Ｑ＆Ａ (初級者コース)/10
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【親ページ >>> [[Ｑ＆Ａ (初級者コース)]]】
COLOR(green){SIZE(20){初心者のための R および RjpWiki に...
COLOR(blue){SIZE(18){新規投稿はできません。}}~
COLOR(red){過去の記事のアーカイブ}
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(9)]] (元記事が 2008-01-06 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(8)]] (元記事が 2007-07-02 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(7)]] (元記事が 2007-02-01 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(6)]] (元記事が 2006-08-24 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(5)]] (元記事が 2005-03-13 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(4)]] (元記事が 2005-11-09 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(3)]] (元記事が 2005-05-02 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(2)]] (元記事が 2004-12-13 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(1)]] (元記事が 2004-08-03 より 2...
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#contents
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**MacOS10.5でR2.9.0、日本語の表示ができません。 [#ce492f5c]
>[[H.I.]] (2009-04-23 (木) 18:55:52)~
~
初心者です。~
MacOS10.5、X11でR2.9.0を動かしています。~
グラフの中に日本語の文字を入れることができません。~
この日本語化掲示板の2009年2月12日の回答を参考にやってみま...
お教えいただけると助かります。~
> sessionInfo()~
R version 2.9.0 (2009-04-17) ~
i386-apple-darwin8.11.1 ~
~
locale:~
ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/C/C/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8~
~
attached base packages:~
[1] stats graphics grDevices utils datasets met...
[7] base~
//
- R2.8.1のときにはできていたのでしょうか。それとも，今回...
それとも，そうではないとは思うけどひょっとして，ファイル...
ちょっと気になるのは，なぜ，「X11で」と書いているのかな？...
- 早速お返事ありがとうございます。 -- [[H.I.]] &new{2009-...
- 今回のR2.9.0が始めてです。Quartsウィンドウに日本語の表...
- 私は Mac 版 R バイナリをほとんど使っていないので，どな...
if (.Platform$pkgType == "mac.binary"){
options(device="quartz")
}
- ishida様ありがとうございます。ご指示の通りに行ないまし...
- 疑うようで申し訳ありませんが，「ターミナル」で，cd; cat...
- 度々恐れ入ります。Xtermでcd;cat .Rprofileを入力すると、...
- 既に確認済みかと思いますが，R で，
get("familyset_hook", pos="MacJapanEnv")
をやると，
function() { if(names(dev.cur())=="quartz") par(family="...
が表示されるんですよね。 -- &new{2009-04-25 (土) 13:51:4...
- はい、そのとおり表示されます。 -- [[H.I.]] &new{2009-04...
- 同様の環境で試したところ、同じ問題が発生しました。そこ...
（１）Show Hide Invisible filesというツールをダウンロード...
（２）次に/ライブラリ/Frameworks/R.frameworkを丸ごと消去...
（３）.RprofileをCotEditorで開いて上記内容を記録し、utf-8...
これで、私は正常に表示されるようになりました。（ターミナ...
- okinawa様ありがとうございます。（2）まではできましたが...
- どのようなエディタでもよいでしょう。vi でも。。。なん...
本質が何であるかを特定する必要があるでしょう。~
(1) については，ファインダー操作（たとえば，テキストエデ...
質問者は「ターミナル」を使えるようなので，この要件は必須...
(2) については，「再インストールしてください」ということ...
(3) については，これも再度 .Rprofile を作ってくださいとい...
なお，.Rprofile は ascii ファイル（英数字のみからなるファ...
結局，もう一度インストールと .Rprofile を作り直してくださ...
- (2)は私の場合、/ライブラリ/Frameworks/R.frameworkにかな...
- お騒がせして申し訳ありません。問題はまだ解決していませ...
- 「絶対R2.9.0じゃなきゃいや！」でなければ、R2.6.2などの...
- 大変お騒がせしました。できました。http://aoki2.si.gunma...
- ↑ serif がゴシック体になってるけど、逆では？ -- [[surg]...
- なにはともあれ、できてよかった。おかげで久しぶりにMac版...
**回帰をグループごとに実行し、同データフレームに出力した...
>[[頭バクハツです、、、もぅ、、、]] (2009-04-23 (木) 06:3...
~
~
非常に初歩的な質問かもしれないのですが、~
私にとってはとても難しく、悩んでも答えが出ませんでした。~
どなたか、ぜひ、ご教示ください。~
~
以下のようなデータフレームＸＸがあります。~
変数Ａ，Ｂを用いて回帰回帰分析を行い、最終的に変数Ｘの予...
これだけであればよかったのですが、次のことをする必要に迫...
~
1958年とそれ以降のデータを分け、別個に回帰する。~
あるいは、変数label内で、同じラベルを張られているものは、...
（1958年以前のラベルはすべて１ですので、上記の2文は全く同...
data.frame XX
year label X A B PREDICT.X
1951 1 NA 1 191 ?
1952 1 NA 2 9 ?
1953 1 NA 3 29 ?
1954 1 NA 4 349 ?
1955 1 4 5 2 ?
1956 1 3 5 9 ?
1957 1 NA 6 3 ?
1958 1 NA 6 495 ?
1959 2 2 7 692 ?
1960 2 3 8 94 ?
1961 2 3 9 95 ?
1962 2 NA 7 93 ?
1963 2 NA 6 7 ?
1964 2 NA 5 3 ?
1965 2 4 8 3 ?
1966 2 3 4 2 ?
この為に、以下のようにコードしました。
if(XX$year<1958){
model.X<-lm(PREDICT.X~A+B)
pred.X <-predict(model.X,XX)}
が、エラー”条件が2以上になったので、最初の1つを使用しまし...
~
どのようにコードすれば、データフレームＸＸに予測値PREDICT...
どうか、よろしくお願いします。~
//
- 自己レスです。投稿前は、表をきれいに揃えたのですが、画...
- ある変数の値によりデータフレームを分割する split 関数 ...
- レスありがとうございました！split関数というものを、初め...
**pls.ldaの使い方について [#s2802012]
>[[kuri]] (2009-04-22 (水) 17:36:13)~
~
状況；パッケージplsgenomicsのpls.ldaで、クラス分類された...
~
問題点；cross validationでモデルを構築したいのですが、~
pls.lda(Xtrain, Ytrain, Xtest=NULL, ncomp＝1:20, nruncv=2...
で、実行したところ同じデータセットを用いても、出力結果が...
とも異なることになってしまいます。~
~
考えられる原因；cross validation を行うときにtest setとtr...
~
質問内容；結果を何回行っても同じようにするためにはどのよ...
どうぞよろしくお願いいたします。~
//
- pls.lda から呼ばれている pls.lds.cv の中で，sample 関数...
- ありがとうございます。試してみます。 -- [[kuri]] &new{2...
**散布図のプロット座標変換 [#aaa3c856]
>[[Wanko]] (2009-04-22 (水) 08:16:10)~
~
R version 2.8.1 (2008-12-22) ~
i386-pc-mingw32 ~
locale:~
LC_COLLATE=Japanese_Japan.932;LC_CTYPE=Japanese_Japan.932...
attached base packages:~
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base ~
~
今日は、散布図のプロット座標変換の質問をさせて下さい。~
~
たとえば~
plot(x,y) として描いたプロットのX,Y軸のデータ範囲が~
X: 最大値 8 最小値 -6~
Y: 最大値 3 最小値 -2~
となっているとします。~
~
これを X, Y軸とも~
最大値 -1 最小値 +1 の範囲に成るよう座標点のX,Y値を変更し...
~
今は、数行のコードで変換していますが、Rにはそのような関数...
いないでしょうか？~
~
よろしくお願いします。~
//
- 数行のコードということですが，このような短い関数を用意...
- Rに用意されている関数としては、scale()があります。scale...
- > func <- function(x) (x-min(x))/diff(range(x))*2-1 あ...
**引数をグラフのタイトルにするには？ [#l3ee5d34]
>[[ちっぽけな自分]] (2009-04-21 (火) 23:01:16)~
~
~
以下のように、functionの引数（数値型）として、例えばA,Bを...
function内でグラフを作成し、そのタイトルに数値型の引数A,B...
"AからBまで"と出力したいとします。~
どのようにコードすればよいのでしょうか？？？？~
長く時間をかけるのですが、未だに解決できません。~
~
どなたか、解決策を教えて頂けませんか？。~
よろしくお願いします。~
~
example <- function(A,B){~
~
kaiki<-lm(...)~
plot(kaiki...)~
~
title(AからＢまで)←←こう出力したいのです。~
~
}~
~
~
example(1,2) →→→→ グラフのタイトルを ”1から２まで”と出...
example(3,4) →→→→ グラフのタイトルを ”3から4まで”と出...
//
- title(paste(A, 'から', B, 'まで',sep='')) -- [[大きな...
- ありがとうございます！なぜだかうまく引数が入ってくれな...
**chisq.test()の出力について [#o47dda4e]
>[[MH]] (2009-04-19 (日) 22:21:28)~
~
初めて書かせて頂きます。書き方や書く場所が適切でなかった...
~
1) 2x2よりも大きい分割表（例えば、2x3）を分析する際には、...
2) Rでのイェーツの補正は、X-squared=0の場合（実測値と期待...
3) chisq.test()を実行すると、出力の1行目が"Pearson's Chi-...
//
- http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/Hanasi/yates/index.html -...
- 3) については，以下を比較・検討すれば解答が得られよう。...
chisq.test(c(2,3,1,2,3,4))
chisq.test(matrix(c(2,3,1,2,3,4), 2, 3))
- 1) は help(chisq.test) を読めば分かるでしょう。 -- &ne...
- 質問者です。ありがとうございました。 -- [[MH]] &new{200...
**EPSファイルへのTeXコマンド埋め込み（2.9.0 for Winでは失...
>[[Hiro]] (2009-04-19 (日) 10:31:45)~
~
WinXP pro SP2、R 2.9.0 for Winです。~
RでEPSファイルを作成する時にTeXコマンドを埋め込み、LaTeX...
~
ps.options(family="ComputerModern")
plot(sin,
main="\\tex[][]{\\LARGE Curve of $\\sin(x)$ and $\\cos...
xlab="\\tex[][]{\\large $x$}",
ylab="\\tex[][]{\\large $\\sin(x)$ and $\\cos(x)$}")
curve(cos, add=T)
dev.copy2eps(file="sin.eps")
~
EPSファイルの中のTeXコマンド部分は次のようになっていたの...
~
265.27 467.43 (\\tex[][]{\\LARGE Curve of $\\sin\(x\)$ a...
~
しかし、同じ事を2.9.0で実行すると、出来上がるEPSファイル...
~
73.82 455.43 (\\tex[][]{\\LAR) 0 ta
-0.434 (GE Curv) tb
-0.434 (e of $\\sin\(x\)$ and $\\cos\(x\)$}) tb gr
~
このEPSファイルを、次のLaTeXファイルにかけると、
\documentclass{jarticle}
\usepackage{psfrag,graphicx}
\begin{document}
\begin{center}
\psfragscanon
\includegraphics[width=10cm]{sin.eps}
\end{center}
\end{document}
! Undefined control sequence.
<argument> \LAR
) 0 ta -0.434 (GE Curv) tb -0.434 (e of $...
l.6 \includegraphics[width=10cm]{sin.eps}
と叱られます。
2.9.0のChangelogやNEWSを見ても、この問題に対応する仕様変...
//
- ps.options(family="ComputerModern", useKerning=F) をし...
- できました！ ご教示ありがとうございました。 -- [[Hiro]...
**R2.9.0のインストール [#bb617c27]
>[[yishii]] (2009-04-19 (日) 00:53:45)~
~
VistsでR2.8.1を使っていましたが、今度R2.9.0をインストール...
環境は以下のとおり。~
> sessionInfo()~
R version 2.9.0 (2009-04-17) ~
i386-pc-mingw32 ~
~
locale:~
LC_COLLATE=Japanese_Japan.932;LC_CTYPE=Japanese_Japan.932...
~
ローカルにダウンロードしたpackageAAAは2.9用はもちろん2.8...
どうすればいいかどうかよろしくご教授ください。~
install.packages(choose.files("", filters = Filters[c("zi...
'lib = "C:\Users\本人名\Local Settings\Application Data...
以下にエラー install.packages(choose.files("", filters =...
パッケージをインストール出来ませんでした 。
//
- 自己レスです。administrator権限でログオンしていたのに書...
**boxplotの計算方法について [#lf99cb6a]
>[[nanbuwks]] (2009-04-15 (水) 08:12:01)~
~
boxplotについて、教えてください。~
http://www.okada.jp.org/RWiki/?%A5%B0%A5%E9%A5%D5%A5%A3%A...
に~
「上下のひげは、それぞれ上(下)側四分位数の位置から、極値...
と説明があります。~
例えば、100人分の100点満点のテストのデータがあるとすると...
//
- この例だと，四分位範囲 = Q3/4 - Q1/4 = 90 - 50 = 40 で...
- 極値を超えるデータについては, 外れ値と判断され、個別の...
- 四分位範囲と四分位数をごちゃまぜにして混乱してました。...
**エクセル読み込み時のエラー [#qad3f1df]
>[[どうしてもわかりません。。]] (2009-04-10 (金) 07:49:40)~
~
R2.8.1を使っています。~
OSはWindowsXPです。~
例えば、以下のコードでエクセルを読み込み出力してみました。~
しかし、途中までは読み込めているのですが、~
途中からデータが存在するにも関わらずNAが表示されてしまい...
何が考えられる原因なのでしょうか。~
教えて頂けると助かります。~
よろしくお願い致します。~
~
~
library(RODBC)~
original <- odbcConnectExcel("えくせる.xls")~
sqlTables(original)~
X<-sqlQuery(original,"select*from [シート１$]" ) ~
odbcClose(X)~
~
元データ（例）~
A B C D E F G~
1975 1 1 1744 85.24 164 8 ~
1975 2 1 1618 79.08 187 9 ~
1975 3 1 1651 80.69 170 8 ~
1975 4 1 1572 76.83 136 6 ~
1975 5 1 1603 78.35 102 4 ~
出力結果 ~
A B C D E F G~
1975 1 1 1744 85.24 NA NA~
1975 2 1 1618 79.08 NA NA~
1975 3 1 1651 80.69 NA NA~
1975 5 1 1603 78.35 NA NA~
//
- こうかな？(xlsファイルは97-2000フォーマット） -- [[okin...
library(RODBC)
original <- odbcConnectExcel("c:/ABCDEFG.xls")
sqlTables(original)
X<-sqlQuery(original,"select*from [ABCDEFG$]" )
Y<-X #Xは参照渡しなのでＹに値渡しする
odbcClose(original)
Y
- >okinawaさま 解決方法のご提示ありがとうございました！...
- 提示されているデータでは、同じ環境で正常に取り出せてい...
- この程度の規模のデータなら，読み込み範囲を定義してread....
- 質問したかたが「意図的に難しい手法を使いたい」のだと解...
- ＞okinawaさま 再度のレスありがとうございます。行数に制...
**pairwise.t.test()について [#xf456a86]
>[[ビクス]] (2009-04-08 (水) 20:21:24)~
~
こんにちは。~
pairwise.t.test()の引数pool.sdについて伺いたいことがあり...
これはpool.sd=Tとすると各群の標準偏差が等しいことを意味し...
つまり等分散を仮定することと同義だと思ったのですが、~
等分散を仮定したt.test()と補正無し、pool.sd=Tのpairwise.t...
p-valueが一致しません。たとえば以下のような3群xを検定しま...
~
x <- c(c(1:20),c(21:40),c(41:60))
group <- c(rep(1,20),rep(2,20),rep(3,20))
t.test(x[1:40]~group[1:40], var=T)
Two Sample t-test
data: x[1:40] by group[1:40]
t = -10.6904, df = 38, p-value = 5.168e-13
pairwise.t.test(x,group, pool.sd=T, p.adj="none")
Pairwise comparisons using t tests with pooled SD
data: x and group
1 2
2 3.1e-15 -
3 < 2e-16 3.1e-15
~
このようにt.test()では1群と2群はp-value=5.168e-13、pairwi...
では3.1e-15となります。~
~
pool.sd=Tは等分散が等しいことを意味していないのでしょうか...
ヘルプを見ても意味が理解できません。そもそも、なぜvar=Tと...
ないのでしょうか？~
宜しくお願いします。~
//
- pool.sd switch to allow/disallow the use of a...
ですから，等分散などは意味していないと思いますけど。~
> そもそも、なぜvar=Tという引数がないのでしょうか？~
引数名とか TRUE を略記するのはお勧めではないですが...
> set.seed(141421356)
> x <- c(rnorm(20), rnorm(20, mean=0.5), rnorm(20, mean=...
> group <- c(rep(1,20),rep(2,20),rep(3,20))
> t.test(x[1:40]~group[1:40], var.equal=TRUE)
Two Sample t-test
data: x[1:40] by group[1:40]
t = -2.4653, df = 38, p-value = 0.01832
alternative hypothesis: true difference in means is not ...
95 percent confidence interval:
-1.3690472 -0.1344442
sample estimates:
mean in group 1 mean in group 2
0.06037503 0.81212077
> pairwise.t.test(x,group, pool.sd=FALSE, p.adj="none", ...
Pairwise comparisons using t tests with non-pooled SD
data: x and group
1 2
2 0.018 -
3 0.046 0.839
P value adjustment method: none
- ご回答ありがとうございます。pairwise.t.test()のヘルプを...
- プログラム・ソースを読みましょう。t.test を呼んでいるの...
**geoRを用いて自分のデータを使う場合 [#k4fb391a]
>[[ど素人]] (2009-04-06 (月) 10:35:31)~
~
バリオグラムを描きたいのですが、自分のデータをエクセルか...
libraryに入っているデータならなんとかなるのですが、新しい...
//
- リファレンスを見れば解決するのでは？デモを理解している...
- geoR使うのでしたら?SpatialPointsDataFrame()あたりで解決...
**ACF(自己相関係数)の計算結果のファイルへの出力 [#ibb72b86]
>[[サザエ]] (2009-04-04 (土) 02:21:50)~
~
頑張ってRのこと、勉強しております。~
質問です。ACF(自己相関係数)の計算結果をExcelで読めるよう...
よろしくお願いします。~
//
- sink という関数を調べてみると吉。でも，コンソルからコピ...
- ご返事ありがとうございます。Excelで図を書くのがまだ便利...
- > Excelで図を書くのがまだ便利なので そうですか...
**function と引数について [#d1e5f80e]
>[[迷い猫]] (2009-04-03 (金) 21:47:08)~
~
全くの初心者です。~
やれることはやったのですが、解決策が分からないのでどうか...
~
データフレームとして、Excelから読み込んだJapan, U.S, U.K...
必要に応じたデータフレームを使用したいので、ＳＡＳで行う...
~
byage <- function(country,){~
country <- substitute(country)~
~
kakunin<-country~
kakunin~
~
if(country==japan){data=Japan} #引数にjapanを渡した時は...
ifelse(country==us){data=U.S}~
else(country==uk){data=U.K}~
~
data~
}~
~
byage(japan)~
~
これを実行すると、次のエラーが返ってきます。~
「以下にエラー byage(japan) : オブジェクト "japan" は存...
~
何が悪くて、どう修正すればよいのか、さっぱり分かりません...
また、function関数に、データフレームを直接引数として渡す...
~
どうか、よろしくお願いします。~
//
- 「ＳＡＳで行うマクロのような関数」って，「ＳＡＳで＊ど...
> func <- function(z) # 渡されたデータフレーム z の先頭6...
+ {
+ print(head(z))
+ }
> x <- data.frame(a=1:10, b=letters[1:10])
> y <- data.frame(x=rnorm(20), y=runif(20))
> func(x) # データフレーム x を渡す
a b
1 1 a
2 2 b
3 3 c
4 4 d
5 5 e
6 6 f
> func(y) # データフレーム y を渡す
x y
1 2.15205491 0.0295724
2 -1.32527541 0.3563355
3 0.17068233 0.2448835
4 -0.84898390 0.3565478
5 -0.01846693 0.5706420
6 1.78453651 0.4487693
- お返事ありがとうございました。不明瞭な点が多く申し訳あ...
**system関数の不具合？ [#w5976141]
>[[レッドクリフ]] (2009-04-03 (金) 08:49:56)~
~
system関数の不具合？で困っています．~
通常はsystem関数で実行した結果を返すのに、Ｒでメモリを大...
> sessionInfo()
R version 2.8.0 (2008-10-20)
x86_64-unknown-linux-gnu
６４ビットのLinux機、メモリは８Ｇ積んでいます．
具体的な症状は以下の通りです．~
-成功する例~
> gc()
used (Mb) gc trigger (Mb) max used (Mb)
Ncells 111691 6 350000 18.7 350000 18.7
Vcells 120708 1 786432 6.0 456124 3.5
> x <- system("ls")
Makefile blaslapack.o fblaswr.h ...
> x
[1] 0
-失敗する例
> dim(model_mat)
[1] 383907 1886
> gc()
used (Mb) gc trigger (Mb) max used (Mb)
Ncells 503372 26.9 597831 32.0 506595 27.1
Vcells 737629983 5627.7 904433606 6900.3 748064327 5707.3
> x <- system("ls")
> x
[1] -1
--このように５Ｇのメモリを消費してsystem関数を使用した場...
-オブジェクトを消去して再度実行した場合
> rm(list=c("model_mat"))
> gc()
used (Mb) gc trigger (Mb) max used (Mb)
Ncells 117672 6.3 597831 32.0 506595 27.1
Vcells 12803200 97.7 723546884 5520.3 748064327 5707.3
> x <- system("ls")
Makefile blaslapack.o fblaswr.h ...
> x
[1] 0
--このようにうまく動きます．
-メモリを大量に消費してsystem関数にintern引数を与えた場合
> dim(model_mat)
[1] 383907 1886
> gc()
used (Mb) gc trigger (Mb) max used (Mb)
Ncells 503477 26.9 667722 35.7 506705 27.1
Vcells 737630000 5627.7 820415969 6259.3 748064344 5707.3
> x <- system("ls", intern=T)
*** caught segfault ***
address (nil), cause 'memory not mapped'
Traceback:
1: system("ls", intern = T)
Possible actions:
1: abort (with core dump, if enabled)
2: normal R exit
3: exit R without saving workspace
4: exit R saving workspace
Selection:
--セグメンテーションフォルトで落ちます・・・
-このような現象の回避方法はございませんでしょうか．よろし...
//
- fork-execするので, 例えば現在5G使っていればsystemを使う...
> sort(sapply(ls(), function(x)object.size(get(x))))
a b c
48 104 8000200
> gc()
used (Mb) gc trigger (Mb) max used (Mb)
Ncells 181395 9.7 407500 21.8 350000 18.7
Vcells 1132760 8.7 1912818 14.6 1133141 8.7
> save(c,file="c.dat")
> rm(c)
> gc()
used (Mb) gc trigger (Mb) max used (Mb)
Ncells 181391 9.7 407500 21.8 350000 18.7
Vcells 132759 1.1 786432 6.0 1133141 8.7
> system("ls")
> load("c.dat")
- なかまさん、ありがとうございます．forkするんですね．不...
- (最後の部分を気になったので)別プロセスを起こす=forkなの...
- なるほど、ご指摘ありがとうございました． -- [[レッドク...
- 訂正:) Linuxの場合, 外部の実行コマンドがPIE(位置独立実...
- vforkを使うと良いようです． -- [[レッドクリフ]] &new{20...
--vforkを使ったプログラムを掲載しておきます．
#include <stdlib.h>
#include <math.h>
#include <unistd.h>
#include <R.h>
#include <Rdefines.h>
// exec vfork
SEXP system_vfork(SEXP exCmd)
{
pid_t pid;
SEXP ret;
int iRet;
char *cmd_for_execv[] = {"/bin/bash", "-c", NULL, NULL};
char *cmdStr;
if( !isString(exCmd) ){
Rprintf("not CHAR.");
return R_NilValue;
}
cmdStr = (char *)CHAR(VECTOR_ELT(exCmd, 0));
printf("cmd str : %s\n", cmdStr);
cmd_for_execv[2] = cmdStr;
if( (pid=vfork()) < 0 ){
/* fork 失敗 */
printf("fail to fork\n");
return R_NilValue;
}else if( pid == 0 ){
/* 新しく起動した子プロセスに処理させたい内容 */
//sleep (3);
//iRet = execlp("sleep", "sleep", "5", (char *)NULL);
iRet = execv(cmd_for_execv[0], cmd_for_execv);
//sleep (30);
printf("ret value : %d\n", ret); /* (actually never...
exit (EXIT_SUCCESS); /* 子プロセス終了*/
}
int status = 0;
pid_t wait_pid;
Rprintf ("parents, child is %d\n", pid);
wait_pid = wait(&status);
if (wait_pid == -1){
err (EXIT_FAILURE, "wait error");
//exit(-1);
return R_NilValue;
}
//Rprintf("input char > ");
//scanf("%c", &c);
return R_NilValue;
}
--コンパイル等
$ gcc -std=gnu99 -I/usr/local/lib64/R/include -I/usr/lo...
-fpic -g -O2 -c fork.c -o fork.o
$ gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/local/lib64 -o fork.so f...
-L/usr/local/lib64/R/lib -lR
--Ｒでso読み込み
dyn.load("fork.so")
is.loaded("system_vfork")
res <- .Call("system_vfork", "ls")
res <- .Call("system_vfork", "ls -la")
res <- .Call("system_vfork", "sleep 3; ls -la")
--自分の環境ではうまくいってます．
--データ空間をコピーしませんので、パフォーマンスも良いで...
- forkとvforkの違いを調べて(ぐぐって)みて下さい. 危ないか...
- はい、危ないみたいですね（汗．上記コードを参考にされる...
- man fork してね. 貴方が呼んでるのは, glibcのforkで中で...
- お、ワシの書き込みが消されとる しょうがないワシが教えて...
- 匿名さん、もしそうだとしたら、forkがというかRのsystem関...
**Windows Vista で R2WinBUGS をバッチ実行する方法 [#bb032...
>[[初心者]] (2009-04-03 (金) 07:25:25)~
~
Windows Vista で R2WinBUGS を使用しております．Rのバージ...
R2WinBUGS を動かした場合，WinBUGSから画像ファイルやテキス...
出力するため，Rを「管理者権限として実行」して起動する必要...
ありますが，バッチ実行する場合に「管理者権限として実行」...
方法が分かりませんでした…．~
~
'C:\Program Files\R\R-2.7.2\bin\R.exe' --no-restore --no...
~
のような命令をコマンドプロンプトから起動しているのですが，~
何かオプション等はありますか？どうかよろしくお願い致しま...
//
- 「管理者権限として実行 vista bat」 でググりましょう。OS...
- 回答ありがとうございます。「管理者権限として実行 vista ...
- 確かに！コマンドにsudoがあればと何度思ったことか。 -- ...
**不等間隔時系列データの整形 [#wd1d585f]
>[[kf]] (2009-03-22 (日) 23:00:27)~
~
サンプリング間隔が不等な時系列データを、内挿等によって等...
作成するにはどうすればよいのでしょうか。お教え下さい。~
//
- http://finzi.psych.upenn.edu/R/library/signal/html/inte...
- 早速のお教えありがとうございました。 -- [[kf]] &new{200...
**特異値分解(singular value decomposition)の実行とエラー...
>[[kushi]] (2009-03-22 (日) 00:38:04)~
~
はじめて質問させて頂きます。よろしくお願い致します。~
~
実行環境は以下でした。~
Windows Vista, 32bit, 4GB RAM~
R version 2.8.1 (2008-12-22) ~
なお，Rのショートカットは以下のように設定しています。~
"C:\Program Files\R\R-2.8.1\bin\Rgui.exe" --max-mem-size=...
~
私は文系の博士課程大学院生です。それほど詳しいPCの知識は...
~
研究の必要上，数千行×数千列〜数万行×数万列の大きい行列に...
Rで実行しようとしたところ，以下のスクリプトを実行すると，...
> y = NULL
> y = matrix(0.0, 5000, 4000)
> svd_y = NULL
> svd_y = svd(y)
エラー： サイズ 366.4 Mb のベクトルを割り当てることがで...
> gc()
used (Mb) gc trigger (Mb) max used (Mb)
Ncells 114305 3.1 350000 9.4 350000 9.4
Vcells 20076602 153.2 90632978 691.5 172087953 1313.0
~
質問は，以下の３つです。それぞれの質問について，下で補足...
１．「数千行×数千列」の行列をRで特異値分解する方法はない...
２．「数万行×数万列」の行列をRで特異値分解する方法はない...
３．svd()関数がどのようなスクリプトによって定義されている...
~
「メモリ」と「svd()」をキーワードに過去ログやWEBを探しま...
質問１は，OSやメモリの扱いによる解決を期待した質問です。~
質問２は，速度を犠牲にしてもスクリプトがストップせずに特...
質問３は，自分で特異値分解のスクリプトをかけばもっと省メ...
~
何卒よろしくお願いいたします。~
//
- コンソールに svd と入力すればソースは見えます。その中か...
例題の妥当性はともかくMacだと計算は終えましたけど。 -- &...
> y = NULL
> y = matrix(0.0, 5000, 4000)
> svd_y = NULL
> svd_y = svd(y)
> gc()
used (Mb) gc trigger (Mb) max used (Mb)
Ncells 240738 6.5 467875 12.5 350000 9.4
Vcells 56183965 428.7 159348538 1215.8 148191804 1130.7
//
- ご回答ありがとうございます。大変感謝いたします。~
~
＞ コンソールに svd と入力すればソースは見えます。~
こんな簡単なことだったとは…。失礼いたしました。これで質問...
~
＞ 例題の妥当性はともかくMacだと計算は終えましたけど。~
回答者様のメモリが私と同じ環境と考えて以下は書かせて頂き...
~
これまでの過去ログを読んだところ，この違いはMacとwindows...
~
私の環境でも4000×4000の行列なら計算をしてくれます。~
つまり，１プロセスに使わせてくれるメモリをふやせば，「数...
~
しかし，「数万行×数万列」の行列が上記の方法でやれるのかは...
~
以上の文章中で新たに生じた質問をまとめさせて頂きます（新...
~
４．64bitOSにして8GBメモリを搭載すれば，Rのsvd()で「数千...
５．あるn行×m列の行列にsvd()を実行するのに必要なメモリを...
~
何卒よろしくお願いいたします。-- [[kushi]] &new{2009-03-2...
- svd(matrix(0, 10000, 10000)) は，こけました。http://r.r...
//
- 再び，ご回答ありがとうございます。~
~
＞ 専用のプログラムを書く方が，時間的にも容量的にもよい...
この「専用のプログラム」が意味するところがお聞きしたいで...
これは（私は未修得なのですが）C言語などでsvdのプログラム...
~
＞ 「R-GUI-5372-2.8-leopard-Leopard64.dmg」
~すみません，Macのファイルのようで，どういったファイルな...
~
＞ 解釈~
お答えになっているかわからないのですが…。~
潜在意味インデキシング，もしくは潜在意味解析という手法を...
~
どうぞよろしくお願いいたします。-- [[kushi]] &new{2009-03...
- Build configurations with "64" suffix are 64-bit builds...
「これは（私は未修得なのですが）C言語などでsvdのプログラ...
- Rのsvdはdsvdc(古いLinpack版の後方互換の為に存在)ではな...
//
- 匿名さま，ご回答ありがとうございます。~
~
わかりました。64bitOSや他のプログラムなど，様々なアプロー...
~
なかまさま，ご回答ありがとうございます。~
~
すでにRはある程度妥当な手法でSVDを実行しているので，アル...
大学のスーパーコンピュータを当たってみること，専門の方に...
~
非常に参考になりました。ありがとうございました。 -- [[kus...
- どのような行列なのでしょうかね。まず、その行列をそのま...
- 共起行列だから，ものすごく疎な行列だと思いますよ。共起...
ちょっと調べれば，いろいろ参考になりそうなことが。。。~
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E6%BD%9C%E5%9C%A8%E6%84%8F%...
- 素のRでは一寸と言う意味に受け取ってもらえると... スパー...
- ooki様，匿名様，ありがとうございます。匿名様の仰る通り...
**set.seedの使い方 [#cfcdcf37]
>[[カーネルおじさん]] (2009-03-21 (土) 12:23:44)~
~
いつもお世話になります．確率を与えてブートストラッピング...
単純化して，1本のサンプルパスが3期(i=3)で，10,000本(j=100...
~
再試ができるように，set.seedで特定のseedを与えますが，今...
~
ところが，はじめはプログラム1のようにset.seed(a+j-1)の位...
結果をみるとバイアスが大きく，x行列は各列同じu値しか出現...
プログラム2のようにfor(j)とfor(j)の間にset.seed(a+j-1)の...
~
初歩的な質問ですが，~
~
1)set.seed(a+j-1)の位置はどちらでもいいのではと思いますが...
2)たとえばset.seed(100）と入力すると，以降のsampleは，他...
ずっと100のseedで乱数を発生し続けるという理解でよろしいで...
(そう観察したので，j回ごとseedを変えた方がランダム性が高...
3)seedの種類はこの事例のように40,000個もあるのでしょうか？~
~
~
2),3)はhelp(set.seed)や乱数TIP大全を見てもわからなかった...
~
~
~
~
下記の確率設定ですと，すべてのパスの合計値の期待値は-120...
それぞれのaに数値(1,10001,20001,30001)を代入したところ合...
~
プログラム１では，#1〜10000=-124.08, #10001〜20000=-121.9...
プログラム２では，#1〜10000=-121.43, #10001〜20000=-120.5...
~
~
~
プログラム１~
x<-matrix(0,nr=3,nc=10000)~
p<-c(0.3,0.5,0.2)~
u<-c(-0.02,0,0.01)~
a<-1~
for (j in 1:10000){~
for (i in 1:3){~
~
set.seed(a+j-1)~
~
x[i,j]<-sample(u,1,prob=p,replace=T)~
}~
}~
y<-sum(x)~
y~
~
プログラム2~
x<-matrix(0,nr=3,nc=10000)~
p<-c(0.3,0.5,0.2)~
u<-c(-0.02,0,0.01)~
a<-1~
for (j in 1:10000){~
~
set.seed(a+j-1)~
~
for (i in 1:3){~
x[i,j]<-sample(u,1,prob=p,replace=T)~
}~
}~
y<-sum(x)~
y~
//
- プログラム1だと，内側のforで毎回，外側のforの制御変数j...
- ありがとうございました．確かに１度に入れるほうが効率的...
**tkplotのグラフサイズ・背景色の変更方法は？ [#t3ef7eb4]
>[[Wanko]] (2009-03-20 (金) 14:35:48)~
~
始めて投稿させていただきます。~
R version 2.8.1 (2008-12-22) ~
i386-pc-mingw32 ~
locale:~
LC_COLLATE=Japanese_Japan.932;LC_CTYPE=Japanese_Japan.932...
attached base packages:~
[1] stats graphics grDevices utils datasets met...
~
Rは使い始めて間もないです。~
WinXP で VBAでの連携処理しています。~
こちらの金先生の資料を参考に~
http://www1.doshisha.ac.jp/~mjin/R/200808_61.pdf~
~
下記のコマンドを実行して~
kekkaDF<-NgramDF(targetText, type=1, N=3, pos="名詞")~
sortlist<-order(kekkaDF[,3],decreasing = TRUE)~
fwn<-kekkaDF[sortlist,]~
wng<-graph.data.frame(fwn[1:100,])~
tkplot(wng, vertex.label=V(wng)$name, layout=layout.fruch...
~
図３ 福田総理の所信表明演説文における名詞の共起ネットワ...
の様なネットワーク図を出力しています。~
~
質問は~
・「Graph plot 1」などのウインドウサイズは事前或いは事後...
可能でしょうか？ → ソースでは450×450で固定のように思え...
ユーザー関数に作り直す？事無く、変更できませんか？~
~
・ウインドウ背景色が灰色で定年前の年寄りには見にくいです。~
→ 白色とか薄いベージュなどに変更したいのですが？~
~
・VBAからは~
Call oShell.Run(Environ("COMSPEC") & " /c " & sRpath ...
& txtR_workfolder & "\RelatedTerm.R", v...
sRpath：C:\Program Files\R\R-2.8.1\bin\R.exe~
と言った形で行っていますが、実行後にDOSプロンプトが閉じて...
同時に消え去ります。~
現在、コマンド最後に Sys.sleep(1800) などとしていてい...
もっとましな方法がありそうですが~
~
宜しくご教授ください。~
//
- ウィンドウサイズと背景色については、tkplotでなくplotを...
- plotでも描画できるのですね！ -- [[Wanko]] &new{2009-03-...
- 追伸：サイズは Call MoveWindow(FindWindow(vbNullStri...
- 追伸：サイズは Call MoveWindow(FindWindow(vbNullStri...
**csvデータのインポート [#z05c8153]
>[[初学者]] (2009-03-16 (月) 17:31:58)~
~
12万件のデータが、csv形式であります。~
~
そのファイルをインポートしようと下記のプログラムを実行し...
RDT1<-read.table("ローデータ.csv", header=T, sep=",", dec...
~
すると、以下のようなエラーメッセージが出ます。~
以下にエラー scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, ski...
'15' 行目には，74 個の要素がありません
~
~
変数の数は74ですが、分岐している質問があるため、null値が...
~
しかしながら、データファイル取得ごとに、これらの処理をし...
~
質問としては、上記のようなnull値が多いファイルを、そのま...
~
以上、ご教授の程よろしくお願いします。~
//
- それなりのプログラムを書くしかないでしょう。はい，次。 ...
- もう少し詳しい情報をお願いします。null値とはNAのことで...
- 林氏の言うとおり．とりあえずcon <- file("ローデータ.csv...
- あなたが, Excelで書き換えたなら, おそらくExcel風に他の...
- Null値とは、NAを指して記述しました。 変数名前は、SEQ、...
- 16行目には73個しかデータがないよ -- &new{2009-03-17 (...
- これだったらなかまさんご指摘のように fill=TRUE で何とか...
- ご指摘ありがとうございます。エディタで確認したところ、...
**chplotで観測点の色の指定 [#i88d5410]
>[[nanbuwks]] (2009-03-12 (木) 19:14:12)~
~
アドオンパッケージ chplot の chplot ライブラリを使ってみ...
library(chplot)
data(iris)
chplot(Petal.Length ~ Petal.Width | Species, data = iris,
legend = list(cex = 0.6),plot.points=TRUE,pch...
col=c("black","orange","yellow"))
としてみましたが、凸包輪郭線の色のみ反映し、観測点の色が...
#ref(samplenanbuwks20090312.png)~
どのようにしたらいいでしょうか?~
//
- おそらく、関数定義の修正が必要かと。args$col <- as.inte...
- 該当個所を書き換えたらうまくいきました。簡単に変更でき...
**levelpotでcolorkeyを対数表示する方法 [#o3acb627]
>[[u-kun]] (2009-03-12 (木) 15:42:40)~
~
latticeパッケージのlevelplotを使ってグラフを作成しようと...
格子状の測定点での測定値の分布を可視化したいのです。~
しかし、z軸に対応するデータが10^(-10)から10^(-3)まで幅が...
colorkeyの色の変化(目盛り)を対数にしたいのですがうまくい...
例えばplotであればlog="x"などとすればx軸が対数になるよう...
colorkeyを対数にするにはどうすれば良いのでしょうか？~
//
- levelplot() 関数の colorkey 引数に，リストを指定するの...
> range.z <- pretty(range(z))
> levelplot(z, colorkey = list(labels = list(at = range....
- 早速の御回答ありがとうございます。~
教えて頂いたのを少し変えて試してみました。~
> log.z <- pretty(range(log10(z)))
> levelplot(log10(z) ~ x * y,col.regions=topo.colors(16)...
おかげさまで、ほぼ私のイメージ通りのグラフが描けました。~
colorkeyの色を対数的に変化させて目盛を1E-10,1E-9・・・1E-...
helpも見たのですが、colorkey = list()の()の中をどう書いて...
- とりあえず labelsに文字ベクトルあるいは表現式のベクトル...
> (label.z <- paste(10, log.z, sep = "^"))
> levelplot(log10(z) ~ x * y,
colorkey = list(labels = list(at = log.z, labels =
substitute(label.z, list(label.z = label.z))) ) )
leveplot()で実際に描画を行っているのは panel.levelplot()...
ついでに scales という引数も参考になるかと思います．~
- ありがとうございます。おかげさまで少しずつ使い方が分か...
panel.levelplot()関数やdraw.colorkey()関数のhelpを見なが...
**boxplotで観測点を消す方法 [#qdafd354]
>[[nanbuwks]] (2009-03-12 (木) 11:49:19)~
~
x <- c(0,1,1,2,2,3,5)
boxplot(x)
とすると、箱ひげ図とその範囲外の観測点が表示されますが、...
//
- outline=F -- &new{2009-03-12 (木) 12:15:58};
- 外れ値を表示させないなんてことは，詐欺でしょう。そんな...
- ありがとうございます。outline=Fでうまくいきました。 ~
http://www.is.titech.ac.jp/~mase/R.html にある和訳アーカ...
outlineの記述が無かったです。help(boxplot)を見ないとだめ...
また、外れ値を表示させないことの問題のご指摘ですが、観測...
単に図の見栄えが悪くならないか心配でした。~
しかし改めて手持ちのデータを見直して見たところ、外れ値は1...
**行の逆向き累乗積総和の計算 [#ddbab7fe]
>[[カーネルおじさん]] (2009-03-11 (水) 10:32:21)~
お世話になります．Ｒの基本的なことがまだまだわかっており...
しかし，Ｒを楽しんでます．~
今般，i行のそれまでの行の累乗積の総和をi行に返すプログラ...
つまり，行列Xから行列Ｚの変換で，新しいi行は，~
z[i,]=x[i,]*x[i-1,]+x[i,]*x[i-1,]x[i-2,]+...+x[i,]*x[i-1,...
を計算する必要に迫られました（Excelでやってますが，2GMパ...
具体例では行列Ｘが以下の通りだとして，~
> x
[,1] [,2] [,3]
[1,] 2 3 1
[2,] 3 2 1
[3,] 4 1 5
[4,] 2 4 3
#y...z
[,1] [,2] [,3]
[1,] 2 3 1
[2,] 6 6 1
[3,] 12+24 2+6 5+5
[4,] 8+24+48 4+8+24 15+15+15
という計算をへて次のＺ行列が求まります．
z
[,1] [,2] [,3]
[1,] 2 3 1
[2,] 6 6 5
[3,] 36 8 10
[4,] 80 36 45
Ｘを単純な累乗積Yに変換するプログラムは,以下の通りに書け...
i行から逆向きに累乗積を計算するのが難しく，~
どうもうまくいきません．プログラムの外側にもうひとつFor文...
