COLOR(red){SIZE(30){R Journal / R Newsletter 掲載項目の日本語訳}} [[R news:http://cran.r-project.org/doc/Rnews/]] は、2009年より、[[R Journal:http://journal.r-project.org/index.html]] になりました~ このため、[[R Newsletter 掲載項目の日本語訳]]を編集し、新たにページを作成しました~ COLOR(red){SIZE(25){最新のものが上に来るように配置換えしました}} COLOR(red){SIZE(15){最新のものが上に来るように配置換えしました}} ---- #contents ---- COLOR(red){SIZE(25){R Journal 2009 - }} *[[VOLUME 4/1, June 2012:http://journal.r-project.org/archive/2012-1/RJournal_2012-1.pdf]] [#i8fd6a79] -論評 //Editorial -投稿研究論文 //Contributed Research Articles -季節的データの分析 //-Analysing Seasonal Data -MARSS: 時系列データ分析のための多変量自己回帰状態空間モデル //-MARSS: Multivariate Autoregressive State-space Models for Analyzing Time-series Data -openair - Data Analysis Tools for the Air Quality Community -外部ライブラリーインターフェース //-Foreign Library Interface -Vdgraph: A Package for Creating Variance Dispersion Graphs -xgrid and R: Parallel Distributed Processing Using Heterogeneous Groups of Apple Com- puters -maxent: An R Package for Low-memory Multinomial Logistic Regression with Support for Semi-automated Text Classification -Sumo: An Authenticating Web Application with an Embedded R Session -From the Core --Who Did What? The Roles of RPackage Authors and Howto Refer to Them -ニュースと覚書 //News and Notes --R の変更点 //Changes in R --CRAN の変更点 //Changes on CRAN --R Foundation ニュース //R Foundation News *[[VOLUME 3/2, December 2011:http://journal.r-project.org/archive/2011-2/RJournal_2011-2.pdf]] [#a9c6845a] -論評 //Editorial -投稿研究論文 //Contributed Research Articles -Creating and Deploying an Application with (R)Excel and R -glm2: Fitting Generalized Linear Models with Convergence Problems -Implementing the Compendium Concept with Sweave and DOCSTRIP -Watch Your Spelling! -Ckmeans.1d.dp: Optimal k-means Clustering in One Dimension by Dynamic Programming -Nonparametric Goodness-of-Fit Tests for Discrete Null Distributions -Using the Google Visualisation API with R -GrapheR: a Multiplatform GUI for Drawing Customizable Graphs in R -rainbow: An R Package for Visualizing Functional Time Series -Programmer’s Niche -Portable C++ for R Packages -ニュースと覚書 //News and Notes --R’s Participation in the Google Summer of Code 2011 --カンファレンス講評: useR! 2011 //Conference Report: useR! 2011 --今度のイベント //Forthcoming Events: useR! 2012 --R の変更点 //Changes in R --CRAN の変更点 //Changes on CRAN --Bioconductor プロジェクトからのニュース //News from the Bioconductor Project --R Foundation ニュース //R Foundation News *[[VOLUME 3/1, June 2011:http://journal.r-project.org/archive/2011-1/RJournal_2011-1.pdf]] [#c68a0b74] - 論評 //Editorial -投稿研究論文 //Contributed Research Articles --testthat: Get Started with Testing --メーリングリストの計数ベースのソーシャルネットワーク分析 //Content-Based Social Network Analysis of Mailing Lists --Rmetrics - timeDate パッケージ --digitize パッケージ: 散布図から,数値データを読み取る //--The digitize Package: Extracting Numerical Data from Scatterplots --DEoptim を用いた微分展開 //Differential Evolution with DEoptim --rworldmap: 全球マッピング用新Rパッケージ //rworldmap: A New R package for Mapping Global Data --R を用いた暗号ブール関数 //Cryptographic Boolean Functions with R --R のラスター画像 //Raster Images in R Graphics --R における確率的気象予測 //Probabilistic Weather Forecasting in R --Analyzing an Electronic Limit Order Book -ヘルプデスク //Help Desk --Giving a useR! Talk --Tips for Presenting Your Work -書評 //Book Reviews --Forest Analytics with R (Use R) -ニュースと覚書 //News and Notes --Conference Review: Third Meeting of Polish R Users, The Influenza Challenge --Conference Review: Kickoff Workshop for Project MOSAIC --R の変更点 //Changes in R -Changes on CRAN Bioconductor プロジェクトからのニュース //-News from the Bioconductor Project *[[VOLUME 2/2, December 2010:http://journal.r-project.org/archive/2010-2/RJournal_2010-2.pdf]] [#c68a0b74] - 論評 //Editorial -投稿研究論文 //Contributed Research Articles --R で微分方程式を解く //Solving Differential Equations in R --Source References --hglm: 階層一般化線形モデルあてはめパッケージ //A Package for Fitting Hierarchical Generalized Linear Models --dclone: Data Cloning in R --stringr: modern, consistent string processing --Bayesian Estimation of the GARCH(1,1) Model with Student-t Innovations --cudaBayesreg: Bayesian Computation in CUDA --binGroup: A Package for Group Testing --RecordLinkage パッケージ:データエラーの検出 //The RecordLinkage Package: Detecting Errors in Data --spikeslab: Spike 及び Slab 回帰を使う予測と変数選択 //spikeslab: Prediction and Variable Selection Using Spike and Slab Regression -コアより //From the Core -新着情報 //What's New? -ニュースと覚書 //News and Notes --useR! 2010 --今度のイベント //Forthcoming Events: useR! 2011 --R での変更点 --CRAN の変更点 //Changes on CRAN --Bioconductor プロジェクトニュース //News from the Bioconductor Project --R Foundation ニュース *VOLUME 1/2, December 2010 [#h7b8056d] -論評 //Editorial -投稿研究論文 //Contributed Research Articles --IsoGene: An R Package for Analyzing Dose-response Studies in Microarray Experiments --glmmBUGS を用いた一般化線形混合モデルのための