R 2.2.0 の新機能・変更の編集

R 2.2.0 の新機能・変更一覧(2005.10.06 公開)

[[オリジナル文書>http://cran.r-project.org/src/base/NEWS]]

#contents

*ユーザから見える変更

-plot(<lm object>) が4番目のパネルに 'which' を指定しなかった時、新たにデフォルト値として 'which = 5' を使用するようになりました。

-起動時に表示されるメッセージ中の日付の後ろに、SVN のバージョン番号が表示されるようになりました。ここで表示される日付は最後にソースが改変された日付であって、そのバイナリのソースが用意された日付とは限りません。

-is.null(expression()) が FALSE を返すようになりました。 is.null() が TRUE を返すのは、NULL を与えた時だけです。

-~graphics::xy.coords と xyz.coords、n2mfrow が grDevices 名前空間に移されました (grid でも同様に利用できます)。
graphics::boxplot.stats と contourLines、nclass.* および chull が grDevices 名前空間に移されました。chull() の基礎となっている C のコードは grDevices パッケージに移されました。

o   split(x, f), split<-() and unsplit() now by default split by all
       levels of a factor f, even when some are empty.
       Use split(x, f, drop = TRUE) if you want the old behavior of
       dropping empty levels.  split() and split<-() are S3 generic
       functions with new arguments 'drop' and '...' and all methods now
       should have 'drop' and '...' arguments as well.

-read.table() および scan() における 'allowEscapes' のデフォルト値が FALSE に変更されました。

-system.time() の 'gcFirst' のデフォルト値が TRUE になりました。

*新機能

-.Platform に新しい要素(component) 'path.sep' が追加されました。これは PATH や TEXINPUTS などの環境変数におけるパスの区切り文字です。

o   anova.mlm() now handles the single-model case.

-全てのプラットフォームにおいて、16進数値が as.numeric() と as.integer() で、また R コード中の整数の定数として使えるようになりました。

o   attach() now prints an information message when objects are
       masked on the search path by or from a newly attached database.

-axis() が 'at' の位置を返すようになりました．

-axis() が新しい引数 'hadj' を取るようになりました。この引数はラベルの水平方向の文字揃えを制御します。

-axis.Date() および axis.POSIXct() が 'labels' 引数を許容するようになりました（ Gavin Simpson の貢献による）。

-barplot() が 'log = ""' および 'add = FALSE' 引数を取るようになりました（'gplots' パッケージの barplot2() と同様になっています）。

-baseenv() が追加されました。この関数は base 環境を返します。現在のところ base 環境は NULL ですが、将来のリリースで変更されます。

-boxplot() が (bxp() 経由での) 'yaxs' の指定に応答するようになりました。(PR#8072 での要望)

-capabilities() に新しい要素 'NLS' が追加されました。

-cbind() および rbind() が (R 風でない別のシステムのように) 'deparse.level' = {0,1,2} に応答するようになりました。

-総称的関数 cbind2(x,y) および rbind2() に基づく、cbind() および rbind() の実験的バージョン。これにより、cbind() および rbind() と同等の S4 メソッドを利用できます --- 今のところは明示的に実行可能にする必要があります。?cbind2 を読んでください。

o   New functions cdplot() and spineplot() for conditional density
       plots and spine plots or spinograms.  Spine plots are now used
       instead of bar plots for x-y scatterplots where y is a factor.

-'tools' パッケージの checkDocFiles() が不正な \usage 行 (文法的に不正な R コード) をチェックするようになりました。

o   The nonparametric variants of cor.test() now behave better in
       the presence of ties. The "spearman" method uses the asymptotic
       approximation in that case, and the "kendall" method likewise,
       but adds a correction for ties (this is not necessary in the
       Spearman case).

-X11 の dataentry() において、X インプットメソッドがサポートされました（中間栄治の貢献による）。

o   density() is now an S3 generic where density.default() {former
       density()} has new argument 'weights' for specifying observation
       masses different than the default 1/N -- based on a suggestion and
       code from Adrian Baddeley.