初期値i=1(i<2の箇所）をi=jなりに変え，行列Ｙで得られた行...
ワークしそうなのですが，実力不足を実感しております．~
> y
[,1] [,2] [,3]
[1,] 2 3 1
[2,] 6 6 1
[3,] 24 6 5
[4,] 48 24 15
#行列xの各行の累乗積を行列yへ返す~
x<-matrix(c(2,3,4,2,3,2,1,4,1,1,5,3),nc=3)
y<-matrix(nr=4,nc=3)
for (i in 1:4)
{ if (i<2) {y[i,]<-x[1,]}
else
{y[i,]<-y[i-1,]*x[i,]}
}
//
- もっとうまい方法がありそうですが・・・ -- [[surg]] &new...
> (x <- matrix(c(2, 3, 4, 2, 3, 2, 1, 4, 1, 1, 5, 3), nc...
[,1] [,2] [,3]
[1,] 2 3 1
[2,] 3 2 1
[3,] 4 1 5
[4,] 2 4 3
> y <- matrix(0, nrow=nrow(x), ncol=ncol(x))
> for(j in 2:nrow(x)) {
+ n <- matrix(0, nrow=nrow(x), ncol=ncol(x))
+ n[j-1,] <- x[j-1,]
+ for(i in j:nrow(x)) n[i,] <- n[i-1,] * x[i,]
+ if(j != 2) n[j-1,] <- 0
+ y <- y + n
+ }
> y
[,1] [,2] [,3]
[1,] 2 3 1
[2,] 6 6 1
[3,] 36 8 10
[4,] 80 36 45
- cumprod() http://finzi.psych.upenn.edu/R/library/tis/ht...
- これでも出来ますね -- [[surg]] &new{2009-03-11 (水) 12:...
> x <- matrix(c(2, 3, 4, 2, 3, 2, 1, 4, 1, 1, 5, 3), nco...
> y <- matrix(0, nrow=nrow(x), ncol=ncol(x))
> for(i in 2:nrow(x)) y[i,] <- (y[i-1,] + x[i-1,]) * x[i,]
> y[1,] <- x[1,]
> y
[,1] [,2] [,3]
[1,] 2 3 1
[2,] 6 6 1
[3,] 36 8 10
[4,] 80 36 45
- 行列yはlibrary(tis); apply(x,2,cumprod)で得られますね。...
- 無理矢理ですが。 -- &new{2009-03-11 (水) 12:41:31};
> a <- apply(x, 2, function(d) sapply(1:4, function(i) s...
> a[1,] <- x[1,]
> a
[,1] [,2] [,3]
[1,] 2 3 1
[2,] 6 6 1
[3,] 36 8 10
[4,] 80 36 45
- こんなに早く回答が・・・感激です．さっそく試してみます...
- ぼくはcumprodは思いつかず，泥臭く再帰処理する関数を考え...
> bx <- function(x,i) { ifelse(i==1,x[1],ifelse(i==2,x[1...
> z <- apply(x,2,bx,1)
> for (i in 2:nrow(x)) z <- rbind(z,apply(x,2,bx,i))
> z
- あわて者ですみません．問題が間違えていました．その行自...
- それなら再帰処理関数bxがシンプルになって以下で済みます...
> bx <- function(x,i) { ifelse(i==1,x[1],x[i]*(bx(x,i-1)...
> z <- apply(x,2,bx,1)
> for (i in 2:nrow(x)) z <- rbind(z,apply(x,2,bx,i))
> z
- あわて者ですみません．問題が間違えていました．その行自...
- もちろんz<-x; for (i in 2:nrow(x)) { z[i,] <- z[i,]*(z[...
- 早速のリスポンスどうもありがとうございます．研究データ...
- エレガントという言葉の意味を取り違えているんじゃないだ...
- 結局は，apply(x, 2, function(d) sapply(1:4, function(i)...
- rev(d[1:i]) みたいなのは, d[i:1]等にしとくと電気代の節...
- みなさん，どうもありがとうございます．勉強になりました...
- みなさん，どうもありがとうございます．勉強になりました...
**scatterplotのhelp [#w653219e]
>[[nanbuwks]] (2009-03-08 (日) 15:40:16)~
~
scatterplotのオプションを調べたいと思い、~
> help(scatterplot)
しましたが、~
No documentation for 'scatterplot' in specified packages...
you could try 'help.search("scatterplot")'~
となります。helpやマニュアルを調べるにはどこを参照すれば...
~
なお、sessionInfo()は~
R version 2.6.2 (2008-02-08)
i486-pc-linux-gnu
locale:
LC_CTYPE=ja_JP.UTF-8;LC_NUMERIC=C;LC_TIME=ja_JP.UTF-8;LC...
LC_MONETARY=ja_JP.UTF-8;LC_MESSAGES=ja_JP.UTF-8;LC_PAPER...
LC_ADDRESS=C;LC_TELEPHONE=C;LC_MEASUREMENT=ja_JP.UTF-8;L...
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets me...
です。ちなみに、2変数の箱ヒゲ図を描きたいと考えています。...
の表示ができますが、これを散布図を描かずに箱ヒゲ図のみxy...
と考えました。~
~
よろしくお願いします。~
//
- library(car)としてから、help(scatterplot) -- [[aaa]] &n...
- ありがとうございます。library(Rcmdr)でcarが読み込まれて...
- help.search("scatterplot")を実行するなど、どのライブラ...
- 了解しました。精進します。 -- [[nanbuwks]] &new{2009-03...
**時系列データの平均値などの算出方法 [#j0dc3ef9]
>[[nami]] (2009-03-05 (木) 22:40:10)~
~
一定時時間ごとに計測したデータの日平均、最高、最低を得た...
Date Time A B C
2009/1/1 06:00:00 1 15 200
2009/1/1 12:00:00 2 20 300
2009/1/1 18:00:00 3 25 400
2009/1/2 00:00:00 4 30 500
2009/1/2 06:00:00 5 35 600
2009/1/2 12:00:00 6 40 700
2009/1/2 18:00:00 7 45 800
2009/1/4 06:00:00 12 70 1300
2009/1/4 12:00:00 13 75 1400
・・・~
のようになっているとします(たまに欠測があったりします)。...
combine.time <- paste(datA$Date, datA$Time)
date.time <- as.POSIXct(combine.time)
datA["Date2"] <- date.time
のようにして日付型データを組み込むまではできたのですが、...
環境はWindowsXP sp3、R2.8.1です。よろしくお願いします。~
//
- こんなのはどうでしょうか -- [[hiee]] &new{2009-03-06 (...
threenum <- function(x){
summary(x)[c(1,4,6)]
}
tapply(datA$C,
list(format(datA$Date2, "%Y-%m-%d")),
threenum)
- hieeさん、ありがとうございます。目的のことができました...
- こんにちは、便乗させてください。 -- [[nanbuwks]] &new{...
上記のようにしてみたのですがここからグラフを作ろうとして...
datB <- tapply(datA$C, list(format(datA$Date2, "%Y-%m-%d...
として、
datB$ObsNumber <- 1:3
matplot(datB$ObsNumber,datB[1])
以下にエラー matplot(datB$ObsNumber, datB[1]) :
'x' と 'y' は同じ数の行を持たなければなりません
と出ます。なお、
datB
$`2009-01-01`
Min. Mean Max.
200 300 400
$`2009-01-02`
Min. Mean Max.
500 650 800
$`2009-01-04`
Min. Mean Max.
1300 1350 1400
$ObsNumber
[1] 1 2 3
となっています。ご指導ください。
- 最終的にはグラフにします。と書いたのは私なので、とりあ...
datB <- tapply(datA$C,
list(datA$Date),threenum)
datB <- as.data.frame(do.call("rbind",datB))
datB["Date"] <- as.Date(row.names(datB))
row.names(datB) <- c(1:nrow(datB))
names(datB) <- c("Min","Mean","Max","Date")
attach(datB)
days <- c(Date[nrow(datB)]-Date[1])
plot(Date,Mean,type="b",xaxt="n",ylim=c(0,1500))
axis.Date(1, at=seq(Date[1],Date[days],"1 days"), format...
segments(Date,Min,Date,Max)
detach()
というように、かなーり強引な感じがします(データフレームに...
#ref(sample.png)
-- [[nami]] &new{2009-03-09 (月) 11:49:14};
**部分代入不可の場合 [#le806a93]
>[[るる]] (2009-03-05 (木) 19:42:16)~
~
R初心者です。自分の解析結果を入れたファイルが容量が多く、...
~
それで、~
＞ファイル名[1:47]~
と打ち込んだら、部分代入不可というエラーが出ました。~
部分代入不可ならどうやって、４７行目までの入るの内容を読...
//
- 言っている意味が全くわかりません。ファイルってなんです...
**3次元標本値に対応するカーネル密度値を求めたいのですが・...
>[[カーネルおじさん]] (2009-03-04 (水) 08:18:39)~
~
Ｒ初心者です．お世話になります．約200個の3次元ベクトル標...
~
おそらく，グリット点にいちばん近いところの密度を読み取る...
~
密度dのExcelスプレッドシート出力を見ると，x軸は縦に50行で...
~
それに，腕力でやるよりできるだけ，Rの中で自己完結したいと...
~
質問をまとめますと，~
1.kde3dは標本ベクトル値に対応するカーネル密度値は返さない...
2.グリット点にいちばん近いところを探してくるRでの方法のヒ...
~
(なお，将来の構想として，標本値のカーネル密度をウエイトに...
標本の密度が必要という事情があります．長文になってすみま...
//
- grid -- &new{2009-03-04 (水) 13:23:12};
- http://finzi.psych.upenn.edu/R/library/ks/html/kde.html...
- 迅速なご回報ありがとうございます．早速，kde()の引数HにH...
**グラフの連結 [#q4c70b52]
>[[R1]] (2009-03-02 (月) 21:27:51)~
~
お世話になります。A,B,Cの3群がそれぞれx,yという値をもって...
ここでY軸の単位が共通なので、BとCのグラフの軸名と目盛りを...
さらに余白を調節して３つのグラフを連結しようと考えました。~
つまり以下のように入力します。~
~
F <- factor(c("X","Y"))
x1 <- rep(1:6,5)
y1 <- rep(7:12,5)
x2 <- rep(9:14,5)
y2 <- rep(15:20,5)
x3 <- rep(21:26,5)
y3 <- rep(27:32,5)
par(mfrow=c(1,3), mar = c(5, 4, 4, 0))
COL <- c("red","blue")
stripchart(rbind(x1,y1) ~ F, vertical = T,col=COL, xlab=...
par(mar = c(5, 0, 4, 0))
stripchart(rbind(x2,y2) ~ F, vertical = T, yaxt = "n",
col=COL,xlab="B",ylab="")
par(mar = c(5, 0, 4, 2))
stripchart(rbind(x3,y3) ~ F, vertical = T, yaxt = "n", c...
しかし、中央のBのグラフのx軸が長くなるのと、各グラフのx軸...
値がプロットされてしまいなってしまい不格好です。~
x軸の長さをそろえ、かつx軸のプロットする位置を自由に指定...
できないでしょうか？また、ここでは３つのグラフを書きまし...
グラフの数に依存せずに調節したいと考えています。~
どなたかご教授宜しくお願いします。~
//
- marは全部同じにしといてomaで左余白をつくればいいと思う...
- ありがとうございます。mar=c(5,0,4,0), oma=c(0,3,0,3)でx...
- factorは数値として処理されます.as.numeric(F)で、X=1、Y=...
- factorを数値として扱うとは勉強になりました。ありがとう...
- par(mar = c(5, 0, 4, 0)) を３回使えばいいのではないでし...
- なるほど。marで作図領域とプロット領域の余白をなくし、一...
**相関係数からクラスター分析 [#h40ff182]
>[[TM]] (2009-02-22 (日) 16:33:45)~
~
超初心者です。~
マトリックスの相関係数からクラスター分析をしたいと考えて...
~
data1<-read.table("ox008.csv",header=TRUE,sep=",")~
data1~
data1.hc<-hclust(data1)~
plot(data1.hc)~
~
~
> data1<-read.table("ox008.csv",header=TRUE,sep=",")~
> data1~
X A B C D
1 A 0 1 2 2~
2 B 1 0 2 2~
3 C 2 2 0 2~
4 D 2 2 2 0~
> data1.hc<-hclust(data1)~
以下にエラー if (n < 2) stop("must have n >= 2 objects t...
引数の長さが0です
> plot(data1.hc)~
以下にエラー plot(data1.hc) : オブジェクト "data1.hc" ...
> ~
のようなエラーメッセージが出ます。~
何が問題なのでしょうか？~
//
- お騒がせいたしました。解決できました。 -- [[TM]] &new{2...
- どういう風に解決できたかくらい，書いたら？どうせ as.dis...
それにも値しないと思うなら，記事自体を削除したらいかが --...
**タイプミスすると反応が遅い [#ta5c0a55]
>[[ge]] (2009-02-20 (金) 10:13:35)~
~
コンソール画面でタイプミスをすると、エラーのダイアログが...
設定か何か工夫して反応を早くできないものでしょうか。~
~
R version 2.8.1 (2008-12-12)~
i386-pc-mingw32~
です。~
~
~
>> plott(0,1)~
"Error: could not find function "plott"~
//
- OS、ハード構成、メモリ容量、同時に立ち上げているアプリ...
- WindowsXP SP3,, Pentium 4 3GHz, 1GB RAM, 他のアプリ起動...
- 会社のPCが同じような構成（Pentium 4 3.2GHz, 1GB RAM, Wi...
- ありえないぐらい遅い状況だと思います。 -- &new{2009-02...
- 回答ありがとうございました。もう一度確かめてみたところ...
- 演算結果など(ワークスペース)保存して終了して, .RData(Wi...
- タスクマネージャでRgui.exeがどれくらいメモリを食ってい...
- コメントありがとうございました。メモリの使いすぎで遅く...
**plclustのHeight値の範囲を変更 [#f1be6643]
>[[sh]] (2009-02-18 (水) 12:20:14)~
~
plclustのHeight値の範囲を変更することは可能でしょうか？
例えば、以下の例でHeightの目盛の上限を200や300に変更する...
hc <- hclust(dist(USArrests), "ave")
plclust(hc)
この場合、Heightの最大値は
max(hc$height)
[1] 152.314
Heightの目盛の下限を20に変更するには
plclust(hc, hmin=20)
//
- plot(as.dendrogram(hc), ylim=c(0,300)) -- &new{2009-02...
- アドバイスありがとうございます。以下のエラーを解決する...
> plot(as.dendrogram(hc), ylim=c(0,300))
以下にエラー plot.default(0, xlim = xlim, ylim = ylim, ...
仮引数 ”ylim” が複数の実引数にマッチしました
//- とっとと，R2.8.1にバージョンアップする -- &new{2009-...
- 私の環境( R version 2.8.1 (2008-12-22) i486-pc-linux-gn...
//- 注釈にしましたけど，要するに，Rのバージョンが古いんじ...
//回答者ともなると，ちゃんと最新バージョンにしているので...
- R version 2.8.1にバージョンアップしたところ解決しました...
**太陽質量 M_\odot を表示 [#l326a544]
>[[junkoda]] (2009-02-17 (火) 08:26:06)~
~
はじめまして。~
~
太陽質量 (solar mass) の記号（latex で書くと M_\odot、M ...
一般化すると、Unicode や Harshey Vector Font に含まれるけ...
添字は plotmath で書けます。~
> plot(1, xlab=expression(M[O]))
太陽記号は Hershey Vector Font で書けます~
> par(family="HersheySerif")
> plot(1, xlab="M\\SO")
しかし、Hershey と plotmath が並用できません。~
太陽記号は unicode にはありますが（"\u2299"）、Adobe Symb...
最終的には eps ファイルとして欲しいので、~
> plot(1, xlab=expression(M["\u2299"]))
> dev.copy2eps(file="out.eps")
などと、強引にやってみますと~
Warning messages:
1: In dev.copy(file = "out.eps", device = function (file...
font metrics unknown for Unicode character U+2299
以下、10個の警告が出されて、太陽記号は ... に変換されてし...
助言などありましたら助かります。最後に sessionInfo を書い...
R version 2.8.1 (2008-12-22)~
i686-pc-linux-gnu~
locale:~
LC_CTYPE=ja_JP.UTF-8;LC_NUMERIC=C;LC_TIME=en_US.UTF-8;LC_...
//
- Wiki書法を把握していなかったために醜くなったことをお詫...
- そのepsはLaTeXで使うのですか？もしそうなら、xlab='\\tex...
Linuxユーザのようなので、私が以前に書き殴ったシェルスクリ...
#!/bin/bash
TMPTEX=$$
TEX=/usr/bin/latex
DVIPS=/usr/bin/dvips
cd /tmp
cat <<EOF > $TMPTEX.tex
\documentclass{article}
\usepackage[dvips]{graphicx}
\usepackage[scanall]{psfrag}
\begin{document}
\thispagestyle{empty}
\includegraphics[scale=.8]
EOF
echo {$1} >> $TMPTEX.tex
cat <<EOF >> $TMPTEX.tex
\end{document}
EOF
$TEX $TMPTEX
$DVIPS -E $TMPTEX
echo You got /tmp/$TMPTEX.ps
rm $TMPTEX.tex $TMPTEX.dvi $TMPTEX.log $TMPTEX.aux $TMPT...
cd -
使い方は、\tex{}を埋め込んだRグラフィックのepsをこのスク...
- ありがとうございます！ LaTeXに eps が処理できるとは、思...
- 解決してよかったです。検索してみたら、私の使い捨てスク...
**数値変換 [#m4c883ae]
>[[初学者]] (2009-02-16 (月) 14:21:57)~
~
はじめまして。お世話になります。~
~
使用環境は、Windows XPで、RのVersionは、下記の通りです。~
R version 2.8.1 (2008-12-22)~
i386-pc-mingw32 ~
~
アンケートに逆転項目があるため、回答の数値を逆するため、...
~
［プログラム例］~
回答者１〜10の方のＱ１のデータを、１は７に、２は６に、・...
~
sid<-c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10)~
q01<-c(2,4,5,2,1,3,2,3,4,5)~
RDT<-data.frame(SID=sid, Q01=q01)~
~
RDT$Q01a<-NA~
~
if(RDT$Q01 == 1) {RDT$Q01a <- 7}~
if(RDT$Q01 == 2) {RDT$Q01a <- 6}~
if(RDT$Q01 == 3) {RDT$Q01a <- 5}~
if(RDT$Q01 == 4) {RDT$Q01a <- 4}~
if(RDT$Q01 == 5) {RDT$Q01a <- 3}~
if(RDT$Q01 == 6) {RDT$Q01a <- 2}~
if(RDT$Q01 == 7) {RDT$Q01a <- 1}~
~
以上、アドバイスよろしくお願いいたします。~
//
- RDT$Q01a <- 8-RDT$Q01 そんだけ。 -- &new{2009-02-16 (...
- どうしても条件分岐でやるなら，こんな感じでしょうか． --...
> sid <- 1:10
> q01 <- c(2, 4, 5, 2, 1, 3, 2, 3, 4, 5)
> RDT <- data.frame(SID=sid, Q01=q01)
>
> RDT$Q01a <- NA
> RDT$Q01a[RDT$Q01 == 1] <- 7
> RDT$Q01a[RDT$Q01 == 2] <- 6
> RDT$Q01a[RDT$Q01 == 3] <- 5
> RDT$Q01a[RDT$Q01 == 4] <- 4
> RDT$Q01a[RDT$Q01 == 5] <- 3
> RDT$Q01a[RDT$Q01 == 6] <- 2
> RDT$Q01a[RDT$Q01 == 7] <- 1
> RDT
SID Q01 Q01a
1 1 2 6
2 2 4 4
3 3 5 3
4 4 2 6
5 5 1 7
6 6 3 5
7 7 2 6
8 8 3 5
9 9 4 4
10 10 5 3
- まあ，せめて for (i in 1:7) RDT$Q01a[RDT$Q01 == i] <- ...
- どうもありがとうございます。みなさん、とてもエレガント...
- まあ，おもしろみという観点から言えば，RDT$Q01a <- (7:1)...
- as.numeric(as.character(factor(RDT$Q01,levels=1:7,label...
**lines()が使えない [#n4caf15d]
>[[capetapeta]] (2009-02-14 (土) 10:06:54)~
~
Macintosh、Windows、Linux（Win,Linuxは仮想マシン）いずれ...
という投稿をしましたが、結局線がプロットできないという結...
//
- Windows,mac,Linux,AIX,Solaris, いろんなマシンでRを動か...
- arrows, axis, box, grid, rect, polygon, segments などは...
- とりあえず問題の切り分けを考えてみてはどうでしょう。exa...
- 具体的にどのような命令をしているのかを示したらいいので...
- 以前の情報からだと、Mac OS X 10.4.11 (Darwin8.11.1) の...
- 具体的にどのような命令をしているのかを示したらいいので...
- 戻って来たら、あれ、二重書きになっている。同時に書き込...
- ＞ Mac OS X 10.4.11 (Darwin8.11.1) のようですが~
もうねえ。ごめんください。勘弁してください。ああだこうだ...
- すみません。私の環境(OSX10.5.6)でもdarwin8.11.1でした。...
- 要するに，最新の状態で異常が生じますと言うことなら，報...
- Mac OSX 10.5.6 でハードはMacBookPro 15inchです.Rは2.8....
- こちらはMacBookPro 15インチ、MacOSX 10.5.6 R 2.8.1です...
- 勝手ながら見出しを修正させていただきました。 -- &new{2...
- 僕自身の問題とは一体どういう点をさすのでしょうか？ コ...
- お困りなのはよく分かりますが、私が勧めた「ご自身の問題...
- 忙しいのかも知れないけど、良い回答が得られているとcapet...
- あれからいろいろ試してみたんですがこのＯＳを仮想マシン...
- あなたの作図手順と結果(エラーメッセージも同じなのか)な...
- クリーンな状態で描けないのかを試したのですか。この辺り...
- pdf("test.pdf"); x <- rnorm(20); y <- rnorm(20); a <- l...
**while等で、１日廻したいが、１時間でハングする。 [#x0904...
>[[独学中]] (2009-02-14 (土) 09:15:58)~
~
いろいろ検索してみましたが、いい案がなく、どなたか助言を...
やりたいこと~
測定データのファイルが、あるディレクトリに入るのをwhile...
入ってくれば、統計処理させたい。~
測定は、約３分ごと。~
データファイルの大きさは、70KBで、３６本ほど。~
困っていること~
一時間ほど、走らせると、Rがハングしている。~
~
使用環境 winXP, R ver2.8.1 memory.limitは、1500MB~
以下の工夫をしているが、効果なし。~
変数は、使い終われば、rm(),gc(),gc().~
sinkで、出力先を変更~
Rconsoleが、メッセージで一杯かと思い、１０分ほどで、ESC...
メッセージは、表示されない。（何事もなく、＞を表示。）~
//
- こんなタイマー的な非同期処理はRの中でやることなの？Rの...
- そうでもないと思いますけどね。うまくいかなかったからク...
- 例えば，以下のどこが悪いというんでしょうか？ -- &new{2...
> while(1) {
if (file.exists("test.R")) {
print("Oh!, I got it")
# do somethig
file.remove("test.R")
}
}
- ポーリングするのに, WAITが殆ど(全く)無いので応答の無い...
- ご回答ありがとうございます。計測プログラムとファイルの...
**コックス回帰でのAICの求め方について [#d6d8b447]
>[[R初心者7]] (2009-02-08 (日) 22:42:22)~
~
はじめまして。お世話になります。~
~
使用環境は、WindowsXPで、Rのパッケージは下記のようになっ...
R version 2.6.2 (2008-02-08) ~
i386-pc-mingw32 ~
~
locale:~
LC_COLLATE=Japanese_Japan.932;LC_CTYPE=Japanese_Japan.932...
~
attached base packages:~
[1] stats graphics grDevices utils datasets met...
~
~
私は、樹木の生存時間に効く要因を求めようとしています。~
複数の要因を組み合わせたモデルを作成し、どのモデルが生存...
例えば下記のようなデータでコックス回帰し、AICを求めようと...
~
testdata~
~
time event density height light~
5 1 3.05 48 2.7~
5 0 6.36 44 6.3~
3 0 5.38 107 6.9~
8 0 2.57 39 5.8~
2 1 0.38 150 2.7~
9 1 1.99 194 3.1~
~
#density, height, lightが要因~
~
> library(KMsurv)~
要求されたパッケージ survival をロード中です
要求されたパッケージ splines をロード中です
> ~
> require(survival)~
> ~
> data <- read.delim("testdata.txt",T)~
> ~
> model.01 <- coxph( Surv (time, event) ~ density + heigh...
> ~
> AIC(model.01)~
以下にエラー UseMethod("logLik") :
"logLik" に適用可能なメソッドがありません
~
となり、AICが求められません。~
~
どなたか、解決方法をご教示頂ければ幸いです。~
ちなみにstepを使えば、AICが一応出てくることは確認していま...
必要な情報を失念している場合もあるかと思いますので、その...
//
- extractAIC()が使えますよ． -- [[surg]] &new{2009-02-09 ...
> library(survival)
> data <- data.frame(
+ time = c(5, 5, 3, 8, 2, 9),
+ event = c(1, 0, 0, 0, 1, 1),
+ density = c(3.05, 6.36, 5.38, 2.57, 0.38, 1.99),
+ height = c(48, 44, 107, 39, 150, 194),
+ light = c(2.7, 6.3, 6.9, 5.8, 2.7, 3.1)
+ )
> model.01 <- coxph( Surv (time, event) ~ density, data=...
> model.02 <- coxph( Surv (time, event) ~ density + heig...
> model.03 <- coxph( Surv (time, event) ~ density + heig...
Warning message:
In fitter(X, Y, strats, offset, init, control, weights =...
Ran out of iterations and did not converge
> extractAIC(model.01)
[1] 1.000000 6.075746
> extractAIC(model.02)
[1] 2.000000 7.280983
> extractAIC(model.03)
[1] 3 6
- 回答ありがとうございます。extractAIC()を初めて知りまし...
**高次多項式によるデータの近似式の作成 [#l9b377c4]
>[[hoso]] (2009-02-05 (木) 16:13:39)~
~
データとして(X,Y)のペアが100個ぐらいあり、高次多項式Y=f(X...
~
このような問題をＲで実行するとどのようになるでしょうか。...
~
よろしくお願いします。~
//
- この記事は他の場所(R-jp メイリングリスト)に投稿され、回...
- > エクセルの分析ツール＋回帰分析を行ってみると直線近似...
エクセルでは，Xの2乗の列，3乗の列，4乗の列...というのを，...
R では以下のように。 -- &new{2009-02-05 (木) 21:17:00};
d <- data.frame(
x = c(1.6, 2.7, 4.2, 5.6, 6.1, 6.7, 7.9, 8.8, 9....
y = c(6.9, 6.1, 5.6, 6.3, 7.2, 8.2, 7.9, 8.5, 8....
plot(y~x, data=d, ylim=c(1,9))
a <- lm(y~x+I(x^2)+I(x^3)+I(x^4)+I(x^5)+I(x^6)+I(x^7)+I(...
x2 <- seq(1, 10, length=1000)
d2 <- data.frame(x=x2)
y2 = predict(a, newdata=d2)
lines(y2~x2)
- poly を使えばもっとスマートに書けますよ。 lm( y ~ poly(...
**par$maiをPDFに反映させたい [#c75408d8]
>[[＜ふ＞]] (2009-02-02 (月) 13:52:56)~
~
R2.6.1を使っています。~
~
グラフを書かせるにあたって、maiで余白を設定し（c(1,1,1,1)...
~
PDFに出力する場合の、このようなパラメータの設定はどこでや...
~
よろしくお願いいたします。~
//
- 雛形からこっちに移動させました。どこをどう読んだらわざ...
- すみません。移動、ありがとうございます（汗）。 -- [[＜...
- 設定を関数の中にもっていった際に、）を一つ忘れて、エラ...
**パッケージのインストールエラーについて [#k97eeaed]
>[[新参]] (2009-02-02 (月) 12:01:40)~
~
お世話になります。~
R2.8.1、XPにパッケージ(Rcmdr）をインストールした時、下記...
また、zipファイルをローカルに落として、"ローカルにあるパ...
またRcmdrだけではなく、他のパッケージでも（例：glmmMLやfa...
回復方法を教えていただけると助かります。よろしくお願いし...
~
~
> utils:::menuInstallPkgs()~
--- このセッションで使うために、CRANのミラーサイトを選ん...
URL 'http://cran.md.tsukuba.ac.jp/bin/windows/contrib/2....
Content type 'application/zip' length 2389722 bytes (2.3 ...
開かれた URL
downloaded 2.3 Mb~
~
パッケージ 'Rcmdr' は無事に開封され、MD5 サムもチェック...
以下にエラー normalizePath(path) :
path[1]: 指定されたファイルが見つかりません。
~
> library(Rcmdr)~
以下にエラー library(Rcmdr) : 'Rcmdr' という名前のパッ...
~
パッケージのインストールでつまづくと、作業が進まず非常に...
どなかたアドバイスいただけないでしょうか。お願いします。~
//
- パッケージを入れる場所が（Rにとって）不正である可能はあ...
- 不正であるかはどのようにすればわかるのでしょうか？ > ....
- 不正であるかはどのようにすればわかるのでしょうか？ > ....
**plot.newとabline? [#m50b90d6]
>[[capetapeta]] (2009-02-01 (日) 21:14:59)~
~
> x <- c(1,3,4,6,8,9,12)~
> y <- c(5,8,6,10,9,13,12)~
> par(mfrow = c(1,3))~
> plot(x,y,ylim = c(0,16))~
> abline(0,0.68)~
以下にエラー int_abline(a = a, b = b, h = h, v = v, untf...
まだ plot.new が呼ばれていません
~
というエラーが発生しました。質問項目やヘルプを探しました...
//
- ablineする前にWindowを閉じました? -- [[なかま]] &new{20...
- いいえ 閉じてはおりません。この画面通りそのまま打ちま...
- sessionInfo() の実効結果の添付出来ますか? あまり思いつ...
- R version 2.8.1 (2008-12-22) i386-apple-darwin8.11.1 ...
- アプリケーションの中のRを起動しましたか？それとも, 端末...
- 同じ環境で試しましたが、エラーが再現できませんでした。 ...
- 使っているOSはMacOSX（10.5.6）でバーチャルでWindows(XP,...
- どのようにインストールされたのでしょうか？また、あなた...
- Rwikiの指示に従ってサイトに進みソフトをそれぞれインスト...
- ubuntuをつかってやってみましたがやはり同じ結果でした。 ...
- XPの環境でも試しましたが、エラーが再現されません。やは...
- もしかして、Rエディタから実行してませんか？abline(0,0.6...
- plotの実行後, グラフが表示されていますか? (ablineの入力...
- abline()の入力前はグラフは正常に表示されます。もしかし...
- ↑たぶんそうだと思いますが、いずれにしてもこちらの環境で...
- 同じマシン上での問題(マルチブート環境)なら, マシンの問...
**ダイナミックパネルデータ分析における寄与率について [#z3...
>[[初心者]] (2009-01-28 (水) 14:27:40)~
~
こんにちわ。~
~
「pgmm」を用いてダイナミックパネルデータ分析を行い、summa...
~
いろいろ自分で試行錯誤してみましたが、わからなかったので...
//
- str()してみたらどうですか？あと、回答する人が無駄打ちし...
**Vista版R 2.8.1でPDFを作成するときの日本語フォントが [#...
>[[Vista使い]] (2009-01-27 (火) 00:51:14)~
~
Vista版RでPDFを作成するときの日本語フォントはどうすればよ...
setHook(packageEvent("grDevices", "onLoad"),function(...)...
ですが、"Japan1"でも、"Japan1"のところをいろいろ変えても...
どうかコメントおねがいします。~
//
- s/ps/pdf/ しる. ?pdf.options も -- [[なかま]] &new{2009...
- ううん。"Japan1" "Japan1HeiMin" "Japan1GothicBBB" "Japa...
- pdf("hoge.pdf", family="Japan1") としても駄目? それに何...
- pdf("hoge.pdf", family="Japan1")でうまくいきました！で...
setHook(packageEvent("grDevices", "onLoad"),function(...)
grDevices::ps.options(family="Japan1"))
setHook(packageEvent("grDevices", "onLoad"),function(...)
grDevices::pdf.options(family="Japan1"))
とすることで、文字化けしないPDFが出来ました。以前だったら...
- Vistaに依存するわけではなくって, 単にバージョンのちがい...
**非標準化係数に関するデータ [#x382ccff]
>[[kato]] (2009-01-26 (月) 11:11:44)~
~
こんにちは．~
step関数を用いて重回帰分析を行った後，得られたそれぞれの...
検索で調べてみましたが，95％信頼区間はグラフ上に示す方法...
例えば以下のようなデータで，glm()後にstep()を行うと，~
>data~
身長 体重 年齢
1 179 82 26~
2 170 67 31~
3 188 89 36~
4 180 88 39~
5 183 89 35~
6 181 94 26~
7 184 83 27~
~
> summary(result.glm)~
~
Call:~
glm(formula = 体重 ~ 身長, data = data)~
~
Deviance Residuals: ~
1 2 3 4 5 6 ...
-0.4665 -4.4154 -4.5175 4.3056 1.6220 9.0777 -5....
~
Coefficients:~
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) -137.3270 78.1518 -1.757 0.1392 ~
身長 1.2279 0.4323 2.840 0.0362 *~
---~
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ...
~
(Dispersion parameter for gaussian family taken to be 35....
~
Null deviance: 457.71 on 6 degrees of freedom
Residual deviance: 175.12 on 5 degrees of freedom~
AIC: 48.402~
~
Number of Fisher Scoring iterations: 2~
~
となりますが，その後にどのようにして95％信頼限界，R2，F値...
すみませんが，よろしくお願いします．~
//
- 95%信頼区間は単に Estimate ± 2＊Std.Error でしょう...
- ご返答ありがとうございます．よくわかっておらず，申し訳...
- Deviance もしくは AIC。意味（特に Deviance） はDobso...
- わかりました．参考文献まで教えていただき，ありがとうご...
**Rのコンソールの内容をファイルに保存する [#m8381900]
>[[初心者]] (2009-01-25 (日) 20:43:44)~
~
R で長いプログラムを書いております．~
Rのコンソールの内容（命令＋実行結果＋エラーメッセージ＋警...
をファイルに保存するにはどうすればよいのでしょうか？~
例えば，sinkだと実行結果しか保存できません．教えていただ...
ちなみに R 2.8.1, OS は Ubuntulinux を使っております．~
//
- RjpWiki の検索窓でキーワード「R出力の記録」で検索 -- ...
- ありがとうございます。「R | tee R.log」で実現できました...
- tee では標準出力だけしか記録されませんね。エラーメッセ...
- Windowsのteeコマンドについては[[ここ:http://www.microso...
- R CMD BATCH hoge.R hoge.Rout ってすれば良いのでは? -- [...
**plotでylim [#t59f2215]
>[[nanbuwks]] (2009-01-24 (土) 11:53:03)~
~
こんにちは。~
plot(1:10,type="l",ylim=c(0,10))
とすると、y軸の目盛が0,2,4,6,8,10と振られますが、y軸の底(...
大体プロット領域は-0.5から10.5ぐらいになっているようです...
どうしたらいいでしょうか。~
なお、barplotと重ね合わせをする目的なので、x軸を上にずら...
//
- 軸の範囲はpar(yaxs="i")、[[ここ:http://www.okada.jp.org...
plot(1:10,yaxs="i")
plotを重ねるならpoints()とか~
barplot(matrix(1:10,2))
points(1:5)
検索すればいろいろでてくると思います。デモデータとかある...
- 完璧です。ありがとうございます！ parのマニュアルは見て...
**メモリ不足 [#o6f527c4]
> (2009-01-23 (金) 15:17:52)~
~
SVMを使いたいのですが、「エラー：サイズ 276.9 Mb のベクト...
PCのメモリは2GBで、57600×101(ヘッダー含む)のデータを判別...
~
メモリを変える以外になにか解決方法ありませんでしょうか？~
//
- R.huge?使ったことないけど。[[R で大規模データを処理する...
- R.hugeパッケージをインストールしてみましたが、調べてみ...
どのように使えばいいのでしょうか？ -- &new{2009-01-27 (...
- ガベージコレクタをかけてみるとか、動いているアプリを落...
- WindowsＸＰだとして、pdfのマニュアル「R-intro.pdf」に -...
‘--max-mem-size=N’
(Windows only) Specify a limit for the amount of memory ...
objects and working areas. This is set by default to the...
the amount of physical RAM in the machine, and must be b...
maximum allowed on that version of Windows.
-という、オプションがあるらしいです．自分の環境「WindowsX...
"C:\Program Files\R\R-2.8.0\bin\Rgui.exe" --max-mem-size...
とすることで、使用できるメモリが増えました．ただしXPでは...
-オプションを付けずに起動したＲ
> x <- matrix(0.0,57600,101*20)
エラー： サイズ 887.7 Mb のベクトルを割り当てることが...
> gc()
used (Mb) gc trigger (Mb) max used (Mb)
Ncells 105955 2.9 350000 9.4 350000 9.4
Vcells 74584 0.6 786432 6.0 353875 2.7
-「 --max-mem-size=1800M」を付けて起動したＲ
> x <- matrix(0.0,57600,101*20)
> gc()
used (Mb) gc trigger (Mb) max used (Mb)
Ncells 105950 2.9 350000 9.4 350000 9.4
Vcells 116426576 888.3 128697668 981.9 116426905 888.3
**クラスタ分析後の樹形図の作成 [#i0552774]
>[[初学者]] (2009-01-21 (水) 18:25:08)~
~
はじめまして。お世話になります。~
~
使用環境は、Windows XPで、RのVersionは、下記の通りです。~
R version 2.8.1 (2008-12-22) ~
i386-pc-mingw32 ~
~
locale:~
LC_COLLATE=Japanese_Japan.932;LC_CTYPE=Japanese_Japan.932...
~
attached base packages:~
[1] stats graphics grDevices utils datasets met...
~
other attached packages:~
[1] cluster_1.11.12 MASS_7.2-45 ~
~
loaded via a namespace (and not attached):~
[1] tools_2.8.1~
~
質問ですが、クラスター分析後に樹形図を作成しましたが、（...
~
たとえば、下記のプログラム例ですと、（縦型）樹形図の最下...
※実際には、「単一の名前」を用いたデータを利用しますが、説...
~
（プログラム例）~
DST.d <- dist(iris)~
DST.hc1<-hclust(DST.d, method="ward")~
plot(DST.hc1, hang=-1, main="ウォード法")~
~
以上、アドバイスの程よろしくお願いいたします。~
//
- Rコンソール上で ?hclust を実行してみてください。hclust...
DST.d <- dist(iris)
DST.hc1<-hclust(DST.d, method="ward")
plot(DST.hc1, hang=-1, main="ウォード法",labels=iris$Spe...
- しっかりと作成できました。複雑に考えすぎ、上記プログラ...
**最小全域木 [#r3ba493f]
>[[初心です]] (2009-01-19 (月) 23:30:10)~
~
最小全域木のようなグラフを描きたいです~
matplot(x,type="p",pch=20)で点を書きsegments(7,70,8,78)で...
//
- igraphパッケージやsnaパッケージのグラフ描画機能を使って...
- ありがとうございます。今勉強中です -- [[初心です]] &new...
**パッケージインストールのエラーについて [#d1b9eb50]
>[[初級者]] (2009-01-18 (日) 19:17:48)~
~
お世話になります。~
R2.8.1、XPにパッケージ(tree）をインストールした時、下記の...
> install.packages("tree")~
--- このセッションで使うために、CRANのミラーサイトを選ん...
URL 'http://cran.md.tsukuba.ac.jp/bin/windows/contrib/2....
Content type 'application/zip' length 152558 bytes (148 K...
開かれた URL
downloaded 148 Kb~
~
パッケージ 'tree' は無事に開封され、MD5 サムもチェックさ...
以下にエラー normalizePath(path) :
path[1]: 指定されたファイルが見つかりません。
> library(tree)~
以下にエラー library(tree) : 'tree' という名前のパッケ...
//
- 同じ環境で試しましたが、再現されません。コマンドではな...
- Ver2.7.2、XPproで試してみましたが同じくエラーは出ません...
- お忙しい中、アドバイス、試行結果ありがとうございました...
- 理由は分かりませんが、ミラーサイトを変更したらすんなり...
**2変量混合正規分布に従う乱数 [#x4b4750f]
>[[Rin]] (2009-01-16 (金) 15:50:03)~
~
はじめまして。~
プログラムについての質問です。~
φを平均-1，分散1の正規分布に従う確率変数，ψを平均2，分散1...
f(x,y)=0.6φ(x,y)+0.4ψ(x,y)~
に従う2変量混合正規乱数を発生させたいのですが、どのように...
現在、自分が書いたものではないのですが、他の方が書いたプ...
# nc:発生させる乱数のデータ数~
#r:相関係数~
gendat <- function(nc, r) ~
{~
# 仮のデータ行列を作る。この時点では変数間の相関は近...
z <- matrix(rnorm(2*nc), ncol=2)
# 主成分分析を行い，主成分得点を求める。この時点で変...
res <- eigen(r2 <- cor(z))
coeff <- solve(r2) %*% (sqrt(matrix(res$values, 2, 2...
z <- t((t(z)-apply(z, 2, mean))/sqrt(apply(z, 2, var)...
# コレスキー分解の結果をもとに，指定された相関係数行...
z %*% chol(matrix(c(1, r, r, 1), ncol=2))
}~
このプログラムを、2変量混合正規乱数を発生させるためのプロ...
gendat2 <- function(nc, r)~
{
z <- matrix((rnorm(2*nc)-1)+3*(runif(2*nc) > 0.6), ncol...
res <- eigen(r2 <- cor(z))
coeff <- solve(r2) %*% (sqrt(matrix(res$values, 2, 2,
byrow=TRUE))*res$vectors)
z <- t((t(z)-apply(z, 2, mean))/sqrt(apply(z, 2, var)*(...
z %*% chol(matrix(c(1, r, r, 1), ncol=2))
}
１行目のzの部分を変えてみました。~
z <- matrix((rnorm(2*nc)-1)+3*(runif(2*nc) > 0.6)
の部分は、rjpwikiの『ヒストグラムと密度の推定』の、『f(x)...
~
しかし結果を見てみると、どうもf(x,y)=0.6φ(x,y)+0.4ψ(x,y)...
コレスキー分解の部分を理解していないので、きっとその辺り...