MCMC //MCMC for Generalized Linear Mixed Models with glmmBUGS --国の形状の地図化と計測 //Mapping and Measuring Country Shapes --tmvtnorm: 打ち切られた多変量正規分布のためのパッケージ //--tmvtnorm: A Package for the Truncated Multivariate Normal Distribution --neuralnet: ニューラルネットワークのトレーニング //neuralnet: Training of neural networks --glmperm: A Permutation of Regressor Residuals Test for Inference in Generalized Linear Models --オンラインの再現可能研究: バクテリアのDNA指紋データへの多変量解析の応用 //--Online Reproducible Research: An Application to Multivariate Analysis of Bacterial DNA Fingerprint Data 離散データに対する両側正確検定とマッチングされた信頼限界 //--Two-sided Exact Tests and Matching Confidence Intervals for Discrete Data -書評 //Book Reviews --初心者のためのRのガイド //--A Beginner's Guide to R -ニュースと覚書 //News and Notes --カンファランスレビュー //Conference Review: The 2nd Chinese R Conference --NppToR 入門:Notepad++ と R の相互作用 //Introducing NppToR: R Interaction for Notepad++ --R 2.10.1-2.11.1 での変更 //Changes in R 2.10.1-2.11.1 --CRAN での変更 //Changes on CRAN --Bioconductor プロジェクトニュース //News from the Bioconductor Project --R Foundation ニュース //R Foundation News *VOLUME 2/2, December 2009 [#k26a4b10] - 論評 //Editorial -特集: R の将来 //Special section: The Future of R --R プロジェクトの社会組織と軌跡の諸相 //Aspects of the Social Organization and Trajectory of the R Project -投稿研究論文 //Contributed Research Articles --パーティをしよう! //Party on! --ConvergenceConcepts : さまざまな種別の収束を調査する R パッケージ //an R Package to Investigate Various Modes of Convergence --asympTest: 大きなデータの古典的なパラメトリック検定と信頼区間のための単純な R パッケージ //A Simple R Package for Classical Parametric Statistical Tests and Confidence Intervals in Large Samples --copas: コーパス選択モデルのあてはめのための R パッケージ //An R package for Fitting the Copas Selection Model --R への移行: SAS, Stata 及び SUDDAN の健康政策分析テクニックの複製 //Transitioning to R: Replicating SAS, Stata, and SUDAAN Analysis Techniques in Health Policy Data --Rattle: R 用データマイニング GUI //A Data Mining GUI for R --sos: R パッケージの検索ヘルプページ //Searching Help Pages of R Packages -コアより //From the Core --新 R ヘルプシステム //The New R Help System -ニュースと覚書 //News and Notes --カンファレンス講評: DSC 2009 //Conference Review: DSC 2009 --カンファレンス講評:WZUR(2.0) - ポーランド R ユーザ第2回会合 //Conference Review: WZUR(2.0) - The Second Meeting of Polish R Users --R での変更点: 2.9.1-2.10.0 パッチ //R Changes: 2.9.1-2.10.0 Patched --CRAN の変更点 //Changes on CRAN --Bioconductor プロジェクトニュース //News from the Bioconductor Project --R Foundation ニュース //R Foundation News *VOLUME 1/2, December 2009 [#a3ff4bcc] - 論評 //Editorial -特集:R の将来 -- R プロジェクトの社会組織と軌跡の諸相 //--Aspects of the Social Organization and Trajectory of the R Project -投稿研究論文 //Contributed Research Articles --Party on! --ConvergenceConcepts : 収束のさまざまなモードを調査する R パッケージ //ConvergenceConcepts : an R Package to Investigate Various Modes of Convergence --asympTest: 大規模サンプルでの古典的パラメトリック統計検定及び信頼区間のための簡単な R パッケージ //--asympTest: A Simple R Package for Classical Parametric Statistical Tests and Confidence Intervals in Large Samples --copas: コーパス選択モデルのあてはめのための R パッケージ //--copas: An R package for Fitting the Copas Selection Model --Transitioning to R への移行: 保健政策データの SAS, Stata, 及び SUDAAN の分析テクニックの再現 //--Transitioning to R: Replicating SAS, Stata, and SUDAAN Analysis Techniques in Health Policy Data --Rattle: R 用データマイニング GUI //--Rattle: A Data Mining GUI for R --sos: R パッケージのヘルプページの検索 //--sos: Searching Help Pages of R Packages -コアより //From the Core -新しい R のヘルプシステム //-The New R Help System -ニュースと覚書 //-News and Notes --カンファレンスレビュー: DSC 2009 //--Conference Review: DSC 2009 --カンファレンスレビュー: 第2回ポーランド R ユーザ会 //--Conference Review: WZUR(2.0) - The Second Meeting of Polish R Users --R の変更点: 2.9.1-2.10.0 パッチ //--R Changes: 2.9.1-2.10.0 Patched --CRAN の変更点 //Changes on CRAN --Bioconductor プロジェクトニュース //News from the Bioconductor Project --R Foundation ニュース //R Foundation News *VOLUME 1/1, May 2009 [#k505d6a8] - 論評 //Editorial -特集:R の将来 //Special section: The Future of R --R の諸相 //Facets of R --R-Forge を用いた協調的共同ソフトウエア開発 //Collaborative Software Development Using R-Forge -投稿研究論文 //Contributed Research Articles -- R を使った図表の描画 //Drawing Diagrams with R Paul Murrell -- hwriter パッケージ //The hwriter Package --AdMit: スチューデント t 分布の適応型混合 //Adaptive Mixtures of Student-t Distributions --expert: Expert Opinion を用いたデータのないモデリング //expert: Modeling Without Data Using Expert Opinion --mvtnorm: 多変量正規確率のための新数値アルゴリズム //New Numerical Algorithm for Multivariate Normal Probabilities --EMD: A Package for Empirical Mode Decomposition and Hilbert Spectrum --Sample Size Estimation while Controlling False Discovery Rate for Microarray Experiments Using the ssize.fdr Package --snowfall と sfCluster を使ったより容易な並列計算 //Easier Parallel Computing in R with snowfall and sfCluster --PMML:モデル共有のためのオープンスタンダード //PMML: An Open Standard for Sharing Models -ニュースと覚書 //News and Notes --今度のイベント: R を利用した計量社会科学研究 //Forthcoming Events: Conference on Quantitative Social Science Research Using R --今度のイベント: DSC 2009 //Forthcoming Events: DSC 2009 --今度のイベント: useR! 2009 //Forthcoming Events: useR! 2009 --カンファレンスレビュー:第1回中国 R 会議 //Conference Review: The 1st Chinese R Conference --R 2.9.0 での変更点 //Changes in R 2.9.0 --CRAN の変更点 //Changes on CRAN --Bioconductor プロジェクトニュース //News from the Bioconductor Project --R Foundation ニュース //R Foundation News ---- COLOR(red){SIZE(25){R News 2001 - 2008}} *Volume 8/2, October 2008 [#v397950c] -論評 //Editorial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 -rggobi 入門 //An Introduction to rggobi . . . . . . . . . . . . 