-download.packages() が、ダウンロードエラーに遭っても続行されるようになりました (リポジトリのインデックスが破損していた場合など)。

-dump() は、欠落したオブジェクトがある場合に，エラーを投げるのではなく警告を出してこれをスキップするようになりました。

-duplicated() および unique() に "POSIXlt" メソッドが追加されました。

-tools パッケージの関数 encoded_text_to_latex() は、Latin 1,2,9 および UTF-8 でエンコーディングされた文字ベクトルを、LaTeX の適切なエスケープシーケンスに変換します。

-format.default() との整合性のために、encodeString() において justify = "none" を指定できるようになりました。分かりやすさのために、長くなった引数名があります (訳注: w が width に、na が na.encode になっています)。

-file() および fifo()、 pipe() がコネクションを開くのに失敗した場合に、（可能であれば）その理由を報告するようになりました。

-~format.default() が 'width' 引数を取るようになり、'justify' で文字列のセンタリングが可能になりました。
format.default() が、文字列 NA がエンコードされるかどうかを制御する新しい引数 'na.encode' を取るようになりました (デフォルトでは TRUE になっています)。また、新しい引数 'scientific' は実数/複素数の記数法 (fixed/scientific) を制御します。
~リストに対して format() がどのように働くかが文書化されました。また、atomic なベクトルを処理する場合と同一の方法で引数を用いるようになりました。

o   format.info() now has a 'digits' argument, and is documented
       to work for all atomic vectors (it used to work for all but
       raw vectors.).

-「ワイルドカード」、別名 `globbing' を正規表現に変換する新しい関数、glob2rx()。

o   There is a new function gregexpr() which generalizes regexpr()
       to search for all matches in each of the input strings (not
       just the first match).

-[g]sub() が grep() および regexpr() と同様に 'useBytes' 引数を取るようになりました。

-[g]sub(perl = TRUE) が \L および \U による置換をサポートしました。

-iconv() が 'utils' から 'base' に移されました。

-identify()'s のデフォルトのメソッドがオプション引数 'atpen' および 'tolerance' を取るようになりました（S に追随しています）。

-KalmanForecast() および KalmanLike() において、引数が変更されるのを防ぐためにオプション引数 fast=FALSE を指定できるようになりました。

-1標本 Kolmogorov-Smirnov 検定の片側検定および両側検定を行う ks.test() において、正確な p 値が利用できるようになりました。

o   labels() now has a method for "dist" objects (replacing that
       for names() which was withdrawn in 2.1.0).

o   library() now explicitly checks for the existence of
       directories in 'lib.loc': this avoids some warning messages.

o   loadNamespace(keep.source=) now applies only to that namespace
       and not others it might load to satisfy imports: this is now
       consistent with library().

-match.arg() が新しい引数 'several.ok = FALSE' を取るようになりました。

o   max.col() has a new argument for non-random behavior in the
       case of ties.

o   memory.profile() now uses the type names returned by typeof()
       and no longer has two unlabelled entries.

-methods() が非総称的関数上で呼び出されたと推定される場合、警告が出るようになりました。

o   The default mosaicplot() method by default draws grey boxes.

-'stats' パッケージに S-PLUS のものと同様な nlminb() が追加されました。

o   New algorithm "port" (the nl2sol algorithm available in the
       Port library on netlib) added to the nls() function in the
       'stats' package.

o   object.size() now supports more types, including external
       pointers and weak references.

o   options() now returns its result in alphabetical order, and is
       documented more comprehensively and accurately.  (Now all
       options used in base R are documented, including
       platform-specific ones.)

Some options are now set in the package which makes use of
       them (grDevices, stats or utils) if not already set when the
       package is loaded.

o   New option("OutDec") to set the decimal point for output conversions.

o   New option("add.smooth") to add smoothers to a plot, currently
       only used by plot.lm().

-pie() が新しいオプション引数 'clockwise' および 'init.angle' を取るようになりました。

o   plot.lm() has two new plots (for 'which' = 5 or 6), plotting
       residuals or cook distances versus (transformed) leverages - unless
       these are constant.  Further, the new argument 'add.smooth' adds a
       loess smoother to the point plots by default, and 'qqline = TRUE'
       adds a qqline() to the normal plot.
       The default for 'sub.caption' has been improved for long calls.

-R.home() がコンポーネント（本バージョンからどこにでもインストールできます）のパスを返すように拡張されました。

-readBin() および writeBin() が、生の（raw）ベクトルもファイル名やコネクションと同様にサポートするようになりました。

-read.dcf() が gzip 圧縮されたファイルを読み込めるようになりました。

o   read.table() now passes 'allowEscapes' to scan().

o   sample(x, size, prob, replace = TRUE) now uses a faster
       algorithm if there are many reasonably probable values.  (This
       does mean the results will be different from earlier versions
       of R.)  The speedup is modest unless 'x' is very large _and_
       'prob' is very diffuse so that thousands of distinct values
       will be generated with an appreciable frequency.

