Ｑ＆Ａ (初級者コース)/15
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COLOR(green){SIZE(20){初心者のための R および RjpWiki に...
----
&aname(mokuji);COLOR(green){●● 目次 ●●}
参照は，個々の項目をクリック（質問への回答・コメントの参...
#contents
----
**NAの置換について [#g528c6fb]
>[[なっつ]] (2014-09-18 (木) 16:59:06)~
~
お世話になります。~
以下のようにdat中のNAを空文字に置換します。実際にはNAは数...
dat <- matrix(1:9000000, 3000, 3000)
dat[1, 2] <- dat[2, 1] <- NA
dat[is.na(dat)] <- ""
この処理で目的は達成できるのですが、最後のdat[is.na(dat)]...
宜しくお願いします。~
//
- バイトコンパイルすると幾分時間が短縮されるみたいですよ...
> library(compiler)
> f <- function(x){x[is.na(x)] <- "";x}
> fc <- cmpfun(f)
> dat[1, 2] <- dat[2, 1] <- NA; system.time(f(dat))
ユーザ システム 経過
0.398 0.099 0.644
> dat[1, 2] <- dat[2, 1] <- NA; system.time(fc(dat))
ユーザ システム 経過
0.386 0.009 0.396
- いや, ""を付値する事によって何が起きているかを見て下さ...
- あと, このくらいのバイトコンパイルでは殆ど差が無いはず...
- datをcsvファイルとして保存してエクセルで編集したいので...
dat <- matrix(1:9000000, 3000, 3000)
dat[1, 2] <- dat[2, 1] <- NA
system.time(dat[is.na(dat)] <- "")
a <- 1:9000000
a[1] <- a[2] <- NA
system.time(a[is.na(a)] <- "")
- 私のコンピュータは非力なので，「2014-09-19 (金) 10:33:3...
> dat <- matrix(1:9000000, 3000, 3000)
> dat[1, 2] <- dat[2, 1] <- NA
> system.time(dat[is.na(dat)] <- "")
ユーザ システム 経過
29.090 0.367 29.192
>
> a <- 1:9000000
> a[1] <- a[2] <- NA
> system.time(a[is.na(a)] <- "")
ユーザ システム 経過
3.954 0.039 3.961
>
> dat <- matrix(1:9000000, 3000, 3000)
> dat[1, 2] <- dat[2, 1] <- NA
> system.time(dat[is.na(dat)] <- "")
ユーザ システム 経過
3.949 0.012 3.930
>
> a <- 1:9000000
> a[1] <- a[2] <- NA
> system.time(a[is.na(a)] <- "")
ユーザ システム 経過
3.951 0.012 3.930
- それなら, write.tableでいいんじゃないでしょうか na引数...
> dat <- matrix(1:9000000, 3000, 3000)
> dat[1, 2] <- dat[2, 1] <- NA
> system.time(dat[is.na(dat)] <- "")
ユーザ システム 経過
22.318 0.184 22.573
> system.time(write.table(dat,"hoge.csv",sep=",",na="",r...
ユーザ システム 経過
5.096 0.108 5.214
- 1回目と2回目で計算時間が異なるとは初めて知りました。こ...
- na引数というものがあるのですね。確かにこれなら私の目的...
- たぶんNAのところに""を代入しようとすると、vectorやmatri...
**Error in View(fev) : X11 dataentry cannot be loaded [#b...
>[[Back]] (2014-09-18 (木) 04:47:26)~
~
Mac(OS10.9.4) でRを最近使用し初めました。エクセルのファイ...
//
- たぶん[[About X11 and OS X:http://support.apple.com/kb/...
- 別のアプローチとして、R.appではなくRStudio.appを使うとX...
- お教え頂きありがとうございます。XQuartzを入れてみて、そ...
**線形混合モデルの収束 [#hdd2f263]
>[[初心者]] (2014-09-02 (火) 23:16:29)~
~
初めまして。R勉強中の者です。~
lme4パッケージに含まれるlmerという関数で線形混合モデルを...
lmer(formula= Y ~ X1+X2+X3+X4+X5+(X1+X2+X3+X4+X5|Random))
といった形で、ランダム効果を組み込んだ計算をさせたいので...
警告メッセージ:
1: In optwrap(optimizer, devfun, getStart(start, rho$low...
convergence code 1 from bobyqa: bobyqa -- maximum numbe...
2: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = con...
Model failed to converge with max|grad| = 33.3731 (tol ...
3: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = con...
Model failed to converge: degenerate Hessian with 4 ne...
となり、計算できません。~
ランダム効果が複雑なため、計算を近似的に収束させるパラメ...
尚、過去のバージョンでは、maxFN, maxIterという引き数で直...
ご存知の方がいらっしゃいましたら、ご教授いただければと思...
//
- 質問の前にオンラインヘルプを見るのは最低限の努力でしょ...
- ご指摘ありがとうございます。
lmerControl()のヘルプを参考に
lmer(formula= Y ~ X1+X2+X3+X4+X5+(X1+X2+X3+X4+X5|Random),
control=lmerControl(optCtrl=list(maxfun=3000, maxiter=10...
とする事で指定できました。まだエラーの嵐ですが、汗をかい...
**困っています「不正なマルチバイト文字があります」 [#c6d6...
>[[こまったちゃん]] (2014-08-28 (木) 07:38:58)~
~
『Rによるやさしい統計学』でRを勉強しています。~
「TukeyHSD(aov(統計テスト２~指導法２))」という関数を打ち...
TukeyHSD(aov(統計テスト２~指導法２))
以下にエラー grepl("\n", lines, fixed = TRUE) :
'<87><e5><b0>取ｳ包ｼ<92>' に不正なマルチバイト文字があ...
と表示されました。 ブログなどに書いてある対策を見ましたが...
//
- 別の人です。TukeyHSD関数では日本語は使えないみたいです...
- Mac OS X, R 3.1.0 なら問題なくできましたけど -- &new{2...
> 統計テスト２ <- iris[,1]
> 指導法２ <- iris[,5]
> TukeyHSD(aov(統計テスト２~指導法２))
Tukey multiple comparisons of means
95% family-wise confidence level
Fit: aov(formula = 統計テスト２ ~ 指導法２)
$指導法２
diff lwr upr p adj
versicolor-setosa 0.930 0.6862273 1.1737727 0
virginica-setosa 1.582 1.3382273 1.8257727 0
virginica-versicolor 0.652 0.4082273 0.8957727 0
- Ubuntu 14.04.1 LTSとDebian sidでそれぞれ試してみました...
- Windows 7, R 3.1.1, statsパッケージ3.1.1で、上記のサン...
- 最短で現実的な解決方法は、変数名にCP932でエンコードされ...
- 変数名に日本語を使わなかったら、できました！ありがとう...
- 解決してよかったです。Windowsマシンを用意して、問題箇所...
- あれ？ srcfilecopy の if 文の中の grepl("\n", lines, fi...
- その通りでした。掘り下げないと言いましたが、気になって...
> .Platform$OS.type; R.Version()$version.string
[1] "windows"
[1] "R version 3.1.1 (2014-07-10)"
> options(keep.source = FALSE)
> TukeyHSD(aov(統計テスト２~指導法２))
Tukey multiple comparisons of means
95% family-wise confidence level
Fit: aov(formula = 統計テスト２ ~ 指導法２)
$指導法２
diff lwr upr p adj
versicolor-setosa 0.930 0.6862273 1.1737727 0
virginica-setosa 1.582 1.3382273 1.8257727 0
virginica-versicolor 0.652 0.4082273 0.8957727 0
**caretパッケージのチューニングパラメーター調整方法につい...
>[[最近機械学習について興味をもちだしたもの]] (2014-08-26...
~
caretパッケージのチューニングパラメーター調整方法について...
expand.grid でやってる例が多いのですが、自分でパラメータ...
手法によって異なると思うのですが(例えば deep learning と ...
~
また createGridはなぜ無くなったのでしょうか？~
~
http://topepo.github.io/caret/training.html~
~
を読むと自動でパラメーターをふる関数が用意されてるみたい...
~
よろしくお願い致します。~
//
**パッケージurcaの結果の取り出し（扱い） [#q632e49f]
>[[うどん]] (2014-08-24 (日) 17:55:11)~
~
win7のR x64 2.15.0でパッケージurcaを使い、下記のサンプ...
よろしくお願いいたします。
library(urca)
data(denmark)
sjd <- denmark[, c("LRM", "LRY", "IBO", "IDE")]
sjd.vecm <- ca.jo(sjd, ecdet = "const", type="eigen", K=2,
spec="longrun", season=4)
summary(sjd.vecm)
（略）
VValues of teststatistic and critical values of test:
test 10pct 5pct 1pct
r <= 3 | 2.35 7.52 9.24 12.97
r <= 2 | 6.34 13.75 15.67 20.20
r <= 1 | 10.36 19.77 22.00 26.81
r = 0 | 30.09 25.56 28.14 33.24
（略）
//
- どうも，基本的なところが理解できていないようで。（読ん...
> str(sjd.vecm)
:
..@ cval : num [1:4, 1:3] 7.52 13.75 19.77 25.56 9...
..@ teststat : num [1:4] 2.35 6.34 10.36 30.09
> sjd.vecm@teststat
[1] 2.352233 6.342730 10.361950 30.087451
> sjd.vecm@cval
10pct 5pct 1pct
r <= 3 | 7.52 9.24 12.97
r <= 2 | 13.75 15.67 20.20
r <= 1 | 19.77 22.00 26.81
r = 0 | 25.56 28.14 33.24
- 早速にお教え頂きありがとうございます！@までは試しました...
**barplot()で棒の上の真ん中にデータを書きたい [#n43b1459]
>[[木偶 坊]] (2014-08-20 (水) 10:04:08)~
~
初めまして、教えてください。Windows 8, R version 2.9.2 を...
barplot()関数を使って処理しています。データ数を棒グラフ上...
R version 3.1.1をダウンロードしてやってみましたが、同じで...
ご教示をお願いします。
setwd("f://Rdata")
par(new = FALSE)
par(mar = c(2, 4, 3, 0))
par(mgp = c(2, 0.8, 0))
par(lwd = 2)
par(mfrow = c(1, 1))
par(cex = 1.2)
par(ps = 14)
par(xpd = FALSE)
par(pty = "s")
par(xaxs = "r")
dta <- c(13278, 8860, 9082, 9435, 7222,
5431, 5091, 6193, 5557, 3716)
main = "人口の多い都道府県（H25末資料）"
par(bg = "white")
y <- dta/10
xlab = ""
ylab = "人口(万人)"
ylim = c(0,1500)
barplot(y, angle = 45, beside = FALSE, horiz = F, densit...
col = rainbow(10), main = main, ylim = ylim, yla...
space = 0.1, width = 0.91, adj = 0.5,
names = c("東京","大阪","神奈川","愛知","埼玉","...
"福岡","千葉","兵庫","静岡"))
mn <- y
x <- 1:10
text(x, mn, format(justify = "left", mn, adj = 0, trim =...
pos = 3, offset = 0.5, lty = 0, col = "blue")
axis(2, at = NULL, labels = TRUE, tick = FALSE)
rm(y, dta)
//
- とぉってもユニークなプログラムの書き方と投稿の仕方で，...
x <- barplot(y, 以下略
中略
mn <- y
#x <- 1:10 使わないので，コメントアウト
text(x, mn, 以下略。なお，label の format や offset も指...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。先生早速ありがとう...
**行列の各列を複数のキーと見做してソート [#p2eab339]
>[[kddoi]] (2014-08-19 (火) 17:38:52)~
~
以前こちらのウェブサイトでお世話になりました。再度、困っ...
行列の各列を複数のキーと見做してorderの引数として与え、ソ...
まず、次のようなことができることが最終目標です。~
以下のプログラムではorderにa[,1],a[,2]を別々に与えている...
よって最終的には、a[,1]やa[,2]のように列を指定することな...
cov <- c(1, 1, 1, 2, 2, 2, 1, 2, 3, 1, 2, 3)
dim(cov) <- c(6, 2)
cov[order(cov[, 1], cov[, 2]), ]
最初、orderが引数にリストを取ってくれないかと思ったのです...
おりません。~
どうしても駄目ならば、文字列処理で
cmd <- ""
cmd <- paste("cov[order(cov[, 1]", sep="")
for (i in 2:ncol(cov)) {
cmd <- paste(cmd, ",cov[,", sep="")
cmd <- paste(cmd, i, "]", sep="")
}
cmd <- paste(cmd, "),]", sep="")
eval(parse(text=cmd))
などと行うことも検討しているのですが、もう少しよい方法が...
//
- サンプルコードはこなれていないものの，その方向で行くの...
- ありがとうございます。確かにその方法もありますね。各列...
**DB連携：SQL文のシングルクオテーションの無視あるいは除去...
>[[registar]] (2014-08-18 (月) 19:02:27)~
~
DBに問い合わせるSQL文の中に、下記のソースのwhere id='8888...
drv <- JDBC(rjdbc_driver, rjdbc_jar_file, rjdbc_id_quote)
conn <- dbConnect(drv, rjdbc_url, rjdbc_user, rjdbc_pass...
dataframe_resource <- dbGetQuery(conn, "select id, aid, ...
他の言語と連携させてデータを取ってきているためシングルク...
//
- 上の3行のような文字列が得られるということですか？して，...
**重回帰分析における応答変数の前提条件 [#gfa5690b]
>[[初心者]] (2014-08-13 (水) 02:25:24)~
~
glmの説明について調べると必ずと言って良いほど重回帰分析で...
しかし重回帰分析の応答変数に何らかの分布を仮定しなくとも...
質問1 仮定をおく理由を教えてください~
質問2 誤差項は正規分布を仮定していますが上記と関係してい...
質問3 lmの結果に応答変数の正規性検定結果は含まれていませ...
//
- 重回帰分析の関数はlmで、glmは一般化線形モデルと思います...
- >ただし検定には必要です。 ダウト。正規分布の必要性は...
- glmの枠組みで線形回帰やった場合とlmで線形回帰やった場合...
- glm の場合には，色々な応答変数があり，そのなかで「正規...
**Rの顔認識パッケージ [#icdc6b03]
> (2014-08-12 (火) 00:36:35)~
~
大量の画像について、顔認識して顔の特徴分析をしようと思っ...
画像から顔の認識をして、目鼻口眉輪郭などの特徴量を計算す...
どうぞよろしくお願いします。
//
- RcppでopenCVを呼び出せばできると思います。但し具体的な...
- プログラム書く能力低いなら、コマンドラインで実行できる...
- それをバッチファイル、あるいはシェルプログラムで画像に...
**fftw3のインストール [#bd09a683]
>[[まさし]] (2014-08-08 (金) 09:45:40)~
~
R言語でのfftw3のインストール方法を教えていただけないでし...
//
- 「R言語にlibfftwをインストールする」のではなく、まさし...
Linux (Ubuntu/Debian)の場合
$ sudo apt-get install libfftw3-dev
MacOSX (MacPorts)の場合
$ sudo port install fftw-3
Windowsの場合は[[公式サイト:http://www.fftw.org/]]にある[...
- OSにlibfftw と libfftw3-dev をインストールできたら Rを...
- OSにlibfftw と libfftw3-dev をインストールできたら Rを...
- OSにlibfftw と libfftw3-dev をインストールできたら Rを...
**biOpsのimgFFT()関数を用いた画像のフーリエ変換 [#kedcad8e]
>[[たけし]] (2014-08-07 (木) 10:14:22)~
~
R言語にあるbiOps内のimgFFT()関数を用いて、あるパッケージR...
houses <-readImage(system.file("images/houses.png", pack...
housesb <- E2b(houses)
housesbfft <- imgFFT(housesb)
str(housesbfft)
以下にエラー imgFFT(housesb) : Sorry, fftw not available
str(housesbfft)
以下にエラー str(housesbfft) : オブジェクト 'housesbfft'...
このエラーからimgFFT()関数での処理で失敗していると判断し...
以下imgFFT()関数の処理内容です~
function (imgdata, shift = TRUE)
{
if (!FALSE)
stop("Sorry, fftw not available")
imgmatrix <- array(imgdata)
depth <- if (attr(imgdata, "type") == "grey")
1
else dim(imgdata)[3]
width <- dim(imgdata)[2]
height <- dim(imgdata)[1]
res <- .C("fft_image", image = as.complex(imgmatrix), wi...
height = as.integer(height), depth = as.integer(depth),
PACKAGE = "biOps")
imgdim <- c(height, width, if (depth == 3) depth else NU...
img <- array(res$image, dim = imgdim)
if (shift)
imgFFTShift(img)
else img
}
environment: namespace:biOps>
OS
Windows7 64bit
R インストールパッケージ：R 2.15.3
ImageMagick
インストールパッケージ：ImageMagick-6.7.6-9-Q16-windows-...
GTK2
インストールパッケージ：gtk2-runtime-2.16.6-2010-05-12-a...
EBImage
インストールパッケージ：EBImage 3.12.0.zip
RImageBook
インストールパッケージ:バージョン 3.0.1 の R の下で造ら...
参考にした本
Rで学ぶデータサイエンス デジタル画像処理 共立出版
助言お願いいたします~
//
- 「Sorry, fftw not available」ということは、libfftw3が見...
//この質問内容は上級者のものとは思えませんので、初心者の...
- ご意見ありがとうございます。回答を基にlibfftwをインスト...
**重積分を含む関数を最大化するパラメータの推定方法につい...
>[[ishi03]] (2014-08-05 (火) 11:07:31)~
~
R初心者のishi03と申します。~
この質問の背景をご説明致します。~
私は，理系出身ではありますが，これまで解析的なことを全く...
関数は，
f(k1,k2)=-N*(ln(4*pi)-N*(ln(d(k1,k2)))+k1*a+k2*b
d(k1,k2)=( (4*pi)^(-1))*∫[0→2*pi]∫[0→pi]{sin[θ]*exp( (si...
k1≦k2≦0，N，a，bは事前に与えられている定数
で定義されています。~
k1，k2を求める上で，関数f(k1,k2)を最大にする必要があるの...
Nelder-Mead direct search function minimizer
以下にエラー optim(par = initial, fn = f, control = list...
cannot coerce type 'closure' to vector of type 'double'
との結果が返って参ります。~
どうにか，こちらのk1，k2を算出することはできませんでしょ...
以下に記述しましたコードを示します。
# 事前に定義される定数（仮で設定）
n <- 10
τmin <- 10
τint <- 5
# d(k1, k2）を関数で定義
library(cubature)
d <- function(x, k1, k2)
｛sin(x[1]) * exp(((k1 *(cos(x[2]))^2 + k2 * (sin(x[2]))...
d_int <- adaptIntegrate(c, c(0, 0), c(pi, 2 * pi))
# f(k1, k2）を関数で定義
# k1，k2 の条件を逸した場合は異常値を返すようにしてみま...
f <- function(par) {
k1 <- par[1]
k2 <- par[2]
if (k1 > k2 || k2 > 0) {return(-20000)}
return(function(par) {
k1 <- par[1]
k2 <- par[2]
N <- n
a <- τmin
b <- τint
-N * log(4 * pi) - n * log(d_int) + k1 * a + k2 * b})}
# 最大化する k1，k2 の算出
initial <- c(0, 0)
opt <- optim(par=initial, fn=f, control=list(fnscale=-1,...
なお，使用環境はR version 3.1.1 (2014-07-10)，win7の64bit...
大変申し訳ありませんが，宜しくお願い申し上げます。~
//
- プログラム的におかしな所がいくつかあるので，書き換えて...
# 事前に定義される定数（仮で設定）
n <- 10
τmin <- 10
τint <- 5
# d(k1, k2）を関数で定義
library(cubature)
d <- function(x, k1, k2)
# {sin(x[1]) * exp(((k1 *(cos(x[2]))^2 + k2 * (sin(x[2])...
{sin(x[1]) * exp((k1 * cos(x[2])^2 + k2 * sin(x[2])^2)...
# d_int <- adaptIntegrate(c, c(0, 0), c(pi, 2 * pi))
# f(k1, k2）を関数で定義
# k1，k2 の条件を逸した場合は異常値を返すようにしてみま...
f <- function(par) {
k1 <- par[1]
k2 <- par[2]
if (k1 > k2 || k2 > 0) {return(-20000)}
# return(function(par) {
# k1 <- par[1]
# k2 <- par[2]
N <- n
a <- τmin
b <- τint
d_int <- adaptIntegrate(d, c(0, 0), c(pi, 2 * pi), k1=k1...
-N * log(4 * pi) - n * log(d_int) + k1 * a + k2 * b
# })
}
# 最大化する k1，k2 の算出
initial <- c(-0.3, -0.2)
opt <- optim(par=initial, fn=f, control=list(fnscale=-1,...
opt
- 修正箇所は#で表記頂きましたおかげで大変分かり易く理解で...
**パッケージ内の関数の中身を見ることができない [#r6b186fe]
>[[kamo]] (2014-07-31 (木) 12:34:11)~
~
RHmmというパッケージにHMMFitという関数があり、その中身は
HMMFit
と入力すると見ることができるのですが、HMMFitの中にはBaumW...
> BaumWelch
Error: object 'BaumWelch' not found
となってしまい、関数が見つかりません。BaumWelchの中身を見...
Google検索で似たようなケースがないか調べてみましたが、見...
//
- S3なら[[R-FAQ-3.10.jp.pdfの7.26(45ページ):https://drive...
- install.packages("fortunes"); library(fortunes); fortun...
- ありがとうございます。 -- [[kamo]] &new{2014-07-31 (木)...
- ソースを活用して効率的に進められそうです。メソッド、ク...
**文字列ベクトルの各要素の長さを統一する [#q9d04599]
>[[名無し]] (2014-07-30 (水) 20:20:49)~
~
c("123","abcd","xy") という文字列ベクトルに対して各要素の...
処理後の文字列ベクトル
c("**123","*abcd","***xy")
formatCやsprintfについて調べて見ましたが、数値ベクトルの...
ご教示お願いいたします。~
//
- 文字列の長さが5より長かったらどうしたいですか？~
まあ，それはどうでもよいし，それはあなたが決めればよいか....
取りあえずは
> x <- c("123","abcd","xy")
> sapply(x, function(z) paste(substr("*****", 1, 5-nchar...
123 abcd xy
"**123" "*abcd" "***xy"
> x <- c("", "1", "12", "123", "1234", "12345", "123456"...
> sapply(x, function(z) paste(substr("*****", 1, 5-nchar...
1 12 123 1...
"*****" "****1" "***12" "**123" "*12...
どうですかね？ -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁である。]...
- ありがとうございます。文字列の長さが5を超える場合はその...
- 文字列の途中に空白がないならベタな方法もあります -- &n...
> x <- c("123","abcd","xy","55555555")
> gsub(' ','*',sprintf("%5s",x))
[1] "**123" "*abcd" "***xy" "55555555"
**Rstudio ServerでのmailRパッケージ使用について [#r2fd67fc]
>[[saka]] (2014-07-30 (水) 18:52:04)~
~
Rstudio Server(CentOS, R version 3.0.2)を使い、mailRパッ...
以下のようなスクリプトで(メールアドレス等はダミー)、デス...
考えられる理由や解決法が分かれば、ご教授お願いできません...
send.mail(from = "sender@gmail.com",
to = c("recipient1@gmail.com", "recipient2@gm...
subject = "Subject of the email",
body = "Body of the email",
smtp = list(host.name = "smtp.gmail.com", por...
user.name = "gmail_username", pas...
ssl = TRUE),
authenticate = TRUE,
send = TRUE)
Rstudio Serverでのエラー表示
org.apache.commons.mail.EmailException: Sending the ema...
following server failed : smtp.gmail.com:465
at org.apache.commons.mail.Email.sendMimeMessage(Ema...
at org.apache.commons.mail.Email.send(Email.java:1437)
at java.lang.reflect.Method.invoke(libgcj.so.10)
at RJavaTools.invokeMethod(RJavaTools.java:386)
Caused by: javax.mail.MessagingException: IOException w...
message;
nested exception is:
javax.activation.UnsupportedDataTypeException: no obj...
MIME type text/plain; charset=ISO-8859-1
at com.sun.mail.smtp.SMTPTransport.sendMessage(SMTPT...
at javax.mail.Transport.send0(Transport.java:254)
at javax.mail.Transport.send(Transport.java:124)
at org.apache.commons.mail.Email.sendMimeMessage(Ema...
...3 more
Caused by: javax.activation.UnsupportedDataTypeExceptio...
for MIME type text/plain; charset=ISO-8859-1
at javax.activation.ObjectDataContentHandler.writeTo...
at javax.activation.DataHandler.writeTo(libgcj.so.10)
at javax.mail.internet.MimeBodyPart.writeTo(MimeBody...
at javax.mail.internet.MimeMessage.writeTo(MimeMessa...
at com.sun.mail.smtp.SMTPTransport.sendMessage(SMTPT...
...6 more
NULL
Error: EmailException (Java): Sending the email to the ...
failed : smtp.gmail.com:465
//
- Rstudio Server は*全く*無関係ですね, CentOS上のJavaのru...
- 御助言ありがとうございました。アドバイスの通り調べてみ...
**rApache環境下のJavaライブラリ使用について [#idece022]
>[[清水]] (2014-07-28 (月) 23:01:43)~
~
CentOSサーバ上でrApache環境を構築して、RプログラムをWeb環...
同環境下で、Apache POIライブラリ使用によるExcelファイル作...
そのままではrJavaライブラリをローディングできないので、ht...
しかし実際にライブラリを使用するためには.jinit()を発行す...
Rソースは単純に以下のような内容で、環境変数の不足を疑って...
library(rJava)
.jinit()
1000行近くあるログの先頭は以下のような内容です。
# There is insufficient memory for the Java Runtime Envi...
# Native memory allocation (malloc) failed to allocate 2...
# Possible reasons:
# The system is out of physical RAM or swap space
# In 32 bit mode, the process size limit was hit
# Possible solutions:
# Reduce memory load on the system
# Increase physical memory or swap space
# Check if swap backing store is full
# Use 64 bit Java on a 64 bit OS
# Decrease Java heap size (-Xmx/-Xms)
# Decrease number of Java threads
# Decrease Java thread stack sizes (-Xss)
# Set larger code cache with -XX:ReservedCodeCacheSize=
# This output file may be truncated or incomplete.
#
# Out of Memory Error (os_linux.cpp:2726), pid=13829, t...
#
# JRE version: (7.0_51-b13) (build )~
# Java VM: Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (24.51-b03 ...
# Failed to write core dump. Core dumps have been disabl...
# try "ulimit -c unlimited" before starting Java again
--------------- T H R E A D ---------------
Current thread (0x00007fbecf6e1000): JavaThread "Unknow...
stack(0x00007fff9ed8f000,0x00007fff9ee8f000)]
Stack: [0x00007fff9ed8f000,0x00007fff9ee8f000], sp=0x00...
Native frames: (J=compiled Java code, j=interpreted, Vv=...
V [libjvm.so+0x992f4a] VMError::report_and_die()+0x2ea
V [libjvm.so+0x4931ab] report_vm_out_of_memory(char co...
V [libjvm.so+0x81338e] os::Linux::commit_memory_impl(c...
V [libjvm.so+0x81383f] os::Linux::commit_memory_impl(c...
V [libjvm.so+0x813a2c] os::pd_commit_memory(char*, uns...
V [libjvm.so+0x80daea] os::commit_memory(char*, unsign...
V [libjvm.so+0x98e849] VirtualSpace::expand_by(unsigne...
V [libjvm.so+0x98e9cd] VirtualSpace::initialize(Reserv...
V [libjvm.so+0x58a8e3] CodeHeap::reserve(unsigned long...
V [libjvm.so+0x420cf0] CodeCache::initialize()+0x80
V [libjvm.so+0x5a9605] init_globals()+0x45
V [libjvm.so+0x94ef8d] Threads::create_vm(JavaVMInitAr...
V [libjvm.so+0x6307e4] JNI_CreateJavaVM+0x74
--------------- P R O C E S S ---------------
"Unknown thread"が赤表示になっていてこれが原因と思われま...
原因と対処法についてご教授願います。~
//
- とりあえず, SELinuxを無効にして再起動してみたらどうなり...
- なかまさん回答ありがとうございます。SELinuxをpermissive...
- では, 再度有効にしてログを見ればわかるのでは？ -- [[な...
- なぜかブラウザを再読み込みしたら同じ投稿されてしまいま...
- 原因が分からずに自己解決しました。ログが出ない理由はaud...
**Not runとは [#lb2baa74]
>[[macy]] (2014-07-27 (日) 18:00:29)~
~
パッケージのマニュアル等を見ると、実行文の例文のところに~
# Not runという文字をよく見かけます。~
このNot runはどういう意味でしょうか？~
~
例文なので、実行するなという意味ではないような気がしたも...
常識的なことかと思うのですが、教えて下さい。~
~
Examples
## Not run:
# 略
## End(Not run)
//
- [[Writing R Extensionsのexamples:http://cran.r-project....
- 理解しました。なかまさん、ありがとうございます。 -- [[m...
**文字ベクトルの各要素の長さを調べたい [#le0903b1]
>[[初心者（Ｒ１０日目）]] (2014-07-27 (日) 16:18:06)~
~
以下のような文字ベクトルvがあるときに各要素の長さを取得す...
v <- c("a","xyz","pq","")~
~
各要素の長さとはc(1,3,2,0)を指します。~
//
- sapply(v, nchar) さらに，名前をはぎ取りたいなら unname(...
- ありがとうございました -- [[初心者（Ｒ１０日目）]] &new...
**時間帯にまとめた時系列グラフを描きたい [#lcd7eac0]
>[[しまだ]] (2014-07-23 (水) 15:16:29)~
~
ある水辺で飛来してくる水鳥をカウントし、データフレーム（d...
中身は以下のとおり,indsは水鳥の個体数、my_time2は観測時刻...
inds my_time2
1 22 2013-03-13 08:00:00
2 6 2013-03-13 08:00:00
3 6 2013-03-13 08:16:00
4 13 2013-03-13 08:28:00
5 4 2013-03-13 08:32:00
6 2 2013-03-13 11:37:00
7 2 2013-03-13 11:45:00
8 3 2013-03-13 11:56:00
9 3 2013-03-13 12:05:00
10 3 2013-03-13 12:24:00
11 2 2013-03-13 15:47:00
12 2 2013-03-13 15:49:00
（以下、略）
ここから（たとえば30分毎、あるいは1時間毎に個体数をまとめ...
//
- 以下のようなのがベースになるかも。30分ごとにしたければ ...
x <- as.integer(data$my_time2) %/% 3600
num <- c(by(data$inds, x, sum))
time <- names(num) <- as.POSIXct(as.integer(names(num)) ...
origin = "1960-01-01")
num
time
plot(time, num, type = "b")
- ありがとうございました。当初POSIXctとPOSIXltの区別がつ...
**条件判断が上手くいきません [#z0c6218b]
>[[のびたき]] (2014-07-17 (木) 18:43:24)~
~
初めまして、お世話になります。~
以下のような条件判断で失敗しています。
> a <- matrix(c(0.3, 0.15, 0.35, 0), ncol = 2, nrow = 2)
> sum(a) == 0.8
右辺も左辺もどちらも0.8なのでTRUEになるはずと期待している...
どのように直せばいいのかご教示ください。よろしくお願いい...
//
- Rでは通常,数値を浮動小数点として数値を扱います.
> a <- matrix(c(0.3,0.15,0.35,0),ncol=2,nrow=2)
> # 格納された16進表記
> sprintf("%A",sum(a))
[1] "0X1.9999999999999P-1"
> sprintf("%A",0.8)
[1] "0X1.999999999999AP-1"
> options(digits=22) # もうちょっと人間向けに
> sum(a)
[1] 0.7999999999999999333866
> 0.8
[1] 0.8000000000000000444089
これはFAQとして[[R-FAQの7.31:https://drive.google.com/fol...
たとえば
> TRUE == all.equal(sum(a), 0.8)
[1] TRUE
などとすると良いでしょう -- [[なかま]] &new{2014-07-17 (...
- なるほど、よくわかりました。ありがとうございました。 --...
**CPU数・コア数と計算速度について [#i7da49b8]
>[[LOL]] (2014-07-10 (木) 09:51:51)~
~
お世話になります。~
~
数百万回for文を繰り返すような解析を行う必要が生じたため、...
CPU数が2倍、コア数が4倍になるので大体8倍ぐらいの計算速度...
とてもがっかりしたのですが、こういうものなんでしょうか?~
//
- foreach %dopar%を使えば、速くなるかも？forだと、マルチ...
- Rにはマルチコア用の関数というものが存在しているのでしょ...
- http://cran.r-project.org/web/packages/doParallel/ -- [...
- 情報ありがとうございます。私のプログラムではfor文が入れ...
- 推測ですが, 最初の「実際は2倍程度」早くなったのはCPU本...
- 手前味噌ですが、私の「Rプログラミングマニュアル(改訂第...
- >中間様&br;もともとC言語でプログラミングの勉強を始めた...
- 「Rプログラミングマニュアル」ですが、現在改定前版と改定...
**linuxでのパッケージのインストール [#see2bc0e]
>[[SS]] (2014-07-02 (水) 09:26:06)~
~
linux(CentOS)を使用しています。~
パッケージをインストールする際に、インストールするディレ...
~
また、間違ったフォルダにインストールしたとして、単にmvで...
~
どなたかご回答宜しくお願いします。~
//
- linux に特殊事情があるのかも知れないけど，普通は instal...
- mvではダメでした。install.packagesに引数があるのですね...
- 追記です。mvでパッケージを移動した後にlibry()の引数lib....
- mvするのは最終手段だと思います。通常は、.libPaths()で既...
**Williams検定のP値について [#pdde0712]
>[[HY]] (2014-07-01 (火) 14:12:39)~
~
過去の質問(未解決)にもありましたが、Rを使ってWilliams検定...
[[multcomp パッケージでの Williams 検定について:http://ww...
~
RでP値まで求めたいのですが、P値を計算できた方いらっしゃい...
以下は検証したデータです。
入力データ
bpdown <- data.frame(
medicine=factor(rep(1:4, each=10)),
sbpchange=c(153, 153, 152, 156, 158, 151, 151, 150, 14...
158, 152, 152, 152, 151, 151, 157, 147, 15...
153, 146, 138, 152, 140, 146, 156, 142, 14...
137, 139, 141, 141, 143, 133, 147, 144, 15...
#SimCompを使う方法
library(SimComp)
SimTestDiff(data=bpdown, grp="medicine", resp="sbpchange",
type="Williams", base=1, covar.equal=T)
#[結果]
# comparison endpoint margin estimate statistic p.valu...
#1 C 1 sbpchange 0 -9.700 -4.180 0...
#2 C 2 sbpchange 0 -7.650 -3.806 0...
#3 C 3 sbpchange 0 -5.367 -2.832 0...
#multcompを使う方法
res1 <- aov(sbpchange ~ medicine, data=bpdown)
library(multcomp)
res2 <- glht(res1, linfct = mcp(medicine = "Williams"))
summary(res2)
#[結果]
#Linear Hypotheses:
# Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
#C 1 == 0 -9.700 2.321 -4.180 < 0.001 ***
#C 2 == 0 -7.650 2.010 -3.806 0.00111 **
#C 3 == 0 -5.367 1.895 -2.832 0.01410 *
SASを使える方にお願いしてP値を計算していただいた場合、「...
[SAS計算結果]
OBS t wp wtc
1 -0.34471 0.63384 1.68830
2 -1.37884 0.95606 1.76560
3 -2.31242 0.99785 1.79073
また、以下の青木先生のソースコードでｔ値は計算できました...
[[ウィリアムズの方法による平均値の多重比較:http://aoki2.s...
//
- http://stats.stackexchange.com/questions/89315/can-i-us...
- Only available from github https://github.com/zhenglei-...
- Sorry, package above shown may be not completed. -- &n...
- コメントくださり、ありがとうございます。Williams検定でP...
**一個飛びに0を入れるには、どうすれば良いですか？ [#i428e...
>[[のざわ]] (2014-07-01 (火) 11:35:21)~
~
お世話になります。~
たとえば以下を
1,2,3,4,5
こんな風にしたい
1,0,2,0,3,0,4,0,5,0
あるいは
1,0,0,2,0,0,3,0,0,4,0,0,5,0,0
と0を2個（あるいは複数)~
これをforやwhileなどループを使わずに作る方法はありません...
//
- あるよ。 -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁である。]] &n...
x <- 1:5
c(rbind(x, numeric(length(x))))
c(rbind(x, numeric(length(x)), numeric(length(x))))
とか
c(rbind(x, matrix(0, 1, length(x))))
c(rbind(x, matrix(0, 2, length(x))))
c(rbind(x, matrix(0, 10, length(x))))
**R version3.1.0でのrandomForest関数があるパッケージ名 [#...
>[[pararel]] (2014-06-19 (木) 21:50:04)~
~
Warning in install.packages :
package ‘randomForest’ is not available (for R version...
install.packages("randomForest")を実行すると上記の表示が...
R version 3.1.0でのrandomforest関数のパッケージ名を教えて...
~
何卒よろしくお願い申し上げます。~
//
- randomForest ですが... Windows でも Mac でも問題なくで...
- .Rprofile などに生存してない options(repos="http://essr...
- ネットワークの再起動をしたらインストール出来ました。&br...
**txt ファイルからNetCDF ファイル [#d3eafccb]
>[[ロビン]] (2014-06-08 (日) 14:01:41)~
~
txt ファイルからNetCDF ファイルに変換したいのですが，Rを...
//
- できるかできないかという二元論で言えば、[[RNetCDF:http:...
**sem のsummaryが例示と違う [#d41b5e7f]
>[[SK]] (2014-06-07 (土) 13:48:25)~
~
はじめまして。semをまず動かしてみようと~
http://www.okada.jp.org/RWiki/?R%A4%C7%B6%A6%CA%AC%BB%B6%...
の「潜在変数を仮定するモデル 」をそのまま実行させました。~
およそ同じような結果になるのですが、summaryで表示される項...
Goodness-of-fit indexやRMSEA index など、例示されているも...
また、結果の最後のInterationが17ではなく15になります。~
なにか設定とかが足りないでしょうか。~
以下が結果です。
> ans <- sem(model, cor(dat), 10)
> summary(ans)
Model Chisquare = 1.925355 Df = 5 Pr(>Chisq) = 0.85...
AIC = 21.92536
BIC = -9.58757
Normalized Residuals
Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. ...
-0.3976000 -0.0000002 0.0155300 0.1221000 0.2435000 ...
R-square for Endogenous Variables
v1 v2 v3 v4 v5
0.6297 0.0809 0.4573 0.0583 0.0506
Parameter Estimates
Estimate Std Error z value Pr(>|z|) ...
path1 0.7935558 0.4882341 1.6253592 0.10408604 v1 <---...
path2 -0.2843858 0.3849962 -0.7386717 0.46010637 v2 <---...
path3 -0.6762525 0.4525192 -1.4944171 0.13506663 v3 <---...
path4 -0.2414672 0.3860898 -0.6254172 0.53169727 v4 <---...
path5 0.2248359 0.3864879 0.5817413 0.56074096 v5 <---...
s1 0.3702693 0.6626860 0.5587401 0.57633909 v1 <-->...
s2 0.9191248 0.4485423 2.0491376 0.04044867 v2 <-->...
s3 0.5426826 0.5322169 1.0196644 0.30788765 v3 <-->...
s4 0.9416935 0.4546109 2.0714275 0.03831887 v4 <-->...
s5 0.9494489 0.4567576 2.0786712 0.03764758 v5 <-->...
Iterations = 15
利用環境Windows7Pro64bit R i386 3.1.0
> sessionInfo()
R version 3.1.0 (2014-04-10)
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Jap...
[3] LC_MONETARY=Japanese_Japan.932 LC_NUMERIC=C ...
[5] LC_TIME=Japanese_Japan.932
attached base packages:
[1] splines stats graphics grDevices utils da...
other attached packages:
[1] sem_3.1-4 car_2.0-20 Rcmdr_2.0-4
loaded via a namespace (and not attached):
[1] MASS_7.3-31 matrixcalc_1.0-3 nnet_7.3-8 t...
[6] tools_3.1.0
//
- プログラムが変わったからから，結果もいろいろ変わったの...
- さっそくに教えていただきありがとうございます！できまし...
**フィッシャーの判別分析について [#fd7498d4]
>[[K]] (2014-06-02 (月) 16:32:32)~
~
お世話になります。フィッシャーの判別分析を行うためMASSパ...
~
~
library(MASS)
dat <- data.frame(value=c(9.43,9.43,9.47,9.50,9.60,9.62,...
9.65,9.66,9.69,9.72,9.72,9.72,9.75,9.78,9.78,9.78...
class=c(rep("A",5),rep("B",13)))
z <- lda(class~., dat)
dat <- cbind(dat, predict(z, dat)$class)
colnames(dat)[ncol(dat)] <- "pred"
datは以下のようになります。classは真のクラス、predはldaの...
~
value class pred
1 9.43 A A
2 9.43 A A
3 9.47 A A
4 9.50 A A
5 9.60 A B
6 9.62 B B
7 9.62 B B
8 9.65 B B
9 9.66 B B
10 9.69 B B
11 9.72 B B
12 9.72 B B
13 9.72 B B
14 9.75 B B
15 9.78 B B
16 9.78 B B
17 9.78 B B
18 9.81 B B
ここで、変数をxとしたときの判別式は以下のように計算される...
~
#係数の算出
coeff <- z$scaling
#定数項の算出
const <- apply(z$means %*% z$scaling, 2, mean)
~
0 = coeff*x - const
x = const/coeff = 146.5764/15.26728 = "9.600692"
~
この結果から、"9.600692"を判別面としてpredのクラスが決め...
~
特定のパッケージのことで回答しづらいと思いますが、何でも...
~
なお、係数や定数項の求め方は以下の書籍やホームページの記...
http://www.morikita.co.jp/books/book/536~
http://homepage2.nifty.com/nandemoarchive/GLM/tahenryou_0...
http://entertainment-lab.blogspot.jp/2012/12/r.html~
~
環境はWin 7, R 3.0.2, MASS 7.3-29です。~
//
- > "9.600692"を判別面としてpredのクラスが決められている...
> library(MASS)
> dat <- data.frame(value=c(9.43,9.43,9.47,9.50,9.60,9.6...
9.65,9.66,9.69,9.72,9.72,9.72,9.75,9.78,9.78,9....
class=c(rep("A",5),rep("B",13)))
> z <- lda(class~., dat)
ここからデバッグ
> debug(predict)
> predict(z)
debugging in: predict(z)
debug: UseMethod("predict")
ng = 2
dm
LD1
A -2.5292791
B 0.9727997
prior
A B
0.2777778 0.7222222
x
value
1 9.43
2 9.43
3 9.47
4 9.50
5 9.60
略
dist <- matrix(0.5 * rowSums(dm^2) - log(prior), nrow(x)...
byrow = TRUE) - x[, 1L:dimen, drop = FALSE] %*% t(dm)
A B
1 -4.080144 4.0907860
2 -4.080144 4.0907860
3 -2.535536 3.4967058
4 -1.377080 3.0511458
5 2.484441 1.5659455
略
dist <- exp(-(dist - apply(dist, 1L, min, na.rm = TRUE)))
A B
1 1.000000e+00 0.0002827549
2 1.000000e+00 0.0002827549
3 1.000000e+00 0.0024001077
4 1.000000e+00 0.0119356523
5 3.991190e-01 1.0000000000
略
posterior <- dist/drop(dist %*% rep(1, ng))
A B
1 9.997173e-01 0.000282675
2 9.997173e-01 0.000282675
3 9.976056e-01 0.002394361
4 9.882051e-01 0.011794873
5 2.852645e-01 0.714735492
略
cl <- factor(nm[max.col(posterior)], levels = object$lev)
[1] A A A A B B B B B B B B B B B B B B
exiting from: predict(z)
$class
[1] A A A A B B B B B B B B B B B B B B
Levels: A B
$posterior
A B
1 9.997173e-01 0.000282675
2 9.997173e-01 0.000282675
3 9.976056e-01 0.002394361
4 9.882051e-01 0.011794873
5 2.852645e-01 0.714735492
略
$x
LD1
1 -3.38424667
2 -3.38424667
3 -2.77355554
4 -2.31553720
5 -0.78880937
略
- ご回答ありがとうございます。事前確率を指定した場合と指...
- 事前確率を考慮するか（どのような事前確率を採用するのか...
- 事前確率に関する計算をする箇所は特定できても、どのよう...
**biOpsのインストールについて [#qeb4fc82]
>[[ay]] (2014-05-29 (木) 15:39:32)~
~
MacのOS X Mavericks‎でRを使用しています。~
~
画像処理を行うため、biOpsが必要になったのですが、ターミナ...
install.packages("biOps", repos="http://cran.md.tsukuba.a...
を入力したところ以下のようなメッセージが表示されました~
sudo port install ImageMagick~
♥ チョキチョキ，チョッキンと切り取り
警告メッセージ:
In install.packages("biOps", repos = "http://cran.md.tsu...
パッケージ ‘biOps’ のインストールは、ゼロでない終了値を...
また、biOpsのサイト（http://cran.r-project.org/web/packag...
OS X Mavericks binaries: r-release: not available~
と書かれていました。MavericksでのbiOpsの使用は不可能なの...
ご存知の方いらっしゃいましたらよろしくお願いします。~
//
- ご存じも何も，"OS X Mavericks binaries: r-release: not ...
- わかりました。早急な回答ありがとうございます。 -- [[ay]...
- 私もMarvericksを使っています。また同じくMacPortsユーザ...
$ sw_vers
ProductName: Mac OS X
ProductVersion: 10.9.3
BuildVersion: 13D65
MacPortsでbiOpsパッケージに必要なPortを事前に入れておいて...
> install.packages("biOps", repos="http://cran.md.tsukub...
type="source", configure.vars = 'LDFLAGS=-L/opt/local...
URL 'http://cran.md.tsukuba.ac.jp/src/contrib/biOps_0.2....
を試しています
[snip]
* DONE (biOps)
[snip]
正常にインストールされれば、biOps.soは次のようになってい...
$ otool -L /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/
Resources/library/biOps/libs/biOps.so
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/
library/biOps/libs/biOps.so:
biOps.so (compatibility version 0.0.0,
current version 0.0.0)
/opt/local/lib/libtiff.5.dylib (compatibility version 8....
current version 8.0.0)
/opt/local/lib/libjpeg.9.dylib (compatibility version 11...
current version 11.0.0)
/opt/local/lib/libfftw3.3.dylib (compatibility version 8...
current version 8.4.0)
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/
lib/libR.dylib (compatibility version 3.1.0,
current version 3.1.0)
/System/Library/Frameworks/CoreFoundation.framework/
Versions/A/CoreFoundation (compatibility versi...
current version 855.16.0)
/usr/lib/libSystem.B.dylib (compatibility version 1.0.0,
current version 1197.1.1)
もし、libtiff.5.dylibが表示されなければ、正常にインストー...
$ diff /Library/Frameworks/R.framework/
Resources/etc/Makeconf{.orig,}
18c18
< CFLAGS = -Wall -mtune=core2 -g -O2 $(LTO)
---
> CFLAGS = -Wall -mtune=core2 -g -O2 $(LTO) -I/opt/local...
20c20
< CPPFLAGS = -I/usr/local/include -I/usr/local/include/f...
-I/opt/X11/include
---
> CPPFLAGS = -I/usr/local/include -I/usr/local/include/f...
-I/opt/X11/include -I/opt/local/include
23c23
< CXXFLAGS = -Wall -mtune=core2 -g -O2 $(LTO)
---
> CXXFLAGS = -Wall -mtune=core2 -g -O2 $(LTO)
-I/opt/local/include
69c69
< LDFLAGS = -L/usr/local/lib
---
> LDFLAGS = -L/usr/local/lib -L/opt/local/lib
- 回答ありがとうございます。早速試してみます！ -- [[ay]] ...
- ぎゃふん。&br;作者（メインテイナー）がバイナリを用意で...
- CRANパッケージ登録処理の事情を説明すると、メンテナが手...
// この手のパッケージは、自分が使う分には何とでもなるので...
**行列の列への掛け算について [#kc24208f]
>[[mao]] (2014-05-29 (木) 11:33:02)~
~
お世話になります。以下のような行列の列1,2,3にcofの1,2,3番...
matrix(1:9,3,3)
cof <- 2:4
このとき、どのような処理をすればよいでしょうか。*や%*%を...
宜しくお願いします。~
//
- 質問が曖昧ですが，* を使ってうまくいかなかったというこ...
> x <- matrix(1:9,3,3)
> cof <- 2:4
> t(t(x)*cof)
[,1] [,2] [,3]
[1,] 2 12 28
[2,] 4 15 32
[3,] 6 18 36
- ありがとうございました。転値して転値するのですか。意外...
- > 意外な処理です。&br;意外でもなんでもない，定石中の定...
- 確かにそうなりますね。for文で列ごとに処理するよりだいぶ...
- cofをmatrix(rep(2:4, 3), 3, byrow=TRUE)としておけば、x*...
**Rstudioが起動できない [#w1ea24e4]
>[[永野]] (2014-05-26 (月) 19:11:52)~
~
Windows8でRstudioをインストールした後、実行しようとしたと...
どなたか対処方法をご存じの方がいらっしゃいましたら、ご指...
//
//- 他のプログラムは問題なく動くのでしょうかね？&br;もう...
//- 一般的に，掲示版での応答はある程度の時間的余裕を見な...
- ご質問から随分時間が経ってしまったので解決済みかもしれ...
**データフレームから特定の列を抜く [#gbb7d157]
>[[paul]] (2014-05-17 (土) 21:31:42)~
~
お世話になります。~
~
あるデータフレームの列を除こうとしています。~
抜こうとしている列は数値で、その全値を足しこんだ総和が”0”...
Base01 <- Base00[, (colSums(Base00[,14:50]) != 0)]
colSumsで見たと結果で0となっている列が排除されていないよ...
スマートな方法はありますでしょうか。~
ちなみに、行を対象にした特定の行排除には以下のように実施...
Base01 <- subset(Base01, rowSums(Base00[,14:50]) != 0)
//
- あのね。あなたがやったことがはっきりわからないのよ。だ...
> Base00 <- data.frame(a=1:5, b=-2:2, c=rnorm(5))
> Base00
a b c
1 1 -2 2.3755710
2 2 -1 -1.5356930
3 3 0 0.3075105
4 4 1 -2.2391591
5 5 2 -0.8341275
> Base01 <- Base00[, colSums(Base00[,1:3]) != 0]
> Base01
a c
1 1 2.3755710
2 2 -1.5356930
3 3 0.3075105
4 4 -2.2391591
5 5 -0.8341275
- 原因がわかりました。やりかたは間違っておりませんでした...
**カテゴリカルな多変量解析 [#ce9d85bc]
>[[☆]] (2014-05-06 (火) 12:26:35)~
~
お世話になっております。~
~
質問項目のデータを用いて主成分分析を適用したかったのです...
SPSSでは「カテゴリカル主成分分析」という分析方法が使える...
~
そこでR、できればRコマンダーで分析できれば、と考えたので...
~
この相関行列に主成分分析を適用したいと考えたのですが、Rコ...
~
また、このような方法はカテゴリカルな主成分分析と言えるの...
~
的外れな質問でしたら、大変申し訳ございません。~
どうぞよろしくお願い申し上げます。~
//
- SPSS で言うカテゴリカル主成分分析は，最適尺度法のことで...
**scan関数の挙動について [#n730598a]
>[[dengaku]] (2014-05-06 (火) 01:25:02)~
~
お世話になります。~
~
windows7で32bit版のR3.1.0を使用しております。~
~
R3.1.0でscan関数に以下のような処理を行わせると、半角文字...
出力結果が異なることに気がつきました。~
~
どうも、区切り文字で区切る全角文字が１文字の場合、改行コ...
分割されない場合があるようです。
scan(text = "a,b,c", what="character", sep=",")
Read 3 items
[1] "a" "b" "c"
scan(text = "ab,cd,e", what="character", sep=",")
Read 3 items
[1] "ab" "cd" "e"
scan(text = "あ,い,う", what="character", sep=",")
Read 1 item
[1] "あ,い,う\n"
scan(text = "あい,うえ,お", what="character", sep=",")
Read 3 items
[1] "あい" "うえ" "お\n"
scan(text = "あい,うえ,おか", what="character", sep=",")
Read 3 items
[1] "あい" "うえ" "おか"
R3.0.3以前では、上記のような全角文字を対象とした場合でも...
加えられることなく、下記のように区切り文字で正しく区切ら...
~
x <- scan(text="あ,い,う",what="character",sep=",")~
Read 3 items~
x~
[1] "あ" "い" "う"~
~
もし、私と同様の結果が再現されるようでしたら、教えていた...
全角文字を対象とした場合のR3.1.0のscan関数の出力結果は、...
それとも、バグなのでしょうか。~
何卒、よろしくお願い致します。~
//
- Win8 64bitのR3.1.0で上記のバグっぽい現象が再現しました...
- Win7 64bitのR3.1.0でも再現。こちらの方法なら逃げられま...
> strsplit("a,b,c ",",")
[1] "a" "b" "c "
> strsplit("あ,い,う",",")
[1] "あ" "い" "う"
> strsplit("あい,うえ,お",",")
[1] "あい" "うえ" "お"
- どうせなら，完璧に。unlist(strsplit("あい,うえ,お",",")...
- コメント、本当にありがとうございます。恐らくバグである...
**エラー 解釈 [#ddd67df9]
>[[まる]] (2014-04-30 (水) 09:32:08)~
~
お世話になっております。~
Rでエラーが出て、計算ができません。~
IRTの段階反応モデル（grm）を行った際に、以下のエラーが出...
以下にエラー log.pr[xj, ] : 添え字が許される範囲外です
これは何を意味するエラーなのでしょうか。~
~
ご教授願います。~
//
- 文字通り，「添え字が許される範囲外」です。具体的には，l...
> (a <- matrix(1:12, 3)); a[5,]
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 1 4 7 10
[2,] 2 5 8 11
[3,] 3 6 9 12
以下にエラー a[5, ] : 添え字が許される範囲外です
a は3行4列なのに，5行目を参照しようとした。ということ。 -...
- ご教授ありがとうございます。大変勉強になりました。初歩...
- > 解決策としては何が考えられるのでしょうか&br;あなたの...
**文字列の結合について [#jdf9a514]
>[[しよう]] (2014-04-24 (木) 16:53:07)~
~
a1, a2, a3....a10という変数があり、この中に文字列が格納さ...
a1 <- c("AAA","BBB")
a2 <- c("CCC","DDD")
a3 <- c("EEE","FFF")
a4 <- c("GGG","HHH")
a5 <- c("III","JJJ")
a6 <- c("KKK","LLL")
a7 <- c("MMM","NNN")
a8 <- c("OOO","PPP")
a9 <- c("QQQ","RRR")
a10 <- c("SSS","TTT")
このとき、a1〜a10をすべて結合したいのですが、
c(a1,a2,a3,a4,a5,a6,a7,a8,a9,a10)
と入力するのは醜いです。何かよい方法は無いでしょうか。~
宜しくお願いします。~
//
- 「醜い」って言っても，そもそもあなたが文字列を10個の変...
ans <- NULL
for (i in 1:10) {
eval(parse(text=paste("ans <- c(ans, a", i, ")", sep=""...
}
ans
いずれにしても，少なくとも，データを変数にではなく，リス...
- まだお返事がないので，その間に。&br;もし，同じようなデ...
- ファイルは一行の文字列で複数のフォルダに保存されていま...
- できました！最後にunlist()すれば簡単に結合できますね。l...
**長さの異なるベクトルをcbindで結合する [#r68329b1]
>[[J]] (2014-04-23 (水) 09:48:29)~
~
お世話になります。Win7, R3.0.2を使用しています。~
以下のように長さの異なるベクトルa,bをcbindすると、同じ長...
a <- c(1, 2, 3)
b <- c(4, 5, 6, 7, 8)
cbind(a, b)
ここで、繰り返されるaの要素を0またはNAにしたいのですが、...
お手数ですが、ご教示宜しくお願いします。~
//
- 「実際のデータでは10個ほどの長さの異なるベクトル」とい...
Cbind <- function(...) {
x <- list(...)
len <- max(sapply(x, length))
sapply(x, function(y) c(y, rep(NA, len - length(y))))
}
実行例
> Cbind(1:3, 20:24, 40:41)
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 20 40
[2,] 2 21 41
[3,] 3 22 NA
[4,] NA 23 NA
[5,] NA 24 NA
> Cbind(c(2, 3, 1, 5), c(4, 3, 6), c(9, 4, 2, 5, 3, 1), ...
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 2 4 9 7
[2,] 3 3 4 6
[3,] 1 6 2 NA
[4,] 5 NA 5 NA
[5,] NA NA 3 NA
[6,] NA NA 1 NA
- ご回答ありがとうございました。ベクトル数は今後データを...
- こんなのもあり。 -- [[Null]] &new{2014-04-24 (木) 11:32...
> a1 <- 1:2; a2 <- 1:3; a3 <- 1:4
> maxl <- max(length(a1),length(a2),length(a3)); maxl
[1] 4
> length(a1) <- maxl; length(a2) <- maxl; length(a3) <- ...
> A <- cbind(a1,a2,a3); A
a1 a2 a3
[1,] 1 1 1
[2,] 2 2 2
[3,] NA 3 3
[4,] NA NA 4
> A[is.na(A)] <- 0; A
a1 a2 a3
[1,] 1 1 1
[2,] 2 2 2
[3,] 0 3 3
[4,] 0 0 4
- 繰り返しはプログラムに書くのではなくコンピュータにやら...
Cbind2 <- function(...) {
x <- list(...)
len <- max(sapply(x, length))
sapply(x, function(y) {length(y) <- len; y})
}
**> adf.test(○○) 以下にエラー NCOL(x) : オブジェクト '○...
>[[クマ]] (2014-04-23 (水) 00:13:16)~
~
MacでR version 3.1.0を使っておりまして、CSVで「○○」という...
> dat <- read.csv("FCsuii.csv", na.strings="*")
複数の変数がありますが、読み込みは成功しておりました。
そのあと変数のうちの一つ「kaiinsuu」を分析するためにパッ...
> adf.test(kaiinsuu)
を入力したところ
以下にエラー NCOL(x) : オブジェクト 'kaiinsuu' がありま...
と出ました。~
CSVデータは読み込めているが変数を関数で処理できない状態に...
よろしくおねがいいたします。~
//
- dat はデータフレームなので，kaiinsuu を使いたいのなら d...
- ありがとうございます！dat$kaiinsuuで解決いたしました。...
- with()を使う方法もあります -- &new{2014-04-23 (水) 12:...
> with(dat, adf.test(kaiinsuu))
- ありがとうございます！勉強になります。引き続きよろしく...
**R3.0以降で*.rファイル内に大きなベクトルを記述すると実行...
>[[H]] (2014-04-14 (月) 18:58:53)~
~
お世話になります。Windows 7上でRを使用しております。~
~
R 2.15からR 3.1へのアップグレードをすると、一部のプログラ...
~
遅くなってしまうのはこのような[[このようなプログラム（*.r...
~
ベクトル部分を別ファイルに書き出しておいて、scan()すれば1...
~
どうぞよろしくお願いいたします。~
~
なお、この現象はWindows 7 32bitと64bitの2つのPCで再現する...
//
- keep.source=FALSE にすればよいのではないでしょうか？ --...
- お見立て通りでした。options(keep.source=FALSE)を1度実行...
**Ubuntuでのパッケージ・インストールエラー [#m05c66e7]
>[[nnet]] (2014-04-12 (土) 18:21:11)~
~
Ubuntu 12.04 LTSで、~
R version 3.1.0 (2014-04-10)を使用しています。~
パッケージRSNNSをインストールしようとして、以下のように入...
install.packages("RSNNS")
すると、次のようなメッセージが出て、インストールできませ...
kr_io.cpp: メンバ関数 ‘krui_err SnnsCLib::krio_writeSite...
kr_io.cpp:930:25: エラー: 書式が文字列リテラルでは無く、...
[-Werror=format-security]
（中略）
cc1plus: some warnings being treated as errors
make: *** [kr_io.o] エラー 1
ERROR: compilation failed for package ‘RSNNS’
コンパイルに失敗しているようですが、対処方法がわからず苦...
どなたか、対策をお教えいただければ幸いです。~
//
- 3.0.3の時はどうでしたか？今、Ubuntuが手元にないのですが...
- 実は、私はWinddows XP難民で、最近ubuntuに避難してきたば...
-Mac OS X 10.9.2 ビルド 13C64，R version 3.1.0 beta (2014...
> install.packages("RSNNS", type="source")
URL 'http://cran.md.tsukuba.ac.jp/src/contrib/RSNNS_0.4...
[snip]
kr_io.cpp: In member function ‘krui_err SnnsCLib::krio_w...
kr_io.cpp:930: warning: format not a string literal and ...
[snip]
installing to /Library/Frameworks/R.framework/Versions/...
** R
** data
** demo
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
sh: rm: command not found
* DONE (RSNNS)
sh: rm: command not found
[snip]
- ご返信ありがとうございます。 ご示唆の通り、 install.p...
- UbuntuなどUnix系（MacOSXを除く）では、install.packages...
- 下記のとおり、依存パッケージはどちらもインストール済み...
> library()
...
Rcpp Seamless R and C++ Integration
...
methods Formal Methods and Classes
- こちらではインストールできています。 -- &new{2014-04-1...
$ lsb_release -dc
Description: Ubuntu 13.10
Codename: saucy
$ R --version | head -1
R version 3.1.0 beta (2014-03-28 r65330) -- "Spring Dance"
nnetさんとはUbuntuのバージョンが違いますがRSNNSをインスト...