//
- X1,X2,R をそれぞれ φ1、φ2 と確率 0.6 で 1, 確率 0.4...
**点から伸ばした垂線が直線と交わる座標の求め方 [#u04a64ff]
>[[Saito]] (2009-01-14 (水) 23:49:00)~
~
いつもお世話になっております。~
ある点の座標とその座標からある直線までの距離がわかってい...
x <- 0;y <- sqrt(2)#座標の作成
plot(x, y, xlim=c(0,3), ylim=c(0,3), col="red")#座標の...
abline(a=0, b=1)#直線式の定義(ここではy=x)
d <- 1#座標から直線までの距離(既知)
このようなとき、つまり(x,y)=(0,sqrt(2))という座標からy=x...
最初にoptimを試して垂直距離が最小になるような座標を推定し...
どなたか交点の座標が分かる方がおりましたらご教授願えませ...
なお、環境はWindowsXp、R-2.8.1です。~
よろしくお願い致します。~
//
- これでどうでしょうか(初歩的な線形代数か)． -- [[hidee]]...
x <- 0 ; y <- sqrt(2)/2 #座標の作成
plot(x, y, xlim=c(0,3), ylim=c(0,3), col="red") #座標の...
intercept <- 0 ; slope <- 1 # 直線の定義 (y = x)
abline(a = intercept, b = slope) # 直線の表示
slope2 <- -1/slope # 直交する直線の傾き
intercept2 <- -slope2 * x + y # 直交する直線の切片
abline(b=slope2, a=intercept2) # 直交する直線の表示もし...
cross.p <- solve( # 連立方程式の解(交点座標) = これが求...
matrix(
c(-slope, -slope2, 1, 1), 2, 2),
matrix(
c(intercept, intercept2)))[,1]
(d <- sqrt(sum((cross.p - c(x, y))^2))) # ついでに距離の...
ちなみに例題の解は1にはならないような．．．
- hideeさんありがとうございます。おかげ様で解決致しまし...
- えっと、そういえばhideeさんが示してくださった直交する直...
- ミスしていますね．点の座標がx=0で見落としていました．コ...
**arulesで、listデータからtransactionの処理ができなくなっ...
>[[NewComer]] (2009-01-14 (水) 14:18:19)~
~
R2.7.0、ＸＰで、アッソシエーション分析をしていました。１...
arulesを再インストール（全パケージをインストールしたため...
listからtransactionの処理が出来なくなりました、本を見なが...
分かりません。以下、データを添付しますので、よろしくお願...
＃テスト用に作成したデータ~
install.packages("arules",dependencies=TRUE)
library(arules)
{data<-list(c("Ａ","Ｂ","Ｃ","Ｄ"), c("Ｅ","Ａ","Ｇ","Ｂ...
data.tran<-as(data,"transactions")
class(data.tran)
＃結果
> {data<-list(c("Ａ","Ｂ","Ｃ","Ｄ"),
+ c("Ｅ","Ａ","Ｇ","Ｂ"))}
> data.tran<-as(data,"transactions")
以下にエラー validObject(.Object) :
不正なクラス "ngCMatrix" オブジェクト： row indices are...
＃昨年末arulesは改版されているので、これと関係あるのだろ...
Package: arules~
Version: 0.6-7~
Date: 2008-13-12~
Title: Mining Association Rules and Freque...
~
#library(arules)を実行すると、下記の様なメッセージが出る...
関係あるのだろうか？~
要求されたパッケージ Matrix をロード中です
要求されたパッケージ lattice をロード中です
次のパッケージを付け加えます: 'Matrix'
The following object(s) are masked from package:s...
xtabs
The following object(s) are masked from package:b...
colMeans,
colSums,
rcond,
rowMeans,
rowSums
次のパッケージを付け加えます: 'arules'
The following object(s) are masked from package:b...
%in%
//
- listをdata.frameにしてはいかがでしょうか. とりあえず. -...
- ご多様中にも関わらず、早速のご回答ありがとうございまし...
//- dataA <- data.frame(do.call("rbind",lapply(data,`leng...
- data.frameやmatrixに直して処理するしかないような. itemM...
- 迅速なコメント、頭が下がります。ありがとうございます。...
- あっ〜〜, ど阿呆でした. data<-lapply(data,sort) と前処...
- 元のコードに、 data<-lapply(data,sort)を追加したところ...
**VineLinuxでソースからのビルド [#w28ae16a]
>[[当方]] (2009-01-11 (日) 19:28:21)~
~
Linux の中には実行ファイルが用意されていないものがありま...
当方，VineLinux 4.2 を使っており，以下の手順でソースから...
- ルート権限になった後，下記サイトから R-2.8.1.tar.gz を...
[[http://cran.md.tsukuba.ac.jp/src/base/R-2/R-2.8.1.tar.g...
-「R HOME」というディレクトリを作成した後，ここで R-2.8.1...
-Linux 環境によっては「f77（g77で代替化）」「readline」「...
⇒ ここで，「g77」「c++」はインストールできるのですが，「r...
$ apt-get update
$ apt-get install gcc-g77
$ apt-get install readline
$ apt-get install gcc
$ apt-get install gcc-c++
- kterm 上で「R HOME」に移動し、下記コマンドを実行する。
$ ./configure
$ make
$ make install
- 質問したいことは，「./configure」実行中に以下のエラーが...
configure: error: --with-readline=yes (default) and head...
//
- 手元にVineがないので確認できませんが、readlineではなくr...
- 残念ながら「readline4」を入れても同様のエラーが出ました...
./configure --with-readline=no --with-x=no
とすると，何とかインストールできました．ありがとうござい...
configure: error: --with-x=yes (default) and X11 headers...
- Vineのgccは3.3系だったと思いますが, 3.4系以上でなければ...
- なるほど。私はubuntuなのですが、Rライブラリのインストー...
- なかまさん、ありがとうございました！コメントいただいた...
$ apt-get install XOrg-devel
$ apt-get install readline-devel
**R2.8.1におけるRエディタの背景色の自動変更について [#dd1...
>[[Saito]] (2009-01-11 (日) 19:11:22)~
~
いつもお世話になっております。~
R2.8.1になって、編集→GUIプリファレンスと進みコンソール画...
なお使用環境はWindowsXpです。~
//
- そこは黒固定です. -- [[なかま]] &new{2009-01-13 (火) 13...
- そうでしたか。では黒字に合わすしかないのですね。ありが...
- 2.8.0までRエディタの背景色は白，黒文字で固定でした．ど...
**Contourグラフ [#eaed33cf]
>[[EDI]] (2009-01-11 (日) 09:02:29)~
~
Contnurグラフを作成しようと考えています。~
~
xy平面上にplot()を用いて散布図を作成しました。~
~
平面上に散布された点(因子)の密度を数値化し、その数値をz値...
まだ初心者なので、調べ方も不十分なのかとは思いますが、多...
~
そこで、(x,y)を定義するだけで、私の考えているようなContnu...
あるいは、xy平面上に散布されたの点の密度分布をすべての格...
//
- 「そういった関数でもかまいません」だと答えにくいのでは...
- xy平面上の任意の点から1単位距離に含まれる(xy平面に散布...
- もしかしたら私が過去に初級者コースに投稿した[[「ある範...
**回帰線の95%信頼区間 [#z8218f8c]
>[[ま]] (2009-01-10 (土) 20:09:47)~
~
glmで誤差分布をポアソン分布とし，一般化線形回帰モデルを使...
~
参考として，疑似データでの解析したスクリプトを添付いたし...
~
#疑似データ作成~
x1<- c(1:10)~
y1<- c(0,0,5,15,10,30,40,200,290,1000)~
plot(x1,y1,ylim=c(0,1500))~
~
#作図（回帰直線）~
m <- glm(y1~x1,family=poisson(link=log))~
summary(m)~
x.val <- seq(min(x1),max(x1),0.1)~
lines(x.val,predict.glm(m,newdata=data.frame("x1"=x.val),...
//
- 正規分布ならこんなのがあるみたいです。金先生のサイトの...
data(cars)
library(simpleboot)
car.lm <- lm(dist~speed, data=cars)#線形モデルで回帰
car.boot <- lm.boot(car.lm, R =2000)#ブートストラップ
plot(car.boot, xlab="speed", ylab="dist")
ポアソンだとこれでは上手くいかないようですが、参考までに...
- ありがとうございます。ポアソンでも動くには動くには，ポ...
- 推定値の信頼区間とはConfidential intervalのことですか？...
- Saitoさま，ありがとうございます。すみません，適切な言葉...
**エクセルへの書き出し [#ud9a1bcf]
>[[みち]] (2009-01-09 (金) 19:59:59)~
~
Rでの実行結果をエクセルに書き出す方法を教えてください。~
//
- まず自分で調べなさい。そして[[RでEXCELのファイルを読む:...
- 「xlsフォーマットで書き出す」なら上記ですが、「エクセル...
- 確かに。エクセルはdelimiterの指定ができるので、自由度は...
**DPpackageのインストール [#d7087b2f]
>[[tonton]] (2009-01-08 (木) 22:38:15)~
~
CRANのhttp://cran.r-project.org/web/packages/DPpackage/in...
これをRでインストールしようとしたのですが失敗します。~
以下のようになります。~
~
> install.packages("C:/DPpackage_1.0-6.tar.gz",contriburl...
以下にエラー gzfile(file, "r") : コネクションを開くこと...
追加情報: Warning messages:
1: In zip.unpack(pkg, tmpDir) :~
zip ファイルから抽出中にエラー 1 が起こりました
2: In gzfile(file, "r") :~
圧縮されたファイル 'DPpackage/DESCRIPTION' を開くことが...
~
WindowsXPでR2.8.0を使用しています。~
どなたか解決方法を教えて下さい。~
//
- Windows版では.tar.gzではなくて，.zipをインストールする...
- install.packages()で見れるインストールできるパッケージ...
- リンク先をみるとWindowsバイナリはunavailableとなってい...
- １つ前のバージョンを.zipでインストールできました。あり...
**minhash法 [#x1483d34]
>[[okinawa]] (2009-01-08 (木) 17:40:48)~
~
いつもお世話になっております。okinawaです。jaccard係数を...
環境は：windowsXPSP3,R2.7.2~
//
- 自己レスです。veganというパッケージがあるようです。勉強...
- clv パッケージにありました。 -- [[okinawa]] &new{2009-...
**繰り返し計算 [#vb512b12]
>[[ぽち]] (2009-01-06 (火) 08:59:17)~
~
すみません。一通り探したのですがわかりませんでした。~
以下のような流れでspreadsheetについて計算をしたいのです。...
si <-data.frame(sample(data[2:11],10,replace=T))~
a <-data.frame(rowMeans(si[,1:5]))~
b <-data.frame(rowMeans(si[,6:10]))~
AB <-a/b~
どなたかお教えいただけないでしょうか？~
//
- forで回せばいいんじゃないの？ -- &new{2009-01-06 (火) ...
- よく使う機能なら、関数にして、lapply()するのも良いかと...
- sapply( 1:1000 , function(i){ほにゃらら} ) ; でやってま...
- ありがとうございます。 -- [[ぽち]] &new{2009-01-07 (水)...
sapplyでできました。
sapply( 1:10 , function(i)
{si <-data.frame(sample(data[2:11],10,replace=T))
a <-data.frame(rowMeans(si[,1:5]))
b <-data.frame(rowMeans(si[,6:10]))
AB <-a/b} )
forの場合、どうやら変なことをしてしまっているようで動かな...
set.seed(101)
m <- 10
replicate10 <- numeric(m)
for (i in 1:m) replicate500[i] <-function(i)
{si <-data.frame(sample(data[2:11],10,replace=T))
a <-data.frame(rowMeans(si[,1:5]))
b <-data.frame(rowMeans(si[,6:10]))
AB <-a/b}
また、関数を定義しようとしてみたのですが、これもどうやら...
ABC <-function(i)
{si <-data.frame(sample(data[2:11],10,replace=T))
a <-data.frame(rowMeans(si[,1:5]))
b <-data.frame(rowMeans(si[,6:10]))
AB <-a/b}
とした際に、ABCとした際に、sourceを使って呼び出すというと...
更なるご助言をお願いします。
- 引数のiがfunction内で使われていません。i=dataだと思いま...
ABC <- function(i)
{si <-data.frame(sample(i[2:11],10,replace=T))
a <-data.frame(rowMeans(si[,1:5]))
b <-data.frame(rowMeans(si[,6:10]))
AB <-a/b
}
ABC(i=data)
でどうでしょうか？ -- [[akira]] &new{2009-01-07 (水) 12:4...
- なるほど。そこが抜けていたんですね。どうもありがとうご...
**凡例の文字のフォントについて [#h412fbca]
>[[初心者です]] (2009-01-06 (火) 00:45:24)~
~
> legend(0,0.6,c("R","TPR","ATP"),col=1,pch=c(4,0,16),lty...
初心の質問で申し訳ありませんが、よろしくお願いします。~
//
- 全角も半角も同じ幅に見えるはずです. グリフもちゃんとフ...
- 手元にWindows環境がないので「MSゴシックのような半角文字...
- EPS形式の出力 > dev.copy2eps(file="ファイル名.eps",fam...
**print.rpartの結果をオブジェクトとして保存できませんか？...
>[[rpart]] (2009-01-06 (火) 00:13:24)~
~
rpartオブジェクトのprintの結果をオブジェクトとして保存し...
下記のようなテキストのツリー図が標準出力に表示されますが...
1) root 150 102.1683000 5.843333
2) Petal.Length< 4.25 73 13.1391800 5.179452
4) Petal.Length< 3.4
・・・・~
どなたか方法をご存知でしょうか？~
よろしくお願い致します。~
//
- capture.output(tree) で解決しました。 -- [[rpart]] &new...
**BRugsでの切断正規分布 [#qdf30df0]
>[[お正月]] (2009-01-05 (月) 12:47:11)~
~
ベイズ推定でBRugsを使っていて、事前分布において、あるパラ...
どなたか方法をご存知でしょうか？~
よろしくお願い致します。~
//
- msmパッケージ内にtnormがあります。 -- &new{2009-01-05 ...
- お忙しい中ご回答ありがとうございます。この関数は知りま...
**オプション価格計算パッケージについて [#ddbf4772]
>[[しょうりゅう]] (2009-01-03 (土) 14:33:22)~
~
データ分析においてRのすばらしさが実感しておりますが、デ...
//
**関数scatterplotを見つけることができませんでした [#of792...
>[[nanbuwks]] (2009-01-03 (土) 11:48:21)~
~
こんにちは。Rを試そうとして、いくつかのサイトを参考にイン...
> scatterplot.matrix( ~ID+月曜日+火曜日+水曜日, reg.line=...
エラー： 関数 "scatterplot.matrix" を見つけることができ...
~
> scatterplot( USD~seq, reg.line=lm, smooth=TRUE, labels=...
エラー： 関数 "scatterplot" を見つけることができません...
~
となります。~
MS-WindowsXP Professional上でバージョンはR2.8.1+Rcmdr1.4-...
"R User Configuration" http://androids.happy.nu/doc/r-tip...
を適用しています。~
このエラーのためか、Rコマンダーのグラフメニューに「散布図...
これは何かの不具合あるいはインストールミスなのでしょうか...
//
- 解決？ -- [[nanbuwks]] &new{2009-01-03 (土) 13:00:17};
- ミス投稿失礼しました。解決したかもしれません。Rの再起動...
**3D棒グラフについて [#b1461450]
>[[totoro]] (2008-12-28 (日) 20:14:54)~
~
3D棒グラフ(縦)の作り方をご教示いただけないでしょうか。~
Excelの3D棒グラフと同じようなものを作成しようと考えており...
persp関数も試したのですが、点を結ぶ形になってしまい上手く...
よろしくお願いします。~
//
- 以下のコードで作成されるような図でしょうか？latticeExtr...
~
> library(latticeExtra)
> cloud(VADeaths, panel.3d.cloud = panel.3dbars,
col.facet = "grey", xbase = 0.4, ybase = 0.4,
screen = list(z = 40, x = -30))
~
- ありがとうございます。大変助かりました。 -- [[totoro]] ...
**Web 上の raw データを画像として扱う方法 [#t1ef1269]
>[[師走]] (2008-12-26 (金) 11:49:50)~
~
Web 上より以下のように画像を取得して、画像として表示など...
~
> library(RCurve)
> x<-getBinaryURL("http://www.okada.jp.org/RWiki/Rlogo.j...
> class(x)
[1] "raw"
> summary(x)
Length Class Mode
3173 raw raw
~
上の"raw"形式を画像にする方法が分りません。rgdal も試し...
//
- writeBin(x,"c:/Rlogo.jpg")?それともrimageパッケージ? --...
- okinawa さん、ご教示ありがとうございます。writeBin でで...
**関数内で引数のオブジェクト名を使うには？ [#jeb56ae6]
>[[hidee]] (2008-12-25 (木) 19:08:22)~
~
> a <- 5
> (function(x){x})(a)
[1] 5
>
~
ですよね．~
~
ここで戻り値が"a"となるような関数定義は~
どのようにすれば良いのでしょうか．~
//実際にやりたいことは，
//関数内でaの実際のデータ5を使うとともに，
//"a"という名前を含む別のグローバルな変数を引いてくるために
//eval(parse(text=text))のtextに"a"
//(関数にあたえる実引数によって変わる)を使いたい，のです．
//
- (function(x){substitute(x)})(a) -- [[なかま]] &new{2008...
- なかま さん，ありがとうございます．
> a <- 10
> (function(x){substitute(x)})(a)
a
> class((function(x){substitute(x)})(a))
[1] "name"
> (function(x){deparse(substitute(x))})(a)
[1] "a"
> class((function(x){deparse(substitute(x))})(a))
[1] "character"
>
であることがわかりました．-- [[hidee]] &new{2008-12-25 (...
**gdbを使ったデバッグ [#u7c197a5]
>[[syou6162]] (2008-12-23 (火) 13:46:15)~
~
gdbを使ってRオブジェクトがどのように表わされるか調べよう...
http://www.is.titech.ac.jp/~mase/mase/R-exts.jp/R-exts.jp...
を参考にしているのですが、「中断点を do_get に置き、R の...
>Value returned is $1 = (SEXPREC *) 0x40583e1c~
と書いてあるのですが、これをどうやって得ればよいのかが分...
途中までの操作は以下のようになっています。~
~
/Users/yasuhisa% R -d gdb ...
GNU gdb 6.3.50-20050815 (Apple version gdb-768) (Tue Oct...
Copyright 2004 Free Software Foundation, Inc.
GDB is free software, covered by the GNU General Public ...
welcome to change it and/or distribute copies of it unde...
Type "show copying" to see the conditions.
There is absolutely no warranty for GDB. Type "show war...
This GDB was configured as "i386-apple-darwin"...Reading...
(gdb) r
Starting program: /Library/Frameworks/R.framework/Versio...
Reading symbols for shared libraries ++++........... done
Reading symbols for shared libraries . done
Reading symbols for shared libraries . done
R version 2.8.0 (2008-10-20)
Copyright (C) 2008 The R Foundation for Statistical Comp...
ISBN 3-900051-07-0
Rはフリーソフトウェアであり、「完全に無保証」です。
一定の条件に従えば、自由にこれを再配布することができま...
配布条件の詳細に関しては、'license()'あるいは'licence()'...
Rは多くの貢献者による共同プロジェクトです。
詳しくは'contributors()'と入力してください。
また、RやRのパッケージを出版物で引用する際の形式について...
'citation()'と入力してください。
'demo()'と入力すればデモをみることができます。
'help()'とすればオンラインヘルプが出ます。
'help.start()'でHTMLブラウザによるヘルプがみられます。
'q()'と入力すればRを終了します。
[以前にセーブされたワークスペースを復帰します]
Reading symbols for shared libraries ......................
Reading symbols for shared libraries . done
> DF <- data.frame(a = 1:3, b = 4:6)
>
Program received signal SIGINT, Interrupt.
0x9037c5e2 in select$DARWIN_EXTSN ()
(gdb) b do_get
Breakpoint 1 at 0x3bbbdf: file envir.c, line 1600.
(gdb) c
Continuing.
Program received signal SIGINT, Interrupt.
0x9037c5e2 in select$DARWIN_EXTSN ()
(gdb) c
Continuing.
^D
Save workspace image? [y/n/c]: c
> get("DF")
Breakpoint 1, do_get (call=0xde0, op=0x1016c28, args=0x1...
1600 SEXP rval, genv, t1 = R_NilValue;
(gdb)
//
- finish と(gdbなら)入れてみましょう. たぶん, 書いた人は,...
- コメントありがとうございます。
上と同じようなデータフレームを作るものをgdbからRのプロセ...
Current directory is ~/
GNU gdb 6.3.50-20050815 (Apple version gdb-768) (Tue Oct...
Copyright 2004 Free Software Foundation, Inc.
GDB is free software, covered by the GNU General Public ...
welcome to change it and/or distribute copies of it unde...
Type "show copying" to see the conditions.
There is absolutely no warranty for GDB. Type "show war...
This GDB was configured as "i386-apple-darwin".
/Users/yasuhisa/63250: No such file or directory.
Attaching to process 63250.
Reading symbols for shared libraries . done
Reading symbols for shared libraries ......................
0x9037c5e2 in select$DARWIN_EXTSN ()
(gdb) b do_get
Breakpoint 1 at 0x3bbbdf: file envir.c, line 1600.
(gdb) finish
Run till exit from #0 0x9037c5e2 in select$DARWIN_EXTSN...
0x004b864a in R_SelectEx (n=1, readfds=0x5cea40, writefd...
timeout=0x0, intr=0x4b8bc0 <handleInterrupt>) at sys-std...
152 val = select(n, readfds, writefds, exceptfds, t...
(gdb) c
Continuing.
Breakpoint 1, do_get (call=0xde0, op=0x1012628, args=0x1...
1600 SEXP rval, genv, t1 = R_NilValue;
(gdb) finish
Run till exit from #0 do_get (call=0xde0, op=0x1012628,...
do_internal (call=0x11c9d18, op=0x1010238, args=0x184a26...
1143 if (flag < 2) R_Visible = flag != 1;
Value returned is $1 = (struct SEXPREC *) 0x192a4a8
(gdb) p *$1
$2 = {
sxpinfo = {
type = 19,
obj = 1,
named = 2,
gp = 0,
mark = 0,
debug = 0,
trace = 0,
spare = 0,
gcgen = 0,
gccls = 1
},
attrib = 0x14f208c,
gengc_next_node = 0x192a488,
gengc_prev_node = 0x192a4c8,
u = {
primsxp = {
offset = 2
},
symsxp = {
pname = 0x2,
value = 0x0,
internal = 0x1a91c38
},
listsxp = {
carval = 0x2,
cdrval = 0x0,
tagval = 0x1a91c38
},
envsxp = {
frame = 0x2,
enclos = 0x0,
hashtab = 0x1a91c38
},
closxp = {
formals = 0x2,
body = 0x0,
env = 0x1a91c38
},
promsxp = {
value = 0x2,
expr = 0x0,
env = 0x1a91c38
}
}
}
(gdb) p R_PV($1)
$3 = void
(gdb) p R_PV($1->attrib)
$4 = void
(gdb)
アドレスは分かったのですが、R_PVで見てみようとするとvoid...
> sessionInfo()
sessionInfo()
R version 2.8.0 (2008-10-20)
i386-apple-darwin9.5.0
locale:
ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/C/C/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets me...
バージョン等で出力が違ったりするのでしょうか? -- [[syou61...
- 東工大の元の記事を見るとreturn はvoidであってます。表示...
- なるほど。voidでよさそうですね。ただ、"*$1の内容も若干...
- この場合, 貴方が参照すべきは, Rinternals.h です. 表示例...
- 昔とは変わっているんですね、なるほど。Rinternals.hを読...
**Windowsメタファイル [#vf46c867]
>[[(く)]] (2008-12-23 (火) 12:27:32)~
~
クラスタ分析の樹形図をWindowsメタファイルとしてPowerPoint...
画面上で日本語表示をさせて、それをメタファイルとしてPower...
１）クリップボード経由だと文字化けします。~
２）ファイル経由で取り込むと一見表示できるように見えます...
~
おそらく、WMFに含まれていると思われるビットマップが表示さ...
どのようにすれば日本語で編集可能なメタファイルが作成でき...
//
- 受け取り側（PowerPoint)にフォントが無いためだと思うので...
- たぶん, 最後に一貫性が保たれてたのはR-2.6.2ぐらいです. ...
- 現実的な解として、dev.copy2eps()などでeps形式で保存した...
$ pstoedit -f svm tmp.eps tmp.svm
とsvm形式（OpenOfficeのメタファイル形式）に変換し、次に、...
#ref(oodraw01.png)
- 多くの方々からご返事いただきありがとうございます。これ...
- Rdevgaを修正する方法で、あっさりうまく行ってしまいまし...
私の場合は、\Program Files\R\R-2.8.0\R\etc\Rdevgaに含まれ...
TT Arial : plain
TT Arial : bold
TT Arial : italic
TT Arial : bold&italic
次の4行に変更しました
TT MS Gothic : plain
TT MS Gothic : bold
TT MS Gothic : italic
TT MS Gothic : bold&italic
すると、メタファイルが文字化けせず編集できるようになりま...
ほとんど問題ないのですが、強いて言えば文字の表示場所が多...
一旦メタファイルを編集する際にフォントを大きくして、その...
pstoeditを使う方法は、gsのインストールで、現在躓いていま...
**因子分析：変数の数と因子の数について [#w421df1b]
>[[flyer]] (2008-12-20 (土) 15:21:53)~
~
因子分析での因子数について~
~
いつもお世話になります。~
「すべてがわかるアンケートデータの分析」（菅民郎 現代数...
例題で10人の生徒の数学、国語、英語の試験データから文系能...
する問題が載っております。~
Rにてこの問題を行おうとしたのですが、~
"以下にエラーfactanal(seiseki, factors = 2) : 2 factors i...
factorsを"1"で指定すると、factanalを実行できますが、求め...
3つの変数（ここでは3教科）では2つの因子を指定することは出...
よろしくお願いします。~
> seiseki <- matrix(c(2,3,3,1,4,5,2,2,3,3,2,1,5,4,5,4,4,...
> colnames(seiseki) <- c("数学","英語","国語")
> rownames(seiseki) <- c("001","002","003","004","005","...
> seiseki
数学 英語 国語
001 2 3 3
002 1 4 5
003 2 2 3
004 3 2 1
005 5 4 5
006 4 4 4
007 8 5 4
008 6 3 4
009 7 6 7
010 4 5 6
> (seiseki.fac <- factanal(seiseki, factors=2))
以下にエラーfactanal(seiseki, factors = 2) : 2 factors i...
> (seiseki.fac <- factanal(seiseki, factors=1))
Call:
factanal(x = seiseki, factors = 1)
Uniquenesses:
数学 英語 国語
0.639 0.005 0.239
Loadings:
Factor1
数学 0.601
英語 0.998
国語 0.872
Factor1
SS loadings 2.117
Proportion Var 0.706
The degrees of freedom for the model is 0 and the fit wa...
//
- 無理です。1因子のときの結果で、自由度が0とでていますね...
- 林さん、どうもありがとうございます。最尤法を易しく説明...
- 統計学を勉強したいのでなければ、分析手法として因子分析...
- 林さん、参考にさせていただきます。ありがとうございまし...
**txtファイルを区切る方法 [#zb28c645]
>[[tt]] (2008-12-20 (土) 12:15:11)~
~
00:18:37.25 13/08/2008 137.199799 35.094155 423.5 39.3 0....
00:18:37.50 13/08/2008 137.199799 35.094154 423.5 39.3 0....
00:18:37.75 13/08/2008 137.199800 35.094156 423.5 39.3 0....
00:18:38.00 13/08/2008 137.199800 35.094156 423.5 39.3 0....
00:18:38.25 13/08/2008 137.199799 35.094156 423.5 39.3 0....
00:18:38.50 13/08/2008 137.199800 35.094157 423.5 39.3 0....
00:18:38.75 13/08/2008 137.199800 35.094157 423.5 39.3 0....
00:18:39.00 13/08/2008 137.199800 35.094157 423.5 39.3 0....
00:18:39.25 13/08/2008 137.199800 35.094157 423.5 39.3 0....
というようなtxtファイルがあった場合、:や/で数値を区切るに...
//
- 文字列処理関数を調べなさい。 -- &new{2008-12-20 (土) 2...
- GPSのデータに見えます。「:や/で数値を区切る」とは、:や/...
例えば、ファイル名がtmp.txtとしたら、
$ sed -e 's/[:/]/ /g' tmp.txt
00 18 37.25 13 08 2008 137.199799 35.094155 423.5 39.3 0...
00 18 37.50 13 08 2008 137.199799 35.094154 423.5 39.3 0...
00 18 37.75 13 08 2008 137.199800 35.094156 423.5 39.3 0...
00 18 38.00 13 08 2008 137.199800 35.094156 423.5 39.3 0...
00 18 38.25 13 08 2008 137.199799 35.094156 423.5 39.3 0...
00 18 38.50 13 08 2008 137.199800 35.094157 423.5 39.3 0...
00 18 38.75 13 08 2008 137.199800 35.094157 423.5 39.3 0...
00 18 39.00 13 08 2008 137.199800 35.094157 423.5 39.3 0...
00 18 39.25 13 08 2008 137.199800 35.094157 423.5 39.3 0...
- だいぶ前のですみません。質問どおりだとstrsplitですかね...
**SASのLSMeans（調整済み平均値；Least-Square means）をRで...
>[[SASとRの両刀使い]] (2008-12-19 (金) 15:36:28)~
~
本質問をRjpWikiで質問するのは大変恐縮なのですが、~
SASのLSMeans（調整済み平均値；Least-Square means）を~
Rで計算する関数はあるのでしょうか？~
> RSiteSearch("lsmeans")
で調べてみても、上手い関数が無さそうで、Google検索をして...
良さそうな記事がありません。「multcomp」パッケージで計算...
という記事があったのですが、「multcomp」パッケージの中の...
それらしきものがありませんでした。~
よろしければお教えください。~
//
- http://search.r-project.org/cgi-bin/namazu.cgi?query=ls...
- 関数としてできているものがあるかどうか知りませんが，htt...
- ありがとうございます！中澤先生のホームページの日記（【...
- SASと完全に一致したかどうか自信がないのですが、John Fox...
- ご指導ありがとうございます！適当なデータ「DATA」を作っ...
--y：目的変数
--GROUP：注目するカテゴリ
--COV1：共変量（カテゴリ変数）
--COV2：共変量（連続変数）
> set.seed(7777)
> y <- c(rnorm(10),1+rnorm(10))
> DATA=data.frame(Y =y,
+ GROUP=c(rep(1,10),rep(2,10)),
+ COV1 =rbinom(20,1,0.5),
+ COV2 =jitter(y,amo=3))
> DATA$GROUP <- as.factor(DATA$GROUP)
> DATA$COV1 <- as.factor(DATA$COV1)
> head(DATA)
Y GROUP COV1 COV2
1 -1.8779550 1 1 -2.6682028
2 0.3264572 1 0 1.0997025
3 -0.3018570 1 1 -1.7436962
4 1.1816399 1 0 0.3136283
5 -0.1637332 1 1 -0.7099280
6 1.2964903 1 1 3.1079893
データ「DATA」に対して，とりあえず関数 lm() で回帰分析（S...
> options(contrasts = c("contr.treatment","contr.treatme...
> result <- lm(Y ~ GROUP + COV1 + COV2, data=DATA)
> summary(result)
Call:
lm(formula = Y ~ GROUP + COV1 + COV2, data = DATA)
Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-1.694067 -0.494184 0.002832 0.253098 2.225632
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) 0.4867 0.3604 1.351 0.19562
GROUP2 0.5943 0.5444 1.092 0.29110
COV11 -0.3924 0.4754 -0.825 0.42131
COV2 0.3774 0.1147 3.290 0.00461 **
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1...
この結果より，回帰直線の推定式は（GROUP(2)：GROUP==2のと...
y=Intercept+GROUP(2)*0.5943+COV1(1)*(-0.3924)+0.3774*COV2
と推定されます．SASでは，この回帰直線の推定式からLSMeans...
--COV1などのカテゴリ変数には，各カテゴリの効果の重みなし...
--COV2などの連続変数には，（GROUPを無視した）COV1の平均値...
> mean(DATA$COV2) # COV2の平均（GROUPを無視して全ての...
[1] 0.8944106
> 0.4867+0.0000-0.3924/2+0.3774*0.8944106 # GROUP==1 ...
[1] 0.6280506
> 0.4867+0.5943-0.3924/2+0.3774*0.8944106 # GROUP==2 ...
[1] 1.222351
上記の結果はSASの値と一致しています．中澤先生の方法で，正...
> result2 <- dummy.coef(result)
> result2$GROUP + result2$"(Intercept)" + mean(result2$C...
1 2
0.6280501 1.2223804
ちなみに，ザブさんから教わったJohn Fox氏のeffectsパッケー...
> library(effects)
> effect("GROUP", result)
GROUP effect
GROUP
1 2
0.6084311 1.2027614
ただ，交互作用モデルになると，ちょっと計算が手間になるの...
> options(contrasts = c("contr.treatment","contr.treatme...
> result <- lm(Y ~ GROUP + COV1 + COV2 + GROUP*COV...
> summary(result)
Call:
lm(formula = Y ~ GROUP + COV1 + COV2 + GROUP * COV1 + GR...
COV2, data = DATA)
Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-1.47336 -0.59849 -0.04832 0.24913 2.44732
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) 0.59860 0.42080 1.423 0.1768
GROUP2 0.26255 0.92717 0.283 0.7812
COV11 -0.65934 0.66949 -0.985 0.3414
COV2 0.39928 0.16734 2.386 0.0317 *
GROUP2:COV11 0.58255 1.02201 0.570 0.5777
GROUP2:COV2 -0.02241 0.24532 -0.091 0.9285
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1...
> mean(DATA$COV2)
[1] 0.8944106
> 0.5986006+0.000000-0.6593449/2+0.3992763*0.8944106+0.0...
[1] 0.6260451
> 0.5986006+0.262553-0.6593449/2+0.3992763*0.8944106+0.5...
[1] 1.159826
>
> result2 <- dummy.coef(result)
> result2$ GROUP + result2$"(Intercept)" + mean(result2$...
+ c(mean(result2$"GROUP:COV1"[c(1,3)]), mean(result2$"GR...
+ result2$"GROUP:COV2"*mean(DATA$COV2)
1 2
0.626045 1.159826
う〜ん，何時間も調べてみたのですが，適当なパッケージは無...
**複数のベクトルで同じ値のものを順に削除する方法 [#p4e8f4...
>[[カホ]] (2008-12-18 (木) 21:09:27)~
~
いつも参考にさせていただいております。~
さっそくですが、質問させていただきます。~
~
今、ベクトルが3つあり、それぞれ~
~
S[[1]]=~
[,1][,2][,3]
[1,] 5 20 3~
~
S[[2]]=~
[,1][,2][,3]
[1,] 4 20 8~
~
S[[3]]=~
[,1][,2][,3]
[1,] 5 20 16~
~
であるとき、~
~
S[[1]]=~
[,1][,2][,3]
[1,] 5 20 3~
~
S[[2]]=~
[,1][,2]
[1,] 4 8~
~
S[[3]]=~
[,1]
[1,] 16~
~
というものに変更したいとき、どのようにすればよいでしょう...
よろしくお願いいたします。~
//
- ヒント：apply()、s2[-which(s2==20)] -- &new{2008-12-19...
**plmにおけるNAの処理の仕方 [#xf1fbe33]
>[[take69]] (2008-12-18 (木) 02:43:16)~
~
Rの初心者です。~
~
現在パネルデータを用いて、分析をしているんですが、パッケ...
~
パッケージの中身の内容なので、ご存知の方がいないかもしれ...
//
- ヘルプを見ればわかりますが、na.actionというargumentがあ...
**BRugsでのAIC，DICの計算について [#ze744c8d]
>[[yuki]] (2008-12-17 (水) 11:57:15)~
~
WinBUGSではDICの計算を行うコマンドがあるようですが，BRugs...
できればAICとDICを計算したいのですが・・・~
//
- 使ったことないですが、[[RBugsはWinBugsがバックエンドで...
**Rをサーバープログラムとして動かす事は可能でしょうか？ [...
>[[Rを使い始めた者]] (2008-12-16 (火) 16:55:57)~
~
＜質問1＞~
クライアント・サーバー方式ですが、Rをサーバープログラムと...
＜質問2＞~
C++からRを呼び出す事は可能でしょうか？~
＜質問3＞~
Rの連続したコマンド命令をスクリプトとして作成、スクリプト...
//
- Rserveを見よ。http://www.rforge.net/Rserve/ 基本的にソ...
- [[みゅさんとこ:http://phoenixx.sakura.ne.jp/R/wiki.cgi?...
- ＜質問1＞Rserveは、Linuxでデーモンとして動きます．psは...
[name@zzzz ~]$ ps aux | grep Rserve
name 5002 0.0 0.0 29132 3332 ? Ss May07 ...
name 15142 0.0 0.0 4740 752 pts/31 S+ 18:34 ...
- ＜質問2＞はC++からそのRのサーバーを呼ぶことが出来るかど...
- ＜質問３＞バッチならR cmd batch かな？それをwinならタス...
- 結論：＜質問1＞可能である＜質問2＞可能である＜質問3＞可...
- あぁ、ただし、Rserveは接続が確立されるたびに、自分自身...
- それにしてもRを使い始めたばかりの人がサーバーとして使い...
**パッケージのインストールが出来ません。 [#v739a2a3]
>[[初めの一歩]] (2008-12-16 (火) 03:37:25)~
~
Ｒを使い始めたばかりの初心者です。~
Ｒversion 2.8.0をインストールし、さらに必要なパッケージ複...
~
le.create(f.tg) :~
fife 'C:\PROGRA~1\R\R-28~1.0/doc/html/packages.html' ...
~
と表示されます。~
何がいけないのでしょうか。~
ネットや本で検索をするのですが、解決策が見出されません。~
~
使用ＰＣはパナソニック Let'note CF-Y7で、OSはWindows Vis...
> sessionInfo()~
R version 2.8.0 (2008-10-20) ~
i386-pc-mingw32 ~
~
locale:~
LC_COLLATE=Japanese_Japan.932;LC_CTYPE=Japanese_Japan.932...
~
attached base packages:~
[1] stats graphics grDevices utils datasets met...
~
どなたか、解決方法をご教示頂ければ幸いです。~
必要な情報を失念している場合もあるかと思いますので、その...
~
よろしくお願いします。~
//
- Vistaのユーザー・アカウント制御（UAC）の問題でしょう。h...
- 表の「Rのインストール」や↓の「RODBCのインストールのやり...
- 初心者のVistaネタは定期的にありますね。問題は学ぶ側なの...
- たぶん・・・Vistaそのものです。 -- &new{2008-12-16 (火...
**コサイナー法 [#u0bd8e8e]
>[[学生]] (2008-12-15 (月) 17:12:16)~
~
Rでコサイナー法を行うためのパッケージや関数をご存知ないで...
インターネットで検索しても，ヒットしなくて困っています．~
目的としては，血圧の日周変動の位相や振幅を求められるよう...
よろしくお願いいたします．~
//
- RSiteSerch()やGoogleでもHitしませんね。自作するしかない...
https://stat.ethz.ch/pipermail/bioconductor/2007-August/0...
http://itoshi.tv/d/?date=20081106#p01~
こんなもんか？ -- &new{2008-12-15 (月) 17:46:39};
- お返事ありがとうございます．特定の関数はないのですね．...
- お返事ありがとうございます．特定の関数はないのですね．...
- 上手くいったら、upしてください. -- &new{2008-12-16 (火...
**RでX-12ARIMAを実行するには [#k71eee2b]
>[[初心者]] (2008-12-15 (月) 15:53:02)~
~
初心者で勉強不足で恐縮ですが、Rを使ってX-12ARIMAの季節調...
//
- http://finzi.psych.upenn.edu/R/Rhelp02a/archive/35968.h...
- ありがとうございます。私にはかなり難しそうですが、tryし...
**多変量自己回帰モデルの寄与率 [#va5c6178]
>[[R初心者]] (2008-12-13 (土) 15:57:49)~
~
mulnos()関数によりノイズ寄与率を求めるのは、多変量自己回...
mulnos()関数で求めた寄与率を横軸に周波数、縦軸に寄与率(％...
初心者なので出来るだけ具体的に教えていただけたら幸いです。~
//
- 使ったことないのですが、http://rss.acs.unt.edu/Rdoc/lib...
**Random Forest [#r49fba17]
>[[SE]] (2008-12-13 (土) 03:39:22)~
~
R を使って、集団学習のひとつである Random Forest 法に挑戦...
データはCSVファイル（cd_rf.csv）で以下のように１行目がヘ...
~
MAP Linda,S23 IgG,Red Star IgG,Bakers IgA,Red Star IgA,CA...
0.255048271,0.061732594,0.025085013,0.103566194,0.0125757...
0.269702681,0.100519062,0.106106155,0.332437714,0.0224323...
0.363834506,0.106774655,0.177443201,0.074255007,0.0103973...
：~
~
このデータを使って以下のように解析を始めたのですが、class...
~
> library(randomForest)~
randomForest 4.5-25~
Type rfNews() to see new features/changes/bug fixes.~
Warning message:~
package 'randomForest' was built under R version 2.6.2~
> cdtrain<-as.matrix(read.csv("myData/cd_rf.csv",header=T...
> is.matrix(cdtrain)~
[1] TRUE~
> cd.rf<-randomForest(status~., data=cdtrain,na.action="n...
Warning message:~
In randomForest.default(m, y, ...) :~
The response has five or fewer unique values. Are you sur...
> cd.rf$type~
[1] "regression"~
~
サイト１に紹介されている例（Rに組み込まれているspamデータ...
~
<参考にしたサイト>~
１）http://www1.doshisha.ac.jp/~mjin/R/0603_32.pdf~
２）http://cran.r-project.org/web/packages/randomForest/r...
~
---------------------------------------------------------...
OS: Windows XP version 5.1 (Build 2600.xpsp_sp2_gdr.08081...
~
R version 2.6.1 (2007-11-26)~
i386-pc-mingw32 ~
~
locale:~
LC_COLLATE=English_United States.1252;LC_CTYPE=English_Un...
~
attached base packages:~
[1] stats graphics grDevices utils datasets met...
//
- あまり言いたくないのですが、http://cran.r-project.org/w...
- 時間ができたので、ちょっと書きます。
cdtrain <- read.csv("myData/cd_rf.csv",header=T)
cdtrain$"status" <- as.factor(cdtrain$"status")
cd.rf <- randomForest(status~., data=cdtrain,na.action="...
