Ｑ＆Ａ (初級者コース)/13
をテンプレートにして作成
[
トップ
] [
新規
|
一覧
|
検索
|
最終更新
|
ヘルプ
]
開始行:
COLOR(green){SIZE(20){R および RjpWiki に関する質問コーナ...
COLOR(red){過去の記事のアーカイブ}
-[[Ｑ＆Ａ (初級者コース)/12]] (元記事が 2009-03-09 より 2...
-[[Ｑ＆Ａ (初級者コース)/11]] (元記事が 2009-04-28 より 2...
-[[Ｑ＆Ａ (初級者コース)/10]] (元記事が 2008-11-17 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(9)]] (元記事が 2008-01-06 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(8)]] (元記事が 2007-07-02 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(7)]] (元記事が 2007-02-01 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(6)]] (元記事が 2006-08-24 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(5)]] (元記事が 2005-03-13 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(4)]] (元記事が 2005-11-09 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(3)]] (元記事が 2005-05-02 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(2)]] (元記事が 2004-12-13 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(1)]] (元記事が 2004-08-03 より 2...
-----
Ｑ＆Ａ (初級者コース)/13 の目次
#contents
----
**場合分けに応じた新しい列を追加 [#o7e2799d]
>[[asap]] (2012-01-12 (木) 18:36:36)~
~
今ある行列irisに、n列の場合分けに応じた新しい列を追加した...
新しい列の変数には次のような値を入れたいのですが
if (iris$Species[i] == "setosa") {
iris$Sp[i] <- 1
} else {
iris$Sp[i] <- 0
}
//
- iris$Sp <- ifelse(iris$Species == "setosa", 1, 0) でよ...
**geoRパッケージの標本バリオグラムについて [#v4649f8b]
>[[まち]] (2012-01-11 (水) 21:49:52)~
~
geoRパッケージのvariogで標本バリオグラムの計算を行うと最...
同じデータでgstatパッケージvariogramを使うと省かれません。~
パラメータの指定が悪いのでしょうか?~
自己相関が無くなる距離なので推定には問題ないと思いますが...
よろしくお願いします。
library(geoR)
library(gstat)
# データの読み込み
data(ca20)
# geoR
vcloud <- variog(ca20)
(vcloud)
plot(vcloud)
# gstat
ca20gstat <- cbind(ca20$coords[, "east"], ca20$coords[, ...
colnames(ca20gstat) <- c("east", "north", "data")
ca20gstat <- as.data.frame(ca20gstat)
vfgstat <- variogram(data ~ 1, loc = ~east+north, data ...
cutoff = vcloud$max.dist, width = ...
(vfgstat)
plot(vfgstat)
下記の 13 行目で geoR の場合 $n が 12 点でなく 11 点にな...
geoRの場合
$n $u $v
1 543 43.77376 55.50552
2 1648 131.3213 78.09254
3 2364 218.8688 97.05838
4 2246 306.4163 117.1554
5 2531 393.9638 129.0646
6 2152 481.5114 146.4889
7 1708 569.0589 151.9713
8 1309 656.6064 153.6482
9 694 744.1539 144.7442
10 343 831.7014 146.8878
11 144 919.249 131.8958
12 59 1006.796 139.2288
13 11 1094.344 139.2727
gstatの場合
np dist gamma
1 543 60.35719 55.50552
2 1648 132.58886 78.09254
3 2364 220.90992 97.05838
4 2246 305.65494 117.15539
5 2531 391.80321 129.06460
6 2152 482.02453 146.48885
7 1708 568.46999 151.97131
8 1309 652.62969 153.64820
9 694 739.59074 144.74424
10 343 826.14460 146.88776
11 144 913.61963 131.89583
12 59 995.10190 139.22881
13 12 1082.94416 165.16667
使用環境
R version 2.12.1 (2010-12-16)
Platform: i386-pc-mingw32/i386 (32-bit)
gstat_1.0-8
geoR_1.6-35
//
**R-2.14以降、Tcl/Tkのスライダーを使うとグラフが一部消え...
>[[hiro]] (2012-01-10 (火) 16:39:38)~
~
R-2.14.1 for Windows(32bit)を使っています．~
R-2.13.2までは、以下のサンプルでスライダーを動かすと、グ...
しかし、2.14以降、スライダーを動かしている間は一部のグラ...
グラフが複雑化すると、目立って見苦しくなります．~
複数のWindowsPC（XP/Win7）で試しましたが、100％再現します...
もし解決策を御存知の方がいらっしゃれば、ご教示頂けないで...
宜しくお願いします．
library(tcltk)
draw.graph <- function(...) {
upper <- as.double(tclvalue(Slider))
hist(x, freq = FALSE, ylim = c(0, upper),
col = "cyan", border = "white")
lines(den, lwd = 3)
}
x <- rnorm(200)
den <- density(x)
tt <- tktoplevel()
Slider <- tclVar("0.5")
slider <- tkscale(tt, from = 0.1, to = 1,
resolution = 0.01, showvalue = TRUE,
variable = Slider, orient = "horizontal",
command = draw.graph)
tkgrid(tklabel(tt, text = "upper"), sticky = "w")
tkgrid(slider)
tkfocus(tt)
//
- CRANには現在tcltkというパッケージはなく、代わりにtcltk2...
- tcltkパッケージはR本体にバンドルされるものです（Rコマン...
**メモリの割り当てについて [#r2511055]
>[[kate]] (2012-01-06 (金) 17:47:23)~
~
メモリーのエラーがでます。
エラー： サイズ 176.4 Mb のベクトルを割り当てることがで...
> memory.limit()
[1] 2047
> memory.size()
[1] 817.03
上記のエラーを疑問に思うのですが、2047MBの割り当てに対し...
Win vista 32bit ,R2.14.1です。~
//
- WindowsではRは使っていませんから憶測ですが、そもそも搭...
- ありがとうございます。おっしゃる通りでした -- [[kate]] ...
**gstatライブラリーのvariogramについて [#f2363ed6]
>[[Yasu]] (2012-01-05 (木) 14:41:54)~
~
データとして（東経，北緯，高さ，値）の３次元空間の座標値...
このデータに対して，東経，北緯，高さから計算される２点間...
東経，北緯から計算される距離を用いたバリオグラムの計算は...
//
- help(variogram)のサンプルコードを参考にして以下のように...
> data(meuse)
> variogram(log(zinc) ~ x + y + elev, meuse)
- ありがとうございました。 -- [[Yasuo]] &new{2012-01-06 (...
**繰り返し処理について [#c23df68b]
>[[manabe]] (2012-01-05 (木) 14:11:49)~
~
month <- c("1月", "2月", "3月", "4月", "5月", "6月",
"7月", "8月", "9月", "10月", "11月", "12月")
全ての『月』の文字を取り除くにはどのようにすれば良いので...
逆に、1:12を使って上記のベクトルを作るにはどのようにすれ...
//
- sub("月", "", month) と paste(1:12, "月", sep="") -- [[...
- ありがとうございました。大変助かりました。 -- [[manabe]...
**変数を使って，levels()などの関数を使う方法 [#y49581e3]
>[[ぞうに]] (2012-01-05 (木) 01:54:36)~
~
いくつかのデータセットがあり各変数のlevels()を求めたいの...
例えば，以下のデータセットがあります
sex <- c("F", "F", "M", "M", "M")
height <- c(158, 162, 177, 173, 166)
weight <- c(50, 50, 60, 60, 70)
( x <- data.frame(SEX=sex, HEIGHT=height, WEIGHT=weig...
求めたいことは以下の事なのですが，
levels(factor(x$SEX))
levels(factor(x$HEIGHT))
levels(factor(x$WEIGHT))
イメージとしては以下のような形で求めたいのですが，うまく...
colname <- names(x)
for(i in 1:3) {
levels(factor(x$colname[i]))
}
以下，参考にしましたが解決できませんでした~
http://q.hatena.ne.jp/1316156944
//
- x[, colname[i]]とすればいいのです。もっといえばx[, i]で...
- 解決しました．特に後者が参考になりました．どうもありが...
- lapply を二重に使うのは初めてみました。sapply(x, functi...
**function定義と代入の違い [#u979989d]
>[[Aizawa]] (2012-01-03 (火) 00:30:20)~
~
functionの使用方法が理解できず悩んでいます。~
abc <- function()(print("ABC")) と関数定義をすれば、> ab...
//
- ついでに言えばprint文を囲む丸括弧は余計（というより間違...
> abc <- function() (print("ABC"))
> abc()
[1] "ABC"
[1] "ABC"
> abc <- function() {print("ABC")}
> abc()
[1] "ABC"
> abc <- function() print("ABC")
> abc()
[1] "ABC"
- print文を丸括弧で囲うと "ABC" が２度出るのはどういう理...
- そう言う仕様なんです。以下を参照 -- &new{2012-01-03 (...
> (a <- 999)
[1] 999
> print(a <- 999)
[1] 999
- わかりました。ありがとうございます。 -- [[将門]] &new{2...
- つまり、最初の出力 "ABC" は print("ABC") の出力で、二度...
- 御礼がおそくなりました。 -- [[Aizawa]] &new{2012-01-08 ...
- 御礼が遅くなりました。 -- &new{2012-01-08 (日) 11:40:0...
- AAA -- &new{2012-01-08 (日) 11:47:53};
- コメントは1行だけでしょうか？ 長くなるときは出だしだけ...
- 初めてのページを訪れたら，ページの最初に書いてある注意...
Ｑ＆Ａ (初級者コース)/13
http://www.okada.jp.org/RWiki/?%A3%D1%A1%F5%A3%C1%20%28%...
[ トップ | Tips紹介 | 中級Ｑ＆Ａ | 初級Ｑ＆Ａ | R掲示板 ...
[ リロード ] [ 新規 | 編集 | 凍結 | 差分 | ファイル添...
やり損なった不細工な投稿も編集できる。 -- [[河童の屁は，...
**なぜか発生した誤差で、四捨五入が妨げられる [#a5f63ab4]
>[[MasHARA]] (2011-12-30 (金) 20:55:44)~
~
Rのroundで小数第2位を丸めるために、round(1.05,1) を実行す...
これは、切り上げ後の値の末尾の数字が偶数になるようにする...
正の数のみを扱うものとして、以下のような関数を作りました。
> gonyu <- function(x, digits = 0) {
> ceiling(x * 10 ^ digits) * 10 ^ (-digits) -
+ round(ceiling(x * 10 ^ digits) *
+ 10 ^ (-digits) - x, digits)
> }
作業環境は、Windows XP SP3で、version 2.13.0のRを使用して...
この関数を試したところ、ほとんどの場合は問題なく四捨五入...
例えば、関数の定義後、次の式を評価すると、
> gonyu(1.45, 1)
返ってきた値は、1.4 でした。
> gonyu(2.45,1)
であれば、ちゃんと 2.5 が帰ってきます。そこで、問題の発生...
> x <- 1.45
> digits <- 1
としてから、関数の中を一つ一つ見ていきました、すると、
> ceiling(x * 10 ^ digits) * 10 ^ (-digits) - x
が 0.05 を返すものの、
> round(ceiling(x * 10 ^ digits) * 10 ^ (-digits) - x, d...
は、なんと 0.1 を返したのです。
> round(ceiling(1.45 * 10 ^ 1) * 10 ^ (-1) - 1.45, 1)
も、なぜか0.1を返してきます。
> round(0.05, 1)
を実行すれば、ちゃんと、0 (ゼロ)を返してきます。
> ceiling(1.45 * 10 ^ 1) * 10 ^ (-1) - 1.45
は 0.05 を返してくるが、表示されていない桁で誤差を含むの...
> ceiling(1.45 * 10 ^ 1) * 10 ^ (-1) - 1.45 - 0.05
を実行すると、返された値は、4.163336e-17 でした。~
後ろにある引き算、2つをカッコでまとめて、~
> ceiling(1.45 * 10 ^ 1) * 10 ^ (-1) - (1.45 + 0.05)
とすると、返される数字は、ちゃんと 0 です。~
一体、この表示されない誤差は生じたり、生じなかったりする...
//
- 浮動小数点の丸め誤差です。 -- &new{2011-12-30 (金) 23:...
- > 誤差は生じたり、生じなかったり&br;実数計算では避けら...
> func <- function(x, n)
+ {
+ a <- x * 10 ^ (n + 1)
+ b <- a - floor(a / 10 ^ n) * 10 ^ n
+ return(round(a + 5 * (b >= 5), -1) / 10 ^ (n + 1))
+ }
> func(1.45, 1)
[1] 1.5
> func(1.449999999999999, 1)
[1] 1.4
> func(2.5, 1)
[1] 2.5
> func(2.449999999999999, 1)
[1] 2.4
- 御回答を賜り、有難うございます。~「浮動小数点」、「多倍...
**scatterplot3dについて [#l9dad8e6]
>[[takayuki]] (2011-12-27 (火) 20:39:17)~
~
３次元の散布図を書くのに，scatterplot3dを使用しています。...
//
- rglパッケージのplot3dではどうでしょうか？ -- [[Iona]] &...
**スクリプトからのコンソール画面消去は実行することが出来...
>[[Montecarlo]] (2011-12-26 (月) 19:35:10)~
~
現在では以下のマウス操作またはショートカットにてコンソー...
「編集」→「コンソール画面を消去」
または
「Ctrl」＋「L」
この作業をスクリプトの命令から再現することは出来ますでし...
ご存じの方がいらっしゃいましたら、よろしくお願い致します。~
//
- あなたはキット Windows なんだろうから，http://onertipad...
- 「河童の屁は，河童にあらず，屁である」さん、素早い回答...
ご指摘のWebPageも参考にしてみます。コマンドプロンプトの「...
ご回答ありがとうございました。 -- [[Montecarlo]] &new{201...
- ，http://onertipaday.blogspot.com/2007/05/how-to-clear-...
**例えば dgamma の lse を求める [#l62bc8fc]
> (2011-12-22 (木) 17:40:53)~
~
回帰解析をしたいのですが、plot(x,y) を見ていたら、ガンマ...
~
さらに、例えば勝手に自分が作った関数のパラメータを使うこ...
y <- function(x,a,b){ log(a*x + x^-(a/(2*b)) }
として、x と y が与えられた時に、a と b を推定したいとい...
~
よろしくお願いします。~
//
- nls という関数を調べればよいでしょう。 -- [[河童の屁は...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さん、どうもありが...
**type="b"のplotと整合するlegend()の使い方 [#h5c2e260]
>[[T]] (2011-12-21 (水) 20:02:30)~
~
超初心者質問で大変恐縮なのですが、ヘルプを読んでも解決せ...
例えば、~
matplot(outer(1:5, 1:3), type="b", pch=1:3, lty=1:3)
legend("topleft", LETTERS[1:3], pch=1:3, lty=1:3, col=1:...
とすると、左上に凡例が表示されますが、線にシンボルが上書...
グラフは type="b" で描いていますので、凡例も同様にしたい...
もちろん、legend(..., type="b") とすると、エラーになりま...
上記 2 行の出力画像を貼った方がよければ貼ります。~
ヘルプの見落としのような気もいたしますが、よろしくお願い...
//
- 解答ではありませんが，私は type="o" の方がキレイだと思...
- できないようです。legend関数の中身を見てみましたが、線...
- 回答ありがとうございます。座標を計算して、自作する方向...
- 自作しました。汎用性は低いですが、こんな感じで他のグラ...
matplot(outer(1:5, 1:3), type="b", pch=1:3, lty=1:3)
a <- legend("topleft", LETTERS[1:3], pch=1:3, lty=1:3,
col=1:3, seg.len=4, plot=FALSE)
i <- par("cxy")
sapply(1:3, function(j) {
with(a, {
segments(rect$left+i[1]/2, text$y[j], rect$left+i[1]...
text$y[j], col=j, lty=j)
segments(rect$left+i[1]*3.1, text$y[j], rect$left+i[...
text$y[j], col=j, lty=j)})
})
points(rep(a$rect$left+i[1]*2.5, 3), a$text$y, pch=1:3, ...
text(a$text$x, a$text$y, LETTERS[1:3])
with(a$rect, lines(c(left+w, left+w, left), c(top, top-h...
**cat関数の特殊文字について [#o0111828]
>[[Montecarlo]] (2011-12-21 (水) 18:10:04)~
~
文字列を表示する「cat」関数があると思いますが、大文字小文...
「\b」「\r」「\v」~
実行コード
cat("\a") #音が鳴る
cat("\b") #不明
cat("\f") #フィード文字（半角スペース？）
cat("\n") #改行
cat("\r") #不明
cat("\t") #タブ
cat("\v") #不明（半角スペース？）
この３個特殊文字の意味をご回答頂ければ幸いです。よろしく...
//
- 「ASCII 制御文字」で検索します。これらを使うと、プログ...
- 回答ありがとうございます。ご指摘の「エスケープシークエ...
**結果の解釈 [#v85f4465]
>[[いぬ]] (2011-12-21 (水) 10:18:21)~
~
成績が勉強時間の2乗に比例しているのか３乗に比例するのか調...
式としては~
ｙ＝a0+a1*x+a2*x^2~
ｙ＝a0+a1*x+a2*x^2+a3*x^3~
という式です。~
~
手元の資料からは決定係数と調整済みの決定係数が１に近い方...
また、ｔ検定、F検定、ＡＩＣも見たほうがいいと思うのです。~
~
どれを１番優先してみればいいのでしょうか？~
それとも違うものを見たほうがいいのでしょうか？~
どなたか教えてください。~
~
あとＲでanovaの結果の見方がわかりませんので教えていただき...
//
- lrtest(f1, f2) でいいんじゃないかしら？ -- [[いいんじゃ...
- lrtest() は rms パッケージにある尤度比検定をする関数で...
**RDA解析の解釈 [#n81454d8]
>[[ほし]] (2011-12-21 (水) 00:13:46)~
~
初めて投稿させていただきます。~
パッケージVeganのRDAを用いた解析・解釈に苦戦しております。~
20以上のデータを用いて解析を行い、plotで表にしました。~
しかし、表には4つ程のデータ名しか表示されません。~
また、summaryで詳細な情報を見ても、表示されたデータ名につ...
これは、表示されなかったデータは取るに足らないデータであ...
初歩的な質問で恐縮ですが、どなたかアドバイスの程よろしく...
//
- どのようなスクリプトで解析を行ったのかを書いておくとア...
~> plotで表にしました。~
plotで表にするとはどういうことでしょうか。グラフではない...
rda関数のExamplesを実行してみても表にはなりませんが。
~> データ名 というのは具体的に何を指しているのでしょうか...
//
-失礼しました。解析は以下のように行いました。
> test <- read.csv("sample.csv", header=TRUE, row.names=...
> testa <- read.csv("sample.csv", header=TRUE, row.names...
> testb.rda <- rda(test~.testa, nangteng, scale=TRUE)
> testb.rda
ここで、次に表示される
Call:
にはtestbのデータ名（エクセル第二行目からの第一列です。サ...
> plot(testb.rda)
によってグラフ（表ではなくグラフでした。申し訳ありません...
- 書き込んだときはあとから読み直した方がいいですよ。無駄...
testbとはtestaの誤字ですよね。あとrda(test~.testa,...)の...
~
その書き方だとnangtengは使用されませんが大丈夫ですか？ d...
rda(x ~ z$y)
を
rda(x ~ y, data = z)
と書けるというものです。~
~
rda関数のExamplesで試してみたんですが、
dune.Manure <- rda(dune ~ Manure, data = dune.env)
dune.Manure
では、dune.envの行名は表示されませんが、summary()の間違い...
**deprecatedとは？ [#c340e35d]
>[[S]] (2011-12-20 (火) 18:14:37)~
~
表を作って平均をとろうとすると、次のような警告がでます。
mean(<data.frame>) is deprecated
R2.13では出なかったのですが、R2.14で出るようになったと思...
//
- 「データフレームに対して mean 関数はもう使えなくなりま...
> mean(iris[,1:4])
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width
5.843333 3.057333 3.758000 1.199333
警告メッセージ：
mean(<data.frame>) is deprecated.
Use colMeans() or sapply(*, mean) instead. # これからは...
> colMeans(iris[,1:4]) # つまり，こんな風にとか
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width
5.843333 3.057333 3.758000 1.199333
> sapply(iris[,1:4], mean) # こんな風にとか
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width
5.843333 3.057333 3.758000 1.199333
愚かなるユーザは，「エラーメッセージを出して，正解を出す...
> mean.data.frame
function (x, ...)
{
msg <- "mean(<data.frame>) is deprecated.\n Use colM...
sapply(*, mean) instead."
warning(paste(msg, collapse = ""), call. = FALSE, do...
sapply(X = x, FUN = mean, ...)
}
となっているわけだけど，
> mean.data.frame
function (x, ...)
{
sapply(X = x, FUN = mean, ...)
}
にすれば良いだけだろうと思うのだ！&br;実は，sd 関数にも同...
- エラーメッセージではなく、warningです。deprecatedってい...
**一般化線形モデルの推定結果の図示（offset項を入れた時） ...
>[[カス]] (2011-12-20 (火) 14:03:20)~
~
offset項を入れた時の推定結果を図示するには、どのようにす...
二項分布でリンク関数を"cloglog"にした場合と、ポアソン分布...
例えば、二項分布でoffsetなしの場合、
bi <- glm(y ~ x, family = binomial(link = "cloglog"))
lines(x, 1-exp(-exp(b + a*x)))
とすれば良いと思うのですが、二項分布でoffsetありの場合
bioff <- glm(x ~ y + offset(log(z)),
family = binomial(link ="cloglog"))
この推定結果の図示はどのようにすればよいでしょうか？~
また、同様にポアソン分布でオフセットなしの場合、
po <- glm(y ~ x, family = poisson)
lines(x, exp(b+ax))
とすればよいと思うのですが、
pooff <- glm(y ~ x + offset(log(z)), family = poisson)
の場合はどうでしょうか？
よろしくお願い致します。~
//
**read.csvで、header=TRUE, row.names=1として読み込んだと...
>[[matak]] (2011-12-15 (木) 12:15:41)~
~
CSVファイルを例えば、~
> data <- read.csv("read_sample.csv", header=TRUE, row.n...
という風に読み込んだ時、CSVファイルの一番左上のセルだけ読...
結果、読み込んだ行列で何らかの演算を行って、書き込んだCSV...
どうすれば一番左上のセルも読み込み&書き込みできるでしょう...
読み込むCSVファイルの1行目および1列目は文字列で、第2行第2...
//
- > CSVファイルの一番左上のセルだけ読み込まれないですよね...
- オプションとしては存在しませんが、いくらでも方法はある...
data <- read.csv("sample.csv")
data[, -1] <- function(data[, -1])
write.csv(data)
**行列の行に対してcumsumを適用することは出来るでしょうか...
>[[Montecarlo]] (2011-12-12 (月) 21:25:13)~
~
初の投稿で、なにぶん至らない点があるかと思いますがよろし...
使用環境は以下です。
R version 2.14.0 (2011-10-31)
Platform: i386-pc-mingw32/i386 (32-bit)
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Jap...
[3] LC_MONETARY=Japanese_Japan.932 LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=Japanese_Japan.932
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets me...
質問になりますが、行列の行に対してcumsumを適用することは...
> x <- c(1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1,
1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0,
1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0,
0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 0,
0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1,
0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1,
1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0,
1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1,
1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1,
1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0)
> y <- matrix(x, nrow=10, ncol=10, byrow=TRUE)
を実行すると、私の意図通りに10*10の行列ができあがります。~
ここからが詰まっているところです。~
この「y」の行に対するcumsumを適用したいと思っています。~
列に対するcumsumは
> apply(y, 2, cumsum)
によって計算出来ていることは確認しています。~
ですが
> apply(y, 1, cumsum)
ではうまくいかないのです。（結果はapply(y, 2, cumsum)に似...
質問事項としてまとめると以下の点となります。~
１．行に対してcumsumを適用することは可能か（cumファミリー...
２．列はうまくいくのに行でうまくいかない事からすると、cum...
以上２点について分かる方がいらっしゃいましたらお願い致し...
//
- 結果をよく観察しましょう。&br;行数列数が同じで結構大き...
> (y <- matrix(1:12, 3, 4))
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 1 4 7 10
[2,] 2 5 8 11
[3,] 3 6 9 12
> apply(y, 1, cumsum)
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 2 3
[2,] 5 7 9
[3,] 12 15 18
[4,] 22 26 30
> t(apply(y, 1, cumsum))
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 1 5 12 22
[2,] 2 7 15 26
[3,] 3 9 18 30
つまりのところ，t(apply(y, 1, cumsum))でよいでしょう。 --...
- 「河童の屁は，河童にあらず，屁である。」さん、ありがと...
cumsumに関する知識を深めることが出来ました。
とても感謝致します。 -- [[Montecarlo]] &new{2011-12-12 (...
**readBin関数のサイズ指定 [#y432ae79]
>[[Alin]] (2011-12-12 (月) 17:05:20)~
~
C言語のint型、4バイト長のバイナリデータ(sample.bin)をread...
> conn <- file("sample.bin", "rb")
> readBin(conn, integer(), n=100*100, size=4)
のようにして読み込むと正常な値が読み込まれず(100*100はデ...
> readBin(conn, integer(), n=100*100, size=2)
のようにして、sizeを２に指定すると、正常な値が読み込まれ...
これはRで扱うデータ型（？）の基本的な概念が、C言語等と異...
//
- > C言語のint型、4バイト長のバイナリデータ&br;ああ，基本...
- 仰るとおりでした。RではなくCで出力したデータの方の問題...
**ccfでp-value [#vcf11759]
>[[vivaTS]] (2011-12-12 (月) 13:32:48)~
~
R64 2.14.0 (Lion)を使用しています。~
ccfで計算される２変数の時系列相関のp値, 95%信頼区間を求め...
//
- http://www.ltrr.arizona.edu/~dmeko/notes_10.pdf -- &ne...
**プロキシサーバーの設定について [#o8e9187d]
>[[波]] (2011-12-06 (火) 17:13:05)~
~
お世話になります。~
CentOSにR 2.13.1をインストールし、プロキシサーバー経由で...
Rのインストールディレクトリに以下のコマンドを記述した.Rpr...
options(CRAN="http://cran.md.tsukuba.ac.jp/bin/windows/c...
Sys.setenv("http_proxy"="http://(アドレス):(ポート番号)")
また、.Rprofileを削除してRの起動直後の画面に上記のコマン...
Windows XPのR 2.13.1ではマイドキュメントに上記の.Rprofile...
Linuxの場合はWindowsと異なる設定が必要なのでしょうか？対...
宜しくお願いします。~
//
- 自己解決しました。ホームディレクトリに置いた.Rprofileに...
**文字列ベクトルからの共通要素の抽出 [#ic77ecfa]
>[[K]] (2011-12-06 (火) 10:29:04)~
~
こんにちは。WinXP R 2.13.2を使用しています。~
文字列ベクトルA,B,C・・・があり、これらに共通する要素を抽...
例えば以下のような場合は"aaa"が共通しているので、"aaa"を...
A <- c("aaa","aaaa","aaaaa")
B <- c("bbb","aaa","bbbbb")
C <- c("aaa","ccc","cccc")
実際には文字列ベクトルとその要素は数百個あります。apply()...
どなたか御助言を宜しくお願いします。~
//
- 文字列ベクトルがどのようなオブジェクトとしてまとめられ...
system.time({
### テストデータを作る
### 要素数 n=500 個のリスト
### 各要素は 503 個の要素を持つ文字列ベクトル
### テストのため最後の 3 つ, foo, bar, baz は全ベクト...
### 各要素は 1 〜 5 文字からなる
set.seed(1234567)
n <- 500
k <- 500
d <- vector("list", n)
for (i in 1:n) {
str <- character(k)
for (j in seq_along(str)) {
str[j] <- paste(sample(letters,
sample(5, 1), replace=TRUE), se...
}
d[[i]] <- c(str, "foo", "bar", "baz")
}
})
system.time({
### 重複する文字列の抽出
ans <- intersect(d[[1]], d[[2]])
for (i in 3:n) {
ans <- intersect(ans, d[[i]])
}
print(ans)
})
実行結果は
テストデータの作成にかかった時間
ユーザ システム 経過
9.297 0.257 9.508
共通要素
[1] "foo" "bar" "baz"
共通要素を抽出するのにかかった時間
ユーザ システム 経過
0.049 0.001 0.055
- ありがとうございました。ベクトルの要素数は全て同じです...
**ヘッダに括弧が含まれるCSVから正しくヘッダを取得したい [...
>[[ひろ]] (2011-12-05 (月) 12:55:27)~
~
ヘッダに括弧が含まれるCSVから正しくヘッダを取得したいので...
下記例ではファイル中のヘッダは「ほげ（ほげ）」なのですが...
もし改善方法をご存知でしたらご教示いただければ幸いです．~
環境：win7 64bit + R 2.14.0 64bit~
調べたこと：?read.csvや?read.tableの結果からparenthes,bra...
testCSV.csvの中身は下記通りです．
ほげ（ほげ）
1
2
3
~
> read.csv("input/testCSV.csv", header=TRUE)
ほげ.ほげ.
1 1
2 2
3 3
//
- read.csv("input/testCSV.csv", header=TRUE, check.names=...
- > 竹澤様．上記で解決いたしました．勉強不足でした．あり...
- 「ほげ（ほげ）」は好ましくないので「ほげ.ほげ.」と変換...
**column の名前を入力せずに lm() [#z99f8937]
>[[笹川よつ斗]] (2011-12-05 (月) 12:42:13)~
~
例えば、~
x <- data.frame( matrix(rnorm(500), ncol=10) )
names(x) <- c( sample(LETTERS[1:26], 9, FALSE), 'y' )
というデータがあります。~
column の名前の 'y' 以外を入力せずに lm() を使うことは可...
大きなデータフレームから column をサンプルして繰り返し解...
f <- paste( 'y ~', paste(names(x)[1:9], collapse='+') )
lm( as.formula(f), data=x )
//
- 一番「良い」説明変数の組を選びたいというのなら、step() ...
> x <- data.frame( matrix(rnorm(500),ncol=10) )
> lmtmp <- lm(X10 ~ ., data=x)
> step(lmtmp)
Start: AIC=-3.58
X10 ~ X1 + X2 + X3 + X4 + X5 + X6 + X7 + X8 + X9
Df Sum of Sq RSS AIC
- X7 1 0.0288 31.227 -5.5375
- X1 1 0.0427 31.241 -5.5154
- X2 1 0.0650 31.263 -5.4796
- X9 1 0.0659 31.264 -5.4783
- X4 1 0.0936 31.291 -5.4340
- X5 1 0.1595 31.357 -5.3287
- X3 1 0.4099 31.608 -4.9310
<none> 31.198 -3.5837
- X6 1 1.3648 32.563 -3.4429
- X8 1 8.1977 39.395 6.0814
(途中省略)
Step: AIC=-16.17 ### AIC基準で最終的に選ばれたモデル
X10 ~ X8
Df Sum of Sq RSS AIC
<none> 33.405 -16.1657
- X8 1 7.3309 40.736 -8.2455
Call:
lm(formula = X10 ~ X8, data = x)
Coefficients:
(Intercept) X8
-0.04151 0.39186
- ありがとうございました。説明不足で申し訳ありませんが、...
- y以外の全部の変数を独立変数にするには，lm(y~., data=x) ...
- こんなのがやりたいのですか？変数99個からランダムに９個...
> x <- data.frame(matrix(rnorm(10000),ncol=100))
> Formula <- unique(sapply(seq(10^4),FUN=function(i) pas...
paste(sort(sample(names(x)[-100],9)),collap...
> res <- lapply(seq(10^4), FUN=function(i) lm(Formula[i]...
> Formula[9999]; res[[9999]]
[1] "X100 ~ X20+X25+X30+X41+X55+X6+X68+X80+X99"
Call:
lm(formula = Formula[i], data = x)
Coefficients:
(Intercept) X20 X25 X30 ...
0.054830 0.020898 0.036853 0.025012 -0...
X6 X68 X80 X99
0.013766 0.071437 -0.010897 0.083487
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さん！ ちょー簡...
**ライブラリーscatterplot3について [#f778ff32]
>[[斉藤正]] (2011-12-02 (金) 12:26:18)~
~
これまで scatterplot3 を使って、計算結果を3次元表示してい...
> library(scatterplot3d)
以下にエラー library(scatterplot3d) :
'‘scatterplot3d’' という名前のパッケージはありません
： 関数 "scatterplot3d" を見つけることができませ...
というエラーメッセージがでて、図が描けなくなりました。対...
//
- お騒がせしました。パッケージの再インストールをして、問...
**Rserveを使ってload()をする回数を抑える方法について [#qf...
>[[@garuby]] (2011-11-30 (水) 18:58:49)~
~
//[@garuby]~
~
すでに重回帰モデルやSVMモデルを作成しており、このモデルを...
~
計算する量は、サンプル数が１つしかない場合もありますし、1...
~
そこで、Rserveを使って最初にモデルをloadして予測ジョブご...
~
このようなことはRserveで実現できるのでしょうか？あるいは...
//
- Rserveを使ってもできるだろうけど、loadするファイル側に...
- > 毎回重回帰モデルなどを保存したファイルをloadして、目...
- 失礼しました。私は製薬会社に勤務しております。標本（デ...
**Rで出した結果の見方について [#h408c22e]
>[[さ]] (2011-11-29 (火) 19:09:19)~
~
・Rでlm関数を使って分析をしました。summaryで結果を出した...
・もうひとつstep関数も用いました。これはlm関数よりも詳し...
・最後に題とは少し変わるのですが、目的変数が見付からない...
~
どなたか教えてください。よろしくお願いします。~
//
- 重回帰分析の解説がある教科書なりを参照し，そこに例題と...
- 教えていただきありがとうございます。3つめの県の問題です...
- > 目的変数がない場合には，変数間の相関係数を計算して解...
**非線形最適化について [#e44a9b51]
>[[ｙｙｙ]] (2011-11-29 (火) 15:30:47)~
~
お世話になります．~
~
例えば「3*x^2-4*x*y+3*x+6*y^2+8*y」のような2変数の最適化...
uniroot()は1変数でしか使えませんよね？~
どなたかご教示下さい．宜しくお願いします．~
//
- 以下のような? -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁である。...
> f <- function(p) 3*p[1]^2-4*p[1]*p[2]+3*p[1]+6*p[2]^2+...
> nlm(f, c(1,1))
$minimum
[1] -6.107143
$estimate
[1] -1.214287 -1.071429
$gradient
[1] 6.422047e-07 4.269174e-07
$code
[1] 1
$iterations
[1] 3
- そんな短いプログラムでできるんですね！ありがとうござい...
**集合演算について [#y43c8789]
>[[zoo]] (2011-11-29 (火) 11:55:26)~
~
お世話になります。~
~
・集合xと集合yがある~
・サイズは x > y で、yはxに全て含まれる~
・xに含まれるyをyの順番を維持したままxから抜き出したい~
という処理をしようとしています。~
たとえば
x <- c("A","B","C","D","E")
y <- c("D","E","B")
x[x %in% y]
このように入力すると「"B" "D" "E"」が得られますが、yの順...
どなたかご教示ください。宜しくお願いします。~
//
- y -- &new{2011-11-29 (火) 12:38:09};
- x[x %in% y][rank(y)] -- &new{2011-11-29 (火) 12:39:34};
- y -- &new{2011-11-29 (火) 13:09:31};
- 「y」という最初の方の解は秀逸。&br;仕様がはっきりしない...
> x <- c("B","A","B","D","C","D","E")
> y <- c("D","E","B")
> unlist(sapply(y, function(ch) x[x==ch]))
D1 D2 E B1 B2
"D" "D" "E" "B" "B"
- 皆さんありがとうございました。話を簡単にしすぎて「y」で...
- 以下のようにも -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁である...
> (x <- data.frame(str.x=LETTERS[1:5], num.x=1:5))
str.x num.x
1 A 1
2 B 2
3 C 3
4 D 4
5 E 5
> (y <- data.frame(str.y=c("D", "E", "B"), num.y=c(1,3,6...
str.y num.y
1 D 1
2 E 3
3 B 6
> x[sapply(y$str.y, grep, x$str.x),]
str.x num.x
4 D 4
5 E 5
2 B 2
- データフレームに対しては集合演算ではなく x[sapply(y$st...
**Mac OS X上のpng()で文字化け [#gfe9ae22]
>[[m]] (2011-11-29 (火) 02:23:48)~
~
Mac OS X（10.6.8）でR2.14.0を使用しています。plotがデフォ...
png("hoge.png", width=640, height=640, unit="px")
plot(1,1)
text(1,1,"ほげ")
dev.off()
こうすると「ほげ」部分が□□になってしまうのですが、何か見...
ターミナルから「R」と入力して起動した場合も、Rのアプリケ...
よろしくお願いいたします。~
//
- 日本語フォントを指定しなければならないのでは。ヘルプだ...
- ご返信ありがとうございます。ただ、残念ながら結果は好転...
- > Xlibではなくてquartzのアンチエイリアスの効いた綺麗なp...
- あなたと同じ環境でpar(family=)を追加して実行するとちゃ...
- 河童（後略）さま： ご返信ありがとうございます。pdfやeps...
- Iona様： 設定ファイル類を読み込まないように、ターミナル...
- 分かっているとは思いますが，念のため。par は png の後で...
png("test.png")
par(family="HiraMaruProN-W4")
hist(rnorm(10000), main="日本語を使う")
dev.off()
- できました！まことにありがとうございます！！ par()を実...
**データの型を指定して出力 [#k14ffa6a]
>[[shannon]] (2011-11-28 (月) 00:13:55)~
~
既出でしたらすいません。~
Rではデータ型がinteger(整数),numerical(実数),complex(複素...
C言語などで使われるfloat(32bit),double(64bit)でビット幅を...
writeBin関数ではそのようなオプションがないように思うので...
書きこむ前のデータのビット幅を何らかの方法で固定して、そ...
分かりにくい質問かもしれませんが、よろしくお願い致します。~
//
- Rでは数値データは原則doubleです。特にinteger,singleと指...
> object.size(1L)
32 bytes
> str(1L)
int 1
> object.size(as.single(1L))
120 bytes
> str(as.single(1L))
atomic [1:1] 1
- attr(*, "Csingle")= logi TRUE
> object.size(as.double(1L))
32 bytes
> str(as.double(1L))
num 1
- ご回答ありがとうございます。as.single関数に関するご指摘...
仰るとおりファイルサイズをできるだけ小さくして出力するこ...
また、パッケージはできるだけ利用したくないのですが、もし...
- writeBin関数は引数のsizeでバイト数を指定できますよ。 --...
**並列処理したい関数における外部変数の扱い [#y12912dd]
>[[QDY]] (2011-11-24 (木) 22:47:47)~
~
最新バージョンのRには並列処理用のパッケージ parallel が同...
> library(parallel)
> cl <- makeCluster(rep("localhost", 4), type="SOCK")
> y <- 3
> tmp <- function(x) x+y
> clusterApply(cl, 1:4, tmp)
以下にエラー checkForRemoteErrors(val) :
4 nodes produced errors; first error: オブジェクト 'y...
> stopCluster(cl)
//
- clusterExportを唱えるのが吉。 -- &new{2011-11-25 (金) ...
- 早速の情報有難う御座います。たしかにうまく動作しました...
> library(parallel)
> cl <- makeCluster(rep("localhost", 4), type="SOCK") # ...
> y <- 3
> tmp <- function(x) x+y
# すべての実行時環境オブジェクトを子プロセスにエクスポー...
# この例では clusterExport(cl,"y") で十分
> clusterExport(cl, ls())
> clusterApply(cl, 1:4, tmp)
[[1]]
[1] 4
[[2]]
[1] 5
[[3]]
[1] 6
[[4]]
[1] 7
> stopCluster(cl)
**コマンドのコンソール出力を抑えるには [#pf35ec7a]
>[[バイソン]] (2011-11-22 (火) 13:20:05)~
~
Linux(CentOS5.5)上で、R version 2.11.1を使用しています。~
a = 1
cat(a,"\n")
上のような内容のRファイル(test.r)を作成して、~
> R --vanilla --quiet < test.r
のようにして実行すると、コンソール上には実行コマンドとcat...
=====コンソール表示======
> a = 1
> cat(a)
1
=========================
cat関数で出力する値だけをコンソール画面に表示させたいので...
sink関数を使って、出力先を別ファイルに変更させて確認する...
出力させたい部分で一回一回sink関数で囲うのが面倒なので、~
できればRコマンドのコンソール出力を抑えて、cat関数等で出...
//
- 実行するファイルをsource で読み込む1行だけのRファイル（...
- なるほど！！grepを使うのは思いつきませんでした。示して...
- オプションの"--slave"を見落としてました。今更ながらすい...
> R --vanilla --slave < test.r
のようにしても同じように出力が抑えられました。-- [[バイソ...
**persp()で軸のタイトルの文字サイズの変更 [#sb552f3b]
>[[まあくん]] (2011-11-22 (火) 09:05:29)~
~
タイトルの通りなんですが、関数persp()で軸のタイトル（xlab...
//
- オンラインヘルプの，引数の説明の最後に，... additional...
- ありがとうございます。読めない訳じゃないんですが、英語...
- > 読めない訳じゃないんですが、英語苦手で&br;人に読ます...
**plyrのロードができない [#cc3512f7]
>[[小田ちん]] (2011-11-19 (土) 00:51:34)~
~
~
ggplot2を使いたいのですが、plyrのロードで失敗します。~
MacのR64を使っています。どうすれば使えるようになるのでし...
よろしくお願いいたします。
> library(ggplot2)
要求されたパッケージ reshape をロード中です
要求されたパッケージ plyr をロード中です
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) :
共有ライブラリ '/Library/Frameworks/R.framework/Versio...
Resources/library/plyr/>libs/x86_64/plyr.so' を読み...
dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.14/Re...
library/plyr/libs/x86_64/plyr.so, 6): Library not lo...
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.13/Resour...
Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versio...
2.14/Resources/library/plyr/libs/x86_64/plyr.so
Reason: image not found
エラー： パッケージ '‘plyr’' をロードできませんでした
//
- plyr はインストールされていますか?「パッケージとデータ...
- ありがとうございます。plyrはインストールしました。plyr....
- https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-mac/2011-May/00827...
- エラーメッセージを見るかぎりではplyrパッケージが2.13用...
update.packages(checkBuilt = TRUE)はインストールされてい...
解決したようですが参考までに。 -- [[Iona]] &new{2011-11-1...
**Boxプロットで、項目軸を数値にする方法 [#z0623cdc]
>[[T.I.]] (2011-11-16 (水) 07:11:07)~
~
Rの初心者です。グラフの描き方に苦戦しております。~
Boxプロットで、項目軸（X軸）を数値軸にしてグラフを描きた...
//
- 中級者コースでそんなことを訊くと怒られますよ。初級者コ...
set.seed(100) ; x <- sample(c(1,2,5,7), 200, TRUE) ; y <...
boxplot(y~x, at=sort(unique(x)), xlim=c(0,8))
- ご回答ありがとうございます。助かります。初めての投稿で...
**行列の割合表示 [#w5ce8968]
>[[yasushi]] (2011-11-15 (火) 18:56:52)~
~
Ｒ初心者です。~
次の２つの実行結果は同じになると思ったのですが，なりませ...
> x <- matrix(c(1:4), nrow=2, ncol=2, byrow=T)
> (x/apply(x, 1, sum))
y <- matrix(c(1:4), nrow=2, ncol=2, byrow=F)
t(y/apply(y, 2, sum))
２番目のものを，colSumsにしてみても同様の結果でした。R 2....
~
どういうことなのでしょうか？~
//
- 一行で，たくさんの関数を適用すると，慣れないうちは分か...
分解して，逐次実行すれば，なぜそうなるか（思い違いしてい...
ちなみに，TRUE/FALSE を T/F と略記するような横着はしない...
colSums であろうと apply(foo, 2, sum) であろうと無関係。
> (x <- matrix(c(1:4), nrow=2, ncol=2, byrow=T))
[,1] [,2]
[1,] 1 2
[2,] 3 4
> apply(x, 1, sum)
[1] 3 7
> x/apply(x, 1, sum)
[,1] [,2]
[1,] 0.3333333 0.6666667
[2,] 0.4285714 0.5714286
> (y <- matrix(c(1:4), nrow=2, ncol=2, byrow=F))
[,1] [,2]
[1,] 1 3
[2,] 2 4
> t(y/apply(y, 2, sum))
[,1] [,2]
[1,] 0.3333333 0.2857143
[2,] 1.0000000 0.5714286
> apply(y, 2, sum)
[1] 3 7
> y/apply(y, 2, sum)
[,1] [,2]
[1,] 0.3333333 1.0000000
[2,] 0.2857143 0.5714286
> t(y/apply(y, 2, sum))
[,1] [,2]
[1,] 0.3333333 0.2857143
[2,] 1.0000000 0.5714286
バグでも何でもない，当たり前の実行結果です。（このような...
あなたが得たい結果は
> t(y)/apply(y, 2, sum)
[,1] [,2]
[1,] 0.3333333 0.6666667
[2,] 0.4285714 0.5714286
ということになりますね。&br;
わかりにくいことはしないに越したことはない。そのような複...
> x <- matrix(c(1:4), nrow=2, ncol=2, byrow=T)
> x/apply(x, 1, sum)
[,1] [,2]
[1,] 0.3333333 0.6666667
[2,] 0.4285714 0.5714286
> prop.table(x, 1)
[,1] [,2]
[1,] 0.3333333 0.6666667
[2,] 0.4285714 0.5714286
まあ，そんな関数があることなんか知らなくてもどうってこと...
**ARIMAモデルでの解析結果を詳細に表示したい場合… [#q2e584...
>[[前田]] (2011-11-14 (月) 22:45:36)~
~
R初心者のものです。~
大学の卒業研究でポンドの解析を行っています。~
ARIMAモデルでの解析結果は出せるのですが~
解析結果の詳細を表示させたいのですが~
どなたかお知恵を貸していただけませんでしょうか？~
パワースペクトルなどの結果も見れたらと思います。~
宜しくお願い致します。~
//
- まずは本ページ初頭の、投稿に際する注意事項をご熟読くだ...
- 出せた解析結果に何が足りないのでしょうか？ それを書か...
(x <- stats::arima(lh, c(2, 0, 1)))
ここで表示されるものでは不十分ということでしょうか。~
パワースペクトルについてはspectrum関数がありますが，ARIMA...
**2階の導関数のもとめかた [#w4bdb565]
>[[みのむし]] (2011-10-27 (木) 13:26:24)~
~
Rの初心者です。簡単な質問で大変申し訳ないのです。~
ある関数の、2階の導関数をもとめ、それを他の計算に使いたい...
f <- deriv(~x^2*y, c("x", "y"), function(x, y) { }, hess...
と書くと、4種類の2階の導関数を計算してくれるのはわかるの...
attr[f, "hessian"][x, y]
こんな風にかいてみたのですが、だめなようです。ご存知の方...
//
- 例えば。ただしこれでは全ての二階までの導関数値を計算し...
> f12 <- function(x, y) attr(f(x, y), "hessian")
> f12(1, 2)
[1] 2
> f12(4, 3)
[1] 8
- 回答ありがとうございます。ただ、おっしゃるとおり、打ち...
- F12 <- function(x, y) attr(f(x, y), "hessian")[, "x", "...
- ありがとうございます！この方法でうまくいきました。感謝...
**連続の検出 [#zc304428]
>[[nkoji]] (2011-10-08 (土) 14:45:51)~
~
ベクトルのある値の連続と各連続における順番を取得したいで...
例えば，c("a","a","a","b","c","a","b","a","a")に対してc(1...
A <- c("a","a","a","b","c","a","b","a","a")
B <- rep(0,length(A))
A.str <- paste(A, collapse="")
#開始位置と長さの取得
C <- gregexpr("a+", A.str)
#C.mat[1,] 開始位置 C.mat[2, ] 長さ
C.mat <- rbind(C[[1]], attr(C[[1]], "match.length"))
B[A=="a"] <- unlist(apply(C.mat, 2, function(x){c(1:x[2]...
ベクトルの要素を一つずつ比較するよりは速いと思うのですが...
//
- あなたの関数は十分に速いでしょう。~
以下のようにすると3，4倍速くなるかもしれませんが。 -- [[...
> my.func <- function(A)
+ {
+ B <- integer(length(A))
+ C <- rle(A == "a")
+ B[A == "a"] <- unlist(lapply(C$lengths[C$values], fun...
+ B
+ }
> your.func <- function(A)
+ {
+ B <- rep(0, length(A))
+ A.str <- paste(A, collapse="")
+ # 開始位置と長さの取得
+ C <- gregexpr("a+", A.str)
+ # C.mat[1,] 開始位置 C.mat[2, ] 長さ
+ C.mat <- rbind(C[[1]], attr(C[[1]], "match.length"))
+ B[A == "a"] <- unlist(apply(C.mat, 2, function(x) {c(...
+ B
+ }
> a <- c("a","a","a","b","c","a","b","a","a")
> my.func(a)
[1] 1 2 3 0 0 1 0 1 2
> your.func(a)
[1] 1 2 3 0 0 1 0 1 2
> a <- sample(letters[1:5], 1000000, replace=TRUE)
> system.time(my.func(a))
ユーザ システム 経過
0.615 0.035 0.646
> system.time(your.func(a))
ユーザ システム 経過
2.448 0.040 2.453
- ありがとうございます。rle: Run Length Encoding そのもの...
各連続の開始位置・終了位置も取得できました。-- [[nkoji]] ...
End.index.all <- cumsum(C$lengths)
Start.index.all <- End.index.all - (C$lengths - 1)
End.index <- End.index.all[C$values]
Start.index <- Start.index.all[C$values]
- A=="a" を二回評価するのが無駄だったので，以下のようにす...
my2.func <- function(A)
{
B <- A == "a"
C <- rle(B)
B[B] <- unlist(lapply(C$lengths[C$values], function(x) ...
B
}
**read.tableで読み込んだ行列がis.finiteでFALSE?? [#x94669...
>[[もうり]] (2011-10-06 (木) 08:38:06)~
~
> A <- read.table("matrix.dat")
> B <- matrix(A[1,], 3, 3)
> kappa(B, exact=TRUE)
としたところ，
Error in svd(z, nu = 0, nv = 0) : infinite or missing va...
というエラーが出力されました．~
matrix.dat は１０００行9列スペース区切りで実数を並べたテ...
そこで，svd 関数の定義を見たところ，
if (any(!is.finite(x)))
stop("infinite or missing values in 'x'")
との記述がありました．そこで確認のため，
> any(!is.finite(B))
としたところ結果はTRUE．~
ここまでは納得できなくもないのですが，
> kappa(A, exact=TRUE)
はエラーが出ず，しかも，
> any(!is.finite(A))
の結果はTRUEです．
> A <- matrix(scan("matrix.dat"), ncol=9)
と読み込むことによって，
> any(!is.finite(A))
> any(!is.finite(B))
が両方FALSEとなったため一応解決はしましたが，すっきりしま...
原因に心当たりがある方がいらっしゃったらお教えいただけれ...
最後に実行環境について記述しておきます．
$ uname -sr
Linux 2.6.18-92.el5
$ R --version
R version 2.10.0 (2009-10-26)
//
- class(B) としてみると B は matrix だと表示される。しか...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さん，ご回答ありが...
**LSMEANを求めながら，そのデータのsdを求める [#a09bded4]
>[[怪獣]] (2011-09-01 (木) 12:21:54)~
~
よろしくお願いします。初級Q&A（１０）のところで，LSMEANに...
//
- 上記の質問文を書き換えたいと思います。 -- [[怪獣]] &new...
- 申し訳ありません。Enterを押してしまいました。「LSMEANの...
- すみません，回答が付かないようなので私の質問が悪いのだ...
**csvからxmlに変換したときの日本語文字化けについて [#m94c...
>[[さとう]] (2011-08-29 (月) 18:16:59)~
~
Rでcsv形式のデータからXMLへ変換しています。日本語のタグや...
(タグは文字化けしませんが，データの値は文字化けします。)~
これを防ぐ方法はあるでしょうか？~
~
library(XML)
data <- c("変数1の値です。","value of variable 2.")
xml <- xmlTree()
xml$addTag('データセット', close=FALSE)
xml$addTag("データ", close=FALSE)
xml$addTag("変数1", data[1])
xml$addTag("変数2", data[2])
xml$closeTag();xml$closeTag();xml$closeTag()
cat(saveXML(xml))
//
- encodingオプションをつけると文字化けしませんよ。 -- &n...
> cat(saveXML(xml,encoding = "UTF-8"))
<?xml version="1.0"?>
<データセット>
<データ>
<変数1>変数1の値です。</変数1>
<変数2>value of variable 2.</変数2>
</データ>
</データセット>
- 確かにそうでした．ありがとうございました． -- [[さとう]...
**座標値の等間隔プロット [#s0f17061]
>[[R初心者]] (2011-07-25 (月) 17:59:00)~
~
今大学でRを使って研究をしているものですが初心者なので苦戦...
~
今、等間隔でない座標値がいくつかあって線で結ばれたデータ...
このデータを等間隔に（例えば２ｍ間隔とか５ｍ間隔とか）プ...
簡単な質問でしたらすみません。何分初心者なもので・・・~
ご指導よろしくお願いします。~
//
- 初心者はQ&A(初級者コース)が適切でしょう。どんなデータな...
- ご指摘ありがとうございます。今現在サンプルとして佐渡島...
- 質問に気がつくが遅れました。まだ見ていらっしゃいますで...
**Excelから１セルの読込 [#d680bcc5]
>[[kero_10625]] (2011-06-22 (水) 12:26:37)~
~
節電対策などで、建物のエネルギー解析が必要になっています...
~
Excelの単一のセル、１列あるいは１行だけを読み込む必要が出...
~
RODBCを用いて、sqlQuery を使うとデータフレームで値を返す...
~
xlsReadWriteパッケージのread.xls()関数を使うと可能なので...
~
建築技術者にRを使ってもらおうと考えていますので、Pearlな...
~
何か良い方法をご存じでないでしょうか。~
//
- 感想ですが，「基本的にはシェアウエアであり将来の対応に...
- ご指摘ありがとうございます。説明が不足した部分があった...
- XLConnect パッケージは xls と xlsx の両方に対応している...
- xlsx形式って確かzipで固められたxmlファイルでしょ。つま...
- 「xlsx形式って確かzipで固められたxmlファイルでしょ」&br...
- XLConnect の情報ありがとうございます。良さそうなパッケ...
**Rで他言語の展開 [#u75610ec]
>[[ktr]] (2011-06-21 (火) 21:30:21)~
~
Rで，ある関数を展開し，中身を見ると.CとしてC言語で書かれ...
//
- 「ある関数を展開し」などと書かずに，関数名をはっきり書...
- 初心者で申し訳ありません．時系列の分析に興味がありまし...
- その関数はどのパッケージに含まれるものですか。どうも，t...
- ご指摘の様にパッケージtimsacの中の関数です．ファイルtim...
**t.test()の機能 [#if31a9f5]
>[[竹澤]] (2011-05-31 (火) 16:27:12)~
~
t.test()の機能を確認するために以下のようなRプログラムを...
function() {
nt <- 10000
pt <- 0
for(kk in 1:nt){
set.seed(12+kk*144)
xx1 <- abs(rnorm(50, mean = 0, sd = 1))
xx2 <- abs(rnorm(50, mean = 0, sd = 1))
xx <- c(xx1, - xx2)
ttest1 <- t.test(xx, mu = 0)
pp <- ttest1$p.value
if (pp < 0.05){
pt <- pt +1
}
}
pt <- pt/nt
print(pt)
}
正規分布に従うデータを作成する方法がややひねくれています...
//
- 上記の作成方法ですと正のデータも負のデータも確実に50個...
- なるほど、そういうことでしたか。分かりました。どうもあ...
**順序ロジットモデルの適合度について [#o78e28cd]
>[[miya]] (2011-05-02 (月) 10:11:04)~
~
polr関数を用いて，順序ロジットモデルを推計しています．~
SUMMARY()を利用すると，推計結果が表示されます．~
その際，AIC指標が表示されますが，尤度比は表示されません．~
初期尤度，最終尤度，ならびに尤度比を求めたいのですが，pol...
~
もしかすると，定義式にしたがって，自分で計算式を作成して...
//
**散布図のプロットの中で条件によって色を変える方法 [#u9f8...
>[[ウルトラ初心者]] (2011-04-18 (月) 15:33:39)~
~
BioconductorのDESeqというパッッケージを使ってます。ほとん...
plot(res$baseMeanA, res$baseMeanB, pch=20, cex=.1, col =...
というコマンドで散布図がマニュアルに載っていて、そのまま...
resという表のpadjカラムの値がが0.1より小さければ赤、それ...
~
さて、別のパッケージBaySeqで統計解析しか結果もこの散布図...
そこで、一つカラムを増やしてanalysisとなづけ、DESeqで有意...
~
そこで、analysisカラムをみて1ならば赤、2ならば青、3ならば...
たぶん、ifを重ねて使っていけばいけそうなのですが、どのよ...
~
全くの丸投げ質問で恐縮ですが、よろしくお願いします。~
//
- 根性が足りませんでした。&br;plot(res$baseMeanA, res$bas...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁であるさん、ありがとうござ...
- もし，100 種類の色分けをする（なんて，馬鹿な）場合は，...
**マルチコアCPUでの、Rの効率的な利用について [#hef5f797]
>[[さと]] (2011-04-17 (日) 05:21:20)~
~
現在、クアッドコアのCPUを搭載したWINDOWSマシンにRをインス...
そのうえで、for文を使って繰り返し計算を行っていますが、非...
~
Rを立ち上げて計算させても一つのコアしか使わないので、マル...
仕方がないので、Rを4つ一度に立ち上げて、for文の繰り返しを...
これで計算時間は短くなるのですが、もっとスマートにやる方...
~
UNIX環境で使える multicore というパッケージは見つけたので...
~
こちらの環境ですが、~
OS: Windows 7 Professional, Service Pack 1~
プロセッサ: Intel(R) Core(TM) i7 CPU M620 @ 2.67GHz~
実装メモリ(RAM): 8.00GB~
システムの種類：64ビット オペレーティングシステム~
~
なにとぞよろしくお願いいたします。~
//
- そんな贅沢な環境にないので、見当違いならごめんなさい。[...
- akira様。コメントをいただき、本当にありがとうございます...
- 行列積とか線形代数を使うんなら[[SurviveGotoBLAS2:http:/...
**Rで作図をする際に、レイヤー表示のように手前に持ってくる...
>[[Tetsu]] (2011-01-27 (木) 22:59:49)~
~
現在、ts.plotを使用して、時系列データの作図をしております...
その際に、１つの点を黒丸、もう一方の点を白抜き三角でプロ...
三角が手前に来るようにデータ系列の指定の順番を変えたり、p...
結局、三角の中身が白で塗りつぶされていないのが問題だと思...
このような問題を解決する方法は無いのでしょうか?~
~
あと、一点質問があります。~
作図をする際に見易くするために、軸に主目盛りと副目盛りを...
このような場合はaxis()を2回使用して、目盛りの長さが異なる...
教えていただけないでしょうか?~
よろしくお願いいたします。~
//
- ts.plot() の後に points()。 // axis() は２回使うしか...
- ありがとうございました。おかげさまでpointsを使ってpch=2...
**Rコマンダーがインストールできない [#ic00a876]
>[[Natsu]] (2011-01-26 (水) 00:02:56)~
~
Rをインストールして、Rコマンダーを使いたいのですが、パッ...
install.packages(NULL, .libPaths()[1L], dependencies = N...
'lib = "C:/PROGRA~1/R/R-2.12.1/library"' は書き込み可能...
以下にエラー sprintf(msg, userdir) :
<83>ｼ<e3>Ν縺吶ｋ縺溘ａ縺ｫ蛟倶ｺｺ逧<84>縺ｪ繝ｩ繧､繝悶Λ繝ｪ
'%s'
繧剃ｽ懊ｊ縺溘＞縺ｮ縺ｧ縺吶°<ef>ｼ<9f> に不正なマルチバイト...
どのようにすればインストールできるのでしょうか？~
初歩的な質問で申し訳ないのですが、教えてください。~
//
- 誠に初歩的で，何回も同じような質問がありますねぇ。&br;...
- Administrator 権限でログオンしていて、ユーザー名も半角...
- Rを起動するときに「管理者として実行」で起動してみてくだ...
- お陰さまで無事解決しました。ありがとうございました。 --...
**GAM(一般化加法モデル)における変数選択について [#scf4831a]
>[[S.K]] (2011-01-21 (金) 23:19:26)~
~
GAMを用いてデータ解析をしているのですが、変数選択の方法が...
困っています。web上にはstep.gamというものがあるそうなので...
//
- パッケージ gam (Version 1.04) に step.gam があります。 ...
- ありがとうございます。 -- [[S.K]] &new{2011-01-23 (日) ...
**コネクションエラー [#dab37a2c]
>[[R初心者]] (2011-01-10 (月) 09:58:15)~
~
R初心者です。~
JavaからRserveを利用して、Rを起動しようとしてます。~
そこである程度同時実行をさせて、最終的に200件ほどの要求を...
そこでもしこのような現状に対する情報をお持ちでしたら、教...
//
**パネルデータ分析 固定効果 [#u2e32cda]
>[[H.A]] (2010-12-13 (月) 21:07:38)~
~
はじめまして~
大学で企業財務を勉強しているものです。~
~
さて、初歩的な質問で恐縮なのですが、Rでパネル分析を行った...
各企業ごとの企業固定効果を分析上使用する必要があるため、...
~
もしコードなどをご存じのかたがいましたらご教授お願いしま...
//
- H.A様、探すのも勉強です。それよりも回答がない意味をよく...
- ookiさん plmのマニュアルや海外のサイトを探してみたとこ...
- 単純にFixed effectを計算したいのであれば個別企業ダミー...
**interp1? [#gd03e27f]
>[[XC]] (2010-12-11 (土) 12:04:28)~
~
はじめまして~
Rを調べ出しの初心者です~
~
MATLAB系のスクリプトをRで動くようにする変換プログラムを作...
例えば、エンジン回転数ー発生トルクの2次元のマップ（回転数...
interp1()を使用して、~
tq = interp1(rpm_tq(:,1), rpm_tq(:,2), 2850)~
（rpm_tq(:,1)、 rpm_tq(:,2)は、回転数とトルクのベクタにな...
の様になっているので、Rで~
tq <- interp1(rpm_tq[1], rpm_tq[2], 2850)の様に書けると嬉...
皆様のご教示をいただけましたら幸甚です。~
//
- 完全に同じかどうか分かんないけどsignalパッケージという...
- ありがとうございます。tq <- interp1(rpm_tq[,1], rpm_tq[...
**ARIMAモデルの定数項について [#y04e8f43]
>[[arima]] (2010-10-31 (日) 15:09:12)~
~
直線的なトレンドのある時系列に対して~
arima(時系列,order=(1,1,0))
とすると、ＡＲ部分の係数が出力されるのみで定数項が出力さ...
~
これにpredictを施しても、定数項がないため、将来の値が一定...
~
定数項を出力させるためにはどうすればよいのでしょうか。~
~
宜しくお願い致します。~
//
**splancsのkhatについて [#e573ce4f]
>[[風の歌を聴け]] (2010-10-30 (土) 10:23:53)~
~
いつも参考にさせていただいております。~
splancsのK関数を求めるkhat関数について質問させていただき...
ランダム分布のsimulation envelopeの上下限を求めるシミュレ...
よろしくお願いいたします。~
//
- Splancs というのは，splancs パッケージ，Kest というのは...
- 失礼しました。SplansのKenv.csr関数のnismについての質問...
- もう遅いかも知れませんが、試行回数は多い方がよいかと思...
- 失礼しました。途中で送信してしまいました。（続き）近年...
- Tetsuさん、コメントありがとうございます。大変参考になり...
**クラスター分析での項目名 [#vb03c050]
>[[ST]] (2010-10-29 (金) 23:46:16)~
~
クラスター分析での項目名についてです。~
~
Rコマンダーを使用してデータを読み込んでいます。~
クラスター分析を行い、樹形図を表示させた場合、各項目が項...
~
どのようにすれば項目名が表示されるようになるのでしょうか？~
よろしくお願いします。~
//
- どうも中級者レベルのことはよくわからず，初級者は R Comm...
- 既出 (^_^；)~
Ｑ＆Ａ (初級者コース)/10 [[クラスタ分析後の樹形図の作成 ...
Ｑ＆Ａ (初級者コース)/11 [[Rコマンダーを使用し、クラスタ...
- ありがとうございます。labelsで指定できるのですね。実際...
- 確かにね， 初級Q&A をクリックして出てくるページでは投稿...
**リッジ回帰について [#o3bb1507]
>[[TKです]] (2010-09-16 (木) 17:54:37)~
~
リッジトレースをRで実行したいのですが、どのようにすればい...
~
プログラムを作るしかないですか？~
~
リッジ回帰のコマンドは一応あるのですが、実行してはみたも...
//
- 具体的にどういう事がしたいのか書いておけば、それができ...
survivalパッケージのridgeや, MASSパッケージのlm.ridge, lp...
**パッケージFEARのdeaでNDRSを実行したいのですが。 [#yd214...
>[[atsuo]] (2010-07-26 (月) 18:01:11)~
~
�FEARのdeaでは、CCRとBCCとNIRSの結果は出ます。さら...
�deaの分析を行うためにFEARのdeaを改良したいと考え...
//
- Rのコンソールで関数名のみを打ち込むとRのスクリプトは見...
**線型等式制約Ax=bにおける最適化問題を解く方法 [#i680145d]
>[[kazuaki]] (2010-06-03 (木) 01:11:15)~
~
目的関数 : x[1]^2+x[2]^2+...+x[n]^2~
制約条件 : Ax=b , x>=c~
xとcはn次元ベクトル,bはm次元ベクトル,行列Aはn*m行列。~
xが決定変数。~
~
上記の最適化問題（最小化問題）を解きたいのですが、適切な...
//
- [[Rで数理計画:http://www.okada.jp.org/RWiki/?R%A4%C7%BF...
どうすれば解けるか、プログラム例や適切な手法やパッケージ...
- まだ読めていないのですが、[[Rdonlp2 パッケージ:http://a...
線形制約の上限と下限を同じ値にすることで、等式制約として...
- まずラグランジュの未定乗数法で線形等式制約を消すのが定...
- ラグランジュの未定乗数法を用いる場合、線型等式制約Ax=b...
- 「ラグランジュの未定乗数法＋optim関数」も今から書き込む...
パッケージRdonlp2のダウンロードサイトが見つけられなかった...
ipop関数のオプション指定の線形不等式制約「b <= A*x <= b+r...
決定変数の範囲も「l <= x <= u」という形で指定できるので上...
- 失礼、不等式制約があるからラグランジュ法は使えませんね...
- ご助言ありがとうございます。少し勉強してから簡単な例を...
**２元配置分散分析の場合の等分散性の検定 [#m57cb2da]
>[[shigeru]] (2010-04-09 (金) 06:35:07)~
~
２元配置分散分析を行う前の等分散性の検定についてお伺いし...
y A B~
y1 A1 B1~
y2 A1 B2~
y3 A1 B3~
・・・~
のような形で得られているときに、~
bartlett.test(y ~ A * B)~
とすると、自由度はdf=1となり、また~
bartlett.test(y ~ B * A)~
とすると、df=2となり、最初に出てくる要因しか評価されてい...
//
- ＞ 最初に出てくる要因しか評価されていないようです~
バートレットの検定について調べましたか？バートレットの検...
なお，二元配置分散分析で水準間の等分散性はあまり問題にさ...
- 稚拙な質問に早速ご回答頂き、ありがとうございました。二...
- ＞ すくなくとも生態学の分野ではtwo-way ANOVAであっても...
なるほど。では，先行研究（論文）では，どのようにして等分...
2 つの factor 変数を，1 つの factor 変数にするには，うま...
> set.seed(20100409)
> d <- data.frame(y=rnorm(24),
+ A=gl(2, 12, labels=c("A1", "A2")),
+ B=gl(3, 4, 12, labels=c("B1", "B2", "B...
> d$temp <- as.integer(d$A)*10+as.integer(d$B) # 策を弄...
> d$C <- factor(d$temp, # 新たに ...
+ labels=c("A1B1", "A1B2", "A1B3", "A2B1",...
> d
y A B temp C
1 0.807748961 A1 B1 11 A1B1
2 0.513417877 A1 B1 11 A1B1
3 -0.156009578 A1 B1 11 A1B1
4 -0.192902834 A1 B1 11 A1B1
5 0.043651547 A1 B2 12 A1B2
6 -1.530954060 A1 B2 12 A1B2
7 -1.984433103 A1 B2 12 A1B2
8 0.416585172 A1 B2 12 A1B2
9 -0.001342267 A1 B3 13 A1B3
10 0.364838567 A1 B3 13 A1B3
11 1.182524866 A1 B3 13 A1B3
12 -1.087637431 A1 B3 13 A1B3
13 -1.552197067 A2 B1 21 A2B1
14 0.323540547 A2 B1 21 A2B1
15 -0.635204370 A2 B1 21 A2B1
16 -2.889526450 A2 B1 21 A2B1
17 0.223709445 A2 B2 22 A2B2
18 0.118526662 A2 B2 22 A2B2
19 0.172598117 A2 B2 22 A2B2
20 1.846951151 A2 B2 22 A2B2
21 0.673207028 A2 B3 23 A2B3
22 1.080020322 A2 B3 23 A2B3
23 1.383334771 A2 B3 23 A2B3
24 -0.260967601 A2 B3 23 A2B3
> bartlett.test(y~C, d)
Bartlett test of homogeneity of variances
data: y by C
Bartlett's K-squared = 3.125, df = 5, p-value = 0.6807
今の例では，以下の方でもよい
> set.seed(20100409)
> d <- data.frame(y=rnorm(24),
+ A=gl(2, 12, labels=c("A1", "A2")),
+ B=gl(3, 4, 12, labels=c("B1", "B2", "B...
> d$C <- factor(paste(d$A, d$B, sep=""), # 今の例ではこ...
+ labels=c("A1B1", "A1B2", "A1B3", "A2B1",...
> d
y A B C
1 0.807748961 A1 B1 A1B1
2 0.513417877 A1 B1 A1B1
途中省略
23 1.383334771 A2 B3 A2B3
24 -0.260967601 A2 B3 A2B3
> bartlett.test(y~C, d)
Bartlett test of homogeneity of variances
data: y by C
Bartlett's K-squared = 3.125, df = 5, p-value = 0.6807
- ありがとうございます。返事が遅くなり、お手数をおかけし...
- ＞ ご提案と同じように変数を一つ増やす方法で私もやってい...
それはそれは，ご同慶の至り。~
＞ しかし、等分散性の検定は一般的なものであり、A*Bのよう...
オンラインヘルプを見ればよかったですね。~
＞ そのような方法がないことがわかりました。それだけでも収...
お役に立った（？）とすれば，有難うございます。~
＞ 簡単に対処する方法はないのでしょうか~
「簡単に」というのにはレベルがあると思いますので，裏でど...
//まあ，はっきり言えば，不愉快でした。~
//まあね，こんなこと書かれると，質問者も平穏な気持ちじゃ...
//「よく見るひと」？そんな人は知ったこっちゃない。よく見...
まあね -- [[もう寝る屁の河童]] &new{2010-04-09 (金) 22:30...
**plot()出力の部分拡大 [#rca7bf77]
>[[ohgi]] (2010-03-20 (土) 10:46:20)~
~
仰木と申します．~
Rで時系列グラフをplot()を使って描画していますが，実験最中...
~
もちろん，描画する範囲をスクリプトで描けば再描画すること...
~
「できない」という答えでもよいので教えていただけませんで...
//
- 誰も答えないというのは，難しい問題なんでしょうね。あえ...
例えば，UKgas を例にとると，~
(1) 最初に plot(UKgas) で全体像を描く~
(2) 次に plot(UKgas, xlim=round(locator(2)$x)) をコンソ...
(3) グラフウインドウでx軸上（y軸座標値はどうでもよい）...
そうすると，選択部分が拡大されますね。後は，(2)，(3) を好...
縦軸方向も調整したければ，locator の返す y 座標値を ylim ...
- もう見ていないかもしれませんが、splancsパッケージのzoom...
**Help [#g060408c]
>[[あんどう]] (2010-03-14 (日) 20:57:00)~
~
Help にある .rds, .rdb, .rdx はどのように開くのですか。~
//
- そんなもの見てどうするつもりですか？~
自分で検索してみましたか？以下でも参照することをお勧めし...
http://tolstoy.newcastle.edu.au/R/help/05/07/9021.html ~
曰く，these are binary files that won't make much sense t...
**R CMD BATCH < test.R > test.Rout [#w05afd7e]
>[[boston]] (2010-03-08 (月) 05:47:02)~
~
test.R は~
cat("Hello World")
だが、test.Routに出力されない~
R --vanilla < test.R > test.Rout
は出力される BATCHの書き方に問題がありますか~
//
- try, R CMD BATCH --help -- &new{2010-03-08 (月) 11:58:...
**パッケージSOMの仕様 [#pb40753d]
>[[初心者]] (2010-02-15 (月) 02:52:47)~
~
パッケージSOMの、関数somの学習回数は何回なんでしょうか？~
//
- （もう見てないでしょうが、）学習回数はオプションで指定...
**lm について [#w11ce4a7]
>[[あんどう]] (2010-02-07 (日) 12:28:45)~
~
lmの処理を調べようとtest_lma.Rを作成し実行すと、match.cal...
以下にエラー match.call() :
'match.call' がその中から呼び出されたクロージャを見付...
となります。
プログラムの冒頭は以下のとおりで
formula <- y ~ 1 + x
xx <- c(1.386294, 2.079442 ,2.772589, 3.465736)
yy <- c(0.06254298 ,0.71444544, 1.27103337, 1.28339677)
ww <- c( 1.0000000 ,0.5000000, 0.3333333, 0.2500000)
data <- data.frame(x = xx, y = yy, w = ww)
subset <- 0
weights <- ww
na.action <- 0
method <- "qr"
model <- TRUE
x <- FALSE
y <- FALSE
qr <- TRUE
singular.ok <- TRUE
contrasts <- NULL
offset <- 0
ret.x <- x
ret.y <- y
cl <- match.call()
mf <- match.call(expand.dots = FALSE)
これ以降はlmのままです。~
~
目的は余分な処理を削除したいのです。~
//
- 「余分な処理」って，どこから，どこまでなんですか？~
(2010-02-06 (土) 08:50:29) の続編なのですか？でも，相変わ...
- 示されたものを，そのままコンソールにペーストすると，あ...
> cl <- match.call()
エラー： match.call() was called from outside a function
> mf <- match.call(expand.dots = FALSE)
エラー： match.call() was called from outside a function
エラーメッセージの言わんとしていることは，「関数の外で ma...
data <- data.frame(x = xx, y = yy, w = ww) の前に foo <- ...
取りあえず引用の最後に } を入れて，foo() とやると，何にも...
} の前に「以下は lm と同じ」ものを入れるだけであなたの希...
- ＞ 目的は余分な処理を削除したいのです。~
「lm 関数の余分な処理を削除したい」ということか。だったら...
**関数の追加 [#x94e785a]
>[[あんどう]] (2010-02-06 (土) 08:50:29)~
~
libraryに関数を追加する方法を教えてください。~
新たな関数を作り既存の関数をリンクさせたいのですが。~
.Rをつくり cl <- match.call()を組み込んだのですがエラーに...
//
- 何をどうやろうとして，どんなものを作ったらどんなエラー...
**多項ロジット [#teed8893]
>[[こうや]] (2010-01-18 (月) 11:13:26)~
~
それぞれの説明変数に対する回帰係数が応答変数のカテゴリー...
教えていただけないでしょうか。~
//
**グンベル分布推定 [#b03e2d2d]
>[[吉川]] (2010-01-14 (木) 17:37:24)~
~
Rで極値統計をやっております。~
extRemes, ismev を使ってGEVの推定を行っています。~
gev.fit(x)を使って推定を行うと、~
グンベル分布・ワイブル分布・フレシェ分布の中から推定され...
これを、グンベル分布のみで推定したい場合にはどのようにし...
ご存知の方がいらっしゃいましたら、よろしくお願いいたしま...
//
- どのように操作したら，結果が得られるのか，操作例を示し...
- 実行はhttp://deerfoot.exblog.jp/10977471/ のものと同様...
- gev.fit の中身を見たんですけど，「グンベル分布・ワイブ...
- なぜ gum.fit を使わないのですか？ -- [[surg]] &new{2010...
- ご回答ありがとうございました。gev.fitの中を変換しないと...
**hclustでのward計算の原理 [#gc9e2f80]
>[[genri]] (2010-01-03 (日) 13:51:31)~
~
どう計算しているのか原理をお教えください。~
~
この関数はdist構造のデータを使って計算します、たとえば距...
hclust( as.dist(hoge), method="ward")~
で結果を返します。~
~
Ward'sの方法では、クラスター間の距離はクラスターの統合に...
~
どうやって距離マトリクスからwardの距離を算出しているので...
//
- ソースを読めばわかると思います（中級者ですからね。わか...
- 私も気になっていました。この関数はFortranで書かれた関数...
たしかにそのマトリクスだけから計算しています。~
ごめんなさい、数学的な背景は私にもわかりませんので、どな...
。 -- [[tk]] &new{2010-01-04 (月) 11:54:06};
- 元データは不要では？http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/lectu...
- ありがとうございます。Ward'sの方法をどう定義するかで決...
最初の質問の方の定義だと、偏差平方和の合計から出すことに...
青木先生のページの解説ではユークリッド距離を使用されてい...
一方、距離マトリクスを偏差平方和の合計で算出しておけば、h...
ただややこしいのは、ひごろhclust関数の前段に使っているdis...
method = "euclidean"を使って距離を出してから、結果を二乗...
- そのページの説明では，式（2）のユークリッド平方距離を使...
「結果を二乗しましょうかね」とあるけど，ward法の場合には...
- なるほど、データ数で重みをつけた偏差平方和の合算で近似...
なんにしてもありがとうございました。
ところで、正確にはdist()^2/2では。そもそもあまり正確な計...
- なぜ，「正確にはdist()^2/2」 なんでしょうか。もっとも，...
- 偏差は平均値との差、distが返すのは2点間の差だからです。...
- 平均差があっても大丈夫では？ 式が書きにくいので実例で...
a<-rnorm(10000, sd=2, mean=10)
b<-rnorm(10000, sd=1, mean=0)
var(a)+var(b)
var(a-b)
同じくらいの値が出てくるはず。~
ちなみにhclustの出力の$heightをsqrtで開いて書き戻してやれ...
"平方でない"距離のplotを得ることができます。 -- [[tk]] &n...
- cor(a,b)=0 のときに上の関係が成り立ちます。そして，例の...
**2次元正規分布関数のパラメータ推定について [#m9d337fe]
>[[zhang]] (2009-12-07 (月) 10:25:06)~
~
おはようございます。張＠弘前大学です。R初心者で何か間違っ...
~
今研究で，リンゴの形状推定を行っています。リンゴのお尻の...
~
R初心者で，色々調べたら，kde2d()やbked2d()でできるらしい...
~
ほかに何か方法がありませんか？宜しくお願いします。~
//
- > 三次元計測して，2次元正規分布関数として推定~
三次元計測したら，三次元正規分布なのでは？~
二次元正規分布だとして，2つの変数は何と何でしょうか？ -- ...
- 説明不足ですみません。
ｘ，ｙが2次元の位置情報，ｚが高さ情報での３次元データです。
2次元正規分布のｘ，ｙとその結果のｚに相当します。もしかし...
日本語で曲面当てはめ，英語でsurface fittingになるでしょう...
- 要するに，お尻の窪みが二次元正規分布に従うかということ...
- 計測データを3次元表示すると，2次元正規分布の形そのもの...
そのパラメータをを使って，成長途中や品種間の相違を簡単に...
-- [[zhang]] &new{2009-12-07 (月) 11:38:30};
- ご提示の図をひっくり返れば，窪みの形になります。目的は...
**コクランのC検定 [#sde0c9df]
>[[Shigeru]] (2009-11-21 (土) 17:17:18)~
~
等分散性の検定にコクランのC検定を使った文献をよくみかけま...
//
- > 等分散性の検定にコクランのC検定を使った文献をよくみか...
そうですか？わたしは，今まで似た名称の「コクランのQ検定」...
等分散性の検定ということで今普通に使われているのは，二群...
その代替検定は，どのような特性（特徴）を持つ検定手法なん...
Cochran's C test A test, introduced by Cochran in a 194...
of variance in m normal populations having unknown mean...
variances denoted by . Let be the ...
などという説明があったりしますけど，少なくと r-project.or...
- 文献を見つけました。Cochran (1951) Biometrics, 7:15-32...
- 補足~
Cochran, W. G. (1941) The distribution of the largest of ...
Cochran, W. G. (1951) Testing a linear relation among var...
**平滑化された値の出力について [#d7979c8d]
>[[b.b.]] (2009-11-04 (水) 10:50:45)~
~
質問です。~
スプライン平滑化を行ってグラフを得たのですが、~
xがある値の時の平滑化されたyの値を出力するには~
どうしたらいいのでしょうか？~
//
- 別スレッドだが，Q&A（初級者コース）に回答がある [[任意...
もちろん，オンラインヘルプを読めばよいだけの話ではありま...
- できました！本当にありがとうございました。 -- [[b.b.]] ...
**constrOptimのhessianは表示可能でしょうか？ [#k7b7a31e]
>[[koba]] (2009-09-03 (木) 12:51:05)~
~
線形不等式制約付きの最適化関数constrOptimにてhessianでヘ...
そもそも存在しないのでしょうか？~
//
- ↑の人、初級者コースと同じ人かどうか知らないけど、厭味だ...
**Map (mapply)から関数のリストを返すにあたって [#i34a2244]
>[[dtak]] (2009-08-13 (木) 07:06:37)~
~
はじめまして、dtak と申します。~
R (version 2.9.1 i386-apple-darwin8.11.1) でのMap関数(map...
~
Mapを用いて関数のリストを作ろうとしたのですが、Mapの引数f...
> Map (function (x) x(), Map (function (y) {function () ...
[[1]]
[1] 3
[[2]]
[1] 3
[[3]]
[1] 3
>
あらかじめ評価してしまうことで回避することはできるのです...
> Map (function (x) x(), Map (function (y) {y;function (...
[[1]]
[1] 1
[[2]]
[1] 2
[[3]]
[1] 3
>
(遅延評価が行われるのであっても)少し奇妙な印象を受けまし...
ご存知の方がおられましたら、よろしくお願いいたします。~
//
- http://bugs.r-project.org/cgi-bin/R/Low-level?id=13861 ...
**順序ロジスティック回帰について [#mc5249e3]
>[[fall]] (2009-07-07 (火) 13:28:37)~
~
パッケージMASSのplorを用いて順序ロジスティックを行おう...
ここで私が困っていることが以下のような内容であります。~
~
（目的変数にhelpでは”factor”を指定しなければならないと書...
~
どうぞよろしくお願いいたします。~
//
- helpを見た限りでは、目的変数をOrd.factor型にする必要が...
- ありがとうございます。試してみます。 -- [[fall]] &new{2...
**非線形連立方程式の解 [#kd54b250]
>[[かわお]] (2009-06-23 (火) 23:14:25)~
~
非線形の連立方程式を解くプログラミングを教えて下さい。~
例えば、~
x^2+y^2=5, 2×x^2+y=4の解x,yを解く方法が知りたいです。~
よろしくお願いします。~
//
- ２xx^2 は 2x^2 の間違い？もしそうなら受験数学レベル。 -...
- なんとも丸投げな質問ですね.かわおさんは何ができて、何が...
- 本当に初歩的で申し訳ありません。HPで調べましたところ、...
**Rでエラーログ解析 [#s020e18f]
>[[たけぼう]] (2009-06-14 (日) 01:53:04)~
~
R超初心者です。~
ある半導体関連装置のサポートエンジニアをやっております。...
~
担当している装置が出力する日付、時間を含んだエラーログを...
~
[エラーログ]~
YYYY/MM/DD, HH:MM:SS, ALARM1~
YYYY/MM/DD, HH:MM:SS, ALARM2~
:
[コマンド実行履歴]~
YYYY/MM/DD, HH:MM:SS, COMMAND1~
YYYY/MM/DD, HH:MM:SS, COMMAND2~
:
「上記二つの時系列ファイルから、両者の因果関係を視覚的に...
というのがやりたいことなのですが、Rでできそうでしょうか？~
ヒント・アイディアだけでも良いので、何か閃いた方はご教示...
//
- もう少し背景説明が無いと答えにくいですね: -- &new{2009...
(1) 一時に何組ぐらいの数のデータを処理するのか，
(2) ALARMx, COMMANDx は何種類ぐらいあるのか，
(3) COMMAND と ALARM の間の時間間隔はどれくらいなのか，1...
など．
- 説明不足ですみません。(1)100組位です (2)種類は200程度あ...
- 対応は1対1とは限らず、アラームとなったコマンドと、なら...
- うわ。。URLを記入すると展開されちゃうんですね。。ごめん...
- COMMANDとALARMはrowが重ならないから、両方をまとめて考え...
- やはりPerl or Rubyですか。。そう思っていた矢先Rに出会っ...
**作図の繰り返しのコマンド [#ve560f32]
>[[路地裏の少年]] (2009-05-25 (月) 22:57:16)~
~
低水準作図の繰り返しコマンドについて教えてください。~
~
データは以下のようになっています。~
緯度 経度 年~
35 156 2000~
38 165 2000~
37 150 2001~
38 148 2001・・・・~
~
年毎の緯度経度のプロット図（20年分、各図の題名にはその年...
年ごとに抽出すれば、書けるのですが、20回繰り返せねばなり...
初歩的な質問で恐縮ですが、よろしくお願いします。~
//
- forでもapplyでもお好きなように。これは中級でなく、初歩...
- 【for】はわかっていたのですが・・。いろいろ試行錯誤して...
- 手厳しくされるのは、コードを乗せないから。コードを乗せ...
- Suggestionありがとうございます。以下のようなコードを書...
- Year2 <- factor (Year); for (i.Year2 in 1: Year2) { plo...
- プログラムもそうだけど, データも第三者が試しやすいよう...
df<-data.frame(lat=c(35,38,37,38),
long=c(156,165,150,148),
year=c(2000,2000,2001,2001)
)
cat(deparse(df),fill=T)
library (maps);
par(ask=T)
lapply(unique(df$year),function(y)
{
cat(y,fill=T)
longlat<-df[df$year==y,c("long","lat")]
plot (longlat,
xlim = c(135, 155),
ylim = c(32, 50),
axes = F, main = y, pch = 20)
map ("world2", xlim = c(135, 155), ylim = c(32,...
map.axes()
dev.copy(pdf, file = paste(y,".pdf",sep=""))
dev.off()
}
)
cat(deparse(df),fill=T)とかすると, 編集した小さなデータの...
- 言葉足らずですみませんでした。以後、気をつけます。大変...
//- 路地裏の少年さんへ → あなたの質問は言葉足らずかもしれ...
//- ありがとうございます。掲示板で的確に伝えることが出来...
**ポアソン分布のロジスティック回帰 [#h64f72f6]
>[[ま]] (2009-04-16 (木) 19:13:38)~
~
非線形最小二乗法を実施する関数として，nlsがありますが，こ...
//
- 表記が正確ではありませんでした。ポアソン分布で非線形回...
- [ポアソン分布で非線形回帰]であっても，それが何を意味し...
- 表記の仕方が不適切で申し訳ございません（初級者版に書き...
x <- c(1:10)
y <- c(10,10,9,8,5,3,2,1,0,0)
plot(y~x)
- ポアソン分布に当てはめたい（ポアソン定数を求める）とい...
- さっそくありがとうございます。正確な表現が思いつかず恐...
- ポアソン分布に当てはめる（ポアソン定数を推定する）のと...
- たびたびご指導ありがとうございます。勉強いたします。gnl...
**splancsのzoomについて [#gbdbb4a7]
>[[K.K]] (2009-01-27 (火) 16:15:38)~
~
クラスター分析で、plotされた樹形図の細かい統合部分をsplan...
plotされた樹形図をzoomで細かく表示させる方法はありません...
//
- X11()とかは諦めて、png(width=1000,height=1000,file="tmp...
- ありがとうございます。画像ビューアで拡大してみたら確認...
**順序ロジット 関数 polr() について [#pae0aee6]
>[[y.t]] (2009-01-15 (木) 18:10:28)~
~
MASSパッケージにある順序ロジットの関数 polr() に 定数項を...
//
- 0|1とか1|2が定数項だったような・・・ -- [[03]] &new{200...
**BRugsでのAIC，DICの計算について [#hf368883]
>[[yuki]] (2008-12-16 (火) 01:49:28)~
~
WinBUGSではDICは簡単に計算できるコマンドがあるようですが...
//
**R-2.8.0 x64 Linux上でのビルドについて [#n058249c]
>[[大津起夫]] (2008-12-05 (金) 17:33:15)~
~
R-2.8.0 を CentOS5.2 x64上でコンパイルし、make check した...
~
エラーログ
> f <- function(x) class(x)
>
> setMethod("f", "B0", function(x) c(x@b0^2, callNextMet...
以下にエラー sprintf(gettext(fmt, domain = domain), ......
引数が少なすぎます
Calls: setMethod -> message -> gettextf -> sprintf
実行が停止されました
OSは gcc 4.1.2環境ですが、コンパイルはIntel C++ 11.0 +Int...
下記が、configure.siteの指定、および ./configure の引数で...
~
上記の命令は２回目以降はエラーを起こしません。上記の箇所...
また,CentOS5.2のパッケージ compat-libstdc++33-3.2.3-61 か...
~
--- config.site ----
CFLAFGS="-g -O2 -wd188 -ip -std=c99"
F77=ifort
FFLAGS="-ieee-fp -g -O3"
CXX=icpc
CXXFLAGS="-g -O3 -ieee-fp"
FC=ifort
FCFLAGS="-g -O3 -ieee-fp"
ICC_LIBS=/opt/intel/Compiler/11.0/074/lib/intel64
IFC_LIBS=/opt/intel/Compiler/11.0/074/lib/intel64
LDFLAGS="-L$ICC_LIBS -L$IFC_LIBS -L/usr/local/lib64"
SHLIB_CXXLD=icpc
----- configure 実行引数 -----
OMP_NUM_THREADS=8
MKL_LIB_PATH=/opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl/lib/em64t
MKL=" -L${MKL_LIB_PATH} \
-Wl,--start-group ...
${MKL_LIB_PATH}/libmkl_intel_lp64.a ...
${MKL_LIB_PATH}/libmkl_intel_thread....
${MKL_LIB_PATH}/libmkl_core.a ...
-Wl,--end-group ...
-liomp5 -lguide -lpthread -lgomp"
./configure --with-lapack="$MKL" --with-blas="$MKL"
リストの終わり~
//
- なかまさんが回答されるでしょうが、経験的に、LANG=Cをつ...
- 「LANG=C LC_ALL=C make check」でなおるかも -- &new{200...
- [[ここ>http://www.okada.jp.org/RWiki/?%A4%CA%A4%F3%A4%C...
- コメントありがとうございます。
試した結果です。~
0) 最初の質問のケースは LANG=ja_JP.UTF-8でmake 同一環境で...
このときsprintfのエラーがmethds-Ex.Rで発生~
1) LANG=ja_JP.UTF-8 環境でmake; LANG=C,LC_ALL=C環境でmak...
2) LANG=C,LC_ALL=C でmake; LANG=C,LC_ALL=Cでmake check ...
3) LANG=C,LC_ALL=C でmake; LANG=ja_JP.UTF-8 に設定して m...
-- [[大津]] &new{2008-12-05 (金) 22:12:31};
- 了解しました -- &new{2008-12-05 (金) 23:39:50};
- 上のconig.siteでコンパイラオプションの指定誤りがありま...
- 単純にメッセージファイルにミスがあっただけの事で, 環境...
- IntelCompilerをお使いなら, MKLの -lgomp は不要です. た...
- ありがとうございます。./poに libiconv-1.12のソースから ...
- たびたびの修正ですみません。上の３つのファイルは./po内...
- めんどくさいでしょうが, CentOS+IntelCompiler+MKL+R-2.8....
- ひっかかった点はつぎの2つです。~
1)手順を誤解してmake前のソースにたいして (cd po;make meth...
2) (cd po;make methods.pkg-update) を実行すると ./po 中...
当初、iconvのソースをconfigureした箇所から同名のファイル...
これらは (cd po; make en@quot.insert-header; make remove-...
(insert-header.sedはなくても大丈夫のようです。）~
~
ビルドの全体の手順は~
1) R-2.8.0 ソースの展開~
2) なかまさんの methods.patch を ./src/library/methods/p...
patch < methods.patchのパス名
とする。R-ja.poが修正される。~
3) インテルコンパイラ icc 11.0, ifort 11.0 およびmkl 10.1...
4) config.site を上記の最初の質問のように指定する。ただ...
deprecatedな指定であるとして、make時に警告がたくさんでる...
5) 上記質問中のように環境変数 M<L を設定し、configureを実...
6) R の make を実行~
7) 次の２行をmakeを実行するのと同じディレクトリで実行
(cd po; make remove-potcdate.sed; make en@quot.insert-he...
(cd po; make methods.pkg-update)
8) make check を 実行すると問題なくとおる。~
当初問題のあった部分の日本語メッセージもただしく出力され...
- ビルドについての修正です。8)のmake check の前に,一度 ma...
- 7)は, 冗長ですが, cd po;make update-pkg-po の方がいい(...
- config.siteの指摘ありがとうございます。問題というのでは...
- sourceの場合はerrorハンドルの範囲が異なってしまうので, ...
**線形モデルでの変量効果（ランダム効果）・混合効果の指定 ...
>[[Rcommander利用者]] (2008-09-02 (火) 10:45:00)~
~
線形モデルでの変量効果（ランダム効果）・混合効果の解析方...
//
- どの統計パッケージの関数を使うかによって指定方法がだい...
**JACKNIFE という統計用語はどんなことですか？ [#xedc6de4]
>[[むかしちゃん]] (2008-06-25 (水) 22:20:15)~
~
統計用語にJACKNIFE という物騒な用語をインターネットで見...
どんなところでどんな風に使うのですか？~
//
- google で「ジャックナイフ 統計学」などで検索しましたか...
**組み込みデータセットを参照している関数の検索法？ [#caeb...
>[[気になった人]] (2008-05-20 (火) 09:32:44)~
~
Rの魅力の一つは、各関数が比較的詳しい参考実行コードを持っ...
~
ところで逆ができるでしょうか。つまり、ある組み込みデータ...
~
例えば Linux なら端末から次のような命令を実行すればそれら...
~
$ grep -r "co2" /usr/lib/R/* | grep "/help"
//
- help.search("co2")じゃダメなんですかね？ -- &new{2008-...
- これではデータセット CO2, co2 しかヒットしません（少な...
- http://rgonzui.nakama.ne.jp/ -- &new{2008-05-20 (火) 1...
- メモリーがたらんので, 良く止まります(;_;) -- [[なかま]]...
- やはりR自体ではそうした便利な機能はないということでしょ...
**CIでのtick marks [#be1a3299]
>[[NP]] (2008-04-22 (火) 14:27:46)~
~
Rを用いてCumulative incidence curveを書くところまではでき...
//
- "Cumulative incidence curve" の説明や，できているプログ...
- cumulative incidenceとはcompeting risk(競合リスク)とい...
- で、プログラムは？ -- [[akira]] &new{2008-04-22 (火) 21...
- グラフは描くもの。あなたの説明は「"Cumulative incidence...
＞ Rではcmprskというパッケージを使って書くことができます~
そのうちのどの関数？関数がわからないと example も見られな...
cuminc か。面倒くさそ。質問者をいたぶるなというご意見をお...
- [[R Graphical Manual:http://cged.genes.nig.ac.jp/RGM2/i...
- cuminc を読んで，改造するのが本来ではあろうが，最初から...
- http://www.stat.unipg.it/luca/R でダウンロードしたCumIn...
- テストデータの dis が群，status がエンドポイントでしょ...
- ありがとうございます。0,1,2を0,1のものと0,2の2つにわけ...
- できるでしょうね。やっつけ仕事だけど，CumIncidence.R の...
for (j in 1:nrow(x$est)) {
temp <- as.integer(unlist(strsplit(rownames(x$es...
temp <- ftime[fstatus == 0 & group == temp[1]]
temp2 <- timepoints(fit, temp)
mapply(function(x, y) segments(x, y, x, y+0.02, c...
sort(temp), temp2$est[j,])
}
- 回答ありがとうございます。試してみましたがうまくいきま...
- 117,118行目に legend 関数が書かれていますよね。その後で...
#ref(fig.png)
- えっと、「0,1,2を0,1のものと0,2の2つにわけて別のグラフ...
- 試せていないのだと思います（だって，改訂プログラムの断...
- 親切にご返事いただいているのに的を射ていなくてもうしわ...
- ＞ 制変換により NA が生成されました とでて~
「制変換」って，なんでしょうかね？CumIncidence.R のテスト...
以下のように挿入します。 -- &new{2008-04-25 (金) 12:18:2...
legend("topleft", legend = rownames(x$est), x.int...
bty = "n", xjust = 1, col = col, lty = lty,...
for (j in 1:nrow(x$est)) {
temp <- as.integer(unlist(strsplit(rownames(x$es...
temp <- ftime[fstatus == 0 & group == temp[1]]
temp2 <- timepoints(fit, temp)
mapply(function(x, y) segments(x, y, x, y+0.02, c...
sort(temp), temp2$est[j,])
}
out <- list(test = tests, est = tfit$est, se = sqr...
- 何度も申し訳ありません。テストデータを使っており、グラ...
- bmt.csv からデータはちゃんと読めているのですね。 -- &n...
ちょっと，後で消去しますから，多めに書きます。
> ( x <- read.csv("bmt.csv", header=TRUE, sep=";") )
dis ftime status
1 0 13 2
2 0 1 1
3 0 72 0
4 0 7 2
途中省略
34 1 32 0
35 0 12 1
で，プログラムはちゃんと挿入できていますね。~
ところで，挿入するプログラムは上からコピーしたでしょうね。
自分で入力すると間違いが入っているかも知れません。よ。~
そのプログラムを source で読み込みましょう。~
で，実行すると，
> CumIncidence(x$ftime, x$status, x$dis)
+-------------------------------------------------------...
| Cumulative incidence function estimates from competing...
+-------------------------------------------------------...
Test equality across groups:
Statistic p-value df
1 1.302 0.253915 1
2 7.082 0.007785 1
Estimates at time points:
0 10 20 30 40 50 60 ...
0 1 0.05882 0.1176 0.1765 0.1765 0.1765 0.1765 0.1765 0....
途中省略
0 2 0.05882 0.12631 0.12667 0.12077 0.12077 0.12077 0.12...
1 2 0.00000 0.11558 0.11558 0.11558 0.11558 0.11558 0.11...
以上で終了し，tick mark のついている図が描かれており，wa...
それと，今更なんですが，「グラフ自体はお示しいただいたの...
修正プログラム（＋テストデータ）をアップロードしておいた...
- ありがとうございました。おかげさまでできました。お騒が...
- なぜできなかったのですか？どこを誤解していたのでしょう...
- 添付していただいたファイル欄のものともともと使用してい...
- x <- structure 以降の部分は，bmt.csv のことですよ（それ...
- ありがとうございます。ということは、読み込みがうまくい...
- ありがとうございます。ということは、読み込みがうまくい...
- そんなことは，私にはわかりません。もう一度，bmt.csv を...
- 「添付していただいたファイル欄のもの」を適用した後，あ...
なお，もう疲れましたので，わたしからの，この後の対応は遠...
- お手数をおかけして申し訳ありません。いくつかのデータで...
- はいそうですか。それでよければ，なにおかいわんやです。...
**ACDモデル [#n4f71649]
>[[ＵＯ]] (2008-04-09 (水) 11:48:43)~
~
皆さんに相談があります。~
RでAutoregressive Conditional Durationモデルを使いたいの...
可能でしょうか？~
ご存知の方がいらっしゃっいましたら、教えてください。~
//
- RsiteSearch で検索しても無いようですね。違う名前で存在...
**rownameの付け方 [#bb021a42]
>[[rowhelp]] (2008-04-07 (月) 10:57:23)~
~
はじめまして、現在、Rを使用し遺伝子解析を始めたばかりです...
データフレーム内のある特定の列に含まれる文字列をrownameに...
~
どのような作業を行うのが一番よろしいでしょうか。~
ご教授をお願いいたします。~
//
- 簡単でよいから、処理前と期待する処理後のデータフレーム...
- 説明の為だけに別記事を作ってはいけません。次のような風...
> DF <- data.frame(A=letters[1:4], B=runif(4), C=rnorm(4))
> DF
A B C
1 a 0.1429617 0.8767259
2 b 0.7656706 0.2077312
3 c 0.5311202 -0.6043531
4 d 0.9375921 1.0804659
> rownames(DF) <- DF[,1]
> DF
A B C
a a 0.1429617 0.8767259
b b 0.7656706 0.2077312
c c 0.5311202 -0.6043531
d d 0.9375921 1.0804659
> DF <- DF[,-1]
> DF
B C
a 0.1429617 0.8767259
b 0.7656706 0.2077312
c 0.5311202 -0.6043531
d 0.9375921 1.0804659
- こんなのもありです： -- [[鈴木＠ef-prime]] &new{2008-04...
> DF.new <- data.frame(DF, row.names="A")
> DF.new
B C
a 0.79124741 1.2432360
b 0.03667521 -1.0248516
c 0.78015687 0.1808611
d 0.30211288 0.2649450
- ご迷惑をおかけしました。ありがとうございます -- [[rowhe...
- まずは基本的な関数を覚えれば解決すると思いますので、[[R...
あと、この手の質問は?data.frameで解決すると思いますが、初...
**凡例中のラインの角度の変更方法 [#lb9a3f41]
>[[yuta]] (2008-04-03 (木) 16:43:46)~
~
こんにちは。いつも参考にさせていただいています。~
以下に示すような折れ線グラフと縦線プロット(plot()のtype="...
(plotのスクリプト省略)
par(xpd=NA)
legend(locator(1),c("a-pro","a-height","b-pro",
"b-height"),col=c("black","black","Royalblue","Royalbl...
lwd=c(2,3,1,1.5),pch=c(1,NA,1,NA))
凡例中で縦線を使う方法はあるのでしょうか。お尋ねいたしま...
#ref(QA.png)
//
- 縦線はpch="|"でいけると思いますが、太さは変わらないかも...
もしくは縦線でなくてboxでもいけるなら、pch=22とpt.bgで背...
それが嫌なら自作関数でしょうか? -- [[akira]] &new{2008-04...
- ありがとうございます．ポイントの形状で乗り切る方法があ...
実はソースをちょっと眺めてみて，ラッパーを作るのは自分の...
- akiraさんのご指摘を受けて、いろいろ試行錯誤してみました...
legend(locator(1),c("a=pro","a-height","b-pro",
"b-height"),col=c("black","black","Royalblue","Royalbl...
lty=c(1,0,1,0),lwd=c(2,0,1,0),pch=c(1,15,1,15))
#ref(QA2.png)
-- [[yuta]] &new{2008-04-10 (木) 14:01:48};
**特定のクラスターに属するデータだけをランダムに抽出する...
>[[たいち]] (2008-02-12 (火) 18:20:13)~
~
こんにちは。こんなデータがあるとします（実際はもっと長く...
school y x
1 1 4 1
2 1 3 2
3 1 2 3
4 5 4 2
5 5 5 3
6 5 3 4
7 8 4 3
8 8 4 3
9 8 1 2
ここから，同じschoolに属する人のxとyだけをランダムに抽出...
よろしくお願いします。~
//
- 次のようなことがしたい？ -- &new{2008-02-12 (火) 21:00...
> A <- data.frame(school=sample(1:3, 10, 1),x =sample(1:...
> A
school x y
1 2 1 12
2 1 4 10
3 1 1 12
4 1 1 13
5 1 1 14
6 3 1 12
7 3 4 12
8 2 4 13
9 3 3 13
10 2 1 11
> A1 <- A[A$school==1,,]
> A1
school x y
2 1 4 10
3 1 1 12
4 1 1 13
5 1 1 14
> A1[sample(seq(ncol(A1)),3),,] # school=1 から3ケースを...
school x y
2 1 4 10
4 1 1 13
3 1 1 12
> A1[order(sample(seq(ncol(A1)),3)),,] # 行番号を整列さ...
school x y
2 1 4 10
3 1 1 12
4 1 1 13
- ありがとうございます。データを母集団と考えて2段抽出をし...
- A[order(sample(seq(ncol(A)),3)),,] とするだけでは。 -...
**ルート権限のないシステムにパッケージを個人的にインスト...
>[[使用歴だけは長い人]] (2008-02-06 (水) 14:10:12)~
~
ルート権限の無いシステムに個人的にパッケージをインストー...
//
- 下請けライブラリを例えば `configure --prefix=~/' 等で ~...
- おそらくかなり試行錯誤が必要と思いますが、できることが...
- 質問は、(1) 必要なライブラリ位置をRに教えてあげるにはど...
> install.packages("hoge",lib="~/R/library",
configure.args = "CPPFLAGS = -I~/include LDFLAGS = -L~...
とすると（configure.argsの内容はあくまで例ですので、自分...
> library()
で分かります。~/R/libraryに入れたpackageを使うには、.Renv...
> .libPaths()
[1] "~/R/library" "/usr/local/lib/R/library"
これで確認できます。-- [[谷村]] &new{2008-02-12 (火) 20:5...
- 谷村さんありがとうございます。中間さんのヒントに従いあ...
* Installing * source packages 'gsl'...
checking for gcc... gcc
checking for C compiler dafault output... configure: err...
