不具合報告中継所
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COLOR(green){SIZE(25){ 不具合報告中継所}}
R で発見した種々の不具合について，しかるべき筋に報告してもらうために設ける中継所です。ここに書き込まれたことが，しかるべき筋に報告されるかどうかは，保証できません。
#contents
----
#article
**赤字のエラーメッセージ（その2） [#c73ecb85]
>[[青木繁伸]] (2007-10-24 (水) 15:00:49)~
~
小規模なデータフレーム~
Height Weight BloodType
159 45 B
160 45 A
167 NA B
160 45 O
155 45 O
以下略（全部で60行）
を使って，以下のようなもの~
df <- read.table("idol.dat", header=TRUE)
result <- split(df, df$BloodType)
sapply(result, )
をエディタで作っている途中に~
2007-10-24 14:52:52.889 R[514] *** REngine.runREPL: caught ObjC
exception in the main loop!
*** Please report the following error on r-sig-mac@r-project.org
along with the full description of how to reproduce it:
*** reason: *** -[NSBigMutableString characterAtIndex:]: Range or
index out of bounds
*** name: NSRangeException, info: (null)
*** Version: R 2.7.0 (43058) R.app R GUI 1.21-pre (devel 4798)/i386
Consider saving your work soon in case this problem leads to a full
crash.
と出て，エディタが反応しなくなりました。 その間，マウスを動かすと上のメッセージが繰り返し出るということに。~
ただ，どのマシンでも再現するわけではないような。~
//
#comment
**R-2.6.0でlibrary("gplots")するとlowessが動かない [#e5e24cde]
>[[akira]] (2007-10-15 (月) 11:32:43)~
~
できれば元に戻してほしいなと思うこと~
lowessをlibrary("gplots")するとエラーになります（detachするしかないのかなあ）
> lowess(matrix(rnorm(10),ncol=2))
$x
[1] -0.4870363380 -0.0000979089 0.5005777883 1.2403966227 1.6619158176
$y
[1] -0.1656479 0.9996427 -2.0201375 -0.4005802 -0.4005802
> library("gplots")
要求されたパッケージ gtools をロード中です
要求されたパッケージ gdata をロード中です
次のパッケージを付け加えます: 'gplots'
The following object(s) are masked from package:stats :
lowess
> lowess(matrix(rnorm(10),ncol=2))
以下にエラー .C("lowess", x = as.double(xy$x[o]), as.double(xy$y[o]), n, as.double(f), :
C シンボル名 "lowess" はパッケージ "base" の DLL の中にありません
> detach("package:gplots")
> lowess(matrix(rnorm(10),ncol=2))
$x
[1] 0.2510234 0.2923961 0.4043872 0.4649510 1.5914308
$y
[1] 0.05261158 -0.62864784 1.11317372 1.11317372 0.23452228
RSiteSearchでは引っかかりませんでした。
//
- lowessはstatsの中のだし, baseからstatsに移ったのは1.9の頃ですし, 皆目見当もつきませぬ. WinもLinuxも手元では問題ありませんが... -- [[なかま]] &new{2007-10-15 (月) 13:25:20};
- ubuntuに戻って作業していますが、同じエラーが出ます。私だけなのでしょうか？~
gplotsにはlowessが登録されていても（library(help="gplots")）、これまで何不自由なく動いてくれていたのですが...使いたいのはcolorpanelだけなので、detachします... -- [[akira]] &new{2007-10-15 (月) 14:45:01};
#comment
**R-2.6.0でできなくなったdata.frameのRow, Column指定 [#a876f638]
>[[akira]] (2007-10-15 (月) 10:38:02)~
~
できれば元に戻してほしいなと思うこと~
結構、使っているスクリプトなので修正が面倒なんです...~
~
xがmatrixなら動きます
> x <- matrix(1:12, ncol=3)
> dimnames(x) <- list(LETTERS[1:4], letters[1:3])
> x
a b c
A 1 5 9
B 2 6 10
C 3 7 11
D 4 8 12
> x[rownames(x)=="A", ]
a b c
1 5 9
> x[, colnames(x)=="a"]
A B C D
1 2 3 4
> x[rownames(x)=="A", colnames(x)=="a"]
[1] 1
でも、xがdata.frameになるとエラーになります
> x <- data.frame(x)
> x
a b c
A 1 5 9
B 2 6 10
C 3 7 11
D 4 8 12
> x[rownames(x)=="A", ]
a b c
A 1 5 9
> x[, colnames(x)=="a"]
[1] 1 2 3 4
> x[rownames(x)=="A", colnames(x)=="a"]
以下にエラー .subset2(xx, j) : 再帰的な添字操作がレベル 2 で失敗しました
R-2.5.1まではちゃんと動いていたのですが...