o   scatter.smooth() now works a bit more like other plotting
       functions (e.g., accepts a data frame for argument 'x').
       Improvements suggested by Kevin Wright.

o   signif() on complex numbers now rounds jointly to give the
       requested number of digits in the larger component, not
       independently for each component.

o   New generic function simulate() in the 'stats' package with
       methods for some classes of fitted models.

o   smooth.spline() has a new argument 'keep.data' which allows to
       provide residuals() and fitted() methods for smoothing splines.

o   Attempting source(file, chdir=TRUE) with a URL or connection
       for 'file' now gives a warning and ignores 'chdir'.

o   source() closes its input file after parsing it rather than
       after executing the commands, as used to happen prior to
       2.1.0.  (This is probably only significant on Windows where
       the file is locked for a much shorter time.)

o   split(), split<-(), unsplit() now have a new argument 'drop = FALSE',
       by default not dropping empty levels; this is *not* back compatible.

o   sprintf() now supports asterisk `*' width or precision
       specification (but not both) as well as `*1$' to `*99$'.  Also the
       handling of `%' as conversion specification terminator is now
       left to the system and doesn't affect following specifications.

o   The plot method for stl() now allows the colour of the range
       bars to be set (default unchanged at "light gray").

o   Added tclServiceMode() function to the tcltk package to allow
       updating to be suspended.

o   terms.formula() no longer allows '.' in a formula unless there
       is a (non-empty) 'data' argument or 'allowDotAsName = TRUE' is
       supplied.  We have found several cases where 'data' had not
       been passed down to terms() and so '.' was interpreted as a
       single variable leading to incorrect results.

o   New functions trans3d(), the 3D -> 2D utility from persp()'s
       example, and extendrange(), both in package 'grDevices'.

-TukeyHSD() が多重比較用に調整された p 値を返すようになりました(これは Fernando Henrique Ferraz P. da Rosa によるパッチに基づくものです)。

-URLencode() および URLdecode() 関数が追加されました。これらの関数は、とくに file:// で始まる URL を取り扱うためのものです。たとえば browse.env()、download.file()、download.packages() や、種々の help() 関数のプリントメソッドで用いられます。

-UTF-8 でエンコードされた文字列を処理する utf8ToInt() および intToUtf8() 関数(ロケールや OS レベルでの UTF-8 サポートに依存しません)。

o   [dqp]wilcox and wilcox.test work better with one very large sample
       size and an extreme first argument.

-write() が新しい引数 'sep' を取るようになりました。

-write.csv[2] が row.names = FALSE もサポートするようになりました。

o   The specification of the substitutions done when processing
       Renviron files is more liberal: see ?Startup.  It now
       accepts forms like R_LIBS=${HOME}/Rlibrary:${WORKGRP}/R/lib .

o   Added recommendation that packages have an overview man page
       <pkg>-package.Rd, and the promptPackage() function to create a
       skeleton version.

o   Replacement indexing of a data frame by a logical matrix index
       containing NAs is allowed in a few more cases, in particular
       always when the replacement value has length one.

-.Rd ファイルから latex への変換におけるエンコーディングの処理がより包括的になり、UTF-8 もある程度サポートされました。

-内部の正規表現コードが glibc-2.3.5 にアップデートされました。多数のバグフィックスだけでなく、とくに UTF-8 ロケールにおいて、動作がいくらか高速化されるでしょう。

-PCRE がバージョン 6.2 にアップデートされました。

-zlib がバージョン 1.2.3 にアップデートされました。

-bzip2 がバージョン 1.0.3 にアップデートされました。

o   Complex arithmetic is now done by C99 complex types where
       supported.  This is likely to boost performance, but is
       subject to the accuracy with which it has been implemented.

o   The printing of complex numbers has changed, handling numbers
       as a whole rather than in two parts.  So both real and
       imaginary parts are shown to the same accuracy, with the
       'digits' parameter referring to the accuracy of the larger
       component, and both components are shown in fixed or
       scientific notation (unless one is entirely zero when it is
       always shown in fixed notation).

