いについて [...
>[[B4]] (2015-09-05 (土) 07:45:52)~
~
点パターンの凝集性を評価する際に、rがどのくらいの値でラン...
//
**多重比較おける効果量・検出力について [#b125c055]
>[[R2]] (2015-09-01 (火) 10:29:46)~
~
お世話になります。~
~
従来は多重比較によってp-valueを求めて有意である、有意でな...
~
しかし、ヘルプファイルを見てみましたがいずれのライブラリ...
~
多重比較における効果量・検出力を算出する方法について知見...
~
宜しくお願いします。~
//
- DunnettTestsはチェック済みですか？ -- &new{2015-09-01 ...
- 情報ありがとうございます。説明書を読みましたが効果量を...
**ggplotで時系列を並べる [#ebe7dedf]
>[[つなかん]] (2015-09-01 (火) 08:51:32)~
~
お世話になります。ggplotってこんな図が苦手な気がします。f...
timeval = seq(as.POSIXct("2014-07-17 10:00:00"), by="30 ...
y1 = rnorm(10)
y2 = rnorm(10)^10
y3 = rnorm(10)
y4 = rnorm(10)
par(mfrow=c(3,1))
par(mar=c(0,4,0,4))
par(oma=c(4,0,4,0))
plot(y1~timeval, type="l",ylab="y1(mm)", axes=F)
axis(2); box()
plot(y2~timeval, type="l", ylab="y2(g)", axes=F)
axis(2); box()
plot(y3~timeval, type="l", ylab="y3")
lines(y4~timeval, type="l", col="red")
legend("bottomright", legend = c("y3", "y4"), col=c("bla...
mtext("Timeval", side=1, line=3, cex=0.8)
//
**forecastパッケージのstl関数のエラーについて [#r4ab0d86]
>[[kirioh]] (2015-08-28 (金) 22:32:50)~
~
はじめまして、お世話になります。~
~
forecastパッケージを使った時系列データの分離（トレンド・...
具体的にはA列に日付、B列に数値の入った以下のようなCSV形式...
~
Date SP~
~
2015/1/1 14360~
~
2015/1/2 19908~
~
2015/1/3 16210~
~
2015/1/4 15465~
~
2015/1/5 12514~
~
2015/1/6 12182~
※以下2015/7/31まで~
以下のコードを試みたのですが、
data = read.csv('test.csv',head=T, row.names=1)
ts <- ts(data, start = c(2015,1), end = c(2015,7), frequ...
stl <- stl(ts, s.window="per")
stl(ts, s.window = "per") でエラー: 一変量系列だけが許...
というエラーが発生する状況です。またdecomposeを使っても
時系列の期間が無いか、2未満です
というエラーが発生します。
国内外のサイトで調べてdataをnumericで渡したり$indexを通し...
tsのclassは"ts"となっており、auto.arimaやacfは出力されは...
ただtsをプロットすると2015.000からはじまったり、acfはlag...
バージョンは3.1.2、OSはwindows 7になります。
何卒宜しくお願い致します。
//
- 投稿時の，問題でしょうが，データが1行おきなの？元のデー...
- ご指摘ありがとうごさいます、また客観が欠けておりすみま...
Date SP
2015/1/1 14360
2015/1/2 19908
2015/1/3 16210
2015/1/4 15465
2015/1/5 12514
2015/1/6 12182
2015/1/7 11966
またhead(data) すると以下になっています。
> head(data)
SP
2015/1/1 14360
2015/1/2 19908
2015/1/3 16210
2015/1/4 15465
2015/1/5 12514
2015/1/6 12182
start, endの指定についても私の誤認（YYYY,MM,DDだと思って...
**十数万件データ同士のマージ [#zc50d703]
> (2015-08-25 (火) 22:10:05)~
~
お世話になっております。~
2つのデータフレーム(共に十数万件で項目数100前後)のマージ...
高速にマージしてくれるお薦めのライブラリがあれば教えてく...
//
- マシン性能にもよるのでは。例えば、こちらの環境では、10...
a <- data.frame(id = 1:100000, as.data.frame(matrix(1:10...
b <- data.frame(id = sample(1:100000, size = 100000),
as.data.frame(matrix(1:10000000, ncol = ...
というデータフレームが2つあったとして、
> head(a$id); head(b$id)
[1] 1 2 3 4 5 6
[1] 24019 90410 60377 38469 66968 3732
このidでmerge()してみると、
> system.time(ab <- merge(a, b, by = "id"))
ユーザ システム 経過
0.644 0.016 0.660
この通り。なお、
> system("cat /proc/cpuinfo | grep 'model name' |uniq")
model name : Intel(R) Xeon(R) CPU W3550 @ 3.0...
- 私もやってみました。やはり1秒もかからないですね。&br;使...
> system.time(ab <- merge(a, b, by = "id"))
ユーザ システム 経過
0.869 0.127 0.992
機種名： Mac Pro
機種 ID： MacPro5,1
プロセッサ名： Quad-Core Intel Xeon
プロセッサ速度： 2.8 GHz
プロセッサの個数： 1
コアの総数： 4
二次キャッシュ（コア単位）： 256 KB
三次キャッシュ： 8 MB
メモリ： 12 GB
プロセッサ相互接続速度： 4.8 GT/s
- 返信遅くなり申し訳ありません。 サンプルでいただいたコー...
df <- data.frame(id = I(sample(100001:200000,size=100000...
d1 <- subset(df,target==1)
d0 <- subset(df,target==0)
nm <- "id"
w <- tapply(df$target,df[,c(nm)],mean)
y <- tapply(d1$target,d1[,c(nm)],length)
z <- tapply(d0$target,d0[,c(nm)],length)
a <- data.frame(nm=I(names(w)),mn=w)
b <- data.frame(nm=I(names(y)),c1=y)
c <- data.frame(nm=I(names(z)),c0=z)
d <- merge(a,b,by.x="nm",by.y="nm",all=T)
e <- merge(d,c,by.x="nm",by.y="nm",all=T)
- AsIsクラスだと時間がかかるのでは？ -- &new{2015-08-27 ...
整数型の場合
> ai <- a; ai$nm <- as.integer(ai$nm)
> bi <- b; bi$nm <- as.integer(bi$nm)
> ci <- c; ci$nm <- as.integer(ci$nm)
> system.time(di <- merge(ai, bi, by = "nm", all = TRUE))
ユーザ システム 経過
0.345 0.000 0.345
> system.time(ei <- merge(di, ci, by = "nm", all = TRUE))
ユーザ システム 経過
0.322 0.008 0.330
文字列型の場合
> ac <- a; ac$nm <- as.character(ac$nm)
> bc <- b; bc$nm <- as.character(bc$nm)
> cc <- c; cc$nm <- as.character(cc$nm)
> system.time(dc <- merge(ac, bc, by = "nm", all = TRUE))
ユーザ システム 経過
0.864 0.000 0.864
> system.time(ec <- merge(dc, cc, by = "nm", all = TRUE))
ユーザ システム 経過
0.872 0.000 0.871
文字列がキーだとちょっと時間がかかるね。しかし、いずれに...
- マージキーが AsIs の場合に merge のボトルネックは，do.c...
> system.time(do.call("order", a[,1, drop=FALSE]))
ユーザ システム 経過
76.086 0.520 82.530
> ai <- a; ai$nm <- as.integer(a$nm)
> system.time(do.call("order", ai[,1, drop=FALSE]))
ユーザ システム 経過
0.011 0.001 0.029
> ac <- a; ac$nm <- as.character(a$nm)
> system.time(do.call("order", ac[,1, drop=FALSE]))
ユーザ システム 経過
0.217 0.001 0.225
> af <- a; af$nm <- factor(a$nm)
> system.time(do.call("order", af[,1, drop=FALSE]))
ユーザ システム 経過
0.010 0.000 0.021
AsIs の場合，とんでもない処理時間がかかっているのが分かり...
- なるほど。ありがとうございます。上記のI()はデータフレー...
- > ファクター型に自動変換されないようにするため&br;上の...
bx <- x[, by.x]
if (is.factor(bx))
bx <- as.character(bx)
のように as.character されるので，問題ないと思いますけど...
- いやいや「ファクター型に自動変換されないようにするため...
** 関数の引数にデータフレームの列名を指定する方法 [#e808c...
>[[su?]] (2015-08-23 (日) 13:00:26)~
~
お世話になります。~
~
列a,b,c,,,,を持つデータフレームdfの要素を引数とする関数を...
hikisu1にa列、hikisu2にb列、hikisu3にc列を指定する場合
func<-function(hikisu1, hikisu2, hikisu3){ }
という関数を作製して、使用時に~
func(df$a, df$b, df$c)
としているのですが、これを、
func(a, b, c, data=df)
というように、dfの要素を指定できるような関数に作り替えた...
方法について、ご教示頂けますと幸いです。~
~
（理由はdfの他の要素も修飾することを可能とするためです。）~
//
- わざわざ関数にするメリットがわからないが，例えば以下の...
func <- function(a, b, c, data=df) {
name.a <- deparse(substitute(a))
name.b <- deparse(substitute(b))
name.c <- deparse(substitute(c))
name.data <- deparse(substitute(data))
str <- sprintf("data <- data.frame(%s$%s, %s$%s, %s$%s...
name.data, name.a, name.data, name.b, n...
result <- eval(parse(text=str))
colnames(data) <- cbind(name.a, name.b, name.c)
data
}
を定義すれば，使用例は以下のごとし。
df <- data.frame(
a = 101:103,
b = sample(10, 3),
c = letters[21:23],
d = c(1.4, 4.5, 7.9),
e = c("abc", "foo", "bar")
)
df
( x <- func(a, b, c, df) )
( y <- func(d, e, a) )
あなたの意図に合うのかな？？~
でも，そんなことで済むなら，わざわざ関数を定義しなくても，
( x <- df[c("a", "b", "c")] )
( y <- df[c("d", "e", "a")] )
で，同じ結果を得ることも出来ます。~
わずか数回のキータイプを省略したいというなら別ですが。 --...
- 関数内で df の要素 a, b, c を使うということか。ならば，...
**データフレームの各項目についてclass()を適用する方法 [#y...
>[[te]] (2015-08-20 (木) 21:59:32)~
~
apply(df[1,1:dim(df)[2]],2,class) だと想定どおりの結果と...
numeric型のものがあるにも関わらず、すべてcharacter型と返...
どのように修正すればよいでしょうか。~
//
- なぜ，df[1,1:dim(df)[2]] としないといけないのかわからな...
> sapply(iris, class)
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width ...
"numeric" "numeric" "numeric" "numeric" ...
> sapply(iris[1,1:dim(iris)[2]], class)
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width ...
"numeric" "numeric" "numeric" "numeric" ...
**ヒートマップのカラーチャートについて [#j049864a]
>[[mappa]] (2015-06-30 (火) 15:29:08)~
~
お世話になります。"Heatplus"ライブラリーの"regHeatmap"を...
~
以下のように実行するとファイル右側に表示されるカラーチャ...
&ref(file_1.pdf);~
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("Heatplus")
library(Heatplus)
set.seed(123)
data <- array(ceiling(runif(100,min=1,max=100)), dim=c(1...
colnames(data) <- rownames(data) <- 1:10
pdf(file="file_1.pdf")
plot(regHeatmap(data, col=heat.colors))
dev.off()
そこで、以下のようにbreaksでカラーチャートの範囲を指定し...
&ref(file_2.pdf);~
set.seed(123)
data <- array(ceiling(runif(100,min=1,max=100)), dim=c(1...
colnames(data) <- rownames(data) <- 1:10
pdf(file="file_2.pdf")
plot(regHeatmap(data, col=heat.colors, breaks=seq(1,100,...
dev.off()
ヒートマップ化する行列の値とカラーチャートの色を一致させ...
~
お手数ですが、ご回答宜しくお願いします。~
//
- 自己レスになりますが、fieldsパッケージのimage.plot関数...
- 参考になれば -> http://d.hatena.ne.jp/myopomme/201112...
**関数内でのデータフレームの成分の参照 [#vb631601]
>[[kddoi]] (2015-06-29 (月) 20:34:11)~
~
お世話になっております。関数内でのデータフレームの成分を...
attachとdetachを使えば上手く動くのですが、同一名の変数が...
df <- data.frame(a=c(1,2,3), b=c(3,2,1))
tmp1 <- function(eq, dat) {
return(with(dat, eq))
}
tmp2 <- function(eq, dat) {
attach(dat)
d <- a+b
detach(dat)
return(d)
}
tmp1(a+b, df)
tmp2(a+b, df)
以上、よろしくお願いいたします。~
//
- 久しぶりの投稿でpukiwikiの書式を忘れており、読み辛くて...
tmp3 <- function(eq, dat) {
eval(parse(text=paste("with(", deparse(substitute(dat...
}
- > 久しぶりの投稿でpukiwikiの書式を忘れており~
言い訳するより，「[[投稿における注意事項]]」を読んで，書...
計算式 a+b は，引数にできませんよね...~
実際の所，何がやりたいのかよくわからないけど，普通にやれ...
- 後からページ全体の編集ができることに気が付きましたが、...
- > のような状況&br;言っていることが，よくわからないなあ...
**Ｔ検定を行うためのデータ加工について知りたい。 [#ra1d97...
>[[ちまっく]] (2015-06-08 (月) 03:50:53)~
~
Rによる統計について。~
~
当方、Ｒの初心者です。~
Ｒによる「 Ｔ－検定 」を行いたい所存です。長文で失礼しま...
~
元データが約5万あり、Ｔ－検定を行うため、データの加工を簡...
~
元データは以下のような形です。~
~
セッションID,アイテムID,大分類,小分類,ブランド,閲覧日時,...
6033,162429,日用品,歯ブラシ,647,43:06.0,0~
6033,249019,雑貨,枕カバー,240,43:17.0,1~
1003,169032,日用品,洗剤,340,21:34.0,0~
1003,42543,日用品,歯ブラシ,205,25:55.0,0~
1003,190788,日用品,洗剤,86,28:57.0,0~
7062,154026,日用品,歯磨き粉,47,43:56.0,0~
7062,30637,日用品,歯磨き粉,151,44:21.0,0~
8011,168023,雑貨,プランター,150,44:52.0,0~
8011,198903,雑貨,鉢,240,45:28.0,1~
8011,157220,日用品,シャンプー,9,47:22.0,0~
~
~
~
データを下データのように加工するための簡単な方法をお教え...
セッションＩＤ毎に~
大分類~
・購入の場合、購入するまでに大分類上で何品閲覧したか~
・非購入の場合、大分類上で何品閲覧したか~
小分類~
・購入の場合、購入するまでに小分類上で何品閲覧したか~
・非購入の場合、小分類上で何品閲覧したか~
滞在時間~
・購入の場合、購入するまで何時間、分、秒、滞在したか（閲...
・非購入の場合、何時間、分、秒、滞在したか~
~
このようなデータの形にしたい↓~
大分類閲覧数（購入）,大分類閲覧数（非購入）~
2,1~
1,1~
小分類閲覧数（購入）,小分類閲覧数（非購入）~
2,2~
2,1~
滞在時間（購入）,滞在時間（非購入）~
0:11,7:23~
0:00,0:25~
~
以上です。~
よろしくお願いします。~
//
- 返答がない理由は，データ処理の仕様が相当に複雑であるに...
**リストの中身に一括して関数を適用する。（eval(parse(text...
>[[たけ]] (2015-06-03 (水) 20:56:34)~
~
以下のように、データよって長さが変化するinputについて、~
計算結果をリストに格納し、リストの各値に基づく集計をした...
最後のsum以下の部分をinputの数に合わせて増減させる良い方...
~
input <- c(10,20,30)#与えるデータの数はいつも３つではな...
list <- list(0)
for(i in 1:length(input)){ list[[i]] <- input[i]/10} #任...
sum(list[[1]],list[[2]],list[[3]])#ここをinputの長さに応...
なお、この例であればリストを展開してしまう方法もあると思...
どうぞよろしくお願いします。
//
- eval(parse...を使わなくても、do.call(sum, list) でOKで...
- callという関数があることは認識していましたが、リストに...
**半角文字から全角文字への変換 [#gb93a3dc]
>[[分分]] (2015-05-27 (水) 17:39:05)~
~
お世話になります。~
~
以下のように英数字やスペース、記号からなる半角文字列を全...
~
a <- c("asdf","12 /_")
~
宜しくお願いします。~
//
- chartr 関数を使う。 -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁で...
h <- "A-Za-z0-9~!@#$%^&*()_+`={}|[]\\:\";'<>?,./ -" # "-...
z <- "Ａ-Ｚａ-ｚ０-９〜！＠＃＄％＾＆＊（）＿＋｀＝｛｝...
a <- c("asdf","12 /_")
chartr(h, z, a)
- ご回答ありがとうございます。ニーズがないのかいろいろと...
- 文字列中に"-"が含まれていると文字化けしてしまいます。な...
- Windows ですか？Mac OS X では，問題なく動きますが。文字...
> h <- "A-Za-z0-9~!@#$%^&*()_+`={}|[]\\:\";'<>?,./ " # ...
> z <- "Ａ-Ｚａ-ｚ０-９〜！＠＃＄％＾＆＊（）＿＋｀＝｛...
> a <- c("asdf","1-2 /_")
> gsub("-", "−", chartr(h, z, a))
[1] "ａｓｄｆ" "１−２ ／＿"
- Windowsです。上記のように実行すると"ａｓｄｆ" "x｢｢\...
**印刷について [#pf080e3d]
>[[cloud]] (2015-05-24 (日) 12:48:35)~
~
お世話になります。~
~
windows7及び8でR i386 3.2.0を使用しています。~
clanはRODBCのみ使用しています。~
デバイスはwin.print()を使用しています。~
~
複数枚のグラフをループさせて1度に作成しています。~
1枚ごとにdev.offしている為、plot関数を通る度にwindowsのプ...
~
これを回避して、印刷ボタンを1回クリックのみでグラフを連続...
解説書や、webを調べたのですが、印刷については詳しい資料が...
//
- ?win.printとして, printer引数について調べましょう -- &...
- for (j in 1:5) { -- [[cloud]] &new{2015-05-25 (月) 22:1...
- ありがとうございました。プリンタ名を指定するとダイアロ...
**gnupack12.03におけるESSの導入方法 [#p34d08cb]
>[[gnu]] (2015-05-19 (火) 11:43:15)~
~
お世話になります。~
~
Windows７でgnupack_devel-12.03のemacsを使用しています。~
ESSを使用したいと思い、~
１ .emacs.d/site-lispにessフォルダを作成~
２ 同フォルダ内のess/lisp/ess-site.elの329行を~
Rのインストール先に合わせて次のように変更~
(setq-default inferior-R-program-name "C:/r/bin/i386/Rter...
３ init.elに次の行を追加~
(require 'ess-site)~
~
その上でemacsを再起動すると、次のようなメッセージが出て、...
Warning (emacs): None of 'w32-short-file-name, 'win32-sh...
or 'mswindows-short-file-name are defined!
You will have to manually set ess-program-files (in es...
the correct "8.3"-style directory name.
Warning (initialization): An error occurred while loadin...
Symbol's function definition is void: w32-short-file-name
...
ess-custom.elを調べてみたのですが、修正方法がわからず困っ...
解決策を御教示いただければ幸いです。~
//
- Windows固有の話だと回答がつきにくいですね。ホームディレ...
- 早速の御回答ありがとうございます。 御指示の方法を試して...
- じゃあ、正攻法でess-program-filesを8.3形式で設定しよう...
- いろいろと試行錯誤していたため、お返事が遅くなって申し...
(setq ess-program-files "/c/R-3.2.0/bin/i386/Rterm.exe")
すると、ワーニングが次の４行に減りました。
Warning (emacs): None of 'w32-short-file-name, 'win32-sh...
or 'mswindows-short-file-name are defined!
You will have to manually set ess-program-files (in es...
the correct "8.3"-style directory name. ~
また、M+X RでRが起動しました！しかし、次のようなメッセー...
load ESSR: + + + + Error in file(filename, "r", encoding...
コネクションを開くことができません
追加情報: Warning message: In file(filename, "r", encod...
ファイル '/home/.emacs.d/site-lisp/ess/etc/ESSR/R/.load....
No such file or directory
しかし、「.load.R」というファイルは確かに存在しています。...
- ess-program-filesには、名前の通り、Rのインストール先を...
- 御指摘のとおり、init.elを次のように変更してみました。
(setq ess-program-files "c:/GNUPAC~1.03/home/EMACS~1.D/S...
しかし、４行のワーニングは相変わらず出てしまいます。 -- [...
- > /home/.emacs.d/site-lisp/ess/etc/ESSR/R/.load.R&br;に...
- 失礼しました。 > /home/.emacs.d/site-lisp/ess/etc/ESSR/...
**zooライブラリーを、古いバージョンに戻す方法 [#o716d2ab]
>[[tt]] (2015-05-14 (木) 13:14:39)~
~
こんにちは。~
zooのパッケージを最新のzoo_1.7-12に更新後、既存のプログラ...
使用しているのは、Windows版R i386 3.1.3です。~
よろしくお願いします。~
//
- どのような問題が起きるのか。それを解決するにはどのよう...
- 河童様、ありがとうございます。とりあえず動く環境を取り...
- 複数のバージョンのパッケージをインストールして使い分け...
- ありがとうございます。河童様のご指摘のサイトから、旧バ...
- 該当ライブラリーのNEWSに、従来からの変更点が具体的に記...
**3次元有向線分とラベルの表示 [#u6a12307]
>[[たにし]] (2015-05-09 (土) 13:26:58)~
~
3次元空間上の有向線分を始点/終点の座標を指定して表示し、...
//
- どこまでわかっているのかわからないのですが，rgl パッケ...
- やはり出来合いの関数などはありませんか。 -- [[たにし]] ...
- plot3Dパッケージに関数arrows3Dがあります．ヘッドの形はt...
- ありがとうございました。 -- [[たにし]] &new{2015-05-18 ...
**glmmMLの結果のcallの画面出力をテキスト化してエクセルに...
>[[ぷうや]] (2015-05-08 (金) 17:18:36)~
~
glmmMLの実行結果のcallを、エクセルファイルに出力したいの...
~
> myResult <- glmmML(y ~ x1 + x2 + x3, family = "poisson...
> myResult$call
glmmML(formula = y ~ x1 + x2 + x3, family = "poisson", d...
~
この、"glmmML(formula = y1 ~ x1 + x2 + x3, family = "pois...
//
- 1行だけ書くのですか（どういう目的なんでしょうかね？）。...
myID <- factor(rep(1:20, rep(5, 20)))
y <- rpois(100, lambda=2)
x1 <- rnorm(100)
x2 <- rnorm(100)
x3 <- rnorm(100)
myData <- data.frame(y, x1, x2, x3, myID)
# ここまで，テストデータの用意
myResult <- glmmML(y ~ x1+x2+x3, family="poisson",
data = myData, cluster = myID)
# 以下の 3 行でファイルに出力
a <- as.character(myResult$call) # formula を character に
b <- sprintf('%s(formula = %s, family = "%s", data = %s,...
a[1], a[2], a[3], a[4], a[5])
write.xlsx(b, file="foo.xlsx", sheetName="bar", # ファイ...
col.names=FALSE, row.names=FALSE)
- なるほど！やはり自分で整形しなおさなくてはならないので...
**カナ文字を列名に持つ行列を Sweave 処理するときにエラー ...
>[[河童の屁は，河童にあらず，屁である。]] (2015-04-22 (水...
~
たまには私も質問したい。~
以下のような内容の test.Rnw （エンコーディングは EUC-JP）~
<<>>=
result <- matrix(1:4, 2)
colnames(result) <- c("a", "ア")
result
@
を，以下のようなファイルで Sweave 処理すると~
#!/usr/bin/Rscript --vanilla
Sweave("test.Rnw", encoding="euc-jp")
できあがる test.tex の大きさが途方もなく大きくなる。~
-rw-r--r-- 1 foo 503 1000187 4 22 13:33 test.tex
どんな風になっているか hexdump で見てみると~
0000080 7d 0a 20 20 20 20 20 61 20 20 20 a5 a2 20 20 20
0000090 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20
*
00f42c0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0a 5b 31
となっており，* の部分に 20 がびっしりと詰まっている。~
カタカナの列名を付けようとするとこのようなことが起こるよ...
<<>>=
result <- matrix(1:4, 2)
colnames(result) <- c("a", "b")
result
@
だと，~
-rw-r--r-- 1 foo 503 183 4 22 13:40 test.tex
で，何の問題もない。~
何がいけないのか，回避策はあるのか。~
//
- Euc-jpなRを用意できないので追試できませんが、少なくとも...
\documentclass{jsarticle}
\begin{document}
<<echo=false>>=
result <- matrix(1:4, 2)
colnames(result) <- c("a", "ア")
result
@
\end{document}
結果
\documentclass{jsarticle}
\usepackage{Sweave}
\begin{document}
\begin{Schunk}
\begin{Soutput}
a ア
[1,] 1 3
[2,] 2 4
\end{Soutput}
\end{Schunk}
\end{document}
hexdumpの結果
$ hexdump -C test.tex
00000000 5c 64 6f 63 75 6d 65 6e 74 63 6c 61 73 73 7b ...
00000010 73 61 72 74 69 63 6c 65 7d 0a 5c 75 73 65 70 ...
00000020 63 6b 61 67 65 7b 53 77 65 61 76 65 7d 0a 5c ...
00000030 65 67 69 6e 7b 64 6f 63 75 6d 65 6e 74 7d 0a ...
00000040 62 65 67 69 6e 7b 53 63 68 75 6e 6b 7d 0a 5c ...
00000050 65 67 69 6e 7b 53 6f 75 74 70 75 74 7d 0a 20 ...
00000060 20 20 20 61 20 e3 82 a2 0a 5b 31 2c 5d 20 31 ...
00000070 20 33 0a 5b 32 2c 5d 20 32 20 20 34 0a 5c 65 ...
00000080 64 7b 53 6f 75 74 70 75 74 7d 0a 5c 65 6e 64 ...
00000090 53 63 68 75 6e 6b 7d 0a 5c 65 6e 64 7b 64 6f ...
000000a0 75 6d 65 6e 74 7d 0a ...
000000a7
- よんどころない理由で，euc-jp を使わないといけないので。...
- uft-8環境で問題のないtexファイルを作成してから、nkfで最...
**数字から文字を取って平均値を求めたいのですが [#g53e54d4]
>[[さくら]] (2015-04-22 (水) 13:40:23)~
~
66avg のような数字が並んでいます。（csvのファイルになっ...
まず，数字からavgをとります~
次に，上から3つずつ平均値を求めます．~
方法を教えてください。~
困っています。~
//
- データをベクトルに入れて（入っているとして），以下のよ...
x <- c("55avg", "66avg", "17avg", "62avg", "30avg", "69a...
"38avg", "91avg", "90avg", "34avg", "56avg", "78a...
colMeans(matrix(as.numeric(sub("avg", "", x)), 3))
- ありがとうございました．X=read.csv("197714.csv") cclMea...
- cclMeans じゃなくて colMeans だよ。しかも，read.csv で ...
- すみません 直しました 今度は，強制変換により NA が生...
- ああそう。x には文字列ベクトルが入っているべきだけど，r...
colMeans(matrix(as.numeric(sub("avg", "", as.character(x...
としないとだめだね。&br;それとね，197714.csv にどのように...
- 平均値が出ました！！！数字を1行に並べるにはどうしたらい...
- ちょっとは自分で出来ませんかね？R は１行の文字数を指定...
- これは便利ですね．今まで苦労していました。河童さんに感...
**pdf()について [#a01cf1d0]
>[[Pikyu]] (2015-04-21 (火) 20:26:33)~
~
お世話になります。pdf()で横幅の広い画像を保存したいのです...
pdf(file="abc1.pdf", width=200, height=7)
plot(1:10)
dev.off()
pdf(file="abc2.pdf", width=201, height=7)
plot(1:10)
dev.off()
この現象を回避するにはどうすべきでしょうか。環境はWindows...
~
よろしくお願いします。~
//
- 横幅が200インチと言うことは5.08mですよね。本当にそのサ...
- PDF ファイルの特性を理解しておられない。PDF ファイルの...
lm(Volume ~ A-3, data = x)
このような列名を含むdataではどのように説明変数を指定すれ...
~
宜しくお願いします。~
//
- 苦もないこと。そのような列名を colnames で付け替えると...
- 河童さん、実際にpdf(file="abc2.pdf", width=2, height=0....
- 私は，河童ではないし...&br;> 実際にpdf(file="abc2.pdf",...
以下にエラー plot.new() : figure margins too large
が出るでしょう？ということなんでしょうかね。そうね。そり...
pdf(file="abc2.pdf", width=2, height=0.07)
old <- par(mar=0.01*c(3,3,1,1))
x <- seq(0, 100*pi, length=1000000)
y <- sin(x)
plot(x, y, cex=0.005, xaxt="n", yaxt="n")
par(old)
dev.off()
または，
pdf(file="abc2.pdf", width=2, height=0.07)
old <- par(mar=0.01*c(3,3,1,1))
plot(c(0, 2), c(0, 0.07), type="n", xaxt="n", yaxt="n")
text(0, 0.035, paste(rep("1234567890", 100), collapse=""...
par(old)
dev.off()
あ，ごめんごめん，質問者の方へ&br;最初に戻って，&br;> wid...
&ref(fig.png);
- 皆さんご回答ありがとうございました。width=201では軸すら...
- acrobat readerでは表示出来ないというだけですが... -- [[...
- > width=201では軸すら表示されないので、そういう仕様にな...
**カプランマイヤー曲線にn.at.riskを入れたいのですが [#r84...
>[[sawako]] (2015-04-21 (火) 08:43:20)~
~
初めまして。~
初歩的な質問で恐縮です、ヒントでもいいので教えていただけ...
よろしくお願いいたします。~
~
~
survplotを用いてカプランマイヤー曲線にn.at.riskの表をいれ...
~
「 関数 "survplot" を見つけることができませんでした」の...
~
ネット上でいろいろ調べて「library(rsm)」「library(survplo...
~
またlibrary(survival)は実行済みです。~
~
お知恵を貸していただきたく思います。よろしくお願いいたし...
//
- 「rmsパッケージをダウンロードしました」って，どうやって...
- コメントありがとうございました。「ダウンロード」という...
- 「パッケージ ‘rms’ は無事に展開され、MD5 サムもチェック...
- rmsという名前のパッケージなのに、library(rsm)とタイプミ...
- 「library(rsm)とタイプミスをしているのは、本当にそう入...
**マージとsumを同時にやる方法 [#be32558d]
>[[うま]] (2015-04-14 (火) 17:58:19)~
~
連日失礼します。~
▼サンプル
識別ID,視聴時間,性別
A,1,men
A,2,men
A,3,men
B,4,men
B,5,men
B,6,men
B,7,men
C,8,women
C,9,women
D,10,women
▼求める結果
A,6,men
B,22,men
C,17,women
D,10,women
さらにここから散布図を作りたいと思っています。~
（男性女性別にどこに集中しているのかの傾向を見たいと思っ...
今、下記サイトを見ながらトライしているのですが、一日かけ...
http://sssslide.com/www.slideshare.net/abicky/r-10128090~
http://cse.naro.affrc.go.jp/takezawa/r-tips/r/43.html~
~
どうぞよろしくお願いします！~
//
- ちょっと不細工だけど以下のようにするか。 -- [[河童の屁...
> d <- as.data.frame(t(sapply(split(a, a$識別ID), functi...
+ list(as.character(d$識別ID[1]), sum(d$視聴時...
+ as.character(d$性別[1])))))
> d <- data.frame(matrix(unlist(d), ncol=3))
> d[,2] <- as.numeric(d[,2])
> d
X1 X2 X3
1 A 4 men
2 B 3 men
3 C 2 women
4 D 1 women
散布図ってどんなの？横軸に性別縦軸に視聴時間というのなら，
plot.default(d[,3], d[,2], pch=19)
で，描けるでしょ。
- ありがとうございます。色々とすみません。助かりました。 ...
**重複カウントと平均について [#y064e1df]
>[[うま]] (2015-04-13 (月) 19:43:22)~
~
お世話になります。~
~
Rで以下の式を計算しようとしているのですが、ちょうどよい方...
マージ関数やsumif関数などを利用したのですが、上手くいかな...
識別ID,視聴時間,性別
A,1,men
A,2,men
A,3,men
B,4,men
B,5,men
B,6,men
B,7,men
C,8,women
C,9,women
D,10,women
求める結果
men
sum=28, ave=14
women
sum=27, ave=13.5
識別IDは同一だと同じ人であることを指しています。~
上記のサンプルでいうと視聴者は4人ということになります。~
~
マージやsumifなどでは上手くいかないものなのでしょうか？~
ヒントだけでもお願い致します。~
//
- ave は，性別の合計視聴時間を人数で割るということと解釈...
> sapply(split(a, a$性別), function(b) c(sum(b$視聴時間)...
men women
[1,] 28 27.0
[2,] 14 13.5
うまい方法より，確実な方法を求めるべし。 -- [[河童の屁は...
- カッパさん -- [[うま]] &new{2015-04-14 (火) 17:14:32};
- 河童さん ありがとうございます。助かります。ちなみにで...
- 視聴者ごとの散布図を作れないかと思っています。自分でも...
- 「それぞれの視聴時間を別テーブルに保存」って，どういう...
- データフレームの名前をaとして、
> (t4person <- aggregate(視聴時間 ~ 性別 + 識別ID, data ...
性別 識別ID 視聴時間
1 men A 6
2 men B 22
3 women C 17
4 women D 10
> (tsum4sex <- aggregate(視聴時間 ~ 性別, data = t4perso...
性別 視聴時間
1 men 28
2 women 27
> (tmean4sex <- aggregate(視聴時間 ~ 性別, data = t4pers...
性別 視聴時間
1 men 14.0
2 women 13.5
-- [[名無し]] &new{2015-04-14 (火) 21:42:51};
**パッケージのロード情報をワークスペースに保存出来るでし...
>[[ぺぃにゃん]] (2015-04-11 (土) 14:54:36)~
~
お世話になります。~
~
RGuiのコンソール画面で幾つかパッケージを呼び出して作業を...
~
この時それまで使用していたパッケージもロード済みの状態で...
~
保存する際にオプションがある、もしくはパッケージの情報は...
//
- いつも同じことをやるなら，.Rprofile に library(hogehoge...
**関数内での変数の指定について [#c7866c37]
>[[かず]] (2015-04-11 (土) 13:53:34)~
~
お世話になります．~
自作関数内で，nlmeパッケージのgls関数を呼び出したいのです...
library(nlme)
myfunc <- function(data, y, group, time, id, cov) {
outcome <- deparse(substitute(y))
group <- deparse(substitute(group))
time <- deparse(substitute(time))
cov <- deparse(substitute(cov))
form <- paste(outcome,'~ as.factor(', group,')+as.fact...
group,'):as.factor(',time,')',cov)
id <- deparse(substitute(id))
res <- gls(as.formula(form),
data=data, corr=corSymm(form=~1|id),
weights=varIdent(form=~1|time))
return(res)
}
myfunc(BodyWeight,weight,Diet,Time,Rat, )
上記の実行で，
gls(weight~Time+Diet,
data=BodyWeight, corr=corAR1(form=~1|Rat),
weights=varIdent(form=~1|Time))
の結果を得ることを意図しているのですが，myfunc関数の引数...
deparse関数で文字列になってしまっているからなのかとも思い...
ご教示のほどよろしくお願いいたします．~
//
- すみません，下段は，
gls(weight~as.factor(Time)+as.factor(Diet),
data=BodyWeight, corr=corAR1(form=~1|Rat),
weights=varIdent(form=~1|Time)) # 投稿法...
の間違いです．よろしくお願いいたします． -- [[かず]] &new...
**℃の表示 [#q78daa54]
>[[けい]] (2015-04-06 (月) 15:39:48)~
~
いつも参考にさせていただいております。~
今回の質問は、温度表示の「℃」についてです。~
日本語変換の「℃」では文字化けすることもありうるので、英語...
lab = expression (paste("Temperature", "(", ~degreeC, ")...
text(0.5, 0.5, lab)
で表示させると、上付きの○部分がCと同じ大きさになってしま...
○部分を小さくすることは可能でしょうか。~
よろしくお願いいたします。~
//
- expression は expression(paste("Temperature", "(", degr...
&ref(deg.png);~
のようにキレイに表示されるけど。 -- [[河童の屁は，河童に...
- Windowsでも問題ないようです。ありがとうございました。 -...
**2軸のグラフ作成 [#d6b0f6fe]
>[[TGI]] (2015-04-06 (月) 08:25:40)~
~
~
stripchart()の右側のy軸に異なる目盛を作り、abline()で線を...
y <- -10:9
x <- factor(rep(1:2, 10))
stripchart(y~x, vertical=TRUE)
abline(h=3, col="red", lwd=2, lty="solid", ylim=c(0,10),...
axis(side=4, at=seq(0, 10, by=2))
そこで、以下のようにabline()の前にstripchart()でプロット...
y <- -10:9
x <- factor(rep(1:2, 10))
stripchart(y~x, vertical=TRUE)
par(new=TRUE)
stripchart(0, xaxt="n", yaxt="n", ylim=c(0, 10), col="wh...
abline(h=3, col="red", lwd=2, lty="solid", ylim=c(0, 10)...
axis(side=4, at=seq(0, 10, by=2))
宜しくお願いします。~
//
- 2軸のグラフは，普通は，2 つ（以上）のデータを同じ図に描...
y <- -10:9
x <- factor(rep(1:2, 10))
stripchart(y~x, vertical=TRUE)
abline(h=(57-100)/10, col="red", lwd=2, lty="solid")
axis(side=4, at=seq(-10, 9, length=11), labels=0:10)
このように，グラフの座標系と軸の座標系が一致しない場合に...
- ご回答ありがとうございました。換算するのはめんどくさい...
- leafletでのコロプレス図とマーカーについて(2) -- [[TAKA?...
**dataframeの一行削除について [#o77ee9f1]
>[[help]] (2015-04-05 (日) 10:17:32)~
~
初歩的な質問で申し訳ありません．~
~
例えば,irisであれば，iris[,-1]とすれば，一列目が削除され...
これは行につても使えると，どこかで書いたあった記憶がある...
//
- 大変お騒がせしました．一行消えていました．indexがデータ...
**beeswarm()について [#ef4495db]
>[[8]] (2015-04-03 (金) 09:16:24)~
~
お世話になります。beeswarm()を使用しているのですが、以下...
library(beeswarm)
pdf(file="iris.pdf",width=5,height=7)
beeswarm(Sepal.Length~Species, iris)
dev.off()
iris2 <- rbind(iris,iris,iris,iris,iris)
iris2[5] <- rep(c(letters,LETTERS),100)[1:nrow(iris2)]
pdf(file="iris2.pdf",width=35,height=7)
beeswarm(Sepal.Length~Species, iris2)
dev.off()
&ref(サンプル.png);~
このスペースを小さくするにはどうしたらよいでしょうか。環...
宜しくお願いします。~
//
- 例えば、glim = c(2,52)をbeeswarm()に追加するとどうなり...
- ありがとうございます。c(2,52)ではグラフ右端にスペースが...
- ヘルプファイルを読んだのですが、"dlim and glim can be u...
- beeswarm:::beeswarm.default でソースを読めば解決するで...
if (horizontal) {
if (is.null(ylim))
ylim <- glim
if (is.null(xlim)) {
xlim <- dlim
}
略
}
else { # vertical
if (is.null(xlim))
xlim <- glim
if (is.null(ylim)) {
ylim <- dlim
}
略
}
- なるほど。少し不親切なヘルプファイルですね。ありがとう...
- http://www.cbs.dtu.dk/~eklund/beeswarm/ にコメントの送...
**カイ二乗値がとても大きい時のpchisq() [#j29cbe92]
>[[NNDDMMCC]] (2015-03-31 (火) 19:35:51)~
~
お世話になります。~
カイ二乗値がとても大きい時に「1-pchisq」を計算すると，0と...
> 1-pchisq(70,1)
[1] 1.110223e-16 #1.0e-16まではしっかりと表示されますが
> 1-pchisq(71,1)
[1] 0 #それより小さくなるとすべて0になってしまうようです。
といったことを解消したいのですが，どうぞよろしくお願いい...
~
//
- この種の悪例は，統計手法や R の解説を名乗っている Web ...
> 1-pchisq(70, 1) # 「しっかりと表示されますが」とはい...
[1] 1.110223e-16
> pchisq(70, 1, lower.tail=FALSE) # このようにすれば，正...
[1] 5.930446e-17
> 1-pchisq(71, 1)
[1] 0
> pchisq(71, 1, lower.tail=FALSE) # このような場合につい...
[1] 3.572249e-17
もっとも，検定に対して用いる場合は，P 値はせいぜい小数点...
- 大変勉強になりました。どうもありがとうございました。 --...
**ネット上のデータを大量にRに取り込む方法 [#x992e8c3]
>[[たかし]] (2015-03-29 (日) 13:44:17)~
~
以下のURLは今月の3月4日に行われた競輪のレースの出走表です...
http://keirin-station.com/keirindb/race/member/36/2015030...
この出走表から個々の選手の競争得点の標本分散を計算します。~
次に以下のURLはその結果です。~
http://keirin-station.com/keirindb/race/result/36/2015030...
ここから3連単の配当金をとってきます。~
見たい関係は競争得点の標本分散と3連単の配当金なのですが、...
//
- 300回もページを参照されるのは（失敗なんかあったら更に同...
**lapply()の返り値について [#ye3028fe]
>[[XXX]] (2015-03-27 (金) 18:10:29)~
~
お世話になります。lapply()に自作の関数を渡して処理をする...
mysum <- function(x) {
invisible(a <- sum(x))
}
x <- 1:5
mysum(x) # 返り値は表示されない
x <- c(list(1:5), list(2:6))
lapply(x, mysum) # 返り値が表示されてしまう
どのようにすればよいでしょうか。~
宜しくお願いします。~
//
- 本来，invisible を使うのは，関数単独で引用されたときの...
mysum <- function(x) {
invisible(sum(x)) # 代入してから返す必要はない
}
x <- 1:5
mysum(x) # 返り値は表示されない
x <- list(1:5, 2:6) # データ構造としてはこちらが自然（...
y <- sapply(x, mysum) # この場合は sapply がよいだろう。
# 結果を何かに代入してやればよいだ...
# そもそも，代入もしない，出力もし...
# 回避策があるなら，不本意でもそれ...
y # 必要なときに表示すればよいだけ（不要なら表示しないだ...
- ありがとうございました。代入すればよいだけだったのです...
**日本語が急に文字化けするようになりました [#k156078a]
>[[月野]] (2015-03-25 (水) 14:45:04)~
~
初めて投稿させていただきます。win7 64bitで、R3.1.2を使用...
~
・Rconsole 内の のlanguage = ja_JP.UTF-8 に上書き~
・Sys.setenv での変更
> Sys.setenv(LANG = "fr")
> x
Erreur : objet 'x' introuvable
> Sys.setenv(LANG = "ja_JP.UTF-8")
> x
Error: object 'x' not found
> Sys.setenv(LANG = "en")
> x
Error: object 'x' not found
になります。R3.1.3をインストールしても同じ症状が継続して...
//
- 「コンソールのメッセージが全て英語になり」というのと「...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さま ありがとうご...
- そうですか。その欄に fr と書いても，メッセージはフラン...
- ありがとうございます。素人ながら3.1.3をインストールして...
- そもそもWindowsなのに、ja_JP.CP932じゃなくてja_JP.UTF-8...
> Sys.setlocale(locale="Japanese")
- ありがとうございます。UTF-8を指定したのは特別な理由はな...
# 実行結果などをどのように記述するかは，他の投稿記事をみ...
> Sys.setlocale(locale="Japanese")
[1] "LC_COLLATE=Japanese_Japan.932;LC_CTYPE=Japanese_Jap...
LC_MONETARY=Japanese_Japan.932;LC_NUMERIC=C;LC_TIME...
> Sys.setenv(LANG = "Japanese_Japan.932")
> x Error: object 'x' not found
- 「object 'x' not found」の意味は「xという名前のRオブジ...
- ↑ そうじゃなくて，「日本語でのエラーメッセージじゃなく...
- メッセージの問題への対処だけでは本質な解決につながらな...
- ありがとうございます。Sys.getenv()を見てみましたが、Rに...
- えっと、
1.「コントロール パネル\時計、言語、および地域」の「管理...
2.「C:\Program Files\R\R-3.1.3\etc\Rconsole」の中のlangu...
3. ご自分の「C:\Users\<ユーザー名>\Documents\Rconsole」...
4. 上記が問題なければ普通にRを起動して、sessionInfo()の...
> sessionInfo()
5. cmdを実行して環境変数の一覧を取得してはりつける.
C:\xxxx> set > env.txt
そんなもんかぁ -- [[なかま]] &new{2015-03-27 (金) 16:09:4...
- なかま さま ありがとうございます。1は問題ありませんで...
**重回帰(lm)でのpredictの使い方について [#u52508dc]
>[[NwFc]] (2015-03-22 (日) 20:48:16)~
~
初めて投稿させて頂きます．ルールが余りわからず失礼があれ...
~
Rで重回帰をしようとして，予測のところで躓いています．初歩...
やりたいことはデータを与えてlmで重回帰式求め，新しいデー...
predictは重回帰では使えず，係数を求めて自分でベクトル演...
> x1 <- c(30, 20, 60, 80, 40, 50, 60, 30, 70, 60)
> x2 <- c(30, 50, 60, 80, 40, 30, 60, 30, 40, 60)
> x <- cbind(x1, x2)
> a <- as.matrix(c(2, 5))
> y <- x %*% a
>
> z <- lm(y ~ x)
> new <- data.frame(x1 = 50, x2 = 50)
> predict(z, new)
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
210 290 420 560 280 250 420 210 340 420
Warning message:
'newdata' had 1 row but variables found have 10 rows
//
- そもそもモデル式が間違っているのでは？ -- &new{2015-03...
> z <- lm(y ~ x1 + x2)
> new <- data.frame(x1 = 50, x2 = 50)
> predict(z, new)
1
350
なお、yは次のように作成すると1行ですむ。y, x1, x2だけあれ...
> y <- 2 * x1 + 5 * x2
- 早速、ご回答を頂き有難う御座います。 -- [[NwFc]] &new{2...
**リストの要素の削除について [#i1252d9c]
>[[Lee]] (2015-03-17 (火) 20:05:19)~
~
たびたびすみません。再び質問させて頂きます。 # 「すいませ...
複数の文字列を要素にもつリストxから、文字列ベクトルyの要...
(x <- list(c("Aaa","Abb","Acc"), c("Baa","Bcc","Bds","Ba...
y <- c("Acc", "fgsd")
(z <- list(c("Aaa","Abb"), c("Baa","Bcc","Bds","Bas"), c...
どのような処理をすれば可能でしょうか。使えそうな関数でも...
宜しくお願いします。~
//
- これも，基本的な関数の組み合わせで実現できます。 -- [[...
> z # このような結果が欲しいのですね
[[1]]
[1] "Aaa" "Abb"
[[2]]
[1] "Baa" "Bcc" "Bds" "Bas"
[[3]]
[1] "dsfa" "gtsd" "frgh"
> lapply(x, function(a) a[!(a %in% y)]) # プログラムは，...
[[1]]
[1] "Aaa" "Abb"
[[2]]
[1] "Baa" "Bcc" "Bds" "Bas"
[[3]]
[1] "dsfa" "gtsd" "frgh"
- ありがとうござました。apply系の関数に自作の関数を組み合...
私の目的とは異なりますが、もし文字ベクトルyがy <- c("Ac",...
- lapply(x, function(a) a[! apply(sapply(y, function(b) g...
- ありがとうございました。挙動を確認し、ようやく理解でき...
**リストの要素の結合について [#pdf48a8d]
>[[Lee]] (2015-03-16 (月) 15:47:44)~
~
お世話になります。~
~
以下のような2×3の行列を要素にもつリストがあり、rbindで6×3...
list_dat <- list(matrix(1:6, nrow=2, ncol=3),matrix(7:12...
rbind(list_dat[[1]],list_dat[[2]],list_dat[[3]])
~
本当のデータはもっとたくさんの要素を持つので、この処理をl...
~
よろしくお願いします。~
//
- Reduce()はどうですか？ -- &new{2015-03-16 (月) 17:26:0...
> Reduce(rbind, list_dat)
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 3 5
[2,] 2 4 6
[3,] 7 9 11
[4,] 8 10 12
[5,] 13 15 17
[6,] 14 16 18
- 見たことも聞いたこともない関数を使わなくても，基本的な...
> result = NULL
> for (i in list_dat) {
+ result <- rbind(result, i)
+ }
> result
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 3 5
[2,] 2 4 6
[3,] 7 9 11
[4,] 8 10 12
[5,] 13 15 17
[6,] 14 16 18
- Reduce()を薦めた者ですけど、baseパッケージの中の基本関...
- ありがとうございました。Reduce()は初めて知りました。調...
- 「見たことも聞いたこともない」のは，私ではありません。&...
**検定ベクトル処理のためのチェイン構文＋doの仕様方法につ...
>[[コバヤシカズオ]] (2015-03-12 (木) 16:33:43)~
~
お世話になります。グループ毎にoneway.testを実行したく，下...
インターネットで見つけました。~
data %>% group_by(AAA,BBB) %>% do(hensu=lm(Y~X,data=.))~
真似をして，下記で実行したところエラーとなりました。~
data %>% group_by(CCC) %>% do(oneway=oneway.test(YY~XX,...
Error in oneway.test(YY~XX, data= .SD) : not enough groups
CCCの中に複数のカテゴリー（文字）は確認しました。~
基本的な使用方法の間違いでしょうか。ご指導戴けると幸いで...
//
- 申し訳ありません。doの使用方法について でした。 -- [[...
- 私は、この妙なやりかたはまったく知らないのだけど、エラ...
- %>% や, group_by や，do は標準関数ではありませんので（...
- 皆様 返信が遅く大変申し訳ありません。全グループが２水...
**データフレームからベクトルへの変換 [#qcaa874f]
>[[FK]] (2015-03-12 (木) 09:49:07)~
~
お世話になります。以下のようなデータフレームxの要素をひと...
~
宜しくお願いします。
sex <- c("F","F","M","M","M")
height <- c(158,162,177,173,166)
weight <- c(51,55,72,57,64)
( x <- data.frame(SEX=sex, HEIGHT=height, WEIGHT=weight) )
//
- unlist(x)は試してみましたか -- [[竹澤]] &new{2015-03-12...
- unlist(x)をすると"F", "M"が"1","2"に変換されてしまいま...
- 意図を掴みにくいですが、因子型のFやMが1や2になっては困...
> x$SEX <- as.character(x$SEX)
> unlist(x)
SEX1 SEX2 SEX3 SEX4 SEX5 HEIGHT1 HEIGHT2 ...
"F" "F" "M" "M" "M" "158" "162" ...
WEIGHT1 WEIGHT2 WEIGHT3 WEIGHT4 WEIGHT5
"51" "55" "72" "57" "64"
名前付きベクトルが嫌であればunname()を使えばいいです
> unname(unlist(x))
[1] "F" "F" "M" "M" "M" "158" "162" "177" "17...
[13] "72" "57" "64"
- 希望する処理ができました。ありがとうございました。 -- [...
**decompose関数について [#a4459c5d]
>[[okh]] (2015-03-10 (火) 11:28:18)~
~
統計数理研究所のDecompとRのdecompose関数は同じ計算法なん...
//
**「Wiki内のGoogle検索について」など２件 [#y24ea5b9]
>[[Montecarlo]] (2015-03-08 (日) 22:56:02)~
~
いつもお世話になっております。~
~
質問が２件ありますので、お答えいただけたら幸いです。~
~
・Wiki内検索について~
本Wiki内の検索を一番下のGoogle検索窓からWiki内を検索しま...
いくつか「有効なWikiNameではありません」と表示されて、検...
この解決策をご存知の方がいらっしゃいましたら、教えていた...
~
・画像の添付について~
トップページには以下のように書かれていました。~
＞ 各ページへのファイル添付については、ページ上部の「ファ...
しかしながら、添付しようとすると「管理者パスワードが一致...
添付の具体的な方法を教えていただけたらと思います。~
~
よろしくお願いいたします。~
//
- 検索は，ページ上部の「単語検索」でやるとよいでしょう。 ...
- Googleの検索が失敗する理由は、ごく最近このWikiシステム...
- Google検索が失敗する理由はおそらくご指摘の通りだと思っ...
- 添付ファイルを管理者パスワードなしで許可するように設定...
- 返信遅くなってしまい、申し訳ありませんでした。~
そして、返信いただきありがとうございました。~
Google検索はしばらく時間がかかるようなので、「単語検索」...
画像添付は機会を得たら、その時に添付したいと思います。 --...
**meta packageでのp値の桁数 [#m33ab514]
>[[NNDDMMCC]] (2015-03-04 (水) 14:15:42)~
~
お世話になります。~
R version 3.1.1 (2014-07-10)~
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)~
OS:windouws 7~
でメタ解析をmeta packageを用いて行っております。~
そのなかで，metabinを用いて以下のようなプログラムを実行し...
X <- matrix(c(1282, 1890, 1368, 2426, 1749, 2606, 1462, ...
res <- metabin(X[,1], X[,2], X[,3], X[,4], sm="OR", comb...
res$pval.fixed
としてfixed effect modelのp値を表示しようとしたのですです...
とても小さい値（おそらく1.0E-16以下だと思います）を表示す...
どうぞよろしくお願いいたします。
//
- 変数の内容を 2 進数表記するとどのようになるかを確認して...
> sprintf("%A", res$pval.fixed)
[1] "0X0P+0"
> sprintf("%A", 0)
[1] "0X0P+0"
なので，これは正真正銘の 0 ですね。 -- [[河童の屁は，河童...
- ご回答ありがとうございます。sprintf関数，勉強になりまし...
**自分で定義した関数中でstepが使えない [#hd7e789d]
>[[HA]] (2015-02-28 (土) 21:57:05)~
~
お世話になります。~
Rを始めて3ヶ月、プログラミングはRが初めて、という者です。~
環境は ~
R version 3.1.2 (2014-10-31)~
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)~
OS：Windows 7 professional~
です。~
アンケートの分析で、ロジット(将来的にはプロビットも)分析...
目的変数にあたる項目が複数あり、将来的に似たような分析を...
そして以下のような関数を作りました(エラーに関係しない部分...
y = runif(100) > 0.3 #テストデータ
x1 = runif(100)
x2 = runif(100)
x3 = runif(100)
x4 = runif(100)
t.d = data.frame(y,x1,x2,x3,x4)
obj = y~.
null = y~ 1
t.func = function(obj, null, family = binomial, #関数本体
data, direction = "both"){
on.exit(sink())
sink("test.txt")
rg1 = glm(obj,family ,data)
rg2 = glm(null,family ,data)
step(rg1, scope = list(upper = rg1, lower = rg2),
direction = direction)
}
t.func(obj, null,data = t.d)
これを実行すると、
「Error in UseMethod("family") :
no applicable method for 'family' applied to an object...
というエラーメッセージが出て、停止してしまいます。~
1行ずつreturnで結果を返していったところ、stepの部分でエラ...
directionを"backward"にすれば動くのですが、できればステッ...
本サイトでは、glmで検索した結果と「Rの関数定義の基本」に...
(「Rの関数定義の基本」の「引数として関数オブジェクトを与...
どうかご助言よろしくお願いいたします。~
//
- 誰の回答もないのでコメントだけ。質問のエラーは再現しま...
- コメントありがとうございます。namespaceというのは初見で...
- 関数の作り方に難がある（ちょっと癖がある）ので，以下の...
もっとも，こんな簡単な関数になるなら，わざわざ関数にする...
set.seed(20206)
n = 40
y = runif(n) > 0.3 #テストデータ
x1 = rnorm(n)
x2 = rnorm(n)
x3 = rnorm(n)
x4 = rnorm(n)
t.d = data.frame(y, x1, x2, x3, x4)
t.func = function(y, x, family = binomial, direction = "...
on.exit(sink())
sink("test.txt")
rg1 = glm(y ~ x, family)
step(rg1, direction = direction) # モデルの範囲を指定...
}
t.func(t.d[,1], as.matrix(t.d[2:5])) # 第1引数は従属変数...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁であるさん。回答ありがとう...
~
まず報告ですが、残念ながらお示し頂いた方法だと、xの部分が...
~
ちなみに質問に際して他に省いた部分はファイルの名前の管理...
１．複数の目的変数があり、合成変数も作っていたり、地域毎...
分析したいデータセットの種類が結構あり(今のところ30位を計...
２．ステップワイズは定数項だけのモデルから始める場合と全...
３．ロジットの結果をベースにしつつ余裕があればプロビット...
~
といった理由で処理と一緒に関数化したかったのですが、プロ...
~
とりあえず、今はsourceで呼び出す形である程度処理をまとめ...
- 適切なテストデータがなかったので，十分吟味できておらず...
# seed=sample(100000, 1)
set.seed(9475)
# print(seed)
n = 40
yy = runif(n) > 0.3 #テストデータ
x1 = rnorm(n)
x2 = rnorm(n)
x3 = rnorm(n)
x4 = rnorm(n)
t.d = data.frame(yy, x1, x2, x3, x4)
t.func = function(y, x, link=c("logit", "probit"), direc...
# on.exit(sink())
# sink("test.txt")
link = match.arg(link)
d = data.frame(y, x)
formula1 = as.formula(sprintf("%s ~ .", colnames(d)[1]))
rg1 = glm(formula1, family=binomial(link=link), data=d)
formula2 = as.formula(sprintf("%s ~ 1", colnames(d)[1]))
rg2 = glm(formula2, family=binomial(link=link), data=d)
step(rg1, scope = list(upper = rg1, lower = rg2) , dir...
}
t.func(t.d[1], t.d[2:5]) # 第1引数は 1 列のデータフレー...
t.func(t.d[1], t.d[2:5], link="probit", direction="backw...
実行例1
> t.func(t.d[1], t.d[2:5]) # 第1引数は...
Start: AIC=39.64
yy ~ x1 + x2 + x3 + x4
Df Deviance AIC
- x2 1 29.679 37.679
<none> 29.636 39.636
- x1 1 32.109 40.109
- x4 1 35.722 43.722
- x3 1 37.178 45.178
Step: AIC=37.68
yy ~ x1 + x3 + x4
Df Deviance AIC
<none> 29.679 37.679
- x1 1 32.123 38.123
+ x2 1 29.636 39.636
- x4 1 35.948 41.948
- x3 1 37.239 43.239
Call: glm(formula = yy ~ x1 + x3 + x4, family = binomia...
data = d)
Coefficients:
(Intercept) x1 x3 x4
2.1681 0.5991 1.3290 -1.4805
Degrees of Freedom: 39 Total (i.e. Null); 36 Residual
Null Deviance: 40.03
Residual Deviance: 29.68 AIC: 37.68
実行例2
> t.func(t.d[1], t.d[2:5], link="probit", direction="ba...
Start: AIC=40.81
yy ~ x1 + x2 + x3 + x4
Df Deviance AIC
- x2 1 30.815 38.815
- x1 1 32.370 40.370
<none> 30.813 40.813
- x4 1 36.481 44.481
- x3 1 37.109 45.109
Step: AIC=38.81
yy ~ x1 + x3 + x4
Df Deviance AIC
- x1 1 32.392 38.392
<none> 30.815 38.815
- x4 1 36.583 42.583
- x3 1 37.154 43.154
Step: AIC=38.39
yy ~ x3 + x4
Df Deviance AIC
<none> 32.392 38.392
- x4 1 36.744 40.744
- x3 1 37.532 41.532
Call: glm(formula = yy ~ x3 + x4, family = binomial(lin...
