RとPostGIS
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COLOR(red){SIZE(30){RとPostGIS }} ここでは、[[Open GIS Simple Features Specification for SQL:http://www.opengis.org/docs/99-049.pdf]] に準拠した[[PostGIS:http://postgis.refractions.net/]] を R 内より利用して、GISの空間検索、空間解析および空間分析の方法を説明していくことにする。 #contents *PostGIS とは [#k93f27ae] PostgreSQL 用のオープンソースの空間データベースエンジン。カナダの [[Refractions 社:http://www.refractions.net/]]が開発。PostgreSQL 上で大容量の地理空間ベクトルデータの蓄積・検索・解析・地図投影変換が可能。WKT を格納するフィールドのデフォルト名は"the_geom"。 *WKT(Well Known Text) [#mbc7b627] PostGIS は国際標準の地理情報格納形式であるOpenGIS シンプルフィーチャをベースにしたWKTというテキスト形式で図形情報を格納している((WKB(Well Known Binary)というバイナリ形式もあり、PostGIS はこれもサポートしている))。 *シェープファイルの変換 [#o79b49c8] PostGISのユーティリティツール shp2pgsql を利用してSQL 文を生成する。 shp2pgsql シェープファイル名 テーブル名 データベース名 > SQLファイル 使用例((例に使用した columbus のシェープファイルは maptools パッケージに含まれている)) createdb columbusdb #データベース作成 createland plpgsql columbusdb #PL/PGSQL の利用を可能にする psql -d columbusdb -f <PostgreSQLのインストール先のディレクトリ>/share/contrib/postgis.sql #PostGIS の利用を可能にする shp2pgsql columbus columbus columbusdb > columbus.sql #SQL文生成 psql -d columbusdb -f columbus.sql #テーブル作成 *[[Rとの接続:http://wiki.intamap.org/index.php/PostGIS#Connecting_PostGIS_with_R]] [#e6a55873] **rgdal [#z49bb5ac] ***読み込み [#x263e5c4] library(rgdal) meuse = readOGR("PG:dbname=postgis", "meuse2") meuse[1:10,] # first ten rows proj4string(meuse) **WKT(Well Known Text) [#r944988c] rgeos の利用 *** 書込み [#s7a9747b] **RODBC + rgeos --- [[[R-sig-Geo] Connection between R and PostGIS:https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-geo/2012-March/014694.html]]より引用[#ha256287] ここではRODBC を利用して、PostgreSQL に接続する。ただし、この方法は 処理できるサイズの小さなものに限られる。 library(rodbc) #パッケージのロード con <- odbcConnect("gisdb") ## query sql <- "SELECT ST_AsText(the_geom) from gis_data.gadm2 where name_2='Berlin'" ## execute query d <- readWKT(sqlQuery(con, sql, stringsAsFactors=F)[1,1]) ***関連リンク [#a0d25f54] -[[feature request: rpostgresql does not support wkb/wkt:http://code.google.com/p/rpostgresql/issues/detail?id=22]] **RPostgreSQL [#je4973c7] **Rdbi/RdbiPgSQL [#c2376dad] [[なかまさんのWin32 バイナリ:http://www.nakama.ne.jp/memo/cran-R/Rdbi.PgSQL/]]があるが、PostgreSQL のバージョンが違うので利用できない? ビルドも面倒なので今はパス。 **凸包 [#n80109d9] convexhull **ユニオン [#q5f38bab] GeomUnion または memGeomUnion **ディゾルブ [#r924c6a0] ユニオンの応用 **オーバーレイ解析 [#x53f71a9] ***ポリゴン [#m801a448] -intersection -symdifference -difference *オンデマンド・トポロジー [#v9f7f8ce] α版でサポート予定 *道路ネットワーク解析 [#r8205d38] *空間ウェイトマトリックス [#s8f2e25e] オンデマンド・トポロジーを利用 *空間データマイニング [#k7782fa6] *リンク [#afbfae53] -[[PL/R & PostGIS:http://www.bostongis.com/PrinterFriendly.aspx?content_name=postgresql_plr_tut02]] --[[Boston GIS: Tutorial Booklet:http://www.pelagis.net/gis_con/paper/TutBook%20GIS%20open%20source.pdf]] 上記の PDF 版 -[[Open Source Online Geospatial Interfaces to Multiscale