でどうかと。 -- [[akira]] &new{2008-12-15 (月) 13:04:28};
- akira様、回答有難うございました。ご教示いただいたコマン...
- うまくいってよかったです。ただ、私はRandomForestすら知...
**書籍の通りに進めてもエラーメッセージ [#ta5d575a]
>[[初心者]] (2008-12-12 (金) 13:39:12)~
~
最近Rを使い始めたばかりで初歩的な質問で申し訳ありません．~
まずマニュアル本を使って，Rを触ってみているのですが，本の...
「Rによるやさしい統計学」のp.291からの重回帰分析でエラー...
本の通りに進めると，~
~
> 重回帰データ~
娘 父 母
1 155 159 167~
2 158 168 156~
3 163 173 153~
4 151 153 153~
5 157 169 158~
6 158 169 152~
7 155 163 149~
8 155 163 158~
9 155 163 151~
10 154 161 155~
11 156 164 151~
12 155 160 161~
13 153 162 153~
14 157 167 152~
15 157 172 153~
16 156 166 148~
17 157 163 150~
18 157 161 145~
19 160 161 149~
> lm(娘~父+母)~
以下にエラー eval(expr, envir, enclos) : オブジェクト "...
~
ということになります．~
Rの使用環境は以下の通りです．~
何かおかしいところがあれば，教えていただけましたら幸いで...
~
> sessionInfo() ~
R version 2.8.0 Patched (2008-12-07 r47101) ~
i386-pc-mingw32 ~
~
locale:~
LC_COLLATE=Japanese_Japan.932;LC_CTYPE=Japanese_Japan.932...
~
attached base packages:~
[1] stats4 stats graphics grDevices utils dat...
[8] base ~
~
other attached packages:~
[1] sem_0.9-14~
~
loaded via a namespace (and not attached):~
[1] tools_2.8.0~
//
- "娘" というデータはない、と言っています（試しに、コマン...
データフレームがなんらかの名前を付けて付置されていたとし...
たとえば、提示されたデータがxという名のデータフレームだと...
lm(娘 ~ 父 + 母，data = x)
なり、
lm(娘$x ~ 父$x + 母$x)
とする必要があります。 -- &new{2008-12-12 (金) 14:21:54};
- 早速のコメントありがとうございます． -- [[初心者]] &new...
- 教えていただいたとおり，lm(娘 ~ 父 + 母，data = x)とし...
- attach(x)とかしてない？ -- [[akira]] &new{2008-12-12 (...
**4半期ごとに罫線を引きたいのですが [#ea96c125]
>[[子羊]] (2008-12-12 (金) 11:06:37)~
~
時系列データのプロットで、見やすくするために4半期ごとに縦...
~
~
quarterly.lines <- function(x){ ~
x.ts<- as.ts(x,start=c(1900,1),frequency=4)~
plot(x.ts,ylab=" ",type="l")~
par(new=T)~
abline(v=1:23*4,lty=3)~
} ~
~
という関数を書いてみたのですが、罫線が出力されません。~
~
どこが間違っているのでしょうか。どなたか御存じの方が~
いらっしゃいましたら、お教え頂ければ幸いです。~
//
- 度々申し訳ございません。上記関数に対してquarterly.lines...
- xlimの指定が違います。1990から2012までならseq(1990,2012...
- akira様、本当にありがとうございます。無事に動かせること...
**VineLinuxにR [#u68b940d]
>[[当方]] (2008-12-09 (火) 01:23:21)~
~
VineLinux4.2を使っています．VineにRを入れようとしているの...
etc/apt/source.listの中身を見ても「VinePlus extra *1」に...
//
- Vineはrpm系ではないですか？ -- &new{2008-12-09 (火) 17...
- それがCRANに行ってもVine用のrpmがなくて，，，Vineにイン...
- Vineはメンテナーが居ない状態なので, できれば貴方がなっ...
**多重比較の結果の読み方 [#xb5170e0]
>[[peko]] (2008-12-07 (日) 11:00:23)~
~
Steel-Dwass法の結果の読み方を教えてください。
t p
1:2 3.866170 0.00006392122
のような表記の場合と、
t p
1:2 4.3593873 7.692932e-05
のように表記されるものがあります。~
これらの結果の読み方を教えてください。~
//
- 7.692932e-05 という表記の読み方が分からないと言うことで...
- 上の方のおっしゃる通りですが浮動小数点表記のことでした...
- こういう基本的な（？）ことを知らない人が多いのですけど...
- ご回答ありがとうございます。ほんとうに基本的なことなん...
- これはもう、統計の質問ですね。Rの前に勉強することがある...
- 大変申し訳ありませんでした。勉強します。ありがとうござ...
- 浮動小数点表記のサイトを教えていただき、ありがとうござ...
**RODBCのインストールのやり方 [#g48322e6]
>[[文系で初心者です]] (2008-12-06 (土) 11:15:20)~
~
ビスタを使っています。~
＞ install.packages(choose.files("", filters = Filters[c(...
＞ 'lib = "C:/PROGRA~1/R/R-28~1.0/library"' は書き込み可...
＞ 以下にエラー install.packages(choose.files("", filters...
＞ パッケージをインストール出来ませんでした ~
というのが出てきて使えません。~
パソコンのセキュリティの問題かもと言われたのですが、よく...
//
- 解決のアプローチは2種類。install.packages("パッケージ名...
- ありがとうございます。なんで自分のパソコンなのに書き込...
- vistaは基本的にC:\Program Files、C:\直下には書き込み権...
- 解決しました。どこのどなたかは存じ上げませんが、助かり...
**エラーメッセージの意味が分かりません [#e03959f4]
>[[初心者です。]] (2008-12-04 (木) 12:04:11)~
~
最近、初めてRを使い始めた初心者です。~
Rを立ち上げた時に必ず出てくるエラーメッセージの意味が分か...
メッセージは『関数 "etHook" を見つけることができませんで...
現在、使用しているPCはMacPro(IntelMac)でOSはleopardを使用...
非常に簡単な質問かもしれませんが、ご回答いただければ助か...
//
- .Rprofile を作りましたね？そのとき，コピーペーストか何...
- ご回答ありがとうございます。しかし、.Rprofileは作成して...
- ターミナルで cat .Rprofile と入力してみて下さい。そこに...
- 早速のご回答、本当にありがとうございます。ご指摘のよう...
- もしよろしければ，その後、どのような手順で解決していけ...
- vi なりなんなりのエディタで開いて s を加えればよいだけ...
よくわからないなら，.Rprofile を作った覚えが無く，何かの...
- ご回答ありがとうございました。早速やってみます。お手数...
**n相主成分分析について [#b9872692]
>[[大学生]] (2008-12-01 (月) 22:23:21)~
~
R cranにてPTAkパッケージをダウンロードして，その中のPCAn(...
以下にエラー if (length(X$met[[d]]) == dim(X$data)[d]^2...
引数の長さが0です
とエラーが出てしまいます．~
関数の引数（データ形式）はlist型で行うようだったので，
ex <- list(
met = list(
met1 = matrix(c(sample(1:25)),5,5),
met2 = matrix(c(sample(1:25)),5,5)
),
data = list(
data1 = matrix(c(sample(1:25)),5,5),
data2 = matrix(c(sample(1:25)),5,5)
)
)
としてみました．どのような形式ならうまくいくのか，できる...
//
- どのようなプログラムでエラーがでたのか，できるだけ具体...
- エラーの内容は書かれていますよ。 -- &new{2008-12-02 (...
- なぜだかわからないけど，PCAnプログラムの中で，一箇所変...
line 167
PCnam <- outer(PCnam, 1:dim[q], FUN = "paste...
たぶんこれの間違い
PCnam <- outer(PCnam, 1:dim[t], FUN = "paste...
そこを直してみて，第１引数を以下のように定義して，PCAn を...
ex <- array(matrix(24), dim=c(2,2,2,3))
PCAn(ex, dim=c(2,2,2,3))
どうなんでしょうね？~
質問者さんの形でデータを与えたときには，相変わらず質問者...
- 上記のようにプログラムを修正したところ，うまく実行する...
**hist( )関数について [#qfeac1e3]
>[[tt]] (2008-12-01 (月) 03:34:05)~
~
hist()関数で、y軸のfrequencyを％にするにはどうしたらよい...
//
- ％にするすべはなさそうです。自分で axis 関数を使って軸...
- latticeパッケージの histogram() を使ってみたら？ -- &n...
- 以下のようにでも。 -- &new{2008-12-01 (月) 14:22:57};
a <- hist(x, ylab="%", yaxt="n")
scale <- sum(a$counts)/100
labels <- pretty(0:max(a$counts)/scale)
axis(2, at=labels*scale, labels=round(labels, 1))
- ありがとうございました。解決しました。 -- [[tt]] &new{2...
- どういう風に解決したか教えていただければ，後でこのスレ...
- 指摘ありがとうございます。histgram( )を使ってみたら%で...
**ksvmの出力について [#ie24dc3c]
>[[なお]] (2008-12-01 (月) 01:27:36)~
~
kernlabパッケージの中のksvmについて教えてください。~
結果を別のシステムに実装するために、結果のパラメータなど...
predict()で指定する引数の部分を別のプログラム言語で使える...
勉強不足で申し訳ありませんが、よろしくお願いします。~
//
- もうすこし具体的に説明しないと答えようがないです。＞結...
- 説明不足で申し訳ありません。ksvmで学習した結果を使って...
- ? ksvm で，Value という項にどのようなものが返されるか書...
- ファイルへの書き出しはsink()とかwrite()とかでしょうか。...
- できました！str(ksvmが返すオブジェクト)で選んで、変数＠...
**c関数について [#a96091e5]
>[[ふじたま]] (2008-11-30 (日) 06:55:34)~
~
本当に初歩的な質問で申し訳ないのですが、~
> x<-c(1.1,1)~
> x~
[1] 1.1 1.0~
~
> is.double(x)~
[1] TRUE~
~
> is.integer(x)~
[1] FALSE~
のように、引数を整数、小数を混在させた時は~
最初の引数が優先されるのでしょうか？~
//
- 科学的には，仮説検証法というのがあります。もしかしたら...
> x <- c(1.1, 1)
> x
[1] 1.1 1.0
> is.double(x)
[1] TRUE
> is.integer(x)
[1] FALSE
最初の要素を整数，二番目の要素を実数にして，同じことをや...
> y <- c(1, 1.1)
> y
[1] 1.0 1.1
> is.double(y)
[1] TRUE
> is.integer(y)
[1] FALSE
どっちも同じ結果だ。~
これにより，最初の要素に影響されるのではないという結論が...
Rでは，あるオブジェクトに複数のデータ型が代入されたとき，...
> x <- c("1.2", 1.1, 1)
> class(x)
[1] "character"
> x
[1] "1.2" "1.1" "1"
- help("NumericConstants") と help("c") を御覧下さい -- [...
> typeof(1.1)
[1] "double"
> typeof(1)
[1] "double"
> typeof(1L)
[1] "integer"
そもそも, 最初に整数として扱ってないので.
- ご丁寧なご回答ありがとうございます。 -- [[ふじたま]] &n...
**Rの画像の画質について [#w8a61363]
>[[さと]] (2008-11-29 (土) 10:33:52)~
~
表題の件について、質問いたします。~
先日Rで作成したグラフを付けた論文を投稿し、アクセプトされ...
~
Attached figures are not usable due to pixilated text and...
~
とりあえず Cairo packageをつかって、dpi=400で作り直しまし...
~
作り直さねばいけませんが、何かよい方法をご存知の方がいら...
~
なにとぞよろしくお願いいたします。~
//
- OSはなんですか？OSによって対応が違うと思いますが。 -- ...
- コメントをいただきありがとうございます。OSはWindows XP...
- 「図はscatter plotにlegendを加えたものです」なにを描い...
- 続けてコメントをいただき、本当にありがとうございます。...
- 案の定。。。グラフをJpegなんかにしてはだめです。Jpegは...
- windowsならwmf(win.metafile())でもだせると思います。論...
- 論文投稿用の画像の件ですが、雑誌の編集部と相談してpdfで...
- ベクタ画像(eps/pdf)を受け取ってもらえず、ラスタ画像(TIF...
**軽くしました [#i1594bc1]
（[[R掲示板>http://www.okada.jp.org/RWiki/?R%B7%C7%BC%A8%...
**２つのデータを結合する方法は？ [#i494afda]
>[[まいくろ]] (2008-11-23 (日) 00:10:23)~
~
マイクロアレイのデータ解析をしようとしているのですが、ア...
この際、まず最初に２つのファイルに存在する「遺伝子名」が...
遺伝子が３０万個ほどあるので、自動的にできる方法があれば...
よろしくお願いします。~
//
- マイクロアレイとか遺伝子名とか，本質に関係ない難しそう...
> (d1 <- data.frame(a=c(3,2,4), b=c(4,5,1), c=c(7,3,9)))
a b c
1 3 4 7
2 2 5 3
3 4 1 9
> (d2 <- data.frame(e=c(4,3,1,6), f=c(3,5,8,7), g=c(4,2,...
e f g b
1 4 3 4 3
2 3 5 2 4
3 1 8 5 5
4 6 7 9 7
> merge(d1, d2)
b a c e f g
1 4 3 7 3 5 2
2 5 2 3 1 8 5
> merge(d1, d2, all=TRUE)
b a c e f g
1 1 4 9 NA NA NA
2 3 NA NA 4 3 4
3 4 3 7 3 5 2
4 5 2 3 1 8 5
5 7 NA NA 6 7 9
- どうもありがとうございます。この場合、d1, d2の行名（１...
- 列名かと思った。上くらいのサイズで，実際の例を示してみ...
- 行と列を転置したものについてやればよいのか？ -- &new{2...
- それでは、 -- [[まいくろ]] &new{2008-11-24 (月) 10:27:5...
- 編集したものが表示されませんでした。”まいくろ”というと...
- 何度もすみませんでした。 -- [[まいくろ]] &new{2008-11-2...
-謝る前に，ちゃんとやろう。。 -- [[ ]] &new{2008-11-24 (...
例えば、データセット１
name aa bb cc
a NA 6 4
b 6 4 6
c 4 4 1
d 4 3 4
とデータセット２
Name ee ff gg
b NA 6 4
c 6 4 6
a 4 4 4
があった場合、求めたいものとして、
name aa bb cc ee ff gg
a NA 6 4 4 4 4
b 6 4 6 NA 6 4
c 4 4 1 6 4 6
d 4 3 4 NA NA NA
としたいのですが、できますでしょうか？
- おかしなこというなあ。私が最初に示した merge じゃないの...
まえもっていっとくけど，両方のデータセットで name と Name...
こんな風になるんだけど？それでもまだあなたのやりたいこと...
例題が悪いんだね〜
> a
name aa bb cc
1 a NA 6 4
2 b 6 4 6
3 c 4 4 1
4 d 4 3 4
> b
name ee ff gg
1 b NA 6 4
2 c 6 4 6
3 a 4 4 4
> merge(a, b, all=TRUE)
name aa bb cc ee ff gg
1 a NA 6 4 4 4 4
2 b 6 4 6 NA 6 4
3 c 4 4 1 6 4 6
4 d 4 3 4 NA NA NA
- わかりました。ありがとうございました。本当にたびたびす...
- ちょっとこの回答態度はひどい。ちなみに、merge()で結合す...
- 質問者がさんざん，色々暴れ回ったんですよ -- &new{2008-...
- もし, ここへ当事者第三者でも一言いたい場合は, ` Sys.sle...
//- 実行する前に意味を考えよう。 -- &new{2008-11-26 (水)...
- すみません、by.x by.yの具体的なスクリプトの書き方を教え...
- ?mergeしてください。ヘルプを読まないで質問するのは失礼...
- 暴れん坊将軍ですね！！ -- &new{2008-11-27 (木) 08:47:0...
- まいくろさん。あなたがやろうとしているのは３０万個の遺...
- 様々なご教示、ありがとうございます。どうやら、merge(fil...
- それはよかった。「この回答態度はひどい」なんてこと言わ...
- 動いてよかったですね。このサイトは老婆心の塊のR魔人が多...
**列の成分が同じものを削除した行列を作成 [#p6019a2b]
>[[レオ]] (2008-11-22 (土) 14:59:49)~
~
いつも拝見させていただいております。~
~~
さて、~
「ある行列において列の成分が完全に重複するもの(順番は問わ...
のに良い方法はないでしょうか？~
例えば、以下のようなデータでは、~
~
A= [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6]~
[1,] 2 2 5 3 2 2 ~
[2,] 5 3 2 2 4 1 ~
[3,] 3 4 3 5 3 5 ~
~
とあった場合に~
~
B= [,1] [,2] [,3]~
[1,] 2 2 2~
[2,] 5 3 1~
[3,] 3 4 5~
~
という行列が返ってくるようなことを望みます。~
~
今のところ、毎iに、A[,i]の成分をsortし、~
すべてのiで、A[,i]と同じものはallで判定して削除する~
というようにしていますが、効率が悪い気がします。~
~
もっと単純な方法があれば教えてください。~
よろしくお願いいたします~
//
- 結果は，列単位では並び順はどうでも良いのでしょうか？ だ...
> a <- matrix(c(2,5,3,2,3,4,5,2,3,3,2,5,2,4,3,2,1,5), 3)
> t(unique(t(apply(a, 2, sort))))
[,1] [,2] [,3]
[1,] 2 2 1
[2,] 3 3 2
[3,] 5 4 5
- まさにuniqueという関数を知りたかったです！ありがとうご...
**for文を使って規則性のある名前の行列を生成したい [#nef45...
>[[エル]] (2008-11-22 (土) 14:07:23)~
~
R歴3ヵ月の初心者です。~
Cからの乗換で、Rにあったプログラムがなかなか書けていませ...
行列を自動で複数個作りたいのですが、どのようにすればいい...
イメージとしては以下のような感じです。~
~
for(i in 1:3){
A[i] <- matrix(nrow=i,ncol=5)
}
~
とすると
~
A1 = [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,]
~
A2 = [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,]
[2,]
~
A3 = [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,]
[2,]
[3,]
~
このようなマトリックスを作るようなプログラムを作成したい...
上記のプログラムだと以下のようなメッセージが出てきます。~
~
以下にエラー A[i] <- matrix(nrow = i, ncol = 5) : ~
オブジェクト "A" は存在しません~
~
詳しい方ご教授願います。~
//
- あまり考えずに．．．
~
A <- NULL
for(i in 1:3){
A[[i]] <- matrix(NA, nrow=i, ncol=5)
}
~
やりたいこととはちょっと違うのかな？ --[[トマソン]] &new{...
- いえ！まさにこれです！！簡単なことでお手をわずらわせて...
- お早い回等ありがとうございますm(__)m -- [[エル]] &new{2...
- お早い回等ありがとうございますm(__)m -- [[エル]] &new{2...
- はい。その解のパクリで sapply(1:3, function(i) matrix(N...
- for文ではなく、apply関数族を使うところがRっぽくって好き...
**積分を最尤法に組み合わせて最適値を求めたい [#yace42a9]
>[[山口]] (2008-11-21 (金) 10:49:28)~
~
いつも拝見させていただいております。~
ある関数式がありまして、その関数をパラメータが未知のまま(...
~
set.seed(1);th1<-rnorm(10000)
myfunk<-function(x,sigma,u){
integrate((x/sqrt(2*pi*(sigma^2)))*exp(-((x-u)^2)/(2*(si...
integrate((1/sqrt(2*pi*(sigma^2)))*exp(-((x-u)^2)/(2...
#sigmaとuがパラメータ
}
optim(c(1,1),myfunk,method="L-BFGS-B",th1)
どなたか分かる方がいらっしゃいましたらご教示願います。~
なお、環境はWindowsXp,R-2.8.0です。~
どうぞよろしくお願いします。~
//
- integrate(ほにょほにょ)$value かな、とりあえず。 -- [[...
- もうちょっと問題を正確に記述しないと回答は難しいのでは...
- まず「integrate」ですが、 -- [[ななし]] &new{2008-11-27...
integrate(f, lower, upper, subdivisions=100,
rel.tol = .Machine$double.eps^0.25, abs.tol = r...
stop.on.error = TRUE, keep.xy = FALSE, aux = NU...
ですので、【f】のところは関数オブジェクトを与えてあげなけ...
func1 <- function(x, sigma, u){
(x/sqrt(2*pi*(sigma^2)))*exp(-((x-u)^2)/(2*(sigma^2))
}
func2 <- function(x, sigma, u){
(1/sqrt(2*pi*(sigma^2)))*exp(-((x-u)^2)/2*(sigma^2))
}
こんな感じにしましょう．また【optim】で推定したいパラメー...
myfunk<-function(par, x){
sigma <- par[1]
u <- par[2]
integrate(f=func1, lower=-1.96, upper=Inf, sigma=sig...
integrate(f=func2, lower=-1.96, upper=Inf, sigma...
#sigmaとuがパラメータ
}
【par】がoptimで動かす変数になります．でも、まあ、いまの...
- ご回答ありがとうございます。th1ですが、「最尤法による最...
- ははあ、なるほどぅ・・・ということは「myfunk」のｘはい...
myfunk<-function(par){
sigma <- par[1]
u <- par[2]
integrate(f=func1, lower=-1.96, upper=Inf, sigma=sig...
integrate(f=func2, lower=-1.96, upper=Inf, sigma...
#sigmaとuがパラメータ
}
なるのかな・・・．これでc(1,1)を入れてみると
> myfunk(c(1,1))
[1] 1.005001
となりますね．これでoptimを動かそうと思ったら
optim(c(1,1),myfunk,method="L-BFGS-B")
こうかな．でも、これだと推定したい値が、どこまでも動いて...
lower, upper
引数を使って、その範囲を指定してあげてください．でもその...
- ななしさんありがとうございます。大変恐縮なのですが、何...
integrate(f=func1, lower=-1.96, upper=Inf, u=u)$value/
integrate(f=func2, lower=-1.96, upper=Inf, u=u)$value
はある定数値を取ることを事前に仮定していまして、ある定数...
myfunk<-function(par,spl){
sigma <- par[1]
u <- par[2]
spl<-integrate(f=func1, lower=-1.96, upper=Inf, sigma...
integrate(f=func2, lower=-1.96, upper=Inf, sigma=...
#sigmaとuがパラメータ
}
optim(c(1,1),myfunk,method="L-BFGS-B",lower=1, upper=5,s...
としてやったのですが、何とか動いてくれるもののlowerの値に...
どうぞよろしくお願い致します。 -- [[山口]] &new{2008-11-2...
- myfunc の引数 spl を通じて 4 を渡したつもりでしょうけど...
- 積分値の比が spl に近くなるようにしたいんですか？差の二...
> myfunk<-function(par, spl){
+ sigma <- par[1]
+ u <- par[2]
+ (spl-integrate(f=func1, lower=-1.96, upper=Inf, sigm...
+ integrate(f=func2, lower=-1.96, upper=Inf, sigm...
+ #sigmaとuがパラメータ
+ }
> optim(c(1,1),myfunk,method="L-BFGS-B",lower=0.01, uppe...
final value 0.000000
converged
$par
[1] 0.950756 1.999649
$value
[1] 4.374987e-18
$counts
function gradient
6 6
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: REL_REDUCTION_OF_F <= FACTR*EPSMCH"
- 大変申し訳ありません、何とか正解例を用意しようと試みて...
まず、
integrate(f=func1, lower=-Inf, upper=Inf, u=u)$value/
integrate(f=func2, lower=-Inf, upper=Inf, u=u)$value
としたときに、それは正規分布の平均値を表していることを確...
func11 <- function(x){
(x/sqrt(2*pi*2^2))*exp(-((x-3)^2)/(2*(2^2)))#平均3標...
}
func22 <- function(x){
(1/sqrt(2*pi*2^2))*exp(-((x-3)^2)/(2*(2^2)))
}
integrate(func11,-Inf,Inf)$value/
integrate(func22,-Inf,Inf)$value
[1] 3#ちゃんと3という値が返ってきます。
ですので、
integrate(func11,tau,Inf)$value/
integrate(func22,tau,Inf)$value#今まではtau=-1.96として...
はtauに影響を受けて平均からずれた、平均値が返ってくること...
integrate(func11,-1.96,Inf)$value/
integrate(func22,-1.96,Inf)$value
[1] 3.03709#若干3からずれました。この値が定数値splとなり...
私がやりたいのはtauが与えられているときに得られたsplを使...
func1 <- function(x, sigma, u){
(x/sqrt(2*pi*(sigma^2)))*exp(-((x-u)^2)/(2*(sigma^2)))
}
func2 <- function(x, sigma, u){
(1/sqrt(2*pi*(sigma^2)))*exp(-((x-u)^2)/(2*(sigma^2)))
}
myfunk<-function(par, spl){
sigma <- par[1]
u <- par[2]
(spl-integrate(f=func1, lower=-1.96, upper=Inf, sigma=...
integrate(f=func2, lower=-1.96, upper=Inf, sigma=...
#sigmaとuがパラメータ
}
optim(c(1,1),myfunk,method="L-BFGS-B",lower=0.01, upper=...
control=list(maxit=10000, trace=10))
final value 0.000000
converged
$par
[1] 1.100345 3.037075
$value
[1] 1.397589e-20
$counts
function gradient
6 6
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: REL_REDUCTION_OF_F <= FACTR*EPSMCH"
と、平均値は大体上手く推定できているような気がしなくもな...
- 今更ながらですが，-1.96〜Inf（でなくても2とか3とか）に...
- 大変申し訳ありませんでした。括弧の数と位置がおかしかっ...
- え，どないなったん -- &new{2008-11-28 (金) 20:40:42};
- すみません。定義式を
func1 <- function(x, sigma, u){
(x/sqrt(2*pi*sigma))*exp(-(x-u)^2/2*(sigma)^2)
}#Before
から
func1 <- function(x, sigma, u){
(x/sqrt(2*pi*(sigma^2)))*exp(-((x-u)^2)/(2*(sigma^2)))
}#After
のように、最初のルートの中のsigmaを二乗したのと、それに伴...
func2 <- function(x, sigma, u){
(1/sqrt(2*pi*sigma))*exp(-(x-u)^2/2*(sigma)^2)
}#Before
から
func2 <- function(x, sigma, u){
(1/sqrt(2*pi*(sigma^2)))*exp(-((x-u)^2)/(2*(sigma^2)))
}#After
とfunc1と同様、sigmaを二乗してから括弧を付けたし、expの中...
- 同様です，で済ませずに，ちゃんとしめしてくださいな。基...
- だから、「func1とfunc2が山口さんの思ってる式になってい...
- 申し訳ありません。確認が足りませんでした。以後きちんとp...
- 図まで描かなかったということでしょうね。図を描けば一目...
- まあ、このひとは、暴れたいだけやろうから、きにせんとっ...
- 暴れながらも，ヒントはあげてるじゃないですか -- &new{2...
- わはは、暴れずにヒントをあげることはできへんみたい．で...
- 暴れていると 思うあなたは 傍観者
> optim(c(1,1),myfunk,method="L-BFGS-B",lower=0.01, uppe...
control=list(maxit=10000, trace=10))
final value 0.000000
converged
$par
[1] 1.100345 3.037075
$value
[1] 1.397589e-20
$counts
function gradient
6 6
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: REL_REDUCTION_OF_F <= FACTR*EPSMCH"
- （うはぁ、なんか2chみたいになってますね・・・）◆でも、...
- うまくいったかどうかは分からないでしょう。こういうのは...
- x<0でfunc1<0となっても、ちゃんと
integrate(func11,-Inf,Inf)$value/
integrate(func22,-Inf,Inf)$value
[1] 3
で平均値が返ってくるので問題ないかと思っておりましたが…こ...
- 3が正解ならそれで良いのですけど。それが正解かどうか私に...
- すみません。改めて上記を引用させていただきますと、正解...
func11 <- function(x){
(x/sqrt(2*pi*2^2))*exp(-((x-3)^2)/(2*(2^2)))#平均3標準...
}
func22 <- function(x){
(1/sqrt(2*pi*2^2))*exp(-((x-3)^2)/(2*(2^2)))
}
と定義しておりまして、このときに平均値を3、標準誤差を2と...
- 「optim()で最後に求まる値はsigma=2とu=3であってほしいの...
- 申し訳ありません。質問の仕方が下手でした。改めまして、...
- ここまでの道のりは長かったけど，あなたの忍耐を賞賛しま...
- とりあえず、「integrate」「optim」、あと「func1」「func...
- 私は，「ななし」を名乗ったりしてませんよ。相手を賞賛す...
- デザインの問題ですか…、それは困りました。一応、仮にsigm...
func1 <- function(x, u){
(x/sqrt(2*pi*(2^2)))*exp(-((x-u)^2)/(2*(2^2)))
}
func2 <- function(x, u){
(1/sqrt(2*pi*(2^2)))*exp(-((x-u)^2)/(2*(2^2)))
}
myfunk<-function(par, spl){
u <- par[1]
(spl-integrate(f=func1, lower=-1.96, upper=Inf, u=u)...
integrate(f=func2, lower=-1.96, upper=Inf, u=u)...
#uのみがパラメータ
}
optim(1,myfunk,method="L-BFGS-B",lower=0.01, upper=25, s...
control=list(maxit=10000, trace=10))
final value 0.000000
converged
$par
[1] 3.000000
$value
[1] 6.01349e-16
$counts
function gradient
7 7
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: REL_REDUCTION_OF_F <= FACTR*EPSMCH"
となり、きれいなu=3という推定値が導けるようです。もう少し...
- 山口さん、もうoptimもintegrateもマスターされてますね！...
山口さんが書いたこと：
splを使ったuとsigmaの最尤推定ですので(ずれた後の平均値が...
これを読んで感じたのは「tau=-1.96」でtauをずらした場合平...
つまりずれる前の平均と分散を求めたいのなら、ずれた後の平...
- あぁ、デザインとはそういう意味でしたか（汗）えっと…確か...
- おそらくできました。以下にプログラムを示します。
func33 <- function(x){
((x-3)^2)*(1/sqrt(2*pi*2^2))*exp(-((x-3)^2)/(2...
}#分散を確率密度を使って表現、平均3標準誤差2
integrate(func33,-Inf,Inf)$value/
integrate(func22,-Inf,Inf)$value
[1] 4
#確かに2^2の値が返ってきます(標準誤差を2と定めているので)
sqrt(integrate(func33,-1.96,Inf)$value/
integrate(func22,-1.96,Inf)$value)
[1] 1.953467
#これがtauによって2からずれた標準誤差の値
ということを確認して、以下が作成したプログラムです。
func1 <- function(x, sigma, u){
(x/sqrt(2*pi*(sigma^2)))*exp(-((x-u)^2)/(2*(sigma^2)))
}
func2 <- function(x, sigma, u){
(1/sqrt(2*pi*(sigma^2)))*exp(-((x-u)^2)/(2*(sigma^2)))
}
func3 <- function(x, sigma, u){
((x-u)^2)*(1/sqrt(2*pi*(sigma^2)))*exp(-((x-u)^2)/(2*...
}
myfunk<-function(par, spl, spl2){
sigma <- par[1]
u <- par[2]
(spl-integrate(f=func1, lower=-1.96, upper=Inf, sigma=...
integrate(f=func2, lower=-1.96, upper=Inf, sigma=...
(spl2-sqrt(integrate(f=func3, lower=-1.96, upper=Inf, ...
integrate(f=func2, lower=-1.96, upper=Inf, ...
#sigmaとuがパラメータ,splにずれた平均値を,spl2にずれた標...
}
optim(c(1,1),myfunk,method="L-BFGS-B",lower=0.01, upper=...
spl2=1.953467, control=list(maxit=10000, trace=10))
final value 0.000000
converged
$par
[1] 2.000000 3.000000#きれいに標準誤差と平均値が推定でき...
$value
[1] 1.235012e-14
$counts
function gradient
7 7
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: REL_REDUCTION_OF_F <= FACTR*EPSMCH"
おかげさまで当初の目的を達成することができました。皆様本...
- good job! -- &new{2008-11-30 (日) 19:11:52};
- インセンティブがないんだったら、汚れるだけだからだまっ...
**データフレームの特定の行だけ消去したい [#t0a69005]
>[[心理学徒]] (2008-11-20 (木) 15:52:44)~
~
こんにちは。~
下のような感じのデータフレームで多変量解析を試みたのです...
どうぞよろしくお願いします。
sex age id x1 x2 x3 x4 x5 x6 x7 x8 x9 x10
1 0 19 8055 3 3 2 3 2 2 2 1 1 1
2 1 19 8045 5 5 4 3 4 5 2 4 5 4
3 0 19 8061 4 4 1 1 1 1 2 1 5 4
4 0 18 8084 5 4 2 4 5 4 4 2 2 5
5 1 19 8051 3 2 3 4 4 2 2 1 1 2
6 0 18 8047 4 4 1 4 2 1 1 1 1 2
//
- 消去を表す添え字形式は，foo[-c(3,7,15),] オンラインヘル...
- 感動しました。ありがとうございました。 -- [[心理学徒]] ...
- 横槍で申し訳ございませんが、どのようなコマンドを打った...
**行列の計算について [#h3cf5fad]
>[[北京原人]] (2008-11-19 (水) 10:39:21)~
~
Rの初心者です。~
下記のデータを「Re1」で取り込んで、~
V1 V2 V3 V4
1 16.01704 7.389199 8.523638 2.508838~
これを下記のコマンドで４行10列の行列に拡張（Re2）して~
Re2 <- matrix( Re1 , nrow=10 , ncol=4, byrow=T)~
~
V1 V2 V3 V4
1 16.01704 7.389199 8.523638 2.508838~
2 16.01704 7.389199 8.523638 2.508838~
3 16.01704 7.389199 8.523638 2.508838~
4 16.01704 7.389199 8.523638 2.508838~
5 16.01704 7.389199 8.523638 2.508838~
6 16.01704 7.389199 8.523638 2.508838~
7 16.01704 7.389199 8.523638 2.508838~
8 16.01704 7.389199 8.523638 2.508838~
9 16.01704 7.389199 8.523638 2.508838~
10 16.01704 7.389199 8.523638 2.508838~
~
行列計算しようとするとエラーが出てしまいます。~
~
> Re2+Re2~
以下にエラーRe2 + Re2 : 二項演算子の引数が数値ではありま...
~
何が問題でエラーが出るのかが分かりません。~
おそらく基本的なミスをしているのだと思いますが原因が分か...
//
- class(Re1); class(Re2); mode(Re1); mode(Re2) の結果を知...
- ありがとうございます。 class( Re1) [1] "data.frame" cl...
- Re1 をなんで，1行のデータフレームにしなければならないの...
あなたの作った Re2 と シタのやり方で作る Re2 に str 関数...
> Re2 <- matrix( data.matrix(Re1) , nrow=10 , ncol=4, by...
> Re2+Re2
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 32.03408 14.77840 17.04728 5.017676
[2,] 32.03408 14.77840 17.04728 5.017676
途中省略
[9,] 32.03408 14.77840 17.04728 5.017676
[10,] 32.03408 14.77840 17.04728 5.017676
- ありがとうございます。 -- [[北京原人]] &new{2008-11-20 ...
- ちなみに、Re1ですが Re1 <- (read.table("return.txt"))...
- read.table で読み込んだものはデータフレームになります（...
- ありがとうございました。 -- [[北京原人]] &new{2008-11-2...
**画像ファイルの読み込みについて [#r7a8fbd3]
>[[さと]] (2008-11-19 (水) 06:21:51)~
~
jpeg, pngなどの画像ファイルを、Rに読み込む方法についてお...
~
jpeg(), png()などのコマンドによって、Rで作った図を様々な...
~
具体的には、graphics windowをいくつかに分割して、その一部...
~
ご教授いただければ幸いです。~
//
- library(rimage);?read.jpeg -- &new{2008-11-19 (水) 08:...
- ご解答ありがとうございます。jpegの読み込みに成功いたし...
**windowsパスのRでの自動置換 [#kf36ceba]
>[[windows]] (2008-11-18 (火) 10:16:24)~
~
いつもお世話になっております。~
windowsパスをRで読み込む際に"\"を"/"に置き換えなくてはい...
わかりましたが、手作業ではなく自動で置き換えることを検討...
~
下記のようなコマンドを作成しましたが、エラーが出て止まっ...
解決策をご教授いただけないでしょうか。~
よろしくお願いいたします。~
~
a <- gsub("\", "/", "C:\Documents and Settings\user\デス...
//
- 次のようにすべし。
~
a <- gsub("\\\\", "/", "C:\\Documents and Settings\\user\...
- ご回答ありがとうございます。"C:\Documents and Settings\...
- よくわからんのですが，一度だけ，作業ディレクトリを C:\D...
- 実は、コマンド操作が苦手な人用にSPSSからの操作を考えて...
- "C:\\省略"は'C:\省略'のエスケープされた出力なので"\\"と...
**グリッドデータ作成について [#b1b6cb8f]
>[[Saito]] (2008-11-17 (月) 20:45:38)~
~
いつもお世話になっております。~
地形の変化などによって調査区内において予測地点間が均質で...
library(geoR)
a<-pred_grid(c(10,20), c(10,20),by=1)#予測グリッドの作成
plot(a,xlab="long",ylab="lat")
b<-c(10:20,20:10)
c<-sample(b,11)
c2<-c(c,numeric(11))
d<-data.frame(b,c2)
points(d,col=2,type="l")
polygon(d,col=2)#赤色で塗り潰されて"いない"ところが予測...
似たような質問で"gstatパッケージでのクリギングについて"と...
ちなみに環境はWindowsXP、R-2.8.0です。~
よろしくお願いします。~
//
- 関数 pred_grid() はどこにあるのですか？ -- &new{2008-...
- geoR にあるということは，探せばわかるといわれればそうな...
- 大変失礼しました。上の行にlibrary(geoR)を貼り付けるのを...
//- 許さん！ -- &new{2008-11-18 (火) 15:29:02};
- geoR が予測領域としてどのようなデータ構造を仮定している...
> library(geoR)
> a<-pred_grid(c(10,20), c(10,20),by=1)#予測グリッドの作成
> plot(a,xlab="long",ylab="lat")
> b<-c(10:20,20:10)
> set.seed(1); c<-sample(b,11) # 再現性のため乱数種を指定
> c2<-c(c,numeric(11))
> d<-data.frame(b,c2)
> points(d,col=2,type="l")
> polygon(d,col=2)
>
> J <- NULL
> d1 <- d[,1]; d2 <- d[,2]
> for (i in seq(nrow(d))) {
for (j in seq(nrow(a))) {
if (d1[i] < a[j,1] & d2[i] == a[j,2])
J <- c(J,j)
}}
> a <- a[unique(J),]
> dim(a)
[1] 51 2
- ご返信ありがとうございます。追加でいくつか質問をさせて...
私の理解では、aの中のVar1はy軸、Var2はx軸を表していると思...
それだと例えばVar2の19は図から見るに11〜20の値を取ると思...
aは(set.seed(1)の場合)
cc<-rep(c(10,11,13,14,15,16,17,18,19,20),c(5,3,6,7,4,5,1...
cc2<-c(16,17,18,19,20,18,19,20,15,16,17,18,19,20,
14,15,16,17,18,19,20,17,18,19,20,16,17,18,19,20,
20,19,20,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,13,14,15,16...
a2<-data.frame(cc,cc2)
a2
と一致するはずなのですが、私の理解が間違っているでしょう...
また、「不規則領域に限るのは予測をしてからにした方が面倒...
library(geoR)
a<-pred_grid(c(10,20), c(10,20),by=1)
plot(a,xlab="long",ylab="lat")
b<-c(10:20,20:10)
set.seed(1); c<-sample(b,11)
c2<-c(c,numeric(11))
d<-data.frame(b,c2)
points(d,col=2,type="l")
polygon(d,col=2)
cc<-rep(c(10,11,13,14,15,16,17,18,19,20),c(4,2,4,4,4,5,1...
cc2<-c(16,17,18,20,18,20,15,17,19,20,
14,15,16,20,17,18,19,20,16,17,18,19,20,
20,19,20,11,17,18,19,20,13,15,17,20)
cc3<-rep(c(10,11,13,14,15,16,17,18,19,20),c(5,3,6,7,4,5,...
cc4<-c(16,17,18,19,20,18,19,20,15,16,17,18,19,20,
14,15,16,17,18,19,20,17,18,19,20,16,17,18,19,20,
20,19,20,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,13,14,15,16...
par(mfrow=c(1,3))
plot(a,main="予測グリッド")
plot(cc,cc2,main="実際の観測点")
plot(cc3,cc4,main="予測値を合計したい地点")
set.seed(2);cc5<-abs(rnorm(35))
cc6<-data.frame(long=cc,lat=cc2,value=cc5)
library(gstat)
library(lattice)
vario<-variogram(object=value~long+lat,
locations=~long+lat,cutoff=5,width=1,dat...
plot(vario$dist,vario$gamma)
model2<-fit.variogram(vario,model=vgm(0.03,"Sph",2.5,0.4...
cc7<-gstat(id="val",formula=value~long+lat,locations=~lo...
,data=cc6,model=model2)
a<-data.frame(long=a$Var1,lat=a$Var2)
cc8<-predict.gstat(cc7,a)#予測グリッドにおける内挿
levelplot(val.pred~long+lat,cc8)
sum(cc8$val.pred)#合計したくないところまで値が合計されて...
このような感じになります。つまり合計したい値は任意の緯度...
library(gstat)
data(meuse.grid)
plot(meuse.grid$x,meuse.grid$y)
で表されるように、クリギングをする前には最初から予測グリ...
[[Saito]] &new{2008-11-18 (火) 23:41:47};
- だから広い領域で予測しておいて、その不規則領域分だけ足...
- ご返信ありがとうございます。すみません、やっぱりaが予想...
- 結局提示していただいたプログラムはよくわからなかったの...
set.seed(1);b<-c(10:20,20:10);c<-sample(b,11)
S2<-NULL
R2<-NULL
c3<-20-c
for(i in 1:length(c)){
ifelse(-c[i]==-20,S<-0,
S<-seq(-20,-c[i]-1))
ifelse(c3[i]==0,R<-0,
R<-rep(c(9+i),c3[i]))
R2<-c(R2,R)
S2<-c(S2,S)
}
a<-data.frame(R2,S2)
a<-subset(a,a["R2"]!=0)
a$S2<--a$S2
c2<-c(c,numeric(11))
d<-data.frame(b,c2)
plot(a)
points(d,col=2,type="l")
polygon(d,col=2)
どうもありがとうございました。 -- [[Saito]] &new{2008-11-...
