[[Mac で Sweave]]
Mac OS X El Capitan で，従来のやり方では日本語処理ができなくなったので，対処法を示す。
★ MacTeX のインストール
http://d.hatena.ne.jp/pyopyopyo/20150710/p1 に従う
ftp://ftp.tug.org/tex/mactex/ から MacTeX.pkg をダウンロード
ダブルクリックでインストール
必要なパッケージを追加インストールする（CUIでtlmgrコマンドを使う）
まずは tlmgr 自身を更新
sudo tlmgr update --self
次に導入済みパッケージの更新
sudo tlmgr update --all
★ スタイルファイルなど
ファインダーの option+「移動」メニューで「ライブラリ」ディレクトリに入り，
texmf/tex/platex ディレクトリに使用する style ファイルを置く
おいた後には必ず sudo mktexlsr の実行を忘れないこと
なお，tex ファイルは utf-8 エンコーディングとするので，style ファイルも utf-8 にしておくこと
★ UpTeX のインストール
http://www2.kumagaku.ac.jp/teacher/herogw/index.html から
「Drag & Drop UpTeX」（20151005版以降）をダウンロードする。
し，インストールする。
アプリケーションフォルダに入れた状態では起動できないかもしれない（その場合は任意のフォルダに入れる）
★ TeXShop のインストール
最新のものをインストール
パス設定は
/Applications/UpTeX.app/Contents/Resources/texbin
LaTeX の設定は
ptex2pdf -u -l -ot "-synctex=1 -file-line-error"
tex-->dvi-->pdf は
ptex2pdf -u -l -ot "-synctex=1 -file-line-error"
を使う
（dvipdfmx が別のパスのものを指しているときがある。そのようなときにはので注意）
★ tex
document class は ujarticle，ujbook，ujreport など
\usepackage[dvipdfmx]{graphicx}
★ コマンドラインから は，以下のように
AIC ディレクトリに AICutf.Rnw があるとき，最終的に AICutf.pdf を作るには以下のようにする
$ cd /Users/aoki/Desktop/Rnw/AIC
$ Rscript --vanilla -e "Sweave('AICutf.Rnw', encoding='utf-8')"
$ ptex2pdf -u -l -ot "-synctex=1 -file-line-error" AICutf.tex
★ シェルスクリプトの例
#!/bin/sh
# make Sweave
#
Rscript --vanilla -e "Sweave('$1.Rnw', encoding='utf-8')"
/uptex/UpTeX.app/Contents/Resources/texbin/ptex2pdf -u -l -ot "-synctex=1 -file-line-error" $1.tex
★ Rscript で書いた TeXShop の Engine の例
以下の内容のファイル Sweave.engine を，ファインダーの option+「移動」メニューで「ライブラリ」ディレクトリに入り，TeXShop/Engines の中にコピーする。アクセスモードは chmod 777 Sweave.engine で，実行可能に設定しておく。
書類の種類を選択するボタン（通常は LaTeX などになっている）で，「Sweave」を選択し「タイプセット」ボタンをクリックすると *.Rnw --> *.tex --> *.pdf の順に処理される。
#!/usr/local/bin/Rscript --vanilla
ms <- function(file, makeindex = FALSE, silent = TRUE, deleteWorkfiles = FALSE, ...) {
if (grepl("\\.", file) == FALSE) {
file <- paste(file, "Rnw", sep = ".")
}
Sys.setlocale(locale = "ja_JP.UTF-8")
Sweave(file, encoding = "utf-8")
base <- sub(".(R|S)nw", "", file)
file <- paste(base, ".tex", sep = "")
cmd <- sprintf("/Applications/UpTeX.app/Contents/Resources/texbin/ptex2pdf -u -l -s -ot '-synctex=1 -file-line-error' %s%s", file, ifelse(silent, " | grep -v \"texmf\"", ""))
repeat {
system(cmd)
con <- file(sub(".tex", ".log", file), open = "r", encoding = "utf-8")
log <- readLines(con)
close(con)
no.error <- TRUE
if (sum(grepl("Emergency stop", log)) > 0) {
no.error <- FALSE
break
}
if (sum(grepl("Rerun to get", log)) == 0)
break
}
if (no.error) {
if (makeindex) {
system(sprintf("~/mbin/makeindex %s", sub(".tex", "", file)))
system(cmd)
}
system(sprintf("/Applications/UpTeX.app/Contents/Resources/texbin/dvipdfmx -V 5 %s", sub(".tex", ".dvi", file)))
}
if (deleteWorkfiles) {
system(sprintf("/bin/rm %s.aux %s.dvi %s.log %s.tex %s.toc", base, base,
base, base, base))
}
}
xfigure <- function(src, caption = "caption", fn, label = fn,
base = "figure", size = 320, width = size * 6/320, height = 2/3,
mgp = c(1.8, 0.6, 0), mar = c(3, 3, 1, 1), rev = -3, htbp = "htbp") {
height <- width * height
pdf(sprintf("%s/%s.pdf", base, fn), width = width, height = height)
par(mgp = mgp, mar = mar)
parsed <- parse(text = src)
results <- eval(parsed)
dev.off()
header <- sprintf("\\begin{figure}[%s]\n\t\\centering",
htbp)
trailer <- sprintf("\t\\vspace{%smm}\\caption{%s}\n\t\\label{%s}\n\\end{figure}",
rev, caption, label)
cat(sprintf("%s\n\t\\includegraphics[bb=0 0 %sin %sin, clip, width=%sbp]{%s/%s.pdf}\n%s\n",
header, width, height, size, base, fn, trailer), fill = TRUE)
invisible(results)
}
grDevices::pdf.options(family="Japan1")
arg <- commandArgs()
ms(arg[7])
warn <- warnings()
if (length(warn)) head(warn, 2)
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