- このエラーは例えば私の環境で下記のようにすると再現しま...
$ tar xzf gsl_1.8-8.tar.gz && cd $(tar tzf gsl_1.8-8.tar...
$ pwd
/tmp/gsl
$ ./configure LDFLAGS="/opt/local/lib" CPPFLAGS="-I/opt/...
checking for gcc... gcc
checking for C compiler default output... configure: err...
See `config.log' for more details.
正しいオプションは下記です。
$ ./configure LDFLAGS="-L/opt/local/lib" CPPFLAGS="-I/op...
checking for gcc... gcc
checking for C compiler default output... a.out
checking whether the C compiler works... yes
[以下略]
参考になりますでしょうか。
- config.logに書いてあると思いますが. ac_linkあたりでこけ...
**パワーアナリシス [#f12521f3]
>[[大学生K]] (2008-01-24 (木) 04:45:22)~
~
Rでパワーアナリシスをできる検定方法は、~
t-test,anova,propのほかにはないのでしょうか？~
個人的にノンパラメトリックを含め、いろいろな検定手法に対...
//
- この頁の過去記事「 power.prop.testの使い方（比較する2...
- 自分で関数を書けばどんなことでもできます[[http://aoki2....
- どの検定かによりRの対応状況が変わると思いますが，膨大な...
URL の後に ) が来ると，それも URL の一部だと思うバグがあ...
- 修正していただきありがとうございます。 -- [[aa]] &new{2...
**Cコードで三角関数を使用すると０が返る件 [#ua021468]
>[[田島]] (2008-01-18 (金) 22:06:14)~
~
はじめまして。田島と申します。突然のお尋ねで恐縮ですがよ...
WindowsXpにてR-2.6.1＋MinGWにて下記のCコードをコンパイル...
~
その他の四則演算をするコードでは、期待した結果が返ります。~
~
あまりコンパイルするような作業の経験はないのですが、なん...
~
もし、ほかにお尋ねすべき適切なセッションがあれば、ご指導...
test1.c
#include <math.h>
void test1(double *seq, int *seqn, double *sf)
{
int i;
for(i=0;i<=*seqn-1;i++){
sf[i] = sin(seq[i]);
}
}
やったこと
Rcmd SHLIB test1.c
R上でやったこと
dyn.load("test1.dll")
a<-seq(0,pi,length=10)
.C("test1",as.double(a),length(a),sf=double(length(a)))$sf
//
- 勝手に直しましたが, 上のようにしたら, どんな結果になる...
- すばやいご指摘ありがとうございました。中間先生が修正く...
この結果は~
[1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0~
となる状況です。 -- [[田島]] &new{2008-01-18 (金) 23:16:5...
- もし sin の代わりに cos を使うとどうなりますか。何かの...
- Mingwは[[Rtools:http://www.murdoch-sutherland.com/Rtool...
- .C("test1",as.double(a),length(a),sf=double(length(a)))...
- 早速のいくつかの返答ありがとうございました。~
入力のベクトルはいつも確認しています。０ばかり、あるいはN...
今回、自分で問題の本質を切り分けるためにコードを単純化し...
MinGWはRtools27のものです。私の環境の作る過程でなにか問題...
- 問題の切り分けとして, dotCを使う関数で手頃な物として, `...
**対応のある多重比較 [#xaed842e]
>[[こはく]] (2008-01-12 (土) 22:14:03)~
~
繰り返しのない2元配置（乱塊法または反復測定一元配置（対応...
~
これをボンフェローニの補正をおこなって多重比較するために...
~
a <- rep(1:3, each=4) ~
b <- rep(1:4, 3) ~
x <- c(7, 8, 5, 8, 1, 14, 16, 11, 7, 7, 6, 8) ~
pairwise.t.test(x,a,p.adjust.method="bonferroni") ~
pairwise.t.test(x,b,p.adjust.method="bonferroni")~
~
ってかんがえたのですが、Ｒをはじめたばかりでよく分かりま...
ご意見いただけるとうれしいです。~
//
**3次元グラフでのz軸方向の回転 [#w3345bdf]
>[[atte]] (2007-12-01 (土) 11:05:31)~
~
scatterplot3dのグラフを回転させたいのですが、angleではxy...
//
- パッケージ rgl を試してみたら。マウスで自由自在に回転...
- ありがとうございます。scatterplot3dでは足つきプロットty...
- コードを載せてください。 -- [[akira]] &new{2007-12-17 (...
- 補足すると，「あなたがやったことを，実際にプログラムと...
- 大変返事が遅くなってしまい、本当に申し訳ございません。~
自分なりに試行錯誤した結果を以下に示します。~
まず、これが3次元グラフに表したいデータ（主成分分析の結果...
PC1 PC2 PC3
a -0.2138188 -0.09690295 -0.056538208
b -0.1983966 -0.06068939 0.108130244
c -0.3581248 -0.04182101 0.157024270
d -0.2755906 -0.07243737 0.004878913
e -0.4614072 -0.02512825 0.006534084
f -0.3580950 -0.11927931 0.036777825
g 0.2977400 0.60951743 0.180188932
h 0.3043281 0.62594929 0.290022187
i 0.1160385 -0.55632764 0.073677929
j 0.7941420 -0.39650995 0.289428417
k 0.4994019 -0.38653550 -0.234907993
l 0.3296465 0.32195986 -0.691875477
m -0.2982350 -0.06277819 -0.159138712
n -0.1776291 0.26098297 -0.004202413
で、次のようにrglを試してみました。~
pcalabel<-row.names(pca3) #各プロットにつけたいラベ...
rgl.bg(color=c("white","black"))
rgl.lines(c(-1,1),0,0,color="black")
rgl.lines(0,c(-1,1),0,color="black")
rgl.lines(0,0,c(-1,1),color="black")
rgl.texts(c(1,0,0),c(0,1,0),c(0,0,1),
text=c("PC1","PC2","PC3"),color="blue")
rgl.points(pca3,color=heat.colors(1000),size=2)
rgl.texts(pca3[,1],pca3[,2],pca3[,3],pcalabel,adj = 1) ...
どこかplotのtype="h"をrgl.pointsのところに入れたらエラー...
どうかアドバイス願います。 -- [[atte]] &new{2008-01-06 (...
- なぜか rgl のインストールができないので確認できませんが...
rp.plot3d {rpanel} R Documentation
Interactive display of a plot of three variables
Description
This function produces a scatterplot of three variables,...
for three-dimensional display.
Usage
rp.plot3d(x, y, z, xlab = NA, ylab = NA, zlab = NA,
axes = TRUE, type = "p", size = 3, col...
xlim = NA, ylim = NA, zlim = NA, ...)
Arguments
x,y,z vectors of observed values.
xlab a character variable used for the first axis label.
ylab a character variable used for the second axis label.
zlab a character variable used for the third axis label.
axes a logical variable determining whether the axes ar...
type a character variable controlling the type of plott...
If the value is set to "n", the points are not p...
size the size of the plotted points.
col the colour of the plotted points.
xlim the plotting range for the first variable.
ylim the plotting range for the second variable.
zlim the plotting range for the third variable.
... other rgl parameters which control the appearance o...
Details
The plot is produced by appropriate calls to the rgl pac...
interactive control of the viewing position. Other objec...
added to the plot by using rgl functions and data which ...
by the returned values indicated below.
- rgl.texts() の代わりに text3d() を使うとOKのようです． ...
library(rgl)
open3d()
pcalabel<-row.names(pca3) #各プロットにつけたいラベ...
rgl.bg(color=c("white","black"))
rgl.lines(c(-1,1),0,0,color="black")
rgl.lines(0,c(-1,1),0,color="black")
rgl.lines(0,0,c(-1,1),color="black")
rgl.texts(c(1,0,0),c(0,1,0),c(0,0,1),
text=c("PC1","PC2","PC3"),color="blue")
rgl.points(pca3,color=heat.colors(1000),size=2)
text3d(pca3[,1],pca3[,2],pca3[,3],text=pcalabel,adj =1) ...
- ありがとうございます！text3d() でできました！~
あと、通常のscatterplot3dで使われるtype="h"の足つきプロッ...
**display関数 [#eabbfd49]
>[[似非R使い]] (2007-11-30 (金) 16:50:43)~
~
初めて投稿させていただきます。~
Rを用いた統計の教科書の中で、display()とあるのですが、そ...
//
- 初級者用のQ&A[[Ｑ＆Ａ (初級者コース)]]があるのに気づか...
- 最近中級者コースに初級者以下の質問が続いているようだ。...
- どのような記述なのか具体的に書いてもらわないと。。もし...
**barplot(x,names=label,horiz=T)の長いラベルを横書きに [#...
>[[SAStoR]] (2007-11-19 (月) 16:23:14)~
~
初めて投稿させていただきます．~
~
barplot()を使って棒グラフを作成したいのですが，長いラベル...
”barplot(),text(),names,長いラベル”の組み合わせで検索して...
どうぞよろしくお願いいたします．~
A1 <- c(9,8,19,8,2,23,2,10)
A1label<-c("AAAAAAA","BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB","CCCCCCCC...
"DDDDDDDDDDDD","EEEEEEEEEEEEEEEEEE","FFFFFFFF...
"GGGGGGGGG","HHHH")
barplot(A1,names=A1label,horiz=T)
//
- 中級者コースでの初歩的な質問申し訳ございませんでした．...
- 初歩的な質問だからといって、初心者コースに質問してよい...
- すみません．検索の仕方も稚拙でした．努力します．これか...
**Rで重回帰 再投稿 [#b90a9d8f]
>[[Saito]] (2007-11-13 (火) 15:55:26)~
~
皆様、的確なご指摘ありがとうございました。~
それぞれのコメントにお答えする前に、まずマルチポストに関...
また、中級者用掲示板にこのような初心者の質問をしてしま...
~
＞簡単でいいですから疑問点が再現できるような例（もしくは...
質問する側として当然の配慮が欠けていました。申し訳ありま...
> x
StandardLength Feed Area
1 100 10 N
2 100 11 N
3 100 12 N
4 100 13 N
5 100 14 N
6 100 15 N
7 100 16 N
8 100 17 N
9 100 18 N
10 100 19 N
11 100 20 N
12 100 10 N
13 150 21 W
14 150 22 W
15 150 23 W
16 150 24 W
17 150 25 W
18 150 26 W
19 150 27 W
20 150 28 W
21 150 29 W
22 200 31 S
23 200 32 S
24 200 33 S
25 200 34 S
26 200 35 S
27 200 36 S
28 200 37 S
29 200 38 S
30 200 39 S
> result=lm(StandardLength~Feed+Area) #StandardLength...
FeedとAreaを従...
> summary(result)
Call:
lm(formula = StandardLength ~ Feed + Area)
Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-4.422e-14 -1.798e-15 1.179e-15 4.160e-15 9.431e-15
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) 1.000e+02 9.435e-15 1.060e+16 < 2e-16 ***
Feed 2.209e-15 6.171e-16 3.579e+00 0.00139 **
AreaS 1.000e+02 1.332e-14 7.506e+15 < 2e-16 *** ...
AreaW 5.000e+01 7.750e-15 6.452e+15 < 2e-16 ***
---
Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1...
Residual standard error: 9.815e-15 on 26 degrees of free...
Multiple R-Squared: 1, Adjusted R-squared: 1
F-statistic: 1.791e+32 on 3 and 26 DF, p-value: < 2.2e-...
> sd(Feed) #問題3の該当箇所。
今となっては恥ずかしいかぎりです。
[1] 9.123986
> sd(AreaS)
以下にエラーsd(AreaS) : オブジェクト "AreaS" は存在し...
#問題1の該当箇所。
sd()が計算されないため、
前に投稿したやり方では標準化できませんでし...
＞result() とは？
＞summary()のことだと，思いますよ（^_^）~
ご指摘のとおりです。Summary(result)の間違いでした。申し訳...
~
＞問題３はあなたの理解通りですが、なぜ両者が同じだと思っ...
単純に標準誤差という言葉で表されるので同じ意味なのかな...
＞稲垣宣生著「数理統計学改訂版」定理12.5（正規誤差仮定の...
ご紹介ありがとうございます。また私の書いた問題3の中で、...
~
＞sd() で，従属変数の標準偏差を調べたのでは?推測に過ぎま...
推測のとおりです。説明不足、配慮不足でした。申し訳ありま...
~
＞問題1は，そもそも，変数の単位に明確な意味があるケースな...
ご指摘のとおりです。カテゴリカルデータの傾きを知ったとこ...
＞他のソフトウェアでは，おそらく，カテゴリカルデータを0, ...
＞問題2は，? contrasts を読むとわかるかと思います。~
＞問題3は，すでにご紹介された教科書を参照なさると解決する...
丁寧なご回答ありがとうございました。自分の勉強不足を実感...
~
＞推測の必要はないので以下のように答えておきます。…~
わかりやすい説明ありがとうございました。返す言葉もありま...
~
~この掲示板をマナーを守って利用している方々にご迷惑をおか...
//
- 「カテゴリカルデータの傾きを知ったところで意味がないの...
カテゴリカルデータの場合には，傾きじゃなくて付加値（適切...
それが，予測値に加わる量であるなら，どのカテゴリーの影響...
- 上の例だけど，どれが説明変数で，どれが被説明変数なんだ...
- すみません。編集途中のものを掲載してしまい、消す前にコ...
- 不備があるなら，書き直すんでしょうか？再投稿ということ...
- 丁寧な説明ありがとうございます。「それが，予測値に加わ...
- 「データの一部かも知れないが変なデータだ。」「不備があ...
- かなり無理なデータというか，偏回帰係数のStd.Error が実...
- 重回帰分析の結果は
StandardLength の予測値 = 100 + 0*Feed + 0*AreaN + 50*Ar...
というもの。Feed にかかる係数は，実際は 2.209e-15，AreaN...
どうしようもない重回帰式でしょう？ -- &new{2007-11-13 (...
- だめな予測式ではあるが，ある意味わかりやすいので解説を...
- 係数を足して0にするというのは，AreaN, AreaW, AreaS の係...
StandardLength の予測値バージョンII = 150 + 0*Feed - 50*...
そういうこと。-- &new{2007-11-13 (火) 17:13:48};
- 皆様、わかりやすい解説ありがとうございます。Ｒの掲示板...
- 式を間違えていた。Feed は無関係。AreaN, AreaW, AreaS の...
- あ、了解しました。おかげで定数項と偏回帰係数の関係を知...
**Ｒで重回帰 [#u7a59857]
>[[Saito]] (2007-11-12 (月) 15:39:20)~
~
初めて投稿させていただきます。~
~
現在、統計ソフトRを使って卒業論文用のデータを解析している...
~
問題1.カテゴリカル型データの標準化偏回帰係数が計算されな...
~
私は連続型とカテゴリカル型を同時に重回帰にかけているので...
res <- lm(y~x1+x2+x3)~
sdd <- c(0,sd(x1),sd(x2),sd(x3))~
stb <- coef(res)*sdd/sd(y)~
のような形でできたのですが、カテゴリカル型データはできま...
~
問題2.カテゴリカル型データで一つの項目に複数の場合がある...
~
正確には表示されないことが問題なのではなくて、計算できな...
例えば、~
Yield=fertileのような関係を調べたいときに、カテゴリカル型...
~
問題3.重回帰を行った際に、result()で出力される結果に含ま...
~
おそらく前者が傾きに対する標準誤差の計算結果で、後者がデ...
~
以上の3つです。もしどなたか解決法をご存知でしたら、ご教授...
//
- あっちでもこっちでも同じ質問をするのは，マルチポストと...
- 簡単でいいですから疑問点が再現できるような例（もしくは...
- result() とは？ -- &new{2007-11-12 (月) 21:26:49};
- summary()のことだと，思いますよ（^_^）~
マルチポストするようなせっかちさんだと思いの外，投稿して...
- 問題３はあなたの理解通りですが、なぜ両者が同じだと思っ...
- sd() で，従属変数の標準偏差を調べたのでは?推測に過ぎま...
- 答えるのは簡単なのだが，それだけに，安易に答えるのはや...
- 推測の回答をします。問題1は，そもそも，変数の単位に明確...
- 推測の必要はないので以下のように答えておきます。ダミー...
- そういえば、以前学生に「なんでRでは準化偏回帰係数が計算...
**ヒストグラム [#p9e462b9]
>[[星野]] (2007-11-01 (木) 14:42:36)~
~
ヒストグラムのソースなのですが、
# 2 群のヒストグラム
hist2 <- function( x1, # 第一群のデータ
x2, # 第二群のデータ
brks=NULL, # 階級分割点
...) # barplot に引き渡す任...
{
if (is.null(brks)) { # 階級分割点が与えられ...
brks <- hist(c(x1, x2), right=FALSE, plot...
}
c1 <- hist(x1, breaks=brks, right=FALSE, plot=FAL...
c2 <- hist(x2, breaks=brks, right=FALSE, plot=FAL...
barplot(rbind(c1, c2), beside=TRUE, space=c(0, 0....
names.arg=brks[-length(c1)], ...
axisnames=TRUE, axis.lty=1, ...)
}
というソースを用いているのですが、このソースだとx1、x2が...
//
- あまり横に長いものを置くと、ブラウザーで眺める際問題が...
- data.frameからvectorで取り出すのは、単にDataFrame$Colum...
data(USArrests)
USArrests
str(USArrests)
x1<-USArrests$Murder
x2<-USArrests$Rape
str(x1)
str(x2)
hist2(x1,x2)
- なあんだ。そう言う意味か。dataframe$name でもよいけど，...
1列のデータフレームが渡されても良いように，x1, x2 をちゃ...
if (is.data.frame(x1)) x1 <- as.matrix(x1)
if (is.data.frame(x2)) x2 <- as.matrix(x2)
- data.frameって慣れると便利だけど、始めはとっつきにくい...
x <- data.frame(matrix(1:12,ncol=3,dimnames=list(1:4,c("...
x$"AAA"
x$AAA
x$AA
x$A
どれも同じ結果になるので、とっても幸せになれますね -- [[a...
- data.frameとかfactorとか通常の言語にない変数の型の使い...
- x$A などがX$AAA と同じとは，知らなかった（^_^；）~
x[,"A"]がx["AAA"]でないのも，これを契機として分かったのは...
> x <- data.frame(matrix(1:12,ncol=3,dimnames=list(1:4,c...
> x["AAA"]
AAA
1 1
2 2
3 3
4 4
> x[,"A"]
NULL
- リスト、データフレームに対する $ 演算子に補完機能がある...
> x[[1]] # 成分をベクトルとして取り出す「古風な」し...
[1] 1 2 3 4
> x[["AAA"]]
[1] 1 2 3 4
> x[["A"]] # 二重鈎括弧演算子も補完機能を持つことも今...
[1] 1 2 3 4
- 以前に，昔のバージョンをそれぞれインストールしておいた...
10年まえですなあ。Version 0.49 Beta (April 23, 1997) -- ...
R : Copyright 1997, Robert Gentleman and Ross Ihaka
Version 0.49 Beta (April 23, 1997)
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditi...
Type "license()" for details.
[Previously saved workspace restored]
Error: workspace file corrupted -- no data loaded
Error in device("X11", as.character(c(display[1], paper)...
> x <- data.frame(matrix(1:12,ncol=3,dimnames=list(1:4,c...
> x$"AAA"
[1] 1 2 3 4
> x$AAA
[1] 1 2 3 4
> x$AA
[1] 1 2 3 4
> x$A
[1] 1 2 3 4
- 何気なく使っていたのですが、隠しコマンド（Tips）みたい...
- 本当ですか？！「心ここにあらざれば、見れども見えず、聴...
- 上の例でいくと, matrix(1:12,nc=3) とかも同じような理屈...
- 補完機能なんですか。names()で取得した文字列をgrep()して...
**gstatパッケージでのクリギングについて [#ld425b0a]
>[[青木.学生]] (2007-10-31 (水) 14:17:21)~
~
gstatでクリギングを行いたいのですが、予測グリッドデータの...
gstatマニュアルを読んで「RのGRASSパッケージにおいて国際横...
どなたかご存知の方がいらっしゃればご教示願えないでしょう...
ちなみに現在The R BookについているR Ver1.9.0を使っていま...
//
- まず即刻最新のR（もしかすると使用パッケージも）に更新す...
- 間違えて新しいページは作るは，それをそのままほっておく...
中級者だと思っておられるので，自分で解決できるでしょう。 ...
- わかりにくい文章で申し訳ありません。自分がわからないの...
- クリギングということで、中級のQ&Aにのせればいいとこちら...
- gstat パッケージの predict.gstat の実行例中の次のコード...
> xy <- expand.grid(1:100, 1:100) # これが予測位置グリ...
> names(xy) <- c("x", "y")
> g.dummy <- gstat(formula = z ~ 1, locations = ~x + y, ...
beta = 0, model = vgm(1, "Exp", 15), ...
> yy <- predict(g.dummy, newdata = xy, nsim = 4)
- 丁寧な返答ありがとうございます。なんとかやってみます。 ...
- 自分なりに解釈してやってみました。はじめの>xy<-expand.g...
- トップページからたどれる検索エンジン Rsitesearch でキ...
**ARFIMAXについて [#p233a8b1]
>[[緑茶]] (2007-10-16 (火) 15:41:17)~
~
RでARFIMAXも推定することはできるのでしょうか？~
出来るのであれば、よかったらやり方を教えてください。~
//
- ARFIMAXを存じませんが、壊さないでね. -- [[なかま]] &new...
**Rでの GPU 利用 [#v5d25dc5]
>[[等々力渓谷]] (2007-09-24 (月) 04:43:47)~
~
ＣＰＵよりも浮動小数点計算が高速で並列処理に向いている...
//
- http://www.stat.duke.edu/gpustatsci/index.html をご覧く...
- 間違えました。Rの話でしたね。 rgpu や gputoolsパッケー...
**power.prop.testの使い方（比較する2群のサンプル数が異な...
>[[堀内]] (2007-09-02 (日) 11:46:25)~
~
実験計画を作成するにあたり、検出力80％以上となるようにサ...
他のソフト（SAS、Power and precisionなど）ではこのような...
対応方法をご存知の方がいらっしゃればご教示願えないでしょ...
（特別な引数設定の仕方がある！他の関数でできる！アドイン...
//
- ＞ 2群のサンプル数を同数ではなく、1：9もしくは2：8程度...
「サンプル数」は「サンプルサイズ」とか「標本サイズ」の誤...
なぜそのようなことをしなくてはならないのでしょうか。全体...
- サンプルサイズがアンバランスなときの検出力の計算方法は...
- コメントありがとうございます。しかし、私は医療の臨床実...
- 最近特に思うのですが、実業の世界に統計解析を適応しよう...
- > ダイレクトメールを送ることが収益を生むかどうか未確認...
であれば，標本調査などしなくて，リストにある顧客全員を対...
時間と費用を考えて，まずは標本調査を行って（同数サンプリ...
- > 教えていただいた浜島先生の著書には私が質問させていた...
~
R での対処法は記載されて＊お＊り＊ま＊せ＊ん＊。~
単純な式ですから，R の関数なりにするのは訳ないでしょう。~
この式をここへ書くと浜島先生の本が売れなくなってしまうの...
片方のサンプルサイズNc，もう一方のサンプルサイズNt，その...
Pc, Pt は属性を持つものの割合，Qc=1-Pc, Qt=1-Pt
P =(r Pc + Pt) / (r+1)
Zα=qnorm(α/2, lower.tail=FALSE)
Zβ=qnorm(β)
Nt ={Zα*sqrt((r+1) P Q)+Zβ*sqrt(r Pt Qt +Pc Qc)}^2 /(r(P...
まちがいなく伝わったかどうか分からないので，浜島先生の本2...
- > しかし、私は医療の臨床実験をしているわけではなく、企...
そうですか，今はじめて知りました。上の注意事項にも書いて...
- > 実業の世界に統計解析を適応しようとする 適用？ > ...
- 例えば(使用は自己責任で)。なお、Rsitesearch でキーワー...
> library(Hmisc)
> foo <- function(N) {
power <- bpower(p1=P1, p2=P2,
n1=N, n2=ceiling(Nratio*N), a...
if (power >= Power) { # 要求パワーを越えた時...
cat(N, ceiling(Nratio*N)...
}
> P1 <- 0.3; P2 <- 0.5; Nratio <- 0.2; Alpha=0.05; Power...
> sapply(100:10000, foo)
266 54 0.8003697
以下にエラーFUN(100:10000[[167L]], ...) : # これはルー...
> P1 <- 0.3; P2 <- 0.5; Nratio <- 0.3; Alpha=0.05; Power...
> sapply(100:10000, foo)
195 59 0.8002799
以下にエラーFUN(100:10000[[96L]], ...) :
> P1 <- 0.3; P2 <- 0.35; Nratio <- 0.3; Alpha=0.05; Powe...
> sapply(100:10000, foo)
2954 887 0.8002141
以下にエラーFUN(100:10000[[2855L]], ...) :
> P1 <- 0.3; P2 <- 0.35; Nratio <- 1; Alpha=0.05; Power ...
> sapply(100:10000, foo)
1377 1377 0.8002008
以下にエラーFUN(100:10000[[1278L]], ...) :
- power.*.test で使われているもう一つの技は uniroot -- &...
power.prop.test2 <- function( p1=NULL, p2=NULL, n1=NULL,...
{
if (sum(sapply(list(p1, p2, n1, r, sig.level, po...
stop("p1, p2, n1, r, sig.level, power の...
}
power.function <- quote(bpower(p1=p1, p2=p2, n1=...
if (is.null(power)) {
power <- eval(power.function)
}
else if (is.null(n1)) {
n1 <- uniroot(function(n1) eval(power.fu...
}
else if (is.null(p1)) {
p1 <- uniroot(function(p1) eval(power.fu...
}
else if (is.null(p2)) {
p1 <- uniroot(function(p2) eval(power.fu...
}
else if (is.null(r)) {
r <- uniroot(function(r) eval(power.func...
}
else if (is.null(sig.level)) {
sig.level <- uniroot(function(sig.level)...
}
else {
stop("internal error")
}
METHOD <- "Power calculation of the tow-sample p...
structure(list(p1=p1, p2=p2, n1=ceiling(n1), n2=...
sig.level=sig.level,power=power, ...
method=METHOD), class="power.htes...
}
> power.prop.test2(p1=P1, p2=P2, n1=NULL, r=0.2, power=0...
Power calculation of the tow-sample proportion test.
p1 = 0.3
p2 = 0.5
n1 = 266
n2 = 54
r = 0.2
sig.level = 0.05
power = 0.8
alternative = two.sided
> power.prop.test2(p1=P1, p2=P2, n1=NULL, r=1, power=0.8)
Power calculation of the tow-sample proportion test.
p1 = 0.3
p2 = 0.5
n1 = 93
n2 = 93
r = 1
sig.level = 0.05
power = 0.8
alternative = two.sided
> power.prop.test2(p1=P1, p2=P2, n1=266, r=NULL, power=0...
Power calculation of the tow-sample proportion test.
p1 = 0.3
p2 = 0.5
n1 = 266
n2 = 54
r = 0.1992972
sig.level = 0.05
power = 0.8
alternative = two.sided
> power.prop.test2(p1=P1, p2=P2, n1=266, r=0.2, power=NU...
Power calculation of the tow-sample proportion test.
p1 = 0.3
p2 = 0.5
n1 = 266
n2 = 54
r = 0.2
sig.level = 0.05
power = 0.8003697
alternative = two.sided
- 標本数が異なる場合の比率の同一性にどういう検定を使うの...
## 二項分布 B(n,p),B(m,p) に従う独立標本 N 個を有意水準 ...
## 両側検定したとき棄却される割合(標本検出力)を計算する...
> foo <- function(N,n,p,m,q, alpha) {
X <- rbinom(N,n,p) # B(n.p) に従う標...
Y <- rbinom(N,m,q) # B(m,q) に従う標...
phat <- (X+Y)/(n+m) # 帰無仮説p=qの下...
S <- sqrt((1/n+1/m)*phat*(1-phat)) # 帰無仮説の下で...
z <- qnorm(1-alpha/2) # 両側検定棄却限...
mean(abs(X/n - Y/m)/S > z) # N 回の検定で棄...
}
> bar <- function(n) { # m=0.2*n のケース
x <- foo(2e6, n, p, ceiling(0.2*n), q, alpha)
cat(k, ceiling(0.2*n), x, fill=TRUE)
}
# 実行例
> p=0.3; q=0.5; alpha=0.05; beta=0.8
> set.seed(1); sapply(260:300, bar)
260 52 0.7882775
261 53 0.793533
262 53 0.795987
263 53 0.791743
264 53 0.7943355
265 53 0.797369
266 54 0.802263 # 標本検出力が初めて80%を越える標本数(b...
267 54 0.799412
268 54 0.801248
269 54 0.8035085
.................
- 適応ー＞適用ですね。間違えました。 -- [[okinawa]] &new{...
- 早速にご教示いただきありがとうございました。 -- [[堀内]...
- モンテカルロ法を使用した例に間違いがありましたから訂正...
**mgcvライブラリのgam関数で平滑化スプラインが扱えるか？ [...
>[[Blueblink]] (2007-08-22 (水) 01:18:17)~
~
スプラインを用いたセミパラメトリック回帰をRで行いたいと考...
~
[[こちら:http://www.jstage.jst.go.jp/article/jbhmk/34/1/1...
>library(mgcv); data(airquality)
>airq.gam<-gam(Ozone~s(Solar.R)+s(Wind)+s(Temp),data=air...
>summary(airq.gam)
ところが，help(gam)で見られるヘルプによると，mgcvのgamに...
~
私は罰則付きの回帰スプラインの理論が良くわからないので，...
~
ご存知の方がいらっしゃいましたら，ご教授頂ければ幸いです。~
どうぞよろしくお願いいたします。~
//
- 答えになっているかどうかわかりませんが，こことか参考に...
~
http://www.jstage.jst.go.jp/article,as.double(a),length(a...
- 例えば(使用は自己責任で)。なお、Rsitesearch でキーワー...
- ご回答を頂きありがとうございます。この論文の123ページ，...
- ?gam を欲読めば欲しい答えは書いてあるように思うのですが...
- ご回答いただきありがとうございます。ご指摘の通り，罰則...
**大きな行列の特異値分解・固有値分解 [#q406f355]
>[[有吉]] (2007-07-11 (水) 17:15:20)~
~
１万×３千〜４千ぐらいのサイズの行列（各要素は非負の実数）...
WindowsXPでR2.4を使って、~
options("object.size"=160e+006)~
memory.limit( size = 3072)~
と設定してsvd()したのですが、メモリが足りなくなってできま...
それで、転置行列とかけ合わせて３千〜４千×３千〜４千の対称...
そこでいったんquit()してRを起動しなおして、行列演算を１つ...
上記のようなサイズの行列の特異値分解や固有値分解をして、...
＃ 64bitOSで、64bitモードでmakeしたRを使えば、それで解決？~
//
- やったことないけど，ぎゃべーじこれくしょんを二回やれば...
[[知っているといつか役に立つ(?)関数達]]の (94) だった。 -...
- 10000x4000 の実数行列のサイズは約305Mbです。いくらメモ...
- CRAN にある R.huge というパッケージを使うとデータの本体...
- メモリを4GBつんだ64bitのLinuxでやったら特に工夫をしなく...
**qcc で X-Bar 管理図を作成するためのサブグルーピング [#z...
>[[岩田]] (2007-07-08 (日) 18:33:35)~
~
はじめまして。最近 R を使い始めた、岩田と申します。RjpWik...
~
さて、qcc を使って X-Bar 管理図を作成したいと思っています...
~
X-Bar 管理図を作成するには、このデータをサブグループに分...
//
- 恐らく R 本来の機能を使い簡単にできると思いますが、した...
- お返事ありがとうございます。
現在、Excel のファイルの列 B に、以下のような、ある連続デ...
17
5
8
26
15
26
15
26
5
0
26
...
これを、５つごとのサブグループに区切って、X-Bar 管理図を...
17 サブグループ１
5 サブグループ１
8 サブグループ１
26 サブグループ１
15 サブグループ１
26 サブグループ２
15 サブグループ２
26 サブグループ２
5 サブグループ２
0 サブグループ２
26 サブグループ３
...
とする予定です。
qcc に自動で区切る機能があれば、それが一番手っ取り早いと...
サブグループ１ 17, 5, 8, 26, 15
サブグループ２ 26, 15, 26, 5, 0
サブグループ３ 26, ...
としなくてはならないようです。
以上で、私がやりたいことが伝わりましたでしょうか？ 引き...
- 単にベクトルデータを5個づつ区切るだけでよいなら、そして...
> x
[1] 1 14 19 5 8 4 8 10 1 4 16 7 3 18 8 20 4 ...
[26] 19 5 15 8 9
> xx <- matrix(x, 6, 5, byrow=TRUE)
> xx
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,] 1 14 19 5 8
[2,] 4 8 10 1 4
[3,] 16 7 3 18 8
[4,] 20 4 1 8 12
[5,] 7 8 3 12 10
[6,] 19 5 15 8 9
> as.data.frame(xx)
V1 V2 V3 V4 V5
1 1 14 19 5 8
2 4 8 10 1 4
3 16 7 3 18 8
4 20 4 1 8 12
5 7 8 3 12 10
6 19 5 15 8 9
- 元となるデータが１列でなければならないのは何故なのでし...
- qcc の example を見れば，qcc.groups を使うんじゃないの...
もっとも，qcc.groups が作るのは matrix に過ぎないので，上...
- サブグループの要素数が違う可能性があるのなら、
x <- rnorm(1:20)
y <- c(rep(1, 4), rep(2, 6), rep(3, 10))
z <- data.frame("dat"=x, "sub.g"=as.factor(y))
とか -- &new{2007-07-09 (月) 17:10:02};
- 蛇足ですが，c(rep(1, 4), rep(2, 6), rep(3, 10)) は rep(...
また，データフレーム z を作るのではなく，z <- qcc.groups(...
**コンター図作成時のエラーについて [#p90798a2]
>[[Ovation]] (2007-06-12 (火) 11:11:51)~
~
Rでwavelet変換をやっていますが、コンター図を描こうとした...
> filled.contour(Time,Frequency,t(z),nlevel=50,color.pal...
以下にエラーdiff(x) : 既定引数の再帰的な参照です
というエラーが出ました。~
原因が分かる方、ご教授いただけると幸いです。~
//
- この前にあなたがどのようなことをしたのか，TIme, Frequen...
R は中級者かもしれないが，質問の仕方は初級者ですね。 -- ...
**NAN値を含むデータをcプログラムに渡すには [#x4fc867c]
>[[kd]] (2007-06-12 (火) 10:17:56)~
~
NAN値もcプログラムに渡す方法はあるでしょうか？~
試しに下記のcプログラムを書いて実験を行いますと，.C() の...
NAN値を含むデータはcプログラムに渡らないようです．~
#include <R.h>
void countnan(double *x, int *n, int *count)
{
int i;
for (i=0,*count=0;i<*n;i++)
if (ISNAN(x[i])) (*count)++;
}
> countnan <- function(x){
n=length(x);
.C("countnan",arg1=as.double(x),
arg2=numeric(n),arg3=numeric(1))$arg3
}
> x<-c(1, NA , 3 , 4)
> countnan(x)
以下にエラーcountnan(x) : 外部関数の呼び出し(引数 1) ...
//
- ?.C をしましょうね. ちゃんと整形して, 出来た部分も書こ...
//
- どうもありがとうございます．やっとなんとか出来るように...
> countnan <- function(x){
.C("countnan",arg1=as.double(x),
arg2=length(x),arg3=integer(1),NAOK=TRUE)$arg3 }
> countnan(c(1,2,NA,4))
[1] 1
cソースは
#include <R.h>
void countnan(double *x, int *n, int *count)
{
int i;
for (i=0,*count=0;i<*n;i++)
if (ISNAN(x[i])) (*count)++;
(*count)--;
if (ISNAN(R_NaReal)) (*count)++;
}
**R と Windows CSS [#sf9ef458]
>[[パックマン]] (2007-06-07 (木) 16:28:32)~
~
R で Windows CSSを利用している例はあるのでしょうか？~
//
- 申し訳ございません。Windows CCS[[Windows Compute Cluste...
- CSS, CSS と，，，Cascading Style Sheet ? Client Server ...
**dendrogramの解析 [#p0474fb2]
>[[とも]] (2007-06-06 (水) 16:49:44)~
~
クラスタリング結果のデンドログラムを解析して、ノードごと...
ノードやリーフの情報をベクトルとして取得する方法を教えて...
("leaf","leaf","node","node")
のような形で返してほしいです。~
dendrapplyという関数を参考にして書いたコードを示しました。~
ノードやリーフの情報を再帰的に取得して表示することはでき...
dendrogramでRjpWikiやGoogleを検索してみましたが分かりませ...
引数の参照渡しの方法が分かるとできると思います。~
dendrapplyはもとのデンドログラムのグラフ構造と同じ構造を...
DNapplyTest <- function(d) {
if (!is.leaf(d)) {
for (j in seq_along(d)) Recall(d[[j]])
cat("node:",attr(d,"height"),"?n")
}else{
cat("leaf:",labels(d),"?n")
}
}
> DNapplyTest(as.dendrogram(hclust(dist(USArrests))))
leaf:Florida
leaf:North Carolina
node:38.52791
...
node:87.32634
node:168.6114
node:293.6228
//
- デンドログラムを描くための全ての情報は，hclust が返しま...
- ご回答ありがとうございます。hclustが返したオブジェクト...
- 問題を言い換えます。すべてのノードを再帰的に訪れる関数...
- その情報がどのようになっているかは，その情報をどう利用...
- dendrogram についてはよくわからないのですが、例えば次の...
## 文字列が長すぎるので適宜改行しています
> dhc <- as.dendrogram(hclust(dist(USArrests)))
> x <- capture.output(dendrapply(dhc, function(n) {cat(l...
> xx <- x[1:198] # 手作業で末尾につく無意味な部分を削除
> xx[5:20]
[5] "Florida North Carolina "
[6] "38.52791 "
[7] "Florida "
[8] "0 "
[9] "North Carolina "
[10] "0 "
[11] "Delaware Alabama Louisiana Alaska Mississippi Sout...
Arizona New Mexico California Illinois New York Michiga...
[12] "64.99362 "
[13] "Delaware Alabama Louisiana Alaska Mississippi Sout...
[14] "48.72515 "
- (leaf, leaf, node, node) というのが，デンドログラムの2...
lines(c(apx[c1], hc$height[i], hc$height[i], apx[c2]),
c(apy[c1], apy[c1], apy[c2], apy[c2]))
- [2] "293.6228 " の次などに，異常な文字があって(単にた...
まだ，直っていないよ。後ろにまだ空白が一杯付いている行が...
なんで，ご本人が直してくれないのかなあ。ぶつぶつ。直した...
- このデータをどう読めばデンドログラムが再現できるのかよ...
- 分かりにくくてすみません。hc$mergeを使ってデンドログラ...
- 自分で関数を書いてみました。[[デンドログラム解析]] -- [...
- 質問が変だったなと反省。再帰的に書く方法はやめました。 ...
- 再帰的にも勿論かける。ただしこれはちょっとにせもの。 --...
f<-function(X){
ret<-NULL
f<-function(x){
if(is.leaf(x)){
attr(x,"label")
}else{
r<-c(sapply(x,f),recursive=T)
ret<<-rbind(ret,list(leafs=r,size=attr(x,"members"...
r
}
}
f(X)
ret
}
r<-f(as.dendrogram(hclust(dist(USArrests), "ave")))
- ありがとうございます。短いコードでいい感じです。出てく...
- そう言う結果が必要だったんですね。私も書いてみました。 ...
関数定義
dend2nodelist <- function(hc) {
GetElement <- function(i, j) {
if (i < 0) {
if (j < 0) return(c(hc$labels[-i], hc$labels[-j]))
else return(c(hc$labels[-i], GetElement(hc$merge[j,1]...
} else {
if (j < 0) return(c(GetElement(hc$merge[i,1], hc$merg...
else return(c(GetElement(hc$merge[i,1], hc$merge[i,2]...
GetElement(hc$merge...
}
}
n <- length(hc$height)
leafs <- NULL
size <- integer(n)
for (i in 1:n) {
labels <- GetElement(hc$merge[i,1], hc$merge[i,2])
size[i] <- length(labels)
leafs[i] <- list(labels)
}
return(cbind(leafs=leafs, size=size, height=hc$height))
}
実行例
> hc <- hclust(dist(USArrests[1:10,]))
> result <- dend2nodelist(hc)
> result
leafs size height
[1,] Character,2 2 16.80625
[2,] Character,2 2 23.19418
[3,] Character,2 2 25.09303
[4,] Character,3 3 36.73486
[5,] Character,3 3 45.18296
[6,] Character,3 3 60.98073
[7,] Character,6 6 77.19741
[8,] Character,9 9 148.7357
[9,] Character,10 10 226.303
> result[1,]
$leafs
[1] "Alabama" "Delaware"
$size
[1] 2
$height
[1] 16.80625
> result[5,]
$leafs
[1] "Alaska" "Alabama" "Delaware"
$size
[1] 3
$height
[1] 45.18296
> result[9,]
$leafs
[1] "Connecticut" "Florida" "Arizona" "Californ...
[5] "Arkansas" "Colorado" "Georgia" "Alaska" ...
[9] "Alabama" "Delaware"
$size
[1] 10
$height
[1] 226.303
- 同じだけど，ここまでやれば，解読不能？ -- &new{2007-06...
dend2nodelist <- function(hc) {
temp <- function(hc, j) GetElement(hc$merge[j,1], hc$m...
temp2 <- function(hc, j) if (j < 0) hc$labels[-j] else...
GetElement <- function(i, j) if (i < 0) c(hc$labels[-i...
else c(temp(hc,i), t...
leafs <- size <- integer(n <- length(hc$height))
for (i in 1:n) {size[i] <- length(labels <- temp(hc, i...
return(cbind(leafs=leafs, size=size, height=hc$height))
}
- 勝手ながら[[デンドログラム解析]]に転記させていただきま...
**wavelets パッケージ（不等間隔 x_i vs. y_i のデータ系列...
>[[kd]] (2007-06-02 (土) 21:07:02)~
~
wavelets パッケージを調べてみたのですが，「不等間隔な x_i...
//
**glmmML 実行時の警告 (info = ) について [#w45ea833]
>[[たく]] (2007-04-25 (水) 11:33:54)~
~
glmmML でモデルを作成した際、info = といった警告が出るこ...
モデルは作成されている用なのですが、このモデルは採用して...
また、この際の AIC なども信頼できるのでしょうか?~
どなたかご教授いただけますでしょうか?~
//
- 状況を再現できる最小限のデータなりを付けて質問すべきで...
- すみません、説明が少したりませんでした。関数のバグとか...
help(glmmML) には、以下のような文書が出るのですが
info: From hessian inversion. Should be 0. If not, no...
could be estimated. You could try fixing sigma ...
estimated value and rerun.
作成されたモデルやAICの信頼性をどのように解釈すればいいの...
ご存知でしたら、よろしくお願いいたします。 -- [[たく]] &n...
- ですから，それが出るようなデータを付ければ？ -- &new{2...
- 0 でなきゃならんのに，そうではなかったと。sigma を調整...
- ご返信ありがとうございます。 ~
variance を推定したいなら、sigma をいじってやり直せ、と読...
実際、モデルも構築されますし、AICなども算出されます（要す...
info= の警告が再現できるデータを、というお話が出てますの...
> library(glmmML)
> data(anorexia, package="MASS")
> id <- rep(1:nrow(anorexia))
> class <- c(rep(1,10), rep(0,62))
> glmmML(class ~ Prewt, data=anorexia, cluster=id, famil...
info = 3
Call: glmmML(formula = class ~ Prewt, family = binomial...
coef se(coef) z Pr(>|z|)
(Intercept) -12.124711 NA NA NA
Prewt -0.001919 NA NA NA
Standard deviation in mixing distribution: 48.71
Std. Error: NA
Residual deviance: 31.01 on 69 degrees of freedom ...
Warning message:
Hessian non-positive definite. No variance!
>
よろしくお願いいたします。-- [[たく]] &new{2007-04-25 (水...
- まあ，たとえば，以下のようにして「やり直せば」エラーは...
> glmmML(class ~ Prewt, data=anorexia, cluster=id, famil...
fix.sigma=TRUE)
Call: glmmML(formula = class ~ Prewt, family = binomial...
cluster = id, fix.sigma = TRUE)
coef se(coef) z Pr(>|z|)
(Intercept) -1.772713 5.59883 -0.31662 0.752
Prewt -0.001720 0.06783 -0.02536 0.980
Standard deviation in mixing distribution: 0
Std. Error: 0
Residual deviance: 57.99 on 69 degrees of freedom AIC: ...
あるいは
> glmmML(class ~ Prewt, data=anorexia, cluster=id, famil...
start.sigma=1e-4)
Call: glmmML(formula = class ~ Prewt, family = binomial...
cluster = id, start.sigma = 1e-04)
coef se(coef) z Pr(>|z|)
(Intercept) -1.686092 5.46507 -0.30852 0.758
Prewt -0.001680 0.06621 -0.02538 0.980
Standard deviation in mixing distribution: 0.0002467
Std. Error: 406.6
Residual deviance: 58.02 on 69 degrees of freedom AIC: ...
結局の所，
The optimization may not converge with the default value...
that case, try different start values for sigma. If stil...
consider the possibility to fix the value of sigma at se...
the profile likelihood.
- 丁寧なご返信、ありがとうございました。~
結局、info= の警告が出ているときには、係数もAICも信頼性が...
start.sigma をいろいろ変えてみるといいのはわかりましたが...
方針は特になく、とにかくいろいろ試すのがいいのですかね。~
あるいは、glmmML でのモデル作成は適切でないケース、ととら...
- 色々試すしかないでしょう。なお，例題としてあげられたの...
**重回帰分析について [#w840dfc1]
>[[たつや]] (2007-01-25 (木) 16:34:54)~
~
重回帰分析して出た結果が英語で意味が読み取れませんでした...
質問はまず、この２つの違いについて。
F=lm(Z~X)
G=lm(Z~X-1)
つぎにsummaryで表示された内容がわかりません。できれば詳し...
自分で行う回帰分析、もしくはExcelの回帰分析は多少理解して...
Z=c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10)
X=c(1,3,4,2,5,6,7,8,10,10)
F=lm(Z~X)
G=lm(Z~X-1)
summary(F)
Call:
lm(formula = Z ~ X)
Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
1.11283 -0.47400 0.09181 0.27600 1.80531
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) 0.35841 0.59297 0.604 0.562
X 0.91814 0.09329 9.842 9.56e-06 ***
Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ...
Residual standard error: 0.887 on 8 degrees of freedom
Multiple R-Squared: 0.9237, Adjusted R-squared: 0.9142
F-statistic: 96.86 on 1 and 8 DF, p-value: 9.561e-06
summary(G)
Call:
lm(formula = Z ~ X - 1)
Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
0.9035 -0.5006 0.1770 0.2494 2.0644
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
X 0.96782 0.04255 22.75 2.91e-09 ***
Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ...
Residual standard error: 0.8552 on 9 degrees of freedom
Multiple R-Squared: 0.9829, Adjusted R-squared: 0.981
F-statistic: 517.5 on 1 and 9 DF, p-value: 2.909e-09
//
-Excelで実行して，内容を比較してみたら？ -- &new{2007-01...
-何がわからないのか？というか何が知りたいのか？ -- &new{...
-何でも聞けばよいというものではない。 -- &new{2007-01-25...
-＞ 結果が英語で意味が読み取れません --- なのでしょうね。...
-「重回帰分析」でキーワード検索、既に幾つかあるR本を見る...
-Estimate Std. Error t value Pr(>|t|) の意味を教えてほし...
-あと、F=lm(Z~X) とG=lm(Z~X-1)の違いが意味がわからないか...
-すみません。お願いします。 -- &new{2007-01-25 (木) 18:1...
-いっこめは係数の推定値、標準誤差、t統計量、p値。二個目は...
-１つ目の方は比較すればわかりました。すみません。 -- [[た...
-返答ありがとうございました。だいたい理解できました。あと...
**回帰係数の当てはめ [#e0da0dfd]
>[[佐藤]] (2007-01-15 (月) 16:57:21)~
~
> attach(learning)
> learning.glm<-glm(def~lastprice+volume+size+rtn+next1r...
+greps1+dy+bpr+wcr+rrl+rrs+cfpr+roe+...
+sgrowth+esr1+lev+cgrowth+vol+roa1,f...
> summary(learning.glm)
> detach(learning)
> test<-read.csv("property200006.csv",header=TRUE)
> attach(test)
ある（learning）データから回帰分析して得られた回帰係数を...
現状は回帰係数を自分で入力しているのですが、自分で入力す...
よろしくお願いします。~
//
-glm が何を返すか，str( ) で調べましたか？少なくとも，そ...
-help(predict.glm) を良くみる。特にオプション newdata の...
-そもそもの根本は，? glm をすること。そうすれば，関連する...
-それと、一行にあまり長いものをおかないこと。モデル式はも...
-所詮，データがないと再現もできないのだからってか? 行は...
**重回帰分析のステップワイズ変数選択でのエラー [#o8b307e7]
>[[GEO]] (2007-01-06 (土) 18:34:20)~
~
はじめまして。~
結果率（果実/花）を従属変数、各花形質を独立変数としてロジ...
> h0 <- read.delim("c:/2000R2.txt")
> fs <- h0$fru/h0$flo
> result <- glm(fs~h0$ftl+h0$ptl+h0$ptw+h0$sta+h0$pis+h0...
> result2 <- step(result)
Start: AIC= -2819.3
fs ~ h0$ftl + h0$ptl + h0$ptw + h0$sta + h0$pis + h0$bl...
Df Deviance AIC
- h0$wit 1 22.05 -2821.19
- h0$ptw 1 22.05 -2821.16
- h0$sta 1 22.06 -2821.13
- h0$blt 1 22.12 -2820.58
- h0$ptl 1 22.14 -2820.44
<none> 22.04 -2819.30
- h0$pis 1 22.33 -2818.70
- h0$ftl 1 23.20 -2811.30
Error in step(result) : number of rows in use has change...
また、remove missing values? という問いかけが出てきますが...
よろしくお願いいたします。~
//
-欠損値NAがあるからでしょう。read.delim でデータを読んだ...
-早速のご教授いただきましてありがとうございました。試して...
**Rでの単位根検定 [#cda5bc4a]
>[[秋田県民Ａ]] (2006-12-17 (日) 17:43:33)~
~
最近時系列分析を行うためにRを使い始めた初心者です。~
まず定常性を確認するためにadf.test()関数を用いているので...
?定数項あり、トレンドあり ?定数項あり、トレンドなし~
?定数項なし、トレンドあり ?定数項なし、トレンドなし~
などの各状況に応じた使い方が分かりません。そのままadf.tes...
どなたかお分かりになる方がいらっしゃいましたら、教えてく...
//
-引数 alternarive は2通りしか設定できないし，k はラグだし...
-ご返事どうもありがとうございました。文献を探しつつ、色々...
**intel mac でのRのインストール、起動 [#v062cfee]
>[[やまだ]] (2006-11-21 (火) 11:14:18)~
~
初めて書き込ませていただきます。どうぞよろしくお願いしま...
今までPowerBookG4でMac版を動かして使っていたのですが、今...
「2006-11-21 10:48:31.215 R[261] CFLog (21): dyld return...
/Library/ScriptingAdditions/YouHelper.osax/Contents/MacO...
このときインストールしていたのがバージョン2.3.1でして、CR...
もしこの状況に見覚えのある方等おられましたらコメントいた...
どうぞよろしくお願いします。~
//
-IntelMacは無いので, 参考になるかどうか. なんとなく先にイ...
-コメントありがとうございます。リンクされていたサイトを参...
-何か変なもの入れてない？というのが，口癖の人がおりますが...
-そうですね. 新しい=人柱はデフォルトなのかも... -- [[なか...
-手元のMacBookProでは問題ありません。/Library/ScriptingAd...
-私のMacBookPro MacOSX 10.4.8でも問題ありません。R 2.3.1...
-だって，ググったら，YouControl とかあぶなそうなんだもん...
-みなさまコメントありがとうございます。元から入ってないも...
**wavelet [#e1f22db6]
>[[lostway]] (2006-11-12 (日) 01:58:50)~
~
Rでwavelet解析やっている方いますでしょうか？~
//
-不精しないで検索。 -- &new{2006-11-12 (日) 09:22:50};
-いたらどうだと言うんでしょうか? -- &new{2006-11-12 (日)...
-いくつかパッケージがありますが、パッケージ付属の使用例以...
-いろいろ知りたいのなら，英語のページも見ましょう -- &ne...
-なんとなくですけど，できましたよ．どのような事をされたい...
**cgiからRの起動 [#w9fba39c]
>[[イシ]] (2006-11-10 (金) 15:33:30)~
~
cgiスクリプトからRを起動し、グラフを作成したいのですが、R...
R-Version 2.3.1~
#### エラーメッセージ #####
Error in X11(paste("jpeg::", quality, ":", filename, sep...
unable to start device JPEG
In addition: Warning message:
unable to open connection to X11 display ''
Execution halted
//
-エラーを再現できる情報をちゃんと提示する方がよいでしょう...
-X11()だからそれ以上のプラットフォームに関する情報は必要...
-プラットフォームはNetBSD 3.0_STABLEです。通常どおりRを起...
-RのJPEG,PNGはX11の動作している環境が必要です. CGIに環境...
-問題が解決致しました。みなさん、ありがとうございました。...
**glmの説明変数に割合は使えるのか？ [#b55a8b84]
>[[服部]] (2006-11-02 (木) 14:06:43)~
~
ある目的変数(比率）を説明する変数を特定するときに、glmを...
その際説明変数に割合の変数含めたいのですが、どのようにし...
現在以下のようにglm関数を使っています、訂正すべき場所があ...
> a<-adult/colonysize
> yy<-glm(cbind(x,y)~a+b+c+d,binomial)
//
-そうやって指定して分析していて，何か問題があるんですか？...
-Rの教科書的な本を何冊か読みましたが、説明変数に割合を用...
-family=binomialは２項分布を前提としているのではないでし...
-Stastistics An introduction using Rにpropotion dataの扱...
->そこに目的変数を割合で扱うときの詳しい説明がされています~
そもそもの質問の答えは載っていないのですか?~
arcsin 変換したときとそのままのときで，あてはめ結果がどの...
-＞質問の答えは載っていないのですか？~
見落としていなければ載っていないはずです。~
arcsin変換した場合では説明しているとされる(有意差の出る)...
-で，どちらが妥当な結果だと解釈されますか?やはり，理論的...
-どちらが妥当かといわれると、目的変数が比率である以上説明...
そのことをふまえると、他の変数も処理が必要になるとは思い...
-比率って2項分布するのですか？？ -- &new{2006-11-07 (火)...
-二項分布というのはあるXというものが一定の割合で含まれる...
なのでどんな比率でも二項分布するわけではないのですが、今...
お答えになったでしょうか？ -- [[服部]] &new{2006-11-07 (...
**R2.4.0からの，無意味な正規表現におけるWarning [#r3d9b703]
>[[アール]] (2006-10-27 (金) 16:26:24)~
~
R 2.4.0 からは "?.foo" のような無意味なエスケープシークエ...
"foo.bar.baz" のような正規表現で，最初のピリオドは文字通...
> sub("foo?.bar.baz", "match", c("foo.bar.baz", "foo.bar...
[1] "match" "match" "match" "match"
Warning messages:
1: '?.' is an unrecognized escape in a character string
2: '?.' is an unrecognized escape in a character string
> sub("foo.bar.baz", "match", c("foo.bar.baz", "foo.bar,...
[1] "match" "match" "match" "match"
//
-明示的にこれはピリオドですと言うのはパターンに`??.' と書...
-なるほど。それを忘れていました。二段階あるんですね。 -- ...
> sub("foo??.bar.baz", "match", c("foo.bar.baz", "foo.ba...
[1] "match" "match" "foo,bar.baz" "foo,bar,baz"
**閉曲線で囲まれた領域を塗りつぶす関数 [#f1d0ffdb]
>[[青木繁伸]] (2006-10-19 (木) 15:41:02)~
~
お絵かきソフトでよくある「ペイント缶」の機能を果たす関数...
曲線にこだわるわけではない（曲線だって，グラフに描くとき...
#ref(ex.png)~
//
**メモリについて [#r7a1f569]
>[[しも]] (2006-10-02 (月) 21:40:16)~
~
マニュアル等で調べても、解決法が見つかりませんでしたので...
関数を作成し、計算をさせています。計算途中で、以下の警告...
以下にエラーodbcQuery(channel, query, rows_at_time) :
Calloc がメモリー (263168 of 1) を割りあてられませんでした
追加情報: Warning message:
Reached total allocation of 1015Mb: see help(memory.size)
使用するメモリーサイズを"--max-mem-size=2G"を使用して拡大...
関数内では「rm()」を使用し、こまめにオブジェクトは削除し...
Windows タスク マネージャのPF使用量を見るとrm()を使用して...
~
メモリーを上手に割り当てるようにするにはどうしたらよろし...
//
-検索不足ですね。Rjpwikiでmemory.limitをすると同様の質問...
一例を照会すると、「[[メモリの上限に関する質問です:http:/...
あとメモリの使用状況を確認していますか？?gc() -- &new{20...
-物理的制限に関してはそういうことでしょう。それを論理的に...
-考えられる原因をメモしてみます。rm(...) で開放されたメモ...
-お返事、ありがとうございます。 過去の返信コメントはキツ...
**optim()でエラーが出ます [#w6e89ac9]
>[[SS]] (2006-09-28 (木) 14:53:42)~
~
2パラメータの最尤推定を行う際、optim()を使って尤度関数を...
~
optimの場合、optionとして"Nelder-Mead", "BFGS", "CG", "L-...
~
2パラメータなので、尤度関数をプロットしてみた感じだと、山...
~
このエラーメッセージは、どういう状況のときに出力されるの...
//
-エラーになるデータの例を示すことはできませんか？~
それと，貴方が実際にやったことの全てを説明しないと，どこ...
データが変なんだと思います。あるいは使い方を誤っている。~
? chol を読むとわかりますが，対象とするのは正定値行列です...
問題は，chol の引数になるものがどうやって作られているかで...
> m <- structure(c(1, 0.1, 0.8, 0.1, 1, -0.7, 0.8, -0.7,...
+ .Dim = c(3, 3))
> m
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1.0 0.1 0.8
[2,] 0.1 1.0 -0.7
[3,] 0.8 -0.7 1.0
> chol(m)
以下にエラーchol(m) : 次数 3 の主対角行列が正定値ではあ...
> eigen(m)
$values
[1] 2.0147034 1.0990993 -0.1138027 # 3つめの固有値がマ...
$vectors
[,1] [,2] [,3]
[1,] -0.5262037 -0.65755945 0.5391894
[2,] 0.4471271 -0.75329549 -0.4823104
[3,] -0.7233167 0.01270732 -0.6903995
> m <- matrix(-1, 1,1) # 次数1というと，1行1列の行列です...
> chol(m)
以下にエラーchol(m) : 次数 1 の主対角行列が正定値ではあ...
-先のコメントにもありますが、optim()の目的関数がどのよう...
-ご解答、ありがとうございました。特に、cholのエラーの例ま...
**legendにグラデーション [#k2bdbb63]
>[[nonami]] (2006-09-14 (木) 19:45:14)~
~
散布図を作っています。~
x, yのデータ以外に第3のデータがありまして、それが0〜100ま...
rainbowをの一部を使って、0なら青、100なら赤その間は緑から...
plot自体はうまく行ったと思うのですが、legendを付けようと...
はたと困ってしまいました。青→緑→黄色→オレンジ→赤の順に数...
//
-ないもの（探しにくいもの）は作る。探している時間で作れる...
cols=rainbow(101)
x <- rnorm(1000)
y <- rnorm(1000)*200
z <- sample(101, 1000, replace=TRUE)
plot(x, y, col=cols[z], type="p", pch=20)
for (i in 1:101) rect(1.5, 502-2*i, 2.5, 500-2*i,col=col...
text(2.5, seq(502, 300, length=3), c("lo", "med", "hi"),...
定数で決め打ちしているところを引数で渡す位置情報に基づく...
こんな散布図を描いているんでしょうか？
#ref(scatter.png)
-はい。その通りです。ありがとうございました。 -- [[nonami...
**安定分布の擬似乱数 [#l15fbb62]
>[[TH]] (2006-08-13 (日) 18:39:13)~
~
Rで安定分布に従う擬似乱数を発生するパッケージ等をご存知の...
//
-fBasicsがありました。 -- [[TH(本人)]] &new{2006-08-13 (...
- Hessian non-positive definite. No variance! -- [[-0.88...
//- round(qt(0.2,df=8),3) -- &new{2009-03-22 (日) 16:00:...
**tune.svm を実行すると .Random.seed のエラーがでて実行で...
>[[はるか]] (2011-11-11 (金) 11:56:20)~
~
R初心者です。先日は疑問に対して丁寧にお答えいただいてあり...
~
その後、tune.svmを使おうと[[先日からお世話になっているサ...
gammaRange <- 10^(-5:5)
costRange <- 10^(-2:2)
t <- tune.svm(Species ~ ., data = iris, gamma=gammaRange,
cost=costRange,tunecontrol = tune.control(sampling="cros...
以下にエラー sample(n) :
.Random.seed は整数ベクトルではなくタイプ 'list' で
と出てしまい実行することができませんでした。.Random.seed...
環境は、OS WindowsXp, R version 2.12.1です。お手数ですが...
//
- R 2.13.1 でやってみましたが，何の問題もなく動きますね。...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さん、いつも有り難...
**作業ディレクトリを、スクリプトが置かれてるディレクトリ...
>[[mat]] (2011-11-10 (木) 13:03:16)~
~
あるスクリプトを開いてそれを実行する際に、作業ディレクト...
//
- setwd()じゃダメなんですか？ -- &new{2011-11-10 (木) 13...
- スクリプトファイルと入出力ファイルを(両者の相対パス関係...
- スクリプトをどうやって動かしてますか？source("path/hoge...
- sourceしてるなら、chdir=TRUEでそのディレクトリに移動し...
- Rscriptからなら、commandArgsの中に--file=があるので、こ...
- RGuiのメニューで、『ファイル → スクリプトを開く...』で...
- あー、えー、その場合はスクリプト内でどうこうするのは難...
- まああ，対応するのにそんなにたいした手間でもないことを...
コンピュータは繰り返しに基づく自動処理は得意---人間は「こ...
**図の上での計測について [#z84fe261]
>[[KT9]] (2011-11-09 (水) 09:45:58)~
~
医学系の研究者です。~
JPEG形式の超音波画像があります。これをRで取り込んで、ある...
(x,y)さえ打ち出せれば、後は自分で別個に組んだプログラ...
以前他の研究者がMathLabでは、JPEGで取り込んだ画像上で、...
宜しくお願い致します。~
//
- 高階さんが開発されたrimageというライブラリ（現在maintai...
**CSVファイルからのデータのインポートができない [#ydc935e7]
>[[diereinevernunft]] (2011-11-03 (木) 00:17:54)~
~
R初心者です。~
Rを2.13.0から最新バージョン(2.14.0)に更新し、Rコマンダー...
Dataset <-
read.table("C:/Users/Documents/ワークショップ/Rデータ処...
修論素材/加工後/R用/111024/tsushin_growth.csv",
header=TRUE, sep=",", na.strings="NA", dec=".", strip.wh...
が実行されたあと、メッセージ欄に
[2] エラー: NA
と表示され、データがインポートできません。~
ちなみに、CSVファイルをtxtファイルに変えるとインポートで...
googleで検索してみたのですが、現状では有効な対策を見つけ...
OS Windows7(64bit)
R version 2.14.0
Rcmdr version 1.7-0
//
- エラーメッセージだけを見ると文字コード関連のエラーだと...
いくつか質問なんですが、txtファイルに変えるというのはタブ...
txtファイルにしてインポートしたときに実行されるコマンドは...
新しいRとRcmdrでは日本語の扱いがうまくできないようなので...
**svmの結果, Total Accurancyがでない [#tf9d0dc3]
>[[はるか]] (2011-11-02 (水) 15:38:48)~
~
R初心者です。svmに興味があって、googleを検索したところ、[...
Total Accuracy:94
Single Accuracies:
90 96 96
と同じように結果が再現され正答率がでたところまではよかっ...
model <- svm(judge~., data=dataset, corss=3)
summary(model)
Parameters:
SVM-Type: eps-regression
SVM-Kernel: radial
cost: 1
gamma: 0.01190476
epsilon: 0.1
Number of Support Vectors: 51
3-fold cross-validation on training data:
Total Mean Squared Error: 0.6049732
Squared Correlation Coefficient: 0.06871624
Mean Squared Errors:
0.4767778 0.5592772 0.7788645
と出てしまい、Accurancyが出てきません。~
何がいけないのか分からず、困っています。~
OS WindowsXp, R version 2.12.1でやっています。~
~
扱ったデータから解を求められないということなのでしょうか？~
それとも何か別に問題点があるのでしょうか。~
周りにアドバイスを求める人がおらず困っています。~
お手数ですが、アドバイスいただけると大変助かります。よろ...
//
- あなたのデータセットが分からないので，追試してみること...
- judgeの部分に数値で0,1を入れていたのが原因だったのです...
**導関数の求め方について [#ua11278d]
>[[みのむし]] (2011-10-30 (日) 16:58:40)~
~
R初心者です。導関数を求めるのに、deriv()を使っています。...
~
たとえば、
> Df <- deriv(~x^2, "x", func=TRUE)
> Df(2)
[1] 4
attr(,"gradient")
x
[1,] 4
と答えがえられるのですが、カッコ内に打ち込む関数x^2を、最...
> f <- expression(x^2)
> Df <- deriv(f, "x", func=TRUE)
> Df(2)
expression(x^2)
attr(,"gradient")
x
[1,] 0
ご存じの方がいらしゃれば、教えていただけないでしょうか？...
//
- ちゃんと動くけど？&br;あなたの OS の種類とバージョン，R...
> f <- expression(x^2)
> Df <- deriv(f, "x", func=TRUE)
> Df(2)
[1] 4
attr(,"gradient")
x
[1,] 4
- ご回答ありがとうございます。解説書にfunc=Tと書いていた...
**plotの軸目盛りの指定について [#p9224b9e]
>[[ringori]] (2011-10-27 (木) 01:48:51)~
~
お忙しいところ失礼します。plotを使って折れ線グラフを作成...
test <- c(0.8699, 0.9029, 0.9133, 0.9014, 0.9160)
plot(test, type="l", lwd=2, xlab="test", ylab="AUC", xax...
mtext(1:4, 1, 1, at=1:4)
mtext("Q", 1, 1, at=5)
として近いものは出来たのですが、目盛りの線が無くなってし...
もし、過去の投稿等見逃していましたら申し訳ありません。環...
sessionInfo()
R version 2.10.1 (2009-12-14)
i386-pc-mingw32
です。よろしくお願いします。~
//
- これでいいのかしら？ -- [[里見聡美]]~
plot(test, type="l", lwd=2, xlab="test", ylab="AUC", xax...
axis(side=1, at=1:5, label=c(1:4, 'Q'))
- まさに求めていたものでした。迅速な返信ありがとうござい...
**grepでの検索について [#w3ab0df8]
>[[Toy]] (2011-10-26 (水) 14:12:37)~
~
お世話になります。~
Windows 7 で R version 2.13.0 を使用しています。~
様々な記入形態がある文字列について抽出処理を行おうとして...
下記のような文字ベクトルについて~
x <- c("マツホ−ム", "タケハウス", "ウメコウムテン",
"カブ）マツホ−ム", "タケハウスカブシキガイシャ", "ウメ...
次のような例では、正しく結果が表示されます。
> grep("_*ウメコウムテン_*", x, value = TRUE)
[1] "ウメコウムテン" "ウメコウムテンカブ"
ところが、次の例では
> grep("_*タケハウス_*", x, value = TRUE)
character(0)
と全く結果が得られず、次の例では、
> grep("_*マツホ−ム_*", x, value = TRUE)
[1] "マツホ−ム" "ウメコウムテン" "カブ）マツ...
と余計なものまで出力されてしまいます。~
どうしてこのような結果になるのか、お教えいただければ幸い...
//
- Mac OS X 10.7.2 で，R version 2.13.2 ですが，どの例もち...
> x <- c("マツホ−ム", "タケハウス", "ウメコウムテン",
+ "カブ）マツホ−ム", "タケハウスカブシキガイシャ", "ウ...
> grep("_*ウメコウムテン_*", x, value = TRUE)
[1] "ウメコウムテン" "ウメコウムテンカブ"
> grep("_*タケハウス_*", x, value = TRUE)
[1] "タケハウス" "タケハウスカブシキガイ...
> grep("_*マツホ−ム_*", x, value = TRUE)
[1] "マツホ−ム" "カブ）マツホ−ム"
- 本当だ！うまくいきました。「河童の屁は，河童にあらず，...
**CSVを読み込んだあとで、ある特定の文字列の行数まで読み飛...
>[[nya]] (2011-10-23 (日) 01:21:25)~
~
read.csv でカンマ区切りのCSVファイルを読み込んだ後、ある...
この行数はファイルによって異なるため、read.csvのskip=xxx...
ご教授いただければ幸いです。~
//
- いったん全部読み込んでから、"hoge test"で始まる行より前...
data <- read.csv("csvfile.csv")
data <- data[which(data[,1] == "hoge test"):nrow(data),]
とか -- &new{2011-10-23 (日) 07:32:05};
//
- ありがとうございます、その方法で試したところ、読み込み...
そのためなんとかスキップで処理したいのですが、ほかの方法...
CSVファイルを添付いたしますので、他の方法か回避する方法を...
添付のCSVでは"Well"以下をデータフレームとして取り出そうと...
#ref(test.csv)
- 追記です。以下のスクリプトを組んでみましたが、~
Windows 7 64bit Professional R version 2.13.2 (2011-09-30...
では作動したのですが、~
Ubuntu 10.04 Lucid 64bit R version 2.13.2 (2011-09-30) Pl...
では作動しませんでした。（なにも出力しない）~
追加のプラグインなどは導入しておりません。~
実際に動かす環境はUbuntu上で解決できない為、困っておりま...
x <- "csvfile.csv"
table <- read.table(x, sep="\n", header=F)
c <- grep("Well", table$V1) - 1
read.table(x, sep = ",", header = T, skip = c)
どうかよろしくお願いします。 -- [[nya]] &new{2011-10-23 (...
- Ubuntu 11.04上のR 2.12.1では、そのスクリプトでちゃんと...
- 大変お騒がせしました。~
読み込み元のCSVを確認したところ
[[csvデータのインポート:http://www.okada.jp.org/RWiki/?%A...
とおなじ現象が起こっていたため、
x <- "csvfile.csv"
table <- read.table(x, sep="\n", header=F, blank.lines.s...
c <- grep("Well", table$V1) - 1
read.table(x, sep = ",", header = T, skip = c, blank.lin...
とすることで解決しました。~
名無しのおふたり方、どうもありがとうございました。 -- [[n...
- 読み飛ばす部分が必ずしも読み込む部分と同じフィールド数...
x <- "test.csv"
table <- readLines(x)
c <- grep("Well", table) - 1
read.csv(x, skip = c, blank.lines.skip = FALSE)
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。様の方がシンプルで...
- realtimePCRの出力形式は定型じゃないのかな?grepせずともs...
**複数のブロック行列 [#p6f42f61]
>[[複数のブロック行列]] (2011-10-18 (火) 22:35:10)~
~
A = (3,7,4,6,...,)のような列ベクトルがあり、I[N*N]を単位...
ご教授願えませんでしょうか。~
//
- diagという対角行列を作る関数がありますよ。 -- [[Iona]] ...
- ありがとうございます。ご指摘いただいた方法で、mlist <- ...
- 単位行列は diag(1, 3) のようにしなくても，diag(3) でで...
A <- c(3, 7, 4, 6)
(mlist <- list(diag(1, A[1]), diag(1, A[2]), diag(1, A[3...
lapply(A, diag)
結果を比較すると同じものができるのが分かるでしょう。&br;...
- ありがとうございました。lapply(A, diag)でできまして、感...
- > I がN*Nの、要素を1とする行列&br;単位行列というから，...
A <- c(3, 7, 4, 6)
mlist <- lapply(A, function(N) matrix(1, N, N)) # このよ...
library(Matrix)
bdiag(mlist)
のようにすればよいでしょう。 -- [[河童の屁は，河童にあら...
- お陰さまでうまくゆきました。有難うございました。 -- [[...
**ｔ検定に関して [#xbba4e97]
>[[tau]] (2011-10-17 (月) 22:09:13)~
~
R 2.13.1を使用しております。~
~
下記のようにt.testを行いました。~
~
> group1
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] [...
[1,] 15 12 12 14 14 12 16 11 19 18 ...
[2,] 14 16 12 9 14 16 14 11 11 6 ...
[3,] 16 10 11 16 20 20 16 18 17 16 ...
> group2
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 18 19 12 16
> group3
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 14 17 17 15
> group4
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 13 19 11 17
> t.test(group1,group2,var.equal=F)
Welch Two Sample t-test
data: group1 and group2
t = -1.9197, df = 3.667, p-value = 0.1337
alternative hypothesis: true difference in means is not ...
95 percent confidence interval:
-7.810966 1.560966
sample estimates:
mean of x mean of y
13.125 16.250
> t.test(group1,group3,var.equal=F)
Welch Two Sample t-test
data: group1 and group3
t = -2.9049, df = 6.241, p-value = 0.02597
alternative hypothesis: true difference in means is not ...
95 percent confidence interval:~
-4.8156168 -0.4343832
sample estimates:
mean of x mean of y
13.125 15.750
> t.test(group1,group4,var.equal=F)
Welch Two Sample t-test
data: group1 and group4
t = -0.9899, df = 3.474, p-value = 0.3861
alternative hypothesis: true difference in means is not ...
95 percent confidence interval:~
-7.463495 3.713495
sample estimates:
mean of x mean of y
13.125 15.000
~
group1とgroup2,3,4の平均値を比較していますが、group2とgro...
ご教示頂ければ幸いです。~
//
- group3の分散が小さいからだと思います。 -- &new{2011-10...
- 名無しさんさんの仰るとおりですね，データを図示してみる...
&ref(diff2.png);
- 皆様、ご回答頂き誠にありがとうございました。 -- [[tau]]...
**複数回答の処理 [#q20f2842]
>[[pp]] (2011-10-13 (木) 15:34:41)~
~
こんにちは。~
複数回答のアンケートを作って読み込んだところ、下記のよう...
> data
1 にんじん,たまねぎ
2 にんじん
3 にんじん,たまねぎ,じゃがいも
これをtable(data)とすると上記がそのまま出てしまいますが、
にんじん 3
たまねぎ 2
じゃがいも 1
とするような方法はないでしょうか。（文字をカンマで分割し...
~
初心者で恐縮ですが、ご回答いただけますと幸いです。~
//
- 以下のようにでも
> table(unlist(strsplit(as.character(data[,1]), ",")))
じゃがいも たまねぎ にんじん
1 2 3
内側の as.character は，データを読み込むときに文字列が fa...
- できました！ありがとうございます！！！ -- [[pp]] &new{2...
**入力された変数名を文字列に変換 [#w8994079]
>[[Minako]] (2011-10-12 (水) 08:31:41)~
~
はじめまして。R初心者（31歳前田敦子似）です。~
データフレームのhogeという変数名を入力すると、その変数の...
あるデータフレームに年齢が入力されたageという変数名がある...
ageage(x)<-function(x) {
m<-sprintf("title\t%s\n",x)
cat(m,file="result.txt",append=T)
}
を作って、result.txtに、title age と表示させたいです。~
ところがこれでageage(age)を実行すると
title 50
title 54
title 76
などとageが年齢を含んだベクトルとして理解されて、全部記載...
//
- deparse と substitute を使います。（プログラムは，<- の...
> d <- data.frame(age=c(50, 54, 76), sex=c("male", "fema...
> deparse(substitute(d$age))
[1] "d$age"
> attach(d)
> deparse(substitute(age))
[1] "age"
> ageage <- function(x) {
+ m <- sprintf("title\t%s\n", x)
+ cat(m, file="result.txt", append=T)
+ }
> ageage(d$age)
> ageage(age)
- 屁さんありがとうございます。うまく変数名の文字列になり...
- 一般的に言えば，あなたがやっていることはあまりお勧めで...
func <- function(data.frame, vector)
{
for (i in vector) {
variable.name <- colnames(data.frame)[i]
values <- data.frame[,i]
cat("variable=", variable.name, " n=", length(values)...
" mean=", mean=mean(values, na.rm=TR...
" s d=", sd=sd(values, na.rm=TRUE), ...
}
}
と定義しておけば，以下のようになるだろうと言うこと（まあ...
> func(iris, 1:4)
variable= Sepal.Length n= 150 mean= 5.843333 sd= 0...
variable= Sepal.Width n= 150 mean= 3.057333 sd= 0....
variable= Petal.Length n= 150 mean= 3.758 sd= 1.76...
variable= Petal.Width n= 150 mean= 1.199333 sd= 0....
**１秒以下の扱いについて [#haa0a4d7]
>[[tx]] (2011-10-11 (火) 11:00:45)~
~
プレートリーダーが出力する以下のようなフォーマットのエク...
Plate Repeat Well Type Time Luciferase (CPS) Time Lucif...
1 1 A01 M 00:00:06.80 53530 00:02:38.05 47900
1 1 A02 M 00:00:07.07 107230 00:02:38.31 94150
1 1 A03 M 00:00:07.34 103510 00:02:38.58 95070
~
取り込むと、一秒以下の部分が削られてしまいました。~
読み込みにはこちらのサイトに書かれていた方法を用いました。~
~
> library(RODBC)
> sheet <- odbcConnect("Excel Files")
> tab <- sqlQuery(sheet, "select * from [List ; Plates 1...
> t <- as.numeric(difftime(tab[,7], tab[,5], units="secs...
> t[1]
[1] 152
~
コンマ秒の部分を扱う方法を教えていただけると嬉しいのです...
どうぞよろしくお願い致します。~
//
- あなたの OS は? R のバージョンは? 以下の結果はどのよ...
> (x <- difftime("2011-10-11 00:02:38.05 JST", "2011-10-...
Time difference of 151.25 secs
> as.numeric(x)
[1] 151.25
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。様。ご回答いただき...
- help(DateTimeClasses) はご覧になりましたか？（Sub-secon...
- ODBCは使えないので試していませんが、sqlQueryの引数にas....
- "" 様ありがとうございます。 Sub-secondを扱えるのですね...
- Iona様ありがとうございます。as.is = TRUEを試したところ...
- そこで既に削られているとなるとちょっとわからないですね...
- Ionaさんが指摘されるとおり、ODBCの縛りを一度解いて検討...
- 御返事ありがとうございます。ODBCを使わない方法を検討し...
- ODBCを使わないならgdataパッケージのread.xls関数が一番使...
**時間差の計算について [#v4dad974]
>[[tx]] (2011-10-11 (火) 07:18:37)~
~
POSIXct形式の時刻の差を使って乗除計算をしたいのですが、de...
//
- 人に聞くより help(difftime) -- &new{2011-10-11 (火) 07...
- ありがとうございます -- [[tx]] &new{2011-10-11 (火) 10:...
**GIF形式での保存 [#vcbd340a]
>[[tetora]] (2011-10-10 (月) 00:22:25)~
~
既出でしたらすみません。Rの出力をGIF形式で保存したいので...
//
- GDD というライブラリがあるようですけど。http://www.rfor...
まあ，今時なぜ「GIFファイルにこだわる」必要があるのかよく...
- ありがとうございます。私も通常はGIFファイルを扱わないの...
- [[ここ:http://bioinf.wehi.edu.au/~wettenhall/RTclTkExam...
- 説明が足りませんでしたが、Rは作図のみでGUI作成にはRuby/...
リンクで示していただいた方法については、扱ったことがない...
- 一応png関数の中身の"png"を"gif"に書き変えてexportされて...
**image関数の分解能 [#me95fe68]
>[[まつだ]] (2011-10-07 (金) 15:32:59)~
~
image関数を使って、1または0のバイナリデータの表示を試みて...
~
例えば、以下のようなデータを作ります。
x <- c(rep(0, 30000), 1, rep(0, 19999))
これをimage関数を使って表記するために以下を実行します。
m <- matrix(x, nrow=50000, ncol=2)
par(mfrow=c(2,1)) # plot関数との表示比較のため
image(m, col=c("white", "black"))
plot(1:nrow(m), m[,1], type="l")
plot関数では、50000データの中に1つだけある1のデータを表記...
~
このようなときに、皆さんはどのように対処なされていますで...
ご教授いただければ幸いです。~
~
ちなみに、以下くらいのデータであれば問題はないようです。
x <- c(rep(0, 300), 1, rep(0, 199))
m <- matrix(x, nrow=500, ncol=2)
par(mfrow=c(2, 1))
image(m, col=c("white", "black"))
plot(1:nrow(m), m[,1], type="l")
どうぞよろしくお願いします~
//
- image 関数の分解能ではなく，あなたが設定したグラフィッ...
plot(1:nrow(m), m[,1], type="l") # あなたのプログラムだ...
plot(1:nrow(m), m[,1], type="n")
segments(1:nrow(m), 0, 1:nrow(m), m[,1]) # 垂直線を描く
&ref(image.png);
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。様 早速のご教授あ...
~> あなたの環境で，ピクセル数を指定せずに plot または ima...
大変申し訳ありませんが、自分のPCの環境をちゃんと把握して...
何とか調べてお答えしたいと思いますが、当面ピクセル数の問...
~> plot ではピークみたいに書かれるのがいやだということな...
ご提案ありがとうございます。plotでの表示を試みているので...
image における時系列軸の反転
http://www.okada.jp.org/RWiki/?%A3%D1%A1%F5%A3%C1%20%28%B...
ごちゃごちゃしていて、大変申し訳ありませんが、大体以下の...
st <- c("2008/12/19", "2009/3/24")
st <- strptime(st, "%Y/%m/%d", tz="")
y.days <- seq(st[1], st[2], by="1 day")
x.hours <- seq(0, 48, length=3600*48/10)
m <- matrix(sample(c(0, 1), (3600*48/10)*length(y.days),...
17280, length(y.days))
par(oma=c(2, 1.5, 1, 1))
y.lim <- c("2008/12/17", "2009/3/26")
y.lim <- strptime(y.lim, "%Y/%m/%d", tz="")
image(x.hours, y.days, m, col=c("white", "black"), yaxt=...
xlab="hours", ylab=NA,
xlim=c(-0.1, 48), ylim=c(as.numeric(y.lim[2]), as....
y.gr <- c("2008/12/18 12", "2009/3/24 12")
y.gr <- strptime(y.gr, "%Y/%m/%d %H", tz="")
y.gr <- seq(y.gr[1], y.gr[2], by="1 days")
abline(h=y.gr, col="gray")
axis(2, at=as.numeric(y.days[(1:4)*20]), labels=as.chara...
format="%Y/%m/%d"), las=2)
これを、plotを使って再現するにはどのようにすればよいのか...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。様 投稿のタイミン...
- plot()でtype="n"を指定して、描画領域（座標）を確保した...
- 皆さんにヒントをいただいているのですが、どうにもうまく...
- pdfやpngに書き出してから拡大して見ればいいと思うのです...
png(, length(x1), length(y1))
par(mar = c(0, 0, 0, 0))
image(x.hours, y.days, m, col = c("white", "black"))
dev.off()
プロットを使いたいならこんな感じでどうでしょう。
x <- x.hours[matrix(1:length(x.hours), length(x.hours), ...
y <- y.days[matrix(1:length(y.days), length(x.hours), le...
plot(x, y, pch = 20, cex = 1) # 真っ黒になるときはcex = ...
ちなみに、wikiで">"（半角）を行頭に書きたいときはチルダを...
- Iona様、皆様、いろいろご教授ありがとうございました。作...
for(i in 1:ncol(m)){
segments(x.hours[m[,i]==1], y.days[i], x.hours[m[,i]==1]...
}
ループを作図に使うという発想はこれまでありませんでしたが...
- segments の引数はベクトル可なので，for を使う必要はない...
st <- c("2008/12/19", "2009/3/24")
st <- strptime(st, "%Y/%m/%d", tz="")
y.days <- seq(st[1], st[2], by="1 day")
x.hours <- seq(0, 48, length=3600*48/10)
m <- matrix(sample(c(0, 1), (3600*48/10)*length(y.days),...
17280, length(y.days))
par(oma=c(2, 1.5, 1, 1))
y.lim <- c("2008/12/17", "2009/3/26")
y.lim <- strptime(y.lim, "%Y/%m/%d", tz="")
plot(c(-0.1, 48), c(as.numeric(y.lim[2]), as.numeric(y.l...
yaxt="n", ylab="")
y.days2 <- rep(y.days, each=17280)[m==1]
x.hours2 <- rep(x.hours, 96)[m==1]
mk <- diff(y.days)[1]
segments(x.hours2, y.days2, x.hours2, y.days2+mk)
y.gr <- c("2008/12/18 12", "2009/3/24 12")
y.gr <- strptime(y.gr, "%Y/%m/%d %H", tz="")
y.gr <- seq(y.gr[1], y.gr[2], by="1 days")
abline(h=y.gr+mk/2, col="gray")
axis(2, at=as.numeric(y.days[(1:4)*20]), labels=as.chara...
format="%Y/%m/%d"), las=2)
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。様 更なるご教授を...
**2要素ずつのマッチング (forループを使わないで） [#u0f558...
>[[shannon]] (2011-10-05 (水) 18:38:21)~
~
質問のタイトルが不適当かもしれませんが、よろしくお願いし...
a <- c(0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0)
上のような"0"と"1"が並んでいるベクトル(a)に対して、
a2 <- c(0, 1, 1, 0, 1, 0)
"0"が2つ以上ならんでいる部分を削除して、"1"の前後にそれぞ...
a2 <- 0
for (i in 1:9) {
if (a[i]==0 && a[i+1]==0) next
a2 <- c(a2, a[i+1])
}
のようにすると、ベクトルの要素数が膨大になった場合にかな...
そこで0が２つ並んでいる要素番号（上記のaでいえば、要素番...
> a3 <- c(FALSE,TRUE,TRUE,TRUE,FALSE,FALSE,TRUE,TRUE,FAL...
> a2 <- a[a3]
> a2
[1] 0 1 1 0 1 0
//
- with(rle(a), rep(values, ifelse(values == 1, lengths, 1...
- ご返答ありがとうございました。関数"rle"がまさに探してい...
b <- rle(a)
b$lengths[which(b$values==0)] = 1
a2 <- inverse.rle(b)
**軸の入れ替えについて [#o1c7a707]
>[[afromonkey]] (2011-10-05 (水) 16:26:51)~
~
統計ソフトRで、横軸をy軸、縦軸をx軸にして線グラフやヒスト...
barplot関数の場合は引数に horiz = T を与えればよいという...
よろしくお願いします。~
//
- plot(x, y) の代わりに plot(y, x) でいかかでしょう？ -- ...
- 言葉足らずで失礼しました。私が意図しているのは、たとえ...
- はい。 -- [[里見聡美]] &new{2011-10-06 (木) 07:46:02};
set.seed(10); x <- rnorm(100)
hi <- hist(x, plot=F)
plot(0, 0, xlim=range(hi$counts), ylim=range(hi$breaks),...
xlab='', ylab='', las=1, bty='L')
for(i in seq(length(hi$counts))) {
rect(0, hi$breaks[i], hi$counts[i], hi$breaks[i+1], co...
border=grey(0.7))
}
box(bty='L')
- 簡単にしてみました。 -- [[Iona]] &new{2011-10-08 (土) 1...
set.seed(10); x <- rnorm(100)
h <- hist(x, plot = FALSE)
barplot(h$counts, space = 0, horiz = TRUE)
plot.window(xlim = range(h$counts), ylim = range(h$break...
axis(2)
ところで、線グラフについては里見さんがおっしゃってるよう...
**R ver 2.13.1以降 Rコマンダーで不正なマルチバイト文字エ...
>[[３６５]] (2011-10-04 (火) 22:28:06)~
~
Rの2.13.1以降でRコマンダーで２バイト文字のファイル名など...
Rconsoleでは当該ファイル名は認識され、データもロードでき...
また、R2.13.0以前では同様なエラーは出ませんでした。~
OSはwindowsXP sp3、RcmdrはそれぞれのRバージョンで更新して...
バージョンアップが出来ずに困っています。どなたかお心当た...
//
- 補足ですが、ファイルのロードで -- [[３６５]] &new{2011-...
- load("C:/Documents and Settings/dad/デスクトップ/二バイ...
- >２バイト文字のファイル名などを使用すると不正なマルチバ...
- A<-"文字" を実行すると 「エラー: NA」となります -- ...
- 漢字交じりのファイル名は内容が判りやすいと思いますが、...
- どうも漢字によって「NA」になったり「不正なマルチバイト...
- Sys.setlocale(locale = "ja_JP.UTF-8")かoptions(encoding...
Rcmdrは使ったことがありませんが、その問題はUTF-8で書かれ...
- Iona様、ご示唆頂き有難うございます。その方法では解決い...
- こちらでも試してみましたが最新のＲだとエラーになります...
**パッケージの中身を書き換える [#sea27ef1]
>[[西田]] (2011-10-01 (土) 15:48:10)~
~
あるパッケージに含まれる動作を拡張して使いたいと思ってい...
今まではlibrary()で読み込んだ後、関数等を書き換えていたの...
パッケージの中身を直接いじることができれば一度で済みます...
//
- パッケージによる部分があります。完全にオープンソースな...
**類似度によって欠損値補完 [#a5ac62f5]
>[[tak]] (2011-09-30 (金) 16:41:40)~
~
下のような、縦方向にケース番号、横方向にデータ番号を配置...
> data
data1 data2 data3 data4 data5
case1 NA 10 100 1000 10000
case2 2 NA 200 NA 20000
case3 3 30 300 3000 30000
case4 NA 40 NA 4000 NA
case5 5 NA 500 5000 50000
case6 6 60 600 NA NA
case7 7 70 700 7000 70000
case8 NA 80 800 8000 NA
case9 9 90 NA 9000 90000
case10 10 NA 1000 10000 100000
上の行列に対して、ケース毎の類似度を計算した行列(2)が下の...
> similarity
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10]
[1,] 0.00 0.16 0.46 0.50 0.77 0.84 1.38 1.41 1.61 1.73
[2,] 0.16 0.00 0.20 0.00 0.60 0.67 1.00 0.67 1.17 1.61
[3,] 0.46 0.20 0.00 0.17 0.46 0.63 1.05 1.00 1.42 1.61
[4,] 0.50 0.00 0.17 0.00 0.11 0.25 0.50 0.67 0.84 0.67
[5,] 0.77 0.60 0.46 0.11 0.00 0.17 0.46 0.47 0.80 1.15
[6,] 0.84 0.67 0.63 0.25 0.17 0.00 0.21 0.33 0.53 0.67
[7,] 1.38 1.00 1.05 0.50 0.46 0.21 0.00 0.20 0.47 0.69
[8,] 1.41 0.67 1.00 0.67 0.47 0.33 0.20 0.00 0.17 0.31
[9,] 1.61 1.17 1.42 0.84 0.80 0.53 0.47 0.17 0.00 0.20
[10,] 1.73 1.61 1.61 0.67 1.15 0.67 0.69 0.31 0.20 0.00
そこで、行列(1)に存在する欠損値を類似度によって補完する処...
~
処理の内容は、欠損値補完対象のケース番号と類似度の高い上...
~
例えば(k=3の場合)、case1のdata1が欠損値になっていますが、...
~
説明がわかりづらくて申し訳ありませんが、宜しくお願いしま...
//
- あまり凝ってもしょうがないので，for をバリバリ使って計...
n <- nrow(data) # 列数
m <- ncol(data) # 行数
suf <- integer(3) # 類似度が高いもの3つの添え字を入れる
for (i in 1:n) { # 各 case について
for (j in 1:m) { # 各 data について
if (is.na(data[i, j])) { # もし，欠損値なら，類似度...
# ties.method は average 以外ならどれでもよい?
hi <- rank(similarity[1,], ties.method="first")
# 類似度が高く，かつ，データが欠損値でない case の...
# suf に格納（3つまで）
l <- 0
for (k in n:1) {
if (!is.na(data[hi[k], j])) { # 欠損値でないなら
l <- l+1 # カウンタを増やす
suf[l] <- k # 添え字を格納
if (l == 3) break # 3つ見つかったら脱出
}
}
if (l == 3) { # 3つないときには NA のままにする?
# （平均値でよいと思うけど）
data[i, j] <- mean(data[hi[suf], j])
}
}
}
}
実行結果
data1 data2 data3 data4 data5
case1 8.666667 10 100.0000 1000 10000.00
case2 2.000000 80 200.0000 9000 20000.00
case3 3.000000 30 300.0000 3000 30000.00
case4 8.666667 40 833.3333 4000 86666.67
case5 5.000000 80 500.0000 5000 50000.00
case6 6.000000 60 600.0000 9000 86666.67
case7 7.000000 70 700.0000 7000 70000.00
case8 8.666667 80 800.0000 8000 86666.67
case9 9.000000 90 833.3333 9000 90000.00
case10 10.000000 80 1000.0000 10000 100000.00
- 遅くなりました、ありがとうございます。 結果を確認してみ...
- 連投すみません、7行目を以下のように直したらイケました。...
hi <- rank(similarity[1,], ties.method="first") # 変更前
hi <- rank(similarity[i,], ties.method="first") # 変更後
- んー・・・うまくいかないですね・・・ -- [[tak]] &new{20...
- 平均値を入れてしまうと分散が小さくなってしまいませんか...
- 欠損値補完ならpackage miを使ってmultiple imputationした...
- 実は研究で欠損値処理の比較をやろうとしていて、過去の論...
- 以下のように、rank()関数でランク付けされたものを、ラン...
hi <- rank(similarity[i,], ties.method="first")
hi2 <- hi
for (a in 1:max(hi)) {
for (b in 1:max(hi)) {
if (hi[b] == max(hi) + 1 - a) {
hi2[a] <- b
break
}
}
}
- rankの高い順にcase番号を取り出すにはorder(hi, decreasin...
なんとなく凝ったものを１つ作ってみました。
ifelse(is.na(data), t(apply(similarity, 2,
function(i) apply(data[order(i, decreasing = TRUE...
function(x) mean(x[head(which(!is.na(x)), 3)]))))...
data1 data2 data3 data4 data5
case1 8.666667 10.00000 100.0000 1000.000 10000.00
case2 2.000000 73.33333 200.0000 8666.667 20000.00
case3 3.000000 30.00000 300.0000 3000.000 30000.00
case4 8.666667 40.00000 633.3333 4000.000 66666.67
case5 5.000000 60.00000 500.0000 5000.000 50000.00
case6 6.000000 60.00000 600.0000 4666.667 43333.33
case7 7.000000 70.00000 700.0000 7000.000 70000.00
case8 3.333333 80.00000 800.0000 8000.000 20000.00
case9 9.000000 90.00000 200.0000 9000.000 90000.00
case10 10.000000 36.66667 1000.0000 10000.000 100000.00
**指定行へのジャンプ [#cbba89cc]
>[[ohno]] (2011-09-30 (金) 15:37:38)~
~
C言語などで使うgoto文のように、指定行へジャンプしたい時に...
下の行へジャンプする場合は、以下のようにジャンプ先の命令...
この方法では上の行へジャンプする時が複雑になるので、なに...
while (1) {
...
if (1) break
...
}
... #ここへジャンプ
良い方法がありましたらご教授お願いいたします。~
//
- そのような機能をは，たとえあったとしても使わないという...
- なるほど。ご返答ありがとうございました。goto文を使うの...
**文字列の何番目がマッチするかを調べる [#xfef8909]
>[[do-san]] (2011-09-29 (木) 15:30:24)~
~
例えば、文字列"abcde"があったとして、文字パターン"d"にマ...
文字列"abcde"を一文字ずつ分解・ベクトル化して、charmatch...
//
- 例えば -- &new{2011-09-29 (木) 16:22:54};
> strsplit("abcdedcba","")[[1]]
[1] "a" "b" "c" "d" "e" "d" "c" "b" "a"
> which(strsplit("abcdedcba","")[[1]]=="d")
[1] 4 6
- regexpr("d", "abcde") -- &new{2011-09-29 (木) 16:47:29};
- ご回答ありがとうございました。２つ目のregexpr("d","abcd...
**名前のマッチの不具合 [#p9a8803f]
>[[BCD]] (2011-09-27 (火) 18:38:03)~
~
時折、名前のマッチを行うと不具合が生じます。これは何故で...
~
数値と値に対する名前が入っているベクトルA、ベクトルBがあ...
> AB <- c(names(A), names(B)) # 名前を取り出して一つの...
> CD <- AB[duplicated(AB)] # 重複している名前を一つに...
ここで以下のような行列xがあります。
V1には名前が入っていて、ベクトルAとベクトルBの名前は
この中に全て含まれています。
> x
V1 V2
1 名前1 値
2 名前2 値
3 名前3 値
:
> x[x$V1 == CD, ] # CDの要素と行列xの名前とが
一致する行を取り出します。
これらを実行しても最後に名前が一致する行が取り出されない...
//
- つまり，x$V1 と CD の長さが違うのですよ。以下のようにで...
> CD <- c("foo", "bar", "baz")
> (x <- data.frame(V1=c("abc", "foo", "zoo", "boo",
"baz", "yah", "bar"), V2=1:7))
V1 V2
1 abc 1
2 foo 2
3 zoo 3
4 boo 4
5 baz 5
6 yah 6
7 bar 7
> x[x$V1 %in% CD,]
V1 V2
2 foo 2
5 baz 5
7 bar 7
- どうもありがとうございます。下の問題のこともありこの方...
**ベクトルからのマッチした要素の除去 [#o6184f52]
>[[BCD]] (2011-09-27 (火) 17:58:16)~
~
c("水", "金", "地", "火", "木", ......) のようなベクトル...
ここから c("水", "地", ....) を除いたベクトルを作りたい...
//
- 条件を与えて部分集出する場合はsubset()を使います。この...
- 素早いreplyをどうもありがとうございました。duplicated関...
- 除く要素が多い場合には以下のようなものも。 -- [[河童の...
a <- c("水", "金", "地", "火", "木", "土", "天", "海")
b <- c("水", "地", "土")
a[!a %in% b]
**任意の形状でプロット [#bc165f9c]
>[[宗二]] (2011-09-26 (月) 11:25:26)~
~
plot関数を使用する際に、[[グラフィックスパラメータ"pch":h...
具体的には、一点ごとに角度と長さの異なる矢印をプロットし...
//
- arrowsで描くのが普通ではないでしょうか。 -- &new{2011-...
- ご返答ありがとうございます。細かい話で申し訳ないのです...
- 「返し」部分の角度はangle引数、長さはlength引数でそれぞ...
- 重ねてありがとうございます。arrowsのヘルプをよく読んで...
参考までに教えていただきたいのですが、自作のさらに複雑な...
- うーん、どなたかgridパッケージなど使っておられる方、お...
- 複雑な図形を描く関数を作って，描画位置，サイズなどを指...
spin <- function(x0, y0, factor=1, rotation=2)
{
r <- seq(0.1, 1.0, length=100)*factor
theta <- seq(0, -rotation*2*pi, length=100)
x <- r*cos(theta)+x0
y <- r*sin(theta)+y0
lines(x, y)
}
plot(0:10, 0:10, type="n", axes=FALSE, xlab="", ylab="")
spin(3, 5, 0.5)
spin(5, 5, 1)
spin(7, 5, 0.2)
spin(3, 7, 0.5, rotation=5)
spin(5, 7, 1, rotation=4)
spin(7, 7, 0.2, rotation=1)
&ref(spin.png);
- ご返答ありがとうございました。いろいろと質問を広げてし...
「河童の屁は，河童にあらず，屁である。」さん、関数の例示...
**マルコフ連鎖 [#nf0c8aaa]
>[[square]] (2011-09-25 (日) 18:59:28)~
~
マルコフ連鎖とは、乱数発生の方法みたいですが、sample関数...
どんな分布もsampleで発生できると思うのですが。~
//
- > マルコフ連鎖とは、乱数発生の方法みたいですが&br;違い...
- 失礼しました、 -- [[square]] &new{2011-09-26 (月) 18:51...
- mcmcでのサンプリングはsample関数のサンプリングとどう違...
- > mcmcでのサンプリング&br;もうちょっと具体的に言うとど...
- mcmcパッケージは「マルコフ連鎖」ではなくて「マルコフ連...
**閾値を求める方法について [#pc968faf]
>[[ランゲル・ハンス]] (2011-09-21 (水) 08:49:14)~
~
いつも掲示板を参考にしております。~
これまでExcelで計算していたのですが、Ｒでもぜひ計算できる...
ベースラインy=cと回帰直線y=ax+bの交点から閾値を求めたいと...
次のようなデータ（dataXY)があります。
X Y
4 1.1
4.1 0.6
4.2 0
4.3 0.9
4.4 0.9
4.5 0
4.6 0
4.7 0
4.8 0.7
4.9 0.9
5 0
5.1 1
5.2 1.1
5.3 0
5.4 0.4
5.5 1.5
5.6 0.9
5.7 1.5
5.8 2.1
5.9 2.6
6 3.2
6.1 4.3
6.2 6.1
6.3 8.3
6.4 10
6.5 11.9
6.6 15.3
data <- read.table("dataXY.txt", header=T)
(1)データの1行目から16行目までのYの値の平均cを求める。
data1 <- data[1:16,]
c <- mean(data1$Y)
c
(2)データの20行目から27行目までのX,Yの値を一次回帰してy=a...
data2 <- data[20:27,]
L <- lm(Y~X, data= data2)
L
(3)y=cとy=ax+bの交点から閾値（X座標）を求める。~
(4)最後に作図する。
plot(data)
abline(h=c, col=2)
abline(L, col=4)
(3)をご教示いただけないでしょうか？~
また、グラフ中に交点の座標を表示したいと思います。~
どうぞよろしくお願いいたします。~
//
- y=cとy=ax+bの交点は，ax+b=c を x について解くだけでしょ...
(x <- (c-coefficients(L)[1]) / coefficients(L)[2])
points(x, c, pch=19)
text(x, c, sprintf("(%.3f, %.3f)", x, c), pos=4, xpd=TRUE)
（簡単なものは自分で計算する。なんでもかんでも「パッケー...
- 河童さま、ご教示ありがとうございました。地道に計算いた...
**readShapeLines関数とプロット範囲 [#ca07b82e]
>[[宗二]] (2011-09-20 (火) 15:57:37)~
~
maptoolsパッケージの"readShapeLines"関数を使って、GISデー...
~
練習用に[[shapefileライブラリ:http://www.okada.jp.org/RWi...
library(maptools)
map <- readShapeLines("tokyok.shp")
lon1 <- 138 ### 経度138E-141E
lon2 <- 141
lat1 <- 35 ### 緯度35N-35.5N
lat2 <- 35.5
par(usr=c(lon1, lon2, lat1, lat2))
plot(map, xlim=c(lon1, lon2), ylim=c(lat1, lat2))
作図領域を確認すると
> par("usr")
[1] 138.00000 141.00000 33.90625 36.59375
というように、（緯度の）指定範囲がずれてしまいます。~
これは何が原因なのでしょうか？また、修正方法はあるのでし...
//
- 環境によっては，経度もずれますね。 -- [[河童の屁は，河...
> sessionInfo()
R version 2.13.1 Patched (2011-08-31 r56868)
Platform: x86_64-apple-darwin9.8.0/x86_64 (64-bit)
locale:
[1] ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/C/C/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets
methods base
other attached packages:
[1] maptools_0.8-9 lattice_0.19-33 sp_0.9-83
foreign_0.8-45
loaded via a namespace (and not attached):
[1] grid_2.13.1 tools_2.13.1
> par("usr")
[1] 137.88000 141.12000 32.23003 38.26997
- ご返答ありがとうございました。他のグラフィックスパラメ...
ただ、動作環境や他のパラメータによるによる”ずれ”の程度が...
- setParUsrBB = TRUEを入れると上手く行くようです。 -- [[I...
library("maptools")
map <- readShapeLines("tokyok.shp")
lon1 <- 138 ### 経度138E-141E
lon2 <- 141
lat1 <- 35 ### 緯度35N-35.5N
lat2 <- 36 # 35.5だと何もプロットされないので変更してま...
plot(map, xlim = c(lon1, lon2), ylim = c(lat1, lat2), se...
- 回答が遅くなり失礼しました。Ionaさん、ご返答ありがとう...
ただ、plotする[[データタイプ:http://rss.acs.unt.edu/Rdoc/...
また、範囲のずれがmaptoolsパッケージの使用によるものかと...
**複数ページのpdfの作成 [#jb0fec00]
>[[まあくん]] (2011-09-20 (火) 11:35:53)~
~
pdfを作成するときに、複数ページのpdfの作成はできないでし...
//
- pdf関数で複数のグラフをpdf化すれば複数のページになると...
pdf("test.pdf")
plot(1:10)
hist(1:10)
dev.off()
- ありがとうございました。うまくいきました。今まで全く気...
**発症率の検定？ [#t3b0d6c5]
>[[tau]] (2011-09-19 (月) 22:56:26)~
~
いつも、色々と教えていただきましてありがとうございます。~
~
暴露Yが疾患Xの発症に及ぼす影響を調べたいと考えています。~
調査の対象はA県、B県の県民です。両県の県民共に暴露を受け...
A県では暴露前1ヶ月で100例、暴露後1ヶ月で110例の疾患Xの発...
~
１．A県とB県の人口が分かれば単位人口当たり(/1000人など)の...
２．また、A県とB県の人口が十分に大きいと言うことは分かる...