終了行:
【親ページ >>> [[Ｑ＆Ａ (初級者コース)]]】
COLOR(green){SIZE(20){初心者のための R および RjpWiki に...
COLOR(blue){SIZE(18){新規投稿はできません。}}~
COLOR(red){過去の記事のアーカイブ}
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(9)]] (元記事が 2008-01-06 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(8)]] (元記事が 2007-07-02 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(7)]] (元記事が 2007-02-01 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(6)]] (元記事が 2006-08-24 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(5)]] (元記事が 2005-03-13 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(4)]] (元記事が 2005-11-09 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(3)]] (元記事が 2005-05-02 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(2)]] (元記事が 2004-12-13 より 2...
-[[初級Ｑ＆Ａ アーカイブ(1)]] (元記事が 2004-08-03 より 2...
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#contents
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**MacOS10.5でR2.9.0、日本語の表示ができません。 [#ce492f5c]
>[[H.I.]] (2009-04-23 (木) 18:55:52)~
~
初心者です。~
MacOS10.5、X11でR2.9.0を動かしています。~
グラフの中に日本語の文字を入れることができません。~
この日本語化掲示板の2009年2月12日の回答を参考にやってみま...
お教えいただけると助かります。~
> sessionInfo()~
R version 2.9.0 (2009-04-17) ~
i386-apple-darwin8.11.1 ~
~
locale:~
ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/C/C/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8~
~
attached base packages:~
[1] stats graphics grDevices utils datasets met...
[7] base~
//
- R2.8.1のときにはできていたのでしょうか。それとも，今回...
それとも，そうではないとは思うけどひょっとして，ファイル...
ちょっと気になるのは，なぜ，「X11で」と書いているのかな？...
- 早速お返事ありがとうございます。 -- [[H.I.]] &new{2009-...
- 今回のR2.9.0が始めてです。Quartsウィンドウに日本語の表...
- 私は Mac 版 R バイナリをほとんど使っていないので，どな...
if (.Platform$pkgType == "mac.binary"){
options(device="quartz")
}
- ishida様ありがとうございます。ご指示の通りに行ないまし...
- 疑うようで申し訳ありませんが，「ターミナル」で，cd; cat...
- 度々恐れ入ります。Xtermでcd;cat .Rprofileを入力すると、...
- 既に確認済みかと思いますが，R で，
get("familyset_hook", pos="MacJapanEnv")
をやると，
function() { if(names(dev.cur())=="quartz") par(family="...
が表示されるんですよね。 -- &new{2009-04-25 (土) 13:51:4...
- はい、そのとおり表示されます。 -- [[H.I.]] &new{2009-04...
- 同様の環境で試したところ、同じ問題が発生しました。そこ...
（１）Show Hide Invisible filesというツールをダウンロード...
（２）次に/ライブラリ/Frameworks/R.frameworkを丸ごと消去...
（３）.RprofileをCotEditorで開いて上記内容を記録し、utf-8...
これで、私は正常に表示されるようになりました。（ターミナ...
- okinawa様ありがとうございます。（2）まではできましたが...
- どのようなエディタでもよいでしょう。vi でも。。。なん...
本質が何であるかを特定する必要があるでしょう。~
(1) については，ファインダー操作（たとえば，テキストエデ...
質問者は「ターミナル」を使えるようなので，この要件は必須...
(2) については，「再インストールしてください」ということ...
(3) については，これも再度 .Rprofile を作ってくださいとい...
なお，.Rprofile は ascii ファイル（英数字のみからなるファ...
結局，もう一度インストールと .Rprofile を作り直してくださ...
- (2)は私の場合、/ライブラリ/Frameworks/R.frameworkにかな...
- お騒がせして申し訳ありません。問題はまだ解決していませ...
- 「絶対R2.9.0じゃなきゃいや！」でなければ、R2.6.2などの...
- 大変お騒がせしました。できました。http://aoki2.si.gunma...
- ↑ serif がゴシック体になってるけど、逆では？ -- [[surg]...
- なにはともあれ、できてよかった。おかげで久しぶりにMac版...
**回帰をグループごとに実行し、同データフレームに出力した...
>[[頭バクハツです、、、もぅ、、、]] (2009-04-23 (木) 06:3...
~
~
非常に初歩的な質問かもしれないのですが、~
私にとってはとても難しく、悩んでも答えが出ませんでした。~
どなたか、ぜひ、ご教示ください。~
~
以下のようなデータフレームＸＸがあります。~
変数Ａ，Ｂを用いて回帰回帰分析を行い、最終的に変数Ｘの予...
これだけであればよかったのですが、次のことをする必要に迫...
~
1958年とそれ以降のデータを分け、別個に回帰する。~
あるいは、変数label内で、同じラベルを張られているものは、...
（1958年以前のラベルはすべて１ですので、上記の2文は全く同...
data.frame XX
year label X A B PREDICT.X
1951 1 NA 1 191 ?
1952 1 NA 2 9 ?
1953 1 NA 3 29 ?
1954 1 NA 4 349 ?
1955 1 4 5 2 ?
1956 1 3 5 9 ?
1957 1 NA 6 3 ?
1958 1 NA 6 495 ?
1959 2 2 7 692 ?
1960 2 3 8 94 ?
1961 2 3 9 95 ?
1962 2 NA 7 93 ?
1963 2 NA 6 7 ?
1964 2 NA 5 3 ?
1965 2 4 8 3 ?
1966 2 3 4 2 ?
この為に、以下のようにコードしました。
if(XX$year<1958){
model.X<-lm(PREDICT.X~A+B)
pred.X <-predict(model.X,XX)}
が、エラー”条件が2以上になったので、最初の1つを使用しまし...
~
どのようにコードすれば、データフレームＸＸに予測値PREDICT...
どうか、よろしくお願いします。~
//
- 自己レスです。投稿前は、表をきれいに揃えたのですが、画...
- ある変数の値によりデータフレームを分割する split 関数 ...
- レスありがとうございました！split関数というものを、初め...
**pls.ldaの使い方について [#s2802012]
>[[kuri]] (2009-04-22 (水) 17:36:13)~
~
状況；パッケージplsgenomicsのpls.ldaで、クラス分類された...
~
問題点；cross validationでモデルを構築したいのですが、~
pls.lda(Xtrain, Ytrain, Xtest=NULL, ncomp＝1:20, nruncv=2...
で、実行したところ同じデータセットを用いても、出力結果が...
とも異なることになってしまいます。~
~
考えられる原因；cross validation を行うときにtest setとtr...
~
質問内容；結果を何回行っても同じようにするためにはどのよ...
どうぞよろしくお願いいたします。~
//
- pls.lda から呼ばれている pls.lds.cv の中で，sample 関数...
- ありがとうございます。試してみます。 -- [[kuri]] &new{2...
**散布図のプロット座標変換 [#aaa3c856]
>[[Wanko]] (2009-04-22 (水) 08:16:10)~
~
R version 2.8.1 (2008-12-22) ~
i386-pc-mingw32 ~
locale:~
LC_COLLATE=Japanese_Japan.932;LC_CTYPE=Japanese_Japan.932...
attached base packages:~
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base ~
~
今日は、散布図のプロット座標変換の質問をさせて下さい。~
~
たとえば~
plot(x,y) として描いたプロットのX,Y軸のデータ範囲が~
X: 最大値 8 最小値 -6~
Y: 最大値 3 最小値 -2~
となっているとします。~
~
これを X, Y軸とも~
最大値 -1 最小値 +1 の範囲に成るよう座標点のX,Y値を変更し...
~
今は、数行のコードで変換していますが、Rにはそのような関数...
いないでしょうか？~
~
よろしくお願いします。~
//
- 数行のコードということですが，このような短い関数を用意...
- Rに用意されている関数としては、scale()があります。scale...
- > func <- function(x) (x-min(x))/diff(range(x))*2-1 あ...
**引数をグラフのタイトルにするには？ [#l3ee5d34]
>[[ちっぽけな自分]] (2009-04-21 (火) 23:01:16)~
~
~
以下のように、functionの引数（数値型）として、例えばA,Bを...
function内でグラフを作成し、そのタイトルに数値型の引数A,B...
"AからBまで"と出力したいとします。~
どのようにコードすればよいのでしょうか？？？？~
長く時間をかけるのですが、未だに解決できません。~
~
どなたか、解決策を教えて頂けませんか？。~
よろしくお願いします。~
~
example <- function(A,B){~
~
kaiki<-lm(...)~
plot(kaiki...)~
~
title(AからＢまで)←←こう出力したいのです。~
~
}~
~
~
example(1,2) →→→→ グラフのタイトルを ”1から２まで”と出...
example(3,4) →→→→ グラフのタイトルを ”3から4まで”と出...
//
- title(paste(A, 'から', B, 'まで',sep='')) -- [[大きな...
- ありがとうございます！なぜだかうまく引数が入ってくれな...
**chisq.test()の出力について [#o47dda4e]
>[[MH]] (2009-04-19 (日) 22:21:28)~
~
初めて書かせて頂きます。書き方や書く場所が適切でなかった...
~
1) 2x2よりも大きい分割表（例えば、2x3）を分析する際には、...
2) Rでのイェーツの補正は、X-squared=0の場合（実測値と期待...
3) chisq.test()を実行すると、出力の1行目が"Pearson's Chi-...
//
- http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/Hanasi/yates/index.html -...
- 3) については，以下を比較・検討すれば解答が得られよう。...
chisq.test(c(2,3,1,2,3,4))
chisq.test(matrix(c(2,3,1,2,3,4), 2, 3))
- 1) は help(chisq.test) を読めば分かるでしょう。 -- &ne...
- 質問者です。ありがとうございました。 -- [[MH]] &new{200...
**EPSファイルへのTeXコマンド埋め込み（2.9.0 for Winでは失...
>[[Hiro]] (2009-04-19 (日) 10:31:45)~
~
WinXP pro SP2、R 2.9.0 for Winです。~
RでEPSファイルを作成する時にTeXコマンドを埋め込み、LaTeX...
~
ps.options(family="ComputerModern")
plot(sin,
main="\\tex[][]{\\LARGE Curve of $\\sin(x)$ and $\\cos...
xlab="\\tex[][]{\\large $x$}",
ylab="\\tex[][]{\\large $\\sin(x)$ and $\\cos(x)$}")
curve(cos, add=T)
dev.copy2eps(file="sin.eps")
~
EPSファイルの中のTeXコマンド部分は次のようになっていたの...
~
265.27 467.43 (\\tex[][]{\\LARGE Curve of $\\sin\(x\)$ a...
~
しかし、同じ事を2.9.0で実行すると、出来上がるEPSファイル...
~
73.82 455.43 (\\tex[][]{\\LAR) 0 ta
-0.434 (GE Curv) tb
-0.434 (e of $\\sin\(x\)$ and $\\cos\(x\)$}) tb gr
~
このEPSファイルを、次のLaTeXファイルにかけると、
\documentclass{jarticle}
\usepackage{psfrag,graphicx}
\begin{document}
\begin{center}
\psfragscanon
\includegraphics[width=10cm]{sin.eps}
\end{center}
\end{document}
! Undefined control sequence.
<argument> \LAR
) 0 ta -0.434 (GE Curv) tb -0.434 (e of $...
l.6 \includegraphics[width=10cm]{sin.eps}
と叱られます。
2.9.0のChangelogやNEWSを見ても、この問題に対応する仕様変...
//
- ps.options(family="ComputerModern", useKerning=F) をし...
- できました！ ご教示ありがとうございました。 -- [[Hiro]...
**R2.9.0のインストール [#bb617c27]
>[[yishii]] (2009-04-19 (日) 00:53:45)~
~
VistsでR2.8.1を使っていましたが、今度R2.9.0をインストール...
環境は以下のとおり。~
> sessionInfo()~
R version 2.9.0 (2009-04-17) ~
i386-pc-mingw32 ~
~
locale:~
LC_COLLATE=Japanese_Japan.932;LC_CTYPE=Japanese_Japan.932...
~
ローカルにダウンロードしたpackageAAAは2.9用はもちろん2.8...
どうすればいいかどうかよろしくご教授ください。~
install.packages(choose.files("", filters = Filters[c("zi...
'lib = "C:\Users\本人名\Local Settings\Application Data...
以下にエラー install.packages(choose.files("", filters =...
パッケージをインストール出来ませんでした 。
//
- 自己レスです。administrator権限でログオンしていたのに書...
**boxplotの計算方法について [#lf99cb6a]
>[[nanbuwks]] (2009-04-15 (水) 08:12:01)~
~
boxplotについて、教えてください。~
http://www.okada.jp.org/RWiki/?%A5%B0%A5%E9%A5%D5%A5%A3%A...
に~
「上下のひげは、それぞれ上(下)側四分位数の位置から、極値...
と説明があります。~
例えば、100人分の100点満点のテストのデータがあるとすると...
//
- この例だと，四分位範囲 = Q3/4 - Q1/4 = 90 - 50 = 40 で...
- 極値を超えるデータについては, 外れ値と判断され、個別の...
- 四分位範囲と四分位数をごちゃまぜにして混乱してました。...
**エクセル読み込み時のエラー [#qad3f1df]
>[[どうしてもわかりません。。]] (2009-04-10 (金) 07:49:40)~
~
R2.8.1を使っています。~
OSはWindowsXPです。~
例えば、以下のコードでエクセルを読み込み出力してみました。~
しかし、途中までは読み込めているのですが、~
途中からデータが存在するにも関わらずNAが表示されてしまい...
何が考えられる原因なのでしょうか。~
教えて頂けると助かります。~
よろしくお願い致します。~
~
~
library(RODBC)~
original <- odbcConnectExcel("えくせる.xls")~
sqlTables(original)~
X<-sqlQuery(original,"select*from [シート１$]" ) ~
odbcClose(X)~
~
元データ（例）~
A B C D E F G~
1975 1 1 1744 85.24 164 8 ~
1975 2 1 1618 79.08 187 9 ~
1975 3 1 1651 80.69 170 8 ~
1975 4 1 1572 76.83 136 6 ~
1975 5 1 1603 78.35 102 4 ~
出力結果 ~
A B C D E F G~
1975 1 1 1744 85.24 NA NA~
1975 2 1 1618 79.08 NA NA~
1975 3 1 1651 80.69 NA NA~
1975 5 1 1603 78.35 NA NA~
//
- こうかな？(xlsファイルは97-2000フォーマット） -- [[okin...
library(RODBC)
original <- odbcConnectExcel("c:/ABCDEFG.xls")
sqlTables(original)
X<-sqlQuery(original,"select*from [ABCDEFG$]" )
Y<-X #Xは参照渡しなのでＹに値渡しする
odbcClose(original)
Y
- >okinawaさま 解決方法のご提示ありがとうございました！...
- 提示されているデータでは、同じ環境で正常に取り出せてい...
- この程度の規模のデータなら，読み込み範囲を定義してread....
- 質問したかたが「意図的に難しい手法を使いたい」のだと解...
- ＞okinawaさま 再度のレスありがとうございます。行数に制...
**pairwise.t.test()について [#xf456a86]
>[[ビクス]] (2009-04-08 (水) 20:21:24)~
~
こんにちは。~
pairwise.t.test()の引数pool.sdについて伺いたいことがあり...
これはpool.sd=Tとすると各群の標準偏差が等しいことを意味し...
つまり等分散を仮定することと同義だと思ったのですが、~
等分散を仮定したt.test()と補正無し、pool.sd=Tのpairwise.t...
p-valueが一致しません。たとえば以下のような3群xを検定しま...
~
x <- c(c(1:20),c(21:40),c(41:60))
group <- c(rep(1,20),rep(2,20),rep(3,20))
t.test(x[1:40]~group[1:40], var=T)
Two Sample t-test
data: x[1:40] by group[1:40]
t = -10.6904, df = 38, p-value = 5.168e-13
pairwise.t.test(x,group, pool.sd=T, p.adj="none")
Pairwise comparisons using t tests with pooled SD
data: x and group
1 2
2 3.1e-15 -
3 < 2e-16 3.1e-15
~
このようにt.test()では1群と2群はp-value=5.168e-13、pairwi...
では3.1e-15となります。~
~
pool.sd=Tは等分散が等しいことを意味していないのでしょうか...
ヘルプを見ても意味が理解できません。そもそも、なぜvar=Tと...
ないのでしょうか？~
宜しくお願いします。~
//
- pool.sd switch to allow/disallow the use of a...
ですから，等分散などは意味していないと思いますけど。~
> そもそも、なぜvar=Tという引数がないのでしょうか？~
引数名とか TRUE を略記するのはお勧めではないですが...
> set.seed(141421356)
> x <- c(rnorm(20), rnorm(20, mean=0.5), rnorm(20, mean=...
> group <- c(rep(1,20),rep(2,20),rep(3,20))
> t.test(x[1:40]~group[1:40], var.equal=TRUE)
Two Sample t-test
data: x[1:40] by group[1:40]
t = -2.4653, df = 38, p-value = 0.01832
alternative hypothesis: true difference in means is not ...
95 percent confidence interval:
-1.3690472 -0.1344442
sample estimates:
mean in group 1 mean in group 2
0.06037503 0.81212077
> pairwise.t.test(x,group, pool.sd=FALSE, p.adj="none", ...
Pairwise comparisons using t tests with non-pooled SD
data: x and group
1 2
2 0.018 -
3 0.046 0.839
P value adjustment method: none
- ご回答ありがとうございます。pairwise.t.test()のヘルプを...
- プログラム・ソースを読みましょう。t.test を呼んでいるの...
**geoRを用いて自分のデータを使う場合 [#k4fb391a]
>[[ど素人]] (2009-04-06 (月) 10:35:31)~
~
バリオグラムを描きたいのですが、自分のデータをエクセルか...
libraryに入っているデータならなんとかなるのですが、新しい...
//
- リファレンスを見れば解決するのでは？デモを理解している...
- geoR使うのでしたら?SpatialPointsDataFrame()あたりで解決...
**ACF(自己相関係数)の計算結果のファイルへの出力 [#ibb72b86]
>[[サザエ]] (2009-04-04 (土) 02:21:50)~
~
頑張ってRのこと、勉強しております。~
質問です。ACF(自己相関係数)の計算結果をExcelで読めるよう...
よろしくお願いします。~
//
- sink という関数を調べてみると吉。でも，コンソルからコピ...
- ご返事ありがとうございます。Excelで図を書くのがまだ便利...
- > Excelで図を書くのがまだ便利なので そうですか...
**function と引数について [#d1e5f80e]
>[[迷い猫]] (2009-04-03 (金) 21:47:08)~
~
全くの初心者です。~
やれることはやったのですが、解決策が分からないのでどうか...
~
データフレームとして、Excelから読み込んだJapan, U.S, U.K...
必要に応じたデータフレームを使用したいので、ＳＡＳで行う...
~
byage <- function(country,){~
country <- substitute(country)~
~
kakunin<-country~
kakunin~
~
if(country==japan){data=Japan} #引数にjapanを渡した時は...
ifelse(country==us){data=U.S}~
else(country==uk){data=U.K}~
~
data~
}~
~
byage(japan)~
~
これを実行すると、次のエラーが返ってきます。~
「以下にエラー byage(japan) : オブジェクト "japan" は存...
~
何が悪くて、どう修正すればよいのか、さっぱり分かりません...
また、function関数に、データフレームを直接引数として渡す...
~
どうか、よろしくお願いします。~
//
- 「ＳＡＳで行うマクロのような関数」って，「ＳＡＳで＊ど...
> func <- function(z) # 渡されたデータフレーム z の先頭6...
+ {
+ print(head(z))
+ }
> x <- data.frame(a=1:10, b=letters[1:10])
> y <- data.frame(x=rnorm(20), y=runif(20))
> func(x) # データフレーム x を渡す
a b
1 1 a
2 2 b
3 3 c
4 4 d
5 5 e
6 6 f
> func(y) # データフレーム y を渡す
x y
1 2.15205491 0.0295724
2 -1.32527541 0.3563355
3 0.17068233 0.2448835
4 -0.84898390 0.3565478
5 -0.01846693 0.5706420
6 1.78453651 0.4487693
- お返事ありがとうございました。不明瞭な点が多く申し訳あ...
**system関数の不具合？ [#w5976141]
>[[レッドクリフ]] (2009-04-03 (金) 08:49:56)~
~
system関数の不具合？で困っています．~
通常はsystem関数で実行した結果を返すのに、Ｒでメモリを大...
> sessionInfo()
R version 2.8.0 (2008-10-20)
x86_64-unknown-linux-gnu
６４ビットのLinux機、メモリは８Ｇ積んでいます．
具体的な症状は以下の通りです．~
-成功する例~
> gc()
used (Mb) gc trigger (Mb) max used (Mb)
Ncells 111691 6 350000 18.7 350000 18.7
Vcells 120708 1 786432 6.0 456124 3.5
> x <- system("ls")
Makefile blaslapack.o fblaswr.h ...
> x
[1] 0
-失敗する例
> dim(model_mat)
[1] 383907 1886
> gc()
used (Mb) gc trigger (Mb) max used (Mb)
Ncells 503372 26.9 597831 32.0 506595 27.1
Vcells 737629983 5627.7 904433606 6900.3 748064327 5707.3
> x <- system("ls")
> x
[1] -1
--このように５Ｇのメモリを消費してsystem関数を使用した場...
-オブジェクトを消去して再度実行した場合
> rm(list=c("model_mat"))
> gc()
used (Mb) gc trigger (Mb) max used (Mb)
Ncells 117672 6.3 597831 32.0 506595 27.1
Vcells 12803200 97.7 723546884 5520.3 748064327 5707.3
> x <- system("ls")
Makefile blaslapack.o fblaswr.h ...
> x
[1] 0
--このようにうまく動きます．
-メモリを大量に消費してsystem関数にintern引数を与えた場合
> dim(model_mat)
[1] 383907 1886
> gc()
used (Mb) gc trigger (Mb) max used (Mb)
Ncells 503477 26.9 667722 35.7 506705 27.1
Vcells 737630000 5627.7 820415969 6259.3 748064344 5707.3
> x <- system("ls", intern=T)
*** caught segfault ***
address (nil), cause 'memory not mapped'
Traceback:
1: system("ls", intern = T)
Possible actions:
1: abort (with core dump, if enabled)
2: normal R exit
3: exit R without saving workspace
4: exit R saving workspace
Selection:
--セグメンテーションフォルトで落ちます・・・
-このような現象の回避方法はございませんでしょうか．よろし...
//
- fork-execするので, 例えば現在5G使っていればsystemを使う...
> sort(sapply(ls(), function(x)object.size(get(x))))
a b c
48 104 8000200
> gc()
used (Mb) gc trigger (Mb) max used (Mb)
Ncells 181395 9.7 407500 21.8 350000 18.7
Vcells 1132760 8.7 1912818 14.6 1133141 8.7
> save(c,file="c.dat")
> rm(c)
> gc()
used (Mb) gc trigger (Mb) max used (Mb)
Ncells 181391 9.7 407500 21.8 350000 18.7
Vcells 132759 1.1 786432 6.0 1133141 8.7
> system("ls")
> load("c.dat")
- なかまさん、ありがとうございます．forkするんですね．不...
- (最後の部分を気になったので)別プロセスを起こす=forkなの...
- なるほど、ご指摘ありがとうございました． -- [[レッドク...
- 訂正:) Linuxの場合, 外部の実行コマンドがPIE(位置独立実...
- vforkを使うと良いようです． -- [[レッドクリフ]] &new{20...
--vforkを使ったプログラムを掲載しておきます．
#include <stdlib.h>
#include <math.h>
#include <unistd.h>
#include <R.h>
#include <Rdefines.h>
// exec vfork
SEXP system_vfork(SEXP exCmd)
{
pid_t pid;
SEXP ret;
int iRet;
char *cmd_for_execv[] = {"/bin/bash", "-c", NULL, NULL};
char *cmdStr;
if( !isString(exCmd) ){
Rprintf("not CHAR.");
return R_NilValue;
}
cmdStr = (char *)CHAR(VECTOR_ELT(exCmd, 0));
printf("cmd str : %s\n", cmdStr);
cmd_for_execv[2] = cmdStr;
if( (pid=vfork()) < 0 ){
/* fork 失敗 */
printf("fail to fork\n");
return R_NilValue;
}else if( pid == 0 ){
/* 新しく起動した子プロセスに処理させたい内容 */
//sleep (3);
//iRet = execlp("sleep", "sleep", "5", (char *)NULL);
iRet = execv(cmd_for_execv[0], cmd_for_execv);
//sleep (30);
printf("ret value : %d\n", ret); /* (actually never...
exit (EXIT_SUCCESS); /* 子プロセス終了*/
}
int status = 0;
pid_t wait_pid;
Rprintf ("parents, child is %d\n", pid);
wait_pid = wait(&status);
if (wait_pid == -1){
err (EXIT_FAILURE, "wait error");
//exit(-1);
return R_NilValue;
}
//Rprintf("input char > ");
//scanf("%c", &c);
return R_NilValue;
}
--コンパイル等
$ gcc -std=gnu99 -I/usr/local/lib64/R/include -I/usr/lo...
-fpic -g -O2 -c fork.c -o fork.o
$ gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/local/lib64 -o fork.so f...
-L/usr/local/lib64/R/lib -lR
--Ｒでso読み込み
dyn.load("fork.so")
is.loaded("system_vfork")
res <- .Call("system_vfork", "ls")
res <- .Call("system_vfork", "ls -la")
res <- .Call("system_vfork", "sleep 3; ls -la")
--自分の環境ではうまくいってます．
--データ空間をコピーしませんので、パフォーマンスも良いで...
- forkとvforkの違いを調べて(ぐぐって)みて下さい. 危ないか...
- はい、危ないみたいですね（汗．上記コードを参考にされる...
- man fork してね. 貴方が呼んでるのは, glibcのforkで中で...
- お、ワシの書き込みが消されとる しょうがないワシが教えて...
- 匿名さん、もしそうだとしたら、forkがというかRのsystem関...
**Windows Vista で R2WinBUGS をバッチ実行する方法 [#bb032...
>[[初心者]] (2009-04-03 (金) 07:25:25)~
~
Windows Vista で R2WinBUGS を使用しております．Rのバージ...
R2WinBUGS を動かした場合，WinBUGSから画像ファイルやテキス...
出力するため，Rを「管理者権限として実行」して起動する必要...
ありますが，バッチ実行する場合に「管理者権限として実行」...
方法が分かりませんでした…．~
~
'C:\Program Files\R\R-2.7.2\bin\R.exe' --no-restore --no...
~
のような命令をコマンドプロンプトから起動しているのですが，~
何かオプション等はありますか？どうかよろしくお願い致しま...
//
- 「管理者権限として実行 vista bat」 でググりましょう。OS...
- 回答ありがとうございます。「管理者権限として実行 vista ...
- 確かに！コマンドにsudoがあればと何度思ったことか。 -- ...
**不等間隔時系列データの整形 [#wd1d585f]
>[[kf]] (2009-03-22 (日) 23:00:27)~
~
サンプリング間隔が不等な時系列データを、内挿等によって等...
作成するにはどうすればよいのでしょうか。お教え下さい。~
//
- http://finzi.psych.upenn.edu/R/library/signal/html/inte...
- 早速のお教えありがとうございました。 -- [[kf]] &new{200...
**特異値分解(singular value decomposition)の実行とエラー...
>[[kushi]] (2009-03-22 (日) 00:38:04)~
~
はじめて質問させて頂きます。よろしくお願い致します。~
~
実行環境は以下でした。~
Windows Vista, 32bit, 4GB RAM~
R version 2.8.1 (2008-12-22) ~
なお，Rのショートカットは以下のように設定しています。~
"C:\Program Files\R\R-2.8.1\bin\Rgui.exe" --max-mem-size=...
~
私は文系の博士課程大学院生です。それほど詳しいPCの知識は...
~
研究の必要上，数千行×数千列〜数万行×数万列の大きい行列に...
Rで実行しようとしたところ，以下のスクリプトを実行すると，...
> y = NULL
> y = matrix(0.0, 5000, 4000)
> svd_y = NULL
> svd_y = svd(y)
エラー： サイズ 366.4 Mb のベクトルを割り当てることがで...
> gc()
used (Mb) gc trigger (Mb) max used (Mb)
Ncells 114305 3.1 350000 9.4 350000 9.4
Vcells 20076602 153.2 90632978 691.5 172087953 1313.0
~
質問は，以下の３つです。それぞれの質問について，下で補足...
１．「数千行×数千列」の行列をRで特異値分解する方法はない...
２．「数万行×数万列」の行列をRで特異値分解する方法はない...
３．svd()関数がどのようなスクリプトによって定義されている...
~
「メモリ」と「svd()」をキーワードに過去ログやWEBを探しま...
質問１は，OSやメモリの扱いによる解決を期待した質問です。~
質問２は，速度を犠牲にしてもスクリプトがストップせずに特...
質問３は，自分で特異値分解のスクリプトをかけばもっと省メ...
~
何卒よろしくお願いいたします。~
//
- コンソールに svd と入力すればソースは見えます。その中か...
例題の妥当性はともかくMacだと計算は終えましたけど。 -- &...
> y = NULL
> y = matrix(0.0, 5000, 4000)
> svd_y = NULL
> svd_y = svd(y)
> gc()
used (Mb) gc trigger (Mb) max used (Mb)
Ncells 240738 6.5 467875 12.5 350000 9.4
Vcells 56183965 428.7 159348538 1215.8 148191804 1130.7
//
- ご回答ありがとうございます。大変感謝いたします。~
~
＞ コンソールに svd と入力すればソースは見えます。~
こんな簡単なことだったとは…。失礼いたしました。これで質問...
~
＞ 例題の妥当性はともかくMacだと計算は終えましたけど。~
回答者様のメモリが私と同じ環境と考えて以下は書かせて頂き...
~
これまでの過去ログを読んだところ，この違いはMacとwindows...
~
私の環境でも4000×4000の行列なら計算をしてくれます。~
つまり，１プロセスに使わせてくれるメモリをふやせば，「数...
~
しかし，「数万行×数万列」の行列が上記の方法でやれるのかは...
~
以上の文章中で新たに生じた質問をまとめさせて頂きます（新...
~
４．64bitOSにして8GBメモリを搭載すれば，Rのsvd()で「数千...
５．あるn行×m列の行列にsvd()を実行するのに必要なメモリを...
~
何卒よろしくお願いいたします。-- [[kushi]] &new{2009-03-2...
- svd(matrix(0, 10000, 10000)) は，こけました。http://r.r...
//
- 再び，ご回答ありがとうございます。~
~
＞ 専用のプログラムを書く方が，時間的にも容量的にもよい...
この「専用のプログラム」が意味するところがお聞きしたいで...
これは（私は未修得なのですが）C言語などでsvdのプログラム...
~
＞ 「R-GUI-5372-2.8-leopard-Leopard64.dmg」
~すみません，Macのファイルのようで，どういったファイルな...
~
＞ 解釈~
お答えになっているかわからないのですが…。~
潜在意味インデキシング，もしくは潜在意味解析という手法を...
~
どうぞよろしくお願いいたします。-- [[kushi]] &new{2009-03...
- Build configurations with "64" suffix are 64-bit builds...
「これは（私は未修得なのですが）C言語などでsvdのプログラ...
- Rのsvdはdsvdc(古いLinpack版の後方互換の為に存在)ではな...
//
- 匿名さま，ご回答ありがとうございます。~
~
わかりました。64bitOSや他のプログラムなど，様々なアプロー...
~
なかまさま，ご回答ありがとうございます。~
~
すでにRはある程度妥当な手法でSVDを実行しているので，アル...
大学のスーパーコンピュータを当たってみること，専門の方に...
~
非常に参考になりました。ありがとうございました。 -- [[kus...
- どのような行列なのでしょうかね。まず、その行列をそのま...
- 共起行列だから，ものすごく疎な行列だと思いますよ。共起...
ちょっと調べれば，いろいろ参考になりそうなことが。。。~
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E6%BD%9C%E5%9C%A8%E6%84%8F%...
- 素のRでは一寸と言う意味に受け取ってもらえると... スパー...
- ooki様，匿名様，ありがとうございます。匿名様の仰る通り...
**set.seedの使い方 [#cfcdcf37]
>[[カーネルおじさん]] (2009-03-21 (土) 12:23:44)~
~
いつもお世話になります．確率を与えてブートストラッピング...
単純化して，1本のサンプルパスが3期(i=3)で，10,000本(j=100...
~
再試ができるように，set.seedで特定のseedを与えますが，今...
~
ところが，はじめはプログラム1のようにset.seed(a+j-1)の位...
結果をみるとバイアスが大きく，x行列は各列同じu値しか出現...
プログラム2のようにfor(j)とfor(j)の間にset.seed(a+j-1)の...
~
初歩的な質問ですが，~
~
1)set.seed(a+j-1)の位置はどちらでもいいのではと思いますが...
2)たとえばset.seed(100）と入力すると，以降のsampleは，他...
ずっと100のseedで乱数を発生し続けるという理解でよろしいで...
(そう観察したので，j回ごとseedを変えた方がランダム性が高...
3)seedの種類はこの事例のように40,000個もあるのでしょうか？~
~
~
2),3)はhelp(set.seed)や乱数TIP大全を見てもわからなかった...
~
~
~
~
下記の確率設定ですと，すべてのパスの合計値の期待値は-120...
それぞれのaに数値(1,10001,20001,30001)を代入したところ合...
~
プログラム１では，#1〜10000=-124.08, #10001〜20000=-121.9...
プログラム２では，#1〜10000=-121.43, #10001〜20000=-120.5...
~
~
~
プログラム１~
x<-matrix(0,nr=3,nc=10000)~
p<-c(0.3,0.5,0.2)~
u<-c(-0.02,0,0.01)~
a<-1~
for (j in 1:10000){~
for (i in 1:3){~
~
set.seed(a+j-1)~
~
x[i,j]<-sample(u,1,prob=p,replace=T)~
}~
}~
y<-sum(x)~
y~
~
プログラム2~
x<-matrix(0,nr=3,nc=10000)~
p<-c(0.3,0.5,0.2)~
u<-c(-0.02,0,0.01)~
a<-1~
for (j in 1:10000){~
~
set.seed(a+j-1)~
~
for (i in 1:3){~
x[i,j]<-sample(u,1,prob=p,replace=T)~
}~
}~
y<-sum(x)~
y~
//
- プログラム1だと，内側のforで毎回，外側のforの制御変数j...
- ありがとうございました．確かに１度に入れるほうが効率的...
**tkplotのグラフサイズ・背景色の変更方法は？ [#t3ef7eb4]
>[[Wanko]] (2009-03-20 (金) 14:35:48)~
~
始めて投稿させていただきます。~
R version 2.8.1 (2008-12-22) ~
i386-pc-mingw32 ~
locale:~
LC_COLLATE=Japanese_Japan.932;LC_CTYPE=Japanese_Japan.932...
attached base packages:~
[1] stats graphics grDevices utils datasets met...
~
Rは使い始めて間もないです。~
WinXP で VBAでの連携処理しています。~
こちらの金先生の資料を参考に~
http://www1.doshisha.ac.jp/~mjin/R/200808_61.pdf~
~
下記のコマンドを実行して~
kekkaDF<-NgramDF(targetText, type=1, N=3, pos="名詞")~
sortlist<-order(kekkaDF[,3],decreasing = TRUE)~
fwn<-kekkaDF[sortlist,]~
wng<-graph.data.frame(fwn[1:100,])~
tkplot(wng, vertex.label=V(wng)$name, layout=layout.fruch...
~
図３ 福田総理の所信表明演説文における名詞の共起ネットワ...
の様なネットワーク図を出力しています。~
~
質問は~
・「Graph plot 1」などのウインドウサイズは事前或いは事後...
可能でしょうか？ → ソースでは450×450で固定のように思え...
ユーザー関数に作り直す？事無く、変更できませんか？~
~
・ウインドウ背景色が灰色で定年前の年寄りには見にくいです。~
→ 白色とか薄いベージュなどに変更したいのですが？~
~
・VBAからは~
Call oShell.Run(Environ("COMSPEC") & " /c " & sRpath ...
& txtR_workfolder & "\RelatedTerm.R", v...
sRpath：C:\Program Files\R\R-2.8.1\bin\R.exe~
と言った形で行っていますが、実行後にDOSプロンプトが閉じて...
同時に消え去ります。~
現在、コマンド最後に Sys.sleep(1800) などとしていてい...
もっとましな方法がありそうですが~
~
宜しくご教授ください。~
//
- ウィンドウサイズと背景色については、tkplotでなくplotを...
- plotでも描画できるのですね！ -- [[Wanko]] &new{2009-03-...
- 追伸：サイズは Call MoveWindow(FindWindow(vbNullStri...
- 追伸：サイズは Call MoveWindow(FindWindow(vbNullStri...
**csvデータのインポート [#z05c8153]
>[[初学者]] (2009-03-16 (月) 17:31:58)~
~
12万件のデータが、csv形式であります。~
~
そのファイルをインポートしようと下記のプログラムを実行し...
RDT1<-read.table("ローデータ.csv", header=T, sep=",", dec...
~
すると、以下のようなエラーメッセージが出ます。~
以下にエラー scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, ski...
'15' 行目には，74 個の要素がありません
~
~
変数の数は74ですが、分岐している質問があるため、null値が...
~
しかしながら、データファイル取得ごとに、これらの処理をし...
~
質問としては、上記のようなnull値が多いファイルを、そのま...
~
以上、ご教授の程よろしくお願いします。~
//
- それなりのプログラムを書くしかないでしょう。はい，次。 ...
- もう少し詳しい情報をお願いします。null値とはNAのことで...
- 林氏の言うとおり．とりあえずcon <- file("ローデータ.csv...
- あなたが, Excelで書き換えたなら, おそらくExcel風に他の...
- Null値とは、NAを指して記述しました。 変数名前は、SEQ、...
- 16行目には73個しかデータがないよ -- &new{2009-03-17 (...
- これだったらなかまさんご指摘のように fill=TRUE で何とか...
- ご指摘ありがとうございます。エディタで確認したところ、...
**chplotで観測点の色の指定 [#i88d5410]
>[[nanbuwks]] (2009-03-12 (木) 19:14:12)~
~
アドオンパッケージ chplot の chplot ライブラリを使ってみ...
library(chplot)
data(iris)
chplot(Petal.Length ~ Petal.Width | Species, data = iris,
legend = list(cex = 0.6),plot.points=TRUE,pch...
col=c("black","orange","yellow"))
としてみましたが、凸包輪郭線の色のみ反映し、観測点の色が...
#ref(samplenanbuwks20090312.png)~
どのようにしたらいいでしょうか?~
//
- おそらく、関数定義の修正が必要かと。args$col <- as.inte...
- 該当個所を書き換えたらうまくいきました。簡単に変更でき...
**levelpotでcolorkeyを対数表示する方法 [#o3acb627]
>[[u-kun]] (2009-03-12 (木) 15:42:40)~
~
latticeパッケージのlevelplotを使ってグラフを作成しようと...
格子状の測定点での測定値の分布を可視化したいのです。~
しかし、z軸に対応するデータが10^(-10)から10^(-3)まで幅が...
colorkeyの色の変化(目盛り)を対数にしたいのですがうまくい...
例えばplotであればlog="x"などとすればx軸が対数になるよう...
colorkeyを対数にするにはどうすれば良いのでしょうか？~
//
- levelplot() 関数の colorkey 引数に，リストを指定するの...
> range.z <- pretty(range(z))
> levelplot(z, colorkey = list(labels = list(at = range....
- 早速の御回答ありがとうございます。~
教えて頂いたのを少し変えて試してみました。~
> log.z <- pretty(range(log10(z)))
> levelplot(log10(z) ~ x * y,col.regions=topo.colors(16)...
おかげさまで、ほぼ私のイメージ通りのグラフが描けました。~
colorkeyの色を対数的に変化させて目盛を1E-10,1E-9・・・1E-...
helpも見たのですが、colorkey = list()の()の中をどう書いて...
- とりあえず labelsに文字ベクトルあるいは表現式のベクトル...
> (label.z <- paste(10, log.z, sep = "^"))
> levelplot(log10(z) ~ x * y,
colorkey = list(labels = list(at = log.z, labels =
substitute(label.z, list(label.z = label.z))) ) )
leveplot()で実際に描画を行っているのは panel.levelplot()...
ついでに scales という引数も参考になるかと思います．~
- ありがとうございます。おかげさまで少しずつ使い方が分か...
panel.levelplot()関数やdraw.colorkey()関数のhelpを見なが...
**boxplotで観測点を消す方法 [#qdafd354]
>[[nanbuwks]] (2009-03-12 (木) 11:49:19)~
~
x <- c(0,1,1,2,2,3,5)
boxplot(x)
とすると、箱ひげ図とその範囲外の観測点が表示されますが、...
//
- outline=F -- &new{2009-03-12 (木) 12:15:58};
- 外れ値を表示させないなんてことは，詐欺でしょう。そんな...
- ありがとうございます。outline=Fでうまくいきました。 ~
http://www.is.titech.ac.jp/~mase/R.html にある和訳アーカ...
outlineの記述が無かったです。help(boxplot)を見ないとだめ...
また、外れ値を表示させないことの問題のご指摘ですが、観測...
単に図の見栄えが悪くならないか心配でした。~
しかし改めて手持ちのデータを見直して見たところ、外れ値は1...
**行の逆向き累乗積総和の計算 [#ddbab7fe]
>[[カーネルおじさん]] (2009-03-11 (水) 10:32:21)~
お世話になります．Ｒの基本的なことがまだまだわかっており...
しかし，Ｒを楽しんでます．~
今般，i行のそれまでの行の累乗積の総和をi行に返すプログラ...
つまり，行列Xから行列Ｚの変換で，新しいi行は，~
z[i,]=x[i,]*x[i-1,]+x[i,]*x[i-1,]x[i-2,]+...+x[i,]*x[i-1,...
を計算する必要に迫られました（Excelでやってますが，2GMパ...
具体例では行列Ｘが以下の通りだとして，~
> x
[,1] [,2] [,3]
[1,] 2 3 1
[2,] 3 2 1
[3,] 4 1 5
[4,] 2 4 3
#y...z
[,1] [,2] [,3]
[1,] 2 3 1
[2,] 6 6 1
[3,] 12+24 2+6 5+5
[4,] 8+24+48 4+8+24 15+15+15
という計算をへて次のＺ行列が求まります．
z
[,1] [,2] [,3]
[1,] 2 3 1
[2,] 6 6 5
[3,] 36 8 10
[4,] 80 36 45
Ｘを単純な累乗積Yに変換するプログラムは,以下の通りに書け...
i行から逆向きに累乗積を計算するのが難しく，~
どうもうまくいきません．プログラムの外側にもうひとつFor文...