//
- 既に本家でも話題にあがってますので, そのうち誰かが.... -- [[なかま]] &new{2007-10-15 (月) 11:19:49};
- ありがとうございます。バージョンを元に戻します。 -- [[akira]] &new{2007-10-15 (月) 11:35:48};
#comment
**コンソールに赤のエラーメッセージ [#xca8ce66]
>[[青木繁伸]] (2007-10-05 (金) 16:43:04)~
~
ときどき出ます。何種類かあると思いますが，今出たのは以下のもの。~
何らかの参考になりますでしょうか?~
COLOR(red){2007-10-05 16:25:59.144 R[669] -[NSBigMutableString characterAtIndex:] called with out-of-bounds index. For apps linked on Tiger this will raise an exception. For earlier apps it will produce this one-time warning and continue with existing behavior (which is undefined).}
> sessionInfo()
R version 2.6.0 Patched (2007-10-03 r43075)
i386-apple-darwin8.10.1
locale:
ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/C/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_2.6.0
//
- 2007-10-04でやってみましたが(ppc)出て来ませんでした -- [[なかま]] &new{2007-10-06 (土) 01:01:27};
- いつも出るというのではないのです。 -- [[青木繁伸]] &new{2007-10-06 (土) 07:13:18};
- なるべく使うように心がけてみます(^_^; -- [[なかま]] &new{2007-10-06 (土) 13:47:26};
#comment
**histのwarningがちょっと変？ [#za72f421]
>[[アール]] (2006-10-26 (木) 18:28:54)~
~
R 2.4.0 から，plot=FALSE のときに見当違いの warning を出すようになった。~
> x <- 1:10
> ans1 <- hist(x, right=FALSE, plot=FALSE)
Warning message:
argument ‘right’ is not made use of in: hist.default(x, right = FALSE, plot = FALSE)
> ans1$counts
[1] 1 2 2 2 3
> ans2 <- hist(x, right=TRUE, plot=FALSE)
Warning message:
argument ‘right’ is not made use of in: hist.default(x, right = TRUE, plot = FALSE)
> ans2$counts
[1] 2 2 2 2 2
結果が違うんだから（そのように指定したのだが），この warning はおかしい。~
//
-plot に関係しないパラメータということなんだから，right とか include.lowest はチェックしてはいけないんじゃない?以下のようにすべきでは?（hist.default） -- &new{2006-10-26 (木) 22:59:27};
nf <- nf[is.na(match(nf, c("x", "breaks", "freq", "nclass", "plot", "probability",
"right", "include.lowest")))]
-include.lowest については，修正が入ったようであるが，right はまだ指摘がない。 -- &new{2006-11-16 (木) 18:13:53};~
http://bugs.r-project.org/cgi-bin/R/incoming?id=9356;user=guest;selectid=9356 からのスレッド参照。Date: Fri, 10 Nov 2006 13:31:49 -0800
nf <- nf[is.na(match(nf, c("x", "breaks", "freq", "nclass",
"plot", "probability")))]
になったけど，このリストに，right も入れるべきではないかなぁ。
-right に対しても，文句を言わないようにソースが修正されたようだ。 -- &new{2006-11-19 (日) 17:34:06};
#comment
**変数名が日本語で，その中に半角ピリオドを含むとき [#r856726b]
>[[アール]] (2006-09-01 (金) 10:34:22)~
~
データファイルを用意するとき，変数名が日本語でその中に半角ピリオドが含まれるとき，変数名がアルファベットでその中に半角ピリオドが含まれるときと扱いが異なります。~
> df <- read.table("name.dat", header=TRUE)
> df
身長.1 体重 BMI.2
1 157.3 50.6 20.4
2 153.8 53.5 22.6
3 167.0 60.0 21.5
4 155.0 58.0 24.1