ご教示いただければ幸いです。~
//
- R とは何の関係もないようですが。&br;1. 全数調査なので，...
- 以前、Rを用いた一様性の検定等の件でご教示頂いた者です。...
**多目的最適化で特殊制限 [#jb7547f0]
>[[西田]] (2011-09-15 (木) 00:08:11)~
~
複数の入力値と制約条件から一つの出力が最適になるように分...
~
制約条件である説明変数の下限上限がlower(0,0,0),upper(10,1...
~
現在はcmaes内部で、新しく子集合を作る際に
x <- xmean + σ # 親集合の重心周辺に点を取っているのだと...
x <- 10 * ( x / sum(x) ) #xの合計が5なら5で割ってそ...
...##色々計算 よくなっていたら更新
...##くり返し
として無理やりx1+x2+x3=10を実現しています。が、これできち...
何かいい方法はないでしょうか。(cmaes関数自体にコダワリは...
- 最適化する関数内のx3を10-(x1+x2)に置き換えるとかではダ...
- わかりづらい質問にお答えいただきありがとうございます。...
**一般化加法モデル(gam)の回帰式の出力の仕方 [#e67acdc0]
>[[Saito]] (2011-09-14 (水) 16:58:49)~
~
いつもお世話になっております。ネットや過去ログで調べまし...
> n <- 30
> x <- seq(-n, n)
> y <- 0.04*x^3+0.03*x^2+0.02*x+rnorm(2*n+1, 0, 1) # 真...
> plot(x, y)
>
> res <- lm(y ~ x) # 直線回帰
> func <- function(x){
+ coef(res)[1] + coef(res)[2]*x # これが直線回帰の回帰式
+ }
> points(x, func(x=x))
>
> res2 <- gam(y~s(x, k=3)) # 加法モデル（
# デフォルトは薄板スプライン...
> points(x, predict(res2), type="l", col=2, lwd=3)
# predictによる予測で何故か直...
> coef(res2) #回帰係数が何か出力されてはいるがヘルプを見...
(Intercept) s(x).1 s(x).2
9.309025e+00 -1.199402e-09 3.932092e+02
>
> res2 <- gam(y~s(x, k=4)) #節点の数を増やすと曲線となる
> points(x, predict(res2), type="l", col=2, lwd=3)
> coef(res2)
(Intercept) s(x).1 s(x).2 s(x).3
9.309025 -843.683785 -129.386077 1162.199292
パッケージを扱うのに問題はありませんが、結局、どのような...
どなたか、ご教授頂けると幸いです。どうぞよろしくお願い致...
//
- 関数形ってよくわかりませんが、gamっていれたら出てくるん...
- 早速のコメントありがとうございます。gamと入れて、後を追...
- mgcv:::estimate.gam とすれば見えますけど。その先は知ら...
- パッケージ｢mgcv｣の参考書は、[[Generalized Additive Mode...
**ablineで横軸の指定した範囲に直線を描く [#w36ffd8d]
>[[くま]] (2011-09-14 (水) 15:50:47)~
~
lmで得られた回帰直線式をグラフに描くのに、ablineを使って...
//
- points()ではいかがでしょう？
> set.seed(1)
> x <- seq(0, 100)
> y <- 0.02*x+rnorm(101, 0, 1)
> plot(x, y)
>
> res <- lm(y ~ x)
> func <- function(x){
+ coef(res)[1] + coef(res)[2]*x
+ }
> points(x, func(x=x), type="l", lwd=3, col=2)
> x2 <- seq(0, 80)
> points(x2, func(x=x2), type="l", lwd=3, col=3)
-- [[Saito]] &new{2011-09-14 (水) 17:01:02};
- lm が返すオブジェクトを a, 回帰直線を描く x の範囲を，x...
lines(x.range, coefficients(a)[1]+x.range*coefficients(a...
でよいでしょう。二点を結ぶ直線を描くだけです。全然うまい...
- Saitoさん、河童の屁さんありがとうございました。Rは奥が...
**行列の任意の列に含まれる欠損値NAの割合算出 [#u518b8e6]
> (2011-09-08 (木) 13:46:05)~
~
行列の任意の(全ての)列に、欠損値NAがどれだけあるか、割合...
~
例えば、100行10列の行列において、3列目にNAが40個あれば、N...
~
宜しくお願いします。~
//
- 行数はnrow()、NAかどうかの判定はis.na()を使えばできるで...
まずはNAを含む100行10列の適当な行列を作成します
> a <- matrix(sample(c(1:9,NA),1000,replace=TRUE),100)
3列のNAの割合は次のようにします。
> sum(is.na(a[,3]))/nrow(a)
[1] 0.12
全ての列に対して同様にしたい場合は、sapply(),apply(),for(...
- 回答ありがとうございました。上手くいきました。 -- &new...
- colSums(is.na(a))/nrow(a) -- [[河童の屁は，河童にあらず...
- おぉ、河童さんさすがです。is.na()に行列まるごと与えても...
調べたら、is.na()はdata.frameでもそのままdata.frameを返す...
> b <- list(a1=a,a2=a)
> is.na(b)
a1 a2
FALSE FALSE
- is.naはNaNも含むので, !is.nan(a)&is.na(a)は必要*かも*し...
**理論的な標本分布について [#t792f36e]
>[[manabu]] (2011-09-06 (火) 12:03:05)~
~
本で勉強していて、以下のような問題がありました。~
~
サンプルサイズをn=1、3、5、10と変化させた時に、標本分布の...
※母集団分布は標準正規分布N(0,1^2)~
~
答えは以下のように書いてありました。
curve(dnorm(x, sd=sqrt(1/10)), -3, 3)
curve(dnorm(x, sd=sqrt(1/5)), -3, 3, add=TRUE)
curve(dnorm(x, sd=sqrt(1/3)), -3, 3, add=TRUE)
curve(dnorm(x, sd=sqrt(1/1)), -3, 3, add=TRUE)
母集団の標準偏差や分散が1である時に標本の偏差の二乗の合計...
//
- 標本の偏差の二乗の合計は1じゃないでしょう。偏差の二乗和...
- 回答ありがとうございます。本の回答にある1/10や1/5の1は...
- sqrt(1/10) などは，標本平均の標準誤差ですよ。標準誤差は...
- 丁寧にご説明頂き、ありがとうございます。本当に助かりま...
**SPSSのWEIGHTと同等の機能 [#aaa4727a]
>[[じゃんぽけ]] (2011-09-05 (月) 10:41:06)~
~
Rを利用してアンケート分析を実施したいのですが、~
SPSSのWEIGHT(重み付け）の様な機能はどうすれば再現できるで...
//
- どのような目的でそのような機能を望むのだろうか?~
例えば，以下のような集計表を与えるデータを，weight を使っ...
> d <- table(x)
b
a 1 2 3
female 13 2 6
male 6 14 9
data.frame 関数を使って
> data.frame(d)
a b Freq
1 female 1 13
2 male 1 6
3 female 2 2
4 male 2 14
5 female 3 6
6 male 3 9
のようなデータフレームにできる。このデータフレームの Freq...
重み付きの平均値を求めるには，weighted.mean というのがあ...
lm, glm などには，weights という引数があります。~
実際にやりたいことをもう少し詳しく説明すると，R でならど...
- アドバイスありがとうございます。 -- [[じゃんぽけ]] &new...
**image における時系列軸の反転 [#o2dee4be]
>[[てるよ]] (2011-09-01 (木) 11:59:52)~
~
投稿の前にテキスト整形のルールを読んでも、ほとんど意味が...
~
image() における時系列軸の反転について教えていただけたら...
~
"2008/12/19"から"2009/3/24"の96日間に、等間隔でデータを記...
~
このデータで1がどのような時間帯に現れるのかを調べるために...
st <- c("2008/12/19", "2009/3/24")
st2 <- strptime(st, "%Y/%m/%d", tz="")
y.days <- seq(st2[1],st2[2], by="1 day")
x.hours <- seq(0, 24, by=1)
m <- matrix(sample(c(0, 1), 24*length(y.days), rep=T),
nrow=24, ncol=length(y.days))
image(x.hours, y.days, m, col=c("white", "black"), yaxt=...
xaxp=c(0,24,4), xlab="hours", ylab=NA)
r <- as.POSIXct(round(range(y.days), "days"))
axis.POSIXct(2, at=seq(r[1],r[2], by="20 day"),
format="%Y/%m/%d", las=2)
これでとりあえずグラフは書けたのですが、y軸の時間軸を反転...
~
四苦八苦しているうちに、
image(..., ylim=c(as.numeric(y.days[96]), as.numeric(y....
を書くことでプロット自体の反転はできたのですが、今度は
r <- as.POSIXct(round(range(y.days), "days"))
axis.POSIXct(2, at=seq(r[1],r[2], by="20 day"),
format="%Y/%m/%d", las=2)
を実行してもy軸に日付が表示されなくなってしまいました。~
~
y軸の時系列軸を反転させた後も、日付を表示するうまい方法が...
//
- as.numeric()でy軸を数値型に変換しているに、日付型の軸を...
image(x.hours, y.days, m, col=c("white", "black"),
yaxt="n", xaxp=c(0,24,4),xlab="hours", ylab=NA,
ylim=c(as.numeric(y.days[96]), as.numeric(y.days[1...
axis(2,at=as.numeric(y.days[(1:4)*20]),
labels=as.character(y.days[(1:4)*20]), las=2)
#ref(20110902a.png,center);
labelsのフォーマットにもう少し手を入れる必要がありますが...
**Linuxでのメモリ不足解消 [#a21a396d]
>[[BCD]] (2011-08-29 (月) 15:17:00)~
~
初歩的なことかもしれないので恐縮なのですが、教えてくださ...
Linuxのスパコンを使ってRのheatmap.2関数で作図をしているの...
- それって32bitのRではないでしょうか？ 本当に64bitのRです...
- 確かに64bitのRだと思います -- [[BCD]] &new{2011-09-17 (...
**データフレームの抽出と並び替え [#d1bdbe0f]
>[[BCD]] (2011-08-28 (日) 12:16:08)~
~
>x
1 2 3 4 . .
A 20 50 60 29 . .
B 49 74 90 38 . .
C 57 49 20 39 . .
>Y
[1] "C" "A" .....
のようなデータフレーム'x'(行、列ともに20000行ある)とxの全...
~
現在、私は以下のスクリプトでこの作業を実行しています。し...
result <- NULL
for (i in 1:length(Y)) {
result <- rbind(result, x[rownames(x) == Y[i], ])
}
//
- 一行ずつrbindするのでは結構遅いのでしょうね。
t(sapply(Y, function(a) x[a,]))
というようにすることもできますね。x が2000行×2000列, Y の...
ところが，吃驚することに，「一行ずつrbindするのでは結構遅...
result <- matrix(0, length(Y), 2000)
for (i in 1:length(Y)) {
result[i,] <- x[rownames(x) == Y[i], ]
}
サイズの小さいデータでいろいろ試して，最速のやり方を見つ...
- 速度が問題になる場合，リスト（含むデータフレーム）、ル...
#簡単な例
> set.seed(1234)
> n <- 6; m <- 4
> x <- matrix(rnorm(n^2),nrow=n,ncol=n)
> colnames(x) <- seq(n)
> rownames(x) <- sample(LETTERS,n,rep=TRUE)
> B <- rownames(x); uB <- unique(B)
> A <- sample(uB,m,rep=TRUE)
> z <- factor(B,levels=uB)
> zx <- cbind(z,x) # 行ラベルを数値（因子）化し行列の先...
> Ax <- zx[factor(A,levels=uB),][,seq(2,n+1)]
> x
1 2 3 4 ...
A -1.2070657 -0.5747400 -0.77625389 -0.8371717 -0.693720...
U 0.2774292 -0.5466319 0.06445882 2.4158352 -1.448204...
C 1.0844412 -0.5644520 0.95949406 0.1340882 0.574755...
N -2.3456977 -0.8900378 -0.11028549 -0.4906859 -1.023655...
J 0.4291247 -0.4771927 -0.51100951 -0.4405479 -0.015138...
B 0.5060559 -0.9983864 -0.91119542 0.4595894 -0.935948...
> B
[1] "A" "U" "C" "N" "J" "B"
> A
[1] "U" "J" "B" "C"
> z
[1] A U C N J B
Levels: A U C N J B
> zx
z 1 2 3 4 ...
A 1 -1.2070657 -0.5747400 -0.77625389 -0.8371717 -0.6937...
U 2 0.2774292 -0.5466319 0.06445882 2.4158352 -1.4482...
C 3 1.0844412 -0.5644520 0.95949406 0.1340882 0.5747...
N 4 -2.3456977 -0.8900378 -0.11028549 -0.4906859 -1.0236...
J 5 0.4291247 -0.4771927 -0.51100951 -0.4405479 -0.0151...
B 6 0.5060559 -0.9983864 -0.91119542 0.4595894 -0.9359...
> Ax
1 2 3 4 5...
U 0.2774292 -0.5466319 0.06445882 2.4158352 -1.4482049...
J 0.4291247 -0.4771927 -0.51100951 -0.4405479 -0.0151383...
B 0.5060559 -0.9983864 -0.91119542 0.4595894 -0.9359486...
C 1.0844412 -0.5644520 0.95949406 0.1340882 0.5747557...
# n=10000, m=3500の場合の実行速度
> system.time(Ax <- zx[factor(A,levels=uB),][,seq(2,n+1)])
ユーザ システム 経過
1.804 0.156 1.965
- ありがとうございます。試してみたところ、とても速くなり...
- 横からすみませんが、なぜx[Y,]じゃだめなのでしょうか -- ...
> x <- matrix(round(runif(12)*100),ncol=4)
> colnames(x) <- as.character(1:4)
> rownames(x) <- LETTERS[1:3]
> x
1 2 3 4
A 93 68 20 5
B 26 20 17 74
C 86 35 59 64
> Y <- sample(LETTERS[1:3],10000,replace=TRUE)
> head(Y)
[1] "C" "C" "A" "C" "C" "B"
> system.time(x[Y,])
ユーザ システム 経過
0.000 0.000 0.001
> system.time({result <- matrix(0, length(Y), 4);
+ for (i in 1:length(Y)) {
+ result[i,] <- x[rownames(x) == Y[i], ]
+ }})
ユーザ システム 経過
0.080 0.000 0.087
- なるほど行列の成分抽出演算子[,]には列名、行名ラベルが使...
> system.time(Ax <- x[A,])
ユーザ システム 経過
1.048 0.080 1.132
- x[Y, ]を試してみました。うまくいきますし、とても速いで...
- > なぜx[Y,]じゃだめなのでしょうか&br;さようでございまし...
**一様性の検定について [#caa0a56d]
>[[tau]] (2011-08-27 (土) 10:46:47)~
~
一様性の検定に関して質問致します。~
発症が希な疾患を有する患者が一年間に何人入院したかを2008-...
カイ二乗検定を用いて下記のように検定を行いましたが、度数...
> chisq.test(c(1,2,1,7))
Chi-squared test for given probabilities
data: c(1, 2, 1, 7)
X-squared = 9, df = 3, p-value = 0.02929
警告メッセージ：
In chisq.test(c(1, 2, 1, 7)) : カイ自乗近似は不正確かも...
分割表でカイ二乗検定を行うとき同様、度数が少ない場合は、...
不適当な場合、Fisherの正確検定を用いるのかと考え、調べて...
可能であればFisherの正確検定による一様性の検定の方法を、...
//
- http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/gft.html にあるような，...
- ありがとうございました。調べていた際、青木先生のHPがみ...
**質問紙尺度データのクロス集計の値をパーセントになおす方...
>[[Wombat]] (2011-08-25 (木) 09:16:29)~
~
私の書き方が不明瞭だったようなのでもう一度投稿させて下さ...
ID class Q1 Q2 Q3 Q4 Q5 Q6 Q7 Q11 Q15
1 1 a 5 4 4 4 4 2 4 4 5
2 2 a 4 4 3 3 4 4 3 4 2
3 3 a 4 4 3 5 4 4 3 4 5
4 4 a 4 4 1 3 3 4 5 3 5
5 5 a 5 4 1 5 5 3 2 4 4
6 6 a 4 4 4 4 4 2 1 2 1
-- 省略--
94 94 d 4 4 3 4 4 2 3 4 4
95 95 d 4 3 4 3 3 4 4 4 4
96 96 d 4 4 1 4 3 3 2 4 3
97 97 d 4 5 2 5 5 5 4 4 4
98 98 d 5 4 4 4 3 4 5 4 4
99 99 d 4 4 2 4 4 3 3 4 4
100 100 d 4 4 2 3 4 4 5 4 4
101 101 d 5 4 2 4 4 5 4 4 1
102 102 d 5 4 4 4 3 5 2 4 2
これを各クラスごとに項目別にsapply(d01[,3:11],function(x)...
$Q1
x
3 4 5
a 2 15 8
b 0 21 6
c 2 19 4
d 0 14 11
$Q2
x
2 3 4 5
a 1 5 19 0
b 1 6 20 0
c 0 8 14 3
d 0 4 17 4
-- 以下省略--
これにより、Ｑ１はclass aは強くそう思うと答えた回答者が８...
//
- table の結果をパーセントに直すのは，定石中の定石。小数...
sapply(d01[,3:11],function(x) { tbl <- table(d01$class,x...
正しい答えを出せればよいのであって，うまく書く必要はない...
http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/cross.html にあるプログラ...
- ありがとうございました。上の式の最後のカッコを取るとう...
**クラスと項目別のクロス集計の値をパーセントになおす方法 ...
>[[Wombat]] (2011-08-24 (水) 19:26:14)~
~
河童さんのおかげでクラスと項目別のクロス集計ができるよう...
~
$Q1~
x
3 4 5
a 2 15 8
b 0 19 3
$Q2~
x
2 3 4
a 1 5 19
b 1 5 16
//
- だからいったでしょう。colMeans だろうって。0/1 データの...
集計数をデータ数で割って100を掛けるだけだけど，先に挙げた...
sapply(split(d, d[,2]),
function(x) colSums(x[3:9])/nrow(x)*100)
sapply(split(d, d[,2]), function(x) colMeans(x[3:9])*100)
sapply(d[3:9], function(x) tapply(x, d$class, mean)*100)
by(d[3:9], d[,2], colMeans)
一番目のが一番直感的に分かりやすいかな。~
最後の by を使う例は，％にするために100をどんな風に掛けた...
まあ，お好きなものを。~
なお，for ループなんかを使ってプログラムすれば，どんな複...
- ありがとうございました。でも、この関数は各グループごと...
- 目的に応じてプログラムは変わるということです。 -- [[河...
**一度にクラスごとに各項目を集計（和を求める）する方法 [#...
>[[Wombat]] (2011-08-24 (水) 01:52:47)~
~
次のようなデータがあります。これはある英語教授法を４つの...
(Intercept) s(x).1 s(x).2 s(x).3
9.309025 -843.683785 -129.386077 1162.199292
パッケージを扱うのに問題はありませんが、結局、どのような...
どなたか、ご教授頂けると幸いです。どうぞよろしくお願い致...
//
- 関数形ってよくわかりませんが、gamっていれたら出てくるん...
ID class R Wr L Spk Vocab Gr Spd
1 a 0 0 0 0 0 0 0
2 a 0 0 0 0 0 0 0
3 a 0 0 0 0 0 0 1
4 a 0 0 0 0 0 0 0
5 a 1 0 0 0 0 1 1
: 省略
100 d 1 0 0 0 1 0 0
101 d 1 0 0 0 1 0 0
102 d 0 0 0 0 0 0 0
103 d 1 0 0 0 1 0 0
//
- colSums じゃなく，colMeans では？
sapply(split(d, d[,2]), function(x) colSums(x[3:9]))
または，
by(d[3:9], d[,2], colSums)
または
sapply(d[3:9], function(x) tapply(x, d$class, sum))
お好きな方を。 -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁である。]...
- 河童さん、いつも的確なヘルプありがとうございます。ちな...
- 本を薦めるのは難しい。本屋なり図書館なりへ行って，実際...
**グラフの細かいx軸範囲制御 [#p29134b0]
>[[BCD]] (2011-08-22 (月) 19:09:35)~
~
plot関数で折れ線グラフを作る時にxlimでグラフの中のx軸の範...
例えば xlim = C(0, 10000) のグラフの場合、グラフの左端が...
//
- X 座標値を線形変換し，X 軸は，axis 関数で描く。~
しかし，こういう，グラフを見る人を誤解させるようなグラフ...
set.seed(123456789)
n <- 500
y <- rnorm(n)
x <- sample(10000, n, replace=TRUE)
for (i in 1:n) {
xi <- x[i]
if (xi < 4500) x[i] <- xi/4500
else if (xi < 5500) x[i] <- (xi-4500)/500+1
else x[i] <- (xi-5500)/4500+3
}
x <- x*2500
plot(x, y, xaxt="n")
axis(1, at=0:4*2500,
labels=c(0, 4500, 5000, 5500, 10000))
&ref(cheat.png);
- どうもありがとうございます。axis関数を使えば良かったの...
**read.tableでファイルを読み込む時に、先頭が数字である列...
>[[BCD]] (2011-08-22 (月) 13:13:44)~
~
read.tableでファイルを読みこむと列ラベルの先頭が数字の場...
ex)
0002jh 0043sss
1 2 4
のようなtxtデータをread.tableで読み込むと
X0002jh X0043sss
1 2 4
となります。これを解消したいです。~
//
- ?read.tableでcheck.namesオプションを調べてください。FAL...
- ありがとうございました。おかげ様でうまくいきそうです。 ...
**複素数を含む積分(変数は実数) [#c78f8280]
>[[square]] (2011-08-21 (日) 17:47:20)~
~
下のような複素数の積分はできませんか？~
f=function(x) exp(i*x)~
integrate(f,0,1)~
integrateでは実数限定のようですが。~
//
- すみません、誤記：exp(1*i*x) -- [[square]] &new{2011-08...
- -- &new{2011-08-21 (日) 19:50:51};
> f <- function(x) exp(1i*x)
> integrate(function(x) Re(f(x)),0,1)$value+
(1i)*integrate(function(x) Im(f(x)),0,1)$val...
[1] 0.841471+0.4596977i
- ありがとうございます -- [[square]] &new{2011-08-21 (日)...
**data.frameをtransactionに変換する際の問題 [#j04d0a49]
>[[アレックス]] (2011-08-17 (水) 15:58:26)~
~
R 2.13.1を利用しています。
要素1,要素2,要素3
りんご,バナナ,みかん
バナナ,なし,
パイン,もも,みかん
という中身のファイル(data.txt)を以下のコマンドで読み込み
data1 <- read.table("C:/lab/kankou.txt",sep=",",
header=TRUE)
要素1 要素2 要素3
1 りんご バナナ みかん
2 バナナ なし
3 パイン もも みかん
というdata.frame形式のデータを読み込むことはできたのです...
data.tran <- as(data1, "transactions")
data.frame <- as(data.tran, "data.frame")
としてdata.frameを開いてみると
1{要素1=りんご,要素2=バナナ,要素3=みかん}
2{要素1=バナナ,要素2=なし,要素3=}
3{要素1=パイン,要素2=もも,要素3=みかん}
となってしまいます。これを
1{りんご,バナナ,みかん}
2{バナナ,なし,}
3{パイン,もも,みかん}
となるようなtransactionを生成する方法はないでしょうか。~
//
- それに続いて，
data.frame[,2] <- gsub("要素[1-3]=", "", data.frame[,2])
などとすればよいのでは? -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁...
- 申し訳ありません。私の書き方が悪かったようです。
data.frameの段階ではなく、data.tranの段階で成形する方法、~
もしくはdata.tranを生成する段階で直接可能とする方法をご教...
arulesを用いて分析を行いたいので、transaction形式で読み込...
- transactionsクラスのオブジェクト構造をいじりたいのか、p...
-あなたは，
1{りんご,バナナ,みかん}
2{バナナ,なし,}
3{パイン,もも,みかん}
という内容のテキストファイルが欲しいんですか？（たぶん違...
**Plmをインストールする方法 [#f1cdfb7d]
>[[z]] (2011-08-12 (金) 18:52:21)~
~
Plm Pacakgeを用い、下記の分析を行いたいのですが、うまくイ...
このぱっページをインストールする方法か、類似の分析方法を...
the Fixed effects model (within),~
• the pooling model (pooling),~
• the first-difference model (fd),~
• the between model (between),~
• the error components model (random).~
//
- 何度も繰り返して指摘されるし，上の方の注意事項にも書い...
- エラーコードは下記です。
> library(plm)
以下にエラー library(plm) :
'plm' という名前のパッケージはありません
> install.packages(plm)
以下にエラー install.packages(plm) :
オブジェクト 'plm' がありません
スペックと記載しましたのは、下段の内容についてです。
私のPCはWindows XP(32bit)でR2.13.1を使用しています。~
参照)https://r-forge.r-project.org/R/?group_id=406~
Logs: Linux x86_32 Linux x86_64 Windows x86_32/x86_64 M...
Daily build: patched patched patched | devel patched | d...
Daily check: offline* patched | devel offline* patched...
"plm"Zipファイルのダウンロードはできるのですが、
参照) http://cran.r-project.org/web/packages/plm/index...
「ローカルZipファイルからのインストール」を試みると下記の...
> utils:::menuInstallLocal()
パッケージ 'plm' は無事に開封され、
MD5 サムもチェックされました
> library(plm)
要求されたパッケージ bdsmatrix をロード中です
エラー： パッケージ 'bdsmatrix' を
ロードできませんでした
追加情報: 警告メッセージ：
1: パッケージ 'plm' はバージョン 2.13.1 の R の下で
造られました
2: In library(pkg, character.only = TRUE,
logical.return = TRUE, lib.loc = lib.loc) :
'bdsmatrix' という名前のパッケージはありません
次に、'bdsmatrix'を同様にWebsiteからダウンロードし、
参照) http://cran.r-project.org/web/packages/bdsmatrix/i...
ローカルのZipファイルからインストールしようとしたところ、...
utils:::menuInstallLocal()
以下にエラー gzfile(file, "r") :
コネクションを開くことができません
追加情報: 警告メッセージ：
In gzfile(file, "r") :
圧縮されたファイル 'bdsmatrix_1.0[1]/DE木SCRIPTION'
を開くことができません,
理由は 'No such file or directory' です
> utils:::menuInstallLocal()
以下にエラー gzfile(file, "r") :
コネクションを開くことができません
追加情報: 警告メッセージ：
In gzfile(file, "r") :
圧縮されたファイル 'bdsmatrix_1.0[1]/DESCRIPTION' を
開くことができません,
理由は 'No such file or directory' です
尚、他の方法、とは、「解説書等を読み漁ってFEやREのプログ...
以上、宜しくお願い致します。 -- [[z]] &new{2011-08-15 (月...
- R 2.13.0, XP32bitだとインストール、読み込みともにできま...
- 私は残念ながら Windows ではないので適切な対処法を伝えら...
- 有り難うございます。まずRを再インストールしたら、bdsmat...
- ちなみに、再インストールした場合、Rは2.13.1でも大丈夫で...
**混合モデルの重回帰 [#b5237a4f]
>[[酔鯨]] (2011-08-12 (金) 17:05:34)~
~
使用しているOS=Windows XP Rのバージョン=2.10.0~
独立変数が、定量データと定性データが存在する混合モデルを...
単回帰の結果では、定性データでモデルを別々にしなければな...
//
- すみません。言葉を間違えました。.関数ではありません。去...
- 上のコメントを書かれた人はたぶん間違って書かれたのだと...
**RMA回帰の予測区間について [#v396f3bb]
>[[ryuji]] (2011-08-11 (木) 23:37:05)~
~
現在、ある昆虫の体の一部から体長を推定するために、これま...
//
- 何がしたいのかさっぱりわかりません。もう少し具体的な質...
- RMA は説明変数が1変数の場合だけだし，あまり細かい吟味は...
- ありがとうございます。予測区間では意味が通りませんでし...
** cannot coerce type 'closure' to vector of type 'any' ...
>[[tavia]] (2011-08-11 (木) 20:46:50)~
~
お世話になります。~
~
Rを使って、クラスター分析をしようとしています。~
データの読み込みまではできるのですが、その後~
d <- as.dist(data)~
を実行すると、
以下にエラー as.vector(x, mode) :
cannot coerce type 'closure' to vector of type 'any'
というメッセージが出ます。~
このようなメッセージが出たら、どういうところをチェックす...
教えていただければ幸いです。~
~
Rのバージョンは2.10.1~
OSはWindows Vista Business S.P.2~
です。~
よろしくお願いいたします。~
//
- すみません。去年同じ処理をしたときに使った関数を使った...
- 再現できる状況を提供しないと，何が原因か特定するために...
- ありがとうございました。まさに私が行いたかった事です。...
- すみません。言葉を間違えました。.関数ではありません。去...
**configure で失敗してしまいます。 [#z451f9ba]
>[[nob]] (2011-08-11 (木) 11:31:15)~
~
Rそのものは超初心者ですが、結構前から使っています。~
Plamo Linux 4.7.3でのつまずきです。~
いつもパッケージをCRANからダウンロードしてconfigure、make...
checking for xmkmf... /usr/X11R7/bin/xmkmf~
configure: WARNING: I could not determine FPICFLAGS.~
configure: error: See the file doc/html/R-admin.html for ...
で止まってしまいます。2.13ばかりでなく古いバージョンも同...
どなたか同じような件で解決された方がおりましたら、どのよ...
よろしくお願い致します。~
//
- エラーセージを検索されましたか？SUSEのケースですが[[こ...
- 検索はしました。が、英語のばかりだったので見ないで避け...
- gfortranのバージョンを4.3.5にアップしたら解決しました。...
**グループごとに各質問項目の答えの頻度を計算する方法 [#ya...
>[[Wombat]] (2011-08-10 (水) 12:18:35)~
~
Ｒ超初心者です。御回答よろしくお願いします。以下のような...
ID class Q1 Q2 Q3 Q4 Q5 Q6 Q7 Q11 Q15
1 1 a 5 4 4 4 4 2 4 4 5
2 2 a 4 4 3 3 4 4 3 4 2
3 3 a 4 4 3 5 4 4 3 4 5
4 4 a 4 4 1 3 3 4 5 3 5
5 5 a 5 4 1 5 5 3 2 4 4
6 6 a 4 4 4 4 4 2 1 2 1
7 7 a 5 4 2 2 4 3 4 4 2
8 8 a 4 4 2 5 4 3 3 4 3
9 9 a 4 4 2 3 3 4 3 5 5
10 10 a 5 4 4 4 5 3 3 4 4
11 11 a 4 3 2 3 2 3 1 3 3
12 12 a 3 2 3 4 3 5 4 3 2
13 13 a 5 4 2 4 4 4 5 4 4
14 14 a 3 3 4 3 4 3 1 3 2
15 15 a 4 4 3 4 4 4 4 4 3
16 16 a 5 3 2 4 4 3 3 5 5
17 17 a 4 4 2 4 3 3 4 3 3
18 18 a 4 4 2 2 4 3 2 3 4
19 19 a 5 4 4 4 4 2 5 4 5
20 20 a 4 4 3 4 4 5 4 4 5
21 21 a 4 4 1 4 3 4 4 4 2
22 22 a 4 3 2 3 3 5 3 3 3
23 23 a 4 3 3 3 4 3 3 4 3
24 24 a 5 4 1 4 4 4 4 4 2
25 25 a 4 4 3 4 4 5 4 3 3
26 26 b 4 4 1 4 4 5 3 5 5
27 27 b 5 4 3 4 3 3 3 4 3
28 28 b 4 3 2 4 3 5 4 3 2
29 29 b 4 4 2 3 3 4 4 4 2
30 30 b 4 4 2 3 4 4 3 4 3
31 31 b 4 4 4 3 4 4 2 4 4
32 32 b 4 4 4 4 3 4 3 4 3
33 33 b 4 4 4 3 3 4 4 3 3
34 34 b 4 4 5 3 3 4 3 3 3
35 35 b 5 4 3 4 4 3 3 4 4
36 36 b 4 3 1 3 3 4 5 3 1
37 37 b 4 4 5 4 3 4 4 4 2
38 38 b 4 4 5 2 2 4 2 3 3
39 39 b 4 4 4 4 3 4 2 4 3
40 40 b 4 4 3 4 4 3 3 4 4
41 41 b 4 3 2 3 3 4 4 4 2
42 42 b 5 3 3 4 3 4 5 3 2
43 43 b 4 3 2 3 4 5 5 4 5
44 44 b 4 2 3 3 3 4 3 3 3
45 45 b 4 4 3 5 3 3 5 4 1
46 46 b 4 4 3 3 5 4 5 4 4
47 47 b 4 4 3 4 3 4 4 4 2
Ｑ1からＱ１１の数値はリッカートスケール（５が強く思う〜１...
//
- すみません、補足です。ＯＳはWindows XPでＲはVersion 2.1...
- sapplyなど、apply系の関数でできます。 -- &new{2011-08-...
- ありがとうございました。私の質問の仕方が悪かったと思い...
- 私なら次のようにします -- &new{2011-08-10 (水) 14:01:2...
> dat01 <- data.frame(ID=1:47,class=c(rep('a',25),rep('b...
Q1=sample.int(5,size=47,rep...
Q2=sample.int(5,size=47,rep...
> apply(dat01[,3:4],2,function(x){tapply(x,dat01$class,t...
$Q1
$Q1$a
1 2 3 4 5
3 10 1 5 6
$Q1$b
1 2 3 4 5
4 7 3 4 4
$Q2
$Q2$a
1 2 3 4 5
6 4 2 7 6
$Q2$b
1 2 3 4 5
2 5 4 4 7
Q1とQ2しかサンプルを作っていませんが、実際に使うときには...
- 丁寧な解説がりがとうございました。この式でやってみます...
- これらはリッカートスケールではないので注意。&br;クラス...
> d <- read.table("data01.dat", header=TRUE)
> sapply(d[3:11], function (x) table(d$class, x))
$Q1
x
3 4 5
a 2 15 8
b 0 19 3
$Q2
x
2 3 4
a 1 5 19
b 1 5 16
： 以下略
- ありがとうございました。私が正におこないたかったことで...
**grepで検索元の単語に「ー」が含まれていても正しく検索で...
>[[ひろ]] (2011-08-09 (火) 18:14:41)~
~
grepコマンドの実行で，検索元(パラメータ1)の単語の中に「ー...
~
検索元の単語に「ー」が含まれていても正しく検索できる方法...
> grep("リー","あ","い","う","え")~
以下にエラー grep("リー", "あ", "い", "う", "え") :
"リー" は不正な正則表現です, 理由は 'Missing ']''
//
- 質問するときには，コンソールに入力されたものをそのまま...
関係ないけど，「正則表現」というのは「正規表現」の間違い...
Mac OSX 10.7, R 2.13.1 だと，以下のようになりますけどねぇ...
> grep("リー", c("スリー","い","リード","え"))
[1] 1 3
- Windows (CP932)の話ですね．それ以外のOSなら河童さんの仰...
- ishida先生．私の記入(OS,version)の不足を推測して頂き，...
- 環境はwin7(32),R-2.13.0でした．記入しておらずお手数をお...
- regularを「正則の」と訳すのは数学屋さんですね。 -- &ne...
**Rコマンダーで日本語が使えません [#m9202fbb]
>[[nappa]] (2011-08-04 (木) 12:50:45)~
~
下記のように日本語があると「不正なマルチバイト文字があり...
対策がありましたら、教えてください。
#サンプル
x <- 2
x
Ｒ Version: 2.13.1
ＲコマンダーVersion: 1.6-4
//
- あなたの OS は? ファイルから読むのですか? だとしたら...
- ＯＳはWindowsXPです。ファイルから読むのではなく、直接ス...
- nappaさんに限りませんが、何をどうしたらどうなったのかを...
**パッケージ"adapt"がインストールできません [#x718032d]
>[[しげ]] (2011-08-03 (水) 16:04:22)~
~
パッケージ"adapt"をインストースしようとすると
In getDependencies(pkgs, dependencies, available, lib) :
package ‘adapt’ is not available (for R version 2.13.1
と警告メッセージが出てインストールできないのですが、どの...
> sessionInfo()
R version 2.13.1 (2011-07-08)
Platform: i386-pc-mingw32/i386 (32-bit)
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932
LC_CTYPE=Japanese_Japan.932
[3] LC_MONETARY=Japanese_Japan.932 LC_NUMERIC=C ...
[5] LC_TIME=Japanese_Japan.932
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils
datasets methods base
other attached packages:
[1] rgl_0.92.798
loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_2.13.1
です。かなり初歩的なことだと思いますが、教えてもらえると...
//
- Ｑ＆Ａ (初級者コース)/12 [[Windows7+R64 2.12.1でパッケ...
- ありがとうございました！！解決です＾＾ -- [[しげ]] &new...
**小数点のデータをrankでソートできますか？ [#u4317512]
>[[ひろ]] (2011-07-29 (金) 16:01:26)~
~
小数点(ex 4.564e-05, 4.234e-02 etc.)のデータセットはrank...
~
■ コマンド~
res.sorted <- res[rank(res$D),]~
データセットresの中のD(eviance)の列は小数点データで，これ...
//
- ソートしたいのなら，何故素直に sort 関数を使わないので...
- 回答ありがとうございました．契約上データをお見せできず...
**ピーク面積の求め方 [#e81ac1e1]
>[[どぜう]] (2011-07-26 (火) 10:41:16)~
~
お世話になっております。過去ログにも無いようですので、...
とあるスペクトルデータがあり、ピーク面積を求めたいので...
よろしくお願い申し上げます。~
//
- あなたにとっては、なんのこともない、スペクトルデータと...
&ref(peak.png);
- すみません。絵の貼り方が分からなくて・・・。お示しいた...
- > 曲線でできていて、とがったところが１つだけでなく、色...
&ref(peak2.png);
- ありがとうございます。おっしゃる通りです。面積は、グラ...
- > 面積は、グラフ各点のy値を足し合わせることにします&br;...
x <- 0:4*0.25 # 等間隔であるとする
y <- c(0, 4, 10, 7, 2)
plot(x, y, type="l", yaxs="i")
polygon(c(x, rev(x)), c(y, rep(0, 5)),
col="#00FF0040")
abline(h=y, lty=3)
segments(x, y, x, rep(0, 5))
両端が三角形でも，三角形は上底（下底_が0の台形なので，面...
(y[1]+y[2])*0.25/2 + (y[2]+y[3])*0.25/2 + (y[3]+y[4])*0....
これをまとめると，y 座標値の和の 2 倍から両端の y 座標値...
(2*sum(y)-y[1]-y[5])*0.25/2
答えは 5.5 になる。 -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁であ...
&ref(peak3.png);
- 重ね重ね、丁寧な回答をいただきありがとうございます。非...
- splancsライブラリのareapl関数を使ってみたらよいのでは。...
- 上の方の，1630 点からなる曲線下面積を，areapl で求める...
> delta.x <- x[2]-x[1] # x 座標の間隔
> sum(y)*delta.x
[1] 3.803799
> system.time(for (i in 1:10000) sum(y)*delta.x)
ユーザ システム 経過
0.068 0.001 0.069
> polygon <- cbind(x, y) # 開曲線
> areapl(polygon)
[1] 3.803799
> system.time(for (i in 1:10000) areapl(polygon))
ユーザ システム 経過
4.943 0.211 4.643
> polygon2 <- cbind(c(x, 0), c(y, 0)) # 閉曲線
> areapl(polygon2)
[1] 3.803799
> system.time(for (i in 1:10000) areapl(polygon2))
ユーザ システム 経過
2.586 0.123 2.337
- areapl関数の紹介をありがとうございました。手は広い方が...
**差の検定について [#m8bb60b9]
>[[Tau]] (2011-07-21 (木) 22:41:07)~
~
統計手法の選択についてご教示ください。~
ある疾患が、1週目に4例、2週目に5例、3週目に6例、4週目に17...
ご教示いただければ幸いです。~
//
- 疾患発生数の違いを，(4, 5, 6) と (17) の2群で行いたい（...
> chisq.test(c(4, 5, 6, 17))
Chi-squared test for given probabilities
data: c(4, 5, 6, 17)
X-squared = 13.75, df = 3, p-value = 0.003266
- 河童様、ご返信ありがとうございます。おっしゃるとおり4週...
1-3週の平均と4週の発生数を比較して4週目が多いと言うことを...
- > 1-3週の平均と4週の発生数を比較して4週目が多いと言うこ...
- 度々、ありがとうございます。ｔ検定、U検定共に不適切であ...
- 念のため，何故「 t 検定は考えられない」のか述べておきま...
0.002243 となる。 -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁である...
- 1 変量だからどうこうの問題ではないでしょう。chisq.test(...
- 詳細なご説明、誠にありがとうございます。理解できました...
- 疾患の発症データに対して，ポアソン分布を適用することを...
- 上記の本を注文しました。勉強します。 -- [[Tau]] &new{20...
**propensity score matchingについて [#oe6cd925]
>[[sui?]] (2011-07-14 (木) 15:45:22)~
~
propensity scoreを用いたマッチングの手法について質問させ...
Rはver.2.13.1、Matching 4.7-14を用いています。~
datasetはMaching package内の「lalonde」を用いています。~
以下の通り、propensity scoreを算出します。
> library(Matching)
> data(lalonde)
> Y <- lalonde$re78
> Tr <- lalonde$treat
> glm1 <- glm(Tr~age+educ+black+hisp+married+nodegr+
re74+re75, family=binomial, data=lalonde)
glm1$fittedがpropensity scoreです。
これを用いてMatchingを行います。
> rr1 <- Match(Y = Y, Tr = Tr, X = glm1$fitted)
> summary(rr1)
Estimate... 2624.3
AI SE...... 802.19
T-stat..... 3.2714
p.val...... 0.0010702
Original number of observations.............. 445
Original number of treated obs............... 185
Matched number of observations............... 185
Matched number of observations (unweighted). 344
サマリーを見ると185例でMatchingが行われたようですが、Matc...
よろしくお願い申し上げます。~
//
- Match のオンラインヘルプは読みました? また，str(rr1) ...
- 河童様、早速のコメント誠にありがとうございます。オンラ...
- 上記の件ですが、optionでtiesをFALSEにすれば、良いようで...
- > Matchingさせるscoreの差の許容範囲を設定する項目はopti...
- 河童さん、コメントありがとうございます。おっしゃる通り...
- 私は，この関数を使う必要がないので，正しい使い方を知る...
- 河童様、度々ありがとうございます。おっしゃる通り、repla...
- > この手法でbiasが増すという理由は分かりません&br;重複...
- おっしゃるとおりです。勉強します。 -- [[sui?]] &new{201...
**行列データの修正 [#o453c72f]
>[[内藤]] (2011-07-14 (木) 10:28:10)~
~
以下の行列データがあります（本物はもっとデータが大きい）
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10]
[1,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
[2,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
[3,] 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0
[4,] 0 0 0 999 0 0 0 0 0 0
[5,] 0 0 0 999 0 0 0 0 0 0
[6,] 0 1 0 999 0 0 0 0 0 0
[7,] 0 1 0 999 0 0 0 0 0 0
[8,] 0 1 0 999 0 0 0 0 0 0
[9,] 0 1 0 999 0 0 0 0 0 0
[10,] 0 999 0 999 0 0 0 0 0 0
[11,] 0 999 0 999 0 0 0 0 0 0
[12,] 1 999 0 999 0 0 0 0 0 0
[13,] 1 999 0 999 0 0 0 0 0 0
999以降の列データを2を8個,3を10個というようにプログラムで...
初歩的な質問で申し訳ありませんが，上手いやり方を教えてく...
//
- 質問が正確ではないのですが，例えば，4列目の4行目から13...
x[4:13, 4] <- rep(2:4, c(3, 5, 2)) # x[4:13, 4] <- c(rep...
のようにしますけど...~
何行何列にあるか何個あるかもわからないときにどうするかと...
- 言葉が足りませんでした。10行1000列のデータで列には上図...
- まだ仕様が不十分です。置き換えるのはいつも「順に2を8個...
-また，説明が足りませんでした。~
下記のプログラムを作成したのですが，CORR[i,j]の各列の999...
# 乱数発生数
k <- 100
# 解析年数
n <- 50
###### データ入力(塩化物イオン拡散予測) ########
C0 <- rweibull (k, 2.600, 9.631)
D <- rlnorm (k, -17.454, 0.995)
d <- 6.85
###### データ入力(腐食環境) ####################
a <- 1500
c <- 0.005
alf <- 220
fai <- 1.3
Fe <- 7850
################################################
# 誤差関数の設定
erf <- function(x) 2 * pnorm(x * sqrt(2)) - 1
# 塩化物配列の設定
C <- matrix(0, n, k)
###### 塩化物拡散予測 ##########################
for (i in 1:n) {
for (j in 1:k) {
C[i,j] <- C0[j]*(1-erf(d/(2*sqrt(D[j]*
i*31536000))))
}
}
###### 鉄筋腐食予測（年数予測) #################
t1 <- round((a/alf)*log(0.01/((4*a*c)/(fai*Fe))))
t2 <- round((a/alf)*log(0.05/((4*a*c)/(fai*Fe))))
t3 <- round((a/alf)*log(0.20/((4*a*c)/(fai*Fe))))
# 劣化度の配列設定
CORR<- matrix(0, n, k)
###### 劣化度設定 ##############################
for (j in 1:k) {
for (i in 1:n) {
if (C[i, j] < 1.2) CORR[i, j] <- 0
else if(C[i, j] < 2.0) CORR[i, j] <- 1
else CORR[i, j] <- 999
}
}
################################################
- 投稿方法も確かめておいた方がよいですよ。（プログラムの...
set.seed(123456789) # ★（テスト用）
# 乱数発生数
k <- 100
# 解析年数
n <- 50
###### データ入力(塩化物イオン拡散予測) ########
C0 <- rweibull (k, 2.600, 9.631)
D <- rlnorm (k, -17.454, 0.995)
d <- 6.85
###### データ入力(腐食環境) ####################
a <- 1500
c <- 0.005
alf <- 220
fai <- 1.3
Fe <- 7850
################################################
# 誤差関数の設定
erf <- function(x) 2 * pnorm(x * sqrt(2)) - 1
# 塩化物配列の設定
C <- matrix(0, n, k)
###### 塩化物拡散予測 ##########################
for (i in 1:n) {
for (j in 1:k) {
C[i,j] <- C0[j]*(1-erf(d/(2*sqrt(D[j]*i*
31536000))))
}
}
###### 鉄筋腐食予測（年数予測) #################
t1 <- round((a/alf)*log(0.01/((4*a*c)/(fai*Fe))))
t2 <- round((a/alf)*log(0.05/((4*a*c)/(fai*Fe))))
t3 <- round((a/alf)*log(0.20/((4*a*c)/(fai*Fe))))
t12 <- t1+t2 # ★
t123 <- t12+t3 # ★
# 劣化度の配列設定
CORR<- matrix(0, n, k)
###### 劣化度設定 ##############################
for (j in 1:k) {
nn <- 0 # ★
for (i in 1:n) {
if (C[i, j] < 1.2) CORR[i, j] <- 0
else if(C[i, j] < 2.0) CORR[i, j] <- 1
else { # ★ ここから
nn <- nn+1
CORR[i, j] <- ifelse(nn <= t1, 2,
ifelse(nn <= t12, 3,
ifelse(nn <= t123, 4, 5)))
} # ★ ここまで
}
}
################################################
- ありがとうございます。昨日から色々やってみたのですが，...
- ちなみに，塩化物拡散予測の部分は，以下のように for ルー...
C <- d/(2*sqrt(D*t(row(C)*31536000)))
C <- t(C0*(1-erf(C)))
- 上記のプログラムの後処理で各年(列)の0,1,2,3,4,5の個数を...
- 最も簡単には apply(CORR, 2, table) とする。ただし，やっ...
result <- t(apply(CORR, 2, function(x) {
a <- table(x)
b <- numeric(6)
b[as.integer(names(a))+1] <- a
return(b)
}))
- ありがとうございます。お察しのとおり，意味がわからない...
- 理解できました。上記のapply(CORR,1,に変更したら上手くい...
- > 各年(列)の0,1,2,3,4,5の個数を数えて&br;とあったのをみ...
- Ｒで面グラフは描けるのでしょうか？色々検索したのですが...
- > Ｒで面グラフは描けるのでしょうか？&br;プログラミング...
result2 <- t(apply(result, 1, cumsum)) # 面グラフを描く...
result2 <- cbind(rep(0, nrow(result2)), result2) # 基準...
plot(c(1, nrow(result2)), range(result2), type="n") # pl...
for (i in 2:ncol(result2)) { 隣り合う2列が構成する多角形...
polygon(c(1:nrow(result2), nrow(result2):1), c(result2[...
}
&ref(area.png);
- 参考にします。助かります。 -- [[内藤]] &new{2011-07-16 ...
- 最終的には以下のようにしました。 -- [[内藤]] &new{2011-...
result2 <- t(apply(result, 1, cumsum))
result2 <- cbind(rep(0, nrow(result2)), result2)
color <- gray(seq(1.0, 0.5, length=7))
plot(c(1, nrow(result2)), range(result2),
xlab="経過年数(年)",
ylab="各劣化状態の面積割合(%)", type="n")
for (i in 2:ncol(result2)) {
polygon(c(1:nrow(result2), nrow(result2):1),
c(result2[, i-1],
rev(result2[, i])), col=color[i])
}
legend(2, 40, c("潜伏期", "進展期", "加速期",
"劣化期", "耐力比1.0以下"),
col=1, fill=color, cex=0.7)
順序を耐力比1.0以上，劣化期，加速期，進展期，潜伏期という...
- 上記は解決しました。 -- [[内藤]] &new{2011-07-18 (月) 1...
**latticeパッケージにおけるxyplotの重ね描きの方法 [#s5c4e...
>[[Ryohei]] (2011-07-12 (火) 22:12:18)~
~
以下のxxというデータセットをID別にTIME2対VAR1とTIME2対VAR...
#1に示した図をアウトプットのイメージとして、#2の2種類のグ...
今回は便宜上2行2列のグラフでしたが、実際には4行4列、5行5...
xyplotの特長である、軸ラベルが両端・最上下段のみに表示さ...
どうぞよろしくお願いいたします。
#1
N <- 4 ; TIME <- seq(6)
TIME2 <- rep(TIME, N)
ID <- rep(seq(N), each=length(TIME))
VAR1 <- rep(seq(3), length(TIME)/3*N)
VAR2 <- round(runif(N*length(TIME), min=1, max=9))
(xx <- data.frame(ID, TIME2, VAR1, VAR2))
layout(matrix(1:4, byrow=TRUE, ncol=2))
old <- par(mar=c(2, 2.7, 1.3, 1), mgp=c(1.6, 0.7, 0))
for (i in 1:N) {
plot(xx[xx[,"ID"]==i, "TIME2"], xx[xx[, "ID"]==i,
"VAR1"], xlim=c(0, 7), ylim=c(0, 10),
xlab="", ylab="", main=sprintf("ID%02d", i),
col="red", type="b")
points(xx[xx[, "ID"]==i, "TIME2"],
xx[xx[, "ID"]==i, "VAR2"],
xlim=c(0, 7), ylim=c(0, 10), col="blue", type="b")
}
par(old)
layout(1)
#2
#library(lattice)
#xyplot(VAR1 ~ TIME2 | ID, data=xx, ylim=c(0, 10),
type="b", col="red")
#xyplot(VAR2 ~ TIME2 | ID, data=xx, ylim=c(0, 10),
type="b", col="blue")
//
- xyplot のオンラインヘルプを読めばよい。とはいえ，あんな...
- 御指導ありがとうございます。example(xyplot)等も探してみ...
- > 類似したものを見つけることができず&br; iris データセ...
**package:rattleがインストールできない [#kd4f3685]
>[[sakura]] (2011-07-09 (土) 07:57:43)~
~
PCのシステムは、~
Microsoft Windows XP~
Professional~
Version 2002~
Service Pack 3~
です。~
R version 2.130(2011-04-013)で、package:rattleをロードし...
どう対処したら良いのか、分かりません。ご教示頂ければ、幸...
Learn more about GTK+ at http://www.gtk.org
If the package still does not load, please ensure
that GTK+ is installed
and that it is on your PATH environment variable
IN ANY CASE, RESTART R BEFORE TRYING TO LOAD THE
PACKAGE AGAIN
以下にエラー as.GType(type) : Cannot convert
RGtkBuilder to GType
追加情報: 警告メッセージ：
In unzip(path, exdir = .windows_gtk_path) :
zip ファイルから抽出中に書き込みエラーが生じました
//
- > パスが通らず？&br;ではなくて，「zip ファイルから抽出...
- 管理者権限の使い方が悪いのか、上手くいきません。Rのバー...
**Rexcel:RthroughExcelWorksheetsが無い [#z24c47c3]
>[[Ackin]] (2011-07-01 (金) 14:02:41)~
~
Office2007、WindowsXPの職場PCにRAndFriendsSetup2130V3.1-1...
インストール時は管理者権限で行いましたが、使用時に権限は...
職場PCはマイドキュメントをサーバにあるP:としてあり、getwd...
~
【症状】~
ExcelメニューからRexcel>RthroughExcelWorksheetsとしたいの...
書籍「ExcelでR自由自在」P.34図3.1によるとDemo Worksheets...
C: P: を検索しましたがBookFilesTOC.xlsmは見当たりません。~
~
どこからかBookFilesTOC.xlsmを探してきて、パスを通さなけれ...
//
- 通常は C:\Program Files{ (x86)}\RExcel\R.and.Excel にイ...
library(RthroughExcelWorkbooksInstaller)
installRthroughExcel()
を実行します．この場合もCドライブへのアクセス権が必要にな...
- コメントありがとうございます。管理者権限で実行してみた...
**scatterplot3dの軸調整について [#y20c7f64]
>[[ランゲルハンス]] (2011-06-22 (水) 14:29:19)~
~
いつも掲示板を参考にしております。~
三次元散布図を描きたいと思います。~
下記のプログラムでは、ｘ、ｙ、ｚ軸の目盛は違っても長さが...
それぞれの軸を実際の長さの比（10：20：5 =2:4:1）にした直...
見た目の錯覚を防ぎたいと思います。~
よろしくお願いいたします。
library(scatterplot3d)
x <- runif(100, 0, 10)
y <- runif(100, 0, 20)
z <- runif(100, 0, 5)
scatterplot3d(x, y, z, pch=20)
//
- グラフィックウインドウの横幅（高さ）とxlim, ylim, zlim ...
&ref(3dplot.png);
- 河童さま、ありがとうございました。参考にさせていただき...
**ヒストグラムの横軸に度数、縦軸に階級を取る方法 [#e1ecb1...
>[[buta]] (2011-06-21 (火) 13:07:20)~
~
ヒストグラムの横軸に度数、縦軸に階級を取るにはどのように...
//
- どこかにそのような関数がすでにあるのかもしれませんが，...
old <- par(mar=c(3, 7, 1, 2), las=3, xpd=TRUE, crt=90)
a <- hist(rnorm(1000), xlab="", main="")
mtext("Rotated Histogram", side=2, line=5, cex=1.5)
text(max(a$breaks)+15*strheight("H", units="figure"),
-strwidth("H", units="figure")*10, "Value", pos=1)
par(old)
&ref(rotated.png);
- ちょっと書いて見ました。 -- [[河童の屁は，河童にあらず...
hist2 <- function(x, breaks = "Sturges",
xlab="Counts", ylab="Value",
main="Horizontal Histogram")
{
a <- hist(x, breaks=breaks, plot=FALSE)
class <- length(a$counts)
plot(range(a$count), range(a$breaks),
type="n", xlab=xlab,
ylab=ylab, main=main)
for (i in 1:class) {
rect(0, a$breaks[i], a$counts[i],
a$breaks[i+1])
}
}
- 「河童の屁は，河童にあらず，屁である。」さんありがとう...
- rectも参考にさせて頂きました！！！！ -- [[buta]] &new{2...
**pasteでベクトル内の文字列を短いコマンドで連結する方法 [...
>[[poro]] (2011-06-18 (土) 04:00:33)~
str <- ""
for (i in c("a", "b", "c")) {
str <- paste(str, i, sep="")
}
としていますが、ベクトルをpasteコマンドにそのまま渡して文...
//
- オンラインヘルプは宝の山です。オンラインヘルプを熟読玩...
- ヘルプも本wikiも熟読できなかったようです。ご回答ありが...
**breaksが小数となるヒストグラムの密度表示が正しくない [#...
>[[石ころ太郎]] (2011-06-15 (水) 19:19:09)~
~
お世話になります。
hist(c(0.1*1:10), probability=TRUE)
を実行したときにdensityが0.1となるべきところが、1.0となっ...
解決法はございますでしょうか？~
//
- 何か勘違いをされているのでしょう。probability=TRUE にし...
> x # データ
[1] 0.1 0.2 0.2 0.3 0.3 0.3 0.4 0.4 0.4 0.4
0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.6 0.6
[18] 0.6 0.6 0.6 0.7 0.7 0.7 0.7 0.8 0.8 0.8
0.9 0.9 1.0
> a <- hist(x,probability=TRUE) # 元のデータのヒストグラム
> a$breaks # 階級幅は 0.2
[1] 0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0
> a$density # 各階級の density
[1] 0.500000 1.166667 1.666667 1.166667 0.500000
> sum(diff(a$breaks)[1]*a$density) # 確率の合計
[1] 1
> b <- hist(x*10,probability=TRUE) # 元のデータを 10 倍...
> b$breaks # 階級幅は 2（元のデータを使った場合の 10倍）
[1] 0 2 4 6 8 10
> b$density # 各階級の density（元のデータを使った場合の...
[1] 0.0500000 0.1166667 0.1666667 0.1166667 0.0500000
> sum(diff(b$breaks)[1]*b$density)
[1] 1 # 確率の合計はやはり 1
&ref(hist-density.png);
- 早速の返事ありがとうございます。面積を計算するときに横...
**四分位数にバグ？ [#q813845c]
>[[三十路]] (2011-06-14 (火) 21:23:44)~
~
c(1,2,3,4,5,100,1001,1002,1003,1004,1005)~
をsummaryで見ると、~
Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max.
1.0 3.5 100.0 466.4 1002.0 1005.0
という結果が表示されるのですが、この3rd Qu.は間違ってます...
c(1,2,3,4,5,10,101,102,103,104,105)~
ならば正しく、~
Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max.
1.00 3.50 10.00 49.09 102.50 105.00
が返されるのですが。~
//
- 表示の際の有効数字の問題でバグではありません。 summary(...
- 回答どうもありがとうございます。 -- &new{2011-06-15 (...
**RColorBrewerが使えません [#tcbad90f]
>[[HS]] (2011-06-14 (火) 18:15:53)~
~
R (2.13.0, x86_64-pc-mingw32/x64) 上で RColorBrewer (1.0-...
> library(RColorBrewer)
エラー： パッケージ 'RColorBrewer' は R 2.10.0 以前に造...
となってしまいます．64bit環境のためなのでしょうか？~
解決方法等ご存知でしたらご教示ください．~
//
- 素直に「RColorBrewerを新しくインストール」するとどうな...
- 回答ありがとうございます。アンインストールと再インスト...
- そうですか。複数箇所にRColorBrewerを入れていないのなら...
**lme()で平方和を出力する方法 [#r702040a]
>[[TK]] (2011-06-14 (火) 12:45:30)~
~
線形混合モデルを使った時に、複数の固定効果の相対的な重要...
しかし、lme()を使ってもlmer()を使っても、このような出力が...
使用環境は、Windows XP、R2.13.0、nlme_3.1-100、lme4_0.999...
library(nlme)
res.lme <- lme(distance ~ age + Sex,
random= ~ 1|Subject, data=Orthodont)
anova(res.lme)
library(lme4)
res.lmer <- lmer(distance ~ age + Sex + (1|Subject),
data=Orthodont)
anova(res.lmer)
lme()の場合、分子自由度、分母自由度、F値、P値が出力されま...
lmer()の場合、分子自由度、平方和、平方平均、F値が出力され...
lmer()が返す平方和を用いようかと考えたのですが、lme()とlm...
//
- たとえば，anova.lme の中を見てみると，Fval[i] <- sum(c0...
- anova(res.lme) で出力されるのは，「分散分析表」ではない...
- 早速のお返事、感謝します。 anova(res.lme)は分散分析表で...
Orthodont$X1<-as.factor(rep(letters[1:3],36))
res.lme2 <- lme(distance ~ age + X1,
random= ~ 1|Subject, data=Orthodont)
summary(res.lme2)
anova(res.lme2)
summary(res.lme2)を見るとX1の係数は2つあり、それぞれの有...
**一般プロクラステス分析 [#rdfcaf67]
>[[タカ]] (2011-06-13 (月) 17:27:24)~
~
いつもお世話になっております。~
GPA（一般プロクラステス分析）について質問です。
Acid Strange Hard Acid1 Strange2 Hard2
C1 2.0 2 2.0 2 1 2.0
C2 4.0 2 1.0 4 3 4.0
C3 7.0 1 2.5 11 1 7.0
C4 4.5 2 1.5 1 2 2.8
C5 5.0 3 4.0 5 6 4.0
以上のデータ（test）に対して、
library(FactoMineR)
res.GPA <- GPA(test, group=c(3, 3))
としたのですが、「以下にエラー if (a >= 0) prob <- pgamma...
御存じの方いらっしゃいましたら、ご教授の程よろしくお願い...
使用環境は、WindowsXP、R 2.13.0です。
//
- このような場合，エラーがでたらまず，traceback 関数によ...
> traceback()
2: coeffRV(Xi, Xj)
1: GPA(test, group = c(3, 3))
coeffRV という関数で最終的にエラーが起きたことがわかりま...
- 早速のご回答ありがとうございます。エラーの解析法までご...
ご指摘された原因についてなのですが、私も最初はデータ不足...
Acid Strange Hard Acid1 Strange2 Hard2
C1 2.0 2 2.0 2 1 2.0
C2 4.0 2 1.0 4 3 4.0
C3 7.0 1 2.5 11 1 7.0
C4 4.5 2 1.5 1 2 2.8
C5 5.0 4 6.0 4 5 4.0
データの中身自体に何か原因があるのでしょうか？繰り返しの...
- > 逆にC5の行をまるまる削除して、GPAを実行してもうまく動...
> a <- NaN
> if (a >= 0) 1
以下にエラー if (a >= 0) 1 :
TRUE/FALSE が必要なところが欠損値です
> a <- -Inf
> if (a >= 0) 1
> if (a < 0) 2
[1] 2
しかし，pgamma が返す値は NaN になっている。エラーメッセ...
> test
Acid Strange Hard Acid1 Strange2 Hard2
C1 2.0 2 2.0 2 1 2.0
C2 4.0 2 1.0 4 3 4.0
C3 7.0 1 2.5 11 1 7.0
C4 4.5 2 1.5 1 2 2.8
C5 5.0 4 6.0 4 5 4.0
> res.GPA <- GPA(test, group=c(3, 3))
以下にエラー
if (a >= 0) prob <- pgamma(rvstd - (-2/a),
shape = (4/a^2), scale = (a/2), :
TRUE/FALSE が必要なところが欠損値です
なんで動いたんでしょ。変ですね。 -- [[河童の屁は，河童に...
- 検討ありがとうございます。 変ですね。こちらだとうまく動...
> test
Acid Strange Hard Acid1 Strange2 Hard2
C1 2.0 2 2.0 2 1 2.0
C2 4.0 2 1.0 4 3 4.0
C3 7.0 1 2.5 11 1 7.0
C4 4.5 2 1.5 1 2 2.8
C5 5.0 4 6.0 4 5 4.0
> (res.GPA <- GPA(test, group=c(3, 3)))
**Results of the Generalized Procrustes Analysis (GPA)**
There are individuals, characterized by variables
*Results are available in the following objects :
name description ...
1 "$RV" "RV Coefficients between partial
configurations"
2 "$RVs" "standardized RV Coefficients
between partial configurations"
3 "$simi" "procrustes similarity indexes
between partial configurations"
4 "$scaling" "isotropic scaling factors" ...
5 "$dep" "PCA of initial configuration " ...
6 "$consensus" "coordinates of the consensus
configuration"
7 "$Xfin" "coordinates of partial
configurations"
8 "$PANOVA" "list of Procrustes Analysis of
Variance tables"
9 "$correlation" "Correlations by sets" ...
何が起きているのかさっぱりですね。バグなんですかね。 -- [...
**パッケージneuralのインストールについて [#zcd585ab]
>[[M_Saito]] (2011-06-11 (土) 16:12:29)~
~
初めて投稿します。この投稿欄にあるhiro?氏と同じような状況...
> utils:::menuInstallLocal()
以下にエラー gzfile(file, "r") : コネクションを開くこ...
追加情報: 警告メッセージ：
In gzfile(file, "r") :
圧縮されたファイル 'neural/DESCRIPTION'
を開くことができません,
理由は 'No such file or directory' です
> install.packages("C/neural.zip",repose=NULL)
ファイル名から 'repos = NULL' を推測
以下にエラー zip.unpack(pkg, tmpDir) :
zip ファイル 'C/neural.zip' が見付かりません
> install.packages("C/neural.zip",contriburl=NULL)
以下にエラー zip.unpack(pkg, tmpDir) :
zip ファイル 'C/neural.zip' が見付かりません
ファイルは作業デレクトリに置いてあります。どこが間違って...
//
- 同じ環境で確認してあげることができないのですが，&br;zip...
- 早速のご検討有難うございました。作業デレクトリは新しく...
- ご面倒をお掛けしております。諦めきれずに各種試行した結...
- > やはり展開したファイルをzipに再度圧縮する際に何か問題...
- コンパイルして，Windowsのバイナリにしていないのでは？ -...
**ロジスティック回帰の曲線のグラフを描きたい [#c21866fd]
>[[うー]] (2011-06-02 (木) 17:03:52)~
~
ロジスティック回帰をしています。~
量xと反応の割合pについて、glm関数でロジスティック回帰式を...
xとpについてプロットを行い、この図に回帰曲線を加えたいと...
~
単回帰であればabline関数とlm関数を用いてコマンド一つで回...
~
いくつか本やウェブページを調べたのですが、独立変数を非常...
~
curve関数で書いてしまおうかとも思ったのですが、高水準作図...
~
何かいい方法はないでしょうか？ 自分で関数を書く以外ない...
//
- 裏で何がどのようにやられていようと，一つの関数を呼ぶだ...
plot.glm <- function(a)
{
x <- a$data$x
y <- a$data$y
plot(x, y)
points(x, a$fitted.values, col="red")
d <- data.frame(x=seq(x[1], x[length(x)],
length=500))
lines(d$x, predict(a, d, type="response"),
col="red")
}
# 使用例
d <- data.frame(x=1:10, y=c(0,0,0,1,0,1,1,1,1,1))
a <- glm(y~x, data=d, family=binomial)
plot(a)
# 当然ながら，logit 以外にも対応
plot(glm(y~x, data=d,
family=binomial(link="probit")))
plot(glm(y~x, data=d, family=gaussian))
- ありがとうございます。実は人に聞かれ、私もですが相手は...
**テーブル出力時の列名のズレ [#ed27b1ed]
>[[ぺーぺー]] (2011-06-01 (水) 21:35:13)~
~
相関行列をテキストファイルに出力したいのですが、どうして...
~
例として、以下のコードで再現可能です。~
~
a<-iris[,1:4]
b<-cor(a)
write.table(b,"C:/b.txt",append=F,
quote=F,col.names=T,row.names=T)
~
コンソール上でbを出力すると、1行1列目は空白としてきちんと...
~
現状、テキストファイルの頭にスペースを追加して読み込んで...
~
宜しくお願い致します。~
//
//- 出力されたテキストファイルは確かに1列ずれているように...
- col.names=NAで。?write.table参照。 -- &new{2011-06-02 ...
- ありがとうございます。おかげさまで解決致しました。もっ...
**pairs()で対数軸にする方法 [#i05bb4eb]
>[[はと]] (2011-05-29 (日) 16:21:03)~
~
R2.13.0を利用しております。~
pairs()で対数軸を利用する方法について質問があります。~
plot()では、plot(data-frame,log="xy")で対数軸に出来るので...
dataのlogをとることも考えましたが、相関係数は元のdataで計...
よろしくお願い致します。~
//
- > dataのlogをとることも考えましたが、相関係数は元のdata...
- 早速ありがとうございます。~申し訳ありません、説明不足で...
**subset関数でワイルドカードは使えますか [#k2a3f5b2]
>[[たろ]] (2011-05-23 (月) 17:46:02)~
~
初心者です。データフレームの中の変数 variable (数字と文字...
subset(data, data["variable"] == "2*")
のような書き方で一遍に取り出すことは可能でしょうか。~
//
- subset(data, regexpr("^2", data$variable) != -1) などテ...
- 早速、お教え頂きありがとうございます。本当に助かりまし...
- 「初心者です」なんて前置きは，何のために必要なんですか...
- 回答する側としては、どの程度くわしく答えればよいかの（...
**対応のあるデータのグラフ作成 [#mde0f198]
>[[ようやくRが楽しくなってきたとこ]] (2011-05-19 (木) 18:...
~
http://software.ssri.co.jp/statweb2/column/column0708.htm...
//
- [[グラフィックス参考実例集：平行座標プロット:http://www...
と，思ったけど，あんなんじゃだめだろうね。~
ということで，簡単な概略プログラムを示しておきましょうか...
set.seed(123456)
x <- data.frame(before=rnorm(10),
after=rnorm(10, mean=0.5))
plot(c(1, 2), range(x), type="n", xlab="",
xaxt="n", ylab="value",
xlim=c(0.8, 2.2))
junc <- sapply(1:nrow(x),
function(i) segments(1, x[i, 1], 2, x[i, 2], col=i))
axis(1, at=1:2, labels=colnames(x))
text(2, x$after, 1:nrow(x), col=1:nrow(x),
pos=4, xpd=TRUE)
&ref(paired-data.png);
- 早いお返事ありがとうございます！！ すごく助かりました...
- matplot(rbind(rep(1,10),rep(2,10)),rbind(x$before,x$aft...
- なるほど。matplot(t(x),type="b",xaxt="n",xlab=""); axis...
**nnetに教師用データを追加する方法 [#ndfb45a6]
>[[R始めて1ヶ月]] (2011-05-07 (土) 12:28:53)~
~
ニューラルネットワークのパッケージnnetについて質問です。~
すでにデータAを学習したネットワークに対して、さらに別のデ...
別のパッケージならできるという情報もお待ちしております。~
//
**eval(parse(text ="文字列"))のエラー [#naa8b689]
>[[質問者]] (2011-05-06 (金) 11:07:52)~
~
お世話になります。~
fv1からfv25という変数にそれぞれread.csv()で数値データ（30...
これらのデータを順番に同じ処理をしたく以下のようなコード...
for (i in 1:25) {
eval(parse(text = paste("fv <- fv", i)))
# 変数fvにi番目のfvを代入
#処理
}
コードを実行すると~
以下にエラー parse(text = paste("fv <- fv", i)) :
<text>:1:10: 予想外の 数値定数 です
1: fv <- fv 1
^
というエラーが出てきてしまいます。~
この原因が分かる方がいましたら、どうかご教授願います。
環境：
R version 2.12.1 (2010-12-16)
Platform: x86_64-pc-mingw32/x64 (64-bit)
//
- fvと1の間にスペースがあったら駄目でしょ。sep=''をつける...
- >回答者様 無事解決しました。感謝します。 -- [[質問者]]...
- 異なる変数に代入されたデータに対して同じ処理をしたいと...
# データが個々のファイルに用意されており，ファイル名が連...
# 入力すべきファイル名を生成する
file.name <- sprintf("file%03d.dat", 1:200)
# file001.dat 〜 file200.dat まで
for (fn in file.name) {
cat(sprintf("file: %s\n"))
# どのファイルを処理した結果かを明記しておく
data <- read.csv(fn)
# いつも同じデータフレームに読み込む
# data というデータフレームについて処理
}
eval(parse( を使わなくては書けないというのはそんなに多く...
**3次元空間の図形の色付け [#fa614e6c]
>[[初心者KT]] (2011-05-04 (水) 09:19:54)~
~
三次元の座標を持つ点AからEが存在します~
下記の様な三角形が三つあります。~
各三角形は連続して隣接しています。~
下記の三角形の表と裏を別の色で塗ることは可能でしょうか。~
またZの値によって、gradationがかかる様な塗り方も可能でし...
実際には、100個以上の三角形の組み合わせによる構造物を扱う...
三角形１~
Point X (mm) Y (mm) Z (mm)~
A -14.54 8.39 60.82~
B -12.36 10.37 61.72~
C -9.4 7.88 61.2~
~
三角形２~
A -14.54 8.39 60.82~
D -15.77 5.74 60.3~
E -10.51 6.07 61.2~
~
三角形３~
A -14.54 8.39 60.82~
E -10.51 6.07 61.2~
C -9.4 7.88 61.2~
//
- 三次元の物体を二次元平面に射影するわけですね。見えてい...
- 私が知る限り、ポリゴンの内部をグラデーションで塗り分け...
- 了解しました。この方法では、かなりの困難ですね。自分も...
- > 平面上に多数の点を設定し、そのZ座標値に応じて色を付け...
Rでやるならその方針でZ座標に応じた色を塗ることができます...
z <- volcano
x <- 10*(1:nrow(z))
y <- 10*(1:ncol(z))
brks <- quantile(z, seq(0,1, len = 21))
zi <- z[-nrow(z),-ncol(z)]
cols <- terrain.colors(20)[cut(zi,brks,
include.lowest = TRUE)]
persp(x, y, 2*z, theta = 120, phi = 15,
col = cols, scale = FALSE,
ltheta = -120, border = NA, box = FALSE)
#ref(3d-grid01.png,center);
ポリゴンやグリッドの中をグラデーションで塗ることはできま...
**パッケージが更新できない [#md4c6b90]
>[[質問者]] (2011-05-03 (火) 21:29:33)~
~
パッケージを更新しようとすると以下のような警告出ます。~
警告： パッケージ 'urca' の前のインストールを取り除くこ...
パッケージ 'zoo' は無事に開封され、MD5 サムもチェックさ...
ダウンロードされたパッケージは、以下にあります
C:\Users\***\AppData\Local\Temp\RtmpVFYyw4\downloaded_pa...
install.packages(update[instlib == l, "Package"], l,
contriburl = contriburl, 中で警告がありました：
'lib = "C:/PROGRA~1/R/R-212~1.1/library"' は
書き込み可能ではありません
以下にエラー install.packages(update[instlib == l, "Pack...
l, contriburl = contriburl, :
パッケージをインストール出来ませんでした
~
解決策はありますでしょうか。ちなみに作業状態ですが、Rを終...
//
- この現象はWinVista,7のみで起きます。Rを起動する時に「管...
- ありがとうございました。 -- [[質問者]] &new{2011-05-04 ...
**パッケージのバージョン [#mae4477c]
>[[質問者]] (2011-05-03 (火) 13:43:25)~
~
あるパッケージをインストールした後、そのバージョンの確認...
//
- これではいかがでしょうか。installed.packagesのExamples...
str(ip <- installed.packages(priority = "high"))
ip[, c(1,3:5)]
plic <- installed.packages(priority = "high", fields="Li...
## what licenses are there:
table( plic[,"License"] )
- library(help="base") -- &new{2011-05-05 (木) 14:32:42};
- 要するに，library(help=パッケージ名) でしょう？パッケー...
> library(help=zoo) により表示されるウインドウの一部
Package: zoo
Version: 1.6-5
> library(help=MASS) により表示されるウインドウの一部
Package: MASS
Priority: recommended
Version: 7.3-13
- ありがとうございました。 -- [[質問者]] &new{2011-05-07 ...
**ESSで日本語を表示する方法？ [#c432a83f]
>[[Toy]] (2011-05-02 (月) 15:14:07)~
~
お世話になります。~
初歩的な質問で恐縮です。~
ESSで日本語を表示する方法について教えてください。~
まず.emacsに、次のように記述しました。
;;essのロード
(load "c:/Meadow/site-lisp/ess/Lisp/ess-site.el")
そしてess-site.elの299行目を、次のように書き換えました。
(setq-default inferior-R-program-name "c:/r/bin/i386/Rte...
その上でMeadowを起動し、Alt+x rと入力するとRは起動します。~
しかし、起動した後の初期画面には日本語は表示されず、作成...
どのように設定すれば、日本語が正しく表示されるのか、御教...
当方の環境は、以下のとおりです。
Editor:Meadow 3.01-dev
OS:Windows XP
R:Version 2-13-0
//
- 自己解決しました。このWikiのESSのページの記述を参考にし...
(set-language-environment "Japanese")
の次に、以下のコードを付け加えることで、グラフ表示の際の...
(set-default-coding-systems 'shift_jis)
(set-terminal-coding-system 'shift_jis)
(set-keyboard-coding-system 'shift_jis)
(set-buffer-file-coding-system 'shift_jis)
(require 'ess-site)
(setq ess-pre-run-hook
'((lambda () (setq S-directory default-directory)
(setq default-process-coding-system
'(shift_jis . shift_jis))
)))
なお、既に記述してあった、次のコードは削除しました。
;;essのロード
(load "c:/Meadow/site-lisp/ess/Lisp/ess-site.el")
ただし、依然として初期画面は日本語表示ではありませんし、...
これはESSの仕様なのでしょうか？ -- [[Toy]] &new{2011-05-0...
- EditorをMeadowからEmacs23.3に乗り換えたら、上記の日本語...
**Rコマンダーでクラスター分析以降の選択ができない [#a28dd...
>[[R初心者]] (2011-05-02 (月) 11:14:32)~
~
R、統計ともに超のつく初心者です。~
RおよびRコマンダーを用いて、クラスター分析を行い、樹形図...
Rコマンダーのインストールはできたのですが、クラスター分析...
Rコマンダー入門によりますと、「現在の状況において利用でき...
クラスター解析をする際にインストールが必要なパッケージ等...
使用OSはWindowsXP, Rのバージョンは2.13.0,データはテキスト...
どうかご教授お願いいたします。~
//
- データセットの問題だったようで、自己解決いたしました。...
- その手法に適したデータセットを読み込んでいないと、手法...
**数量化?�爐里笋衒�擇咼┘蕁爾砲弔い [#zc805f...
>[[cyako]] (2011-05-01 (日) 18:44:20)~
~
R初心者ですが、心理学論文を書くのにコレスポンデンス分析、...
そこで、解説サイトや本を参考にしつつ、下記�のスク...
(windows7、Rのバージョンは2.13.0、データはexcelで作成した...
�1つ目に使用したスクリプト
> df <- read.table("clipboard", header=TRUE)
> df
> library(MASS)
> corresp(df, nf=2)
このスクリプトで1つ目のデータはなんとか結果？を出すことが...
しかし、clipboardの内容(別のカテゴリーデータ)を変えて、同...
�2つ目のエラー
> df <- read.table("clipboard", header=TRUE)
> df
> library(MASS)
> corresp(df, nf=2)
以下にエラー corresp.matrix(as.matrix(x), ...) :
empty row or column in table←これが表示がされます
このようなエラーに対してどのように対処すればいいのでしょ...
もしくは、そもそもスクリプトが間違っているのでしょうか？~
初歩的な質問で大変申し訳ないのですが、ご指導いただきたく...
//
- 素直にエラーメッセージを解釈しましょう。&br;文字通り，...
> library(MASS)
> (x <- matrix(c(1,0,0, 0,0,0, 0,0,1, 1,0,1), 4))
# 第2列が全部 0 です
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 0 1
[2,] 0 0 1
[3,] 0 0 0
[4,] 0 0 1
> corresp(x)
以下にエラー corresp.matrix(x) :
empty row or column in table
> (x <- matrix(c(1,0,0, 0,1,0, 0,0,0, 1,0,1), 4))
# 第3行が全部 0 です
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 1 0
[2,] 0 0 1
[3,] 0 0 0
[4,] 0 0 1
> corresp(x)
以下にエラー corresp.matrix(x) :
empty row or column in table
このほか，分かりにくいですけど見た目は全部 0 であるような...
- >河童の屁は，河童にあらず，屁である。様 丁寧な説明及び...
**ショートカットキーの変更 [#te1be251]
>[[hiro]] (2011-05-01 (日) 11:46:01)~
~
Mac OS X 上で R 2.13.0 を使用しています。以前は標準エディ...
//
- delete キーを使うだけでよいのでは？ -- [[河童の屁は，河...
- 全く同じ悩みを抱えてるけど今のところ変更する方法はない...
- ありがとうございます．タイプミスすると脊髄反射的にCtrl+...
- https://svn.r-project.org/R-packages/trunk/Mac-GUI/NEWS...
Last update: 2011-02-10 [HJBB]
* Added menu item 'Show Help for current
Function' CTRL+H
to context menu of RConsole and each Script
Editor. It
parses backwards from the current cursor's
position to
to find the current function and opens the
help page.
If the user did select a text chunk CTRL+H
will try
to come up with help page of the selected
text.
If nothing was found it sets the focus to
the Help
Search Field.
~この機能ですね。 右クリックしたときに出てくるコンテキス...
**数量化I類における再計算について [#beac4538]
>[[R初心者]] (2011-04-30 (土) 18:30:19)~
~
仮にRでDBからデータフレームに対して数量化I類を行って、ste...
この時点で、「有意じゃない」カテゴリ内の変数に関して除去...
//
- 「カテゴリ内の変数を除去する」ということは、subset() と...
- ええと、例えばその情報がinteceptに含まれちゃうような感...
- たぶん、A,B,Cの3カテゴリがある変数xを投入したとき、lmだ...
- あ、その通りです。「工学のためのデータサイエンス入門」...
**3次元配列を１次元の添え字順に二次元配列として表示する [...
>[[質問者]] (2011-04-30 (土) 09:54:22)~
~
Aployに次のような三次元配列を定義します。
Apoly <- array(c(1,-0.5,0.3, 0,0.2,0.1,
0,-0.2,0.7, 1,0.5,-0.3),
c(3,2,2))
Aployを１次元の添え字ごとに2次元配列として表示するために...
Apoly[1,,]
Apoly[2,,]
Apoly[3,,]
結果は次の通りです。
> Apoly[1,,]
[,1] [,2]
[1,] 1 0
[2,] 0 1
> Apoly[2,,]
[,1] [,2]
[1,] -0.5 -0.2
[2,] 0.2 0.5
> Apoly[3,,]
[,1] [,2]
[1,] 0.3 0.7
[2,] 0.1 -0.3
これらを一つのコマンドで実行する方法はないでしょうか。例...
> Apoly[1:3,,]
, , 1
[,1] [,2]
[1,] 1.0 0.0
[2,] -0.5 0.2
[3,] 0.3 0.1
, , 2
[,1] [,2]
[1,] 0.0 1.0
[2,] -0.2 0.5
[3,] 0.7 -0.3
//
- １つのコマンドでやる方法は知りませんが、こういう出力が...
> lapply(1:3, function(x) Apoly[x,,])
[[1]]
[,1] [,2]
[1,] 1 0
[2,] 0 1
[[2]]
[,1] [,2]
[1,] -0.5 -0.2
[2,] 0.2 0.5
[[3]]
[,1] [,2]
[1,] 0.3 0.7
[2,] 0.1 -0.3
- 「表示するだけ」ならば以下のように。junk に付値されるも...
> junk <- apply(Apoly, 1, print)
[,1] [,2]
[1,] 1 0
[2,] 0 1
[,1] [,2]
[1,] -0.5 -0.2
[2,] 0.2 0.5
[,1] [,2]
[1,] 0.3 0.7
[2,] 0.1 -0.3
- 例えば -- &new{2011-04-30 (土) 14:38:31};
> aperm(Apoly,c(2,3,1))
, , 1
[,1] [,2]
[1,] 1 0
[2,] 0 1
, , 2
[,1] [,2]
[1,] -0.5 -0.2
[2,] 0.2 0.5
, , 3
[,1] [,2]
[1,] 0.3 0.7
[2,] 0.1 -0.3
- みなさん、ありがとうございました。色々な方法があるので...
**数量化I類での基準変数の指定の仕方 [#hb380b5d]
>[[R初心者]] (2011-04-30 (土) 05:53:05)~
~
DBにRに接続しながらlm関数で数量化I類を試しています。~
Rで数量化I類を行うと、キチンと回帰結果を返してくれるので...
Interceptや、基準となるカテゴリー内のデータ名はlm関数の引...
//
- あなたがお好きなように，factor 関数の levels 引数で指定...
> x <- c("foo", "bar", "baz", "bar")
> (a1 <- factor(x))
[1] foo bar baz bar
Levels: bar baz foo
> as.integer(a1)
[1] 3 1 2 1
> (a2 <- factor(x,
levels=c("bar", "baz", "foo")))
[1] foo bar baz bar
Levels: bar baz foo
> as.integer(a2)
[1] 3 1 2 1
> (a3 <- factor(x,
levels=c("foo", "baz", "bar")))
[1] foo bar baz bar
Levels: foo baz bar
> as.integer(a3)
[1] 1 3 2 3
- なるほど。ありがとうございます。 -- [[R初心者]] &new{20...
**Rcmdrのエラー [#td78fec7]
>[[miyucka]] (2011-04-30 (土) 00:25:29)~
~
こんばんわ．いつもお世話になっています~
環境はMac OSX 10.4.11です．~
Rcmdrを使いたくて~
library(Rcmdr)~
と入力すると~
Error in structure(.External("dotTclObjv",
objv, PACKAGE = "tcltk"), class = "tclObj") :
[tcl] invalid command name "font".
Error : .onAttach は 'attachNamespace' で
失敗しました
エラー： 'Rcmdr' に対するパッケージ
もしくは名前空間のロードが失敗しました
となってしまいます．~
~
パッケージのアップデートをCRANのバイナリもソースも両方や...
（違いは理解してませんがとりあえず．．．）~
BioConductorもやってみましたが変化無しです．~
おかしなことをしたのかと思ってもとからもっていたRを消して~
もう一度インストールして~
library(Rcmdr)と入力しても~
要求されたパッケージ tcltk をロード中です
Tcl/Tkインターフェースのロード中 終了済
要求されたパッケージ car をロード中です
要求されたパッケージ MASS をロード中です
要求されたパッケージ nnet をロード中です
要求されたパッケージ survival をロード中です
要求されたパッケージ splines をロード中です
という記述はでるものの，結果は変わりません~
~
他のQ&Aのページでは勝手に治ったという結果でバグだったのか...
という記述で終ってました．~
これはどこをどうしたらいいのでしょうか？？？~
ご指導頂ければ嬉しいです．よろしくお願い致します．~
//
- 追記失礼します．Error in structure(.External("dotTclObj...
- Mac OS X 10.6.7 で，R version 2.13.0 ですが，何の問題も...
- 河童さん いつもありがとうございます．やはりOSが問題な...
**効果的なグラフ作成について [#y9b2e876]
>[[初心者]] (2011-04-27 (水) 13:21:40)~
~
立体的なグラフの表現方法について~
初心者KT? (2011-01-31 (月) 22:24:19)~
~
R初心者です。~
~
自分は数学系、物理系、工学系の専門教育は受けたことがなく...
~
３０個の点が、xyzを与えられています。~
１． ３０個の点が、“最も平均的に通る平面”（平面Aとする）...
（以前のこのコーナーで質問に答えていただき、平面Aは、ax+b...
~
２． 平面Aの上に８１個の点の様な構造物がドーム状にかぶさ...
� 30個の点と平面A~
� 30個の点と平面A,および平面B~
� �平面Aと平面B~
のそれぞれの3種類の組み合わせを、3次元的にグラフで綺麗に...
LatticeからCloundやwireframeなどを使おうとしましたが、な...
理想的には、平面Bは高さによって（Zの値によって）、色が変...
３０個の点~
X Y Z~
56.8458 56.3972 95.2184~
58.1262 55.2657 96.9028~
61.0080 53.8846 97.6925~
63.7117 52.5191 98.1147~
65.9630 51.1603 98.0884~
68.0598 49.8240 97.4626~
70.3595 48.6390 96.2383~
73.0480 47.8221 94.6007~
76.0860 47.6060 92.8562~
79.2539 48.1658 91.3380~
82.2386 49.5663 90.3180~
84.7249 51.7420 89.9494~
86.4678 54.5090 90.2453~
87.3370 57.6021 91.0912~
87.3282 60.7262 92.2840~
86.5478 63.6101 93.5838~
85.1780 66.0516 94.7681~
83.4311 67.9458 95.6757~
81.5042 69.2908 96.2331~
79.5429 70.1705 96.4590~
77.6191 70.7182 96.4472~
75.7289 71.0677 96.3317~
73.8088 71.3037 96.2427~
71.7678 71.4224 96.2643~
69.5302 71.3165 96.4051~
67.0781 70.7936 96.5927~
64.4841 69.6327 96.6992~
61.9234 67.6774 96.5962~
59.6531 64.9476 96.2303~
57.9525 61.7413 95.6913~
曲面Bの構成要素~
X Y Z~
66.5214 52.3693 100.1890~
69.0172 55.2805 98.6580~
71.1465 57.6134 98.0792~
73.4542 60.2416 96.9707~
74.2816 61.4516 95.2830~
75.8534 63.4528 93.5104~
78.1356 65.5883 94.6485~
79.3441 66.4813 96.3968~
81.8057 68.7355 97.8613~
69.4359 50.9051 99.5420~
71.1025 54.5844 99.2688~
71.9337 56.6633 98.3382~
72.8589 58.7782 97.9511~
73.5783 60.6862 96.7916~
74.3058 62.7413 95.2100~
74.8671 64.3807 93.8145~
76.4086 67.2760 95.2155~
78.2037 70.3165 97.9255~
72.8598 48.6686 97.5556~
73.0553 53.8495 97.0382~
73.1433 56.6261 96.5826~
73.3167 59.6391 96.9136~
73.3231 61.7117 95.9461~
73.3418 63.9996 95.0022~
73.3420 65.9646 94.0229~
73.5266 67.9228 94.9986~
73.9282 71.3346 97.5466~
76.6417 48.3653 95.4308~
75.5219 52.4555 96.4391~
74.9038 54.7740 97.3086~
74.0257 57.8910 97.6356~
73.1674 60.8503 97.5045~
72.5119 63.0188 96.9356~
71.6926 65.7293 96.2245~
71.1617 67.6709 96.7142~
70.0804 71.6452 97.8153~
81.0857 49.4645 93.7371~
77.7238 54.0901 94.3492~
75.9176 56.5834 95.7828~
74.4364 58.6303 97.2458~
73.4941 59.9329 98.2465~
72.1696 61.7559 98.5740~
71.0152 63.3431 98.6402~
69.0276 66.0708 98.0351~
66.2486 69.8901 97.9546~
85.2473 52.2150 93.0255~
81.2928 54.9562 92.2683~
79.3713 56.2273 93.0238~
76.9566 57.8602 93.3170~
75.3852 58.7892 95.9743~
72.8658 60.3924 98.1361~
70.5020 62.0146 97.9852~
67.0597 64.3694 97.9051~
62.4689 67.4921 98.1250~
88.0380 56.8771 94.4088~
84.4938 57.8743 92.7572~
81.0642 58.7234 92.3931~
78.9147 59.1500 93.2910~
75.6953 59.7277 95.2876~
72.8867 60.1105 98.3210~
68.8648 61.0533 98.4587~
65.0531 61.9484 98.5723~
59.3881 63.4470 96.9480~
87.7385 61.3387 95.9346~
84.2589 61.3849 93.4009~
80.7455 61.1783 92.9229~
78.1388 60.8384 94.1021~
74.5410 60.2960 96.3323~
70.9528 59.7412 98.6698~
67.4871 59.4730 98.7284~
63.3083 59.2362 98.0871~
58.8063 58.9720 97.4714~
85.0653 65.4926 97.8556~
83.9668 65.5278 94.3416~
80.8889 64.4879 91.7567~
77.4482 62.5331 93.9201~
75.0270 61.1638 95.4027~
73.0548 59.9064 97.5156~
70.2444 58.5210 97.9352~
66.1804 56.5065 98.6132~
62.4675 54.5575 99.9249~
//
- 平面Aと30点が離れているような &ref(rgl2.gif); -- [[私も...
- 誠に申し訳ありませんでした。このa,b,cはそれぞれa = -0.0...
- あなたにとって、綺麗な3次元的グラフとはどのようなものか...
- “私も医学系”様へ 自分にとっての綺麗なグラフとは、以下の...
- > グラフのprogram~
下記のコードです。a,b,cは新しいものに更新しましたので、こ...
library(misc3d)
## ptsは30点のデータフレームです
## range(pts[,1])
## range(pts[,2])
a <- -0.001709210
b <- 0.001085967
c <- -0.009890907
d <- 1
v <- surfaceTriangles(seq(55,90,len=30),
seq(45,75,len=30),
function(x, y){-(a/c)*x-(b/c)*y-(d/c)},
color2 = "green")
p <- pointsTetrahedra(pts[,1],pts[,2],
pts[,3],size = 0.1)
## drawScene.rgl(list(v, p))
drawScene(list(v, p))
#ref(misc3d-drawScene.png,center);
ついでにBの方の参考コードも示します。
library(geometry)
library(rgl)
tetramesh(delaunayn(as.matrix(B)),B)
# Bは曲面Bのデータフレーム
#ref(geometry-tetramesh.png,center);
- 入力方法を教えて頂いて有難うございました。この方法で、...
**R2.12.2が64-bit版Windowsでないとアンインストールできな...
>[[NT]] (2011-04-23 (土) 16:50:39)~
~
R2.12.2をアンインストールしようとしたら「このプログラムは...
使用OSはWindowsXP Proffesional Ver.2002 Servic Pack3です。~
私としてはこれまでRがバージョンアップされる度に、古いバー...
//
- 再度インストールし直してから消してみるとか。それでもだ...
- ありがとうございます。結局後者の方法で削除いたしました...
**PHP の decbin に相当する関数あるでしょうか？ [#o83c4878]
>[[tadashi]] (2011-04-21 (木) 13:24:10)~
~
PHP には、10進法を2進法に変換するdecbin とい関数がありま...
//
- RSiteSearch()で検索すると、beliefパッケージのdecBin()が...
- あと、HapEstXXRパッケージのdec2bin()とか、wleパッケージ...
**glmのpredic(…, se.fit)で出力される$se.fitについて [#n1d...
>[[まつよ]] (2011-04-20 (水) 12:36:01)~
~
下のようなデータフレーム"data"がを用いて、glm関数による回...
> data
x y
1 1 2
2 2 3
3 3 5
4 4 9
5 5 4
6 6 4
7 7 10
8 8 12
9 9 15
10 10 18
11 11 19
12 12 19
13 13 20
14 14 22
15 15 25
16 16 29
17 17 30
18 18 35
19 19 36
20 20 35
> m=glm(y~x, data,
family=gaussian(link=identity))
> predict(m, newdata=data.frame(x=x),
se.fit=T)
$fit
1 2 3 4 5 ...
-0.3428571 1.5458647 3.4345865 5.3233083 7.2120301 ...
7 8 9 10 11 ...
10.9894737 12.8781955 14.7669173 16.6556391 18.5443609 2...
13 14 15 16 17 ...
22.3218045 24.2105263 26.0992481 27.9879699 29.8766917 3...
19 20
33.6541353 35.5428571
$se.fit
1 2 3 4 5 ...
0.9877626 0.9129465 0.8408734 0.7723116 0.7082816 0.6501...
7 8 9 10 11 ...
0.5995491 0.5586215 0.5295821 0.5144480 0.5144480 0.5295...
13 14 15 16 17 ...
0.5586215 0.5995491 0.6501237 0.7082816 0.7723116 0.8408...
19 20
0.9129465 0.9877626
$residual.scale
[1] 2.292081
おそら$se.fitの値は標準誤差（SE）なのだと思いますが、この...
~
Googleで検索して少し調べてみるとSE=SD/sqrt(N)の関係がある...
~
ちなみにsessionInfo()で出力される使用環境は以下の通りです。
> sessionInfo()
R version 2.12.1 (2010-12-16)
Platform: i386-pc-mingw32/i386 (32-bit)
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932
LC_CTYPE=Japanese_Japan.932
[3] LC_MONETARY=Japanese_Japan.932
LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=Japanese_Japan.932
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils
datasets methods
[7] base
loaded via a namespace (and not attached):
[1] MASS_7.3-9
//
- あなたの言っている SD とSE での SE と，ここでの SE は別...
&ref(se-fit.png);
**Coxとforest plot [#f2d44fee]
>[[michi]] (2011-04-18 (月) 19:03:14)~
~
R 2.12.2を使用しています（mac）．~
&ref(sorafenib SHARP trial NEJM.pdf)のfigure 3のような，C...
//
- すみません．添付ができませんでした． -- [[michi]] &new{...
- > すみません．添付ができませんでした&br;なんて何の情報...
- #ref(http://www.nejm.org/doi/pdf/10.1056/NEJMoa0708857)...
- すみません．投稿になれていないもので，つぎはぎになって...
- うまくいかず失礼しました．本当に初歩的なことで恐縮です...
- > すみまんせん&br;なんて言って言っている前に&br;>...
[[http://rss.acs.unt.edu/Rdoc/library/rmeta/html/metaplot...
[[http://rss.acs.unt.edu/Rdoc/library/rmeta/html/forestpl...
- > PDFファイルを添付するにはどうすればよいでしょうか&br;...
- いろいろ検索してわからず，こちらで質問してみるとと聞き...
- > 他をあたります&br;どうぞ，お好きに。だけど，答えもち...
**お礼 [#ga4c7845]
>[[kazusata]] (2011-04-18 (月) 18:39:14)~
~
ご回答ありがとうございます。~
close.screen( ) をこまめに入れてみます。~
//
- お礼は，記事を別にするのではない。元記事へコメントする...
**screen(n, new=FALSE)が効かない。 [#e733585c]
>[[kazusata]] (2011-04-17 (日) 21:52:27)~
~
windows7で、R ver.2.12.0を便利に使わせて頂いています。~
以下の使用で、思いどおりに行かず、ヘルプをお願い致します。~
jpegデバイスに複数のグラフを書く中で、screen(n, new=FALSE...
jpeg(file.name, quality = 50)
split.screen(c(8,4) )
screen(1)
plot(x,y,type="n")
screen(2)
......
screen(1, new = FALSE)
liens(x,y)
........
dev.off()
これで、jpegを見ると、座標軸が消えている。~
//
- ご自身の入力と"スペルミスなく"入力されて、デモデータで...
- バグか仕様かしらないけれど，screen( ) で別のスクリーン...
pdf("test.pdf", width=10, height=5)
split.screen(c(1, 2))
x <- 1:10
y <- x^2
screen(1)
plot(x,y,type="n")
screen(2)
plot(x,y,type="n")
screen(1, new=FALSE)
lines(x,y)
close.screen(1) # これを入れると期待どおり
screen(2, new=FALSE)
points(x, y)
close.screen(all=TRUE)
dev.off()
&ref(split-screen.png);
**Kaplan-Meierのグラフについて [#o34a6d8f]
>[[hana]] (2011-04-13 (水) 17:21:10)~
~
Mac OS X 10.6.7でR ver. 2.12.2を使用しています初心者です．~
Kaplan-Meierの生存曲線はこちらの既出の方法で描けたのです...
またnumber at riskをグラフに盛り込むにはどうすればよいで...
よろしくご教示ください．~
//
- 単純に上下反転でよいのでしょうか?&br;survival パッケー...
require(km.ci)
data(rectum.dat)
require(survival)
fit <- survfit(Surv(time, status) ~ 1,
data=rectum.dat)
plot(fit$time, 1-fit$surv, type="s")
text(fit$time, 1-fit$surv, fit$n.risk,
pos=3, xpd=TRUE)
- ありがとうごございます．早速実行してみましたが，エラー...
- > エラーとして「有限な'xlim'の値が必要です」とでます．...
- 解決しました．お手数おかけしました． -- [[hana]] &new{2...
**R.12.2.2のインストール後、install.packages( )ができな...
>[[sizu]] (2011-04-08 (金) 14:16:51)~
~
よろしくお願いします。~
R.12.2.2のインストール後、install.packages( )で、下記に...
> utils:::menuInstallPkgs()でも同じで、「以下にエラーメッ...
~
OSはWindowsXP (SP3) 、インストール方法は、full installを...
ミラーサイトは、Tsukuba, hyogo どちらも試しました。~
また、私のPCでは、下記メッセージの「圧縮されたファイル･･･...
~
R2.12.1までは、普通に動いていました。バージョンアップして...
現在では、R2.12.1、R2.12.2 いずれをインストールしなおして...
インストール方法等については、Google などでいろいろ検索し...
~
以下にエラーメッセージを貼り付けます。
> install.packages("Rcmdr")
パッケージを ‘C:\Documents and Settings\
Administrator\Local
Settings\Application Data\
R-core/R/win-library/2.12
中にインストールします
(‘lib’ が指定されていないので)
以下にエラー gzfile(file, mode) :
コネクションを開くことができません
追加情報: 警告メッセージ：
In gzfile(file, mode) :
圧縮されたファイル 'C:\DOCUME~1\ADMINI~1\LOCALS~1\
Temp\RtmpNubfVC/libloc_C
%3a%5cDocuments%20and%20Settings%5cAdministrator
%5cLocal%20Settings%5cApplication%20Data%5cR-core%2fR%2f...
library%2f2.12Version,Priority,Depends,Imports,
LinkingTo,Suggests,Enhances,OS_type,License,Archs,Built....
を開くことができません,
理由は 'No such file or directory' です
//
- 詳しくは理解できませんでしたが、R2.12.2のヘルプから、パ...
- 個別のPC依存の問題のように思えますから、一度バックアッ...
- それと....細かいですが、バージョン番号はなるべく正しく...
- ありがとうございました。バージョン表記について、不正確...
- アドバイスしていただいたとおり、Rに関連しそうなフォルダ...
**クリップボードの読み込みについて [#k323913c]
>[[miyuka]] (2011-04-07 (木) 22:14:08)~
~
R初心者です．おねがいします．~
環境はMac OS X 10.4.11．R version 2.10.1 です．~
クリップボードからデータを読み込みたいのですが
x <- read.delim("clipboard")
以下にエラー file(file, "rt") : コネクションを開くこと...
追加情報: 警告メッセージ：
In file(file, "rt") :
クリップボードを開くことができないか，中身がありません
となります．~
~
ファイルのアクセス権の問題かと思いアクセス権をユーティリ...
ディレクトリはファイルのあるところ，デスクトップ，ホーム...
何がおかしいか教えて頂ければ幸いです．~
//
- それは Windows での話。Mac の場合は，[[クリップボードか...
- お早いお返事ありがとうございます．表記の仕方が全然ちが...
**このグラフの呼び名 [#gbf31d83]
>[[K]] (2011-04-01 (金) 03:58:55)~
~
[[こちらの論文（PDF）:http://csspcat8.ses.usp.ac.jp/lab/i...
名前だけでも分かれば検索できるようになると思うので、どう...
//
- バブルチャートかな -- &new{2011-04-01 (金) 23:02:43};
- なるほど！[[R Graphical Manualで「bubble」を検索:http:/...
- ここに回答がありますよhttp://blog.goo.ne.jp/r-de-r/c/43...
- お教えいただきありがとうございます。リンク先の記述につ...
**CSV fileのimport について [#h1aa2d7e]
>[[初心者KT]] (2011-03-31 (木) 12:02:24)~
~
初心者的質問です。~
CSV fileからデータをimportすると、時々データ行列の一番...
またこの様な時は通常のplotも不可能となります。~
また行列の値を[ ] を用いて取り出しても、やはり値の下に...
CSV fileから、一部分のみコピーして、他のExcel fileにペ...
このXXX levelsの表示は何でしょうか？~
また消す方法はあるのでしょうか？~
宜しくお願いします。~
~
下記にその表示をコピーします。
> AllL[2,3]
[1] 87.5242
47 Levels: 84.7952 86.1777 86.4596 86.4788
86.5069 86.6655 ... Z
> AllL[3,3]
[1] 88.8609
47 Levels: 84.7952 86.1777 86.4596 86.4788
86.5069 86.6655 ... Z
> AllL[2,3]- AllL[3,3]
[1] NA
警告メッセージ：
In Ops.factor(AllL[2, 3], AllL[3, 3]) :
- 因子に対しては無意味です
//
- その変数のデータ中に，数値を表す文字列以外があるとき，...
- いつもとても早い返事ありがとうございます。 -- [[初心者]...
- お礼はしないよりはした方が良いのだけど，「ありがとうさ...
- 了解しました。途中の行にAmount of Landmarks, Landmark N...
**latticeのマルチプロットでパネルごとに注釈を付ける方法 [...
>[[Toy]] (2011-03-29 (火) 16:08:34)~
~
お世話になります。~
latticeのマルチプロットで、gridにより各パネルごとに注釈を...
しかし、注釈をベクトルで値を変えながら付けていきたいので...
どなたか、解決策を御存知の方、御教授いただければ幸いです。
library(lattice)
library(grid)
levels <- levels(as.factor(ethanol$C))
xyplot(NOx ~ E|C, data=ethanol,
panel = function(x, y) {
panel.xyplot(x, y)
panel.loess(x, y)
# 各パネルごとにCの水準を示したい。
grid.text(label=paste("C=", levels, sep=""),
x=unit(0.05, "npc"), y=unit(0.95, "npc"),
just="left")})
//
- 自己解決しました。以下のコードで描画できました。
library(lattice)
library(grid)
levels <- levels(as.factor(ethanol$C))
p <- xyplot(NOx ~ E|C, data=ethanol,
panel = function(x, y) {
panel.xyplot(x, y)
panel.loess(x, y)})
print(p)
update(p,
index.cond = list(rep(1, length(levels))))
panel.locs <- trellis.currentLayout()
i <- 1
for (row in 1:nrow(panel.locs))
for (column in 1:ncol(panel.locs))
if (panel.locs[row, column] > 0)
{
trellis.focus("panel", row = row,
column = column,
highlight = FALSE)
grid.text(label=paste("C=",
levels[i], sep=""),
x=unit(0.05, "npc"),
y=unit(0.95, "npc"),
just="left")
trellis.unfocus()
i <- i + 1
}
お騒がせしました。-- [[Toy]] &new{2011-03-30 (水) 15:08:4...