Coefficients:
(Intercept) x3 x4
1.1263 0.5115 -0.5909
Degrees of Freedom: 39 Total (i.e. Null); 37 Residual
Null Deviance: 40.03
Residual Deviance: 32.39 AIC: 38.39
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さん ありがとうご...
**引数の確認について [#a1288ad2]
>[[Montecarlo]] (2015-02-22 (日) 23:37:30)~
~
いつもお世話になっております。~
今回引数の確認について質問をさせていただきます。~
~
関数の中で関数を定義し、その関数が調べることが可能かの疑...
具体的には以下の事象です。~
~
以下のプログラムを走らせると
Dist.norm <- function(arg.m, arg.sd){
return(
list(
random = function(n) rnorm(n, arg.m, arg.sd)
, mean = arg.m
, density = function(x) dnorm(x, arg.m, arg.sd)
)
)
}
TestFunction <- Dist.norm(2, 3)
TestFunction
set.seed(0);TestFunction$random(3);set.seed(0);rnorm(3, ...
TestFunction$density(0.3); dnorm(0.3, 2, 3)
このように返ってきます。
> Dist.norm <- function(arg.m, arg.sd){
+ return(
+ list(
+ random = function(n) rnorm(n, arg.m, arg.sd)
+ , mean = arg.m
+ , density = function(x) dnorm(x, arg.m, arg.sd)
+ )
+ )
+ }
>
> TestFunction <- Dist.norm(2, 3)
> TestFunction
$random
function (n)
rnorm(n, arg.m, arg.sd)
<environment: 0x00000000295e3d18>
$mean
[1] 2
$density
function (x)
dnorm(x, arg.m, arg.sd)
<environment: 0x00000000295e3d18>
> set.seed(0);TestFunction$random(3);set.seed(0);rnorm(3...
[1] 5.788863 1.021300 5.989398
[1] 5.788863 1.021300 5.989398
> TestFunction$density(0.3); dnorm(0.3, 2, 3)
[1] 0.1132558
[1] 0.1132558
こちらが意図とした通り、乱数と平均および密度が求まってい...
しかしながら、以下の状態では「arg.m」「arg.sd」へ何が入っ...
> TestFunction$random
function(n) rnorm(n, arg.m, arg.sd)
<environment: 0x00000000295e3d18>
この「arg.m」「arg.sd」を取得する方法はありますでしょうか...
具体的には、上記の例で「arg.m = 2」「arg.sd = 3」を取得し...
~
皆さんのお知恵を拝借できればと思います。~
どうぞよろしくお願いいたします。~
//
- > この「arg.m」「arg.sd」を取得する方法はありますでしょ...
density = function(x) c(dnorm(x, arg.m, arg.sd), arg.m, ...
というように定義しておけば，dnorm の戻り値と，arg.m, arg....
> TestFunction$density(0.3)
[1] 0.1132558 2.0000000 3.0000000
c ではなく list で返してやってもよいでしょう。
density = function(x) list(density=dnorm(x, arg.m, arg.s...
としておけば，
> TestFunction$density(0.3); dnorm(0.3, 2, 3)
$density
[1] 0.1132558
$arg.m
[1] 2
$arg.sd
[1] 3
お好きな方を。 -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁である。]...
- 「 河童の屁は，河童にあらず，屁である。」様~
早速の返信ありがとうございます。~
言われてみればその通りですね。~
~
返り値として指定してあげればよい話ですね。~
ありがとうございました。~
~ -- [[Montecarlo]] &new{2015-02-23 (月) 06:50:55};
**テーブル変形について [#q928e3f7]
>[[konoushi]] (2015-02-22 (日) 17:13:59)~
~
平素よりお世話になっております。~
下記のようなテーブルを以下のように変形したいのです。~
どのようにすればよいでしょうか。
id StartYear EndYear Variable
01 2000 2002 a
02 1995 1997 b
id Year Variable
01 2000 a
01 2001 a
01 2002 a
02 1995 b
02 1996 b
03 1997 b # 変なところに投稿しないように 投稿...
//
- あれこれうまい方法を聞いたり，試したりするより，ださく...
d <- structure(list(id = c(1L, 2L, 30L),
StartYear = c(2000L, 1995L, 2010L),
EndYear = c(2002L, 1997L, 2015L),
Variable = structure(1:3, .Label = c("a", "b", "c"), c...
.Names = c("id", "StartYear", "EndYear", "Variable"), ...
row.names = c(NA, -3L))
d
n <- d$EndYear - d$StartYear + 1
d2 <- NULL
for (i in 1:nrow(d)) {
d2 <- rbind(d2,
cbind(rep(d[i,1], n[i]),
seq(d[i, 2], d[i, 3], length=n[i]),
rep(as.character(d[i,4]), n[i])))
}
d2 <- data.frame(d2)
colnames(d2) <- c("id", "Year", "Variable")
d2$id <- as.integer(as.character(d2$id))
d2$Year <- as.integer(as.character(d2$Year))
d2
実行結果
> d
id StartYear EndYear Variable
1 1 2000 2002 a
2 2 1995 1997 b
3 30 2010 2015 c
> d2
id Year Variable
1 1 2000 a
2 1 2001 a
3 1 2002 a
4 2 1995 b
5 2 1996 b
6 2 1997 b
7 30 2010 c
8 30 2011 c
9 30 2012 c
10 30 2013 c
11 30 2014 c
12 30 2015 c
**要素を一回で抽出する事は可能でしょうか？ [#qec460ff]
>[[risperidone]] (2015-02-20 (金) 10:20:50)~
~
お世話になります。例えば下記のようなデータがあったとしま...
1:ANA 2:JAL 3:ANA, JAL 4:JAL,ANA, DEL~
それぞれの構成要素をカウントすると、ANA 3, JAL 3, DEL 1と...
//
- 1:ANA 2:JAL 3:ANA, JAL 4:JAL,ANA, DEL は1, 2, 3, 4 行目...
- ご返信ありがとうございます。「1:」，「2:」などは行の一...
- ファイルからどのようにして読み込んだのですか？つまり，...
ANA
JAL
ANA, JAL
JAL,ANA, DEL
のようなファイル（test.dat）があって，それを readLines で...
x <- readLines("test.dat")
table(unlist(strsplit(x, "[ ,]")))
によって，以下の結果を得るでしょう。
ANA DEL JAL
2 3 1 3
strsplit の split を "[ ,]" にしているのは，「要素とカン...
- ご返信ありがとうございます。データ入力の仕方に改善の余...
- > もしエクセルで各セルに「ANA」「DEL」など単一のデータ...
- ありがとうございます。大変参考になりました。 -- [[rispe...
**SPSSから読み込んだデータの数値をNAに置き換えできません ...
>[[Thomas]] (2015-02-20 (金) 00:28:36)~
~
はじめまして。Windows7SP1上でR 3.1.2 64bitを使っています...
データ例(test.sav)
V1 V2
1 -99
2 22
3 23
4 24
（なおここで-99はSPSS上ではユーザ欠損値にはなっておりませ...
install.packages("memisc")
library(memisc)
data <- as.data.set(spss.system.file("test.sav"))
dat[dat == -99] <- NA
以下にエラー `[<-.data.frame`(`*tmp*`, i, j, value = NA)...
(list) オブジェクトは 'double' に変換できません。
dat$v2[dat$v2 == -99] <- NA と変数を明示的に指定するとエ...
どうかよろしくお願い申し上げます。~
//
- data.setオブジェクトはdata.frameとは別のものです．read....
なお，変換はas.data.frame関数を使うことで可能ですが，data...
- ありがとうございました。data.frameとは別物で読み込まれ...
- Thomas さん，あなたは，「整形ルール」のページの一部を壊...
- 申しわけありません。よくわからずひな形の欄を触ってしま...
- 自分の書き込みを削除するときに，それ以外のかなりの行を...
- 編集の窓の中をいじると実際の表示に直接反映されてしまう...
- 上記data.setを dan<-as.data.frame(dat) としてdata.fram...
**各数値の間にカンマを自動挿入してエクセルのデータをＲに...
>[[risperidone]] (2015-02-18 (水) 17:53:36)~
~
表題通りですが、エクセルデータ（csv）の数値をエクセル上で...
x=c(3619, 7797, 5039, 1617, 8876, 2156, 1659, 504, 387, ...
といった風に、数値の間にカンマを自動で入れるためのテクニ...
今までは手動でカンマの挿入をやっていました。~
//
- Excel でコピー，R コンソールで dput(scan("")) とすると...
> dput(scan(""))
1: 1 2 3 4 << ペースト
5: << リターンキーを押す
Read 4 items
c(1, 2, 3, 4) << これをコピーして利用する
> x <- c(1, 2, 3, 4) << たとえば，こんなふうに
別解~
Mac の場合，次の様な関数を作っておく。
p <- function() {
con <- pipe("pbpaste", "r")
txt <- scan(con)
close(con)
con <- pipe("pbcopy", "w")
cat("c(", paste(txt, collapse=", "), ")", file=con, se...
close(con)
}
1. Excel でコピーする。~
2. R で p() を実行する ~
3. 変換された文字列がバッファーにあるので，必要なところで...
Windows の場合は
p <- function() cat("c(", paste(scan("clipboard"), colla...
かな？使い方は同じ。
- ご回答ありがとうございます。dput(scan(""))、大変便利で...
**単独でなく複数のデータを一括で読み込みたいのですが... [...
>[[shino]] (2015-02-12 (木) 19:31:14)~
~
はじめまして。~
私は今、以下のデータ(DAU,DPU,行動データ)をそれぞれ一括で...
sample-data/section8/daily/dau/game-01/2013-05-01~2013-10...
sample-data/section8/daily/dpu/game-01/2013-05-01~2013-10...
sample-data/section8/daily/action/game-01/2013-10-31~
~
下記のコードをRで実行した際~
「関数 "ldply" を見つけることができませんでした 。」とエ...
ご教授のほどよろしくお願い申し上げます。
> library(“plyr”)
> library(“foreach”)
> readTsvDates <- function(base.dir, app.name, date.from...
+ date.from <- as.Date(date.from)
+ date.to <- as.Date(date.to)
+ dates <- seq.Date(date.from, date.to, by = "day")
+ x <- ldply(foreach(day = dates, combine = rbind) %do% {
+ read.csv(sprintf("%s/%s/%s/data.tsv", base.dir, app.na...
+ header = T,
+ sep = "\t", stringsAsFactors = F)
+ })
+ x
+ }
>
> # DAUを読みこむ関数
> readDau <- function(app.name, date.from, date.to = dat...
+ data <- readTsvDates("sample-data/section8/daily/dau",...
+ date.from, date.to)
+ data
+ }
> # DPUを読みこむ関数
> readDpu <- function(app.name, date.from, date.to = dat...
+ data <- readTsvDates("sample-data/section8/daily/dpu",...
+ date.from, date.to)
+ data
+ }
> # 行動データを読みこむ関数
> readActionDaily <- function(app.name, date.from, date....
+ data <- readTsvDates("sample-data/section8/daily/actio...
+ date.from, date.to)
+ data
+ }
>
> # データの読みこみ
>
> # DAU
> dau <- readDau("game-01", "2013-05-01", "2013-10-31")
以下にエラー readTsvDates("sample-data/section8/daily/d...
関数 "ldply" を見つけることができませんでした
> head(dau)
log_date app_name user_id
1 2013-08-01 game-01 33754
2 2013-08-01 game-01 28598
3 2013-08-01 game-01 30306
4 2013-08-01 game-01 117
5 2013-08-01 game-01 6605
6 2013-08-01 game-01 346
> # DPU
> dpu <- readDpu("game-01", "2013-05-01", "2013-10-31")
以下にエラー readTsvDates("sample-data/section8/daily/d...
関数 "ldply" を見つけることができませんでした
> head(dpu)
log_date app_name user_id payment
1 2013-06-01 game-01 351 1333
2 2013-06-01 game-01 12796 81
3 2013-06-01 game-01 364 571
4 2013-06-01 game-01 13212 648
5 2013-06-01 game-01 13212 1142
6 2013-06-01 game-01 13212 571
> # Action
> user.action <- readActionDaily("game-01", "2013-10-31"...
以下にエラー readTsvDates("sample-data/section8/daily/a...
関数 "ldply" を見つけることができませんでした
> head(user.action)
以下にエラー head(user.action) : オブジェクト 'user.ac...
//
- そもそもforeach(day = dates, .combine = rbind)とちゃん...
- .combineの手前の”どっと”をつけ忘れる→listを展開したい→l...
- ご返答ありがとうございます!!~
自分でも少しわかりにくいコードでしたので、簡略化してみま...
> library(plyr)
> library(foreach)
foreach: simple, scalable parallel programming from Revo...
Use Revolution R for scalability, fault tolerance and mo...
http://www.revolutionanalytics.com
>
> readDau <- function(app.name, date.from, date.to) {
+ date.from <- as.Date(date.from)
+ date.to <- as.Date(date.to)
+ dates <- seq.Date(date.from, date.to, by = "day")
+ ldply(foreach(day = dates, combine = rbind) %do% {
+ base.dir <- "sample-data/section8/daily/dau"
+ f <- sprintf("%s/%s/%s/data.tsv",
+ base.dir, app.name, day)
+ read.csv(f, header = T, stringsAsFactors = F)
+ })
+ }
>
> dau <- readDau(“game-01", "2013-05-01", "2013-10-31")
> head(dau)
log_date app_name user_id
1 2013-08-01 game-01 33754
2 2013-08-01 game-01 28598
3 2013-08-01 game-01 30306
4 2013-08-01 game-01 117
5 2013-08-01 game-01 6605
6 2013-08-01 game-01 346
自動編集機能があるわけじゃないのだからね!
**重回帰分析を行った後にVIFが求められない [#hf585ee9]
>[[risperidone]] (2015-02-10 (火) 00:34:05)~
~
初めてこちらに質問させて頂きます。宜しくお願いします。~
R(3.1.2)をMac OS X 10.10.2で使っています。~
重回帰分析までは出来たように思えます。~
説明変数はregimen＝投薬数、maleは性別、治療アウトカムは治...
データは全て疾患Ａ・Ｂ・Ｃのいずれかに該当します。~
> result1 = lm(regimen ~ male + 疾患A-1 + 疾患B + 疾患C ...
投与開始年齢 + 最終受診時年齢 + 治療アウ...
> summary(result1)
Call:
lm(regimen ~ male + 疾患A-1 + 疾患B + 疾患C + 初発年齢 +
投与開始年齢 + 最終受診時年齢 + 治療アウトカム, data=...
Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-4.0473 -1.3977 -0.3918 0.8142 11.5159
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
male 0.19436 0.22706 0.856 0.392499
疾患A 0.95790 0.48769 1.964 0.050192 .
疾患B 2.58759 0.43024 6.014 4.03e-09 ***
疾患C 1.93298 0.37667 5.132 4.45e-07 ***
初発年齢 0.04138 0.02220 1.864 0.063002 .
治療開始年齢 -0.08136 0.02203 -3.692 0.000252 ***
最終受診年齢 0.03569 0.01069 3.340 0.000916 ***
治療アウトカム 1.49465 0.22467 6.653 9.31e-11 ***
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1...
Residual standard error: 2.239 on 407 degrees of freedom
Multiple R-squared: 0.7106, Adjusted R-squared: 0.7049
F-statistic: 124.9 on 8 and 407 DF, p-value: < 2.2e-16
ここでVIFパッケージをインストールしました。
URL 'http://cran.ism.ac.jp/bin/macosx/mavericks/contrib...
Content type 'application/x-gzip' length 2356946 bytes (...
開かれた URL
==================================================
downloaded 2.2 Mb
ダウンロードされたパッケージは、以下にあります
/var/folders/4k/37q819dx1dn03k0zl3n0yhth0000gp/T//Rtmp...
> library(VIF)
> vif(result1)
以下にエラー as.vector(y) - mean(y) : 二項演算子の引数...
追加情報: 警告メッセージ:
In mean.default(y) : argument is not numeric or logical:...
エラーメッセージ後の対応が分からず苦慮しております。ご教...
ファイル添付からデータをアップロードさせて頂きました。
//
- data1.csv ですか？変数名が regimen,male,JME,TLE,nJnT,fi...
- DAAGライブラリのvifを用いたいのですが、以下のようなエラ...
URL 'http://cran.ism.ac.jp/bin/macosx/mavericks/contrib/...
Content type 'application/x-gzip' length 1983807 bytes ...
==================================================
downloaded 1.9 Mb ダウンロードされたパッケージは、以...
/var/folders/4k/37q819dx1dn03k0zl3n0yhth0000gp/T//Rtm...
> library(DAAG) 要求されたパッケージ lattice をロード中...
Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPath...
‘latticeExtra’ という名前のパッケージはありません
エラー: ‘DAAG’ に対するパッケージもしくは名前空間のロ...
- > ‘latticeExtra’ という名前のパッケージはありません&br;...
- 無事、VIFが出ました。ありがとうございました。&br;もう１...
> result3 <- lm(regimen ~ sex + seizure_type + first + A...
> summary(result3)
Call:
lm(formula = regimen ~ sex + seizure_type + first + AEDa...
lastAge + outcome, data = dat3)
Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-3.8267 -1.5011 -0.3003 0.8695 11.3550
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) 1.738749 0.572593 3.037 0.002546
sex 0.191705 0.230669 0.831 0.406413
seizure_type 0.003416 0.181867 0.019 0.985023
first 0.033675 0.022452 1.500 0.134426
AEDage -0.075155 0.022321 -3.367 0.000832
lastAge 0.043301 0.010658 4.063 5.82e-05
outcome 1.609017 0.226135 7.115 5.05e-12
Residual standard error: 2.275 on 408 degrees of freedom
Multiple R-squared: 0.1676, Adjusted R-squared: 0.1553
F-statistic: 13.69 on 6 and 408 DF, p-value: 3.515e-14
> install.packages("car") 省略
> library(car)
> Anova(result3)
Anova Table (Type II tests)
Response: regimen
Sum Sq Df F value Pr(>F)
sex 3.58 1 0.6907 0.4064126
seizure_type 0.00 1 0.0004 0.9850233
first 11.64 1 2.2496 0.1344258
AEDage 58.68 1 11.3364 0.0008321
lastAge 85.44 1 16.5058 5.818e-05
outcome 262.05 1 50.6274 5.053e-12
Residuals 2111.86 408
となりました。seizure_typeのPrが0.9850233となりました。し...
- 記事の投稿方法について，ちゃんと理解してから利用してく...
- 修正のお手間をかけ申し訳ありませんでした。Rを使ってtype...
- まだ誰からもコメントがないようなので，本筋ではないがコ...
seizure_type を Factor にする（一元配置分散分析のときは，...
> dat3$seizure_type <- factor(dat3$seizure_type)
> oneway.test(regimen~seizure_type, dat3, var.equal=TRUE)
One-way analysis of means
data: regimen and seizure_type
F = 10.6063, num df = 2, denom df = 412, p-value = 3.224...
lm の結果は違うものになる（seizure_type1 がベースラインに...
> result3 <- lm(regimen ~ sex + seizure_type + first + A...
> summary(result3)
Call:
lm(formula = regimen ~ sex + seizure_type + first + AEDa...
lastAge + outcome, data = dat3)
Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-4.0473 -1.3977 -0.3918 0.8142 11.5159
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) 0.95790 0.48769 1.964 0.050192
sex 0.19436 0.22706 0.856 0.392499
seizure_type2 1.62969 0.46882 3.476 0.000563
seizure_type3 0.97509 0.44129 2.210 0.027688
first 0.04138 0.02220 1.864 0.063002
AEDage -0.08136 0.02203 -3.692 0.000252
lastAge 0.03569 0.01069 3.340 0.000916
outcome 1.49465 0.22467 6.653 9.31e-11
Residual standard error: 2.239 on 407 degrees of freedom
Multiple R-squared: 0.1954, Adjusted R-squared: 0.1816
F-statistic: 14.12 on 7 and 407 DF, p-value: < 2.2e-16
Anova も結果が変わる
> library(car)
> Anova(result3)
Anova Table (Type II tests)
Response: regimen
Sum Sq Df F value Pr(>F)
sex 3.67 1 0.7327 0.3924989
seizure_type 70.65 2 7.0439 0.0009832
first 17.43 1 3.4755 0.0630017
AEDage 68.37 1 13.6334 0.0002525
lastAge 55.94 1 11.1536 0.0009160
outcome 221.96 1 44.2578 9.308e-11
Residuals 2041.21 407
重回帰分析にカテゴリー変数を使うときには注意が必要（初歩...
- ご回答、本当にありがとうございました。初歩的な質問に丁...
**beeswarmを使った散布図のプロット [#dc15616b]
>[[Bee]] (2015-02-09 (月) 20:24:44)~
~
初めまして。beeswarmを使用して散布図を作成しています。PC...
data1 <- read.delim("clipboard")
beeswarm(temp~ day, data = data1,
pch = 16, pwcol = 1 + as.numeric(kubun),
xlab = "", ylab = "Follow-up time (months)",
labels = c("day1", "day3", "day5", "day8", "day10", "day...
"day15","day18", "day21"))
legend("topright", legend = c("F", "G"),
title = "Censored", pch = 16, col = 1:2)
の、pwcol = 1 + as.numeric(kubun) が、解決するポイントと...
~
何とぞ、お教えの程お願いいたします。~
~
R ×64 3.1.2 を使用しています。 ~
//
- pch=c(1,16)[as.numeric(kubun)] とかにすれば，よいでしょ...
- 申し訳ありませんでした。データは以下のとおりです。kubun...
kubun day temp
2 1 35.9
1 1 36.5
1 1 36.5
2 1 36.8
1 1 36.9
2 1 36.9
2 1 37.2
1 1 37.3
2 1 37.3
1 1 38.8
1 3 36.3
1 3 36.3
2 3 36.3
1 3 36.5
1 3 36.7
2 3 36.7
2 3 36.8
1 3 36.9
2 3 37.8
- 以下のようにすればよいでしょう。&br;beeswarm 中の pch, ...
library(beeswarm)
beeswarm(temp ~ day, data = data1,
pwpch = c(1, 16)[as.numeric(kubun)], pwcol = as.numeri...
xlab = "", ylab = "Follow-up time (months)",
labels = paste("day", c(1, 3, 5, 8, 10, 12, 15, 18, 21...
legend("top", legend = c("F", "G"),
title = "Censored", pch = c(1,16)[as.numeric(data1$kub...
[as.numeric(data1$kubun)])
- ありがとうございました。解決いたしました。 pwcol の使...
**あらためて、多重クロス集計について [#vc7cfb96]
>[[島田泰夫]] (2015-02-07 (土) 08:29:45)~
~
ふたたび質問させて下さい。~
~
やはり解決しないので・・・
wd <- sample(1:16,100, replace=TRUE)
ws <- sample(0:10,100, replace=TRUE)
inds <- sample(0:100,100, replace=TRUE)
d <- data.frame(wd=wd, ws=ws, inds=inds)
ここから、wdとwsのクロス集計表を作成し、そこからこのクロ...
tapply(d$inds, d$wd, d$ws, sum)
は、文法上できないですし~
そこで・・
re <- ftable(d$inds, d$wd, d$ws)
から得られたオブジェクトを操作しようとして
gyo <- sort(unique(d$inds))
gyo2 <- length(gyo)
gyo3 <- 0
re.mat <- matrix(nr=16, nc=11,0)
for ( i in 1: gyo2){
for ( j in 1:16 ){
gyo3 <- gyo3 +1
for ( k in 1:11){
re.mat[j, k] <- re.mat[j, k] + re[gyo3,k]*gyo[i]
}}}
としてようやく目的の値（表）を得ることができましたが、汚...
もう少し効率的、綺麗な方法はありませんでしょうか？~
//
- tapply を使おうと思ったのは筋がよいですね。ただ，オンラ...
a <- tapply(d$inds, list(d$wd, d$ws), sum)
a[is.na(a)] <- 0
a
しかし，もっと良い方法がある。
xtabs(inds ~ wd + ws, d)
関数 1 つで，答えが求まる。-- [[河童の屁は，河童にあらず...
- ありがとうございました。listの使い方、xtabs等、大変参考...
**balloonplotの行名を並び替えたい [#vf558f14]
>[[島田 泰夫]] (2015-02-05 (木) 10:58:21)~
~
初歩的な質問で恐縮です。~
library(gplots)のballoonplotについて、教えて下さい。
wd1 <- sample(c(1:16),100, replace=TRUE)
wd2 <- sample(c(1:16),100, replace=TRUE)
inds <- sample(c(0:25),100,replace=TRUE)
ここから
balloonplot(wd1,wd2,inds)
とすると、列名は1〜16にきちんと並びますが、行名がバラバラ...
行名を1〜16に並べる方法はありますでしょうか・・・？~
//
- そのようなデータ構造だとballoonplotの仕組みから、決して...
> d <- cbind(expand.grid(wd1 = 1:16, wd2 = 1:16), inds =...
> with(d, balloonplot(wd1, wd2, inds))
- なるほど、そういうことだったんですね。ありがとうござい...
**文字列の置換について [#jb7be865]
>[[Fk]] (2015-02-04 (水) 09:44:05)~
~
お世話になります。 win 7, R 3.0.2を使用しています。~
~
a <- c("1_2_3_4_5", "2_3_4_1_5")
dat <- data.frame(C1=c(3,2,4,1,5), C2=c(4,5,3,2,1))
~
ここで、aの数字をdatのC1列からC2列への行方向に置換して、a...
~
strsplitでaを分割してgsubするという処理をfor文で繰り返そ...
~
宜しくお願いします。~
//
- 一行プログラムコンテストなら
unlist(lapply(lapply(lapply(strsplit(a,"_"),as.numeric),...
こんな感じです -- [[なかま]] &new{2015-02-04 (水) 12:42:0...
- ありがとうございます。ちょっと何がどうなっているかわか...
- 一行だと解読が難しくなるけど，以下のようなプログラムだ...
a <- c("1_2_3_4_5", "2_3_4_1_5")
dat <- data.frame(C1=c(3,2,4,1,5), C2=c(4,5,3,2,1))
c1 <- as.character(dat$C1) # 拡張可能性を残すように文字...
c2 <- as.character(dat$C2) # 同じく
for (i in seq_along(a)) { # a の各要素について
s <- unlist(strsplit(a[i], "_")) # "_" を区切り文字と...
for (j in seq_along(c1)) { # s の各文字 s[j] について
s[j] <- c2[which(s[j] == c1)] # s[j] と等しい c1 の...
}
a[i] <- paste(s, collapse="_") # 文字ベクトル s の要素...
}
a
内側の for は sapply で置き換えると
for (i in seq_along(a)) {
s <- unlist(strsplit(a[i], "_"))
s <- sapply(s, function(ch) c2[which(ch == c1)])
a[i] <- paste(s, collapse="_")
}
のようになり，さらに，s を次々に関数に渡してやると，
for (i in seq_along(a)) {
a[i] <- paste(sapply(unlist(strsplit(a[i], "_")), func...
}
のように 1 行になる。外の for も sapply にできるけど，そ...
unname(sapply(a,function(b)paste(sapply(unlist(strsplit(...
a の中の数が 1 桁だけならば，which の代わりに chartr を使...
**時系列軸を反転させたい [#l2d6e83c]
>[[けい]] (2015-02-03 (火) 16:31:35)~
~
はじめまして。~
時系列を使った相関図を書きたいのですが、上下反転がうまく...
X軸に個数、Y軸に時間という設定で、時間は上から下に進んで...
attach(df)
x <- strptime(TIME, "%H:%M:%S", tz = "")
plot(Count, x, pch = 16, col = "#FF5050", cex =1, xlab =...
r <- as.POSIXct(round(range(x), "mins"))
axis.POSIXct(2, at = seq(r[1], r[2], by = "mins"), forma...
detach(df1)
では、当然r[1]が下に来てしまうので、逆になってしまいます。~
seq内のr[1]とr[2]をしたり、byをマイナスにしたり・・（当然...
プロット自体はplotにylim=c(r[2], r[1])を入れれば反転しま...
~
いい方法があれば、どうかよろしくお願いいたします。~
//
- 以下の様にしてみるとか。 -- [[河童の屁は，河童にあらず...
set.seed(12345)
n <- 20
x <- Sys.time()+1:n*60
Count <- sample(100, n)
plot(Count, x, pch = 16, col = "#FF5050", cex =1, xlab =...
ylim=c(x[n], x[1]))
axis(2, at = as.numeric(x), labels=substring(as.characte...
- 上手く上下逆の時系列軸を作れました。あとは自分で改良し...
**「≤」をtextとして図に描きたい [#jd4dc09f]
>[[高田]] (2015-02-02 (月) 19:43:14)~
~
はじめまして。~
数学記号の「≤」をtextとして図に描きこめないものかと...
今のところ試してみたのは、expression関数や、mtextでfontを...
どなたかいい方法をご存じの方おられないでしょうか。~
どうかよろしくお願い申し上げます。~
//
- どこに描き込みたいのでしょうか？それによるでしょうから...
plot(0, 0, xlim=c(0,1), ylim=c(0,1), type="n", xlab="u ≦...
text(0.2, 0.2, expression(x <= y))
text(0.2, 0.5, "x ≦ y")
mtext("x ≦ y", 3, 0.5)
mtext(expression(x <= y), 1, 3)
legend("topright", legend=c(expression(x1 <= y2), "w≦q"))
&ref(sample2.png);
- レスポンスありがとうございます。~
説明が不足しておりました。~
確かにご指摘のように「x≤90」などの書き込みは可能な...
例えば、
mtext(expression(90<=), 1, 3)
などとすると、Unicodeで「90<U+2264>」と表示されてしまいま...
また、
mtext(expression(paste("90<=", "", sep="")), 1, 3)
としても同様の結果です。~
どうにか「≤」だけ吐き出す方法はないものでしょうか。...
- expression("" <= y) とするとどうでしょうか。 -- [[wakak...
- 例に示したように"≦" を使えばよいのでは？mtext("90≦", 1,...
- 前提や縛りなどの説明がないために回答側が迷走しているよ...
**MySQLからデータフレームに取り込み後のラベルの変更につい...
>[[マンジャ]] (2015-01-28 (水) 21:30:08)~
~
はじめまして、RでパッケージRMySQLを使いテーブルのデータを...
~
※コネクション確立後にSQLを発行してデータフレームに取り込...
data.table <- dbGetQuery(dbconnector, "select * from 〜...
※データ（MySQLテーブル：販売履歴）~
商品名 販売日時 販売単価 販売個数~
りんご ○○○○ ☓☓☓☓ △△△△~
みかん ○○○○ ☓☓☓☓ △△△△~
なし ○○○○ ☓☓☓☓ △△△△~
~
※データフレーム~
商品名 販売日時 販売単価 販売個数~
１ りんご ○○○○ ☓☓☓☓ △△△△~
２ みかん ○○○○ ☓☓☓☓ △△△△~
３ なし ○○○○ ☓☓☓☓ △△△△~
~
データフレーム上では１，２，３が自動採番されてしまいます。~
この時商品名をラベルとして変更するにはどのようにすれば良...
~
レコード数は数万件あり一括でラベルとして変更したく思いま...
~
宜しくご示唆お願いします。~
//
- その番号は行ラベルなので，データの分析には直接関係あり...
- 河童さま ありがとうございました。上手く行きました。 ...
**Loessにおける平滑化幅について [#h377fe0e]
>[[SAN]] (2015-01-25 (日) 13:50:03)~
~
はじめまして，Loessにおける平滑化幅についてなのですが，Lo...
~
例えば，100個のデータがあった場合，平滑幅を10にしてLoess...
どなたかご教授お願いします．~
//
- ほかの人に聞くのもいいけど，回答を待つ間に，色々設定し...
- 返信ありがとうございます．色々設定してやっているのです...
**ターム・文書行列の行数について [#m4cf720e]
>[[初心者]] (2015-01-23 (金) 00:04:22)~
~
欧米語のテキストマイニングを行うパッケージのひとつにtmパ...
~
また、潜在的意味インデキシング用のパッケージ（lsa）を利用...
~
英文のパッケージガイドを見ましてもなにも記載されていない...
~
ご教示いただけますと助かります。~
//
**xlsxについて [#nece1767]
>[[KK]] (2015-01-22 (木) 08:16:18)~
~
お世話になります。~
~
エクセルを読み込もうとしてxlsxをインストールしたのですが...
> library(xlsx)
要求されたパッケージ rJava をロード中です
Error : .onLoad は loadNamespace()（'rJava' に対する）...
call: fun(libname, pkgname)
error: JAVA_HOME cannot be determined from the Registry
エラー: パッケージ ‘rJava’ をロードできませんでした
別途rJavaをインストールしても同じエラーが出ました。~
環境はWIn 7 64-bit, R 3.1.2 64-bit, xlsx_0.5.7です。~
~
どなたか宜しくお願いします。~
//
- https://teratail.com/questions/2816 -- &new{2015-01-23...
- 遅くなりましたが、自己解決しました。デフォルトでは64bit...
Javaがインストールされてしまうため、別途64bit版のJavaをイ...
そうです。
http://d.hatena.ne.jp/dichika/20141112/p1 -- [[KK]] &new{...
**あるグループを除去後グループごとに単回帰を行う方法につ...
>[[佐藤]] (2015-01-21 (水) 08:55:58)~
~
はじめまして。~
Windows 7でR version 3.1.0 を使用しています。~
添付のようなデータでid＝cを（サンプル数が少ないため）除去...
エラーを出さずに、idごとに解析を行うためにはどのようにす...
~
用いたデータ
id y x
a 1 1
a 3 2
a 3 3
a 3 4
a 3 5
a 3 6
a 3 7
a 3 8
a 3 9
a 3 10
b 1 1
b 1 2
b 2 3
b 3 4
b 4 5
b 5 6
b 4 7
b 5 8
b 6 9
b 4 10
b 1 11
b 2 12
b 3 13
b 4 14
b 5 15
b 6 16
c 3 1
c 3 2
c 3 3
c 3 4
プログラム
d <- read.csv("dummy.csv",
colClasses=c("factor", "numeric", "numeric"),
col.names=c("id", "y", "x")) #データ読み込み
d2 <- do.call("rbind", by (d, d$id, function(x)
subset(x, length(id)>=10))) # サンプル数が10以上のidの...
d3 <- lapply(split(d2, d2$id), function(x) {
coef(lm(y~x, data=x))}) # わなごとに線形回帰
d4 <- do.call(rbind, d3) # リストをたてに並べる
d5 <- unique(d2$id) # 5日分揃っているわなid名を並べる
d6 <- cbind(d4, d5) # わなごとに線形回帰の傾きを並べる
エラーメッセージ
> d3<- lapply(split(d2, d2$id), function(x) {
+ coef(lm(y~x, data=x))}) # わなごとに線形回帰
以下にエラー lm.fit(x, y, offset = offset, singular.ok ...
0 (non-NA) cases
> dd <- split(d2,d2$id)
> dd
$a
id y x
a.1 a 1 1
a.2 a 3 2
a.3 a 3 3
a.4 a 3 4
a.5 a 3 5
a.6 a 3 6
a.7 a 3 7
a.8 a 3 8
a.9 a 3 9
a.10 a 3 10
$b
id y x
b.11 b 1 1
b.12 b 1 2
b.13 b 2 3
b.14 b 3 4
b.15 b 4 5
b.16 b 5 6
b.17 b 4 7
b.18 b 5 8
b.19 b 6 9
b.20 b 4 10
b.21 b 1 11
b.22 b 2 12
b.23 b 3 13
b.24 b 4 14
b.25 b 5 15
b.26 b 6 16
$c
[1] id y x
<0 行> (または長さ 0 の row.names
//
- d2$id と入力してみれば分かりますが，削除した c が level...
- ご教示いただきありがとうございました。解決しました。大...
**対応分析（数量化III類）実行時のエラーについて [#vc6435fe]
>[[田中]] (2015-01-11 (日) 11:29:25)~
~
初めまして。エラーがでてしまいました。
A B C D E F G H I
? 3 3 2 2 1 3 3 3 3
? 3 2 2 2 1 2 2 2 3
? 3 3 2 2 1 2 2 2 3
? 3 3 2 2 1 3 3 3 2
? 3 1 2 2 1 3 1 2 2
? 3 1 2 3 2 3 2 2 3
?以降同様のデータに
> A <- factor(gakuryoku$A, level=c(1:3), labels="A")
> B <- factor(gakuryoku$B, level=c(1:3), labels="B")
> C <- factor(gakuryoku$C, level=c(1:3), labels="C")
> D <- factor(gakuryoku$D, level=c(1:3), labels="D")
> E <- factor(gakuryoku$E, level=c(1:3), labels="E")
> F <- factor(gakuryoku$F, level=c(1:3), labels="F")
> G <- factor(gakuryoku$G, level=c(1:3), labels="G")
> H <- factor(gakuryoku$H, level=c(1:3), labels="H")
> I <- factor(gakuryoku$I, level=c(1:3), labels="I")
gakuryoku <- data.frame(A, B, C, D, E, F, G, H, I)
> summary(gakuryoku)
A B C D E F G ...
A1: 0 B1:15 C1: 1 D1: 0 E1:9 F1: 1 G1: 2 ...
A2: 6 B2: 2 C2:19 D2:13 E2:9 F2:12 G2: 5 ...
A3:14 B3: 3 C3: 0 D3: 7 E3:2 F3: 7 G3:13 ...
> library(MASS)
> result <- mca(gakuryoku)
以下にエラー svd(X) : infinite or missing values in 'x'
このようになってしまい01データに手書きでなおしたところ
> library(MASS)
> result <- corresp(gakuryoku, nf=2)
以下にエラー if (any(x < 0 | x%%1 > 10 * sqrt(.Machine$...
TRUE/FALSE が必要なところが欠損値です
このようになってしまいました。~
ご存知のかたがいらっしゃいましたら教えていただければ幸...
//
- summary(gakuryoku) の結果を見れば分かるように，A1:0, C3...
- ありがとうございます 解くことができました！！~
すみません できれば加えて質問させていただきたいのですが...
- nf=15 って，また，極端な。&br;適切に分析すれば，以下に...
MASS パッケージの mca は，第1引数にデータフレーム（各列は...
> d <- data.frame(
+ V1=c("G1", "G1", "G4", "G2", "G1", "G2", "G4", "G2", ...
+ "G3", "G1", "G4", "G3", "G2", "G2", "G4", "G3", ...
+ V2=c("G4", "G1", "G4", "G3", "G4", "G1", "G2", "G4", ...
+ "G2", "G3", "G1", "G4", "G3", "G2", "G3", "G4", ...
+ V3=c("G3", "G4", "G2", "G2", "G1", "G4", "G4", "G1", ...
+ "G2", "G2", "G4", "G2", "G2", "G1", "G2", "G2", ...
+ V4=c("G1", "G4", "G4", "G2", "G1", "G1", "G1", "G1", ...
+ "G3", "G1", "G2", "G3", "G1", "G1", "G3", "G2", ...
> head(d)
V1 V2 V3 V4
1 G1 G4 G3 G1
2 G1 G1 G4 G4
3 G4 G4 G2 G4
4 G2 G3 G2 G2
5 G1 G4 G1 G1
6 G2 G1 G4 G1
: 以下略
mca による結果
> library(MASS)
> mca.ans <- mca(d, nf=4)
> mca.ans$rs
1 2 3 4
1 -0.026164906 0.0727723629 0.02915530 0.017382771
2 -0.064324198 -0.0332701769 0.05114780 -0.015152209
3 0.008399898 -0.0046851523 0.03377283 -0.007587154
4 0.021779690 -0.0192237849 -0.02840124 0.070306712
5 -0.024902139 0.0594956357 -0.00176808 -0.010356828
6 -0.067724238 -0.0463843306 -0.01937229 -0.002168915
7 -0.033804964 -0.0478207290 -0.02440187 -0.036684297
8 -0.023898191 0.0437365528 -0.04181725 -0.010419718
9 0.003553358 0.0327554722 0.04300472 -0.001282724
10 0.004376380 -0.0044299836 -0.03101589 -0.028594653
11 0.081159763 -0.0262334048 -0.01360086 -0.058987930
12 0.005643769 0.0152553961 -0.01674848 0.050368614
13 -0.048749672 -0.0867859703 0.03984140 0.011590533
14 0.081340688 -0.0048070319 0.02037058 -0.031738891
15 0.006647717 -0.0005036868 -0.05679765 0.050305724
16 -0.024079116 0.0223101799 -0.07578869 -0.037668756
17 0.053220714 -0.0412113236 -0.01142654 0.026460106
18 0.053742257 -0.0045010348 0.03421316 0.005866176
19 0.014281342 0.0166803033 0.04093021 0.031764449
20 -0.020498151 0.0568507065 0.02870284 -0.023403011
> mca.ans$cs
1 2 3 4
V1.G1 -0.028758519 0.061572202 0.059474742 0.020657976
V1.G2 -0.024742727 -0.001464130 -0.100721937 0.020406415
V1.G3 0.129085140 -0.023153151 0.032606545 -0.082935116
V1.G4 -0.009372356 -0.088190296 0.022547198 -0.004559743
V2.G1 -0.107926641 -0.108426052 0.056979406 -0.005600561
V2.G2 0.012380084 -0.027445479 -0.086408024 -0.118695929
V2.G3 0.039081385 -0.022320009 -0.067651392 0.144720841
V2.G4 0.013103783 0.058260012 0.049477716 -0.009699774
V3.G1 -0.041806012 0.089113664 -0.054104436 -0.059993352
V3.G2 0.054400021 -0.007267273 0.003103075 0.028487799
V3.G3 -0.046857079 0.142220572 0.069589089 0.050965044
V3.G4 -0.096079775 -0.104683805 0.028173707 -0.031089356
V4.G1 -0.042147810 0.029036665 -0.061920342 0.007607840
V4.G2 0.018380083 -0.045843728 0.051665291 0.087611794
V4.G3 0.128773807 -0.047067716 -0.003705030 -0.062808472
V4.G4 -0.024531855 0.018456948 0.059963333 -0.044576896
MASS パッケージの corresp は，データフレームまたは行列を...
上で使った d を，以下のような 0/1 データ行列 m に変換する。
> head(m)
V1.G1 V1.G2 V1.G3 V1.G4 V2.G1 V2.G2 V2.G3 V2.G4 V3....
[1,] 1 0 0 0 0 0 0 1 ...
[2,] 1 0 0 0 1 0 0 0 ...
[3,] 0 0 0 1 0 0 0 1 ...
[4,] 0 1 0 0 0 0 1 0 ...
[5,] 1 0 0 0 0 0 0 1 ...
[6,] 0 1 0 0 1 0 0 0 ...
: 以下略
corresp による結果
> corresp.ans <- corresp(m, nf=4)
> corresp.ans$rscore
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] -0.62635736 -1.81986611 0.80575746 -0.53244003
[2,] -1.53984634 0.83200909 1.41355833 0.46411717
[3,] 0.20108378 0.11716467 0.93337091 0.23239702
[4,] 0.52138041 0.48074177 -0.78491769 -2.15351783
[5,] -0.59612820 -1.48784631 -0.04886397 0.31723305
[6,] -1.62123935 1.15996332 -0.53538697 0.06643460
[7,] -0.80925145 1.19588427 -0.67438798 1.12365214
[8,] -0.57209485 -1.09374861 -1.15569243 0.31915939
[9,] 0.08506324 -0.81913754 1.18851013 0.03929025
[10,] 0.10476545 0.11078350 -0.85717801 0.87586366
[11,] 1.94287015 0.65603593 -0.37588337 1.80681978
[12,] 0.13510526 -0.38150168 -0.46287335 -1.54280729
[13,] -1.16701035 2.17031357 1.10108639 -0.35502187
[14,] 1.94720128 0.12021259 0.56297632 0.97217272
[15,] 0.15913860 0.01259603 -1.56970181 -1.54088094
[16,] -0.57642599 -0.55792527 -2.09455211 1.15380645
[17,] 1.27404188 1.03059855 -0.31579223 -0.81048179
[18,] 1.28652700 0.11256032 0.94554009 -0.17968290
[19,] 0.34187869 -0.41713526 1.13117743 -0.97295556
[20,] -0.49070184 -1.42170283 0.79325287 0.71684197
> corresp.ans$cscore
[,1] [,2] [,3] [,4]
V1.G1 -0.5144480 -1.10143703 1.06391653 -0.36954110
V1.G2 -0.4426114 0.02619115 -1.80176879 -0.36504106
V1.G3 2.3091452 0.41417615 0.58328362 1.48358847
V1.G4 -0.1676578 1.57759598 0.40333654 0.08156717
V2.G1 -1.9306505 1.93958419 1.01927861 0.10018589
V2.G2 0.2214617 0.49095966 -1.54571372 2.12329733
V2.G3 0.6991091 0.39927246 -1.21018490 -2.58884511
V2.G4 0.2344076 -1.04218678 0.88508429 0.17351483
V3.G1 -0.7478487 -1.59411368 -0.96784958 1.07319370
V3.G2 0.9731372 0.13000094 0.05550950 -0.50960523
V3.G3 -0.8382049 -2.54411894 1.24484748 -0.91169042
V3.G4 -1.7187273 1.87264084 0.50398660 0.55614330
V4.G1 -0.7539629 -0.51942365 -1.10766476 -0.13609317
V4.G2 0.3287929 0.82007753 0.92421682 -1.56724742
V4.G3 2.3035759 0.84197290 -0.06627759 1.12355210
V4.G4 -0.4388392 -0.33016792 1.07265671 0.79741575
mca.ans$rs と mca.ans$cs および corresp.ans$rscore と cor...
要するに定数倍になっているだけ。（定数倍になっていないよ...
> options(digits=15)
> mca.ans$rs / corresp.ans$rscore
1 2 ...
1 0.0417731277160878 -0.0399877564039938 0.036183718971...
2 0.0417731277160868 -0.0399877564039941 0.036183718971...
3 0.0417731277160874 -0.0399877564039920 0.036183718971...
4 0.0417731277160871 -0.0399877564039938 0.036183718971...
5 0.0417731277160877 -0.0399877564039937 0.036183718971...
6 0.0417731277160869 -0.0399877564039944 0.036183718971...
7 0.0417731277160865 -0.0399877564039941 0.036183718971...
8 0.0417731277160877 -0.0399877564039935 0.036183718971...
9 0.0417731277160847 -0.0399877564039941 0.036183718971...
10 0.0417731277160868 -0.0399877564039947 0.036183718971...
11 0.0417731277160871 -0.0399877564039930 0.036183718971...
12 0.0417731277160859 -0.0399877564039937 0.036183718971...
13 0.0417731277160864 -0.0399877564039939 0.036183718971...
14 0.0417731277160870 -0.0399877564039879 0.036183718971...
15 0.0417731277160864 -0.0399877564040110 0.036183718971...
16 0.0417731277160875 -0.0399877564039929 0.036183718971...
17 0.0417731277160872 -0.0399877564039935 0.036183718971...
18 0.0417731277160870 -0.0399877564039893 0.036183718971...
19 0.0417731277160868 -0.0399877564039947 0.036183718971...
20 0.0417731277160878 -0.0399877564039938 0.036183718971...
> mca.ans$cs / corresp.ans$cscore
1 2 ...
V1.G1 0.0559016994374954 -0.0559016994374948 0.055901699...
V1.G2 0.0559016994374953 -0.0559016994375155 0.055901699...
V1.G3 0.0559016994374948 -0.0559016994374923 0.055901699...
V1.G4 0.0559016994374905 -0.0559016994374947 0.055901699...
V2.G1 0.0559016994374944 -0.0559016994374951 0.055901699...
V2.G2 0.0559016994374958 -0.0559016994374951 0.055901699...
V2.G3 0.0559016994374949 -0.0559016994374948 0.055901699...
V2.G4 0.0559016994374930 -0.0559016994374950 0.055901699...
V3.G1 0.0559016994374958 -0.0559016994374944 0.055901699...
V3.G2 0.0559016994374948 -0.0559016994374915 0.055901699...
V3.G3 0.0559016994374961 -0.0559016994374948 0.055901699...
V3.G4 0.0559016994374943 -0.0559016994374951 0.055901699...
V4.G1 0.0559016994374952 -0.0559016994374937 0.055901699...
V4.G2 0.0559016994374959 -0.0559016994374942 0.055901699...
V4.G3 0.0559016994374950 -0.0559016994374936 0.055901699...
V4.G4 0.0559016994374950 -0.0559016994374947 0.055901699...
- ほんとうにありがとうございます。 具体的な数字で理解で...
**C言語で書かれた関数をRから呼び出す方法 [#p3961356]
>[[toyan]] (2015-01-05 (月) 15:16:22)~
~
お世話になります。~
~
環境は、~
R version 3.1.1 (2014-07-10)~
OS：Windows 7~
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)~
です。~
~
パッケージmgcvの関数smooth.construct.cr.smooth.spec()を若...
oo <- .C(C_crspl,x=as.double(x),n=as.integer(nx),xk=as....
nk=as.integer(nk),X=as.double(X),S=as.double(S),
F=as.double(F),Fsupplied=as.integer(F.supplied))
のところで、引っかかってしまい、
以下にエラー my.cr(x, knots = kn) : オブジェクト 'C_crs...
というメッセージが出て実行できません。Cのソースファイルmg...
~
パッケージmgcvのlibフォルダにあるmgcv.dllファイルをdyn.lo...
> dyn.load("c:/r/library/mgcv/libs/i386/mgcv.dll")
> is.loaded("mgcv")
[1] FALSE
となって、必要なライブラリが読み込めていないようです。~
~
このように、必要なC関数をRから読み込むにはどうしたらよろ...
初歩的な質問で恐縮ですが、御教示のほどよろしくお願い申し...
//
- 最小限の再現サンプルを示していないので確認のしようがな...
- mgcv:::C_crspでうまくいきました。ありがとうございました...
**統計分析の結果の記載法 [#r26bb7aa]
>[[Beginner]] (2015-01-03 (土) 15:38:57)~
~
two-way anovaの結果で独立変数1の自由度が7, 独立変数2の自...
F値にはanova(aov(x~y))のような独立変数一つの値を用いるべ...
周りによく知っている人が居らず書籍もなかなか見つからずで...
どうか教えて頂ければ幸いです。~
//
- 独立変数というより，要因と言った方がよいでしょうが，要...
**twitteRのOAuth認証について [#e508e5db]
>[[南]] (2014-12-31 (水) 04:17:37)~
~
windows7 64bit R 3.1.2~
[[R言語でTwitterを操作する:http://needtec.exblog.jp/20588...
このサイトに沿って、Oauth認証を試みてます。
registerTwitterOAuth(cred)
[1] TRUE
まではいけたのですが、
userTimeline("mima_ita",cainfo="cacert.pem")
[1] "Authorization Required"
Error in twInterfaceObj$doAPICall(cmd, params, method, ....
Error: Authorization Required
となってしまいます。ログインが上手く言っていないというこ...
registerTwitterOAuth(cred)
[1] TRUE
となっているので、なぜログインができていない状態になって...
//
**月毎の平均値の出しかたについて [#za65c666]
>[[はなちゃん]] (2014-12-30 (火) 17:08:04)~
~
エクセル上に，日ごとのデータが100年分約36000個あります．~
このデータの月毎の平均値を，上から計算していくことはでき...
コピーペーストで1ヶ月毎に平均していくと1200回やる必要があ...
Rでできないでしょうか？エクセルでもいいのですが。~
//
- 何年何月何日のデータというのがちゃんと分かっているので...
- ご回答ありがとうございます。Ap1932.csvファイルを添付し...
- > Ap1932.csvファイルを添付しました&br;されてないようで...
EXCEL のデータ!!を test.csv というファイルに CSV として...
date,value
19320101,4
19320102,5
19320103,7
19320104,9
19320105,8
19320106,9
19320201,5
19320201,14
19320202,15
19320203,17
19320304,19
19320405,18
19320406,19
19320401,15
以下の 2 行で片付くでしょう
d <- read.csv("test.csv")
by(d$value, d$date%/%100, mean)
- 添付されていなかったようですみません．添付のタイミング...
- 河童さんありがとうございました．うまくいきました．たっ...
- > 計算された月平均値だけを一列に並べる方法&br;c(by(d$va...
- 平均値だけになり順番に並べることができました。河童さん...
- あ，列に並べるのね。cbind(unname(c(by(d$value, d$date%/...
- 河童さんありがとう．もっと早くから知っていたらずいぶん...
**caretの使用について [#g2aaa257]
>[[ランティス]] (2014-12-17 (水) 19:21:21)~
~
初歩的な質問だったら申し訳ありません。~
過去ログを検索したところ、同様の症状が見られなかった為、...
caretパッケージをインストールした後、libraryコマンドを使...
環境：
OS windows 7 64bit
Rver: 3.1.2
コード：
install.packages("caret", dependencies = T)
library(caret)
エラー：
library(caret)
要求されたパッケージ lattice をロード中です
Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPath...
‘minqa’ という名前のパッケージはありません
Error: ‘caret’ に対するパッケージもしくは名前空間のロー...
行った対応：~
? install.packagesを使用して再度~
? GUIのInstallPackagesで再インストール~
? library()コマンドでライブラリー内にcaretがあるか確認（...
~
以上です。~
よろしくお願い致します。~
//
- 「‘minqa’ という名前のパッケージはありません」といわれ...
- 返信ありがとうございます。確認したところ、「minqa」が無...
- dependencies は install.packages の中で，解決するように...
- 補足の説明ありがとうございます。エラー内容を読めば解決...
**plotMeans() {Rcmdr}で作成したグラフ内の凡例編集について...
>[[おこめ]] (2014-12-17 (水) 16:06:46)~
~
パッケージRcmdrを読み込んだのちplotMeans() を用いて2つの...
その際自動で凡例も挿入されるのですが、この凡例の編集（位...
また、legend() を用いると新たに別の凡例がグラフ内に挿入さ...
~
ぞ同挿入の凡例について、唯一凡例タイトルだけは~
~
plotMeans(x$測定値,x$処理1,x$処理2,error.bars="se",legend...
~
と書くことで変えることができました。~
ですが特に編集したいフォントサイズについては編集方法がま...
検索していろいろ調べたのですが手がかりがつかめませんでし...
~
この自動で挿入される凡例の編集方法についてアドバイスいた...
どうぞよろしくお願いします。~
//
- やはりRcmdrだと回答がありませんね。plotMeans()の定義を...
data(Moore, package="car")
interaction.plot(response = Moore$conformity, x.factor =...
trace.factor = Moore$partner.status, pc...
col = 2:3, type = "b", lty = 1:2, legen...
ylim = c(0, 25))
i <- interaction(Moore$fcategory,Moore$partner.status)
m <- by(Moore$conformity, i, mean)
se <- by(Moore$conformity, i, function(x){sd(x)/sqrt(len...
n1 <- nlevels(Moore$fcategory)
n2 <- nlevels(Moore$partner.status)
arrows(rep(1:n1, n2), m - 1.96 * se, rep(1:n1, n2), m + ...
col = c(rep(2, n1), rep(3, n1)), code = 3, angle ...
length = .1)
legend("topleft", #位置
levels(Moore$partner.status),
cex = 2, #フォントサイズ
pch = 19,
pt.cex = 1,
col = 2:3, lty = 1:2, bty = "n")
#ref(plotMeans01.png);
- ありがとうございます！とても勉強になりました。凡例も編...
**glmmMLの後にstepAIC [#p7efe3f3]
>[[lin]] (2014-12-15 (月) 15:44:48)~
~
glmmMLの後にstepAICを行うと~
以下にエラー if (all(is.finite(c(n0, nnew))) && nnew != ...
TRUE/FALSE が必要なところが欠損値です
と出るのですが、glmmMLにはstepAICは出来ないのでしょうか？~
//
- 少なくとも，あなたのデータに対しては適用できないと考え...
- 質問者ではありませんが、最小限データを提示します。 -- ...
> dat <- data.frame(y = rbinom(100, prob = rep(runif(20)...
> stepAIC(glmmML(y ~ x1 + x2, data = dat, cluster = id))
Start: AIC=129.09
y ~ x1 + x2
以下にエラー if (all(is.finite(c(n0, nnew))) && nnew !=...
TRUE/FALSE が必要なところが欠損値です
なお、北大の久保先生の[[日記（2003年11月05日）:http://hos...
- stepAIC から呼ばれる nobs.glmmML が，存在しない要素 n ...
> glmmML:::nobs.glmmML
function (object, ...)
{
object$n
}
> names(object)
[1] "boot" "converged" "co...
[4] "coef.sd" "sigma" "si...
[7] "variance" "aic" "bo...
[10] "deviance" "df.residual" "cl...
[13] "cluster.null.df" "posterior.modes" "pr...
[16] "terms" "info" "ca...
- > stepAIC() とか使えん． これは自作するしかないなあ． ...
自作したんですかなあ.いやはやー~
とりあえず動くようにするには，以下のようにやる。~
しかし，本当に正しいかどうかは保障しない。 -- [[河童の屁...
> sink("glmmML.R")
> glmmML:::glmmML
> sink()
作業ディレクトリに保存された glmmML.R を編集する~
先頭に glmmML <- を加える
glmmML <- function (formula, family = binomial, data, cl...
プログラムの最後の方に 1 行加える~
末尾 1 行をコメントアウトする
class(res) <- "glmmML"
res$n <- nrow(data) # この行を追加
res
}
# <environment: namespace:glmmML> # コメントアウト（も...
glmmML を使う前に，source("glmmML.R") を実行する。
> source("glmmML.R")
> dat <- data.frame(y = rbinom(100, prob = rep(runif(20)...
x1 = rnorm(100), x2 = rnorm(100), id = factor(rep(1:20...
> stepAIC(glmmML(y ~ x1 + x2, data = dat, cluster = id))
Start: AIC=132.29
y ~ x1 + x2
Df AIC
- x1 1 131.06
<none> 132.29
- x2 1 133.73
Step: AIC=131.06
y ~ x2
Df AIC
<none> 131.06
- x2 1 132.27
Call: glmmML(formula = y ~ x2, data = dat, cluster = id...
coef se(coef) z Pr(>|z|)
(Intercept) 0.2267 0.4243 0.5344 0.5930
x2 -0.4534 0.2645 -1.7144 0.0865
Scale parameter in mixing distribution: 1.513 gaussian
Std. Error: 0.4668
LR p-value for H_0: sigma = 0: 0.0003127
Residual deviance: 125.1 on 97 degrees of freedom
AIC: 131.1
**githubのzipファイルをダウンロードしてのインストール [#n...
>[[時計]] (2014-12-15 (月) 15:09:47)~
~
お世話になります。~
標記につきまして、devtool::install_githubがプロキシの関係...
以前、ggbiplotをインストールしたことがあるのですが、やり...
Google先生に聞いてみても、うまく、記事を捕まえきれません。~
お忙しいところご迷惑おかけいたしますが、どうぞご教授くだ...
//
- すみません、自己解決しました。パッケージに同梱されてい...
**qccでの管理図表示における横軸について [#ece7b1d8]
>[[QCUSER]] (2014-12-03 (水) 18:20:35)~
~
qccを用いて管理図を表示させることを試みています。~
qccコマンドの使用方法について質問させてください。~
~
質問概要
qcc.groups(data , sample)
にてグループ化したmatrixを元にqccで管理図を表示する場合、...
~
例~
タブ区切りのファイル「01_INPUT.txt」にロット、data01とい...
inputdata <- read.table("01_INPUT.txt", header=TRUE, sep...
attach(inputdata)
samplegrp <- qcc.groups(data01, ロット)
によってマトリクス「samplegrp」が生成できます
> samplegrp
305-0 306-0 307-0 308-0 309-0 310-0 311-0 312-0 313-0 3...