5 167.2 NA NA
6 156.5 46.0 18.8
7 157.5 59.5 24.0
8 151.0 65.0 28.5
9 158.5 58.0 23.1
10 157.3 46.0 18.6
> df$身長.1
+ # しょうがないので，ここでリターンキーを押しました
NULL
> df$"身長.1"
[1] 157.3 153.8 167.0 155.0 167.2 156.5 157.5 151.0 158.5
[10] 157.3
> df$BMI.2
[1] 20.4 22.6 21.5 24.1 NA 18.8 24.0 28.5 23.1 18.6
> df$"BMI.2"
[1] 20.4 22.6 21.5 24.1 NA 18.8 24.0 28.5 23.1 18.6
環境は，Macintosh OS X 10.4.7, R 2.3.1 です。~~
また，データフレームを作るときにもちょっと変な感じです。~
> df <- data.frame(Var.1 <- 1:10, 変数.2 <- 11:20)
> df
Var.1....1.10 X.変数.2......11.20
1 1 11
2 2 12
以下略
> df <- data.frame("Var.1" <- 1:10, "変数.2" <- 11:20)
> df
X.Var.1.....1.10 X.変数.2.....11.20
1 1 11
2 2 12
以下略
> df <- data.frame("Var.1" <- 1:10, "変数.2" <- 11:20, etc=21:30)
> df
X.Var.1.....1.10 X.変数.2.....11.20 etc
1 1 11 21
2 2 12 22
以下略
//
-上の件は `身長.1 <-1' が行えない.でバグです.たぶんutf8clen関数がおかしいようです(UTF8以外では発生しない). 下の件は data.frame(hoge<-1:10) ではなく, data.frame(hoge=1:10) のようにするのがいいんじゃないかと.etcは"="ですよね? -- [[なかま]] &new{2006-09-01 (金) 12:21:17};
-仰せの通りでした。以下のようになる（"変数.2"の後に "." がつく）のは，別のところに投稿のあったのと同じ原因でしょうね。 -- &new{2006-09-01 (金) 13:11:38};
> df <- data.frame(Var.1 = 1:10, 変数.2 = 11:20)
> df
Var.1 変数.2.
1 1 11
2 2 12
-んと, 変数.2 に付くドットの件は上の件と同じで(^^;,utf8関係がおかしいのが原因です. (がむばりまする...) -- [[なかま]] &new{2006-09-01 (金) 14:47:36};
-なははははは(←わらってごまかしている様子).....(;_;) 多バイト処理全般に影響がありました. パッチを先程送りましたが, たぶん2.4にならないと反映されないかも. m(_|_)m. -- [[なかま]] &new{2006-09-04 (月) 13:09:21};
-R 2.4.0 has been scheduled for October 3. には間違いなく反映されています. -- [[なかま]] &new{2006-09-05 (火) 02:28:21};
#comment
**read.fortran での入力行数 [#q0b64d07]
>[[アール]] (2006-02-02 (木) 23:27:53)~
~
[[Ｑ＆Ａ (初級者コース)]]の「 read.fortran での入力行数」~
と，書いてあった，，，んだが，~
いつの間にかなくなっている。。。ので，新たに，書いておこうかな。~
read.fortran は read.fwf を呼ぶのだが，後者には引数 buffersize=2000 というのがあるが（デフォルトが2000），前者には対応する引数はない。~
この引数は，「一度に読みこむ行数」に関係している。~
で，read.fortran の利用者は，「なんで，2000行しか読んでくれないんだ？」と思うかもしれない。オンラインヘルプを見ても，そんな制限は書いていなくて，ソースをみて read.fwf 関数のオンラインヘルプを見て始めて，「そんなことはもっと早く言ってくれ」ということになりはしないか。
//
#comment
終了行:
COLOR(green){SIZE(25){ 不具合報告中継所}}
R で発見した種々の不具合について，しかるべき筋に報告してもらうために設ける中継所です。ここに書き込まれたことが，しかるべき筋に報告されるかどうかは，保証できません。
#contents
----
#article
**赤字のエラーメッセージ（その2） [#c73ecb85]
>[[青木繁伸]] (2007-10-24 (水) 15:00:49)~
~
小規模なデータフレーム~
Height Weight BloodType
159 45 B
160 45 A
167 NA B
160 45 O
155 45 O
以下略（全部で60行）
を使って，以下のようなもの~
df <- read.table("idol.dat", header=TRUE)
result <- split(df, df$BloodType)
sapply(result, )
をエディタで作っている途中に~
2007-10-24 14:52:52.889 R[514] *** REngine.runREPL: caught ObjC
exception in the main loop!