- 注釈はついたけど，図が全部同じ?&br;update は，update(p,...
- - [[河童の屁は，河童にあらず，屁である。]] &new{2011-03...
- 失礼しました。おっしゃるとおりです。ただし、update文は...
**一般化加法モデル関数gamでの平滑化について [#z59d05f7]
>[[hevel]] (2011-03-28 (月) 16:35:42)~
~
gamを使って一般化加法モデル解析をしています。~
gamの中で平滑化スプライン関数sを使って、“s(x, df=4, spar=...
つまり、“df=某”という式を入れると、「ExtractVars 中のモデ...
バグでしょうか？それとも何か別のパッケージを入れておかな...
//
- そのエラーは，「モデル式が不正」ということなので，df= ...
エラーを再現できるように，あなたがやったこと（入力したプ...
- 早速のご意見ありがとうございます。例えば、http://www1.d...
> library(mgcv)
> data(airquality)
> airq.gam <- gam(Ozone~s(Solar.R)+s(Wind)+s(Temp),
data=airquality)
として計算するとエラーは出ないのですが、
> airq.gam2 <- gam(Ozone~s(Solar.R, df=10)+
s(Wind, df=10)+s(Temp, df=10), data=airquality)
とするとエラーが出ます。等価自由度を変更して解析できない...
- mgcvパッケージにおいて平滑化の程度を指定する方法はバー...
- gam(Ozone~s(Solar.R, df=10)+s(Wind, df=10)+s(Temp, df=1...
- ＞竹澤様 早速のお返事ありがとうございます。私の使って...
- ＞もう1人の方様 早速のお返事ありがとうございます。 す...
- gamパッケージにもgam関数があります（http://cran.r-proje...
> library(gam)
> data(airquality)
> airq.gam2 <- gam(Ozone~s(Solar.R, df=10)+
s(Wind, df=10)+s(Temp, df=10), data=airquality)
-
> library(mgcv)
> data(airquality)
> airq.gam <- gam(Ozone~s(Solar.R)+s(Wind)+s(Temp),
sp=c(1,3,7),data=airquality)
> print(airq.gam)
を実行すると
Estimated degrees of freedom:
1.5182 1.4512 1.1420 total = 5.111303
などが出てきます。これが、sp=c(1,3,7)に対応する等価自由度...
spはsmoothing parameter（平滑化パラメータ）です。
[[竹澤]] &new{2011-03-29 (火) 14:16:07};
- ＞竹澤様 ご指導いただいたように、gamパッケージのgam関...
//- > バグでしょうか？&br;基本的な使い方なのでしょうから...
- パッケージmgcvが等価自由度ではなく平滑化パラメータを指...
- コメントありがとうございました。勉強しなおします。 -- [...
**Silhouette plotの個別データラベル表示 [#b2ca4f1a]
>[[ken]] (2011-03-18 (金) 21:41:05)~
~
はじめまして。~
お世話になります。~
私はpackage(cluster)内の関数pamを用い、クラスター分析を行...
たとえば、
> plot(pam(data, 3), ask=TRUE)
で、Silhouette plotやClusplotを作成した場合、グラフ上に個...
上の例で、Silhouette plotやClusplot上で3クラスターに分け...
大変初歩的な質問で恐縮ですが，御教示いただければ幸いです．~
//
- このような場合に共通する対処法を覚えておきましょう。plo...
例えば，library(cluster) で cluster パッケージを使おうと...
実際に使われる関数がなんなのかは，まず，目的とする関数が...
結果として，"pam", "partition" の二つが表示されます。~
次に，methods(plot) として，"plot.何とか" にどんなものが...
今の場合，その中に，plot.pam か plot.partition があるか探...
実は，plot.partition は，library(help=cluster)) で表示さ...
そして，関連しそうな引数とその説明を読みます（関数名は pl...
あなたが，どのようなラベル付けをしたいか私には分かりませ...
iris データセットを使って，plot(pam(iris[,1:4],3),ask=TRU...
また，「どの個体がどのクラスターに属しているのかが分から...
これによって，例えば iris データセットの分析例ならば，a <...
&ref(example-clusplot.png);
> a <- pam(iris[,1:4],3)
> cbind(iris[,5], a$clustering)
[,1] [,2]
[1,] 1 1
[2,] 1 1
[3,] 1 1
:
[149,] 3 3
[150,] 3 2
> table(iris[,5], a$clustering)
1 2 3
setosa 50 0 0
versicolor 0 48 2
virginica 0 14 36
- 丁寧な解説ありがとうございます。大変助かりました。 -- [...
**GLMのモデル選択について [#e81ec25e]
>[[taipapa]] (2011-03-14 (月) 17:40:04)~
~
お世話になります．~
//昨晩投稿したのですが，なぜか削除されているので，もう一...
長文になりますが，お許しください．~
ある疾患104人の治療効果の判定をロジスティック回帰モデルで...
応答変数はOutcome は良と悪の2値で，説明変数は，9つのカテ...
まず，下記の用にフルモデルを作成しました．
> FullModel <- glm(Outcome ~ a+b+c+d+e+f+g+h+i+J+K+L+M+N...
モデル選択はstepで行ったのですが，得られたモデルは，以下...
summary(stepModel)
Call:
glm(formula = Outcome ~ a+b+c+d+ J + K,
family = binomial, data = mydata)
Deviance Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-1.53608 -0.65721 -0.36439 -0.09402 2.83204
Coefficients:
Estimate Std. Error z value Pr(>|z...
(Intercept) -6.7502 1.8614 -3.626 0.000287 ***
a 0.8752 0.6204 1.411 0.15835...
b -1.2636 0.5959 -2.120 0.03397...
c 1.4079 0.8331 1.690 0.09102...
d 0.8834 0.6045 1.461 0.14391...
T1 3.6828 0.9318 3.952 7.74e-05...
T2 -0.8963 0.4643 -1.930 0.05355...
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’
0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
(Dispersion parameter for binomial family taken to be 1)
Null deviance: 114.717 on 103 degrees of freedom
Residual deviance: 81.622 on 97 degrees of freedom
AIC: 95.622
しかし，イベントが25しかないのに，説明変数が6つもあり，良...
そこで，遺伝的アルゴリズムを用いてAIC/BICがもっとも小さい...
やり方やオプションは，付属のマニュアルにしたがいました．...
GeneticModel <- glmulti(Outcome ~ a+b+c+d+e+f+g+h+i+J+K+...
method="g", report = FALSE, marginality = TRUE, deltaB =...
sexrate = 0.15, imm = 0.2, level = 1)
これで得られたモデルは4つの説明変数を有し，かつ，臨床的に...
さらに，このモデルは，anovaを用いた尤度比検定で上記のstep...
glmのsummaryは以下のとおりです．
> summary(GeneticModel.glm)
Call:
glm(formula = Outcome ~ a+b+J+K,
family = binomial, data = mydata)
Deviance Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-1.6986 -0.5952 -0.4402 -0.1794 2.3542
Coefficients:
Estimate Std. Error z value Pr(>|z...
(Intercept) -5.3365 1.5652 -3.410 0.000651 ...
a -1.1344 0.5692 -1.993 0.046268 ...
b 1.1870 0.7798 1.522 0.127945 ...
J 3.4808 0.8931 3.897 9.72e-05 ...
K -0.8159 0.4454 -1.832 0.066993 ...
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’
0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
(Dispersion parameter for binomial family taken to be 1)
Null deviance: 114.717 on 103 degrees of freedom
Residual deviance: 85.879 on 99 degrees of freedom
AIC: 95.879
Number of Fisher Scoring iterations: 5
さらに，このモデルは，anovaを用いた尤度比検定で上記のstep...
これで決まりかと思ったのですが，説明- pam(iris[,1:4],3)
変数bのp値が0.05をかなり超えてます（0.128）．~
またオッズ比を見ると，
exp(cbind(OR=coef(GeneticModel.glm),
confint(GeneticModel.glm)))
Waiting for profiling to be done...
OR 2.5 % 97.5 %
(Intercept) 0.00481246 0.0001591826 0.08237885
a 0.32160075 0.1006644837 0.96164...
b 3.27732742 0.8119375358 18.53407...
J 32.48671705 6.5308248197 224.1642...
K 0.44222572 0.1700117573 0.98476474
やはり，説明変数bのオッズ比の95%信頼区間は0.81 to 18.5で1...
~
お聞きしたいのは，このようにinformation criteriaが低いと...
基準がAICcなので，有意差検定は気にしないで，このモデルで...
primitiveな質問で恐縮ですが，ご教示いただければ幸いです．~
//
- 使える変数は，event 数 / 10 というような指針があります...
- 早速のアドバイス有り難うございます．確かに，event 数 / ...
- > イベント数／5−10としているものもあります&br;よく分か...
- 5マイナス10ではなくて，5 to 10です．25/5=5で，おっしゃ...
- > 5マイナス10ではなくて，5 to 10です&br;おかしいとは思...
**エラー： ファイルのマジック・ナンバーが不正です [#q55e...
>[[みゅ]] (2011-03-07 (月) 16:11:34)~
~
突然このような現象が起こりました。~
エラーが表示されるのですがその意味も対処方法も分かりませ...
ご存じの方がおられましたら教えてください。よろしくお願い...
（環境は、MacOSX10.6.6、R version 2.9.2です。）~
~
まずtest.Rを作りました。~
~
x <- c(1,2,3,4,5)
y <- c(10,20,30,40,50)
plot(x,y)
~
つぎにこれを読み込みました。~
~
>load("./test.R")
エラー： ファイルのマジック・ナンバーが不正です
（ファイルが壊れているかもしれません）データはロードされ...
追加情報: Warning message:
ファイル 'test3.R' はマジックナンバー 'x <- ' を持ちます
二度を越えるセーブバージョンの使用は廃止予定です
~
のように表示されます。「マジックナンバー'○○○○○'」の○○○○○...
~
これまで、このような方法で、このようなエラーが出た事が無...
どのように対処すればうまく動くようになるでしょうか？~
//
- 上記でtest3になっていますが「ファイル 'test.R' はマジッ...
- test.R はテキストファイルですね。R プログラムを読み込む...
- お恥ずかしい！！！！なんていう間違えでしょう。変なエラ...
**二重中心化 [#n2da0ba2]
>[[miya]] (2011-03-07 (月) 14:47:25)~
~
いつもお世話になっております。~
Rのコマンドで、データマトリックスに対して「二重中心化」と...
論文に出てきたのですが、どのような処理なのかよくわかりま...
ご存じの方いらっしゃいましたら、ご教示いただけると幸いで...
お願いいたします。~
//
- 検索したら、mpmパッケージのmpm()が出てきましたがこれが...
- 二重中心化とは，ある行列 a について，要素 a_ij に対して...
このようにすることにより得られる行列は，全体の平均が 0 に...
R ならば，rowMeans, colMeans, mean を使えば，一行で計算で...
set.seed(12345)
# 元の行列
(a <- matrix(sample(12), 3))
# 二重中心化行列
(b <- t(t(a-rowMeans(a))-colMeans(a))+mean(a))
# これも可
# b <- a-outer(rowMeans(a), colMeans(a), "+")+mean(a)
実行結果
> set.seed(12345)
> (a <- matrix(sample(12), 3))
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 9 11 7 12
[2,] 10 4 3 1
[3,] 8 2 5 6
> rowMeans(a)
[1] 9.75 4.50 5.25
> colMeans(a)
[1] 9.000000 5.666667 5.000000 6.333333
> mean(a)
[1] 6.5
# 二重中心化やりま〜〜〜す
> (b <- t(t(a-rowMeans(a))-colMeans(a))+mean(a))
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] -3.25 2.0833333 -1.25 2.4166667
[2,] 3.00 0.3333333 0.00 -3.3333333
[3,] 0.25 -2.4166667 1.25 0.9166667
# 二重中心化の効果
> rowMeans(b) # 行平均
[1] 0.000000e+00 2.220446e-16 -2.220446e-16
> colMeans(b) # 列平均
[1] 0.00000e+00 -5.92119e-16 0.00000e+00 5.92119e-16
> mean(b) # 全体の平均
[1] 0
- 大変ありがとうございます。ほんとに助かりました。 -- [[m...
**rep.aovのエラー？ [#e4f6d455]
>[[使用2日目]] (2011-02-28 (月) 22:12:33)~
~
はじめまして。~
~
Tipsに紹介されているRepeated measured ANOVAの例題を解こう...
> 以下にエラー anova(ret.lm, X = anvX[[j]], M = anvM[[j]...
使われていない引数 (X = ~1, M = ~b, idata = list(b = 1...
と表示され，解析できません。解決策をご教示いただければ幸...
OS:Windows7
R version 2.8.1 (2008-12-22)
i386-pc-mingw32
locale:
LC_COLLATE=Japanese_Japan.932;
LC_CTYPE=Japanese_Japan.932;
LC_MONETARY=Japanese_Japan.932;
LC_NUMERIC=C;
LC_TIME=Japanese_Japan.932
attached base packages:
[1] datasets graphics stats utils
grDevices tcltk
methods base
other attached packages:
[1] Rcmdr_1.4-8 car_1.2-12
//
- [[Rの統計解析関数Tips:http://www.okada.jp.org/RWiki/?cm...
- コメントありがとうございます。最新バージョンに変えてみ...
**plotmeansは本当に信頼区間をだしている？ [#tf5df795]
>[[ハローあべちゃん]] (2011-02-26 (土) 16:22:44)~
~
R version 2.12.0 (2010-10-15)
Platform: i386-pc-mingw32/i386 (32-bit)
です。~
パッケージgplotsのplotmeans()について疑問です。~
ヘルプによると、"Plot Group Means and Confidence Interval...
plotmeansはいったい何をプロットしているのでしょうか？単に...
ためしたもの~
データフレームDF
group data
1 1 77.4
2 1 78.2
3 1 78.1
4 1 77.8
5 1 77.9
6 2 78.3
7 2 78.2
8 2 78.4
9 2 77.3
10 2 79.1
11 3 79.2
12 3 79.3
13 3 79.1
14 3 78.2
15 3 79.3
16 4 78.9
17 4 78.8
18 4 78.1
19 4 78.1
20 4 78.9
DF$group <- factor(DF$group)
plotmeans(DF$data ~ DF$group)
result <- aov(DF$data ~ DF$group)
result.pre <- predict(result,
interval="confidence")
points(1:4, unique(result.pre[,"lwr"]),
pch=2, col=2)
points(1:4, unique(result.pre[,"upr"]),
pch=2, col=2)
m <- sapply(1:4,
function(x) mean(DF$data[DF$group == x]) )
s <- sapply(1:4,
function(x) sd(DF$data[DF$group == x]) )
points(1:4, m+s, pch=3, col=3)
points(1:4, m-s, pch=3, col=3)
//
- 各グループのサンプルから区間推定された母平均についてのt...
- 早い回答ありがとうございます -- [[ハローあべちゃん]] &n...
- aov()からのpredict()とあっていないと思うのですが、predi...
- ある意味、違います。そのモデルでは誤差分布が各群共通に...
- なるほど！すっきりしました。ありがとうございます -- [[...
**各因子ごとに共分散を求める方法について [#w186408c]
>[[カワウソ]] (2011-02-26 (土) 09:54:29)~
~
種ごとに各変数の分散を求めることは以下のように簡単にでき...
> tapply(iris$Sepal.Length,iris$Species,var)
setosa versicolor virginica
0.1242490 0.2664327 0.4043429
たとえば，Sepal.LengthとPetal.Lengthの共分散を，
setosa versicolor virginica
0.01635510 0.1828980 0.3032898
と出力したいのですが，2変数の場合applyは使えませんよね？b...
//
- plyrパッケージを使うのが簡単かな。 ddply(iris, .(Specie...
- ありがとうございます．こんなパッケージがあったのですね...
- それならdaplyを使ってsummarizeは使わずに処理するのが楽...
- たとえばこんなのも -- &new{2011-02-26 (土) 10:54:00};
> sapply(levels(iris$Species),
function(x) cov(as.matrix(iris[iris[5]==x,
c("Sepal.Length","Petal.Length")]))[1,2])
setosa versicolor virginica
0.01635510 0.18289796 0.30328980
- さらにはこんなものも -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁...
> sapply(split(iris, iris$Species),
function(x)
cov(x$Sepal.Length, x$Petal.Length))
setosa versicolor virginica
0.01635510 0.18289796 0.30328980
**iris[Petal.Length] と iris["Petal.Length"] が [#cef9baab]
>[[河童の屁は，河童にあらず，屁である。]] (2011-02-25 (金...
以下の二つが，違うものだと解釈されるのは，それもそうかな...
# 変数名で指定した場合
> head(iris[Petal.Length])
以下にエラー `[.data.frame`(iris, Petal.Length) :
オブジェクト 'Petal.Length' がありません
# 変数名の文字列で指定した場合
> head(iris["Petal.Length"])
Petal.Length
1 1.4
2 1.4
3 1.3
4 1.5
5 1.4
6 1.7
//
- その手の話はr-develのメーリングリストに投げてみるといい...
- たとえば次のような混乱が起きそうですが。 -- &new{2011-...
> X <- data.frame(x=1:3, y=10:12)
> X["x"]
x
1 1
2 2
3 3
> x <- 1
> X[x]
x
1 1
2 2
3 3
> x <- 2
> X[x]
y
1 10
2 11
3 12
> x <- 3
> X[x]
以下にエラー `[.data.frame`(X, x) :
undefined columns selected
**平滑化スプライン回帰を使った後の偏残差プロットの描き方...
>[[hevel]] (2011-02-25 (金) 17:21:54)~
~
平滑化スプラインを使った回帰計算の後の結果を利用して偏残...
~
初めはsmooting.spline関数を使っていたのですが、回帰にはsr...
http://www.image.ucar.edu/GSP/Software/Fields/Help/sreg.h...
~
しかし、この計算結果を使って偏残差プロットを描けなくて困...
~
日時と気温のデータ（下記のようなデータ）を使った場合で試...
day,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,
15,16,17,18,19,20
temp,25,20,18,22,23,24,28,26,21,23,24,
27,26,22,25,26,24,20,23,25
※ 投稿の都合上横並べですが、実際には縦に並んだtextファイ...
~
このデータから下記のような計算を行いました。
y <- read.table("temp.txt", header=T)
day<-y[, 1]
temp<-y[, 2]
library(fields)
library(spam)
y.sr<-sreg(day, temp, df=5, method = "GCV")
これでエラー表示なく計算が完了したのですが、この計算結果...
残差プロットや偏残差プロットを描きたいのですが、どうすれ...
//
- 残差プロットというのは，実測値と予測値の差（残差）をプ...
- 早速のお返事ありがとうございます。偏残差プロットの計算...
**subsetの使い方 [#p3bc2115]
>[[ぐし]] (2011-02-24 (木) 16:08:20)~
~
参考書を読んでいて、以下のような文がありました。~
~
データフレームx から、列がID とweight のラベルの列のみ抽...
subset(x ,, c(“ID”, “weight”) )~
~
ここで、,,は何を示しているのかhelp(subset)をつかって調べ...
## S3 method for class 'data.frame'~
subset(x, subset, select, drop = FALSE, ...)~
の部分から、,,はsubset, select,のsubsetとselectを省略した...
//
- 省略されてるのはsubset引数だけで、c(~)はまさにselectで...
- 蛇足ながら。無用な混乱を生じるので，途中の引数を省略し...
- 回答ありがとうございます。勘違いだったようですね。わか...
- 蛇足ながら、c(ID,weight)とダブルクオートはなくても動き...
- 蛇足ながら蛇に足はありません。足があるのはトカゲです。 ...
- [[蛇足です（笑）:http://www.noiretblog.com/?p=4321]] --...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さん、いつもありが...
**garch() ***** FALSE CONVERGENCE ***** [#ye6617d4]
>[[GARCH]] (2011-02-23 (水) 11:30:34)~
~
garch関数を使用してパラメータの推計を行いたいのですが、返...
***** FALSE CONVERGENCE *****
とあり収束できていないようですが、以下のようにパラメータ...
Coefficient(s):
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
a0 3.569e-06 5.868e-07 6.082 1.19e-09 ***
a1 8.174e-02 6.977e-03 11.716 < 2e-16 ***
b1 8.949e-01 9.361e-03 95.603 < 2e-16 ***
//
- tseries の garch 関数でしょうか?オンラインヘルプに，con...
- ふーーん。単に maxiter が小さいだけなら，そのエラーメッ...
- 早速のご回答いただきましてありがとうございます！ -- [[G...
- maxiterを大きくしてもやはりエラーが返ってきました。使用...
- > 使用データに問題があるということでしょうか&br;まあ，...
**reshapeの意味と使い方etc [#t0cb142c]
>[[ぐし]] (2011-02-22 (火) 16:29:28)~
~
reshapeの意味がよくわかりません。~
一応help(reshape)で調べました。~
~
まずDescriptionに、~
This function reshapes a data frame between ‘wide’ format...
とありますが、このなかのwideとlongの意味がわかりません。~
~
次に、timevarとidvarの違いがよくわかりません。timevarが変...
timevar the variable in long format that differentiates ...
idvar Names of one or more variables in long format that...
~
よろしくお願いします。~
//
- 簡単な例を示しましょう。&br;以下のデータフレームは，"lo...
name month x
1 A 1 43.0
2 A 2 41.9
3 A 3 43.6
4 B 1 67.4
5 B 2 27.4
6 B 3 33.9
7 C 1 56.5
8 C 2 59.0
9 C 3 57.5
10 D 1 47.7
11 D 2 43.0
12 D 3 55.1
被験者(name)が A〜D の 4 人で，それぞれの人が 1, 2, 3 月(...
idvar は同じ観察対象を識別するための変数の名前，timevar ...
これを，一人のデータを1行で表す（1行に3個のデータを記述す...
w <- reshape(data, idvar="name", timevar="month",
v.names="x", direction="wide")
とすれば，"wide" フォーマットで表現したデータフレームにな...
> w
name x.1 x.2 x.3
1 A 43.0 41.9 43.6
4 B 67.4 27.4 33.9
7 C 56.5 59.0 57.5
10 D 47.7 43.0 55.1
"wide" と "long" は相互に変換できるので，もし，w を "long...
l <- reshape(w, direction="long")
とすれば，以下のように（元の）"long" フォーマットで表した...
> l
name month x
A.1 A 1 43.0
B.1 B 1 67.4
C.1 C 1 56.5
D.1 D 1 47.7
A.2 A 2 41.9
B.2 B 2 27.4
C.2 C 2 59.0
D.2 D 2 43.0
A.3 A 3 43.6
B.3 B 3 33.9
C.3 C 3 57.5
D.3 D 3 55.1
解析プログラムによって，いずれかのデータ形式しかサポート...
- とても丁寧な説明ありがとうございます。help(reshape)より...
**fSeriesパッケージのgarchFit関数について [#da78d32b]
>[[tyai]] (2011-02-21 (月) 16:50:07)~
~
文献等で記載されているfSeriesパッケージのgarchFit関数を使...
エラー： 関数 "garchFit" を見つけることができませんでし...
というエラーになってしまいます。
> help(package="fSeries")
でfSeriesを見たところ、確かにgarchFit関数がないのですが、...
//
- fGarch にあるのでは? -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁...
- ありがとうございます。解決いたしました。 -- [[tyai]] &n...
- R からコマンド RSiteSearch("garchFit") を実行すればブラ...
**e1071パッケージのpredict.svm関数でprobability = TRUE | ...
>[[miura]] (2011-02-20 (日) 21:18:31)~
~
はじめまして。~
表題の件で、Googleなど検索してみたのですが、解決策を見い...
~
e1071パッケージでsvm関数を利用して、データを解析しており...
~
環境は、~
R version 2.12.1 (2010-12-16)
Platform: x86_64-apple-darwin9.8.0/x86_64 (64-bit)
です。(Windows7のR-64bitでも同様の結果でした。)~
~
kernlabパッケージのspamデータで、同様の現象が再現できまし...
> library(kernlab) - spamデータセットのみ利用しました
> library(e1071)
> data(spam)
> m1 <- svm(type~., data=spam, probability = TRUE)
> p1 <- predict(m1, spam)
> p2 <- predict(m1, spam, probability = TRUE)
> table(p1, p2)
p2
p1 nonspam spam
nonspam 2834 14
spam 0 1753
上記のように、同じモデルに対して、同じデータを与えたにも...
よろしくお願いいたします。~
//
- probability が logical indicating whether the model sho...
- ありがとうございます。まったくの、思い違いをしていまし...
**１列目以外のデータに対して1 列目を基準として分割したの...
>[[質問者]] (2011-02-20 (日) 03:11:35)~
~
ネットで R の問題集みたいなのをみつけて勉強しています。そ...
~
問題（空欄補充）~
データフレーム measurement の１列目以外のデータに対して1 ...
~
解答
by(measurement[-1], measurement[1], summary)
まず、問題の「1 列目を基準として分割したの要約統計量」と...
~
それと、解答がおかしいような気がするのですが、私の勘違い...
実際にRでやってみると解答通りのコマンドだとエラーになりま...
実際にRでやって見る際のデータフレームは
measurement <- matrix(1:110, nrow=10, ncol=11, byrow=T)
と作りました。~
よろしくお願いします。~
//
- matrix は data.frame とは違います。data.frame では[列番...
- ありがとうございます。わかりました。 -- [[質問者]] &new...
**arima.simのヘルプについて [#wb348171]
>[[yamada]] (2011-02-18 (金) 10:55:14)~
~
http://127.0.0.1:26704/library/stats/html/arima.sim.html~
内の用語に関する質問です。~
�変数nの説明文中の、before un-differencing の意味~
�変数n.statの説明文中の、burn-in period の意味~
についてご存じの方がいればご教示ください。一般的な意味で...
//
- 上の URL は、あなたのコンピュータ上のローカルなものです...
そのオンラインヘルプに、See "arima" for the precise defin...
- そのIPアドレス(127.0.0.1)は[[ローカル・ループバック・ア...
- http://cran.r-project.org/doc/contrib/manuals-jp/Mase-R...
- ↑↑の方、リンク先を見て勉強になりました。また「 help.sta...
**エラーバー付き棒グラフ [#cb57c281]
>[[ランゲル・ハンス]] (2011-02-15 (火) 08:07:36)~
~
いつも掲示板を拝見しております。~
下記のデータがあるとします。~
因子ごとの平均値（mean）の棒グラフを描き、棒の先端に最小...
いろいろ検索してみたのですが、このタイプの棒グラフ+エラー...
どうぞよろしくお願いいたします。
data
factor mean lower upper
A 50 40 55
B 30 19 45
C 55 25 60
//
- > このタイプの棒グラフ+エラーバー（最小〜最大）は見つけ...
[[[R]Play with ggplot2 Part 02 “error bar”:http://sigunia...
- 河童さま 基本的なことがわかっておらずに、大変失礼しま...
- まあ、その分野で見慣れたグラフというものもあるでしょう...
- 蛇足な質問ですが、折れ線グラフ＋エラーバーならいいんで...
- 大変なことが起きているのにと，眉をひそめる向きもあるだ...
&ref(oresen.png);
**時系列データの判定 [#q791c586]
>[[muchlonger]] (2011-02-13 (日) 16:17:27)~
~
勝ち負け引き分けの時系列データがあります。~
勝率（遡ｎ個、勝ち数／ｎ）が安定状態から外れてきたかどう...
ヒント、検索キーワードをいただけないでしょうか。~
//
- 勝率をボリンジャーバンドで見ていくというのはどうでしょ...
- ありがとうございます。ボリンジャーバンドは手作りになる...
**パッケージのインストールに失敗 [#o6832f96]
>[[yamada]] (2011-02-12 (土) 23:04:12)~
~
パッケージvarsをダウンロードした後、読み込むと以下のよう...
> local({pkg <-
+ select.list(sort(.packages(all.available = TRUE)),
+ graphics=TRUE)
+ if(nchar(pkg)) library(pkg, character.only=TRUE)})
要求されたパッケージ MASS をロード中です
要求されたパッケージ strucchange をロード中です
要求されたパッケージ zoo をロード中です
要求されたパッケージ sandwich をロード中です
Error in gzfile(file, "rb") :
コネクションを開くことができません
追加情報: 警告メッセージ：
In gzfile(file, "rb") :
圧縮されたファイル 'C:/Users/fujimot/Documents/R/win-l...
2.12/sandwich/data/Rdata.rdx' を
開くことができません, 理由は 'No such file or director...
エラー： パッケージ 'sandwich' をロードできませんでした
なお、使用環境は以下の通りです。
> sessionInfo()
R version 2.12.1 (2010-12-16)
Platform: i386-pc-mingw32/i386 (32-bit)
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932
LC_CTYPE=Japanese_Japan.932
[3] LC_MONETARY=Japanese_Japan.932
LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=Japanese_Japan.932
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils
datasets methods base
//
- パッケージ sandwich (及びパッケージ vars が依存するすべ...
- メニューコマンド パッケージ→パッケージのインストpage=R...
- sandwich だけを読み込んだら同じエラーが再現しますか。も...
- sandwichをインストールし読み込んでからvarsを読み込むと...
**グラフの値表示 [#u76102c6]
>[[taka]] (2011-02-10 (木) 13:46:31)~
~
エクセルで書いたグラフのように、グラフの上にポインターを...
//
- ?locator か ?identify。これが求めるものでなければ諦め...
- ありがとうございました。 -- [[taka]] &new{2011-02-14 (...
**kmlからshpへの変換 [#vd6570ba]
>[[istya]] (2011-02-08 (火) 20:43:35)~
~
グーグルアースで作成したkmlファイルをArcGISで表示させるこ...
グーグルアースについては本HPでも取り上げられており、それ...
~
■内容~
グーグルアースにて、いくつかプロットした地点のまとまりをk...
以下を参考にしてみましたが、readOGRの指定すら分かりません。
library(rgdal)
x<-readOGR("c:/GISdata/gunma.kml","gunma")
writeOGR(x2,"c:/GISdata/gunmak","gunmak",
"ESRI Shapefile")
以上、よろしくお願い致します。
R Version 2.12.1(2010-12-16)
//
- gumma.kmlの中にgummaというレイヤー名があるなら、readOGR...
$ ogr2ogr -f "ESRI Shapefile" "hoge" KML_Samples.kml
$ ls hoge
Absolute and Relative.dbf Google Campus.dbf
Paths.dbf
Absolute and Relative.prj Google Campus.prj
Paths.prj
Absolute and Relative.shp Google Campus.shp
Paths.shp
Absolute and Relative.shx Google Campus.shx
Paths.shx
Extruded Polygon.dbf Highlighted Icon.dbf
Placemarks.dbf
Extruded Polygon.prj Highlighted Icon.prj
Placemarks.prj
Extruded Polygon.shp Highlighted Icon.shp
Placemarks.shp
Extruded Polygon.shx Highlighted Icon.shx
Placemarks.shx
ogr2ogrはgdalに含まれます。rgdalパッケージが動くなら、gda...
> system("ogr2ogr -f "ESRI Shapefile" "hoge
" KML_Samples.kml")
となるでしょう。次に、readOGR()を使う場合ですが、
> M <- readOGR("KML_Samples.kml",
"Absolute and Relative")
> class(M)
[1] "SpatialPolygonsDataFrame"
attr(,"package")
[1] "sp"
とすれば、SpatialPolygonsDataFrameクラスが作成されるので...
br;おかしいとは思ったが，数式の書き方にも，（数学的）常識...
二度を越えるセーブバージョンの使用は廃止予定です
~
のように表示されます。「マジックナンバー'○○○○○'」の○○○○○...
~
これまで、このような方法で、こlwrnew{2011-02-21 (月) 13:5...
**arima.simのヘルプについて [#df90c173]
のようなエラーが出た事が無いのですが、~
どのように対処すればうまく動くようになるでしょうか？~
//
- 上記でtest3になっていますが「ファイル 'test.R' はマジッ...
- 谷村様ありがとうございます。~
~>kmlを直接shapefile形式に変換した方が早いと思いますがい...
それが目的なので、非常に有益な情報で感謝致します。~
変換できるようになりました。~
ただ、日本語が文字化けしてしまいます。~
何か対策はあるんでしょうか？ -- [[istya]] &new{2011-02-10...
- kmlは内部の日本語は標準でUTF-8なので、winで使う場合日本...
**画像のコントラスト比を求めたい [#wb34f951]
>[[しまだ]] (2011-02-07 (月) 23:08:42)~
~
インターバルカメラで取得した風景画像（群）からコントラス...
~
以下のような手順を考えております。~
~
(1)画像を読み込み~
(2)複数のピクセルをランダムサンプリングし~
(3)そこから最大輝度と最小輝度を得て~
(4)コントラスト比＝最大輝度／最小輝度~
~
Rでこのようなことは可能でしょうか？
R version 2.11.1 (2010-05-31)
i386-pc-mingw32
//
- 画像のことは不案内ですが、輝度情報はピクセルごとに簡単...
> library(biOps)
> data(logo) # 画像例
> str(logo)
int [1:275, 1:362, 1:3] 255 255 255 255 255
255 255 255 255 255 ...
- attr(*, "type")= chr "rgb"
- attr(*, "class")= chr [1:2]
"imagedata" "array"
> # RGB値を輝度値に変換（RGB値がこの順に並んでいるとして）
> lum <- 0.298912 * logo[,,1] + 0.586611 *
logo[,,2] + 0.114478 * logo[,,3]
> str(lum)
num [1:275, 1:362] 255 255 255 255 255 ...
> fivenum(lum) # 5数要約
[1] 0.0000 124.1494 165.8013 255.0003 255.0003
> hist(lum) # ヒストグラム
> plot.ecdf(lum) # 経験分布関数
- ありがとうございました。私も画像に不慣れなもので、biOps...
- biOpsでできるというよりはbiOpsの組み込みRGBデータを例に...
- 特定領域のコントラスト比も、logo[x,y,rgb]で取れそうです...
**Rから他の言語で記述されたスクリプトを実行する [#h2fdb944]
>[[Cu]] (2011-02-05 (土) 22:09:49)~
~
お世話になります。使用環境はCentOS 5.1 、 R 2.10.1 です。~
~
以下のようなC言語で記述されたスクリプトがあります。~
1.カレントディレクトリにあるデータファイルを読み込む~
2.計算結果をテキストファイルで保存する~
3.gnuplotで画面上にグラフを表示するとともに、そのグラフを...
~
コマンドラインでこのスクリプトを実行すると正常に動作しま...
具体的には2の計算結果のテキストファイルは保存されるのです...
~
「[[Rから他言語利用:http://www.okada.jp.org/RWiki/?cmd=re...
~
提供できる情報が抽象的ですが、何か対策をご存知でしたら教...
//
**行列要素に対する文字列の連結について [#l0febbbb]
>[[絵馬]] (2011-02-05 (土) 13:30:02)~
~
こんにちは。~
以下のようなdataの各要素に、prefixを行方向に連結したいと...
data <- matrix(1:9, 3, 3)
prefix <- c("1:", "2:", "3:")
・・・
処理結果
1:1 2:4 3:7
1:2 2:5 3:8
1:3 2:6 3:9
paste()やapply()を組み合わせていろいろやってみたのですが...
また、実際にはdataの列数はfor文の中で1~100列程度に変化し...
なるべくif文を使わずにスマートに記述したいので、何か良い...
宜しくお願いします。~
//
- 文字列行列がほしいんですよね。例えば -- &new{2011-02-0...
> (Data <- matrix(as.character(data), 3, 3))
[,1] [,2] [,3]
[1,] "1" "4" "7"
[2,] "2" "5" "8"
[3,] "3" "6" "9"
> (Prefix <- matrix(prefix, 3, 3, byrow=TRUE))
[,1] [,2] [,3]
[1,] "1:" "2:" "3:"
[2,] "1:" "2:" "3:"
[3,] "1:" "2:" "3:"
> matrix(paste(Prefix, Data, sep=""), 3, 3)
[,1] [,2] [,3]
[1,] "1:1" "2:4" "3:7"
[2,] "1:2" "2:5" "3:8"
[3,] "1:3" "2:6" "3:9"
- 行数なども自動的に取るようにして -- [[河童の屁は，河童...
> t(matrix(paste(prefix, t(data), sep=""),
ncol(data)))
[,1] [,2] [,3]
[1,] "1:1" "2:4" "3:7"
[2,] "1:2" "2:5" "3:8"
[3,] "1:3" "2:6" "3:9"
> t(apply(data, 1, function(x) paste(prefix, x, sep=""))...
- ありがとうございます。しかしなぜ行列が勝手に転置されて...
- > なぜ行列が勝手に転置されてしまうのでしょうか？もしか...
- しかし、期待される処理結果はpasteによる行列要素とprefix...
- それは matrix 関数のデフォールトが byrow=FALSE で列主導...
> matrix(paste(prefix, t(data), sep=""),
ncol=ncol(data), byrow=TRUE)
[,1] [,2] [,3]
[1,] "1:1" "2:4" "3:7"
[2,] "1:2" "2:5" "3:8"
[3,] "1:3" "2:6" "3:9"
- なるほど。byrowの作用ですか。ありがとうございました。 -...
**e1071パッケージのpredict.svm関数による超平面からの距離...
>[[akira]] (2011-02-01 (火) 12:47:03)~
~
いつもありがとうございます。~
e1071パッケージのpredict.svmで超平面からの距離はdecision ...
[[ここ:http://r.789695.n4.nabble.com/e1071-SVM-calculate-...
> data <- subset(iris,subset=Species!="versicolor")
> data <- data.frame(class=factor(data$Species),
data[,1:4])
> model <- svm(class~.,data=data[-1,],lernel="linear")
> predict(model,data[1,])
1
setosa
Levels: setosa virginica
> predict(model,data[1,],decision.values=TRUE)
1
setosa
attr(,"decision.values")
setosa/virginica
1 1.080803
Levels: setosa virginica
この1.080803が超平面からの距離ではないのでしょうか？
//
**面積と体積の測定 [#n846842c]
>[[初心者KT]] (2011-01-31 (月) 22:24:19)~
~
R初心者です。~
この質問の背景から説明します。~
自分は数学系、物理系、工学系の専門教育は受けたことがなく...
~
その内容は、下記のようなものです。~
３０個の点が、xyzを与えられています。~
１． その３０個の点の中心の座標を得る。~
２． その３０個で囲まれた平面の面積を得る。しかし３０個の...
３． ３０個の点が、“最も平均的に通る平面”（平面Aとする）...
４． 平面Aの上に８１個の点の様な構造物がドーム状にかぶさ...
５． しかし曲面Bの部分によっては、平面Aより下に存在する。~
６． この曲面Bの表面積を測定する~
７． 曲面Bと平面Aで囲まれ、かつ平面Aより上にある部分の体...
８． 曲面Bと平面Aで囲まれ、かつ平面Aより下にある部分の体...
~
この様なことが、Rで可能でしょうか。~
よろしくお願いします。~
３０個の点
X Y Z
56.8458 56.3972 95.2184
58.1262 55.2657 96.9028
61.0080 53.8846 97.6925
63.7117 52.5191 98.1147
65.9630 51.1603 98.0884
68.0598 49.8240 97.4626
70.3595 48.6390 96.2383
73.0480 47.8221 94.6007
76.0860 47.6060 92.8562
79.2539 48.1658 91.3380
82.2386 49.5663 90.3180
84.7249 51.7420 89.9494
86.4678 54.5090 90.2453
87.3370 57.6021 91.0912
87.3282 60.7262 92.2840
86.5478 63.6101 93.5838
85.1780 66.0516 94.7681
83.4311 67.9458 95.6757
81.5042 69.2908 96.2331
79.5429 70.1705 96.4590
77.6191 70.7182 96.4472
75.7289 71.0677 96.3317
73.8088 71.3037 96.2427
71.7678 71.4224 96.2643
69.5302 71.3165 96.4051
67.0781 70.7936 96.5927
64.4841 69.6327 96.6992
61.9234 67.6774 96.5962
59.6531 64.9476 96.2303
57.9525 61.7413 95.6913
曲面Bの構成要素
X Y Z
66.5214 52.3693 100.1890
69.0172 55.2805 98.6580
71.1465 57.6134 98.0792
73.4542 60.2416 96.9707
74.2816 61.4516 95.2830
75.8534 63.4528 93.5104
78.1356 65.5883 94.6485
79.3441 66.4813 96.3968
81.8057 68.7355 97.8613
69.4359 50.9051 99.5420
71.1025 54.5844 99.2688
71.9337 56.6633 98.3382
72.8589 58.7782 97.9511
73.5783 60.6862 96.7916
74.3058 62.7413 95.2100
74.8671 64.3807 93.8145
76.4086 67.2760 95.2155
78.2037 70.3165 97.9255
72.8598 48.6686 97.5556
73.0553 53.8495 97.0382
73.1433 56.6261 96.5826
73.3167 59.6391 96.9136
73.3231 61.7117 95.9461
73.3418 63.9996 95.0022
73.3420 65.9646 94.0229
73.5266 67.9228 94.9986
73.9282 71.3346 97.5466
76.6417 48.3653 95.4308
75.5219 52.4555 96.4391
74.9038 54.7740 97.3086
74.0257 57.8910 97.6356
73.1674 60.8503 97.5045
72.5119 63.0188 96.9356
71.6926 65.7293 96.2245
71.1617 67.6709 96.7142
70.0804 71.6452 97.8153
81.0857 49.4645 93.7371
77.7238 54.0901 94.3492
75.9176 56.5834 95.7828
74.4364 58.6303 97.2458
73.4941 59.9329 98.2465
72.1696 61.7559 98.5740
71.0152 63.3431 98.6402
69.0276 66.0708 98.0351
66.2486 69.8901 97.9546
85.2473 52.2150 93.0255
81.2928 54.9562 92.2683
79.3713 56.2273 93.0238
76.9566 57.8602 93.3170
75.3852 58.7892 95.9743
72.8658 60.3924 98.1361
70.5020 62.0146 97.9852
67.0597 64.3694 97.9051
62.4689 67.4921 98.1250
88.0380 56.8771 94.4088
84.4938 57.8743 92.7572
81.0642 58.7234 92.3931
78.9147 59.1500 93.2910
75.6953 59.7277 95.2876
72.8867 60.1105 98.3210
68.8648 61.0533 98.4587
65.0531 61.9484 98.5723
59.3881 63.4470 96.9480
87.7385 61.3387 95.9346
84.2589 61.3849 93.4009
80.7455 61.1783 92.9229
78.1388 60.8384 94.1021
74.5410 60.2960 96.3323
70.9528 59.7412 98.6698
67.4871 59.4730 98.7284
63.3083 59.2362 98.0871
58.8063 58.9720 97.4714
85.0653 65.4926 97.8556
83.9668 65.5278 94.3416
80.8889 64.4879 91.7567
77.4482 62.5331 93.9201
75.0270 61.1638 95.4027
73.0548 59.9064 97.5156
70.2444 58.5210 97.9352
66.1804 56.5065 98.6132
62.4675 54.5575 99.9249
//
- 私も数学系、物理系、工学系の専門教育は受けたことがなく...
p <- persp(range(A$x),range(A$y),
matrix(rep(0,4),ncol=2),
zlim=range(A$z),theta=10,
phi=50,r=10)
xyz <- trans3d(A$x,A$y,A$z,p)
polygon(xyz$x,xyz$y,col="red")
#ref("trans3d01.png",center)
- 面白い問題ですが、相当の時間をかけないと解けそうもない...
- 有難うございます。 -- &new{2011-02-02 (水) 00:29:02};
- 回答有難うございました。やはり表面積は地味に計算するの...
- 空間三角形の面積は高校数学の公式を使えば次のように計算...
> S <- function(p1,p2,p3) {
w1 <- p1-p3; w2 <- p2-p3
area <- as.vector(0.5*sqrt((w1%*%w1)*
(w2%*%w2)-(w1%*%w2)^2))
return(area)
}
> S(c(1,2,3),c(1,1,1),c(5,0,2))
[1] 4.716991
- > ３０個の点が、“最も平均的に通る平面”（平面Aとする）を...
- 「平均的に通る平面」は例えば次のように計算可能でしょう...
> D <- c(56.8458,56.3972,95.2184,58.1262,...)
> D <- matrix(D, ncol=3, nrow=30, byrow=TRUE)
> F <- function(x) sum((x[1]*D[,1]+x[2]*D[,2]+
x[3]*D[,3]+1)^2)/sum(x^2)
> (x <- optim(c(0.1,0.1,0.1),F)) # 適当な初期値で最適化
$par
[1] 0.09792275 0.37648968 -0.32677544
$value
[1] 1366.468
$counts
function gradient
116 NA
$convergence
[1] 0
$message
NULL
> (x <- optim(x$par,F)) # 上で求めた解を初期値として繰り...
$par
[1] -0.001709210 0.001085967 -0.009890907 # これが解 a...
$value
[1] 64.76301
$counts
function gradient
158 NA
$convergence
[1] 0
$message
NULL
↓アニメーションにならないならブラウザを変えましょう~
&ref(movie3d.png);
- 参考まで：三次元単位立方体 [0,1]^3 中の図形 D の体積を...
- 皆様、大変有難うございました。自分にとってはこれから、...
- パッケージ geometry を使えばなんとかなるかもしれません...
> library(geometry)
> eps <- 10^{-14} #ほとんどゼロの幅
# xy平面の単位正方形にepsの厚みを加えた三次元立方体の8個...
> E <- rbind(c(0,0,0),c(1,0,0),c(0,1,0),c(1,1,0),
c(0,0,eps),c(1,0,eps),c(0,1,eps),c(1,1,eps))
> x <- convhulln(E, options = "FA") # オプションFAで実行
> x
$hull # Eの８個の点の凸包の表面を形成する12組の三角形分割
[,1] [,2] [,3]
[1,] 4 3 1 # 3点 E[4,],E[3,],E[1,] からなる
[2,] 4 2 1 # 三角形という意味
[3,] 6 2 1
[4,] 6 5 1
[5,] 6 4 2
[6,] 6 4 8
[7,] 7 3 1
[8,] 7 5 1
[9,] 7 4 3
[10,] 7 4 8
[11,] 7 6 5
[12,] 7 6 8
$area # 凸包の表面積
#（eps を極小に取ったため、上下の正方形の面積）
[1] 2
$vol # 凸包の体積 1x1xeps
[1] 1e-14
> D # 質問者の例の点群
[,1] [,2] [,3]
[1,] 56.8458 56.3972 95.2184
[2,] 58.1262 55.2657 96.9028
[3,] 61.0080 53.8846 97.6925
（途中省略）
[29,] 59.6531 64.9476 96.2303
[30,] 57.9525 61.7413 95.6913
> x <- convhulln(D, options = "FA")
> x # その凸包は56組の三角形からなる
$hull
[,1] [,2] [,3]
[1,] 11 10 1
[2,] 13 24 14
[3,] 26 13 30
(途中省略)
[55,] 8 9 1
[56,] 8 7 1
$area # 凸包の表面積
[1] 1194.405
$vol # 体積
[1] 1264.764
> length(unique(as.vector(x$hull)))
[1] 30 # この場合凸包は30個の点すべてを通る
# 81個の点群の場合
> x <- convhulln(DD, options = "FA")
> x$area
[1] 1116.008
> x$vol
[1] 1644.317
> length(unique(as.vector(x$hull)))
[1] 24 # 凸包は24個の点だけで構成されている！
- 参考まで：点群と超平面で囲まれる図形という概念には曖昧...
> # 超平面 ax+by+cz+d=0 に
# 点 p=c(X,Y,Z) から下ろした垂線の足の座標
> # v=c(a,b,c) と置く。
# sum(v*ft(v,d,p))+d=0 となる
> ft <- function(v,d,p)
p - (sum(v*p)+d)/(sum(v*v))*v
> # p=(X,Y,Z) に対する aX+bY+cZ+d の値
> # v=c(a,b,c)。c > 0 の時
# fft(v,d,p) > 0 (< 0)
# ならば点 p は超平面の上(下)側
> fft <- function(v,d,p) sum(v*ft(v,d,p))+d
> # 先に計算した超平面Aに対する a,b,c,dの値。
# cの値が正になるように調整
> v <- c(0.001709210,-0.001085967,0.009890907)
> d <- -1
# v,d を固定した関数 fft
> FFT <- function(p) fft(v,d,p)
# 81個の点に対する ax+by+cz+d の値
> x <- apply(DD,1,FFT)
# 超平面Aの上及び上側にある点のインデックス
> xupper <- which(x >= 0)
# 超平面Aの下側にある点のインデックス
> xlower <- which(x < 0)
# v,d を固定した関数 ft
> FT <- function(p) ft(v,d,p)
# 超平面Aの上側にある点の平面Aへの射影 の座標行列
> xyzupper <- t(apply(DD[xupper,],1,FT))
# 超平面Aの下側にある点の平面Aへの射影 の座標行列
> xyzlower <- t(apply(DD[xlower,],1,FT))
>
> # 例：平面Aの上側にある４つの点から定められる面
#(二つの三角形からなる)
> # と平面Aで囲まれる図形の表面積と体積を求める
> # 二つの三角形ごとに処理、共通する面の面積
# (の二倍)を最後に引く
> D0 <- rbind(c(60,60,100),c(70,60,120),
c(60,70,110),c(70,70,100))
> tri1 <- c(1,2,4) # その三角形分割
> D1 <- D0[tri1,] # 対応座標だけを取り出す
> # D1 と D1 の点から平面Aに下ろした点の
# 凸包(三角柱)の表面積と体積を求める
> x1 <- convhulln(rbind(D1,t(apply(D1,1,FT))),"FA")
> c(x1$area,x1$vol)
[1] 419.3777 211.3755
> tri2 <- c(1,3,4) # もうひとつの三角形分割
> D2 <- D0[tri2,] # 対応座標だけを取り出す
> x2 <- convhulln(rbind(D2,t(apply(D2,1,FT))),"FA")
> c(x2$area,x2$vol)
[1] 353.1260 360.3836
> eps <- 10^{-10} # 極小の幅
# 二つの三角形分割に共通する二点 c(1,4)
> tri3 <- intersect(tri1,tri2)
> # 共通辺をxy方向に少し平行移動してできる
# 平行四辺形の4頂点の座標行列
> D3 <- rbind(D0[tri3,],D0[tri3,]+c(eps,eps,0))
> x3 <- convhulln(rbind(D3,t(apply(D3,1,FT))),"FA")
> c(x3$area,x3$vol) # 体積はほとんどゼロ
[1] 8.284987e+01 9.942196e-10
# D0と平面Aで囲まれる図形の体積
> x1$vol+x2$vol
[1] 571.7591
# D0と平面Aで囲まれる図形の面積(共通側面面積の2倍を引く)
> x1$area+x2$area-x3$area
[1] 689.6538
- 参考まで(正確さは保証しません)。やはり三角形分割は一意...
> # Dは空間点群のx,y,z座標を並べた3列行列
> # TはDの点をある方法で三角形分割したものの
# 点番号を並べた3列の整数行列
> # (任意の二つの三角形は辺を除いて重ならないとする)
> # ax+by+cz+d=0が参照超平面Aを定義(c=0でないとする)
> # Dの点はすべてAの上側か下側にあるとする
> Poly.av <- function(D,T,a,b,c,d) {
+ require(geometry) # 必要なパッケージを読み込み
+ nD <- nrow(D) # 点の総数
+ nT <- nrow(T) # 三角形分割の総数
+ eps <- 10^{-10}*c(1,1,0) # 僅かな平行移動用ベクトル
+ Area <- 0; Volume <- 0 # 面積、体積初期値
+ # 超平面 ax+by+cz+d=0 に
+ # 点 p=c(X,Y,Z) から下ろした垂線の足の座標
+ FT <- function(p)
+ p - (sum(c(a,b,c)*p)+d)/(a^2+b^2+c^2)*c(a,b,c)
+ for (i in seq(nT)) { # 各三角形について繰返し
+ cat("番号 ",i," 対応三角形 (",T[i,],")",fill=TRUE)...
+ D0 <- D[T[i,],] # 対応座標行列
+ D1 <- t(apply(D0,1,FT)) # D0の各点から超平面に下...
+ x <- convhulln(rbind(D0,D1),"FA")
+ Area <- Area + x$area # 三角柱の共通側面の面積...
+ Volume <- Volume + x$vol
+ }
+ for (i in 1:(nT-1))
# すべての三角形の組 i,j について繰返し
+ for (j in (i+1):nT) {
+ itsc <- intersect(T[i,],T[j,]) # 共有頂点番号
+ if (length(itsc)==2) { # 二つの三角形が...
+ cat("共通辺 (", itsc, ")",fill=TRUE) # デバ...
# その辺をxy方向で少し平行移動した平行四辺形
+ D0 <- rbind(D[itsc,],D[itsc,]+eps)
+ x <- convhulln(rbind(D0,t(apply(D0,1,FT))),"FA")
+ Area <- Area - x$area # 共有側面の面積の...
+ }}
+ return(list(area=Area,volume=Volume))
+ }
>
> # 簡単な例：6点からなる点群
> D <- rbind(c(60,60,120), #P1
+ c(70,60,110), #P2
+ c(80,60,160), #P3
+ c(70,70,100), #P4
+ c(80,70,140), #P5
+ c(80,80,100)) #P6
> T <- rbind(c(1,2,4),c(2,3,4),
c(3,4,5),c(4,5,6)) #その三角形分割(の例)
> v <- c(0.001709210,-0.001085967,
0.009890907,-1) # 参照超平面の係数
> (x <- Poly.av(D,T,v[1],v[2],v[3],v[4]))
番号 1 対応三角形 ( 1 2 4 )
番号 2 対応三角形 ( 2 3 4 )
番号 3 対応三角形 ( 3 4 5 )
番号 4 対応三角形 ( 4 5 6 )
共通辺 ( 2 4 )
共通辺 ( 3 4 )
共通辺 ( 4 5 )
$area
[1] 2285.054
$volume
[1] 994.3007
- 三角形分割を求めるには参照超平面の原点が30個の点の重心...
> D <- c(56.8458,56.3972,95.2184,58.1262,...)
> D <- matrix(D, nrow=30,ncol=3,byrow=TRUE)
> (ctr <- apply(D,2,mean))# 30個の点群の重心座標
[1] 73.21028 60.43731 95.08736
> DD <- c(66.5214, 52.3693, 100.1890,69.0172, ...)
> DD <- matrix(DD,nrow=length(DD)/3,ncol=3, byrow=TRUE)
> v <- c(0.001709210,-0.001085967,
0.009890907,-1) # 参照超平面の係数
> vv <- v[-4]
vv <- vv/sqrt(sum(vv^2)) # (a,b,c)を長さ1に
> # 座標行列 D を点 cg を原点、
# 方向ベクトル vv が (0,0,1) となるように変換
> Rot <- function(D,vv,cg) {
+ D0 <- sweep(D,2,cg) # Dの各座標からcgを引く
# オイラー角 x[1],x[2],x[3]に対する回転行列
+ tmp1 <- function(x) {
+ a <- x[1]; b <- x[2]; c <- x[3]
+ R1 <- rbind(c(1,0 ,0 ),
+ c(0,cos(a),-sin(a)),
+ c(0,sin(a),cos(a) ))
+ R2 <- rbind(c(cos(b) ,0,sin(b)),
+ c(0 ,1,0 ),
+ c(-sin(b),0,cos(b)))
+ R3 <- rbind(c(cos(c),-sin(c),0),
+ c(sin(c),cos(c) ,0),
+ c(0 ,0 ,1))
+ R1%*%R2%*%R3 }
# vvをtmp1(x)で回転したベクトルとc(0,0,1)とのズレ
+ tmp2 <- function(x) {
+ W <- tmp1(x)%*%vv-c(0,0,1)
+ sum(W*W) }
+ # 方向ベクトル vv を (0,0,1) に移す
# 回転行列のオイラー角を求める
+ # 初期値 (0,0,0) から始め念の為に
# 最適化を三回繰り返す
+ angle <- optim(optim(optim(c(0,0,0),
tmp2)$par,tmp2)$par,tmp2)$par
+ t(tmp1(angle)%*%t(D0)) # 変換した座標行列を返す
+ }
> DX <- Rot(DD,vv,apply(D,2,mean))
> DX[1:2,]
[,1] [,2] [,3]
[1,] -5.098094 -9.352273 4.733394
[2,] -3.240725 -5.936903 3.342893
- ところで最初の30個の点群は何を表しているんでしょう(ただ...
- もう本当に、沢山の回答をいただき、皆様有難うございまし...
- パッケージ tripack は与えられた二次元点群のドロネー三角...
# tripackパッケージを読みこみ
> library(tripack)
# z座標が非負の点だけを取り出す
> DXupper <- DX[which(DX[,3]>=0),1:2]
# そのドロネー三角分割を計算
> tri.upper <- tri.mesh(DXupper[,1],DXupper[,2])
# 三角分割のプロット
> plot(tri.upper)
# 三角分割要約
> summary(tri.upper)
triangulation:
Call: tri.mesh(x = DXupper[, 1],
y = DXupper[, 2])
number of nodes: 25
number of arcs: 65
number of boundary nodes: 7
number of triangles: 41
number of constraints: 0
# 三角分割(各列が三角形のノード 番号)
> triangles(tri.upper)[,1:3]
node1 node2 node3
[1,] 1 21 9
[2,] 1 9 8
[3,] 1 8 17
(途中省略)
[40,] 22 24 23
[41,] 23 24 25
>
# z座標が非負の点だけを取り出す
> DXlower <- DX[which(DX[,3]<=0),1:2]
# そのドロネー三角分割を計算
> tri.lower <- tri.mesh(DXlower[,1],DXlower[,2])
# 三角分割のプロット
> plot(tri.lower)
# 三角分割要約
> summary(tri.lower)
triangulation:
Call: tri.mesh(x = DXlower[, 1], y = DXlower[, 2])
number of nodes: 56
number of arcs: 156
number of boundary nodes: 9
number of triangles: 101
number of constraints: 0
# 三角分割(各列が三角形のノード 番号)
> triangles(tri.lower)[,1:3]
node1 node2 node3
[1,] 1 12 51
[2,] 1 51 50
[3,] 1 50 48
(途中省略)
[100,] 49 51 52
[101,] 52 53 54
**箱ひげ図の層別プロット [#e23671d5]
>[[まめ]] (2011-01-28 (金) 09:29:53)~
~
R初心者です。~
Rコマンダーで箱ひげ図を描画する時に、箱ひげ図の層別プロッ...
何か考えられることはありますでしょうか？~
//
- > 何か考えられることはありますでしょうか？&br;あなたが...
- マニュアル通りに変数を指定して層別プロットを選択しまし...
- iris データセットで，マニュアルも見ないで，「グラフ」--...
「箱ひげ図の層別プロット」って，こんなのでよいのでしょう...
&ref(boxplot.png);
- たぶん層別に使いたい変数がfactorになっていないために候...
- ご回答ありがとうございます。作成していただいた図が私が...
**GUIプリファレンスのフォントの設定の固定 [#z9763486]
>[[ぐし]] (2011-01-28 (金) 03:04:17)~
~
いつもRを起動するとGUIプリファレンスのフォントの設定を変...
起動と同時にMSgothicで表示させる方法はないのでしょうか？~
使用OSはwin7で、Rは2.4.1です。~
//
- え，目を疑う。「Rは2.4.1です」って，本当ですか。そんな...
- フォント設定を変更した後セーブしていますか？ -- &new{2...
- 本当です。フォントを設定した後、保存を押しているのです...
- アップデートして解決しました。お騒がせしました -- [[ぐ...
- すみません、やっぱりできてませんでした。日本語表示はさ...
- 変更したRconsoleファイルを作業ディレクトリでなくRをイン...
- [[図形出力デバイス pdf( ) の文字化け（Windows-XP) :http...
- ↑は，関係ないでしょう。 -- [[ ]] &new{2011-01-31 (月) ...
- できました！「etc」フォルダに保存するのがポイントでした...
**sem関数を使うと” scan 関数は 'a real' を期待したのに、...
>[[???]] (2011-01-27 (木) 15:54:11)~
setwd("D:\\")
d1<-read.table("data3.csv",
header=TRUE, sep=",")
head(d1)
n.d1 <- nrow(d1)
mean.d1 <- apply(d1, 2, mean)
sd.d1 <- sd(d1)
cor.d1 <- cor(d1)
data.frame(n.d1, mean.d1, sd.d1, cor.d1)
library(sem)
model.1 <- specify.model()
x1 <- f1, b11, NA
x2 <- f1, b21, NA
x3 <- f1, b31, NA
x4 <- f1, b41, NA
x5 <- f1, b51, NA
x6 <- f1, b61, NA
x7 <- f1, b71, NA
x8 <- f1, b81, NA
x9 <- f1, b91, NA
x10 <- f1, b101, NA
x11 <- f1, b111, NA
x12 <- f1, b121, NA
x13 <- f1, b131, NA
x14 <- f2, b142, NA
x15 <- f2, b152, NA
x16 <- f2, b162, NA
x17 <- f2, b172, NA
x18 <- f2, b182, NA
f1 <-> f1, NA, 1
f2 <-> f2, NA, 1
f1 <-> f2, c12, NA
sem.model.1 <- sem(model.1,
cor.d1, N=nrow(d1))
summary(sem.model.1)
とうつと，
以下にエラー scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, ski...
scan 関数は 'a real' を期待したのに、得られたのは 'N=...
と出ます。~
ちなみに，スクリプトの「N=nrow(d1)」を「N=n.d1」に変えて...
scan関数なんて使っていないのになぜでしょう??~
//
- sem.model1<-の行の前に１行空白行を入れましょう。 -- &n...
- > scan関数なんて使っていないのになぜでしょう??&br;speci...
**unique な vector だけを残したい [#ha93d7e8]
>[[白雪姫]] (2011-01-26 (水) 03:04:34)~
~
こんにちは。~
R version 2.11.1 を mac で使っております。~
~
例えば
v <- rep( c(1, 2, 3, 5, 6),
c(4, 3, 4, 2, 1) )
というベクトルがあります。
require(gtools)
combinations( length(v), 3, v,
set=FALSE, repeats=FALSE )
とすると、364 個の答が返ってきます。(364*3 の matrix です...
この中で unique な raw だけに興味があります。つまり、c(1,...
~
もう少し長い v で combination の長さも長い応用を考えてい...
よろしくお願いします。~
効率の悪いのは、こんな感じです。~
unique( combinations( length(v), 3, v,
set=FALSE, repeats=FALSE ) )
combinations() を全て羅列してから条件に合うものだけを取り...
//
- 不完全な再帰関数のような気がしますけど，http://aoki2.si...
取り出す個数が小さいうちは combinations 関数を使う方が速...
getComb <- function(v, n)
{
search <- function(x, y)
{
if (y == 1) {
a <<- rbind(a, rep(v1, um[1,]))
}
else if (x == 1) {
if ((t <- um[1, 1]-um[y, 1]) >= 0) {
um[1, 1] <<- t
search(nc, y-1)
um[1, 1] <<- um[1, 1]+um[y, 1]
}
}
else {
search(x-1, y)
while (um[y, 1] && um[1, x]) {
um[y, x] <<- um[y, x]+1
um[y, 1] <<- um[y, 1]-1
um[1, x] <<- um[1, x]-1
search(x-1, y)
}
um[y, 1] <<- um[y, 1]+um[y, x]
um[1, x] <<- um[1, x]+um[y, x]
um[y, x] <<- 0
}
}
f1 <- table(v)
v1 <- as.numeric(names(f1))
um <- matrix(0, 2, length(v1))
um[,1] <- c(n, sum(f1)-n)
um[1,] <- f1
a <- NULL
search(nc, 2)
return(a)
}
v <- rep( c(1, 2, 3, 5, 6), c(4, 3, 4, 2, 1) )
n <- 7
system.time(b <- unique(combinations(
length(v), n, v, set=FALSE, repeats=FALSE )))
system.time(a <- getComb(v, n))
実行結果は以下の通り
unique(combinations(... による b とは，出力順が異なる
> head(a)
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
[1,] 3 3 3 3 5 5 6
[2,] 2 3 3 3 5 5 6
[3,] 1 3 3 3 5 5 6
[4,] 2 2 3 3 5 5 6
[5,] 1 2 3 3 5 5 6
[6,] 1 1 3 3 5 5 6
> tail(a)
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
[87,] 1 1 2 2 2 3 3
[88,] 1 1 1 2 2 3 3
[89,] 1 1 1 1 2 3 3
[90,] 1 1 1 2 2 2 3
[91,] 1 1 1 1 2 2 3
[92,] 1 1 1 1 2 2 2
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さん、どうもありが...
**パッケージのインストールができません [#gfeafeed]
>[[あびこ]] (2011-01-22 (土) 15:23:13)~
~
現在、自宅でRのパッケージ（sem）をインストールしようとし...
OSはwin7、Rは2.4.1です。管理者権限でログインしています。R...
ファイルを探してもsemのファイルはありませんでした。~
[パッケージ]→[パッケージのインストール]でインストールしよ...
よろしくお願いします。~
~
以下、エラー文です
--- Please select a CRAN mirror for
use in this session ---~
警告：unable to access index for repository
http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/bin/
windows/contrib/2.4
URL 'http://essrc.hyogo-u.ac.jp/cran/bin/windows/
contrib/2.4/sem_0.9-8.zip'
を試しています
Content type 'application/zip' length 245050 bytes
開かれた URL
downloaded 239Kb
以下にエラーzip.unpack(pkg, tmpDir) : ファイル
'C:/Program Files/R/R-2.4.1/library/fileef56f57/
sem/chtml/sem.chm'
を開くことができません
> library(sem)
以下にエラーlibrary(sem) :
'sem' という名前のパッケージはありません
//
- 解決しました。win7の権限に関する問題でした。お騒がせし...
**ヘルプファイルが存在しない [#u70f8e6a]
>[[yamada]] (2011-01-21 (金) 10:57:37)~
~
パッケージ"urca"をダウンロードして登録しましたが、ヘルプ...
リンク先をクリックしても当該ファイルが存在しません。~
~
例えば最初の.spcvをクリックしても"file:///C:/Program%20Fi...
~
解決方法はありますでしょうか。~
//
- 追加：セッション情報です -- [[yamada]] &new{2011-01-21 ...
R version 2.12.1 (2010-12-16)
Platform: i386-pc-mingw32/i386 (32-bit)
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932
LC_CTYPE=Japanese_Japan.932
[3] LC_MONETARY=Japanese_Japan.932
LC_NUMERIC=C
[5] LC_
[2,] TIME=Japanese_Japan.932
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils
datasets methods base
other attached packages:
[1] urca_1.2-4
loaded via a namespace (and not attached):
[1] grid_2.12.1 lattice_0.19-13 nlme_3.1-97 tool...
- そのヘルプファイルは，そのようにして使うものではないの...
- 河童の屁さん、ありがとうございました。解決しました。毎...
**文字列を逆順にする [#n9d35de7]
>[[みゅ]] (2011-01-20 (木) 16:17:19)~
~
ABCDEをEDCBAのように逆順に並べたいのですが、これに対応す...
数字なら例えばrev()で良いと思うのですが、
> A <- 1:5
> A
[1] 1 2 3 4 5
> rev(A)
[1] 5 4 3 2 1
一般に文字列の場合はどのようにするのでしょうか。~
1文字ずつに分割した文字列について、order()などで順序番号...
もしfunctionが有るようなら教えて下さい。調べましたが解り...
//
- 質問をする前に環境ぐらい書きましょう。次の方法は環境依...
> A <- "ABCDE"
> system(paste("echo",A,"|rev"),intern=TRUE)
[1] "EDCBA"
- 関数があるかどうか探すより定義して使う方が速い。必要な...
> a <- "abcdefghij"
> paste(rev(unlist(strsplit(a, ""))),
collapse="")
[1] "jihgfedcba"
> Napoleon <- "Able was I ere I saw Elba"
> paste(rev(unlist(strsplit(Napoleon, ""))),
collapse="")
[1] "ablE was I ere I saw elbA"
- 恐れ入ります。初心者で、環境に依存する所まで頭が回って...
- > 以前、すでに関数があるのに自分で時間をかけて書いたり...
がっかりする必要など，さらさらありませんよ。スキルも付...
**確率分布を定義して乱数発生 [#k4c09f0f]
>[[せこがに]] (2011-01-19 (水) 07:32:58)~
~
べき分布x^-uに従う乱数を発生させたいと思っています。xを確...
pdf <- function (n, u=1, a=1) {
x <- runif(n, min=a, max=1000)
p <- x^-u
y <- s vv ample(x, n, replace=T, prob=p)
return(y)
}
//
- 「べき分布 乱数」でググったら，結構出てきますよ。~
あなたの関数定義とほぼ同じものが「[[ベキ分布を生成する関...
rpower <- function(n, m=1, M=100, b=0.1)
{
((M^-b-m^-b)*runif(n)+m^-b)^(1/-b)
}
> xの最大値を無限大に拡張したい~
上の関数定義でも，M が無限大だと使えません。現実的にも M ...
**optim関数とsum関数 [#n36b56ee]
>[[century]] (2011-01-19 (水) 00:27:39)~
~
初歩的なことなのかもしれませんが、optim関数について教えて...
以下のようなプログラムがあります。
flb <- function(x)
{ p <- length(x); sum(c(1, rep(4, p-1)) *
(x - c(1, x[-p])^2)^2)
}
## 25-dimensional box constrained
optim(rep(3, 25), flb, NULL,
method = "L-BFGS-B",
lower=rep(2, 25), upper=rep(4, 25))
# par[24] is *not* at boundary
の中の~
sum(c(1, rep(4, p-1)) * (x - c(1, x[-p])^2)^2)
はどういった計算でしょうか。
c(1, rep(4, p-1))
と
(x - c(1, x[-p])^2)^2
は計算できるのですが、sumが良く分かりません。~
自分で
sum(c(1,2,3)*(1,2,3))
と書いてもエラーで上手く行きません。~
なんで元々のプログラムではうまくいくのでしょうか？~
~
実行したら普通にできるのですが、何をしているのか理解した...
また、
lower=rep(2, 25), upper=rep(4, 25)
というのはxに初期値として入れたrep(3,25)が25個のデータな...
//
- > sum(c(1,2,3)*(1,2,3)) と書いてもエラーで上手く行...
sum(c(1,2,3)*c(1,2,3)) とすべきでしょう。~
プログラムが何をしているか分からないとき，部分ごとに逐次...
> (x <- c(3, 5, 2)) # 例えば，こんな例を
[1] 3 5 2
> (p <- length(x)) # x の長さ（要素数）
[1] 3
# 1 と 4 を p-1 個繰り返した要素を持つベクトル
> c(1, rep(4, p-1))
[1] 1 4 4
# 1 と x の p 番目の要素を除いたものを要素とするベクトル
> c(1, x[-p])
[1] 1 3 5
> c(1, x[-p])^2 # その二乗
[1] 1 9 25
> x - c(1, x[-p])^2 # x から引き算
[1] 2 -4 -23
> (x - c(1, x[-p])^2)^2 # さらにその二乗
[1] 4 16 529
> c(1, rep(4, p-1)) *
(x - c(1, x[-p])^2)^2 # ベクトルの積
[1] 4 64 2116
> sum(c(1, rep(4, p-1)) *
(x - c(1, x[-p])^2)^2) # その要素の和
[1] 2184
> xに初期値として入れたrep(3,25)が25個のデータなので...
その通りですよ。それぞれの制約を課したければ，lower=c(2, ...
- 逐次実行を進めている段階でそのsumの部分が分からなかった...
**プログラム書法 [#jbd7fbf4]
>[[河童の屁は，河童にあらず，屁である。]] (2011-01-18 (火...
~
お作法というのもいろいろ流儀があって，一通りでは済まない...
{ } では，インデントしましょう~
<- の前後には半角空白を置きましょう~
, の後には半角空白を置きましょう~
for, if, else if の後には半角空白を置きましょう~
{ の左側には半角空白を置きましょう~
少なくとも ==, !=, >, <, <=, >=, &, &&, |, ||, ! の前後に...
a <- function(b, c) {
d <- e+f
if (g > 0) {
h <- i+8
}
else {
h <- i+90
}
return(h*900)
}
//
- 了解です。いつもありがとうカッパさん❤ -- [[美穂]...
**最尤推定のoptim関数⇒nlm関数 [#v2bfa661]
>[[century]] (2011-01-17 (月) 14:44:50)~
~
最尤推定で多くのパラメータが含まれた尤度関数を扱っている...
具体的には、
optim(par=c(0.927, 0.982, 0.091, 0.058, 0.604,
1.129, 0.368, 0.326),
fn=Likelihood(ε, R),
control=list(fnscale=-1, trace=TRUE))
を
nlm(Likelihood, c(0.927, 0.982, 0.091, 0.058, 0.604,
1.129, 0.368, 0.326), hessian=TRUE)
にしたのですが、それ以外にどこを直すと回るのでしょうか。~
※c()は初期パラメータです。。。~
色々nlm関数のページも見ましたが、分からず、御教授頂けます...
~
あと、一部のパラメータだけ違う制約を置くことが可能でした...
//
- nlm の example にある例を，optim で書いてもちゃんと動く...
> f <- function(x) sum((x-1:length(x))^2)
> nlm(f, c(10,10))
$minimum
[1] 4.303458e-26
$estimate
[1] 1 2
$gradient
[1] 2.757794e-13 -3.099743e-13
$code
[1] 1
$iterations
[1] 2
> optim(c(10, 10), f,
control=list(reltol=1e-14))
$par
[1] 0.9999998 1.9999994
$value
[1] 4.218356e-13
$counts
function gradient
103 NA
$convergence
[1] 0
$message
NULL
- コメントありがとうございます。エラーメッセージとしては...
- 再質問じゃないよ。このスレッドに続けなきゃ。また，ちゃ...
- > 関数値が不正です&br;文字通り，関数定義または，関数の...
- 関数のパラメータ、初期値がおかしいのだと思うのですが、o...
- > 初期値がおかしいのだと思うのですが&br;では，optim関数...
- 使い方に慣れておらず、不手際が続きまして申し訳ありませ...
- > 関数そのものはoptim関数と一緒ですがなぜ回らないのでし...
- うまくプログラム文を貼ろうと思ったのですが、べた書きに...
- 何度も投稿文の書式を見たのですが、このプログラムみたい...
- εとRはExcelの各列にデータが並んでいて、それを読み込んだ...
- > べた書きにしかならなかったので削除しました&br;ですか...
Likelihood は要するに関数定義を返す関数で，それで定義され...
- optimとnlmで初期値の長さが違うけど、それが原因じゃない...
->全て定義しなおします。
まず、Excelに2列のデータがあり、csvファイルからそれをxに...
ε<-x[,10]
R<-x[,5]
y<-c(1:305)
Likelihood<-function(ε,R){
return(function(par){
p<-par[1]
q<-par[2]
ω_0<-par[3]
α_0<-par[4]
β_0<-par[5]
μ_0<-0.1
ω_1<-par[6]
α_1<-par[7]
β_1<-par[8]
μ_1<--0.2
LogL<-0
E<-(1-p)/(2-p-q) # t=0の定常確率(スタート)
F<-(1-q)/(2-p-q)
ε_0<-ε[1] # t=1の確率密度関数計算
R_1<-R[2]
A<- q*E+(1-p)*F
B<- (1-q)*E+p*F
sigma_0_1<-sqrt(ω_0+α_0*ε_0^2+β_0*ε_0^2)
sigma_1_1<-sqrt(ω_1+α_1*ε_0^2+β_1*ε_0^2)
f1<-1/sqrt(2*pi*sigma_1_1^2)*exp(-(R_1-μ_1)^2/
(2*sigma_1_1^2))
f0<-1/sqrt(2*pi*sigma_0_1^2)*exp(-(R_1-μ_0)^2/
(2*sigma_0_1^2))
f<- f0*A+f1*B
LogL<-LogL+log(f)
E<-f0*A/(f0*A+f1*B)
F<-f1*B/(f0*A+f1*B)
G<-E
H<-F
C<-A
D<-B
ε_1<-ε[2] #t=2
R_2<-R[3]
A<-q*E+(1-p)*F
B<-(1-q)*E+p*F
sigma_0_2<-sqrt(ω_0+α_0*ε_1^2+β_0*
(sigma_0_1^2*C+sigma_1_1^2*D))
sigma_1_2<-sqrt(ω_1+α_1*ε_1^2+β_1*
(sigma_0_1^2*C+sigma_1_1^2*D))
f1<-1/sqrt(2*pi*sigma_1_2^2)*
exp(-(R_2-μ_1)^2/(2*(sigma_1_2)^2))
f0<-1/sqrt(2*pi*sigma_0_2^2)*
exp(-(R_2-μ_0)^2/(2*(sigma_0_2)^2))
f<-f0*A+f1*B
LogL<-LogL+log(f)
E<-f0*A/(f0*A+f1*B)
F<-f1*B/(f0*A+f1*B)
A=q*E+(1-p)*F
B=(1-q)*E+p*F
C=q*G+(1-p)*H
D=(1-q)*G+p*H
sigma0t<-sigma_0_2
sigma1t<-sigma_1_2
z<-2 #t=3以降
ε_t<-0
R_t<-0
for(i in y){
z<-z+1
ε_t<-ε[c(z)]
R_t<-R[c(z+1)]
A<-q*E+(1-p)*F
B<-(1-q)*E+p*F
sigma0t<-sqrt(ω_0+α_0*ε_t^2+
β_0*((sigma0t)^2*C+(sigma1t)^2*D))
sigma1t<-sqrt(ω_1+α_1*ε_t^2+
β_1*((sigma0t)^2*C+(sigma1t)^2*D))
f1<-1/sqrt(2*pi*(sigma1t)^2)*
exp(-(R_t-μ_1)^2/(2*(sigma1t)^2))
f0<-1/sqrt(2*pi*(sigma0t)^2)*
exp(-(R_t-μ_0)^2/(2*(sigma0t)^2))
f<-f0*A+f1*B
LogL<-LogL+log(f)
E<-f0*A/(f0*A+f1*B)
F<-f1*B/(f0*A+f1*B)
C<-A
D<-B
}
return(LogL)
})
}
optim(par=c(0.927,0.982,0.091,0.058,
0.604,0.9,0.368,0.326),
fn=Likelihood(ε,R),
control=list(fnscale=-1, trace=TRUE))
このプログラムで計算されたパラメータに書き換えて、最初の
Likelihood<-function(ε,R){
return(function(par){
と最後の
return(LogL)
})
}
を外したら最終的なLogLの値が計算され、それらしい値になっ...
ブロック要素という形で区切られてしまい、空の行を入れて見...
色々と初期値の問題を解決しようとしてプログラムを変えてい...
お手数ですが、どうか宜しくお願い致します。
- 空行の先頭にも空白1個がいるということです。あとは，別の...
- まあ，実行すれば，以下のようなエラーが出ますね。
> ε<-x[,10]
エラー： オブジェクト 'x' がありません
> R<-x[,5]
エラー： オブジェクト 'x' がありません
:
エラー： オブジェクト 'z' がありません
> return(LogL)
エラー： オブジェクト 'LogL' がありません
> })
エラー： 予想外の '}' です ( "}" の)
> }
エラー： 予想外の '}' です ( "}" の)
> optim(par=c(0.927,0.982,0.091,0.058,
0.604,0.9,0.368,0.326),fn=Likelihood(ε,R),
control=list(fnscale=-1, trace=TRUE))
Nelder-Mead direct search function minimizer
以下にエラー function (par) :
関数 "Likelihood" を見つけることができませんでした
こんな単純なエラーが出ないように提示することが要求される...
- 先程記述したExcelデータをxに取り込むというものがあれば...
- > optimとnlmで初期値の長さが違うけど、それが原因じゃな...
- > 先程記述したExcelデータをxに取り込むというものがあれ...
> x <- matrix(runif(305*2), 305)
> ε<-x[,10]
エラー： 添え字が許される範囲外です
> R<-x[,5]
エラー： 添え字が許される範囲外です
あなたのいいたかったのは「2行×305列の行列」？何でそうなの...
あなたが実際に実行した通りをアップロードすべきなんです。...
- すみません・・・、データのcsvファイルをアップできなかっ...
- > データのcsvファイルをアップできなかったものですから&b...
- すみません・・・305行×2列でした。データのεとRという意味...
- > 305行×2列でした&br;あのですね，305×2の行列から，ε<-x[...
また，何回もいうけど，そこをパスしても，その後のエラーは...
- また数十行のデータをアップされるのはかなわないので，ε <...
- これで最後にします。アップされたプログラムをRコンソール...
- 文法エラーが出るのは，"z<-2 #t=3以...
関数中でε，R の参照がおかしいのだけど，それはよしとして，...
set.seed(12345)
ε<-runif(308)
R<-runif(309)
としてやってみると。以下のようなエラーが50個以上（関数の...
44: In log(f) : 計算結果が NaN になりました
45: In sqrt(ω_0 + α_0 * ε_t^2 + β_0 *
((sigma0t)^2 * C + ... :
計算結果が NaN になりました
まあ，それはほうっておいて，結果を見てみると，収束が非常...
さて，次に nlm にすると 「'nlm' 最適化における関数値が不...
NewFunctionName <- function(par) { 関数名は何でも良い
p<-par[1]
以下同じ（この中で εや R を参照すると，大域変数が参照さ...
return(LogL)
}
このように定義した関数を使って
nlm(NewFunctionName, c(0.927,0.982,0.091,
0.058,0.604,0.9,0.368,0.326), hessian=TRUE)
で動く。~
ただし，途中で log と sqrt でエラーが一杯出る（前述のエラ...
関数が正しいかどうか，吟味すべし。 -- [[河童の屁は，河童...
->なかなか手元で回らず、アップするのが遅れてしまい申し訳...
データ数は問題じゃないので、ここではデータ数をかなり少な...
エラー等の現象は同じなので。。。このままで回ると思います。
y <- c(1:7)
ε <- c(0.104794415, 0.042511256, 0.125477647,
0.314732511, -0.411718232,
0.670690239, -0.006636651, -1.099916039,
-0.380745473, 1.415399685)
R <- c(0.043765052, 0.019836787, 0.103638308,
0.289968381, -0.442985542,
0.665004049, - 0.050993233, -1.11928331,
-0.362827922, 1.406915882)
Likelihood <- function(ε, R) {
return(function(par) {
p <- par[1]
q <- par[2]
ω_0 <- par[3]
α_0 <- par[4]
β_0 <- par[5]
ω_1 <- par[6]
α_1 <- par[7]
β_1 <- par[8]
μ_0 <- 0.1
μ_1 <- -0.2
LogL <- 0
E <- (1-p)/(2-p-q) # t=0 の定常確率(スタート)
F <- (1-q)/(2-p-q)
ε_0 <- ε[1] # t=1 の確率密度関数計算
R_1 <- R[2]
A <- q*E+(1-p)*F
B <- (1-q)*E+p*F
sigma_0_1 <- sqrt(ω_0+α_0*
ε_0^2+β_0*ε_0^2)
sigma_1_1 <- sqrt(ω_1+α_1*
ε_0^2+β_1*ε_0^2)
f1 <- 1/sqrt(2*pi*sigma_1_1^2)*
exp(-(R_1-μ_1)^2/(2*sigma_1_1^2))
f0 <- 1/sqrt(2*pi*sigma_0_1^2)*
exp(-(R_1-μ_0)^2/(2*sigma_0_1^2))
f <- f0*A+f1*B
LogL <- LogL+log(f)
E <- f0*A/(f0*A+f1*B)
F <- f1*B/(f0*A+f1*B)
G <- E
H <- F
C <- A
D <- B
ε_1 <- ε[2] # t=2
R_2 <- R[3]
A <- q*E+(1-p)*F
B <- (1-q)*E+p*F
sigma_0_2 <- sqrt(ω_0+α_0*ε_1^2+
β_0*(sigma_0_1^2*C+sigma_1_1^2*D))
sigma_1_2 <- sqrt(ω_1+α_1*ε_1^2+
β_1*(sigma_0_1^2*C+sigma_1_1^2*D))
f1 <- 1/sqrt(2*pi*sigma_1_2^2)*
exp(-(R_2-μ_1)^2/(2*(sigma_1_2)^2))
f0 <- 1/sqrt(2*pi*sigma_0_2^2)*
exp(-(R_2-μ_0)^2/(2*(sigma_0_2)^2))
f <- f0*A+f1*B
LogL <- LogL+log(f)
E <- f0*A/(f0*A+f1*B)
F <- f1*B/(f0*A+f1*B)
A <- q*E+(1-p)*F
B <- (1-q)*E+p*F
C <- q*G+(1-p)*H
D <- (1-q)*G+p*H
sigma0t <- sigma_0_2
sigma1t <- sigma_1_2
z <- 2
ε_t <- 0
R_t <- 0
for (i in y) { # t=3 以降
z <- z+1
ε_t <- ε[c(z)]
R_t <- R[c(z+1)]
A <- q*E+(1-p)*F
B <- (1-q)*E+p*F
sigma0t <- sqrt(ω_0+α_0*ε_t^2+
β_0*((sigma0t)^2*C+(sigma1t)^2*D))
sigma1t <- sqrt(ω_1+α_1*ε_t^2+
β_1*((sigma0t)^2*C+(sigma1t)^2*D))
f1 <- 1/sqrt(2*pi*(sigma1t)^2)*
exp(-(R_t-μ_1)^2/(2*(sigma1t)^2))
f0 <- 1/sqrt(2*pi*(sigma0t)^2)*
exp(-(R_t-μ_0)^2/(2*(sigma0t)^2))
f <- f0*A+f1*B
LogL <- LogL+log(f)
E <- f0*A/(f0*A+f1*B)
F <- f1*B/(f0*A+f1*B)
C <- A
D <- B
}
return(LogL)
})
}
optim(par=c(0.9, 0.9, 0.3, 0.3, 0.4,
0.9, 0.2, 0.5), fn=Likelihood(ε, R),
control=list(fnscale=-1, trace=TRUE))
教えて頂いた通りにnlm関数をやってみたら回りました。本当に...
このエラーなのですが、sqrt関数を使っているので、その中の...
εとRの参照がおかしいというのはzとz+1がずれているというこ...
参照するデータが元々のデータと違うのでひとつずれています...
maxit のデフォルトの500回を変更する方法も教えて頂けますで...
- > maxit のデフォルトの500回を変更する方法&br;nlm には m...
optim(rep(3, 25), flb, NULL, method = "L-BFGS-B",
lower=rep(2, 25), upper=rep(4, 25))
# par[24] is *not* at boundary
- 本当にご丁寧なアドバイスを頂き、感謝しております。今後...
**複数の変数について各変数ごとのグラフィックスを並べて描...
>[[hf]] (2011-01-15 (土) 23:17:40)~
~
「Rの基礎とプログラミング技法」（U.リゲス）p.176，8.2節に...
//
- 翻訳は原書初版に基づきますが，第2版では該当箇所が若干修...
splom (~ USArrests[c(3, 1, 2, 4)] | state.region, pscale...
- 原著が修正されているということであれば，本の記述につい...
- すでに表形式になっているのであれば -- [[ishida]] &new{2...
barchart (VADeaths, groups = F, layout = c(2,2))
- VADeathsのような表形式にまではまとめられておらず，たと...
- 小出しですみません.グループごとに列がとられているならst...
dat.long <- stack (data.wide)
histogram( ~ values | ind, data = data.long,
layout = c(2,2))
latticeではないですけど
library( ggplot2)
p <- ggplot(diamonds, aes(carat)) +
geom_histogram(binwidth = 1)
p + facet_grid(cut ~ .)
- よこからすみません。stack()を知りませんでした。勉強にな...
library(lattice)
x <- as.data.frame(matrix(round(rlnorm(100*10,
log(25), 0.4)), 100))
# xの中身を確認しておく
names(x) <- sprintf("Q%02d", 1:10)
histogram( ~ values | ind, data = stack(x),
layout = c(5, 2))
#ref(stack01.png,center);
- これこそまさに求めていたものでした。stack()，お教えいた...
- lattice って，デフォルトのままではなんだか安っぽいと思...
set.seed(123)
x <- as.data.frame(matrix(round(rlnorm(
100*10, log(25), 0.4)), 100))
# xの中身を確認しておく
names(x) <- sprintf("Q%02d", 1:10)
layout(matrix(1:10, byrow=TRUE, ncol=5))
old <- par(mar=c(2, 2.7, 1.3, 1),
mgp=c(1.6, 0.7, 0))
for (i in 1:ncol(x)) {
hist(x[, i], breaks=seq(-5, 100, by=5),
xlim=c(0, 80), ylim=c(0, 25),
xlab="", main=sprintf("Q%02d", i),
col="darkorchid1")
}
par(old)
layout(1)
&ref(hist2.png);
- まあ、標準グラフィックスよりもlattice、ggplot2とかのほ...
- 「楽チン」だから安っぽいのかな。 -- [[河童の屁は，河童...
&ref(hist3.png);
**関数の定義について [#fab06ad1]
>[[Jun]] (2011-01-15 (土) 23:11:54)~
~
お世話になります。~
~
組み込み関数の定義を調べたい場合、~
1.関数名を()なしで入力する ex. order~
2.methods()とgetS3metod()を組み合わせる ex.mean~
~
という方法がありますが、なぜこのような違いが生じるのでし...
関数の定義を隠す意味がよく分からないのですが、何か目的が...
~
何かご存知でしたらご教授願います。~
//
- 別に隠すという積極的な意図があるのではなく，オブジェク...
- ありがとうございます。では methods(print) とすると"No...
- たいした意図はないでしょう。必要としない人から隠してい...
- 関数を作成した人に直接聞いた方が確実そうですね。ありが...
**最尤推定で非負制約 [#g0abf1db]
>[[century]] (2011-01-14 (金) 01:19:36)~
~
こんばんは。~
Rを使って複数のパラメータからなる尤度関数を最大化し、最尤...
optim関数の最後に「trace=TRUE」と付けたのですが、どうにも...
どなたかお分かりになりますでしょうか？宜しくお願い致しま...
//
- method="L-BFGS-B" を選択し， lower, upper を指定しまし...
- 時々苦し紛れで使う安易な方法は正値パラメータ a を関係 ...
- パラメータごとに制約をつけることはできませんか？ -- [[c...
- constOptim : Minimise a function subject to linear ineq...
- 大変失礼致しました。constOptimはグラディエント関数の設...
**splitの順序 [#n59a4622]
>[[cat]] (2011-01-13 (木) 03:25:26)~
~
こんばんは。~
R version 2.9.2 を使用している者です。
a <- c("a.1", "a.2", "b.1", "b.2",
"c.1", "c.2")
b <- array(a, dim=6)
上記のようなデータにsplitを使用し "a.1", "a.2" と "b.1", ...
y <- seq(1, 6, 2)
split(b, y)
としましたが（seqの基準点で分けたい）
$`1`
[1] "a.1" "b.2"
$`3`
[1] "a.2" "c.1"
$`5`
[1] "b.1" "c.2"
のような出力になります。~
本掲示板を拝見しましたが解答を見つけられなかったので、ど...
宜しくお願い致します。~
//
- split(a, rep(1:3, each=2)) とすればよいだけでしょう。 -...
> a <- c("a.1", "a.2", "b.1", "b.2",
"c.1", "c.2")
> split(a, rep(1:3, each=2))
$`1`
[1] "a.1" "a.2"
$`2`
[1] "b.1" "b.2"
$`3`
[1] "c.1" "c.2"
- すみません、お手数おかけしました。ありがとうございます...
**「履歴の保存と読み込み」の使い方 [#q5ebc813]
>[[yamada]] (2011-01-12 (水) 23:08:56)~
~
RGuiのファイル→「履歴の読み込み」は、「履歴の保存」で保存...
「ファイルの保存」は何をしたかというログを保存するだけで...
//
- 何かやっている途中に，間違えて大事なオブジェクトを消し...
- 私の質問の趣旨は、「履歴の保存」機能は、「ワークスペー...
- >「履歴の保存」機能は、「ワークスペースの保存」で...
別の機能だから別の名前がついているだけでしょう。「ワーク...
- 「前回までのコマンド履歴がロードされる」というのはある...
- 様、よくわかりました。ワークスペースは、デフォルトでは...
- どうも，相当混乱しているようですね。~
「デフォルトで最大512行までしか保存されない」のは，コマン...
作業スペースは，R のメモリの内容のようなもので，それを操...
「ファイルの保存...」は入力コマンドと（あれば）それによる...
それぞれ異なった目的を持つものです。 -- [[河童の屁は，河...
- 作業スペースの情報は、コマンド履歴を含みますか？またR終...
- > 作業スペースの情報は、コマンド履歴を含みますか？~
含まないでしょう。~
> またR終了時に、.Rhistoryは更新されますか。~
されるでしょう。というか，コマンドを入力するたびに追加さ...
自分で確認してみると良いかも。 -- [[河童の屁は，河童にあ...
- >作業スペースの情報は、コマンド履歴を含みますか？→含ま...
 ***********************~
お問い合わせの件ですが、よく混乱を招く個所です。大きな違...
「作業スペースの保存」⇒ .RData ファイルが作成されます~
「履歴の保存」 ⇒ .Rhistoryファイルが作成されます~
が挙げられます。~
.RDataはバイナリデータファイルで、テキストファイル等で開...
 ************************~
今の私の理解は、�作業スペースの情報はコマンド履歴...
- > 含まなければ起動時に前回の作業スペースの情報を読...
矛盾などしないでしょう。R は起動時に .Rdata と .Rhistory ...
試しに，.Rhistory の中身を消去して R を立ち上げると，.Rda...
> コマンド入力歴の集積がその時点での作業スペースの内...
これも矛盾しないでしょう。そもそも最初からのコマンド履歴...
「評価の高いR本の著者」の回答も，私の言ったとおりのことを...
そもそもの質問が「「履歴の保存と読み込み」の使い方」であ...
- 「.Rdata で .Rhistory が代替できるのでは」とは言ってい...
- ちょっと試してみたんですが、手前の環境(Ubuntu)では、空...
- > 正しく理解しているでしょうか？~
ただしく理解できたんじゃないでしょうか。 -- [[河童の屁は...
- mac OS X 10.6.6, R 2.12.1 では，.Rdata と .Rhistory を...
- MacOSX 10.6.6, R2.12.0で試しましたが、Ubuntuと同様にq(s...
- > 河童の屁さんとこちらの挙動が違うのも不思議&br;私は R2...
- 私の環境（WIndows XP sp2 R2.12.1）でも確認できました。 ...
- > 起動時に「以前にセーブされたワークスペースとコマンド...
Mac 版 R 2.12.1 では，オープニングに
[Workspace restored from /Users/foo/.RData]
[History restored from /Users/foo/.Rhistory]
って表示されますよ。 -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁で...
- Mac版はWindows版よりも正確ですね。 -- [[yamada]] &new{2...
**plsについて [#m8ea8fdb]
>[[ミヤ]] (2011-01-12 (水) 11:34:36)~
~
現在、PLS回帰分析の勉強をしているのですが、
library(pls)
data(yarn)
yarn.plsr <- plsr(density ~ NIR, 6,
data = yarn, validation = "CV")
とした後に、
plot(yarn.plsr, "prediction",
which = "train", 6, line = T)
によって、実測値と予測値の対散布が見れると思うのですが、...
よろしくお願いいたします。~
//
- たぶん，plsr には決定係数というような概念はないと思うけ...
ss.t <- sum((yarn$density-
mean(yarn$density))^2)
ss.e <- sum(yarn.plsr$residuals[,,
yarn.plsr$ncomp]^2)
1-ss.e/ss.t
- ありがとうございます！ -- [[ミヤ]] &new{2011-01-12 (水)...
**邪魔な[1] [#s1bc8a91]
> (2011-01-11 (火) 11:44:55)~
~
計算結果で、左に出る[1]って表示を消すことはできないのでし...
//
- そこまでする必要があれば，自分で cat や sprintf を使っ...
**特定の値の組み合わせが出てくる数 [#m9bdf7cc]
>[[なつ]] (2011-01-10 (月) 11:03:58)~
~
いつもお世話になっております。Rを使って，特定の値の組み合...
例えば，特定の組み合わせ＝"0,1"としまして（順序もこのまま...
a <- c(0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1)
b <- c(1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0)
という2つのオブジェクトがあるとします。~
この場合，aからは2，bからは1という値を計算したいというこ...
~
何か良い方法がありましたら，教えて頂ければ幸いです。~
よろしくお願いいたします。~
//
- どのようなものが「良い方法」なのかの定義によりますけど...
仕様として，「それぞれのベクトル要素は1桁の整数とする」と...
「そうではない」という場合には，仕様を明確に。 -- [[河童...
> sum(unlist(strsplit(gsub("01", "@",
paste(a, collapse="")), "")) == "@")
[1] 2
> sum(unlist(strsplit(gsub("01", "@",
paste(b, collapse="")), "")) == "@")
[1] 1
- あまり玄人っぽくないのは aa <- a[-length(a)] ; sum( aa...
- sum(apply(t(embed(a,2))==rev(c(0,1)), 2, all)) -- &new...
- なるほど，そういうのも良いかも知れないですね。ただ，a <...
> a <- c(1, 1, 1, 0, 0, 1)
> aa <- a[-length(a)]
> sum( aa[which(aa==0)+1] == 1 )
[1] NA
> a <- c(1, 1, 1, 0, 0, 0)
> aa <- a[-length(a)]
> sum( aa[which(aa==0)+1] == 1 )
[1] NA
- 登場する数が例えばすべて 10^8 を超えない非負整数とすれ...
> sum(a[-length(a)]*10^8+a[-1]==0*10^8+1)
[1] 2
- ↑複素数を使ったほうが実数全体に対して使えるのでよい。 s...
- 申し訳ない。 sum( a[which(a==0)+1] == 1, na.rm=T ) で...
- 色々とありがとうございます。良いというのは，とりあえず...
**x軸にデータフレームの全角文字を、縦向きで.epsに出力した...
>[[とし]] (2011-01-09 (日) 17:37:25)~
path worst cost pathpattern throughput
stddev Numpulse Nummeasure AveF
1 □ 0 1 0 217.7 0.682583 90441
140519 0.985497
2 ○ 1 1.83 1 118.447 0.255297
163628 254691 0.984438
3 □□ 0 2 0 94.7204 0.29984
392181 609967 0.994922
4 △ 2 2.93 2 74.3604 0.188577
258852 404117 0.985847
5 □□□ 0 3 0 98.3713 0.170828
476040 739740 0.980546
6 □×○□ 0 4 0 97.9405 0.171691
753243 1172179 0.98989
このようなデータフレームを用いて、x軸にpathの記号列（〇や...
df <- read.table("ex_data.txt", header=T)
sortlist <- order(df$throughput)
df <- df[sortlist,]
cs <- as.character(df$path)
asdf <- barplot(df$throughput, 0.1,
ylim=c(0, 250), xlab="", ylab="", axes=F, ann=F)
axis(1, at=asdf, labels=FALSE)
axis(2, at=seq(0, 250, 10))
library(gridBase)
vps <- baseViewports()
pushViewport(vps$inner, vps$figure, vps$plot)
grid.text(cs, x=unit(asdf, "native"),
y=unit(-1, "lines"), just="right", rot=90)
popViewport(3)
しかし、
警告メッセージ：
1: In grid.Call.graphics("L_texta.1",
as.graphicsAnnot(x$label), ... :
'mbcsToSbcs' 中の 'ﾃ療療療冷味笆｡笆｡笆｡
' で変換に失敗: <e2>をドットで置き換えました
となってしまい、.png出力だと問題ないのですが、.eps出力だ...
~
画像出力部のコードは以下のとおりです。~
dev.copy2eps(file="throughput+cost.eps")
dev.copy(png, "throughput+cost.png")
dev.off()
.epsに全角文字を出力するにはどのようにすればいいのでしょ...
よろしくお願い致します。~
//
- dev.copy2eps()のfontfamilyが何になっているのか確認しま...
**データフレーム内の変数名の変更 [#y128f0f9]
>[[のの]] (2011-01-09 (日) 07:17:48)~
~
データフレーム内の変数名を簡単に変更(rename)する方法はあ...
一応冗長ですが以下の方法で実現はできています。
# dataオリジナル設定
> data <- data.frame(x=1:10, y=1:10, z=1:10)
> names(data) # 変数名の確認
[1] "x" "y" "z"
> data$newx=data$x # 新しい変数名を定義
# データフレームから変数xを削除
> data <- data[setdiff(colnames(data), "x")]
> names(data) # 変数名の確認
[1] "y" "z" "newx"
変数の削除は[[データフレームTips大全]]を参考にしました。~
~
他にも
> library(gdata)
> data <- rename.vars(data, c("x", "y", "z"),
c("first", "second", "third"))
という方法があるようですが、変数名を全部列挙しないといけ...
~
良い方法があればお教えください。~
//
- 変数名の一部だけ変えたいということですか。たとえば -- ...
> data <- data.frame(x=1:10,
y=1:10, z=1:10)
> names(data)
[1] "x" "y" "z"
> names(data)[2] <- "Y"
> names(data)
[1] "x" "Y" "z"
> names(data)[names(data)=="x"] <- "X"
> names(data)
[1] "X" "Y" "z"
> names(data)[2:3] <- c("A","B")
> names(data)
[1] "X" "A" "B"
> names(data)[names(data) %in% c("X", "B")] <-
c("foo", "bar")
> names(data)
[1] "foo" "A" "bar"
- ありがとうございます！特に２番目の方法が好きです！ -- [...
- > 変数名を全部列挙しないといけないようで使いにくい~
いやいや，rename.vars は，変更したい変数名だけを指定すれ...
エラーチェックもちゃんとやってくれるので（オンラインヘル...
> data <- data.frame(x=1:10, y=1:10, z=1:10)
# x, z のみを foo, bar に変更（付値を忘れないように）
> data <- rename.vars(data, c("x", "z"),
c("foo", "bar"))
Changing in data
From: x z
To: foo bar
> names(data)
[1] "foo" "y" "bar"
> data <- rename.vars(data, "y", "ほげほげ")
Changing in data
From: y
To: ほげほげ
> names(data)
[1] "foo" "ほげほげ" "bar"
- 河童様（略して済みません）、いつもありがとうございます...
data <-
を忘れて使っていました。ご指摘ありがとうございます。 -- [...
- reshapeパッケージにrenameという関数があります -- &new{...
**ヘルプファイルが表示されない [#j1d1a35d]
>[[てるてるぼうず]] (2011-01-09 (日) 02:01:34)~
~
以前も同じ質問をさせていただいたのですが、どなたか情報を...
~
関数のヘルプファイルを表示したいと思い、以下を実行するの...
?…またはhelp(…)で毎回以下のようなエラーが出ます
> ?glm
警告メッセージ：
In file.show(temp, title = gettextf("R Help on '%s'",
topic), delete.file = TRUE) :
file.show()：ファイル 'C:\DOCUME~1\蜿､蟾晏忽蠢予
LOCALS~1\Temp\RtmpIDu7yb\Rtxt678418be'
は存在しません
> help("glm")
警告メッセージ：
In file.show(temp, title = gettextf("R Help on '%s'",
topic), delete.file = TRUE) :
file.show()：ファイル 'C:\DOCUME~1\蜿､蟾晏忽蠢予
LOCALS~1\Temp\RtmpIDu7yb\Rtxt3d6c4ae1'
は存在しません
検索エンジン等で調べてはみましたが、未だ解決していません。
環境は以下の通りです。
Microsoft Windows XP Professional
Version 2002
Service Pack 3
Intel(R) Core(TM)2 Duo CPU
E8400 @ 3.00GHz
2.99 GHz、976 MB RAM
Rのバージョン
R version 2.12.1 (2010-12-16)
//
- 文字通り，必要なファイルの含まれているディレクトリ自体...
**不正なマルチバイト文字 [#d53f1528]
>[[Ｒ初心者]] (2011-01-08 (土) 21:01:26)~
~
はじめまして。大学生でゼミでＲを扱っているものです。大学...
> utils:::menuInstallPkgs()
--- このセッションで使うために、CRANのミラーサイトを選...
install.packages(NULL, .libPaths()[1L],
dependencies = NA, type = type) 中で警告がありました：
'lib = "C:/PROGRA~1/R/R-212~1.1/library"'
は書き込み可能ではありません
以下にエラー sprintf(msg, userdir) :
<83>ｼ<e3>Ν縺吶ｋ縺溘ａ縺ｫ蛟倶ｺｺ逧<84>縺ｪ繝ｩ繧､繝悶Λ繝ｪ
'%s'
繧剃ｽ懊ｊ縺溘＞縺ｮ縺ｧ縺吶°<ef>ｼ<9f> に
不正なマルチバイト文字があります
という表示がでてしまいダウンロードできませんでした。zipで...
//
- OS は Vista ? 7 ?~
エラーの本質は，「ホゲホゲは書き込み可能ではありません」...
R掲示板の[[Windows Vista issue:http://www.okada.jp.org/RW...
不正なマルチバイト云々は，エラーメッセージを表示しようと...
- administratorでググったら解決しました。本当にありがとう...
> F <- function(x) sum((x[1]*DD[,1]+
x[2]*DD[,2]+x[3]*DD[,3]+1)^2)/sum(x^2)
# 適当なパラメータ初期値で始める
> (x <- optim(c(0.1,0.1,0.1),F))
$par
[1] 0.09792275 0.37648968 -0.32677544
$value
[1] 1366.468
$counts
function gradient
116 NA
$convergence
[1] 0
$message
NULL
# 上で求めた解を初期値として繰り返す
> (x <- optim(x$par,F))
$par
# これが求めたい a,b,c の値？
[1] -0.001709210 0.001085967 -0.009890907
$value
[1] 64.76301
$counts
function gradient
158 NA
$convergence
[1] 0
$message
NULL
y
終了行:
COLOR(green){SIZE(20){R および RjpWiki に関する質問コーナ...