> packageVersion("Rcpp")
[1] ‘0.11.0’
> install.packages("RSNNS", .libPaths()[2], "http://cran...
URL 'http://cran.md.tsukuba.ac.jp/src/contrib/RSNNS_0.4...
[snip]
kr_io.cpp: In member function ‘krui_err SnnsCLib::krio_...
kr_io.cpp:930:25: warning: format not a string literal a...
sprintf( buf, fmt_hdr1 );
[snip]
installing to /usr/lib/R/site-library/RSNNS/libs
** R
** data
** demo
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (RSNNS)
[snip]
「DONE (RSNNS)」と表示されたらインストールできています。...
- 当方はR 3.1.0 on Ubuntu 12.04 LTS 32-bitで、質問者さん...
- [解決しない助言だったので削除します] 書き込んだ本人 -- ...
- いろいろとご教示いただき、ありがとうございます。今晩、...
- Rを3.1.0 beta (2014-03-28 r65330)から、3.1.0 (2014-04-1...
で、ベタな方法ですがsrc/Makevarsに「PKG_CXXFLAGS=-Wno-for...
$ tar xvzf RSNNS_0.4-4.tar.gz
$ cd RSNNS/src
$ gedit Makevars
PKG_CPPFLAGSの下にでも「PKG_CXXFLAGS=-Wno-format-security...
$ cd - #元のディレクトリ戻る
$ sudo R CMD INSTALL -l "/usr/local/lib/R/site-library" ...
これでコンパイルが通ると思います。nnetさんは、上記で成功...
$ grep format-security /etc/R/Makeconf | sed '/^#/d'
CFLAGS = -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-siz...
-Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g $(LTO)
CXXFLAGS = -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-s...
-Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g $(LTO)
CXX1XFLAGS = -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer...
-Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g
このCXXFLAGSの「-Werror=format-security」を「-Wno-error=f...
- nnetです。早速、帰宅して試してみました。 まず、第１の方...
sudo R CMD INSTALL -l "/usr/local/lib/R/site-library"
RSNNS * installing
*source* package ‘RSNNS’ ...
file src/Makevars’ has the wrong MD5 checksum
と、いきなり叱られ（ファイルサイズが当初と異なっているの...
**スペクトルの図の色について [#rc1bb377]
>[[お花見さん]] (2014-04-12 (土) 11:50:58)~
~
ウエーブレットのパワースペクトルの色の説明で，色が1から0...
この1から0の値は，何でしょうか？信頼係数とか有意水準と関...
//
**2013年1月−7月の過去ログ [#gfcdca9f]
>[[taipapa]] (2014-04-07 (月) 14:01:38)~
~
こちらでお尋ねすることかどうか分からないのですが，Ｑ＆Ａ ...
//
**ggplot2 で時系列データの時間を色相環で表したい [#h76b02...
>[[Time]] (2014-04-06 (日) 12:03:05)~
~
ggplot2 で x 座標、y 座標、時刻の情報を持ったデータを、散...
このとき、時刻情報をプロットの色、しかも色相環に準じた色...
例えば、0時が緑、6時が黄色、12時が赤、18時が青、24時が緑...
ところが下記のように、色が補色に向かって変わっていくプロ...
この目的を達成できるような関数があればお教え下さい。~
よろしくお願い致します。
require(ggplot2)
data <- data.frame(Time <- 0:24, x <- rnorm(25, 0, 3), y...
(g <- ggplot(data, aes(x = x, y = y)) + geom_point(aes(c...
+ scale_colour_gradient2(low = "green", mid...
//
- データフレームで Time <- 0:24 などは，はなはだマズイで...
data <- data.frame(Time = 0:24, x = rnorm(2。5, 0, 3), y...
plot(x, y, col=rainbow(24)[as.integer(data$Time)], pch=1...
legend("bottomright", legend=0:23, col=rainbow(24)[1:24]...
&ref(rainbow.png);
- ありがとうございます!!"<-" と "=" についてのご指摘もあ...
- hsv()で角度で彩度指定できるので、色相環の好きな場所から...
- rainbow()も内部でhsv()を使っているんだけどね:p -- &new...
まず、"green"のRGBを調べて、HSVに変換してみます。
> col2rgb("green")
[,1]
red 0
green 255
blue 0
> rgb2hsv(r = 0, g = 255, b = 0)
[,1]
h 0.3333333
s 1.0000000
v 1.0000000
これでgreenのhの値が分かりました。これでぐるっと、hを回し...
> k <- seq(from = 0.3333330, to = 1 + 0.3333330, length....
> cols <- hsv(h = ifelse(k < 1, k, k - 1))
この色を使って描画する。
> plot(y~x, data = data, col=cols[as.integer(Time)], pch...
> legend("left", legend=0:23, col=cols, pch=19, bty="n",...
#ref(20140408.png,center);
これだと、「6時が黄色、12時が赤、18時が青」の要件は満たし...
> rgb2hsv(col2rgb(c("yellow", "red", "blue")))[1, ]
[1] 0.1666667 0.0000000 0.6666667
これらの値を中間に挟んでseq()で上のkを分割作成して結合す...
- ifelse(k < 1, k, k - 1) はk%%1でOK。６時を黄色にするに...
- "<-" はなぜだめなのでしょうか？ ＝と同じ意味だと思...
- 関数の引数に代入する場合、「<-」と「=」は意味が違います...
> x <- LETTERS[1:3]
> x
[1] "A" "B" "C"
> mean(x = 1:3)
[1] 2
> x
[1] "A" "B" "C"
> mean(x <- 1:3)
[1] 2
> x
[1] 1 2 3
**SLmiscパッケージについて [#ka5ff541]
>[[もみも]] (2014-04-04 (金) 17:13:02)~
~
RのSLmiscをインストールしたいんですが。tar.gzだからなのか...
~
k-means法のkを導き出すのにギャップ統計量を使った機械的な...
~
・SLmiscにかわるパッケージ~
・SLmiscをどうにかインストールする方法~
~
どなたか教えていただければ幸いです。~
//
- http://ciel344.blog.fc2.com/blog-entry-69.html -- &new...
- どうしてもインストールできないならば&br;ftp://cran.r-pr...
> source('~/SLmisc/R/kmeansGap.R', chdir = TRUE)
> source('~/SLmisc/R/gapStat.R', chdir = TRUE)
> x <- rbind(matrix(rnorm(150, sd = 0.1), ncol= 3), # ma...
+ matrix(rnorm(150, mean = 1, sd = 0.1), n...
+ matrix(rnorm(150, mean = 2, sd = 0.1), n...
+ matrix(rnorm(150, mean = 3, sd = 0.1), n...
>
> res <- kmeansGap(x = x, nstart = 10)
> plot(res)
&ref(gapstat.png);
**legendについて [#e70dba29]
>[[ヒスト]] (2014-03-31 (月) 10:30:10)~
~
お世話になります。以下のように実線・ダッシュ・ドットの凡...
plot(rnorm(10), type="l", lty="solid", ylim=c(-1, 1))
lines(rnorm(10), lty="dashed")
lines(rnorm(10), lty="dotted")
legend("topleft", pch=c("−", "--", "・"), c("A", "B", "C...
何か良い方法はありませんでしょうか。WinXP、R3.02です。~
宜しくお願いします。~
//
- そのような機能は誰も必要とするものであり，実装されてい...
- 確かにltyはヘルプに「the line types and widths for line...
- それは、box.lty -- &new{2014-03-31 (月) 13:34:25};
**決定係数R2について [#pfc579fd]
>[[sun]] (2014-03-28 (金) 10:10:06)~
~
決定係数R2の値から直線性を判断しようと思っています．~
R2の値がいくら以上は直線と決めたいんですが，その値の決め...
~
アドバイスをいただけたらうれしいです．~
//
- 決定係数は直線性を表す統計量ではないので，それでもって...
- 便宜上，直線と曲線に分類する時の，客観的な根拠として使...
- 無理なものは無理なんです。反例を，見れば分かるでしょう...
set.seed(123)
n <- 1000
layout(matrix(1:2, 2))
old <- par(mgp=c(1.6, 0.8, 0), mar=c(3, 3, 0.5, 0.5))
x <- rnorm(n, 50, 10)
y <- jitter(20 * x + 30, amount=100)
plot(x, y)
a <- lm(y~x)
abline(a, col=2)
text(80, 500, sprintf("R2 = %.5f", summary(a)$r.squared)...
y2 <- x^2
plot(x, y2)
a <- lm(y2~x)
abline(a, col=2)
text(80, 1000, sprintf("R2 = %.5f", summary(a)$r.squared...
par(old)
layout(1)
&ref(R2.png);
- 具体的な例まで示していただきありがとうございます．直線...
- 上に凸だろうが下に凸だろうが，同じでは？下に示したもの...
&ref(R2-2.png);
- 示していただいた反例には本当に驚きました．まさかこんな...
- 何回も書くけど，決定係数は「独立変数が従属変数の分散の...
係数」なるものが，しかも複数，定義される（要するに，どれ...
- > 決定係数の値による，直線と曲線の分類は，論文などに書...
- 参考にして考えてみます．ありがとうございました． -- &n...
- 直線は曲線の特殊な場合だから「適切なモデルを仮定すれば...
**ggplot2の凡例について [#n1ff22de]
>[[paul]] (2014-03-26 (水) 14:28:20)~
~
ggplot2で凡例を出す所でつまずいております。~
データフレームは下記です。
head(testdf)
time rl wl
1 2014-10-27 04:43:51 0.55 0.14
2 2014-10-27 05:03:53 0.98 0.07
3 2014-10-27 05:35:28 2.25 0.11
4 2014-10-27 06:17:47 0.48 0.22
5 2014-10-27 06:48:58 0.09 0.24
6 2014-10-27 07:21:01 0.25 0.21
下記のように実行していますが、グラフは期待通りきちんと表...
ggplot2のバージョンは0.9.3.1です。R version 3.0.2 (2013-0...
ggplot(testdf, aes(time,rl))
+ geom_line(color = 4, size = 1.5 , alpha=0.5)
+ geom_line(aes(y=wl),colour = 3, size = 1.5, alpha=0.5)
+ theme(axis.text.x = element_text(angle=90))
+ xlab("Time") + ylab("ms") + ggtitle("Title Sample")
+ scale_x_datetime(breaks=date_breaks("30 min"),labels=...
何か指定が足りていないところなどありますでしょうか。~
//
- theme(legend.position = "right")を入れても出てきません...
- http://www.cookbook-r.com/Graphs/Legends_%28ggplot2%29/...
- ありがとうございます。しかしながら折れ線グラフで、凡例...
- aesの中に色を書く -- &new{2014-03-27 (木) 15:56:06};
testdf <- data.frame(time = as.POSIXct(c("2014-10-27 04:...
"2014-10-27 05:03:53",
"2014-10-27 05:35:28",
"2014-10-27 06:17:47",
"2014-10-27 06:48:58",
"2014-10-27 07:21:01")),
rl = runif(6), wl = runif(6))
library(ggplot2)
library(scales)
ggplot(testdf, aes(time)) +
geom_line(aes(y = rl, color = "4"), size = 1.5, alpha=...
geom_line(aes(y = wl, color = "3"), size = 1.5, alpha=...
theme(axis.text.x = element_text(angle=90)) +
xlab("Time") + ylab("ms") + ggtitle("Title Sample") +
scale_x_datetime(breaks=date_breaks("30 min"),labels=d...
#ref(20140327.png,center);
melt()を使うなら次のように。
library(reshape)
t2 <- melt(testdf, id="time")
ggplot(t2, aes(time, value, colour = variable)) +
geom_line(size = 1.5, alpha=0.5) +
scale_colour_manual(values=c("green", "blue")) +
theme(axis.text.x = element_text(angle=90)) +
xlab("Time") + ylab("ms") + ggtitle("Title Sample") +
scale_x_datetime(breaks=date_breaks("30 min"),labels=d...
#ref(20140327a.png,center);
- ありがとうございました。確かにでるようになりました。凡...
**エラーの回避 [#s9388a17]
>[[茎わかめ]] (2014-03-24 (月) 11:43:41)~
~
同じフォルダ内にある同じ形式のファイルをlist.filesでリス...
しかし、そのファイルの中には開けないものがいくつもあり、(...
もしそのエラーに引っかかってしまった場合は、そのファイル...
> files <- list.files("フォルダのパス")
> files2 <- unlist(files)
> files3 <- paste("フォルダのパス", files2, sep = "/")
> for (j in 1:length(files)) {
> to.read <- file(files3[[j]], "rb")
> ### 以下処理 ###
> }
の「to.read = file(files3[[j]], "rb")」で中断してしまいま...
ご回答お願いします。~
//
- tryでエラー処理ですかね...。 -- &new{2014-03-24 (月) 1...
to.read <- try(file(files3[[j]], "rb"))
if (class(to.read) == "try-error") {
next
}
?tryCatchとか読んでいただければと。
- 解決しました。ありがとうございました。 -- [[茎わかめ]] ...
**移動平均 [#l47e243f]
>[[スカイツリー]] (2014-03-21 (金) 15:39:14)~
~
csvファイルを読み込んで移動平均を計算します．このファイル...
この場合，移動平均の命令をどのようにやればいいでしょうか．~
このファイルのままやるとエラーが出てしまいます．~
よろしくお願いします．~
//
- 空欄というか，NAになっていると言うことでしょう？既存の...
- ありがとうございます．測定値で，データがなくて空欄にな...
- NA が連続するときに同じ値で補間というのはやや乱暴では？...
hokan <- function(x) {
a <- rle(is.na(x))
b <- cumsum(a$length)
for (i in seq_along(b)) {
if (i > 1 && a$values[i]) {
begin <- b[i-1]
end <- b[i]+1
width <- end-begin
delta <- (x[end]-x[begin])/width
x[(begin+1):(end-1)] <- x[begin]+delta*(1:(width-1))
}
}
return(x)
}
> x <- c(NA, 3, 2, NA, 5, 7, 6, 9, NA, NA, 20, NA, NA, N...
> hokan(x)
[1] NA 3.00000 2.00000 3.50000 5.00000 7.000...
[11] 20.00000 18.00000 16.00000 14.00000 12.00000 NA
- プログラムまで作っていただきありがとうございました．私...
- おかしいですね。空欄なら、Rに読み込んだときに自動的にNA...
$ cat tmp.csv
"A","B"
1,2
,3
4,5
これをRに読み込む。
> read.csv("tmp.csv")
A B
1 1 2
2 NA 3
3 4 5
もし解決したいなら、質問したい現象が100%再現できる最小の...
**matchについて [#qfd4666f]
>[[初心者]] (2014-03-12 (水) 09:24:31)~
~
初心者です。お願い致します。~
"0","1","2","3","A","B"の5種類の要素からなるベクトルがあ...
c <- c("A","A","A","A","A","A","A","A","0","1","1","2","...
そこで初めて"A"以外の要素が出てくる要素の番号を求めたいで...
イメージとしては、「match("0"または"1"または"2"または"3"...
どなかご回答お願いします。~
//
- rle(c)$lengths[1]+1 -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁で...
- 迅速なご回答ありがとうございます。 すみませんが、行い...
- grep("[1|2|B]",c)[1] -- &new{2014-03-12 (水) 09:52:44};
- grep("[^A0]", c)[1]~
rle(sub("0", "A", c))$lengths[1]+1~
which(c %in% c("A", "0") == FALSE)[1]~
nchar(unlist(strsplit(paste(c, collapse=""), "[^A0]"))[1]...
nchar(strsplit(paste(c, collapse=""), "[^A0]")[[1]][1])+1~
length(na.omit(cumsum(match(c, c("A", "0")))))+1 など -- ...
- ありがとうございました。解決致しました。 -- [[初心者]] ...
**Rstudioでハングアップ [#n82f98fc]
>[[takeshik]] (2014-03-03 (月) 18:08:33)~
~
Rstudio でプレゼンテーションを作成作成としているのですが...
~
グラフとしては下記のようなものを３つ繰り返しています。（...
```{r,fig.width=20,fig.height=10,echo=FALSE}
barplot(prop.table(table(an$Q1)),ylim=c(0,1.0),
main="あああ",cex.main=3,cex.names=2.2,cex.axis=...
```
//
- Rstudio Server版 0.98.501、R-baseは3.0.2-1precise0 on U...
- Ubuntu ですか追試できる環境の人も少ないかもね。ans が何...
- > {r,fig.width=20,fig.height=10,echo=FALSE} このrの後の...
- 不要かもしれないけど，あっても動きますけど。 -- &new{2...
- みなさんコメントありがとうございます。Rstudioなしでのア...
- どうもknitr のマルチバイト対応のコードを埋め込むといけ...
**grepの使い方について [#y02f7671]
>[[kepper]] (2014-02-28 (金) 10:25:17)~
~
お世話になります。Win XP, R 3.02を使用しています。~
~
以下のようにpatから要素を取り出してdatの何番目にマッチす...
pat <- c("baaa","aaab","aaa")
dat <- c("aaab","aaa","baaa")
for (i in 1:3) print(grep(pat[i], dat))
以下のようにしてもエラーになってしまいました。どのように...
for (i in 1:3) print(grep(^pat[i]$, dat))
宜しくお願いします。~
//
- Grep <- Vectorize(grep); Grep(pat, dat) -- &new{2014-0...
- ありがとうございます。しかしその方法ではi=1,2のときに抽...
for (i in 1:3) print(which((pat[i]==dat)==TRUE))
で良いような気がしてきました。 -- [[kepper]] &new{2014-02...
- そうですね。部分一致ではないなら、わざわざgrepを使う意...
> sapply(pat, function(x){which(dat == x)})
baaa aaab aaa
3 1 2
- まあ，解決済みなのでどうでもよいですが，print(grep(^pat...
- paste()を使えばよかったのですか。勉強になります。 -- [[...
**Rでの最小二乗分散分析 [#n629ece6]
>[[SK]] (2014-02-25 (火) 19:16:44)~
~
水準が３つ(A,B,C,D)ありまして反復数がそれぞれ4,4,4,3であ...
//
- 中澤先生は所属がかわったので，あなたの目的の pdf ファイ...
- 中澤先生の pdf ファイルを読ませていただいたのですが、該...
- 私はどうこういう立場ではないですが，8ページの「修正平均...
**リストデータをベクトル化したとき値がおかしくなる [#p1bd...
>[[カンゲツ]] (2014-02-25 (火) 17:09:35)~
~
300万台の6ケタの数値6万件からなるデータをCSVからとりこみ...
これをベクトル化するために変数dataに代入したところ値が変...
ori<-read.table("CSVのファイル名")
data<-c(ori[,1])
dataを10レコード確認したところ~
ori[1:10]
[1] 11189 11190 11191 11192 (以下略)
と11189からひとつずつ増える値になっています。(元データ) ...
Rのバージョンは3.0.2です。~
//
- 以下略って，その後に何か出てませんか？"Levels: ホニャ...
- listデータ側にLevelsの値が18124 Levelsに続いて出ていま...
- class(ori[,1]) としたら，どういう出力になりますか？ -- ...
- factorと返されました -- [[カンゲツ]] &new{2014-02-25 (...
- でしょうね。&br;原因は，「6桁の数値」（300万台というん...
**元号入り日付の数値データを西暦の日付にする [#y74beb92]
>[[カンゲツ]] (2014-02-25 (火) 10:48:59)~
~
お世話になっております。~
ここに生年月日を6ケタの数値で管理しているデータがあります...
年の情報が元号でして100万の位が~
1:明治~
2:大正~
3:昭和~
4:平成~
で3280306(この場合は昭和28年3月6日生まれ)などと表記されま...
このデータから各サンプルの年齢を計算し年齢別にまとめよう...
まず平成の人のみを抽出(ベクトルhs)したあと~
for(i in length(hs)) {
hs[i]-4000000
a<-hs[i]-4000000
b<-floor(a/10000)
}
で年まではなんとか切り分けることができましたが月と日がう...
どのようにすればよいかご教授願います。~
//
- 自己解決しました。 -- [[カンゲツ]] &new{2014-02-25 (火)...
- 自己解決したということでおめでとうございます。せっかく...
getAge <- function(num) {
nengo <- num %/% 1000000
num <- num %% 1000000
nen <- num %/% 10000 + c(1867, 1911, 1925, 1988)[nengo]
num <- num %% 10000
tuki <- num %/% 100
hi <- num %% 100
nen <- nen
age <- yy-nen
if (tuki > mm | (tuki == mm && hi > dd)) {
age <- age-1
}
return(age)
}
実行例
> test.dat <- c(1251023, 2090305, 3280306, 4230718)
> yy <- 2014 # 年齢計算の基準点
> mm <- 2
> dd <- 25
> sapply(test.dat, getAge)
[1] 121 93 60 2
**移動平均のプロット2 [#u82d1c88]
>[[wavelet]] (2014-02-23 (日) 22:00:04)~
~
おかげ様で，0）生データから移動平均を中点にプロットすると...
1）次に，生データ−移動平均 を点でプロットします．~
2）さらに，その値の移動平均を求めてプロットします．~
以下のようにプログラムしましたが作図されません．~
0,1,2の図は，重ねないで別々に作ります．~
問題点を教えていただけるとうれしいです．~
よろしくお願いします．AO1900.csvのデータも送ります．
library("TTR")
rw<-scan("AO1900.csv")
ts<-rw
sx=SMA(ts, 60)
plot(ts,col=4,pch=1,cex=0.5)
lines(sx[-(1:30)], type="b",cex=0.3)
tss=ts-sx[-(1:30)]
lines(tss, col=2,type="b",cex=0.3)
sxx=SMA(tss,60)
lines(sxx[-(1:30)], col=3, type="b",cex=0.3)
//
- プログラムの提示方について，学習してくださいといってお...
- コメントありがとうございました．いろいろとご迷惑をおか...
**移動平均のプロットについて [#yc971107]
>[[wavelet]] (2014-02-21 (金) 22:50:21)~
~
移動平均をTTRを用いて求めています．点をプロットさせると移...
以下のプログラムでは，月毎のデータを使って，100ヶ月の移動...
用いたデータも添付します．よろしくお願いします．
library("TTR")
rw <- scan("NAO1910.csv")
ts <- rw
sx <- SMA(ts, 100)
plot(ts)
par(new = TRUE)
plot(sx, type = "b")
//
- par(new=TRUE) を使ってグラフを重ね描きするのは，絶対に...
- 重要なご指摘ありがとうございました．重ねてグラフを書く...
- > 移動平均のスケールだけ変えることもできるのでしょうか&...
library("TTR")
par(mar=c(4, 4, 1, 4), mgp=c(1.8, 0.8, 0))
rw <- scan("nao54.csv")
ts <- rw
sx <- SMA(ts, 11)
plot(ts)
par(new = TRUE)
plot(c(sx[-(1:5)], rep(NA, 5)), type = "b", col="red", p...
mtext("moving average", 4, line=2)
axis(4)
&ref(two-axis-plot.png);
- とても丁寧に説明していただきありがとうございました．お...
//**もうだれもしつもんにこたえてはならぬ [#vae22a9b]
//>[[もうだれもしつもんにこたえてはならぬ]] (2014-02-20 (...
//~
//もうだれもしつもんにこたえてはならぬ~
//
//#comment
**apply ファミリー実行時に文字列を引数として渡す方法 [#of...
>[[skgmsnb]] (2014-02-20 (木) 17:06:20)~
~
複数のファイルを読み込んで、それぞれの標準偏差を求めよう...
ところが、fnames にファイル名を読み込んだ上で、~
~apply(fnames, 1, calc.sd)~
とすると "Error in apply(fnames, 1, calc.sd) : dim(X) は...
ここで、calc.sd というのは引数として与えられた文字列と同...
~dim(fnames)~
とすると "NULL" が返ってくることから、これは apply 関数が...
このような場合、apply ではない他の関数を使うべきなのでし...
ご教授よろしくお願い致します。~
//
- fnames はベクトルになってんじゃないの？dim(fnames) なん...
calc.sd <- function(fn) { sd(scan(fn, ""))}
sapply(c("1.txt", "2.txt"), calc.sd)
無名関数を書く方がスマートだけどね。scan はデータがどうい...
sapply(c("1.txt", "2.txt"), function(fn) sd(scan(fn, "")))
- ご教示ありがとうございます。今、頂いた回答を理解してい...
- 検証に，一時間もかかるでしょうかね？&br;うまくいかなか...
- まず、sapply() 関数を使うことで、目的は達成出来ました。...
- > scan() を使ったコードを試してみましたが、scan() で読...
**Rstudio [#e0eda2bc]
>[[山田]] (2014-02-19 (水) 18:45:06)~
~
win8.1でRstudioはインストールできますか？~
実行ファイルが見当たらないのですが。。。。~
//
- 「どこに」見当たらないのですか？http://www.rstudio.com/...
- 質問者は、おそらく Win8 と Win8.1 とを区別しているのだ...
- 8ではできるかもしれないが，8.1じゃできないかもしれない...
- Rstudio を使おうという層に、そこまで要求するのも無理か...
- はい、ちゃんと、Windows 8.1 にインストールできて、ちゃ...
**R for Mac の画像表示について [#jb48e4fc]
>[[松田]] (2014-02-19 (水) 18:40:14)~
~
Mac(OSX10.9)でRをインストール後、画像を読み込みしました。~
readImage()で読み込みdisplay()で表しましたが、Safariが立...
//
- display のオンラインヘルプは読みました？method="raster"...
- 聞くだけ聞いておいて、提案されたことについて、何の反応...
**因子データのplotについて [#w2cfc5d4]
>[[JA]] (2014-02-17 (月) 20:13:53)~
~
お世話になります。以下のように因子ごとに値をプロットして...
1.y軸のclassを数値ではなく元のA,B,Cとして認識させる~
2.x軸にvalue、y軸にclassを表示する~
をするためにはどのようにすればよいでしょうか。~
宜しくお願いします。
dat <- as.data.frame(matrix(0,100,2))
colnames(dat) <- c("value","class")
dat[,1] <- runif(100)
dat[,2] <- as.factor(rep(c("B","A","C","C","A"),20))
plot(dat)
//
- 以下のようにすれば良いでしょう。 -- [[河童の屁は，河童...
dat <- as.data.frame(matrix(0, 100, 2))
colnames(dat) <- c("value", "class")
dat[, 1] <- runif(100)
dat[, 2] <- as.factor(rep(c("B", "A", "C", "C", "A"), 20))
plot(dat, yaxt="n")
axis(2, at=seq_along(levels(dat[, 2])), labels=levels(da...
なお，データフレームは以下のように作るだけで十分ですよ。
dat <- data.frame(value=runif(100),
class=rep(c("B", "A", "C", "C", "A"), 20))
- ありがとうございました。seq_alongという関数があるとは知...
**円グラフのラベルを重ならないようにしたい [#oa033d84]
> (2014-02-17 (月) 11:35:01)~
~
個々の値が小さく、要素数が多いデータを円グラフにしてclock...
//
- > 終端の辺りでラベルが重なってしまい読めません。ラベル...
- 河童さんのご指摘はもっともですが、上司による理不尽な要...
pie(1:25, labels = c(rep(NA, 3), 4:25), clockwise = TRUE)
text((a <- locator(3)), as.character(1:3), pos = 3, offs...
for (i in 1:3){
z <- atan(a$y[i]/a$x[i])
segments(a$x[i], a$y[i], 0.8 * cos(z), 0.8 * sin(z))
}
&ref(pie-labels01.png);
- うまくやらないと，例示のグラフで 18 に相当するパイに余...
pie2 <- function(x, labels = names(x), edges = 200, radi...
init.angle = if (clockwise)
90
else 0, density = NULL, angle = 45, col = NULL, border...
main = NULL, special = NULL, ...) {
if (!is.numeric(x) || any(is.na(x) | x < 0))
stop("'x' values must be positive.")
if (is.null(labels))
labels <- as.character(seq_along(x))
else labels <- as.graphicsAnnot(labels)
x <- c(0, cumsum(x)/sum(x))
dx <- diff(x)
nx <- length(dx)
plot.new()
pin <- par("pin")
xlim <- ylim <- c(-1, 1)
if (pin[1L] > pin[2L])
xlim <- (pin[1L]/pin[2L]) * xlim
else ylim <- (pin[2L]/pin[1L]) * ylim
dev.hold()
on.exit(dev.flush())
plot.window(xlim, ylim, "", asp = 1)
if (is.null(col))
col <- if (is.null(density))
c("white", "lightblue", "mistyrose", "lightcyan", ...
"cornsilk")
else par("fg")
if (!is.null(col))
col <- rep_len(col, nx)
if (!is.null(border))
border <- rep_len(border, nx)
if (!is.null(lty))
lty <- rep_len(lty, nx)
angle <- rep(angle, nx)
if (!is.null(density))
density <- rep_len(density, nx)
twopi <- if (clockwise)
-2 * pi
else 2 * pi
t2xy <- function(t) {
t2p <- twopi * t + init.angle * pi/180
list(x = radius * cos(t2p), y = radius * sin(t2p))
}
P.xy <- matrix(0, nx, 2)
for (i in 1L:nx) {
n <- max(2, floor(edges * dx[i]))
P <- t2xy(seq.int(x[i], x[i + 1], length.out = n))
polygon(c(P$x, 0), c(P$y, 0), density = density[i], ...
border = border[i], col = col[i], lty = lty[i])
P <- t2xy(mean(x[i + 0:1]))
P.xy[i, 1] <- P$x
P.xy[i, 2] <- P$y
lab <- as.character(labels[i])
if (!is.na(lab) && nzchar(lab) && !(i %in% 1L:specia...
lines(c(1, 1.05) * P$x, c(1, 1.05) * P$y)
text(1.1 * P$x, 1.1 * P$y, labels[i], xpd = TRUE, ...
0, 1, 0), ...)
}
}
sh <- strheight("H")
for (i in 1L:special) {
temp <- P.xy[special, 2] + (special - i + 1) * sh * ...
lines(rep(P.xy[i, 1], 2), c(P.xy[i, 2], temp), xpd =...
text(P.xy[i, 1] - strwidth("H"), temp + 0.5 * sh, la...
adj = ifelse(P$x < 0, 1, 0), pos = 4, ...)
}
title(main = main, ...)
invisible(NULL)
}
ans <- pie2(1:25, radius = 0.6, labels = paste("L", 1:25...
clockwise = TRUE, special = 8)
実行結果&br;
&ref(pie.png);&br;でもね，このデータであったとしても，ラ...
- ありがとうございます。逆に25:1のデータを扱う場合は、ど...
- > 逆に25:1のデータを扱う場合は、どこをいじればよいでし...
if (!is.na(lab) && nzchar(lab) && !(i %in% special:25...
lines(c(1, 1.05) * P$x, c(1, 1.05) * P$y)
text(1.1 * P$x, 1.1 * P$y, labels[i], xpd = TRUE, a...
0, 1, 0), ...)
}
}
sh <- strheight("H")
for (i in special:25L) {
temp <- P.xy[special, 2] - (special - i-0.5 ) * sh * ...
lines(rep(P.xy[i, 1], 2), c(P.xy[i, 2], temp), xpd = ...
text(P.xy[i, 1] + 0.25*strwidth("H"), temp + 0.5 * sh...
adj = ifelse(P$x < 0, 1, 0), pos = 2, ...)
}
変更後，
ans <- pie2(25:1, radius = 0.6, labels = paste("L", 25:1...
clockwise = TRUE, special = 18)
で，動作確認。
**パッケージforecastのauto.arimaについて [#vd9fb712]
>[[auto]] (2014-02-15 (土) 19:32:57)~
~
お世話になります。~
パッケージforecastのauto.arimaを使用して、次のようにSARIM...
> library(forecast)
> sarima1 <- auto.arima(log(AirPassengers), trace=T)
...
ARIMA(0,1,1)(0,1,1)[12] : -401.9607
...
ARIMA(0,1,1)(2,1,2)[12] : -408.3862
Best model: ARIMA(0,1,1)(2,1,2)[12]
その要約を出力すると次のようになります。
> summary(sarima1)
Series: log(AirPassengers)
ARIMA(0,1,1)(2,1,2)[12]
Coefficients:
ma1 sar1 sar2 sma1 sma2
-0.4291 -1.0022 -0.0196 0.4343 -0.4915
s.e. 0.0897 0.2632 0.1783 0.3023 0.1761
sigma^2 estimated as 0.001312: log likelihood=245.46
AIC=-478.92 AICc=-478.24 BIC=-461.67
AICc=の値がモデル選択の過程における値と一致していません。~
次に、Box and JenkinsのARIMA(0,1,1)(0,1,1)[12]モデルを当...
> sarima2 <- Arima(log(AirPassengers), c(0, 1, 1),
seasonal = list(order = c(0, 1, 1), period = 12))
> summary(sarima2)
Series: log(AirPassengers)
ARIMA(0,1,1)(0,1,1)[12]
Coefficients:
ma1 sma1
-0.4018 -0.5569
s.e. 0.0896 0.0731
sigma^2 estimated as 0.001348: log likelihood=244.7
AIC=-483.4 AICc=-483.21 BIC=-474.77
Box and Jenkinsモデルの方がAICcが小さく、より優れたモデル...
//
- forecastパッケージの中身を正確に確認したわけではないで...
**ウエーブレット係数の表示について [#p3735df1]
>[[ドベシイ]] (2014-02-12 (水) 22:07:54)~
~
以下のようにして，時系列をウエーブレット係数で分解した時...
時系列のファイルも添付します．
library(wavelets)
rw <- scan("198311-200206.csv")
ts <- rw
# discrete wavelet
wt <- dwt(ts, filter="d4", n.levels=5, boundary="periodi...
plot(wt)
//
- 「ブロックのような表示」とは何のことを指していて「曲線...
- ブロックのような表示とは縦の線での表示です．曲線で表示...
- 「縦の線での表示」をどのように「サイン関数のよう」に表...
- あなたの意図に沿うかどうか分からないけど，plot(wt) のと...
&ref(wavelet.png);
- コメントありがとうございます．一番上の図を，一番下のよ...
- すみません．入力中に画面が変わってしまいました．棒の先...
- 「plot(wt) のところを plot(wt, levels=1) とか」とか「pl...
- 「plot(wt)はそのままでいいです」最初の文に消すべきもの...
**円グラフの回転 [#iff6d787]
>[[カンゲツ]] (2014-02-12 (水) 10:58:33)~
~
はじめまして。円グラフを作成していてどうしても解決できな...
pie(1:10) を実行した際、時計で言う3時の位置に1番目の要素...
これを12時の位置に動かす方法はありますでしょうか。~
//
- ヘルプに書いてありますが...。 clockwise=TRUEにするなり...
- ありがとうございます。無事に行けました -- [[カンゲツ]] ...
**semの使用 [#q9e0b552]
>[[ヒョウ エンフン]] (2014-02-08 (土) 10:29:36)~
~
sem packageを使うとき、私は下のように入力しました。
> library(sem)
> coopd<- readMoments(names=c(
+ "y1","y2","y3","y4","y5","y6","y7","y8","y9","y10","y1...
1: 1.0
2: .160 1.0
4: .302 .341 1.0
7: .461 .400 .372 1.0
11: .299 .404 .552 .302 1.0
16: .152 .320 .476 .225 .708 1.0
22: .134 .403 .467 .256 .623 .324 1.0
29: .182 .374 .572 .255 .776 .769 .724 1.0
37: .251 .285 .316 .164 .361 .295 .260 .284 1.0
46: .372 .100 .408 .236 .294 .206 .071 .142 .295 1.0
56: .157 .291 .393 .229 .472 .351 .204 .320 .290 .46...
67: .206 -0.014 .369 .224 .342 .202 .152 .189 .418 .351...
79:
Read 78 items
> model.coop <- specifyModel()
1: mother -> y1, b11, NA
2: mother-> y2, b21, NA
3: mother-> y3, b31, NA
4: mother-> y4, b41, NA
5: interaction-> y5, NA, 1
6: interaction-> y6, b62, NA
7: interaction-> y7, b72, NA
8: interaction-> y8, b82, NA
9: cooperative -> y9, NA, 1
10: cooperative -> y10, b103, NA
11: cooperative -> y11, b113, NA
12: cooperative -> y12, b123, NA
13: mother-> interaction, g21, NA
14: mother-> cooperative, g31, NA
15: y1 <-> y1, e1, NA
16: y2 <-> y2, e2, NA
17: y3 <-> y3, e3, NA
18: y4 <-> y4, e4, NA
19: y5 <-> y5, e5, NA
20: y6 <-> y6, e6, NA
21: y7 <-> y7, e7, NA
22: y8 <-> y8, e8, NA
23: y9 <-> y9, e9, NA
24: y10 <-> y10, e10, NA
25: y11 <-> y11, e11, NA
26: y12 <-> y12, e12, NA
27: mother<-> mother, NA, 1
28: interaction<-> interaction, delta2, NA
29: cooperative <-> cooperative, delta3, NA
30:
Read 29 records
> sem.coop <- sem(model.coop, coopd, N=50)
以下にエラー seq_len(ngroups) :
引数は非負の整数に変換できなければなりません
追加情報: 警告メッセージ:
1: In max(FLAT$group) :
max の引数に有限な値がありません: -Inf を返します
2: In max(partable$group) :
max の引数に有限な値がありません: -Inf を返します
友達のコンピューターでやってみて、うまく結果ができました...
使うデータは全部ネットでdownloadしたデータです。間違えて...
//
- 私もやってみましたが，エラーは起きず最後まで計算できた...
- 他のモデルを実行しても同じエラーが出るのですか？あなた...
**ベクトルの要素の結合 [#hd3f3364]
>[[とまと]] (2014-02-05 (水) 22:30:40)~
~
まだRを始めて間もない初心者です。~
よろしくお願いいたします。~
> x<-c("a","a","a","a","b","b","b","a","b","b","a","a"...
> x
> [1] "a" "a" "a" "a" "b" "b" "b" "a" "b" "b" "a" "a"
のような"a"と"b"の2種類からなるベクトルがあります。
これを同じ文字が連続して存在する場合、連続する要素を結合...
> x<-c("aaaa","bbb","a","bb","aa","b","a")
> x
> [1] "aaaa" "bbb" "a" "bb" "aa" "b" "a"
という形に最終的にはしたいです。
一つ目のかたまりは
> R<- x[1:match("b",x)-1]
> list<-paste(R, collapse = "")
> x<-c(list,x[match("b",x):length(x)])
> x
> [1] "aaaa" "b" "b" "b" "a" "b" "b" ...
> [11] "a"
としましたが、ここからどのようにして繰り返しのループを組...
ベクトルの要素や長さはその時々によって変わるので、("a"と"...
お教示お願いいたします。
//
- こんな風にしてみる？ -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁...
> x <- c("a","a","a","a","b","b","b","a","b","b","a","a"...
> ans <- rle(x)
> mapply(function(x, y) paste(rep(x, y), collapse=""), a...
a b a b a b a
"aaaa" "bbb" "a" "bb" "aa" "b" "a"
- あれこれ考えていたことがたった2行でできてしまうなんて…...
- 別解もありがとうございます！参考にさせて頂きます。大変...
> "aaaa" "bbb" "a" "bb" "aa" "b"
となったベクトルの"a"を含む要素のうち
> Number<-grep("[a]",x2)
> Number
> [1] 1 3 5 7
「その要素の中の文字数が2以下ならば、その要素をベクトルか...
(今回の例では、結果として"aaaa" "bbb" "bb" "b"というベク...
Number[1]に関しては以下のような操作を作ったのですが、ここ...
(説明上の問題で、以下の文では条件の文字数が5になっていま...
> f(nchar(x2[Number[1]])<5){x3<-x2[-Number[1]]} else {x...
> x3
> b a b a b a
> "bbb" "a" "bb" "aa" "b" "a"
ご教示お願いします。(前回と同じ様なループの質問になってし...
- 迅速な対応ありがとうございます。今回はたくさんのベクト...
- こちらの方の解はお好みではないようですが、要するに条件...
test.dat <- replicate(10, sample(letters[1:2], 10, repla...
simplify = FALSE)
sapply(test.dat, function(x) {
ans <- rle(x)
cond <- ans$values == "b" |
(ans$values == "a" & ans$lengths >= ...
ans$lengths <- ans$lengths[cond] # 付け加える
ans$values <- ans$values[cond] # 付け加える
mapply(function(x, y) paste(rep(x, y), collapse = ""),
ans$values, ans$lengths)
})
- "河童の屁は，河童にあらず，屁である。"さん、ありがとう...
初心者過ぎて、何をどう変えればいいのかが分からなくて…。あ...
**for文内のWarning messagesについて [#r68990c2]
>[[ジェイ]] (2014-02-04 (火) 17:52:28)~
~
お世話になります。R 3.02を使用しています。~
~
for文を実行したところ、以下のようなWarning messagesが大量...
Warning messages:
1: In FUN(newX[, i], ...) : no non-missing arguments to ...
2: In FUN(newX[, i], ...) : no non-missing arguments to ...
・・・
Warningが生じた箇所を特定するために、for文の最初の変数i=1...
~
お手数ですが、ご回答宜しくお願いします。~
//
- 単純には，まず，options(warn=2) としておき，for 文の中...
> x <- rbind(1:5, rep(NA, 5), 11:15) # 例示のためのデー...
> options(warn=2) # Warning を Error とみなさせる
> for (i in 1:nrow(x)) {
+ print(i) # ループの制御変数 i の値を書く
+ print(x[i,]) # 処理に関連するデータを書く
+ min(x[i,], na.rm=TRUE) # Warning が起こる可能性のある...
+ }
[1] 1 i の値
[1] 1 2 3 4 5 x[i,] の値
[1] 2 i が 2
[1] NA NA NA NA NA x[2,] は全部 NA なので，min がない！
以下にエラー min(x[i, ], na.rm = TRUE) : i が ２ の...
(警告から変換されました) min の引数に有限な値があり...
- ご回答ありがとうございました。ご教示頂いた方法で原因が...
**フーリエ解析について [#r41536c2]
>[[wavelet]] (2014-02-01 (土) 12:53:16)~
~
以下のようにフーリエ解析をしたいのですが動きません．~
何かパッケージをインストールしなくてはいけないのでしょう...
~
x <- 100
f <- 1:x
hz <- 1:( x/2 )
t<-se...
# 4Hzの正弦波
data_waveA <- sin( 2 * pi * t * 4 )~
# 18Hzの余弦波
data_waveB <- cos( 2 * pi * t * 18 )~
# 上記2つの合成波
data_waveC <- data_waveA + data_w...
# 波を描きます。
par( "mfrow" = c( 3, 1 ) ) plot( t...
~
~
# 高速フーリエ変換を行ないます。
data_freqA <- fft(...
# 変換結果を表示します。
# 合成波の周波数も表示され...
//
- あなたね，このプログラムどうやって書きました。あるいは...
x <- 100
f <- 1:x
hz <- 1:(x/2)
t <- seq(0.01, 1, 1/length(f))
# 4Hzの正弦波
data_waveA <- sin(2 * pi * t * 4)
# 18Hzの余弦波
data_waveB <- cos(2 * pi * t * 18)
# 上記2つの合成波
data_waveC <- data_waveA + data_waveB
# 波を描きます。
par(mfrow = c(3, 1))
plot(t, data_waveA, type = "l")
plot(t, data_waveB, type = "l")
plot(t, data_waveC, type = "l")
# 高速フーリエ変換を行ないます。
data_freqA <- fft(data_waveA - mean(data_waveA))
data_freqB <- fft(data_waveB - mean(data_waveB))
data_freqC <- fft(data_waveC - mean(data_waveC))
# 変換結果を表示します。
# 合成波の周波数も表示されています。
par(mfrow = c(3, 1))
plot(hz, abs(data_freqA[hz]), type = "l")
plot(hz, abs(data_freqB[hz]), type = "l")
plot(hz, abs(data_freqC[hz]), type = "l")
投稿方法もお作法に従っていないし,お行儀の悪い子にはバチが...
- 動きました．本当にありがとうございます．失礼をお許しく...
- ↑横軸は含まれる周期の成分数でした．このグラフから，全周...
**RStudioコンソールの日本語表示 [#ded389a1]
>[[ひろし]] (2014-01-31 (金) 16:12:54)~
~
質問1~
起動時に表示されるメッセージがR言語が日本語表示でRStudio...
RStudioを日本語で快適に使用するための設定がもしあればアド...
~
質問2~
RStudioのConsoleの表示フォントをMS ゴシック(10pt)に設定し...
~
実行環境~
OS:Windows7 SP1 x86 日本語版~
R言語:R 3.0.2~
Rコマンダー:2.0-3~
RStudio 0.98.501~
~
宜しくお願いします。~
//
- > RStudioを日本語で快適に使用するための設定がもしあれば...
- 質問2に関しては、[[ここ:http://ja.wikipedia.org/wiki/Cl...
- フォントに関して私は普段は"Migu 1M"を愛用していますが、...
**hist2d での階級幅の指定方法 [#p81468f4]
>[[稲田]] (2014-01-30 (木) 23:58:43)~
~
頻度ポリゴンを描く関数 hist2dを使用する際に、x軸とy軸で階...
hist関数では、breaksで指定できることがわかりました。~
（下記を参照しました~
http://www.econ.hokudai.ac.jp/~kakizawa/R/R_4.html）~
２次元の場合の指定方法がわかりません。~
よろしくお願いします。~
//
- gplots パッケージ中の hist2d ですか？オンラインヘルプは...
- はい、gplots パッケージ中の hist2d です。オンラインヘル...
**日付について [#gc0c9159]
>[[panda]] (2014-01-30 (木) 14:36:30)~
~
ある日付が記されているのデータが下までずっと続いてあるの...
labe day
323169 20101020092210
323169 20011020094231
323169 20131020152247
323169 20121020154501
723151 20121020071333
723151 20111020072611
このような出力です。
labe day
323169 1020092210
323169 1020094231
323169 1020152247
323169 1020154501
723151 1020071333
723151 1020072611
よろしくお願いします。~
//
- 膨大な数のパッケージや関数があるので，その全てを知らな...
> a <- 20101020092210
> substr(a, 5, 14) # 文字列にしてから抽出が行われる
[1] "1020092210"
> as.integer(substr(a, 5, 14)) # 数値に戻しておきたいとき
[1] 1020092210
のようなことです。 -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁であ...
- day %% 1E+10 でもいいような気がします。 -- &new{2014-0...
**y軸ラベルを指数表記にしたい [#jd6ab870]
>[[freshman]] (2014-01-29 (水) 15:28:38)~
~
10000000を超える数値を扱っています。プロット関数で図を描...
//
- [[軸の上付き文字による指数表記について:http://www.okada...
- 大きな数字なら何もしなくても通常は指数標記になります。p...
- ↑ それがねぇ，できないみたいなんですぅ。 -- [[河童の屁...
x <- 2:5 * 10^5
y <- c(1, 2, 3, 100)
options(scipen=2)
plot(x, y)
リンク先みたいでなくて x.xxe+yy という形式でよければ，以...
x <- 2:5 * 10^5
y <- c(1, 2, 3, 100)
plot(x, y, axes = FALSE)
axis(1, at = 2:5 * 10^5, labels = sprintf("%.2e", 2:5 * ...
axis(2, at = c(0, 100), labels = sprintf("%.2e", c(0, 10...
- ありがとうございました。scipenがプラスだと指数表記にな...
- 指数表記したときとそのまま標記したときとでの文字数の違...
> sprintf("%.0e %.0f", 2*10^5, 2*10^5)
[1] "2e+05 200000"
この例だと 5 文字 - 6 文字で -1 なので，scipen=-2 にすれ...
- 納得しました。ありがとうございました。 -- [[freshman]] ...
**行列の対応する要素どうしの平均値 [#e650bf04]
>[[panda]] (2014-01-28 (火) 16:33:24)~
~
どなたかご説明お願いします。~
~
以下のような3×3の行列が複数個ありまして、それぞれの対応す...
行列の数は以下には2つしか示しておりませんが、具体的な数を...
よろしくお願いします。
A B C A B C
1 3 4 6 1 4 5 0
2 5 6 5 2 6 8 9
3 5 7 7 3 6 8 7
//
- 複数の 3×3 行列を，3 次元配列 foo に詰め込めば，後は ap...
> x <- matrix(c(3, 4, 6, 5, 6, 5, 5, 7, 7), ncol=3, by...
> y <- matrix(c(4, 5, 0, 6, 8, 9, 6, 8, 7), ncol=3, by...
> z <- matrix(c(1, 4, 7, 7, 8, 6, 6, 4, 2), ncol=3, by...
> w <- matrix(c(1, 2, 4, 4, 2, 6, 6, 3, 9), ncol=3, by...
> a <- array(c(x, y, z, w), dim=c(3, 3, 4))
> a
, , 1
[,1] [,2] [,3]
[1,] 3 4 6
[2,] 5 6 5
[3,] 5 7 7
, , 2
[,1] [,2] [,3]
[1,] 4 5 0
[2,] 6 8 9
[3,] 6 8 7
, , 3
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 4 7
[2,] 7 8 6
[3,] 6 4 2
, , 4
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 2 4
[2,] 4 2 6
[3,] 6 3 9
> apply(a, 1:2, mean)
[,1] [,2] [,3]
[1,] 2.25 3.75 4.25
[2,] 5.50 6.00 6.50
[3,] 5.75 5.50 6.25
しかし，これでは，array 関数で配列を作るのがダサダサなの...
3 5 5 4 6 7 6 5 7
4 6 6 5 8 8 0 9 7
1 7 6 4 8 4 7 6 2
1 4 6 2 2 3 4 6 9
で，それを読み込んで，以下のようにする。
mat <- scan("foo.dat")
apply(array(mat, dim=c(3, 3, length(mat)/9)), 1:2, mean)
[,1] [,2] [,3]
[1,] 2.25 3.75 4.25
[2,] 5.50 6.00 6.50
[3,] 5.75 5.50 6.25
もし，foo.dat を用意したとすれば，以下のようにしても解は...
> matrix(apply(matrix(mat, ncol=9, byrow=TRUE), 2, mean)...
[,1] [,2] [,3]
[1,] 2.25 3.75 4.25
[2,] 5.50 6.00 6.50
[3,] 5.75 5.50 6.25
そんなところかな。&br;> 3×3の行列が複数個ありまして&br;ど...
- ありがとうございました。 -- [[panda]] &new{2014-01-29 (...
**データの並べ替えについて [#ecf679af]
>[[USB]] (2014-01-28 (火) 07:22:31)~
~
x,y,z,a
1A5,584,127,65
681,862,98C,378
1A5,647,34,816
3489,65,261,936
上記のように並んでいるデータをx列のデータを第一優先に、そ...
x,y,z,a
1A5,647,34,816
1A5,584,127,65
681,862,98C,378
3489,65,261,936
結果的にはこのような形です。~
Rを扱うのがまだ慣れていないためか、数字だけではないので、...
//
- > 数字だけではないので、難しい気がしてならない&br;デー...
> d
x y z a
1 1A5 584 127 65
2 681 862 98C 378
3 1A5 647 34 816
4 3489 65 261 936
> (d <- d[order(sprintf("%20s", d$x), sprintf("%20s", d$...
x y z a
3 1A5 647 34 816
1 1A5 584 127 65
2 681 862 98C 378
4 3489 65 261 936
- 回答ありがとうございます！意外にRって簡単なプログラムな...
**連続する2数の確率 [#r0c9d690]
>[[R初心者]] (2014-01-27 (月) 11:02:51)~
~
R初心者です。初めての投稿になります。~
以前も同じような質問が出ていましたらすみません。~
~
W,R,1,2,3,4の6種類の文字数字の列のデータから~
(これらの文字数字はある現象のステージを示すものです。)~
~
「W→1」「W→2」「W→3」「W→4」「W→R」~
「1→2」「1→3」「1→4」「1→R」~
「2→3」「2→4」「2→R」~
「3→4」「3→R」~
「4→R」~
~
の文字の遷移の確率を出したいのですが、~
(矢印の逆方向の場合も同様に必要です。)~
~
連続する2数をどのように取り上げればいいのか分かりません。~
あと、今回のように文字と数字が混合している場合の扱い方も...
~
どうかご教示、よろしくお願い致します。~
//
- 追記：データは「WWWWWW111111222222333333344444444433333...
連続する文字を
> y<- with(rle(x), rep(values, ifelse( lengths, 1)))
を用いて省略させるところまではわかりました。よろしくお願...
- 文字と数値を要素とするベクトルを作ると，数値を文字に変...
> (a <- c("W", "R", 1:4))
[1] "W" "R" "1" "2" "3" "4"
連続する要素は，a[1:5] と a[2:6] のような2つのベクトルの...
> a[-6] # a[1:5] と同じ
[1] "W" "R" "1" "2" "3"
> a[-1] # a[2:6] と同じ
[1] "R" "1" "2" "3" "4"
で，遷移行列は，table 関数を使えばよいですね。~
例は，データが1つの文字列で与えられているので，一文字ずつ...
> x <- "WWWWWW11111122222233333334444444443333322222RRRR...
> y <- unlist(strsplit(x, ""))
> n <- length(y)
> (z <- table(y[-n], y[-1]))
1 2 3 4 R W
1 7 1 0 0 0 1
2 1 11 1 0 1 0
3 0 2 13 1 0 0
4 0 0 1 8 0 0
R 0 0 1 0 5 0
W 1 0 0 0 0 9
で，遷移確率が行方向の確率が1になるようにというものなら，...
> round(prop.table(z, 1), 3)
1 2 3 4 R W
1 0.778 0.111 0.000 0.000 0.000 0.111
2 0.071 0.786 0.071 0.000 0.071 0.000
3 0.000 0.125 0.812 0.062 0.000 0.000
4 0.000 0.000 0.111 0.889 0.000 0.000
R 0.000 0.000 0.167 0.000 0.833 0.000
W 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900
投稿方法について，再確認して，汚くなった掲示板をキレイに...
- 迅速なお返事本当にありがとうございます。お恥ずかしいな...
- a[1] がどう変化するかは a[2] をみればよいわけで，a[2] ...
- ご丁寧に本当にありがとうございます。無事解決しました。...
- お世話になっております。追加でお聞きしたいのですが…。Ex...
> x<-read.table("Book1.txt",sep="\t",header=T) # タブ区...
x
A B
1 1 WWWW11122233334443333222RRRRRR333222111WWW
2 2 WWWW11122233334443333222RRRRRR333222112WWW
3 3 WWWW11122233334443333222RRRRRR333222113WWW
4 4 WWWW11122233334443333222RRRRRR333222114WWW
5 5 WWWW11122233334443333222RRRRRR333222115WWW
> a<-"x[1,2]"
> y <- unlist(strsplit(a, ""))
> n <- length(y)
> (z <- table(y[-n], y[-1]))
, [ ] 1 2
, 0 0 0 0 1
[ 0 0 0 1 0
1 1 0 0 0 0
2 0 0 1 0 0
x 0 1 0 0 0
> round(prop.table(z, 1), 3)
, [ ] 1 2
, 0 0 0 0 1
[ 0 0 0 1 0
1 1 0 0 0 0
2 0 0 1 0 0
x 0 1 0 0 0
- まず，
x <- read.table("Book1.txt", sep="\t", header=TRUE, as.i...
のように，as.is=TRUE を指定しないと。なお，TRUE は T のよ...
また，
a <- "x[1,2]"
はだめです。x の1行目の2列目を取り出そうと思ったら，
a <- x[1, 2]
とするのです。x に文字列が入っているからダブルクオートで...
- いつも迅速な対応ありがとうございました。解決しました。...
- いつもお世話になっております。たびたびすみません。また...
> #データファイルをRに取り込む。
> x<-read.table("Book1.txt",sep="\t",header=TRUE,as.is=T...
> x
A B
1 1 WWWW11122233334443333222RRRRRR333222111WWW
2 2 WWWW11222233334443333222RRRRRR333222111WWW
3 3 WWWW12222233334443333222RRRRRR333222111WWW
4 4 WWWW22222233334443333222RRRRRR333222111WWW
5 5 WWWW22222233334443333222RRRRRR333222211WWW
> #tableを示す操作をまとめて定義(=too関数と名付けた。)
> too<-function(q){
> + a<-x[q,2]
> + y <- unlist(strsplit(a, ""))
> + n <- length(y)
> + z <- table(y[-n], y[-1])
> + round(prop.table(z, 1), 3)}
> #tableを行の数だけ表示する。(too関数を繰り返す。)
> lapply(1:nrow(x),too)
その後、表示されたテーブル同士の対応する数字同士の演算を...
-> テーブル同士の対応する数字同士の演算を一括で行い~
というのは，遷移度数（プログラムでは z）を合計して，その...
> too <- function(q) {
+ a <- x[q, 2]
+ y <- unlist(strsplit(a, ""))
+ n <- length(y)
+ z <- table(y[-n], y[-1])
+ # round(prop.table(z, 1), 3) # これを計算するのは，...
+ return(z) # 集計結果（度数）の方を返す
+ }
> z <- lapply(1:nrow(x), too)
> z # 結果を見てみる
[[1]]
1 2 3 4 R W
1 4 1 0 0 0 1
2 1 6 1 0 1 0
3 0 2 8 1 0 0
4 0 0 1 2 0 0
R 0 0 1 0 5 0
W 1 0 0 0 0 5
[[2]]
1 2 3 4 R W
1 3 1 0 0 0 1
2 1 7 1 0 1 0
途中省略
[[5]]
1 2 3 4 R W
1 1 0 0 0 0 1
2 1 10 1 0 1 0
3 0 2 8 1 0 0
4 0 0 1 2 0 0
R 0 0 1 0 5 0
W 0 1 0 0 0 5
> (Sum <- Reduce("+", z)) # 足し算
1 2 3 4 R W
1 12 3 0 0 0 5
2 5 40 5 0 5 0
3 0 10 40 5 0 0
4 0 0 5 10 0 0
R 0 0 5 0 25 0
W 3 2 0 0 0 25
> round(prop.table(Sum, 1), 3) # 割合（確率）を計算
1 2 3 4 R W
1 0.600 0.150 0.000 0.000 0.000 0.250
2 0.091 0.727 0.091 0.000 0.091 0.000
3 0.000 0.182 0.727 0.091 0.000 0.000
4 0.000 0.000 0.333 0.667 0.000 0.000
R 0.000 0.000 0.167 0.000 0.833 0.000
W 0.100 0.067 0.000 0.000 0.000 0.833
こんなところでしょうか。 -- [[河童の屁は，河童にあらず，...
- 本当にありがとうございます。解決しました。わたくしも上...
> apply(z,1:2,sum)
以下にエラー apply(z, 1:2, sum) : dim(X) は正の長さを...
- lapply の結果 z は，5 個の 6×6 の行列を要素として持つリ...
> z2 <- array(0, dim=c(6, 6, 5)) # メモリ確保
> for (i in 1:5) {
+ z2[, , i] <- z[[i]] # 行列単位で代入
+ }
> apply(z2, 1:2, sum)
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6]
[1,] 12 3 0 0 0 5
[2,] 5 40 5 0 5 0
[3,] 0 10 40 5 0 0
[4,] 0 0 5 10 0 0
[5,] 0 0 5 0 25 0
[6,] 3 2 0 0 0 25
のようにするのも一法。 -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁...
- ご丁寧にありがとうございました。もやもやが解けてすっき...
- いつもお世話になっております。たびたびすみません。
これまでの話ですと、読み込んだデータが例えば以下のように
全ての行のデータが「R,W,1,2,3,4」の6要素を含む場合を考え...
> x
A B
1 1 WWWW11122233334443333222RRRRRR333222111WWW
2 2 WWWW11222233334443333222RRRRRR333222111WWW
3 3 WWWW12222233334443333222RRRRRR333222111WWW
4 4 WWWW22222233334443333222RRRRRR333222111WWW
5 5 WWWW22222233334443333222RRRRRR333222211WWW
行によって含む要素の数が違う場合
(例えば2,3行目が「1,2,W」の3要素しか含んでいない。)
はどのようにしたらよいでしょうか？？
そのまま処理したら、2行目と3行目は3×3行列になってしまい、...
> x
A B
1 1 WWWW11122233334443333222RRRRRR333222111WWW
2 2 WWW22211111111122222222221111111112222111W
3 3 WWWW11111112222222222222221111112222211WWW ...
4 4 WWWW22222233334443333222RRRRRR333222111WWW
5 5 WWWW22222233334443333222RRRRRR333222211WWW
含まれていない要素の値は0で示し、今までと同じように6×6行...
データのそれぞれの行の遷移確率同士を演算したいです。
ご教示お願いいたします。-- [[R初心者]] &new{2014-01-31 (...
- 頭の体操ですから，ご自分で考えてみると良いと思うのです...
z2 <- lapply(z, function(x) {
names <- c(1:4, "R", "W")
y <- matrix(0, 6, 6, dimnames=list(names, names))
for (i in 1:nrow(x)) {
for (j in 1:ncol(x)) {
y[rownames(x)[i], colnames(x)[j]] <- x[i, j]
}
}
return(y)
})
これを，旨くやろうという魂胆で書き直すと，以下のようにな...
z3 <- lapply(z, function(x) { # x が 6×6 行列になる場合...
names <- c(1:4, "R", "W")
y <- matrix(0, 6, 6, dimnames=list(names, names))
y[names %in% rownames(x), names %in% colnames(x)] <- x
return(y)
})
ともかくも，どちらのプログラムも同じ結果になるはずで，
> z[[2]]
1 2 W
1 18 2 1
2 3 14 0
W 0 1 2
> z2[[2]]
1 2 3 4 R W
1 18 2 0 0 0 1
2 3 14 0 0 0 0
3 0 0 0 0 0 0
4 0 0 0 0 0 0
R 0 0 0 0 0 0
W 0 1 0 0 0 2
> z[[3]]
1 2 W
1 12 2 1
2 2 18 0
W 1 0 5
> z3[[3]]
1 2 3 4 R W
1 12 2 0 0 0 1
2 2 18 0 0 0 0
3 0 0 0 0 0 0
4 0 0 0 0 0 0
R 0 0 0 0 0 0
W 1 0 0 0 0 5
- 何から何までお世話おかけしてすみません。本当にありがと...