*** Please report the following error on r-sig-mac@r-project.org
along with the full description of how to reproduce it:
*** reason: *** -[NSBigMutableString characterAtIndex:]: Range or
index out of bounds
*** name: NSRangeException, info: (null)
*** Version: R 2.7.0 (43058) R.app R GUI 1.21-pre (devel 4798)/i386
Consider saving your work soon in case this problem leads to a full
crash.
と出て，エディタが反応しなくなりました。 その間，マウスを動かすと上のメッセージが繰り返し出るということに。~
ただ，どのマシンでも再現するわけではないような。~
//
#comment
**R-2.6.0でlibrary("gplots")するとlowessが動かない [#e5e24cde]
>[[akira]] (2007-10-15 (月) 11:32:43)~
~
できれば元に戻してほしいなと思うこと~
lowessをlibrary("gplots")するとエラーになります（detachするしかないのかなあ）
> lowess(matrix(rnorm(10),ncol=2))
$x
[1] -0.4870363380 -0.0000979089 0.5005777883 1.2403966227 1.6619158176
$y
[1] -0.1656479 0.9996427 -2.0201375 -0.4005802 -0.4005802
> library("gplots")
要求されたパッケージ gtools をロード中です
要求されたパッケージ gdata をロード中です
次のパッケージを付け加えます: 'gplots'
The following object(s) are masked from package:stats :
lowess
> lowess(matrix(rnorm(10),ncol=2))
以下にエラー .C("lowess", x = as.double(xy$x[o]), as.double(xy$y[o]), n, as.double(f), :
C シンボル名 "lowess" はパッケージ "base" の DLL の中にありません
> detach("package:gplots")
> lowess(matrix(rnorm(10),ncol=2))
$x
[1] 0.2510234 0.2923961 0.4043872 0.4649510 1.5914308
$y
[1] 0.05261158 -0.62864784 1.11317372 1.11317372 0.23452228
RSiteSearchでは引っかかりませんでした。
//
- lowessはstatsの中のだし, baseからstatsに移ったのは1.9の頃ですし, 皆目見当もつきませぬ. WinもLinuxも手元では問題ありませんが... -- [[なかま]] &new{2007-10-15 (月) 13:25:20};
- ubuntuに戻って作業していますが、同じエラーが出ます。私だけなのでしょうか？~
gplotsにはlowessが登録されていても（library(help="gplots")）、これまで何不自由なく動いてくれていたのですが...使いたいのはcolorpanelだけなので、detachします... -- [[akira]] &new{2007-10-15 (月) 14:45:01};
#comment
**R-2.6.0でできなくなったdata.frameのRow, Column指定 [#a876f638]
>[[akira]] (2007-10-15 (月) 10:38:02)~
~
できれば元に戻してほしいなと思うこと~
結構、使っているスクリプトなので修正が面倒なんです...~
~
xがmatrixなら動きます
> x <- matrix(1:12, ncol=3)
> dimnames(x) <- list(LETTERS[1:4], letters[1:3])
> x
a b c
A 1 5 9
B 2 6 10
C 3 7 11
D 4 8 12
> x[rownames(x)=="A", ]
a b c
1 5 9
> x[, colnames(x)=="a"]
A B C D
1 2 3 4
> x[rownames(x)=="A", colnames(x)=="a"]
[1] 1
でも、xがdata.frameになるとエラーになります
> x <- data.frame(x)
> x
a b c
A 1 5 9
B 2 6 10
C 3 7 11
D 4 8 12
> x[rownames(x)=="A", ]
a b c
A 1 5 9
> x[, colnames(x)=="a"]
[1] 1 2 3 4
> x[rownames(x)=="A", colnames(x)=="a"]
以下にエラー .subset2(xx, j) : 再帰的な添字操作がレベル 2 で失敗しました
R-2.5.1まではちゃんと動いていたのですが...