[1,] 52.89 52.93 53.06 53.06 53.02 53.08 53.12 52.95 5...
317-0 318-0 319-0 320-0 321-0 322-0 323-0 324-0 325-0 3...
[1,] 53.02 52.91 52.97 53 53.07 53.09 53.09 53.04 53...
：
このマトリクスを用いてqccコマンドにより管理図が表示されます
qcc(samplegrp, type="xbar.one", nsigmas=3, title="X管理...
しかしながら、"ロット"（上記サンプルデータでは'305-0'や'3...
//
- 管理図のこととか qcc とか，私にはよくわかりませんが
qcc(samplegrp[1,], type="xbar.one", nsigmas=3, title="X...
としたときに出力される図でよいんでしょうか？？ -- [[河童...
- 即答頂きありがとうございました。アドバイス頂いた通りの...
**Rの出力について [#lccfe5cf]
>[[Ryo]] (2014-12-02 (火) 17:38:50)~
~
Rの仕様で計算結果が長い場合、ウインドウの大きさに合わせて...
(Rの結果の表示のウインドウの大きさを変更できますか？)~
ABC~
DEF~
GHI~
ではなくて~
ABCDEFGHI~
とtxtに保存したいです。~
宜しくお願いします。~
//
- 表示と保存は別物ですが？また，1行の表示桁数を増やす必要...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。 さん、出来ました...
**関数"RMeCabDf"を見つけることができません。 [#r22d15e6]
>[[初心者X]] (2014-11-25 (火) 23:59:08)~
~
# library(RMeCab)
Q1 <- RMeCabDF(dat, 3)
のようにしたら題名のようにエラーになりました。~
datの中身は、ここでは書いていませんが代入しております。~
~
どうしたらいいのでしょうか？~
//
- 関数がないと言われているのだから，library 関数が正しく...
**heatmapでの色の割り振りについて [#c2a80eed]
>[[kana]] (2014-11-20 (木) 16:11:13)~
~
heatmap関数を使っているのですが、ある一つの要素の値が突出...
「ある値以上では色が一定、それ以下はグラデーションで表示...
//
- よくわからないですが，その「ある一つの要素の値」をほど...
**パネルデータでのエラー [#ga7c3b0d]
>[[も]] (2014-11-19 (水) 17:12:27)~
~
R超初心者です。Rcmdr(Rコマンダー)を使っています。~
プーリングによるパネルデータ分析を試みているのですが、デ...
library("plm")
res_po <- plm(従属変数 ~ 独立変数A＋独立変数B・・・ ＋独...
data=データ名, model="pooling")
summary(res_po)
と入力して行っています。~
ところが、Rコマンダーで「エラー」とだけ表示されてしまい、...
他のデータセットではこれでパネルデータ分析できたのですが...
データセット自体は数値以外は入力されていません。~
//
- 「なぜこちらではできないのでしょうか」といわれても，「...
**gsub で _ を . に変えたい [#f4ea0fb3]
>[[かな]] (2014-11-15 (土) 03:33:38)~
~
"test_1", "test____2" など 数が不定な _ を全て１つの . に...
gsub('[_]{+}', '.', c("test_1", "test____2"))
とやってみましたが、できあがりの読点の数が１つになりませ...
//
- gsub('_+', '.', c("test_1", "test____2")) でしょう（' ...
- Thank you very much! -- [[かな]] &new{2014-11-27 (木) 0...
**メモリ上限について [#qc2492f3]
>[[3M]] (2014-11-13 (木) 10:18:27)~
~
Windows 7 64bit版でRを使いたいのですが、Rが使用できるメモ...
~
宜しくお願いします。~
//
- help("Memory-limits") を参照 -- &new{2014-11-13 (木) 1...
- ありがとうございます。8TBまで搭載できるとは驚きました。...
**【ベン図】データサイズを領域の面積に反映する [#o7b52d26]
>[[Steps]] (2014-11-12 (水) 15:10:04)~
~
はじめて，投稿をさせて頂きます。~
~
RでVenn Diagramを作成したいのですが，下記のように，
library(VennDiagram)
draw.triple.venn(10,5,4,2,3,1,1, ind=TRUE, scaled=TRUE)
と【scaled=TRUE】としてもデータサイズを領域の面積に反映す...
~
どのようにすれば，データサイズを反映した円のサイズにする...
よろしくお願いいたします。~
//
- 円を使う限り，データサイズを面積に反映することは不可能...
- ヘルプには「N.B. General scaling for three-set Ven...
if (!exists("overrideTriple")) {
r1 <- sqrt(100/pi)
r2 <- r1
r3 <- r1
}
else {
r1 <- sqrt(area1/pi)
r2 <- sqrt(area2/pi)
r3 <- sqrt(area3/pi)
}
- あ，「3つの円の面積」がサンプルサイズを反映するようにと...
- 質問者のニーズによっては、メリットがあることもあるかも...
> overrideTriple <- TRUE
> grid.newpage(); draw.triple.venn(100,150,200,20,30,10,1)
#ref(draw.triple.venn.png);
draw.triple.venn()は作りが甘く、中でハードコーディングが...
**多次元尺度構成法(isoMDS)で扱えるデータ件数について [#ec...
>[[ゆき]] (2014-10-26 (日) 13:35:40)~
~
初めまして。~
Rの多次元尺度構成法で扱えるデータ件数について質問がありま...
６万件のデータ間の類似度（小数）をインプットにして多次元...
invalid value of 'n'
isoMDSは以下のような呼び出しをしております。
a <- read.csv(input, h=T, as.is=T, row=1, check.names=F)
mds <- isoMDS(a, trace=F)
エラーメッセージをもとにgoogleで検索していたら、isoMDSの...
（http://code.metager.de/source/xref/gnu/R/src/library/st...
if(is.na(n) || n > 46340) stop("invalid value of 'n'")
isoMDS以外ではどうかと思い、sammon、metaMDSでも同じデータ...
Rの関数を使って多次元尺度構成法を行う場合、46340件以上の...
よろしくお願いします。~
//
- どうしても分析をしたいのであれば，if(is.na(n) || n > 46...
- ひとまずif文の制限を緩くして検証してみるしかないのです...
- 46340と言うのは 要素数2^31-1に収まる行列の行および列に...
- 46340の制限は、BLAS&LAPACKが影響しているのですね。情報...
**CPUのコアについて [#q12f3fc7]
>[[こあら]] (2014-10-17 (金) 08:29:34)~
~
お世話になります。Rのコアへの割り当てについて疑問がありま...
~
デュアルコアのCPUを搭載したパソコンでRを使用しているので...
~
宜しくお願いします。~
//
- Linux環境では2つ起動するとひとつずつ使っているように見...
**パッケージplsのCVのkは変更可能？ [#i105edcd]
>[[えーけん]] (2014-10-16 (木) 16:21:37)~
~
初めまして。~
Windows7 で R x64 3.1.1を使用しています。~
~
現在、Rでplsを実行しておりますが、~
データのサンプル数によって、クロスバリデーションの分割数k...
それは可能でしょうか？可能でしたら、方法を教えていただき...
よろしくお願いします。~
//
- マニュアルに書いてあるんじゃないかな？&br;If validation...
- お返事ありがとうございます。マニュアルみてみます！ -- [...
- 正確に言うと，私が「マニュアル」といったのは「オンライ...
- すみません。調査不足でした。 -- [[えーけん]] &new{2014-...
**e1071のsvm()でcrossを指定した場合のモデルについて [#cd2...
>[[ひろ]] (2014-10-13 (月) 10:21:08)~
~
初めて投稿します．~
Mac OS X上でR 3.1.0を使用しています．~
~
e1071パッケージのsvm関数について分からない点が有ります．~
e1071のソースファイルsvm.RやRsvm.cもあたりましたが，~
何となくやっていることは分かりますが，詳細まで理解するこ...
なので，ここで質問させていただきます．~
詳しい方がおられましたらご教授ください．~
~
次のように 10-fold cross validationでsvmのモデルを構築す...
model<-svm(factor(V1)~V2+V3+V4, data=testdata, cross=10)~
~
このとき，modelとして出力されるのは，~
10回の交差試験で最後に作られたモデルになるのでしょうか？~
それとも，10回分の交差試験の結果が反映されたモデルになる...
あるいは私の考えている点がまるで見当違いでしょうか？~
~
よろしくお願いします．~
//
- svm.R や Rsvm.c なんかは，実装レベルのお話なので，計算...
- 情報ありがとうございます．紹介いただいた論文を読んでみ...
**SIARのモデルのラン時のエラー [#p16e4474]
>[[びぎなー]] (2014-09-29 (月) 18:12:11)~
~
初めて投稿します。超初心者です。~
利用環境は、windows 8 にてR version 3.1.1と追加パッケージ...
~
テキストファイルデータの読み込み、生データのプロットはで...
Selection: 2
Run SIAR for a single group.
For this you will need to have input successfully some d...
In this instance, the target isotope file must be a two ...
no group label in the first column.
See the demo for more details on this function.
Press <Enter> to continue...
Choose the size of the model run:
1: Standard
2: Long
3: Very long
Selection: 1
以下にエラー siarmcmcdirichletv4(data = siardata$targets,
sources = siardata$sou...
(list) オブジェクトは 'double' に変換できません
お手数ですが、ご存じ方、対応、エラー原因についておしらせ...
//
- どのようなデータをどのように分析したか（コンソールにど...
- コメントありがとうございます。Cドライブにd13Cとd15Nのデ...
- これだけの情報では，追試はできませんね。しかし，メッセ...
- もし、真に解決を望むのであれば、架空のデータなどを用い...
- ご回答、コメントありがとうございます。Targetのファイル...
**page.rank.oldを使いたいがエラーが出る [#i6e78ec4]
>[[たまご]] (2014-09-22 (月) 18:17:03)~
~
初めて投稿します。R言語初心者です。~
page.rank.old(igraphというパッケージにある)という関数を使...
> g <- random.graph.game(20, 5/20, directed=TRUE)
> page.rank.old(g)
[1] 0.06973880 0.09021035 0.03558664 0.01666512 0.07154...
0.04793332 0.07996897 0.05023446 0.03992723 0.07147...
[11] 0.03138601 0.02566091 0.09408276 0.04552462 0.04179...
0.03378557 0.00750000 0.02832452 0.09572176 0.02293...
警告メッセージ:
In .Call("R_igraph_pagerank_old", graph, vids - 1, direc...
At structural_properties.c:1379 :igraph_pagerank_old i...
igraph 0.7, use igraph_pagerank instead
なんとかこのエラーを取り除きたいのです。よろしくお願いし...
Rのバージョン3.1.1~
igraphのパッケージは最新~
OS windows7~
//
- "use igraph_pagerank instead" といわれているのだから，...
- それは「エラー」ではなく「警告」ですよ。両者の意味は異...
- 回答ありがとうございました。この場合はプログラム自体は...
- leafletでのコロプレス図とマーカーについて -- [[TAKA?]] ...
- leafletでのコロプレス図とマーカーについて(2) -- [[TAKA?...
- 目的はrstanの実行なのですが、いろいろやった結果、librar...
終了行:
COLOR(green){SIZE(20){初心者のための R および RjpWiki に...
----
COLOR(blue){● [[Ｑ＆Ａ (初級者コース) 過去の目次]]} --- ...
新規投稿は[[Ｑ＆Ａ (初級者コース)/17]]へどうぞ。~
「普通の状態でのコメント」はできないようにしました。~
それでも，コメントできるよという方はご自由にどうぞ。
----
&aname(mokuji);COLOR(green){●● 目次 ●●}
参照は，個々の項目をクリック（質問への回答・コメントの参...
#contents
----
**カテゴリ変数を、指定した複数のダミー変数へ変換 [#ie5b24...
>[[半年寝太郎]] (2018-04-12 (木) 11:32:52)~
~
0〜4のカテゴリデータであるcaを、4つのダミー変数に変換しよ...
（例えば「30代既婚子供あり女性」を「40代以下,既婚未婚,子...
caのうち2は、一部22に変換されてしまっています。~
~
【変換パターン】~
1 → 1,0,0,1~
2 or 22 → 1,1,1,1~
3 → 1,1,0,0~
4 → 1,0,0,0~
0 → 0,0,0,0~
~
以下のようにして、とりあえず希望のデータフレームを得るこ...
> ca <- c(3,22,1,22,3,0,4)
> data <- data.frame(ca)
> data$ca1 <- ifelse( data$ca == 0, 0 ,1)
> data$ca2 <- ifelse( (data$ca >= 2 & data$ca != 4) , 1,...
> data$ca3 <- ifelse( (data$ca == 2 | data$ca == 22), 1,...
> data$ca4 <- ifelse( (data$ca == 1 | data$ca == 2 | dat...
ca ca1 ca2 ca3 ca4
1 3 1 1 0 0
2 22 1 1 1 1
3 1 1 0 0 1
4 22 1 1 1 1
5 3 1 1 0 0
6 0 0 0 0 0
7 4 1 0 0 0
しかし、このコードではcaがどう変換されたのか分かりにくく...
変換前と変換後の対応が分かる形でのコードを書きたいのです。~
~
以下は失敗作ですが、「変換前と変換後の対応が分かる」のイ...
v_ca <- c(3,22,1,22,3,0,4)
ca <- array(0, dim = c(length(v_ca),5))
ca[,1] <- v_ca
ca[,2] <- ifelse( v_ca == 22 | v_ca == 2 , c(1,1,1,1),
ifelse( v_ca == 3, c(1,1,0,0),
ifelse( v_ca == 1, c(1,0,0,1),
ifelse( v_ca == 4, c(1,0,0,0),
c(0,0,0,0) ))))
【他に思いついたもの・試してみたもの】~
・ 二次元配列にForで逐一数値を入れていく~
→ 実行速度に問題がありそうですし、可能なら関数で（一括...
・ "1,1,1,1"などを文字列で一旦列に格納し tidyr::separate ...
→ できれば数値で処理したいので後回しにしています。~
・ 3次元配列~
→ 書き方が悪いのか方法として適していないのかは分かりま...
~
どうぞよろしくお願いします。~
//
- 変換テーブルを作るのが分かりやすいでしょう。R の配列の...
> # 変換テーブル
> tbl = matrix(0, 23, 4)
> tbl[2, ] = c(1, 0, 0, 1)
> tbl[3, ] = tbl[23, ] = c(1, 1, 1, 1)
> tbl[4, ] = c(1, 1, 0, 0)
> tbl[5, ] = c(1, 0, 0, 0)
>
> ca <- c(3,22,1,22,3,0,4)
> data.frame(ca, t(sapply(ca, function(i) tbl[i+1,])))
ca X1 X2 X3 X4
1 3 1 1 0 0
2 22 1 1 1 1
3 1 1 0 0 1
4 22 1 1 1 1
5 3 1 1 0 0
6 0 0 0 0 0
7 4 1 0 0 0
Python は 0 から始まる。~
だそくですが，
> ifelse( (data$ca >= 2 & data$ca != 4) , 1, 0)
[1] 1 1 0 1 1 0 0
は，
> (data$ca >= 2 & data$ca != 4) + 0
[1] 1 1 0 1 1 0 0
と同じです。 -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁である。]] ...
- 単純ですが...
ca <- c(3,22,1,22,3,0,4)
data <- cbind(ca,
ca1 = ca!=0,
ca2 = ca>=2 & ca!=4,
ca3 = ca %in% c(2,22),
ca4 = ca %in% c(1,2,22))
どうでしょう -- [[名無し]] &new{2018-04-12 (木) 12:41:29};
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。様~
ありがとうございます！まさに私がイメージしていた形で、希...
sapply関数は、試行錯誤していたときにも解説を読んだものの...
模範解答をいただいた今も、まだsapply関数の仕様について調...
#ここまでの分解・書き換えはできた。
#sapply(ca, function(i) tbl[i+1,])
aaaa <- function(i) {return (tbl[i+1,])}
sapply(ca,aaaa)
関数も理解しapply系関数を使いこなせるよう、精進します。~
添字に関わる注意、TRUE/FALSEの数値化で1/0になること、承知...
~
名無し様~
「ああーそうだった！」と思わず漏れました。~
記述法として知っているつもりではあったのに、いざ書くとな...
視認性の高い書き方をご指摘くださり、ありがとうございまし...
~
お二方のご回答、大変参考になりました。本当にありがとうご...
**パッケージの内容を微変更したいが新関数の名前空間が解決...
>[[kagakuma]] (2018-04-09 (月) 11:58:42)~
~
・質問~
ダウンロードしてきたパッケージの関数をedit()で編集した際...
・背景~
MuMInのdredge()をよく使うのですが、元のglmが20変数くらい...
せめていまどれくらい進んでいるかを表示させたくて、edit()...
MuMIn::dredge <- edit(MuMIn::dredge)
あるいは
MuMIn::dredge <- edit(dredge)
と打つと
Error in MuMIn::dredge <- edit(MuMIn::dredge) : object '...
と返ってきます。~
それではglobalでいいかと思ってnewdredge()として保存しよう...
・調べたこと、試したこと~
MuMInのインストールおよびパッケージ利用チェックボックスは...
"R language edit function"では結構調べましたが、ピンポイ...
時間がなかったので、MuMInのパッケージを解体してソースコー...
・環境
R version 3.4.2 (2017-09-28)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)
Rstudio Version 1.0.153
以上です。情報ををお待ちしております。~
//
**grepと%in%とgrep [#r32c7129]
>[[R歴3ヶ月]] (2018-04-07 (土) 14:21:12)~
~
オーム社の「Rによる、やさしいテキストマイニング入門」を勉...
~
例えばトランプ大統領の演説のポジティブな単語を調べる命令...
# 分析データからポジティブな単語を抽出
Trump.positive <- Trump.cleaned %in% positive$word
Trump.positive.2 <- grep("TRUE", Trump.cleaned %in% posi...
# 分析データにおけるポジティブな単語の数を計算
length(Trump.positive.2)
//
- 分からない関数などについては，まずはオンラインヘルプを...
> c("abc", "foo", "bar") %in% c("foo", "bar", "baz", "na...
[1] FALSE TRUE TRUE
%in% の前にある各要素が，後にある要素の集合に含まれれば T...
> a = c("abc", "foo", "bar") %in% c("foo", "bar", "baz",...
> sum(a)
[1] 2
とすれば十分ですね。あなたの場合なら，
sum(Trump.cleaned %in% positive$word)
とするだけ。著者は一体全体，何を考えているのだろうか。&br...
- 河童さん、ありがとうございました。example("%in%") とい...
**drm関数でのclusterエラー [#wd69ab9c]
>[[つぐ太郎]] (2018-04-05 (木) 11:24:06)~
~
何度もつかってきた下記のdrm関数でclusterエラーが出ます。...
> chem <- c(0, 0.65, 3.5, 15.3)
> tumor <-c(0.0208, 0.0638, 0.7826, 0.9787)
> Obs <- data.frame(x=chem, y=tumor)
> mx <- drm(tumor ~ chem, data=Obs, fct=LL.2())
drm(tumor ~ chem, data = Obs, fct = LL.2()) でエラー:
Cluster not specified. Use e.g. y ~ x + cluster(id)
よろしくご教示ください。~
//
- 関数の仕様変更があったのかな？今は fct という引数はない...
> library(drc)
> chem <- c(0, 0.65, 3.5, 15.3)
> tumor <-c(0.0208, 0.0638, 0.7826, 0.9787)
> Obs <- data.frame(x=chem, y=tumor)
> mx <- drm(tumor ~ chem, data=Obs, fct=LL.2())
> mx
A 'drc' model.
Call:
drm(formula = tumor ~ chem, data = Obs, fct = LL.2())
Coefficients:
b:(Intercept) e:(Intercept)
-2.337 2.029
なお，ケアレスミスとは思いますが，Obs の列名は x, y にな...
- 懇切丁寧なご回答をありがとうございます。確認できました...
**多重代入法で推定したモデルの適合度を測る方法 [#obd19294]
>[[haras]] (2018-03-29 (木) 16:54:24)~
~
miceパッケージを用いて、多重代入法によって欠測値を補定し...
poolコマンドでパラメータは推定できたのですが、このロジス...
//
- 12:51:00 の質問と同じとみてよいのか？ -- [[河童の屁は，...
**パラメータを指定したモデルの決定係数を求める方法 [#wc0e...
>[[haras]] (2018-03-29 (木) 12:51:00)~
~
以下のようなロジスティック回帰モデル~
logit(p) = a+b1x1+b2x2~
がある時に、a、b1、b2の値を指定したモデルが、特定のデータ...
疑似決定係数を見たいのですが、Rで行う方法はございませんで...
ご存知の方、ご教授いただけますと幸いです。~
//
- 疑似決定係数もいろいろあるのかも知れないが，rms パッケ...
> library(rms)
> (lrm.ans <- lrm(y ̃ x, df))
あなたがやったことを端的に示す，小さなデータとその分析例...
**2次元マトリックスより指定した値以上の要素の行番号、列番...
> (2018-03-28 (水) 10:51:16)~
~
2次元マトリックスより指定した値以上となっている要素の行番...
データフレームに格納したいのですが、どのようなコードを書...
なお実際の2次元マトリックスは400×800で数千個あるため、for...
2次元マトリックスの例
matrix(1:12,3,4)
2次元マトリックスの例
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 1 4 7 10
[2,] 2 5 8 11
[3,] 3 6 9 12
値が9以上の場合、下記データフレームを生成したい
row,col,val
3,3,9
1,4,10
2,4,11
3,4,12
以上、よろしくお願いいたします。~
//
- 下記のようにすればどうでしょうか -- [[S]] &new{2018-03-...
> a <- matrix(1:12, 3, 4)
> b <- a >= 9
> cbind(expand.grid(1:3, 1:4), as.vector(a))[as.vector(b...
Var1 Var2 as.vector(a)
9 3 3 9
10 1 4 10
11 2 4 11
12 3 4 12
- which 関数で，arr.ind=TRUE を指定すれば簡単なのです。 -...
> a = matrix(1:12, 3, 4)
> index = which(a >= 9, arr.ind=TRUE) # 条件に該当するセ...
> val = a[index] # 該当セルの値が得られる
> data.frame(index, val) # 両者をデータフレームにまとめる
row col val
1 3 3 9
2 1 4 10
3 2 4 11
4 3 4 12
- S様、河童の屁は，河童にあらず，屁である。様、ありがとう...
**パッケージのインストール [#rd3ff980]
>[[bears]] (2018-03-25 (日) 20:36:12)~
~
既出の課題かと思いますが、解決策を見つけられなかったので...
Rのパッケージがinstall.packagesでできなかった際に、圧縮フ...
Installing package into ‘/Users/ーーーーーー/Library/R/3...
(as ‘lib’ is unspecified)
Error in install.packages : type == "both" cannot be use...
となり、ダウンロードできません。~
どうすれば良いか教えてください。~
//
- やったことを正確に書いてください。どの圧縮ファイルです...
- もう少し、何をどうして、どんなエラーメッセージを得たの...
$ R CMD INSTALL tgzファイル
とした方が簡単かもしれません。 -- [[S]] &new{2018-03-28 (...
**Rコマンダーをインストールしたい [#x806dc5c]
>[[デコポン]] (2018-03-25 (日) 06:33:18)~
~
私は、ウィンドウズ32ビット版を使用しています。Ｒコマンダ...
//
- 付記次のようなメッセージがでます。＞＞＞ 要求されたパッ...
- 文字通り，RcmdrMisc がないんでしょう。
install.packages("RcmdrMisc", dependencies = TRUE)
をやってからもう一度やってみたら？ -- [[河童の屁は，河童...
- ありがとうございます。言われたとおりやってみたら、次の...
警告: リポジトリー https://cran.ism.ac.jp/src/contrib ...
警告: リポジトリー http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/...
警告: リポジトリー https://cran.ism.ac.jp/bin/windows/...
警告: リポジトリー http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/...
警告メッセージ: パッケージ ‘RcmdrMisc’ が利用できませ...
- 「インターネットルーチンがロードできません」とは，珍し...
- 編集して壊しちゃったのかな？それとも，気にくわなかった...
- ありがとうございます。install.packagesをしてみました。...
- >>install.packagesのコマンドで、途中までうまくいくので...
- そもそも，最初に「Ｒｃｍｄｒをインストールできたのです...
install.packages("Rcmdr", dependencies = TRUE)
と入力して，次のプロンプトが出るまでの全て。&br;たとえば...
> install.packages("Rcmdr", dependencies = TRUE)
URL 'https://cran.ism.ac.jp/bin/macosx/el-capitan/contr...
Content type 'application/x-gzip' length 4611028 bytes (...
==================================================
downloaded 4.4 MB
ダウンロードされたパッケージは、以下にあります
/var/folders/s5/rt_bzvk53_d9w2gm5_w9gfmr0000gq/T//Rtmp...
>
という具合になるんです。-- [[河童の屁は，河童にあらず，屁...
- もう一度、最初からやってみます。Ｒコマンダーをインスト...
- 続き。パッケージのインストールをクリックすると、 警告: ...
- 続き。パッケージのインストールをクリックすると、 警告: ...
- 続き。そこで、install.packages("RcmdrMisc", dependencie...
- そこで、再度、install.packagesを入力すると、function (p...
- と出てくるのです。一見すると、うまくインストールできた...
- ここから先が、どうにもなりません。長くなってしまいまし...
- 適切な質問をするためにも，「[[投稿の注意事項:http://www...
**ロジスティック回帰分析でのオッズ比、95%信頼区間 [#v6386...
>[[nabeo]] (2018-03-09 (金) 23:10:43)~
~
ロジスティック回帰分析で、説明変数を連続変数とした場合の...
通常の解析では、1単位変化あたりのオッズ比、95%CIが算出さ...
手計算でどうするかについては紹介しているウェブページは見...
何卒よろしくお願いいたします。~
//
- glm を使っているのでしょうか？指定する引数はない。~
手計算のやり方がわかったのなら，R でそれを書くだけなんだ...
具体的には以下のようにするだけでしょ？ -- [[河童の屁は，...
ans = glm(なんとかかんとか)
exp(coef(ans)*0.1) # 全ての変数について 0.1 単位あたりの...
exp(coef(ans)[3]*0.05) # 3番目の変数の0.05単位あたりのオ...
exp(coef(ans)["Var1"]*2.5) # Var1 という名前の変数の2.5...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である 様 ありがとうござい...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である 様 ありがとうござい...
**boxplotとbeeswarm併用時のy軸の設定 [#gbef6766]
>[[tanaka]] (2018-03-07 (水) 23:47:32)~
~
箱ひげ図に散布図を重ねて描いています。以下のようなコード...
boxplot(データ, names=c("data1", "data2"), main = '題名',...
beeswarm(データ,pch = 16,main = '題名',add = TRUE)~
ここでy軸のレンジを決めるため以下のようにylim=c(0.01 0.03...
beeswarm(データ,pch = 16,main = '題名', ylim=c(0.01 0.03)...
すると、「エラー: 想定外の数値定数です in "beeswarm(デ...
どなたか解決策をご教示いただけないでしょうか~
//
- カンマが抜けているの？ylim=c(0.01, 0.03) では？ -- [[河...
**動画ファイル(mpg)を読み込む方法 [#g55a2e7d]
> (2018-03-07 (水) 09:30:14)~
~
動画ファイル(mpg)より一定時間毎の画像を切り出し~
RGBの分布の変化を表す図を~
作りたいのですが適切なパッケージ、方法がありましたらご教...
//
- ffmpegで連番画像に変換してからRに取り込むとか。一定時間...
**経時変化のプロット [#b6bd0867]
>[[akki]] (2018-03-02 (金) 15:50:56)~
~
R初心者です。経時変化のプロットをRで書きたいです。本など...
以下はサンプルですが，例えば1行目はaさんが2015年4月に治療...
ここで2015年4月に治療薬が1剤の人は5人，2剤の人は4人，3剤...
同じく2015年5月には1剤の人は7人，2剤の人は4人，3剤の人は2...
2016年6月には1剤の人は9人，2剤の人は5人，3剤の人は2人，4...
治療薬数ごとの割合（つまり 1剤は2015年4月は5/13＝38.46%，...
2剤は2015年4月は4/13＝30.77%，2015年5月は4/14=28.57%，201...
のプロットを経時的（2015年4月，5月，6月・・・・本当はもっ...
そしてもし可能であれば，治療薬数ごとに95%信頼区間（エクセ...
95%信頼区間は可能であればなので，まずは経時変化がプロット...
もし不足情報がありましたらお知らせください。初心者ゆえご...
month id number_prescription
1 201504 a 2
2 201504 b 1
3 201504 c 1
4 201504 d 3
5 201504 e 5
6 201504 f 1
7 201504 g 2
8 201504 h 1
9 201504 i 2
10 201504 j 2
11 201504 k 3
12 201504 l 4
13 201504 m 1
14 201505 a 1
15 201505 b 3
16 201505 d 2
17 201505 e 1
18 201505 f 1
19 201505 g 1
20 201505 i 1
21 201505 k 4
22 201505 m 3
23 201505 n 2
24 201505 o 1
25 201505 p 1
26 201505 q 2
27 201505 r 2
28 201506 a 2
29 201506 c 1
30 201506 d 4
31 201506 g 3
32 201506 h 1
33 201506 j 1
34 201506 k 1
35 201506 m 2
36 201506 n 3
37 201506 p 1
38 201506 q 5
39 201506 s 2
40 201506 t 1
41 201506 u 1
42 201506 v 2
43 201506 w 2
44 201506 x 1
45 201506 y 1
46 201506 z 4
//
- データフレームの名前が d だとして，以下のようなプログラ...
tbl = xtabs(~number_prescription+month, d)
total = colSums(tbl)
p = t(tbl)/total
matplot(p, type="l", xlab="month", ylab="%", xaxt="n")
axis(1, at=1:ncol(t), labels=colnames(t))
legend("topleft", legend=c(1:nrow(t)), col=1:nrow(t), lt...
&ref(matplot999.png);
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。様，ご回答ありがと...
- 質問で使用したサンプルデータでも実行してみましたが，同...
- 失礼しました t ではなく tbl ですね。投稿時に書き換える...
tbl = xtabs(~number_prescription+month, d)
total = colSums(tbl)
p = t(tbl)/total
matplot(p, type="l", xlab="month", ylab="%", xaxt="n")
axis(1, at=1:ncol(tbl), labels=colnames(tbl))
legend("topleft", legend=c(1:nrow(tbl)), col=1:nrow(tbl)...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。様，ありがとうござ...
- 描画のもとになるのは tbl であるということは読み取れてい...
> tbl
month
number_prescription 201504 201505 201506
1 5 7 9
2 4 4 5
3 2 2 2
4 1 1 2
5 1 0 1
これを，あなたの好みに応じて修正すればよいのです。やりか...
for (i in 4:nrow(tbl)) {
tbl[3,] = tbl[3,]+tbl[i,]
}
tbl = tbl[1:3,]
これにより，tbl は
month
number_prescription 201504 201505 201506
1 5 7 9
2 4 4 5
3 4 3 5
になるわけです。~
他人に書いてもらったプログラムが，何処で，何をどのように...
プログラムの基本を押さえておかないと，何にもできませんよ...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。様，ご助言ありがと...
**sem [#s06ed286]
>[[yoshida931]] (2018-03-01 (木) 18:49:16)~
~
[[Rで共分散構造分析・構造方程式モデル:http://www.okadajp....
「潜在変数を仮定するモデル」同じサンプルで、同じようにや...
私がやったら以下のような解になりました．
> ans <- sem(model,cor(dat),10)
> summary(ans)
Model Chisquare = 1.925355 Df = 5 Pr(>Chisq) = 0.85...
AIC = 21.92536
BIC = -9.58757
Normalized Residuals
Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. ...
-0.3976000 -0.0000002 0.0155300 0.1221000 0.2435000 ...
R-square for Endogenous Variables
v1 v2 v3 v4 v5
0.6297 0.0809 0.4573 0.0583 0.0506
Parameter Estimates
Estimate Std Error z value Pr(>|z|) ...
path1 0.7935558 0.4882341 1.6253592 0.10408604 v1 <---...
path2 -0.2843858 0.3849962 -0.7386717 0.46010637 v2 <---...
path3 -0.6762525 0.4525192 -1.4944171 0.13506663 v3 <---...
path4 -0.2414672 0.3860898 -0.6254172 0.53169727 v4 <---...
path5 0.2248359 0.3864879 0.5817413 0.56074096 v5 <---...
s1 0.3702693 0.6626860 0.5587401 0.57633909 v1 <-->...
s2 0.9191248 0.4485423 2.0491376 0.04044867 v2 <-->...
s3 0.5426826 0.5322169 1.0196644 0.30788765 v3 <-->...
s4 0.9416935 0.4546109 2.0714275 0.03831887 v4 <-->...
s5 0.9494489 0.4567576 2.0786712 0.03764758 v5 <-->...
//
- 追記：妙なところで改行してしまい、見づらくなってしまい...
- 符号だけが違って絶対値が同じなら，なんの問題もありませ...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である様．いつも明朗快活に...
**RODBC接続でSQL Serverのテーブル内の１つのカラムに入った...
>[[Sa]] (2018-02-10 (土) 23:34:22)~
~
初めて質問します。不慣れですがよろしくお願いします。~
SQL Server 2014にAというテーブルを作成し、１つのカラムに...
このカラムの値を、R Studio(ver.1.1.383)でRODBCパッケージ...
//
- [[ここ:http://datamining.togaware.com/survivor/Database...
- S様、ありがとうございます。説明が悪くてすみません。今回...
**integer overflow [#bd5a5324]
>[[haru]] (2018-02-05 (月) 14:25:16)~
~
大きな数値をRで扱っています。sumなどの関数で計算した場合...
?integerで確認したところNote that current implementations...
何か解決策があればご教示いただけると幸いです。よろしくお...
//
- 整数(integer)ではなく実数(numeric)を使うと、使える桁が...
> .Machine$integer.max
[1] 2147483647
> class(.Machine$integer.max)
[1] "integer"
> class(x <- .Machine$integer.max + 1L)
[1] "integer"
警告メッセージ:
.Machine$integer.max + 1L で: 整数の桁あふれにより NA...
> x # 中身はNA
[1] NA
> class(x <- as.numeric(.Machine$integer.max) + 1L)
[1] "numeric"
> x
[1] 2147483648
- S様，ご回答ありがとうございます。numericに変換はできま...
//- S様，ご回答ありがとうございます。numericに変換はでき...
- 提示されていない情報の中に問題があると思います。10の15...
> x <- 12345678901234567890
> class(x)
[1] "numeric"
> x + 1
[1] 1.234568e+19
NAにはなりません。
> .Machine$double.xmax
[1] 1.797693e+308
なお、通常は308桁まで大丈夫です。iPhone上のRでも見てみま...
- 何を「numericに変換はできましたが」なのでしょうか？R で...
> set.seed(12345)
> x = rnorm(100000)*1e15
> head(x)
[1] 585528817843855.6 709466017509524.4 -1093033146...
-453497173462763.0 605887455840393.6 -1817955967703729.0
> sum(x)
[1] 81669135325934256 有効数字は 16 桁弱
> mean(x)
[1] 816691353259.3424
- S様，ありがとうございます。もう一度書き直してみたところ...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である様，ご助言ありがとう...
**作図デバイスを新しく開く関数をrmarkdown で使った時に、...
>[[くらじろう]] (2018-02-04 (日) 11:41:04)~
~
Google で検索しても関連する話が見つからなかったので、ご存...
内部で作図デバイスを開く関数(windows関数) を使ってグラフ...
グラフ描画の関数は、こういうもの。~
~
>tfunc <- function(){~
windows(10, 10)~
plot( sin(0:100), type="l" )~
}~
~
これをrmarkdown で使います。~
~
>```{r setup, include=FALSE}~
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)~
source("tfunc.R")~
```~
```{r echo=TRUE, out.width=600}~
tfunc()~
```~
~
作図デバイスを開く行をコメントアウトするとHTML にグラフが...
グラフを描く一連の処理を関数化して、素のR で作業する時とr...
//
- windows(10, 10)の行を削除すると表示されると思います。 -...
- それはそうなんですが、同じ一つのコードで、R で実行した...
- 私はRmarkdownを使ったことがないので、未検証の助言になり...
**rJavaの読み込みエラー [#f6f20987]
>[[dk]] (2018-01-04 (木) 10:32:56)~
~
MacOS High Sierra/R version 3.4.2~
この環境下で、rJavaの読み込みに失敗します。~
エラーコードは下記のとおりです。
> library(rJava)
エラー: package or namespace load failed for ‘rJava’:
.onLoad は loadNamespace()（'rJava' に対する）の中で失...
call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
error: 共有ライブラリ '/Library/Frameworks/R.framewor...
dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Re...
Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versi...
Reason: image not found
rJavaのインストールは問題なかったのですが、ロードが出来ま...
エラーコードは「imageがありません」ということですが、意味...
//
- /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/...
- 私も同じ条件下でやってみたら同じくできませんでした。エ...
$ find /Library/Java -name libjvm.dylib
/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-9.jdk/Contents/Hom...
見つからない場合は，まず Java 環境を整える必要があるでし...
次に，R のコンソールで
> dyn.load("/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-9.jdk/...
> library(rJava)
dyn.load で，ターミナルで見つかったlibjvm.dylib のパスを...
一応問題なく動いているようですけど（rJava は使ったことな...
- ふーーん。返事なしか。うまくいかなかったのかな？もう，...
**mac R csvファイルの読み込み、文字の表記おかしい [#fd84b...
>[[dk]] (2017-12-27 (水) 22:15:52)~
~
あるフィールドに日本語と漢字と英語が混じっているデータ(cs...
//
- 問題が再現できる範囲でデータを切り取り，ここへアップし...
- 対象のファイルはWindowsで作成されたものではないですか。...
- wakakumoさん、実際にmacでCP932のcsvファイルを読み込んで...
- まあ，他の多くの未応答スレッド（回答はあれど応答なし）...
- S様、ご指摘ありがとうございます。普段data.tableのfread...
- ふーーん。返事なしか。うまくいかなかったのかな？もう，...
**数量化III類のplotにおいてラベルが重ならないようにしたい...
>[[kei]] (2017-12-14 (木) 15:49:26)~
~
始めて投稿させていただきます。~
Win10にてR 3.4.0を使用しております。~
下記のように数量化III類を行い、plotするとデータ数が多いた...
source("http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/src/qt1.R", enco...
source("http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/src/qt3.R", enco...
cat.dat <- read.csv("data.csv",head=T,row.names=1)
cat.dat[, 1:10] <- lapply(cat.dat, factor)
result.qt3 <- qt3(cat.dat)
plot(result.qt3, which="sample.score")
そこでggplotを試したのですが、以下のようにエラーメッセー...
ggplot(result.qt3, which="sample.score")+geom_point()
エラー: ggplot2 doesn't know how to deal with data of cl...
何か良い方法はありますでしょうか。~
ご教示いただけますと幸いです。
//
- ggplot は qt3 なんて関数は知りませんからね。&br;plot.qt...
- ふーーん。返事なしか。うまくいかなかったのかな？もう，...
**RstudioでのShift-JISのCSVファイル読み込みについて（文字...
>[[佐々木]] (2017-12-13 (水) 07:02:27)~
~
初投稿の佐々木と申します。お世話になります。~
探し回りましたがどうしても分からないため、こちらで質問さ...
~
【状況】~
（１）手元にShift_JISで書かれたcsvファイルがあります（文...
（２）以下の方法で、readrライブラリのread_csvを使って、en...
library(readr)
train <- read_csv("train.csv", locale = locale(encoding ...
（３）ところがコンソールで変数を開けてみると、セルの値が...
【質問】~
セルの値を日本語で表示できる方法を教えてください。~
ご多用中恐れ入ります。何卒よろしくお願いいたします。~
【参考】
> sessionInfo()
R version 3.4.1 (2017-06-30)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)
Matrix products: default
locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 LC_CTYPE=Engl...
States.1252 LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C LC_TIME=Engli...
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets me...
other attached packages:
[1] forcats_0.2.0 stringr_1.2.0 dplyr_0.7.4 purr...
[8] ggplot2_2.2.1 tidyverse_1.2.1
//
- nkf を疑うわけじゃあないが，<U+7CF8><U+9B5A><U+5DDD> は...
- ありがとうございます。はい、糸魚川です（北陸新幹線の停...
- UTF-16を指定してみると、> train <- read_csv("train.csv"...
- 仰っていただいたUTF-8へのファイルエンコーディング＋read...
- 本件コンソールのlocaleが変なのが原因（US版Windowsを使っ...
**tidyverseのinstall/loadについて [#v6bd1bfc]
>[[tyrantyas]] (2017-12-11 (月) 17:14:29)~
~
環境
Mac OS High Sierra
R studio: 1.1.383
R: 3.4.2
上記の環境にてtidyverseをインストール(install.packages("t...
There are binary versions available but the source versi...
binary source needs_compilation
psych 1.7.3.21 1.7.8 FALSE
broom 0.4.2 0.4.3 FALSE
URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/broom_0.4.3.ta...
Content type 'application/x-gzip' length 1397648 bytes (...
==================================================
downloaded 1.3 MB
エラー: package or namespace load failed for ‘tidyverse’...
‘broom’ という名前のパッケージはありません
実行が停止されました
broom単体をインストール(install.packages("broom"))しよう...
上記の通りのため、library(tidyverse)としても当然loadがで...
binaryとsourceのバージョンに差がある(sourceのバージョンの...
//
- 当方は R 3.4.3 ですが，問題なく tidyverse をインストー...
事前に，素の R で，メニューバーから「パッケージインストー...
- ご回答ありがとうございます。本wikiの"CRAN国内ミラーの使...
**unknown timezone 'default/Asia/Tokyo' error について [#...
>[[ruru]] (2017-11-12 (日) 09:58:40)~
~
初投稿です．お世話になります．~
Mac OS High Sierra をクリーンインストール後 Homebrew で R...
install.packages("RcmdrPlugin.EZR", dependencies=TRUE)
で plug in をinstall すると標題のエラーが出て正常に終了で...
terminal 上の表記を見る限り
strptime(xx, f <- "%Y-%m-%d %H:%M:%OS", tz = tz) で警告...
unknown timezone 'default/Asia/Tokyo'
こちらの error が影響していそうなのですが web 上で解決策...
//
- Homebrew で R をインストールするとか，terminal でパッ...
- High Sierraからタイムゾーン周りが変わった影響ではないか...
- 情報提供ありがとうございます．CRAN から入れるとhomebrew...
- 「homebrew 上でエラーメッセージが常駐」というのが分かり...
- R 3.4.3 でこの問題が解決されたようですね -- &new{2017-...
**Rmarkdown ファイルについて [#efbcf9dd]
>[[pandapan]] (2017-10-26 (木) 13:36:13)~
~
今まで通常通り、rmdファイルで保存できていたのに急に25ファ...
//
- 「25ファイルや、26ファイル」って，どういういうこと？ --...
- ふーーん。返事なしか。うまくいかなかったのかな？もう，...
**group_byで作成されたデータ中のリストに適用した関数をグ...
>[[appi]] (2017-10-22 (日) 12:31:04)~
~
初投稿です．お世話になります．~
mac OS Sierra 10.12.6にて、R 3.3.0を使用しております。~
前置きが長くなりますが，最後までお読みいただけると幸いで...
tidyverseパッケージを用いて列"Ori_s_zone", 列"Dest_s_zone...
od_pair <- test %>%
group_by(Ori_s_zone, Dest_s_zone) %>%
nest()
この時，od_pairの構造は以下のようになっており，一つの行に...
# A tibble: 6 x 3
Ori_s_zone Dest_s_zone data
<int> <int> <list>
1 1 2 <tibble [12 x 76]>
2 1 3 <tibble [8 x 76]>
3 1 4 <tibble [9 x 76]>
4 1 5 <tibble [5 x 76]>
5 1 6 <tibble [5 x 76]>
6 1 7 <tibble [7 x 76]>
ここで，"data"の中の"リスト"にある各列について計算を施し...
fn1 <- function(pair) {
od_pair$data[[pair]]$d <- exp(od_pair$data[[pair]]$c)
}
つまり，"data"list内の"c列"と"d列"に対して計算を施してい...
~
この計算を，さらに，"グループごと(異なる列a, 列bごと)"に...
いくつか試したものと，そのエラー内容をお示し致します．
(1) lapply(od_pair$data[[1:6]],fn1)
od_pair$data[[1:6]] でエラー:
再帰的な添字操作がレベル 3 で失敗しました
(2) od_pair %>% dmap_at(c(関数を適用する列名全て)), fn1)
エラーは出ませんが，何故か関数が適用されず，計算前の値が...
(3) od_pair %>% dplyr::summarise_each(funs(fn1),関数を適...
エラー: All select() inputs must resolve to integer colu...
(2)について：https://heavywatal.github.io/rstats/purrr.ht...
~
まとめますと，リスト内に適用した関数を更にグループ単位で...
コード，エラー内容の解釈等どのようなアドバイスでも良いの...
よろしくお願い致します．~
//
- "test" が特定されていないので，追試不能&br;まあ，言って...
- ふーーん。返事なしか。うまくいかなかったのかな？もう，...
**マルチレベル・ロジスティック回帰を行う方法 [#ab93cd80]
>[[yellow12]] (2017-10-17 (火) 09:33:29)~
~
大変お世話になっております。Rでマルチレベル・ロジスティッ...
~
仮の例として、様々な学校での生徒のデータを分析する際に、...
このとき、レベル2の変数（例えば1クラス当たりの生徒数等）...
~
lme4パッケージのlmer関数が使えそうなのですが（例えば以下...
https://www.slideshare.net/yutamura1/ss-42303827~
レベル2の分散をランダム効果として組み込むまでで、その分散...
Rでの分析方法をご存知の方がいらっしゃいましたら、ご教示い...
何卒よろしくお願い申し上げます。~
//
**plotで描く曲線がガタガタする [#f23d6f51]
>[[サンマ]] (2017-10-13 (金) 15:39:59)~
~
お世話になります。以前から気になっていたのですが、細かく...
//
- x軸，y軸で，数式で表現される曲線を描く場合ですか？その...
- ありがとうございます。数式ではなく、時系列データです。 ...
- 時系列データなら，測定間隔を短くするしかないでしょう。&...
- ガタガタを再現できる（最小の）Rコードを提示してもらわな...
- コードの例を作成してみました。
T <- 1
n <- 1000
m <- 30
x <- T*m/n*(0:n)
y <- sin(2*pi/T*x)
plot(x,y,type="l")
RStudioのExport/Copy to Clipboard/Copy as Metafileで出力...
nの値を大きくしても線が"ガタガタ"していると思います。 -- ...
- n = 1000 のとき，x の増分は 0.03 ですね。これで，30 周...
もし，サインカーブの部分をほぼ 475x200 ピクセルとして画面...
&ref(example1.png);~
のようになるでしょう。サインカーブが尖っているのは，滑ら...
15cm×10cm の大きさで pdf ファイルに描画して，その一部分を...
&ref(example2.png);~
のようになります。ドットサイズもそのまま拡大されるので，...
76cm×51cm の巨大 pdf ファイルに保存し，その一部を拡大すれ...
&ref(example3.png);~
綺麗な図を描くには，x の増分はもっともっと小さく，図の大...
n = 100000, 150cm×100cm で pdf ファイルに書き込んで拡大す...
&ref(example4.png);~
ただし，これを表示するには，150cm×100cm のサイズで，67ピ...
プリントするときも同じ。~
普通はそんなの無理ですが，少なくともあなたのいう「ガタガ...
ディスプレイやプリンターにおいては，「曲線は直線の集合」...
ファイルフォーマットが，ビットマップであろうと，ベクトル...
- ありがとうございました。pdfではご指摘のようになることを...
- win.metafile は知らない（というか，知りたくもない）けど...
**stepwiseの種類と方法 [#zb9eed2e]
>[[sau]] (2017-10-10 (火) 15:31:21)~
~
Rと直接関係のない質問で恐縮です。~
多変量Cox解析でbackward stepwise eliminationを行う際にinc...
//
- 同じではありません。「単変量解析でp<0.05となる因子のみ...
- ありがとうございます。すべての因子を含めてCox解析を開始...
**同じカテゴリで番号をふる [#f510cd32]
>[[りんご]] (2017-10-06 (金) 07:25:19)~
~
初歩的な質問ですみません。~
同じカテゴリのものに同じ番号をふりたいのですが，簡単にか...
period <- c(2007,2010,2011,2011,2013,2014,2014,2014,2014,...
2007に1，2008に2，2009に3，2010に4，2011に5，2012に6，201...
period$number <- 0~
period$number <- ifelse(period$number =="2007",1, period$...
・・・などというコードを考えてみましたが，すべてを書き出...
//
- そのデータが具体的にどのようなものであるかによって，解...
- すみません，実際には年だけではなく月の情報もあり，2011...
- 本当に，年月が yyyymm の6桁整数として入力されているなら...
year = period %/% 100
month = period %% 100
code = (year-2011)*12+month-9
例
> period = c(201110, 201201, 201601, 201603)
> year = period %/% 100
> month = period %% 100
> (code = (year-2011)*12+month-9)
[1] 1 4 52 54
もちろん一行で書いてもいいですよ。
> (period %/% 100-2011)*12+period %% 100-9
[1] 1 4 52 54
- 基準となる年月を固定して計算させればよいのですね。あり...
- 2011年10月から2016年3月まで1から54の番号をふりました。...
- （雑誌A）1:10人，2:5人，3:4人，4:8人，6:7人，7:1人，8:7...
- 説明が分かりにくいが、こういうことでしょうか。 -- &new...
> (A <- data.frame(m = c(1, 2, 3, 4, 6, 7, 8, 10), x = c...
m x
1 1 10
2 2 5
3 3 4
4 4 8
5 6 7
6 7 1
7 8 7
8 10 3
> (B <- data.frame(m = c(1, 2, 4, 6, 7, 8, 9, 10), x = c...
m x
1 1 4
2 2 3
3 4 5
4 6 7
5 7 8
6 8 5
7 9 10
8 10 4
> (dat <- merge(A, B, by = "m", all = TRUE))
m x.x x.y
1 1 10 4
2 2 5 3
3 3 4 NA
4 4 8 5
5 6 7 7
6 7 1 8
7 8 7 5
8 9 NA 10
9 10 3 4
> sum(dat$x.x * dat$x.y, na.rm = TRUE)
[1] 199
- 「人数×人数」って，例を挙げるだけといえ奇妙。A, B を，...
> a = b = numeric(54)
> a[A$m] = A$x
> b[B$m] = B$x
> sum(a*b)
[1] 199
- 御礼が遅くなりました。やりたい計算ができました。ありが...
**nnetでpredict実行時のtype指定 [#w8dd9ce8]
>[[べのたみ]] (2017-09-28 (木) 00:13:11)~
~
nnetを使ってみています。~
目的変数をyes,noの二値にしたのでpredict実行時には通常type...
この値は何を表しているのでしょうか？yesになる確率？noにな...
よろしくお願いします。~
//
- nnet のオンラインヘルプの中のリンク predict.nnet を参照...
Value
If type = "raw", the matrix of values returned by the t...
if type = "class", the corresponding class (which is pr...
if the net was generated by nnet.formula).
となっていますが。 -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁であ...
- ふーーん。返事なしか。うまくいかなかったのかな？もう，...
**Rでのシグマの書き方 [#x6625633]
>[[yukiri]] (2017-09-27 (水) 15:30:39)~
~
R初心者です
x <- c(7,6,11,11,12,8,5,18,7,8,3,5,5,10,3,10,7,8)
y <- c(5,3,6,7,3,6,2,3,2,5,2,1,4,7,2,6,4,6)
Rで下の計算をしたいのですが，どのように書けばよいでしょう...
Σ[xi×Σyj]~
一つ目のΣのiは1から18まで，二つ目のΣのjはi+1からi+3まで~
//
- ちなみにxiの後ろのxは「掛ける」です。 -- [[yukiri]] &ne...
- x, y の要素数がともに 18 なのに，i = 16 以上のとき j は...
i = 1 〜 15, j = i+1, i+2, i+3 とすれば -- [[河童の屁は，...
sapply(1:15, function(i) sum(x[i]*(y[i+1:3])))
- ありがとうございます。i=16以上のときはjは18までの中で計...
- 「i=18のときはjはなし」というのは，0 にするの？NA にす...
> sapply(1:18, function(i) sum(x[i]*(y[intersect(1:18, i...
[1] 112 96 176 121 132 56 50 162 56 56 36 65 75...
NA にしたいのなら，
> a = sapply(1:18, function(i) sum(x[i]*(y[intersect(1:1...
> a[18] = NA
> a
[1] 112 96 176 121 132 56 50 162 56 56 36 65 75...
というようにも書けるが。 -- [[河童の屁は，河童にあらず，...
- ありがとうございます！「なしにする」というには「0」にす...
sapply(1:18, function(i) sum(x[i]*(y[intersect(1:18, i-3...
何度もお手数をおかけしますが，ご教示いただけるとありがた...
- 意味を理解せずにチョコチョコッと試行錯誤するのではだめ...
> sapply(1:18, function(i) sum(x[i]*(y[intersect(1:18, i...
[1] 0 30 88 154 192 128 80 198 77 56 30 45 40 ...
でよいでしょう&br;i を 1, 2, 3, ... と変えて，intersect(1...
- ありがとうございます。i-1:3はi-3:1とも書けますね。理解...
**コンジョイント分析用の直交表について [#kf24f812]
>[[Meda]] (2017-09-21 (木) 16:28:36)~
~
下記のスクリプトで実行すると、想定外の直交表が出力されて...
理由と改善方法が分かる方、教えていただけますでしょうか？~
~
【やりたいこと】~
3因子（各3水準：A〜C）、1因子（2水準：D）を使ってコンジョ...
~
【悩み】~
生成されたカードを見ると、どのカードを見ても、A〜Cの因子...
-- スクリプト --
library(conjoint)
x <- expand.grid(
A = c(1,2,3),
B = c(1,2,3),
C = c(1,2,3),
D = c(1,2)
)
ccard <- caFactorialDesign(data=x, type="orthogonal")
-- 出力結果（コンジョイントカード） --
A B C D
#1 1 1 1 1
#2 3 1 1 1
#3 1 3 3 1
#4 3 3 3 1
#5 1 3 1 2
#6 3 3 1 2
#7 1 1 3 2
#8 3 1 3 2
//
- caFactorialDesign のオンラインヘルプに曰く，"data: expe...
> library(conjoint)
> x <- expand.grid(
+ A = factor(c(1,2,3)),
+ B = factor(c(1,2,3)),
+ C = factor(c(1,2,3)),
+ D = factor(c(1,2))
+ )
>
> ccard <- caFactorialDesign(data=x, type="orthogonal")
> ccard
A B C D
4 1 2 1 1
9 3 3 1 1
10 1 1 2 1
17 2 3 2 1
21 3 1 3 1
23 2 2 3 1
29 2 1 1 2
42 3 2 2 2
52 1 3 3 2
間違った使い方 -- factor でないので，各要因とも，最小値...
> x <- expand.grid(
+ A = c(1,2,3),
+ B = c(1,2,3),
+ C = c(1,2,3),
+ D = c(1,2)
+ )
>
> ccard <- caFactorialDesign(data=x, type="orthogonal")
> ccard
A B C D
3 3 1 1 1
7 1 3 1 1
21 3 1 3 1
25 1 3 3 1
28 1 1 1 2
36 3 3 1 2
46 1 1 3 2
54 3 3 3 2
オンラインヘルプの最初の例では，experiment の各要因は自...
> library(conjoint)
> experiment=expand.grid(
+ price=c("low","medium","high"), # <- ではなく = を使...
+ variety=c("black","green","red"),
+ kind=c("bags","granulated","leafy"),
+ aroma=c("yes","no"))
> sapply(experiment, class) # 各要因は factor になっている
price variety kind aroma
"factor" "factor" "factor" "factor"
> design<-caFactorialDesign(data=experiment,type="orthog...
> print(design) # 選ばれた行番号が一致
price variety kind aroma
4 low green bags yes
9 high red bags yes
10 low black granulated yes
17 medium red granulated yes
21 high black leafy yes
23 medium green leafy yes
29 medium black bags no
42 high green granulated no
52 low red leafy no
- とてもよくわかりました！！！ありがとうございます_(._.)_...
**ある変数について回答者を上位30%、中間、下位30%と3群に分...
>[[kana]] (2017-09-10 (日) 16:57:19)~
~
題名のとおりになります。無知で申し訳ありません。~
//
- 分位点を求めて，subset すればよい -- [[河童の屁は，河童...
> op = options(digits=15)
> # データ例
> set.seed(12345)
> x = rnorm(200)
> # 30%, 70% 分位点を求める
> y = quantile(x, c(0.3, 0.7))
> y # 分位点 y[1], y[2]
30% 70%
-0.449672455944958 0.688483852252395
> # 下位 30%を g1に，中位 40% を g2 に，上位1/3 を g3 に...
> g1 = subset(x, x < y[1]) # y[1] = 0.3 未満の x を g1 ...
> g2 = subset(x, y[1] <= x & x < y[2]) # y[1] = 0.3 以上...
> g3 = subset(x, y[2] <= x) # y[2] = 0.7 以上の x を g3 ...
> # 確認
> length(g1) # 要素数
[1] 60
> range(g1) # 値の範囲
[1] -2.380358061397042 -0.453497173462763
> length(g2) # 要素数
[1] 80
> range(g2) # 値の範囲
[1] -0.448033291294470 0.687332100557042
> length(g3) # 要素数
[1] 60
> range(g3) # 値の範囲
[1] 0.691171272874884 2.655788272142795
> options(op)
- 大変わかりやすくありがとうございました！！がんばります...
**caretでmxnetを使えるようにするにはどうすればよいでしょ...
>[[oobo]] (2017-09-10 (日) 05:33:27)~
~
caretの使用説明書には、”mxnetパッケージはまだCRANにはあり...
//
- http://mxnet.io にアクセスしてみなかったのですか？&br;...
cran <- getOption("repos")
cran["dmlc"] <- "https://s3-us-west-2.amazonaws.com/apac...
options(repos = cran)
install.packages("mxnet")
が示されるので，それを R コンソールにコピペすれば，インス...
library(mxnet)
a <- mx.nd.ones(c(2,3), ctx = mx.cpu())
b <- a * 2 + 1
b
を入力して，
[,1] [,2] [,3]
[1,] 3 3 3
[2,] 3 3 3
が表示されれば OK なんじゃね？ -- [[河童の屁は，河童にあ...
- caret って何？ -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁である...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さん返信ありがとう...
- > 2行3列の答えまでは確認してOKだったのですが、caretのパ...
この期におよんでも，どのように使ってどのような結果（エラ...
実行したときのコンソールのコピペくらいできるだろう。 -- [...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さん、その通りです...
- > その通りですね。今後気を付けます。~
じゃなくて，すぐにも，「実行したときのコンソールのコピペ...
[[投稿における注意事項:http://www.okadajp.org/RWiki/?%E6%...
・google などの検索エンジン や CRAN の検索エンジン、 マニ...
・自分には馴染みでも、他の人には馴染みの無い手法・概念も...
・回答者は神通力を持ってはいません。「これこれしたが、う...
・投稿する前にまず &heart; [[投稿文書の書式:http://www.ok...
って，書いてあるんですけどね。 -- [[河童の屁は，河童にあ...
**有効数字の設定 [#ybceef4f]
>[[aice]] (2017-07-23 (日) 19:19:07)~
~
使用するオブジェクト・変数の数が多かったり、プログラムが...