**bioconductorのメーリングリストについて [#xa367dc9]
>[[ＪＪ]] (2014-01-22 (水) 08:36:01)~
~
お世話になります。~
bioconductorのメーリングリストに投稿し、回答を得たのです...
https://stat.ethz.ch/pipermail/bioconductor/2014-January/...
~
宜しくお願いします。~
//
- そんなことまでこんなところで聞くのかとは思いつつも、私...
- メーリングリストというものを使ったことがないうえに、海...
- 自己解決しました。理由は分かりませんが、返信したいレス...
**IRTについて [#od105127]
>[[TT]] (2014-01-17 (金) 21:09:02)~
~
項目の困難度、識別力の算出はできたのですが、それらの標準...
//
**平均値の出しかたについて [#sbe57dcf]
>[[fractal]] (2014-01-16 (木) 20:01:40)~
~
~
ホームページに以下のように示されている、データの平均値の...
データは、ホームページから、エクセルにコピーしてあります。~
~
19 9 11 7 5 5 2 5 2 2 2 2 2 2 15 7 2 2 2 2 5 5 5 2 2 2 2 ...
11 11 7 5 5 2 7 22 11 15 9 7 22 7 35 7 5 8 8 7 5 7 7 11 5...
9 5 8 8 8 5 7 8 5 2 5 2 2 2 2 2 5 2 5 16 11 7 19 19 5 5 5...
11 7 5 8 5 5 22 42 11 5 5 5 11 7 2 2 2 5 15 7 5 7 5 8 5 7...
19 16 5 5 5 2 11 22 11 22 15 11 11 5 5 31 2 5 5 5 8 5 5 2...
5 15 16 15 7 5 7 15 11 15 11 11 15 22 7 2 2 15 7 8 30 11 ...
22 15 18 34 22 42 35 11 9 22 7 11 15 7 11 11 11 11 11 8 1...
9 2 8 2 7 15 11 9 9 5 5 2 2 2 2 16 5 9 2 5 2 2 5 11 ...
~
このような計算を1000する必要があるので、効率的な方法を知...
よろしくお願い致します。~
//
- この処理はRでやるより、wgetとかPerlのWWW::Mechanize+WWW...
- buynnnmmm1 さんの言うとおりですが，データが html ファイ...
- URL は http://isgi.latmos.ipsl.fr/source/indices/aa/aa1...
- このページに掲示されているのは単なるテキストなので，大...
このデータは実に規則正しく並んでいるので，それを利用すれ...
getMean <- function(url) {
a <- scan(url)
stopifnot(length(a) == 3012)
a <- matrix(a, 251)[-(1:3),]
apply(a, 2, function(x) mean(x[x != -1]))
}
> getMean("http://isgi.latmos.ipsl.fr/source/indices/aa/...
Read 3012 items
[1] 10.55645 15.96552 19.72177 20.97917 16.39919 17.94583
[7] 21.45565 19.37097 24.03750 25.94355 13.32083 13.68952
引数 url には，Web 上のページをそのまま読むなら "http://i...
- 具体的な方法ありがとうございます。いろいろやってみます...
- お世話になっています。aa指数の月ごとのデータを作って、...
- > aa指数の月ごとのデータを作って、月ごとの平均を出して...
getMean2 <- function(fileName) {
x <- scan(fileName)
mean(x[x != -1])
}
getMean2("aa11868.txt")
このレベルのプログラムを求めるというのでは，たくさんある...
- 早速のプログラムありがとうございました。まずは簡単なプ...
- > 最後に求めたい平均を表示させるには何を入力すればいい...
getMean2("aa11868.txt") とすれば表示されるでしょう？なお...
- 最初に示していただいた方法でうまくいきました！！本当に...
- 年ごとの平均値を出すには、最初に示していただいたプログ...
- > 年ごとの平均値を出すには、最初に示していただいたプロ...
files <- c("aa11868.txt", "aa11869.txt", "aa11870.txt", ...
sapply(files, getMean)
とすればよいでしょう（プログラムの各部分がどのように機能...
- 説明が不十分で申し訳ありませんでした。前に示していただ...
- > 先ほどいただいたプログラムに入れて計算すると月ごとの...
getMean3 <- function(url) {
a <- scan(url)
stopifnot(length(a) == 3012)
a <- matrix(a, 251)[-(1:3),]
mean(a[a != -1])
}
でよいわけですね。失礼しました。 -- [[河童の屁は，河童に...
- とんでもありません。私の説明不足でご迷惑をおかけしてす...
- > apply( ) を mean(a[a != -1]) に変えて計算し...
- 私の確認不足ですみませんでした。両方同じでした。ありが...
**バイナリセーブした複数のデータフレーム形式オブジェクト...
>[[よる]] (2014-01-16 (木) 15:29:06)~
~
以前に似たような質問をしており恐縮なのですが、複数のバイ...
~
それぞれのファイルは以下のようになっていて形式は同じです。
> Data20121001
a b c
1 1 0.7420626 6.166458
2 2 -0.2008887 6.347304
3 3 1.4550494 6.860432
ファイルがテキスト（アスキー）形式のときは「[[複数ファイ...
//
- 以下のようにすることもできるでしょう。 -- [[河童の屁は...
file <- "Data20121001.RData" # 起点となるファイル名
n <- 3 # 連結したいファイル数（日数）
date <- as.Date(paste(substr(file, 5, 8), substr(file, 9...
11, 12), sep = "-"))
file.Name <- as.character(date + 0:(n - 1))
result <- NULL # 結果
for (i in file.Name) {
string <- as.character(i)
object <- paste("Data", gsub("-", "", string), sep =...
load(paste(object, "RData", sep = "."))
result <- eval(parse(text = sprintf("rbind(result, %...
# 読み込んだオブジェクトを消去しておきたいとき
eval(parse(text = sprintf("rm(%s)", object)))
}
result
- なるほどです！感服いたしました！！ありがとうございます...
**周波数精度をある程度高めで、wavelet処理するときに適して...
>[[buynnnmmm1]] (2014-01-15 (水) 19:15:11)~
~
wavelet処理できるRのパッケージはかなりあります。パッケー...
~
(wmtsaの場合、ちょっと試した感じでは、wavelet="morlet", s...
~
よろしくお願い致します。~
//
**無題 [#l0cd5abe]
> (2014-01-12 (日) 23:19:08)~
~
最近の質問者は，ありがともいえないのな...~
//
**パッケージのインストールができない [#m4f4acfc]
>[[松浦]] (2014-01-12 (日) 11:25:36)~
~
install.packagesによってcar他のパッケージをインストールし...
~
パソコン(windows8です)のセキュリティの問題かもしれません...
//
- Win7ですが非管理者権限でcarパッケージのインストールを試...
- 上手に検索するのもテクニックのうち&br;"Would you like t...
**２つのcolumで共通する行を削除する方法 [#e24b48f3]
>[[R初心者]] (2014-01-12 (日) 09:05:52)~
~
R初心者です。~
初めての投稿になりますよろしくおねがいいたします。~
~
質問内容ですが、以下のような二つのcolumを作成した場合、~
> x<-c("a","b","c")
> colum1<-matrix(x)
[,1]
[1,] "a"
[2,] "b"
[3,] "c"
> y<-c("a","b","c","d","e")
> colum2<-matrix(y)
[,1]
[1,] "a"
[2,] "b"
[3,] "c"
[4,] "d"
[5,] "e"
colum2からcolum1の要素を削除するにはどのようにしたらよい...
以下の様に２つのベクトルを結合し、unique()を用いましたが、~
> unique(rbind(colum1,colum2))
[,1]
[1,] "a"
[2,] "b"
[3,] "c"
[4,] "d"
[5,] "e"
重複した”a”,"b","c"が残ってしまいます。~
非常に基礎的質問だとおもわれますが、ご回答頂ければ幸いで...
尚、動作環境は以下の様に成ります。~
R version 3.0.1 (2013-05-16)
Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit)
//
- いくら R の初心者でも，ここへの投稿方法まで初心者だから...
なぜ行列にしたいのかという真意は分からないが，
> setdiff(colum2, colum1)
[1] "d" "e"
が参考になるかな？ -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁であ...
**(再度質問)wmtsaパッケージでWavelet解析を行ないました。...
>[[buynnnmmm1]] (2014-01-11 (土) 21:31:22)~
~
https://box.raksul.com/dl/bdbc45c2b62ff6a3ec489de2cf300f94~
~
元データファイルと、処理したRソースを添付してます。~
~
テスト用の音声ファイルは 1秒ごとに、880Hz,1760Hz,3520Hzの...
それを tuneRというパッケージの readWaveファイルで読み込ん...
~
waveletまったく勉強しようとしてないわけじゃなく、図書館で...
~
周波数の精度をあげると、時間の精度がさがると考えてて、(間...
~
~
いっぽう、seewaveっていうパッケージもみつけてまして、こち...
~
waveletにしようと思ったのが、もっと周波数精度があがると思...
~
~
ということで、やりたいことは、時間の精度をもっと下げて、...
~
wavCWTとかに、周波数の分割数を変更するパラメータがあった...
~
本をかりたのはかなり前なのですが、その本では理解できなか...
~
よろしくお願い致します。~
//
- wavCWTの関数で取れる引数の他のものもふってみました。 n....
- wavCWTの関数で取れる引数の他のものもふってみました。 n....
- 独り相撲を，取っているようですが，それぞれの関数および...
- とりあえずやってみました。引数の意味はよくわかってませ...
- waveletの種類を変更したら、デフォルトよりかなり周波数精...
- さらにマニュアルを確認するとmorletの場合はshiftを与える...
- 周波数精度をあげてCWTをしたい場合は、wavelet="morlet" ...
- "morlet wavelet" でネット検索すると http://paos.colorad...
- wavCWTのソースをちょっと調べてみました。 waveletをmorle...
- wavCWTが呼びだしてるのは ifuitools パッケージの RS_wav_...
- ifuitools の RS_wav_xform.c "RS_wavelets_transform_cont...
- ifuitoolsの src フォルダで grep -n -i morlet * すると -...
- ut_RS.c:315: *type = WAV_FILTER_MORLET; wav_cwt.c...
- wav_filt.c の mutil_errcode wavuniv_filters_continuous ...
- gaussian1,gaussian2は、std=sqrt(variance) として、処理...
- ω0とscaleを変更してmorletのwaveletをグラフ化してみると...
**wmtsaパッケージでWavelet解析を行ないました。周波数分解...
>[[buynnnmmm1]] (2014-01-11 (土) 19:19:03)~
~
テスト用のオーディオファイルを作成して、それをwavelet処理...
~
seewaveという短時間フーリエ変換で時間と周波数の表示をする...
こちらは窓を広くすると時間分解能がおちて周波数分解能があ...
~
http://note.chiebukuro.yahoo.co.jp/detail/n242822~
~
の「wmstsaの場合」 の 「処理例」のところに1秒ごとに、880H...
~
処理はぜんぶデフォルトの条件で処理して、パラメーターは変...
~
tuneRパッケージのwaveReadで音声ファイルを読み込んで、left...
~
一番下のwaveseeの出力はspectro関数にかけて出力しました。~
~
wavelet解析について、ほとんどなにも知りません。もし良い入...
~
~
~
よろしくお願い致します。~
//
- 質問が漠然としており，提示された URL もボンヤリしていて...
- すみません、おっしゃるとおりです。データがちょっと多き...
**主成分分析について� [#e08d30fb]
>[[いんせ]] (2014-01-09 (木) 12:26:29)~
~
コメントありがとうございます．
冒頭部分の
> data(…)
> prcomp(…)
の括弧内にエクセルのデータを入力しようとしました．~
ファイル名を入れたり，実際の因子の名前などを入れて，
D<-read.csv("R bact3.csv",header=T)
D$A系-1<-factor(D$A系-1)
D$A系-2<-factor(D$A系-2)
head(D)
summary(D)
data(D)
prcomp(D)
としても，
警告メッセージ:
In data(D) : データセット ‘D’ がありません
> prcomp(D)
以下にエラー colMeans(x, na.rm = TRUE) : 'x' は数値で...
とでます．~
~
どうすればよいのでしょうか．~
//
- data 関数が何をするものか分かっていますか？分かっていた...
- こんな初歩段階で躓いているなら、インターネットで断片的...
- > もし問題が解決した(結局解決しない場合を含め)場合はそ...
- それはデータを数値型にしてないのではないかと思うけど、a...
**主成分分析について [#s0e0b152]
>[[いんせ]] (2014-01-09 (木) 00:35:30)~
~
初めまして．Rを使い始めたばかりの初心者ですが，主成分分析...
他の簡単な操作では，エクセルから呼び出すことができるので...
つまり，ほぼ最初からうまくいっておりません．~
~
自分でもいろいろ調べたりしているのですが，やはりわかりま...
勉強不足でありながら，誰かに聞くのは甘えでしかありません...
~
よろしくお願いいたします．~
//
- 「具体的な手順など教えていただければ」といわれても，漠...
**時系列の相関係数 [#naad9dbe]
>[[しょう]] (2014-01-03 (金) 14:50:11)~
~
コメントありがとうございました。~
なんとか計算ができました。~
~
2つの時系列があった場合、それらの変化の仕方、上がったり下...
~
いわゆる相関係数が小さくても、時系列はよく似た変化をする...
どれくらい似ているかを数値化したいのですが。~
//
- [[VAR:http://en.wikipedia.org/wiki/Vector_autoregressio...
- > いわゆる相関係数が小さくても、時系列はよく似た変化を...
- コメントありがとうございました。相関係数が低いのに似て...
- > 相関係数が低いのに似ている&br;それはあなたの主観。ラ...
&ref(corr.png);
- 時系列分析の専門家ではないので妥当かどうか分かりません...
> n <- lowess(seq_along(nao$V1), nao$V1, f = 1/3)
> s <- lowess(seq_along(sun$V1) - 4, sun$V1, f = 1/3)
> cor(s$y[5:54], n$y[1:50])
[1] 0.9167944
&ref(20140103a.png);
- 平滑化をどの程度とるかにもよるが，結果として，「相関係...
&ref(corr2.png);
- まぁということで、（元データの）相関係数は低いがノイズ...
- コメントをいただいた人に感謝します。主観が重要であると...
- 「主観が」じゃなくて「主観も」ね。視覚化はあくまでも探...
**２つのファイルからデータを読んで相関係数を計算 [#z978b5...
>[[しょう]] (2014-01-02 (木) 20:05:12)~
~
2つのcsv ファイルにある時系列の数字を読み込んで、2つの相...
プログラムをを教えていただけるとうれしいです。~
//
- まずは，２つの CSV ファイルにデータがどんな風にあるかを...
- 早速のコメントに感謝します。 -- [[しょう]] &new{2014-01...
- 2つのExcelのcsvファイルです。中味は700の数字が並んでい...
- じゃあ，後半に書いたようにやれば良いのかな？まだ，情報...
- ありがとうございます。前者の方法から$x $y を除くと動...
- > 前者の方法から$x $y を除くと動き始めました。~
それは，あなたのファイルに，データが1行に一つずつ入力され...
情報不足というか，そのようなエラーが再現できるデータを提...
- ありがとうございます ファイルを添付したいと思います --...
- 今、ファイルを3つアップロードしました -- [[しょう]] &ne...
- いくつか問題があります。&br;(1) 2つのデータファイルの一...
- この「非数値文字」って全角空白ですね。表計算ソフトだと...
**別ファイルから共通した項だけを抽出 [#lc0fdc01]
>[[シップスクラーク]] (2013-12-30 (月) 23:19:13)~
~
2つの別ファイルから共通した項だけを抽出したいです。~
あるdata1というファイルとdata2というファイルがあるとしま...
data1
xy,yz
9530,087361
9690,186479
data2
xz,zy
9690,547895
5121,168415
とデータだとすると、この2つのデータの左側の値が同じだった...
//
- merge(data1, data2, by.x="xy", by.y="xz") で。 -- [[河...
- 回答ありがとうございます。ただ、示されたとおりにプログ...
- data1 <- read.csv("data1") 程度は補ってくださいな。 -- ...
- それは事前に入れたうえでの話です。すみません、分かりづ...
- あなたがコンソールに打ち込んだものとRからのエラーメッセ...
> data1 <- read.csv("data1")
> data2 <- read.csv("data2")
> merge(data1, data2, by.x="xy", by.y="xz")
xy yz zy
1 9690 186479 547895
- エラーからすると、コピペするときに後ろの「..., by.y="xz...
- もし問題が解決した(結局解決しない場合を含め)場合はその...
- 返事が遅れてすみません。始めの'data1'とmerge(data1・・...
**お礼です まだエラーが出ます プログラムも示します [#...
>[[しょう]] (2013-12-27 (金) 18:04:33)~
~
警告メッセージ:
1: In eval(expr, envir, enclos) :
複素数の虚部は、コネクションで捨てられました
2: In eval(expr, envir, enclos) :~
複素数の虚部は、コネクションで捨てられました
3: In readLines("NAO1910.txt") :
'NAO1910.txt' で不完全な最終行が見つかりました
4: In eval(expr, envier, enclos) :
複素数の虚部は、コネクションで捨てられました
5: In plot.xy(xy, type, ...) :
plot type 'line' will be truncated to first character
ノイズをカットするプログラムです
x <- c(1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0)
y <- fft(x)
z <- fft(fft(x), inverse = TRUE)/length(x)
round(z, digit = 4)
as.double(z)
# cut high frequency from mid-lag
# i.e, the center part
mid <- (length(y) + 2)/2
lag <- 1
yy <- y
for (i in (mid - lag):(mid + lag)) {
yy[i] <- 0
}
w <- fft(yy, inverse = TRUE)/length(yy)
q <- as.double(w)
plot(q)
### NAO ###
# source data IOD_ENSO_NAO/NAO-monthly-Jim-Hurrell-1870-...
# xsource<- readLines("NAO50-08.txt")
xsource <- readLines("NAO1910.txt")
xorg <- as.double(xsource)
# take part (e.g, 600 month =50 years)
# x<-xorg[(length(xorg)-708+1):length(xorg)]
x <- xorg[(length(xorg) - 1236 + 1):length(xorg)]
# standardize(normalize)
sx <- (x - mean(x))/sd(x)
## fft
len <- length(sx)
y <- fft(sx)
# cut high frequency
mid <- (length(y) + 2)/2
lag <- 250 - 1
yy <- y
for (i in (mid - lag):(mid + lag)) {
yy[i] <- 0
}
# inverse
w <- fft(yy, inverse = TRUE)/length(yy)
q <- as.double(w)
plot(q, type = "line")
# plot(sx, type = "line")
//
- あなた自身，やろうとしていることをプログラム化出来てい...
以下の z は複素数なのに，それを実数化 as.double するので...
実部，虚部を取り出すには Re(), Im()，絶対値は abs() など...
z <- fft(fft(x), inverse = TRUE)/length(x)
round(z, digit = 4)
as.double(z)
しかし，もう一度同じことをやっている以下のところで，エラ...
「複素数の虚部は、コネクションで捨てられました」というエ...
w <- fft(yy, inverse = TRUE)/length(yy)
q <- as.double(w)
「'NAO1910.txt' で不完全な最終行が見つかりました」は，読...
基本的には，エラーがある行の次にエラーメッセージが出るの...
**ありがとうございます [#rb4b974d]
>[[しょう]] (2013-12-27 (金) 17:33:19)~
~
as.double()にしたら動きました。ありがとうございました。~
ただ、次のエラーが出てしまいました。助けてください。
1: In eval(expr, envir, enclos) :
複素数の虚部は、コネクションで捨てられました
2: In eval(expr, envir, enclos) :
複素数の虚部は、コネクションで捨てられました
3: In file(con, "r") :
ファイル 'NAO1910.txt' を開くことができません: No suc...
//
- エラーのでるプログラム部分をみないと，真の原因はわから...
**関数 "as.real" を見つけることができませんでした [#e5333...
>[[しょう]] (2013-12-27 (金) 15:41:52)~
~
下のエラーが出てしまい困っています。~
アドバイスください。
以下にエラー eval(expr, envir, enclos) :
関数 "as.real" を見つけることができませんでした
//
- as.real()はR3.0以降で廃止されています。as.real()ではな...
**TSAパッケージのgarch.simについて [#vadd69be]
>[[みかん]] (2013-12-26 (木) 14:38:02)~
~
投稿失礼します。~
TSAパッケージのgarch.simに入っているrndというオプションを...
このパッケージではt分布の使用ができないのでしょうか？また...
//
- 「自由度を指定したt分布のシュミレーション」とはどういう...
- お教え頂きありがとうございます。助かりました。 -- [[み...
**複数ファイルを、ファイル名を指定して読み込み、一つのデ...
>[[よる]] (2013-12-25 (水) 22:56:31)~
~
ディレクトリに「t」に続いて日付と拡張子（.txt）のついたフ...
それぞれのファイルは以下のようになっていて形式は同じです。
> t20121001
x y z
1 -0.9139121 0.9233681 1.34668386
2 -0.4414702 1.7249676 -0.03165230
:
9 0.6055080 -0.8037918 -3.16458153
10 -0.5272891 -1.2061249 1.42032382
ディレクトリにあるすべての.txtファイルを読み込む際は、
library(plyr); d=ldply(dir(getwd(), "*.txt"), function(x...
として読み込めたのですが、日付を特定しようとするとうまく...
例えば、以下のようにしてファイル名のベクトルをつくって試...
dateval = format(seq("2010/11/01", by="1 days", length=1...
filename = paste("t", dateval, ".txt", sep="")
d=ldply(dir(getwd(), dateval), function(x) read.table(x,...
dir(getwd(), dateval)の部分で、datevalが最初の値（dateval...
また、少し蛇足になってしまうかもしれませんが、11月10日か...
dir(getwd(), "t201211*")
[1] "t20121101.txt" "t20121102.txt" "t20121103.txt"...
[8] "t20121108.txt" "t20121109.txt" "t20121110.txt"...
[15] "t20121115.txt" "t20121116.txt" "t20121117.txt"...
[22] "t20121122.txt" "t20121123.txt" "t20121124.txt"...
[29] "t20121129.txt" "t20121130.txt"
なぜ、"t20121101.txt"等が呼ばれてしまうのでしょうか？~
上記の問題解決作をご教授いただければ幸いです。~
//
- > 11月10日から11月30日までのデータを呼ぼうとして以下を...
あなたがそのように指定したからです。* は何でもよいという...
その場合だけの対応ならば~
dir(getwd(), "t201211[1-3][0-9]")~
とすればよいでしょうけど，一般性はないですね。~
一般的に，指定したファイルだけを連結するならば，まずは対...
以下では，1110〜1130 だからそのようにしたけど，他の規則が...
x <- sprintf("t201211%02i.txt", 10:30)
# x <- c("t20121112.txt", "t20121115.txt", ..., "t201211...
result <- NULL
for (i in x) {
d <- read.table(i, header=TRUE)
result <- rbind(result, d)
}
result
どうでしょ？ -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁である。]] ...
- *は「0回以上マッチ」なので"t20121"のあとに"1"があっても...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さん、ご回答いただ...
- ワイルドは*でなく、ピリオドなのですね！勉強になりました...
- グロブと正規表現を混同されていると思います。dir()に与え...
- グロブと正規表現について調べてみました。知識の世界が広...
**rpartのCPについて [#z7519c44]
>[[rpt]] (2013-12-17 (火) 10:26:36)~
~
お世話になります。~
ライブラリrpartのCP（Complexity Parameters）について、理...
例えばirisデータで次のように入力しますと
> library(rpart)
> iris.rpt <- rpart(Species ~ ., data=iris)
> printcp(iris.rpt)
Classification tree:
rpart(formula = Species ~ ., data = iris)
Variables actually used in tree construction:
[1] Petal.Length Petal.Width
Root node error: 100/150 = 0.66667
n= 150
CP nsplit rel error xerror xstd
1 0.50 0 1.00 1.23 0.047053
2 0.44 1 0.50 0.67 0.060888
3 0.01 2 0.06 0.08 0.027520
のようにCP表が出力されます。~
これについて大滝他「応用２進木解析法」（日科技連）により...
> 0.6667*(1-0.5)
[1] 0.33335
> 0.6667*(0.5-0.06)
[1] 0.293348
上記の出力結果のCPと一致しません。~
回帰ツリーの場合は、rel errorがRSS比のことだということは...
~
どなたか、この不一致の理由がわかる方、御教示いただければ...
//
- たとえば，http://datamining.togaware.com/survivor/Compl...
- 御回答ありがとうございます。
すると、同じMin＋1*SEルールを使っても、CARTとrpartでは採...
しかし、rel errorの出力が今ひとつよくわかりません。
次のように成長させるツリーのサイズを大きくして、ツリーとC...
> iris.rpt2 <- rpart(Species ~ ., data=iris,
+ control = rpart.control(minsplit=4, cp=0.0001))
> iris.rpt2
n= 150
node), split, n, loss, yval, (yprob)
* denotes terminal node
1) root 150 100 setosa (0.33333333 0.33333333 0.3333333...
2) Petal.Length< 2.45 50 0 setosa (1.00000000 0.000...
3) Petal.Length>=2.45 100 50 versicolor (0.00000000 ...
6) Petal.Width< 1.75 54 5 versicolor (0.00000000 ...
12) Petal.Length< 4.95 48 1 versicolor (0.000000...
24) Petal.Width< 1.65 47 0 versicolor (0.00000...
25) Petal.Width>=1.65 1 0 virginica (0.0000000...
13) Petal.Length>=4.95 6 2 virginica (0.00000000...
26) Petal.Width>=1.55 3 1 versicolor (0.000000...
27) Petal.Width< 1.55 3 0 virginica (0.0000000...
7) Petal.Width>=1.75 46 1 virginica (0.00000000 0...
> printcp(iris.rpt2)
...
Root node error: 100/150 = 0.66667
n= 150
CP nsplit rel error xerror xstd
1 0.5000 0 1.00 1.16 0.051277
2 0.4400 1 0.50 0.59 0.059828
3 0.0200 2 0.06 0.09 0.029086
4 0.0100 3 0.04 0.09 0.029086
5 0.0001 5 0.02 0.07 0.025833
のようになりますが、rel errorを各ステップにおける誤分類数...
> (100/150)/(100/150)
[1] 1
> (50/150)/(100/150)
[1] 0.5
> (6/150)/(100/150)
[1] 0.06
> (3/150)/(100/150)
[1] 0.03
となり、4行目以降の数値が合いません。
また、次のようなモデルのCPテーブルを出力しますと、
> Country2 <- factor(60, levels=c("Japan", "Others")) #...
> Country2[car.test.frame$Country=="Japan"] <- "Japan"
> Country2[car.test.frame$Country!="Japan"] <- "Others"
> car.rpt <- rpart(Country2 ~ Price + Mileage + Type + W...
+ data=car.test.frame, control=rpart.control(cp=...
> printcp(car.rpt)
...
Root node error: 19/60 = 0.31667
n= 60
CP nsplit rel error xerror xstd
1 0.157895 0 1.00000 1.0000 0.18964
2 0.105263 1 0.84211 1.2632 0.19972
3 0.035088 6 0.31579 1.2105 0.19821
4 0.001000 9 0.21053 1.0526 0.19218
のように、一部の分岐のみしか表示されず、CPテーブルの表示...
重ねての質問で、誠に恐縮ですが、御教示いただければ幸いで...
**データフレームの列を追加する方法？ [#q0d46bcf]
>[[koheizm]] (2013-12-13 (金) 19:58:51)~
~
データフレームに一定数の列を指定して追加する方法を考えて...
~
下の方に列を追加していく関数のQAがありましたが、それとは...
rodiaさんのソースを拝借
dat <- cbind(rep(x=c("male", "female"), times=10, each=2),
rep(x=c("A", "AB", "B", "O"), times=10, each...
colname(dat) <- c("sex", "blood")
このようなデータフレームがあるとしてsexとbloodの列の隣に...
入れる値は0でもNULLでも構いません。~
~
現在は列数の違うデータフレームを統合する必要が生じて、ダ...
//
- 返信ありがとうございます。いえ、それぞれの隣ではなくて...
- あなたのはデータフレームなのだから，あんなソースを引用...
add.rows <- function(d, n, m) { # d: データフレーム，n, ...
nr <- nrow(d)
x <- data.frame(matrix(0, nr, n+m))
return(cbind(d[1], x[1:n], d[2], x[-(1:n)]))
}
# 使用例
dat <- data.frame(sex=rep(x=c("male", "female"), times=1...
blood=rep(x=c("A", "AB", "B", "O"), ti...
x <- add.rows(dat, 2, 4)
head(x)
しかし，あなたが本当にやりたいのがダミー行列の追加である...
- まとめて追加するなら，もっと簡単。 -- [[河童の屁は，河...
add.rows2 <- function(d, n) { # d: データフレーム，n: 追...
nr <- nrow(d)
x <- data.frame(matrix(0, nr, n))
return(cbind(d, x))
}
# 使用例
dat <- data.frame(sex=rep(x=c("male", "female"), times=1...
blood=rep(x=c("A", "AB", "B", "O"), ti...
x <- add.rows2(dat, 4)
head(x)
- 返信ありがとうございます。いえ、それぞれの隣ではなくて...
- ご丁寧にありがとうございます。勉強させていただきます。 ...
**プログラム中で生成した連番付きのオブジェクトを保存する...
>[[よる]] (2013-12-12 (木) 14:09:07)~
~
以下のコードで生成したf1, f2, f3, ... というオブジェクト...
x <- 1:10
for (i in 1:10) {
assign(paste("f", i, sep=""), x[i])
}
実際のiは1:100000だったり、c("test1", "test2", ...) だっ...
//
- 「.RDataで保存」というのはよくわからないけど，どうして...
> x <- 1:10
> for (i in 1:10) {
+ name <- paste("f", i, sep="")
+ assign(name, x[i])
+ eval(parse(text=sprintf("save(%s ,file=\"%s\")", name...
+ }
- ご教授ありがとうございます。.txt や .csv だと1つのファ...
- ↑ バイナリファイルとして保存ということなのね。save はバ...
- save()はcompression_levelオプションで圧縮レベルを指定で...
- ＞ もし問題が解決した(結局解決しない場合を含め)場合はそ...
- ご返信が遅れて申し訳ありません。皆さんのご教授により解...
**legendの座標について [#b1821d23]
>[[レジェ]] (2013-12-10 (火) 19:53:22)~
~
お世話になります。Windows XP, R3.0.1を使用しています。~
以下のようなグラフの凡例の少し左側に、別の凡例を追加した...
お手数ですが、ご回答宜しくお願いします。
plot(rnorm(50), rnorm(50), xlim=c(-3,6), ylim=c(-3,3))
legend("topright", "sin", col="red", pch=3)
//
- legend関数の返り値では不十分なのですか？ -- &new{2013-...
- legend関数に返り値があったのですね。a$rect$left と a$re...
**EGARCHの実行について [#u8ffcd7a]
>[[みかん]] (2013-12-10 (火) 15:35:26)~
~
投稿失礼します。R初心者です。~
EGARCHモデルを推定しようとして、以前あったegarchパッケー...
//
- 検索してみました？&br;Package ‘betategarch’ December 9,...
- お教え頂きありがとうございます。本当に助かりましたm(_ _...
**openofficeのデータが読み込めない [#p966162c]
>[[R初心者]] (2013-12-08 (日) 17:41:10)~
~
投稿失礼します。~
「統計学 Rを用いた入門書」で初めてRを勉強しはじめた者で...
ですが、数ページにして詰まってしまいました。。~
excelを持っていないため、openofficeを使用しcsv形式にしたら
> worms <- read.csv("略/worms.csv",header=T,row.names=1)
Warning message:
In scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nli...
EOF within quoted string
と出てきました。~
odsのままにしてみたり、RopenofficeなるものをPCに入れよう...
どなたかアドバイスいただけると嬉しいです！~
よろしくお願い致します。~
//
- openoffice のデータが読み込めないのではなく，openoffice...
- Ropenofficeパッケージのread.ods()は、（たぶんread.xls()...
**psychはダウンロード出来ているようなのですが、パッケージ...
>[[0.444]] (2013-12-08 (日) 17:36:36)~
~
psychはダウンロード出来ているようなのですが、パッケージと...
> library(psych)
Error in library(psych) : there is no package called ‘ps...
なおパッケージのインストールは既にRcmdrでも行っており、こ...
よろしく~
//
- > こちらと同じ手順でダウンロードした&br;どちらと同じ手...
- 失礼しました。パッケージのインストールは既にRcmdrでも行...
- ダウンロード≠インストールですが、そこは大丈夫ですか？文...
**列を追加していく関数を作りたい [#o559510b]
>[[rhodia]] (2013-12-05 (木) 18:07:48)~
~
お世話になります。OS:Win7 64bit R3.0.2~
~
以下のように男性女性の性別のカラムと血液型のデータを用意...
sexカラムがmaleであれば列を一行足して1,femaleならば0とい...
dat <- cbind(rep(x=c("male", "female"), times=10, each=2),
rep(x=c("A", "AB", "B", "O"), times=10, eac...
colname(dat) <- c("sex", "blood")
tmp_fnc <- function(x) {
if (x == "male") x$m_flg = 1
else x$m_flg = 0
}
tmp_fnc(dat)
その結果このようにメッセージが出てきます。
Warning messages:
1: In if (x == "male") x$m_flg = 1 else x$m_flg = 0 :
the condition has length > 1 and only the first elemen...
2: In x$m_flg = 1 : Coercing LHS to a list
ゴールとしてはsexカラムの中身がmaleならばm_flgが1になり、...
ご指導頂きたく思います。~
//
- データ構造としては，データフレームを使う方がよいでしょ...
dat <- data.frame(sex=rep(x=c("male", "female"), times=1...
blood=rep(x=c("A", "AB", "B", "O"), ti...
dat$m_flg <- (dat$sex == "male")+0 # この一行でできます
dat
なお，データフレームの場合，文字型で入力したデータは Fact...
なお，なお，「[[&heart; 投稿文書の書式&heart; :http://www...
整形済みテキスト
行頭が半角空白で始まる行は整形済みテキストとなります。行...
整形済みテキストは、他のブロック要素の子要素になるこ...
整形済みテキストは、他のブロック要素を子要素にするこ...
整形済みテキストは、すべての子要素を文字列として扱い...
ということです。あなたの記事は，私が修正しておきました。-...
**barplotについて [#u09e7fd3]
>[[じゅん]] (2013-12-04 (水) 14:56:33)~
~
お世話になります。Windows XP, R 3.0.1を使用しています。~
以下のようにbarplotを実行しました。
bmp(filename = "bar.bmp", width=1400, height=600)
par(mar=c(5,5,4,2))
barplot(round(runif(100)*2000,0), names.arg=1:100, las=3,
ylim=c(1,2000), ylab="value")
dev.off()
この結果を以下のように変更したいと思っています。どのよう...
~
・y軸の0〜500を表示したい~
・y軸と最初の棒グラフの間隔が空きすぎなので狭くしたい~
・x軸の項目名が棒グラフの右寄りにずれているので中心に寄せ...
~
お手数ですが、宜しくお願いします。~
//
- (1) ylim=c(0,2000) とする~
(2) xaxs="i" とする~
(3) 文字サイズにもよるのかしれませんが， Mac 版では中央に...
barplot(round(runif(100)*2000,0), names.arg=1:100, las=3,
ylim=c(0,2000), ylab="value", xaxs="i")
&ref(sample.png);
- ご回答ありがとうございました。xaxs="i" という素敵な変数...
&ref(sample2.PNG);
- Ubuntu 13.10でも右寄りになりませんよ。しかもOSXやUbuntu...
&ref(barplot-ubuntu.png);
- Mac 版ならば，bmp にする必要はなく，Quartz も pdf も，...
&ref(sample-pdf.png);
**各項目の最大値のみを抽出する方法 [#e6816621]
>[[KKNN]] (2013-12-02 (月) 16:30:27)~
~
初めて質問させて頂きます。~
各項目の最大値のみを抽出する方法を教えて頂きたいのです。~
例えば、下記のようなデータフレームがあるとします。
大統領名 在任期間 知名度
A 1 43
A 2 51
A 3 65
B 1 45
B 2 55
上記の様なデータテーブルにおいて、各大統領において、在任...
大統領名 在任期間 知名度
A 3 65
B 2 55
//
- こんな感じかな -- &new{2013-12-02 (月) 17:01:24};
> (a <- data.frame(大統領名 = factor(c("A", "A", "A", "B...
在任期間 = c(1:3, 1:2),
知名度 = c(43, 51, 65, 45, 55)))
大統領名 在任期間 知名度
1 A 1 43
2 A 2 51
3 A 3 65
4 B 1 45
5 B 2 55
> by(a, a$大統領名, function(x) x[which.max(x$在任期間),])
a$大統領名: A
大統領名 在任期間 知名度
3 A 3 65
--------------------------------------------------------...
a$大統領名: B
大統領名 在任期間 知名度
5 B 2 55
> Reduce("rbind", by(a, a$大統領名, function(x) x[which....
大統領名 在任期間 知名度
3 A 3 65
5 B 2 55
- ありがとうございます。初心者なもので、入門書はいろいろ...
**nlsについて [#p9d9a74b]
>[[galois]] (2013-11-30 (土) 13:27:24)~
~
初めて質問させていただきます。~
nlsで求めた式の確からしさはどのように評価したらいいのでし...
//
- 「式の確からしさ」とは，どういうことを意味しているので...
- 説明不足で申し訳ありません。例えば実験で得られた100点を...
- 多くの場合，最も適切な回帰直線（回帰曲線）でも，「全て...
**rimageのインストール方法、波形画像から波形情報の取得 [#...
>[[TA]] (2013-11-25 (月) 17:37:31)~
~
初めて質問させて頂きます。WindowsでRに取組んで1年弱です...
波形画像(jpg)をrimageでRに読み込み、locator()で波形の情...
どのようにすれば良いのか、途方に暮れています。windowsで...
また、波形画像から、波形データをRに取り込む、もっと簡便...
//
- URL の記述は正確に。cran.rproject.org は cran.r-project...
たとえば，http://cran.r-project.org/bin/windows/contrib/2...
Q&A（初級者コース）/13 に，2011-11-09 の時点で，中澤さん...
- 要領を得ない質問にお答え頂き有難う御座います。 -- [[TA]...
- 御礼が遅くなり申し訳ありません。 御紹介頂いた、rimage...
**catの使い方 [#qf7fbb99]
>[[掃除好き]] (2013-11-22 (金) 12:37:04)~
~
CAD,WER,ASD,XDR
1262041F20124,800,182139,195001
1262041F20124,900,181347,195003
12621B6F23168,810,153436,195081
12621B6F23168,910,154315,195089
1262236A23148,810,12251,195137
1262236A23148,910,12417,195141
1262236A23148,810,1431535,195005
1262236A23148,910,1502527,195137
1262239B23166,810,155554,195005
1262239B23166,910,123231,195015
126223AE23135,810,0750073,195001
126223AE23135,910,0842509,195013
ここからCADの値が2つ続けて同じで、かつXDRの値が195001の次...
そして、もしその195001の次に195003となっているのを計算し...
==== 195001 --> 195003 =====
1262041F20124 195001 182139
1262041F20124 195003 181347
count = 2
==== 195001 --> 195013 =====
126223AE23135 195001 0750073
126223AE23135 195013 0842509
count = 2
というような出力にしたいです。~
このプログラムのどこが間違っていますでしょうか？
データ<-read.csv("データ/data.csv",header=TRUE)
foo <- function(m, k) {
count <- 0 ### 追加 件数...
n <- nrow(データ)
i <- 1
repeat {
if (データ$CAD[i] == データ$CAD[i+1] && データ$XDR[i...
if (count == 0) { ### 追加 該当...
cat(sprintf("==== %i --> %i =====\n", m, k)) ###...
} ### 追加
cat(データ$CAD[i], データ$XDR[i], データ$ASD[i] "\...
cat(データ$CAD[i+1], データ$XDR[i+1], データ$ASD[i...
count <- count+2 ### 追加
i <- i+1
}
i <- i+1
if (i >= n) break
}
if (count != 0) { ### 追加 カウ...
cat(sprintf("count = %i\n", count)) ### 追加
} ### 追加
}
データ <- read.csv("データ/data.csv", as.is=TRUE)
for (m in 195001:195161) {
for (k in (m-1):1950162) {
foo(m, k) # 関数を呼び出す
}
}
//
- 相変わらず，プログラムなどの提示方法について理解してい...
「読んだけどわかんね〜よ」ということでしょうか。
整形済みテキスト
行頭が半角空白で始まる行は整形済みテキストとなります。行...
整形済みテキストは、他のブロック要素の子要素になるこ...
整形済みテキストは、他のブロック要素を子要素にするこ...
整形済みテキストは、すべての子要素を文字列として扱い...
というところですよ。あなたの記事は私が修正しているので，...
+ cat(データ$CAD[i], データ$XDR[i], データ$ASD[i] ...
エラー: 予想外の 文字列定数 です in:
" } ### 追加
cat(データ$CAD[i], データ$XDR[i], データ$ASD[i] "\...
というのは，データ$ASD[i] "\n" のところにエラーがある。つ...
cat(データ$CAD[i], データ$XDR[i], データ$ASD[i], "...
それをなおせば，動くでしょう？ -- [[河童の屁は，河童にあ...
**mac版RへのDesignパッケージのインストール方法について [#...
>[[KK]] (2013-11-22 (金) 11:41:08)~
~
はじめまして、macでRを使い始めて四苦八苦してます~
ロジスティック解析を行う際、glm関数を使うとオッズ比まで出...
またロジスティック解析にて、各説明変数の95%C.Iを出すこと...
//
- Designパッケージは2009年9月で更新が止まっており、現在の...
- 既に違う形の回答がなされていますが，Design packageの後...
- 皆様有難うございます。最初にご回答頂いた方にご質問なの...
- ±はだめ+とーで2つの式にしてね（exp(0.09702+c(-1, 1)*1.9...
- 最初に回答した者ですが、exp(回帰係数±1.96*SE)は一般表記...
> m.s <- summary(m)
> exp(m.s$coefficients[2, 1] + c(-1, 1) * 1.96 * m.s$coe...
2つめは、
> exp(m.s$coefficients[3, 1] + c(-1, 1) * 1.96 * m.s$coe...
です。もちろん、confint()を使ってもよいです。
- て，ゆーか，confint を使うべきでしょう。簡単だし，全部...
- 皆様、大変丁寧なご回答ありがとうございました。やり方を...
**windows環境でのlocaleの設定(Sys.setlocale("LC_CTYPE", "...
>[[YH]] (2013-11-19 (火) 01:08:49)~
~
はじめまして。表題の件がうまくいかなくてこちらで質問させ...
「windows環境」で文字をja_JP.UTF-8にすることは可能でしょ...
Sys.setlocale("LC_CTYPE", "ja_JP.UTF-8")で設定しようとす...
> Sys.setlocale("LC_CTYPE", "ja_JP.UTF-8.")
[1] ""
警告メッセージ:
In Sys.setlocale("LC_CTYPE", "ja_JP.UTF-8.") :
ロケールを "ja_JP.UTF-8." に設定せよとの OS のレポー...
関連する情報を探していると、三年ほど前の記事や、一年ほど...
http://m884.hateblo.jp/entry/20100920/1284950844~
http://like2ch.com/ag/uni/math/1294561909/500~
が見つかりましたが、うまくいってないようです。~
また、windowsの標準の文字など他の一部の文字コードでの設定...
しかし、"ja_JP.UTF-8"を指定するとうまくいきませんでした。~
なにか、解決策がありましたらご教示頂けると幸いです。~
よろしくおねがいします。
> sessionInfo()
R version 3.0.2 (2013-09-25)
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Jap...
[3] LC_MONETARY=Japanese_Japan.932 LC_NUMERIC=C ...
[5] LC_TIME=Japanese_Japan.932
//
**Package(parallel) におけるクラスタ生成の失敗について [#...
>[[Montecarlo]] (2013-11-18 (月) 01:08:24)~
~
いつもお世話になっております。~
~
今回題名の通り Package(parallel) においてクラスタの生成に...
~
なお、 sessionInfo は以下の通りです。
> sessionInfo()
R version 3.0.2 (2013-09-25)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Jap...
LC_MONETARY=Japanese_Japan.932 LC_NUMERIC=C
LC_TIME=Japanese_Japan.932
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets me...
本題に入りますが、Package(parallel)において[makePSOCKclus...
> library(parallel)
> makePSOCKcluster(4)
socket cluster with 4 nodes on host ‘localhost’
> cl <- makePSOCKcluster(4)
....
警告メッセージ:
1: 使われていないコネクション 6 (<-hogehoge) を閉じます
2: 使われていないコネクション 5 (<-hogehoge) を閉じます
3: 使われていないコネクション 4 (<-hogehoge) を閉じます
4: 使われていないコネクション 3 (<-hogehoge) を閉じます
使われていないコネクションが警告によって閉じられているよ...
~
詳しい方のお知恵を拝借したいと思っています。
~
どうぞよろしくお願い致します。
~
//
- 特に何の問題もないでしょう。 -- &new{2013-11-18 (月) 1...
- 特段の問題がないとのことで安心しました。ご回答ありがと...
**statconnDCOMのEvaluateメソッドについて [#r79a93a9]
>[[谷川]] (2013-11-14 (木) 16:04:31)~
~
R初心者です。よろしくお願いします。~
~
VB.NETからStatconnDCOMを使用して、決定木のアルゴリズムを...
以下のようなコードを組んでおります。
Dim lConnector As IStatConnector
lConnector = New STATCONNECTORSRVLib.StatConnector
lConnector.Init("R")
lConnector.EvaluateNoReturn("library(mvpart);")
lConnector.EvaluateNoReturn("Tdata <- read.csv(""C:\\T-D...
lConnector.EvaluateNoReturn("tree <- rpart(生死~等級+大...
lConnector.Evaluate("print(tree);") ・・・ (A)
上記の(A)の行の出力をVB.NETで加工したいと考えておりますが...
『この接続 ID に対する接続がありません (HRESULT からの例...
当方の学習不足なのですが、Evaluateメソッドの戻り値を取得...
~
なお、環境は以下の通りです。
VB.NET：2010
R：3.02（使用ライブラリ mvpart
statconnDCOM：3.5-1B2
以上よろしくお願いいたします。~
//
- http://datamining.dongguk.ac.kr/R/docs/EmbeddingR_Tutor...
- ありがとうございました。最終的には、sinkを使用してテキ...
- http://cuadernodebits.blogspot.jp/2010/03/llamar-r-desd...
- ↑GetSymbolで変数に挿入できませんか？ -- &new{2013-11-2...
**RStudioにてMessage Translationsが反映されません [#y8b46...
>[[RStudio初心者]] (2013-11-12 (火) 09:48:09)~
~
RStudioにてMessage Translationsが反映されません。当方の環...
Windows Vista
R version 3.0.1, R version 3.0.2 （両方で試しました）
RStudio 0.97.551 - Windows XP/Vista/7/8 （2013-05-11）
Windows 7
R version 3.0.1, R version 3.0.2 （両方で試しました）
RStudio 0.97.551 - Windows XP/Vista/7/8 （2013-05-11）
まず、R version 3.0.1をインストール、その際Message Transl...
R version 3.0.1 (2013-05-16) -- "Good Sport"
Copyright (C) 2013 The R Foundation for Statistical Comp...
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)
R は、自由なソフトウェアであり、「完全に無保証」です。
一定の条件に従えば、自由にこれを再配布することができます...
配布条件の詳細に関しては、'license()' あるいは 'licence(...
R は多くの貢献者による共同プロジェクトです。
詳しくは 'contributors()' と入力してください。
また、R や R のパッケージを出版物で引用する際の形式につ...
'citation()' と入力してください。
'demo()' と入力すればデモをみることができます。
'help()' とすればオンラインヘルプが出ます。
'help.start()' で HTML ブラウザによるヘルプがみられます。
'q()' と入力すれば R を終了します。
次に、RStudio 0.97.551をインストール。起動時のConsoleは以...
R version 3.0.1 (2013-05-16) -- "Frisbee Sailing"
Copyright (C) 2013 The R Foundation for Statistical Comp...
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditi...
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publicati...
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help,...
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
R version 3.0.2で試しても上手くいかず、OSを Windows7に変...
RStudio上でMessage Translationsを反映する方法をご存知の方...
//
- RStudioを起動する際に環境変数 LANGUAGEをjaに設定したら...
- 早速ご教示いただきましてありがとうございます。Rの環境変...
- 私の提案はRやRStudioの設定ではなくOSの操作の話です。Rの...
- 理解出来ておらず申し訳ございません。RStudioのショートカ...
- では、LANG=Ja_JP もついでに試してもらえますか。それから...
- R-3.0.0もダメで、R-2.15.3までバージョンを落とすといけま...
- 度々お教えいただきましてありがとうございます！まず（Rを...
- なるほど。RStudioのメンテの方は気さくな方なので、バグレ...
**同じことをしていると思われるが、エラーが出てしまいます...
>[[Montecarlo]] (2013-11-11 (月) 22:16:38)~
~
立て続けに投稿して申し訳ないのですが、以前「全てのオブジ...
何度も試したのですが、原因がつかめないので皆様のお知恵を...
~
セッションインフォは以下の通りです。
> sessionInfo()
R version 2.15.2 (2012-10-26)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Jap...
LC_MONETARY=Japanese_Japan.932 LC_NUMERIC=C
LC_TIME=Japanese_Japan.932
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets me...
以前ヒントを頂いたので、以下の関数を新たに組んでみました。
ls.val <- function() {
ls.all <- .Internal(ls(as.environment(-1L), FALSE))
ls.print <- ls.all[ls.all != "ls.val"]
sapply(ls.print, function(temp) get(temp))
}
グローバル環境では問題なく意図とした動作をします。
> a <- c(1:20); b <- c(5:8); c <- letters[3:12]
> ls.val()
$a
[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 ...
$b
[1] 5 6 7 8
$c
[1] "c" "d" "e" "f" "g" "h" "i" "j" "k" "l"
この関数を、関数内でデバッグに使いたいと思いましたが、エ...
f <- function() { #テスト用関数
x <- c(10:5)
y <- c(3:9)
z <- LETTERS[25:15]
browser()
}
> f()
Called from: f()
Browse[1]> ls.val()
以下にエラー get(temp) : オブジェクト 'x' がありません
Browse[1]> ls()
[1] "x" "y" "z"
Browse[1]> ls.str()
x : int [1:6] 10 9 8 7 6 5
y : int [1:7] 3 4 5 6 7 8 9
z : chr [1:11] "Y" "X" "W" "V" "U" "T" "S" "R" "Q" "P" ...
Browse[1]> sapply(ls(), function(temp) get(temp))
$x
[1] 10 9 8 7 6 5
$y
[1] 3 4 5 6 7 8 9
$z
[1] "Y" "X" "W" "V" "U" "T" "S" "R" "Q" "P" "O"
Browse[1]> c
関数「f」の中には、確かにx, y, z の３個のオブジェクトがあ...
かつ、[ls()] [ls.str()] は問題なく動作します。~
そして以前教えていただいた [sapply(ls(), function(temp) g...
~
なぜ、[ls.val()] は動作せず、エラーが出るのかを教えていた...
どうぞよろしくお願いいたします。~
//
- スコープの問題では？ sapplyがつくった空間内でgetするわ...
ls.val <- function() {
pe <- as.environment(-1)
ls.all <- ls(envir=pe)
ls.print <- ls.all[ls.all != "ls.val"]
sapply(ls.print, function(temp) get(temp, envir=pe))
}
- ご回答ありがとうございます。 -- [[MonteCarlo]] &new{201...
~
スコープはおぼろげながら認識していましたが、sapplyの中ま...
~
大変勉強になりました。
~
ありがとうございました。
~
- よくよく [get ]を調べてみたら、引数の中にも [pos] [envi...
~
ありがとうございました。 -- [[MonteCarlo]] &new{2013-11-1...
**順序カテゴリーデータを使った潜在クラスモデル [#sce10753]
>[[suho]] (2013-11-05 (火) 20:54:18)~
~
潜在クラスモデルでクラスタ分析を行いたいデータがあります。~
~
poLCA、Flexmix packageのマニュアルを読んだのですが、わか...
~
なお、環境は以下の通りです。
> sessionInfo()
R version 3.0.2 (2013-09-25)
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)
扱いたいデータは、3000人にアンケートを行い、ある商品の選...
~
ただし、回答してもらった５項目は、「最も強い選択理由（１...
~
生データの状態は以下です（サンプルですが）
[ID] [1st] [2nd] [3rd] [4th] [5th]
0001 5 8 4 19 10
0002 13 2 15 3 19
・・・
このような順序カテゴリーデータで、潜在クラスモデルを行え...
~
poLCA、Flexmixのマニュアルで見つけられず。。。。（もし読...
ご教示いただけますと大変ありがたいです。よろしくお願い致...
//
**全てのオブジェクトとその値を表示する関数 [#ga2005c4]
>[[Montecarlo]] (2013-11-03 (日) 18:26:50)~
~
今回このWikiを検索しても分からなかったので、皆さんのお知...
~
セッションインフォは以下の通りです。
> sessionInfo()
R version 2.15.2 (2012-10-26)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Jap...
LC_MONETARY=Japanese_Japan.932 LC_NUMERIC=C ...
LC_TIME=Japanese_Japan.932
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets me...
さて、質問内容ですが、現在の環境下のすべてのオブジェクト...
（グローバル環境で実行すると、その環境内にあるオブジェク...
具体例では、オブジェクトを以下のように代入します。
val.a <- c(1, 2, 3); val.b <- c(4, 5, 6); val.c <- c(7...
chr.x <- c("x", "y", "z"); chr.y <- c("Taro", "Hanako",...
その際に、ある関数hogeを実行すると以下のような答えが返っ...
(list <- list(val.a = val.a, val.b = val.b, val.c =val.c...
$val.a
[1] 1 2 3
$val.b
[1] 4 5 6
$val.c
[1] 7 8 9
$chr.x
[1] "x" "y" "z"
$chr.y
[1] "Taro" "Hanako" "Jiro"
どうぞよろしくお願いいたします。~
//
- もっとうまい方法もあるのでしょうが，以下のようなものも...
> val.a <- c(1, 2, 3); val.b <- c(4, 5, 6); val.c <- c...
> chr.x <- c("x", "y", "z"); chr.y <- c("Taro", "Hanako...
> sapply(ls(), function(x) eval(parse(text=x)))
chr.x chr.y val.a val.b val.c
[1,] "x" "Taro" "1" "4" "7"
[2,] "y" "Hanako" "2" "5" "8"
[3,] "z" "Jiro" "3" "6" "9"
> val.a <- 1:5; val.b <- 10:19; val.c <- 100:103
> chr.x <- letters[1:7]; chr.y <- c("Taro", "Hanako", "...
> sapply(ls(), function(x) eval(parse(text=x)))
$chr.x
[1] "a" "b" "c" "d" "e" "f" "g"
$chr.y
[1] "Taro" "Hanako" "Jiro"
$val.a
[1] 1 2 3 4 5
$val.b
[1] 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19
$val.c
[1] 100 101 102 103
- ls.str()みたいな関数を考えいるのかな？ -- &new{2013-11...
> ls.str()
chr.x : chr [1:3] "x" "y" "z"
chr.y : chr [1:3] "Taro" "Hanako" "Jiro"
val.a : num [1:3] 1 2 3
val.b : num [1:3] 4 5 6
val.c : num [1:3] 7 8 9
- ls.str みたいなものなんでしょうね。全要素を出力する必要...
- ご回答ありがとうございました。
~
私の意図とする部分は「河童の屁は，河童にあらず，屁である...
~
ありがとうございました。
~
お二方の意見を基に以下の関数を組んでみました。 -- [[Monte...
hoge <- function(x) {
sapply(x, function(temp) get(temp))
}
hoge(ls())
**出力方法 [#b5022233]
>[[掃除好き]] (2013-11-01 (金) 15:25:53)~
~
先ほども質問させてもらったのですが、また少し困ったことが...
~
そこで質問なのですが、先ほどのプログラムを使用して、19500...
0E85051620170,195001
0E85051620170,195003
[1] 2
09690FD520157,195001
09690FD520157,195005
09692DF920168,195001
09692DF920168,195005
[2] 4
0CD30E8120165,195001
0CD30E8120165,195008
[3] 2
10491ADC20156,195001
10491ADC20156,195009
0E85080B20150,195001
0E85080B29150,195009
[4] 4
といったような出力にしたいです。~
そのようなやり方があるのであれば、教えていただけないでし...
//
- > そのようなやり方があるのであれば&br;そのような既製の...
foo <- function(m, k) {
count <- 0 ### 追加 件数...
n <- nrow(ファイルデータ)
i <- 1
repeat {
if (ファイルデータ$CAR[i] == ファイルデータ$CAR[i+1]...
ファイルデータ$SHA[i] == m &&
ファイルデータ$SHA[i+1] == k) {
if (count == 0) { ### 追加 該当...
cat(sprintf("==== %i --> %i =====\n", m, k)) ###...
} ### 追加
cat(ファイルデータ$CAR[i], ファイルデータ$SHA[i], ...
cat(ファイルデータ$CAR[i+1], ファイルデータ$SHA[i+...
count <- count+2 ### 追加
i <- i+1
}
i <- i+1
if (i >= n) break
}
if (count != 0) { ### 追加 カウ...
cat(sprintf("count = %i\n", count)) ### 追加
} ### 追加
}
プログラムやデータなどを提示する方法について，「[[&heart;...
**結果データの保存 [#l904b86a]
>[[鬼の目にも涙]] (2013-11-01 (金) 11:00:12)~
~
出力結果をまた別のファイルに保存したいです。
x y
200 300
300 400
というような結果を別の新たなファイルに保存する方法はあり...
//
- コンソールに表示されるものをそのままファイルに出力した...
sink("ファイル名")
:
sink()
のようにすれば，sink("ファイル名") 以降 sink() までに，コ...
**repeat(while) と return [#h91eecd5]
>[[河童の屁は，河童にあらず，屁である。]] (2013-10-31 (木...
~
# 危険！実行するな！無限ループ
foo <- function() {
i <- 1
repeat {
i <- i+1
if (i >= 10) return
}
}
foo()
# () を付ければ問題ない
foo2 <- function() {
i <- 1
repeat {
i <- i+1
if (i >= 10) return()
}
}
foo2()
# for なら問題ない
foo3 <- function() {
i <- 0
for (j in 1:100) {
if (i >= 10) return
}
}
foo3()
# 不当なエラーメッセージが出る状況
a <- 1:20
foo4 <- function() {
i <- 1
repeat {
i <- i+1
if (a[i] >= 10) return # () を付けると無問題
}
}
foo4()
のようなことに気づいた。&br;これは，Version 0.49 Beta (Ap...
//
- returnは関数です。そしてforの場合もループは100回、回っ...
**windows用のダウンロードサイトが昨日から止まっています。...
>[[のざわ]] (2013-10-30 (水) 13:01:56)~
~
http://cran.md.tsukuba.ac.jp/bin/windows/base/~
が昨日から見えません。対応をお願いします。~
//
- 何らかの事情があるのでしょう。当面，統数研なり兵庫教育...
- CRAN筑波ミラーですが、ハードウェアの故障で、当面停止す...
**出力の仕方 [#w2e47cc9]
>[[掃除好き]] (2013-10-30 (水) 08:02:28)~
~
何度もすみません。
CAR,REC,TRW,DTM,SHA,KENSYU,ZIP,BIT
1262021A20150,0,800,20091019063645,195001,111,7600020,1950
0E85051620170,0,800,20091019063800,195001,112,,
0E85036820151,0,800,20091019063939,195003,111,7110931,1965
0969118E20153,0,800,20091019063942,195005,111,7630071,1958
09690FD520157,0,800,20091019063943,195001,111,7620006,1951
09692DF920168,0,800,20091019064203,195007,111,7618021,1955
1049204A20168,0,800,20091019064217,195001,111,7618013,1945
104920F920166,1,800,20091019064832,195005,111,7600001,1976
0CD30E8120165,1,800,20091019070210,195001,111,,
0CD305AE20156,0,800,20091019070223,195003,111,7620021,1949
10491ADC20156,0,800,20091019070537,195001,112,7690210,1993
0CD3028120168,0,800,20091019070716,195007,111,7600013,1947
0E85080B20150,0,800,20091019070830,195001,111,,
1049209920170,0,800,20091019071029,195009,111,7620046,1965
0E850FCF20170,0,800,20091019071125,195001,112,7618004,1991
10490C5F20148,0,800,20091019071135,195004,111,7000965,1976
0AFD0A5620166,0,800,20091019071523,195001,111,7600080,1944
1049214720169,0,800,20091019071906,195005,111,7618026,1980
10491BEC20152,0,800,20091019071935,195001,111,,
10490FE120148,0,800,20091019072112,195007,111,7630091,1962
・
・
過去に質問した内容でプログラムを組んでみたのですが、上手...
foo <- function(m, k)
for (m in 195001:195059) {
for (k in (m+1):195060) {
function(m, k) # 関数を呼び出す
}
n <- nrow(ファイルデータ)
i <- 1
repeat {
if (ファイルデータ$CAR[i] == ファイルデータ$CAR[i+1]...