-.C() と .Fortran()、およびパースエラーのエラーメッセージがより詳細な情報を含むようになりました。

-date および date-time 関数において、1970-01-01 との差が 5000 年以上となる日付の取り扱いが改良されました（使用される暦について疑わしい仮定を置くことで実現されています）。

-繁体字中国語の翻訳が追加されました。また，ロシア語の翻訳がさらに広範囲なものになりました。

*廃止および廃止予定

-capability の "IEEE754" が廃止されました。

-loadURL() は廃止されました。load(url()) を使用してください。

-delay() は廃止されました。代わりに delayedAssign() を使用してください。

-update.packages() および old.packages()、new.packages()、download.packages() 、install.packages() の引数 'CRAN' が廃止され、'repos' が使われるようになりました。

-write.table0() は廃止予定となり、ずっと高速な write.table() の使用が推奨されています。

-format.char() は廃止予定となり、format.default() の使用が推奨されています。

-R_HOME/etc/Rprofile.site が存在しないと、もはや R_HOME/etc/Rprofile は捜されません。（これは R 1.4.0 から文書化されていません）

-CRAN.packages() は廃止予定となり，available.packages() の使用が推奨されています。

-Rd.sty スタイルファイルは、もはや \Link を含む pre-2.0.0 変換を処理しません。

-廃止された GNOME/gnome デバイス関連の未削除部分が削除されました。

-print.matrix() (これは R 1.7.0 から print.default と同一のものとなっています) が削除されています。

*インストール

o   LDFLAGS now defaults to -L/usr/local/lib64 on most Linux
       64-bit OSes (but not ia64).  The use of lib/lib64 can be
       overridden by the new variable LIBnn.

-デフォルトのインストールディレクトリが ${prefix}/${LIBnn}/R に、すなわちほとんどの 64 bit Linux では /usr/local/lib64/R に、それ以外では /usr/local/lib/R になりました。

-doc および include、share ディレクトリツリーがインストールされる場所が独立に指定できるようになりました。R-admin manual を見てください。

o   We now test for wctrans_t, as apparently some broken OSes have
       wctrans but not wctrans_t (which is required by the relevant
       standards) .

o   Any external BLAS found is now tested to see if the complex
       routine zdotu works correctly: this provides a compatibility
       test of compiler return conventions.

o   Installation without NLS is now cleaner, and does not install
       any message catalogues.

-f2c/gcc が使用されると、g77 が使用される場合と同様に src/modules/lapack/dlamc.f が -ffloat-store オプション付でコンパイルされるようになりました。

-全ての Fortran コードが完全に F77 準拠となり、gfortran のような F95 コンパイラがなんの警告も出さないようになりました。

o   The (not-recommended) options --with-system-zlib,
       --with-system-bzlib and -with-system-pcre now have 'system' in
       the name.

o   If a Java runtime environment is detected at configure time
       its library path is appended to LD_LIBRARY_PATH or equivalent.
       New Java-related variables JAVA_HOME (path to JRE/JDK), JAVA_PROG
       (path to Java interpreter), JAVA_LD_PATH (Java library path)
       and JAVA_LIBS (flags to link against JNI) are made available
       in Makeconf.

o   Ei-ji Nakama was contributed a patch for FPU control with the
       Intel compilers on ix86 Linux.

*Mac OS X へのインストール

-“--with-blas="-framework vecLib"”、“--with-lapack”、“--with-aqua”がデフォルトの configure オプションになりました。

-framework のデフォルトのバージョン名がパッチレベルを含まないように変更されました（すなわち、2.2.0 ではなく 2.2 となりました）。また、configure 時に FW_VERSION を好きな名前に設定して、このバージョン名に関する設定を上書きできるようになりました。

-R がフレームワークとして configure されれば、Rmath スタンドアロンライブラリが R.framework 内に正しくインストールされるようになりました。さらに、make install-Rmath-framework とすれば、スタンドアロンの Rmath フレームワークが /Library/Frameworks にインストールされます（この動作は RMATH_FRAMEWORK_DIR でフレームワークのフルパスを指定し、拡張子 .framework を持つ名称を与えることで変更できます）。

*パッケージのインストール

o   The encoding for a packages' 00Index.html is chosen from the
       Encoding: field (if any) of the DESCRIPTION file and from the
       \encoding{} fields of any Rd files with non-ASCII titles.
       If there are conflicts, first-found wins with a warning.

o   R_HOME/doc/html/packages.html is now remade by R not Perl code.
       This may result in small changes in layout and a change in
       encoding (to UTF-8 where supported).

o   The return value of new.packages() is now updated for any
       packages which may be installed.

o   available.packages() will read a compressed PACKAGES.gz file in
       preference to PACKAGES if available on the repository: this
       will reduce considerably the download time on a dialup connection.

