CRAN Task View のバックアップ(No.1)

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- 0 (1970-01-01 (木) 18:00:00)
- 1 (2015-03-01 (日) 01:15:59)

CRAN Task Views

CRAN に登録された R パッケージの数は既に把握不可能な程になっています。
CRAN Task Viewsは、そうした不便を解消するため、ボランティアによるテーマ別のパッケージのグルーピングと簡単な紹介を行うものです。現在（2008.06.19）の内容を紹介します。今後も追加・更新されていくと思われます。

Bayesian	ベイジアン統計
ChemPhys	ケモメトリックスおよび計算物理
ClinicalTrials	臨床試験のデザイン、モニタリング及び分析
Cluster	クラスター分析と有限混合モデル
DifferentialEquations	微分方程式
Distributions	確率分布
Econometrics	計量経済学
Environmetrics	生態・環境データの解析
ExperimentalDesign	実験計画 (DoE) 及び実験データ分析
Finance	経験ファイナンス
Genetics	遺伝統計学
Graphics	グラフィックス表示および動的グラフィックスおよびグラフィックスデバイスおよび可視化
gR	R のグラフィカルモデル (gRaphical model)
HighPerformanceComputing	ハイパフォーマンス・コンピューティング及び並列計算
MachineLearning	機械学習と統計学習
MedicalImaging	医用画像解析
MetaAnalysis	メタアナリシス
Multivariate	多変量統計
NaturalLanguageProcessing	自然言語処理
NumericalMathematics	数値解析
OfficialStatistics	公式の統計と調査手法
Optimization	最適化と数理計画法
Pharmacokinetics	薬物動態解析データの解析
Phylogenetics	系統学, 特に比較手法
Psychometrics	心理学モデルおよび手法
ReproducibleResearch	再現可能研究
Robust	ロバスト（頑健）統計手法
SocialSciences	社会科学のための統計学
Spatial	空間データ解析
SpatioTemporal	時空間データの分析
Survival	生存分析
TimeSeries	時系列分析
WebTechnologies	ウェブ技術とサービス

これらの一覧を自動的にインストールするには、パッケージ "ctv" を例えばまず

install.packages("ctv")

でインストールし、その後

library(ctv)

でライブラリを読み出し、その後

install.views("Econometrics")

等とします。

インストール体験談。 ↑ubuntu6.06でinstall.views()を実行したところ、Rから

make: gcc: コマンドが見つかりませんでした
make: g77: コマンドが見つかりませんでした
make: g++: コマンドが見つかりませんでした

と怒られました。お使いのディストリビューションによっては、事前にapt-getなどでこれらをインストールしておく必要があるようです。御参考まで。

同じくUbuntu7.04で試してみました。
正規のDebianはどうだか分かりませんが、パッケージによってはctvで必要なコマンドの依存関係が複雑過ぎて、少なくともUbuntuではhandleしづらいですね。
Windowsに比べて手間がかかりすぎる気がします。

Ubuntu専用のレポジトリが本家に新しく追加された模様です。ただし、現時点では筑波大学のミラーでは404Not Found状況になっている模様です。

自前のグルーピング化をするには、ctvファイルを作成します。

例

<CRANTaskView>
  <name>SpatialEpidemiology</name>
  <topic>Spatial Epidemiology &amp; Disease Mapping</topic>
  <maintainer>Sususmu Tanimura</maintainer>
  <info>
    <b>Spatial Epidemiology</b> is an epidemiology for spatial
    analysis of disease patterns. Not only <pkg>Dcluster</pkg> but
    also some packages are useful in this field. See also the view <view>Spatial</view>.
  </info>
 <packagelist>
  <pkg>splancs</pkg>
  <pkg>maptools</pkg>
  <pkg priority="core">DCluster</pkg>
  <pkg priority="core">spdep</pkg>
 </packagelist>
 <links>
   <a href="http://www.okada.jp.org/RWiki/index.php?RjpWiki">Rjpwiki</a>
   <view>Spatial</view>
 </links>
</CRANTaskView>

これをRに読み込むには下記のようにします。

> library(ctv)
> library(XML)
> x <- read.ctv("SpatialEpidemiology.ctv")
> x

CRAN Task View
--------------
Name:       SpatialEpidemiology
Topic:      Spatial Epidemiology & Disease Mapping
Maintainer: Sususmu Tanimura

Packages:   DCluster*, maptools, spdep*, splancs
            (* = core package)

さらにhtml化するには、

> ctv2html(x, css="/usr/lib/R/library/R.css")

とします。出力されたSpatialEpidemiology.htmlは下記のようになります（画像です）。

このctvを使ってグループ化パッケージをインストールするには例えば次のようにします。

> install.views(x, repos="http://cran.md.tsukuba.ac.jp")

reposを指定しないとエラーになります。これはread.ctv()で作成されたctvクラスにはrepositoryが抜けているからです。従って、

> x$repository <- "http://cran.md.tsukuba.ac.jp"
> install.views(x)

という方法もありです。