ファイルデータ$SHA[i] == m &&
ファイルデータ$SHA[i+1] == k) {
cat(ファイルデータ$CAR[i], ファイルデータ$CAR[i], ...
cat(ファイルデータ$CAR[i+1], ファイルデータ$CAR[i+...
i <- i+1
}
i <- i+1
if (i >= n) return
}
//
- まずは，文法エラーを無くす必要がありますね。根本的に，...
foo <- function(m, k) {
n <- nrow(ファイルデータ)
i <- 1
repeat {
if (ファイルデータ$CAR[i] == ファイルデータ$CAR[i+1]...
ファイルデータ$SHA[i] == m &&
ファイルデータ$SHA[i+1] == k) {
cat(ファイルデータ$CAR[i], ファイルデータ$CAR[i], ...
cat(ファイルデータ$CAR[i+1], ファイルデータ$CAR[i+...
i <- i+1
}
i <- i+1
if (i >= n) return
}
}
ファイルデータ <- read.csv("data.csv", as.is=TRUE)
for (m in 195001:195059) {
for (k in (m+1):195060) {
foo(m, k) # 関数を呼び出す
}
}
- 回答ありがとうございます。エラーはかなり減ったのですが...
- そうですね。return を break に変えれば動くでしょう。 --...
- > TRUE/FALSEは m && ファイルデータ$SHA[i+1] == k) <- TR...
- すみません、同じ投稿をしてしまっていました。プログラム...
- ああああああああああああああああああ -- &new{2013-11-0...
- 195001→195002となっている列を読み込んだあとにその次の19...
**Rの開き方 [#v0383092]
>[[スケルトン]] (2013-10-28 (月) 19:08:26)~
~
Rのソフトをダウンロードしたのですが、内容全てが英語です。...
//
- 質問内容に具体的なことが何もないので、どんな状況で何の...
下のスクリーンショットは、それぞれ日本語（LANGUAGE=ja）、...
&ref(lang.png);
**gsub()で正規表現 [#g9c57385]
>[[naca]] (2013-10-25 (金) 22:01:34)~
~
下のような文字列xがあります。~
xから"<>"とそれに囲まれた任意の文字列(ここでは<aaa>, <bb>...
なお、<xxxx>のパターンは複数個あり、任意の文字列です。~
よろしくお願いします。
x <- "<aaa><bb>成功<cc 123 %>"
gsub("<aaa>", "", gsub("<bb>", "", gsub("<cc 123 %>", ""...
#さまざまなxに対応させたい。
//
- gsub は最長一致なので簡単にはいかないのではないかと。そ...
func <- function(str) {
str <- unlist(strsplit(str, ""))
out <- TRUE
select <- logical(length(str))
for (i in seq_along(str)) {
if (str[i] == "<") {
out <- FALSE
select[i] <- FALSE
} else if (str[i] == ">") {
out <- TRUE
select[i] <- FALSE
} else {
select[i] <- out
}
}
paste(str[select], collapse="")
}
> x <- "<aaa><bb>成功<cc 123 %>"
> func(x)
[1] "成功"
> func("<html><head><title>タイトル</title></head><body>...
[1] "タイトル本体文章"
- gregexprではダメでしょうか？必要ならベクトル化も保てま...
func <- function(x) {
matched <- gregexpr("<[^>]*>", x)[[1]]
if (matched[1] == -1) {
return(x)
}
l <- attributes(matched)$match.length
# ↓手抜き。matchedの長さだけsubstrで切ったほうが良いと...
n <- unlist(mapply(FUN=seq, matched, matched + l - 1))
paste(strsplit(x, "")[[1]][-n], collapse="")
}
- お二方、本当にありがとうございました。自力では難しかっ...
- いや、最短一致させれば一発でしょう。 gsub("<.*?>", "", ...
- ありがとうございます。最短一致という方法勉強になりまし...
- あれ？最短マッチはperl以降の正規表現で扱える(gsubのデフ...
**出力の仕方 [#xae6ac31]
>[[掃除好き]] (2013-10-23 (水) 10:04:40)~
~
CAR,REC,TRW,DTM,SHA,KENSYU,ZIP,BIT
1262021A20150,0,800,20091019063645,195001,111,7600020,1950
0E85051620170,0,800,20091019063800,195001,112,,
0E85036820151,0,800,20091019063939,195003,111,7110931,1965
0969118E20153,0,800,20091019063942,195005,111,7630071,1958
09690FD520157,0,800,20091019063943,195001,111,7620006,1951
09692DF920168,0,800,20091019064203,195007,111,7618021,1955
1049204A20168,0,800,20091019064217,195001,111,7618013,1945
104920F920166,1,800,20091019064832,195005,111,7600001,1976
0CD30E8120165,1,800,20091019070210,195001,111,,
0CD305AE20156,0,800,20091019070223,195003,111,7620021,1949
10491ADC20156,0,800,20091019070537,195001,112,7690210,1993
0CD3028120168,0,800,20091019070716,195007,111,7600013,1947
0E85080B20150,0,800,20091019070830,195001,111,,
1049209920170,0,800,20091019071029,195009,111,7620046,1965
0E850FCF20170,0,800,20091019071125,195001,112,7618004,1991
10490C5F20148,0,800,20091019071135,195004,111,7000965,1976
0AFD0A5620166,0,800,20091019071523,195001,111,7600080,1944
1049214720169,0,800,20091019071906,195005,111,7618026,1980
10491BEC20152,0,800,20091019071935,195001,111,,
10490FE120148,0,800,20091019072112,195007,111,7630091,1962
・
・
上記のようなデータを読み込んだのですが、ここからCARの値が...
そして、もしその195001の次に195002となっているのを計算し...
そのようなプログラムはありますでしょうか？~
if文などを使えば良いような気がしますが、私自身プログラム...
//
- 同じような質問が（3 つも）下の方にあります。今回の質問...
for (i in 195001:195059) {
for (j in (i+1):195060) {
func(i, j) # 関数を呼び出す
}
}
しかしまあ，似たような質問があるもんだなあ。投稿方法につ...
**パッケージのインストールで出るエラー [#fa17a58d]
>[[yataro]] (2013-10-22 (火) 16:32:55)~
~
Linux(Ubuntu)でRstudioを使ってRを使用しています。~
使用環境は以下の通りです。
sessionInfo()
R version 3.0.2 (2013-09-25)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
locale:
[1] LC_CTYPE=ja_JP.UTF-8 LC_NUMERIC=C ...
[4] LC_COLLATE=ja_JP.UTF-8 LC_MONETARY=ja_JP.UTF-8 ...
[7] LC_PAPER=ja_JP.UTF-8 LC_NAME=C ...
[10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=ja_JP.UTF...
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets me...
other attached packages:
[1] fishmethods_1.5-0 MASS_7.3-29 foreign_0.8-56 ...
loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.0.2
ここで、以下のエラーが出てパッケージをインストールできま...
install.packages("truncnorm")
Installing package into ‘/home/seishiro/R/x86_64-pc-linu...
(as ‘lib’ is unspecified)
URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/truncnorm_1.0-6...
Content type 'application/x-gzip' length 9686 bytes
開かれた URL
==================================================
downloaded 9686 bytes
以下にエラー setwd(od) : 作業ディレクトリを変更できま...
以下にエラー setwd(startdir) : 作業ディレクトリを変更...
実行が停止されました
Warning in install.packages :
installation of package ‘truncnorm’ had non-zero exit s...
The downloaded source packages are in
‘/tmp/Rtmpj8OYYl/downloaded_packages’
ちなみにこのエラーは、端末から何らかの.rファイルを rstudi...
先に新規で開いて、そのあとに.rファイルを開けば問題はない...
//
- suとして実行してもダメ、ということでしょうか。sudo R CM...
- スクリプトファイルにinstall.packages()を書かなければな...
- 念のためrootでも試して見ましたが結果は同じでした。 -- [...
- 再現できません。RStudio v0.97.551 Ubuntu 13.10 amd64, ...
> install.packages("truncnorm")
Installing package into ‘/home/xxxx/R/x86_64-pc-linux-gn...
(as ‘lib’ is unspecified)
[snip]
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG
-fpic -O3 -pipe -g -c rtruncnorm.c -o rtruncnorm.o
[snip]
* DONE (truncnorm)
- 備忘録や他人との共有にinstall.packages()（ときには# ins...
- ある日から、このエラーが起き始めたというのがヒントにな...
- 再現を試みていただき、ありがとうございます。しかしなが...
- 記憶にはありませんが、root権限で$HOME/R配下のディレクト...
- 解決策も何もUIDとGIDを確認して、原因が見つかればそれを...
- rootで試しても結果がおなじだったというなら、Rディレクト...
**3次元棒グラフとその重ね書き [#abfb87a4]
>[[Saito]] (2013-10-19 (土) 15:49:18)~
~
いつもお世話になっております。~
ネットや過去ログを調べましたが、見つからなかったので質問...
座標と座標ごとに値が得られている場合に、それを3次元棒グラ...
さらに、その3次元棒グラフを近似するなんらかの関数を当ては...
~
どなたか分かる方がいましたら、ご教授ください。~
3次元棒グラフの書き方だけでも助かります。~
どうぞよろしくお願い致します。~
//
- 本当に調べましたか？投稿における注意事項を読みましたか...
RSiteSearch("3d barplot")
で調べたら、vrmlgenパッケージのbar3d()とかscatterplot3dパ...
**データが多すぎて無視される場合 [#d08a1649]
>[[データサイエンス]] (2013-10-17 (木) 14:08:14)~
~
何度もすみません。今扱っているデータが膨大なので、プログ...
//
- 「結果がほとんど無視されてしまいます」というのはどうい...
**if文 [#aa6b58ea]
>[[データサイエンス]] (2013-10-17 (木) 10:32:48)~
~
もし、英語と数字が混ざっているような値をif文にかけるには...
ZAW3~
DE6A~
IK9U~
S1S3~
というような英語と数字が混ざっているような値が下にずっと...
//
- このようなものは，「文字列」として扱えばよいだけの話で...
> a
[1] "ZAW3" "DE6A" "IK9U" "S1S3"
> a[a == "IK9U"]
[1] "IK9U"
「i+1といったことでは出来ない」とはどういうことでしょうね...
- 別解。 -- &new{2013-10-17 (木) 12:06:39};
> grep("IK9U", a, value = TRUE)
[1] "IK9U"
- 文字式とおけば良いんですね！ありがとうございます！ -- [...
**出力方法について [#i9bd519e]
>[[サッポロポテト]] (2013-10-17 (木) 01:44:42)~
~
aa ab ac
126 800 19507
4AD 900 19501
4AD 800 19358
J89 900 19356
J89 901 19358
MK5 900 19538
SWK 911 19333
256 800 15689
・
・
前回と同じような質問なのですが、データをファイルから出力...
126 800 19507
4AD 900 19501
4AD 800 19358
256 800 15689
これはこのようなプログラムで本当に合っていますでしょうか？
b <- a$ab == 901＆911
a[b | c(b[-1], TRUE),]
//
- 合っているかどうかはやってみて結果を見れば分かりますが...
b <- a$ab == 901 | a$ab == 911
a[!(b | c(b[-1], FALSE)),]
なぜそうしなくてはならないのかは，R の教科書などを参考に...
**プログラミング [#w6b67f8c]
>[[変体観測]] (2013-10-14 (月) 14:11:53)~
~
初めての投稿でまだ分からない部分もありますが質問させてい...
x y
5555 358
5555 191
2951 358
2895 191
3515 358
3515 191
3515 193
このようなデータをcsvテキストから読み込んだのですが、この...
5555 358
5555 191
3515 358
3515 191
このような形で出力するのはどうすればよろしいのでしょうか？~
//
- 下の方に，似たような問題がありますね。こちらの方がちょ...
f1 <- function(a) {
n <- nrow(a)
b2 <- a$y == 191
b1 <- a$y == 358 & c(b2[-1], FALSE)
b1 <- b1 | c(FALSE, b1[-n])
c1 <- a$x == c(a$x[-1], FALSE)
c1 <- c1 | c(FALSE, c1[-n])
return(a[b1 & c1,])
}
しかしまあ，おまじないみたいになってしまうので，以下のよ...
f2 <- function(a) {
n <- nrow(a)
i <- 1
repeat {
if (a$x[i] == a$x[i+1] && a$y[i] == 358 && a$y[i+1] ...
cat(a$x[i], a$y[i], "\n")
cat(a$x[i+1], a$y[i+1], "\n")
i <- i+1
}
i <- i+1
if (i >= n) return
}
}
なお，もとのデータの記述で2列目の変数名が z になっていた...
// f3()を書いた者ですが、
//「xの値が2つ続けて」という条件を見落としていましたので...
// すみません。
- f2 は必要のない出力を抑制するために，以下のようにプログ...
f2.2 <- function(a) {
n <- nrow(a)
ans <- logical(n)
i <- 1
repeat {
if (a$x[i] == a$x[i+1] && a$y[i] == 358 && a$y[i+1] ...
ans[i] <- ans[i+1] <- TRUE
i <- i+1
}
i <- i+1
if (i >= n) return(a[ans,])
}
}
遅いのはいたしかたない。-- &new{2013-10-15 (火) 16:14:19};
- 「お*ま*じ*な*い」感を薄めると，速くなった。
f1.2 <- function(a) {
n <- nrow(a)
s1 <- 1:(n-1)
s2 <- 2:n
flag <- a$x[s1] == a$x[s2] & a$y[s1] == 358 & a$y[s2] ...
return(a[c(flag, FALSE) | c(FALSE, flag),])
}
ほんのわずかだけど。~
そのあと，また「お*ま*じ*な*い」感を強めたものが今のとこ...
f1.3 <- function(a) {
n <- nrow(a)
flag <- (a$x[1:(n-1)] == a$x[2:n]) * (a$y[1:(n-1)] == ...
return(a[c(flag, FALSE) | c(FALSE, flag),])
}
& を * でやるなど，こそくな手段を使う。微々たる違いだが。...
- 初心者の参考にはならないでしょうが，次のようにすること...
> j <- (1:(nrow(a)-1))[diff(a$x) == 0] # j=c(1,5,6)
> k <- j[a$y[j]==358 & a$y[j+1]==191] # k=c(1,5)
> a[sort(c(k,k+1)),] # sort(c(k,k+1))=...
x y
1 5555 358
2 5555 191
5 3515 358
6 3515 191
- お返事遅くなりました。みなさんありがとうございます！色...
**標準化残差、調整済み標準化残差、mosaicplot() [#kc7cbcf3]
>[[まりも]] (2013-10-12 (土) 00:01:58)~
~
残差分析（カイ２乗検定をした上で、さらに個別の項目のどこ...
~
残差には、標準化残差と、調整済み標準化残差とがあり、Chisq...
ネットを検索すると、調整済み標準化残差の値を標準正規分布...
http://note.chiebukuro.yahoo.co.jp/detail/n71838~
~
一方、観測値が期待値に対して有意差がある項目をわかりやす...
~
どちらをzスコアに用いるかは、あまり問題にならないのでしょ...
//
- > どちらをzスコアに用いるかは、あまり問題にならないので...
- ご教示ありがとうございます。投稿後も色々探してみました...
**プログラムの組み方 [#r3cd7c30]
>[[サッポロポテト]] (2013-10-11 (金) 15:32:53)~
~
aa ab ac
126 800 19507
4AD 800 19501
4AD 800 19358
J89 800 19356
J89 900 19358
MK5 900 19538
SWK 900 19333
・
・
このようなデータをファイルから出力したのですが、このデー...
4AD 800 19501
4AD 800 19358
J89 800 19356
J89 900 19358
そのようなプログラムを組みたいのですが、初心者なので全く...
誰か教えていただきますでしょうか？~
あとこれがいくつも下に続いていくので、その19358とその上の...
//
- あなたも，投稿方法について，「[[投稿における注意事項]]...
> b <- a$ac == 19358
> a[b | c(b[-1], FALSE),]
aa ab ac
2 4AD 800 19501
3 4AD 800 19358
4 J89 800 19356
5 J89 900 19358
このような行の組が何組あるかは，
> sum(b)
[1] 2
でよいのではないですか？ -- [[河童の屁は，河童にあらず，...
- ありがとうございました！しっかりと読んでいませんでした...
**積み重ね棒グラフのラベリング [#gb2be8c6]
>[[棒グラフ]] (2013-10-06 (日) 09:39:18)~
~
エクセルのように縦棒の積み重ね棒グラフ自身に名前を埋め込...
//
- 「横棒の縦棒の積み重ね棒グラフ」って，どんなものなのか...
- すみません。失礼いたしました。~
次のようなコードで縦棒の積み重ね棒グラフが書けるのですが...
どのようにすべきでしょうか？~
「回転」で調べてはみたのですが，解説が見つけられないでお...
教えていただけますと幸いです。 -- [[棒グラフ]] &new{2013-...
> fruits <- c(20, 30, 50)
> par(las=1)
> par(mgp=c(2, 0.8, 0))
> t = barplot(cbind(fruits), names.arg=c("fruits"))
> text(t[1],
+ c(fruits[1]/2, fruits[1]+fruits[2]/2,
+ fruits[1]+fruits[2]+fruits[3]/2),
+ c("lemon", "-orange", "apple"),
+ col=c("white", "black", "black"))
> axis(2, labels="%", at=100, padj=-1, las=1)
- たびたびすみません。上の文章ですが，「~」で改行できと思...
- 直しましたが。&br;あなたも，投稿方法について，「[[投稿...
text(c(fruits[1]/2, fruits[1]+fruits[2]/2, fruits[1]+fr...
c("lemon", "-orange", "apple"), col=c("white", "bla...
ちなみに，今の場合はラベルは 3 つしかないので示されたよう...
c(0, cumsum(fruits)[-length(fruits)])+fruits/2
とするのがスマートでしょう。
- どうもありがとうございました。助かりました。また失礼し...
**library(xlsx)ができない [#d8f315c2]
>[[はにわ]] (2013-09-30 (月) 15:57:33)~
~
xlsxライブラリが使いたく,
install.packages("xlsx")
library(xlsx)
とすると、以下のようなメッセージがでます。
> library(xlsx)
要求されたパッケージ xlsxjars をロード中です
要求されたパッケージ rJava をロード中です
Error : .onLoadはloadNamespace()（xlsxjarsに対する）
の中で失敗しました、詳細は:
call: .jinit()
error: Cannot create Java virtual machine (-4)
追加情報: 警告メッセージ：
1: パッケージ '‘xlsx’' はバージョン 2.14.2 の R の下で...
2: パッケージ '‘xlsxjars’' はバージョン 2.14.2 の R の...
3: パッケージ '‘rJava’' はバージョン 2.14.2 の R の下で...
エラー： パッケージ '‘xlsxjars’' をロードできませんで...
Windows XP, R version 2.14.1です。~
3か月前には同じコマンドで使えていたのでとても不思議です。~
javaをインストールし直したりPATHを設定し直しましたがダメ...
~
何が原因か分かりますでしょうか。~
//
- 毎回，install.packages("xlsx") をやっていたのですか？バ...
- 使用中のRと、RパッケージをコンパイルしたRのバージョンが...
**RStudioで動くのに、RIDEで動きません [#f4c86905]
>[[平田光一]] (2013-09-30 (月) 11:33:01)~
~
RStudio0.97.551、R3.0.1を使用していますが、RStudioでは、...
Win7 64bits、desktop PC、関数呼び出し後、直ぐに、print("a...
//
- 役に立つかどうか分かりませんが，debug 関数で問題の発生...
**Rが起動しません [#tbc072c0]
>[[y]] (2013-09-26 (木) 13:53:02)~
~
Mac OS Xユーザーです。~
R for Mac OSXの最新版をインストールして、いくつかデータを...
~
その後Rを何度クリックして起動しようとしても、うまく起動で...
Rのアプリケーションをゴミ箱に入れて、再びインストールして...
~
Rの関連ファイルがMac内に残っているのが悪いのかなと思い、...
~
おそらく、Rのアンインストールが不完全なのだと思います。~
ですので、Rの関連ファイルとして考えられるものを、どの場所...
また、他にもなにかいい解決方法がありましたら、それもご教...
よろしく願いいたします。~
//
- 「Rのアプリケーションをゴミ箱に入れて」というのは，アプ...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。様、早速のご回答、...
- オプションキーを押しながら Finder メニューの「移動」の...
- どうもありがとうございます。おっしゃるとおり、org.R-pro...
- 質問者の方がまだ見ていらっしゃるのかわかりませんが、&br...
不都合がある人にはあるし、ない人にはありません。CLIのRは...
- お返事遅くなりすみません．なるほど，R.app以外にもアプリ...
**REXCELのVBAで、変数をRinterface.PutDataframeで使いたい...
>[[wataya]] (2013-09-26 (木) 06:09:48)~
~
たびたびすみません。~
Windows7 64bitでREXCELを使用しています。Rは32bit版で3.0.1...
~
VBAで花の名前の文字の入っている文字列配列のstr_moji(10)と...
~
Rinterface.PutDataframe "str_moji(0)", str_moji(0)~
このようにすると、str_moji(0)でデータセットが作られてしま...
Rinterface.PutDataframe str_moji(0), str_moji(0)~
このように""を抜いてしまうとエラーが出てとまります。~
~
VBAから変数でデータセットを作る方法は無いんでしょうか。ご...
//
- データフレーム名をリネームする方法でもやれそうなんです...
- 単純にRの, -- [[wataya]] &new{2013-09-26 (木) 15:35:46};
- すみません、エンター押したら投稿されてしまいました（泣...
- REXCELのVBAのことというより、単純にRの「DF <- data.fram...
- あなたも，投稿方法について，「[[投稿における注意事項]]...
- CENTER:すみません。 -- [[wataya]] &new{2013-09-27 (金) ...
**REXCELでVBAを使って、.xlsmのパスを取得してsetwd()のパス...
>[[wataya]] (2013-09-25 (水) 21:30:38)~
~
Windows7でRの32bit版を使用しています。Excelは2007です。~
~
Rinterface.RRun "setwd (""C:/R/toukei/"") " ~
このようにフルパスで記述すれば、VBAで作業フォルダを指定で...
~
Dim strPath As String~
strPath = ActiveWorkbook.Path~
VBAで取得した文字列変数strPathのパスを~
Rinterface.RRun "setwd ()"に書く方法がわかりません。~
~
どのように書けばよいのか教えてください。宜しくお願い致し...
//
- 自己解決しました。RInterface.PutArrayFromVBA "path", st...
**tapply関数の出力順序に関して [#ie0a364e]
>[[T]] (2013-09-25 (水) 13:22:27)~
~
tapply関数でcsvファイルから要素別の平均値を出しているので...
mydataというcsvファイルの1行目に観測値が, 2行目に要素名が...
~
要素.M <- tapply(mydata2$観測値, mydata2$要素, mean)~
~
これを解消する方法は何かありませんでしょうか?~
出力される要素の順序をこちらで指定できると有難いのですが..~
宜しくお願いします~
//
- factor 関数の levels 引数で指定するのです。 -- [[河童の...
- 2つ目の引数をfactor(mydata2$要素, levels= ("X", "Z" ......
- どうもありがとうございました. ただ, 一個腑に落ちないの...
- mydata2$要素, levels= ("X", "Z" ...))"も中身の配列は変...
- mydata2$要素 <- factor(mydata2$要素, levels= ("X", "Z" ...
- ありがとうございました! -- [[T]] &new{2013-09-26 (木) 2...
**ループ処理の結果が13回目以降NaNになってしまいます。 [#a...
>[[ndesse]] (2013-09-19 (木) 09:39:08)~
~
R使いにも慣れて来たのですが、ループに困る事態が生じました...
原因が分からず、解決出来ません。お助け下さい。~
~
処理したいデータは以下のようなものです。~
コンマきり。V1=染色体番号、V2=位置、V3=遺伝子の長さ、V4=...
V1, V2, V3, V4, V5, V6, V7
chr01, 137.16, 1480, geneA, -1.50, 1.039, 1.351
chr01, 137.16, 1480, geneA, -1.50, 1.039, 1.351
chr01, 137.15, 1480, geneA, -1.49, 1.032, 1.353
chr01, 137.14, 1480, geneA, -1.48, 1.039, 1.355
chr01, 137.13, 1480, geneA, -1.47, 1.020, 1.349
chr01, 137.12, 1480, geneA, -1.46, 1.025, 1.344
chr01, 137.11, 1480, geneA, -1.45, 1.043, 1.337
chr01, 137.10, 1480, geneA, -1.44, 1.067, 1.316
chr01, 137.09, 1480, geneA, -1.43, 1.064, 1.305
chr01, 137.08, 1480, geneA, -1.42, 1.055, 1.311
chr01, 137.07, 1480, geneA, -1.41, 1.035, 1.315
chr01, 137.06, 1480, geneA, -1.40, 1.040, 1.297
chr01, 137.05, 1480, geneA, -1.39, 1.027, 1.294
chr01, 137.04, 1480, geneA, -1.38, 1.014, 1.321
chr01, 137.03, 1480, geneA, -1.37, 0.990, 1.333
chr02, 137.16, 1480, geneB, -1.50, 3.039, 1.351
chr02, 137.15, 1480, geneB, -1.49, 3.032, 1.353
chr02, 137.14, 1480, geneB, -1.48, 3.039, 1.355
chr02, 137.13, 1480, geneB, -1.47, 3.020, 1.349
chr02, 137.12, 1480, geneB, -1.46, 3.025, 1.344
chr02, 137.11, 1480, geneB, -1.45, 3.043, 1.337
chr02, 137.10, 1480, geneB, -1.44, 3.067, 1.316
chr02, 137.09, 1480, geneB, -1.43, 3.064, 1.305
chr02, 137.08, 1480, geneB, -1.42, 3.055, 1.311
chr02, 137.07, 1480, geneB, -1.41, 3.035, 1.315
chr02, 137.06, 1480, geneB, -1.40, 3.040, 1.297
chr02, 137.05, 1480, geneB, -1.39, 3.027, 1.294
chr02, 137.04, 1480, geneB, -1.38, 3.014, 1.321
chr02, 137.03, 1480, geneB, -1.37, 3.990, 1.333
このファイルは、実際は相対位置が-1.5~3.5まで0.01づつ増加...
~
このデータに関して、相対位置 (V5) が同じ値のもののV6の平...
私のScriptでは、ループ１３回以降が動きません。この例のデ...
書いたループは
p <- read.table("test.txt", fill=TRUE)
i=-1.50
while (i < -1.37) {
p.sub <- subset(p, p$V5 == i, c(V6))
p.sub2 <- na.omit(p.sub)
m <- mean(p.sub2$V6)
sink("result.txt",append = TRUE)
cat(i)
cat("\t")
cat(m)
cat("\n")
sink()
i=i+0.01
}
です。よろしくお願いします。~
//
- i が -1.50 から 0.01 ずつ大きくなって -1.37 を上回った...
v5 <- sort( unique(p$V5) )
x <- matrix(0, nrow=length(v5), ncol=2)
for(i in 1:length(v5)){
x[i,] <- c(v5[i], mean(p$V6[p$V5==v5[i]]) )
}
> x
[,1] [,2]
[1,] -1.50 2.039
[2,] -1.49 2.032
[3,] -1.48 2.039
[4,] -1.47 2.020
[5,] -1.46 2.025
[6,] -1.45 2.043
[7,] -1.44 2.067
[8,] -1.43 2.064
[9,] -1.42 2.055
[10,] -1.41 2.035
[11,] -1.40 2.040
[12,] -1.39 2.027
[13,] -1.38 2.014
[14,] -1.37 2.490
- while (i < 3.5) が正しいです。テストで試したままでした。
- while (i < 0)としてやってみると、やはり13回以降、NaNの...
- ループの途中で，i が 1.37 になるだろうと，あなたは思っ...
> s <- 0
> i <- 0
> while (i <= 1) {
+ s <- s+i
+ i <- i+0.01
+ }
> print(s) # 表示される値は 49.5 であるが，
[1] 49.5
> print(s == 49.5) # s の値は，正確な 49.5 ではない（真...
[1] FALSE
> print(sprintf("s = %a\n", s)) # 最下位にゴミがついている
[1] "s = 0x1.8c00000000004p+5\n"
> print(sprintf("s = %a\n", 49.5)) # なお，49.5 は 2 進...
[1] "s = 0x1.8cp+5\n"
次のプログラムと比較するとよい（これもあまりよいプログラ...
> s <- 0
> i <- 0
> while (i <= 100) {
+ s <- s+i/100
+ i <- i+1
+ }
> print(s) # 正解
[1] 50.5
> print(s == 50.5)
[1] TRUE
> print(sprintf("s = %a\n", s))
[1] "s = 0x1.94p+5\n"
> print(sprintf("s = %a\n", 49.5))
[1] "s = 0x1.8cp+5\n"
- あなたのやりたいことは，tapply(p$V6, p$V5, mean, na.rm=...
- 非常に勉強になりました。 -- [[ndesse]] &new{2013-09-19 ...
**Coxハザード解析におけるエラーについて [#v57648bb]
>[[原]] (2013-09-14 (土) 16:25:38)~
~
R初心者です。初めて投稿いたします。お力をお貸しください。~
生存率に影響を及ぼす因子を検討するため、Coxハザード回帰を...
いろいろ検討してみましたが、どうしてもわからず質問させて...
> d.cox<-coxph(Surv(duration,censor)~sex+age_56+LOH, met...
fitter(X, Y, strats, offset, init, control, weights = w...
中で警告がありました:
Loglik converged before variable 3 ; beta may be infi...
> summary(d.cox)
Call:
coxph(formula = Surv(duration, censor) ~ sex + age_56 + ...
data = d, method = "exact")
n= 53, number of events= 34
(15 observations deleted due to missingness)
coef exp(coef) se(coef) z Pr(>|z|)
sex 2.677e-01 1.307e+00 3.734e-01 0.717 0.4733
age_56 8.340e-01 2.303e+00 3.884e-01 2.147 0.0318 *
LOH -1.958e+01 3.125e-09 5.875e+03 -0.003 0.9973
---
Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1...
exp(coef) exp(-coef) lower .95 upper .95
sex 1.307e+00 7.651e-01 0.6287 2.717
age_56 2.303e+00 4.343e-01 1.0754 4.930
LOH 3.125e-09 3.200e+08 0.0000 Inf
Rsquare= 0.349 (max possible= 0.983 )
Likelihood ratio test= 22.78 on 3 df, p=4.487e-05
Wald test = 5.99 on 3 df, p=0.1121
Score (logrank) test = 16.42 on 3 df, p=0.0009295
エラーメッセージの意味や対処方法など、ご教授頂ければ幸い...
基本的なことが分かってないかもしれませんが、よろしくお願...
//
- データがおかしい（特殊な状態）のでしょう。 -- [[河童の...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。ご返事ありがとうご...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。ご返事ありがとうご...
**quantmodやTTRパッケージの使用時にエラー [#c3c57e6a]
>[[yuki]] (2013-09-14 (土) 16:17:17)~
~
quantmodやTTRパッケージを使い株価チャートやテクニカル指標...
データの取得にgetSymbols()を使った場合、うまくいくのです...
以下にエラー BBands(xx, n = n, maType = maType, sd = sd)...
Price series must be either High-Low-Close, or Close/u...
そこで対象のデータを、toyota[, c(2:4)]やtoyota[, c(4)]の...
以下にエラー runSum(x, n) : Invalid 'n'
解決方法をご教授いただけませんでしょうか。よろしくお願い...
library(RFinanceYJ)
library(quantmod)
getSymbols("GS")
str(GS)
chartSeries(GS)
addBBands()
addCCI()
#日本の株価データで同上のことを行う
toyota <- quoteStockXtsData("7203.t", since="2013-08-23",
date.end="2013-09-13", time.interval="daily")
str(toyota)
chartSeries(toyota)
addBBands() # error
addCCI() #error
chartSeries(toyota[, c(2:4)])
chartSeries(toyota[, c(4)])
addBBands() # error
addCCI() #error
//
- 最初に断っておきますが，私は，この分野もこのライブラリ...
toyota <- quoteStockXtsData("7203.t", since="2013-07-23",
date.end="2013-09-13", time.interval="daily")
toyota2 <- toyota[,1:4]
str(toyota2)
chartSeries(toyota2)
addBBands()
addCCI()
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さんありがとうござ...
デバッグ関数を使ったことがなかったので勉強になりました。
勉強不足で大変恐縮なのですが、is.OHLC関数が4つの要素があ...
> debug(addBBands)
> addBBands()
debugging in: addBBands()
debug: {
stopifnot("package:TTR" %in% search() ||
require("TTR", quietly = TRUE))
draw.options <- c("bands", "percent", "width")
draw <- draw.options[pmatch(draw, draw.options)]
lchob <- get.current.chob()
x <- as.matrix(lchob@xdata)
chobTA <- new("chobTA")
if (draw == "bands") {
chobTA@new <- FALSE
}
else {
chobTA@new <- TRUE
on <- NULL
}
xx <- if (is.OHLC(x)) {
cbind(Hi(x), Lo(x), Cl(x))
}
else x
bb <- BBands(xx, n = n, maType = maType, sd = sd)
chobTA@TA.values <- bb[lchob@xsubset, ]
chobTA@name <- "chartBBands"
chobTA@call <- match.call()
chobTA@on <- on
chobTA@params <- list(xrange = lchob@xrange, colors ...
color.vol = lchob@color.vol, multi.col = lchob@m...
spacing = lchob@spacing, width = lchob@width, bp...
x.labels = lchob@x.labels, time.scale = lchob@ti...
n = n, ma = maType, sd = sd, draw = draw)
return(chobTA)
}
- library(quantmod) した後なら，コンソールに is.OHCL と入...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さんありがとうござ...
**リストのファイルへの出力 [#f24bd052]
>[[masa]] (2013-09-08 (日) 18:39:33)~
~
リストのデータをwriteで出力すると以下の様なエラーがでます...
リストの出力はどのようにすればよいのでしょうか？
以下にエラー cat(list(...), file, sep, fill, labels, app...
引数 1 (タイプ 'list') は 'cat' で取り扱えません
//
- list は write(cat のラッパー）では出力できないというこ...
- 忘れていましたが，単純な，いい方法がありました。dput も...
set.seed(1234567)
a <- list(c(3L, 5L, 8L), x=1.23, a=rnorm(10),
b=letters[1:7], c=data.frame(a2=1:5, b2=factor(1:5),
c2=month.abb[1:5]), d=matrix(1:12, 3),
e=list(a3=1, b3="abc"), f=c(TRUE, FALSE),
g=factor(c("male", "female")))
dput(a, file="list.dat")
b <- source("list.dat")[[1]] # [[1]] を忘れずに
for (i in seq_along(b)) { # 同じであることを確認
cat(names(b)[i], all.equal(a[[i]], b[[i]]), "\n")
}
# dump を使う場合は，
# dump("a", "foo") の後，souce("foo") をすると a ができる
# ファイル内容を見れば dput と dump の違いが分かる
**tcltkで複数リストボックス使用時に要素選択解除されてしま...
>[[はいよー]] (2013-09-06 (金) 14:42:37)~
~
tcltkでリストボックスを2個表示してそれぞれの要素を選択し...
~
require(tcltk)
wintop<-tktoplevel()
OnOK <- function()
{
fru1 <- fruits1[as.numeric(tkcurselection(listbox1))+1]
fru2 <- fruits2[as.numeric(tkcurselection(listbox2))+1]
tkdestroy(wintop)
msg <- paste(fru1,"and",fru2, "are selected.",sep=" ")
tkmessageBox(message=msg)
}
listbox1 <-tklistbox(wintop, selectmode = 'single')
fruits1 <- c("Apple","Orange","Banana","Pear")
for (i in (1:4)){tkinsert(listbox1,"end",fruits1[i])}
tkgrid(listbox1)
listbox2 <-tklistbox(wintop, selectmode = 'single')
fruits2 <- c("Cherry","Pear","Mango","Pear")
for (i in (1:4)){tkinsert(listbox2,"end",fruits2[i])}
tkgrid(listbox2)
OK.but <-tkbutton(wintop,text=" OK ",command=OnOK)
tkgrid(OK.but)
tkfocus(wintop)
//
- プログラミングは他人のソースを読むことがスキル向上の近...
Rcmdrのソースを参照すると、
$ grep -l tklistbox Rcmdr/R/*.R
Rcmdr/R/data-menu.R
Rcmdr/R/statistics-models-menu.R
Rcmdr/R/utilities.R
ということなので、どれでもいいですが、例えば、utilities.R...
listbox <- tklistbox(frame, height=min(listHeight, le...
selectmode=selectmode, background=bg, exportselec...
width=min(max(minmax[1], nchar(variableList)), mi...
と書いてあります。exportselectionが怪しいとあたりをつけて...
- 探してみます。ご指導誠にありがとうございました。 -- [[...
**8桁の数字を日付型に変換する [#r5403053]
>[[かけだし]] (2013-09-04 (水) 17:24:48)~
~
Rを始めたばかりのものです。R3.0.1 64ビット Windowsを使用...
8桁の数字データ（ex. 20130904）を日付型に変換する方法につ...
日付型に変換するには、as.Dateを使えばよいと考えて、データ...
modeで型変換ができていることは確認しました。~
しかし、それをas.Date関数に入れても、エラーとなり文字型に...
~
実際にはデータフレームの1列を使ってやっているのですが、1...
> as.Date("20130904")
以下にエラー charToDate(x) :
文字列は標準的な曖昧さのない書式にはなっていません
> as.Date("2013/09/04")
→スラッシュが入っているとうまくいくようです。~
~
この場合、Rに読み込んだ後にどのような操作をすればよいので...
ご教示いただけましたら幸いです。よろしくお願いいたします。~
//
- 単に / を挿入することで解決するなら，挿入するようにプロ...
> a <- "20130904"
> as.Date(sprintf("%s/%s/%s", substr(a, 1, 4), substr(a,...
[1] "2013-09-04"
- 早速ありがとうございました。無事できました。sprintfの使...
- いやいや、そこはちゃんとヘルプを読んで正面から向き合い...
> as.Date("20130904", format = "%Y%m%d")
[1] "2013-09-04"
> as.Date("2013年9月4日", format = "%Y年%m月%d日")
[1] "2013-09-04"
**Rで画像( .jpgなど)の生成 [#a1e63886]
>[[tamn]] (2013-09-03 (火) 01:44:54)~
~
a.jpg, b.jpg, c.jpg（以下、a, b, c）という画像ファイルが...
データフレームの情報をもとに、aとbを横に並べた１つの画像...
ライブラリなどあれば教えていただけないでしょうか。~
難しければ、他の言語やソフトでということになるのですが、R...
よろしくお願いします。~
//
- jpegパッケージのreadJPEG()で読み込んで、cbind()やrbind(...
- ありがとうございます。jpegの入力・出力はできたのですが...
library(jpeg)
# read a sample file (R logo)
img <- readJPEG(system.file("img", "Rlogo.jpg", package=...
# read it also in native format
img.n <- readJPEG(system.file("img", "Rlogo.jpg", packag...
# 画像データの結合
img2 <- rbind(img, img.n)
# img2 <- rbind(img, img)
# 保存
path <- paste(getwd(), "/img2.jpg", sep="")
writeJPEG(img2, target = path, bg = "white")
- readJPEG の使用例は見たようですが，なぜ，その使用例の下...
> # read a sample file (R logo)
> img <- readJPEG(system.file("img", "Rlogo.jpg", packag...
>
> # read it also in native format
> img.n <- readJPEG(system.file("img", "Rlogo.jpg", pack...
>
> # if your R supports it, we'll plot it
> jpeg("test.jpeg")
> if (exists("rasterImage")) { # can plot only in R 2.11...
+ plot(1:2, type='n')
+
+ rasterImage(img, 1.2, 1.27, 1.8, 1.73)
+ rasterImage(img.n, 1.5, 1.5, 1.9, 1.8)
+ }
> dev.off()
&ref(test.jpg);
- ありがとうございます。rastetImageの使用例は確認いたしま...
- 最初にjpegパッケージを提案した者です。次をヒントにされ...
> img <- readJPEG(system.file("img", "Rlogo.jpg", packag...
> R <- img[,,1]
> G <- img[,,2]
> B <- img[,,3]
> str(img)
num [1:76, 1:100, 1:3] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
> img2 <- array(NA, c(76 * 2, 100, 3))
> img2[,,1] <- rbind(R, R)
> img2[,,2] <- rbind(G, G)
> img2[,,3] <- rbind(B, B)
> writeJPEG(img2, target = "/tmp/tmp.jpg")
&ref(2rlogo.jpg);
- ありがとうございます。希望通りの結果を得ることができま...
**ベクトルの任意の長さでの分割 [#id75b1c3]
>[[mashi]] (2013-08-26 (月) 22:38:17)~
~
長いベクトルを前から順番に，指定した長さで，分割する効率...
（例えば，10個の数字を，1,3，2，4こずつに分割するなど）~
データ量が多いのでループを使うと処理しきれません。~
よろしくお願いします。~
//
- > データ量が多いのでループを使うと処理しきれません&br;...
func1 <- function(vec, len) {
n <- length(len)
end <- cumsum(len)
begin <- c(1, (end+1)[-n])
mapply(function(b, e) vec[b:e], begin, end)
}
func2 <- function(vec, len) {
n <- length(len)
ans <- vector("list", n)
end <- cumsum(len)
begin <- c(1, (end+1)[-n])
for (i in seq_along(begin)) {
ans[[i]] <- vec[begin[i]:end[i]]
}
return(ans)
}
ベンチマーク
> library(rbenchmark)
> vec <- 1:15000
> len <- rep(c(1, 3, 2, 4, 5), 1000)
> benchmark(func1(vec, len), func2(vec, len))
test replications elapsed relative user.sel...
1 func1(vec, len) 100 2.043 1.000 2.04...
2 func2(vec, len) 100 2.378 1.164 2.38...
- おそらく最も簡便で高速な(そして後々のポータビリティの良...
> x <- c(0:9,0:9,0:9) # 長い数値ベクトルのつもり
> X <- matrix(x,3,10,byrow=TRUE); X
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10]
[1,] 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9
[2,] 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9
[3,] 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9
> X1 <- X[,1,drop=FALSE]; X1 # オプションdrop=FALSEに注意
[,1]
[1,] 0
[2,] 0
[3,] 0
> X2 <- X[,2:4,drop=FALSE]; X2
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 2 3
[2,] 1 2 3
[3,] 1 2 3
> X3 <- X[,5:6,drop=FALSE]; X3
[,1] [,2]
[1,] 4 5
[2,] 4 5
[3,] 4 5
> X4 <- X[,7:10,drop=FALSE]; X4
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 6 7 8 9
[2,] 6 7 8 9
[3,] 6 7 8 9
- ↑ ？？なにやってんの？？matrixにする意味分からんし、や...
- 上の行列化って言っている人、題意を読み間違えていますよ...
> set.seed(123)
> x <- round(runif(10000)) #長いベクトル
> head(x, 20)
[1] 0 1 0 1 1 0 1 1 1 0 1 0 1 1 0 1 0 0 0 1
> g <- abs(round(rnorm(1000))) + 1 #長さ指定のベクトル
> head(g, 20)
[1] 2 1 2 3 2 1 2 4 2 3 2 1 1 1 1 1 1 3 1 1
gが指定する長さで、長いベクトルxを区切りたい。さて、どう...
ここはWikiシステムなので、ご自分の書き込みが不適切を思わ...
- ちなみに，「長さ」のベクトル作るなら，sample 関数を使う...
// そうですね。この場合はsample()を使った方が見やすかった...
**シェアを被説明変数とした入れ子型ロジットモデル（nested ...
>[[マルボロ川越]] (2013-08-23 (金) 15:31:43)~
~
選択結果(0,1)を被説明変数とした入れ子型ロジットモデルでの...
パッケージはlogit modelの対数尤度関数の定義であるfunction...
単純に選択結果をマーケットシェアに変更しただけではよろし...
//
**NAを含むデータで，factanal2の因子得点を利用したい [#a97...
> (2013-08-17 (土) 09:25:35)~
~
NAを含むデータで，青木先生のfactal2関数で因子得点を利用し...
以下にエラー data.frame(..., check.names = FALSE) :
引数は異なった列数を意味します: 5256, 5001, 4883, 487
そこで，削除された行を挿入して，NAにしたいと思ったのです...
//
- 以下のようにすればよろしいかと。merge について調べると...
set.seed(4649)
d <- data.frame(matrix(rnorm(300), 50))
d[6, 3] <- d[24, 2] <- d[48, 5] <- NA
A <- factanal2(d, factors=2, scores="regression", verbos...
B <- merge(d, A$scores, by="row.names", all=TRUE, sort=F...
C <- B[order(as.numeric(B[,1])),]
rownames(C) <- C[,1]
C <- C[,-1]
**tcltkで書き込んだ変数を変数として保存したい [#n40b25e3]
>[[たく]] (2013-08-15 (木) 17:26:34)~
~
例えば以下の例のようにtcltkでGUIで値を入れたりすることが...
入力値を変数に残してその後使えるようにする良い方法をご存...
（環境はWin7 R3.01 64bitで、macではXのインストールが必要...
require(tcltk)
tt<-tktoplevel()
Name <- tclVar("Anonymous")
entry.Name <-tkentry(tt,width="20",textvariable=Name)
tkgrid(tklabel(tt,text="Please enter your first name."))
tkgrid(entry.Name)
OnOK <- function()
{
NameVal <- tclvalue(Name)
tkdestroy(tt)
msg <- paste("You have a nice name,",NameVal)
tkmessageBox(message=msg)
return(NameVal)
}
OK.but <-tkbutton(tt,text=" OK ",command=OnOK)
tkbind(entry.Name, "<Return>",OnOK)
tkgrid(OK.but)
doneval1 <- NameVal #関数の中なので変数として保存できない
doneval2 <- tclvalue(Name) #関数の中なので変数として保...
tkfocus(tt)
//
- 禁じ手かも知れないけど、「NameVal <- tclvalue(Name)」を...
- 大変ありがとうございます。help.search("<<-")で調べてみ...
**ROC曲線の重ね書き [#i45d2603]
>[[yaito]] (2013-08-11 (日) 17:32:25)~
~
R初心者、というか今日から始めたばかりです。~
EZRというコマンダーを使ってROC曲線を書いてみたのですが、...
//
- [[投稿における注意事項]]をお読みください。 -- &new{201...
**一般的なsumについて [#ofa93f05]
>[[chaemon]] (2013-08-07 (水) 22:31:06)~
~
初投稿です。~
結合法則が成り立つ2項演算子☆が定義されているとして、ベク...
+に対するsumのようなイメージです。~
ベクトルによる並列処理などをしてくれて、for文で回すよりも...
ないとすれば、作成したいのですが、その場合どちらのページ...
よろしくお願いします。~
//
- 速度を重視するなら、C言語で書いてRから呼び出すべきで、R...
f1 <- function(x){
if(length(x) <= 1) return(x)
else {
i <- length(x)
y <- sapply(1:floor(i/2),
function(m){
x[2 * m - 1] + x[2 * m]
})
if(i %% 2 != 0) y <- c(y, x[i])
return(Recall(y))
}
}
> system.time(f1(1:10000))
ユーザ システム 経過
0.032 0.000 0.029
> system.time(sum(1:10000))
ユーザ システム 経過
0 0 0
従って、C言語のリファレンスを参照してださい。マニュアルの...
- 「並列処理」をする必要性は分かりませんが，単にベクトル...
library(inline)
src <- '
Rcpp::NumericVector x(X);
double ans = x(0);
for (int i = 1; i < x.size(); i++) {
ans += x(i);
}
return wrap(ans);
'
f2 <- cxxfunction(signature(X="numeric"), src, plugin="R...
f3 <- function(x){
ans <- 0
for (y in x) ans <- ans+y
return(ans)
}
実行結果
> n <- as.numeric(1:1e6)
> library(rbenchmark)
> benchmark(sum(n), f1(n), f2(n), f3(n), Reduce("+", n),
+ replications=10)
test replications elapsed relative user.self...
2 f1(n) 10 32.789 964.382 32.750...
3 f2(n) 10 0.063 1.853 0.064...
4 f3(n) 10 3.144 92.471 3.144...
5 Reduce("+", n) 10 3.544 104.235 3.522...
1 sum(n) 10 0.034 1.000 0.034...
- ?Reduce 速さは？ -- &new{2013-08-10 (土) 06:46:45};
- ↑ Reduce は，R で for を使うより遅いようだね。上の結果...
- 大変遅くなってしまい申し訳ありません。皆様、ありがとう...
**多分岐のツリー分析モデル作成時のエラー対応について [#r9...
>[[イズミ]] (2013-08-03 (土) 08:04:11)~
~
初めてこちらに投稿します。~
よろしくお願いします。~
~
多分岐（C5.0）でツリー分析のモデルを作成しようとしたとこ...
~
以下にエラー paste(apply (x,1,paste,collapse = ","),colla...
結果が2^31-1バイトを超えました~
~
モデル作成は、以下のデータで行いました。~
・データのファイル容量：約2.5GB~
・データのレコード件数：約300万件~
・説明変数とした項目数：約50項目~
~
処理で使用したPCの物理メモリは32GBで、データ量を約40万件...
また、C5.0ControlでminCaseを10000とか20000にして、ノード...
~
なお、上記データにて、tree関数で二分岐のツリーモデルを作...
~
~
Google等で調べてもわからず、こちらにやってきました。~
恐れ入りますが、解決策のご教示のほど、よろしくお願いしま...
//
- 32bit R ですか？64bit R ではどうなりますか？ -- [[河童...
- 使用しているのは、64bit R です。基本情報に記載しておら...
- 意外な関数も限界は持っているようです。たとえば rep
> a <- rep(1, 2^31)
以下にエラー rep(1, 2^31) : 'times' 引数が不正です
追加情報: 警告メッセージ:
強制変換により NA が生成されました
> b <- rep(1, 2^31-1) # エラーなし
> length(b)
[1] 2147483647
> 2^31-1
[1] 2147483647
ということなので，paste も「結果が2^31-1バイトを超えまし...
エラーを実際に出そうとしても，データフレームを作るだけで...
ということで，解決法はナシということかな。~
もっとも，実質的に限界なしの paste を書けばよいのでしょう...
いかにビッグデータばやりといえど，300万件を使う必要がある...
**chrome os [#g3ca173b]
>[[77]] (2013-08-01 (木) 23:03:13)~
~
chrome os でRはインストールできますか？~
//
**ある時刻のデータを抽出したい [#j52b5a25]
>[[かものはし]] (2013-08-01 (木) 15:24:29)~
~
下記のようなデータがあって、例えば13:00〜15:00のデータだ...
x y
1 2010-08-01 12:14:00 230
2 2010-08-01 13:14:00 260
3 2010-08-01 14:14:00 300
4 2010-08-01 15:14:00 260
5 2010-08-01 16:13:00 240
//
- x が文字列（あるいは文字列に変換できるもの），データフ...
hm <- as.integer(paste(substr(d$x, 12, 13),
+ substr(d$x, 15, 16), sep=""))
d[1300 <= hm & hm <= 1500,] # 13:00 〜 15:00
d[0600 <= hm & hm <= 1800,] # 06:00 〜 18:00
d[!(0600 < hm & hm < 1800),] # 06:01 〜 17:59 でないもの
秒まで考慮する必要があるならそれなりに。 -- [[河童の屁は...
- すばらしい！ 何かそういう関数があるのではないかと固執...
- もちろん「そういう関数」はあります。[[日付、時間関数Tip...
- 「そういう関数」の存在は知っているが，それをどう組み合...
- 上の河童さんの回答が理解できるのに、何故、straightforwa...
> a <- data.frame(x = as.POSIXct("2010-08-01 12:14") +
+ cumsum(c(0, rep(60 * 60, 47))),
+ y = round(runif(48, 200, 300)))
> head(a, 3)
x y
1 2010-08-01 12:14:00 241
2 2010-08-01 13:14:00 280
3 2010-08-01 14:14:00 239
というサンプルデータをあなたのデータに似せて作りました。
> a$hours <- format(a$x, "%H")
時間を新しいカラムに入れます。13時から15時を取り出します。
> a[with(a, hours >= 13 & hours <= 15), ]
x y hours
2 2010-08-01 13:14:00 280 13
3 2010-08-01 14:14:00 239 14
4 2010-08-01 15:14:00 266 15
26 2010-08-02 13:14:00 237 13
27 2010-08-02 14:14:00 300 14
28 2010-08-02 15:14:00 270 15
目で見て分かりやすいようにhoursをデータフレームに追加しま...
as.numeric(format(a$x, "%H")) * 60 * 60 +
as.numeric(format(a$x, "%M")) * 60 +
as.numeric(format(a$x, "%S"))
私は計算式文字列を作成してからeval()で計算する方が好みで...
sapply(a$x, function(i){eval(parse(text=format(i, "%H * ...
- format関数もwith関数も知らなかったので、この方法はハー...
**構築したモデルの予測（PLS） [#n58b0e13]
>[[さぼりん]] (2013-07-25 (木) 16:22:51)~
~
さぼりんです。またお世話になります。~
トレーニングデータをもとにモデルを構築し、テストデータを...
トレーニングデータ"130725_test31_train.csv"は、X(入力)が7...
下記のコマンドを実行したところ、モデルからの予測値(test.p...
恐れ入りますが、ご教授をお願い致します。
test31.train <- read.csv ("130725_test31_train.csv")
Y <- as.matrix(test31.train[ ,7])
X <- as.matrix(test31.train[ ,1:6])
Y <- scale(Y)
X <- scale(X)
test31.pls <- plsr(OUTPUT ~ X, 2, data = test31.train,
validation = "LOO")
test31.test <- read.csv ("130725_test31_test.csv")
Y <- as.matrix(test31.test[ ,7])
X <- as.matrix(test31.test[ ,1:6])
Y <- scale(Y)
X <- scale(X)
test.pred <- predict(test31.pls, ncomp = , test31.test$X)
test.pred
, , 1 comps
OUTPUT
1 437321.1
2 437871.6
3 436570.5
4 439711.1
5 438163.7
6 440080.2
7 437147.9
, , 2 comps
OUTPUT
1 439055.4
2 439095.0
3 436742.8
4 440570.5
5 436976.8
6 439369.7
7 435055.7
//
- predict(test31.pls, ncomp = , test31.test$X) の newdata...
test31.train <- read.csv ("130725_test31_train.csv")
# 7 行 7 列，最終列の名前が OUTPUT
test31.pls <- plsr(OUTPUT ~ ., 2, data = test31.train,
validation = "LOO")
test31.test <- read.csv ("130725_test31_test.csv")
# 3 行 7 列，最終列の名前が OUTPUT
test.pred <- predict(test31.pls, test31.test[,1:6])
# OUTPUT を含まない場合は [,1:6] は不要
test.pred
# そもそも predict に OUTPUT は不要
- ご回答ありがとうございます。うまくできました。暗中模索...
**確率の期待値計算 [#scccb86c]
>[[koheizm]] (2013-07-25 (木) 12:12:44)~
~
少し統計よりの質問なので恐縮なのですが、下記のような期待...
===~
コイントスで三枚同時に投げる~
表の確率1/2 裏の確率1/2~
表が出た回数をxとする~
===~
この時のE(x)とV(x)を導きたいのです。~
n数が少ない場合は順を追って計算し算出出来るのですが~、も...
二項分布のdbnoimや一様分布のrunif、コインパッケージなどを...
//
- この分布は二項分布です。表の出る確率を p，n 枚のコイン...
func <- function(n) {
if (n <= 20) {
require(e1071)
f <- table(rowSums(bincombinations(n)))
x <- as.numeric(names(f))
mean <- sum(f*x)/2^n
variance <- sum(f*(x-mean)^2)/2^n
return(c(mean=mean, variance=variance))
}
}
使用例
> n <- 20
> p <- 1/2
> func(n)
mean variance
10 5
> c(n*p, n*p*(1-p)) # 理論値
[1] 10 5
**PLS回帰用データ構造の制限について [#afccef92]
>[[foo]] (2013-07-22 (月) 16:58:39)~
~
質問事項~
PLSに関するデータ構造の制限（仕様）を教えて下さい。 (例：...
以下、テスト内容。~
1. PC環境~
Windows 7 Enterprise Service Pack 1~
Intel(R) Core(TM) i5 CPU 2.67 GHz~
RAM 2.00GB~
32bit~
2. R環境~
R-3.0.1~
PLS 2.3.0~
3. データ構造~
3-1. Xが入力、Yが出力~
X 19列x15行~
Y 1列x15行~
3-2. Xが入力、Yが出力~
X 719列x23行~
Y 1列x23行~
4. PLS検証結果~
4-1. 上記3-1、3-2のデータにおいて、~
0が含まれると5.のエラーが出力され計算できない。~
4-2. 上記3-1のデータで5.のエラーが出力され計算できない。~
上記3-2のデータについては一度計算できた。<-- 再現性に...
5. エラー~
Invalid number of components, ncomp~
//
- 0が処理できないとか，次元数にきつい制限があるなんてこと...
> set.seed(37564)
> x <- matrix(rnorm(23*719), 23)
> y <- matrix(rnorm(23), 23)
> x[1, 1] <- y[2, 1] <- 0
> a <- plsr(y~x, ncomp=2) # pcr にしても，エラーにはなら...
> summary(a)
Data: X dimension: 23 719
Y dimension: 23 1
Fit method: kernelpls
Number of components considered: 2
TRAINING: % variance explained
1 comps 2 comps
X 4.406 8.622
y 95.943 99.886
あなたの使い方が悪いのでは？関数をどのように使ったかわか...
- CSVファイルを読み込ませて次のような形で処理させました。...
future21 <- read.csv ("xxx.csv")
Y <- as.matrix(future21[ ,720])
X <- as.matrix(future21[ ,1:719])
Y <- scale(Y)
X <- scale(X)
future21.pls <- plsr(BCD ~ X, 10, data = future21, valid...
summary(future21.pls)
- xxx.csv から読みましたというのは，なんの意味も持たない...
- 「データ構造が原因ではない」というのは取り消します。そ...
791,791.5,792,792.5,793,793.5,794,794.5,795,795.5,796,796...
684.9813665,768.4782609,896.0124224,1174.484472,254~
8< 8< 8< 8< チョッキン~
2.652174,10124.80124,19166.38509,28904.43478,34559.7
- こんなに大きいデータを貼り付けられても困ります。しかも...
library(pls)
future21 <- read.csv("pls.csv")
n <- 20
Y <- as.matrix(future21[,n])
X <- as.matrix(future21[ ,1:(n-1)])
# 1000 列+1列に水増し
n <- 1000
future21times50 <- cbind(data.frame(matrix(sample(X,
nrow(future21)*n, replace=TRUE), ncol=n)), Y)
Y <- as.matrix(future21times50[ ,n])
X <- as.matrix(future21times50[ ,1:(n-1)])
Y <- scale(Y)
X <- scale(X)
future21times50.pls <- plsr(Y ~ X, 10,
data = future21times50, validation = "LOO")
summary(future21times50.pls)
- エラーが出たファイルをアップします。ファイル名は"130724...
- 分析する前に各変数の基礎統計量（平均値とか標準偏差とか...
- ありがとうございました。なるほどです。そのアプローチは...
- R自体の質問ではなく、恐縮です。標準偏差が0だと答えが得...
- > 標準偏差が0だと答えが得られないのは何故&br;標準偏差が...
**neuralパッケージのインストール方法を教えてください [#o1...
>[[tetsuro]] (2013-07-20 (土) 20:43:08)~
~
こんにちは。~
windows7 64bit で R 2.15.1 を使っています。~
豊田氏のデータマイニング入門を読んでいるのですが、neural...
install.packages(neural)としてもパッケージがありません。~
この方の記事に書かれている通りに、下記リンク先からneural_...
参照記事：~
http://d.hatena.ne.jp/astrobot/20110628/1309278036~
リンク先：~
http://cran.ms.unimelb.edu.au/bin/windows/contrib/2.6/~
エラーメッセージ：
utils:::menuInstallLocal()
パッケージ ‘neural’ は無事に展開され、MD5 サムもチェッ...
> library(neural)
エラー： パッケージ '‘neural’' は R 2.10.0 以前に造らま...
下記Q&Aの内容も参照したのですが、エラーメッセージが出てし...
参照Q&A：~
neuralパッケージのインストールについて~
hiro? (2010-06-24 (木) 02:54:33)~
http://cran.stat.nus.edu.sg/src/contrib/Archive/neural/に...
エラーメッセージ：
> install.packages("C:/Users/(ユーザー名)/Documents/R/wi...
2.15/neural/R")
パッケージを ‘C:/Users/(ユーザー名)/Documents/R/win-libr...
中にインストールします
(‘lib’ が指定されていないので)
警告メッセージ：
package ‘C:/Users/(ユーザー名)/Documents/R/win-library/2...
is not available (for R version 2.15.1)
どなたかご教示いただけないでしょうか・・・。~
よろしくお願いします。~
//
- どこから説明をすれば良いの変わらないけど、packageのイン...
- コメントありがとうございます！Rtoolsをインストールし、n...
- Rでは文字列に引用符をつけないとRオブジェクト名だと解釈...
- ありがとうございます！2.15.1では無事インストールできま...
- おめでとうございます。インストールできて良かったですね...
**ls() を for で囲むと機能しなくなる [#c6eaaeb5]
>[[かい]] (2013-07-10 (水) 13:31:52)~
~
全ての変数の値を一括表示しようとして
for (n1 in 1:length(ls())) {
eval(parse(text = paste(ls()[n1],sep="")))
}
をRで実行したのですが、何も表示されませんでした。試しに、...
for (n1 in 1:10) {
ls()
}
を実行しても何も表示されませんでした。その場合でも ls() ...
よろしくお願い致します。~
//
- 頻出ですね（6個下の「[[for の使い方:http://www.okada.jp...
> for (n1 in 1:length(ls())) {
+ print(eval(parse(text = paste(ls()[n1],sep=""))))
+ }
[1] 1
[1] 4
- 早速ご回答いただき、ありがとうございました。てっきり ls...