//
- 有効数字というか、単に表示だけの変更でよければ、help(op...
**miceで補完した欠損値を統合した後のデータはわかるのでし...
>[[trauma]] (2017-08-24 (木) 11:51:24)~
~
欠損値の補完をmultiple impution解析をmiceでしようとしてい...
それぞれのデータセットはわかるのですが、統合したあとのデ...
以下のように行っているのですが、可能でしょうか？~
どうかご教示お願い申しあげます。
library(mice)
# 欠損値を補完したデータセットの作成
imp_data<-mice(dat1, m = 5)
# 分析
fit <-with(imp_data, lm(reading ~ grammar + vocab))
# 分析結果の統合
summary(pool(fit))
//
- data1 が何なのかわかりませんので，追試できません。alas!...
- pool()はデータセットを統合するのではなくて、結果を統合...
- なるほどです。ありがとうございます。 -- [[trauma]] &new...
**rmsの欠損値の補完でデータを減らすとエラーがでます。 [#l...
>[[trauma]] (2017-08-22 (火) 23:35:41)~
~
rmsでデータの欠損値の補完を行っています。元データでは結果...
以下がエラーメッセージです。どうかご教示いただけたら幸い...
########################################################...
> # Conducting multiple imputation, without this, PS won...
> # Imputing missing data
> ######################################################...
>
> areg = aregImpute(ef ~ age+gender+ transporter + sbp +...
Iteration 1
`[<-`(`*tmp*`, , (j + 1):(j + m), value = w) でエラー:
添え字が許される範囲外です
追加情報: 警告メッセージ:
1: rcspline.eval(z, knots = parms, nk = nk, inclx = TRU...
could not obtain 3 interior knots with default algorit...
Used alternate algorithm to obtain 3 knots
2: rcspline.eval(z, knots = parms, nk = nk, inclx = TRU...
could not obtain 3 interior knots with default algorit...
Used alternate algorithm to obtain 4 knots
> fit.mi <- fit.mult.impute(ef ~ age+gender+ transporter...
//
- PS won't be created unless all variables have non-missi...
- 早速の返事ありがとうございます。サブグループのデータに...
- age+gender+ transporter + sbp + hr + gcs + btf +tae+int...
- で？結果はどうなったん？ -- [[河童の屁は，河童にあらず...
- ありがとうございます。結局gcsを削除するとエラーがでなく...
- 単一の変数では全例が欠損値になることがなくても，他の変...
- そうなんですね！欠損値の扱いは難しいです。ありがとうご...
**library()ができません [#afc86ba8]
>[[初学者A]] (2017-07-28 (金) 14:28:10)~
~
PCが非常に苦手な初学者です。~
研究の関係でRで統計を行う必要があるのですがまったくすすめ...
~
library()で、パッケージの確認をしようとすると以下のような...
また、実施ごとに表示されるファイル名が毎回異なるのも理由...
> library()
file(con, "w") でエラー: コネクションを開くことができ...
追加情報: 警告メッセージ:
file(con, "w") で:
ファイル 'C:\Users\夏海\AppData\Local\Temp\Rtmp06WNzx...
> library()
file(con, "w") でエラー: コネクションを開くことができ...
追加情報: 警告メッセージ:
file(con, "w") で:
ファイル 'C:\Users\夏海\AppData\Local\Temp\Rtmp06WNzx...
> library(lib = .Library)
file(con, "w") でエラー: コネクションを開くことができ...
追加情報: 警告メッセージ:
file(con, "w") で:
ファイル 'C:\Users\夏海\AppData\Local\Temp\Rtmp06WNzx...
ディレクトリは
> getwd()
[1] "C:/R"
libraryの指定ファイルは以下の通りでした。
> .libPaths()
[1] "C:/R/R-3.4.1/library"
Rではなく、エクスプロ―ラーから上記の"C:/R/R-3.4.1/library...
ただ、何回かRのインストールとアンインストールを繰り返して...
~
どうか、ご教示いただければ幸いです。~
~
使用環境は以下の通りです。
R version 3.4.1 (2017-06-30)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 15063)
Matrix products: default
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Jap...
[5] LC_TIME=Japanese_Japan.932
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets me...
loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.4.1
//
- とりあえずは library(lib.loc=.libPaths()) で一覧は出る...
**Name属性付きのベクトルからNameと値の一覧を得たい [#vaca...
>[[ヘッツァー]] (2017-07-28 (金) 05:10:31)~
~
数値ベクトル（100,300,150,200,400）があり夫々の値に対して...
~
この時、~
~
apple 100 ~
orange 300~
grape 150~
mango 200~
pineapple 400~
~
のように整列したデータフレームを作成するにはどのようにし...
~
よろしくお願いいたします。~
//
- names(数値ベクトル)でnames属性をベクトル化して、数値ベ...
**heatmapのサイズ調整について [#ta782307]
>[[kuro]] (2017-07-26 (水) 11:58:24)~
~
heatmap関数を用いてヒートマップを作成しているのですが、列...
色々試してみましたが、余白ばかりが長くなったり、文字が潰...
heatmapでの設定方法か、もしくは他の関数があれば教えて下さ...
コマンドは以下を使用しています。~
heatmap(
as.matrix(data),
Rowv = TRUE,
Colv = NA,
distfun = dist,
hclustfun = hclust,
col = heat.colors(255),
margin=c(4,4)
//
- ClassDiscoveryパッケージのaspectHeatmap()を試してみては...
**決定木の作図 [#jabb9681]
>[[bbb]] (2017-07-26 (水) 11:45:30)~
~
caretパッケージで決定木（method=rpart）を行っています。~
作図するために、rpart.plotを用いて行っていますが、上手く...
①各ノードにサンプル数Nとその内訳（１の数と0の数）~
②各ノードにそれぞれの（1の数/１と0の総数）、つまり1の割合~
を図示したいのですが、どなたかお力を貸していただけないで...
イメージとしては~
http://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/t/tomoshige...
です。何卒よろしくお願いいたします。~
//
**有効数字の設定 [#kdaf625d]
>[[aice]] (2017-07-23 (日) 20:13:38)~
~
使用するオブジェクト・変数の数が多かったり、プログラムが...
//
- 質問の意味がよくわかりませんが，options(digits=桁数) で...
> pi
[1] 3.141593
> options(digits=2)
> pi
[1] 3.1
> options(digits=15)
> pi
[1] 3.14159265358979
> sqrt(3)
[1] 1.73205080756888
ということ？ -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁である。]] ...
**lower.tail [#q41a8c31]
>[[y931]] (2017-07-21 (金) 19:02:32)~
~
http://www.okadajp.org/RWiki/?R%E3%81%AB%E3%81%8A%E3%81%9...
~
Rの確率分布システム~
R はさまざまな確率分布に関する関数を持つ。~
~
その他のオプションパラメータ~
lower.tailの既定値は FALSE ~
とありますが~
~
Rのhelpでは~
lower.tail ~
logical; if TRUE (default), probabilities are P[X ≤ x] ot...
~
とあり、既定値はTRUEになっていますが・・・~
どう考えたらよいでしょうか？~
qnorm ( 0.975 )~
＝1.959964~
から考えてもhelpが正しいですよね？~
//
- 件のページが間違えているだけ（修正しといた） -- [[河童...
- 早速お返事いただきありがとうございました。 -- [[y931]] ...
**複数行のデータを縦1列に並び替える [#rc9994c5]
>[[しょう]] (2017-07-17 (月) 16:16:23)~
~
お世話になります。~
mac OS Sierra 10.12.5で、R 3.4.1を使用しております。~
~
ある測定器から、5msecごとに出力される測定データを、Rを用...
測定データは、csv形式で作成されるのですが、1行につき8個ず...
~
つまり、測定順に~
1行目 1 2 3 4 5 6 7 8 ~
2行目 9 10 11 12 13 14 15 16~
3行目 17 18 ...~
~
こういった具合です。~
~
今まではExcelでmod関数などを用いて、縦1列に並び変えてから...
測定時間が数時間になるとエクセルでの手動処理にも時間がか...
縦一列に並び変えるところからRで処理できれば、と思っており...
~
書籍やネットでも検索をしてみましたが、ちょうど当たるもの...
行を指定して要素を取り出してみました( data [2, ]など) が...
行き詰まっております。~
~
どなたかご存知の方らおらましたら、ご教示いただけますと幸...
何とぞ宜しくお願い申し上げます。~
//
- read.table なりで読んで，t で転置して，c でベクトルにす...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さん、本当にありが...
**RStudioでクロス表の表示エラー [#aaa9f0a2]
>[[y931]] (2017-07-13 (木) 20:44:44)~
~
RStudio Version 1.0.136~
R Version 3.3.3~
~
RStudio で次のようなデータフレーム作成した場合~
~
A <- c ( 12, 10, 13 )~
B <- c ( 20, 12, 16 )~
C <- c ( 20, 15, 19 )~
y <- data.frame (A,B,C)~
~
グラフのタブが表れて、エクセルのようなクロス表が表示され...
しかし最近、その表内の行（1 , 2 , 3）と列（A , B , C）の...
ラベルセルが空白になるエラーが発生しています．~
~
どなたか対処方法をご存知の方はお知らせください．~
使用しているOSは、windows10 home, 64bit です．
//
- Rstudioのサポートページ（https://support.rstudio.com/hc...
**文字列の置換について [#z49a0b22]
>[[yasyas]] (2017-07-13 (木) 18:23:00)~
~
文字列を対応する値に変換したいと思っています。~
~
例えば以下のような対応表があったとして、~
dat <- data.frame(tar = letters[1:10], rep=10:1)~
つまり"a"なら10, "b"なら9…という感じの対応表です。~
~
置換したい文字列ベクトルが以下のように与えられているとし...
z <- c("c", "a", "b")~
~
これを8,10,9という風な数字ベクトルに変換したいのですが、~
for文を使わずにうまく変換する方法はありますでしょうか。~
~
z <- dat[["rep"]][which(dat[["tar"]]==z)]~
というようにやってみたのですが、うまくいかず。~
//
- unname(sapply(z, function(x) dat$rep[which(x == dat$tar...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さん、素早い回答あ...
**lmerTestのエラー [#n6c23d94]
>[[ahagiwar]] (2017-06-30 (金) 13:35:08)~
~
混合効果モデルの解析を行っています。lmerTestで混合効果モ...
> m2041 <- lmerTest::lmer(STRESS ~ 1 | ID, data=df2)
> summary(m2041)
summary from lme4 is returned
some computational error has occurred in lmerTest
Linear mixed model fit by REML ['lmerMod']
Formula: STRESS ~ 1 | ID
Data: df2
REML criterion at convergence: 1672.2
Scaled residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-2.3088 -0.5454 -0.0319 0.6239 3.4587
Random effects:
Groups Name Variance Std.Dev.
ID (Intercept) 43.57 6.601
Residual 76.60 8.752
Number of obs: 225, groups: ID, 45
Fixed effects:
Estimate Std. Error t value
(Intercept) 41.524 1.144 36.3
//
- お恐れながら。モデルを構築するだけの独立変数が不足して...
- このデータは、なかにしや出版の「マルチレベルモデル入門...
- 「河童の屁は，河童にあらず，屁である」さんへ。アドヴァ...
**Rの記号変換ってどうなってるんだ? [#u474e173]
>[[ななな]] (2017-06-22 (木) 23:11:43)~
~
Rって 1-metylhistidine っていう文字があったときに，X1.met...
//
- ファイルの読み込みの時のオプションとしてencoding = SHIF...
- 質問場所が不適切なので移動した&br;read.table 関数などの...
test0622.dat というファイル名で以下を作る
1-metylhistidine variable1
1 2
3 4
5 6
これを，指定した変数名そのままで読ませる
> x <- read.table("test0622.dat", header=TRUE, check.nam...
> x
1-metylhistidine variable1
1 1 2
2 3 4
3 5 6
でも，使い勝手は悪いなあ
> x$"1-metylhistidine"
[1] 1 3 5
使いづらいこと，この上ない。そんなに長い名前付ける必要な...
- あえて全角文字を使うことにより、変数名を数字から始めた...
- なしだと思います（^_^）
最初の変数 <- 1
二番目の変数 <-2
合計 <- 最初の変数 + 二番目の変数
cat(最初の変数, "+", 二番目の変数, "=", 合計)
ふむ。
x <-1
y <- 2
sum <- x + y
cat(x, "+", y, "=", sum)
わかりやすか？（どっちもどっちだろ。入力させて実感するな...
一番目の変数は1とする <- 1
二番目の変数は2とする <- 2
三番目の変数は3とする <- 3
平均値は <- (一番目の変数は1とする+二番目の変数は2とする...
print(平均値は)
まあ，極端だけどね。ふつう，極端なことはしないよね。~
これのどこがわかりやすいというのだろう？
階乗の計算をする関数 <- function(数値) {
if (数値 == 1) {
1
} else {
数値*階乗の計算をする関数(数値-1)
}
}
階乗の計算をする関数(3)
階乗の計算をする関数(5)
文字列の全置換だけの問題だ。
fac <- function(n) {
if (n == 1) {
1
} else {
n*fac(n-1)
}
}
fac(3)
fac(5)
どこが違う？~
昔々，「日本語ベーシック」というのがあった藁。変数名に日...
プログラムが容易になった？当然そんなことは，なかった。残...
「小学生には...」~
小学生の適応能力をなめるなよ~
ウイルスアプリだって書けるんだから -- [[ ]] &new{2017-06...
- 日本語の変数名の是非ですが、分野によると思います。デー...
- 「階乗の計算をする関数」はすごくわかりやすいのですが……...
**prcomp (主成分分析のPCの数について) [#fae0e174]
>[[名無し]] (2017-06-21 (水) 01:15:13)~
~
Rで下記のようなデータを用いて主成分分析を行いました．
[ある2グループのマウスの274代謝物の標準化を行ったデータ]
--------------------------------------------------------...
metabolite A1 A2 A3 B1 B2 B3
Glycolate 2 2 3 4 4 5
.
.
.
.
(274代謝物質)
--------------------------------------------------------...
result <- prcomp(data,scale = F)
print(summary(result))
Importance of components:
PC1 PC2 PC3 PC4 PC...
Standard deviation 1.6199 1.1883 1.0904 0.9896 0.927...
Proportion of Variance 0.2846 0.1531 0.1289 0.1062 0.093...
Cumulative Proportion 0.2846 0.4377 0.5666 0.6728 0.766...
PC8 PC9 PC10
Standard deviation 0.70142 0.67599 3.233e-08
Proportion of Variance 0.05335 0.04955 0.000e+00
Cumulative Proportion 0.95045 1.00000 1.000e+00
ここで自分が疑問に感じたのが，代謝物質が274物質あるにもか...
代謝物が274個もあるのに，PCが10個しか表示されないのは，代...
//
- 質問をする場所と質問の仕方がテンでダメだったが，まあ，...
> result <- prcomp(iris[, 1:4], scale = TRUE) # 変数ごと...
> print(summary(result))
Importance of components%s:
PC1 PC2 PC3 PC4 # 4...
Standard deviation 1.7084 0.9560 0.38309 0.14393
Proportion of Variance 0.7296 0.2285 0.03669 0.00518
Cumulative Proportion 0.7296 0.9581 0.99482 1.00000
> sum(c(1.7084, 0.9560, 0.38309, 0.14393)^2) # Standard ...
[1] 4.00004
ちなみに，あなたが挙げたデータは標準化を行ったデータとは...
> result <- prcomp(t(iris[, 1:4]), scale = TRUE) # 4 × 1...
> print(summary(result))
Importance of components%s:
PC1 PC2 PC3 PC4 ...
Standard deviation 11.3362 4.5972 0.59728 1.448e-15
Proportion of Variance 0.8567 0.1409 0.00238 0.000e+00
Cumulative Proportion 0.8567 0.9976 1.00000 1.000e+00
> sum(c(11.3362, 4.5972, 0.59728, 1.448e-15)^2) # Standa...
[1] 150.0004
分析例をまねするだけではなく，何をやりたいのかはっきりさ...
また，いずれにせよ「代謝物の濃度が限りなく低くいものが多...
**RExcelの使い方 [#k8b15a80]
>[[ろん]] (2017-06-08 (木) 01:34:55)~
~
お世話になります。~
RExcelを動かしたくてRインストールしてRExcel64Inst3.5.1_Ho...
http://sunsite.univie.ac.at/rcom/~
このページがスタートだと思うのですが、ここからどう辿れば...
//
- 画面をよく見て。ここじゃないの？Download&br;&ref(here2....
- 質問者です。それがリンクたどっても元に戻ってしまって、...
- 質問者です。それがリンクたどっても元に戻ってしまって、...
**2つの文字列の共通部分を抽出する [#sd078b6f]
>[[初心者]] (2017-06-04 (日) 22:58:57)~
~
文字列１と文字列２があったときに~
共通する最大長の文字列長を探し出す関数はあったりしますで...
~
例えば~
str1 <- "abcd"~
str2 <- "xxbcyy"~
の場合~
共通する最大長の文字列"bc"を抽出したいです。~
//
- 心当たりがないので，関数を書いてみた。
strLongest = function(s1, s2) {
n1 = nchar(s1)
maxLength = 0
longestString = NULL
for (i in 1:n1) {
for (j in i:n1) {
ps1 = substr(s1, i, j)
nps1 = nchar(ps1)
if (grepl(ps1, s2) && maxLength < nps1) {
maxLength = nps1
longestString = ps1
}
}
}
longestString
}
実行例
> str1 <- "abcd"
> str2 <- "xxbcyy"
> strLongest(str1, str2)
[1] "bc"
> str1 = "djcejejifijcahdcefcdbefdgefhfijbdhaaihjfchidhf...
> str2 = "gjfhfgbjegcbgadcbaefdeahdagfbaegadhciddefifcbh...
> system.time(strLongest(str1, str2))
ユーザ システム 経過
0.017 0.000 0.017
まあまあの実行速度だと思う？ -- [[河童の屁は，河童にあら...
- 大変参考になります。ありがとうございました。 -- &new{2...
**RODBCパッケージのエラーハンドリングについて [#hc9bd666]
>[[R初心者]] (2017-05-23 (火) 13:15:27)~
~
RODBCを使用して、SQL Server 2012からデータを取得をしてい...
参考ページ([[リンク名:http://qiita.com/hotoku/items/c80bc...
library(RODBC)
try.sql <- function(con.str, sql){
tryCatch({
con <- odbcDriverConnect(con.str)
sqlQuery(con, sql)
},
error=function(e){
print(sprintf("Query failed:connection ...
print(e)
},
finally=odbcCloseAll()
)
}
RODBCのリファレンスを見る限りですとsqlQueryの実行がエラー...
ご存知の方いらっしゃいましたらご教示頂きたく、よろしくお...
下記、sessioninfo()実行結果です~
R version 3.3.3 (2017-03-06)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Jap...
[4] LC_NUMERIC=C LC_TIME=Japanese_Japa...
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets me...
loaded via a namespace (and not attached):
[1] RevoUtils_10.0.3 tools_3.3.3
RODBCバージョン：1.3.14
//
- 実行環境はわかりましたけど，この関数を呼ぶにはどの要に...
**rollapply [#a3c306e1]
>[[R初心者]] (2017-05-22 (月) 23:47:46)~
~
rollapplyを使って、時系列データをローリングで重回帰して結...
ran.csvには説明変数rate、growth、volと従属変数wgbi、bcagg...
以下自分なりに書いてみたコードです。~
よろしくお願い致します。
library(zoo)
library(ggplot2)
library(tseries)
z.logrtn<-read.csv("rtn.csv")
list<-c("wgbi", "bcaggre", "em", "hy", "usaggre")
for(i in 1:length(list)) {
beta<- rollapply(z.logrtn,
width=30,
FUN = function(z.logrtn){
t = lm(formula=list[i]~rate+growth...
return(t$coef)
},
by.column=FALSE, align="right")
if(i==1){
res<-beta
}
else{
res<-merge(beta, res)
}
}
こんなエラーが出ます。model.frame.default(formula = list[...
//
- 「長さが違うよ」と言われているのだから，list[i] と rate...
- ありがとうございます。rtn.csvをアップロードしてみました...
- エラーの出る原因は，前に書いたとおり。わかってもらえな...
formula=list[i]~rate+growth+vol
は，i=1 のときの場合，
formula=wgbi~rate+growth+vol
とは違いますよ。list[i] は "wgbi"という「文字列」であり，...
temp = eval(parse(text=paste(list[i], "~ rate + growth +...
t = lm(formula = temp, data = as.data.frame(z.logrtn))
とすればエラーはなくなり，この部分はたぶんあなたの期待通...
しかし，全体として，あなたの期待通りのプログラムにはなっ...
また，eval を使うのはあまりよい解決法ではなく，別のプログ...
- ありがとうございます。勉強します。 -- [[R初心者]] &new{...
- z.logrtn[,i]などと書けば列ベクトルに対して回帰してくれ...
**ひらがなをカタナカに置換する方法 [#s9a02524]
> (2017-04-30 (日) 10:01:26)~
~
お世話になります。~
~
文字列に格納されているひらがなをカタカナに一括で置換する...
~
例えば "ABCあいウエオ" を "ABCアイウエオ" に置換したいで...
実際の文字列は長く、多くの種類があるので，できれば正規表...
//
- とても簡単にできます。
> chartr("ぁ-ゖ", "ァ-ヶ", "文字列中のひらがなをカタカナ...
[1] "文字列中ノヒラガナヲカタカナニ変換スルンダッテ。utf...
> s = 'お世話になります。
+ 文字列に格納されているひらがなをカタカナに一括で置換す...
+ 例えば "ABCあいウエオ" を "ABCアイウエオ" に置換したい...
+ 実際の文字列は長く、多くの種類があるので，できれば正規...
> cat(chartr("ぁ-ゖ", "ァ-ヶ", s))
オ世話ニナリマス。
文字列ニ格納サレテイルヒラガナヲカタカナニ一括デ置換スル...
例エバ "ABCアイウエオ" ヲ "ABCアイウエオ" ニ置換シタイデ...
実際ノ文字列ハ長ク、多クノ種類ガアルノデ，デキレバ正規表...
回答を期待するなら，あなたの環境 OS, R のバージョンぐらい...
- 早急な回答ありがとうございました。今後は環境なども記載...
**subset関数の列名の指定について [#p2f8f04c]
>[[NK]] (2017-04-21 (金) 10:30:51)~
~
お世話になります。以下のようなデータフレームがあり、subse...
id <- c( 1, 2, 3, 4, 5)
h <- c(158,162,177,173,166) # 身長
w <- c( 51, 55, 72, 57, 64) # 体重
DF <- data.frame(ID=id, H=h, W=w)
subset(DF, ID>3)
ID H W
4 4 173 57
5 5 166 64
このとき、列名"ID"が変数xに格納されている場合では、異なる...
x <- "ID"
subset(DF, x>3)
ID H W
1 1 158 51
2 2 162 55
3 3 177 72
4 4 173 57
5 5 166 64
どのようにすれば変数をデータフレームの列名として指定でき...
宜しくお願いします。~
//
- 聞く前に参考書で調べましょう．
subset(DF, DF[[x]] > 3)
とか
DF[DF[[x]] > 3, ]
とか．
- subset(DF, get(x)>3) -- [[yy]] &new{2017-04-21 (金) 17:...
- ありがとうございました。変数が列名として認識されないよ...
**パッケージリストの一覧が表示されない [#pae68e8b]
>[[konpeki]] (2017-04-17 (月) 14:04:06)~
~
パッケージリストの一覧が表示されません。~
というか「このサイトにアクセスできません」とでるのはなぜ...
場所が移ったのですか？~
//
- 「このサイト」って，どのサイトへアクセスしようとしたの...
- ちなみに、http://www.okadajp.org/RWiki/?CRAN%E3%83%91%E...
- サーバーの変更とテキストエンコーディングの変更によりリ...
**ｔ検定の検定力分析（事後分析）の質問です [#e40ffe24]
>[[y931]] (2017-04-12 (水) 23:31:05)~
~
対応のない2群のｔ検定の検定力分析について質問させてくださ...
power.t.test(n=60, d=0.7, sig.level=0.05, power=NULL)~
pwr.t2n.test(n1=30,n2=30,d=0.7, sig.level=0.05)~
上記2式で検定力を求めたら異なる結果になりました~
またGpower3.1.9.2で算出するとpwr.t2n.testの結果と同じにな...
~
サンプル数が異なるときにはpwrを使用するように・・・~
とネット上では記載されています~
~
powerとpwrの違いが理解できません~
またGpowerの結果とpwrの結果が同じになった理由も全く分かり...
~
何を勉強すればいいのかもわからない状況です~
どうかよろしくお願いいたします~
//
- > powerとpwrの違いが理解できません&br;? power.t.test，?...
> power.t.test(n=60, d=0.7, sig.level=0.05, power=NULL)
Two-sample t test power calculation
n = 60
delta = 0.7
sd = 1
sig.level = 0.05
power = 0.9673141
alternative = two.sided
NOTE: n is number in *each* group
同じにしたいなら，n1=60,n2=60 とすること！
> pwr.t2n.test(n1=60, n2=60, d=0.7, sig.level=0.05)
t test power calculation
n1 = 60
n2 = 60
d = 0.7
sig.level = 0.05
power = 0.9673141
alternative = two.sided
power.t2n.test は，「n1, n2 を別々に指定できる」というこ...
> サンプル数が異なるときにはpwrを使用するように・・・~
> とネット上では記載されています~
というのは，そういうことを意味しているんです（って，その...
- いつも明快なご回答を拝見させていいただきております．私...
**Error: could not find function "XXX" [#x2eabfd2]
>[[とんとん]] (2017-04-11 (火) 02:01:10)~
~
こんばんわ。Rでパッケージをインストールした後にLibrary（...
//
- あなたの質問には情報がほとんどない。&br;そもそも，その...
- この類のエラーは、抽象化して一般化できるものではなく、...
**Brunner-Munzel検定に関する「事後の検定力分析」について ...
>[[こんばんは]] (2017-04-04 (火) 19:29:23)~
~
「Brunner-Munzel検定」について一点お伺いしたい事がござい...
//
- シミュレーション実験すればよいのでは？ -- [[河童の屁は...
**折れ線グラフの重ね書きで、異なる線種を与える [#xc1ddc12]
>[[さくやひこ]] (2017-03-27 (月) 12:21:54)~
~
折れ線グラフを重ね書きする際、線種（line type）をそれぞれ...
3本の線を1本ずつ描いて、それぞれに異なる線種与え、重ね書...
どのようにすれば、このような問題を解決できるか、御教示い...
なお、環境は
R version 3.3.1 (2016-06-21)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 8.1 x64 (build 9200)
★ データaa ↓ 他の2つ（bbとcc）も変数は同じです。
No.Tree radi year
1 1 0.000000 -166
2 1 1.290000 -161
3 1 2.000000 -156
4 1 2.806667 -151
---中略---
33 1 20.103333 -6
34 1 20.403333 -1
35 1 20.523333 0
★ 3本の線を1つずつ描いて、それぞれに異なる線種与え、それ...
pp <- ggplot(NULL) # 初期値を与える
line.type <- c("solid", "dashed", "twodash") # 線種を与...
#--1---
x <-read.csv(aa)
pp <- pp + geom_line(data=x, aes(year, radi, linetype=li...
geom_point(data=x, aes(year, radi))
#--2---
x <- read.csv(bb)
pp <- pp + geom_line(data=x, aes(year, radi, linetype=li...
geom_point(data=x, aes(year, radi))
#--3---
x <- read.csv(cc)
pp <-pp + geom_line(data=x, aes(year, radi, linetype=lin...
plot(pp)
しかし、これをfor文で反復すると、線種の描き分けができませ...
fl <- dir() # flには 3つのファイル名"aa", "bb", "c...
pp <- ggplot(NULL) # 初期値を与える
line.type <- c("solid", "dashed", "twodash") # 線種を...
for(i in 1:length(fl)){
x <- read.csv(fl[i])
pp <- pp + geom_line(data=x, aes(year, radi, linetyp...
}
plot(pp)
//
- 問題の現象は再現したけど、ggplot()に詳しい人が来ないと...
ltys <- c(1, 2, 6)
f <- radi ~ year
for (i in seq_along(fl)) {
if (i == 1) {
plot(f, data = read.csv(fl[i]), type = "b", lty ...
} else {
lines(f, data = read.csv(fl[i]), type = "b", lty...
}
}
- > geom_line(data=x, aes(year, radi, linetype=line.type[...
- さっそくアドバイスありがとうございました。最初の方のお...
- > 5行目のplot()をline()にするとエラーになる理由&br;line...
pp <- ggplot(NULL) # 初期値を与える
x = NULL
for (i in 1:length(fl)){
x = rbind(x, read.csv(fl[i])) # 1 つのデータフレー...
}
line.type <- c("solid", "dashed", "twodash") # 線種を与...
for(i in 1:length(fl)){
pp <- pp + geom_line(data=x, aes(year, radi, linetyp...
}
plot(pp)
みたいにするんだろうね。aes の内側には，図形描画要素を変...
- 河童の屁さま。解説ありがとうございました。何を理解すべ...
**rstanおよびggplot2の不調 [#lc7e1e1e]
>[[こんばんは]] (2017-03-26 (日) 01:29:18)~
~
目的はrstanの実行なのですが、いろいろやった結果、library(...
//
- まずは，R 3.3.3 にしてみたらどうですか。 -- [[河童の屁...
- Rstudioでやり直したら、なんとかなりました。ありがとうご...
**複数の変数名を関数の引数に指定する方法 [#r49032af]
>[[R初心者]] (2017-03-21 (火) 12:05:58)~
~
データirisを使いまして、
> head(iris, n=2)
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Spec...
1 5.1 3.5 1.4 0.2 set...
2 4.9 3.0 1.4 0.2 set...
irisの「1つの」変数名を引数とし、指定された変数の平均値を...
> f1 <- function (VAR) {
+ eval(substitute(TMP <- aggregate(VAR ~ Species, dat...
+ print(TMP)
+ }
> f1(Sepal.Length)
Species Sepal.Length
1 setosa 5.006
2 versicolor 5.936
3 virginica 6.588
同様にして、irisの「複数の」変数名を例えばリスト化/ベクト...
要は「複数の」変数名を上手くリスト化/ベクトル化出来ず困っ...
> f2 <- function (VAR) {
+ for (i in 1:length(VAR)) {
+ eval(substitute(TMP <- aggregate(VAR[[i]] ~ Specie...
+ print(TMP)
+ }
+ }
> f2(list(Sepal.Length, Petal.Length))
f2(list(Sepal.Length, Petal.Length)) でエラー:
オブジェクト 'Sepal.Length' がありません
> f2(c(Sepal.Length, Petal.Length))
f2(c(Sepal.Length, Petal.Length)) でエラー:
オブジェクト 'Sepal.Length' がありません
//
- う〜〜ん。なかなか，難しいですね。~
以下のようにすれば，何とかできたのですが，変数名は x にな...
> f2 = function(...) {
+ args = sub("\\(", "(iris$", deparse(substitute(list(....
+ args = gsub(" ", " iris$", args)
+ args = sprintf("lapply(%s, function(x) aggregate(x, b...
+ invisible(sapply(eval(parse(text=args)), print))
+ }
> f2(Sepal.Length, Sepal.Width, Petal.Length, Petal.Width)
Species x
1 setosa 5.006
2 versicolor 5.936
3 virginica 6.588
Species x
1 setosa 3.428
2 versicolor 2.770
3 virginica 2.974
Species x
1 setosa 1.462
2 versicolor 4.260
3 virginica 5.552
Species x
1 setosa 0.246
2 versicolor 1.326
3 virginica 2.026
汎用性なんか気にしなければ，出力結果をそのままコピーペー...
> lapply(iris[,1:4], function(x) aggregate(x, by=list(ir...
$Sepal.Length
Group.1 x
1 setosa 5.006
2 versicolor 5.936
3 virginica 6.588
$Sepal.Width
Group.1 x
1 setosa 3.428
2 versicolor 2.770
3 virginica 2.974
$Petal.Length
Group.1 x
1 setosa 1.462
2 versicolor 4.260
3 virginica 5.552
$Petal.Width
Group.1 x
1 setosa 0.246
2 versicolor 1.326
3 virginica 2.026
どうでしょうかね？？ -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁で...
- 河童様、早速お返事いただきましてありがとうございます！...
（本質問では問題を単純化しておりますが、実際はユーザーが...
結果を縦積みにしてデータフレームにした後、さらに・・・と...
データの変数名を文字列ベクトルで与え、関数内で unquote 処...
いろいろ試行錯誤してみたのですが・・・、なかなか難しいで...
- 「データの変数名を文字列ベクトルで与え」てもよいなら，...
データフレーム名は文字列として第1引数で指定（例題の場合な...
aggregate の対象変数名も文字列として第2引数以降に列挙。
f2 = function(df, ...) {
invisible(lapply(
lapply(unlist(list(...)), function(s)
eval(parse(text=sprintf("aggregate(%s ~ Species, ...
), print))
}
実行例は
> f2("iris", "Sepal.Length", "Sepal.Width", "Petal.Leng...
Species Sepal.Length
1 setosa 5.006
2 versicolor 5.936
3 virginica 6.588
Species Sepal.Width
1 setosa 3.428
2 versicolor 2.770
3 virginica 2.974
Species Petal.Length
1 setosa 1.462
2 versicolor 4.260
3 virginica 5.552
Species Petal.Width
1 setosa 0.246
2 versicolor 1.326
3 virginica 2.026
汎用化を阻まないような関数仕様にすればよいと言うこと
変数の指定を空白で区切った 1 つの文字列で指定するなら
f3 = function(df, var) {
invisible(lapply(
lapply(strsplit(var, " ")[[1]], function(s)
eval(parse(text=sprintf("aggregate(%s ~ Species, da...
), print))
}
f3("iris", "Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal....
f4("iris Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Widt...
- 大変ありがとうございました！f2 の例を参考にさせていただ...
> f2_revised <- function (...) {
+ VAR <- unlist(list(...))
+ for (i in 1:length(VAR)) {
+ TMP <- transform(eval(parse(text=paste("aggregate...
+ colnames(TMP) <- c("Species", "Mean", "Variable")
+ ifelse(i==1, RESULT <- TMP, RESULT <- rbind(RESUL...
+ }
+ return(RESULT[,c(3,1,2)])
+ }
> f2_revised("Sepal.Length", "Sepal.Width", "Petal.Leng...
Variable Species Mean
1 Sepal.Length setosa 5.006
2 Sepal.Length versicolor 5.936
3 Sepal.Length virginica 6.588
4 Sepal.Width setosa 3.428
5 Sepal.Width versicolor 2.770
6 Sepal.Width virginica 2.974
7 Petal.Length setosa 1.462
8 Petal.Length versicolor 4.260
9 Petal.Length virginica 5.552
10 Petal.Width setosa 0.246
11 Petal.Width versicolor 1.326
12 Petal.Width virginica 2.026
**RのSys.time()について [#hcdb6c87]
>[[R大好き]] (2017-03-02 (木) 12:35:38)~
~
> Sys.timezone()
[1] "JST"
> system("date")
2017年 3月 2日 木曜日 03:32:37 JST
> Sys.time()
[1] "2017-03-02 03:32:45 JST"
となるのですが~
実際にはこの表示されてる時間はUTCです
$date
2017年 3月 2日 木曜日 12:33:43 JST
なるので9時間ずれてます~
これはなんでこうなってしまうのでしょうか？~
ちゃんとTZも設定してるのに？
> Sys.time()+60*60*9
[1] "2017-03-02 12:34:31 JST"
して9時間分ずらせば正しいローカルタイムにはなるのですが，...
よろしくお願い致します~
//
- ヘンですね。こちらの環境(Ubuntu 16.04.2 LTS/Mac OS X 10...
現在16:14ですが、
> system("date"); Sys.time()
2017年 3月 2日 木曜日 16:14:50 JST
[1] "2017-03-02 16:14:50 JST"
きちんとJST時間が表示されています。環境依存の話なので、ま...
- Linux Debian Sidです。同じ結果になるはずなので、新規にR...
- Debian Sidです Ubuntu と同じはずなので新規に起動してや...
> Sys.setenv(TZ="JST")
> Sys.timezone()
[1] "JST"
の状態にするとおかしくなるようです。 これをするまえに Sys...
- Rと全く関係がない話で、Debianで下記の通りに再現できます...
$ lsb_release -d
Description: Debian GNU/Linux 8.7 (jessie)
$ date
2017年 3月 2日 木曜日 17:00:31 JST
$ export TZ="JST"
$ date
2017年 3月 2日 木曜日 08:00:42 JST
$ export TZ="JST-9"
$ date
2017年 3月 2日 木曜日 17:02:52 JST
つまり、JSTじゃなくてJST-9にする。詳しくはman tznameでTZ...
- 情報ありがとうございます。 TZ="JST"っていう指定方法が規...
**quantmodパッケージにおける点のプロット方法 [#n225e088]
>[[kii]] (2017-02-26 (日) 16:45:53)~
~
パッケージ{quantmod}で、グラフ内に点を表示させる方法を教...
推測ですがaddPointsという引数を使うようなのですが、マニュ...
#https://cran.r-project.org/web/packages/quantmod/quantmo...
~
例えば下記のグラフにおけるx=2016-01-04, y=200の地点に白色...
library("quantmod")
getSymbols("GS") #Goldman OHLC from yahoo
chartSeries(GS)
//
- なんか知らんけど，下の投稿記事が参考になるんじゃないの？
library("quantmod")
getSymbols("GS") #Goldman OHLC from yahoo
chartSeries(GS)
plot(
addPoints(2016-01-04, 200, col="white")
)
投稿する前に，ちょっとは前の方の質問も見た方がよいね。~
"quantmod 使い方" で検索しても，たくさん見つかるし。なん...
**関数内での実行環境を呼びだし元の環境に設定する方法を知...
>[[R大好き]] (2017-02-20 (月) 00:52:33)~
~
関数内での実行環境を呼びだし元の環境に設定する方法を知り...
~
quantmodっていうパッケージのaddLines関数を使って~
チャート表示した後に関数内で複数下位addLinesやaddPointsを...
ラインや点をうちたいのですが~
関数内でaddLinesやaddPointsを実行してもチャートに変化があ...
~
関数内部じゃなくて親環境で実行するとチャートに反映される...
関数内の実行環境を親環境にしてやれば関数内でも上手く処理...
そのやり方がわかりません~
~
昔どこかでその方法を見た気がするのですが~
ネット検索してもその元記事を発見できませんでしたので~
ここで質問させていただくことにしました~
よろしくお願い致します~
//
- 環境かえなくてもなぜかplot()でaddLinesやaddPointsを囲ん...
**判別分析ＲとSPSSの違い [#i8ff2ecf]
>[[Isan]] (2017-02-15 (水) 15:24:55)~
~
Rで判別分析 library(MASS)のlda関数を使った場合と、SPSSの...
> r.result<-lda(jidosha~., data=datscale, prior=c(0.5,0....
Coefficients of linear discriminants:
LD1
gaikosei 1.6550380
kyomi 0.7117249
keizai -0.4656510
SPSSの結果：http://psy.isc.chubu.ac.jp/~oshiolab/teaching...
外交性 1.071
興味 0.636
経済力 -.476
//
- SPSSを持っていないので追試できていませんが、計算方法が...
> list(
+ mle = round(lda(自動車所有 ~ ., data = d, method = "ml...
+ mve = round(lda(自動車所有 ~ ., data = d, method = "mv...
+ moment = round(lda(自動車所有 ~ ., data = d, method = ...
$mle
LD1
外向性 1.55
興味 0.68
経済力 -0.43
$mve
LD1
外向性 2.69
興味 3.08
経済力 -1.90
$moment
LD1
外向性 1.38
興味 0.61
経済力 -0.39
**RMeCabでのわかち書きについて [#ke438408]
>[[質問場所が不適切だったよ]] (2017-02-08 (水) 17:23:47)~
~
R言語で以下のコードでわかち書きをした時に, 品詞を取り除い...
また、抜き出す品詞も指定できると助かります。~
res = RMeCabC("今日は晴れです。")
よろしくお願いいたします。~
//
- どうも，最近 R そのものへの質問ではなく，R のパッケージ...
**RcmdrPlugin.survivalが使えません。 [#n1838528]
>[[青葉46号]] (2017-02-07 (火) 17:13:17)~
~
RcmdrPlugin.survival以外のプラグインは問題なく使えるので...
PCのOSはWindows8.1で、Rの環境は下記のとおりです。~
R version 3.3.2 (2016-10-31) -- "Sincere Pumpkin Patch"~
Copyright (C) 2016 The R Foundation for Statistical Compu...
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)~
Rcmdrのバージョン 2.3です。~
RcmdrPlugin.survivalをロードすると下記のエラーが表示され...
Error in structure(.External(.C_dotTclObjv, objv), class...
[tcl] invalid command name "configure".
小さいメニューには[ファイル],[編集],[データ]の表示はされ...
解決法をどなたか教えてください。お願いします。~
//
**行列の成分の回転 [#gcde690d]
>[[羊]] (2017-02-07 (火) 01:52:27)~
~
200×200の正方行列Aについて~
各成分を90度回転させた行列Bを作りたいです。~
~
すなわちAのi行j列の成分が~
Bの201-j行i列となるような行列です。~
~
シンプルにループを回す方法もあるかと思いますが~
この処理を数十万回回す必要があるので処理の比較的早い方法...
//
- 質問の前に、本wikiの行列Tips大全に目を通しては如何でし...
- 行列Tips大全に回答がありました。ご指摘ありがとうござい...
**legend() で plotmath と expression をまぜて使いたい。 [...
>[[まり]] (2017-02-03 (金) 13:07:03)~
~
プロット上で %->% の矢印と テキストを混ぜて使いたいです。...
a1 <- expression(paste('This is omega. ', omega))
a2 <- expression(paste('This is an arrow. ', '%->%'))
a3 <- expression(3 %->% 33)
plot(0)
legend('bottomleft', c(a1,a2,a3))
よろしくお願いします。~
//
- 記号として直接挿入するのが簡単です。a4 <- expression(pa...
番号については https://www.adobe.com/products/postscript/...
- 通りすがりさん。どうもありがとうございました。 -- [[ま...
**mxnetの呼び出しに失敗します。 [#s3ef6bca]
>[[obo]] (2017-02-02 (木) 14:11:52)~
~
mxnetを呼び出す時に以下のエラーが出ます。~
> library(mxnet)
Error : オブジェクト ‘combine_edges’ は 'namespace:Diag...
エラー: ‘mxnet’ に対するパッケージもしくは名前空間のロ...
環境はWIN7,R×64,3.3.2です。御教授御願い致します。
//
- http://stackoverflow.com/questions/41469083/install-err...
https://github.com/dmlc/mxnet/issues/4527 が参考になるか...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さん、御教授ありが...
**一定時間以内に関数の処理が終了しない場合に、停止させた...
>[[かい]] (2017-01-27 (金) 21:01:40)~
~
関数の実行時、一定時間（例えば1分）以内に処理が終了しない...
処理を強制的に停止させ、エラーを返すようなスクリプトはど...
~
例えば以下のように、間違えて変数xに大きすぎる値を入れてし...
x <- 9999999
Sys.sleep(x)
print(x)
//
- setSessionTimeLimit()を使うのはどうでしょうか。 -- [[S]...
> setSessionTimeLimit(elapsed = 60); for(i in 1:10){prin...
[1] 1
[1] 2
[1] 3
Sys.sleep(20) でエラー: セッション時間が経過して上限に...
>
- 参考になりました。御助言ありがとうございました。 -- [[...
**docMatrixの品詞の細分類について [#fe6b10f1]
> (2017-01-27 (金) 11:38:43)~
~
Rで文章集合に対してTF-IDFを算出する際に~
res = docMatrix("txt", pos=c("名詞", "形容詞"), weight="t...
と記述するのですが, 名詞, 形容詞でも非自立語や数などを取...
よろしくお願いいたします。~
//
- docMatrix() の代わりにdocDF(type = 1) を用いて、その結...
res0 <- docDF("txt", pos = c("名詞", "形容詞"), type = 1...
res <- subset(res0, POS2 != "非自立" & POS2 != "数")
tf_ <- localTF(res[,-(1:3)]) # weight...
tf_idf <- tf_ * globalIDF(tf_) # weight...
tf_idf_norm <- t(t(tf_idf) * mynorm(tf_idf)) # weight...
result <- cbind(res[,1:3], tf_idf_norm)
result
- お返事ありがとうごさいます。データで確認し次第書き込み...
**新しいIDを割りふりたい [#j53325d4]
>[[困っています。。。]] (2017-01-22 (日) 13:34:42)~
~
以下のような2種類のIDを持つデータを考えます。
id1 id2
1 11
1 12
2 12
2 13
3 14
3 15
4 15
この2つのIDのもし一方でも同じであれば、同一のIDを割り振る...
id1 id2 newid
1 11 1
1 12 1
2 12 2
2 13 2
3 14 3
3 15 3
4 15 3
ご教示いいただけると幸いです。よろしくお願いします。~
//
- > 2つのIDのもし一方でも同じであれば、同一のID&br;そのル...
- 確認不足でした、ご指摘の通りです。 -- [[困っています。...
- 以下のようなプログラムでどうでしょう -- [[河童の屁は，...
> d <- data.frame(id1=c(1,1,2,2,3,3,4,6,11), id2=c(11,12...
> d
id1 id2
1 1 11
2 1 12
3 2 12
4 2 13
5 3 14
6 3 15
7 4 15
8 6 12
9 11 21
>
> n <- nrow(d)
> newID <- 0
> for (i in 1:n) {
+ found <- FALSE
+ for (j in seq_len(i-1)) {
+ if (d$id1[i] == d$id1[j] ||d$id2[i] == d$id2[j...
+ found <- TRUE
+ d$newid[i] <- d$newid[j]
+ break
+ }
+ }
+ if (!found) {
+ newID <- newID +1
+ d$newid[i] <- newID
+ }
+ }
> d
id1 id2 newid
1 1 11 1
2 1 12 1
3 2 12 1
4 2 13 1
5 3 14 2
6 3 15 2
7 4 15 2
8 6 12 1
9 11 21 3
- 早速のお返事ありがとうございます。実際のデータで確認し...
- うまく行きました。大変に助かりました。また、プログラム...
**パッケージlubridataについて [#fc8c9047]
>[[R勉強中]] (2017-01-21 (土) 18:58:06)~
~
パッケージlubridataがインストールできません。~
「警告メッセージ: パッケージ ‘lubridata’ が利用できません...
Rのバージョンは3.3.2です。~
パッケージlubridataのpdfによるとDepends methods, R (>= 3....
バージョンの問題はないと思いますが、何が問題なのでしょう...
ご教授いただけますと幸いです。~
お手数をおかけしますがよろしくお願いたします。~
//
- lubridate では？&br;そもそも，どのように「インストール...
> install.packages("lubridata")
警告メッセージ:
パッケージ ‘lubridata’ が利用できません (for R version ...
そりゃそうだ。lubridata なんてパッケージはないんだから，...
- 「何が問題なのでしょうか。」に答えることができるだけの...
**条件分岐にこたえる方法 [#s72a12ff]
>[[step]] (2017-01-18 (水) 15:45:34)~
~
いつもお世話になっております。~
step()関数を使用していたところ、データにNAが含まれていた...
（単純にyes yとうつと、オブジェクトと認識されてしまいます...
~
初歩的で恐縮ですが、ご教示頂けると幸いです。よろしくお願...
//
- これは，ユーザの対応（入力）を求めるものではないので，y...
if (all(is.finite(c(n, nnew))) && nnew != n)
stop("number of rows in use has changed: remo...
つまり，stop 文によって表示されているものです。文字通り，...
そもそも，このメッセージは疑問文ではなく，命令文であるべ...
- これは学生からよく受ける質問です。「R step na.omit」で...
- ご返事遅れてしまい恐縮です。そうだったんですね...。代替...
**rpartによる分割結果のデータ数と元データのデータ数が合わ...
>[[ddd_mmm]] (2017-01-16 (月) 17:35:34)~
~
いつもお世話になっています。初めてご質問させて頂きます。~
rpartで分割されたデータ数と元データのデータ数が一致しませ...
~
目的変数は質的変数(2値(good/bad))、説明変数は量・質どちら...
結果、ある量的変数(以下X)が>=1.1の条件で以下のように分割...
ご教示の程、何卒よろしくお願いします。~
&ref(Rplot01);
~
以下はスクリプト例です。
# データインプット
data <- read.csv("分析_v6.csv", header=TRUE)
head(data)
# 数字データのカンマ処理
for (i in 1:ncol(data)) {
data[,i]<-gsub(",", "", data[, i])
}
# データ型確認
for (i in 1:ncol(data)) {
print(c(names(data[i]), class(data[, i])))
}
# 決定木実施
dt1 <- rpart(goodbad ~ x, data=data, parms=list(split="g...
//
- 分析_v6.csv の内容がわからないので追試もできないし，ス...
- 早々にご指摘頂きありがとうございます。不明確な点が多々...
- 早々にご指摘頂きありがとうございます。不明確な点が多々...
- #ref(http://www.fastpic.jp/viewer.php?file=4576876605.p...
- #ref(http://www.fastpic.jp/viewer.php?file=4576876605.p...
- アップロードの方法も含め，利用法についての説明を読んで...
> data <- read.csv("分析_v6.csv", header=TRUE)
> summary(data)
区分 X前年比
bad :1049 Min. :0.790
good:1049 1st Qu.:1.020
Median :1.050
Mean :1.058
3rd Qu.:1.090
Max. :1.240
> library(rpart)
> dt1 <- rpart(区分 ~ X前年比, data=data, parms=list(spl...
> dt1
n= 2098
node), split, n, loss, yval, (yprob)
* denotes terminal node
1) root 2098 1049 bad (0.5000000 0.5000000)
2) X前年比< 1.065 1212 282 bad (0.7673267 0.2326733) *
3) X前年比>=1.065 886 119 good (0.1343115 0.8656885) *
> plot(dt1)
> text(dt1, use.n=TRUE, xpd=TRUE)
&ref(rpart.png);~
分割点は，貴方の言う 1.1 ではなく，上の結果出力にあるよう...
> x = data$X前年比 < 1.065
> table(data$区分, x)
x
FALSE TRUE
bad 119 930
good 767 282
のように，rpart の結果と同じになります（当たり前だけど）...
- ご丁寧にご教示頂きありがとうございます。私の方でも頂い...
- ご丁寧にご教示頂きありがとうございます。私の方でも頂い...
**numericとfactorを含む回帰分析 [#z32b1cdf]
>[[takapom]] (2017-01-16 (月) 04:31:48)~
~
初めて質問させていただきます。numericとfactorを含む回帰分...
> fit.all <- glm(y ~ x + f, data = d, family = poisson)
> call: glm(formula = y ~ x + f, family = poisson, data ...
Error in call:glm(formula = y ~ x + f, family = poisson,...
NA/NaN argument
In addition: Warning message:
In call:glm(formula = y ~ x + f, family = poisson, data ...
numerical expression has 30 elements: only the first u...
//
- 本件、call以下は関数ではなく、summary(fit.all)の結果で...
- > summary(fit.all)の結果であった&br;いいえ，それは，fit...
**Spearmanの相関係数に関して [#fd899b1b]
>[[大北]] (2017-01-12 (木) 16:13:11)~
~
初めてご質問させて頂きます。~
Rも統計も全くの初心者であり、非常にお恥ずかしいのですが、...
下記例のような数字が記入された行列(40000×100)が2つありま...
独学で色々と試してはいるのですが、なかなか良い方法が見つ...
何卒よろしくお願い申し上げます。
症例1 症例2 症例3 症例4 症例5
1 1 3 6 7 23
2 2 4 56 5 2
3 5 6 13 2 4
4 34 23 4 13 14
//
- 大前提として，「行と列まちがえていないですよね」&br;間...
先のデータを x として，以下のデータを y とする。
症例1 症例2 症例3 症例4 症例5
1 5 3 1 3 5
2 1 2 5 2 7
3 4 4 5 6 1
4 81 42 10 53 51
結果は，以下のようになるだろう。
> for (i in seq.int(nrow(x))) print (cor(x[i,], y[i,], m...
[1] 0
[1] 0.1578947
[1] -0.05129892
[1] 0.6
たしかに
> cor(c(2,4,56,5,2), c(1,2,5,2,7),method="spearman")
[1] 0.1578947
になっていることが，確認できるであろう。【上手い方法より...
- 早々にご回答頂き、ありがとうございます。とても助かりま...
- > 行列変換もうまくできず&br;write.table(t(x), file="x.d...
- 追記までして下さり、ありがとうございます。また不明点な...
**kmeansGap最適クラスター数 [#f39d8d12]
>[[aaa]] (2017-01-05 (木) 08:33:07)~
~
連続投稿申し訳ございません。~
~
kmeansGapにおいて、最適クラスター数を導出する方法をあるサ...
具体的には下記プログラムです。
x <- ClusteringMarketPotential[2:5]
kg <- kmeansGap(x, nstart = 500)
plot(kg)
gap <- c()
for(i in 1:100) {
kg <- kmeansGap(x)
nc <- length(kg$cluster$size)
gap <- c(gap, nc)
}
par(ps=10)
plot(table(gap), xlab="k:num.of clusters", ylab="freq.")
下段の記述において、 nc <- length(kg$cluster$size)により...
kmeansGap法はその計算過程において最適クラスター数を求めて...
教えて頂けると幸いです。~
//
- 以前の記事の返事もしましたけど，解を求めるに当たり乱数...
**kmeans法 [#q4244e94]
>[[aaa]] (2017-01-05 (木) 08:14:04)~
~
いつもご教授頂き大変ありがとうございます。現在下記の様にk...
#k means with Market Potential Data
x <- ClusteringMarketPotential[2:5]
cl <- kmeans(x,3,nstart=500)
cl$cluster
nstartの値をいくら変えても、~
実行結果が変わりません。~
~
初期値に依存のはずなのに何故だろうかと気になっております。~
~
教えて頂けると幸いです。~
//
- その説明にあるように，nstart を何通りか変えて，そのうち...
**purrr::map()の挙動について [#n138fa22]
>[[kei]] (2016-12-31 (土) 05:56:35)~
~
いつもお世話になっています。~
~
以下のコードを実行する際に、rnorm()の第2引数である"mean"...
vectorがリスト番号に応じて引数として適用される理由が分か...
直観的には３つのリストにrnorm(x, mean = 0, sd = 1)の結果...
＜実行コード＞
set.seed(111)
1:3 %>% map(rnorm, n = 5)
＜実行結果＞
[[1]]
[1] 1.2352207 0.6692641 0.6883762 -1.3023457 0.8291240
[[2]]
[1] 2.1402782 0.5025733 0.9898116 1.0515244 1.5060378
[[3]]
[1] 2.826326 2.593401 4.845636 3.394054 3.797529
いろいろ調べてみると以下のような動作が関連しているように...
上記の事象の理解には至りませんでした。
# 無名関数を適用
set.seed(111)
1:3 %>% map(function(x) rnorm(5, mean = x))
# ラムダ式を適用
set.seed(111)
1:3 %>% map(~ rnorm(5, mean = .x))
よろしくお願いします。~
//
- rnorm(n=5 でつかうとき，最初の未定義引数が mean だから...
1:3 %>% map(rnorm, mean=0)
1:3 %>% map(rnorm, mean=0, n=5)
などをやってみれば，明らか（というか，%>% の作用がわかっ...
いつも，思うんだけど，（時流に流されて？）よくわからない...
- ご回答ありがとうございます。map()のことばかり気にしてい...
追加で一点だけ質問させてください。上記のmap()を使ってrnor...
- 好きな引数 (以下例では n を使用) の値を3回繰り返して渡...
- ご教授いただきましてありがとうございました。 -- [[kei]]...
**kmeansGap [#a8dbd95d]
>[[aaa]] (2016-12-27 (火) 14:34:11)~
~
kmeansGap関数の結果をグラフにプロットすると~
毎回結果が変わってしまうのですが、~
なぜでしょうか？~
~
ご教授頂けると幸いです。~
//
- kmeansGap が呼び出している kmeans 関数で，初期値を sam...
- いつもありがとうございます。大変助かりました。 -- [[aaa...
**GAP統計量 [#ec6fbf8a]
>[[aaa]] (2016-12-27 (火) 14:31:59)~
~
GAP統計量を使いたく、~
clusGap関数を持つlibrary(cluster)を~
インストールしたいのですが、~
既にlibrary(cluster)があるのか上手くいきません。~
~
現状のlibrary(cluster)にはclusGap関数のファイルが見つから...
~
ご教授頂けると幸いです。~
//
- どのように「上手くいかない」かを書くべし。あなたが，何...
このページのヘルプにも書いてあるけど，あなたの OS の種類...
- かしこまりました。 -- [[aaa]] &new{2017-01-05 (木) 08:3...
- 情報不足申し訳ございません。以後気をつけます。 -- [[aaa...
- 情報不足申し訳ございません。以後気をつけます。 -- [[aaa...
**Dunnett検定のp値で任意の桁数を求める [#u144c362]
>[[User]] (2016-12-16 (金) 11:26:22)~
~
http://minato.sip21c.org/medstat/how-to-multcomp.pdfを参...
res1 <- aov(群2 ~ 群1, data=bpdown)
summary(res1)
library(multcomp)
res2 <- glht(res1, linfct = mcp(medicine = "Dunnett"))
confint(res2, level=0.95)
summary(res2)
でDunnett検定を実行していますが、この方法では、自分の実力~
では、p値を任意の桁数で計算させることができません。~
他のやり方でもいいのですが、p値を任意の桁数で計算させる~
ことはできますか？よろしくお願いします。~
//
- 表示値 (特にsummaryで表示される値) は丸められた値である...
s_res2 <- summary(res2)
s_res2$test$pvalues # p値はここに入っている (この時点...
# 出力がcharacterとなるが、formatが一番簡単
format(s_res2$test$pvalues[1], digits = 15) # [1] "0.03...
# options()で表示桁数を弄っても求まる
options(digits = 15)
s_res2$test$pvalues[1] # [1] 0.0315125323146122
options(digits = 7) # 元に戻す
- うまくできました。ご教授、ありがとうございます。 -- [[U...
**パイプ演算子%>%が使えない [#d864dba2]
>[[ゆう]] (2016-12-09 (金) 11:21:59)~
~
お世話になります。~
~
パイプ演算子%>%が使えません。~
~
Error: could not find function "%>%"~
のメッセージが出ます。~
~
magrittrパッケージはインストールしたのですが、~
ほかに実施することがあるのでしょうか？~
~
※ちなみにpipeRの%>>% も同様に使えませんでした。~
（pipeRパッケージはインストールしました）~
~
初歩的な質問で恐縮ですがよろしくお願いします。~
//
- install.packages はしたけど，library してないという落ち...
- その落ちでした！ありがとうございました！ -- [[ゆう]] &n...
**多変量GARCHの閾値モデル化 [#a2050a1a]
>[[PPAP]] (2016-11-30 (水) 23:28:40)~
~
よろしくお願いします。~
~
【質問】~
多変量GARCH（multivariate garch）を閾値（threshold）モ...
つまり、M(multivariate)GARCHモデル、BEKKモデル、CCCモデル...
閾値モデル版を扱うことのできるパッケージもしくはコードを...
webページ等はありませんでしょうか？~
~
（備考）~
多変量時系列モデルの代表的なモデルであるVARについては...
これを閾値モデル化したTVAR（threshold-VAR）がパッケージ...
として存在しているようですが、自分がいかに調べても、多...
これを閾値化したパッケージやコードが見つかりませんでし...