The downloaded information about a repository is cached for the
       current R session.

o   The information about library trees found by
       installed.packages() is cached for the current session, and
       updated only if the modification date of the top-level
       directory has been changed.

o   A data index is now installed for a package with a 'data' dir
       but no 'man' dir (even though it will have undocumented data objects).

o   contrib.url path for type="mac.binary" has changed from
       bin/macosx/<version> to bin/macosx/<arch>/contrib/<version>
       where <arch> corresponds to R.version$arch

*ユーティリティ

o   checkFF() used by R CMD check has since R 2.0.0 not reported
       missing PACKAGE arguments when testing installed packages with
       namespaces.  It now

- treats installed and source packages in the same way.

- reports missing arguments unless they are in a function in
         the namespace with a useDynLib declaration (as the
         appropriate DLL for such calls can be searched for).

-Rd2dvi はエンコーディング（群）が適切に使用されるように設定を行います。UTF-8 が使用される場合、2003/12/01 以降の latex が必要です。

o   codoc() allows help files named pkg_name-defunct.Rd to have
       undocumented arguments (and not just base-defunct.Rd).

*C-レベルの機能

o   C function massdist() {called from density()} has new argument
       'xmass' (= weights).

o   Raw vectors passed to .C() are now passed as unsigned char *
       rather than as SEXPs.  (Wish of Keith Frost, PR#7853)

o   The search for symbols in a .C/.Call/... call without a
       package argument now searches for an enclosing namespace and
       so finds functions defined within functions in a namespace.

o   R_max_col() has new (5th) argument '*ties_meth' allowing
       non-random behavior in the case of ties.

o   The header files have been rationalized: the BLAS routine
       LSAME is now declared in BLAS.h not Linpack.h, Applic.h no
       longer duplicates routines from Linpack.h, and Applic.h is
       divided into API and non-API sections.

o   memory.c has been instrumented so that Valgrind can track R's
       internal memory management.  To use this, configure using
              --with-valgrind-instrumentation=level
       where level is 1 or 2.  Both levels will find more bugs with
       gctorture(TRUE).  Level 2 makes Valgrind run extremely slowly.

o   Some support for raw vectors has been added to Rdefines.h.

o   R_BaseEnv has been added, to refer to the base environment.
       This is currently equal to R_NilValue, but it will change in
       a future release.

*バグフィックス

o   %/% has been adjusted to make x == (x %% y) + y * ( x %/% y )
       more likely in cases when extended-precision registers were
       interfering.

o   Operations on POSIXct objects (such as seq(), max() and
       subsetting) try harder to preserve time zones and warn if
       inconsistent time zones are used.

o   as.function.default() no longer asks for a bug report when
       given an invalid body. (PR#1880, PR#7535, PR#7702)

o   Hershey fonts and grid output (and therefore lattice output)
       now rescale correctly in fit-to-window resizing on a Windows
       graphics device.  Line widths also scale now.

-Plotmath のマルチバイト文字サポートが強化されました（中間栄治の貢献による）。

o   The X11() device now hints the window manager so that decorations
       appear reliably under e.g. the GNOME WM  (contributed
       by Ei-ji Nakama).

o   Subsetting a matrix or an array as a vector used to attempt to
       use the row names to name the result, even though the
       array might be longer than the row names.  Now this is only
       done for 1D arrays when it is done in all cases, even matrix
       indexing.  (Tidies up after the fix to PR#937.)

o   Constants in mathlib are declared 'const static double' to
       avoid performance issues with the Intel Itanium compiler.

-パーサによる数値定数のチェックが、より徹底的になりました。たとえば、'123E-' はもう有効な定数とは見なされません。

-contourLines() の実行時にデバイスが開かれている必要がなくなりました（これまでは必要がないのにデバイスを開いていました）。Barry Rowlingson の示唆によるフィックス。

o   capabilities() used partial matching but was not documented
       to: it no longer does so.

o   kernel(1,0) printed wrongly;  kernel(<name-string>, *) now returns
       a named kernel in all cases; plot(kernel(.),..) is more flexible.

-qgamma(1,s) が、いくつかの s において +Inf を返していませんでした。

o   installed.packages() and download.packages() now always
       return a matrix as documented, possibly with 0 rows (rather than
       a 0-length character vector or NULL).

o   Arithmetic operations on data frames no longer coerce the
       names to syntatically valid names.

o   Units are now properly recycled in grid layouts
       when 'widths' or 'heights' are shorter than the number of
       columns or rows (PR#8014).