COLOR(red){過去の記事のアーカイブ}
-[[Ｑ＆Ａ (初級者コース)/12]] (元記事が 2009-03-09 より 2...
-[[Ｑ＆Ａ (初級者コース)/11]] (元記事が 2009-04-28 より 2...
-[[Ｑ＆Ａ (初級者コース)/10]] (元記事が 2008-11-17 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(9)]] (元記事が 2008-01-06 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(8)]] (元記事が 2007-07-02 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(7)]] (元記事が 2007-02-01 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(6)]] (元記事が 2006-08-24 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(5)]] (元記事が 2005-03-13 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(4)]] (元記事が 2005-11-09 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(3)]] (元記事が 2005-05-02 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(2)]] (元記事が 2004-12-13 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(1)]] (元記事が 2004-08-03 より 2...
-----
Ｑ＆Ａ (初級者コース)/13 の目次
#contents
----
**場合分けに応じた新しい列を追加 [#o7e2799d]
>[[asap]] (2012-01-12 (木) 18:36:36)~
~
今ある行列irisに、n列の場合分けに応じた新しい列を追加した...
新しい列の変数には次のような値を入れたいのですが
if (iris$Species[i] == "setosa") {
iris$Sp[i] <- 1
} else {
iris$Sp[i] <- 0
}
//
- iris$Sp <- ifelse(iris$Species == "setosa", 1, 0) でよ...
**geoRパッケージの標本バリオグラムについて [#v4649f8b]
>[[まち]] (2012-01-11 (水) 21:49:52)~
~
geoRパッケージのvariogで標本バリオグラムの計算を行うと最...
同じデータでgstatパッケージvariogramを使うと省かれません。~
パラメータの指定が悪いのでしょうか?~
自己相関が無くなる距離なので推定には問題ないと思いますが...
よろしくお願いします。
library(geoR)
library(gstat)
# データの読み込み
data(ca20)
# geoR
vcloud <- variog(ca20)
(vcloud)
plot(vcloud)
# gstat
ca20gstat <- cbind(ca20$coords[, "east"], ca20$coords[, ...
colnames(ca20gstat) <- c("east", "north", "data")
ca20gstat <- as.data.frame(ca20gstat)
vfgstat <- variogram(data ~ 1, loc = ~east+north, data ...
cutoff = vcloud$max.dist, width = ...
(vfgstat)
plot(vfgstat)
下記の 13 行目で geoR の場合 $n が 12 点でなく 11 点にな...
geoRの場合
$n $u $v
1 543 43.77376 55.50552
2 1648 131.3213 78.09254
3 2364 218.8688 97.05838
4 2246 306.4163 117.1554
5 2531 393.9638 129.0646
6 2152 481.5114 146.4889
7 1708 569.0589 151.9713
8 1309 656.6064 153.6482
9 694 744.1539 144.7442
10 343 831.7014 146.8878
11 144 919.249 131.8958
12 59 1006.796 139.2288
13 11 1094.344 139.2727
gstatの場合
np dist gamma
1 543 60.35719 55.50552
2 1648 132.58886 78.09254
3 2364 220.90992 97.05838
4 2246 305.65494 117.15539
5 2531 391.80321 129.06460
6 2152 482.02453 146.48885
7 1708 568.46999 151.97131
8 1309 652.62969 153.64820
9 694 739.59074 144.74424
10 343 826.14460 146.88776
11 144 913.61963 131.89583
12 59 995.10190 139.22881
13 12 1082.94416 165.16667
使用環境
R version 2.12.1 (2010-12-16)
Platform: i386-pc-mingw32/i386 (32-bit)
gstat_1.0-8
geoR_1.6-35
//
**R-2.14以降、Tcl/Tkのスライダーを使うとグラフが一部消え...
>[[hiro]] (2012-01-10 (火) 16:39:38)~
~
R-2.14.1 for Windows(32bit)を使っています．~
R-2.13.2までは、以下のサンプルでスライダーを動かすと、グ...
しかし、2.14以降、スライダーを動かしている間は一部のグラ...
グラフが複雑化すると、目立って見苦しくなります．~
複数のWindowsPC（XP/Win7）で試しましたが、100％再現します...
もし解決策を御存知の方がいらっしゃれば、ご教示頂けないで...
宜しくお願いします．
library(tcltk)
draw.graph <- function(...) {
upper <- as.double(tclvalue(Slider))
hist(x, freq = FALSE, ylim = c(0, upper),
col = "cyan", border = "white")
lines(den, lwd = 3)
}
x <- rnorm(200)
den <- density(x)
tt <- tktoplevel()
Slider <- tclVar("0.5")
slider <- tkscale(tt, from = 0.1, to = 1,
resolution = 0.01, showvalue = TRUE,
variable = Slider, orient = "horizontal",
command = draw.graph)
tkgrid(tklabel(tt, text = "upper"), sticky = "w")
tkgrid(slider)
tkfocus(tt)
//
- CRANには現在tcltkというパッケージはなく、代わりにtcltk2...
- tcltkパッケージはR本体にバンドルされるものです（Rコマン...
**メモリの割り当てについて [#r2511055]
>[[kate]] (2012-01-06 (金) 17:47:23)~
~
メモリーのエラーがでます。
エラー： サイズ 176.4 Mb のベクトルを割り当てることがで...
> memory.limit()
[1] 2047
> memory.size()
[1] 817.03
上記のエラーを疑問に思うのですが、2047MBの割り当てに対し...
Win vista 32bit ,R2.14.1です。~
//
- WindowsではRは使っていませんから憶測ですが、そもそも搭...
- ありがとうございます。おっしゃる通りでした -- [[kate]] ...
**gstatライブラリーのvariogramについて [#f2363ed6]
>[[Yasu]] (2012-01-05 (木) 14:41:54)~
~
データとして（東経，北緯，高さ，値）の３次元空間の座標値...
このデータに対して，東経，北緯，高さから計算される２点間...
東経，北緯から計算される距離を用いたバリオグラムの計算は...
//
- help(variogram)のサンプルコードを参考にして以下のように...
> data(meuse)
> variogram(log(zinc) ~ x + y + elev, meuse)
- ありがとうございました。 -- [[Yasuo]] &new{2012-01-06 (...
**繰り返し処理について [#c23df68b]
>[[manabe]] (2012-01-05 (木) 14:11:49)~
~
month <- c("1月", "2月", "3月", "4月", "5月", "6月",
"7月", "8月", "9月", "10月", "11月", "12月")
全ての『月』の文字を取り除くにはどのようにすれば良いので...
逆に、1:12を使って上記のベクトルを作るにはどのようにすれ...
//
- sub("月", "", month) と paste(1:12, "月", sep="") -- [[...
- ありがとうございました。大変助かりました。 -- [[manabe]...
**変数を使って，levels()などの関数を使う方法 [#y49581e3]
>[[ぞうに]] (2012-01-05 (木) 01:54:36)~
~
いくつかのデータセットがあり各変数のlevels()を求めたいの...
例えば，以下のデータセットがあります
sex <- c("F", "F", "M", "M", "M")
height <- c(158, 162, 177, 173, 166)
weight <- c(50, 50, 60, 60, 70)
( x <- data.frame(SEX=sex, HEIGHT=height, WEIGHT=weig...
求めたいことは以下の事なのですが，
levels(factor(x$SEX))
levels(factor(x$HEIGHT))
levels(factor(x$WEIGHT))
イメージとしては以下のような形で求めたいのですが，うまく...
colname <- names(x)
for(i in 1:3) {
levels(factor(x$colname[i]))
}
以下，参考にしましたが解決できませんでした~
http://q.hatena.ne.jp/1316156944
//
- x[, colname[i]]とすればいいのです。もっといえばx[, i]で...
- 解決しました．特に後者が参考になりました．どうもありが...
- lapply を二重に使うのは初めてみました。sapply(x, functi...
**function定義と代入の違い [#u979989d]
>[[Aizawa]] (2012-01-03 (火) 00:30:20)~
~
functionの使用方法が理解できず悩んでいます。~
abc <- function()(print("ABC")) と関数定義をすれば、> ab...
//
- ついでに言えばprint文を囲む丸括弧は余計（というより間違...
> abc <- function() (print("ABC"))
> abc()
[1] "ABC"
[1] "ABC"
> abc <- function() {print("ABC")}
> abc()
[1] "ABC"
> abc <- function() print("ABC")
> abc()
[1] "ABC"
- print文を丸括弧で囲うと "ABC" が２度出るのはどういう理...
- そう言う仕様なんです。以下を参照 -- &new{2012-01-03 (...
> (a <- 999)
[1] 999
> print(a <- 999)
[1] 999
- わかりました。ありがとうございます。 -- [[将門]] &new{2...
- つまり、最初の出力 "ABC" は print("ABC") の出力で、二度...
- 御礼がおそくなりました。 -- [[Aizawa]] &new{2012-01-08 ...
- 御礼が遅くなりました。 -- &new{2012-01-08 (日) 11:40:0...
- AAA -- &new{2012-01-08 (日) 11:47:53};
- コメントは1行だけでしょうか？ 長くなるときは出だしだけ...
- 初めてのページを訪れたら，ページの最初に書いてある注意...
Ｑ＆Ａ (初級者コース)/13
http://www.okada.jp.org/RWiki/?%A3%D1%A1%F5%A3%C1%20%28%...
[ トップ | Tips紹介 | 中級Ｑ＆Ａ | 初級Ｑ＆Ａ | R掲示板 ...
[ リロード ] [ 新規 | 編集 | 凍結 | 差分 | ファイル添...
やり損なった不細工な投稿も編集できる。 -- [[河童の屁は，...
**なぜか発生した誤差で、四捨五入が妨げられる [#a5f63ab4]
>[[MasHARA]] (2011-12-30 (金) 20:55:44)~
~
Rのroundで小数第2位を丸めるために、round(1.05,1) を実行す...
これは、切り上げ後の値の末尾の数字が偶数になるようにする...
正の数のみを扱うものとして、以下のような関数を作りました。
> gonyu <- function(x, digits = 0) {
> ceiling(x * 10 ^ digits) * 10 ^ (-digits) -
+ round(ceiling(x * 10 ^ digits) *
+ 10 ^ (-digits) - x, digits)
> }
作業環境は、Windows XP SP3で、version 2.13.0のRを使用して...
この関数を試したところ、ほとんどの場合は問題なく四捨五入...
例えば、関数の定義後、次の式を評価すると、
> gonyu(1.45, 1)
返ってきた値は、1.4 でした。
> gonyu(2.45,1)
であれば、ちゃんと 2.5 が帰ってきます。そこで、問題の発生...
> x <- 1.45
> digits <- 1
としてから、関数の中を一つ一つ見ていきました、すると、
> ceiling(x * 10 ^ digits) * 10 ^ (-digits) - x
が 0.05 を返すものの、
> round(ceiling(x * 10 ^ digits) * 10 ^ (-digits) - x, d...
は、なんと 0.1 を返したのです。
> round(ceiling(1.45 * 10 ^ 1) * 10 ^ (-1) - 1.45, 1)
も、なぜか0.1を返してきます。
> round(0.05, 1)
を実行すれば、ちゃんと、0 (ゼロ)を返してきます。
> ceiling(1.45 * 10 ^ 1) * 10 ^ (-1) - 1.45
は 0.05 を返してくるが、表示されていない桁で誤差を含むの...
> ceiling(1.45 * 10 ^ 1) * 10 ^ (-1) - 1.45 - 0.05
を実行すると、返された値は、4.163336e-17 でした。~
後ろにある引き算、2つをカッコでまとめて、~
> ceiling(1.45 * 10 ^ 1) * 10 ^ (-1) - (1.45 + 0.05)
とすると、返される数字は、ちゃんと 0 です。~
一体、この表示されない誤差は生じたり、生じなかったりする...
//
- 浮動小数点の丸め誤差です。 -- &new{2011-12-30 (金) 23:...
- > 誤差は生じたり、生じなかったり&br;実数計算では避けら...
> func <- function(x, n)
+ {
+ a <- x * 10 ^ (n + 1)
+ b <- a - floor(a / 10 ^ n) * 10 ^ n
+ return(round(a + 5 * (b >= 5), -1) / 10 ^ (n + 1))
+ }
> func(1.45, 1)
[1] 1.5
> func(1.449999999999999, 1)
[1] 1.4
> func(2.5, 1)
[1] 2.5
> func(2.449999999999999, 1)
[1] 2.4
- 御回答を賜り、有難うございます。~「浮動小数点」、「多倍...
**scatterplot3dについて [#l9dad8e6]
>[[takayuki]] (2011-12-27 (火) 20:39:17)~
~
３次元の散布図を書くのに，scatterplot3dを使用しています。...
//
- rglパッケージのplot3dではどうでしょうか？ -- [[Iona]] &...
**スクリプトからのコンソール画面消去は実行することが出来...
>[[Montecarlo]] (2011-12-26 (月) 19:35:10)~
~
現在では以下のマウス操作またはショートカットにてコンソー...
「編集」→「コンソール画面を消去」
または
「Ctrl」＋「L」
この作業をスクリプトの命令から再現することは出来ますでし...
ご存じの方がいらっしゃいましたら、よろしくお願い致します。~
//
- あなたはキット Windows なんだろうから，http://onertipad...
- 「河童の屁は，河童にあらず，屁である」さん、素早い回答...
ご指摘のWebPageも参考にしてみます。コマンドプロンプトの「...
ご回答ありがとうございました。 -- [[Montecarlo]] &new{201...
- ，http://onertipaday.blogspot.com/2007/05/how-to-clear-...
**例えば dgamma の lse を求める [#l62bc8fc]
> (2011-12-22 (木) 17:40:53)~
~
回帰解析をしたいのですが、plot(x,y) を見ていたら、ガンマ...
~
さらに、例えば勝手に自分が作った関数のパラメータを使うこ...
y <- function(x,a,b){ log(a*x + x^-(a/(2*b)) }
として、x と y が与えられた時に、a と b を推定したいとい...
~
よろしくお願いします。~
//
- nls という関数を調べればよいでしょう。 -- [[河童の屁は...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さん、どうもありが...
**type="b"のplotと整合するlegend()の使い方 [#h5c2e260]
>[[T]] (2011-12-21 (水) 20:02:30)~
~
超初心者質問で大変恐縮なのですが、ヘルプを読んでも解決せ...
例えば、~
matplot(outer(1:5, 1:3), type="b", pch=1:3, lty=1:3)
legend("topleft", LETTERS[1:3], pch=1:3, lty=1:3, col=1:...
とすると、左上に凡例が表示されますが、線にシンボルが上書...
グラフは type="b" で描いていますので、凡例も同様にしたい...
もちろん、legend(..., type="b") とすると、エラーになりま...
上記 2 行の出力画像を貼った方がよければ貼ります。~
ヘルプの見落としのような気もいたしますが、よろしくお願い...
//
- 解答ではありませんが，私は type="o" の方がキレイだと思...
- できないようです。legend関数の中身を見てみましたが、線...
- 回答ありがとうございます。座標を計算して、自作する方向...
- 自作しました。汎用性は低いですが、こんな感じで他のグラ...
matplot(outer(1:5, 1:3), type="b", pch=1:3, lty=1:3)
a <- legend("topleft", LETTERS[1:3], pch=1:3, lty=1:3,
col=1:3, seg.len=4, plot=FALSE)
i <- par("cxy")
sapply(1:3, function(j) {
with(a, {
segments(rect$left+i[1]/2, text$y[j], rect$left+i[1]...
text$y[j], col=j, lty=j)
segments(rect$left+i[1]*3.1, text$y[j], rect$left+i[...
text$y[j], col=j, lty=j)})
})
points(rep(a$rect$left+i[1]*2.5, 3), a$text$y, pch=1:3, ...
text(a$text$x, a$text$y, LETTERS[1:3])
with(a$rect, lines(c(left+w, left+w, left), c(top, top-h...
**cat関数の特殊文字について [#o0111828]
>[[Montecarlo]] (2011-12-21 (水) 18:10:04)~
~
文字列を表示する「cat」関数があると思いますが、大文字小文...
「\b」「\r」「\v」~
実行コード
cat("\a") #音が鳴る
cat("\b") #不明
cat("\f") #フィード文字（半角スペース？）
cat("\n") #改行
cat("\r") #不明
cat("\t") #タブ
cat("\v") #不明（半角スペース？）
この３個特殊文字の意味をご回答頂ければ幸いです。よろしく...
//
- 「ASCII 制御文字」で検索します。これらを使うと、プログ...
- 回答ありがとうございます。ご指摘の「エスケープシークエ...
**結果の解釈 [#v85f4465]
>[[いぬ]] (2011-12-21 (水) 10:18:21)~
~
成績が勉強時間の2乗に比例しているのか３乗に比例するのか調...
式としては~
ｙ＝a0+a1*x+a2*x^2~
ｙ＝a0+a1*x+a2*x^2+a3*x^3~
という式です。~
~
手元の資料からは決定係数と調整済みの決定係数が１に近い方...
また、ｔ検定、F検定、ＡＩＣも見たほうがいいと思うのです。~
~
どれを１番優先してみればいいのでしょうか？~
それとも違うものを見たほうがいいのでしょうか？~
どなたか教えてください。~
~
あとＲでanovaの結果の見方がわかりませんので教えていただき...
//
- lrtest(f1, f2) でいいんじゃないかしら？ -- [[いいんじゃ...
- lrtest() は rms パッケージにある尤度比検定をする関数で...
**RDA解析の解釈 [#n81454d8]
>[[ほし]] (2011-12-21 (水) 00:13:46)~
~
初めて投稿させていただきます。~
パッケージVeganのRDAを用いた解析・解釈に苦戦しております。~
20以上のデータを用いて解析を行い、plotで表にしました。~
しかし、表には4つ程のデータ名しか表示されません。~
また、summaryで詳細な情報を見ても、表示されたデータ名につ...
これは、表示されなかったデータは取るに足らないデータであ...
初歩的な質問で恐縮ですが、どなたかアドバイスの程よろしく...
//
- どのようなスクリプトで解析を行ったのかを書いておくとア...
~> plotで表にしました。~
plotで表にするとはどういうことでしょうか。グラフではない...
rda関数のExamplesを実行してみても表にはなりませんが。
~> データ名 というのは具体的に何を指しているのでしょうか...
//
-失礼しました。解析は以下のように行いました。
> test <- read.csv("sample.csv", header=TRUE, row.names=...
> testa <- read.csv("sample.csv", header=TRUE, row.names...
> testb.rda <- rda(test~.testa, nangteng, scale=TRUE)
> testb.rda
ここで、次に表示される
Call:
にはtestbのデータ名（エクセル第二行目からの第一列です。サ...
> plot(testb.rda)
によってグラフ（表ではなくグラフでした。申し訳ありません...
- 書き込んだときはあとから読み直した方がいいですよ。無駄...
testbとはtestaの誤字ですよね。あとrda(test~.testa,...)の...
~
その書き方だとnangtengは使用されませんが大丈夫ですか？ d...
rda(x ~ z$y)
を
rda(x ~ y, data = z)
と書けるというものです。~
~
rda関数のExamplesで試してみたんですが、
dune.Manure <- rda(dune ~ Manure, data = dune.env)
dune.Manure
では、dune.envの行名は表示されませんが、summary()の間違い...
**deprecatedとは？ [#c340e35d]
>[[S]] (2011-12-20 (火) 18:14:37)~
~
表を作って平均をとろうとすると、次のような警告がでます。
mean(<data.frame>) is deprecated
R2.13では出なかったのですが、R2.14で出るようになったと思...
//
- 「データフレームに対して mean 関数はもう使えなくなりま...
> mean(iris[,1:4])
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width
5.843333 3.057333 3.758000 1.199333
警告メッセージ：
mean(<data.frame>) is deprecated.
Use colMeans() or sapply(*, mean) instead. # これからは...
> colMeans(iris[,1:4]) # つまり，こんな風にとか
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width
5.843333 3.057333 3.758000 1.199333
> sapply(iris[,1:4], mean) # こんな風にとか
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width
5.843333 3.057333 3.758000 1.199333
愚かなるユーザは，「エラーメッセージを出して，正解を出す...
> mean.data.frame
function (x, ...)
{
msg <- "mean(<data.frame>) is deprecated.\n Use colM...
sapply(*, mean) instead."
warning(paste(msg, collapse = ""), call. = FALSE, do...
sapply(X = x, FUN = mean, ...)
}
となっているわけだけど，
> mean.data.frame
function (x, ...)
{
sapply(X = x, FUN = mean, ...)
}
にすれば良いだけだろうと思うのだ！&br;実は，sd 関数にも同...
- エラーメッセージではなく、warningです。deprecatedってい...
**一般化線形モデルの推定結果の図示（offset項を入れた時） ...
>[[カス]] (2011-12-20 (火) 14:03:20)~
~
offset項を入れた時の推定結果を図示するには、どのようにす...
二項分布でリンク関数を"cloglog"にした場合と、ポアソン分布...
例えば、二項分布でoffsetなしの場合、
bi <- glm(y ~ x, family = binomial(link = "cloglog"))
lines(x, 1-exp(-exp(b + a*x)))
とすれば良いと思うのですが、二項分布でoffsetありの場合
bioff <- glm(x ~ y + offset(log(z)),
family = binomial(link ="cloglog"))
この推定結果の図示はどのようにすればよいでしょうか？~
また、同様にポアソン分布でオフセットなしの場合、
po <- glm(y ~ x, family = poisson)
lines(x, exp(b+ax))
とすればよいと思うのですが、
pooff <- glm(y ~ x + offset(log(z)), family = poisson)
の場合はどうでしょうか？
よろしくお願い致します。~
//
**read.csvで、header=TRUE, row.names=1として読み込んだと...
>[[matak]] (2011-12-15 (木) 12:15:41)~
~
CSVファイルを例えば、~
> data <- read.csv("read_sample.csv", header=TRUE, row.n...
という風に読み込んだ時、CSVファイルの一番左上のセルだけ読...
結果、読み込んだ行列で何らかの演算を行って、書き込んだCSV...
どうすれば一番左上のセルも読み込み&書き込みできるでしょう...
読み込むCSVファイルの1行目および1列目は文字列で、第2行第2...
//
- > CSVファイルの一番左上のセルだけ読み込まれないですよね...
- オプションとしては存在しませんが、いくらでも方法はある...
data <- read.csv("sample.csv")
data[, -1] <- function(data[, -1])
write.csv(data)
**行列の行に対してcumsumを適用することは出来るでしょうか...
>[[Montecarlo]] (2011-12-12 (月) 21:25:13)~
~
初の投稿で、なにぶん至らない点があるかと思いますがよろし...
使用環境は以下です。
R version 2.14.0 (2011-10-31)
Platform: i386-pc-mingw32/i386 (32-bit)
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Jap...
[3] LC_MONETARY=Japanese_Japan.932 LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=Japanese_Japan.932
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets me...
質問になりますが、行列の行に対してcumsumを適用することは...
> x <- c(1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1,
1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0,
1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0,
0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 0,
0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1,
0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1,
1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0,
1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1,
1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1,
1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0)
> y <- matrix(x, nrow=10, ncol=10, byrow=TRUE)
を実行すると、私の意図通りに10*10の行列ができあがります。~
ここからが詰まっているところです。~
この「y」の行に対するcumsumを適用したいと思っています。~
列に対するcumsumは
> apply(y, 2, cumsum)
によって計算出来ていることは確認しています。~
ですが
> apply(y, 1, cumsum)
ではうまくいかないのです。（結果はapply(y, 2, cumsum)に似...
質問事項としてまとめると以下の点となります。~
１．行に対してcumsumを適用することは可能か（cumファミリー...
２．列はうまくいくのに行でうまくいかない事からすると、cum...
以上２点について分かる方がいらっしゃいましたらお願い致し...
//
- 結果をよく観察しましょう。&br;行数列数が同じで結構大き...
> (y <- matrix(1:12, 3, 4))
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 1 4 7 10
[2,] 2 5 8 11
[3,] 3 6 9 12
> apply(y, 1, cumsum)
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 2 3
[2,] 5 7 9
[3,] 12 15 18
[4,] 22 26 30
> t(apply(y, 1, cumsum))
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 1 5 12 22
[2,] 2 7 15 26
[3,] 3 9 18 30
つまりのところ，t(apply(y, 1, cumsum))でよいでしょう。 --...
- 「河童の屁は，河童にあらず，屁である。」さん、ありがと...
cumsumに関する知識を深めることが出来ました。
とても感謝致します。 -- [[Montecarlo]] &new{2011-12-12 (...
**readBin関数のサイズ指定 [#y432ae79]
>[[Alin]] (2011-12-12 (月) 17:05:20)~
~
C言語のint型、4バイト長のバイナリデータ(sample.bin)をread...
> conn <- file("sample.bin", "rb")
> readBin(conn, integer(), n=100*100, size=4)
のようにして読み込むと正常な値が読み込まれず(100*100はデ...
> readBin(conn, integer(), n=100*100, size=2)
のようにして、sizeを２に指定すると、正常な値が読み込まれ...
これはRで扱うデータ型（？）の基本的な概念が、C言語等と異...
//
- > C言語のint型、4バイト長のバイナリデータ&br;ああ，基本...
- 仰るとおりでした。RではなくCで出力したデータの方の問題...
**ccfでp-value [#vcf11759]
>[[vivaTS]] (2011-12-12 (月) 13:32:48)~
~
R64 2.14.0 (Lion)を使用しています。~
ccfで計算される２変数の時系列相関のp値, 95%信頼区間を求め...
//
- http://www.ltrr.arizona.edu/~dmeko/notes_10.pdf -- &ne...
**プロキシサーバーの設定について [#o8e9187d]
>[[波]] (2011-12-06 (火) 17:13:05)~
~
お世話になります。~
CentOSにR 2.13.1をインストールし、プロキシサーバー経由で...
Rのインストールディレクトリに以下のコマンドを記述した.Rpr...
options(CRAN="http://cran.md.tsukuba.ac.jp/bin/windows/c...
Sys.setenv("http_proxy"="http://(アドレス):(ポート番号)")
また、.Rprofileを削除してRの起動直後の画面に上記のコマン...
Windows XPのR 2.13.1ではマイドキュメントに上記の.Rprofile...
Linuxの場合はWindowsと異なる設定が必要なのでしょうか？対...
宜しくお願いします。~
//
- 自己解決しました。ホームディレクトリに置いた.Rprofileに...
**文字列ベクトルからの共通要素の抽出 [#ic77ecfa]
>[[K]] (2011-12-06 (火) 10:29:04)~
~
こんにちは。WinXP R 2.13.2を使用しています。~
文字列ベクトルA,B,C・・・があり、これらに共通する要素を抽...
例えば以下のような場合は"aaa"が共通しているので、"aaa"を...
A <- c("aaa","aaaa","aaaaa")
B <- c("bbb","aaa","bbbbb")
C <- c("aaa","ccc","cccc")
実際には文字列ベクトルとその要素は数百個あります。apply()...
どなたか御助言を宜しくお願いします。~
//
- 文字列ベクトルがどのようなオブジェクトとしてまとめられ...
system.time({
### テストデータを作る
### 要素数 n=500 個のリスト
### 各要素は 503 個の要素を持つ文字列ベクトル
### テストのため最後の 3 つ, foo, bar, baz は全ベクト...
### 各要素は 1 〜 5 文字からなる
set.seed(1234567)
n <- 500
k <- 500
d <- vector("list", n)
for (i in 1:n) {
str <- character(k)
for (j in seq_along(str)) {
str[j] <- paste(sample(letters,
sample(5, 1), replace=TRUE), se...
}
d[[i]] <- c(str, "foo", "bar", "baz")
}
})
system.time({
### 重複する文字列の抽出
ans <- intersect(d[[1]], d[[2]])
for (i in 3:n) {
ans <- intersect(ans, d[[i]])
}
print(ans)
})
実行結果は
テストデータの作成にかかった時間
ユーザ システム 経過
9.297 0.257 9.508
共通要素
[1] "foo" "bar" "baz"
共通要素を抽出するのにかかった時間
ユーザ システム 経過
0.049 0.001 0.055
- ありがとうございました。ベクトルの要素数は全て同じです...
**ヘッダに括弧が含まれるCSVから正しくヘッダを取得したい [...
>[[ひろ]] (2011-12-05 (月) 12:55:27)~
~
ヘッダに括弧が含まれるCSVから正しくヘッダを取得したいので...
下記例ではファイル中のヘッダは「ほげ（ほげ）」なのですが...
もし改善方法をご存知でしたらご教示いただければ幸いです．~
環境：win7 64bit + R 2.14.0 64bit~
調べたこと：?read.csvや?read.tableの結果からparenthes,bra...
testCSV.csvの中身は下記通りです．
ほげ（ほげ）
1
2
3
~
> read.csv("input/testCSV.csv", header=TRUE)
ほげ.ほげ.
1 1
2 2
3 3
//
- read.csv("input/testCSV.csv", header=TRUE, check.names=...
- > 竹澤様．上記で解決いたしました．勉強不足でした．あり...
- 「ほげ（ほげ）」は好ましくないので「ほげ.ほげ.」と変換...
**column の名前を入力せずに lm() [#z99f8937]
>[[笹川よつ斗]] (2011-12-05 (月) 12:42:13)~
~
例えば、~
x <- data.frame( matrix(rnorm(500), ncol=10) )
names(x) <- c( sample(LETTERS[1:26], 9, FALSE), 'y' )
というデータがあります。~
column の名前の 'y' 以外を入力せずに lm() を使うことは可...
大きなデータフレームから column をサンプルして繰り返し解...
f <- paste( 'y ~', paste(names(x)[1:9], collapse='+') )
lm( as.formula(f), data=x )
//
- 一番「良い」説明変数の組を選びたいというのなら、step() ...
> x <- data.frame( matrix(rnorm(500),ncol=10) )
> lmtmp <- lm(X10 ~ ., data=x)
> step(lmtmp)
Start: AIC=-3.58
X10 ~ X1 + X2 + X3 + X4 + X5 + X6 + X7 + X8 + X9
Df Sum of Sq RSS AIC
- X7 1 0.0288 31.227 -5.5375
- X1 1 0.0427 31.241 -5.5154
- X2 1 0.0650 31.263 -5.4796
- X9 1 0.0659 31.264 -5.4783
- X4 1 0.0936 31.291 -5.4340
- X5 1 0.1595 31.357 -5.3287
- X3 1 0.4099 31.608 -4.9310
<none> 31.198 -3.5837
- X6 1 1.3648 32.563 -3.4429
- X8 1 8.1977 39.395 6.0814
(途中省略)
Step: AIC=-16.17 ### AIC基準で最終的に選ばれたモデル
X10 ~ X8
Df Sum of Sq RSS AIC
<none> 33.405 -16.1657
- X8 1 7.3309 40.736 -8.2455
Call:
lm(formula = X10 ~ X8, data = x)
Coefficients:
(Intercept) X8
-0.04151 0.39186
- ありがとうございました。説明不足で申し訳ありませんが、...
- y以外の全部の変数を独立変数にするには，lm(y~., data=x) ...
- こんなのがやりたいのですか？変数99個からランダムに９個...
> x <- data.frame(matrix(rnorm(10000),ncol=100))
> Formula <- unique(sapply(seq(10^4),FUN=function(i) pas...
paste(sort(sample(names(x)[-100],9)),collap...
> res <- lapply(seq(10^4), FUN=function(i) lm(Formula[i]...
> Formula[9999]; res[[9999]]
[1] "X100 ~ X20+X25+X30+X41+X55+X6+X68+X80+X99"
Call:
lm(formula = Formula[i], data = x)
Coefficients:
(Intercept) X20 X25 X30 ...
0.054830 0.020898 0.036853 0.025012 -0...
X6 X68 X80 X99
0.013766 0.071437 -0.010897 0.083487
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さん！ ちょー簡...
**ライブラリーscatterplot3について [#f778ff32]
>[[斉藤正]] (2011-12-02 (金) 12:26:18)~
~
これまで scatterplot3 を使って、計算結果を3次元表示してい...
> library(scatterplot3d)
以下にエラー library(scatterplot3d) :
'‘scatterplot3d’' という名前のパッケージはありません
： 関数 "scatterplot3d" を見つけることができませ...
というエラーメッセージがでて、図が描けなくなりました。対...
//
- お騒がせしました。パッケージの再インストールをして、問...
**Rserveを使ってload()をする回数を抑える方法について [#qf...
>[[@garuby]] (2011-11-30 (水) 18:58:49)~
~
//[@garuby]~
~
すでに重回帰モデルやSVMモデルを作成しており、このモデルを...
~
計算する量は、サンプル数が１つしかない場合もありますし、1...
~
そこで、Rserveを使って最初にモデルをloadして予測ジョブご...
~
このようなことはRserveで実現できるのでしょうか？あるいは...
//
- Rserveを使ってもできるだろうけど、loadするファイル側に...
- > 毎回重回帰モデルなどを保存したファイルをloadして、目...
- 失礼しました。私は製薬会社に勤務しております。標本（デ...
**Rで出した結果の見方について [#h408c22e]
>[[さ]] (2011-11-29 (火) 19:09:19)~
~
・Rでlm関数を使って分析をしました。summaryで結果を出した...
・もうひとつstep関数も用いました。これはlm関数よりも詳し...
・最後に題とは少し変わるのですが、目的変数が見付からない...
~
どなたか教えてください。よろしくお願いします。~
//
- 重回帰分析の解説がある教科書なりを参照し，そこに例題と...
- 教えていただきありがとうございます。3つめの県の問題です...
- > 目的変数がない場合には，変数間の相関係数を計算して解...
**非線形最適化について [#e44a9b51]
>[[ｙｙｙ]] (2011-11-29 (火) 15:30:47)~
~
お世話になります．~
~
例えば「3*x^2-4*x*y+3*x+6*y^2+8*y」のような2変数の最適化...
uniroot()は1変数でしか使えませんよね？~
どなたかご教示下さい．宜しくお願いします．~
//
- 以下のような? -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁である。...
> f <- function(p) 3*p[1]^2-4*p[1]*p[2]+3*p[1]+6*p[2]^2+...
> nlm(f, c(1,1))
$minimum
[1] -6.107143
$estimate
[1] -1.214287 -1.071429
$gradient
[1] 6.422047e-07 4.269174e-07
$code
[1] 1
$iterations
[1] 3
- そんな短いプログラムでできるんですね！ありがとうござい...
**集合演算について [#y43c8789]
>[[zoo]] (2011-11-29 (火) 11:55:26)~
~
お世話になります。~
~
・集合xと集合yがある~
・サイズは x > y で、yはxに全て含まれる~
・xに含まれるyをyの順番を維持したままxから抜き出したい~
という処理をしようとしています。~
たとえば
x <- c("A","B","C","D","E")
y <- c("D","E","B")
x[x %in% y]
このように入力すると「"B" "D" "E"」が得られますが、yの順...
どなたかご教示ください。宜しくお願いします。~
//
- y -- &new{2011-11-29 (火) 12:38:09};
- x[x %in% y][rank(y)] -- &new{2011-11-29 (火) 12:39:34};
- y -- &new{2011-11-29 (火) 13:09:31};
- 「y」という最初の方の解は秀逸。&br;仕様がはっきりしない...
> x <- c("B","A","B","D","C","D","E")
> y <- c("D","E","B")
> unlist(sapply(y, function(ch) x[x==ch]))
D1 D2 E B1 B2
"D" "D" "E" "B" "B"
- 皆さんありがとうございました。話を簡単にしすぎて「y」で...
- 以下のようにも -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁である...
> (x <- data.frame(str.x=LETTERS[1:5], num.x=1:5))
str.x num.x
1 A 1
2 B 2
3 C 3
4 D 4
5 E 5
> (y <- data.frame(str.y=c("D", "E", "B"), num.y=c(1,3,6...
str.y num.y
1 D 1
2 E 3
3 B 6
> x[sapply(y$str.y, grep, x$str.x),]
str.x num.x
4 D 4
5 E 5
2 B 2
- データフレームに対しては集合演算ではなく x[sapply(y$st...
**Mac OS X上のpng()で文字化け [#gfe9ae22]
>[[m]] (2011-11-29 (火) 02:23:48)~
~
Mac OS X（10.6.8）でR2.14.0を使用しています。plotがデフォ...
png("hoge.png", width=640, height=640, unit="px")
plot(1,1)
text(1,1,"ほげ")
dev.off()
こうすると「ほげ」部分が□□になってしまうのですが、何か見...
ターミナルから「R」と入力して起動した場合も、Rのアプリケ...
よろしくお願いいたします。~
//
- 日本語フォントを指定しなければならないのでは。ヘルプだ...
- ご返信ありがとうございます。ただ、残念ながら結果は好転...
- > Xlibではなくてquartzのアンチエイリアスの効いた綺麗なp...
- あなたと同じ環境でpar(family=)を追加して実行するとちゃ...
- 河童（後略）さま： ご返信ありがとうございます。pdfやeps...
- Iona様： 設定ファイル類を読み込まないように、ターミナル...
- 分かっているとは思いますが，念のため。par は png の後で...
png("test.png")
par(family="HiraMaruProN-W4")
hist(rnorm(10000), main="日本語を使う")
dev.off()
- できました！まことにありがとうございます！！ par()を実...
**データの型を指定して出力 [#k14ffa6a]
>[[shannon]] (2011-11-28 (月) 00:13:55)~
~
既出でしたらすいません。~
Rではデータ型がinteger(整数),numerical(実数),complex(複素...
C言語などで使われるfloat(32bit),double(64bit)でビット幅を...
writeBin関数ではそのようなオプションがないように思うので...
書きこむ前のデータのビット幅を何らかの方法で固定して、そ...
分かりにくい質問かもしれませんが、よろしくお願い致します。~
//
- Rでは数値データは原則doubleです。特にinteger,singleと指...
> object.size(1L)
32 bytes
> str(1L)
int 1
> object.size(as.single(1L))
120 bytes
> str(as.single(1L))
atomic [1:1] 1
- attr(*, "Csingle")= logi TRUE
> object.size(as.double(1L))
32 bytes
> str(as.double(1L))
num 1
- ご回答ありがとうございます。as.single関数に関するご指摘...
仰るとおりファイルサイズをできるだけ小さくして出力するこ...
また、パッケージはできるだけ利用したくないのですが、もし...
- writeBin関数は引数のsizeでバイト数を指定できますよ。 --...
**並列処理したい関数における外部変数の扱い [#y12912dd]
>[[QDY]] (2011-11-24 (木) 22:47:47)~
~
最新バージョンのRには並列処理用のパッケージ parallel が同...
> library(parallel)
> cl <- makeCluster(rep("localhost", 4), type="SOCK")
> y <- 3
> tmp <- function(x) x+y
> clusterApply(cl, 1:4, tmp)
以下にエラー checkForRemoteErrors(val) :
4 nodes produced errors; first error: オブジェクト 'y...
> stopCluster(cl)
//
- clusterExportを唱えるのが吉。 -- &new{2011-11-25 (金) ...
- 早速の情報有難う御座います。たしかにうまく動作しました...
> library(parallel)
> cl <- makeCluster(rep("localhost", 4), type="SOCK") # ...
> y <- 3
> tmp <- function(x) x+y
# すべての実行時環境オブジェクトを子プロセスにエクスポー...
# この例では clusterExport(cl,"y") で十分
> clusterExport(cl, ls())
> clusterApply(cl, 1:4, tmp)
[[1]]
[1] 4
[[2]]
[1] 5
[[3]]
[1] 6
[[4]]
[1] 7
> stopCluster(cl)
**コマンドのコンソール出力を抑えるには [#pf35ec7a]
>[[バイソン]] (2011-11-22 (火) 13:20:05)~
~
Linux(CentOS5.5)上で、R version 2.11.1を使用しています。~
a = 1
cat(a,"\n")
上のような内容のRファイル(test.r)を作成して、~
> R --vanilla --quiet < test.r
のようにして実行すると、コンソール上には実行コマンドとcat...
=====コンソール表示======
> a = 1
> cat(a)
1
=========================
cat関数で出力する値だけをコンソール画面に表示させたいので...
sink関数を使って、出力先を別ファイルに変更させて確認する...
出力させたい部分で一回一回sink関数で囲うのが面倒なので、~
できればRコマンドのコンソール出力を抑えて、cat関数等で出...
//
- 実行するファイルをsource で読み込む1行だけのRファイル（...
- なるほど！！grepを使うのは思いつきませんでした。示して...
- オプションの"--slave"を見落としてました。今更ながらすい...
> R --vanilla --slave < test.r
のようにしても同じように出力が抑えられました。-- [[バイソ...
**persp()で軸のタイトルの文字サイズの変更 [#sb552f3b]
>[[まあくん]] (2011-11-22 (火) 09:05:29)~
~
タイトルの通りなんですが、関数persp()で軸のタイトル（xlab...
//
- オンラインヘルプの，引数の説明の最後に，... additional...
- ありがとうございます。読めない訳じゃないんですが、英語...
- > 読めない訳じゃないんですが、英語苦手で&br;人に読ます...
**plyrのロードができない [#cc3512f7]
>[[小田ちん]] (2011-11-19 (土) 00:51:34)~
~
~
ggplot2を使いたいのですが、plyrのロードで失敗します。~
MacのR64を使っています。どうすれば使えるようになるのでし...
よろしくお願いいたします。
> library(ggplot2)
要求されたパッケージ reshape をロード中です
要求されたパッケージ plyr をロード中です
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) :
共有ライブラリ '/Library/Frameworks/R.framework/Versio...
Resources/library/plyr/>libs/x86_64/plyr.so' を読み...
dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.14/Re...
library/plyr/libs/x86_64/plyr.so, 6): Library not lo...
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.13/Resour...
Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versio...
2.14/Resources/library/plyr/libs/x86_64/plyr.so
Reason: image not found
エラー： パッケージ '‘plyr’' をロードできませんでした
//
- plyr はインストールされていますか?「パッケージとデータ...
- ありがとうございます。plyrはインストールしました。plyr....
- https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-mac/2011-May/00827...
- エラーメッセージを見るかぎりではplyrパッケージが2.13用...
update.packages(checkBuilt = TRUE)はインストールされてい...
解決したようですが参考までに。 -- [[Iona]] &new{2011-11-1...
**Boxプロットで、項目軸を数値にする方法 [#z0623cdc]
>[[T.I.]] (2011-11-16 (水) 07:11:07)~
~
Rの初心者です。グラフの描き方に苦戦しております。~
Boxプロットで、項目軸（X軸）を数値軸にしてグラフを描きた...
//
- 中級者コースでそんなことを訊くと怒られますよ。初級者コ...
set.seed(100) ; x <- sample(c(1,2,5,7), 200, TRUE) ; y <...
boxplot(y~x, at=sort(unique(x)), xlim=c(0,8))
- ご回答ありがとうございます。助かります。初めての投稿で...
**行列の割合表示 [#w5ce8968]
>[[yasushi]] (2011-11-15 (火) 18:56:52)~
~
Ｒ初心者です。~
次の２つの実行結果は同じになると思ったのですが，なりませ...
> x <- matrix(c(1:4), nrow=2, ncol=2, byrow=T)
> (x/apply(x, 1, sum))
y <- matrix(c(1:4), nrow=2, ncol=2, byrow=F)
t(y/apply(y, 2, sum))
２番目のものを，colSumsにしてみても同様の結果でした。R 2....
~
どういうことなのでしょうか？~
//
- 一行で，たくさんの関数を適用すると，慣れないうちは分か...
分解して，逐次実行すれば，なぜそうなるか（思い違いしてい...
ちなみに，TRUE/FALSE を T/F と略記するような横着はしない...
colSums であろうと apply(foo, 2, sum) であろうと無関係。
> (x <- matrix(c(1:4), nrow=2, ncol=2, byrow=T))
[,1] [,2]
[1,] 1 2
[2,] 3 4
> apply(x, 1, sum)
[1] 3 7
> x/apply(x, 1, sum)
[,1] [,2]
[1,] 0.3333333 0.6666667
[2,] 0.4285714 0.5714286
> (y <- matrix(c(1:4), nrow=2, ncol=2, byrow=F))
[,1] [,2]
[1,] 1 3
[2,] 2 4
> t(y/apply(y, 2, sum))
[,1] [,2]
[1,] 0.3333333 0.2857143
[2,] 1.0000000 0.5714286
> apply(y, 2, sum)
[1] 3 7
> y/apply(y, 2, sum)
[,1] [,2]
[1,] 0.3333333 1.0000000
[2,] 0.2857143 0.5714286
> t(y/apply(y, 2, sum))
[,1] [,2]
[1,] 0.3333333 0.2857143
[2,] 1.0000000 0.5714286
バグでも何でもない，当たり前の実行結果です。（このような...
あなたが得たい結果は
> t(y)/apply(y, 2, sum)
[,1] [,2]
[1,] 0.3333333 0.6666667
[2,] 0.4285714 0.5714286
ということになりますね。&br;
わかりにくいことはしないに越したことはない。そのような複...
> x <- matrix(c(1:4), nrow=2, ncol=2, byrow=T)
> x/apply(x, 1, sum)
[,1] [,2]
[1,] 0.3333333 0.6666667
[2,] 0.4285714 0.5714286
> prop.table(x, 1)
[,1] [,2]
[1,] 0.3333333 0.6666667
[2,] 0.4285714 0.5714286
まあ，そんな関数があることなんか知らなくてもどうってこと...
**ARIMAモデルでの解析結果を詳細に表示したい場合… [#q2e584...
>[[前田]] (2011-11-14 (月) 22:45:36)~
~
R初心者のものです。~
大学の卒業研究でポンドの解析を行っています。~
ARIMAモデルでの解析結果は出せるのですが~
解析結果の詳細を表示させたいのですが~
どなたかお知恵を貸していただけませんでしょうか？~
パワースペクトルなどの結果も見れたらと思います。~
宜しくお願い致します。~
//
- まずは本ページ初頭の、投稿に際する注意事項をご熟読くだ...
- 出せた解析結果に何が足りないのでしょうか？ それを書か...
(x <- stats::arima(lh, c(2, 0, 1)))
ここで表示されるものでは不十分ということでしょうか。~
パワースペクトルについてはspectrum関数がありますが，ARIMA...
**2階の導関数のもとめかた [#w4bdb565]
>[[みのむし]] (2011-10-27 (木) 13:26:24)~
~
Rの初心者です。簡単な質問で大変申し訳ないのです。~
ある関数の、2階の導関数をもとめ、それを他の計算に使いたい...
f <- deriv(~x^2*y, c("x", "y"), function(x, y) { }, hess...
と書くと、4種類の2階の導関数を計算してくれるのはわかるの...
attr[f, "hessian"][x, y]
こんな風にかいてみたのですが、だめなようです。ご存知の方...
//
- 例えば。ただしこれでは全ての二階までの導関数値を計算し...
> f12 <- function(x, y) attr(f(x, y), "hessian")
> f12(1, 2)
[1] 2
> f12(4, 3)
[1] 8
- 回答ありがとうございます。ただ、おっしゃるとおり、打ち...
- F12 <- function(x, y) attr(f(x, y), "hessian")[, "x", "...
- ありがとうございます！この方法でうまくいきました。感謝...
**連続の検出 [#zc304428]
>[[nkoji]] (2011-10-08 (土) 14:45:51)~
~
ベクトルのある値の連続と各連続における順番を取得したいで...
例えば，c("a","a","a","b","c","a","b","a","a")に対してc(1...
A <- c("a","a","a","b","c","a","b","a","a")
B <- rep(0,length(A))
A.str <- paste(A, collapse="")
#開始位置と長さの取得
C <- gregexpr("a+", A.str)
#C.mat[1,] 開始位置 C.mat[2, ] 長さ
C.mat <- rbind(C[[1]], attr(C[[1]], "match.length"))
B[A=="a"] <- unlist(apply(C.mat, 2, function(x){c(1:x[2]...
ベクトルの要素を一つずつ比較するよりは速いと思うのですが...
//
- あなたの関数は十分に速いでしょう。~
以下のようにすると3，4倍速くなるかもしれませんが。 -- [[...
> my.func <- function(A)
+ {
+ B <- integer(length(A))
+ C <- rle(A == "a")
+ B[A == "a"] <- unlist(lapply(C$lengths[C$values], fun...
+ B
+ }
> your.func <- function(A)
+ {
+ B <- rep(0, length(A))
+ A.str <- paste(A, collapse="")
+ # 開始位置と長さの取得
+ C <- gregexpr("a+", A.str)
+ # C.mat[1,] 開始位置 C.mat[2, ] 長さ
+ C.mat <- rbind(C[[1]], attr(C[[1]], "match.length"))
+ B[A == "a"] <- unlist(apply(C.mat, 2, function(x) {c(...
+ B
+ }
> a <- c("a","a","a","b","c","a","b","a","a")
> my.func(a)
[1] 1 2 3 0 0 1 0 1 2
> your.func(a)
[1] 1 2 3 0 0 1 0 1 2
> a <- sample(letters[1:5], 1000000, replace=TRUE)
> system.time(my.func(a))
ユーザ システム 経過
0.615 0.035 0.646
> system.time(your.func(a))
ユーザ システム 経過
2.448 0.040 2.453
- ありがとうございます。rle: Run Length Encoding そのもの...
各連続の開始位置・終了位置も取得できました。-- [[nkoji]] ...
End.index.all <- cumsum(C$lengths)
Start.index.all <- End.index.all - (C$lengths - 1)
End.index <- End.index.all[C$values]
Start.index <- Start.index.all[C$values]
- A=="a" を二回評価するのが無駄だったので，以下のようにす...
my2.func <- function(A)
{
B <- A == "a"
C <- rle(B)
B[B] <- unlist(lapply(C$lengths[C$values], function(x) ...
B
}
**read.tableで読み込んだ行列がis.finiteでFALSE?? [#x94669...
>[[もうり]] (2011-10-06 (木) 08:38:06)~
~
> A <- read.table("matrix.dat")
> B <- matrix(A[1,], 3, 3)
> kappa(B, exact=TRUE)
としたところ，
Error in svd(z, nu = 0, nv = 0) : infinite or missing va...
というエラーが出力されました．~
matrix.dat は１０００行9列スペース区切りで実数を並べたテ...
そこで，svd 関数の定義を見たところ，
if (any(!is.finite(x)))
stop("infinite or missing values in 'x'")
との記述がありました．そこで確認のため，
> any(!is.finite(B))
としたところ結果はTRUE．~
ここまでは納得できなくもないのですが，
> kappa(A, exact=TRUE)
はエラーが出ず，しかも，
> any(!is.finite(A))
の結果はTRUEです．
> A <- matrix(scan("matrix.dat"), ncol=9)
と読み込むことによって，
> any(!is.finite(A))
> any(!is.finite(B))
が両方FALSEとなったため一応解決はしましたが，すっきりしま...
原因に心当たりがある方がいらっしゃったらお教えいただけれ...
最後に実行環境について記述しておきます．
$ uname -sr
Linux 2.6.18-92.el5
$ R --version
R version 2.10.0 (2009-10-26)
//
- class(B) としてみると B は matrix だと表示される。しか...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さん，ご回答ありが...
**LSMEANを求めながら，そのデータのsdを求める [#a09bded4]
>[[怪獣]] (2011-09-01 (木) 12:21:54)~
~
よろしくお願いします。初級Q&A（１０）のところで，LSMEANに...
//
- 上記の質問文を書き換えたいと思います。 -- [[怪獣]] &new...
- 申し訳ありません。Enterを押してしまいました。「LSMEANの...
- すみません，回答が付かないようなので私の質問が悪いのだ...
**csvからxmlに変換したときの日本語文字化けについて [#m94c...
>[[さとう]] (2011-08-29 (月) 18:16:59)~
~
Rでcsv形式のデータからXMLへ変換しています。日本語のタグや...
(タグは文字化けしませんが，データの値は文字化けします。)~
これを防ぐ方法はあるでしょうか？~
~
library(XML)
data <- c("変数1の値です。","value of variable 2.")
xml <- xmlTree()
xml$addTag('データセット', close=FALSE)
xml$addTag("データ", close=FALSE)
xml$addTag("変数1", data[1])
xml$addTag("変数2", data[2])
xml$closeTag();xml$closeTag();xml$closeTag()
cat(saveXML(xml))
//
- encodingオプションをつけると文字化けしませんよ。 -- &n...
> cat(saveXML(xml,encoding = "UTF-8"))
<?xml version="1.0"?>
<データセット>
<データ>
<変数1>変数1の値です。</変数1>
<変数2>value of variable 2.</変数2>
</データ>
</データセット>
- 確かにそうでした．ありがとうございました． -- [[さとう]...
**座標値の等間隔プロット [#s0f17061]
>[[R初心者]] (2011-07-25 (月) 17:59:00)~
~
今大学でRを使って研究をしているものですが初心者なので苦戦...
~
今、等間隔でない座標値がいくつかあって線で結ばれたデータ...
このデータを等間隔に（例えば２ｍ間隔とか５ｍ間隔とか）プ...
簡単な質問でしたらすみません。何分初心者なもので・・・~
ご指導よろしくお願いします。~
//
- 初心者はQ&A(初級者コース)が適切でしょう。どんなデータな...
- ご指摘ありがとうございます。今現在サンプルとして佐渡島...
- 質問に気がつくが遅れました。まだ見ていらっしゃいますで...
**Excelから１セルの読込 [#d680bcc5]
>[[kero_10625]] (2011-06-22 (水) 12:26:37)~
~
節電対策などで、建物のエネルギー解析が必要になっています...
~
Excelの単一のセル、１列あるいは１行だけを読み込む必要が出...
~
RODBCを用いて、sqlQuery を使うとデータフレームで値を返す...
~
xlsReadWriteパッケージのread.xls()関数を使うと可能なので...
~
建築技術者にRを使ってもらおうと考えていますので、Pearlな...
~
何か良い方法をご存じでないでしょうか。~
//
- 感想ですが，「基本的にはシェアウエアであり将来の対応に...
- ご指摘ありがとうございます。説明が不足した部分があった...
- XLConnect パッケージは xls と xlsx の両方に対応している...
- xlsx形式って確かzipで固められたxmlファイルでしょ。つま...
- 「xlsx形式って確かzipで固められたxmlファイルでしょ」&br...
- XLConnect の情報ありがとうございます。良さそうなパッケ...
**Rで他言語の展開 [#u75610ec]
>[[ktr]] (2011-06-21 (火) 21:30:21)~
~
Rで，ある関数を展開し，中身を見ると.CとしてC言語で書かれ...
//
- 「ある関数を展開し」などと書かずに，関数名をはっきり書...
- 初心者で申し訳ありません．時系列の分析に興味がありまし...
- その関数はどのパッケージに含まれるものですか。どうも，t...
- ご指摘の様にパッケージtimsacの中の関数です．ファイルtim...
**t.test()の機能 [#if31a9f5]
>[[竹澤]] (2011-05-31 (火) 16:27:12)~
~
t.test()の機能を確認するために以下のようなRプログラムを...
function() {
nt <- 10000
pt <- 0
for(kk in 1:nt){
set.seed(12+kk*144)
xx1 <- abs(rnorm(50, mean = 0, sd = 1))
xx2 <- abs(rnorm(50, mean = 0, sd = 1))
xx <- c(xx1, - xx2)
ttest1 <- t.test(xx, mu = 0)
pp <- ttest1$p.value
if (pp < 0.05){
pt <- pt +1
}
}
pt <- pt/nt
print(pt)
}
正規分布に従うデータを作成する方法がややひねくれています...
//
- 上記の作成方法ですと正のデータも負のデータも確実に50個...
- なるほど、そういうことでしたか。分かりました。どうもあ...
**順序ロジットモデルの適合度について [#o78e28cd]
>[[miya]] (2011-05-02 (月) 10:11:04)~
~
polr関数を用いて，順序ロジットモデルを推計しています．~
SUMMARY()を利用すると，推計結果が表示されます．~
その際，AIC指標が表示されますが，尤度比は表示されません．~
初期尤度，最終尤度，ならびに尤度比を求めたいのですが，pol...
~
もしかすると，定義式にしたがって，自分で計算式を作成して...
//
**散布図のプロットの中で条件によって色を変える方法 [#u9f8...
>[[ウルトラ初心者]] (2011-04-18 (月) 15:33:39)~
~
BioconductorのDESeqというパッッケージを使ってます。ほとん...
plot(res$baseMeanA, res$baseMeanB, pch=20, cex=.1, col =...
というコマンドで散布図がマニュアルに載っていて、そのまま...
resという表のpadjカラムの値がが0.1より小さければ赤、それ...
~
さて、別のパッケージBaySeqで統計解析しか結果もこの散布図...
そこで、一つカラムを増やしてanalysisとなづけ、DESeqで有意...
~
そこで、analysisカラムをみて1ならば赤、2ならば青、3ならば...
たぶん、ifを重ねて使っていけばいけそうなのですが、どのよ...
~
全くの丸投げ質問で恐縮ですが、よろしくお願いします。~
//
- 根性が足りませんでした。&br;plot(res$baseMeanA, res$bas...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁であるさん、ありがとうござ...
- もし，100 種類の色分けをする（なんて，馬鹿な）場合は，...
**マルチコアCPUでの、Rの効率的な利用について [#hef5f797]
>[[さと]] (2011-04-17 (日) 05:21:20)~
~
現在、クアッドコアのCPUを搭載したWINDOWSマシンにRをインス...
そのうえで、for文を使って繰り返し計算を行っていますが、非...
~
Rを立ち上げて計算させても一つのコアしか使わないので、マル...
仕方がないので、Rを4つ一度に立ち上げて、for文の繰り返しを...
これで計算時間は短くなるのですが、もっとスマートにやる方...
~
UNIX環境で使える multicore というパッケージは見つけたので...
~
こちらの環境ですが、~
OS: Windows 7 Professional, Service Pack 1~
プロセッサ: Intel(R) Core(TM) i7 CPU M620 @ 2.67GHz~
実装メモリ(RAM): 8.00GB~
システムの種類：64ビット オペレーティングシステム~
~
なにとぞよろしくお願いいたします。~
//
- そんな贅沢な環境にないので、見当違いならごめんなさい。[...
- akira様。コメントをいただき、本当にありがとうございます...
- 行列積とか線形代数を使うんなら[[SurviveGotoBLAS2:http:/...
**Rで作図をする際に、レイヤー表示のように手前に持ってくる...
>[[Tetsu]] (2011-01-27 (木) 22:59:49)~
~
現在、ts.plotを使用して、時系列データの作図をしております...
その際に、１つの点を黒丸、もう一方の点を白抜き三角でプロ...
三角が手前に来るようにデータ系列の指定の順番を変えたり、p...
結局、三角の中身が白で塗りつぶされていないのが問題だと思...
このような問題を解決する方法は無いのでしょうか?~
~
あと、一点質問があります。~
作図をする際に見易くするために、軸に主目盛りと副目盛りを...
このような場合はaxis()を2回使用して、目盛りの長さが異なる...
教えていただけないでしょうか?~
よろしくお願いいたします。~
//
- ts.plot() の後に points()。 // axis() は２回使うしか...
- ありがとうございました。おかげさまでpointsを使ってpch=2...
**Rコマンダーがインストールできない [#ic00a876]
>[[Natsu]] (2011-01-26 (水) 00:02:56)~
~
Rをインストールして、Rコマンダーを使いたいのですが、パッ...
install.packages(NULL, .libPaths()[1L], dependencies = N...
'lib = "C:/PROGRA~1/R/R-2.12.1/library"' は書き込み可能...
以下にエラー sprintf(msg, userdir) :
<83>ｼ<e3>Ν縺吶ｋ縺溘ａ縺ｫ蛟倶ｺｺ逧<84>縺ｪ繝ｩ繧､繝悶Λ繝ｪ
'%s'
繧剃ｽ懊ｊ縺溘＞縺ｮ縺ｧ縺吶°<ef>ｼ<9f> に不正なマルチバイト...
どのようにすればインストールできるのでしょうか？~
初歩的な質問で申し訳ないのですが、教えてください。~
//
- 誠に初歩的で，何回も同じような質問がありますねぇ。&br;...
- Administrator 権限でログオンしていて、ユーザー名も半角...
- Rを起動するときに「管理者として実行」で起動してみてくだ...
- お陰さまで無事解決しました。ありがとうございました。 --...
**GAM(一般化加法モデル)における変数選択について [#scf4831a]
>[[S.K]] (2011-01-21 (金) 23:19:26)~
~
GAMを用いてデータ解析をしているのですが、変数選択の方法が...
困っています。web上にはstep.gamというものがあるそうなので...
//
- パッケージ gam (Version 1.04) に step.gam があります。 ...
- ありがとうございます。 -- [[S.K]] &new{2011-01-23 (日) ...
**コネクションエラー [#dab37a2c]
>[[R初心者]] (2011-01-10 (月) 09:58:15)~
~
R初心者です。~
JavaからRserveを利用して、Rを起動しようとしてます。~
そこである程度同時実行をさせて、最終的に200件ほどの要求を...
そこでもしこのような現状に対する情報をお持ちでしたら、教...
//
**パネルデータ分析 固定効果 [#u2e32cda]
>[[H.A]] (2010-12-13 (月) 21:07:38)~
~
はじめまして~
大学で企業財務を勉強しているものです。~
~
さて、初歩的な質問で恐縮なのですが、Rでパネル分析を行った...
各企業ごとの企業固定効果を分析上使用する必要があるため、...
~
もしコードなどをご存じのかたがいましたらご教授お願いしま...
//
- H.A様、探すのも勉強です。それよりも回答がない意味をよく...
- ookiさん plmのマニュアルや海外のサイトを探してみたとこ...
- 単純にFixed effectを計算したいのであれば個別企業ダミー...
**interp1? [#gd03e27f]
>[[XC]] (2010-12-11 (土) 12:04:28)~
~
はじめまして~
Rを調べ出しの初心者です~
~
MATLAB系のスクリプトをRで動くようにする変換プログラムを作...
例えば、エンジン回転数ー発生トルクの2次元のマップ（回転数...
interp1()を使用して、~
tq = interp1(rpm_tq(:,1), rpm_tq(:,2), 2850)~
（rpm_tq(:,1)、 rpm_tq(:,2)は、回転数とトルクのベクタにな...
の様になっているので、Rで~
tq <- interp1(rpm_tq[1], rpm_tq[2], 2850)の様に書けると嬉...
皆様のご教示をいただけましたら幸甚です。~
//
- 完全に同じかどうか分かんないけどsignalパッケージという...
- ありがとうございます。tq <- interp1(rpm_tq[,1], rpm_tq[...
**ARIMAモデルの定数項について [#y04e8f43]
>[[arima]] (2010-10-31 (日) 15:09:12)~
~
直線的なトレンドのある時系列に対して~
arima(時系列,order=(1,1,0))
とすると、ＡＲ部分の係数が出力されるのみで定数項が出力さ...
~
これにpredictを施しても、定数項がないため、将来の値が一定...
~
定数項を出力させるためにはどうすればよいのでしょうか。~
~
宜しくお願い致します。~
//
**splancsのkhatについて [#e573ce4f]
>[[風の歌を聴け]] (2010-10-30 (土) 10:23:53)~
~
いつも参考にさせていただいております。~
splancsのK関数を求めるkhat関数について質問させていただき...
ランダム分布のsimulation envelopeの上下限を求めるシミュレ...
よろしくお願いいたします。~
//
- Splancs というのは，splancs パッケージ，Kest というのは...
- 失礼しました。SplansのKenv.csr関数のnismについての質問...
- もう遅いかも知れませんが、試行回数は多い方がよいかと思...
- 失礼しました。途中で送信してしまいました。（続き）近年...
- Tetsuさん、コメントありがとうございます。大変参考になり...
**クラスター分析での項目名 [#vb03c050]
>[[ST]] (2010-10-29 (金) 23:46:16)~
~
クラスター分析での項目名についてです。~
~
Rコマンダーを使用してデータを読み込んでいます。~
クラスター分析を行い、樹形図を表示させた場合、各項目が項...
~
どのようにすれば項目名が表示されるようになるのでしょうか？~
よろしくお願いします。~
//
- どうも中級者レベルのことはよくわからず，初級者は R Comm...
- 既出 (^_^；)~
Ｑ＆Ａ (初級者コース)/10 [[クラスタ分析後の樹形図の作成 ...
Ｑ＆Ａ (初級者コース)/11 [[Rコマンダーを使用し、クラスタ...
- ありがとうございます。labelsで指定できるのですね。実際...
- 確かにね， 初級Q&A をクリックして出てくるページでは投稿...
**リッジ回帰について [#o3bb1507]
>[[TKです]] (2010-09-16 (木) 17:54:37)~
~
リッジトレースをRで実行したいのですが、どのようにすればい...
~
プログラムを作るしかないですか？~
~
リッジ回帰のコマンドは一応あるのですが、実行してはみたも...
//
- 具体的にどういう事がしたいのか書いておけば、それができ...
survivalパッケージのridgeや, MASSパッケージのlm.ridge, lp...
**パッケージFEARのdeaでNDRSを実行したいのですが。 [#yd214...
>[[atsuo]] (2010-07-26 (月) 18:01:11)~
~
�FEARのdeaでは、CCRとBCCとNIRSの結果は出ます。さら...
�deaの分析を行うためにFEARのdeaを改良したいと考え...
//
- Rのコンソールで関数名のみを打ち込むとRのスクリプトは見...
**線型等式制約Ax=bにおける最適化問題を解く方法 [#i680145d]
>[[kazuaki]] (2010-06-03 (木) 01:11:15)~
~
目的関数 : x[1]^2+x[2]^2+...+x[n]^2~
制約条件 : Ax=b , x>=c~
xとcはn次元ベクトル,bはm次元ベクトル,行列Aはn*m行列。~
xが決定変数。~
~
上記の最適化問題（最小化問題）を解きたいのですが、適切な...
//
- [[Rで数理計画:http://www.okada.jp.org/RWiki/?R%A4%C7%BF...
どうすれば解けるか、プログラム例や適切な手法やパッケージ...
- まだ読めていないのですが、[[Rdonlp2 パッケージ:http://a...
線形制約の上限と下限を同じ値にすることで、等式制約として...
- まずラグランジュの未定乗数法で線形等式制約を消すのが定...
- ラグランジュの未定乗数法を用いる場合、線型等式制約Ax=b...
- 「ラグランジュの未定乗数法＋optim関数」も今から書き込む...
パッケージRdonlp2のダウンロードサイトが見つけられなかった...
ipop関数のオプション指定の線形不等式制約「b <= A*x <= b+r...
決定変数の範囲も「l <= x <= u」という形で指定できるので上...
- 失礼、不等式制約があるからラグランジュ法は使えませんね...
- ご助言ありがとうございます。少し勉強してから簡単な例を...
**２元配置分散分析の場合の等分散性の検定 [#m57cb2da]
>[[shigeru]] (2010-04-09 (金) 06:35:07)~
~
２元配置分散分析を行う前の等分散性の検定についてお伺いし...
y A B~
y1 A1 B1~
y2 A1 B2~
y3 A1 B3~
・・・~
のような形で得られているときに、~
bartlett.test(y ~ A * B)~
とすると、自由度はdf=1となり、また~
bartlett.test(y ~ B * A)~
とすると、df=2となり、最初に出てくる要因しか評価されてい...
//
- ＞ 最初に出てくる要因しか評価されていないようです~
バートレットの検定について調べましたか？バートレットの検...
なお，二元配置分散分析で水準間の等分散性はあまり問題にさ...
- 稚拙な質問に早速ご回答頂き、ありがとうございました。二...
- ＞ すくなくとも生態学の分野ではtwo-way ANOVAであっても...
なるほど。では，先行研究（論文）では，どのようにして等分...
2 つの factor 変数を，1 つの factor 変数にするには，うま...
> set.seed(20100409)
> d <- data.frame(y=rnorm(24),
+ A=gl(2, 12, labels=c("A1", "A2")),
+ B=gl(3, 4, 12, labels=c("B1", "B2", "B...
> d$temp <- as.integer(d$A)*10+as.integer(d$B) # 策を弄...
> d$C <- factor(d$temp, # 新たに ...
+ labels=c("A1B1", "A1B2", "A1B3", "A2B1",...
> d
y A B temp C
1 0.807748961 A1 B1 11 A1B1
2 0.513417877 A1 B1 11 A1B1
3 -0.156009578 A1 B1 11 A1B1
4 -0.192902834 A1 B1 11 A1B1
5 0.043651547 A1 B2 12 A1B2
6 -1.530954060 A1 B2 12 A1B2
7 -1.984433103 A1 B2 12 A1B2
8 0.416585172 A1 B2 12 A1B2
9 -0.001342267 A1 B3 13 A1B3
10 0.364838567 A1 B3 13 A1B3
11 1.182524866 A1 B3 13 A1B3
12 -1.087637431 A1 B3 13 A1B3
13 -1.552197067 A2 B1 21 A2B1
14 0.323540547 A2 B1 21 A2B1
15 -0.635204370 A2 B1 21 A2B1
16 -2.889526450 A2 B1 21 A2B1
17 0.223709445 A2 B2 22 A2B2
18 0.118526662 A2 B2 22 A2B2
19 0.172598117 A2 B2 22 A2B2
20 1.846951151 A2 B2 22 A2B2
21 0.673207028 A2 B3 23 A2B3
22 1.080020322 A2 B3 23 A2B3
23 1.383334771 A2 B3 23 A2B3
24 -0.260967601 A2 B3 23 A2B3
> bartlett.test(y~C, d)
Bartlett test of homogeneity of variances
data: y by C
Bartlett's K-squared = 3.125, df = 5, p-value = 0.6807
今の例では，以下の方でもよい
> set.seed(20100409)
> d <- data.frame(y=rnorm(24),
+ A=gl(2, 12, labels=c("A1", "A2")),
+ B=gl(3, 4, 12, labels=c("B1", "B2", "B...
> d$C <- factor(paste(d$A, d$B, sep=""), # 今の例ではこ...
+ labels=c("A1B1", "A1B2", "A1B3", "A2B1",...
> d
y A B C
1 0.807748961 A1 B1 A1B1
2 0.513417877 A1 B1 A1B1
途中省略
23 1.383334771 A2 B3 A2B3
24 -0.260967601 A2 B3 A2B3
> bartlett.test(y~C, d)
Bartlett test of homogeneity of variances
data: y by C
Bartlett's K-squared = 3.125, df = 5, p-value = 0.6807
- ありがとうございます。返事が遅くなり、お手数をおかけし...
- ＞ ご提案と同じように変数を一つ増やす方法で私もやってい...
それはそれは，ご同慶の至り。~
＞ しかし、等分散性の検定は一般的なものであり、A*Bのよう...
オンラインヘルプを見ればよかったですね。~
＞ そのような方法がないことがわかりました。それだけでも収...
お役に立った（？）とすれば，有難うございます。~
＞ 簡単に対処する方法はないのでしょうか~
「簡単に」というのにはレベルがあると思いますので，裏でど...
//まあ，はっきり言えば，不愉快でした。~
//まあね，こんなこと書かれると，質問者も平穏な気持ちじゃ...
//「よく見るひと」？そんな人は知ったこっちゃない。よく見...
まあね -- [[もう寝る屁の河童]] &new{2010-04-09 (金) 22:30...
**plot()出力の部分拡大 [#rca7bf77]
>[[ohgi]] (2010-03-20 (土) 10:46:20)~
~
仰木と申します．~
Rで時系列グラフをplot()を使って描画していますが，実験最中...
~
もちろん，描画する範囲をスクリプトで描けば再描画すること...
~
「できない」という答えでもよいので教えていただけませんで...
//
- 誰も答えないというのは，難しい問題なんでしょうね。あえ...
例えば，UKgas を例にとると，~
(1) 最初に plot(UKgas) で全体像を描く~
(2) 次に plot(UKgas, xlim=round(locator(2)$x)) をコンソ...
(3) グラフウインドウでx軸上（y軸座標値はどうでもよい）...
そうすると，選択部分が拡大されますね。後は，(2)，(3) を好...
縦軸方向も調整したければ，locator の返す y 座標値を ylim ...
- もう見ていないかもしれませんが、splancsパッケージのzoom...
**Help [#g060408c]
>[[あんどう]] (2010-03-14 (日) 20:57:00)~
~
Help にある .rds, .rdb, .rdx はどのように開くのですか。~
//
- そんなもの見てどうするつもりですか？~
自分で検索してみましたか？以下でも参照することをお勧めし...
http://tolstoy.newcastle.edu.au/R/help/05/07/9021.html ~
曰く，these are binary files that won't make much sense t...
**R CMD BATCH < test.R > test.Rout [#w05afd7e]
>[[boston]] (2010-03-08 (月) 05:47:02)~
~
test.R は~
cat("Hello World")
だが、test.Routに出力されない~
R --vanilla < test.R > test.Rout
は出力される BATCHの書き方に問題がありますか~
//
- try, R CMD BATCH --help -- &new{2010-03-08 (月) 11:58:...
**パッケージSOMの仕様 [#pb40753d]
>[[初心者]] (2010-02-15 (月) 02:52:47)~
~
パッケージSOMの、関数somの学習回数は何回なんでしょうか？~
//
- （もう見てないでしょうが、）学習回数はオプションで指定...
**lm について [#w11ce4a7]
>[[あんどう]] (2010-02-07 (日) 12:28:45)~
~
lmの処理を調べようとtest_lma.Rを作成し実行すと、match.cal...
以下にエラー match.call() :
'match.call' がその中から呼び出されたクロージャを見付...
となります。
プログラムの冒頭は以下のとおりで
formula <- y ~ 1 + x
xx <- c(1.386294, 2.079442 ,2.772589, 3.465736)
yy <- c(0.06254298 ,0.71444544, 1.27103337, 1.28339677)
ww <- c( 1.0000000 ,0.5000000, 0.3333333, 0.2500000)
data <- data.frame(x = xx, y = yy, w = ww)
subset <- 0
weights <- ww
na.action <- 0
method <- "qr"
model <- TRUE
x <- FALSE
y <- FALSE
qr <- TRUE
singular.ok <- TRUE
contrasts <- NULL
offset <- 0
ret.x <- x
ret.y <- y
cl <- match.call()
mf <- match.call(expand.dots = FALSE)
これ以降はlmのままです。~
~
目的は余分な処理を削除したいのです。~
//
- 「余分な処理」って，どこから，どこまでなんですか？~
(2010-02-06 (土) 08:50:29) の続編なのですか？でも，相変わ...
- 示されたものを，そのままコンソールにペーストすると，あ...
> cl <- match.call()
エラー： match.call() was called from outside a function
> mf <- match.call(expand.dots = FALSE)
エラー： match.call() was called from outside a function
エラーメッセージの言わんとしていることは，「関数の外で ma...
data <- data.frame(x = xx, y = yy, w = ww) の前に foo <- ...
取りあえず引用の最後に } を入れて，foo() とやると，何にも...
} の前に「以下は lm と同じ」ものを入れるだけであなたの希...
- ＞ 目的は余分な処理を削除したいのです。~
「lm 関数の余分な処理を削除したい」ということか。だったら...
**関数の追加 [#x94e785a]
>[[あんどう]] (2010-02-06 (土) 08:50:29)~
~
libraryに関数を追加する方法を教えてください。~
新たな関数を作り既存の関数をリンクさせたいのですが。~
.Rをつくり cl <- match.call()を組み込んだのですがエラーに...
//
- 何をどうやろうとして，どんなものを作ったらどんなエラー...
**多項ロジット [#teed8893]
>[[こうや]] (2010-01-18 (月) 11:13:26)~
~
それぞれの説明変数に対する回帰係数が応答変数のカテゴリー...
教えていただけないでしょうか。~
//
**グンベル分布推定 [#b03e2d2d]
>[[吉川]] (2010-01-14 (木) 17:37:24)~
~
Rで極値統計をやっております。~
extRemes, ismev を使ってGEVの推定を行っています。~
gev.fit(x)を使って推定を行うと、~
グンベル分布・ワイブル分布・フレシェ分布の中から推定され...
これを、グンベル分布のみで推定したい場合にはどのようにし...
ご存知の方がいらっしゃいましたら、よろしくお願いいたしま...
//
- どのように操作したら，結果が得られるのか，操作例を示し...
- 実行はhttp://deerfoot.exblog.jp/10977471/ のものと同様...
- gev.fit の中身を見たんですけど，「グンベル分布・ワイブ...
- なぜ gum.fit を使わないのですか？ -- [[surg]] &new{2010...
- ご回答ありがとうございました。gev.fitの中を変換しないと...
**hclustでのward計算の原理 [#gc9e2f80]
>[[genri]] (2010-01-03 (日) 13:51:31)~
~
どう計算しているのか原理をお教えください。~
~
この関数はdist構造のデータを使って計算します、たとえば距...
hclust( as.dist(hoge), method="ward")~
で結果を返します。~
~
Ward'sの方法では、クラスター間の距離はクラスターの統合に...
~
どうやって距離マトリクスからwardの距離を算出しているので...
//
- ソースを読めばわかると思います（中級者ですからね。わか...
- 私も気になっていました。この関数はFortranで書かれた関数...
たしかにそのマトリクスだけから計算しています。~
ごめんなさい、数学的な背景は私にもわかりませんので、どな...
。 -- [[tk]] &new{2010-01-04 (月) 11:54:06};
- 元データは不要では？http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/lectu...
- ありがとうございます。Ward'sの方法をどう定義するかで決...
最初の質問の方の定義だと、偏差平方和の合計から出すことに...
青木先生のページの解説ではユークリッド距離を使用されてい...
一方、距離マトリクスを偏差平方和の合計で算出しておけば、h...
ただややこしいのは、ひごろhclust関数の前段に使っているdis...
method = "euclidean"を使って距離を出してから、結果を二乗...
- そのページの説明では，式（2）のユークリッド平方距離を使...
「結果を二乗しましょうかね」とあるけど，ward法の場合には...
- なるほど、データ数で重みをつけた偏差平方和の合算で近似...
なんにしてもありがとうございました。
ところで、正確にはdist()^2/2では。そもそもあまり正確な計...
- なぜ，「正確にはdist()^2/2」 なんでしょうか。もっとも，...
- 偏差は平均値との差、distが返すのは2点間の差だからです。...
- 平均差があっても大丈夫では？ 式が書きにくいので実例で...
a<-rnorm(10000, sd=2, mean=10)
b<-rnorm(10000, sd=1, mean=0)
var(a)+var(b)
var(a-b)
同じくらいの値が出てくるはず。~
ちなみにhclustの出力の$heightをsqrtで開いて書き戻してやれ...
"平方でない"距離のplotを得ることができます。 -- [[tk]] &n...
- cor(a,b)=0 のときに上の関係が成り立ちます。そして，例の...
**2次元正規分布関数のパラメータ推定について [#m9d337fe]
>[[zhang]] (2009-12-07 (月) 10:25:06)~
~
おはようございます。張＠弘前大学です。R初心者で何か間違っ...
~
今研究で，リンゴの形状推定を行っています。リンゴのお尻の...
~
R初心者で，色々調べたら，kde2d()やbked2d()でできるらしい...
~
ほかに何か方法がありませんか？宜しくお願いします。~
//
- > 三次元計測して，2次元正規分布関数として推定~
三次元計測したら，三次元正規分布なのでは？~
二次元正規分布だとして，2つの変数は何と何でしょうか？ -- ...
- 説明不足ですみません。
ｘ，ｙが2次元の位置情報，ｚが高さ情報での３次元データです。
2次元正規分布のｘ，ｙとその結果のｚに相当します。もしかし...
日本語で曲面当てはめ，英語でsurface fittingになるでしょう...
- 要するに，お尻の窪みが二次元正規分布に従うかということ...
- 計測データを3次元表示すると，2次元正規分布の形そのもの...
そのパラメータをを使って，成長途中や品種間の相違を簡単に...
-- [[zhang]] &new{2009-12-07 (月) 11:38:30};
- ご提示の図をひっくり返れば，窪みの形になります。目的は...
**コクランのC検定 [#sde0c9df]
>[[Shigeru]] (2009-11-21 (土) 17:17:18)~
~
等分散性の検定にコクランのC検定を使った文献をよくみかけま...
//
- > 等分散性の検定にコクランのC検定を使った文献をよくみか...
そうですか？わたしは，今まで似た名称の「コクランのQ検定」...
等分散性の検定ということで今普通に使われているのは，二群...
その代替検定は，どのような特性（特徴）を持つ検定手法なん...
Cochran's C test A test, introduced by Cochran in a 194...
of variance in m normal populations having unknown mean...
variances denoted by . Let be the ...
などという説明があったりしますけど，少なくと r-project.or...
- 文献を見つけました。Cochran (1951) Biometrics, 7:15-32...
- 補足~
Cochran, W. G. (1941) The distribution of the largest of ...
Cochran, W. G. (1951) Testing a linear relation among var...
**平滑化された値の出力について [#d7979c8d]
>[[b.b.]] (2009-11-04 (水) 10:50:45)~
~
質問です。~
スプライン平滑化を行ってグラフを得たのですが、~
xがある値の時の平滑化されたyの値を出力するには~
どうしたらいいのでしょうか？~
//
- 別スレッドだが，Q&A（初級者コース）に回答がある [[任意...
もちろん，オンラインヘルプを読めばよいだけの話ではありま...
- できました！本当にありがとうございました。 -- [[b.b.]] ...
**constrOptimのhessianは表示可能でしょうか？ [#k7b7a31e]
>[[koba]] (2009-09-03 (木) 12:51:05)~
~
線形不等式制約付きの最適化関数constrOptimにてhessianでヘ...
そもそも存在しないのでしょうか？~
//
- ↑の人、初級者コースと同じ人かどうか知らないけど、厭味だ...
**Map (mapply)から関数のリストを返すにあたって [#i34a2244]
>[[dtak]] (2009-08-13 (木) 07:06:37)~
~
はじめまして、dtak と申します。~
R (version 2.9.1 i386-apple-darwin8.11.1) でのMap関数(map...
~
Mapを用いて関数のリストを作ろうとしたのですが、Mapの引数f...
> Map (function (x) x(), Map (function (y) {function () ...
[[1]]
[1] 3
[[2]]
[1] 3
[[3]]
[1] 3
>
あらかじめ評価してしまうことで回避することはできるのです...
> Map (function (x) x(), Map (function (y) {y;function (...
[[1]]
[1] 1
[[2]]
[1] 2
[[3]]
[1] 3
>
(遅延評価が行われるのであっても)少し奇妙な印象を受けまし...
ご存知の方がおられましたら、よろしくお願いいたします。~
//
- http://bugs.r-project.org/cgi-bin/R/Low-level?id=13861 ...
**順序ロジスティック回帰について [#mc5249e3]
>[[fall]] (2009-07-07 (火) 13:28:37)~
~
パッケージMASSのplorを用いて順序ロジスティックを行おう...
ここで私が困っていることが以下のような内容であります。~
~
（目的変数にhelpでは”factor”を指定しなければならないと書...
~
どうぞよろしくお願いいたします。~
//
- helpを見た限りでは、目的変数をOrd.factor型にする必要が...
- ありがとうございます。試してみます。 -- [[fall]] &new{2...
**非線形連立方程式の解 [#kd54b250]
>[[かわお]] (2009-06-23 (火) 23:14:25)~
~
非線形の連立方程式を解くプログラミングを教えて下さい。~
例えば、~
x^2+y^2=5, 2×x^2+y=4の解x,yを解く方法が知りたいです。~
よろしくお願いします。~
//
- ２xx^2 は 2x^2 の間違い？もしそうなら受験数学レベル。 -...
- なんとも丸投げな質問ですね.かわおさんは何ができて、何が...
- 本当に初歩的で申し訳ありません。HPで調べましたところ、...
**Rでエラーログ解析 [#s020e18f]
>[[たけぼう]] (2009-06-14 (日) 01:53:04)~
~
R超初心者です。~
ある半導体関連装置のサポートエンジニアをやっております。...
~
担当している装置が出力する日付、時間を含んだエラーログを...
~
[エラーログ]~
YYYY/MM/DD, HH:MM:SS, ALARM1~
YYYY/MM/DD, HH:MM:SS, ALARM2~
:
[コマンド実行履歴]~
YYYY/MM/DD, HH:MM:SS, COMMAND1~
YYYY/MM/DD, HH:MM:SS, COMMAND2~
:
「上記二つの時系列ファイルから、両者の因果関係を視覚的に...
というのがやりたいことなのですが、Rでできそうでしょうか？~
ヒント・アイディアだけでも良いので、何か閃いた方はご教示...
//
- もう少し背景説明が無いと答えにくいですね: -- &new{2009...
(1) 一時に何組ぐらいの数のデータを処理するのか，
(2) ALARMx, COMMANDx は何種類ぐらいあるのか，
(3) COMMAND と ALARM の間の時間間隔はどれくらいなのか，1...
など．
- 説明不足ですみません。(1)100組位です (2)種類は200程度あ...
- 対応は1対1とは限らず、アラームとなったコマンドと、なら...
- うわ。。URLを記入すると展開されちゃうんですね。。ごめん...
- COMMANDとALARMはrowが重ならないから、両方をまとめて考え...
- やはりPerl or Rubyですか。。そう思っていた矢先Rに出会っ...
**作図の繰り返しのコマンド [#ve560f32]
>[[路地裏の少年]] (2009-05-25 (月) 22:57:16)~
~
低水準作図の繰り返しコマンドについて教えてください。~
~
データは以下のようになっています。~
緯度 経度 年~
35 156 2000~
38 165 2000~
37 150 2001~
38 148 2001・・・・~
~
年毎の緯度経度のプロット図（20年分、各図の題名にはその年...
年ごとに抽出すれば、書けるのですが、20回繰り返せねばなり...
初歩的な質問で恐縮ですが、よろしくお願いします。~
//
- forでもapplyでもお好きなように。これは中級でなく、初歩...
- 【for】はわかっていたのですが・・。いろいろ試行錯誤して...
- 手厳しくされるのは、コードを乗せないから。コードを乗せ...
- Suggestionありがとうございます。以下のようなコードを書...
- Year2 <- factor (Year); for (i.Year2 in 1: Year2) { plo...
- プログラムもそうだけど, データも第三者が試しやすいよう...
df<-data.frame(lat=c(35,38,37,38),
long=c(156,165,150,148),
year=c(2000,2000,2001,2001)
)
cat(deparse(df),fill=T)
library (maps);
par(ask=T)
lapply(unique(df$year),function(y)
{
cat(y,fill=T)
longlat<-df[df$year==y,c("long","lat")]
plot (longlat,
xlim = c(135, 155),
ylim = c(32, 50),
axes = F, main = y, pch = 20)
map ("world2", xlim = c(135, 155), ylim = c(32,...
map.axes()
dev.copy(pdf, file = paste(y,".pdf",sep=""))
dev.off()
}
)
cat(deparse(df),fill=T)とかすると, 編集した小さなデータの...
- 言葉足らずですみませんでした。以後、気をつけます。大変...
//- 路地裏の少年さんへ → あなたの質問は言葉足らずかもしれ...
//- ありがとうございます。掲示板で的確に伝えることが出来...
**ポアソン分布のロジスティック回帰 [#h64f72f6]
>[[ま]] (2009-04-16 (木) 19:13:38)~
~
非線形最小二乗法を実施する関数として，nlsがありますが，こ...
//
- 表記が正確ではありませんでした。ポアソン分布で非線形回...
- [ポアソン分布で非線形回帰]であっても，それが何を意味し...
- 表記の仕方が不適切で申し訳ございません（初級者版に書き...
x <- c(1:10)
y <- c(10,10,9,8,5,3,2,1,0,0)
plot(y~x)
- ポアソン分布に当てはめたい（ポアソン定数を求める）とい...
- さっそくありがとうございます。正確な表現が思いつかず恐...
- ポアソン分布に当てはめる（ポアソン定数を推定する）のと...
- たびたびご指導ありがとうございます。勉強いたします。gnl...
**splancsのzoomについて [#gbdbb4a7]
>[[K.K]] (2009-01-27 (火) 16:15:38)~
~
クラスター分析で、plotされた樹形図の細かい統合部分をsplan...
plotされた樹形図をzoomで細かく表示させる方法はありません...
//
- X11()とかは諦めて、png(width=1000,height=1000,file="tmp...
- ありがとうございます。画像ビューアで拡大してみたら確認...
**順序ロジット 関数 polr() について [#pae0aee6]
>[[y.t]] (2009-01-15 (木) 18:10:28)~
~
MASSパッケージにある順序ロジットの関数 polr() に 定数項を...
//
- 0|1とか1|2が定数項だったような・・・ -- [[03]] &new{200...
**BRugsでのAIC，DICの計算について [#hf368883]
>[[yuki]] (2008-12-16 (火) 01:49:28)~
~
WinBUGSではDICは簡単に計算できるコマンドがあるようですが...
//
**R-2.8.0 x64 Linux上でのビルドについて [#n058249c]
>[[大津起夫]] (2008-12-05 (金) 17:33:15)~
~
R-2.8.0 を CentOS5.2 x64上でコンパイルし、make check した...
~
エラーログ
> f <- function(x) class(x)
>
> setMethod("f", "B0", function(x) c(x@b0^2, callNextMet...
以下にエラー sprintf(gettext(fmt, domain = domain), ......
引数が少なすぎます
Calls: setMethod -> message -> gettextf -> sprintf
実行が停止されました
OSは gcc 4.1.2環境ですが、コンパイルはIntel C++ 11.0 +Int...
下記が、configure.siteの指定、および ./configure の引数で...
~
上記の命令は２回目以降はエラーを起こしません。上記の箇所...
また,CentOS5.2のパッケージ compat-libstdc++33-3.2.3-61 か...
~
--- config.site ----
CFLAFGS="-g -O2 -wd188 -ip -std=c99"
F77=ifort
FFLAGS="-ieee-fp -g -O3"
CXX=icpc
CXXFLAGS="-g -O3 -ieee-fp"
FC=ifort
FCFLAGS="-g -O3 -ieee-fp"
ICC_LIBS=/opt/intel/Compiler/11.0/074/lib/intel64
IFC_LIBS=/opt/intel/Compiler/11.0/074/lib/intel64
LDFLAGS="-L$ICC_LIBS -L$IFC_LIBS -L/usr/local/lib64"
SHLIB_CXXLD=icpc
----- configure 実行引数 -----
OMP_NUM_THREADS=8
MKL_LIB_PATH=/opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl/lib/em64t
MKL=" -L${MKL_LIB_PATH} \
-Wl,--start-group ...
${MKL_LIB_PATH}/libmkl_intel_lp64.a ...
${MKL_LIB_PATH}/libmkl_intel_thread....
${MKL_LIB_PATH}/libmkl_core.a ...
-Wl,--end-group ...
-liomp5 -lguide -lpthread -lgomp"
./configure --with-lapack="$MKL" --with-blas="$MKL"
リストの終わり~
//
- なかまさんが回答されるでしょうが、経験的に、LANG=Cをつ...
- 「LANG=C LC_ALL=C make check」でなおるかも -- &new{200...
- [[ここ>http://www.okada.jp.org/RWiki/?%A4%CA%A4%F3%A4%C...
- コメントありがとうございます。
試した結果です。~
0) 最初の質問のケースは LANG=ja_JP.UTF-8でmake 同一環境で...
このときsprintfのエラーがmethds-Ex.Rで発生~
1) LANG=ja_JP.UTF-8 環境でmake; LANG=C,LC_ALL=C環境でmak...
2) LANG=C,LC_ALL=C でmake; LANG=C,LC_ALL=Cでmake check ...
3) LANG=C,LC_ALL=C でmake; LANG=ja_JP.UTF-8 に設定して m...
-- [[大津]] &new{2008-12-05 (金) 22:12:31};
- 了解しました -- &new{2008-12-05 (金) 23:39:50};
- 上のconig.siteでコンパイラオプションの指定誤りがありま...
- 単純にメッセージファイルにミスがあっただけの事で, 環境...
- IntelCompilerをお使いなら, MKLの -lgomp は不要です. た...
- ありがとうございます。./poに libiconv-1.12のソースから ...
- たびたびの修正ですみません。上の３つのファイルは./po内...
- めんどくさいでしょうが, CentOS+IntelCompiler+MKL+R-2.8....
- ひっかかった点はつぎの2つです。~
1)手順を誤解してmake前のソースにたいして (cd po;make meth...
2) (cd po;make methods.pkg-update) を実行すると ./po 中...
当初、iconvのソースをconfigureした箇所から同名のファイル...
これらは (cd po; make en@quot.insert-header; make remove-...
(insert-header.sedはなくても大丈夫のようです。）~
~
ビルドの全体の手順は~
1) R-2.8.0 ソースの展開~
2) なかまさんの methods.patch を ./src/library/methods/p...
patch < methods.patchのパス名
とする。R-ja.poが修正される。~
3) インテルコンパイラ icc 11.0, ifort 11.0 およびmkl 10.1...
4) config.site を上記の最初の質問のように指定する。ただ...
deprecatedな指定であるとして、make時に警告がたくさんでる...
5) 上記質問中のように環境変数 M<L を設定し、configureを実...
6) R の make を実行~
7) 次の２行をmakeを実行するのと同じディレクトリで実行
(cd po; make remove-potcdate.sed; make en@quot.insert-he...
(cd po; make methods.pkg-update)
8) make check を 実行すると問題なくとおる。~
当初問題のあった部分の日本語メッセージもただしく出力され...
- ビルドについての修正です。8)のmake check の前に,一度 ma...
- 7)は, 冗長ですが, cd po;make update-pkg-po の方がいい(...
- config.siteの指摘ありがとうございます。問題というのでは...
- sourceの場合はerrorハンドルの範囲が異なってしまうので, ...
**線形モデルでの変量効果（ランダム効果）・混合効果の指定 ...
>[[Rcommander利用者]] (2008-09-02 (火) 10:45:00)~
~
線形モデルでの変量効果（ランダム効果）・混合効果の解析方...
//
- どの統計パッケージの関数を使うかによって指定方法がだい...
**JACKNIFE という統計用語はどんなことですか？ [#xedc6de4]
>[[むかしちゃん]] (2008-06-25 (水) 22:20:15)~
~
統計用語にJACKNIFE という物騒な用語をインターネットで見...
どんなところでどんな風に使うのですか？~
//
- google で「ジャックナイフ 統計学」などで検索しましたか...
**組み込みデータセットを参照している関数の検索法？ [#caeb...
>[[気になった人]] (2008-05-20 (火) 09:32:44)~
~
Rの魅力の一つは、各関数が比較的詳しい参考実行コードを持っ...
~
ところで逆ができるでしょうか。つまり、ある組み込みデータ...
~
例えば Linux なら端末から次のような命令を実行すればそれら...
~
$ grep -r "co2" /usr/lib/R/* | grep "/help"
//
- help.search("co2")じゃダメなんですかね？ -- &new{2008-...
- これではデータセット CO2, co2 しかヒットしません（少な...
- http://rgonzui.nakama.ne.jp/ -- &new{2008-05-20 (火) 1...
- メモリーがたらんので, 良く止まります(;_;) -- [[なかま]]...
- やはりR自体ではそうした便利な機能はないということでしょ...
**CIでのtick marks [#be1a3299]
>[[NP]] (2008-04-22 (火) 14:27:46)~
~
Rを用いてCumulative incidence curveを書くところまではでき...
//
- "Cumulative incidence curve" の説明や，できているプログ...
- cumulative incidenceとはcompeting risk(競合リスク)とい...
- で、プログラムは？ -- [[akira]] &new{2008-04-22 (火) 21...
- グラフは描くもの。あなたの説明は「"Cumulative incidence...
＞ Rではcmprskというパッケージを使って書くことができます~
そのうちのどの関数？関数がわからないと example も見られな...
cuminc か。面倒くさそ。質問者をいたぶるなというご意見をお...
- [[R Graphical Manual:http://cged.genes.nig.ac.jp/RGM2/i...
- cuminc を読んで，改造するのが本来ではあろうが，最初から...
- http://www.stat.unipg.it/luca/R でダウンロードしたCumIn...
- テストデータの dis が群，status がエンドポイントでしょ...
- ありがとうございます。0,1,2を0,1のものと0,2の2つにわけ...
- できるでしょうね。やっつけ仕事だけど，CumIncidence.R の...
for (j in 1:nrow(x$est)) {
temp <- as.integer(unlist(strsplit(rownames(x$es...
temp <- ftime[fstatus == 0 & group == temp[1]]
temp2 <- timepoints(fit, temp)
mapply(function(x, y) segments(x, y, x, y+0.02, c...
sort(temp), temp2$est[j,])
}
- 回答ありがとうございます。試してみましたがうまくいきま...
- 117,118行目に legend 関数が書かれていますよね。その後で...
#ref(fig.png)
- えっと、「0,1,2を0,1のものと0,2の2つにわけて別のグラフ...
- 試せていないのだと思います（だって，改訂プログラムの断...
- 親切にご返事いただいているのに的を射ていなくてもうしわ...
- ＞ 制変換により NA が生成されました とでて~
「制変換」って，なんでしょうかね？CumIncidence.R のテスト...
以下のように挿入します。 -- &new{2008-04-25 (金) 12:18:2...
legend("topleft", legend = rownames(x$est), x.int...
bty = "n", xjust = 1, col = col, lty = lty,...
for (j in 1:nrow(x$est)) {
temp <- as.integer(unlist(strsplit(rownames(x$es...
temp <- ftime[fstatus == 0 & group == temp[1]]
temp2 <- timepoints(fit, temp)
mapply(function(x, y) segments(x, y, x, y+0.02, c...
sort(temp), temp2$est[j,])
}
out <- list(test = tests, est = tfit$est, se = sqr...
- 何度も申し訳ありません。テストデータを使っており、グラ...
- bmt.csv からデータはちゃんと読めているのですね。 -- &n...
ちょっと，後で消去しますから，多めに書きます。
> ( x <- read.csv("bmt.csv", header=TRUE, sep=";") )
dis ftime status
1 0 13 2
2 0 1 1
3 0 72 0
4 0 7 2
途中省略
34 1 32 0
35 0 12 1
で，プログラムはちゃんと挿入できていますね。~
ところで，挿入するプログラムは上からコピーしたでしょうね。
自分で入力すると間違いが入っているかも知れません。よ。~
そのプログラムを source で読み込みましょう。~
で，実行すると，
> CumIncidence(x$ftime, x$status, x$dis)
+-------------------------------------------------------...
| Cumulative incidence function estimates from competing...
+-------------------------------------------------------...
Test equality across groups:
Statistic p-value df
1 1.302 0.253915 1
2 7.082 0.007785 1
Estimates at time points:
0 10 20 30 40 50 60 ...
0 1 0.05882 0.1176 0.1765 0.1765 0.1765 0.1765 0.1765 0....
途中省略
0 2 0.05882 0.12631 0.12667 0.12077 0.12077 0.12077 0.12...
1 2 0.00000 0.11558 0.11558 0.11558 0.11558 0.11558 0.11...
以上で終了し，tick mark のついている図が描かれており，wa...
それと，今更なんですが，「グラフ自体はお示しいただいたの...
修正プログラム（＋テストデータ）をアップロードしておいた...
- ありがとうございました。おかげさまでできました。お騒が...
- なぜできなかったのですか？どこを誤解していたのでしょう...
- 添付していただいたファイル欄のものともともと使用してい...
- x <- structure 以降の部分は，bmt.csv のことですよ（それ...
- ありがとうございます。ということは、読み込みがうまくい...
- ありがとうございます。ということは、読み込みがうまくい...
- そんなことは，私にはわかりません。もう一度，bmt.csv を...
- 「添付していただいたファイル欄のもの」を適用した後，あ...
なお，もう疲れましたので，わたしからの，この後の対応は遠...
- お手数をおかけして申し訳ありません。いくつかのデータで...
- はいそうですか。それでよければ，なにおかいわんやです。...
**ACDモデル [#n4f71649]
>[[ＵＯ]] (2008-04-09 (水) 11:48:43)~
~
皆さんに相談があります。~
RでAutoregressive Conditional Durationモデルを使いたいの...
可能でしょうか？~
ご存知の方がいらっしゃっいましたら、教えてください。~
//
- RsiteSearch で検索しても無いようですね。違う名前で存在...
**rownameの付け方 [#bb021a42]
>[[rowhelp]] (2008-04-07 (月) 10:57:23)~
~
はじめまして、現在、Rを使用し遺伝子解析を始めたばかりです...
データフレーム内のある特定の列に含まれる文字列をrownameに...
~
どのような作業を行うのが一番よろしいでしょうか。~
ご教授をお願いいたします。~
//
- 簡単でよいから、処理前と期待する処理後のデータフレーム...
- 説明の為だけに別記事を作ってはいけません。次のような風...
> DF <- data.frame(A=letters[1:4], B=runif(4), C=rnorm(4))
> DF
A B C
1 a 0.1429617 0.8767259
2 b 0.7656706 0.2077312
3 c 0.5311202 -0.6043531
4 d 0.9375921 1.0804659
> rownames(DF) <- DF[,1]
> DF
A B C
a a 0.1429617 0.8767259
b b 0.7656706 0.2077312
c c 0.5311202 -0.6043531
d d 0.9375921 1.0804659
> DF <- DF[,-1]
> DF
B C
a 0.1429617 0.8767259
b 0.7656706 0.2077312
c 0.5311202 -0.6043531
d 0.9375921 1.0804659
- こんなのもありです： -- [[鈴木＠ef-prime]] &new{2008-04...
> DF.new <- data.frame(DF, row.names="A")
> DF.new
B C
a 0.79124741 1.2432360
b 0.03667521 -1.0248516
c 0.78015687 0.1808611
d 0.30211288 0.2649450
- ご迷惑をおかけしました。ありがとうございます -- [[rowhe...
- まずは基本的な関数を覚えれば解決すると思いますので、[[R...
あと、この手の質問は?data.frameで解決すると思いますが、初...
**凡例中のラインの角度の変更方法 [#lb9a3f41]
>[[yuta]] (2008-04-03 (木) 16:43:46)~
~
こんにちは。いつも参考にさせていただいています。~
以下に示すような折れ線グラフと縦線プロット(plot()のtype="...
(plotのスクリプト省略)
par(xpd=NA)
legend(locator(1),c("a-pro","a-height","b-pro",
"b-height"),col=c("black","black","Royalblue","Royalbl...
lwd=c(2,3,1,1.5),pch=c(1,NA,1,NA))
凡例中で縦線を使う方法はあるのでしょうか。お尋ねいたしま...
#ref(QA.png)
//
- 縦線はpch="|"でいけると思いますが、太さは変わらないかも...
もしくは縦線でなくてboxでもいけるなら、pch=22とpt.bgで背...
それが嫌なら自作関数でしょうか? -- [[akira]] &new{2008-04...
- ありがとうございます．ポイントの形状で乗り切る方法があ...
実はソースをちょっと眺めてみて，ラッパーを作るのは自分の...
- akiraさんのご指摘を受けて、いろいろ試行錯誤してみました...
legend(locator(1),c("a=pro","a-height","b-pro",
"b-height"),col=c("black","black","Royalblue","Royalbl...
lty=c(1,0,1,0),lwd=c(2,0,1,0),pch=c(1,15,1,15))
#ref(QA2.png)
-- [[yuta]] &new{2008-04-10 (木) 14:01:48};
**特定のクラスターに属するデータだけをランダムに抽出する...
>[[たいち]] (2008-02-12 (火) 18:20:13)~
~
こんにちは。こんなデータがあるとします（実際はもっと長く...
school y x
1 1 4 1
2 1 3 2
3 1 2 3
4 5 4 2
5 5 5 3
6 5 3 4
7 8 4 3
8 8 4 3
9 8 1 2
ここから，同じschoolに属する人のxとyだけをランダムに抽出...
よろしくお願いします。~
//
- 次のようなことがしたい？ -- &new{2008-02-12 (火) 21:00...
> A <- data.frame(school=sample(1:3, 10, 1),x =sample(1:...
> A
school x y
1 2 1 12
2 1 4 10
3 1 1 12
4 1 1 13
5 1 1 14
6 3 1 12
7 3 4 12
8 2 4 13
9 3 3 13
10 2 1 11
> A1 <- A[A$school==1,,]
> A1
school x y
2 1 4 10
3 1 1 12
4 1 1 13
5 1 1 14
> A1[sample(seq(ncol(A1)),3),,] # school=1 から3ケースを...
school x y
2 1 4 10
4 1 1 13
3 1 1 12
> A1[order(sample(seq(ncol(A1)),3)),,] # 行番号を整列さ...
school x y
2 1 4 10
3 1 1 12
4 1 1 13
- ありがとうございます。データを母集団と考えて2段抽出をし...
- A[order(sample(seq(ncol(A)),3)),,] とするだけでは。 -...
**ルート権限のないシステムにパッケージを個人的にインスト...
>[[使用歴だけは長い人]] (2008-02-06 (水) 14:10:12)~
~
ルート権限の無いシステムに個人的にパッケージをインストー...
//
- 下請けライブラリを例えば `configure --prefix=~/' 等で ~...
- おそらくかなり試行錯誤が必要と思いますが、できることが...
- 質問は、(1) 必要なライブラリ位置をRに教えてあげるにはど...
> install.packages("hoge",lib="~/R/library",
configure.args = "CPPFLAGS = -I~/include LDFLAGS = -L~...
とすると（configure.argsの内容はあくまで例ですので、自分...
> library()
で分かります。~/R/libraryに入れたpackageを使うには、.Renv...
> .libPaths()
[1] "~/R/library" "/usr/local/lib/R/library"
これで確認できます。-- [[谷村]] &new{2008-02-12 (火) 20:5...
- 谷村さんありがとうございます。中間さんのヒントに従いあ...
* Installing * source packages 'gsl'...
checking for gcc... gcc
checking for C compiler dafault output... configure: err...
- このエラーは例えば私の環境で下記のようにすると再現しま...
$ tar xzf gsl_1.8-8.tar.gz && cd $(tar tzf gsl_1.8-8.tar...
