CRAN Task View の編集

COLOR(blue){SIZE(16){CRAN Task Views}}
//間瀬 2005.12.15

CRAN に登録された R パッケージの数は既に把握不可能な程になっています。~
[[CRAN Task Views:http://cran.md.tsukuba.ac.jp/web/views/index.html]]は、そうした不便を解消するため、ボランティアによるテーマ別のパッケージのグルーピングと簡単な紹介を行うものです。現在（2008.06.19） の内容を紹介します。今後も追加・更新されていくと思われます。

|LEFT:|LEFT:|c
|Bayesian|        ベイジアン統計|
|ChemPhys|ケモメトリックスおよび計算物理|
|ClinicalTrials| 臨床試験のデザイン、モニタリング及び分析|
| Cluster|         クラスター分析と有限混合モデル|
|DifferentialEquations|微分方程式|
| Distributions|  	確率分布|
| Econometrics|    計量経済学|
//ジェットラグ変更　2006.5.6  計算経済学 -> 計量経済学
| Environmetrics|  生態・環境データの解析|
| ExperimentalDesign| 	実験計画 (DoE) 及び実験データ分析|
| ExtremeValue | Extreme Value Analysis |
| Finance|         経験ファイナンス|
| Genetics|        遺伝統計学|
| Graphics| グラフィックス表示および動的グラフィックスおよびグラフィックスデバイスおよび可視化|
| gR|              R のグラフィカルモデル (gRaphical model)|
| HighPerformanceComputing| ハイパフォーマンス・コンピューティング及び並列計算|
| MachineLearning| 機械学習と統計学習|
| MedicalImaging| 医用画像解析|
| MetaAnalysis| メタアナリシス|
| Multivariate|    多変量統計|
| NaturalLanguageProcessing|  	自然言語処理|
| NumericalMathematics|数値解析|
| OfficialStatistics|公式の統計と調査手法|
| Optimization| 最適化と数理計画法|
| Pharmacokinetics| 薬物動態解析データの解析|
| Phylogenetics |系統学, 特に比較手法|
| Psychometrics| 心理学モデルおよび手法|
| ReproducibleResearch|再現可能研究|
| Robust| 	ロバスト（頑健）統計手法|
| SocialSciences| 社会科学のための統計学|
| Spatial|         空間データ解析|
| SpatioTemporal|時空間データの分析|
| Survival| 生存分析|
| TimeSeries| 時系列分析|
| WebTechnologies|ウェブ技術とサービス|
||

これらの一覧を自動的にインストールするには、パッケージ "ctv" を例えばまず
 install.packages("ctv")
でインストールし、その後
 library(ctv)
でライブラリを読み出し、その後
 install.views("Econometrics")
等とします。

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インストール体験談。
↑ubuntu6.06でinstall.views()を実行したところ、Rから
 make: gcc: コマンドが見つかりませんでした
 make: g77: コマンドが見つかりませんでした
 make: g++: コマンドが見つかりませんでした
と怒られました。お使いのディストリビューションによっては、事前にapt-getなどでこれらをインストールしておく必要があるようです。御参考まで。

//2006/08/08

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同じくUbuntu7.04で試してみました。~
正規のDebianはどうだか分かりませんが、パッケージによってはctvで必要なコマンドの依存関係が複雑過ぎて、少なくともUbuntuではhandleしづらいですね。~
Windowsに比べて手間がかかりすぎる気がします。

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Ubuntu専用のレポジトリが本家に新しく追加された模様です。
ただし、現時点では筑波大学のミラーでは404Not Found状況になっている模様です。
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//谷村加筆 2005年 12月 15日 木曜日 13:33:29 JST

自前のグルーピング化をするには、ctvファイルを作成します。

例
 <CRANTaskView>
   <name>SpatialEpidemiology</name>
   <topic>Spatial Epidemiology &amp; Disease Mapping</topic>
   <maintainer>Sususmu Tanimura</maintainer>
   <info>
     <b>Spatial Epidemiology</b> is an epidemiology for spatial
     analysis of disease patterns. Not only <pkg>Dcluster</pkg> but
     also some packages are useful in this field. See also the view <view>Spatial</view>.
   </info>
  <packagelist>
   <pkg>splancs</pkg>
   <pkg>maptools</pkg>
   <pkg priority="core">DCluster</pkg>
   <pkg priority="core">spdep</pkg>
  </packagelist>
  <links>
    <a href="http://www.okada.jp.org/RWiki/index.php?RjpWiki">Rjpwiki</a>
    <view>Spatial</view>
  </links>
 </CRANTaskView>

これをRに読み込むには下記のようにします。

> library(ctv)
 > library(XML)
 > x <- read.ctv("SpatialEpidemiology.ctv")
 > x
 
 CRAN Task View
 --------------
 Name:       SpatialEpidemiology
 Topic:      Spatial Epidemiology & Disease Mapping
 Maintainer: Sususmu Tanimura
 
 Packages:   DCluster*, maptools, spdep*, splancs
             (* = core package)

さらにhtml化するには、
 > ctv2html(x, css="/usr/lib/R/library/R.css")
とします。出力されたSpatialEpidemiology.htmlは下記のようになります（画像です）。
&ref(ctv-spatial-epidemiology.png,center);

このctvを使ってグループ化パッケージをインストールするには例えば次のようにします。
 > install.views(x, repos="http://cran.md.tsukuba.ac.jp")
reposを指定しないとエラーになります。これはread.ctv()で作成されたctvクラスにはrepositoryが抜けているからです。従って、
 > x$repository <- "http://cran.md.tsukuba.ac.jp"
 > install.views(x)
という方法もありです。

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//- パッケージ --  &new{2007-09-16 (日) 18:01:11};
//- experiment --  &new{2013-05-02 (木) 16:21:29};

//#comment