3 -bipartite パッケージ入門:生態学ネットワーク分析 //Introducing the bipartite Package: Analysing Ecological Networks . . . . . . . . . . . . . . 8 -profileModel R パッケージ: 線形予測付きモデルのための目的変数のプロファイル //The profileModel R Package: Profiling Objectives for Models with Linear Predictors. . . . 12 -R でのテキストマイニング入門 //An Introduction to Text Mining in R . . . . . . 19 -animation: 統計アニメーション用パッケージ //animation: A Package for Statistical Animations 23 -VGAM パッケージ //The VGAM Package . . . . . . . . . . . . . . . 28 -非同一オブジェクトの比較 //Comparing Non-Identical Objects . . . . . . . . 40 -mvna: 多変量モデルのための Nelson Aalen 推定用パッケージ //mvna: An R Package for the Nelson Aalen Estimator in Multistate Models . . . . . . . . . 48 プログラマーのニッチ: R の Y //Programmers’ Niche: The Y of R . . . . . . . . 51 -R 2.8.0 の変更点 //Changes in R Version 2.8.0 . . . . . . . . . . . . 54 -CRANでの変更 //Changes on CRAN . . . . . . . . . . . . . . . . 60 -Bioconductor プロジェクトニュース //News from the Bioconductor Project . . . . . . 69 useR! 2008 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71 -今度のイベント: useR! 2009 //Forthcoming Events: useR! 2009 . . . . . . . . . 73 -今度のイベント: DSC 2009 //Forthcoming Events: DSC 2009 . . . . . . . . . 74 -R Foundation ニュース //R Foundation News . . . . . . . . . . . . . . . . 74 *Volume 8/1, May 2008 [#h10f0fb9] -論評 //Editorial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 -LyX を使った Sweave の利用 //Using Sweave with LyX . . . . . . . . . . . . . 2 -取引コスト //Trade Costs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10 -欠損共変動情報をもつコーホートのための生存分析 //Survival Analysis for Cohorts with Missing Covariate Information . . . . . . . . . . . . . 14 -segmented:Broken-Line 関係をもつ回帰モデルのあてはめのための R パッケージ //segmented: An R package to Fit Regression Models with Broken-Line Relationships . . . 20 -ドケチのしきい値のベイズ推定 //Bayesian Estimation for Parsimonious Threshold -R の自己回帰モデル //Autoregressive Models in R . . . . . . . . 26 -actuar パッケージを用いた Loss 分布の統計モデリング //Statistical Modeling of Loss Distributions Using actuar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34 -Programmers’ Niche: R の多変量多項式 //Programmers’ Niche: Multivariate polynomials in R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41 -R ヘルプデスク //R Help Desk . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46 -R 2.7.0 の変更点 //Changes in R Version 2.7.0 . . . . . . . . . . . . 51 -CRANでの変更 //Changes on CRAN . . . . . . . . . . . . . . . . 59 -Bioconductor プロジェクトニュース //News from the Bioconductor Project . . . . . . 69 -今度のイベント: useR! 2008 //Forthcoming Events: useR! 2008 . . . . . . . . . 70 -R Foundation ニュース //R Foundation News . . . . . . . . . . . . . . . . 71 -R ニュース査読者 //R News Referees 2007 . . . . . . . . . . . . . . . 72 *Volume 7/3, December 2007 [#v020c036] -論評 //Editorial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 -SpherWave: SphericalWavelets による球面散布データの分析 R パッケージ . 2 //-SpherWave: An R Package for Analyzing Scattered Spherical Data by SphericalWavelets . 2 -R の行動分析にダイビング //Diving Behaviour Analysis in R . . . . . . . . . 8 -R の非常に巨大な数:Brobdingnag パッケージの紹介 //Very Large Numbers in R: Introducing Package Brobdingnag . . . . . . . . . . . . . . . . 15 -DPpackage を非パラメトリックおよびセミパラメトリック推論利用したインターフェース //Applied Bayesian Non- and Semi-parametric Inference using DPpackage . . . . . . . . . . 17 -gWidgets 入門 //An Introduction to gWidgets . . . . . . . . . . 26 -R に関する財務ジャーナリズム //Financial Journalism with R . . . . . . . . . . . 34 -ヒントが欲しいの? //Need A Hint? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36 -心理学 Task View //Psychometrics Task View . . . . . . . . . . . . . 38 -meta: R 用メタ分析パッケージ //meta: An R Package for Meta-Analysis . . . . . 40 -“Plug-In”パッケージによる R コマンダの拡張 //Extending the R Commander by “Plug-In”Packages . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46 -多重テストパッケージ multtest の改善 //Improvements to the Multiple Testing Package multtest . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52 -R 2.6.1 の変更点 //Changes in R 2.6.1 . . . . . . . . . . . . . . . . . 56 -CRANでの変更 //Changes on CRAN . . . . . . . . . . . . . . . . 57 *Volume 7/2, October 2007 [#f34aa438] -論評 //Editorial -多変量解析用新関数 //New Functions for Multivariate Analysis . . . 2 -gnm: 一般化非線形モデルパッケージ //gnm: A Package for Generalized Nonlinear Models . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 -fmri: fmri データ分析パッケージ //fmri: A Package for Analyzing fmri Data . . . 13 -Optmatch: 観測研究用の柔軟で最適なマッチング //Optmatch: Flexible, Optimal Matching for Observational Studies . . . . . . . . . . . . . 18 -R 用ランダム生存フォレスト //Random Survival Forests for R . . . . . . . . . 25 -Rwui: R スクリプトのために、ユーザフレンドリーなウェブインターフェースを作成するウェブアプリケーション //Rwui: A Web Application to Create User Friendly Web Interfaces for R Scripts . . . . . 32 -np パッケージ: カテゴリカルおよび連続データのカーネル手法 //The np Package: Kernel Methods for Categorical and Continuous Data . . . . . . . . . . . 35 -eiPack: R × C 生態学推定および高次データ管理 //eiPack: R × C Ecological Inference and Higher-Dimension Data Management . . . . 43 -ade4 パッケージ . II: 2テーブルおよび K テーブル手法 //The ade4 Package . II: Two-table and K-table Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47 -“The R Book”書評 //Review of “The R Book” . . . . . . . . . . . . . 53 -R 2.6.0 の変更点 //Changes in R 2.6.0 . . . . . . . . . . . . . . . . . 54 -CRANでの変更 //Changes on CRAN . . . . . . . . . . . . . . . . 61 -R Foundation ニュース -Bioconductor プロジェクトニュース //News from the Bioconductor Project . . . . . . 73 -過去のイベント: useR! 2007 //Past Events: useR! 2007 . . . . . . . . . . . . . . 74 -今度のイベント: useR! 2008 //Forthcoming Events: useR! 2008 . . . . . . . . . 75 -今度のイベント: ミュンヘンでの R コース //Forthcoming Events: R Courses in Munich . . 76 *Volume 7/1, April 2007 [#df6d584c] -論評 //Editorial -hexView を使ったバイナリファイルの表示 //Viewing Binary Files with the hexView Package -FlexMix: 有限混合モデリング用 R パッケージ //FlexMix: An R Package for Finite Mixture Modelling -Using R to Perform the AMMI Analysis on Agriculture Variety Trials -Inferences for Ratios of Normal Means -未知の変数を使った作業 //Working with Unknown Values -ランダム効果モデルの当てはめ用新パッケージ //A New Package for Fitting Random Effect Models -R 増強用 \unix ツール //Augmenting R with Unix Tools -POT: 閾値を越えるピークのモデリング //POT: Modelling Peaks Over a Threshold -Backtests -John Verzaniの著書"Using R for Introductory Statistics"のレビュー //Review of John Verzani’s Book Using R for Introductory Statistics -DSC 2007 -新雑誌: Annals of Applied Statistics //New Journal: Annals of Applied Statistics -今度のイベント:useR! 2007 //Forthcoming Events: useR! 2007 -R 2.5.0 の変更点 //Changes in R 2.5.0 -CRANでの変更 //Changes on CRAN -R Foundation ニュース //R Foundation News -R News Referees 2006 *Volume 6/5, December 2006 [#t0d9046b] -論評 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 //Editorial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 -グラフとネットワーク: Bioconductor のツール群 . . . . . . 2 //Graphs and Networks: Tools in Bioconductor . 2 -グラフを使ったパッケージの依存関係のモデリング. . . . . . 8 //Modeling Package Dependencies Using Graphs 8 -Microscopy Screens の画像解析 . . . . . . . . . . . . . . 12 //Image Analysis for Microscopy Screens . . . . 12 -beadarray: Illumina BeadArrays 解析用 R パッケージ. . . . 17 //beadarray: An R Package to Analyse Illumina BeadArrays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17 -高密度タイリングアレイを用いたトランスクリプトマッピング .23 //Transcript Mapping with High-Density Tiling Arrays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23 -Bioconductor を用いたフローサイトメトリーデータの分析. . 27 --はじめに. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27 //Introduction. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27 --議論と結論. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30 //Discussion and Conclusion. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30 -apComplex を用いたタンパク質複合体メンバーシップ推定. . .32 //Protein Complex Membership Estimation using apComplex . . . . . . . . . . . . . . . . . 32 -Bioconductor による SNP メタデータアクセスと利用 //SNP Metadata Access and Use with Bioconductor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36 --遺伝子レベルの情報の取得 . . . . . . . . . . . . . . . 36 //Getting gene-level information . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36 --ゲノム全体の連関探索研究 . . . . . . . . . . . . . . . 37 //Exploring a genome-wide association study . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37 ---データ表現 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37 //Data representation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37 ---連関テスト . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38 //An association test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38 --結論 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38 //Conclusions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38 -biomaRt を用いた生物学データリソースの R への統合. . . .40 //Integrating Biological Data Resources into R with biomaRt . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40 -siggenes を用いた分析対象の遺伝子の同定. . . . . . . . 45 //Identifying Interesting Genes with siggenes . 45 -GeneNet パッケージを使った遺伝子ネットワークのリバースエンジニアリング . 50 //Reverse Engineering Genetic Networks using the GeneNet Package . . . . . . . . . . . . . . 50 -made4 および ade4 を利用したデータセットの統合化の多変量アプローチ. . . 