~
どなたかご存知の方はおられませんでしょうか。~
どうぞよろしくお願い申し上げます。~
//
**twitterのプロフィールのデータ収集について [#pf83e51e]
>[[page]] (2016-11-16 (水) 17:36:23)~
~
はじめて質問させてもらいます。~
よろしくお願いします。~
~
プロフィールのテキストデータの収集について教えてください。~
「twitteR」を使えば、タイムラインのツイートなどは収集でき...
~
安倍首相のTwitterアカウントであれば「衆議院議員安倍晋三（...
~
もし、「twitteR」で可能であれば、使用例をお示しいただけま...
また、違うパッケージで可能であれば、教えてくれますと幸い...
//
- setup_twitter_oauth(...) → user<-getUser("abeshinzo") →...
**R3.3.2のcrtl+pが印刷になってしまいます [#i7cb1680]
>[[tori]] (2016-11-16 (水) 17:02:56)~
~
すみません。~
~
Windows10(64bit)にR-3.3.2-win.exeをインストールしました。...
できたアイコンをダブルクリックして起動したのですが(R cons...
crtl+pで一つ前に実行したコマンドを出そうとすると印刷にな...
ctrl+nもだめでした。~
~
ヘルプの項のコンソールを見るとctrl+pとctrl+nは履歴と書い...
ファイルの項の印刷はctrl+pとなっており、こちらの動作をし...
~
履歴の移動は矢印キーでもできるとはいえ、できればctrl+pとn...
すが、設定を変更する場所が見つかりませんでした。~
~
そこで、ctrl+pとnで履歴を移動できるようにする方法orヒント...
お教えください。よろしくお願いします。~
//
**プロキシサーバーへの接続 [#w34c3ff8]
>[[ＰＱＰ]] (2016-11-08 (火) 00:42:17)~
~
お世話になります。~
~
Win 7, 32bitでR 3.0.2を使用しています。~
プロキシサーバーを経由する必要があるため、起動ディレクト...
しかし、R 3.3.1をインストールしてパッケージの更新をしたと...
to download mirrors file ( URL
'https://cran.r-project.org/CRAN_mirrors.csv' を開けませ...
file 'C:/PROGRA~1/R/R-33~1.1/doc/CRAN_mirrors.csv'
警告: リポジトリー https://cran.ism.ac.jp/src/contrib ...
URL 'https://cran.ism.ac.jp/src/contrib/PACKAGES' を開...
警告: リポジトリー http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/s...
URL 'http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/src/contrib/PAC...
警告メッセージ:
download.file(url, destfile = f, quiet = TRUE) で:
cannot open URL 'https://cran.r-project.org/CRAN_mirror...
HTTP status was '407 Proxy Authentication Required'
Sys.getenv("http_proxy") で.Rprofile通りの設定になってい...
どのようにすればインターネットに接続できるかご教示宜しく...
//
- install.packages("package_name", method="libcurl") では...
- 試してみましたが、同様のエラーが生じるだけでした。「Pro...
- https://*** にアクセスしているようです。https_proxy（ht...
- いえ、http_proxyとして設定しています。念のためhttps_pro...
- 認証ありプロキシのようですので、以下のホームページを参...
- 同様のエラーが生じました。R 3.0.2は問題ないのに、R 3.3....
- http_proxy_user=ask -- &new{2016-11-11 (金) 13:32:05};
- 比較的最近に追加された解答なので参考になるかもしれませ...
- ありがとうございます。ご提示いただいた方法をすべて試し...
- かなり下に以下のようなコメントがありました。参考になれ...
- setInternet2(FALSE)と入力するとエラーになりました。&br;
Rの開発者たちに質問したところ、以下のようにすることで解決...
Sys.setenv(http_proxy="http://proxyserver:port") &br;
options(repos="http://cloud.r-project.org/") &br;
options(download.file.method="internal") -- [[ＰＱＰ]] &...
**leafletでのコロプレス図とマーカーについて(3) [#wcaefe71]
>[[TAKA?]] (2016-10-27 (木) 07:43:50)~
~
詳しく書いてみました。
よろしくお願いします。
library(leaflet)
library(RColorBrewer)
library(maptools)
library(knitr)
#「JPN_adm1.shp」は「http://www.gadm.org/country」から
file <- "JPN_adm1.shp"
# データの準備
# 緯度経度なので+projにlonglatを指定
# SpatialPolygonDataframeとして読み込み
pj <- CRS("+proj=longlat +datum=WGS84")
Jpn <- maptools::readShapePoly(file,proj4string = pj,IDv...
# データ部の下から10レコードを表示
Jpn@data %>% tail(.) %>% kable()
# ポリゴン部一つ目を表示
Jpn@polygons[1]
#「http://www.gadm.org/country」から取得したデータに人口...
# 「JPN_adm1.shp」で「Hyﾅ紅o」となっているのであわせた
jpad <- read.table("JPN_adm1.csv", header=TRUE, sep=",",...
dec=".", fill=TRUE, quote="\"", strip.white=TRUE)
# 都道府県名「NAME_1」でmerge
Jpn <- merge(Jpn,jpad,by="NAME_1")
#今回使用する以下のものに整理
# ・ NAME_1 = 都道府県名
# ・ PD = 人口密度(人/km2)
#lng,latに代表点を格納
Jpn.d<- data.frame(PREF = Jpn$NAME_1, #各小地域名称
PD = Jpn$PD) #人口密度
Jpn@data <- Jpn.d
Jpn@data %>% tail(.) %>% kable(.,format="markdown")
# コロプレス図( 離散化:等分法)
# 人口密度を%で表示しているのは変ですがご容赦
pal_q <- leaflet::colorQuantile(
palette = "Reds",
domain = Jpn@data$PD, n=10)
m <- leaflet::leaflet(Jpn)
m %>%
addProviderTiles(provider = "OpenStreetMap.BlackAndWhi...
addPolygons(stroke = FALSE,
fillOpacity = 0.9,
color = ~pal_q(Jpn.d$PD)) %>%
addLegend(position='bottomright', pal=pal_q, values=~P...
labels=~classlabel$label)
希望としては上記でできる地図と下記でできる地図を合体したい~
コロプレス地図上で、地点表示をしたい
df <- data.frame(
id = 1:5,
lng = rnorm(5,mean=135,sd=0.5),
lat = rnorm(5,mean=35,sd=0.5),
pop = c("kosaki","chitoge","tsugumi","marika","yui"))
m <- leaflet(df) %>% addTiles()
m %>%
addMarkers(lng=~lng, lat=~lat, popup=~pop, label=pas...
//
- 途中でエラーが出てしまい，追試できない -- &new{2016-10...
> Jpn <- maptools::readShapePoly(file,proj4string = pj,I...
getinfo.shape(filen) でエラー: Error opening SHP file
- >途中でエラーが〜~
それはファイルパスの問題です、自身の環境に合わせてfile <-...
[解答]~
以下のように最後の行を付け加えるだけです。#lng,latに代表...
なお、addMarkers()のlabelは現時点では開発版leafletのみの...
m <- leaflet(Jpn)
m %>%
addProviderTiles(provider = "OpenStreetMap.BlackAndWh...
addPolygons(stroke = FALSE,
fillOpacity = 0.9,
color = ~pal_q(Jpn@data$PD)) %>% # Jpn.d$...
addLegend(position='bottomright', pal=pal_q, values=~...
addMarkers(lng=~lng, lat=~lat, popup=~pop, label=past...
**leafletでのコロプレス図とマーカーについて(2) [#w9b84cb5]
>[[TAKA?]] (2016-10-24 (月) 00:35:52)~
~
前回の質問があいまいだったので、補足します。shpファイルか...
//
- まだまだ，具体的じゃないですよ。せめて，ほかの人があな...
leaflet::leaflet(○○)とleaflet(△△)って，leaflet って関数が...
このようなことに対応できないようなら，コメントも望み薄じ...
** leafletでのコロプレス図とマーカーについて [#k3292cf3]
>[[TAKA?]] (2016-10-23 (日) 15:52:03)~
~
「https://book.mynavi.jp/manatee/detail/id=59406」を参考...
//
**var.testの95％信頼区間に関する質問です [#n3733ad1]
>[[yoshida931]] (2016-10-21 (金) 19:18:57)~
~
x <- c(12,18,15,14,16,17,15,16,14,13,12)
y <- c(9,10,12,8,11,10,8,9,12,13,11,10)
var.test(x, y)
95 percent confidence interval:
0.4216858 5.4487216
次の式との違いが理解できません
x <- c(12,18,15,14,16,17,15,16,14,13,12)
y <- c(9,10,12,8,11,10,8,9,12,13,11,10)
qf(0.05, length(x)-1, length(y)-1)
qf(0.975, length(x)-1, length(y)-1)
95 percent confidence interval:
0.2728577 3.525672
どうか宜しくお願いいたします~
//
- qf(0.05, length(x)-1, length(y)-1) は qf(0.025, length(...
実際の分散の値が計算式のどこにも出てこないのがそもそもお...
stats:::var.test.default を見ればすぐにわかりますが，正し...
> x <- c(12,18,15,14,16,17,15,16,14,13,12)
> y <- c(9,10,12,8,11,10,8,9,12,13,11,10)
> a <- var(x) / var(y)
> a / qf(0.025, length(x)-1, length(y)-1)
[1] 5.448722
> a / qf(0.975, length(x)-1, length(y)-1)
[1] 0.4216858
です。~
たとえば，http://www-cc.gakushuin.ac.jp/~20130021/mathsta...
- ありがとうございました。明確なご回答をいただき感謝して...
**sapply(x, RMeCabC)時の予期せぬエラー [#s9b7dacf]
>[[hashi]] (2016-10-20 (木) 12:59:23)~
~
お世話になります。~
1000000件程度のレビューデータの形態素解析を行うためにRMeC...
一息に行うには難しいと思いましたので10000件にづつに分割し...
（RStudioを用いている時にはR Session Aborted と表示されま...
~
Rを再起動して再び走らせるとうまく走るようですが、しばらく...
~
Rを止めることなく、解析を行うためにはどのような対策が考え...
~
コードは以下です。
> # x は10000件のレビューテキストが入っているベクトルで...
> for(i in 1:100){
> load(paste0("x", i, ".Rdata"))
> a <- sapply(x, RMeCabC)
> save(a, file=paste0("a", i, ".Rdata"))
> }
>
> sessionInfo()
R version 3.3.1 (2016-06-21)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Jap...
LC_MONETARY=Japanese_Japan.932 LC_NUMERIC=C ...
[5] LC_TIME=Japanese_Japan.932
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets
methods base
other attached packages:
[1] RMeCab_0.99994
loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.3.1
なお、Rの再インストールやRMeCabの再インストール等は試して...
どうぞよろしくお願いいたします。~
//
- 「load, saveでは問題が生じていない」のは，確かなのでし...
- もしかすると forループの最後に rm(x); rm(a); gc(); gc...
- cat()で確認を行ったところ、何回目かのsapply(RMeCabC)で...
- traceback() で原因箇所を特定すべし -- &new{2016-10-21 ...
- 試しにsapply()部をforで書き直してみたり、1000データセッ...
- エラーではなくRセッションが停止してしまいますので、trac...
- rm()とgc() を組み合わせる方法で解決できました。ありがと...
**2つの配列を1つの配列にまとめる方法 [#r80cfc5c]
>[[まさ]] (2016-10-06 (木) 11:07:30)~
~
お世話になります。~
配列に関してですが、2つの配列を行列の積を求めることで1つ...
> a<-array(1:8,dim=c(2,2,2))
> a
, , 1
[,1] [,2]
[1,] 1 3
[2,] 2 4
, , 2
[,1] [,2]
[1,] 5 7
[2,] 6 8
> b<-array(1:8,dim=c(2,2,2))
> b
, , 1
[,1] [,2]
[1,] 1 3
[2,] 2 4
, , 2
[,1] [,2]
[1,] 5 7
[2,] 6 8
> c<-array(a%*%b,dim=c(2,2,2))
> c
, , 1
[,1] [,2]
[1,] 204 204
[2,] 204 204
, , 2
[,1] [,2]
[1,] 204 204
[2,] 204 204
となり、計算がうまくいきません。~
どこが間違えているかご指摘よろしくお願いします！~
//
- 「2つの配列を行列の積を求めることで1つにまとめる」とい...
すぐ下のコメントでも書いたけど，（プログラムを書くときに...
ページの上の方の青い●が4つ並んでいるうちの最初の項目~
新規投稿欄: --- その前に，「投稿における注意事項」を...
ってのを，読みましたか？~
さらにその「投稿における注意事項」ページの中に，~
投稿する前にまず [heart] 投稿文書の書式 [heart] を読...
というのもあるんですよね。読まずに投稿して，「変になちゃ...
> array(sapply(1:2, function(i) a[, , i] %*% b[, , i]), ...
, , 1
[,1] [,2]
[1,] 7 15
[2,] 10 22
, , 2
[,1] [,2]
[1,] 67 91
[2,] 78 106
- 回答ありがとうございます。注意事項読んでなかったです。...
**回帰直線 [#w17edea1]
>[[初心者]] (2016-10-05 (水) 12:13:17)~
~
いつもお世話になっております。~
次のとおり回帰分析を行ったのですが、回帰直線の形状がイメ...
R二乗値は0.63あるのですが、その割にはあまりにも回帰直線が...
a = c(-10.22308777, -17.73631427, -31.26787059, -30.0144...
-0.069389969, -1.527697676, 40.23164602, 17.844279...
32.43250902, -14.69527371, -21.51305243, 2.4671230...
-6.002531197, -5.528871379, -20.72354649)
b = c(3.89776009, -1.599860574, -4.454146619, -6.5917659...
2.356401065, 0.284653276, 8.520993351, 2.143995797...
2.454386261, -1.756563062, -2.934179195, -2.443421...
0.213094238, -0.430802605, -3.039698906)
reg = lm(formula = a ~ b)
plot(a, b)
abline(reg)
summary(reg)
//
- lm と plot で，従属変数と独立変数の指定の仕方を再確認し...
**アーラン分布へのあてはめ（fitdistr) [#b7edaa5a]
>[[TAKA]] (2016-10-05 (水) 12:07:38)~
~
ある分布は待ち時間に関するもので、アーラン分布が予測され...
結果、fitdistrでガンマ分布へのあてはめが可能だとわかりま...
//
- fitdistr の example の二番目に，t分布への当てはめ例があ...
- 御指摘の方法で、完全にうまくいきました！ ありがとうご...
**ベクトルから配列の作成について [#idf2a9b9]
>[[まさ]] (2016-10-03 (月) 18:36:06)~
~
お世話になります。~
行列の各要素にそれぞれベクトルを挿入して配列を作るにはど...
例えば、
a<-c(1,2,3,4,5)
b<-c(6,7,8,9,10)
c<-c(11,12,13,14,15)
d<-c(16,17,18,19,20)
というベクトルを使って、
[1]
| 1 11 |
| 6 16 |
[2]
| 2 12 |
| 7 17 |
といった感じで作っていきたいのですが、、、、~
R言語だけでなくプログラミングに対する知識も浅いので、丁寧...
なにとぞよろしくお願いします。~
//
- 古い Q&A 15 を使わないで!。&br;結果はリストで返しますが...
lapply(data.frame(rbind(a, b, c, d)), matrix, nrow=2)
- 結果を配列で欲しいのならばこちらをどうぞ; array(rbind(a...
- 返信ありがとうございます！古いQ&Aを使ってしまい申し訳あ...
**Rの脆弱性について [#e5750086]
>[[Hiro]] (2016-09-28 (水) 15:06:05)~
~
お世話になります。~
~
R3.1.0を使用して医療統計を行い、日本の雑誌に論文を投稿し...
これまで、海外への投稿論文でそのようなことを指摘されたこ...
~
統計的なことでなくて申し訳ないのですが、脆弱性や信頼性に...
//
- なぜ今頃, R-3.1.0なのか？と言う意味なのかもしれません. ...
- アメリカ食品医薬品局（FDA）でもRを採用しているというの...
- あー, FDAとかの関係の文章があったなーと思い出して...R財...
- 査読者の指摘を意訳すると、おそらく「SASやSPSSのような信...
- ありがとうございます。まずは新しいVerで計算して、Increa...
**polygon関数 [#z7385c1c]
>[[Piro]] (2016-09-23 (金) 14:28:02)~
~
いつもお世話になっております。~
対数正規分布のグラフを作成しようとしているのですが、polyg...
使用環境はR version 3.3.1 です。~
data<-c(94.257,54.921,60.819,60.666,105.699,42.525,117.2...
50.901,41.801,44.790,38.811,60.793,39.692,38.387,45.992,...
55.521,72.151,80.017,64.362,113.580,131.497,43.741,44.43...
45.898,45.947,73.002,83.237,64.322,57.769,69.487,54.550)
curve(dlnorm(x,meanlog=mean(log(data)),sdlog=sd(log(data...
xvals=seq(0,39.391,length=40)
dvals=dnorm(xvals)
polygon(c(xvals,rev(xvals)),c(rep(0,40),rev(dvals)),col=...
//
- すみません。下から二行目は dvals=dlnorm(xvals) -- [[Pir...
- すみません。下から二行目は dvals=dlnorm(xvals) -- [[Pir...
- dvals=dlnorm(xvals,meanlog=mean(log(data)),sdlog=sd(log...
- どうもありがとうございました。最後の行の訂正も、「なる...
**複数の関数にパイプ（%>%）するときの挙動 [#n46079f9]
>[[kei]] (2016-08-30 (火) 05:31:12)~
~
いつもお世話になります。~
magrittrパッケージを使って複数の関数にパイプしたいと思っ...
# str()とsummary()の結果がコンソールに表示される⇒問題なし~
iris %>% {
str(.)
summary(.)
}
# str()の結果はコンソールに表示されるがsummary()の結果が...
iris %>% {
summary(.)
str(.)
}
# print()でコンソール出力を明示すると表示される
iris %>% {
print(summary(.))
print(str(.))
}
# 関数は動いているようで、以下の場合は変数が読み込まれま...
iris %>% {
x <<- summary(.)
y <<- str(.)
}
この点について原因や考え方をご存知の方がいらっしゃいまし...
よろしくお願いします。~
//
- 初投稿で表示がおかしくなってしまいました。申し訳ありま...
- { } で表される複文は，最後の関数の実行結果を返す。実行...
> {1; 3; 5} # 数値も「式」である
[1] 5
> {1; sqrt(3); invisible()}
> 【何も表示されない】
summary() の戻り値はその結果であるが，str( ) の戻り値は ...
- ご回答いただきましてありがとうございます。また、投稿の...
**rpartオブジェクトの編集について [#b979b342]
>[[yu]] (2016-08-23 (火) 20:44:26)~
~
いつもお世話になります。~
rpartのpredictで出力される確率を自分で編集したいと思って...
rpartのドキュメントを見て、~
$frame$dev~
などを変更してみたのですが、predictの結果には寄与していな...
どなたか、predict結果に任意の確率を出力する方法をご存知の...
//
- > predict結果に任意の確率を出力&br;って，なにをどのよう...
> library(rpart)
> head(kyphosis)
Kyphosis Age Number Start
1 absent 71 3 5
2 absent 158 3 14
3 present 128 4 5
4 absent 2 5 1
5 absent 1 4 15
6 absent 1 2 16
> fit <- rpart(Kyphosis ~ Age + Number + Start, data = k...
> head(predict(fit))
absent present
1 0.4210526 0.5789474
2 0.8571429 0.1428571
3 0.4210526 0.5789474
4 0.4210526 0.5789474
5 1.0000000 0.0000000
6 1.0000000 0.0000000
> newdata <- read.table(text=" Kyphosis Age Number Start
+ present 42 7 6
+ present 35 9 7
+ absent 100 3 14
+ absent 125 2 11
+ absent 1 4 15", header=TRUE)
> newdata
Kyphosis Age Number Start
1 present 42 7 6
2 present 35 9 7
3 absent 100 3 14
4 absent 125 2 11
5 absent 1 4 15
> predict(fit, newdata=newdata)
absent present
1 0.4210526 0.5789474
2 0.4210526 0.5789474
3 0.4285714 0.5714286
4 0.8571429 0.1428571
5 1.0000000 0.0000000
- 説明不足で申し訳ありません。また、実例を示していただき...
今回、事前に学習しておいたモデル（例えば上記ではfit）を実...
この時、fitのパラメータを変えることで、次回からpredictを...
もう一度決定木の学習をすればいいと思うかもしれませんが、...
- 追記~
下記の「xxxxxxxxxxxを実行」に入るような機能を探しています
> fit <- rpart(Kyphosis ~ Age + Number + Start, data = k...
> newdata
Kyphosis Age Number Start
1 present 42 7 6
2 absent 35 9 7
3 absent 100 3 14
4 absent 125 2 11
5 absent 1 4 15
> predict(fit, newdata=newdata)
absent present
1 1.0000000 0.0000000
2 1.0000000 0.0000000
3 1.0000000 0.0000000
4 1.0000000 0.0000000
5 1.0000000 0.0000000
# あれ、absent 100%の結果だったのにpresentが混ざっている...
> fit$frame$n[3] = 20
> fit$frame$dev[3] = 16
> predict(fit, newdata=newdata)
absent present
1 1.0000000 0.0000000
2 1.0000000 0.0000000
3 1.0000000 0.0000000
4 1.0000000 0.0000000
5 1.0000000 0.0000000
# 何も変わってない・・・
> xxxxxxxxxxxを実行
absent present
1 0.8000000 0.2000000
2 0.8000000 0.2000000
3 0.8000000 0.2000000
4 0.8000000 0.2000000
5 0.8000000 0.2000000
# できたー
- > あれ、absent 100%の結果だったのにpresentが混ざってい...
- データに基づいた予測です。今回は例のため５件で書きまし...
- どうもよくわかりませんが，「データに基づいた予測」とい...
- 例えば、classが故障、非故障だったとします。故障のクラス...
- > 必然性があるかという論点で議論をしても平行線&br;可能...
- 読解力がなくてあさってな回答かもしれませんけど、求めら...
**GLM関数を用いたガンマ分布のFittingについて [#c4d3b470]
>[[michael]] (2016-08-11 (木) 21:31:03)~
~
初めて書き込ませていただいています。Rの全くの初心者です。~
大学院の研究で使用しているデータの処理をRで行おうとして四...
~
使用環境は~
R version 3.3.1 (2016-06-21)です。~
~
nlsでの解析は以下の通りです。
# 観測値（時間）
sec <- c(0, 2, 4, 6, 8.1, 10.1, 13.2, 16.2, 19.3, 22.3, ...
# 観測値（結果）
hu <- c(0.7, 0.3, 47.7, 149.3, 195.8, 243.5, 236.9, 141,...
# 観測値のプロット
plot(sec, hu)
# Fitting したいデータ選択
x <- sec[2:10]
y <- hu[2:10]
model = (y~x)
# 非線形回帰
result <- nls(y ~ (c*x^(a)*exp(-x/b)/gamma(a+1)), start ...
# 結果のサマリー
summary(result)
coefficients(result)
# 係数の取り出し
coe <- result$m$getPars()
# 係数取り出しの確認(1,2,3 が abc に相当)
coe[1]
#近似曲線の作成
t <- seq(0, 60)
z <- coe[3]*t^(coe[1])*exp(-t/coe[2])/gamma(coe[1]+1)
lines(t, z)
一方でGLM関数を用いて
sec <- c(0, 2, 4, 6, 8.1, 10.1, 13.2, 16.2, 19.3, 22.3, ...
hu <- c(0.7, 0.3, 47.7, 149.3, 195.8, 243.5, 236.9, 141,...
plot(sec, hu, ylim=c(0, 1000))
sec.pos<- sec[2:10]
hu.pos<- hu[2:10]
glm.hu <- glm(hu.pos~sec.pos, family = Gamma)
glm.hu$coefficients
x <- seq(0, 60)
eta.pred <- glm.hu$coefficients["(Intercept)"]+glm.hu$co...
hu.pred <- 1/eta.pred
1/summary(glm.hu)$dispersion
library("MASS")
a <- gamma.shape(glm.hu)$alpha
a
s.hu.pred <- 1/eta.pred/a
lines (x, hu.pred)
とした場合には綺麗なFittingを得ることができません。~
//
- あなたのやろうとしていることは，GLM ではできませんよ。G...
- お返事いただきましてありがとうございます。このデータはG...
- 「自分で調べて！」っていってるのに。久保さんの &br;生態...
・ glm(y ~ x, ...) の x が説明変数で y が応答変数~
・ family で指定する確率分布は...「応答変数の (したがう) ...
・ family 指定は...Gamma: 応答変数が連続値で正の値~
glm で family=Gamma を指定する分析例（glm のオンラインヘ...
# A Gamma example, from McCullagh & Nelder (1989, pp. 30...
> clotting <- data.frame(
+ u = c(5,10,15,20,30,40,60,80,100),
+ lot1 = c(118,58,42,35,27,25,21,19,18))
> ans <- glm(lot1 ~ log(u), data = clotting, family = Ga...
> summary(ans)
Call:
glm(formula = lot1 ~ log(u), family = Gamma, data = clot...
略
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) -0.0165544 0.0009275 -17.85 4.28e-07
log(u) 0.0153431 0.0004150 36.98 2.75e-09
(Dispersion parameter for Gamma family taken to be 0.002...
Null deviance: 3.51283 on 8 degrees of freedom
Residual deviance: 0.01673 on 7 degrees of freedom
AIC: 37.99
Number of Fisher Scoring iterations: 3
> plot(lot1 ~ log(u), data=clotting)
> lines(fitted(ans) ~ log(clotting$u), type="b", pch=19)
ガンマ分布のパラメータなんか予測してないでしょう？別もの...
もっとも，両者が全く関係ないわけではなくて~
ぎょーむ日誌 2009-12-12 http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~k...
のような関係はある。しかし，あなたのやりたいことをやるに...
&ref(aa.png);
- 助かりました。ご丁寧に教えてくださいまして本当にありが...
**KFASを使用した時系列分析について [#y167d3ed]
>[[べのたみ]] (2016-08-11 (木) 08:58:32)~
~
http://elsur.jpn.org/ck/#intro~
の説明と置いてくださっているソースコードを見ながら状態空...
9章のパケージKFASを使用する部分で、exercise.Chapter9.4a ...
行列Hの値などが出力結果として示されているものと桁が異なる...
9.4bのソースコードを使った値は表示されているものとほぼ同...
原因と解決策につながるヒントがいただけたら嬉しいです。~
~
使用環境は以下の通りです~
R version 3.3.1 (2016-06-21)~
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)~
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1~
~
other attached packages:~
[1] KFAS_1.2.3 dlm_1.1-4
//
- 私が実行しても行列Hの値は桁が異なっていました。ご当人に...
- コメントありがとうございました。methodに選べるものに何...
**par() の値を恒久的に変えるには・・・ [#y7e2f058]
>[[すみこ]] (2016-08-07 (日) 05:45:14)~
~
R を起動させるたびに~
par(las=1)~
をしているのですが、それを自動に行う方法はありますか？~
あるいはデフォルトを恒久的に変えられますか？~
//
- par に限りませんが，R の起動のたびに行う一連の設定など...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さん。親切なご返事...
library(survival)
cat('Welcome!', '\n')
a <- 10
plot(rnorm(10))
このうち最初の３つはちゃんと走るのですが、Error: could no...
R version 3.3.1 (2016-06-21) -- "Bug in Your Hair"
Copyright (C) 2016 The R Foundation for Statistical Comp...
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditi...
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
Natural language support but running in an English locale
R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publicati...
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help,...
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
Welcome!
Error: could not find function "plot"
[R.app GUI 1.68 (7238) x86_64-apple-darwin13.4.0]
[Workspace restored from /Users/tatsukikoyama/.RData]
[History restored from /Users/tatsukikoyama/.Rapp.history]
> a
[1] 10
- par, plot は graphics パッケージ，rnorm は stats パッケ...
library(survival)
cat('Welcome!', '\n')
a <- 10
library(graphics)
library(stats)
plot(rnorm(10))
その他，sessionInfo() で表示されるパッケージ（base など）...
attached base packages:
[1] grDevices utils datasets stats graphics me...
other attached packages:
[1] survival_2.39-5
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Matrix_1.2-6 splines_3.3.1 grid_3.3.1 latt...
- ありがとうございます！ すべて解決しました！！ -- [[す...
- でも par(las=1) とかはウィンドウを閉めたらリセットされ...
- なるほど。勉強になります。試行錯誤で，以下のようにした...
setHook("plot.new", function() par(las=1))
この場合は，library(graphics) や library(stats) は不要で...
- いつもお世話になっております。a=c(-10.22308777,-17.7363...
**クラスタ分類時の各項目にラベル付け [#lc9c0eba]
>[[ゴヤンキー]] (2016-08-02 (火) 13:43:13)~
~
初めての投稿です。~
よろしくお願いいたします。
店舗名 3分 5分 7分
aaa 16,347 47,412 89,237
bbb 3,047 10,191 30,263
ccc 5,974 20,824 50,549
ddd 8,852 26,060 48,916
といったデータをクラスタ分類するときに、実行結果にaaa、bb...
~
何か方法はございますでしょうか？~
~
csvファイルからデータ読み込みしております。~
//
- plot 関数に labels という引数があるでしょ -- [[河童の屁...
> d = data.frame(name=letters[1:5], x=rnorm(5), y=rnorm(...
> plot(hclust(dist(d[,2:3])), labels=d$name)
- 具体的なコードを提示されないと、どの関数を使った場合の...
> a <- read.table(text="店舗名 3分 5分 7分
+ aaa 16,347 47,412 89,237
+ bbb 3,047 10,191 30,263
+ ccc 5,974 20,824 50,549
+ ddd 8,852 26,060 48,916", header = TRUE)
> a[,2:4] <- lapply(a[,2:4],function(x){as.numeric(gsub(...
> a
店舗名 X3分 X5分 X7分
1 aaa 16347 47412 89237
2 bbb 3047 10191 30263
3 ccc 5974 20824 50549
4 ddd 8852 26060 48916
> dist(a[, 2:4])
1 2 3
2 70994.55
3 48075.80 23090.04
4 46237.06 25168.58 6193.97
行名が1,2,3になっているのをaaa,bbb,cccに変更します。
> row.names(a) <- a[,1]
> a
店舗名 X3分 X5分 X7分
aaa aaa 16347 47412 89237
bbb bbb 3047 10191 30263
ccc ccc 5974 20824 50549
ddd ddd 8852 26060 48916
> dist(a[, 2:4])
aaa bbb ccc
bbb 70994.55
ccc 48075.80 23090.04
ddd 46237.06 25168.58 6193.97
- まあ，最善の方法を教えるのも善し悪しで，read.table で r...
> # "," は read.table に渡す前に削除しておく
> a <- read.table(text=gsub(",", "", "店舗名 3分 5分 7分
+ aaa 16,347 47,412 89,237
+ bbb 3,047 10,191 30,263
+ ccc 5,974 20,824 50,549
+ ddd 8,852 26,060 48,916"), header = TRUE, row.names=1)
> a
X3分 X5分 X7分
aaa 16347 47412 89237
bbb 3047 10191 30263
ccc 5974 20824 50549
ddd 8852 26060 48916
- 「row.names=1 」は知りませんでした。勉強になります。 --...
- ご回答いただきまして大変ありがとうございます。&br;また...
**ベクトルの分割について [#l70aa259]
>[[ロペ]] (2016-08-01 (月) 11:35:57)~
~
お世話になります。~
x <- 13
1:x
のようなベクトルがあった時に、長さ5で分割して~
1 2 3 4 5
6 7 8 9 10
11 12 13
のようなリストを作りたいのですが、良い方法はありますでし...
~
宜しくお願いします。~
//
- 「リスト」はRオブジェクト型のリストのことではなくて一般...
> matrix(c(1:x, rep(NA, 5 - (x %% 5))), ncol = 5, byrow ...
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,] 1 2 3 4 5
[2,] 6 7 8 9 10
[3,] 11 12 13 NA NA
要素数が5の倍数でないと行列が作れないので、足りない分をNA...
もし、「リスト」がRのリストという意味なら、
> a <- list()
> for(i in 1:((x %/% 5) + 1)) a[[i]] <- (1:x)[((i-1)*5+1...
> a
[[1]]
[1] 1 2 3 4 5
[[2]]
[1] 6 7 8 9 10
[[3]]
[1] 11 12 13 NA NA
というのはいかがでしょうか。また、別解として、split()を使...
> suppressWarnings(split(1:x, gl(x %/% 5 + 1, 5)))
$`1`
[1] 1 2 3 4 5
$`2`
[1] 6 7 8 9 10
$`3`
[1] 11 12 13
- ご回答ありがとうございました。「リスト」はRのリストとい...
**heatmapの縦横比率の調整について [#m171927a]
>[[ひい]] (2016-07-28 (木) 17:16:22)~
~
heatmap()を用いてヒートマップ図を描いています。以下のよう...
data <- as.matrix(read.table("http://stat.biopapyrus.net...
heatmap(data)
引数cexRowで文字サイズを小さくするのではなく、heatmap図を...
~
環境はWindows 7、R 3.3.1です。どなたかご助言を宜しくお願...
//
- heatmap()は融通が利かないので、gplotsパッケージのheatma...
library(gplots)
heatmap.2(data, trace="none", key=F, lhei=c(1,6), margin...
あたりでしょうか。あとは出力先をのばせばのびます。 -- [[...
**lattice qqmathの軸交換 [#i8d0736f]
>[[t^2]] (2016-07-23 (土) 10:18:05)~
~
初めて投稿します。よろしくお願いします。~
latticeライブラリーのqqmath()を使用しています。~
以下のようにすると、横軸qnorm, 縦軸xになります。~
横軸x, 縦軸qnormで描きたいのですが、方法はありますか?~
~
例:
library(lattice)
df <- data.frame(label=rep("A",200),x=rnorm(200))
df <- rbind(df, data.frame(label=rep("B",200),x=rnorm(20...
df <- rbind(df, data.frame(label=rep("C",200),x=rnorm(20...
gr <- qqmath(~x|label,data=df)
print(gr)
環境は以下です。
R version 3.2.2 (2015-08-14)
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)
Running under: Windows 8 (build 9200)
other attached packages:
[1] lattice_0.20-33
よろしくお願いします。~
//
- 軽くコードに目を通しましたが、qqmathでそれを行うのは難...
少し手間がかかりますが、別途座標値を算出しlatticeで作図す...
latticeでの例：-- [[通りすがり]] &new{2016-08-02 (火) 14:...
df2 <- NULL
lab <- levels(df$label)
for(i in 1:length(lab)) {
temp <- qqnorm(df[df$label==lab[i], "x"], plot.it=F)
df2 <- rbind(df2, as.data.frame(temp))
}
df2 <- data.frame(qnorm = df2$x, x = df2$y, label = df$l...
gr_rev <- xyplot(qnorm ~ x | label, data = df2)
- ありがとうございました。思いもよらない方法を教えてくだ...
type=c("b")で線をつないだ場合に悲しい結果になったので、so...
df2 <- NULL
lab <- levels(df$label)
for(i in 1:length(lab)) {
temp <- qqnorm(sort(df[df$label==lab[i], "x"]), plot.i...
df2 <- rbind(df2, as.data.frame(temp))
}
df2 <- data.frame(qnorm = df2$x, x = df2$y, label = df$l...
gr_rev <- xyplot(qnorm ~ x | label, data = df2, type = c...
**persp関数 の軸目盛表示について [#vf69ea46]
>[[こやP]] (2016-07-08 (金) 15:23:01)~
~
R初心者です。よろしくお願いします。~
~
plot関数ではaxis関数と組み合わせて使用して軸の目盛を任意...
~
persp関数を使った作図で軸の目盛を自由に変更したいのですが...
~
R version 3.1.2 (2014-10-31)~
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)~
~
よろしくお願いいたします。~
//
- 軸の目盛りはnticksオプションで増やしたり減らしたりでき...
## デモデータ
y <- x <- seq(-10, 10, length= 30)
f <- function(x,y) { r <- sqrt(x^2+y^2); 10 * sin(r)/r }
z <- outer(x, y, f)
z[is.na(z)] <- 1
## 描画
p <- persp(x, y, z, theta = 50, phi = 30, expand = .3, c...
xa <- trans3d(pretty(x, n = 5), rep(min(y), 5) - .5, rep...
text(xa, LETTERS[1:5])
ya <- trans3d(rep(max(x), 12) + .2, seq(min(y), max(y), ...
text(ya, month.name, adj = 0, xpd = TRUE)
za <- trans3d(rep(min(x), 3), rep(min(y), 3) - .2, (0:2)...
text(za, c("low", "middle", "high"), adj = 1, xpd = TRUE)
#ref(persp.axes.png,center)
- ありがとうございました。 -- [[こやP]] &new{2016-07-20 (...
**エラー対処 [#sb34bca4]
>[[R初心者]] (2016-07-02 (土) 18:36:05)~
~
R初心者です．どうぞ宜しくお願い致します．~
下記のエラーを消せないのですが，どこを修正すると良いので...
Error in (function (..., row.names = NULL, check.rows = ...
arguments imply differing number of rows:
//
- エラーメッセージを示すのは当然必要ですが，そのエラーが...
**subset [#q488ff80]
>[[Rに困った人]] (2016-06-29 (水) 20:54:30)~
~
R初心者です．どうぞよろしくお願いいたします．~
~
subset(x,条件式)を使って，階層ごとにデータ整理をしたいと...
条件式にて，「x$area=="A市"」のようにすれば良いとは思うの...
//
- split を使うと良いでしょう。example(split) で利用例が示...
- ご丁寧にありがとうございます． -- [[Rに困った人]] &new{...
**文字列の日本語の除去 [#t24f5394]
>[[さぶ]] (2016-06-09 (木) 11:14:33)~
~
以下のような日本語と半角英数字の混在した文字列から、日本...
"12wあsxいdr5日本6tgbhnuん89iko"~
gsubで日本語のみを空文字に置換すればよいと考えたのですが...
~
環境はWindows 7の32bit、R 3.3.0です。~
~
お手数ですが、ご助言宜しくお願いします。~
//
- 【半角英数字「以外」】を表す正規表現を使う -- &new{201...
- gsub("^[[:alnum:]]","","12wあsxいdr5日本6tgbhnuん89iko"...
- オンラインヘルプをよく読んでね。
For example, [[:alnum:]] means [0-9A-Za-z], ...
だから，半角英数以外は [^[:alnum:]] なんですよ。よくわか...
> gsub("[^[:alnum:]]","","12wあsxいdr5日本6tgbhnuん89iko")
[1] "12wsxdr56tgbhnu89iko"
> gsub("[^A-Za-z0-9]","","12wあsxいdr5日本6tgbhnuん89iko")
[1] "12wsxdr56tgbhnu89iko"
> gsub("[ぁ-嶲]","","12wあsxいdr5日本6tgbhnuん89iko") # ...
[1] "12wsxdr56tgbhnu89iko"
- 私の環境では"[^A-Za-z0-9]"のみ目的の結果が得られ、"[^[:...
**パスワードつきのエクセルファイルの読み込み方 [#ha41f2e9]
>[[X]] (2016-06-08 (水) 17:08:46)~
~
以下のようにパスワードでロックのかかったエクセルファイル...
library(xlsx)
read.xlsx("file.xlsx", 1, header=T, encoding="UTF-8")
.jcall("RJavaTools", "Ljava/lang/Object;", "invokeMethod...
org.apache.poi.EncryptedDocumentException: The supplied ...
to be an Encrypted .xlsx file. It must be decrypted befo...
it cannot be used by HSSF
Rでパスワードを入力して読み込む方法があればご教示頂けます...
~
宜しくお願いします。~
//
- [[これ:http://stackoverflow.com/questions/13996740/impo...
- ありがとうございました。excel.linkが便利そうなので使用...
**一行ずつテキスト取り出して、各テキストファイルに書き出...
>[[三回生]] (2016-06-07 (火) 01:02:04)~
~
大学三回生です。R初心者です。よろしくお願いします。~
~
大学の授業で、データフレームを操作する課題がだされました。~
内容は、21行（テキストデータ）1列のxxxx.csv(1行目は変数名...
以下のように記述してみたものの、うまくいきません。
xxxx <-read.csv("xxxx.csv", header = TRUE)
n <- 1:20
for (i in 1:n) {
file.name <- sprintf("text_%02d.txt", i)
dat[i] <- xxxx[i,]
write.csv(dat[i], "file.name")
}
どこが問題で、どのように修正するべきかを教えていただけま...
よろしくお願いします。~
//
- 1度に全てをやろうとするから、問題点が見えないのでは。 -...
> 1:n
[1] 1
警告メッセージ:
1:n で: 数値式は 20 個の要素を持っています: 最初の要...
1つ1つ段階的に確認していけば、この時点で既に間違っている...
- コメントありがとうございます。一行ずつ確認しました。フ...
n <- 5
for (i in 1:n) { # i は 1, 2 が順次代入される
x[i] <- xxxx[i,1]
file.name[i] <- sprintf("text%03d.txt", i)
write(x[i], file = "file.name[i]", ncolumns = 1)
}
- file = "file.name[i]" と file = file.name[i] の違いがわ...
- 繰り返しますが、1度に全てをやろうとするから、問題点が見...
> file.name <- character() #次の行をいきなり実行するとエ...
> file.name[1] <- "text001.txt" # i=1の場合を実行
> "file.name[1]"
[1] "file.name[1]"
> file.name[1]
[1] "text001.txt"
- 大学の課題って...指導教員とのやり取りなんだろうか？↑ --...
- ↑ 確かに私は大学教員だしRも教えているけど、見ず知らずの...
- 時間がかかりましたが、無事にコードを作成できました。ど...
**ggplot2のtheme_classicで軸が非表示になる [#s022b42f]
>[[SATO]] (2016-06-05 (日) 01:02:47)~
~
R3.3.0でggplot2を使っています．図をシンプル（X軸とY軸のみ...
//
**ggplot2の戻り値，返り値の参照方法について教えてください...
>[[さかなねこ]] (2016-05-24 (火) 04:56:38)~
~
ggplot2の戻り値，返り値の参照方法について教えてください~
たとえば，baseのhist関数だと描画後に返り値を参照して別の...
> h2 <- hist(iris[,1], seq(0,10,1))
> names(h2)
[1] "breaks" "counts" "density" "mids" "xname" ...
> str(h2)
List of 6
$ breaks : num [1:11] 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ...
$ counts : int [1:10] 0 0 0 0 32 57 49 12 0 0
$ density : num [1:10] 0 0 0 0 0.213 ...
$ mids : num [1:10] 0.5 1.5 2.5 3.5 4.5 5.5 6.5 7.5 ...
$ xname : chr "iris[, 1]"
$ equidist: logi TRUE
- attr(*, "class")= chr "histogram"
となり，度数を取り出して別途表にすることなどができますが...
> g <- ggplot( iris, aes(x=Sepal.Length))
> g <- g + geom_bar(stat ="bin")
> plot(g)
stat_bin: binwidth defaulted to range/30. Use 'binwidth ...
> names(g)
[1] "data" "layers" "scales" "mapping" ...
[6] "coordinates" "facet" "plot_env" "labels" ...
となり，度数データがどこにあるのかわかりません。~
ggplotで作ったグラフの数値データ（返り値，戻り値）はどこ...
下記サイトによれば，どこかにしまわれているように思えるの...
https://github.com/hadley/ggplot2-book/blob/master/layers...
//
- ggplot なんかおやめなさい -- [[ ]] &new{2016-05-24 (火...
- 確かに，facet_wrap, gridが便利で目立ちますがbaseを極め...
- ggplotユーザではないので、外しているかもしれませんが、...
> a <- plot(g)
> a$data[[1]]$count
[1] 4 1 4 2 11 10 9 4 7 7 6 8 7 9 6 4 9 1...
[27] 1 4 0 1
- まさに欲しいものが得られました！ gではなくてplot(g)を...
**rpartの学習済みモデルのsaveとloadについて [#z3e3bc94]
>[[yu]] (2016-05-18 (水) 23:01:45)~
~
rpartで学習した結果のモデルを保存したいのですがその方法が...
例えば下記のようにしても、エラーが出て保存することができ...
~
また可能でしたらモデルを読み込んで使用する方法もご教授い...
ct <- rpart(answer ~ hit + num, method = "class" , cont...
rpart.plot(ct, type = 1, uniform = TRUE, extra = 1, unde...
write(data.frame(ct), "c:\\rdata\\tree.txt")
//
- コンソールに表示されるものをそのままファイルに保存した...
- ありがとうございます。できました -- [[yu]] &new{2016-05...
**MeCabの辞書、mecab-ipadic-NEologdを追加できません。 [#d...
>[[初心者]] (2016-05-09 (月) 23:21:04)~
~
以下の手順でmecab-ipadic-NEologdのインストールをおこない...
1. git clone --depth 1 https://github.com/neologd/mecab-...
2. cd mecab-ipadic-neologd
3. ./bin/install-mecab-ipadic-neologd -n
3.の手順を実行したあとに以下のような記述が表示されました...
mecab-ipadic-NEologdのインストールが成功したものだと思っ...
（浅学で申し訳ないのですが、okがたくさん出ておりましので...
[install-mecab-ipadic-NEologd] : Start..
[install-mecab-ipadic-NEologd] : Check the existance of ...
[install-mecab-ipadic-NEologd] : find => ok
: 【途中省略】
[install-mecab-ipadic-NEologd] : diff => ok
[install-mecab-ipadic-NEologd] : tar => ok
[install-mecab-ipadic-NEologd] : unxz is not found.
そして公式にあるように以下の文言を実行しましたが、エラー...
echo "10日放送の 【途中省略】 一幕があった。" | mecab -d...
param.cpp(69) [ifs] no such file or directory:
/usr/local/lib/mecab/dic/mecab-ipadic-neologd/dicrc
どうすればこの問題を解決できますでしょうか。ご教授いただ...
//
- 原因は書いてるじゃないですか。> unxz is not found. -- [...
- > unxz is not found. -- [[初心者]] &new{2016-05-10 (火)...
- > unxz is not found. -- [[初心者]] &new{2016-05-10 (火)...
- これが原因だったのですね。 > unxz is not found. これは...
- 書いてあることを書いてある通りに実行できないんですか？ ...
- 程度にもよるけど，初心者さんには，そのページ見ても，ど...
- 投稿方法，一向に進歩しませんな〜〜 -- [[河童の屁は，河...
- unxz, iconv, homebrewを再度入れ直しました。その結果、Co...
- unxz, iconv, homebrewを再度入れ直しました。その結果、Co...
- 「以後、投稿に関する注意事項に気をつけます。」なら、さ...
- まあ，無理な要求でしょう。 -- &new{2016-05-11 (水) 21:...
**MeCabに辞書を追加できません。 [#w738d2c9]
>[[初心者]] (2016-05-08 (日) 19:00:31)~
~
RMeCabでテキストマイニングを行っています。解析結果で文字...
~
環境は以下の通りです。~
Mac10.10.5~
R studio 0.99.489~
R version 3.2.2~
mecab-0.996~
mecab-ipadic-2.7.0-20070801~
~
http://mecab.googlecode.com/svn/trunk/mecab/doc/dic.html~
http://r-kurain.hatenablog.com/entry/20120725/1343226646~
http://www.inabalab.net/yokoyama/statics/r%E3%81%A7%E3%83...
上記のサイトにあるように、以下のフォーマットに沿ってwords...
~
そして、ターミナルから以下のコマンドを実行したところ、()...
~
$/usr/local/Cellar/mecab/0.98/libexec/mecab/mecab-dict-in...
(-bash: $/usr/local/Cellar/mecab/0.98/libexec/mecab/mecab...
~
or~
~
$/usr/local/libexec/mecab/mecab-dict-index -d/usr/local/l...
(-bash: $/usr/local/libexec/mecab/mecab-dict-index: No su...
~
このようなエラーが表示された場合、どのようにすれば単語を...
よろしくお願いします。~
~
また、アンインストールしようとしても()内のエラーが表示さ...
~
cd ~/Downloads~
cd mecab-ipadic-2.7.0-20070801~
sudo make uninstall~
(make: *** No rule to make target `uninstall'. Stop.)~
~
cd ~/Downloads~
cd mecab-0.996~
sudo make uninstall~
(make: *** No rule to make target `uninstall'. Stop.)~
//
- $はプロンプトを示す記号なので、入力する必要はありません...
**時系列csvデータの読み込み [#v25977a4]
>[[しょうもない初心者]] (2016-05-05 (木) 18:04:30)~
~
書き込みが少々気が引けますが、本を買って読み始めたばかり...
~
これまでエクセル表の上だけで、何とかマクロを使ってデータ...
~
データはデマンド計１年分の横軸時刻、縦軸日付で、下記の様...
文字列でアップすると見ず（づ）らいのですが、横が48列、縦...
日付＼時刻 0:30 1:00 1:30 2:00 2:30 3:00 3:30 … 23:30...
2015/7/1 51.3 49.8 52.0 51.7 62.2 70.5 88.6 … 156.1...
2015/7/2 64.3 60.0 57.4 58.8 64.5 70.5 84.3 … 204.2...
…
2016/6/29 42.3 44.4 50.2 63.4 87.5 99.0 105.6 … 253.0...
2016/6/30 52.8 73.5 70.9 82.5 88.4 82.3 120.3 … 324.4...
(↓計365行)
このデータをcsv形式で保存して、read.csvで読み込もうと色々...
日付と時間との1:1データですので、下記の様な2列のデータに...
Date-Time Demand
2015/07/01-00:30:00 51.3
2015/07/01-01:00:00 49.8
…
2016/06/30-23:30:00 324.4
2016/06/30-00:00:00 318.2
//
- 転記をありがとうございましたm(_ _)m -- [[しょうもない初...
- 転記をありがとうございましたm(_ _)m -- [[しょうもない初...
- 時刻ごとのデータを縦に結合して、それに日付をcbindすれば...
日付を繰り返し生成するには、たとえば、以下のように。
startdate<-as.POSIXlt("2016-04-01")
enddate<-as.POSIXlt("2016-06-30")
date_range<-seq(startdate,enddate,by="1 day")
repeats<-48
repeated_dates<-as.POSIXlt(as.character(NULL))
tmp<-as.POSIXlt(as.character(NULL))
for (i in 1:length(date_range)){
tmp<-rep(date_range[i],repeats)
repeated_dates<-c(repeated_dates,tmp)
}
- wakakumo様 早速のご指南をありがとうございました。まだ...
- for を使う必要はない。メモリ確保を気にしなくてよいし。c...
startdate <- as.POSIXlt("2016-04-01")
enddate <- as.POSIXlt("2016-06-30")
date_range <- seq(startdate,enddate,by="1 day")
repeats <- 48
repeated_dates <- rep(date_range, each=repeats) # この一...
爆速だし。 -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁である。]] &n...
- 参考になります。ありがとうございました。 -- [[wakakumo]...
- ありがとうございました。月曜に実データで試させて頂きま...
**Rcpp(C++)で作成した3次元配列をRに連携する方法 [#fd97a533]
> (2016-04-04 (月) 12:56:10)~
~
Rcppを使ってRとC++の連携(下記1-3)を行いたいと思っています...
~
1.RからC++へ2つの行列を渡す~
2.2つの行列を元に特定処理を実行し、3次元配列を作成~
3.2で作成した3次元配列をRに返す~
~
3の方法が分からず、、、もしよければ助言いただけないでしょ...
具体的には下記コードで定義したfuncmatの戻り値の型として何...
3次元配列を返すことができるのでしょうか？~
====下記Rコード====
library( Rcpp )
library( RcppArmadillo )
test <-'
#include <RcppArmadillo.h>
// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
using namespace Rcpp;
// [[Rcpp::export]]
Type funcmat(NumericMatrix A, NumericMatrix B) {
int XXXX[10][20][30];
//行列A、Bに関する処理をXXXXに代入
return (XXXX);
}
'
sourceCpp(code=test)
a <- matrix(1:100,10)
b <- matrix(2:101,10)
c <- funcmat(a,b)
//
- 素直に最初から最後までを C++ で書くことをお勧めします。...
**自作関数の各役割について教えて下さい [#v17abfde]
>[[初学者]] (2016-04-01 (金) 21:35:40)~
~
column_name <- function(name, ...) {~
paste0(name, "[", paste(..., sep = ","), "]") }~
~
上記のfunction(name, ...)の...はどのような役割があるので...
また、2行目のpaste0()内は何をどうしようとしているのでし...
~
よろしくお願いします。~
//
- ...はdotsMethodsのヘルプを参照。paste0の中身はpaste()の...
- pste0 は paste の sep = " " を除いたものです
paste (..., sep = " ", collapse = NULL)
paste0(..., collapse = NULL)
昔はなかった（paste を使っていた）。近年になってから定義...
- 理解できました。ありがとうございました。 -- [[初学者]] ...
**変化をプロット・グラフ化 [#ie941ca9]
>[[Rに困ったさん]] (2016-03-21 (月) 00:27:54)~
~
例としまして，下記のようなデータがあるとします．
ID year distance density pattern
1 2010 20000 1000 move1
1 2011 25000 2000 move1
2 2010 15000 2000 move2
2 2011 12000 1000 move2
縦軸がdistance，横軸がdensityのグラフを作成します．~
IDが1の前年(2010)と本年(2011)をプロットし，2点を線で結び...
IDが2も同様にします．~
IDが1とIDが2のデータは同じグラフ上に示したいです．~
さらに，patternがmove1とmove2で色分けできると嬉しいです．~
~
R初心者です．Rでの表現方法をご存知の方がいましたら，ご教...
//
- どこまで一般化すればよいのかわからないので，取りあえず...
d <- read.table("data0321.R", header=TRUE)
f <- split(d, d$ID)
plot(d$density, d$distance, type="n")
junk <- sapply(f, function(x) lines(x$density, x$distanc...
- 非常に参考になりました．ありがとうございます． -- [[Rに...
**ICCパッケージでエラー [#z1376451]
>[[もち]] (2016-03-15 (火) 10:04:14)~
~
ICCパッケージを以前使用した時は問題無く計算できていたので...
何か情報をお持ちの方がいらっしゃったらお教え下さい。
> library(ICC)
> data(ChickWeight)
> ICCbare(Chick, weight, data = ChickWeight)
aggregate(y ~ x, data = tdata, FUN = length) でエラー:
使われていない引数 (data = tdata, FUN = length)
ICC version 2.3.0
R version 3.2.4 (2016-03-10)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.11.3 (El Capitan)
//
- 同じ環境のようですが，何の問題もなく動きましたが？&br;...
- 仰るとおりでaggregateという関数を消したら正常に動きまし...
**CRLFとLFの改行コードが混じったファイルを改行して読みた...
>[[たく]] (2016-03-14 (月) 13:53:15)~
~
お世話になります。read.tableでファイルを読む際に、元のフ...
//
- OS はなんですか？日本語は UTF-8 だけなんですか？それと...
Mac OS X だと UTF-8 の日本語が入っていて，CRLF と LF （さ...
- ありがとうございます。環境がなく失礼しましたwindowsです...
a <- list(0)
a[[2]] <- c(1:5)
func1 <- function(x){rbind(matrix(x,ncol=1))}
do.call(func1, a)
forで書けなくもないですが-- [[たく]] &new{2016-03-15 (火)...
- a <- list(0) ; a[[2]] <- c(1:5) ; d...
- また説明が不足しており、すみません。rbind(a[[...
- 抽象的な話ばっかりで，らちがあかない。データを簡単にし...
**漸化式の計算 [#s155f238]
>[[さくら]] (2016-03-12 (土) 17:46:42)~
~
漸化式を計算して，~
結果を順番に示す方法を教えてください．~
例えば，~
Vn+1＝2＊Vn＋3＊Vn で初期値を 0.5 にします．~
お願いします．~
//
- 2＊Vn＋3＊Vn って 5*Vn でしょ？ -- [[河童の屁は，河童...
- Vn+1=2*Vn+5*Vn^3 でした．すみません． -- [[さくら]] &n...
- あっという間に Inf になるような例題ですが，あくまでも例...
> n = 10
> # ベクトルとして保存したいなら
> a = numeric(n+1)
> a[1] = 0.5
> for (i in 1:n) {
+ a[i+1] = 2*a[i] + 5*a[i]^3
+ }
> a
[1] 5.000000e-01 1.625000e+00 2.470508e+01 7.544201...
[8] Inf Inf Inf ...
> # 単に表示するだけなら
> v1 =0.5
> for (i in 1:(n+1)) {
+ print(v1)
+ v2 = 2*v1 + 5*v1^3
+ v1 = v2
+ }
[1] 0.5
[1] 1.625
[1] 24.70508
[1] 75442.01
[1] 2.14689e+15
[1] 4.947651e+46
[1] 6.055741e+140
[1] Inf
[1] Inf
[1] Inf
[1] Inf
- > -- [[さくら]] &new{2016-03-12 (土) 21:03:02};
- ありがとうございます． >をいれるとエラーがでてしまいま...
- 実行例のコンソール出力そのままを示したのだから，> と + ...
- 参考までに -- &new{2016-03-14 (月) 13:24:39};
> # 有理数型
> library(gmp)
> n <- 10
> a<-rep(as.bigq(0),n+1) # n+1の配列(実体はリスト)確保
> a[[1]]<-.5
> for (i in 1:n) {a[[i+1]] = 2*a[[i]] + 5*a[[i]]^3}
> a[1:5] # 長いので1:5まで
Big Rational ('bigq') object of length 5:
[1] 1/2 ...
[2] 13/8 ...
[3] 12649/512 ...
[4] 10125654696157/134217728 ...
[5] 5190860329874751989362836598824695980441/24178516392...
ちょっと[[のところがトリッキーかもしれません
> # 多倍長
> library(Rmpfr)
> n <- 10
> prec <- 512 # 2進数での有効桁数
> floor(log10(2^prec)) # 10進数での有効桁数の確認
[1] 154
> a<-rep(mpfr(0,prec),n+1) # n+1の配列確保
> a[1]<-".5" # 文字列にするのは.3などの場...
> # 精度にパーサー上で落ちてし...
> # として与える
> for (i in 1:n) {a[i+1] = 2*a[i] + 5*a[i]^3}
> a[1:4] # 長いので4まで
4 'mpfr' numbers of precision 512 bits
[1] 0.5 ...
[3] 24.705078125 75442.006410337984...
どちらも項内に多倍長のクラスがあるのでなんですが, double...
- 丁寧に書いてくださってありがとうございます．いろいろや...
**Mac で sem パッケージが使えない [#m5edebec]
>[[sem]] (2016-03-10 (木) 11:13:06)~
~
パッケージ sem を使おうとすると，以下のようなエラーメッセ...
> library(sem)
Error : .onLoad は loadNamespace()（'tcltk' に対する）...
call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
error: 共有ライブラリ '/Library/Frameworks/R.framewor...
dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Re...
Referenced from: /usr/local/lib/libtk8.6.dylib
Reason: image not found
エラー: ‘sem’ に対するパッケージもしくは名前空間のロー...
なお，tcltk.so は実在しています~
-rwxrwxr-x 1 root admin 46268 1 25 14:13 /Library/Fr...
> file('/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Res...
...
"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
sem のバージョン情報は以下の通り（確認した範囲で最新）~
Package: sem
Version: 3.1-6
Date: 2015-06-09
Macintosh で，OS のバージョン情報は以下の通り（最新）~
OS X El Capitan
バージョン 10.11.3
R の sessionInfo は以下の通り（最新）~
R version 3.2.3 Patched (2016-01-23 r69993)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.11.3 (El Capitan)
locale:
[1] ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/C/ja_JP.UTF-8/ja...
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets me...
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Rcpp_0.12.3 lattice_0.20-33 matrixcalc_1.0-3 ...