$ pwd
/tmp/gsl
$ ./configure LDFLAGS="/opt/local/lib" CPPFLAGS="-I/opt/...
checking for gcc... gcc
checking for C compiler default output... configure: err...
See `config.log' for more details.
正しいオプションは下記です。
$ ./configure LDFLAGS="-L/opt/local/lib" CPPFLAGS="-I/op...
checking for gcc... gcc
checking for C compiler default output... a.out
checking whether the C compiler works... yes
[以下略]
参考になりますでしょうか。
- config.logに書いてあると思いますが. ac_linkあたりでこけ...
**パワーアナリシス [#f12521f3]
>[[大学生K]] (2008-01-24 (木) 04:45:22)~
~
Rでパワーアナリシスをできる検定方法は、~
t-test,anova,propのほかにはないのでしょうか？~
個人的にノンパラメトリックを含め、いろいろな検定手法に対...
//
- この頁の過去記事「 power.prop.testの使い方（比較する2...
- 自分で関数を書けばどんなことでもできます[[http://aoki2....
- どの検定かによりRの対応状況が変わると思いますが，膨大な...
URL の後に ) が来ると，それも URL の一部だと思うバグがあ...
- 修正していただきありがとうございます。 -- [[aa]] &new{2...
**Cコードで三角関数を使用すると０が返る件 [#ua021468]
>[[田島]] (2008-01-18 (金) 22:06:14)~
~
はじめまして。田島と申します。突然のお尋ねで恐縮ですがよ...
WindowsXpにてR-2.6.1＋MinGWにて下記のCコードをコンパイル...
~
その他の四則演算をするコードでは、期待した結果が返ります。~
~
あまりコンパイルするような作業の経験はないのですが、なん...
~
もし、ほかにお尋ねすべき適切なセッションがあれば、ご指導...
test1.c
#include <math.h>
void test1(double *seq, int *seqn, double *sf)
{
int i;
for(i=0;i<=*seqn-1;i++){
sf[i] = sin(seq[i]);
}
}
やったこと
Rcmd SHLIB test1.c
R上でやったこと
dyn.load("test1.dll")
a<-seq(0,pi,length=10)
.C("test1",as.double(a),length(a),sf=double(length(a)))$sf
//
- 勝手に直しましたが, 上のようにしたら, どんな結果になる...
- すばやいご指摘ありがとうございました。中間先生が修正く...
この結果は~
[1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0~
となる状況です。 -- [[田島]] &new{2008-01-18 (金) 23:16:5...
- もし sin の代わりに cos を使うとどうなりますか。何かの...
- Mingwは[[Rtools:http://www.murdoch-sutherland.com/Rtool...
- .C("test1",as.double(a),length(a),sf=double(length(a)))...
- 早速のいくつかの返答ありがとうございました。~
入力のベクトルはいつも確認しています。０ばかり、あるいはN...
今回、自分で問題の本質を切り分けるためにコードを単純化し...
MinGWはRtools27のものです。私の環境の作る過程でなにか問題...
- 問題の切り分けとして, dotCを使う関数で手頃な物として, `...
**対応のある多重比較 [#xaed842e]
>[[こはく]] (2008-01-12 (土) 22:14:03)~
~
繰り返しのない2元配置（乱塊法または反復測定一元配置（対応...
~
これをボンフェローニの補正をおこなって多重比較するために...
~
a <- rep(1:3, each=4) ~
b <- rep(1:4, 3) ~
x <- c(7, 8, 5, 8, 1, 14, 16, 11, 7, 7, 6, 8) ~
pairwise.t.test(x,a,p.adjust.method="bonferroni") ~
pairwise.t.test(x,b,p.adjust.method="bonferroni")~
~
ってかんがえたのですが、Ｒをはじめたばかりでよく分かりま...
ご意見いただけるとうれしいです。~
//
**3次元グラフでのz軸方向の回転 [#w3345bdf]
>[[atte]] (2007-12-01 (土) 11:05:31)~
~
scatterplot3dのグラフを回転させたいのですが、angleではxy...
//
- パッケージ rgl を試してみたら。マウスで自由自在に回転...
- ありがとうございます。scatterplot3dでは足つきプロットty...
- コードを載せてください。 -- [[akira]] &new{2007-12-17 (...
- 補足すると，「あなたがやったことを，実際にプログラムと...
- 大変返事が遅くなってしまい、本当に申し訳ございません。~
自分なりに試行錯誤した結果を以下に示します。~
まず、これが3次元グラフに表したいデータ（主成分分析の結果...
PC1 PC2 PC3
a -0.2138188 -0.09690295 -0.056538208
b -0.1983966 -0.06068939 0.108130244
c -0.3581248 -0.04182101 0.157024270
d -0.2755906 -0.07243737 0.004878913
e -0.4614072 -0.02512825 0.006534084
f -0.3580950 -0.11927931 0.036777825
g 0.2977400 0.60951743 0.180188932
h 0.3043281 0.62594929 0.290022187
i 0.1160385 -0.55632764 0.073677929
j 0.7941420 -0.39650995 0.289428417
k 0.4994019 -0.38653550 -0.234907993
l 0.3296465 0.32195986 -0.691875477
m -0.2982350 -0.06277819 -0.159138712
n -0.1776291 0.26098297 -0.004202413
で、次のようにrglを試してみました。~
pcalabel<-row.names(pca3) #各プロットにつけたいラベ...
rgl.bg(color=c("white","black"))
rgl.lines(c(-1,1),0,0,color="black")
rgl.lines(0,c(-1,1),0,color="black")
rgl.lines(0,0,c(-1,1),color="black")
rgl.texts(c(1,0,0),c(0,1,0),c(0,0,1),
text=c("PC1","PC2","PC3"),color="blue")
rgl.points(pca3,color=heat.colors(1000),size=2)
rgl.texts(pca3[,1],pca3[,2],pca3[,3],pcalabel,adj = 1) ...
どこかplotのtype="h"をrgl.pointsのところに入れたらエラー...
どうかアドバイス願います。 -- [[atte]] &new{2008-01-06 (...
- なぜか rgl のインストールができないので確認できませんが...
rp.plot3d {rpanel} R Documentation
Interactive display of a plot of three variables
Description
This function produces a scatterplot of three variables,...
for three-dimensional display.
Usage
rp.plot3d(x, y, z, xlab = NA, ylab = NA, zlab = NA,
axes = TRUE, type = "p", size = 3, col...
xlim = NA, ylim = NA, zlim = NA, ...)
Arguments
x,y,z vectors of observed values.
xlab a character variable used for the first axis label.
ylab a character variable used for the second axis label.
zlab a character variable used for the third axis label.
axes a logical variable determining whether the axes ar...
type a character variable controlling the type of plott...
If the value is set to "n", the points are not p...
size the size of the plotted points.
col the colour of the plotted points.
xlim the plotting range for the first variable.
ylim the plotting range for the second variable.
zlim the plotting range for the third variable.
... other rgl parameters which control the appearance o...
Details
The plot is produced by appropriate calls to the rgl pac...
interactive control of the viewing position. Other objec...
added to the plot by using rgl functions and data which ...
by the returned values indicated below.
- rgl.texts() の代わりに text3d() を使うとOKのようです． ...
library(rgl)
open3d()
pcalabel<-row.names(pca3) #各プロットにつけたいラベ...
rgl.bg(color=c("white","black"))
rgl.lines(c(-1,1),0,0,color="black")
rgl.lines(0,c(-1,1),0,color="black")
rgl.lines(0,0,c(-1,1),color="black")
rgl.texts(c(1,0,0),c(0,1,0),c(0,0,1),
text=c("PC1","PC2","PC3"),color="blue")
rgl.points(pca3,color=heat.colors(1000),size=2)
text3d(pca3[,1],pca3[,2],pca3[,3],text=pcalabel,adj =1) ...
- ありがとうございます！text3d() でできました！~
あと、通常のscatterplot3dで使われるtype="h"の足つきプロッ...
**display関数 [#eabbfd49]
>[[似非R使い]] (2007-11-30 (金) 16:50:43)~
~
初めて投稿させていただきます。~
Rを用いた統計の教科書の中で、display()とあるのですが、そ...
//
- 初級者用のQ&A[[Ｑ＆Ａ (初級者コース)]]があるのに気づか...
- 最近中級者コースに初級者以下の質問が続いているようだ。...
- どのような記述なのか具体的に書いてもらわないと。。もし...
**barplot(x,names=label,horiz=T)の長いラベルを横書きに [#...
>[[SAStoR]] (2007-11-19 (月) 16:23:14)~
~
初めて投稿させていただきます．~
~
barplot()を使って棒グラフを作成したいのですが，長いラベル...
”barplot(),text(),names,長いラベル”の組み合わせで検索して...
どうぞよろしくお願いいたします．~
A1 <- c(9,8,19,8,2,23,2,10)
A1label<-c("AAAAAAA","BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB","CCCCCCCC...
"DDDDDDDDDDDD","EEEEEEEEEEEEEEEEEE","FFFFFFFF...
"GGGGGGGGG","HHHH")
barplot(A1,names=A1label,horiz=T)
//
- 中級者コースでの初歩的な質問申し訳ございませんでした．...
- 初歩的な質問だからといって、初心者コースに質問してよい...
- すみません．検索の仕方も稚拙でした．努力します．これか...
**Rで重回帰 再投稿 [#b90a9d8f]
>[[Saito]] (2007-11-13 (火) 15:55:26)~
~
皆様、的確なご指摘ありがとうございました。~
それぞれのコメントにお答えする前に、まずマルチポストに関...
また、中級者用掲示板にこのような初心者の質問をしてしま...
~
＞簡単でいいですから疑問点が再現できるような例（もしくは...
質問する側として当然の配慮が欠けていました。申し訳ありま...
> x
StandardLength Feed Area
1 100 10 N
2 100 11 N
3 100 12 N
4 100 13 N
5 100 14 N
6 100 15 N
7 100 16 N
8 100 17 N
9 100 18 N
10 100 19 N
11 100 20 N
12 100 10 N
13 150 21 W
14 150 22 W
15 150 23 W
16 150 24 W
17 150 25 W
18 150 26 W
19 150 27 W
20 150 28 W
21 150 29 W
22 200 31 S
23 200 32 S
24 200 33 S
25 200 34 S
26 200 35 S
27 200 36 S
28 200 37 S
29 200 38 S
30 200 39 S
> result=lm(StandardLength~Feed+Area) #StandardLength...
FeedとAreaを従...
> summary(result)
Call:
lm(formula = StandardLength ~ Feed + Area)
Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-4.422e-14 -1.798e-15 1.179e-15 4.160e-15 9.431e-15
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) 1.000e+02 9.435e-15 1.060e+16 < 2e-16 ***
Feed 2.209e-15 6.171e-16 3.579e+00 0.00139 **
AreaS 1.000e+02 1.332e-14 7.506e+15 < 2e-16 *** ...
AreaW 5.000e+01 7.750e-15 6.452e+15 < 2e-16 ***
---
Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1...
Residual standard error: 9.815e-15 on 26 degrees of free...
Multiple R-Squared: 1, Adjusted R-squared: 1
F-statistic: 1.791e+32 on 3 and 26 DF, p-value: < 2.2e-...
> sd(Feed) #問題3の該当箇所。
今となっては恥ずかしいかぎりです。
[1] 9.123986
> sd(AreaS)
以下にエラーsd(AreaS) : オブジェクト "AreaS" は存在し...
#問題1の該当箇所。
sd()が計算されないため、
前に投稿したやり方では標準化できませんでし...
＞result() とは？
＞summary()のことだと，思いますよ（^_^）~
ご指摘のとおりです。Summary(result)の間違いでした。申し訳...
~
＞問題３はあなたの理解通りですが、なぜ両者が同じだと思っ...
単純に標準誤差という言葉で表されるので同じ意味なのかな...
＞稲垣宣生著「数理統計学改訂版」定理12.5（正規誤差仮定の...
ご紹介ありがとうございます。また私の書いた問題3の中で、...
~
＞sd() で，従属変数の標準偏差を調べたのでは?推測に過ぎま...
推測のとおりです。説明不足、配慮不足でした。申し訳ありま...
~
＞問題1は，そもそも，変数の単位に明確な意味があるケースな...
ご指摘のとおりです。カテゴリカルデータの傾きを知ったとこ...
＞他のソフトウェアでは，おそらく，カテゴリカルデータを0, ...
＞問題2は，? contrasts を読むとわかるかと思います。~
＞問題3は，すでにご紹介された教科書を参照なさると解決する...
丁寧なご回答ありがとうございました。自分の勉強不足を実感...
~
＞推測の必要はないので以下のように答えておきます。…~
わかりやすい説明ありがとうございました。返す言葉もありま...
~
~この掲示板をマナーを守って利用している方々にご迷惑をおか...
//
- 「カテゴリカルデータの傾きを知ったところで意味がないの...
カテゴリカルデータの場合には，傾きじゃなくて付加値（適切...
それが，予測値に加わる量であるなら，どのカテゴリーの影響...
- 上の例だけど，どれが説明変数で，どれが被説明変数なんだ...
- すみません。編集途中のものを掲載してしまい、消す前にコ...
- 不備があるなら，書き直すんでしょうか？再投稿ということ...
- 丁寧な説明ありがとうございます。「それが，予測値に加わ...
- 「データの一部かも知れないが変なデータだ。」「不備があ...
- かなり無理なデータというか，偏回帰係数のStd.Error が実...
- 重回帰分析の結果は
StandardLength の予測値 = 100 + 0*Feed + 0*AreaN + 50*Ar...
というもの。Feed にかかる係数は，実際は 2.209e-15，AreaN...
どうしようもない重回帰式でしょう？ -- &new{2007-11-13 (...
- だめな予測式ではあるが，ある意味わかりやすいので解説を...
- 係数を足して0にするというのは，AreaN, AreaW, AreaS の係...
StandardLength の予測値バージョンII = 150 + 0*Feed - 50*...
そういうこと。-- &new{2007-11-13 (火) 17:13:48};
- 皆様、わかりやすい解説ありがとうございます。Ｒの掲示板...
- 式を間違えていた。Feed は無関係。AreaN, AreaW, AreaS の...
- あ、了解しました。おかげで定数項と偏回帰係数の関係を知...
**Ｒで重回帰 [#u7a59857]
>[[Saito]] (2007-11-12 (月) 15:39:20)~
~
初めて投稿させていただきます。~
~
現在、統計ソフトRを使って卒業論文用のデータを解析している...
~
問題1.カテゴリカル型データの標準化偏回帰係数が計算されな...
~
私は連続型とカテゴリカル型を同時に重回帰にかけているので...
res <- lm(y~x1+x2+x3)~
sdd <- c(0,sd(x1),sd(x2),sd(x3))~
stb <- coef(res)*sdd/sd(y)~
のような形でできたのですが、カテゴリカル型データはできま...
~
問題2.カテゴリカル型データで一つの項目に複数の場合がある...
~
正確には表示されないことが問題なのではなくて、計算できな...
例えば、~
Yield=fertileのような関係を調べたいときに、カテゴリカル型...
~
問題3.重回帰を行った際に、result()で出力される結果に含ま...
~
おそらく前者が傾きに対する標準誤差の計算結果で、後者がデ...
~
以上の3つです。もしどなたか解決法をご存知でしたら、ご教授...
//
- あっちでもこっちでも同じ質問をするのは，マルチポストと...
- 簡単でいいですから疑問点が再現できるような例（もしくは...
- result() とは？ -- &new{2007-11-12 (月) 21:26:49};
- summary()のことだと，思いますよ（^_^）~
マルチポストするようなせっかちさんだと思いの外，投稿して...
- 問題３はあなたの理解通りですが、なぜ両者が同じだと思っ...
- sd() で，従属変数の標準偏差を調べたのでは?推測に過ぎま...
- 答えるのは簡単なのだが，それだけに，安易に答えるのはや...
- 推測の回答をします。問題1は，そもそも，変数の単位に明確...
- 推測の必要はないので以下のように答えておきます。ダミー...
- そういえば、以前学生に「なんでRでは準化偏回帰係数が計算...
**ヒストグラム [#p9e462b9]
>[[星野]] (2007-11-01 (木) 14:42:36)~
~
ヒストグラムのソースなのですが、
# 2 群のヒストグラム
hist2 <- function( x1, # 第一群のデータ
x2, # 第二群のデータ
brks=NULL, # 階級分割点
...) # barplot に引き渡す任...
{
if (is.null(brks)) { # 階級分割点が与えられ...
brks <- hist(c(x1, x2), right=FALSE, plot...
}
c1 <- hist(x1, breaks=brks, right=FALSE, plot=FAL...
c2 <- hist(x2, breaks=brks, right=FALSE, plot=FAL...
barplot(rbind(c1, c2), beside=TRUE, space=c(0, 0....
names.arg=brks[-length(c1)], ...
axisnames=TRUE, axis.lty=1, ...)
}
というソースを用いているのですが、このソースだとx1、x2が...
//
- あまり横に長いものを置くと、ブラウザーで眺める際問題が...
- data.frameからvectorで取り出すのは、単にDataFrame$Colum...
data(USArrests)
USArrests
str(USArrests)
x1<-USArrests$Murder
x2<-USArrests$Rape
str(x1)
str(x2)
hist2(x1,x2)
- なあんだ。そう言う意味か。dataframe$name でもよいけど，...
1列のデータフレームが渡されても良いように，x1, x2 をちゃ...
if (is.data.frame(x1)) x1 <- as.matrix(x1)
if (is.data.frame(x2)) x2 <- as.matrix(x2)
- data.frameって慣れると便利だけど、始めはとっつきにくい...
x <- data.frame(matrix(1:12,ncol=3,dimnames=list(1:4,c("...
x$"AAA"
x$AAA
x$AA
x$A
どれも同じ結果になるので、とっても幸せになれますね -- [[a...
- data.frameとかfactorとか通常の言語にない変数の型の使い...
- x$A などがX$AAA と同じとは，知らなかった（^_^；）~
x[,"A"]がx["AAA"]でないのも，これを契機として分かったのは...
> x <- data.frame(matrix(1:12,ncol=3,dimnames=list(1:4,c...
> x["AAA"]
AAA
1 1
2 2
3 3
4 4
> x[,"A"]
NULL
- リスト、データフレームに対する $ 演算子に補完機能がある...
> x[[1]] # 成分をベクトルとして取り出す「古風な」し...
[1] 1 2 3 4
> x[["AAA"]]
[1] 1 2 3 4
> x[["A"]] # 二重鈎括弧演算子も補完機能を持つことも今...
[1] 1 2 3 4
- 以前に，昔のバージョンをそれぞれインストールしておいた...
10年まえですなあ。Version 0.49 Beta (April 23, 1997) -- ...
R : Copyright 1997, Robert Gentleman and Ross Ihaka
Version 0.49 Beta (April 23, 1997)
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditi...
Type "license()" for details.
[Previously saved workspace restored]
Error: workspace file corrupted -- no data loaded
Error in device("X11", as.character(c(display[1], paper)...
> x <- data.frame(matrix(1:12,ncol=3,dimnames=list(1:4,c...
> x$"AAA"
[1] 1 2 3 4
> x$AAA
[1] 1 2 3 4
> x$AA
[1] 1 2 3 4
> x$A
[1] 1 2 3 4
- 何気なく使っていたのですが、隠しコマンド（Tips）みたい...
- 本当ですか？！「心ここにあらざれば、見れども見えず、聴...
- 上の例でいくと, matrix(1:12,nc=3) とかも同じような理屈...
- 補完機能なんですか。names()で取得した文字列をgrep()して...
**gstatパッケージでのクリギングについて [#ld425b0a]
>[[青木.学生]] (2007-10-31 (水) 14:17:21)~
~
gstatでクリギングを行いたいのですが、予測グリッドデータの...
gstatマニュアルを読んで「RのGRASSパッケージにおいて国際横...
どなたかご存知の方がいらっしゃればご教示願えないでしょう...
ちなみに現在The R BookについているR Ver1.9.0を使っていま...
//
- まず即刻最新のR（もしかすると使用パッケージも）に更新す...
- 間違えて新しいページは作るは，それをそのままほっておく...
中級者だと思っておられるので，自分で解決できるでしょう。 ...
- わかりにくい文章で申し訳ありません。自分がわからないの...
- クリギングということで、中級のQ&Aにのせればいいとこちら...
- gstat パッケージの predict.gstat の実行例中の次のコード...
> xy <- expand.grid(1:100, 1:100) # これが予測位置グリ...
> names(xy) <- c("x", "y")
> g.dummy <- gstat(formula = z ~ 1, locations = ~x + y, ...
beta = 0, model = vgm(1, "Exp", 15), ...
> yy <- predict(g.dummy, newdata = xy, nsim = 4)
- 丁寧な返答ありがとうございます。なんとかやってみます。 ...
- 自分なりに解釈してやってみました。はじめの>xy<-expand.g...
- トップページからたどれる検索エンジン Rsitesearch でキ...
**ARFIMAXについて [#p233a8b1]
>[[緑茶]] (2007-10-16 (火) 15:41:17)~
~
RでARFIMAXも推定することはできるのでしょうか？~
出来るのであれば、よかったらやり方を教えてください。~
//
- ARFIMAXを存じませんが、壊さないでね. -- [[なかま]] &new...
**Rでの GPU 利用 [#v5d25dc5]
>[[等々力渓谷]] (2007-09-24 (月) 04:43:47)~
~
ＣＰＵよりも浮動小数点計算が高速で並列処理に向いている...
//
- http://www.stat.duke.edu/gpustatsci/index.html をご覧く...
- 間違えました。Rの話でしたね。 rgpu や gputoolsパッケー...
**power.prop.testの使い方（比較する2群のサンプル数が異な...
>[[堀内]] (2007-09-02 (日) 11:46:25)~
~
実験計画を作成するにあたり、検出力80％以上となるようにサ...
他のソフト（SAS、Power and precisionなど）ではこのような...
対応方法をご存知の方がいらっしゃればご教示願えないでしょ...
（特別な引数設定の仕方がある！他の関数でできる！アドイン...
//
- ＞ 2群のサンプル数を同数ではなく、1：9もしくは2：8程度...
「サンプル数」は「サンプルサイズ」とか「標本サイズ」の誤...
なぜそのようなことをしなくてはならないのでしょうか。全体...
- サンプルサイズがアンバランスなときの検出力の計算方法は...
- コメントありがとうございます。しかし、私は医療の臨床実...
- 最近特に思うのですが、実業の世界に統計解析を適応しよう...
- > ダイレクトメールを送ることが収益を生むかどうか未確認...
であれば，標本調査などしなくて，リストにある顧客全員を対...
時間と費用を考えて，まずは標本調査を行って（同数サンプリ...
- > 教えていただいた浜島先生の著書には私が質問させていた...
~
R での対処法は記載されて＊お＊り＊ま＊せ＊ん＊。~
単純な式ですから，R の関数なりにするのは訳ないでしょう。~
この式をここへ書くと浜島先生の本が売れなくなってしまうの...
片方のサンプルサイズNc，もう一方のサンプルサイズNt，その...
Pc, Pt は属性を持つものの割合，Qc=1-Pc, Qt=1-Pt
P =(r Pc + Pt) / (r+1)
Zα=qnorm(α/2, lower.tail=FALSE)
Zβ=qnorm(β)
Nt ={Zα*sqrt((r+1) P Q)+Zβ*sqrt(r Pt Qt +Pc Qc)}^2 /(r(P...
まちがいなく伝わったかどうか分からないので，浜島先生の本2...
- > しかし、私は医療の臨床実験をしているわけではなく、企...
そうですか，今はじめて知りました。上の注意事項にも書いて...
- > 実業の世界に統計解析を適応しようとする 適用？ > ...
- 例えば(使用は自己責任で)。なお、Rsitesearch でキーワー...
> library(Hmisc)
> foo <- function(N) {
power <- bpower(p1=P1, p2=P2,
n1=N, n2=ceiling(Nratio*N), a...
if (power >= Power) { # 要求パワーを越えた時...
cat(N, ceiling(Nratio*N)...
}
> P1 <- 0.3; P2 <- 0.5; Nratio <- 0.2; Alpha=0.05; Power...
> sapply(100:10000, foo)
266 54 0.8003697
以下にエラーFUN(100:10000[[167L]], ...) : # これはルー...
> P1 <- 0.3; P2 <- 0.5; Nratio <- 0.3; Alpha=0.05; Power...
> sapply(100:10000, foo)
195 59 0.8002799
以下にエラーFUN(100:10000[[96L]], ...) :
> P1 <- 0.3; P2 <- 0.35; Nratio <- 0.3; Alpha=0.05; Powe...
> sapply(100:10000, foo)
2954 887 0.8002141
以下にエラーFUN(100:10000[[2855L]], ...) :
> P1 <- 0.3; P2 <- 0.35; Nratio <- 1; Alpha=0.05; Power ...
> sapply(100:10000, foo)
1377 1377 0.8002008
以下にエラーFUN(100:10000[[1278L]], ...) :
- power.*.test で使われているもう一つの技は uniroot -- &...
power.prop.test2 <- function( p1=NULL, p2=NULL, n1=NULL,...
{
if (sum(sapply(list(p1, p2, n1, r, sig.level, po...
stop("p1, p2, n1, r, sig.level, power の...
}
power.function <- quote(bpower(p1=p1, p2=p2, n1=...
if (is.null(power)) {
power <- eval(power.function)
}
else if (is.null(n1)) {
n1 <- uniroot(function(n1) eval(power.fu...
}
else if (is.null(p1)) {
p1 <- uniroot(function(p1) eval(power.fu...
}
else if (is.null(p2)) {
p1 <- uniroot(function(p2) eval(power.fu...
}
else if (is.null(r)) {
r <- uniroot(function(r) eval(power.func...
}
else if (is.null(sig.level)) {
sig.level <- uniroot(function(sig.level)...
}
else {
stop("internal error")
}
METHOD <- "Power calculation of the tow-sample p...
structure(list(p1=p1, p2=p2, n1=ceiling(n1), n2=...
sig.level=sig.level,power=power, ...
method=METHOD), class="power.htes...
}
> power.prop.test2(p1=P1, p2=P2, n1=NULL, r=0.2, power=0...
Power calculation of the tow-sample proportion test.
p1 = 0.3
p2 = 0.5
n1 = 266
n2 = 54
r = 0.2
sig.level = 0.05
power = 0.8
alternative = two.sided
> power.prop.test2(p1=P1, p2=P2, n1=NULL, r=1, power=0.8)
Power calculation of the tow-sample proportion test.
p1 = 0.3
p2 = 0.5
n1 = 93
n2 = 93
r = 1
sig.level = 0.05
power = 0.8
alternative = two.sided
> power.prop.test2(p1=P1, p2=P2, n1=266, r=NULL, power=0...
Power calculation of the tow-sample proportion test.
p1 = 0.3
p2 = 0.5
n1 = 266
n2 = 54
r = 0.1992972
sig.level = 0.05
power = 0.8
alternative = two.sided
> power.prop.test2(p1=P1, p2=P2, n1=266, r=0.2, power=NU...
Power calculation of the tow-sample proportion test.
p1 = 0.3
p2 = 0.5
n1 = 266
n2 = 54
r = 0.2
sig.level = 0.05
power = 0.8003697
alternative = two.sided
- 標本数が異なる場合の比率の同一性にどういう検定を使うの...
## 二項分布 B(n,p),B(m,p) に従う独立標本 N 個を有意水準 ...
## 両側検定したとき棄却される割合(標本検出力)を計算する...
> foo <- function(N,n,p,m,q, alpha) {
X <- rbinom(N,n,p) # B(n.p) に従う標...
Y <- rbinom(N,m,q) # B(m,q) に従う標...
phat <- (X+Y)/(n+m) # 帰無仮説p=qの下...
S <- sqrt((1/n+1/m)*phat*(1-phat)) # 帰無仮説の下で...
z <- qnorm(1-alpha/2) # 両側検定棄却限...
mean(abs(X/n - Y/m)/S > z) # N 回の検定で棄...
}
> bar <- function(n) { # m=0.2*n のケース
x <- foo(2e6, n, p, ceiling(0.2*n), q, alpha)
cat(k, ceiling(0.2*n), x, fill=TRUE)
}
# 実行例
> p=0.3; q=0.5; alpha=0.05; beta=0.8
> set.seed(1); sapply(260:300, bar)
260 52 0.7882775
261 53 0.793533
262 53 0.795987
263 53 0.791743
264 53 0.7943355
265 53 0.797369
266 54 0.802263 # 標本検出力が初めて80%を越える標本数(b...
267 54 0.799412
268 54 0.801248
269 54 0.8035085
.................
- 適応ー＞適用ですね。間違えました。 -- [[okinawa]] &new{...
- 早速にご教示いただきありがとうございました。 -- [[堀内]...
- モンテカルロ法を使用した例に間違いがありましたから訂正...
**mgcvライブラリのgam関数で平滑化スプラインが扱えるか？ [...
>[[Blueblink]] (2007-08-22 (水) 01:18:17)~
~
スプラインを用いたセミパラメトリック回帰をRで行いたいと考...
~
[[こちら:http://www.jstage.jst.go.jp/article/jbhmk/34/1/1...
>library(mgcv); data(airquality)
>airq.gam<-gam(Ozone~s(Solar.R)+s(Wind)+s(Temp),data=air...
>summary(airq.gam)
ところが，help(gam)で見られるヘルプによると，mgcvのgamに...
~
私は罰則付きの回帰スプラインの理論が良くわからないので，...
~
ご存知の方がいらっしゃいましたら，ご教授頂ければ幸いです。~
どうぞよろしくお願いいたします。~
//
- 答えになっているかどうかわかりませんが，こことか参考に...
~
http://www.jstage.jst.go.jp/article,as.double(a),length(a...
- 例えば(使用は自己責任で)。なお、Rsitesearch でキーワー...
- ご回答を頂きありがとうございます。この論文の123ページ，...
- ?gam を欲読めば欲しい答えは書いてあるように思うのですが...
- ご回答いただきありがとうございます。ご指摘の通り，罰則...
**大きな行列の特異値分解・固有値分解 [#q406f355]
>[[有吉]] (2007-07-11 (水) 17:15:20)~
~
１万×３千〜４千ぐらいのサイズの行列（各要素は非負の実数）...
WindowsXPでR2.4を使って、~
options("object.size"=160e+006)~
memory.limit( size = 3072)~
と設定してsvd()したのですが、メモリが足りなくなってできま...
それで、転置行列とかけ合わせて３千〜４千×３千〜４千の対称...
そこでいったんquit()してRを起動しなおして、行列演算を１つ...
上記のようなサイズの行列の特異値分解や固有値分解をして、...
＃ 64bitOSで、64bitモードでmakeしたRを使えば、それで解決？~
//
- やったことないけど，ぎゃべーじこれくしょんを二回やれば...
[[知っているといつか役に立つ(?)関数達]]の (94) だった。 -...
- 10000x4000 の実数行列のサイズは約305Mbです。いくらメモ...
- CRAN にある R.huge というパッケージを使うとデータの本体...
- メモリを4GBつんだ64bitのLinuxでやったら特に工夫をしなく...
**qcc で X-Bar 管理図を作成するためのサブグルーピング [#z...
>[[岩田]] (2007-07-08 (日) 18:33:35)~
~
はじめまして。最近 R を使い始めた、岩田と申します。RjpWik...
~
さて、qcc を使って X-Bar 管理図を作成したいと思っています...
~
X-Bar 管理図を作成するには、このデータをサブグループに分...
//
- 恐らく R 本来の機能を使い簡単にできると思いますが、した...
- お返事ありがとうございます。
現在、Excel のファイルの列 B に、以下のような、ある連続デ...
17
5
8
26
15
26
15
26
5
0
26
...
これを、５つごとのサブグループに区切って、X-Bar 管理図を...
17 サブグループ１
5 サブグループ１
8 サブグループ１
26 サブグループ１
15 サブグループ１
26 サブグループ２
15 サブグループ２
26 サブグループ２
5 サブグループ２
0 サブグループ２
26 サブグループ３
...
とする予定です。
qcc に自動で区切る機能があれば、それが一番手っ取り早いと...
サブグループ１ 17, 5, 8, 26, 15
サブグループ２ 26, 15, 26, 5, 0
サブグループ３ 26, ...
としなくてはならないようです。
以上で、私がやりたいことが伝わりましたでしょうか？ 引き...
- 単にベクトルデータを5個づつ区切るだけでよいなら、そして...
> x
[1] 1 14 19 5 8 4 8 10 1 4 16 7 3 18 8 20 4 ...
[26] 19 5 15 8 9
> xx <- matrix(x, 6, 5, byrow=TRUE)
> xx
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,] 1 14 19 5 8
[2,] 4 8 10 1 4
[3,] 16 7 3 18 8
[4,] 20 4 1 8 12
[5,] 7 8 3 12 10
[6,] 19 5 15 8 9
> as.data.frame(xx)
V1 V2 V3 V4 V5
1 1 14 19 5 8
2 4 8 10 1 4
3 16 7 3 18 8
4 20 4 1 8 12
5 7 8 3 12 10
6 19 5 15 8 9
- 元となるデータが１列でなければならないのは何故なのでし...
- qcc の example を見れば，qcc.groups を使うんじゃないの...
もっとも，qcc.groups が作るのは matrix に過ぎないので，上...
- サブグループの要素数が違う可能性があるのなら、
x <- rnorm(1:20)
y <- c(rep(1, 4), rep(2, 6), rep(3, 10))
z <- data.frame("dat"=x, "sub.g"=as.factor(y))
とか -- &new{2007-07-09 (月) 17:10:02};
- 蛇足ですが，c(rep(1, 4), rep(2, 6), rep(3, 10)) は rep(...
また，データフレーム z を作るのではなく，z <- qcc.groups(...
**コンター図作成時のエラーについて [#p90798a2]
>[[Ovation]] (2007-06-12 (火) 11:11:51)~
~
Rでwavelet変換をやっていますが、コンター図を描こうとした...
> filled.contour(Time,Frequency,t(z),nlevel=50,color.pal...
以下にエラーdiff(x) : 既定引数の再帰的な参照です
というエラーが出ました。~
原因が分かる方、ご教授いただけると幸いです。~
//
- この前にあなたがどのようなことをしたのか，TIme, Frequen...
R は中級者かもしれないが，質問の仕方は初級者ですね。 -- ...
**NAN値を含むデータをcプログラムに渡すには [#x4fc867c]
>[[kd]] (2007-06-12 (火) 10:17:56)~
~
NAN値もcプログラムに渡す方法はあるでしょうか？~
試しに下記のcプログラムを書いて実験を行いますと，.C() の...
NAN値を含むデータはcプログラムに渡らないようです．~
#include <R.h>
void countnan(double *x, int *n, int *count)
{
int i;
for (i=0,*count=0;i<*n;i++)
if (ISNAN(x[i])) (*count)++;
}
> countnan <- function(x){
n=length(x);
.C("countnan",arg1=as.double(x),
arg2=numeric(n),arg3=numeric(1))$arg3
}
> x<-c(1, NA , 3 , 4)
> countnan(x)
以下にエラーcountnan(x) : 外部関数の呼び出し(引数 1) ...
//
- ?.C をしましょうね. ちゃんと整形して, 出来た部分も書こ...
//
- どうもありがとうございます．やっとなんとか出来るように...
> countnan <- function(x){
.C("countnan",arg1=as.double(x),
arg2=length(x),arg3=integer(1),NAOK=TRUE)$arg3 }
> countnan(c(1,2,NA,4))
[1] 1
cソースは
#include <R.h>
void countnan(double *x, int *n, int *count)
{
int i;
for (i=0,*count=0;i<*n;i++)
if (ISNAN(x[i])) (*count)++;
(*count)--;
if (ISNAN(R_NaReal)) (*count)++;
}
**R と Windows CSS [#sf9ef458]
>[[パックマン]] (2007-06-07 (木) 16:28:32)~
~
R で Windows CSSを利用している例はあるのでしょうか？~
//
- 申し訳ございません。Windows CCS[[Windows Compute Cluste...
- CSS, CSS と，，，Cascading Style Sheet ? Client Server ...
**dendrogramの解析 [#p0474fb2]
>[[とも]] (2007-06-06 (水) 16:49:44)~
~
クラスタリング結果のデンドログラムを解析して、ノードごと...
ノードやリーフの情報をベクトルとして取得する方法を教えて...
("leaf","leaf","node","node")
のような形で返してほしいです。~
dendrapplyという関数を参考にして書いたコードを示しました。~
ノードやリーフの情報を再帰的に取得して表示することはでき...
dendrogramでRjpWikiやGoogleを検索してみましたが分かりませ...
引数の参照渡しの方法が分かるとできると思います。~
dendrapplyはもとのデンドログラムのグラフ構造と同じ構造を...
DNapplyTest <- function(d) {
if (!is.leaf(d)) {
for (j in seq_along(d)) Recall(d[[j]])
cat("node:",attr(d,"height"),"?n")
}else{
cat("leaf:",labels(d),"?n")
}
}
> DNapplyTest(as.dendrogram(hclust(dist(USArrests))))
leaf:Florida
leaf:North Carolina
node:38.52791
...
node:87.32634
node:168.6114
node:293.6228
//
- デンドログラムを描くための全ての情報は，hclust が返しま...
- ご回答ありがとうございます。hclustが返したオブジェクト...
- 問題を言い換えます。すべてのノードを再帰的に訪れる関数...
- その情報がどのようになっているかは，その情報をどう利用...
- dendrogram についてはよくわからないのですが、例えば次の...
## 文字列が長すぎるので適宜改行しています
> dhc <- as.dendrogram(hclust(dist(USArrests)))
> x <- capture.output(dendrapply(dhc, function(n) {cat(l...
> xx <- x[1:198] # 手作業で末尾につく無意味な部分を削除
> xx[5:20]
[5] "Florida North Carolina "
[6] "38.52791 "
[7] "Florida "
[8] "0 "
[9] "North Carolina "
[10] "0 "
[11] "Delaware Alabama Louisiana Alaska Mississippi Sout...
Arizona New Mexico California Illinois New York Michiga...
[12] "64.99362 "
[13] "Delaware Alabama Louisiana Alaska Mississippi Sout...
[14] "48.72515 "
- (leaf, leaf, node, node) というのが，デンドログラムの2...
lines(c(apx[c1], hc$height[i], hc$height[i], apx[c2]),
c(apy[c1], apy[c1], apy[c2], apy[c2]))
- [2] "293.6228 " の次などに，異常な文字があって(単にた...
まだ，直っていないよ。後ろにまだ空白が一杯付いている行が...
なんで，ご本人が直してくれないのかなあ。ぶつぶつ。直した...
- このデータをどう読めばデンドログラムが再現できるのかよ...
- 分かりにくくてすみません。hc$mergeを使ってデンドログラ...
- 自分で関数を書いてみました。[[デンドログラム解析]] -- [...
- 質問が変だったなと反省。再帰的に書く方法はやめました。 ...
- 再帰的にも勿論かける。ただしこれはちょっとにせもの。 --...
f<-function(X){
ret<-NULL
f<-function(x){
if(is.leaf(x)){
attr(x,"label")
}else{
r<-c(sapply(x,f),recursive=T)
ret<<-rbind(ret,list(leafs=r,size=attr(x,"members"...
r
}
}
f(X)
ret
}
r<-f(as.dendrogram(hclust(dist(USArrests), "ave")))
- ありがとうございます。短いコードでいい感じです。出てく...
- そう言う結果が必要だったんですね。私も書いてみました。 ...
関数定義
dend2nodelist <- function(hc) {
GetElement <- function(i, j) {
if (i < 0) {
if (j < 0) return(c(hc$labels[-i], hc$labels[-j]))
else return(c(hc$labels[-i], GetElement(hc$merge[j,1]...
} else {
if (j < 0) return(c(GetElement(hc$merge[i,1], hc$merg...
else return(c(GetElement(hc$merge[i,1], hc$merge[i,2]...
GetElement(hc$merge...
}
}
n <- length(hc$height)
leafs <- NULL
size <- integer(n)
for (i in 1:n) {
labels <- GetElement(hc$merge[i,1], hc$merge[i,2])
size[i] <- length(labels)
leafs[i] <- list(labels)
}
return(cbind(leafs=leafs, size=size, height=hc$height))
}
実行例
> hc <- hclust(dist(USArrests[1:10,]))
> result <- dend2nodelist(hc)
> result
leafs size height
[1,] Character,2 2 16.80625
[2,] Character,2 2 23.19418
[3,] Character,2 2 25.09303
[4,] Character,3 3 36.73486
[5,] Character,3 3 45.18296
[6,] Character,3 3 60.98073
[7,] Character,6 6 77.19741
[8,] Character,9 9 148.7357
[9,] Character,10 10 226.303
> result[1,]
$leafs
[1] "Alabama" "Delaware"
$size
[1] 2
$height
[1] 16.80625
> result[5,]
$leafs
[1] "Alaska" "Alabama" "Delaware"
$size
[1] 3
$height
[1] 45.18296
> result[9,]
$leafs
[1] "Connecticut" "Florida" "Arizona" "Californ...
[5] "Arkansas" "Colorado" "Georgia" "Alaska" ...
[9] "Alabama" "Delaware"
$size
[1] 10
$height
[1] 226.303
- 同じだけど，ここまでやれば，解読不能？ -- &new{2007-06...
dend2nodelist <- function(hc) {
temp <- function(hc, j) GetElement(hc$merge[j,1], hc$m...
temp2 <- function(hc, j) if (j < 0) hc$labels[-j] else...
GetElement <- function(i, j) if (i < 0) c(hc$labels[-i...
else c(temp(hc,i), t...
leafs <- size <- integer(n <- length(hc$height))
for (i in 1:n) {size[i] <- length(labels <- temp(hc, i...
return(cbind(leafs=leafs, size=size, height=hc$height))
}
- 勝手ながら[[デンドログラム解析]]に転記させていただきま...
**wavelets パッケージ（不等間隔 x_i vs. y_i のデータ系列...
>[[kd]] (2007-06-02 (土) 21:07:02)~
~
wavelets パッケージを調べてみたのですが，「不等間隔な x_i...
//
**glmmML 実行時の警告 (info = ) について [#w45ea833]
>[[たく]] (2007-04-25 (水) 11:33:54)~
~
glmmML でモデルを作成した際、info = といった警告が出るこ...
モデルは作成されている用なのですが、このモデルは採用して...
また、この際の AIC なども信頼できるのでしょうか?~
どなたかご教授いただけますでしょうか?~
//
- 状況を再現できる最小限のデータなりを付けて質問すべきで...
- すみません、説明が少したりませんでした。関数のバグとか...
help(glmmML) には、以下のような文書が出るのですが
info: From hessian inversion. Should be 0. If not, no...
could be estimated. You could try fixing sigma ...
estimated value and rerun.
作成されたモデルやAICの信頼性をどのように解釈すればいいの...
ご存知でしたら、よろしくお願いいたします。 -- [[たく]] &n...
- ですから，それが出るようなデータを付ければ？ -- &new{2...
- 0 でなきゃならんのに，そうではなかったと。sigma を調整...
- ご返信ありがとうございます。 ~
variance を推定したいなら、sigma をいじってやり直せ、と読...
実際、モデルも構築されますし、AICなども算出されます（要す...
info= の警告が再現できるデータを、というお話が出てますの...
> library(glmmML)
> data(anorexia, package="MASS")
> id <- rep(1:nrow(anorexia))
> class <- c(rep(1,10), rep(0,62))
> glmmML(class ~ Prewt, data=anorexia, cluster=id, famil...
info = 3
Call: glmmML(formula = class ~ Prewt, family = binomial...
coef se(coef) z Pr(>|z|)
(Intercept) -12.124711 NA NA NA
Prewt -0.001919 NA NA NA
Standard deviation in mixing distribution: 48.71
Std. Error: NA
Residual deviance: 31.01 on 69 degrees of freedom ...
Warning message:
Hessian non-positive definite. No variance!
>
よろしくお願いいたします。-- [[たく]] &new{2007-04-25 (水...
- まあ，たとえば，以下のようにして「やり直せば」エラーは...
> glmmML(class ~ Prewt, data=anorexia, cluster=id, famil...
fix.sigma=TRUE)
Call: glmmML(formula = class ~ Prewt, family = binomial...
cluster = id, fix.sigma = TRUE)
coef se(coef) z Pr(>|z|)
(Intercept) -1.772713 5.59883 -0.31662 0.752
Prewt -0.001720 0.06783 -0.02536 0.980
Standard deviation in mixing distribution: 0
Std. Error: 0
Residual deviance: 57.99 on 69 degrees of freedom AIC: ...
あるいは
> glmmML(class ~ Prewt, data=anorexia, cluster=id, famil...
start.sigma=1e-4)
Call: glmmML(formula = class ~ Prewt, family = binomial...
cluster = id, start.sigma = 1e-04)
coef se(coef) z Pr(>|z|)
(Intercept) -1.686092 5.46507 -0.30852 0.758
Prewt -0.001680 0.06621 -0.02538 0.980
Standard deviation in mixing distribution: 0.0002467
Std. Error: 406.6
Residual deviance: 58.02 on 69 degrees of freedom AIC: ...
結局の所，
The optimization may not converge with the default value...
that case, try different start values for sigma. If stil...
consider the possibility to fix the value of sigma at se...
the profile likelihood.
- 丁寧なご返信、ありがとうございました。~
結局、info= の警告が出ているときには、係数もAICも信頼性が...
start.sigma をいろいろ変えてみるといいのはわかりましたが...
方針は特になく、とにかくいろいろ試すのがいいのですかね。~
あるいは、glmmML でのモデル作成は適切でないケース、ととら...
- 色々試すしかないでしょう。なお，例題としてあげられたの...
**重回帰分析について [#w840dfc1]
>[[たつや]] (2007-01-25 (木) 16:34:54)~
~
重回帰分析して出た結果が英語で意味が読み取れませんでした...
質問はまず、この２つの違いについて。
F=lm(Z~X)
G=lm(Z~X-1)
つぎにsummaryで表示された内容がわかりません。できれば詳し...
自分で行う回帰分析、もしくはExcelの回帰分析は多少理解して...
Z=c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10)
X=c(1,3,4,2,5,6,7,8,10,10)
F=lm(Z~X)
G=lm(Z~X-1)
summary(F)
Call:
lm(formula = Z ~ X)
Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
1.11283 -0.47400 0.09181 0.27600 1.80531
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) 0.35841 0.59297 0.604 0.562
X 0.91814 0.09329 9.842 9.56e-06 ***
Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ...
Residual standard error: 0.887 on 8 degrees of freedom
Multiple R-Squared: 0.9237, Adjusted R-squared: 0.9142
F-statistic: 96.86 on 1 and 8 DF, p-value: 9.561e-06
summary(G)
Call:
lm(formula = Z ~ X - 1)
Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
0.9035 -0.5006 0.1770 0.2494 2.0644
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
X 0.96782 0.04255 22.75 2.91e-09 ***
Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ...
Residual standard error: 0.8552 on 9 degrees of freedom
Multiple R-Squared: 0.9829, Adjusted R-squared: 0.981
F-statistic: 517.5 on 1 and 9 DF, p-value: 2.909e-09
//
-Excelで実行して，内容を比較してみたら？ -- &new{2007-01...
-何がわからないのか？というか何が知りたいのか？ -- &new{...
-何でも聞けばよいというものではない。 -- &new{2007-01-25...
-＞ 結果が英語で意味が読み取れません --- なのでしょうね。...
-「重回帰分析」でキーワード検索、既に幾つかあるR本を見る...
-Estimate Std. Error t value Pr(>|t|) の意味を教えてほし...
-あと、F=lm(Z~X) とG=lm(Z~X-1)の違いが意味がわからないか...
-すみません。お願いします。 -- &new{2007-01-25 (木) 18:1...
-いっこめは係数の推定値、標準誤差、t統計量、p値。二個目は...
-１つ目の方は比較すればわかりました。すみません。 -- [[た...
-返答ありがとうございました。だいたい理解できました。あと...
**回帰係数の当てはめ [#e0da0dfd]
>[[佐藤]] (2007-01-15 (月) 16:57:21)~
~
> attach(learning)
> learning.glm<-glm(def~lastprice+volume+size+rtn+next1r...
+greps1+dy+bpr+wcr+rrl+rrs+cfpr+roe+...
+sgrowth+esr1+lev+cgrowth+vol+roa1,f...
> summary(learning.glm)
> detach(learning)
> test<-read.csv("property200006.csv",header=TRUE)
> attach(test)
ある（learning）データから回帰分析して得られた回帰係数を...
現状は回帰係数を自分で入力しているのですが、自分で入力す...
よろしくお願いします。~
//
-glm が何を返すか，str( ) で調べましたか？少なくとも，そ...
-help(predict.glm) を良くみる。特にオプション newdata の...
-そもそもの根本は，? glm をすること。そうすれば，関連する...
-それと、一行にあまり長いものをおかないこと。モデル式はも...
-所詮，データがないと再現もできないのだからってか? 行は...
**重回帰分析のステップワイズ変数選択でのエラー [#o8b307e7]
>[[GEO]] (2007-01-06 (土) 18:34:20)~
~
はじめまして。~
結果率（果実/花）を従属変数、各花形質を独立変数としてロジ...
> h0 <- read.delim("c:/2000R2.txt")
> fs <- h0$fru/h0$flo
> result <- glm(fs~h0$ftl+h0$ptl+h0$ptw+h0$sta+h0$pis+h0...
> result2 <- step(result)
Start: AIC= -2819.3
fs ~ h0$ftl + h0$ptl + h0$ptw + h0$sta + h0$pis + h0$bl...
Df Deviance AIC
- h0$wit 1 22.05 -2821.19
- h0$ptw 1 22.05 -2821.16
- h0$sta 1 22.06 -2821.13
- h0$blt 1 22.12 -2820.58
- h0$ptl 1 22.14 -2820.44
<none> 22.04 -2819.30
- h0$pis 1 22.33 -2818.70
- h0$ftl 1 23.20 -2811.30
Error in step(result) : number of rows in use has change...
また、remove missing values? という問いかけが出てきますが...
よろしくお願いいたします。~
//
-欠損値NAがあるからでしょう。read.delim でデータを読んだ...
-早速のご教授いただきましてありがとうございました。試して...
**Rでの単位根検定 [#cda5bc4a]
>[[秋田県民Ａ]] (2006-12-17 (日) 17:43:33)~
~
最近時系列分析を行うためにRを使い始めた初心者です。~
まず定常性を確認するためにadf.test()関数を用いているので...
?定数項あり、トレンドあり ?定数項あり、トレンドなし~
?定数項なし、トレンドあり ?定数項なし、トレンドなし~
などの各状況に応じた使い方が分かりません。そのままadf.tes...
どなたかお分かりになる方がいらっしゃいましたら、教えてく...
//
-引数 alternarive は2通りしか設定できないし，k はラグだし...
-ご返事どうもありがとうございました。文献を探しつつ、色々...
**intel mac でのRのインストール、起動 [#v062cfee]
>[[やまだ]] (2006-11-21 (火) 11:14:18)~
~
初めて書き込ませていただきます。どうぞよろしくお願いしま...
今までPowerBookG4でMac版を動かして使っていたのですが、今...
「2006-11-21 10:48:31.215 R[261] CFLog (21): dyld return...
/Library/ScriptingAdditions/YouHelper.osax/Contents/MacO...
このときインストールしていたのがバージョン2.3.1でして、CR...
もしこの状況に見覚えのある方等おられましたらコメントいた...
どうぞよろしくお願いします。~
//
-IntelMacは無いので, 参考になるかどうか. なんとなく先にイ...
-コメントありがとうございます。リンクされていたサイトを参...
-何か変なもの入れてない？というのが，口癖の人がおりますが...
-そうですね. 新しい=人柱はデフォルトなのかも... -- [[なか...
-手元のMacBookProでは問題ありません。/Library/ScriptingAd...
-私のMacBookPro MacOSX 10.4.8でも問題ありません。R 2.3.1...
-だって，ググったら，YouControl とかあぶなそうなんだもん...
-みなさまコメントありがとうございます。元から入ってないも...
**wavelet [#e1f22db6]
>[[lostway]] (2006-11-12 (日) 01:58:50)~
~
Rでwavelet解析やっている方いますでしょうか？~
//
-不精しないで検索。 -- &new{2006-11-12 (日) 09:22:50};
-いたらどうだと言うんでしょうか? -- &new{2006-11-12 (日)...
-いくつかパッケージがありますが、パッケージ付属の使用例以...
-いろいろ知りたいのなら，英語のページも見ましょう -- &ne...
-なんとなくですけど，できましたよ．どのような事をされたい...
**cgiからRの起動 [#w9fba39c]
>[[イシ]] (2006-11-10 (金) 15:33:30)~
~
cgiスクリプトからRを起動し、グラフを作成したいのですが、R...
R-Version 2.3.1~
#### エラーメッセージ #####
Error in X11(paste("jpeg::", quality, ":", filename, sep...
unable to start device JPEG
In addition: Warning message:
unable to open connection to X11 display ''
Execution halted
//
-エラーを再現できる情報をちゃんと提示する方がよいでしょう...
-X11()だからそれ以上のプラットフォームに関する情報は必要...
-プラットフォームはNetBSD 3.0_STABLEです。通常どおりRを起...
-RのJPEG,PNGはX11の動作している環境が必要です. CGIに環境...
-問題が解決致しました。みなさん、ありがとうございました。...
**glmの説明変数に割合は使えるのか？ [#b55a8b84]
>[[服部]] (2006-11-02 (木) 14:06:43)~
~
ある目的変数(比率）を説明する変数を特定するときに、glmを...
その際説明変数に割合の変数含めたいのですが、どのようにし...
現在以下のようにglm関数を使っています、訂正すべき場所があ...
> a<-adult/colonysize
> yy<-glm(cbind(x,y)~a+b+c+d,binomial)
//
-そうやって指定して分析していて，何か問題があるんですか？...
-Rの教科書的な本を何冊か読みましたが、説明変数に割合を用...
-family=binomialは２項分布を前提としているのではないでし...
-Stastistics An introduction using Rにpropotion dataの扱...
->そこに目的変数を割合で扱うときの詳しい説明がされています~
そもそもの質問の答えは載っていないのですか?~
arcsin 変換したときとそのままのときで，あてはめ結果がどの...
-＞質問の答えは載っていないのですか？~
見落としていなければ載っていないはずです。~
arcsin変換した場合では説明しているとされる(有意差の出る)...
-で，どちらが妥当な結果だと解釈されますか?やはり，理論的...
-どちらが妥当かといわれると、目的変数が比率である以上説明...
そのことをふまえると、他の変数も処理が必要になるとは思い...
-比率って2項分布するのですか？？ -- &new{2006-11-07 (火)...
-二項分布というのはあるXというものが一定の割合で含まれる...
なのでどんな比率でも二項分布するわけではないのですが、今...
お答えになったでしょうか？ -- [[服部]] &new{2006-11-07 (...
**R2.4.0からの，無意味な正規表現におけるWarning [#r3d9b703]
>[[アール]] (2006-10-27 (金) 16:26:24)~
~
R 2.4.0 からは "?.foo" のような無意味なエスケープシークエ...
"foo.bar.baz" のような正規表現で，最初のピリオドは文字通...
> sub("foo?.bar.baz", "match", c("foo.bar.baz", "foo.bar...
[1] "match" "match" "match" "match"
Warning messages:
1: '?.' is an unrecognized escape in a character string
2: '?.' is an unrecognized escape in a character string
> sub("foo.bar.baz", "match", c("foo.bar.baz", "foo.bar,...
[1] "match" "match" "match" "match"
//
-明示的にこれはピリオドですと言うのはパターンに`??.' と書...
-なるほど。それを忘れていました。二段階あるんですね。 -- ...
> sub("foo??.bar.baz", "match", c("foo.bar.baz", "foo.ba...
[1] "match" "match" "foo,bar.baz" "foo,bar,baz"
**閉曲線で囲まれた領域を塗りつぶす関数 [#f1d0ffdb]
>[[青木繁伸]] (2006-10-19 (木) 15:41:02)~
~
お絵かきソフトでよくある「ペイント缶」の機能を果たす関数...
曲線にこだわるわけではない（曲線だって，グラフに描くとき...
#ref(ex.png)~
//
**メモリについて [#r7a1f569]
>[[しも]] (2006-10-02 (月) 21:40:16)~
~
マニュアル等で調べても、解決法が見つかりませんでしたので...
関数を作成し、計算をさせています。計算途中で、以下の警告...
以下にエラーodbcQuery(channel, query, rows_at_time) :
Calloc がメモリー (263168 of 1) を割りあてられませんでした
追加情報: Warning message:
Reached total allocation of 1015Mb: see help(memory.size)
使用するメモリーサイズを"--max-mem-size=2G"を使用して拡大...
関数内では「rm()」を使用し、こまめにオブジェクトは削除し...
Windows タスク マネージャのPF使用量を見るとrm()を使用して...
~
メモリーを上手に割り当てるようにするにはどうしたらよろし...
//
-検索不足ですね。Rjpwikiでmemory.limitをすると同様の質問...
一例を照会すると、「[[メモリの上限に関する質問です:http:/...
あとメモリの使用状況を確認していますか？?gc() -- &new{20...
-物理的制限に関してはそういうことでしょう。それを論理的に...
-考えられる原因をメモしてみます。rm(...) で開放されたメモ...
-お返事、ありがとうございます。 過去の返信コメントはキツ...
**optim()でエラーが出ます [#w6e89ac9]
>[[SS]] (2006-09-28 (木) 14:53:42)~
~
2パラメータの最尤推定を行う際、optim()を使って尤度関数を...
~
optimの場合、optionとして"Nelder-Mead", "BFGS", "CG", "L-...
~
2パラメータなので、尤度関数をプロットしてみた感じだと、山...
~
このエラーメッセージは、どういう状況のときに出力されるの...
//
-エラーになるデータの例を示すことはできませんか？~
それと，貴方が実際にやったことの全てを説明しないと，どこ...
データが変なんだと思います。あるいは使い方を誤っている。~
? chol を読むとわかりますが，対象とするのは正定値行列です...
問題は，chol の引数になるものがどうやって作られているかで...
> m <- structure(c(1, 0.1, 0.8, 0.1, 1, -0.7, 0.8, -0.7,...
+ .Dim = c(3, 3))
> m
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1.0 0.1 0.8
[2,] 0.1 1.0 -0.7
[3,] 0.8 -0.7 1.0
> chol(m)
以下にエラーchol(m) : 次数 3 の主対角行列が正定値ではあ...
> eigen(m)
$values
[1] 2.0147034 1.0990993 -0.1138027 # 3つめの固有値がマ...
$vectors
[,1] [,2] [,3]
[1,] -0.5262037 -0.65755945 0.5391894
[2,] 0.4471271 -0.75329549 -0.4823104
[3,] -0.7233167 0.01270732 -0.6903995
> m <- matrix(-1, 1,1) # 次数1というと，1行1列の行列です...
> chol(m)
以下にエラーchol(m) : 次数 1 の主対角行列が正定値ではあ...
-先のコメントにもありますが、optim()の目的関数がどのよう...
-ご解答、ありがとうございました。特に、cholのエラーの例ま...
**legendにグラデーション [#k2bdbb63]
>[[nonami]] (2006-09-14 (木) 19:45:14)~
~
散布図を作っています。~
x, yのデータ以外に第3のデータがありまして、それが0〜100ま...
rainbowをの一部を使って、0なら青、100なら赤その間は緑から...
plot自体はうまく行ったと思うのですが、legendを付けようと...
はたと困ってしまいました。青→緑→黄色→オレンジ→赤の順に数...
//
-ないもの（探しにくいもの）は作る。探している時間で作れる...
cols=rainbow(101)
x <- rnorm(1000)
y <- rnorm(1000)*200
z <- sample(101, 1000, replace=TRUE)
plot(x, y, col=cols[z], type="p", pch=20)
for (i in 1:101) rect(1.5, 502-2*i, 2.5, 500-2*i,col=col...
text(2.5, seq(502, 300, length=3), c("lo", "med", "hi"),...
定数で決め打ちしているところを引数で渡す位置情報に基づく...
こんな散布図を描いているんでしょうか？
#ref(scatter.png)
-はい。その通りです。ありがとうございました。 -- [[nonami...
**安定分布の擬似乱数 [#l15fbb62]
>[[TH]] (2006-08-13 (日) 18:39:13)~
~
Rで安定分布に従う擬似乱数を発生するパッケージ等をご存知の...
//
-fBasicsがありました。 -- [[TH(本人)]] &new{2006-08-13 (...
- Hessian non-positive definite. No variance! -- [[-0.88...
//- round(qt(0.2,df=8),3) -- &new{2009-03-22 (日) 16:00:...
**tune.svm を実行すると .Random.seed のエラーがでて実行で...
>[[はるか]] (2011-11-11 (金) 11:56:20)~
~
R初心者です。先日は疑問に対して丁寧にお答えいただいてあり...
~
その後、tune.svmを使おうと[[先日からお世話になっているサ...
gammaRange <- 10^(-5:5)
costRange <- 10^(-2:2)
t <- tune.svm(Species ~ ., data = iris, gamma=gammaRange,
cost=costRange,tunecontrol = tune.control(sampling="cros...
以下にエラー sample(n) :
.Random.seed は整数ベクトルではなくタイプ 'list' で
と出てしまい実行することができませんでした。.Random.seed...
環境は、OS WindowsXp, R version 2.12.1です。お手数ですが...
//
- R 2.13.1 でやってみましたが，何の問題もなく動きますね。...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さん、いつも有り難...
**作業ディレクトリを、スクリプトが置かれてるディレクトリ...
>[[mat]] (2011-11-10 (木) 13:03:16)~
~
あるスクリプトを開いてそれを実行する際に、作業ディレクト...
//
- setwd()じゃダメなんですか？ -- &new{2011-11-10 (木) 13...
- スクリプトファイルと入出力ファイルを(両者の相対パス関係...
- スクリプトをどうやって動かしてますか？source("path/hoge...
- sourceしてるなら、chdir=TRUEでそのディレクトリに移動し...
- Rscriptからなら、commandArgsの中に--file=があるので、こ...
- RGuiのメニューで、『ファイル → スクリプトを開く...』で...
- あー、えー、その場合はスクリプト内でどうこうするのは難...
- まああ，対応するのにそんなにたいした手間でもないことを...
コンピュータは繰り返しに基づく自動処理は得意---人間は「こ...
**図の上での計測について [#z84fe261]
>[[KT9]] (2011-11-09 (水) 09:45:58)~
~
医学系の研究者です。~
JPEG形式の超音波画像があります。これをRで取り込んで、ある...
(x,y)さえ打ち出せれば、後は自分で別個に組んだプログラ...
以前他の研究者がMathLabでは、JPEGで取り込んだ画像上で、...
宜しくお願い致します。~
//
- 高階さんが開発されたrimageというライブラリ（現在maintai...
**CSVファイルからのデータのインポートができない [#ydc935e7]
>[[diereinevernunft]] (2011-11-03 (木) 00:17:54)~
~
R初心者です。~
Rを2.13.0から最新バージョン(2.14.0)に更新し、Rコマンダー...
Dataset <-
read.table("C:/Users/Documents/ワークショップ/Rデータ処...
修論素材/加工後/R用/111024/tsushin_growth.csv",
header=TRUE, sep=",", na.strings="NA", dec=".", strip.wh...
が実行されたあと、メッセージ欄に
[2] エラー: NA
と表示され、データがインポートできません。~
ちなみに、CSVファイルをtxtファイルに変えるとインポートで...
googleで検索してみたのですが、現状では有効な対策を見つけ...
OS Windows7(64bit)
R version 2.14.0
Rcmdr version 1.7-0
//
- エラーメッセージだけを見ると文字コード関連のエラーだと...
いくつか質問なんですが、txtファイルに変えるというのはタブ...
txtファイルにしてインポートしたときに実行されるコマンドは...
新しいRとRcmdrでは日本語の扱いがうまくできないようなので...
**svmの結果, Total Accurancyがでない [#tf9d0dc3]
>[[はるか]] (2011-11-02 (水) 15:38:48)~
~
R初心者です。svmに興味があって、googleを検索したところ、[...
Total Accuracy:94
Single Accuracies:
90 96 96
と同じように結果が再現され正答率がでたところまではよかっ...
model <- svm(judge~., data=dataset, corss=3)
summary(model)
Parameters:
SVM-Type: eps-regression
SVM-Kernel: radial
cost: 1
gamma: 0.01190476
epsilon: 0.1
Number of Support Vectors: 51
3-fold cross-validation on training data:
Total Mean Squared Error: 0.6049732
Squared Correlation Coefficient: 0.06871624
Mean Squared Errors:
0.4767778 0.5592772 0.7788645
と出てしまい、Accurancyが出てきません。~
何がいけないのか分からず、困っています。~
OS WindowsXp, R version 2.12.1でやっています。~
~
扱ったデータから解を求められないということなのでしょうか？~
それとも何か別に問題点があるのでしょうか。~
周りにアドバイスを求める人がおらず困っています。~
お手数ですが、アドバイスいただけると大変助かります。よろ...
//
- あなたのデータセットが分からないので，追試してみること...
- judgeの部分に数値で0,1を入れていたのが原因だったのです...
**導関数の求め方について [#ua11278d]
>[[みのむし]] (2011-10-30 (日) 16:58:40)~
~
R初心者です。導関数を求めるのに、deriv()を使っています。...
~
たとえば、
> Df <- deriv(~x^2, "x", func=TRUE)
> Df(2)
[1] 4
attr(,"gradient")
x
[1,] 4
と答えがえられるのですが、カッコ内に打ち込む関数x^2を、最...
> f <- expression(x^2)
> Df <- deriv(f, "x", func=TRUE)
> Df(2)
expression(x^2)
attr(,"gradient")
x
[1,] 0
ご存じの方がいらしゃれば、教えていただけないでしょうか？...
//
- ちゃんと動くけど？&br;あなたの OS の種類とバージョン，R...
> f <- expression(x^2)
> Df <- deriv(f, "x", func=TRUE)
> Df(2)
[1] 4
attr(,"gradient")
x
[1,] 4
- ご回答ありがとうございます。解説書にfunc=Tと書いていた...
**plotの軸目盛りの指定について [#p9224b9e]
>[[ringori]] (2011-10-27 (木) 01:48:51)~
~
お忙しいところ失礼します。plotを使って折れ線グラフを作成...
test <- c(0.8699, 0.9029, 0.9133, 0.9014, 0.9160)
plot(test, type="l", lwd=2, xlab="test", ylab="AUC", xax...
mtext(1:4, 1, 1, at=1:4)
mtext("Q", 1, 1, at=5)
として近いものは出来たのですが、目盛りの線が無くなってし...
もし、過去の投稿等見逃していましたら申し訳ありません。環...
sessionInfo()
R version 2.10.1 (2009-12-14)
i386-pc-mingw32
です。よろしくお願いします。~
//
- これでいいのかしら？ -- [[里見聡美]]~
plot(test, type="l", lwd=2, xlab="test", ylab="AUC", xax...
axis(side=1, at=1:5, label=c(1:4, 'Q'))
- まさに求めていたものでした。迅速な返信ありがとうござい...
**grepでの検索について [#w3ab0df8]
>[[Toy]] (2011-10-26 (水) 14:12:37)~
~
お世話になります。~
Windows 7 で R version 2.13.0 を使用しています。~
様々な記入形態がある文字列について抽出処理を行おうとして...
下記のような文字ベクトルについて~
x <- c("マツホ−ム", "タケハウス", "ウメコウムテン",
"カブ）マツホ−ム", "タケハウスカブシキガイシャ", "ウメ...
次のような例では、正しく結果が表示されます。
> grep("_*ウメコウムテン_*", x, value = TRUE)
[1] "ウメコウムテン" "ウメコウムテンカブ"
ところが、次の例では
> grep("_*タケハウス_*", x, value = TRUE)
character(0)
と全く結果が得られず、次の例では、
> grep("_*マツホ−ム_*", x, value = TRUE)
[1] "マツホ−ム" "ウメコウムテン" "カブ）マツ...
と余計なものまで出力されてしまいます。~
どうしてこのような結果になるのか、お教えいただければ幸い...
//
- Mac OS X 10.7.2 で，R version 2.13.2 ですが，どの例もち...
> x <- c("マツホ−ム", "タケハウス", "ウメコウムテン",
+ "カブ）マツホ−ム", "タケハウスカブシキガイシャ", "ウ...
> grep("_*ウメコウムテン_*", x, value = TRUE)
[1] "ウメコウムテン" "ウメコウムテンカブ"
> grep("_*タケハウス_*", x, value = TRUE)
[1] "タケハウス" "タケハウスカブシキガイ...
> grep("_*マツホ−ム_*", x, value = TRUE)
[1] "マツホ−ム" "カブ）マツホ−ム"
- 本当だ！うまくいきました。「河童の屁は，河童にあらず，...
**CSVを読み込んだあとで、ある特定の文字列の行数まで読み飛...
>[[nya]] (2011-10-23 (日) 01:21:25)~
~
read.csv でカンマ区切りのCSVファイルを読み込んだ後、ある...
この行数はファイルによって異なるため、read.csvのskip=xxx...
ご教授いただければ幸いです。~
//
- いったん全部読み込んでから、"hoge test"で始まる行より前...
data <- read.csv("csvfile.csv")
data <- data[which(data[,1] == "hoge test"):nrow(data),]
とか -- &new{2011-10-23 (日) 07:32:05};
//
- ありがとうございます、その方法で試したところ、読み込み...
そのためなんとかスキップで処理したいのですが、ほかの方法...
CSVファイルを添付いたしますので、他の方法か回避する方法を...
添付のCSVでは"Well"以下をデータフレームとして取り出そうと...
#ref(test.csv)
- 追記です。以下のスクリプトを組んでみましたが、~
Windows 7 64bit Professional R version 2.13.2 (2011-09-30...
では作動したのですが、~
Ubuntu 10.04 Lucid 64bit R version 2.13.2 (2011-09-30) Pl...
では作動しませんでした。（なにも出力しない）~
追加のプラグインなどは導入しておりません。~
実際に動かす環境はUbuntu上で解決できない為、困っておりま...
x <- "csvfile.csv"
table <- read.table(x, sep="\n", header=F)
c <- grep("Well", table$V1) - 1
read.table(x, sep = ",", header = T, skip = c)
どうかよろしくお願いします。 -- [[nya]] &new{2011-10-23 (...
- Ubuntu 11.04上のR 2.12.1では、そのスクリプトでちゃんと...
- 大変お騒がせしました。~
読み込み元のCSVを確認したところ
[[csvデータのインポート:http://www.okada.jp.org/RWiki/?%A...
とおなじ現象が起こっていたため、
x <- "csvfile.csv"
table <- read.table(x, sep="\n", header=F, blank.lines.s...
c <- grep("Well", table$V1) - 1
read.table(x, sep = ",", header = T, skip = c, blank.lin...
とすることで解決しました。~
名無しのおふたり方、どうもありがとうございました。 -- [[n...
- 読み飛ばす部分が必ずしも読み込む部分と同じフィールド数...
x <- "test.csv"
table <- readLines(x)
c <- grep("Well", table) - 1
read.csv(x, skip = c, blank.lines.skip = FALSE)
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。様の方がシンプルで...
- realtimePCRの出力形式は定型じゃないのかな?grepせずともs...
**複数のブロック行列 [#p6f42f61]
>[[複数のブロック行列]] (2011-10-18 (火) 22:35:10)~
~
A = (3,7,4,6,...,)のような列ベクトルがあり、I[N*N]を単位...
ご教授願えませんでしょうか。~
//
- diagという対角行列を作る関数がありますよ。 -- [[Iona]] ...
- ありがとうございます。ご指摘いただいた方法で、mlist <- ...
- 単位行列は diag(1, 3) のようにしなくても，diag(3) でで...
A <- c(3, 7, 4, 6)
(mlist <- list(diag(1, A[1]), diag(1, A[2]), diag(1, A[3...
lapply(A, diag)
結果を比較すると同じものができるのが分かるでしょう。&br;...
- ありがとうございました。lapply(A, diag)でできまして、感...
- > I がN*Nの、要素を1とする行列&br;単位行列というから，...
A <- c(3, 7, 4, 6)
mlist <- lapply(A, function(N) matrix(1, N, N)) # このよ...
library(Matrix)
bdiag(mlist)
のようにすればよいでしょう。 -- [[河童の屁は，河童にあら...
- お陰さまでうまくゆきました。有難うございました。 -- [[...
**ｔ検定に関して [#xbba4e97]
>[[tau]] (2011-10-17 (月) 22:09:13)~
~
R 2.13.1を使用しております。~
~
下記のようにt.testを行いました。~
~
> group1
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] [...
[1,] 15 12 12 14 14 12 16 11 19 18 ...
[2,] 14 16 12 9 14 16 14 11 11 6 ...
[3,] 16 10 11 16 20 20 16 18 17 16 ...
> group2
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 18 19 12 16
> group3
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 14 17 17 15
> group4
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 13 19 11 17
> t.test(group1,group2,var.equal=F)
Welch Two Sample t-test
data: group1 and group2
t = -1.9197, df = 3.667, p-value = 0.1337
alternative hypothesis: true difference in means is not ...
95 percent confidence interval:
-7.810966 1.560966
sample estimates:
mean of x mean of y
13.125 16.250
> t.test(group1,group3,var.equal=F)
Welch Two Sample t-test
data: group1 and group3
t = -2.9049, df = 6.241, p-value = 0.02597
alternative hypothesis: true difference in means is not ...
95 percent confidence interval:~
-4.8156168 -0.4343832
sample estimates:
mean of x mean of y
13.125 15.750
> t.test(group1,group4,var.equal=F)
Welch Two Sample t-test
data: group1 and group4
t = -0.9899, df = 3.474, p-value = 0.3861
alternative hypothesis: true difference in means is not ...
95 percent confidence interval:~
-7.463495 3.713495
sample estimates:
mean of x mean of y
13.125 15.000
~
group1とgroup2,3,4の平均値を比較していますが、group2とgro...
ご教示頂ければ幸いです。~
//
- group3の分散が小さいからだと思います。 -- &new{2011-10...
- 名無しさんさんの仰るとおりですね，データを図示してみる...
&ref(diff2.png);
- 皆様、ご回答頂き誠にありがとうございました。 -- [[tau]]...
**複数回答の処理 [#q20f2842]
>[[pp]] (2011-10-13 (木) 15:34:41)~
~
こんにちは。~
複数回答のアンケートを作って読み込んだところ、下記のよう...
> data
1 にんじん,たまねぎ
2 にんじん
3 にんじん,たまねぎ,じゃがいも
これをtable(data)とすると上記がそのまま出てしまいますが、
にんじん 3
たまねぎ 2
じゃがいも 1
とするような方法はないでしょうか。（文字をカンマで分割し...
~
初心者で恐縮ですが、ご回答いただけますと幸いです。~
//
- 以下のようにでも
> table(unlist(strsplit(as.character(data[,1]), ",")))
じゃがいも たまねぎ にんじん
1 2 3
内側の as.character は，データを読み込むときに文字列が fa...
- できました！ありがとうございます！！！ -- [[pp]] &new{2...
**入力された変数名を文字列に変換 [#w8994079]
>[[Minako]] (2011-10-12 (水) 08:31:41)~
~
はじめまして。R初心者（31歳前田敦子似）です。~
データフレームのhogeという変数名を入力すると、その変数の...
あるデータフレームに年齢が入力されたageという変数名がある...
ageage(x)<-function(x) {
m<-sprintf("title\t%s\n",x)
cat(m,file="result.txt",append=T)
}
を作って、result.txtに、title age と表示させたいです。~
ところがこれでageage(age)を実行すると
title 50
title 54
title 76
などとageが年齢を含んだベクトルとして理解されて、全部記載...
//
- deparse と substitute を使います。（プログラムは，<- の...
> d <- data.frame(age=c(50, 54, 76), sex=c("male", "fema...
> deparse(substitute(d$age))
[1] "d$age"
> attach(d)
> deparse(substitute(age))
[1] "age"
> ageage <- function(x) {
+ m <- sprintf("title\t%s\n", x)
+ cat(m, file="result.txt", append=T)
+ }
> ageage(d$age)
> ageage(age)
- 屁さんありがとうございます。うまく変数名の文字列になり...
- 一般的に言えば，あなたがやっていることはあまりお勧めで...
func <- function(data.frame, vector)
{
for (i in vector) {
variable.name <- colnames(data.frame)[i]
values <- data.frame[,i]
cat("variable=", variable.name, " n=", length(values)...
" mean=", mean=mean(values, na.rm=TR...
" s d=", sd=sd(values, na.rm=TRUE), ...
}
}
と定義しておけば，以下のようになるだろうと言うこと（まあ...
> func(iris, 1:4)
variable= Sepal.Length n= 150 mean= 5.843333 sd= 0...
variable= Sepal.Width n= 150 mean= 3.057333 sd= 0....
variable= Petal.Length n= 150 mean= 3.758 sd= 1.76...
variable= Petal.Width n= 150 mean= 1.199333 sd= 0....
**１秒以下の扱いについて [#haa0a4d7]
>[[tx]] (2011-10-11 (火) 11:00:45)~
~
プレートリーダーが出力する以下のようなフォーマットのエク...
Plate Repeat Well Type Time Luciferase (CPS) Time Lucif...
1 1 A01 M 00:00:06.80 53530 00:02:38.05 47900
1 1 A02 M 00:00:07.07 107230 00:02:38.31 94150
1 1 A03 M 00:00:07.34 103510 00:02:38.58 95070
~
取り込むと、一秒以下の部分が削られてしまいました。~
読み込みにはこちらのサイトに書かれていた方法を用いました。~
~
> library(RODBC)
> sheet <- odbcConnect("Excel Files")
> tab <- sqlQuery(sheet, "select * from [List ; Plates 1...
> t <- as.numeric(difftime(tab[,7], tab[,5], units="secs...
> t[1]
[1] 152
~
コンマ秒の部分を扱う方法を教えていただけると嬉しいのです...
どうぞよろしくお願い致します。~
//
- あなたの OS は? R のバージョンは? 以下の結果はどのよ...
> (x <- difftime("2011-10-11 00:02:38.05 JST", "2011-10-...
Time difference of 151.25 secs
> as.numeric(x)
[1] 151.25
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。様。ご回答いただき...
- help(DateTimeClasses) はご覧になりましたか？（Sub-secon...
- ODBCは使えないので試していませんが、sqlQueryの引数にas....
- "" 様ありがとうございます。 Sub-secondを扱えるのですね...
- Iona様ありがとうございます。as.is = TRUEを試したところ...
- そこで既に削られているとなるとちょっとわからないですね...
- Ionaさんが指摘されるとおり、ODBCの縛りを一度解いて検討...
- 御返事ありがとうございます。ODBCを使わない方法を検討し...
- ODBCを使わないならgdataパッケージのread.xls関数が一番使...
**時間差の計算について [#v4dad974]
>[[tx]] (2011-10-11 (火) 07:18:37)~
~
POSIXct形式の時刻の差を使って乗除計算をしたいのですが、de...
//
- 人に聞くより help(difftime) -- &new{2011-10-11 (火) 07...
- ありがとうございます -- [[tx]] &new{2011-10-11 (火) 10:...
**GIF形式での保存 [#vcbd340a]
>[[tetora]] (2011-10-10 (月) 00:22:25)~
~
既出でしたらすみません。Rの出力をGIF形式で保存したいので...
//
- GDD というライブラリがあるようですけど。http://www.rfor...
まあ，今時なぜ「GIFファイルにこだわる」必要があるのかよく...
- ありがとうございます。私も通常はGIFファイルを扱わないの...
- [[ここ:http://bioinf.wehi.edu.au/~wettenhall/RTclTkExam...
- 説明が足りませんでしたが、Rは作図のみでGUI作成にはRuby/...
リンクで示していただいた方法については、扱ったことがない...
- 一応png関数の中身の"png"を"gif"に書き変えてexportされて...
**image関数の分解能 [#me95fe68]
>[[まつだ]] (2011-10-07 (金) 15:32:59)~
~
image関数を使って、1または0のバイナリデータの表示を試みて...
~
例えば、以下のようなデータを作ります。
x <- c(rep(0, 30000), 1, rep(0, 19999))
これをimage関数を使って表記するために以下を実行します。
m <- matrix(x, nrow=50000, ncol=2)
par(mfrow=c(2,1)) # plot関数との表示比較のため
image(m, col=c("white", "black"))
plot(1:nrow(m), m[,1], type="l")
plot関数では、50000データの中に1つだけある1のデータを表記...
~
このようなときに、皆さんはどのように対処なされていますで...
ご教授いただければ幸いです。~
~
ちなみに、以下くらいのデータであれば問題はないようです。
x <- c(rep(0, 300), 1, rep(0, 199))
m <- matrix(x, nrow=500, ncol=2)
par(mfrow=c(2, 1))
image(m, col=c("white", "black"))
plot(1:nrow(m), m[,1], type="l")
どうぞよろしくお願いします~
//
- image 関数の分解能ではなく，あなたが設定したグラフィッ...
plot(1:nrow(m), m[,1], type="l") # あなたのプログラムだ...
plot(1:nrow(m), m[,1], type="n")
segments(1:nrow(m), 0, 1:nrow(m), m[,1]) # 垂直線を描く
&ref(image.png);
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。様 早速のご教授あ...
~> あなたの環境で，ピクセル数を指定せずに plot または ima...
大変申し訳ありませんが、自分のPCの環境をちゃんと把握して...
何とか調べてお答えしたいと思いますが、当面ピクセル数の問...
~> plot ではピークみたいに書かれるのがいやだということな...
ご提案ありがとうございます。plotでの表示を試みているので...
image における時系列軸の反転
http://www.okada.jp.org/RWiki/?%A3%D1%A1%F5%A3%C1%20%28%B...
ごちゃごちゃしていて、大変申し訳ありませんが、大体以下の...
st <- c("2008/12/19", "2009/3/24")
st <- strptime(st, "%Y/%m/%d", tz="")
y.days <- seq(st[1], st[2], by="1 day")
x.hours <- seq(0, 48, length=3600*48/10)
m <- matrix(sample(c(0, 1), (3600*48/10)*length(y.days),...
17280, length(y.days))
par(oma=c(2, 1.5, 1, 1))
y.lim <- c("2008/12/17", "2009/3/26")
y.lim <- strptime(y.lim, "%Y/%m/%d", tz="")
image(x.hours, y.days, m, col=c("white", "black"), yaxt=...
xlab="hours", ylab=NA,
xlim=c(-0.1, 48), ylim=c(as.numeric(y.lim[2]), as....
y.gr <- c("2008/12/18 12", "2009/3/24 12")
y.gr <- strptime(y.gr, "%Y/%m/%d %H", tz="")
y.gr <- seq(y.gr[1], y.gr[2], by="1 days")
abline(h=y.gr, col="gray")
axis(2, at=as.numeric(y.days[(1:4)*20]), labels=as.chara...
format="%Y/%m/%d"), las=2)
これを、plotを使って再現するにはどのようにすればよいのか...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。様 投稿のタイミン...
- plot()でtype="n"を指定して、描画領域（座標）を確保した...
- 皆さんにヒントをいただいているのですが、どうにもうまく...
- pdfやpngに書き出してから拡大して見ればいいと思うのです...
png(, length(x1), length(y1))
par(mar = c(0, 0, 0, 0))
image(x.hours, y.days, m, col = c("white", "black"))
dev.off()
プロットを使いたいならこんな感じでどうでしょう。
x <- x.hours[matrix(1:length(x.hours), length(x.hours), ...
y <- y.days[matrix(1:length(y.days), length(x.hours), le...
plot(x, y, pch = 20, cex = 1) # 真っ黒になるときはcex = ...
ちなみに、wikiで">"（半角）を行頭に書きたいときはチルダを...
- Iona様、皆様、いろいろご教授ありがとうございました。作...
for(i in 1:ncol(m)){
segments(x.hours[m[,i]==1], y.days[i], x.hours[m[,i]==1]...
}
ループを作図に使うという発想はこれまでありませんでしたが...
- segments の引数はベクトル可なので，for を使う必要はない...
st <- c("2008/12/19", "2009/3/24")
st <- strptime(st, "%Y/%m/%d", tz="")
y.days <- seq(st[1], st[2], by="1 day")
x.hours <- seq(0, 48, length=3600*48/10)
m <- matrix(sample(c(0, 1), (3600*48/10)*length(y.days),...
17280, length(y.days))
par(oma=c(2, 1.5, 1, 1))
y.lim <- c("2008/12/17", "2009/3/26")
y.lim <- strptime(y.lim, "%Y/%m/%d", tz="")
plot(c(-0.1, 48), c(as.numeric(y.lim[2]), as.numeric(y.l...
yaxt="n", ylab="")
y.days2 <- rep(y.days, each=17280)[m==1]
x.hours2 <- rep(x.hours, 96)[m==1]
mk <- diff(y.days)[1]
segments(x.hours2, y.days2, x.hours2, y.days2+mk)
y.gr <- c("2008/12/18 12", "2009/3/24 12")
y.gr <- strptime(y.gr, "%Y/%m/%d %H", tz="")
y.gr <- seq(y.gr[1], y.gr[2], by="1 days")
abline(h=y.gr+mk/2, col="gray")
axis(2, at=as.numeric(y.days[(1:4)*20]), labels=as.chara...
format="%Y/%m/%d"), las=2)
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。様 更なるご教授を...
**2要素ずつのマッチング (forループを使わないで） [#u0f558...
>[[shannon]] (2011-10-05 (水) 18:38:21)~
~
質問のタイトルが不適当かもしれませんが、よろしくお願いし...
a <- c(0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0)
上のような"0"と"1"が並んでいるベクトル(a)に対して、
a2 <- c(0, 1, 1, 0, 1, 0)
"0"が2つ以上ならんでいる部分を削除して、"1"の前後にそれぞ...
a2 <- 0
for (i in 1:9) {
if (a[i]==0 && a[i+1]==0) next
a2 <- c(a2, a[i+1])
}
のようにすると、ベクトルの要素数が膨大になった場合にかな...
そこで0が２つ並んでいる要素番号（上記のaでいえば、要素番...
> a3 <- c(FALSE,TRUE,TRUE,TRUE,FALSE,FALSE,TRUE,TRUE,FAL...
> a2 <- a[a3]
> a2
[1] 0 1 1 0 1 0
//
- with(rle(a), rep(values, ifelse(values == 1, lengths, 1...
- ご返答ありがとうございました。関数"rle"がまさに探してい...
b <- rle(a)
b$lengths[which(b$values==0)] = 1
a2 <- inverse.rle(b)
**軸の入れ替えについて [#o1c7a707]
>[[afromonkey]] (2011-10-05 (水) 16:26:51)~
~
統計ソフトRで、横軸をy軸、縦軸をx軸にして線グラフやヒスト...
barplot関数の場合は引数に horiz = T を与えればよいという...
よろしくお願いします。~
//
- plot(x, y) の代わりに plot(y, x) でいかかでしょう？ -- ...
- 言葉足らずで失礼しました。私が意図しているのは、たとえ...
- はい。 -- [[里見聡美]] &new{2011-10-06 (木) 07:46:02};
set.seed(10); x <- rnorm(100)
hi <- hist(x, plot=F)
plot(0, 0, xlim=range(hi$counts), ylim=range(hi$breaks),...
xlab='', ylab='', las=1, bty='L')
for(i in seq(length(hi$counts))) {
rect(0, hi$breaks[i], hi$counts[i], hi$breaks[i+1], co...
border=grey(0.7))
}
box(bty='L')
- 簡単にしてみました。 -- [[Iona]] &new{2011-10-08 (土) 1...
set.seed(10); x <- rnorm(100)
h <- hist(x, plot = FALSE)
barplot(h$counts, space = 0, horiz = TRUE)
plot.window(xlim = range(h$counts), ylim = range(h$break...
axis(2)
ところで、線グラフについては里見さんがおっしゃってるよう...
**R ver 2.13.1以降 Rコマンダーで不正なマルチバイト文字エ...
>[[３６５]] (2011-10-04 (火) 22:28:06)~
~
Rの2.13.1以降でRコマンダーで２バイト文字のファイル名など...
Rconsoleでは当該ファイル名は認識され、データもロードでき...
また、R2.13.0以前では同様なエラーは出ませんでした。~
OSはwindowsXP sp3、RcmdrはそれぞれのRバージョンで更新して...
バージョンアップが出来ずに困っています。どなたかお心当た...
//
- 補足ですが、ファイルのロードで -- [[３６５]] &new{2011-...
- load("C:/Documents and Settings/dad/デスクトップ/二バイ...
- >２バイト文字のファイル名などを使用すると不正なマルチバ...
- A<-"文字" を実行すると 「エラー: NA」となります -- ...
- 漢字交じりのファイル名は内容が判りやすいと思いますが、...
- どうも漢字によって「NA」になったり「不正なマルチバイト...
- Sys.setlocale(locale = "ja_JP.UTF-8")かoptions(encoding...
Rcmdrは使ったことがありませんが、その問題はUTF-8で書かれ...
- Iona様、ご示唆頂き有難うございます。その方法では解決い...
- こちらでも試してみましたが最新のＲだとエラーになります...
**パッケージの中身を書き換える [#sea27ef1]
>[[西田]] (2011-10-01 (土) 15:48:10)~
~
あるパッケージに含まれる動作を拡張して使いたいと思ってい...
今まではlibrary()で読み込んだ後、関数等を書き換えていたの...
パッケージの中身を直接いじることができれば一度で済みます...
//
- パッケージによる部分があります。完全にオープンソースな...
**類似度によって欠損値補完 [#a5ac62f5]
>[[tak]] (2011-09-30 (金) 16:41:40)~
~
下のような、縦方向にケース番号、横方向にデータ番号を配置...
> data
data1 data2 data3 data4 data5
case1 NA 10 100 1000 10000
case2 2 NA 200 NA 20000
case3 3 30 300 3000 30000
case4 NA 40 NA 4000 NA
case5 5 NA 500 5000 50000
case6 6 60 600 NA NA
case7 7 70 700 7000 70000
case8 NA 80 800 8000 NA
case9 9 90 NA 9000 90000
case10 10 NA 1000 10000 100000
上の行列に対して、ケース毎の類似度を計算した行列(2)が下の...
> similarity
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10]
[1,] 0.00 0.16 0.46 0.50 0.77 0.84 1.38 1.41 1.61 1.73
[2,] 0.16 0.00 0.20 0.00 0.60 0.67 1.00 0.67 1.17 1.61
[3,] 0.46 0.20 0.00 0.17 0.46 0.63 1.05 1.00 1.42 1.61
[4,] 0.50 0.00 0.17 0.00 0.11 0.25 0.50 0.67 0.84 0.67
[5,] 0.77 0.60 0.46 0.11 0.00 0.17 0.46 0.47 0.80 1.15
[6,] 0.84 0.67 0.63 0.25 0.17 0.00 0.21 0.33 0.53 0.67
[7,] 1.38 1.00 1.05 0.50 0.46 0.21 0.00 0.20 0.47 0.69
[8,] 1.41 0.67 1.00 0.67 0.47 0.33 0.20 0.00 0.17 0.31
[9,] 1.61 1.17 1.42 0.84 0.80 0.53 0.47 0.17 0.00 0.20
[10,] 1.73 1.61 1.61 0.67 1.15 0.67 0.69 0.31 0.20 0.00
そこで、行列(1)に存在する欠損値を類似度によって補完する処...
~
処理の内容は、欠損値補完対象のケース番号と類似度の高い上...
~
例えば(k=3の場合)、case1のdata1が欠損値になっていますが、...
~
説明がわかりづらくて申し訳ありませんが、宜しくお願いしま...
//
- あまり凝ってもしょうがないので，for をバリバリ使って計...
n <- nrow(data) # 列数
m <- ncol(data) # 行数
suf <- integer(3) # 類似度が高いもの3つの添え字を入れる
for (i in 1:n) { # 各 case について
for (j in 1:m) { # 各 data について
if (is.na(data[i, j])) { # もし，欠損値なら，類似度...
# ties.method は average 以外ならどれでもよい?
hi <- rank(similarity[1,], ties.method="first")
# 類似度が高く，かつ，データが欠損値でない case の...
# suf に格納（3つまで）
l <- 0
for (k in n:1) {
if (!is.na(data[hi[k], j])) { # 欠損値でないなら
l <- l+1 # カウンタを増やす
suf[l] <- k # 添え字を格納
if (l == 3) break # 3つ見つかったら脱出
}
}
if (l == 3) { # 3つないときには NA のままにする?
# （平均値でよいと思うけど）
data[i, j] <- mean(data[hi[suf], j])
}
}
}
}
実行結果
data1 data2 data3 data4 data5
case1 8.666667 10 100.0000 1000 10000.00
case2 2.000000 80 200.0000 9000 20000.00
case3 3.000000 30 300.0000 3000 30000.00
case4 8.666667 40 833.3333 4000 86666.67
case5 5.000000 80 500.0000 5000 50000.00
case6 6.000000 60 600.0000 9000 86666.67
case7 7.000000 70 700.0000 7000 70000.00
case8 8.666667 80 800.0000 8000 86666.67
case9 9.000000 90 833.3333 9000 90000.00
case10 10.000000 80 1000.0000 10000 100000.00
- 遅くなりました、ありがとうございます。 結果を確認してみ...
- 連投すみません、7行目を以下のように直したらイケました。...
hi <- rank(similarity[1,], ties.method="first") # 変更前
hi <- rank(similarity[i,], ties.method="first") # 変更後
- んー・・・うまくいかないですね・・・ -- [[tak]] &new{20...
- 平均値を入れてしまうと分散が小さくなってしまいませんか...
- 欠損値補完ならpackage miを使ってmultiple imputationした...
- 実は研究で欠損値処理の比較をやろうとしていて、過去の論...
- 以下のように、rank()関数でランク付けされたものを、ラン...
hi <- rank(similarity[i,], ties.method="first")
hi2 <- hi
for (a in 1:max(hi)) {
for (b in 1:max(hi)) {
if (hi[b] == max(hi) + 1 - a) {
hi2[a] <- b
break
}
}
}
- rankの高い順にcase番号を取り出すにはorder(hi, decreasin...
なんとなく凝ったものを１つ作ってみました。
ifelse(is.na(data), t(apply(similarity, 2,
function(i) apply(data[order(i, decreasing = TRUE...
function(x) mean(x[head(which(!is.na(x)), 3)]))))...
data1 data2 data3 data4 data5
case1 8.666667 10.00000 100.0000 1000.000 10000.00
case2 2.000000 73.33333 200.0000 8666.667 20000.00
case3 3.000000 30.00000 300.0000 3000.000 30000.00
case4 8.666667 40.00000 633.3333 4000.000 66666.67
case5 5.000000 60.00000 500.0000 5000.000 50000.00
case6 6.000000 60.00000 600.0000 4666.667 43333.33
case7 7.000000 70.00000 700.0000 7000.000 70000.00
case8 3.333333 80.00000 800.0000 8000.000 20000.00
case9 9.000000 90.00000 200.0000 9000.000 90000.00
case10 10.000000 36.66667 1000.0000 10000.000 100000.00
**指定行へのジャンプ [#cbba89cc]
>[[ohno]] (2011-09-30 (金) 15:37:38)~
~
C言語などで使うgoto文のように、指定行へジャンプしたい時に...
下の行へジャンプする場合は、以下のようにジャンプ先の命令...
この方法では上の行へジャンプする時が複雑になるので、なに...
while (1) {
...
if (1) break
...
}
... #ここへジャンプ
良い方法がありましたらご教授お願いいたします。~
//
- そのような機能をは，たとえあったとしても使わないという...
- なるほど。ご返答ありがとうございました。goto文を使うの...
**文字列の何番目がマッチするかを調べる [#xfef8909]
>[[do-san]] (2011-09-29 (木) 15:30:24)~
~
例えば、文字列"abcde"があったとして、文字パターン"d"にマ...
文字列"abcde"を一文字ずつ分解・ベクトル化して、charmatch...
//
- 例えば -- &new{2011-09-29 (木) 16:22:54};
> strsplit("abcdedcba","")[[1]]
[1] "a" "b" "c" "d" "e" "d" "c" "b" "a"
> which(strsplit("abcdedcba","")[[1]]=="d")
[1] 4 6
- regexpr("d", "abcde") -- &new{2011-09-29 (木) 16:47:29};
- ご回答ありがとうございました。２つ目のregexpr("d","abcd...
**名前のマッチの不具合 [#p9a8803f]
>[[BCD]] (2011-09-27 (火) 18:38:03)~
~
時折、名前のマッチを行うと不具合が生じます。これは何故で...
~
数値と値に対する名前が入っているベクトルA、ベクトルBがあ...
> AB <- c(names(A), names(B)) # 名前を取り出して一つの...
> CD <- AB[duplicated(AB)] # 重複している名前を一つに...
ここで以下のような行列xがあります。
V1には名前が入っていて、ベクトルAとベクトルBの名前は
この中に全て含まれています。
> x
V1 V2
1 名前1 値
2 名前2 値
3 名前3 値
:
> x[x$V1 == CD, ] # CDの要素と行列xの名前とが
一致する行を取り出します。
これらを実行しても最後に名前が一致する行が取り出されない...
//
- つまり，x$V1 と CD の長さが違うのですよ。以下のようにで...
> CD <- c("foo", "bar", "baz")
> (x <- data.frame(V1=c("abc", "foo", "zoo", "boo",
"baz", "yah", "bar"), V2=1:7))
V1 V2
1 abc 1
2 foo 2
3 zoo 3
4 boo 4
5 baz 5
6 yah 6
7 bar 7
> x[x$V1 %in% CD,]
V1 V2
2 foo 2
5 baz 5
7 bar 7
- どうもありがとうございます。下の問題のこともありこの方...
**ベクトルからのマッチした要素の除去 [#o6184f52]
>[[BCD]] (2011-09-27 (火) 17:58:16)~
~
c("水", "金", "地", "火", "木", ......) のようなベクトル...
ここから c("水", "地", ....) を除いたベクトルを作りたい...
//
- 条件を与えて部分集出する場合はsubset()を使います。この...
- 素早いreplyをどうもありがとうございました。duplicated関...
- 除く要素が多い場合には以下のようなものも。 -- [[河童の...
a <- c("水", "金", "地", "火", "木", "土", "天", "海")
b <- c("水", "地", "土")
a[!a %in% b]
**任意の形状でプロット [#bc165f9c]
>[[宗二]] (2011-09-26 (月) 11:25:26)~
~
plot関数を使用する際に、[[グラフィックスパラメータ"pch":h...
具体的には、一点ごとに角度と長さの異なる矢印をプロットし...
//
- arrowsで描くのが普通ではないでしょうか。 -- &new{2011-...
- ご返答ありがとうございます。細かい話で申し訳ないのです...
- 「返し」部分の角度はangle引数、長さはlength引数でそれぞ...
- 重ねてありがとうございます。arrowsのヘルプをよく読んで...
参考までに教えていただきたいのですが、自作のさらに複雑な...
- うーん、どなたかgridパッケージなど使っておられる方、お...
- 複雑な図形を描く関数を作って，描画位置，サイズなどを指...
spin <- function(x0, y0, factor=1, rotation=2)
{
r <- seq(0.1, 1.0, length=100)*factor
theta <- seq(0, -rotation*2*pi, length=100)
x <- r*cos(theta)+x0
y <- r*sin(theta)+y0
lines(x, y)
}
plot(0:10, 0:10, type="n", axes=FALSE, xlab="", ylab="")
spin(3, 5, 0.5)
spin(5, 5, 1)
spin(7, 5, 0.2)
spin(3, 7, 0.5, rotation=5)
spin(5, 7, 1, rotation=4)
spin(7, 7, 0.2, rotation=1)
&ref(spin.png);
- ご返答ありがとうございました。いろいろと質問を広げてし...
「河童の屁は，河童にあらず，屁である。」さん、関数の例示...
**マルコフ連鎖 [#nf0c8aaa]
>[[square]] (2011-09-25 (日) 18:59:28)~
~
マルコフ連鎖とは、乱数発生の方法みたいですが、sample関数...
どんな分布もsampleで発生できると思うのですが。~
//
- > マルコフ連鎖とは、乱数発生の方法みたいですが&br;違い...
- 失礼しました、 -- [[square]] &new{2011-09-26 (月) 18:51...
- mcmcでのサンプリングはsample関数のサンプリングとどう違...
- > mcmcでのサンプリング&br;もうちょっと具体的に言うとど...
- mcmcパッケージは「マルコフ連鎖」ではなくて「マルコフ連...
**閾値を求める方法について [#pc968faf]
>[[ランゲル・ハンス]] (2011-09-21 (水) 08:49:14)~
~
いつも掲示板を参考にしております。~
これまでExcelで計算していたのですが、Ｒでもぜひ計算できる...
ベースラインy=cと回帰直線y=ax+bの交点から閾値を求めたいと...
次のようなデータ（dataXY)があります。
X Y
4 1.1
4.1 0.6
4.2 0
4.3 0.9
4.4 0.9
4.5 0
4.6 0
4.7 0
4.8 0.7
4.9 0.9
5 0
5.1 1
5.2 1.1
5.3 0
5.4 0.4
5.5 1.5
5.6 0.9
5.7 1.5
5.8 2.1
5.9 2.6
6 3.2
6.1 4.3
6.2 6.1
6.3 8.3
6.4 10
6.5 11.9
6.6 15.3
data <- read.table("dataXY.txt", header=T)
(1)データの1行目から16行目までのYの値の平均cを求める。
data1 <- data[1:16,]
c <- mean(data1$Y)
c
(2)データの20行目から27行目までのX,Yの値を一次回帰してy=a...
data2 <- data[20:27,]
L <- lm(Y~X, data= data2)
L
(3)y=cとy=ax+bの交点から閾値（X座標）を求める。~
(4)最後に作図する。
plot(data)
abline(h=c, col=2)
abline(L, col=4)
(3)をご教示いただけないでしょうか？~
また、グラフ中に交点の座標を表示したいと思います。~
どうぞよろしくお願いいたします。~
//
- y=cとy=ax+bの交点は，ax+b=c を x について解くだけでしょ...
(x <- (c-coefficients(L)[1]) / coefficients(L)[2])
points(x, c, pch=19)
text(x, c, sprintf("(%.3f, %.3f)", x, c), pos=4, xpd=TRUE)
（簡単なものは自分で計算する。なんでもかんでも「パッケー...
- 河童さま、ご教示ありがとうございました。地道に計算いた...
**readShapeLines関数とプロット範囲 [#ca07b82e]
>[[宗二]] (2011-09-20 (火) 15:57:37)~
~
maptoolsパッケージの"readShapeLines"関数を使って、GISデー...
~
練習用に[[shapefileライブラリ:http://www.okada.jp.org/RWi...
library(maptools)
map <- readShapeLines("tokyok.shp")
lon1 <- 138 ### 経度138E-141E
lon2 <- 141
lat1 <- 35 ### 緯度35N-35.5N
lat2 <- 35.5
par(usr=c(lon1, lon2, lat1, lat2))
plot(map, xlim=c(lon1, lon2), ylim=c(lat1, lat2))
作図領域を確認すると
> par("usr")
[1] 138.00000 141.00000 33.90625 36.59375
というように、（緯度の）指定範囲がずれてしまいます。~
これは何が原因なのでしょうか？また、修正方法はあるのでし...
//
- 環境によっては，経度もずれますね。 -- [[河童の屁は，河...
> sessionInfo()
R version 2.13.1 Patched (2011-08-31 r56868)
Platform: x86_64-apple-darwin9.8.0/x86_64 (64-bit)
locale:
[1] ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/C/C/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets
methods base
other attached packages:
[1] maptools_0.8-9 lattice_0.19-33 sp_0.9-83
foreign_0.8-45
loaded via a namespace (and not attached):
[1] grid_2.13.1 tools_2.13.1
> par("usr")
[1] 137.88000 141.12000 32.23003 38.26997
- ご返答ありがとうございました。他のグラフィックスパラメ...
ただ、動作環境や他のパラメータによるによる”ずれ”の程度が...
- setParUsrBB = TRUEを入れると上手く行くようです。 -- [[I...
library("maptools")
map <- readShapeLines("tokyok.shp")
lon1 <- 138 ### 経度138E-141E
lon2 <- 141
lat1 <- 35 ### 緯度35N-35.5N
lat2 <- 36 # 35.5だと何もプロットされないので変更してま...
plot(map, xlim = c(lon1, lon2), ylim = c(lat1, lat2), se...
- 回答が遅くなり失礼しました。Ionaさん、ご返答ありがとう...
ただ、plotする[[データタイプ:http://rss.acs.unt.edu/Rdoc/...
また、範囲のずれがmaptoolsパッケージの使用によるものかと...
**複数ページのpdfの作成 [#jb0fec00]
>[[まあくん]] (2011-09-20 (火) 11:35:53)~
~
pdfを作成するときに、複数ページのpdfの作成はできないでし...
//
- pdf関数で複数のグラフをpdf化すれば複数のページになると...
pdf("test.pdf")
plot(1:10)
hist(1:10)
dev.off()
- ありがとうございました。うまくいきました。今まで全く気...
**発症率の検定？ [#t3b0d6c5]
>[[tau]] (2011-09-19 (月) 22:56:26)~
~
いつも、色々と教えていただきましてありがとうございます。~
~
暴露Yが疾患Xの発症に及ぼす影響を調べたいと考えています。~
調査の対象はA県、B県の県民です。両県の県民共に暴露を受け...
A県では暴露前1ヶ月で100例、暴露後1ヶ月で110例の疾患Xの発...
~
１．A県とB県の人口が分かれば単位人口当たり(/1000人など)の...
２．また、A県とB県の人口が十分に大きいと言うことは分かる...
ご教示いただければ幸いです。~
//
- R とは何の関係もないようですが。&br;1. 全数調査なので，...
- 以前、Rを用いた一様性の検定等の件でご教示頂いた者です。...