54 //A Multivariate Approach to Integrating Datasets using made4 and ade4 . . . . . . . . 54 -巨大クラスタリング用 amap および ctc 両パッケージ . 58 //-Using amap and ctc Packages for Huge Clustering . . . 58 -モデルベースのマイクロアレイ画像分析 . . . . . . . . 60 //Model-based Microarray Image Analysis . . . 60 -ssize パッケージを利用したマイクロアレイ実験のための標本サイズ推定 . . . 64 //Sample Size Estimation for Microarray Experiments Using the ssize Package . . . . . . . . 64 *Volume 6/4, October 2006 [#q63b8dfd] -論評 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 //Editorial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 -Sweave および Open Document 形式. odfWeave パッケージ . . . . . . . . . . . . . . . 2 //Sweave and the Open Document Format. The odfWeave Package . . . . . . . . . . . . . . . 2 -plotrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 //plotrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 --parting glance -rpanel: tcltk を使ってグラフを動かす. . . . 12 //rpanel: making graphs move with tcltk . . . . 12 -気候変動議論における R の役割 . . . . . . 17 //R’s role in the climate change debate . . . . . . 17 -filehash パッケージを使ったデータの対話 19 //Interacting with Data using the filehash Package 19 --概要と動機 //Overview and Motivation --R 関連パッケージ //Related R packages --filehash データベースの作成 //Creating a filehash database --filehash データベースへのアクセス //Accessing a filehash database --filehash データベースのロード //Loading filehash databases --整理 //Cleaning up --大きな例 //larger example --他の filehash ユーティリティ //Other filehash utilities --filehash データベースバックエンド //Filehash database backends --filehash の拡張 //Extending filehash --議論 //Discussion -R の特殊関数: gsl パッケージの紹介 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24 //Special functions in R: introducing the gsl package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24 --はじめに //Introduction --パッケージデザイン哲学 //Package design philosophy ---パッケージドキュメンテーション //Package documentation --パッケージ gsl の利用 //Package gsl in use --要約 //Summary -SIMEX および MCSIMEX の簡潔な入門. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26 //A short Introduction to the SIMEX and MCSIMEX. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26 --理論 //Theory --分散推定 //Variance estimation --例 //Example ---連続データ //Continuous data ---離散データ //Discrete Data --要約 //Summary -バイナリの反応のパラメトリックリンク . . . . . 32 //Parametric Links for Binary Response . . . . . 32 --実装 //Implementation --例 //An Example --結論 //Conclusions --謝辞 //Acknoqledgments -Birnbaum-Saunders 新パッケージ //A New Package for the Birnbaum-Saunders Distribution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35 -Fionn Murtagh の著作の書評: Java と R を使った対応分析とデータコード化 . . . . . . . . . . . . . . . . . 41 //Review of Fionn Murtagh’s book: Correspondence Analysis and Data Coding with Java and R . . . . . . . . . . . . . . . . . 41 --本の中身 //What the book contains --対応分析の再生 //The Rebirth of Correspondence Analysis --取り扱われていない話題 //Missing Topics --重要な注意 //Important Caveats --ソフトウェア実装 //Software implementation -R ヘルプデスク . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43 //R Help Desk . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43 --はじめに //Introduction --R コードソース //R Code Sources ---名前空間に隠蔽されたコード //Code Hidden in a Namespace ---S3 および S4 //S3 and S4 --コンパイルされたコードソース //Compiled Code Sources --最前線 //The Bleeding Edge --要約 //Summary -useR! 2006, 第2回 R ユーザ会 . . 45 //useR! 2006, The Second R User Conference . . 45 -R の変更 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46 //Changes in R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46 --新規貢献パッケージ //New contributed packages --その他の変更 //Other changes -CRANでの変更 . . . . . . . . . . . . . . . . 55 //Changes on CRAN . . . . . . . . . . . . . . . . 55 -R Foundation ニュース . . . . . . . . . . . . . . . . 63 //R Foundation News . . . . . . . . . . . . . . . . 63 --寄付と新メンバー //Donations and new members ---新サポート機関 //New supporting institutions ---新サポートメンバー //New supporting members -Bioconductor プロジェクトニュース //News from the Bioconductor Project *Volume 6/3, August 2006 [#y0017652] -論評 .............................1 -カルボン酸の分離を最適化するための非線形回帰 .........2 --実施例 --初期値 --部分線形モデル --自動開始非線形回帰分析 --公表データとの比較 --診断 --結果のさらなるプレゼン --最後に一言 -生物学的検定および毒性試験からの用量-反応曲線のあてはめ ... 7 -pls パッケージ ....................... 12 --はじめに --典型的な利用方法 --多重応答モデル --柔軟なクロスバリデーション --内部構造と拡張 -化学におけるモデルベースのいくつかのクラスタアプリ .... 17 -X 線粉末回折パターンのデータベースのマッピング ....... 24 -R による分子情報の生成、使用および可視化 .......... 28 //-Editorial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 //-Non-linear regression for optimising the separation of carboxylic acids . . . . . . . . . . . 2 //--The working example //---Initial values //---Partially linear models //---Self-starting non-linear regressions //---Comparison with published values //---Diagnostics //---Further presentation of results //---Final remarks //-Fitting dose-response curves from bioassays and toxicity testing . . . . . . . . . . . . . . . 