[6] arm_1.8-6 nlme_3.1-124 stats4_3.2.3 ...
[11] minqa_1.2.4 nloptr_1.0.4 Matrix_1.2-3 ...
[16] lme4_1.1-11 tools_3.2.3 abind_1.4-3
//
- XQuarts は最新（2.7.8）ですか？ -- [[河童の屁は，河童に...
- 仰るとおりでした。新しいものをインストールして，使用で...
**交互作用を含む重回帰分析の作図について。 [#m45f8da3]
>[[初学者]] (2016-02-28 (日) 17:31:37)~
~
統計言語Rについての質問です。~
~
y_a = a + b1*x1 + b2*x2 + b3*x1*x2 + e ~
y_b = a + b1*x1 + b2*x2 + b3*x1*x2 + e ~
~
重回帰分析で交互作用を検討し、上記のモデルのx2を平均値で...
x1を動かすとyの値がどう変化するかを、信頼区間も含めて2次...
観測されたデータは100行（変数名含めず）で上50行は[class =...
~
[class = a]（または[class = b]）だけに分けて、信頼区間含...
~
ggplotでもRの標準グラフィックでもどちらでも構いませんので...
申し訳ありませんが、OKwebでも同様の質問しております。http...
&ref(216513.jpg);~
この画像は別々に画像をRから出力して、私が合成したものです...
これをRだけで作るコードををご教授願います。~
//
- 応用が利くよう原始的な方法を用いて基本plotで作図した --...
data <- iris[-(51:100),] # y: Sepal.Width, x1: Sepal.Le...
model <- lm( Sepal.Width ~ Species * Sepal.Length * Peta...
agg <- aggregate(Petal.Length ~ Species, data, mean) ...
xpara <- seq(4, 8, 0.01) ...
a_conf <- predict(model, data.frame(Sepal.Length = xpara...
Species=agg[1,1]), interval="confidence") ...
b_conf <- predict(model, data.frame(Sepal.Length = xpara...
Species=agg[2,1]), interval="confidence")
plot(0, 0, xlim=c(4, 8), ylim=c(1.5, 5), type="n", ann=F...
lines(xpara, a_conf[,1], col=2, lwd=2)
for(i in 2:3) lines(xpara, a_conf[,i], col=2, lty=2)
lines(xpara, b_conf[,1], col=4, lwd=2)
for(i in 2:3) lines(xpara, b_conf[,i], col=4, lty=2)
plot(0, 0, xlim=c(4, 8), ylim=c(1.5, 5), type="n", ann=F...
lines(xpara, a_conf[,1], col=2, lwd=2) # col2 = F...
lines(xpara, b_conf[,1], col=4, lwd=2) # col4 = 0...
polygon( c(xpara, rev(xpara)), c(a_conf[,2], rev(a_con...
col="#FF000020", border=NA )
polygon( c(xpara, rev(xpara)), c(b_conf[,2], rev(b_con...
col="#0000FF20", border=NA )
- 上の通りすがりさんのように、αチャンネルで半透明にして重...
** arimaxモデルを使用し、予測を行った際の予測モデルのサマ...
>[[limlim]] (2016-02-11 (木) 01:46:58)~
~
約２年前〜前日までの数値より説明変数に日本の祝日・月・曜...
xreg.train<- data.frame(
is.holiday=jholidays.xts["::2015-11-30"],
year=year(date.train),
month=as.factor(month(date.train)),
day=day(date.train),
wd=weekdays(date.train)) %>%
dummy.data.frame %>%
select(-month1,-wd日曜日) %>%
as.matrix
fit.arimax.cal<- auto.arima(call.train.ts,seasonal=T,
trace=Txreg=xreg.train)#arimaxモデルのフィッティング
ARIMA(2,0,2) with non-zero mean : 11402.32
ARIMA(0,0,0) with non-zero mean : 11664.95
ARIMA(1,0,0) with non-zero mean : 11402.53
ARIMA(0,0,1) with non-zero mean : 11451.06
ARIMA(0,0,0) with zero mean : 11665.87
ARIMA(1,0,2) with non-zero mean : 11401.18
ARIMA(1,0,1) with non-zero mean : 11403.75
ARIMA(1,0,3) with non-zero mean : 11401.67
ARIMA(2,0,3) with non-zero mean : 11404.22
ARIMA(1,0,2) with zero mean : 11400.29
ARIMA(0,0,2) with zero mean : 11417.95
ARIMA(2,0,2) with zero mean : 11401.2
ARIMA(1,0,1) with zero mean : 11403.12
ARIMA(1,0,3) with zero mean : 11400.76
ARIMA(0,0,1) with zero mean : 11450.95
ARIMA(2,0,3) with zero mean : 11403.14
Best model: ARIMA(1,0,2) with zero mean
summary(fit.arimax.cal) Series: call.train.ts ARIMA(1,0,...
Coefficients:
ar1 ma1 ma2 is.holiday year mon...
0.7803 -0.2321 -0.1964 -379.1346 1.5137 195.9...
s.e. 0.0837 0.0973 0.0656 42.8611 0.0387 96.4907 99.5181...
month11 month12 day wd火曜日 wd金曜日 w...
147.3163 414.5067 -1.1747 -104.1835 61.3693 ...
s.e. 93.0474 94.0236 1.5022 31.7203 31.6301 26.3375 32.3...
sigma^2 estimated as 59126: log likelihood=-5675.48 AIC=...
Training set error measures: Training set ME -0.4521637 ...
以下が予測結果（抜粋）
Forecasts:
Forecast
3529.367
3404.598
3385.364
3563.843
以下が予測開始日の前日から4日前までのデータ（抜粋）
3416
3329
3001
3446
//
**ファイルの保存による処理速度の低下について [#dd175b38]
>[[はぶ]] (2016-02-05 (金) 11:42:30)~
~
以下のようにfor文内で文字列のベクトルをwrite()で一行ずつ...
dat <- NULL
for(j in 1:10) {
for(i in 1:(sample(3:8,1))) dat[i] <- paste(sample(lett...
write(dat,"dat.csv",append=T,sep=",",ncolumns=length(da...
}
実際の文字列ベクトルdatは他のデータフレームから抽出してお...
添え字jのfor文のループ回数は数十万回のため処理速度を向上...
~
ループごとにメモリからハードディスクに書き込みを行うので...
~
また、その場合は出力されるdatmatに初期化時の0が残るためフ...
~
宜しくお願いします。~
//
- あらかじめ大きな配列を用意しておくとしても，実際に格納...
**自作関数の引数の書き出し [#f34f78d5]
>[[まるでダメ男]] (2016-01-29 (金) 19:08:55)~
~
失礼します。投稿文書の書式のリンクが無効で読み込めなく書...
自作関数の引数を名前にした値を名前にして返り値で自動的に...
例えば、
kakidasi<-function(a,b) {
何らかの処理でxを得る
return(x)
write.csv(x, paste("~/Student_dat/",substitute(a), "_", ...
}
で処理を行っても得られるのはXだけです。フォルダに書き出し...
何か良いアドバイスをいただけますでしょうか。~
//
- すみません、write.csvの部分でsが入っていませんでした。...
- return が実行された時点で関数の処理が終了するためです...
- ↑の人が仰るとおりです。return と writre.csv の順序を入...
ちなみに，どうでもいい（？）ことではあるんですが，fileEnc...
また，
paste("~/Student_dat/",substitute(a), "_", substitute(b)...
では，当然ながら . と csv の間に空白がありますので，トラ...
**エラー: 引数の長さが 0 です [#gfcbbe9d]
>[[まるでダメ男]] (2016-01-15 (金) 18:59:21)~
~
失礼いたします。ただいま自作の関数を作成しました。~
以下の関数を動作してみたところ
if (amoji_retsu >= bmoji_retsu) { でエラー: 引数の長さ...
とのメッセージが出ました。
mojiretsu_hyouka <- function(a, b, sansyo) {
gyou_num1 <- as.integer(rownames(a)) # aの行数全て
gyou_num2 <- as.integer(rownames(b)) # bの行数全て
l <- expand.grid(gyou_num1, gyou_num2) # 全ての組み合わ...
upto <- nrow(l) # lの行数
k <- 1
Jaccardの類似度表 <- NA
while (k <= upto) {
moji_a <- as.character(a[l[k, 1], 1]) # aの文字列をlの...
moji_a_kaisuu <- as.integer(a[l[k, 1], 3])
moji_b <- as.character(b[l[k, 2], 1]) # bも同様に
moji_b_kaisuu <- as.integer(b[l[k, 1], 3])
amoji_retsu <- which(colnames(sansyo) == moji_a) # moj...
bmoji_retsu <- which(colnames(sansyo) == moji_b) # moj...
amoji_gyou <- which(sansyo$id == moji_a) # moji_aがあ...
bmoji_gyou <- which(sansyo$id == moji_b) # moji_bがあ...
if (amoji_retsu >= bmoji_retsu) {
Jaccardの値 <- sansyo[amoji_gyou, bmoji_retsu]
h <- data.frame(paste(moji_a, moji_b, sep = "_"), moj...
moji_a_kaisuu, moji_b, mo...
Jaccardの類似度表 <- cbind(Jaccardの類似度表, h)
} else {
Jaccardの値 <- sansyo[bmoji_gyou, amoji_retsu]
h <- data.frame(paste(moji_a, moji_b, sep = "_"), moj...
moji_a_kaisuu, moji_b, moji_b_kaisuu, Jaccardの値)
Jaccardの類似度表 <- cbind(Jaccardの類似度表, h)
}
k <- k + 1 # カウント
}
return(invisible(Jaccard係数の類似度表))
}
この関数の引数,a,b,sansyoは
> head(a)
抽出語 品詞 出現回数
1 身 名詞C 42
2 問題 ナイ形容 41
3 なる 動詞B 39
4 つける 動詞B 38
5 リスニング 名詞 37
6 解ける 動詞 32
> mode(a)
[1] "list"~
これと同じ形の引数 b~
それと３つ目の引数sansyoは
id 基本 法則 概要 概念 ...
1 基本 NA NA NA NA ...
2 法則 0.024 NA NA NA ...
3 概要 0.005 0.0000 NA NA ...
4 概念 0.040 0.030 0.0069 NA N...
このような形の縦横5422のデータベースです。
> mode(sansyo)
[1] "list"~
また、そもそも引数はこのようなリスト型でも良いのでしょう...
環境は以下のようになっています。
sessionInfo()
R version 3.2.2 (2015-08-14)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.11.1 (El Capitan)
では、宜しくお願いします。~
//
- データはリストで与えてもよいでしょうが，私はデータフレ...
a <- data.frame(抽出語 = c("つける", "なる", "リスニング...
"身", "問題"), 品詞 = c("ナイ形容", "動詞", "動詞B",
"名詞", "名詞C"), 出現回数 = c("抽出語", "品詞",
"出現回数"))
b <- 省略
sansyo <- structure(list(id = structure(c(3L, 4L, 2L, 1L...
"概要", "基本", "法則"), class = "factor"), 基本 = c(NA,
0.024, 0.005, 0.04), 法則 = c(NA, NA, 0, 0.03), 概要 = c...
NA, NA, 0.0069), 概念 = c(NA, NA, NA, NA), 特徴 = c(NA, ...
NA, NA), 原理 = c(NA, NA, NA, NA), 基礎 = c(NA, NA, NA, NA
)), .Names = c("id", "基本", "法則", "概要", "概念",
"特徴", "原理", "基礎"), class = "data.frame", row.names...
"2", "3", "4"))
バグを発見するには，主要な場所で，変数がどのようになって...
例えば，
amoji_retsu <- which(colnames(sansyo) == moji_a) # moji_...
では，最初にこの文が実行されたあと，
colnames(sansyo) :
[1] "id" "基本" "法則" "概要" "概念" "特徴" "原理" "基...
moji_a = 身
amoji_retsu :
integer(0)
となります。提示されたデータでは colnames(sansyo) に moji...
なお，プログラムを見るときに，綺麗に書かれていないと非常...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。様 どうもご丁寧に...
** エラー: Unknown parameters: familyと表示されグラフが出...
>[[初学者]] (2016-01-10 (日) 15:18:37)~
~
library(MASS)
b <- biopsy
b$classn[b$class==“benign”] <- 0
b$classn[b$class==“malignant”] <- 1
ggplot(b, aes(x=V1, y=classn)) + geom_point() + geom_smo...
エラー: Unknown parameters: family
上記のようにRグラフィッククックブックのコードに従って、グ...
//
- ggplot なんか使わないんだけど，geom_smooth のオンライン...
- method.args = list(family = "binomial"))で書くと問題な...
**連続変数データにおけるlocalprob の解釈について [#gcfa08...
>[[わっと]] (2016-01-08 (金) 18:14:05)~
~
ベイジアンネットワークのパッケージ deal において、local...
~
分析に使ったデータは、2014年のプロ野球のデータ（一部はゲ...
~
肩力についての回帰係数を見てみると、
$肩力
[,1] [,2] [,3]
[1,] 63.25038 57.33878 0.07894247
しかし、作成したベイジアンネットワークモデルにおいての有...
すると、回帰係数は1つだけ表示されると思うのですが、なぜ3...
~
また、表示された回帰係数はどのように解釈すればよいのでし...
//
- 「肩力」って，どんな風な値を取る変数ですか？例えば，「...
いま，ちょっと見たところでは，
http://d.hatena.ne.jp/araili/20100603/1275547994
の例にあるように，ベースの設定はせずに，各カテゴリーへの...
いずれにせよ，ある分析法を採用したら，「解釈がよくわかり...
- 回答ありがとうございます。肩力などの能力値は、1~100まで...
**変数変換の方法について [#jc656140]
> (2016-01-03 (日) 01:45:45)~
~
前提:下記二種類のデータフレームA,Bがあるとします。~
~
A.変数xを保持するデータフレーム
x
0.0
0.1
...
9.9
※0.0-9.9は例であり実際は色々なる値を取ります。~
~
B.変数xの区間と変換方法（切片と傾き）を保持するデータフレ...
start end intercept coefficient
0.0 0.3 5.0 1.0
0.3 0.9 4.7 2.0
1.5 2.0 3.0 4.0
...
※上記の区間は重なり合うことはありませんが、歯抜けになるこ...
※レコード数は固定ではなく可変です。~
~
やりたいこと:~
1.データフレームBに基づきデータフレームAの変数xに変換処理...
具体的には変数xがデータフレームBのstart-endに該当すれば~
intercept+coefficient*x
に変換する。~
~
2.データフレームBのstart-endに該当しない区間がデータフレ...
上記データフレームBの場合、区間0.9-1.5が存在しないので
start end intercept coefficient
0.3 0.9 4.7 2.0
1.5 2.0 3.0 4.0
の両端を結んだ直線で変換処理を行う。~
//
- 「一行でできる!」なんてうまい方法はないので，地道にプロ...
a <- data.frame(x=seq(0, 2.2, by=0.1))
b <- data.frame(start=c(0.0, 0.3, 1.5), end=c(0.3, 0.9, ...
intercept=c(5.0, 4.7, 3.0), coefficient=...
y <- data.frame(t(apply(b, 1, function(z) z[3]+z[1:2]*z[...
b3 <- b[1,] # 歯抜けの区間を補間する（区間での intercept...
for (i in 2:nrow(b)) { # i = 3 のとき
if (b$start[i] != b$end[i-1]) { # b$start[3] = 1.5, b$e...
x.s <- b$end[i-1] # 0.9
y.s <- y$end[i-1] # 6.5
x.e <- b$start[i] # 1.5
y.e <- y$start[i] # 9.0
Coefficient <- (y.e-y.s)/(x.e-x.s) # (9.0-6.5)/(1.5-0....
Intercept <- y.s-x.s*Coefficient # 6.5-0.9*4.16667 = 2...
b3 <- rbind(b3, c(x.s, x.e, Intercept, Coefficient))
}
b3 <- rbind(b3, b[i, ])
}
n = length(a$x)
y = numeric(n)
for (i in seq_along(y)) { # 該当区間での変換結果 y を求...
x = a$x[i]
j <- which(b3$start <= x & x <= b3$end)
if (length(j)) {
y[i] <- b3$intercept[j[1]]+x*b3$coefficient[j[1]]
} else {
y[i] <- NA
}
}
y
- わかりやすいプログラムありがとうございます。 -- &new{2...
**RExcel のインストールが上手くいかない [#scf29662]
>[[初心者Ｒ]] (2015-12-30 (水) 20:38:31)~
~
データ解析にＲを利用したくRExcelの導入を試みました。~
R-3.2.3とstatconnDCOMをインストール後、Ｒ上でrscproxyのパ...
rcomをダウンロードすると~
警告メッセージ:~
package `rcom` is not available~
と表示されます。~
~
またrcomを無視してRExcellnst3.2.15をインストールして起動...
No R server configuredと表示されて、起動できませんでした。~
~
RAndFriendsは消えてしまったようで、RExcelのダウンロード手...
（Ｒ, Excelは管理者権限で実行しています)~
//
- > rcomを無視してRExcellnst3.2.15をインストール~
無視って...そんな...ひどい...~
何十回も何百回もやるんじゃないのなら，Excel で csv ファイ...
- 申し訳ないです。無視というよりは、見当たらなかったので...
- RExcelにこだわらず，readxlパッケージでも使ってみたらい...
- 私はどれをお勧めと言うことはできないですが，奥村先生の...
- 皆さま、ありがとうございます！教えていただいたほかの方...
**パッケージをインストールはできるが、パッケージの読み込...
>[[わっと]] (2015-12-25 (金) 21:05:53)~
~
初投稿です。~
Rパッケージを最新版に更新したら、どうやらパッケージが初期...
パッケージ ‘deal’ は無事に展開され、MD5 サムもチェックさ...
警告: 一時的なインストール ‘C:\Users\wataru\Documents\...
ダウンロードされたパッケージは、以下にあります
C:\Users\wataru\AppData\Local\Temp\Rtmp4O0dGX\dow...
警告メッセージ:
download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) ...
ダウンロードされた長さ 189305 != の報告された長さ 200 ...
このように、パッケージdealをダウンロードすることはできた...
ちなみに、Rを初めてインストールしたのは去年の五月で、今回...
//
- よく知らないのだけど，R 自体がなんか変なところにインス...
- ただの警告メッセージ(ただのバグ)ですから無視して, libra...
- 同様のコメントがgplotsのインストール, windows 10, R 3.4...
**連番の変数の使用 [#yf9248f4]
> (2015-12-22 (火) 01:37:05)~
~
連番の変数をassign()を使用して、それぞれにcsvを読み込みま...
read.csv以下:datayardはcsvのあるフォルダ名が代入~
file.nameはcsvの名前の共通部分~
sort_listに各csvの異なる数字が格納されています。
for(j in 1:nrow(sort_list)) {
assign(paste("data", j, sep=""), read.csv(paste(dataya...
これによってdata1,data2という変数に異なるcsvを読み込みま...
ここからが困っているところなのですが、~
各data1,data2の同じ列のデータだけ取り出して一つの変数に代...
> data <- cbind(data1[, 1], data2[, 1])
という風にやれば望む形になるのですが、すべての列について...
イメージでは~
for(i in 1:100) {
data <- cbind(data, datai[, 1])
}
という風にやりたいのですが、どうやったらいいのでしょうか？~
//
- 違う物を違う名前に読み込むというのは，自然のように見え...
以下のようにすれば，何の問題もない。できあがるものも，一...
以下のような形式の csv ファイルがある test1.csv, test2.cs...
あなたの場合なら，sort_list <- c(1, 2, 6, 9,...) となって...
test1.csv 5 行のデータ
"a","b","rnorm"
1,"a",-0.252631231784056
2,"b",0.650075900149871
3,"c",-0.639124667772796
4,"d",1.57159006714947
5,"e",-1.10845059755105
このようなデータを読み込んで，一つのデータフレームに連結...
datayard <- "~/R/"
file.name <- "test"
sort_list <- c(1, 2, 6, 9)
d <- NULL
for (j in sort_list) {
temp <- read.csv(paste0(datayard, file.name, j,".csv"))
d <- rbind(d, temp)
}
d を表示すると
a b rnorm
1 1 a -0.25263123
2 2 b 0.65007590
3 3 c -0.63912467
4 4 d 1.57159007
5 5 e -1.10845060
6 6 f -1.01847370
:
19 19 s 1.88522585
20 20 t 0.84095473
というようになっていることが確認出来ますね。~
そのほかに，あとで個々のデータフレームも使いたいというな...
d <- vector("list")
for (j in sort_list) {
d[[j]] <- read.csv(paste0(datayard, file.name, j,".csv...
}
d2 <- Reduce(rbind, d)
要するに，for ループや，*apply 関数で扱いやすいようにプロ...
- 古典的な方法としては, do.call で引数展開するのが良いよ...
**グラフの描画法 [#a57d0888]
>[[名無しさん]] (2015-12-20 (日) 19:14:49)~
~
ｒで最小０、最大１００の範囲で整数の一様乱数を1万個発生さ...
//
- 第1に，投稿先が不適切だったので，ここへ移しました。第2...
a <- sample(0:100, 10000, replace = TRUE)
b <- table(a)
plot(0:100, c(b), type = "l", ylim = range(b),
ylab = "発現回数", xlab = "X")
&ref(freq.png);
**データ数の異なる二元配置の分散分析の結果について [#rf2b...
>[[tao]] (2015-12-15 (火) 18:16:40)~
~
初等的な質問で申し訳ございません。
以下のようなデータで
> test
A B C
1 1 1 8118
2 1 1 1785
3 1 1 2122
4 1 2 9448
5 1 2 8237
6 1 2 17868
7 1 2 33593
8 1 2 0
9 2 1 14015
10 2 1 632
11 2 2 947
12 2 2 330
13 2 2 5444
14 2 2 4140
15 3 1 2419
16 3 2 396
17 3 2 7809
18 4 1 2657
19 4 2 362
20 4 2 0
21 5 1 412
22 5 1 6637
23 5 2 2269
24 5 2 3873
25 5 2 2376
26 5 2 10303
test<-read.csv(file="test7.csv",header=TRUE)
summary ( aov (C~A*B, data=test) )
summary ( aov (C~B*A, data=test ) )
というコマンドを実行すると
> summary ( aov (C~A*B, data=test) )
Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
A 1 1.392e+08 139199274 2.676 0.116
B 1 2.728e+07 27281060 0.524 0.477
A:B 1 4.053e+07 40530623 0.779 0.387
Residuals 22 1.144e+09 52017772
> summary ( aov (C~B*A, data=test ) )
Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
B 1 2.369e+07 23693485 0.455 0.507
A 1 1.428e+08 142786849 2.745 0.112
B:A 1 4.053e+07 40530623 0.779 0.387
Residuals 22 1.144e+09 52017772
という結果がでてきて、交互作用については、一致するのです...
データセットの並べ方を変えてBの項目を先に並べても同じ結果...
これは何がいけないのでしょうか。~
何か、ご存じの方がいらっしゃいましたら、お教え頂ければ幸...
//
- 要因が直交していない場合には，aov では Type I の平方和...
> library(car)
> Anova(aov (C~A*B, data=test ), type="II")
Anova Table (Type II tests)
Response: C
Sum Sq Df F value Pr(>F)
A 142786849 1 2.7450 0.1118
B 27281060 1 0.5245 0.4766
A:B 40530623 1 0.7792 0.3869
Residuals 1144390976 22
> Anova(aov (C~B*A, data=test ), type="II")
Anova Table (Type II tests)
Response: C
Sum Sq Df F value Pr(>F)
B 27281060 1 0.5245 0.4766
A 142786849 1 2.7450 0.1118
B:A 40530623 1 0.7792 0.3869
Residuals 1144390976 22
- 貴重なご指摘ありがとうございます。自分の勉強不足を恥じ...
**コピペでpar()を入れるとエラー [#u141f54d]
>[[R初心者]] (2015-12-08 (火) 21:08:40)~
~
Mac OSX上でRを動かしています。~
棒グラフを書く際に、余白の調節をしようとpar(mar=)をコマン...
しかし、実際にやってみると~
~
par(mar = c(10,3,2,2)) ...
エラー: 想定外の入力です in "par(mar = c(10,3,2,2))
~
このようなエラーが出るため余白の調節がされないままにグラ...
一方で、データの取り込みからグラフの出力までをコピペで一...
グラフの取り込み→par(mar=)→barplot()とすると上手くいきま...
この理由が何なのか、また一度のコピペで綺麗に出力する方法...
周りにRを使っている人がおらず、自分で調べてもよくわかりま...
やはり、Mac上で動かしていることが原因なのでしょうか。~
~
何かご存知の方がいらっしゃいましたら、知識を分けていただ...
よろしくお願い致します。~
//
- よくわかりませんが，以下のようなものをコピー・ペースト...
tbl <- table(iris$Species)
par(mar = c(10,3,2,2))
barplot(tbl)
この入力ではエラーが出ないなら，あなたがやった一部始終を...
＞ やはり、Mac上で動かしていることが原因なのでしょうか。~
なんで，そんな無関係なことを言う必要があるのか？被害妄想...
本当にそう思うなら，Windows にすればよいだけ。大衆迎合，...
- 返信ありがとうございます。指示いただいたものについては...
data <- read.table("サンプル",header = T, row.name = 1, ...
data <- as.matrix(data) # matrixへの変換
data <- t(data) # 行列の入れ替え
data.mean <- apply(data, 2, mean, na.rm =T) # グラフの平...
data.sd <- apply(data, 2, sd, na.rm = T) # 誤差範囲
par(mar = c(10,3,2,2)) ＃余白の計算
data.graph <- barplot(data.mean, main = "名前 ",
ylim = c(0,max(data.mean+data.sd)*1.1),
ylab = "Relative gene expression level",
col = c("1","8","1","8","1","8","4","2"),
font.axis = 15, cex.lab = 1.2, cex.axis = ...
arrows(data.graph, data.mean - data.sd, data.graph,
data.mean + data.sd, angle = 90, length = 0.1) # ...
arrows(data.graph, data.mean + data.sd, data.graph,
data.mean - data.sd, angle = 90, length = 0.1) # ...
- 本掲示板でプログラムを提示するときの規則を確認してくだ...
- 申し訳ございません、本掲示板も最近知った者で、これから...
**回帰分析（型 (NULL) は変数 'x1' に対しては不正です ） [...
>[[初心者]] (2015-11-28 (土) 11:31:03)~
~
model.frame.default(formula = y ~ x1 + x2 でエラー:
型 (NULL) は変数 'x1' に対しては不正です
重回帰分析を実行すると、上記のエラーメッセージが表記され...
エクセルでデータセット(csv形式、21行4列)を作成しました。~
1行目は変数名です。また、1列目〜4列目までは
id:Factor
y:int
x1:int
x2:int
という型式です。
> data<-read.csv("sample.csv",header=TRUE)
>lm(y~x1+x2, data=data)
model.frame.default(formula = y ~ x1 + x2 でエラー:
型 (NULL) は変数 'x1' に対しては不正です
このようなエラーが発生してしまう原因をお教えいただければ...
よろしくお願いします。~
//
- > 1列目〜4列目までは ... という型式です。&br;というのは...
- 返信ありがとうございます。str(data)でチェックしました。...
- > Rではできなかったのですが、Rstdioでは実行できました&b...
**重回帰分析における as.factor() の出力結果についての質問...
>[[まつ]] (2015-11-26 (木) 16:46:40)~
~
申し訳ありません R 使いたての初心者です~
~
単純な重回帰分析で実験ケースごとのカテゴリー変数を投入し...
result<-lm(dependent~ hoge + as.factor(sortcase))
summry(result)
と記述しました。これを実行してみると
Estimate Std. Error t value Pr(>|...
(Intercept) 0.1213389 0.0039691 30.571 < 2...
hoge 0.0300854 0.0080421 3.741 0.00...
as.factor(sortcase)2 0.2413299 0.0074716 32.300 < 2...
as.factor(sortcase)3 -0.0124357 0.0080555 -1.544 0....
as.factor(sortcase)4 -0.1181738 0.0089075 -13.267 < 2...
と結果が返されます。~
as.factor(sortcase)1 が推定されないのはなぜですか？~
Intercept と同じだからでしょうか~
~
教えて貰えれば幸いです~
//
- この場合（カテゴリー変数が 1 個の場合）は，intercept に...
なお，数学的にいえば，1番目のカテゴリーも含めると正規方程...
- なるほど、非常にわかりやすい説明ありがとうございました...
**複数の01データの分布を一覧するには？ [#a302a05a]
>[[たけ]] (2015-11-25 (水) 09:39:01)~
~
~
お世話になります。01データ、あるいは数カテゴリのみのカテ...
連続変数であれば相関係数行列cor(x)やplot(x)とすれば分布と...
//
- 自己レスですが、01も連続変数もだとGeneralized Pairs Plo...
**行列の見出しと行数で数字を抽出 [#y9d8ba45]
>[[Rに困った]] (2015-11-18 (水) 17:01:20)~
~
a=matrix(c(4,3,3,4,2,2,4,1,1),3,3)
とし，
|4 3 3|
a=|4 2 2|
|4 1 1|
のように行列を作成後，
colnames(a)=("A","B","C")
とし，
A B C
|4 3 3|
a=|4 2 2|
|4 1 1|
とします．~
ここから，C列(3,2,1)の[要素]情報を使って~
aの配列にアクセス：~
a[1,]の3列目，~
a[2,]の2列目，~
a[3,]の3列目~
すなわち，c(3,2,4）を取り出したいのですが，~
どなたかよい方法をご教授いただけないでしょうか？
//
- 「Aの1行目は何になるか？のように，それぞれ調べる方法」...
- かってに，質問を書き換えてくれると，私がとんちんかんな...
この上の回答は，~
A列の1行目は4，B列の2行目は2，C列の3行目は1となると思い...
Aの1行目は何になるか？のように，それぞれ調べる方法はあ...
お手数ですが，どなたかご回答宜しくお願い致します．~
だったので，それに答えた。~
書き換えられた質問と回答の例示が合わない。ちゃんと質問し...
「a[3,]の3列目」ではなくて，「a[3,]の1列目」なんでしょう...
そうだと仮定して，
> a[cbind(1:3,a[,3])]
[1] 3 2 4
でしょう？ -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁である。]] &n...
- 大変申し訳ありません．RjpWiKi初心者のため，操作を誤って...
**heatmap図のlegendの描写位置について [#g168b931]
>[[かがみ]] (2015-11-16 (月) 16:52:13)~
~
お世話になります。
data(iris)
heatmap(as.matrix(iris[,1:4]))
legend("topleft", colnames(iris)[1:4])
legendの枠を左上の余白に作成して図に被らないようにしたい...
~
環境はWindows7、R3.1.2です。~
~
お手数ですが、どなたかご回答宜しくお願いします。~
//
- legend 関数を，legend(-0.14, 1.15, colnames(iris)[1:4],...
- 目的の処理ができました。ありがとうございました。locator...
**RHmm [#c66232bc]
>[[さくら]] (2015-11-14 (土) 15:23:35)~
~
RHmm という隠れマルコフ解析用パッケージをダウンロードした...
見つかりません。~
どこにあるか教えてもらえないでしょうか。~
//
- 検索さえしなかったのですか。http://qiita.com/ru_pe129/i...
- 河童さんありがとうございます．ダウンロードまでできまし...
- 文字通りのことですが。~
"ダウンロードしたtar.gzファイル" のある場所ということです...
**nomogram [#s5f3e6f0]
>[[TTT]] (2015-11-04 (水) 22:05:07)~
~
非常に初歩的で申し訳ありません。~
とある疾患について、Nomogramを作成したいのですが（論文で...
~
何か参考に出来る書籍等ご存知の方はいらっしゃいませんでし...
//
- EZ-R で一発でできないものは，初歩的なものではないでしょ...
- やはり，EZ-R では一発で出来ないようで，どなたからもお返...
# ロジスティック回帰分析の結果からノモグラム作成
nomogram <- function(name, b, value, b0, factor = 10) {
scale <- function(title, y.pos, min.x, max.x, label) {
scale0 <- function(min.x, max.x, tick, delta, la...
x.pos <- seq(min.x, max.x, by = tick)
if (is.null(label)) label = x.pos
segments(x.pos, y.pos, x.pos, y.pos + delta ...
if (tick == 10) {
text(x.pos, y.pos + 0.5 * h, label, pos ...
}
}
text(0, y.pos + 0.5, title)
segments(min.x, y.pos, max.x, y.pos, xpd = TRUE)
scale0(min.x, max.x, 1, 0.5, NULL)
scale0(min.x, max.x, 5, 0.8, NULL)
scale0(min.x, max.x, 10, 1, label)
}
b <- factor * b
b0 <- factor * b0
m <- length(name)
d <- expand.grid(lapply(value, as.integer))
point <- t(t(d) * b)
r <- pretty(apply(point, 2, range))
min.x <- min(r)
max.x <- max(r)
plot(c(min.x, max.x + 10), range(0:(m + 4)), type = ...
xaxt = "n", yaxt = "n", xlab = "", ylab = "")
h <- strheight("H")
m3 <- 0.5 * m + 3
text(0, m3 + 0.5, "リスク")
lp <- (c(min.x, max.x) + b0)/factor
P <- pretty(1/(1 + exp(-lp)))
p <- c(0.01, 0.05, seq(0.1, 0.9, by = 0.1), 0.95, 0....
lp <- -log((1 - p)/p)
pos.x <- lp * factor - b0
segments(min(pos.x), m3, max(pos.x), m3, xpd = TRUE)
segments(pos.x, m3, pos.x, m3 + h, xpd = TRUE)
text(pos.x, m3 + 0.5 * h, p, pos = 3, xpd = TRUE)
lp <- pretty((c(min.x, max.x) + b0)/factor)
lp <- seq(min(lp), max(lp), by = 1)
min.pt <- factor * min(lp) - b0
max.pt <- factor * max(lp) - b0
scale("リニア・プレディクタ", 0.5 * m + 2, min.pt, m...
scale("ポイント", 0.5 * m + 1, min.x, max.x, NULL)
for (i in 1:m) {
v <- value[[i]]
l <- length(v)
if (l > 5) {
v <- pretty(v)
l <- length(v)
}
col <- (b[i] < 0) + 1
x <- v * b[i]
pos.y <- i * 0.5
segments(x[1], pos.y, x[l], pos.y, col = col)
segments(x, pos.y, x, pos.y + h, col = col)
text(x, pos.y + 0.5 * h, v, pos = 3, col = col)
text(x[1], pos.y, name[i], pos = ifelse(col == 1...
}
r <- range(lp)
}
# 使用例（グラフィックウインドウの大きさを調整して何回か...
lp <- nomogram(name = c("属性変数", "属性変数2", "連続変...
b = c(2.21, 1.34, -0.18), # 係数
value = list(c(0, 1, 2, 3), c(0, 1), 10:30), # 変...
b0 = -1.53) # 定数項
&ref(nomogram.png);
- ご丁寧にありがとうございます。一度やってみます。 -- [[T...
**行列の操作(0/1の反転、値の置換) [#k12ee237]
>[[通りすがり]] (2015-10-30 (金) 15:51:34)~
~
行列の操作について質問です。~
~
（質問１）~
0または1を要素として持つM×N行列に対し~
全ての要素を反転する(0を1、1を0に変換する)方法はあります...
~
（質問２）~
実数値を要素として持つM×N行列に対し~
指定した列の値を指定した値(例えば0に置き換え)に~
全て置換する方法はありますでしょうか？~
//
- ぶさいくなコードですが、目的は達せられますよ。 -- [[mar...
＞（質問１）~
> set.seed(0)
> (mat <- matrix(sample(0:1, 20, TRUE), 4, 5))
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,] 1 1 1 0 0
[2,] 0 0 1 1 1
[3,] 0 1 0 0 1
[4,] 1 1 0 1 0
> apply(mat, c(1, 2), function(x) ifelse(x==0, 1, 0))
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,] 0 0 0 1 1
[2,] 1 1 0 0 0
[3,] 1 0 1 1 0
[4,] 0 0 1 0 1
＞（質問２）~
> mat[,3] <- 99
> mat
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,] 1 1 99 0 0
[2,] 0 0 99 1 1
[3,] 0 1 99 0 1
[4,] 1 1 99 1 0
- （質問1）は， x <- 1-mat だけでできる。 -- [[河童の屁は...
- おおー。 -- [[markovchainmontecarlo]] &new{2015-10-31 (...
さすが、河童の屁は，河童にあらず，屁である。さんですね。...
**複数の列に対するソート [#ca98f130]
>[[霜]] (2015-10-21 (水) 14:48:54)~
~
お世話になります。~
~
以下のようなデータフレームxに対して、まずcat列で昇順にソ...
~
cat <- c("A","B","B","A","A")
name <- c("aaa","ddd","bbb","ccc","eee")
weight <- c(51,55,72,57,64)
x <- data.frame(CAT=cat, Name=name, WEIGHT=weight)
~
お手数ですが、ご回答宜しくお願いします。~
//
- 関数 order() と関数 pmax() を組み合わせてはいかがでしょ...
~
> cat <- c("A","B","B","A","A")
> name <- c("aaa","ddd","bbb","ccc","eee")
> weight <- c(51,55,72,57,64)
> x <- data.frame(CAT=cat, Name=name, WEIGHT=weight, str...
>
> sortlist <- order(x$CAT, pmax(x$CAT, x$Name))
> x[sortlist,]
CAT Name WEIGHT
1 A aaa 51
4 A ccc 57
5 A eee 64
3 B bbb 72
2 B ddd 55
~
- ありがとうございます。しかしその方法ではName列が降順に...
- 汎用のプログラムでなくてよいのでしょう？cat が A, B の...
> z <- lapply(split(x, x$CAT), function(y) {o <- order(y...
> a <- rbind(z[[1]], z[[2]])
> a
CAT Name WEIGHT
5 A eee 64
4 A ccc 57
1 A aaa 51
2 B ddd 55
3 B bbb 72
cat が複数種あるような場合でも，rbind を以下のようにすれ...
> z <- lapply(split(x, x$CAT), function(y) {o <- order(y...
> a <- z[[1]]
> for (i in 2:length(z)) a <- rbind(a, z[[i]])
> a
CAT Name WEIGHT
5 A eee 64
4 A ccc 57
1 A aaa 51
2 B ddd 55
3 B bbb 72
あるいは，Name の逆順キーを作って，ソートする。これもトリ...
> key <- -as.integer(factor(x$Name))
> o <- order(x$CAT, key)
> x[o,]
CAT Name WEIGHT
5 A eee 64
4 A ccc 57
1 A aaa 51
2 B ddd 55
3 B bbb 72
いずれにしても，あれこれうまい方法を探すより，ダサくって...
- ありがとうございました。order()やpmax()の引数でどうにか...
- 昨日は失礼致しました。では、dplyr パッケージの arrange(...
**印刷の方向 [#p64b3745]
>[[cloud]] (2015-10-16 (金) 14:00:41)~
~
いつもお世話になっています。~
A4の用紙方向を下の様な感じで切り分けて印刷したいと考えて...
このコマンドではプリンタのデバイスの縦横設定を手動で事前...
印刷方向をうまく切り換える方法をご存じないでしょうか。
if (yokogaki == FALSE) {
win.print(width=8, height=11, restoreConsole = FALSE, pr...
par(mar = c(16, 7, 4, 4))
} else {
win.print(width=11, height=8, restoreConsole = FALSE, pr...
par(mar = c(5, 4, 5, 12))
}
//
- プリンタードライバの設定でなんとかならないでしょうか。...
- 失礼しました。使用環境は複数のwindows8のパソコン。各々...
プリンタードライバを手動で変更すればこのコマンドでも可能...
複数の人員が使うので容易に印刷できるようにドライバ設定の...
- そもそもWindowsは「手動操作」が前提なので、操作が面倒な...
- 「プリンタードライバを手動で変更すれば」よいだけの話で...
- Windowsユーザじゃないので外しているかもしれませんが、も...
- 情報ありがとうございます。CRANが何かないかと思ったので...
１台のプリンタに複数のプリンタ名を設定すれば可能なのです...
**シングルクォートとダブルクォートの違い [#aaa57a86]
>[[markovchainmontecarlo]] (2015-10-14 (水) 23:07:26)~
~
いつもお世話になっております。~
ふと思ったのですが、Rにおいてシングルクォート（’）とダブ...
~
以下のコードと結果から違いはないと思われますが、確かな文...
ご存知の方がいらっしゃいましたら、教えた頂けたら幸いです。~
> hoge <- 3
> print(hoge)
[1] 3
> print("hoge")
[1] "hoge"
> print('hoge')
[1] "hoge"
よろしくお願いいたします。~
//
- コンソールに help('"') または ? Quotes と入力すれば，詳...
- 「 河童の屁は，河童にあらず，屁である。」さま~
ご回答ありがとうございます。~
ヘルプを見ると、基本的に同じようですね。（ダブルクォート...
~
あと今回新たに試してみました。~
> print("hoge")
[1] "hoge"
> print('hoge')
[1] "hoge"
> print("'hoge'")
[1] "'hoge'"
> print('"hoge"')
[1] "\"hoge\""
何が入れ子になっているかで少し違うみたいですね。~
本件は解決とさせていただきます。ありがとうございました。 ...
**データフレーム名を変数として処理したい [#a098bf32]
>[[中阪 隆]] (2015-10-14 (水) 18:13:40)~
~
データフレームを、固定の名前ではなく、変数名で取り扱うに...
現在は、対象のデータフレームを操作するSQl文字列を生成して...
~
よろしくお願いします。~
//
- 言っていることがよくわからない。 -- [[河童の屁は，河童...
- プログラミングしてるとこういうことやりたくなりますよね...
**無題 [#fbc43c64]
>[[あき]] (2015-10-12 (月) 16:05:10)~
~
最近になって、Rのパッケージをインストールして、何度か使用...
//
- 題名は「無題」なのですか？~
答える方が回答しやすいように質問するのもマナーの一つだと...
~
ま、それはさておき、libraryでパッケージを呼び出していない...
それとも~
library()
で調べても、「パッケージ自体が」見つからない状態ですか？ ...
- library()を打ち込むと表示はされていますが、いざlibrary(...
- [[投稿における注意事項]] は読まれましたか？-- [[markov...
~回答者は神通力を持ってはいません。COLOR(magenta){「これ...
**データ加工(NA、99999の置換) [#fd798755]
> (2015-09-29 (火) 12:42:24)~
~
あるデータフレーム(1つの目的変数と200の説明変数)があり~
・目的変数は0/1のみ~
・説明変数は全て数値型でNAや外れ値の意味をもつ99999が含ま...
各説明変数について、NA、99999を該当するレコードの目的変数...
どのようにやるとスマートでしょうか？~
//
- 別にスマートにやらなくてもよいと思いますが。 -- [[河童...
> # テストデータ生成
> set.seed(12345)
> n <- 10
> d <- data.frame(y=sample(0:1, n, replace=TRUE),
+ x1=sample(50, n, replace=TRUE),
+ x2=sample(250, n, replace=TRUE))
> d[sample(n, 5), 2] <- NA
> d[sample(n, 5), 3] <- NA
> d[sample(n, 5), 2] <- 99999
> d[sample(n, 5), 3] <- 99999
> d
y x1 x2
1 1 NA 99999
2 1 99999 82
3 1 NA 242
4 1 99999 99999
5 0 NA NA
6 0 99999 98
7 0 20 175
8 1 99999 99999
9 1 9 99999
10 1 99999 99999
> # 例解
> d[,-1] <- sapply(d[,-1], function(z) {
+ z[z == 99999] <- NA
+ z[is.na(z)] <- mean(z, na.rm=TRUE)
+ z})
> d
y x1 x2
1 1 14.5 149.25
2 1 14.5 82.00
3 1 14.5 242.00
4 1 14.5 149.25
5 0 14.5 149.25
6 0 14.5 98.00
7 0 20.0 175.00
8 1 14.5 149.25
9 1 9.0 149.25
10 1 14.5 149.25
- 助言ありがとうございます。R初心者なのですが、全変数に対...
- 目的変数の平均値に置き換えられてないよ -- &new{2015-10...
- 「目的変数は0/1のみ」って書いてあったし，目的変数の平均...
- 「説明変数の平均値」だと自然ですよね。プログラムでもそ...
**t値がとても大きい時のp値 [#d80dbbd8]
>[[windsor]] (2015-09-26 (土) 22:06:10)~
~
t検定でt値がとても大きい場合、p値をpt関数で計算すると、p=...
pt(52,4700,lower.tail=FALSE)*2
どうぞよろしくお願いいたします。~
//
- 「t値が52、自由度が4700」ならば，計算値は 0 ですね。内...
> sprintf("%a", pt(52,4700,lower.tail=FALSE)*2)
[1] "0x0p+0"
となり，コンピュータ上では「完全に 0」です。
t 値が 41 以下ならば，極めて0に近い値。内部表示も 0 では...
> sprintf("%a", pt(41,4700,lower.tail=FALSE)*2)
[1] "0x1.ddc34cd8p-1043"
10 進表示をしたいなら %g を指定して
> sprintf("%g", pt(41,4700,lower.tail=FALSE)*2)
[1] "1.9801e-314"
> cat(sprintf("%g", pt(41,4700,lower.tail=FALSE)*2))
1.9801e-314
なお，計算される P 値は，「近似値」なので，こんなに小さい...
いずれにせよ，あまり意味のあることではないですね。 -- [[...
- どうもありがとうございました。 -- [[windsor]] &new{2015...
**xに勝手に数値が格納されています。どうすれば削除できます...
>[[初学者]] (2015-09-26 (土) 20:26:23)~
~
Rについての質問です。xに数字を格納した覚えがないのに、xに...
dat <- read.csv("filename.csv",header=TRUE)
attach(dat)
以下のオブジェクトは .GlobalEnv? によってマスクされてい...
x
よろしくお願いします。~
//
- rm(x) とすればよいでしょう。&br;そもそもは，以前の R セ...
- rm(x)で解決できました。ありがとうございます。 -- [[初学...
**並列計算のページについて [#z37bb93e]
>[[markovchainmontecarlo]] (2015-09-25 (金) 20:31:43)~
~
Wikiに「並列計算について」の記載が乏しいと思いましたので...
[[Rで並列計算]]のページは存じておりますが、もう少し簡単に...
皆様のご意見を伺いたく思います。~
//
- やればよいと思います。それが Wiki というものでしょう。 ...
**CRANの数について [#p6792780]
>[[markovchainmontecarlo]] (2015-09-18 (金) 13:52:11)~
~
CRANの数について質問があるので、ご存知の方がいらっしゃい...
~
R3.0.2では非常に多くのCRANミラーサイトがあり、[JAPAN]では...
しかしR3.2.2では20程度しかなく、[JAPAN]はありませんでした...
~
今後ミラーサイトは（登録が済んでいないなどの理由から）順...
~
よろしくお願いいたします。~
//
- R-3.2.2からHTTPS接続によるミラーサイトが優先して表示さ...
- ご回答ありがとうございます。~
ご指摘の通り、「(HTTP mirrors) を選択」すると、従来のミラ...
~
改めての質問なのですが、[HTTPS]を積極的に選択する必要はあ...
あと、あくまで「ミラー」ですので、どのCRANでも同じ内容で...
同じであれば通信速度の出る[TOKYO]から選びたいと思っていま...
~
ご存知の方がいらっしゃいましたら、引き続きよろしくお願い...
- もともと基本的にRの配布システムは安全ではありませんでし...
- ご回答ありがとうございます。推奨されているようにSSL経由...
- R3.2.2からWindowsでproxy接続(特に認証要の場合)では、set...
**formulaの説明変数の指定について [#qf034277]
>[[CRA]] (2015-09-14 (月) 11:02:07)~
~
~
回帰分析において 目的変数~説明変数 の形式でlm()を実行し...
#正常に実行できる
x <- trees
lm(Volume ~ Girth, data = x)
#列名を変更
colnames(x)[1] <- "A-3"
lm(Volume ~ A-3, data = x)
このような列名を含むdataではどのように説明変数を指定すれ...
~
宜しくお願いします。~
//
- 苦もないこと。そのような列名を colnames で付け替えると...
- lm(Volume ~ `A-3`, data = x)とするとうまくいきました。...
**heatmapのラベル名の色について [#b3cbd5f2]
>[[ヒート]] (2015-09-11 (金) 09:27:49)~
~
お世話になります。~
~
heatmap()で水平方向のラベルを特定の条件で色分けしたいと考...
x <- as.matrix(mtcars)
heatmap(t(x))
この場合、"Mazda"を含むラベルを赤、"Merc"を含むラベルを青...
おそらくheatmap()の戻り値を使えばよいのだとは思うのですが...
~
環境はWin 7, R 3.0.2です。~
~
どなたかご教示宜しくお願いします。~
//
**spatstatパッケージのKest、pcf関数の結果の違いについて [...
>[[B4]] (2015-09-05 (土) 07:45:52)~
~
点パターンの凝集性を評価する際に、rがどのくらいの値でラン...
//
**多重比較おける効果量・検出力について [#b125c055]
>[[R2]] (2015-09-01 (火) 10:29:46)~
~
お世話になります。~
~
従来は多重比較によってp-valueを求めて有意である、有意でな...
~
しかし、ヘルプファイルを見てみましたがいずれのライブラリ...
~
多重比較における効果量・検出力を算出する方法について知見...
~
宜しくお願いします。~
//
- DunnettTestsはチェック済みですか？ -- &new{2015-09-01 ...
- 情報ありがとうございます。説明書を読みましたが効果量を...
**ggplotで時系列を並べる [#ebe7dedf]
>[[つなかん]] (2015-09-01 (火) 08:51:32)~
~
お世話になります。ggplotってこんな図が苦手な気がします。f...
timeval = seq(as.POSIXct("2014-07-17 10:00:00"), by="30 ...
y1 = rnorm(10)
y2 = rnorm(10)^10
y3 = rnorm(10)
y4 = rnorm(10)
par(mfrow=c(3,1))
par(mar=c(0,4,0,4))
par(oma=c(4,0,4,0))
plot(y1~timeval, type="l",ylab="y1(mm)", axes=F)
axis(2); box()
plot(y2~timeval, type="l", ylab="y2(g)", axes=F)
axis(2); box()
plot(y3~timeval, type="l", ylab="y3")
lines(y4~timeval, type="l", col="red")
legend("bottomright", legend = c("y3", "y4"), col=c("bla...
mtext("Timeval", side=1, line=3, cex=0.8)
//
**forecastパッケージのstl関数のエラーについて [#r4ab0d86]
>[[kirioh]] (2015-08-28 (金) 22:32:50)~
~
はじめまして、お世話になります。~
~
forecastパッケージを使った時系列データの分離（トレンド・...
具体的にはA列に日付、B列に数値の入った以下のようなCSV形式...
~
Date SP~
~
2015/1/1 14360~
~
2015/1/2 19908~
~
2015/1/3 16210~
~
2015/1/4 15465~
~
2015/1/5 12514~
~
2015/1/6 12182~
※以下2015/7/31まで~
以下のコードを試みたのですが、
data = read.csv('test.csv',head=T, row.names=1)
ts <- ts(data, start = c(2015,1), end = c(2015,7), frequ...
stl <- stl(ts, s.window="per")
stl(ts, s.window = "per") でエラー: 一変量系列だけが許...
というエラーが発生する状況です。またdecomposeを使っても
時系列の期間が無いか、2未満です
というエラーが発生します。
国内外のサイトで調べてdataをnumericで渡したり$indexを通し...
tsのclassは"ts"となっており、auto.arimaやacfは出力されは...
ただtsをプロットすると2015.000からはじまったり、acfはlag...
バージョンは3.1.2、OSはwindows 7になります。
何卒宜しくお願い致します。
//
- 投稿時の，問題でしょうが，データが1行おきなの？元のデー...
- ご指摘ありがとうごさいます、また客観が欠けておりすみま...
Date SP
2015/1/1 14360
2015/1/2 19908
2015/1/3 16210
2015/1/4 15465
2015/1/5 12514
2015/1/6 12182
2015/1/7 11966
またhead(data) すると以下になっています。
> head(data)
SP
2015/1/1 14360
2015/1/2 19908
2015/1/3 16210
2015/1/4 15465
2015/1/5 12514
2015/1/6 12182
start, endの指定についても私の誤認（YYYY,MM,DDだと思って...
**十数万件データ同士のマージ [#zc50d703]
> (2015-08-25 (火) 22:10:05)~
~
お世話になっております。~
2つのデータフレーム(共に十数万件で項目数100前後)のマージ...
高速にマージしてくれるお薦めのライブラリがあれば教えてく...
//
- マシン性能にもよるのでは。例えば、こちらの環境では、10...
a <- data.frame(id = 1:100000, as.data.frame(matrix(1:10...
b <- data.frame(id = sample(1:100000, size = 100000),
as.data.frame(matrix(1:10000000, ncol = ...
というデータフレームが2つあったとして、
> head(a$id); head(b$id)
[1] 1 2 3 4 5 6
[1] 24019 90410 60377 38469 66968 3732
このidでmerge()してみると、
> system.time(ab <- merge(a, b, by = "id"))
ユーザ システム 経過
0.644 0.016 0.660
この通り。なお、
> system("cat /proc/cpuinfo | grep 'model name' |uniq")
model name : Intel(R) Xeon(R) CPU W3550 @ 3.0...
- 私もやってみました。やはり1秒もかからないですね。&br;使...
> system.time(ab <- merge(a, b, by = "id"))
ユーザ システム 経過
0.869 0.127 0.992
機種名： Mac Pro
機種 ID： MacPro5,1
プロセッサ名： Quad-Core Intel Xeon
プロセッサ速度： 2.8 GHz
プロセッサの個数： 1
コアの総数： 4
二次キャッシュ（コア単位）： 256 KB
三次キャッシュ： 8 MB
メモリ： 12 GB
プロセッサ相互接続速度： 4.8 GT/s
- 返信遅くなり申し訳ありません。 サンプルでいただいたコー...
df <- data.frame(id = I(sample(100001:200000,size=100000...
d1 <- subset(df,target==1)
d0 <- subset(df,target==0)
nm <- "id"
w <- tapply(df$target,df[,c(nm)],mean)
y <- tapply(d1$target,d1[,c(nm)],length)
z <- tapply(d0$target,d0[,c(nm)],length)
a <- data.frame(nm=I(names(w)),mn=w)
b <- data.frame(nm=I(names(y)),c1=y)
c <- data.frame(nm=I(names(z)),c0=z)
d <- merge(a,b,by.x="nm",by.y="nm",all=T)
e <- merge(d,c,by.x="nm",by.y="nm",all=T)
- AsIsクラスだと時間がかかるのでは？ -- &new{2015-08-27 ...
整数型の場合
> ai <- a; ai$nm <- as.integer(ai$nm)
> bi <- b; bi$nm <- as.integer(bi$nm)
> ci <- c; ci$nm <- as.integer(ci$nm)
> system.time(di <- merge(ai, bi, by = "nm", all = TRUE))
ユーザ システム 経過
0.345 0.000 0.345
> system.time(ei <- merge(di, ci, by = "nm", all = TRUE))
ユーザ システム 経過
0.322 0.008 0.330
文字列型の場合
> ac <- a; ac$nm <- as.character(ac$nm)
> bc <- b; bc$nm <- as.character(bc$nm)
> cc <- c; cc$nm <- as.character(cc$nm)
> system.time(dc <- merge(ac, bc, by = "nm", all = TRUE))
ユーザ システム 経過
0.864 0.000 0.864
> system.time(ec <- merge(dc, cc, by = "nm", all = TRUE))
ユーザ システム 経過
0.872 0.000 0.871
文字列がキーだとちょっと時間がかかるね。しかし、いずれに...
- マージキーが AsIs の場合に merge のボトルネックは，do.c...
> system.time(do.call("order", a[,1, drop=FALSE]))
ユーザ システム 経過
76.086 0.520 82.530
> ai <- a; ai$nm <- as.integer(a$nm)
> system.time(do.call("order", ai[,1, drop=FALSE]))
ユーザ システム 経過
0.011 0.001 0.029
> ac <- a; ac$nm <- as.character(a$nm)
> system.time(do.call("order", ac[,1, drop=FALSE]))
ユーザ システム 経過
0.217 0.001 0.225
> af <- a; af$nm <- factor(a$nm)
> system.time(do.call("order", af[,1, drop=FALSE]))
ユーザ システム 経過
0.010 0.000 0.021
AsIs の場合，とんでもない処理時間がかかっているのが分かり...
- なるほど。ありがとうございます。上記のI()はデータフレー...
- > ファクター型に自動変換されないようにするため&br;上の...
bx <- x[, by.x]
if (is.factor(bx))
bx <- as.character(bx)
のように as.character されるので，問題ないと思いますけど...
- いやいや「ファクター型に自動変換されないようにするため...
** 関数の引数にデータフレームの列名を指定する方法 [#e808c...
>[[su?]] (2015-08-23 (日) 13:00:26)~
~
お世話になります。~
~
列a,b,c,,,,を持つデータフレームdfの要素を引数とする関数を...
hikisu1にa列、hikisu2にb列、hikisu3にc列を指定する場合
func<-function(hikisu1, hikisu2, hikisu3){ }
という関数を作製して、使用時に~
func(df$a, df$b, df$c)
としているのですが、これを、
func(a, b, c, data=df)
というように、dfの要素を指定できるような関数に作り替えた...
方法について、ご教示頂けますと幸いです。~
~
（理由はdfの他の要素も修飾することを可能とするためです。）~
//
- わざわざ関数にするメリットがわからないが，例えば以下の...
func <- function(a, b, c, data=df) {
name.a <- deparse(substitute(a))
name.b <- deparse(substitute(b))
name.c <- deparse(substitute(c))
name.data <- deparse(substitute(data))
str <- sprintf("data <- data.frame(%s$%s, %s$%s, %s$%s...
name.data, name.a, name.data, name.b, n...
result <- eval(parse(text=str))
colnames(data) <- cbind(name.a, name.b, name.c)
data
}
を定義すれば，使用例は以下のごとし。
df <- data.frame(
a = 101:103,
b = sample(10, 3),
c = letters[21:23],
d = c(1.4, 4.5, 7.9),
e = c("abc", "foo", "bar")
)
df
( x <- func(a, b, c, df) )
( y <- func(d, e, a) )
あなたの意図に合うのかな？？~
でも，そんなことで済むなら，わざわざ関数を定義しなくても，
( x <- df[c("a", "b", "c")] )
( y <- df[c("d", "e", "a")] )
で，同じ結果を得ることも出来ます。~
わずか数回のキータイプを省略したいというなら別ですが。 --...
- 関数内で df の要素 a, b, c を使うということか。ならば，...
**データフレームの各項目についてclass()を適用する方法 [#y...
>[[te]] (2015-08-20 (木) 21:59:32)~
~
apply(df[1,1:dim(df)[2]],2,class) だと想定どおりの結果と...
numeric型のものがあるにも関わらず、すべてcharacter型と返...
どのように修正すればよいでしょうか。~
//
- なぜ，df[1,1:dim(df)[2]] としないといけないのかわからな...
> sapply(iris, class)
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width ...
"numeric" "numeric" "numeric" "numeric" ...
> sapply(iris[1,1:dim(iris)[2]], class)
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width ...
"numeric" "numeric" "numeric" "numeric" ...
**ヒートマップのカラーチャートについて [#j049864a]
>[[mappa]] (2015-06-30 (火) 15:29:08)~
~
お世話になります。"Heatplus"ライブラリーの"regHeatmap"を...
~
以下のように実行するとファイル右側に表示されるカラーチャ...
&ref(file_1.pdf);~
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("Heatplus")
library(Heatplus)
set.seed(123)
data <- array(ceiling(runif(100,min=1,max=100)), dim=c(1...
colnames(data) <- rownames(data) <- 1:10
pdf(file="file_1.pdf")
plot(regHeatmap(data, col=heat.colors))
dev.off()
そこで、以下のようにbreaksでカラーチャートの範囲を指定し...