終了行:
COLOR(green){SIZE(20){初心者のための R および RjpWiki に...
----
&aname(mokuji);COLOR(green){●● 目次 ●●}
参照は，個々の項目をクリック（質問への回答・コメントの参...
#contents
----
**NAの置換について [#g528c6fb]
>[[なっつ]] (2014-09-18 (木) 16:59:06)~
~
お世話になります。~
以下のようにdat中のNAを空文字に置換します。実際にはNAは数...
dat <- matrix(1:9000000, 3000, 3000)
dat[1, 2] <- dat[2, 1] <- NA
dat[is.na(dat)] <- ""
この処理で目的は達成できるのですが、最後のdat[is.na(dat)]...
宜しくお願いします。~
//
- バイトコンパイルすると幾分時間が短縮されるみたいですよ...
> library(compiler)
> f <- function(x){x[is.na(x)] <- "";x}
> fc <- cmpfun(f)
> dat[1, 2] <- dat[2, 1] <- NA; system.time(f(dat))
ユーザ システム 経過
0.398 0.099 0.644
> dat[1, 2] <- dat[2, 1] <- NA; system.time(fc(dat))
ユーザ システム 経過
0.386 0.009 0.396
- いや, ""を付値する事によって何が起きているかを見て下さ...
- あと, このくらいのバイトコンパイルでは殆ど差が無いはず...
- datをcsvファイルとして保存してエクセルで編集したいので...
dat <- matrix(1:9000000, 3000, 3000)
dat[1, 2] <- dat[2, 1] <- NA
system.time(dat[is.na(dat)] <- "")
a <- 1:9000000
a[1] <- a[2] <- NA
system.time(a[is.na(a)] <- "")
- 私のコンピュータは非力なので，「2014-09-19 (金) 10:33:3...
> dat <- matrix(1:9000000, 3000, 3000)
> dat[1, 2] <- dat[2, 1] <- NA
> system.time(dat[is.na(dat)] <- "")
ユーザ システム 経過
29.090 0.367 29.192
>
> a <- 1:9000000
> a[1] <- a[2] <- NA
> system.time(a[is.na(a)] <- "")
ユーザ システム 経過
3.954 0.039 3.961
>
> dat <- matrix(1:9000000, 3000, 3000)
> dat[1, 2] <- dat[2, 1] <- NA
> system.time(dat[is.na(dat)] <- "")
ユーザ システム 経過
3.949 0.012 3.930
>
> a <- 1:9000000
> a[1] <- a[2] <- NA
> system.time(a[is.na(a)] <- "")
ユーザ システム 経過
3.951 0.012 3.930
- それなら, write.tableでいいんじゃないでしょうか na引数...
> dat <- matrix(1:9000000, 3000, 3000)
> dat[1, 2] <- dat[2, 1] <- NA
> system.time(dat[is.na(dat)] <- "")
ユーザ システム 経過
22.318 0.184 22.573
> system.time(write.table(dat,"hoge.csv",sep=",",na="",r...
ユーザ システム 経過
5.096 0.108 5.214
- 1回目と2回目で計算時間が異なるとは初めて知りました。こ...
- na引数というものがあるのですね。確かにこれなら私の目的...
- たぶんNAのところに""を代入しようとすると、vectorやmatri...
**Error in View(fev) : X11 dataentry cannot be loaded [#b...
>[[Back]] (2014-09-18 (木) 04:47:26)~
~
Mac(OS10.9.4) でRを最近使用し初めました。エクセルのファイ...
//
- たぶん[[About X11 and OS X:http://support.apple.com/kb/...
- 別のアプローチとして、R.appではなくRStudio.appを使うとX...
- お教え頂きありがとうございます。XQuartzを入れてみて、そ...
**線形混合モデルの収束 [#hdd2f263]
>[[初心者]] (2014-09-02 (火) 23:16:29)~
~
初めまして。R勉強中の者です。~
lme4パッケージに含まれるlmerという関数で線形混合モデルを...
lmer(formula= Y ~ X1+X2+X3+X4+X5+(X1+X2+X3+X4+X5|Random))
といった形で、ランダム効果を組み込んだ計算をさせたいので...
警告メッセージ:
1: In optwrap(optimizer, devfun, getStart(start, rho$low...
convergence code 1 from bobyqa: bobyqa -- maximum numbe...
2: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = con...
Model failed to converge with max|grad| = 33.3731 (tol ...
3: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = con...
Model failed to converge: degenerate Hessian with 4 ne...
となり、計算できません。~
ランダム効果が複雑なため、計算を近似的に収束させるパラメ...
尚、過去のバージョンでは、maxFN, maxIterという引き数で直...
ご存知の方がいらっしゃいましたら、ご教授いただければと思...
//
- 質問の前にオンラインヘルプを見るのは最低限の努力でしょ...
- ご指摘ありがとうございます。
lmerControl()のヘルプを参考に
lmer(formula= Y ~ X1+X2+X3+X4+X5+(X1+X2+X3+X4+X5|Random),
control=lmerControl(optCtrl=list(maxfun=3000, maxiter=10...
とする事で指定できました。まだエラーの嵐ですが、汗をかい...
**困っています「不正なマルチバイト文字があります」 [#c6d6...
>[[こまったちゃん]] (2014-08-28 (木) 07:38:58)~
~
『Rによるやさしい統計学』でRを勉強しています。~
「TukeyHSD(aov(統計テスト２~指導法２))」という関数を打ち...
TukeyHSD(aov(統計テスト２~指導法２))
以下にエラー grepl("\n", lines, fixed = TRUE) :
'<87><e5><b0>取ｳ包ｼ<92>' に不正なマルチバイト文字があ...
と表示されました。 ブログなどに書いてある対策を見ましたが...
//
- 別の人です。TukeyHSD関数では日本語は使えないみたいです...
- Mac OS X, R 3.1.0 なら問題なくできましたけど -- &new{2...
> 統計テスト２ <- iris[,1]
> 指導法２ <- iris[,5]
> TukeyHSD(aov(統計テスト２~指導法２))
Tukey multiple comparisons of means
95% family-wise confidence level
Fit: aov(formula = 統計テスト２ ~ 指導法２)
$指導法２
diff lwr upr p adj
versicolor-setosa 0.930 0.6862273 1.1737727 0
virginica-setosa 1.582 1.3382273 1.8257727 0
virginica-versicolor 0.652 0.4082273 0.8957727 0
- Ubuntu 14.04.1 LTSとDebian sidでそれぞれ試してみました...
- Windows 7, R 3.1.1, statsパッケージ3.1.1で、上記のサン...
- 最短で現実的な解決方法は、変数名にCP932でエンコードされ...
- 変数名に日本語を使わなかったら、できました！ありがとう...
- 解決してよかったです。Windowsマシンを用意して、問題箇所...
- あれ？ srcfilecopy の if 文の中の grepl("\n", lines, fi...
- その通りでした。掘り下げないと言いましたが、気になって...
> .Platform$OS.type; R.Version()$version.string
[1] "windows"
[1] "R version 3.1.1 (2014-07-10)"
> options(keep.source = FALSE)
> TukeyHSD(aov(統計テスト２~指導法２))
Tukey multiple comparisons of means
95% family-wise confidence level
Fit: aov(formula = 統計テスト２ ~ 指導法２)
$指導法２
diff lwr upr p adj
versicolor-setosa 0.930 0.6862273 1.1737727 0
virginica-setosa 1.582 1.3382273 1.8257727 0
virginica-versicolor 0.652 0.4082273 0.8957727 0
**caretパッケージのチューニングパラメーター調整方法につい...
>[[最近機械学習について興味をもちだしたもの]] (2014-08-26...
~
caretパッケージのチューニングパラメーター調整方法について...
expand.grid でやってる例が多いのですが、自分でパラメータ...
手法によって異なると思うのですが(例えば deep learning と ...
~
また createGridはなぜ無くなったのでしょうか？~
~
http://topepo.github.io/caret/training.html~
~
を読むと自動でパラメーターをふる関数が用意されてるみたい...
~
よろしくお願い致します。~
//
**パッケージurcaの結果の取り出し（扱い） [#q632e49f]
>[[うどん]] (2014-08-24 (日) 17:55:11)~
~
win7のR x64 2.15.0でパッケージurcaを使い、下記のサンプ...
よろしくお願いいたします。
library(urca)
data(denmark)
sjd <- denmark[, c("LRM", "LRY", "IBO", "IDE")]
sjd.vecm <- ca.jo(sjd, ecdet = "const", type="eigen", K=2,
spec="longrun", season=4)
summary(sjd.vecm)
（略）
VValues of teststatistic and critical values of test:
test 10pct 5pct 1pct
r <= 3 | 2.35 7.52 9.24 12.97
r <= 2 | 6.34 13.75 15.67 20.20
r <= 1 | 10.36 19.77 22.00 26.81
r = 0 | 30.09 25.56 28.14 33.24
（略）
//
- どうも，基本的なところが理解できていないようで。（読ん...
> str(sjd.vecm)
:
..@ cval : num [1:4, 1:3] 7.52 13.75 19.77 25.56 9...
..@ teststat : num [1:4] 2.35 6.34 10.36 30.09
> sjd.vecm@teststat
[1] 2.352233 6.342730 10.361950 30.087451
> sjd.vecm@cval
10pct 5pct 1pct
r <= 3 | 7.52 9.24 12.97
r <= 2 | 13.75 15.67 20.20
r <= 1 | 19.77 22.00 26.81
r = 0 | 25.56 28.14 33.24
- 早速にお教え頂きありがとうございます！@までは試しました...
**barplot()で棒の上の真ん中にデータを書きたい [#n43b1459]
>[[木偶 坊]] (2014-08-20 (水) 10:04:08)~
~
初めまして、教えてください。Windows 8, R version 2.9.2 を...
barplot()関数を使って処理しています。データ数を棒グラフ上...
R version 3.1.1をダウンロードしてやってみましたが、同じで...
ご教示をお願いします。
setwd("f://Rdata")
par(new = FALSE)
par(mar = c(2, 4, 3, 0))
par(mgp = c(2, 0.8, 0))
par(lwd = 2)
par(mfrow = c(1, 1))
par(cex = 1.2)
par(ps = 14)
par(xpd = FALSE)
par(pty = "s")
par(xaxs = "r")
dta <- c(13278, 8860, 9082, 9435, 7222,
5431, 5091, 6193, 5557, 3716)
main = "人口の多い都道府県（H25末資料）"
par(bg = "white")
y <- dta/10
xlab = ""
ylab = "人口(万人)"
ylim = c(0,1500)
barplot(y, angle = 45, beside = FALSE, horiz = F, densit...
col = rainbow(10), main = main, ylim = ylim, yla...
space = 0.1, width = 0.91, adj = 0.5,
names = c("東京","大阪","神奈川","愛知","埼玉","...
"福岡","千葉","兵庫","静岡"))
mn <- y
x <- 1:10
text(x, mn, format(justify = "left", mn, adj = 0, trim =...
pos = 3, offset = 0.5, lty = 0, col = "blue")
axis(2, at = NULL, labels = TRUE, tick = FALSE)
rm(y, dta)
//
- とぉってもユニークなプログラムの書き方と投稿の仕方で，...
x <- barplot(y, 以下略
中略
mn <- y
#x <- 1:10 使わないので，コメントアウト
text(x, mn, 以下略。なお，label の format や offset も指...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。先生早速ありがとう...
**行列の各列を複数のキーと見做してソート [#p2eab339]
>[[kddoi]] (2014-08-19 (火) 17:38:52)~
~
以前こちらのウェブサイトでお世話になりました。再度、困っ...
行列の各列を複数のキーと見做してorderの引数として与え、ソ...
まず、次のようなことができることが最終目標です。~
以下のプログラムではorderにa[,1],a[,2]を別々に与えている...
よって最終的には、a[,1]やa[,2]のように列を指定することな...
cov <- c(1, 1, 1, 2, 2, 2, 1, 2, 3, 1, 2, 3)
dim(cov) <- c(6, 2)
cov[order(cov[, 1], cov[, 2]), ]
最初、orderが引数にリストを取ってくれないかと思ったのです...
おりません。~
どうしても駄目ならば、文字列処理で
cmd <- ""
cmd <- paste("cov[order(cov[, 1]", sep="")
for (i in 2:ncol(cov)) {
cmd <- paste(cmd, ",cov[,", sep="")
cmd <- paste(cmd, i, "]", sep="")
}
cmd <- paste(cmd, "),]", sep="")
eval(parse(text=cmd))
などと行うことも検討しているのですが、もう少しよい方法が...
//
- サンプルコードはこなれていないものの，その方向で行くの...
- ありがとうございます。確かにその方法もありますね。各列...
**DB連携：SQL文のシングルクオテーションの無視あるいは除去...
>[[registar]] (2014-08-18 (月) 19:02:27)~
~
DBに問い合わせるSQL文の中に、下記のソースのwhere id='8888...
drv <- JDBC(rjdbc_driver, rjdbc_jar_file, rjdbc_id_quote)
conn <- dbConnect(drv, rjdbc_url, rjdbc_user, rjdbc_pass...
dataframe_resource <- dbGetQuery(conn, "select id, aid, ...
他の言語と連携させてデータを取ってきているためシングルク...
//
- 上の3行のような文字列が得られるということですか？して，...
**重回帰分析における応答変数の前提条件 [#gfa5690b]
>[[初心者]] (2014-08-13 (水) 02:25:24)~
~
glmの説明について調べると必ずと言って良いほど重回帰分析で...
しかし重回帰分析の応答変数に何らかの分布を仮定しなくとも...
質問1 仮定をおく理由を教えてください~
質問2 誤差項は正規分布を仮定していますが上記と関係してい...
質問3 lmの結果に応答変数の正規性検定結果は含まれていませ...
//
- 重回帰分析の関数はlmで、glmは一般化線形モデルと思います...
- >ただし検定には必要です。 ダウト。正規分布の必要性は...
- glmの枠組みで線形回帰やった場合とlmで線形回帰やった場合...
- glm の場合には，色々な応答変数があり，そのなかで「正規...
**Rの顔認識パッケージ [#icdc6b03]
> (2014-08-12 (火) 00:36:35)~
~
大量の画像について、顔認識して顔の特徴分析をしようと思っ...
画像から顔の認識をして、目鼻口眉輪郭などの特徴量を計算す...
どうぞよろしくお願いします。
//
- RcppでopenCVを呼び出せばできると思います。但し具体的な...
- プログラム書く能力低いなら、コマンドラインで実行できる...
- それをバッチファイル、あるいはシェルプログラムで画像に...
**fftw3のインストール [#bd09a683]
>[[まさし]] (2014-08-08 (金) 09:45:40)~
~
R言語でのfftw3のインストール方法を教えていただけないでし...
//
- 「R言語にlibfftwをインストールする」のではなく、まさし...
Linux (Ubuntu/Debian)の場合
$ sudo apt-get install libfftw3-dev
MacOSX (MacPorts)の場合
$ sudo port install fftw-3
Windowsの場合は[[公式サイト:http://www.fftw.org/]]にある[...
- OSにlibfftw と libfftw3-dev をインストールできたら Rを...
- OSにlibfftw と libfftw3-dev をインストールできたら Rを...
- OSにlibfftw と libfftw3-dev をインストールできたら Rを...
**biOpsのimgFFT()関数を用いた画像のフーリエ変換 [#kedcad8e]
>[[たけし]] (2014-08-07 (木) 10:14:22)~
~
R言語にあるbiOps内のimgFFT()関数を用いて、あるパッケージR...
houses <-readImage(system.file("images/houses.png", pack...
housesb <- E2b(houses)
housesbfft <- imgFFT(housesb)
str(housesbfft)
以下にエラー imgFFT(housesb) : Sorry, fftw not available
str(housesbfft)
以下にエラー str(housesbfft) : オブジェクト 'housesbfft'...
このエラーからimgFFT()関数での処理で失敗していると判断し...
以下imgFFT()関数の処理内容です~
function (imgdata, shift = TRUE)
{
if (!FALSE)
stop("Sorry, fftw not available")
imgmatrix <- array(imgdata)
depth <- if (attr(imgdata, "type") == "grey")
1
else dim(imgdata)[3]
width <- dim(imgdata)[2]
height <- dim(imgdata)[1]
res <- .C("fft_image", image = as.complex(imgmatrix), wi...
height = as.integer(height), depth = as.integer(depth),
PACKAGE = "biOps")
imgdim <- c(height, width, if (depth == 3) depth else NU...
img <- array(res$image, dim = imgdim)
if (shift)
imgFFTShift(img)
else img
}
environment: namespace:biOps>
OS
Windows7 64bit
R インストールパッケージ：R 2.15.3
ImageMagick
インストールパッケージ：ImageMagick-6.7.6-9-Q16-windows-...
GTK2
インストールパッケージ：gtk2-runtime-2.16.6-2010-05-12-a...
EBImage
インストールパッケージ：EBImage 3.12.0.zip
RImageBook
インストールパッケージ:バージョン 3.0.1 の R の下で造ら...
参考にした本
Rで学ぶデータサイエンス デジタル画像処理 共立出版
助言お願いいたします~
//
- 「Sorry, fftw not available」ということは、libfftw3が見...
//この質問内容は上級者のものとは思えませんので、初心者の...
- ご意見ありがとうございます。回答を基にlibfftwをインスト...
**重積分を含む関数を最大化するパラメータの推定方法につい...
>[[ishi03]] (2014-08-05 (火) 11:07:31)~
~
R初心者のishi03と申します。~
この質問の背景をご説明致します。~
私は，理系出身ではありますが，これまで解析的なことを全く...
関数は，
f(k1,k2)=-N*(ln(4*pi)-N*(ln(d(k1,k2)))+k1*a+k2*b
d(k1,k2)=( (4*pi)^(-1))*∫[0→2*pi]∫[0→pi]{sin[θ]*exp( (si...
k1≦k2≦0，N，a，bは事前に与えられている定数
で定義されています。~
k1，k2を求める上で，関数f(k1,k2)を最大にする必要があるの...
Nelder-Mead direct search function minimizer
以下にエラー optim(par = initial, fn = f, control = list...
cannot coerce type 'closure' to vector of type 'double'
との結果が返って参ります。~
どうにか，こちらのk1，k2を算出することはできませんでしょ...
以下に記述しましたコードを示します。
# 事前に定義される定数（仮で設定）
n <- 10
τmin <- 10
τint <- 5
# d(k1, k2）を関数で定義
library(cubature)
d <- function(x, k1, k2)
｛sin(x[1]) * exp(((k1 *(cos(x[2]))^2 + k2 * (sin(x[2]))...
d_int <- adaptIntegrate(c, c(0, 0), c(pi, 2 * pi))
# f(k1, k2）を関数で定義
# k1，k2 の条件を逸した場合は異常値を返すようにしてみま...
f <- function(par) {
k1 <- par[1]
k2 <- par[2]
if (k1 > k2 || k2 > 0) {return(-20000)}
return(function(par) {
k1 <- par[1]
k2 <- par[2]
N <- n
a <- τmin
b <- τint
-N * log(4 * pi) - n * log(d_int) + k1 * a + k2 * b})}
# 最大化する k1，k2 の算出
initial <- c(0, 0)
opt <- optim(par=initial, fn=f, control=list(fnscale=-1,...
なお，使用環境はR version 3.1.1 (2014-07-10)，win7の64bit...
大変申し訳ありませんが，宜しくお願い申し上げます。~
//
- プログラム的におかしな所がいくつかあるので，書き換えて...
# 事前に定義される定数（仮で設定）
n <- 10
τmin <- 10
τint <- 5
# d(k1, k2）を関数で定義
library(cubature)
d <- function(x, k1, k2)
# {sin(x[1]) * exp(((k1 *(cos(x[2]))^2 + k2 * (sin(x[2])...
{sin(x[1]) * exp((k1 * cos(x[2])^2 + k2 * sin(x[2])^2)...
# d_int <- adaptIntegrate(c, c(0, 0), c(pi, 2 * pi))
# f(k1, k2）を関数で定義
# k1，k2 の条件を逸した場合は異常値を返すようにしてみま...
f <- function(par) {
k1 <- par[1]
k2 <- par[2]
if (k1 > k2 || k2 > 0) {return(-20000)}
# return(function(par) {
# k1 <- par[1]
# k2 <- par[2]
N <- n
a <- τmin
b <- τint
d_int <- adaptIntegrate(d, c(0, 0), c(pi, 2 * pi), k1=k1...
-N * log(4 * pi) - n * log(d_int) + k1 * a + k2 * b
# })
}
# 最大化する k1，k2 の算出
initial <- c(-0.3, -0.2)
opt <- optim(par=initial, fn=f, control=list(fnscale=-1,...
opt
- 修正箇所は#で表記頂きましたおかげで大変分かり易く理解で...
**パッケージ内の関数の中身を見ることができない [#r6b186fe]
>[[kamo]] (2014-07-31 (木) 12:34:11)~
~
RHmmというパッケージにHMMFitという関数があり、その中身は
HMMFit
と入力すると見ることができるのですが、HMMFitの中にはBaumW...
> BaumWelch
Error: object 'BaumWelch' not found
となってしまい、関数が見つかりません。BaumWelchの中身を見...
Google検索で似たようなケースがないか調べてみましたが、見...
//
- S3なら[[R-FAQ-3.10.jp.pdfの7.26(45ページ):https://drive...
- install.packages("fortunes"); library(fortunes); fortun...
- ありがとうございます。 -- [[kamo]] &new{2014-07-31 (木)...
- ソースを活用して効率的に進められそうです。メソッド、ク...
**文字列ベクトルの各要素の長さを統一する [#q9d04599]
>[[名無し]] (2014-07-30 (水) 20:20:49)~
~
c("123","abcd","xy") という文字列ベクトルに対して各要素の...
処理後の文字列ベクトル
c("**123","*abcd","***xy")
formatCやsprintfについて調べて見ましたが、数値ベクトルの...
ご教示お願いいたします。~
//
- 文字列の長さが5より長かったらどうしたいですか？~
まあ，それはどうでもよいし，それはあなたが決めればよいか....
取りあえずは
> x <- c("123","abcd","xy")
> sapply(x, function(z) paste(substr("*****", 1, 5-nchar...
123 abcd xy
"**123" "*abcd" "***xy"
> x <- c("", "1", "12", "123", "1234", "12345", "123456"...
> sapply(x, function(z) paste(substr("*****", 1, 5-nchar...
1 12 123 1...
"*****" "****1" "***12" "**123" "*12...
どうですかね？ -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁である。]...
- ありがとうございます。文字列の長さが5を超える場合はその...
- 文字列の途中に空白がないならベタな方法もあります -- &n...
> x <- c("123","abcd","xy","55555555")
> gsub(' ','*',sprintf("%5s",x))
[1] "**123" "*abcd" "***xy" "55555555"
**Rstudio ServerでのmailRパッケージ使用について [#r2fd67fc]
>[[saka]] (2014-07-30 (水) 18:52:04)~
~
Rstudio Server(CentOS, R version 3.0.2)を使い、mailRパッ...
以下のようなスクリプトで(メールアドレス等はダミー)、デス...
考えられる理由や解決法が分かれば、ご教授お願いできません...
send.mail(from = "sender@gmail.com",
to = c("recipient1@gmail.com", "recipient2@gm...
subject = "Subject of the email",
body = "Body of the email",
smtp = list(host.name = "smtp.gmail.com", por...
user.name = "gmail_username", pas...
ssl = TRUE),
authenticate = TRUE,
send = TRUE)
Rstudio Serverでのエラー表示
org.apache.commons.mail.EmailException: Sending the ema...
following server failed : smtp.gmail.com:465
at org.apache.commons.mail.Email.sendMimeMessage(Ema...
at org.apache.commons.mail.Email.send(Email.java:1437)
at java.lang.reflect.Method.invoke(libgcj.so.10)
at RJavaTools.invokeMethod(RJavaTools.java:386)
Caused by: javax.mail.MessagingException: IOException w...
message;
nested exception is:
javax.activation.UnsupportedDataTypeException: no obj...
MIME type text/plain; charset=ISO-8859-1
at com.sun.mail.smtp.SMTPTransport.sendMessage(SMTPT...
at javax.mail.Transport.send0(Transport.java:254)
at javax.mail.Transport.send(Transport.java:124)
at org.apache.commons.mail.Email.sendMimeMessage(Ema...
...3 more
Caused by: javax.activation.UnsupportedDataTypeExceptio...
for MIME type text/plain; charset=ISO-8859-1
at javax.activation.ObjectDataContentHandler.writeTo...
at javax.activation.DataHandler.writeTo(libgcj.so.10)
at javax.mail.internet.MimeBodyPart.writeTo(MimeBody...
at javax.mail.internet.MimeMessage.writeTo(MimeMessa...
at com.sun.mail.smtp.SMTPTransport.sendMessage(SMTPT...
...6 more
NULL
Error: EmailException (Java): Sending the email to the ...
failed : smtp.gmail.com:465
//
- Rstudio Server は*全く*無関係ですね, CentOS上のJavaのru...
- 御助言ありがとうございました。アドバイスの通り調べてみ...
**rApache環境下のJavaライブラリ使用について [#idece022]
>[[清水]] (2014-07-28 (月) 23:01:43)~
~
CentOSサーバ上でrApache環境を構築して、RプログラムをWeb環...
同環境下で、Apache POIライブラリ使用によるExcelファイル作...
そのままではrJavaライブラリをローディングできないので、ht...
しかし実際にライブラリを使用するためには.jinit()を発行す...
Rソースは単純に以下のような内容で、環境変数の不足を疑って...
library(rJava)
.jinit()
1000行近くあるログの先頭は以下のような内容です。
# There is insufficient memory for the Java Runtime Envi...
# Native memory allocation (malloc) failed to allocate 2...
# Possible reasons:
# The system is out of physical RAM or swap space
# In 32 bit mode, the process size limit was hit
# Possible solutions:
# Reduce memory load on the system
# Increase physical memory or swap space
# Check if swap backing store is full
# Use 64 bit Java on a 64 bit OS
# Decrease Java heap size (-Xmx/-Xms)
# Decrease number of Java threads
# Decrease Java thread stack sizes (-Xss)
# Set larger code cache with -XX:ReservedCodeCacheSize=
# This output file may be truncated or incomplete.
#
# Out of Memory Error (os_linux.cpp:2726), pid=13829, t...
#
# JRE version: (7.0_51-b13) (build )~
# Java VM: Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (24.51-b03 ...
# Failed to write core dump. Core dumps have been disabl...
# try "ulimit -c unlimited" before starting Java again
--------------- T H R E A D ---------------
Current thread (0x00007fbecf6e1000): JavaThread "Unknow...
stack(0x00007fff9ed8f000,0x00007fff9ee8f000)]
Stack: [0x00007fff9ed8f000,0x00007fff9ee8f000], sp=0x00...
Native frames: (J=compiled Java code, j=interpreted, Vv=...
V [libjvm.so+0x992f4a] VMError::report_and_die()+0x2ea
V [libjvm.so+0x4931ab] report_vm_out_of_memory(char co...
V [libjvm.so+0x81338e] os::Linux::commit_memory_impl(c...
V [libjvm.so+0x81383f] os::Linux::commit_memory_impl(c...
V [libjvm.so+0x813a2c] os::pd_commit_memory(char*, uns...
V [libjvm.so+0x80daea] os::commit_memory(char*, unsign...
V [libjvm.so+0x98e849] VirtualSpace::expand_by(unsigne...
V [libjvm.so+0x98e9cd] VirtualSpace::initialize(Reserv...
V [libjvm.so+0x58a8e3] CodeHeap::reserve(unsigned long...
V [libjvm.so+0x420cf0] CodeCache::initialize()+0x80
V [libjvm.so+0x5a9605] init_globals()+0x45
V [libjvm.so+0x94ef8d] Threads::create_vm(JavaVMInitAr...
V [libjvm.so+0x6307e4] JNI_CreateJavaVM+0x74
--------------- P R O C E S S ---------------
"Unknown thread"が赤表示になっていてこれが原因と思われま...
原因と対処法についてご教授願います。~
//
- とりあえず, SELinuxを無効にして再起動してみたらどうなり...
- なかまさん回答ありがとうございます。SELinuxをpermissive...
- では, 再度有効にしてログを見ればわかるのでは？ -- [[な...
- なぜかブラウザを再読み込みしたら同じ投稿されてしまいま...
- 原因が分からずに自己解決しました。ログが出ない理由はaud...
**Not runとは [#lb2baa74]
>[[macy]] (2014-07-27 (日) 18:00:29)~
~
パッケージのマニュアル等を見ると、実行文の例文のところに~
# Not runという文字をよく見かけます。~
このNot runはどういう意味でしょうか？~
~
例文なので、実行するなという意味ではないような気がしたも...
常識的なことかと思うのですが、教えて下さい。~
~
Examples
## Not run:
# 略
## End(Not run)
//
- [[Writing R Extensionsのexamples:http://cran.r-project....
- 理解しました。なかまさん、ありがとうございます。 -- [[m...
**文字ベクトルの各要素の長さを調べたい [#le0903b1]
>[[初心者（Ｒ１０日目）]] (2014-07-27 (日) 16:18:06)~
~
以下のような文字ベクトルvがあるときに各要素の長さを取得す...
v <- c("a","xyz","pq","")~
~
各要素の長さとはc(1,3,2,0)を指します。~
//
- sapply(v, nchar) さらに，名前をはぎ取りたいなら unname(...
- ありがとうございました -- [[初心者（Ｒ１０日目）]] &new...
**時間帯にまとめた時系列グラフを描きたい [#lcd7eac0]
>[[しまだ]] (2014-07-23 (水) 15:16:29)~
~
ある水辺で飛来してくる水鳥をカウントし、データフレーム（d...
中身は以下のとおり,indsは水鳥の個体数、my_time2は観測時刻...
inds my_time2
1 22 2013-03-13 08:00:00
2 6 2013-03-13 08:00:00
3 6 2013-03-13 08:16:00
4 13 2013-03-13 08:28:00
5 4 2013-03-13 08:32:00
6 2 2013-03-13 11:37:00
7 2 2013-03-13 11:45:00
8 3 2013-03-13 11:56:00
9 3 2013-03-13 12:05:00
10 3 2013-03-13 12:24:00
11 2 2013-03-13 15:47:00
12 2 2013-03-13 15:49:00
（以下、略）
ここから（たとえば30分毎、あるいは1時間毎に個体数をまとめ...
//
- 以下のようなのがベースになるかも。30分ごとにしたければ ...
x <- as.integer(data$my_time2) %/% 3600
num <- c(by(data$inds, x, sum))
time <- names(num) <- as.POSIXct(as.integer(names(num)) ...
origin = "1960-01-01")
num
time
plot(time, num, type = "b")
- ありがとうございました。当初POSIXctとPOSIXltの区別がつ...
**条件判断が上手くいきません [#z0c6218b]
>[[のびたき]] (2014-07-17 (木) 18:43:24)~
~
初めまして、お世話になります。~
以下のような条件判断で失敗しています。
> a <- matrix(c(0.3, 0.15, 0.35, 0), ncol = 2, nrow = 2)
> sum(a) == 0.8
右辺も左辺もどちらも0.8なのでTRUEになるはずと期待している...
どのように直せばいいのかご教示ください。よろしくお願いい...
//
- Rでは通常,数値を浮動小数点として数値を扱います.
> a <- matrix(c(0.3,0.15,0.35,0),ncol=2,nrow=2)
> # 格納された16進表記
> sprintf("%A",sum(a))
[1] "0X1.9999999999999P-1"
> sprintf("%A",0.8)
[1] "0X1.999999999999AP-1"
> options(digits=22) # もうちょっと人間向けに
> sum(a)
[1] 0.7999999999999999333866
> 0.8
[1] 0.8000000000000000444089
これはFAQとして[[R-FAQの7.31:https://drive.google.com/fol...
たとえば
> TRUE == all.equal(sum(a), 0.8)
[1] TRUE
などとすると良いでしょう -- [[なかま]] &new{2014-07-17 (...
- なるほど、よくわかりました。ありがとうございました。 --...
**CPU数・コア数と計算速度について [#i7da49b8]
>[[LOL]] (2014-07-10 (木) 09:51:51)~
~
お世話になります。~
~
数百万回for文を繰り返すような解析を行う必要が生じたため、...
CPU数が2倍、コア数が4倍になるので大体8倍ぐらいの計算速度...
とてもがっかりしたのですが、こういうものなんでしょうか?~
//
- foreach %dopar%を使えば、速くなるかも？forだと、マルチ...
- Rにはマルチコア用の関数というものが存在しているのでしょ...
- http://cran.r-project.org/web/packages/doParallel/ -- [...
- 情報ありがとうございます。私のプログラムではfor文が入れ...
- 推測ですが, 最初の「実際は2倍程度」早くなったのはCPU本...
- 手前味噌ですが、私の「Rプログラミングマニュアル(改訂第...
- >中間様&br;もともとC言語でプログラミングの勉強を始めた...
- 「Rプログラミングマニュアル」ですが、現在改定前版と改定...
**linuxでのパッケージのインストール [#see2bc0e]
>[[SS]] (2014-07-02 (水) 09:26:06)~
~
linux(CentOS)を使用しています。~
パッケージをインストールする際に、インストールするディレ...
~
また、間違ったフォルダにインストールしたとして、単にmvで...
~
どなたかご回答宜しくお願いします。~
//
- linux に特殊事情があるのかも知れないけど，普通は instal...
- mvではダメでした。install.packagesに引数があるのですね...
- 追記です。mvでパッケージを移動した後にlibry()の引数lib....
- mvするのは最終手段だと思います。通常は、.libPaths()で既...
**Williams検定のP値について [#pdde0712]
>[[HY]] (2014-07-01 (火) 14:12:39)~
~
過去の質問(未解決)にもありましたが、Rを使ってWilliams検定...
[[multcomp パッケージでの Williams 検定について:http://ww...
~
RでP値まで求めたいのですが、P値を計算できた方いらっしゃい...
以下は検証したデータです。
入力データ
bpdown <- data.frame(
medicine=factor(rep(1:4, each=10)),
sbpchange=c(153, 153, 152, 156, 158, 151, 151, 150, 14...
158, 152, 152, 152, 151, 151, 157, 147, 15...
153, 146, 138, 152, 140, 146, 156, 142, 14...
137, 139, 141, 141, 143, 133, 147, 144, 15...
#SimCompを使う方法
library(SimComp)
SimTestDiff(data=bpdown, grp="medicine", resp="sbpchange",
type="Williams", base=1, covar.equal=T)
#[結果]
# comparison endpoint margin estimate statistic p.valu...
#1 C 1 sbpchange 0 -9.700 -4.180 0...
#2 C 2 sbpchange 0 -7.650 -3.806 0...
#3 C 3 sbpchange 0 -5.367 -2.832 0...
#multcompを使う方法
res1 <- aov(sbpchange ~ medicine, data=bpdown)
library(multcomp)
res2 <- glht(res1, linfct = mcp(medicine = "Williams"))
summary(res2)
#[結果]
#Linear Hypotheses:
# Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
#C 1 == 0 -9.700 2.321 -4.180 < 0.001 ***
#C 2 == 0 -7.650 2.010 -3.806 0.00111 **
#C 3 == 0 -5.367 1.895 -2.832 0.01410 *
SASを使える方にお願いしてP値を計算していただいた場合、「...
[SAS計算結果]
OBS t wp wtc
1 -0.34471 0.63384 1.68830
2 -1.37884 0.95606 1.76560
3 -2.31242 0.99785 1.79073
また、以下の青木先生のソースコードでｔ値は計算できました...
[[ウィリアムズの方法による平均値の多重比較:http://aoki2.s...
//
- http://stats.stackexchange.com/questions/89315/can-i-us...
- Only available from github https://github.com/zhenglei-...
- Sorry, package above shown may be not completed. -- &n...
- コメントくださり、ありがとうございます。Williams検定でP...
**一個飛びに0を入れるには、どうすれば良いですか？ [#i428e...
>[[のざわ]] (2014-07-01 (火) 11:35:21)~
~
お世話になります。~
たとえば以下を
1,2,3,4,5
こんな風にしたい
1,0,2,0,3,0,4,0,5,0
あるいは
1,0,0,2,0,0,3,0,0,4,0,0,5,0,0
と0を2個（あるいは複数)~
これをforやwhileなどループを使わずに作る方法はありません...
//
- あるよ。 -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁である。]] &n...
x <- 1:5
c(rbind(x, numeric(length(x))))
c(rbind(x, numeric(length(x)), numeric(length(x))))
とか
c(rbind(x, matrix(0, 1, length(x))))
c(rbind(x, matrix(0, 2, length(x))))
c(rbind(x, matrix(0, 10, length(x))))
**R version3.1.0でのrandomForest関数があるパッケージ名 [#...
>[[pararel]] (2014-06-19 (木) 21:50:04)~
~
Warning in install.packages :
package ‘randomForest’ is not available (for R version...
install.packages("randomForest")を実行すると上記の表示が...
R version 3.1.0でのrandomforest関数のパッケージ名を教えて...
~
何卒よろしくお願い申し上げます。~
//
- randomForest ですが... Windows でも Mac でも問題なくで...
- .Rprofile などに生存してない options(repos="http://essr...
- ネットワークの再起動をしたらインストール出来ました。&br...
**txt ファイルからNetCDF ファイル [#d3eafccb]
>[[ロビン]] (2014-06-08 (日) 14:01:41)~
~
txt ファイルからNetCDF ファイルに変換したいのですが，Rを...
//
- できるかできないかという二元論で言えば、[[RNetCDF:http:...
**sem のsummaryが例示と違う [#d41b5e7f]
>[[SK]] (2014-06-07 (土) 13:48:25)~
~
はじめまして。semをまず動かしてみようと~
http://www.okada.jp.org/RWiki/?R%A4%C7%B6%A6%CA%AC%BB%B6%...
の「潜在変数を仮定するモデル 」をそのまま実行させました。~
およそ同じような結果になるのですが、summaryで表示される項...
Goodness-of-fit indexやRMSEA index など、例示されているも...
また、結果の最後のInterationが17ではなく15になります。~
なにか設定とかが足りないでしょうか。~
以下が結果です。
> ans <- sem(model, cor(dat), 10)
> summary(ans)
Model Chisquare = 1.925355 Df = 5 Pr(>Chisq) = 0.85...
AIC = 21.92536
BIC = -9.58757
Normalized Residuals
Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. ...
-0.3976000 -0.0000002 0.0155300 0.1221000 0.2435000 ...
R-square for Endogenous Variables
v1 v2 v3 v4 v5
0.6297 0.0809 0.4573 0.0583 0.0506
Parameter Estimates
Estimate Std Error z value Pr(>|z|) ...
path1 0.7935558 0.4882341 1.6253592 0.10408604 v1 <---...
path2 -0.2843858 0.3849962 -0.7386717 0.46010637 v2 <---...
path3 -0.6762525 0.4525192 -1.4944171 0.13506663 v3 <---...
path4 -0.2414672 0.3860898 -0.6254172 0.53169727 v4 <---...
path5 0.2248359 0.3864879 0.5817413 0.56074096 v5 <---...
s1 0.3702693 0.6626860 0.5587401 0.57633909 v1 <-->...
s2 0.9191248 0.4485423 2.0491376 0.04044867 v2 <-->...
s3 0.5426826 0.5322169 1.0196644 0.30788765 v3 <-->...
s4 0.9416935 0.4546109 2.0714275 0.03831887 v4 <-->...
s5 0.9494489 0.4567576 2.0786712 0.03764758 v5 <-->...
Iterations = 15
利用環境Windows7Pro64bit R i386 3.1.0
> sessionInfo()
R version 3.1.0 (2014-04-10)
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Jap...
[3] LC_MONETARY=Japanese_Japan.932 LC_NUMERIC=C ...
[5] LC_TIME=Japanese_Japan.932
attached base packages:
[1] splines stats graphics grDevices utils da...
other attached packages:
[1] sem_3.1-4 car_2.0-20 Rcmdr_2.0-4
loaded via a namespace (and not attached):
[1] MASS_7.3-31 matrixcalc_1.0-3 nnet_7.3-8 t...
[6] tools_3.1.0
//
- プログラムが変わったからから，結果もいろいろ変わったの...
- さっそくに教えていただきありがとうございます！できまし...
**フィッシャーの判別分析について [#fd7498d4]
>[[K]] (2014-06-02 (月) 16:32:32)~
~
お世話になります。フィッシャーの判別分析を行うためMASSパ...
~
~
library(MASS)
dat <- data.frame(value=c(9.43,9.43,9.47,9.50,9.60,9.62,...
9.65,9.66,9.69,9.72,9.72,9.72,9.75,9.78,9.78,9.78...
class=c(rep("A",5),rep("B",13)))
z <- lda(class~., dat)
dat <- cbind(dat, predict(z, dat)$class)
colnames(dat)[ncol(dat)] <- "pred"
datは以下のようになります。classは真のクラス、predはldaの...
~
value class pred
1 9.43 A A
2 9.43 A A
3 9.47 A A
4 9.50 A A
5 9.60 A B
6 9.62 B B
7 9.62 B B
8 9.65 B B
9 9.66 B B
10 9.69 B B
11 9.72 B B
12 9.72 B B
13 9.72 B B
14 9.75 B B
15 9.78 B B
16 9.78 B B
17 9.78 B B
18 9.81 B B
ここで、変数をxとしたときの判別式は以下のように計算される...
~
#係数の算出
coeff <- z$scaling
#定数項の算出
const <- apply(z$means %*% z$scaling, 2, mean)
~
0 = coeff*x - const
x = const/coeff = 146.5764/15.26728 = "9.600692"
~
この結果から、"9.600692"を判別面としてpredのクラスが決め...
~
特定のパッケージのことで回答しづらいと思いますが、何でも...
~
なお、係数や定数項の求め方は以下の書籍やホームページの記...
http://www.morikita.co.jp/books/book/536~
http://homepage2.nifty.com/nandemoarchive/GLM/tahenryou_0...
http://entertainment-lab.blogspot.jp/2012/12/r.html~
~
環境はWin 7, R 3.0.2, MASS 7.3-29です。~
//
- > "9.600692"を判別面としてpredのクラスが決められている...
> library(MASS)
> dat <- data.frame(value=c(9.43,9.43,9.47,9.50,9.60,9.6...
9.65,9.66,9.69,9.72,9.72,9.72,9.75,9.78,9.78,9....
class=c(rep("A",5),rep("B",13)))
> z <- lda(class~., dat)
ここからデバッグ
> debug(predict)
> predict(z)
debugging in: predict(z)
debug: UseMethod("predict")
ng = 2
dm
LD1
A -2.5292791
B 0.9727997
prior
A B
0.2777778 0.7222222
x
value
1 9.43
2 9.43
3 9.47
4 9.50
5 9.60
略
dist <- matrix(0.5 * rowSums(dm^2) - log(prior), nrow(x)...
byrow = TRUE) - x[, 1L:dimen, drop = FALSE] %*% t(dm)
A B
1 -4.080144 4.0907860
2 -4.080144 4.0907860
3 -2.535536 3.4967058
4 -1.377080 3.0511458
5 2.484441 1.5659455
略
dist <- exp(-(dist - apply(dist, 1L, min, na.rm = TRUE)))
A B
1 1.000000e+00 0.0002827549
2 1.000000e+00 0.0002827549
3 1.000000e+00 0.0024001077
4 1.000000e+00 0.0119356523
5 3.991190e-01 1.0000000000
略
posterior <- dist/drop(dist %*% rep(1, ng))
A B
1 9.997173e-01 0.000282675
2 9.997173e-01 0.000282675
3 9.976056e-01 0.002394361
4 9.882051e-01 0.011794873
5 2.852645e-01 0.714735492
略
cl <- factor(nm[max.col(posterior)], levels = object$lev)
[1] A A A A B B B B B B B B B B B B B B
exiting from: predict(z)
$class
[1] A A A A B B B B B B B B B B B B B B
Levels: A B
$posterior
A B
1 9.997173e-01 0.000282675
2 9.997173e-01 0.000282675
3 9.976056e-01 0.002394361
4 9.882051e-01 0.011794873
5 2.852645e-01 0.714735492
略
$x
LD1
1 -3.38424667
2 -3.38424667
3 -2.77355554
4 -2.31553720
5 -0.78880937
略
- ご回答ありがとうございます。事前確率を指定した場合と指...
- 事前確率を考慮するか（どのような事前確率を採用するのか...
- 事前確率に関する計算をする箇所は特定できても、どのよう...
**biOpsのインストールについて [#qeb4fc82]
>[[ay]] (2014-05-29 (木) 15:39:32)~
~
MacのOS X Mavericks‎でRを使用しています。~
~
画像処理を行うため、biOpsが必要になったのですが、ターミナ...
install.packages("biOps", repos="http://cran.md.tsukuba.a...
を入力したところ以下のようなメッセージが表示されました~
sudo port install ImageMagick~
♥ チョキチョキ，チョッキンと切り取り
警告メッセージ:
In install.packages("biOps", repos = "http://cran.md.tsu...
パッケージ ‘biOps’ のインストールは、ゼロでない終了値を...
また、biOpsのサイト（http://cran.r-project.org/web/packag...
OS X Mavericks binaries: r-release: not available~
と書かれていました。MavericksでのbiOpsの使用は不可能なの...
ご存知の方いらっしゃいましたらよろしくお願いします。~
//
- ご存じも何も，"OS X Mavericks binaries: r-release: not ...
- わかりました。早急な回答ありがとうございます。 -- [[ay]...
- 私もMarvericksを使っています。また同じくMacPortsユーザ...
$ sw_vers
ProductName: Mac OS X
ProductVersion: 10.9.3
BuildVersion: 13D65
MacPortsでbiOpsパッケージに必要なPortを事前に入れておいて...
> install.packages("biOps", repos="http://cran.md.tsukub...
type="source", configure.vars = 'LDFLAGS=-L/opt/local...
URL 'http://cran.md.tsukuba.ac.jp/src/contrib/biOps_0.2....
を試しています
[snip]
* DONE (biOps)
[snip]
正常にインストールされれば、biOps.soは次のようになってい...
$ otool -L /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/
Resources/library/biOps/libs/biOps.so
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/
library/biOps/libs/biOps.so:
biOps.so (compatibility version 0.0.0,
current version 0.0.0)
/opt/local/lib/libtiff.5.dylib (compatibility version 8....
current version 8.0.0)
/opt/local/lib/libjpeg.9.dylib (compatibility version 11...
current version 11.0.0)
/opt/local/lib/libfftw3.3.dylib (compatibility version 8...
current version 8.4.0)
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/
lib/libR.dylib (compatibility version 3.1.0,
current version 3.1.0)
/System/Library/Frameworks/CoreFoundation.framework/
Versions/A/CoreFoundation (compatibility versi...
current version 855.16.0)
/usr/lib/libSystem.B.dylib (compatibility version 1.0.0,
current version 1197.1.1)
もし、libtiff.5.dylibが表示されなければ、正常にインストー...
$ diff /Library/Frameworks/R.framework/
Resources/etc/Makeconf{.orig,}
18c18
< CFLAGS = -Wall -mtune=core2 -g -O2 $(LTO)
---
> CFLAGS = -Wall -mtune=core2 -g -O2 $(LTO) -I/opt/local...
20c20
< CPPFLAGS = -I/usr/local/include -I/usr/local/include/f...
-I/opt/X11/include
---
> CPPFLAGS = -I/usr/local/include -I/usr/local/include/f...
-I/opt/X11/include -I/opt/local/include
23c23
< CXXFLAGS = -Wall -mtune=core2 -g -O2 $(LTO)
---
> CXXFLAGS = -Wall -mtune=core2 -g -O2 $(LTO)
-I/opt/local/include
69c69
< LDFLAGS = -L/usr/local/lib
---
> LDFLAGS = -L/usr/local/lib -L/opt/local/lib
- 回答ありがとうございます。早速試してみます！ -- [[ay]] ...
- ぎゃふん。&br;作者（メインテイナー）がバイナリを用意で...
- CRANパッケージ登録処理の事情を説明すると、メンテナが手...
// この手のパッケージは、自分が使う分には何とでもなるので...
**行列の列への掛け算について [#kc24208f]
>[[mao]] (2014-05-29 (木) 11:33:02)~
~
お世話になります。以下のような行列の列1,2,3にcofの1,2,3番...
matrix(1:9,3,3)
cof <- 2:4
このとき、どのような処理をすればよいでしょうか。*や%*%を...
宜しくお願いします。~
//
- 質問が曖昧ですが，* を使ってうまくいかなかったというこ...
> x <- matrix(1:9,3,3)
> cof <- 2:4
> t(t(x)*cof)
[,1] [,2] [,3]
[1,] 2 12 28
[2,] 4 15 32
[3,] 6 18 36
- ありがとうございました。転値して転値するのですか。意外...
- > 意外な処理です。&br;意外でもなんでもない，定石中の定...
- 確かにそうなりますね。for文で列ごとに処理するよりだいぶ...
- cofをmatrix(rep(2:4, 3), 3, byrow=TRUE)としておけば、x*...
**Rstudioが起動できない [#w1ea24e4]
>[[永野]] (2014-05-26 (月) 19:11:52)~
~
Windows8でRstudioをインストールした後、実行しようとしたと...
どなたか対処方法をご存じの方がいらっしゃいましたら、ご指...
//
//- 他のプログラムは問題なく動くのでしょうかね？&br;もう...
//- 一般的に，掲示版での応答はある程度の時間的余裕を見な...
- ご質問から随分時間が経ってしまったので解決済みかもしれ...
**データフレームから特定の列を抜く [#gbb7d157]
>[[paul]] (2014-05-17 (土) 21:31:42)~
~
お世話になります。~
~
あるデータフレームの列を除こうとしています。~
抜こうとしている列は数値で、その全値を足しこんだ総和が”0”...
Base01 <- Base00[, (colSums(Base00[,14:50]) != 0)]
colSumsで見たと結果で0となっている列が排除されていないよ...
スマートな方法はありますでしょうか。~
ちなみに、行を対象にした特定の行排除には以下のように実施...
Base01 <- subset(Base01, rowSums(Base00[,14:50]) != 0)
//
- あのね。あなたがやったことがはっきりわからないのよ。だ...
> Base00 <- data.frame(a=1:5, b=-2:2, c=rnorm(5))
> Base00
a b c
1 1 -2 2.3755710
2 2 -1 -1.5356930
3 3 0 0.3075105
4 4 1 -2.2391591
5 5 2 -0.8341275
> Base01 <- Base00[, colSums(Base00[,1:3]) != 0]
> Base01
a c
1 1 2.3755710
2 2 -1.5356930
3 3 0.3075105
4 4 -2.2391591
5 5 -0.8341275
- 原因がわかりました。やりかたは間違っておりませんでした...
**カテゴリカルな多変量解析 [#ce9d85bc]
>[[☆]] (2014-05-06 (火) 12:26:35)~
~
お世話になっております。~
~
質問項目のデータを用いて主成分分析を適用したかったのです...
SPSSでは「カテゴリカル主成分分析」という分析方法が使える...
~
そこでR、できればRコマンダーで分析できれば、と考えたので...
~
この相関行列に主成分分析を適用したいと考えたのですが、Rコ...
~
また、このような方法はカテゴリカルな主成分分析と言えるの...
~
的外れな質問でしたら、大変申し訳ございません。~
どうぞよろしくお願い申し上げます。~
//
- SPSS で言うカテゴリカル主成分分析は，最適尺度法のことで...
**scan関数の挙動について [#n730598a]
>[[dengaku]] (2014-05-06 (火) 01:25:02)~
~
お世話になります。~
~
windows7で32bit版のR3.1.0を使用しております。~
~
R3.1.0でscan関数に以下のような処理を行わせると、半角文字...
出力結果が異なることに気がつきました。~
~
どうも、区切り文字で区切る全角文字が１文字の場合、改行コ...
分割されない場合があるようです。
scan(text = "a,b,c", what="character", sep=",")
Read 3 items
[1] "a" "b" "c"
scan(text = "ab,cd,e", what="character", sep=",")
Read 3 items
[1] "ab" "cd" "e"
scan(text = "あ,い,う", what="character", sep=",")
Read 1 item
[1] "あ,い,う\n"
scan(text = "あい,うえ,お", what="character", sep=",")
Read 3 items
[1] "あい" "うえ" "お\n"
scan(text = "あい,うえ,おか", what="character", sep=",")
Read 3 items
[1] "あい" "うえ" "おか"
R3.0.3以前では、上記のような全角文字を対象とした場合でも...
加えられることなく、下記のように区切り文字で正しく区切ら...
~
x <- scan(text="あ,い,う",what="character",sep=",")~
Read 3 items~
x~
[1] "あ" "い" "う"~
~
もし、私と同様の結果が再現されるようでしたら、教えていた...
全角文字を対象とした場合のR3.1.0のscan関数の出力結果は、...
それとも、バグなのでしょうか。~
何卒、よろしくお願い致します。~
//
- Win8 64bitのR3.1.0で上記のバグっぽい現象が再現しました...
- Win7 64bitのR3.1.0でも再現。こちらの方法なら逃げられま...
> strsplit("a,b,c ",",")
[1] "a" "b" "c "
> strsplit("あ,い,う",",")
[1] "あ" "い" "う"
> strsplit("あい,うえ,お",",")
[1] "あい" "うえ" "お"
- どうせなら，完璧に。unlist(strsplit("あい,うえ,お",",")...
- コメント、本当にありがとうございます。恐らくバグである...
**エラー 解釈 [#ddd67df9]
>[[まる]] (2014-04-30 (水) 09:32:08)~
~
お世話になっております。~
Rでエラーが出て、計算ができません。~
IRTの段階反応モデル（grm）を行った際に、以下のエラーが出...
以下にエラー log.pr[xj, ] : 添え字が許される範囲外です
これは何を意味するエラーなのでしょうか。~
~
ご教授願います。~
//
- 文字通り，「添え字が許される範囲外」です。具体的には，l...
> (a <- matrix(1:12, 3)); a[5,]
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 1 4 7 10
[2,] 2 5 8 11
[3,] 3 6 9 12
以下にエラー a[5, ] : 添え字が許される範囲外です
a は3行4列なのに，5行目を参照しようとした。ということ。 -...
- ご教授ありがとうございます。大変勉強になりました。初歩...
- > 解決策としては何が考えられるのでしょうか&br;あなたの...
**文字列の結合について [#jdf9a514]
>[[しよう]] (2014-04-24 (木) 16:53:07)~
~
a1, a2, a3....a10という変数があり、この中に文字列が格納さ...
a1 <- c("AAA","BBB")
a2 <- c("CCC","DDD")
a3 <- c("EEE","FFF")
a4 <- c("GGG","HHH")
a5 <- c("III","JJJ")
a6 <- c("KKK","LLL")
a7 <- c("MMM","NNN")
a8 <- c("OOO","PPP")
a9 <- c("QQQ","RRR")
a10 <- c("SSS","TTT")
このとき、a1〜a10をすべて結合したいのですが、
c(a1,a2,a3,a4,a5,a6,a7,a8,a9,a10)
と入力するのは醜いです。何かよい方法は無いでしょうか。~
宜しくお願いします。~
//
- 「醜い」って言っても，そもそもあなたが文字列を10個の変...
ans <- NULL
for (i in 1:10) {
eval(parse(text=paste("ans <- c(ans, a", i, ")", sep=""...
}
ans
いずれにしても，少なくとも，データを変数にではなく，リス...
- まだお返事がないので，その間に。&br;もし，同じようなデ...
- ファイルは一行の文字列で複数のフォルダに保存されていま...
- できました！最後にunlist()すれば簡単に結合できますね。l...
**長さの異なるベクトルをcbindで結合する [#r68329b1]
>[[J]] (2014-04-23 (水) 09:48:29)~
~
お世話になります。Win7, R3.0.2を使用しています。~
以下のように長さの異なるベクトルa,bをcbindすると、同じ長...
a <- c(1, 2, 3)
b <- c(4, 5, 6, 7, 8)
cbind(a, b)
ここで、繰り返されるaの要素を0またはNAにしたいのですが、...
お手数ですが、ご教示宜しくお願いします。~
//
- 「実際のデータでは10個ほどの長さの異なるベクトル」とい...
Cbind <- function(...) {
x <- list(...)
len <- max(sapply(x, length))
sapply(x, function(y) c(y, rep(NA, len - length(y))))
}
実行例
> Cbind(1:3, 20:24, 40:41)
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 20 40
[2,] 2 21 41
[3,] 3 22 NA
[4,] NA 23 NA
[5,] NA 24 NA
> Cbind(c(2, 3, 1, 5), c(4, 3, 6), c(9, 4, 2, 5, 3, 1), ...
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 2 4 9 7
[2,] 3 3 4 6
[3,] 1 6 2 NA
[4,] 5 NA 5 NA
[5,] NA NA 3 NA
[6,] NA NA 1 NA
- ご回答ありがとうございました。ベクトル数は今後データを...
- こんなのもあり。 -- [[Null]] &new{2014-04-24 (木) 11:32...
> a1 <- 1:2; a2 <- 1:3; a3 <- 1:4
> maxl <- max(length(a1),length(a2),length(a3)); maxl
[1] 4
> length(a1) <- maxl; length(a2) <- maxl; length(a3) <- ...
> A <- cbind(a1,a2,a3); A
a1 a2 a3
[1,] 1 1 1
[2,] 2 2 2
[3,] NA 3 3
[4,] NA NA 4
> A[is.na(A)] <- 0; A
a1 a2 a3
[1,] 1 1 1
[2,] 2 2 2
[3,] 0 3 3
[4,] 0 0 4
- 繰り返しはプログラムに書くのではなくコンピュータにやら...
Cbind2 <- function(...) {
x <- list(...)
len <- max(sapply(x, length))
sapply(x, function(y) {length(y) <- len; y})
}
**> adf.test(○○) 以下にエラー NCOL(x) : オブジェクト '○...
>[[クマ]] (2014-04-23 (水) 00:13:16)~
~
MacでR version 3.1.0を使っておりまして、CSVで「○○」という...
> dat <- read.csv("FCsuii.csv", na.strings="*")
複数の変数がありますが、読み込みは成功しておりました。
そのあと変数のうちの一つ「kaiinsuu」を分析するためにパッ...
> adf.test(kaiinsuu)
を入力したところ
以下にエラー NCOL(x) : オブジェクト 'kaiinsuu' がありま...
と出ました。~
CSVデータは読み込めているが変数を関数で処理できない状態に...
よろしくおねがいいたします。~
//
- dat はデータフレームなので，kaiinsuu を使いたいのなら d...
- ありがとうございます！dat$kaiinsuuで解決いたしました。...
- with()を使う方法もあります -- &new{2014-04-23 (水) 12:...
> with(dat, adf.test(kaiinsuu))
- ありがとうございます！勉強になります。引き続きよろしく...
**R3.0以降で*.rファイル内に大きなベクトルを記述すると実行...
>[[H]] (2014-04-14 (月) 18:58:53)~
~
お世話になります。Windows 7上でRを使用しております。~
~
R 2.15からR 3.1へのアップグレードをすると、一部のプログラ...
~
遅くなってしまうのはこのような[[このようなプログラム（*.r...
~
ベクトル部分を別ファイルに書き出しておいて、scan()すれば1...
~
どうぞよろしくお願いいたします。~
~
なお、この現象はWindows 7 32bitと64bitの2つのPCで再現する...
//
- keep.source=FALSE にすればよいのではないでしょうか？ --...
- お見立て通りでした。options(keep.source=FALSE)を1度実行...
**Ubuntuでのパッケージ・インストールエラー [#m05c66e7]
>[[nnet]] (2014-04-12 (土) 18:21:11)~
~
Ubuntu 12.04 LTSで、~
R version 3.1.0 (2014-04-10)を使用しています。~
パッケージRSNNSをインストールしようとして、以下のように入...
install.packages("RSNNS")
すると、次のようなメッセージが出て、インストールできませ...
kr_io.cpp: メンバ関数 ‘krui_err SnnsCLib::krio_writeSite...
kr_io.cpp:930:25: エラー: 書式が文字列リテラルでは無く、...
[-Werror=format-security]
（中略）
cc1plus: some warnings being treated as errors
make: *** [kr_io.o] エラー 1
ERROR: compilation failed for package ‘RSNNS’
コンパイルに失敗しているようですが、対処方法がわからず苦...
どなたか、対策をお教えいただければ幸いです。~
//
- 3.0.3の時はどうでしたか？今、Ubuntuが手元にないのですが...
- 実は、私はWinddows XP難民で、最近ubuntuに避難してきたば...
-Mac OS X 10.9.2 ビルド 13C64，R version 3.1.0 beta (2014...
> install.packages("RSNNS", type="source")
URL 'http://cran.md.tsukuba.ac.jp/src/contrib/RSNNS_0.4...
[snip]
kr_io.cpp: In member function ‘krui_err SnnsCLib::krio_w...
kr_io.cpp:930: warning: format not a string literal and ...
[snip]
installing to /Library/Frameworks/R.framework/Versions/...
** R
** data
** demo
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
sh: rm: command not found
* DONE (RSNNS)
sh: rm: command not found
[snip]
- ご返信ありがとうございます。 ご示唆の通り、 install.p...
- UbuntuなどUnix系（MacOSXを除く）では、install.packages...
- 下記のとおり、依存パッケージはどちらもインストール済み...
> library()
...
Rcpp Seamless R and C++ Integration
...
methods Formal Methods and Classes
- こちらではインストールできています。 -- &new{2014-04-1...
$ lsb_release -dc
Description: Ubuntu 13.10
Codename: saucy
$ R --version | head -1
R version 3.1.0 beta (2014-03-28 r65330) -- "Spring Dance"
nnetさんとはUbuntuのバージョンが違いますがRSNNSをインスト...