Indicators:http://www.oecd.org/dataoecd/6/19/40051707.pdf?contentId=40051708]] WebGIS での利用 -[[Connecting PostGIS with R :http://wiki.intamap.org/index.php/PostGIS#Connecting_PostGIS_with_R]]ODBC と OGR の利用例 -[[An example of using PostGIS from R:http://duncanjg.wordpress.com/2008/04/19/an-example-of-using-postgis-from-r/]] ODBC & QGIS --countries share a common boundary -[[PostGIS-R - How to use R functions from PostgreSQL :http://www.geopacific.org/opensourcegis/postgis/postgis-r]] --[[How to use R functions from PostgreSQL:http://www.geopacific.org/opensourcegis/postgis/postgis-r]] deldir -[[Quick Intro to R and PL/R - Part 1 - Postgres OnLine Journal:http://www.google.co.jp/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=17&cad=rja&ved=0CEwQFjAGOAo&url=http%3A%2F%2Fwww.postgresonline.com%2Fjournal%2Farchives%2F188-plr_part1.html&ei=tZWEUMrmCc7umAWdv4DADQ&usg=AFQjCNF7r2zfubmlVByl3zCDhLFEuLdG8w]] *参考書 [#l2b08056] -[[PostGIS in Action:http://www.manning.com/obe/]] PLR が取り上げられる予定。2011年2月発行。//www.amazon.co.jp/Postgis-Action-Regina/dp/1935182269]] でも入手可能。Early Access 版は全章が完了。ソースコードも公開。[[翻訳の話:http://www.geopacific.org/]]もあるような。 --[[Chapter 10:http://www.postgis.us/chapter_10]] rgdal, sp, spatial dataframe への PostGIS データの読み込み、R による作図など。 --[[第2版:http://www.bostongis.com/blog/index.php?/archives/197-What-will-be-in-PostGIS-In-Action-Second-Edition.html]] R 関連は?
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COLOR(red){SIZE(30){RとPostGIS }} ここでは、[[Open GIS Simple Features Specification for SQL:http://www.opengis.org/docs/99-049.pdf]] に準拠した[[PostGIS:http://postgis.refractions.net/]] を R 内より利用して、GISの空間検索、空間解析および空間分析の方法を説明していくことにする。 #contents *PostGIS とは [#k93f27ae] PostgreSQL 用のオープンソースの空間データベースエンジン。カナダの [[Refractions 社:http://www.refractions.net/]]が開発。PostgreSQL 上で大容量の地理空間ベクトルデータの蓄積・検索・解析・地図投影変換が可能。WKT を格納するフィールドのデフォルト名は"the_geom"。 *WKT(Well Known Text) [#mbc7b627] PostGIS は国際標準の地理情報格納形式であるOpenGIS シンプルフィーチャをベースにしたWKTというテキスト形式で図形情報を格納している((WKB(Well Known Binary)というバイナリ形式もあり、PostGIS はこれもサポートしている))。 *シェープファイルの変換 [#o79b49c8] PostGISのユーティリティツール shp2pgsql を利用してSQL 文を生成する。 shp2pgsql シェープファイル名 テーブル名 データベース名 > SQLファイル 使用例((例に使用した columbus のシェープファイルは maptools パッケージに含まれている)) createdb columbusdb #データベース作成 createland plpgsql columbusdb #PL/PGSQL の利用を可能にする psql -d columbusdb -f <PostgreSQLのインストール先のディレクトリ>/share/contrib/postgis.sql #PostGIS の利用を可能にする shp2pgsql columbus columbus columbusdb > columbus.sql #SQL文生成 psql -d columbusdb -f columbus.sql #テーブル作成 *[[Rとの接続:http://wiki.intamap.org/index.php/PostGIS#Connecting_PostGIS_with_R]] [#e6a55873] **rgdal [#z49bb5ac] ***読み込み [#x263e5c4] library(rgdal) meuse = readOGR("PG:dbname=postgis", "meuse2") meuse[1:10,] # first ten rows proj4string(meuse) **WKT(Well Known Text) [#r944988c] rgeos の利用 *** 書込み [#s7a9747b] **RODBC + rgeos --- [[[R-sig-Geo] Connection between R and PostGIS:https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-geo/2012-March/014694.html]]より引用[#ha256287] ここではRODBC を利用して、PostgreSQL に接続する。