初期値i=1(i<2の箇所）をi=jなりに変え，行列Ｙで得られた行...
ワークしそうなのですが，実力不足を実感しております．~
> y
[,1] [,2] [,3]
[1,] 2 3 1
[2,] 6 6 1
[3,] 24 6 5
[4,] 48 24 15
#行列xの各行の累乗積を行列yへ返す~
x<-matrix(c(2,3,4,2,3,2,1,4,1,1,5,3),nc=3)
y<-matrix(nr=4,nc=3)
for (i in 1:4)
{ if (i<2) {y[i,]<-x[1,]}
else
{y[i,]<-y[i-1,]*x[i,]}
}
//
- もっとうまい方法がありそうですが・・・ -- [[surg]] &new...
> (x <- matrix(c(2, 3, 4, 2, 3, 2, 1, 4, 1, 1, 5, 3), nc...
[,1] [,2] [,3]
[1,] 2 3 1
[2,] 3 2 1
[3,] 4 1 5
[4,] 2 4 3
> y <- matrix(0, nrow=nrow(x), ncol=ncol(x))
> for(j in 2:nrow(x)) {
+ n <- matrix(0, nrow=nrow(x), ncol=ncol(x))
+ n[j-1,] <- x[j-1,]
+ for(i in j:nrow(x)) n[i,] <- n[i-1,] * x[i,]
+ if(j != 2) n[j-1,] <- 0
+ y <- y + n
+ }
> y
[,1] [,2] [,3]
[1,] 2 3 1
[2,] 6 6 1
[3,] 36 8 10
[4,] 80 36 45
- cumprod() http://finzi.psych.upenn.edu/R/library/tis/ht...
- これでも出来ますね -- [[surg]] &new{2009-03-11 (水) 12:...
> x <- matrix(c(2, 3, 4, 2, 3, 2, 1, 4, 1, 1, 5, 3), nco...
> y <- matrix(0, nrow=nrow(x), ncol=ncol(x))
> for(i in 2:nrow(x)) y[i,] <- (y[i-1,] + x[i-1,]) * x[i,]
> y[1,] <- x[1,]
> y
[,1] [,2] [,3]
[1,] 2 3 1
[2,] 6 6 1
[3,] 36 8 10
[4,] 80 36 45
- 行列yはlibrary(tis); apply(x,2,cumprod)で得られますね。...
- 無理矢理ですが。 -- &new{2009-03-11 (水) 12:41:31};
> a <- apply(x, 2, function(d) sapply(1:4, function(i) s...
> a[1,] <- x[1,]
> a
[,1] [,2] [,3]
[1,] 2 3 1
[2,] 6 6 1
[3,] 36 8 10
[4,] 80 36 45
- こんなに早く回答が・・・感激です．さっそく試してみます...
- ぼくはcumprodは思いつかず，泥臭く再帰処理する関数を考え...
> bx <- function(x,i) { ifelse(i==1,x[1],ifelse(i==2,x[1...
> z <- apply(x,2,bx,1)
> for (i in 2:nrow(x)) z <- rbind(z,apply(x,2,bx,i))
> z
- あわて者ですみません．問題が間違えていました．その行自...
- それなら再帰処理関数bxがシンプルになって以下で済みます...
> bx <- function(x,i) { ifelse(i==1,x[1],x[i]*(bx(x,i-1)...
> z <- apply(x,2,bx,1)
> for (i in 2:nrow(x)) z <- rbind(z,apply(x,2,bx,i))
> z
- あわて者ですみません．問題が間違えていました．その行自...
- もちろんz<-x; for (i in 2:nrow(x)) { z[i,] <- z[i,]*(z[...
- 早速のリスポンスどうもありがとうございます．研究データ...
- エレガントという言葉の意味を取り違えているんじゃないだ...
- 結局は，apply(x, 2, function(d) sapply(1:4, function(i)...
- rev(d[1:i]) みたいなのは, d[i:1]等にしとくと電気代の節...
- みなさん，どうもありがとうございます．勉強になりました...
- みなさん，どうもありがとうございます．勉強になりました...
**scatterplotのhelp [#w653219e]
>[[nanbuwks]] (2009-03-08 (日) 15:40:16)~
~
scatterplotのオプションを調べたいと思い、~
> help(scatterplot)
しましたが、~
No documentation for 'scatterplot' in specified packages...
you could try 'help.search("scatterplot")'~
となります。helpやマニュアルを調べるにはどこを参照すれば...
~
なお、sessionInfo()は~
R version 2.6.2 (2008-02-08)
i486-pc-linux-gnu
locale:
LC_CTYPE=ja_JP.UTF-8;LC_NUMERIC=C;LC_TIME=ja_JP.UTF-8;LC...
LC_MONETARY=ja_JP.UTF-8;LC_MESSAGES=ja_JP.UTF-8;LC_PAPER...
LC_ADDRESS=C;LC_TELEPHONE=C;LC_MEASUREMENT=ja_JP.UTF-8;L...
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets me...
です。ちなみに、2変数の箱ヒゲ図を描きたいと考えています。...
の表示ができますが、これを散布図を描かずに箱ヒゲ図のみxy...
と考えました。~
~
よろしくお願いします。~
//
- library(car)としてから、help(scatterplot) -- [[aaa]] &n...
- ありがとうございます。library(Rcmdr)でcarが読み込まれて...
- help.search("scatterplot")を実行するなど、どのライブラ...
- 了解しました。精進します。 -- [[nanbuwks]] &new{2009-03...
**時系列データの平均値などの算出方法 [#j0dc3ef9]
>[[nami]] (2009-03-05 (木) 22:40:10)~
~
一定時時間ごとに計測したデータの日平均、最高、最低を得た...
Date Time A B C
2009/1/1 06:00:00 1 15 200
2009/1/1 12:00:00 2 20 300
2009/1/1 18:00:00 3 25 400
2009/1/2 00:00:00 4 30 500
2009/1/2 06:00:00 5 35 600
2009/1/2 12:00:00 6 40 700
2009/1/2 18:00:00 7 45 800
2009/1/4 06:00:00 12 70 1300
2009/1/4 12:00:00 13 75 1400
・・・~
のようになっているとします(たまに欠測があったりします)。...
combine.time <- paste(datA$Date, datA$Time)
date.time <- as.POSIXct(combine.time)
datA["Date2"] <- date.time
のようにして日付型データを組み込むまではできたのですが、...
環境はWindowsXP sp3、R2.8.1です。よろしくお願いします。~
//
- こんなのはどうでしょうか -- [[hiee]] &new{2009-03-06 (...
threenum <- function(x){
summary(x)[c(1,4,6)]
}
tapply(datA$C,
list(format(datA$Date2, "%Y-%m-%d")),
threenum)
- hieeさん、ありがとうございます。目的のことができました...
- こんにちは、便乗させてください。 -- [[nanbuwks]] &new{...
上記のようにしてみたのですがここからグラフを作ろうとして...
datB <- tapply(datA$C, list(format(datA$Date2, "%Y-%m-%d...
として、
datB$ObsNumber <- 1:3
matplot(datB$ObsNumber,datB[1])
以下にエラー matplot(datB$ObsNumber, datB[1]) :
'x' と 'y' は同じ数の行を持たなければなりません
と出ます。なお、
datB
$`2009-01-01`
Min. Mean Max.
200 300 400
$`2009-01-02`
Min. Mean Max.
500 650 800
$`2009-01-04`
Min. Mean Max.
1300 1350 1400
$ObsNumber
[1] 1 2 3
となっています。ご指導ください。
- 最終的にはグラフにします。と書いたのは私なので、とりあ...
datB <- tapply(datA$C,
list(datA$Date),threenum)
datB <- as.data.frame(do.call("rbind",datB))
datB["Date"] <- as.Date(row.names(datB))
row.names(datB) <- c(1:nrow(datB))
names(datB) <- c("Min","Mean","Max","Date")
attach(datB)
days <- c(Date[nrow(datB)]-Date[1])
plot(Date,Mean,type="b",xaxt="n",ylim=c(0,1500))
axis.Date(1, at=seq(Date[1],Date[days],"1 days"), format...
segments(Date,Min,Date,Max)
detach()
というように、かなーり強引な感じがします(データフレームに...
#ref(sample.png)
-- [[nami]] &new{2009-03-09 (月) 11:49:14};
**部分代入不可の場合 [#le806a93]
>[[るる]] (2009-03-05 (木) 19:42:16)~
~
R初心者です。自分の解析結果を入れたファイルが容量が多く、...
~
それで、~
＞ファイル名[1:47]~
と打ち込んだら、部分代入不可というエラーが出ました。~
部分代入不可ならどうやって、４７行目までの入るの内容を読...
//
- 言っている意味が全くわかりません。ファイルってなんです...
**3次元標本値に対応するカーネル密度値を求めたいのですが・...
>[[カーネルおじさん]] (2009-03-04 (水) 08:18:39)~
~
Ｒ初心者です．お世話になります．約200個の3次元ベクトル標...
~
おそらく，グリット点にいちばん近いところの密度を読み取る...
~
密度dのExcelスプレッドシート出力を見ると，x軸は縦に50行で...
~
それに，腕力でやるよりできるだけ，Rの中で自己完結したいと...
~
質問をまとめますと，~
1.kde3dは標本ベクトル値に対応するカーネル密度値は返さない...
2.グリット点にいちばん近いところを探してくるRでの方法のヒ...
~
(なお，将来の構想として，標本値のカーネル密度をウエイトに...
標本の密度が必要という事情があります．長文になってすみま...
//
- grid -- &new{2009-03-04 (水) 13:23:12};
- http://finzi.psych.upenn.edu/R/library/ks/html/kde.html...
- 迅速なご回報ありがとうございます．早速，kde()の引数HにH...
**グラフの連結 [#q4c70b52]
>[[R1]] (2009-03-02 (月) 21:27:51)~
~
お世話になります。A,B,Cの3群がそれぞれx,yという値をもって...
ここでY軸の単位が共通なので、BとCのグラフの軸名と目盛りを...
さらに余白を調節して３つのグラフを連結しようと考えました。~
つまり以下のように入力します。~
~
F <- factor(c("X","Y"))
x1 <- rep(1:6,5)
y1 <- rep(7:12,5)
x2 <- rep(9:14,5)
y2 <- rep(15:20,5)
x3 <- rep(21:26,5)
y3 <- rep(27:32,5)
par(mfrow=c(1,3), mar = c(5, 4, 4, 0))
COL <- c("red","blue")
stripchart(rbind(x1,y1) ~ F, vertical = T,col=COL, xlab=...
par(mar = c(5, 0, 4, 0))
stripchart(rbind(x2,y2) ~ F, vertical = T, yaxt = "n",
col=COL,xlab="B",ylab="")
par(mar = c(5, 0, 4, 2))
stripchart(rbind(x3,y3) ~ F, vertical = T, yaxt = "n", c...
しかし、中央のBのグラフのx軸が長くなるのと、各グラフのx軸...
値がプロットされてしまいなってしまい不格好です。~
x軸の長さをそろえ、かつx軸のプロットする位置を自由に指定...
できないでしょうか？また、ここでは３つのグラフを書きまし...
グラフの数に依存せずに調節したいと考えています。~
どなたかご教授宜しくお願いします。~
//
- marは全部同じにしといてomaで左余白をつくればいいと思う...
- ありがとうございます。mar=c(5,0,4,0), oma=c(0,3,0,3)でx...
- factorは数値として処理されます.as.numeric(F)で、X=1、Y=...
- factorを数値として扱うとは勉強になりました。ありがとう...
- par(mar = c(5, 0, 4, 0)) を３回使えばいいのではないでし...
- なるほど。marで作図領域とプロット領域の余白をなくし、一...
**相関係数からクラスター分析 [#h40ff182]
>[[TM]] (2009-02-22 (日) 16:33:45)~
~
超初心者です。~
マトリックスの相関係数からクラスター分析をしたいと考えて...
~
data1<-read.table("ox008.csv",header=TRUE,sep=",")~
data1~
data1.hc<-hclust(data1)~
plot(data1.hc)~
~
~
> data1<-read.table("ox008.csv",header=TRUE,sep=",")~
> data1~
X A B C D
1 A 0 1 2 2~
2 B 1 0 2 2~
3 C 2 2 0 2~
4 D 2 2 2 0~
> data1.hc<-hclust(data1)~
以下にエラー if (n < 2) stop("must have n >= 2 objects t...
引数の長さが0です
> plot(data1.hc)~
以下にエラー plot(data1.hc) : オブジェクト "data1.hc" ...
> ~
のようなエラーメッセージが出ます。~
何が問題なのでしょうか？~
//
- お騒がせいたしました。解決できました。 -- [[TM]] &new{2...
- どういう風に解決できたかくらい，書いたら？どうせ as.dis...
それにも値しないと思うなら，記事自体を削除したらいかが --...
**タイプミスすると反応が遅い [#ta5c0a55]
>[[ge]] (2009-02-20 (金) 10:13:35)~
~
コンソール画面でタイプミスをすると、エラーのダイアログが...
設定か何か工夫して反応を早くできないものでしょうか。~
~
R version 2.8.1 (2008-12-12)~
i386-pc-mingw32~
です。~
~
~
>> plott(0,1)~
"Error: could not find function "plott"~
//
- OS、ハード構成、メモリ容量、同時に立ち上げているアプリ...
- WindowsXP SP3,, Pentium 4 3GHz, 1GB RAM, 他のアプリ起動...
- 会社のPCが同じような構成（Pentium 4 3.2GHz, 1GB RAM, Wi...
- ありえないぐらい遅い状況だと思います。 -- &new{2009-02...
- 回答ありがとうございました。もう一度確かめてみたところ...
- 演算結果など(ワークスペース)保存して終了して, .RData(Wi...
- タスクマネージャでRgui.exeがどれくらいメモリを食ってい...
- コメントありがとうございました。メモリの使いすぎで遅く...
**plclustのHeight値の範囲を変更 [#f1be6643]
>[[sh]] (2009-02-18 (水) 12:20:14)~
~
plclustのHeight値の範囲を変更することは可能でしょうか？
例えば、以下の例でHeightの目盛の上限を200や300に変更する...
hc <- hclust(dist(USArrests), "ave")
plclust(hc)
この場合、Heightの最大値は
max(hc$height)
[1] 152.314
Heightの目盛の下限を20に変更するには
plclust(hc, hmin=20)
//
- plot(as.dendrogram(hc), ylim=c(0,300)) -- &new{2009-02...
- アドバイスありがとうございます。以下のエラーを解決する...
> plot(as.dendrogram(hc), ylim=c(0,300))
以下にエラー plot.default(0, xlim = xlim, ylim = ylim, ...
仮引数 ”ylim” が複数の実引数にマッチしました
//- とっとと，R2.8.1にバージョンアップする -- &new{2009-...
- 私の環境( R version 2.8.1 (2008-12-22) i486-pc-linux-gn...
//- 注釈にしましたけど，要するに，Rのバージョンが古いんじ...
//回答者ともなると，ちゃんと最新バージョンにしているので...
- R version 2.8.1にバージョンアップしたところ解決しました...
**太陽質量 M_\odot を表示 [#l326a544]
>[[junkoda]] (2009-02-17 (火) 08:26:06)~
~
はじめまして。~
~
太陽質量 (solar mass) の記号（latex で書くと M_\odot、M ...
一般化すると、Unicode や Harshey Vector Font に含まれるけ...
添字は plotmath で書けます。~
> plot(1, xlab=expression(M[O]))
太陽記号は Hershey Vector Font で書けます~
> par(family="HersheySerif")
> plot(1, xlab="M\\SO")
しかし、Hershey と plotmath が並用できません。~
太陽記号は unicode にはありますが（"\u2299"）、Adobe Symb...
最終的には eps ファイルとして欲しいので、~
> plot(1, xlab=expression(M["\u2299"]))
> dev.copy2eps(file="out.eps")
などと、強引にやってみますと~
Warning messages:
1: In dev.copy(file = "out.eps", device = function (file...
font metrics unknown for Unicode character U+2299
以下、10個の警告が出されて、太陽記号は ... に変換されてし...
助言などありましたら助かります。最後に sessionInfo を書い...
R version 2.8.1 (2008-12-22)~
i686-pc-linux-gnu~
locale:~
LC_CTYPE=ja_JP.UTF-8;LC_NUMERIC=C;LC_TIME=en_US.UTF-8;LC_...
//
- Wiki書法を把握していなかったために醜くなったことをお詫...
- そのepsはLaTeXで使うのですか？もしそうなら、xlab='\\tex...
Linuxユーザのようなので、私が以前に書き殴ったシェルスクリ...
#!/bin/bash
TMPTEX=$$
TEX=/usr/bin/latex
DVIPS=/usr/bin/dvips
cd /tmp
cat <<EOF > $TMPTEX.tex
\documentclass{article}
\usepackage[dvips]{graphicx}
\usepackage[scanall]{psfrag}
\begin{document}
\thispagestyle{empty}
\includegraphics[scale=.8]
EOF
echo {$1} >> $TMPTEX.tex
cat <<EOF >> $TMPTEX.tex
\end{document}
EOF
$TEX $TMPTEX
$DVIPS -E $TMPTEX
echo You got /tmp/$TMPTEX.ps
rm $TMPTEX.tex $TMPTEX.dvi $TMPTEX.log $TMPTEX.aux $TMPT...
cd -
使い方は、\tex{}を埋め込んだRグラフィックのepsをこのスク...
- ありがとうございます！ LaTeXに eps が処理できるとは、思...
- 解決してよかったです。検索してみたら、私の使い捨てスク...
**数値変換 [#m4c883ae]
>[[初学者]] (2009-02-16 (月) 14:21:57)~
~
はじめまして。お世話になります。~
~
使用環境は、Windows XPで、RのVersionは、下記の通りです。~
R version 2.8.1 (2008-12-22)~
i386-pc-mingw32 ~
~
アンケートに逆転項目があるため、回答の数値を逆するため、...
~
［プログラム例］~
回答者１〜10の方のＱ１のデータを、１は７に、２は６に、・...
~
sid<-c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10)~
q01<-c(2,4,5,2,1,3,2,3,4,5)~
RDT<-data.frame(SID=sid, Q01=q01)~
~
RDT$Q01a<-NA~
~
if(RDT$Q01 == 1) {RDT$Q01a <- 7}~
if(RDT$Q01 == 2) {RDT$Q01a <- 6}~
if(RDT$Q01 == 3) {RDT$Q01a <- 5}~
if(RDT$Q01 == 4) {RDT$Q01a <- 4}~
if(RDT$Q01 == 5) {RDT$Q01a <- 3}~
if(RDT$Q01 == 6) {RDT$Q01a <- 2}~
if(RDT$Q01 == 7) {RDT$Q01a <- 1}~
~
以上、アドバイスよろしくお願いいたします。~
//
- RDT$Q01a <- 8-RDT$Q01 そんだけ。 -- &new{2009-02-16 (...
- どうしても条件分岐でやるなら，こんな感じでしょうか． --...
> sid <- 1:10
> q01 <- c(2, 4, 5, 2, 1, 3, 2, 3, 4, 5)
> RDT <- data.frame(SID=sid, Q01=q01)
>
> RDT$Q01a <- NA
> RDT$Q01a[RDT$Q01 == 1] <- 7
> RDT$Q01a[RDT$Q01 == 2] <- 6
> RDT$Q01a[RDT$Q01 == 3] <- 5
> RDT$Q01a[RDT$Q01 == 4] <- 4
> RDT$Q01a[RDT$Q01 == 5] <- 3
> RDT$Q01a[RDT$Q01 == 6] <- 2
> RDT$Q01a[RDT$Q01 == 7] <- 1
> RDT
SID Q01 Q01a
1 1 2 6
2 2 4 4
3 3 5 3
4 4 2 6
5 5 1 7
6 6 3 5
7 7 2 6
8 8 3 5
9 9 4 4
10 10 5 3
- まあ，せめて for (i in 1:7) RDT$Q01a[RDT$Q01 == i] <- ...
- どうもありがとうございます。みなさん、とてもエレガント...
- まあ，おもしろみという観点から言えば，RDT$Q01a <- (7:1)...
- as.numeric(as.character(factor(RDT$Q01,levels=1:7,label...
**lines()が使えない [#n4caf15d]
>[[capetapeta]] (2009-02-14 (土) 10:06:54)~
~
Macintosh、Windows、Linux（Win,Linuxは仮想マシン）いずれ...
という投稿をしましたが、結局線がプロットできないという結...
//
- Windows,mac,Linux,AIX,Solaris, いろんなマシンでRを動か...
- arrows, axis, box, grid, rect, polygon, segments などは...
- とりあえず問題の切り分けを考えてみてはどうでしょう。exa...
- 具体的にどのような命令をしているのかを示したらいいので...
- 以前の情報からだと、Mac OS X 10.4.11 (Darwin8.11.1) の...
- 具体的にどのような命令をしているのかを示したらいいので...
- 戻って来たら、あれ、二重書きになっている。同時に書き込...
- ＞ Mac OS X 10.4.11 (Darwin8.11.1) のようですが~
もうねえ。ごめんください。勘弁してください。ああだこうだ...
- すみません。私の環境(OSX10.5.6)でもdarwin8.11.1でした。...
- 要するに，最新の状態で異常が生じますと言うことなら，報...
- Mac OSX 10.5.6 でハードはMacBookPro 15inchです.Rは2.8....
- こちらはMacBookPro 15インチ、MacOSX 10.5.6 R 2.8.1です...
- 勝手ながら見出しを修正させていただきました。 -- &new{2...
- 僕自身の問題とは一体どういう点をさすのでしょうか？ コ...
- お困りなのはよく分かりますが、私が勧めた「ご自身の問題...
- 忙しいのかも知れないけど、良い回答が得られているとcapet...
- あれからいろいろ試してみたんですがこのＯＳを仮想マシン...
- あなたの作図手順と結果(エラーメッセージも同じなのか)な...
- クリーンな状態で描けないのかを試したのですか。この辺り...
- pdf("test.pdf"); x <- rnorm(20); y <- rnorm(20); a <- l...
**while等で、１日廻したいが、１時間でハングする。 [#x0904...
>[[独学中]] (2009-02-14 (土) 09:15:58)~
~
いろいろ検索してみましたが、いい案がなく、どなたか助言を...
やりたいこと~
測定データのファイルが、あるディレクトリに入るのをwhile...
入ってくれば、統計処理させたい。~
測定は、約３分ごと。~
データファイルの大きさは、70KBで、３６本ほど。~
困っていること~
一時間ほど、走らせると、Rがハングしている。~
~
使用環境 winXP, R ver2.8.1 memory.limitは、1500MB~
以下の工夫をしているが、効果なし。~
変数は、使い終われば、rm(),gc(),gc().~
sinkで、出力先を変更~
Rconsoleが、メッセージで一杯かと思い、１０分ほどで、ESC...
メッセージは、表示されない。（何事もなく、＞を表示。）~
//
- こんなタイマー的な非同期処理はRの中でやることなの？Rの...
- そうでもないと思いますけどね。うまくいかなかったからク...
- 例えば，以下のどこが悪いというんでしょうか？ -- &new{2...
> while(1) {
if (file.exists("test.R")) {
print("Oh!, I got it")
# do somethig
file.remove("test.R")
}
}
- ポーリングするのに, WAITが殆ど(全く)無いので応答の無い...
- ご回答ありがとうございます。計測プログラムとファイルの...
**コックス回帰でのAICの求め方について [#d6d8b447]
>[[R初心者7]] (2009-02-08 (日) 22:42:22)~
~
はじめまして。お世話になります。~
~
使用環境は、WindowsXPで、Rのパッケージは下記のようになっ...
R version 2.6.2 (2008-02-08) ~
i386-pc-mingw32 ~
~
locale:~
LC_COLLATE=Japanese_Japan.932;LC_CTYPE=Japanese_Japan.932...
~
attached base packages:~
[1] stats graphics grDevices utils datasets met...
~
~
私は、樹木の生存時間に効く要因を求めようとしています。~
複数の要因を組み合わせたモデルを作成し、どのモデルが生存...
例えば下記のようなデータでコックス回帰し、AICを求めようと...
~
testdata~
~
time event density height light~
5 1 3.05 48 2.7~
5 0 6.36 44 6.3~
3 0 5.38 107 6.9~
8 0 2.57 39 5.8~
2 1 0.38 150 2.7~
9 1 1.99 194 3.1~
~
#density, height, lightが要因~
~
> library(KMsurv)~
要求されたパッケージ survival をロード中です
要求されたパッケージ splines をロード中です
> ~
> require(survival)~
> ~
> data <- read.delim("testdata.txt",T)~
> ~
> model.01 <- coxph( Surv (time, event) ~ density + heigh...
> ~
> AIC(model.01)~
以下にエラー UseMethod("logLik") :
"logLik" に適用可能なメソッドがありません
~
となり、AICが求められません。~
~
どなたか、解決方法をご教示頂ければ幸いです。~
ちなみにstepを使えば、AICが一応出てくることは確認していま...
必要な情報を失念している場合もあるかと思いますので、その...
//
- extractAIC()が使えますよ． -- [[surg]] &new{2009-02-09 ...
> library(survival)
> data <- data.frame(
+ time = c(5, 5, 3, 8, 2, 9),
+ event = c(1, 0, 0, 0, 1, 1),
+ density = c(3.05, 6.36, 5.38, 2.57, 0.38, 1.99),
+ height = c(48, 44, 107, 39, 150, 194),
+ light = c(2.7, 6.3, 6.9, 5.8, 2.7, 3.1)
+ )
> model.01 <- coxph( Surv (time, event) ~ density, data=...
> model.02 <- coxph( Surv (time, event) ~ density + heig...
> model.03 <- coxph( Surv (time, event) ~ density + heig...
Warning message:
In fitter(X, Y, strats, offset, init, control, weights =...
Ran out of iterations and did not converge
> extractAIC(model.01)
[1] 1.000000 6.075746
> extractAIC(model.02)
[1] 2.000000 7.280983
> extractAIC(model.03)
[1] 3 6
- 回答ありがとうございます。extractAIC()を初めて知りまし...
**高次多項式によるデータの近似式の作成 [#l9b377c4]
>[[hoso]] (2009-02-05 (木) 16:13:39)~
~
データとして(X,Y)のペアが100個ぐらいあり、高次多項式Y=f(X...
~
このような問題をＲで実行するとどのようになるでしょうか。...
~
よろしくお願いします。~
//
- この記事は他の場所(R-jp メイリングリスト)に投稿され、回...
- > エクセルの分析ツール＋回帰分析を行ってみると直線近似...
エクセルでは，Xの2乗の列，3乗の列，4乗の列...というのを，...
R では以下のように。 -- &new{2009-02-05 (木) 21:17:00};
d <- data.frame(
x = c(1.6, 2.7, 4.2, 5.6, 6.1, 6.7, 7.9, 8.8, 9....
y = c(6.9, 6.1, 5.6, 6.3, 7.2, 8.2, 7.9, 8.5, 8....
plot(y~x, data=d, ylim=c(1,9))
a <- lm(y~x+I(x^2)+I(x^3)+I(x^4)+I(x^5)+I(x^6)+I(x^7)+I(...
x2 <- seq(1, 10, length=1000)
d2 <- data.frame(x=x2)
y2 = predict(a, newdata=d2)
lines(y2~x2)
- poly を使えばもっとスマートに書けますよ。 lm( y ~ poly(...
**par$maiをPDFに反映させたい [#c75408d8]
>[[＜ふ＞]] (2009-02-02 (月) 13:52:56)~
~
R2.6.1を使っています。~
~
グラフを書かせるにあたって、maiで余白を設定し（c(1,1,1,1)...
~
PDFに出力する場合の、このようなパラメータの設定はどこでや...
~
よろしくお願いいたします。~
//
- 雛形からこっちに移動させました。どこをどう読んだらわざ...
- すみません。移動、ありがとうございます（汗）。 -- [[＜...
- 設定を関数の中にもっていった際に、）を一つ忘れて、エラ...
**パッケージのインストールエラーについて [#k97eeaed]
>[[新参]] (2009-02-02 (月) 12:01:40)~
~
お世話になります。~
R2.8.1、XPにパッケージ(Rcmdr）をインストールした時、下記...
また、zipファイルをローカルに落として、"ローカルにあるパ...
またRcmdrだけではなく、他のパッケージでも（例：glmmMLやfa...
回復方法を教えていただけると助かります。よろしくお願いし...
~
~
> utils:::menuInstallPkgs()~
--- このセッションで使うために、CRANのミラーサイトを選ん...
URL 'http://cran.md.tsukuba.ac.jp/bin/windows/contrib/2....
Content type 'application/zip' length 2389722 bytes (2.3 ...
開かれた URL
downloaded 2.3 Mb~
~
パッケージ 'Rcmdr' は無事に開封され、MD5 サムもチェック...
以下にエラー normalizePath(path) :
path[1]: 指定されたファイルが見つかりません。
~
> library(Rcmdr)~
以下にエラー library(Rcmdr) : 'Rcmdr' という名前のパッ...
~
パッケージのインストールでつまづくと、作業が進まず非常に...
どなかたアドバイスいただけないでしょうか。お願いします。~
//
- パッケージを入れる場所が（Rにとって）不正である可能はあ...
- 不正であるかはどのようにすればわかるのでしょうか？ > ....
- 不正であるかはどのようにすればわかるのでしょうか？ > ....
**plot.newとabline? [#m50b90d6]
>[[capetapeta]] (2009-02-01 (日) 21:14:59)~
~
> x <- c(1,3,4,6,8,9,12)~
> y <- c(5,8,6,10,9,13,12)~
> par(mfrow = c(1,3))~
> plot(x,y,ylim = c(0,16))~
> abline(0,0.68)~
以下にエラー int_abline(a = a, b = b, h = h, v = v, untf...
まだ plot.new が呼ばれていません
~
というエラーが発生しました。質問項目やヘルプを探しました...
//
- ablineする前にWindowを閉じました? -- [[なかま]] &new{20...
- いいえ 閉じてはおりません。この画面通りそのまま打ちま...
- sessionInfo() の実効結果の添付出来ますか? あまり思いつ...
- R version 2.8.1 (2008-12-22) i386-apple-darwin8.11.1 ...
- アプリケーションの中のRを起動しましたか？それとも, 端末...
- 同じ環境で試しましたが、エラーが再現できませんでした。 ...
- 使っているOSはMacOSX（10.5.6）でバーチャルでWindows(XP,...
- どのようにインストールされたのでしょうか？また、あなた...
- Rwikiの指示に従ってサイトに進みソフトをそれぞれインスト...
- ubuntuをつかってやってみましたがやはり同じ結果でした。 ...
- XPの環境でも試しましたが、エラーが再現されません。やは...
- もしかして、Rエディタから実行してませんか？abline(0,0.6...
- plotの実行後, グラフが表示されていますか? (ablineの入力...
- abline()の入力前はグラフは正常に表示されます。もしかし...
- ↑たぶんそうだと思いますが、いずれにしてもこちらの環境で...
- 同じマシン上での問題(マルチブート環境)なら, マシンの問...
**ダイナミックパネルデータ分析における寄与率について [#z3...
>[[初心者]] (2009-01-28 (水) 14:27:40)~
~
こんにちわ。~
~
「pgmm」を用いてダイナミックパネルデータ分析を行い、summa...
~
いろいろ自分で試行錯誤してみましたが、わからなかったので...
//
- str()してみたらどうですか？あと、回答する人が無駄打ちし...
**Vista版R 2.8.1でPDFを作成するときの日本語フォントが [#...
>[[Vista使い]] (2009-01-27 (火) 00:51:14)~
~
Vista版RでPDFを作成するときの日本語フォントはどうすればよ...
setHook(packageEvent("grDevices", "onLoad"),function(...)...
ですが、"Japan1"でも、"Japan1"のところをいろいろ変えても...
どうかコメントおねがいします。~
//
- s/ps/pdf/ しる. ?pdf.options も -- [[なかま]] &new{2009...
- ううん。"Japan1" "Japan1HeiMin" "Japan1GothicBBB" "Japa...
- pdf("hoge.pdf", family="Japan1") としても駄目? それに何...
- pdf("hoge.pdf", family="Japan1")でうまくいきました！で...
setHook(packageEvent("grDevices", "onLoad"),function(...)
grDevices::ps.options(family="Japan1"))
setHook(packageEvent("grDevices", "onLoad"),function(...)
grDevices::pdf.options(family="Japan1"))
とすることで、文字化けしないPDFが出来ました。以前だったら...
- Vistaに依存するわけではなくって, 単にバージョンのちがい...
**非標準化係数に関するデータ [#x382ccff]
>[[kato]] (2009-01-26 (月) 11:11:44)~
~
こんにちは．~
step関数を用いて重回帰分析を行った後，得られたそれぞれの...
検索で調べてみましたが，95％信頼区間はグラフ上に示す方法...
例えば以下のようなデータで，glm()後にstep()を行うと，~
>data~
身長 体重 年齢
1 179 82 26~
2 170 67 31~
3 188 89 36~
4 180 88 39~
5 183 89 35~
6 181 94 26~
7 184 83 27~
~
> summary(result.glm)~
~
Call:~
glm(formula = 体重 ~ 身長, data = data)~
~
Deviance Residuals: ~
1 2 3 4 5 6 ...
-0.4665 -4.4154 -4.5175 4.3056 1.6220 9.0777 -5....
~
Coefficients:~
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) -137.3270 78.1518 -1.757 0.1392 ~
身長 1.2279 0.4323 2.840 0.0362 *~
---~
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ...
~
(Dispersion parameter for gaussian family taken to be 35....
~
Null deviance: 457.71 on 6 degrees of freedom
Residual deviance: 175.12 on 5 degrees of freedom~
AIC: 48.402~
~
Number of Fisher Scoring iterations: 2~
~
となりますが，その後にどのようにして95％信頼限界，R2，F値...
すみませんが，よろしくお願いします．~
//
- 95%信頼区間は単に Estimate ± 2＊Std.Error でしょう...
- ご返答ありがとうございます．よくわかっておらず，申し訳...
- Deviance もしくは AIC。意味（特に Deviance） はDobso...
- わかりました．参考文献まで教えていただき，ありがとうご...
**Rのコンソールの内容をファイルに保存する [#m8381900]
>[[初心者]] (2009-01-25 (日) 20:43:44)~
~
R で長いプログラムを書いております．~
Rのコンソールの内容（命令＋実行結果＋エラーメッセージ＋警...
をファイルに保存するにはどうすればよいのでしょうか？~
例えば，sinkだと実行結果しか保存できません．教えていただ...
ちなみに R 2.8.1, OS は Ubuntulinux を使っております．~
//
- RjpWiki の検索窓でキーワード「R出力の記録」で検索 -- ...
- ありがとうございます。「R | tee R.log」で実現できました...
- tee では標準出力だけしか記録されませんね。エラーメッセ...
- Windowsのteeコマンドについては[[ここ:http://www.microso...
- R CMD BATCH hoge.R hoge.Rout ってすれば良いのでは? -- [...
**plotでylim [#t59f2215]
>[[nanbuwks]] (2009-01-24 (土) 11:53:03)~
~
こんにちは。~
plot(1:10,type="l",ylim=c(0,10))
とすると、y軸の目盛が0,2,4,6,8,10と振られますが、y軸の底(...
大体プロット領域は-0.5から10.5ぐらいになっているようです...
どうしたらいいでしょうか。~
なお、barplotと重ね合わせをする目的なので、x軸を上にずら...
//
- 軸の範囲はpar(yaxs="i")、[[ここ:http://www.okada.jp.org...
plot(1:10,yaxs="i")
plotを重ねるならpoints()とか~
barplot(matrix(1:10,2))
points(1:5)
検索すればいろいろでてくると思います。デモデータとかある...
- 完璧です。ありがとうございます！ parのマニュアルは見て...
**メモリ不足 [#o6f527c4]
> (2009-01-23 (金) 15:17:52)~
~
SVMを使いたいのですが、「エラー：サイズ 276.9 Mb のベクト...
PCのメモリは2GBで、57600×101(ヘッダー含む)のデータを判別...
~
メモリを変える以外になにか解決方法ありませんでしょうか？~
//
- R.huge?使ったことないけど。[[R で大規模データを処理する...
- R.hugeパッケージをインストールしてみましたが、調べてみ...
どのように使えばいいのでしょうか？ -- &new{2009-01-27 (...
- ガベージコレクタをかけてみるとか、動いているアプリを落...
- WindowsＸＰだとして、pdfのマニュアル「R-intro.pdf」に -...
‘--max-mem-size=N’
(Windows only) Specify a limit for the amount of memory ...
objects and working areas. This is set by default to the...
the amount of physical RAM in the machine, and must be b...
maximum allowed on that version of Windows.
-という、オプションがあるらしいです．自分の環境「WindowsX...
"C:\Program Files\R\R-2.8.0\bin\Rgui.exe" --max-mem-size...
とすることで、使用できるメモリが増えました．ただしXPでは...
-オプションを付けずに起動したＲ
> x <- matrix(0.0,57600,101*20)
エラー： サイズ 887.7 Mb のベクトルを割り当てることが...
> gc()
used (Mb) gc trigger (Mb) max used (Mb)
Ncells 105955 2.9 350000 9.4 350000 9.4
Vcells 74584 0.6 786432 6.0 353875 2.7
-「 --max-mem-size=1800M」を付けて起動したＲ
> x <- matrix(0.0,57600,101*20)
> gc()
used (Mb) gc trigger (Mb) max used (Mb)
Ncells 105950 2.9 350000 9.4 350000 9.4
Vcells 116426576 888.3 128697668 981.9 116426905 888.3
**クラスタ分析後の樹形図の作成 [#i0552774]
>[[初学者]] (2009-01-21 (水) 18:25:08)~
~
はじめまして。お世話になります。~
~
使用環境は、Windows XPで、RのVersionは、下記の通りです。~
R version 2.8.1 (2008-12-22) ~
i386-pc-mingw32 ~
~
locale:~
LC_COLLATE=Japanese_Japan.932;LC_CTYPE=Japanese_Japan.932...
~
attached base packages:~
[1] stats graphics grDevices utils datasets met...
~
other attached packages:~
[1] cluster_1.11.12 MASS_7.2-45 ~
~
loaded via a namespace (and not attached):~
[1] tools_2.8.1~
~
質問ですが、クラスター分析後に樹形図を作成しましたが、（...
~
たとえば、下記のプログラム例ですと、（縦型）樹形図の最下...
※実際には、「単一の名前」を用いたデータを利用しますが、説...
~
（プログラム例）~
DST.d <- dist(iris)~
DST.hc1<-hclust(DST.d, method="ward")~
plot(DST.hc1, hang=-1, main="ウォード法")~
~
以上、アドバイスの程よろしくお願いいたします。~
//
- Rコンソール上で ?hclust を実行してみてください。hclust...
DST.d <- dist(iris)
DST.hc1<-hclust(DST.d, method="ward")
plot(DST.hc1, hang=-1, main="ウォード法",labels=iris$Spe...
- しっかりと作成できました。複雑に考えすぎ、上記プログラ...
**最小全域木 [#r3ba493f]
>[[初心です]] (2009-01-19 (月) 23:30:10)~
~
最小全域木のようなグラフを描きたいです~
matplot(x,type="p",pch=20)で点を書きsegments(7,70,8,78)で...
//
- igraphパッケージやsnaパッケージのグラフ描画機能を使って...
- ありがとうございます。今勉強中です -- [[初心です]] &new...
**パッケージインストールのエラーについて [#d1b9eb50]
>[[初級者]] (2009-01-18 (日) 19:17:48)~
~
お世話になります。~
R2.8.1、XPにパッケージ(tree）をインストールした時、下記の...
> install.packages("tree")~
--- このセッションで使うために、CRANのミラーサイトを選ん...
URL 'http://cran.md.tsukuba.ac.jp/bin/windows/contrib/2....
Content type 'application/zip' length 152558 bytes (148 K...
開かれた URL
downloaded 148 Kb~
~
パッケージ 'tree' は無事に開封され、MD5 サムもチェックさ...
以下にエラー normalizePath(path) :
path[1]: 指定されたファイルが見つかりません。
> library(tree)~
以下にエラー library(tree) : 'tree' という名前のパッケ...
//
- 同じ環境で試しましたが、再現されません。コマンドではな...
- Ver2.7.2、XPproで試してみましたが同じくエラーは出ません...
- お忙しい中、アドバイス、試行結果ありがとうございました...
- 理由は分かりませんが、ミラーサイトを変更したらすんなり...
**2変量混合正規分布に従う乱数 [#x4b4750f]
>[[Rin]] (2009-01-16 (金) 15:50:03)~
~
はじめまして。~
プログラムについての質問です。~
φを平均-1，分散1の正規分布に従う確率変数，ψを平均2，分散1...
f(x,y)=0.6φ(x,y)+0.4ψ(x,y)~
に従う2変量混合正規乱数を発生させたいのですが、どのように...
現在、自分が書いたものではないのですが、他の方が書いたプ...
# nc:発生させる乱数のデータ数~
#r:相関係数~
gendat <- function(nc, r) ~
{~
# 仮のデータ行列を作る。この時点では変数間の相関は近...
z <- matrix(rnorm(2*nc), ncol=2)
# 主成分分析を行い，主成分得点を求める。この時点で変...
res <- eigen(r2 <- cor(z))
coeff <- solve(r2) %*% (sqrt(matrix(res$values, 2, 2...
z <- t((t(z)-apply(z, 2, mean))/sqrt(apply(z, 2, var)...
# コレスキー分解の結果をもとに，指定された相関係数行...
z %*% chol(matrix(c(1, r, r, 1), ncol=2))
}~
このプログラムを、2変量混合正規乱数を発生させるためのプロ...
gendat2 <- function(nc, r)~
{
z <- matrix((rnorm(2*nc)-1)+3*(runif(2*nc) > 0.6), ncol...
res <- eigen(r2 <- cor(z))
coeff <- solve(r2) %*% (sqrt(matrix(res$values, 2, 2,
byrow=TRUE))*res$vectors)
z <- t((t(z)-apply(z, 2, mean))/sqrt(apply(z, 2, var)*(...
z %*% chol(matrix(c(1, r, r, 1), ncol=2))
}
１行目のzの部分を変えてみました。~
z <- matrix((rnorm(2*nc)-1)+3*(runif(2*nc) > 0.6)
の部分は、rjpwikiの『ヒストグラムと密度の推定』の、『f(x)...
~
しかし結果を見てみると、どうもf(x,y)=0.6φ(x,y)+0.4ψ(x,y)...
コレスキー分解の部分を理解していないので、きっとその辺り...