7 //-The pls package . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12 //--Introduction //--Typical usage //--Multi-response models //--Flexible cross-validation //--Internals and Extensions //-Some Applications of Model-Based Clustering in Chemistry . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17 //-Mapping databases of X-ray powder patterns . . . . . . . . . . .. 24 //-Generating, Using and Visualizing Molecular Information in R . . . . . . . . . . . . . . . . 28 *Volume 6/2, May 2006 [#b1a73a66] -論評 //-Editorial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 -確率分布のための S4 クラス //-S4 Classes for Distributions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 --動機 //--Motivation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 --概念 //--Concept . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 --クラス構成 //--Organization in classes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 ---確率分布クラス //---Distribution classes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 ---シミューレーションクラスおよび評価クラス //---Simulation classes and evaluation class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 --メソッド //--Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 ---アフィン線形変換 //---Affine linear transformations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 ---単項数学演算子 //---Unary mathematical operations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 ---rより d, p, および q の構築 //---Construction of d, p, and q from r . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 ---畳み込み //---Convolution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 ---シミュレーション //---Simulation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 ---オーバーロードしたジェネリック関数 //---Overloaded generic functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 --オプション //--Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 --オプション //--Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 --システム/バージョン要件等 //--System/version requirements etc. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 --事例 //--Examples. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 --詳細/雑事 //--Details/odds and ends. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 --謝辞 //--Acknoledgement. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 -regress 関数 //-The regress function . . . 6 -外れ値のためのデータ処理 //-Processing data for outliers . . . . 10 -R での持分金融資産(equity portfolios)分析 //-Analysing equity portfolios in R . . . . . . . . . . . . . . 13 -GroupSeq: 群逐次法を利用した臨床試験のデザイン //-GroupSeq: Designing clinical trials using group sequential designs . . . . . . . . . . . . . . 21 -日々の臨床診療での R/Sweave の利用 //-Using R/Sweave in everyday clinical practice . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26 -changeLOS: An R-package for change in length of hospital stay based on the Aalen-Johansen estimator //-changeLOS: An R-package for change in length of hospital stay based on the Aalen-Johansen estimator . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31 -バルーンプロット //-Balloon Plot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35 -R とgraphviz を使った系図の描画 //-Drawing pedigree diagrams with R and graphviz . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38 -PostScript および PDF グラフィックスの非標準フォント //-Non-Standard Fonts in PostScript and PDF Graphics . . . . . . . . . . . . . . . . 41 -doBy パッケージ //-The doBy package . . . . . . . . . . . . . . . . 47 -Rを使った Normed division algebras :onion パッケージの紹介 //-Normed division algebras with R:Introducing the onion package . . . . . . . . . . . . . . . . 49 -抵抗回路網 R: ResistorArray パッケージの紹介 //-Resistor networks R: Introducing the ResistorArray package . . . . . . . . . . . . . . . . 52 -いいもの、悪いもの、見苦しいもの。 Paul Murrellの新刊: “R Graphics”のレビュー //-The good, the bad, and the ugly.Review of Paul Murrell’s new book: “R Graphics” . . . . . . . . . . . . . . . . 54 -R の変更 //-Changes in R . . . . . . . . . . . . . . . . 54 -CRANでの変更 //-Changes on CRAN . . . . . . . . . . . . . . . . 64 -R Foundation ニュース //-R Foundation News . . . . . . . . . . . . . . . . 70 -Bioconductor プロジェクトニュース //-News from the Bioconductor Project . . . . . . . . . 70 -今度のイベント: DSC 2007 //-Forthcoming Events: DSC 2007 . . . . . . . . . 71 *Volume 6/1, March 2006 [#e4e16364] -論評 //Editorial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 -MCMCpack を使った R の応用ベイズ推定 //Applied Bayesian Inference in R using MCMCpack . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 -CODA: MCMC の収束診断と出力解析 //CODA: Convergence Diagnosis and Output Analysis for MCMC . . . 7 -ベイズソフトウェアの検証 //Bayesian Software Validation . . . . 11 -BUGS のオープン化 //Making BUGS Open . . . . . . . . . . . . . . 12 --BUGS の仕組み //--How BUGS works . . . . . . . . . . . . . . 13 --計算と推定 //--Compilation and inference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13 --ソフトウェア開発 //--Software development . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13 --メタプログラミング //--Metaprogramming . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14 --BRugs: R 用インターフェース //--BRugs: Interfacing to R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14 --BRugs セッション //--A BRugs session . . . . . . . . . . . . . . . . 15 --展望 //--Outlook . . . . . . . . . . . . . . . . 16 --BUGS 言語 //-The BUGS Language . . . . . . . . . . . . . . . . 17 --影響 //--Influences . . . . . . . . . . . . . . . . 17 --データ //--Data . . . . . . . . . . . . . . . . 19 --正確さ //--Correctness . . . . . . . . . . . . . . . . 20 --グラフ上での計算 //--Computation on the graph . . . . . . . . . . . . . . . . 20 --展望 //--Outlook . . . . . . . . . . . . . . . . 20 -R を利用したベイズデータ分析 //-Bayesian Data Analysis using R . . . . . . . . . 21 -正誤表 //-Erratum . . . . . . . . . 24 *Volume 5/2, November 2005 [#o4f61cd2] -論評 //Editorial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 -BMA: Bayesian Model Averaging 用 R パッケージ //BMA: An R package for Bayesian Model Averaging . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 -R の空間データ用クラスとメソッド //Classes and methods for spatial data in R . . . 9 --sp パッケージの意義と,これが提供するクラスとメソッドに関する簡単な解説が中心。 --クラスおよび実装 //--Classes and implementation --メソッド //--Methods --Trellis マップ //--Trellis maps --GIS との接続 //--Connections to GIS --R パッケージとの接続 //--Connections to R packages --追加情報と将来 //--Further information and future --謝辞 //--Acknowledgements -Condor DAG を使用した処理が長くかかる R のジョブの実行 //Running Long R Jobs with Condor DAG . . . . 13 -rstream: 確率シミュレーションの乱数ストリーム //rstream: Streams of Random Numbers for Stochastic Simulation . . . . . . . . . . . . . . 16 -mfp //mfp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20 -crossdes //crossdes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24 -R ヘルプデスク //R Help Desk . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27 -R変更点 //Changes in R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29 -CRANの変更点 //Changes on CRAN . . . . . . . . . . . . . . . . 35 -今後のイベント: useR! 2006 //Forthcoming Events: useR! 2006 . . . . . . . . . 43 *Volume 5/1, May 2005 [#m1ce8c08] -論評 //Editorial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 -R 2.1.0 の国際化の特徴 //Internationalization Features of R 2.1.0 . . . . . 2 -R 2.1.0 のパッケージとそれらの管理 //Packages and their Management in R 2.1.0 . . . 8 -grid グラフィックスの最近の変更点 //Recent Changes in grid Graphics . . . . . . . . 12 -hoa: 高次尤度推定のR 用バンドルパッケージ //hoa: An R package bundle for higher order likelihood inference . . . . . . . . . . . . . . 20 -R における線形混合モデルのあてはめ //Fitting linear mixed models in R . . . . . . . . 27 -統計地震学(Statistical Seismology)への R の利用 //Using R for Statistical Seismology . . . . . . . . 31 -パッケージ作成と維持のための文芸的プログラミング //Literate programming for creating and maintaining packages . . . . . . . . . . . . . . . . 35 -CRAN Task Views //CRAN Task Views . . . . . . . . . . . . . . . . . 39 -Sweave による制御構造の利用 . . . . . 40 //Using Control Structures with Sweave . . . . . 40 -前臨床統計学者(Preclinical Statisticians)にとってのR の価値 //The Value of R for Preclinical Statisticians . . . 44 -Rを使った数学レクリエーション:“magic”パッケージ入門 //Recreational mathematics with R: introducing the “magic” package . . . . . . . . . . . . . . 48 -Programmer’s Niche //Programmer’s Niche . . . . . . . . . . . . . . . 51 -"Julian J. Faraway: Linear Models with R"の書評 //Book Review of Julian J. Faraway: Linear Models with R . . . 56 -R Foundation ニュース //R Foundation News . . . . . . . . . . . . . . . . 57 -R変更点 //Changes in R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57 -CRANの変更点 //Changes on CRAN . . . . . . . . . . . . . . . . 67 -イベント //Events . . . *Volume 4/2, September 2004 [#pab3af6c] -論評 //Editorial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 -R 2.0.0 における遅延ロードとパッケージ //Lazy Loading and Packages in R 2.0.0 . . . . . 2 -R Graphics のフォント、ラインおよび透過度 //Fonts, Lines, and Transparency in R Graphics . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 -NMMAPSdata パッケージ //The NMMAPSdata Package . . . . . . . . . . . 10 -Rgraphviz を使った経路のレイアウト //Laying Out Pathways With Rgraphviz . . . . . 14 -Wine を利用した R と BUGS の融合 //Fusing R and BUGS through Wine . . . . . . . 19 -R パッケージのメンテナンス //R Package Maintenance . . . . . . . . . . . . . 21 -R の変更点 //Changes in R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24 -CRAN の変更点 //Changes on CRAN . . . . . . . . . . . . . . . . 