> packageVersion("Rcpp")
[1] ‘0.11.0’
> install.packages("RSNNS", .libPaths()[2], "http://cran...
URL 'http://cran.md.tsukuba.ac.jp/src/contrib/RSNNS_0.4...
[snip]
kr_io.cpp: In member function ‘krui_err SnnsCLib::krio_...
kr_io.cpp:930:25: warning: format not a string literal a...
sprintf( buf, fmt_hdr1 );
[snip]
installing to /usr/lib/R/site-library/RSNNS/libs
** R
** data
** demo
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (RSNNS)
[snip]
「DONE (RSNNS)」と表示されたらインストールできています。...
- 当方はR 3.1.0 on Ubuntu 12.04 LTS 32-bitで、質問者さん...
- [解決しない助言だったので削除します] 書き込んだ本人 -- ...
- いろいろとご教示いただき、ありがとうございます。今晩、...
- Rを3.1.0 beta (2014-03-28 r65330)から、3.1.0 (2014-04-1...
で、ベタな方法ですがsrc/Makevarsに「PKG_CXXFLAGS=-Wno-for...
$ tar xvzf RSNNS_0.4-4.tar.gz
$ cd RSNNS/src
$ gedit Makevars
PKG_CPPFLAGSの下にでも「PKG_CXXFLAGS=-Wno-format-security...
$ cd - #元のディレクトリ戻る
$ sudo R CMD INSTALL -l "/usr/local/lib/R/site-library" ...
これでコンパイルが通ると思います。nnetさんは、上記で成功...
$ grep format-security /etc/R/Makeconf | sed '/^#/d'
CFLAGS = -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-siz...
-Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g $(LTO)
CXXFLAGS = -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-s...
-Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g $(LTO)
CXX1XFLAGS = -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer...
-Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g
このCXXFLAGSの「-Werror=format-security」を「-Wno-error=f...
- nnetです。早速、帰宅して試してみました。 まず、第１の方...
sudo R CMD INSTALL -l "/usr/local/lib/R/site-library"
RSNNS * installing
*source* package ‘RSNNS’ ...
file src/Makevars’ has the wrong MD5 checksum
と、いきなり叱られ（ファイルサイズが当初と異なっているの...
**スペクトルの図の色について [#rc1bb377]
>[[お花見さん]] (2014-04-12 (土) 11:50:58)~
~
ウエーブレットのパワースペクトルの色の説明で，色が1から0...
この1から0の値は，何でしょうか？信頼係数とか有意水準と関...
//
**2013年1月−7月の過去ログ [#gfcdca9f]
>[[taipapa]] (2014-04-07 (月) 14:01:38)~
~
こちらでお尋ねすることかどうか分からないのですが，Ｑ＆Ａ ...
//
**ggplot2 で時系列データの時間を色相環で表したい [#h76b02...
>[[Time]] (2014-04-06 (日) 12:03:05)~
~
ggplot2 で x 座標、y 座標、時刻の情報を持ったデータを、散...
このとき、時刻情報をプロットの色、しかも色相環に準じた色...
例えば、0時が緑、6時が黄色、12時が赤、18時が青、24時が緑...
ところが下記のように、色が補色に向かって変わっていくプロ...
この目的を達成できるような関数があればお教え下さい。~
よろしくお願い致します。
require(ggplot2)
data <- data.frame(Time <- 0:24, x <- rnorm(25, 0, 3), y...
(g <- ggplot(data, aes(x = x, y = y)) + geom_point(aes(c...
+ scale_colour_gradient2(low = "green", mid...
//
- データフレームで Time <- 0:24 などは，はなはだマズイで...
data <- data.frame(Time = 0:24, x = rnorm(2。5, 0, 3), y...
plot(x, y, col=rainbow(24)[as.integer(data$Time)], pch=1...
legend("bottomright", legend=0:23, col=rainbow(24)[1:24]...
&ref(rainbow.png);
- ありがとうございます!!"<-" と "=" についてのご指摘もあ...
- hsv()で角度で彩度指定できるので、色相環の好きな場所から...
- rainbow()も内部でhsv()を使っているんだけどね:p -- &new...
まず、"green"のRGBを調べて、HSVに変換してみます。
> col2rgb("green")
[,1]
red 0
green 255
blue 0
> rgb2hsv(r = 0, g = 255, b = 0)
[,1]
h 0.3333333
s 1.0000000
v 1.0000000
これでgreenのhの値が分かりました。これでぐるっと、hを回し...
> k <- seq(from = 0.3333330, to = 1 + 0.3333330, length....
> cols <- hsv(h = ifelse(k < 1, k, k - 1))
この色を使って描画する。
> plot(y~x, data = data, col=cols[as.integer(Time)], pch...
> legend("left", legend=0:23, col=cols, pch=19, bty="n",...
#ref(20140408.png,center);
これだと、「6時が黄色、12時が赤、18時が青」の要件は満たし...
> rgb2hsv(col2rgb(c("yellow", "red", "blue")))[1, ]
[1] 0.1666667 0.0000000 0.6666667
これらの値を中間に挟んでseq()で上のkを分割作成して結合す...
- ifelse(k < 1, k, k - 1) はk%%1でOK。６時を黄色にするに...
- "<-" はなぜだめなのでしょうか？ ＝と同じ意味だと思...
- 関数の引数に代入する場合、「<-」と「=」は意味が違います...
> x <- LETTERS[1:3]
> x
[1] "A" "B" "C"
> mean(x = 1:3)
[1] 2
> x
[1] "A" "B" "C"
> mean(x <- 1:3)
[1] 2
> x
[1] 1 2 3
**SLmiscパッケージについて [#ka5ff541]
>[[もみも]] (2014-04-04 (金) 17:13:02)~
~
RのSLmiscをインストールしたいんですが。tar.gzだからなのか...
~
k-means法のkを導き出すのにギャップ統計量を使った機械的な...
~
・SLmiscにかわるパッケージ~
・SLmiscをどうにかインストールする方法~
~
どなたか教えていただければ幸いです。~
//
- http://ciel344.blog.fc2.com/blog-entry-69.html -- &new...
- どうしてもインストールできないならば&br;ftp://cran.r-pr...
> source('~/SLmisc/R/kmeansGap.R', chdir = TRUE)
> source('~/SLmisc/R/gapStat.R', chdir = TRUE)
> x <- rbind(matrix(rnorm(150, sd = 0.1), ncol= 3), # ma...
+ matrix(rnorm(150, mean = 1, sd = 0.1), n...
+ matrix(rnorm(150, mean = 2, sd = 0.1), n...
+ matrix(rnorm(150, mean = 3, sd = 0.1), n...
>
> res <- kmeansGap(x = x, nstart = 10)
> plot(res)
&ref(gapstat.png);
**legendについて [#e70dba29]
>[[ヒスト]] (2014-03-31 (月) 10:30:10)~
~
お世話になります。以下のように実線・ダッシュ・ドットの凡...
plot(rnorm(10), type="l", lty="solid", ylim=c(-1, 1))
lines(rnorm(10), lty="dashed")
lines(rnorm(10), lty="dotted")
legend("topleft", pch=c("−", "--", "・"), c("A", "B", "C...
何か良い方法はありませんでしょうか。WinXP、R3.02です。~
宜しくお願いします。~
//
- そのような機能は誰も必要とするものであり，実装されてい...
- 確かにltyはヘルプに「the line types and widths for line...
- それは、box.lty -- &new{2014-03-31 (月) 13:34:25};
**決定係数R2について [#pfc579fd]
>[[sun]] (2014-03-28 (金) 10:10:06)~
~
決定係数R2の値から直線性を判断しようと思っています．~
R2の値がいくら以上は直線と決めたいんですが，その値の決め...
~
アドバイスをいただけたらうれしいです．~
//
- 決定係数は直線性を表す統計量ではないので，それでもって...
- 便宜上，直線と曲線に分類する時の，客観的な根拠として使...
- 無理なものは無理なんです。反例を，見れば分かるでしょう...
set.seed(123)
n <- 1000
layout(matrix(1:2, 2))
old <- par(mgp=c(1.6, 0.8, 0), mar=c(3, 3, 0.5, 0.5))
x <- rnorm(n, 50, 10)
y <- jitter(20 * x + 30, amount=100)
plot(x, y)
a <- lm(y~x)
abline(a, col=2)
text(80, 500, sprintf("R2 = %.5f", summary(a)$r.squared)...
y2 <- x^2
plot(x, y2)
a <- lm(y2~x)
abline(a, col=2)
text(80, 1000, sprintf("R2 = %.5f", summary(a)$r.squared...
par(old)
layout(1)
&ref(R2.png);
- 具体的な例まで示していただきありがとうございます．直線...
- 上に凸だろうが下に凸だろうが，同じでは？下に示したもの...
&ref(R2-2.png);
- 示していただいた反例には本当に驚きました．まさかこんな...
- 何回も書くけど，決定係数は「独立変数が従属変数の分散の...
係数」なるものが，しかも複数，定義される（要するに，どれ...
- > 決定係数の値による，直線と曲線の分類は，論文などに書...
- 参考にして考えてみます．ありがとうございました． -- &n...
- 直線は曲線の特殊な場合だから「適切なモデルを仮定すれば...
**ggplot2の凡例について [#n1ff22de]
>[[paul]] (2014-03-26 (水) 14:28:20)~
~
ggplot2で凡例を出す所でつまずいております。~
データフレームは下記です。
head(testdf)
time rl wl
1 2014-10-27 04:43:51 0.55 0.14
2 2014-10-27 05:03:53 0.98 0.07
3 2014-10-27 05:35:28 2.25 0.11
4 2014-10-27 06:17:47 0.48 0.22
5 2014-10-27 06:48:58 0.09 0.24
6 2014-10-27 07:21:01 0.25 0.21
下記のように実行していますが、グラフは期待通りきちんと表...
ggplot2のバージョンは0.9.3.1です。R version 3.0.2 (2013-0...
ggplot(testdf, aes(time,rl))
+ geom_line(color = 4, size = 1.5 , alpha=0.5)
+ geom_line(aes(y=wl),colour = 3, size = 1.5, alpha=0.5)
+ theme(axis.text.x = element_text(angle=90))
+ xlab("Time") + ylab("ms") + ggtitle("Title Sample")
+ scale_x_datetime(breaks=date_breaks("30 min"),labels=...
何か指定が足りていないところなどありますでしょうか。~
//
- theme(legend.position = "right")を入れても出てきません...
- http://www.cookbook-r.com/Graphs/Legends_%28ggplot2%29/...
- ありがとうございます。しかしながら折れ線グラフで、凡例...
- aesの中に色を書く -- &new{2014-03-27 (木) 15:56:06};
testdf <- data.frame(time = as.POSIXct(c("2014-10-27 04:...
"2014-10-27 05:03:53",
"2014-10-27 05:35:28",
"2014-10-27 06:17:47",
"2014-10-27 06:48:58",
"2014-10-27 07:21:01")),
rl = runif(6), wl = runif(6))
library(ggplot2)
library(scales)
ggplot(testdf, aes(time)) +
geom_line(aes(y = rl, color = "4"), size = 1.5, alpha=...
geom_line(aes(y = wl, color = "3"), size = 1.5, alpha=...
theme(axis.text.x = element_text(angle=90)) +
xlab("Time") + ylab("ms") + ggtitle("Title Sample") +
scale_x_datetime(breaks=date_breaks("30 min"),labels=d...
#ref(20140327.png,center);
melt()を使うなら次のように。
library(reshape)
t2 <- melt(testdf, id="time")
ggplot(t2, aes(time, value, colour = variable)) +
geom_line(size = 1.5, alpha=0.5) +
scale_colour_manual(values=c("green", "blue")) +
theme(axis.text.x = element_text(angle=90)) +
xlab("Time") + ylab("ms") + ggtitle("Title Sample") +
scale_x_datetime(breaks=date_breaks("30 min"),labels=d...
#ref(20140327a.png,center);
- ありがとうございました。確かにでるようになりました。凡...
**エラーの回避 [#s9388a17]
>[[茎わかめ]] (2014-03-24 (月) 11:43:41)~
~
同じフォルダ内にある同じ形式のファイルをlist.filesでリス...
しかし、そのファイルの中には開けないものがいくつもあり、(...
もしそのエラーに引っかかってしまった場合は、そのファイル...
> files <- list.files("フォルダのパス")
> files2 <- unlist(files)
> files3 <- paste("フォルダのパス", files2, sep = "/")
> for (j in 1:length(files)) {
> to.read <- file(files3[[j]], "rb")
> ### 以下処理 ###
> }
の「to.read = file(files3[[j]], "rb")」で中断してしまいま...
ご回答お願いします。~
//
- tryでエラー処理ですかね...。 -- &new{2014-03-24 (月) 1...
to.read <- try(file(files3[[j]], "rb"))
if (class(to.read) == "try-error") {
next
}
?tryCatchとか読んでいただければと。
- 解決しました。ありがとうございました。 -- [[茎わかめ]] ...
**移動平均 [#l47e243f]
>[[スカイツリー]] (2014-03-21 (金) 15:39:14)~
~
csvファイルを読み込んで移動平均を計算します．このファイル...
この場合，移動平均の命令をどのようにやればいいでしょうか．~
このファイルのままやるとエラーが出てしまいます．~
よろしくお願いします．~
//
- 空欄というか，NAになっていると言うことでしょう？既存の...
- ありがとうございます．測定値で，データがなくて空欄にな...
- NA が連続するときに同じ値で補間というのはやや乱暴では？...
hokan <- function(x) {
a <- rle(is.na(x))
b <- cumsum(a$length)
for (i in seq_along(b)) {
if (i > 1 && a$values[i]) {
begin <- b[i-1]
end <- b[i]+1
width <- end-begin
delta <- (x[end]-x[begin])/width
x[(begin+1):(end-1)] <- x[begin]+delta*(1:(width-1))
}
}
return(x)
}
> x <- c(NA, 3, 2, NA, 5, 7, 6, 9, NA, NA, 20, NA, NA, N...
> hokan(x)
[1] NA 3.00000 2.00000 3.50000 5.00000 7.000...
[11] 20.00000 18.00000 16.00000 14.00000 12.00000 NA
- プログラムまで作っていただきありがとうございました．私...
- おかしいですね。空欄なら、Rに読み込んだときに自動的にNA...
$ cat tmp.csv
"A","B"
1,2
,3
4,5
これをRに読み込む。
> read.csv("tmp.csv")
A B
1 1 2
2 NA 3
3 4 5
もし解決したいなら、質問したい現象が100%再現できる最小の...
**matchについて [#qfd4666f]
>[[初心者]] (2014-03-12 (水) 09:24:31)~
~
初心者です。お願い致します。~
"0","1","2","3","A","B"の5種類の要素からなるベクトルがあ...
c <- c("A","A","A","A","A","A","A","A","0","1","1","2","...
そこで初めて"A"以外の要素が出てくる要素の番号を求めたいで...
イメージとしては、「match("0"または"1"または"2"または"3"...
どなかご回答お願いします。~
//
- rle(c)$lengths[1]+1 -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁で...
- 迅速なご回答ありがとうございます。 すみませんが、行い...
- grep("[1|2|B]",c)[1] -- &new{2014-03-12 (水) 09:52:44};
- grep("[^A0]", c)[1]~
rle(sub("0", "A", c))$lengths[1]+1~
which(c %in% c("A", "0") == FALSE)[1]~
nchar(unlist(strsplit(paste(c, collapse=""), "[^A0]"))[1]...
nchar(strsplit(paste(c, collapse=""), "[^A0]")[[1]][1])+1~
length(na.omit(cumsum(match(c, c("A", "0")))))+1 など -- ...
- ありがとうございました。解決致しました。 -- [[初心者]] ...
**Rstudioでハングアップ [#n82f98fc]
>[[takeshik]] (2014-03-03 (月) 18:08:33)~
~
Rstudio でプレゼンテーションを作成作成としているのですが...
~
グラフとしては下記のようなものを３つ繰り返しています。（...
```{r,fig.width=20,fig.height=10,echo=FALSE}
barplot(prop.table(table(an$Q1)),ylim=c(0,1.0),
main="あああ",cex.main=3,cex.names=2.2,cex.axis=...
```
//
- Rstudio Server版 0.98.501、R-baseは3.0.2-1precise0 on U...
- Ubuntu ですか追試できる環境の人も少ないかもね。ans が何...
- > {r,fig.width=20,fig.height=10,echo=FALSE} このrの後の...
- 不要かもしれないけど，あっても動きますけど。 -- &new{2...
- みなさんコメントありがとうございます。Rstudioなしでのア...
- どうもknitr のマルチバイト対応のコードを埋め込むといけ...
**grepの使い方について [#y02f7671]
>[[kepper]] (2014-02-28 (金) 10:25:17)~
~
お世話になります。Win XP, R 3.02を使用しています。~
~
以下のようにpatから要素を取り出してdatの何番目にマッチす...
pat <- c("baaa","aaab","aaa")
dat <- c("aaab","aaa","baaa")
for (i in 1:3) print(grep(pat[i], dat))
以下のようにしてもエラーになってしまいました。どのように...
for (i in 1:3) print(grep(^pat[i]$, dat))
宜しくお願いします。~
//
- Grep <- Vectorize(grep); Grep(pat, dat) -- &new{2014-0...
- ありがとうございます。しかしその方法ではi=1,2のときに抽...
for (i in 1:3) print(which((pat[i]==dat)==TRUE))
で良いような気がしてきました。 -- [[kepper]] &new{2014-02...
- そうですね。部分一致ではないなら、わざわざgrepを使う意...
> sapply(pat, function(x){which(dat == x)})
baaa aaab aaa
3 1 2
- まあ，解決済みなのでどうでもよいですが，print(grep(^pat...
- paste()を使えばよかったのですか。勉強になります。 -- [[...
**Rでの最小二乗分散分析 [#n629ece6]
>[[SK]] (2014-02-25 (火) 19:16:44)~
~
水準が３つ(A,B,C,D)ありまして反復数がそれぞれ4,4,4,3であ...
//
- 中澤先生は所属がかわったので，あなたの目的の pdf ファイ...
- 中澤先生の pdf ファイルを読ませていただいたのですが、該...
- 私はどうこういう立場ではないですが，8ページの「修正平均...
**リストデータをベクトル化したとき値がおかしくなる [#p1bd...
>[[カンゲツ]] (2014-02-25 (火) 17:09:35)~
~
300万台の6ケタの数値6万件からなるデータをCSVからとりこみ...
これをベクトル化するために変数dataに代入したところ値が変...
ori<-read.table("CSVのファイル名")
data<-c(ori[,1])
dataを10レコード確認したところ~
ori[1:10]
[1] 11189 11190 11191 11192 (以下略)
と11189からひとつずつ増える値になっています。(元データ) ...
Rのバージョンは3.0.2です。~
//
- 以下略って，その後に何か出てませんか？"Levels: ホニャ...
- listデータ側にLevelsの値が18124 Levelsに続いて出ていま...
- class(ori[,1]) としたら，どういう出力になりますか？ -- ...
- factorと返されました -- [[カンゲツ]] &new{2014-02-25 (...
- でしょうね。&br;原因は，「6桁の数値」（300万台というん...
**元号入り日付の数値データを西暦の日付にする [#y74beb92]
>[[カンゲツ]] (2014-02-25 (火) 10:48:59)~
~
お世話になっております。~
ここに生年月日を6ケタの数値で管理しているデータがあります...
年の情報が元号でして100万の位が~
1:明治~
2:大正~
3:昭和~
4:平成~
で3280306(この場合は昭和28年3月6日生まれ)などと表記されま...
このデータから各サンプルの年齢を計算し年齢別にまとめよう...
まず平成の人のみを抽出(ベクトルhs)したあと~
for(i in length(hs)) {
hs[i]-4000000
a<-hs[i]-4000000
b<-floor(a/10000)
}
で年まではなんとか切り分けることができましたが月と日がう...
どのようにすればよいかご教授願います。~
//
- 自己解決しました。 -- [[カンゲツ]] &new{2014-02-25 (火)...
- 自己解決したということでおめでとうございます。せっかく...
getAge <- function(num) {
nengo <- num %/% 1000000
num <- num %% 1000000
nen <- num %/% 10000 + c(1867, 1911, 1925, 1988)[nengo]
num <- num %% 10000
tuki <- num %/% 100
hi <- num %% 100
nen <- nen
age <- yy-nen
if (tuki > mm | (tuki == mm && hi > dd)) {
age <- age-1
}
return(age)
}
実行例
> test.dat <- c(1251023, 2090305, 3280306, 4230718)
> yy <- 2014 # 年齢計算の基準点
> mm <- 2
> dd <- 25
> sapply(test.dat, getAge)
[1] 121 93 60 2
**移動平均のプロット2 [#u82d1c88]
>[[wavelet]] (2014-02-23 (日) 22:00:04)~
~
おかげ様で，0）生データから移動平均を中点にプロットすると...
1）次に，生データ−移動平均 を点でプロットします．~
2）さらに，その値の移動平均を求めてプロットします．~
以下のようにプログラムしましたが作図されません．~
0,1,2の図は，重ねないで別々に作ります．~
問題点を教えていただけるとうれしいです．~
よろしくお願いします．AO1900.csvのデータも送ります．
library("TTR")
rw<-scan("AO1900.csv")
ts<-rw
sx=SMA(ts, 60)
plot(ts,col=4,pch=1,cex=0.5)
lines(sx[-(1:30)], type="b",cex=0.3)
tss=ts-sx[-(1:30)]
lines(tss, col=2,type="b",cex=0.3)
sxx=SMA(tss,60)
lines(sxx[-(1:30)], col=3, type="b",cex=0.3)
//
- プログラムの提示方について，学習してくださいといってお...
- コメントありがとうございました．いろいろとご迷惑をおか...
**移動平均のプロットについて [#yc971107]
>[[wavelet]] (2014-02-21 (金) 22:50:21)~
~
移動平均をTTRを用いて求めています．点をプロットさせると移...
以下のプログラムでは，月毎のデータを使って，100ヶ月の移動...
用いたデータも添付します．よろしくお願いします．
library("TTR")
rw <- scan("NAO1910.csv")
ts <- rw
sx <- SMA(ts, 100)
plot(ts)
par(new = TRUE)
plot(sx, type = "b")
//
- par(new=TRUE) を使ってグラフを重ね描きするのは，絶対に...
- 重要なご指摘ありがとうございました．重ねてグラフを書く...
- > 移動平均のスケールだけ変えることもできるのでしょうか&...
library("TTR")
par(mar=c(4, 4, 1, 4), mgp=c(1.8, 0.8, 0))
rw <- scan("nao54.csv")
ts <- rw
sx <- SMA(ts, 11)
plot(ts)
par(new = TRUE)
plot(c(sx[-(1:5)], rep(NA, 5)), type = "b", col="red", p...
mtext("moving average", 4, line=2)
axis(4)
&ref(two-axis-plot.png);
- とても丁寧に説明していただきありがとうございました．お...
//**もうだれもしつもんにこたえてはならぬ [#vae22a9b]
//>[[もうだれもしつもんにこたえてはならぬ]] (2014-02-20 (...
//~
//もうだれもしつもんにこたえてはならぬ~
//
//#comment
**apply ファミリー実行時に文字列を引数として渡す方法 [#of...
>[[skgmsnb]] (2014-02-20 (木) 17:06:20)~
~
複数のファイルを読み込んで、それぞれの標準偏差を求めよう...
ところが、fnames にファイル名を読み込んだ上で、~
~apply(fnames, 1, calc.sd)~
とすると "Error in apply(fnames, 1, calc.sd) : dim(X) は...
ここで、calc.sd というのは引数として与えられた文字列と同...
~dim(fnames)~
とすると "NULL" が返ってくることから、これは apply 関数が...
このような場合、apply ではない他の関数を使うべきなのでし...
ご教授よろしくお願い致します。~
//
- fnames はベクトルになってんじゃないの？dim(fnames) なん...
calc.sd <- function(fn) { sd(scan(fn, ""))}
sapply(c("1.txt", "2.txt"), calc.sd)
無名関数を書く方がスマートだけどね。scan はデータがどうい...
sapply(c("1.txt", "2.txt"), function(fn) sd(scan(fn, "")))
- ご教示ありがとうございます。今、頂いた回答を理解してい...
- 検証に，一時間もかかるでしょうかね？&br;うまくいかなか...
- まず、sapply() 関数を使うことで、目的は達成出来ました。...
- > scan() を使ったコードを試してみましたが、scan() で読...
**Rstudio [#e0eda2bc]
>[[山田]] (2014-02-19 (水) 18:45:06)~
~
win8.1でRstudioはインストールできますか？~
実行ファイルが見当たらないのですが。。。。~
//
- 「どこに」見当たらないのですか？http://www.rstudio.com/...
- 質問者は、おそらく Win8 と Win8.1 とを区別しているのだ...
- 8ではできるかもしれないが，8.1じゃできないかもしれない...
- Rstudio を使おうという層に、そこまで要求するのも無理か...
- はい、ちゃんと、Windows 8.1 にインストールできて、ちゃ...
**R for Mac の画像表示について [#jb48e4fc]
>[[松田]] (2014-02-19 (水) 18:40:14)~
~
Mac(OSX10.9)でRをインストール後、画像を読み込みしました。~
readImage()で読み込みdisplay()で表しましたが、Safariが立...
//
- display のオンラインヘルプは読みました？method="raster"...
- 聞くだけ聞いておいて、提案されたことについて、何の反応...
**因子データのplotについて [#w2cfc5d4]
>[[JA]] (2014-02-17 (月) 20:13:53)~
~
お世話になります。以下のように因子ごとに値をプロットして...
1.y軸のclassを数値ではなく元のA,B,Cとして認識させる~
2.x軸にvalue、y軸にclassを表示する~
をするためにはどのようにすればよいでしょうか。~
宜しくお願いします。
dat <- as.data.frame(matrix(0,100,2))
colnames(dat) <- c("value","class")
dat[,1] <- runif(100)
dat[,2] <- as.factor(rep(c("B","A","C","C","A"),20))
plot(dat)
//
- 以下のようにすれば良いでしょう。 -- [[河童の屁は，河童...
dat <- as.data.frame(matrix(0, 100, 2))
colnames(dat) <- c("value", "class")
dat[, 1] <- runif(100)
dat[, 2] <- as.factor(rep(c("B", "A", "C", "C", "A"), 20))
plot(dat, yaxt="n")
axis(2, at=seq_along(levels(dat[, 2])), labels=levels(da...
なお，データフレームは以下のように作るだけで十分ですよ。
dat <- data.frame(value=runif(100),
class=rep(c("B", "A", "C", "C", "A"), 20))
- ありがとうございました。seq_alongという関数があるとは知...
**円グラフのラベルを重ならないようにしたい [#oa033d84]
> (2014-02-17 (月) 11:35:01)~
~
個々の値が小さく、要素数が多いデータを円グラフにしてclock...
//
- > 終端の辺りでラベルが重なってしまい読めません。ラベル...
- 河童さんのご指摘はもっともですが、上司による理不尽な要...
pie(1:25, labels = c(rep(NA, 3), 4:25), clockwise = TRUE)
text((a <- locator(3)), as.character(1:3), pos = 3, offs...
for (i in 1:3){
z <- atan(a$y[i]/a$x[i])
segments(a$x[i], a$y[i], 0.8 * cos(z), 0.8 * sin(z))
}
&ref(pie-labels01.png);
- うまくやらないと，例示のグラフで 18 に相当するパイに余...
pie2 <- function(x, labels = names(x), edges = 200, radi...
init.angle = if (clockwise)
90
else 0, density = NULL, angle = 45, col = NULL, border...
main = NULL, special = NULL, ...) {
if (!is.numeric(x) || any(is.na(x) | x < 0))
stop("'x' values must be positive.")
if (is.null(labels))
labels <- as.character(seq_along(x))
else labels <- as.graphicsAnnot(labels)
x <- c(0, cumsum(x)/sum(x))
dx <- diff(x)
nx <- length(dx)
plot.new()
pin <- par("pin")
xlim <- ylim <- c(-1, 1)
if (pin[1L] > pin[2L])
xlim <- (pin[1L]/pin[2L]) * xlim
else ylim <- (pin[2L]/pin[1L]) * ylim
dev.hold()
on.exit(dev.flush())
plot.window(xlim, ylim, "", asp = 1)
if (is.null(col))
col <- if (is.null(density))
c("white", "lightblue", "mistyrose", "lightcyan", ...
"cornsilk")
else par("fg")
if (!is.null(col))
col <- rep_len(col, nx)
if (!is.null(border))
border <- rep_len(border, nx)
if (!is.null(lty))
lty <- rep_len(lty, nx)
angle <- rep(angle, nx)
if (!is.null(density))
density <- rep_len(density, nx)
twopi <- if (clockwise)
-2 * pi
else 2 * pi
t2xy <- function(t) {
t2p <- twopi * t + init.angle * pi/180
list(x = radius * cos(t2p), y = radius * sin(t2p))
}
P.xy <- matrix(0, nx, 2)
for (i in 1L:nx) {
n <- max(2, floor(edges * dx[i]))
P <- t2xy(seq.int(x[i], x[i + 1], length.out = n))
polygon(c(P$x, 0), c(P$y, 0), density = density[i], ...
border = border[i], col = col[i], lty = lty[i])
P <- t2xy(mean(x[i + 0:1]))
P.xy[i, 1] <- P$x
P.xy[i, 2] <- P$y
lab <- as.character(labels[i])
if (!is.na(lab) && nzchar(lab) && !(i %in% 1L:specia...
lines(c(1, 1.05) * P$x, c(1, 1.05) * P$y)
text(1.1 * P$x, 1.1 * P$y, labels[i], xpd = TRUE, ...
0, 1, 0), ...)
}
}
sh <- strheight("H")
for (i in 1L:special) {
temp <- P.xy[special, 2] + (special - i + 1) * sh * ...
lines(rep(P.xy[i, 1], 2), c(P.xy[i, 2], temp), xpd =...
text(P.xy[i, 1] - strwidth("H"), temp + 0.5 * sh, la...
adj = ifelse(P$x < 0, 1, 0), pos = 4, ...)
}
title(main = main, ...)
invisible(NULL)
}
ans <- pie2(1:25, radius = 0.6, labels = paste("L", 1:25...
clockwise = TRUE, special = 8)
実行結果&br;
&ref(pie.png);&br;でもね，このデータであったとしても，ラ...
- ありがとうございます。逆に25:1のデータを扱う場合は、ど...
- > 逆に25:1のデータを扱う場合は、どこをいじればよいでし...
if (!is.na(lab) && nzchar(lab) && !(i %in% special:25...
lines(c(1, 1.05) * P$x, c(1, 1.05) * P$y)
text(1.1 * P$x, 1.1 * P$y, labels[i], xpd = TRUE, a...
0, 1, 0), ...)
}
}
sh <- strheight("H")
for (i in special:25L) {
temp <- P.xy[special, 2] - (special - i-0.5 ) * sh * ...
lines(rep(P.xy[i, 1], 2), c(P.xy[i, 2], temp), xpd = ...
text(P.xy[i, 1] + 0.25*strwidth("H"), temp + 0.5 * sh...
adj = ifelse(P$x < 0, 1, 0), pos = 2, ...)
}
変更後，
ans <- pie2(25:1, radius = 0.6, labels = paste("L", 25:1...
clockwise = TRUE, special = 18)
で，動作確認。
**パッケージforecastのauto.arimaについて [#vd9fb712]
>[[auto]] (2014-02-15 (土) 19:32:57)~
~
お世話になります。~
パッケージforecastのauto.arimaを使用して、次のようにSARIM...
> library(forecast)
> sarima1 <- auto.arima(log(AirPassengers), trace=T)
...
ARIMA(0,1,1)(0,1,1)[12] : -401.9607
...
ARIMA(0,1,1)(2,1,2)[12] : -408.3862
Best model: ARIMA(0,1,1)(2,1,2)[12]
その要約を出力すると次のようになります。
> summary(sarima1)
Series: log(AirPassengers)
ARIMA(0,1,1)(2,1,2)[12]
Coefficients:
ma1 sar1 sar2 sma1 sma2
-0.4291 -1.0022 -0.0196 0.4343 -0.4915
s.e. 0.0897 0.2632 0.1783 0.3023 0.1761
sigma^2 estimated as 0.001312: log likelihood=245.46
AIC=-478.92 AICc=-478.24 BIC=-461.67
AICc=の値がモデル選択の過程における値と一致していません。~
次に、Box and JenkinsのARIMA(0,1,1)(0,1,1)[12]モデルを当...
> sarima2 <- Arima(log(AirPassengers), c(0, 1, 1),
seasonal = list(order = c(0, 1, 1), period = 12))
> summary(sarima2)
Series: log(AirPassengers)
ARIMA(0,1,1)(0,1,1)[12]
Coefficients:
ma1 sma1
-0.4018 -0.5569
s.e. 0.0896 0.0731
sigma^2 estimated as 0.001348: log likelihood=244.7
AIC=-483.4 AICc=-483.21 BIC=-474.77
Box and Jenkinsモデルの方がAICcが小さく、より優れたモデル...
//
- forecastパッケージの中身を正確に確認したわけではないで...
**ウエーブレット係数の表示について [#p3735df1]
>[[ドベシイ]] (2014-02-12 (水) 22:07:54)~
~
以下のようにして，時系列をウエーブレット係数で分解した時...
時系列のファイルも添付します．
library(wavelets)
rw <- scan("198311-200206.csv")
ts <- rw
# discrete wavelet
wt <- dwt(ts, filter="d4", n.levels=5, boundary="periodi...
plot(wt)
//
- 「ブロックのような表示」とは何のことを指していて「曲線...
- ブロックのような表示とは縦の線での表示です．曲線で表示...
- 「縦の線での表示」をどのように「サイン関数のよう」に表...
- あなたの意図に沿うかどうか分からないけど，plot(wt) のと...
&ref(wavelet.png);
- コメントありがとうございます．一番上の図を，一番下のよ...
- すみません．入力中に画面が変わってしまいました．棒の先...
- 「plot(wt) のところを plot(wt, levels=1) とか」とか「pl...
- 「plot(wt)はそのままでいいです」最初の文に消すべきもの...
**円グラフの回転 [#iff6d787]
>[[カンゲツ]] (2014-02-12 (水) 10:58:33)~
~
はじめまして。円グラフを作成していてどうしても解決できな...
pie(1:10) を実行した際、時計で言う3時の位置に1番目の要素...
これを12時の位置に動かす方法はありますでしょうか。~
//
- ヘルプに書いてありますが...。 clockwise=TRUEにするなり...
- ありがとうございます。無事に行けました -- [[カンゲツ]] ...
**semの使用 [#q9e0b552]
>[[ヒョウ エンフン]] (2014-02-08 (土) 10:29:36)~
~
sem packageを使うとき、私は下のように入力しました。
> library(sem)
> coopd<- readMoments(names=c(
+ "y1","y2","y3","y4","y5","y6","y7","y8","y9","y10","y1...
1: 1.0
2: .160 1.0
4: .302 .341 1.0
7: .461 .400 .372 1.0
11: .299 .404 .552 .302 1.0
16: .152 .320 .476 .225 .708 1.0
22: .134 .403 .467 .256 .623 .324 1.0
29: .182 .374 .572 .255 .776 .769 .724 1.0
37: .251 .285 .316 .164 .361 .295 .260 .284 1.0
46: .372 .100 .408 .236 .294 .206 .071 .142 .295 1.0
56: .157 .291 .393 .229 .472 .351 .204 .320 .290 .46...
67: .206 -0.014 .369 .224 .342 .202 .152 .189 .418 .351...
79:
Read 78 items
> model.coop <- specifyModel()
1: mother -> y1, b11, NA
2: mother-> y2, b21, NA
3: mother-> y3, b31, NA
4: mother-> y4, b41, NA
5: interaction-> y5, NA, 1
6: interaction-> y6, b62, NA
7: interaction-> y7, b72, NA
8: interaction-> y8, b82, NA
9: cooperative -> y9, NA, 1
10: cooperative -> y10, b103, NA
11: cooperative -> y11, b113, NA
12: cooperative -> y12, b123, NA
13: mother-> interaction, g21, NA
14: mother-> cooperative, g31, NA
15: y1 <-> y1, e1, NA
16: y2 <-> y2, e2, NA
17: y3 <-> y3, e3, NA
18: y4 <-> y4, e4, NA
19: y5 <-> y5, e5, NA
20: y6 <-> y6, e6, NA
21: y7 <-> y7, e7, NA
22: y8 <-> y8, e8, NA
23: y9 <-> y9, e9, NA
24: y10 <-> y10, e10, NA
25: y11 <-> y11, e11, NA
26: y12 <-> y12, e12, NA
27: mother<-> mother, NA, 1
28: interaction<-> interaction, delta2, NA
29: cooperative <-> cooperative, delta3, NA
30:
Read 29 records
> sem.coop <- sem(model.coop, coopd, N=50)
以下にエラー seq_len(ngroups) :
引数は非負の整数に変換できなければなりません
追加情報: 警告メッセージ:
1: In max(FLAT$group) :
max の引数に有限な値がありません: -Inf を返します
2: In max(partable$group) :
max の引数に有限な値がありません: -Inf を返します
友達のコンピューターでやってみて、うまく結果ができました...
使うデータは全部ネットでdownloadしたデータです。間違えて...
//
- 私もやってみましたが，エラーは起きず最後まで計算できた...
- 他のモデルを実行しても同じエラーが出るのですか？あなた...
**ベクトルの要素の結合 [#hd3f3364]
>[[とまと]] (2014-02-05 (水) 22:30:40)~
~
まだRを始めて間もない初心者です。~
よろしくお願いいたします。~
> x<-c("a","a","a","a","b","b","b","a","b","b","a","a"...
> x
> [1] "a" "a" "a" "a" "b" "b" "b" "a" "b" "b" "a" "a"
のような"a"と"b"の2種類からなるベクトルがあります。
これを同じ文字が連続して存在する場合、連続する要素を結合...
> x<-c("aaaa","bbb","a","bb","aa","b","a")
> x
> [1] "aaaa" "bbb" "a" "bb" "aa" "b" "a"
という形に最終的にはしたいです。
一つ目のかたまりは
> R<- x[1:match("b",x)-1]
> list<-paste(R, collapse = "")
> x<-c(list,x[match("b",x):length(x)])
> x
> [1] "aaaa" "b" "b" "b" "a" "b" "b" ...
> [11] "a"
としましたが、ここからどのようにして繰り返しのループを組...
ベクトルの要素や長さはその時々によって変わるので、("a"と"...
お教示お願いいたします。
//
- こんな風にしてみる？ -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁...
> x <- c("a","a","a","a","b","b","b","a","b","b","a","a"...
> ans <- rle(x)
> mapply(function(x, y) paste(rep(x, y), collapse=""), a...
a b a b a b a
"aaaa" "bbb" "a" "bb" "aa" "b" "a"
- あれこれ考えていたことがたった2行でできてしまうなんて…...
- 別解もありがとうございます！参考にさせて頂きます。大変...
> "aaaa" "bbb" "a" "bb" "aa" "b"
となったベクトルの"a"を含む要素のうち
> Number<-grep("[a]",x2)
> Number
> [1] 1 3 5 7
「その要素の中の文字数が2以下ならば、その要素をベクトルか...
(今回の例では、結果として"aaaa" "bbb" "bb" "b"というベク...
Number[1]に関しては以下のような操作を作ったのですが、ここ...
(説明上の問題で、以下の文では条件の文字数が5になっていま...
> f(nchar(x2[Number[1]])<5){x3<-x2[-Number[1]]} else {x...
> x3
> b a b a b a
> "bbb" "a" "bb" "aa" "b" "a"
ご教示お願いします。(前回と同じ様なループの質問になってし...
- 迅速な対応ありがとうございます。今回はたくさんのベクト...
- こちらの方の解はお好みではないようですが、要するに条件...
test.dat <- replicate(10, sample(letters[1:2], 10, repla...
simplify = FALSE)
sapply(test.dat, function(x) {
ans <- rle(x)
cond <- ans$values == "b" |
(ans$values == "a" & ans$lengths >= ...
ans$lengths <- ans$lengths[cond] # 付け加える
ans$values <- ans$values[cond] # 付け加える
mapply(function(x, y) paste(rep(x, y), collapse = ""),
ans$values, ans$lengths)
})
- "河童の屁は，河童にあらず，屁である。"さん、ありがとう...
初心者過ぎて、何をどう変えればいいのかが分からなくて…。あ...
**for文内のWarning messagesについて [#r68990c2]
>[[ジェイ]] (2014-02-04 (火) 17:52:28)~
~
お世話になります。R 3.02を使用しています。~
~
for文を実行したところ、以下のようなWarning messagesが大量...
Warning messages:
1: In FUN(newX[, i], ...) : no non-missing arguments to ...
2: In FUN(newX[, i], ...) : no non-missing arguments to ...
・・・
Warningが生じた箇所を特定するために、for文の最初の変数i=1...
~
お手数ですが、ご回答宜しくお願いします。~
//
- 単純には，まず，options(warn=2) としておき，for 文の中...
> x <- rbind(1:5, rep(NA, 5), 11:15) # 例示のためのデー...
> options(warn=2) # Warning を Error とみなさせる
> for (i in 1:nrow(x)) {
+ print(i) # ループの制御変数 i の値を書く
+ print(x[i,]) # 処理に関連するデータを書く
+ min(x[i,], na.rm=TRUE) # Warning が起こる可能性のある...
+ }
[1] 1 i の値
[1] 1 2 3 4 5 x[i,] の値
[1] 2 i が 2
[1] NA NA NA NA NA x[2,] は全部 NA なので，min がない！
以下にエラー min(x[i, ], na.rm = TRUE) : i が ２ の...
(警告から変換されました) min の引数に有限な値があり...
- ご回答ありがとうございました。ご教示頂いた方法で原因が...
**フーリエ解析について [#r41536c2]
>[[wavelet]] (2014-02-01 (土) 12:53:16)~
~
以下のようにフーリエ解析をしたいのですが動きません．~
何かパッケージをインストールしなくてはいけないのでしょう...
~
x <- 100
f <- 1:x
hz <- 1:( x/2 )
t<-se...
# 4Hzの正弦波
data_waveA <- sin( 2 * pi * t * 4 )~
# 18Hzの余弦波
data_waveB <- cos( 2 * pi * t * 18 )~
# 上記2つの合成波
data_waveC <- data_waveA + data_w...
# 波を描きます。
par( "mfrow" = c( 3, 1 ) ) plot( t...
~
~
# 高速フーリエ変換を行ないます。
data_freqA <- fft(...
# 変換結果を表示します。
# 合成波の周波数も表示され...
//
- あなたね，このプログラムどうやって書きました。あるいは...
x <- 100
f <- 1:x
hz <- 1:(x/2)
t <- seq(0.01, 1, 1/length(f))
# 4Hzの正弦波
data_waveA <- sin(2 * pi * t * 4)
# 18Hzの余弦波
data_waveB <- cos(2 * pi * t * 18)
# 上記2つの合成波
data_waveC <- data_waveA + data_waveB
# 波を描きます。
par(mfrow = c(3, 1))
plot(t, data_waveA, type = "l")
plot(t, data_waveB, type = "l")
plot(t, data_waveC, type = "l")
# 高速フーリエ変換を行ないます。
data_freqA <- fft(data_waveA - mean(data_waveA))
data_freqB <- fft(data_waveB - mean(data_waveB))
data_freqC <- fft(data_waveC - mean(data_waveC))
# 変換結果を表示します。
# 合成波の周波数も表示されています。
par(mfrow = c(3, 1))
plot(hz, abs(data_freqA[hz]), type = "l")
plot(hz, abs(data_freqB[hz]), type = "l")
plot(hz, abs(data_freqC[hz]), type = "l")
投稿方法もお作法に従っていないし,お行儀の悪い子にはバチが...
- 動きました．本当にありがとうございます．失礼をお許しく...
- ↑横軸は含まれる周期の成分数でした．このグラフから，全周...
**RStudioコンソールの日本語表示 [#ded389a1]
>[[ひろし]] (2014-01-31 (金) 16:12:54)~
~
質問1~
起動時に表示されるメッセージがR言語が日本語表示でRStudio...
RStudioを日本語で快適に使用するための設定がもしあればアド...
~
質問2~
RStudioのConsoleの表示フォントをMS ゴシック(10pt)に設定し...
~
実行環境~
OS:Windows7 SP1 x86 日本語版~
R言語:R 3.0.2~
Rコマンダー:2.0-3~
RStudio 0.98.501~
~
宜しくお願いします。~
//
- > RStudioを日本語で快適に使用するための設定がもしあれば...
- 質問2に関しては、[[ここ:http://ja.wikipedia.org/wiki/Cl...
- フォントに関して私は普段は"Migu 1M"を愛用していますが、...
**hist2d での階級幅の指定方法 [#p81468f4]
>[[稲田]] (2014-01-30 (木) 23:58:43)~
~
頻度ポリゴンを描く関数 hist2dを使用する際に、x軸とy軸で階...
hist関数では、breaksで指定できることがわかりました。~
（下記を参照しました~
http://www.econ.hokudai.ac.jp/~kakizawa/R/R_4.html）~
２次元の場合の指定方法がわかりません。~
よろしくお願いします。~
//
- gplots パッケージ中の hist2d ですか？オンラインヘルプは...
- はい、gplots パッケージ中の hist2d です。オンラインヘル...
**日付について [#gc0c9159]
>[[panda]] (2014-01-30 (木) 14:36:30)~
~
ある日付が記されているのデータが下までずっと続いてあるの...
labe day
323169 20101020092210
323169 20011020094231
323169 20131020152247
323169 20121020154501
723151 20121020071333
723151 20111020072611
このような出力です。
labe day
323169 1020092210
323169 1020094231
323169 1020152247
323169 1020154501
723151 1020071333
723151 1020072611
よろしくお願いします。~
//
- 膨大な数のパッケージや関数があるので，その全てを知らな...
> a <- 20101020092210
> substr(a, 5, 14) # 文字列にしてから抽出が行われる
[1] "1020092210"
> as.integer(substr(a, 5, 14)) # 数値に戻しておきたいとき
[1] 1020092210
のようなことです。 -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁であ...
- day %% 1E+10 でもいいような気がします。 -- &new{2014-0...
**y軸ラベルを指数表記にしたい [#jd6ab870]
>[[freshman]] (2014-01-29 (水) 15:28:38)~
~
10000000を超える数値を扱っています。プロット関数で図を描...
//
- [[軸の上付き文字による指数表記について:http://www.okada...
- 大きな数字なら何もしなくても通常は指数標記になります。p...
- ↑ それがねぇ，できないみたいなんですぅ。 -- [[河童の屁...
x <- 2:5 * 10^5
y <- c(1, 2, 3, 100)
options(scipen=2)
plot(x, y)
リンク先みたいでなくて x.xxe+yy という形式でよければ，以...
x <- 2:5 * 10^5
y <- c(1, 2, 3, 100)
plot(x, y, axes = FALSE)
axis(1, at = 2:5 * 10^5, labels = sprintf("%.2e", 2:5 * ...
axis(2, at = c(0, 100), labels = sprintf("%.2e", c(0, 10...
- ありがとうございました。scipenがプラスだと指数表記にな...
- 指数表記したときとそのまま標記したときとでの文字数の違...
> sprintf("%.0e %.0f", 2*10^5, 2*10^5)
[1] "2e+05 200000"
この例だと 5 文字 - 6 文字で -1 なので，scipen=-2 にすれ...
- 納得しました。ありがとうございました。 -- [[freshman]] ...
**行列の対応する要素どうしの平均値 [#e650bf04]
>[[panda]] (2014-01-28 (火) 16:33:24)~
~
どなたかご説明お願いします。~
~
以下のような3×3の行列が複数個ありまして、それぞれの対応す...
行列の数は以下には2つしか示しておりませんが、具体的な数を...
よろしくお願いします。
A B C A B C
1 3 4 6 1 4 5 0
2 5 6 5 2 6 8 9
3 5 7 7 3 6 8 7
//
- 複数の 3×3 行列を，3 次元配列 foo に詰め込めば，後は ap...
> x <- matrix(c(3, 4, 6, 5, 6, 5, 5, 7, 7), ncol=3, by...
> y <- matrix(c(4, 5, 0, 6, 8, 9, 6, 8, 7), ncol=3, by...
> z <- matrix(c(1, 4, 7, 7, 8, 6, 6, 4, 2), ncol=3, by...
> w <- matrix(c(1, 2, 4, 4, 2, 6, 6, 3, 9), ncol=3, by...
> a <- array(c(x, y, z, w), dim=c(3, 3, 4))
> a
, , 1
[,1] [,2] [,3]
[1,] 3 4 6
[2,] 5 6 5
[3,] 5 7 7
, , 2
[,1] [,2] [,3]
[1,] 4 5 0
[2,] 6 8 9
[3,] 6 8 7
, , 3
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 4 7
[2,] 7 8 6
[3,] 6 4 2
, , 4
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 2 4
[2,] 4 2 6
[3,] 6 3 9
> apply(a, 1:2, mean)
[,1] [,2] [,3]
[1,] 2.25 3.75 4.25
[2,] 5.50 6.00 6.50
[3,] 5.75 5.50 6.25
しかし，これでは，array 関数で配列を作るのがダサダサなの...
3 5 5 4 6 7 6 5 7
4 6 6 5 8 8 0 9 7
1 7 6 4 8 4 7 6 2
1 4 6 2 2 3 4 6 9
で，それを読み込んで，以下のようにする。
mat <- scan("foo.dat")
apply(array(mat, dim=c(3, 3, length(mat)/9)), 1:2, mean)
[,1] [,2] [,3]
[1,] 2.25 3.75 4.25
[2,] 5.50 6.00 6.50
[3,] 5.75 5.50 6.25
もし，foo.dat を用意したとすれば，以下のようにしても解は...
> matrix(apply(matrix(mat, ncol=9, byrow=TRUE), 2, mean)...
[,1] [,2] [,3]
[1,] 2.25 3.75 4.25
[2,] 5.50 6.00 6.50
[3,] 5.75 5.50 6.25
そんなところかな。&br;> 3×3の行列が複数個ありまして&br;ど...
- ありがとうございました。 -- [[panda]] &new{2014-01-29 (...
**データの並べ替えについて [#ecf679af]
>[[USB]] (2014-01-28 (火) 07:22:31)~
~
x,y,z,a
1A5,584,127,65
681,862,98C,378
1A5,647,34,816
3489,65,261,936
上記のように並んでいるデータをx列のデータを第一優先に、そ...
x,y,z,a
1A5,647,34,816
1A5,584,127,65
681,862,98C,378
3489,65,261,936
結果的にはこのような形です。~
Rを扱うのがまだ慣れていないためか、数字だけではないので、...
//
- > 数字だけではないので、難しい気がしてならない&br;デー...
> d
x y z a
1 1A5 584 127 65
2 681 862 98C 378
3 1A5 647 34 816
4 3489 65 261 936
> (d <- d[order(sprintf("%20s", d$x), sprintf("%20s", d$...
x y z a
3 1A5 647 34 816
1 1A5 584 127 65
2 681 862 98C 378
4 3489 65 261 936
- 回答ありがとうございます！意外にRって簡単なプログラムな...
**連続する2数の確率 [#r0c9d690]
>[[R初心者]] (2014-01-27 (月) 11:02:51)~
~
R初心者です。初めての投稿になります。~
以前も同じような質問が出ていましたらすみません。~
~
W,R,1,2,3,4の6種類の文字数字の列のデータから~
(これらの文字数字はある現象のステージを示すものです。)~
~
「W→1」「W→2」「W→3」「W→4」「W→R」~
「1→2」「1→3」「1→4」「1→R」~
「2→3」「2→4」「2→R」~
「3→4」「3→R」~
「4→R」~
~
の文字の遷移の確率を出したいのですが、~
(矢印の逆方向の場合も同様に必要です。)~
~
連続する2数をどのように取り上げればいいのか分かりません。~
あと、今回のように文字と数字が混合している場合の扱い方も...
~
どうかご教示、よろしくお願い致します。~
//
- 追記：データは「WWWWWW111111222222333333344444444433333...
連続する文字を
> y<- with(rle(x), rep(values, ifelse( lengths, 1)))
を用いて省略させるところまではわかりました。よろしくお願...
- 文字と数値を要素とするベクトルを作ると，数値を文字に変...
> (a <- c("W", "R", 1:4))
[1] "W" "R" "1" "2" "3" "4"
連続する要素は，a[1:5] と a[2:6] のような2つのベクトルの...
> a[-6] # a[1:5] と同じ
[1] "W" "R" "1" "2" "3"
> a[-1] # a[2:6] と同じ
[1] "R" "1" "2" "3" "4"
で，遷移行列は，table 関数を使えばよいですね。~
例は，データが1つの文字列で与えられているので，一文字ずつ...
> x <- "WWWWWW11111122222233333334444444443333322222RRRR...
> y <- unlist(strsplit(x, ""))
> n <- length(y)
> (z <- table(y[-n], y[-1]))
1 2 3 4 R W
1 7 1 0 0 0 1
2 1 11 1 0 1 0
3 0 2 13 1 0 0
4 0 0 1 8 0 0
R 0 0 1 0 5 0
W 1 0 0 0 0 9
で，遷移確率が行方向の確率が1になるようにというものなら，...
> round(prop.table(z, 1), 3)
1 2 3 4 R W
1 0.778 0.111 0.000 0.000 0.000 0.111
2 0.071 0.786 0.071 0.000 0.071 0.000
3 0.000 0.125 0.812 0.062 0.000 0.000
4 0.000 0.000 0.111 0.889 0.000 0.000
R 0.000 0.000 0.167 0.000 0.833 0.000
W 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900
投稿方法について，再確認して，汚くなった掲示板をキレイに...
- 迅速なお返事本当にありがとうございます。お恥ずかしいな...
- a[1] がどう変化するかは a[2] をみればよいわけで，a[2] ...
- ご丁寧に本当にありがとうございます。無事解決しました。...
- お世話になっております。追加でお聞きしたいのですが…。Ex...
> x<-read.table("Book1.txt",sep="\t",header=T) # タブ区...
x
A B
1 1 WWWW11122233334443333222RRRRRR333222111WWW
2 2 WWWW11122233334443333222RRRRRR333222112WWW
3 3 WWWW11122233334443333222RRRRRR333222113WWW
4 4 WWWW11122233334443333222RRRRRR333222114WWW
5 5 WWWW11122233334443333222RRRRRR333222115WWW
> a<-"x[1,2]"
> y <- unlist(strsplit(a, ""))
> n <- length(y)
> (z <- table(y[-n], y[-1]))
, [ ] 1 2
, 0 0 0 0 1
[ 0 0 0 1 0
1 1 0 0 0 0
2 0 0 1 0 0
x 0 1 0 0 0
> round(prop.table(z, 1), 3)
, [ ] 1 2
, 0 0 0 0 1
[ 0 0 0 1 0
1 1 0 0 0 0
2 0 0 1 0 0
x 0 1 0 0 0
- まず，
x <- read.table("Book1.txt", sep="\t", header=TRUE, as.i...
のように，as.is=TRUE を指定しないと。なお，TRUE は T のよ...
また，
a <- "x[1,2]"
はだめです。x の1行目の2列目を取り出そうと思ったら，
a <- x[1, 2]
とするのです。x に文字列が入っているからダブルクオートで...
- いつも迅速な対応ありがとうございました。解決しました。...
- いつもお世話になっております。たびたびすみません。また...
> #データファイルをRに取り込む。
> x<-read.table("Book1.txt",sep="\t",header=TRUE,as.is=T...
> x
A B
1 1 WWWW11122233334443333222RRRRRR333222111WWW
2 2 WWWW11222233334443333222RRRRRR333222111WWW
3 3 WWWW12222233334443333222RRRRRR333222111WWW
4 4 WWWW22222233334443333222RRRRRR333222111WWW
5 5 WWWW22222233334443333222RRRRRR333222211WWW
> #tableを示す操作をまとめて定義(=too関数と名付けた。)
> too<-function(q){
> + a<-x[q,2]
> + y <- unlist(strsplit(a, ""))
> + n <- length(y)
> + z <- table(y[-n], y[-1])
> + round(prop.table(z, 1), 3)}
> #tableを行の数だけ表示する。(too関数を繰り返す。)
> lapply(1:nrow(x),too)
その後、表示されたテーブル同士の対応する数字同士の演算を...
-> テーブル同士の対応する数字同士の演算を一括で行い~
というのは，遷移度数（プログラムでは z）を合計して，その...
> too <- function(q) {
+ a <- x[q, 2]
+ y <- unlist(strsplit(a, ""))
+ n <- length(y)
+ z <- table(y[-n], y[-1])
+ # round(prop.table(z, 1), 3) # これを計算するのは，...
+ return(z) # 集計結果（度数）の方を返す
+ }
> z <- lapply(1:nrow(x), too)
> z # 結果を見てみる
[[1]]
1 2 3 4 R W
1 4 1 0 0 0 1
2 1 6 1 0 1 0
3 0 2 8 1 0 0
4 0 0 1 2 0 0
R 0 0 1 0 5 0
W 1 0 0 0 0 5
[[2]]
1 2 3 4 R W
1 3 1 0 0 0 1
2 1 7 1 0 1 0
途中省略
[[5]]
1 2 3 4 R W
1 1 0 0 0 0 1
2 1 10 1 0 1 0
3 0 2 8 1 0 0
4 0 0 1 2 0 0
R 0 0 1 0 5 0
W 0 1 0 0 0 5
> (Sum <- Reduce("+", z)) # 足し算
1 2 3 4 R W
1 12 3 0 0 0 5
2 5 40 5 0 5 0
3 0 10 40 5 0 0
4 0 0 5 10 0 0
R 0 0 5 0 25 0
W 3 2 0 0 0 25
> round(prop.table(Sum, 1), 3) # 割合（確率）を計算
1 2 3 4 R W
1 0.600 0.150 0.000 0.000 0.000 0.250
2 0.091 0.727 0.091 0.000 0.091 0.000
3 0.000 0.182 0.727 0.091 0.000 0.000
4 0.000 0.000 0.333 0.667 0.000 0.000
R 0.000 0.000 0.167 0.000 0.833 0.000
W 0.100 0.067 0.000 0.000 0.000 0.833
こんなところでしょうか。 -- [[河童の屁は，河童にあらず，...
- 本当にありがとうございます。解決しました。わたくしも上...
> apply(z,1:2,sum)
以下にエラー apply(z, 1:2, sum) : dim(X) は正の長さを...
- lapply の結果 z は，5 個の 6×6 の行列を要素として持つリ...
> z2 <- array(0, dim=c(6, 6, 5)) # メモリ確保
> for (i in 1:5) {
+ z2[, , i] <- z[[i]] # 行列単位で代入
+ }
> apply(z2, 1:2, sum)
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6]
[1,] 12 3 0 0 0 5
[2,] 5 40 5 0 5 0
[3,] 0 10 40 5 0 0
[4,] 0 0 5 10 0 0
[5,] 0 0 5 0 25 0
[6,] 3 2 0 0 0 25
のようにするのも一法。 -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁...
- ご丁寧にありがとうございました。もやもやが解けてすっき...
- いつもお世話になっております。たびたびすみません。
これまでの話ですと、読み込んだデータが例えば以下のように
全ての行のデータが「R,W,1,2,3,4」の6要素を含む場合を考え...
> x
A B
1 1 WWWW11122233334443333222RRRRRR333222111WWW
2 2 WWWW11222233334443333222RRRRRR333222111WWW
3 3 WWWW12222233334443333222RRRRRR333222111WWW
4 4 WWWW22222233334443333222RRRRRR333222111WWW
5 5 WWWW22222233334443333222RRRRRR333222211WWW
行によって含む要素の数が違う場合
(例えば2,3行目が「1,2,W」の3要素しか含んでいない。)
はどのようにしたらよいでしょうか？？
そのまま処理したら、2行目と3行目は3×3行列になってしまい、...
> x
A B
1 1 WWWW11122233334443333222RRRRRR333222111WWW
2 2 WWW22211111111122222222221111111112222111W
3 3 WWWW11111112222222222222221111112222211WWW ...
4 4 WWWW22222233334443333222RRRRRR333222111WWW
5 5 WWWW22222233334443333222RRRRRR333222211WWW
含まれていない要素の値は0で示し、今までと同じように6×6行...
データのそれぞれの行の遷移確率同士を演算したいです。
ご教示お願いいたします。-- [[R初心者]] &new{2014-01-31 (...
- 頭の体操ですから，ご自分で考えてみると良いと思うのです...
z2 <- lapply(z, function(x) {
names <- c(1:4, "R", "W")
y <- matrix(0, 6, 6, dimnames=list(names, names))
for (i in 1:nrow(x)) {
for (j in 1:ncol(x)) {
y[rownames(x)[i], colnames(x)[j]] <- x[i, j]
}
}
return(y)
})
これを，旨くやろうという魂胆で書き直すと，以下のようにな...
z3 <- lapply(z, function(x) { # x が 6×6 行列になる場合...
names <- c(1:4, "R", "W")
y <- matrix(0, 6, 6, dimnames=list(names, names))
y[names %in% rownames(x), names %in% colnames(x)] <- x
return(y)
})
ともかくも，どちらのプログラムも同じ結果になるはずで，
> z[[2]]
1 2 W
1 18 2 1
2 3 14 0
W 0 1 2
> z2[[2]]
1 2 3 4 R W
1 18 2 0 0 0 1
2 3 14 0 0 0 0
3 0 0 0 0 0 0
4 0 0 0 0 0 0
R 0 0 0 0 0 0
W 0 1 0 0 0 2
> z[[3]]
1 2 W
1 12 2 1
2 2 18 0
W 1 0 5
> z3[[3]]
1 2 3 4 R W
1 12 2 0 0 0 1
2 2 18 0 0 0 0
3 0 0 0 0 0 0
4 0 0 0 0 0 0
R 0 0 0 0 0 0
W 1 0 0 0 0 5
- 何から何までお世話おかけしてすみません。本当にありがと...