&ref(file_2.pdf);~
set.seed(123)
data <- array(ceiling(runif(100,min=1,max=100)), dim=c(1...
colnames(data) <- rownames(data) <- 1:10
pdf(file="file_2.pdf")
plot(regHeatmap(data, col=heat.colors, breaks=seq(1,100,...
dev.off()
ヒートマップ化する行列の値とカラーチャートの色を一致させ...
~
お手数ですが、ご回答宜しくお願いします。~
//
- 自己レスになりますが、fieldsパッケージのimage.plot関数...
- 参考になれば -> http://d.hatena.ne.jp/myopomme/201112...
**関数内でのデータフレームの成分の参照 [#vb631601]
>[[kddoi]] (2015-06-29 (月) 20:34:11)~
~
お世話になっております。関数内でのデータフレームの成分を...
attachとdetachを使えば上手く動くのですが、同一名の変数が...
df <- data.frame(a=c(1,2,3), b=c(3,2,1))
tmp1 <- function(eq, dat) {
return(with(dat, eq))
}
tmp2 <- function(eq, dat) {
attach(dat)
d <- a+b
detach(dat)
return(d)
}
tmp1(a+b, df)
tmp2(a+b, df)
以上、よろしくお願いいたします。~
//
- 久しぶりの投稿でpukiwikiの書式を忘れており、読み辛くて...
tmp3 <- function(eq, dat) {
eval(parse(text=paste("with(", deparse(substitute(dat...
}
- > 久しぶりの投稿でpukiwikiの書式を忘れており~
言い訳するより，「[[投稿における注意事項]]」を読んで，書...
計算式 a+b は，引数にできませんよね...~
実際の所，何がやりたいのかよくわからないけど，普通にやれ...
- 後からページ全体の編集ができることに気が付きましたが、...
- > のような状況&br;言っていることが，よくわからないなあ...
**Ｔ検定を行うためのデータ加工について知りたい。 [#ra1d97...
>[[ちまっく]] (2015-06-08 (月) 03:50:53)~
~
Rによる統計について。~
~
当方、Ｒの初心者です。~
Ｒによる「 Ｔ－検定 」を行いたい所存です。長文で失礼しま...
~
元データが約5万あり、Ｔ－検定を行うため、データの加工を簡...
~
元データは以下のような形です。~
~
セッションID,アイテムID,大分類,小分類,ブランド,閲覧日時,...
6033,162429,日用品,歯ブラシ,647,43:06.0,0~
6033,249019,雑貨,枕カバー,240,43:17.0,1~
1003,169032,日用品,洗剤,340,21:34.0,0~
1003,42543,日用品,歯ブラシ,205,25:55.0,0~
1003,190788,日用品,洗剤,86,28:57.0,0~
7062,154026,日用品,歯磨き粉,47,43:56.0,0~
7062,30637,日用品,歯磨き粉,151,44:21.0,0~
8011,168023,雑貨,プランター,150,44:52.0,0~
8011,198903,雑貨,鉢,240,45:28.0,1~
8011,157220,日用品,シャンプー,9,47:22.0,0~
~
~
~
データを下データのように加工するための簡単な方法をお教え...
セッションＩＤ毎に~
大分類~
・購入の場合、購入するまでに大分類上で何品閲覧したか~
・非購入の場合、大分類上で何品閲覧したか~
小分類~
・購入の場合、購入するまでに小分類上で何品閲覧したか~
・非購入の場合、小分類上で何品閲覧したか~
滞在時間~
・購入の場合、購入するまで何時間、分、秒、滞在したか（閲...
・非購入の場合、何時間、分、秒、滞在したか~
~
このようなデータの形にしたい↓~
大分類閲覧数（購入）,大分類閲覧数（非購入）~
2,1~
1,1~
小分類閲覧数（購入）,小分類閲覧数（非購入）~
2,2~
2,1~
滞在時間（購入）,滞在時間（非購入）~
0:11,7:23~
0:00,0:25~
~
以上です。~
よろしくお願いします。~
//
- 返答がない理由は，データ処理の仕様が相当に複雑であるに...
**リストの中身に一括して関数を適用する。（eval(parse(text...
>[[たけ]] (2015-06-03 (水) 20:56:34)~
~
以下のように、データよって長さが変化するinputについて、~
計算結果をリストに格納し、リストの各値に基づく集計をした...
最後のsum以下の部分をinputの数に合わせて増減させる良い方...
~
input <- c(10,20,30)#与えるデータの数はいつも３つではな...
list <- list(0)
for(i in 1:length(input)){ list[[i]] <- input[i]/10} #任...
sum(list[[1]],list[[2]],list[[3]])#ここをinputの長さに応...
なお、この例であればリストを展開してしまう方法もあると思...
どうぞよろしくお願いします。
//
- eval(parse...を使わなくても、do.call(sum, list) でOKで...
- callという関数があることは認識していましたが、リストに...
**半角文字から全角文字への変換 [#gb93a3dc]
>[[分分]] (2015-05-27 (水) 17:39:05)~
~
お世話になります。~
~
以下のように英数字やスペース、記号からなる半角文字列を全...
~
a <- c("asdf","12 /_")
~
宜しくお願いします。~
//
- chartr 関数を使う。 -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁で...
h <- "A-Za-z0-9~!@#$%^&*()_+`={}|[]\\:\";'<>?,./ -" # "-...
z <- "Ａ-Ｚａ-ｚ０-９〜！＠＃＄％＾＆＊（）＿＋｀＝｛｝...
a <- c("asdf","12 /_")
chartr(h, z, a)
- ご回答ありがとうございます。ニーズがないのかいろいろと...
- 文字列中に"-"が含まれていると文字化けしてしまいます。な...
- Windows ですか？Mac OS X では，問題なく動きますが。文字...
> h <- "A-Za-z0-9~!@#$%^&*()_+`={}|[]\\:\";'<>?,./ " # ...
> z <- "Ａ-Ｚａ-ｚ０-９〜！＠＃＄％＾＆＊（）＿＋｀＝｛...
> a <- c("asdf","1-2 /_")
> gsub("-", "−", chartr(h, z, a))
[1] "ａｓｄｆ" "１−２ ／＿"
- Windowsです。上記のように実行すると"ａｓｄｆ" "x｢｢\...
**印刷について [#pf080e3d]
>[[cloud]] (2015-05-24 (日) 12:48:35)~
~
お世話になります。~
~
windows7及び8でR i386 3.2.0を使用しています。~
clanはRODBCのみ使用しています。~
デバイスはwin.print()を使用しています。~
~
複数枚のグラフをループさせて1度に作成しています。~
1枚ごとにdev.offしている為、plot関数を通る度にwindowsのプ...
~
これを回避して、印刷ボタンを1回クリックのみでグラフを連続...
解説書や、webを調べたのですが、印刷については詳しい資料が...
//
- ?win.printとして, printer引数について調べましょう -- &...
- for (j in 1:5) { -- [[cloud]] &new{2015-05-25 (月) 22:1...
- ありがとうございました。プリンタ名を指定するとダイアロ...
**gnupack12.03におけるESSの導入方法 [#p34d08cb]
>[[gnu]] (2015-05-19 (火) 11:43:15)~
~
お世話になります。~
~
Windows７でgnupack_devel-12.03のemacsを使用しています。~
ESSを使用したいと思い、~
１ .emacs.d/site-lispにessフォルダを作成~
２ 同フォルダ内のess/lisp/ess-site.elの329行を~
Rのインストール先に合わせて次のように変更~
(setq-default inferior-R-program-name "C:/r/bin/i386/Rter...
３ init.elに次の行を追加~
(require 'ess-site)~
~
その上でemacsを再起動すると、次のようなメッセージが出て、...
Warning (emacs): None of 'w32-short-file-name, 'win32-sh...
or 'mswindows-short-file-name are defined!
You will have to manually set ess-program-files (in es...
the correct "8.3"-style directory name.
Warning (initialization): An error occurred while loadin...
Symbol's function definition is void: w32-short-file-name
...
ess-custom.elを調べてみたのですが、修正方法がわからず困っ...
解決策を御教示いただければ幸いです。~
//
- Windows固有の話だと回答がつきにくいですね。ホームディレ...
- 早速の御回答ありがとうございます。 御指示の方法を試して...
- じゃあ、正攻法でess-program-filesを8.3形式で設定しよう...
- いろいろと試行錯誤していたため、お返事が遅くなって申し...
(setq ess-program-files "/c/R-3.2.0/bin/i386/Rterm.exe")
すると、ワーニングが次の４行に減りました。
Warning (emacs): None of 'w32-short-file-name, 'win32-sh...
or 'mswindows-short-file-name are defined!
You will have to manually set ess-program-files (in es...
the correct "8.3"-style directory name. ~
また、M+X RでRが起動しました！しかし、次のようなメッセー...
load ESSR: + + + + Error in file(filename, "r", encoding...
コネクションを開くことができません
追加情報: Warning message: In file(filename, "r", encod...
ファイル '/home/.emacs.d/site-lisp/ess/etc/ESSR/R/.load....
No such file or directory
しかし、「.load.R」というファイルは確かに存在しています。...
- ess-program-filesには、名前の通り、Rのインストール先を...
- 御指摘のとおり、init.elを次のように変更してみました。
(setq ess-program-files "c:/GNUPAC~1.03/home/EMACS~1.D/S...
しかし、４行のワーニングは相変わらず出てしまいます。 -- [...
- > /home/.emacs.d/site-lisp/ess/etc/ESSR/R/.load.R&br;に...
- 失礼しました。 > /home/.emacs.d/site-lisp/ess/etc/ESSR/...
**zooライブラリーを、古いバージョンに戻す方法 [#o716d2ab]
>[[tt]] (2015-05-14 (木) 13:14:39)~
~
こんにちは。~
zooのパッケージを最新のzoo_1.7-12に更新後、既存のプログラ...
使用しているのは、Windows版R i386 3.1.3です。~
よろしくお願いします。~
//
- どのような問題が起きるのか。それを解決するにはどのよう...
- 河童様、ありがとうございます。とりあえず動く環境を取り...
- 複数のバージョンのパッケージをインストールして使い分け...
- ありがとうございます。河童様のご指摘のサイトから、旧バ...
- 該当ライブラリーのNEWSに、従来からの変更点が具体的に記...
**3次元有向線分とラベルの表示 [#u6a12307]
>[[たにし]] (2015-05-09 (土) 13:26:58)~
~
3次元空間上の有向線分を始点/終点の座標を指定して表示し、...
//
- どこまでわかっているのかわからないのですが，rgl パッケ...
- やはり出来合いの関数などはありませんか。 -- [[たにし]] ...
- plot3Dパッケージに関数arrows3Dがあります．ヘッドの形はt...
- ありがとうございました。 -- [[たにし]] &new{2015-05-18 ...
**glmmMLの結果のcallの画面出力をテキスト化してエクセルに...
>[[ぷうや]] (2015-05-08 (金) 17:18:36)~
~
glmmMLの実行結果のcallを、エクセルファイルに出力したいの...
~
> myResult <- glmmML(y ~ x1 + x2 + x3, family = "poisson...
> myResult$call
glmmML(formula = y ~ x1 + x2 + x3, family = "poisson", d...
~
この、"glmmML(formula = y1 ~ x1 + x2 + x3, family = "pois...
//
- 1行だけ書くのですか（どういう目的なんでしょうかね？）。...
myID <- factor(rep(1:20, rep(5, 20)))
y <- rpois(100, lambda=2)
x1 <- rnorm(100)
x2 <- rnorm(100)
x3 <- rnorm(100)
myData <- data.frame(y, x1, x2, x3, myID)
# ここまで，テストデータの用意
myResult <- glmmML(y ~ x1+x2+x3, family="poisson",
data = myData, cluster = myID)
# 以下の 3 行でファイルに出力
a <- as.character(myResult$call) # formula を character に
b <- sprintf('%s(formula = %s, family = "%s", data = %s,...
a[1], a[2], a[3], a[4], a[5])
write.xlsx(b, file="foo.xlsx", sheetName="bar", # ファイ...
col.names=FALSE, row.names=FALSE)
- なるほど！やはり自分で整形しなおさなくてはならないので...
**カナ文字を列名に持つ行列を Sweave 処理するときにエラー ...
>[[河童の屁は，河童にあらず，屁である。]] (2015-04-22 (水...
~
たまには私も質問したい。~
以下のような内容の test.Rnw （エンコーディングは EUC-JP）~
<<>>=
result <- matrix(1:4, 2)
colnames(result) <- c("a", "ア")
result
@
を，以下のようなファイルで Sweave 処理すると~
#!/usr/bin/Rscript --vanilla
Sweave("test.Rnw", encoding="euc-jp")
できあがる test.tex の大きさが途方もなく大きくなる。~
-rw-r--r-- 1 foo 503 1000187 4 22 13:33 test.tex
どんな風になっているか hexdump で見てみると~
0000080 7d 0a 20 20 20 20 20 61 20 20 20 a5 a2 20 20 20
0000090 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20
*
00f42c0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0a 5b 31
となっており，* の部分に 20 がびっしりと詰まっている。~
カタカナの列名を付けようとするとこのようなことが起こるよ...
<<>>=
result <- matrix(1:4, 2)
colnames(result) <- c("a", "b")
result
@
だと，~
-rw-r--r-- 1 foo 503 183 4 22 13:40 test.tex
で，何の問題もない。~
何がいけないのか，回避策はあるのか。~
//
- Euc-jpなRを用意できないので追試できませんが、少なくとも...
\documentclass{jsarticle}
\begin{document}
<<echo=false>>=
result <- matrix(1:4, 2)
colnames(result) <- c("a", "ア")
result
@
\end{document}
結果
\documentclass{jsarticle}
\usepackage{Sweave}
\begin{document}
\begin{Schunk}
\begin{Soutput}
a ア
[1,] 1 3
[2,] 2 4
\end{Soutput}
\end{Schunk}
\end{document}
hexdumpの結果
$ hexdump -C test.tex
00000000 5c 64 6f 63 75 6d 65 6e 74 63 6c 61 73 73 7b ...
00000010 73 61 72 74 69 63 6c 65 7d 0a 5c 75 73 65 70 ...
00000020 63 6b 61 67 65 7b 53 77 65 61 76 65 7d 0a 5c ...
00000030 65 67 69 6e 7b 64 6f 63 75 6d 65 6e 74 7d 0a ...
00000040 62 65 67 69 6e 7b 53 63 68 75 6e 6b 7d 0a 5c ...
00000050 65 67 69 6e 7b 53 6f 75 74 70 75 74 7d 0a 20 ...
00000060 20 20 20 61 20 e3 82 a2 0a 5b 31 2c 5d 20 31 ...
00000070 20 33 0a 5b 32 2c 5d 20 32 20 20 34 0a 5c 65 ...
00000080 64 7b 53 6f 75 74 70 75 74 7d 0a 5c 65 6e 64 ...
00000090 53 63 68 75 6e 6b 7d 0a 5c 65 6e 64 7b 64 6f ...
000000a0 75 6d 65 6e 74 7d 0a ...
000000a7
- よんどころない理由で，euc-jp を使わないといけないので。...
- uft-8環境で問題のないtexファイルを作成してから、nkfで最...
**数字から文字を取って平均値を求めたいのですが [#g53e54d4]
>[[さくら]] (2015-04-22 (水) 13:40:23)~
~
66avg のような数字が並んでいます。（csvのファイルになっ...
まず，数字からavgをとります~
次に，上から3つずつ平均値を求めます．~
方法を教えてください。~
困っています。~
//
- データをベクトルに入れて（入っているとして），以下のよ...
x <- c("55avg", "66avg", "17avg", "62avg", "30avg", "69a...
"38avg", "91avg", "90avg", "34avg", "56avg", "78a...
colMeans(matrix(as.numeric(sub("avg", "", x)), 3))
- ありがとうございました．X=read.csv("197714.csv") cclMea...
- cclMeans じゃなくて colMeans だよ。しかも，read.csv で ...
- すみません 直しました 今度は，強制変換により NA が生...
- ああそう。x には文字列ベクトルが入っているべきだけど，r...
colMeans(matrix(as.numeric(sub("avg", "", as.character(x...
としないとだめだね。&br;それとね，197714.csv にどのように...
- 平均値が出ました！！！数字を1行に並べるにはどうしたらい...
- ちょっとは自分で出来ませんかね？R は１行の文字数を指定...
- これは便利ですね．今まで苦労していました。河童さんに感...
**pdf()について [#a01cf1d0]
>[[Pikyu]] (2015-04-21 (火) 20:26:33)~
~
お世話になります。pdf()で横幅の広い画像を保存したいのです...
pdf(file="abc1.pdf", width=200, height=7)
plot(1:10)
dev.off()
pdf(file="abc2.pdf", width=201, height=7)
plot(1:10)
dev.off()
この現象を回避するにはどうすべきでしょうか。環境はWindows...
~
よろしくお願いします。~
//
- 横幅が200インチと言うことは5.08mですよね。本当にそのサ...
- PDF ファイルの特性を理解しておられない。PDF ファイルの...
lm(Volume ~ A-3, data = x)
このような列名を含むdataではどのように説明変数を指定すれ...
~
宜しくお願いします。~
//
- 苦もないこと。そのような列名を colnames で付け替えると...
- 河童さん、実際にpdf(file="abc2.pdf", width=2, height=0....
- 私は，河童ではないし...&br;> 実際にpdf(file="abc2.pdf",...
以下にエラー plot.new() : figure margins too large
が出るでしょう？ということなんでしょうかね。そうね。そり...
pdf(file="abc2.pdf", width=2, height=0.07)
old <- par(mar=0.01*c(3,3,1,1))
x <- seq(0, 100*pi, length=1000000)
y <- sin(x)
plot(x, y, cex=0.005, xaxt="n", yaxt="n")
par(old)
dev.off()
または，
pdf(file="abc2.pdf", width=2, height=0.07)
old <- par(mar=0.01*c(3,3,1,1))
plot(c(0, 2), c(0, 0.07), type="n", xaxt="n", yaxt="n")
text(0, 0.035, paste(rep("1234567890", 100), collapse=""...
par(old)
dev.off()
あ，ごめんごめん，質問者の方へ&br;最初に戻って，&br;> wid...
&ref(fig.png);
- 皆さんご回答ありがとうございました。width=201では軸すら...
- acrobat readerでは表示出来ないというだけですが... -- [[...
- > width=201では軸すら表示されないので、そういう仕様にな...
**カプランマイヤー曲線にn.at.riskを入れたいのですが [#r84...
>[[sawako]] (2015-04-21 (火) 08:43:20)~
~
初めまして。~
初歩的な質問で恐縮です、ヒントでもいいので教えていただけ...
よろしくお願いいたします。~
~
~
survplotを用いてカプランマイヤー曲線にn.at.riskの表をいれ...
~
「 関数 "survplot" を見つけることができませんでした」の...
~
ネット上でいろいろ調べて「library(rsm)」「library(survplo...
~
またlibrary(survival)は実行済みです。~
~
お知恵を貸していただきたく思います。よろしくお願いいたし...
//
- 「rmsパッケージをダウンロードしました」って，どうやって...
- コメントありがとうございました。「ダウンロード」という...
- 「パッケージ ‘rms’ は無事に展開され、MD5 サムもチェック...
- rmsという名前のパッケージなのに、library(rsm)とタイプミ...
- 「library(rsm)とタイプミスをしているのは、本当にそう入...
**マージとsumを同時にやる方法 [#be32558d]
>[[うま]] (2015-04-14 (火) 17:58:19)~
~
連日失礼します。~
▼サンプル
識別ID,視聴時間,性別
A,1,men
A,2,men
A,3,men
B,4,men
B,5,men
B,6,men
B,7,men
C,8,women
C,9,women
D,10,women
▼求める結果
A,6,men
B,22,men
C,17,women
D,10,women
さらにここから散布図を作りたいと思っています。~
（男性女性別にどこに集中しているのかの傾向を見たいと思っ...
今、下記サイトを見ながらトライしているのですが、一日かけ...
http://sssslide.com/www.slideshare.net/abicky/r-10128090~
http://cse.naro.affrc.go.jp/takezawa/r-tips/r/43.html~
~
どうぞよろしくお願いします！~
//
- ちょっと不細工だけど以下のようにするか。 -- [[河童の屁...
> d <- as.data.frame(t(sapply(split(a, a$識別ID), functi...
+ list(as.character(d$識別ID[1]), sum(d$視聴時...
+ as.character(d$性別[1])))))
> d <- data.frame(matrix(unlist(d), ncol=3))
> d[,2] <- as.numeric(d[,2])
> d
X1 X2 X3
1 A 4 men
2 B 3 men
3 C 2 women
4 D 1 women
散布図ってどんなの？横軸に性別縦軸に視聴時間というのなら，
plot.default(d[,3], d[,2], pch=19)
で，描けるでしょ。
- ありがとうございます。色々とすみません。助かりました。 ...
**重複カウントと平均について [#y064e1df]
>[[うま]] (2015-04-13 (月) 19:43:22)~
~
お世話になります。~
~
Rで以下の式を計算しようとしているのですが、ちょうどよい方...
マージ関数やsumif関数などを利用したのですが、上手くいかな...
識別ID,視聴時間,性別
A,1,men
A,2,men
A,3,men
B,4,men
B,5,men
B,6,men
B,7,men
C,8,women
C,9,women
D,10,women
求める結果
men
sum=28, ave=14
women
sum=27, ave=13.5
識別IDは同一だと同じ人であることを指しています。~
上記のサンプルでいうと視聴者は4人ということになります。~
~
マージやsumifなどでは上手くいかないものなのでしょうか？~
ヒントだけでもお願い致します。~
//
- ave は，性別の合計視聴時間を人数で割るということと解釈...
> sapply(split(a, a$性別), function(b) c(sum(b$視聴時間)...
men women
[1,] 28 27.0
[2,] 14 13.5
うまい方法より，確実な方法を求めるべし。 -- [[河童の屁は...
- カッパさん -- [[うま]] &new{2015-04-14 (火) 17:14:32};
- 河童さん ありがとうございます。助かります。ちなみにで...
- 視聴者ごとの散布図を作れないかと思っています。自分でも...
- 「それぞれの視聴時間を別テーブルに保存」って，どういう...
- データフレームの名前をaとして、
> (t4person <- aggregate(視聴時間 ~ 性別 + 識別ID, data ...
性別 識別ID 視聴時間
1 men A 6
2 men B 22
3 women C 17
4 women D 10
> (tsum4sex <- aggregate(視聴時間 ~ 性別, data = t4perso...
性別 視聴時間
1 men 28
2 women 27
> (tmean4sex <- aggregate(視聴時間 ~ 性別, data = t4pers...
性別 視聴時間
1 men 14.0
2 women 13.5
-- [[名無し]] &new{2015-04-14 (火) 21:42:51};
**パッケージのロード情報をワークスペースに保存出来るでし...
>[[ぺぃにゃん]] (2015-04-11 (土) 14:54:36)~
~
お世話になります。~
~
RGuiのコンソール画面で幾つかパッケージを呼び出して作業を...
~
この時それまで使用していたパッケージもロード済みの状態で...
~
保存する際にオプションがある、もしくはパッケージの情報は...
//
- いつも同じことをやるなら，.Rprofile に library(hogehoge...
**関数内での変数の指定について [#c7866c37]
>[[かず]] (2015-04-11 (土) 13:53:34)~
~
お世話になります．~
自作関数内で，nlmeパッケージのgls関数を呼び出したいのです...
library(nlme)
myfunc <- function(data, y, group, time, id, cov) {
outcome <- deparse(substitute(y))
group <- deparse(substitute(group))
time <- deparse(substitute(time))
cov <- deparse(substitute(cov))
form <- paste(outcome,'~ as.factor(', group,')+as.fact...
group,'):as.factor(',time,')',cov)
id <- deparse(substitute(id))
res <- gls(as.formula(form),
data=data, corr=corSymm(form=~1|id),
weights=varIdent(form=~1|time))
return(res)
}
myfunc(BodyWeight,weight,Diet,Time,Rat, )
上記の実行で，
gls(weight~Time+Diet,
data=BodyWeight, corr=corAR1(form=~1|Rat),
weights=varIdent(form=~1|Time))
の結果を得ることを意図しているのですが，myfunc関数の引数...
deparse関数で文字列になってしまっているからなのかとも思い...
ご教示のほどよろしくお願いいたします．~
//
- すみません，下段は，
gls(weight~as.factor(Time)+as.factor(Diet),
data=BodyWeight, corr=corAR1(form=~1|Rat),
weights=varIdent(form=~1|Time)) # 投稿法...
の間違いです．よろしくお願いいたします． -- [[かず]] &new...
**℃の表示 [#q78daa54]
>[[けい]] (2015-04-06 (月) 15:39:48)~
~
いつも参考にさせていただいております。~
今回の質問は、温度表示の「℃」についてです。~
日本語変換の「℃」では文字化けすることもありうるので、英語...
lab = expression (paste("Temperature", "(", ~degreeC, ")...
text(0.5, 0.5, lab)
で表示させると、上付きの○部分がCと同じ大きさになってしま...
○部分を小さくすることは可能でしょうか。~
よろしくお願いいたします。~
//
- expression は expression(paste("Temperature", "(", degr...
&ref(deg.png);~
のようにキレイに表示されるけど。 -- [[河童の屁は，河童に...
- Windowsでも問題ないようです。ありがとうございました。 -...
**2軸のグラフ作成 [#d6b0f6fe]
>[[TGI]] (2015-04-06 (月) 08:25:40)~
~
~
stripchart()の右側のy軸に異なる目盛を作り、abline()で線を...
y <- -10:9
x <- factor(rep(1:2, 10))
stripchart(y~x, vertical=TRUE)
abline(h=3, col="red", lwd=2, lty="solid", ylim=c(0,10),...
axis(side=4, at=seq(0, 10, by=2))
そこで、以下のようにabline()の前にstripchart()でプロット...
y <- -10:9
x <- factor(rep(1:2, 10))
stripchart(y~x, vertical=TRUE)
par(new=TRUE)
stripchart(0, xaxt="n", yaxt="n", ylim=c(0, 10), col="wh...
abline(h=3, col="red", lwd=2, lty="solid", ylim=c(0, 10)...
axis(side=4, at=seq(0, 10, by=2))
宜しくお願いします。~
//
- 2軸のグラフは，普通は，2 つ（以上）のデータを同じ図に描...
y <- -10:9
x <- factor(rep(1:2, 10))
stripchart(y~x, vertical=TRUE)
abline(h=(57-100)/10, col="red", lwd=2, lty="solid")
axis(side=4, at=seq(-10, 9, length=11), labels=0:10)
このように，グラフの座標系と軸の座標系が一致しない場合に...
- ご回答ありがとうございました。換算するのはめんどくさい...
- leafletでのコロプレス図とマーカーについて(2) -- [[TAKA?...
**dataframeの一行削除について [#o77ee9f1]
>[[help]] (2015-04-05 (日) 10:17:32)~
~
初歩的な質問で申し訳ありません．~
~
例えば,irisであれば，iris[,-1]とすれば，一列目が削除され...
これは行につても使えると，どこかで書いたあった記憶がある...
//
- 大変お騒がせしました．一行消えていました．indexがデータ...
**beeswarm()について [#ef4495db]
>[[8]] (2015-04-03 (金) 09:16:24)~
~
お世話になります。beeswarm()を使用しているのですが、以下...
library(beeswarm)
pdf(file="iris.pdf",width=5,height=7)
beeswarm(Sepal.Length~Species, iris)
dev.off()
iris2 <- rbind(iris,iris,iris,iris,iris)
iris2[5] <- rep(c(letters,LETTERS),100)[1:nrow(iris2)]
pdf(file="iris2.pdf",width=35,height=7)
beeswarm(Sepal.Length~Species, iris2)
dev.off()
&ref(サンプル.png);~
このスペースを小さくするにはどうしたらよいでしょうか。環...
宜しくお願いします。~
//
- 例えば、glim = c(2,52)をbeeswarm()に追加するとどうなり...
- ありがとうございます。c(2,52)ではグラフ右端にスペースが...
- ヘルプファイルを読んだのですが、"dlim and glim can be u...
- beeswarm:::beeswarm.default でソースを読めば解決するで...
if (horizontal) {
if (is.null(ylim))
ylim <- glim
if (is.null(xlim)) {
xlim <- dlim
}
略
}
else { # vertical
if (is.null(xlim))
xlim <- glim
if (is.null(ylim)) {
ylim <- dlim
}
略
}
- なるほど。少し不親切なヘルプファイルですね。ありがとう...
- http://www.cbs.dtu.dk/~eklund/beeswarm/ にコメントの送...
**カイ二乗値がとても大きい時のpchisq() [#j29cbe92]
>[[NNDDMMCC]] (2015-03-31 (火) 19:35:51)~
~
お世話になります。~
カイ二乗値がとても大きい時に「1-pchisq」を計算すると，0と...
> 1-pchisq(70,1)
[1] 1.110223e-16 #1.0e-16まではしっかりと表示されますが
> 1-pchisq(71,1)
[1] 0 #それより小さくなるとすべて0になってしまうようです。
といったことを解消したいのですが，どうぞよろしくお願いい...
~
//
- この種の悪例は，統計手法や R の解説を名乗っている Web ...
> 1-pchisq(70, 1) # 「しっかりと表示されますが」とはい...
[1] 1.110223e-16
> pchisq(70, 1, lower.tail=FALSE) # このようにすれば，正...
[1] 5.930446e-17
> 1-pchisq(71, 1)
[1] 0
> pchisq(71, 1, lower.tail=FALSE) # このような場合につい...
[1] 3.572249e-17
もっとも，検定に対して用いる場合は，P 値はせいぜい小数点...
- 大変勉強になりました。どうもありがとうございました。 --...
**ネット上のデータを大量にRに取り込む方法 [#x992e8c3]
>[[たかし]] (2015-03-29 (日) 13:44:17)~
~
以下のURLは今月の3月4日に行われた競輪のレースの出走表です...
http://keirin-station.com/keirindb/race/member/36/2015030...
この出走表から個々の選手の競争得点の標本分散を計算します。~
次に以下のURLはその結果です。~
http://keirin-station.com/keirindb/race/result/36/2015030...
ここから3連単の配当金をとってきます。~
見たい関係は競争得点の標本分散と3連単の配当金なのですが、...
//
- 300回もページを参照されるのは（失敗なんかあったら更に同...
**lapply()の返り値について [#ye3028fe]
>[[XXX]] (2015-03-27 (金) 18:10:29)~
~
お世話になります。lapply()に自作の関数を渡して処理をする...
mysum <- function(x) {
invisible(a <- sum(x))
}
x <- 1:5
mysum(x) # 返り値は表示されない
x <- c(list(1:5), list(2:6))
lapply(x, mysum) # 返り値が表示されてしまう
どのようにすればよいでしょうか。~
宜しくお願いします。~
//
- 本来，invisible を使うのは，関数単独で引用されたときの...
mysum <- function(x) {
invisible(sum(x)) # 代入してから返す必要はない
}
x <- 1:5
mysum(x) # 返り値は表示されない
x <- list(1:5, 2:6) # データ構造としてはこちらが自然（...
y <- sapply(x, mysum) # この場合は sapply がよいだろう。
# 結果を何かに代入してやればよいだ...
# そもそも，代入もしない，出力もし...
# 回避策があるなら，不本意でもそれ...
y # 必要なときに表示すればよいだけ（不要なら表示しないだ...
- ありがとうございました。代入すればよいだけだったのです...
**日本語が急に文字化けするようになりました [#k156078a]
>[[月野]] (2015-03-25 (水) 14:45:04)~
~
初めて投稿させていただきます。win7 64bitで、R3.1.2を使用...
~
・Rconsole 内の のlanguage = ja_JP.UTF-8 に上書き~
・Sys.setenv での変更
> Sys.setenv(LANG = "fr")
> x
Erreur : objet 'x' introuvable
> Sys.setenv(LANG = "ja_JP.UTF-8")
> x
Error: object 'x' not found
> Sys.setenv(LANG = "en")
> x
Error: object 'x' not found
になります。R3.1.3をインストールしても同じ症状が継続して...
//
- 「コンソールのメッセージが全て英語になり」というのと「...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さま ありがとうご...
- そうですか。その欄に fr と書いても，メッセージはフラン...
- ありがとうございます。素人ながら3.1.3をインストールして...
- そもそもWindowsなのに、ja_JP.CP932じゃなくてja_JP.UTF-8...
> Sys.setlocale(locale="Japanese")
- ありがとうございます。UTF-8を指定したのは特別な理由はな...
# 実行結果などをどのように記述するかは，他の投稿記事をみ...
> Sys.setlocale(locale="Japanese")
[1] "LC_COLLATE=Japanese_Japan.932;LC_CTYPE=Japanese_Jap...
LC_MONETARY=Japanese_Japan.932;LC_NUMERIC=C;LC_TIME...
> Sys.setenv(LANG = "Japanese_Japan.932")
> x Error: object 'x' not found
- 「object 'x' not found」の意味は「xという名前のRオブジ...
- ↑ そうじゃなくて，「日本語でのエラーメッセージじゃなく...
- メッセージの問題への対処だけでは本質な解決につながらな...
- ありがとうございます。Sys.getenv()を見てみましたが、Rに...
- えっと、
1.「コントロール パネル\時計、言語、および地域」の「管理...
2.「C:\Program Files\R\R-3.1.3\etc\Rconsole」の中のlangu...
3. ご自分の「C:\Users\<ユーザー名>\Documents\Rconsole」...
4. 上記が問題なければ普通にRを起動して、sessionInfo()の...
> sessionInfo()
5. cmdを実行して環境変数の一覧を取得してはりつける.
C:\xxxx> set > env.txt
そんなもんかぁ -- [[なかま]] &new{2015-03-27 (金) 16:09:4...
- なかま さま ありがとうございます。1は問題ありませんで...
**重回帰(lm)でのpredictの使い方について [#u52508dc]
>[[NwFc]] (2015-03-22 (日) 20:48:16)~
~
初めて投稿させて頂きます．ルールが余りわからず失礼があれ...
~
Rで重回帰をしようとして，予測のところで躓いています．初歩...
やりたいことはデータを与えてlmで重回帰式求め，新しいデー...
predictは重回帰では使えず，係数を求めて自分でベクトル演...
> x1 <- c(30, 20, 60, 80, 40, 50, 60, 30, 70, 60)
> x2 <- c(30, 50, 60, 80, 40, 30, 60, 30, 40, 60)
> x <- cbind(x1, x2)
> a <- as.matrix(c(2, 5))
> y <- x %*% a
>
> z <- lm(y ~ x)
> new <- data.frame(x1 = 50, x2 = 50)
> predict(z, new)
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
210 290 420 560 280 250 420 210 340 420
Warning message:
'newdata' had 1 row but variables found have 10 rows
//
- そもそもモデル式が間違っているのでは？ -- &new{2015-03...
> z <- lm(y ~ x1 + x2)
> new <- data.frame(x1 = 50, x2 = 50)
> predict(z, new)
1
350
なお、yは次のように作成すると1行ですむ。y, x1, x2だけあれ...
> y <- 2 * x1 + 5 * x2
- 早速、ご回答を頂き有難う御座います。 -- [[NwFc]] &new{2...
**リストの要素の削除について [#i1252d9c]
>[[Lee]] (2015-03-17 (火) 20:05:19)~
~
たびたびすみません。再び質問させて頂きます。 # 「すいませ...
複数の文字列を要素にもつリストxから、文字列ベクトルyの要...
(x <- list(c("Aaa","Abb","Acc"), c("Baa","Bcc","Bds","Ba...
y <- c("Acc", "fgsd")
(z <- list(c("Aaa","Abb"), c("Baa","Bcc","Bds","Bas"), c...
どのような処理をすれば可能でしょうか。使えそうな関数でも...
宜しくお願いします。~
//
- これも，基本的な関数の組み合わせで実現できます。 -- [[...
> z # このような結果が欲しいのですね
[[1]]
[1] "Aaa" "Abb"
[[2]]
[1] "Baa" "Bcc" "Bds" "Bas"
[[3]]
[1] "dsfa" "gtsd" "frgh"
> lapply(x, function(a) a[!(a %in% y)]) # プログラムは，...
[[1]]
[1] "Aaa" "Abb"
[[2]]
[1] "Baa" "Bcc" "Bds" "Bas"
[[3]]
[1] "dsfa" "gtsd" "frgh"
- ありがとうござました。apply系の関数に自作の関数を組み合...
私の目的とは異なりますが、もし文字ベクトルyがy <- c("Ac",...
- lapply(x, function(a) a[! apply(sapply(y, function(b) g...
- ありがとうございました。挙動を確認し、ようやく理解でき...
**リストの要素の結合について [#pdf48a8d]
>[[Lee]] (2015-03-16 (月) 15:47:44)~
~
お世話になります。~
~
以下のような2×3の行列を要素にもつリストがあり、rbindで6×3...
list_dat <- list(matrix(1:6, nrow=2, ncol=3),matrix(7:12...
rbind(list_dat[[1]],list_dat[[2]],list_dat[[3]])
~
本当のデータはもっとたくさんの要素を持つので、この処理をl...
~
よろしくお願いします。~
//
- Reduce()はどうですか？ -- &new{2015-03-16 (月) 17:26:0...
> Reduce(rbind, list_dat)
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 3 5
[2,] 2 4 6
[3,] 7 9 11
[4,] 8 10 12
[5,] 13 15 17
[6,] 14 16 18
- 見たことも聞いたこともない関数を使わなくても，基本的な...
> result = NULL
> for (i in list_dat) {
+ result <- rbind(result, i)
+ }
> result
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 3 5
[2,] 2 4 6
[3,] 7 9 11
[4,] 8 10 12
[5,] 13 15 17
[6,] 14 16 18
- Reduce()を薦めた者ですけど、baseパッケージの中の基本関...
- ありがとうございました。Reduce()は初めて知りました。調...
- 「見たことも聞いたこともない」のは，私ではありません。&...
**検定ベクトル処理のためのチェイン構文＋doの仕様方法につ...
>[[コバヤシカズオ]] (2015-03-12 (木) 16:33:43)~
~
お世話になります。グループ毎にoneway.testを実行したく，下...
インターネットで見つけました。~
data %>% group_by(AAA,BBB) %>% do(hensu=lm(Y~X,data=.))~
真似をして，下記で実行したところエラーとなりました。~
data %>% group_by(CCC) %>% do(oneway=oneway.test(YY~XX,...
Error in oneway.test(YY~XX, data= .SD) : not enough groups
CCCの中に複数のカテゴリー（文字）は確認しました。~
基本的な使用方法の間違いでしょうか。ご指導戴けると幸いで...
//
- 申し訳ありません。doの使用方法について でした。 -- [[...
- 私は、この妙なやりかたはまったく知らないのだけど、エラ...
- %>% や, group_by や，do は標準関数ではありませんので（...
- 皆様 返信が遅く大変申し訳ありません。全グループが２水...
**データフレームからベクトルへの変換 [#qcaa874f]
>[[FK]] (2015-03-12 (木) 09:49:07)~
~
お世話になります。以下のようなデータフレームxの要素をひと...
~
宜しくお願いします。
sex <- c("F","F","M","M","M")
height <- c(158,162,177,173,166)
weight <- c(51,55,72,57,64)
( x <- data.frame(SEX=sex, HEIGHT=height, WEIGHT=weight) )
//
- unlist(x)は試してみましたか -- [[竹澤]] &new{2015-03-12...
- unlist(x)をすると"F", "M"が"1","2"に変換されてしまいま...
- 意図を掴みにくいですが、因子型のFやMが1や2になっては困...
> x$SEX <- as.character(x$SEX)
> unlist(x)
SEX1 SEX2 SEX3 SEX4 SEX5 HEIGHT1 HEIGHT2 ...
"F" "F" "M" "M" "M" "158" "162" ...
WEIGHT1 WEIGHT2 WEIGHT3 WEIGHT4 WEIGHT5
"51" "55" "72" "57" "64"
名前付きベクトルが嫌であればunname()を使えばいいです
> unname(unlist(x))
[1] "F" "F" "M" "M" "M" "158" "162" "177" "17...
[13] "72" "57" "64"
- 希望する処理ができました。ありがとうございました。 -- [...
**decompose関数について [#a4459c5d]
>[[okh]] (2015-03-10 (火) 11:28:18)~
~
統計数理研究所のDecompとRのdecompose関数は同じ計算法なん...
//
**「Wiki内のGoogle検索について」など２件 [#y24ea5b9]
>[[Montecarlo]] (2015-03-08 (日) 22:56:02)~
~
いつもお世話になっております。~
~
質問が２件ありますので、お答えいただけたら幸いです。~
~
・Wiki内検索について~
本Wiki内の検索を一番下のGoogle検索窓からWiki内を検索しま...
いくつか「有効なWikiNameではありません」と表示されて、検...
この解決策をご存知の方がいらっしゃいましたら、教えていた...
~
・画像の添付について~
トップページには以下のように書かれていました。~
＞ 各ページへのファイル添付については、ページ上部の「ファ...
しかしながら、添付しようとすると「管理者パスワードが一致...
添付の具体的な方法を教えていただけたらと思います。~
~
よろしくお願いいたします。~
//
- 検索は，ページ上部の「単語検索」でやるとよいでしょう。 ...
- Googleの検索が失敗する理由は、ごく最近このWikiシステム...
- Google検索が失敗する理由はおそらくご指摘の通りだと思っ...
- 添付ファイルを管理者パスワードなしで許可するように設定...
- 返信遅くなってしまい、申し訳ありませんでした。~
そして、返信いただきありがとうございました。~
Google検索はしばらく時間がかかるようなので、「単語検索」...
画像添付は機会を得たら、その時に添付したいと思います。 --...
**meta packageでのp値の桁数 [#m33ab514]
>[[NNDDMMCC]] (2015-03-04 (水) 14:15:42)~
~
お世話になります。~
R version 3.1.1 (2014-07-10)~
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)~
OS:windouws 7~
でメタ解析をmeta packageを用いて行っております。~
そのなかで，metabinを用いて以下のようなプログラムを実行し...
X <- matrix(c(1282, 1890, 1368, 2426, 1749, 2606, 1462, ...
res <- metabin(X[,1], X[,2], X[,3], X[,4], sm="OR", comb...
res$pval.fixed
としてfixed effect modelのp値を表示しようとしたのですです...
とても小さい値（おそらく1.0E-16以下だと思います）を表示す...
どうぞよろしくお願いいたします。
//
- 変数の内容を 2 進数表記するとどのようになるかを確認して...
> sprintf("%A", res$pval.fixed)
[1] "0X0P+0"
> sprintf("%A", 0)
[1] "0X0P+0"
なので，これは正真正銘の 0 ですね。 -- [[河童の屁は，河童...
- ご回答ありがとうございます。sprintf関数，勉強になりまし...
**自分で定義した関数中でstepが使えない [#hd7e789d]
>[[HA]] (2015-02-28 (土) 21:57:05)~
~
お世話になります。~
Rを始めて3ヶ月、プログラミングはRが初めて、という者です。~
環境は ~
R version 3.1.2 (2014-10-31)~
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)~
OS：Windows 7 professional~
です。~
アンケートの分析で、ロジット(将来的にはプロビットも)分析...
目的変数にあたる項目が複数あり、将来的に似たような分析を...
そして以下のような関数を作りました(エラーに関係しない部分...
y = runif(100) > 0.3 #テストデータ
x1 = runif(100)
x2 = runif(100)
x3 = runif(100)
x4 = runif(100)
t.d = data.frame(y,x1,x2,x3,x4)
obj = y~.
null = y~ 1
t.func = function(obj, null, family = binomial, #関数本体
data, direction = "both"){
on.exit(sink())
sink("test.txt")
rg1 = glm(obj,family ,data)
rg2 = glm(null,family ,data)
step(rg1, scope = list(upper = rg1, lower = rg2),
direction = direction)
}
t.func(obj, null,data = t.d)
これを実行すると、
「Error in UseMethod("family") :
no applicable method for 'family' applied to an object...
というエラーメッセージが出て、停止してしまいます。~
1行ずつreturnで結果を返していったところ、stepの部分でエラ...
directionを"backward"にすれば動くのですが、できればステッ...
本サイトでは、glmで検索した結果と「Rの関数定義の基本」に...
(「Rの関数定義の基本」の「引数として関数オブジェクトを与...
どうかご助言よろしくお願いいたします。~
//
- 誰の回答もないのでコメントだけ。質問のエラーは再現しま...
- コメントありがとうございます。namespaceというのは初見で...
- 関数の作り方に難がある（ちょっと癖がある）ので，以下の...
もっとも，こんな簡単な関数になるなら，わざわざ関数にする...
set.seed(20206)
n = 40
y = runif(n) > 0.3 #テストデータ
x1 = rnorm(n)
x2 = rnorm(n)
x3 = rnorm(n)
x4 = rnorm(n)
t.d = data.frame(y, x1, x2, x3, x4)
t.func = function(y, x, family = binomial, direction = "...
on.exit(sink())
sink("test.txt")
rg1 = glm(y ~ x, family)
step(rg1, direction = direction) # モデルの範囲を指定...
}
t.func(t.d[,1], as.matrix(t.d[2:5])) # 第1引数は従属変数...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁であるさん。回答ありがとう...
~
まず報告ですが、残念ながらお示し頂いた方法だと、xの部分が...
~
ちなみに質問に際して他に省いた部分はファイルの名前の管理...
１．複数の目的変数があり、合成変数も作っていたり、地域毎...
分析したいデータセットの種類が結構あり(今のところ30位を計...
２．ステップワイズは定数項だけのモデルから始める場合と全...
３．ロジットの結果をベースにしつつ余裕があればプロビット...
~
といった理由で処理と一緒に関数化したかったのですが、プロ...
~
とりあえず、今はsourceで呼び出す形である程度処理をまとめ...
- 適切なテストデータがなかったので，十分吟味できておらず...
# seed=sample(100000, 1)
set.seed(9475)
# print(seed)
n = 40
yy = runif(n) > 0.3 #テストデータ
x1 = rnorm(n)
x2 = rnorm(n)
x3 = rnorm(n)
x4 = rnorm(n)
t.d = data.frame(yy, x1, x2, x3, x4)
t.func = function(y, x, link=c("logit", "probit"), direc...
# on.exit(sink())
# sink("test.txt")
link = match.arg(link)
d = data.frame(y, x)
formula1 = as.formula(sprintf("%s ~ .", colnames(d)[1]))
rg1 = glm(formula1, family=binomial(link=link), data=d)
formula2 = as.formula(sprintf("%s ~ 1", colnames(d)[1]))
rg2 = glm(formula2, family=binomial(link=link), data=d)
step(rg1, scope = list(upper = rg1, lower = rg2) , dir...
}
t.func(t.d[1], t.d[2:5]) # 第1引数は 1 列のデータフレー...
t.func(t.d[1], t.d[2:5], link="probit", direction="backw...
実行例1
> t.func(t.d[1], t.d[2:5]) # 第1引数は...
Start: AIC=39.64
yy ~ x1 + x2 + x3 + x4
Df Deviance AIC
- x2 1 29.679 37.679
<none> 29.636 39.636
- x1 1 32.109 40.109
- x4 1 35.722 43.722
- x3 1 37.178 45.178
Step: AIC=37.68
yy ~ x1 + x3 + x4
Df Deviance AIC
<none> 29.679 37.679
- x1 1 32.123 38.123
+ x2 1 29.636 39.636
- x4 1 35.948 41.948
- x3 1 37.239 43.239
Call: glm(formula = yy ~ x1 + x3 + x4, family = binomia...
data = d)
Coefficients:
(Intercept) x1 x3 x4
2.1681 0.5991 1.3290 -1.4805
Degrees of Freedom: 39 Total (i.e. Null); 36 Residual
Null Deviance: 40.03
Residual Deviance: 29.68 AIC: 37.68
実行例2
> t.func(t.d[1], t.d[2:5], link="probit", direction="ba...
Start: AIC=40.81
yy ~ x1 + x2 + x3 + x4
Df Deviance AIC
- x2 1 30.815 38.815
- x1 1 32.370 40.370
<none> 30.813 40.813
- x4 1 36.481 44.481
- x3 1 37.109 45.109
Step: AIC=38.81
yy ~ x1 + x3 + x4
Df Deviance AIC
- x1 1 32.392 38.392
<none> 30.815 38.815
- x4 1 36.583 42.583
- x3 1 37.154 43.154
Step: AIC=38.39
yy ~ x3 + x4
Df Deviance AIC
<none> 32.392 38.392
- x4 1 36.744 40.744
- x3 1 37.532 41.532
Call: glm(formula = yy ~ x3 + x4, family = binomial(lin...
Coefficients:
(Intercept) x3 x4
1.1263 0.5115 -0.5909
Degrees of Freedom: 39 Total (i.e. Null); 37 Residual
Null Deviance: 40.03
Residual Deviance: 32.39 AIC: 38.39
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さん ありがとうご...
**引数の確認について [#a1288ad2]
>[[Montecarlo]] (2015-02-22 (日) 23:37:30)~
~
いつもお世話になっております。~
今回引数の確認について質問をさせていただきます。~
~
関数の中で関数を定義し、その関数が調べることが可能かの疑...
具体的には以下の事象です。~
~
以下のプログラムを走らせると
Dist.norm <- function(arg.m, arg.sd){
return(
list(
random = function(n) rnorm(n, arg.m, arg.sd)
, mean = arg.m
, density = function(x) dnorm(x, arg.m, arg.sd)
)
)
}
TestFunction <- Dist.norm(2, 3)
TestFunction
set.seed(0);TestFunction$random(3);set.seed(0);rnorm(3, ...
TestFunction$density(0.3); dnorm(0.3, 2, 3)
このように返ってきます。
> Dist.norm <- function(arg.m, arg.sd){
+ return(
+ list(
+ random = function(n) rnorm(n, arg.m, arg.sd)
+ , mean = arg.m
+ , density = function(x) dnorm(x, arg.m, arg.sd)
+ )
+ )
+ }
>
> TestFunction <- Dist.norm(2, 3)
> TestFunction
$random
function (n)
rnorm(n, arg.m, arg.sd)
<environment: 0x00000000295e3d18>
$mean
[1] 2
$density
function (x)
dnorm(x, arg.m, arg.sd)
<environment: 0x00000000295e3d18>
> set.seed(0);TestFunction$random(3);set.seed(0);rnorm(3...
[1] 5.788863 1.021300 5.989398
[1] 5.788863 1.021300 5.989398
> TestFunction$density(0.3); dnorm(0.3, 2, 3)
[1] 0.1132558
[1] 0.1132558
こちらが意図とした通り、乱数と平均および密度が求まってい...
しかしながら、以下の状態では「arg.m」「arg.sd」へ何が入っ...
> TestFunction$random
function(n) rnorm(n, arg.m, arg.sd)
<environment: 0x00000000295e3d18>
この「arg.m」「arg.sd」を取得する方法はありますでしょうか...
具体的には、上記の例で「arg.m = 2」「arg.sd = 3」を取得し...
~
皆さんのお知恵を拝借できればと思います。~
どうぞよろしくお願いいたします。~
//
- > この「arg.m」「arg.sd」を取得する方法はありますでしょ...
density = function(x) c(dnorm(x, arg.m, arg.sd), arg.m, ...
というように定義しておけば，dnorm の戻り値と，arg.m, arg....
> TestFunction$density(0.3)
[1] 0.1132558 2.0000000 3.0000000
c ではなく list で返してやってもよいでしょう。
density = function(x) list(density=dnorm(x, arg.m, arg.s...
としておけば，
> TestFunction$density(0.3); dnorm(0.3, 2, 3)
$density
[1] 0.1132558
$arg.m
[1] 2
$arg.sd
[1] 3
お好きな方を。 -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁である。]...
- 「 河童の屁は，河童にあらず，屁である。」様~
早速の返信ありがとうございます。~
言われてみればその通りですね。~
~
返り値として指定してあげればよい話ですね。~
ありがとうございました。~
~ -- [[Montecarlo]] &new{2015-02-23 (月) 06:50:55};
**テーブル変形について [#q928e3f7]
>[[konoushi]] (2015-02-22 (日) 17:13:59)~
~
平素よりお世話になっております。~
下記のようなテーブルを以下のように変形したいのです。~
どのようにすればよいでしょうか。
id StartYear EndYear Variable
01 2000 2002 a
02 1995 1997 b
id Year Variable
01 2000 a
01 2001 a
01 2002 a
02 1995 b
02 1996 b
03 1997 b # 変なところに投稿しないように 投稿...
//
- あれこれうまい方法を聞いたり，試したりするより，ださく...
d <- structure(list(id = c(1L, 2L, 30L),
StartYear = c(2000L, 1995L, 2010L),
EndYear = c(2002L, 1997L, 2015L),
Variable = structure(1:3, .Label = c("a", "b", "c"), c...
.Names = c("id", "StartYear", "EndYear", "Variable"), ...
row.names = c(NA, -3L))
d
n <- d$EndYear - d$StartYear + 1
d2 <- NULL
for (i in 1:nrow(d)) {
d2 <- rbind(d2,
cbind(rep(d[i,1], n[i]),
seq(d[i, 2], d[i, 3], length=n[i]),
rep(as.character(d[i,4]), n[i])))
}
d2 <- data.frame(d2)
colnames(d2) <- c("id", "Year", "Variable")
d2$id <- as.integer(as.character(d2$id))
d2$Year <- as.integer(as.character(d2$Year))
d2
実行結果
> d
id StartYear EndYear Variable
1 1 2000 2002 a
2 2 1995 1997 b
3 30 2010 2015 c
> d2
id Year Variable
1 1 2000 a
2 1 2001 a
3 1 2002 a
4 2 1995 b
5 2 1996 b
6 2 1997 b
7 30 2010 c
8 30 2011 c
9 30 2012 c
10 30 2013 c
11 30 2014 c
12 30 2015 c
**要素を一回で抽出する事は可能でしょうか？ [#qec460ff]
>[[risperidone]] (2015-02-20 (金) 10:20:50)~
~
お世話になります。例えば下記のようなデータがあったとしま...
1:ANA 2:JAL 3:ANA, JAL 4:JAL,ANA, DEL~
それぞれの構成要素をカウントすると、ANA 3, JAL 3, DEL 1と...
//
- 1:ANA 2:JAL 3:ANA, JAL 4:JAL,ANA, DEL は1, 2, 3, 4 行目...
- ご返信ありがとうございます。「1:」，「2:」などは行の一...
- ファイルからどのようにして読み込んだのですか？つまり，...
ANA
JAL
ANA, JAL
JAL,ANA, DEL
のようなファイル（test.dat）があって，それを readLines で...
x <- readLines("test.dat")
table(unlist(strsplit(x, "[ ,]")))
によって，以下の結果を得るでしょう。
ANA DEL JAL
2 3 1 3
strsplit の split を "[ ,]" にしているのは，「要素とカン...
- ご返信ありがとうございます。データ入力の仕方に改善の余...
- > もしエクセルで各セルに「ANA」「DEL」など単一のデータ...
- ありがとうございます。大変参考になりました。 -- [[rispe...
**SPSSから読み込んだデータの数値をNAに置き換えできません ...
>[[Thomas]] (2015-02-20 (金) 00:28:36)~
~
はじめまして。Windows7SP1上でR 3.1.2 64bitを使っています...
データ例(test.sav)
V1 V2
1 -99
2 22
3 23
4 24
（なおここで-99はSPSS上ではユーザ欠損値にはなっておりませ...
install.packages("memisc")
library(memisc)
data <- as.data.set(spss.system.file("test.sav"))
dat[dat == -99] <- NA
以下にエラー `[<-.data.frame`(`*tmp*`, i, j, value = NA)...
(list) オブジェクトは 'double' に変換できません。
dat$v2[dat$v2 == -99] <- NA と変数を明示的に指定するとエ...
どうかよろしくお願い申し上げます。~
//
- data.setオブジェクトはdata.frameとは別のものです．read....
なお，変換はas.data.frame関数を使うことで可能ですが，data...
- ありがとうございました。data.frameとは別物で読み込まれ...
- Thomas さん，あなたは，「整形ルール」のページの一部を壊...
- 申しわけありません。よくわからずひな形の欄を触ってしま...
- 自分の書き込みを削除するときに，それ以外のかなりの行を...
- 編集の窓の中をいじると実際の表示に直接反映されてしまう...
- 上記data.setを dan<-as.data.frame(dat) としてdata.fram...
**各数値の間にカンマを自動挿入してエクセルのデータをＲに...
>[[risperidone]] (2015-02-18 (水) 17:53:36)~
~
表題通りですが、エクセルデータ（csv）の数値をエクセル上で...
x=c(3619, 7797, 5039, 1617, 8876, 2156, 1659, 504, 387, ...
といった風に、数値の間にカンマを自動で入れるためのテクニ...
今までは手動でカンマの挿入をやっていました。~
//
- Excel でコピー，R コンソールで dput(scan("")) とすると...
> dput(scan(""))
1: 1 2 3 4 << ペースト
5: << リターンキーを押す
Read 4 items
c(1, 2, 3, 4) << これをコピーして利用する
> x <- c(1, 2, 3, 4) << たとえば，こんなふうに
別解~
Mac の場合，次の様な関数を作っておく。
p <- function() {
con <- pipe("pbpaste", "r")
txt <- scan(con)
close(con)
con <- pipe("pbcopy", "w")
cat("c(", paste(txt, collapse=", "), ")", file=con, se...
close(con)
}
1. Excel でコピーする。~
2. R で p() を実行する ~
3. 変換された文字列がバッファーにあるので，必要なところで...
Windows の場合は
p <- function() cat("c(", paste(scan("clipboard"), colla...
かな？使い方は同じ。
- ご回答ありがとうございます。dput(scan(""))、大変便利で...
**単独でなく複数のデータを一括で読み込みたいのですが... [...
>[[shino]] (2015-02-12 (木) 19:31:14)~
~
はじめまして。~
私は今、以下のデータ(DAU,DPU,行動データ)をそれぞれ一括で...
sample-data/section8/daily/dau/game-01/2013-05-01~2013-10...
sample-data/section8/daily/dpu/game-01/2013-05-01~2013-10...
sample-data/section8/daily/action/game-01/2013-10-31~
~
下記のコードをRで実行した際~
「関数 "ldply" を見つけることができませんでした 。」とエ...
ご教授のほどよろしくお願い申し上げます。
> library(“plyr”)
> library(“foreach”)
> readTsvDates <- function(base.dir, app.name, date.from...
+ date.from <- as.Date(date.from)
+ date.to <- as.Date(date.to)
+ dates <- seq.Date(date.from, date.to, by = "day")
+ x <- ldply(foreach(day = dates, combine = rbind) %do% {
+ read.csv(sprintf("%s/%s/%s/data.tsv", base.dir, app.na...
+ header = T,
+ sep = "\t", stringsAsFactors = F)
+ })
+ x
+ }
>
> # DAUを読みこむ関数
> readDau <- function(app.name, date.from, date.to = dat...
+ data <- readTsvDates("sample-data/section8/daily/dau",...
+ date.from, date.to)
+ data
+ }
> # DPUを読みこむ関数
> readDpu <- function(app.name, date.from, date.to = dat...
+ data <- readTsvDates("sample-data/section8/daily/dpu",...
+ date.from, date.to)
+ data
+ }
> # 行動データを読みこむ関数
> readActionDaily <- function(app.name, date.from, date....
+ data <- readTsvDates("sample-data/section8/daily/actio...