//
- 既に本家でも話題にあがってますので, そのうち誰かが.... -- [[なかま]] &new{2007-10-15 (月) 11:19:49};
- ありがとうございます。バージョンを元に戻します。 -- [[akira]] &new{2007-10-15 (月) 11:35:48};
#comment
**コンソールに赤のエラーメッセージ [#xca8ce66]
>[[青木繁伸]] (2007-10-05 (金) 16:43:04)~
~
ときどき出ます。何種類かあると思いますが，今出たのは以下のもの。~
何らかの参考になりますでしょうか?~
COLOR(red){2007-10-05 16:25:59.144 R[669] -[NSBigMutableString characterAtIndex:] called with out-of-bounds index. For apps linked on Tiger this will raise an exception. For earlier apps it will produce this one-time warning and continue with existing behavior (which is undefined).}
> sessionInfo()
R version 2.6.0 Patched (2007-10-03 r43075)
i386-apple-darwin8.10.1
locale:
ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/C/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_2.6.0
//
- 2007-10-04でやってみましたが(ppc)出て来ませんでした -- [[なかま]] &new{2007-10-06 (土) 01:01:27};
- いつも出るというのではないのです。 -- [[青木繁伸]] &new{2007-10-06 (土) 07:13:18};
- なるべく使うように心がけてみます(^_^; -- [[なかま]] &new{2007-10-06 (土) 13:47:26};
#comment
**histのwarningがちょっと変？ [#za72f421]
>[[アール]] (2006-10-26 (木) 18:28:54)~
~
R 2.4.0 から，plot=FALSE のときに見当違いの warning を出すようになった。~
> x <- 1:10
> ans1 <- hist(x, right=FALSE, plot=FALSE)
Warning message:
argument ‘right’ is not made use of in: hist.default(x, right = FALSE, plot = FALSE)
> ans1$counts
[1] 1 2 2 2 3
> ans2 <- hist(x, right=TRUE, plot=FALSE)
Warning message:
argument ‘right’ is not made use of in: hist.default(x, right = TRUE, plot = FALSE)
> ans2$counts
[1] 2 2 2 2 2
結果が違うんだから（そのように指定したのだが），この warning はおかしい。~
//
-plot に関係しないパラメータということなんだから，right とか include.lowest はチェックしてはいけないんじゃない?以下のようにすべきでは?（hist.default） -- &new{2006-10-26 (木) 22:59:27};
nf <- nf[is.na(match(nf, c("x", "breaks", "freq", "nclass", "plot", "probability",
"right", "include.lowest")))]
-include.lowest については，修正が入ったようであるが，right はまだ指摘がない。 -- &new{2006-11-16 (木) 18:13:53};~
http://bugs.r-project.org/cgi-bin/R/incoming?id=9356;user=guest;selectid=9356 からのスレッド参照。Date: Fri, 10 Nov 2006 13:31:49 -0800
nf <- nf[is.na(match(nf, c("x", "breaks", "freq", "nclass",
"plot", "probability")))]
になったけど，このリストに，right も入れるべきではないかなぁ。
-right に対しても，文句を言わないようにソースが修正されたようだ。 -- &new{2006-11-19 (日) 17:34:06};
#comment
**変数名が日本語で，その中に半角ピリオドを含むとき [#r856726b]
>[[アール]] (2006-09-01 (金) 10:34:22)~