ただし、この方法は 処理できるサイズの小さなものに限られる。 library(rodbc) #パッケージのロード con <- odbcConnect("gisdb") ## query sql <- "SELECT ST_AsText(the_geom) from gis_data.gadm2 where name_2='Berlin'" ## execute query d <- readWKT(sqlQuery(con, sql, stringsAsFactors=F)[1,1]) ***関連リンク [#a0d25f54] -[[feature request: rpostgresql does not support wkb/wkt:http://code.google.com/p/rpostgresql/issues/detail?id=22]] **RPostgreSQL [#je4973c7] **Rdbi/RdbiPgSQL [#c2376dad] [[なかまさんのWin32 バイナリ:http://www.nakama.ne.jp/memo/cran-R/Rdbi.PgSQL/]]があるが、PostgreSQL のバージョンが違うので利用できない? ビルドも面倒なので今はパス。 **凸包 [#n80109d9] convexhull **ユニオン [#q5f38bab] GeomUnion または memGeomUnion **ディゾルブ [#r924c6a0] ユニオンの応用 **オーバーレイ解析 [#x53f71a9] ***ポリゴン [#m801a448] -intersection -symdifference -difference *オンデマンド・トポロジー [#v9f7f8ce] α版でサポート予定 *道路ネットワーク解析 [#r8205d38] *空間ウェイトマトリックス [#s8f2e25e] オンデマンド・トポロジーを利用 *空間データマイニング [#k7782fa6] *リンク [#afbfae53] -[[PL/R & PostGIS:http://www.bostongis.com/PrinterFriendly.aspx?content_name=postgresql_plr_tut02]] --[[Boston GIS: Tutorial Booklet:http://www.pelagis.net/gis_con/paper/TutBook%20GIS%20open%20source.pdf]] 上記の PDF 版 -[[Open Source Online Geospatial Interfaces to Multiscale Indicators:http://www.oecd.org/dataoecd/6/19/40051707.pdf?contentId=40051708]] WebGIS での利用 -[[Connecting PostGIS with R :http://wiki.intamap.org/index.php/PostGIS#Connecting_PostGIS_with_R]]ODBC と OGR の利用例 -[[An example of using PostGIS from R:http://duncanjg.wordpress.com/2008/04/19/an-example-of-using-postgis-from-r/]] ODBC & QGIS --countries share a common boundary -[[PostGIS-R - How to use R functions from PostgreSQL :http://www.geopacific.org/opensourcegis/postgis/postgis-r]] --[[How to use R functions from PostgreSQL:http://www.geopacific.org/opensourcegis/postgis/postgis-r]] deldir -[[Quick Intro to R and PL/R - Part 1 - Postgres OnLine Journal:http://www.google.co.jp/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=17&cad=rja&ved=0CEwQFjAGOAo&url=http%3A%2F%2Fwww.postgresonline.com%2Fjournal%2Farchives%2F188-plr_part1.html&ei=tZWEUMrmCc7umAWdv4DADQ&usg=AFQjCNF7r2zfubmlVByl3zCDhLFEuLdG8w]] *参考書 [#l2b08056] -[[PostGIS in Action:http://www.manning.com/obe/]] PLR が取り上げられる予定。2011年2月発行。//www.amazon.co.jp/Postgis-Action-Regina/dp/1935182269]] でも入手可能。Early Access 版は全章が完了。ソースコードも公開。[[翻訳の話:http://www.geopacific.org/]]もあるような。 --[[Chapter 10:http://www.postgis.us/chapter_10]] rgdal, sp, spatial dataframe への PostGIS データの読み込み、R による作図など。 --[[第2版:http://www.bostongis.com/blog/index.php?/archives/197-What-will-be-in-PostGIS-In-Action-Second-Edition.html]] R 関連は?
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