**bioconductorのメーリングリストについて [#xa367dc9]
>[[ＪＪ]] (2014-01-22 (水) 08:36:01)~
~
お世話になります。~
bioconductorのメーリングリストに投稿し、回答を得たのです...
https://stat.ethz.ch/pipermail/bioconductor/2014-January/...
~
宜しくお願いします。~
//
- そんなことまでこんなところで聞くのかとは思いつつも、私...
- メーリングリストというものを使ったことがないうえに、海...
- 自己解決しました。理由は分かりませんが、返信したいレス...
**IRTについて [#od105127]
>[[TT]] (2014-01-17 (金) 21:09:02)~
~
項目の困難度、識別力の算出はできたのですが、それらの標準...
//
**平均値の出しかたについて [#sbe57dcf]
>[[fractal]] (2014-01-16 (木) 20:01:40)~
~
~
ホームページに以下のように示されている、データの平均値の...
データは、ホームページから、エクセルにコピーしてあります。~
~
19 9 11 7 5 5 2 5 2 2 2 2 2 2 15 7 2 2 2 2 5 5 5 2 2 2 2 ...
11 11 7 5 5 2 7 22 11 15 9 7 22 7 35 7 5 8 8 7 5 7 7 11 5...
9 5 8 8 8 5 7 8 5 2 5 2 2 2 2 2 5 2 5 16 11 7 19 19 5 5 5...
11 7 5 8 5 5 22 42 11 5 5 5 11 7 2 2 2 5 15 7 5 7 5 8 5 7...
19 16 5 5 5 2 11 22 11 22 15 11 11 5 5 31 2 5 5 5 8 5 5 2...
5 15 16 15 7 5 7 15 11 15 11 11 15 22 7 2 2 15 7 8 30 11 ...
22 15 18 34 22 42 35 11 9 22 7 11 15 7 11 11 11 11 11 8 1...
9 2 8 2 7 15 11 9 9 5 5 2 2 2 2 16 5 9 2 5 2 2 5 11 ...
~
このような計算を1000する必要があるので、効率的な方法を知...
よろしくお願い致します。~
//
- この処理はRでやるより、wgetとかPerlのWWW::Mechanize+WWW...
- buynnnmmm1 さんの言うとおりですが，データが html ファイ...
- URL は http://isgi.latmos.ipsl.fr/source/indices/aa/aa1...
- このページに掲示されているのは単なるテキストなので，大...
このデータは実に規則正しく並んでいるので，それを利用すれ...
getMean <- function(url) {
a <- scan(url)
stopifnot(length(a) == 3012)
a <- matrix(a, 251)[-(1:3),]
apply(a, 2, function(x) mean(x[x != -1]))
}
> getMean("http://isgi.latmos.ipsl.fr/source/indices/aa/...
Read 3012 items
[1] 10.55645 15.96552 19.72177 20.97917 16.39919 17.94583
[7] 21.45565 19.37097 24.03750 25.94355 13.32083 13.68952
引数 url には，Web 上のページをそのまま読むなら "http://i...
- 具体的な方法ありがとうございます。いろいろやってみます...
- お世話になっています。aa指数の月ごとのデータを作って、...
- > aa指数の月ごとのデータを作って、月ごとの平均を出して...
getMean2 <- function(fileName) {
x <- scan(fileName)
mean(x[x != -1])
}
getMean2("aa11868.txt")
このレベルのプログラムを求めるというのでは，たくさんある...
- 早速のプログラムありがとうございました。まずは簡単なプ...
- > 最後に求めたい平均を表示させるには何を入力すればいい...
getMean2("aa11868.txt") とすれば表示されるでしょう？なお...
- 最初に示していただいた方法でうまくいきました！！本当に...
- 年ごとの平均値を出すには、最初に示していただいたプログ...
- > 年ごとの平均値を出すには、最初に示していただいたプロ...
files <- c("aa11868.txt", "aa11869.txt", "aa11870.txt", ...
sapply(files, getMean)
とすればよいでしょう（プログラムの各部分がどのように機能...
- 説明が不十分で申し訳ありませんでした。前に示していただ...
- > 先ほどいただいたプログラムに入れて計算すると月ごとの...
getMean3 <- function(url) {
a <- scan(url)
stopifnot(length(a) == 3012)
a <- matrix(a, 251)[-(1:3),]
mean(a[a != -1])
}
でよいわけですね。失礼しました。 -- [[河童の屁は，河童に...
- とんでもありません。私の説明不足でご迷惑をおかけしてす...
- > apply( ) を mean(a[a != -1]) に変えて計算し...
- 私の確認不足ですみませんでした。両方同じでした。ありが...
**バイナリセーブした複数のデータフレーム形式オブジェクト...
>[[よる]] (2014-01-16 (木) 15:29:06)~
~
以前に似たような質問をしており恐縮なのですが、複数のバイ...
~
それぞれのファイルは以下のようになっていて形式は同じです。
> Data20121001
a b c
1 1 0.7420626 6.166458
2 2 -0.2008887 6.347304
3 3 1.4550494 6.860432
ファイルがテキスト（アスキー）形式のときは「[[複数ファイ...
//
- 以下のようにすることもできるでしょう。 -- [[河童の屁は...
file <- "Data20121001.RData" # 起点となるファイル名
n <- 3 # 連結したいファイル数（日数）
date <- as.Date(paste(substr(file, 5, 8), substr(file, 9...
11, 12), sep = "-"))
file.Name <- as.character(date + 0:(n - 1))
result <- NULL # 結果
for (i in file.Name) {
string <- as.character(i)
object <- paste("Data", gsub("-", "", string), sep =...
load(paste(object, "RData", sep = "."))
result <- eval(parse(text = sprintf("rbind(result, %...
# 読み込んだオブジェクトを消去しておきたいとき
eval(parse(text = sprintf("rm(%s)", object)))
}
result
- なるほどです！感服いたしました！！ありがとうございます...
**周波数精度をある程度高めで、wavelet処理するときに適して...
>[[buynnnmmm1]] (2014-01-15 (水) 19:15:11)~
~
wavelet処理できるRのパッケージはかなりあります。パッケー...
~
(wmtsaの場合、ちょっと試した感じでは、wavelet="morlet", s...
~
よろしくお願い致します。~
//
**無題 [#l0cd5abe]
> (2014-01-12 (日) 23:19:08)~
~
最近の質問者は，ありがともいえないのな...~
//
**パッケージのインストールができない [#m4f4acfc]
>[[松浦]] (2014-01-12 (日) 11:25:36)~
~
install.packagesによってcar他のパッケージをインストールし...
~
パソコン(windows8です)のセキュリティの問題かもしれません...
//
- Win7ですが非管理者権限でcarパッケージのインストールを試...
- 上手に検索するのもテクニックのうち&br;"Would you like t...
**２つのcolumで共通する行を削除する方法 [#e24b48f3]
>[[R初心者]] (2014-01-12 (日) 09:05:52)~
~
R初心者です。~
初めての投稿になりますよろしくおねがいいたします。~
~
質問内容ですが、以下のような二つのcolumを作成した場合、~
> x<-c("a","b","c")
> colum1<-matrix(x)
[,1]
[1,] "a"
[2,] "b"
[3,] "c"
> y<-c("a","b","c","d","e")
> colum2<-matrix(y)
[,1]
[1,] "a"
[2,] "b"
[3,] "c"
[4,] "d"
[5,] "e"
colum2からcolum1の要素を削除するにはどのようにしたらよい...
以下の様に２つのベクトルを結合し、unique()を用いましたが、~
> unique(rbind(colum1,colum2))
[,1]
[1,] "a"
[2,] "b"
[3,] "c"
[4,] "d"
[5,] "e"
重複した”a”,"b","c"が残ってしまいます。~
非常に基礎的質問だとおもわれますが、ご回答頂ければ幸いで...
尚、動作環境は以下の様に成ります。~
R version 3.0.1 (2013-05-16)
Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit)
//
- いくら R の初心者でも，ここへの投稿方法まで初心者だから...
なぜ行列にしたいのかという真意は分からないが，
> setdiff(colum2, colum1)
[1] "d" "e"
が参考になるかな？ -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁であ...
**(再度質問)wmtsaパッケージでWavelet解析を行ないました。...
>[[buynnnmmm1]] (2014-01-11 (土) 21:31:22)~
~
https://box.raksul.com/dl/bdbc45c2b62ff6a3ec489de2cf300f94~
~
元データファイルと、処理したRソースを添付してます。~
~
テスト用の音声ファイルは 1秒ごとに、880Hz,1760Hz,3520Hzの...
それを tuneRというパッケージの readWaveファイルで読み込ん...
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waveletまったく勉強しようとしてないわけじゃなく、図書館で...
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周波数の精度をあげると、時間の精度がさがると考えてて、(間...
~
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いっぽう、seewaveっていうパッケージもみつけてまして、こち...
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waveletにしようと思ったのが、もっと周波数精度があがると思...
~
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ということで、やりたいことは、時間の精度をもっと下げて、...
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wavCWTとかに、周波数の分割数を変更するパラメータがあった...
~
本をかりたのはかなり前なのですが、その本では理解できなか...
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よろしくお願い致します。~
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- wavCWTの関数で取れる引数の他のものもふってみました。 n....
- wavCWTの関数で取れる引数の他のものもふってみました。 n....
- 独り相撲を，取っているようですが，それぞれの関数および...
- とりあえずやってみました。引数の意味はよくわかってませ...
- waveletの種類を変更したら、デフォルトよりかなり周波数精...
- さらにマニュアルを確認するとmorletの場合はshiftを与える...
- 周波数精度をあげてCWTをしたい場合は、wavelet="morlet" ...
- "morlet wavelet" でネット検索すると http://paos.colorad...
- wavCWTのソースをちょっと調べてみました。 waveletをmorle...
- wavCWTが呼びだしてるのは ifuitools パッケージの RS_wav_...
- ifuitools の RS_wav_xform.c "RS_wavelets_transform_cont...
- ifuitoolsの src フォルダで grep -n -i morlet * すると -...
- ut_RS.c:315: *type = WAV_FILTER_MORLET; wav_cwt.c...
- wav_filt.c の mutil_errcode wavuniv_filters_continuous ...
- gaussian1,gaussian2は、std=sqrt(variance) として、処理...
- ω0とscaleを変更してmorletのwaveletをグラフ化してみると...
**wmtsaパッケージでWavelet解析を行ないました。周波数分解...
>[[buynnnmmm1]] (2014-01-11 (土) 19:19:03)~
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テスト用のオーディオファイルを作成して、それをwavelet処理...
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seewaveという短時間フーリエ変換で時間と周波数の表示をする...
こちらは窓を広くすると時間分解能がおちて周波数分解能があ...
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http://note.chiebukuro.yahoo.co.jp/detail/n242822~
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の「wmstsaの場合」 の 「処理例」のところに1秒ごとに、880H...
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処理はぜんぶデフォルトの条件で処理して、パラメーターは変...
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tuneRパッケージのwaveReadで音声ファイルを読み込んで、left...
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一番下のwaveseeの出力はspectro関数にかけて出力しました。~
~
wavelet解析について、ほとんどなにも知りません。もし良い入...
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~
よろしくお願い致します。~
//
- 質問が漠然としており，提示された URL もボンヤリしていて...
- すみません、おっしゃるとおりです。データがちょっと多き...
**主成分分析について� [#e08d30fb]
>[[いんせ]] (2014-01-09 (木) 12:26:29)~
~
コメントありがとうございます．
冒頭部分の
> data(…)
> prcomp(…)
の括弧内にエクセルのデータを入力しようとしました．~
ファイル名を入れたり，実際の因子の名前などを入れて，
D<-read.csv("R bact3.csv",header=T)
D$A系-1<-factor(D$A系-1)
D$A系-2<-factor(D$A系-2)
head(D)
summary(D)
data(D)
prcomp(D)
としても，
警告メッセージ:
In data(D) : データセット ‘D’ がありません
> prcomp(D)
以下にエラー colMeans(x, na.rm = TRUE) : 'x' は数値で...
とでます．~
~
どうすればよいのでしょうか．~
//
- data 関数が何をするものか分かっていますか？分かっていた...
- こんな初歩段階で躓いているなら、インターネットで断片的...
- > もし問題が解決した(結局解決しない場合を含め)場合はそ...
- それはデータを数値型にしてないのではないかと思うけど、a...
**主成分分析について [#s0e0b152]
>[[いんせ]] (2014-01-09 (木) 00:35:30)~
~
初めまして．Rを使い始めたばかりの初心者ですが，主成分分析...
他の簡単な操作では，エクセルから呼び出すことができるので...
つまり，ほぼ最初からうまくいっておりません．~
~
自分でもいろいろ調べたりしているのですが，やはりわかりま...
勉強不足でありながら，誰かに聞くのは甘えでしかありません...
~
よろしくお願いいたします．~
//
- 「具体的な手順など教えていただければ」といわれても，漠...
**時系列の相関係数 [#naad9dbe]
>[[しょう]] (2014-01-03 (金) 14:50:11)~
~
コメントありがとうございました。~
なんとか計算ができました。~
~
2つの時系列があった場合、それらの変化の仕方、上がったり下...
~
いわゆる相関係数が小さくても、時系列はよく似た変化をする...
どれくらい似ているかを数値化したいのですが。~
//
- [[VAR:http://en.wikipedia.org/wiki/Vector_autoregressio...
- > いわゆる相関係数が小さくても、時系列はよく似た変化を...
- コメントありがとうございました。相関係数が低いのに似て...
- > 相関係数が低いのに似ている&br;それはあなたの主観。ラ...
&ref(corr.png);
- 時系列分析の専門家ではないので妥当かどうか分かりません...
> n <- lowess(seq_along(nao$V1), nao$V1, f = 1/3)
> s <- lowess(seq_along(sun$V1) - 4, sun$V1, f = 1/3)
> cor(s$y[5:54], n$y[1:50])
[1] 0.9167944
&ref(20140103a.png);
- 平滑化をどの程度とるかにもよるが，結果として，「相関係...
&ref(corr2.png);
- まぁということで、（元データの）相関係数は低いがノイズ...
- コメントをいただいた人に感謝します。主観が重要であると...
- 「主観が」じゃなくて「主観も」ね。視覚化はあくまでも探...
**２つのファイルからデータを読んで相関係数を計算 [#z978b5...
>[[しょう]] (2014-01-02 (木) 20:05:12)~
~
2つのcsv ファイルにある時系列の数字を読み込んで、2つの相...
プログラムをを教えていただけるとうれしいです。~
//
- まずは，２つの CSV ファイルにデータがどんな風にあるかを...
- 早速のコメントに感謝します。 -- [[しょう]] &new{2014-01...
- 2つのExcelのcsvファイルです。中味は700の数字が並んでい...
- じゃあ，後半に書いたようにやれば良いのかな？まだ，情報...
- ありがとうございます。前者の方法から$x $y を除くと動...
- > 前者の方法から$x $y を除くと動き始めました。~
それは，あなたのファイルに，データが1行に一つずつ入力され...
情報不足というか，そのようなエラーが再現できるデータを提...
- ありがとうございます ファイルを添付したいと思います --...
- 今、ファイルを3つアップロードしました -- [[しょう]] &ne...
- いくつか問題があります。&br;(1) 2つのデータファイルの一...
- この「非数値文字」って全角空白ですね。表計算ソフトだと...
**別ファイルから共通した項だけを抽出 [#lc0fdc01]
>[[シップスクラーク]] (2013-12-30 (月) 23:19:13)~
~
2つの別ファイルから共通した項だけを抽出したいです。~
あるdata1というファイルとdata2というファイルがあるとしま...
data1
xy,yz
9530,087361
9690,186479
data2
xz,zy
9690,547895
5121,168415
とデータだとすると、この2つのデータの左側の値が同じだった...
//
- merge(data1, data2, by.x="xy", by.y="xz") で。 -- [[河...
- 回答ありがとうございます。ただ、示されたとおりにプログ...
- data1 <- read.csv("data1") 程度は補ってくださいな。 -- ...
- それは事前に入れたうえでの話です。すみません、分かりづ...
- あなたがコンソールに打ち込んだものとRからのエラーメッセ...
> data1 <- read.csv("data1")
> data2 <- read.csv("data2")
> merge(data1, data2, by.x="xy", by.y="xz")
xy yz zy
1 9690 186479 547895
- エラーからすると、コピペするときに後ろの「..., by.y="xz...
- もし問題が解決した(結局解決しない場合を含め)場合はその...
- 返事が遅れてすみません。始めの'data1'とmerge(data1・・...
**お礼です まだエラーが出ます プログラムも示します [#...
>[[しょう]] (2013-12-27 (金) 18:04:33)~
~
警告メッセージ:
1: In eval(expr, envir, enclos) :
複素数の虚部は、コネクションで捨てられました
2: In eval(expr, envir, enclos) :~
複素数の虚部は、コネクションで捨てられました
3: In readLines("NAO1910.txt") :
'NAO1910.txt' で不完全な最終行が見つかりました
4: In eval(expr, envier, enclos) :
複素数の虚部は、コネクションで捨てられました
5: In plot.xy(xy, type, ...) :
plot type 'line' will be truncated to first character
ノイズをカットするプログラムです
x <- c(1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0)
y <- fft(x)
z <- fft(fft(x), inverse = TRUE)/length(x)
round(z, digit = 4)
as.double(z)
# cut high frequency from mid-lag
# i.e, the center part
mid <- (length(y) + 2)/2
lag <- 1
yy <- y
for (i in (mid - lag):(mid + lag)) {
yy[i] <- 0
}
w <- fft(yy, inverse = TRUE)/length(yy)
q <- as.double(w)
plot(q)
### NAO ###
# source data IOD_ENSO_NAO/NAO-monthly-Jim-Hurrell-1870-...
# xsource<- readLines("NAO50-08.txt")
xsource <- readLines("NAO1910.txt")
xorg <- as.double(xsource)
# take part (e.g, 600 month =50 years)
# x<-xorg[(length(xorg)-708+1):length(xorg)]
x <- xorg[(length(xorg) - 1236 + 1):length(xorg)]
# standardize(normalize)
sx <- (x - mean(x))/sd(x)
## fft
len <- length(sx)
y <- fft(sx)
# cut high frequency
mid <- (length(y) + 2)/2
lag <- 250 - 1
yy <- y
for (i in (mid - lag):(mid + lag)) {
yy[i] <- 0
}
# inverse
w <- fft(yy, inverse = TRUE)/length(yy)
q <- as.double(w)
plot(q, type = "line")
# plot(sx, type = "line")
//
- あなた自身，やろうとしていることをプログラム化出来てい...
以下の z は複素数なのに，それを実数化 as.double するので...
実部，虚部を取り出すには Re(), Im()，絶対値は abs() など...
z <- fft(fft(x), inverse = TRUE)/length(x)
round(z, digit = 4)
as.double(z)
しかし，もう一度同じことをやっている以下のところで，エラ...
「複素数の虚部は、コネクションで捨てられました」というエ...
w <- fft(yy, inverse = TRUE)/length(yy)
q <- as.double(w)
「'NAO1910.txt' で不完全な最終行が見つかりました」は，読...
基本的には，エラーがある行の次にエラーメッセージが出るの...
**ありがとうございます [#rb4b974d]
>[[しょう]] (2013-12-27 (金) 17:33:19)~
~
as.double()にしたら動きました。ありがとうございました。~
ただ、次のエラーが出てしまいました。助けてください。
1: In eval(expr, envir, enclos) :
複素数の虚部は、コネクションで捨てられました
2: In eval(expr, envir, enclos) :
複素数の虚部は、コネクションで捨てられました
3: In file(con, "r") :
ファイル 'NAO1910.txt' を開くことができません: No suc...
//
- エラーのでるプログラム部分をみないと，真の原因はわから...
**関数 "as.real" を見つけることができませんでした [#e5333...
>[[しょう]] (2013-12-27 (金) 15:41:52)~
~
下のエラーが出てしまい困っています。~
アドバイスください。
以下にエラー eval(expr, envir, enclos) :
関数 "as.real" を見つけることができませんでした
//
- as.real()はR3.0以降で廃止されています。as.real()ではな...
**TSAパッケージのgarch.simについて [#vadd69be]
>[[みかん]] (2013-12-26 (木) 14:38:02)~
~
投稿失礼します。~
TSAパッケージのgarch.simに入っているrndというオプションを...
このパッケージではt分布の使用ができないのでしょうか？また...
//
- 「自由度を指定したt分布のシュミレーション」とはどういう...
- お教え頂きありがとうございます。助かりました。 -- [[み...
**複数ファイルを、ファイル名を指定して読み込み、一つのデ...
>[[よる]] (2013-12-25 (水) 22:56:31)~
~
ディレクトリに「t」に続いて日付と拡張子（.txt）のついたフ...
それぞれのファイルは以下のようになっていて形式は同じです。
> t20121001
x y z
1 -0.9139121 0.9233681 1.34668386
2 -0.4414702 1.7249676 -0.03165230
:
9 0.6055080 -0.8037918 -3.16458153
10 -0.5272891 -1.2061249 1.42032382
ディレクトリにあるすべての.txtファイルを読み込む際は、
library(plyr); d=ldply(dir(getwd(), "*.txt"), function(x...
として読み込めたのですが、日付を特定しようとするとうまく...
例えば、以下のようにしてファイル名のベクトルをつくって試...
dateval = format(seq("2010/11/01", by="1 days", length=1...
filename = paste("t", dateval, ".txt", sep="")
d=ldply(dir(getwd(), dateval), function(x) read.table(x,...
dir(getwd(), dateval)の部分で、datevalが最初の値（dateval...
また、少し蛇足になってしまうかもしれませんが、11月10日か...
dir(getwd(), "t201211*")
[1] "t20121101.txt" "t20121102.txt" "t20121103.txt"...
[8] "t20121108.txt" "t20121109.txt" "t20121110.txt"...
[15] "t20121115.txt" "t20121116.txt" "t20121117.txt"...
[22] "t20121122.txt" "t20121123.txt" "t20121124.txt"...
[29] "t20121129.txt" "t20121130.txt"
なぜ、"t20121101.txt"等が呼ばれてしまうのでしょうか？~
上記の問題解決作をご教授いただければ幸いです。~
//
- > 11月10日から11月30日までのデータを呼ぼうとして以下を...
あなたがそのように指定したからです。* は何でもよいという...
その場合だけの対応ならば~
dir(getwd(), "t201211[1-3][0-9]")~
とすればよいでしょうけど，一般性はないですね。~
一般的に，指定したファイルだけを連結するならば，まずは対...
以下では，1110〜1130 だからそのようにしたけど，他の規則が...
x <- sprintf("t201211%02i.txt", 10:30)
# x <- c("t20121112.txt", "t20121115.txt", ..., "t201211...
result <- NULL
for (i in x) {
d <- read.table(i, header=TRUE)
result <- rbind(result, d)
}
result
どうでしょ？ -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁である。]] ...
- *は「0回以上マッチ」なので"t20121"のあとに"1"があっても...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さん、ご回答いただ...
- ワイルドは*でなく、ピリオドなのですね！勉強になりました...
- グロブと正規表現を混同されていると思います。dir()に与え...
- グロブと正規表現について調べてみました。知識の世界が広...
**rpartのCPについて [#z7519c44]
>[[rpt]] (2013-12-17 (火) 10:26:36)~
~
お世話になります。~
ライブラリrpartのCP（Complexity Parameters）について、理...
例えばirisデータで次のように入力しますと
> library(rpart)
> iris.rpt <- rpart(Species ~ ., data=iris)
> printcp(iris.rpt)
Classification tree:
rpart(formula = Species ~ ., data = iris)
Variables actually used in tree construction:
[1] Petal.Length Petal.Width
Root node error: 100/150 = 0.66667
n= 150
CP nsplit rel error xerror xstd
1 0.50 0 1.00 1.23 0.047053
2 0.44 1 0.50 0.67 0.060888
3 0.01 2 0.06 0.08 0.027520
のようにCP表が出力されます。~
これについて大滝他「応用２進木解析法」（日科技連）により...
> 0.6667*(1-0.5)
[1] 0.33335
> 0.6667*(0.5-0.06)
[1] 0.293348
上記の出力結果のCPと一致しません。~
回帰ツリーの場合は、rel errorがRSS比のことだということは...
~
どなたか、この不一致の理由がわかる方、御教示いただければ...
//
- たとえば，http://datamining.togaware.com/survivor/Compl...
- 御回答ありがとうございます。
すると、同じMin＋1*SEルールを使っても、CARTとrpartでは採...
しかし、rel errorの出力が今ひとつよくわかりません。
次のように成長させるツリーのサイズを大きくして、ツリーとC...
> iris.rpt2 <- rpart(Species ~ ., data=iris,
+ control = rpart.control(minsplit=4, cp=0.0001))
> iris.rpt2
n= 150
node), split, n, loss, yval, (yprob)
* denotes terminal node
1) root 150 100 setosa (0.33333333 0.33333333 0.3333333...
2) Petal.Length< 2.45 50 0 setosa (1.00000000 0.000...
3) Petal.Length>=2.45 100 50 versicolor (0.00000000 ...
6) Petal.Width< 1.75 54 5 versicolor (0.00000000 ...
12) Petal.Length< 4.95 48 1 versicolor (0.000000...
24) Petal.Width< 1.65 47 0 versicolor (0.00000...
25) Petal.Width>=1.65 1 0 virginica (0.0000000...
13) Petal.Length>=4.95 6 2 virginica (0.00000000...
26) Petal.Width>=1.55 3 1 versicolor (0.000000...
27) Petal.Width< 1.55 3 0 virginica (0.0000000...
7) Petal.Width>=1.75 46 1 virginica (0.00000000 0...
> printcp(iris.rpt2)
...
Root node error: 100/150 = 0.66667
n= 150
CP nsplit rel error xerror xstd
1 0.5000 0 1.00 1.16 0.051277
2 0.4400 1 0.50 0.59 0.059828
3 0.0200 2 0.06 0.09 0.029086
4 0.0100 3 0.04 0.09 0.029086
5 0.0001 5 0.02 0.07 0.025833
のようになりますが、rel errorを各ステップにおける誤分類数...
> (100/150)/(100/150)
[1] 1
> (50/150)/(100/150)
[1] 0.5
> (6/150)/(100/150)
[1] 0.06
> (3/150)/(100/150)
[1] 0.03
となり、4行目以降の数値が合いません。
また、次のようなモデルのCPテーブルを出力しますと、
> Country2 <- factor(60, levels=c("Japan", "Others")) #...
> Country2[car.test.frame$Country=="Japan"] <- "Japan"
> Country2[car.test.frame$Country!="Japan"] <- "Others"
> car.rpt <- rpart(Country2 ~ Price + Mileage + Type + W...
+ data=car.test.frame, control=rpart.control(cp=...
> printcp(car.rpt)
...
Root node error: 19/60 = 0.31667
n= 60
CP nsplit rel error xerror xstd
1 0.157895 0 1.00000 1.0000 0.18964
2 0.105263 1 0.84211 1.2632 0.19972
3 0.035088 6 0.31579 1.2105 0.19821
4 0.001000 9 0.21053 1.0526 0.19218
のように、一部の分岐のみしか表示されず、CPテーブルの表示...
重ねての質問で、誠に恐縮ですが、御教示いただければ幸いで...
**データフレームの列を追加する方法？ [#q0d46bcf]
>[[koheizm]] (2013-12-13 (金) 19:58:51)~
~
データフレームに一定数の列を指定して追加する方法を考えて...
~
下の方に列を追加していく関数のQAがありましたが、それとは...
rodiaさんのソースを拝借
dat <- cbind(rep(x=c("male", "female"), times=10, each=2),
rep(x=c("A", "AB", "B", "O"), times=10, each...
colname(dat) <- c("sex", "blood")
このようなデータフレームがあるとしてsexとbloodの列の隣に...
入れる値は0でもNULLでも構いません。~
~
現在は列数の違うデータフレームを統合する必要が生じて、ダ...
//
- 返信ありがとうございます。いえ、それぞれの隣ではなくて...
- あなたのはデータフレームなのだから，あんなソースを引用...
add.rows <- function(d, n, m) { # d: データフレーム，n, ...
nr <- nrow(d)
x <- data.frame(matrix(0, nr, n+m))
return(cbind(d[1], x[1:n], d[2], x[-(1:n)]))
}
# 使用例
dat <- data.frame(sex=rep(x=c("male", "female"), times=1...
blood=rep(x=c("A", "AB", "B", "O"), ti...
x <- add.rows(dat, 2, 4)
head(x)
しかし，あなたが本当にやりたいのがダミー行列の追加である...
- まとめて追加するなら，もっと簡単。 -- [[河童の屁は，河...
add.rows2 <- function(d, n) { # d: データフレーム，n: 追...
nr <- nrow(d)
x <- data.frame(matrix(0, nr, n))
return(cbind(d, x))
}
# 使用例
dat <- data.frame(sex=rep(x=c("male", "female"), times=1...
blood=rep(x=c("A", "AB", "B", "O"), ti...
x <- add.rows2(dat, 4)
head(x)
- 返信ありがとうございます。いえ、それぞれの隣ではなくて...
- ご丁寧にありがとうございます。勉強させていただきます。 ...
**プログラム中で生成した連番付きのオブジェクトを保存する...
>[[よる]] (2013-12-12 (木) 14:09:07)~
~
以下のコードで生成したf1, f2, f3, ... というオブジェクト...
x <- 1:10
for (i in 1:10) {
assign(paste("f", i, sep=""), x[i])
}
実際のiは1:100000だったり、c("test1", "test2", ...) だっ...
//
- 「.RDataで保存」というのはよくわからないけど，どうして...
> x <- 1:10
> for (i in 1:10) {
+ name <- paste("f", i, sep="")
+ assign(name, x[i])
+ eval(parse(text=sprintf("save(%s ,file=\"%s\")", name...
+ }
- ご教授ありがとうございます。.txt や .csv だと1つのファ...
- ↑ バイナリファイルとして保存ということなのね。save はバ...
- save()はcompression_levelオプションで圧縮レベルを指定で...
- ＞ もし問題が解決した(結局解決しない場合を含め)場合はそ...
- ご返信が遅れて申し訳ありません。皆さんのご教授により解...
**legendの座標について [#b1821d23]
>[[レジェ]] (2013-12-10 (火) 19:53:22)~
~
お世話になります。Windows XP, R3.0.1を使用しています。~
以下のようなグラフの凡例の少し左側に、別の凡例を追加した...
お手数ですが、ご回答宜しくお願いします。
plot(rnorm(50), rnorm(50), xlim=c(-3,6), ylim=c(-3,3))
legend("topright", "sin", col="red", pch=3)
//
- legend関数の返り値では不十分なのですか？ -- &new{2013-...
- legend関数に返り値があったのですね。a$rect$left と a$re...
**EGARCHの実行について [#u8ffcd7a]
>[[みかん]] (2013-12-10 (火) 15:35:26)~
~
投稿失礼します。R初心者です。~
EGARCHモデルを推定しようとして、以前あったegarchパッケー...
//
- 検索してみました？&br;Package ‘betategarch’ December 9,...
- お教え頂きありがとうございます。本当に助かりましたm(_ _...
**openofficeのデータが読み込めない [#p966162c]
>[[R初心者]] (2013-12-08 (日) 17:41:10)~
~
投稿失礼します。~
「統計学 Rを用いた入門書」で初めてRを勉強しはじめた者で...
ですが、数ページにして詰まってしまいました。。~
excelを持っていないため、openofficeを使用しcsv形式にしたら
> worms <- read.csv("略/worms.csv",header=T,row.names=1)
Warning message:
In scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nli...
EOF within quoted string
と出てきました。~
odsのままにしてみたり、RopenofficeなるものをPCに入れよう...
どなたかアドバイスいただけると嬉しいです！~
よろしくお願い致します。~
//
- openoffice のデータが読み込めないのではなく，openoffice...
- Ropenofficeパッケージのread.ods()は、（たぶんread.xls()...
**psychはダウンロード出来ているようなのですが、パッケージ...
>[[0.444]] (2013-12-08 (日) 17:36:36)~
~
psychはダウンロード出来ているようなのですが、パッケージと...
> library(psych)
Error in library(psych) : there is no package called ‘ps...
なおパッケージのインストールは既にRcmdrでも行っており、こ...
よろしく~
//
- > こちらと同じ手順でダウンロードした&br;どちらと同じ手...
- 失礼しました。パッケージのインストールは既にRcmdrでも行...
- ダウンロード≠インストールですが、そこは大丈夫ですか？文...
**列を追加していく関数を作りたい [#o559510b]
>[[rhodia]] (2013-12-05 (木) 18:07:48)~
~
お世話になります。OS:Win7 64bit R3.0.2~
~
以下のように男性女性の性別のカラムと血液型のデータを用意...
sexカラムがmaleであれば列を一行足して1,femaleならば0とい...
dat <- cbind(rep(x=c("male", "female"), times=10, each=2),
rep(x=c("A", "AB", "B", "O"), times=10, eac...
colname(dat) <- c("sex", "blood")
tmp_fnc <- function(x) {
if (x == "male") x$m_flg = 1
else x$m_flg = 0
}
tmp_fnc(dat)
その結果このようにメッセージが出てきます。
Warning messages:
1: In if (x == "male") x$m_flg = 1 else x$m_flg = 0 :
the condition has length > 1 and only the first elemen...
2: In x$m_flg = 1 : Coercing LHS to a list
ゴールとしてはsexカラムの中身がmaleならばm_flgが1になり、...
ご指導頂きたく思います。~
//
- データ構造としては，データフレームを使う方がよいでしょ...
dat <- data.frame(sex=rep(x=c("male", "female"), times=1...
blood=rep(x=c("A", "AB", "B", "O"), ti...
dat$m_flg <- (dat$sex == "male")+0 # この一行でできます
dat
なお，データフレームの場合，文字型で入力したデータは Fact...
なお，なお，「[[&heart; 投稿文書の書式&heart; :http://www...
整形済みテキスト
行頭が半角空白で始まる行は整形済みテキストとなります。行...
整形済みテキストは、他のブロック要素の子要素になるこ...
整形済みテキストは、他のブロック要素を子要素にするこ...
整形済みテキストは、すべての子要素を文字列として扱い...
ということです。あなたの記事は，私が修正しておきました。-...
**barplotについて [#u09e7fd3]
>[[じゅん]] (2013-12-04 (水) 14:56:33)~
~
お世話になります。Windows XP, R 3.0.1を使用しています。~
以下のようにbarplotを実行しました。
bmp(filename = "bar.bmp", width=1400, height=600)
par(mar=c(5,5,4,2))
barplot(round(runif(100)*2000,0), names.arg=1:100, las=3,
ylim=c(1,2000), ylab="value")
dev.off()
この結果を以下のように変更したいと思っています。どのよう...
~
・y軸の0〜500を表示したい~
・y軸と最初の棒グラフの間隔が空きすぎなので狭くしたい~
・x軸の項目名が棒グラフの右寄りにずれているので中心に寄せ...
~
お手数ですが、宜しくお願いします。~
//
- (1) ylim=c(0,2000) とする~
(2) xaxs="i" とする~
(3) 文字サイズにもよるのかしれませんが， Mac 版では中央に...
barplot(round(runif(100)*2000,0), names.arg=1:100, las=3,
ylim=c(0,2000), ylab="value", xaxs="i")
&ref(sample.png);
- ご回答ありがとうございました。xaxs="i" という素敵な変数...
&ref(sample2.PNG);
- Ubuntu 13.10でも右寄りになりませんよ。しかもOSXやUbuntu...
&ref(barplot-ubuntu.png);
- Mac 版ならば，bmp にする必要はなく，Quartz も pdf も，...
&ref(sample-pdf.png);
**各項目の最大値のみを抽出する方法 [#e6816621]
>[[KKNN]] (2013-12-02 (月) 16:30:27)~
~
初めて質問させて頂きます。~
各項目の最大値のみを抽出する方法を教えて頂きたいのです。~
例えば、下記のようなデータフレームがあるとします。
大統領名 在任期間 知名度
A 1 43
A 2 51
A 3 65
B 1 45
B 2 55
上記の様なデータテーブルにおいて、各大統領において、在任...
大統領名 在任期間 知名度
A 3 65
B 2 55
//
- こんな感じかな -- &new{2013-12-02 (月) 17:01:24};
> (a <- data.frame(大統領名 = factor(c("A", "A", "A", "B...
在任期間 = c(1:3, 1:2),
知名度 = c(43, 51, 65, 45, 55)))
大統領名 在任期間 知名度
1 A 1 43
2 A 2 51
3 A 3 65
4 B 1 45
5 B 2 55
> by(a, a$大統領名, function(x) x[which.max(x$在任期間),])
a$大統領名: A
大統領名 在任期間 知名度
3 A 3 65
--------------------------------------------------------...
a$大統領名: B
大統領名 在任期間 知名度
5 B 2 55
> Reduce("rbind", by(a, a$大統領名, function(x) x[which....
大統領名 在任期間 知名度
3 A 3 65
5 B 2 55
- ありがとうございます。初心者なもので、入門書はいろいろ...
**nlsについて [#p9d9a74b]
>[[galois]] (2013-11-30 (土) 13:27:24)~
~
初めて質問させていただきます。~
nlsで求めた式の確からしさはどのように評価したらいいのでし...
//
- 「式の確からしさ」とは，どういうことを意味しているので...
- 説明不足で申し訳ありません。例えば実験で得られた100点を...
- 多くの場合，最も適切な回帰直線（回帰曲線）でも，「全て...
**rimageのインストール方法、波形画像から波形情報の取得 [#...
>[[TA]] (2013-11-25 (月) 17:37:31)~
~
初めて質問させて頂きます。WindowsでRに取組んで1年弱です...
波形画像(jpg)をrimageでRに読み込み、locator()で波形の情...
どのようにすれば良いのか、途方に暮れています。windowsで...
また、波形画像から、波形データをRに取り込む、もっと簡便...
//
- URL の記述は正確に。cran.rproject.org は cran.r-project...
たとえば，http://cran.r-project.org/bin/windows/contrib/2...
Q&A（初級者コース）/13 に，2011-11-09 の時点で，中澤さん...
- 要領を得ない質問にお答え頂き有難う御座います。 -- [[TA]...
- 御礼が遅くなり申し訳ありません。 御紹介頂いた、rimage...
**catの使い方 [#qf7fbb99]
>[[掃除好き]] (2013-11-22 (金) 12:37:04)~
~
CAD,WER,ASD,XDR
1262041F20124,800,182139,195001
1262041F20124,900,181347,195003
12621B6F23168,810,153436,195081
12621B6F23168,910,154315,195089
1262236A23148,810,12251,195137
1262236A23148,910,12417,195141
1262236A23148,810,1431535,195005
1262236A23148,910,1502527,195137
1262239B23166,810,155554,195005
1262239B23166,910,123231,195015
126223AE23135,810,0750073,195001
126223AE23135,910,0842509,195013
ここからCADの値が2つ続けて同じで、かつXDRの値が195001の次...
そして、もしその195001の次に195003となっているのを計算し...
==== 195001 --> 195003 =====
1262041F20124 195001 182139
1262041F20124 195003 181347
count = 2
==== 195001 --> 195013 =====
126223AE23135 195001 0750073
126223AE23135 195013 0842509
count = 2
というような出力にしたいです。~
このプログラムのどこが間違っていますでしょうか？
データ<-read.csv("データ/data.csv",header=TRUE)
foo <- function(m, k) {
count <- 0 ### 追加 件数...
n <- nrow(データ)
i <- 1
repeat {
if (データ$CAD[i] == データ$CAD[i+1] && データ$XDR[i...
if (count == 0) { ### 追加 該当...
cat(sprintf("==== %i --> %i =====\n", m, k)) ###...
} ### 追加
cat(データ$CAD[i], データ$XDR[i], データ$ASD[i] "\...
cat(データ$CAD[i+1], データ$XDR[i+1], データ$ASD[i...
count <- count+2 ### 追加
i <- i+1
}
i <- i+1
if (i >= n) break
}
if (count != 0) { ### 追加 カウ...
cat(sprintf("count = %i\n", count)) ### 追加
} ### 追加
}
データ <- read.csv("データ/data.csv", as.is=TRUE)
for (m in 195001:195161) {
for (k in (m-1):1950162) {
foo(m, k) # 関数を呼び出す
}
}
//
- 相変わらず，プログラムなどの提示方法について理解してい...
「読んだけどわかんね〜よ」ということでしょうか。
整形済みテキスト
行頭が半角空白で始まる行は整形済みテキストとなります。行...
整形済みテキストは、他のブロック要素の子要素になるこ...
整形済みテキストは、他のブロック要素を子要素にするこ...
整形済みテキストは、すべての子要素を文字列として扱い...
というところですよ。あなたの記事は私が修正しているので，...
+ cat(データ$CAD[i], データ$XDR[i], データ$ASD[i] ...
エラー: 予想外の 文字列定数 です in:
" } ### 追加
cat(データ$CAD[i], データ$XDR[i], データ$ASD[i] "\...
というのは，データ$ASD[i] "\n" のところにエラーがある。つ...
cat(データ$CAD[i], データ$XDR[i], データ$ASD[i], "...
それをなおせば，動くでしょう？ -- [[河童の屁は，河童にあ...
**mac版RへのDesignパッケージのインストール方法について [#...
>[[KK]] (2013-11-22 (金) 11:41:08)~
~
はじめまして、macでRを使い始めて四苦八苦してます~
ロジスティック解析を行う際、glm関数を使うとオッズ比まで出...
またロジスティック解析にて、各説明変数の95%C.Iを出すこと...
//
- Designパッケージは2009年9月で更新が止まっており、現在の...
- 既に違う形の回答がなされていますが，Design packageの後...
- 皆様有難うございます。最初にご回答頂いた方にご質問なの...
- ±はだめ+とーで2つの式にしてね（exp(0.09702+c(-1, 1)*1.9...
- 最初に回答した者ですが、exp(回帰係数±1.96*SE)は一般表記...
> m.s <- summary(m)
> exp(m.s$coefficients[2, 1] + c(-1, 1) * 1.96 * m.s$coe...
2つめは、
> exp(m.s$coefficients[3, 1] + c(-1, 1) * 1.96 * m.s$coe...
です。もちろん、confint()を使ってもよいです。
- て，ゆーか，confint を使うべきでしょう。簡単だし，全部...
- 皆様、大変丁寧なご回答ありがとうございました。やり方を...
**windows環境でのlocaleの設定(Sys.setlocale("LC_CTYPE", "...
>[[YH]] (2013-11-19 (火) 01:08:49)~
~
はじめまして。表題の件がうまくいかなくてこちらで質問させ...
「windows環境」で文字をja_JP.UTF-8にすることは可能でしょ...
Sys.setlocale("LC_CTYPE", "ja_JP.UTF-8")で設定しようとす...
> Sys.setlocale("LC_CTYPE", "ja_JP.UTF-8.")
[1] ""
警告メッセージ:
In Sys.setlocale("LC_CTYPE", "ja_JP.UTF-8.") :
ロケールを "ja_JP.UTF-8." に設定せよとの OS のレポー...
関連する情報を探していると、三年ほど前の記事や、一年ほど...
http://m884.hateblo.jp/entry/20100920/1284950844~
http://like2ch.com/ag/uni/math/1294561909/500~
が見つかりましたが、うまくいってないようです。~
また、windowsの標準の文字など他の一部の文字コードでの設定...
しかし、"ja_JP.UTF-8"を指定するとうまくいきませんでした。~
なにか、解決策がありましたらご教示頂けると幸いです。~
よろしくおねがいします。
> sessionInfo()
R version 3.0.2 (2013-09-25)
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Jap...
[3] LC_MONETARY=Japanese_Japan.932 LC_NUMERIC=C ...
[5] LC_TIME=Japanese_Japan.932
//
**Package(parallel) におけるクラスタ生成の失敗について [#...
>[[Montecarlo]] (2013-11-18 (月) 01:08:24)~
~
いつもお世話になっております。~
~
今回題名の通り Package(parallel) においてクラスタの生成に...
~
なお、 sessionInfo は以下の通りです。
> sessionInfo()
R version 3.0.2 (2013-09-25)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Jap...
LC_MONETARY=Japanese_Japan.932 LC_NUMERIC=C
LC_TIME=Japanese_Japan.932
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets me...
本題に入りますが、Package(parallel)において[makePSOCKclus...
> library(parallel)
> makePSOCKcluster(4)
socket cluster with 4 nodes on host ‘localhost’
> cl <- makePSOCKcluster(4)
....
警告メッセージ:
1: 使われていないコネクション 6 (<-hogehoge) を閉じます
2: 使われていないコネクション 5 (<-hogehoge) を閉じます
3: 使われていないコネクション 4 (<-hogehoge) を閉じます
4: 使われていないコネクション 3 (<-hogehoge) を閉じます
使われていないコネクションが警告によって閉じられているよ...
~
詳しい方のお知恵を拝借したいと思っています。
~
どうぞよろしくお願い致します。
~
//
- 特に何の問題もないでしょう。 -- &new{2013-11-18 (月) 1...
- 特段の問題がないとのことで安心しました。ご回答ありがと...
**statconnDCOMのEvaluateメソッドについて [#r79a93a9]
>[[谷川]] (2013-11-14 (木) 16:04:31)~
~
R初心者です。よろしくお願いします。~
~
VB.NETからStatconnDCOMを使用して、決定木のアルゴリズムを...
以下のようなコードを組んでおります。
Dim lConnector As IStatConnector
lConnector = New STATCONNECTORSRVLib.StatConnector
lConnector.Init("R")
lConnector.EvaluateNoReturn("library(mvpart);")
lConnector.EvaluateNoReturn("Tdata <- read.csv(""C:\\T-D...
lConnector.EvaluateNoReturn("tree <- rpart(生死~等級+大...
lConnector.Evaluate("print(tree);") ・・・ (A)
上記の(A)の行の出力をVB.NETで加工したいと考えておりますが...
『この接続 ID に対する接続がありません (HRESULT からの例...
当方の学習不足なのですが、Evaluateメソッドの戻り値を取得...
~
なお、環境は以下の通りです。
VB.NET：2010
R：3.02（使用ライブラリ mvpart
statconnDCOM：3.5-1B2
以上よろしくお願いいたします。~
//
- http://datamining.dongguk.ac.kr/R/docs/EmbeddingR_Tutor...
- ありがとうございました。最終的には、sinkを使用してテキ...
- http://cuadernodebits.blogspot.jp/2010/03/llamar-r-desd...
- ↑GetSymbolで変数に挿入できませんか？ -- &new{2013-11-2...
**RStudioにてMessage Translationsが反映されません [#y8b46...
>[[RStudio初心者]] (2013-11-12 (火) 09:48:09)~
~
RStudioにてMessage Translationsが反映されません。当方の環...
Windows Vista
R version 3.0.1, R version 3.0.2 （両方で試しました）
RStudio 0.97.551 - Windows XP/Vista/7/8 （2013-05-11）
Windows 7
R version 3.0.1, R version 3.0.2 （両方で試しました）
RStudio 0.97.551 - Windows XP/Vista/7/8 （2013-05-11）
まず、R version 3.0.1をインストール、その際Message Transl...
R version 3.0.1 (2013-05-16) -- "Good Sport"
Copyright (C) 2013 The R Foundation for Statistical Comp...
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)
R は、自由なソフトウェアであり、「完全に無保証」です。
一定の条件に従えば、自由にこれを再配布することができます...
配布条件の詳細に関しては、'license()' あるいは 'licence(...
R は多くの貢献者による共同プロジェクトです。
詳しくは 'contributors()' と入力してください。
また、R や R のパッケージを出版物で引用する際の形式につ...
'citation()' と入力してください。
'demo()' と入力すればデモをみることができます。
'help()' とすればオンラインヘルプが出ます。
'help.start()' で HTML ブラウザによるヘルプがみられます。
'q()' と入力すれば R を終了します。
次に、RStudio 0.97.551をインストール。起動時のConsoleは以...
R version 3.0.1 (2013-05-16) -- "Frisbee Sailing"
Copyright (C) 2013 The R Foundation for Statistical Comp...
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditi...
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publicati...
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help,...
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
R version 3.0.2で試しても上手くいかず、OSを Windows7に変...
RStudio上でMessage Translationsを反映する方法をご存知の方...
//
- RStudioを起動する際に環境変数 LANGUAGEをjaに設定したら...
- 早速ご教示いただきましてありがとうございます。Rの環境変...
- 私の提案はRやRStudioの設定ではなくOSの操作の話です。Rの...
- 理解出来ておらず申し訳ございません。RStudioのショートカ...
- では、LANG=Ja_JP もついでに試してもらえますか。それから...
- R-3.0.0もダメで、R-2.15.3までバージョンを落とすといけま...
- 度々お教えいただきましてありがとうございます！まず（Rを...
- なるほど。RStudioのメンテの方は気さくな方なので、バグレ...
**同じことをしていると思われるが、エラーが出てしまいます...
>[[Montecarlo]] (2013-11-11 (月) 22:16:38)~
~
立て続けに投稿して申し訳ないのですが、以前「全てのオブジ...
何度も試したのですが、原因がつかめないので皆様のお知恵を...
~
セッションインフォは以下の通りです。
> sessionInfo()
R version 2.15.2 (2012-10-26)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Jap...
LC_MONETARY=Japanese_Japan.932 LC_NUMERIC=C
LC_TIME=Japanese_Japan.932
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets me...
以前ヒントを頂いたので、以下の関数を新たに組んでみました。
ls.val <- function() {
ls.all <- .Internal(ls(as.environment(-1L), FALSE))
ls.print <- ls.all[ls.all != "ls.val"]
sapply(ls.print, function(temp) get(temp))
}
グローバル環境では問題なく意図とした動作をします。
> a <- c(1:20); b <- c(5:8); c <- letters[3:12]
> ls.val()
$a
[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 ...
$b
[1] 5 6 7 8
$c
[1] "c" "d" "e" "f" "g" "h" "i" "j" "k" "l"
この関数を、関数内でデバッグに使いたいと思いましたが、エ...
f <- function() { #テスト用関数
x <- c(10:5)
y <- c(3:9)
z <- LETTERS[25:15]
browser()
}
> f()
Called from: f()
Browse[1]> ls.val()
以下にエラー get(temp) : オブジェクト 'x' がありません
Browse[1]> ls()
[1] "x" "y" "z"
Browse[1]> ls.str()
x : int [1:6] 10 9 8 7 6 5
y : int [1:7] 3 4 5 6 7 8 9
z : chr [1:11] "Y" "X" "W" "V" "U" "T" "S" "R" "Q" "P" ...
Browse[1]> sapply(ls(), function(temp) get(temp))
$x
[1] 10 9 8 7 6 5
$y
[1] 3 4 5 6 7 8 9
$z
[1] "Y" "X" "W" "V" "U" "T" "S" "R" "Q" "P" "O"
Browse[1]> c
関数「f」の中には、確かにx, y, z の３個のオブジェクトがあ...
かつ、[ls()] [ls.str()] は問題なく動作します。~
そして以前教えていただいた [sapply(ls(), function(temp) g...
~
なぜ、[ls.val()] は動作せず、エラーが出るのかを教えていた...
どうぞよろしくお願いいたします。~
//
- スコープの問題では？ sapplyがつくった空間内でgetするわ...
ls.val <- function() {
pe <- as.environment(-1)
ls.all <- ls(envir=pe)
ls.print <- ls.all[ls.all != "ls.val"]
sapply(ls.print, function(temp) get(temp, envir=pe))
}
- ご回答ありがとうございます。 -- [[MonteCarlo]] &new{201...
~
スコープはおぼろげながら認識していましたが、sapplyの中ま...
~
大変勉強になりました。
~
ありがとうございました。
~
- よくよく [get ]を調べてみたら、引数の中にも [pos] [envi...
~
ありがとうございました。 -- [[MonteCarlo]] &new{2013-11-1...
**順序カテゴリーデータを使った潜在クラスモデル [#sce10753]
>[[suho]] (2013-11-05 (火) 20:54:18)~
~
潜在クラスモデルでクラスタ分析を行いたいデータがあります。~
~
poLCA、Flexmix packageのマニュアルを読んだのですが、わか...
~
なお、環境は以下の通りです。
> sessionInfo()
R version 3.0.2 (2013-09-25)
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)
扱いたいデータは、3000人にアンケートを行い、ある商品の選...
~
ただし、回答してもらった５項目は、「最も強い選択理由（１...
~
生データの状態は以下です（サンプルですが）
[ID] [1st] [2nd] [3rd] [4th] [5th]
0001 5 8 4 19 10
0002 13 2 15 3 19
・・・
このような順序カテゴリーデータで、潜在クラスモデルを行え...
~
poLCA、Flexmixのマニュアルで見つけられず。。。。（もし読...
ご教示いただけますと大変ありがたいです。よろしくお願い致...
//
**全てのオブジェクトとその値を表示する関数 [#ga2005c4]
>[[Montecarlo]] (2013-11-03 (日) 18:26:50)~
~
今回このWikiを検索しても分からなかったので、皆さんのお知...
~
セッションインフォは以下の通りです。
> sessionInfo()
R version 2.15.2 (2012-10-26)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Jap...
LC_MONETARY=Japanese_Japan.932 LC_NUMERIC=C ...
LC_TIME=Japanese_Japan.932
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets me...
さて、質問内容ですが、現在の環境下のすべてのオブジェクト...
（グローバル環境で実行すると、その環境内にあるオブジェク...
具体例では、オブジェクトを以下のように代入します。
val.a <- c(1, 2, 3); val.b <- c(4, 5, 6); val.c <- c(7...
chr.x <- c("x", "y", "z"); chr.y <- c("Taro", "Hanako",...
その際に、ある関数hogeを実行すると以下のような答えが返っ...
(list <- list(val.a = val.a, val.b = val.b, val.c =val.c...
$val.a
[1] 1 2 3
$val.b
[1] 4 5 6
$val.c
[1] 7 8 9
$chr.x
[1] "x" "y" "z"
$chr.y
[1] "Taro" "Hanako" "Jiro"
どうぞよろしくお願いいたします。~
//
- もっとうまい方法もあるのでしょうが，以下のようなものも...
> val.a <- c(1, 2, 3); val.b <- c(4, 5, 6); val.c <- c...
> chr.x <- c("x", "y", "z"); chr.y <- c("Taro", "Hanako...
> sapply(ls(), function(x) eval(parse(text=x)))
chr.x chr.y val.a val.b val.c
[1,] "x" "Taro" "1" "4" "7"
[2,] "y" "Hanako" "2" "5" "8"
[3,] "z" "Jiro" "3" "6" "9"
> val.a <- 1:5; val.b <- 10:19; val.c <- 100:103
> chr.x <- letters[1:7]; chr.y <- c("Taro", "Hanako", "...
> sapply(ls(), function(x) eval(parse(text=x)))
$chr.x
[1] "a" "b" "c" "d" "e" "f" "g"
$chr.y
[1] "Taro" "Hanako" "Jiro"
$val.a
[1] 1 2 3 4 5
$val.b
[1] 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19
$val.c
[1] 100 101 102 103
- ls.str()みたいな関数を考えいるのかな？ -- &new{2013-11...
> ls.str()
chr.x : chr [1:3] "x" "y" "z"
chr.y : chr [1:3] "Taro" "Hanako" "Jiro"
val.a : num [1:3] 1 2 3
val.b : num [1:3] 4 5 6
val.c : num [1:3] 7 8 9
- ls.str みたいなものなんでしょうね。全要素を出力する必要...
- ご回答ありがとうございました。
~
私の意図とする部分は「河童の屁は，河童にあらず，屁である...
~
ありがとうございました。
~
お二方の意見を基に以下の関数を組んでみました。 -- [[Monte...
hoge <- function(x) {
sapply(x, function(temp) get(temp))
}
hoge(ls())
**出力方法 [#b5022233]
>[[掃除好き]] (2013-11-01 (金) 15:25:53)~
~
先ほども質問させてもらったのですが、また少し困ったことが...
~
そこで質問なのですが、先ほどのプログラムを使用して、19500...
0E85051620170,195001
0E85051620170,195003
[1] 2
09690FD520157,195001
09690FD520157,195005
09692DF920168,195001
09692DF920168,195005
[2] 4
0CD30E8120165,195001
0CD30E8120165,195008
[3] 2
10491ADC20156,195001
10491ADC20156,195009
0E85080B20150,195001
0E85080B29150,195009
[4] 4
といったような出力にしたいです。~
そのようなやり方があるのであれば、教えていただけないでし...
//
- > そのようなやり方があるのであれば&br;そのような既製の...
foo <- function(m, k) {
count <- 0 ### 追加 件数...
n <- nrow(ファイルデータ)
i <- 1
repeat {
if (ファイルデータ$CAR[i] == ファイルデータ$CAR[i+1]...
ファイルデータ$SHA[i] == m &&
ファイルデータ$SHA[i+1] == k) {
if (count == 0) { ### 追加 該当...
cat(sprintf("==== %i --> %i =====\n", m, k)) ###...
} ### 追加
cat(ファイルデータ$CAR[i], ファイルデータ$SHA[i], ...
cat(ファイルデータ$CAR[i+1], ファイルデータ$SHA[i+...
count <- count+2 ### 追加
i <- i+1
}
i <- i+1
if (i >= n) break
}
if (count != 0) { ### 追加 カウ...
cat(sprintf("count = %i\n", count)) ### 追加
} ### 追加
}
プログラムやデータなどを提示する方法について，「[[&heart;...
**結果データの保存 [#l904b86a]
>[[鬼の目にも涙]] (2013-11-01 (金) 11:00:12)~
~
出力結果をまた別のファイルに保存したいです。
x y
200 300
300 400
というような結果を別の新たなファイルに保存する方法はあり...
//
- コンソールに表示されるものをそのままファイルに出力した...
sink("ファイル名")
:
sink()
のようにすれば，sink("ファイル名") 以降 sink() までに，コ...
**repeat(while) と return [#h91eecd5]
>[[河童の屁は，河童にあらず，屁である。]] (2013-10-31 (木...
~
# 危険！実行するな！無限ループ
foo <- function() {
i <- 1
repeat {
i <- i+1
if (i >= 10) return
}
}
foo()
# () を付ければ問題ない
foo2 <- function() {
i <- 1
repeat {
i <- i+1
if (i >= 10) return()
}
}
foo2()
# for なら問題ない
foo3 <- function() {
i <- 0
for (j in 1:100) {
if (i >= 10) return
}
}
foo3()
# 不当なエラーメッセージが出る状況
a <- 1:20
foo4 <- function() {
i <- 1
repeat {
i <- i+1
if (a[i] >= 10) return # () を付けると無問題
}
}
foo4()
のようなことに気づいた。&br;これは，Version 0.49 Beta (Ap...
//
- returnは関数です。そしてforの場合もループは100回、回っ...
**windows用のダウンロードサイトが昨日から止まっています。...
>[[のざわ]] (2013-10-30 (水) 13:01:56)~
~
http://cran.md.tsukuba.ac.jp/bin/windows/base/~
が昨日から見えません。対応をお願いします。~
//
- 何らかの事情があるのでしょう。当面，統数研なり兵庫教育...
- CRAN筑波ミラーですが、ハードウェアの故障で、当面停止す...
**出力の仕方 [#w2e47cc9]
>[[掃除好き]] (2013-10-30 (水) 08:02:28)~
~
何度もすみません。
CAR,REC,TRW,DTM,SHA,KENSYU,ZIP,BIT
1262021A20150,0,800,20091019063645,195001,111,7600020,1950
0E85051620170,0,800,20091019063800,195001,112,,
0E85036820151,0,800,20091019063939,195003,111,7110931,1965
0969118E20153,0,800,20091019063942,195005,111,7630071,1958
09690FD520157,0,800,20091019063943,195001,111,7620006,1951
09692DF920168,0,800,20091019064203,195007,111,7618021,1955
1049204A20168,0,800,20091019064217,195001,111,7618013,1945
104920F920166,1,800,20091019064832,195005,111,7600001,1976
0CD30E8120165,1,800,20091019070210,195001,111,,
0CD305AE20156,0,800,20091019070223,195003,111,7620021,1949
10491ADC20156,0,800,20091019070537,195001,112,7690210,1993
0CD3028120168,0,800,20091019070716,195007,111,7600013,1947
0E85080B20150,0,800,20091019070830,195001,111,,
1049209920170,0,800,20091019071029,195009,111,7620046,1965
0E850FCF20170,0,800,20091019071125,195001,112,7618004,1991
10490C5F20148,0,800,20091019071135,195004,111,7000965,1976
0AFD0A5620166,0,800,20091019071523,195001,111,7600080,1944
1049214720169,0,800,20091019071906,195005,111,7618026,1980
10491BEC20152,0,800,20091019071935,195001,111,,
10490FE120148,0,800,20091019072112,195007,111,7630091,1962
・
・
過去に質問した内容でプログラムを組んでみたのですが、上手...
foo <- function(m, k)
for (m in 195001:195059) {
for (k in (m+1):195060) {
function(m, k) # 関数を呼び出す
}
n <- nrow(ファイルデータ)
i <- 1
repeat {
if (ファイルデータ$CAR[i] == ファイルデータ$CAR[i+1]...
ファイルデータ$SHA[i] == m &&
ファイルデータ$SHA[i+1] == k) {
cat(ファイルデータ$CAR[i], ファイルデータ$CAR[i], ...
cat(ファイルデータ$CAR[i+1], ファイルデータ$CAR[i+...
i <- i+1
}
i <- i+1
if (i >= n) return
}
//
- まずは，文法エラーを無くす必要がありますね。根本的に，...
foo <- function(m, k) {
n <- nrow(ファイルデータ)
i <- 1
repeat {
if (ファイルデータ$CAR[i] == ファイルデータ$CAR[i+1]...