**多目的最適化で特殊制限 [#jb7547f0]
>[[西田]] (2011-09-15 (木) 00:08:11)~
~
複数の入力値と制約条件から一つの出力が最適になるように分...
~
制約条件である説明変数の下限上限がlower(0,0,0),upper(10,1...
~
現在はcmaes内部で、新しく子集合を作る際に
x <- xmean + σ # 親集合の重心周辺に点を取っているのだと...
x <- 10 * ( x / sum(x) ) #xの合計が5なら5で割ってそ...
...##色々計算 よくなっていたら更新
...##くり返し
として無理やりx1+x2+x3=10を実現しています。が、これできち...
何かいい方法はないでしょうか。(cmaes関数自体にコダワリは...
- 最適化する関数内のx3を10-(x1+x2)に置き換えるとかではダ...
- わかりづらい質問にお答えいただきありがとうございます。...
**一般化加法モデル(gam)の回帰式の出力の仕方 [#e67acdc0]
>[[Saito]] (2011-09-14 (水) 16:58:49)~
~
いつもお世話になっております。ネットや過去ログで調べまし...
> n <- 30
> x <- seq(-n, n)
> y <- 0.04*x^3+0.03*x^2+0.02*x+rnorm(2*n+1, 0, 1) # 真...
> plot(x, y)
>
> res <- lm(y ~ x) # 直線回帰
> func <- function(x){
+ coef(res)[1] + coef(res)[2]*x # これが直線回帰の回帰式
+ }
> points(x, func(x=x))
>
> res2 <- gam(y~s(x, k=3)) # 加法モデル（
# デフォルトは薄板スプライン...
> points(x, predict(res2), type="l", col=2, lwd=3)
# predictによる予測で何故か直...
> coef(res2) #回帰係数が何か出力されてはいるがヘルプを見...
(Intercept) s(x).1 s(x).2
9.309025e+00 -1.199402e-09 3.932092e+02
>
> res2 <- gam(y~s(x, k=4)) #節点の数を増やすと曲線となる
> points(x, predict(res2), type="l", col=2, lwd=3)
> coef(res2)
(Intercept) s(x).1 s(x).2 s(x).3
9.309025 -843.683785 -129.386077 1162.199292
パッケージを扱うのに問題はありませんが、結局、どのような...
どなたか、ご教授頂けると幸いです。どうぞよろしくお願い致...
//
- 関数形ってよくわかりませんが、gamっていれたら出てくるん...
- 早速のコメントありがとうございます。gamと入れて、後を追...
- mgcv:::estimate.gam とすれば見えますけど。その先は知ら...
- パッケージ｢mgcv｣の参考書は、[[Generalized Additive Mode...
**ablineで横軸の指定した範囲に直線を描く [#w36ffd8d]
>[[くま]] (2011-09-14 (水) 15:50:47)~
~
lmで得られた回帰直線式をグラフに描くのに、ablineを使って...
//
- points()ではいかがでしょう？
> set.seed(1)
> x <- seq(0, 100)
> y <- 0.02*x+rnorm(101, 0, 1)
> plot(x, y)
>
> res <- lm(y ~ x)
> func <- function(x){
+ coef(res)[1] + coef(res)[2]*x
+ }
> points(x, func(x=x), type="l", lwd=3, col=2)
> x2 <- seq(0, 80)
> points(x2, func(x=x2), type="l", lwd=3, col=3)
-- [[Saito]] &new{2011-09-14 (水) 17:01:02};
- lm が返すオブジェクトを a, 回帰直線を描く x の範囲を，x...
lines(x.range, coefficients(a)[1]+x.range*coefficients(a...
でよいでしょう。二点を結ぶ直線を描くだけです。全然うまい...
- Saitoさん、河童の屁さんありがとうございました。Rは奥が...
**行列の任意の列に含まれる欠損値NAの割合算出 [#u518b8e6]
> (2011-09-08 (木) 13:46:05)~
~
行列の任意の(全ての)列に、欠損値NAがどれだけあるか、割合...
~
例えば、100行10列の行列において、3列目にNAが40個あれば、N...
~
宜しくお願いします。~
//
- 行数はnrow()、NAかどうかの判定はis.na()を使えばできるで...
まずはNAを含む100行10列の適当な行列を作成します
> a <- matrix(sample(c(1:9,NA),1000,replace=TRUE),100)
3列のNAの割合は次のようにします。
> sum(is.na(a[,3]))/nrow(a)
[1] 0.12
全ての列に対して同様にしたい場合は、sapply(),apply(),for(...
- 回答ありがとうございました。上手くいきました。 -- &new...
- colSums(is.na(a))/nrow(a) -- [[河童の屁は，河童にあらず...
- おぉ、河童さんさすがです。is.na()に行列まるごと与えても...
調べたら、is.na()はdata.frameでもそのままdata.frameを返す...
> b <- list(a1=a,a2=a)
> is.na(b)
a1 a2
FALSE FALSE
- is.naはNaNも含むので, !is.nan(a)&is.na(a)は必要*かも*し...
**理論的な標本分布について [#t792f36e]
>[[manabu]] (2011-09-06 (火) 12:03:05)~
~
本で勉強していて、以下のような問題がありました。~
~
サンプルサイズをn=1、3、5、10と変化させた時に、標本分布の...
※母集団分布は標準正規分布N(0,1^2)~
~
答えは以下のように書いてありました。
curve(dnorm(x, sd=sqrt(1/10)), -3, 3)
curve(dnorm(x, sd=sqrt(1/5)), -3, 3, add=TRUE)
curve(dnorm(x, sd=sqrt(1/3)), -3, 3, add=TRUE)
curve(dnorm(x, sd=sqrt(1/1)), -3, 3, add=TRUE)
母集団の標準偏差や分散が1である時に標本の偏差の二乗の合計...
//
- 標本の偏差の二乗の合計は1じゃないでしょう。偏差の二乗和...
- 回答ありがとうございます。本の回答にある1/10や1/5の1は...
- sqrt(1/10) などは，標本平均の標準誤差ですよ。標準誤差は...
- 丁寧にご説明頂き、ありがとうございます。本当に助かりま...
**SPSSのWEIGHTと同等の機能 [#aaa4727a]
>[[じゃんぽけ]] (2011-09-05 (月) 10:41:06)~
~
Rを利用してアンケート分析を実施したいのですが、~
SPSSのWEIGHT(重み付け）の様な機能はどうすれば再現できるで...
//
- どのような目的でそのような機能を望むのだろうか?~
例えば，以下のような集計表を与えるデータを，weight を使っ...
> d <- table(x)
b
a 1 2 3
female 13 2 6
male 6 14 9
data.frame 関数を使って
> data.frame(d)
a b Freq
1 female 1 13
2 male 1 6
3 female 2 2
4 male 2 14
5 female 3 6
6 male 3 9
のようなデータフレームにできる。このデータフレームの Freq...
重み付きの平均値を求めるには，weighted.mean というのがあ...
lm, glm などには，weights という引数があります。~
実際にやりたいことをもう少し詳しく説明すると，R でならど...
- アドバイスありがとうございます。 -- [[じゃんぽけ]] &new...
**image における時系列軸の反転 [#o2dee4be]
>[[てるよ]] (2011-09-01 (木) 11:59:52)~
~
投稿の前にテキスト整形のルールを読んでも、ほとんど意味が...
~
image() における時系列軸の反転について教えていただけたら...
~
"2008/12/19"から"2009/3/24"の96日間に、等間隔でデータを記...
~
このデータで1がどのような時間帯に現れるのかを調べるために...
st <- c("2008/12/19", "2009/3/24")
st2 <- strptime(st, "%Y/%m/%d", tz="")
y.days <- seq(st2[1],st2[2], by="1 day")
x.hours <- seq(0, 24, by=1)
m <- matrix(sample(c(0, 1), 24*length(y.days), rep=T),
nrow=24, ncol=length(y.days))
image(x.hours, y.days, m, col=c("white", "black"), yaxt=...
xaxp=c(0,24,4), xlab="hours", ylab=NA)
r <- as.POSIXct(round(range(y.days), "days"))
axis.POSIXct(2, at=seq(r[1],r[2], by="20 day"),
format="%Y/%m/%d", las=2)
これでとりあえずグラフは書けたのですが、y軸の時間軸を反転...
~
四苦八苦しているうちに、
image(..., ylim=c(as.numeric(y.days[96]), as.numeric(y....
を書くことでプロット自体の反転はできたのですが、今度は
r <- as.POSIXct(round(range(y.days), "days"))
axis.POSIXct(2, at=seq(r[1],r[2], by="20 day"),
format="%Y/%m/%d", las=2)
を実行してもy軸に日付が表示されなくなってしまいました。~
~
y軸の時系列軸を反転させた後も、日付を表示するうまい方法が...
//
- as.numeric()でy軸を数値型に変換しているに、日付型の軸を...
image(x.hours, y.days, m, col=c("white", "black"),
yaxt="n", xaxp=c(0,24,4),xlab="hours", ylab=NA,
ylim=c(as.numeric(y.days[96]), as.numeric(y.days[1...
axis(2,at=as.numeric(y.days[(1:4)*20]),
labels=as.character(y.days[(1:4)*20]), las=2)
#ref(20110902a.png,center);
labelsのフォーマットにもう少し手を入れる必要がありますが...
**Linuxでのメモリ不足解消 [#a21a396d]
>[[BCD]] (2011-08-29 (月) 15:17:00)~
~
初歩的なことかもしれないので恐縮なのですが、教えてくださ...
Linuxのスパコンを使ってRのheatmap.2関数で作図をしているの...
- それって32bitのRではないでしょうか？ 本当に64bitのRです...
- 確かに64bitのRだと思います -- [[BCD]] &new{2011-09-17 (...
**データフレームの抽出と並び替え [#d1bdbe0f]
>[[BCD]] (2011-08-28 (日) 12:16:08)~
~
>x
1 2 3 4 . .
A 20 50 60 29 . .
B 49 74 90 38 . .
C 57 49 20 39 . .
>Y
[1] "C" "A" .....
のようなデータフレーム'x'(行、列ともに20000行ある)とxの全...
~
現在、私は以下のスクリプトでこの作業を実行しています。し...
result <- NULL
for (i in 1:length(Y)) {
result <- rbind(result, x[rownames(x) == Y[i], ])
}
//
- 一行ずつrbindするのでは結構遅いのでしょうね。
t(sapply(Y, function(a) x[a,]))
というようにすることもできますね。x が2000行×2000列, Y の...
ところが，吃驚することに，「一行ずつrbindするのでは結構遅...
result <- matrix(0, length(Y), 2000)
for (i in 1:length(Y)) {
result[i,] <- x[rownames(x) == Y[i], ]
}
サイズの小さいデータでいろいろ試して，最速のやり方を見つ...
- 速度が問題になる場合，リスト（含むデータフレーム）、ル...
#簡単な例
> set.seed(1234)
> n <- 6; m <- 4
> x <- matrix(rnorm(n^2),nrow=n,ncol=n)
> colnames(x) <- seq(n)
> rownames(x) <- sample(LETTERS,n,rep=TRUE)
> B <- rownames(x); uB <- unique(B)
> A <- sample(uB,m,rep=TRUE)
> z <- factor(B,levels=uB)
> zx <- cbind(z,x) # 行ラベルを数値（因子）化し行列の先...
> Ax <- zx[factor(A,levels=uB),][,seq(2,n+1)]
> x
1 2 3 4 ...
A -1.2070657 -0.5747400 -0.77625389 -0.8371717 -0.693720...
U 0.2774292 -0.5466319 0.06445882 2.4158352 -1.448204...
C 1.0844412 -0.5644520 0.95949406 0.1340882 0.574755...
N -2.3456977 -0.8900378 -0.11028549 -0.4906859 -1.023655...
J 0.4291247 -0.4771927 -0.51100951 -0.4405479 -0.015138...
B 0.5060559 -0.9983864 -0.91119542 0.4595894 -0.935948...
> B
[1] "A" "U" "C" "N" "J" "B"
> A
[1] "U" "J" "B" "C"
> z
[1] A U C N J B
Levels: A U C N J B
> zx
z 1 2 3 4 ...
A 1 -1.2070657 -0.5747400 -0.77625389 -0.8371717 -0.6937...
U 2 0.2774292 -0.5466319 0.06445882 2.4158352 -1.4482...
C 3 1.0844412 -0.5644520 0.95949406 0.1340882 0.5747...
N 4 -2.3456977 -0.8900378 -0.11028549 -0.4906859 -1.0236...
J 5 0.4291247 -0.4771927 -0.51100951 -0.4405479 -0.0151...
B 6 0.5060559 -0.9983864 -0.91119542 0.4595894 -0.9359...
> Ax
1 2 3 4 5...
U 0.2774292 -0.5466319 0.06445882 2.4158352 -1.4482049...
J 0.4291247 -0.4771927 -0.51100951 -0.4405479 -0.0151383...
B 0.5060559 -0.9983864 -0.91119542 0.4595894 -0.9359486...
C 1.0844412 -0.5644520 0.95949406 0.1340882 0.5747557...
# n=10000, m=3500の場合の実行速度
> system.time(Ax <- zx[factor(A,levels=uB),][,seq(2,n+1)])
ユーザ システム 経過
1.804 0.156 1.965
- ありがとうございます。試してみたところ、とても速くなり...
- 横からすみませんが、なぜx[Y,]じゃだめなのでしょうか -- ...
> x <- matrix(round(runif(12)*100),ncol=4)
> colnames(x) <- as.character(1:4)
> rownames(x) <- LETTERS[1:3]
> x
1 2 3 4
A 93 68 20 5
B 26 20 17 74
C 86 35 59 64
> Y <- sample(LETTERS[1:3],10000,replace=TRUE)
> head(Y)
[1] "C" "C" "A" "C" "C" "B"
> system.time(x[Y,])
ユーザ システム 経過
0.000 0.000 0.001
> system.time({result <- matrix(0, length(Y), 4);
+ for (i in 1:length(Y)) {
+ result[i,] <- x[rownames(x) == Y[i], ]
+ }})
ユーザ システム 経過
0.080 0.000 0.087
- なるほど行列の成分抽出演算子[,]には列名、行名ラベルが使...
> system.time(Ax <- x[A,])
ユーザ システム 経過
1.048 0.080 1.132
- x[Y, ]を試してみました。うまくいきますし、とても速いで...
- > なぜx[Y,]じゃだめなのでしょうか&br;さようでございまし...
**一様性の検定について [#caa0a56d]
>[[tau]] (2011-08-27 (土) 10:46:47)~
~
一様性の検定に関して質問致します。~
発症が希な疾患を有する患者が一年間に何人入院したかを2008-...
カイ二乗検定を用いて下記のように検定を行いましたが、度数...
> chisq.test(c(1,2,1,7))
Chi-squared test for given probabilities
data: c(1, 2, 1, 7)
X-squared = 9, df = 3, p-value = 0.02929
警告メッセージ：
In chisq.test(c(1, 2, 1, 7)) : カイ自乗近似は不正確かも...
分割表でカイ二乗検定を行うとき同様、度数が少ない場合は、...
不適当な場合、Fisherの正確検定を用いるのかと考え、調べて...
可能であればFisherの正確検定による一様性の検定の方法を、...
//
- http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/gft.html にあるような，...
- ありがとうございました。調べていた際、青木先生のHPがみ...
**質問紙尺度データのクロス集計の値をパーセントになおす方...
>[[Wombat]] (2011-08-25 (木) 09:16:29)~
~
私の書き方が不明瞭だったようなのでもう一度投稿させて下さ...
ID class Q1 Q2 Q3 Q4 Q5 Q6 Q7 Q11 Q15
1 1 a 5 4 4 4 4 2 4 4 5
2 2 a 4 4 3 3 4 4 3 4 2
3 3 a 4 4 3 5 4 4 3 4 5
4 4 a 4 4 1 3 3 4 5 3 5
5 5 a 5 4 1 5 5 3 2 4 4
6 6 a 4 4 4 4 4 2 1 2 1
-- 省略--
94 94 d 4 4 3 4 4 2 3 4 4
95 95 d 4 3 4 3 3 4 4 4 4
96 96 d 4 4 1 4 3 3 2 4 3
97 97 d 4 5 2 5 5 5 4 4 4
98 98 d 5 4 4 4 3 4 5 4 4
99 99 d 4 4 2 4 4 3 3 4 4
100 100 d 4 4 2 3 4 4 5 4 4
101 101 d 5 4 2 4 4 5 4 4 1
102 102 d 5 4 4 4 3 5 2 4 2
これを各クラスごとに項目別にsapply(d01[,3:11],function(x)...
$Q1
x
3 4 5
a 2 15 8
b 0 21 6
c 2 19 4
d 0 14 11
$Q2
x
2 3 4 5
a 1 5 19 0
b 1 6 20 0
c 0 8 14 3
d 0 4 17 4
-- 以下省略--
これにより、Ｑ１はclass aは強くそう思うと答えた回答者が８...
//
- table の結果をパーセントに直すのは，定石中の定石。小数...
sapply(d01[,3:11],function(x) { tbl <- table(d01$class,x...
正しい答えを出せればよいのであって，うまく書く必要はない...
http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/cross.html にあるプログラ...
- ありがとうございました。上の式の最後のカッコを取るとう...
**クラスと項目別のクロス集計の値をパーセントになおす方法 ...
>[[Wombat]] (2011-08-24 (水) 19:26:14)~
~
河童さんのおかげでクラスと項目別のクロス集計ができるよう...
~
$Q1~
x
3 4 5
a 2 15 8
b 0 19 3
$Q2~
x
2 3 4
a 1 5 19
b 1 5 16
//
- だからいったでしょう。colMeans だろうって。0/1 データの...
集計数をデータ数で割って100を掛けるだけだけど，先に挙げた...
sapply(split(d, d[,2]),
function(x) colSums(x[3:9])/nrow(x)*100)
sapply(split(d, d[,2]), function(x) colMeans(x[3:9])*100)
sapply(d[3:9], function(x) tapply(x, d$class, mean)*100)
by(d[3:9], d[,2], colMeans)
一番目のが一番直感的に分かりやすいかな。~
最後の by を使う例は，％にするために100をどんな風に掛けた...
まあ，お好きなものを。~
なお，for ループなんかを使ってプログラムすれば，どんな複...
- ありがとうございました。でも、この関数は各グループごと...
- 目的に応じてプログラムは変わるということです。 -- [[河...
**一度にクラスごとに各項目を集計（和を求める）する方法 [#...
>[[Wombat]] (2011-08-24 (水) 01:52:47)~
~
次のようなデータがあります。これはある英語教授法を４つの...
(Intercept) s(x).1 s(x).2 s(x).3
9.309025 -843.683785 -129.386077 1162.199292
パッケージを扱うのに問題はありませんが、結局、どのような...
どなたか、ご教授頂けると幸いです。どうぞよろしくお願い致...
//
- 関数形ってよくわかりませんが、gamっていれたら出てくるん...
ID class R Wr L Spk Vocab Gr Spd
1 a 0 0 0 0 0 0 0
2 a 0 0 0 0 0 0 0
3 a 0 0 0 0 0 0 1
4 a 0 0 0 0 0 0 0
5 a 1 0 0 0 0 1 1
: 省略
100 d 1 0 0 0 1 0 0
101 d 1 0 0 0 1 0 0
102 d 0 0 0 0 0 0 0
103 d 1 0 0 0 1 0 0
//
- colSums じゃなく，colMeans では？
sapply(split(d, d[,2]), function(x) colSums(x[3:9]))
または，
by(d[3:9], d[,2], colSums)
または
sapply(d[3:9], function(x) tapply(x, d$class, sum))
お好きな方を。 -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁である。]...
- 河童さん、いつも的確なヘルプありがとうございます。ちな...
- 本を薦めるのは難しい。本屋なり図書館なりへ行って，実際...
**グラフの細かいx軸範囲制御 [#p29134b0]
>[[BCD]] (2011-08-22 (月) 19:09:35)~
~
plot関数で折れ線グラフを作る時にxlimでグラフの中のx軸の範...
例えば xlim = C(0, 10000) のグラフの場合、グラフの左端が...
//
- X 座標値を線形変換し，X 軸は，axis 関数で描く。~
しかし，こういう，グラフを見る人を誤解させるようなグラフ...
set.seed(123456789)
n <- 500
y <- rnorm(n)
x <- sample(10000, n, replace=TRUE)
for (i in 1:n) {
xi <- x[i]
if (xi < 4500) x[i] <- xi/4500
else if (xi < 5500) x[i] <- (xi-4500)/500+1
else x[i] <- (xi-5500)/4500+3
}
x <- x*2500
plot(x, y, xaxt="n")
axis(1, at=0:4*2500,
labels=c(0, 4500, 5000, 5500, 10000))
&ref(cheat.png);
- どうもありがとうございます。axis関数を使えば良かったの...
**read.tableでファイルを読み込む時に、先頭が数字である列...
>[[BCD]] (2011-08-22 (月) 13:13:44)~
~
read.tableでファイルを読みこむと列ラベルの先頭が数字の場...
ex)
0002jh 0043sss
1 2 4
のようなtxtデータをread.tableで読み込むと
X0002jh X0043sss
1 2 4
となります。これを解消したいです。~
//
- ?read.tableでcheck.namesオプションを調べてください。FAL...
- ありがとうございました。おかげ様でうまくいきそうです。 ...
**複素数を含む積分(変数は実数) [#c78f8280]
>[[square]] (2011-08-21 (日) 17:47:20)~
~
下のような複素数の積分はできませんか？~
f=function(x) exp(i*x)~
integrate(f,0,1)~
integrateでは実数限定のようですが。~
//
- すみません、誤記：exp(1*i*x) -- [[square]] &new{2011-08...
- -- &new{2011-08-21 (日) 19:50:51};
> f <- function(x) exp(1i*x)
> integrate(function(x) Re(f(x)),0,1)$value+
(1i)*integrate(function(x) Im(f(x)),0,1)$val...
[1] 0.841471+0.4596977i
- ありがとうございます -- [[square]] &new{2011-08-21 (日)...
**data.frameをtransactionに変換する際の問題 [#j04d0a49]
>[[アレックス]] (2011-08-17 (水) 15:58:26)~
~
R 2.13.1を利用しています。
要素1,要素2,要素3
りんご,バナナ,みかん
バナナ,なし,
パイン,もも,みかん
という中身のファイル(data.txt)を以下のコマンドで読み込み
data1 <- read.table("C:/lab/kankou.txt",sep=",",
header=TRUE)
要素1 要素2 要素3
1 りんご バナナ みかん
2 バナナ なし
3 パイン もも みかん
というdata.frame形式のデータを読み込むことはできたのです...
data.tran <- as(data1, "transactions")
data.frame <- as(data.tran, "data.frame")
としてdata.frameを開いてみると
1{要素1=りんご,要素2=バナナ,要素3=みかん}
2{要素1=バナナ,要素2=なし,要素3=}
3{要素1=パイン,要素2=もも,要素3=みかん}
となってしまいます。これを
1{りんご,バナナ,みかん}
2{バナナ,なし,}
3{パイン,もも,みかん}
となるようなtransactionを生成する方法はないでしょうか。~
//
- それに続いて，
data.frame[,2] <- gsub("要素[1-3]=", "", data.frame[,2])
などとすればよいのでは? -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁...
- 申し訳ありません。私の書き方が悪かったようです。
data.frameの段階ではなく、data.tranの段階で成形する方法、~
もしくはdata.tranを生成する段階で直接可能とする方法をご教...
arulesを用いて分析を行いたいので、transaction形式で読み込...
- transactionsクラスのオブジェクト構造をいじりたいのか、p...
-あなたは，
1{りんご,バナナ,みかん}
2{バナナ,なし,}
3{パイン,もも,みかん}
という内容のテキストファイルが欲しいんですか？（たぶん違...
**Plmをインストールする方法 [#f1cdfb7d]
>[[z]] (2011-08-12 (金) 18:52:21)~
~
Plm Pacakgeを用い、下記の分析を行いたいのですが、うまくイ...
このぱっページをインストールする方法か、類似の分析方法を...
the Fixed effects model (within),~
• the pooling model (pooling),~
• the first-difference model (fd),~
• the between model (between),~
• the error components model (random).~
//
- 何度も繰り返して指摘されるし，上の方の注意事項にも書い...
- エラーコードは下記です。
> library(plm)
以下にエラー library(plm) :
'plm' という名前のパッケージはありません
> install.packages(plm)
以下にエラー install.packages(plm) :
オブジェクト 'plm' がありません
スペックと記載しましたのは、下段の内容についてです。
私のPCはWindows XP(32bit)でR2.13.1を使用しています。~
参照)https://r-forge.r-project.org/R/?group_id=406~
Logs: Linux x86_32 Linux x86_64 Windows x86_32/x86_64 M...
Daily build: patched patched patched | devel patched | d...
Daily check: offline* patched | devel offline* patched...
"plm"Zipファイルのダウンロードはできるのですが、
参照) http://cran.r-project.org/web/packages/plm/index...
「ローカルZipファイルからのインストール」を試みると下記の...
> utils:::menuInstallLocal()
パッケージ 'plm' は無事に開封され、
MD5 サムもチェックされました
> library(plm)
要求されたパッケージ bdsmatrix をロード中です
エラー： パッケージ 'bdsmatrix' を
ロードできませんでした
追加情報: 警告メッセージ：
1: パッケージ 'plm' はバージョン 2.13.1 の R の下で
造られました
2: In library(pkg, character.only = TRUE,
logical.return = TRUE, lib.loc = lib.loc) :
'bdsmatrix' という名前のパッケージはありません
次に、'bdsmatrix'を同様にWebsiteからダウンロードし、
参照) http://cran.r-project.org/web/packages/bdsmatrix/i...
ローカルのZipファイルからインストールしようとしたところ、...
utils:::menuInstallLocal()
以下にエラー gzfile(file, "r") :
コネクションを開くことができません
追加情報: 警告メッセージ：
In gzfile(file, "r") :
圧縮されたファイル 'bdsmatrix_1.0[1]/DE木SCRIPTION'
を開くことができません,
理由は 'No such file or directory' です
> utils:::menuInstallLocal()
以下にエラー gzfile(file, "r") :
コネクションを開くことができません
追加情報: 警告メッセージ：
In gzfile(file, "r") :
圧縮されたファイル 'bdsmatrix_1.0[1]/DESCRIPTION' を
開くことができません,
理由は 'No such file or directory' です
尚、他の方法、とは、「解説書等を読み漁ってFEやREのプログ...
以上、宜しくお願い致します。 -- [[z]] &new{2011-08-15 (月...
- R 2.13.0, XP32bitだとインストール、読み込みともにできま...
- 私は残念ながら Windows ではないので適切な対処法を伝えら...
- 有り難うございます。まずRを再インストールしたら、bdsmat...
- ちなみに、再インストールした場合、Rは2.13.1でも大丈夫で...
**混合モデルの重回帰 [#b5237a4f]
>[[酔鯨]] (2011-08-12 (金) 17:05:34)~
~
使用しているOS=Windows XP Rのバージョン=2.10.0~
独立変数が、定量データと定性データが存在する混合モデルを...
単回帰の結果では、定性データでモデルを別々にしなければな...
//
- すみません。言葉を間違えました。.関数ではありません。去...
- 上のコメントを書かれた人はたぶん間違って書かれたのだと...
**RMA回帰の予測区間について [#v396f3bb]
>[[ryuji]] (2011-08-11 (木) 23:37:05)~
~
現在、ある昆虫の体の一部から体長を推定するために、これま...
//
- 何がしたいのかさっぱりわかりません。もう少し具体的な質...
- RMA は説明変数が1変数の場合だけだし，あまり細かい吟味は...
- ありがとうございます。予測区間では意味が通りませんでし...
** cannot coerce type 'closure' to vector of type 'any' ...
>[[tavia]] (2011-08-11 (木) 20:46:50)~
~
お世話になります。~
~
Rを使って、クラスター分析をしようとしています。~
データの読み込みまではできるのですが、その後~
d <- as.dist(data)~
を実行すると、
以下にエラー as.vector(x, mode) :
cannot coerce type 'closure' to vector of type 'any'
というメッセージが出ます。~
このようなメッセージが出たら、どういうところをチェックす...
教えていただければ幸いです。~
~
Rのバージョンは2.10.1~
OSはWindows Vista Business S.P.2~
です。~
よろしくお願いいたします。~
//
- すみません。去年同じ処理をしたときに使った関数を使った...
- 再現できる状況を提供しないと，何が原因か特定するために...
- ありがとうございました。まさに私が行いたかった事です。...
- すみません。言葉を間違えました。.関数ではありません。去...
**configure で失敗してしまいます。 [#z451f9ba]
>[[nob]] (2011-08-11 (木) 11:31:15)~
~
Rそのものは超初心者ですが、結構前から使っています。~
Plamo Linux 4.7.3でのつまずきです。~
いつもパッケージをCRANからダウンロードしてconfigure、make...
checking for xmkmf... /usr/X11R7/bin/xmkmf~
configure: WARNING: I could not determine FPICFLAGS.~
configure: error: See the file doc/html/R-admin.html for ...
で止まってしまいます。2.13ばかりでなく古いバージョンも同...
どなたか同じような件で解決された方がおりましたら、どのよ...
よろしくお願い致します。~
//
- エラーセージを検索されましたか？SUSEのケースですが[[こ...
- 検索はしました。が、英語のばかりだったので見ないで避け...
- gfortranのバージョンを4.3.5にアップしたら解決しました。...
**グループごとに各質問項目の答えの頻度を計算する方法 [#ya...
>[[Wombat]] (2011-08-10 (水) 12:18:35)~
~
Ｒ超初心者です。御回答よろしくお願いします。以下のような...
ID class Q1 Q2 Q3 Q4 Q5 Q6 Q7 Q11 Q15
1 1 a 5 4 4 4 4 2 4 4 5
2 2 a 4 4 3 3 4 4 3 4 2
3 3 a 4 4 3 5 4 4 3 4 5
4 4 a 4 4 1 3 3 4 5 3 5
5 5 a 5 4 1 5 5 3 2 4 4
6 6 a 4 4 4 4 4 2 1 2 1
7 7 a 5 4 2 2 4 3 4 4 2
8 8 a 4 4 2 5 4 3 3 4 3
9 9 a 4 4 2 3 3 4 3 5 5
10 10 a 5 4 4 4 5 3 3 4 4
11 11 a 4 3 2 3 2 3 1 3 3
12 12 a 3 2 3 4 3 5 4 3 2
13 13 a 5 4 2 4 4 4 5 4 4
14 14 a 3 3 4 3 4 3 1 3 2
15 15 a 4 4 3 4 4 4 4 4 3
16 16 a 5 3 2 4 4 3 3 5 5
17 17 a 4 4 2 4 3 3 4 3 3
18 18 a 4 4 2 2 4 3 2 3 4
19 19 a 5 4 4 4 4 2 5 4 5
20 20 a 4 4 3 4 4 5 4 4 5
21 21 a 4 4 1 4 3 4 4 4 2
22 22 a 4 3 2 3 3 5 3 3 3
23 23 a 4 3 3 3 4 3 3 4 3
24 24 a 5 4 1 4 4 4 4 4 2
25 25 a 4 4 3 4 4 5 4 3 3
26 26 b 4 4 1 4 4 5 3 5 5
27 27 b 5 4 3 4 3 3 3 4 3
28 28 b 4 3 2 4 3 5 4 3 2
29 29 b 4 4 2 3 3 4 4 4 2
30 30 b 4 4 2 3 4 4 3 4 3
31 31 b 4 4 4 3 4 4 2 4 4
32 32 b 4 4 4 4 3 4 3 4 3
33 33 b 4 4 4 3 3 4 4 3 3
34 34 b 4 4 5 3 3 4 3 3 3
35 35 b 5 4 3 4 4 3 3 4 4
36 36 b 4 3 1 3 3 4 5 3 1
37 37 b 4 4 5 4 3 4 4 4 2
38 38 b 4 4 5 2 2 4 2 3 3
39 39 b 4 4 4 4 3 4 2 4 3
40 40 b 4 4 3 4 4 3 3 4 4
41 41 b 4 3 2 3 3 4 4 4 2
42 42 b 5 3 3 4 3 4 5 3 2
43 43 b 4 3 2 3 4 5 5 4 5
44 44 b 4 2 3 3 3 4 3 3 3
45 45 b 4 4 3 5 3 3 5 4 1
46 46 b 4 4 3 3 5 4 5 4 4
47 47 b 4 4 3 4 3 4 4 4 2
Ｑ1からＱ１１の数値はリッカートスケール（５が強く思う〜１...
//
- すみません、補足です。ＯＳはWindows XPでＲはVersion 2.1...
- sapplyなど、apply系の関数でできます。 -- &new{2011-08-...
- ありがとうございました。私の質問の仕方が悪かったと思い...
- 私なら次のようにします -- &new{2011-08-10 (水) 14:01:2...
> dat01 <- data.frame(ID=1:47,class=c(rep('a',25),rep('b...
Q1=sample.int(5,size=47,rep...
Q2=sample.int(5,size=47,rep...
> apply(dat01[,3:4],2,function(x){tapply(x,dat01$class,t...
$Q1
$Q1$a
1 2 3 4 5
3 10 1 5 6
$Q1$b
1 2 3 4 5
4 7 3 4 4
$Q2
$Q2$a
1 2 3 4 5
6 4 2 7 6
$Q2$b
1 2 3 4 5
2 5 4 4 7
Q1とQ2しかサンプルを作っていませんが、実際に使うときには...
- 丁寧な解説がりがとうございました。この式でやってみます...
- これらはリッカートスケールではないので注意。&br;クラス...
> d <- read.table("data01.dat", header=TRUE)
> sapply(d[3:11], function (x) table(d$class, x))
$Q1
x
3 4 5
a 2 15 8
b 0 19 3
$Q2
x
2 3 4
a 1 5 19
b 1 5 16
： 以下略
- ありがとうございました。私が正におこないたかったことで...
**grepで検索元の単語に「ー」が含まれていても正しく検索で...
>[[ひろ]] (2011-08-09 (火) 18:14:41)~
~
grepコマンドの実行で，検索元(パラメータ1)の単語の中に「ー...
~
検索元の単語に「ー」が含まれていても正しく検索できる方法...
> grep("リー","あ","い","う","え")~
以下にエラー grep("リー", "あ", "い", "う", "え") :
"リー" は不正な正則表現です, 理由は 'Missing ']''
//
- 質問するときには，コンソールに入力されたものをそのまま...
関係ないけど，「正則表現」というのは「正規表現」の間違い...
Mac OSX 10.7, R 2.13.1 だと，以下のようになりますけどねぇ...
> grep("リー", c("スリー","い","リード","え"))
[1] 1 3
- Windows (CP932)の話ですね．それ以外のOSなら河童さんの仰...
- ishida先生．私の記入(OS,version)の不足を推測して頂き，...
- 環境はwin7(32),R-2.13.0でした．記入しておらずお手数をお...
- regularを「正則の」と訳すのは数学屋さんですね。 -- &ne...
**Rコマンダーで日本語が使えません [#m9202fbb]
>[[nappa]] (2011-08-04 (木) 12:50:45)~
~
下記のように日本語があると「不正なマルチバイト文字があり...
対策がありましたら、教えてください。
#サンプル
x <- 2
x
Ｒ Version: 2.13.1
ＲコマンダーVersion: 1.6-4
//
- あなたの OS は? ファイルから読むのですか? だとしたら...
- ＯＳはWindowsXPです。ファイルから読むのではなく、直接ス...
- nappaさんに限りませんが、何をどうしたらどうなったのかを...
**パッケージ"adapt"がインストールできません [#x718032d]
>[[しげ]] (2011-08-03 (水) 16:04:22)~
~
パッケージ"adapt"をインストースしようとすると
In getDependencies(pkgs, dependencies, available, lib) :
package ‘adapt’ is not available (for R version 2.13.1
と警告メッセージが出てインストールできないのですが、どの...
> sessionInfo()
R version 2.13.1 (2011-07-08)
Platform: i386-pc-mingw32/i386 (32-bit)
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932
LC_CTYPE=Japanese_Japan.932
[3] LC_MONETARY=Japanese_Japan.932 LC_NUMERIC=C ...
[5] LC_TIME=Japanese_Japan.932
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils
datasets methods base
other attached packages:
[1] rgl_0.92.798
loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_2.13.1
です。かなり初歩的なことだと思いますが、教えてもらえると...
//
- Ｑ＆Ａ (初級者コース)/12 [[Windows7+R64 2.12.1でパッケ...
- ありがとうございました！！解決です＾＾ -- [[しげ]] &new...
**小数点のデータをrankでソートできますか？ [#u4317512]
>[[ひろ]] (2011-07-29 (金) 16:01:26)~
~
小数点(ex 4.564e-05, 4.234e-02 etc.)のデータセットはrank...
~
■ コマンド~
res.sorted <- res[rank(res$D),]~
データセットresの中のD(eviance)の列は小数点データで，これ...
//
- ソートしたいのなら，何故素直に sort 関数を使わないので...
- 回答ありがとうございました．契約上データをお見せできず...
**ピーク面積の求め方 [#e81ac1e1]
>[[どぜう]] (2011-07-26 (火) 10:41:16)~
~
お世話になっております。過去ログにも無いようですので、...
とあるスペクトルデータがあり、ピーク面積を求めたいので...
よろしくお願い申し上げます。~
//
- あなたにとっては、なんのこともない、スペクトルデータと...
&ref(peak.png);
- すみません。絵の貼り方が分からなくて・・・。お示しいた...
- > 曲線でできていて、とがったところが１つだけでなく、色...
&ref(peak2.png);
- ありがとうございます。おっしゃる通りです。面積は、グラ...
- > 面積は、グラフ各点のy値を足し合わせることにします&br;...
x <- 0:4*0.25 # 等間隔であるとする
y <- c(0, 4, 10, 7, 2)
plot(x, y, type="l", yaxs="i")
polygon(c(x, rev(x)), c(y, rep(0, 5)),
col="#00FF0040")
abline(h=y, lty=3)
segments(x, y, x, rep(0, 5))
両端が三角形でも，三角形は上底（下底_が0の台形なので，面...
(y[1]+y[2])*0.25/2 + (y[2]+y[3])*0.25/2 + (y[3]+y[4])*0....
これをまとめると，y 座標値の和の 2 倍から両端の y 座標値...
(2*sum(y)-y[1]-y[5])*0.25/2
答えは 5.5 になる。 -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁であ...
&ref(peak3.png);
- 重ね重ね、丁寧な回答をいただきありがとうございます。非...
- splancsライブラリのareapl関数を使ってみたらよいのでは。...
- 上の方の，1630 点からなる曲線下面積を，areapl で求める...
> delta.x <- x[2]-x[1] # x 座標の間隔
> sum(y)*delta.x
[1] 3.803799
> system.time(for (i in 1:10000) sum(y)*delta.x)
ユーザ システム 経過
0.068 0.001 0.069
> polygon <- cbind(x, y) # 開曲線
> areapl(polygon)
[1] 3.803799
> system.time(for (i in 1:10000) areapl(polygon))
ユーザ システム 経過
4.943 0.211 4.643
> polygon2 <- cbind(c(x, 0), c(y, 0)) # 閉曲線
> areapl(polygon2)
[1] 3.803799
> system.time(for (i in 1:10000) areapl(polygon2))
ユーザ システム 経過
2.586 0.123 2.337
- areapl関数の紹介をありがとうございました。手は広い方が...
**差の検定について [#m8bb60b9]
>[[Tau]] (2011-07-21 (木) 22:41:07)~
~
統計手法の選択についてご教示ください。~
ある疾患が、1週目に4例、2週目に5例、3週目に6例、4週目に17...
ご教示いただければ幸いです。~
//
- 疾患発生数の違いを，(4, 5, 6) と (17) の2群で行いたい（...
> chisq.test(c(4, 5, 6, 17))
Chi-squared test for given probabilities
data: c(4, 5, 6, 17)
X-squared = 13.75, df = 3, p-value = 0.003266
- 河童様、ご返信ありがとうございます。おっしゃるとおり4週...
1-3週の平均と4週の発生数を比較して4週目が多いと言うことを...
- > 1-3週の平均と4週の発生数を比較して4週目が多いと言うこ...
- 度々、ありがとうございます。ｔ検定、U検定共に不適切であ...
- 念のため，何故「 t 検定は考えられない」のか述べておきま...
0.002243 となる。 -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁である...
- 1 変量だからどうこうの問題ではないでしょう。chisq.test(...
- 詳細なご説明、誠にありがとうございます。理解できました...
- 疾患の発症データに対して，ポアソン分布を適用することを...
- 上記の本を注文しました。勉強します。 -- [[Tau]] &new{20...
**propensity score matchingについて [#oe6cd925]
>[[sui?]] (2011-07-14 (木) 15:45:22)~
~
propensity scoreを用いたマッチングの手法について質問させ...
Rはver.2.13.1、Matching 4.7-14を用いています。~
datasetはMaching package内の「lalonde」を用いています。~
以下の通り、propensity scoreを算出します。
> library(Matching)
> data(lalonde)
> Y <- lalonde$re78
> Tr <- lalonde$treat
> glm1 <- glm(Tr~age+educ+black+hisp+married+nodegr+
re74+re75, family=binomial, data=lalonde)
glm1$fittedがpropensity scoreです。
これを用いてMatchingを行います。
> rr1 <- Match(Y = Y, Tr = Tr, X = glm1$fitted)
> summary(rr1)
Estimate... 2624.3
AI SE...... 802.19
T-stat..... 3.2714
p.val...... 0.0010702
Original number of observations.............. 445
Original number of treated obs............... 185
Matched number of observations............... 185
Matched number of observations (unweighted). 344
サマリーを見ると185例でMatchingが行われたようですが、Matc...
よろしくお願い申し上げます。~
//
- Match のオンラインヘルプは読みました? また，str(rr1) ...
- 河童様、早速のコメント誠にありがとうございます。オンラ...
- 上記の件ですが、optionでtiesをFALSEにすれば、良いようで...
- > Matchingさせるscoreの差の許容範囲を設定する項目はopti...
- 河童さん、コメントありがとうございます。おっしゃる通り...
- 私は，この関数を使う必要がないので，正しい使い方を知る...
- 河童様、度々ありがとうございます。おっしゃる通り、repla...
- > この手法でbiasが増すという理由は分かりません&br;重複...
- おっしゃるとおりです。勉強します。 -- [[sui?]] &new{201...
**行列データの修正 [#o453c72f]
>[[内藤]] (2011-07-14 (木) 10:28:10)~
~
以下の行列データがあります（本物はもっとデータが大きい）
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10]
[1,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
[2,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
[3,] 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0
[4,] 0 0 0 999 0 0 0 0 0 0
[5,] 0 0 0 999 0 0 0 0 0 0
[6,] 0 1 0 999 0 0 0 0 0 0
[7,] 0 1 0 999 0 0 0 0 0 0
[8,] 0 1 0 999 0 0 0 0 0 0
[9,] 0 1 0 999 0 0 0 0 0 0
[10,] 0 999 0 999 0 0 0 0 0 0
[11,] 0 999 0 999 0 0 0 0 0 0
[12,] 1 999 0 999 0 0 0 0 0 0
[13,] 1 999 0 999 0 0 0 0 0 0
999以降の列データを2を8個,3を10個というようにプログラムで...
初歩的な質問で申し訳ありませんが，上手いやり方を教えてく...
//
- 質問が正確ではないのですが，例えば，4列目の4行目から13...
x[4:13, 4] <- rep(2:4, c(3, 5, 2)) # x[4:13, 4] <- c(rep...
のようにしますけど...~
何行何列にあるか何個あるかもわからないときにどうするかと...
- 言葉が足りませんでした。10行1000列のデータで列には上図...
- まだ仕様が不十分です。置き換えるのはいつも「順に2を8個...
-また，説明が足りませんでした。~
下記のプログラムを作成したのですが，CORR[i,j]の各列の999...
# 乱数発生数
k <- 100
# 解析年数
n <- 50
###### データ入力(塩化物イオン拡散予測) ########
C0 <- rweibull (k, 2.600, 9.631)
D <- rlnorm (k, -17.454, 0.995)
d <- 6.85
###### データ入力(腐食環境) ####################
a <- 1500
c <- 0.005
alf <- 220
fai <- 1.3
Fe <- 7850
################################################
# 誤差関数の設定
erf <- function(x) 2 * pnorm(x * sqrt(2)) - 1
# 塩化物配列の設定
C <- matrix(0, n, k)
###### 塩化物拡散予測 ##########################
for (i in 1:n) {
for (j in 1:k) {
C[i,j] <- C0[j]*(1-erf(d/(2*sqrt(D[j]*
i*31536000))))
}
}
###### 鉄筋腐食予測（年数予測) #################
t1 <- round((a/alf)*log(0.01/((4*a*c)/(fai*Fe))))
t2 <- round((a/alf)*log(0.05/((4*a*c)/(fai*Fe))))
t3 <- round((a/alf)*log(0.20/((4*a*c)/(fai*Fe))))
# 劣化度の配列設定
CORR<- matrix(0, n, k)
###### 劣化度設定 ##############################
for (j in 1:k) {
for (i in 1:n) {
if (C[i, j] < 1.2) CORR[i, j] <- 0
else if(C[i, j] < 2.0) CORR[i, j] <- 1
else CORR[i, j] <- 999
}
}
################################################
- 投稿方法も確かめておいた方がよいですよ。（プログラムの...
set.seed(123456789) # ★（テスト用）
# 乱数発生数
k <- 100
# 解析年数
n <- 50
###### データ入力(塩化物イオン拡散予測) ########
C0 <- rweibull (k, 2.600, 9.631)
D <- rlnorm (k, -17.454, 0.995)
d <- 6.85
###### データ入力(腐食環境) ####################
a <- 1500
c <- 0.005
alf <- 220
fai <- 1.3
Fe <- 7850
################################################
# 誤差関数の設定
erf <- function(x) 2 * pnorm(x * sqrt(2)) - 1
# 塩化物配列の設定
C <- matrix(0, n, k)
###### 塩化物拡散予測 ##########################
for (i in 1:n) {
for (j in 1:k) {
C[i,j] <- C0[j]*(1-erf(d/(2*sqrt(D[j]*i*
31536000))))
}
}
###### 鉄筋腐食予測（年数予測) #################
t1 <- round((a/alf)*log(0.01/((4*a*c)/(fai*Fe))))
t2 <- round((a/alf)*log(0.05/((4*a*c)/(fai*Fe))))
t3 <- round((a/alf)*log(0.20/((4*a*c)/(fai*Fe))))
t12 <- t1+t2 # ★
t123 <- t12+t3 # ★
# 劣化度の配列設定
CORR<- matrix(0, n, k)
###### 劣化度設定 ##############################
for (j in 1:k) {
nn <- 0 # ★
for (i in 1:n) {
if (C[i, j] < 1.2) CORR[i, j] <- 0
else if(C[i, j] < 2.0) CORR[i, j] <- 1
else { # ★ ここから
nn <- nn+1
CORR[i, j] <- ifelse(nn <= t1, 2,
ifelse(nn <= t12, 3,
ifelse(nn <= t123, 4, 5)))
} # ★ ここまで
}
}
################################################
- ありがとうございます。昨日から色々やってみたのですが，...
- ちなみに，塩化物拡散予測の部分は，以下のように for ルー...
C <- d/(2*sqrt(D*t(row(C)*31536000)))
C <- t(C0*(1-erf(C)))
- 上記のプログラムの後処理で各年(列)の0,1,2,3,4,5の個数を...
- 最も簡単には apply(CORR, 2, table) とする。ただし，やっ...
result <- t(apply(CORR, 2, function(x) {
a <- table(x)
b <- numeric(6)
b[as.integer(names(a))+1] <- a
return(b)
}))
- ありがとうございます。お察しのとおり，意味がわからない...
- 理解できました。上記のapply(CORR,1,に変更したら上手くい...
- > 各年(列)の0,1,2,3,4,5の個数を数えて&br;とあったのをみ...
- Ｒで面グラフは描けるのでしょうか？色々検索したのですが...
- > Ｒで面グラフは描けるのでしょうか？&br;プログラミング...
result2 <- t(apply(result, 1, cumsum)) # 面グラフを描く...
result2 <- cbind(rep(0, nrow(result2)), result2) # 基準...
plot(c(1, nrow(result2)), range(result2), type="n") # pl...
for (i in 2:ncol(result2)) { 隣り合う2列が構成する多角形...
polygon(c(1:nrow(result2), nrow(result2):1), c(result2[...
}
&ref(area.png);
- 参考にします。助かります。 -- [[内藤]] &new{2011-07-16 ...
- 最終的には以下のようにしました。 -- [[内藤]] &new{2011-...
result2 <- t(apply(result, 1, cumsum))
result2 <- cbind(rep(0, nrow(result2)), result2)
color <- gray(seq(1.0, 0.5, length=7))
plot(c(1, nrow(result2)), range(result2),
xlab="経過年数(年)",
ylab="各劣化状態の面積割合(%)", type="n")
for (i in 2:ncol(result2)) {
polygon(c(1:nrow(result2), nrow(result2):1),
c(result2[, i-1],
rev(result2[, i])), col=color[i])
}
legend(2, 40, c("潜伏期", "進展期", "加速期",
"劣化期", "耐力比1.0以下"),
col=1, fill=color, cex=0.7)
順序を耐力比1.0以上，劣化期，加速期，進展期，潜伏期という...
- 上記は解決しました。 -- [[内藤]] &new{2011-07-18 (月) 1...
**latticeパッケージにおけるxyplotの重ね描きの方法 [#s5c4e...
>[[Ryohei]] (2011-07-12 (火) 22:12:18)~
~
以下のxxというデータセットをID別にTIME2対VAR1とTIME2対VAR...
#1に示した図をアウトプットのイメージとして、#2の2種類のグ...
今回は便宜上2行2列のグラフでしたが、実際には4行4列、5行5...
xyplotの特長である、軸ラベルが両端・最上下段のみに表示さ...
どうぞよろしくお願いいたします。
#1
N <- 4 ; TIME <- seq(6)
TIME2 <- rep(TIME, N)
ID <- rep(seq(N), each=length(TIME))
VAR1 <- rep(seq(3), length(TIME)/3*N)
VAR2 <- round(runif(N*length(TIME), min=1, max=9))
(xx <- data.frame(ID, TIME2, VAR1, VAR2))
layout(matrix(1:4, byrow=TRUE, ncol=2))
old <- par(mar=c(2, 2.7, 1.3, 1), mgp=c(1.6, 0.7, 0))
for (i in 1:N) {
plot(xx[xx[,"ID"]==i, "TIME2"], xx[xx[, "ID"]==i,
"VAR1"], xlim=c(0, 7), ylim=c(0, 10),
xlab="", ylab="", main=sprintf("ID%02d", i),
col="red", type="b")
points(xx[xx[, "ID"]==i, "TIME2"],
xx[xx[, "ID"]==i, "VAR2"],
xlim=c(0, 7), ylim=c(0, 10), col="blue", type="b")
}
par(old)
layout(1)
#2
#library(lattice)
#xyplot(VAR1 ~ TIME2 | ID, data=xx, ylim=c(0, 10),
type="b", col="red")
#xyplot(VAR2 ~ TIME2 | ID, data=xx, ylim=c(0, 10),
type="b", col="blue")
//
- xyplot のオンラインヘルプを読めばよい。とはいえ，あんな...
- 御指導ありがとうございます。example(xyplot)等も探してみ...
- > 類似したものを見つけることができず&br; iris データセ...
**package:rattleがインストールできない [#kd4f3685]
>[[sakura]] (2011-07-09 (土) 07:57:43)~
~
PCのシステムは、~
Microsoft Windows XP~
Professional~
Version 2002~
Service Pack 3~
です。~
R version 2.130(2011-04-013)で、package:rattleをロードし...
どう対処したら良いのか、分かりません。ご教示頂ければ、幸...
Learn more about GTK+ at http://www.gtk.org
If the package still does not load, please ensure
that GTK+ is installed
and that it is on your PATH environment variable
IN ANY CASE, RESTART R BEFORE TRYING TO LOAD THE
PACKAGE AGAIN
以下にエラー as.GType(type) : Cannot convert
RGtkBuilder to GType
追加情報: 警告メッセージ：
In unzip(path, exdir = .windows_gtk_path) :
zip ファイルから抽出中に書き込みエラーが生じました
//
- > パスが通らず？&br;ではなくて，「zip ファイルから抽出...
- 管理者権限の使い方が悪いのか、上手くいきません。Rのバー...
**Rexcel:RthroughExcelWorksheetsが無い [#z24c47c3]
>[[Ackin]] (2011-07-01 (金) 14:02:41)~
~
Office2007、WindowsXPの職場PCにRAndFriendsSetup2130V3.1-1...
インストール時は管理者権限で行いましたが、使用時に権限は...
職場PCはマイドキュメントをサーバにあるP:としてあり、getwd...
~
【症状】~
ExcelメニューからRexcel>RthroughExcelWorksheetsとしたいの...
書籍「ExcelでR自由自在」P.34図3.1によるとDemo Worksheets...
C: P: を検索しましたがBookFilesTOC.xlsmは見当たりません。~
~
どこからかBookFilesTOC.xlsmを探してきて、パスを通さなけれ...
//
- 通常は C:\Program Files{ (x86)}\RExcel\R.and.Excel にイ...
library(RthroughExcelWorkbooksInstaller)
installRthroughExcel()
を実行します．この場合もCドライブへのアクセス権が必要にな...
- コメントありがとうございます。管理者権限で実行してみた...
**scatterplot3dの軸調整について [#y20c7f64]
>[[ランゲルハンス]] (2011-06-22 (水) 14:29:19)~
~
いつも掲示板を参考にしております。~
三次元散布図を描きたいと思います。~
下記のプログラムでは、ｘ、ｙ、ｚ軸の目盛は違っても長さが...
それぞれの軸を実際の長さの比（10：20：5 =2:4:1）にした直...
見た目の錯覚を防ぎたいと思います。~
よろしくお願いいたします。
library(scatterplot3d)
x <- runif(100, 0, 10)
y <- runif(100, 0, 20)
z <- runif(100, 0, 5)
scatterplot3d(x, y, z, pch=20)
//
- グラフィックウインドウの横幅（高さ）とxlim, ylim, zlim ...
&ref(3dplot.png);
- 河童さま、ありがとうございました。参考にさせていただき...
**ヒストグラムの横軸に度数、縦軸に階級を取る方法 [#e1ecb1...
>[[buta]] (2011-06-21 (火) 13:07:20)~
~
ヒストグラムの横軸に度数、縦軸に階級を取るにはどのように...
//
- どこかにそのような関数がすでにあるのかもしれませんが，...
old <- par(mar=c(3, 7, 1, 2), las=3, xpd=TRUE, crt=90)
a <- hist(rnorm(1000), xlab="", main="")
mtext("Rotated Histogram", side=2, line=5, cex=1.5)
text(max(a$breaks)+15*strheight("H", units="figure"),
-strwidth("H", units="figure")*10, "Value", pos=1)
par(old)
&ref(rotated.png);
- ちょっと書いて見ました。 -- [[河童の屁は，河童にあらず...
hist2 <- function(x, breaks = "Sturges",
xlab="Counts", ylab="Value",
main="Horizontal Histogram")
{
a <- hist(x, breaks=breaks, plot=FALSE)
class <- length(a$counts)
plot(range(a$count), range(a$breaks),
type="n", xlab=xlab,
ylab=ylab, main=main)
for (i in 1:class) {
rect(0, a$breaks[i], a$counts[i],
a$breaks[i+1])
}
}
- 「河童の屁は，河童にあらず，屁である。」さんありがとう...
- rectも参考にさせて頂きました！！！！ -- [[buta]] &new{2...
**pasteでベクトル内の文字列を短いコマンドで連結する方法 [...
>[[poro]] (2011-06-18 (土) 04:00:33)~
str <- ""
for (i in c("a", "b", "c")) {
str <- paste(str, i, sep="")
}
としていますが、ベクトルをpasteコマンドにそのまま渡して文...
//
- オンラインヘルプは宝の山です。オンラインヘルプを熟読玩...
- ヘルプも本wikiも熟読できなかったようです。ご回答ありが...
**breaksが小数となるヒストグラムの密度表示が正しくない [#...
>[[石ころ太郎]] (2011-06-15 (水) 19:19:09)~
~
お世話になります。
hist(c(0.1*1:10), probability=TRUE)
を実行したときにdensityが0.1となるべきところが、1.0となっ...
解決法はございますでしょうか？~
//
- 何か勘違いをされているのでしょう。probability=TRUE にし...
> x # データ
[1] 0.1 0.2 0.2 0.3 0.3 0.3 0.4 0.4 0.4 0.4
0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.6 0.6
[18] 0.6 0.6 0.6 0.7 0.7 0.7 0.7 0.8 0.8 0.8
0.9 0.9 1.0
> a <- hist(x,probability=TRUE) # 元のデータのヒストグラム
> a$breaks # 階級幅は 0.2
[1] 0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0
> a$density # 各階級の density
[1] 0.500000 1.166667 1.666667 1.166667 0.500000
> sum(diff(a$breaks)[1]*a$density) # 確率の合計
[1] 1
> b <- hist(x*10,probability=TRUE) # 元のデータを 10 倍...
> b$breaks # 階級幅は 2（元のデータを使った場合の 10倍）
[1] 0 2 4 6 8 10
> b$density # 各階級の density（元のデータを使った場合の...
[1] 0.0500000 0.1166667 0.1666667 0.1166667 0.0500000
> sum(diff(b$breaks)[1]*b$density)
[1] 1 # 確率の合計はやはり 1
&ref(hist-density.png);
- 早速の返事ありがとうございます。面積を計算するときに横...
**四分位数にバグ？ [#q813845c]
>[[三十路]] (2011-06-14 (火) 21:23:44)~
~
c(1,2,3,4,5,100,1001,1002,1003,1004,1005)~
をsummaryで見ると、~
Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max.
1.0 3.5 100.0 466.4 1002.0 1005.0
という結果が表示されるのですが、この3rd Qu.は間違ってます...
c(1,2,3,4,5,10,101,102,103,104,105)~
ならば正しく、~
Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max.
1.00 3.50 10.00 49.09 102.50 105.00
が返されるのですが。~
//
- 表示の際の有効数字の問題でバグではありません。 summary(...
- 回答どうもありがとうございます。 -- &new{2011-06-15 (...
**RColorBrewerが使えません [#tcbad90f]
>[[HS]] (2011-06-14 (火) 18:15:53)~
~
R (2.13.0, x86_64-pc-mingw32/x64) 上で RColorBrewer (1.0-...
> library(RColorBrewer)
エラー： パッケージ 'RColorBrewer' は R 2.10.0 以前に造...
となってしまいます．64bit環境のためなのでしょうか？~
解決方法等ご存知でしたらご教示ください．~
//
- 素直に「RColorBrewerを新しくインストール」するとどうな...
- 回答ありがとうございます。アンインストールと再インスト...
- そうですか。複数箇所にRColorBrewerを入れていないのなら...
**lme()で平方和を出力する方法 [#r702040a]
>[[TK]] (2011-06-14 (火) 12:45:30)~
~
線形混合モデルを使った時に、複数の固定効果の相対的な重要...
しかし、lme()を使ってもlmer()を使っても、このような出力が...
使用環境は、Windows XP、R2.13.0、nlme_3.1-100、lme4_0.999...
library(nlme)
res.lme <- lme(distance ~ age + Sex,
random= ~ 1|Subject, data=Orthodont)
anova(res.lme)
library(lme4)
res.lmer <- lmer(distance ~ age + Sex + (1|Subject),
data=Orthodont)
anova(res.lmer)
lme()の場合、分子自由度、分母自由度、F値、P値が出力されま...
lmer()の場合、分子自由度、平方和、平方平均、F値が出力され...
lmer()が返す平方和を用いようかと考えたのですが、lme()とlm...
//
- たとえば，anova.lme の中を見てみると，Fval[i] <- sum(c0...
- anova(res.lme) で出力されるのは，「分散分析表」ではない...
- 早速のお返事、感謝します。 anova(res.lme)は分散分析表で...
Orthodont$X1<-as.factor(rep(letters[1:3],36))
res.lme2 <- lme(distance ~ age + X1,
random= ~ 1|Subject, data=Orthodont)
summary(res.lme2)
anova(res.lme2)
summary(res.lme2)を見るとX1の係数は2つあり、それぞれの有...
**一般プロクラステス分析 [#rdfcaf67]
>[[タカ]] (2011-06-13 (月) 17:27:24)~
~
いつもお世話になっております。~
GPA（一般プロクラステス分析）について質問です。
Acid Strange Hard Acid1 Strange2 Hard2
C1 2.0 2 2.0 2 1 2.0
C2 4.0 2 1.0 4 3 4.0
C3 7.0 1 2.5 11 1 7.0
C4 4.5 2 1.5 1 2 2.8
C5 5.0 3 4.0 5 6 4.0
以上のデータ（test）に対して、
library(FactoMineR)
res.GPA <- GPA(test, group=c(3, 3))
としたのですが、「以下にエラー if (a >= 0) prob <- pgamma...
御存じの方いらっしゃいましたら、ご教授の程よろしくお願い...
使用環境は、WindowsXP、R 2.13.0です。
//
- このような場合，エラーがでたらまず，traceback 関数によ...
> traceback()
2: coeffRV(Xi, Xj)
1: GPA(test, group = c(3, 3))
coeffRV という関数で最終的にエラーが起きたことがわかりま...
- 早速のご回答ありがとうございます。エラーの解析法までご...
ご指摘された原因についてなのですが、私も最初はデータ不足...
Acid Strange Hard Acid1 Strange2 Hard2
C1 2.0 2 2.0 2 1 2.0
C2 4.0 2 1.0 4 3 4.0
C3 7.0 1 2.5 11 1 7.0
C4 4.5 2 1.5 1 2 2.8
C5 5.0 4 6.0 4 5 4.0
データの中身自体に何か原因があるのでしょうか？繰り返しの...
- > 逆にC5の行をまるまる削除して、GPAを実行してもうまく動...
> a <- NaN
> if (a >= 0) 1
以下にエラー if (a >= 0) 1 :
TRUE/FALSE が必要なところが欠損値です
> a <- -Inf
> if (a >= 0) 1
> if (a < 0) 2
[1] 2
しかし，pgamma が返す値は NaN になっている。エラーメッセ...
> test
Acid Strange Hard Acid1 Strange2 Hard2
C1 2.0 2 2.0 2 1 2.0
C2 4.0 2 1.0 4 3 4.0
C3 7.0 1 2.5 11 1 7.0
C4 4.5 2 1.5 1 2 2.8
C5 5.0 4 6.0 4 5 4.0
> res.GPA <- GPA(test, group=c(3, 3))
以下にエラー
if (a >= 0) prob <- pgamma(rvstd - (-2/a),
shape = (4/a^2), scale = (a/2), :
TRUE/FALSE が必要なところが欠損値です
なんで動いたんでしょ。変ですね。 -- [[河童の屁は，河童に...
- 検討ありがとうございます。 変ですね。こちらだとうまく動...
> test
Acid Strange Hard Acid1 Strange2 Hard2
C1 2.0 2 2.0 2 1 2.0
C2 4.0 2 1.0 4 3 4.0
C3 7.0 1 2.5 11 1 7.0
C4 4.5 2 1.5 1 2 2.8
C5 5.0 4 6.0 4 5 4.0
> (res.GPA <- GPA(test, group=c(3, 3)))
**Results of the Generalized Procrustes Analysis (GPA)**
There are individuals, characterized by variables
*Results are available in the following objects :
name description ...
1 "$RV" "RV Coefficients between partial
configurations"
2 "$RVs" "standardized RV Coefficients
between partial configurations"
3 "$simi" "procrustes similarity indexes
between partial configurations"
4 "$scaling" "isotropic scaling factors" ...
5 "$dep" "PCA of initial configuration " ...
6 "$consensus" "coordinates of the consensus
configuration"
7 "$Xfin" "coordinates of partial
configurations"
8 "$PANOVA" "list of Procrustes Analysis of
Variance tables"
9 "$correlation" "Correlations by sets" ...
何が起きているのかさっぱりですね。バグなんですかね。 -- [...
**パッケージneuralのインストールについて [#zcd585ab]
>[[M_Saito]] (2011-06-11 (土) 16:12:29)~
~
初めて投稿します。この投稿欄にあるhiro?氏と同じような状況...
> utils:::menuInstallLocal()
以下にエラー gzfile(file, "r") : コネクションを開くこ...
追加情報: 警告メッセージ：
In gzfile(file, "r") :
圧縮されたファイル 'neural/DESCRIPTION'
を開くことができません,
理由は 'No such file or directory' です
> install.packages("C/neural.zip",repose=NULL)
ファイル名から 'repos = NULL' を推測
以下にエラー zip.unpack(pkg, tmpDir) :
zip ファイル 'C/neural.zip' が見付かりません
> install.packages("C/neural.zip",contriburl=NULL)
以下にエラー zip.unpack(pkg, tmpDir) :
zip ファイル 'C/neural.zip' が見付かりません
ファイルは作業デレクトリに置いてあります。どこが間違って...
//
- 同じ環境で確認してあげることができないのですが，&br;zip...
- 早速のご検討有難うございました。作業デレクトリは新しく...
- ご面倒をお掛けしております。諦めきれずに各種試行した結...
- > やはり展開したファイルをzipに再度圧縮する際に何か問題...
- コンパイルして，Windowsのバイナリにしていないのでは？ -...
**ロジスティック回帰の曲線のグラフを描きたい [#c21866fd]
>[[うー]] (2011-06-02 (木) 17:03:52)~
~
ロジスティック回帰をしています。~
量xと反応の割合pについて、glm関数でロジスティック回帰式を...
xとpについてプロットを行い、この図に回帰曲線を加えたいと...
~
単回帰であればabline関数とlm関数を用いてコマンド一つで回...
~
いくつか本やウェブページを調べたのですが、独立変数を非常...
~
curve関数で書いてしまおうかとも思ったのですが、高水準作図...
~
何かいい方法はないでしょうか？ 自分で関数を書く以外ない...
//
- 裏で何がどのようにやられていようと，一つの関数を呼ぶだ...
plot.glm <- function(a)
{
x <- a$data$x
y <- a$data$y
plot(x, y)
points(x, a$fitted.values, col="red")
d <- data.frame(x=seq(x[1], x[length(x)],
length=500))
lines(d$x, predict(a, d, type="response"),
col="red")
}
# 使用例
d <- data.frame(x=1:10, y=c(0,0,0,1,0,1,1,1,1,1))
a <- glm(y~x, data=d, family=binomial)
plot(a)
# 当然ながら，logit 以外にも対応
plot(glm(y~x, data=d,
family=binomial(link="probit")))
plot(glm(y~x, data=d, family=gaussian))
- ありがとうございます。実は人に聞かれ、私もですが相手は...
**テーブル出力時の列名のズレ [#ed27b1ed]
>[[ぺーぺー]] (2011-06-01 (水) 21:35:13)~
~
相関行列をテキストファイルに出力したいのですが、どうして...
~
例として、以下のコードで再現可能です。~
~
a<-iris[,1:4]
b<-cor(a)
write.table(b,"C:/b.txt",append=F,
quote=F,col.names=T,row.names=T)
~
コンソール上でbを出力すると、1行1列目は空白としてきちんと...
~
現状、テキストファイルの頭にスペースを追加して読み込んで...
~
宜しくお願い致します。~
//
//- 出力されたテキストファイルは確かに1列ずれているように...
- col.names=NAで。?write.table参照。 -- &new{2011-06-02 ...
- ありがとうございます。おかげさまで解決致しました。もっ...
**pairs()で対数軸にする方法 [#i05bb4eb]
>[[はと]] (2011-05-29 (日) 16:21:03)~
~
R2.13.0を利用しております。~
pairs()で対数軸を利用する方法について質問があります。~
plot()では、plot(data-frame,log="xy")で対数軸に出来るので...
dataのlogをとることも考えましたが、相関係数は元のdataで計...
よろしくお願い致します。~
//
- > dataのlogをとることも考えましたが、相関係数は元のdata...
- 早速ありがとうございます。~申し訳ありません、説明不足で...
**subset関数でワイルドカードは使えますか [#k2a3f5b2]
>[[たろ]] (2011-05-23 (月) 17:46:02)~
~
初心者です。データフレームの中の変数 variable (数字と文字...
subset(data, data["variable"] == "2*")
のような書き方で一遍に取り出すことは可能でしょうか。~
//
- subset(data, regexpr("^2", data$variable) != -1) などテ...
- 早速、お教え頂きありがとうございます。本当に助かりまし...
- 「初心者です」なんて前置きは，何のために必要なんですか...
- 回答する側としては、どの程度くわしく答えればよいかの（...
**対応のあるデータのグラフ作成 [#mde0f198]
>[[ようやくRが楽しくなってきたとこ]] (2011-05-19 (木) 18:...
~
http://software.ssri.co.jp/statweb2/column/column0708.htm...
//
- [[グラフィックス参考実例集：平行座標プロット:http://www...
と，思ったけど，あんなんじゃだめだろうね。~
ということで，簡単な概略プログラムを示しておきましょうか...
set.seed(123456)
x <- data.frame(before=rnorm(10),
after=rnorm(10, mean=0.5))
plot(c(1, 2), range(x), type="n", xlab="",
xaxt="n", ylab="value",
xlim=c(0.8, 2.2))
junc <- sapply(1:nrow(x),
function(i) segments(1, x[i, 1], 2, x[i, 2], col=i))
axis(1, at=1:2, labels=colnames(x))
text(2, x$after, 1:nrow(x), col=1:nrow(x),
pos=4, xpd=TRUE)
&ref(paired-data.png);
- 早いお返事ありがとうございます！！ すごく助かりました...
- matplot(rbind(rep(1,10),rep(2,10)),rbind(x$before,x$aft...
- なるほど。matplot(t(x),type="b",xaxt="n",xlab=""); axis...
**nnetに教師用データを追加する方法 [#ndfb45a6]
>[[R始めて1ヶ月]] (2011-05-07 (土) 12:28:53)~
~
ニューラルネットワークのパッケージnnetについて質問です。~
すでにデータAを学習したネットワークに対して、さらに別のデ...
別のパッケージならできるという情報もお待ちしております。~
//
**eval(parse(text ="文字列"))のエラー [#naa8b689]
>[[質問者]] (2011-05-06 (金) 11:07:52)~
~
お世話になります。~
fv1からfv25という変数にそれぞれread.csv()で数値データ（30...
これらのデータを順番に同じ処理をしたく以下のようなコード...
for (i in 1:25) {
eval(parse(text = paste("fv <- fv", i)))
# 変数fvにi番目のfvを代入
#処理
}
コードを実行すると~
以下にエラー parse(text = paste("fv <- fv", i)) :
<text>:1:10: 予想外の 数値定数 です
1: fv <- fv 1
^
というエラーが出てきてしまいます。~
この原因が分かる方がいましたら、どうかご教授願います。
環境：
R version 2.12.1 (2010-12-16)
Platform: x86_64-pc-mingw32/x64 (64-bit)
//
- fvと1の間にスペースがあったら駄目でしょ。sep=''をつける...
- >回答者様 無事解決しました。感謝します。 -- [[質問者]]...
- 異なる変数に代入されたデータに対して同じ処理をしたいと...
# データが個々のファイルに用意されており，ファイル名が連...
# 入力すべきファイル名を生成する
file.name <- sprintf("file%03d.dat", 1:200)
# file001.dat 〜 file200.dat まで
for (fn in file.name) {
cat(sprintf("file: %s\n"))
# どのファイルを処理した結果かを明記しておく
data <- read.csv(fn)
# いつも同じデータフレームに読み込む
# data というデータフレームについて処理
}
eval(parse( を使わなくては書けないというのはそんなに多く...
**3次元空間の図形の色付け [#fa614e6c]
>[[初心者KT]] (2011-05-04 (水) 09:19:54)~
~
三次元の座標を持つ点AからEが存在します~
下記の様な三角形が三つあります。~
各三角形は連続して隣接しています。~
下記の三角形の表と裏を別の色で塗ることは可能でしょうか。~
またZの値によって、gradationがかかる様な塗り方も可能でし...
実際には、100個以上の三角形の組み合わせによる構造物を扱う...
三角形１~
Point X (mm) Y (mm) Z (mm)~
A -14.54 8.39 60.82~
B -12.36 10.37 61.72~
C -9.4 7.88 61.2~
~
三角形２~
A -14.54 8.39 60.82~
D -15.77 5.74 60.3~
E -10.51 6.07 61.2~
~
三角形３~
A -14.54 8.39 60.82~
E -10.51 6.07 61.2~
C -9.4 7.88 61.2~
//
- 三次元の物体を二次元平面に射影するわけですね。見えてい...
- 私が知る限り、ポリゴンの内部をグラデーションで塗り分け...
- 了解しました。この方法では、かなりの困難ですね。自分も...
- > 平面上に多数の点を設定し、そのZ座標値に応じて色を付け...
Rでやるならその方針でZ座標に応じた色を塗ることができます...
z <- volcano
x <- 10*(1:nrow(z))
y <- 10*(1:ncol(z))
brks <- quantile(z, seq(0,1, len = 21))
zi <- z[-nrow(z),-ncol(z)]
cols <- terrain.colors(20)[cut(zi,brks,
include.lowest = TRUE)]
persp(x, y, 2*z, theta = 120, phi = 15,
col = cols, scale = FALSE,
ltheta = -120, border = NA, box = FALSE)
#ref(3d-grid01.png,center);
ポリゴンやグリッドの中をグラデーションで塗ることはできま...
**パッケージが更新できない [#md4c6b90]
>[[質問者]] (2011-05-03 (火) 21:29:33)~
~
パッケージを更新しようとすると以下のような警告出ます。~
警告： パッケージ 'urca' の前のインストールを取り除くこ...
パッケージ 'zoo' は無事に開封され、MD5 サムもチェックさ...
ダウンロードされたパッケージは、以下にあります
C:\Users\***\AppData\Local\Temp\RtmpVFYyw4\downloaded_pa...
install.packages(update[instlib == l, "Package"], l,
contriburl = contriburl, 中で警告がありました：
'lib = "C:/PROGRA~1/R/R-212~1.1/library"' は
書き込み可能ではありません
以下にエラー install.packages(update[instlib == l, "Pack...
l, contriburl = contriburl, :
パッケージをインストール出来ませんでした
~
解決策はありますでしょうか。ちなみに作業状態ですが、Rを終...
//
- この現象はWinVista,7のみで起きます。Rを起動する時に「管...
- ありがとうございました。 -- [[質問者]] &new{2011-05-04 ...
**パッケージのバージョン [#mae4477c]
>[[質問者]] (2011-05-03 (火) 13:43:25)~
~
あるパッケージをインストールした後、そのバージョンの確認...
//
- これではいかがでしょうか。installed.packagesのExamples...
str(ip <- installed.packages(priority = "high"))
ip[, c(1,3:5)]
plic <- installed.packages(priority = "high", fields="Li...
## what licenses are there:
table( plic[,"License"] )
- library(help="base") -- &new{2011-05-05 (木) 14:32:42};
- 要するに，library(help=パッケージ名) でしょう？パッケー...
> library(help=zoo) により表示されるウインドウの一部
Package: zoo
Version: 1.6-5
> library(help=MASS) により表示されるウインドウの一部
Package: MASS
Priority: recommended
Version: 7.3-13
- ありがとうございました。 -- [[質問者]] &new{2011-05-07 ...
**ESSで日本語を表示する方法？ [#c432a83f]
>[[Toy]] (2011-05-02 (月) 15:14:07)~
~
お世話になります。~
初歩的な質問で恐縮です。~
ESSで日本語を表示する方法について教えてください。~
まず.emacsに、次のように記述しました。
;;essのロード
(load "c:/Meadow/site-lisp/ess/Lisp/ess-site.el")
そしてess-site.elの299行目を、次のように書き換えました。
(setq-default inferior-R-program-name "c:/r/bin/i386/Rte...
その上でMeadowを起動し、Alt+x rと入力するとRは起動します。~
しかし、起動した後の初期画面には日本語は表示されず、作成...
どのように設定すれば、日本語が正しく表示されるのか、御教...
当方の環境は、以下のとおりです。
Editor:Meadow 3.01-dev
OS:Windows XP
R:Version 2-13-0
//
- 自己解決しました。このWikiのESSのページの記述を参考にし...
(set-language-environment "Japanese")
の次に、以下のコードを付け加えることで、グラフ表示の際の...
(set-default-coding-systems 'shift_jis)
(set-terminal-coding-system 'shift_jis)
(set-keyboard-coding-system 'shift_jis)
(set-buffer-file-coding-system 'shift_jis)
(require 'ess-site)
(setq ess-pre-run-hook
'((lambda () (setq S-directory default-directory)
(setq default-process-coding-system
'(shift_jis . shift_jis))
)))
なお、既に記述してあった、次のコードは削除しました。
;;essのロード
(load "c:/Meadow/site-lisp/ess/Lisp/ess-site.el")
ただし、依然として初期画面は日本語表示ではありませんし、...
これはESSの仕様なのでしょうか？ -- [[Toy]] &new{2011-05-0...
- EditorをMeadowからEmacs23.3に乗り換えたら、上記の日本語...
**Rコマンダーでクラスター分析以降の選択ができない [#a28dd...
>[[R初心者]] (2011-05-02 (月) 11:14:32)~
~
R、統計ともに超のつく初心者です。~
RおよびRコマンダーを用いて、クラスター分析を行い、樹形図...
Rコマンダーのインストールはできたのですが、クラスター分析...
Rコマンダー入門によりますと、「現在の状況において利用でき...
クラスター解析をする際にインストールが必要なパッケージ等...
使用OSはWindowsXP, Rのバージョンは2.13.0,データはテキスト...
どうかご教授お願いいたします。~
//
- データセットの問題だったようで、自己解決いたしました。...
- その手法に適したデータセットを読み込んでいないと、手法...
**数量化?�爐里笋衒�擇咼┘蕁爾砲弔い [#zc805f...
>[[cyako]] (2011-05-01 (日) 18:44:20)~
~
R初心者ですが、心理学論文を書くのにコレスポンデンス分析、...
そこで、解説サイトや本を参考にしつつ、下記�のスク...
(windows7、Rのバージョンは2.13.0、データはexcelで作成した...
�1つ目に使用したスクリプト
> df <- read.table("clipboard", header=TRUE)
> df
> library(MASS)
> corresp(df, nf=2)
このスクリプトで1つ目のデータはなんとか結果？を出すことが...
しかし、clipboardの内容(別のカテゴリーデータ)を変えて、同...
�2つ目のエラー
> df <- read.table("clipboard", header=TRUE)
> df
> library(MASS)
> corresp(df, nf=2)
以下にエラー corresp.matrix(as.matrix(x), ...) :
empty row or column in table←これが表示がされます
このようなエラーに対してどのように対処すればいいのでしょ...
もしくは、そもそもスクリプトが間違っているのでしょうか？~
初歩的な質問で大変申し訳ないのですが、ご指導いただきたく...
//
- 素直にエラーメッセージを解釈しましょう。&br;文字通り，...
> library(MASS)
> (x <- matrix(c(1,0,0, 0,0,0, 0,0,1, 1,0,1), 4))
# 第2列が全部 0 です
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 0 1
[2,] 0 0 1
[3,] 0 0 0
[4,] 0 0 1
> corresp(x)
以下にエラー corresp.matrix(x) :
empty row or column in table
> (x <- matrix(c(1,0,0, 0,1,0, 0,0,0, 1,0,1), 4))
# 第3行が全部 0 です
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 1 0
[2,] 0 0 1
[3,] 0 0 0
[4,] 0 0 1
> corresp(x)
以下にエラー corresp.matrix(x) :
empty row or column in table
このほか，分かりにくいですけど見た目は全部 0 であるような...
- >河童の屁は，河童にあらず，屁である。様 丁寧な説明及び...
**ショートカットキーの変更 [#te1be251]
>[[hiro]] (2011-05-01 (日) 11:46:01)~
~
Mac OS X 上で R 2.13.0 を使用しています。以前は標準エディ...
//
- delete キーを使うだけでよいのでは？ -- [[河童の屁は，河...
- 全く同じ悩みを抱えてるけど今のところ変更する方法はない...
- ありがとうございます．タイプミスすると脊髄反射的にCtrl+...
- https://svn.r-project.org/R-packages/trunk/Mac-GUI/NEWS...
Last update: 2011-02-10 [HJBB]
* Added menu item 'Show Help for current
Function' CTRL+H
to context menu of RConsole and each Script
Editor. It
parses backwards from the current cursor's
position to
to find the current function and opens the
help page.
If the user did select a text chunk CTRL+H
will try
to come up with help page of the selected
text.
If nothing was found it sets the focus to
the Help
Search Field.
~この機能ですね。 右クリックしたときに出てくるコンテキス...
**数量化I類における再計算について [#beac4538]
>[[R初心者]] (2011-04-30 (土) 18:30:19)~
~
仮にRでDBからデータフレームに対して数量化I類を行って、ste...
この時点で、「有意じゃない」カテゴリ内の変数に関して除去...
//
- 「カテゴリ内の変数を除去する」ということは、subset() と...
- ええと、例えばその情報がinteceptに含まれちゃうような感...
- たぶん、A,B,Cの3カテゴリがある変数xを投入したとき、lmだ...
- あ、その通りです。「工学のためのデータサイエンス入門」...
**3次元配列を１次元の添え字順に二次元配列として表示する [...
>[[質問者]] (2011-04-30 (土) 09:54:22)~
~
Aployに次のような三次元配列を定義します。
Apoly <- array(c(1,-0.5,0.3, 0,0.2,0.1,
0,-0.2,0.7, 1,0.5,-0.3),
c(3,2,2))
Aployを１次元の添え字ごとに2次元配列として表示するために...
Apoly[1,,]
Apoly[2,,]
Apoly[3,,]
結果は次の通りです。
> Apoly[1,,]
[,1] [,2]
[1,] 1 0
[2,] 0 1
> Apoly[2,,]
[,1] [,2]
[1,] -0.5 -0.2
[2,] 0.2 0.5
> Apoly[3,,]
[,1] [,2]
[1,] 0.3 0.7
[2,] 0.1 -0.3
これらを一つのコマンドで実行する方法はないでしょうか。例...
> Apoly[1:3,,]
, , 1
[,1] [,2]
[1,] 1.0 0.0
[2,] -0.5 0.2
[3,] 0.3 0.1
, , 2
[,1] [,2]
[1,] 0.0 1.0
[2,] -0.2 0.5
[3,] 0.7 -0.3
//
- １つのコマンドでやる方法は知りませんが、こういう出力が...
> lapply(1:3, function(x) Apoly[x,,])
[[1]]
[,1] [,2]
[1,] 1 0
[2,] 0 1
[[2]]
[,1] [,2]
[1,] -0.5 -0.2
[2,] 0.2 0.5
[[3]]
[,1] [,2]
[1,] 0.3 0.7
[2,] 0.1 -0.3
- 「表示するだけ」ならば以下のように。junk に付値されるも...
> junk <- apply(Apoly, 1, print)
[,1] [,2]
[1,] 1 0
[2,] 0 1
[,1] [,2]
[1,] -0.5 -0.2
[2,] 0.2 0.5
[,1] [,2]
[1,] 0.3 0.7
[2,] 0.1 -0.3
- 例えば -- &new{2011-04-30 (土) 14:38:31};
> aperm(Apoly,c(2,3,1))
, , 1
[,1] [,2]
[1,] 1 0
[2,] 0 1
, , 2
[,1] [,2]
[1,] -0.5 -0.2
[2,] 0.2 0.5
, , 3
[,1] [,2]
[1,] 0.3 0.7
[2,] 0.1 -0.3
- みなさん、ありがとうございました。色々な方法があるので...
**数量化I類での基準変数の指定の仕方 [#hb380b5d]
>[[R初心者]] (2011-04-30 (土) 05:53:05)~
~
DBにRに接続しながらlm関数で数量化I類を試しています。~
Rで数量化I類を行うと、キチンと回帰結果を返してくれるので...
Interceptや、基準となるカテゴリー内のデータ名はlm関数の引...
//
- あなたがお好きなように，factor 関数の levels 引数で指定...
> x <- c("foo", "bar", "baz", "bar")
> (a1 <- factor(x))
[1] foo bar baz bar
Levels: bar baz foo
> as.integer(a1)
[1] 3 1 2 1
> (a2 <- factor(x,
levels=c("bar", "baz", "foo")))
[1] foo bar baz bar
Levels: bar baz foo
> as.integer(a2)
[1] 3 1 2 1
> (a3 <- factor(x,
levels=c("foo", "baz", "bar")))
[1] foo bar baz bar
Levels: foo baz bar
> as.integer(a3)
[1] 1 3 2 3
- なるほど。ありがとうございます。 -- [[R初心者]] &new{20...
**Rcmdrのエラー [#td78fec7]
>[[miyucka]] (2011-04-30 (土) 00:25:29)~
~
こんばんわ．いつもお世話になっています~
環境はMac OSX 10.4.11です．~
Rcmdrを使いたくて~
library(Rcmdr)~
と入力すると~
Error in structure(.External("dotTclObjv",
objv, PACKAGE = "tcltk"), class = "tclObj") :
[tcl] invalid command name "font".
Error : .onAttach は 'attachNamespace' で
失敗しました
エラー： 'Rcmdr' に対するパッケージ
もしくは名前空間のロードが失敗しました
となってしまいます．~
~
パッケージのアップデートをCRANのバイナリもソースも両方や...
（違いは理解してませんがとりあえず．．．）~
BioConductorもやってみましたが変化無しです．~
おかしなことをしたのかと思ってもとからもっていたRを消して~
もう一度インストールして~
library(Rcmdr)と入力しても~
要求されたパッケージ tcltk をロード中です
Tcl/Tkインターフェースのロード中 終了済
要求されたパッケージ car をロード中です
要求されたパッケージ MASS をロード中です
要求されたパッケージ nnet をロード中です
要求されたパッケージ survival をロード中です
要求されたパッケージ splines をロード中です
という記述はでるものの，結果は変わりません~
~
他のQ&Aのページでは勝手に治ったという結果でバグだったのか...
という記述で終ってました．~
これはどこをどうしたらいいのでしょうか？？？~
ご指導頂ければ嬉しいです．よろしくお願い致します．~
//
- 追記失礼します．Error in structure(.External("dotTclObj...
- Mac OS X 10.6.7 で，R version 2.13.0 ですが，何の問題も...
- 河童さん いつもありがとうございます．やはりOSが問題な...
**効果的なグラフ作成について [#y9b2e876]
>[[初心者]] (2011-04-27 (水) 13:21:40)~
~
立体的なグラフの表現方法について~
初心者KT? (2011-01-31 (月) 22:24:19)~
~
R初心者です。~
~
自分は数学系、物理系、工学系の専門教育は受けたことがなく...
~
３０個の点が、xyzを与えられています。~
１． ３０個の点が、“最も平均的に通る平面”（平面Aとする）...
（以前のこのコーナーで質問に答えていただき、平面Aは、ax+b...
~
２． 平面Aの上に８１個の点の様な構造物がドーム状にかぶさ...
� 30個の点と平面A~
� 30個の点と平面A,および平面B~
� �平面Aと平面B~
のそれぞれの3種類の組み合わせを、3次元的にグラフで綺麗に...
LatticeからCloundやwireframeなどを使おうとしましたが、な...
理想的には、平面Bは高さによって（Zの値によって）、色が変...
３０個の点~
X Y Z~
56.8458 56.3972 95.2184~
58.1262 55.2657 96.9028~
61.0080 53.8846 97.6925~
63.7117 52.5191 98.1147~
65.9630 51.1603 98.0884~
68.0598 49.8240 97.4626~
70.3595 48.6390 96.2383~
73.0480 47.8221 94.6007~
76.0860 47.6060 92.8562~
79.2539 48.1658 91.3380~
82.2386 49.5663 90.3180~
84.7249 51.7420 89.9494~
86.4678 54.5090 90.2453~
87.3370 57.6021 91.0912~
87.3282 60.7262 92.2840~
86.5478 63.6101 93.5838~
85.1780 66.0516 94.7681~
83.4311 67.9458 95.6757~
81.5042 69.2908 96.2331~
79.5429 70.1705 96.4590~
77.6191 70.7182 96.4472~
75.7289 71.0677 96.3317~
73.8088 71.3037 96.2427~
71.7678 71.4224 96.2643~
69.5302 71.3165 96.4051~
67.0781 70.7936 96.5927~
64.4841 69.6327 96.6992~
61.9234 67.6774 96.5962~
59.6531 64.9476 96.2303~
57.9525 61.7413 95.6913~
曲面Bの構成要素~
X Y Z~
66.5214 52.3693 100.1890~
69.0172 55.2805 98.6580~
71.1465 57.6134 98.0792~
73.4542 60.2416 96.9707~
74.2816 61.4516 95.2830~
75.8534 63.4528 93.5104~
78.1356 65.5883 94.6485~
79.3441 66.4813 96.3968~
81.8057 68.7355 97.8613~
69.4359 50.9051 99.5420~
71.1025 54.5844 99.2688~
71.9337 56.6633 98.3382~
72.8589 58.7782 97.9511~
73.5783 60.6862 96.7916~
74.3058 62.7413 95.2100~
74.8671 64.3807 93.8145~
76.4086 67.2760 95.2155~
78.2037 70.3165 97.9255~
72.8598 48.6686 97.5556~
73.0553 53.8495 97.0382~
73.1433 56.6261 96.5826~
73.3167 59.6391 96.9136~
73.3231 61.7117 95.9461~
73.3418 63.9996 95.0022~
73.3420 65.9646 94.0229~
73.5266 67.9228 94.9986~
73.9282 71.3346 97.5466~
76.6417 48.3653 95.4308~
75.5219 52.4555 96.4391~
74.9038 54.7740 97.3086~
74.0257 57.8910 97.6356~
73.1674 60.8503 97.5045~
72.5119 63.0188 96.9356~
71.6926 65.7293 96.2245~
71.1617 67.6709 96.7142~
70.0804 71.6452 97.8153~
81.0857 49.4645 93.7371~
77.7238 54.0901 94.3492~
75.9176 56.5834 95.7828~
74.4364 58.6303 97.2458~
73.4941 59.9329 98.2465~
72.1696 61.7559 98.5740~
71.0152 63.3431 98.6402~
69.0276 66.0708 98.0351~
66.2486 69.8901 97.9546~
85.2473 52.2150 93.0255~
81.2928 54.9562 92.2683~
79.3713 56.2273 93.0238~
76.9566 57.8602 93.3170~
75.3852 58.7892 95.9743~
72.8658 60.3924 98.1361~
70.5020 62.0146 97.9852~
67.0597 64.3694 97.9051~
62.4689 67.4921 98.1250~
88.0380 56.8771 94.4088~
84.4938 57.8743 92.7572~
81.0642 58.7234 92.3931~
78.9147 59.1500 93.2910~
75.6953 59.7277 95.2876~
72.8867 60.1105 98.3210~
68.8648 61.0533 98.4587~
65.0531 61.9484 98.5723~
59.3881 63.4470 96.9480~
87.7385 61.3387 95.9346~
84.2589 61.3849 93.4009~
80.7455 61.1783 92.9229~
78.1388 60.8384 94.1021~
74.5410 60.2960 96.3323~
70.9528 59.7412 98.6698~
67.4871 59.4730 98.7284~
63.3083 59.2362 98.0871~
58.8063 58.9720 97.4714~
85.0653 65.4926 97.8556~
83.9668 65.5278 94.3416~
80.8889 64.4879 91.7567~
77.4482 62.5331 93.9201~
75.0270 61.1638 95.4027~
73.0548 59.9064 97.5156~
70.2444 58.5210 97.9352~
66.1804 56.5065 98.6132~
62.4675 54.5575 99.9249~
//
- 平面Aと30点が離れているような &ref(rgl2.gif); -- [[私も...
- 誠に申し訳ありませんでした。このa,b,cはそれぞれa = -0.0...
- あなたにとって、綺麗な3次元的グラフとはどのようなものか...
- “私も医学系”様へ 自分にとっての綺麗なグラフとは、以下の...
- > グラフのprogram~
下記のコードです。a,b,cは新しいものに更新しましたので、こ...
library(misc3d)
## ptsは30点のデータフレームです
## range(pts[,1])
## range(pts[,2])
a <- -0.001709210
b <- 0.001085967
c <- -0.009890907
d <- 1
v <- surfaceTriangles(seq(55,90,len=30),
seq(45,75,len=30),
function(x, y){-(a/c)*x-(b/c)*y-(d/c)},
color2 = "green")
p <- pointsTetrahedra(pts[,1],pts[,2],
pts[,3],size = 0.1)
## drawScene.rgl(list(v, p))
drawScene(list(v, p))
#ref(misc3d-drawScene.png,center);
ついでにBの方の参考コードも示します。
library(geometry)
library(rgl)
tetramesh(delaunayn(as.matrix(B)),B)
# Bは曲面Bのデータフレーム
#ref(geometry-tetramesh.png,center);
- 入力方法を教えて頂いて有難うございました。この方法で、...
**R2.12.2が64-bit版Windowsでないとアンインストールできな...
>[[NT]] (2011-04-23 (土) 16:50:39)~
~
R2.12.2をアンインストールしようとしたら「このプログラムは...
使用OSはWindowsXP Proffesional Ver.2002 Servic Pack3です。~
私としてはこれまでRがバージョンアップされる度に、古いバー...
//
- 再度インストールし直してから消してみるとか。それでもだ...
- ありがとうございます。結局後者の方法で削除いたしました...
**PHP の decbin に相当する関数あるでしょうか？ [#o83c4878]
>[[tadashi]] (2011-04-21 (木) 13:24:10)~
~
PHP には、10進法を2進法に変換するdecbin とい関数がありま...
//
- RSiteSearch()で検索すると、beliefパッケージのdecBin()が...
- あと、HapEstXXRパッケージのdec2bin()とか、wleパッケージ...
**glmのpredic(…, se.fit)で出力される$se.fitについて [#n1d...
>[[まつよ]] (2011-04-20 (水) 12:36:01)~
~
下のようなデータフレーム"data"がを用いて、glm関数による回...
> data
x y
1 1 2
2 2 3
3 3 5
4 4 9
5 5 4
6 6 4
7 7 10
8 8 12
9 9 15
10 10 18
11 11 19
12 12 19
13 13 20
14 14 22
15 15 25
16 16 29
17 17 30
18 18 35
19 19 36
20 20 35
> m=glm(y~x, data,
family=gaussian(link=identity))
> predict(m, newdata=data.frame(x=x),
se.fit=T)
$fit
1 2 3 4 5 ...
-0.3428571 1.5458647 3.4345865 5.3233083 7.2120301 ...
7 8 9 10 11 ...
10.9894737 12.8781955 14.7669173 16.6556391 18.5443609 2...
13 14 15 16 17 ...
22.3218045 24.2105263 26.0992481 27.9879699 29.8766917 3...
19 20
33.6541353 35.5428571
$se.fit
1 2 3 4 5 ...
0.9877626 0.9129465 0.8408734 0.7723116 0.7082816 0.6501...
7 8 9 10 11 ...
0.5995491 0.5586215 0.5295821 0.5144480 0.5144480 0.5295...
13 14 15 16 17 ...
0.5586215 0.5995491 0.6501237 0.7082816 0.7723116 0.8408...
19 20
0.9129465 0.9877626
$residual.scale
[1] 2.292081
おそら$se.fitの値は標準誤差（SE）なのだと思いますが、この...
~
Googleで検索して少し調べてみるとSE=SD/sqrt(N)の関係がある...
~
ちなみにsessionInfo()で出力される使用環境は以下の通りです。
> sessionInfo()
R version 2.12.1 (2010-12-16)
Platform: i386-pc-mingw32/i386 (32-bit)
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932
LC_CTYPE=Japanese_Japan.932
[3] LC_MONETARY=Japanese_Japan.932
LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=Japanese_Japan.932
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils
datasets methods
[7] base
loaded via a namespace (and not attached):
[1] MASS_7.3-9
//
- あなたの言っている SD とSE での SE と，ここでの SE は別...
&ref(se-fit.png);
**Coxとforest plot [#f2d44fee]
>[[michi]] (2011-04-18 (月) 19:03:14)~
~
R 2.12.2を使用しています（mac）．~
&ref(sorafenib SHARP trial NEJM.pdf)のfigure 3のような，C...
//
- すみません．添付ができませんでした． -- [[michi]] &new{...
- > すみません．添付ができませんでした&br;なんて何の情報...
- #ref(http://www.nejm.org/doi/pdf/10.1056/NEJMoa0708857)...
- すみません．投稿になれていないもので，つぎはぎになって...
- うまくいかず失礼しました．本当に初歩的なことで恐縮です...
- > すみまんせん&br;なんて言って言っている前に&br;>...
[[http://rss.acs.unt.edu/Rdoc/library/rmeta/html/metaplot...
[[http://rss.acs.unt.edu/Rdoc/library/rmeta/html/forestpl...
- > PDFファイルを添付するにはどうすればよいでしょうか&br;...
- いろいろ検索してわからず，こちらで質問してみるとと聞き...
- > 他をあたります&br;どうぞ，お好きに。だけど，答えもち...
**お礼 [#ga4c7845]
>[[kazusata]] (2011-04-18 (月) 18:39:14)~
~
ご回答ありがとうございます。~
close.screen( ) をこまめに入れてみます。~
//
- お礼は，記事を別にするのではない。元記事へコメントする...
**screen(n, new=FALSE)が効かない。 [#e733585c]
>[[kazusata]] (2011-04-17 (日) 21:52:27)~
~
windows7で、R ver.2.12.0を便利に使わせて頂いています。~
以下の使用で、思いどおりに行かず、ヘルプをお願い致します。~
jpegデバイスに複数のグラフを書く中で、screen(n, new=FALSE...
jpeg(file.name, quality = 50)
split.screen(c(8,4) )
screen(1)
plot(x,y,type="n")
screen(2)
......
screen(1, new = FALSE)
liens(x,y)
........
dev.off()
これで、jpegを見ると、座標軸が消えている。~
//
- ご自身の入力と"スペルミスなく"入力されて、デモデータで...
- バグか仕様かしらないけれど，screen( ) で別のスクリーン...
pdf("test.pdf", width=10, height=5)
split.screen(c(1, 2))
x <- 1:10
y <- x^2
screen(1)
plot(x,y,type="n")
screen(2)
plot(x,y,type="n")
screen(1, new=FALSE)
lines(x,y)
close.screen(1) # これを入れると期待どおり
screen(2, new=FALSE)
points(x, y)
close.screen(all=TRUE)
dev.off()
&ref(split-screen.png);
**Kaplan-Meierのグラフについて [#o34a6d8f]
>[[hana]] (2011-04-13 (水) 17:21:10)~
~
Mac OS X 10.6.7でR ver. 2.12.2を使用しています初心者です．~
Kaplan-Meierの生存曲線はこちらの既出の方法で描けたのです...
またnumber at riskをグラフに盛り込むにはどうすればよいで...
よろしくご教示ください．~
//
- 単純に上下反転でよいのでしょうか?&br;survival パッケー...
require(km.ci)
data(rectum.dat)
require(survival)
fit <- survfit(Surv(time, status) ~ 1,
data=rectum.dat)
plot(fit$time, 1-fit$surv, type="s")
text(fit$time, 1-fit$surv, fit$n.risk,
pos=3, xpd=TRUE)
- ありがとうごございます．早速実行してみましたが，エラー...
- > エラーとして「有限な'xlim'の値が必要です」とでます．...
- 解決しました．お手数おかけしました． -- [[hana]] &new{2...
**R.12.2.2のインストール後、install.packages( )ができな...
>[[sizu]] (2011-04-08 (金) 14:16:51)~
~
よろしくお願いします。~
R.12.2.2のインストール後、install.packages( )で、下記に...
> utils:::menuInstallPkgs()でも同じで、「以下にエラーメッ...
~
OSはWindowsXP (SP3) 、インストール方法は、full installを...
ミラーサイトは、Tsukuba, hyogo どちらも試しました。~
また、私のPCでは、下記メッセージの「圧縮されたファイル･･･...
~
R2.12.1までは、普通に動いていました。バージョンアップして...
現在では、R2.12.1、R2.12.2 いずれをインストールしなおして...
インストール方法等については、Google などでいろいろ検索し...
~
以下にエラーメッセージを貼り付けます。
> install.packages("Rcmdr")
パッケージを ‘C:\Documents and Settings\
Administrator\Local
Settings\Application Data\
R-core/R/win-library/2.12
中にインストールします
(‘lib’ が指定されていないので)
以下にエラー gzfile(file, mode) :
コネクションを開くことができません
追加情報: 警告メッセージ：
In gzfile(file, mode) :
圧縮されたファイル 'C:\DOCUME~1\ADMINI~1\LOCALS~1\
Temp\RtmpNubfVC/libloc_C
%3a%5cDocuments%20and%20Settings%5cAdministrator
%5cLocal%20Settings%5cApplication%20Data%5cR-core%2fR%2f...
library%2f2.12Version,Priority,Depends,Imports,
LinkingTo,Suggests,Enhances,OS_type,License,Archs,Built....
を開くことができません,
理由は 'No such file or directory' です
//
- 詳しくは理解できませんでしたが、R2.12.2のヘルプから、パ...
- 個別のPC依存の問題のように思えますから、一度バックアッ...
- それと....細かいですが、バージョン番号はなるべく正しく...
- ありがとうございました。バージョン表記について、不正確...
- アドバイスしていただいたとおり、Rに関連しそうなフォルダ...
**クリップボードの読み込みについて [#k323913c]
>[[miyuka]] (2011-04-07 (木) 22:14:08)~
~
R初心者です．おねがいします．~
環境はMac OS X 10.4.11．R version 2.10.1 です．~
クリップボードからデータを読み込みたいのですが
x <- read.delim("clipboard")
以下にエラー file(file, "rt") : コネクションを開くこと...
追加情報: 警告メッセージ：
In file(file, "rt") :
クリップボードを開くことができないか，中身がありません
となります．~
~
ファイルのアクセス権の問題かと思いアクセス権をユーティリ...
ディレクトリはファイルのあるところ，デスクトップ，ホーム...
何がおかしいか教えて頂ければ幸いです．~
//
- それは Windows での話。Mac の場合は，[[クリップボードか...
- お早いお返事ありがとうございます．表記の仕方が全然ちが...
**このグラフの呼び名 [#gbf31d83]
>[[K]] (2011-04-01 (金) 03:58:55)~
~
[[こちらの論文（PDF）:http://csspcat8.ses.usp.ac.jp/lab/i...
名前だけでも分かれば検索できるようになると思うので、どう...
//
- バブルチャートかな -- &new{2011-04-01 (金) 23:02:43};
- なるほど！[[R Graphical Manualで「bubble」を検索:http:/...
- ここに回答がありますよhttp://blog.goo.ne.jp/r-de-r/c/43...
- お教えいただきありがとうございます。リンク先の記述につ...
**CSV fileのimport について [#h1aa2d7e]
>[[初心者KT]] (2011-03-31 (木) 12:02:24)~
~
初心者的質問です。~
CSV fileからデータをimportすると、時々データ行列の一番...
またこの様な時は通常のplotも不可能となります。~
また行列の値を[ ] を用いて取り出しても、やはり値の下に...
CSV fileから、一部分のみコピーして、他のExcel fileにペ...
このXXX levelsの表示は何でしょうか？~
また消す方法はあるのでしょうか？~
宜しくお願いします。~
~
下記にその表示をコピーします。
> AllL[2,3]
[1] 87.5242
47 Levels: 84.7952 86.1777 86.4596 86.4788
86.5069 86.6655 ... Z
> AllL[3,3]
[1] 88.8609
47 Levels: 84.7952 86.1777 86.4596 86.4788
86.5069 86.6655 ... Z
> AllL[2,3]- AllL[3,3]
[1] NA
警告メッセージ：
In Ops.factor(AllL[2, 3], AllL[3, 3]) :
- 因子に対しては無意味です
//
- その変数のデータ中に，数値を表す文字列以外があるとき，...
- いつもとても早い返事ありがとうございます。 -- [[初心者]...
- お礼はしないよりはした方が良いのだけど，「ありがとうさ...
- 了解しました。途中の行にAmount of Landmarks, Landmark N...
**latticeのマルチプロットでパネルごとに注釈を付ける方法 [...
>[[Toy]] (2011-03-29 (火) 16:08:34)~
~
お世話になります。~
latticeのマルチプロットで、gridにより各パネルごとに注釈を...
しかし、注釈をベクトルで値を変えながら付けていきたいので...
どなたか、解決策を御存知の方、御教授いただければ幸いです。
library(lattice)
library(grid)
levels <- levels(as.factor(ethanol$C))
xyplot(NOx ~ E|C, data=ethanol,
panel = function(x, y) {
panel.xyplot(x, y)
panel.loess(x, y)
# 各パネルごとにCの水準を示したい。
grid.text(label=paste("C=", levels, sep=""),
x=unit(0.05, "npc"), y=unit(0.95, "npc"),
just="left")})
//
- 自己解決しました。以下のコードで描画できました。
library(lattice)
library(grid)
levels <- levels(as.factor(ethanol$C))
p <- xyplot(NOx ~ E|C, data=ethanol,
panel = function(x, y) {
panel.xyplot(x, y)
panel.loess(x, y)})
print(p)
update(p,
index.cond = list(rep(1, length(levels))))
panel.locs <- trellis.currentLayout()
i <- 1
for (row in 1:nrow(panel.locs))
for (column in 1:ncol(panel.locs))
if (panel.locs[row, column] > 0)
{
trellis.focus("panel", row = row,
column = column,
highlight = FALSE)
grid.text(label=paste("C=",
levels[i], sep=""),
x=unit(0.05, "npc"),
y=unit(0.95, "npc"),
just="left")
trellis.unfocus()
i <- i + 1
}
お騒がせしました。-- [[Toy]] &new{2011-03-30 (水) 15:08:4...