//
- X1,X2,R をそれぞれ φ1、φ2 と確率 0.6 で 1, 確率 0.4...
**点から伸ばした垂線が直線と交わる座標の求め方 [#u04a64ff]
>[[Saito]] (2009-01-14 (水) 23:49:00)~
~
いつもお世話になっております。~
ある点の座標とその座標からある直線までの距離がわかってい...
x <- 0;y <- sqrt(2)#座標の作成
plot(x, y, xlim=c(0,3), ylim=c(0,3), col="red")#座標の...
abline(a=0, b=1)#直線式の定義(ここではy=x)
d <- 1#座標から直線までの距離(既知)
このようなとき、つまり(x,y)=(0,sqrt(2))という座標からy=x...
最初にoptimを試して垂直距離が最小になるような座標を推定し...
どなたか交点の座標が分かる方がおりましたらご教授願えませ...
なお、環境はWindowsXp、R-2.8.1です。~
よろしくお願い致します。~
//
- これでどうでしょうか(初歩的な線形代数か)． -- [[hidee]]...
x <- 0 ; y <- sqrt(2)/2 #座標の作成
plot(x, y, xlim=c(0,3), ylim=c(0,3), col="red") #座標の...
intercept <- 0 ; slope <- 1 # 直線の定義 (y = x)
abline(a = intercept, b = slope) # 直線の表示
slope2 <- -1/slope # 直交する直線の傾き
intercept2 <- -slope2 * x + y # 直交する直線の切片
abline(b=slope2, a=intercept2) # 直交する直線の表示もし...
cross.p <- solve( # 連立方程式の解(交点座標) = これが求...
matrix(
c(-slope, -slope2, 1, 1), 2, 2),
matrix(
c(intercept, intercept2)))[,1]
(d <- sqrt(sum((cross.p - c(x, y))^2))) # ついでに距離の...
ちなみに例題の解は1にはならないような．．．
- hideeさんありがとうございます。おかげ様で解決致しまし...
- えっと、そういえばhideeさんが示してくださった直交する直...
- ミスしていますね．点の座標がx=0で見落としていました．コ...
**arulesで、listデータからtransactionの処理ができなくなっ...
>[[NewComer]] (2009-01-14 (水) 14:18:19)~
~
R2.7.0、ＸＰで、アッソシエーション分析をしていました。１...
arulesを再インストール（全パケージをインストールしたため...
listからtransactionの処理が出来なくなりました、本を見なが...
分かりません。以下、データを添付しますので、よろしくお願...
＃テスト用に作成したデータ~
install.packages("arules",dependencies=TRUE)
library(arules)
{data<-list(c("Ａ","Ｂ","Ｃ","Ｄ"), c("Ｅ","Ａ","Ｇ","Ｂ...
data.tran<-as(data,"transactions")
class(data.tran)
＃結果
> {data<-list(c("Ａ","Ｂ","Ｃ","Ｄ"),
+ c("Ｅ","Ａ","Ｇ","Ｂ"))}
> data.tran<-as(data,"transactions")
以下にエラー validObject(.Object) :
不正なクラス "ngCMatrix" オブジェクト： row indices are...
＃昨年末arulesは改版されているので、これと関係あるのだろ...
Package: arules~
Version: 0.6-7~
Date: 2008-13-12~
Title: Mining Association Rules and Freque...
~
#library(arules)を実行すると、下記の様なメッセージが出る...
関係あるのだろうか？~
要求されたパッケージ Matrix をロード中です
要求されたパッケージ lattice をロード中です
次のパッケージを付け加えます: 'Matrix'
The following object(s) are masked from package:s...
xtabs
The following object(s) are masked from package:b...
colMeans,
colSums,
rcond,
rowMeans,
rowSums
次のパッケージを付け加えます: 'arules'
The following object(s) are masked from package:b...
%in%
//
- listをdata.frameにしてはいかがでしょうか. とりあえず. -...
- ご多様中にも関わらず、早速のご回答ありがとうございまし...
//- dataA <- data.frame(do.call("rbind",lapply(data,`leng...
- data.frameやmatrixに直して処理するしかないような. itemM...
- 迅速なコメント、頭が下がります。ありがとうございます。...
- あっ〜〜, ど阿呆でした. data<-lapply(data,sort) と前処...
- 元のコードに、 data<-lapply(data,sort)を追加したところ...
**VineLinuxでソースからのビルド [#w28ae16a]
>[[当方]] (2009-01-11 (日) 19:28:21)~
~
Linux の中には実行ファイルが用意されていないものがありま...
当方，VineLinux 4.2 を使っており，以下の手順でソースから...
- ルート権限になった後，下記サイトから R-2.8.1.tar.gz を...
[[http://cran.md.tsukuba.ac.jp/src/base/R-2/R-2.8.1.tar.g...
-「R HOME」というディレクトリを作成した後，ここで R-2.8.1...
-Linux 環境によっては「f77（g77で代替化）」「readline」「...
⇒ ここで，「g77」「c++」はインストールできるのですが，「r...
$ apt-get update
$ apt-get install gcc-g77
$ apt-get install readline
$ apt-get install gcc
$ apt-get install gcc-c++
- kterm 上で「R HOME」に移動し、下記コマンドを実行する。
$ ./configure
$ make
$ make install
- 質問したいことは，「./configure」実行中に以下のエラーが...
configure: error: --with-readline=yes (default) and head...
//
- 手元にVineがないので確認できませんが、readlineではなくr...
- 残念ながら「readline4」を入れても同様のエラーが出ました...
./configure --with-readline=no --with-x=no
とすると，何とかインストールできました．ありがとうござい...
configure: error: --with-x=yes (default) and X11 headers...
- Vineのgccは3.3系だったと思いますが, 3.4系以上でなければ...
- なるほど。私はubuntuなのですが、Rライブラリのインストー...
- なかまさん、ありがとうございました！コメントいただいた...
$ apt-get install XOrg-devel
$ apt-get install readline-devel
**R2.8.1におけるRエディタの背景色の自動変更について [#dd1...
>[[Saito]] (2009-01-11 (日) 19:11:22)~
~
いつもお世話になっております。~
R2.8.1になって、編集→GUIプリファレンスと進みコンソール画...
なお使用環境はWindowsXpです。~
//
- そこは黒固定です. -- [[なかま]] &new{2009-01-13 (火) 13...
- そうでしたか。では黒字に合わすしかないのですね。ありが...
- 2.8.0までRエディタの背景色は白，黒文字で固定でした．ど...
**Contourグラフ [#eaed33cf]
>[[EDI]] (2009-01-11 (日) 09:02:29)~
~
Contnurグラフを作成しようと考えています。~
~
xy平面上にplot()を用いて散布図を作成しました。~
~
平面上に散布された点(因子)の密度を数値化し、その数値をz値...
まだ初心者なので、調べ方も不十分なのかとは思いますが、多...
~
そこで、(x,y)を定義するだけで、私の考えているようなContnu...
あるいは、xy平面上に散布されたの点の密度分布をすべての格...
//
- 「そういった関数でもかまいません」だと答えにくいのでは...
- xy平面上の任意の点から1単位距離に含まれる(xy平面に散布...
- もしかしたら私が過去に初級者コースに投稿した[[「ある範...
**回帰線の95%信頼区間 [#z8218f8c]
>[[ま]] (2009-01-10 (土) 20:09:47)~
~
glmで誤差分布をポアソン分布とし，一般化線形回帰モデルを使...
~
参考として，疑似データでの解析したスクリプトを添付いたし...
~
#疑似データ作成~
x1<- c(1:10)~
y1<- c(0,0,5,15,10,30,40,200,290,1000)~
plot(x1,y1,ylim=c(0,1500))~
~
#作図（回帰直線）~
m <- glm(y1~x1,family=poisson(link=log))~
summary(m)~
x.val <- seq(min(x1),max(x1),0.1)~
lines(x.val,predict.glm(m,newdata=data.frame("x1"=x.val),...
//
- 正規分布ならこんなのがあるみたいです。金先生のサイトの...
data(cars)
library(simpleboot)
car.lm <- lm(dist~speed, data=cars)#線形モデルで回帰
car.boot <- lm.boot(car.lm, R =2000)#ブートストラップ
plot(car.boot, xlab="speed", ylab="dist")
ポアソンだとこれでは上手くいかないようですが、参考までに...
- ありがとうございます。ポアソンでも動くには動くには，ポ...
- 推定値の信頼区間とはConfidential intervalのことですか？...
- Saitoさま，ありがとうございます。すみません，適切な言葉...
**エクセルへの書き出し [#ud9a1bcf]
>[[みち]] (2009-01-09 (金) 19:59:59)~
~
Rでの実行結果をエクセルに書き出す方法を教えてください。~
//
- まず自分で調べなさい。そして[[RでEXCELのファイルを読む:...
- 「xlsフォーマットで書き出す」なら上記ですが、「エクセル...
- 確かに。エクセルはdelimiterの指定ができるので、自由度は...
**DPpackageのインストール [#d7087b2f]
>[[tonton]] (2009-01-08 (木) 22:38:15)~
~
CRANのhttp://cran.r-project.org/web/packages/DPpackage/in...
これをRでインストールしようとしたのですが失敗します。~
以下のようになります。~
~
> install.packages("C:/DPpackage_1.0-6.tar.gz",contriburl...
以下にエラー gzfile(file, "r") : コネクションを開くこと...
追加情報: Warning messages:
1: In zip.unpack(pkg, tmpDir) :~
zip ファイルから抽出中にエラー 1 が起こりました
2: In gzfile(file, "r") :~
圧縮されたファイル 'DPpackage/DESCRIPTION' を開くことが...
~
WindowsXPでR2.8.0を使用しています。~
どなたか解決方法を教えて下さい。~
//
- Windows版では.tar.gzではなくて，.zipをインストールする...
- install.packages()で見れるインストールできるパッケージ...
- リンク先をみるとWindowsバイナリはunavailableとなってい...
- １つ前のバージョンを.zipでインストールできました。あり...
**minhash法 [#x1483d34]
>[[okinawa]] (2009-01-08 (木) 17:40:48)~
~
いつもお世話になっております。okinawaです。jaccard係数を...
環境は：windowsXPSP3,R2.7.2~
//
- 自己レスです。veganというパッケージがあるようです。勉強...
- clv パッケージにありました。 -- [[okinawa]] &new{2009-...
**繰り返し計算 [#vb512b12]
>[[ぽち]] (2009-01-06 (火) 08:59:17)~
~
すみません。一通り探したのですがわかりませんでした。~
以下のような流れでspreadsheetについて計算をしたいのです。...
si <-data.frame(sample(data[2:11],10,replace=T))~
a <-data.frame(rowMeans(si[,1:5]))~
b <-data.frame(rowMeans(si[,6:10]))~
AB <-a/b~
どなたかお教えいただけないでしょうか？~
//
- forで回せばいいんじゃないの？ -- &new{2009-01-06 (火) ...
- よく使う機能なら、関数にして、lapply()するのも良いかと...
- sapply( 1:1000 , function(i){ほにゃらら} ) ; でやってま...
- ありがとうございます。 -- [[ぽち]] &new{2009-01-07 (水)...
sapplyでできました。
sapply( 1:10 , function(i)
{si <-data.frame(sample(data[2:11],10,replace=T))
a <-data.frame(rowMeans(si[,1:5]))
b <-data.frame(rowMeans(si[,6:10]))
AB <-a/b} )
forの場合、どうやら変なことをしてしまっているようで動かな...
set.seed(101)
m <- 10
replicate10 <- numeric(m)
for (i in 1:m) replicate500[i] <-function(i)
{si <-data.frame(sample(data[2:11],10,replace=T))
a <-data.frame(rowMeans(si[,1:5]))
b <-data.frame(rowMeans(si[,6:10]))
AB <-a/b}
また、関数を定義しようとしてみたのですが、これもどうやら...
ABC <-function(i)
{si <-data.frame(sample(data[2:11],10,replace=T))
a <-data.frame(rowMeans(si[,1:5]))
b <-data.frame(rowMeans(si[,6:10]))
AB <-a/b}
とした際に、ABCとした際に、sourceを使って呼び出すというと...
更なるご助言をお願いします。
- 引数のiがfunction内で使われていません。i=dataだと思いま...
ABC <- function(i)
{si <-data.frame(sample(i[2:11],10,replace=T))
a <-data.frame(rowMeans(si[,1:5]))
b <-data.frame(rowMeans(si[,6:10]))
AB <-a/b
}
ABC(i=data)
でどうでしょうか？ -- [[akira]] &new{2009-01-07 (水) 12:4...
- なるほど。そこが抜けていたんですね。どうもありがとうご...
**凡例の文字のフォントについて [#h412fbca]
>[[初心者です]] (2009-01-06 (火) 00:45:24)~
~
> legend(0,0.6,c("R","TPR","ATP"),col=1,pch=c(4,0,16),lty...
初心の質問で申し訳ありませんが、よろしくお願いします。~
//
- 全角も半角も同じ幅に見えるはずです. グリフもちゃんとフ...
- 手元にWindows環境がないので「MSゴシックのような半角文字...
- EPS形式の出力 > dev.copy2eps(file="ファイル名.eps",fam...
**print.rpartの結果をオブジェクトとして保存できませんか？...
>[[rpart]] (2009-01-06 (火) 00:13:24)~
~
rpartオブジェクトのprintの結果をオブジェクトとして保存し...
下記のようなテキストのツリー図が標準出力に表示されますが...
1) root 150 102.1683000 5.843333
2) Petal.Length< 4.25 73 13.1391800 5.179452
4) Petal.Length< 3.4
・・・・~
どなたか方法をご存知でしょうか？~
よろしくお願い致します。~
//
- capture.output(tree) で解決しました。 -- [[rpart]] &new...
**BRugsでの切断正規分布 [#qdf30df0]
>[[お正月]] (2009-01-05 (月) 12:47:11)~
~
ベイズ推定でBRugsを使っていて、事前分布において、あるパラ...
どなたか方法をご存知でしょうか？~
よろしくお願い致します。~
//
- msmパッケージ内にtnormがあります。 -- &new{2009-01-05 ...
- お忙しい中ご回答ありがとうございます。この関数は知りま...
**オプション価格計算パッケージについて [#ddbf4772]
>[[しょうりゅう]] (2009-01-03 (土) 14:33:22)~
~
データ分析においてRのすばらしさが実感しておりますが、デ...
//
**関数scatterplotを見つけることができませんでした [#of792...
>[[nanbuwks]] (2009-01-03 (土) 11:48:21)~
~
こんにちは。Rを試そうとして、いくつかのサイトを参考にイン...
> scatterplot.matrix( ~ID+月曜日+火曜日+水曜日, reg.line=...
エラー： 関数 "scatterplot.matrix" を見つけることができ...
~
> scatterplot( USD~seq, reg.line=lm, smooth=TRUE, labels=...
エラー： 関数 "scatterplot" を見つけることができません...
~
となります。~
MS-WindowsXP Professional上でバージョンはR2.8.1+Rcmdr1.4-...
"R User Configuration" http://androids.happy.nu/doc/r-tip...
を適用しています。~
このエラーのためか、Rコマンダーのグラフメニューに「散布図...
これは何かの不具合あるいはインストールミスなのでしょうか...
//
- 解決？ -- [[nanbuwks]] &new{2009-01-03 (土) 13:00:17};
- ミス投稿失礼しました。解決したかもしれません。Rの再起動...
**3D棒グラフについて [#b1461450]
>[[totoro]] (2008-12-28 (日) 20:14:54)~
~
3D棒グラフ(縦)の作り方をご教示いただけないでしょうか。~
Excelの3D棒グラフと同じようなものを作成しようと考えており...
persp関数も試したのですが、点を結ぶ形になってしまい上手く...
よろしくお願いします。~
//
- 以下のコードで作成されるような図でしょうか？latticeExtr...
~
> library(latticeExtra)
> cloud(VADeaths, panel.3d.cloud = panel.3dbars,
col.facet = "grey", xbase = 0.4, ybase = 0.4,
screen = list(z = 40, x = -30))
~
- ありがとうございます。大変助かりました。 -- [[totoro]] ...
**Web 上の raw データを画像として扱う方法 [#t1ef1269]
>[[師走]] (2008-12-26 (金) 11:49:50)~
~
Web 上より以下のように画像を取得して、画像として表示など...
~
> library(RCurve)
> x<-getBinaryURL("http://www.okada.jp.org/RWiki/Rlogo.j...
> class(x)
[1] "raw"
> summary(x)
Length Class Mode
3173 raw raw
~
上の"raw"形式を画像にする方法が分りません。rgdal も試し...
//
- writeBin(x,"c:/Rlogo.jpg")?それともrimageパッケージ? --...
- okinawa さん、ご教示ありがとうございます。writeBin でで...
**関数内で引数のオブジェクト名を使うには？ [#jeb56ae6]
>[[hidee]] (2008-12-25 (木) 19:08:22)~
~
> a <- 5
> (function(x){x})(a)
[1] 5
>
~
ですよね．~
~
ここで戻り値が"a"となるような関数定義は~
どのようにすれば良いのでしょうか．~
//実際にやりたいことは，
//関数内でaの実際のデータ5を使うとともに，
//"a"という名前を含む別のグローバルな変数を引いてくるために
//eval(parse(text=text))のtextに"a"
//(関数にあたえる実引数によって変わる)を使いたい，のです．
//
- (function(x){substitute(x)})(a) -- [[なかま]] &new{2008...
- なかま さん，ありがとうございます．
> a <- 10
> (function(x){substitute(x)})(a)
a
> class((function(x){substitute(x)})(a))
[1] "name"
> (function(x){deparse(substitute(x))})(a)
[1] "a"
> class((function(x){deparse(substitute(x))})(a))
[1] "character"
>
であることがわかりました．-- [[hidee]] &new{2008-12-25 (...
**gdbを使ったデバッグ [#u7c197a5]
>[[syou6162]] (2008-12-23 (火) 13:46:15)~
~
gdbを使ってRオブジェクトがどのように表わされるか調べよう...
http://www.is.titech.ac.jp/~mase/mase/R-exts.jp/R-exts.jp...
を参考にしているのですが、「中断点を do_get に置き、R の...
>Value returned is $1 = (SEXPREC *) 0x40583e1c~
と書いてあるのですが、これをどうやって得ればよいのかが分...
途中までの操作は以下のようになっています。~
~
/Users/yasuhisa% R -d gdb ...
GNU gdb 6.3.50-20050815 (Apple version gdb-768) (Tue Oct...
Copyright 2004 Free Software Foundation, Inc.
GDB is free software, covered by the GNU General Public ...
welcome to change it and/or distribute copies of it unde...
Type "show copying" to see the conditions.
There is absolutely no warranty for GDB. Type "show war...
This GDB was configured as "i386-apple-darwin"...Reading...
(gdb) r
Starting program: /Library/Frameworks/R.framework/Versio...
Reading symbols for shared libraries ++++........... done
Reading symbols for shared libraries . done
Reading symbols for shared libraries . done
R version 2.8.0 (2008-10-20)
Copyright (C) 2008 The R Foundation for Statistical Comp...
ISBN 3-900051-07-0
Rはフリーソフトウェアであり、「完全に無保証」です。
一定の条件に従えば、自由にこれを再配布することができま...
配布条件の詳細に関しては、'license()'あるいは'licence()'...
Rは多くの貢献者による共同プロジェクトです。
詳しくは'contributors()'と入力してください。
また、RやRのパッケージを出版物で引用する際の形式について...
'citation()'と入力してください。
'demo()'と入力すればデモをみることができます。
'help()'とすればオンラインヘルプが出ます。
'help.start()'でHTMLブラウザによるヘルプがみられます。
'q()'と入力すればRを終了します。
[以前にセーブされたワークスペースを復帰します]
Reading symbols for shared libraries ......................
Reading symbols for shared libraries . done
> DF <- data.frame(a = 1:3, b = 4:6)
>
Program received signal SIGINT, Interrupt.
0x9037c5e2 in select$DARWIN_EXTSN ()
(gdb) b do_get
Breakpoint 1 at 0x3bbbdf: file envir.c, line 1600.
(gdb) c
Continuing.
Program received signal SIGINT, Interrupt.
0x9037c5e2 in select$DARWIN_EXTSN ()
(gdb) c
Continuing.
^D
Save workspace image? [y/n/c]: c
> get("DF")
Breakpoint 1, do_get (call=0xde0, op=0x1016c28, args=0x1...
1600 SEXP rval, genv, t1 = R_NilValue;
(gdb)
//
- finish と(gdbなら)入れてみましょう. たぶん, 書いた人は,...
- コメントありがとうございます。
上と同じようなデータフレームを作るものをgdbからRのプロセ...
Current directory is ~/
GNU gdb 6.3.50-20050815 (Apple version gdb-768) (Tue Oct...
Copyright 2004 Free Software Foundation, Inc.
GDB is free software, covered by the GNU General Public ...
welcome to change it and/or distribute copies of it unde...
Type "show copying" to see the conditions.
There is absolutely no warranty for GDB. Type "show war...
This GDB was configured as "i386-apple-darwin".
/Users/yasuhisa/63250: No such file or directory.
Attaching to process 63250.
Reading symbols for shared libraries . done
Reading symbols for shared libraries ......................
0x9037c5e2 in select$DARWIN_EXTSN ()
(gdb) b do_get
Breakpoint 1 at 0x3bbbdf: file envir.c, line 1600.
(gdb) finish
Run till exit from #0 0x9037c5e2 in select$DARWIN_EXTSN...
0x004b864a in R_SelectEx (n=1, readfds=0x5cea40, writefd...
timeout=0x0, intr=0x4b8bc0 <handleInterrupt>) at sys-std...
152 val = select(n, readfds, writefds, exceptfds, t...
(gdb) c
Continuing.
Breakpoint 1, do_get (call=0xde0, op=0x1012628, args=0x1...
1600 SEXP rval, genv, t1 = R_NilValue;
(gdb) finish
Run till exit from #0 do_get (call=0xde0, op=0x1012628,...
do_internal (call=0x11c9d18, op=0x1010238, args=0x184a26...
1143 if (flag < 2) R_Visible = flag != 1;
Value returned is $1 = (struct SEXPREC *) 0x192a4a8
(gdb) p *$1
$2 = {
sxpinfo = {
type = 19,
obj = 1,
named = 2,
gp = 0,
mark = 0,
debug = 0,
trace = 0,
spare = 0,
gcgen = 0,
gccls = 1
},
attrib = 0x14f208c,
gengc_next_node = 0x192a488,
gengc_prev_node = 0x192a4c8,
u = {
primsxp = {
offset = 2
},
symsxp = {
pname = 0x2,
value = 0x0,
internal = 0x1a91c38
},
listsxp = {
carval = 0x2,
cdrval = 0x0,
tagval = 0x1a91c38
},
envsxp = {
frame = 0x2,
enclos = 0x0,
hashtab = 0x1a91c38
},
closxp = {
formals = 0x2,
body = 0x0,
env = 0x1a91c38
},
promsxp = {
value = 0x2,
expr = 0x0,
env = 0x1a91c38
}
}
}
(gdb) p R_PV($1)
$3 = void
(gdb) p R_PV($1->attrib)
$4 = void
(gdb)
アドレスは分かったのですが、R_PVで見てみようとするとvoid...
> sessionInfo()
sessionInfo()
R version 2.8.0 (2008-10-20)
i386-apple-darwin9.5.0
locale:
ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/C/C/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets me...
バージョン等で出力が違ったりするのでしょうか? -- [[syou61...
- 東工大の元の記事を見るとreturn はvoidであってます。表示...
- なるほど。voidでよさそうですね。ただ、"*$1の内容も若干...
- この場合, 貴方が参照すべきは, Rinternals.h です. 表示例...
- 昔とは変わっているんですね、なるほど。Rinternals.hを読...
**Windowsメタファイル [#vf46c867]
>[[(く)]] (2008-12-23 (火) 12:27:32)~
~
クラスタ分析の樹形図をWindowsメタファイルとしてPowerPoint...
画面上で日本語表示をさせて、それをメタファイルとしてPower...
１）クリップボード経由だと文字化けします。~
２）ファイル経由で取り込むと一見表示できるように見えます...
~
おそらく、WMFに含まれていると思われるビットマップが表示さ...
どのようにすれば日本語で編集可能なメタファイルが作成でき...
//
- 受け取り側（PowerPoint)にフォントが無いためだと思うので...
- たぶん, 最後に一貫性が保たれてたのはR-2.6.2ぐらいです. ...
- 現実的な解として、dev.copy2eps()などでeps形式で保存した...
$ pstoedit -f svm tmp.eps tmp.svm
とsvm形式（OpenOfficeのメタファイル形式）に変換し、次に、...
#ref(oodraw01.png)
- 多くの方々からご返事いただきありがとうございます。これ...
- Rdevgaを修正する方法で、あっさりうまく行ってしまいまし...
私の場合は、\Program Files\R\R-2.8.0\R\etc\Rdevgaに含まれ...
TT Arial : plain
TT Arial : bold
TT Arial : italic
TT Arial : bold&italic
次の4行に変更しました
TT MS Gothic : plain
TT MS Gothic : bold
TT MS Gothic : italic
TT MS Gothic : bold&italic
すると、メタファイルが文字化けせず編集できるようになりま...
ほとんど問題ないのですが、強いて言えば文字の表示場所が多...
一旦メタファイルを編集する際にフォントを大きくして、その...
pstoeditを使う方法は、gsのインストールで、現在躓いていま...
**因子分析：変数の数と因子の数について [#w421df1b]
>[[flyer]] (2008-12-20 (土) 15:21:53)~
~
因子分析での因子数について~
~
いつもお世話になります。~
「すべてがわかるアンケートデータの分析」（菅民郎 現代数...
例題で10人の生徒の数学、国語、英語の試験データから文系能...
する問題が載っております。~
Rにてこの問題を行おうとしたのですが、~
"以下にエラーfactanal(seiseki, factors = 2) : 2 factors i...
factorsを"1"で指定すると、factanalを実行できますが、求め...
3つの変数（ここでは3教科）では2つの因子を指定することは出...
よろしくお願いします。~
> seiseki <- matrix(c(2,3,3,1,4,5,2,2,3,3,2,1,5,4,5,4,4,...
> colnames(seiseki) <- c("数学","英語","国語")
> rownames(seiseki) <- c("001","002","003","004","005","...
> seiseki
数学 英語 国語
001 2 3 3
002 1 4 5
003 2 2 3
004 3 2 1
005 5 4 5
006 4 4 4
007 8 5 4
008 6 3 4
009 7 6 7
010 4 5 6
> (seiseki.fac <- factanal(seiseki, factors=2))
以下にエラーfactanal(seiseki, factors = 2) : 2 factors i...
> (seiseki.fac <- factanal(seiseki, factors=1))
Call:
factanal(x = seiseki, factors = 1)
Uniquenesses:
数学 英語 国語
0.639 0.005 0.239
Loadings:
Factor1
数学 0.601
英語 0.998
国語 0.872
Factor1
SS loadings 2.117
Proportion Var 0.706
The degrees of freedom for the model is 0 and the fit wa...
//
- 無理です。1因子のときの結果で、自由度が0とでていますね...
- 林さん、どうもありがとうございます。最尤法を易しく説明...
- 統計学を勉強したいのでなければ、分析手法として因子分析...
- 林さん、参考にさせていただきます。ありがとうございまし...
**txtファイルを区切る方法 [#zb28c645]
>[[tt]] (2008-12-20 (土) 12:15:11)~
~
00:18:37.25 13/08/2008 137.199799 35.094155 423.5 39.3 0....
00:18:37.50 13/08/2008 137.199799 35.094154 423.5 39.3 0....
00:18:37.75 13/08/2008 137.199800 35.094156 423.5 39.3 0....
00:18:38.00 13/08/2008 137.199800 35.094156 423.5 39.3 0....
00:18:38.25 13/08/2008 137.199799 35.094156 423.5 39.3 0....
00:18:38.50 13/08/2008 137.199800 35.094157 423.5 39.3 0....
00:18:38.75 13/08/2008 137.199800 35.094157 423.5 39.3 0....
00:18:39.00 13/08/2008 137.199800 35.094157 423.5 39.3 0....
00:18:39.25 13/08/2008 137.199800 35.094157 423.5 39.3 0....
というようなtxtファイルがあった場合、:や/で数値を区切るに...
//
- 文字列処理関数を調べなさい。 -- &new{2008-12-20 (土) 2...
- GPSのデータに見えます。「:や/で数値を区切る」とは、:や/...
例えば、ファイル名がtmp.txtとしたら、
$ sed -e 's/[:/]/ /g' tmp.txt
00 18 37.25 13 08 2008 137.199799 35.094155 423.5 39.3 0...
00 18 37.50 13 08 2008 137.199799 35.094154 423.5 39.3 0...
00 18 37.75 13 08 2008 137.199800 35.094156 423.5 39.3 0...
00 18 38.00 13 08 2008 137.199800 35.094156 423.5 39.3 0...
00 18 38.25 13 08 2008 137.199799 35.094156 423.5 39.3 0...
00 18 38.50 13 08 2008 137.199800 35.094157 423.5 39.3 0...
00 18 38.75 13 08 2008 137.199800 35.094157 423.5 39.3 0...
00 18 39.00 13 08 2008 137.199800 35.094157 423.5 39.3 0...
00 18 39.25 13 08 2008 137.199800 35.094157 423.5 39.3 0...
- だいぶ前のですみません。質問どおりだとstrsplitですかね...
**SASのLSMeans（調整済み平均値；Least-Square means）をRで...
>[[SASとRの両刀使い]] (2008-12-19 (金) 15:36:28)~
~
本質問をRjpWikiで質問するのは大変恐縮なのですが、~
SASのLSMeans（調整済み平均値；Least-Square means）を~
Rで計算する関数はあるのでしょうか？~
> RSiteSearch("lsmeans")
で調べてみても、上手い関数が無さそうで、Google検索をして...
良さそうな記事がありません。「multcomp」パッケージで計算...
という記事があったのですが、「multcomp」パッケージの中の...
それらしきものがありませんでした。~
よろしければお教えください。~
//
- http://search.r-project.org/cgi-bin/namazu.cgi?query=ls...
- 関数としてできているものがあるかどうか知りませんが，htt...
- ありがとうございます！中澤先生のホームページの日記（【...
- SASと完全に一致したかどうか自信がないのですが、John Fox...
- ご指導ありがとうございます！適当なデータ「DATA」を作っ...
--y：目的変数
--GROUP：注目するカテゴリ
--COV1：共変量（カテゴリ変数）
--COV2：共変量（連続変数）
> set.seed(7777)
> y <- c(rnorm(10),1+rnorm(10))
> DATA=data.frame(Y =y,
+ GROUP=c(rep(1,10),rep(2,10)),
+ COV1 =rbinom(20,1,0.5),
+ COV2 =jitter(y,amo=3))
> DATA$GROUP <- as.factor(DATA$GROUP)
> DATA$COV1 <- as.factor(DATA$COV1)
> head(DATA)
Y GROUP COV1 COV2
1 -1.8779550 1 1 -2.6682028
2 0.3264572 1 0 1.0997025
3 -0.3018570 1 1 -1.7436962
4 1.1816399 1 0 0.3136283
5 -0.1637332 1 1 -0.7099280
6 1.2964903 1 1 3.1079893
データ「DATA」に対して，とりあえず関数 lm() で回帰分析（S...
> options(contrasts = c("contr.treatment","contr.treatme...
> result <- lm(Y ~ GROUP + COV1 + COV2, data=DATA)
> summary(result)
Call:
lm(formula = Y ~ GROUP + COV1 + COV2, data = DATA)
Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-1.694067 -0.494184 0.002832 0.253098 2.225632
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) 0.4867 0.3604 1.351 0.19562
GROUP2 0.5943 0.5444 1.092 0.29110
COV11 -0.3924 0.4754 -0.825 0.42131
COV2 0.3774 0.1147 3.290 0.00461 **
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1...
この結果より，回帰直線の推定式は（GROUP(2)：GROUP==2のと...
y=Intercept+GROUP(2)*0.5943+COV1(1)*(-0.3924)+0.3774*COV2
と推定されます．SASでは，この回帰直線の推定式からLSMeans...
--COV1などのカテゴリ変数には，各カテゴリの効果の重みなし...
--COV2などの連続変数には，（GROUPを無視した）COV1の平均値...
> mean(DATA$COV2) # COV2の平均（GROUPを無視して全ての...
[1] 0.8944106
> 0.4867+0.0000-0.3924/2+0.3774*0.8944106 # GROUP==1 ...
[1] 0.6280506
> 0.4867+0.5943-0.3924/2+0.3774*0.8944106 # GROUP==2 ...
[1] 1.222351
上記の結果はSASの値と一致しています．中澤先生の方法で，正...
> result2 <- dummy.coef(result)
> result2$GROUP + result2$"(Intercept)" + mean(result2$C...
1 2
0.6280501 1.2223804
ちなみに，ザブさんから教わったJohn Fox氏のeffectsパッケー...
> library(effects)
> effect("GROUP", result)
GROUP effect
GROUP
1 2
0.6084311 1.2027614
ただ，交互作用モデルになると，ちょっと計算が手間になるの...
> options(contrasts = c("contr.treatment","contr.treatme...
> result <- lm(Y ~ GROUP + COV1 + COV2 + GROUP*COV...
> summary(result)
Call:
lm(formula = Y ~ GROUP + COV1 + COV2 + GROUP * COV1 + GR...
COV2, data = DATA)
Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-1.47336 -0.59849 -0.04832 0.24913 2.44732
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) 0.59860 0.42080 1.423 0.1768
GROUP2 0.26255 0.92717 0.283 0.7812
COV11 -0.65934 0.66949 -0.985 0.3414
COV2 0.39928 0.16734 2.386 0.0317 *
GROUP2:COV11 0.58255 1.02201 0.570 0.5777
GROUP2:COV2 -0.02241 0.24532 -0.091 0.9285
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1...
> mean(DATA$COV2)
[1] 0.8944106
> 0.5986006+0.000000-0.6593449/2+0.3992763*0.8944106+0.0...
[1] 0.6260451
> 0.5986006+0.262553-0.6593449/2+0.3992763*0.8944106+0.5...
[1] 1.159826
>
> result2 <- dummy.coef(result)
> result2$ GROUP + result2$"(Intercept)" + mean(result2$...
+ c(mean(result2$"GROUP:COV1"[c(1,3)]), mean(result2$"GR...
+ result2$"GROUP:COV2"*mean(DATA$COV2)
1 2
0.626045 1.159826
う〜ん，何時間も調べてみたのですが，適当なパッケージは無...
**複数のベクトルで同じ値のものを順に削除する方法 [#p4e8f4...
>[[カホ]] (2008-12-18 (木) 21:09:27)~
~
いつも参考にさせていただいております。~
さっそくですが、質問させていただきます。~
~
今、ベクトルが3つあり、それぞれ~
~
S[[1]]=~
[,1][,2][,3]
[1,] 5 20 3~
~
S[[2]]=~
[,1][,2][,3]
[1,] 4 20 8~
~
S[[3]]=~
[,1][,2][,3]
[1,] 5 20 16~
~
であるとき、~
~
S[[1]]=~
[,1][,2][,3]
[1,] 5 20 3~
~
S[[2]]=~
[,1][,2]
[1,] 4 8~
~
S[[3]]=~
[,1]
[1,] 16~
~
というものに変更したいとき、どのようにすればよいでしょう...
よろしくお願いいたします。~
//
- ヒント：apply()、s2[-which(s2==20)] -- &new{2008-12-19...
**plmにおけるNAの処理の仕方 [#xf1fbe33]
>[[take69]] (2008-12-18 (木) 02:43:16)~
~
Rの初心者です。~
~
現在パネルデータを用いて、分析をしているんですが、パッケ...
~
パッケージの中身の内容なので、ご存知の方がいないかもしれ...
//
- ヘルプを見ればわかりますが、na.actionというargumentがあ...
**BRugsでのAIC，DICの計算について [#ze744c8d]
>[[yuki]] (2008-12-17 (水) 11:57:15)~
~
WinBUGSではDICの計算を行うコマンドがあるようですが，BRugs...
できればAICとDICを計算したいのですが・・・~
//
- 使ったことないですが、[[RBugsはWinBugsがバックエンドで...
**Rをサーバープログラムとして動かす事は可能でしょうか？ [...
>[[Rを使い始めた者]] (2008-12-16 (火) 16:55:57)~
~
＜質問1＞~
クライアント・サーバー方式ですが、Rをサーバープログラムと...
＜質問2＞~
C++からRを呼び出す事は可能でしょうか？~
＜質問3＞~
Rの連続したコマンド命令をスクリプトとして作成、スクリプト...
//
- Rserveを見よ。http://www.rforge.net/Rserve/ 基本的にソ...
- [[みゅさんとこ:http://phoenixx.sakura.ne.jp/R/wiki.cgi?...
- ＜質問1＞Rserveは、Linuxでデーモンとして動きます．psは...
[name@zzzz ~]$ ps aux | grep Rserve
name 5002 0.0 0.0 29132 3332 ? Ss May07 ...
name 15142 0.0 0.0 4740 752 pts/31 S+ 18:34 ...
- ＜質問2＞はC++からそのRのサーバーを呼ぶことが出来るかど...
- ＜質問３＞バッチならR cmd batch かな？それをwinならタス...
- 結論：＜質問1＞可能である＜質問2＞可能である＜質問3＞可...
- あぁ、ただし、Rserveは接続が確立されるたびに、自分自身...
- それにしてもRを使い始めたばかりの人がサーバーとして使い...
**パッケージのインストールが出来ません。 [#v739a2a3]
>[[初めの一歩]] (2008-12-16 (火) 03:37:25)~
~
Ｒを使い始めたばかりの初心者です。~
Ｒversion 2.8.0をインストールし、さらに必要なパッケージ複...
~
le.create(f.tg) :~
fife 'C:\PROGRA~1\R\R-28~1.0/doc/html/packages.html' ...
~
と表示されます。~
何がいけないのでしょうか。~
ネットや本で検索をするのですが、解決策が見出されません。~
~
使用ＰＣはパナソニック Let'note CF-Y7で、OSはWindows Vis...
> sessionInfo()~
R version 2.8.0 (2008-10-20) ~
i386-pc-mingw32 ~
~
locale:~
LC_COLLATE=Japanese_Japan.932;LC_CTYPE=Japanese_Japan.932...
~
attached base packages:~
[1] stats graphics grDevices utils datasets met...
~
どなたか、解決方法をご教示頂ければ幸いです。~
必要な情報を失念している場合もあるかと思いますので、その...
~
よろしくお願いします。~
//
- Vistaのユーザー・アカウント制御（UAC）の問題でしょう。h...
- 表の「Rのインストール」や↓の「RODBCのインストールのやり...
- 初心者のVistaネタは定期的にありますね。問題は学ぶ側なの...
- たぶん・・・Vistaそのものです。 -- &new{2008-12-16 (火...
**コサイナー法 [#u0bd8e8e]
>[[学生]] (2008-12-15 (月) 17:12:16)~
~
Rでコサイナー法を行うためのパッケージや関数をご存知ないで...
インターネットで検索しても，ヒットしなくて困っています．~
目的としては，血圧の日周変動の位相や振幅を求められるよう...
よろしくお願いいたします．~
//
- RSiteSerch()やGoogleでもHitしませんね。自作するしかない...
https://stat.ethz.ch/pipermail/bioconductor/2007-August/0...
http://itoshi.tv/d/?date=20081106#p01~
こんなもんか？ -- &new{2008-12-15 (月) 17:46:39};
- お返事ありがとうございます．特定の関数はないのですね．...
- お返事ありがとうございます．特定の関数はないのですね．...
- 上手くいったら、upしてください. -- &new{2008-12-16 (火...
**RでX-12ARIMAを実行するには [#k71eee2b]
>[[初心者]] (2008-12-15 (月) 15:53:02)~
~
初心者で勉強不足で恐縮ですが、Rを使ってX-12ARIMAの季節調...
//
- http://finzi.psych.upenn.edu/R/Rhelp02a/archive/35968.h...
- ありがとうございます。私にはかなり難しそうですが、tryし...
**多変量自己回帰モデルの寄与率 [#va5c6178]
>[[R初心者]] (2008-12-13 (土) 15:57:49)~
~
mulnos()関数によりノイズ寄与率を求めるのは、多変量自己回...
mulnos()関数で求めた寄与率を横軸に周波数、縦軸に寄与率(％...
初心者なので出来るだけ具体的に教えていただけたら幸いです。~
//
- 使ったことないのですが、http://rss.acs.unt.edu/Rdoc/lib...
**Random Forest [#r49fba17]
>[[SE]] (2008-12-13 (土) 03:39:22)~
~
R を使って、集団学習のひとつである Random Forest 法に挑戦...
データはCSVファイル（cd_rf.csv）で以下のように１行目がヘ...
~
MAP Linda,S23 IgG,Red Star IgG,Bakers IgA,Red Star IgA,CA...
0.255048271,0.061732594,0.025085013,0.103566194,0.0125757...
0.269702681,0.100519062,0.106106155,0.332437714,0.0224323...
0.363834506,0.106774655,0.177443201,0.074255007,0.0103973...
：~
~
このデータを使って以下のように解析を始めたのですが、class...
~
> library(randomForest)~
randomForest 4.5-25~
Type rfNews() to see new features/changes/bug fixes.~
Warning message:~
package 'randomForest' was built under R version 2.6.2~
> cdtrain<-as.matrix(read.csv("myData/cd_rf.csv",header=T...
> is.matrix(cdtrain)~
[1] TRUE~
> cd.rf<-randomForest(status~., data=cdtrain,na.action="n...
Warning message:~
In randomForest.default(m, y, ...) :~
The response has five or fewer unique values. Are you sur...
> cd.rf$type~
[1] "regression"~
~
サイト１に紹介されている例（Rに組み込まれているspamデータ...
~
<参考にしたサイト>~
１）http://www1.doshisha.ac.jp/~mjin/R/0603_32.pdf~
２）http://cran.r-project.org/web/packages/randomForest/r...
~
---------------------------------------------------------...
OS: Windows XP version 5.1 (Build 2600.xpsp_sp2_gdr.08081...
~
R version 2.6.1 (2007-11-26)~
i386-pc-mingw32 ~
~
locale:~
LC_COLLATE=English_United States.1252;LC_CTYPE=English_Un...
~
attached base packages:~
[1] stats graphics grDevices utils datasets met...
//
- あまり言いたくないのですが、http://cran.r-project.org/w...
- 時間ができたので、ちょっと書きます。
cdtrain <- read.csv("myData/cd_rf.csv",header=T)
cdtrain$"status" <- as.factor(cdtrain$"status")
cd.rf <- randomForest(status~., data=cdtrain,na.action="...
