マルチレベル分析
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[[逆引R]]
*マルチレベル分析(マルチレベルモデリング、混合モデル、階...
**マルチレベル分析とは？
**普通のランダムモデル (エラーがガウス分布・2レベル)
**3レベルのモデル (それぞれのレベルでエラーがガウス分布)
**Logitモデル(ランダム切片) 2レベル
library(MASS) #一般化線型混合モデルのための関数(glmmPQL...
attach(bacteria)# データの詳細は ?bacteria でどうぞ
#治療と2週間以上かどうかを考慮した条件付確立分布が二項分...
fit<-glmmPQL(y ~ trt + I(week > 2), random = ~1 | ID, fa...
#random の部分でどの変数にレベル２でのランダムネスを許可...
#｜以下がレベル２のユニット
#I()は条件式で帰ってくるファクターをそのままつかえという...
library(boot)#inv.logit というlogitの逆関数がbootライブ...
p<-inv.logit(predict(fit))
plot(trt,p,m="インフルエンザ菌の存在確率",,xla="治療群",...
以下はモデルから予測された確率をプロットしたもの。
#ref(bact.png)
**ポアソン分布 EBSMRを求める
**クロス分類モデル
それぞれの生徒が卒業した小学校、いま在学している中学校の...
XC<-read.table("http://www.okada.jp.org/RWiki/index.php?...
cons<-rep(1,length(XC))
XC<-cbind(XC,cons)
XCdata <-groupedData(ACHIEV~PUPSEX | cons,data=XC)
fit<-lme(ACHIEV~PUPSEX,random=pdBlocked(list(pdIdent(~PS...
summary(fit)
結果
Random effects:
Composite Structure: Blocked
Block 1: PSCHOOL
Formula: ~PSCHOOL - 1 | cons
PSCHOOL
StdDev: 0.0003159525
Block 2: SSCHOOL
Formula: ~SSCHOOL - 1 | cons
SSCHOOL Residual
StdDev: 0.003773505 0.8593165
Fixed effects: ACHIEV ~ PUPSEX
Value Std.Error DF t-value p-value
(Intercept) 6.186725 0.05365852 998 115.29810 <.0001
PUPSEX 0.238468 0.05443146 998 4.38107 <.0001
Correlation:
(Intr)
PUPSEX -0.487
小学校間、中学校間ともに小さい標準偏差しかなく、通常の線...
Paterson, L. (1991). Socio economic status and educationa...
の方が意味があるかも？
**Multivariateアウトカム(なんと訳すのか？)
lme(score~-1+wtn+cwk+I(wtn*gender)+I(cwk*gender),random=...
**関連リンク
-[[Multilevel software reviews:http://multilevel.ioe.ac.u...
-[[Multilevel Analysis, Techniques and Applications:http:...
様々な(マルチレベルモデル用の)データセットもダウンロード...
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**マルチレベル分析とは？
**普通のランダムモデル (エラーがガウス分布・2レベル)
**3レベルのモデル (それぞれのレベルでエラーがガウス分布)
**Logitモデル(ランダム切片) 2レベル
library(MASS) #一般化線型混合モデルのための関数(glmmPQL...
attach(bacteria)# データの詳細は ?bacteria でどうぞ
#治療と2週間以上かどうかを考慮した条件付確立分布が二項分...
fit<-glmmPQL(y ~ trt + I(week > 2), random = ~1 | ID, fa...
#random の部分でどの変数にレベル２でのランダムネスを許可...
#｜以下がレベル２のユニット
#I()は条件式で帰ってくるファクターをそのままつかえという...
library(boot)#inv.logit というlogitの逆関数がbootライブ...
p<-inv.logit(predict(fit))
plot(trt,p,m="インフルエンザ菌の存在確率",,xla="治療群",...
以下はモデルから予測された確率をプロットしたもの。
#ref(bact.png)
**ポアソン分布 EBSMRを求める
**クロス分類モデル
それぞれの生徒が卒業した小学校、いま在学している中学校の...
XC<-read.table("http://www.okada.jp.org/RWiki/index.php?...
cons<-rep(1,length(XC))
XC<-cbind(XC,cons)
XCdata <-groupedData(ACHIEV~PUPSEX | cons,data=XC)
fit<-lme(ACHIEV~PUPSEX,random=pdBlocked(list(pdIdent(~PS...
summary(fit)
結果
Random effects:
Composite Structure: Blocked
Block 1: PSCHOOL
Formula: ~PSCHOOL - 1 | cons
PSCHOOL
StdDev: 0.0003159525
Block 2: SSCHOOL
Formula: ~SSCHOOL - 1 | cons
SSCHOOL Residual
StdDev: 0.003773505 0.8593165
Fixed effects: ACHIEV ~ PUPSEX
Value Std.Error DF t-value p-value
(Intercept) 6.186725 0.05365852 998 115.29810 <.0001
PUPSEX 0.238468 0.05443146 998 4.38107 <.0001
Correlation:
(Intr)
PUPSEX -0.487
小学校間、中学校間ともに小さい標準偏差しかなく、通常の線...
Paterson, L. (1991). Socio economic status and educationa...
の方が意味があるかも？
**Multivariateアウトカム(なんと訳すのか？)
lme(score~-1+wtn+cwk+I(wtn*gender)+I(cwk*gender),random=...
**関連リンク
-[[Multilevel software reviews:http://multilevel.ioe.ac.u...
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様々な(マルチレベルモデル用の)データセットもダウンロード...
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