32 *Volume 4/1, June 2004 [#o1072301] -論評 -The Decision To Use R -The ade4 package - I : One-table methods -qcc: 品質管理図と統計プロセス管理のための R パッケージ //qcc: An R package for quality control charting and statistical process control -R の最小二乗計算 //Least Squares Calculations in R -R パッケージ対話型探索ツール //Tools for interactively exploring R packages -survival パッケージ //The survival package -useR! 2004 -R ヘルプデスク //R Help Desk -Programmers’ Niche -R変更点 -CRANの変更点 //Changes on CRAN -R Foundation ニュース *Volume 3/3, December 2003 [#ye11e983] -論評 -データマッピングのための次元の縮退 -生態系のモデリングにおけるシミュレーション環境としてRを使用する -Rで縦断的な学生の成績モデルを評価する -lmeSplinesパッケージ -デバッグの(ひどい)つらさから解放する -R2HTMLパッケージについて -R ヘルプデスク -Programmer's Niche -最近のできごと -至近のできごと -R 1.8.1 への変更点 -CRANの変更点 -R Foundation ニュース *Volume 3/2, October 2003 [#n408de85] -論評 //Editorial -R ヘルプデスク //R Help Desk -grid グラフィックス出力とベースのグラフィックス出力との統合 //Integrating grid Graphics Output with Base Graphics Output -一般誤差分布の新パッケージ //A New Package for the General Error Distribution -Bioconductor を使ったウェブベースのマイクロアレイ分析 //Web-based Microarray Analysis using Bioconductor -Sweave, Part II: Package Vignettes -R Foundation ニュース //R Foundation News -最近の出来事 //Recent Events -書評 //Book Reviews -R 1.8.0 の変更点 //Changes in R 1.8.0 -CRAN の変更点 //Changes on CRAN -クロスワードの答え //Crossword Solution -「Intel Linux 下での R および R パッケージの Microsoft Windows 版のビルド」への訂正 //Correction to “Building Microsoft Windows Versions of R and R packages under Intel Linux" *Volume 3/1, June 2003 [#v3b1487c] -論評 //Editorial -R の名前空間管理 //Name Space Management for R -S4 への変換パッケージ //Converting Packages to S4 -genetics パッケージ //The genetics Package -分散拡大要因 //Variance Inflation Factors -Intel Linux 下での R および R パッケージの Microsoft Windows 版のビルド //Building Microsoft Windows Versions of R and R packages under Intel Linux -R での調査データの分析 //Analysing Survey Data in R -Beowulf クラスタ上の RPVM を使った計算の増加 //-Computational Gains Using RPVM on a Beowulf Cluster -R ヘルプデスク //R Help Desk -書評 //Book Reviews -R 1.7.0 の変更点 //Changes in R 1.7.0 -CRAN の変更点 //Changes on CRAN -クロスワード //Crossword -最近の出来事 //Recent Events *Volume 2/3, December 2002 [#f16eaf98] -論評 //Editorial -R のリサンプリング手法:boot パッケージ //Resampling Methods in R: The boot Package -回帰関係の診断チェック //Diagnostic Checking in Regression Relationships -遅延データパッケージ //Delayed Data Packages -geepack: Yet Another Package for Generalized Estimating Equations -R の多重比較について //On Multiple Comparisons in R -randomForest による分類と回帰 //Classification and Regression by randomForest -ゲノムデータを処理するいくつかの戦略 //Some Strategies for Dealing with Genomic Data -R-Tcl/Tk パッケージへの変更点 //Changes to the R-Tcl/Tk package -Sweave, パートI: R と LATEX のミックス //Sweave, Part I: Mixing R and LATEX -R ヘルプデスク //R Help Desk -R の変更点 //Changes in R -CRAN の変更点 //Changes on CRAN -新刊 //New Publications -R における gRaphical モデル -最近の出来事と今後の出来事 //Recent and Upcoming Events *Volume 2/2, June 2002 [#ge4bf72a] -論評 //Editorial -R 1.5.0 の時系列 //Time Series in R 1.5.0 -Naive Time Series Forecasting Methods -Rmpi: R における並列統計コンピューティング //Rmpi: Parallel Statistical Computing in R -grid グラフィックスパッケージ //The grid Graphics Package -Lattice -Programmer’s Niche -geoRglm: 一般化線形空間モデル用パッケージ //geoRglm: A Package for Generalised Linear Spatial Models -Querying PubMed -evd: 極値分布 //evd: Extreme Value Distributions -ipred: 改良された予測法 //ipred: Improved Predictors -R の変更点 //Changes in R -Changes on CRAN -今後の出来事 //Upcoming Events *Volume 2/1, March 2002 [#k4c44adc] -論評 //Editorial -外部ファイルの読み込み //Reading Foreign Files -Maximally Selected Rank Statistics in R -cDNA マイクロアレイの品質管理と初期診断 //Quality Control and Early Diagnostics for cDNA Microarrays -Bioconductor -AnalyzeFMRI: MRI および fMRI データセットの探索と分析パッケージ //AnalyzeFMRI: An R package for the exploration and analysis of MRI and fMRI datasets -DNA マイクロアレイデータ分析に R を利用 //Using R for the Analysis of DNA Microarray Data -R 1.4.0 への変更点 //Changes in R 1.4.0 -R 1.4.1 への変更点 //Changes in R 1.4.1 -CRANの変更点 //Changes on CRAN *Volume 1/3, September 2001 [#g906024f] -論評 -Rの Darwin/X11とMacOS Xへの移植 -RPVM: Rにおけるクラスタを用いた統計解析 -strucchange: 線形回帰関係において構造の変化をテストする -Programmer's Niche: Rでマクロを使用する -Rにおける空間統計手法(続) -Rにおけるオブジェクト指向プログラミング -RにおけるC/C++およびFortranルーチンのサーチ -サポートベクタマシン -R-Tcl/Tkパッケージ入門 -wle: 重みづけ尤度を用いたロバスト統計用パッケージ -CRANの変更点 -Rの変更点 --R 1.3.1の新しい特色 *Volume 1/2, June 2001 [#y8c97bc6] -論評 -R自体への変更点 --R 1.3.0の新しい特色 --R 1.2.3の新しい特色 --R 1.2.2の新しい特色 -CRANの変更点 --パッケージ --推奨されるパッケージ --MacOSおよび MacOS X --その他 -Date-Timeクラス -Windows環境にRをインストール -Rにおける空間統計手法 -geoR: 地理統計解析のためのパッケージ -乱数場のシミュレーションと解析 -mgcv: Rで使える GAMおよび一般化Ridge回帰 -'tensor'の要点とは? -多変量確率とガウス確率について -Programmer's Niche -最近のできごと *Volume 1/1, January 2001 [#c6948d69] -R って何? //What is R? -R リソース //R Resources -R変更点 //Changes in R -CRAN の変更 //Changes on CRAN -新しいメモリ管理下で //Under New Memory Management //-On Exact Rank Tests in R -R における正確順位検定 -Rのマッキントッシュへの移植 //Porting R to the Macintosh //-The density of the non-central chi-squared distribution for large values of the noncentrality parameter -大きな非心度パラメータ値における非心階乗分布の密度 -Connections -R を使ったデータベース利用 //Using Databases with R -Rcgi 4: Web 統計をさらに簡単に //Rcgi 4: Making Web Statistics Even Easier -R 用 Omegahat パッケージ //Omegahat Packages for R -統計ための XML 利用: XML パッケージ //Using XML for Statistics: The XML Package -Programmer’s Niche