-DF <- data.frame(A=1:2, B=3:4); DF[1, 1:3] <- NULL が不適切なエラーメッセージを返していました。

o   spline()/spinefun()'s C code had a memory access buglet which
       never lead to incorrect results.  (PR#8030)

o   sum() was promoting logical arguments to double not integer
       (as min() and other members of its group do).

o   loess() had a bug causing it to occasionally miscalculate
       standard errors (PR#7956).  Reported by Benjamin Tyner, fixed
       by Berwin Turlach.

o   library(keep.source=) was ignored if the package had a
       namespace (the setting of options("keep.source.pkgs") was
       always used).

o   hist.POSIXct() and hist.Date() now respect par("xaxt").

o   The 'vfont' argument was not supported correctly in title(),
       mtext(), and axis().  The 'vfont' argument is superseded by
       the par(family=) approach introduced in 2.0.0.  This bug-fix
       just updates the warning messages and documentation to
       properly reflect the new order of things.

o   The C-level function PrintGenericVector could overflow if
       asked to print a length-1 character vector of several thousand
       characters.  This could happen when printing a list matrix,
       and was fatal up to 2.1.1 and silently truncated in 2.1.1 patched.

o   What happened for proc.time() and system.time() on
       (Unix-alike) systems which do not support timing was
       incorrectly documented.  (They both exist but throw an error.)
       Further, systen.time() would give an error in its on.exit
       expression.

o   weighted.residuals() now does sensible things for glm() fits:
       in particular it now agrees with an lm() fit for a Gaussian glm()
       fit.  (PR#7961).

o   The 'lm' and 'glm' methods for add1() took the weights and
       offset from the original fit, and so gave errors in the
       (dubious) usage where the upper scope resulted in a smaller
       number of cases to fit (e.g. by omitting missing values in new
       variables).  (PR#8049)

-demo() が（文書化されていたにもかかわらず）なにもしない引数 'device' を取っていました：この引数は削除されました。

o   Setting new levels on a factor dropped all existing
       attributes, including class "ordered".

o   format.default(justify="none") now by default converts NA
       character strings, as the other values always did.

o   format.info() often gave a different field width from format()
       for character vectors (e.g. including missing values or
       non-printable characters).

o   axis() now ensures that if 'labels' are supplied as character
       strings or expressions then 'at' is also supplied (since the
       calculated value for 'at' can change under resizing).

-関数 "[" の S4 メソッドを定義したため、現在では出現しない非常に稀なケースにおいて、S3 メソッドの選択適用の挙動が変わっていました。

o   Fixed segfault when PostScript font loading fails, e.g., when
       R is unable to find afm files (reported by Ivo Welch).

-Unix に類するプラットフォームにおいて R CMD BATCH <file> としたとき，<file> が改行で終わっていない場合でも動作するようになりました。

o   terms.formula() got confused if the 'data' argument was a list with
       non-syntactic names.

o   prompt() and hence package.skeleton() now produce *.Rd files that
       give no errors (but warnings) when not edited, much more often.

o   promptClass() and promptMethods() now also escape "%" e.g. in '%*%'
       and the latter gives a message about the file written.

o   wilcox.test() now warns when conf.level is set higher than
       achievable, preventing errors (PR#3666) and incorrect answers
       with extremely small sample sizes.

o   The default (protection pointer) stack size (the default for
       '--max-ppsize') has been increased from 10000 to 50000 in order to
       match the increased default options("expressions") (in R 2.1.0).

o   The R front-end was expecting --gui=tk not Tk as documented,
       and rejecting --gui=X11.

o   Rdconv -t latex protected only the first << and >> in a chunk
       against conversion to guillemets.

o   callNextMethod() and callGeneric() have fixes related to
       handling arguments.

o   ls.diag() now works for fits with missing data. (PR#8139)

o   window.default() had an incorrect tolerance and so sometimes
       created too short a series if 'start' or 'end' were zero.

o   Some (fairly pointless) cases of reshape left a
       temporary id variable in the result (PR#8152)

o   R CMD build used 'tar xhf' which is invalid on FreeBSD systems
       (and followed tar chf, so there could be no symbolic links in
       the tarball).

o   Subassignment of length zero vectors to NULL gave garbage
       answers. (PR#8157)

o   Automatic coercion of raw vectors to lists was missing, so for a
       list (or data frame) z, z[["a"]] <- raw_vector did not work
       and now does.  This also affected DF$a <- raw_vector for a
       data frame DF.

o   The internal code for commandArgs() was missing PROTECTs.

o   The width for strwrap() was used as one less than specified.

o   R CMD INSTALL was not cleaning up after an unsuccessful
       install of a non-bundle which was not already installed.

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