- 注釈はついたけど，図が全部同じ?&br;update は，update(p,...
- - [[河童の屁は，河童にあらず，屁である。]] &new{2011-03...
- 失礼しました。おっしゃるとおりです。ただし、update文は...
**一般化加法モデル関数gamでの平滑化について [#z59d05f7]
>[[hevel]] (2011-03-28 (月) 16:35:42)~
~
gamを使って一般化加法モデル解析をしています。~
gamの中で平滑化スプライン関数sを使って、“s(x, df=4, spar=...
つまり、“df=某”という式を入れると、「ExtractVars 中のモデ...
バグでしょうか？それとも何か別のパッケージを入れておかな...
//
- そのエラーは，「モデル式が不正」ということなので，df= ...
エラーを再現できるように，あなたがやったこと（入力したプ...
- 早速のご意見ありがとうございます。例えば、http://www1.d...
> library(mgcv)
> data(airquality)
> airq.gam <- gam(Ozone~s(Solar.R)+s(Wind)+s(Temp),
data=airquality)
として計算するとエラーは出ないのですが、
> airq.gam2 <- gam(Ozone~s(Solar.R, df=10)+
s(Wind, df=10)+s(Temp, df=10), data=airquality)
とするとエラーが出ます。等価自由度を変更して解析できない...
- mgcvパッケージにおいて平滑化の程度を指定する方法はバー...
- gam(Ozone~s(Solar.R, df=10)+s(Wind, df=10)+s(Temp, df=1...
- ＞竹澤様 早速のお返事ありがとうございます。私の使って...
- ＞もう1人の方様 早速のお返事ありがとうございます。 す...
- gamパッケージにもgam関数があります（http://cran.r-proje...
> library(gam)
> data(airquality)
> airq.gam2 <- gam(Ozone~s(Solar.R, df=10)+
s(Wind, df=10)+s(Temp, df=10), data=airquality)
-
> library(mgcv)
> data(airquality)
> airq.gam <- gam(Ozone~s(Solar.R)+s(Wind)+s(Temp),
sp=c(1,3,7),data=airquality)
> print(airq.gam)
を実行すると
Estimated degrees of freedom:
1.5182 1.4512 1.1420 total = 5.111303
などが出てきます。これが、sp=c(1,3,7)に対応する等価自由度...
spはsmoothing parameter（平滑化パラメータ）です。
[[竹澤]] &new{2011-03-29 (火) 14:16:07};
- ＞竹澤様 ご指導いただいたように、gamパッケージのgam関...
//- > バグでしょうか？&br;基本的な使い方なのでしょうから...
- パッケージmgcvが等価自由度ではなく平滑化パラメータを指...
- コメントありがとうございました。勉強しなおします。 -- [...
**Silhouette plotの個別データラベル表示 [#b2ca4f1a]
>[[ken]] (2011-03-18 (金) 21:41:05)~
~
はじめまして。~
お世話になります。~
私はpackage(cluster)内の関数pamを用い、クラスター分析を行...
たとえば、
> plot(pam(data, 3), ask=TRUE)
で、Silhouette plotやClusplotを作成した場合、グラフ上に個...
上の例で、Silhouette plotやClusplot上で3クラスターに分け...
大変初歩的な質問で恐縮ですが，御教示いただければ幸いです．~
//
- このような場合に共通する対処法を覚えておきましょう。plo...
例えば，library(cluster) で cluster パッケージを使おうと...
実際に使われる関数がなんなのかは，まず，目的とする関数が...
結果として，"pam", "partition" の二つが表示されます。~
次に，methods(plot) として，"plot.何とか" にどんなものが...
今の場合，その中に，plot.pam か plot.partition があるか探...
実は，plot.partition は，library(help=cluster)) で表示さ...
そして，関連しそうな引数とその説明を読みます（関数名は pl...
あなたが，どのようなラベル付けをしたいか私には分かりませ...
iris データセットを使って，plot(pam(iris[,1:4],3),ask=TRU...
また，「どの個体がどのクラスターに属しているのかが分から...
これによって，例えば iris データセットの分析例ならば，a <...
&ref(example-clusplot.png);
> a <- pam(iris[,1:4],3)
> cbind(iris[,5], a$clustering)
[,1] [,2]
[1,] 1 1
[2,] 1 1
[3,] 1 1
:
[149,] 3 3
[150,] 3 2
> table(iris[,5], a$clustering)
1 2 3
setosa 50 0 0
versicolor 0 48 2
virginica 0 14 36
- 丁寧な解説ありがとうございます。大変助かりました。 -- [...
**GLMのモデル選択について [#e81ec25e]
>[[taipapa]] (2011-03-14 (月) 17:40:04)~
~
お世話になります．~
//昨晩投稿したのですが，なぜか削除されているので，もう一...
長文になりますが，お許しください．~
ある疾患104人の治療効果の判定をロジスティック回帰モデルで...
応答変数はOutcome は良と悪の2値で，説明変数は，9つのカテ...
まず，下記の用にフルモデルを作成しました．
> FullModel <- glm(Outcome ~ a+b+c+d+e+f+g+h+i+J+K+L+M+N...
モデル選択はstepで行ったのですが，得られたモデルは，以下...
summary(stepModel)
Call:
glm(formula = Outcome ~ a+b+c+d+ J + K,
family = binomial, data = mydata)
Deviance Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-1.53608 -0.65721 -0.36439 -0.09402 2.83204
Coefficients:
Estimate Std. Error z value Pr(>|z...
(Intercept) -6.7502 1.8614 -3.626 0.000287 ***
a 0.8752 0.6204 1.411 0.15835...
b -1.2636 0.5959 -2.120 0.03397...
c 1.4079 0.8331 1.690 0.09102...
d 0.8834 0.6045 1.461 0.14391...
T1 3.6828 0.9318 3.952 7.74e-05...
T2 -0.8963 0.4643 -1.930 0.05355...
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’
0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
(Dispersion parameter for binomial family taken to be 1)
Null deviance: 114.717 on 103 degrees of freedom
Residual deviance: 81.622 on 97 degrees of freedom
AIC: 95.622
しかし，イベントが25しかないのに，説明変数が6つもあり，良...
そこで，遺伝的アルゴリズムを用いてAIC/BICがもっとも小さい...
やり方やオプションは，付属のマニュアルにしたがいました．...
GeneticModel <- glmulti(Outcome ~ a+b+c+d+e+f+g+h+i+J+K+...
method="g", report = FALSE, marginality = TRUE, deltaB =...
sexrate = 0.15, imm = 0.2, level = 1)
これで得られたモデルは4つの説明変数を有し，かつ，臨床的に...
さらに，このモデルは，anovaを用いた尤度比検定で上記のstep...
glmのsummaryは以下のとおりです．
> summary(GeneticModel.glm)
Call:
glm(formula = Outcome ~ a+b+J+K,
family = binomial, data = mydata)
Deviance Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-1.6986 -0.5952 -0.4402 -0.1794 2.3542
Coefficients:
Estimate Std. Error z value Pr(>|z...
(Intercept) -5.3365 1.5652 -3.410 0.000651 ...
a -1.1344 0.5692 -1.993 0.046268 ...
b 1.1870 0.7798 1.522 0.127945 ...
J 3.4808 0.8931 3.897 9.72e-05 ...
K -0.8159 0.4454 -1.832 0.066993 ...
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’
0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
(Dispersion parameter for binomial family taken to be 1)
Null deviance: 114.717 on 103 degrees of freedom
Residual deviance: 85.879 on 99 degrees of freedom
AIC: 95.879
Number of Fisher Scoring iterations: 5
さらに，このモデルは，anovaを用いた尤度比検定で上記のstep...
これで決まりかと思ったのですが，説明- pam(iris[,1:4],3)
変数bのp値が0.05をかなり超えてます（0.128）．~
またオッズ比を見ると，
exp(cbind(OR=coef(GeneticModel.glm),
confint(GeneticModel.glm)))
Waiting for profiling to be done...
OR 2.5 % 97.5 %
(Intercept) 0.00481246 0.0001591826 0.08237885
a 0.32160075 0.1006644837 0.96164...
b 3.27732742 0.8119375358 18.53407...
J 32.48671705 6.5308248197 224.1642...
K 0.44222572 0.1700117573 0.98476474
やはり，説明変数bのオッズ比の95%信頼区間は0.81 to 18.5で1...
~
お聞きしたいのは，このようにinformation criteriaが低いと...
基準がAICcなので，有意差検定は気にしないで，このモデルで...
primitiveな質問で恐縮ですが，ご教示いただければ幸いです．~
//
- 使える変数は，event 数 / 10 というような指針があります...
- 早速のアドバイス有り難うございます．確かに，event 数 / ...
- > イベント数／5−10としているものもあります&br;よく分か...
- 5マイナス10ではなくて，5 to 10です．25/5=5で，おっしゃ...
- > 5マイナス10ではなくて，5 to 10です&br;おかしいとは思...
**エラー： ファイルのマジック・ナンバーが不正です [#q55e...
>[[みゅ]] (2011-03-07 (月) 16:11:34)~
~
突然このような現象が起こりました。~
エラーが表示されるのですがその意味も対処方法も分かりませ...
ご存じの方がおられましたら教えてください。よろしくお願い...
（環境は、MacOSX10.6.6、R version 2.9.2です。）~
~
まずtest.Rを作りました。~
~
x <- c(1,2,3,4,5)
y <- c(10,20,30,40,50)
plot(x,y)
~
つぎにこれを読み込みました。~
~
>load("./test.R")
エラー： ファイルのマジック・ナンバーが不正です
（ファイルが壊れているかもしれません）データはロードされ...
追加情報: Warning message:
ファイル 'test3.R' はマジックナンバー 'x <- ' を持ちます
二度を越えるセーブバージョンの使用は廃止予定です
~
のように表示されます。「マジックナンバー'○○○○○'」の○○○○○...
~
これまで、このような方法で、このようなエラーが出た事が無...
どのように対処すればうまく動くようになるでしょうか？~
//
- 上記でtest3になっていますが「ファイル 'test.R' はマジッ...
- test.R はテキストファイルですね。R プログラムを読み込む...
- お恥ずかしい！！！！なんていう間違えでしょう。変なエラ...
**二重中心化 [#n2da0ba2]
>[[miya]] (2011-03-07 (月) 14:47:25)~
~
いつもお世話になっております。~
Rのコマンドで、データマトリックスに対して「二重中心化」と...
論文に出てきたのですが、どのような処理なのかよくわかりま...
ご存じの方いらっしゃいましたら、ご教示いただけると幸いで...
お願いいたします。~
//
- 検索したら、mpmパッケージのmpm()が出てきましたがこれが...
- 二重中心化とは，ある行列 a について，要素 a_ij に対して...
このようにすることにより得られる行列は，全体の平均が 0 に...
R ならば，rowMeans, colMeans, mean を使えば，一行で計算で...
set.seed(12345)
# 元の行列
(a <- matrix(sample(12), 3))
# 二重中心化行列
(b <- t(t(a-rowMeans(a))-colMeans(a))+mean(a))
# これも可
# b <- a-outer(rowMeans(a), colMeans(a), "+")+mean(a)
実行結果
> set.seed(12345)
> (a <- matrix(sample(12), 3))
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 9 11 7 12
[2,] 10 4 3 1
[3,] 8 2 5 6
> rowMeans(a)
[1] 9.75 4.50 5.25
> colMeans(a)
[1] 9.000000 5.666667 5.000000 6.333333
> mean(a)
[1] 6.5
# 二重中心化やりま〜〜〜す
> (b <- t(t(a-rowMeans(a))-colMeans(a))+mean(a))
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] -3.25 2.0833333 -1.25 2.4166667
[2,] 3.00 0.3333333 0.00 -3.3333333
[3,] 0.25 -2.4166667 1.25 0.9166667
# 二重中心化の効果
> rowMeans(b) # 行平均
[1] 0.000000e+00 2.220446e-16 -2.220446e-16
> colMeans(b) # 列平均
[1] 0.00000e+00 -5.92119e-16 0.00000e+00 5.92119e-16
> mean(b) # 全体の平均
[1] 0
- 大変ありがとうございます。ほんとに助かりました。 -- [[m...
**rep.aovのエラー？ [#e4f6d455]
>[[使用2日目]] (2011-02-28 (月) 22:12:33)~
~
はじめまして。~
~
Tipsに紹介されているRepeated measured ANOVAの例題を解こう...
> 以下にエラー anova(ret.lm, X = anvX[[j]], M = anvM[[j]...
使われていない引数 (X = ~1, M = ~b, idata = list(b = 1...
と表示され，解析できません。解決策をご教示いただければ幸...
OS:Windows7
R version 2.8.1 (2008-12-22)
i386-pc-mingw32
locale:
LC_COLLATE=Japanese_Japan.932;
LC_CTYPE=Japanese_Japan.932;
LC_MONETARY=Japanese_Japan.932;
LC_NUMERIC=C;
LC_TIME=Japanese_Japan.932
attached base packages:
[1] datasets graphics stats utils
grDevices tcltk
methods base
other attached packages:
[1] Rcmdr_1.4-8 car_1.2-12
//
- [[Rの統計解析関数Tips:http://www.okada.jp.org/RWiki/?cm...
- コメントありがとうございます。最新バージョンに変えてみ...
**plotmeansは本当に信頼区間をだしている？ [#tf5df795]
>[[ハローあべちゃん]] (2011-02-26 (土) 16:22:44)~
~
R version 2.12.0 (2010-10-15)
Platform: i386-pc-mingw32/i386 (32-bit)
です。~
パッケージgplotsのplotmeans()について疑問です。~
ヘルプによると、"Plot Group Means and Confidence Interval...
plotmeansはいったい何をプロットしているのでしょうか？単に...
ためしたもの~
データフレームDF
group data
1 1 77.4
2 1 78.2
3 1 78.1
4 1 77.8
5 1 77.9
6 2 78.3
7 2 78.2
8 2 78.4
9 2 77.3
10 2 79.1
11 3 79.2
12 3 79.3
13 3 79.1
14 3 78.2
15 3 79.3
16 4 78.9
17 4 78.8
18 4 78.1
19 4 78.1
20 4 78.9
DF$group <- factor(DF$group)
plotmeans(DF$data ~ DF$group)
result <- aov(DF$data ~ DF$group)
result.pre <- predict(result,
interval="confidence")
points(1:4, unique(result.pre[,"lwr"]),
pch=2, col=2)
points(1:4, unique(result.pre[,"upr"]),
pch=2, col=2)
m <- sapply(1:4,
function(x) mean(DF$data[DF$group == x]) )
s <- sapply(1:4,
function(x) sd(DF$data[DF$group == x]) )
points(1:4, m+s, pch=3, col=3)
points(1:4, m-s, pch=3, col=3)
//
- 各グループのサンプルから区間推定された母平均についてのt...
- 早い回答ありがとうございます -- [[ハローあべちゃん]] &n...
- aov()からのpredict()とあっていないと思うのですが、predi...
- ある意味、違います。そのモデルでは誤差分布が各群共通に...
- なるほど！すっきりしました。ありがとうございます -- [[...
**各因子ごとに共分散を求める方法について [#w186408c]
>[[カワウソ]] (2011-02-26 (土) 09:54:29)~
~
種ごとに各変数の分散を求めることは以下のように簡単にでき...
> tapply(iris$Sepal.Length,iris$Species,var)
setosa versicolor virginica
0.1242490 0.2664327 0.4043429
たとえば，Sepal.LengthとPetal.Lengthの共分散を，
setosa versicolor virginica
0.01635510 0.1828980 0.3032898
と出力したいのですが，2変数の場合applyは使えませんよね？b...
//
- plyrパッケージを使うのが簡単かな。 ddply(iris, .(Specie...
- ありがとうございます．こんなパッケージがあったのですね...
- それならdaplyを使ってsummarizeは使わずに処理するのが楽...
- たとえばこんなのも -- &new{2011-02-26 (土) 10:54:00};
> sapply(levels(iris$Species),
function(x) cov(as.matrix(iris[iris[5]==x,
c("Sepal.Length","Petal.Length")]))[1,2])
setosa versicolor virginica
0.01635510 0.18289796 0.30328980
- さらにはこんなものも -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁...
> sapply(split(iris, iris$Species),
function(x)
cov(x$Sepal.Length, x$Petal.Length))
setosa versicolor virginica
0.01635510 0.18289796 0.30328980
**iris[Petal.Length] と iris["Petal.Length"] が [#cef9baab]
>[[河童の屁は，河童にあらず，屁である。]] (2011-02-25 (金...
以下の二つが，違うものだと解釈されるのは，それもそうかな...
# 変数名で指定した場合
> head(iris[Petal.Length])
以下にエラー `[.data.frame`(iris, Petal.Length) :
オブジェクト 'Petal.Length' がありません
# 変数名の文字列で指定した場合
> head(iris["Petal.Length"])
Petal.Length
1 1.4
2 1.4
3 1.3
4 1.5
5 1.4
6 1.7
//
- その手の話はr-develのメーリングリストに投げてみるといい...
- たとえば次のような混乱が起きそうですが。 -- &new{2011-...
> X <- data.frame(x=1:3, y=10:12)
> X["x"]
x
1 1
2 2
3 3
> x <- 1
> X[x]
x
1 1
2 2
3 3
> x <- 2
> X[x]
y
1 10
2 11
3 12
> x <- 3
> X[x]
以下にエラー `[.data.frame`(X, x) :
undefined columns selected
**平滑化スプライン回帰を使った後の偏残差プロットの描き方...
>[[hevel]] (2011-02-25 (金) 17:21:54)~
~
平滑化スプラインを使った回帰計算の後の結果を利用して偏残...
~
初めはsmooting.spline関数を使っていたのですが、回帰にはsr...
http://www.image.ucar.edu/GSP/Software/Fields/Help/sreg.h...
~
しかし、この計算結果を使って偏残差プロットを描けなくて困...
~
日時と気温のデータ（下記のようなデータ）を使った場合で試...
day,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,
15,16,17,18,19,20
temp,25,20,18,22,23,24,28,26,21,23,24,
27,26,22,25,26,24,20,23,25
※ 投稿の都合上横並べですが、実際には縦に並んだtextファイ...
~
このデータから下記のような計算を行いました。
y <- read.table("temp.txt", header=T)
day<-y[, 1]
temp<-y[, 2]
library(fields)
library(spam)
y.sr<-sreg(day, temp, df=5, method = "GCV")
これでエラー表示なく計算が完了したのですが、この計算結果...
残差プロットや偏残差プロットを描きたいのですが、どうすれ...
//
- 残差プロットというのは，実測値と予測値の差（残差）をプ...
- 早速のお返事ありがとうございます。偏残差プロットの計算...
**subsetの使い方 [#p3bc2115]
>[[ぐし]] (2011-02-24 (木) 16:08:20)~
~
参考書を読んでいて、以下のような文がありました。~
~
データフレームx から、列がID とweight のラベルの列のみ抽...
subset(x ,, c(“ID”, “weight”) )~
~
ここで、,,は何を示しているのかhelp(subset)をつかって調べ...
## S3 method for class 'data.frame'~
subset(x, subset, select, drop = FALSE, ...)~
の部分から、,,はsubset, select,のsubsetとselectを省略した...
//
- 省略されてるのはsubset引数だけで、c(~)はまさにselectで...
- 蛇足ながら。無用な混乱を生じるので，途中の引数を省略し...
- 回答ありがとうございます。勘違いだったようですね。わか...
- 蛇足ながら、c(ID,weight)とダブルクオートはなくても動き...
- 蛇足ながら蛇に足はありません。足があるのはトカゲです。 ...
- [[蛇足です（笑）:http://www.noiretblog.com/?p=4321]] --...
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さん、いつもありが...
**garch() ***** FALSE CONVERGENCE ***** [#ye6617d4]
>[[GARCH]] (2011-02-23 (水) 11:30:34)~
~
garch関数を使用してパラメータの推計を行いたいのですが、返...
***** FALSE CONVERGENCE *****
とあり収束できていないようですが、以下のようにパラメータ...
Coefficient(s):
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
a0 3.569e-06 5.868e-07 6.082 1.19e-09 ***
a1 8.174e-02 6.977e-03 11.716 < 2e-16 ***
b1 8.949e-01 9.361e-03 95.603 < 2e-16 ***
//
- tseries の garch 関数でしょうか?オンラインヘルプに，con...
- ふーーん。単に maxiter が小さいだけなら，そのエラーメッ...
- 早速のご回答いただきましてありがとうございます！ -- [[G...
- maxiterを大きくしてもやはりエラーが返ってきました。使用...
- > 使用データに問題があるということでしょうか&br;まあ，...
**reshapeの意味と使い方etc [#t0cb142c]
>[[ぐし]] (2011-02-22 (火) 16:29:28)~
~
reshapeの意味がよくわかりません。~
一応help(reshape)で調べました。~
~
まずDescriptionに、~
This function reshapes a data frame between ‘wide’ format...
とありますが、このなかのwideとlongの意味がわかりません。~
~
次に、timevarとidvarの違いがよくわかりません。timevarが変...
timevar the variable in long format that differentiates ...
idvar Names of one or more variables in long format that...
~
よろしくお願いします。~
//
- 簡単な例を示しましょう。&br;以下のデータフレームは，"lo...
name month x
1 A 1 43.0
2 A 2 41.9
3 A 3 43.6
4 B 1 67.4
5 B 2 27.4
6 B 3 33.9
7 C 1 56.5
8 C 2 59.0
9 C 3 57.5
10 D 1 47.7
11 D 2 43.0
12 D 3 55.1
被験者(name)が A〜D の 4 人で，それぞれの人が 1, 2, 3 月(...
idvar は同じ観察対象を識別するための変数の名前，timevar ...
これを，一人のデータを1行で表す（1行に3個のデータを記述す...
w <- reshape(data, idvar="name", timevar="month",
v.names="x", direction="wide")
とすれば，"wide" フォーマットで表現したデータフレームにな...
> w
name x.1 x.2 x.3
1 A 43.0 41.9 43.6
4 B 67.4 27.4 33.9
7 C 56.5 59.0 57.5
10 D 47.7 43.0 55.1
"wide" と "long" は相互に変換できるので，もし，w を "long...
l <- reshape(w, direction="long")
とすれば，以下のように（元の）"long" フォーマットで表した...
> l
name month x
A.1 A 1 43.0
B.1 B 1 67.4
C.1 C 1 56.5
D.1 D 1 47.7
A.2 A 2 41.9
B.2 B 2 27.4
C.2 C 2 59.0
D.2 D 2 43.0
A.3 A 3 43.6
B.3 B 3 33.9
C.3 C 3 57.5
D.3 D 3 55.1
解析プログラムによって，いずれかのデータ形式しかサポート...
- とても丁寧な説明ありがとうございます。help(reshape)より...
**fSeriesパッケージのgarchFit関数について [#da78d32b]
>[[tyai]] (2011-02-21 (月) 16:50:07)~
~
文献等で記載されているfSeriesパッケージのgarchFit関数を使...
エラー： 関数 "garchFit" を見つけることができませんでし...
というエラーになってしまいます。
> help(package="fSeries")
でfSeriesを見たところ、確かにgarchFit関数がないのですが、...
//
- fGarch にあるのでは? -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁...
- ありがとうございます。解決いたしました。 -- [[tyai]] &n...
- R からコマンド RSiteSearch("garchFit") を実行すればブラ...
**e1071パッケージのpredict.svm関数でprobability = TRUE | ...
>[[miura]] (2011-02-20 (日) 21:18:31)~
~
はじめまして。~
表題の件で、Googleなど検索してみたのですが、解決策を見い...
~
e1071パッケージでsvm関数を利用して、データを解析しており...
~
環境は、~
R version 2.12.1 (2010-12-16)
Platform: x86_64-apple-darwin9.8.0/x86_64 (64-bit)
です。(Windows7のR-64bitでも同様の結果でした。)~
~
kernlabパッケージのspamデータで、同様の現象が再現できまし...
> library(kernlab) - spamデータセットのみ利用しました
> library(e1071)
> data(spam)
> m1 <- svm(type~., data=spam, probability = TRUE)
> p1 <- predict(m1, spam)
> p2 <- predict(m1, spam, probability = TRUE)
> table(p1, p2)
p2
p1 nonspam spam
nonspam 2834 14
spam 0 1753
上記のように、同じモデルに対して、同じデータを与えたにも...
よろしくお願いいたします。~
//
- probability が logical indicating whether the model sho...
- ありがとうございます。まったくの、思い違いをしていまし...
**１列目以外のデータに対して1 列目を基準として分割したの...
>[[質問者]] (2011-02-20 (日) 03:11:35)~
~
ネットで R の問題集みたいなのをみつけて勉強しています。そ...
~
問題（空欄補充）~
データフレーム measurement の１列目以外のデータに対して1 ...
~
解答
by(measurement[-1], measurement[1], summary)
まず、問題の「1 列目を基準として分割したの要約統計量」と...
~
それと、解答がおかしいような気がするのですが、私の勘違い...
実際にRでやってみると解答通りのコマンドだとエラーになりま...
実際にRでやって見る際のデータフレームは
measurement <- matrix(1:110, nrow=10, ncol=11, byrow=T)
と作りました。~
よろしくお願いします。~
//
- matrix は data.frame とは違います。data.frame では[列番...
- ありがとうございます。わかりました。 -- [[質問者]] &new...
**arima.simのヘルプについて [#wb348171]
>[[yamada]] (2011-02-18 (金) 10:55:14)~
~
http://127.0.0.1:26704/library/stats/html/arima.sim.html~
内の用語に関する質問です。~
�変数nの説明文中の、before un-differencing の意味~
�変数n.statの説明文中の、burn-in period の意味~
についてご存じの方がいればご教示ください。一般的な意味で...
//
- 上の URL は、あなたのコンピュータ上のローカルなものです...
そのオンラインヘルプに、See "arima" for the precise defin...
- そのIPアドレス(127.0.0.1)は[[ローカル・ループバック・ア...
- http://cran.r-project.org/doc/contrib/manuals-jp/Mase-R...
- ↑↑の方、リンク先を見て勉強になりました。また「 help.sta...
**エラーバー付き棒グラフ [#cb57c281]
>[[ランゲル・ハンス]] (2011-02-15 (火) 08:07:36)~
~
いつも掲示板を拝見しております。~
下記のデータがあるとします。~
因子ごとの平均値（mean）の棒グラフを描き、棒の先端に最小...
いろいろ検索してみたのですが、このタイプの棒グラフ+エラー...
どうぞよろしくお願いいたします。
data
factor mean lower upper
A 50 40 55
B 30 19 45
C 55 25 60
//
- > このタイプの棒グラフ+エラーバー（最小〜最大）は見つけ...
[[[R]Play with ggplot2 Part 02 “error bar”:http://sigunia...
- 河童さま 基本的なことがわかっておらずに、大変失礼しま...
- まあ、その分野で見慣れたグラフというものもあるでしょう...
- 蛇足な質問ですが、折れ線グラフ＋エラーバーならいいんで...
- 大変なことが起きているのにと，眉をひそめる向きもあるだ...
&ref(oresen.png);
**時系列データの判定 [#q791c586]
>[[muchlonger]] (2011-02-13 (日) 16:17:27)~
~
勝ち負け引き分けの時系列データがあります。~
勝率（遡ｎ個、勝ち数／ｎ）が安定状態から外れてきたかどう...
ヒント、検索キーワードをいただけないでしょうか。~
//
- 勝率をボリンジャーバンドで見ていくというのはどうでしょ...
- ありがとうございます。ボリンジャーバンドは手作りになる...
**パッケージのインストールに失敗 [#o6832f96]
>[[yamada]] (2011-02-12 (土) 23:04:12)~
~
パッケージvarsをダウンロードした後、読み込むと以下のよう...
> local({pkg <-
+ select.list(sort(.packages(all.available = TRUE)),
+ graphics=TRUE)
+ if(nchar(pkg)) library(pkg, character.only=TRUE)})
要求されたパッケージ MASS をロード中です
要求されたパッケージ strucchange をロード中です
要求されたパッケージ zoo をロード中です
要求されたパッケージ sandwich をロード中です
Error in gzfile(file, "rb") :
コネクションを開くことができません
追加情報: 警告メッセージ：
In gzfile(file, "rb") :
圧縮されたファイル 'C:/Users/fujimot/Documents/R/win-l...
2.12/sandwich/data/Rdata.rdx' を
開くことができません, 理由は 'No such file or director...
エラー： パッケージ 'sandwich' をロードできませんでした
なお、使用環境は以下の通りです。
> sessionInfo()
R version 2.12.1 (2010-12-16)
Platform: i386-pc-mingw32/i386 (32-bit)
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932
LC_CTYPE=Japanese_Japan.932
[3] LC_MONETARY=Japanese_Japan.932
LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=Japanese_Japan.932
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils
datasets methods base
//
- パッケージ sandwich (及びパッケージ vars が依存するすべ...
- メニューコマンド パッケージ→パッケージのインストpage=R...
- sandwich だけを読み込んだら同じエラーが再現しますか。も...
- sandwichをインストールし読み込んでからvarsを読み込むと...
**グラフの値表示 [#u76102c6]
>[[taka]] (2011-02-10 (木) 13:46:31)~
~
エクセルで書いたグラフのように、グラフの上にポインターを...
//
- ?locator か ?identify。これが求めるものでなければ諦め...
- ありがとうございました。 -- [[taka]] &new{2011-02-14 (...
**kmlからshpへの変換 [#vd6570ba]
>[[istya]] (2011-02-08 (火) 20:43:35)~
~
グーグルアースで作成したkmlファイルをArcGISで表示させるこ...
グーグルアースについては本HPでも取り上げられており、それ...
~
■内容~
グーグルアースにて、いくつかプロットした地点のまとまりをk...
以下を参考にしてみましたが、readOGRの指定すら分かりません。
library(rgdal)
x<-readOGR("c:/GISdata/gunma.kml","gunma")
writeOGR(x2,"c:/GISdata/gunmak","gunmak",
"ESRI Shapefile")
以上、よろしくお願い致します。
R Version 2.12.1(2010-12-16)
//
- gumma.kmlの中にgummaというレイヤー名があるなら、readOGR...
$ ogr2ogr -f "ESRI Shapefile" "hoge" KML_Samples.kml
$ ls hoge
Absolute and Relative.dbf Google Campus.dbf
Paths.dbf
Absolute and Relative.prj Google Campus.prj
Paths.prj
Absolute and Relative.shp Google Campus.shp
Paths.shp
Absolute and Relative.shx Google Campus.shx
Paths.shx
Extruded Polygon.dbf Highlighted Icon.dbf
Placemarks.dbf
Extruded Polygon.prj Highlighted Icon.prj
Placemarks.prj
Extruded Polygon.shp Highlighted Icon.shp
Placemarks.shp
Extruded Polygon.shx Highlighted Icon.shx
Placemarks.shx
ogr2ogrはgdalに含まれます。rgdalパッケージが動くなら、gda...
> system("ogr2ogr -f "ESRI Shapefile" "hoge
" KML_Samples.kml")
となるでしょう。次に、readOGR()を使う場合ですが、
> M <- readOGR("KML_Samples.kml",
"Absolute and Relative")
> class(M)
[1] "SpatialPolygonsDataFrame"
attr(,"package")
[1] "sp"
とすれば、SpatialPolygonsDataFrameクラスが作成されるので...
br;おかしいとは思ったが，数式の書き方にも，（数学的）常識...
二度を越えるセーブバージョンの使用は廃止予定です
~
のように表示されます。「マジックナンバー'○○○○○'」の○○○○○...
~
これまで、このような方法で、こlwrnew{2011-02-21 (月) 13:5...
**arima.simのヘルプについて [#df90c173]
のようなエラーが出た事が無いのですが、~
どのように対処すればうまく動くようになるでしょうか？~
//
- 上記でtest3になっていますが「ファイル 'test.R' はマジッ...
- 谷村様ありがとうございます。~
~>kmlを直接shapefile形式に変換した方が早いと思いますがい...
それが目的なので、非常に有益な情報で感謝致します。~
変換できるようになりました。~
ただ、日本語が文字化けしてしまいます。~
何か対策はあるんでしょうか？ -- [[istya]] &new{2011-02-10...
- kmlは内部の日本語は標準でUTF-8なので、winで使う場合日本...
**画像のコントラスト比を求めたい [#wb34f951]
>[[しまだ]] (2011-02-07 (月) 23:08:42)~
~
インターバルカメラで取得した風景画像（群）からコントラス...
~
以下のような手順を考えております。~
~
(1)画像を読み込み~
(2)複数のピクセルをランダムサンプリングし~
(3)そこから最大輝度と最小輝度を得て~
(4)コントラスト比＝最大輝度／最小輝度~
~
Rでこのようなことは可能でしょうか？
R version 2.11.1 (2010-05-31)
i386-pc-mingw32
//
- 画像のことは不案内ですが、輝度情報はピクセルごとに簡単...
> library(biOps)
> data(logo) # 画像例
> str(logo)
int [1:275, 1:362, 1:3] 255 255 255 255 255
255 255 255 255 255 ...
- attr(*, "type")= chr "rgb"
- attr(*, "class")= chr [1:2]
"imagedata" "array"
> # RGB値を輝度値に変換（RGB値がこの順に並んでいるとして）
> lum <- 0.298912 * logo[,,1] + 0.586611 *
logo[,,2] + 0.114478 * logo[,,3]
> str(lum)
num [1:275, 1:362] 255 255 255 255 255 ...
> fivenum(lum) # 5数要約
[1] 0.0000 124.1494 165.8013 255.0003 255.0003
> hist(lum) # ヒストグラム
> plot.ecdf(lum) # 経験分布関数
- ありがとうございました。私も画像に不慣れなもので、biOps...
- biOpsでできるというよりはbiOpsの組み込みRGBデータを例に...
- 特定領域のコントラスト比も、logo[x,y,rgb]で取れそうです...
**Rから他の言語で記述されたスクリプトを実行する [#h2fdb944]
>[[Cu]] (2011-02-05 (土) 22:09:49)~
~
お世話になります。使用環境はCentOS 5.1 、 R 2.10.1 です。~
~
以下のようなC言語で記述されたスクリプトがあります。~
1.カレントディレクトリにあるデータファイルを読み込む~
2.計算結果をテキストファイルで保存する~
3.gnuplotで画面上にグラフを表示するとともに、そのグラフを...
~
コマンドラインでこのスクリプトを実行すると正常に動作しま...
具体的には2の計算結果のテキストファイルは保存されるのです...
~
「[[Rから他言語利用:http://www.okada.jp.org/RWiki/?cmd=re...
~
提供できる情報が抽象的ですが、何か対策をご存知でしたら教...
//
**行列要素に対する文字列の連結について [#l0febbbb]
>[[絵馬]] (2011-02-05 (土) 13:30:02)~
~
こんにちは。~
以下のようなdataの各要素に、prefixを行方向に連結したいと...
data <- matrix(1:9, 3, 3)
prefix <- c("1:", "2:", "3:")
・・・
処理結果
1:1 2:4 3:7
1:2 2:5 3:8
1:3 2:6 3:9
paste()やapply()を組み合わせていろいろやってみたのですが...
また、実際にはdataの列数はfor文の中で1~100列程度に変化し...
なるべくif文を使わずにスマートに記述したいので、何か良い...
宜しくお願いします。~
//
- 文字列行列がほしいんですよね。例えば -- &new{2011-02-0...
> (Data <- matrix(as.character(data), 3, 3))
[,1] [,2] [,3]
[1,] "1" "4" "7"
[2,] "2" "5" "8"
[3,] "3" "6" "9"
> (Prefix <- matrix(prefix, 3, 3, byrow=TRUE))
[,1] [,2] [,3]
[1,] "1:" "2:" "3:"
[2,] "1:" "2:" "3:"
[3,] "1:" "2:" "3:"
> matrix(paste(Prefix, Data, sep=""), 3, 3)
[,1] [,2] [,3]
[1,] "1:1" "2:4" "3:7"
[2,] "1:2" "2:5" "3:8"
[3,] "1:3" "2:6" "3:9"
- 行数なども自動的に取るようにして -- [[河童の屁は，河童...
> t(matrix(paste(prefix, t(data), sep=""),
ncol(data)))
[,1] [,2] [,3]
[1,] "1:1" "2:4" "3:7"
[2,] "1:2" "2:5" "3:8"
[3,] "1:3" "2:6" "3:9"
> t(apply(data, 1, function(x) paste(prefix, x, sep=""))...
- ありがとうございます。しかしなぜ行列が勝手に転置されて...
- > なぜ行列が勝手に転置されてしまうのでしょうか？もしか...
- しかし、期待される処理結果はpasteによる行列要素とprefix...
- それは matrix 関数のデフォールトが byrow=FALSE で列主導...
> matrix(paste(prefix, t(data), sep=""),
ncol=ncol(data), byrow=TRUE)
[,1] [,2] [,3]
[1,] "1:1" "2:4" "3:7"
[2,] "1:2" "2:5" "3:8"
[3,] "1:3" "2:6" "3:9"
- なるほど。byrowの作用ですか。ありがとうございました。 -...
**e1071パッケージのpredict.svm関数による超平面からの距離...
>[[akira]] (2011-02-01 (火) 12:47:03)~
~
いつもありがとうございます。~
e1071パッケージのpredict.svmで超平面からの距離はdecision ...
[[ここ:http://r.789695.n4.nabble.com/e1071-SVM-calculate-...
> data <- subset(iris,subset=Species!="versicolor")
> data <- data.frame(class=factor(data$Species),
data[,1:4])
> model <- svm(class~.,data=data[-1,],lernel="linear")
> predict(model,data[1,])
1
setosa
Levels: setosa virginica
> predict(model,data[1,],decision.values=TRUE)
1
setosa
attr(,"decision.values")
setosa/virginica
1 1.080803
Levels: setosa virginica
この1.080803が超平面からの距離ではないのでしょうか？
//
**面積と体積の測定 [#n846842c]
>[[初心者KT]] (2011-01-31 (月) 22:24:19)~
~
R初心者です。~
この質問の背景から説明します。~
自分は数学系、物理系、工学系の専門教育は受けたことがなく...
~
その内容は、下記のようなものです。~
３０個の点が、xyzを与えられています。~
１． その３０個の点の中心の座標を得る。~
２． その３０個で囲まれた平面の面積を得る。しかし３０個の...
３． ３０個の点が、“最も平均的に通る平面”（平面Aとする）...
４． 平面Aの上に８１個の点の様な構造物がドーム状にかぶさ...
５． しかし曲面Bの部分によっては、平面Aより下に存在する。~
６． この曲面Bの表面積を測定する~
７． 曲面Bと平面Aで囲まれ、かつ平面Aより上にある部分の体...
８． 曲面Bと平面Aで囲まれ、かつ平面Aより下にある部分の体...
~
この様なことが、Rで可能でしょうか。~
よろしくお願いします。~
３０個の点
X Y Z
56.8458 56.3972 95.2184
58.1262 55.2657 96.9028
61.0080 53.8846 97.6925
63.7117 52.5191 98.1147
65.9630 51.1603 98.0884
68.0598 49.8240 97.4626
70.3595 48.6390 96.2383
73.0480 47.8221 94.6007
76.0860 47.6060 92.8562
79.2539 48.1658 91.3380
82.2386 49.5663 90.3180
84.7249 51.7420 89.9494
86.4678 54.5090 90.2453
87.3370 57.6021 91.0912
87.3282 60.7262 92.2840
86.5478 63.6101 93.5838
85.1780 66.0516 94.7681
83.4311 67.9458 95.6757
81.5042 69.2908 96.2331
79.5429 70.1705 96.4590
77.6191 70.7182 96.4472
75.7289 71.0677 96.3317
73.8088 71.3037 96.2427
71.7678 71.4224 96.2643
69.5302 71.3165 96.4051
67.0781 70.7936 96.5927
64.4841 69.6327 96.6992
61.9234 67.6774 96.5962
59.6531 64.9476 96.2303
57.9525 61.7413 95.6913
曲面Bの構成要素
X Y Z
66.5214 52.3693 100.1890
69.0172 55.2805 98.6580
71.1465 57.6134 98.0792
73.4542 60.2416 96.9707
74.2816 61.4516 95.2830
75.8534 63.4528 93.5104
78.1356 65.5883 94.6485
79.3441 66.4813 96.3968
81.8057 68.7355 97.8613
69.4359 50.9051 99.5420
71.1025 54.5844 99.2688
71.9337 56.6633 98.3382
72.8589 58.7782 97.9511
73.5783 60.6862 96.7916
74.3058 62.7413 95.2100
74.8671 64.3807 93.8145
76.4086 67.2760 95.2155
78.2037 70.3165 97.9255
72.8598 48.6686 97.5556
73.0553 53.8495 97.0382
73.1433 56.6261 96.5826
73.3167 59.6391 96.9136
73.3231 61.7117 95.9461
73.3418 63.9996 95.0022
73.3420 65.9646 94.0229
73.5266 67.9228 94.9986
73.9282 71.3346 97.5466
76.6417 48.3653 95.4308
75.5219 52.4555 96.4391
74.9038 54.7740 97.3086
74.0257 57.8910 97.6356
73.1674 60.8503 97.5045
72.5119 63.0188 96.9356
71.6926 65.7293 96.2245
71.1617 67.6709 96.7142
70.0804 71.6452 97.8153
81.0857 49.4645 93.7371
77.7238 54.0901 94.3492
75.9176 56.5834 95.7828
74.4364 58.6303 97.2458
73.4941 59.9329 98.2465
72.1696 61.7559 98.5740
71.0152 63.3431 98.6402
69.0276 66.0708 98.0351
66.2486 69.8901 97.9546
85.2473 52.2150 93.0255
81.2928 54.9562 92.2683
79.3713 56.2273 93.0238
76.9566 57.8602 93.3170
75.3852 58.7892 95.9743
72.8658 60.3924 98.1361
70.5020 62.0146 97.9852
67.0597 64.3694 97.9051
62.4689 67.4921 98.1250
88.0380 56.8771 94.4088
84.4938 57.8743 92.7572
81.0642 58.7234 92.3931
78.9147 59.1500 93.2910
75.6953 59.7277 95.2876
72.8867 60.1105 98.3210
68.8648 61.0533 98.4587
65.0531 61.9484 98.5723
59.3881 63.4470 96.9480
87.7385 61.3387 95.9346
84.2589 61.3849 93.4009
80.7455 61.1783 92.9229
78.1388 60.8384 94.1021
74.5410 60.2960 96.3323
70.9528 59.7412 98.6698
67.4871 59.4730 98.7284
63.3083 59.2362 98.0871
58.8063 58.9720 97.4714
85.0653 65.4926 97.8556
83.9668 65.5278 94.3416
80.8889 64.4879 91.7567
77.4482 62.5331 93.9201
75.0270 61.1638 95.4027
73.0548 59.9064 97.5156
70.2444 58.5210 97.9352
66.1804 56.5065 98.6132
62.4675 54.5575 99.9249
//
- 私も数学系、物理系、工学系の専門教育は受けたことがなく...
p <- persp(range(A$x),range(A$y),
matrix(rep(0,4),ncol=2),
zlim=range(A$z),theta=10,
phi=50,r=10)
xyz <- trans3d(A$x,A$y,A$z,p)
polygon(xyz$x,xyz$y,col="red")
#ref("trans3d01.png",center)
- 面白い問題ですが、相当の時間をかけないと解けそうもない...
- 有難うございます。 -- &new{2011-02-02 (水) 00:29:02};
- 回答有難うございました。やはり表面積は地味に計算するの...
- 空間三角形の面積は高校数学の公式を使えば次のように計算...
> S <- function(p1,p2,p3) {
w1 <- p1-p3; w2 <- p2-p3
area <- as.vector(0.5*sqrt((w1%*%w1)*
(w2%*%w2)-(w1%*%w2)^2))
return(area)
}
> S(c(1,2,3),c(1,1,1),c(5,0,2))
[1] 4.716991
- > ３０個の点が、“最も平均的に通る平面”（平面Aとする）を...
- 「平均的に通る平面」は例えば次のように計算可能でしょう...
> D <- c(56.8458,56.3972,95.2184,58.1262,...)
> D <- matrix(D, ncol=3, nrow=30, byrow=TRUE)
> F <- function(x) sum((x[1]*D[,1]+x[2]*D[,2]+
x[3]*D[,3]+1)^2)/sum(x^2)
> (x <- optim(c(0.1,0.1,0.1),F)) # 適当な初期値で最適化
$par
[1] 0.09792275 0.37648968 -0.32677544
$value
[1] 1366.468
$counts
function gradient
116 NA
$convergence
[1] 0
$message
NULL
> (x <- optim(x$par,F)) # 上で求めた解を初期値として繰り...
$par
[1] -0.001709210 0.001085967 -0.009890907 # これが解 a...
$value
[1] 64.76301
$counts
function gradient
158 NA
$convergence
[1] 0
$message
NULL
↓アニメーションにならないならブラウザを変えましょう~
&ref(movie3d.png);
- 参考まで：三次元単位立方体 [0,1]^3 中の図形 D の体積を...
- 皆様、大変有難うございました。自分にとってはこれから、...
- パッケージ geometry を使えばなんとかなるかもしれません...
> library(geometry)
> eps <- 10^{-14} #ほとんどゼロの幅
# xy平面の単位正方形にepsの厚みを加えた三次元立方体の8個...
> E <- rbind(c(0,0,0),c(1,0,0),c(0,1,0),c(1,1,0),
c(0,0,eps),c(1,0,eps),c(0,1,eps),c(1,1,eps))
> x <- convhulln(E, options = "FA") # オプションFAで実行
> x
$hull # Eの８個の点の凸包の表面を形成する12組の三角形分割
[,1] [,2] [,3]
[1,] 4 3 1 # 3点 E[4,],E[3,],E[1,] からなる
[2,] 4 2 1 # 三角形という意味
[3,] 6 2 1
[4,] 6 5 1
[5,] 6 4 2
[6,] 6 4 8
[7,] 7 3 1
[8,] 7 5 1
[9,] 7 4 3
[10,] 7 4 8
[11,] 7 6 5
[12,] 7 6 8
$area # 凸包の表面積
#（eps を極小に取ったため、上下の正方形の面積）
[1] 2
$vol # 凸包の体積 1x1xeps
[1] 1e-14
> D # 質問者の例の点群
[,1] [,2] [,3]
[1,] 56.8458 56.3972 95.2184
[2,] 58.1262 55.2657 96.9028
[3,] 61.0080 53.8846 97.6925
（途中省略）
[29,] 59.6531 64.9476 96.2303
[30,] 57.9525 61.7413 95.6913
> x <- convhulln(D, options = "FA")
> x # その凸包は56組の三角形からなる
$hull
[,1] [,2] [,3]
[1,] 11 10 1
[2,] 13 24 14
[3,] 26 13 30
(途中省略)
[55,] 8 9 1
[56,] 8 7 1
$area # 凸包の表面積
[1] 1194.405
$vol # 体積
[1] 1264.764
> length(unique(as.vector(x$hull)))
[1] 30 # この場合凸包は30個の点すべてを通る
# 81個の点群の場合
> x <- convhulln(DD, options = "FA")
> x$area
[1] 1116.008
> x$vol
[1] 1644.317
> length(unique(as.vector(x$hull)))
[1] 24 # 凸包は24個の点だけで構成されている！
- 参考まで：点群と超平面で囲まれる図形という概念には曖昧...
> # 超平面 ax+by+cz+d=0 に
# 点 p=c(X,Y,Z) から下ろした垂線の足の座標
> # v=c(a,b,c) と置く。
# sum(v*ft(v,d,p))+d=0 となる
> ft <- function(v,d,p)
p - (sum(v*p)+d)/(sum(v*v))*v
> # p=(X,Y,Z) に対する aX+bY+cZ+d の値
> # v=c(a,b,c)。c > 0 の時
# fft(v,d,p) > 0 (< 0)
# ならば点 p は超平面の上(下)側
> fft <- function(v,d,p) sum(v*ft(v,d,p))+d
> # 先に計算した超平面Aに対する a,b,c,dの値。
# cの値が正になるように調整
> v <- c(0.001709210,-0.001085967,0.009890907)
> d <- -1
# v,d を固定した関数 fft
> FFT <- function(p) fft(v,d,p)
# 81個の点に対する ax+by+cz+d の値
> x <- apply(DD,1,FFT)
# 超平面Aの上及び上側にある点のインデックス
> xupper <- which(x >= 0)
# 超平面Aの下側にある点のインデックス
> xlower <- which(x < 0)
# v,d を固定した関数 ft
> FT <- function(p) ft(v,d,p)
# 超平面Aの上側にある点の平面Aへの射影 の座標行列
> xyzupper <- t(apply(DD[xupper,],1,FT))
# 超平面Aの下側にある点の平面Aへの射影 の座標行列
> xyzlower <- t(apply(DD[xlower,],1,FT))
>
> # 例：平面Aの上側にある４つの点から定められる面
#(二つの三角形からなる)
> # と平面Aで囲まれる図形の表面積と体積を求める
> # 二つの三角形ごとに処理、共通する面の面積
# (の二倍)を最後に引く
> D0 <- rbind(c(60,60,100),c(70,60,120),
c(60,70,110),c(70,70,100))
> tri1 <- c(1,2,4) # その三角形分割
> D1 <- D0[tri1,] # 対応座標だけを取り出す
> # D1 と D1 の点から平面Aに下ろした点の
# 凸包(三角柱)の表面積と体積を求める
> x1 <- convhulln(rbind(D1,t(apply(D1,1,FT))),"FA")
> c(x1$area,x1$vol)
[1] 419.3777 211.3755
> tri2 <- c(1,3,4) # もうひとつの三角形分割
> D2 <- D0[tri2,] # 対応座標だけを取り出す
> x2 <- convhulln(rbind(D2,t(apply(D2,1,FT))),"FA")
> c(x2$area,x2$vol)
[1] 353.1260 360.3836
> eps <- 10^{-10} # 極小の幅
# 二つの三角形分割に共通する二点 c(1,4)
> tri3 <- intersect(tri1,tri2)
> # 共通辺をxy方向に少し平行移動してできる
# 平行四辺形の4頂点の座標行列
> D3 <- rbind(D0[tri3,],D0[tri3,]+c(eps,eps,0))
> x3 <- convhulln(rbind(D3,t(apply(D3,1,FT))),"FA")
> c(x3$area,x3$vol) # 体積はほとんどゼロ
[1] 8.284987e+01 9.942196e-10
# D0と平面Aで囲まれる図形の体積
> x1$vol+x2$vol
[1] 571.7591
# D0と平面Aで囲まれる図形の面積(共通側面面積の2倍を引く)
> x1$area+x2$area-x3$area
[1] 689.6538
- 参考まで(正確さは保証しません)。やはり三角形分割は一意...
> # Dは空間点群のx,y,z座標を並べた3列行列
> # TはDの点をある方法で三角形分割したものの
# 点番号を並べた3列の整数行列
> # (任意の二つの三角形は辺を除いて重ならないとする)
> # ax+by+cz+d=0が参照超平面Aを定義(c=0でないとする)
> # Dの点はすべてAの上側か下側にあるとする
> Poly.av <- function(D,T,a,b,c,d) {
+ require(geometry) # 必要なパッケージを読み込み
+ nD <- nrow(D) # 点の総数
+ nT <- nrow(T) # 三角形分割の総数
+ eps <- 10^{-10}*c(1,1,0) # 僅かな平行移動用ベクトル
+ Area <- 0; Volume <- 0 # 面積、体積初期値
+ # 超平面 ax+by+cz+d=0 に
+ # 点 p=c(X,Y,Z) から下ろした垂線の足の座標
+ FT <- function(p)
+ p - (sum(c(a,b,c)*p)+d)/(a^2+b^2+c^2)*c(a,b,c)
+ for (i in seq(nT)) { # 各三角形について繰返し
+ cat("番号 ",i," 対応三角形 (",T[i,],")",fill=TRUE)...
+ D0 <- D[T[i,],] # 対応座標行列
+ D1 <- t(apply(D0,1,FT)) # D0の各点から超平面に下...
+ x <- convhulln(rbind(D0,D1),"FA")
+ Area <- Area + x$area # 三角柱の共通側面の面積...
+ Volume <- Volume + x$vol
+ }
+ for (i in 1:(nT-1))
# すべての三角形の組 i,j について繰返し
+ for (j in (i+1):nT) {
+ itsc <- intersect(T[i,],T[j,]) # 共有頂点番号
+ if (length(itsc)==2) { # 二つの三角形が...
+ cat("共通辺 (", itsc, ")",fill=TRUE) # デバ...
# その辺をxy方向で少し平行移動した平行四辺形
+ D0 <- rbind(D[itsc,],D[itsc,]+eps)
+ x <- convhulln(rbind(D0,t(apply(D0,1,FT))),"FA")
+ Area <- Area - x$area # 共有側面の面積の...
+ }}
+ return(list(area=Area,volume=Volume))
+ }
>
> # 簡単な例：6点からなる点群
> D <- rbind(c(60,60,120), #P1
+ c(70,60,110), #P2
+ c(80,60,160), #P3
+ c(70,70,100), #P4
+ c(80,70,140), #P5
+ c(80,80,100)) #P6
> T <- rbind(c(1,2,4),c(2,3,4),
c(3,4,5),c(4,5,6)) #その三角形分割(の例)
> v <- c(0.001709210,-0.001085967,
0.009890907,-1) # 参照超平面の係数
> (x <- Poly.av(D,T,v[1],v[2],v[3],v[4]))
番号 1 対応三角形 ( 1 2 4 )
番号 2 対応三角形 ( 2 3 4 )
番号 3 対応三角形 ( 3 4 5 )
番号 4 対応三角形 ( 4 5 6 )
共通辺 ( 2 4 )
共通辺 ( 3 4 )
共通辺 ( 4 5 )
$area
[1] 2285.054
$volume
[1] 994.3007
- 三角形分割を求めるには参照超平面の原点が30個の点の重心...
> D <- c(56.8458,56.3972,95.2184,58.1262,...)
> D <- matrix(D, nrow=30,ncol=3,byrow=TRUE)
> (ctr <- apply(D,2,mean))# 30個の点群の重心座標
[1] 73.21028 60.43731 95.08736
> DD <- c(66.5214, 52.3693, 100.1890,69.0172, ...)
> DD <- matrix(DD,nrow=length(DD)/3,ncol=3, byrow=TRUE)
> v <- c(0.001709210,-0.001085967,
0.009890907,-1) # 参照超平面の係数
> vv <- v[-4]
vv <- vv/sqrt(sum(vv^2)) # (a,b,c)を長さ1に
> # 座標行列 D を点 cg を原点、
# 方向ベクトル vv が (0,0,1) となるように変換
> Rot <- function(D,vv,cg) {
+ D0 <- sweep(D,2,cg) # Dの各座標からcgを引く
# オイラー角 x[1],x[2],x[3]に対する回転行列
+ tmp1 <- function(x) {
+ a <- x[1]; b <- x[2]; c <- x[3]
+ R1 <- rbind(c(1,0 ,0 ),
+ c(0,cos(a),-sin(a)),
+ c(0,sin(a),cos(a) ))
+ R2 <- rbind(c(cos(b) ,0,sin(b)),
+ c(0 ,1,0 ),
+ c(-sin(b),0,cos(b)))
+ R3 <- rbind(c(cos(c),-sin(c),0),
+ c(sin(c),cos(c) ,0),
+ c(0 ,0 ,1))
+ R1%*%R2%*%R3 }
# vvをtmp1(x)で回転したベクトルとc(0,0,1)とのズレ
+ tmp2 <- function(x) {
+ W <- tmp1(x)%*%vv-c(0,0,1)
+ sum(W*W) }
+ # 方向ベクトル vv を (0,0,1) に移す
# 回転行列のオイラー角を求める
+ # 初期値 (0,0,0) から始め念の為に
# 最適化を三回繰り返す
+ angle <- optim(optim(optim(c(0,0,0),
tmp2)$par,tmp2)$par,tmp2)$par
+ t(tmp1(angle)%*%t(D0)) # 変換した座標行列を返す
+ }
> DX <- Rot(DD,vv,apply(D,2,mean))
> DX[1:2,]
[,1] [,2] [,3]
[1,] -5.098094 -9.352273 4.733394
[2,] -3.240725 -5.936903 3.342893
- ところで最初の30個の点群は何を表しているんでしょう(ただ...
- もう本当に、沢山の回答をいただき、皆様有難うございまし...
- パッケージ tripack は与えられた二次元点群のドロネー三角...
# tripackパッケージを読みこみ
> library(tripack)
# z座標が非負の点だけを取り出す
> DXupper <- DX[which(DX[,3]>=0),1:2]
# そのドロネー三角分割を計算
> tri.upper <- tri.mesh(DXupper[,1],DXupper[,2])
# 三角分割のプロット
> plot(tri.upper)
# 三角分割要約
> summary(tri.upper)
triangulation:
Call: tri.mesh(x = DXupper[, 1],
y = DXupper[, 2])
number of nodes: 25
number of arcs: 65
number of boundary nodes: 7
number of triangles: 41
number of constraints: 0
# 三角分割(各列が三角形のノード 番号)
> triangles(tri.upper)[,1:3]
node1 node2 node3
[1,] 1 21 9
[2,] 1 9 8
[3,] 1 8 17
(途中省略)
[40,] 22 24 23
[41,] 23 24 25
>
# z座標が非負の点だけを取り出す
> DXlower <- DX[which(DX[,3]<=0),1:2]
# そのドロネー三角分割を計算
> tri.lower <- tri.mesh(DXlower[,1],DXlower[,2])
# 三角分割のプロット
> plot(tri.lower)
# 三角分割要約
> summary(tri.lower)
triangulation:
Call: tri.mesh(x = DXlower[, 1], y = DXlower[, 2])
number of nodes: 56
number of arcs: 156
number of boundary nodes: 9
number of triangles: 101
number of constraints: 0
# 三角分割(各列が三角形のノード 番号)
> triangles(tri.lower)[,1:3]
node1 node2 node3
[1,] 1 12 51
[2,] 1 51 50
[3,] 1 50 48
(途中省略)
[100,] 49 51 52
[101,] 52 53 54
**箱ひげ図の層別プロット [#e23671d5]
>[[まめ]] (2011-01-28 (金) 09:29:53)~
~
R初心者です。~
Rコマンダーで箱ひげ図を描画する時に、箱ひげ図の層別プロッ...
何か考えられることはありますでしょうか？~
//
- > 何か考えられることはありますでしょうか？&br;あなたが...
- マニュアル通りに変数を指定して層別プロットを選択しまし...
- iris データセットで，マニュアルも見ないで，「グラフ」--...
「箱ひげ図の層別プロット」って，こんなのでよいのでしょう...
&ref(boxplot.png);
- たぶん層別に使いたい変数がfactorになっていないために候...
- ご回答ありがとうございます。作成していただいた図が私が...
**GUIプリファレンスのフォントの設定の固定 [#z9763486]
>[[ぐし]] (2011-01-28 (金) 03:04:17)~
~
いつもRを起動するとGUIプリファレンスのフォントの設定を変...
起動と同時にMSgothicで表示させる方法はないのでしょうか？~
使用OSはwin7で、Rは2.4.1です。~
//
- え，目を疑う。「Rは2.4.1です」って，本当ですか。そんな...
- フォント設定を変更した後セーブしていますか？ -- &new{2...
- 本当です。フォントを設定した後、保存を押しているのです...
- アップデートして解決しました。お騒がせしました -- [[ぐ...
- すみません、やっぱりできてませんでした。日本語表示はさ...
- 変更したRconsoleファイルを作業ディレクトリでなくRをイン...
- [[図形出力デバイス pdf( ) の文字化け（Windows-XP) :http...
- ↑は，関係ないでしょう。 -- [[ ]] &new{2011-01-31 (月) ...
- できました！「etc」フォルダに保存するのがポイントでした...
**sem関数を使うと” scan 関数は 'a real' を期待したのに、...
>[[???]] (2011-01-27 (木) 15:54:11)~
setwd("D:\\")
d1<-read.table("data3.csv",
header=TRUE, sep=",")
head(d1)
n.d1 <- nrow(d1)
mean.d1 <- apply(d1, 2, mean)
sd.d1 <- sd(d1)
cor.d1 <- cor(d1)
data.frame(n.d1, mean.d1, sd.d1, cor.d1)
library(sem)
model.1 <- specify.model()
x1 <- f1, b11, NA
x2 <- f1, b21, NA
x3 <- f1, b31, NA
x4 <- f1, b41, NA
x5 <- f1, b51, NA
x6 <- f1, b61, NA
x7 <- f1, b71, NA
x8 <- f1, b81, NA
x9 <- f1, b91, NA
x10 <- f1, b101, NA
x11 <- f1, b111, NA
x12 <- f1, b121, NA
x13 <- f1, b131, NA
x14 <- f2, b142, NA
x15 <- f2, b152, NA
x16 <- f2, b162, NA
x17 <- f2, b172, NA
x18 <- f2, b182, NA
f1 <-> f1, NA, 1
f2 <-> f2, NA, 1
f1 <-> f2, c12, NA
sem.model.1 <- sem(model.1,
cor.d1, N=nrow(d1))
summary(sem.model.1)
とうつと，
以下にエラー scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, ski...
scan 関数は 'a real' を期待したのに、得られたのは 'N=...
と出ます。~
ちなみに，スクリプトの「N=nrow(d1)」を「N=n.d1」に変えて...
scan関数なんて使っていないのになぜでしょう??~
//
- sem.model1<-の行の前に１行空白行を入れましょう。 -- &n...
- > scan関数なんて使っていないのになぜでしょう??&br;speci...
**unique な vector だけを残したい [#ha93d7e8]
>[[白雪姫]] (2011-01-26 (水) 03:04:34)~
~
こんにちは。~
R version 2.11.1 を mac で使っております。~
~
例えば
v <- rep( c(1, 2, 3, 5, 6),
c(4, 3, 4, 2, 1) )
というベクトルがあります。
require(gtools)
combinations( length(v), 3, v,
set=FALSE, repeats=FALSE )
とすると、364 個の答が返ってきます。(364*3 の matrix です...
この中で unique な raw だけに興味があります。つまり、c(1,...
~
もう少し長い v で combination の長さも長い応用を考えてい...
よろしくお願いします。~
効率の悪いのは、こんな感じです。~
unique( combinations( length(v), 3, v,
set=FALSE, repeats=FALSE ) )
combinations() を全て羅列してから条件に合うものだけを取り...
//
- 不完全な再帰関数のような気がしますけど，http://aoki2.si...
取り出す個数が小さいうちは combinations 関数を使う方が速...
getComb <- function(v, n)
{
search <- function(x, y)
{
if (y == 1) {
a <<- rbind(a, rep(v1, um[1,]))
}
else if (x == 1) {
if ((t <- um[1, 1]-um[y, 1]) >= 0) {
um[1, 1] <<- t
search(nc, y-1)
um[1, 1] <<- um[1, 1]+um[y, 1]
}
}
else {
search(x-1, y)
while (um[y, 1] && um[1, x]) {
um[y, x] <<- um[y, x]+1
um[y, 1] <<- um[y, 1]-1
um[1, x] <<- um[1, x]-1
search(x-1, y)
}
um[y, 1] <<- um[y, 1]+um[y, x]
um[1, x] <<- um[1, x]+um[y, x]
um[y, x] <<- 0
}
}
f1 <- table(v)
v1 <- as.numeric(names(f1))
um <- matrix(0, 2, length(v1))
um[,1] <- c(n, sum(f1)-n)
um[1,] <- f1
a <- NULL
search(nc, 2)
return(a)
}
v <- rep( c(1, 2, 3, 5, 6), c(4, 3, 4, 2, 1) )
n <- 7
system.time(b <- unique(combinations(
length(v), n, v, set=FALSE, repeats=FALSE )))
system.time(a <- getComb(v, n))
実行結果は以下の通り
unique(combinations(... による b とは，出力順が異なる
> head(a)
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
[1,] 3 3 3 3 5 5 6
[2,] 2 3 3 3 5 5 6
[3,] 1 3 3 3 5 5 6
[4,] 2 2 3 3 5 5 6
[5,] 1 2 3 3 5 5 6
[6,] 1 1 3 3 5 5 6
> tail(a)
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
[87,] 1 1 2 2 2 3 3
[88,] 1 1 1 2 2 3 3
[89,] 1 1 1 1 2 3 3
[90,] 1 1 1 2 2 2 3
[91,] 1 1 1 1 2 2 3
[92,] 1 1 1 1 2 2 2
- 河童の屁は，河童にあらず，屁である。さん、どうもありが...
**パッケージのインストールができません [#gfeafeed]
>[[あびこ]] (2011-01-22 (土) 15:23:13)~
~
現在、自宅でRのパッケージ（sem）をインストールしようとし...
OSはwin7、Rは2.4.1です。管理者権限でログインしています。R...
ファイルを探してもsemのファイルはありませんでした。~
[パッケージ]→[パッケージのインストール]でインストールしよ...
よろしくお願いします。~
~
以下、エラー文です
--- Please select a CRAN mirror for
use in this session ---~
警告：unable to access index for repository
http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/bin/
windows/contrib/2.4
URL 'http://essrc.hyogo-u.ac.jp/cran/bin/windows/
contrib/2.4/sem_0.9-8.zip'
を試しています
Content type 'application/zip' length 245050 bytes
開かれた URL
downloaded 239Kb
以下にエラーzip.unpack(pkg, tmpDir) : ファイル
'C:/Program Files/R/R-2.4.1/library/fileef56f57/
sem/chtml/sem.chm'
を開くことができません
> library(sem)
以下にエラーlibrary(sem) :
'sem' という名前のパッケージはありません
//
- 解決しました。win7の権限に関する問題でした。お騒がせし...
**ヘルプファイルが存在しない [#u70f8e6a]
>[[yamada]] (2011-01-21 (金) 10:57:37)~
~
パッケージ"urca"をダウンロードして登録しましたが、ヘルプ...
リンク先をクリックしても当該ファイルが存在しません。~
~
例えば最初の.spcvをクリックしても"file:///C:/Program%20Fi...
~
解決方法はありますでしょうか。~
//
- 追加：セッション情報です -- [[yamada]] &new{2011-01-21 ...
R version 2.12.1 (2010-12-16)
Platform: i386-pc-mingw32/i386 (32-bit)
locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932
LC_CTYPE=Japanese_Japan.932
[3] LC_MONETARY=Japanese_Japan.932
LC_NUMERIC=C
[5] LC_
[2,] TIME=Japanese_Japan.932
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils
datasets methods base
other attached packages:
[1] urca_1.2-4
loaded via a namespace (and not attached):
[1] grid_2.12.1 lattice_0.19-13 nlme_3.1-97 tool...
- そのヘルプファイルは，そのようにして使うものではないの...
- 河童の屁さん、ありがとうございました。解決しました。毎...
**文字列を逆順にする [#n9d35de7]
>[[みゅ]] (2011-01-20 (木) 16:17:19)~
~
ABCDEをEDCBAのように逆順に並べたいのですが、これに対応す...
数字なら例えばrev()で良いと思うのですが、
> A <- 1:5
> A
[1] 1 2 3 4 5
> rev(A)
[1] 5 4 3 2 1
一般に文字列の場合はどのようにするのでしょうか。~
1文字ずつに分割した文字列について、order()などで順序番号...
もしfunctionが有るようなら教えて下さい。調べましたが解り...
//
- 質問をする前に環境ぐらい書きましょう。次の方法は環境依...
> A <- "ABCDE"
> system(paste("echo",A,"|rev"),intern=TRUE)
[1] "EDCBA"
- 関数があるかどうか探すより定義して使う方が速い。必要な...
> a <- "abcdefghij"
> paste(rev(unlist(strsplit(a, ""))),
collapse="")
[1] "jihgfedcba"
> Napoleon <- "Able was I ere I saw Elba"
> paste(rev(unlist(strsplit(Napoleon, ""))),
collapse="")
[1] "ablE was I ere I saw elbA"
- 恐れ入ります。初心者で、環境に依存する所まで頭が回って...
- > 以前、すでに関数があるのに自分で時間をかけて書いたり...
がっかりする必要など，さらさらありませんよ。スキルも付...
**確率分布を定義して乱数発生 [#k4c09f0f]
>[[せこがに]] (2011-01-19 (水) 07:32:58)~
~
べき分布x^-uに従う乱数を発生させたいと思っています。xを確...
pdf <- function (n, u=1, a=1) {
x <- runif(n, min=a, max=1000)
p <- x^-u
y <- s vv ample(x, n, replace=T, prob=p)
return(y)
}
//
- 「べき分布 乱数」でググったら，結構出てきますよ。~
あなたの関数定義とほぼ同じものが「[[ベキ分布を生成する関...
rpower <- function(n, m=1, M=100, b=0.1)
{
((M^-b-m^-b)*runif(n)+m^-b)^(1/-b)
}
> xの最大値を無限大に拡張したい~
上の関数定義でも，M が無限大だと使えません。現実的にも M ...
**optim関数とsum関数 [#n36b56ee]
>[[century]] (2011-01-19 (水) 00:27:39)~
~
初歩的なことなのかもしれませんが、optim関数について教えて...
以下のようなプログラムがあります。
flb <- function(x)
{ p <- length(x); sum(c(1, rep(4, p-1)) *
(x - c(1, x[-p])^2)^2)
}
## 25-dimensional box constrained
optim(rep(3, 25), flb, NULL,
method = "L-BFGS-B",
lower=rep(2, 25), upper=rep(4, 25))
# par[24] is *not* at boundary
の中の~
sum(c(1, rep(4, p-1)) * (x - c(1, x[-p])^2)^2)
はどういった計算でしょうか。
c(1, rep(4, p-1))
と
(x - c(1, x[-p])^2)^2
は計算できるのですが、sumが良く分かりません。~
自分で
sum(c(1,2,3)*(1,2,3))
と書いてもエラーで上手く行きません。~
なんで元々のプログラムではうまくいくのでしょうか？~
~
実行したら普通にできるのですが、何をしているのか理解した...
また、
lower=rep(2, 25), upper=rep(4, 25)
というのはxに初期値として入れたrep(3,25)が25個のデータな...
//
- > sum(c(1,2,3)*(1,2,3)) と書いてもエラーで上手く行...
sum(c(1,2,3)*c(1,2,3)) とすべきでしょう。~
プログラムが何をしているか分からないとき，部分ごとに逐次...
> (x <- c(3, 5, 2)) # 例えば，こんな例を
[1] 3 5 2
> (p <- length(x)) # x の長さ（要素数）
[1] 3
# 1 と 4 を p-1 個繰り返した要素を持つベクトル
> c(1, rep(4, p-1))
[1] 1 4 4
# 1 と x の p 番目の要素を除いたものを要素とするベクトル
> c(1, x[-p])
[1] 1 3 5
> c(1, x[-p])^2 # その二乗
[1] 1 9 25
> x - c(1, x[-p])^2 # x から引き算
[1] 2 -4 -23
> (x - c(1, x[-p])^2)^2 # さらにその二乗
[1] 4 16 529
> c(1, rep(4, p-1)) *
(x - c(1, x[-p])^2)^2 # ベクトルの積
[1] 4 64 2116
> sum(c(1, rep(4, p-1)) *
(x - c(1, x[-p])^2)^2) # その要素の和
[1] 2184
> xに初期値として入れたrep(3,25)が25個のデータなので...
その通りですよ。それぞれの制約を課したければ，lower=c(2, ...
- 逐次実行を進めている段階でそのsumの部分が分からなかった...
**プログラム書法 [#jbd7fbf4]
>[[河童の屁は，河童にあらず，屁である。]] (2011-01-18 (火...
~
お作法というのもいろいろ流儀があって，一通りでは済まない...
{ } では，インデントしましょう~
<- の前後には半角空白を置きましょう~
, の後には半角空白を置きましょう~
for, if, else if の後には半角空白を置きましょう~
{ の左側には半角空白を置きましょう~
少なくとも ==, !=, >, <, <=, >=, &, &&, |, ||, ! の前後に...
a <- function(b, c) {
d <- e+f
if (g > 0) {
h <- i+8
}
else {
h <- i+90
}
return(h*900)
}
//
- 了解です。いつもありがとうカッパさん❤ -- [[美穂]...
**最尤推定のoptim関数⇒nlm関数 [#v2bfa661]
>[[century]] (2011-01-17 (月) 14:44:50)~
~
最尤推定で多くのパラメータが含まれた尤度関数を扱っている...
具体的には、
optim(par=c(0.927, 0.982, 0.091, 0.058, 0.604,
1.129, 0.368, 0.326),
fn=Likelihood(ε, R),
control=list(fnscale=-1, trace=TRUE))
を
nlm(Likelihood, c(0.927, 0.982, 0.091, 0.058, 0.604,
1.129, 0.368, 0.326), hessian=TRUE)
にしたのですが、それ以外にどこを直すと回るのでしょうか。~
※c()は初期パラメータです。。。~
色々nlm関数のページも見ましたが、分からず、御教授頂けます...
~
あと、一部のパラメータだけ違う制約を置くことが可能でした...
//
- nlm の example にある例を，optim で書いてもちゃんと動く...
> f <- function(x) sum((x-1:length(x))^2)
> nlm(f, c(10,10))
$minimum
[1] 4.303458e-26
$estimate
[1] 1 2
$gradient
[1] 2.757794e-13 -3.099743e-13
$code
[1] 1
$iterations
[1] 2
> optim(c(10, 10), f,
control=list(reltol=1e-14))
$par
[1] 0.9999998 1.9999994
$value
[1] 4.218356e-13
$counts
function gradient
103 NA
$convergence
[1] 0
$message
NULL
- コメントありがとうございます。エラーメッセージとしては...
- 再質問じゃないよ。このスレッドに続けなきゃ。また，ちゃ...
- > 関数値が不正です&br;文字通り，関数定義または，関数の...
- 関数のパラメータ、初期値がおかしいのだと思うのですが、o...
- > 初期値がおかしいのだと思うのですが&br;では，optim関数...
- 使い方に慣れておらず、不手際が続きまして申し訳ありませ...
- > 関数そのものはoptim関数と一緒ですがなぜ回らないのでし...
- うまくプログラム文を貼ろうと思ったのですが、べた書きに...
- 何度も投稿文の書式を見たのですが、このプログラムみたい...
- εとRはExcelの各列にデータが並んでいて、それを読み込んだ...
- > べた書きにしかならなかったので削除しました&br;ですか...
Likelihood は要するに関数定義を返す関数で，それで定義され...
- optimとnlmで初期値の長さが違うけど、それが原因じゃない...
->全て定義しなおします。
まず、Excelに2列のデータがあり、csvファイルからそれをxに...
ε<-x[,10]
R<-x[,5]
y<-c(1:305)
Likelihood<-function(ε,R){
return(function(par){
p<-par[1]
q<-par[2]
ω_0<-par[3]
α_0<-par[4]
β_0<-par[5]
μ_0<-0.1
ω_1<-par[6]
α_1<-par[7]
β_1<-par[8]
μ_1<--0.2
LogL<-0
E<-(1-p)/(2-p-q) # t=0の定常確率(スタート)
F<-(1-q)/(2-p-q)
ε_0<-ε[1] # t=1の確率密度関数計算
R_1<-R[2]
A<- q*E+(1-p)*F
B<- (1-q)*E+p*F
sigma_0_1<-sqrt(ω_0+α_0*ε_0^2+β_0*ε_0^2)
sigma_1_1<-sqrt(ω_1+α_1*ε_0^2+β_1*ε_0^2)
f1<-1/sqrt(2*pi*sigma_1_1^2)*exp(-(R_1-μ_1)^2/
(2*sigma_1_1^2))
f0<-1/sqrt(2*pi*sigma_0_1^2)*exp(-(R_1-μ_0)^2/
(2*sigma_0_1^2))
f<- f0*A+f1*B
LogL<-LogL+log(f)
E<-f0*A/(f0*A+f1*B)
F<-f1*B/(f0*A+f1*B)
G<-E
H<-F
C<-A
D<-B
ε_1<-ε[2] #t=2
R_2<-R[3]
A<-q*E+(1-p)*F
B<-(1-q)*E+p*F
sigma_0_2<-sqrt(ω_0+α_0*ε_1^2+β_0*
(sigma_0_1^2*C+sigma_1_1^2*D))
sigma_1_2<-sqrt(ω_1+α_1*ε_1^2+β_1*
(sigma_0_1^2*C+sigma_1_1^2*D))
f1<-1/sqrt(2*pi*sigma_1_2^2)*
exp(-(R_2-μ_1)^2/(2*(sigma_1_2)^2))
f0<-1/sqrt(2*pi*sigma_0_2^2)*
exp(-(R_2-μ_0)^2/(2*(sigma_0_2)^2))
f<-f0*A+f1*B
LogL<-LogL+log(f)
E<-f0*A/(f0*A+f1*B)
F<-f1*B/(f0*A+f1*B)
A=q*E+(1-p)*F
B=(1-q)*E+p*F
C=q*G+(1-p)*H
D=(1-q)*G+p*H
sigma0t<-sigma_0_2
sigma1t<-sigma_1_2
z<-2 #t=3以降
ε_t<-0
R_t<-0
for(i in y){
z<-z+1
ε_t<-ε[c(z)]
R_t<-R[c(z+1)]
A<-q*E+(1-p)*F
B<-(1-q)*E+p*F
sigma0t<-sqrt(ω_0+α_0*ε_t^2+
β_0*((sigma0t)^2*C+(sigma1t)^2*D))
sigma1t<-sqrt(ω_1+α_1*ε_t^2+
β_1*((sigma0t)^2*C+(sigma1t)^2*D))
f1<-1/sqrt(2*pi*(sigma1t)^2)*
exp(-(R_t-μ_1)^2/(2*(sigma1t)^2))
f0<-1/sqrt(2*pi*(sigma0t)^2)*
exp(-(R_t-μ_0)^2/(2*(sigma0t)^2))
f<-f0*A+f1*B
LogL<-LogL+log(f)
E<-f0*A/(f0*A+f1*B)
F<-f1*B/(f0*A+f1*B)
C<-A
D<-B
}
return(LogL)
})
}
optim(par=c(0.927,0.982,0.091,0.058,
0.604,0.9,0.368,0.326),
fn=Likelihood(ε,R),
control=list(fnscale=-1, trace=TRUE))
このプログラムで計算されたパラメータに書き換えて、最初の
Likelihood<-function(ε,R){
return(function(par){
と最後の
return(LogL)
})
}
を外したら最終的なLogLの値が計算され、それらしい値になっ...
ブロック要素という形で区切られてしまい、空の行を入れて見...
色々と初期値の問題を解決しようとしてプログラムを変えてい...
お手数ですが、どうか宜しくお願い致します。
- 空行の先頭にも空白1個がいるということです。あとは，別の...
- まあ，実行すれば，以下のようなエラーが出ますね。
> ε<-x[,10]
エラー： オブジェクト 'x' がありません
> R<-x[,5]
エラー： オブジェクト 'x' がありません
:
エラー： オブジェクト 'z' がありません
> return(LogL)
エラー： オブジェクト 'LogL' がありません
> })
エラー： 予想外の '}' です ( "}" の)
> }
エラー： 予想外の '}' です ( "}" の)
> optim(par=c(0.927,0.982,0.091,0.058,
0.604,0.9,0.368,0.326),fn=Likelihood(ε,R),
control=list(fnscale=-1, trace=TRUE))
Nelder-Mead direct search function minimizer
以下にエラー function (par) :
関数 "Likelihood" を見つけることができませんでした
こんな単純なエラーが出ないように提示することが要求される...
- 先程記述したExcelデータをxに取り込むというものがあれば...
- > optimとnlmで初期値の長さが違うけど、それが原因じゃな...
- > 先程記述したExcelデータをxに取り込むというものがあれ...
> x <- matrix(runif(305*2), 305)
> ε<-x[,10]
エラー： 添え字が許される範囲外です
> R<-x[,5]
エラー： 添え字が許される範囲外です
あなたのいいたかったのは「2行×305列の行列」？何でそうなの...
あなたが実際に実行した通りをアップロードすべきなんです。...
- すみません・・・、データのcsvファイルをアップできなかっ...
- > データのcsvファイルをアップできなかったものですから&b...
- すみません・・・305行×2列でした。データのεとRという意味...
- > 305行×2列でした&br;あのですね，305×2の行列から，ε<-x[...
また，何回もいうけど，そこをパスしても，その後のエラーは...
- また数十行のデータをアップされるのはかなわないので，ε <...
- これで最後にします。アップされたプログラムをRコンソール...
- 文法エラーが出るのは，"z<-2 #t=3以...
関数中でε，R の参照がおかしいのだけど，それはよしとして，...
set.seed(12345)
ε<-runif(308)
R<-runif(309)
としてやってみると。以下のようなエラーが50個以上（関数の...
44: In log(f) : 計算結果が NaN になりました
45: In sqrt(ω_0 + α_0 * ε_t^2 + β_0 *
((sigma0t)^2 * C + ... :
計算結果が NaN になりました
まあ，それはほうっておいて，結果を見てみると，収束が非常...
さて，次に nlm にすると 「'nlm' 最適化における関数値が不...
NewFunctionName <- function(par) { 関数名は何でも良い
p<-par[1]
以下同じ（この中で εや R を参照すると，大域変数が参照さ...
return(LogL)
}
このように定義した関数を使って
nlm(NewFunctionName, c(0.927,0.982,0.091,
0.058,0.604,0.9,0.368,0.326), hessian=TRUE)
で動く。~
ただし，途中で log と sqrt でエラーが一杯出る（前述のエラ...
関数が正しいかどうか，吟味すべし。 -- [[河童の屁は，河童...
->なかなか手元で回らず、アップするのが遅れてしまい申し訳...
データ数は問題じゃないので、ここではデータ数をかなり少な...
エラー等の現象は同じなので。。。このままで回ると思います。
y <- c(1:7)
ε <- c(0.104794415, 0.042511256, 0.125477647,
0.314732511, -0.411718232,
0.670690239, -0.006636651, -1.099916039,
-0.380745473, 1.415399685)
R <- c(0.043765052, 0.019836787, 0.103638308,
0.289968381, -0.442985542,
0.665004049, - 0.050993233, -1.11928331,
-0.362827922, 1.406915882)
Likelihood <- function(ε, R) {
return(function(par) {
p <- par[1]
q <- par[2]
ω_0 <- par[3]
α_0 <- par[4]
β_0 <- par[5]
ω_1 <- par[6]
α_1 <- par[7]
β_1 <- par[8]
μ_0 <- 0.1
μ_1 <- -0.2
LogL <- 0
E <- (1-p)/(2-p-q) # t=0 の定常確率(スタート)
F <- (1-q)/(2-p-q)
ε_0 <- ε[1] # t=1 の確率密度関数計算
R_1 <- R[2]
A <- q*E+(1-p)*F
B <- (1-q)*E+p*F
sigma_0_1 <- sqrt(ω_0+α_0*
ε_0^2+β_0*ε_0^2)
sigma_1_1 <- sqrt(ω_1+α_1*
ε_0^2+β_1*ε_0^2)
f1 <- 1/sqrt(2*pi*sigma_1_1^2)*
exp(-(R_1-μ_1)^2/(2*sigma_1_1^2))
f0 <- 1/sqrt(2*pi*sigma_0_1^2)*
exp(-(R_1-μ_0)^2/(2*sigma_0_1^2))
f <- f0*A+f1*B
LogL <- LogL+log(f)
E <- f0*A/(f0*A+f1*B)
F <- f1*B/(f0*A+f1*B)
G <- E
H <- F
C <- A
D <- B
ε_1 <- ε[2] # t=2
R_2 <- R[3]
A <- q*E+(1-p)*F
B <- (1-q)*E+p*F
sigma_0_2 <- sqrt(ω_0+α_0*ε_1^2+
β_0*(sigma_0_1^2*C+sigma_1_1^2*D))
sigma_1_2 <- sqrt(ω_1+α_1*ε_1^2+
β_1*(sigma_0_1^2*C+sigma_1_1^2*D))
f1 <- 1/sqrt(2*pi*sigma_1_2^2)*
exp(-(R_2-μ_1)^2/(2*(sigma_1_2)^2))
f0 <- 1/sqrt(2*pi*sigma_0_2^2)*
exp(-(R_2-μ_0)^2/(2*(sigma_0_2)^2))
f <- f0*A+f1*B
LogL <- LogL+log(f)
E <- f0*A/(f0*A+f1*B)
F <- f1*B/(f0*A+f1*B)
A <- q*E+(1-p)*F
B <- (1-q)*E+p*F
C <- q*G+(1-p)*H
D <- (1-q)*G+p*H
sigma0t <- sigma_0_2
sigma1t <- sigma_1_2
z <- 2
ε_t <- 0
R_t <- 0
for (i in y) { # t=3 以降
z <- z+1
ε_t <- ε[c(z)]
R_t <- R[c(z+1)]
A <- q*E+(1-p)*F
B <- (1-q)*E+p*F
sigma0t <- sqrt(ω_0+α_0*ε_t^2+
β_0*((sigma0t)^2*C+(sigma1t)^2*D))
sigma1t <- sqrt(ω_1+α_1*ε_t^2+
β_1*((sigma0t)^2*C+(sigma1t)^2*D))
f1 <- 1/sqrt(2*pi*(sigma1t)^2)*
exp(-(R_t-μ_1)^2/(2*(sigma1t)^2))
f0 <- 1/sqrt(2*pi*(sigma0t)^2)*
exp(-(R_t-μ_0)^2/(2*(sigma0t)^2))
f <- f0*A+f1*B
LogL <- LogL+log(f)
E <- f0*A/(f0*A+f1*B)
F <- f1*B/(f0*A+f1*B)
C <- A
D <- B
}
return(LogL)
})
}
optim(par=c(0.9, 0.9, 0.3, 0.3, 0.4,
0.9, 0.2, 0.5), fn=Likelihood(ε, R),
control=list(fnscale=-1, trace=TRUE))
教えて頂いた通りにnlm関数をやってみたら回りました。本当に...
このエラーなのですが、sqrt関数を使っているので、その中の...
εとRの参照がおかしいというのはzとz+1がずれているというこ...
参照するデータが元々のデータと違うのでひとつずれています...
maxit のデフォルトの500回を変更する方法も教えて頂けますで...
- > maxit のデフォルトの500回を変更する方法&br;nlm には m...
optim(rep(3, 25), flb, NULL, method = "L-BFGS-B",
lower=rep(2, 25), upper=rep(4, 25))
# par[24] is *not* at boundary
- 本当にご丁寧なアドバイスを頂き、感謝しております。今後...
**複数の変数について各変数ごとのグラフィックスを並べて描...
>[[hf]] (2011-01-15 (土) 23:17:40)~
~
「Rの基礎とプログラミング技法」（U.リゲス）p.176，8.2節に...
//
- 翻訳は原書初版に基づきますが，第2版では該当箇所が若干修...
splom (~ USArrests[c(3, 1, 2, 4)] | state.region, pscale...
- 原著が修正されているということであれば，本の記述につい...
- すでに表形式になっているのであれば -- [[ishida]] &new{2...
barchart (VADeaths, groups = F, layout = c(2,2))
- VADeathsのような表形式にまではまとめられておらず，たと...
- 小出しですみません.グループごとに列がとられているならst...
dat.long <- stack (data.wide)
histogram( ~ values | ind, data = data.long,
layout = c(2,2))
latticeではないですけど
library( ggplot2)
p <- ggplot(diamonds, aes(carat)) +
geom_histogram(binwidth = 1)
p + facet_grid(cut ~ .)
- よこからすみません。stack()を知りませんでした。勉強にな...
library(lattice)
x <- as.data.frame(matrix(round(rlnorm(100*10,
log(25), 0.4)), 100))
# xの中身を確認しておく
names(x) <- sprintf("Q%02d", 1:10)
histogram( ~ values | ind, data = stack(x),
layout = c(5, 2))
#ref(stack01.png,center);
- これこそまさに求めていたものでした。stack()，お教えいた...
- lattice って，デフォルトのままではなんだか安っぽいと思...
set.seed(123)
x <- as.data.frame(matrix(round(rlnorm(
100*10, log(25), 0.4)), 100))
# xの中身を確認しておく
names(x) <- sprintf("Q%02d", 1:10)
layout(matrix(1:10, byrow=TRUE, ncol=5))
old <- par(mar=c(2, 2.7, 1.3, 1),
mgp=c(1.6, 0.7, 0))
for (i in 1:ncol(x)) {
hist(x[, i], breaks=seq(-5, 100, by=5),
xlim=c(0, 80), ylim=c(0, 25),
xlab="", main=sprintf("Q%02d", i),
col="darkorchid1")
}
par(old)
layout(1)
&ref(hist2.png);
- まあ、標準グラフィックスよりもlattice、ggplot2とかのほ...
- 「楽チン」だから安っぽいのかな。 -- [[河童の屁は，河童...
&ref(hist3.png);
**関数の定義について [#fab06ad1]
>[[Jun]] (2011-01-15 (土) 23:11:54)~
~
お世話になります。~
~
組み込み関数の定義を調べたい場合、~
1.関数名を()なしで入力する ex. order~
2.methods()とgetS3metod()を組み合わせる ex.mean~
~
という方法がありますが、なぜこのような違いが生じるのでし...
関数の定義を隠す意味がよく分からないのですが、何か目的が...
~
何かご存知でしたらご教授願います。~
//
- 別に隠すという積極的な意図があるのではなく，オブジェク...
- ありがとうございます。では methods(print) とすると"No...
- たいした意図はないでしょう。必要としない人から隠してい...
- 関数を作成した人に直接聞いた方が確実そうですね。ありが...
**最尤推定で非負制約 [#g0abf1db]
>[[century]] (2011-01-14 (金) 01:19:36)~
~
こんばんは。~
Rを使って複数のパラメータからなる尤度関数を最大化し、最尤...
optim関数の最後に「trace=TRUE」と付けたのですが、どうにも...
どなたかお分かりになりますでしょうか？宜しくお願い致しま...
//
- method="L-BFGS-B" を選択し， lower, upper を指定しまし...
- 時々苦し紛れで使う安易な方法は正値パラメータ a を関係 ...
- パラメータごとに制約をつけることはできませんか？ -- [[c...
- constOptim : Minimise a function subject to linear ineq...
- 大変失礼致しました。constOptimはグラディエント関数の設...
**splitの順序 [#n59a4622]
>[[cat]] (2011-01-13 (木) 03:25:26)~
~
こんばんは。~
R version 2.9.2 を使用している者です。
a <- c("a.1", "a.2", "b.1", "b.2",
"c.1", "c.2")
b <- array(a, dim=6)
上記のようなデータにsplitを使用し "a.1", "a.2" と "b.1", ...
y <- seq(1, 6, 2)
split(b, y)
としましたが（seqの基準点で分けたい）
$`1`
[1] "a.1" "b.2"
$`3`
[1] "a.2" "c.1"
$`5`
[1] "b.1" "c.2"
のような出力になります。~
本掲示板を拝見しましたが解答を見つけられなかったので、ど...
宜しくお願い致します。~
//
- split(a, rep(1:3, each=2)) とすればよいだけでしょう。 -...
> a <- c("a.1", "a.2", "b.1", "b.2",
"c.1", "c.2")
> split(a, rep(1:3, each=2))
$`1`
[1] "a.1" "a.2"
$`2`
[1] "b.1" "b.2"
$`3`
[1] "c.1" "c.2"
- すみません、お手数おかけしました。ありがとうございます...
**「履歴の保存と読み込み」の使い方 [#q5ebc813]
>[[yamada]] (2011-01-12 (水) 23:08:56)~
~
RGuiのファイル→「履歴の読み込み」は、「履歴の保存」で保存...
「ファイルの保存」は何をしたかというログを保存するだけで...
//
- 何かやっている途中に，間違えて大事なオブジェクトを消し...
- 私の質問の趣旨は、「履歴の保存」機能は、「ワークスペー...
- >「履歴の保存」機能は、「ワークスペースの保存」で...
別の機能だから別の名前がついているだけでしょう。「ワーク...
- 「前回までのコマンド履歴がロードされる」というのはある...
- 様、よくわかりました。ワークスペースは、デフォルトでは...
- どうも，相当混乱しているようですね。~
「デフォルトで最大512行までしか保存されない」のは，コマン...
作業スペースは，R のメモリの内容のようなもので，それを操...
「ファイルの保存...」は入力コマンドと（あれば）それによる...
それぞれ異なった目的を持つものです。 -- [[河童の屁は，河...
- 作業スペースの情報は、コマンド履歴を含みますか？またR終...
- > 作業スペースの情報は、コマンド履歴を含みますか？~
含まないでしょう。~
> またR終了時に、.Rhistoryは更新されますか。~
されるでしょう。というか，コマンドを入力するたびに追加さ...
自分で確認してみると良いかも。 -- [[河童の屁は，河童にあ...
- >作業スペースの情報は、コマンド履歴を含みますか？→含ま...
 ***********************~
お問い合わせの件ですが、よく混乱を招く個所です。大きな違...
「作業スペースの保存」⇒ .RData ファイルが作成されます~
「履歴の保存」 ⇒ .Rhistoryファイルが作成されます~
が挙げられます。~
.RDataはバイナリデータファイルで、テキストファイル等で開...
 ************************~
今の私の理解は、�作業スペースの情報はコマンド履歴...
- > 含まなければ起動時に前回の作業スペースの情報を読...
矛盾などしないでしょう。R は起動時に .Rdata と .Rhistory ...
試しに，.Rhistory の中身を消去して R を立ち上げると，.Rda...
> コマンド入力歴の集積がその時点での作業スペースの内...
これも矛盾しないでしょう。そもそも最初からのコマンド履歴...
「評価の高いR本の著者」の回答も，私の言ったとおりのことを...
そもそもの質問が「「履歴の保存と読み込み」の使い方」であ...
- 「.Rdata で .Rhistory が代替できるのでは」とは言ってい...
- ちょっと試してみたんですが、手前の環境(Ubuntu)では、空...
- > 正しく理解しているでしょうか？~
ただしく理解できたんじゃないでしょうか。 -- [[河童の屁は...
- mac OS X 10.6.6, R 2.12.1 では，.Rdata と .Rhistory を...
- MacOSX 10.6.6, R2.12.0で試しましたが、Ubuntuと同様にq(s...
- > 河童の屁さんとこちらの挙動が違うのも不思議&br;私は R2...
- 私の環境（WIndows XP sp2 R2.12.1）でも確認できました。 ...
- > 起動時に「以前にセーブされたワークスペースとコマンド...
Mac 版 R 2.12.1 では，オープニングに
[Workspace restored from /Users/foo/.RData]
[History restored from /Users/foo/.Rhistory]
って表示されますよ。 -- [[河童の屁は，河童にあらず，屁で...
- Mac版はWindows版よりも正確ですね。 -- [[yamada]] &new{2...
**plsについて [#m8ea8fdb]
>[[ミヤ]] (2011-01-12 (水) 11:34:36)~
~
現在、PLS回帰分析の勉強をしているのですが、
library(pls)
data(yarn)
yarn.plsr <- plsr(density ~ NIR, 6,
data = yarn, validation = "CV")
とした後に、
plot(yarn.plsr, "prediction",
which = "train", 6, line = T)
によって、実測値と予測値の対散布が見れると思うのですが、...
よろしくお願いいたします。~
//
- たぶん，plsr には決定係数というような概念はないと思うけ...
ss.t <- sum((yarn$density-
mean(yarn$density))^2)
ss.e <- sum(yarn.plsr$residuals[,,
yarn.plsr$ncomp]^2)
1-ss.e/ss.t
- ありがとうございます！ -- [[ミヤ]] &new{2011-01-12 (水)...
**邪魔な[1] [#s1bc8a91]
> (2011-01-11 (火) 11:44:55)~
~
計算結果で、左に出る[1]って表示を消すことはできないのでし...
//
- そこまでする必要があれば，自分で cat や sprintf を使っ...
**特定の値の組み合わせが出てくる数 [#m9bdf7cc]
>[[なつ]] (2011-01-10 (月) 11:03:58)~
~
いつもお世話になっております。Rを使って，特定の値の組み合...
例えば，特定の組み合わせ＝"0,1"としまして（順序もこのまま...
a <- c(0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1)
b <- c(1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0)
という2つのオブジェクトがあるとします。~
この場合，aからは2，bからは1という値を計算したいというこ...
~
何か良い方法がありましたら，教えて頂ければ幸いです。~
よろしくお願いいたします。~
//
- どのようなものが「良い方法」なのかの定義によりますけど...
仕様として，「それぞれのベクトル要素は1桁の整数とする」と...
「そうではない」という場合には，仕様を明確に。 -- [[河童...
> sum(unlist(strsplit(gsub("01", "@",
paste(a, collapse="")), "")) == "@")
[1] 2
> sum(unlist(strsplit(gsub("01", "@",
paste(b, collapse="")), "")) == "@")
[1] 1
- あまり玄人っぽくないのは aa <- a[-length(a)] ; sum( aa...
- sum(apply(t(embed(a,2))==rev(c(0,1)), 2, all)) -- &new...
- なるほど，そういうのも良いかも知れないですね。ただ，a <...
> a <- c(1, 1, 1, 0, 0, 1)
> aa <- a[-length(a)]
> sum( aa[which(aa==0)+1] == 1 )
[1] NA
> a <- c(1, 1, 1, 0, 0, 0)
> aa <- a[-length(a)]
> sum( aa[which(aa==0)+1] == 1 )
[1] NA
- 登場する数が例えばすべて 10^8 を超えない非負整数とすれ...
> sum(a[-length(a)]*10^8+a[-1]==0*10^8+1)
[1] 2
- ↑複素数を使ったほうが実数全体に対して使えるのでよい。 s...
- 申し訳ない。 sum( a[which(a==0)+1] == 1, na.rm=T ) で...
- 色々とありがとうございます。良いというのは，とりあえず...
**x軸にデータフレームの全角文字を、縦向きで.epsに出力した...
>[[とし]] (2011-01-09 (日) 17:37:25)~
path worst cost pathpattern throughput
stddev Numpulse Nummeasure AveF
1 □ 0 1 0 217.7 0.682583 90441
140519 0.985497
2 ○ 1 1.83 1 118.447 0.255297
163628 254691 0.984438
3 □□ 0 2 0 94.7204 0.29984
392181 609967 0.994922
4 △ 2 2.93 2 74.3604 0.188577
258852 404117 0.985847
5 □□□ 0 3 0 98.3713 0.170828
476040 739740 0.980546
6 □×○□ 0 4 0 97.9405 0.171691
753243 1172179 0.98989
このようなデータフレームを用いて、x軸にpathの記号列（〇や...
df <- read.table("ex_data.txt", header=T)
sortlist <- order(df$throughput)
df <- df[sortlist,]
cs <- as.character(df$path)
asdf <- barplot(df$throughput, 0.1,
ylim=c(0, 250), xlab="", ylab="", axes=F, ann=F)
axis(1, at=asdf, labels=FALSE)
axis(2, at=seq(0, 250, 10))
library(gridBase)
vps <- baseViewports()
pushViewport(vps$inner, vps$figure, vps$plot)
grid.text(cs, x=unit(asdf, "native"),
y=unit(-1, "lines"), just="right", rot=90)
popViewport(3)
しかし、
警告メッセージ：
1: In grid.Call.graphics("L_texta.1",
as.graphicsAnnot(x$label), ... :
'mbcsToSbcs' 中の 'ﾃ療療療冷味笆｡笆｡笆｡
' で変換に失敗: <e2>をドットで置き換えました
となってしまい、.png出力だと問題ないのですが、.eps出力だ...
~
画像出力部のコードは以下のとおりです。~
dev.copy2eps(file="throughput+cost.eps")
dev.copy(png, "throughput+cost.png")
dev.off()
.epsに全角文字を出力するにはどのようにすればいいのでしょ...
よろしくお願い致します。~
//
- dev.copy2eps()のfontfamilyが何になっているのか確認しま...
**データフレーム内の変数名の変更 [#y128f0f9]
>[[のの]] (2011-01-09 (日) 07:17:48)~
~
データフレーム内の変数名を簡単に変更(rename)する方法はあ...
一応冗長ですが以下の方法で実現はできています。
# dataオリジナル設定
> data <- data.frame(x=1:10, y=1:10, z=1:10)
> names(data) # 変数名の確認
[1] "x" "y" "z"
> data$newx=data$x # 新しい変数名を定義
# データフレームから変数xを削除
> data <- data[setdiff(colnames(data), "x")]
> names(data) # 変数名の確認
[1] "y" "z" "newx"
変数の削除は[[データフレームTips大全]]を参考にしました。~
~
他にも
> library(gdata)
> data <- rename.vars(data, c("x", "y", "z"),
c("first", "second", "third"))
という方法があるようですが、変数名を全部列挙しないといけ...
~
良い方法があればお教えください。~
//
- 変数名の一部だけ変えたいということですか。たとえば -- ...
> data <- data.frame(x=1:10,
y=1:10, z=1:10)
> names(data)
[1] "x" "y" "z"
> names(data)[2] <- "Y"
> names(data)
[1] "x" "Y" "z"
> names(data)[names(data)=="x"] <- "X"
> names(data)
[1] "X" "Y" "z"
> names(data)[2:3] <- c("A","B")
> names(data)
[1] "X" "A" "B"
> names(data)[names(data) %in% c("X", "B")] <-
c("foo", "bar")
> names(data)
[1] "foo" "A" "bar"
- ありがとうございます！特に２番目の方法が好きです！ -- [...
- > 変数名を全部列挙しないといけないようで使いにくい~
いやいや，rename.vars は，変更したい変数名だけを指定すれ...
エラーチェックもちゃんとやってくれるので（オンラインヘル...
> data <- data.frame(x=1:10, y=1:10, z=1:10)
# x, z のみを foo, bar に変更（付値を忘れないように）
> data <- rename.vars(data, c("x", "z"),
c("foo", "bar"))
Changing in data
From: x z
To: foo bar
> names(data)
[1] "foo" "y" "bar"
> data <- rename.vars(data, "y", "ほげほげ")
Changing in data
From: y
To: ほげほげ
> names(data)
[1] "foo" "ほげほげ" "bar"
- 河童様（略して済みません）、いつもありがとうございます...
data <-
を忘れて使っていました。ご指摘ありがとうございます。 -- [...
- reshapeパッケージにrenameという関数があります -- &new{...
**ヘルプファイルが表示されない [#j1d1a35d]
>[[てるてるぼうず]] (2011-01-09 (日) 02:01:34)~
~
以前も同じ質問をさせていただいたのですが、どなたか情報を...
~
関数のヘルプファイルを表示したいと思い、以下を実行するの...
?…またはhelp(…)で毎回以下のようなエラーが出ます
> ?glm
警告メッセージ：
In file.show(temp, title = gettextf("R Help on '%s'",
topic), delete.file = TRUE) :
file.show()：ファイル 'C:\DOCUME~1\蜿､蟾晏忽蠢予
LOCALS~1\Temp\RtmpIDu7yb\Rtxt678418be'
は存在しません
> help("glm")
警告メッセージ：
In file.show(temp, title = gettextf("R Help on '%s'",
topic), delete.file = TRUE) :
file.show()：ファイル 'C:\DOCUME~1\蜿､蟾晏忽蠢予
LOCALS~1\Temp\RtmpIDu7yb\Rtxt3d6c4ae1'
は存在しません
検索エンジン等で調べてはみましたが、未だ解決していません。
環境は以下の通りです。
Microsoft Windows XP Professional
Version 2002
Service Pack 3
Intel(R) Core(TM)2 Duo CPU
E8400 @ 3.00GHz
2.99 GHz、976 MB RAM
Rのバージョン
R version 2.12.1 (2010-12-16)
//
- 文字通り，必要なファイルの含まれているディレクトリ自体...
**不正なマルチバイト文字 [#d53f1528]
>[[Ｒ初心者]] (2011-01-08 (土) 21:01:26)~
~
はじめまして。大学生でゼミでＲを扱っているものです。大学...
> utils:::menuInstallPkgs()
--- このセッションで使うために、CRANのミラーサイトを選...
install.packages(NULL, .libPaths()[1L],
dependencies = NA, type = type) 中で警告がありました：
'lib = "C:/PROGRA~1/R/R-212~1.1/library"'
は書き込み可能ではありません
以下にエラー sprintf(msg, userdir) :
<83>ｼ<e3>Ν縺吶ｋ縺溘ａ縺ｫ蛟倶ｺｺ逧<84>縺ｪ繝ｩ繧､繝悶Λ繝ｪ
'%s'
繧剃ｽ懊ｊ縺溘＞縺ｮ縺ｧ縺吶°<ef>ｼ<9f> に
不正なマルチバイト文字があります
という表示がでてしまいダウンロードできませんでした。zipで...
//
- OS は Vista ? 7 ?~
エラーの本質は，「ホゲホゲは書き込み可能ではありません」...
R掲示板の[[Windows Vista issue:http://www.okada.jp.org/RW...
不正なマルチバイト云々は，エラーメッセージを表示しようと...
- administratorでググったら解決しました。本当にありがとう...
> F <- function(x) sum((x[1]*DD[,1]+
x[2]*DD[,2]+x[3]*DD[,3]+1)^2)/sum(x^2)
# 適当なパラメータ初期値で始める
> (x <- optim(c(0.1,0.1,0.1),F))
$par
[1] 0.09792275 0.37648968 -0.32677544
$value
[1] 1366.468
$counts
function gradient
116 NA
$convergence
[1] 0
$message
NULL
# 上で求めた解を初期値として繰り返す
> (x <- optim(x$par,F))
$par
# これが求めたい a,b,c の値？
[1] -0.001709210 0.001085967 -0.009890907
$value
[1] 64.76301
$counts
function gradient
158 NA
$convergence
[1] 0
$message
NULL
y
ページ名:
![[RjpWiki]](image/../Rlogo.png "[RjpWiki]")