~
データファイルを用意するとき，変数名が日本語でその中に半角ピリオドが含まれるとき，変数名がアルファベットでその中に半角ピリオドが含まれるときと扱いが異なります。~
> df <- read.table("name.dat", header=TRUE)
> df
身長.1 体重 BMI.2
1 157.3 50.6 20.4
2 153.8 53.5 22.6
3 167.0 60.0 21.5
4 155.0 58.0 24.1
5 167.2 NA NA
6 156.5 46.0 18.8
7 157.5 59.5 24.0
8 151.0 65.0 28.5
9 158.5 58.0 23.1
10 157.3 46.0 18.6
> df$身長.1
+ # しょうがないので，ここでリターンキーを押しました
NULL
> df$"身長.1"
[1] 157.3 153.8 167.0 155.0 167.2 156.5 157.5 151.0 158.5
[10] 157.3
> df$BMI.2
[1] 20.4 22.6 21.5 24.1 NA 18.8 24.0 28.5 23.1 18.6
> df$"BMI.2"
[1] 20.4 22.6 21.5 24.1 NA 18.8 24.0 28.5 23.1 18.6
環境は，Macintosh OS X 10.4.7, R 2.3.1 です。~~
また，データフレームを作るときにもちょっと変な感じです。~
> df <- data.frame(Var.1 <- 1:10, 変数.2 <- 11:20)
> df
Var.1....1.10 X.変数.2......11.20
1 1 11
2 2 12
以下略
> df <- data.frame("Var.1" <- 1:10, "変数.2" <- 11:20)
> df
X.Var.1.....1.10 X.変数.2.....11.20
1 1 11
2 2 12
以下略
> df <- data.frame("Var.1" <- 1:10, "変数.2" <- 11:20, etc=21:30)
> df
X.Var.1.....1.10 X.変数.2.....11.20 etc
1 1 11 21
2 2 12 22
以下略
//
-上の件は `身長.1 <-1' が行えない.でバグです.たぶんutf8clen関数がおかしいようです(UTF8以外では発生しない). 下の件は data.frame(hoge<-1:10) ではなく, data.frame(hoge=1:10) のようにするのがいいんじゃないかと.etcは"="ですよね? -- [[なかま]] &new{2006-09-01 (金) 12:21:17};
-仰せの通りでした。以下のようになる（"変数.2"の後に "." がつく）のは，別のところに投稿のあったのと同じ原因でしょうね。 -- &new{2006-09-01 (金) 13:11:38};
> df <- data.frame(Var.1 = 1:10, 変数.2 = 11:20)
> df
Var.1 変数.2.
1 1 11
2 2 12
-んと, 変数.2 に付くドットの件は上の件と同じで(^^;,utf8関係がおかしいのが原因です. (がむばりまする...) -- [[なかま]] &new{2006-09-01 (金) 14:47:36};
-なははははは(←わらってごまかしている様子).....(;_;) 多バイト処理全般に影響がありました. パッチを先程送りましたが, たぶん2.4にならないと反映されないかも. m(_|_)m. -- [[なかま]] &new{2006-09-04 (月) 13:09:21};
-R 2.4.0 has been scheduled for October 3. には間違いなく反映されています. -- [[なかま]] &new{2006-09-05 (火) 02:28:21};
#comment
**read.fortran での入力行数 [#q0b64d07]
>[[アール]] (2006-02-02 (木) 23:27:53)~
~
[[Ｑ＆Ａ (初級者コース)]]の「 read.fortran での入力行数」~
と，書いてあった，，，んだが，~
いつの間にかなくなっている。。。ので，新たに，書いておこうかな。~
read.fortran は read.fwf を呼ぶのだが，後者には引数 buffersize=2000 というのがあるが（デフォルトが2000），前者には対応する引数はない。~
この引数は，「一度に読みこむ行数」に関係している。~
で，read.fortran の利用者は，「なんで，2000行しか読んでくれないんだ？」と思うかもしれない。オンラインヘルプを見ても，そんな制限は書いていなくて，ソースをみて read.fwf 関数のオンラインヘルプを見て始めて，「そんなことはもっと早く言ってくれ」ということになりはしないか。
//
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