でどうかと。 -- [[akira]] &new{2008-12-15 (月) 13:04:28};
- akira様、回答有難うございました。ご教示いただいたコマン...
- うまくいってよかったです。ただ、私はRandomForestすら知...
**書籍の通りに進めてもエラーメッセージ [#ta5d575a]
>[[初心者]] (2008-12-12 (金) 13:39:12)~
~
最近Rを使い始めたばかりで初歩的な質問で申し訳ありません．~
まずマニュアル本を使って，Rを触ってみているのですが，本の...
「Rによるやさしい統計学」のp.291からの重回帰分析でエラー...
本の通りに進めると，~
~
> 重回帰データ~
娘 父 母
1 155 159 167~
2 158 168 156~
3 163 173 153~
4 151 153 153~
5 157 169 158~
6 158 169 152~
7 155 163 149~
8 155 163 158~
9 155 163 151~
10 154 161 155~
11 156 164 151~
12 155 160 161~
13 153 162 153~
14 157 167 152~
15 157 172 153~
16 156 166 148~
17 157 163 150~
18 157 161 145~
19 160 161 149~
> lm(娘~父+母)~
以下にエラー eval(expr, envir, enclos) : オブジェクト "...
~
ということになります．~
Rの使用環境は以下の通りです．~
何かおかしいところがあれば，教えていただけましたら幸いで...
~
> sessionInfo() ~
R version 2.8.0 Patched (2008-12-07 r47101) ~
i386-pc-mingw32 ~
~
locale:~
LC_COLLATE=Japanese_Japan.932;LC_CTYPE=Japanese_Japan.932...
~
attached base packages:~
[1] stats4 stats graphics grDevices utils dat...
[8] base ~
~
other attached packages:~
[1] sem_0.9-14~
~
loaded via a namespace (and not attached):~
[1] tools_2.8.0~
//
- "娘" というデータはない、と言っています（試しに、コマン...
データフレームがなんらかの名前を付けて付置されていたとし...
たとえば、提示されたデータがxという名のデータフレームだと...
lm(娘 ~ 父 + 母，data = x)
なり、
lm(娘$x ~ 父$x + 母$x)
とする必要があります。 -- &new{2008-12-12 (金) 14:21:54};
- 早速のコメントありがとうございます． -- [[初心者]] &new...
- 教えていただいたとおり，lm(娘 ~ 父 + 母，data = x)とし...
- attach(x)とかしてない？ -- [[akira]] &new{2008-12-12 (...
**4半期ごとに罫線を引きたいのですが [#ea96c125]
>[[子羊]] (2008-12-12 (金) 11:06:37)~
~
時系列データのプロットで、見やすくするために4半期ごとに縦...
~
~
quarterly.lines <- function(x){ ~
x.ts<- as.ts(x,start=c(1900,1),frequency=4)~
plot(x.ts,ylab=" ",type="l")~
par(new=T)~
abline(v=1:23*4,lty=3)~
} ~
~
という関数を書いてみたのですが、罫線が出力されません。~
~
どこが間違っているのでしょうか。どなたか御存じの方が~
いらっしゃいましたら、お教え頂ければ幸いです。~
//
- 度々申し訳ございません。上記関数に対してquarterly.lines...
- xlimの指定が違います。1990から2012までならseq(1990,2012...
- akira様、本当にありがとうございます。無事に動かせること...
**VineLinuxにR [#u68b940d]
>[[当方]] (2008-12-09 (火) 01:23:21)~
~
VineLinux4.2を使っています．VineにRを入れようとしているの...
etc/apt/source.listの中身を見ても「VinePlus extra *1」に...
//
- Vineはrpm系ではないですか？ -- &new{2008-12-09 (火) 17...
- それがCRANに行ってもVine用のrpmがなくて，，，Vineにイン...
- Vineはメンテナーが居ない状態なので, できれば貴方がなっ...
**多重比較の結果の読み方 [#xb5170e0]
>[[peko]] (2008-12-07 (日) 11:00:23)~
~
Steel-Dwass法の結果の読み方を教えてください。
t p
1:2 3.866170 0.00006392122
のような表記の場合と、
t p
1:2 4.3593873 7.692932e-05
のように表記されるものがあります。~
これらの結果の読み方を教えてください。~
//
- 7.692932e-05 という表記の読み方が分からないと言うことで...
- 上の方のおっしゃる通りですが浮動小数点表記のことでした...
- こういう基本的な（？）ことを知らない人が多いのですけど...
- ご回答ありがとうございます。ほんとうに基本的なことなん...
- これはもう、統計の質問ですね。Rの前に勉強することがある...
- 大変申し訳ありませんでした。勉強します。ありがとうござ...
- 浮動小数点表記のサイトを教えていただき、ありがとうござ...
**RODBCのインストールのやり方 [#g48322e6]
>[[文系で初心者です]] (2008-12-06 (土) 11:15:20)~
~
ビスタを使っています。~
＞ install.packages(choose.files("", filters = Filters[c(...
＞ 'lib = "C:/PROGRA~1/R/R-28~1.0/library"' は書き込み可...
＞ 以下にエラー install.packages(choose.files("", filters...
＞ パッケージをインストール出来ませんでした ~
というのが出てきて使えません。~
パソコンのセキュリティの問題かもと言われたのですが、よく...
//
- 解決のアプローチは2種類。install.packages("パッケージ名...
- ありがとうございます。なんで自分のパソコンなのに書き込...
- vistaは基本的にC:\Program Files、C:\直下には書き込み権...
- 解決しました。どこのどなたかは存じ上げませんが、助かり...
**エラーメッセージの意味が分かりません [#e03959f4]
>[[初心者です。]] (2008-12-04 (木) 12:04:11)~
~
最近、初めてRを使い始めた初心者です。~
Rを立ち上げた時に必ず出てくるエラーメッセージの意味が分か...
メッセージは『関数 "etHook" を見つけることができませんで...
現在、使用しているPCはMacPro(IntelMac)でOSはleopardを使用...
非常に簡単な質問かもしれませんが、ご回答いただければ助か...
//
- .Rprofile を作りましたね？そのとき，コピーペーストか何...
- ご回答ありがとうございます。しかし、.Rprofileは作成して...
- ターミナルで cat .Rprofile と入力してみて下さい。そこに...
- 早速のご回答、本当にありがとうございます。ご指摘のよう...
- もしよろしければ，その後、どのような手順で解決していけ...
- vi なりなんなりのエディタで開いて s を加えればよいだけ...
よくわからないなら，.Rprofile を作った覚えが無く，何かの...
- ご回答ありがとうございました。早速やってみます。お手数...
**n相主成分分析について [#b9872692]
>[[大学生]] (2008-12-01 (月) 22:23:21)~
~
R cranにてPTAkパッケージをダウンロードして，その中のPCAn(...
以下にエラー if (length(X$met[[d]]) == dim(X$data)[d]^2...
引数の長さが0です
とエラーが出てしまいます．~
関数の引数（データ形式）はlist型で行うようだったので，
ex <- list(
met = list(
met1 = matrix(c(sample(1:25)),5,5),
met2 = matrix(c(sample(1:25)),5,5)
),
data = list(
data1 = matrix(c(sample(1:25)),5,5),
data2 = matrix(c(sample(1:25)),5,5)
)
)
としてみました．どのような形式ならうまくいくのか，できる...
//
- どのようなプログラムでエラーがでたのか，できるだけ具体...
- エラーの内容は書かれていますよ。 -- &new{2008-12-02 (...
- なぜだかわからないけど，PCAnプログラムの中で，一箇所変...
line 167
PCnam <- outer(PCnam, 1:dim[q], FUN = "paste...
たぶんこれの間違い
PCnam <- outer(PCnam, 1:dim[t], FUN = "paste...
そこを直してみて，第１引数を以下のように定義して，PCAn を...
ex <- array(matrix(24), dim=c(2,2,2,3))
PCAn(ex, dim=c(2,2,2,3))
どうなんでしょうね？~
質問者さんの形でデータを与えたときには，相変わらず質問者...
- 上記のようにプログラムを修正したところ，うまく実行する...
**hist( )関数について [#qfeac1e3]
>[[tt]] (2008-12-01 (月) 03:34:05)~
~
hist()関数で、y軸のfrequencyを％にするにはどうしたらよい...
//
- ％にするすべはなさそうです。自分で axis 関数を使って軸...
- latticeパッケージの histogram() を使ってみたら？ -- &n...
- 以下のようにでも。 -- &new{2008-12-01 (月) 14:22:57};
a <- hist(x, ylab="%", yaxt="n")
scale <- sum(a$counts)/100
labels <- pretty(0:max(a$counts)/scale)
axis(2, at=labels*scale, labels=round(labels, 1))
- ありがとうございました。解決しました。 -- [[tt]] &new{2...
- どういう風に解決したか教えていただければ，後でこのスレ...
- 指摘ありがとうございます。histgram( )を使ってみたら%で...
**ksvmの出力について [#ie24dc3c]
>[[なお]] (2008-12-01 (月) 01:27:36)~
~
kernlabパッケージの中のksvmについて教えてください。~
結果を別のシステムに実装するために、結果のパラメータなど...
predict()で指定する引数の部分を別のプログラム言語で使える...
勉強不足で申し訳ありませんが、よろしくお願いします。~
//
- もうすこし具体的に説明しないと答えようがないです。＞結...
- 説明不足で申し訳ありません。ksvmで学習した結果を使って...
- ? ksvm で，Value という項にどのようなものが返されるか書...
- ファイルへの書き出しはsink()とかwrite()とかでしょうか。...
- できました！str(ksvmが返すオブジェクト)で選んで、変数＠...
**c関数について [#a96091e5]
>[[ふじたま]] (2008-11-30 (日) 06:55:34)~
~
本当に初歩的な質問で申し訳ないのですが、~
> x<-c(1.1,1)~
> x~
[1] 1.1 1.0~
~
> is.double(x)~
[1] TRUE~
~
> is.integer(x)~
[1] FALSE~
のように、引数を整数、小数を混在させた時は~
最初の引数が優先されるのでしょうか？~
//
- 科学的には，仮説検証法というのがあります。もしかしたら...
> x <- c(1.1, 1)
> x
[1] 1.1 1.0
> is.double(x)
[1] TRUE
> is.integer(x)
[1] FALSE
最初の要素を整数，二番目の要素を実数にして，同じことをや...
> y <- c(1, 1.1)
> y
[1] 1.0 1.1
> is.double(y)
[1] TRUE
> is.integer(y)
[1] FALSE
どっちも同じ結果だ。~
これにより，最初の要素に影響されるのではないという結論が...
Rでは，あるオブジェクトに複数のデータ型が代入されたとき，...
> x <- c("1.2", 1.1, 1)
> class(x)
[1] "character"
> x
[1] "1.2" "1.1" "1"
- help("NumericConstants") と help("c") を御覧下さい -- [...
> typeof(1.1)
[1] "double"
> typeof(1)
[1] "double"
> typeof(1L)
[1] "integer"
そもそも, 最初に整数として扱ってないので.
- ご丁寧なご回答ありがとうございます。 -- [[ふじたま]] &n...
**Rの画像の画質について [#w8a61363]
>[[さと]] (2008-11-29 (土) 10:33:52)~
~
表題の件について、質問いたします。~
先日Rで作成したグラフを付けた論文を投稿し、アクセプトされ...
~
Attached figures are not usable due to pixilated text and...
~
とりあえず Cairo packageをつかって、dpi=400で作り直しまし...
~
作り直さねばいけませんが、何かよい方法をご存知の方がいら...
~
なにとぞよろしくお願いいたします。~
//
- OSはなんですか？OSによって対応が違うと思いますが。 -- ...
- コメントをいただきありがとうございます。OSはWindows XP...
- 「図はscatter plotにlegendを加えたものです」なにを描い...
- 続けてコメントをいただき、本当にありがとうございます。...
- 案の定。。。グラフをJpegなんかにしてはだめです。Jpegは...
- windowsならwmf(win.metafile())でもだせると思います。論...
- 論文投稿用の画像の件ですが、雑誌の編集部と相談してpdfで...
- ベクタ画像(eps/pdf)を受け取ってもらえず、ラスタ画像(TIF...
**軽くしました [#i1594bc1]
（[[R掲示板>http://www.okada.jp.org/RWiki/?R%B7%C7%BC%A8%...
**２つのデータを結合する方法は？ [#i494afda]
>[[まいくろ]] (2008-11-23 (日) 00:10:23)~
~
マイクロアレイのデータ解析をしようとしているのですが、ア...
この際、まず最初に２つのファイルに存在する「遺伝子名」が...
遺伝子が３０万個ほどあるので、自動的にできる方法があれば...
よろしくお願いします。~
//
- マイクロアレイとか遺伝子名とか，本質に関係ない難しそう...
> (d1 <- data.frame(a=c(3,2,4), b=c(4,5,1), c=c(7,3,9)))
a b c
1 3 4 7
2 2 5 3
3 4 1 9
> (d2 <- data.frame(e=c(4,3,1,6), f=c(3,5,8,7), g=c(4,2,...
e f g b
1 4 3 4 3
2 3 5 2 4
3 1 8 5 5
4 6 7 9 7
> merge(d1, d2)
b a c e f g
1 4 3 7 3 5 2
2 5 2 3 1 8 5
> merge(d1, d2, all=TRUE)
b a c e f g
1 1 4 9 NA NA NA
2 3 NA NA 4 3 4
3 4 3 7 3 5 2
4 5 2 3 1 8 5
5 7 NA NA 6 7 9
- どうもありがとうございます。この場合、d1, d2の行名（１...
- 列名かと思った。上くらいのサイズで，実際の例を示してみ...
- 行と列を転置したものについてやればよいのか？ -- &new{2...
- それでは、 -- [[まいくろ]] &new{2008-11-24 (月) 10:27:5...
- 編集したものが表示されませんでした。”まいくろ”というと...
- 何度もすみませんでした。 -- [[まいくろ]] &new{2008-11-2...
-謝る前に，ちゃんとやろう。。 -- [[ ]] &new{2008-11-24 (...
例えば、データセット１
name aa bb cc
a NA 6 4
b 6 4 6
c 4 4 1
d 4 3 4
とデータセット２
Name ee ff gg
b NA 6 4
c 6 4 6
a 4 4 4
があった場合、求めたいものとして、
name aa bb cc ee ff gg
a NA 6 4 4 4 4
b 6 4 6 NA 6 4
c 4 4 1 6 4 6
d 4 3 4 NA NA NA
としたいのですが、できますでしょうか？
- おかしなこというなあ。私が最初に示した merge じゃないの...
まえもっていっとくけど，両方のデータセットで name と Name...
こんな風になるんだけど？それでもまだあなたのやりたいこと...
例題が悪いんだね〜
> a
name aa bb cc
1 a NA 6 4
2 b 6 4 6
3 c 4 4 1
4 d 4 3 4
> b
name ee ff gg
1 b NA 6 4
2 c 6 4 6
3 a 4 4 4
> merge(a, b, all=TRUE)
name aa bb cc ee ff gg
1 a NA 6 4 4 4 4
2 b 6 4 6 NA 6 4
3 c 4 4 1 6 4 6
4 d 4 3 4 NA NA NA
- わかりました。ありがとうございました。本当にたびたびす...
- ちょっとこの回答態度はひどい。ちなみに、merge()で結合す...
- 質問者がさんざん，色々暴れ回ったんですよ -- &new{2008-...
- もし, ここへ当事者第三者でも一言いたい場合は, ` Sys.sle...
//- 実行する前に意味を考えよう。 -- &new{2008-11-26 (水)...
- すみません、by.x by.yの具体的なスクリプトの書き方を教え...
- ?mergeしてください。ヘルプを読まないで質問するのは失礼...
- 暴れん坊将軍ですね！！ -- &new{2008-11-27 (木) 08:47:0...
- まいくろさん。あなたがやろうとしているのは３０万個の遺...
- 様々なご教示、ありがとうございます。どうやら、merge(fil...
- それはよかった。「この回答態度はひどい」なんてこと言わ...
- 動いてよかったですね。このサイトは老婆心の塊のR魔人が多...
**列の成分が同じものを削除した行列を作成 [#p6019a2b]
>[[レオ]] (2008-11-22 (土) 14:59:49)~
~
いつも拝見させていただいております。~
~~
さて、~
「ある行列において列の成分が完全に重複するもの(順番は問わ...
のに良い方法はないでしょうか？~
例えば、以下のようなデータでは、~
~
A= [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6]~
[1,] 2 2 5 3 2 2 ~
[2,] 5 3 2 2 4 1 ~
[3,] 3 4 3 5 3 5 ~
~
とあった場合に~
~
B= [,1] [,2] [,3]~
[1,] 2 2 2~
[2,] 5 3 1~
[3,] 3 4 5~
~
という行列が返ってくるようなことを望みます。~
~
今のところ、毎iに、A[,i]の成分をsortし、~
すべてのiで、A[,i]と同じものはallで判定して削除する~
というようにしていますが、効率が悪い気がします。~
~
もっと単純な方法があれば教えてください。~
よろしくお願いいたします~
//
- 結果は，列単位では並び順はどうでも良いのでしょうか？ だ...
> a <- matrix(c(2,5,3,2,3,4,5,2,3,3,2,5,2,4,3,2,1,5), 3)
> t(unique(t(apply(a, 2, sort))))
[,1] [,2] [,3]
[1,] 2 2 1
[2,] 3 3 2
[3,] 5 4 5
- まさにuniqueという関数を知りたかったです！ありがとうご...
**for文を使って規則性のある名前の行列を生成したい [#nef45...
>[[エル]] (2008-11-22 (土) 14:07:23)~
~
R歴3ヵ月の初心者です。~
Cからの乗換で、Rにあったプログラムがなかなか書けていませ...
行列を自動で複数個作りたいのですが、どのようにすればいい...
イメージとしては以下のような感じです。~
~
for(i in 1:3){
A[i] <- matrix(nrow=i,ncol=5)
}
~
とすると
~
A1 = [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,]
~
A2 = [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,]
[2,]
~
A3 = [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,]
[2,]
[3,]
~
このようなマトリックスを作るようなプログラムを作成したい...
上記のプログラムだと以下のようなメッセージが出てきます。~
~
以下にエラー A[i] <- matrix(nrow = i, ncol = 5) : ~
オブジェクト "A" は存在しません~
~
詳しい方ご教授願います。~
//
- あまり考えずに．．．
~
A <- NULL
for(i in 1:3){
A[[i]] <- matrix(NA, nrow=i, ncol=5)
}
~
やりたいこととはちょっと違うのかな？ --[[トマソン]] &new{...
- いえ！まさにこれです！！簡単なことでお手をわずらわせて...
- お早い回等ありがとうございますm(__)m -- [[エル]] &new{2...
- お早い回等ありがとうございますm(__)m -- [[エル]] &new{2...
- はい。その解のパクリで sapply(1:3, function(i) matrix(N...
- for文ではなく、apply関数族を使うところがRっぽくって好き...
**積分を最尤法に組み合わせて最適値を求めたい [#yace42a9]
>[[山口]] (2008-11-21 (金) 10:49:28)~
~
いつも拝見させていただいております。~
ある関数式がありまして、その関数をパラメータが未知のまま(...
~
set.seed(1);th1<-rnorm(10000)
myfunk<-function(x,sigma,u){
integrate((x/sqrt(2*pi*(sigma^2)))*exp(-((x-u)^2)/(2*(si...
integrate((1/sqrt(2*pi*(sigma^2)))*exp(-((x-u)^2)/(2...
#sigmaとuがパラメータ
}
optim(c(1,1),myfunk,method="L-BFGS-B",th1)
どなたか分かる方がいらっしゃいましたらご教示願います。~
なお、環境はWindowsXp,R-2.8.0です。~
どうぞよろしくお願いします。~
//
- integrate(ほにょほにょ)$value かな、とりあえず。 -- [[...
- もうちょっと問題を正確に記述しないと回答は難しいのでは...
- まず「integrate」ですが、 -- [[ななし]] &new{2008-11-27...
integrate(f, lower, upper, subdivisions=100,
rel.tol = .Machine$double.eps^0.25, abs.tol = r...
stop.on.error = TRUE, keep.xy = FALSE, aux = NU...
ですので、【f】のところは関数オブジェクトを与えてあげなけ...
func1 <- function(x, sigma, u){
(x/sqrt(2*pi*(sigma^2)))*exp(-((x-u)^2)/(2*(sigma^2))
}
func2 <- function(x, sigma, u){
(1/sqrt(2*pi*(sigma^2)))*exp(-((x-u)^2)/2*(sigma^2))
}
こんな感じにしましょう．また【optim】で推定したいパラメー...
myfunk<-function(par, x){
sigma <- par[1]
u <- par[2]
integrate(f=func1, lower=-1.96, upper=Inf, sigma=sig...
integrate(f=func2, lower=-1.96, upper=Inf, sigma...
#sigmaとuがパラメータ
}
【par】がoptimで動かす変数になります．でも、まあ、いまの...
- ご回答ありがとうございます。th1ですが、「最尤法による最...
- ははあ、なるほどぅ・・・ということは「myfunk」のｘはい...
myfunk<-function(par){
sigma <- par[1]
u <- par[2]
integrate(f=func1, lower=-1.96, upper=Inf, sigma=sig...
integrate(f=func2, lower=-1.96, upper=Inf, sigma...
#sigmaとuがパラメータ
}
なるのかな・・・．これでc(1,1)を入れてみると
> myfunk(c(1,1))
[1] 1.005001
となりますね．これでoptimを動かそうと思ったら
optim(c(1,1),myfunk,method="L-BFGS-B")
こうかな．でも、これだと推定したい値が、どこまでも動いて...
lower, upper
引数を使って、その範囲を指定してあげてください．でもその...
- ななしさんありがとうございます。大変恐縮なのですが、何...
integrate(f=func1, lower=-1.96, upper=Inf, u=u)$value/
integrate(f=func2, lower=-1.96, upper=Inf, u=u)$value
はある定数値を取ることを事前に仮定していまして、ある定数...
myfunk<-function(par,spl){
sigma <- par[1]
u <- par[2]
spl<-integrate(f=func1, lower=-1.96, upper=Inf, sigma...
integrate(f=func2, lower=-1.96, upper=Inf, sigma=...
#sigmaとuがパラメータ
}
optim(c(1,1),myfunk,method="L-BFGS-B",lower=1, upper=5,s...
としてやったのですが、何とか動いてくれるもののlowerの値に...
どうぞよろしくお願い致します。 -- [[山口]] &new{2008-11-2...
- myfunc の引数 spl を通じて 4 を渡したつもりでしょうけど...
- 積分値の比が spl に近くなるようにしたいんですか？差の二...
> myfunk<-function(par, spl){
+ sigma <- par[1]
+ u <- par[2]
+ (spl-integrate(f=func1, lower=-1.96, upper=Inf, sigm...
+ integrate(f=func2, lower=-1.96, upper=Inf, sigm...
+ #sigmaとuがパラメータ
+ }
> optim(c(1,1),myfunk,method="L-BFGS-B",lower=0.01, uppe...
final value 0.000000
converged
$par
[1] 0.950756 1.999649
$value
[1] 4.374987e-18
$counts
function gradient
6 6
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: REL_REDUCTION_OF_F <= FACTR*EPSMCH"
- 大変申し訳ありません、何とか正解例を用意しようと試みて...
まず、
integrate(f=func1, lower=-Inf, upper=Inf, u=u)$value/
integrate(f=func2, lower=-Inf, upper=Inf, u=u)$value
としたときに、それは正規分布の平均値を表していることを確...
func11 <- function(x){
(x/sqrt(2*pi*2^2))*exp(-((x-3)^2)/(2*(2^2)))#平均3標...
}
func22 <- function(x){
(1/sqrt(2*pi*2^2))*exp(-((x-3)^2)/(2*(2^2)))
}
integrate(func11,-Inf,Inf)$value/
integrate(func22,-Inf,Inf)$value
[1] 3#ちゃんと3という値が返ってきます。
ですので、
integrate(func11,tau,Inf)$value/
integrate(func22,tau,Inf)$value#今まではtau=-1.96として...
はtauに影響を受けて平均からずれた、平均値が返ってくること...
integrate(func11,-1.96,Inf)$value/
integrate(func22,-1.96,Inf)$value
[1] 3.03709#若干3からずれました。この値が定数値splとなり...
私がやりたいのはtauが与えられているときに得られたsplを使...
func1 <- function(x, sigma, u){
(x/sqrt(2*pi*(sigma^2)))*exp(-((x-u)^2)/(2*(sigma^2)))
}
func2 <- function(x, sigma, u){
(1/sqrt(2*pi*(sigma^2)))*exp(-((x-u)^2)/(2*(sigma^2)))
}
myfunk<-function(par, spl){
sigma <- par[1]
u <- par[2]
(spl-integrate(f=func1, lower=-1.96, upper=Inf, sigma=...
integrate(f=func2, lower=-1.96, upper=Inf, sigma=...
#sigmaとuがパラメータ
}
optim(c(1,1),myfunk,method="L-BFGS-B",lower=0.01, upper=...
control=list(maxit=10000, trace=10))
final value 0.000000
converged
$par
[1] 1.100345 3.037075
$value
[1] 1.397589e-20
$counts
function gradient
6 6
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: REL_REDUCTION_OF_F <= FACTR*EPSMCH"
と、平均値は大体上手く推定できているような気がしなくもな...
- 今更ながらですが，-1.96〜Inf（でなくても2とか3とか）に...
- 大変申し訳ありませんでした。括弧の数と位置がおかしかっ...
- え，どないなったん -- &new{2008-11-28 (金) 20:40:42};
- すみません。定義式を
func1 <- function(x, sigma, u){
(x/sqrt(2*pi*sigma))*exp(-(x-u)^2/2*(sigma)^2)
}#Before
から
func1 <- function(x, sigma, u){
(x/sqrt(2*pi*(sigma^2)))*exp(-((x-u)^2)/(2*(sigma^2)))
}#After
のように、最初のルートの中のsigmaを二乗したのと、それに伴...
func2 <- function(x, sigma, u){
(1/sqrt(2*pi*sigma))*exp(-(x-u)^2/2*(sigma)^2)
}#Before
から
func2 <- function(x, sigma, u){
(1/sqrt(2*pi*(sigma^2)))*exp(-((x-u)^2)/(2*(sigma^2)))
}#After
とfunc1と同様、sigmaを二乗してから括弧を付けたし、expの中...
- 同様です，で済ませずに，ちゃんとしめしてくださいな。基...
- だから、「func1とfunc2が山口さんの思ってる式になってい...
- 申し訳ありません。確認が足りませんでした。以後きちんとp...
- 図まで描かなかったということでしょうね。図を描けば一目...
- まあ、このひとは、暴れたいだけやろうから、きにせんとっ...
- 暴れながらも，ヒントはあげてるじゃないですか -- &new{2...
- わはは、暴れずにヒントをあげることはできへんみたい．で...
- 暴れていると 思うあなたは 傍観者
> optim(c(1,1),myfunk,method="L-BFGS-B",lower=0.01, uppe...
control=list(maxit=10000, trace=10))
final value 0.000000
converged
$par
[1] 1.100345 3.037075
$value
[1] 1.397589e-20
$counts
function gradient
6 6
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: REL_REDUCTION_OF_F <= FACTR*EPSMCH"
- （うはぁ、なんか2chみたいになってますね・・・）◆でも、...
- うまくいったかどうかは分からないでしょう。こういうのは...
- x<0でfunc1<0となっても、ちゃんと
integrate(func11,-Inf,Inf)$value/
integrate(func22,-Inf,Inf)$value
[1] 3
で平均値が返ってくるので問題ないかと思っておりましたが…こ...
- 3が正解ならそれで良いのですけど。それが正解かどうか私に...
- すみません。改めて上記を引用させていただきますと、正解...
func11 <- function(x){
(x/sqrt(2*pi*2^2))*exp(-((x-3)^2)/(2*(2^2)))#平均3標準...
}
func22 <- function(x){
(1/sqrt(2*pi*2^2))*exp(-((x-3)^2)/(2*(2^2)))
}
と定義しておりまして、このときに平均値を3、標準誤差を2と...
- 「optim()で最後に求まる値はsigma=2とu=3であってほしいの...
- 申し訳ありません。質問の仕方が下手でした。改めまして、...
- ここまでの道のりは長かったけど，あなたの忍耐を賞賛しま...
- とりあえず、「integrate」「optim」、あと「func1」「func...
- 私は，「ななし」を名乗ったりしてませんよ。相手を賞賛す...
- デザインの問題ですか…、それは困りました。一応、仮にsigm...
func1 <- function(x, u){
(x/sqrt(2*pi*(2^2)))*exp(-((x-u)^2)/(2*(2^2)))
}
func2 <- function(x, u){
(1/sqrt(2*pi*(2^2)))*exp(-((x-u)^2)/(2*(2^2)))
}
myfunk<-function(par, spl){
u <- par[1]
(spl-integrate(f=func1, lower=-1.96, upper=Inf, u=u)...
integrate(f=func2, lower=-1.96, upper=Inf, u=u)...
#uのみがパラメータ
}
optim(1,myfunk,method="L-BFGS-B",lower=0.01, upper=25, s...
control=list(maxit=10000, trace=10))
final value 0.000000
converged
$par
[1] 3.000000
$value
[1] 6.01349e-16
$counts
function gradient
7 7
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: REL_REDUCTION_OF_F <= FACTR*EPSMCH"
となり、きれいなu=3という推定値が導けるようです。もう少し...
- 山口さん、もうoptimもintegrateもマスターされてますね！...
山口さんが書いたこと：
splを使ったuとsigmaの最尤推定ですので(ずれた後の平均値が...
これを読んで感じたのは「tau=-1.96」でtauをずらした場合平...
つまりずれる前の平均と分散を求めたいのなら、ずれた後の平...
- あぁ、デザインとはそういう意味でしたか（汗）えっと…確か...
- おそらくできました。以下にプログラムを示します。
func33 <- function(x){
((x-3)^2)*(1/sqrt(2*pi*2^2))*exp(-((x-3)^2)/(2...
}#分散を確率密度を使って表現、平均3標準誤差2
integrate(func33,-Inf,Inf)$value/
integrate(func22,-Inf,Inf)$value
[1] 4
#確かに2^2の値が返ってきます(標準誤差を2と定めているので)
sqrt(integrate(func33,-1.96,Inf)$value/
integrate(func22,-1.96,Inf)$value)
[1] 1.953467
#これがtauによって2からずれた標準誤差の値
ということを確認して、以下が作成したプログラムです。
func1 <- function(x, sigma, u){
(x/sqrt(2*pi*(sigma^2)))*exp(-((x-u)^2)/(2*(sigma^2)))
}
func2 <- function(x, sigma, u){
(1/sqrt(2*pi*(sigma^2)))*exp(-((x-u)^2)/(2*(sigma^2)))
}
func3 <- function(x, sigma, u){
((x-u)^2)*(1/sqrt(2*pi*(sigma^2)))*exp(-((x-u)^2)/(2*...
}
myfunk<-function(par, spl, spl2){
sigma <- par[1]
u <- par[2]
(spl-integrate(f=func1, lower=-1.96, upper=Inf, sigma=...
integrate(f=func2, lower=-1.96, upper=Inf, sigma=...
(spl2-sqrt(integrate(f=func3, lower=-1.96, upper=Inf, ...
integrate(f=func2, lower=-1.96, upper=Inf, ...
#sigmaとuがパラメータ,splにずれた平均値を,spl2にずれた標...
}
optim(c(1,1),myfunk,method="L-BFGS-B",lower=0.01, upper=...
spl2=1.953467, control=list(maxit=10000, trace=10))
final value 0.000000
converged
$par
[1] 2.000000 3.000000#きれいに標準誤差と平均値が推定でき...
$value
[1] 1.235012e-14
$counts
function gradient
7 7
$convergence
[1] 0
$message
[1] "CONVERGENCE: REL_REDUCTION_OF_F <= FACTR*EPSMCH"
おかげさまで当初の目的を達成することができました。皆様本...
- good job! -- &new{2008-11-30 (日) 19:11:52};
- インセンティブがないんだったら、汚れるだけだからだまっ...
**データフレームの特定の行だけ消去したい [#t0a69005]
>[[心理学徒]] (2008-11-20 (木) 15:52:44)~
~
こんにちは。~
下のような感じのデータフレームで多変量解析を試みたのです...
どうぞよろしくお願いします。
sex age id x1 x2 x3 x4 x5 x6 x7 x8 x9 x10
1 0 19 8055 3 3 2 3 2 2 2 1 1 1
2 1 19 8045 5 5 4 3 4 5 2 4 5 4
3 0 19 8061 4 4 1 1 1 1 2 1 5 4
4 0 18 8084 5 4 2 4 5 4 4 2 2 5
5 1 19 8051 3 2 3 4 4 2 2 1 1 2
6 0 18 8047 4 4 1 4 2 1 1 1 1 2
//
- 消去を表す添え字形式は，foo[-c(3,7,15),] オンラインヘル...
- 感動しました。ありがとうございました。 -- [[心理学徒]] ...
- 横槍で申し訳ございませんが、どのようなコマンドを打った...
**行列の計算について [#h3cf5fad]
>[[北京原人]] (2008-11-19 (水) 10:39:21)~
~
Rの初心者です。~
下記のデータを「Re1」で取り込んで、~
V1 V2 V3 V4
1 16.01704 7.389199 8.523638 2.508838~
これを下記のコマンドで４行10列の行列に拡張（Re2）して~
Re2 <- matrix( Re1 , nrow=10 , ncol=4, byrow=T)~
~
V1 V2 V3 V4
1 16.01704 7.389199 8.523638 2.508838~
2 16.01704 7.389199 8.523638 2.508838~
3 16.01704 7.389199 8.523638 2.508838~
4 16.01704 7.389199 8.523638 2.508838~
5 16.01704 7.389199 8.523638 2.508838~
6 16.01704 7.389199 8.523638 2.508838~
7 16.01704 7.389199 8.523638 2.508838~
8 16.01704 7.389199 8.523638 2.508838~
9 16.01704 7.389199 8.523638 2.508838~
10 16.01704 7.389199 8.523638 2.508838~
~
行列計算しようとするとエラーが出てしまいます。~
~
> Re2+Re2~
以下にエラーRe2 + Re2 : 二項演算子の引数が数値ではありま...
~
何が問題でエラーが出るのかが分かりません。~
おそらく基本的なミスをしているのだと思いますが原因が分か...
//
- class(Re1); class(Re2); mode(Re1); mode(Re2) の結果を知...
- ありがとうございます。 class( Re1) [1] "data.frame" cl...
- Re1 をなんで，1行のデータフレームにしなければならないの...
あなたの作った Re2 と シタのやり方で作る Re2 に str 関数...
> Re2 <- matrix( data.matrix(Re1) , nrow=10 , ncol=4, by...
> Re2+Re2
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 32.03408 14.77840 17.04728 5.017676
[2,] 32.03408 14.77840 17.04728 5.017676
途中省略
[9,] 32.03408 14.77840 17.04728 5.017676
[10,] 32.03408 14.77840 17.04728 5.017676
- ありがとうございます。 -- [[北京原人]] &new{2008-11-20 ...
- ちなみに、Re1ですが Re1 <- (read.table("return.txt"))...
- read.table で読み込んだものはデータフレームになります（...
- ありがとうございました。 -- [[北京原人]] &new{2008-11-2...
**画像ファイルの読み込みについて [#r7a8fbd3]
>[[さと]] (2008-11-19 (水) 06:21:51)~
~
jpeg, pngなどの画像ファイルを、Rに読み込む方法についてお...
~
jpeg(), png()などのコマンドによって、Rで作った図を様々な...
~
具体的には、graphics windowをいくつかに分割して、その一部...
~
ご教授いただければ幸いです。~
//
- library(rimage);?read.jpeg -- &new{2008-11-19 (水) 08:...
- ご解答ありがとうございます。jpegの読み込みに成功いたし...
**windowsパスのRでの自動置換 [#kf36ceba]
>[[windows]] (2008-11-18 (火) 10:16:24)~
~
いつもお世話になっております。~
windowsパスをRで読み込む際に"\"を"/"に置き換えなくてはい...
わかりましたが、手作業ではなく自動で置き換えることを検討...
~
下記のようなコマンドを作成しましたが、エラーが出て止まっ...
解決策をご教授いただけないでしょうか。~
よろしくお願いいたします。~
~
a <- gsub("\", "/", "C:\Documents and Settings\user\デス...
//
- 次のようにすべし。
~
a <- gsub("\\\\", "/", "C:\\Documents and Settings\\user\...
- ご回答ありがとうございます。"C:\Documents and Settings\...
- よくわからんのですが，一度だけ，作業ディレクトリを C:\D...
- 実は、コマンド操作が苦手な人用にSPSSからの操作を考えて...
- "C:\\省略"は'C:\省略'のエスケープされた出力なので"\\"と...
**グリッドデータ作成について [#b1b6cb8f]
>[[Saito]] (2008-11-17 (月) 20:45:38)~
~
いつもお世話になっております。~
地形の変化などによって調査区内において予測地点間が均質で...
library(geoR)
a<-pred_grid(c(10,20), c(10,20),by=1)#予測グリッドの作成
plot(a,xlab="long",ylab="lat")
b<-c(10:20,20:10)
c<-sample(b,11)
c2<-c(c,numeric(11))
d<-data.frame(b,c2)
points(d,col=2,type="l")
polygon(d,col=2)#赤色で塗り潰されて"いない"ところが予測...
似たような質問で"gstatパッケージでのクリギングについて"と...
ちなみに環境はWindowsXP、R-2.8.0です。~
よろしくお願いします。~
//
- 関数 pred_grid() はどこにあるのですか？ -- &new{2008-...
- geoR にあるということは，探せばわかるといわれればそうな...
- 大変失礼しました。上の行にlibrary(geoR)を貼り付けるのを...
//- 許さん！ -- &new{2008-11-18 (火) 15:29:02};
- geoR が予測領域としてどのようなデータ構造を仮定している...
> library(geoR)
> a<-pred_grid(c(10,20), c(10,20),by=1)#予測グリッドの作成
> plot(a,xlab="long",ylab="lat")
> b<-c(10:20,20:10)
> set.seed(1); c<-sample(b,11) # 再現性のため乱数種を指定
> c2<-c(c,numeric(11))
> d<-data.frame(b,c2)
> points(d,col=2,type="l")
> polygon(d,col=2)
>
> J <- NULL
> d1 <- d[,1]; d2 <- d[,2]
> for (i in seq(nrow(d))) {
for (j in seq(nrow(a))) {
if (d1[i] < a[j,1] & d2[i] == a[j,2])
J <- c(J,j)
}}
> a <- a[unique(J),]
> dim(a)
[1] 51 2
- ご返信ありがとうございます。追加でいくつか質問をさせて...
私の理解では、aの中のVar1はy軸、Var2はx軸を表していると思...
それだと例えばVar2の19は図から見るに11〜20の値を取ると思...
aは(set.seed(1)の場合)
cc<-rep(c(10,11,13,14,15,16,17,18,19,20),c(5,3,6,7,4,5,1...
cc2<-c(16,17,18,19,20,18,19,20,15,16,17,18,19,20,
14,15,16,17,18,19,20,17,18,19,20,16,17,18,19,20,
20,19,20,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,13,14,15,16...
a2<-data.frame(cc,cc2)
a2
と一致するはずなのですが、私の理解が間違っているでしょう...
また、「不規則領域に限るのは予測をしてからにした方が面倒...
library(geoR)
a<-pred_grid(c(10,20), c(10,20),by=1)
plot(a,xlab="long",ylab="lat")
b<-c(10:20,20:10)
set.seed(1); c<-sample(b,11)
c2<-c(c,numeric(11))
d<-data.frame(b,c2)
points(d,col=2,type="l")
polygon(d,col=2)
cc<-rep(c(10,11,13,14,15,16,17,18,19,20),c(4,2,4,4,4,5,1...
cc2<-c(16,17,18,20,18,20,15,17,19,20,
14,15,16,20,17,18,19,20,16,17,18,19,20,
20,19,20,11,17,18,19,20,13,15,17,20)
cc3<-rep(c(10,11,13,14,15,16,17,18,19,20),c(5,3,6,7,4,5,...
cc4<-c(16,17,18,19,20,18,19,20,15,16,17,18,19,20,
14,15,16,17,18,19,20,17,18,19,20,16,17,18,19,20,
20,19,20,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,13,14,15,16...
par(mfrow=c(1,3))
plot(a,main="予測グリッド")
plot(cc,cc2,main="実際の観測点")
plot(cc3,cc4,main="予測値を合計したい地点")
set.seed(2);cc5<-abs(rnorm(35))
cc6<-data.frame(long=cc,lat=cc2,value=cc5)
library(gstat)
library(lattice)
vario<-variogram(object=value~long+lat,
locations=~long+lat,cutoff=5,width=1,dat...
plot(vario$dist,vario$gamma)
model2<-fit.variogram(vario,model=vgm(0.03,"Sph",2.5,0.4...
cc7<-gstat(id="val",formula=value~long+lat,locations=~lo...
,data=cc6,model=model2)
a<-data.frame(long=a$Var1,lat=a$Var2)
cc8<-predict.gstat(cc7,a)#予測グリッドにおける内挿
levelplot(val.pred~long+lat,cc8)
sum(cc8$val.pred)#合計したくないところまで値が合計されて...
このような感じになります。つまり合計したい値は任意の緯度...
library(gstat)
data(meuse.grid)
plot(meuse.grid$x,meuse.grid$y)
で表されるように、クリギングをする前には最初から予測グリ...
[[Saito]] &new{2008-11-18 (火) 23:41:47};
- だから広い領域で予測しておいて、その不規則領域分だけ足...
- ご返信ありがとうございます。すみません、やっぱりaが予想...
- 結局提示していただいたプログラムはよくわからなかったの...
set.seed(1);b<-c(10:20,20:10);c<-sample(b,11)
S2<-NULL
R2<-NULL
c3<-20-c
for(i in 1:length(c)){
ifelse(-c[i]==-20,S<-0,
S<-seq(-20,-c[i]-1))
ifelse(c3[i]==0,R<-0,
R<-rep(c(9+i),c3[i]))
R2<-c(R2,R)
S2<-c(S2,S)
}
a<-data.frame(R2,S2)
a<-subset(a,a["R2"]!=0)
a$S2<--a$S2
c2<-c(c,numeric(11))
d<-data.frame(b,c2)
plot(a)
points(d,col=2,type="l")
polygon(d,col=2)
どうもありがとうございました。 -- [[Saito]] &new{2008-11-...
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