+ date.from, date.to)
+ data
+ }
>
> # データの読みこみ
>
> # DAU
> dau <- readDau("game-01", "2013-05-01", "2013-10-31")
以下にエラー readTsvDates("sample-data/section8/daily/d...
関数 "ldply" を見つけることができませんでした
> head(dau)
log_date app_name user_id
1 2013-08-01 game-01 33754
2 2013-08-01 game-01 28598
3 2013-08-01 game-01 30306
4 2013-08-01 game-01 117
5 2013-08-01 game-01 6605
6 2013-08-01 game-01 346
> # DPU
> dpu <- readDpu("game-01", "2013-05-01", "2013-10-31")
以下にエラー readTsvDates("sample-data/section8/daily/d...
関数 "ldply" を見つけることができませんでした
> head(dpu)
log_date app_name user_id payment
1 2013-06-01 game-01 351 1333
2 2013-06-01 game-01 12796 81
3 2013-06-01 game-01 364 571
4 2013-06-01 game-01 13212 648
5 2013-06-01 game-01 13212 1142
6 2013-06-01 game-01 13212 571
> # Action
> user.action <- readActionDaily("game-01", "2013-10-31"...
以下にエラー readTsvDates("sample-data/section8/daily/a...
関数 "ldply" を見つけることができませんでした
> head(user.action)
以下にエラー head(user.action) : オブジェクト 'user.ac...
//
- そもそもforeach(day = dates, .combine = rbind)とちゃん...
- .combineの手前の”どっと”をつけ忘れる→listを展開したい→l...
- ご返答ありがとうございます!!~
自分でも少しわかりにくいコードでしたので、簡略化してみま...
> library(plyr)
> library(foreach)
foreach: simple, scalable parallel programming from Revo...
Use Revolution R for scalability, fault tolerance and mo...
http://www.revolutionanalytics.com
>
> readDau <- function(app.name, date.from, date.to) {
+ date.from <- as.Date(date.from)
+ date.to <- as.Date(date.to)
+ dates <- seq.Date(date.from, date.to, by = "day")
+ ldply(foreach(day = dates, combine = rbind) %do% {
+ base.dir <- "sample-data/section8/daily/dau"
+ f <- sprintf("%s/%s/%s/data.tsv",
+ base.dir, app.name, day)
+ read.csv(f, header = T, stringsAsFactors = F)
+ })
+ }
>
> dau <- readDau(“game-01", "2013-05-01", "2013-10-31")
> head(dau)
log_date app_name user_id
1 2013-08-01 game-01 33754
2 2013-08-01 game-01 28598
3 2013-08-01 game-01 30306
4 2013-08-01 game-01 117
5 2013-08-01 game-01 6605
6 2013-08-01 game-01 346
自動編集機能があるわけじゃないのだからね!
**重回帰分析を行った後にVIFが求められない [#hf585ee9]
>[[risperidone]] (2015-02-10 (火) 00:34:05)~
~
初めてこちらに質問させて頂きます。宜しくお願いします。~
R(3.1.2)をMac OS X 10.10.2で使っています。~
重回帰分析までは出来たように思えます。~
説明変数はregimen＝投薬数、maleは性別、治療アウトカムは治...
データは全て疾患Ａ・Ｂ・Ｃのいずれかに該当します。~
> result1 = lm(regimen ~ male + 疾患A-1 + 疾患B + 疾患C ...
投与開始年齢 + 最終受診時年齢 + 治療アウ...
> summary(result1)
Call:
lm(regimen ~ male + 疾患A-1 + 疾患B + 疾患C + 初発年齢 +
投与開始年齢 + 最終受診時年齢 + 治療アウトカム, data=...
Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-4.0473 -1.3977 -0.3918 0.8142 11.5159
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
male 0.19436 0.22706 0.856 0.392499
疾患A 0.95790 0.48769 1.964 0.050192 .
疾患B 2.58759 0.43024 6.014 4.03e-09 ***
疾患C 1.93298 0.37667 5.132 4.45e-07 ***
初発年齢 0.04138 0.02220 1.864 0.063002 .
治療開始年齢 -0.08136 0.02203 -3.692 0.000252 ***
最終受診年齢 0.03569 0.01069 3.340 0.000916 ***
治療アウトカム 1.49465 0.22467 6.653 9.31e-11 ***
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1...
Residual standard error: 2.239 on 407 degrees of freedom
Multiple R-squared: 0.7106, Adjusted R-squared: 0.7049
F-statistic: 124.9 on 8 and 407 DF, p-value: < 2.2e-16
ここでVIFパッケージをインストールしました。
URL 'http://cran.ism.ac.jp/bin/macosx/mavericks/contrib...
Content type 'application/x-gzip' length 2356946 bytes (...
開かれた URL
==================================================
downloaded 2.2 Mb
ダウンロードされたパッケージは、以下にあります
/var/folders/4k/37q819dx1dn03k0zl3n0yhth0000gp/T//Rtmp...
> library(VIF)
> vif(result1)
以下にエラー as.vector(y) - mean(y) : 二項演算子の引数...
追加情報: 警告メッセージ:
In mean.default(y) : argument is not numeric or logical:...
エラーメッセージ後の対応が分からず苦慮しております。ご教...
ファイル添付からデータをアップロードさせて頂きました。
//
- data1.csv ですか？変数名が regimen,male,JME,TLE,nJnT,fi...
- DAAGライブラリのvifを用いたいのですが、以下のようなエラ...
URL 'http://cran.ism.ac.jp/bin/macosx/mavericks/contrib/...
Content type 'application/x-gzip' length 1983807 bytes ...
==================================================
downloaded 1.9 Mb ダウンロードされたパッケージは、以...
/var/folders/4k/37q819dx1dn03k0zl3n0yhth0000gp/T//Rtm...
> library(DAAG) 要求されたパッケージ lattice をロード中...
Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPath...
‘latticeExtra’ という名前のパッケージはありません
エラー: ‘DAAG’ に対するパッケージもしくは名前空間のロ...
- > ‘latticeExtra’ という名前のパッケージはありません&br;...
- 無事、VIFが出ました。ありがとうございました。&br;もう１...
> result3 <- lm(regimen ~ sex + seizure_type + first + A...
> summary(result3)
Call:
lm(formula = regimen ~ sex + seizure_type + first + AEDa...
lastAge + outcome, data = dat3)
Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-3.8267 -1.5011 -0.3003 0.8695 11.3550
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) 1.738749 0.572593 3.037 0.002546
sex 0.191705 0.230669 0.831 0.406413
seizure_type 0.003416 0.181867 0.019 0.985023
first 0.033675 0.022452 1.500 0.134426
AEDage -0.075155 0.022321 -3.367 0.000832
lastAge 0.043301 0.010658 4.063 5.82e-05
outcome 1.609017 0.226135 7.115 5.05e-12
Residual standard error: 2.275 on 408 degrees of freedom
Multiple R-squared: 0.1676, Adjusted R-squared: 0.1553
F-statistic: 13.69 on 6 and 408 DF, p-value: 3.515e-14
> install.packages("car") 省略
> library(car)
> Anova(result3)
Anova Table (Type II tests)
Response: regimen
Sum Sq Df F value Pr(>F)
sex 3.58 1 0.6907 0.4064126
seizure_type 0.00 1 0.0004 0.9850233
first 11.64 1 2.2496 0.1344258
AEDage 58.68 1 11.3364 0.0008321
lastAge 85.44 1 16.5058 5.818e-05
outcome 262.05 1 50.6274 5.053e-12
Residuals 2111.86 408
となりました。seizure_typeのPrが0.9850233となりました。し...
- 記事の投稿方法について，ちゃんと理解してから利用してく...
- 修正のお手間をかけ申し訳ありませんでした。Rを使ってtype...
- まだ誰からもコメントがないようなので，本筋ではないがコ...
seizure_type を Factor にする（一元配置分散分析のときは，...
> dat3$seizure_type <- factor(dat3$seizure_type)
> oneway.test(regimen~seizure_type, dat3, var.equal=TRUE)
One-way analysis of means
data: regimen and seizure_type
F = 10.6063, num df = 2, denom df = 412, p-value = 3.224...
lm の結果は違うものになる（seizure_type1 がベースラインに...
> result3 <- lm(regimen ~ sex + seizure_type + first + A...
> summary(result3)
Call:
lm(formula = regimen ~ sex + seizure_type + first + AEDa...
lastAge + outcome, data = dat3)
Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-4.0473 -1.3977 -0.3918 0.8142 11.5159
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) 0.95790 0.48769 1.964 0.050192
sex 0.19436 0.22706 0.856 0.392499
seizure_type2 1.62969 0.46882 3.476 0.000563
seizure_type3 0.97509 0.44129 2.210 0.027688
first 0.04138 0.02220 1.864 0.063002
AEDage -0.08136 0.02203 -3.692 0.000252
lastAge 0.03569 0.01069 3.340 0.000916
outcome 1.49465 0.22467 6.653 9.31e-11
Residual standard error: 2.239 on 407 degrees of freedom
Multiple R-squared: 0.1954, Adjusted R-squared: 0.1816
F-statistic: 14.12 on 7 and 407 DF, p-value: < 2.2e-16
Anova も結果が変わる
> library(car)
> Anova(result3)
Anova Table (Type II tests)
Response: regimen
Sum Sq Df F value Pr(>F)
sex 3.67 1 0.7327 0.3924989
seizure_type 70.65 2 7.0439 0.0009832
first 17.43 1 3.4755 0.0630017
AEDage 68.37 1 13.6334 0.0002525
lastAge 55.94 1 11.1536 0.0009160
outcome 221.96 1 44.2578 9.308e-11
Residuals 2041.21 407
重回帰分析にカテゴリー変数を使うときには注意が必要（初歩...
- ご回答、本当にありがとうございました。初歩的な質問に丁...
**beeswarmを使った散布図のプロット [#dc15616b]
>[[Bee]] (2015-02-09 (月) 20:24:44)~
~
初めまして。beeswarmを使用して散布図を作成しています。PC...
data1 <- read.delim("clipboard")
beeswarm(temp~ day, data = data1,
pch = 16, pwcol = 1 + as.numeric(kubun),
xlab = "", ylab = "Follow-up time (months)",
labels = c("day1", "day3", "day5", "day8", "day10", "day...
"day15","day18", "day21"))
legend("topright", legend = c("F", "G"),
title = "Censored", pch = 16, col = 1:2)
の、pwcol = 1 + as.numeric(kubun) が、解決するポイントと...
~
何とぞ、お教えの程お願いいたします。~
~
R ×64 3.1.2 を使用しています。 ~
//
- pch=c(1,16)[as.numeric(kubun)] とかにすれば，よいでしょ...
- 申し訳ありませんでした。データは以下のとおりです。kubun...
kubun day temp
2 1 35.9
1 1 36.5
1 1 36.5
2 1 36.8
1 1 36.9
2 1 36.9
2 1 37.2
1 1 37.3
2 1 37.3
1 1 38.8
1 3 36.3
1 3 36.3
2 3 36.3
1 3 36.5
1 3 36.7
2 3 36.7
2 3 36.8
1 3 36.9
2 3 37.8
- 以下のようにすればよいでしょう。&br;beeswarm 中の pch, ...
library(beeswarm)
beeswarm(temp ~ day, data = data1,
pwpch = c(1, 16)[as.numeric(kubun)], pwcol = as.numeri...
xlab = "", ylab = "Follow-up time (months)",
labels = paste("day", c(1, 3, 5, 8, 10, 12, 15, 18, 21...
legend("top", legend = c("F", "G"),
title = "Censored", pch = c(1,16)[as.numeric(data1$kub...
[as.numeric(data1$kubun)])
- ありがとうございました。解決いたしました。 pwcol の使...
**あらためて、多重クロス集計について [#vc7cfb96]
>[[島田泰夫]] (2015-02-07 (土) 08:29:45)~
~
ふたたび質問させて下さい。~
~
やはり解決しないので・・・
wd <- sample(1:16,100, replace=TRUE)
ws <- sample(0:10,100, replace=TRUE)
inds <- sample(0:100,100, replace=TRUE)
d <- data.frame(wd=wd, ws=ws, inds=inds)
ここから、wdとwsのクロス集計表を作成し、そこからこのクロ...
tapply(d$inds, d$wd, d$ws, sum)
は、文法上できないですし~
そこで・・
re <- ftable(d$inds, d$wd, d$ws)
から得られたオブジェクトを操作しようとして
gyo <- sort(unique(d$inds))
gyo2 <- length(gyo)
gyo3 <- 0
re.mat <- matrix(nr=16, nc=11,0)
for ( i in 1: gyo2){
for ( j in 1:16 ){
gyo3 <- gyo3 +1
for ( k in 1:11){
re.mat[j, k] <- re.mat[j, k] + re[gyo3,k]*gyo[i]
}}}
としてようやく目的の値（表）を得ることができましたが、汚...
もう少し効率的、綺麗な方法はありませんでしょうか？~
//
- tapply を使おうと思ったのは筋がよいですね。ただ，オンラ...
a <- tapply(d$inds, list(d$wd, d$ws), sum)
a[is.na(a)] <- 0
a
しかし，もっと良い方法がある。
xtabs(inds ~ wd + ws, d)
関数 1 つで，答えが求まる。-- [[河童の屁は，河童にあらず...
- ありがとうございました。listの使い方、xtabs等、大変参考...
**balloonplotの行名を並び替えたい [#vf558f14]
>[[島田 泰夫]] (2015-02-05 (木) 10:58:21)~
~
初歩的な質問で恐縮です。~
library(gplots)のballoonplotについて、教えて下さい。
wd1 <- sample(c(1:16),100, replace=TRUE)
wd2 <- sample(c(1:16),100, replace=TRUE)
inds <- sample(c(0:25),100,replace=TRUE)
ここから
balloonplot(wd1,wd2,inds)
とすると、列名は1〜16にきちんと並びますが、行名がバラバラ...
行名を1〜16に並べる方法はありますでしょうか・・・？~
//
- そのようなデータ構造だとballoonplotの仕組みから、決して...
> d <- cbind(expand.grid(wd1 = 1:16, wd2 = 1:16), inds =...
> with(d, balloonplot(wd1, wd2, inds))
- なるほど、そういうことだったんですね。ありがとうござい...
**文字列の置換について [#jb7be865]
>[[Fk]] (2015-02-04 (水) 09:44:05)~
~
お世話になります。 win 7, R 3.0.2を使用しています。~
~
a <- c("1_2_3_4_5", "2_3_4_1_5")
dat <- data.frame(C1=c(3,2,4,1,5), C2=c(4,5,3,2,1))
~
ここで、aの数字をdatのC1列からC2列への行方向に置換して、a...
~
strsplitでaを分割してgsubするという処理をfor文で繰り返そ...
~
宜しくお願いします。~
//
- 一行プログラムコンテストなら
unlist(lapply(lapply(lapply(strsplit(a,"_"),as.numeric),...
こんな感じです -- [[なかま]] &new{2015-02-04 (水) 12:42:0...
- ありがとうございます。ちょっと何がどうなっているかわか...
- 一行だと解読が難しくなるけど，以下のようなプログラムだ...
a <- c("1_2_3_4_5", "2_3_4_1_5")
dat <- data.frame(C1=c(3,2,4,1,5), C2=c(4,5,3,2,1))
c1 <- as.character(dat$C1) # 拡張可能性を残すように文字...
c2 <- as.character(dat$C2) # 同じく
for (i in seq_along(a)) { # a の各要素について
s <- unlist(strsplit(a[i], "_")) # "_" を区切り文字と...
for (j in seq_along(c1)) { # s の各文字 s[j] について
s[j] <- c2[which(s[j] == c1)] # s[j] と等しい c1 の...
}
a[i] <- paste(s, collapse="_") # 文字ベクトル s の要素...
}
a
内側の for は sapply で置き換えると
for (i in seq_along(a)) {
s <- unlist(strsplit(a[i], "_"))
s <- sapply(s, function(ch) c2[which(ch == c1)])
a[i] <- paste(s, collapse="_")
}
のようになり，さらに，s を次々に関数に渡してやると，
for (i in seq_along(a)) {
a[i] <- paste(sapply(unlist(strsplit(a[i], "_")), func...
}
のように 1 行になる。外の for も sapply にできるけど，そ...
unname(sapply(a,function(b)paste(sapply(unlist(strsplit(...
a の中の数が 1 桁だけならば，which の代わりに chartr を使...
**時系列軸を反転させたい [#l2d6e83c]
>[[けい]] (2015-02-03 (火) 16:31:35)~
~
はじめまして。~
時系列を使った相関図を書きたいのですが、上下反転がうまく...
X軸に個数、Y軸に時間という設定で、時間は上から下に進んで...
attach(df)
x <- strptime(TIME, "%H:%M:%S", tz = "")
plot(Count, x, pch = 16, col = "#FF5050", cex =1, xlab =...
r <- as.POSIXct(round(range(x), "mins"))
axis.POSIXct(2, at = seq(r[1], r[2], by = "mins"), forma...
detach(df1)
では、当然r[1]が下に来てしまうので、逆になってしまいます。~
seq内のr[1]とr[2]をしたり、byをマイナスにしたり・・（当然...
プロット自体はplotにylim=c(r[2], r[1])を入れれば反転しま...
~
いい方法があれば、どうかよろしくお願いいたします。~
//
- 以下の様にしてみるとか。 -- [[河童の屁は，河童にあらず...
set.seed(12345)
n <- 20
x <- Sys.time()+1:n*60
Count <- sample(100, n)
plot(Count, x, pch = 16, col = "#FF5050", cex =1, xlab =...
ylim=c(x[n], x[1]))
axis(2, at = as.numeric(x), labels=substring(as.characte...
- 上手く上下逆の時系列軸を作れました。あとは自分で改良し...
**「≤」をtextとして図に描きたい [#jd4dc09f]
>[[高田]] (2015-02-02 (月) 19:43:14)~
~
はじめまして。~
数学記号の「≤」をtextとして図に描きこめないものかと...
今のところ試してみたのは、expression関数や、mtextでfontを...
どなたかいい方法をご存じの方おられないでしょうか。~
どうかよろしくお願い申し上げます。~
//
- どこに描き込みたいのでしょうか？それによるでしょうから...
plot(0, 0, xlim=c(0,1), ylim=c(0,1), type="n", xlab="u ≦...
text(0.2, 0.2, expression(x <= y))
text(0.2, 0.5, "x ≦ y")
mtext("x ≦ y", 3, 0.5)
mtext(expression(x <= y), 1, 3)
legend("topright", legend=c(expression(x1 <= y2), "w≦q"))
&ref(sample2.png);
- レスポンスありがとうございます。~
説明が不足しておりました。~
確かにご指摘のように「x≤90」などの書き込みは可能な...
例えば、
mtext(expression(90<=), 1, 3)
などとすると、Unicodeで「90<U+2264>」と表示されてしまいま...
また、
mtext(expression(paste("90<=", "", sep="")), 1, 3)
としても同様の結果です。~
どうにか「≤」だけ吐き出す方法はないものでしょうか。...
- expression("" <= y) とするとどうでしょうか。 -- [[wakak...
- 例に示したように"≦" を使えばよいのでは？mtext("90≦", 1,...
- 前提や縛りなどの説明がないために回答側が迷走しているよ...
**MySQLからデータフレームに取り込み後のラベルの変更につい...
>[[マンジャ]] (2015-01-28 (水) 21:30:08)~
~
はじめまして、RでパッケージRMySQLを使いテーブルのデータを...
~
※コネクション確立後にSQLを発行してデータフレームに取り込...
data.table <- dbGetQuery(dbconnector, "select * from 〜...
※データ（MySQLテーブル：販売履歴）~
商品名 販売日時 販売単価 販売個数~
りんご ○○○○ ☓☓☓☓ △△△△~
みかん ○○○○ ☓☓☓☓ △△△△~
なし ○○○○ ☓☓☓☓ △△△△~
~
※データフレーム~
商品名 販売日時 販売単価 販売個数~
１ りんご ○○○○ ☓☓☓☓ △△△△~
２ みかん ○○○○ ☓☓☓☓ △△△△~
３ なし ○○○○ ☓☓☓☓ △△△△~
~
データフレーム上では１，２，３が自動採番されてしまいます。~
この時商品名をラベルとして変更するにはどのようにすれば良...
~
レコード数は数万件あり一括でラベルとして変更したく思いま...
~
宜しくご示唆お願いします。~
//
- その番号は行ラベルなので，データの分析には直接関係あり...
- 河童さま ありがとうございました。上手く行きました。 ...
**Loessにおける平滑化幅について [#h377fe0e]
>[[SAN]] (2015-01-25 (日) 13:50:03)~
~
はじめまして，Loessにおける平滑化幅についてなのですが，Lo...
~
例えば，100個のデータがあった場合，平滑幅を10にしてLoess...
どなたかご教授お願いします．~
//
- ほかの人に聞くのもいいけど，回答を待つ間に，色々設定し...
- 返信ありがとうございます．色々設定してやっているのです...
**ターム・文書行列の行数について [#m4cf720e]
>[[初心者]] (2015-01-23 (金) 00:04:22)~
~
欧米語のテキストマイニングを行うパッケージのひとつにtmパ...
~
また、潜在的意味インデキシング用のパッケージ（lsa）を利用...
~
英文のパッケージガイドを見ましてもなにも記載されていない...
~
ご教示いただけますと助かります。~
//
**xlsxについて [#nece1767]
>[[KK]] (2015-01-22 (木) 08:16:18)~
~
お世話になります。~
~
エクセルを読み込もうとしてxlsxをインストールしたのですが...
> library(xlsx)
要求されたパッケージ rJava をロード中です
Error : .onLoad は loadNamespace()（'rJava' に対する）...
call: fun(libname, pkgname)
error: JAVA_HOME cannot be determined from the Registry
エラー: パッケージ ‘rJava’ をロードできませんでした
別途rJavaをインストールしても同じエラーが出ました。~
環境はWIn 7 64-bit, R 3.1.2 64-bit, xlsx_0.5.7です。~
~
どなたか宜しくお願いします。~
//
- https://teratail.com/questions/2816 -- &new{2015-01-23...
- 遅くなりましたが、自己解決しました。デフォルトでは64bit...
Javaがインストールされてしまうため、別途64bit版のJavaをイ...
そうです。
http://d.hatena.ne.jp/dichika/20141112/p1 -- [[KK]] &new{...
**あるグループを除去後グループごとに単回帰を行う方法につ...
>[[佐藤]] (2015-01-21 (水) 08:55:58)~
~
はじめまして。~
Windows 7でR version 3.1.0 を使用しています。~
添付のようなデータでid＝cを（サンプル数が少ないため）除去...
エラーを出さずに、idごとに解析を行うためにはどのようにす...
~
用いたデータ
id y x
a 1 1
a 3 2
a 3 3
a 3 4
a 3 5
a 3 6
a 3 7
a 3 8
a 3 9
a 3 10
b 1 1
b 1 2
b 2 3
b 3 4
b 4 5
b 5 6
b 4 7
b 5 8
b 6 9
b 4 10
b 1 11
b 2 12
b 3 13
b 4 14
b 5 15
b 6 16
c 3 1
c 3 2
c 3 3
c 3 4
プログラム
d <- read.csv("dummy.csv",
colClasses=c("factor", "numeric", "numeric"),
col.names=c("id", "y", "x")) #データ読み込み
d2 <- do.call("rbind", by (d, d$id, function(x)
subset(x, length(id)>=10))) # サンプル数が10以上のidの...
d3 <- lapply(split(d2, d2$id), function(x) {
coef(lm(y~x, data=x))}) # わなごとに線形回帰
d4 <- do.call(rbind, d3) # リストをたてに並べる
d5 <- unique(d2$id) # 5日分揃っているわなid名を並べる
d6 <- cbind(d4, d5) # わなごとに線形回帰の傾きを並べる
エラーメッセージ
> d3<- lapply(split(d2, d2$id), function(x) {
+ coef(lm(y~x, data=x))}) # わなごとに線形回帰
以下にエラー lm.fit(x, y, offset = offset, singular.ok ...
0 (non-NA) cases
> dd <- split(d2,d2$id)
> dd
$a
id y x
a.1 a 1 1
a.2 a 3 2
a.3 a 3 3
a.4 a 3 4
a.5 a 3 5
a.6 a 3 6
a.7 a 3 7
a.8 a 3 8
a.9 a 3 9
a.10 a 3 10
$b
id y x
b.11 b 1 1
b.12 b 1 2
b.13 b 2 3
b.14 b 3 4
b.15 b 4 5
b.16 b 5 6
b.17 b 4 7
b.18 b 5 8
b.19 b 6 9
b.20 b 4 10
b.21 b 1 11
b.22 b 2 12
b.23 b 3 13
b.24 b 4 14
b.25 b 5 15
b.26 b 6 16
$c
[1] id y x
<0 行> (または長さ 0 の row.names
//
- d2$id と入力してみれば分かりますが，削除した c が level...
- ご教示いただきありがとうございました。解決しました。大...
**対応分析（数量化III類）実行時のエラーについて [#vc6435fe]
>[[田中]] (2015-01-11 (日) 11:29:25)~
~
初めまして。エラーがでてしまいました。
A B C D E F G H I
? 3 3 2 2 1 3 3 3 3
? 3 2 2 2 1 2 2 2 3
? 3 3 2 2 1 2 2 2 3
? 3 3 2 2 1 3 3 3 2
? 3 1 2 2 1 3 1 2 2
? 3 1 2 3 2 3 2 2 3
?以降同様のデータに
> A <- factor(gakuryoku$A, level=c(1:3), labels="A")
> B <- factor(gakuryoku$B, level=c(1:3), labels="B")
> C <- factor(gakuryoku$C, level=c(1:3), labels="C")
> D <- factor(gakuryoku$D, level=c(1:3), labels="D")
> E <- factor(gakuryoku$E, level=c(1:3), labels="E")
> F <- factor(gakuryoku$F, level=c(1:3), labels="F")
> G <- factor(gakuryoku$G, level=c(1:3), labels="G")
> H <- factor(gakuryoku$H, level=c(1:3), labels="H")
> I <- factor(gakuryoku$I, level=c(1:3), labels="I")
gakuryoku <- data.frame(A, B, C, D, E, F, G, H, I)
> summary(gakuryoku)
A B C D E F G ...
A1: 0 B1:15 C1: 1 D1: 0 E1:9 F1: 1 G1: 2 ...
A2: 6 B2: 2 C2:19 D2:13 E2:9 F2:12 G2: 5 ...
A3:14 B3: 3 C3: 0 D3: 7 E3:2 F3: 7 G3:13 ...
> library(MASS)
> result <- mca(gakuryoku)
以下にエラー svd(X) : infinite or missing values in 'x'
このようになってしまい01データに手書きでなおしたところ
> library(MASS)
> result <- corresp(gakuryoku, nf=2)
以下にエラー if (any(x < 0 | x%%1 > 10 * sqrt(.Machine$...
TRUE/FALSE が必要なところが欠損値です
このようになってしまいました。~
ご存知のかたがいらっしゃいましたら教えていただければ幸...
//
- summary(gakuryoku) の結果を見れば分かるように，A1:0, C3...
- ありがとうございます 解くことができました！！~
すみません できれば加えて質問させていただきたいのですが...
- nf=15 って，また，極端な。&br;適切に分析すれば，以下に...
MASS パッケージの mca は，第1引数にデータフレーム（各列は...
> d <- data.frame(
+ V1=c("G1", "G1", "G4", "G2", "G1", "G2", "G4", "G2", ...
+ "G3", "G1", "G4", "G3", "G2", "G2", "G4", "G3", ...
+ V2=c("G4", "G1", "G4", "G3", "G4", "G1", "G2", "G4", ...
+ "G2", "G3", "G1", "G4", "G3", "G2", "G3", "G4", ...
+ V3=c("G3", "G4", "G2", "G2", "G1", "G4", "G4", "G1", ...
+ "G2", "G2", "G4", "G2", "G2", "G1", "G2", "G2", ...
+ V4=c("G1", "G4", "G4", "G2", "G1", "G1", "G1", "G1", ...
+ "G3", "G1", "G2", "G3", "G1", "G1", "G3", "G2", ...
> head(d)
V1 V2 V3 V4
1 G1 G4 G3 G1
2 G1 G1 G4 G4
3 G4 G4 G2 G4
4 G2 G3 G2 G2
5 G1 G4 G1 G1
6 G2 G1 G4 G1
: 以下略
mca による結果
> library(MASS)
> mca.ans <- mca(d, nf=4)
> mca.ans$rs
1 2 3 4
1 -0.026164906 0.0727723629 0.02915530 0.017382771
2 -0.064324198 -0.0332701769 0.05114780 -0.015152209
3 0.008399898 -0.0046851523 0.03377283 -0.007587154
4 0.021779690 -0.0192237849 -0.02840124 0.070306712
5 -0.024902139 0.0594956357 -0.00176808 -0.010356828
6 -0.067724238 -0.0463843306 -0.01937229 -0.002168915
7 -0.033804964 -0.0478207290 -0.02440187 -0.036684297
8 -0.023898191 0.0437365528 -0.04181725 -0.010419718
9 0.003553358 0.0327554722 0.04300472 -0.001282724
10 0.004376380 -0.0044299836 -0.03101589 -0.028594653
11 0.081159763 -0.0262334048 -0.01360086 -0.058987930
12 0.005643769 0.0152553961 -0.01674848 0.050368614
13 -0.048749672 -0.0867859703 0.03984140 0.011590533
14 0.081340688 -0.0048070319 0.02037058 -0.031738891
15 0.006647717 -0.0005036868 -0.05679765 0.050305724
16 -0.024079116 0.0223101799 -0.07578869 -0.037668756
17 0.053220714 -0.0412113236 -0.01142654 0.026460106
18 0.053742257 -0.0045010348 0.03421316 0.005866176
19 0.014281342 0.0166803033 0.04093021 0.031764449
20 -0.020498151 0.0568507065 0.02870284 -0.023403011
> mca.ans$cs
1 2 3 4
V1.G1 -0.028758519 0.061572202 0.059474742 0.020657976
V1.G2 -0.024742727 -0.001464130 -0.100721937 0.020406415
V1.G3 0.129085140 -0.023153151 0.032606545 -0.082935116
V1.G4 -0.009372356 -0.088190296 0.022547198 -0.004559743
V2.G1 -0.107926641 -0.108426052 0.056979406 -0.005600561
V2.G2 0.012380084 -0.027445479 -0.086408024 -0.118695929
V2.G3 0.039081385 -0.022320009 -0.067651392 0.144720841
V2.G4 0.013103783 0.058260012 0.049477716 -0.009699774
V3.G1 -0.041806012 0.089113664 -0.054104436 -0.059993352
V3.G2 0.054400021 -0.007267273 0.003103075 0.028487799
V3.G3 -0.046857079 0.142220572 0.069589089 0.050965044
V3.G4 -0.096079775 -0.104683805 0.028173707 -0.031089356
V4.G1 -0.042147810 0.029036665 -0.061920342 0.007607840
V4.G2 0.018380083 -0.045843728 0.051665291 0.087611794
V4.G3 0.128773807 -0.047067716 -0.003705030 -0.062808472
V4.G4 -0.024531855 0.018456948 0.059963333 -0.044576896
MASS パッケージの corresp は，データフレームまたは行列を...
上で使った d を，以下のような 0/1 データ行列 m に変換する。
> head(m)
V1.G1 V1.G2 V1.G3 V1.G4 V2.G1 V2.G2 V2.G3 V2.G4 V3....
[1,] 1 0 0 0 0 0 0 1 ...
[2,] 1 0 0 0 1 0 0 0 ...
[3,] 0 0 0 1 0 0 0 1 ...
[4,] 0 1 0 0 0 0 1 0 ...
[5,] 1 0 0 0 0 0 0 1 ...
[6,] 0 1 0 0 1 0 0 0 ...
: 以下略
corresp による結果
> corresp.ans <- corresp(m, nf=4)
> corresp.ans$rscore
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] -0.62635736 -1.81986611 0.80575746 -0.53244003
[2,] -1.53984634 0.83200909 1.41355833 0.46411717
[3,] 0.20108378 0.11716467 0.93337091 0.23239702
[4,] 0.52138041 0.48074177 -0.78491769 -2.15351783
[5,] -0.59612820 -1.48784631 -0.04886397 0.31723305
[6,] -1.62123935 1.15996332 -0.53538697 0.06643460
[7,] -0.80925145 1.19588427 -0.67438798 1.12365214
[8,] -0.57209485 -1.09374861 -1.15569243 0.31915939
[9,] 0.08506324 -0.81913754 1.18851013 0.03929025
[10,] 0.10476545 0.11078350 -0.85717801 0.87586366
[11,] 1.94287015 0.65603593 -0.37588337 1.80681978
[12,] 0.13510526 -0.38150168 -0.46287335 -1.54280729
[13,] -1.16701035 2.17031357 1.10108639 -0.35502187
[14,] 1.94720128 0.12021259 0.56297632 0.97217272
[15,] 0.15913860 0.01259603 -1.56970181 -1.54088094
[16,] -0.57642599 -0.55792527 -2.09455211 1.15380645
[17,] 1.27404188 1.03059855 -0.31579223 -0.81048179
[18,] 1.28652700 0.11256032 0.94554009 -0.17968290
[19,] 0.34187869 -0.41713526 1.13117743 -0.97295556
[20,] -0.49070184 -1.42170283 0.79325287 0.71684197
> corresp.ans$cscore
[,1] [,2] [,3] [,4]
V1.G1 -0.5144480 -1.10143703 1.06391653 -0.36954110
V1.G2 -0.4426114 0.02619115 -1.80176879 -0.36504106
V1.G3 2.3091452 0.41417615 0.58328362 1.48358847
V1.G4 -0.1676578 1.57759598 0.40333654 0.08156717
V2.G1 -1.9306505 1.93958419 1.01927861 0.10018589
V2.G2 0.2214617 0.49095966 -1.54571372 2.12329733
V2.G3 0.6991091 0.39927246 -1.21018490 -2.58884511
V2.G4 0.2344076 -1.04218678 0.88508429 0.17351483
V3.G1 -0.7478487 -1.59411368 -0.96784958 1.07319370
V3.G2 0.9731372 0.13000094 0.05550950 -0.50960523
V3.G3 -0.8382049 -2.54411894 1.24484748 -0.91169042
V3.G4 -1.7187273 1.87264084 0.50398660 0.55614330
V4.G1 -0.7539629 -0.51942365 -1.10766476 -0.13609317
V4.G2 0.3287929 0.82007753 0.92421682 -1.56724742
V4.G3 2.3035759 0.84197290 -0.06627759 1.12355210
V4.G4 -0.4388392 -0.33016792 1.07265671 0.79741575
mca.ans$rs と mca.ans$cs および corresp.ans$rscore と cor...
要するに定数倍になっているだけ。（定数倍になっていないよ...
> options(digits=15)
> mca.ans$rs / corresp.ans$rscore
1 2 ...
1 0.0417731277160878 -0.0399877564039938 0.036183718971...
2 0.0417731277160868 -0.0399877564039941 0.036183718971...
3 0.0417731277160874 -0.0399877564039920 0.036183718971...
4 0.0417731277160871 -0.0399877564039938 0.036183718971...
5 0.0417731277160877 -0.0399877564039937 0.036183718971...
6 0.0417731277160869 -0.0399877564039944 0.036183718971...
7 0.0417731277160865 -0.0399877564039941 0.036183718971...
8 0.0417731277160877 -0.0399877564039935 0.036183718971...
9 0.0417731277160847 -0.0399877564039941 0.036183718971...
10 0.0417731277160868 -0.0399877564039947 0.036183718971...
11 0.0417731277160871 -0.0399877564039930 0.036183718971...
12 0.0417731277160859 -0.0399877564039937 0.036183718971...
13 0.0417731277160864 -0.0399877564039939 0.036183718971...
14 0.0417731277160870 -0.0399877564039879 0.036183718971...
15 0.0417731277160864 -0.0399877564040110 0.036183718971...
16 0.0417731277160875 -0.0399877564039929 0.036183718971...
17 0.0417731277160872 -0.0399877564039935 0.036183718971...
18 0.0417731277160870 -0.0399877564039893 0.036183718971...
19 0.0417731277160868 -0.0399877564039947 0.036183718971...
20 0.0417731277160878 -0.0399877564039938 0.036183718971...
> mca.ans$cs / corresp.ans$cscore
1 2 ...
V1.G1 0.0559016994374954 -0.0559016994374948 0.055901699...
V1.G2 0.0559016994374953 -0.0559016994375155 0.055901699...
V1.G3 0.0559016994374948 -0.0559016994374923 0.055901699...
V1.G4 0.0559016994374905 -0.0559016994374947 0.055901699...
V2.G1 0.0559016994374944 -0.0559016994374951 0.055901699...
V2.G2 0.0559016994374958 -0.0559016994374951 0.055901699...
V2.G3 0.0559016994374949 -0.0559016994374948 0.055901699...
V2.G4 0.0559016994374930 -0.0559016994374950 0.055901699...
V3.G1 0.0559016994374958 -0.0559016994374944 0.055901699...
V3.G2 0.0559016994374948 -0.0559016994374915 0.055901699...
V3.G3 0.0559016994374961 -0.0559016994374948 0.055901699...
V3.G4 0.0559016994374943 -0.0559016994374951 0.055901699...
V4.G1 0.0559016994374952 -0.0559016994374937 0.055901699...
V4.G2 0.0559016994374959 -0.0559016994374942 0.055901699...
V4.G3 0.0559016994374950 -0.0559016994374936 0.055901699...
V4.G4 0.0559016994374950 -0.0559016994374947 0.055901699...
- ほんとうにありがとうございます。 具体的な数字で理解で...
**C言語で書かれた関数をRから呼び出す方法 [#p3961356]
>[[toyan]] (2015-01-05 (月) 15:16:22)~
~
お世話になります。~
~
環境は、~
R version 3.1.1 (2014-07-10)~
OS：Windows 7~
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)~
です。~
~
パッケージmgcvの関数smooth.construct.cr.smooth.spec()を若...
oo <- .C(C_crspl,x=as.double(x),n=as.integer(nx),xk=as....
nk=as.integer(nk),X=as.double(X),S=as.double(S),
F=as.double(F),Fsupplied=as.integer(F.supplied))
のところで、引っかかってしまい、
以下にエラー my.cr(x, knots = kn) : オブジェクト 'C_crs...
というメッセージが出て実行できません。Cのソースファイルmg...
~
パッケージmgcvのlibフォルダにあるmgcv.dllファイルをdyn.lo...
> dyn.load("c:/r/library/mgcv/libs/i386/mgcv.dll")
> is.loaded("mgcv")
[1] FALSE
となって、必要なライブラリが読み込めていないようです。~
~
このように、必要なC関数をRから読み込むにはどうしたらよろ...
初歩的な質問で恐縮ですが、御教示のほどよろしくお願い申し...
//
- 最小限の再現サンプルを示していないので確認のしようがな...
- mgcv:::C_crspでうまくいきました。ありがとうございました...
**統計分析の結果の記載法 [#r26bb7aa]
>[[Beginner]] (2015-01-03 (土) 15:38:57)~
~
two-way anovaの結果で独立変数1の自由度が7, 独立変数2の自...
F値にはanova(aov(x~y))のような独立変数一つの値を用いるべ...
周りによく知っている人が居らず書籍もなかなか見つからずで...
どうか教えて頂ければ幸いです。~
//
- 独立変数というより，要因と言った方がよいでしょうが，要...
**twitteRのOAuth認証について [#e508e5db]
>[[南]] (2014-12-31 (水) 04:17:37)~
~
windows7 64bit R 3.1.2~
[[R言語でTwitterを操作する:http://needtec.exblog.jp/20588...
このサイトに沿って、Oauth認証を試みてます。
registerTwitterOAuth(cred)
[1] TRUE
まではいけたのですが、
userTimeline("mima_ita",cainfo="cacert.pem")
[1] "Authorization Required"
Error in twInterfaceObj$doAPICall(cmd, params, method, ....
Error: Authorization Required
となってしまいます。ログインが上手く言っていないというこ...
registerTwitterOAuth(cred)
[1] TRUE
となっているので、なぜログインができていない状態になって...
//
**月毎の平均値の出しかたについて [#za65c666]
>[[はなちゃん]] (2014-12-30 (火) 17:08:04)~
~
エクセル上に，日ごとのデータが100年分約36000個あります．~
このデータの月毎の平均値を，上から計算していくことはでき...
コピーペーストで1ヶ月毎に平均していくと1200回やる必要があ...
Rでできないでしょうか？エクセルでもいいのですが。~
//
- 何年何月何日のデータというのがちゃんと分かっているので...
- ご回答ありがとうございます。Ap1932.csvファイルを添付し...
- > Ap1932.csvファイルを添付しました&br;されてないようで...
EXCEL のデータ!!を test.csv というファイルに CSV として...
date,value
19320101,4
19320102,5
19320103,7
19320104,9
19320105,8
19320106,9
19320201,5
19320201,14
19320202,15
19320203,17
19320304,19
19320405,18
19320406,19
19320401,15
以下の 2 行で片付くでしょう
d <- read.csv("test.csv")
by(d$value, d$date%/%100, mean)
- 添付されていなかったようですみません．添付のタイミング...
- 河童さんありがとうございました．うまくいきました．たっ...
- > 計算された月平均値だけを一列に並べる方法&br;c(by(d$va...
- 平均値だけになり順番に並べることができました。河童さん...
- あ，列に並べるのね。cbind(unname(c(by(d$value, d$date%/...
- 河童さんありがとう．もっと早くから知っていたらずいぶん...
**caretの使用について [#g2aaa257]
>[[ランティス]] (2014-12-17 (水) 19:21:21)~
~
初歩的な質問だったら申し訳ありません。~
過去ログを検索したところ、同様の症状が見られなかった為、...
caretパッケージをインストールした後、libraryコマンドを使...
環境：
OS windows 7 64bit
Rver: 3.1.2
コード：
install.packages("caret", dependencies = T)
library(caret)
エラー：
library(caret)
要求されたパッケージ lattice をロード中です
Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPath...
‘minqa’ という名前のパッケージはありません
Error: ‘caret’ に対するパッケージもしくは名前空間のロー...
行った対応：~
? install.packagesを使用して再度~
? GUIのInstallPackagesで再インストール~
? library()コマンドでライブラリー内にcaretがあるか確認（...
~
以上です。~
よろしくお願い致します。~
//
- 「‘minqa’ という名前のパッケージはありません」といわれ...
- 返信ありがとうございます。確認したところ、「minqa」が無...
- dependencies は install.packages の中で，解決するように...
- 補足の説明ありがとうございます。エラー内容を読めば解決...
**plotMeans() {Rcmdr}で作成したグラフ内の凡例編集について...
>[[おこめ]] (2014-12-17 (水) 16:06:46)~
~
パッケージRcmdrを読み込んだのちplotMeans() を用いて2つの...
その際自動で凡例も挿入されるのですが、この凡例の編集（位...
また、legend() を用いると新たに別の凡例がグラフ内に挿入さ...
~
ぞ同挿入の凡例について、唯一凡例タイトルだけは~
~
plotMeans(x$測定値,x$処理1,x$処理2,error.bars="se",legend...
~
と書くことで変えることができました。~
ですが特に編集したいフォントサイズについては編集方法がま...
検索していろいろ調べたのですが手がかりがつかめませんでし...
~
この自動で挿入される凡例の編集方法についてアドバイスいた...
どうぞよろしくお願いします。~
//
- やはりRcmdrだと回答がありませんね。plotMeans()の定義を...
data(Moore, package="car")
interaction.plot(response = Moore$conformity, x.factor =...
trace.factor = Moore$partner.status, pc...
col = 2:3, type = "b", lty = 1:2, legen...
ylim = c(0, 25))
i <- interaction(Moore$fcategory,Moore$partner.status)
m <- by(Moore$conformity, i, mean)
se <- by(Moore$conformity, i, function(x){sd(x)/sqrt(len...
n1 <- nlevels(Moore$fcategory)
n2 <- nlevels(Moore$partner.status)
arrows(rep(1:n1, n2), m - 1.96 * se, rep(1:n1, n2), m + ...
col = c(rep(2, n1), rep(3, n1)), code = 3, angle ...
length = .1)
legend("topleft", #位置
levels(Moore$partner.status),
cex = 2, #フォントサイズ
pch = 19,
pt.cex = 1,
col = 2:3, lty = 1:2, bty = "n")
#ref(plotMeans01.png);
- ありがとうございます！とても勉強になりました。凡例も編...
**glmmMLの後にstepAIC [#p7efe3f3]
>[[lin]] (2014-12-15 (月) 15:44:48)~
~
glmmMLの後にstepAICを行うと~
以下にエラー if (all(is.finite(c(n0, nnew))) && nnew != ...
TRUE/FALSE が必要なところが欠損値です
と出るのですが、glmmMLにはstepAICは出来ないのでしょうか？~
//
- 少なくとも，あなたのデータに対しては適用できないと考え...
- 質問者ではありませんが、最小限データを提示します。 -- ...
> dat <- data.frame(y = rbinom(100, prob = rep(runif(20)...
> stepAIC(glmmML(y ~ x1 + x2, data = dat, cluster = id))
Start: AIC=129.09
y ~ x1 + x2
以下にエラー if (all(is.finite(c(n0, nnew))) && nnew !=...
TRUE/FALSE が必要なところが欠損値です
なお、北大の久保先生の[[日記（2003年11月05日）:http://hos...
- stepAIC から呼ばれる nobs.glmmML が，存在しない要素 n ...
> glmmML:::nobs.glmmML
function (object, ...)
{
object$n
}
> names(object)
[1] "boot" "converged" "co...
[4] "coef.sd" "sigma" "si...
[7] "variance" "aic" "bo...
[10] "deviance" "df.residual" "cl...
[13] "cluster.null.df" "posterior.modes" "pr...
[16] "terms" "info" "ca...
- > stepAIC() とか使えん． これは自作するしかないなあ． ...
自作したんですかなあ.いやはやー~
とりあえず動くようにするには，以下のようにやる。~
しかし，本当に正しいかどうかは保障しない。 -- [[河童の屁...
> sink("glmmML.R")
> glmmML:::glmmML
> sink()
作業ディレクトリに保存された glmmML.R を編集する~
先頭に glmmML <- を加える
glmmML <- function (formula, family = binomial, data, cl...
プログラムの最後の方に 1 行加える~
末尾 1 行をコメントアウトする
class(res) <- "glmmML"
res$n <- nrow(data) # この行を追加
res
}
# <environment: namespace:glmmML> # コメントアウト（も...
glmmML を使う前に，source("glmmML.R") を実行する。
> source("glmmML.R")
> dat <- data.frame(y = rbinom(100, prob = rep(runif(20)...
x1 = rnorm(100), x2 = rnorm(100), id = factor(rep(1:20...
> stepAIC(glmmML(y ~ x1 + x2, data = dat, cluster = id))
Start: AIC=132.29
y ~ x1 + x2
Df AIC
- x1 1 131.06
<none> 132.29
- x2 1 133.73
Step: AIC=131.06
y ~ x2
Df AIC
<none> 131.06
- x2 1 132.27
Call: glmmML(formula = y ~ x2, data = dat, cluster = id...
coef se(coef) z Pr(>|z|)
(Intercept) 0.2267 0.4243 0.5344 0.5930
x2 -0.4534 0.2645 -1.7144 0.0865
Scale parameter in mixing distribution: 1.513 gaussian
Std. Error: 0.4668
LR p-value for H_0: sigma = 0: 0.0003127
Residual deviance: 125.1 on 97 degrees of freedom
AIC: 131.1
**githubのzipファイルをダウンロードしてのインストール [#n...
>[[時計]] (2014-12-15 (月) 15:09:47)~
~
お世話になります。~
標記につきまして、devtool::install_githubがプロキシの関係...
以前、ggbiplotをインストールしたことがあるのですが、やり...
Google先生に聞いてみても、うまく、記事を捕まえきれません。~
お忙しいところご迷惑おかけいたしますが、どうぞご教授くだ...
//
- すみません、自己解決しました。パッケージに同梱されてい...
**qccでの管理図表示における横軸について [#ece7b1d8]
>[[QCUSER]] (2014-12-03 (水) 18:20:35)~
~
qccを用いて管理図を表示させることを試みています。~
qccコマンドの使用方法について質問させてください。~
~
質問概要
qcc.groups(data , sample)
にてグループ化したmatrixを元にqccで管理図を表示する場合、...
~
例~
タブ区切りのファイル「01_INPUT.txt」にロット、data01とい...
inputdata <- read.table("01_INPUT.txt", header=TRUE, sep...
attach(inputdata)
samplegrp <- qcc.groups(data01, ロット)
によってマトリクス「samplegrp」が生成できます
> samplegrp
305-0 306-0 307-0 308-0 309-0 310-0 311-0 312-0 313-0 3...
[1,] 52.89 52.93 53.06 53.06 53.02 53.08 53.12 52.95 5...
317-0 318-0 319-0 320-0 321-0 322-0 323-0 324-0 325-0 3...
[1,] 53.02 52.91 52.97 53 53.07 53.09 53.09 53.04 53...
：
このマトリクスを用いてqccコマンドにより管理図が表示されます
qcc(samplegrp, type="xbar.one", nsigmas=3, title="X管理...
しかしながら、"ロット"（上記サンプルデータでは'305-0'や'3...
//
- 管理図のこととか qcc とか，私にはよくわかりませんが
qcc(samplegrp[1,], type="xbar.one", nsigmas=3, title="X...
としたときに出力される図でよいんでしょうか？？ -- [[河童...
- 即答頂きありがとうございました。アドバイス頂いた通りの...
**Rの出力について [#lccfe5cf]
>[[Ryo]] (2014-12-02 (火) 17:38:50)~
~
Rの仕様で計算結果が長い場合、ウインドウの大きさに合わせて...
(Rの結果の表示のウインドウの大きさを変更できますか？)~
ABC~
DEF~
GHI~
ではなくて~
ABCDEFGHI~
とtxtに保存したいです。~
宜しくお願いします。~
//
- 表示と保存は別物ですが？また，1行の表示桁数を増やす必要...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。 さん、出来ました...
**関数"RMeCabDf"を見つけることができません。 [#r22d15e6]
>[[初心者X]] (2014-11-25 (火) 23:59:08)~
~
# library(RMeCab)
Q1 <- RMeCabDF(dat, 3)
のようにしたら題名のようにエラーになりました。~
datの中身は、ここでは書いていませんが代入しております。~
~
どうしたらいいのでしょうか？~
//
- 関数がないと言われているのだから，library 関数が正しく...
**heatmapでの色の割り振りについて [#c2a80eed]
>[[kana]] (2014-11-20 (木) 16:11:13)~
~
heatmap関数を使っているのですが、ある一つの要素の値が突出...
「ある値以上では色が一定、それ以下はグラデーションで表示...
//
- よくわからないですが，その「ある一つの要素の値」をほど...
**パネルデータでのエラー [#ga7c3b0d]
>[[も]] (2014-11-19 (水) 17:12:27)~
~
R超初心者です。Rcmdr(Rコマンダー)を使っています。~
プーリングによるパネルデータ分析を試みているのですが、デ...
library("plm")
res_po <- plm(従属変数 ~ 独立変数A＋独立変数B・・・ ＋独...
data=データ名, model="pooling")
summary(res_po)
と入力して行っています。~
ところが、Rコマンダーで「エラー」とだけ表示されてしまい、...
他のデータセットではこれでパネルデータ分析できたのですが...
データセット自体は数値以外は入力されていません。~
//
- 「なぜこちらではできないのでしょうか」といわれても，「...
**gsub で _ を . に変えたい [#f4ea0fb3]
>[[かな]] (2014-11-15 (土) 03:33:38)~
~
"test_1", "test____2" など 数が不定な _ を全て１つの . に...
gsub('[_]{+}', '.', c("test_1", "test____2"))
とやってみましたが、できあがりの読点の数が１つになりませ...
//
- gsub('_+', '.', c("test_1", "test____2")) でしょう（' ...
- Thank you very much! -- [[かな]] &new{2014-11-27 (木) 0...
**メモリ上限について [#qc2492f3]
>[[3M]] (2014-11-13 (木) 10:18:27)~
~
Windows 7 64bit版でRを使いたいのですが、Rが使用できるメモ...
~
宜しくお願いします。~
//
- help("Memory-limits") を参照 -- &new{2014-11-13 (木) 1...
- ありがとうございます。8TBまで搭載できるとは驚きました。...
**【ベン図】データサイズを領域の面積に反映する [#o7b52d26]
>[[Steps]] (2014-11-12 (水) 15:10:04)~
~
はじめて，投稿をさせて頂きます。~
~
RでVenn Diagramを作成したいのですが，下記のように，
library(VennDiagram)
draw.triple.venn(10,5,4,2,3,1,1, ind=TRUE, scaled=TRUE)
と【scaled=TRUE】としてもデータサイズを領域の面積に反映す...
~
どのようにすれば，データサイズを反映した円のサイズにする...
よろしくお願いいたします。~
//
- 円を使う限り，データサイズを面積に反映することは不可能...
- ヘルプには「N.B. General scaling for three-set Ven...
if (!exists("overrideTriple")) {
r1 <- sqrt(100/pi)
r2 <- r1
r3 <- r1
}
else {
r1 <- sqrt(area1/pi)
r2 <- sqrt(area2/pi)
r3 <- sqrt(area3/pi)
}
- あ，「3つの円の面積」がサンプルサイズを反映するようにと...
- 質問者のニーズによっては、メリットがあることもあるかも...
> overrideTriple <- TRUE
> grid.newpage(); draw.triple.venn(100,150,200,20,30,10,1)
#ref(draw.triple.venn.png);
draw.triple.venn()は作りが甘く、中でハードコーディングが...
**多次元尺度構成法(isoMDS)で扱えるデータ件数について [#ec...
>[[ゆき]] (2014-10-26 (日) 13:35:40)~
~
初めまして。~
Rの多次元尺度構成法で扱えるデータ件数について質問がありま...
６万件のデータ間の類似度（小数）をインプットにして多次元...
invalid value of 'n'
isoMDSは以下のような呼び出しをしております。
a <- read.csv(input, h=T, as.is=T, row=1, check.names=F)
mds <- isoMDS(a, trace=F)
エラーメッセージをもとにgoogleで検索していたら、isoMDSの...
（http://code.metager.de/source/xref/gnu/R/src/library/st...
if(is.na(n) || n > 46340) stop("invalid value of 'n'")
isoMDS以外ではどうかと思い、sammon、metaMDSでも同じデータ...
Rの関数を使って多次元尺度構成法を行う場合、46340件以上の...
よろしくお願いします。~
//
- どうしても分析をしたいのであれば，if(is.na(n) || n > 46...
- ひとまずif文の制限を緩くして検証してみるしかないのです...
- 46340と言うのは 要素数2^31-1に収まる行列の行および列に...
- 46340の制限は、BLAS&LAPACKが影響しているのですね。情報...
**CPUのコアについて [#q12f3fc7]
>[[こあら]] (2014-10-17 (金) 08:29:34)~
~
お世話になります。Rのコアへの割り当てについて疑問がありま...
~
デュアルコアのCPUを搭載したパソコンでRを使用しているので...
~
宜しくお願いします。~
//
- Linux環境では2つ起動するとひとつずつ使っているように見...
**パッケージplsのCVのkは変更可能？ [#i105edcd]
>[[えーけん]] (2014-10-16 (木) 16:21:37)~
~
初めまして。~
Windows7 で R x64 3.1.1を使用しています。~
~
現在、Rでplsを実行しておりますが、~
データのサンプル数によって、クロスバリデーションの分割数k...
それは可能でしょうか？可能でしたら、方法を教えていただき...
よろしくお願いします。~
//
- マニュアルに書いてあるんじゃないかな？&br;If validation...
- お返事ありがとうございます。マニュアルみてみます！ -- [...
- 正確に言うと，私が「マニュアル」といったのは「オンライ...
- すみません。調査不足でした。 -- [[えーけん]] &new{2014-...
**e1071のsvm()でcrossを指定した場合のモデルについて [#cd2...
>[[ひろ]] (2014-10-13 (月) 10:21:08)~
~
初めて投稿します．~
Mac OS X上でR 3.1.0を使用しています．~
~
e1071パッケージのsvm関数について分からない点が有ります．~
e1071のソースファイルsvm.RやRsvm.cもあたりましたが，~
何となくやっていることは分かりますが，詳細まで理解するこ...
なので，ここで質問させていただきます．~
詳しい方がおられましたらご教授ください．~
~
次のように 10-fold cross validationでsvmのモデルを構築す...
model<-svm(factor(V1)~V2+V3+V4, data=testdata, cross=10)~
~
このとき，modelとして出力されるのは，~
10回の交差試験で最後に作られたモデルになるのでしょうか？~
それとも，10回分の交差試験の結果が反映されたモデルになる...
あるいは私の考えている点がまるで見当違いでしょうか？~
~
よろしくお願いします．~
//
- svm.R や Rsvm.c なんかは，実装レベルのお話なので，計算...
- 情報ありがとうございます．紹介いただいた論文を読んでみ...
**SIARのモデルのラン時のエラー [#p16e4474]
>[[びぎなー]] (2014-09-29 (月) 18:12:11)~
~
初めて投稿します。超初心者です。~
利用環境は、windows 8 にてR version 3.1.1と追加パッケージ...
~
テキストファイルデータの読み込み、生データのプロットはで...
Selection: 2
Run SIAR for a single group.
For this you will need to have input successfully some d...
In this instance, the target isotope file must be a two ...
no group label in the first column.
See the demo for more details on this function.
Press <Enter> to continue...
Choose the size of the model run:
1: Standard
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3: Very long
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以下にエラー siarmcmcdirichletv4(data = siardata$targets,
sources = siardata$sou...
(list) オブジェクトは 'double' に変換できません
お手数ですが、ご存じ方、対応、エラー原因についておしらせ...
//
- どのようなデータをどのように分析したか（コンソールにど...
- コメントありがとうございます。Cドライブにd13Cとd15Nのデ...
- これだけの情報では，追試はできませんね。しかし，メッセ...
- もし、真に解決を望むのであれば、架空のデータなどを用い...
- ご回答、コメントありがとうございます。Targetのファイル...
**page.rank.oldを使いたいがエラーが出る [#i6e78ec4]
>[[たまご]] (2014-09-22 (月) 18:17:03)~
~
初めて投稿します。R言語初心者です。~
page.rank.old(igraphというパッケージにある)という関数を使...
> g <- random.graph.game(20, 5/20, directed=TRUE)
> page.rank.old(g)
[1] 0.06973880 0.09021035 0.03558664 0.01666512 0.07154...
0.04793332 0.07996897 0.05023446 0.03992723 0.07147...
[11] 0.03138601 0.02566091 0.09408276 0.04552462 0.04179...
0.03378557 0.00750000 0.02832452 0.09572176 0.02293...
警告メッセージ:
In .Call("R_igraph_pagerank_old", graph, vids - 1, direc...
At structural_properties.c:1379 :igraph_pagerank_old i...
igraph 0.7, use igraph_pagerank instead
なんとかこのエラーを取り除きたいのです。よろしくお願いし...
Rのバージョン3.1.1~
igraphのパッケージは最新~
OS windows7~
//
- "use igraph_pagerank instead" といわれているのだから，...
- それは「エラー」ではなく「警告」ですよ。両者の意味は異...
- 回答ありがとうございました。この場合はプログラム自体は...
- leafletでのコロプレス図とマーカーについて -- [[TAKA?]] ...
- leafletでのコロプレス図とマーカーについて(2) -- [[TAKA?...
- 目的はrstanの実行なのですが、いろいろやった結果、librar...
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