ファイルデータ$SHA[i] == m &&
ファイルデータ$SHA[i+1] == k) {
cat(ファイルデータ$CAR[i], ファイルデータ$CAR[i], ...
cat(ファイルデータ$CAR[i+1], ファイルデータ$CAR[i+...
i <- i+1
}
i <- i+1
if (i >= n) return
}
}
ファイルデータ <- read.csv("data.csv", as.is=TRUE)
for (m in 195001:195059) {
for (k in (m+1):195060) {
foo(m, k) # 関数を呼び出す
}
}
- 回答ありがとうございます。エラーはかなり減ったのですが...
- そうですね。return を break に変えれば動くでしょう。 --...
- > TRUE/FALSEは m && ファイルデータ$SHA[i+1] == k) <- TR...
- すみません、同じ投稿をしてしまっていました。プログラム...
- ああああああああああああああああああ -- &new{2013-11-0...
- 195001→195002となっている列を読み込んだあとにその次の19...
**Rの開き方 [#v0383092]
>[[スケルトン]] (2013-10-28 (月) 19:08:26)~
~
Rのソフトをダウンロードしたのですが、内容全てが英語です。...
//
- 質問内容に具体的なことが何もないので、どんな状況で何の...
下のスクリーンショットは、それぞれ日本語（LANGUAGE=ja）、...
&ref(lang.png);
**gsub()で正規表現 [#g9c57385]
>[[naca]] (2013-10-25 (金) 22:01:34)~
~
下のような文字列xがあります。~
xから"<>"とそれに囲まれた任意の文字列(ここでは<aaa>, <bb>...
なお、<xxxx>のパターンは複数個あり、任意の文字列です。~
よろしくお願いします。
x <- "<aaa><bb>成功<cc 123 %>"
gsub("<aaa>", "", gsub("<bb>", "", gsub("<cc 123 %>", ""...
#さまざまなxに対応させたい。
//
- gsub は最長一致なので簡単にはいかないのではないかと。そ...
func <- function(str) {
str <- unlist(strsplit(str, ""))
out <- TRUE
select <- logical(length(str))
for (i in seq_along(str)) {
if (str[i] == "<") {
out <- FALSE
select[i] <- FALSE
} else if (str[i] == ">") {
out <- TRUE
select[i] <- FALSE
} else {
select[i] <- out
}
}
paste(str[select], collapse="")
}
> x <- "<aaa><bb>成功<cc 123 %>"
> func(x)
[1] "成功"
> func("<html><head><title>タイトル</title></head><body>...
[1] "タイトル本体文章"
- gregexprではダメでしょうか？必要ならベクトル化も保てま...
func <- function(x) {
matched <- gregexpr("<[^>]*>", x)[[1]]
if (matched[1] == -1) {
return(x)
}
l <- attributes(matched)$match.length
# ↓手抜き。matchedの長さだけsubstrで切ったほうが良いと...
n <- unlist(mapply(FUN=seq, matched, matched + l - 1))
paste(strsplit(x, "")[[1]][-n], collapse="")
}
- お二方、本当にありがとうございました。自力では難しかっ...
- いや、最短一致させれば一発でしょう。 gsub("<.*?>", "", ...
- ありがとうございます。最短一致という方法勉強になりまし...
- あれ？最短マッチはperl以降の正規表現で扱える(gsubのデフ...
**出力の仕方 [#xae6ac31]
>[[掃除好き]] (2013-10-23 (水) 10:04:40)~
~
CAR,REC,TRW,DTM,SHA,KENSYU,ZIP,BIT
1262021A20150,0,800,20091019063645,195001,111,7600020,1950
0E85051620170,0,800,20091019063800,195001,112,,
0E85036820151,0,800,20091019063939,195003,111,7110931,1965
0969118E20153,0,800,20091019063942,195005,111,7630071,1958
09690FD520157,0,800,20091019063943,195001,111,7620006,1951
09692DF920168,0,800,20091019064203,195007,111,7618021,1955
1049204A20168,0,800,20091019064217,195001,111,7618013,1945
104920F920166,1,800,20091019064832,195005,111,7600001,1976
0CD30E8120165,1,800,20091019070210,195001,111,,
0CD305AE20156,0,800,20091019070223,195003,111,7620021,1949
10491ADC20156,0,800,20091019070537,195001,112,7690210,1993
0CD3028120168,0,800,20091019070716,195007,111,7600013,1947
0E85080B20150,0,800,20091019070830,195001,111,,
1049209920170,0,800,20091019071029,195009,111,7620046,1965
0E850FCF20170,0,800,20091019071125,195001,112,7618004,1991
10490C5F20148,0,800,20091019071135,195004,111,7000965,1976
0AFD0A5620166,0,800,20091019071523,195001,111,7600080,1944
1049214720169,0,800,20091019071906,195005,111,7618026,1980
10491BEC20152,0,800,20091019071935,195001,111,,
10490FE120148,0,800,20091019072112,195007,111,7630091,1962
・
・
上記のようなデータを読み込んだのですが、ここからCARの値が...
そして、もしその195001の次に195002となっているのを計算し...
そのようなプログラムはありますでしょうか？~
if文などを使えば良いような気がしますが、私自身プログラム...
//
- 同じような質問が（3 つも）下の方にあります。今回の質問...
for (i in 195001:195059) {
for (j in (i+1):195060) {
func(i, j) # 関数を呼び出す
}
}
しかしまあ，似たような質問があるもんだなあ。投稿方法につ...
**パッケージのインストールで出るエラー [#fa17a58d]
>[[yataro]] (2013-10-22 (火) 16:32:55)~
~
Linux(Ubuntu)でRstudioを使ってRを使用しています。~
使用環境は以下の通りです。
sessionInfo()
R version 3.0.2 (2013-09-25)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
locale:
[1] LC_CTYPE=ja_JP.UTF-8 LC_NUMERIC=C ...
[4] LC_COLLATE=ja_JP.UTF-8 LC_MONETARY=ja_JP.UTF-8 ...
[7] LC_PAPER=ja_JP.UTF-8 LC_NAME=C ...
[10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=ja_JP.UTF...
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets me...
other attached packages:
[1] fishmethods_1.5-0 MASS_7.3-29 foreign_0.8-56 ...
loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.0.2
ここで、以下のエラーが出てパッケージをインストールできま...
install.packages("truncnorm")
Installing package into ‘/home/seishiro/R/x86_64-pc-linu...
(as ‘lib’ is unspecified)
URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/truncnorm_1.0-6...
Content type 'application/x-gzip' length 9686 bytes
開かれた URL
==================================================
downloaded 9686 bytes
以下にエラー setwd(od) : 作業ディレクトリを変更できま...
以下にエラー setwd(startdir) : 作業ディレクトリを変更...
実行が停止されました
Warning in install.packages :
installation of package ‘truncnorm’ had non-zero exit s...
The downloaded source packages are in
‘/tmp/Rtmpj8OYYl/downloaded_packages’
ちなみにこのエラーは、端末から何らかの.rファイルを rstudi...
先に新規で開いて、そのあとに.rファイルを開けば問題はない...
//
- suとして実行してもダメ、ということでしょうか。sudo R CM...
- スクリプトファイルにinstall.packages()を書かなければな...
- 念のためrootでも試して見ましたが結果は同じでした。 -- [...
- 再現できません。RStudio v0.97.551 Ubuntu 13.10 amd64, ...
> install.packages("truncnorm")
Installing package into ‘/home/xxxx/R/x86_64-pc-linux-gn...
(as ‘lib’ is unspecified)
[snip]
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG
-fpic -O3 -pipe -g -c rtruncnorm.c -o rtruncnorm.o
[snip]
* DONE (truncnorm)
- 備忘録や他人との共有にinstall.packages()（ときには# ins...
- ある日から、このエラーが起き始めたというのがヒントにな...
- 再現を試みていただき、ありがとうございます。しかしなが...
- 記憶にはありませんが、root権限で$HOME/R配下のディレクト...
- 解決策も何もUIDとGIDを確認して、原因が見つかればそれを...
- rootで試しても結果がおなじだったというなら、Rディレクト...
**3次元棒グラフとその重ね書き [#abfb87a4]
>[[Saito]] (2013-10-19 (土) 15:49:18)~
~
いつもお世話になっております。~
ネットや過去ログを調べましたが、見つからなかったので質問...
座標と座標ごとに値が得られている場合に、それを3次元棒グラ...
さらに、その3次元棒グラフを近似するなんらかの関数を当ては...
~
どなたか分かる方がいましたら、ご教授ください。~
3次元棒グラフの書き方だけでも助かります。~
どうぞよろしくお願い致します。~
//
- 本当に調べましたか？投稿における注意事項を読みましたか...
RSiteSearch("3d barplot")
で調べたら、vrmlgenパッケージのbar3d()とかscatterplot3dパ...
**データが多すぎて無視される場合 [#d08a1649]
>[[データサイエンス]] (2013-10-17 (木) 14:08:14)~
~
何度もすみません。今扱っているデータが膨大なので、プログ...
//
- 「結果がほとんど無視されてしまいます」というのはどうい...
**if文 [#aa6b58ea]
>[[データサイエンス]] (2013-10-17 (木) 10:32:48)~
~
もし、英語と数字が混ざっているような値をif文にかけるには...
ZAW3~
DE6A~
IK9U~
S1S3~
というような英語と数字が混ざっているような値が下にずっと...
//
- このようなものは，「文字列」として扱えばよいだけの話で...
> a
[1] "ZAW3" "DE6A" "IK9U" "S1S3"
> a[a == "IK9U"]
[1] "IK9U"
「i+1といったことでは出来ない」とはどういうことでしょうね...
- 別解。 -- &new{2013-10-17 (木) 12:06:39};
> grep("IK9U", a, value = TRUE)
[1] "IK9U"
- 文字式とおけば良いんですね！ありがとうございます！ -- [...
**出力方法について [#i9bd519e]
>[[サッポロポテト]] (2013-10-17 (木) 01:44:42)~
~
aa ab ac
126 800 19507
4AD 900 19501
4AD 800 19358
J89 900 19356
J89 901 19358
MK5 900 19538
SWK 911 19333
256 800 15689
・
・
前回と同じような質問なのですが、データをファイルから出力...
126 800 19507
4AD 900 19501
4AD 800 19358
256 800 15689
これはこのようなプログラムで本当に合っていますでしょうか？
b <- a$ab == 901＆911
a[b | c(b[-1], TRUE),]
//
- 合っているかどうかはやってみて結果を見れば分かりますが...
b <- a$ab == 901 | a$ab == 911
a[!(b | c(b[-1], FALSE)),]
なぜそうしなくてはならないのかは，R の教科書などを参考に...
**プログラミング [#w6b67f8c]
>[[変体観測]] (2013-10-14 (月) 14:11:53)~
~
初めての投稿でまだ分からない部分もありますが質問させてい...
x y
5555 358
5555 191
2951 358
2895 191
3515 358
3515 191
3515 193
このようなデータをcsvテキストから読み込んだのですが、この...
5555 358
5555 191
3515 358
3515 191
このような形で出力するのはどうすればよろしいのでしょうか？~
//
- 下の方に，似たような問題がありますね。こちらの方がちょ...
f1 <- function(a) {
n <- nrow(a)
b2 <- a$y == 191
b1 <- a$y == 358 & c(b2[-1], FALSE)
b1 <- b1 | c(FALSE, b1[-n])
c1 <- a$x == c(a$x[-1], FALSE)
c1 <- c1 | c(FALSE, c1[-n])
return(a[b1 & c1,])
}
しかしまあ，おまじないみたいになってしまうので，以下のよ...
f2 <- function(a) {
n <- nrow(a)
i <- 1
repeat {
if (a$x[i] == a$x[i+1] && a$y[i] == 358 && a$y[i+1] ...
cat(a$x[i], a$y[i], "\n")
cat(a$x[i+1], a$y[i+1], "\n")
i <- i+1
}
i <- i+1
if (i >= n) return
}
}
なお，もとのデータの記述で2列目の変数名が z になっていた...
// f3()を書いた者ですが、
//「xの値が2つ続けて」という条件を見落としていましたので...
// すみません。
- f2 は必要のない出力を抑制するために，以下のようにプログ...
f2.2 <- function(a) {
n <- nrow(a)
ans <- logical(n)
i <- 1
repeat {
if (a$x[i] == a$x[i+1] && a$y[i] == 358 && a$y[i+1] ...
ans[i] <- ans[i+1] <- TRUE
i <- i+1
}
i <- i+1
if (i >= n) return(a[ans,])
}
}
遅いのはいたしかたない。-- &new{2013-10-15 (火) 16:14:19};
- 「お*ま*じ*な*い」感を薄めると，速くなった。
f1.2 <- function(a) {
n <- nrow(a)
s1 <- 1:(n-1)
s2 <- 2:n
flag <- a$x[s1] == a$x[s2] & a$y[s1] == 358 & a$y[s2] ...
return(a[c(flag, FALSE) | c(FALSE, flag),])
}
ほんのわずかだけど。~
そのあと，また「お*ま*じ*な*い」感を強めたものが今のとこ...
f1.3 <- function(a) {
n <- nrow(a)
flag <- (a$x[1:(n-1)] == a$x[2:n]) * (a$y[1:(n-1)] == ...
return(a[c(flag, FALSE) | c(FALSE, flag),])
}
& を * でやるなど，こそくな手段を使う。微々たる違いだが。...
- 初心者の参考にはならないでしょうが，次のようにすること...
> j <- (1:(nrow(a)-1))[diff(a$x) == 0] # j=c(1,5,6)
> k <- j[a$y[j]==358 & a$y[j+1]==191] # k=c(1,5)
> a[sort(c(k,k+1)),] # sort(c(k,k+1))=...
x y
1 5555 358
2 5555 191
5 3515 358
6 3515 191
- お返事遅くなりました。みなさんありがとうございます！色...
**標準化残差、調整済み標準化残差、mosaicplot() [#kc7cbcf3]
>[[まりも]] (2013-10-12 (土) 00:01:58)~
~
残差分析（カイ２乗検定をした上で、さらに個別の項目のどこ...
~
残差には、標準化残差と、調整済み標準化残差とがあり、Chisq...
ネットを検索すると、調整済み標準化残差の値を標準正規分布...
http://note.chiebukuro.yahoo.co.jp/detail/n71838~
~
一方、観測値が期待値に対して有意差がある項目をわかりやす...
~
どちらをzスコアに用いるかは、あまり問題にならないのでしょ...
//
- > どちらをzスコアに用いるかは、あまり問題にならないので...
- ご教示ありがとうございます。投稿後も色々探してみました...
**プログラムの組み方 [#r3cd7c30]
>[[サッポロポテト]] (2013-10-11 (金) 15:32:53)~
~
aa ab ac
126 800 19507
4AD 800 19501
4AD 800 19358
J89 800 19356
J89 900 19358
MK5 900 19538
SWK 900 19333
・
・
このようなデータをファイルから出力したのですが、このデー...
4AD 800 19501
4AD 800 19358
J89 800 19356
J89 900 19358
そのようなプログラムを組みたいのですが、初心者なので全く...
誰か教えていただきますでしょうか？~
あとこれがいくつも下に続いていくので、その19358とその上の...
//
- あなたも，投稿方法について，「[[投稿における注意事項]]...
> b <- a$ac == 19358
> a[b | c(b[-1], FALSE),]
aa ab ac
2 4AD 800 19501
3 4AD 800 19358
4 J89 800 19356
5 J89 900 19358
このような行の組が何組あるかは，
> sum(b)
[1] 2
でよいのではないですか？ -- [[河童の屁は，河童にあらず，...
- ありがとうございました！しっかりと読んでいませんでした...
**積み重ね棒グラフのラベリング [#gb2be8c6]
>[[棒グラフ]] (2013-10-06 (日) 09:39:18)~
~
エクセルのように縦棒の積み重ね棒グラフ自身に名前を埋め込...
//
- 「横棒の縦棒の積み重ね棒グラフ」って，どんなものなのか...
- すみません。失礼いたしました。~
次のようなコードで縦棒の積み重ね棒グラフが書けるのですが...
どのようにすべきでしょうか？~
「回転」で調べてはみたのですが，解説が見つけられないでお...
教えていただけますと幸いです。 -- [[棒グラフ]] &new{2013-...
> fruits <- c(20, 30, 50)
> par(las=1)
> par(mgp=c(2, 0.8, 0))
> t = barplot(cbind(fruits), names.arg=c("fruits"))
> text(t[1],
+ c(fruits[1]/2, fruits[1]+fruits[2]/2,
+ fruits[1]+fruits[2]+fruits[3]/2),
+ c("lemon", "-orange", "apple"),
+ col=c("white", "black", "black"))
> axis(2, labels="%", at=100, padj=-1, las=1)
- たびたびすみません。上の文章ですが，「~」で改行できと思...
- 直しましたが。&br;あなたも，投稿方法について，「[[投稿...
text(c(fruits[1]/2, fruits[1]+fruits[2]/2, fruits[1]+fr...
c("lemon", "-orange", "apple"), col=c("white", "bla...
ちなみに，今の場合はラベルは 3 つしかないので示されたよう...
c(0, cumsum(fruits)[-length(fruits)])+fruits/2
とするのがスマートでしょう。
- どうもありがとうございました。助かりました。また失礼し...
**library(xlsx)ができない [#d8f315c2]
>[[はにわ]] (2013-09-30 (月) 15:57:33)~
~
xlsxライブラリが使いたく,
install.packages("xlsx")
library(xlsx)
とすると、以下のようなメッセージがでます。
> library(xlsx)
要求されたパッケージ xlsxjars をロード中です
要求されたパッケージ rJava をロード中です
Error : .onLoadはloadNamespace()（xlsxjarsに対する）
の中で失敗しました、詳細は:
call: .jinit()
error: Cannot create Java virtual machine (-4)
追加情報: 警告メッセージ：
1: パッケージ '‘xlsx’' はバージョン 2.14.2 の R の下で...
2: パッケージ '‘xlsxjars’' はバージョン 2.14.2 の R の...
3: パッケージ '‘rJava’' はバージョン 2.14.2 の R の下で...
エラー： パッケージ '‘xlsxjars’' をロードできませんで...
Windows XP, R version 2.14.1です。~
3か月前には同じコマンドで使えていたのでとても不思議です。~
javaをインストールし直したりPATHを設定し直しましたがダメ...
~
何が原因か分かりますでしょうか。~
//
- 毎回，install.packages("xlsx") をやっていたのですか？バ...
- 使用中のRと、RパッケージをコンパイルしたRのバージョンが...
**RStudioで動くのに、RIDEで動きません [#f4c86905]
>[[平田光一]] (2013-09-30 (月) 11:33:01)~
~
RStudio0.97.551、R3.0.1を使用していますが、RStudioでは、...
Win7 64bits、desktop PC、関数呼び出し後、直ぐに、print("a...
//
- 役に立つかどうか分かりませんが，debug 関数で問題の発生...
**Rが起動しません [#tbc072c0]
>[[y]] (2013-09-26 (木) 13:53:02)~
~
Mac OS Xユーザーです。~
R for Mac OSXの最新版をインストールして、いくつかデータを...
~
その後Rを何度クリックして起動しようとしても、うまく起動で...
Rのアプリケーションをゴミ箱に入れて、再びインストールして...
~
Rの関連ファイルがMac内に残っているのが悪いのかなと思い、...
~
おそらく、Rのアンインストールが不完全なのだと思います。~
ですので、Rの関連ファイルとして考えられるものを、どの場所...
また、他にもなにかいい解決方法がありましたら、それもご教...
よろしく願いいたします。~
//
- 「Rのアプリケーションをゴミ箱に入れて」というのは，アプ...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。様、早速のご回答、...
- オプションキーを押しながら Finder メニューの「移動」の...
- どうもありがとうございます。おっしゃるとおり、org.R-pro...
- 質問者の方がまだ見ていらっしゃるのかわかりませんが、&br...
不都合がある人にはあるし、ない人にはありません。CLIのRは...
- お返事遅くなりすみません．なるほど，R.app以外にもアプリ...
**REXCELのVBAで、変数をRinterface.PutDataframeで使いたい...
>[[wataya]] (2013-09-26 (木) 06:09:48)~
~
たびたびすみません。~
Windows7 64bitでREXCELを使用しています。Rは32bit版で3.0.1...
~
VBAで花の名前の文字の入っている文字列配列のstr_moji(10)と...
~
Rinterface.PutDataframe "str_moji(0)", str_moji(0)~
このようにすると、str_moji(0)でデータセットが作られてしま...
Rinterface.PutDataframe str_moji(0), str_moji(0)~
このように""を抜いてしまうとエラーが出てとまります。~
~
VBAから変数でデータセットを作る方法は無いんでしょうか。ご...
//
- データフレーム名をリネームする方法でもやれそうなんです...
- 単純にRの, -- [[wataya]] &new{2013-09-26 (木) 15:35:46};
- すみません、エンター押したら投稿されてしまいました（泣...
- REXCELのVBAのことというより、単純にRの「DF <- data.fram...
- あなたも，投稿方法について，「[[投稿における注意事項]]...
- CENTER:すみません。 -- [[wataya]] &new{2013-09-27 (金) ...
**REXCELでVBAを使って、.xlsmのパスを取得してsetwd()のパス...
>[[wataya]] (2013-09-25 (水) 21:30:38)~
~
Windows7でRの32bit版を使用しています。Excelは2007です。~
~
Rinterface.RRun "setwd (""C:/R/toukei/"") " ~
このようにフルパスで記述すれば、VBAで作業フォルダを指定で...
~
Dim strPath As String~
strPath = ActiveWorkbook.Path~
VBAで取得した文字列変数strPathのパスを~
Rinterface.RRun "setwd ()"に書く方法がわかりません。~
~
どのように書けばよいのか教えてください。宜しくお願い致し...
//
- 自己解決しました。RInterface.PutArrayFromVBA "path", st...
**tapply関数の出力順序に関して [#ie0a364e]
>[[T]] (2013-09-25 (水) 13:22:27)~
~
tapply関数でcsvファイルから要素別の平均値を出しているので...
mydataというcsvファイルの1行目に観測値が, 2行目に要素名が...
~
要素.M <- tapply(mydata2$観測値, mydata2$要素, mean)~
~
これを解消する方法は何かありませんでしょうか?~
出力される要素の順序をこちらで指定できると有難いのですが..~
宜しくお願いします~
//
- factor 関数の levels 引数で指定するのです。 -- [[河童の...
- 2つ目の引数をfactor(mydata2$要素, levels= ("X", "Z" ......
- どうもありがとうございました. ただ, 一個腑に落ちないの...
- mydata2$要素, levels= ("X", "Z" ...))"も中身の配列は変...
- mydata2$要素 <- factor(mydata2$要素, levels= ("X", "Z" ...
- ありがとうございました! -- [[T]] &new{2013-09-26 (木) 2...
**ループ処理の結果が13回目以降NaNになってしまいます。 [#a...
>[[ndesse]] (2013-09-19 (木) 09:39:08)~
~
R使いにも慣れて来たのですが、ループに困る事態が生じました...
原因が分からず、解決出来ません。お助け下さい。~
~
処理したいデータは以下のようなものです。~
コンマきり。V1=染色体番号、V2=位置、V3=遺伝子の長さ、V4=...
V1, V2, V3, V4, V5, V6, V7
chr01, 137.16, 1480, geneA, -1.50, 1.039, 1.351
chr01, 137.16, 1480, geneA, -1.50, 1.039, 1.351
chr01, 137.15, 1480, geneA, -1.49, 1.032, 1.353
chr01, 137.14, 1480, geneA, -1.48, 1.039, 1.355
chr01, 137.13, 1480, geneA, -1.47, 1.020, 1.349
chr01, 137.12, 1480, geneA, -1.46, 1.025, 1.344
chr01, 137.11, 1480, geneA, -1.45, 1.043, 1.337
chr01, 137.10, 1480, geneA, -1.44, 1.067, 1.316
chr01, 137.09, 1480, geneA, -1.43, 1.064, 1.305
chr01, 137.08, 1480, geneA, -1.42, 1.055, 1.311
chr01, 137.07, 1480, geneA, -1.41, 1.035, 1.315
chr01, 137.06, 1480, geneA, -1.40, 1.040, 1.297
chr01, 137.05, 1480, geneA, -1.39, 1.027, 1.294
chr01, 137.04, 1480, geneA, -1.38, 1.014, 1.321
chr01, 137.03, 1480, geneA, -1.37, 0.990, 1.333
chr02, 137.16, 1480, geneB, -1.50, 3.039, 1.351
chr02, 137.15, 1480, geneB, -1.49, 3.032, 1.353
chr02, 137.14, 1480, geneB, -1.48, 3.039, 1.355
chr02, 137.13, 1480, geneB, -1.47, 3.020, 1.349
chr02, 137.12, 1480, geneB, -1.46, 3.025, 1.344
chr02, 137.11, 1480, geneB, -1.45, 3.043, 1.337
chr02, 137.10, 1480, geneB, -1.44, 3.067, 1.316
chr02, 137.09, 1480, geneB, -1.43, 3.064, 1.305
chr02, 137.08, 1480, geneB, -1.42, 3.055, 1.311
chr02, 137.07, 1480, geneB, -1.41, 3.035, 1.315
chr02, 137.06, 1480, geneB, -1.40, 3.040, 1.297
chr02, 137.05, 1480, geneB, -1.39, 3.027, 1.294
chr02, 137.04, 1480, geneB, -1.38, 3.014, 1.321
chr02, 137.03, 1480, geneB, -1.37, 3.990, 1.333
このファイルは、実際は相対位置が-1.5~3.5まで0.01づつ増加...
~
このデータに関して、相対位置 (V5) が同じ値のもののV6の平...
私のScriptでは、ループ１３回以降が動きません。この例のデ...
書いたループは
p <- read.table("test.txt", fill=TRUE)
i=-1.50
while (i < -1.37) {
p.sub <- subset(p, p$V5 == i, c(V6))
p.sub2 <- na.omit(p.sub)
m <- mean(p.sub2$V6)
sink("result.txt",append = TRUE)
cat(i)
cat("\t")
cat(m)
cat("\n")
sink()
i=i+0.01
}
です。よろしくお願いします。~
//
- i が -1.50 から 0.01 ずつ大きくなって -1.37 を上回った...
v5 <- sort( unique(p$V5) )
x <- matrix(0, nrow=length(v5), ncol=2)
for(i in 1:length(v5)){
x[i,] <- c(v5[i], mean(p$V6[p$V5==v5[i]]) )
}
> x
[,1] [,2]
[1,] -1.50 2.039
[2,] -1.49 2.032
[3,] -1.48 2.039
[4,] -1.47 2.020
[5,] -1.46 2.025
[6,] -1.45 2.043
[7,] -1.44 2.067
[8,] -1.43 2.064
[9,] -1.42 2.055
[10,] -1.41 2.035
[11,] -1.40 2.040
[12,] -1.39 2.027
[13,] -1.38 2.014
[14,] -1.37 2.490
- while (i < 3.5) が正しいです。テストで試したままでした。
- while (i < 0)としてやってみると、やはり13回以降、NaNの...
- ループの途中で，i が 1.37 になるだろうと，あなたは思っ...
> s <- 0
> i <- 0
> while (i <= 1) {
+ s <- s+i
+ i <- i+0.01
+ }
> print(s) # 表示される値は 49.5 であるが，
[1] 49.5
> print(s == 49.5) # s の値は，正確な 49.5 ではない（真...
[1] FALSE
> print(sprintf("s = %a\n", s)) # 最下位にゴミがついている
[1] "s = 0x1.8c00000000004p+5\n"
> print(sprintf("s = %a\n", 49.5)) # なお，49.5 は 2 進...
[1] "s = 0x1.8cp+5\n"
次のプログラムと比較するとよい（これもあまりよいプログラ...
> s <- 0
> i <- 0
> while (i <= 100) {
+ s <- s+i/100
+ i <- i+1
+ }
> print(s) # 正解
[1] 50.5
> print(s == 50.5)
[1] TRUE
> print(sprintf("s = %a\n", s))
[1] "s = 0x1.94p+5\n"
> print(sprintf("s = %a\n", 49.5))
[1] "s = 0x1.8cp+5\n"
- あなたのやりたいことは，tapply(p$V6, p$V5, mean, na.rm=...
- 非常に勉強になりました。 -- [[ndesse]] &new{2013-09-19 ...
**Coxハザード解析におけるエラーについて [#v57648bb]
>[[原]] (2013-09-14 (土) 16:25:38)~
~
R初心者です。初めて投稿いたします。お力をお貸しください。~
生存率に影響を及ぼす因子を検討するため、Coxハザード回帰を...
いろいろ検討してみましたが、どうしてもわからず質問させて...
> d.cox<-coxph(Surv(duration,censor)~sex+age_56+LOH, met...
fitter(X, Y, strats, offset, init, control, weights = w...
中で警告がありました:
Loglik converged before variable 3 ; beta may be infi...
> summary(d.cox)
Call:
coxph(formula = Surv(duration, censor) ~ sex + age_56 + ...
data = d, method = "exact")
n= 53, number of events= 34
(15 observations deleted due to missingness)
coef exp(coef) se(coef) z Pr(>|z|)
sex 2.677e-01 1.307e+00 3.734e-01 0.717 0.4733
age_56 8.340e-01 2.303e+00 3.884e-01 2.147 0.0318 *
LOH -1.958e+01 3.125e-09 5.875e+03 -0.003 0.9973
---
Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1...
exp(coef) exp(-coef) lower .95 upper .95
sex 1.307e+00 7.651e-01 0.6287 2.717
age_56 2.303e+00 4.343e-01 1.0754 4.930
LOH 3.125e-09 3.200e+08 0.0000 Inf
Rsquare= 0.349 (max possible= 0.983 )
Likelihood ratio test= 22.78 on 3 df, p=4.487e-05
Wald test = 5.99 on 3 df, p=0.1121
Score (logrank) test = 16.42 on 3 df, p=0.0009295
エラーメッセージの意味や対処方法など、ご教授頂ければ幸い...
基本的なことが分かってないかもしれませんが、よろしくお願...
//
- データがおかしい（特殊な状態）のでしょう。 -- [[河童の...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。ご返事ありがとうご...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。ご返事ありがとうご...
**quantmodやTTRパッケージの使用時にエラー [#c3c57e6a]
>[[yuki]] (2013-09-14 (土) 16:17:17)~
~
quantmodやTTRパッケージを使い株価チャートやテクニカル指標...
データの取得にgetSymbols()を使った場合、うまくいくのです...
以下にエラー BBands(xx, n = n, maType = maType, sd = sd)...
Price series must be either High-Low-Close, or Close/u...
そこで対象のデータを、toyota[, c(2:4)]やtoyota[, c(4)]の...
以下にエラー runSum(x, n) : Invalid 'n'
解決方法をご教授いただけませんでしょうか。よろしくお願い...
library(RFinanceYJ)
library(quantmod)
getSymbols("GS")
str(GS)
chartSeries(GS)
addBBands()
addCCI()
#日本の株価データで同上のことを行う
toyota <- quoteStockXtsData("7203.t", since="2013-08-23",
date.end="2013-09-13", time.interval="daily")
str(toyota)
chartSeries(toyota)
addBBands() # error
addCCI() #error
chartSeries(toyota[, c(2:4)])
chartSeries(toyota[, c(4)])
addBBands() # error
addCCI() #error
//
- 最初に断っておきますが，私は，この分野もこのライブラリ...
toyota <- quoteStockXtsData("7203.t", since="2013-07-23",
date.end="2013-09-13", time.interval="daily")
toyota2 <- toyota[,1:4]
str(toyota2)
chartSeries(toyota2)
addBBands()
addCCI()
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さんありがとうござ...
デバッグ関数を使ったことがなかったので勉強になりました。
勉強不足で大変恐縮なのですが、is.OHLC関数が4つの要素があ...
> debug(addBBands)
> addBBands()
debugging in: addBBands()
debug: {
stopifnot("package:TTR" %in% search() ||
require("TTR", quietly = TRUE))
draw.options <- c("bands", "percent", "width")
draw <- draw.options[pmatch(draw, draw.options)]
lchob <- get.current.chob()
x <- as.matrix(lchob@xdata)
chobTA <- new("chobTA")
if (draw == "bands") {
chobTA@new <- FALSE
}
else {
chobTA@new <- TRUE
on <- NULL
}
xx <- if (is.OHLC(x)) {
cbind(Hi(x), Lo(x), Cl(x))
}
else x
bb <- BBands(xx, n = n, maType = maType, sd = sd)
chobTA@TA.values <- bb[lchob@xsubset, ]
chobTA@name <- "chartBBands"
chobTA@call <- match.call()
chobTA@on <- on
chobTA@params <- list(xrange = lchob@xrange, colors ...
color.vol = lchob@color.vol, multi.col = lchob@m...
spacing = lchob@spacing, width = lchob@width, bp...
x.labels = lchob@x.labels, time.scale = lchob@ti...
n = n, ma = maType, sd = sd, draw = draw)
return(chobTA)
}
- library(quantmod) した後なら，コンソールに is.OHCL と入...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さんありがとうござ...
**リストのファイルへの出力 [#f24bd052]
>[[masa]] (2013-09-08 (日) 18:39:33)~
~
リストのデータをwriteで出力すると以下の様なエラーがでます...
リストの出力はどのようにすればよいのでしょうか？
以下にエラー cat(list(...), file, sep, fill, labels, app...
引数 1 (タイプ 'list') は 'cat' で取り扱えません
//
- list は write(cat のラッパー）では出力できないというこ...
- 忘れていましたが，単純な，いい方法がありました。dput も...
set.seed(1234567)
a <- list(c(3L, 5L, 8L), x=1.23, a=rnorm(10),
b=letters[1:7], c=data.frame(a2=1:5, b2=factor(1:5),
c2=month.abb[1:5]), d=matrix(1:12, 3),
e=list(a3=1, b3="abc"), f=c(TRUE, FALSE),
g=factor(c("male", "female")))
dput(a, file="list.dat")
b <- source("list.dat")[[1]] # [[1]] を忘れずに
for (i in seq_along(b)) { # 同じであることを確認
cat(names(b)[i], all.equal(a[[i]], b[[i]]), "\n")
}
# dump を使う場合は，
# dump("a", "foo") の後，souce("foo") をすると a ができる
# ファイル内容を見れば dput と dump の違いが分かる
**tcltkで複数リストボックス使用時に要素選択解除されてしま...
>[[はいよー]] (2013-09-06 (金) 14:42:37)~
~
tcltkでリストボックスを2個表示してそれぞれの要素を選択し...
~
require(tcltk)
wintop<-tktoplevel()
OnOK <- function()
{
fru1 <- fruits1[as.numeric(tkcurselection(listbox1))+1]
fru2 <- fruits2[as.numeric(tkcurselection(listbox2))+1]
tkdestroy(wintop)
msg <- paste(fru1,"and",fru2, "are selected.",sep=" ")
tkmessageBox(message=msg)
}
listbox1 <-tklistbox(wintop, selectmode = 'single')
fruits1 <- c("Apple","Orange","Banana","Pear")
for (i in (1:4)){tkinsert(listbox1,"end",fruits1[i])}
tkgrid(listbox1)
listbox2 <-tklistbox(wintop, selectmode = 'single')
fruits2 <- c("Cherry","Pear","Mango","Pear")
for (i in (1:4)){tkinsert(listbox2,"end",fruits2[i])}
tkgrid(listbox2)
OK.but <-tkbutton(wintop,text=" OK ",command=OnOK)
tkgrid(OK.but)
tkfocus(wintop)
//
- プログラミングは他人のソースを読むことがスキル向上の近...
Rcmdrのソースを参照すると、
$ grep -l tklistbox Rcmdr/R/*.R
Rcmdr/R/data-menu.R
Rcmdr/R/statistics-models-menu.R
Rcmdr/R/utilities.R
ということなので、どれでもいいですが、例えば、utilities.R...
listbox <- tklistbox(frame, height=min(listHeight, le...
selectmode=selectmode, background=bg, exportselec...
width=min(max(minmax[1], nchar(variableList)), mi...
と書いてあります。exportselectionが怪しいとあたりをつけて...
- 探してみます。ご指導誠にありがとうございました。 -- [[...
**8桁の数字を日付型に変換する [#r5403053]
>[[かけだし]] (2013-09-04 (水) 17:24:48)~
~
Rを始めたばかりのものです。R3.0.1 64ビット Windowsを使用...
8桁の数字データ（ex. 20130904）を日付型に変換する方法につ...
日付型に変換するには、as.Dateを使えばよいと考えて、データ...
modeで型変換ができていることは確認しました。~
しかし、それをas.Date関数に入れても、エラーとなり文字型に...
~
実際にはデータフレームの1列を使ってやっているのですが、1...
> as.Date("20130904")
以下にエラー charToDate(x) :
文字列は標準的な曖昧さのない書式にはなっていません
> as.Date("2013/09/04")
→スラッシュが入っているとうまくいくようです。~
~
この場合、Rに読み込んだ後にどのような操作をすればよいので...
ご教示いただけましたら幸いです。よろしくお願いいたします。~
//
- 単に / を挿入することで解決するなら，挿入するようにプロ...
> a <- "20130904"
> as.Date(sprintf("%s/%s/%s", substr(a, 1, 4), substr(a,...
[1] "2013-09-04"
- 早速ありがとうございました。無事できました。sprintfの使...
- いやいや、そこはちゃんとヘルプを読んで正面から向き合い...
> as.Date("20130904", format = "%Y%m%d")
[1] "2013-09-04"
> as.Date("2013年9月4日", format = "%Y年%m月%d日")
[1] "2013-09-04"
**Rで画像( .jpgなど)の生成 [#a1e63886]
>[[tamn]] (2013-09-03 (火) 01:44:54)~
~
a.jpg, b.jpg, c.jpg（以下、a, b, c）という画像ファイルが...
データフレームの情報をもとに、aとbを横に並べた１つの画像...
ライブラリなどあれば教えていただけないでしょうか。~
難しければ、他の言語やソフトでということになるのですが、R...
よろしくお願いします。~
//
- jpegパッケージのreadJPEG()で読み込んで、cbind()やrbind(...
- ありがとうございます。jpegの入力・出力はできたのですが...
library(jpeg)
# read a sample file (R logo)
img <- readJPEG(system.file("img", "Rlogo.jpg", package=...
# read it also in native format
img.n <- readJPEG(system.file("img", "Rlogo.jpg", packag...
# 画像データの結合
img2 <- rbind(img, img.n)
# img2 <- rbind(img, img)
# 保存
path <- paste(getwd(), "/img2.jpg", sep="")
writeJPEG(img2, target = path, bg = "white")
- readJPEG の使用例は見たようですが，なぜ，その使用例の下...
> # read a sample file (R logo)
> img <- readJPEG(system.file("img", "Rlogo.jpg", packag...
>
> # read it also in native format
> img.n <- readJPEG(system.file("img", "Rlogo.jpg", pack...
>
> # if your R supports it, we'll plot it
> jpeg("test.jpeg")
> if (exists("rasterImage")) { # can plot only in R 2.11...
+ plot(1:2, type='n')
+
+ rasterImage(img, 1.2, 1.27, 1.8, 1.73)
+ rasterImage(img.n, 1.5, 1.5, 1.9, 1.8)
+ }
> dev.off()
&ref(test.jpg);
- ありがとうございます。rastetImageの使用例は確認いたしま...
- 最初にjpegパッケージを提案した者です。次をヒントにされ...
> img <- readJPEG(system.file("img", "Rlogo.jpg", packag...
> R <- img[,,1]
> G <- img[,,2]
> B <- img[,,3]
> str(img)
num [1:76, 1:100, 1:3] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
> img2 <- array(NA, c(76 * 2, 100, 3))
> img2[,,1] <- rbind(R, R)
> img2[,,2] <- rbind(G, G)
> img2[,,3] <- rbind(B, B)
> writeJPEG(img2, target = "/tmp/tmp.jpg")
&ref(2rlogo.jpg);
- ありがとうございます。希望通りの結果を得ることができま...
**ベクトルの任意の長さでの分割 [#id75b1c3]
>[[mashi]] (2013-08-26 (月) 22:38:17)~
~
長いベクトルを前から順番に，指定した長さで，分割する効率...
（例えば，10個の数字を，1,3，2，4こずつに分割するなど）~
データ量が多いのでループを使うと処理しきれません。~
よろしくお願いします。~
//
- > データ量が多いのでループを使うと処理しきれません&br;...
func1 <- function(vec, len) {
n <- length(len)
end <- cumsum(len)
begin <- c(1, (end+1)[-n])
mapply(function(b, e) vec[b:e], begin, end)
}
func2 <- function(vec, len) {
n <- length(len)
ans <- vector("list", n)
end <- cumsum(len)
begin <- c(1, (end+1)[-n])
for (i in seq_along(begin)) {
ans[[i]] <- vec[begin[i]:end[i]]
}
return(ans)
}
ベンチマーク
> library(rbenchmark)
> vec <- 1:15000
> len <- rep(c(1, 3, 2, 4, 5), 1000)
> benchmark(func1(vec, len), func2(vec, len))
test replications elapsed relative user.sel...
1 func1(vec, len) 100 2.043 1.000 2.04...
2 func2(vec, len) 100 2.378 1.164 2.38...
- おそらく最も簡便で高速な(そして後々のポータビリティの良...
> x <- c(0:9,0:9,0:9) # 長い数値ベクトルのつもり
> X <- matrix(x,3,10,byrow=TRUE); X
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10]
[1,] 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9
[2,] 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9
[3,] 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9
> X1 <- X[,1,drop=FALSE]; X1 # オプションdrop=FALSEに注意
[,1]
[1,] 0
[2,] 0
[3,] 0
> X2 <- X[,2:4,drop=FALSE]; X2
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 2 3
[2,] 1 2 3
[3,] 1 2 3
> X3 <- X[,5:6,drop=FALSE]; X3
[,1] [,2]
[1,] 4 5
[2,] 4 5
[3,] 4 5
> X4 <- X[,7:10,drop=FALSE]; X4
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 6 7 8 9
[2,] 6 7 8 9
[3,] 6 7 8 9
- ↑ ？？なにやってんの？？matrixにする意味分からんし、や...
- 上の行列化って言っている人、題意を読み間違えていますよ...
> set.seed(123)
> x <- round(runif(10000)) #長いベクトル
> head(x, 20)
[1] 0 1 0 1 1 0 1 1 1 0 1 0 1 1 0 1 0 0 0 1
> g <- abs(round(rnorm(1000))) + 1 #長さ指定のベクトル
> head(g, 20)
[1] 2 1 2 3 2 1 2 4 2 3 2 1 1 1 1 1 1 3 1 1
gが指定する長さで、長いベクトルxを区切りたい。さて、どう...
ここはWikiシステムなので、ご自分の書き込みが不適切を思わ...
- ちなみに，「長さ」のベクトル作るなら，sample 関数を使う...
// そうですね。この場合はsample()を使った方が見やすかった...
**シェアを被説明変数とした入れ子型ロジットモデル（nested ...
>[[マルボロ川越]] (2013-08-23 (金) 15:31:43)~
~
選択結果(0,1)を被説明変数とした入れ子型ロジットモデルでの...
パッケージはlogit modelの対数尤度関数の定義であるfunction...
単純に選択結果をマーケットシェアに変更しただけではよろし...
//
**NAを含むデータで，factanal2の因子得点を利用したい [#a97...
> (2013-08-17 (土) 09:25:35)~
~
NAを含むデータで，青木先生のfactal2関数で因子得点を利用し...
以下にエラー data.frame(..., check.names = FALSE) :
引数は異なった列数を意味します: 5256, 5001, 4883, 487
そこで，削除された行を挿入して，NAにしたいと思ったのです...
//
- 以下のようにすればよろしいかと。merge について調べると...
set.seed(4649)
d <- data.frame(matrix(rnorm(300), 50))
d[6, 3] <- d[24, 2] <- d[48, 5] <- NA
A <- factanal2(d, factors=2, scores="regression", verbos...
B <- merge(d, A$scores, by="row.names", all=TRUE, sort=F...
C <- B[order(as.numeric(B[,1])),]
rownames(C) <- C[,1]
C <- C[,-1]
**tcltkで書き込んだ変数を変数として保存したい [#n40b25e3]
>[[たく]] (2013-08-15 (木) 17:26:34)~
~
例えば以下の例のようにtcltkでGUIで値を入れたりすることが...
入力値を変数に残してその後使えるようにする良い方法をご存...
（環境はWin7 R3.01 64bitで、macではXのインストールが必要...
require(tcltk)
tt<-tktoplevel()
Name <- tclVar("Anonymous")
entry.Name <-tkentry(tt,width="20",textvariable=Name)
tkgrid(tklabel(tt,text="Please enter your first name."))
tkgrid(entry.Name)
OnOK <- function()
{
NameVal <- tclvalue(Name)
tkdestroy(tt)
msg <- paste("You have a nice name,",NameVal)
tkmessageBox(message=msg)
return(NameVal)
}
OK.but <-tkbutton(tt,text=" OK ",command=OnOK)
tkbind(entry.Name, "<Return>",OnOK)
tkgrid(OK.but)
doneval1 <- NameVal #関数の中なので変数として保存できない
doneval2 <- tclvalue(Name) #関数の中なので変数として保...
tkfocus(tt)
//
- 禁じ手かも知れないけど、「NameVal <- tclvalue(Name)」を...
- 大変ありがとうございます。help.search("<<-")で調べてみ...
**ROC曲線の重ね書き [#i45d2603]
>[[yaito]] (2013-08-11 (日) 17:32:25)~
~
R初心者、というか今日から始めたばかりです。~
EZRというコマンダーを使ってROC曲線を書いてみたのですが、...
//
- [[投稿における注意事項]]をお読みください。 -- &new{201...
**一般的なsumについて [#ofa93f05]
>[[chaemon]] (2013-08-07 (水) 22:31:06)~
~
初投稿です。~
結合法則が成り立つ2項演算子☆が定義されているとして、ベク...
+に対するsumのようなイメージです。~
ベクトルによる並列処理などをしてくれて、for文で回すよりも...
ないとすれば、作成したいのですが、その場合どちらのページ...
よろしくお願いします。~
//
- 速度を重視するなら、C言語で書いてRから呼び出すべきで、R...
f1 <- function(x){
if(length(x) <= 1) return(x)
else {
i <- length(x)
y <- sapply(1:floor(i/2),
function(m){
x[2 * m - 1] + x[2 * m]
})
if(i %% 2 != 0) y <- c(y, x[i])
return(Recall(y))
}
}
> system.time(f1(1:10000))
ユーザ システム 経過
0.032 0.000 0.029
> system.time(sum(1:10000))
ユーザ システム 経過
0 0 0
従って、C言語のリファレンスを参照してださい。マニュアルの...
- 「並列処理」をする必要性は分かりませんが，単にベクトル...
library(inline)
src <- '
Rcpp::NumericVector x(X);
double ans = x(0);
for (int i = 1; i < x.size(); i++) {
ans += x(i);
}
return wrap(ans);
'
f2 <- cxxfunction(signature(X="numeric"), src, plugin="R...
f3 <- function(x){
ans <- 0
for (y in x) ans <- ans+y
return(ans)
}
実行結果
> n <- as.numeric(1:1e6)
> library(rbenchmark)
> benchmark(sum(n), f1(n), f2(n), f3(n), Reduce("+", n),
+ replications=10)
test replications elapsed relative user.self...
2 f1(n) 10 32.789 964.382 32.750...
3 f2(n) 10 0.063 1.853 0.064...
4 f3(n) 10 3.144 92.471 3.144...
5 Reduce("+", n) 10 3.544 104.235 3.522...
1 sum(n) 10 0.034 1.000 0.034...
- ?Reduce 速さは？ -- &new{2013-08-10 (土) 06:46:45};
- ↑ Reduce は，R で for を使うより遅いようだね。上の結果...
- 大変遅くなってしまい申し訳ありません。皆様、ありがとう...
**多分岐のツリー分析モデル作成時のエラー対応について [#r9...
>[[イズミ]] (2013-08-03 (土) 08:04:11)~
~
初めてこちらに投稿します。~
よろしくお願いします。~
~
多分岐（C5.0）でツリー分析のモデルを作成しようとしたとこ...
~
以下にエラー paste(apply (x,1,paste,collapse = ","),colla...
結果が2^31-1バイトを超えました~
~
モデル作成は、以下のデータで行いました。~
・データのファイル容量：約2.5GB~
・データのレコード件数：約300万件~
・説明変数とした項目数：約50項目~
~
処理で使用したPCの物理メモリは32GBで、データ量を約40万件...
また、C5.0ControlでminCaseを10000とか20000にして、ノード...
~
なお、上記データにて、tree関数で二分岐のツリーモデルを作...
~
~
Google等で調べてもわからず、こちらにやってきました。~
恐れ入りますが、解決策のご教示のほど、よろしくお願いしま...
//
- 32bit R ですか？64bit R ではどうなりますか？ -- [[河童...
- 使用しているのは、64bit R です。基本情報に記載しておら...
- 意外な関数も限界は持っているようです。たとえば rep
> a <- rep(1, 2^31)
以下にエラー rep(1, 2^31) : 'times' 引数が不正です
追加情報: 警告メッセージ:
強制変換により NA が生成されました
> b <- rep(1, 2^31-1) # エラーなし
> length(b)
[1] 2147483647
> 2^31-1
[1] 2147483647
ということなので，paste も「結果が2^31-1バイトを超えまし...
エラーを実際に出そうとしても，データフレームを作るだけで...
ということで，解決法はナシということかな。~
もっとも，実質的に限界なしの paste を書けばよいのでしょう...
いかにビッグデータばやりといえど，300万件を使う必要がある...
**chrome os [#g3ca173b]
>[[77]] (2013-08-01 (木) 23:03:13)~
~
chrome os でRはインストールできますか？~
//
**ある時刻のデータを抽出したい [#j52b5a25]
>[[かものはし]] (2013-08-01 (木) 15:24:29)~
~
下記のようなデータがあって、例えば13:00〜15:00のデータだ...
x y
1 2010-08-01 12:14:00 230
2 2010-08-01 13:14:00 260
3 2010-08-01 14:14:00 300
4 2010-08-01 15:14:00 260
5 2010-08-01 16:13:00 240
//
- x が文字列（あるいは文字列に変換できるもの），データフ...
hm <- as.integer(paste(substr(d$x, 12, 13),
+ substr(d$x, 15, 16), sep=""))
d[1300 <= hm & hm <= 1500,] # 13:00 〜 15:00
d[0600 <= hm & hm <= 1800,] # 06:00 〜 18:00
d[!(0600 < hm & hm < 1800),] # 06:01 〜 17:59 でないもの
秒まで考慮する必要があるならそれなりに。 -- [[河童の屁は...
- すばらしい！ 何かそういう関数があるのではないかと固執...
- もちろん「そういう関数」はあります。[[日付、時間関数Tip...
- 「そういう関数」の存在は知っているが，それをどう組み合...
- 上の河童さんの回答が理解できるのに、何故、straightforwa...
> a <- data.frame(x = as.POSIXct("2010-08-01 12:14") +
+ cumsum(c(0, rep(60 * 60, 47))),
+ y = round(runif(48, 200, 300)))
> head(a, 3)
x y
1 2010-08-01 12:14:00 241
2 2010-08-01 13:14:00 280
3 2010-08-01 14:14:00 239
というサンプルデータをあなたのデータに似せて作りました。
> a$hours <- format(a$x, "%H")
時間を新しいカラムに入れます。13時から15時を取り出します。
> a[with(a, hours >= 13 & hours <= 15), ]
x y hours
2 2010-08-01 13:14:00 280 13
3 2010-08-01 14:14:00 239 14
4 2010-08-01 15:14:00 266 15
26 2010-08-02 13:14:00 237 13
27 2010-08-02 14:14:00 300 14
28 2010-08-02 15:14:00 270 15
目で見て分かりやすいようにhoursをデータフレームに追加しま...
as.numeric(format(a$x, "%H")) * 60 * 60 +
as.numeric(format(a$x, "%M")) * 60 +
as.numeric(format(a$x, "%S"))
私は計算式文字列を作成してからeval()で計算する方が好みで...
sapply(a$x, function(i){eval(parse(text=format(i, "%H * ...
- format関数もwith関数も知らなかったので、この方法はハー...
**構築したモデルの予測（PLS） [#n58b0e13]
>[[さぼりん]] (2013-07-25 (木) 16:22:51)~
~
さぼりんです。またお世話になります。~
トレーニングデータをもとにモデルを構築し、テストデータを...
トレーニングデータ"130725_test31_train.csv"は、X(入力)が7...
下記のコマンドを実行したところ、モデルからの予測値(test.p...
恐れ入りますが、ご教授をお願い致します。
test31.train <- read.csv ("130725_test31_train.csv")
Y <- as.matrix(test31.train[ ,7])
X <- as.matrix(test31.train[ ,1:6])
Y <- scale(Y)
X <- scale(X)
test31.pls <- plsr(OUTPUT ~ X, 2, data = test31.train,
validation = "LOO")
test31.test <- read.csv ("130725_test31_test.csv")
Y <- as.matrix(test31.test[ ,7])
X <- as.matrix(test31.test[ ,1:6])
Y <- scale(Y)
X <- scale(X)
test.pred <- predict(test31.pls, ncomp = , test31.test$X)
test.pred
, , 1 comps
OUTPUT
1 437321.1
2 437871.6
3 436570.5
4 439711.1
5 438163.7
6 440080.2
7 437147.9
, , 2 comps
OUTPUT
1 439055.4
2 439095.0
3 436742.8
4 440570.5
5 436976.8
6 439369.7
7 435055.7
//
- predict(test31.pls, ncomp = , test31.test$X) の newdata...
test31.train <- read.csv ("130725_test31_train.csv")
# 7 行 7 列，最終列の名前が OUTPUT
test31.pls <- plsr(OUTPUT ~ ., 2, data = test31.train,
validation = "LOO")
test31.test <- read.csv ("130725_test31_test.csv")
# 3 行 7 列，最終列の名前が OUTPUT
test.pred <- predict(test31.pls, test31.test[,1:6])
# OUTPUT を含まない場合は [,1:6] は不要
test.pred
# そもそも predict に OUTPUT は不要
- ご回答ありがとうございます。うまくできました。暗中模索...
**確率の期待値計算 [#scccb86c]
>[[koheizm]] (2013-07-25 (木) 12:12:44)~
~
少し統計よりの質問なので恐縮なのですが、下記のような期待...
===~
コイントスで三枚同時に投げる~
表の確率1/2 裏の確率1/2~
表が出た回数をxとする~
===~
この時のE(x)とV(x)を導きたいのです。~
n数が少ない場合は順を追って計算し算出出来るのですが~、も...
二項分布のdbnoimや一様分布のrunif、コインパッケージなどを...
//
- この分布は二項分布です。表の出る確率を p，n 枚のコイン...
func <- function(n) {
if (n <= 20) {
require(e1071)
f <- table(rowSums(bincombinations(n)))
x <- as.numeric(names(f))
mean <- sum(f*x)/2^n
variance <- sum(f*(x-mean)^2)/2^n
return(c(mean=mean, variance=variance))
}
}
使用例
> n <- 20
> p <- 1/2
> func(n)
mean variance
10 5
> c(n*p, n*p*(1-p)) # 理論値
[1] 10 5
**PLS回帰用データ構造の制限について [#afccef92]
>[[foo]] (2013-07-22 (月) 16:58:39)~
~
質問事項~
PLSに関するデータ構造の制限（仕様）を教えて下さい。 (例：...
以下、テスト内容。~
1. PC環境~
Windows 7 Enterprise Service Pack 1~
Intel(R) Core(TM) i5 CPU 2.67 GHz~
RAM 2.00GB~
32bit~
2. R環境~
R-3.0.1~
PLS 2.3.0~
3. データ構造~
3-1. Xが入力、Yが出力~
X 19列x15行~
Y 1列x15行~
3-2. Xが入力、Yが出力~
X 719列x23行~
Y 1列x23行~
4. PLS検証結果~
4-1. 上記3-1、3-2のデータにおいて、~
0が含まれると5.のエラーが出力され計算できない。~
4-2. 上記3-1のデータで5.のエラーが出力され計算できない。~
上記3-2のデータについては一度計算できた。<-- 再現性に...
5. エラー~
Invalid number of components, ncomp~
//
- 0が処理できないとか，次元数にきつい制限があるなんてこと...
> set.seed(37564)
> x <- matrix(rnorm(23*719), 23)
> y <- matrix(rnorm(23), 23)
> x[1, 1] <- y[2, 1] <- 0
> a <- plsr(y~x, ncomp=2) # pcr にしても，エラーにはなら...
> summary(a)
Data: X dimension: 23 719
Y dimension: 23 1
Fit method: kernelpls
Number of components considered: 2
TRAINING: % variance explained
1 comps 2 comps
X 4.406 8.622
y 95.943 99.886
あなたの使い方が悪いのでは？関数をどのように使ったかわか...
- CSVファイルを読み込ませて次のような形で処理させました。...
future21 <- read.csv ("xxx.csv")
Y <- as.matrix(future21[ ,720])
X <- as.matrix(future21[ ,1:719])
Y <- scale(Y)
X <- scale(X)
future21.pls <- plsr(BCD ~ X, 10, data = future21, valid...
summary(future21.pls)
- xxx.csv から読みましたというのは，なんの意味も持たない...
- 「データ構造が原因ではない」というのは取り消します。そ...
791,791.5,792,792.5,793,793.5,794,794.5,795,795.5,796,796...
684.9813665,768.4782609,896.0124224,1174.484472,254~
8< 8< 8< 8< チョッキン~
2.652174,10124.80124,19166.38509,28904.43478,34559.7
- こんなに大きいデータを貼り付けられても困ります。しかも...
library(pls)
future21 <- read.csv("pls.csv")
n <- 20
Y <- as.matrix(future21[,n])
X <- as.matrix(future21[ ,1:(n-1)])
# 1000 列+1列に水増し
n <- 1000
future21times50 <- cbind(data.frame(matrix(sample(X,
nrow(future21)*n, replace=TRUE), ncol=n)), Y)
Y <- as.matrix(future21times50[ ,n])
X <- as.matrix(future21times50[ ,1:(n-1)])
Y <- scale(Y)
X <- scale(X)
future21times50.pls <- plsr(Y ~ X, 10,
data = future21times50, validation = "LOO")
summary(future21times50.pls)
- エラーが出たファイルをアップします。ファイル名は"130724...
- 分析する前に各変数の基礎統計量（平均値とか標準偏差とか...
- ありがとうございました。なるほどです。そのアプローチは...
- R自体の質問ではなく、恐縮です。標準偏差が0だと答えが得...
- > 標準偏差が0だと答えが得られないのは何故&br;標準偏差が...
**neuralパッケージのインストール方法を教えてください [#o1...
>[[tetsuro]] (2013-07-20 (土) 20:43:08)~
~
こんにちは。~
windows7 64bit で R 2.15.1 を使っています。~
豊田氏のデータマイニング入門を読んでいるのですが、neural...
install.packages(neural)としてもパッケージがありません。~
この方の記事に書かれている通りに、下記リンク先からneural_...
参照記事：~
http://d.hatena.ne.jp/astrobot/20110628/1309278036~
リンク先：~
http://cran.ms.unimelb.edu.au/bin/windows/contrib/2.6/~
エラーメッセージ：
utils:::menuInstallLocal()
パッケージ ‘neural’ は無事に展開され、MD5 サムもチェッ...
> library(neural)
エラー： パッケージ '‘neural’' は R 2.10.0 以前に造らま...
下記Q&Aの内容も参照したのですが、エラーメッセージが出てし...
参照Q&A：~
neuralパッケージのインストールについて~
hiro? (2010-06-24 (木) 02:54:33)~
http://cran.stat.nus.edu.sg/src/contrib/Archive/neural/に...
エラーメッセージ：
> install.packages("C:/Users/(ユーザー名)/Documents/R/wi...
2.15/neural/R")
パッケージを ‘C:/Users/(ユーザー名)/Documents/R/win-libr...
中にインストールします
(‘lib’ が指定されていないので)
警告メッセージ：
package ‘C:/Users/(ユーザー名)/Documents/R/win-library/2...
is not available (for R version 2.15.1)
どなたかご教示いただけないでしょうか・・・。~
よろしくお願いします。~
//
- どこから説明をすれば良いの変わらないけど、packageのイン...
- コメントありがとうございます！Rtoolsをインストールし、n...
- Rでは文字列に引用符をつけないとRオブジェクト名だと解釈...
- ありがとうございます！2.15.1では無事インストールできま...
- おめでとうございます。インストールできて良かったですね...
**ls() を for で囲むと機能しなくなる [#c6eaaeb5]
>[[かい]] (2013-07-10 (水) 13:31:52)~
~
全ての変数の値を一括表示しようとして
for (n1 in 1:length(ls())) {
eval(parse(text = paste(ls()[n1],sep="")))
}
をRで実行したのですが、何も表示されませんでした。試しに、...
for (n1 in 1:10) {
ls()
}
を実行しても何も表示されませんでした。その場合でも ls() ...
よろしくお願い致します。~
//
- 頻出ですね（6個下の「[[for の使い方:http://www.okada.jp...
> for (n1 in 1:length(ls())) {
+ print(eval(parse(text = paste(ls()[n1],sep=""))))
+ }
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[1] 4
- 早速ご回答いただき、ありがとうございました。てっきり ls...
ページ名:
![[RjpWiki]](image/../Rlogo.png "[RjpWiki]")
